巣の作り方には、土台となる基質を改造するものと、材料をよそから持ってくるものとがある。前者はたとえば土や樹木の幹に穴を掘って巣を作る、地面にくぼみを作る、などである。前者は巣穴という言い方もするが、区別は難しい。
基質中に穴を掘って暮らすものには、基質が餌であり、それを食べて進むことで背後に穴が残るものと、ある程度安定した形の巣穴を維持するものがある。前者の場合、食べ跡が穴として残るために巣と見なされているにすぎないとも言える。枯れ木や朽ち木を食べるカミキリムシの幼虫や、クワガタムシの幼虫などがその例である。基質を餌にしていても、シロアリなどはある程度そこに生活のための構造を作るので、十分に巣と見なし得る。このような巣を巣穴、専門的には棲管（せいかん）という。
他から材料を持ってきて巣を作る場合、材料は、葉・枝・土・泥・石などである。都市部で巣を作る場合、金属片・針金を利用する動物もいる（カラスなど）。それらを固めるために、粘液や糸など、自分の分泌物を用いる例もある（例、：ジグモ、ユスリカなど）。全く自分の分泌物のみで巣を作る例も少なくない。
形は、管型、皿型、ドーム型、徳利型（トックリバチ）など、その巣の目的や材料によって、様々な形がある。
無脊椎動物では、細長い巣を作るものがたくさんある。海岸の砂地や海底には、カニやゴカイなど、多くの動物が穴を掘って潜っている。それらの巣穴は、動物の種によってそれぞれに独特の形を持つ。よく砂岩や泥岩の中からそれらの巣穴が生痕化石として現れる。また、泥をまとめて束ねたような巣は、ユスリカやゴカイの仲間、トビムシの仲間などに見られる。スズメバチやミツバチの巣も、管型の巣を束ねた物と見ることも出来る。
皿形の巣は、その上で産卵するものによく見られる。コチドリは、川原の浅いくぼみを利用したシンプルな巣。魚類にも、ブラックバスなど水底に皿型の巣を作るものがある。
場所は、樹上、地中、地上、葉、水中などである。キツツキは木に穴を開けて木の中に巣を作る。ビーバーは水辺で木のダムのようにして作る。
他者が供給する巣.