本作は発売から一年強の間において高い頻度でアップデートを繰り返しており、発売当初と現行のものではゲーム内容の方針が大きく異なる。例えば、バトルモードとは別の枠組みとして「チーム戦限定」や「前後半戦」などの固定された制限が加えられた対戦モード『グランプリ』の追加や、本作のメインキャラクターを上回る数のコナミキャラクターの追加、コナミのゲームをモチーフとした「グランプリ」ステージの追加なども行われた。その一方で、従来のボンバーマンシリーズの要素はほとんど追加されておらず、アップデートに伴って「ボンバーマンシリーズの新作」という当初の位置づけが少し形骸化している面もある。
本作のタイトルは「スーパーボンバーマン」の名前を冠しているが、ゲーム内容における『スーパーボンバーマン』シリーズとの関連性は殆どない。
プロローグ.
（参考：）
バグラーの野望を阻止するには凶悪ボンバー五人衆を倒すしかない。白ボンは兄弟たちを無理矢理宇宙船に詰め込み、宇宙を救うために出動するのだった。
ストーリーモード.
今作では一度ワールドを選ぶと途中でワールド選択画面に抜け出すことができないようになっており、最後まで攻略するか残機を一旦使い果たす必要がある。
本作では残機を増やす方法が存在しないため、ミスするごとに残機は減る一方となっている。また、ワールドクリア時の残機によりジェムや星の数が左右する（後述）ため、本作のそれは従来のシリーズ作品及び他のゲーム作品にみられる「残りチャレンジ数」という役割よりも、「何回ミスしたかを数える指標」としての役割が強くなっている。
舞台となるワールドは、次の通り。
バトルモード.
ストーリーモードとは異なり、同じキャラクターを選択することが可能。
アップデートによる追加要素.
本作は高頻度でアップデートデータが配信されており、それによる追加要素も多い。
ショップの商品.
アクセサリ.
キャラクター.
使用できるキャラクターの追加。
バトルステージ.
バトルモードで使用できるステージの追加。
グランプリモード.
ミスをしても一定時間で復活でき、アイテムも落とさないため、一度やられただけでは極端に戦況が変化することはない。