中断の書の仕様は『IV』以降のDS版リメイクシリーズに準拠し、再開しても中断の書のデータは削除されないが、中断できる場所が限られ、町の中やダンジョンで中断しようとした場合はスリープモードの使用が促される。
ゲーム中に表示されるほぼ全ての漢字文章の上にふりがなが表示されるようになった（選択肢およびアイテム名に含まれている漢字には表示されない。また、ルビ付きかルビなしを選択することができる）。
フィールド・戦闘.
PS版で存在したツボやタル、草木や花を持ち上げる動作はDSリメイクシリーズや『IX』同様廃された。そのため壷や樽などのアクションによる謎解きは全て削除され、別の謎解きに置き換わった。また、ツボやタルを便利ボタンで調べた場合はそれを割る動作（叩くか、蹴るなど）が追加された。
戦闘中のモンスターの配置には前列と後列があるが、それによる影響はない。同一グループでも位置が異なることがある。出現形態によっては、画面を見ただけでは前列のモンスターと被って存在を視認しづらい場合がある。
転職システム、呪文・特技.
基本的にはPS版と同様の仕様であるが、職歴による特技の習得は廃止された。そのためこのシステムでのみ覚えられた呪文・特技は職業レベルを上げて覚える技となり、各職業に振り分けられた。
外見では、PS版ではそのままだった衣装の変化が追加されており、『IX』など他作品からの衣装も参考にされた。また、モンスター職は転職した時点でキャラクターの外見がそのモンスターの姿になるように変更された（フィールド・戦闘中のみ）。
習得する特技のうち、一部の強力な特技はMPを消費するようになった。また、効果が変更されたものもある。一方「ねる」「タカのめ」「うみどりのめ」「しのびあし」などといった特技が削除された。
すれ違い通信・すれちがい石版.
『ふしぎな石版』の中には移民の町の台座からダンジョンに行くことが出来る『すれちがい石版』と呼ばれるものがあり、ダンジョン最深部のボスを倒せるとアイテムを入手できる。
石版の種類・入手方法としては以下のモノがある。