日本は徳川家定が将軍となる頃に江戸城の西の丸の火災、凶作、マシュー・ペリーの浦賀来航が起きており、李朝では凶作により通信使の費用調達が困難となった。日朝双方で財政難や外圧の困難がありつつも、対馬での聘礼を合意する。しかし徳川家茂が将軍となる頃には、日米修好通商条約の調印やロシア軍艦対馬占領事件などが相次いだため、通信使の計画は実現されず、釜山の倭館や対馬の厳原で交流を保った。朝鮮通信使は、のちに世界の記憶に登録された（後述）。
華夷変態と小中華思想.
幕府と李朝の外交では、名称が問題となった。幕府の将軍は「日本国大君」を用いており、大君という称号は日本では諸侯の長を意味して国王と対等以上を意味したが、李朝では臣子に与える職号であり国王の下位にあった。両国は互いに都合のよい解釈をしており、交渉の窓口は対馬藩が担当していたので深刻な対立とはならなかった。この問題は、幕府が倒れて明治政府となった時に表面化する（後述）。
通信使と征韓論.
経済面.
倭館の再開.
秋田藩の家老による『梅津政景日記』によれば、秋田の院内銀山には高麗にゆかりのある人物がいたという記録もある。
通貨問題.
対馬藩は幕府から朝鮮との貿易を許され、日朝貿易の窓口になった。また、薩摩藩によって武力で幕藩体制に組み込まれた琉球王国とも通交があったようである。朝鮮は中国産の生糸や、薬用として重宝された高麗人参を輸出して、日本は慶長丁銀で購入した。幕府では貿易による貴金属の流出が問題とされ、銀の含有率を低くした銀貨に切り替える。李朝では含有率が低い銀貨の受け取りを拒否したため、幕府は高麗人参専用の銀貨として人参代往古銀を発行した。日本は外交使節の朝鮮通信使にも銀を贈ったが、朝鮮側は銀を自国内には持ち込まず、朝鮮人被虜の送還費用や外交窓口である東萊府の資金とした。
文化面.
朝鮮通信使は日朝の文化交流のきっかけともなった。迎賓館として福禅寺の境内に客殿の対潮楼が建立されて、日本の漢学者や書家らとの交流の場となった。『海東諸国紀』には日本の地図も収められており、江戸時代には日本で同書の写本が流通した 。