こうしてスターフォックスチームは、惑星コーネリアの守りという任務を常に背負いながらアンドルフ軍を倒す戦いが始まることになる。アンドルフ軍の空母や占領された惑星から、コーネリアの都市を破壊するために惑星間ミサイルや戦闘機などが続々と発射・出撃されていく中、それらの迎撃および、さらに出撃自体を食い止めるための空母破壊や惑星奪還を進めていく。一方、この動きに気づいたアンドルフは、コーネリアの都市破壊と平行して、スターフォックスチーム自体を標的にした高機能な戦闘マシンの出撃や、ならず者で構成された商売敵の遊撃隊「スターウルフ」の潜伏などを仕掛けていく。こうして、コーネリアを巡る攻防戦と同時に、アンドルフ軍とスターフォックスチームの直接対決が再び本格的に幕を開ける。
やがて、コーネリア攻防戦を制していくスターフォックスチームは、アンドルフ軍の布陣をあらかた打ち破り、コーネリアを攻撃する戦力をほぼ完全に削ぐ。彼らへ言い渡されたペパー将軍による今回最後の指令は、アンドルフ自身を打倒するために本拠地の要塞アストロポリスへと直接攻め入らせることだった。しかし、スターウルフチームのリーダーであるウルフが、他のメンバーとは別行動で本拠地を守るための最後の砦として待機していた。交戦の末に打ち倒しはしたものの、宿敵であることを宣言し、撃墜されることなく逃亡する。
ペパーの指令どおり、本拠地アストロポリスへ攻め込むスターフォックスチームを待っていたのは、スターフォックスを所詮ペパーに雇われた操り人形だと一蹴し、雇われ遊撃隊の実態を指摘するアンドルフだった。そして、戦いの末にスターフォックスが見た光景は、生身のアンドルフではなく、以前に戦った時と同じ、キューブ型のコンピューターのコアとしてのアンドルフであった。今回もアンドルフ本人を捕捉することはできなかった形だが、アンドルフ軍の最高指揮官としてのコンピューターを破壊したことで、惑星コーネリアを襲う危機は再び振り払われ、フォックスたちは爆発するアストロポリスを後にしたのだった。
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