一方で出羽国に奥州合戦後も御家人として在地支配を許された豪族が多いことから、在地領主の家人化が進んだ陸奥国と押領使としての軍事指揮権に留まった出羽国の差を指摘する見解もある。特に出羽北部には荘園が存在せず、公領制一色の世界であったため、どの程度まで奥州藤原氏の支配が及んだかは疑問であるとする説がある。
その政権の基盤は奥州で豊富に産出された砂金と北方貿易であり、北宋や沿海州などとも独自の交易を行っていたようである。マルコ・ポーロの東方見聞録に登場する黄金の国ジパングのイメージは、奥州藤原氏による十三湊大陸貿易によってもたらされたと
平泉文化.
この平泉文化は現代でも大阪商工会議所会頭による東北熊襲発言に際して、国会で東北地方の文化の象徴として引き合いにだされている。
平泉の金文化を支えたと伝えられている金鉱山は玉山金山（岩手県陸前高田市）、鹿折金山（宮城県気仙沼市）、大谷金山（宮城県気仙沼市）などがある。
落日.
平家滅亡により源氏の勢力が強くなったこと、奥州に深く関わっていた義経が頼朝と対立したことなどにより中立を維持できなくなったことが滅亡の原因となった。
一族.
清衡の四男・藤原清綱（亘十郎）は当初亘理郡中嶋舘に居城し以後平泉へ移りその子の代には紫波郡日詰の樋爪（比爪）館に居を構え樋爪氏を名乗り樋爪俊衡と称している。奥州合戦では平泉陥落後、樋爪氏は居館に火を放ち地下に潜伏したが、当主・俊衡らは陣ヶ岡の頼朝の陣に出頭し降伏した。頼朝の尋問に対し法華経を一心に唱え一言も発せず命を差し出したので、老齢のことでもありその態度を是とした頼朝は樋爪氏の所領を安堵した。しかし、その後歴史の表舞台から消えた。子や弟も相模国他へ配流された。経清（亘理権大夫）以来代々の所領地曰理郷（亘理郡）も清綱（亘理権十郎）の没落とともに頼朝の幕僚・千葉胤盛の支配する所となった。
清衡の養娘の徳姫は、岩城則道（岩城氏の祖）に嫁し白水阿弥陀堂（いわき市）を建立した。
清綱の息女の乙和子姫は、信夫荘司佐藤基治に嫁し佐藤継信・佐藤忠信兄弟（義経の臣）の母親として信夫郡大鳥城（福島市飯坂温泉付近・現在舘の山公園）に居城した。全国佐藤姓の源の一つとなった。