近世箕作家の祖、阮甫は男子に恵まれなかった。そこで阮甫は優れた弟子を婿養子に迎え、また他の女子を弟子の優れたものに嫁がせた。それらの弟子が学者になることが多かったため、結果的に箕作家は女系を通じて、学術分野の多くの人材とつながる現象が生じた。
たとえば、土星型原子モデルを提唱した理論物理学者長岡半太郎は娘婿であり、電子線回折実験で世界的に有名な実験物理学者菊池正士は女系子孫、天皇機関説を主張した法学者美濃部達吉は女系子孫の娘婿である。
その他、以下の項目で詳説する。
箕作男爵家.
長女・せきは弟子の山田黄石に嫁がせ、黄石は後に呉と改姓、呉家の祖となった。
三女・つねと四女・しん（ちま）には弟子を婿養子として迎えた（次女は夭折）。
なお麟祥の長女・貞子は石川千代松に、三女・操子は長岡半太郎に嫁いだ。
箕作秋坪家.
箕作阮甫三女・つねの婿養子・箕作秋坪から連なる家系。秋坪には、長男奎吾、次男大麓、三男佳吉、四男元八がいた。
箕作佳吉家.
姻戚関係にある家系.
箕作家は娘を優秀な学者に嫁がせる傾向にある。また実業界や軍人の家系にも姻戚関係がある。ここでは箕作家と直接繋がっている家系について述べる。
呉家.
呉家は山田黄石が改姓して始まった家系であり、黄石には箕作阮甫の長女・せきが後妻として嫁いでいる。
長岡家.
長岡家の長岡半太郎（物理学者）には、箕作麟祥の三女・操子が嫁いでいる。
大島家.
麟祥の四男・俊夫の妻・長江の実家が、大島家である。
長江は陸軍中将・大島健一の長女。なお長江の兄は、陸軍中将の大島浩（駐ドイツ大使、日独伊三国同盟の立役者）である。
菊池家.
菊池家の次男秋坪が箕作阮甫の婿養子となり箕作秋坪となる。しかし菊池家に嗣子が無かったため、逆に秋坪の次男大麓が菊池家の養嗣子となった。すなわち菊池大麓の母は箕作阮甫の娘である。
菊池大麓は日本での近代西洋数学史上の最初期の数学者で、科学行政家としても活躍した。大麓の四男は物理学者・菊池正士である。
大麓の娘婿として、天皇機関説で有名な美濃部達吉（憲法学者）と鳩山和夫の次男・秀夫（鳩山一郎の弟で民法学者）、労働法の権威・末弘厳太郎がいる。経済学者で東京都知事を務めた美濃部亮吉は達吉の長男。
吉阪家.
吉阪家の吉阪俊蔵（大正昭和期の官僚）には、箕作佳吉の次女・花子が嫁いでいる。