鶴見俊輔がハーバード大学で学んできたアメリカン・プラグマティズムを起点とする研究会であり、プラグマティズムの多元主義（多元論）が大切にされた。特に大学内の研究者と在野の研究者との交流を意識した「民間アカデミズム」的な研究会であるという点（今でこそ世間で当たり前になっているが）、哲学者だけでなく、ふつうの職業人や生活者が有する哲学や思想を掘り起こしていこうとした点で、先駆的な研究会であった。また多元主義であるため、いわゆる市民派と呼ばれる進歩的知識人や「声なき声の会」、「ベ平連」（ベトナムに平和を!市民連合）との人脈的な接点も多い。
雑誌『思想の科学』は思想の科学研究会の機関誌ではあるが、実際には会員の投稿論文を中心に誌面が構成されるというよりは、会員の代表が編集委員を務め、外部のライターに寄稿を頼む記事が多かった。また鶴見俊輔が面白いと思った人物に『思想の科学』への執筆を依頼し、執筆を引き受けてくれたら研究会への入会も勧めるという方向で、初期の会員は増やしていった。以上の理由から『思想の科学』は思想の科学研究会の機関誌でありつつ商業的な広がりをもちえた。そのような商業性が雑誌『思想の科学』が思想の科学研究会の機関誌でありつつ、戦後思想に一定の影響力をもった理由である。つまり雑誌『思想の科学』は思想の科学社等その折々の版元の雑誌でありつつ、思想の科学研究会の機関誌であるという二重の性格を実際には負っていた。
以上のべたように、雑誌は研究会の機関誌であるが相対的自律性があった。そのことが一部の会員たちの不満の種でもあったことが、『思想の科学研究会 会報』の古い号を読むと、分かる。研究会はプラグマティズムに由来する多元主義を目指しつつ、雑誌は新左翼系の記事に偏している、等々。しかしまた、雑誌『思想の科学』、版元の思想の科学社、思想の科学研究会相互の路線のズレとか緊張関係が、研究会の活力ともなっていた。
このように『世界文化』、京大人文研という京都の人脈がこの研究会の大きな流れとしてあり、鶴見俊輔自身、京大人文研助教授や同志社大学教授を務めたこともある。その一方で研究会の本部も思想の科学社も都内にあり、東京と京都に拠点をもちつつ、読者の会や地方集会等を通じて、地域の多元性も掘り起こしていくというのが、この研究会の特色であった。
歴代会長.