寺社奉行の根尾甚左衛門への判決は、郡上藩の寺社行政の責任者でありながら石徹白豊前から収賄した上、豊前に対する告発があったのにもかかわらず全くそれを取り上げようとせず、大勢の社人追放という事態を招いたあげく、追放された社人の資産売却代金を着服したことを厳しく断じ、死罪とされた。また寺社奉行手代の片重半助についても、騒動に関して虚偽の吉田家からの指示を作成し、上役の根尾甚左衛門と同じく追放された社人の資産売却代金を着服した責任を問われ、やはり死罪となった。郡上一揆、石徹白騒動を通じ、死罪を言い渡された役人は根尾甚左衛門と片重半助のみであったが、両名とも実際には牢死しており刑の執行はなかった。
大目付の津田平馬は寺社奉行の根尾甚左衛門が病気療養中に寺社奉行の職を代行する中で、石徹白豊前から収賄し、やはり豊前の言い分のみを聞き、大勢の社人追放という事態を招いた責任があるとされ、中追放の判決を受けた。なお津田も牢死したため実際の刑の執行は行われなかった。
騒動当事者への判決.
石徹白騒動の裁判で大きな争点とされた、石徹白豊前が世襲神主であるのかどうかと、石徹白が吉田家支配であるのか白川家支配であるのかについては、幕府評定所は豊前側の言い分を認め、石徹白豊前は世襲の神主であり、また石徹白は吉田家支配であるとの判断を示した。
しかし石徹白豊前の石徹白での数々の専横については、幕府評定所は、豊前が郡上藩役人らへ贈賄工作を行った上で、大勢の社人を追放したあげくに追放社人の資産を横領し、白山中居神社の神人である石徹白の住民に新たに三分の一課税を行うなどの行動について、豊前自らが神地である石徹白を押領しようとしたものであると断じ、豊前に死罪を言い渡した。評定所での判決言い渡し後、獄門と死罪を言い渡された者たちはそれぞれ「獄門」、「打首」と書かれた木札を腰に付けられた上で刑場へ引かれ、処刑されていった。石徹白豊前も死罪を言い渡された中の一人として判決言い渡し直後に処刑された。
その他、石徹白豊前の専横に手を貸した豊前派の社人は、豊前から庄屋に任じられた由助が、追放社人の財産を勝手に処分を進めたことについて、主人の豊前の指示であったとはいえ不届きとして軽追放が言い渡されたが、その他の人々は無罪とされた。