ランサーズの結成と別次元の脅威を世界に伝えた零児は遊矢・権現坂・黒咲・沢渡・月影・デニス・セレナ・ジュニア選手権で優勝した弟赤馬零羅と共に融合次元に対抗すべく、シンクロ次元と同盟を結ぶために次元を超えた。
そして遊矢は敗者が地下のゴミ処理施設で強制労働をさせられる事を知り、観衆に敗者の末路を訴えるが、競争社会で生きる人々にその訴えは届かなかった。自分の信じるデュエルが通じない現実に遊矢の心は晴れずにいたが、月影から零羅のメッセージを得た遊矢は自身のデュエルが「独りよがり」である意味を悟り、次元戦争やランサーズへの理解、敗者の末路を変えるには勝つしかないという答えを得て、シティに本当の笑顔を取り戻すことを決意する。
アカデミア・ロジェとの三つ巴の争いで、セレナはアカデミア、柚子はセルゲイに連れていかれてしまう。柚子を確保したロジェは大会の準決勝でセルゲイにジャックを倒させようとするが、セルゲイはジャックに敗れ、コモンズ達に破壊されてしまう。
二人を守れなかった遊矢は柚子を助けに行こうとするが、ジャックのデュエルと柚子の檄により、ジャックとデュエルすることを決める。
コモンズによる暴動で波乱のまま幕を開けたフレンドシップカップ決勝戦、いまだに父・遊勝のエンタメデュエルに固執する遊矢にジャックは怒りを表す。しかし遊矢が「ペンデュラム召喚」が自身のオリジナルのデュエルだと気付き、チューナーを必要としないシンクロ召喚やペンデュラム召喚を駆使したコンボ戦術によってジャックを破り、シティを笑顔でひとつにした。
復讐に囚われるカイト。ランサーズを討伐するためハートランドに派遣されたタイラー姉妹。そしてデュエルは戦いの道具であるとして「デュエルで笑顔を」という考えを否定するエド・フェニックスらと遊矢たちはデュエルを繰り広げ、その心を溶かしていく。
遊矢はいつものように遊勝塾でデュエルの腕を磨いていた。そこにはいつものメンバーがいたが、何故か修造が持っているハリセンや誰に貰ったかも分からないローラーブレードに違和感があった。
登場人物.
主人公・遊矢と、主人公と同じ顔のユート、ユーゴ、ユーリ。髪型や色はそれぞれ異なるが、設定上同じ顔のため作中の人物には見分けが付かない。そのほかにも召喚法の名を持つドラゴン族モンスターをエースとしている。
レイとその分身.
作中用語.