保元の乱以来、源氏と平氏の間で朝廷における待遇の差における不満による軋轢（あつれき）が強まったことにより源氏の棟梁・源義朝が藤原信頼らと挙兵に及び平治の乱が勃発する。義朝の大叔父にあたる陸奥七郎義隆は、平治の乱で源氏方につき平氏軍と戦った。しかし、源氏軍が平清盛の武略の前に敗れると、再起を期して落ち延びたものの、義隆は平家に味方した比叡山延暦寺の僧兵によって近江国龍華越のあたりで討ち死にしてしまう（詳細は義隆の項に詳しい）。
その後、平家の残党の探索がはじまると、義隆の生まれたばかりの子である初名　毛利三郎、後の若槻頼隆は千葉氏の下で成長。頼朝が平家追討の旗を掲げ挙兵すると、これに従い鎌倉幕府成立とともに御家人となる。頼隆は長命で五代執権・北条時頼の時代まで生きたが、北条と三浦という幕府二大勢力の対立が表面化すると宝治合戦が勃発し、頼隆は三浦方となる。これにより、頼隆は討ち死した。
森氏の成立.
宝治合戦によって、一族滅亡の憂き目を見た若槻氏一党であるが、頼隆の次男であった森頼定は鎌倉にはいなかったため、戦禍に巻き込まれずにいたとされ、長じてのち伊豆守に叙任し、安嘉門院判官代をも務め、位階も正五位下に進んで己が勢力基盤を創り上げたとされる。森の名をはじめて冠したのは祖父　義隆の時であるが、称号としてのみ用いられたのであって名字として確立されていたわけではなかった。まして、その嫡男毛利義広にはじまる源姓毛利氏などは義隆をもって家祖としており、純粋に森家の初代とは言いがたい。
本格的に森氏という一族が確立を見たのは頼隆の子である頼定が初代となる。そして義隆、頼隆は森家の遠祖とし、頼定をもって家祖と考えるのが自然である。頼定の子孫である森一族は後世に至って幾流かの系統かに分かれた。森姓より派生した支族としては頼定の四男・上野朝氏にはじまる上野氏、七男・森義通の嫡男・笠合義宗にはじまる笠合氏、九男・戸田信義の子孫には三河国田原城に拠点を置く戸田氏などがいる。森家として活躍した武将としては南北朝時代に細川清氏に従って堺から讃岐国に渡ったという、讃岐国香川郡の乾城城主　森次郎左衛門などがいる。
織豊期.
江戸時代.
明治以降.