本項ではこれらを合わせて説明するが、いずれの場合においても「朽木藩」という呼称を妥当としない見解があることには留意を要する。なお、「朽木氏が藩主を務める藩」（稙綱が立てた家の藩）を「朽木藩」と呼称することもあるが、これについては福知山藩などの項目を参照のこと。
歴史.
戦国期までの朽木家.
朽木氏は、鎌倉時代に朽木荘の地頭となった近江源氏（佐々木氏）の一族である。室町時代には幕府奉公衆を務めたが、特に戦国期に入ると、京都近傍に所在して一定の軍事動員力を有する朽木家は足利将軍家から厚い信頼を寄せられるようになった。2人の将軍（足利義晴・足利義輝）が朽木家を頼り、朽木荘に滞留したことでも知られる。
朽木荘は、京都と若狭国・越前国を最短距離で結ぶ交通路（若狭街道や朽木街道・朽木越などと呼ばれる）に位置しており、北国方面の大名にとっては京都への入口にあたる重要な地域であった。戦国期に朽木氏は、朽木荘近隣の荘園の所領化や、小領主の家臣化を進め、「戦国大名」よりは小規模ながらも領域支配を行うようになった。要衝である朽木谷を掌握する朽木氏は、同時代においてその所領規模以上に大きな政治的評価を有していた。
朽木元綱の「朽木藩」.
朽木稙綱の「朽木藩」.
交代寄合朽木家の「朽木藩」.
一般的な定義（表高1万石以上の将軍直臣を「大名」とし、その領地・統治機構を「藩」とする）によれば、朽木家は大名ではなく交代寄合という家格の大身旗本であるが、朽木では交代寄合朽木家を「朽木藩」と見なす認識もある。たとえば自治体史である『朽木村史』では幕藩体制下の朽木谷を統治する領主の体制を「朽木藩」と叙述している。
相続と分知.
朽木谷と朽木家の動向.
幕末・維新期の朽木家.
幕末期の朽木家の動向は、江戸屋敷留守居役を務めた池田白鷗の残した記録で窺うことができ、朽木家は飛脚を走らせて戊辰戦争の情報をこまめに収集していたことがわかる。結果として、之綱はいち早く新政府への帰順を表明した。
領地.
朽木谷.