そして、サルファ剤を完成させてルリの命を救うことに成功し、無事に病気から快癒した彼女から千空が聞かされたのは、自らの育ての父であり、宇宙飛行士であった石神百夜が宇宙にいたことによって石化を逃れて、この村を創り上げる始祖となるまでの物語『百物語 其之百 石神千空』であった。物語に託されたメッセージにより、「科学復興・人類救出という願いが、正しく百夜の遺志である」と知らされた千空は改めて父の遺志を継ぐことを決意。村人たちもまた千空を支えることこそが村の始祖の遺志であることを知り、石神村は新たなる結束の時を迎えた。
石神村が新たなる結束を迎えたのも束の間、ついに獅子王司が武力による村の制圧に乗り出す。そのことをゲンから知らされた千空は石神村の人々と共に、司軍の対策に乗り出す。
司の腹心・氷月を筆頭に襲撃してきた刺客を千空達は、日本刀により撃退する。双方とも冬ごもりに入り、春の決戦に備えて千空は情報戦の重要性を説き、携帯電話（トランシーバー）を作り始める。千空達はその過程で真空管の作成を始めるが、真空管の超高熱に耐えられるフィラメントを作れずに行き詰まる。代用策を千空が考えている途中で年を越し、皆と初日の出を見ることになるが、クロムが集めた石の中よりスイカが見つけた灰重石─タングステンが、朝日が昇る一瞬の紫外線に反応する。千空、クロム、マグマの三人組は電球とバッテリーを携え、タングステン採取のためにクロムが灰重石を拾った川の上流にある洞窟の中を探索、その途中でマグマが正式な仲間となり、洞窟の奥の鉱脈でタングステンを初めとした様々な種類の貴重な金属を採取することに成功する。その後、石神村で千空に対し、ゲン発案でサプライズ誕生日プレゼントとして天文台が送られる。