浅場に住むアサリやカキなどの貝類、エビやカニなどの甲殻類、ゴカイのような多毛類は、そこに棲む微生物やプランクトン等や有機物を餌として取り込み、海洋への栄養塩や有機物の流入を食い止めるという、いわば自然の浄化槽の役割を果たしてきた。しかし、干拓や沿岸の埋め立て、護岸工事などにより、そこにいた浅場の生物の減少（消滅）や沿岸域の水の流動性の低下（停滞水）し、これを一因としてプランクトンが大量発生すると考えられている。例えば、諫早湾の干拓事業において、干拓に伴う経済的な利害関係と並び、有明海での赤潮発生との因果関係が議論されている。
日本においては、有明海の他、瀬戸内海、東京湾、伊勢湾、大阪湾などの内湾部で赤潮の発生が多く報告されている。
その他の呼称.
赤潮とされる現象には、その性質や、現象を見る視点などにより様々な名称が存在する。
魚介類への影響.
赤潮が魚介類に与える影響は幾つかに分類される。
これらの作用により、漁業、特に海産物の養殖業界では特に大きな損害が出る。
また、有毒藻である渦鞭毛藻類などの産生する毒素が貝類の体内に蓄積し、それを食べた人間に健康被害を及ぼすこともある（→貝毒）。ただし、貝毒プランクトンは低濃度でも貝を毒化させるため、赤潮から連想される水域のプランクトン増殖による着色現象は伴わない。
日本では、こういった赤潮被害が漁業や水産業に及ぼす影響を抑えるため、赤潮の発生時や発生が予想される時に、都道府県の担当部局は赤潮警報や注意報などを出して、関係機関や漁業者に注意を呼びかけることがある。
赤潮の抑制.
富栄養化の防止.
赤潮の原因とされてきた富栄養化を、特に閉鎖的な水域において抑制すべく、日本では地方自治体による下水道整備事業が各所で行われている。この他、人工干潟の造成も行われている。人工干潟では微生物が大量発生し、これをアサリなどの貝類が食べる事で湾内の水質改善に期待が寄せられている。また、整備如何によっては、潮干狩りや自然学習を目的としたレジャー施設の創造も期待できる。
対策の転換期.
ウイルスの利用.
水産研究・教育機構水産技術研究所の実験によると、赤潮発生歴がある海域の海底の泥には原因プランクトンに感染するウイルスが棲息しており、泥をいったん凍結させて細菌や藻類を死滅させ、ウイルスを残した泥を海に戻すと、赤潮の収束が早まるという。