一条兼良は、『源氏和秘抄』、『源氏物語之内不審条々』、『口伝抄』、『源氏物語年立』など、『源氏物語』について多くの著作を持っているが、その中でも本書は一条兼良にとっての源氏物語についての最も体系的な著作である。なお、一条兼良は後に本書の秘伝書として『源語秘訣』を著している。
『源氏物語』の注釈史の中で、平安時代末から江戸時代末までの古注釈の時代を三分するときは、『源氏物語』の注釈の始まりとされる『源氏釈』から『河海抄』までのものを「古注」、『湖月抄』以後江戸時代末までのものを「新注」と呼ぶのに対して、この『花鳥余情』から『湖月抄』までのものを「旧注」と呼んでいる。
本書は、後世『河海抄』と並び『源氏物語』の注釈書の双璧とされたが、本書の執筆は『河海抄』の書写と並行して行われており、また本書の序文においては「『河海抄』の足りない部分、誤っている部分を正しくするため著した」と述べているなど『河海抄』を常に意識して書かれたとされている。
また、本書が今川範政の『源氏物語提要』本文をそのまま引き写した部分があることについて批判が存在するが、本書は兼良が先学の説を広く継承・集成した上で、先行する『源氏物語提要』の本文を摂取しながら「今案（＝今日の考え方）」を示したもので、中世の学者において広く見られる手法であるとする指摘もある。
内容.
文章の解釈に力を注いでおり、単に語句のみを採り上げるのではなく長く文を引用して説明していることと、著者自身が左大臣関白を勤ていたため有職故実に関して詳しく正確であることが挙げられる。祖父二条良基から二条家の秘説を受け継いでいるという側面も持つ。また『源氏物語』に依った歌作が盛んであった時代を反映して歌作の参考となるような記述も多く見られる。またそれまでの『源氏物語』の注釈書が限られたごく少数の読者だけを想定していたのに対して本書は最初から広く流布されることを想定して著されたと考えられる。