京都府福知山市に建設されたバイオマス発電所では、近隣住民が民事、公害審査会の調停を申し入れるまでに事態が発展し、最終的に発電所が廃止される運びとなった。この発電所はパーム油を国外から輸入し燃焼させていたが、稼働音や悪臭により激しい反対運動が起きており、共産党系の市議も状況を確認するなど大きな問題に発展していた。住民からは騒音で眠れず、悪臭で嘔吐したなどの報告が寄せられていた。住民は健康被害に対する損害賠償請求訴訟を視野に入れている。
同様に舞鶴のパーム油バイオマス発電所も停止に追い込まれている。
また、静岡県にあるバイオマス発電所では、燃料のバイオガスが漏れて異臭騒ぎが起こっている。
福岡県田川市での木質バイオマス発電計画では、工業地帯でもなく林業が盛んな地域でもないことや、使用する木材の放射性物質汚染の懸念があることなどから住民の理解を得ることができず最終的に計画は中止された。
こうした事例を受け、バイオマス発電所が建設される自治体では、事業者側と公害防止の協定を結ぶなどの動きがある。。
また、国はバイオマス発電事業のためのガイドラインを公開した。
爆発事故.
山形ではバイオマス発電所で爆発事故も起き、爆発の衝撃で金属製タンクのフタが吹き飛び、近隣の民家に直撃し住民が負傷した。現場近くの人によると衝撃で地震のような揺れを感じたという。その後プラントは停止され、プラントメーカーは倒産している。
燃料の品質不良.
木質バイオマス発電所で用いられる燃料である木質ペレットについて、認証制度が不十分であり品質管理が困難であることが指摘されている。特に輸入木質ペレットで廃棄物や金属などの不純物が混入している粗悪なペレットが横行し、それを使用する大規模バイオマス発電所では火災などのトラブルが相次いでいる。
建設の強行.