時代とともに搭載コンポーネントが増え、多機能化する傾向にある。オンボードの記事も参照。
マザーボードの不具合問題.
不具合や相性問題を抱えるマザーボードが存在する。チップセットドライバ、BIOSの更新や調整、各拡張カードのデバイスドライバやファームウェアの更新で安定することもあるため、特に自作パソコンのユーザーはネット掲示板などを通じ、これら不具合や相性の解消法の意見交換を盛んに行っている。
不良コンデンサ問題.
マザーボードに使用されている電解コンデンサの品質にこだわる自作パソコンユーザーが存在する。これは電解コンデンサに質の良くない製品が多く、短期間で液漏れ、膨張、破裂を起こす製品が多いためである（特にこの問題が意識されるようになったのは、コンデンサーが破裂して飛ぶという“事件”があった後である）。これらの故障したコンデンサを放置したまま稼動させると、起動できないなどPCの動作が極めて不安定になる。その問題からも、問題発覚後のマザーボードの製品カタログでは長寿命コンデンサーの採用が謳われている。
上記の事件以降、メーカー側も安価な電解コンデンサよりも多少高価であっても品質が良いメーカー製造によるコンデンサを積極的に採用していると表明し、品質重視を強調している製品が増えている。
なお、使用しているコンデンサの種類からマザーボードベンダーを評価する向きもあるが、実際にはコンデンサの品質以外にも、プリント基板やトランジスタなど電子素子の品質や回路設計の優劣も影響する。また、コンデンサそのものは高価な日本製を使っていても、回路を簡略化設計して全体の部品点数を減らし、コストの帳尻を合わせている場合もある。
また、コンデンサにこだわるユーザのため、販売店側がマザーボードに実装されているコンデンサを、あらかじめ高性能なタイプに交換してオリジナル改造品として販売しているケースもある。
これらに使用される電解コンデンサの多くは低品（低インピーダンス品とも）と呼ばれるものである。交換する際にはコンデンサメーカーのサイトのデータシートなどで、電気的特性が同等品以上かどうか、外形寸法が大きく変わらないか（外形寸法が大きいと周囲の部品と干渉し、物理的に取り付けられないことがある）を確認することが必要である。
書院造