日米地位協定の第九条第二項により、米軍関係者は出入国に関して日本の法令が適用されず日本国の出入国管理をうけない。一方で第三項により米軍の発給する身分証明書と移動命令書を携帯しなければならず、要請がある時は日本の当局に身分証明書を提示しなければならないとされている。日米両国間の合意により、日本国政府は両政府間で合意される手続きに従って、出入国者の数および種別について定期的に報告を受けるものとされている。
在日米軍基地および公務中の構成員・軍属は、協定により日本の裁判権の管轄外とされている（刑事特別法）。在日米軍の構成員及び軍属が基地内部で起こした犯罪、および「公務中に基地の外で起こした犯罪」に対しては日本の法律が適用されず、アメリカ合衆国の連邦法が適用される。客観的にはそうでなくても、アメリカ軍が「公務中である」と主張した場合、日本は受け容れざるを得ない。あるいは犯罪を起こしても、日本国警察が駆けつける前に米軍施設敷地内に逃げ込めば、施設内では憲兵隊及び軍犯罪捜査局が第一管轄権を持ち、不当に軽い処分、いわゆる“アドミラルズ・マスト”で済まされる可能性があり、条約上では日本国政府からの請求権は明示されていない（合意文書など個別取決めによる）。このため、沖縄県や神奈川県横須賀市、長崎県佐世保市などでは、在日米軍兵士の起こした犯罪に対する『裁判権の管轄問題』が、しばしば問題となる（参照：沖縄米兵少女暴行事件）。
また、日本国民が在日米軍施設内で事件を起こした（と看做された）場合は、日本国刑法ではなくアメリカの統一軍事裁判法で処断され、軍法会議に掛けられかねないことになる。
自衛隊地位協定.
在ジブチ自衛隊基地.
上記の日米間ではアメリカ合衆国側の有利の条約になっているが、日本とジブチにおいては日本側が有利になる条約を結んでいる（日本ジブチ地位協定）。ジブチ共和国における自衛隊の海外基地での活動の法令は全て日本の刑法によって裁かれる他、公務中、公務外問わず、自衛隊の事件、事故の裁判において日本側に裁判権がある。
自衛隊の資産の差し押さえや情報開示もジブチ共和国政府の介入は日本国政府との条約で禁止されている。ジブチ自衛隊基地内も日本の刑法が適用され、ジブチ共和国政府はジブチ自衛隊基地内に立ち入る際には日本国政府（内閣総理大臣、官房長官等）の許可が必要である。