中のポケモンごとパソコンにデータとして保存したり、別の場所に転送する事も出来る。これもボールの機能ではなくポケモン自体が持つ能力とされており、空のモンスターボールは転送出来ない。『ドラえもん』に登場する四次元ポケットや、桝田省治が製作に関わった『リンダキューブ』に登場するトランスカーゴ（TC）などをイメージさせる。
内部.
ゲーム版での設定.
主人公は、これらをフレンドリィショップなどで購入する、他人から譲り受ける、落ちているボールを拾う（ポケモンが「とくせい」で拾う事もある）といった手段で手に入れる。
空のボールを野生のポケモンに向かって投げ、当たるとそのポケモンはボールの中に入るが、体力があると自力で出てきてしまう可能性が高い。その為、バトルでHPを削ったり、状態異常にしたりして、ある程度弱らせてから捕まえるのが良い方法である（ポケットモンスター (ゲーム)#捕獲を参照）。また、ポケモンの種類によっても捕まえられる確率が異なる。たとえば伝説のポケモンなどは通常のポケモンよりも大幅に捕まえづらく設定されている。捕まえ損ねて野生ポケモンが中から飛び出してしまったり、投げるのに失敗して落とすと壊れるのか、そのボールは失われてしまう。ただしアニメなどでは手元に戻ってくるような描写も見られる。ポケモンの身体のどこかに当たればいいらしく、アニメにおいてハルカがゴンベをゲットしようとした際にゴンベがモンスターボールを飲み込んでしまったが、問題なくゲット出来た。
ポケモンとそれ以外の存在を見分ける機能があるらしく、『サン・ムーン』のビッケは、ウルトラビーストのような異世界のポケモンに対しては、ポケモンと認識され辛いため捕獲が難しいと述べている。
捕獲されたポケモンには、そのトレーナーの名前とIDナンバーが「おや」情報として記録され、以後は通信交換などで人の手に渡ってもその情報が失われる事はない。