前作に登場したキャラクターにも「サードフォーム」と呼ばれる新コスチュームが追加されている 他、キャラによってはさらに第四のコスチュームが用意されている。サードフォームは前作のアナザーフォームと同様PPを消費して購入する事で使用可能になる。
ストーリーモードのイベントシーンでは一部のキャラクターがサードフォームで登場し、それらのキャラクターは前作と所属陣営が異なっている。サードフォームはインパクトと「そのフォームで戦いたいと思わせられるようなもの」かどうかを重視して決められており、すんなりと決まったキャラもいれば最後まで難航したキャラクターもいる。
前作と同様にストーリーを進めるとレポートを入手できるが本作のレポートは前作と異なりミュージアム内の閲覧データでは無く独立した一つのモードで一種類のみとなっており、レポート閲覧画面の青色で表記された文字で○ボタンを押す事で本編を補完するサイドストーリーをプレイする事が出来る。このサイドストーリーの採用は「本編だけでカバーできない部分はどうしても出てくるが、その部分を描かないのは勿体無いため何とか入れられないかと考えた結果このような形となった」ためである。
ストーリー.
ゲーム開始前.
幾多の時の間、繰り返されてきた調和の神コスモスと混沌の神カオスによる神々の争い。二対の神に召喚された戦士達は元いた世界の記憶を失い、自らを召喚した神に仕えて神々の争いに参戦しなければならない。そして勝敗が決まると戦士達は浄化と呼ばれる処置によって戦いの記憶を失い、そしてまた戦いは繰り返され、神々の争いは決して終わる事は無かった。
ゲーム本編.
コスモスの戦士の一人ライトニングは、カオスの戦士ガーランドから「イミテーションに倒された戦士は復活する事が出来ず、完全に消滅してしまう」という事を告げられる。イミテーションの事をコスモスに聞くためにコスモスの元に戻ろうとしたライトニングだがその道中で仲間とはぐれ、さらにコスモスの戦士カインが他の戦士を倒している事を知る。