井上は兵科将校の教育と機関科将校の教育を一系化するため、兵学校長に着任して直ちに機関学校出身の兵学校教官を企画課に配員し、自ら指導して、一系化教育の実施研究を進めた。具体的な成果としては、兵学校で従来から行なわれていた兵器教育の中に、機関学校で教えている機構学の内容が取り入れられて、新しい課目「理兵学」（井上自身の命名）が誕生した。各術科ごとに理兵学教科書が作られて教授された。
井上は、訓育を担当する監事（武官教官）に比叡艦長時代に作成した「勅諭衍義」を配布して、監事たちの思想統一を図った。次いで、兵学校内の教育参考館に掲げてあった全海軍大将の額を撤去した。驚いた副官に、井上は「生徒たちの目標は東郷元帥だけで充分。他の大将の額を掲げるのは、生徒に出世主義を示唆するもの」と言う旨を答えた。井上は「まず参考館に入ってみると、海軍大将の額がずらりと並んでいる。その大部分の人は長い間海軍に御奉公した人たちで、その功績は大きい。しかし、中には海軍のためにならないことをやった人もいるし、また、先が見えなくて日本を対米戦争に突入させてしまった、私が国賊と呼びたいような人もいる。こんな人たちを生徒に尊敬せよ、とは私には到底言えないし、また、そんな人たちの写真を参考館に飾っておくことは、館内に同居している真珠湾攻撃の特殊潜航艇で戦死した若い軍人方にも相済まぬと思ったからである」と回想する。井上が着任する前から、海軍省教育局が、東京帝国大学教授・平泉澄を、兵学校に度々派遣し、教官や生徒に皇国史観に基づく講話をさせていた。井上は、平泉の生徒への講話を廃し、「教育研究会」での教官への講話に限定した。また、井上自身も平泉の「教育研究会」での講話を聞き、不適切と思われる内容があった場合は、講話の後で教官たちに指摘して注意喚起した。
兵学校のある期について、兵学校卒業席次と最終到達階級との関連を数学的に分析して、教育参考資料として兵学校教官たちに示した。
教育年限短縮問題.
海軍次官.