再構成された世界においては、力尽きた魔法少女を別の次元へと導く存在、「円環の理」として、魔法少女たちの間で語り継がれる存在となる。鹿目まどかという人物は、最初からこの世に存在しなかったことになったが、時間遡行を繰り返し、ことの一部始終を見届けてきたほむらはまどかのことを記憶しており、母の詢子や弟のタツヤもおぼろげながらもまどかの存在を認識しているかのように描かれている。
[新編]叛逆の物語.
［新編］叛逆の物語では、鹿目まどかが概念となった後の世界が描かれる。また、「円環の理」の詳細についても描写されている。
本作品では、くるみ割りの魔女に捏造された空間にいるまどか、「円環の理」としてのまどか、「円環の理」から引き裂かれたまどかの、三種の状態が登場する。
捏造された空間とは、くるみ割りの魔女（魔女化寸前のほむら）のソウルジェムの中に築かれた世界・すなわち「魔女の結界」である。そこには偽りの見滝原が築かれており、外からやってきた魔法少女たちは記憶が改竄され、街に毎夜出現する敵・ナイトメアを退治しながら理想的な学校生活を送っていた。こうした状態は「円環の理」を観測し、利用しようと考えたインキュベーターの実験の影響で発生した出来事であった。
結界世界では、まどかも「円環の理」としての記憶を持たない通常の魔法少女となっている。これは、インキュベーターにとって想定外の事態で、彼らはその原因を、ほむらの結界による記憶操作の影響と推測している。また実際に、結界世界のまどかは、結界の主であるほむらに記憶を改変されている。
だが実は、まどかが「円環の理」としての記憶を持っていなかったのは、「円環の理」がほむらの結界世界へ潜入する段階で、あらかじめ自身の「記憶」と「力」を、同じ「円環の理」である（すでにまどかによって導かれていた）美樹さやかと百江なぎさに預けていたためであった。結界の影響とインキュベーターの注意がまどかに向いている裏で、さやかとなぎさは「円環の理」として秘かに活動することができた。こうして「円環の理」としてのまどかは、さやかとなぎさの助力を得て、インキュベーターの企みを阻止することに成功する。