上記の各種人体実験によって生じた児童の健康被害、死傷者数、予後などは、ほとんど解明されていない。また、実験に関与した者への処罰も行われていない。
亡くなった子供たち.
真実和解委員会は、インディアン省の方針として、関連費用のために子供の遺体を家に返すことを拒否し、代わりに埋葬の費用を学校に負担させたとしている。委員会は、生徒を無名の墓に埋める慣習もあり、死亡または行方不明の子供の数を確認することは不可能かもしれないと結論付けた。学校や政府関係者が、死亡した子どもの数や埋葬された場所について信頼できる数字を残すことを怠り、記録が不十分だったパターンもあり、作業はさらに複雑になっている。ほとんどの学校が敷地内に墓地を持っていたが、もともと標示されていた墓地が後に壊されたり、故意に隠されたり、上に建てられることが判明し、その場所や範囲を決定することは依然として困難である。
資金難.
連邦政府はコスト削減のため米国の寄宿学校のシステムを導入し、強制労働によって寄宿学校を経済的に自立させることを目指した。宣教師の人件費は安く、「ほぼ無費用で寄宿学校制度を運営できる」と政府は考えたのである。生徒は、自分たちが食べるほとんどの食べ物を育て、調理し、衣類の多くを作り、修理し、学校を維持することを期待されていた。ほとんどの学校では、生徒は半日勉強し、残りの半日で「職業訓練」を行うというシステムでこれを行った。このシステムは失敗し、学校は自立することはなかった。
政府関係者は、多くの職員が清貧を誓う修道会や宣教師団体に属しているため、給与は比較的重視されないと考えていた。そのため、ほとんどすべての職員が低賃金であり、学校は職員の採用・確保に苦労していた。資金難により教育の質も著しく低下した。教師の多くは教職の資格を持たなかった。
後遺症.
言語と文化の喪失.