そして国内外で機械化人間を巡る様々な陰謀が進行しつつある中、三船の研究は各国の注目するところとなり、彼の脳を手に入れるべく工作員が次々と送り込まれる。三船は東機関のハリマオと交戦し、越谷もまた三船の脳を狙うエージェントの一人である事が発覚する。さらに合衆国の超大型機械化人が投入されたことで窮地に陥った三船たちは、女子学生たちを逃がすためこれに立ち向かい、一人、また一人と散っていく。工作員の一人であり証拠隠滅の自爆要員だった中島は、日本がタラワ環礁の放棄を決定したために見捨てられてしまったところを三船に救われ、彼に請われて爆弾を手渡す。単身戦いに臨んだ三船は爆弾を駆使して敵を撃破するも、直後に行われた大空爆に巻き込まれて消息を絶つ。当初の予定通り高橋式日の丸人は正式採用され、日本軍は一気に戦況を覆していく。一方、三船の戦死を聞いた高橋は現状に絶望し、やがて全ての研究成果を持ってドイツへと亡命する。
ある日、突如として全世界で機械化人の反乱が勃発する。機械化されたドイツ第三帝国総帥のアドルフ・ヒトラーによって「機械化帝国」が建国されたのだ。帝国は巨大な移動する「壁」を拡張し続け、さらに各国の主力を担っていた機械化人を手中に納めたことで、瞬く間に国土を拡張しいていく。それは全人類を平等に機械化することで戦争を無くそうとする、服部による陰謀だった。
一方、極僅かではあるが人類側についた機械化人たちも存在していた。義勇兵として各地を転戦し、蔑まれながらも人を守って戦う彼らはいつしか「ロボット残党兵」と呼ばれるようになっていた。その中に、奇跡的に生き延び、捕虜となっていた三船の姿もあった。
森によって発見され、日本に帰国した三船は家族と再会し、再び家族のために戦うことを決意。森、越谷、一文字、ハリマオといった戦友たちと共に、日本の主権を保護する見返りとして立案された最終作戦「新世界の鉄槌」へと参加する。それは日本の残存戦力を一枚の「壁」に集中し、これを突破するという決死作戦だった。