ただし、鎌倉時代の創設当初は鎌倉と京都で一緒に五つの寺を五山に定めていたとする説もある（室町時代に京都と鎌倉に分けて五山が定められたとみる）。小此木輝之は鎌倉時代の五山を、建長寺、円覚寺、寿福寺、建仁寺（京都）、浄智寺と推定している。
なお、足利義詮が将軍職のときにも五山の変動がみられた。
五山の確定と幕府.
「五山十刹」という場合、別格寺たる南禅寺を筆頭に、天竜寺、相国寺、建仁寺、東福寺、万寿寺の「五山」と、等時寺、臨川寺、真如寺、安国寺、宝幢寺、普門寺、広覚寺、妙光寺、大徳寺、龍翔寺の「十刹」の総称をいう。
室町幕府は五山禅寺に対して不入権や諸役免除などを認める一方、五山禅寺は幕府の事務の代行や上納金などの財務支援を行う関係にあった。五山の禅僧には宗教活動を行う西班衆と寺院の経理や荘園の管理を担う職能集団の東班衆がいた。
五山禅寺は幕府の訴訟制度や対中貿易などを通じて勢力を伸長していった。
しかし、応仁の乱で各寺は壊滅的な被害を受け、東班衆の基盤が失われた一方、各地では守護大名の力が強まって五山の荘園管理は難しくなり関所の自由通過権なども失われた。東班衆の去った荘園では守護大名が国人に管理させる守護請が多くなった。また、五山勢力が去って空白地となった北陸地方には一向宗の勢力が進出し新たな拠点を築いた。
京都五山の寺格.
今日では京都五山＝京都の禅寺の格付と一般に勘違いされやすいが、それは決して正しい解釈ではない。京都五山はあくまで足利氏の政治、政略的な格付けであり、大徳寺は同様の理由から格を下げられ、後に五山制度から脱却している（詳しくは大徳寺の項目を参照）。また、妙心寺は大内義弘に肩入れしたことが原因で義満の怒りを買い、寺領すらも没収されていた。再興を果たすのは江戸時代からである。
太原雪斎
太原 雪斎/太原 崇孚（たいげん せっさい/たいげん そうふ）は、戦国時代の武将・政治家。臨済宗の僧侶（禅僧）で今川家の家臣。諱は崇孚。雪斎の号は居住した場所に「雪斎」と書かれた扁額があったことが由来。