一方で頼通とミウチ関係にない後三条天皇が即位すると、御堂流嫡流の権勢にも陰りが生まれた。頼通は晩年に教通から嫡子師実への摂関移行を求めたが、天皇はこれを拒絶している。また院政期に入り、若年の忠実が当主となると、その傾向は更に強くなった。『愚管抄』によれば、鳥羽天皇が即位した際には、外伯父であった閑院流の藤原公実が摂政の任を望むという事態が発生したとされる。治天の君であった白河上皇が縁戚である公実に遠慮して決定を下せずにいたところ、院近臣源俊明が強硬にせまって院宣を取得し、忠実を摂政に据えたという。この出来事は摂関が天皇との外戚関係によって定まるものではないことを明確に示した出来事であり、外戚関係の有無に関わらず摂関を世襲する家としての摂関家が成立した出来事とされている。一方で白河上皇は摂関家を軽んじていた訳ではなく、崇徳天皇の中宮に忠実の子忠通の娘を据えるなど摂関家が再び外戚となることを望んでいた。しかし忠実の行動には問題が多く、上皇は忠実を処罰して隠居に追い込んでいる。さらに保元の乱で忠実と頼長が崇徳上皇側について敗北したために所領を大きく失った。藤原忠通は若年の嫡子基実を残してこの世を去った。さらに朝廷の陣定などの意思決定機関は形骸化し、院や天皇の前での御前定・殿上定が政治の場となった（院評定）。これらの場への参加を決めるのは治天の君であり、摂関はかつてのような権力を持つものではなくなった。
近衛家と九条家の分裂.
しかし平氏滅亡後、後白河が義経による源頼朝追討を支援したことで法皇に近い基通は失脚し、基実・基房の弟兼実が頼朝の支持を受けて関白となった。しかし頼朝は娘の大姫を入内させようとし、源通親と組んで兼実父子を失脚に追い込み、基通を関白に復帰させた（建久七年の政変）。基実・基通の家系は「近衛家」と呼ばれ、兼実の家系は「九条家」と呼ばれた。また基房の家系は「松殿家」と呼ばれる。
一方でこの時期には藤原師長（頼長流）や松殿忠房（師家の弟）にも摂関就任の可能性があり、流動的な情勢が続いた。しかし結果的に彼らの復権はならず、近衛家や九条家に匹敵する家系にはならなかった。
五摂家の成立.
戦国期の摂家.
武家関白期.
江戸時代の摂家.
江戸時代における摂家の財政.
明治維新後.