その後、行円・行祐・円祐・円慶と次第され、現在は第二十三世釋琢生が住職をしている。「元治由緒書」や「文政由緒書」によれば、行如は北条時政の孫（北条時房の子）である北条時村（北条相模次郎時村）であったという。そのためか興宗寺の住職は北條姓を名乗っている。
蓮如上人由緒寺.
興宗寺第五世円慶の頃、本願寺の蓮如が越前吉崎に下向した。蓮如の下向に際しては円慶が供奉したとも、興宗寺門徒である大家彦左衛門が供奉したとも言われている。
吉崎御坊の建立やその後の蓮如の教化活動を支えた功が認められ蓮如から山号の免許があり「牛鼻山」の山号と方便法身尊像を拝領した。牛鼻山の名は、吉崎牛ケ鼻に多屋を建てていた為ともいわれ、また第五世円慶が隠居した加賀月津の牛ケ鼻に掛所があった為ともいわれている。
更に翌年には蓮如から親鸞聖人御影も下付されている。
現在、興宗寺の納骨堂には御文章をしたためる蓮如の像が置かれていて、蓮如との深い関係を偲ばせている。
寺基の移転と興宗寺の掛所・下寺.
長畝郷田島から北の庄（福井）へ.
もとは越前長畝郷田島（現在の福井県坂井市坂井町田島辺り）に寺基があった。今でも「御坊前」と称する田や、「堂越」とか「堂垣」という名字が残っている。
太子堂.
但馬興宗寺と月津太子堂（加州興宗寺）は当初から、どちらかに子息がいない場合は、他方から子息を迎えるなどして、良好な関係であった。しかし、本願寺が東西に分派した際に、但馬興宗寺は西派（現在の浄土真宗本願寺派）、加州興宗寺は東派（現在の真宗大谷派）に分かれることになる。
顕如が長男の教如を義絶したのは第八世誓了の時代であり、加州興宗寺には誓了の弟である善了が入寺していた。教如に加担した善了もまた本願寺より破門されることとなる。
分派は第十世心願がちょうど住持職を継職した頃である。この心願は東派になった善了の次男であったようだ。
月津太子堂（加州興宗寺）は現在も牛鼻山興宗寺（大谷派）として石川県小松市月津にある。（興宗寺 (小松市)）
山下道場（西念寺、吉崎寺）.
興宗寺門徒大家彦左衛門は、蓮如の越前国内を経回した際のお供をしたこと。朝倉氏への働きかけをしたこと。また吉崎御坊完成に至るまで大家彦左衛門宅に蓮如が止宿していたことにより、蓮如が帰洛の際に六字名号を賜った。
静照庵.