中华民国—日本关系史

本条目是中华民国与日本国双边之关系史，亦称中日关系史，随著1949年中华民国政府迁往台湾后，实际上与台湾的关系重叠，即台日关系史。
中华民国政府迁台前.
1940年代.
第二次世界大战后，中国（除满洲）、台湾以及越南北纬十六度以北的日军向同盟国中国战区最高统帅蒋中正投降，中华民国接收台湾并派驻台湾省行政长官管辖。
1945年10月，国民政府主席蒋中正接见美国记者，告以日本天皇命运应由日本人民决定。
1946年7月19日，在日本的台湾人与日本警方和暴力团在东京涩谷发生冲突，史称「涩谷事件」。
中华民国政府迁台后.
1949年12月中华民国政府迁台后，冷战态势的形成促成同为资本主义阵营的中华民国与日本国开始谋求建立同盟关系。
1950年代.
1950年3月31日，中华民国政府通过「台日贸易计划」。6月1日，台湾、日本定期航线开航。6月11日，蒋中正在《革命实践研究院军官训练团成立之意义》讲话中指出“中日两国必须亲睦合作，才能达到共存共荣的目的”。9月6日，中华民国代表尹仲容和驻日盟军总司令部代表 A. J. Rehe 签署《台湾与被占领之日本间贸易财务协定》（）、《台湾与被占领日本间贸易协定》（）、《台湾与被占领日本贸易计划》（）等三份文件构成的通商协定。
1951年5月，蒋中正接见日本记者发表谈话，声明合作始能安定东亚，有助世界和平。6月，蒋中正就参加对日和约问题发表郑重声明，指出其抗日最早、牺牲最重、贡献最大，对日和约如无法参加，不独对其不公平，抑且使对日和约失其真实，并将加深远东局势混乱，不接受任何含歧视条件。6月30日，《中日贸易协定》期满，双方同意不定期延长。12月，日本首相吉田茂向美国保证不承认「中共」，并愿依《旧金山和约》之原则与台签订一项恢复正常关系之条约。
1952年4月28日，《中华民国与日本国间和平条约》在台北签字，共计十四条，中华民国本乎宽大精神，不索赔偿，日本放弃对于台湾、澎湖以及南沙群岛、西沙群岛之一切权利与要求；蒋中正接见日本缔结和平条约全权代表河田烈，寄语日本朝野，共建东亚和平。蒋中正主张对日本「以德报怨」的立场，条约第二条承认日本已在《旧金山和约》中放弃对于台湾、澎湖之一切权利与要求。8月，蒋中正正式签署批准《中日和平条约》。裁撤驻日代表团，中、日于台北、东京互设中华民国驻日本大使馆、日本驻中华民国大使馆。10月，新任驻日大使董显光、驻华大使芳泽谦吉呈递国书。
1955年3月5日，《中日空运临时协定》在东京签字。4月22日，《中日贸易协定》签字换文。
1956年2月28日，在二二八事件九周年时，台湾共和国临时政府在东京成立。5月，台日签订贸易协定。8月，蒋中正接见日本各界亲善访问团，团长石井光次郎亲呈首相鸠山一郎手函，并谓日本人莫不感激蒋于日本战败后仍维护日本政体及对日以德报怨之宽大政策。12月，日本政府正式否认鸠山一郎首相调解「二个中国」。联合国安理会通过日本加入联合国。
1957年3月，蒋中正书面答复日本记者，期望中日对付苏共侵略，永久精诚合作。4月，「中日合作策进委员会」在日本东京成立。6月，日本内阁总理大臣岸信介访问中华民国，与蒋中正伉俪商谈中日有关问题。9月，蒋中正派特使张群飞日本报聘。
1958年，成立，增进中华民国与美国统治琉球时期的关系，1972年回归日本统治后延续至今。
1958年5月，发生「长崎国旗事件」。10月，蒋中正答复日本记者询问时，指斥中共每藉贸易以达其政治目的，盼望日本坚定立场免遭颠覆渗透。
1959年7月，岸信介称，「台湾如在中国共产党统治下，对日本的安全保障是重大威胁」。12月，日本前首相吉田茂访台，谒见蒋中正致敬，并就当时世局交换意见。
1960年代.
进入1960年代后，日本执政自由民主党对中华人民共和国虽仍不正式承认，但双方自1962年后分别设立「备忘录贸易办事处」，从事商品之交易。日本左派屡次访问中国大陆；中国大陆亦经常派遣「文化团体」赴日本从事活动。
1963年5月，蒋中正命总统府秘书长张群访问日本；8月，日本商人以维尼龙纱厂售出予中共，而其政府之进出口银行居间担保，中华民国方面极力表示反对。池田勇人内阁批准仓敷螺萦公司对中国大陆输出分期付款的维尼龙工厂成套设备，并以输出入银行给予200万美元的融资周转。输出入银行乃是日本国家金融机构，利用到了这个机构，被视为超越了民间贸易范围的一种「经济援助」。日本首相池田勇人则以「这是依循政经分离原则的贸易」为借口，一意孤行。9月19日，池田勇人在招待美国赫斯特报系总编辑等人时表示：「中共在三、五年内不会有变化；台湾的反攻大陆政策，没有依据，近乎幻想。」9月21日，蒋中正接见由东京来到台北的同一批人士时，严斥池田首相媚共言论，指出《中苏友好同盟互助条约》系防日本军国主义，并警告日本人勿忘历史教训。10月，中华人民共和国派出中国油压机械访日代表团前往日本参访，团员周鸿庆前往中华民国大使馆寻求政治庇护，误入苏联大使馆。池田勇人内阁将欲投奔台湾之周鸿庆遣返中国大陆。日本种种不友好行动，使台日关系濒于破裂。中华民国政府不满，一度召回驻日大使张厉生表示抗议。史称「周鸿庆事件」。
1964年2月，日本前首相吉田茂访台，蒋中正与之多次会谈，检讨亚洲反共局势，认为欲谋求东亚和平与安定，必须增加了解真诚合作。蒋中正以吉田茂为日本元老，乃促其负责共同挽救此一危机。吉田茂与蒋中正共同发表《》支援国府，始缓解双方关系。3月，蒋中正接见日本记者访问团，期望日本国民勿受中国大陆迫诱，而危害台日传统友谊。3月5日，日本外务省次官访台，阐明日本对中共政经分离政策。7月，日本外相大平正芳抵台，两度晋见蒋中正，陈述台日关系，并表示日本「非常希望中华民国能反攻复国成功」。10月，第18届奥运会在东京举行，其圣火传递路线包含台北市，成为迄今唯一一次进入台湾的奥运圣火。举行期间发生中华民国代表团之运动员马晴山投靠中共事件。
1965年1月13日，日本首相佐藤荣作与美国总统詹森发表联合声明，强调支持中华民国，并与中华民国保持友好及正常外交关系。2月8日，佐藤荣作在日本国会表示，吉田茂致蒋中正书简，对日本政府具有约束力。3月17日，日本政府批准1亿5,000万美元贷款计划，协助台湾推行四期经建计划；4月26日，贷款协定在台北签署协文；9月22日，1亿600万美元贷款发展台湾经济之技术协定在日本东京签署。12月1日，总统府秘书长张群拜会佐藤荣作，代表蒋中正贺日、韩复交。文化大革命后，中共与日本贸易总额略有增加，因之日本投机政客积极从事与中共建交之活动。由于周恩来敌视日本佐藤内阁，建交谈判迟迟未获具体结果。
1967年7月，中华民国、美国、日本、韩国领袖在汉城举行非正式会议，时任副总统严家淦衔命代表参加。9月7日，日本首相佐藤荣作访台，两度晋见蒋中正商讨中日共同问题，并就当时世局及中国大陆中共情势交换意见。9月12日，蒋中正接见日本记者发表谈话，指出中共内部必陷长期混乱，盼日本人尊重东方传统，不使共产主义有渗透之机会，唯有台日加强合作，始能达到此一目的。11月27日，中华民国国防部部长蒋经国访问日本，日本天皇裕仁接见时表示永不忘怀蒋中正宽大德意。蒋经国并与佐藤首相、众议院议长石井光次郎、参议院议长重宗雄三、外务大臣三木武夫、防卫厅长官增田甲子七等人会面，谒吉田茂之墓，参访日产和东芝等主要企业工厂，以及NHK与每日新闻社，12月2日返台。1万5千余名日本国民在东京举行感谢蒋中正大会。12月，日本前首相岸信介率团谒见蒋中正。
1968年2月27日，驻日大使陈之迈向日本政府严重抗议日本欲与外蒙建交企图。6月8日，蒋中正接见日本新闻编辑访台团，重申坚决反对「两个中国」之一贯立场，并强调日本如果废除《吉田书简》，无异废弃《中日和约》；蒋中正指出中共为东亚灾祸之源，所谓中立共存，将贻无穷祸害，日本应合作消弭危机。
1970年1月，蒋中正接见日本外籍记者访问团时郑重指出：不论任何国家的政策如何转变，我保卫自由与安全的立场将永不改变。并正告日本人民，中共图赤化日本，必须分清敌友。7月，严家淦代表蒋中正访问日本。
断交后至蒋经国时期（1972年9月29日－1988年1月13日）.
1971年10月25日，日本在联合国大会2758号决议表决时投反对票，反对中华人民共和国取代中华民国在联合国的席次，但最终失败。
1972年7月7日，立场亲台的日本首相佐藤荣作宣布退休。但退休前，衡量时局之变化（即中共进入联合国），代表日本政府全权同意美国尼克森政府所要求签订之密约以冲绳在冲绳返还后，可随时以美国式核武化之举措，以应对以往冲绳在美国军事上支援例如台海作战之作用。后续周恩来乃利用时机主动发表双方尽速建交之声明。7月6日，日本国会通过亲中的田中角荣继任首相，不顾日本民意，于9月25日访问中华人民共和国，9月29日双方发表《联合公报》，建立外交关系。日本政府同时与中华民国政府断绝邦交，当时日本政府之苦衷曾由大平正芳外相率直表示为「断肠之痛」，不仅是政府而已，甚至多数日本国民也有同样感慨。同日，中华民国外交部发表声明，宣布对日绝交。12月28日，关闭大使馆。惟与日本民间及其反共人士仍维持友好之关系，双方贸易及文化交流继续发展。1973年日本国会议员成立日华议员恳谈会，以维持双方交流。
1972年9月24日，中华民国陆军第一特种兵陆有京，疑因军中不当管教而逃出化学兵学校，由台北松山机场潜入一架国泰航空飞往日本东京羽田机场的客机鼻轮架，因高空缺氧低温冻死，其遗体归属问题曾引发中日台外交争议，总统蒋中正亲自介入调查，惟真相至今仍未明。
1975年4月5日，蒋中正逝世。日本内阁官房长官井出一太郎代表日本政府发表一个「非官方」谈话称赞蒋：「在激动历史的转变中的日本国民之间所熟知而且亲密的人士，他是现代中国历史上的人物……确信必将留住人们的记忆里……蒋总统是再造日本的大恩人，蒋中正以德报怨的对日政策，加速了日本战后重建与复兴。蒋总统的逝世对日本国民有如晴天霹雳，有良知的日本国民莫不悲痛万分」，「……蒋总统在本世纪初曾留学日本，并有很多日本友人，为深受日本国民钦佩、敬爱之人物。渠（他）一生与现代中国历史息息相关，亦为一部中国现代史，深信其丰功伟绩将永远留存人类之记忆中。……」同日，前首相佐藤荣作谈话称：「日本将永远难忘蒋总统于第二次世界大战后给予日本的大恩大德。最令日本人难忘的一件事就是，蒋总统于第二次世界大战后对日本以德报怨的恩惠。」《日本经济新闻》说：「蒋氏之死是反攻象征的消失和国共对立抗争解决的好机会」。4月7日，自民党干事会决定派遣前日本首相佐藤荣作为“自民党总裁代理”名义前往台湾吊丧。消息发表后，立刻引起中国大陆方面强烈谴责。中国大陆对日本政府两面讨好作风反应极大，认为“在此《中日和平友好条约》正在交涉缔约的阶段，日本政府此举，实是给日后的中日友好关系予以恶劣的影响”。三木听到中国声明后，“为了不加深对中国方面的刺激”，改变主张，认为最好以私人名义前往吊唁。结果，在自民党会议上，佐藤荣作以自民党「友人代表」出席蒋中正丧礼。其余出席者尚有其兄岸信介、众议员石原慎太郎等人。
1978年6月12日，《中华周报》刊出蒋经国答记者问，表示不能接受采取日本模式，中止美国外交关系，但要广泛地维持贸易关系；美台关系和日台关系完全不同。
1984年1月3日，新闻局宣布专案准许四部日本影片进口，为自1973年以来的首次解禁。
1985年3月16日，蒋经国总统接见前首相岸信介与佐藤荣作遗孀佐藤宽子。8月，日本民间在千叶县岬町建立「以德报怨」碑，以表示对蒋中正的感谢。10月20日，宋美龄函电蒋经国：
1986年9月，为纪念蒋中正百岁冥诞，日本一批政治元老和工商巨头，由前首相岸信介牵头，在日本东京发起成立「蒋公遗德显彰会」。初创成员高达6,000余人，包括岸信介、滩尾弘吉等人。10月下旬，遗德彰显会在日本名古屋举行首届纪念大会，名人政要云集，场面壮观。岸信介本人更在蒋中正画像前，高举酒杯祝「中日两国友谊永固」。
李登辉时期（1988年1月13日－2000年5月20日）.
1988年1月13日，李登辉任中华民国总统后积极推动台日双边往来。
1988年11月6日，日本人增田寮将蒋中正手书「横扫千军」捐赠给台北中正纪念堂。此书法是蒋中正于1927年赴日本神户时，应旅馆主人增田宇三之助邀请所书。
1990年11月12日，中华民国驻日代表蒋孝武出席日本明仁天皇的「即位礼正殿之仪」。
1990年代，中华民国官方对日本流行文化解禁后，日本的电视剧、电子游戏、动画及漫画大量进入台湾，对台湾社会产生了巨大的影响力。
1994年2月25日，中华民国总统府秘书长蒋彦士、亚东关系协会会长马纪壮及中国国民党秘书长许水德等人，前往日本参加自民党日华关系议员恳谈会前会长与名誉会长、蒋公遗德显彰会发起人之一滩尾弘吉的公祭仪式。
1994年4月26日，中华航空一架由台湾中正国际机场飞往日本名古屋机场的客机，在降落时坠毁，造成264名机组员与乘客死亡，包括153名日本籍乘客，仅有7人生还。日本前首相福田赳夫、法务大臣永野茂门、日本亚细亚航空会长、社长以及多位参议员均向台湾驻日本代表处表示慰问。
1995年11月，亚太经济合作会议领导人非正式会议在日本大阪举行，海峡交流基金会董事长、中华民国工商协进会荣誉理事长辜振甫以行政院经济建设委员会委员名义代表总统李登辉出席会议。
1996年台湾海峡飞弹危机时，日本政府明确对中方提出「直接对话且和平的解决问题」之立场。
1997年8月17日，官房长官梶山静六对日美防卫合作指南中所谓的「」明确表示「周边事态包含两岸纷争」。
1998年4月30日，日本国会通过《出入国管理修正法》，恢复承认中华民国护照、取消断交后对赴日中华民国国民发行「渡航证明书」浮贴于护照内页取代一般签证做法，并恢复对中华民国国民的72小时过境免签证。1999年9月，日本政府进一步放宽对台湾游客赴日多次签证之规定。
1999年9月21日，台湾发生大地震，日本政府和民众积极援助台湾救灾。
陈水扁时期（2000年5月20日－2008年5月20日）.
2001年12月25日，日本外务大臣田中真纪子表示，有鉴于中国人以智慧和时间来解决政治性问题，如果台湾能像香港那样回归中国，将是十分好的结果。26日，中华民国外交部政务次长吴子丹约见日本交流协会台北事务所长，就田中有关言论向日本政府提出抗议。
2002年起，日本外务省修改内规，把可与台湾官员接触的日本官员级别由以下提升至以下。
2002年4月21日，日本首相小泉纯一郎参拜靖国神社引起关切。中华民国外交部强调历史虽不可遗忘，但更要以宽容的精神、前瞻的视野来面对。并了解到小泉参拜靖国神社有其内部政治考量，因此敦促日本应继续积极促进亚太地区的和平与繁荣。对此，日本政府透过管道表达诚挚感谢。
2002年5月14日，日本内阁官房长官福田康夫在记者会中表示，日本支持台湾列席世界卫生大会担任观察员。这是日本政府首次公开支持中华民国参与世界卫生大会（WHA）。15日，日本驻日内瓦代表团公使表示，日本十分关注在地理上极为接近的台湾医疗情况，也了解台湾参与世界卫生组织（WHO）的渴望，基于WHO为普遍化的国际组织，日本乐见在会员国的共识下，寻求解决台湾参与WHO的适当方式，包括以「观察员身份」参与。
2002年9月11日，日本首相小泉纯一郎在美国外交关系协会发表演说并回答问题时，表示希望中国与台湾能够透过对话，不要行使武力，应以和平方式解决问题，而营造此一环境也是日本应该扮演的角色。
2002年10月15日，日本东京地方法院以台籍原慰安妇不具告诉立场，且个人对国家不具请求权，在国际法上亦无案例可循为由，驳回台籍原慰安妇所提控诉。中华民国政府对此深表遗憾，并表示日本政府基于人道及人权立场，勿以民间基金补偿方式逃避责任，应对受害人正式道歉及赔偿，此立场不会改变。
2003年1月18日，中华民国总统陈水扁在「国际国会议员亚太地区安全会议」上严斥日本知名经济学家大前研一所谓「中华联邦」的论述，认为「一国两制」台湾人民都无法接受了，何况比一国两制「更糟糕」的联邦。12月，日本前首相森喜朗来台湾访问与总统陈水扁会见。
2003年5月11日，日本厚生劳动大臣坂口力支持台湾以观察员身分参与WHO。坂口力亦表示，因为台湾的严重急性呼吸道症候群（SARS）疫情似有扩大蔓延趋势，日本政府考虑派遣医生及提供必要的医疗援助。12日，外务大臣川口顺子亦表示支持台湾参与WHO的立场。5月26日，日本派遣专家医疗团赴台。6月6日，捐赠台湾总值5,600万日圆的医疗物资。
2004年3月19日，陈水扁在总统选举前一日遭枪击受伤，首相小泉纯一郎曾致电慰问。
2004年5月，日本在WHA会议中，对于「邀请台湾以观察员身分参与世界卫生大会」的提案表决，首次投下赞成票。
2004年10月24日，日本东京都知事石原慎太郎抵台访问，协助台湾宣传并推广观光客倍增计划。
2005年，日本政府恢复给予对增进台日经济文化交流有重大贡献之中华民国籍人士。2月，美日两国就安保协议达成「共通战略目标」时，首度明确提及台湾海峡问题。外务大臣町村信孝也明言美日安保的对象包含台湾。3月，日本政府公开反对中华人民共和国制定《反分裂国家法》及反对欧洲联盟解除对其武器禁运措施。同年举行的爱知世界博览会期间，日方给予持中华民国护照旅客免签证优惠。9月26日，给予永久性免签证待遇。
2006年11月，森喜朗再度访台，由总统陈水扁及行政院长谢长廷接见，并颁授特种大绶景星勋章。
2007年3月，中华民国外交部针对日本首相安倍晋三的谈话表示，没有证据显示前日军曾强征妇女到前线当慰安妇及不再为慰安妇案道歉，中华民国政府深感遗憾并表达严正抗议。外交部指出，慰安妇案是过去日本发动侵略战争所遗留尚未处理的问题，日本政府基于人道及人权立场，自应负起责任认真处理此一问题。
2007年7月12日，总统陈水扁接受日本共同社专访，称2008年北京奥运圣火的传递路线应比照1964年东京奥运圣火传递的路线，从马尼拉到当时的英属香港，到台北，然后再到日本那霸。最终中华民国政府拒绝从越南到台湾，接下来进到香港、澳门的圣火路线计划。
马英九时期（2008年5月20日－2016年5月20日）.
2009年5月，对于台湾获邀成为第62届世界卫生大会（WHA）观察员，日本外务省报导官儿玉和夫表示，日本正值全球对抗H1N1新型流感之际，台湾成为WHA观察员别具意义，并表示日方将持续密切关注本案，盼台湾能顺利及持续地参与WHA。
2010年11月，日本前首相安倍晋三在台北市长郝龙斌的陪同下，参观国际花卉博览会。安倍晋三表示，非常感谢受邀来台北参观花博，回去日本后，也会要日本人多来花博参观游玩。安倍晋三此行也与民主进步党人士会面，因为是私人行程，中华民国外交部人员并未陪同，是由日本交流协会人员陪同搭乘中型巴士前往，并同车返回旅馆。
2011年东日本大地震后，中华民国政府及台湾民间组织迅速做出反应，派出救难团队赴日抢救、踊跃响应捐输物资及金钱，捐助总金额居全球之冠，超过新台币70亿元。不过，震灾捐款第一的台湾，却遭到日本首相菅直人冷漠以对。对此一名日本设计师发起「谢谢台湾计划」，让日本人重视台湾人的贡献。
2011年9月和11月，台日双方先后签署《投资协定》及《开放天空协定》。
2012年7月9日起，日本政府废除向来的外国人登录证，实施对旅居日本外籍人士的管理新制，旅日台湾人的居留卡国籍栏记载为「台湾」，而非「中国」。日本「李登辉之友会」事务局长柚原正敬表示，这是长年以来日本友台人士与台侨不断为「台湾正名运动」打拚，而引起日本国会议员重视并修法的结果，日本政府厘清「台湾是台湾，中国是中国」，对在日台湾人的权益非常重要。他说，2003年台湾在护照上加注「TAIWAN」字眼，是日本将台湾人的国籍正名为「台湾」的最大原动力。倡议价值观外交与自由与繁荣之弧的安倍晋三与麻生太郎两位首相卸任后访问台湾时都表示日本与台湾是有自由民主、基本人权以及法治社会等共同价值的友好伙伴，形成现在密切的台日关系。
2013年1月，日本外务大臣岸田文雄在日本交流协会成立40周年纪念庆典上表示：70%的日本人或台湾人皆对对方抱有亲切感。
2013年4月10日，台日双方签署《台日渔业协议》，共享钓鱼台列屿周边海域的渔权。
2013年5月13日，台北101大楼与东京晴空塔合作，正式签署共同友好宣传计划，由旅台日籍艺人佐藤麻衣与台湾艺人李毓芬分别担任日本与台湾双方友好交流大使，在观光局长谢谓君及日本交流协会台北事务所副代表佐味祐介的见证下，由台北101董事长宋文琪及东武晴空塔社长代表签署，共同完成「2013台日观光地标友好年」之签约仪式。
2013年9月12日，日本前首相菅直人抵台访问，强调此次台湾行以担任首相期间，面临福岛核灾的过程，忠实向外界报告。在其后的演说中表示「我们可以确定的说，就是没有一个技术可以完全避免核灾发生，以福岛最遭的状况要250公里避难，台湾一号、二号、四号核电厂，相当于台湾有三分之二必须要疏散与避难，如果想到这一个危机，应该就不会做这个选择。」菅直人此行还参访核一厂、翡翠水库，并拜会台北市长郝龙斌与新北市长朱立伦。
2014年6月，日本东京的东京国立博物馆与福冈的九州国立博物馆举行名为《台北 国立故宫博物院－神品至宝》的特展，展出包括翠玉白菜及肉形石在内的国立故宫博物院所收藏之大批文物。开展前发生东博的宣传海报上遗漏「国立」两字的事件。8月15日，前副总理冈田克也抵台访问，与总统马英九会晤。
2015年4月30日，前首相野田佳彦率团抵台访问。赴宜兰及新北市参访。
2015年6月13日，文化部在日本的台湾文化中心脱离「台北驻日经济文化代表处」，在东京港区虎之门独立设置，日本超党派国会议员组织「日华议员恳谈会」会长平沼赳夫等政经文化各界人士大约两百人应邀出席观礼。
2015年6月27日，台湾发生八仙乐园彩色派对火灾，两天后日本的富士系统株式会社表示愿意提供费用高昂的「不沾黏矽胶纱布」做为援助，消息一出，大批的台湾网友涌入公司的Facebook表达谢意，更有许多人将之视为「台日友好」的象征。同年7月2日，日本医界表态愿意派遣医师及护理师抵台帮忙，也愿意提供人工皮肤等医疗器材帮助伤患。7月31日，日本与台湾的医师协会在位外交部签署发生大规模灾害时互派医生的支援协定。允许日本医生开展最低限度的医疗活动。据日本医师会介绍，这是该组织首次与其他国家或地区缔结类似协定。
2015年9月19日，日本通过《安保法案》，中华民国外交部发言人王珮玲表示，此举是将新修订的「美日合作防卫指针」的内容法制化，巩固深化美日同盟，予以正面看待，希望日本政府以前瞻性思维和正面积极的态度，为国际社会的和平、安定和繁荣做出贡献。
2016年4月25日，台湾渔船东圣吉16号在国际水域作业时遭到日本公务船扣押。日本限26日中午以前收到保证金170万元新台币，否则连人带船拖往日本，一旦人船扣进日本，将判决渔船侵入日本领海，到时就必须付更高额的罚金，引发中华民国政府不满。29日，中华民国总统当选人蔡英文表示“全力捍卫”。
蔡英文时期（2016年5月20日－2024年5月20日）.
2017年1月1日，日本驻台机构－公益财团法人交流协会更名为公益财团法人日本台湾交流协会。
2017年2月24日，日本防卫省发表《2017年中国安全战略报告─不断变化的中台关系》，文中称「中华民国」，并以「两个政治实体」形容海峡两岸关系。据媒体报导，中华人民共和国外交部长王毅在会见日本外务大臣岸田文雄时，要求日方不得发表该报告。
2017年3月25日，日本总务副大臣赤间二郎来台宣传日本观光活动，这也是中华民国与日本在1972年断交后最高层级的日方官员访问。在开幕式上表示，311东日本大地震到今年已经6年，熊本地震也快满1年，当中获得不少台湾的支持，深感日台强烈连结，也表达深深感谢。
2017年6月26日，日本官房长官菅义伟对于台湾有意加入《跨太平洋伙伴关系协定》（TPP）表示：「TPP是自由公正的经济圈，对包括台湾在内的国家和地区表现出加入TPP的兴趣表示欢迎。」
2017年11月12日，出席亚太经济合作会议领导人非正式会议的中华台北领袖代表、亲民党主席宋楚瑜和日本首相安倍晋三会谈半小时，会中希望台湾与日本经贸关系更密切发展；根据日本外务省新闻稿，两人也谈及两岸关系，安倍晋三希望两岸当事者可以直接对话、解决问题，共享区域的和平与稳定。
2018年2月6日，台湾花莲发生强震，日本外务大臣河野太郎致电中华民国「李大维外交部长阁下」表达关怀之意。河野表示，日本已做好万全准备，提供台湾必要的支援。8日，日本首相安倍晋三也致信中华民国「蔡英文总统阁下」，并在其网路平台上传一张亲自用毛笔写的「」慰问花莲灾民。日本政府也已派出7名专业人士，携带两台「深层生命探测器」来台协助救援。
2018年5月，日本台湾交流协会在Facebook发文表示，日本一贯支持台湾参与世界卫生大会（WHA），为避免防疫产生空白，将继续支持台湾参与。其后，日本在WHA为台湾参与的议题执言。
2018年8月14日，由中国国民党于台南市党部旁设立的台湾首座慰安妇铜像在国际慰安妇纪念日揭幕，前总统马英九出席揭幕仪式时，呼吁日本政府应向慰安妇正式道歉，蔡英文政府也应为慰安妇发声。对此，日本内阁官房长官菅义伟于15日透过日本台湾交流协会表示，这与日本政府的立场和至今为止的努力不相容，让人极为遗憾。9月6日，日本「」等多个团体要求撤除，团体代表藤井实彦疑似偷踹慰安妇铜像，并于8日离境，国民党台南市党部主委谢龙介等人10日前往日本台湾交流协会表达谴责并要求道歉。中华民国驻日代表谢长廷11日召开记者会，表示严正谴责并反对任何破坏台日友好的行为。「慰安妇之真相国民运动」主席12日发表道歉声明，表示藤井实彦已经辞职，但他仍坚持慰安妇的指控有损日本名誉，希望国民党回应相关质问。
2019年3月2日，日本《产经新闻》以头版刊登总统蔡英文的专访内容，蔡英文希望日本政府能克服法律上的障碍，与台湾直接进行安保对话。报导分析，主因在于不像台美之间，美国有《台湾关系法》，而日本没有这样国内法的法律，虽然台日对于中国威胁有一定共识，相互交换安保情报，对日本也有好处，但恐引发中国敏感神经，需有高度的政治判断。4日，中华人民共和国官媒《环球时报》询问日本外务省，其国际报导科回应，日本政府不考虑与台湾就安保问题进行对话。
2019年3月11日，中华民国总统蔡英文在Twitter发文表示，为日本311地震发生后8年来的受害者祈祷并表达衷心的同情；隔日，日本首相安倍晋三在Twitter转贴了蔡英文的文章，并且特地以繁体中文发文表示「台湾的支援带给我们无比的勇气。震灾已经过去8年了，灾区的复兴工作正在切实地进行。谨借此机会再次向台湾许多老朋友表达诚挚的谢意。」
2019年4月1日，日本政府公布即将登基的德仁天皇新年号「令和」。先前日本媒体报导，日本政府在新年号公布后将主动通知「受日本承认的195个国家」，也一并通知联合国及欧洲联盟等国际组织。曾有媒体表示不包括台湾在内，但被中华民国外交部长吴钊燮驳斥并表示，日本同步通知外交部与驻日代表处，「是非常正式的管道」。
2019年5月8日，日本外务大臣河野太郎在Twitter发文表示，日本支持台湾以观察员身分参与世界卫生大会（WHA）。这是1972年两国断交后，日本外相首次表态支持。21日，日本厚生劳动大臣政务官在WHA以间接方式表达，为了对抗伊波拉疫情，提供高品质初级照护和地方社群发展互信实属必要。日本认为，不该让特定地区连以观察员身分都无法参与WHA，这将产生地域空白。
2019年7月18日，日本动画制作公司「京都动画」的工作室遭人纵火，造成惨重的人员伤亡。正在出访邦交国的总统蔡英文在Twitter以日文表示「我在国外得知了京都动画纵火杀人事件的消息，并且感到震惊且心碎。京都动画是许多台湾人，青春时的回忆。为逝者祈福，也愿伤者早日康复。」
2019年9月5日，日本海上保安厅的9艘船舰为了避开玲玲台风，在台湾海峡、与那国岛北方巡航并开启自动识别系统。
2019年9月17日，日本台湾交流协会罕见针对中华民国与邦交国断交发表声明，台北事务所代表沼田干夫指出，日本台湾交流协会由两岸关系及地区的和平与稳定的观点，继续高度关注这次事件，期盼透过两岸当事者之间的直接对话得到和平解决。
2019年9月20日，对于吉里巴斯与中华民国断交，日本台湾交流协会台北事务所代表沼田干夫在Facebook表示，台湾对日本而言是共有自由、民主主义、基本人权、法治等基本价值观，并有著紧密经济关系与人员往来的重要伙伴、及重要的友人，就短期内索罗门群岛及吉里巴斯两个国家与台湾终止外交关系一事，由两岸关系及地区的和平与稳定的观点，包括今后的影响在内，保持进一步高度关心。
2019年9月27日，日本公布2019年版（令和元年）《防卫白皮书》，其中指出中国的国防费用持续增加，但这20年来台湾的国防支出几乎持平，2018年中国公布的国防费用大约是台湾的16倍，总统蔡英文已下令增加国防预算。两岸军事平衡整体而言朝著对中国有利的方向变化，军事差距有年年扩大的趋势。今后两岸军力的强化、美国出售武器给台湾、台湾的主力国防装备国造等动向，值得关注。
2019年9月27日，日本台湾交流协会台北事务所代表沼田干夫即将离任，外交部长吴钊燮颁赠特种外交奖章与纪念奖牌，表彰在促进台日关系的卓著贡献。但纪念奖牌上称呼沼田干夫为「我最敬爱的大哥哥」，遭外界批评媚日。外交部30日澄清指出，吴钊燮与沼田干夫私下有很好友谊、情如手足，而且沼田较年长，因此私下均以「哥哥」相称。外交部也强调，媒体所引述的相关文字是用于赠予的纪念奖牌上，纯属纪念性质，在外交仪节上并无不当之处，请各界区分外交奖章与纪念奖牌的差异性。
2019年10月4日，在台北驻大阪经济文化办事处福冈分处的国庆酒会上，日本首相安倍晋三与副首相麻生太郎双双致电文道贺，罕见都以「中华民国」称呼台湾，安倍祝贺词提到「祝国运昌隆」，麻生太郎的贺词更是谈到「祈祝两国友好更深化」。但日本内阁官房副长官7日表示，安倍晋三没有发出贺电。对于台湾，日本政府的立场就如1972年《日中共同声明》所载。福冈分处事后发现该贺电并非出自日方的署名单位，日方也未列入官方纪录，因此该贺电未计入福冈分处国庆活动新闻稿的统计资料。8日，台北驻日经济文化代表处在东京举行国庆酒会，安倍晋三的母亲安倍洋子连续3年亲临会场。
2019年10月22日，中华民国驻日代表谢长廷出席日本德仁天皇的「即位礼正殿之仪」。
2020年1月2日，中华民国空军救护队一架UH-60M黑鹰直升机在新北市乌来区失事坠毁，包括参谋总长沈一鸣上将等8人罹难。日本台湾交流协会发文表示「对于包括沈一鸣参谋总长在内的八位人员因公殉职，我们深感震惊与哀恸。在此为罹难者祈求冥福，对其遗族与同事深表哀悼之意，并愿生者身心早日康复。」14日，在空军松山基地指挥部举行公祭仪式，日本台湾交流协会台北事务所代表泉裕泰率团致唁。
2020年1月11日，中华民国总统与立委选举结束后，日本外务大臣茂木敏充、日本台湾交流协会会长大桥光夫，以及日本台湾交流协会台北事务所代表泉裕泰皆表达祝贺之意。
2020年1月30日，由于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，但世界卫生组织（WHO）仍将台湾排除在防疫网之外。根据日本《共同通讯社》报导，日本首相安倍晋三出席疫情对策会议，并在会中强调台湾有必要加入WHO。提到先排除中国的政治立场问题，台湾若未加入WHO，整个地区的健康维持和防止感染等作业就会难以进行。
2020年4月7日，日本为因应2019冠状病毒病疫情发布「紧急事态宣言」，中华民国总统蔡英文在Twitter以日文表达台日双方应合作携手克服困难。8日，日本首相安倍晋三也在Twitter以中文表达「各位台湾的朋友们，对这次台湾许多朋友们的友情洋溢的鼓励支持，我谨借此机会表达诚挚的谢意。我们一定可以打赢病毒的挑战，共同度过这个难关！日本台湾一起加油！」内阁官房长官菅义伟也证实台湾将捐赠口罩给日本，并由日本台湾交流协会冾谈接受事宜。16日，捐赠200万片口罩给日本的医疗人员。17日，安倍晋三表示，日本一贯采取强烈期盼台湾以观察员身分参与WHO的立场，并屡次重申此无涉政治，应尽全力维护全人类健康。21日，菅义伟对于台湾捐赠口罩表示感谢。
2020年4月28、29日，安倍晋三分别在日本众参两议院预算委员会答询表示，已就台湾参与WHO一事直接向WHO秘书长谭德塞反映，并强调病毒不分国界。
2020年5月7日，在美国与日本领衔下，加拿大、英国、法国、德国、澳洲与纽西兰驻日内瓦联合国大使，向WHO对外关系执行主任与首席法律顾问索罗门（Steven Solomon）发出外交照会，敦促接纳台湾成为WHA观察员。19日，日本厚生劳动大臣加藤胜信在WHA发表演说时指出，台湾防疫有成可供参考，防疫不该有地理上的空白。
2020年7月9日，日本首相安倍晋三与澳洲总理莫里森举行视讯会议，会中双方肯定台湾参与WHA的重要性。
2020年7月30日，中华民国前总统李登辉辞世，日本首相安倍晋三表示「对于前总统李登辉的辞世感到痛惜，李登辉对日本与台湾的亲善关系与友好关系的增进做出重大贡献，李登辉也一直对日本怀有特别的情意。他为台湾建立自由、民主、人权的普世价值，同时奠定日台关系的基础，许多日本国民对他怀有特别的亲切感。对于李登辉辞世真的感到很遗憾，由衷祈祝他在天之灵安息。」驻日代表处于8月3日设置追思处供日本各界追悼，包括日本副首相麻生太郎、前首相森喜朗、福田康夫、环境大臣小泉进次郎、文部科学大臣萩生田光一、冲绳及北方对策担当大臣、国土交通大臣政务官、外务副大臣、内阁官房长官菅义伟、内阁官房副长官、、东京都知事小池百合子，以及多位参众议员等日本政要前往致哀。8月9日，前首相森喜朗和等15人搭乘包机赴台吊唁李登辉。由于2019冠状病毒病疫情，全部成员均已进行核酸检测，确定呈阴性反应才能参加，并于当日往返。森喜朗与同行成员访台时也会面总统蔡英文。9月18日，森喜朗再度率团赴台参与李登辉的追思礼拜。森喜朗在会见总统蔡英文时表示，新任首相菅义伟托他务必转达对蔡总统以及台湾各界的问候，并说如果有机会，期待能与蔡总统通电话。事后，中华民国总统府发言人张惇涵与日本内阁官房长官加藤胜信皆表示目前无通话安排。
2021年1月28日，日本副首相兼财务大臣麻生太郎在参议院接受质询时直称台湾为「中华民国」，提及对于中华民国在去年1月因应防疫切断与中国大陆之间往来的决策感到赞许。
2021年4月2日，台湾太鲁阁号列车发生事故，造成重大伤亡，日本首相菅义伟、防卫大臣岸信夫、外务大臣茂木敏充、内阁官房长官加藤胜信均表示哀悼之意。
2021年4月16日，日本首相菅义伟与美国总统拜登举行会谈后的《联合声明》提及，两人强调台海和平与稳定的重要性，并鼓励和平解决两岸议题，同时也对香港和新疆维吾尔自治区人权状况深感关切；这是自1969年以来美日两国领袖的《联合声明》首次提到台湾，引起对日本可能以军事行动介入台海纷争、自卫队协防台湾的联想。20日，菅义伟回应该声明「并不是以军事介入为前提」，日本自卫队不可能投入任何环绕台湾的军事突发事件。22日，防卫大臣岸信夫提到台湾情势时表示，「若台湾被赤化，情势恐会发生严重变化」，并重申希望台海两岸的问题可以和平解决。另据《共同通讯社》报导，日本政府已经开始讨论台海冲突爆发时，派遣自衞队活动的相关法律运用。
2021年5月5日，七大工业国组织在英国伦敦召开外长会议，会后发布的《联合公报》首次直接提到台湾，表示「我们支持台湾有意义参与WHO活动与WHA，国际社群要能从所有伙伴获利，包括台湾抗疫成果」、「我们强调台海和平与稳定的重要性，鼓励以和平方式解决两岸问题」。
2021年5月27日，日本首相菅义伟与欧洲理事会主席米歇尔、欧盟委员会主席冯德莱恩进行视讯会谈，会后发布的《联合声明》强调台湾海峡和平与稳定的重要性，敦促和平解决两岸问题。
2021年6月4日，日本捐赠台湾的124万剂AZ疫苗运抵桃园国际机场，这是日本首度直接供应疫苗给海外。6日，中华民国驻美代表萧美琴与日本驻美大使富田浩司会面，并感谢日本捐赠疫苗予台湾。
2021年6月9日，日本外务大臣茂木敏充、防卫大臣岸信夫与澳洲外交部长佩恩、国防部长达顿进行视讯会谈，会后发布的《联合声明》强调台湾海峡和平与稳定的重要性，并鼓励和平解决两岸问题。同日，日本首相菅义伟与立宪民主党代表枝野幸男在朝野党首会议提及借鉴防疫的国家时皆点名台湾。
2021年6月11日，日本参议院无异议表决通过要求各国同意台湾从明年起参与WHA的决议案。
2021年6月13日，七大工业国组织在英国召开领袖会议，会后发布的《联合公报》强调台湾海峡和平稳定的重要性，呼吁以和平方式解决两岸问题。
2021年6月28日，日本防卫副大臣中山泰秀与美国智库哈德逊研究所进行视讯，他提及台湾作为一个民主国家必须加以保护，且呼吁要警惕中国和俄罗斯的侵略性，并对日本、美国等多国自1970年代以来采取的「一中政策」能否经得起时间考验提出质疑。
2021年7月5日，日本副首相麻生太郎在东京的一场演讲中表示，如果中国武统台湾的话，日本政府将认定这是安全保障相关法所规定的「存亡危机事态」，有可能行使受限的集体自卫权。美日应一同协防台湾。6日，内阁官房长官加藤胜信表示：“什么样的情况适用行使集体自卫权，是通过综合各种信息来客观、理性地判断的。”他不想评论麻生太郎的观点。当被问及，麻生太郎观点与日本政府是否一致时，他指这是一个“假设性问题”。防卫大臣岸信夫则说，什么样的事态会成为「存亡危机事态」，实际上将视发生的个别具体状况进行判断；麻生昨天发言，的确是日本政府的考量。
2021年7月13日，日本内阁会议通过2021年版《防卫白皮书》，内容首度明载台湾局势的稳定对日本的安全保障和国际社会的重要性。
2021年7月21日，日本外务事务次官、美国副国务卿-{zh-hans:谢尔曼;zh-hant:谢尔曼;zh-tw:雪蔓;}-及韩国外交部第一次官在日本东京举行会谈，会议摘要指出美日韩三方在区域议题时强调维系台海和平稳定重要性。
2021年9月22日，中华民国以台澎金马个别关税领域的名称申请加入跨太平洋伙伴全面进展协定（CPTPP）。24日，CPTPP年度轮值主席国的日本表达欢迎台湾申请加入，并表示与台湾有共享的价值。日本经济再生担当大臣西村康稔亦表示「我们视台湾为一个非常重要的伙伴，我们共享根本的价值，像是自由、民主、基本人权及法治。」
2021年10月11日，日本首相岸田文雄在参议院答询时指出，台湾是重要伙伴，期盼两岸透过对话解决问题。13日，对于台积电将在日本投资设立晶圆厂，岸田文雄表示对台积电这种大型民间投资等的协助，将纳入经济对策内。「期待可以提升日本半导体产业的不可或缺性及自律性，对日本经济安全保障带来很大助益。」经济产业大臣萩生田光一、经济安全保障担当大臣小林鹰之皆表示欢迎。
2021年12月9日，日本首相岸田文雄在参议院答询时指出，一直以来日本始终支持台湾以观察员身分参与WHA，未来也将持续推动争取相关国家的支持。10日，岸田文雄在参议院对于台湾加入CPTPP表示，台湾是共享基本价值及紧密经济关系的极重要伙伴，台湾为申请加入做了很多努力，日本对此表示欢迎。
2022年2月11日，日本外务大臣林芳正与美国国务卿布林肯进行会谈，双方重申共识「台湾海峡的和平与安定是重要的」。
2022年5月12日，七大工业国组织在德国召开外长会议，会后发布的《联合公报》强调台海和平稳定的重要性，鼓励和平解决两岸争端，并支持台湾有意义参与世界卫生大会（WHA）及世界卫生组织（WHO）的技术会议。6月28日，在德国召开领袖会议，会后发布的《联合公报》亦强调台湾海峡和平稳定的重要性，呼吁以和平方式解决两岸问题。
2022年7月8日，前日本首相安倍晋三遇刺身亡。9日，中华民国政府决定在11日全国政府机关降半旗以感念安倍对台湾的支持与贡献。11日，日本台湾交流协会开设安倍晋三吊唁会场，中华民国总统蔡英文由日本驻台代表泉裕泰、外交部长吴钊燮和总统府秘书长李大维等人陪同前往悼念，同日下午中华民国副总统赖清德飞抵日本，由驻日代表谢长廷陪同至安倍晋三东京宅邸吊唁并与安倍亲友一同至增上寺参加守灵与告别式，被视为1972年两国断交以来最高层级特使，对此总统府和外交部均表示为赖清德的私人行程。日本媒体在记者会向外务大臣林芳正提问「台湾的副总统访日，台湾现职高官访日实属罕见，请您说说您的看法。」林芳正回答「有关你所说的人物，是为了参加前首相的丧礼以私人身分访日。」其中以「你所说的人物」来指称赖清德被批失礼。
2022年7月22日，日本内阁会议批准2022年版《防卫白皮书》，其中有关台湾局势的记载页数比去年版倍增。内容首度指出对台湾局势相关动向，将与国际社会合作，保持更密切关注。
2022年7月27日，日本国会跨党派团体「思考日本安全保障议员之会」的4名成员，即前防卫大臣石破茂、滨田靖一，以及前副防卫大臣、参议院总务会副会长抵台访问。
2022年8月3日，七大工业国组织外长与欧盟外交与安全政策高级代表针对美国联邦众议院议长裴洛西访台的两岸局势发表联合声明，重申该组织维护台海和平稳定的立场，呼吁中国勿以武力片面改变现状，同时提到各成员国的「一中政策」与「对台立场」没有改变，并鼓励各方保持畅通的沟通管道以防误解发生。日本也对于裴洛西访台事件，以及解放军环台军事演练发表回应。
2022年9月27日，日本为前首相安倍晋三举行国葬，中华民国由驻日本代表谢长廷、台湾日本交流协会会长苏嘉全、前立法院长王金平代表政府出席。在献花仪式中，日本以「台湾」称呼代表团。
2022年11月2日，传出将在日本大阪举办的2025年世界博览会，台湾只能以「玉山-{zh-hans:数字科技; zh-hant:数码科技; zh-tw:数位科技;}-株式会社」（Tamayama Digital Tech Co., LTD）名称参展，馆内也要求不能出现任何「台湾」、「Formosa」的文字与图样。中华民国经济部为此还编列4年20亿新台币，立法院经济委员会的朝野立委将首年预算4.1亿冻结1千万，并附带决议，要求经济部国际贸易局须争取以台湾名称参展。
2022年11月17日，日本首相岸田文雄与中华人民共和国主席习近平在泰国曼谷参加亚太经济合作组织（APEC）峰会前举行双边会谈，对于台湾议题，岸田文雄重申「台湾海峡和平与安定的重要性」，习近平则回应「中国不干涉别国内政，也不接受任何人以任何借口干涉中国内政」。18日，担任中华台北领袖代表的张忠谋与岸田文雄举行双边会谈，张忠谋感谢日本在国际场合重申维持台湾海峡和平稳定的重要性，并请日本今后持续支持台湾参与WHA、国际民用航空组织（ICAO）、CPTPP等各项国际组织与重要协定，岸田文雄表示将持续深化台日间合作与交流，双方并积极探索各项可能性。
2023年4月5日，中华民国总统蔡英文过境美国洛杉矶，与联邦众议院议长麦卡锡举行会面。日本对于其后解放军环台军事演练发表回应。
2023年4月18日，七大工业国组织在日本召开外长会议，会后发布的《联合公报》表示「我们重申台湾海峡和平稳定是国际社会安全与繁荣不可或缺的重要因素，敦促两岸问题和平解决。G7成员在台湾问题上的基本立场（包括所表明的一个中国政策）并未改变。」对于台湾参与国际组织，则强调「我们支持台湾有意义地参与国际组织，包括WHA和WHO技术会议，国际社会应从所有伙伴的经验中受益。」「如果国家性质并非必要条件，则做为正式成员参加；若国籍为必要条件，则以观察员或来宾身分参与。」5月20日，在日本召开领袖会议，会后发布的《联合公报》重申台海和平稳定是国际社会安全与繁荣不可或缺的一部分，敦促和平解决两岸议题并坚决反对以武力及胁迫手段片面改变现状。
2023年5月18日，日本台湾交流协会、澳洲办事处、英国在台办事处、加拿大驻台北贸易办事处、捷克经济文化办事处、德国在台协会、立陶宛贸易代表处、美国在台协会发布联合新闻稿，支持台湾有意义地参与WHO，并以观察员身分参与WHA。22日，日本在WHA表示「我们必须要借鉴良好的例子，例如台湾，他们已经取得了公共卫生方面的极大成功，也要避免造成任何地理上的真空，不应该让任何的区域落下，这样才可以预防传染病在全世界蔓延。」
2023年7月23日，日本防卫副大臣接受英国《每日电讯报》采访时表示，如果中国武力侵台激发国际间犹如乌克兰般地对台湾支持，日本很可能会对台湾伸援；对于以防卫装备还是后勤的形式对台支援，则取决于日本人民共识。
2023年8月24日，日本政府启动福岛第一核电厂核废水排海作业，引发国际争议。对此，中华民国驻日本代表谢长廷26日表示「311地震后，世人对放射性的议题有些敏感，不过，微量的放射性元素反而对身体有益，例如北投温泉、日本，因为两地温泉都有一种特别的北投石，含有微量镭，研究对健康有益……。」此说法遭嘲讽为「助日代表」。9月2日，谢长廷重申，福岛核废水的处理已经过-{zh-hans:国际原子能机构; zh-hant:国际原子能总署;}-的检验，影响可以忽视；而过去台湾农产品被中国拒绝进口时也是日本大力支持，而今换日本的水产品被抵制，是时候让台湾展现「善的循环」。
2024年1月13日，中华民国总统与立委选举结束后，日本外务大臣上川阳子表示祝贺。15日，内阁官房长官林芳正表示「台湾有共同的基本价值观，有紧密的经济关系与人员交流，是极为重要的伙伴与友人。」对于上川阳子的祝贺引起中国驻日本大使馆抗议，林芳正反驳「对于台湾顺利实施民主选举，我国一直以来都表示祝贺」。16日，日本首相岸田文雄则回应，「我相信台湾在共同拥有基本价值的经济关系与人文交流方面，是一个非常重要的伙伴。有关台湾的各种问题，需要透过和平方式解决，并且必须实现有助于这个地区和平与稳定的形式，此乃我国的基本方针，我相信这项方针今后都不会改变。」
2024年2月7日，日本东京都知事小池百合子访问台湾，并会见总统蔡英文、副总统赖清德、数位发展部长唐凤、台北市长蒋万安等，以及前往五指山国军示范公墓吊唁前总统李登辉。
2024年2月26日，中华民国总统蔡英文与副总统赖清德出席在台北举办的日本天皇诞生日庆祝酒会。报导指出是自1972年两国断交以来，首次有现任总统与副总统同时出席酒会。
2024年4月3日，台湾东部发生大地震，日本首相岸田文雄在X（原Twitter）以日、中文表示「在此对受害者表达诚挚慰问，也由衷希望所有在台湾的朋友们都能够平安」、「日本愿协助台湾任何必要的支援」。5日，外务大臣上川阳子宣布，提供台湾100万美元的紧急无偿资金协助。日本民间也发起捐款活动，截至7日已募得逾1亿8,000万日圆。
2024年4月10日，日本首相岸田文雄与美国总统拜登举行峰会，会后发表声明重申台海和平稳定的重要性，并在中提及台湾对于太平洋岛国发展的贡献。11日，岸田文雄、拜登、菲律宾总统-{zh-hans:小马可斯; zh-hant:小马可斯; zh-cn:小马科斯; zh-tw:小马可仕;}-举行三方峰会，会后的声明再次强调台海和平与稳定至关重要，是全球安全与繁荣不可或缺的要素。
2024年4月17日，七大工业国组织在义大利召开外长会议，会后发布的《共同声明》表示，台海和平稳定对国际社会的安全与繁荣不可或缺，呼吁两岸议题必须用和平方式解决。G7成员支持台湾以观察员、或来宾的身分，有意义参与非以国家身分为前提的国际组织，包括WHA、WHO技术会议。声明另指出，G7成员对台湾的基本立场没有改变，包括现行的「一个中国」政策。
赖清德时期（2024年5月20日－）.
2024年5月20日，中华民国总统当选人赖清德、副总统当选人萧美琴宣誓就职，日本内阁官房长官林芳正表示祝贺。并强调台湾「是共享基本价值，拥有紧密的经济关系与人员往来的极其重要伙伴与重要的朋友」，重申愿进一步加深合作与交流的意愿。林芳正也对卸任的前总统蔡英文表达敬意。22日，林芳正对于中华人民共和国驻日本大使吴江浩指日本国会议员组团参加赖清德就职典礼是「公然助长台独势力」、「将让日本民众被带入战火」一事，批评其言论极不适当，并已向中方提出严正抗议。
2024年5月23日，日本内阁官房长官林芳正对于中国人民解放军在台湾、金门、马祖周边展开演习一事表示，东京将「直接并明确地」向北京传达维持台湾海峡和平稳定的重要性。并表示和美国与其他盟国合作，传达他们对于两岸关系的共同立场十分重要。
2024年5月24日，日本台湾交流协会、德国在台协会、美国在台协会、捷克经济文化办事处、澳洲办事处、英国在台办事处、加拿大驻台北贸易办事处、立陶宛贸易代表处发布联合新闻稿，支持台湾有意义地参与世界卫生组织（WHO），并以观察员身份参与世界卫生大会（WHA）。
2024年6月15日，七大工业国组织在义大利召开领袖会议，会后发布的《联合公报》重申维护台海两岸和平与稳定对国际安全与繁荣不可或缺，并支持台湾有意义地参与国际组织，包括WHA与WHO技术会议，在不需要国家地位的前提条件下以会员身分参与，或在此条件下以观察员或来宾身分参与。G7强调有关台湾的基本立场没有改变，呼吁各方和平解决台海两岸问题。
2024年9月25日，日本海上自卫队的涟号护卫舰通过台湾海峡，这是日本海上自卫队成立以来的首次。与此同时，的、澳洲皇家海军的一起通过台湾海峡。
2025年2月5日，日本海上自卫队的由北向南通过台湾海峡，与美国、澳洲、菲律宾在南海联合军演，是首次有日本军舰独自穿越台湾海峡。
2025年2月17日，前中华民国驻日本代表谢长廷表示，日本法务省自5月26日起承认可在户籍的国籍栏标示地区名，因此可以登记为「台湾」，而非先前的「中国」。
2025年3月15日，七大工业国组织在加拿大召开外长会议，会后发布的《联合声明》表示，G7成员强调维护台海和平稳定的重要性，鼓励和平解决两岸问题，并重申反对任何单方面透过武力或胁迫改变现状的企图，也支持台湾有意义参与适当的国际组织。在《关于海上安全与繁荣宣言》中，亦重申对台基本政策不变，强调台海和平稳定对国际安全与繁荣至关重要。与先前声明不同的是，这次提到台湾时，未提及「一个中国」政策。
2025年3月21日，行政院证实聘请前日本自卫队统合幕僚长岩崎茂担任无给职行政院顾问。
2025年4月1日，日本内阁官房长官林芳正对于中国人民解放军在台湾、金门、马祖周边展开演习一事表示，日本政府高度关注共军演习动态，也向中方传达日本的关切。台湾海峡和平稳定对包括日本在内的国际社会极为重要，中国近年在台湾周边的军事行动频繁，日本政府在日本周边海域及空域加强警戒与监视，做好万全准备。
2025年5月19日，日本厚生劳动副大臣在WHA表示，「为了因应健康紧急情况，我们应该向已取得显著公共卫生成果的地区借鉴经验，例如台湾。任何地区都不应该被抛在后面，以避免出现地理真空，这可能会破坏全球遏制疾病传播的努力」。日本台湾交流协会、德国在台协会、法国在台协会、捷克经济文化办事处、澳洲办事处、英国在台办事处、加拿大驻台北贸易办事处、立陶宛贸易代表处亦发布联合新闻稿，支持台湾有意义地参与WHO，并以观察员身份参与WHA。
2025年6月12日，日本海上自卫队的通过台湾海峡后进入南海，与菲律宾海军进行联合军演。
2025年6月17日，七大工业国组织在加拿大召开领袖会议，会后发布的「主席总结」强调维护台海和平稳定的重要性，与同年3月召开的外长会议皆未提及「一个中国」政策。
2025年7月12日，日本首相石破茂发文慰问台湾丹娜丝台风灾情；7月底8月初，台湾-{zh-hans:暴雨; zh-hant:暴雨; zh-tw:豪雨;}-致灾，石破茂再次发文表达慰问。
2025年7月23日，第30届「日本—欧盟峰会」于会后发布《联合声明》，强调台海和平稳定对国际社会安全与繁荣不可或缺，呼吁和平解决两岸问题，反对任何以武力或胁迫片面改变现状的企图；同月底，中华民国外交部长林佳龙访日，停留东京期间视察台北驻日经济文化代表处，这是外交部长首度进入驻日代表处，之后前往大阪参访世界博览会。
2025年8月6日，中华民国驻日本代表李逸洋出席广岛市「原爆80周年」和平纪念仪式，是自1947年广岛市举办仪式以来，台湾首次受邀出席。9日，李逸洋代表台湾首次出席自1948年起举办的，但被安排在「国际非政府组织区」座位，且没有与其他驻日大使一样佩戴胸花，李逸洋表示，主办单位长崎市的不妥安排有其原因，中国的打压才是幕后黑手。长崎市有关单位说明没有划分出国际非政府组织区，而是根据外务省名单，优先安排大使，接著是临时大使与书记官（秘书），台湾被排在后面。