首都の漢城府を放棄することは官民が挙って反対していたが、この都は防御に不向きであり、そもそも守ろうにも兵士が足らなかった。都の住民をかき集めて守りにつかせようとはしたが、集まったのは7千名だけで、多くは儒生や胥吏、公私奴婢であって烏合の衆で頼みにならないと考えられていた。以前より王子を地方に派遣して勤王の士を集めようという建言が度々なされていたが、ようやく、尹卓然に臨海君（宣祖長男）を奉じて咸鏡道に向かうように命じ、戸曹判事韓準には順和君（宣祖六男）を奉じて江原道に向かうように命じられた。
宣祖逃避行の惨状.
この事実を知った宣祖はこれを残している。
漢城府から逃げ出す際自らの王にもかかわらず石を投げる者もおり、宣祖の一行は進む先の村々で住民と出会ったが、住民たちは王が民を見捨てて逃げることを悲しみ、王を迎える礼法を守らなかった。
その夜、開城では多数の百姓が集まってきて痛哭したり涙を流して朝鮮国王を非難して騒ぎになった。国王が後宮に入り浸り、金公諒を寵愛したことを怒って、石を投げるものも現れたが、衛士の数も少なく制止することもできなかった。宣祖は尹斗寿を御営大将としたが、尹斗寿は国内で国王に対する不満が高まっていることを勘案して、人事の刷新と、己を罰する書を八道に下すように献言した。
漢城府の占領.
都元帥金命元は僅か千名を率いて漢江北岸の済月亭（京城府普光町）で待機していたが、日本軍の数を一望して戦意喪失。火砲を川に遺棄させ、自らは服を変えて遁走した。申恪も山中に逃れ楊州へ逃げたので、指揮官が居なくなった軍は崩壊した。従事官沈友正が金命元に追いつき、号泣し馬にすがってこれを止めると、西行した国王を守るために臨津に向かうのだと言った。李陽元は漢江防衛の軍が霧散したと聞いて、都を放棄して楊州へ撤退した。このため守備兵はいなくなった。
朝鮮都民はしばらくすると京城に戻って通常の生活を始めた。『燃藜室記述』では朝鮮都民が日本軍の統治に服した様を「賊に媚び相睦み、嚮導して悪を作すものあり」と書いて 都民の変節を批判する一方、誣告された人々の髑髏が南大門の下に山積みにされていたという記述があるものの、『西征日記』にも（しばしば乱民となった）民を鎮撫する高札の話があり、治安を保とうという最大限の努力を日本軍は行った。
朝鮮水軍との遭遇.