範頼の軍に属して鎌倉を出陣した義時は、九州へ渡って武功をあげ、平家軍の退路を断つことに成功する（葦屋浦の戦い）。また、義経は運の強さで嵐の中の奇襲を成功させ、再び平家軍に勝利（屋島の戦い）。さらに、天才的かつ掟破りな戦術により、壇ノ浦にてついに平家を滅亡に追い込み、宗盛・平清宗父子を捕縛する（壇ノ浦の戦い）。これにより、頼朝は長年の悲願を達成し、涙を流して政子と喜びを分かち合う。しかし、義経は源氏兄弟の分断を謀る後白河に接近し過ぎたことや、天から選ばれた者は2人も要らないと考える梶原景時の讒言によって鎌倉への帰還を許されず、腰越に留め置かれる。義時は、本心では義経との関係修復を望む頼朝の意を汲み、相互不信が募ってゆく頼朝・義経兄弟が対面できるよう奔走する。同時期、頼朝に敵意を持つ源行家は、義経の正妻・里が愛妾・静御前を殺害するために仕掛けた土佐坊昌俊の襲撃を頼朝の仕業であると吹き込み、義経を焚き付ける。これを信じた義経が頼朝追討の兵を挙げると、頼朝は後白河に義経追討の院宣を出させ、義時と北条時政に上洛を命じる。その後、京都守護に任命された時政は、義時の力を借りて後白河に守護・地頭の全国設置を認めさせることに成功する。一方、朝敵となった義経は、庇護者である藤原秀衡が治める奥州平泉へ逃れるも、秀衡はまもなく死去する。義時は頼朝の命で平泉を訪れ、謀反の意思がない義経に静御前の産んだ男子が頼朝の命で殺されたことを伝えて挑発する。加えて、異母兄・藤原国衡との兄弟仲の悪さを利用して奥州藤原氏の新当主・藤原泰衡に揺さぶりをかけると同時に、藤原頼衡を殺害しつつ藤原氏の滅亡をほのめかして脅しをかけることで、泰衡を義経追討に導く。義時と頼朝の計画を悟った義経は、里と娘を殺害。泰衡が率いる軍勢に屋敷を囲まれると、義時に遺言を託し、従者の弁慶とともに死去する（衣川の戦い）。頼朝は、鎌倉に届けられた義経の首を前に涙しながらも、義経を匿ったことを理由に大軍を率いて奥州へ出兵、泰衡が河田次郎に討たれたことで奥州藤原氏は滅亡する（奥州合戦）。