その後、さやかの魔女化の真偽を確かめるためマミとさやかの元へと向かった際に、魔女化したさやかとの心中を企てていたマミに出くわす。そんなマミを杏子は放っておくことが出来ず、両者は激突。戦いの果てに魔力を使い果たし動けなくなったマミに対して、自分にとってマミは家族同然のかけがえない存在だ、と初めて本音を明らかにする。そしてリボンと髪飾りを預け、「もう二度と勝手にいなくなったりしない」と約束すると、魔女化したさやかを涙を流しながら倒し、そのグリーフシードをマミに使い、マミのソウルジェムを浄化する。
マミのソウルジェムを浄化した後、マミとの戦闘で穢れを溜め込んだソウルジェムを浄化するために新たなグリーフシードを求めて別の魔女の結界に赴く。しかし、手持ちのグリーフシードが底を突き、ソウルジェムに穢れを溜め込んでしまった状態では普段の戦闘能力を発揮できず、マミとの約束を果たせないままに、志半ばで力尽きる。
中盤は杏子を模した魔獣「キョウコ」が登場し、ほむら、マミと一戦交えた。
終盤は魔獣の攻撃によって死亡するが、円環の理と化したまどかの介入によって時間が巻き戻り、生き返った。尚、前世界での記憶は失っている。
原作アニメ本編では描かれなかったマミとの関わりが描写されており、コンビを組んでいた時とのマミの変わりように度々苦言を呈し、彼女のテリトリーを狙っている。
その後は原作通りさやかの魔女化を目の当たりにし、魔女が倒された直後にマミに殺された。
その他のメディア.
キャラクター設計.
企画当初のイメージカラーは黄色であったが、蒼樹うめがデザインの原案を描く際に巴マミの色と入れ替わっており、赤を基調としたデザインとなっている。まどか☆マギカにおける他の魔法少女の衣装デザインは、それぞれの武器から連想されたデザインであったが、杏子の場合は主要キャラクターでは最後にデザインされており、他キャラクターと差別化することを念頭において描かれている。顔付は蒼樹が脚本を読んだ瞬間すぐ浮かんだという。