福州イギリス総領事からの書簡と、サマラン号の先島諸島測量の報はほぼ同時に琉球王府に届いた。驚愕した王府はさっそく琉球王国全土に通達を出して異国船に対する厳重警戒を命じた。しかし那覇港に寄港したサマラン号の船長は、琉球来航が一過性のものではないことを言明した。琉球側はサマラン号の活動によって琉球がどれだけ困ったかを力説し、活動の中止を懇願したが、イギリス側の目的はまず通商関係の樹立であり、琉球側の懇願が聞き届けられることはなかった。
琉球当局は至急、この事態を薩摩側に報告して対応を協議する。フランスは大兵力を率いての再来を予告した上にキリスト教の宣教師まで琉球に残している。事態は江戸の薩摩藩邸に急報され、さっそく幕府側と協議に入った。その間、薩摩側としても対応策を検討した。結局薩摩側としては、軍事的に勝利することが不可能であることは明白であるので交戦の選択肢は実現不可能である。そこで最善なのは交渉によって琉球との交易を断念してもらうことであり、宗主国である清を動かす策を取るべきとした。しかしそれでも納得しない場合、琉球は表向きは清の属国であるので日本とは切り離した形で交易を認める決断をすべきとの結論に至った。薩摩藩主の島津斉興はアルクメーヌ号来航の経緯と宣教師のフォルカードが琉球でのキリスト教布教の許可を強く求めているとの報告書を幕府に提出し、藩主側近の調所広郷を老中首座の阿部正弘と会談させた。
琉球側のみならず薩摩藩もヨーロッパ列強の琉球侵略の可能性に恐怖心を抱いた。この事態の急変の報告を受けて薩摩藩側はさっそく幕府と協議した。島津斉興は改めて調所広郷を阿部正弘のもとへ遣わし、事態の説明、そして薩摩藩側が考えてきた対処方法について報告をした。この報告の肝は、フランス側からの要求を拒み切れない場合、幕藩体制外にあるとも言える琉球限定で貿易を認めてもらいたいとのことであった。ことの重大性に鑑み阿部は幕閣と協議した結果、薩摩藩の提案通りフランスとの軍事的対決となるリスクを負うよりも、琉球王国の自主判断ということにして、琉球に限ってフランスとの貿易を行うことを認めた。幕府の結論は将軍徳川家慶直々に薩摩藩主島津斉興、世子の島津斉彬に対し、薩摩藩側の対応に任せることにするが、国体を損なうことが無いようにせよと言い渡された。