Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 655/18
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2022-04-29 00:00:00+02:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku: Uchylono zaskarżoną decyzję i poprzedzające ją postanowienie
Powołane przepisy: article: art. 52 § 1 pkt 2 lit. b), § 3 art. 53 § 1, art. 54 § 1 pkt 2, pkt 3 i pkt 7, § 2, § 3, art. 62 § 1, § 4, art. 75 § 4, art. 121 § 1, art. 125 § 1, art. 165, art. 210 § 1 pkt 6. § 4 oraz art. 124
journal: Dz.U. 2017 poz 201
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa - tekst jedn.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Anna Zaorska (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Aneta Trochim - Tuchorska, asesor WSA Konrad Aromiński, po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 29 kwietnia 2022 r. sprawy ze skargi Miasta L. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] grudnia 2017 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty z dnia 29 czerwca 2017 r. na poczet zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2009 r. 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. z dnia [...] lipca 2017 r. nr [...] , 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz Miasta L. kwotę 580 zł (słownie: pięćset osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

1.1. Zaskarżonym postanowieniem z [...] grudnia 2017 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej: "DIAS") utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. (dalej: "NUS") z dnia [...] lipca 2017 r. w przedmiocie zaliczenia wpłaty w kwocie 2.077.066 z dnia 29 czerwca 2017 r. na poczet zaległości podatkowych Urzędu Miasta L. (dalej: "Strona", "Miasto" "Skarżąca") w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2009 r.

1.2. Jak wynika z akt sprawy Strona złożył deklaracje podatkowe VAT-7 za poszczególne okresy rozliczeniowe 2009 r. Rozliczenia te były korygowane.

1.3. W dniu [...] lipca 2014 r. NUS wydał decyzję określającą Urzędowi Miasta L. kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym oraz kwoty podatku podlegające wpłacie dotyczące zobowiązania podatkowego za poszczególne miesiące 2009 r.

1.4. Decyzją z [...] listopada 2014 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy powyższą decyzję.

1.5. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 8 kwietnia 2016 r., sygn. akt III SA/Wa 116/15, po rozpoznaniu skargi Urzędu Miasta L., uchylił w całości decyzję organu drugiej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.

1.6. W wykonaniu wyroku, Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z [...] sierpnia 2016 r. uchylił w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.

1.7. W dniu 27 października 2016 r. NUS zwrócił na rachunek Urzędu Miasta L. nadwyżki podatku VAT za styczeń, sierpień, październik, listopad i grudzień 2009 r. w kwocie 2.077.066 zł.

1.8. Następnie Naczelnik Urzędu Skarbowego w L. decyzją z [...] maja 2017 r. określił Stronie kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za styczeń i maj 2009 r. oraz kwoty podatku podlegające wpłacie za pozostałe miesiące 2009 r. Decyzja ta została utrzymana w mocy decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z [...] listopada 2017 r.

1.9. W dniu 29 czerwca 2017 r. Urząd Miasta L. wpłacił na rachunek Urzędu Skarbowego w L. kwotę 2.077.066 zł tytułem zwróconej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

1.10. Postanowieniem z [...] lipca 2017 r. NUS dokonał zaliczenia powyższej wpłaty na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za styczeń, sierpień, październik, listopad i grudzień 2009 r. w następujący sposób:

- za styczeń 2009 r.: kwotę 583 zł na należność główną, kwotę 31 zł na odsetki za zwłokę naliczone za okres od dnia 27 października 2016 r. do dnia 29 czerwca 2017 r.;

- za sierpień 2009 r.: kwotę 650.026 zł na należność główną, kwotę 35.048 zł na odsetki za zwłokę naliczone za okres od dnia 27 października 2016 r. do dnia 29 czerwca 2017 r.;

- za październik 2009 r.: kwotę 446.065.00 zł na należność główną, kwotę 24.051 zł na odsetki za zwłokę naliczone za okres od dnia 27 października 2016 r. do dnia 29 czerw ca 2017 r.;

- za listopad 2009 r.: kwotę 200.839 zł na należność główną, kwotę 10.829 zł na odsetki za zwłokę naliczone za okres od dnia 27 października 2016 r. do dnia 29 czerwca 2017 r.,

- za grudzień 2009 r.: kwotę 673.291 zł na należność główną. kwotę 36.303 zł na odsetki za zwłokę naliczone za okres od dnia 27 października 2016 r. do dnia 29 czerwca 2017 r.

1.11. Dnia 27 lipca 2017 r., Strona złożyła zażalenie na postanowienie NUS, w którym zarzuciła naruszenie:

- art. 52 § 1 pkt 2 lit. b w związku z art. 52 § 3 oraz art. 53 § 1 w związku z art. 62 § 2 oraz § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2017 r., poz. 201 ze zm., dalej: "O.p."), poprzez uznanie kwoty 2.077.066 zł zwróconej organowi podatkowemu w dniu 29 czerwca 2017 r. za zaległość podatkową, od której naliczane są odsetki i w konsekwencji rozliczenie dokonanej wpłaty poprzez naliczenie odsetek za zwłokę od dnia otrzymania przez Miasto zwrotu (tj. 27 października 2016 r.) do dnia zwrócenia ww. kwoty na rachunek urzędu skarbowego (tj. do dnia 29 czerwca 2017 r.), pomimo, że zwrócona kwota nie stanowiła zaległości podatkowej, zaś odsetki zostały naliczone bezpodstawnie;

- art. 54 § 1 pkt 7 w związku z art. 54 § 3 O.p., poprzez naliczenie odsetek za zwłokę od kwoty 2.077.066 zł zwróconej organowi podatkowemu od dnia otrzymania przez Miasto zwrotu (tj. 27 października 2016 r.) do dnia zwrócenia ww. kwoty na rachunek Urzędu Skarbowego (tj. do dnia 29 czerwca 2017 r.), pomimo że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego (tj. 14 maja 2014 r.) do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji (tj. 5 czerwca 2017 r.).

1.12. Utrzymując w mocy postanowienie NUS, DIAS w pierwszej kolejności opisał przebieg postępowania wymiarowego w sprawie. Następnie wskazał, że po uchyleniu przez WSA w Warszawie decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w W. z [...] listopada 2014 r., a następnie – decyzji NUS z dnia [...] lipca 2014 r. , organ w dniu 27 października 2016 r. dokonał zwrotu nadwyżki podatku VAT za styczeń, sierpień, październik, listopad i grudzień 2009 r. w łącznej kwocie 2.077.066 zł wynikającej ze złożonych przez Miasto korekt deklaracji.

Następnie NUS decyzją z [...] maja 2017 r. określił Stronie za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2009 r. w wyszczególnionych wysokościach nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu oraz kwoty podatku podlegające wpłacie do urzędu skarbowego.

W dniu 29 czerwca 2017 r. Miasto dokonało wpłaty na rachunek Urzędu Skarbowego w L. tytułem zwróconej kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 2.077.066 zł.

W takich okolicznościach DIAS za prawidłowe uznał zaliczenie wpłaty z 29 czerwca 2017 r. na poczet zaległości w podatku od towarów i usług w sposób wskazany w postanowieniu. DIAS w tym zakresie przywołał przepisy art. 62 § 1 i art. 59 § 1 pkt 1 O.p.

Odnośnie do zarzutów zażalenia argumentował, że w przedmiotowej sprawie zwrot kwoty 2.077.066 zł został dokonany w związku decyzją Dyrektora Izby Skarbowej z [...] sierpnia 2016 r., uchylającą w całości decyzję NUS z [...] lipca 2014 r. i przekazującą sprawę do ponownego rozpatrzenia. Dlatego też, zdaniem DIAS, podstawą tego zwrotu nie był przepis art. 75 § 4 O.p. W konsekwencji, za niezasadny uznał zarzut naruszenia art. 52 § 1 pkt 2 lit. b O.p.

DIAS nie podzielił również argumentacji Strony co do naruszenia art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 54 § 3 O.p. W ocenie DIAS, NUS w postępowaniu wymiarowym działał bez zbędnej zwłoki, prawidłowo przeprowadził postępowanie, a opóźnienie w wydaniu decyzji nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu.

DIAS argumentował, że po wydaniu przez Wojewódzki Sąd Administracyjny wyroku z 8 kwietnia 2016 r. oraz wydanej w konsekwencji powyższego wyroku decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w W. z [...] sierpnia 2016 r. nastąpiła istotna zmiana stanu prawnego regulująca zasady rozliczeń w samorządach.

Mając powyższe na uwadze, NUS w toku prowadzonego postępowania podatkowego pismem z 8 listopada 2016 r. wezwał Miasto do złożenia informacji, czy podatnik dokona korekt deklaracji podatkowych za okres od stycznia do grudnia 2009 r., tj. objęty prowadzonym postępowaniem podatkowym.

W odpowiedzi na wezwanie, pełnomocnik Strony pismem z 22 listopada 2016 r. poinformował, że obecnie Miasto nie planuje składania korekt rozliczeń podatku od towarów i usług w odniesieniu do prawa do odliczenia z tytułu wydatków na realizację analizowanej inwestycji.

Następnie pismem z 1 grudnia 2016 r. NUS wezwał Stronę do udzielenia informacji dotyczącej wskazania daty zawarcia pierwszych umów związanych z wykorzystaniem obiektu [...], jak również poinformowania, czy obiekt był wykorzystywany wyłącznie do czynności opodatkowanych VAT dokonywanych przez Miejski Ośrodek Sportu i Rekreacji. Wezwano również do okazania wszystkich umów związanych z wykorzystywaniem obiektu [...].

W odpowiedzi na powyższe, pełnomocnik Strony wraz z pismem z 12 grudnia 2016 r. złożył kopie umów cywilnoprawnych. Pismem z 13 stycznia 2017 r. pełnomocnik Strony poinformował, że umowy cywilnoprawne zawierane od momentu oddania obiektu do użytkowania jednoznacznie potwierdzają fakt, że Miasto realizowało sprzedaż opodatkowaną VAT w [...].

Następnie, NUS pismem z 23 lutego 2017 r. wezwał Stronę do udzielenia szczegółowych informacji kiedy i komu Urząd Miasta L. udostępniał [...] nieodpłatnie oraz czy w związku z powyższym były zawierane umowy na nieodpłatne udostępnienie [...].

W odpowiedzi na powyższe pełnomocnik Strony pismem z 7 marca 2017 r. poinformował, że zdarza się, że część powierzchni obiektu [...] jest w niewielkim zakresie udostępniana nieodpłatnie kontrahentom Miasta.

Postanowieniem z [...] kwietnia 2017 r. NUS wyznaczył Stronie siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Powyższe postanowienie zostało odebrane w dniu 2 maja 2017 r. Strona nie skorzystała z przysługującego prawa.

W dniu [...] maja 2017 r. NUS wydał decyzję wymiarową.

Mając na uwadze tak opisany przebieg czynności podejmowanych przez NUS, DIAS stwierdził, że postępowanie było złożone. Do rzetelnego rozstrzygnięcia sprawy konieczne było pozyskanie niezbędnych dokumentów i materiałów będących w posiadaniu Miasta. DIAS wskazał, że w celu ustalenia stanu faktycznego sprawy Strona była wielokrotnie wzywana do przekazania dokumentacji i składania wyjaśnień. Na każde z wezwań Strona odpowiadała bez zbędnej zwłoki. Zdaniem DIAS, złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, konieczność uzupełniania przez Stronę udzielonych wcześniej informacji, konieczność wnikliwej analizy zgromadzonego materiału dowodowego, wpłynęły na długość prowadzenia postępowania oraz na opóźnienie w wydaniu decyzji.

Mając powyższe na uwadze DIAS orzekł o utrzymaniu w mocy postanowienia NUS.

2. W skardze do tutejszego Sądu Skarżąca zaskarżyła w całości postanowienie DIAS, zarzucając:

1) błędną wykładnię art. 52 § 1 pkt 2 lit. b w zw. z art. 52 § 3 oraz art. 53 § 1 w związku z art. 62 § 4 oraz art. 121 § 1 O.p., poprzez uznanie kwoty 2.077.066 zł zwróconej organowi podatkowemu w dniu 29 czerwca 2017 r. za zaległość podatkową, od której naliczane są odsetki i w konsekwencji rozliczenie dokonanej wpłaty poprzez naliczenie odsetek za zwłokę od dnia otrzymania przez Miasto zwrotu (tj. od 27 października 2016 r.) do dnia zwrócenia ww. kwoty na rachunek Urzędu Skarbowego (tj. do dnia 29 czerwca 2017 r.), pomimo iż zwrócona kwota nie stanowiła zaległości podatkowej, zaś odsetki zostały naliczone bezpodstawnie;

2) niewłaściwe zastosowanie art. 54 § 2 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., poprzez uznanie, że opóźnienie w wydaniu decyzji powstało z przyczyn niezależnych od organu, prowadzące do niezastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p., skutkujące naliczeniem odsetek za zwłokę od kwoty 2.077.066 zł zwróconej organowi podatkowemu, od dnia otrzymania przez Miasto zwrotu (tj. od 27 października 2016 r.) do dnia zwrócenia ww. kwoty na rachunek urzędu skarbowego (tj. do dnia 29 czerwca 2017 r.), pomimo, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, w sytuacji, gdy decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości oraz poprzedzającego je postanowienia NUS oraz zasądzenie kosztów postępowania.

3. DIAS w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując tym samym zasadność swojego stanowiska, zawartego w skarżonym postanowieniu.

4. Wyrokiem z 6 listopada 2018 r., sygn. akt III SA/Wa 88/18 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził nieważność decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z [...] listopada 2017 r. oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. z [...] maja 2017 r.

4. Postanowieniem z [...] grudnia 2018 r. Sąd zawiesił postępowanie sądowe, na podstawie art. 125 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1302 ze zm.; obecnie Dz.U. z 2022 r. poz. 329, dalej – "P.p.s.a.").

W uzasadnieniu postanowienia Sąd wskazał, że w rozpoznawanej sprawie zagadnieniem wstępnym, od którego rozstrzygnięcia uzależniona jest prawidłowość zaskarżonego postanowienia o zaliczeniu wpłaty na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2009 r., jest byt prawny decyzji, w wyniku wydania której, ujawnione zostały zaległości w tym podatku, tj. decyzji NUS z [...] maja 2017 r. oraz utrzymującej ją w mocy decyzji DIAS z [...] listopada 2017 r.

Sąd wskazał, że wyrokiem z 6 listopada 2018 r., sygn. akt III SA/Wa 88/18 WSA w Warszawie stwierdził nieważność wskazanych wyżej decyzji organów podatkowych obu instancji.

Sąd za zasadne uznał zawieszenie postępowanie sądowego w niniejszej sprawie do czasu prawomocnego zakończenia postępowania w sprawie III SA/Wa 88/18.

5. Wyrokiem z 13 października 2021 r. sygn. akt I FSK 415/19 Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok WSA w Warszawie z 6 listopada 2018 r., sygn. akt III SA/Wa 88/1 i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie.

6. Wyrokiem z 10 marca 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 2962/21 WSA w Warszawie uchylił decyzję DIAS z [...] listopada 2017 r. oraz poprzedzającą ją decyzję NUS z [...] maja 2017 r.

7. Postanowieniem z 15 marca 2022 r. Sąd podjął zawieszone postępowanie w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

8.1. Skarga została rozpoznana przez Sąd na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym, stosownie do przepisu art. 119 pkt 3 P.p.s.a.

Zgodnie z tym przepisem, sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy stronie zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienie wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie.

8.2. Przedmiotem skargi jest postanowienie DIAS z [...] grudnia 2017 r. utrzymujące w mocy postanowienie NUS z [...] lipca 2017 r. w przedmiocie zaliczenia wpłaty z 29 czerwca 2017 r. w kwocie 2.077.066 zł, na poczet zaległości podatkowych Skarżącej w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2009 r., a wynikających z decyzji NUS z [...] maja 2017 r. utrzymanej w mocy decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z [...] listopada 2017 r.

8.3. Zasadniczy spór w sprawie dotyczy tego, czy organ dokonał prawidłowego rozliczenia ww. wpłaty, uznając że za okres od 27 października 2016 r., tj. od dnia zwrotu na rzecz Skarżącej łącznej kwoty w wysokości 2.077.066 zł wynikającej ze złożonych przez Miasto korekt deklaracji, do dnia 29 czerwca 2017 r., tj. do dnia zwrotu tej kwoty na rachunek urzędu skarbowego, winny zostać naliczone odsetki za zwłokę.

8.4. W ocenie Sądu, skarga zasługiwała na uwzględnienie.

Sąd jako zasadny ocenił zarzut skargi dotyczący naruszenia art. 54 § 2 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 O.p. W okolicznościach niniejszej sprawy nie sposób bowiem przyjąć, że do opóźnienia w wydaniu decyzji wymiarowej doszło z przyczyn niezależnych od organu. W takiej natomiast sytuacji odsetek za zwłokę nie nalicza się od dnia wszczęcia postępowania do dnia doręczenia decyzji.

Jak stanowi art. 53 § 1 O.p., od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę. Zgodnie z kolei z przepisem art. 54 § 1 pkt 7 O.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się: za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. W świetle natomiast art. 54 § 2 O.p., przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu.

W rozpoznawanej sprawie nie jest sporny następujący przebieg postępowania w sprawie wymiarowej:

- 14 maja 2014 r. – wszczęcie postępowania,

- [...] lipca 2014 r. – decyzja NUS określająca kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym oraz kwoty podatku podlegające wpłacie dotyczące zobowiązania podatkowego za poszczególne miesiące 2009 r.,

- [...] listopada 2014 r. – decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w W. utrzymująca w mocy powyższą decyzję,

- 8 kwietnia 2016 r. – wyrok WSA w Warszawie sygn. akt III SA/Wa 116/15 uchylający w całości decyzję organu drugiej instancji i przekazujący sprawę do ponownego rozpatrzenia,

- [...] sierpnia 2016 r. – decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w W. uchylająca w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazująca sprawę do ponownego rozpatrzenia,

- [...] maja 2017 r. – decyzja NUS określająca kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za styczeń i maj 2009 r. oraz kwoty podatku podlegające wpłacie za pozostałe miesiące 2009 r.,

- 5 czerwca 2017 r. – doręczenie decyzji NUS.

8.5. Zauważyć w tym miejscu należy, że z powoływanym wyżej przepisem art. 54 § 1 pkt 7 O.p. związany jest przepis art. 54 § 3 O.p. Stosownie do tego ostatniego przepisu, w brzmieniu obowiązującym przed 2016 r., przepisy § 1 pkt 2, 3 i 7 stosuje się również w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia oraz stwierdzenia nieważności decyzji. W orzecznictwie sądowoadministracyjnym pojawiły się odmienne stanowiska co do rozumienia i wykładni treści art. 54 § 3 O.p. Istniejącą rozbieżność poglądów orzecznictwa w tym zakresie w sposób wiążący rozstrzygnęła uchwała NSA z 26 października 2015 r. sygn. akt I FPS 2/15, w której Sąd ten przyjął, że art. 54 § 3 O.p. należy tak rozumieć, iż w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. należy liczyć sumując okresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji, od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia ponownej decyzji organu pierwszej instancji. NSA wskazał również, że trzymiesięczny termin, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie rozpoczyna swojego biegu na nowo wraz z doręczeniem organowi pierwszej instancji akt sprawy w celu ponownego rozpatrzenia sprawy. W konsekwencji tego odsetki za zwłokę nalicza się tylko za okres liczony od daty wszczęcia postępowania (w rozumieniu art. 165 O.p.) do dnia doręczenia takiej decyzji, która w toku kontroli instancyjnej nie została uchylona i została doręczona we wskazanym terminie trzech miesięcy.

Zauważenia wymaga, że z dniem 1 stycznia 2016 r. przepis § 3 art. 54 O.p. otrzymał brzmienie, zgodne z którym w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia oraz stwierdzenia nieważności decyzji, terminy określone w § 1 pkt 2, 3 i 7 liczone są na nowo od dnia otrzymania akt sprawy i nie podlegają sumowaniu z dotychczasowymi. Niemniej jednak ustawodawca dostrzegając, że nowelizacja, która weszła w życie 1 stycznia 2016 r. jest niekorzystna dla podatników, z dniem 1 stycznia 2017 r. – co wynika z ustawy z dnia 16 grudnia 2016 r. o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego przedsiębiorców (Dz.U. z 2016 r. poz. 2255) – wprowadził zmiany do art. 54 O.p. Na mocy art. 30 tej ustawy, do naliczania odsetek za zwłokę w postępowaniach podatkowych wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy stosuje się przepisy art. 54 ustawy zmienianej w art. 8, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą. Oznacza to wsteczne działanie art. 54 § 3 O.p., korzystne dla zobowiązanych (por. S. Babiarz (w:) B. Dauter, M. R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, J. Rudowski, Ordynacja podatkowa. Komentarz, Lex 2017, Komentarz do art. 54).

Mając powyższe na uwadze oraz podzielając w pełni argumentację zawartą w uzasadnieniu uchwały NSA sygn. akt I FPS 2/15 przyjąć zatem należy, że termin o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. winien być w niniejszej sprawie liczony łącznie od dnia wszczęcia postępowania, tj. od 14 maja 2014 r. do dnia doręczenia decyzji NUS z 29 maja 2017 r., tj. 5 czerwca 2017 r.

Niewątpliwe, decyzja NUS nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

W ocenie Sądu, w takich okolicznościach jak w niniejszej sprawie, czyli w sytuacji, w której, decyzja organu odwoławczego została uchylona przez sąd administracyjny, a następnie organ odwoławczy uchylił decyzję organu pierwszej instancji do ponownego rozpatrzenia, nie sposób przyjąć, że do opóźnienia w wydaniu decyzji doszło z przyczyn niezależnych od organu.

Pamiętać należy, że ratio legis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. jest ochrona podatnika przed przedłużającym się rozpoznaniem sprawy co do jej meritum. Wprawdzie odsetki za zwłokę naliczane są z uwagi na upływ terminu zapłaty podatku, którego nie dochowano na skutek błędnego działania samego podatnika, a obowiązek ich naliczania ma charakter obiektywny i bezwzględny, to podatnik może oczekiwać, że z treści decyzji dowie się, czy obowiązek podatkowy powstał, a jeżeli tak, w jaki sposób kształtuje się zobowiązanie podatkowe i jaki jest zakres jego odpowiedzialności za zwłokę w jego uiszczeniu. Przedłużające się postępowanie stoi temu na przeszkodzie. Przepis ten służy równocześnie dyscyplinowaniu organów podatkowych, urzeczywistniając zasadę szybkości postępowania (art. 125 § 1 O.p.). Przede wszystkim jednak, jako wyjątek od zasady wyrażonej w art. 53 O.p., przepis ten wyklucza przenoszenie negatywnych konsekwencji wydania wadliwej decyzji przez organ pierwszej instancji na podatnika.

Z całą pewnością nie można zatem przyjąć, aby wydanie wadliwej decyzji można było uznać za przyczynę niezależną od organu (zob. wyrok NSA z 20 listopada 2020 r., sygn. akt II FSK 3315/18).

Wobec tego wadliwość pierwotnej decyzji organu pierwszej instancji, jak i wadliwość decyzji organu odwoławczego z 18 listopada 2014 r. nie może zostać uznana za przyczynę niezależną od organu.

8.6. Sąd nie podziela argumentacji DIAS, który uzasadniając opóźnienie w wydaniu decyzji wskazywał na złożoność sprawy, konieczność zgromadzenia obszernego materiału dowodowego, zmianę stanu prawnego regulującego zasady rozliczeń z samorządami.

W istocie w orzecznictwie sądów administracyjnych ugruntowanym jest pogląd (np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 listopada 2009 r., sygn. akt II FSK 907/08), że oceniając, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 O.p. należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu.

Z drugiej jednak strony, to że sprawa ma charakter skomplikowany i wymagała przeprowadzenia wielu dowodów nie oznacza, że może być rozpoznawana w dowolnie długim terminie. Nawet jeżeli organ podejmuje wiele czynności w prowadzonym postępowaniu, muszą to być działania niezbędne, służące wyjaśnieniu sprawy, winny być też zaplanowane i przeprowadzone w taki sposób, aby całe postępowanie zakończyć w możliwie najkrótszym terminie (zob. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z dnia 3 października 2012 r., sygn. akt I SA/Bk 217/12).

W ocenie Sądu, z opisu czynności przedstawionych w zaskarżonym postanowieniu, a podjętych przez organ po wydaniu wyroku przez WSA w Warszawie z 8 kwietnia 2016 r. wynika m.in. brak podejmowania jakichkolwiek czynności przez NUS w okresie od 7 marca 2017 r. do 25 kwietnia 2017 r. Ponadto, jak słusznie zauważa Skarżąca, DIAS nie wykazał, że czynności podjęte w prowadzonym postępowaniu spowodowały opóźnienie niezależne od organu. Powołane przez DIAS na str. 8-10 postanowienia czynności dowodowe sprowadzały się zasadniczo do zwrócenia się do Skarżącej o wyjaśnienia i dokumenty – nie przeprowadzano w trakcie postępowania czasochłonnych dowodów z oględzin, przesłuchań świadków, nie występowano o dokumenty i informacje do innych organów czy instytucji. Wszystkie kwestie poruszone w wezwaniach do złożenia wyjaśnień (w szczególności po ponownym rozpoznaniu sprawy, tj. wezwania z dnia 8 listopada 2016 r., 1 grudnia 2016 r., 23 lutego 2017 r.) mogły być zasadniczo sformułowane w jednym wezwaniu. Sąd podziela stanowisko Skarżącej, że podejmowane przez organ czynności, zmierzające w istocie do złożenia przez Skarżącą wyjaśnień (co trwało ponad 7 miesięcy), nie świadczą o sprawnym, prawidłowym zorganizowaniu postępowania, czy doborze uzasadnionych i celowych środków dowodowych, z uwzględnieniem zasady szybkości postępowania.

Ponadto, jak wynika z najnowszego orzeczenia tutejszego Sądu z 10 marca 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 2962/21 (uchylającego decyzję DIAS z [...] listopada 2017 r. oraz poprzedzającą ją decyzję NUS z [...] maja 2017 r.) o skomplikowanym charakterze sprawy wymiarowej nie może świadczyć wskazywana przez DIAS okoliczność zmiany stanu prawnego regulującego zasady rozliczeń z samorządami. W powoływanym wyroku Sąd stwierdził bowiem, że w sprawie nie znajdą zastosowania przepisy ustawy centralizacyjnej, a przywoływane przez organy nowe przepisy były neutralne dla rozpatrywanej sprawy. Tym samym, nie tyle skomplikowany charakter sprawy, ile niezgodne z prawem działanie organów miało wpływ na czas trwania postępowania. Jak już wskazywano, główną przyczyną opóźnienia w wydaniu decyzji przez NUS, było wydanie przez organy obu instancji decyzji naruszających prawo.

Reasumując, nie można podzielić argumentacji DIAS, że opóźnienie w wydaniu decyzji spowodowane było przyczynami niezależnymi od organu, w rozumieniu przesłanki wskazanej w art. 54 § 2 O.p.

Powyższe organ uwzględni przy ponownym rozpoznawaniu sprawy.

8.7. Niezależnie od powyższego należy mieć na uwadze, że przywołanym wyżej wyrokiem z 10 marca 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 2962/21 tutejszy Sądu uchylił decyzję DIAS z [...] listopada 2017 r. oraz poprzedzającą ją decyzję NUS z [...] maja 2017 r.

W wyroku tym Sąd za zasadne uznał zarzuty skargi wskazujące na naruszenie przepisów art. 153 P.p.s.a. oraz art. 86 ust. 1, ust. 10 i ust. 13, w zw. z art. 87 ust. 1 ust. 2 ustawy o VAT w zw. z art. 168 Dyrektywy 112, poprzez podważenie prawa Skarżącej do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług związanych z realizacją inwestycji w postaci [...].

Tym samym Sąd uchylił decyzję, z której miały wynikać zaległości, na poczet których dokonano zaliczenia objętego skarżonym postanowieniem.

W konsekwencji, w sytuacji uprawomocnienia się tego orzeczenia, okoliczność ta będzie musiała być uwzględniona przez organ ponownie rozpoznający sprawę – w pierwszej kolejności.

8.8. Sąd za niezasadny uznał natomiast zarzut skargi dotyczący naruszenia art.. 52 § 1 pkt 2 lit. b w zw. z art. 52 § 3 oraz art. 53 § 1 w związku z art. 62 § i § 4 oraz art. 121 § 1 O.p.

Sąd podzielił bowiem stanowisko DIAS, że w przedmiotowej sprawie zwrot kwoty 2.077.066 zł został dokonany w związku decyzją Dyrektora Izby Skarbowej z [...] sierpnia 2016 r., uchylającą w całości decyzję NUS z [...] lipca 2014 r. i przekazującą sprawę do ponownego rozpatrzenia. Dlatego też podstawą tego zwrotu nie był przepis art. 75 § 4 O.p., zgodnie z którym, jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. W sprawie niewątpliwie bowiem istniał spór co wysokości nadpłaty i toczyło się tym zakresie postępowanie. Nie sposób więc przyjąć, że organ dokonał tzw. "bezdecyzyjnego" zwrotu i nie kwestionował prawidłowości skorygowanej deklaracji. W rozpoznawanej sprawie organ nie uznał bowiem złożonych rzez Skarżącą korekt za prawidłowe.

8.9. Reasumując, skarga zasługiwała na uwzględnienie, z uwagi na naruszenie przez DIAS przepisów art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 54 § 2 w zw. z art. 62 § 1 O.p.

Sąd za celowe uznał również uchylenie postanowienia NUS. W postanowieniu pierwszoinstancyjnym organ bowiem w ogóle nie odniósł się do zasadności zastosowania w sprawie przepisu art. 54 § 1 pkt 7 w zw. za art. 54 § 2 O.p. Na organie ciążył natomiast obowiązek dokonania analizy, czy w sytuacji doręczenia decyzji wymiarowej po terminie, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p., zachodzi podstawa do zastosowania przerwy w naliczaniu odsetek od dnia wszczęcia postępowania do dnia doręczenia decyzji. Powyższe stanowi o naruszeniu art. 210 § 1 pkt 6 i § 4, art. 124 w zw. z art. 121 O.p.

Naruszenia te Sąd ocenił jako mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

Rozpoznając sprawę ponownie organ uwzględni poczynione wyżej wywody i ocenę prawną dokonaną przez Sąd w niniejszym wyroku.

8.10. Mając powyższe na uwadze, na podstawie 145 § 1 pkt 1 lit. c w związku z art. 135 P.p.s.a., Sąd uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie NUS.

Na wniosek Skarżącej Sąd zasądził na jej rzecz zwrot kosztów postępowania sądowego wysokości 580 zł, obejmującej wpis w wysokości 100 zł oraz koszty zastępstwa procesowego w wysokości 480 zł.