未だにジェイソンの悪夢に苛まれていたトミーは、ある日、友人のハーズと共に『フォレストグリーン』へと名を変えたクリスタルレイクへと戻り、ジェイソンの埋まっている墓地に訪れる。悪夢と完全に決別すべく、トミーはジェイソンの遺体を掘り起こし、火葬にしようと考えていた。蛆がわき、もはや腐敗した状態となっているジェイソンの死体が入った棺桶を開けたトミーは、かつてジェイソンを葬った時をなぞるように壊れた鉄柵をその屍骸に幾度も突き刺す。ジェイソンを火葬すべくガソリンに手を掛けようとするが、突如落雷が起こり、ジェイソンに刺さった鉄の柵が避雷針となって、ジェイソンの全身に大量の高圧電流が流れた結果、そのショックでジェイソンが蘇ってしまう。トミーの訴えにもかかわらず保安官は聞き入れてくれず、次々と周囲にいる人間を殺害し始める。
クリスタルレイク付近で暮らす少女・ティナは、生まれつき超能力を備えた少女であったが、両親が夫婦喧嘩をした日の夜、ティナは家を飛び出してしまい、追いかけて来た父親を誤って超能力で湖の底へと沈めてしまう。それから数年後、クリスタルレイクへ戻ってきたティナは、父親を生き返らせようと、父親の沈んだ湖に向かって念力を放つ。しかし出てきたのはティナの父親ではなく、トミーによって湖へと沈められた殺人鬼・ジェイソンであった。次々とキャンプ場に訪れた若者達を殺害していくジェイソンに、ティナは自らの超能力を駆使して立ち向かう。
前作の殺人事件から数年後。ティナの父親の手で再度クリスタルレイクの底へと沈められたジェイソンであったが、キャンプに訪れていたアベックのクルーザーの錨に切断された電気ケーブルが接触し、感電したジェイソンは三度目の復活を果たしてしまう。クルーザーの若者達を殺害して、ホッケーマスクを奪い取ったジェイソンはニューヨークへ向かおうとしている豪華客船に乗り込み、修学旅行を楽しむ学生を次々と殺害。生き残った数人の乗客達はボートで脱出し、ようやくニューヨークへとたどり着く。しかし、ジェイソンもまた彼らの後を追い、ニューヨークに乗り込んでいた。