ミスリルの特別対応班に所属する最年少エージェント相良宗介は、都立陣代高校に生徒として潜入し、仲間と共に千鳥かなめを秘密裏にボディーガードするという特殊任務を与えられる。幼少時からゲリラや傭兵として激戦地を渡り歩いてきた宗介は、平和な日常での常識が皆無で、日本の生活に全く馴染めず失敗を繰り返すが、二人は次第に打ち解けていく。
そんな中、宗介のかつての仇敵でありミスリルの敵対組織アマルガムのガウルンが、沖縄への修学旅行中のかなめを拉致すべく学年全員を巻き込んで、ハイジャックを決行して北朝鮮へと着陸する。なぜ、かなめが狙われるのかさえ分からない絶望的な状況下で、援軍の到着を待つ宗介はひとり決死の反撃を開始する。
圧倒的な質量とラムダ・ドライバの障壁を持つベヘモスに、通常のASはまったくの無力で、宗介たちは軽トラックで逃走を試みる。無敵のベヘモスを倒すべく、テッサは国際展示場「ビッグサイト」にアーバレストを投下するよう指示。アーバレストの射撃により、ベヘモスの弱点であるラムダ・ドライバの冷却装置を破壊され、自重を支えきれなくなったベヘモスは崩壊。操縦していたタクマは、姉と思い込んだテッサに抱かれたまま息を引き取った。
指令室から逃亡したガウルンは、ASに搭乗して搭載した爆薬により自爆を試みる。宗介はアーバレストに乗り込み、ガウルンのASごとカタパルトで射出することで、絶体絶命のダナンを救うのであった。
香港では謎のASが暴れ、内戦になりかねない事件が勃発していた。宗介は心にしこりを残したまま戦場へ出るが、任務に集中できずミスを犯し、そのまま任務を放棄して香港の街を放浪する。一方、一人残された千鳥かなめも正体不明の暗殺者に狙われていた。
攫われた千鳥かなめ。大破したアーバレスト。崩壊したミスリル。全てを失った宗介は東南アジアの街ナムサクを訪れる。宗介はAS闘技場の闇バトルに参加するため、弱小チーム『クロスボウ』の操縦士を志願。整備士兼オーナーのナミや、気のいいフランス人ルポライター、レモンたちとの思いがけない穏やかな時間を過ごす宗介だったが、彼にはある目的があった。