理蕃五カ年事業の進行中、佐久間ら台湾総督府の関係者は想定を遥かに上回る台湾原住民たちの抵抗に直面することになった。多大な犠牲を払いながらも思うように進まない制圧事業そのものもさることながら、事業に対する支出も当初の想定を上回る事態となり、強い反対を押し切る形で理蕃五カ年事業を開始した台湾総督府は苦境に立たされた。しかし佐久間総督は自らの意見を容れて事業推進の後押しをした明治天皇に対する恩義もあって、なんとしてでも事業完遂を目指す姿勢を崩さなかった。そして理蕃五カ年事業の遂行によって、漢族の一般民衆たちは多大な事業費のしわ寄せによる負担増をもろにかぶり、見返りがないままに原住民制圧の危険な現場に派遣されるという負担に苦しむことになり、そのことに対する怒りが台湾社会に渦巻くようになった。一方、台湾の地主階級は基本的に理蕃五カ年事業に協力的であった。これまで原住民の支配地域であった土地は、制圧事業の後、日本人、漢族に開放されたため、地主階級にとっては支配できる土地を拡大できるチャンスでもあった。漢族の民衆レベルで原住民制圧事業の負担と犠牲に対する怒りが高まっている事態を把握した台湾総督府は、地主階級の支持を確実に繋ぎ止め、原住民制圧に駆り出される民衆を慰撫する施策を進めていく。
同じ頃、台湾の漢族社会ではしばしば反日暴動が企図されていた。もちろん暴動企図の背景には理蕃五カ年事業に伴う民衆の負担増と犠牲があった。しかしそれ以外に中国本土の辛亥革命の影響も無視できなかった。台湾総督府の当局者たちは辛亥革命が台湾海峡を渡る事態を恐れた。そして反日暴動の精神的バックボーンとして漢族の民間信仰があった。反日暴動の首謀者たちは漢族の民間信仰を背景に民衆の心を掴んでいったのである。
呉鳳廟の再建.