そんな中、エセックス伯はアイルランド総督として、アイルランド九年戦争に加わる。しかし、ロバート・セシルの企みにより、エセックス伯は失脚、サウサンプトン伯ともども謀反の罪に問われてしまう。この事態にエドワードは、自分の書いた演劇で民衆を煽動してエセックス伯の味方に付けることを考える。ところが、ウィリアムから劇作家としての仕事を邪魔されたベンが、エドワードの演劇にロバートを揶揄した人物が登場することを当局に密告したために、エドワードの計画は完全に失敗してしまう。エドワードはエリザベスに直談判する予定だったが、エセックス伯が謀反を起こしたとされたために謁見は中止させられる。落胆するエドワードの前にロバートが現れる。そこでロバートが告げたのは衝撃の事実であった。ロバートの父ウィリアム・セシルがエドワードの後見人となり、娘アン（ロバートの姉）を嫁がせたのは、エドワードが当時はまだ世間から注目されていなかった若きエリザベスの初めて生んだ隠し子で、自分の孫を王位に就けたかったからだったのである。しかし、エリザベスとエドワードが互いに実の母子とは知らずに愛し合うようになってしまったことから計画は狂い、さらに政治から距離を置いて家計も家庭も一切顧みずに演劇や詩に傾倒するエドワードに対し、ウィリアム・セシルは恨みを抱いていたのだった。激しいショックを受けるエドワードを、ロバートは厳しく罵る。
謀反を起こしたとしてエセックス伯と共にサウサンプトン伯も死刑を宣告され、まずエセックス伯が処刑される。息子サウサンプトン伯を救いたいエドワードはエリザベスに謁見する。かつてウィリアム・セシルの企みにより、誤解の中で引き離された2人にとって久々の再会である。実はエリザベスも既に、サウサンプトン伯がエドワードとの間に生んだ実の息子であることを知っていた。サウサンプトン伯に出生の秘密を知られないようにすることを条件に、サウサンプトン伯の処刑は中止される。それからしばらくしてエリザベスは亡くなり、エドワードも後を追うように亡くなる。死の直前にエドワードはいくつかの遺作をベンに預ける。