義務論の問題とは、人が行動を起こすだけの倫理的義務または倫理的責任を持っているか否かに関する諸問題である。世界中のほぼ全ての学識者および社会は、臓器を自発的に病人に提供することは倫理的に許容されるとして賛同している。ただし、ほぼ全ての学識者が臓器提供を奨励してはいるものの、全ての人が死後に臓器提供することが倫理的に必要（義務）とされると考える学者は少数になっている。同じく、ほぼ全ての宗教が地域社会への多大な利益となる慈善活動として自発的な臓器提供を支持しているが、ロマ（ジプシー）のように宗教的背景で臓器提供に反対する小集団も僅かに存在する。患者の自主性、遺言、後見をめぐる問題が、自発に沿わない臓器提供をほぼ不可能にさせている。
義務論的な倫理の観点から、臓器提供の道徳を取り巻く主な問題は自然と意味論になっている。 生命、死、人間、身体の定義に関する議論が進行中である。例えば、提供目的で臓器を保存するために脳死患者を人工的に生かしておくべきか否かは、臨床生命倫理学で現在進行中の問題である。このほか、臓器が自発的に提供された場合でも、臓器提供は自傷行為にあたると主張する人も若干いる。
さらに、レシピエントと同一遺伝子型の臓器を作り出すためにクローンを使用するのは、臓器調達のために破壊されるという明確な目的で五体満足なヒトが連れてこられる可能性を特に考慮すると、議論の余地がある話題である。 こうしたクローン臓器の利点は移植拒絶反応が一切起きないことであるが、クローン創出と殺害に伴う倫理的問題がこれらの利点よりも重いものとなる可能性もある。しかし、ES細胞やiPS細胞を用いることで、クローンの人間を創らずとも新しい臓器を成長させることが可能になりつつある。
目的論.
目的論や功利主義を土台に「臓器提供の闇市場」の道徳的地位は手段よりも目的に依拠している。という構図がある限り、同取引には不均衡があると思われる。多くの場合、臓器を必要とする人は合法的な臓器待機リストに無期限で掲載されるが、その多くが待機リストにいる間に死去してしまう。