アウラングゼーブはヒンドゥー教徒に過酷な弾圧を加えることで、帝国の大多数を占めるヒンドゥー教徒をイスラーム教に改宗させようとし、またイスラーム教を厳格に遵守させ、帝国を真のイスラーム国家に導こうとした。だが、近藤治は、「ムスリムが少なかったムガル朝インドの政治風土では、結局、分離主義的な方向に向かわざるを得なかった」と述べている。アンドレ・クローもまた「イスラーム教ですらかつて体験したことのない教条主義の対象となったため、皇帝は逆に孤立を深めた」、と主張している。
マラーター王国の創始とジズヤの復活.
アウラングゼーブはヒンドゥー教徒の弾圧を強めたことで、ヒンドゥーの復興を掲げるマラーターの指導者シヴァージーと更なる対立に陥った。シヴァージーは帰還後、両者の関係は概ね平和であったが、シヴァージーは弾圧を見てプランダル条約を事実上破棄した。
ジズヤの復活には宮廷内で賛否が分かれ、帝国の盟友であるラージプートの有力者らからは陳情を求める形で発令を見合わせるよう上奏があった。だが、アウラングゼーブはウラマーらの建議を受け、その意見に従う形でジズヤを復活した。妥協案として、帝国軍に軍籍のある者はジズヤを免除されるという条項を付加し、これによりラージプートとの同盟は依然と同様に維持されると考えた。
デリーのヒンドゥー教徒の民衆はジズヤ復活に抗議し、デリー城の城壁にまで押し寄せたほどであった。だが、なかにはこれを機にイスラーム教に改宗するものも少なくはなく、アウラングゼーブはそうした人々に賛辞を述べた。
アウラングゼーブがジズヤを復活すると、シヴァージーも抗議の手紙を送って諌め、今ある帝国の繁栄は過去の皇帝の努力によるものだとわからせようとした。彼は「ジズヤを復活して貧しい人々を苦しめ、ティムールの名を汚した」、と厳しい批判を書き連ねている。
デカンへの長期遠征.
ここで注目すべきなのは、このデカン遠征で戦った帝国軍の兵士や軍司令官さえもが、帝国の民族構成上ほとんどヒンドゥー教徒だったことである。ヒンドゥー教徒を弾圧していたアウラングゼーブは、実は多数派のヒンドゥー教徒の助力なしには領土を拡大することはできなかったのだ。なんとも矛盾した話である。
諸地方の反乱・デカン地方における統治.
マラーターとの泥沼の戦いと帝国軍の疲弊.