同年、朝廷の神道家の内部で神学論争が勃発し、神道家は分裂の危機に陥る。きっかけは、大教院の解散を受けて神道事務局が設置されたことにある。事務局の神殿に祀る神について、当初は造化三神（天之御中主神、高御産巣日神、神産巣日神）と天照大神の四柱を祀る予定であった。これに対して一部の神官が、大国主大神を加えた五柱にすべきと意見した。前者は伊勢神宮大宮司の田中頼庸ら「伊勢派」、後者は千家尊福ら「出雲派」が中心となって激しい論戦となる。最終的に政府首脳が調停を行い、明治天皇の勅裁で伊勢派が勝利したが、出雲派はこれをきっかけに分裂、教派神道の一つである出雲大社教として独立するに至った。
真宗側はこの内紛をとらえて、渥美契縁、赤松連城等々の理論家が、朝廷の中で神道をつかさどる神官による論争、宗教活動に制約を加えるべきであると主張した。すなわち、先の黙雷の理論である、朝廷内の神道と在野神道を区別する考えでゆくと、今回の神官の論争は、前近代の在野の神道家たちの言論活動、一私論の間の対立である。対して、朝廷内の神道は、唯一無二の「朝廷による統治者の教え（治教）」を奉じ、それに基づいて宮中祭祀、あるいは官国幣社における祭祀を淡々と行うべきであり、朝廷内の神官による論争や分裂は論外である、と批判した。そして、これら神官による、講義、多宗教批判、葬儀の執行を禁じるべきだ、とした。
神道行政の推移.
以降は、神社局の施策が焦点となるが、その施策は神道人が期待した、神道精神の高揚ではなく、従来の社寺局の時代と同じく、神道の言論活動を抑止するのにとどまった。
神社局の中にも、吉田茂、池田清両局長など、在野の神道家からの批判に理解共感するものもあったが、一局長の立場では、政府の方針を転換を行うには非力であった。
一方、この時期の神社行政の功績としては、神宮祭祀令、官国弊社以下神社祭祀令などが制定され、神社の祭式統一や人事の管理など、神道運営の近代化が行われ、境内の清浄化がすすめられたのは事実である。が、府県社以下の地方の神社は、明治初期の上知令により境内地が国庫に収奪されたことから経済的な基盤を失っており、特に田舎の神社は持続不可能に陥った。政府も神社合祀令で合祀（合併）を後押ししたことにより、近畿南部を中心に神社の数が激減、地域の神道文化の破壊につながった。
第二次世界大戦と神社非宗教論の終焉.