明朝历史

明朝历史，在中国历史学家的定义，自1368年朱元璋金陵称帝为始，至1644年李自成攻入北京为止的历史情况 。但是明朝的余絮有1662年灭亡的南明政权与1683年灭亡的台湾明郑王朝。
明初武功极盛一时，明太祖朱元璋立国江南，以「驱逐胡虏，恢复中华」的口号北伐中原，最终推翻蒙古人建立的元朝并逐步从战乱中恢复国力，史称洪武之治，又利用胡蓝党狱铲除权臣，以断后患。明太祖的继承人明惠帝在位时爆发靖难之变，燕王朱棣最终获胜，朱棣改元永乐，史称明成祖。明成祖时曾北进蒙古，南征安南，令郑和下西洋宣扬国威致万邦来朝，史称永乐盛世。其后的十一年在明仁宗和明宣宗的治理下，大明国力达到顶峰，史称仁宣之治。宣宗之子明英宗幼年即位时，朝中有「三杨」杨溥、杨士奇、杨荣主持政局，一时「海内清平」。
至明英宗正统七年（1442年），张太皇太后去世，明英宗仅十五岁，宦官王振趁机开始擅权；正统十四年（1449年）发生土木堡之变，英宗被俘。但名臣于谦另立明景帝，并击退了瓦剌，取得京师保卫战的胜利，瓦剌于是送还了英宗，但英宗从此被景帝软禁。数年后，英宗利用夺门之变复辟，并废除自明太祖时残酷的殉葬制度，并逐渐任贤用人使朝政有所转机。英宗之子明宪宗继位后，前期励精图治但后期宠幸阉宦汪直。明孝宗统治的弘治年间，明朝君臣同心协力，国家呈现中兴气象，史称弘治中兴。
到了正德、嘉靖两朝虽然开创了嘉靖革新的局面，但后世后期逐渐中衰，社会矛盾萌发，并面临蒙古、倭寇两大外患，加上1556年陕西省发生大地震，导致明朝国库连续两年亏空。明穆宗隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与蒙古达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关；因为这两项措施，明朝又重现中兴气象，史称隆庆新政。明神宗万历朝初期在名相张居正的辅政之下曾一度中兴。后世计当时朝廷岁收，明朝的经济规模可称世界第一。惟至万历朝中期始，因立太子之争，君臣关系紧张，终致皇帝怠政、官员腐化，关外女真兴起，明朝开始走向衰败。但万历年间，明朝仍取得了明缅战争的胜利、援助朝鲜击败日本的胜利。神宗去世后，儿子朱常洛登基，年号泰昌，史称明光宗。而光宗在位仅一个月去世，由儿子朱由校即位，年号天启，也就是明熹宗。少年皇帝明熹宗事事信赖太监魏忠贤。
至崇祯年间，臣子党争激烈，皇帝决策失准，诛杀袁崇焕，后金军队突破长城，五入关内烧杀抢掠。又遇连年灾荒疫疾，民不聊生，各地爆发民变，叛降数易，官兵疲于奔命。在如此严峻的形势之下，明朝仍取得了料罗湾海战的胜利击败荷兰东印度公司。
崇祯十七年（1644年），李自成的大顺军队攻占北京，崇祯帝自缢，随后清朝军队在原明朝将领吴三桂的带领下入关击败大顺军，但由明朝宗室在江南建立的若干个南明政权延续了数十年，忠于明朝的郑成功从荷兰人手中取得台湾作为反清基地，是谓明郑王朝。直到1683年清军占台，明廷余絮完全灭绝。
明朝建立.
元朝末期，官员贪污日盛，朝政腐败。蒙古立国之初，税务由耶律楚材制定，项目清楚且限于一定额度。元朝建立后，元世祖忽必烈发行的中统宝钞、至元宝钞等亦能正常流通使用较长时间。然而元末时蒙古贵族有靡烂之象，亟需金钱，除了加重赋税以外还发行新钞「至正宝钞」并大量印制，导致金融紊乱，并饱受严重的通货膨胀，民不聊生。至正十一年（1351年），元政府徵调农民和兵士十几万人治理黄河水患。黄河两岸农民本已饱受灾荒之苦，在治河工地上又横遭监工的鞭打，被苛扣口粮，民间愈发怨怼。于是，「治河」和「变钞」就成为民变爆发的导火线，终致红巾军起义的爆发 。
至正十一年（1351年）五月，红巾军起义爆发。次年，郭子兴聚众起义，攻占濠州（今安徽凤阳）。不久，贫苦农民出身的安徽凤阳人朱元璋投奔郭子兴，屡立战功，得到郭子兴的器重和信任，并娶郭子兴养女为妻。之后，朱元璋离开濠州，发展自己的势力。至正十六年（1356年），朱元璋率兵占领集庆（今江苏南京），改名为应天府，并攻下周围一些军事要地，获得了一块立足的基地。初时的朱元璋「地狭粮少」「孤军独守」，远不及其他起义军势力，处境十分艰难。朱元璋采纳了谋士朱升「高筑墙，广积粮，缓称王」的建议，经过几年努力，朱元璋军事和经济实力迅速壮大。至正二十年（1360年），陈朱双方在集庆城（今南京）西北的龙湾展开恶战，陈友谅势力遭到巨大打击，逃至江州（九江）。至正二十三年（1363年），通过鄱阳湖水战，陈友谅势力基本被消灭，至正二十七年、吴王元年（1367年），朱元璋攻下平江（今苏州），张士诚自尽。同年朱元璋又消灭割据浙江沿海的方国珍。至正二十八年、洪武元年1368年正月，朱元璋于金陵应天府即皇帝位，开启三百年的明朝。之后趁元朝内讧之际乘机北伐和西征，同年攻占元大都（今北京），元朝撤出中原。之后于洪武四年（1371年），消灭位于四川的明玉珍势力，于洪武十四年（1381年），消灭据守云南的元朝梁王。最后，于洪武二十一年（1388年），深入漠北进攻北元。天下至此初定。
明朝初期.
明初大致是天下大定，国力迅速发展得时期，朱元璋期间史称洪武之治。他去世后，其孙朱允炆即位，但其在靖难之役中败于原驻守燕京的朱元璋第四子朱棣，也自此失踪。朱棣登基后迁都至顺天府（今北京市），将北平布政使司改为北直隶，原京师应天府改称南京。成祖朱棣时期，开疆又遣郑和下西洋，较哥伦布早近百年开始远洋航行，船队曾驶抵非洲，史称永乐盛世，为中国史上最大的盛世之一。其后的仁宗和宣宗时期国家仍处于兴盛时期，史称仁宣之治。
洪武之治.
明朝建立后，朱元璋一方面减轻农民负担，恢复社会的经济生产，改革元朝留下的不合理的吏治，惩治贪污的官吏，社会经济得到恢复和发展，史称洪武之治。明初的经济也迅速恢复，国力迅速成长，达到了明朝史上最好的水平。朱元璋确立了里甲制配合赋役黄册户籍登记簿册和鱼鳞图册的施行，落实赋税劳役的征收及地方治安的维持。
政治上进行大刀阔斧的改革，罢中书省，分相权于六部。六部尚书直接对皇帝负责，执行皇帝的命令。其后，进一步宣布不许再议置丞相。秦汉以来行之一千余年的宰相制度，从此废除。同时在全国掀起了“反贪官”运动，矛头对准从中央六部和中书省到地方县、府的各级贪官污吏。首先，朱元璋对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。朱元璋还允许民间百姓上访，允许百姓扭送不法官吏。在明朝上访受到了朝廷的保护，不仅如此，对于应当接访而没有接访处理的上级官员，亦要依法论处。
朱元璋平定天下后，大封功臣。但是朱元璋性格多疑，也对这些功臣有所猜忌，恐其居功枉法，图谋不轨。而有的功臣也越过礼法，为非作歹。朱元璋借此两兴大狱，即「胡蓝党狱」，几乎将功臣全部诛杀。廖永忠是最先被杀害的功臣。在此之后，朱亮祖、李文忠先后死于非命。胡惟庸是当时中书省的左丞相，深得朱元璋宠信，故日益跋扈，不知自忌。朝中奏章大事须先经其手，若不利于其的奏章就予以隐匿，后逐步懈怠政务，同时，胡惟庸大肆收取贿赂。洪武十三年（1380年），朱元璋以擅权枉法之罪名杀胡惟庸，又杀御史大夫陈宁、御史中丞涂节等人。洪武二十三年（1390年），有人告发李善长交通胡惟庸情状，韩国公李善长因此被赐死，家属七十余人被杀。总计株连者达三万余人。此后，朱元璋又借大将军蓝玉张狂跋扈之名对其诛杀，连坐被族诛的有一万五千余人。加上空印案、郭桓案两案，开国功臣除了谋士刘基、大将汤和、长兴侯耿炳文和武定侯郭英外几乎全部被杀。朱元璋通过打击功臣、特务监视等一系列方式加强皇权。
靖难之变.
明太祖分封诸子为亲王，以加强边防、保卫天子。北方诸王势力较强，原因主要是对蒙古的边防任务。而其中又尤以燕王（朱棣）和晋王势力最大。为防止朝中奸臣不轨，明太祖规定诸王可移文中央捉拿奸臣，必要时得奉天子密诏，领兵「靖难」。同时为防止宗室诸王尾大不掉，明太祖也允许今后的皇帝在必要时可下令「削藩」。
洪武三十一年（1398年）明太祖驾崩，由于太子朱标早死，所以朱允炆以皇太孙的身份即皇帝位，改元建文，翌年为建文元年。建文帝立刻与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被杀。同时以边防为名调离燕王的精兵，准备削除燕王。结果燕王朱棣在姚广孝的建议下以「清君侧，靖内难」的名义起兵南下，占领京师，是为靖难之役，燕王即位，年号永乐。建文帝(惠帝)在宫城大火中下落不明。
永乐盛世.
朱棣即位之后，武功昌盛，先是出击安南，将安南纳入明朝版图，设立交趾布政司。后又亲自五入漠北攻打蒙古以绝后患。明成祖册封瓦剌三王，使与鞑靼对立，等到瓦剌兴盛后又助鞑靼讨伐瓦剌，不使任何一方独大 。同时，明成祖将大宁都司内迁保定，将宁王朱权内迁南昌，授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权，但不允许三卫蒙古人南迁到大宁地区驻牧。明成祖还于永乐四年（1406年）和永乐二十年（1422年）对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定。明成祖为安抚东北女真各部，在归附的海西女真（位于松花江上游）与建州女真（位于松花江、牡丹江之间）设置卫所，并派亦失哈安抚位于黑龙江下游的野人女真。永乐七年（1409年）亦失哈在黑龙江下游东岸奴儿干地方（元朝征东元帅府旧地）设置奴儿干都司，扩大明朝东疆，但因为鞑靼干预，至永乐九年（1409年），明成祖击败鞑靼后，派遣亦失哈护送此前委任的康旺、王肇州前往奴儿干都司衙署就任，奴儿干都司正式建立。亦失哈并于永乐十二年（1413年）视察库页岛，设立囊哈儿卫，宣示明朝对此地的宗主权。明成祖一改明太祖闭关自守的外交策略，自永乐三年（1405年）开始派宦官郑和下西洋，前后六次，规模空前，扩大了明朝的影响力。向各国交往、宣示威德以及建立朝贡体制，也有为围堵西亚帖木儿帝国的说法。
在内政上，朱棣下令修大型类书永乐大典。在三年时间内即告完成。永乐大典有22877卷，又凡例、目录60卷，全书分装为11095册，引书达七八千种，字数约有三亿七千多万，且未有任何删节，这是之后的四库全书无法相提并论的 。根据记载，明朝年间仅有明孝宗和明世宗二帝阅《大典》。此外，明成祖并未将《永乐大典》复写刊刻，且决定只制作一份抄本，并于永乐八年（1410年）告一段落。
从永乐三年（1405年）开始，朱棣将北平改名北京，称行在，并设立北平国子监等衙门。永乐四年，他下诏在北京修建宫殿。永乐七年（1409年），朱棣巡幸北京，在北京设立六部与都察院，并在北京为逝世的徐皇后设立陵寝，已经显示迁都的迹象。经过十几年的经营，北京初步得到了繁荣。永乐十四年（1416年），朱棣公布迁都的想法，得到认同。永乐十五年（1417年）开始大规模营造北京，永乐十八（1420年）年宣告完工，永乐十九年（1421年）正式迁都。因为永乐年间天下大治，并且大力开拓海外交流，所以将这段时期称为永乐盛世。
但是永乐帝同样对异议者进行杀戮，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等都被杀。其中以方孝孺的「诛十族」（初见于祝枝山《野记》，一般认为非正史）和景清的「瓜蔓抄」最为惨烈。
仁宣之治.
成祖驾崩后，其长子朱高炽即位，是为明仁宗。朱高炽即位时，由于年龄已经偏高，因此即位仅一年就已经驾崩。但是在其统治时期，推行诸多仁政。任用「三杨」（杨士奇、杨荣、杨溥）等贤臣辅佐朝政。并且停止郑和下西洋和对外战争，以积蓄民力。更鼓励生产，宽行省狱，力行节俭。其死后长子朱瞻基即位，是为明宣宗。他基本继承了父亲的路线，实行德政治国，国家进一步强大。后代史书对仁宣之治有高度的评价。《明史》称仁宣之治为：“官吏称职，政治清平，纲纪严明，仓库常满，百姓安居乐业，遇灾多救不为害。此治理是明朝开国六十年后遇到的盛世，民气得以渐渐舒展，整个王朝也有蒸蒸日上治平的气象了。”学者谷应泰亦将仁宣之治与周朝的“成康之治”、汉朝的“文景之治”相提并论。
宣宗同样热爱美术，有画作传世。但是，由于宣宗喜好养蟋蟀（古名「促织」），许多官吏因此竞相拍马，宣宗也被称为「促织天子」。同时，在这一时期打破了太祖留下的太监不得干政的规矩，一些太监开始干政，为英宗时期的太监专权埋下隐患 。
明朝中期.
明朝中期主要从英宗和景泰帝时期遭遇土木之变开始的，对外渐转为保守防御，经于谦等人抗敌，最终解除危机。宪宗和孝宗相继与民休息，孝宗则力行节俭，减免税赋，史称弘治中兴。武宗时期爆发南巡之争和安化王之乱、宁王之乱。世宗即位初，引发大礼议之争，他清除宦官和权臣势力后总揽朝纲，实现嘉靖中兴，并于屯门海战与西草湾之战中击退葡萄牙，任用胡宗宪和俞大猷等将领平定东南沿海的海盗，世宗驾崩后经过隆庆新政国力得到恢复，不过女真势力也开始崛起，一海之隔的日本也快结束了战国时代，正在蠢蠢欲动。
土木之变.
宣德十年（1435年），九岁的朱祁镇继位，即明英宗，年号正统。英宗宠信宦官王振。自此开始明朝的宦官严重专权行为。王振原为教官，后净身入宫，服侍英宗左右。英宗即位后，对其宠信有加。在太皇太后及元老重臣「三杨」死后，王振更加专横跋扈，更将明太祖留下的禁止宦官干政的铁牌撤下。举朝称其为「翁父」。王振擅权七年，家产计有金银六十余库，其受贿程度可想而知。
正统初年，蒙古瓦剌部逐渐强大，经常在明朝边境一带生事。瓦剌首领也先在正统十四年的七月南下攻明。王振即挟英宗领兵五十万亲征。大军离京后，兵士乏粮劳顿。八月初大军才至大同。王振得报前线各路溃败，惧不敢战，又令返回。回师至土木堡时，被瓦剌军追上，兵士死伤过半，随从大臣有五十余人阵亡。英宗突围不成被俘，王振死于乱军之中（一说王振为护卫将军樊忠所怒杀，又有锤杀与斩杀两种说法，该说得不到《明史纪事本末》的支持），此即为土木之变。是明朝由盛转衰的一个转捩点。
土木之变的消息来到京师后，朝中混乱。一些大臣要求迁都南京，被兵部侍郎于谦驳斥。继而大臣拥戴英宗弟朱祁钰即位，年号景泰。于谦升任兵部尚书，整顿边防积极备战，同时决定坚守北京，随后两京、河南、山东等地勤王部队陆续赶到。同年十月，瓦剌军直逼北京城下，安置英宗于德胜门外土关。于谦率领各路明军奋勇抗击，屡次大破瓦剌军，也先带著瓦剌军大败逃走。明朝取得了京师保卫战的胜利，但英宗还在也先手上，于谦力排众议，加紧巩固国防，拒绝求和，并于次年击退瓦剌多次侵犯。
英宗复辟.
也先见继续绑架英宗已无意义，乃于景泰元年(1450年)八月释放英宗。但之后，皇室内斗。景帝先是不愿遣使迎驾，又把英宗放在南宫（今南池子）软禁，并废皇太子朱见深（英宗之子，后来的宪宗），立自己的儿子朱见济为太子。不久之后，朱见济病死，景帝也迟迟不恢复朱见深为太子（景帝无他子），俨然有夺正之貌，英宗、景帝兄弟因而严重对立 。景泰八年正月，景泰帝病危。十六日，副度御史徐有贞率军夜入南宫，拥戴英宗夺门（东华门）复位。又杀害于谦及大学士王文，诬陷其欲立襄王之子为帝。此为夺门之变，又号「南宫复辟」。英宗登基后一改过去错误，之后流放徐有贞，诛杀石亨等人并下令罢黜自洪武到景泰时期的残酷殉葬制度。使朝政日有好转。在天顺一朝，国家机器运作基本正常，主要得力于英宗的勤政与贤臣李贤的辅佐，英宗吃穿简约每日批阅奏章且听取大臣简报，同时如王竑、年富、程信、姚夔、李秉、崔恭、耿九畴、轩𫐐、李绍之类的忠良也在李贤的推荐与英宗的提拔下得以受重用，同时对流民问题始终采取宽仁安抚政策而无严重失误，天顺朝的朝政表明英宗已经成熟，可谓勤政且仁德，虽无力重振明朝往日雄风，但也远没有把明朝败坏到正德、万历的程度。
宪宗时期.
英宗死后，儿子朱见深即位，是为明宪宗，年号成化。初年为于谦冤昭雪，恢复朱祁钰帝号。又能体谅民情，励精图治，俨然为一代明君。但皇帝口吃内向，因此很少廷见大臣 。琉球、哈密、暹罗、土鲁番、撒马儿罕等国纷纷入贡。但是宪宗在位后期，好方术，终日专宠比他大19岁的宫女万贵妃，并宠信宦官汪直、梁芳等人，以至奸佞当权，西厂横恣。明宪宗还开始了皇帝直接颁诏令封官的制度，是为传奉官。结果传奉官泛滥，舞弊成风。直到孝宗时期这些官员才全被裁撤。宦官汪直受到宪宗的宠信，透过西厂张狂跋扈。不久后西厂被罢，但汪直依然握有大权。直到成化十八年（1482年）汪直因言官弹劾才被贬。此外，他也是皇庄的始置者。该举措事实上鼓励了豪强兼并土地，危害不浅。成化一朝群小当道：女宠、外戚、佞幸、奸宦、僧道共聚一堂，朋比为奸，浊乱朝政 。
弘治中兴.
宪宗死后，孝宗朱祐樘即位，改年号弘治。由于孝宗自幼生于贫寒，所以孝宗在位期间「更新庶政，言路大开」，使英宗朝以来奸佞当道的局面得以改观，被誉为「中兴之令主」。
孝宗在位期间，先是将宪宗期间留下的一批奸佞冗官尽数罢去，逮捕治罪。并选贤举能，将能臣委以重任。孝宗勤于政事，每日两次视朝。孝宗对宦官严加节制，锦衣卫.东厂也只能谨慎行事，用刑宽松。孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。并践行一夫一妻制，一生除了张皇-{后}-外没有任何妃嫔。在他的治理下，弘治一朝成为明朝中期以来形势最好的时期之一，明史也称孝宗「恭俭有制，勤政爱民」。孝宗的励精图治，使得当时明朝政治清明经济繁荣百姓富裕天下小康，被称为弘治中兴。
武宗时期.
弘治十八年（1505年）五月，孝宗皇帝驾崩。十五岁的皇太子朱厚照即位，是为武宗，以次年为正德元年。武宗天性聪颖，但是清代野史常说他极好逸乐，纵情于声色犬马。刘瑾、马永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、高凤、罗祥等八位过去的东宫宦官相互勾结，是为「八虎」。
八虎想尽办法奉迎阿上，导引皇帝逸乐，残害忠良，朝政为其所害。八虎之中的刘瑾独揽大权，将自己的党羽延揽入阁，还想方设法满足武宗的玩乐需求，建造豹房供其淫乱。但是刘瑾的专权扩权（增加西厂内行厂）也引发了朝中大臣以及其它「七虎」的不满。最终刘瑾被捕后处以凌迟之刑。但是，武宗依然不思朝政，又开始信用佞臣江彬、钱宁，权力自东厂转移至江彬主政之锦衣卫。
武宗为了方便自己能出宫到各处僖游，制造了一个虚构的人物：「镇国公威武大将军总兵官朱寿」，以朱寿身份，藉出征为名，实际上僖游为实。武宗的荒游逸乐导致正德年间变乱频生，先后发生宁夏安化王朱-{寘𫔍}-谋反、山东刘六刘七民变、江西宁王朱宸濠谋反等重大事件，但先后皆遭到平定。
武宗时期王守仁得以讲学，使得心学得到进一步发展，同时期武宗还击败鞑靼小王子进犯。
正德十五年（1520年），武宗假借朱寿身份，亲自俘虏已被王守仁击败的朱宸濠后，于班师回京途中，南直隶清江浦（江苏淮安）泛舟取乐时落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世，刚即位的嘉靖皇帝下令将江彬抄家处死。
嘉靖时期.
武宗无子嗣无兄弟，最终导致孝宗一脉绝嗣 。死后由孝宗弟兴献王长子朱厚熜即位，是为世宗，并且致使大明统系发生第二次小宗入为大宗的情况。
世宗在位期间，罢黜各地镇守太监。但是大礼议事件严重损害了朝政：世宗要求尊父为兴献皇帝，母为兴献皇后。但内阁首辅杨廷和、礼部尚书毛澄等权臣引宋濮安事强令明世宗尊亲生父母为皇叔父母，引起明世宗的反感。但是也有一些大臣纷纷迎合帝意。世宗在这些人的助长下蔑视礼法，不仅尊其父母为皇帝和皇太后，又为父亲在太庙旁专立一庙祭祀，成为献皇帝庙。又称父亲为睿宗，在武宗之上，还为父亲修皇帝实录。此为大礼议事件。大礼议引起轩然大波，朝臣中反对者均受打击，或被罢官，或被入狱。受杖者一百八十余人，杖死者十七人 。同时，世宗奉道教，信用方士，在宫中日夜祈祷。先是将道士邵元节入京，封为真人及礼部尚书。邵死后又大宠方士陶仲文。自嘉靖十三年（1534年）后世宗即不视朝。
嘉靖二十一年（1542年）十月，乾清宫发生宫女之变，杨金英、邢翠莲等宫女十余人与宁嫔王氏趁世宗熟睡之际企图将其勒死，但未成功，此即壬寅宫变。自此之后，世宗移驾西苑，不入宫内。同时，权臣严嵩借此窃权，排斥异己，结党营私。其子严世蕃协助其父作恶。朝臣虽然不断有人弹劾严嵩结党营私，但均已失败告终。世宗后期，严嵩年事已高，朝臣徐阶开始取代严嵩之位。嘉靖四十一年（1562年），徐阶策动言官弹劾首辅大臣严嵩。严嵩辞去官职回乡。嘉靖四十四年（1565年），严世蕃以通倭罪被判斩刑、严嵩被削为民，两年后病死。
嘉靖一朝，国家外患不断。北面鞑靼部趁明朝衰弱而占据河套。嘉靖二十九年（1550年），鞑靼首领俺答进犯大同，大同总兵重金收买俺答，结果俺答直接进攻京师。鞑靼军队在北京城郊大肆抢掠之后西去，明朝军队在追击过程中大败，此为庚戌之变。由于世宗时期明朝宣布海禁，由日本浪人与中国海盗组成的倭寇与沿海居民合作走私，先并且后袭扰山东、浙江、福建与广东等地区。朱纨、张经等将领受明廷干扰而未能平定倭寇。而后兵部尚书胡宗宪署理浙江巡抚兼浙直总督全力剿倭，招抚浙江势力最强的汪直（后被明廷杀害）。戚继光与俞大猷平定浙闽粤等地的倭寇，为后来隆庆开关建立好背景。葡萄牙人在嘉靖三十六年（1557年）开始移民澳门，但及至明亡，葡萄牙人及澳门始终为广东布政司香山县管辖。
嘉靖四十五年（1566年），朱厚熜崩于乾清宫，庙号世宗肃皇帝。唯一存活的皇子朱载坖即位，是为穆宗，年号隆庆。穆宗任用能臣如高拱、徐阶、张居正、海瑞等，内政形势总体较佳。也为万历初年的中兴奠定基础。
嘉靖大地震.
嘉靖三十四年农历腊月十二（1556年1月23日），山西、陕西和河南同时发生地震。这次地震分布在陕西、山西、河南、甘肃等地，地震波及大半个中国，有感范围远达福建、两广等地。百姓民众因压砸、焚溺、与饥疫而死者无法估计，其奏报有名者便达83万有多，不知名者不可胜数。死亡人口之多几达当时中国人口的百分之一，也是古今中外地震史上仅有的案例。这次大地震致使陕西、山西、河南等省97州受灾，101个县受害，灾区面积大约28万平方公里。地震有感范围为5省227个县。“余震月动三五次者半年，未止息者三载，五年渐轻方止”。由于明代后期吏治腐败，国库空虚。地震发生后明朝从国库调拨大量资金用于救灾，导致明朝国库连续两年亏空，加上地震引发的自然灾害和瘟疫导致明朝政府税收减少，对明朝的国力和财政状况亦造成不同程度的影响。
隆庆新政.
穆宗即位后，即启用在藩邸的老师高拱、张居正。隆庆初年，位处执政之首的世宗旧臣徐阶策动朝官弹劾高拱，迫高拱辞官回乡。高拱亦不甘示弱，一年后策动朝官弹劾徐阶。徐阶也被迫正式退休。朝廷的实际政务渐渐落到了张居正的手上。隆庆末年，高拱回朝出任内阁首辅。
隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与蒙古达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关；因为这两项措施，明朝又重现中兴气象，史称隆庆新政。
明朝后期.
此时期为明末年，而万历是明朝由盛转衰的转折期。神宗前期任用张居正，推行万历新政，社会风尚呈现出活泼开放的新鲜气息，史称万历中兴。后经过万历三大征平定内忧外患，粉碎日本丰臣秀吉借由渡海攻占朝鲜进而入明的计划，然而因为国本之争，皇帝逐渐疏于朝政，史称万历怠政，同时东林党争也带来了政治混乱，光宗不久因红丸案暴毙，熹宗继承改元天启，天启年间魏忠贤阉党祸乱朝纲，至崇祯帝即位后铲除阉党，但阉党倒台后，党争又起，政治腐败以及连年天灾，导致国力衰退，最终爆发大规模民变。崇祯年间爆发“明末大鼠疫”，并传入北京城。1644年4月25日（农历三月十九），李自成率领的大顺军攻破北京，崇祯帝自缢于煤山，是为甲申之变。随后吴三桂倒戈相向，满族建立的清朝入主中原。
张居正变法.
隆庆六年（1572年），穆宗皇帝因中风突然驾崩，年仅九岁的皇太子朱翊钧继位，改元万历，就是明神宗，史称万历皇帝。由于神宗年幼，于是由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，相反张居正得到冯保的鼎力支持。张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出了「尊主权，课吏职，信赏罚，一号令」，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担 。洪武二十六年（1393年），全国耕种田地有三百六十六万零七千七顷。到了弘治十五年（1502年）也只上升到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年（1581年）经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷 。
军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，以名将戚继光守卫北京的重镇蓟州、以辽东李成梁安抚东北女真、以宣大王崇古、方逢时安抚鞑靼，其他重臣如四川的刘显、两广的殷正茂、凌云翼、浙江的张佳胤，张居正也十分信任他们。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员，但他自己本身也贪污受贿。张居正整顿朝正，改革体制，史称万历中兴。
万历五年(1577年)年秋，张居正父亲去世，按常理他需要丁忧（解职回乡守孝三年），但张居正以为改革事业未竟，不愿丁忧。他的政敌借此大做文章，此即为夺情之争。最后在神宗和两太后的力挺下张居正被夺情起复（免于在家守孝），使得其改革并未被中断。但是，这成为了他的政敌之借口。同时，张居正利用自己的职权让自己的儿子顺利通过科举进入翰林院。张居正死后立刻被反对改革的政敌清算。张府一些来不及退出的人被囚禁于内，饿死十余口。生前官爵也被剥夺。
万历时期.
张居正死后初期，神宗尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。在国本之争后，更是采取消极态度怠政。明神宗在位期间对内有东林党争、国本之争与万历怠政等严重事件；对外则有万历三大征与后金崛起等大型战役。万历一朝成为明朝由盛转衰的转折期 。
国本之争是贯穿于明神宗中期至晚期的重大政治事件。主要是围绕著皇长子朱常洛与福王朱常洵（郑贵妃所生）。神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。朝中上下也因此分成两个派别。直到万历二十九年（1601年），朱常洛才被封为太子，朱常洵被封为福王。但是福王迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩。
明神宗于国本之争对大臣极度不满，于万历十五年1587年开始以不上朝作为报复，仅处理一些重要事件。万历十五年（1587年）后，神宗就开始连续不上朝。万历十七年（1589年）元旦后，神宗以日食为由免去元旦朝贺，此后每年的元旦神宗再也不视朝。自万历十六年（1588年）后，早朝也经常看不到神宗。神宗整日在深宫中不理政事，沉浸在花天酒地之中，每年还进行选美。
同时，神宗还好营建，经常大兴土木。在他二十一岁时就开始筹建陵园。万历十七年（1589年），大理寺左评事上疏，称神宗沉湎于酒、色、财、气。结果被贬为民。明神宗中后期财政困难，因此明神宗派太监为天下矿监和税监以充实内库，然而矿监税使大多假借名义搜刮民间财产，扰乱天下，同时由于深受神宗信任的辽东总兵李成梁后期的腐化堕落大肆谎报军情，骗取军功封赏，在军事打击目标上偏袒努尔哈赤所部，导致明朝末年边患严重，并最终导致满清入主中国。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。万历三十年（1602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。因此明史言：「论者谓：明之亡，实亡于神宗。」部分史学家认为明朝自此开始走向灭亡。
神宗在位期间的东林党争也是严重败坏朝纲的事件。由于朝政混乱，部分中下阶官吏在政治上受到排斥，纷纷要求政治改革，并强调道德标准。万历二十一年（1593年）癸巳京察促成东林党的形成，其名称源自顾宪成创办的东林书院。主持京察的孙鑨、李世达和赵南星，利用京察将不符他们标准和不属于东林党的官吏降职解雇。经过多次京察后，引起众多反对党如宣党、昆党、齐党、浙党等兴起并与东林党互相倾轧。自此门户之祸坚固而不可拔，图使朝政空转内耗。明熹宗时阉党专权，东林党受到严重打击，直到崇祯帝初期才重新被启用。
在对外军事方面，以万历三大征最为显著，分别为平定蒙古哱拜叛变的宁夏之役、抗击日本丰臣政权入侵朝鲜王朝的朝鲜之役，以及平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，这三场战争几乎同时发生，其性质均不相同。明朝于三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗大量人力物力，成为国库空虚、财政拮据的重要原因之一。粗略统计出这八年间国家的军事开支高达一千一百六十余万两白银。万历四十五年（1617年）后金努尔哈赤以「七大恨」为由反明，两年后在萨尔浒之战中大败明军，明朝至此对后金改以防御为主的策略。
明末三大案.
「明末三大案」指明朝末期宫廷中发生的梃击案、红丸案、移宫案的总称。这三宗事件本身并不是很重要，但是却标志著明末纷乱和衰亡的开始，故有「三大案」之称。明末三案万历晚期国本之争的延续，使得明廷的政治斗争更加剧烈，也是标志著明末衰亡的开始。
梃击案发生于万历四十三年（1615年）五月初四。一位名叫张差的男子手持木棍闯入皇太子朱常洛居住的慈庆宫并打伤守门宦官李鉴，后被捕。后经审问，显示郑贵妃与此案有关。由于当时审案人员都是浙江籍人士，而当时的浙党领袖方从哲与郑贵妃关系良好，因此颇受人质疑。结果当时的陕西籍刑部主事秘密审讯了张差，结果招出郑贵妃与此确有关系。郑贵妃见东窗事发，哀求皇太子。皇太子也请求万历皇帝快速了结，加之万历帝宠信郑贵妃，除了张差被处决外，此案不了了之，一些主张继续追查的官员事后都受了轻重不等的处分。
光宗朱常洛在还是太子之时，就宠爱两名李氏选侍，分别为「东李」和「西李」。其中西李最为得宠。郑贵妃与西李暗中交结，郑贵妃向光宗提请西李为皇后，西李提请郑贵妃为皇太后，后因大臣反对而作罢。光宗因过度纵欲，即位五天后就得了腹泻之疾。光宗服用了一位与郑贵妃关系密切的太监崔文升所进的药物，结果病情加剧。西李以侍奉为由入住光宗寝殿。八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼献上一颗红丸，光宗服后获得暂时的舒适。黄昏后再食一颗，到半夜去世。此即为红丸案。结果，朝中谣言遍起。李可灼被罚回乡养病。更有大量弹劾奏章要求罢免方从哲。天启二年（1622年）四月，朝中又发生了对于红丸案的争论。最后方从哲仍然没有判罪，而崔文升被贬放南京。
光宗去世后，西李据守乾清宫，与心腹太监魏忠贤要挟皇太子朱由校。李氏还要求官员要先将奏章给她看，再给朱由校看，导致强烈反弹。群臣也因此联合要求西李移宫。在群臣催促下，西李不得不移出-{乾清宫}-。后朱由校即位，年号天启，是为熹宗。结果四年后，熹宗又封西李为康妃，次年更颁布《三朝要典》，颠倒三大案的黑白。
泰昌时期.
万历四十八年（1620年），明神宗去世。其长子朱常洛登基是为明光宗，年号泰昌，光宗仅在位一个月，他在登基前的七月二十二日及二十四日，俩次发内帑共计一百六十万两，赏赐在辽东前线明军并重用名将熊廷弼对抗后金的崛起，缓解萨尔浒之役后前线的困境。光宗也相继重用东林党人使朝政转危为安，并且罢除天下矿监税使。郑贵妃为了拢络明光宗，他进献八位美女。光宗在十多年不得其父宠爱下登位，心理压抑于是一口气收下了八位美女。由于纵欲过度不久病倒，太监崔文升进以泻药，连泻三四十次；八月二十九日，又因服用李可灼的红丸，九月一日五更时猝死，时年39岁。
天启时期.
熹宗由于幼年丧母，对乳母客氏有特殊感情。客氏与宦官魏忠贤狼狈为奸。魏忠贤因为在一次赌博中输钱而自宫，改名为李进忠，入宫为宦官。后皇帝赐他恢复原姓，并恢复旧名忠贤。魏忠贤善于逢迎拍马，加上与客氏互相勾结，一路快速升迁，还成为秉笔太监。
熹宗即位早期大量启用东林党人，结果导致东林党与其它党斗争不断，熹宗因此对朝政失去耐心，魏忠贤借此机会干预政治，将反对东林党的势力集结，号为阉党。天启四年（1624年）后，阉党控制了内阁。自此之后魏忠贤更加张狂，其爪牙遍布中央与地方。在其权势最盛时，其养子竟能代替皇帝祭太庙。全国遍布他的生祠，并号为九千岁后又称九千九百岁。更有阉党的国子监生提出魏忠贤配孔子，魏忠贤父配启圣公 。魏忠贤并大肆打击东林党，借「梃击、红丸、移宫」三案为由，唆使其党羽伪造《东林党点将录》上报朝廷，天启五年（1625年），熹宗下诏，烧毁全国书院。大量东林党人入狱，甚至处死。
天启六年五月初六（1626年5月30日），北京西南隅的工部王恭厂火药库发生王恭厂大爆炸，造成2万多人死伤 。事发时的明朝正值内外交困、风雨飘摇之际，国家政治腐败，宦官专权。灾难的消息迅速传遍全国后，朝野震惊，中外骇然，人心惶惶。天启年间各种天灾人祸都比不上王恭厂的破坏程度，故沈国元于《两朝从信录》中称此灾变「乃古今未有之变也」。很多大臣认为这场大爆炸是上天对皇帝的警告，纷纷上书，要求熹宗皇帝匡正时弊，重振朝纲。皇帝不得不下了一道罪己诏，表示要痛加省醒，告诫大小臣工「务要竭虑洗心办事，痛加反省」，希望借此能使大明江山长治久安，万事消弭，且下旨发府库万两黄金赈灾。此事后来亦被御笔太监载入明朝正史。
同年熹宗在西苑游玩时不慎落水，一年后死去。接替熹宗的是其五弟信王朱由检，年号崇祯。
崇祯时期.
崇祯帝即位后，锐意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宫外。时机成熟后，崇祯帝下令魏忠贤去凤阳守陵。魏忠贤在前去过程中得知崇祯帝已派锦衣卫来逮捕他，便与党羽李朝钦一起自缢。崇祯帝将其首级悬于河间老家。同时将客氏押到浣衣局处死。阉党其它分子也被贬黜或处死 。阉党专权虽然结束，但其后朝中又党争不断，崇祯帝对朝政又开始失望。并加强集权，控制百官，信用宦官。
崇祯帝在位期间，首先要面临后金的外患。最初在袁崇焕的经略之下，辽东的形势已经有所改观。此后，后金在辽东战场失利的情况下，改采越过长城，直接偷袭京师的方法攻明。崇祯二年（1629年）皇太极率后金大军包围北京城。袁崇焕回兵解围。崇祯三年（1630年），崇祯帝因袁崇焕不作为与个人能力低下造成时局不堪，诛杀袁崇焕，此后辽东局势日益恶化。其后皇太极多番远征蒙古，终于在六年后彻底击败林丹汗，取得了传国玉玺，1636年皇太极在盛京称帝改国号为大清公开向明朝叫板，并且陆续发起五次经长城入侵明朝直隶、山东等地区，史称清兵入塞。当时直隶连年灾荒疫疾，民不聊生。辽西局势亦日益恶化，清军多次与明军作战，1640年，清军攻打锦州，明军大败，次年，洪承畴投降。至此，除宁远外，辽东地区全数陷入满清的统治下。明朝势力退缩至山海关。
而国内也因明清小冰期气候变冷，农业减产，爆发了全国性饥荒。但是朝廷依旧加派「辽饷」，用于增加军费。民众苦不堪言。天启七年（1627年），陕西澄城饥民暴动，拉开明末民变的序幕。此后民变风起云涌，逐步集合到王嘉胤旗下，转战于陕晋边区。崇祯四年（1631年），王嘉胤遇害，后王自用、高迎祥、李自成、张献忠等农民起义作乱。1636年，高迎祥战死，李自成接替高迎祥成为新闯王。1641年，李自成攻陷洛阳，杀死福王朱常洵，缴获大批粮饷。1643年十月年李自成攻破潼关，十一月占领西安，击溃总督孙传庭于关中，传庭阵亡，明朝北方最后的主力被消灭。此外，另一支张献忠领导的义军主要在南方发展，先是控制了湖广地区，之后又改进攻四川，是为大西政权。但是，两支农民义军没有合作，而是竞争的关系。
崇祯十七年1644年正月李自成在西安市宣布建国，国号大顺，年号永昌。是年华北气候严寒缺煤，李自成部得以迅速扩充攻城掠地，三月，李自成大顺军攻陷大同、宣府、居庸关，十七日已兵临北京城下。十八日，大顺军攻克北京外城，宦官开城门迎李自成，致山海关守将吴三桂帅领五万关宁铁骑回救北京不及。次日凌晨，崇祯帝在明都北京煤山自缢，崇祯帝死后，自杀官员有户部尚书倪元璐、工部尚书范景文、左都御史李邦华、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌义渠、太常寺卿吴麟征、左中允刘理顺、刑部右侍郎孟兆祥等，驸马都尉巩永固全家自杀，太监自杀者以百计，战死在千人以上。宫女自杀者三百余人。绅生生员等七百多家举家自杀。次年崇祯帝堂兄弟福王朱由崧在南京登基延续明廷半壁江山，是为弘光帝。
李自成攻克北京后，纵容部将在京城内不惜重刑相逼大肆搜刮明官遂失民心，又没有及时应对驻守山海关明将吴三桂，结果吴三桂引清兵入关。四月二十一日，李自成亲率部队攻吴三桂，失败。四月二十九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚烧宫殿与九门城楼，向西撤退。大顺军仅在北京驻扎四十一日。之后，大顺军与清军交战时也连连失败。
五月初二，清摄政王多尔衮进京。为安抚汉人笼络民心，多尔衮下令礼葬崇祯帝，臣民服丧三日。十月，顺治帝进北京。北京开始成为清朝的都城。
南明时期.
李自成攻陷北京后，明朝南方皇族势力尚存，明朝宗室于江南地区相继成立南明诸政权，历史上统称为南明（1644年-1662年）。南明建立的若干政权，主要势力有四系王为主，分别是福王弘光帝朱由崧、鲁王监国朱以海、唐王隆武帝朱聿键与绍武帝朱聿𨮁、桂王永历帝朱由榔等。当南明灭亡后，又有郑成功建立的明郑与夔东十三家军抗清。其中吸收郑成功等海上武装集团的加入，率领明军攻下被荷兰东印度公司占据的台湾岛维持最久。1662年，南明最后一位皇帝永历帝被俘后被杀，1683年施琅的水师攻占澎湖，奉大明为正朔的明郑向清朝投降，明朝残余势力方为清朝所消灭。
弘光政权.
南京是明朝的陪都，在南京明朝设有基本的（南京六部）。崇祯十七年（1644年）北京被李自成攻陷后，南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护崇祯帝的堂兄弟朱由崧于同年五月初三日推为监国。十二天后，朱由崧即皇帝位，以次年为弘光元年。由于南京兵部尚书史可法瞻前顾后，延误时机，导致弘光政权基本操控在原凤阳总督马士英的手上。弘光政权内部由阉党余孽专权，朝臣间内斗不断，弘光帝昏庸懦弱，怠于政事，沉湎在酒色之中。弘光元年（1645年）清朝派多铎率大军南下南京，驻扎在淮北地区的藩将刘泽清、刘良佐降清，兵力最强的高杰被暗中已经降清的许定国诱杀，南京北边防务空虚。清军锋线直指扬州城。史可法死守七日七夜，城破，史可法被杀。清军随后在扬州进行整十日的大屠杀，史称扬州十日。
不久之后，清军渡江，南京不战而降，不久弘光帝在逃亡芜湖的路上被清兵逮捕押解到北京处死，不少明廷宗室也押解北京处死。清军占南京后，进展神速，接连攻降苏州、杭州、松江、常州等江南重镇，并重新下达剃发令。引发了汉族百姓的强烈反弹。先后发生了一系列等抗清起义，但都被清军剿灭。尤其李成栋在嘉定连续三次屠杀平民最为惨烈，史称嘉定三屠。大规模的屠城还有江阴八十一日等等。
鲁王监国.
弘光政权覆灭后，明廷宗室鲁王朱以海宣布监国于绍兴，而唐王朱聿键则一直以浙江部份州县及舟山群岛为据点继续抗清，在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。监国自居的鲁王朝廷与隆武朝廷互相对抗，双方互不承认其明朝正统地位，双方的军队时常在闽浙边界上发生冲突。时隆武二年（1646年），清军趁明朝内讧之机开始征讨浙江，由于得不到隆武朝的支援，明军大败，浙江各州县被清兵攻取。永历五年（1651年）九月，清兵攻陷舟山，鲁王又在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。
隆武政权.
大明弘光朝廷覆灭后，在鲁王朱以海宣布监国于绍兴之时，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下登皇帝位于福州。
隆武帝即位后，曾联络各地抗清义军，并屡议出师北伐，然受制于郑芝龙，终无所成。首辅黄道周不得已脱离郑芝龙去江西出师北伐，北伐军进至广信府，准备攻打徽州。但兵败，黄道周被清兵逮捕，不屈而死。时鲁王朱以海在浙江抗清多次要求隆武朝廷援救，但隆武朝廷要求鲁王朱以海承认其正统帝位，否则不予出兵支援。隆武二年二月（1646年），清军开始征福建与浙江。六月，鲁王朱以海兵败，漂泊海上。八月，隆武帝于汀州逃往江西时被俘后绝食而死，十一月，郑芝龙降清，隆武朝廷亡。郑芝龙儿子郑成功起兵反清后，郑芝龙被清廷囚禁。永历十五年（1661年），郑芝龙及其子孙家眷11人被清廷斩杀于北京菜市口。
绍武政权.
朱聿键死后，其弟南明绍武帝，名朱聿在广州受大学士苏观生及广东布政使顾元镜拥立登基称帝。被后世史学家称之为绍武帝，但与肇庆的永历帝朝廷互相内讧，甚至大打出手。同年十二月十五日，李成栋导由福建攻入广东的清兵混入城内，夺占广州，李成栋在广州进行大屠杀，朱聿𨮁自缢而死（一说被杀），结束了他为期一个月的皇帝生涯，史称绍武帝。
永历政权.
1646年隆武帝遇害后，桂王朱由榔获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支援于广东肇庆称帝，改元永历。迫于形势压力，永历政权与张献忠、李自成的余部联合抗清，一度收复湖南全境。同时各地降清的原明军将领先后反正，如1648年正月江西提督金声桓和副将王得仁在南昌反正，四月广东提督李成栋率剪辨穿汉服在广东全省反正，广西巡抚耿献忠也在梧州同梧州总兵杨有光率部反正，一时之间南方数省重归南明控制。这掀起了南明的第一次抗清大潮 。
永历三年（1649年）后，清军大兵压境，湖南再度沦陷。永历四年（1650年），清军攻克广州与桂林。期间，尚可喜等清军攻下由李成栋部守卫的广州后，屠城十日，尸横遍地，史称广州屠城 。永历帝被迫退守南宁。
永历五年（1651年），大西军余部孙可望等人迎永历帝入贵州安隆所，并派刘文秀进攻四川，收复四川大部。李定国进攻广西，攻克桂林，逼清定南王孔有德自焚，还直捣衡阳，击毙清敬谨亲王尼堪，并乘势进军广东收复了两广失地。郑成功也先后在东南沿海发动攻势并乘势渡长江包围南京，并一度导致清廷震动。这掀起了南明的第二次抗清大潮。
但是，孙可望的日益骄横跋扈引发永历帝和李定国的严重不满，李定国奉迎永历帝驻跸昆明。永历十一年（1657年），孙可望发动内斗，大规模进攻李定国，失败后投降清朝，西南情报尽为清朝所知。永历十三年（1659年），清军三路入滇，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。永历十五年（1661年），吴三桂逼迫缅甸国王交出永历帝。莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。永历十六年（1662年），永历帝父子及眷属25人在昆明被吴三桂用弓弦缢死，同年，李定国闻讯后发病死于缅甸猛腊，但是缅甸果敢地区尚留明朝残余军队，尚未被清军肃清。
明郑政权.
永历被害后，全国较大规模的抗清活动就只有夔东十三家军与在台湾的明郑两支了。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始对其进行绞杀。1664年，夔东十三家军抗清失败。首领李来亨全家自焚 。
郑成功则坚持在东南沿海地区进行抗清活动。一度攻克过漳泉二府，取得过江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷、泉州大捷、护国岭大捷。永历九年清军重兵南下，郑成功退守厦门金门两地。永历十一年，郑成功被封为延平郡王。同时，郑成功带领水军向舟山群岛进发。永历十三年（1659年），郑成功进入长江，攻占下瓜洲、镇江、江浦等地，包围南京，清廷震动。之后郑军中清军缓兵之计遭击败，被迫回到闽南大本营。永历十四年（1660年）7月清军大举围攻厦门的郑成功，至次年春败退，郑军取得厦门大捷。永历十五年（1661年）郑成功派儿子郑经留守金厦，自己率部攻占台湾。永历十六年（1662年）郑成功逝世，郑成功从攻克台湾到逝世为止，仅仅统治台湾1年又数月。
郑经从厦门来到台湾接手经营，并继续沿用永历年号。1663年，郑经放弃金厦两岛。三藩之乱时郑经乘机率兵反攻大陆，攻占福建漳州等府县，一度声势浩大，但不久败退台湾。1681年，清康熙帝平三藩后开始著手攻打台湾。此时，郑氏政权早已虚弱不堪，且爆发内讧。郑经去世后，1683年，康熙帝命施琅为水师提督进攻台湾。清军攻克澎湖列岛，郑克塽见大势已去便剃发投降，明廷残余势力彻底灭亡。从永历十五年（1661年）4月郑成功入台到1683年9月郑克塽降清为止，郑氏计在南台湾经营共23年 。不过，此后台湾仍存有经常性的反清复明活动，俗谚称台湾「三年一小反，五年一大乱」。在清朝统治台湾的212年，大大小小民变事件发生116次，比如康熙时期的朱一贵、吴福生和乾隆时期的林爽文，同治时期的戴潮春等所发动的起事，但最终均以失败告终。