背景.
真衡の養子成衡の婚姻と清原氏の内部分裂.
武貞の死後、清原氏の惣領の地位を嗣いだ真衡であったが、真衡には嫡男が生まれなかったので、真衡は海道小太郎なる人物を養子に迎えた。これが成衡である。これで清原氏は桓武平氏との縁戚関係が出来たことになる。
成衡の婚礼の際、陸奥の真衡の館に出羽から真衡の叔父に当たる吉彦秀武が祝いに訪れた。秀武は朱塗りの盆に砂金を盛って頭上に捧げ、真衡の前にやってきたが、真衡は碁に夢中になっており、秀武を無視し続けた。面目を潰された秀武は大いに怒り、砂金を庭にぶちまけて出羽に帰ってしまった。
源義家の介入と真衡の急死.
真衡は秀武の行為を聞いて直ちに秀武討伐の軍を起こした。一方の秀武は、同じく真衡と不仲であった家衡と清衡に密使を送って蜂起を促した。2人は秀武に呼応して兵を進め、白鳥村を焼き払った後に真衡の館に迫った。これを知った真衡が軍を返して家衡と清衡を討とうとした為、2人は決戦を避けて本拠地へ後退した。
清衡と家衡の抗争.
戦後処理.
結果として義家は、主に関東から出征してきた将士に私財から恩賞を出したが、このことが却って関東における源氏の名声を高め、後に玄孫の源頼朝による鎌倉幕府創建の礎となったともいわれている。
戦役後、清衡は清原氏の旧領すべてを手に入れることとなった。清衡は、実父である藤原経清の姓藤原に復し（奥州藤原氏）、清原氏の歴史は幕を閉じた。
逸話.
雁行の乱れ.
源氏軍が家衡・武衡軍の籠もる金沢柵へ行軍中、西沼（横手市金沢中野）の付近を通りかかった。義家が馬を止め上空を見ると、通常は整然と列をなして飛ぶ雁が乱れ飛んでいた。それを見た義家はかつて大江匡房から教わった孫子の兵法を思い出し、清原軍の伏兵ありと察知し、これを殲滅した。義家は「江師（ごうのそつ）の一言なからましかばあぶなからまし」と語ったという。
義家が馬を止めた丘は後に「立馬郊（りつばこう）」と呼ばれた。立馬郊は近代に入って大正天皇即位記念園として整備されている。また、現在西沼には後三年の役をテーマにした公園「平安の風わたる公園」がある。『後三年合戦絵詞』（東京国立博物館所蔵。戎谷南山模写は金澤八幡宮所蔵）でもこの雁行の乱れのシーンが一番有名である。これに因み、西沼の横手市側の対岸にある美郷町飯詰付近では雁の里と名乗っている。
鎌倉権五郎景政の奮戦.