ニュートンの錬金術に関する著書の多くは研究所の火災によって焼失しており、錬金術師としての業績は現在知られているものより大きいとも考えられる。錬金術への転向のため、ニュートンは錬金術を研究している間神経衰弱に罹っていたと考える者もいるが、実際は化学物質（水銀・鉛など）による中毒症状であったとする向きもある。
ニュートンの著書によれば、彼の錬金術師としての主要な目的はまず賢者の石（卑金属を金に変えると信じられていた物質）の発見であり、その次にエリクシルの発見であったと考えられる。
賢者の石.
聖書研究.
ソロモン宮殿.
ニュートンは、ソロモン宮殿がソロモン王の特別な眼と聖なる助けによってデザインされたと信じ、宮殿をかたちづくる幾何学は単に数学上の青写真というだけでなく、時間軸をたどるヘブライの歴史の年代記を表しているとした。ニュートンが宮殿について書いた章を、本に書かれた歴史の流れに直接関係しないにもかかわらず『古代王国年代記』に加えたのはこういった理由からである。
ニュートンは、古代の哲学者・学者・聖書の人物の著書に聖なる知識が込められているのと同様に、建築の中にもそれが込められていると考えた。これらの人物は、複雑な暗号と象徴的・数学的な言葉を隠しており、解読すれば自然の運行に関する秘められた知識を解き明かすことができると信じたのである。
ニュートンの予言.
ニュートンは、自身を聖書の記述を解釈する使命のため神に選ばれた人々のひとりだと考えていた。ニュートンは聖書の予言的解釈を強く信じており、プロテスタントのイングランドでの多くの同時代人と同様、ジョセフ・ミード () の教えと研究に親近感と賞賛を抱いていた。
ニュートンはこれらの研究では、いわゆる「科学的」なアプローチはとっていないものの、確かな根拠による研究成果として記している。
これらの文章は出版する意図を持って書かれたものではないようで、ニュートンはこの中で人気取りのために黙示録の日を推測するものに対する個人的な強い嫌悪を表明している。また、ニュートンはこれらの文書の中で具体的な終末の日の日付を書いていない。
明らかに、ニュートンの数学的な終末予測は聖書の解釈のみに拠るものではなく、彼個人の神学的視点を通した特有の年代解釈にも基づいている。
ニュートンの年代学.