慶長の禁教令.
これは布告された教会の破壊と布教の禁止以外にも、家臣団の中にいるキリスト教徒の捜査が行われ、該当した者は場合によって改易処分に付されるなど厳しい処置が取られた。特に旗本だった原胤信は、出奔後も信仰を続けたために家康の怒りを買い、最期は処刑されている。
元和の大殉教.
元和年間での一連のできごとを機に幕府はキリスト教徒の発見と棄教（強制改宗）を積極的に推進していくようになる。
一方でこれらの大弾圧はいち早くヨーロッパへ伝えられ、布教熱を引き起こしたとも言われる。例えばドミニコ会の宣教師は、この後も日本への潜入や潜伏を試みていた。
鎖国令と島原の乱.
フィリピン征服の司令官は松倉勝家が有力であったが、同年におきた島原の乱によって遠征計画は致命的な打撃を受けた。
鎖国令が構築されていく中で起こった島原の乱は、参加した農民がキリスト教を拠り所にしていたという点で幕府に大きな衝撃を与えた。
オランダ人の記録によると、徳川家光はオランダ人の宗教がポルトガル人の宗教と類似したものであると理解しており、オランダ人を長崎の出島に監禁した理由の一つにキリスト教の信仰があったとしている。
幕府の諸政策.
先述のように元和年間を基点に幕府はキリスト教徒（隠れキリシタン）の発見と棄教（強制改宗）を積極的に推進していくようになった。これは世界に類を見ないほど徹底した禁教政策であった。
一方で苛烈な拷問も行われていた。
有名な物には、棄教のために京都所司代の板倉氏が考案したとされる「俵責め」がある。身体を俵に押し込めて首だけ出させ、山積みにして鞭を打つという拷問である。俵責めに耐えられず棄教した信徒は多く、俗に棄教した信徒を「転びキリシタン」（あるいは棄教した宣教師を「転びバテレン」）と呼ぶのは、この俵責めからきているといわれる。
こういった幕府の対策により、死刑にされる者より、拷問で死亡したり、棄教したりする者の方が圧倒的に多かった。
江戸時代を通してキリスト教徒の発見・強制改宗は続けられたが、一方で隠れキリシタンもまた信仰を隠し通したり、偽装棄教によって、幕末に至るまで独自の信仰を貫いた。
禁教令の緩和.
幕末、開国が始まると禁教令の緩和が取られ始めた。
明治政府による禁教令と政教分離.