亘理は藩のために奔走し、今後も働くつもりであったが、主命とあれば従うよりなかった。この亘理帰藩の命に、京都や大阪の知人らは同情し、亘理を京都に引き留めるべく斡旋した。宗藩である福岡藩の家老・馬場蒼心は亘理の能力を見込んで、今は京都に残って朝廷の職に就き、国家のために尽くすべき時で、それは執政・立花左衛門や藩主長溥も同様の考えであると引き留めた。この頃の福岡藩は勤王党を処分した事で、新政府から疑いをかけられ要人に会う事もできない厳しい立場であった。また人材を求める新政府側の公家・東久世通禧や大久保利通からも引き留めがあったという。なかには帰国取りやめを藩邸に申し入れる者もあり、これが藩主以下を内政干渉として怒らせた。時勢に疎い辺境の小藩首脳らには、一藩士の京都での活躍が、越権であるというのである。この帰国は、亘理の京都での活躍を快く思わない藩の守旧派の謀略であった。
亘理暗殺.
客人が去り夜になると、妻の清子と寝所に入った。酒に酔って深く寝入った所を干城隊に襲撃され、亘理が熟睡している事を確かめた山本克己（一瀬直久）によって刀を突き立てられ、首を刎ねられた。清子は夫を助けようと一瀬の手首に噛みついて抵抗したが、その背中から頭部にかけて萩谷伝之進が滅多斬りにして惨殺した。同じ夜、師である中島衡平も干城隊によって惨殺された。
裁定.
その後の秋月.
亘理暗殺について岩倉具視から下問があるなど、新政府に人脈がある唯一の人物で、その能力を見込まれていた亘理を自ら葬った秋月藩は、その後激動の時勢に取り残され、やがて藩士は秋月の乱を起こすに至る。秋月から新政府に出仕したのは亘理が長崎に同伴した坂田諸遠のみであった。
朝倉市秋月古心寺の臼井家墓所には、亘理が自称した「簡堂」と刻まれた墓の向かいに、親交のあった東久世通禧（七卿落ちの1人）が亘理を惜しんで詠んだ歌碑が建っている。
「臼井亘理の遭難をかなしみて かぐわしき その名を千代に のこしけり　なはあだなみに　しずみはつとも」
三冠馬集結.