弁護側は物証であるポロシャツを再鑑定のため提出するよう検察側に求めたが、被害者の着衣は事件の翌月には遺族へと返却され、すでに焼却されていた。これについて被害者遺族は、警察から着衣の返却を受けた際に「証拠の部分は切り取ってある」と言われた、と後に語っている。加えて、被害者遺体と遠藤車の双方を見分した津川署交通係員は、津川署の本件担当責任者や岩沼署側担当者の主張に反してまで、自身が遠藤車からタイヤ痕を採取したことを公判で否認している。
捏造の疑惑.
このように付着物の発見経緯が不自然であったことから、遠藤の支援者の一部には、遠藤が岩沼署へトラックを運んだ直後、彼が昼食のために署を離れた隙（上記参照）に付着物が捏造されたのだと主張する者もいる（後の国家賠償請求訴訟で原告側応援団長を務めた弁護士の庭山英雄など）。
これに対し捏造説を主張する側は、警察の手口はまず遠藤に物証を突きつけて自白させ、送検した後も犯人が挙がらない場合は略式手続にかける、というものであったと推測している。
血痕鑑定.
宮城県警鑑定.
しかしこれらの証言は、弁護側から下記の船尾鑑定が提出されてから主張されるようになったもので、その詳細な鑑定データも保存・提出されていない。このため弁護側は、宮城県警による鑑定結果は、遠藤から自白を引き出すための虚偽であると主張した。
新潟県警鑑定と船尾鑑定.
桂鑑定.
桂は、結局遠藤は「たまたま不幸にしてトラックから極めて微量の人血が証明されたため第一審で有罪になったと思われる」と事件を総括し、法医学者と物理学者の共同体制による事故再現が行われていれば付着物の矛盾も明らかになったであろう、と述べている。
工学鑑定.
その他の鑑定.
事件の詳細な状況についての鑑定は、検察側が金沢大学の井上剛、弁護側が獨協医科大学の上山滋太郎の両大学医学部法医学教室教授を鑑定人として申請している。
なお、遠藤の自白した異常走行体験は「車の後の方がバウンドした状態となり」という後輪のみによる轢過を示すものであり（上記参照）、前輪と後輪の両方による轢過とした井上鑑定、上山鑑定のいずれとも矛盾している。
アリバイの主張.
弁護側は遠藤車の付着物についても争点としたが、最も強く遠藤の無実の証明として主張したのは、遠藤には明白なアリバイが存在する、という点であった。