陸軍の特攻編成については「軍政の不振を兵の生命で補う部隊を上奏し正規部隊として天皇（大元帥）、中央の名でやるのはふさわしくない。現場指揮官の臨機に定めた部隊とし、要員、機材の増加配属だけを陸軍大臣の部署で行うべきである」という陸軍省の意見によって、本来、航空本部長の菅原の名前で編成命令がなされるが、従来通りの手続きでは天皇を介する必要があり天皇からの命令となってしまうため、菅原が編成担当者に任務のみを命令し、編成担当者が現場の裁量として特攻隊の編制を行うこととした。
終戦.
菅原の次男・深堀道義はこの父の決断について「最上策は父も自決すべきだった」としながらも、「終戦処理をせずに自決するのは責任の放棄に外ならない」「特攻隊指揮官であった菅原が、終戦処理を終えた後、遺族を訪ね、特攻隊員の慰霊顕彰を行うために生を選択したのは、実は死よりつらいことだったのではないか」「終戦の決定がなされたのちに部下を連れて特攻出撃した宇垣は下策であって、菅原が特攻出撃すると申し出た参謀の鈴木や振武隊員を諭して無駄な死を防いだのは正解であった」と述べている。事実、菅原は、世間言われているように単なる振武隊の高級指揮官という位置付けだけではなく、九州各地に点在する本土決戦を控えていた待機特攻隊・飛行戦隊や飛行場大隊・整備・通信(有線・無線)・防空(高射機関銃隊等)の他、航空軍司令部要員等、軍司令官として多数の部下を抱えており、軍司令官自決が多数の部下を巻き込んだ混乱を来す可能性があったことは想像容易である。
戦後.