諸大名らとの交流.
義輝は幕府権力と将軍権威の復活を目指し、諸国の戦国大名との修好に尽力し、紛争の調停なども行っている。
また、上杉輝虎の関東管領就任の許可をはじめ、御相伴衆を拡充し、毛利元就、毛利隆元、大友義鎮、斎藤義龍、今川氏真、武田信虎といった諸大名も任じた。
また、義輝はこの年に伊達晴宗を奥州探題に任命している。もともと、奥州探題は足利氏一族である斯波氏の庶流である大崎氏が世襲していたが、伊達氏の軍事的圧力によってすでにその支配下に置かれていたため、その現状に対応するための補任であった。ただし、これはあくまでも手続上の話で、実際には弘治元年には既に晴宗を探題として遇していたとされている。
永禄年間には、信濃国北部を巡る甲斐国の武田信玄と越後国の長尾景虎との川中島の戦いが起きており、義輝は両者の争いを調停し、永禄元年には信玄を信濃守護に補任した。だが、信玄はさらに景虎の信濃撤退を求めたため、義輝は景虎の信濃出兵を認めた。
三好氏との確執・義輝の権威上昇.
義輝は帰京して以降、三好長慶ら三好氏の傀儡になることなく独自に政治決裁を行い、その政治的地位を固めていった。また、諸大名の争いに介入し、大名らに一定の影響力があることを示し、その存在感を示した。
一方、義輝は三好氏の傀儡としての立場に甘んじず、将軍としての立場を固め、幕府権力の復活に向けてさらなる政治活動を行なおうとした。義輝の権威上昇は、三好一門が連続した凶事によって凋落の道を歩んでいたのとは対照的であった。義輝はいよいよ、その政治的才能を開花させつつあった。
最期.
二条御所の完成間近を狙った攻撃であり、
三好軍が二条御所に侵入したのち、義輝は劣勢であることを悟り、死を覚悟した。そして、義輝は最後の酒宴を行い、近臣らに酒を与えて、皆で別れの酒を酌み交わした。この際、三好氏との取次であった進士晴舎が御所への侵入を許したことを詫びて、義輝の御前で自害した。