2020年夏季奥林匹克运动会相关问题

日本东京都举办的2020年夏季奥林匹克运动会出现一系列的相关问题，引起了媒体和公众的关注。其中2019冠状病毒病疫情更直接导致奥运会延期至2021年。
主办争议.
疑申奥贿赂.
日本国内媒体2016年5月爆出日本东京申办2020年奥运过程中，疑似付出约130万欧元贿赂，这笔钱汇进国际奥林匹克委员会前委员迪亚克(Lamine Diack)儿子的帐户，目前法国警方正在调查此案。迪亚克的前科是在1999年至2013年担任国际奥委会委员，后因爆出收受俄罗斯100万欧元贿赂，协助掩护遭验出使用禁药的俄国运动员，而在2014年辞职，目前他遭法国检方限制出境接受调查。
曾经出任日本申奥委员会理事长的竹田恒和13日说明，这笔款项是支付给“黑潮”公司的“合法咨询费”，用以“收集情报和分析”，然而实地走访发现黑潮公司登记开在新加坡郊外一间半废弃的老旧公寓的一个房间内，没有招牌也没看到有人员出入，日本民进党议员强烈质疑这是纸上公司用以掩护洗钱，居中介绍的日本电通广告公司否认牵线，认为只是向官方会报了有这么一个人自称能帮助收集公关情报，其公司没人见过这位黑潮公司老板，后续为何官方支付款项其一概不清楚也没介入，不认为这是所谓牵线。
竹内恒和在国会听证则表示很多此类顾问公司是一人或两三人组成，所以用自己住所登记公司，且“常出差”所以人都不在。
东京都知事称申办奥运无贿赂，过程干净。
2021年6月7日，日本奥委会会计部部长森谷靖在浅草线中延站跳轨身亡，怀疑因为奥运会的财政压力而自杀。
2022年10月19日，东京地方检察厅特搜部以涉嫌受贿为由，逮捕奥组委前理事，ADK控股社长等3人因涉嫌行贿被逮捕。高桥治之涉嫌游说奥组委和电通等，让ADK控股被选中为「销售合作伙伴」，可以做奥运会赞助商签约的代理业务，并作为回报于2017年11月至2022年1月从植野受贿共计约4700万日元。
2023年7月12日，植野真一行贿一案开审。他被指为促成东京奥运会的赞助助合同，向高桥治之行贿1,485万日元。植野承认起诉书的内容，但声称他并不知道指控的非法性，东京地方法院表示，他发挥了主导作用，但因没有犯罪记录而被判处两年徒刑，缓刑四年，植野指欲认真看待判决。两名被指控受贿的前高管已最终定罪并被判处缓刑。 
奥运会徽抄袭事件.
佐野研二郎所设计的东京奥运及帕运2个会徽是从104件应征作品当中雀屏中选，于2015年7月24日公布。负责会徽评选的审查委员代表，以及、、、、片山正通、真锅大度、等8名审查委员组成的审查委员会进行评选。但公布之后没多久，就被日本朝日新闻报导，网路盛传的2020年东京奥运会徽与比利时列日剧院的识别标志雷同，引起热议。而会徽的设计师佐野研二郎透过东京奥运的大会组织委员会发声明称对此事不予置评。东京奥运的大会组织委员会新闻负责人表示，「在公布东京奥运会徽之前，曾经确认过包括比利时在内的世界上的商标，认为是没有问题的」。除了涉嫌抄袭比利时，会徽的配色也和西班牙设计公司的311大地震募款手机桌面相近，同样采金黑红白为主色，而且都是长方形及红色圆形设计。而国际奥委会副主席全会报告中表示，东京奥组委和他们查阅了会徽公布前所有知识产权登记的材料，结论是奥利维·德比（Olivier Debie）的设计在比利时没有注册为商标，因此「并未受到知识产权保护」，东京不是「抄袭」。
筹委会于2015年8月5日公开佐野设计东奥会徽的原始提案，试图进一步澄清抄袭的指控。但原始提案公开后，非但未能洗刷冤屈反而又出现两项新的侵权质疑。其中一项是佐野原始设计的「Ｔ」字，与2013年11月在日本举办的德国平面设计展「扬·奇肖尔德展」的海报如出一辙。另一项则是佐野提出的羽田机场吊挂东奥会徽模拟图，竟然盗用了一名外国女性-{zh-tw:部落客;zh-cn:博主;}-的照片，日媒报导，这是压垮骆驼的最后一根稻草。
关于2020年东京奥运会官方会徽被指与比利时列日剧场标志相似一事，该标志的设计者德比在2015年8月6日声明中表示，会向比利时法院提起诉讼，要求国际奥林匹克委员会（简称：IOC）停止使用该会徽。德比还在声明中称“佐野并未做出能证明其制作过程的说明”，“从目前情况来看他无法在法律上主张其独创性”。德比认为该会徽可能模仿了早先公布的剧场标志，侵害了其著作权。东京奥运组委会表示，与被告的IOC一同看了诉状，但仍坚持并未侵犯德比的著作权。东京奥运组委会谴责德比：「不愿听我们的详细说明，选择了提告的途径。」德比提告的内容指出，如果持续使用剽窃他作品的图案，IOC、公家机关、使用图案的企业等，他各要求偿5万欧元。
但在2015年9月1日奥运组委会相关人士表示，组委会、东京都等单位于当日下午召开临时协调会议，将紧急协调佐野研二郎是否修改设计，及今后因应之道。并于当日晚上，由东京奥运筹委会召开临时会议，正式决定停用佐野设计的会徽。东京都知事舛添要一对此抄袭事件表示：「我自己看也觉得蛮雷同的，事关信用问题。盼设计师佐野要先好好做说明。我有种被背叛的感觉。」并说：「不可否认，此事使得东京奥运及帕运会徽的形象低落，责任在于佐野，所以今天的会议上，大家要好好讨论。希望问题尽速解决，以利办好奥运及帕运。」为此，日本网民甚至在社群网路服务上用“佐野”一词替换“模仿”，以讽刺佐野研二郎的抄袭行为。
在会徽遭停用隔日，佐野在事务所网站发表声明，「对于设计标志以外、个人工作的不谨慎，表示歉意。一切责任在我，再次向被害的艺术家与大家深深致歉。」指的是他在情境示意图中盗用、合成其他人拍摄的机场大厅及街头影像。并发誓自己绝对没有摸仿或抄袭，为把关不佳道歉，表示此事已经让他身心俱疲，「到了一个作为人类无法撑下去的极限」。也感叹，这此事不但引发对他的各种中伤，更波及到完全无关的亲友也都被侵害隐私，他为了要保护家人和员工，所以自己提出撤销这次奥运标志设计的申请，更感叹「觉得自己身心俱疲」表示自己以后会专心在工作里，透过作品来挽回大家对他的信任。
2016年4月，组委会以「组市松纹」作为奥运及帕运的新正式会徽，使抄袭疑云得以平息。
主场馆相关问题.
2012年2月，发表重建国立竞技场的基本构想，计划兴建可容纳8万人、设置开闭式巨蛋屋顶的新国立竞技场。（简称：JSC）理事并说：「兴建以世界最顶尖为目标的场地」。同年，举办「新国立竞技场基本构想国际设计比赛」，因为在明治神宫外苑区域林立的周边设施还包括明治神宫棒球场、东京体育馆和，要于此区兴建容纳8万人的场地必须是适当的立体建筑，还需考量避难时的紧急广域避难所，再加上关于环境保护的相关设计，以及在2019年于此处举办2019年世界杯橄榄球赛，因此改建时程表无法过长等因素。此次竞赛由安藤忠雄担任审查员长，自世界各地的优秀建筑师募集作品。共计有46件作品投稿，首先选出11件，直到该年11月进行最终审查，最后伊拉克裔英国籍的建筑师-{zh-cn:扎哈·哈迪德; zh-tw:札哈·哈蒂; zh-hk:萨哈·哈帝;}-得到评审青睐，获颁最优秀大奖并采用其方案。但依哈蒂当初以「唯有现代日本建筑技术能挑战」的拱梁设计概念，总工程费高达日币三千亿元。日本建筑界要求变更为「更实际」的设计，甚至希望不拆旧体育场，增建即可。根据《朝日新闻》报导，原先在奥运申办阶段时所提出的兴建计划中，东京都须负担日币1,538亿元，不过后来发现，材料价格等费用已经上涨3倍，所以东京都知事舛添要一上任后，就开始著手修正计划。
高额的施工费用，让日本中央、地方政府、东京奥运筹委会三方陷入口水战。日本文部科学大臣下村博文要求东京都政府出资580亿日圆，引发知事舛添要一强力反击。东京奥运筹委会会长，向来以直言不讳著称的日本前总理大臣的森喜朗，也私下抱怨哈蒂的设计像「生牡蛎」。「国家连区区2520亿都拿不出来吗？」森喜朗的一句怨言，也彻底掀开新国立竞技馆背后的金钱战争。日本放送协会民调结果发现，超过8成受访者反对日本政府砸钱盖场馆。据《产经新闻》报导，新国立竞技场问题，让日本内阁总理大臣安倍晋三伤透脑筋。最后，次世代党干事长松泽成文对安倍坦言，「不改的话，会丧失民意」。
由于日本内阁总理大臣安倍晋三主张不能失信于国际社会，因此JSC只要求缩小基地规模、降低高度，盼费用降到1,625亿日圆；不过日圆贬值、建材不足、人事费上涨等影响，试算结果还是三千亿日圆。最后定案的场馆预算为2,520亿日圆，仍是奥运史上最贵。主场馆工程计划将于2015年9月份交由JSC和文部科学省定夺。
2015年7月17日，在受到民众和政界的巨大压力之下，总理大臣安倍晋三表示将建设计划重新来过，原先计划形同废止。并且日本政府已决定8月底将新国立竞技场总工程经费上限定为1550亿日圆，常设座席6万8千席，与先前预定的8万席缩水1万2千席。新计划的设计和施工从9月1日起至11月招标，12月底选定业者，预定2020年4月底完工。评选重点是削减成本和缩短工时，国际奥委会要求提前在2020年1月完工。然而新方案中，由于木材打造的屋顶覆盖了观众席，因此若在场内设置圣火台，则有可能存在违反《消防法》方面的问题，而在场内其它位置安放圣火台也面临一系列问题。换言之，新国立竞技场没有可供安置圣火台的位置。而曾经获得普利兹克奖的日本建筑师伊东丰雄也表示，新的设想都化成了“麻烦的伏笔”。最终在2018年12月，东京奥组委宣布本届奥运会主圣火台不得不移至东京湾区域，而体育场内仅在开闭幕式时设临时圣火台。
开幕式导演解雇事件.
东京奥组委22日宣布解聘开幕式导演小林贤太郎，这已经是自去年12月以来，第三位被解雇的开闭幕式导演。近日，有日本媒体曝光小林贤太郎在20世纪90年代的一档喜剧节目中调侃犹太人大屠杀，使得这位开幕式导演陷入争议，并最终被东京奥组委解聘。
作曲家霸凌丑闻.
音乐人小山田圭吾在1990年代中期受访的片段谈到，自己过去就读的学校霸凌问题严重，他自己就曾经身为加害者。他说，他曾经逼迫同学脱光光，绑上绳子当众手淫、吃大便，他还模仿摔角招式抱住对方往后摔，小山田圭吾笑称，“现在想想真的很过分，想借机向对方道歉”。
2021年7月（时年52岁），该受访片段被挖出后，此事立刻在日本社群媒体“炎上”，网友挞伐之余，也发起在线联署，要求东京奥运暨帕运委员会将他开除。发现事态严重后，小山田圭吾透过个人网页及社群网站致歉，“对造成多方人士非常不快的心情，我要诚心道歉，由衷表达歉意”。
小山田圭吾道歉文章中表示，未在当年专访中对学生时代行为表达反省是事实，会诚挚接受外界批评；他也说明，学生时代及接受专访时，自己无法想象被害者的心情，是非常不成熟的人。他说，尽管自己对过去的言行长期抱有罪恶感，但至今从未向外界说明事件经过并道歉，是非常愚蠢的自我保护。他还说，考虑到许多人因为他参与东奥开幕式作曲感到不快，或许本来应该婉拒邀约，但在存在许多课题的困难状况下，听取了为开幕式奋斗的创作者等人的觉悟与不安并深思熟虑的结果，认为自己的音乐多少能帮上忙，最后决定接受邀约。
不过，小山田圭吾考虑东奥在即，各方因素综合下，暂时不会离开作曲团队，东京奥运委员会也说，虽然没有掌握到小山田圭吾过去言行，也认为他的做法的确不能被接受，但小山田对开幕式贡献巨大，希望他能持续到最后，尽力做好准备。
东奥暨帕运组织委员会表示，虽然组织委员会并没有掌握小山田过去的发言，但发言确实不适当。
不过，组织委员会表示，小山田本人对当年的发言已表达后悔与反省，现在是抱持高度道德观念献身创作活动的创作者之一。
组织委员会表示，小山田对开幕式准备贡献巨大，希望他能为一周后开幕式持续到最后，尽力做好准备。然而小山田还是在7月19日离开团队。
赞助商谈合事件.
2014年6月，广告公司电通前专务董事高桥治之就任东京奥组委理事。在西装巨头的前董事长青木扩宪提议下，2017年9月，AOKI与高桥担任代表的公司“COMMONS”(东京)签订咨询合同。高桥方面收取了总计约4500万日元。2018年10月AOKI被选为东京奥运会赞助商，获得了奥运会会徽的使用权，2019年夏季开始销售带有会徽的西装等官方特许商品。
2022年7月26日，东京地方检察厅特别搜查部开始对高桥治之住处以及电通等进行搜查。而高桥则称收取的资金是高尔夫和婚礼等咨询业务相关的正当报酬，理事的工作与咨询业务无关，否认受贿。8月17日，高桥治之因涉嫌接受青木等人在赞助商合同等方面作出有利安排的请求，收受总计5100万日元贿赂被逮捕。青木扩宪亦被逮捕。
另外，高桥治之的老熟人深见和政担任代表的咨询公司“COMMONS2”，从2019年4月起，从出版商角川集团分10次接受了合计7000万日元，此人可能为促成角川成为奥运会赞助商而拜托了高桥。2022年9月5日，角川集团的董事长角川历彦在采访中对行贿一事予以强烈否定，然而9月14日其被东京检察厅特搜部逮捕。
9月，特别调查小组怀疑另一家日本广告巨头企业ADK（旭通DK）也涉嫌在高桥治之的私下运作下，成为东京奥组委的外包企业并非法获利。高桥治之的公司早在2013年夏天就与ADK签订了一份为期八年半的合同，并收取了ADK公司5000万日元的咨询费。2018年，ADK曾在日本最大的停车业运营公司Park24谈判成为东京奥运会赞助商时从电通公司拿到了一笔外包费用，但其实ADK在谈判中根本没做任何事情。ADK还从东京奥组委获得了很多合同，包括一座比赛场馆的运营合同。此外东京检方还传讯了与高桥治之和Park24都有密切联系的前日本奥委会主席竹田恒和、前东京奥组委主席森喜朗。
2023年4月21日，东京地方裁判所以贿赂的罪行判处AOKI原会长青木扩宪有期徒刑2年6个月缓刑4年，原副会长青木宝久有期徒刑1年6个月缓刑3年，原专务执行役员上田雄久有期徒刑一年，缓刑3年。
用地争议.
已经有迹象表明，在东京，地权人有意借奥运会相关的建设来推进士绅化。
选手村用地.
预定建设选手村的中央区晴海原本有中央区的公有棒球场——晴海运动场，在运动场土地被转为给选手村使用后，此处的棒球场被搬迁到了埼玉县三乡市的江户川沿岸。
2016年7月28日东京都知事选举进入关键阶段时，在都知事不在位的情况下，确定了选手村的建设工程方。选中的是由大型开发商与房地产商等11家公司组成的企业集团，10月以129.6亿日元的价格将土地转让。每平方米96784日元的价格，甚至低于东京远郊多摩地域和地理上远离大陆的都辖区伊豆群岛的最低地价，只相当于同地段土地价格的十分之一。尔后于同年，负责该项目的东京都公务员被发现走“”，有借选手村用地输送利益之嫌疑，截至2020年3月，已经有22名东京都引退高层干部被选手村关联私企雇佣。在2017年8月17日以中野幸则为组织者的33人的原告团向东京地方裁判所起诉，要求东京都政府方面公开土地估价报告中大片被涂黑的部分。
都营霞之丘公寓拆迁.
为了建设新国立竞技场，东京都政府于拆除了都营霞之丘公寓。这座公寓拆除的2015年时，居民大多是高龄人士，公寓建成于1960年，本来是安置新宿区霞之丘町因1964年东京奥运会相关建设而失去住所的居民，所以公寓的居民中甚至出现了连续两次奥运会都不得不搬家的经历。东京都政府给居民的搬迁费用仅17万日元。为了骚扰不搬迁的居民，东京都政府还切断了公寓的自来水供应。据一位在此公寓居住了五十多年的居民的说法，东京都政府的职员为了使他们搬走，向他们的亲属打威胁电话。
“屋台”争议.
据杂志《日刊SPA!》的报导，东京八重洲一带还有少数小摊车聚集，这些小摊车在日文称作「屋台（）」，随著东京奥运的来临，警察希望让这些非法营业的小摊车彻底消失在东京。有不少东京人感慨，东京似乎为了奥运，放弃了很多美好的事物。
比赛项目.
自选项目.
2013年5月，国际奥林匹克委员会（简称：IOC）在俄罗斯从8个运动项目中选出棒垒球、角力和壁球3个候选项目提交国际奥林匹克委员会在本次年会中投票表决，而2016年里约热内卢奥运会列入的高尔夫球和七人制橄榄球本届则继续比赛。
由于角力为奥运创始项目，日本实力坚强。加上美国职棒大联盟始终不愿暂停球季赛让球员参赛。国际奥林匹克委员会认为赛事水准不够；角力在首轮投票就以49票胜出。
虽然棒垒球再度和正式项目绝缘，但在于东京拿下主办权后，IOC主席巴赫表示不反对棒垒球返奥，此事出现转折。随即于2013年底拟订奥运改革方案「2020计划」草案。删除原奥运大项28项上限；让主办城市自选项目并缩短比赛项目决定的期限。使棒垒出现在该届奥运机会大增。该方案在2014年IOC第126届年会中提出。并于12月8日在摩纳哥召开的第127届临时年会以98票全数表决通过。
棒垒球项目是否返奥将于2015年7月在吉隆坡举行的IOC第128届年会中表决，但一般认为由于东京已选棒垒球为自办项目；2020年重返奥运几已确定。2016年8月3日确定以「棒垒球」与其他4个项目列入2020年奥运项目（2020年夏季奥林匹克运动会棒球比赛）。然而目前只取6队，日本是2020东京奥运主办国，日本保留资格，亚锦赛第1，即有资格打2020奥运，或2019年12强赛拿到前3名。，若日本在2018年拿到冠军或2019年比赛名列三甲，那么分别为亚军及殿军也可以获得资格。
环境、健康和安全问题.
2019冠状病毒病疫情和其他传染风险.
SARS-CoV-2病毒爆发本身就是定于7月底在东京举行的2020年夏季奥运会的关注点，因它远比上届奥运的寨卡疫情还要棘手，日本政府一直在采取额外的预防措施，以最大程度地减少爆发的最严重影响。
奥运会之前，日本厚生劳动省已经开展了在过去的几十年日本人口的大部分追赶疫苗接种从留下未受保护的常见传染病的接种。例如，根据世界卫生组织（WHO）的数据，日本没有强制性腮腺炎疫苗接种，在腮腺炎病例中，日本排在世界第四，仅次于中国、尼泊尔和布吉纳法索。
自奥运会开幕以来，日本国内以东京都为首的2019冠状病毒感染呈现大幅增加的趋势。国际奥委会则声称，疫情与奥运会的属于“平行世界”，强调奥运会与疫情没有关联。
2021年7月26日举行的乒乓混双决赛中，在没有观众的情况下，会场上出现大约数十名中国团队为队友应援的现像，引起争议。因根据东京奥运会运动员和团队成员应对2019冠状病毒病感染的措施手册，会上规定「避免大喊大叫、欢呼或唱歌、防止出现掌声」等。但奥运管理层解释，出现的中国成员是相关队员与教练等成员，称此举是获得中方的大力支持。但体育评论员小林伸弥认为，应禁止「有组织性的支持等行为」，而除了裁判之外，赛事的新冠病毒对策官（CLO）将扮演关注防疫措施的角色，呼吁奥委会确保CLO在未来赛事的正常运作。日本观众则批评奥运管理层在比赛中无视防疫措施。此外该场比赛最终中国队的许昕及刘诗雯不敌日本的水谷隼及伊藤美诚，获得银牌。之后，引起了中日两国网友的热烈讨论。日本网友们认为中国队伍在比赛期间助威呐喊的行为已经违反了先前规定的防疫规则，同时也影响了日本选手的表现。而中国网友们则表示“水谷隼吹球”及“伊藤美诚摸球桌”这两项举动明显已触犯防疫规定时，裁判却选择视而不见，没有给予任何警告。有日媒报道声称水谷隼只是在发球前“喘了口气”，批评中国网友输不起，缺乏体育竞赛的精神。
截至2021年7月31日，累计28人违反东京奥运防疫规范而被处分。包括2名运动员在内的6名奥运相关人士因违反防疫规定被注销奥运注册证件。
8月6日，澳大利亚曲棍球5名运动员违规离开奥运村买啤酒。而东京奥组委规定奥运村内人员禁止外出。
福岛核辐射.
福岛第一核电厂发生核泄漏之后，造成一系列辐射影响，或影响人体健康。另外，奥运村提供的餐食也将包含福岛当地农产品，导致一些代表团（如韩国）选择自备餐食。
可能的高温天气.
受近些年全球变暖加剧及热岛效应的影响，东京近几年高温将近甚至超过40度。2019年10月，国际奥林匹克委员会宣布将指定气温低于东京的札幌举办2020年夏季奥运的马拉松及竞走赛事，以避开酷暑天气及保障参赛选手的身体健康。国际奥委会的这一决定遭到了东京都政府的强烈反对，东京都政府建议将马拉松比赛的开始时间提前至凌晨5时举行，札幌市政府则对国际奥委会的决定表示欢迎。
然而在马拉松比赛当日，札幌仍然处于高温高湿的天气，8日早间起跑时的气温达26摄氏度，湿度80%，男子马拉松106名选手中有30人未完赛。
在男子和女子竞走项目上，炎热天气也导致了竞走强国中国的战术失败。根据赛前计划，本届奥运会的竞走项目定于札幌举行，此地在比赛日的天气应较为凉爽，中国队因此选择了与夏季札幌气候类似、夏季天气凉爽的黄山市作为备赛地点；但是在男子20公里、50公里和女子20公里比赛当日天气极为炎热，中国队不适应比赛环境，使得中国队在本届奥运会竞走比赛上仅获得了由大满贯得主刘虹取得的一枚铜牌。
奥运场馆的石棉.
由于健康危害问题，石棉在许多国家，包括日本是禁止作为建筑材料使用的。但在奥运会水球比赛场东京辰巳国际游泳中心的建筑材料中却被发现了石棉成分。
疫苗争议.
2021年3月11日，国际奥委会主席托马斯·巴赫宣布中国愿意向东京奥运会提供疫苗，而国际奥委会为此同意从中国购买疫苗，为参加奥运会和残奥会的团队提供免费注射，引爆舆论热议。主办国日本东京奥组委首席执行官武藤敏郎回答媒体时不予置评，因为日本没有批准中国的疫苗。而当他被问及日本方面是否被事先告知时，他表示完全没有通知，因此当国际奥委会在会议决定提供疫苗的时候，日本官员只是在听着。3月12日，日本奥运会和残奥会担当大臣丸川珠代对此回应中国生产的疫苗尚未获准在日本接种，因此日本运动员不会接种中国的疫苗，并强调奥运会现今将以不接种疫苗也能参加奥运会的原则不变。奥委会主席托马斯·巴赫也于同日在新闻发布会上回应日本方面的困惑和重申奥委会基本政策是遵守每个国家和地区的规定，关于中国提供的疫苗计划，他强调当局批准疫苗是进行疫苗接种的先决条件，并尊重日方关于是否接受海外观众的政策，并补充说世界任何地方生产的疫苗都可以使用，因此团结至关重要。而在一些国家没有获得疫苗的情况下，世卫组织正迫切地在世界各地公平分配疫苗，希望所有运动员可以牢记一些难以获得疫苗的国家和地区，以消除对疫苗的偏见。
2021年5月6日，辉瑞与国际奥委会签署协议，同意免费捐赠辉瑞疫苗，为前往日本的相关人员都能施打到疫苗。
东京湾水质.
本届奥运会铁人三项的游泳项目在御台场海滨公园附近的东京湾举行。然而早在奥运会开赛之前，东京湾的水质就被传出臭味，引起2016年奥运会瓜纳巴拉湾脏水的糟糕回忆。此前东京湾的奥运测试赛韩国国家电视台KBS和法新社等世界著名新闻社也曾报道东京湾的水明显有臭味和异味。按照一位专家的解释，东京城市的下水道直通东京湾，一般情况下都会经过处理后再排放，但如果是下雨天就会直接排放，这直接污染了附近海域的水质。
在2019年，在东京湾的一次水质检测中，大肠杆菌数量严重超出国际铁人三项联盟规定的标准。奥委会对此进行一系列改革和测试，包括在东京湾倒入22,200平方米的沙子入海湾，以助清洁水质并为水中生物创造环境，铺垫三层的聚酯纤维屏幕和滤网，以防止降雨后大肠杆菌等细菌的滋生，最终奥运联合会一致认为测试结果是可以接受的。奥委会也引入了流水声发生器，以应对水下屏幕关闭时水温上升等问题。
2021年7月26日，男子铁人三项决赛结束后，多位参赛运动员出现身体不适，包括挪威选手冠军克里斯蒂安·布卢门菲尔特在内的部分选手甚至当场呕吐，中国媒体报导猜测与水质有关。然而赛后布鲁蒙菲尔特接受英媒采访时没有回应水质问题，但表示天候问题「对于在挪威卑尔根寒冷气候长大的我来说，那里一年中有三分之二的时间都在刮风、下雨和气温只有10度。我对温度没有高一点感到有些失望」。获得第二名银牌的英国选手余力生在总结原因时也归咎于气候条件：「我知道高温是我的弱点之一。我付出了很多努力来做好准备，我认为我能很好地应对高温，但我还不够」。也有网民讨论认为，呕吐只是剧烈运动后的不适，不一定与水质有关。中国运动员仲梦颖回应称个人感觉并没有异味，应该是天气炎热，湿度太大，再加上比赛太过激烈，才造成此类现象的发生。7月29日，铁人三项的技术代表公布了26日、27日的水质样本结果“铁人三项赛场的三处水质污染状况均达第一标准。”
东京湾同样承办本届的马拉松游泳赛事。根据2019年世界游泳锦标赛公开水域10公里冠军、本届奥运会女子10公里马拉松夺冠热门辛鑫披露的一段赛前训练视频，辛鑫在东京湾的水中训练结束后上岸，身上吸附着许多黑色的小虫子；辛鑫上岸后立马请求身边的人帮她把虫子弄下来。这些虫子吸附在辛鑫的肩背和胳膊上，用手根本拍不掉，必须一只只抠下来才行。这更加深了人们对东京湾比赛水质的担心。
台风的影响.
热带风暴尼伯特吹袭日本，导致部分奥运项目需提早或延迟举行。
运动员出逃.
2021年6月19日，乌干达代表运动员随团到达日本，由于排名变动，失去了参加赛事的资格，原计划要跟随教练回国。在没有通过2019冠状病毒病检测后，于2021年7月16日被发现失踪，警方找到其留下的纸条，表示自己的国家过于贫穷而要留在日本打工生活。根据监控录像信息确认其购买了前往名古屋的新干线火车票。7月20日当地警方在三重县四日市发现塞奇托雷科，经过核实身份，交由当地大使馆劝导后，确认安排21日当天回国。
白俄罗斯代表运动员克里斯季娜·季马诺夫斯卡娅仅有资格参加2020年东京奥运会的100米和200米项目。奥运会开始后，白俄罗斯的国家体育主管部门在未经她同意的情况下强迫她参加并不在原本参赛计划之内的4×400米接力项目，齐马努斯卡娅不满，表示她从未跑过400米项目，在Instagram上批评了白俄罗斯国家体育主管部门。2021年8月1日，她被通知退出200米比赛并被白俄罗斯奥林匹克委员会相关人员强行带到东京国际机场，企图让她登机回到白俄罗斯，不过她拒绝登上航班并向日本警方报警，日本警方得知后出面保护，日本外务省官员也将会见齐马努斯卡娅；齐马努斯卡娅决定流亡波兰并前往波兰驻日本大使馆寻求庇护。8月2日，她获得波兰给予的人道签证。8月4日，齐马努斯卡娅乘搭飞往奥地利维也纳的航班离开日本，与丈夫团聚。8月6日，国际奥组委宣布，白俄罗斯田径队总教练莫塞维奇（Yuri Moisevich）和官员舒马克（Artur Shumak），已经被取消奥运资格，并被带离选手村。
马术比赛场地雕像吓坏马匹.
不少马术选手在赛后抱怨，称障碍赛道中的布置让他们的马受到惊吓，尤其其中一个障碍左侧的「相扑力士」雕像；数只赛马看到雕像后不敢跨越障碍，致使数名选手失格。个人项目结束后，组委会临时将相扑雕像移除，以免相扑雕像影响团体赛选手及马匹的表现。
政治争议.
争议领土.
由于东京奥运会官网上的火炬传递线路地图中把日俄争议岛屿南千岛群岛（日本称北方领土）与日韩争议岛屿独岛（日本称竹岛）划入了日本，导致俄罗斯和韩国官员对奥运会官方网站上的火炬传递地图持怀疑态度。
日俄争议领土.
俄罗斯外交部发言人玛丽亚·扎哈罗娃则表示东京奥委会的行为是「非法」的，并指责了东京奥组委将奥运会「政治化」。
日韩朝争议岛屿.
韩国教授徐坰德于2021年5月21日表示已向国际奥委会发送邮件表达不满。韩国前总理丁世均于2021年5月26日表态要求删除地图上的争议领土，否则“必须采取包括不参加奥运会等手段”。韩国外交部新闻发言人于2021年5月27日表示：“这是绝对无法接受的行为”。韩国外交部长官郑义溶于2021年5月28日在韩国国会表示：“已经向日方提出强烈抗议”。
朝鲜民主主义人民共和国官方通讯社朝中社于2021年6月4日发表评论，称日本此举“是对人类的和平愿望的愚弄”和“践踏我国民族主权的忍无可忍的挑衅”。
日本内阁官房长官加藤胜信在2021年5月28日举行的记者会上表示：“竹岛是我国的固有领土，完全无法接受韩方的主张”。
2021年6月11日，国际奥委会奥林匹克团结关系部主任詹姆斯·麦克劳德在给大韩体育会会长李起兴的答复中称：“东京奥委会表示此并非政治宣传”。
旭日旗.
日本政府拒绝了在奥林匹克场所对旭日旗做出禁止措施的此一行为，被指控违反奥林匹克精神，因为该旗在第二次世界大战中被日本帝国军队使用，且目前日本部份种族仇恨组织（例如在特会）和日本海上自卫队依旧在使用该旗帜，这都伤害了东亚和东南亚人民的感情。
旭日旗经常和纳粹十字记号与美国同盟旗帜相提并论，这与日本帝国军队在第二次世界大战中犯下的战争罪行，以及当代日本极右翼民族主义者对帝国主义过去的修改、否认和浪漫化的尝试有关。
目前，国际足联已明令禁止在旗下任何赛事悬挂旭日旗。而在2017年亚足联冠军联赛中，当有日本球迷将旭日旗悬挂在比赛场地后，受到了亚洲足球联合会的制裁。
2019年9月，韩国体育议会委员会要求2020年东京夏季奥运会的组织者禁止升起旭日旗，而中国要求日本赔偿的民间协会也致函要求国际奥林匹克委员会禁止日本升起旭日旗。
运动员的政治见解.
在国际奥林匹克委员会（IOC）公布的三页的过程中，从颁奖典礼的使用政治姿态，如跪，手势，和不尊重禁止运动员的指导方针。他们将被允许在传统媒体和社交媒体上以及在奥运村外的采访中表达政治观点。
动员学生参加奥运会.
由于日本部分学校校长决定为学生分配本届奥运会以及残奥会的门票，并迫胁学生如果不参加奥运会就被以旷课处理而遭到日本学生的批评。
网路监控.
2020年10月，英国官员声称，俄罗斯格鲁乌军事情报局对本届奥运会的组织者，后勤供应商和赞助商进行了「网路侦察」行动。尽管东京奥组委在之后声明俄罗斯的网络监控「没有发现重大影响」，但格鲁乌的行动依然遭到英国和美国方面的谴责。
韩国代表队横幅.
韩国代表团入驻奥运村后，在阳台上挂出了国旗、横幅等等为自己加油。其中一条横幅上书“臣还有5千万国民声援和支持”，化用了万历朝鲜之役期间朝鲜抗日名将李舜臣的名言“臣还有十二艘战船”，被部分日本人质疑是“反日”，甚至有日本右翼团体举着“旭日旗”在韩国代表团住宿区前示威。事后国际奥委会认定该横幅违规，韩方也撤除了横幅。
其他争议.
抗议事件.
东京奥运会开幕式期间，有部分日本民众在国立竞技场抗议游行并大喊口号“比奥运更在乎生命”，亦引起骚动，以表达对奥运会的不满。
网络暴力问题.
在奥运会上，对于各国运动员能否将金牌带回国的表现成为大会的焦点之一，随著网路技术的发展以及国际关系趋于紧张，一些不理性的行为逐渐频繁。在一些比赛中即使成绩不错，亦在比赛结束后惨遭网络霸凌，有些涉及种族歧视与仇恨言论，，以及境内歧视，此外由于涉及地区政治争议，以及比赛对手运动员因评分明显不公也成为霸凌目标，包含赞助商也被不理性网民指控，因部分自家运动员未能发挥本国网民心目中期待的实力，甚至连出赛的动物都成了媒体批判的对象，许多运动员和支持者除了发声反击，也表示不排除法律行动，连身心出现症状也被批评。甚至连比赛讲解也因言论遭到网暴，而金牌总数也成为网路对骂的冲突点，纽西兰奥林匹克委员会（NZOC）发言人阿什利·阿博特（Ashley Abbott）称，哈伯德（代表新西兰参加举重项目的变性运动员）受到了“特别大的关注”，并非所有社交媒体上的关注都是正面的；看到了很多不恰当的评论，作为一个组织将保护我们的运动员或所有运动员免受社交媒体的攻击。8月1日，日本奥委会（JOC）在东京新闻中心召开会议中，宣布对东京奥运会期间的运动员在社交网络上霸凌问题采取法律措施，以打击恶意诽谤问题。日本代表团团长福井烈对水谷隼、桥本大辉等选手在赛事中途遭到网络中伤提出强烈抗议，表示这是「侮辱运动员多年努力和积累时间的行为，绝对不能接受」。国际击剑联合会副主席太田雄贵同日在推特上呼吁停止对运动员的网络诽谤。日本游泳队代表教练平井伯昌于2日也提及了互联网上困扰着本届赛事运动员的诽谤问题。
跨性别运动员.
该届奥运迎来奥运史上首位公开跨性别身份的运动员参赛亦引发争议。新西兰奥委会宣布通过变性手术从男性变为女性的87公斤以上级举重选手劳瑞尔·哈伯德入选该国奥运阵容。哈伯德于2013年决定改变自己的性别。2015年达到了国际奥委会有关跨性别运动员和公平竞争的所有要求。尽管哈伯德符合参赛资格的要求，但、、、等与之同台竞技的运动员仍对她的参赛提出了质疑，认为她参赛对其他运动员不公平。
女运动员服装.
在7月25日的东京奥运资格赛上，穿着覆盖腿部的全身式体操服上阵，在一众穿着露腿体操服的女运动员当中显得格外瞩目。“我们想表明，每个女性、每个人，都应该决定自己穿什么。”德国队员伊丽莎白·塞茨对媒体说道。根据国际体操联合会的规定，选手可以在比赛中穿着长袖、半袖或使用腿部遮盖物，只要颜色与紧身衣相匹配即可。但迄今为止，几乎只有运动员出于宗教原因穿着遮盖腿部的体操服。德国是首个打破女性体操着装惯例的国家。德国女子体操选手的“一小步”试图为女运动员创设一个更加包容的空间，但这并不容易。就在奥运会开幕前的几天，沙滩手球欧洲锦标赛铜牌争夺战中，挪威女队身穿短裤而非规定的比基尼出赛，被罚款1,500欧元（约合人民币11,459元）。欧洲手球协会纪律委员会给出的处罚原因是“着装不当”。据美国全国广播公司（NBC）报道，的队员们抱怨说，比基尼泳裤“过度性感且不舒服”。不少人喊话支持女运动员们：“如果男性沙滩手球运动员可以穿宽松的背心和长到膝盖的短裤，为什么女性不能穿类似的衣服呢？”相对的，在七月的英国田径锦标赛上，两届残奥会世界冠军奥利维亚·布林（Olivia Breen）被赛会官员告知她的运动短裤“太短且不当”。随后布林向英国田径协会提出正式投诉，并表示将以同样的装束参加东京残奥会。以色列人气妈妈博主托瓦·利（Tova Leigh）对BBC表示，问题关键在于“女性的身体仍然被物化为男性服务，所以每个人都有权利对她们指手画脚和提出要求”。
部分裁判判罚争议.
在2021年7月28日举行的体操男子个人全能比赛决赛中，日本选手桥本大辉在跳马环节落地时出现出界失误，但该项目仍获得14.7分，最终总分击败中国选手肖若腾拿下金牌。比赛结束后，该结果随即在中国大陆引发巨大争议。7月29日，国际体操总会发表声明，表明桥本大辉于跳马项目中评分无误，结果不影响比赛总成绩排名。
在2021年7月28日的女子水球小组赛中，中国女子水球队迎战，最终中国队以16-11战胜对手。比赛过程中，其中一位日本球员直接把中国队员陈笑强压在水下继续往前游，尽管陈笑举手示意，但裁判未对日本选手进行处罚。赛后，陈笑于个人微博发文，以“在我身上游得开心吗？”回应故意将自己强行压在水中的日本选手。
日本拳击选手田中亮明在男子蝇量级八分之一决赛对阵中国选手胡建关的比赛中有大量犯规动作但裁判无表示，最终裁判判田中获胜；在四分之一决赛中，他在中途被推去吸氧的情况下仍被判战胜哥伦比亚拳手尤韦连·马丁内斯。
2021年8月7日进行的艺术体操个人全能决赛中，以色列选手利诺伊·阿什拉姆尽管途中出现掉带失误，但最终仍力压俄罗斯奥林匹克委员会选手迪娜·阿维林娜夺得冠军。比赛期间，裁判驳回了三项针对俄罗斯运动员表现的抗议。迪娜·阿维林娜称，她在裁判给出最后一项分数时用了很长时间的时候，便意识到裁判在“密谋”。赛后全俄艺术体操联合会主席称，迪娜没有输，但裁判公然的不公正，会像2004年雅典奥运的涅莫夫事件一样被载入史册，迪娜·阿维林娜的动作干净利落，利诺伊·阿什拉姆有明显的失误却得分最高。乌斯马诺娃在赛后也辞去自己的职务以表达不满，称艺术体操已死，工作没有意义。
运动员不文明行为.
8月2日，澳大利亚奥组委表示，澳大利亚赛艇和橄榄球队伍成员在完成比赛后回国前损坏了东京奥运村的房间，包括有运动员在房间的墙上开洞、纸板床塌陷、房内地板留有呕吐物等等。路透社报道还称，澳大利亚队的鸸鹋和袋鼠玩偶吉祥物一度丢失，后来在德国队的房间里被发现。8月3日，澳大利亚东京代表队团长切斯特曼在记者会上表示一些年轻人犯了错，把自己的奥运村房间弄得“令人无法接受”，但两支球队已经道歉，不会采取进一步的纪律处分。切斯特曼还称虽然两支队伍的运动员在房间的墙上开了个洞，但他认为“破坏房间并不难，因为房间本身就“非常脆弱”，不用费很大力气就能在墙上打个洞。”另据共同社和路透社报道，在东京飞往悉尼的航班上，澳大利亚足球队和7人制橄榄球队的球员基本都喝得酩酊大醉，严重干扰了飞机上的正常秩序。据悉，这些澳大利亚球员在日本航空的飞机上大声唱歌，当被要求坐下和戴好口罩时，没人理会并且还做出了一些醉酒之后的滑稽动作。有同班机的乘客在接受采访时表示：“他们显然都没有戴口罩，因为他们一直在喝酒。有些喝醉的人还在呕吐。”
桑德斯手势争议.
8月1日，摘得银牌的美国铅球运动员瑞雯·桑德斯在颁奖仪式上把双手交叉置于头顶，做出 “X”手势，并明确称“这是所有受压迫者的交汇点”。随后，国际奥委会表示已着手调查此事。在桑德斯的母亲2日猝逝后，国际奥委会表示已中止对其手势事件的调查。
中国选手佩戴毛泽东像章争议.
8月2日，在场地自行车女子团体竞速赛上，中国选手钟天使、鲍珊菊夺得金牌，但两人穿着中国队外套上台领奖时，胸前各别了一枚前中国最高领导人毛泽东的像章，有异议人士认为像章是「文化大革命象征」，但众多中国网民则高度赞扬。国际奥林匹克委员会表示正在对可能违反《奥林匹克宪章》第50条的行为展开调查。国际奥委会发言人马克·亚当斯表示，国际奥委会已经要求中国奥委会提交一份报告，对该事件作出解释。中国奥委会已向国际奥委会保证同样事件不会再发生，并表示将「很快」提交报告。8月7日，国际奥委会官员表示，已向钟天使、鲍珊菊发出警告，称她们违反了政治姿态规则，并宣布此案已结案。
奖牌“掉皮”.
2021年8月23日晚，中国大陆运动员、东京奥运会女子蹦床冠军朱雪莹发布微博反映自己的金牌出现“掉皮”情况，引起广泛关注。24日，《环球时报》记者联系采访负责铸造东京奥运会奖牌的日本造币局，对方表示尚未关注到此事，东京奥组委可能对此进行调查。25日，东京奥组委回复《环球时报》记者，表示掉落的“皮”为涂在奖牌表面的一层保护涂膜，不会影响金牌质量。此后在28日，朱雪莹将这块金牌与自己的领奖服捐赠予天津市体育博物馆，成为首位捐赠东京奥运会金牌的运动员。后来，泰国跆拳道选手帕妮帕·翁帕他那吉亦反映其金牌掉皮的问题，她称自己非常难过，希望能够更换一块，她还透露泰国拳击铜牌得主素达蓬·西颂迪的奖牌亦出现和她一样的问题。而在比赛已经结束的两年后，即2023年7月，中国大陆运动员、东京奥运会男子皮划艇双人划艇1000米亚军郑鹏飞在微博发文，表示自己所得的银牌出现严重氧化现象，指奥运奖牌「是废品做的」。