木材腐朽菌による被害は、床下、浴室や台所などの湿気の多い場所に多いが、ナミダタケのように、土中に菌糸束を伸ばし、土中の水分を吸い上げ、木材を湿らせながら腐朽させる菌類も存在する。
また、セルロース等の分解生成物には、シロアリの誘引作用があり、木材の腐朽している部分は、シロアリの被害を受ける可能性が高くなるといわれている。
このため、木材の腐朽防止には種々の対策が講じられている。
木材の腐朽防止には、生育条件である水分、温度、酸素、栄養分を調整することや、防腐処理を行う方法がある。
また、木材腐朽菌の栄養分となりやすい、木屑や紙片などを放置しないことも良いとされる。
防腐処理は、防腐薬剤を木材表面に直接塗布する方法もあるが、工場で加圧注入により木材の内部まで防腐薬剤を浸透する方法が優れているとされる。
構造用製材のJAS規格では、以下の防腐薬剤（JAS規格では、防腐効果と防蟻効果を有するものとして、保存処理薬剤と呼ぶ。）を規定している。
防腐効果を期待し、ペンキを塗ることもあるが、褐色腐朽菌にある程度の効果があるが、白色腐朽菌にはあまり効果が無いとされる。
樹種により、腐朽に対する耐久力の差があり、ヒノキ、ベイスギなどは比較的耐久力が強く、アカマツ、ブナなどは耐久力が弱いとされる。
白色腐朽菌.
白色腐朽菌（はくしょくふきゅうきん）は木材中のリグニンを分解する能力を持ち、リグニンが分解された後に残留する。分解されなかったセルロース、ヘミセルロースが残り、その色である白色に木材を変色させることになり、白色腐朽菌と呼ばれる。
白色腐朽菌は担子菌であり、セルロースとリグニンを同時に分解する非選択的白色腐朽菌と、セルロースはあまり分解せずリグニンを優先的に分解する選択的白色腐朽菌に分けられる。
白色腐朽菌は、褐色腐朽菌や軟腐朽菌に比べ寒さや直射日光に強く、乾湿の繰り返しの激しいところや寒暖差の大きなところなど環境の変化が激しいところでも生育するものが多い。
また、サクラやケヤキ、ブナなどの広葉樹を好んで腐朽させるものが多い。
白色腐朽菌の利用.
シイタケ、ナメコ、エノキタケ、ヒラタケ、マイタケ、タモギタケのように食用キノコで、白色腐朽菌に分類されるものも多い。
堆肥化の最終段階（熟成段階）では、白色腐朽菌によるリグニンの分解で腐植酸が生成され、土壌改良力が向上する。