クローン大戦に突入すると、多くのジェダイたちが将軍として各地の紛争地へ派遣された。ジェダイを自分の星に戦いを持ちこむ者として批判する者も少なくなく、戦争終盤には正義を振りかざし人を殺めるジェダイを分離主義者と変わらないと悪印象を持つ者も増えていた。また、ジェダイの中にもジェダイ評議会に不信感を持つ者が増え、大戦中にジェダイ聖堂を去った者や、ダークサイドに転向し共和国やジェダイ騎士団に反抗したり、敵である独立星系連合に内通した者もいる。
戦争が終わり、メイス・ウィンドゥによる最高議長パルパティーン暗殺未遂の一件が明るみにされると、人々のジェダイへの不満は最高潮に達したのだった。元老院議員のほぼ全員がパルパティーンの言葉を鵜呑みにし、ジェダイ抹殺に大喝采が贈られるほどに、クローン大戦後のジェダイの信用は失墜していたのである。
後年、ルーク・スカイウォーカーはこの時代のジェダイについて「滅亡によって美化され神格化されているが、本質は偽善と傲慢である」と評しており、ダース・シディアスによるオーダー壊滅や、ダース・ベイダーの誕生も遠因は彼の師であるオビ＝ワンや当時のジェダイ・オーダーにあると批判している。
帝国時代.
また、旧共和国時代にジェダイ・ナイトとして活躍したアナキン・スカイウォーカーは、パルパティーンの設けた誘惑に乗ってしまい、ダークサイドに堕ちてダース・ベイダーとなり、率先してジェダイ狩りを行うに至った。これら帝国のジェダイ狩りのため、ヨーダやオビ＝ワン・ケノービなど若干の者を除き、多くのジェダイが滅んだ。生き残りのジェダイの中には『反乱者たち』の大尋問官のようにダークサイドに転向した者もいた。
オビ＝ワンやヨーダに薫陶を受けたルーク・スカイウォーカーが一人前のジェダイとして成長し、またヨーダ、オビ＝ワン、改心したアナキンが相次いで死去すると、ジェダイの正統な生き残りはルークただ一人となった。
新共和国時代以降.
正史.
この事に責任を感じたルークは失踪。ファースト・オーダーは最後のジェダイであるルークを抹殺すべく彼の捜索を始め、レイアがファースト・オーダーを牽制すべく創設した私設の軍事組織「レジスタンス」もルークに助力を求めるため、同様に彼の居場所を示す手がかりを探索することとなる。