パディントンはロンドンのウィンザー・ガーデンにブラウン家の家族と一緒に住んでいる。パディントンは色々な意味で人々の心の支えになっており、地域の人たちから好かれるようになっていた。
次の日には絵本を買うだけの金が手に入るというその夜に、ひげを生やした泥棒がその絵本を店から盗むのをパディントンは目撃した。泥棒を追いかけたのだが逃げられてしまい、逆にパディントンが盗んだとして告発されてしまう。グルーバー氏はパディントンが盗んだとは思っていなかったが、パディントンの言う泥棒がいた証拠が見つからなかった。結局パディントンは不当に罪を認めさせられて、懲役刑に課せられた。
一方、泥棒は家に帰ると変装を解いたのだが、彼はブラウン家の向かいに住んでいる俳優のフェニックス・ブキャナンであった。移動遊園地のオープニングセレモニーが数日前にあり、そこでブキャナンはパディントンから飛び出す絵本の話を聞いたのである。それは、実はブキャナンがもう見つからないと思っていた絵本だった。
監獄では、パディントンは多くの囚人たちとすぐに友達関係になることができた。その中には気の短いことで恐れられていた料理人のナックルズも含まれていた。ナックルズはパディントンのマーマレードサンドに感心し、パディントンを自分の助手にした。
同じころ、ブラウン一家はパディントンの汚名をそそごうと活動していた。ブキャナンは飛び出す絵本の示す場所に、ブキャナンの祖父の隠した財宝のありかを示す手がかりを探していた。実は、その昔、ブキャナンの祖父は、サーカスの女性人気軽業師を殺してその財産を横取りしようとしたのである。ところが見つけたのは飛びたす絵本だけだった。
ブキャナンが怪しいと目星をつけたブラウン一家は、ブキャナンを外に誘い出し、そのすきにマリー(ブラウン家の主婦)がブキャナンの家に忍び込んだ。絵本そのものは見つからなかったものの、屋根裏の隠し部屋を見つけ、そこにはパディントンの見た泥棒の衣装などがあった。