また、GB版ではサガ世界に関しては海底マップが別に用意されており、ここに行くために「サモン」の魔法が必要だったが、今回は海底そのものはワールドマップとしては用意されておらず、「海底に位置する拠点」に行く時のみ一時的に「サモン」を使って潜行する形である。
アビリティ.
前述で追加された「フリーズシステム」の代わりに、GB版で使用できた「ジャンプ」が廃止。これにより、落とし穴を飛び越えなければ行けない場所に関しては、さらに上のフロアから落とし穴を伝って辿りつく・別のルートを探す・仕掛けを動かすなどの方法で探索する必要がある。
名称.
著作権および商標権などを侵害する問題から一部の敵モンスターが削除され、アイテムの名称が変更された。
これらの他にも多数の細かな変更点がある。
BGM.
全てニンテンドーDSのハードに合わせてアレンジされ、さらに以下の新曲が追加されている（カッコ内は使用される主な場面）。
既存のBGMもアレンジされているものが多く、中には、伊藤賢治担当の「異次元の神々」のように“意図的にイメージを大きく変えた”ものや、笹井隆司担当の曲のように“GB版では容量不足で意図したように作れなかった”ものなどがある。
サント＝ジュヌヴィエーヴ＝デ＝ボワ
地理.
歴史.
交通.
パリ郊外の主要都市であるサント＝ジュヌヴィエーヴは、多様な方法でパリとアクセス可能である。
サント・ジュヌヴィエーヴ・デ・ボワ
姫伯禽
フォワード・レーシング
歴史.
概要.
特徴.
爆弾型の形状をしており、敷設された後は海底に鎮座する係維器と浮力を有する弾頭である缶体、そして両者を繋ぐ係維索（ワイヤー）により構成されている。目標を感知すると係維索が外れて缶体は浮力により浮上、その間も追尾しつつ目標に到達する仕組みになっている。
〈ハルチカ〉シリーズ
概要.
廃部の危機にあった弱小吹奏楽部に所属するハルタとチカが、校内で起こる様々な事件（日常の謎）を解決する。推理小説だが、吹奏楽の甲子園・普門館（全日本吹奏楽コンクール）出場を目指す青春小説の面もあり、また同じ人を好きになった2人が対立する恋愛小説の面もある。
登場人物.
清水南高校.