鎮座地は竹内街道、長尾街道、横大路が交差する交通の要衝であり、古来より交通安全、旅行安全の神として篤く信仰されている。参道は拝殿に向かって東西に長く伸びており一の鳥居は近年新たに竣工した。
二の鳥居の両脇には「なで蛙」が配されて、参拝者を見守っており、安産祈願の神としても名高い。
また水光姫命は古事記や日本書紀に体が光って尾が生じていたと記されており、神様の化身が白蛇であると言われるところから蛇の頭が大神神社で尾が長尾神社という伝承がある。さらに長尾神社は西日本の長尾姓の発祥地とも表記がされているが、苗字帯刀の頃より吉川家が代々受け継いでおり、関係性は定かではない。
祭神.
主祭神は天照大神（あまてらすおおみかみ）、豊受大神（とようけのおおみかみ）。祭神は水光姫命（みひかひめのみこと）、白雲別命（しらくもわけのみこと）。
水光姫命は『日本書紀』で神武天皇東征に際し吉野川上（奈良県川上村井光）に巡幸の際、井戸の中から現れた国神（くにつかみ）として記される井氷鹿で、水神・井戸の神である。古事記や日本書紀によると、光って尾が生じていたと記されている。新撰姓氏録では「吉野氏の祖先で、天白雲別命の娘・豊御富登であり、水光姫の名は神武天皇が授けられたもの」としている。社伝では、水光姫命は応神天皇の治世に三角岩（葛城市竹内）に降臨し、子孫の加彌比加尼（かむひかね）に命じて長尾に祀らせたもので、姿は白蛇であって、今、神社の東北に藤をもって覆われている御陰井の藤の花がそれであるという。
白雲別命は水光姫命の父神で、天より降臨したといわれる。神名から水神・雲の神とされる。
摂社は厳嶋神社（市杵嶋姫命（いちきしまのひめのみこと）・配祀　天児屋根命）。弁財天を祀ることから知恵の神とされる。
伝説.
また、竜が住んでいたとも言われ、竜王社（大和高田市）は竜の頭であり、長尾神社は竜の尾にあたるとされている。長尾神社の手水舎を司るのが竜である。また、竜王社が大蛇の胴体であり、大神神社−竜王社−長尾神社が大蛇の化身であるという説もある。そのため、三輪明神と龍王宮の拝殿や本殿は西を、長尾神社の本殿は東で向き合っていると言われる。
以上のような伝説から近年では龍神、白大蛇の神々の宿る神聖な巡礼地（スピリチュアルスポット）としても信仰が厚い。
主な祭事.
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