関東においては、宮内一色氏の一色持家（時家）が鎌倉公方足利持氏に信任され、相模守護に任じられたことが判明している。だが、この任命は幕府の許可を取らずに鎌倉府が一方的に行った人事であり、永享の乱の一因ともなった。
応仁の乱以降.
細川京兆家・若狭武田家連合軍の侵攻.
その後の一色氏の系譜ははっきりしない。自害した義秀には男児がなく、一説によると、分家（知多一色家）の一色義遠の嫡男義有が家督を継承したとされる。
応仁の乱以来、敵対関係にあった管領細川氏の政略で丹後守護の名目が若狭武田氏に奪われ、一色家の求心力は落ち、国人の離反を招いていた。丹後に侵攻してきた細川・武田連合軍にからくも勝利した義有は、幕府に出仕しなくなった。それまでの一色氏は幕府の宿老で在京が普通であったが、義有が拠点を与謝郡今熊野城に移し、以後は本格的に丹後に本拠を構えた。この判断の結果、領国統治が確実になり、府中の街はたいへん栄えた。
義有の跡は一色義清が継承したともいうが、続柄や経緯はよく分からない。義清は京都の室町幕府にも出仕し、将軍家からも認められたが、嗣子がなく、（一色義幸を義有の子ではなく養子とする説では）一色氏嫡流は絶えた。
戦国時代.
丹後守護の座をめぐり若狭武田氏との抗争が激しさを増す一方、国内においては反乱・下克上が続発し、一色氏の勢力は更に衰退していた。中郡・竹野郡・熊野郡・与謝郡は、辛うじて名目上一色氏により治められていたが、若狭と境を接する加佐郡は若狭武田氏の勢力下に置かれ、若狭武田氏の武将である白井氏（千葉白井氏）などの居城も築城された。
そんな混乱の中で、一色氏一門庶家のうちから一色義幸が宗家を継承した（義幸は一色教親の末裔といわれている）。義幸は若狭武田家の勢力を若狭へ押し返し、加佐郡の八田守護所及び建部山城を奪還し一色氏を中興した武将である。守護代延永氏との仲も良好に保ち、若狭武田家家臣である逸見氏が丹後に亡命した際には、これを保護し領地を与え家臣に加えた。
滅亡.