時に、両統迭立の時代になると、神孫為君の論理に安住出来なくなり、徳治と善政を標榜するようになる。花園天皇は「皇胤一統」の論理に寄りかかる事を戒め、君主としての徳の涵養を力説している。また同じく儒教精神から、後鳥羽上皇のように『承久記』や『六代勝事記』によって激しく批判、失脚の正当化がされる事はあっても、天皇という制度が否定される事は個々の天皇に対して激しい攻撃がなされた中世期にあってもなかった。それは、儒教的徳治論の核心をなしていた易姓革命思想は、皇位継承者の中でも徳の高い人物が就くべき、徳のある人物が政治を行うべきという論理に姿を変えて日本に定着する事になった。
鎌倉時代.
中世の国家体制については、一般的には天皇・公家の後退と武家の伸張によって特徴付けられるが、公家と武家が両々相俟って国家を維持したとする権門体制論も提出されているなど学説も多様である。荘園制の普及にもかかわらず律令体制下の公領（国衙領）がなお根強く残されていたことから、鎌倉幕府の成立前後までは上皇がかなりの権力を振るう余地はあった。
この乱は朝廷の全てが関わったわけではなく後鳥羽上皇の少数の側近貴族達が関わっただけで、当時の常識から鎌倉方が本気で攻めてくるとは思ってなかった後鳥羽上皇方は無為無策のまま敗北してしまった。
承久の乱で権威を失った皇室は、早い段階で権威回復を遂げたとされる。後嵯峨上皇が院評定制を定めて以降、徳政評定と雑訴沙汰の分離に代表される亀山上皇の弘安徳政、記録所の拡充に代表される伏見天皇の永仁徳政、訴訟制度の効率化を進めた後宇多院政、暦応雑訴法制定や「政道興行」に代表される光厳上皇の貞和徳政など、鎌倉時代後期から南北朝時代初期（北朝）の朝廷では徳政と呼ばれる政治・訴訟制度改革が盛んになり、鎌倉期や南北朝期の朝廷（北朝）は種々の制約を受けながらも、依然として国政機関としての実体を保つことができた。