彭明敏

彭明敏（），台湾台中人，出生于台中大甲，国际法权威，国立台湾大学退休教授，也是最具代表性的台湾独立运动领袖之一。
彭明敏为法国巴黎大学博士。曾任最年轻的台大政治系主任、中华民国驻联合国代表团顾问、1963年当选首届十大杰出青年。1964年与谢聪敏和魏廷朝共同起草著名的「台湾自救运动宣言」，也因此宣言而被国民党政府判刑八年，并于1970年在特务的监视下逃离台湾、抵达瑞典，在海外流亡了二十余年。1992年台湾民主化后返台。
在1996年彭明敏代表民主进步党参选1996年中华民国总统选举。由于彭明敏在台独运动中的代表性地位，很多人称他为「台独教父」。
早年生平.
家族背景.
彭明敏从其高祖父辈自福建泉州迁到台湾，定居土库。高祖父彭庆一族，于清嘉庆年间渡台。有一子一女，分别为彭根（1835－1884）与彭受。彭根于1867年始参与教会活动，并在1871年经李庥牧师同意，担任阿猴教会首任传道师。彭明敏为来台第五代。彭明敏曾回忆祖父晚年喜欢草拟家谱自娱，但没兴趣追寻海峡对岸的家族渊源。只知父系祖先源自福建，虽然在台彭姓几乎是客家人，但他的家族不是客家人。1865年，台湾基督长老教会开始在台湾传教，彭明敏的曾祖父据传是早期皈依基督教的人。
彭明敏的祖父彭吉生（1861－1945），字士藏，年轻时受雇于巴克礼牧师为厨子，后亦成为传教师。成为台湾人基督圈中虔诚活跃的领导人，但似乎没有正式受封牧师。1895年，日本统治台湾时，彭吉生已在为长老教会服务。随著民政长官后藤新平在台设立台湾总督府医学校，彭吉生便鼓励第三个儿子彭清靠到台北进入医学校。
彭清靠在医学校期间，在淡水及台北认识长老会教会圈的教友，包括彭明敏的母亲陈金英。据彭明敏在自传所述，陈金英当时是淡水加拿大教会女学校的学生，家族定居在八堵，马偕医师来台设立淡水教会后就成为基督徒。陈金英的父母是酿造米酒的商人。陈金英的兄弟陈溪圳为长老教会牧师，曾任马偕医院董事长及台湾北部长老教会大会议长，陈金英之妹陈金枝嫁给医师郭天恩，长女即是郭婉容。
彭清靠毕业后，在台北马偕医院实习两年，在此时结婚。后来到台中大甲开设诊所，行医达18年，并拥有了以当时计量约合40甲以上的田产。
大正十二年（1923年）8月15日，彭明敏出生于大甲，是三个兄弟及一个姊妹中最小的一个。
求学时期.
彭明敏五岁时，父亲曾带他到中国大陆。彭明敏印像中的上海市非常冷，也记得南京市中山陵的阶梯。当时由彭清靠的朋友黄朝琴带他们游览南京城。当彭明敏的兄姐到了就学年龄时，彭清靠在台北美国领事馆附近租了日式房子，母亲与小孩住在一起，彭清靠则尽可能北上团聚。读完一年幼稚园后，彭明敏通过考试于昭和四年（1929年）进入建成小学，与兄姐一起上学。期间曾转入大甲的日人小学，彭明敏相信他是200人学生中唯一的台湾小孩。两年后，彭清靠决定停止诊所，到日本内地进修。彭明敏转入北蒲小学。在日本时期，彭明敏已成为标准的棒球迷，当贝比鲁斯访问日本时，彭明敏曾大胆写信给他。并得到一张亲笔签名作为珍藏。后来彭明敏为了准备逃亡将其烧毁。
昭和十年（1935年），彭明敏与父亲回到台湾，彭清靠在高雄开设医院，十二岁的彭明敏进入当地日人小学的五年级。彭明敏不喜欢毛笔与图画课，热衷于棒球，成为二垒手。彭明敏回忆「我虽然是一个糟糕的打击手，却是极佳的二垒手」，并成为学校棒球队选手，赢得全市冠军。
昭和十一年（1936年），彭明敏进入高雄中学就读时，有四分之一的同学是台湾人。彭明敏回忆进入中学后不久，校长就换成以纪律严格闻名的典型极端爱国主义者（当时校长是本田喜八）。昭和十二年（1937年）卢沟桥事件爆发后，狂热的校长和军训教官反复对学生讲述中国人的懦弱与落后、日本人的英勇和日本为中国所作的自我牺牲。学校的教师也一个一个上前线，学生参加提灯游行，庆祝皇军在中国得无数胜利。唯父亲仍广泛阅读包括中国的战事。当时中学是五年制，第四年结束后，学生有权参加高等学校入学考试，然而须经校长同意。但是校长拒绝彭明敏的申请，当彭清靠向他提醒学生有权这样做，校长却要求彭明敏办理退学，为此彭明敏办理退学。
彭明敏先到东京，住在姊姊彭淑媛家，当时彭淑媛已医校毕业，嫁给一个台湾商人。彭明敏到仙台参加第二高等学校入学考试却落第，最后于昭和十四年（1939年）转入接受他转入的兵库县的关西学院就读，毕业后，彭明敏于昭和十五年（1940年）同时考取庆应大学经济科与第三高等学校预科。最后彭明敏选择进入自由风气的第三高等学校，住在京都的银阁寺附近。彭明敏在三高密集学习历史、文学和哲学，并学习第二外文法文，每星期四小时文法、五小时阅读和三小时会话。当时他沉迷于法国的自由思想之中，并且有意攻读法国文学，彭明敏极欣赏安那托尔·佛朗士和，并受雷南的作品影响政治思想。彭明敏在三高时期就对军训及服兵役十分厌恶，最后一年干脆不报到参加长期野外操演，为此曾导致校方辩论是否让他毕业，最后他的主任教授为他辩护，使他能够毕业。当时彭明敏与一位京都帝国大学经济科的学生在同一所房子寄宿，12月某天，这位学生从楼上冲下来，大叫「东条这个傻瓜！他作了最糟糕的事。这样，一切都完了」他刚听到广播，说日本攻击珍珠港获得大胜利。从那天起，学校内充满绝望，与校外马路上的提灯游行和庆祝活动形成对比。
大日本帝国自对美国宣战后，初期赢得一个接一个胜利。然而在昭和十七年（1942年）美军空袭东京后受挫，各地战场也不乐观，日本政府遂决定全国总动员。政府宣布高等学校理科照常上课，文科课程则缩短六个月。彭明敏必须在1942年夏天考入大学，否则面临服兵役。彭明敏虽沉迷法国文学，但父母劝说为了前途，应去学医。法国文学无论在日本或台湾都无法谋生，最终彭明敏折衷放弃主修法文，投考东京帝国大学政治科，将来可当官僚或律师，父母最后接受他的意愿。
战时与失去手臂.
东京帝国大学时期，彭明敏同学包括成长于台湾而于日后担任国际法院副院长的小田滋。东京帝大开学不久，大学文科学生缓役的制度，忽然被取消了。彭明敏周遭的年轻人开始从校园消失。由于彭是殖民地学生，在法律上不必服役，但有权当志愿兵。受「邀请」的姓名在东大被公布出来，彭明敏的名字也在其中。与长崎的大哥讨论后，彭明敏决定不志愿服役，继续上课。彭的名字仍旧贴在公告版，成为唯一未志愿入伍的。彭明敏开始害怕后果，连上课都不敢去了。所幸日本的大学上课是不点名的，然而东京也物质匮乏、黑市兴盛。
1943年与1944年，日军战况每况愈下，彭明敏离开东京到松本，堂弟彭明雄在那读高等学校。六个月后，随著经济拮据。彭明敏与大哥一家人同意跟他们一起生活，静待时局演变。当时大哥在长崎的渔村负责公立诊所。4月到长崎，彭明敏前往长兄所在渔村；而在前往的途中，他所搭乘的船只受到美军轰炸，他因而失去左臂（后来终生装上义臂）。当时，是被哥哥的同学、眼科医师杨友香发现，紧急送往治疗，由医师古屋野宏平操刀截肢，美浓出身的医师陈新赐负责缝合与后续观察，有四位长崎医大的台湾留学生捐O型血。
在彭明敏于长崎长兄家疗伤之时，彭明敏目睹了8月9日美军对长崎投掷原子弹的历史事件。
战后经历与二二八事件.
日本投降后，彭家决定回到台湾，当时许多台湾人决定留下来。如果愿意大哥也可在日本继续行医，当时他们一家六口是为石村唯一的台湾人家庭。日本投降一个月，彭明敏目睹了美军来到村落，日本人对美军观感从一个极端到另一个极端，大家所预期的「鬼畜」美军原来是极友善且乐于助人，有一晚村里的卡车在山路抛锚，路过的美军吉普车除了以车灯照亮现场，并协助日人司机修妥，获得司机及乘客感激。1945年12月下旬，彭明敏回到家接获通知立刻回台湾，彭明敏与大哥一家人赶往长崎车站，搭火车到佐世保港，由那里搭船回基隆。在港口随船摇摆一星期后，终于启航。1946年1月2日黄昏，彭明敏抵达基隆。
下了船后，彭明敏一行人在码头雇了人力车，向父亲的朋友邱医师家出发。沿途看到一群穿著褴褛制服的肮脏人们，车伕以鄙视及厌恶的口吻说明他们是中国兵。在邱医师家，彭明敏得知自1945年8月15日到10月日人继续掌理行政时，街道跟公用设施恢复有相当进展。然而自中国人接收后，公用设施逐渐停顿。自中国来的行政人员既无能又腐败，以拉壮丁抓来的「国军」无异于窃贼，他们一下了船就成为一群流氓。隔天，彭明敏就体验中国国民党接管后台湾遭受的改变：战前日本政府在高雄与基隆之间每日维持十二至十四次准确的火车班次，战时对火车并无太多破坏。然而在中国人经营之下，每日只剩一班火车联系。破了的窗口吹入正月的冷风，座椅的绒布已被割破，可以明显看出车厢已有好几个星期没有清扫过。彭明敏发现这就是「中国的台湾」，不是熟悉的「日本的台湾」，他们一生没有看过这么肮脏混乱的火车。
抵达高雄后，从父亲中得知从大陆来的无知军人看到水龙头流水就直接从水电行买来往壁上的洞一塞，以为水会流出来、一个军人到理发店理发，理发师拿起电动吹发器军人就立刻举起双手，脸色苍白害怕得发抖，以为理发师拿的是手枪。彭清靠的诊所挂著「妇产科医院」，但常有中国兵坚持要彭清靠给他们治疗性病，或带来奇怪而无法辨认的药品，要彭清靠给他们注射，他们相信注射可以治愈百病。每星期都有许多类似行径或大规模窃盗的新事例。
1946年夏天，国民政府承认日本各帝国大学学生之学历，宣布由帝国大学回到台湾的学生，可不经考试进入国立台湾大学。彭明敏来到台北，与三十几个合于条件的学生讨论此事。并拜访校方，校方同意文科学生入学，向中国大陆聘请教职员到台大服务。学生也主动寻找教师，依照教育部规定分配钟点，安排课表。在两年内完成四年课业。
而在这一段期间，彭明敏经历了二二八事件，但是二二八事件对于彭明敏父亲彭清靠的影响则更为重大；当时高雄市参议会第一任议长彭清靠参加高雄市的二二八事件处理委员会，而这时彭孟缉的军队进入高雄市，对于处理委员会参与者进行残杀，对彭清靠造成以下的影响：
彭明敏在台大时期，与同样自日本帝国大学肄业的李登辉、杨鸿游成为密友（李登辉说彭与杨本来就是好朋友。战后李登辉与彭明敏才认识，战时李与彭两人连名字都未听过。杨鸿游曾担任党外台北市长高玉树幕僚，击败党内的周百炼，但后来娶了周百炼之女。杨鸿游后来成为著名的企业家，曾在香港办银行、台湾开办信用合作社，也是美国花旗银行首位华籍总经理。）。当时三人每个礼拜都会吃一次饭。彭明敏回忆当论及时政时他谈台独，李登辉则批评粮食局长李连春以「肥料换谷」政策，剥削农民太甚，但似对一般政治较无兴趣。毕业后，彭明敏出国留学后返台任系主任，李登辉出任农复会技正，三个好友还是常聚餐。当1964年彭明敏「台湾人民自救宣言」被捕前夜，三人还在杨鸿游家吃饭。
1948年夏天，二二八事件发生后十六个月，彭明敏自台大政治系毕业。据彭明敏回忆，当时他们除了磨练中文，并未学到什么。然而，总算获得南京政府所承认的中国学位了。
战后初期.
台大政治系任教.
彭明敏毕业于台大后，首先于第一商业银行就职。黄朝琴因为在二二八事件与国民党合作，而担任该行董事长的酬劳。由于黄朝琴是彭清靠老友，他的妹妹又是陈金英好友。同时彭明敏亦获台大政治系聘任。在银行工作一个月后，彭明敏发现他没有兴趣一生在银行工作。因此自动辞职回到台大担任助教。彭明敏担任助教不久，法学院来了新院长萨孟武。萨孟武毕业于三高和京都帝大，他对彭明敏及同为三高毕业的刘庆瑞相当器重。萨孟武鼓励彭、高两人发表学术论文，并帮他们逐字逐句修改汉文。一两年内，大学的中国大陆籍同事已惊讶他们汉文差不多与大陆长大的「真正中国人」一样好了，彭明敏归功于萨孟武的耐心教导。萨却一在公开说，只有在日本教育制度下，才能产生像他们这样的年轻优秀学者。
1949年2月，彭明敏与出身士林的李纯结婚。1950年3月，长子彭旼出生。
之后，彭明敏申请中央研究院的补助去出国深造，首先前往加拿大麦吉尔大学，彭明敏第一篇论文以法文讨论太空的法律地位。在麦大第一年发表的三篇论文受到相当重视。并获得前中研院院长胡适支持，获得麦大第二年的奖学金。1953年取得法学硕士文凭。当时胡适来信表示如果彭明敏想到美国，他愿意推荐彭到普林斯顿大学。经过考虑后，彭明敏决定前往法国留学，1954年，彭明敏自巴黎大学取得博士学位。在巴黎时期，好友刘庆瑞完成在明尼苏达的学业来看他。彭明敏于这段期间的主要研究对象为太空法与国际法等范畴。回台时与钱穆共舱，在基隆港看到蒋经国亲自迎接他。
彭明敏回国后，与父母留在台北一阵。但他们回到高雄后，父亲的病情开始恶化。1955年5月，彭明敏接到电话与姊姊、二哥赶回高雄。当时父亲仍有知觉，随后在月中逝世。当时彭明敏在台湾大学虽因学术成就受到高评价，但也受到一部分同事嫉妒。当他出国时是助教，离职三年家眷仍领全薪，使得有人不满。彭明敏自法国回来后，未如一般教员由助教到讲师，才升到副教授。1954年，彭明敏三十一岁时即以助教直接出任台大政治系副教授，也受到攻击。甚至在立法院针对他的职位提出质询。唯校长钱思亮始终支持他，院长萨孟武更尽力驳斥彭的批评者。甚至明言传统的中国大学教育无法塑造如此年轻的学者。彭明敏也回忆他在下意识中发展出知识的傲慢，使年长的教授们感到不悦。三年后（1957年），彭明敏三十四岁时，升为教授，也是战后大学最年轻的教授。当时彭明敏并未对实际政治产生兴趣，仍只关心自己的事业：教书与著作。当时他开的国际公法是整个台大最受欢迎的课程之一。直到1964年被捕时。
1956年，哈佛大学的季辛吉邀请彭明敏参加哈佛大学国际事务研究中心主办的国际问题研究会，彭再次前往西方世界参加为期两个月的讨论会，并飞往巴黎以及拜访瑞典朋友。1958年，彭明敏以法文出版一本书。1960年，彭再度应季辛吉之邀，参加哈佛大学主办、于东京举行的国际问题研究会。同时受邀参加在美国西雅图华盛顿大学举行的「中美文化合作会议」代表之一，主席代表为胡适。当时彭明敏是四十多名由台湾出发的学者中唯二的台籍学者之一。当不满的同事质疑彭时，胡适挺身为他辩护。彭明敏认为胡适是为了台大的将来，认真考虑培养台籍学者。在欢送会上，胡适并抓著彭明敏的手到蒋介石面前，成为彭与蒋第一次会面。在讨论会中，遇到了国民党政府派驻在联合国的大使蒋廷黻突然提议研究如何改革国民党政府，被尴尬的胡适制止。在东京时，彭明敏也看到组织新党的雷震被捕的报导，包括彭明敏以前的学生傅正也被捕。彭在前往西雅图前几天，傅正前来看他。告诉彭说雷震的《自由中国》正受到国民党特务日增的压力，「随时可能出事」。
在东京的时候，彭明敏接到台北来的电报，通知他被聘任为国科会国家讲座教授，可使受领人专心教书和研究，不必四处兼课。彭自东京回来后，就任「国家讲座教授」，研究题目为「科技发展与国际法」。当时国民党内较开明的人士答应召开一大规模的会议，借以团结世界非共产的中国人。唯党内顽固份子反对，蒋介石也不敢冒险召开，怕会出现对国民党不利的批评。在折衷之下，由国民党政府从海外华侨挑选一些代表，参加一种咨询性会议，在阳明山举行，即「阳明山会议」，彭明敏也获邀参加。1961年，三十八岁时，出任台大政治系主任，是战后台大最年轻的正教授与系主任。
联合国大会中国代表团顾问.
1961年，彭明敏获任命为台大政治系主任，系主任职务自8月1日开始。但彭明敏也说：「当官方对我愈表示信任时，正是我心里对于整个政局的疑虑愈加深时。在政府里面，想法似乎也分裂著。」9月开学前，校长钱思亮忽然派他的车子接彭到他的办公室，说有紧急事商量。彭才知道他将被派任联合国大会中国代表团的顾问，当天下午，外交部确认这项任命。
由于是台籍人士首次获得任命，彭明敏也受到外交部长沈昌焕召见。再前往国民党中央党部，与副秘书长唐纵及特务张炎元会面时，唐纵即要求彭调查在美国的台湾独立运动。张炎元要求彭去调查在美国的独立运动，运用他的影响力，说服他们放弃运动。唯彭向唐纵指出，从事独立运动的人们多在国外大学取得学位，是否能影响他们值得怀疑，甚至他们的父母对这类事情，恐也无影响力。离开中央党部后，彭明敏发现国民党想利用他，难道政府及大学帮助他的人也都处心积虑要利用他？彭到中研院向胡适拜访时，胡适对他的任命似乎觉得很兴奋和骄傲。在交谈中，彭无意向他说到，这项任命或许不过是推出一个台湾人妆点门面而已。当时胡对他的说法感觉有点震惊，反而使彭觉得歉疚。
前往纽约前，彭明敏到台大医院最后一次探访刘庆瑞。刘庆瑞此时是台大法学院副教授、宪法专家。他因鼻咽癌而频临死亡。他在入院前已在准备草拟一部台湾宪法。这部宪法是为将来台湾人独立时所用。彭明敏到纽约十天后，刘庆瑞就逝世了。
到纽约后，彭住在帝国大厦附近一个旅馆。在礼貌性拜会驻联合国大使蒋廷黻后，彭明敏被分配到联合国大会第六委员会工作，主管法律事务。在这次大会中，国民党政府的处境特别复杂。蒋介石公开宣称反对外蒙古加入联合国（当时中华民国有否决权），苏联则威胁外蒙古的加入如被否决，它也将否决茅利塔尼亚的加入。因此美国对国民党施加压力。国民党相当恼怒。此外有非洲国家因希望茅利塔尼亚加入联合国，如其加入被否决，则会迁怒国民党。影响他们对国民党的中国代表权支持。在代表团与台北当局往返磋商多回后，蒋介石最终让步，使外蒙古加入联合国而未行使否决权。蒋介石在世界面前丢了脸，要有人为此做代罪羔羊。蒋廷黻逃过此劫，而是驻华府大使叶公超被针对。彭明敏认为这与国民党的宫廷斗争有关：外交部长沈昌焕与叶公超不合，在此事插了一脚。最后蒋介石召叶公超回台，听了叶的解释后就叫他留在台北，不用再去美国了。叶公超虽丢了大使职位，但因他是陈诚的人马而留在内阁。但也从此受到特务监视，至此胡适与蒋介石的关系也越发冷淡了。
在纽约时，有台独人士找了彭明敏，劝他找一个机会在联合国大会中发言，突然戏剧性地提出台湾独立的主张，并诉请联合国采取行动，事后可向美国政府寻求政治庇护。彭明敏认为这种建议完全不切实际。他说他根本无机会在大会发言，而且也没有作这种戏剧性行动的心理准备，客观环境也未发展到能使这种激烈举动发生实际效果的程度。
由于国民党除了对维持联合国内的席位以外，对于联合国的其他事务兴趣不大。所以代表权问题表决以后，代表团人员有的回国，有的出差到其他国家。彭明敏也在年底回到台北。回到台湾后，彭受到热烈演讲的邀请。也被邀到国民党中央党部报告，与十名左右的安全、情报人员见面。他们一再问彭明敏在美国台湾人学生的立场，以及台湾独立运动的情形。彭坦率告诉他们海外学生的想法和主张，他们独立的主张不是私人或个别的嗜好，而是对于国民党政策的反应。彭并告诉他们，除非国民党的基本政策改变，想要扭转留学生的想法是悲观的。此时彭明敏也经历了胡适之死，钱思亮告诉他，给与彭经济支持、完成麦大第二年的正是胡适。彭回忆「我失去了一位最谅解我而最不自私的前辈和支持者。」
1962年1月，彭明敏获总统蒋介石于总统府召见。当时蒋介石只是以唐突语气问他家里如何、有什么问题，彭的回答不断被他「好！好！」打断。十多分后他表示会面终了，彭站起来如指示鞠躬离开。不久，一些高级党政官员访问他。劝彭明敏加入国民党，并暗示如果彭入党，一定会获得非常高阶层的任命。然而彭对此事，完全未曾考虑。
获选首届中华民国十大杰出青年.
1963年，台湾的青年商会决定仿效美国，选出「十大杰出青年」。彭明敏于12月13日获选首届中华民国十大杰出青年。彭明敏直到公布获选者之前二十四小时，才知道他也被获选为十大杰出青年之一。彭虽觉自己已将近四十岁而尴尬，但要辞退已经太晚。广播电台和电视大肆宣传，报纸也有连篇专访。并有一项精心设计的正式颁奖典礼，在圆山饭店举行。彭明敏应邀发表演说。
当时，蒋经国为青年救国团主任。他邀请十大杰出青年茶叙，照例拍团体照。然而彭明敏自认是超然、非政治性的纯学者。他不愿他的学生看到他与众人所畏怖的特务头目而又自称「青年导师」的人公然在一起。因此彭写了一封信请人送到蒋经国的办公室，说明他有事在台中，不能参加茶会。隔日（1963年12月19日），当全岛报纸大登团体照时，彭明敏的缺席显得太醒目。立刻有各式各样的猜测，为什么他要杯葛蒋经国的邀请？后来此事竟被列为彭明敏「反政府」的证据之一。
后来彭明敏逃亡后，在第一届十大杰出青年的名单也被消失。如在第十四届十大杰出青年手册中，报导第一届名单时也略去彭明敏的名字，出现第一届十大杰出青年名单只有九人的现象。1989年，「中华民国十大杰出青年第廿七届」颁奖时，选拔委员会曾有意邀请第一届十大杰出青年出席颁奖典礼，一度因彭明敏在名单上消失而轰动一时。
「台湾自救运动宣言」事件与受监视.
与谢聪敏、魏廷朝讨论台湾前途.
彭明敏刚从海外回来，受到党政官员驻目。与校外的接触也逐步发展起来。当时除了台大和其他学校学生，偶尔也有市议员和地方政治人物来彭的房子与他谈话。此时彭明敏也与作家李敖相识，李敖回忆他在《传统下的独白》出版后，送了一本给彭。1963年12月10日，彭透过郭鑫生相约，在台北致美楼请李吃饭，成为两人第一次见面。李在吃饭前并发表了彭的〈泛非思想的感情因素〉在《文星》杂志。当时离「彭案」发生还有十个月。彭明敏并且受到美国大使馆关心。
彭明敏也阐述了他最原始的观点：
1962年，彭明敏向台南神学院学生演讲，当时这是台湾唯一所有课程都使用台湾话的学校，所以他用台湾话演讲，并大胆讨论了台湾人民自决的问题。有天，国民党中央党部副秘书长徐庆钟来看他。徐奉命要办一份日文杂志：自由中国月刊，由国民党出资，在日本发行。徐要彭向他推荐一个中、日文都好的人担任编辑，彭遂推荐了这两年常来他家的谢聪敏。谢聪敏因在刘庆瑞指导下而受彭的注意，当时谢在凤山的陆军官校任教，没有知己。彭认为谢在台北作编辑较符合他的性情，谢聪敏的朋友中还有一位客家年轻人魏廷朝，时任中央研究院研究助理。彭在与谢、魏的讨论中，分析国民党统治下的台湾内外。认为要解决当前问题，必须重组政府，并全面改革。决定将他们的看法草拟一份刚要，分发给台湾人和大陆人，即是《台湾自救运动宣言》。
《台湾自救运动宣言》，主要内容为「反攻大陆」是绝对不可能，并要求制定新宪法，建立责任政府，保障基本人权，实现真正民主，并以新国家身份加入联合国。并总结不要国民党极右的党纲，也不要共产党极左的教条。他们经过数个月的讨论和推敲，最终同意最后的定稿。并决定在台湾全岛散发宣言，分给各界领导人、生意人、医生、教师、各级民意代表、各层公务员、军人等。
被捕.
彭明敏等三人决定印制一万份宣言，以邮寄方式将宣言寄给台湾各界领导者。他们认为油印是不切实际的，决定采印刷方式。由于三人不懂印刷技术，而且买一部印刷机在私人家里也无法隐藏，因此决定找陋巷里的印刷厂。谢聪敏准备一份假稿件，在宣言中提到国民党的部分改成共产党，表面上看起来是反共宣言，之后再植字回去。当时三人在万华区的小旅馆租了房间，当时这种房间是许多男人租来幽会之用，三人引起旅馆老板的怀疑。在印刷厂时当谢聪敏将排字版按好在印刷机上，走出接上等魏廷朝时。遭到老板盗印一份，看了内容后随即不愿印。三人紧急商量下，在印刷厂老板不知他们身分下，请人暗中警告他。由于该厂没有执照，又常印黄色书刊，往上报一定会有麻烦。不料这位老板将盗印的那份宣言拿去报警，因此全岛特务和警察都接到通知，有人要印「反政府」传单。当谢聪敏在赤峰街找到愿意接受生意的印刷厂，印好一万份后，三人于1964年9月20日被捕。
彭明敏等三人被捕后，在警察局接受侦讯后。被送往警备总部在北门的安全单位：西本愿寺。彭明敏在中被不眠不休审问七十二个小时以上，大约每两个小时，就有另一批人进来审问。当时安全单位怀疑这是大规模案件，并怀疑三人背后有美国政府支持，由于他们在宣言中夸口他们有普遍支持，有个扩大中的秘密组织。反而使安全单位要他们说出细节。他们又怀疑文章写得太好了，一定有大陆籍人士参与其中，他们至少怀疑彭的两个朋友：台大哲学系教授殷海光以及作家李敖。但彭在回忆指出这根本是冤枉。
彭明敏被秘密逮捕时，蒋介石还未得知消息。9月下旬的教师节，蒋介石还照例邀请教授学者与他吃晚餐。当他发现彭未在宴会时，还问钱思亮彭在哪里？钱不敢将此消息告诉蒋，只好支吾以对。当蒋得知彭被捕的消息及原因时，大为震怒。谢聪敏和魏廷朝被拘押时，有时被掴掌或抓脖子，要求他们说出他们不知道的阴谋。由于彭除了大学外，也曾应邀参加国际会议，原本警总一直宣称不知彭的下落。但在《纽约时报》记者说他有证据证明彭已被逮捕，如果警总不发布，美国报纸将予以揭发。最后警总才在他们被捕一个月又四天后，发布简短声明，说他们三人「因从事破坏活动」而被捕。国民党当局并在大学及各个管道开始丑化彭明敏三人。而在他们被捕时，仍有一部分宣言流传海外，在正式起诉书中提到只有九千八百多份宣言，但他们确实印了一万份。有份传单流入某民意代表之手，他把复本给一位日本在台北大使馆的外交官，结果宣言也在海外流传。
「特赦」与被监视.
1965年2月三人被正式起诉，4月2日审判，彭明敏被判八年有期徒刑。谢聪敏十年，魏廷朝八年。彭案的爆发也引起海外台独运动的注意与救援，日本的台湾青年社随即发出大量英文信至各国大使馆及联合国要求救援，得到美国副总统韩福瑞的回信，表达他对「彭案」的关心。另一方面，与彭明敏有学术渊源的北美洲，则由加拿大台独运动组成的「台湾住民自决联盟」，顺势改名为「加拿大人权委员会」，全面对彭明敏展开救援行动。最后国际法理学家委员会于彭案开调查庭时，愿意派人出席关切；而国际特赦组织（AI）总部则将彭明敏列为年度的「良心犯」，锁定为其国际营救的重点对象。由于国际特赦组织等国际团体的奥援及美国方面的施压，迫使蒋介石虽驳回彭明敏的上诉，但于11月3日特赦彭明敏，当局将彭明敏释放的时间故意安排在晚上九点四十五分，使这个消息赶不上晚报出报。又能赶上晚间最后的新闻播报，那时彭已回到家里，门口不会有欢迎的人群了。
随后彭明敏开始受到台湾大学的同事疏离，学生也矢口否认与他有关。只有少数人仍敢来看他。李敖是其中之一，李敖回忆当时他被蒋介石下密谕将他和陆啸钊赶出《文星》，李去作生意需要在银行开甲种户，领取支票，李请萧孟能帮忙，萧不肯。彭知道后请他大哥彭明辉暗中为他介绍，写信给陆啸钊请他与李到彰化银行永乐分行开户。后来李为生计卖书为活，彭也为他写信向洋人兜售。后来彭遭特务跟踪，拍照取证，连相机都被抢走，李得知后，乃和黄胜常用长镜头代为拍照，使彭大为高兴。王升曾带来一位曾为共产党员的高某来看他，建议彭在党部的「大陆研究所」工作，薪水不错并配有宿舍。想就近监视、又解决彭的生活问题，并使他不再跟学生接触。遭到彭的拒绝。彭明敏的生活便受到特务的监控。他姊姊彭淑媛在的学校也遭到骚扰。1966年1月，彭明敏受到蒋经国召见。蒋经国问他有没有什么困难时，彭坦率回答他希望回台大教书，蒋在尴尬下转头问李焕有没有跟钱校长谈过，李焕支吾说会跟他商量这件事。不久后，国民党元老之一陶希圣也来接触彭明敏，希望有人来反驳柯尔乔治所著的《被出卖的台湾》一书，彭明敏曾读过该书，假装不知道陶希圣在说什么，后来陶希圣透过彭明敏的律师梁肃戎，希望他成为「国际关系研究所」研究员，该所原本是国防部一部门，后来名义上脱离军部，与国立政治大学联系，被视为蒋经国智囊团之一。彭明敏知道如果他接受聘书，就等于国民党成功了，因此告诉所长吴俊才他无法接受。
1966年，彭明敏的案件由警备总部转往调查局负责处理。调查局一个处长王淦透过李敖邀请彭吃饭，说要给他安排位置。彭明敏发现警备总部和调查局这两个对立的组织，其人员和做法有显著的不同。警总还有宁将军保持直率、对文人学者尊敬；调查局的成员「大部分是国民党中最糟糕的份子，这些替蒋介石干肮脏勾当的特务，大多是诡诈、险恶、阴险、狡猾、不可信赖」除常来找他的王淦外，调查局长沈之岳也曾邀请彭与李敖吃饭。并鼓励彭与李坦白，称对政府的批评都可以说出来，才会有进步。然而彭在他的招待所已发现设有监听设施，门口还有便衣人员。当时不管彭明敏走到哪里，特务都会跟随。有时他们会伪装学生带著笔记本跟彭上下公车。当彭带著照相机，突然转头，假装要拍他们照片，他们就会躲起来。有次彭假装要照他们时，其中一个突然抢走彭的相机逃走，彭立刻打电话向王淦抗议，并向管区警察局报告抢劫。当天下午警局就通知「有人捡到」他的相机，此事就此不了了之。
彭明敏出狱后，也出现一些倾向台湾独立的青年与彭过从甚密，包括在1966年所成立的「全国青年团结促进会」便受过彭明敏的影响，在该组织的〈政治纲领〉即言「我们认为台湾不可能也不应该反攻大陆，应该一人一票重新建立一个民主国家，中央民意代表要全面改选，总统要民选，我们打算透过选举组织政党」。带有《台湾自救运动宣言》的影子。然而彭对年轻人的影响力，也使当局忌讳。彭明敏回忆他出狱后随著几个月过去，开始较多人敢来看彭明敏。苏东启一名亲戚吴文就，有天他带来一人陈光英来彭宅。后来陈向彭说要去日本，回来后说他见到史明。还拿出小广播器及二十万日币，说是史明要送给彭的。彭把日币退还他。1967年3月，吴文就失踪。后来彭的朋友陆续被捕。调查局在年底请彭到招待所，自称是科长的特务开始指控彭与史明连络。并威胁「我们不怕外国人，不要忘了我们随时可以把你毁灭、把你杀掉，你要清楚这点。」彭明敏明白陈光英是调查局派来进入彭的圈子的特务，意图将彭明敏与在日本的史明勾结。当这些朋友受军事审判时，陈光英还亲自出庭，为调查局作证。此举被视为调查局意图藉「全国青年团结促进会」案，对彭明敏设下圈套，作为特务制造除掉彭明敏的借口
1968年，美国密西根大学也有意聘请彭明敏任教，但是因为国民党政府阻挠而无法成行。
海外流亡岁月.
彭明敏一些朋友与特务组织有私下联系，他们警告彭。现在彭已非常不安全，任何事情都可能发生：逮捕或「意外事故」。彭听说安全单位已经决定，台湾如果发生动乱，有三个人要立刻毁灭，一个是台北市长高玉树，一个是省议员郭雨新，第三个便是他。这三人在安全机关档案中提到时，适用特别记号的，即三个同心圆。当时彭受到三班轮值的特务监视，妻子被跟踪得更紧了。彭明敏感到朋友圈子越来越小，被捕的威胁不断悬在头上。王淦则持续来访，显示国民党内的「开明份子」仍然要彭妥协，王淦不断劝彭接受他的安排，说这样一来既有工作，生活问题又可解决。对他生活不便的监视也可结束。「然而，相反的，我决心要逃亡。」
1969年，彭明敏开始计划逃离台湾。当时彭明敏透过美国传教士唐培礼联系，与日本台独运动人士宗像隆幸联络。在宗像隆幸制作假护照下，透过宗像隆幸的高中朋友阿部贤一专程来台，在护照上换贴彭的照片，让彭用假护照出境。当时入出境作业没有电脑化，假护照不会很快被比对发现。之后阿部向日本总领事馆申报遗失护照，取得新护照后于1971年1月17日抵达日本。于1970年1月逃至瑞典，他的成功出亡鼓舞了江炳兴等人发动泰源事件。(陈唐山 则说彭明敏逃离海外一事亦有受到台独联盟的协助，但彭本人并不认可此一说法。)
据宗像隆幸在《台湾独立运动私记》所记，彭明敏在软禁时期仍不时揭露国民党统治下政治犯被捕的新闻。期间黄有仁透过报导发布在《台湾青年》杂志上，随后宗像透过东大教授衞藤沈吉访台与彭接触，宗像与彭取得联络管道。1969年2月，自称是彭使者的人士透露出彭有再度被投狱或遭暗杀的可能，在黄有仁与宗像讨论下，由宗像秘密进行作业，制造假护照。并未对委员长辜宽敏报告，而黄有仁及许世楷只知道宗像在准备而已。当时唐培礼一度寻求美国总统尼克森的亲信季辛吉寻求协助，然而收到的都只是美国国家安全会议给予的公式文章，日后他们才知当时季辛吉正在秘密策划接近中国，不愿插手彭的事。由于彭在长崎失去左臂，因此实行日期以可以穿大衣的冬季适宜。除了传送照片修改外，彭明敏也开始续胡，引起岛内传闻彭明敏发疯了，但也因彭明敏开始常常长期足不出户，骗过了特务人员。此外也准备了万一彭逃亡失败被捕后所发的声明。
1970年1月2日，阿部贤一来台。随后彭明敏持阿部的护照离台，由于转机处香港及曼谷仍有许多国民党特务，因此到1月4日晚间抵达斯德哥尔摩彭才寄给宗像「成功」的电报。随后宗像透过侯荣邦向美、加、欧等地的台独组织报告彭逃出之事。1970年1月23日，台独联盟日本本部委员长辜宽敏召开记者会，宣布彭明敏逃亡成功。但因为宗像采单独作业，也使彭认为与台独联盟无关。
据彭明敏推测，国民党高级官员一开始仍确定自己不在瑞典。因为根据他们的记录、特务的报告。一直到彭逃亡的消息在瑞典发表那天，即他离家三个星期。彭明敏还不断在台湾旅行。根据特务的报告，这段期间彭明敏还住过最好的旅馆，在最好的餐厅吃饭、还看电影。而证据则是特务以监视和跟踪彭作理由所报销的开支单。彭推测可能从1965年他被释放后，监视他的特务和警察们，一直在呈缴虚伪的报告，伪造收据和帐单从中中饱。
调查局许多高级官员因此失去职位，王淦被革职。局长沈之岳「自请处分」，虽然他被放过，副局长则被革职。应该二十四小时坚守彭的特务们被关起来，调查局的监视主管—也很可能收取一些比例回扣的人们—都不能幸免。在调查局圣诞树旁恶毒威胁彭的科长，变成被关的人中职位最高的，成为最高阶层的代罪羔羊。被控压迫彭明敏太厉害，才造成他的逃亡。第三处长牛澍坤被撤职后忧抑而死，台北市调查处处长毛钟新也跟著下台。
成功抵达斯德哥尔摩后，彭明敏受到国际特赦组织会员的欢迎。在向瑞典要求政治庇护、等待瑞典内阁批准期间，彭明敏搬到瑞典最富盛名的科学家教授家，伯纳是诺贝尔奖委员会的委员之一。透过国际特赦协会一位在斯德哥尔摩人类博物馆的先生，彭明敏负责该馆分类探险家斯文·赫定的相关资料，一个月后，瑞典政府正式批准彭的政治庇护。彭明敏在博物馆工作约一个月。期间受邀访问英国与瑞士。美国密西根大学也询问彭是否能自1970年4月开始工作，当时已是二月。然而当申请签证期间，发生两位台湾青年企图刺杀蒋经国的事件，一度引起美国国务院踌躇。9月1日，彭明敏终于接到副领事打电话通知华盛顿批准他的签证。
在国府阻挠下，1970年9月29日下午，彭明敏通过底特律海关，十年后首度再度进入美国。并转赴美国密西根大学中国研究中心担任研究员。
彭明敏抵达美国后，没有断绝与台湾岛内的联系。行政院人事行政局陈贤进于1970年11月、12月间将列为机密等级的行政院各部会处局职员，以及各机关人事机关职员名录，透过李正一伺机转给彭明敏，使海外台独能够掌握国民党政府的内部机密讯息。
1971年，彭明敏正式成立Formosan Studies（台湾问题研究会），并决定于9月18日在纽约举行「台湾民众大会」。当时国府外交部要求驻纽约总领事「密洽当地工作小组商讨对策发动爱国侨胞遏阻，并设法取得全部出席人员名单」，然而据统计出席大会者高达一千余人，名单的事只能不了了之。
1972年，彭明敏出任台湾独立建国联盟主席，一年后辞职。
1973年，任美国俄亥俄州赖特州立大学客座教授。
1978年，彭明敏与郭雨新访问巴西，同年出任台美协会的董事，并于次年《台湾关系法》的立法过程中在美国众议院公听会作证。
1982年，彭明敏与其他台籍美国人组成台湾人公共事务会，并且多次要求美国政府向国民党政府施压，要求国民党政府解除长年的戒严令。
1986年，彭明敏出任台湾人公共事务会的会长一职，在海外坚持推行台湾独立理念。1987年出席FAPA举办的「点燃民主圣火典礼」，参加认识包括黄信介、王桂荣、陈唐山、吕秀莲等。同年12月连任FAPA会长，1989年3月总辞。
结束流亡返台.
1988年1月，蒋经国逝世，彭明敏在台大时期的好友李登辉继任为首位台湾人总统。1990年2月，当李登辉正在面对国民党内保守势力反噬所困时，彭明敏于纽约召开记者会，呼吁大家支持李登辉，让他有机会推动理想，这个举动不仅在国内引起注意，也在海外引起正反不同评价。面对部分反对人士对彭的不谅解，彭明敏仍公开为李登辉辩护，他坚持「现在在台湾，除了李登辉，没有选择的余地，李登辉的本钱是人民对他的肯定，不选他当总统，也没有别人」。彭明敏当时获李登辉私下传来讯息「这个总统是任期内接下去做的，不是真正的总统，因此不能放手去做，一旦将来选出来时，即使是冒著生命危险也没关系，一定要大力改革」，彭将此视为李登辉的自白承诺。1990年3月，李登辉被国民大会选为第八届总统后，彭判定台湾的机会已经出现，遂从太平洋彼岸写了一封信请人转交给李登辉。当时李登辉接到这封信，一看是彭的来信，立刻收进口袋。在信中，彭明敏建议李登辉改变总统府形象，应对外开放。并以美国为例认为李应该利用电视直接诉诸民众，表达自己理想与计划，人民自然会清楚，也连带会给立法院压力。
李登辉赢得总统之位后，决定于6月28日召开体制外国是会议，广邀朝野人士共商国政大计。5月19日，海外名单代表出炉，名单包括彭明敏、陈唐山、王桂荣、杨黄美幸、张富美等人。当时李登辉邀请的名单以台独色彩较不浓厚的FAPA成员为主，也被视为对海外台独区分为主要敌人与次要敌人。然而当时彭明敏仍是国民党政府通缉在案的台独叛乱犯。1989年11月，李登辉就曾因彭明敏回台一事，与行政院长李焕交换意见。只是李焕坚拒以违背司法程序的形式，让彭明敏解除叛乱犯与通缉犯的身分，使得双李不欢而散。最后在李登辉坚持下，高检署愿意通融，在彭明敏入境时，于中正机场管制区的贵宾室以特别方式侦讯，并随即撤销通缉。并派代表对彭游说「解除是一个形式，回来是一定要回来，形式上会做一个」，然而彭明敏不愿以罪犯身分回台，且当时岛内仍有因台独系狱者，海外台独也对参加国是会议表示疑虑。彭明敏以表示「不能接受这种形式」为由而不愿出席。；1991年6月4日台湾最高法院撤销对彭明敏的通缉令后，彭明敏于1992年11月1日返台。
彭明敏自1992年回国后，直到1996年参加总统选举，才在公办政见会的后台与李登辉相遇。
1992年11月1日中午，在近百人簇拥下，彭明敏走出中正机场返回台湾，结束23年流亡生涯。获得近二千名接机者群众高喊「台湾出头天」、「台湾万岁！」包括民进党前主席黄信介、许信良皆到场接机，民进党立委候选人更在机场排好迎接队伍。光是许国泰的旗帜就有近百个，张俊宏也派出百人迎接队伍。第二天，彭明敏前往台大法学院演讲，彭明敏希望返台后第一场演讲于台大举行，在谢聪敏向台大法学基金会董事长林毓生接洽后，获林毓生召集。11月3日，抵达高雄。受到民进党高雄市党部21砲礼炮的英雄式欢迎，吸引万余民众。11月16日，民进党台中市党部在太平国小举办「彭明敏博士回台欢迎会」，上千民众聆听演讲。12月17日，前往胡适墓园追思。并且在民主进步党的多次造势场合中都引起全场的轰动。
1992年第二届立委选举，彭明敏普遍为民进党候选人站台。12月19日，彭明敏与张灿鍙打破「王不见王」，出席「万人餐会」造势，在许信良及江鹏坚陪伴下合照，举杯相敬。本次选举结果，民进党夺下有史以来在立法院的最高席次。加上在作票案胜利的黄信介，夺得51席。
1993年县市长选举，彭明敏跨海为澎湖县长候选人高植澎助选。1994年台北市长选举，彭明敏为台北市长候选人陈水扁助选，认为要选给有魄力的年轻人，才能改变台北市政。
1994年，成立彭明敏文教基金会，出任董事长。
加入民进党并参选1996年总统选举.
1995年2月28日彭明敏在辜宽敏等人的推荐下加入民进党，并且于3月20日宣布正式参选总统；1995年5月8日，民进党开始接受党内初选第一阶段的登记参选。由彭明敏与党外运动时期重要参与者许信良（美丽岛系）、林义雄（与美丽岛派相近，但无派系）以及尤清（福利国派）登记。6月12日，公布第一阶段的干部及党员投票的开票结果。前两名由彭明敏及许信良胜出。
9月25日，民进党内第二阶段初选结束。一般民众投票结果，彭明敏获17万7477票、许信良为12万9816票，总投票数约三十万票。第一阶段与第二阶段合计之后的点数，彭明敏为40.88，许信良为36.12。彭明敏成为为民进党提名候选人，并指定曾角逐台北市市长初选失利的时任立法委员的谢长廷为副总统参选人，以「和平尊严、台湾总统」作为选举号召。
1996年中华民国总统选举，由于中共发射飞弹的影响，国民党提名的李登辉支持度上升，最终成功连任，民进党提名的彭明敏与谢长廷只得到21.4%的选票，为民进党历次得票最低的一次，党主席施明德也因此辞职。
总统选战中，外界有在彭明敏与李登辉关系上作文章，指彭明敏参选是双方的默契。选举过程中，彭明敏只对国民党的政策进行批评，但绝不对李登辉作人身攻击。为了这场选举，彭明敏这辈子首度对外举债两千八百万元。选后，李登辉曾差人秘密与彭明敏联络，多次请他出任总统府资政，彭明敏在几番犹豫下，仍然决定婉拒在国民党政府当「官」。直到台湾政党轮替后，彭明敏才受新任总统陈水扁之邀，出任总统府资政。
组成建国会.
1996年4月，彭明敏成立建国会并自任会长，喊出「台湾要建国，不能寄望民进党」。12月主办「台湾国家发展会议」
同年，出席建国党建党大会。
1997年，退出民进党。
1998年9月18日，建立新国家阵线改组为新国家连线，彭明敏出任新国家连线荣誉会长。
1998年中华民国直辖市市长暨市议员选举中，彭明敏支持新国家连线提名之立法委员候选人与台北市议员候选人。
出任总统府资政.
2000年5月，彭明敏出任总统府资政。接任亚洲太平洋自由民主联盟秘书长。
2001年，应捷克总统哈维尔之邀参加「公元两千年论坛」。同年率团参加美国小布希总统的祈祷早餐会。
2004年，再次率团参加美国小布希总统的祈祷早餐会。
2007年，获日本关西学院大学颁授名誉法学博士。
2008年以后.
2008年10月8日，彭明敏与63年前救他的陈新赐在美浓重逢。
2011年4月9日，民进党举办2012年总统大选党内初选首场政见发表会，彭明敏是苏贞昌邀请的贵宾之一。
2011年10月25日，台湾二二八关怀总会、台湾戒严时期政治受难者关怀协会、五十年代白色恐怖平反促进会与台北市高龄政治受难者协会共同成立「二二八暨白色恐怖受难者家属挺小英后援会」支持民进党主席兼2012年总统参选人蔡英文，彭明敏、史明、姚嘉文、黄昭堂、黄昆虎、吴树民等台独人士均到场。
2011年12月15日，台湾公正选举国际委员会（ICFET）举行成立记者会，彭明敏担任创会主席。
2013年9月15日，彭明敏评论九月政争时表示，一个以民主选举方式取得政权后变成的独裁正循著德国纳粹独裁建立的模式在形成中，台湾民主所系的宪法和法律的层层节制彻底被蹂躏；独裁模式已完成，会不会达到像蒋介石能在判决书上批示「枪毙可也」的程度，就看台湾人民是否只是坐著摇摇头而已。
2014年9月13日，台湾教授协会与彭明敏文教基金会共同主办「台湾人民自救运动宣言」五十周年纪念学术研讨会，彭明敏与三位太阳花学运学生吴峥、黄守达、张芷菱举行跨世代座谈。
2019年1月3日，在中共中央总书记习近平发布「习五条」后，彭明敏、前总统府资政吴澧培、前中央研究院院长李远哲与台湾基督长老教会牧师高俊明（合称「台独四大天王」）于自由时报刊载公开信「致蔡总统的公开信－敬请不要参选连任」，建请总统蔡英文放弃连任、交出行政权、退居第二线。反蔡英文色彩鲜明的此动作，引发支持蔡英文连任的民进党新生代（包括前面提到的黄守达）不满，被外界认为是为2020年赖清德的总统大选铺路。
2021年8月14日，政治评论家曹长青说，蔡英文上任总统已五年，之前当过民进党主席多年，未曾探望新北市淡水区彭明敏住处。曹长青批评，「没有彭明敏等一代人的奋斗和牺牲，哪有民进党执政的今天；没有这些『染血染泪』奋斗筑成的台阶，哪有蔡英文们『拾级而上』掌权的可能」。
逝世.
彭明敏出身基督教长老宗的家庭，时常参与教会活动，但自己一直是不可知论者。晚年居于长年从事民主运动的好友、前无任所大使杨黄美幸在台北市新北投提供的公寓大厦，于2022年3月3日与杨黄美幸一同正式受洗，由黄春生与卢俊义二位牧师一同施洗礼，成为济南路长老会一员。
2022年4月8日清晨5时55分，彭明敏于和信治癌中心医院逝世，享耆寿98岁。依照其遗愿，不办葬礼。4月15日于台北市举行入殓告别礼拜、火化礼拜后，下午于盐埕长老会盐光墓园举行安葬礼拜。
台独主张.
1996年，彭明敏代表民进党参选中华民国第9任总统，基于国际公法于当时提出独到的见解，认为台湾是日本投降美国后由国际法交由美国托管，中华民国占领台湾在国际法上未必享有领有权，台湾地位不确定论因此产生。并成为日后台独追随者主张台湾不属于中华民国的理论，也是「台独精神导师」。
2020年1月2日，彭明敏在《自由时报》刊登〈台湾人民自救宣言续文〉，提出七项主张：
荣誉.
褒扬令.
2022年8月14日，彭明敏文教基金会在台湾基督长老教会济南教会举办「彭明敏教授百岁纪念礼拜」，总统蔡英文亲自到场致意，并颁赠褒扬令，由长子彭旼代表接受，副总统赖清德、行政院长苏贞昌、总统府资政黄昆虎、总统府国策顾问黄越绥、政务委员兼发言人罗秉成、立法委员庄瑞雄、前立法委员姚文智、台湾观光协会前秘书长罗琼雅、台北市议员阮昭雄以及卫生福利部前部长陈时中等也陪同致意。褒扬令全文为：
总统府前资政彭明敏，平彻洽闻，徇齐冲简。少岁卒业国立台湾大学政治系，继负笈游法，获巴黎大学法学博士学位，钻坚研微，淹贯晖采。遄归执鞭母校，未几洊升政治系主任，旋兼任联合国代表团顾问，薰沐谆诲，桃李门墙。迭标扬基本人权保障，投身新宪法制定起草；畅申政治兴革理念，撒播自由民主种子，衡虑困心，改柱张弦。复囿于时局奔赴海外，筹组台湾人公共事务会，周传自救运动宣言，吁请废除戒严法令；眷注国家前途发展，揭示民族觉醒议题；躬己参预美国公听会，力促通过台湾关系法，审势揆情，摩厉以需；至计折冲，卓出胸臆。嗣获准返台，担任亚洲太平洋自由民主联盟秘书长、财团法人彭明敏文教基金会董事长等职；曾膺选首届十大杰出青年暨获颁二等卿云勋章等殊誉，隽才清称，荣名风轨。综其一生，尽瘁台湾主权尊严守护，引领社会转型正义思潮，孤怀丹衷，谠论翕然；弘声志业，聿昭蓬岛。遽闻眉寿迁化，悼惜弥殷，应予明令褒扬，用示轸念硕彦之至意。&lt;br&gt;
总　　　统　蔡英文　　　　&lt;br&gt;
行政院院长　苏贞昌　　　　
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