医療機関での対応は、薬物療法や認知行動療法、デイケアなどが中心となる。認知行動療法の一環として、ソーシャルスキルトレーニング(社会性訓練)を取り入れている医療機関もある。これは、不登校児童にしばしば不足しがちな、コミュニケーション技術の向上を図るものである。虐待や事故、災害、犯罪被害など、深刻なトラウマ体験によりPTSD（心的外傷後ストレス障害）を発症している場合、薬物療法の他、EMDR(眼球運動による脱感作と再処理法)が有効とされている。日本EMDR学会は全国のEMDR治療者リストを公式サイトで公開している。
本人に病識が無く、医療機関の受診を拒否することもある。本人の意思を無視した強制的な通院・入院は、新たなトラブルとなる可能性がある。しかし一方で、本人の状態によっては、医療保護入院や措置入院が必要となるかもしれない。いずれにせよ、まずは医師や臨床心理士など、専門家による助言を求めることが不可欠である。
子どもの精神疾患.
重い疲労感が長期にわたって続いているにもかかわらず、精神疾患を含め、他の疾病の可能性がすべて否定された場合、慢性疲労症候群(筋痛性脳脊髄炎)と診断される可能性がある。
進学面の対応.
進学面での対応としては、とくに小・中学校において、不登校となった生徒を、出席日数と関係なく、学校側が進級および卒業させることが一般化している。
ただし、学校側の対応によっては、不登校により、進級または卒業が認められない事例も、ごく稀ではあるが、起こり得る。この場合、転校するか、留年して通学するか、中学校卒業程度認定試験(中卒認定)や夜間中学校などを経て、高校進学または就職することになる。また、現在では、高認(後述)に合格すれば、中学校を卒業していなくても大学受験は可能である。
不登校の生徒の高等学校進学では、中学校への出席日数の不足を理由に不合格とする高校は、公立、私立ともに(とくに公立高校では)、少なくなってきている。