孤児院を追放され、ヨコハマを放浪する少年・中島敦は鶴見川で入水していた太宰治を助ける。それをきっかけに敦は太宰が所属する異能集団・武装探偵社が追う「人食い虎」の捜索を手伝うことになり、太宰と共に虎の出現を倉庫で待つことになる。そのとき、太宰は敦こそが虎の正体だと告げる。実は敦は無意識のうちに異能力、「月下獣」で虎に変身して徘徊しており、それゆえに孤児院を追い出されていたのだ。敦は自分の能力を制御出来ず、虎に変身して、太宰に襲いかかるが、太宰は相手の能力を無効化する異能力「人間失格」を発動して、敦を鎮静化させ、さらに敦が武装探偵社に入社出来るよう尽力する。
入社試験を経て武装探偵社に入社した敦だったが、なぜか海外の異能者団体から莫大な懸賞金が敦にかけられていた。ヨコハマの港を縄張りにするポートマフィアの構成員芥川龍之介はその懸賞金目当てに敦を執拗に狙うが、部下の泉鏡花の裏切りもあって、敦に逃げられてしまう。
第二期(アニメ) 太宰治と黒の時代.
第二期(アニメ).
芥川が敦の身柄を確保することに失敗したことを知った組合（ギルド）団長、フランシス・スコット・キー・フィッツジェラルドは自らヨコハマに乗り込み、敦の身柄と願いをかなえる「本」を手に入れるため、横浜を完全に廃墟とする計画を実行に移す。ヨコハマを守るため、武装探偵社とポートマフィアは一時的に手を結び、敦と芥川がフィッツジェラルドに立ち向かう。圧倒的な戦闘能力を誇ったフィッツジェラルドだったが、2人の攻撃でバランスを失い、空中要塞白鯨から落下して行方不明となる。さらに鏡花の捨て身の攻撃で白鯨も横浜の市街地から離れた海に落下する。
第三期(アニメ).
死の家の鼠頭目フョードル・ドストエフスキーは崩壊した組合の資産を強奪すると同時に、武装探偵社・ポートマフィアを共に殲滅させるための計画を実行に移し始めていた。彼の計画により、武装探偵社とポートマフィアは全面抗争に突入する。抗争は、夏目漱石によりもたらされた情報により死の家の鼠の異能者を逮捕し、さらにフィッツジェラルドの協力によりドストエフスキーを逮捕したことで終結した。
第四期(アニメ).