不登校の子どもの受け入れ先として、教育委員会の運営する教育支援センター(公営のフリースクール)が知られている。その他には、一部地域にある夜間中学や、民間のフリースクール、フリースペースが、補助的な形で受け皿となっているが、民間のフリースクールやフリースペースは利用料が毎月数万円から数十万円と費用が高額であり、毎月の利用料とは別に冷暖房費と光熱費（施設によっては食事代や寄付金も徴収されるところもある）を徴収されることから、生活困窮家庭である低所得世帯、ひとり親世帯、生活保護世帯、DV被害者世帯は利用することが難しいと言われている。
また高等学校の場合、義務教育でないため不登校が問題にされにくい。たとえば、中途退学という形で、学校からドロップアウトする例があるが、その後の生活にプラスになっていない例もある。不登校の末に退学した後、そのまま引きこもりに移行するような事例もある。
また、欠席が多くてもあまり復学支援はないし、小中学校ほどではないが同様に年齢が高くなると入学が難しくなる例もあり、そういった理由での不登校も問題にされにくい。
上記のように、就学者の不登校は大きな問題になっているのに対し、非就学者の不登校はほとんど問題視されない傾向がある。学籍がないと、学校側の目が届かないため、行政の対応が難しくなるのである。
派生的な意味であるが、「教師の不登校」も存在する。
不登校の契機.
その他、先輩・後輩といった厳しい上下関係（特に運動系部活動において）などといった人間関係の変化になじめず、それをきっかけに不登校に陥るケースもある。
不登校の予防.
一次予防.
児童生徒一人一人にとって居心地の良い学校環境を作ることが重要となる。たとえばその一つとして、学校がトランスジェンダーの児童生徒にとっても居心地の良い環境となるよう、不必要な性別区分けをなくし、個が尊重される環境を作ることなどが考えられる。また、学級内のいじめや人間関係のトラブルを予防し、児童生徒が安心していられる空間を保つことは、不登校の予防にも寄与しうる。
二次予防.