ただし、グリーン車で着席できなかった場合は、グリーンアテンダントに申し出て証明書を発行してもらい、駅の窓口でグリーン券とともに提出すると無手数料で払い戻しを受けられる。払い戻す予定で証明書をもらった場合（もしくはグリーン券を購入しておらず、利用するつもりがない場合も含む）、即座に普通車に移る必要があるが、朝・夕ラッシュ時は普通車との間の扉は封鎖されているため、次の駅に到着後いったんホームに降りて移動することになる（乗務員の判断で一時的に扉を開放することもある）。
しかし、払い戻せること自体を知らない、手順を知らず証明書なしで直接駅窓口に行く、または混雑のため下車まで乗務員に会えなかった（探しにも行けなかった）などで払い戻しできないケースもあり、「座れないなら発券しないでほしい」という声も新聞などで取り上げられたことがある。
モバイルSuicaのグリーン券機能では個人端末からのオンライン購入という特性上、購入した場所に関わらず事前料金と同額のため、実際に乗車あるいは車外から窓を通して見て、席が空いているのを確認・着席してから即時購入が可能であり、車内に入っても座れなければ払い戻し以前に購入せずにすぐ普通車に移動する行為もできる。ただしJR東日本は電波状況による購入失敗の可能性を理由として乗車前に購入するよう注意しており、乗務員による車内改札の時点で購入手続きが終了していなかった場合や、普通車へ移動ができなかった場合は、その場で車内料金で現金購入することとされている。
JR他社での事例.
JR北海道.
JR東海.
JR西日本・JR四国.
JR九州.
ジョイフルトレイン.
国鉄末期から多数の列車が登場したジョイフルトレインにおいてもグリーン車が連結されていた。当初は大半の車両がお座敷列車であったが、これらは全車グリーン車扱いとされた。
観光列車.
試験車両.
船舶のグリーン席.
これらは、鉄道連絡船の使命でもある「鉄道輸送と一体となった鉄道運輸体系の延長」であり、鉄道運賃のそれの体系を踏襲する形であった。
JR以外のグリーン車.