基本は横スクロールのアクションゲーム。待ち受ける敵を倒したり避けたりしながら、コースの最後にある「ゴールターゲット」を踏めばコースクリアになる。ただし、ボスステージではボスを倒すとコースクリアになる。コースを攻略する順番は基本的に決められており、隠しゴールなどによる分岐も存在しない。なお、ボスステージも含めて、過去にクリアしたコースをもう一度遊ぶことも可能。
コースによっては味方キャラ（アニマルフレンド）がいる場合があり、上に乗るとアニマルフレンドを操作できる（アンコウのグリマーなど、操作できないアニマルフレンドもいる）。アニマルフレンドに乗っている間は、操作方法もアニマルフレンドのものに変更され、それぞれ独自の能力を活用して攻略することが可能だが、他のコースには持ち越せない。アニマルフレンドはダメージを受けると高速で逃げ出すが、谷底に落ちるなどして見失わない限りは乗り直せば再び利用できる。
マップ画面.
ボーナスステージ.
コース内の数か所に、隠し部屋（ボーナスステージ）の入り口が隠されている（ボスステージには無い）。
ボーナスステージの入り方は次の通り。
今作からのボーナスステージは、これらのミニゲームをクリアしてコインを取らなければ、ファイルセレクト画面で表示される「達成率」には加算されない。前作と同じく、全てのボーナスステージをクリアしたコース名には、末尾に「!」マークが付く。なお、クレムコインを全て入手すると全コースを解禁できる隠しワールド「ロストワールド」のボーナスステージは、既にクレムコインが不要になった状態であるため他と異なり、クレムコインの代わりにDKコインが賞品になっている。
画面表示.
前作同様、残機数や集めたアイテムの数は画面に常に表示されない。残機数やバナナ数は、コース開始時・増減時に数秒間だけ表示される。普段はゲーム画面にしか表示されないため、非常にすっきりした画面構成になっている。そのため、プレイヤーの意思で任意に残機数を確認することはできないため、残機数は自分達で予め確認したり覚えておくことが望ましい。
『ドンキーコングランド』では残機数のみハートマークで常に表示されている。
アイテム類.
タル.
それぞれの名称はSFC版に準拠。
地面に設置されており、持ち上げて投げることで敵を攻撃することができる。