武術では、田宮流剣術・居合・関口流柔術、宝蔵院流槍術、無辺夢極流槍術、小笠原流弓術、日置流弓術、大坪流上田派馬術、外記流砲術、能島流水軍を習得、皆伝した。
兵法と武術のみならず、伊勢流武家故実、国学、和歌、書を学び、師範免許を得ている。
兵学・武術流派の師・門人.
山鹿流中興の祖.
若山勿堂を通じた孫弟子に勝海舟、板垣退助、土方久元、佐々木高行、谷干城、清岡道之助、文献によっては坂本龍馬、中岡慎太郎も若山勿堂から山鹿流を習得したとの記述もある。
清音の山鹿流兵学師範は、兵学者として知られた外祖父の旗本・黒野義方である。
窪田派田宮流.
清音が講武所頭取に就任すると、窪田派田宮流門下生の戸田忠道が剣術師範役、戸田忠昭が剣術教授方に就いている。当時の武術界大御所であった窪田清音は「剣法略記」など剣術の専門書も多く著したことから、田宮流は全国に広まった。
この窪田派田宮流の系統は、島村勇雄、武藤為吉、田都味嘉門、真貝忠篤、小泉弥一郎を輩出している。加藤田平八郎も清音に指導を受けるため江戸に上った。
真貝忠篤は、美濃大垣藩士として戊辰戦争を生き残り、維新後は警視庁撃剣世話掛、宮内省皇宮警察師範を勤め、根岸信五郎（神道無念流）、得能関四郎（直心影流）と「東都剣術三元老」と呼ばれ明治後期の剣術家の間で大御所的存在であった。
大津事件の大審院長である児島惟謙、剣豪商人と称され大阪商工会議所会頭を務めた大阪財界中興の祖・土居通夫、自由民権運動で活躍した山崎惣六は、宇和島藩士時代に田都味嘉門門下で窪田派田宮流を修業、免許皆伝を認められており、窪田清音の孫弟子にあたる。
小栗忠順、鈴木重嶺は窪田清音から柔術を習っている。
武家故実.
国学・和歌・書.
賀茂真淵の弟子である加藤千蔭、千蔭の弟子である岡田真澄より国学・和歌・書を習得して免許を得ている。
窪田清音の国学は荷田春満の曽孫弟子、賀茂真淵の孫弟子にあたり、国学の四大人と称される国学者の直系である。
加藤千陰は師・賀茂真淵の学問を受け継ぎ、同じ賀茂真淵門下の本居宣長と『万葉集略解』を著した。
和歌は村田春海と並ぶ江戸派の双璧と称され、「寛永の三筆」・松花堂昭乗 に習った書は千蔭流と称される和様書家として著名だった。