そののちに針を昆虫に突き刺し、宙ぶらりんの位置で固定できるようにして標本箱に保管する。この時、通例では胸部、特に前胸の中央やや右側に刺すことになっている。これは、右手で針を持った場合に針の刺さっていない側が大きく見やすいためである。また、絶対に中央に刺してはならない。正中線上の構造は一つしかないから、そこに針を刺すとこれを破壊してしまう。左右に片寄せておけば、針の貫通で壊れた構造は反対側には残っていることになる。
なお針を刺すことができないような小型昆虫の場合、針に台紙を刺しておいてそこに貼り付けることが一般的である。接着剤は木工ボンドやニカワなどが使われることが多い。台紙の形は三角形や四角形があり裁断機などで自作したり市販品を使用したりする。四角台紙は標本が破損するリスクが少ないが腹部が観察できないという短所がある。三角台紙の場合その尖った部分に昆虫を貼り付け、下になった側の大部分も観察できるが標本が破損するリスクが高いという短所がある。セルロイド製の台紙も存在するが耐久性は紙製に劣るという指摘もある。
保管.
分類研究に使われる場合、標本と共にデータを記入したラベルを保存することが重要である。普通は採集場所、年月日、採集者を顔料インクや鉛筆などの消えにくいものを使い印刷や手書きするなどして記入した紙片(中性紙が最もよいとされる)を作り、乾燥標本であれば昆虫を刺した針にそれも突き刺しておく。液浸標本の場合は一緒に液に浸けておくのが普通。
現存する日本最古の昆虫標本は東京大学所蔵の天保年間作製とみられる「幕臣武蔵孫右衛門自製昆虫標本」である。国内で最大の昆虫標本コレクションは九州大学所蔵のものであり、北海道大学、東京農業大学、愛媛大学のコレクションも充実している。
鑑賞目的.
これらの標本も、上記の分類研究用の標本と基本的には変わらない。ただ、取り出してひっくり返して細かいところを見ることは必要ないから、箱のふたが固定されていることやチョウ以外では箱の底に直接のり付けされていることやラベルがないこともあるため注意が必要である。
チョウの場合には、多数を集めて一箱に収めたものが販売されている。その他、分類とは関係なく、様々なデザインで配置した標本箱が販売されている例もある。羽根の模様だけあればいいと、鱗粉を台紙に写し取った鱗粉転写というのもある。