室町時代に入ると、それまで公家、僧侶階級に愛好されていた囲碁は武家や庶民にも広がり、同時に碁盤と碁石を使った様々な数とり遊びも生み出されて広まった。有力者は「碁打ち」「上手」と呼ばれる半専業の者を抱えて、競わせるようになり、その中には同朋衆や、出自不明の者も少なくなかった。戦国時代に入ると、戦のシミュレーションとして大いに好まれ、隆盛を迎える。武田信玄他、多くの戦国武将が碁を好んだという記録が残っている。
この時期に群を抜いた第一人者として登場したのが日海（後の本因坊算砂）である。この時代には、それまでは対局する両者が碁盤上にあらかじめいくつかの石を置いて対局していたものを、盤上にまったく石の無い状態から打ち始める方式への移行もあった。このため布石の概念も算砂の時代から生まれたといえる。
算砂は織田信長・豊臣秀吉・徳川家康の囲碁の師であり、三人共に算砂に五子置いていたと言う。算砂を現在のトッププロとすれば、信長たちは現在のアマチュア4、5段ということになる。その腕を信長に認められた算砂は名人の称号を名乗ることを許され、更に秀吉にも重用されて扶持を貰うようになり、家康が将軍となった後は名人碁所（めいじんごどころ）として碁界を統括することを命ぜられた。（算砂は将棋所も受けている）。
江戸の黄金期.
江戸時代には算砂の本因坊家と井上家、安井家、林家の四家が碁の家元と呼ばれるようになり、優秀な棋士を育て、互いに切磋琢磨しあうこととなった。四家はそれぞれ幕府から扶持を受けており、それぞれの宗家は血筋ではなく、実力により決められる事となった（血筋も影響したようではある）。その技術の発揮の場が年に一回江戸城内、将軍御前にて行われる御城碁である。御城碁は四家それぞれ数人の代表によって戦われたが、負けることは家の大きな不名誉となり、弟子の集まり方にも影響した。
また囲碁界の統括者である名人碁所の地位は、各家元いずれかの宗家であり、棋力が他を圧倒し、かつ人格的にも他の家元からも認められることが必要とされた。名人は、他の棋士に対して段位を発行する権限など、数々の特権と大きな名誉を有しているため、名人の地位をめぐる各家元による争奪戦が何度も演じられた。争いの解決は対局で行われ、その対局を争碁（そうご、あらそいご）と呼ぶ。