失踪していた吹雪を探しており、兄の親友である亮と灯台で吹雪に関する情報の交換をしていた。吹雪が戻ってきてからは、自重しない兄を叱咤しながらも、本気で心配する姿が度々見られた。
クロノスや吹雪に「学園のアイドルになれ」との要請を拒否しブルー寮（女子寮）を離れ、万丈目がレッド寮に作った特設寮に居座る。しかし拒絶したはずのアイドル用の衣装を捨てることなく持ち歩いていたうえ、「拒否したのに何で捨てずに持っているんだ？」という指摘に対し、頬を赤らめて口ごもるなど「アイドルになる自分」に対し少しは興味があった可能性もある。
光の結社に入った万丈目に戦いを挑むも返り討ちにあい、逆に洗脳されて光の結社に取り込まれた。以降は、万丈目同様、十代に刺客を放つ等の行動を行っていたが、万丈目や三沢以上の働きを見せていたシーンも見られる。しかし、明日香は洗脳された後も、完全に冷徹になりきれず「オベリスク・ブルー女子のプライドを守るため」と言い、追いこまれたジュンコとももえを助けたり、彼女達を光の結社への勧誘もしなかった。その後、強力な光の波動に取り込まれた状態で十代との対戦を行うが本来の熱い心を取り戻し、正気に戻った。
気を失っている吹雪から強引に事情を聞こうとした十代に戸惑っており、それまで以上に十代を意識している描写が垣間見られる。研究生と海外留学のどちらを取るか進路について悩んでいたが、十代とのペアデュエルを通して居心地の良い学園に留まらず、独立する決意を固めた。ペアデュエル後、十代に思いを伝えようとするが、思いとどまって伝えることはなかった。
使用カード.
サイバー・ガール.
バレリーナやフィギュアスケートなどスポーツがモデルとなっているモンスターカード。
サイバー・エンジェル.
「機械天使の儀式」により儀式召喚されるモンスター群。召喚、特殊召喚時に「機械天使の儀式」をデッキからサーチする「サイバー・プチ・エンジェル」なるサポートカードも存在する。
白夜.
光の結社に取り込まれた際、斎王から与えられたカード群。「青氷の白夜龍」を筆頭に氷をイメージに構成されている。漫画版の明日香はこれらのカードのように、氷をテーマとしたデッキを使用している。
漫画版における天上院明日香.
容姿はGXとほとんど変わらないが、制服のデザインが異なるほか唇にはリップを塗っている。