保護者が登校刺激を与えれば、早期の再登校につながる場合もあるが、不適切な登校刺激が事態の深刻化を招く場合も多い。保護者などによる暴力的な登校圧力は、教育行政の進歩や、世論の理解において死者が出たことなどにより、現在では更生施設共に推奨されていない。
登校刺激への反応は、生徒によってケース・バイ・ケースであり、複雑である。場合によっては、必ずしも再登校を目標としない選択も考えられる。
学校による登校刺激については、「『指導の結果登校する又はできるようになった児童生徒』に特に効果があった学校の措置」(複数回答可)などが統計として書かれているが、不登校に至った本人にとって学校の登校刺激が最善の利益となるかどうかは全く別である。
監禁など犯罪に巻き込まれたことが原因で不登校となった児童・生徒に対しては、保護者や当人が在籍している・いた・する筈だった学校等が不登校期間中の学習をサポートするケースが多い。
学校側はステップルームとよばれる一時的な適応指導教室を開設する。
医療面の対応.
うつ病、パニック障害、広場恐怖症、統合失調症などの精神疾患が不登校の原因となっているか、または不登校の過程で精神疾患を併発している場合がある。著しい苦痛または日常生活に障害を引き起こしている症状がある場合には、精神疾患の疑いで、心療内科、精神科、神経科などを、出来る限り速やかに受診しなければならない。何らかの身体症状で他の診療科に通院している場合にも、精神疾患の可能性を疑う必要がある（治療法については、「うつ病#治療」「パニック障害#治療」「広場恐怖症#治療」「統合失調症#治療」を参照されたい）。
他者と関わることに強い恐怖を感じる社交不安障害、予期しないパニック発作が繰り返し起こるパニック障害、無意味な強迫観念や強迫行為にとらわれる強迫性障害などもまた、不登校との関連性が高い(後述)。朝起きられない、夜眠れないなどといった睡眠障害も不登校と関係する。これらの患者がうつ病など他の精神疾患を併発している場合もある（治療法については、「社交不安障害#治療」「パニック障害#治療」「強迫性障害#治療」「睡眠障害#診断と治療の原則」を参照されたい）。
医療機関での対応.