それから間もなく、勤務中に同級生から一本の電話が入り、純一郎が末期がんで亡くなったと告げられ、護は激しく動揺する。純一郎は余命いくばくもない事を周囲に、特に護に気遣わせないようにと口止めしていたのだ。
両親を失った幼い薫と友樹は、それぞれ別の親戚のもとに引き取られる事を余儀なくされる。父を亡くした上、離れ離れになることは双子にとって辛く悲しいものであった。それから数日後、友樹の姿が消えたと連絡を受けた護は、薫と共に探し回り、犬のムックを連れた友樹を見つける。親戚の元に戻ることを頑なに拒む双子の姿に、護は二人を引き取る決意をする。
紆余曲折を経て始まった、三人と一匹の共同生活。護は、自分たちは「家族」だと二人に説き、改めて自分の名前を伝えるも、薫と友樹は護（まもる）のことを「マルモ」と呼ぶようになる。護は双子との間で「おきてノート」を作り、不器用ながらも「家族」となっていく。犬のムックは時折人語を話し、護を仰天させる。
護と双子に実母の青木あゆみが接触する。子供を捨てたことに負い目を感じるあゆみは、母親とは名乗らず双子を見守る。双子と家族として離れられなくなっていた護だが、妻との復縁を望んでいた純一郎の手紙を見つけ、双子をあゆみに返すことを決意。
真実を知らされた双子は反発し、護と別れることを悲しむが、おきてノートの最後の言葉「はなればなれでも家族」を受け入れ、あゆみと共に旅立つ。一人残され、感傷に浸る護の部屋に双子が戻ってくる。双子は護と暮らし、あゆみは「はなればなれの家族」としてこれまでどおり、双子に関わっていくことになった。
再び護のもとで暮らすことになった薫と友樹。学校が夏休みに入り、護は二人を大学時代の後輩である藤沢大輔が営んでいる山梨のブドウ園へ連れて行くことに。そこで薫と友樹は大輔の子供の翔太と菜々の兄妹と仲良くなり、思う存分夏休みを満喫する。
そんな中、彩から「陽介が倒れた」との連絡を受けた護は双子を山梨に残して東京に一旦戻ることに。ブドウ園に留まった薫と友樹は、翔太と菜々の父親と母親の理沙との関係があまり上手くいってないことに気づく。
一方、護は双子の実母のあゆみからの一言をきっかけに「そろそろ2人をあゆみのもとへ帰すべきでは」と悩みだす。そんな中、上司の鮫島から彼の所へ、マレーシアへの海外勤務の話が持ちかかる。
おきてノート.