また、上掲の構成資産候補は古墳、石造物、考古遺跡（埋蔵文化財）、建造物（寺院）、景観（山）に大別されるが、世界遺産では同一国内や近隣国の先行登録類似物件との違いを立証しなければならず、古墳や建造物に関しては同時代のものが内外で既に登録されており（「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群の新原・奴山古墳群や韓国の慶州歴史地域・百済歴史地域など）、遺跡に関しては大半が保護のため埋め戻されており土中にあって視覚的に確認できないことも指摘されている。
観光対策.
世界遺産登録に伴い大挙押し寄せる観光客による観光公害（環境負荷）が世界遺産に与える影響を鑑み、ユネスコは推薦段階から具体的な対策案を示すことを求めるようになった。飛鳥に関しては世界遺産登録を目指す以前から観光地として人気があったこともあり観光コントロールには慣れており、レンタサイクルによるエコツーリズムも定着しているが、「明日香まるごと博物館地域計画」を策定して世界遺産登録後の来訪者急増を想定して備えている。
また、障害者・高齢者の権利を擁護するユネスコは、世界遺産観光に際してのアクセシビリティを注視している。明日香村では「明日香村における歴史的風土の保存及び生活環境の整備等を今後一層進めるための方策はいかにあるべきか。」と題したアクションプランを策定し、史跡に影響を与えない範囲でのバリアフリー化などを推進している。
明日香村は文化観光拠点施設を中核とした地域における文化観光の推進に関する法律の地域計画に認定されており、外国人観光旅客の来訪の促進等による国際観光の振興に関する法律に基づく構造改革特別区域での「認定通訳ガイド特区」（地域限定特例通訳案内士）でもある。
持続可能性.
気候変動対策.
価値の再編.
飛鳥・藤原は時代区分として、既に世界遺産となっている百舌鳥・古市古墳群から続くもので、同時代の法隆寺（法隆寺地域の仏教建造物）を経て、平城京（古都奈良の文化財）へとバトンタッチする中間点であることから、他の遺産と連携し時間軸を巡る歴史回廊的な見せ方を模索する。特に百舌鳥・古市古墳群の大半が立ち入り禁止であるのに対し、飛鳥の古墳は近付けて内部が見られるものもあることで差別化を図る。