马英九政府

马英九政府（通称马政府）是指2008年5月20日至2016年5月20日，马英九担任第12任及第13任中华民国总统期间所领导的中华民国政府。2008年总统选举中国国民党候选人马英九、萧万长以765万票胜出，实现中华民国第二次政党轮替；2012年总统选举，马英九搭档吴敦义，再度以689万票成功连任。
马英九政府任内历经六个内阁，分别为刘兆玄内阁、吴敦义内阁、陈冲内阁、江宜桦内阁、毛治国内阁和张善政内阁，共六位六任。其中，张善政是政府迁台后首位无党籍的阁揆。国民党在2008年立法委员选举及2012年立法委员选举中成为国会多数党并单独拥有过半席次，是自解严以降第二次「完全执政」。
内政.
政府再造.
2008年7月，行政院成立「行政院组织改造推动小组」，并于之后陆续通过各机关组织法修正，预计将内阁整并为13部、9会、2总处与3独立机关。截至2016年5月19日马政府解散前，完成组织改造的部会如下：
县市改制.
2010年行政院核准县市合并升格案，台北县升格为「新北市」，原台中县则与原省辖台中市合并升格为「台中市」、台南县市合并升格「台南市」以及高雄县市合并升格「高雄市」，形成全国共有5座直辖市的「五都」局面。2014年，行政院再核准桃园县升格为「桃园市」，从此五都变成「六都」。
县市合并升格后，直辖市长和市议会选举与县市长及县市议会选举、乡镇市长和乡镇市民代表、村里长选举合并举行，另外也新增直辖市山地原住民区的区长与区民代表选举，统称为「九合一选举」，从此固定两年办理一次选举（总统立委、九合一）。
人权政策.
人权教育.
2011年，行政院文化建设委员会成立「国家人权博物馆筹备处」，将景美人权文化园区与绿岛人权文化园区两处具有人权教育性质的历史建筑纳入管辖，并于2012年起连年针对大专院校学生办理「青年人权体验营」，逐步实践人权教育。
民族政策.
行政院原住民族委员会于2014年6月正式承认以往被视为是邹族分支的「卡那卡那富族」与「拉阿鲁哇族」地位，借以尊重不同族群间的文化认同，同时也加深关怀原住民族中较为弱势的族群。
经济.
经济概况.
台湾的人均GDP在马政府执政期间除第一年因金融海啸的缘故为负成长外，其后皆逐年增长，成长幅度较前朝略为增加。根据国际货币基金组织的统计，其上任时为18,054美元（2008年），至卸任时则为23,071美元（2016年）。另依瑞士洛桑管理学院发布的年度世界竞争力年报，2008年～2016年间台湾的国际竞争力排名除2009年之外均保持在全球前15名，其中2010年至2012年更是连续三年挤身全球前10名之内。
爱台十二建设.
「爱台十二项建设」是马萧阵营于竞选期间提出的政见，上任后投入约3兆元的经费推动以刺激经济，计划内容包括桃园航空城、高雄港再造工程、铁路地下化、农村再生、防洪治水与下水道建设等等。截至马政府任期结束前，实际执行完成的内容有台北捷运内湖线、新庄线、芦洲线、信义线和松山线等延伸工程、台湾高铁新增南港、苗栗、彰化和云林4站、南港铁路地下化专案、高雄环状轻轨第一阶段部分工程、三国通道、高雄展览馆、高屏溪整治专案、全国公车导入智慧服务系统等等，以及大幅提升各县市下水道纳管的普及率。
不过，由于高铁和高雄捷运通车后运量不如预期、且面临自偿率过低的问题，许多地方政府的轨道建设计划也在此时期遭到交通部退回，包括基隆轻轨、新竹轻轨、台中捷运蓝线、台南捷运以及高雄捷运黄线等，造成往后十年城市轨道交通发展停滞的情形。
公路建设.
除了轨道建设之外，2008年时马政府为缓解中山高速公路桃园段长久以来严重的交通壅塞问题，加速核定五股杨梅高架道路建设计划，并压缩原本5年工期至3年，全线最终于2013年4月通车启用。此外，台9线枋山－台东路段也面临车道过窄及海岸路基受侵蚀的问题，每逢年节车辆更是将金仑市区挤得水泄不通；因此交通部另启动「南回公路拓宽改善工程」，拓宽台东沿岸的海岸公路并兴建金仑大桥，同时草埔隧道于2019年完工后也大幅缩短了南回公路的行车时间。
能源.
核四封存.
2011年日本发生311大地震导致福岛第一核电站事故后，台湾国内的反核声浪达到高峰；2014年4月，前民主进步党主席林义雄宣布绝食以抗议执政党续建核四厂，同时凯达格兰大道也涌入上万名反核民众声援林义雄。马政府在民意压力下，宣布「封存核四」－包括1号机安检后封存、2号机停工，总统马英九并呼吁不应放弃任何能源选项。
大林电厂改建.
2009年6月5日，行政院环保署召开审查大林发电厂更新4座燃煤机组的环评专案会议，计划将当时的1至5号旧燃煤发电机组更新为新一代的4座燃煤机组，目的是为了增加南电北送的发电量。
外交.
外交方针.
活路外交.
马政府上任后两岸关系渐趋缓和，在外交上推行「活路外交」的主张以避免扁政府时期烽火外交导致的困境，呼吁两岸应外交休兵，停止进行抢夺邦交国的零和对抗。在国际参与和非邦交国关系方面，则以参加联合国所属的功能组织、并与各国维系实质关系为优先考虑，同时大力推动互惠免签证或落地签证措施。中华民国护照于2008年马政府甫上任时享有58个国家免签或落地签待遇，至2016年其卸任前大幅攀升至140余国。
2009年至2016年间，由于先前世界卫生组织与北京间私下签署关于台湾与会资格之谅解备忘录，北京方面考量两岸关系回暖，便同意台湾以「观察员身份」出席世界卫生大会；而国际民航组织也曾于2013年发函邀请台湾作为观察员国与会。
2013年11月14日，甘比亚总统贾梅无预警宣布与台湾断交，中国外交部则表示事前并不知情，且基于两岸和平原则，不会与该国建交。然而2016年总统马英九卸任前夕，冈比亚宣布与中华人民共和国复交，舆论将之视为是活路外交「零断交」的败笔。
钓鱼台主权立场.
在钓鱼台列屿的主权问题上，马政府承袭过去中华民国政府的一贯主张，坚持钓鱼台及其附属岛屿为中华民国之固有领土，并提出「东海和平倡议」呼吁各方和平对话。对此，时任日本外务大臣玄叶光一郎表示无法接受，中国国台办主任王毅亦仅是冷淡回应「注意到相关立场」。
2012年9月，台湾民间发起保钓行动，海巡署为宣示主权，出动和星舰、连江舰、南投舰、花莲舰、金门舰及3艘巡护船、4艘巡防艇，共计12艘舰艇全程护航，舰上并配置武装特战队员，在钓鱼台周边海域与日本海上保安厅舰艇相互发动洒水驱离攻势；2013年时亦发生「全家福号保钓事件」，民间保钓船只「全家福号」前往钓鱼台岛欲安放妈祖神像，遭到日方阻挡，引发日本海上保安厅船舰、台湾海巡署舰艇与中国海监船三方对峙的情形。两起事件均引起东京当局不满，华府方面也颇有微词，之后即未再发生被美日视为「挑衅」的护主权行动，但同时也加速了台日之间的渔权谈判。
南海主权立场.
关于南海诸岛的主权争议问题，马政府并延续过往「十一段线」的一贯主张，声称包括东沙、西沙、中沙及南沙群岛在内均为中华民国固有海域与领土。2016年1月，总统马英九于将卸任之际亲抵太平岛视察并发表「南海和平倡议」，主张「主权在我，搁置争议，和平互惠，共同开发」。适逢南海仲裁案结果出炉前夕，马英九又分别于3月和5月各登岛一次以宣示主权并反映中华民国政府态度；然而这一连串行动却引起越南、菲律宾等其他主权声索国的抗议，美国方面也对此举表示失望，认为对于解决争端毫无贡献。
双边关系.
台湾－美国关系.
马政府时期，美国适逢欧巴马总统主政期间，彼时的民主党政府与美国政界普遍对北京抱持积极合作和友善的态度，马政府力求和平交流的两岸政策与华府的期望相符，因此台美关系的发展堪称顺遂。2010年代初期正值自由贸易盛行之际，马政府也跟紧潮流试图扩大与美国的贸易规模，2012年时宣布开放含有瘦肉精的美国牛肉进口，换得美方于同年对台湾民众开放免签证旅游观光；然而后续因开放美牛造成国内民意与在野党的强烈反弹，针对其他肉类进口不得不暂缓开放，也导致了TIFA谈判遭到美方搁置。
不过，马政府时期的台美关系仍发生过摩擦。2015年1月，驻美代表沈吕巡率领外交官员及驻美军事代表团武官在双橡园举行升旗典礼，驻美官兵并著中华民国国军制服出席；经台湾国内媒体大肆报导后，中国驻美大使馆向美国政府抗议，美国国务院表示事先并不知情，并对此一行为感到失望；美国在台协会则发表声明，希望台湾方面确保这类情事不会再发生。
台湾－日本关系.
马政府上任不久后遭遇日本历史上罕见的一次政党轮替，当时执政的左翼联合政府采取迎合北京的态度，刻意降低与台湾的接触。2011年311大地震发生后，台湾各界涌入高达新台币66亿元的善款，是捐款额度最高的国家；然而日本政府却在隔年的周年追悼会上冷落出席的台湾驻日副代表罗坤灿，不仅未邀请与其他外国使节一起献花，甚至将其座位安排在一般民众席，遭到在野党议员抨击失礼，甚至引发民间团体抗议，迫使首相野田佳彦出面道歉。
2012年底选举在野的自民党重新夺回政权，安倍晋三回锅出任首相，有意同时与台北和北京发展关系，不仅改善了前朝外交失礼的举措，在钓鱼台主权争议上就附近海域的渔权问题展开谈判；双方于2013年签署《台日渔业协议》，共同划定渔船作业海域和两国公务船执法范围，同时设立「台日渔业委员会」作为定期沟通机制。此一时期的台日关系在安倍持续释出善意下相当良好，不过却曾发生一起插曲：2014年时东京国立博物馆原定展出台北故宫镇馆之宝「翠玉白菜」的特展，展出前夕马政府忽然以宣传海报及门票上未印有「国立」字样，怒批日方矮化国格，要求东博重新补上否则不惜撤展，总统夫人周美青的访日行程也将取消。最终东京方面顺从台北的全部要求，展览才如期展出。
另外，台湾与日本的民间互动也在311震灾后发生了大幅度的转变，来自台湾的捐款与援助使得日本民间大为感激，不仅网友自动发起「谢谢台湾计划」，官方和民间更是连年以各种形式答谢台湾。如此风潮也促成两国彼此间的好感度大为提升，促进双边在教育、文化、灾害防治等领域的各项交流，同时更形成了至为特殊相互援助的风气，一定程度的影响了官方的决策。2016年台南大地震发生后，安倍内阁第一时间派遣救难队抵达现场协助救灾，日本各界更是在「报恩」的号召下，募集了超过200亿日圆的捐款金额。
台湾－菲律宾关系.
菲律宾曾于2011年时将境内逮捕的台籍嫌犯遣返至中国大陆，引起马政府不满，一度宣布召回大使。2013年5月，菲律宾海警在巴士海峡的台菲重叠经济海域射杀无武装的台湾渔民，再度引发两国之间的高度紧张，是为「广大兴28号事件」。事发后，台湾政府要求菲方于72小时内道歉，但艾奎诺三世政府一开始态度消极、不愿正面回应，甚至以「一个中国政策」为由拒绝道歉；马政府在朝野一致要求对菲采取强硬措施的要求之下，祭出驱逐大使、召回大使、冻结劳工申请、中断农渔业合作计划与航权谈判等外交手段，并出动海军前往周边海域护渔后，马尼拉当局才最终正式道歉，同时同意由双方共组联合调查团调查该事件。
广大兴事件后，双方为进一步解决渔权争议，于2015年签署《台菲渔业事务执法合作协定》，约定双方执法时应避免使用暴力、建立紧急通报及迅速释放机制；但对于执法范围则由双方各自主张。
台湾－新加坡关系.
新加坡总理李显龙与马英九等中国国民党人士过去素有私交，新加坡本身的外交方针也是尽量避免在两岸之间选边站，因此马政府执政期间台星关系相当良好，并未如同扁政府时期般公开发生冲突。2015年新加坡国父李光耀过世，星方特别准许总统马英九以个人身份前往新加坡悼唁并参加家祭；不过为了避免两岸领导阶层公开碰面，马英九此次低调出访并未出席国葬。此次出访行程也是自李登辉以降，首次有现任元首踏上新加坡国土。
经贸关系方面，台星两国自2011年起展开双边贸易谈判，最终于2013年签署《台星经济伙伴协定》，是台湾与东南亚国家签署的首个自由贸易协定，将有助于进一步拓展东协市场。另外在两岸关系方面，新加坡本身的地位相当特殊，曾多次替双方传话以及担任调停的角色。2015年的两岸领导人会面即是由新加坡政府居中促成，同时也在新加坡当地举行。
饶是如此，台星关系亦曾于2012年一度恶化，当时驻星代表史亚平受中华民国外交部通令全球外馆盛大庆祝建国百年，因此在2011年的双十国庆酒会上悬挂中华民国国旗、并献唱中华民国国歌，引起新加坡外交部极度不满，甚至将其列为不受欢迎人物。事后外交部召回史亚平，并在当年度的APEC会议上由出席领袖代表连战与李显龙私下会晤，才化解外交僵局。
台湾－纽西兰关系.
马政府于2013年与新西兰签署《台纽经济合作协定》，是台湾与非邦交国签署的第一个自由贸易协定。纽西兰本身对台湾享有贸易顺差，且仅占台湾全球经贸往来的第40名，官方认为此协定的主要意义在于推动与其它贸易伙伴洽签类似协议，因纽西兰本身为TPP与RECP的成员国，此协议将为台湾加入这两个区域贸易组织创造有利条件。
两岸.
两岸方针.
马政府的两岸政策基调为「九二共识，一中各表」，主张「两岸同属一个中国，其内涵则由双方政府各自表述」，并认为九二共识正是促成辜汪会谈的基础。马英九总统也在就职典礼中抛出「新三不政策」－即「不统、不独、不武」，以此作为两岸交往的原则，且持续维持至其卸任为止。不过，北京方面对于中国国民党主张的「各自表述」论述始终持否定态度，仅强调两岸同为一个中国。
全面交流（2008－2014）.
马政府的两岸方针获得北京当局肯定，自2008年以降两岸在艺术、文化、学术及经贸等各领域的交流开始了突破性进展，达到了1949年两岸分治以来前所未见的荣景。观光旅游方面，双方于2008年签署《》开放团客包机直航，随后开辟定期航线，2011年起再开放赴台自由行，大批的中国大陆游客开始涌入全台各地的观光景点，开启了广大的旅游商机；在教育方面，立法院则是修正相关法规，于2011年起正式开放中国大陆学生赴台湾就读；至于司法互助部分，两岸则是于2009年签署《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》，建立合作打击犯罪与司法合作机制。
在如此热络的氛围之下，两岸民间的往来也达到巅峰。由于双边政府皆鼓励互相交流，对于彼此差异性的容忍度也相对较高，北京当局甚至破例允许境内网站直播2012年中华民国总统选举的副总统候选人电视辩论会；2014年首次王张会后，中共的《涉台用语》规范也罕见地将对于陆委会需加注引号的规定移除。而城市交流方面，北京更破格允许民主进步党籍地方首长访问中国大陆，其中就包括了被认为「台独」色彩浓厚的台南市长赖清德，其出访上海市期间公开谈及《台独党纲》甚至是最为敏感的六四事件，北京也仅予以冷处理。
政热经冷（2014－2016）.
2014年太阳花学运爆发之后，马政府顾虑到主流民意逐渐不再支持两岸进一步深化交往，同时间北京亦意识到对台政策出了问题，因此在政治往来层面虽看似愈来愈迈向高峰，但原先计划的经贸连结则被冻结搁置，出现了「政热经冷」的现象。马政府执政的最后两年，两岸官方首次出现对等接触、甚至在2015年促成双方领导人会面，不过较之其第一任期，其两岸政策举措支持度已明显下降，民间也开始出现警惕中华人民共和国的情绪。
虽然两岸交流仍然热络，然而台面上的冲突也于此际开始浮出。2015年1月，中华人民共和国政府在未事先与台湾方面协商之下，迳自划设新的「M503航线」，引起交通部民用航空局的抗议，认为对台造成飞航与国防安全的冲击，称为「M503航路事件」。北京方面自始无意收回政策，对峙僵局并持续延续到后来的蔡英文政府。
王张会.
2014年2月，时任行政院大陆委员会主任委员王郁琦首度出访中国大陆与国务院台湾事务办公室主任张志军会晤，是两岸首次官方对口单位的公开接触；王郁琦也前往南京中山陵谒陵，并以「大陆委员会主任委员」的官衔署名发表《祭国父陵文》。张志军随后也于同年6月，在陆委会的邀请下访问台湾；然而因数月前的太阳花学运导致台湾内部的反中声浪开始高涨，张志军此行沿途遭逢抗议，甚至在高雄发生座车被泼漆的事件，因而取消行程提早返回。不过，马政府并未放弃与中国大陆当局的进一步交流，两岸于当年度北京APEC峰会后第三度举行王张会谈，并敲定隔年初在金门的「王张四会」，惟因复兴航空空难而临时取消；同时，陆委会与国台办间的「两岸热线」也在2015年顺利开通。
马习会.
马政府于执政最后两年间，虽逢反中浪潮的民意席卷而暂停经贸往来的脚步，但政治上的交流却不曾停歇。2015年11月，在新加坡政府居中牵线下，总统马英九乘坐专机抵达新加坡，与时任中国大陆最高领导人、中共中央总书记习近平在香格里拉大酒店公开会面，成为1949年两岸分治以后，逾60年来双方领导人的首次会晤，吸引超过190家媒体前往采访。会后，行政院大陆委员会公布马习二人闭门会议的谈话内容，指出马英九在会中表示两岸均坚持「一个中国原则」，并重申「一中各表、反对台独」。
经贸交流.
历经五次贸易谈判后，两岸于2010年正式签署《海峡两岸经济合作架构协议》（简称ECFA），作为签署贸易协定前的架构性框架协议，内容涵括货品贸易、服务贸易、投资保障及争端解决协商等。2013年，海基会与海协会在上海签署《海峡两岸服务贸易协议》，原先预计于隔年生效，未料却引起在野党的强烈反弹，最终引发占领国会的学运抗争，导致《服贸协议》被搁置，所有谈判轧然中止。由于台湾内部民意强烈反对两岸进一步深化经贸往来，因此原本协商中的《货贸协议》也因之胎死腹中，后续相关贸易磋商皆停滞不前。
台港澳关系.
因两岸关系好转，台湾与港澳之间的关系亦进一步升级。2011年，台湾相继和香港、澳门换文签署谅解备忘录互设办事处；陆委会主委王郁琦也在2013年时访问澳门，与特首崔世安会晤并互以官衔相称。
国防.
裁军计划.
自1990年代起开始实施裁军计划后，随著2011年第二阶段的「精进案」告一段落，便于2012年启动第三阶段的「精粹案」，其改革内容包括：（一）组织方面将国家中山科学研究院转型为行政法人、国防部本部引进政风室，另将宪兵司令部和后备司令部降编参谋本部管辖，并裁撤联勤司令部。（二）兵力方面则从27万5千减为21万5千的现役军人数目，金门驻军亦缩编至仅剩4,000兵力。「精粹案」在2015年达成目标，国防部并继续朝第四阶段的「勇固案」落实。
美国军售.
马政府八年间美国仅对台军售4次，由于欧巴马政府的友中政策考量，不仅军售项目严格限制于防御性武器，更曾连续三年未批准军售案，甚至在2015年时国务院通知国会后，遭白宫国安会撤回价值10亿美元的军售案。其军售项目包括派里级巡防舰、UH-60M黑鹰直升机、阿帕契直升机以及爱国者飞弹和F-16战斗机装备升级等等。
财政.
高铁财改.
台湾高铁以BOT模式兴建营运，通车初期运量并不如预期，导致台湾高铁公司负债累累，马政府担忧财务问题恶化将影响高铁营运，宣布分阶段启动「高铁财务改革」，历经毛治国与叶匡时两任交通部长，透过赎回特别股、增资泛公股事业及全民认股等措施，最终于2015年完成改革，挽救高铁公司濒临破产的命运。
年金改革.
过去由于军警、公教人员的薪资相对少，因此国家给与相当优厚的福利，包括18%退休优存、子女教育补助及三节慰问金等等；但到了21世纪后由于失业率攀升，军公教俨然成为薪资相对优渥且稳定的职业，国家财政也逐渐负担不起庞大的军公教福利支出。对此，马政府任内曾提出「年金改革」的构想，却因选票考量而未真正施行，仅停止发放无法源依据的军公教年终慰问金。
教育.
十二年国教.
教育部宣布于103学年度（2014年）起实施「十二年国民基本教育」方案，自该年度入学的高中职学生首次适用。12年国教的基本构想是希望能将义务教育从9年延长至12年，不过高中职／五专前三年并不强迫入学。在高中职升学方面，2014年起由「国中教育会考」取代基测，同时新增免试入学方案，并要求学生投入一定时数的志工服务作为升学条件。
课纲微调.
陈水扁政府任内最后一年所规划的《98课纲》在马政府上任并未实施，而是以新的《99课纲》取代，之后再行颁布《101课纲》。至2014年时，马政府有意再调整课纲，教育部于是聘任统派学者王晓波等人组成「课纲审订小组」，针对现有历史课纲内的「台湾地位未定论」予以删除，欲建构以中华文明为主体的史观，并修改「郑氏」、「日治时期」等用词为「明郑」、「日本殖民统治时期／日据时期」，同时删减公民科中关于二二八事件与白色恐怖的叙事内容，称作课纲微调或104课纲。此项政策在当时遭到学者教授、高中学生以及在野党的强烈反弹，甚至因而引发学运抗争；但在时任教育部部长吴思华的强硬立场下，执政当局并未撤回微调内容，仅开放各学校自行选用课纲版本。
施政争议.
政策争议.
美牛进口.
2012年，政府宣布有条件开放进口含有瘦肉精的美国牛肉，引发在野党及农民抗议。由于当时国际食品法典委员会尚未制定出相关药物剂量的安全标准，因此在野党认为政府罔顾人民食品健康安全；农民则认为美国牛肉进口会导致削价竞争，并将连带冲击国内其他畜牧产业。
高雄自贸生态港.
2008年马英九参选总统时曾提出「爱台十二建设」的政见，其中的子项目包括被称作「高雄港市再造」的「高雄自由贸易及生态港」，预定投资577亿新台币；2012年总统大选时马吴阵营再次将该政见纳入「高雄海空经贸城」及「黄金十年」计划。然而该政见遭在野党立委批评，爱台十二建设实际投入高雄市的预算只有三分之一不到，仅编列高雄港洲际货柜中心的预算。
反媒体垄断.
2012年7月，国家通讯传播委员会针对旺旺中时并购中嘉案做出有条件通过的决议，引发民间学者认为将形成媒体垄断；由于旺旺中时集团的亲中立场相当明显，新闻界担忧并购案通过后将对台湾的新闻自由造成冲击，因而发起「反媒体垄断运动」、诉求制定《反新闻垄断法》，并于同年9月号召数千名群众上街出席「反媒体垄断大游行」。隔年2月，通传会认定旺中集团未能履行条件，决议不通过并购案。
大埔强拆事件.
2009年苗栗县竹南镇发生大埔强拆抗争事件，地方政府联合中央政府以科学园区的开发名义强制拆迁，引发住户与台湾农村协会抗争。过程中，拆迁住户之一张森文喝农药自杀身亡后，以及苗栗县政府趁住户北上抗议之际连夜拆迁，使得越来越多学生、民众加入抗争行动，不仅喊出「今天拆大埔，明天拆政府」的口号，凯道上的「818拆政府行动」抗议集会甚至一度升级演变为占领内政部事件。
反服贸抗争.
《两岸服务贸易协议》是在ECFA架构下所签署关于服务业的贸易协议，2013年由海基会与海协会在上海签署。由于内容涉及农产品、养殖渔业、出版业及美容美发等众多劳力产业，引发台湾内部担忧削价竞争、产业竞争力不足与言论自由受中共当局控制威胁的忧虑；在野的民进党下令甲级动员全力阻挡《服贸协议》审查，执政党会议主席张庆忠则在混乱中宣布审查通过，引爆大学生及抗议民众占领国会长达20多天的抗议事件。
2014年3月24日晚间，抗议群众占领立法院议场，要求「退回服贸协议、制定两岸协议审议条例」，期间更曾一度占领行政院但遭到警政署出动水砲车驱离。3月30日下午，逾50万人聚集凯道游行声援，对学运表示支持并呼吁政府接受两项诉求，但皆遭总统府与行政院方面拒绝。4月6日，时任立法院院长王金平进到议场内探视，承诺逐条审查和制定两岸协议审查机制，整起事件才在抗议群众退场后正式落幕。该次运动是马政府任内规模最大的抗议事件，其结果间接导致2014年地方选举执政党败选。
关厂工人事件.
1990年代末期，台湾许多纺织工厂恶性倒闭导致员工被资遣，产生劳工与资方间的债务问题，行政院劳工委员会介入协调，却反而要求关厂工人偿还贷款，引发关厂工人多年的抗争。2012年6月，劳委会再度发函关厂工人返还贷款，并编列预算欲对工人提起诉讼，全国关厂工人连线以「六步一跪」的方式前往总统官邸静坐抗议，遭到警方强势驱离；2013年2月5日晚间，约100名关厂工人在台北车站以卧轨方式进行抗争，造成铁路瘫痪约半小时。
2014年3月7日，台北高等行政法院判决关厂工人胜诉，而劳动部则宣布不再上诉。
反课纲学潮.
2015年5月，教育部宣布微调高中课纲，在历史科与公民科部分引发部分学者、教师以及学生对于微调内容去台湾化、强调特定史观以及课纲审定过程不透明的不满，进而爆发以高中生为主的抗争运动。7月起，自台中一中学生率先发起抗议后，全国各地高中生自主串连抗争，包括建国中学、北一女中、台南一中和高雄中学等名校在内，总计有超过150间学校学生参与，期间并爆发了占领教育部、林冠华自焚等事件。然而时任教育部长吴思华面对抗争局面则是采取强硬立场，强调无意撤回微调内容，并在占领教育部事件之后提告涉事学生。最终104课纲仍如期施行，教育部仅开放各校自行选用新旧课纲版本。
行政疏失.
莫拉克风灾.
2009年8月6日至8月10日间因莫拉克台风带来的超大豪雨，政府救灾不力导致高雄县小林村灭村，引发广大民怨。此次事件被认为是马政府民望下滑的开始。风灾最终导致681人死亡、18人失踪。
食安问题.
马政府任内爆发一连串食品安全争议事件，相关单位被民众认为执法不力、消极作为，怀疑政府无法提供有效因应对策对抗黑心食品，因此民怨四起。历年食安事件如下：
外交失礼.
2010年11月，当时已卸下首相职务的安倍晋三访问台湾并会见朝野人士，遭在野的民进党人士向媒体投诉安倍与民进党秘书长吴乃仁结束会晤后，外交部竟未提供座车，而是让安倍自行搭乘计程车返回。外交部初始否认此事，后经民进党国际事务部主任萧美琴、立委邱议莹等人出面证实后，外交部才改口该趟行程是安倍的私人行程；行政院院长吴敦义则承认不妥当、需要检讨。
2013年6月，总统马英九以军礼欢迎来访的瓜地马拉总统奥托·佩雷斯·莫利纳，又遭媒体揭露外交部竟以公务繁忙为由，拒绝提供图瓦卢大使座车，导致大使只能自费搭乘计程车前往观礼和参加国宴，甚至还因计程车无法驶入总统府正门而被迫下车步行入内。事后陶波大使虽解释是母国仍在采购使馆座车，并缓颊「计程车很方便」，仍遭在野党批评严重失礼。
洪仲丘事件.
2013年7月，陆军下士洪仲丘在军中遭虐待致死案件遭媒体批露后，洪仲丘胞姊洪慈庸等家属出面控诉国防部消极无作为，引发民众对军方长期以不透明且违反人权的训练方式不满。8月25日晚间，在公民1985行动联盟等公民团体的号召下，约25万人参与了位于凯达格兰大道上的「万人送仲丘」集会，抗议国防部黑箱作业、遮掩事实真相并息事宁人。此事件导致两名国防部长下台，立法院并迅速在三天内修正《军事审判法》，废除非战时军事审判、回归普通法院审理；而最为外界所诟病的军方内部惩处「关禁闭」也在此次事件后遭到废除。
对岸官员访台冲突.
马政府上任后两岸局势较前朝大为缓和，其任内曾多次邀请中国大陆官员访问台湾，包括时任海协会会长陈云林、副会长张铭清与国台办主任张志军等人，并以高规格礼遇相待，掀起在野党与独派人士的抗争。2008年陈云林访台之际，警方竟没收在场抗议人士的中华民国国旗，引发执政当局“丧权辱国”的质疑，之后更爆发了野草莓运动；2014年张志军访台，抗议更是如影随行，其在高雄西子湾的行程更发生座车被泼漆、抗议人士遭拘禁于旅馆等事件，致使警方面临违法执法的指控。
其他争议.
633政见跳票.
马萧阵营曾在竞选期间提出「6、3、3」的口号，并将之纳入其政策白皮书，即「每年平均经济成长率达6%」、「失业率降至3%以下」以及「2016年人均国民所得达3万美元」。然而，至其任期结束以前三项承诺均未达成，2008年～2016年间平均每年经济成长率仅有约3%，失业率虽有逐年降低的趋势，但幅度不大、皆维持在4%左右，人均国民所得更始终皆未达3万美元。
马王政争.
2013年，最高法院检察署特别侦查组（简称特侦组）在调查民主进步党立法委员柯建铭的相关案件时，意外监听到其与时任立法院院长王金平之间疑似关说的内容，总统马英九在听取检察总长黄世铭的报告后，公开召开记者会指责王金平，并以中国国民党主席的身份主导开除王的党籍，欲连带拔除其国会议长的位置，进而引发立法院与总统府之间的政治对抗事件。此次政治斗争揭露特侦组秘密监听国会情事，引起朝野立委的一致强烈反弹，同时特侦组也遭批评沦为政治打手。