審査の流れ.
違反が発生した場合は以下の流れで審査が実施される。
問題点.
また、憲章に違反する事項が発生して審査に入ると「高野連は出場可否の許認可権でもあるのか」という意見が登場することがある。前述の通り、審査を実施するのはあくまで協会審査室であり、出場停止などの処分を実施するのは日本学生野球協会会長である。日本高野連・全日本大学野球連盟は処分の方向性を決めて協会に上申するまでが仕事で、最終的な決定権限を持っていない。よって、こうした批判は学生野球のシステムそのものを理解していない記述であるといえる。
審査室のやり方に対し、江戸時代の五人組制度（相互監視・連帯責任）のようなことをするのは前時代的であり、自己責任に乗っ取った処分に方針を変えたほうがよいとの声が少なからずある。
なお、過去には都道府県高野連の職員が汚職のため大量に処分されたこともある。その際出された処分はほとんどが減給や戒告止まりだったため、生徒（部員）には試合禁止などの厳しい処分をするのに職員には優しいのかという批判があがった。
独占禁止法問題.
他の競技連盟との関わり.
他の多くのスポーツ競技団体とは異なり、直接に日本オリンピック委員会や日本スポーツ協会には加盟せず、独自の理念や規範に基づいて運営している。総合的な国際競技大会等への参加についての諸問題に関しては、上位に関連別団体との合同で別組織（全日本野球会議および全日本野球協会）を設立し、そこが加盟団体となることで対処している。
プロ野球との関係.
試合.
指導者.
一度学生野球の指導者を経験した後、再度プロ野球指導者を務めた例（阿井英二郎・金森栄治など）や、プロ選手経験のない学生野球指導者がプロ野球指導者を務めた例（砂押邦信・田丸仁・田口周など）も若干みられるが、こうした経歴の人物でも、新井宏昌などプロ球団退団後に再度研修会を受講して学生野球指導者資格に復帰した実例がある。