中世以降、弁才天は宇賀神（出自不明の蛇神）と習合して、頭上に翁面蛇体の宇賀神をいただく姿の、宇賀弁才天（宇賀神将・宇賀神王とも言われる）が広く信仰されるようになる。弁才天の化身は蛇や龍とされるが、その所説はインド・中国の経典には見られず、それが説かれているのは、日本で撰述された宇賀弁才天の偽経においてである。
弁才天には「十五童子」が眷属として従うが、これも宇賀弁才天の偽経に依るもので、「一日より十五日に至り、日々宇賀神に給使して衆生に福智を与える」と説かれ、平安風童子の角髪（みずら）に結った姿をとる。十六童子とされる場合もある。
信仰.
また、元来インドの河神であることから、平安初期から末期にかけて仏僧が日本各地で活躍した水に関する事蹟（井戸、溜池、河川の治水など）に、また日本各地の水神や、記紀神話の代表的な海上神の市杵嶋姫命（宗像三女神）と神仏習合して、泉、島、港湾の入り口などに、弁天社や弁天堂として数多く祀られた。弁天島や弁天池など地名として残っていることもある。いずれも海や湖や川などの水に関係している。
弁才天は財宝神としての性格が強調されるようになると、「才」の音が「財」に通じることから「弁財天」と書かれることも多くなった。鎌倉市の銭洗弁財天宇賀福神社はその典型的な例で、同神社境内奥の洞窟内の湧き水で持参した銭を洗うと、数倍になって返ってくるという信仰がある。
日本各地で代表的な弁天と標榜するものは多い。
武蔵野三大湧水と呼ばれる石神井川水源の三宝寺池、善福寺川水源の善福寺池、神田川水源の井の頭池には、いずれも弁天社（厳島神社）、善福寺弁財天、井の頭弁財天が置かれている。
兵庫県六甲山山頂にある大きな磐座をご神体とする六甲比命神社は弁財天を祀る、とされる。六甲山麓・周辺には弁財天を鎮守神とする寺院が多いが、神呪寺の南の目神山の、役行者と弁財天が邂逅したという伝承のある場所の磐座には役行者の像が鎮座する。役行者はその後、天武天皇と共に、天河で伊勢神宮内宮荒祭宮の祭神を弁財天として祀る天河大弁財天社を創建した。
神仏分離.