人口過多が原因でサンゴ礁が世界中で死滅している特に、サンゴ採掘、汚染、乱獲、ダイナマイト漁、運河の掘削、島や湾への往来、などがサンゴの生態系に対する深刻な脅威となっている。 サンゴ礁はまた、汚染、病気、破壊的な漁業活動、海洋温暖化に起因する大きな危険に直面している。これら問題点の解決策を見つけるため、研究者はサンゴ礁に影響を与える様々な要因を研究している。要因を列記すると、二酸化炭素吸収源としての海洋の役割、大気の変化、紫外線、海洋酸性化、生物学的ウイルス、遠く離れたサンゴに化学物質を運ぶ砂嵐の影響、汚染物質、藻類ブルームなどがある。サンゴ礁は沿岸地域の向こう側まで脅かされている。
廃水による汚染.
家庭、産業、農業の廃水は、水界生態系に放出される前に処理のため廃水処理施設に向かう。これら処理プラントの廃水は、周囲の生態系に影響を及ぼしかねない様々な化学的・生物学的汚染物質の混合物を含んでいる。 例えば、栄養分豊富な水は汚染物質に耐性のあるユスリカ科の大群を発生させ、これが続いて食虫のココウモリをおびき寄せる。これら昆虫は外骨格に毒素を蓄積しており、それを食虫性の鳥やコウモリに渡す。結果として、これら動物の組織や臓器に金属が蓄積することになり、DNA損傷や組織病理学的病変を生じさせる場合がある。 さらに、この脂肪が豊富な獲物の偏食は、エネルギー貯蔵とホルモン産生に変化を引き起こす可能性があり、休眠、生殖、代謝、そして存命に重大な影響を及ぼす場合もある。
廃水中の細菌、ウイルス、真菌といった生物学的汚染物質も周囲の生態系を変容させうる。この廃水から生じる虫が病原菌を近くの水源に拡散させる場合がある。 人間から噴出する病原菌は、この廃水から処理プラントで採餌する生物へと伝染する可能性があり、これが細菌・ウイルスによる感染症や微生物叢による腸内毒素症をもたらす場合がある。
気候変動の影響.
酸沈着.
エネルギーのため人類に燃やされた化石は一般的に酸性雨の形で戻ってくる。酸性雨は硫黄酸化物や窒素酸化物を多く含んだ降雨で、霧や雪といった形で発生することもある。酸性雨は、小川、湖、湿地ほかの水生環境に様々な生態学の影響を与える。それは森林を傷つけ、土壌の必須栄養素を奪ってアルミニウムを土壌に放出し、樹木にとっては水の吸い上げが非常に困難になる。