横断研究とは、ある特定の時点で収集されたデータを対象とするものである。急性疾患や慢性疾患の有病率の評価に用いられる事が多いが、疾患の原因や介入の結果に関する質問への回答に用いる事は出来ない。横断的データは、時間性が不明な為、因果関係の推測には使用できない。このようなデータはセンサス（全数調査）と呼ばれる事もある。横断研究では、過去に関する質問など、特別なデータ収集が必要な場合もあるが、元々別の目的で収集されたデータを利用する事が多い。横断研究にはある程度の費用がかかる為、希少疾患の研究には適していない。また、過去の出来事を思い出すのが難しい事もバイアスの原因となる。
横断研究の利点.
日常的に収集されたデータを使用する事で、大規模な横断的研究を殆ど、あるいは全く費用をかけずに行う事が出来る。これは他の形式の疫学研究に比べて大きな利点である。日常的に収集されたデータを用いた安価な横断研究から、仮説を示唆する症例対照研究、さらに費用と時間のかかるコホート研究や臨床試験へと自然な流れで進んでいく事で、より強力な証拠が得られる可能性がある。横断研究では、特定のグループを対象に、ある活動（例えば飲酒）が調査対象の健康状態（例えば肝硬変）と関連しているかどうかを調べる。アルコールの使用が肝硬変と相関していれば、アルコールの使用が肝硬変と関連しているかも知れないという仮説を支持する事になる。
横断研究の欠点.
日常的なデータは、特定の質問に答えるように設計されていない場合がある。
日常的に収集されたデータでは、どの変数が原因でどの変数が結果なのか、通常は記述されていない。元々他の目的で収集されたデータを用いた横断的研究では、交絡因子（推定される原因と結果の関係に影響を与える他の変数）に関するデータを含める事が出来ないケースが多い。例えば、現在のアルコール摂取量と肝硬変に関するデータのみでは、過去のアルコール摂取量や他の原因の役割を検討する事が出来ない。横断的研究は、想起バイアスの影響を非常に受けやすい。