洩矢神の血筋の千鹿頭神が諏訪を出て、その跡を継いだのは建御名方神の孫神という『守矢氏系譜』に書かれている内容を、土着部族が諏訪から離れた（あるいは追われた）後に神氏の一派が先住民の祭祀を肩代わりして守矢氏となったことを意味するという見方がある。一方で、寺田・鷲尾の説では守矢氏は神氏よりも前に上伊那にある藤沢川流域から杖突峠経由で諏訪に入り、土着民を征服・駆逐した後に（千鹿頭神の離脱伝承はここから来ているという）その鉄鐸祭祀を占有した氏族とされている。
この神話を史実と結びつける説は現在ほぼ定説となっているが、中世に流布していた聖徳太子と物部守屋の争い（丁未の乱）にまつわる伝承に影響された、あるいはその説話をもとにして創作されたという見解もある。また、この神話自体は諏訪の神に「軍神」という新たな性格が追加された際（平安末期以降）に造作されたものであって、考古学的知見と結びつけるべきではないという意見もある。
フネ古墳と守矢氏.
神・守矢二重体制.
大祝は建御名方神の依り代、すなわち現人神として信仰の対象となったが、これを原始信仰の名残とする説や、鎌倉時代に発展したものという説がある。この大祝信仰においては、守矢氏の祭司は大祝を祀る存在と解釈された。
『古事記』とそれを参考した『先代旧事本紀』には建御名方神が天照大御神・高御産巣日神らに遣わされた建御雷神との力比べに負けて諏訪まで逃亡した大国主神の御子神として描かれている。追いつめられた建御名方神が諏訪から出ないと約束する場面は、大祝は在位中に諏訪を出てはならないという掟、もしくは進入者に敗れた守矢氏の祭祀権が諏訪上社地域に限定されたことを表しているという。
平安時代から近世まで.
この時代分家の守屋一族が遠江国（現浜松市水窪町）に諏訪明神の御幣を持って移住し、後に地域の有力者となって現在まで代々足神神社の社家を務めている。
平安時代から甲斐国の武田氏と関わりがあったと見られる。のちは檀那関係となり信仰と経済的支援の強い関係になった。武田信昌や武田信縄が神長あてに、お守りを贈ってくれたことを感謝する礼状から、守矢氏と武田氏の密接な関係がうかがえる。