「日枝山」には日吉大社が、松尾には松尾大社があり、ともに大山咋神を祀っている。日枝山と松尾については、共通の祭神を祀る社の存在だけではなく、八王子山と松尾山の両方に巨大な磐座と、古墳群（日吉社東本宮古墳群、松尾山古墳群）が存在し、共通点が多いことが指摘されている。特に、古墳群については、それらの古墳の埋葬者の勢力範囲と、大山咋神の神域とされる範囲の一致する可能性が指摘されている。
比叡山に天台宗の延暦寺ができてからは、最澄によって、天台宗および延暦寺の結界を守る守護神ともされた。。
大山咋神の別名山王（さんのう）は中国天台山の鎮守「地主山王元弼真君」に倣ったものである。なお、比叡山には、本来、山の全域において、大山咋神の他にも多数の神が祀られており、最澄が延暦寺の守護神として認識したのは、大山咋神だけでなく、その他の「諸山王」を含めた、比叡山の神々全体のことであったとも指摘されている。
天台宗が興した神道の一派を山王神道と言い、後に天海が山王一実神道と改めた。
太田道灌が江戸城の守護神として川越日吉社から大山咋神を勧請して日枝神社を建てた。江戸時代には徳川家の氏神とされ、明治以降は皇居の鎮守とされている。
神社.
比叡山の麓の日吉大社（滋賀県大津市）が大山咋神を祀る全国の日枝神社の総本社である。日吉大社には後に大物主神が勧請されており、大物主神を大比叡、大山咋神を小比叡と呼ぶ。山王は二神の総称である。大物主神は西本宮に、大山咋神は東本宮に祀られている。
そのほか、日枝神社（東京都千代田区）、松尾大社（京都市西京区）および全国の日枝神社、松尾神社で祀られている。伊勢神宮豊受大神宮（外宮）の摂社である山末神社は大山津姫命を祀るが、大山咋神が祭神だとする説もある。
賀茂神社.
『秦氏本系帳』に記載がある丹塗矢の神話によると、上賀茂神社（賀茂別雷神社）の賀茂別雷大神は松尾大社の祭神、すなわち、大山咋神とされるという。
賀茂別雷神社の神山（こうやま）には、日吉大社、松尾大社と同様に、巨大な磐座があり、陰陽道の影響が強いなど、三社の共通点が指摘されている。
また、日吉大社の山王祭は、大山咋神と鴨玉依姫神の結婚を再現しているともされる。
大山祇神との混同.