以下の点は、合名会社・合資会社とは異なる。
設立費用
資本金
合同会社の代表者
合同会社の代表者は「代表社員」である。一方、株式会社の場合は「代表取締役」である。
決算
合同会社には決算の公告義務がない。一方、株式会社の場合は決算の公告義務がある。
社会保険
合同会社は社会保険の加入が義務である。（株式会社も同じく社会保険の加入が義務である）
税金
合同会社には、法人税、法人住民税、法人事業税、消費税がかかる。
法人課税
米国税法では、旧有限会社と同じくパススルー課税の対象となる法人格であるため、有限会社法の廃止以降に設立された米国企業の日本法人は、法人格として合同会社を選択することが多い。すでに株式会社として存在する米国企業の日本法人や、買収した子会社・関連会社を、合同会社に改組や新設合併する事例も存在する。
現在、日本の税制では、株式会社と合同会社にかかる税金は同じである。
社員.
社員の種類.
代表社員.
合同会社の経営トップは「代表社員」である。代表社員は合同会社の業務を執行し、合同会社を代表する。ただし、定款または定款の定めに基づく社員の互選によって業務を執行する社員の中から会社を代表する社員を定めることも可能である。この代表社員は、株式会社における「代表取締役兼株主」に相当する。定款に定めることによって、代表社員から法人代表者（会長、社長、理事長など）を定めることができる。
業務執行社員.
持分会社の社員は原則として業務を執行する。ただし、定款の定めによって業務を執行する社員を限定することも可能である。株式会社（取締役会非設置会社）における取締役兼株主に相当する。
社員（上記以外）.
定款の定めによって業務を執行する社員を限定した場合のそれ以外の社員は、定款には記載されるが、登記事項ではないため登記簿には載らない。株式会社における株主に相当する。
法人が代表社員となることも可能である。この場合、法人は職務執行者を置かなければならない。これは業務執行社員たる法人が実務を行う自然人を定めたものであり業務執行社員とは別物である。
加入と退社.
社員が新しく合同会社に加入する時には、出資によるものと持分譲渡によるものがある。社員が退社する時は、任意退社と法定退社の類型がある。
電子定款の活用.