ジェファーソンのインディアン絶滅政策の手始めは、ジョージア州でのチェロキー族国家をどう排除するかということで、これはもしジョージア州が西方に「発見」した「新しい土地」の公式な権利を手放すようなことになれば、米軍はジョージア州を全力で援助し、ジョージアからチェロキー族を強制的に追放するというものだった。当時チェロキー族は、アメリカ合衆国政府と彼らの領土権の保障条約を締結しており、ジェファーソンはジョージア州と結託してこれを犯したのである。
インディアンに対する同化政策.
ジェファーソンの予測では、狩猟採集生活を送るインディアン達を農耕民として白人と同化させれば、彼らは白人との交易に経済的に依存するようになり、広大な領土は必要なくなり、商品との交易あるいは未払いの負債を返すために土地を手放すようになるだろうというものだった。
強制移住とインディアン絶滅政策.
ジェファーソンはインディアンたちが同化政策に抵抗したならば、彼らをその領土から強制退去させ、白人のいない西部に強制定住させるべきだと考えていた。ジェファーソンを始め、白人たちはインディアンの部族国家での酋長を独任制の首長と誤解し、彼らと条約を結べば全部族民がこれに従うものと捉えて、和平委員会を酋長たちと面会させ、数々の条約に署名させた。この「署名」とは、文字を持たないインディアンに「×印」を書かせる、というものであった。
インディアンの社会は基本的に合議制であり、「部族長」や「首長」は存在しない。白人たちが「指導者」だと思っている酋長は、単に部族の中の「調停者」、「世話役」あるいは「奉仕者」に過ぎず、彼らに部族民を「率いる」ような権限はなかった。
だが白人たちは酋長たちの署名をすべての条約の承認と捉え、これに基づいて強制移住その他インディアン政策を推し進めた。部族の合議を経ていない力づくの「和平」は、部族を反発させるだけだった。「すべてのものを共有する」インディアン文化において、土地は誰のものでもなかった。「酋長が紙に×印を書いたから見たこともない遠くの土地へ引っ越せ」と強要されて、黙っているインディアン部族などなかった。白人の誤解は血みどろの「インディアン戦争」を生み、合衆国による民族浄化を激化させていった。