Wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 2297/10
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Data orzeczenia: 2010-11-23 00:00:00+01:00 (orzeczenie prawomocne)
Symbol z opisem: 6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne: Podatek od towarów i usług
Skarżony organ: Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku: Stwierdzono nieważność zaskarżonej decyzji
Powołane przepisy: article: art. 59 par. 1 pkt 1,  art. 70 par. 1 i  par. 2,  art. 208 par. 1,  art. 247  par. 1 pkt 3
journal: Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
law: Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
article: art. 190,  art. 145 par. 1 par. 2,  art. 152,  art. 200
journal: Dz.U. 2002 nr 153 poz 1270
law: Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.

SENTENCJA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Anna Wesołowska, Sędziowie Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko (sprawozdawca), Sędzia WSA Grażyna Nasierowska, Protokolant st. sekr. sąd. Anna Kurdej, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 listopada 2010 r. sprawy ze skargi B. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia [...] czerwca 2008 r. nr: [...], [...] w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług 1) stwierdza nieważność zaskarżonych decyzji, 2) określa, że decyzje, których nieważność stwierdzono w punkcie 1) nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Celnej w W. na rzecz B. Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 8.709 zł (słownie: osiem tysięcy siedemset dziewięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.


UZASADNIENIE

W dniach [...] października 2002 r. dokonano dwóch zgłoszeń celnych w celu objęcia procedurą dopuszczenia do obrotu na polskim obszarze celnym towaru farmaceutyków importowanych przez B. Sp. z o.o.

W dniach [...] stycznia [...] maja 2003 r.- w siedzibie spółki, funkcjonariusze Urzędu Kontroli Skarbowej w W. przeprowadzili kontrolę dokumentacji finansowo-księgowej w zakresie obrotu towarowego z zagranicą oraz obrotu towarami pochodzenia zagranicznego za okres od [...] stycznia 2002 r. do [...] marca 2003r.

W wyniku kontroli ujawniono m.in. nieprawidłowości w deklarowaniu przez ww. firmę wartości celnej produktów, importowanych w okresie objętym kontrolą na podstawie umów nazwanych "umowami dystrybucyjnymi i dostawczymi".

W trakcie kontroli ujawniono także noty kredytowe, wystawione przez eksporterów towarów za dany kwartał, pomniejszające cenę transakcyjną produktów importowanych przez polskiego kontrahenta oraz ustalono, ze kwoty na jakie opiewały te noty zostały uwzględnione w rozliczeniach między spółką B. Sp. z o.o. a jej kontrahentami zagranicznymi, pomniejszając tym samym zobowiązanie finansowe Spółki z tytułu zakup produktów objętych ww. umowami.

Z okoliczności spraw, jak i z analizy zebranego materiału dowodowego wynikało więc, że wartość leków podana na fakturach załączonych do zgłoszeń celnych w rzeczywistości nie odzwierciedlała ceny faktycznie zapłaconej lub należnej za sprzedany towar.

Ponieważ w sprawach brak było możliwości weryfikacji zgłoszeń celnych w trybie art. 65 Kodeksu celnego z uwagi na upływ 3 letniego terminu określonego w § 5 ww. przepisu, a istniała podstawa do zweryfikowania należności podatkowych, Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. postanowieniem z dnia [...] lipca 2007 r. wszczął z urzędu postępowanie podatkowe w celu określenia prawidłowej wysokości kwoty podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów. Następnie decyzjami Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. nr [...] z dnia [...] października 2007 r. określono prawidłową kwotę należnych podatków.

Od powyższych decyzji B. Sp. z o.o. wniosła odwołanie do Dyrektora Izby Celnej w W., wnioskując w nim o uchylenie w całości zaskarżonych decyzji Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. i umorzenie postępowania w sprawie oraz przyjęcie podstawy opodatkowania z tytułu importu towaru w wysokości podanej przez B. Sp. z o.o. w zgłoszeniach celnych.

Dyrektor Izby Celnej w W. nie zgodził się z zarzutami przedstawionymi przez skarżącą spółkę we wniesionych odwołaniach i decyzjami z dnia [...] czerwca 2008 r. utrzymał zaskarżone decyzje w mocy. W uzasadnieniach powołał się na art. 38 ust 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Jeżeli z godnie z przepisami celnymi, powiadomienie dłużnika o wysokości długu celnego nie ma nastąpić z uwagi na przedawnienie, a istnieje podstawa do obliczenia lub zweryfikowania należności podatkowych, naczelnik urzędu celnego może określić elementy kalkulacyjne (m.in. wartość celną towaru) według zasad określonych w przepisach celnych na potrzeby prawidłowego określenia należnego podatku z tytułu importu towarów.

W przedmiotowych sprawach w trakcie przeprowadzonego postępowania wyjaśniającego ustalono, iż deklarowane prze Stronę w zgłoszeniach celnych wartości importowanych leków zostały zawyżone z powodu nieuwzględnienia wystawionych przez eksportera not kredytowych, a zatem zostały ustalone w sposób niezgodny z art. 23 § 9 Kodeksu celnego. Wartości celne sprowadzonych towarów były bowiem określone jedynie na podstawie faktury handlowej, którą strona załączyła do zgłoszeń celnych, podczas gdy spółka związana była umowami dystrybucyjnymi, które gwarantowały jej otrzymanie rabatów handlowych mających na celu zapewnienie udanej produkcji i sprzedaży produktów kontrahentów zagranicznych spółki na terenie Polski.

Dyrektor Izby Celnej w W. podkreślił, iż zasada prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów celnych wyrażona w art. 121 ustawy Ordynacja podatkowa obowiązuje również podmiot dokonujący obrotu towarowego z zagranicą. Zaufanie z jakim przyjmowania jest deklaracja importera, doznaje uszczerbku w sytuacji gdy kontrola postimportowa wykaże niezgodność miedzy danymi wynikającymi ze zgłoszenia celnego, a faktycznie realizowanymi płatnościami na rzecz podmiotu zagranicznego. W takim przypadku organy celne są uprawnione do uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe i ustalenia wartości celnej towaru zgodnie z art. 21 ustawy Kodeks celny, w celu określenia kwoty wynikającej z długu celnego oraz innych należności pobieranych przez organ celny, jak również stosowania środek polityki handlowej.

W związku ze zmianą wartości celnej towarów w decyzji Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. zmianie uległa podstawa opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Zgodnie z art. 15 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym, podstawą opodatkowania w imporcie towarów jest wartość celna powiększona o należne cło. Art. 38 ust.2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług stanowi natomiast, iż jeżeli zgodnie z przepisami celnymi, powiadomienie dłużnika o wysokości długu celnego nie może nastąpić z uwagi na przedawnienie, a istnieje podstawa obliczenia lub zweryfikowania należności podatkowych, naczelnik urzędu celnego może określić elementy kalkulacyjne według zasad określonych w przepisach celnych na potrzeby prawidłowego określenia należnego podatku z tytułu importu towarów.

W związku z powyższy Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. w przedmiotowych sprawach zasadnie w zaskarżonych decyzjach skorygował podstawę opodatkowania i określił podatek VAT w prawidłowej wysokości na podstawie przepisów obowiązujących w dniu powstania obowiązku podatkowego.

Dyrektor Izby Celnej wyjaśnił, iż organ I instancji prawidłowo wskazał i orzekł na podstawie prawnej wynikającej art. 33 ust.2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Bezzasadne jest bowiem twierdzenie, ze przepis ten nie ma zastosowania w odniesieniu do podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym 1993 r. o zakresie praw i obowiązków podatkowych Strony decydują przepisy obowiązujące w brzmieniu obowiązującym w dacie powstania obowiązku podatkowego, a wiec w przedmiotowych sprawach przepisy obowiązujące w 2002 r. (zatem przepisy materialne ustawy z 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym). Natomiast w przypadku przepisów proceduralnych regulujących sposób działania organu i kompetencje do podejmowania określonych działań przez organ, zastosowanie znajda (w przypadku braku przepisów przejściowych) przepisy obowiązujące w dacie podejmowani tych czynności.

Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 70 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa, Dyrektor Izby Celnej w W., powołał się na doktrynę i orzecznictwo sądów Administracyjnych, w których jednoznacznie zajęto stanowisko, iż regulacje dotyczące procedury, czynności i kompetencji organu dokonywane pod rządami nowego prawa podatkowego, nie wpływają na odmienne ukształtowanie wcześniej powstałych praw i obowiązków Strony.

Organ wyjaśnił również, iż decyzje organu celnego I instancji wydane zostały na podstawie art.11f ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług i usług oraz podatku akcyzowym, która zgodnie z art. 175 ustawy z dnia 11 maja 2004 r. o podatku od towarów i usług z dniem 1 maja 2004 r. utraciła moc. Natomiast w dacie wydania decyzji obowiązywał ar. 38 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług z 2004 r. zgodnie którym, w przypadku gdy powiadomienie dłużnika o wysokości długu celnego nie może nastąpić z uwagi na przedawnienie, a istnieje podstaw do obliczenia i zweryfikowania należności podatkowych, naczelnik urzędu celnego może określić elementy kalkulacyjne według zasad określonych przepisach celnych na potrzeby prawidłowego określenia należnego podatku z tytułu importu towarów.

Z powyższymi rozstrzygnięciami nie zgodziła się skarżąca i w skargach z dna [...] sierpnia 2008 r., wniesionych do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie zarzuciła decyzjom organu II instancji:

1) naruszenie przepisów prawa materialnego poprzez błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie w sprawie przepisów art. 33 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z póź. zm) (zwanej dalej "u.p.t.u")- w związku z przepisami art. 11 ust. 2 oraz art. 11c ust. 2 i 4 ustawy z dnia 8 stycznia 19993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym (dz. U. Nr 11, poz. 50, z poź. zm.) (zwanej dalej "ustawą o VAT z 1993 r.")

Uzasadniając skargi skarżąca wskazała, że decyzje wydane w obydwu instancjach są konsekwencją uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe w części dotyczącej wartości celnej importowanego towaru. Gdyby organ celny potraktował hipotetycznie ten przepis jako przepis prawa materialnego, to powinien był zastosować ten przepis w brzmieniu obowiązującym w dniu powstania obowiązku podatkowego - czyli w dniu dokonania zgłoszenia celnego. Dyrektor Izby Celnej winien zatem odnieść się do brzmienia przepisu z tego dnia. Tymczasem, zgodnie z art. 11 ust. 2 ustawy o VAT z 1993 r., organ celny jest obowiązany do sprawdzenia kwoty podatków wykazanych przez podatnika w zgłoszeniu celnym. Jeżeli kwoty podatków zostały wykazane przez podatnika nieprawidłowo, organ celny oblicza te kwoty w prawidłowej wysokości i wykazuje je w zgłoszeniu celnym. Do należności podatkowych stosuje się odpowiednio przepisy Kodeksu celnego dotyczące powiadamiania dłużnika o wysokości należności wynikających z długu celnego. Art. 11c ust. 1 tejże ustawy stanowi natomiast, że jeżeli organ celny nie pobrał podatku lub pobrał podatek w kwocie niższej od należnej, właściwy dla podatnika organ podatkowy wydaje decyzję ustalającą podatek w prawidłowej wysokości.

Tryb wskazany w art. 11 ust. 2 analizowanej ustawy dotyczy wyłącznie sytuacji, gdy nie toczy się odrębne postępowanie celne. Natomiast jeżeli w wyniku postępowania celnego doszło do obniżenia kwoty wartości celnej lub kwoty cła odpowiednią decyzją w sprawie uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe (art. 65 § 4 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. -Kodeks celny, Dz. U. Nr 23, poz. 117 ze zm.), a tym samym nastąpiła zmiana podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług (jako że wartość celna powiększona o należne cło stanowi podstawę opodatkowania podatkiem od towarów i usług w imporcie towarów -art. 15 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług), wskazane przepisy art. 11 ust. 2 nie znajdują zastosowania. Wtedy podatnik może wystąpić o stwierdzenie nadpłaty na podstawie art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej (w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 stycznia 2003 r.; obecnie art. 75 § 1); prawo to wygasa dopiero po upływie pięciu lat od dnia pobrania podatku przez płatnika (art. 80 § 1 pkt 1 lit. a) Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 stycznia 2003 r., obecnie art. 79 § 2 pkt 1 lit. a)

Również Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 7 lutego 2003 r. w sprawie o sygn. akt: I SA/Łd 1048/2001 stwierdził, iż ustawa o VAT z 1993 r. w art. 11 ust. 2 stanowi, że urząd celny zobowiązany jest w zgłoszeniu celnym sprawdzić i ewentualnie określić kwotę podatku od towarów i usług należnego od tych towarów, a nadto do pobrania tego podatku oraz dokonania wpłaty na rachunek urzędu skarbowego. Ustawą z dnia 31 lipca 1997 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym dodano do treści analizowanej ustawy o VAT art. 11b i 11c. W tym ostatnim przepisie wskazano, że w razie stwierdzenia, że urząd celny nie pobrał podatku lub pobrał go w kwocie niższej od należnej to organy podatkowe wydają decyzję ustalającą podatek w prawidłowej wysokości. Odmienna regulacja dotyczy sytuacji, gdy organ celny określił podatek w wysokości wyższej od należnej. Wówczas to podatnik, kwestionując obliczenie podatków z tytułu importu towarów może wystąpić do właściwego organu podatkowego z żądaniem wydania decyzji w sprawie sprostowania obliczenia podatku.

W odpowiedziach na skargi Dyrektor Izby Celnej w W., wnosząc o ich oddalenie, podtrzymał stanowisko zawarte w zaskarżonych decyzjach.

Wyrokiem z 23 marca 2009 r. sygn. akt III SA/Wa 2402/08 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargi na powyższe decyzje.

Uzasadniając swoje rozstrzygnięcie stwierdził, że zaskarżone decyzje Dyrektora Izby Celnej nie naruszały powołanych w skargach przepisów.

Sąd w pierwszej kolejności zaznaczył, że konieczność stosowania przepisów obowiązujących w dacie wystąpienia zdarzeń powodujących skutki podatkowe dotyczy przepisów materialnych prawa podatkowego, w myśl zasady lex retro non agit. Natomiast przepisy procesowe i ustrojowe stosuje się według stanu prawnego istniejącego w dacie wydania decyzji.

Dalej powołując się na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 12 września 2005 r., sygn. akt I FPS 2/05, stwierdził, że nie do przyjęcia jest koncepcja luki w prawie prowadząca do stwierdzenia braku w obowiązującym ustawodawstwie podstawy prawnej do określenia zobowiązania podatkowego w wysokości innej od tej, która wynikała ze zgłoszenia celnego złożonego pod rządami ustawy o VAT z 1993r., jeżeli organ podatkowy stwierdzi, że w zgłoszeniu tym wykazano nieprawidłową kwotę podatku. W takiej sytuacji naczelnik urzędu celnego uprawniony jest do wydania decyzji określającej podatek w prawidłowej wysokości, na podstawie art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004r.

Następnie Sąd pierwszej instancji przypomniał, że wspomniane wyżej przepisy są przepisami procesowymi. Stosuje się je zatem w brzmieniu obowiązującym w dacie dokonywania czynności. Ponieważ weszła w życie nowa ustawa, w celu ustalenia tożsamości przepisów treść art. 33 ust. 2 ustawy z 2004r. porównywać należy je z odpowiednimi przepisami ustawy z 1993r. w brzmieniu przed jej uchyleniem. Zdaniem Sądu na rozstrzygnięcie nie może mieć również wpływu zawężenie definicji "importu" w ustawy z 2004r. w stosunku do definicji tego pojęcia w ustawy z 1993r.

WSA zauważył, że w niniejszych sprawach import towarów nastąpił w 2002 r., więc zastosowanie znajdzie art. 4 pkt 3 ustawy z 1993 r. i określona w nim definicja importu. Jednocześnie sam wymiar podatku z tytułu importu mógł być dokonany w oparciu o procesowy art. 33 ust. 2 ustawy z 2004 r.

Sąd nie stwierdził także naruszenia art. 15 ust. 4 ustawy z 1993 r. Wskazał przy tym, że bezspornym jest, że wartość celna towarów i dług celny, obciążający spółkę, określone zostały odrębnymi decyzjami ostatecznymi. W tej sytuacji organy orzekające w niniejszych sprawach zobowiązane były do wyliczenia podstawy opodatkowania przyjmując wielkości wynikające z tych decyzji.

Z rozstrzygnięciem tym nie zgodził się Naczelny Sąd Administracyjny, który wyrokiem z 1 lipca 2010 r. sygn. akt I FSK 1142/09 uchylił wyrok Sądu I instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpoznania. Stwierdził, że po upływie terminu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika – nie może kształtować wielkości przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Zgodnie bowiem z art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej (w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005r.) upływ terminu przedawnienia skutkuje bezprzedmiotowością postępowania, co wymaga od organu jego umorzenia. W związku z powyższym w rozpatrywanej sprawie należało stwierdzić naruszenie przez organ odwoławczy art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, a konsekwencji art. 247 § 1 pkt 3 tej ustawy.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:

Zgodnie z art. 190 P.p.s.a., sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Jak zatem wynika z brzmienia tego przepisu, pogląd wyrażony przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 20 lipca 2010 r. wiąże Wojewódzki Sąd Administracyjny, który badając zgodność z prawem zaskarżonych decyzji obowiązany jest dostosować treść swojego rozstrzygnięcia do oceny dokonanej przez Naczelny Sąd Administracyjny.

W tej sytuacji Sąd stwierdza, że skargę na decyzję (wskazaną w sentencji) należało uwzględnić.

W spornej kwestii - dopuszczalności orzekania, po upływie okresu przedawnienia, o niższej niż zadeklarowana wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wcześniej wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej) - wypowiedział się skład siedmioosobowy NSA w wyroku z dnia 28 czerwca 2010 r., w sprawie o sygn. akt I FPS 5/09, w którym m.in. orzeczono, że w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło wskutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.

W uzasadnieniu tego stanowiska Sąd stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, iż po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (zob. przytoczone w wyroku NSA orzecznictwo).

W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu, w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować tych podatników, którzy takich obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji, w myśl którego wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne. W związku z tym, różnicowanie - w ramach wykładni prawa - skutków upływu terminu z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, stanowisko to nie pozostaje w sprzeczności w pełni akceptowanym przezeń stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje (zob. przytoczone w wyroku NSA orzecznictwo). Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.

Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym, zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający ze zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia tego zobowiązania nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W tym przypadku następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie istnieje nadal. Dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie to wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), to w pozostałej istniejącej części wygasł on na skutek przedawnienia. Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Nie istnieje już stosunek prawny, nie ma zatem konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacja podatkowa nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.

Naczelny Sąd Administracyjny zwrócił także uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika, wskazując, że na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja jego sytuacji prawnej. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika. Następuje więc, po obu stronach nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Sąd zauważył ponadto, że przedawnienie jest instytucją zastrzeżoną na rzecz podatnika, co oznacza, iż może on powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia nie posiada zaś opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

Stanowisko powyższe wspiera dodatkowo treść art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r., zgodnie z którym gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Przepis ten w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu I instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie, czy przed zapłatą podatku. Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdyż skutkuje bezprzedmiotowością postępowania. Wyjątek w tym zakresie musi być wskazany jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty, określonej w art. 79 Ordynacji podatkowej, gdzie w § 2 stwierdzono, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej. Podkreśla to dodatkowo pogląd, że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia, wynikające z ich interesu prawnego - o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia - powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.

Oznacza to jednak, że nieuzasadnione jest stanowisko organów podatkowych, iż po upływie okresu przedawnienia, organ - wbrew interesowi prawnemu podatnika - może kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości, niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia nie staje się bezprzedmiotowe, co może wynikać tylko z jednoznacznego przepisu ustawowego, wymagającego kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem tego terminu.

W rozpatrywanej sprawie tego rodzaju sytuacja nie miała miejsca.

Z uwagi na powyższe, stwierdzić należy naruszenie przez organ odwoławczy art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, a w konsekwencji art. 247 § 1 pkt 3 tej ustawy. W sprawie zachodziła bowiem ujemna przesłanka procesowa jaką jest przedawnienie zobowiązania skutkujące bezprzedmiotowością postępowania, co stanowi o rażącym naruszeniu prawa w ujęciu tego ostatniego przepisu.

Odnośnie do pozostałych zarzutów skargi, w sytuacji uwzględnienia zarzutu naruszenia art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, stwierdzić należy ich bezprzedmiotowość, skoro organ odwoławczy w ogóle nie powinien orzekać co do istoty w niniejszej sprawie.

W tym stanie rzeczy Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 2, art. 152 i art. 200 P.p.s.a., orzekł jak w sentencji.