神聖ローマはザクセン王朝の元で中央集権が図られたが、今度もまたローマを再建せんとして行われたイタリア政策の失敗で威信を失い頓挫した。大空位時代を経て選帝侯による選挙王制が確立されると、次第にオーストリアの領主であったハプスブルク家が力を持ち始め、近世には殆ど帝位を世襲する様になった。これによってドイツの経済的・政治的中心が中南部地方に集まり、バイエルン人に自分たちこそがドイツ人の代表を名乗るに相応しい存在だという自尊心を与えた。それは裏を返せばゲルマン系である古代ザクセン人の系譜を強く引継ぎ、ハンザ同盟を通じての北欧やイギリスとの文化的交流などによって中南部ドイツとは異なる文化や言語（低ザクセン語）を有していた北ドイツ諸侯との対立も意味していた。この構図は後のドイツ統一から今日に至るまで、ドイツ地方の民族問題に深く根差している。
南北ドイツの対立は宗教改革の時代に入ると、イタリア地方に近い南ドイツがカトリックを堅持したのに対し、北ドイツはルターを保護してプロテスタントに帰依した事で一層に高まった（ドイツ農民戦争以前は南ドイツもルター派の影響を受けていたが、農民戦争以後はルターへの失望と反感からカトリックが主流となった）。以前からの権力闘争と文化的対立、そして各地の民族紛争が結びついた結果が三十年戦争であり、この大戦争でドイツ地方は廃墟と化し、人口は激減し、曲りなりにも国家連合として機能していた帝国は事実上解体された。ヴェストファーレン条約において帝国の諸勢力は独立国同様の権限が与えられた為、ドイツは無数の小国に分けられたと言って過言ではない。そして、その中にバイエルン公国やオーストリア大公国などバイエルン民族が占める国家、後にドイツ統一を争う事になる北方のプロイセン公国が存在していた。
「ドイツ民族」の台頭.
それでもバイエルンとオーストリアは共に独立国家としての命脈を保っていたが、普仏戦争での勝利でドイツ民族主義が高揚すると最終的にオーストリア以外の南ドイツ諸国も北ドイツ連邦へ合流し、小ドイツ主義に基づいたドイツ統一が果たされた。残されたオーストリアは多民族国家として進む事を決意し、オーストリア＝ハンガリー二重帝国として新たな出発をした。
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