また、キリスト新聞で、フリー聖餐の擁護派の小中陽太郎と反対派の東神大教授芳賀力が論争するなど、聖餐を巡る対立が続いている。
信仰と教義.
信仰告白.
詳細は「日本基督教団信仰告白」を参照。
教義・神学的立場.
組織と運営.
教団の運営.
全国の教区.
各個教会の運営.
信徒と教師.
日本基督教団およびその教会は、信徒と教師の籍をもつものにより構成される。旧教派や教会の伝統、神学的理解により、信徒と教師の違いを教会活動における職分の違いとして対等な立場と理解する教会・グループもあれば、教師に特別の信仰的権威・地位を認める教会・グループもある。また、信徒の中から長老を選出し、これに特別の信仰的役割・地位を担わせる教会・グループもある。
信徒.
日本基督教団における「信徒」とは、バプテスマ（洗礼）を受けて教会に加えられ、その教会の会員名簿に登録された者のことである。
教師.
一般に「牧師」「伝道師」と呼ばれる教職者を、日本基督教団では「教師」と呼称する。教師には、正教師と補教師の区別がある。前者は日本基督教団の実施する正教師検定試験に合格して、教団議長の委任を受けた教区総会の議決を経て按手礼を受けた者がこれになる。後者は日本基督教団の実施する補教師検定試験に合格して、教区総会の議決を経て伝道の准允を受けた者がこれになる。
教師には、その職分による分類がある。教会に仕える教師を教会担任教師といい、教会に仕える正教師は牧師と呼ばれ、補教師は伝道師と呼ばれるのが普通であるが、補教師でも便宜上牧師と呼ばれている場合がある。その他に、教区内において巡回伝道に従事する巡回教師、神学校で教える神学教師、日本基督教団関係学校で主としてキリスト教学や宗教科(聖書科)の教師を務める教務教師、海外において宣教に従事する在外教師がある。教会や神学校、あるいはキリスト教主義の学校に籍を置かないで、教区内に籍を持つ者を無任所教師と呼ぶ。
二種教職制・信徒籍/教師籍.
また、日本基督教団では教師となると信徒としての教籍（信徒籍）を喪失して、教師としての教籍（教師籍）を得て籍の上では信徒とは区別される。