報告書では、年金記録問題発生の根本は、社保庁を管理する立ち場である厚生労働省及び、社会保険庁の年金記録管理に関する基本的姿勢にあると結論づけ、その原因として次の要因を挙げている。
問題発生の直接的要因.
これに加え、年金記録を電子化するさい、紙記録を廃棄させる命令が出されたこともあげられる
問題発生の間接的要因.
報告書では、上記の年金記録問題発生の直接的な要因を助長する背景となった要因に、社会保険庁の組織上の問題点があると指摘している。
問題発生の責任の所在.
報告書では、責任の所在を次のように結論づけている。
今後の教訓.
報告書の最後では今回の調査・検証を踏まえた上で、今後の主な教訓を次のように述べている。
年金記録問題への取組.
年金記録確認第三者委員会.
なお従来の法律では、被保険者の資格、標準報酬又は保険給付に処分に不服がある場合は、社会保険審査官に審査請求をし、その決定に不服がある場合は社会保険審査会に再審査請求することとされている。
委員は、非常勤の国家公務員であり、専門性及び識見の高い法曹関係者、学識経験者、年金実務に精通した者（社会保険労務士、税理士、市町村住民行政関係者等）、その他の有識者等から任命され、「消えた年金記録問題」や「年金記録不備問題」等の個別苦情事案に対応する。
年金記録確認第三者委員会報告書.
年金記録の管理.
社会保険庁改革と年金記録問題.
社会保険庁改革関連法.
民主党は、「日本年金機構」の新設に反対し、その対案として「歳入庁法案」を国会に提出したが、当時の安倍首相からは、「さまざまな問題があった社保庁を公務員組織のまま温存する案だ」として批判された。これに対し民主党の山井和則議員は「今でさえ加入記録が分からないのに（政府案通り）特殊法人化すればさらにうやむやになる」と反論した。また、職員の給与は税金から支払われる「みなし公務員」であると批判した。
また、公務員労働組合（全日本自治団体労働組合、日本教職員組合、日本国家公務員労働組合連合会など）は、公務員改革法案に対しては、能力・実績主義を押し付ける内容だとして反対を表明していた。