今回のルパン三世の狙いは、かつて日本がナチス・ドイツと同盟を結んだ当時に、友好の証としてアドルフ・ヒトラーに贈られたという戦国時代の仏像「地獄如来像」であった。ドイツのプローラにおいて、銭形警部が指揮する厳重な警備体制に対し、ルパンは次元大介や石川五エ門と共に強奪に乗り出す。東洋テレビの若き美人レポーターである神楽坂飛鳥も追い掛ける中で、そこにハイテク忍者軍団率いる国際的な武装集団の長モルガーナが現れ、戦闘ヘリによる襲撃を受ける。結局、ルパンは像を横取りされた上に、銭形がミサイル攻撃に巻き込まれる。後日、銭形の葬儀がしめやかに営まれ、ルパンたちもまた自分たちなりの方法で銭形の冥福を祈り、モルガーナへの報復を誓う。
モルガーナは自身の研究所にて、「地獄如来像」「北条影虎の宝刀」と、飛鳥と同じく風魔の血を引く部下の女忍者・摩耶の力を使い、「風神」の手掛かりとなる「六角の石」を手に入れる。ところがそれを研究所に忍び込んでいた飛鳥と彼女の忍犬・虎太郎に横取りされる。モルガーナの部下達が襲いかかる中、ルパン一味の介入もあり、飛鳥は逃亡に成功する。その際、摩耶と飛鳥は仲間で、彼女もまた「風神」を守るためにモルガーナの下に潜入していることが判明する。
手を組むことに決めたルパンと飛鳥は再びモルガーナの研究所に変装して忍び込み、石の奪取には失敗するも、石の解析結果は手に入れることに成功する。そこから古代ローマのヴェスヴィオ火山付近の都市遺跡に「風神」が隠されていることを知る。2人は隠された謎を解いて、ついに「風神」を見つけ出すが、その正体や起動方法はわからず、「風神は神の子エルフによって目覚める」という文言を見つける。エルフは風魔の末裔を意味することがわかり、ルパンは飛鳥が起動の鍵ではないかと推測する。直後に「風神」を狙ったモルガーナらの襲撃を受け、虎太郎の活躍で「風神」は取られずに済むが、飛鳥は連れ去られてしまい、また摩耶の正体もバレており、モルガーナに捕まっていた。一方、死んだと思われていた銭形は、飛鳥の忍法で仮死状態にされていただけであり、棺の中で覚醒し、復活を遂げる。