香港2019冠状病毒病疫苗接种计划

香港的2019冠状病毒病疫苗接种计划由香港特别行政区政府执行，目标是为香港全数适合接种疫苗的居民免费提供疫苗注射，以保障香港大部分人员免受2019冠状病毒病感染、遏止香港的2019冠状病毒病疫情。接种计划分别采用由BioNTech开发的复必泰（BNT162b2）以及由科兴生物开发的克尔来福（CoronaVac）两款疫苗。计划于2021年2月26日正式展开；至2024年9月22日为止，有6,920,515人已接种至少一剂疫苗、6,803,582人已接种第二剂疫苗、5,862,727人已接种第三剂疫苗以及、1,222,464人已接种第四剂疫苗、235,603人已接种第五剂疫苗以及52,703人已接种第六剂疫苗。特区政府由2021年6月1日起不再主动公布死亡前曾接种2019冠状病毒病疫苗个案，改为每隔两周在网上发出简报，并排除所有怀疑个案，被批评刻意降低透明度及黑箱作业。截至2023年6月30日晚上8时，医管局呈报共120宗死亡前14日曾接种2019冠状病毒病疫苗的个案，占疫苗接种总剂量的0.0006%。当局评估当中118宗与接种疫苗无关，其余2宗未能确立与疫苗接种有因果关系，而根据与2018至2020年统计数字比较，当局认为未有证据显示接种疫苗增加接种者的死亡或流产风险。
3605宗疫苗异常投诉中，有3人获赔偿，合共45万港元，分别涉及贝尔面瘫、速发严重过敏反应及住院治疗。
历史.
2020年12月11日，行政长官林郑月娥在记者会表示，已经采购德国药厂BioNTech与美国辉瑞共同研发的疫苗（BNT162b2），但在当日深夜，食物及衞生局发出新闻稿称，政府是与复星医药达成协议，采购由复星与德国药厂BioNTech合作研发的疫苗，而辉瑞则为BioNTech在中国大陆及港澳台地区以外区域的合作伙伴。12月12日早上，食物及衞生局局长陈肇始在电台节目上解释，这款BioNTech疫苗，由复星、BioNTech、辉瑞合作以mRNA核糖核酸技术研发，该款疫苗需要冷藏技术储存，将会作为日后展开中央接种之用，陈强调疫苗是在欧洲制造，复星主要担当接洽的角色，陈又称这疫苗「有同辉瑞一齐合作研发」，已预购750万剂，首批100万剂疫苗在明年第一季交付。
2020年12月23日，政府刊宪订立香港法例第599K章附属法例《预防及控制疾病(使用疫苗)规例》，指会在公共卫生紧急状态下提供法律框架，引入符合安全、效能及质素要求的2019冠状病毒病疫苗作紧急使用，《规例》的生效期至2021年12月23日。，疫苗接种预约系统由香港创新及科技局负责开发，亦指已于2021年1月准备就绪。
2021年1月25日，香港食物及衞生局局长对复星医药「开发」的德国BioNTech复必泰（BNT162b2）疫苗批出认可，可在香港紧急使用。德国BioNTech在1月26日表示供应香港的首批共100万剂疫苗已经完成生产程序，现正等待香港方面落实运送时间。
2021年2月5日，香港特区政府在晚上发出新闻稿，宣布豁免中国科兴生物就其开发的克尔来福疫苗在主要学术期刊刊登第三期临床试验数据的审批要求，以达致第一批运到香港使用的新型冠状病毒疫苗是中国科兴疫苗，而不是早于1月中已取得香港紧急使用授权及德国厂方早已完成供港首批次生产的BioNTech疫苗。
2021年2月17日，在特区政府免除科兴在学术期刊刊登第三期临床试验报告的要求后，疫苗顾问专家委员会一致通过，建议政府紧急使用科兴生物克尔来福疫苗，食衞局亦指，会继续争取疫苗早日供港，正积极筹备。行政会议成员林健锋希望政府快速拍板，据他了解，首批供港的科兴疫苗已经准备就绪。如果完成一切程序，首批科兴疫苗最快2月19日抵港，BioNTech复必泰疫苗预料下周抵港。
2021年2月18日，食物及衞生局局长陈肇始宣布已经动用50亿港元向药厂购买两款疫苗。因为特区政府已购买及即将运送首批到香港的疫苗分别是中国科兴克尔来福疫苗及由复星医药代理的BioNTech疫苗，各有750万剂，即特区政府耗资50亿港元购买1500万剂疫苗，当媒体问及特区政府以50亿港元向中国科兴及复星医药两公司支付每剂疫苗的价格及交易金额时，特区政府回应称因为保密协议，不能透露交易价格。
2021年2月19日，首批100万剂科兴疫苗由北京空运抵港，并计划于同月23日启动疫苗接种预约登记工作。据报道，香港将提供4个疫苗接种途径，包括于18区设立29间社区疫苗接种中心、1200多间私家诊所、医管局旗下18间门诊以及残疾人士院舍等。而首5间负责接种科兴疫苗的社区疫苗接种中心于同月26日起运作。
2021年2月27日，首批供应香港及澳门的复必泰（BNT162b2）疫苗，于当日早上由生产地德国的法兰克福机场运扺香港国际机场，当中58万5千剂转运到香港境内的储存仓库，其余的10万剂转口到澳门。
2021年3月10日，香港正式开始复必泰疫苗的接种工作，首星期将率先开放由医院管理局负责营运的接种中心，其后亦将于外判接种中心提供。
2021年3月24日，复必泰疫苗接种中心在早上8时开放前，BioNTech复必泰疫苗的香港代理商复星医药通知香港特区政府，其代理的复必泰疫苗出现包装质量问题而需要停止使用，各疫苗接种中心于开放1小时后陆续收到停止接种复必泰疫苗的通知，政府新闻处却迟至10时才发出暂停接种复必泰疫苗的新闻稿，各接种中心最少有过百名市民已接种复必泰疫苗。香港特区政府其后称，因为收到BioNTech疫苗的香港代理商复星医药的书面通知，其代理的复必泰疫苗在批号为210102的产品中，药剂瓶的封盖存有瑕疵，而另一批批号为210104的疫苗亦需要封存暂停使用，今日起将停止运送疫苗到各接种中心，复星医药又称未有证据表明疫苗包装的瑕疵会构成安全风险，暂停配送只是预防性措施，并已通报生产商BioNTech进行调查，供应香港疫苗的后续安排可能会受到影响。卫生署表示将会与代理商复星医药举行紧急会议，以便跟进事态发展。今早已经预约接种疫苗的市民在接种中心外轮候，部分市民向记者表示昨天还收到政府发出手机短讯提醒要准时打针，当到场后得知突然要停止接种疫苗时，有市民表达不满，怒斥政府荒谬及浪费市民时间，斥责特首林郑月娥及食物及卫生局长陈肇始无能。有市民批评政府及代理商无理由在这批疫苗被接种到现在，才突然称这批次的疫苗有问题，并表明即使未能接种BioNTech疫苗，也不会接受任何来自中国的疫苗。衞生署署长陈汉仪在下午举行的记者会称，瓶盖有瑕疵的批次210102（有效期至2021年6月）有58.5万剂，至今已注射150,200剂。由于特区政府延误发出暂停通告达两小时，在24日上午共有1,080人在接种中心接获暂停使用复必泰疫苗通知前已经打针，负责统筹疫苗接种工作的公务员事务局局长聂德权称因为涉及两个批次的疫苗，承认沟通混乱，期望市民谅解。
2021年3月26日，衞生防护中心疫苗可预防疾病科学委员会成员、香港大学公共衞生学院教授高本恩接受访问时表示，科兴疫苗保护率只有六成多，即使多人接种也未必能达到群体免疫，高本恩指出要达到群体免疫，除了要达到占香港人口七成的整体接种率，疫苗本身的保护率也是关键。科兴疫苗有效率较低，病毒在社区继续传播的机会便较高，对不能接种或不接种疫苗的人并不理想，因此社会应有不同疫苗，一些人选用复必泰，一些人用科兴，或日后抵港的阿斯利康疫苗。高本恩希望只是短时间暂停接种复必泰疫苗，留意是否个别批次的问题，否则可于下周恢复接种工作，并追回接种疫苗的进度。
2021年4月1日，衞生署署长陈汉仪在记者会称，BioNTech在中期调查报告怀疑其德国工厂在封装疫苗时，压接工序出现偏差，使铝质金属环无法完全紧箍疫苗瓶顶，影响疫苗瓶的密封性，在摄氏-71度的低温下有空气渗入，当疫苗瓶移到摄氏2至8度时，因为塑料瓶塞恢复弹性及气密性，使之前渗入的空气无法排除，令瓶内气压增加，可能会导致疫苗瓶出现渗漏，或者稀释时会有液体喷出，抽检另一批由同一工厂包装但尚未使用的批次210104亦发现有类似情况，不过陈强调药剂师在稀释疫苗时若发现疫苗瓶有不良状况，便不会供市民注射。负责统筹疫苗接种工作的公务员事务局局长聂德权称，由BioNTech安排另一药厂百特国际（Baxter）协助生产的新一批30万剂复必泰疫苗将于4月2日运抵，可于4月5日重启接种复必泰疫苗。香港医院药剂师学会会长崔俊明表示因包装问题而要封存的两个批次合共有130万剂，梁称既然是药厂处理疫苗疏忽便应负起责任，收回这两个批次，并以新批次替换，认为政府及代理商应该跟进。4月29日，BioNTech通知香港特区政府，涉及瓶盖压接瑕疵的批号为「210102」及「210104」的两批疫苗应退回德国，并会安排其他批次替换。
2021年4月2日，由百特国际在德国北莱茵-西发利亚的厂房生产的30万剂复必泰疫苗运抵香港，于4月3日恢复接受预约。在3月24日至4月4日期间因为复必泰疫苗包装发生问题，而被政府通知取消预约的18万3千名市民，将会陆续收到手机短讯通知由政府安排的新接种时间，至于已预约4月5日或以后接种疫苗的市民则可以按原定时间到接种中心接受注射。
2021年4月9日，食物及卫生局局长陈肇始在立法会上回应议员有关防疫政策的提问时，指出由于现有的疫苗供应充足，加上牛津-阿斯利康疫苗或可引发罕见血栓，因此政府将押后这款疫苗的抵港时间至不早于2022年初；此外，政府亦准备研究购入下一代COVID-19疫苗。
2021年4月15日，香港特区政府宣布将接种年龄由30岁下调至16岁起，16至29岁人口约108万人，计划涵盖人口增至650万，占香港人口88%，公务员事务局局长聂德权又称，复必泰疫苗只能存放3至4个月，预料在9月底关闭复必泰疫苗接种中心，故市民若想接种复必泰疫苗，必须在8月底前完成接种第一剂，惟暗示之后只有科兴疫苗可打的说法遭到医学界批评。港大感染及传染病中心总监何栢良指出政府订购750万剂复必泰疫苗，至今约有193万剂到港，接种复必泰疫苗超过一个月只用了41.4万剂，按目前接种进度推算在9月底关闭接种中心时，将会因为无人接种而浪费375万剂复必泰疫苗。呼吸系统专科医生梁子超及香港医院药剂师学会会长崔俊明认为，政府可以与药厂协商调节疫苗的交货时间，而原定在今年年中交货的阿斯利康疫苗，政府之前已要求药厂押后到明年付运，许树昌还认为政府是想透过预设接种复必泰疫苗的限期来催促市民打针。公共医疗医生协会会长马仲仪指政府称最迟在8月要接种第一剂复必泰疫苗的说法令人反感，难以理解政府不再增购复必泰疫苗，反而声称9月后不再提供，质疑政府做法是否为公共衞生着想。
2021年6月，香港大学追踪1000名已经完成接种两剂德国BioNTech疫苗或中国科兴疫苗的研究发现，接种BioNTech的人群体内抗体水平远高于接种中国科兴疫苗的人群。这项研究由香港特区政府委托香港大学进行，参与这项研究的流行病学家考林表示，虽然疫苗引发的抗体水平不能直接反映保护能力，但体内有较高水平的抗体通常可提供较强的免疫力，接种科兴疫苗的人抗体水平较低，这意味著接种科兴疫苗的人群有需要接受第三剂注射。
2021年6月29日，养和医院发表研究报告，指出今年2月至4月期间该院招募医护人员进行抗体研究，有220人打中国科兴克尔来福疫苗，237人打BioNTech复必泰疫苗。研究团队于医护人员接种第一针及第二针后，以3种技术为接种人群进行抗体测试，发现接种首针复必泰疫苗后，3种测试均显示抗体阳性比率高达九成，接种第二针后更全部达100%；而接种中国科兴疫苗首剂后抗体转阳率介乎19.3%至75.8%，接种第二剂后亦只介乎94.4%至99.5%，均低于接种复必泰疫苗。该抗体研究反映中国科兴疫苗的预防感染能力不如BioNTech复必泰疫苗，而研究报告已刊登于供同行评审的《香港医学杂志》。
2021年7月11日，有已完成接种两剂科兴克尔来福疫苗的现任立法会议员透露，有数名立法会议员的抗体水平数值只有「数十至一百多」，但是接种BioNTech疫苗的朋友却验出抗体数值达到「一千多」，并形容现时的情况「害死人」，若然明年需要追加注射疫苗，一定会转打BioNTech疫苗。
2021年7月15日，特区政府根据疫苗专家委员会对多宗科兴疫苗的不良反应个案的分析，将「贝尔氏麻痹症」列为中国科兴克尔来福疫苗的副作用之一，但特区政府没有就此重要更新发出新闻公布，疫苗顾问专家委员会于7月14日召开会议后发出的新闻稿亦没有提及，只是修订相关网页低调发放科兴疫苗可能会引起面瘫的资讯。
香港大学公共卫生学院于2021年7月15日在同行评审医学杂志《柳叶刀（微生物）》发表研究报告，大学在一项中国科兴克尔来福疫苗与BioNTech BNT162b2疫苗的对比研究中，招募1442名医护人员，初步完成了对当中施打BioNTech疫苗的63人及施打科兴疫苗的30人的抗体分析，他们年龄介乎26岁至65岁，就完成接种两剂相同的疫苗而言，接种BNT162b2的抗体水平较接种科兴疫苗者高约9倍，即使只打一剂BioNTech疫苗，其产生抗体的平均水平，亦高过接种两剂科兴疫苗者超过8成。卫生防护中心辖下疫苗可预防疾病科学委员会及中大呼吸系统科讲座教授许树昌都表示会展开研究，为完成接种两剂中国科兴克尔来福疫苗，但产生中和抗体偏低的人士接种第三针加强剂的部署进行前期研究。
2021年8月3日，由政府疫苗专家顾问委员会成员之一的许树昌领导的研究发表研究报告，香港中文大学医学院为750名参与疫苗抗体研究的市民，在完成接种两剂中国科兴疫苗或德国BioNTech疫苗后进行抗体分析，发现BioNTech疫苗产生抗体的水平较高，所以接种BioNTech疫苗的市民暂时没有接种第三剂疫苗的必要，而完成接种两剂中国科兴疫苗后的一个月，体内的中和抗体水平则相对较低，其中80人属于偏低水平，由于接种疫苗后中和抗体水平偏低的人仍然容易受到感染，所以研究团队将会考虑为完成接种科兴疫苗的研究参加者接种第三针的加强剂。
2021年8月22日，香港大学公布先打一剂BioNTech疫苗，再打一剂科兴疫苗的「沟针」研究报告显示效果不理想，港大于2021年4月招募135人，分为两针BioNTech组、两针科兴组及BioNTech及科兴各一针的「沟针」组，每组约45人，年龄介乎18至55岁，可是研究结果显示「沟针」组的中和抗体水平没有如预期般提高，相比起两剂都接种BioNTech疫苗者，混打BioNTech及科兴疫苗的受试者对变种病毒的抗体水平较低，推算是第二剂改为接种科兴疫苗后并未能刺激更强免疫反应。
2021年9月，多名在2月率先接种科兴克尔来福疫苗的多名行政会议议员、立法会议员及全国政协委员表示，他们在完成接种两剂科兴疫苗后，其体内抗体水平在不足7个月间已下跌至无法检出，所以决定到养和东区医疗中心接种多一剂BioNTech疫苗，并参与两剂科兴疫苗混打一针BioNTech疫苗的临床研究。
世卫组织疫苗顾问小组于2021年10月11日表示即使完成接种两剂中国科兴或中国国药疫苗，60岁或以上、中度至严重免疫功能低下的族群仍有很高的受感染及演变为重症风险，首次建议为这类族群追加第三剂疫苗。特首林郑月娥于10月12日出席行政会议前表示，短期内会邀请4名政府专家、衞生署辖下的科学委员会开会，探讨何时为特定群组注射第三剂疫苗。疫苗顾问专家委员会成员孔繁毅表示，由于科兴克尔来福及中国国药众爱可维两种灭活疫苗都是采用中国武汉原始病毒株开发制成，与现时流行的变种病毒不吻合便会大大削弱保护力，因此如要追加第三剂，建议改打BioNTech疫苗。
2021年10月27日，卫生防护中心辖下的联合科学委员会昨联同疫苗专家顾问团召开会议商讨接种第三剂疫苗，计划为三类人群接种第三针加强剂，包括完成接种两剂科兴克尔来福疫苗的60岁或以上长者及医护人员，以及接种两剂BioNTech疫苗后仍有较高受感染风险的人群，专家委员建议如接种第三剂，应选用保护效果较高的BioNTech疫苗。政府表示选择接种那一款疫苗属个人意愿，市民可按自身的情况作出个人选择，有需要时可咨询医生的意见。
2021年11月4日，特首林郑月娥接受有线电视新闻访问时宣称科兴疫苗要接种第三针的话，她仍会选择科兴疫苗，林郑月娥又称「抗体唔系话数字愈高就愈巴闭」（抗体不是越高就越厉害），科兴疫苗完全无副作用，她当然会继续打科兴疫苗。政府专家顾问团成员之一的香港大学感染及传染病中心总监何栢良在11月8日接受商业电台《在晴朗的一天出发》访问时表示，他不会回应林郑月娥对疫苗的意见，因为「除咗佢自己，其他人唔会明。」（除了林郑月娥自己，其他人是不会明白的。）何栢良又补充称抗体多少与预防感染及预防重症有一定关系，中国及海外都量度抗体水平作为评估疫苗成效的关键指标，如果接种疫苗后所产生的抗体水平已经不高，再过一段时间抗体水平就会大幅下降，因此「抗体梗系愈高愈好，冇理由愈低愈好」（抗体水平当然是越高越好，无理由是越低越好），中和抗体的水平要达到六成以上才算足够，香港本地的研究显示完成注射两针科兴疫苗后再沟针打BioNTech疫苗对变种病毒的中和抗体水平全部达标，而继续打科兴疫苗则大比例不达标，所以政府专家委员会已明确表示如开打第三针便应选择BioNTech疫苗。
政府宣布由11月11日起，以下组别获优先安排接种第三剂疫苗，包括：
林郑月娥于2021年11月11日到北角渣华道体育馆接种科兴疫苗第三针加强剂，同行的食物及衞生局长及公务员事务局局长聂德权，也一同注射第三剂科兴克尔来福疫苗，聂德权称继续打科兴疫苗是因为他较喜欢灭活疫苗。港大微生物学系讲座教授袁国勇、港大感染及传染病中心总监何栢良、中大呼吸系统科讲座教授许树昌均表示第三剂应接种BioNTech疫苗，因为抗体是越高越好，接种科兴疫苗可能每6至8个月便要继续补打加强剂。
港大学微生物学系讲座教授袁国勇在11月11日表示，由于科兴克尔来福疫苗剩余货量多，所以他会在第三针接种科兴疫苗作为自我试验，而政府疫苗专家委员会则于11月15日建议可把科兴疫苗优先注射于3至17岁儿童及青少年，香港医院药剂师学会会长崔俊明表示科兴疫苗预防感染效能较低，导致儿童也要注射成年人的剂量才有效，港大内科学系传染病科主任孔繁毅也指出BioNTech疫苗的儿童剂量只需成年人的三分之一及效能更高，呼吁特区政府应同时考虑把德国BioNTech疫苗的适用年龄降至5岁。
2021年12月7日，特区政府专家顾问、中大呼吸系统科讲座教授许树昌与研究团队发表研究报告，完成接种两针科兴克尔来福疫苗的人群在1个月后，仅有91.8%的接种人员产生的抗体保护力达到世衞标准的50%下限，在六个月后接种科兴疫苗的人群更暴跌至只有16%仍可维持50%的保护力下限，而对比BioNTech疫苗则在接种两剂的6个月后仍有79.6%的接种者抗体达合格水平，研究亦发现接种BioNTech疫苗两剂的人士在1个月后的中和抗体水平为251.6，而接种科兴疫苗的人员在1个月仅录得69.45，反映科兴疫苗所产生的抗体水平低BioNTech疫苗2.6倍。
2021年12月14日，香港大学在医学期刊《临床传染病》发表研究报告指出，完成接种两针科兴克尔来福疫苗对近期流行的变种病毒Omicron无法产生中和抗体，在血清研究中科兴疫苗对该变种病毒的抗体读数是零，显示科兴疫苗对变种病毒Omicron基本上无效，至于打三针科兴疫苗的效用则待定，不过港大微生物学系讲座教授袁国勇直言现在第三针仍在打科兴疫苗的人，就要准备再打第四针。
2021年12月23日，香港大学医学院及香港中文大学医学院发表联合研究报告，注射三剂BioNTech疫苗产生的中和抗体平均达到160个单位，超过抵御变种病毒Omicron的最低门槛26个单位水平；至于先注射两剂科兴疫苗，再追加一剂BioNTech疫苗的测试者血清样本中和抗体较低为60个单位，但仍达到最低门槛的26个单位；而三剂都科兴疫苗的人士，其血清分析的中和抗体平均不足10个单位，全部都不达到最基本的保护门槛，因此从科学角度不建议把科兴疫苗作为第三剂或以后的加强剂。
2022年2月24日《传真社》报导根据香港大学的疫情模型研究推算，由于科兴克尔来福疫苗产生的抗体保护水平低下，而且抗体下降的时间较快，市民如果三针都是打科兴疫苗，打第三针科兴疫苗第14天的预防Omicron变种病毒感染有效率只有36%，6个月后跌至8%，导致香港截至2月20日预防感染的保护率仅为16.5%，即是全香港只有16.5%的人口获疫苗保护不受Omicron变种病毒感染，防重症方面于2月20日为48.31%。香港大学的研究显示全香港包括儿童的总人口有95%接种完成三剂疫苗，如果三剂都接种BioNTech疫苗（复必泰），预防Omicron变种病毒感染的水平可达77.4%，如果容许第一及第二剂提供效能较低的科兴疫苗，但规定第三针只提供BioNTech疫苗，预防Omicron变种病毒感染的水平被拉低至61.87%，可是香港在第三剂疫苗仍然大量使用科兴疫苗，按目前两种疫苗的接种比例推算，即使全香港包括儿童的总人口有95%接种完成三剂疫苗，整体保护率也只得52.83%，同时反映第三剂也接种科兴疫苗的市民，遇到变种病毒时很大机会得不到足够的疫苗抗体保护，而且保护率还会随时间而逐渐下降。负责香港大学模型研究的港大医学院院长梁卓伟在发表研究的记者会表示，现时疫苗对防止感染及传播Omicron的效用有限，但接种BioNTech疫苗后的抗体水平的起点明显比科兴疫苗高，维持时间也较长，面对Omicron变种病毒的预防感染及重症的表现都较优胜。身兼世卫传染病流行病学及控制合作中心联合总监的香港大学流行病和生物统计学分部主任高本恩教授表示，香港的防疫及疫苗专家之前已强烈建议第三剂应采用保护力较佳的BioNTech疫苗作为加强剂，但目前仍有4成接种者的第三针是科兴疫苗，最多只能减低重症，但不能预防感染，无助于抑制疫情，科兴疫苗只是比完全不接种疫苗稍好的第二选择，如从公共防疫角度出发则应在第三剂全部接种BioNTech疫苗。
虽然政府专家顾问及疫苗科学委员会表示科兴疫苗对预防感染Omicron变种病毒的保护力不足，如果第三针继续注射科兴疫苗，香港人口的整体疫苗保护率会被拉低，难以通过全香港市民接种疫苗达致群体免疫，因此「强烈建议」市民选择保护效能较佳的德国BioNTech疫苗（复必泰）作为第三针的疫苗。可是香港特区政府近期只是呼吁市民打第三剂疫苗，却没有根据疫苗专家委员会的建议呼吁市民尽量选用BioNTech疫苗（复必泰）以提升对抗变种病毒的保护力，缺乏提升BioNTech疫苗（复必泰）接种率的宣称，不但特区政府推广疫苗接种的电视广告没有提及，就算是政府疫苗计划的预约网站，也只在不容易找到的「常见问题」中提及，网页不但没有交代专家委员会强烈建议选用BioNTech疫苗（复必泰）的原因，还紧接加入「然而，专家亦尊重市民对疫苗选择的个人意愿，这些人士也可以第三剂接种克尔来福疫苗。」的语句，把专家委员会的「强烈建议」淡化。截至2月20日，第三针选择BioNTech疫苗（复必泰）的比例，与首两剂几乎是相同的约为62％，拉低了社会整体预防病毒感染的保护力。由于科兴疫苗是中国的产品，导致香港疫苗接种计划被政治正确干扰，如特区政府官员高调地带头打科兴疫苗，当科兴疫苗的保护力受到包括医学界的专业团体质疑时，特区政府便立即加以维护，甚至出稿谴责质疑科兴疫苗是「抹黑疫苗」、「误导市民」及「将个人政治利益凌驾于公共衞生」等等，就连衞生署署长林文健在2022年2月8日在记者会被记者问及两种疫苗的保护效能优劣时，不但没有正面回应，还为科兴疫苗的效用辩护，虽然记者之后继续向卫生署查询，包括有否需要提升社会整体保护率以达至「动态清零」、会否根据专家委员会的建议加强宣传市民应选择接种BioNTech疫苗（复必泰）、会否要求接种三剂都打科兴疫苗的人士补打多一剂BioNTech疫苗（复必泰），惟特区政府的相关部门没有回复。
根据医院管理局提供的数据显示，已接种疫苗的染疫死亡个案，有1292人（87%）打科兴克尔来福疫苗，184人（12%）打BioNTech复必泰疫苗，港大专家何栢良引述医学期刊表示，基于医学实证，强烈建议为所有长者接种BioNTech复必泰疫苗。何栢良又表示长者即使只接种一剂BioNTech复必泰疫苗已可降低死亡率达到5成，科兴克尔来福疫苗则要打3针，最少要三个月后才能降低死亡率，而且科兴疫苗的抗体下降得太快，需要持续补针，所以应尽量安排长者接种BioNTech复必泰疫苗。
采用疫苗.
为推行本接种计划，香港政府分别采购了牛津-阿斯利康疫苗（AZD1222）、复必泰（BNT162b2）、克尔来福（CoronaVac）三款疫苗，各750万剂。以每人须接种两剂计算，三款疫苗的总数理论上可满足1,125万人的接种需求，但在实际运作中或会有部分疫苗因为已经被解冻，或太少人选用而出现浪费。截至2021年8月，在香港法例第599K章《预防及控制疾病（使用疫苗）规例》下获得紧急使用批核（EUA）共有两款疫苗，分别是克尔来福及复必泰疫苗，并于2021年2月中旬起先后交付并投入使用。政府表示，牛津-阿斯利康疫苗将于2021年第二季末交付香港，但随后再改为不早于2022年初。2021年10月12日，政府宣布由于已投入使用的两款疫苗已足够供全港市民接种，已采购的750万剂牛津-阿斯利康疫苗没有需要付运到港，政府会把疫苗捐赠予COVAX。
香港疫苗可预防疾病科学委员会主席刘宇隆在2021年3月13日表示，香港政府或将采购第四款2019冠状病毒病疫苗供本计划使用，预计为由Novavax开发的NVX-CoV2373蛋白质次单位疫苗，但至今仍未有进一步消息。
2022年6月17日，美国食品及药物管理局发出紧急使用授权，复必泰（BNT162b2）可供6个月或以上的婴幼儿接种，疫苗可预防疾病科学委员会主席刘宇隆认为港府应主动索取数据，香港也可为6个月大的婴儿接种复必泰疫苗，但需要代理商入口「儿童版复必泰」疫苗，如果代理商因为某些原因不将儿童版疫苗进口到香港，香港就较难为婴幼儿提供复必泰疫苗。港大感染及传染病中心总监何栢良称香港应购入「儿童版复必泰」疫苗，又质疑港府以市场原因没有购买儿童版疫苗的说法，表示连澳门都买到「儿童版复必泰」疫苗，香港和澳门的市场相若，港府没理由买不到。
崔俊明在2022年9月5日表示港府正在洽购「儿童版复必泰」，而香港周边的新加坡、台湾及澳门都已经启用「儿童版复必泰」，所以「儿童版复必泰」的供应应没有问题，崔又认为港府应该不会因为价钱问题而不采购「儿童版复必泰」，相信是出于其他原因而未有跟进入货。
2023年，政府分别向BioNTech及美国莫德纳采购各10万剂复必泰及Spikevax XBB.1.5变异株疫苗，亦是首次于疫苗接种计划购买莫德纳产品，该20万剂疫苗分别于同年11月及12月抵港，并优先给予65岁以上居民作追加剂使用。
2024年，因应科兴已停止生产克尔来福疫苗，及最后一批疫苗将近到期，政府于8月宣布，会于10月4日起停止提供克尔来福疫苗。
下表整理了四款2019冠状病毒病疫苗的基本资料及使用状况。
推行安排.
基本资格.
计划所提供的疫苗只提供予香港居民及驻港领事人员接种，并须要持有香港身份证、领事团身份证、持有申请香港身份证收据、豁免登记证明书进行预约登记，在接种时亦须要出示持有的上述身份证明文件。计划涵盖获发出附有逗留条件限制的香港身份证持有人，包括外籍佣工。计划实行初期，持有上述证件以外的人士，包括访港旅客及使用往来港澳通行证的访港人士则不符合资格。
2021年5月25日，香港特区政府宣布，扩大疫苗接种计划至涵盖持往来港澳通行证的内地居民，并会为在港的免遣返声请人及获联合国难民事务高级专员署确认为难民的人士接种。
2021年7月5日，香港特区政府宣布，政府将安排在香港的免遣返申请人及获联合国难民事务高级专员署确认为难民的人士于大约7月中开始接种疫苗，疫苗接种计划覆盖的范围将进一步扩展至其他会在香港合法逗留一段时间的访客（其他访客）。
优先接种组别.
根据卫生防护中心属下的新发现及动物传染病科学委员会，及疫苗可预防疾病科学委员会两个科学委员会在2021年1月7日发表的建议书，本计划将优先为安老院或残疾人士院舍的住客及职员、医护人员及必要服务人员、60岁以上长者，以及16-59岁的慢性病人四类有较高感染风险的人士接种2019冠状病毒病疫苗。
2021年2月26日起，以下五个类别的人士可优先在计划下接种疫苗：
随后，政府在2021年3月9日起开放额外七个类别的人士，优先在计划下接种疫苗：
政府表示，在2021年3月9日起，约有370万人已被纳入优先接种组别，可登记接种2019冠状病毒病疫苗。
政府在2021年3月15日再度公布扩大优先接种组别。从2021年3月16日起，除原有优先接种组别外，所有30岁或以上人士、在香港以外地区就学的香港居民，以及外籍家庭佣工，均获纳入优先接种组别，可登记接种2019冠状病毒病疫苗。政府估计，所有优先接种组别将涵盖逾550万人，占16岁或以上香港居民超过8成。
2021年4月15日，政府第三度宣布扩大接种组别，由4月23日起，所有16岁或以上人士，可登记接种2019冠状病毒病疫苗，但注射克尔来福疫苗则为18岁或以上。
2021年6月3日，政府批准降低复必泰疫苗接种年龄下限至12岁。 2021年6月10日，政府第四度宣布扩大接种组别，由6月11日起，12至15岁的青少年可以登记接种复必泰疫苗。
2021年11月11日起，特定组别的免疫力弱人士和较高感染风险人士在接种第二剂疫苗六个月后可接种第三剂复必泰或克尔来福疫苗。
2021年11月20日，政府批准降低克尔来福疫苗接种年龄下限至3岁。12月2日起，12至17岁的青少年可以优先预约及接种克尔来福疫苗。
2022年1月1日起，18岁或以上人士在接种第二剂疫苗六个月后可接种第三剂复必泰或克尔来福疫苗。
2022年1月21日起，5至11岁儿童可接种克尔来福疫苗，2月16日起可接种复必泰疫苗。
2022年2月15日起，3至4岁儿童可接种克尔来福疫苗。
2022年3月21日起，12岁或以上并已接种第三剂疫苗的免疫力弱人士在接种第三剂疫苗三个月后可接种第四剂复必泰或克尔来福疫苗。
2022年4月8日起，60岁或以上未曾感染并已接种第三剂疫苗的人士在接种第三剂疫苗三个月后可接种第四剂复必泰或克尔来福疫苗。
2022年5月21日起，18至59岁未曾感染并已接种第三剂疫苗的人士在接种第三剂疫苗六个月后可接种第四剂复必泰或克尔来福疫苗。
2022年8月4日起，年龄介乎六个月至三岁的幼童可接种克尔来福疫苗。50岁至59岁人士已接种第三剂疫苗的人士在接种第三剂疫苗三个月后可接种第四剂复必泰或克尔来福疫苗。
2022年12月1日起，十二岁或以上人士可选择接种复必泰二价疫苗作为第四剂疫苗（或康复人士作为接种第三剂疫苗）。
2022年12月9日起，十二岁或以上人士可选择接种复必泰二价疫苗作为第三剂疫苗（或康复人士作为接种第二剂疫苗）。
2022年12月16日起，十八岁或以上人士如已完成接种四剂疫苗（或已接种第三剂及曾受感染）并超过半年，可在知情同意下，于完成最后一次接种或康复六个月后（免疫力弱人士为三个月）（以较后时间者为准），选择接种第五剂疫苗作加强保护。有关人士可选择科兴、复必泰原始病毒株或复必泰二价疫苗。
接种场地.
合资格的香港市民可自行选择在三类场地，包括属临时性质的29所社区疫苗接种中心、医院管理局普通科门诊，以及各私营诊所接种2019冠状病毒病疫苗。香港卫生署辖下特定诊所的求诊者可在诊所接受科兴疫苗的接种，惟不提供公开预约。香港政府亦将安排流动接种队，为老人及残疾人士院舍的住客接种疫苗。
社区疫苗接种中心.
29所社区疫苗接种中心一般设于公众体育馆内，亦有部分设于私营医院及其他公众场所。各社区疫苗接种中心的营运机构不一，包括医院管理局、卫生署、私营医院及私营医疗集团等。每所社区疫苗接种中心只会接种一款疫苗，因复必泰疫苗（BNT162b2）需在摄氏负75度的超低温下贮存，而一般诊所并没有超低温冷冻设备，故目前需集中于社区疫苗接种中心提供接种。由医院管理局营运的每所社区疫苗接种中心约有30人值班，为每名市民接种约需4分钟。政府会为由私营医疗集团营办的社区疫苗接种中心免费提供疫苗，每注射一剂疫苗可获取72港元的资助。
2021年4月6日，由于科兴克尔来福疫苗的接种率欠佳，三所之前被抽调作为科兴疫苗社区接种中心的葵涌林士德体育馆、屯门友爱体育馆、将军澳体育馆，已经停止接受接种科兴疫苗第一针的预约，预料可于5月陆续改回接种复必泰疫苗。承办将军澳体育馆接种中心的康健国际医疗集团，其营运总监梁国龄在受访时承认将军澳体育馆接种中心的接种率不理想，日均使用量仅达上限的4分之1至3分之1，当被问到上月是否要蚀本时，梁称其集团财政储备足够，蚀钱不成问题，梁又认为坊间对于复必泰疫苗的认受性较高，相信中心改为接种复必泰疫苗后使用量会增加。
2021年4月15日，公务员事务局局长聂德权称各社区疫苗接种中心预计运作至9月底，呼吁最迟在8月底打第一剂疫苗，被质疑藉声称关闭接种中心来吹谷市民接种疫苗。至同年6月5日起，疫苗接种的官方网站，开始显示距离8月31日社区疫苗接种中心提供第一剂疫苗的日数。
从2021年6月起，各中、小学可安排师生集体前往社区疫苗接种中心，注射复必泰疫苗，而政府会提供旅游巴士接送。当中，首批26名来自粉岭官立小学的师生及家长（学生占17人），于同月21日下午前赴接种，成为全港首批参与集体预约接种的人士。
因应疫情大幅减缓，政府于2023年4月20日宣布绝大多数接种中心将于4-5月内逐步关闭，仅保留卫生署及医管局各诊所、香港儿童医院及各私家诊所接种点。
医院管理局普通科门诊.
医院管理局于香港各区共18所普通科门诊诊所提供2019冠状病毒病疫苗接种服务。18所普通科门诊诊所目前只提供科兴克尔来福疫苗，因为不能影响正常诊症服务，只能调派两名护士打针，以及诊所空间有限，所以各所门诊诊所可供预约的名额远少于社区疫苗接种中心。
衞生署辖下指定诊所.
衞生署辖下的长者健康中心、胸肺科诊所、社会衞生科诊所、皮肤科诊所、家庭医学深造培训中心及综合治疗中心等指定诊所，会为接受治疗并属于指定群组的病者或人士提供接种登记及注射科兴疫苗的服务。衞生署辖下诊所接种疫苗的服务不设公开预约。
私营诊所.
政府与参与疫苗资助计划的私家医生合作，由政府提供疫苗，在各私营诊所提供市民接种。截至2021年3月14日，香港有1,302所私营诊所提供2019冠状病毒病疫苗接种服务。此等诊所目前均只提供科兴生物开发的克尔来福疫苗。以该途径接种疫苗不是经由网上预约系统办理，而是直接联系有意前往接种并参与该合作计划的私家诊所预约。私家诊所每为市民接种一剂疫苗会有80元的资助，如同一位市民于同一诊所接种第二剂疫苗可额外得到40元资助，即私家诊所为同一位市民完成注射两剂疫苗共可获200港元资助。市民无须为接种疫苗付款，但其他如评估及咨询等项目可能需要另外付费。
2021年12月6日起，政府开始提供复必泰疫苗予私营医疗机构在其营运地点供市民接种。截至2022年5月19日，香港有18间私营医疗机构合共75处地点为市民提供复必泰疫苗接种服务。
外展接种.
自2021年5月起，政府开展外展疫苗接种服务，为符合条件的企业或团体员工接种2019冠状病毒病疫苗。及后，随著「复必泰」疫苗开放予12-16岁青少年接种，政府自同年6月28日起，再将外展接种扩大至中、小学。7月2日，到校接种新冠疫苗服务正式展开。
2022年4月19日起，政府开展「疫苗到户接种服务」，为未曾接种新冠疫苗的70岁或以上长者，或因病患或残疾而行动不便人士提供上门接种克尔来福疫苗服务。
流动接种站.
自2021年12月3日起，政府推出由货车改装而成的新冠疫苗流动接种站，让市民方便快捷地接种新冠疫苗。截至2022年5月，一共有四个新冠疫苗流动接种站为市民提供新冠疫苗接种服务。
医院管理局公立医院.
2021年9月29日，政府开始在玛丽医院、伊利沙伯医院和屯门医院三所公立医院设立新冠疫苗接种站为公众人士接种疫苗，无须预约。同年10月18日起，另外四间公立医院: 东区尤德夫人那打素医院、将军澳医院、明爱医院和威尔斯亲王医院，亦设立新冠疫苗接种站。同年11月5日，博爱医院和北区医院也设立新冠疫苗接种站，为公众人士接种疫苗。同年12月10日，玛嘉烈医院和律敦治医院也设立新冠疫苗接种站。同年12月30日，雅丽氏何妙龄那打素医院和仁济医院也设立新冠疫苗接种站。上述公立医院接种站皆接种复必泰疫苗。
疫苗接种纪录.
每位接种2019冠状病毒病疫苗的人士可即场获发纸本疫苗接种纪录（俗称「针卡」），同时亦可经「智方便」和「医健通」流动应用程式及经「2019冠状病毒病电子疫苗接种及检测纪录系统」网站查阅电子疫苗接种纪录及下载经数码签署确认的「电子针卡二维码」。
因应部分国家拒绝接受未标明接种者出生日期的「针卡」，香港政府于2021年9月推出新版本疫苗接种纪录，以便需要出国的人士使用。至于在9月以前完成接种的人士，亦可前往任何一间接种中心（设于私家医院的除外），更换新版本的「针卡」。已接种疫苗的人士同时亦可经「智方便」和「医健通」流动应用程式查阅, 下载及列印新版本的疫苗接种纪录。
严重不良反应.
香港特区政府设立「新冠疫苗临床事件委员会」，收集疫苗异常事件报告作评估，另为接种疫苗出现严重异常事件设立保障基金，如因接种引致死亡，40岁以下死者的家属可获250万港元赔偿，至于出现面瘫、严重过敏等情况，40岁以下的获接种者最高可获300万港元赔偿。
2021年3月12日，香港衞生署公布香港2019冠状病毒病疫苗疫苗接种计划，第一期异常事件总结报告。截至2021年3月7日，卫生署接获了71宗接种2019冠状病毒病疫苗后的异常事件报告，当中包括47宗住院事件及2宗死亡事件。在71宗异常事件当中，69宗接种了科兴生物克尔来福（CoronaVac）疫苗，占克尔来福疫苗接种总剂量的0.075%；2宗接种了BioNTech复必泰（BNT162b2）疫苗，占复必泰疫苗接种总剂量的0.166%。至少2宗异常事件被评估为与接种克尔来福疫苗有因果关系。
截至3月21日，香港卫生署接获的不良反应报告中，科兴疫苗有591宗，复必泰则有202宗，不良反应中有9宗涉及脸瘫，科兴占8宗，其余1宗是复必泰。
部分严重个案当局并没有主动公布，及后被传媒揭发，包括在2021年3月30日经传媒查证后，有一名80岁女子在3月20日接种科兴疫苗后，翌日于家中暴毙的个案，卫生署认为和接种疫苗不相关便没有呈报委员会及公布，直至被揭发后才表示会进行调查。另有一名62岁男子在3月27日上午接种第二剂科兴疫苗后，同日中午在街上晕倒，被送入威尔斯亲王医院后经诊断是脑中风，情况严重，而当局直到传媒查询时才披露该严重个案。
2021年4月8日传媒报导另一宗当局没有公布的两度中风个案，一名73岁患有高血压的男子于2021年3月29日在天水围天晖路体育馆接种第二剂科兴疫苗，翌日3月30日中午在天水围天颂苑商场外因为半身乏力跌倒，由救护车送往天水围医院急症室，经初步治理后被转送屯门医院，检查后发现他出现缺血性中风，之后情况一度好转而被转到屯门医院康复大楼观察，但于4月6日早上他再次中风，须送回屯门医院治疗，家属称屯门医院曾表示已将个案呈报到卫生署，但卫生署却没有公布该个案，质疑当局瞒报，而传媒向卫生署查询时，卫生署回应称在记录中未有吻合的个案。
2021年4月14日，有两名32岁女子在接种复必泰疫苗后流产。其中一名孕妇于4月8日在圣保禄医院社区疫苗接种中心接种疫苗，4月10日证实怀孕，翌日4月9日阴道出血、腹痛并排出胎儿，同日到玛丽医院急症室求诊，死亡的胎儿约有23至24周。另一名孕妇在3月23日在彩虹道羽毛球中心社区疫苗接种中心接种疫苗，3月25日验孕呈阳性，3月31日阴道出血，到伊利沙伯医院急症室求诊，经检查后诊断为流产，胎儿的周期则不明。卫生署否认流产个案与接种疫苗有关，但会将个案转交评估专家委员会评估。
2021年4月5日至4月18日，衞生署接获20宗接种疫苗后怀疑患上贝尔氏麻痹症的「面瘫」个案，这些接种者的年龄为31至71岁，其中12宗接种科兴疫苗、8宗接种复必泰疫苗。疫苗专家委员会认为当中3宗并非患贝尔氏面瘫，需获取更多临床资料后再评估及作出总结。
临床事件评估委员会召集人孔繁毅表示，截至4月18日接获29宗注射疫苗后面瘫的个案，当中22宗涉及科兴疫苗，其余涉及复必泰疫苗。接种科兴疫苗后出现面瘫的人士较多是男性，以左面面瘫的情况较常见，通常在接种后48小时以内发生，孔繁毅表示会观察情况多几个月，如接种科兴疫苗后的面瘫个案明显比以往几年同期的面瘫个案增加，会建议药厂在疫苗指引上加入面瘫属副作用。
香港分别在2021年2月26日及3月10日开始科兴疫苗及复必泰疫苗的接种，截至2021年5月2日，卫生署公布的科兴疫苗涉及死亡个案有22宗，科兴疫苗另有1宗卫生署没有主动公布，经传媒查询后才发放资讯的暴毙个案；复必泰疫苗则有6宗死亡个案。
被呈报委员会调查的部分死亡案例.
新冠疫苗临床事件评估专家委员会通过改变发布死亡个案的准则，降低通报的透明度，由2021年6月起，个别死亡个案只会在与疫苗接种有潜在关联的情况下，才作出公布，因此下列案例只涵盖至2021年5月：
争议事件.
社区疫苗接种中心的外判程序及准则不透明.
在目前的29所社区疫苗接种中心当中，有22所并非由政府或医院管理局自行营运。2021年2月18日，立场新闻发表一则调查报导，指卫生署在筛选营运机构时并没有公开招标，仅向部分较具规模的私营医疗集团私下发出邀请，承投接种中心运作。政府无论在向私营医疗集团发出的邀请文件中，或在公开资料当中，均没有交代筛选营运机构的标准为何。报导更指出，营运伊利沙伯体育馆社区疫苗接种中心的机构「香港创新医疗学会」，其协办者「医护诚信同行」主席林哲玄曾高调发表亲政府、反对医护罢工的言论，质疑安排「香港创新医疗学会」营运接种中心是否属政治酬庸的举措。呼吸系统科医生梁子超则认为，营运接种中心须庞大人力资源配合，并非任何私营医疗集团均有意承办。
林郑月娥疑似并非接种科兴疫苗.
行政长官林郑月娥优先接种科兴疫苗的时候，一直被网民发现林郑接种的科兴疫苗是用复必泰专用针筒(药剂瓶为科兴疫苗)，怀疑林郑月娥不是接种科兴疫苗，最后政府澄清林郑接种复必泰疫苗是谣言的。
科兴克尔来福疫苗的效能及安全性.
科兴疫苗的审批涉嫌搬龙门.
香港特区政府在2021年2月突然更改标准，宣布豁免科兴生物在学术期刊刊登克尔来福（科兴疫苗）的临床试验数据，即放弃原先订立疫苗须要经业界进行同行评审的疫苗审批要求，被外界批评是特别为中国疫苗降低审批资格，使其可以赶及在BioNTech疫苗前到达香港，却使科兴疫苗的效能与安全性，以至疫苗顾问专家委员会的公信力受到质疑。
不按照厂商要求开放长者接种.
除此之外，为60岁或以上长者接种科兴克尔来福疫苗的决定曾在香港造成争议。香港疫苗可预防疾病科学委员会主席刘宇隆表示，委员会经审视第一至二期临床试验数据后，认为疫苗用于60岁或以上长者属安全，且效益高于风险，因此委员会同意在香港为60岁或以上长者接种克尔来福疫苗。政府亦按委员会建议，在2021年2月26日起，为60岁或以上长者在内的首阶段优先接种组别接种克尔来福疫苗。然而，生产克尔来福疫苗的科兴生物指因临床试验数据不足，未有建议长者接种。
科兴疫苗发生死亡个案.
自2021年3月初出现11人宗接种科兴克尔来福疫苗死亡事件后，香港市民对克尔来福疫苗逐渐失去信心。在3月8日至3月11日的三天期间，每天有约28至36%已预约注射克尔来福疫苗的市民最终没有赴约。同时，在网上预约系统可见，8所提供克尔来福疫苗的社区疫苗接种中心各时段仍有大量时段可供预约；而7所提供复必泰疫苗的社区疫苗接种中心则几近爆满。民主党深水埗区议员袁海文认为，政府在第三期临床试验数据未明前，应暂停为60岁以上人士接种克尔来福疫苗；惟政府目前未有暂停接种疫苗的计划。香港大学医学院院长梁卓伟推测，克尔来福疫苗属灭活疫苗，灭活疫苗所含用以提升免疫反应的佐剂或可诱发血管炎症，产生急性血栓；但目前要对克尔来福疫苗与死亡个案是否有关下定论，则言之尚早。香港大学感染及传染病中心总监何栢良认为，克尔来福疫苗对部分群体的临床试验数据不足，卫生署应推出指引，列明在何种情况下不应接种疫苗。
有接种科兴疫苗后死亡的死者家属向传媒申诉，指衞生署尚未验尸便宣布父亲死于心肌梗塞，做法对死者不公道，并表示医院没有解释死因是否与疫苗有关，主诊医生也未取得完整化验报告便推断其父亲死于心肌梗塞。家属认为政府有诱因隐瞒接种疫苗的潜在风险，避免市民对疫苗有负面的看法。
2021年4月18日，香港出现首宗完成接种两剂疫苗后的确诊个案。一名67岁男子，先后在3月10日及4月7日，在屯门友爱体育馆社区疫苗接种中心接种科兴疫苗，但在4月14日进行样本采集后被验出确诊。
对照中国大陆接种科兴却无人死亡.
香港的疫苗接种计划至2021年4月27日注射约130万剂疫苗，发布的接种疫苗后死亡个案有25宗，当中多达21名死者生前曾接种科兴疫苗，而同期中国当局宣称科兴及国药两种灭活疫苗在中国大陆已接种超过2亿剂，却没有任何接种科兴疫苗后发生死亡的通报。相对于中国大陆接种2亿剂包括科兴在内的中国疫苗并没有任何人死亡，而其他国家则接连发生不同事故，使中国大陆的疫苗接种计划成为全球最安全的，香港接种科兴疫苗后偏高的死亡人数引起安全性的疑虑及关注。
接种进度被指缓慢.
由疫苗接种计划展开至2021年3月中旬期间，香港每天的疫苗接种量一直维持于数千至一万多剂的水平。截至2021年3月12日，香港只有约16万人已接种首剂疫苗，仅占16岁或以上香港居民人口的2.5%。香港大学医学院院长梁卓伟于2021年3月13日的电台节目上质疑，如以目前每天一万多剂的进度推展疫苗接种计划，或需接种至2023年才可达到全民接种的目标。行政长官林郑月娥同日表示，香港的疫苗供应充足，政府将考虑再扩展优先接种组别；林郑月娥认为，香港市民是因最近发生的数宗接种后严重不良反应事件而反应犹豫，才造成接种进度缓慢的局面。而公务员事务局局长聂德权多次强调复必泰疫苗供应期有限，称市民想接种要趁早，并珍惜机会。
2021年4月，病人医护权益协进会委托香港民意研究所做网上问卷调查，有近8成受访者担心身体状况不适合接种疫苗。调查结果显示有34%受访者说不会接种疫苗，35%未决定是否接种，29%表示会接种。
私家诊所因贴出疫苗比较表被政府终止协议.
有位于土瓜湾的医务所因贴上中国科兴疫苗及复必泰疫苗的比较列表后，而被《文汇报》狙击。记者以市民身份到该处询问有关科兴疫苗的接种的资讯，医生「劝退」勿打科兴，建议记者转打其他疫苗。报导形容为「黑医护抹黑科兴阻吓市民接种」。衞生署收到传媒查询后，随即联络及上门调查，并提醒涉事医生必须严格按照衞生署的指引，到3月22日终止与诊所的协议，即时回收尚未使用的科兴疫苗。但署方没有回应医生违反了哪一项条款协议。
天美工程公司不建议职工接种疫苗及每次接种后放五天无薪假.
天美控股旗下「天美工程有限公司」（TEMMEX ENGINEERING LIMITED）要求其职工签署声明书，内容称公司不建议职工接种疫苗，如职工接种疫苗后须自行放五日无薪假，以保障他人安全，又表明在工作期间如因接种疫苗不适及引起工伤，公司不会作出补偿，即使不告知公司接种疫苗，亦同样不会补偿接种疫苗导致的工伤，要求职工确认已明白及同意该声明书的内容并签署。天美工程的做法引起争议，传媒在2021年3月29日就有关声明书向该公司查询，天美工程回应称因为他们的职工须在地盘工作，建造业属高危行业，所以要求染疫后放五日无薪假是为职工著想，而且公司购买的劳工保险不保疫苗引起的工伤。职工盟建筑地盘职工总会总干事王宇来指出与工作有关的受伤就是工伤，而且很难判断工伤与接种疫苗的关系，公司以职工擅自接种疫苗为借口要求停工停薪并不合理，王批评天美工程只是推卸工伤及补偿的责任。国际专业保险咨询协会会长罗少雄表示，雇员在工作期间受伤，不论曾否打疫苗，都在劳工保险保障的范围，罗又称工人在休息期间面瘫，因为与工作无关才不受保，但在工作期间跌倒属于劳保范围。呼吸系统专科医生梁子超表示，接种疫苗后有机会出现副作用，但一般都较轻微，要求工人接种后五日不能上班，缺乏科学根据，不建议职工接种疫苗的做法亦不恰当。
多名官员和议员在「不准拍照」的警告标语前自拍.
2021年3月22日，林郑月娥连与多名司局长和建制派立法会议员在金钟政府总部接种第二剂科兴疫苗，虽然现场贴有「不准拍照」的告示海报，可是多名官员和议员却没有理会告示，在接种疫苗后聚集并「自拍」，连贴在围板上的「不准拍照」亦入镜，该违规行为引起网民议论。当时虽有记者获邀到场采访，惟工联会郭伟强和民建联郑泳舜却只顾著自拍和做直播，更阻挡记者镜头，妨碍记者拍摄，遭到摄影记者斥责。公务员事务局局长聂德权事后表示事件是「一场误会」，认为官员和议员拍照是为了宣传推广，立法会议员则宣称现场拍片、做直播和记者会等都是为市民服务。对于公务员事务局局长聂德权在事发后宣称当日容许部分人士在现场自拍是为了推广接种疫苗，又称事前已告知传媒来拍摄，也让任何人可以拍摄，众新闻在社评指出政府官员如果当时是要为推广接种疫苗而拍照，由在场的传媒拍摄已可办到，若然只因官员及议员打针便作特别安排及容许自拍，这是「只许州官放火，不许百姓点灯」的做法。在元朗体育馆有人接种复必泰疫苗后当场抽搐时，却被职员以现场不能拍照为由而阻止，更要求立即关机。
患血癌男子被错误接种科兴疫苗.
一名患有血癌的外籍男子原本预约在2021年3月18日到观塘晓光街体育馆接种首剂复必泰疫苗，当日却错误前往接种科兴疫苗的九龙湾体育馆接种中心，虽然他有出示自己的身份证供接种中心职员核对身份，但现场职员未有提示他去错接种中心并让他接种疫苗，该名男子直至收到政府发出的手机短讯指他缺席原有预约，他才发现自己被错误接种科兴疫苗。被打错科兴疫苗的男子表示自己因为患有血癌，所以选择接种保护率高的复必泰疫苗来保障自己，而他的主诊医生得悉他打错针后感到震惊，并表示他应重新接种复必泰疫苗，不过该名男子表示他希望到家乡苏格兰旅行，因此可能仍会接受第二针科兴疫苗。特区政府发言人承认发生「打错针」事件，并就事件道歉，但又声称事主当时同意打针，发言人称会提示各接种中心小心核对预约人士及预约疫苗种类的资料，避免同类事件再次发生。负责营运九龙湾体育馆接种中心的外判承办商「中卓医务」拒绝评论「打错针」事件，媒体查阅资料发现中卓医务是由呼吸系统科专科医生曾华德主理，而曾华德是艺人曾华倩的兄长。营运伊利沙伯体育馆接种中心的医护诚信同行主席林哲玄在香港电台节目《千禧年代》表示，对于多重关卡的检查都发现不到问题感到不幸，而打错针事件是绝不应发生。营运官涌疫苗接种中心的医务总监郭宝贤在电台表示，相信事件是多重关卡的核对程序都出现错漏及相当大意之下才会酿成，他形容「打错针」是「有啲无厘头」。港大微生物学系讲座教授袁国勇认为这次是个别事件，不担心会有太多同类个案，但认为接种中心要加强培训及职员须提高警觉性，袁国勇又表示被打错针的男子，应由医生检查血清抗体的情况，如第二针想转打回复必泰疫苗，可能前后须要接种三剂疫苗。
大量市民没有应约注射第二针科兴疫苗.
科兴疫苗须于接种第一剂后的第28日注射第二剂，但接种科兴疫苗第二针的市民「甩底」（没有赴约）比率持续高企，截至2021年4月8日累计只有11万6千多人接种第二针疫苗，多达14,900人没有按时接受第二针科兴疫苗注射，占到期注射第二针科兴疫苗人数的11%，然而智利大学在2021年4月发表研究报告，报告显示智利是接种率名列前茅的国家，接种的疫苗有93%是科兴疫苗，至今已有707万人接种第一剂疫苗，有404万人已接种两剂科兴疫苗，接种完第二剂疫苗的前两周保护力为27.7%，接种完成的两周后保护力为56.5%，但施打第一剂和第二剂间的28天保护力仅有3%，所以只注射一剂科兴疫苗几乎毫无保护力，受到感染的机率与没有注射疫苗人士几乎相同，而当地在高接种率下却出现疫情反弹。呼吸系统专科医生梁子超表示，因为科兴疫苗不像BioNTech疫苗能够同时刺激T细胞，产生的抗体水平较低，所以同样注射单针，科兴疫苗的有效率不及BioNTech疫苗，不过即使注射第一剂BioNTech疫苗的有效率可达八成，但也只能维持两三个月，呼吁市民要按时注射第二剂疫苗。
私家诊所违规为非香港居民接种疫苗.
疫苗接种计划只适用于香港居民及驻港领事，并须要持有香港身份证、领事团身份证、持有申请香港身份证收据、豁免登记证明书，但其后有私家诊所违反规定为不资格的人士接种，并可向政府索取为香港居民接种疫苗的补助，开支则由公帑支付。由于BioNTech疫苗须要解冻及稀释，较适合大型接种中心使用，所以该等诊所的违规个案都涉及科兴疫苗。2021年3月，香港大学深圳医院呼吸系统科前主管许建名，许建名医生设于中环中建大厦16楼的诊所，被发现向访客称可以免费接种科兴疫苗，又称只需使用双程证或护照登记，其中一宗个案涉及一对使用探亲签证访港的深圳夫妇，该诊所为这两名不符合资格的人士免费接种政府提供的疫苗，当事件被报导后，许建名表示会暂停非香港居民的预约，但以安全为理由，会为已接种第一剂疫苗的非香港居民提供第二剂疫苗。食物及卫生局表示，只持有往来港澳通行证，即双程证的人士，不符合接种疫苗的资格，但没有说明会否终止与该违规诊所签订的合作协议，只表示会跟进投诉。2021年4月18日，卫生署表示私家诊所违规为非香港居民接种科兴疫苗，至今共涉及9名人士
护士使用刺伤自己的针筒为市民注射疫苗.
2021年4月15日，外判承办商为香港创新医疗学会的伊利沙伯体育馆社区疫苗接种中心发生一宗使用受污染针筒为市民注射的事件，一名护士在处理针筒时被针头刺伤，但该名护士没有将针筒弃置，而是继续使用该针筒为一名44岁的外籍女子接种复必泰疫苗，另一名护士目击事态后告知在场的一名医生，医生随即为该名女子作初步检查，并安排护士陪同前往律敦治医院急症室进一步检查，该名女子于同日出院，或须要进行乙型肝炎、爱滋病等跟进检查，不过卫生署并没有主动公布该事故，需要由媒体查询才得知事件。以「香港创新医疗学会」名义营运该接种中心的「医护诚信同行」主席林哲玄接受传媒查询时证实发生使用受污染针筒为市民注射的事件，林哲玄称被针筒刺伤及通报事件的两名护士已被调离岗位，不再负责接种疫苗的工作，林哲玄又称将会检查刺伤自己的护士有没有传染病，如果护士健康，相信不会对被刺伤的市民产生太大风险。衞生署回复传媒查询时称有既定机制处理，将要求营运该接种中心的医疗队伍于7日内提交报告。家庭医生林永和称如果针筒受污染便不应使用，对于此事件，林永和认为被针筒刺伤的沾血量少，如果被刺伤的护士本身健康，使用同一针筒接种的市民患上乙肝、爱滋病的机会很低，但仍需要在一个月后验血确保没有受到感染。
有雇主强逼外佣接种疫苗.
2021年5月，亚洲移居人士联盟发言人表示，组织接获至少两宗个案，指有雇主强逼外籍家庭佣工注射疫苗。雇主更要求外佣签署协议，声明注射疫苗后出现任何问题，雇主不会承担包括医药费在内的任何责任，组织亦收到过百宗外佣查询，担心若不接种疫苗会被解雇。
政府「强烈鼓励」雇员接种疫苗.
2021年5月12日，公务员事务局向香港立法会提交文件，表示各个部门会「强烈鼓励」前线公务员接种疫苗，未接种疫苗的前线人员，必须每两星期进行一次病毒检测，相关安排自5月31日起实施。
7月30日，公务员事务局发出通知，宣布由8月2日起，将上述安排扩展所有政府雇员，若政府雇员又不接种疫苗又不接受检测又无合理解释，可能面对纪律行动
8月2日，政府宣布所有公务员及政府雇员、医院管理局员工、安老及残疾人士院舍员工、中小学幼稚园教职员，均必须接种新冠疫苗，否则要自费定期接受新冠病毒检测。
多间大专院校「强烈鼓励」师生接种疫苗.
多间大学由2021年5月起陆续要求或鼓励师生接种新冠疫苗，否则要定期做病毒检测。
马会提供500万疫苗人寿保险.
香港赛马会为向全职员工（不论职级）提供500万元人寿保险或伤残津贴，以应付疫苗伤害。
商户以抽奖「鼓励」市民接种疫苗.
为鼓励香港市民接种疫苗，香港机场管理局于2021年5月尾宣布将举办抽奖活动，供9月底前已完成接种疫苗的市民及机场员工参与，并将送出合共6万张机票予得奖者（当中5万张送予一般市民）。随后，信和集团辖下黄廷方慈善基金及华人置业集团，亦推出类似抽奖，当中头奖为旗下凯汇的一个单位，另外其他得奖者亦可获得信用卡签账额。然而，各界对此举的评价呈两极化，当中中大生命伦理学中心总监区结成更指出此等抽奖「诱因太大」，容易导致一些身体状况不宜接种疫苗的人士，为了抽奖而隐瞒病历；另一方面，当上述抽奖推出后，预约接种疫苗人数随即上升至25,600人，较上一日增加5,400人（即大约增加27%），而政府亦表示欢迎各商户的同类举措，以增加市民接种疫苗的积极性。
2021年6月15日，信和集团辖下黄廷方慈善基金及华人置业集团举办的抽奖活动登记网站开通。
当局更改公布死亡个案准则.
政府宣布由2021年6月起，个别死亡个案只会在与疫苗接种有潜在关联的情况下，才作出公布，显示其他与疫苗或不潜在关联的死亡个案或不作公布，令市民无从得知实际接种疫苗后死亡个案详情。陈肇始解释表示目前资讯量多，认为市民没有机会了解全面资讯，是「只见树木不见森林」，使市民感混乱。并强调当局并非不提供资讯，只是如果只公布与疫苗接种关联个案会更为清楚，其他死亡个案会在安全监察报告发表，由七月起会在专题网页定期更新，市民仍可在网上获悉所有接种疫苗后死亡个案。港大感染及传染病中心总监何栢良批评做法是「莫名其妙」及缺乏透明度，不符合以科学为本，何称政府应公布所有接种疫苗后的死亡个案，同时按年龄层及身体情况将没有接种疫苗的死亡人数做对比，尽量将资讯透明化及让公众理解。
措施公布两周后，新冠疫苗临床事件评估专家委员会共同召集人孔繁毅指，因应疫苗接种扩展到年轻人，计划微调公布死亡个案做法，将开会商讨是否改为每一至两周简单汇报所有死亡个案，以提高透明度。
许嘉烽医生涉嫌将科兴疫苗当作避孕针.
媒体接获投诉指大埔昌运中心的「子建医务所」的许嘉烽医生，涉嫌错误将科兴克尔来福疫苗当作避孕针，为一名已接种两剂BioNTech疫苗的32岁女子注射，医生在错打科兴疫苗后，向该名女子称可为她补回接种避孕针，惟遭到事主拒绝。该名女子在接种科兴疫苗后，出现血压上升、头痛及心跳加快等病征，于是自行前往大埔那打素医院求医，传媒得悉事件后曾经到涉事的「子健医务所」采访，职员期间曾用力推开记者及恐吓称会报警，到8月5-7日更没有营业。
派发超级市场礼券诱使长者打针有违道德.
由于年长人士对注射疫苗不积极，年长年龄层的疫苗覆盖率偏低，民政事务总署于2021年9月23日至25日，在石篱会堂接种中心为葵青区向年满60岁的打针长者，每人可获发200港元的超市礼券，每日名额300个，有入内打针的长者表示不知道该接种中心提供什么疫苗，但因为有礼券所以打针，有一名90余岁患有糖尿病及须注射两针胰岛素的男长者在受访时承认为了取得礼券才打针，坦言在事前没有咨询医生，对于以打针换取超市礼券，他称因为「人穷，所以需要」，他又称不知道打什么疫苗，但自己年纪大，已没有甚么好担心。不过有在8月已打针的长者认为这种做法不公平，也有市民称不应选择性派发礼券。
推行「疫苗通行证」惹强迫打针之嫌.
2022年初，由于2019冠状病毒病香港疫情日趋严重，行政长官会同行政会议于2022年2月8日制定《预防及控制疾病（疫苗通行证）规例》（第599L章），以赋权食物及卫生局局长就若干处所或公共交通工具发出疫苗通行证指示，市民需按时接种指定剂数新冠疫苗并出示或持有符合特定要求的疫苗通行证才可进入相关处所。这使部分对健康有忧虑的市民感到被迫打针。