妊娠中の接種の場合、胎児へのリスクとして催奇形性、胎児毒性や妊娠の継続に関する懸念をもつ妊婦も多いが、実際にはインフルエンザワクチン接種による胎児奇形の誘導は認められず、接種妊婦において奇形児が発生する確率は、自然発生率を超えないとされている。また、自然流産早産、胎盤発育異常が増加するという明確な証拠も存在しない。ただし、母体への危険性として、インフルエンザワクチンによる母体の副反応やアレルギーが挙げられるが、これらの発生頻度は妊娠の有無には関係ないとされている。ただし、経鼻スプレー型の生ワクチン（後述）の妊婦への接種は禁忌である。
安全性.
インフルエンザワクチン接種によって副反応（一般的な医薬品における副作用に相当）が発生する可能性があるが、通常は軽微なものがほとんどである。具体的な副反応としては、鼻水や喉の痛みなどの症状を引き起こす可能性があり、これらは数日間続くこともある。ただし、これらのワクチン接種による一般的な副反応や危険性は、毎年流行するインフルエンザあるいはそれによって引き起こされる可能性のある入院、死亡などの危険性と比較して、一時的かつ軽微なものに留まる。稀に、アレルギー反応を含む深刻な副作用を引き起こす可能性はあるものの、確率は非常に少ない。
卵アレルギーとの関連.
インフルエンザワクチンはニワトリの卵を使用して作られているため、接種者の卵アレルギーの有無も注意しなくてはならない。複数の専門家グループは、卵アレルギーとインフルエンザワクチンの研究に基づいて、軽度のアレルギーの人にはワクチンを推奨し、重症の人にはワクチン接種を慎重に行うべき、としている。
神経系疾患との関連.
ギラン・バレー症候群.
ナルコレプシー.
添加物の安全性.
投与方法.
注射型不活化ワクチン.
不活化ワクチンは、インフルエンザウイルスの病原体としての活性を失わせ、免疫をつくるのに必要な成分を取り出したものである。したがって、不活化インフルエンザワクチン接種によって、インフルエンザを発症することはない。
経鼻スプレー型生ワクチン.
アメリカ疾病予防管理センター (CDC) によると、以下の人々は弱毒生ワクチン（経鼻スプレー型）は避けるべきとされている。
製品.
主なインフルエンザワクチンの製品は以下の通りである。
接種の推奨.