河内源氏

河内源氏是清和源氏的一支，当时以河内国（今大阪府东部）作为根据地。被武士称作“源氏”的一般指的就是河内源氏。此外，与伊势平氏「平正盛 - 平忠盛 - 平清盛」一脉被称作“平家”相对应，古时河内源氏也会被称作“源家”。
起源.
河内源氏的始祖是以摄津国・为根据地的源满仲的三子・源赖信。源赖信的长兄则是的始祖・源赖光，次兄是的始祖・。源赖信任期间，以该国石川郡为根据地拓展势力，后世称河内源氏 。
历经源頼信・、源頼义・前九年之役、源义家・后三年之役，河内源氏确立起其于东国武士中武家栋梁的地位。
衰退.
后三年之役被朝廷认定为，源义家及其郎党没有获得任何奖赏。
宽治5年(1091年)6月，源义纲与其兄长源义家差点展开合战。见此，朝廷禁止源义家郎党入京，并禁止百姓向源义家进献庄园。
宽治8年(1094年)3月，源义纲的郎党成功追讨在出羽国作乱的平师妙，源义纲因此获封从四位下。
承德2年(1098年)，长年无官的源义家获封正四位下，并成为白河上皇的殿上人。
康和三年(1101年)，源义家次子・源义亲在九州作乱，遭到流放。
嘉承元年(1106年)6月，源义家四男・源义国在常陆与其叔父・源义光爆发合战。同年7月，源义家去世。
嘉承三年(1108年)正月，因杀害出云国，源义亲遭平正盛诛杀。
天仁2年(1109年)二月，继任河内源氏家督的源义家三男・源义忠遭暗杀，而后，被当作是嫌疑人的源义纲惨遭灭族。
源义忠死后，源义亲之子(一说为源义家之子)・源为义继任家督。源为义官职只停留在检非违使，没有当过，至其55岁时才获封从五位下，为此，源为义接近前关白・藤原忠实，成为其家臣。与之相对，源为义长子・源义朝成为鸟羽上皇的亲信，31岁就获封从五位下・。
久寿2年(1155年)8月，源义朝长子・源义平在武藏国袭击源为义次男(有一说认为是嫡子)・()，源为义及源义朝的对立已表面化。
在东国，源頼义三男・源义光及其后代在甲斐国、陆奥南部、常陆北部扩张势力，源义国及其子孙在上野、下野活动。源义朝则是在关东南部活动，大藏合战后，将其势力扩展至关东北部。
保元元年(1156年)7月，鸟羽上皇去世，后白河天皇及崇德上皇就继承问题有所纷争。平清盛、源义朝、源义康(河内源氏・足利氏)等为后白河阵营旗下的武士，而源为义率领、源为朝等几个儿子作为崇德方的武士参战，最终，后白河方取得胜利，史称保元之乱。此役后，源义朝稳固其河内源氏嫡流的地位，也因战功被任命为左马头，并允许。
平治元年(1159年)12月，趁平清盛离京之际，源义朝联合，袭击当时主导朝政的后白河上皇亲信・信西，并拘禁后白河上皇和二条天皇，然平清盛迅速回京，拥护二条天皇，成为朝廷的「官军」，击败源义朝及其同党，史称平治之乱。战后，源义朝企图逃往东国，在尾张国遭到暗杀；长男・源义平潜伏于京城，企图刺杀平清盛，最终被捕而后斩首；次男・源朝长身受重伤，在逃亡途中去世；三男・源赖朝被流放至伊豆国；五男・源希义、七男・、八男・、九男・源义经因年龄较小，没有参战，源希义流放至土佐国，后三者被送入寺庙。
再兴.
平治之乱后，以平清盛为首的平家确立起其朝廷唯一官军的地位，平清盛官位扶摇直，仁安2年(1167)2月，平清盛获封从一位，就任太政大臣，平家一门多人位列公卿，收获、受领、庄园无数。平清盛更与后白河院及摄关家结为姻亲，扩大其于朝堂上的影响力。后白河上皇及其他公卿虽企图挑战平清盛，然经过鹿谷阴谋及，多位公卿被流放，后白河上皇也遭到幽禁，最终，治承4年(1180年)2月，平清盛外孙・安德天皇登上皇位。
治承4年(1180)4月，后白河上皇第三皇子・以仁王与摄津源氏・源赖政合谋，以源为义十男・源行家为使者，向全国武士发送征讨平家的令旨，史称以仁王举兵。借此，源赖朝在妻家・北条氏等南关东武士的拥戴下，以镰仓为基地，举起反旗；源义贤次男・源义仲于信浓举兵，而后进军北陆；河内源氏・・武田信义、则将势力扩展至信浓、远江、骏河；源行家及源为义三男・则四处征战；河内源氏义光流・、兄弟党也于近江举兵。河内源氏以外，各地反平家的势力也纷纷举兵，摄津、美浓、尾张、若狭、越前、加贺、伊予、丰后、肥后等地皆有武士起事。治承5年(1181)闰二月，平清盛病逝。
治承·寿永之乱前期，源赖朝统整关东大小各，同为河内源氏义国流的足利氏及新田氏先后加入源赖朝麾下，源赖朝也成功镇压与其对立的河内源氏义光流・佐竹氏，而河内源氏义光流・原先与源义仲合作，后加入赖朝阵营。
源义仲在北陆接连打了几场胜仗后，寿永2年(1183年)7月与源义广、源行家、安田义定等反平家武士上洛，平家仓皇逃出京都。然源义仲后续出征西国的平家战事不利，且介入天皇家的继承问题，之后更幽禁后白河上皇(法住寺合战)，源义仲声势大减；于此期间，朝廷赋予源赖朝对东海道及东山道和庄园支配权()。而后，源赖朝派遣其六弟・源范赖及源义经率领东国武士上洛，源义仲不敌，享年31岁；作为人质留在镰仓的源义仲嫡男・也被诛杀；源义广在伊势国与御家人展开合战，遭斩首。
寿永3年(1184年)2月，赖朝军、甲斐源氏、近畿武士所组成的联军在摄津国大败平家，史称一之谷之战。然，畿内的局势仍然不稳定，平家残党仍就在此作乱，源义经为专心维持畿内地区的治安，延后追讨平家。东国方面，源赖朝以追讨义仲残党名义，大举入侵甲斐、信浓等国，并以「居功自傲，且有乱世之志」为由，诛杀甲斐源氏・；甲斐源氏本就难谓团结，部分比较亲源赖朝，有些则独立意识较强，源赖朝巧妙利用其分裂状态，压制甲斐源氏。
寿永3年(1184年)8月，源赖朝以源范赖为总大将，率领东国武士西征，但由于缺乏船只，范赖军无法跨越关门海峡，对或九州进行攻克，使范赖军长期滞留于长门国；而后范赖军陷入兵粮不济的困境，军队士气低下，直到隔年年初，源范赖接受九州武士的支援，成功渡海，讨伐当地平家势力。
元历2年(1185年)2月，源义经率近畿武士奇袭平家大本营赞岐国・屋岛，平家逃至彦岛。平家失去了濑户内海的制海权，且腹背受敌，然平家仍拒绝和平谈派，3月，在关门海峡的坛之浦之战，平家彻底坏灭，一门多人殉死，二位尼・平时子带著安德天皇跳海身亡。
因其战功，源赖朝获封从二位，且基于源赖朝推举，被任命为，被任命为，被任命为，被任命为，被任命为，源义经被任命为，再加上一之谷之战后被奖赏的源范赖・、・，河内源氏一门多人获赏。
镰仓时代.
元历2年(1185)4月，源赖朝近侍・梶原景时控诉源义经，5月，源义经带著平家俘虏前往镰仓，《吾妻镜》记载源赖朝禁止源义经进入镰仓，兄弟两人关系已恶化，源赖朝更没收源义经20余处领地。源义经被任命为伊予守后，根据先例，应辞去检非违使的职务，然源义经兼任检非违使，滞留于京都，且越来越亲近后白河上皇。后，源赖朝在伊予国的国衙领设置地头，插手源义经国务。
源行家随源义仲上洛后，在和泉及河内活动，因拒绝臣服于源赖朝，源赖朝欲追讨之，源行家故拉拢源义经，文治元年(1185年)10月13日，两人向后白河上皇索取追讨源赖朝的宣旨；10月16日，再次请求下旨；10月17日，袭击源义经；10月18日，取得追讨源赖朝的宣旨。源赖朝闻此，率大军至骏河国・；源义经企图号召近畿武士，但少有人响应，只得逃离京都，见此，朝廷改为下达追讨源义经及源行家的宣旨。
源赖朝派使者进京向后白河上皇问责，更以追捕源义经、源行家等人为由，在诸国设置守护、地头，史称「」。
源义经等人原先欲乘船前往九州，然遭遇暴风雨，而后潜伏于近畿地区。文治2年(1186年)5月，源行家在和泉国被御家人诛杀。而后，源义经同党陆续被追讨，源义经逃往奥羽地区，接受奥州藤原氏庇护。因承受不了源赖朝的持续施压，文治5年(1189年)闰4月，奥州藤原氏四代当主・藤原泰衡诛杀源义经()。7月，源赖朝率大军亲征奥州藤原氏，藤原泰衡不敌，向北逃亡，于途中被家臣杀害，史称奥州合战；此役中，源赖朝可谓是动员全日本御家人，依《吾妻镜》文治5年(1189年)9月4日条记载，在陆奥国・阵冈(今岩手县・紫波郡・紫波町)集结的军队足足有28万4千骑。
建久元年(1190年)11月，源赖朝上洛，与后白河上皇及摄政・九条兼实讨论国家大事，朝廷更任命源赖朝为权大纳言、右近卫大将。建久3年(1192年)7月，朝廷册封源赖朝为征夷大将军。建久10年(1199)正月13日，源赖朝去世。
源赖朝年方18岁的嫡男・源赖家继任家督。建仁3年(1203年)年中，阿野全成及其三男・因涉嫌谋反而遭诛杀。9月，身为源赖家乳母兼外戚的有力御家人・遭北条氏及其盟友灭族()，源頼家长男・一幡也在此役中身亡，而后源赖家被罢黜并遭到幽禁，隔年7月去世。
源赖家被罢黜后，源赖朝次男・源实朝继任家督。建历元年(1213年)2月，有御家人企图拥立源赖家三男・为将军，然事迹败露，多人被捕()；建保2年(1214年)11月，先前和田合战败北的和田残党拥立荣实，在京都起事，遭幕府军镇压，荣实后自害。
建保6年(1218年)，源实朝超越其父亲，任右大臣、左近卫大将。建保7年(1219年)1月27日，于鹤冈八幡宫举行的右大臣拜贺仪式中，源实朝被源赖家次男・公晓刺杀，公晓而后也被诛杀。同年2月，阿野全成四男・在骏河国举兵，意图获赐宣旨支配东国，遭幕府军镇压；3月，阿野全成五男・道晓被迫自害。承久2年(1220年)4月，源赖家四男・因涉嫌与公晓同谋，遭诛杀。
因源实朝并无子嗣，朝廷与幕府达成妥协，由既是藤原北家・九条流，又是源赖朝同母妹・坊门姬的曾孙・三寅下向镰仓，为四代将军・藤原赖经。据《明月记》记载，嘉禄2年(1226年)正月，御家人・前往藤原氏的・春日大社，询问藤原赖经是否可改姓源氏，遭天意否准。宽喜2年(1230年)12月，藤原赖经与源頼家女儿・竹御所结婚，四年后，竹御所难产而死，此也标志著源赖朝直系血脉断绝。
源氏将军三代而亡，加上幕府制度渐趋完善，逐渐形成执权及评定众来主导幕政。而后，北条氏压倒其他有力御家人，集中权力，进入所谓得宗专制的年代。
门叶.
相较于其他御家人，源氏一门在镰仓时代前期有较高之地位，谓之。
南北朝.
正庆年(1333年)4月27日，足利尊氏在丹波国・对幕府举起反旗。5月7日，足利尊氏与倒幕派攻陷六波罗探题。5月8日，新田义贞在上野国・新田庄举兵。5月9日，六波罗探题残党在近江国・遭倒幕派包围，集体自害。5月22日，新田义贞攻陷镰仓，北条氏及其同党集体自害。5月25日，少贰氏、大友氏、岛津氏攻陷幕府于九州的据点・镇西探题。5月26日，长门探题降伏。以北条氏为中心的镰仓幕府灭亡。
镰仓幕府灭亡后，大觉寺统・后醍醐天皇推行建武新政，然因不合时宜，招致多人反感。建武2年(1335年)7月，北条氏残党攻陷由足利尊氏同母弟・足利直义镇守的镰仓，史称中先代之乱。见此，足利尊氏请求就任征夷大将军、讨伐北条残党，遭否准，最终，足利尊氏未经勅准就出征，并迅速夺回镰仓，后醍醐天皇在事后封其为。后醍醐天皇命足利尊氏回京，足利尊氏犹豫不决，然足利直义态度果断，拒不回京，并以清君侧为由，发布追讨新田义贞的檄文。后醍醐天皇命新田义贞追讨足利尊氏，足利尊氏将政务及军事委托予足利直义，表示隐退，然新田义贞步步进逼，足利尊氏只得重回战场，击退新田义贞，而后更攻入京都，后醍醐天皇仓皇逃至近江。
足利尊氏攻占京都没多久，就被击退，逃往九州。足利尊氏得到当地武士的支援，持明院统・光严上皇更予其院宣，命讨伐新田义贞，足利尊氏夺回京都，后醍醐天皇再次逃至近江。足利尊氏拥立光明天皇，后醍醐天皇与其议和，返回京都，新田义贞强烈反对，携恒良亲王、前往北陆。据《梅松论》记载，后醍醐天皇亲信・楠木正成看出同为河内源氏，足利尊氏较新田义贞有人望，曾劝其舍弃后者，与前者讲和，遭否准。
建武3年/延元元年(1336年)12月，后醍醐天皇携三神器逃离京都，至大和国・吉野，并恢复自身皇位及年号。朝廷分裂成北朝・持明院统・京都，以及南朝・大觉寺统・吉野两派，史称南北朝时代。新田义贞一行人在北陆遭遇暴风雪及粮草不足等困境，后遭到尊氏方武士袭击，不敌，尊良亲王自害，恒良亲王被捕；历应元年/延元3年(1338年)闰7月，新田义贞战死于越前。
南朝在多线战场失利，再加上后醍醐天皇于历应元年/延4年(1339年)闰8月去世，南朝声势可谓是每况愈下。北朝方面，朝廷于历应元年/延元3年(1338年)8月任命足利尊氏为征夷大将军。足利尊氏与足利直义共掌幕府，当世称二人为「两将军」。然幕府内部分裂成足利直义及足利尊氏重臣・高师直两派，贞和5年/正平4年(1349年)8月，足利直义被迫隐退，足利尊氏嫡子・足利义诠代替足利直义行使政务，而四男・足利基氏东去镰仓，足利基氏及其后代作为镰仓公方管理东国。后，足利直义养子・足利直冬在九州举兵，足利直义则逃出京都，号召全国武士讨伐高师直及其同党，更私自与南朝议和。观应2年/正平6年(1351年)年初，足利直义在战场上击败足利尊氏，以高师直出家为条件和谈，史称观应扰乱。
然足利直义与反直义派武士的矛盾仍在，观应2年/正平6年(1351年)7月足利直义逃往越前。10月，足利尊氏与南朝议和，废除北朝天皇、年号，南朝下达追讨足利直义的纶旨，史称正平一统。足利直义不敌足利尊氏，正平7年（1352）正月投降，2月，足利直义突然去世，然足利直冬等直义派武士仍不愿投降足利尊氏，不少人决定归顺南朝。闰2月，南朝进军京都，新田义贞次男・新田义兴及三男・攻陷镰仓，南北朝和谈已破裂，幕府迅速夺回京都及镰仓。
此后，南北朝就京都进行多次攻防战，延文3年/正平13年(1358年)4月，足利尊氏去世，足利义诠继任家督。同年10月，新田义兴在武藏国战败身亡。延文3年/正平13年(1358年)至贞治2年/正平18年(1363年)，许多反北朝武士归顺幕府，南朝已无法进行大规模的军事行动，不过南朝在近畿及九州仍有相当大的势力。
贞治6年/正平22年(1367年)12月，足利义诠去世，年方10岁的嫡子・足利义满继任家督，足利氏庶流・细川赖之接任管领，掌握幕政。细川赖之加强对近畿南朝势力的压迫，更任命足利氏庶流・今川了俊为九州探题，镇压九州南朝势力。然，基于以足利氏庶流・斯波义将为首的反赖之派的压力，足利义满罢免细川赖之，史称。足利义满借由各家臣的不合，使他们相互牵制，增强自身政治独立性，并强化中央集权，而后在、明德之乱、应永之乱中削弱土岐氏、山名氏、大内氏等家臣的实力。
永德3年/弘和3年(1383年)，足利义满就任源氏长者及、，而后又被册封为准三宫，皆为河内源氏首例。明德3年/元中9年(1392年)，足利义满与南朝议和，南北朝统一，史称明德和约。
室町时代.
应永元年12月(1395年1月)，足利义满将征夷大将军之位让予嫡子・足利义持；同月，就任太政大臣，为河内源氏首例，足利义满时年37岁。应永10年(1403年)，明成祖册封足利义满为「日本国王」，赐予其刻有「日本国王之印」的印章及贸易用的。应永13年(1406年)12月，足利义满继室・日野康子被册封为后小松天皇的准母，隔年3月又获赐为女院・「北山院」。应永15年(1408年)4月，足利义满之子・按亲王的标准元服。
应永15年(1408年)5月，足利义满去世，朝廷欲追封其为太上天皇，遭足利义持谢绝。应永18年(1411年)9月，足利义持与明朝断交。足利义持异母弟・足利义嗣颇受足利义满宠爱，然足利义满急死，其存在对足利义持就是威胁，而后，足利义嗣因涉入东国的叛乱，遭幽禁，最终被杀害。相较于足利义满的专权，幕政自足利义持开始由幕府宿老会议主持。由于足利义持之子・足利义量早夭，又无其他男性继承人，应永35年(1428年)正月，足利义持病重，经幕府宿老决议，以足利义持四位出家的弟弟为候选人，用抽签的方式决定何者继任家督，最后由青莲院出家的义圆(即足利义教)获选。
足利义教任将军期间，欲提升将军权威，透过亲信牵制幕府宿老，并整肃诸家臣，仿效足利义满介入家臣的家督继承问题，削弱其实力，人称「万人恐怖」。足利义教在永享之乱及结城合战铲除第4代镰仓公方・足利持氏及其子嗣，并镇压南朝残党及九州的叛乱。然嘉吉元年(1441年)6月，与足利义教有芥蒂的守护大名・赤松满祐刺杀足利义教，史称嘉吉之乱。
足利义教急死，家督由年方8岁的长男・足利义胜继任，然嘉吉3年(1443年)7月，足利义胜病逝，由其年方8岁的五弟・足利义政继位。足利义政个性优柔寡断，幕政常朝令夕改。宽正5年(1464年)12月，足利义政因认其生男无望，故命出家的十弟・义寻(即足利义视)还俗，成为自己的继承人；然寛正6年(1465年)11月，足利义政正室・日野富子诞下男婴，即足利义尚，足利义视处境变得十分困窘。
因守护大名・山名氏欲挑战三管领之一的细川氏在幕府中的地位，又牵扯进余下两家管领・斯波氏及畠山氏的家督继承纷争，幕府形成细川氏(东军)与山名氏(西军)两派，旷时多年的应仁之乱就在这前提下展开。足利义视原本是东军的总大将，然因其在幕府中的地位不保，而后改投西军。自应仁元年(1467年)正月的开始，双方开始一系列的战事，原先只限于京都，但战火最终扩及至近畿、北陆、中国地区、九州等地。文明5年(1473年)12月，足利义政把将军之位让与年仅9岁的足利义尚，隔年4月，细川氏与山名氏单独议和，然战乱仍持续。文明9年(1477年)11月，西军正式解散，足利义视也离开京都。
应仁之乱使幕府的权威下降，并造成守护在京制的崩坏，各守护返回其领国以方便管理，守护代此阶层也因应仁之乱活跃的表现浮上舞台。文明19年(1487年)9月，足利义尚以强占寺社及(直属于将军的武士)的领地为由，号朝诸国守护，讨伐南近江大名・。六角高頼躲进山中，足利义尚布阵于近江・钩之阵(今滋贺县・栗东市)，长享3年(1489年)3月在阵中病逝。
足利义尚并无子嗣，故当时将军的候补人选为足利义视之子・足利义稙，以及足利义政另一个外甥・足利义澄。幕府管领・细川政元，推举前者，然足利义政及日野富子支持足利义稙。延德2年(1490年)正月，足利义政去世。7月，朝廷正式任命足利义稙为将军。隔年正月，作为将军监护人的足利义视去世。足利义稙与细川政元等幕臣关系不睦，而后又得罪日野富子，处境艰巨。
延德3年(1491年)八月，因领地侵犯的问题未改善，足利义稙率军讨伐近江六角，六角高頼再度逃脱，足利义稙于隔年年底就班师回朝。明应2年(1493年)2月，足利义稙介入畠山家的内部纷争，出征河内，然4月，细川政元于京都举兵谋反，拥立足利义澄为将军，闰四月，足利义稙被捕，遭细川政元软禁，史称明应政变。
明应二年(1493年)6月，足利义稙趁夜逃离京都，先是投靠越中・，而后投奔越前・朝仓氏。明应8年(1499年)，足利义稙在比叡山・延历寺及朝仓氏的支援下，向京都进军，河内畠山氏也响应其号召，然不敌细川政元及其盟友，足利义稙逃往周防国，投靠当地大名・大内义兴。
细川政元当时可谓是权顷一时，世人称其为「半将军」。细川政元无娶妻生子，故收了三名养子，藤原北家・九条流出生的细川澄之、细川氏庶流・阿波守护家出生的细川澄元、细川氏庶流・野州家出生细川高国。细川政元家臣也因支持不同的养子而拉党结派，永正4年(1507年)6月23日，澄之派的家臣刺杀细川政元，史称。
公方.
公方，在古代及中世，为对天皇及将军的尊称。室町时代，幕府势力难以深入东国、奥羽、九州，传统豪族已扎根多年，幕府对其影响有限，为方便管理，故在当地设其驻外机构，通常由足利将军家庶流作为该管长官，当地豪族敬称之为公方。
三管领.
管领，辅佐足利将军家处理幕府政务，由足利氏庶流・斯波氏、细川氏、畠山氏三家担任，称三管领。
四职.
侍所，镰仓时代为统领将军家臣・御家人的机构，室町时代开始负责维护京都治安等工作，该机构长官・侍所头人，大抵由山名氏(新田氏庶流)、一色氏(足利氏庶流)、赤松氏(村上源氏)、京极氏(・佐佐木氏流)担任，称之为四职。
战国时代.
两细川之乱.
永正4年(1507年)6月，支持细川澄之的细川家臣刺杀其养父・细川政元。而后，细川政元另两名养子・细川高国、细川澄元联合其他分家讨伐细川澄之及其党羽，细川澄之兵败身亡，细川澄元继任细川京兆家当主。然不久后，逃亡周防国的10代将军・足利义稙在西国大名・大内义兴的支援下上洛。闻此，细川澄元携时任将军・足利义澄逃离京都；细川高国则与细川澄元决裂，迎接足利义稙。最终，足利义稙复任将军，细川高国任右京大夫、管领，大内义兴任左京大夫、管领代。足利义澄、细川澄元后续企图反攻京都，无果，永正8年(1511年)8月爆发于京都北部的更是惨败，足利义澄而后病逝，细川澄元逃回其老巢・阿波国。
以足利义稙为首，细川高国任管领，大内义兴给予军事支援所构成的新幕府可谓是相当不稳，三者时有嫌隙，最终，大内义兴以其领国・周防、长门不稳为由，返回西国。细川澄元见此，从四国率军上洛；细川高国原要携足利义稙逃离京都，然足利义稙不从，与少数近臣留于京都，抛弃细川高国，试图与细川澄元交好，然最终细川高国击败细川澄元，此役后，将军与管领的矛盾显著加深。永正18年(1521年)3月，足利义稙逃离京都，细川高国所幸拥立足利义澄长男・足利义晴为12代将军。足利义稙试图上洛，然少有大名响应，而后寄居于阿波国，世人称其为「岛公方」，并收足利义澄次男・足利义维为养子，大永3年(1523年)4月去世。
然新幕府尚未稳定就爆发内斗，细川高国听信谗言谋杀其手下重臣，此举使部分家臣背弃细川高国。另一方面，细川澄元去世，其手下重臣・三好元长拥立年幼的细川澄元嫡子・细川晴元，而后进军京都，并推举足利义维任将军。然细川高国快速反攻，足利义维等人撤退至和泉国・堺，号称堺公方。而后，双方在近畿地区对峙，直到享禄4年(1531年)6月，爆发于摄津国的天王寺之战，细川高国被捕，而后自害，细川晴元任当主，仍奉足利义晴为将军。
然不久后细川晴元家臣团发生内讧，三好元长与其他家臣不和，故联合细川高国之弟・等反细川晴元武士举兵对抗之，更获得足利义维的支持。见此，细川晴元联合山科本愿寺，三好元长兵败自尽，足利义维被捕。然本愿寺不受细川晴元控制，借此机会在畿内扩张势力，细川晴元联合近江・六角氏等近畿势力好不容易将本愿寺逐至摄津国・大阪，本愿寺却选择与细川晴国联手，双方的战事而后陷入僵局。最终，天文5年(1536年)，细川晴元单独与本愿寺和解，细川晴国则兵败自尽；另一方面，以年幼的三好元长嫡子・三好长庆为当主的三好氏再度臣服于细川晴元。
然新幕府刚稳定下来，天文12年(1543年)，细川高国养子・举起反旗，细川晴元虽势力较大，然无法完全镇压细川氏纲，此使许多原先支持细川晴元的近畿势力改与细川氏纲合作，时任将军・足利义晴更与之暗通款曲。最终，三好长庆倒戈，支持细川氏纲，双方在摄津国多次交锋，细川晴元不敌，挟足利义晴及其长子・足利义辉投奔近江・六角氏，不久后足利义晴过世。
三好霸权.
三好氏，小笠原氏庶流。小笠原氏2代当主・小笠原长经任阿波守护，其后代在阿波国发展，称，三好氏为其中一支。南北朝、室町时代，细川氏常任四国地区的守护，当地豪族从属于其，三好氏成为细川・阿波守护家的家臣。阿波守护家出生的细川澄元成为管领・细川政元的养子后，身为家臣的三好氏逐渐接近权力中枢。
细川氏纲、三好长庆等人虽占据京都，然苦无将军，无大意名分。期间细川晴元试图反攻京都，甚至派遣刺客刺杀三好长庆，然皆无果。天文21年(1552年)1月，向来支持细川晴元的六角氏14代当主・六角定赖去世，其嫡子・六角义贤继位。而后六角氏改变其战略方针，越过细川晴元，单独与细川氏纲、三好长庆等人议和，最终足利义辉回京，细川氏纲正式继任细川京兆家当主并任管领职，细川晴元嫡子・成为人质；细川晴元则逃往丹波国。三好长庆于此时脱离细川家，成为将军的直属家臣。
然过没多久，足利义辉就脱离三好长庆的掌控，逃离京都，呼吁细川晴元上洛勤王，此使细川晴元残党死灰复燃，重启战事。时至永禄元年(1558年)，双方接受六角义贤调停，足利义辉回京。而后，三好长庆扩张其势力，派遣其亲族入侵大和、和泉、河内、丹波等地，加上其原有的赞岐、阿波等地，势力范围包括近畿、四国东部、淡路，三好氏成为一大大名；细川晴元则与三好长庆议和，永禄6年(1563年)3月去世。
不过六角义贤又改战略方针，转而与三好长庆敌对，拥立细川晴元次男・，更于永禄5年(1562年)3月的久米田之战中大败三好军，而后攻占京都。最终三好长庆与六角义贤议和，六角义贤主动退出京都。然三好长庆重夺京都过没多久，其嫡子・三好义兴及细川氏纲就相继去世，三好长庆改立其外甥・三好义继为继承人。而后，三好长庆更以有谋反之心为由诛杀其三弟・安宅冬康，加上更早病逝的四弟・十河一存及久米田之战中战死的二弟・三好实休，三好长庆向来倚重的各个亲族相继死去。永禄7年(1564年)7月，三好长庆去世。
眼见三好氏声势下降，足利义辉试图回复将军权威，更与全日本诸豪族联系，呼吁诸大名上洛。三好氏对此相当不乐见，永禄8年(1565年)5月，新当主・三好义继与家臣・三好三人众(、三好宗渭、)、松永久通率军包围将军御所，逼迫将军就范，然足利义辉不从，三好军强攻将军御所，足利义辉战死，史称永禄之变。不久之后，受三好氏家臣・松永久秀控制的足利义辉同母弟・足利义昭脱离其掌控，逃至近江一带，而后投奔越前・朝仓氏。
三好义继因年幼，无法完全掌控其家臣，三好三人众与松永久秀不和，故率军包围三好义继居城，要求与松永久秀断交，甚至派兵袭击松永久秀。然，三好义继而后却支持松永久秀，指责三好三人众为逆贼。无大意名分的三好三人众拥立足利义维长子・足利义荣为14代将军，双方在近畿展开多次合战，都无法取得决定性的战果。然不久后，永禄11年(1568年)9月，掌控尾张、美浓、北伊势的大名・织田信长携足利义昭上洛。
魔王来袭.
永禄11年(1568年)7月，织田信长迎足利义昭至美浓，而后率军上洛。南近江大名・六角义贤不战自退，三好义继、松永久秀主动臣服，三好三人众作了零星抵抗后，携足利义荣逃至阿波国，10月，足利义昭任室町幕府第15代将军。然不久后，三好三人众反攻京都，甚至攻入足利义昭的居所，织田信长花费许多力气才将其击退，史称本圀寺之变。
以足利义昭给予正当性，织田信长给予军事支援所构建的新幕府可谓是相当不稳定，织田信长拒绝任管领、副将军，仿佛不想受幕府此体系约束。织田信长更与足利义昭订下规矩，以「」为基础，而后又有「」，限制足利义昭与社会各阶层的联系及诉讼的审判权。足利义昭与织田信长貌合神离，织田信长长期在外征战，足利义昭却私自与诸大名通信，故又订下「」，织田信长意图将足利义昭完全置于其掌控下。
元龟元年(1570年)4月，织田信长出征越前・朝仓氏，然其妹婿・北近江大名・浅井长政突然举兵反抗之。而后的姊川之战，织田、德川联军虽击败浅井、朝仓联军，却无法取得决定性的战果，此使南近江・六角、阿波・三好、比叡山延暦寺、石山本愿寺等势力相继起兵反抗织田信长，史称第一次信长包围网。织田信长受各势力压迫，甚至被浅井、朝仓联军切断回根据地美浓国・岐阜城的后路，最终在天皇、朝廷、足利义昭的调停下双方才暂时停战。
而后双方仍维持一定程度的战事，期间织田信长火烧比叡山，三好义继转投反信长联盟。元龟3年(1572年)末，织田信长发布「」，指责足利义昭怠慢政务、朝廷，及违背殿中御掟九条等约定，私自与诸大名联络；织田信长更与越后大名・上杉谦信结盟，期望可以牵制反信长联盟。东国方面，甲斐、信浓大名・武田信玄应本愿寺的请求，加入信长包围网，而后入侵织田信长盟友・德川家康的远江、三河，更在三方原之战大败德川军。武田信玄的胜利使反信长联盟士气高涨，足利义昭更与织田信长决裂，织田信长试图与之议和，甚至不惜使用武力逼足利义昭就范，最终在天皇的介入下两者才和谈。元龟4年(1573)7月，足利义昭逃至山城国・，意图对抗织田信长，然织田信长迅速将其攻克，足利义昭遭追放。而后，织田信长大破浅井、朝仓，三好三人众兵败逃亡，三好义继自害，外加武田信玄不久前病逝退出战线，第二次信长包围网解体。
遭追放的足利义昭投身据守河内・的三好义继，并呼吁中国地区大名・毛利氏上洛勤王。毛利氏选择与织田信长议和，织田信长愿意让足利义昭回京，足利义昭断然拒绝，但双方保证足利义昭的生命安全。织田信长原本打算拥立足利义昭嫡子・，但最终决定让其出家。足利义昭离开若江城，先是前往堺，而后落脚纪伊国・由良。足利义昭与少数近臣逃亡在外，被百姓落武者狩，然因身无财产，被讥为「贫乏公方」。
织田信长而后完全镇压长岛一向一揆及越前一向一揆，更与德川家康联手于天正3年(1575)5月的长筿之战中大败武田军；然天正4年(1576年)2月，足利义昭逃往备后国・鞆，接受毛利氏庇护。经足利义昭居中协调，长尾上杉氏、毛利氏、武田氏、本愿寺等势力组成第三次信长包围网。双方在多线展开合战，然长尾上杉氏因上杉谦信急逝，两位养子爆发内战而退出战线；毛利氏在山阴、山阳的战事受阻；武田氏将重心放在关东；最终，天正8年(1580年)闰3月，反信长联盟的主事者・本愿寺接受天皇调停，与织田信长议和，而后于8月完全撤离大阪，第三次信长包围网瓦解。
天正10年(1582年)3月，织田信长联合德川家康及南关东大名・后北条氏，讨取甲斐武田氏，史称甲州征伐。然同年6月2日，织田信长及其嫡子・织田信忠在京都遭其家臣・明智光秀袭击，最终自害，史称本能寺之变。
天下一统.
织田信长去世后，其家臣・丰臣秀吉在山崎之战中击败明智光秀，而后靠著清洲会议取得织田政权的主导地位，在后续贱岳之战中击败政敌・柴田胜家、织田信孝、泷川一益等人。丰臣秀吉颇有统一天下之势，自比源赖朝，表示「日本之治，莫非超乎赖朝以来哉」，丰臣秀吉欲建立自己的政权，并展现成为天下人的雄心。虽然小牧、长久手之战中在战场上的失利，然丰臣秀吉战略上的胜利，使织田信雄及德川家康臣服。而后丰臣秀吉攻略纪伊()，跨海平定四国・长宗我部氏(四国征伐)，西征九州・岛津氏(九州征伐)，东伐关东・后北条氏(小田原之战)，外加毛利氏、长尾上杉氏、奥羽的伊达氏、最上氏等诸国大名相继臣服，日本暂时性的统一。
足利义昭流亡在外期间，仍是名义上的征夷大将军，尚保有京都五山住持的任命权等权力。在丰臣秀吉与岛津氏的战役中，足利义昭应丰臣阵营请求，充当使者，劝降岛津氏。至天正16年(1588年)正月，足利义昭返回京都会见丰臣秀吉，表示臣服之意，而后出家，室町幕府可谓是灭亡。万历朝鲜之战期间，足利义昭作为丰臣秀吉的，率500兵力，与其他大名坐镇进攻朝鲜的据点・肥前国名护屋城。庆长2年(1597年)8月去世，足利将军家正式灭亡。
丰臣秀吉统一日本后，开始其「唐入」的计划，以九州、中国、四国大名为主力，超过16万名将士陷入朝鲜战场的泥沼，史称万历朝鲜之役(日本称文禄・庆长之役；朝鲜王朝称壬辰倭乱及丁酉再乱​)。另一方面，因丰臣秀吉无亲生男性子嗣，故由其外甥・丰臣秀次为继承人。然文禄2年(1593年)8月，丰臣秀赖诞生，此使丰臣秀次的地位变得相当不稳；最终，丰臣秀次因有谋反的嫌疑，被流放至高野山，而后自害。
丰臣一门众可谓是相当稀少，丰臣秀吉十分倚重的胞弟・丰臣秀长及另两名外甥・丰臣秀胜、丰臣秀保相继去世，养子・小早川秀秋、犹子・宇喜多秀家年纪尚轻。是故，丰臣秀吉晚年建立五大老、五奉行制度，期望可辅佐丰臣秀赖。庆长3年(1598年)8月，丰臣秀吉去世。五大老以德川家康及北陆大名兼丰臣秀吉好友・前田利家为尊，毛利辉元及上杉景胜次之，宇喜多秀家论年资及势力最弱，而筑前大名・小早川隆景早早去世。五奉行则是以石田三成为首，为丰臣秀吉提拔的行政人员。
丰臣秀吉去世后，德川家康开始拉党结派，甚至私下与大名通婚，不过丰臣政权仍维持一定的政治平衡。然庆长4年(1599年)闰3月，前田利家过世，过没多久，石田三成遭加藤清正、黑田长政等平时与之有嫌隙的大名袭击，史称，最终，石田三成被解除奉行一职。前田利家嫡子・前田利长被控有谋反的嫌疑，后屈服于德川家康；宇喜多氏因发生内讧而元气大伤；德川家康甚至介入岛津氏及毛利氏的内政。丰臣政权逐渐形成德川家康一家独大的状态。
庆长5年(1600年)6月，德川家康以拒绝上洛及有谋反嫌疑为由，率军讨伐上杉景胜，德川家康更从丰臣秀赖处获得军粮，成为代表丰臣政权的「官军」。德川家康一离开畿内，石田三成联合毛利辉元、宇喜多秀家等人占据大阪城，更掌控住丰臣秀赖。而后，双方皆打著「官军」的旗帜，近畿、北陆、四国、九州、奥羽皆爆发战事。8月，家康阵营攻克美浓・岐阜城，使局面对德川家康有利。9月15日，在美浓国・关原主战场，德川阵营取得胜利，地方上的战事也随之结束。上述战争史称关原之战。
步入江户.
德川家康，出生于松平氏，三河国的国人众。三河国东有今川氏，西有尾张・织田氏，松平氏夹在两强权之间，难以自立。至永禄3年(1560年)5月的桶狭间之战后，东海道大名・今川义元战死，今川氏势力衰退，德川家康平定三河，夺取远江，更与织田信长结盟，为其忠实盟友。最终，德川家康成为三河、远江、骏河、甲斐、南信浓大名，天正18年(1590年)，依丰臣秀吉之命转封关东的旧北条领，为200万石以上的大大名。德川家康年轻时以「松平」为苗字，「源氏」为姓。永禄9年(1566年)获封从五位下・三河守时，改以「德川」为苗字，「藤原氏」为姓。然《》记载，天正16年(1588年)，德川家康以「大纳言源家康」署名，又改以「源氏」为姓。关原之战后，德川家康取得吉良氏的祖谱以调整自家祖谱，任征夷大将军。德川家康自称为新田氏庶流・得川氏的后代，德川家康更于庆长16年(1611年)奏请天皇追封新田氏家祖・新田义重为镇守府将军。
关原之战结束后，德川家康代表丰臣政权论功行赏，宇喜多、毛利、长尾上杉等反家康大名遭到改易或减封；丰臣秀赖原领有220万石的藏入地也被削减为摄津、河内、和泉65万石；与丰臣秀吉关系密切但支持德川家康如福岛正则、加藤清正等大名获得两倍以上的石高，但大多被转封至西国；德川家康的子嗣及家臣也获得封赏，主要分布在中、东日本；德川家康自身则获得佐渡金山、石见银山等矿场及堺、长崎等商贸城市。关原之战后，虽五大老、五奉行体系已崩溃，然丰臣秀赖仍是名义上的武家领袖，德川家康只是其政权下一大老。
庆长8年(1603年)2月，德川家康任征夷大将军、源氏长者、奖学院及淳和院别当；两年后，将军之位传予嫡子・德川秀忠，此举意味著将军由德川氏世袭。德川家康而后移居骏河国・，为大御所，在幕后处理政事。日本形成丰臣、德川的二头政治。庆长16年(1611年)3月，德川家康上洛面见天皇，并借此机会吁丰臣秀赖上洛，两人在京都・二条城会面；4月，德川家康在京都召见诸大名，并与之签属协定，第一条规定「应遵奉右大将家(即源赖朝)之后每代公方制定的法令」。
庆长19年(1614年)，德川家康因方广寺的铭文与丰臣秀赖产生纠纷。方广寺及为丰臣秀吉所建，然因天灾遭毁损，于庆长19年(1614年)4月重建完成。丰臣秀赖家臣・片桐且元为供养仪式至德川家康处寻求其同意，原本已谈妥并订下日期，然德川家康突然下令延期。德川家康以方广寺铜钟铭文「国家安康，君臣丰乐」有诅咒德川家之嫌，故意刁难之。片桐且元原要对此事作调解，然德川家康使用反间计，使之失去丰臣阵营的信任，只得黯然离开丰臣家。上述史称方广寺钟铭事件。
德川家康破坏丰臣阵营内部团结，囤积大量火药、军粮，更动员从英国、荷兰商人手中购买的欧洲火炮，率20万大军包围丰臣秀赖居成・大阪城，史称大坂冬之阵。丰臣阵营仓皇应战，雇用大量浪人，真田信繁、长宗我部盛亲等失势的原大名也加入其中。丰臣阵营试图鼓动福岛正则等与之关系密切的大名勤王，无果，德川家康命他们留守德川家居城・江户城。围城从庆长19年(1614年)11月中旬至12月中旬，而后双方议和，以丰臣阵营拆除大阪城的二之丸、三之丸及回填壕沟为条件议和。
德川阵营未待丰臣阵营动手，就自行开始回填壕沟的工作，此举使丰臣阵营主战派大为不悦，故派人又开挖壕沟，并雇用更多浪人。德川家康向丰臣秀赖提议解雇浪人或转封，遭拒绝，是故，德川家康又派兵攻打大阪城，史称大坂夏之阵。因大阪城失去防御性，丰臣阵营展开野战，主动袭击德川阵营，甚至突入德川家康及德川秀忠本阵，然皆无功而返。庆长20年(1615年)5月8日，丰臣秀赖自尽，时年23岁，其子・国松被捕，在京都・斩首，其女・天秀尼则被送至镰仓・东庆寺出家为尼，丰臣家就此灭亡。元和2年(1616年)4月17日，德川家康病逝。
德川家康巩固德川家的天下，直至庆应3年(1867年)15代将军・德川庆喜为大政奉还，德川家作为武家首领统治日本。