ケネス・ウォーターズは修正された理論的還元主義に対する立場を「レイヤーケーキ反還元主義」と呼んだ。この反還元主義視点は多層的である。上位レベルでは遺伝現象を説明しようと試み、下位レベルでは遺伝物質の発現や複製を説明する。しかし、反還元主義が示す議論は実際の科学と一致しない、とウォーターズは述べる。DNAと遺伝子は異なる概念なので分子遺伝学と古典遺伝学が結び付けられないという反還元主義の主張は正確ではない。レイヤーケーキの概念は同様に生物学の全分野に広げることができる。それぞれのレベルにはそれぞれのレベルをもっとも良く説明する理論があるのである。
尚、多層性（階層構造）の概念は還元主義者と反還元主義者の双方に共有されている事に注意するのは重要である。しかし全ての還元主義者が多層性を受け入れるというわけではないと言われ、反還元主義者の中には全体論を提唱することに関心がある人もいる。
成功例.
また、ウォーターズは例の一つとして生物学の遺伝的アプローチを取り上げる。遺伝的アプローチは以下のようなものだという。
これによって特定の表現型に影響を与える遺伝子を分離することができる、とする。
もっとも、このような戦略は別段新しいというわけではない。生理学者は、例えば哺乳類の循環系など様々なメカニズムを解明するにあたって、その部品に干渉してみることによって何が起こるか観察していたという。
ゴドフリー＝スミスは次のように述べた。
各分野における還元主義とその限界.
地球科学における還元主義.
地球科学は物理学に依存する、と言われることがある。例えばマントルは次のように還元的（物理還元的に）に説明することができるのだと。「惑星の核を包む、石のようだがわずかに流動的な層。鉄、マグネシウム、シリコンと酸素などミネラルを多く含むが、金属によってできている核とは対照的である」
しかし同時に地球科学は過去の出来事も扱う。惑星の構造はその星の形成の歴史に由来するため、構造の説明は一般法則の説明ではない。これは理論的な還元が不可能なことを意味する。