自身の顔を分け与える自己犠牲のアンパンマンに対して、ばいきんまんは自己の欲求を満たそうとする利己主義的行動原理を担っている。人間にも良い心と悪い心の両方がバランスを保って存在しているように、両者は「光と影」「プラスとマイナス」のような関係で片方だけでは存在できなくなっているといわれている（「#アンパンマンとの関係」を参照）。やなせは、ばいきんまんの人気について、「怠けたい、いたずらをしたいなどという人間の欲求不満を表現している。」「ばいきんまんは時にはいいこともする。悪に徹しきれないところがある。」「決してばいきんまんは死ぬことはない。人間が風邪を一度ひいて、またかかるように、やられても平気な顔をして次に出てこられる。」などと語っている。
外見.
性格.
その一方でかなりの努力家でもあり、アンパンマンを倒すためにはどんな苦労も惜しまず、幼少より密かにトレーニングに明け暮れている。
可愛い女の子や美しい女性が大好きで、彼女らの前では紳士的に振る舞ったり、悪事を控えることもある。悪役らしからぬ面も多いが、彼自身は自分が悪であり「正義の敵」であることに誇りを持っている。アンパンマンたちにいたずらしたことを謝ったことがある（もちろんばいきんまんの策略である場合が多い）。しかし本人は謝ること、謝られることを拒む傾向がある。
悪さ.
普段は暇または空腹を持て余して町をバイキンUFOでうろついていたり、パン工場でのアンパンマンたちの会話を蜘蛛型の盗聴器で盗み聞きしたりしており、その中で数々のいたずらを思いついては実行に移している。いたずらの内容としては、登場する2人のゲストキャラクターの一方に変装してもう一方に対して悪さを行い本物のキャラがその犯人だと疑わせる、自分やアンパンマンの事を（あまり）知らないゲストキャラ（新キャラ）に対してアンパンマンが悪者だと嘘を吹き込んで敵視させる等がある。 
第一話におけるばいきんまんの悪事はてんどんまんの天丼を食い逃げしたことで、当時まだ自己愛が強くプライドの高かったてんどんまんの怒りを買って追い回されている。
ただの悪党として思われるのは嫌いなようで、
食いしん坊.