それは「病原菌」が原因ではない病気も存在する、という事の発見で、「脚気」などの栄養素欠乏症の事である。
当時は、栄養が非常に偏る、「船員」の間で、「脚気」などの栄養素欠乏症が起こり出した。
この時代には、船員と同行している船舶医師が、この栄養素欠乏症にかかった船員の血液などから、顕微鏡を使って、「病原菌」を探し出そうと試みたが、いくら綿密に調べても、全く見つからなかった。
途方にくれていると、ある船団の船員は、栄養素欠乏症にかかる船員が、ほとんど全くいなかったので、そこの船団との違いを医師が考えてみると、その船団には、「交易用のオレンジ」が大量に積まれていた。
試しに、栄養素欠乏症にかかっている船団の船員に「オレンジ」を食べさせてみた所、栄養素欠乏症が完治していった。
ここの段階まででは、まだ、いくつかの「病因学」の因果関係の選択肢が残っており、よくわからなかった。
しかし、「病因学」では、因果関係がよくわからなくても、先に「結果」が出てしまう事があり、患者の命が全てなので、よくわからないままも、船団には、「オレンジ」を支給する事で、問題は、解決した。
「栄養素欠乏症」の発見によって、様々な細かな「栄養素」の研究が進んでいき、中世から近世へと移り変わる時期では、薬などと共に、当時は高価だった、栄養素の豊富な「卵」などを摂らせたりするように医師の指示が変わっていった。
この時代の影響で、現在でも、人が病気になると、患者に「バナナ」や「メロン」などのフルーツを贈ったりするのである。
また、患者が闘病生活中に失われる栄養素を補って、患者が免疫を作りやすくしたりする効果も、栄養素や、その消費の研究によってわかっていった。
あるいは、広義な「病因学」では、患者に「花」を贈ったりして、精神的な要因からの影響も、できるだけ減らそうと試みるようになった。
近代の問題.
近代に到っては、逆に、「病因学」が進展した事で起こってしまった病気も増えてきてしまった。
通常は、こういった事を「副作用」という言葉で、表現してしまっているが、当然！「副作用が、生じる事にも、因果関係が起こり、その副作用の病因学もある。」
「近代」で多い医学の判断ミスや失敗の部分は、「病因学」を過信しすぎた結果、生じてくる判断ミスである。