編集者は、査読者の意見を元に、原稿を採用するかどうかを決定する。形式上、編集者の権限は独立であって、査読者の意見を受け入れる義務はないが、たいていの場合は査読者の評価がすべて以下であれば掲載拒否になる。あまりに査読者間で評価が分かれていて採否決定が難しいときは、もうひとり別の査読者を選定することもある。また、内容的には優れているものの、分野的に雑誌内容にそぐわない場合などは、他の雑誌への投稿を勧めることもある。
結果の通知.
編集者は、著者に採否を告げる。
採用の場合、通常、査読者のコメントが同時に返却される。たいていの場合、論文は多かれ少なかれ訂正を要求される。著者は示された疑問点・改善点にしたがって、原稿の訂正 () を行い、編集者に返送する。もし訂正が十分でないと再び査読に回るおそれがあるため、この訂正は慎重に行うべきである。
不採用の場合は、掲載拒否 () を告げる。この場合、査読者のコメントも返却されないことがある。不採用の場合はここでこの雑誌への投稿プロセスは終了であり、著者は他に原稿を採用してくれそうな雑誌を探し再投稿するか、あるいは発表を諦める。
受理.
編集者は、著者による訂正が十分なものであると判断したら、著者に受理 () を告げる。これ以降はその論文はほぼ発表したのと同じ価値を持ち、正式な業績にも印刷中 () として書くことができる。
訂正が不十分であると思ったら、原稿は受理されず、再び査読に回される。
出版.
著者には自分の論文の部分だけを抜き出し、簡単な表紙をつけた別刷り（もしくは抜き刷り）が渡される。有料・無料は雑誌による。別刷りは就職・転職活動時などに同封する場合もあり研究者にとって重要であるが、提出はコピーでよい場合も多い。近年は論文のPDFファイルを著者に無料で送付し、別刷り購入はオプションという場合もある。
様々な査読のスタイル.
匿名性の扱い.
匿名性の扱いは、分野・雑誌によって少しずつ異なっている。査読中は、著者は誰が自分の論文を審査しているか知らされない。ときどき、著者は編集者の名前すら知らされないことがある。