もっとも、政治的意図にもとづく捜査は検察が行政機関である以上、避けがたいものという者もいる。事実、第二次世界大戦後すぐから冷戦終結までの間、検察は警察同様、自由主義・資本主義体制を護持する役割を自任していた面すらある。東京・大阪の両特捜部を経験した田中森一にいたっては、「すべての捜査は国策捜査」であって、「捜査の結果、自民党政権から共産党政権になっては困るのである」とまで述べている。近年でも、住専事件においては、先に述べたように検察みずからが政治的意図にもとづく国策捜査を認めていた。西松建設事件・水谷建設事件及び政治資金団体における小沢一郎周辺への強制捜査についても、同様の政治的意図を疑う声がある。
批判を裏付けるかのように、異例の無罪判決が出ることも多い。住専事件の小林政雄および川辺剛、拓銀事件の佐藤茂、長銀事件の被告人全員については無罪判決が確定したほか、拓銀事件のその他被告人、安田事件の安田好弘、日歯連闇献金事件の村岡兼造について第一審で無罪判決が言い渡されている。中でも日歯連闇献金事件の判決では特捜検察による「訴追ありき」の捜査姿勢が痛烈に批判された。また、郵便不正事件においては、裁判を重ねるごとに検察側の供述調書が次々と覆され、被告人に無罪判決が出た。このため、郵便不正事件は民主党の大物国会議員をターゲットにした狙い撃ち捜査であったことが明らかになりつつある。
原因分析.
検察の暴走を防ぐための制度的担保が事実上存在していないことが原因として指摘されている。
政治学者の中西輝政は、起訴する権限を独占している官僚たる検察官に対する民主主義的なチェック機構として法務大臣の指揮権発動があったのに、造船疑獄で佐藤栄作ら一部の「吉田学校」出の政治家を救うためにまったく正反対の趣旨（＝自由党政権を守る為の政治判断）で発動してしまったため制度自体の政治的正当性が失われてしまい、日本の民主主義にとって手痛い失敗だった、今では政治が検察に対し関心を持つことさえタブーになってしまったと指摘している。
主な反論.