縄文時代以前から、日本の神や霊魂の存在が信じられており、神奈備（かむなび）や神籬（ひもろぎ）や磐座（いわくら）・磐境（いわさか）は、神域（常世・幽世）と現世（人の生きる現実世界）の端境と考えられており、禍福をもたらす神霊が、簡単に行き来できないように、結界としての注連縄が張られたり禁足地になっていた。これは人も同様であり、間違って死後の世界でもある神域に入らないようにと考えられていたからである。
不明者を人々が総出で捜索する際、定まった道筋を通り、鉦や太鼓を叩いて不明者の名を呼ぶなど、ある種の呪術的儀式を伴っていたと窺わせる伝承も少なくない。
神隠しの「神」とは、神奈備、神籬、磐座などに鎮座する抽象的ないわゆる古神道の神だけでなく、天狗に代表される民間信仰（古神道）としての山の神や山姥・鬼・狐などの山や原野に係わる妖怪の類などもある。子供が遭ってしまう伝承も多いことから、子供を亡くした雨女という妖怪の仕業であるとも伝えられる（各地に神隠しを行う妖怪の存在が伝えられている）。
柳田國男が採録した『遠野物語』、『山の人生』にも神隠しの話・事例が収録されている。
沖縄県では、神隠しを物隠しとも呼び、いったん物隠しに逢った者は自分の櫛を持って帰ろうと戻って来る。そして再び出て行ってしまうとされる。そのため、物隠しに逢った家族は早速当人の櫛を隠して取られないようにする。それでも、締め切っている部屋の中から知らないうちに取られてしまうこともあるとされる。研究者によると、櫛と神の関係をよく示している伝承としている。神を祀る者は櫛を必要としたため、物隠しに逢った者は櫛を取りに戻るとされる。近世になり、天狗の仕業と捉えるようになった本州より、古い型の伝承と見られる。
神隠しの伝承のある場所としては、青森県の天狗岳や岐阜県の天狗山などがあり、日本各地の「天狗」と名づけられた山に伝承されることも多い。また千葉県市川市八幡の「八幡の藪知らず」（やわたのやぶしらず）は、神隠しの伝承が強く残り、現在も禁足地となっている。
結界と道標.