反則金の納付は、告知書に記載された期日までに、金融機関（日本銀行およびその歳入代理店（歳入副代理店を含む）である市中銀行や郵便局（現在ではゆうちょ銀行の代理店の資格である）など）を通じて行う。
納付された反則金は、銀行や郵便局を通じて国に納められた後、各都道府県や市町村に交通安全対策特別交付金として交付され、信号機、道路標識、横断歩道橋などの交通安全施設の設置費用として使用される。
適用除外.
「無免許運転、大型自動車等無資格運転、酒酔い運転、麻薬等運転、酒気帯び運転に該当する場合、または反則行為をし、よつて交通事故を起こした者は、反則行為および交通反則通告制度の対象外となり、同制度上の通告を受ける事はない」と定められている。告知において反則者の居所又は氏名が明らかでないとき、また逃亡するおそれがあるときもまた同様で、その場で現行犯逮捕されることがある。また、告知または通告において、反則者がそれらの書面の受領を拒否した場合（ここで、書面への署名捺印の拒否は書面の受領の拒否には当たらない）、居所が明らかでないときにも、同様に、同制度上の告知または通告を受けることはない。
また、道路交通法違反行為のうち、そもそも反則行為に該当しない行為や、重被牽引車を除く軽車両（自転車等）の運転者によるもの、歩行者や運転者以外の者によるものについては、そもそも交通反則通告制度の対象外である。
なお、交通反則通告制度における通告を受けた行為について同制度が適用されない結果として、少年保護手続を受けた場合においては、家庭裁判所において、改めて交通反則通告制度上の反則金を超えない額の反則金としての納付を指示することもある。なお、道路交通法上は、家庭裁判所は、通常科される政令で委任された反則金額でなく、道路交通法別表第二で規定された反則金の限度額の範囲内で納付を指示することが可能である。少年法上、反則行為のうち、罰金以下の刑に処せられる行為に関しては逆送はできないこととされている。