内部補助は、経済効率を低下させる可能性があるものの、多くの公企業・公益事業において公共性を発揮するために用いられてきた、現実的に有効な手段である。しかし、一部の赤字事業を支えるための内部補助であったはずが、利益の大きな市場における独占的地位を喪失した場合に事業体全体の赤字につながりやすく、そうなったときに公共性のある事業体は赤字を発生している事業の切り離しが困難であるという、潜在的な赤字誘発性を持っているという問題がより大きく取り上げられる。こうした問題を回避するためには、事業体の収支均衡制約を課すとともに、内部補助をどこまで適用するべきかについて事業体の自主的判断に委ねる必要がある。
ユニバーサルサービス.
通信、電気、水道、郵便など国民生活に不可欠なサービスを全国一律で公平に供給することをユニバーサルサービスという。地域によって採算性に差があるために、ユニバーサルサービスを実現するためには、採算性の良い地域から悪い地域への内部補助が前提となることがあり、法的にユニバーサルサービス提供の義務を課す一方で、一定事業分野における独占的なサービス提供を保障するという制度になっていることが多い。
内部補助の例.
郵便.
郵便事業は多くの国においてユニバーサルサービスであるとされ、公有事業者が手紙を全国均一料金であまねく公平に配達する制度を採用しており、国民の情報通信に対するセーフティーネットとなるために、不採算となる地域でも一律のサービスを適用してきた。
高速道路.
高速道路網において名神高速道路や東名高速道路などの先発路線の採算が良いと言っても、当初の建設時期に巨額の資金を東海道地域に集中投下して早い建設を実現し、これらの地域に利便をもたらしてきたことを考えれば、初期にはむしろほかの地域から東海道地域に補助してきたと考えることもできる。
鉄道.