一方、アメンボなどの水生のカメムシ目は一般的には移動能力が低く、また道灌濠などの内濠にカメムシ目の昆虫が持ち込まれる状況が考えにくいことなどから、以前より生息していたものと考えられる。皇居内の道灌濠付近は昭和天皇の希望によって吹上御苑と同じように最低限の管理のみ行われており、自然に近い環境が保全された結果、コオイムシなどの都市化に伴う環境の撹乱に弱く、東京都内ではほとんど見ることが出来なくなった種が生息している。またトンボ類と同じく水生のカメムシ目も静水域を好む種中心の分布であることも特徴として挙げられる。
アザミウマについて.
ガについて.
チョウについて.
甲虫類について.
ハチ類について.
皇居内で見られるミツバチはその多くがニホンミツバチである。皇居内では複数のニホンミツバチの巣が確認されているが、セイヨウミツバチは数が少ない。これは養蜂の巣が皇居近くに無いうえに、スズメバチが多い皇居ではスズメバチを防御する手段を持つニホンミツバチの方が生存に有利であるためと考えられている。
双翅類について.
カマアシムシ類について.
トビムシ類について.
皇居の生物相の特徴.
そして皇居は都市部に囲まれている上に周囲には濠があるため、移動能力が低い種は皇居に戻ることが困難である。後翅が退化して飛翔力を失った移動能力が低いハネカクシ類、地表性のクモ類、カニムシ類やコケガなど、自然環境が回復してきた現在もその姿を見ることが少ないはこのためであると考えられる。現在の皇居の自然環境は、海によって隔絶された大洋島の環境に類似しているとも言え、ウシガエルの大繁殖によって両生類、爬虫類、昆虫類に大きな打撃が加えられている現状も、外来種によって在来種が撹乱される事態が発生する大洋島の事例に近いものがある。
その一方、ショウジョウバエ相に見られるように皇居の環境が外部の生態系と関連を持っていることが明らかな事例もある。チョウ類やトンボ類、カワセミのように皇居を始めとする東京都内の緑地を移動しながら生活したり分布を維持している例も見られる。このことから、皇居の生物相は閉鎖性が強いとはいえ外部との関連が見られないわけではなく、皇居をはじめとする東京都内の緑地は生物の生存環境を守っていくためにも重要であることがわかる。