遣迎院 北区鷹峯光悦町
賀茂別雷神社 北区上賀茂本山
賀茂県主同族会 北区上賀茂本山 賀茂別雷神社内
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京都府（京都市を除く）.
複数の重要文化財を有する社寺、博物館等で、ウィキペディア日本語版に記事があり、かつ、記事中に当該社寺、博物館等所有の文化財一覧が含まれているものについては、本欄に記載する。
以下の社寺、博物館等が所蔵する重要文化財については、リンク先の当該社寺、博物館等の項目を参照のこと。
 宇治上神社 宇治市宇治山田　
 宇治神社 宇治市宇治山田　
宝蔵院 宇治市五ケ庄三番割
西導寺 宇治市五ケ庄大林
能化院 宇治市木幡中村
白山神社 宇治市白川娑婆山
許波多神社 宇治市五ケ庄古川
称名寺 宇治市東笠取
 向日神社 向日市向日町北山　
 南真経寺・北真経寺 （共有）　向日市鶏冠井町大極殿・向日市鶏冠井町御屋敷　
 光明寺 長岡京市粟生西条ノ内
 乙訓寺 長岡京市今里　
勝龍寺 長岡京市勝竜寺
 離宮八幡宮 乙訓郡大山崎町大山崎西谷　
 大念寺 乙訓郡大山崎町大山崎上ノ田　
称名寺 久世郡久御山町佐古
法園寺 八幡市八幡源氏垣外
寿徳院 八幡市八幡山路
薬薗寺 八幡市八幡森垣内
円福寺 八幡市八幡福禄谷
 神応寺 八幡市八幡西高坊　
城陽市
極楽寺 城陽市富野南垣内
阿弥陀寺 城陽市枇杷庄大堀
 観音寺 京田辺市普賢寺　
寿宝寺 京田辺市三山木
 正寿院 綴喜郡宇治田原町奥山田川上　
 蟹満寺 木津川市山城町綺田
神童寺 木津川市山城町神童子
大智寺 木津川市木津雲村
高田寺 木津川市加茂町高田奥畑
岩船寺 木津川市加茂町岩船
 常念寺 木津川市加茂町里小田　
法泉寺 木津川市相楽才ノ神
西明寺 木津川市加茂町大野
現光寺 木津川市加茂町北
常念寺 相楽郡精華町祝園
若王寺 相楽郡精華町下狛
笠置寺 相楽郡笠置町笠置笠置山
法明寺 相楽郡笠置町上有市
薬師寺 相楽郡和束町原山
金胎寺 相楽郡和束町原山
春光寺 相楽郡南山城村北大河原
眞輪院 相楽郡南山城村大字南大河原
穴太寺 亀岡市曽我部町穴太東辻
法常寺　亀岡市畑野町千ヶ畑
宝林寺　亀岡市宮前町神前狭間
金輪寺　亀岡市宮前町宮川