寄宿学校では、子供たちは厳しい規則を順守しなければならなかった。規則は明文化されていたわけではなくその都度変更された。時間を守ること、監督者の命令には何の疑問も持たずに従うこと、食事中に食べ物をこぼさないこと、食事の前後に手を洗うこと、学校スタッフをファーザー、シスターと呼ぶこと、沈黙の時間には話をしないこと、その他にも多くの規則があった。規則を破れば学校職員は棒や紐、定規などで鞭打つ、蹴る、叩くなどの体罰で制裁したが、罰は恣意的で予測不可能だった。逃亡は特に厳しく罰せられ、暗い押入れやボイラー室、学校の廃墟などに何時間も隔離された。激しい体罰から幼い子供を助けようとした職員が解雇された事例もあった。教師や管理者から性的・身体的暴行を受けるなど、さまざまな虐待を受けることもあった。孤立した脆弱な立場の子どもたちは、ホームシック、飢え、孤独、恐怖を感じていたが、子どもたちの精神的なサポートは欠落していた。一部の学校職員の虐待行為は通常隠蔽され、日常的な身体的・性的虐待の余地を与えていた。
宗教と文化強制.
生徒同士や教室の外でさえも先住民の言語を話すことを抑制、禁止され、英語やフランス語の使用を余儀なくされた。キリスト教以外の信仰を実践したことで身体的な暴力を受けることもあった。先住民文化の要素の強制的な根絶に加えて、寄宿学校は女子生徒の家庭化、男子生徒の軍事化など、当時イギリスやカナダの社会で一般的で国家機関にとって有用な家父長的二項対立の訓練を生徒に施した。
衛生環境.
寄宿学校の生徒の健康状態は、一般に極めて劣悪であった。真実和解委員会の委員長は、寄宿学校において死亡した生徒の数を6千人以上と推定した。これは第二次世界大戦中にカナダの兵士が死亡する確率よりも高い。
教育面.
家族からの分離・隔絶.
政府の先住民担当部局の委員であったヘイター・リードは、両親や家族の訪問を困難にするために学校を保護区から遠くへ移すべきだと主張した。また、彼は学校の休み時間や休日に子供たちが帰宅することに反対した 。
　結果、対外的な運営実態においても、刑務所そのものとなり、（白人の子どもが通う）公立学校のような普通の教育機関とは、似ても似つかないものとなった。
児童に対する人体実験.