大要としては「陸海軍航空兵力の集中運用の必要性」は陸海軍とも一致したが、海軍側の固執する「最初に襲来する米機動部隊を撃滅する」というものに関して陸軍側はアメリカ軍の攻略部隊の侵攻に先立ち高速機動部隊をもって敵拠点の航空戦力を撃滅するという戦法を多用していることと、それに立ち向かう海軍側が、それまでにもアメリカ軍機動部隊との戦闘でこれという戦果を挙げえぬままに航空戦力の大半を損耗し、攻略部隊が現れた時はこれに反撃する余力をなくし短期日で上陸を許してしまう「実績」を残していることから、海軍側の主張に対して「敵機動部隊の事前空襲に対しては航空兵力の温存を図って兵力の漸減程度にとどめ、上陸が開始された際に一気に大兵力を投じる」という意見を提示。実績を問われては海軍側もこれ以上自説を固執することができず、結局指揮については陸上戦が主体の場合は陸軍の航空軍の指揮下に海軍の航空艦隊が、海上戦闘が主の場合はその逆とするように取り決められ、陸軍側の主張が貫かれるものとなった。
準備.
となっている。（詳細は後述）
機動部隊（第一機動艦隊）.
機動部隊本隊（第三艦隊）.
第一遊撃部隊（第二艦隊）.
以後、部隊は次期作戦に向けて訓練を開始する。
第二遊撃部隊（第五艦隊）.
各部隊は直ちに瀬戸内海西部に進出するが、同部隊の編成は以後も大きく改編され、
となった。
特に主力艦である扶桑、山城の移動は第二遊撃部隊としては手痛いものであったが、攻略部隊殲滅の為の水上戦力増強は上級司令部である第一機動艦隊司令部の上申を受けてのものであり、第二遊撃部隊側としては強く反対できるものではなかった。
第五基地航空部隊（第一航空艦隊）.
司令部は捷号作戦の準備に際し、アメリカ軍では既に採用していた「反跳爆撃戦法」の採用を決定。初期よりこの戦法採用を提案していた高橋定少佐を横須賀空より招致して訓練を重ねた。
陸軍側は現地の第百師団が早くから敵上陸の報に疑念を持っていたので、これら一連の上陸情報を上級司令部に報告せず、夕刻に虚報と判明しると経過報告のみ行った。このため上級司令部や関係他部隊の混乱は起こらなかったが、師団内では確認に時間がかかったこともあり師団通信隊で固定無線機を破壊し退避したりするなど、市内の部隊には混乱が発生していた。
第六基地航空部隊（第二航空艦隊）.