法相宗中興の祖といわれる解脱房貞慶は、荘園領主でもあり世俗勢力化した興福寺を出て南山城山中の笠置寺に隠遁し、海住山寺の再興に尽力したのちそこへ移った。戒律の復興につとめた貞慶は浄土宗を批判する『興福寺奏状』をあらわし、これは上述の法然弾圧の契機をつくることとなった。
華厳宗.
明恵上人の名で知られる高弁は、華厳宗中興の祖といわれ、後鳥羽上皇と北条泰時の帰依をうけた。東大寺を出て遁世していたが、後鳥羽上皇の院宣により京都北郊の栂尾に高山寺をひらき、法然を批判して『摧邪輪』をあらわした。かれは、仏陀の説いた戒律を重んじることこそ、その精神を受けつぐものであると主張し、生涯にわたり戒律の復興を身をもって実践した。
なお、高弁は栄西より茶の種子を譲られたことから栂尾はのちに茶の名産地となっている。
律宗.
律宗では我禅坊俊芿が南宋からの帰国後、京都に泉涌寺 を再興し、台・密・禅・律兼学の道場とした。後述のように宋学を日本に伝えたのも彼であるという。
思円房叡尊は律宗中興の祖といわれ、西大寺を再興して戒律復興に努めるいっぽう、道路の修復や架橋、貧民・病者の救済など社会事業に力を尽くした。叡尊はまた、元寇に際して敵国調伏の祈祷を石清水八幡宮でおこなったことでも知られる。
叡尊の弟子の良観房忍性は、北条氏の保護も受け、鎌倉の極楽寺を再興してそこを拠点に旧仏教の復興のため尽力した。同時期に鎌倉で活躍していた日蓮からは「律国賊」と論争を挑まれたことがある。また、師叡尊の志をついで社会事業に尽くし、西大寺にいた当時、奈良にハンセン病患者を救済するための施設として北山十八間戸を設立し、その経営にあたった。
他に律宗出身の学僧としては、円照とその弟子凝然がいる。特に凝然の『八宗綱要』は日本仏教史上重要な文献である。