道教の一側面である咒術にも「雷法」という新しい概念が持ち込まれた。雷を天の意思を代行する雷帝（九天応声雷元普化天尊雷官）による悪しき者を罰する正義の力と考え、内丹で練った神気を外に向ければ強烈な力を使役できると考えられた。また、南宋初期から『太上感応篇』という善書（人々に善行を勧める書）が流行し、道教の日常倫理を世に広めた。
内丹の流行.
雲笈七籤.
金.
金の領地となった北方は、不安定な政治状態に陥った。女真族の王朝は宗教統制に馴れなかった事もあり、新興の教派が人心を集めた。この時期に新しく生まれた道教は「新道教」と総称され、従来の道教の呪術的教法と社会的堕落を批判し、厳しい倫理実践や経世済民を説くものが多い。特に大きな組織となったのが以下の三つである。
元代.
七真の一人である丘処機が全真教の指導者となり、大きく勢力を伸張すると、金・南宋・蒙古族の三者はともに丘処機を求めた。丘処機は状況を判断してチンギス・カンと会見し、全国の道教の管理や道士の賦税免除という特権を受け、全真教はさらに勢力を伸ばした。全真教の指導者は元の王朝から「掌教」という地位を与えられ、王重陽の弟子によって分化した全真教の各流派の核となった。元が中国を統一したのち、北方の全真教が江南地域にも伝わった。憲宗の時、『老子化胡経』の真偽問題をめぐって全真教は仏教との間に論争を巻き起こし、その結果『老子』を除く道蔵の版本がすべて焼かれるという事件が発生した。ただ、全真教は途絶えることはなく、元末まで発展を遂げた。
また、元代には「浄明道」が興った。これはもとも南宋建国の頃に周真公が霊宝派の教えを利用して作った宗派で、東晋の許遜に対する信仰に淵源する。のち、元の劉玉がこれを発展させて「浄明忠孝道」を作り（ただし劉玉自身は周真公の一派との関係を認めていない）、儒教倫理である「忠孝」を中心に据えるなど、儒教に接近しながら三教帰一を説いた。その教説は、忠孝の厳しい内面的倫理のうえに、老荘的な悟得や仏教的な救済、道教的な昇仙の所説を融合しており、すこぶる体系的である。ほか、最古の功過格とされる『太微仙君功過格』は浄明道によって制作されたとされる。
元代末期には、江南を中心とする正一教と、北方を中心とする全真教が二大宗派となっていた。
明代.
二代教派の確立.