ナビカスプログラムには全く模様のない「プログラムパーツ」と十字の模様が入った「プラスパーツ」が存在する。そして、それぞれのナビカスプログラムには色がある。
改造コード.
改造コードは、謎の外国人から購入できる「改造ツール」を入手すると使用できるようになる。なお、ここでいう改造コードとは、数値の変更による実際のゲームデータの改竄(かいざん)とは異なる。
エラーコード.
使用方法・効果.
これによって、例えば本来シールドスタイルとカスタムスタイルにしか組みこめない青色のプログラム「シールド」をガッツスタイルのロックマンに組み込んでシールドを使うことが可能になるなど、カスタマイズの自由度が広がる。
エキストラコード.
スタイルチェンジ.
前作から登場したスタイルチェンジシステムに、グランドスタイル（BLACK版ではシャドースタイル）とバグスタイルという新たなスタイルが追加された。
スタイル.
各スタイルの下に書いてあるものは、スタイルのレベルが上がることによって入手するナビカスプログラム。今作ではナビカスがあるため、前作に比べて個々の能力は下がっている場合がある。
属性.
特殊パネル.
前作から登場した特殊パネルに新たなパネルが追加された。
その他の特殊パネルについては前作の特殊パネルの項目を参照。ただし、前作にあったマグネットパネルは本作にはない。
隠し要素.
全ての☆がつくと最終ボス「プロト」から「プロトSP」に変わる。
相違点.
スタイル.
ホワイト版でのグランドスタイルの代わりに、ブラック版ではシャドースタイルが発現する。その他のスタイルは通常通り発現する。
浮貸し
浮貸し（うきがし）とは、金融機関の職員がその地位を利用し、自己又は当該金融機関以外の第三者の利益を図るため、金銭の貸し付け、金銭の貸借の媒介又は債務保証をすることをいう。
金融機関の信用を損なったり資金を危険に晒す行為のため、出資法により禁止されている。
飯坂町 (福島県)
飯坂町（いいざかまち）は、かつて福島県にあった町。現在の福島市飯坂地区（市内北部）にあたる。
浮き貸し
切削工具
切削工具（せっさくこうぐ、）は、工作機械とともに切削加工に用いられる工具。