時々、有名な甲冑「源太が産衣」が源氏嫡流の証として、それを伝える河内源氏が源氏嫡流とする立場があるが、「源太が産衣」は、仮に実在していたとしても義家から頼朝にかけての源氏の嫡男に伝えられたものに過ぎず、これを継ぐものが「河内源氏」（そのような用語は当時見られない）や、まして清和源氏の当主であるという意味合いがあったわけではない。
源氏嫡流（仮にそのようなものがあったとするならば）が摂津源氏か河内源氏かはともかく、武門の主流は京都を活動基盤とした頼光の弟・頼信にはじまり坂東へ勢力を扶植し、武家棟梁となった河内源氏のものとなる。後に河内源氏の流れを汲む頼朝が鎌倉に幕府を開くが、源氏嫡流意識なるものはこの頼朝が、武家の中での自己と自家の地位を特別視するために作り出したものとも考えられ、そして頼朝の先祖を遡及し、頼光の弟の頼信にはじまり、頼義、義家と続く河内源氏を源氏嫡流と見るようになったとも考えられる。
また、以仁王が平家を打倒すべく諸国の源氏に呼びかけた際に始めに挙兵した源頼政は頼光の系統で、清和源氏としては初の従三位という高位にあり、長者ともいうべき地位にあったが、従う兵はその拠点であった摂津国をはじめとする畿内に限られ、むしろ祖先の弟の系統である頼朝の方が東国において圧倒的求心力を得るに至った。それは、頼朝が清和源氏の中で嫡流であったかというよりも、東国武士を臣下としてきた河内源氏の遺産と、平家に不満のあった東国武士との政治的利害関係があればこそである。故に頼朝はそうした東国武士に対する求心力と、朝廷から受けた寿永二年十月宣旨、文治の勅許、将軍宣下など与えられた特権を背景に、他の源氏一門と差別化し、頼朝の系統を嫡流とすることに成功することができたといえる。
頼朝は弟・義経以下御家人の自由任官を咎め、源氏一門、御家人の位階任官を鎌倉殿の独占権とした他、多田源氏の多田行綱を多田荘から追放し、その家人を御家人に編入した。さらに血縁の嫡庶遠近にかかわらず、功績のあった者のみに自らと同様に源姓使用を許す門葉として遇し、それ以外は源氏一門といえども御家人となった者が除目などの必要ある場合を除き、源姓を使用することを禁じた。これらのことはまさに、自らをして武家源氏の棟梁たる気概を見せたに他ならない。