本作では外伝で実装されていたイージーモードにあたるノーマルモードと通常のハードモードに加えて、クラシックモード、カジュアルモードを実装。クラシックモードは従来通りキャラクターが死亡すると以降使用できなくなるが、カジュアルモードでは一時撤退と言う形となり、敵軍全滅による勝利ないし自軍退却で一度ワールドマップに戻ることで倒された仲間が復帰するようになっている（大本の外伝および本作では聖なる井戸の一種である復活の井戸が存在し、クラシックモードでも有限だが死亡したユニットを復活できる）。
クラス.
クラス（兵種）の名称が一部変更。ナイトはソシアルナイトという名称で区別。また、村人のクラスチェンジに女性専用のものが追加（ソシアルナイト、魔道士は男女共通。女性固有の物として、ペガサスナイト及びシスターが選べる）。
あらゆるクラスへクラスチェンジが可能な村人について、上記女性専用の他に、DLCアイテムを使用することで様々なユニットを村人にすることができる。
敵専用クラスでは魔物ユニットが大幅に追加されており、ゾンビ・スケルトン・ガーゴイル・ドラゴンゾンビは味方ユニットにおける最上級職に相当する魔物が、魔神・魔女・ビグルはオリジナルになかった上位クラスがそれぞれ特定の確率でごく稀に各地のダンジョンに出現するようになっている。また、『外伝』にも登場していたマミーはオリジナルから大幅に能力値が増加しており、倒した際の獲得経験値が多い分ゾンビとは一線を画した危険なユニットとして登場する。
また、本編クリア後のシナリオではスケルトンの最上位クラスの派生種で魔法も扱える「デイモス」とオリジナルには登場しなかった生きた竜の「ダゴン」と「火竜」が新たに登場している。
更に、有料DLC『憤怒の葬列』にはマミーの上位クラスでさらに高い攻撃力を誇るキングマミーが登場する。
戦闘システム.