ここで、『堂洞軍記』によれば、斎藤軍より直井太郎左衛門が一騎討ちを呼びかけると、森軍の真屋新助がそれに応え、戦いの末直井が真屋の首を取ったという。こうして前半に森軍が勝っていた合戦は、後半になって斎藤軍が盛り返し、引き分けとなって森軍は落合藤衛門を殿軍として引き上げたとされる。
一方、斎藤軍が兵を分散した作戦は全くの失敗で、森軍に中央突破されたため惨敗して全軍は散乱。三徳櫓の攻略は本城陥落に値するもので、森軍は兵のいない空虚な本城を攻撃する必要はなく、勝鬨を挙げて凱旋したという見方もある。
他の軍記物では、斎藤軍が盛返し、森軍が本陣の堂洞城跡へ引返し、軍を集めている所へ、斎藤軍諸将が三方より攻上げ、森軍は南の谷へ崩れ落ち、戦うこと三度、森軍は多く討たれ金山へ軍を引き、斎藤軍（加治田衆）勝軍との記録がある。
合戦後.
加治田衆の多くは森家に任官し、加治田城は森氏の領地となった後に領土の維持・領内に多すぎる城の保全の煩雑さを考え廃城された。
森家に任官した加治田の武将軍団を森家では加治田衆として重要視された。その中心となった人物が井戸宇右衛門である（先の堂洞合戦で最後に討死にした岸信貞の嫡男である岸新右衛門も森可成の頃より加治田衆の一人として仕えた）。
美濃佐藤氏の一族である佐藤堅忠は兼山村一柳に寓居していたが、森忠政により徳川家康に推挙され、奉行職を歴任する。
斎藤利堯の家臣・長沼三徳と西村治郎兵衛は、隠棲しながら斎藤利治の遺児、斎藤義興、斎藤市郎左衛門の二人の男子を加治田城衣丸にて養育し、後に岐阜城主となった織田秀信に仕えた。また湯浅新六は隠棲し、後に「永禄美濃軍記」を記した。親族の斎藤元忠、斎藤徳元親子も織田秀信に仕え、織田家が没落すると徳元は江戸で和歌の教授者となった。
肥田忠政の子・肥田忠親は祖父の金森長近を頼り、その後、徳川家康より尾張藩徳川義直の家老を命じられ、以後、代々孫左衛門を名乗り尾張徳川家の家老職を輩出した。
肥田忠政の家臣・伊藤忠助・多田角右衛門は森家に仕え、小牧・長久手の戦いで長可と共に討死した（米田之庄肥田軍記）。
この戦いに参陣した大島光義は丹羽氏へ任官した後、豊臣氏、徳川氏等に任官し、その後加治田領を含む関藩の藩主となった。加治田勢で戦った次男の大島光政は、徳川幕府旗本寄合席となり、川辺大島氏と加治田大島氏の血筋を遺すことになる。