霊場を描く限りにおいて、参詣曼荼羅の空間は個々の要素の単なる集積ではない。霊場を貫く参詣道は、参詣者の歩みとともに絵図を完結した宇宙に編成し構造化する機能を担っている。このとき、目を引くのが道者姿の二人連れである。この二人連れは、右下の関所から、那智の山内を巡りつつ左上の妙法山まで、参詣道の要所に描かれて標識の役割をになっている。妙法山への坂道を上っていたはずの二人連れの姿は、山頂の堂舎の前で消え、二人を先導していた山伏と荷物持ちだけが社殿の前で拝礼する姿が描かれている。黒田日出夫は、この二人連れは死者であり、死して山上他界＝浄土たる那智山にやって来た、もしくはそのどこかに埋葬されたとする読解を示した。しかし、西山克によれば、黒田のこうした読解は妙法山を山中他界とする伝承を参照したものではあるが、中世宗教画の意味論的統辞法を踏まえるならば、この絵図において最も有意な空間は斎庭であり、妙法山は点景のひとつに過ぎない。
浄土の図像.
この絵図における霊場の周囲は杉の樹林によって覆われているが、社寺参詣曼荼羅においてしばしば見出される、杉、桜、松、紅葉、照葉樹といった植物表現は、聖俗の空間を分節化する象徴的な記号である。そうした特別な意味を持つ植物のひとつである桜の描写は、作例によって本数こそ異なるものの、いずれの作例にも見られる。中世においては、他にも『天狗草紙』における一遍の踊り念仏の情景にも見られるように、浄土の表現として最も相応しいのは花が降る光景であった。那智参詣曼荼羅と対をなす熊野観心十界曼荼羅においても蓮花や桜の描写が見られる。こうした散り振る花の描写は、この曼荼羅が作製され受容された時代の人々にとって浄土を想起させる描写だったのであり、単なる修飾などではなく那智が浄土であることを示している。
聖地の再構成.