胚盤胞補完法は大きな期待があるが、技術的な困難もある。注入された幹細胞が死滅する、分化しない、ドナー 幹細胞と宿主動物との分子機構の違いなどが原因で、別の種どうしのキメラ動物をつくるのは困難である。別の種の細胞どうしは、リガンドと受容体が異なり細胞が接着しなかったり、移植後の発生の速度が違ったりし、キメラ効率が低下すると考えられる。
胚盤胞補完法の成功のためには、目的の臓器に分化する能力をもつヒトの幹細胞の作製、さらに宿主動物とキメラを形成する能力の高いヒトの幹細胞の作製が重要になる。
このページで主に紹介しているゲノム編集されたブタからの臓器移植と、胚盤胞補完法は両方の技術を統合することができる。例えば、現在の技術で胚盤胞補完法でつくられた臓器の血管は宿主細胞から構成されており、臓器ニッチを利用してもその臓器の細胞がすべてドナー細胞由来であるとは限らない。そのため、ヒトへの移植を考えたときに、宿主となるブタに対するヒトの拒絶反応もおさえておいた方がよい可能性がある。
近い将来、末期の臓器不全の人のQOLを向上させるために、畜産動物を使用し患者自身の細胞から移植可能なヒト臓器を生成することができるようになっているかもしれない。
課題.
免疫学的な課題.
異種移植は、レシピエントの免疫応答から生じる多くの問題がある。この応答は一般に同種移植よりも極端であり、最終的には異種移植を拒絶する結果となり、場合によってはレシピエントが直ちに死亡する可能性がある。臓器の異種移植の拒絶反応にはいくつかのタイプがある。
拒絶反応の原因となる遺伝子を不活性化させる研究も行われている。
超急性拒絶.
この急速で激しい拒絶反応は、移植の後、数分から数時間以内に起こる。これは、レシピエントの血液にもともと含まれる抗体（XNA）が、ドナー臓器へ結合し、ヒト補体系の活性化を引き起こし、移植の内皮損傷、炎症、血栓症および壊死をもたらす。 
XNAの結合は、古典経路を介した補体系の活性化を開始する。補体系の活性化は、内皮細胞の破壊、炎症、凝固、フィブリン凝固、および出血を引き起こす。最終的に、異種移植片は、血栓症となり壊死する。
超急性拒絶の回避.
超急性拒絶は異種移植の課題であったが、ほぼ克服されたようである。
急性血管拒絶.
急性血管拒絶反応の回避.