巣箱を使う家畜には、鳥類のほかにミツバチがある。養蜂では養蜂箱と呼ばれる、家畜化したミツバチが繁殖しやすいよう、工夫された専用の巣箱が用いられる。この箱は内部が蜂が営巣しやすいよう工夫された構造となっているが、この中にミツバチが営巣した場合に、それらはパネル状になった複数の巣からなる一つの社会を形成する（→社会性昆虫）。この巣箱は出入り口が閉鎖できるようになっているほか、移動ができる。養蜂家はこの巣箱を花のある場所に運搬してミツバチを放つと、ミツバチは巣箱を中心として集めた蜜で巣箱内の巣に蜂蜜を蓄える。この蜂蜜を人間が集めて利用するほか、巣の素材である蜜蝋なども利用できる資源として得ることができるのである。
ペットと巣箱.
ペットの飼育において、小鳥の場合は鳥篭の中に小鳥が安心してゆっくり休めるよう、巣箱を設ける場合がある。またハムスターやネズミなどの場合でも、箱状の巣を設置する場合がある。
巣箱と自然保護.
巣箱の設置が自然保護活動の一環で、自然の森に巣箱をかけることで鳥を保護を目指す運動も見られる。ただしこれにはさまざまな問題があり、改良のための努力や議論も行われている。以下にその問題と取り組みを示す。
鳥類相への影響.
一般的な大きさの巣箱を利用する鳥類が、ごく一部の種に限定されることが指摘される。巣箱を利用する鳥は、木のうろ（木の幹にできる空洞→樹洞）などの穴を巣として利用する鳥であり、枝先などに開かれた巣を作る鳥は利用しない。
またドイツでは、隣接した森林で片方に巣箱を設置した比較実験を行ったが、巣箱が用意された側の林では、洞巣性の鳥類が激増したという。巣箱の設置が鳥類相（鳥類の種類ごとの分布や比率といったバランス）を大きく崩す可能性があり、人為選択にもつながりかねない。
この問題に対しては、鳥の種別に適した巣箱を作り、目的も特定種の鳥類の保護に限定した活動とする例もある。例えば巨木の少なくなった環境では、フクロウの営巣が可能な大きなうろもその数を減らすため、フクロウ保護のために専用の巣箱をかける活動や、森林性のコウモリの保護のために、コウモリの習性に即した専用の巣箱を作っている実践例もある。
包括的な保護活動の必要性.