現代の日本。法の網の目を潜り抜けて凶悪な犯罪を犯す巨悪が跳梁跋扈しており様々な問題が発生しているにもかかわらず、政府や警察は手をこまねいているだけであった。この状況を憂いたある警察庁幹部が、そのような巨悪を闇で断罪する特殊部隊を密かに結成した。その事実は警視庁にさえ知る者はなく、警察庁でも上層部のごく一部だけが知っていた。所属するエージェントたちは法的には存在しないとされる者や現職の警察庁職員たちで構成。死しても屍は内部で処理され、生きていた証すらもこの世に残すことはない。
ミラージュは各種センサーを内蔵した眼鏡とサプレッサー付きの拳銃、相棒であるAI搭載車両のロビンと共に隠密裏に犯罪者たちを処断していく。
そんな中、不動産で資産を集め、政財界や警察関係者とも繋がりを持つ裏社会の大物鯨岡憐次郎が事件への関与を疑われ、御崎にマークされる。一方、鯨岡も超法規的手段で犯罪者を消す謎の組織の存在に気付く。事件現場で処理活動している姫島を目撃した鯨岡は部下に命じて姫島を拉致。拷問して組織の全容を吐かせようとするが姫島は頑強に抵抗。姫島奪還に動いたミラージュは姫島を救出する。だが、姫島には情報漏洩の嫌疑がかけられる。
一方、御崎は鯨岡の“処理作戦”に出る。鯨岡はミラージュと御崎に追い詰められるが警視庁副総監のはからいで「一番安全な場所」に逃げ込む選択をする。つまりは警視庁に逮捕されて収監されてしまえば追って来られないし、刑務所内では簡単には消されない。鯨岡は虜囚の身で着々と反撃のプランを練るのであった。
基本的には左文字の許に舞い込んだ問題事案の解決を目的とした命令によるが、御崎の進言により独自ミッションを発動することもある。それらは、日本国内の反社会勢力やテログループの殲滅、表沙汰にしたくない誘拐・監禁事件の解決、武器密輸の阻止と密売組織の壊滅、外交特権で手出しができない外国要人の暗殺など、多岐に渡る。つまり、警視庁や公安、外務省、海上保安庁などの手に余る事案を超法規的手段で解決し、「日本の国益と治安を守る」というのが組織の目的であり、至上命題となっている。諸外国に対する「示威」という狙いも含まれる一方、社会的影響力の多い人物（具体例としては鯨岡など）については、上層部の意向で「待った」がかかることもある。