韓国で初めて慰安婦であったことを名乗り出た金学順をはじめ、元慰安婦の証言の中に矛盾があるとして、その証言の信憑性を疑問視する指摘がこれまである。慰安婦問題について日本政府を糾弾し続けてきた千田夏光も金学順の証言について、親族が業者に売却したということからすると、日本軍による強制連行であったかどうかは不明確と述べている。
秦郁彦は慰安婦たちの身の上話（証言）について「検証ぬきで採用するわけにいかない」としている。秦はさらに「だまして連行した朝鮮人周旋人や数年間起居を共にした慰安所の経営者についてもフルネームを陳述したケースがまったくないのは不自然きわまる」と指摘している。
ほかにフェミニズム研究者の上野千鶴子は「＜善意＞のインタビュアーたちは、自分が聞きたい物語を聞き出すように、語りの図式を変形するという権力を、その聞き取りの現場において行使している」として聞き取り調査のあり方を批判している。
小室直樹は、慰安婦問題の核心は挙証責任（証明責任）にあると指摘している。刑事裁判および民事裁判において証明責任は原告（検察）側にあり、検事は合法的に被告が有罪であることを完全に証明しなくてはならない。証明責任のない被告はアリバイを証明する必要もないと指摘したうえで、慰安婦問題について被告は日本政府であり、原告を日本や韓国の運動団体とすれば、証明責任は運動側にあると主張した。また無罪推定の原則によって、合理的な疑いを入れないまでに立証されない場合は被告人は無罪となる（「証明責任」参照）。さらに小室は国際法上、国家が「謝罪」するということは国家責任を負うことを意味し、賠償に応ずることを意味すると指摘し、首相や外相が「可哀想なひとたちだから」という理由だけでひとたび謝罪すれば挙証責任を日本が負わされることになるとして「謝罪外交」を強く批判している。