戦闘コマンドにおいて、FC版では一部のジョブには「にげる」、「ぼうぎょ」コマンドが無かったが、リメイク版では全てのジョブにおいて「にげる」、「ぼうぎょ」コマンドを実行することが可能になった。また、FC版と同じく今作も「にげる」実行ターンには被ダメージが増加する仕様となっているが、FC版に比べて増加するダメージ量は抑えられている。加えて「とんずら」実行ターンではそういったペナルティがなくなっている。
また、FC版とは異なり、武器・防具には「重量」が設定されており、攻撃回数や行動順などに影響を及ぼしている。
熟練度には、FC版で存在したジョブの熟練度のほかに「手熟練度」というものが追加された。
演出面.
ビジュアルワークス制作によるオープニングムービーが追加された。また、そのBGMとして「悠久の風」と「水の巫女エリア」をアレンジした「風の追憶 〜悠久の風伝説〜」が植松伸夫により新たに書き下ろされた。
ゲーム中の音楽は植松伸夫監修のもと、関戸剛と河盛慶次により全面的にアレンジされている。基本的にFC版の楽曲を尊重したオーケストラアレンジになっているが、「禁断の地エウレカ」など曲調がかなり異なる楽曲もある。
武器・防具・アイテム・魔法.
ジョブのバランス調整に伴い、武器防具の強さや付加効果などもそれに応じて変更されている。また、FC版にあった武器の中には名前が変更されているものや、その存在自体が削除されているものがある。他方、FC版にはなかった新たな武器防具が追加されている。
店で売っている武器・防具・魔法・アイテムおよび宝箱から入手できる武器・防具・アイテムの中には取得場所が変更されているものがある。また、敵がドロップする武器・防具・アイテムも部分的に変更されている。
魔法の効果が変更されているものがいくつかある。
FC版とのゲームバランスの相違について.
ジョブバランスの変更、敵の最大出現数の制約に伴う主人公および敵キャラクターの能力の変更並びに新たな武器防具の追加およびFC版に既存の武器防具の能力変更などにより、リメイク版のゲームバランスはFC版のそれとは乖離している。ここではそれ以外のFC版との特徴的なゲームバランスの差異を記述する。
ジョブ.
ジョブの外国語表記に関する情報は以下の脚注を参照。
ストーリー.