大樹、杠としばしの別れを告げた千空は、狼煙を上げていた謎の少女コハクと出会い、彼女に案内されて集落の存在を知らされる。しかし、集落の住民のほとんどは警戒心が強く、余所者である千空を村に入れようとはしなかった。千空はコハクと、村の外れで妖術（科学）の研究をしている変わり者のクロム、無垢な子供のスイカ、村の番人である金狼・銀狼兄弟という協力者の力を借り、村人達に取り入って「科学王国」の人材（マンパワー）に手に入れよう画策する。そこで猫じゃらしでラーメンを作って村人へ配り、その対価として労働力を提供してもらおうとした。ところが、その現場にて村の近辺に潜み紛れ込んでいた司サイドのメンタリストあさぎりゲンと遭遇する。しかし千空達がコハクの姉ルリを助けるためのサルファ剤を作る過程において発電を成功させる姿を見て、ゲンは千空側に寝返るか司側に留まるかで思いを揺らがせる。
だが、状況に迷い様子見を行っていたゲンは、村の覇権を得ることを願うマグマ一派に襲われて大怪我を負う。間一髪のところを千空達に救われたゲンは「ささやかな願い」を口にし、千空は科学の力でそれを必ず叶えることを約束する。その約束を信じたゲンは、司の元に戻り「千空は死んだ」と報告し、その生存を隠した。一方で千空は村の凄腕職人カセキといった協力者を増やし、村の長を決める御前試合の前日には、ついに残る材料が「酒」のみとなった。仲間の誰かが長とならなければルリへの薬の投与が実現しないため、御前試合に出る予定ではあったが、優勝すると薬の原料となる酒が手に入ることも知り、どんな手段をもってしても仲間を優勝させることを決意する。その一方でマグマ一派も村長の座を得ようと画策していた。千空達は自らの知恵と技術を駆使してマグマ一派との激突を制す。結果として千空が優勝、新しい村長となった。