検討結果は原則としてすべて患者本人に伝えられる。患者はその情報をもとに、どのような手術を受けるのか、あるいは別の治療法を希望するのか、自らの意志で選択することが求められる。近年日本でもインフォームド・コンセントが必要だとの理解が普及し、医師がじっくり説明をし、患者十分に理解できた上で、手術を受けるのか　あるいは　受けないのか、原則的に自らの意志で最終決断を下すべきだとされている。またひとつの病院による説明だけでは偏りや判断ミスが入っている可能性もあるので、念のため他の医師の説明や意見も聞くこと、つまりセカンド・オピニオンを求めることも一般的になりつつある。
手術の流れ.
術前管理.
手術に際しては安全性を高めるため、可能な限り全身状態を良好に保つことが必要である。原則的には手術前に入院のうえ全身状態の管理を行ったうえで手術を行うが、これには例外もあり、近年白内障手術や腹腔鏡下胆嚢摘出術など比較的侵襲の小さい手術（低侵襲手術）については日帰り手術が行われている。
術前計画.
手術を行う医師、術中全身管理を行う麻酔科の医師、手術に関わる看護師らによって患者と手術に対する評価が行われ、周術期管理計画が立てられる。
術前処置.
全身麻酔が予定されている場合は、麻酔導入時の誤嚥を予防するため、手術前の一定期間は絶飲食となる。また腹腔内の手術などでは腸管内の清浄化を目的に下剤が投与される。手術部位の剃毛がかつては行われていたが、剃毛により皮膚感染が増加することが明らかになり、一部の例外を除いて現在では行われていない。手術室へ入る直前に、気道分泌の抑制、鎮痛、手術に対する緊張の緩和を目的に、抗コリン薬、鎮痛薬、鎮静薬が投与される（これらを前投薬と呼ぶ）場合があったが、最近ではなるべく行わない方向へと進んでいる。
手術室への入室.
手術を行うための部屋を手術室と言う。
欧米の病院では、一般に、それぞれの診療科に手術室のセクションがある。
日本の病院では、一般に、手術室は中央集中型であり中央手術部として一カ所にまとめられている。