その後、持氏の遺児・足利成氏が鎌倉公方となるが、享徳の乱で室町幕府・上杉氏と再び対立。上杉氏援軍の今川範忠勢に鎌倉を占領されると、本拠を下総・古河城にあらため、鎌倉府は古河公方・成氏の古河府へ継承された。幕府は新たな鎌倉公方として足利政知（義教の子）を派遣したが、上杉氏との確執から伊豆の堀越御所に根拠を定め（堀越公方）、源頼朝の時代から東国政治の中心だった鎌倉には入れなかった。
鎌倉府の歴史.
前身・鎌倉将軍府.
後醍醐天皇は中央集権を志向していたため、このように強大な権限を持つ広域地方行政機関には消極的だった。しかし、関東で勢いを増す尊氏を牽制するために、北畠顕家に対し、義良親王を奉じて、広域地方行政機関・陸奥国府を奥羽（現在の東北地方）に設けることを認めると、尊氏はこれを逆手にとって、関東にも鎌倉将軍府の設置を認めさせたとされ、通説となっている。
新体制の模索と鎌倉府成立.
鎌倉と京都・二つの幕府構想.
足利直義は、関東武士の支持を背景に源頼朝以来の武士の都・鎌倉を推し、足利家の筆頭家臣だった高師直は、畿内とその周辺の武士の支持を背景に京都を推していた。足利氏の幕府は、京都・室町ではなく鎌倉だった可能性もあった。
室町幕府の設置後も、足利尊氏と直義の兄弟は互いに力を合わせて幕府の基礎固めを行う。二人は将軍権力を分担し、一方が京都にあるときは、もう一方は鎌倉にあって、それぞれ京都と鎌倉の首長として政治を行った。しかし、観応の擾乱で両者は対立し、薩埵山体制を経て、室町幕府・鎌倉府体制が確立。やがて尊氏の子・義詮の京都・将軍家、および、基氏の鎌倉公方家に継承されていく。　
鎌倉府には、直義による鎌倉「新幕府」構想の遺産という側面もある。
管轄国.
京都・室町幕府からの自立.
上杉禅秀の乱・崩壊の始まり.
京都扶持衆・幕府との対立激化.
上杉禅秀の乱で禅秀に与した関東武士は、鎌倉公方・足利持氏からの弾圧から逃れるために、幕府との結び付きを強め、京都扶持衆と呼ばれる集団を形成した。一旦確立した鎌倉府管轄国の内部に、幕府があからさまに干渉を始め、持氏は危機感を強める。持氏は鎌倉府管轄外だった越後、信濃、駿河に干渉して、逆に「鎌倉扶持衆（関東扶持衆）」と呼ぶべき集団を形成し、鎌倉府と幕府との対立が深まっていった。
永享の乱～享徳の乱・鎌倉府崩壊.
鎌倉府の構造.