一馬の死後、FBIは警視庁との協力捜査を開始するが、バナーが爆殺される。そして、バナーのアジトを調査していたマルコ・ラファロ捜査官と藤村茂刑事が、何者かによって殺害された。マルコの後任であるレッド捜査官と合流したノエルらは、バナーの放火が特定の人物を狙っていたものであると推測し、現場にいた著名な人物・布袋道貴に接触。しかし彼もまた「継ぐ者たち」の罠により殺害される。
「一行」のメンバーが相次いで殺害されたことから、警視庁は公開捜査に踏み切り、残るメンバーに警視庁へ出頭するよう声明を出した。結果、反核活動家の尾路六花がノエルらの前に現れた。彼女は、一馬が遺した遺留品から、一馬とバナーの会話データを引き出し、そこから「継ぐ者たち」のボス「まことの英雄」が「一行」メンバーであるかもしれない、という推測に至る。
「一行」の調査により、一馬、藤村、マルコ、バナー殺害の実行犯が全員自殺していたことが判明した。犯人たちの自宅から押収された同一の装丁の封筒に、古東内閣官房長官の皮膚片が採取され、鈴原は日本政府の内部に「継ぐ者たち」が潜伏していると推測する。しかし古東は「継ぐ者たち」のデータを管理する中核メンバーであり、彼は同じく「継ぐ者たち」であるレッドに最後の命令をする。ノエルたちもまたレッドが敵であることを突き止めていたが、彼を逮捕する前に「継ぐ者たち」の暗殺者・リザードマンがレッドを殺害した。
レッドが遺した言葉から、敵の目的がデザイナーズウイルスによるバイオテロであると突き止めた「一行」は、鈴原の依頼によるハッキングで敵の隠しファイル＝バイオテロ実行までのタイマーを発見するも、古東の圧力を受けた警察に逮捕されてしまう。仲間を失ったノエルだが、敵がレッドに充てた手紙に書かれた暗号を「勇者アレン」安永蓮が解析し、山本浩二の生家に辿り着く。そこに残されていた山本の写真を見たノエルは、彼にそっくりなFBI捜査官・ニックこそ敵のボス「まことの英雄」であると気付く。ニックは、自分は「一行」の「僧侶フラナガン」富良野巌であること、本物のニックと入れ替わっていたこと、そしてレオナルドを自らの手で殺したことを自白し、ウイルスをばら撒こうとするも、ノエルの説得に激情したところを警察に狙撃され、死亡した。