慶喜は極力配下を制し、その思いを察した老中・板倉勝静や若年寄・永井尚志らも鎮撫に努めたが、会津藩・桑名藩らを主とした兵士らの激動はたやすく静まらなかった。慶喜が心を込めた兵隊への親しい説諭も、軽挙妄動の制止も、いまではその手段を使い果たし、だからといってこのまま過ごしていれば、遂には天皇の間近で流血沙汰の大惨事となる戦乱が勃発するだろうことはまた確かな状況においつめられていた。むしろ一旦この地を去って、兵士らの高まり続けている憤怒の気勢を緩和させるに越したことはないだろうと思案しはじめた。こうして慶喜は天皇のもとで騒乱が起きる事を第一に恐れ、ただ時々刻々と激しくなっていく兵士らの「薩摩藩撃つべし」の勢いを緩和しよう欲し、特に深謀遠慮があったわけではないままで、ひとまず大阪城へ退去しようとした。しかし慶喜は後年、いつでも起きかねない御所辺での戦闘から、慶喜にとって母（吉子女王）方の実家で主家にあたる天皇を守ろうとするあまり、二条城から大阪城へ配下の兵士らを伴って退去しようとしたこの一時の判断が、暗躍する薩摩藩のたわめた非道な朝命への義憤でいきり立つ配下の多勢を結果として抑えきれないまま、つづく鳥羽・伏見の戦いを引き起こした事を「一期の失策」と後悔し、「たとえ発奮している部下の兵隊に刺し殺されようとも自分は天皇のもとを泰然として一歩も動かず、（徳川宗家の旧幕府軍の主力部隊を構成していた）会津藩主と桑名藩主へ帰国（帰藩）を命じ、（内大臣をやめてから）自分ひとりでいち平大名として再び天皇家（朝廷）に公職（仕官）を願い出ればよかった」と振り返っている。慶喜は大阪城へ一時退避する決心のもと、まず近臣に命じて身辺の武具などを整理させ、二条城を退去する準備をひそかにさせはじめた。