次に、川や沼、池などにも水の神がいるという信仰もたくさんある。農業用水や生活用水との神と結びつくことが多い。神聖な山から水が流れ出し川となり、その川の上流から何か流れくるものが、神の世界から来たものと結びつけられることが多く、桃太郎や瓜子姫の話が成立し、神の子が誕生する物語に発展していく。修験道の系譜だが、例えば那智滝はそれ自体が御神体である。
思考・災いといった抽象的なものを擬人化、神格化した観念神.
天岩戸開きの際に、光が失われた事の対処法を考え、『古事記』では邇邇藝命の天孫降臨に同行した思金神は、思考能力の神格化とされる。
一言主神は『古事記』においては「言離の神」とされ、言語神であるとみなされている。
動物の神格化やその側面があるとされる神々.
海神族・出雲族とされる神には出雲の大国主神（蛇）、事代主神（鰐、ワニ等）、建御名方神（蛇）、大物主神（蛇）といったように蛇、鰐(ワニまたはサメ)の爬虫類や魚類の神がおり、天孫族にも賀茂建角身命（カラス）、天日鷲神（鳥）、天鳥船神（鳥）、熊野大神（熊）といったように熊、鳥類の獣神がいる。
南方熊楠は大物主は蛇のトーテムとし、三島の神池での鰻取り、祇園の氏子とキュウリ、富士登山の際のコノシロのタブーをトーテムとした。
禊（水浴）の汚れ、排泄物から生まれた神.
『古事記』によると黄泉の国から帰ってきた伊邪那岐命（イザナキ）が禊（水浴）で黄泉の汚れを落としたときに左目から天照大御神（本来は男神だったとする説もある）、右目から月読命、鼻から須佐之男命が生まれた。
祓戸大神と総称される、伊邪那岐命の禊で生まれた神は、祓詞で言及され、また大祓詞で言及されるそれらに比定される神は、罪を祓う神とされる。
怨霊信仰などにみられる祟り神.
日本三大怨霊の菅原道真・崇徳天皇・平将門など、非業な死を遂げた人間が死後怨霊として祟るという信仰形態があり、この祟りを避けるために呪術を行ったり神社に祀ったりした。和霊信仰のように現世利益をもたらす神の信仰に発展する場合も多い。
崇神天皇期には、謀反が起きたり、疫病が流行り大量の死者が発生していたが、夢で大国主命が天皇に意富多多泥古に自分を祭らせると「神気」が起こらず災害が治ると告げ、言われた通りにするとおさまったという。