内部補助のために事業者が利益の上がる市場で本来の価格より高い価格をつけると、需要と供給の関係から本来の価格であればその製品やサービスを購入できたはずの一部の消費者が排除されることになる。一方で内部補助を受けた事業分野では、本来の価格であれば購入できなかったはずの消費者へ製品やサービスを供給することになる。これは資源配分の歪みをもたらし、経済的な効率の低下を招く。また、内部補助が行われることによって、内部補助なしでも実現できる経済的に効率的な代替サービスの提供が阻害されてしまう面もある。
さらに内部補助が常態化すると、当該事業体の競争力の低下を招くことになるとともに、内部補助を受ける人と受けられない人の間の不公平も招く。さらに、たまたま強い競争力を持っている事業者の事業であるために内部補助を受けられて存続する事業がある一方で、内部補助の財源となる事業がなかったり十分な競争力を有しなかったりという理由で廃止に追い込まれる事業があることは、社会的不公正というべき問題である。
内部補助は、租税による所得再分配と同様の効果を持つ。独占的に提供される財を購入することで、消費者は補助をしたりされたりする。これは独占を実現するための規制が課税と同じ効果を持つことを意味している。経済理論の上では、このような特定の財を用いた再分配よりも、租税を用いて直接富を移転する方が効率が良いとされている。しかし規制による課税効果は一般に知覚されづらいという特徴があり、政治的には受け入れやすいものである。一方で、公的助成や公的補填の場合と違って、内部補助に頼った再分配には資金調達の方法や配分を巡る合理性に関する議論や民主的手続きが欠如しているという問題がある。