このように、神道思想の表明を放棄して神道精神の空白化を行なった国家神道体制に対して、在野の神職や神道思想家からは非難も上がり、中には独自の神道思想を打ち出したり、民間の神道教団を作ってこれに対峙していった者たちもいた。
教派神道の教えの全体的な特徴として、伝統的な神祇信仰を踏まえつつ、それぞれの教派で主神を置く場合が多く、まじないや神占いなどの伝統的な儀礼を用いて布教を行っていった。教派神道は国家から公認された存在ではあったが、独自の教えを説き広げて多くの信者数を獲得していったことから、しばしば国家からの弾圧にもあった。天理教は、内務省の「秘密訓令」により攻撃を受け、儀礼などの変更が余儀なくされた。大本も、信者数の拡大に警戒感を抱いた政府当局により第一次、第二次の二度にわたる弾圧を受け、本部施設の破壊、全組織の解体、全幹部の拘束などが行われた。
また、教派神道やその他の神道系教団とは異なり、個人で思想活動を行なった神道思想家も多数いた。神道家の川面凡児は、内務省の神道政策を批判して、禊を中心とした神道精神の復古を力説し、万教帰一、万神即一神に基づく独自の神道思想を打ち出した。また、川面の影響を受けた今泉定助は、宣長以来の実証的な神道研究を行いつつ、川面に入門して宗教的な行法を体得し、独自の神道思想を表明した。その思想は、神と人間は本来一体であり、祓えを行うことによって心身を清め、統一主宰である直霊神を自己に発顕して神人合一の境地を実現することが、宇宙の真理であるというものである。今泉は政府の神社行政や軍部の戦争方針を批判し、政治家に対して戦争を止めるよう講演をするなどしたため、戦時中には著作や講演録が発禁処分となった。
神道指令と戦後神道.
なお、神社は公的な立場を失ったものの、戦前には禁じられていた神葬祭の実施や各種の祈祷の隆盛により、経済的には戦前を上回る繁栄を手にした。高度経済成長によって日本経済が向上すると、神社においても戦前を上回る整備や拡充が行われるようになった。他方、経済成長により都市化が進むと、地方の過疎化に伴う氏子の減少や神職の後継者不足といった問題が顕在化していった。都市の神社においても、氏子層の流動化や都市開発による神社環境の悪化、名目氏子の増大などの問題を抱えるようになった。
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