実在の教理省に教皇庁領の内政を担う内務省としての機能が備わり、さらに軍事院、異端審問局、特務警察などを傘下においている。教皇庁の「超国家機関」としての側面を代表しており、国務聖省とは伝統的に仲が悪い。
広報聖省.
布教担当の組織が発展解消して成立した、広報、情報収集ならびにプロパガンダを担う部署。
聖宝認定局.
本来は聖遺物の鑑定を行う礼部省の一部署だが、本作中では遺失技術の発掘復元を行う最先端の技術研究所となっている。
教会軍.
教皇庁が保有する独自の軍事力。暗黒時代に各地の義勇兵や有力聖職者の私設軍などを編成したのが由来で、現在では人類圏では最大規模の兵力と最新鋭の装備を保有する軍隊。過去にたびたび対「帝国」の「十字軍」を起こし、また教皇庁に反抗的な世俗諸侯や自由都市に「強制審問」の名の下宣戦布告することもある。現在の総司令官は教理聖省長官のフランチェスコ。
もとはゲルマニクスの小さな異端結社だったが、カインとケンプファーによって乗っ取られて以降急速にテロ組織として急成長した。しかし、犯罪ネットワークの管理者という活動が主であまり表舞台に出ることがなく、また騎士団として動く際も「世界に不満を持つ者に技術や人員を提供する」という形をとるため、その存在を知る者は少ない。
名前の由来は薔薇十字団（ローゼンクロイツ）。団員の制服はナチス親衛隊を連想させるデザイン。団員の称号や作戦名はすべてドイツ語である。
吸血鬼（長生種）が貴族として平民である人類（短命種）を支配しているが、数は全人口の一割にも満たない。作中の説明によれば、皇帝の絶対的な権威のもと二つの種族が共存する社会ということになっている（帝国臣民の短命種は皇帝に従属しており、その臣下である長生種とは本質的に平等とされる）。基本的には能力主義であり、短命種も本人の能力と努力しだいで「士民」として取り立てているためその点では封建的価値観や金権体質がはびこる人類圏よりも近代的といえる。ただし、絶対的権威である皇帝の存在抜きには成り立たないシステムであり、またあくまで長生種のほうが優れた種であるという前提にたっているため人類圏の標準的価値観からは到底受け入れられないものである。