それ以上の構造にはさまざまなレベルがある。
基本的なそれでは、内部を陽圧として外気を押し出すことで無菌を保つのに対して、上級の機種では、内部を陰圧として内部の気体を外に出さず、外気の流入は入り口上部からの送風で封じる。このような上級の装置は、実験台の上を無菌にするだけでなく、そこで扱われるものが外部に出ることで生じる危険を防ぐためのものである。例えばヒトに感染性のある病原体を扱う場合には、培養のための無菌操作の必要性と共に、操作者にそれが触れないようにすること、及びそれが外に出ないようにする必要がある。このような場合、作業者に向けて風が当たるタイプの単純なクリーンベンチを使うことは、却って汚染（バイオハザード）や感染の危険があるため、安全キャビネットを使用する必要がある。このように、どのようなものを扱うかによって、必要な装置を検討しなければならない。
なお、逆に簡易版として、フィルターの組み込まれた屋根と囲いだけの部分からなる構造のものもある。これは既製の机の上に置いて使用する。
付属する機器.
天井や壁が不透明なので、照明装置は必要である。内部の滅菌用に殺菌灯を別につけていることも多い。
また、操作の際に火炎滅菌をすることが多いから、ガスバーナーも装備されることが多く、たいてい種火と点火用のフットスイッチのあるものがつく。しかし、火災やガス漏れの危険性があり、火炎によってベンチ内の気流が乱れてかえってコンタミの原因となりうることから、近年はガスバーナーを使わない方針をとる研究室が増えている。
他に蛇口や流しを備えるものもある。
その他、下記のような様々な用途に応じた付属機器も数多い。
操作上の注意.