医学上の通説では、自閉症は先天性の脳機能障害によるものであり、外的要因により後天的に起こる自閉症は存在しないとされている。もし後天的なものだとすると、自閉症の子を持つ親は、自責の念に駆られたり、周囲から「親が原因だ」などと言われて責められたりするなど、非常に辛い思いをすることとなる。
この日記は、内容を問題であると受け止めた複数の個人ブログやウェブサイトなどで取り上げられ、インターネット上のコミュニティを中心に知られることとなり、森は日本自閉症協会から抗議を受けた。
自閉症協会の抗議文に対して、森本人は「ゲームで自閉症になるとは言っていない」と否定したため、協会はのちに抗議を撤回し、ウェブサイトに謝罪文を掲載している。個別の問い合わせに対しては、「ゲームで自閉症になるとは言っていないが、川崎医科大学（岡山県）小児科教授である片岡直樹がテレビにより自閉症類似の症状となるという研究を行っているのを紹介したことがある。自閉症の話を扱う際は、慎重に発言している」と返答していた。
「テトリス」の開発目的に関する発言.
しかしこのような事実は存在せず、発言の意図や根拠も明らかにされていない。
なお、湾岸戦争へ赴いた米兵がテトリス（任天堂が発売のゲームボーイ版）で遊んでいたのは事実であるが、あくまでも戦場における娯楽として楽しむためであり、軍事とは一切関係なかった。それどころか冷戦時代には「テトリスは西側諸国の生産性を下げるためのソ連の罠」というジョークもあった。
「脳トレ」のゲームに対しての発言.
なお、『脳を鍛える大人のDSトレーニング』は加齢による脳の老化を改善する目的として、タイトルの通り「大人」向けに開発されており、ソフトの仕様上「小中学生」は対象としていない。
JR福知山線脱線事故に対する発言.
最終的に多くの犠牲者を出すこととなった凄惨な事件に対して、森は事故に関する情報がほとんど明らかになっていない段階で自説を展開したが、この事故とゲーム脳の関連についてメディアで報じられたのは、夕刊フジのこの記事のみであり、以降この事故に関する森の見解、およびゲーム脳との関連は、メディアでは取り扱われていない。
自身への批判に対する反論・姿勢.
メディアやインターネットでの批判に対する反論.
森自身やゲーム脳の仮説への批判に対して、森は以下のように反論している。