南北朝時代には、伊勢神道が体系化されるようになった。度会行忠の後を継いで神宮の一禰宜となった度会家行は、『類聚神祇本源』などの著作を著して「機前論」を唱えるなど伊勢神道の教義を体系化した。家行は、神道家としての活動のみならず、南北朝の内乱における南朝側の支援や、伊勢神道の普及活動も行い、南朝の忠臣として知られる北畠親房とも交流した。親房は伊勢神道の影響を受けて『神皇正統記』などを著し神国思想を唱導した。また、天台宗の僧であった慈遍も伊勢神道の影響を受けて神道思想を提唱し、神道が根本であり儒教がその枝葉で、仏教が果実であるとする「根本枝葉果実説」を唱えて神道中心の三教観を提唱するとともに、天皇の君主像を述べて神道における政治論を確立した。同時期に、同じく外宮祠官の度会常昌も『服仮令』の著述や慈遍の『旧事本紀玄義』の序文執筆を担当するなど、伊勢神道の拡張に積極的な活動を行なった。
しかし、室町時代に入ると吉田兼倶が中世神道説を集大成した吉田神道を開き、上流階級を中心に受容されていったことから、伊勢神道は吉田神道に圧倒されるようになった。吉田兼倶は、自らが吉田神道の拠点とした大元宮斎場所に、伊勢両宮の神が降臨したとの夢告を空海より受けたなどと主張して吉田神道の中に伊勢神宮を取り込んだため、伊勢神宮の祠官らは吉田神道に抗議して対抗したが、吉田神道は神祇界の中心となっていった。
江戸時代.
江戸時代に入ると、伊勢神宮では出口延佳（度会延佳）が出て、『陽復記』や『大神宮神道或問』などを著して伊勢神道の教学の復興を図った。また、江戸時代には諸社禰宜神主法度で吉田家の全国の神社の管轄が認められたり、廃絶した神祇官の代わりとなる神祇官代が吉田神社に置かれるなど、吉田家が神社界を支配する状況となっていたが、延佳は『神敵吉田兼倶謀計記』などを著して吉田神道を批判した。延佳はまた、神宮に関する典籍を集成して保存・公開をすることを目的とした豊宮崎文庫を外宮の近くに設置して神宮の一般への普及を図っている。延佳は、垂加神道を創始した山崎闇斎など著名な神道家を含む多数の人物に影響を与えた。