生産と消費は一対の取引として行われるものであるが、これらが国境をまたがる場合には、どの時点で課税するかによって、制度の趣旨が変化することになる。日本の現行制度は、生産時点で一旦課税したものを消費地課税主義に基づいて調整するものであるが、その過程で輸出企業に対して還付が行われることから、消費地課税主義に対して批判がなされることがある。なお、生産地課税に基づき輸出取引に課税した場合（輸出取引について仕入税額控除を認めない場合を含む）、輸入消費税はその課税根拠を失うことになる。
制度上の諸議論.
この項では、課税技術上の諸議論について述べる。
益税問題.
消費税は間接税であるため、実際の取引と納税処理との間に差異があると、制度の趣旨に反する形で事業者が利益を得ることがある。このことは益税問題と呼ばれる。
経済学者の八田達夫は「日本の消費税は自営業者に『追い銭』を与えており、消費税が上げるほどクロヨン問題は悪化する。クロヨン問題の解決には徴税体制の整備が不可欠である」と指摘している。
免税点制度.
簡易課税制度.
ドイツ等においても簡易課税制度は存在し、みなし仕入率は損税が発生するように設定されている。簡易課税制度においては、帳簿等の保存が軽減されており、この浮いた経費と損税が相殺されるように調整されている。
無形資産の輸入・国外からの役務提供.
情報産業の発達に伴いこの種の取引が急速に拡大しているため、国内の事業者から不公平であるとの批判が強い。
非課税.
先述の通り、一定の取引については消費税を課さないこととされており、また仕入税額のうち非課税売上に対応する部分については控除対象とならない。このことについて、事業者が消費者の負担を肩代わりする「損税問題」が発生していると主張されることがある。しかし、同種の取引について同種の課税がなされている以上、市場はそれを前提に構成されており、仕入税額は本体価格として消費者に転嫁されていると言える。従って、経済的実態は課税取引の場合とほとんど変わらない。
ただし、後述の社会保険との関連については留意する必要がある。
輸出免税.
消費地課税主義を認めない立場からは、還付という現象を捉えて益税問題であると主張されることがある（消費地課税主義を参照）。
社会保険との関連.