Wyrok NSA, sygn. akt I FSK 1016/11
Naczelny Sąd Administracyjny
Data orzeczenia: 2012-01-13 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
6560
Hasła tematyczne: Interpretacje podatkowe
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Minister Finansów
Treść wyniku: Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy: article: art. 14b par. 3, art. 14g par. 1, art. 169 par. 1
journal: Dz.U. 1997 nr 137 poz 926
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa.
article: art. 5 ust. 1, art. 43 ust. 1 pkt 1, art. 43 ust. 1 pkt 26, art. 86 ust. 1, art. 90 ust. 1 i ust. 2, art. 90 ust. 3
journal: Dz.U. 2004 nr 54 poz 535
law: Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług

SENTENCJA

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Marek Kołaczek (sprawozdawca), Sędzia NSA Krzysztof Stanik, Sędzia WSA (del.) Roman Wiatrowski, Protokolant Dariusz Rosiak, po rozpoznaniu w dniu 13 stycznia 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 4 lutego 2011 r. sygn. akt I SA/Kr 1821/10 w sprawie ze skargi A. w K. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 5 sierpnia 2010 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Ministra Finansów na rzecz A. w K. kwotę 180 zł (słownie: sto osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.


UZASADNIENIE

1. Wyrok Sądu pierwszej instancji oraz przedstawiony przez ten Sąd przebieg postępowania przed organem podatkowym.

1.1. Wyrokiem z dnia 4 lutego 2011 r., sygn. akt I SA/Kr 1821/10 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uchylił, zaskarżoną przez A. w K., interpretację indywidualna Ministra Finansów z dnia 5 sierpnia 2010 r., wydaną w przedmiocie podatku od towarów i usług.

1.2. Przedstawiając stan faktyczny Sąd pierwszej instancji podał, że we wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej Strona wskazała, iż na podstawie umowy z Narodowym Centrum Badań i Rozwoju realizuje projekt "[...]", którego głównym celem jest opracowanie optymalnych konfiguracji oraz wytycznych procesowych, a z tytułu realizacji programu wnioskodawca otrzymuje pomoc publiczną w postaci dotacji rozwojowej. Dalej we wniosku wyjaśniono, iż realizacja projektu badawczego odbywa się na zasadach konsorcjum, w którym liderem pozostanie A. Prawa autorskie do uzyskanych w wyniku realizacji projektu w wyników badań naukowych będą przysługiwać wnioskodawcy oraz partnerom konsorcjum. W przypadku ich sprzedaży lub udzielania licencji będzie to sprzedaż opodatkowana podatkiem od towarów i usług. Natomiast zakupiony w toku realizacji programu sprzęt, po jego zakończeniu, będzie służył zarówno działalności dydaktycznej, naukowo-badawczej jak i sprzedaży opodatkowanej.

Mając na uwadze tak przedstawiony stan faktyczny Strona sformułowała pytanie, czy będzie jej przysługiwało prawo do częściowego obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, zgodnie z ustaloną proporcją sprzedaży, w przypadku gdy niemożliwe jest przyporządkowanie zakupu do określonej działalności opodatkowanej lub zwolnionej w podatku od towarów i usług.

W ocenie Skarżącej brzmienie art. 90 ust. 1 i art. 90 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 ze zm., dalej również jako ustawa o VAT z 2004 r.), uprawnia ją do odliczenia kwoty podatku naliczonego z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług w zakresie realizacji projektu badawczego wg ustalonego wskaźnika proporcji.

1.3. Minister Finansów w zaskarżonej interpretacji indywidualnej uznał powyższe stanowisko za nieprawidłowe. Jego zdaniem bowiem art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy o VAT wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku i niepodlegających temu podatkowi.

Minister zaznaczył, że wnioskodawca wykonuje czynności mieszczące się w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług (zarówno czynności opodatkowane jak i zwolnione) oraz wykonuje czynności niepodlegające temu podatkowi, zatem mając na uwadze regulacje zawarte w przepisie art. 86 ust. 1 i art. 90 ust. 1 i 2 ustawy, dla ustalenia kwoty podatku naliczonego przysługującego do odliczenia należy zastosować dwuetapowy podział podatku naliczonego. W celu prawidłowej realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego Wnioskodawca winien przyporządkować w odpowiednich częściach podatek naliczony wynikający z faktur zakupu związany z realizowanym projektem poszczególnym rodzajom działalności.

W ocenie organu podatkowego, wnioskodawcy przysługuje prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług na potrzeby własne niezbędne do realizacji programu, w części na niego przypadającej w zakresie realizacji projektu badawczego wg ustalonego przez wnioskodawcę wskaźnika proporcji pod warunkiem, że proporcja ta jest ustalana z zastosowaniem dwuetapowego podział podatku naliczonego.

2. Skarga do Sądu pierwszej instancji.

2.1. Po bezskutecznym wezwaniu organu do usunięcia naruszenia prawa Strona złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, zarzucając zaskarżonej interpretacji naruszenie:

- art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług poprzez ich błędną wykładnię i wskazanie, że dla ustalenia kwoty podatku naliczonego, podlegającego odliczeniu należy zastosować dwuetapowy podział podatku naliczonego, podczas gdy ta metodologia nie znajduje podstaw w przepisach.

Zdaniem Skarżącej z art. 90 ustawy o VAT wynika, iż na pierwszym etapie wnioskodawca może dokonać bezpośredniej alokacji kwot podatku naliczonego w stosunku do czynności, dających prawo do odliczenia podatku naliczonego i wówczas kwoty te mogą być odliczone w pełni.

2.2. W odpowiedzi na skargę, Minister Finansów wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczas prezentowane w sprawie stanowisko.

3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji.

3.1. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uznał, że skarga zasługuje na uwzględnienie

3.2. W uzasadnieniu swojego stanowiska, wskazując na motywy uwzględnienia skargi, Sąd pierwszej instancji stwierdził, że we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej Strona skarżąca podnosiła, iż realizowane przez nią projekty, umożliwią jej zarówno realizację zadań statutowych, przez które rozumie działalność dydaktyczną, edukacyjną i naukowo – badawczą, jak również działalność ściśle komercyjną opodatkowaną podatkiem od towarów i usług, a polegającą np. na odpłatnym udostępnianiu zakupionego w ramach projektu sprzętu podmiotom trzecim, odpłatnym wdrażaniu wyników badań pozyskanych w trakcie realizacji projektu, odpłatnym wykonywaniu przez wnioskodawcę badań na rzecz podmiotów trzecich.

3.3. Sąd podkreślił, że uczelnia posługuje się konsekwentnie dla zakwalifikowania w/w czynności pojęciami "czynności opodatkowane i czynności zwolnione od opodatkowania", albo "sprzedaż opodatkowana i działalność statutowa", lub "czynności, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz czynności, w stosunku do których prawo takie nie przysługuje". Jak wynika z powyższego, treść wniosku obejmuje jedynie tego rodzaju czynności, a zatem opodatkowane i zwolnione od opodatkowania, nie zaś – tak jak to stwierdził organ w zaskarżonych interpretacjach – również czynności niepodlegające ustawie.

Zdaniem Sądu, obowiązkiem organu było dokonanie oceny stanowiska podatnika oraz interpretacji stosownych przepisów znajdujących zastosowanie w stanie faktycznym zawartym we wnioskach o wydanie interpretacji. Późniejsze pismo Strony skarżącej, uzupełniające elementy stanu faktycznego nie mogło w tym zakresie być brane pod uwagę przy wydawaniu interpretacji. Nie miało ono bowiem w tym zakresie charakteru doprecyzowującego, ale znacznie modyfikowało stan faktyczny przedstawiony we wnioskach. Poza tym wezwanie organu nie było konieczne, gdyż przedstawiony we wniosku stan faktyczny pozwalał na zajęcie stanowiska i wydanie interpretacji.

W ocenie Sądu, nie było zatem podstaw do stosowania art. 169 § 1 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60, ze zm., dalej również jako Ordynacja podatkowa lub O.p.).

3.4. Kolejno Sąd podkreślił, że na gruncie stanu prawnego obowiązującego do dnia 31 grudnia 2010 r. usługi dydaktyczne, edukacyjne podlegały zwolnieniu na podstawie poz. 7 załącznika nr 4 do ustawy o VAT. Obecnie, tj. od dnia 1 stycznia 2011 r. obowiązuje zapis zawarty w art. 43 ust. 1 pkt 26 ustawy o VAT, zgodnie z którym zwalnia się od opodatkowania usługi świadczone przez jednostki objęte systemem oświaty w rozumieniu przepisów o systemie oświaty, w zakresie kształcenia i wychowania, uczelnie, jednostki naukowe Polskiej Akademii Nauk oraz jednostki badawczo-rozwojowe, w zakresie kształcenia na poziomie wyższym oraz dostawę towarów i świadczenie usług ściśle z tymi usługami związane. Natomiast co do usług naukowo-badawczych (obejmujących badania, prace eksperymentalne i inne usługi badawczo-rozwojowe we wszystkich dziedzinach nauk), to w zależności od okresu albo były zwolnione od opodatkowania, albo też podlegały opodatkowaniu.

3.5. Przechodząc do postawionych we wnioskach pytań Sąd uznał, że art. 90 ustawy o VAT odnosi się wyłącznie do czynności opodatkowanych i zwolnionych od opodatkowania, a zatem czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT nie powinny być uwzględniane w proporcji sprzedaży obliczanej na podstawie art. 90 ust. 2 ustawy o VAT. Jednocześnie jednak zdaniem Sądu przepis ten winien mieć zastosowanie w przypadku wykonywania przez podatnika wszystkich trzech rodzajów działalności – opodatkowanej, zwolnionej od opodatkowania i niepodlegającej ustawie o VAT.

Biorąc powyższe pod uwagę, Sąd zaznaczył, że dywagacje organu zawarte w zaskarżonych interpretacjach i odnoszące się do czynności niepodlegających opodatkowaniu były zbędne, gdyż tego rodzaju okoliczności nie były przedmiotem wniosków o wydanie interpretacji. Na marginesie Sąd zaznaczył, że w przypadku wykonywania przez podatnika czynności opodatkowanych i niepodlegających podatkowi, podatnik nie stosuje odliczenia częściowego wedle proporcji, gdyż wartość czynności niepodlegających w ogóle opodatkowaniu nie wchodzi do sumy wartości obrotów ustalanych na potrzeby liczenia proporcji sprzedaży. Stosuje się wtedy odliczenie pełne.

3.6. Sąd wskazał ponadto na niekonsekwencję organu podatkowego, który uznał, że pogląd wnioskodawcy nie jest prawidłowy w całości, a następnie uzasadniając ocenę potwierdził rozstrzygnięcie jedynie w części, bowiem w pewnym zakresie podzielił stanowisko zaprezentowane przez uczelnię. Organ przychylił się bowiem do stanowiska, że co do zasady uczelnia ma prawo obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, które zostaną nabyte w zakresie realizacji wskazanych we wnioskach projektów badawczych.

4. Skarga kasacyjna.

4.1. Nie godząc się z powyższym rozstrzygnięciem Minister Finansów wywiódł skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Kwestionując w niej w całości wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, zarzucił mu naruszenie:

I. Przepisów prawa procesowego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, tj.;

- art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2002 r. Nr 153 poz. 1270 ze zm., dalej również jako P.p.s.a.) w zw. z art. 14b § 3, art. 14c § 1, art. 169 § 1 O.p., w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej, poprzez przyjęcie przez Sąd, że brak było podstaw do wzywania Skarżącego przez organ do uzupełnienia stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o interpretację, a wskutek uzupełnienia nastąpiła modyfikacja tego stanu faktycznego.

II. Przepisów prawa materialnego, tj.;

- art. 5 ust. 1, art. 43 ust. 1, art. 86 ust. 1 i ust. 2, art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT w stanie prawnym obowiązującym do 31 grudnia 2010 r., poprzez błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że w stanie prawnym obowiązującym do dnia 31 grudnia 2010 r. usługi dydaktyczne, edukacyjne podlegały zwolnieniu na podstawie poz. 7 załącznika nr 4 do ustawy o VAT.

W petitum kasacji w kontekście tego zarzutu organ podkreślił, że działalność statutowa uczelni nie jest tożsama z działalnością zwolnioną uczelni (w zakresie odpłatnej działalności statutowej). Minister Finansów zgodził się natomiast, że korzystała ona ze zwolnienia od podatku VAT na mocy ww. art. 43 ust. 1 ustawy o VAT, jeżeli sklasyfikowana była przez Skarżącą w PKWiU ex 80.

Uzasadniając kolejno zarzuty naruszenia przepisów prawa procesowego, autor wniesionego środka zaskarżenia argumentował, że w związku z treścią art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, eliminującego prawo do odliczenia podatku naliczonego w sytuacji braku związku nabywanych towarów lub usług z działalnością opodatkowaną VAT, podstawowym kryterium, które organ w niniejszej sprawie zobowiązany był przeanalizować był związek dokonywanych przez podatnika VAT zakupów z czynnościami opodatkowanymi generującymi podatek należny. Ponieważ treść wniosku nie wskazywała z jakimi czynnościami w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług (tj. czynnościami opodatkowanymi podatkiem VAT, zwolnionymi od podatku VAT, czy niepodlegającymi przepisom ustawy o VAT) mamy do czynienia (w ustawie o VAT w stanie prawnym obowiązującym do 31 grudnia 2010 r. nigdzie nie było zapisu, że działalność statutowa uczelni tożsama jest z działalnością edukacyjną zwolnioną od podatku VAT), organ wezwał Wnioskodawcę w piśmie z dnia 12 lipca 2010 r. między innymi do wyjaśnienia tej kwestii.

Minister Finansów nie zgodził się ponadto z wnioskiem jaki na marginesie wysnuł WSA, a mianowicie, że w przypadku podatku związanego tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi podatkowi (nie jest on związany z czynnościami zwolnionymi) podatnik stosuje odliczenie pełne. Fakt, że w takiej sytuacji podatnik nie stosuje odliczenia według proporcji o której mowa w art. 90 ustawy o VAT nie oznacza, że podatnik ma prawo do pełnego odliczenia podatku VAT, tj. związanego zarówno z czynnościami opodatkowanymi, jak i niepodlegającymi opodatkowaniu tym podatkiem.

Końcowo w skardze kasacyjnej podkreślono, iż przedmiotem sporu w rozpoznawanej sprawie nie jest kwestia uwzględnienia czynności niepodlegaiacych opodatkowaniu przy obliczaniu współczynnika proporcji, o którym mowa w art. 90 ustawy o VAT, lecz prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z czynnościami pozostającym poza zakresem ustawy o VAT. Zdaniem tut. organu odliczenia tego należy dokonać z zastosowaniem dwuetapowego podziału podatku naliczonego stosując miarodajny klucz podziału celem wyodrębnienia zakupów związanych z czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT, a dopiero do pozostałej części podatku naliczonego (związanego jednocześnie z czynnościami opodatkowanymi i zwolnionymi z podatku VAT) zastosować proporcję, o której mowa w przepisach art. 90 ustawy o VAT.

Mając na uwadze powyższe w skardze kasacyjnej wniesiono o:

- uchylenie w całości zaskarżonego orzeczenia i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Krakowie;

- ewentualnie o uchylenie w całości zaskarżonego orzeczenia i oddalenie skargi;

- zasądzenie, od Skarżącej na rzecz organu, kosztów postępowania, wraz z kosztami zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

4.2. W odpowiedzi na skargę kasacyjną, reprezentujący Stronę doradca podatkowy, uznając wniesiony przez Ministra Finansów środek zaskarżenia za bezpodstawny, wniósł o:

- oddalenie skargi kasacyjnej;

- zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa prawnego, według norm przepisanych.

5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

5.1. Skarga kasacyjna jest niezasadna.

5.2. Zasadnicza, sporna w sprawie kwestia dotyczyła proporcjonalnego prawa do odliczenia, o którym mowa w art. 90 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 ze zm.), a w szczególności sposobu liczenia tej proporcji, w sytuacji, gdy podatnik zakupione towary wykorzystuje zarówno do czynności opodatkowanych, zwolnionych jak i niepodlegających opodatkowaniu VAT.

5.3. Powyższe zagadnienie stanowiło przedmiot analizy Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w uchwale z dnia 24 października 2011 r., sygn. akt I FPS 9/10 orzekł, że w świetle przepisów art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o VAT czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 powołanej wyżej ustawy.

Zaprezentowana konstatacja ma niezwykle istotne znaczenie dla rozpoznawanej sprawy, albowiem wykładnia powołanych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, którą w uchwale I FPS 9/10 zaprezentował Naczelny Sąd Administracyjny przesądza o wadliwości zaproponowanego przez kasatora "dwuetapowego" podziału podatku naliczonego i liczenia na tej podstawie właściwej proporcji.

5.4. Stosownie do treści art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Na podstawie natomiast art. 90 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, to na podstawie art. 90 ust. 2 ustawy o VAT podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10.

Proporcję, o której mowa w ust. 2, stosownie do art. 90 ust. 3 ustawy o VAT ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.

5.5. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale I FPS 9/10 wywiódł, że zawarte w przepisach art. 90 ust. 1 – 3 ustawy o VAT sformułowanie "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia" należy rozumieć jako odnoszące się do czynności zwolnionych od podatku. Skoro bowiem rzecz dotyczy odliczenia podatku, to pod uwagę można wziąć tylko takie transakcje, które w ogóle objęte są zakresem przedmiotowym VAT. W tej części są to tylko czynności zwolnione od podatku, gdyż czynności niepodlegające w ogóle podatkowi nie są objęte zakresem przedmiotowym VAT. Sformułowanie "czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku" należy zatem rozumieć jako "czynności zwolnione od podatku" oraz czynności opodatkowane na specjalnych zasadach, gdzie ustawa wprost stwierdza, że podatnik nie ma prawa do odliczenia (por. art. 114 ustawy o VAT).

Podzielając powyższe stanowisko należało zatem stwierdzić, że w przypadku podatku naliczonego wynikającego z wydatków związanych tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi podatkowi (których nie da się jednoznacznie przypisać do jednej z tych kategorii czynności), podatnik nie stosuje odliczenia częściowego wedle proporcji określonej na podstawie art. 90 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, lecz odliczenie pełne. Wartość czynności niepodlegających w ogóle opodatkowaniu nie wchodzi bowiem do sumy wartości obrotów ustalanych dla potrzeb liczenia proporcji sprzedaży. W przypadku gdy podatnik wykonuje wyłącznie czynności opodatkowane oraz czynności niepodlegające podatkowi, nie ma obowiązku stosowania odliczenia częściowego (gdyby ewentualnie chciał ustalać proporcję sprzedaży dla celów odliczenia, to wyniesie ona 100%).

Brak jest bowiem – przy braku w ustawie jednoznacznej regulacji tegoż zagadnienia – podstaw do pozbawiania podatnika w ogóle możliwości odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych jednocześnie z czynnościami opodatkowanymi i nieopodatkowanymi, gdyż godziłoby to w zasadę neutralności VAT, poprzez bezpodstawne obciążenie podatnika podatkiem naliczonym wynikającym z tego rodzaju wydatków.

W tym stanie rzeczy proponowana przez Ministra Finansów "dwuetapowa" metoda ustalania proporcji, w której pierwszy etap miał polegać na wyodrębnieniu z całości zakupów związanych z realizowanym projektem, tę ich część, która nie jest związana z działalnością podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT i część, która związana jest z działalnością gospodarczą w rozumieniu przepisów ustawy o VAT (zarówno opodatkowaną jak i zwolnioną) nie mogła zasługiwać na akceptację. W świetle wykładni przyjętej przez NSA w uchwale I FPS 9/10 takie działanie stanowiłoby niedopuszczalną, bezpośrednią ingerencję w prawo do odliczenia, która w przypadku czynności nie objętych zakresem ustawy o podatku od towarów i usług nie może, z przyczyn wskazanych wcześniej, mieć miejsca.

5.6. Nie doszło zatem w sprawie do naruszenia art. 86 ust. 1 i 2, art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT, albowiem wbrew stanowisku kasatora, Sąd pierwszej instancji dokonał prawidłowej wykładni powołanych przepisów.

5.7. Jeśli chodzi natomiast o kwalifikację podatkową działalności statutowej uczelni podkreślenia wymaga, że w zaskarżonym wyroku kwestia ta nie była badana przez Wojewódzki Sąd Administracyjny. W szczególności Sąd nie wypowiadał się na temat tego, które elementy działalności uczelni są nieopodatkowane, a które podlegają zwolnieniu, albowiem słusznie zauważył, że co innego było przedmiotem wniosku oraz wydanej interpretacji indywidualnej. Innymi słowy Sąd pierwszej instancji nie wskazywał linii podziału czynności statutowych uczelni na zwolnione i nieopodatkowane, jak również nie wskazał kryteriów, które warunkowałyby ich zakwalifikowanie do jednej z dwóch wymienionych grup. Art. 43 ust. 1 ustawy o VAT nie był zatem interpretowany w zw. z art. 5 ust. 1 tej ustawy lecz w zw. z art. 90 ust. 1-3 tej ustawy, poprzez wskazanie, że w stanie prawnym obowiązującym do dnia 31 grudnia 2010 r., czynności zwolnione na podstawie poz. 7 zał. nr 4 do ustawy o podatku od towarów i usług w zw. z art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT oraz po tym dniu stosownie do treści art. 43 ust. 1 pkt 26 tej ustawy, wpływały na proces proporcjonalnego ustalania wartości podatku podlegającego odliczeniu.

Nie miał zatem podstaw kasator by zarzucić Sądowi pierwszej instancji naruszenie art. 43 ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 ustawy o VAT, albowiem wykładnia pierwszego z wymienionych przepisów miała na celu jedynie wykazanie, że uczelnia świadczy usługi zwolnione z opodatkowania, które wbrew czynnościom niepodlegającym opodatkowaniu wchodzą do mianownika proporcji częściowego prawa do odliczenia. Trzeba bowiem zauważyć, że Sąd pierwszej instancji, po prawidłowym odczytaniu treści art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT niejednokrotnie wskazywał, iż czynności nieobjęte opodatkowaniem stanowiły sferę, którą w ramach dokonanych rozważań nad proporcjonalnym prawem do odliczenia należało konsekwentnie pomijać. Nie było zatem możliwe, by z konstatacji Sądu wywieść, że czynności niepodlegające opodatkowaniu a contrario art. 5 ust. 1 ustawy o VAT zostały zakwalifikowane jako zwolnione, stosownie do art. 43 tej ustawy.

5.8. Odnosząc się w tej części uzasadnienia do zarzutów sformułowanych w punkcie pierwszym rozpoznawanej skargi kasacyjnej należy zauważyć, że stosownie do treści art. 14b § 3 O.p. wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej powinien zawierać szereg elementów, które podlegają uzupełnieniu w trybie art. 169 § 1 Op. W sytuacji, gdy strona nie zastosuje się do wezwania organu, to organ, na podstawie art. 14g § 1 Ordynacji podatkowej pozostawia taki wniosek bez rozpoznania. W niniejszej sprawie Strona, odpowiadając na wezwanie organu z dnia 12 lipca 2010 r. dokonała modyfikacji stanu faktycznego przedstawionego we wniosku, uzupełniając zakres stawianych pytań o kwestię proporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego w sytuacji, w której oprócz wskazanych wcześniej czynności opodatkowanych i zwolnionych, dokonuje również czynności nieopodatkowane. W tym stanie rzeczy nie miał racji Sąd pierwszej instancji, który zakwestionował dokonane w ten sposób zmiany w zakresie okoliczności faktycznych, albowiem to wnioskodawca, a nie organ, ostatecznie dokonał rozszerzenia stanu faktycznego o dodatkowy element. Co więcej, ze stanowiska pełnomocnika wnioskodawcy, jakie ten prezentował na rozprawie przed NSA wynikało, że taka w istocie była intencja samej strony co do istoty i zakresu wniosku, którą nota bene dałoby się nawet wywieść z treści zadanego pytania.

Stąd też w tym zakresie zarzut organu wyrażony w pkt 1 podstaw kasacyjnych był usprawiedliwiony, albowiem Sąd pierwszej instancji, nie mógł w swych rozważaniach pominąć elementów stanu faktycznego, o które wniosek został uzupełniony, przez samą stronę pytającą.

Mimo jednak wskazanej trafności powyższego zarzutu wyrok jest w istocie poprawny, albowiem poczynione "na marginesie" uwagi Sądu, dotyczące rozszerzonego stanu faktycznego podanego przez wnioskodawcę, stanowiły wykładnię istotnych z punktu widzenia stanu sprawy przepisów prawa, która to przeciwieństwie do wykładni zaprezentowanej przez kasatora, zasługiwała na akceptację.

5.9. Z tych też względów Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że wniesiona skarga kasacyjna nie zawiera uzasadnionych podstaw i w myśl art. 184 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.). orzekł jak w wyroku.

O kosztach orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 P.p.s.a.