そこでいっそのこと、村々の桑園に開いてしまおうか、という議が生じその後も再三くりかえされたが、他方にこの古墳の地は古く「天王（てんのう）」と呼び、また神輿を埋めたところであるとの伝説があったため、神の祟りを懸念して自ら開墾に手を下す人がなく、封土はそのままに残ることとなった。
明治三十五年、塚の前を走る街道の改築工事に当たり、「土砂の必要性から工事請負人から代償金を村に納める条件で、この稲荷山古墳の封土を採掘したいと申し出た」
村ではこれを了承したが、上述の伝承もあるので始終注意を払って工事を見守っていた。
すると、「同年八月九日、下から石棺が現れて、偉い人の墳墓であることが分かり、大騒ぎとなった」
翌日、高島郡長、警察分署長ら立会いのもと、石棺の蓋が開かれた。
当時、同村の友岡親太郎が、主として調査を行い、石棺内の見取り図も描いている。そこには、遺体の両脇に二本の大刀、身体を横切るように斜めにもう一本の剣が置かれ、頭部には「冠様のもの」「珠玉」、足には沓が置かれていた。
同年十一月には「宮内省諸陵寮」による調査が行われ、主要な発掘品は東京に送致された。
数年後、発掘品は村へ返還されたが、大正元年十月になって、東京帝室博物館から出土品の主要なるものを提出するようにとの指令が来た。
考証.
一方、高島の地方豪族であった三尾氏の古墳にしては、あまりにも「豪華すぎる」点が指摘されている。
高橋克壽は、この古墳が高島という地方に在りながら、畿内的な特徴を持っていることを指摘している。
具体的には、
などから、被葬者が「地方勢力ではなく、畿内の王権と直接的な関係にあった」としている。
森下章司は、副葬された冠・美豆良金具・沓の三種の装身具は葬儀に当たって特別に作られたものと考えており、被葬者は「高島郡三尾と深い関わりを持ちながら、王権中央でも高い地位にあった人物」としてる。
辻川哲朗は、この古墳から出土した埴輪は、畿内で作られていた埴輪だとして、（真の継体天皇陵とされる）今城塚古墳と同じ新池埴輪窯で焼かれたとしてる。
これらの説では、
などの全ての条件を満たす人物として、継体天皇の三尾氏出身の皇子（例えば、三尾角折君妹 稚子媛（日本書紀）三尾君等祖 若比売（古事記）を母に持つ大郎皇子）が被葬者として提唱されている。