しかし、他都道府県で購入した自転車は登録できないと思い込んでいる店舗や自店以外で購入した自転車の場合は登録料の他に手数料を別途徴収するなど、登録制度を詳しく理解していない（または登録主旨を理解していながら故意に制度を無視する）店舗もある。一部には車両本体価格等と登録費用を合計してから消費税計算をする店舗、非課税となる前の金額のまま請求する店舗等もあり注意が必要である。新車購入時の特典として無料提供する店舗もあるが、制度主旨から考えれば、現実には車両購入価格に上乗せされているのが実態である。登録料の数%程度は自転車店にリベートされる。そのため、上述のような行為を行っている店舗の多くは制度主旨を故意に無視しているとされる（登録業務に関わっているのに登録料のリベートがあることを知らないはずがないため）。
登録についての見解は都道府県によって異なり、様々である。登録は現住所の在る都道府県内でなければならない制約は無い。この理由から、例えば北海道に居住している者が沖縄県で登録（沖縄県のステッカーを貼付）することも可能である。但し前述の通り、警察が登録された情報を照合しなければならないため、登録先と盗難届の提出先、さらには発見先が異なる都道府県であると時間がかかる場合もある。そのため、各都道府県警察や取りまとめ団体によっては、転居の際は旧来の登録を抹消し、転居先で再登録することを奨める説明をしているところもある。
登録車を廃棄、譲渡する場合は抹消登録が必要である。
目的.
防犯登録は自転車の盗難防止を目的としているが、その性格から不法駐輪への取り締まりや駐輪場利用登録の要件等、自転車の所有者を明確にする目的で様々に利用されている。登録者にはステッカーが交付され、それをフレームの目立つ場所に貼る事になっているが、義務である「登録」がステッカーの貼付を含むかについては曖昧である。
放置自転車や自転車泥棒の防止として期待されている一方、自転車がまだ高額商品であった時代の制度をほぼ引き継いでおり、実情に即していない面も多い（詳細は後述）。
利点.
等がある。
欠点.
防犯面で比較的大きな利点を持つこの制度であるが、いくつかの欠点も存在する。また、その中には長所としてあげられる性質ゆえの欠点もある。
以上の欠点から、次の例のように防犯登録自体によって所有者が被害を受ける場合がある。