これまで多くの神社は社殿を持たなかったが、この頃官社と認定された神社を中心に社殿の整備も進められた。さらに、神階の制度もこの時期に整備され、霊験を示した神社には神封や神階、神位が与えられたほか、殊に崇敬の篤い神社の存する地域には、神郡も設置された。また、一部の神社にはその神社の経済基盤を支えるための神戸や神田が設置された。官社と認定されなかった地域の民間祭祀については、引き続き社殿を持たない形式が続き、祝（はふり）という祭祀者が選ばれて、春の田植えや秋の収穫の際に神へ感謝する農耕祭祀が行われていたが、次第に祭祀の場に郡司が立ち会って国の法律を告げるなど公的性を帯びるようになり、社殿を設置することも全国的に広がっていった。
また、この時期には伊勢神宮の祭祀制度も整備され、天武天皇の時代には卜定によって悠紀・主基を決め、伊勢の方角を向いて天皇が天照大御神と食事を共にするという現在の形での大嘗祭が成立するとともに、未婚の皇族女性を神宮に派遣する斎宮の制度がはじめられた上、持統天皇の時代には式年遷宮もはじめられた。
律令祭祀の変容と平安祭祀.
平安時代に入ると、律令制の弛緩に伴って律令祭祀制度も変容していった。
また、律令制の弛緩に伴う天皇内廷機構の伸長により、神祇官が関与せず天皇や近臣が直接関与して、関係の強い特定神社の恒例祭祀を国家公的の性格を付与して行う公祭という祭祀が、奈良時代後期から平安時代初期に生じた。称徳天皇朝に藤原光明子らが先導して藤原氏の氏神を祀る春日神社の恒例祭を公祭化したのが始まりである。さらに、天皇権の伸長によるものとして、臨時祭が行われるようになる。臨時祭とは、恒例祭祀を除く特定神祇への祭祀であり、天皇が直接祭使を派遣して行う形式である。その初例は宇多天皇朝に宇多天皇が受けた神託に基づいて行われた賀茂臨時祭であり、後に恒例化するものも含めて臨時祭と呼称された。