実際にはさらに複雑多岐であり、元々中国語では、時代や地方によって発音が異なる上に、忘れ去られたと考えられる発音もある事から、倭人伝が編纂された時期の発音を知ることは、極めて困難である。
現在「邪馬台国」は一般に「やまたいこく」と読まれる。この「やまたいこく」という読みであるが、これは二種の異なった体系の漢音と呉音を混用している。。
論争.
日本における邪馬台国への言及は、『日本書紀』卷第九神功皇后摂政三九年、四十年および四十三年の注に「魏志」から引用 があり、神功皇后と卑弥呼を同一人物と見なした記述となっていることが嚆矢である。。なお、一般に「魏志倭人伝」の名称で知られるのは『三国志』魏書第三十烏丸鮮卑東夷伝の一部分で（参照→）、以降に書かれた中国の正史もしくはそれ以外の史書にも、この「魏志」に由来すると思われる記事が少なくない。
史料によって漢字表記が不安定である上に、「やまたいこく」と読むべきか否かも統一的な理解はなく、その場所や大和朝廷との関係についても長期的な論争が続いている。
位置に関する論争.
距離の計算.
宮崎康平は、道程に関して「古代の海岸線は現代とは異なることを想起しなければならない」と指摘し、現在の海岸線で議論を行っていた当時の学会に一石を投じた。しかし、古代の海岸線を元に考察しても、連続説あるいは放射説の根本部分に大きな影響を与えるほどの学説ではないことから現在ではこの点は課題ではないとされている。
古代中国における「里」の距離は次の通り時代ごとに微妙に異なる。
短里説.
これを傍証するように、これを「魏朝短里説」という。
畿内説.
邪馬台国畿内説には、琵琶湖湖畔、大阪府などの説があるが、その中でも、奈良県桜井市三輪山近くの纏向遺跡（まきむくいせき）を邪馬台国の都に比定する説がある。
逆に、畿内説の弱点として上げられるのは次の点である。
九州説.
邪馬台国九州説では、福岡県の糸島市を中心とした北部九州広域説、筑後平野説、福岡県の大宰府（太宰府市）、大分県の宇佐神宮（宇佐市）、宮崎県の西都原古墳群（西都市）など、ほとんど九州の全域に渡って諸説が乱立している。その後の邪馬台国については、畿内勢力に征服されたという説と、逆に東遷して畿内を制圧したとの両説がある。