波動砲は波動エンジンのエネルギーをそのまま利用するので、波動エンジンを駆動していないと使えない。また、エネルギー充填に時間がかかり、充填中は他の兵装も使えなくなり無防備になってしまうという欠点がある。波動砲発射後は波動エンジンの出力がゼロになってしまうため、波動エンジン再始動のためのエネルギーを蓄えておく必要もある。そのため、波動砲発射時には戦闘に不要とされる艦内照明や自動通路等は、全て停止させている。（復活編にて解決）
波動砲以外の兵装は補助エンジン稼働のみで使用できるので、波動エンジンが使用できない状況でも戦闘可能である。
艦載設備.
艦尾艦底部にエレベーターを使用し立体的に格納することのできる格納庫がある。
他に惑星探査用の中型機コスモハウンド、内火艇を兼ねた救命艇、上陸用舟艇、中型雷撃艇、修理艇、大気圏内外両用運搬船、各種探索艇、円盤型救命機（イスカンダルでのダイヤモンド大陸水没時に出動）など多数の機体を搭載する。さらにはバルーンダミーのような特殊な装備品をも常備している。
居住性能.
艦長は艦橋頂上部の専用個室、各班の班長クラスの乗組員には専用個室が与えられている。一般の乗組員は寝棚形式の共同の相部屋である。直掩艦載機隊（ブラックタイガー隊）の戦闘員専用の居住ブロックは格納庫に隣接しており、緊急事態にも迅速に対応できるようになっている。
艦内通路はゆるいカーブを描いており、床はオートウォークとなっている。
生産設備.
自前の艦内工場を備え、艦体維持管理部品や艦載機を含めたミサイルなどの消耗系の兵器弾薬の生産能力を持つ。
乗組員.
『復活篇』では、搭乗人員の人数は不明であるが、艦医の佐々木美晴、折原真帆以下の電算室スタッフといった女性乗組員が多数搭乗している。
艦内組織.
各部責任者.
これらの基本設定が確定したのは『さらば』以降である。
諸元.
本艦のサイズデータについて.
大和とヤマトを同じ大きさの絵で並べてみると、艦橋は大和よりも後方に位置しており、艦橋の位置が変わっていないとすると、前部分が延びていることになる。
沈没状況は位置以外はこの潜水調査までほぼ不明の状態だった。
リメイクアニメ.