その後の入金や商品の発送などの取引は、基本的に当事者間で行われる。このため、メールアドレスを明かすことなく互いに連絡が可能な機能が準備されていたり、金融機関や運送会社などと提携して、入金や商品発送を容易・安価に行うことができるサービスが提供されている場合がある。
また、落札者と出品者が互いに、相手のそれまでのオークション上の行為の信頼度の参考にできるよう、システム上で、出品者と落札者をそれぞれ相互に評価する制度を備えることが多いが、出品・落札した商品名が他の参加者にも公開される（場合によっては落札者した商品名にリンク先まで表示される）ため、落札した商品と内容によってはプライバシーを侵害しかねない問題もある（相互に評価しなければ出品・落札した商品名は公開されないため、出品者・落札者によっては「評価は不要」の旨を要望することもある）。
なお、不動産や中古車のように、高額でかつ購入後に公共機関への諸手続き（登記、ナンバープレートの登録、自賠責の加入など）が必要な商品のネットオークションでの購入については、無料の会員では入札もできず、月額数百円程度の有料会員への登録が必要になる。
出品者の対応以外にも、できれば現地に出向いて実物をチェックするなど慎重に進める方が良いとされる。
欧米におけるネットオークション.
日本におけるネットオークション.
通信販売とネットオークション.
ネットオークションサイトは、電子ショッピングモールのような形での小売業者による通信販売用に利用されることもある。
これらでは独自に電子ショッピングモールの決済システムを持たないサイトでも、オークションサイトの提供するシステムなどにより決済しやすいという特徴があり、また自サイトへ宣伝活動などを通して客を誘導しなくても、客の側から商品を検索して探し当ててられる確率が高くなる（特にオークションサイトでは、そのシステム上で扱う出品物別に細かくカテゴリーが分けられていることが多い）ため、宣伝広告費を削減できるメリットがある。