怪獣・メカ・衣装のデザインには、新川、寺田、韮沢などイラスト・ゲーム・立体造形の世界で活躍するトップ・クリエイターが担当した他、『ゴジラvsビオランテ』以来東宝特撮でシリーズでデザインワークスを担当する西川伸司がラドンやアンギラスなどの怪獣デザインを担当した。西川によれば、当初は参加予定ではなかったといい、時間や物量、造形側とのすり合わせの都合などから要請であったという。特撮絵コンテも西川が手掛けており、当初は北村側によるイメージコンテが用意されていたが、撮影には不向きであったため西川が描き直すこととなった。エビラ戦のみ人物が絡むため、アクションコーディネーターの竹田道弘がコンテを担当した。
音楽は『幻魔大戦』などを担当したキース・エマーソンに監督の北村自らがオファーした。メイン・タイトルのバック映像は『スパイダーマン』や『』などで知られるカイル・クーパーが担当。
キャスティング.
主演の松岡昌宏は、富山省吾が松岡の出演した舞台『スサノオ〜神の剣の物語〜』を観て役者としての華やアクションを評価し、いずれアクション映画をやりたいと考えていたことから起用された。
ヒロインの菊川怜は、北村からの要望により起用された。
ダグラス・ゴードン役には、格闘家のドン・フライを起用。当初、千葉真一やマーク・コールマン、クリストファー・ランバートやジャン・レノも候補であったという。
尾崎杏奈役の水野真紀は、東宝シンデレラ出身者で自身だけがゴジラ映画に出演していなかったことから、前年の年末パーティで富山に冗談半分でそのことを問いただしたところ、本作品のオファーが来たという。
昭和東宝特撮の常連であった宝田明、水野久美、佐原健二らは富山からの要望であったといい、脚本時点で当て書きしていた。
脚本.
脚本は三村渉と桐山勲の連名となっている。
桐山は、人間側のバトルが多くなってしまうためミュータントの設定をなくすことも提案したが、富山をはじめとする東宝上層部の要望によりそのまま残すこととなった。バイクアクションのシーンは、スタント側からの要望により盛り込まれた。