（序幕第二場　桜谷草庵の場）出家の準備のため草庵にいる桜姫のもとに釣鐘権助が艶書をもって出家をとどまらせに来る。権助は落とし噺を演じて姫や腰元たちを笑わせるうち、二の腕の釣鐘の刺青を見せてしまう。姫はとたんに態度を変え、腰元たちをさがらせて、権助に告白する。実は一年前屋敷に忍びこんで自分を強姦した男こそが権助なのであった。証拠が二の腕の釣鐘の刺青。姫はその時の快感が忘れられず、自身も二の腕に同じ刺青を彫っていた。「折助とお姫さま、とんだ夫婦だ。」と権助は姫に迫り二人はしっかと抱擁し愛を確かめ合う。だが、役僧の残月に見とがめられ権助は逃走。悪五郎もかけつけ大騒ぎとなる。そして姫のもっていた件の香箱から相手は清玄と決めつけられるが、なぜか清玄は一切せず従容と女犯のを認める。
（二幕目第一場　稲瀬川の場）処罰され追放された桜姫と清玄が互いのを悲しんでいる。権助との間にできた不義の子を抱き桜姫は今後の不安を述べる。清玄は因果の恐ろしさに心から姫の力になることを誓い、夫婦になろうと迫る。当惑する姫。そこへ悪五郎が出て自分の館に拉致せんとし、吉田家の忠臣粟津七郎と桜姫の弟松若が悪五郎一味と争ううち、悪五郎が天下の悪党忍の惣太と関係していることを知り、証拠の密書をめぐって争う。混乱の中桜姫は逃げ去る。
（二幕目第二場　三囲土手の場）それから数日が立った。なおも桜姫への思いが断ちがたい清玄は、雨のそぼ降るなか赤子を抱いて姫を探し求め、三囲神社の鳥居前まで来る。そこへ零落した桜姫も破れ傘をさしてさまよい出る。だが暗闇で互いに確認できない。清玄が焚いた火でようように二人は近づくが雨で火は消え、二人は相手を確かめられぬまま別れてしまう。
（三幕目　岩淵庵室の場）桜姫に恋焦がれるあまり清玄は病に倒れ、これまた女犯の罪で寺を追い出された残月と姫の腰元長浦が同棲する汚らしい庵室に体を横たえている。そこへ近在の鳶の頭有明の仙太郎の女房、葛飾のお十が死んだ子の回向に来る。鼻の下をのばす残月に嫉妬する長浦。二人が争う物音に桜姫の子が泣き、皆赤子の養育に頭を抱える。だがお十は侠気を見せて赤子を引き取り家に帰る。これであとくされがなくなったと残月と長浦は青トカゲの毒薬を清玄に無理やり飲ませようと殴り殺す。二人は墓掘りとなっていた権助を呼び墓を掘らせる。