現在の日本における「漁業権」は、公法上の権利（特許）である。漁業権に関する申請・届出・許可・認可は「漁業法」が規定しており、また、処分に対する異議申立については、行政手続法や行政不服審査法、行政事件訴訟法の適用を受ける。しかし、これら公法の適用は、私法の適用を当然には否定しないから、公法の規定に反しない限りにおいて、私法の適用が認められる。
例えば、漁業権の申請と許可の関係は、意思の合致という点において契約関係と解釈することが可能であり、漁業権は、漁業法などの公法の規定に反しない限りにおいて、行政機関に対する私法上の債権としての性質を持つ、とされている。また、行政機関における公法上の権利に関する取り扱いは、公法の規定の範囲内において行政機関の裁量に任されているが、権利の取り扱いが行政機関の性質に照らして著しく不適当であるときは、行政訴訟において、公序良俗違反や信義誠実の原則、権利濫用などの私法上の規定を理由とした制限が加えられることがある。
このように、公法上の権利を私法上の権利と同様に扱う考え方を「公法私法一元論」といい、判例及び学説においては、この考え方が有力である。公法上の権利は一般的性質として、行政機関に対する私法上の債権としての性質を有するものであるから、公法上の権利である漁業権についても、行政機関に対する私法上の債権としての性質が認められるのである。
また、海面は、土地所有権の設定対象にはならず、用益物権は、土地所有権に基づく支配権の一部を譲渡した形態であるから、海面に設定することが可能な漁業権は、用益物権ではない。
漁業権の種類.
漁業者以外がレクリエーションとして魚を釣る場合もあるため、「遊漁券」には切符形式の1日漁業権もある。
日本の漁業権の歴史.
日本における漁業権の歴史を解説する。理解に必要な場合は漁業法制史にも言及する。
古代.
日本最古の成文法典、大宝令の雑令に「山川藪沢の利は、公私之を共にす」との規定がある。海面、河川、湖沼など（山川藪沢）において万民による自由使用の原則を明らかにし、特定人に対する独占的な漁場利用の権利は認めなかったのである。
江戸時代.