『保元物語』は保元の乱を題材とした軍記物語であるが、物語である以上、そこには虚構、ないしは史実との乖離も認められる。保元の乱に関する史料としては、『兵範記』『愚管抄』『百錬抄』『帝王編年記』などを挙げることができる。とくに『兵範記』は乱に実際かかわった平信範の日記であり、信憑性はきわめて高い。また、『愚管抄』は成立自体はすこしくだるものの、乱にかかわったひと（源雅頼）の日記を手控えとして利用しており、こちらも史料として尊重されている。以下、主として『兵範記』『愚管抄』との関係を述べる。
為朝の造形.
なお、物語では伊豆大島に流された後、鬼の子孫をしたがえた等、荒唐無稽といっていい話を載せているが、流罪後の為朝については、わずかに『尊卑分脈』に伊豆で討たれたことが記されるのみである。
忠実・頼長への評価.
忠実と頼長への評価は、『保元物語』と『愚管抄』では対照的である。物語では頼長が勉学にすぐれ、部下を平等に扱い、摂政として欠けたところはなかったことを賞賛している。また、忠実についても、兄の忠通から頼長に氏の長者を禅譲させたことについても親子の愛情によるものであるから批判することはできないと庇い、頼長に先立たれ、孫たちが流罪になった際の嘆きについても同情的な筆致をみせている。
一方の『愚管抄』はこの親子の悪行を口をすぼめて非難している。もっとも、これは著者の慈円が忠通の息子であるから、当然の評価である。『愚管抄』の評価をもって、忠実・頼長の像を決定してしまう必要はないだろう。しかし、一方で頼長に関するさまざまな悪評を、物語が取り上げていないことも事実である。男色については当時とくに批判されるようなことではないが、『台記』などに多く記されている私的制裁などのことを、物語は一切記さない。これは忠実についてもおなじことである。『保元物語』がこの親子に同情的と言われる所以である。
為義の息子の処刑.
物語後半で為義の息子たちが、兄義朝によって処刑される場面は、物語のなかでももっとも哀切な場面として享受されてきた。しかし、この処刑については、ほかに拠るべき史料にとぼしい。物語では天皇方からの命令によってやむを得ず切ったことになっているが、息子たちを殺すようにとの勅が出た形跡もない。