具体的には艦体サイズが大きくなり、乗員も大幅に増加している。設定制作では、第一艦橋が旧作に近い形で見せられるサイズから逆算して全長を決め、実寸に合うよう内部構造などを決めていった。また、建造工程も戦艦大和の残骸からの直接改造から、戦艦大和の残骸を模した艤装を施したうえでの新造に変更されている。
メカニカルデザインは玉盛順一朗が担当。艦内のデザインは高倉武史や山根公利などが主に担当している。
概要（リメイクアニメ）.
後述の波動砲の封印を経て地球へ帰還した後には記念艦として海底ドックに安置されていたが、帝星ガトランティスとの交戦に際して地球連邦防衛軍の波動砲艦隊構想にもとづく戦列復帰が決定し、波動砲の再装備を含めた大改装を受けている。
艦体解説（リメイクアニメ）.
艦底部は兵装が少ない分重装甲になっており、水上等では艦を上下逆さまにした「潜水艦行動」と呼ばれる状態がある。
原作アニメ同様、両舷には格納式の安定翼が備わっている。原作とは異なり複数の折りたたみ構造になっているほか、喫水線を境に上面が艦体上半分と同じ濃い灰色に、下面が艦底部と同じ赤で塗り分けられている。
イスカンダルへの到着後には波動砲制御室にコスモリバースシステムが設置され、ヤマト自身がコスモリバースシステムそのものへ改造された。これによって波動砲は封印された。詳細は#兵装（リメイクアニメ）を参照。
艦橋（リメイクアニメ）.
原作アニメ同様、艦の上甲板よりそびえ立つ司令塔に、艦長室、第一艦橋、第二艦橋を持ち、艦底から第三艦橋が突き出している。
第二艦橋は設定が大きく変更され、内部が強固な防壁によって隔てられた二重構造となっている。防壁の内側は戦闘指揮所(CIC)となっており、戦闘時に第一艦橋要員が移動して運用されるという、原作にない第二艦橋の様子が描かれている。
機関（リメイクアニメ）.
兵装（リメイクアニメ）.
搭載している兵装の種類・数に原作アニメとの大きな違いはないが、設定の変更や追加が複数ある。
艦載設備（リメイクアニメ）.
自動航法室.
居住性能（リメイクアニメ）.
科員居住区は、一番主砲塔のやや前から艦橋下にかけての区画に存在する。通路は原作アニメと異なり直線状で、床はオートウォークではない。
防御装備（リメイクアニメ）.