現代では蝿蛆症は主に、その症例で問題になっている点に応じて分類されている。
偶発的蝿蛆症は、卵や幼虫を食べ物と一緒に飲み込むことにより腸管でしばしばみられる。この状態は擬蝿蛆症とも呼ばれる。擬蝿蛆症の昔からある原因としては、チーズバエ科などのハエの蛆をチーズごと食べることによる。消化管内に存在する品種により、擬蝿蛆症は重大な臨床症状を示すが、ほとんどの場合は気づかれないままになる。
予防.
蝿蛆症を引き起こすハエの成虫の集団をコントロールする主要な方法としては、標的となる家畜の置かれている環境に対する殺虫剤の投与がある。有機リン系殺虫剤や有機塩素系殺虫剤が用いられ、スプレータイプが多い。その他の代替手段としては不妊虫放飼(SIT)がある。これは人工的に隔離し不妊処置を受けた大量の雄のハエを導入する方法である。雄のハエは野生の雌と交尾するために雌を取り合うので、その結果として雌は幼虫に育つことのできない未受精卵を産卵する。
また、ハエに好まれる環境を除去するという方法もある。例えば、ヒツジの尾の除去である。他の例としてはヒツジのクラッチング（蛆に好まれる部位である、尾の周りや後ろ足の間の羊毛を取り除く）また、より永続的な方法として、一部の国ではミュールシングが行われる。これは若い動物から皮膚を切り取って残りの皮膚を引き締め、ハエの攻撃を受けにくくする処置である。
ヒトで蝿蛆症を防ぐためには、公衆衛生および個人の衛生の改善、殺虫剤によるハエの根絶が必要である。衣類は徹底的に洗い（熱湯であればなおよい）、ハエがいない場所で乾燥させ、徹底的にアイロンがけする。アイロンの熱はハエの卵を死滅させる。
治療.
寄生が成立してしまった場合に適応となる。皮膚蝿蛆症の初期対応として、呼吸孔が形成されてしまった場合は、その孔をワセリンで塞ぐことである。酸素が不足すると幼虫は表面に出てくるので、処理しやすくなる。医療機関・動物病院では、このような暫定的処置を行う時間はないかもしれない。その場合、治療の選択肢はより直接的な、切開を伴う場合もある手法となる。まず、幼虫は病変部位周辺を圧迫しつつ、ピンセットを用いて除去しなければならない。次に、傷口を洗浄し、消毒する。再感染を防ぐための処置も欠かせない。