忠平の死後、村上天皇の親政（天暦の治）が行われ、摂政・関白の座は空位となった。醍醐天皇の延喜の治と村上天皇の天暦の治は後世においては、摂関が置かれず天皇が親政を行った時代として理想視されることになるが、実際には当時の摂政・関白は非常置の地位でしかなかったために任命すべき事情がなければ空位とされる官職であったこと、摂政・関白が置かれていなくても忠平の長男藤原実頼が左大臣（一上）として国政を運営していたことなど、藤原北家の良房流が国政を掌握する構造自体に変化があった訳ではなかった。村上天皇の崩御により、病弱で政務の遂行が難しかった冷泉天皇が即位すると、藤原実頼が関白に就任し、続いて太政大臣・准摂政に任ぜられる。以後、後醍醐天皇による建武の新政の時期などの例外を除いて、明治維新まで摂政・関白が常置されることとなる。
道長・頼通まで.
安和の変による源高明の追放、次いで源兼明の皇族復帰によって他氏排斥が完了した後は、藤原北家の内部で権力争奪が行われることとなった。安和の変後、冷泉・円融両天皇の外戚であった藤原師輔の子である藤原兼通・兼家兄弟が摂関の座を争って互いにその出世を妨害しようとした。
近年の研究においては歴代の天皇の性格や取り巻く状況にもよるが、摂関政治期の天皇は必ずしも天皇の権力は無力ではなく、自ら積極的に政治的役割を果たそうとする天皇が多かったことが判明している。しかし、天皇と公卿や官司の間で文書をやりとりする際には摂関（内覧も含む）が介在させて行うことが多く、特に叙位・除目などの人事の関する御前の儀式には摂関が文書の内容を確認する行事が故実として盛り込まれたことにより、摂関の存在がなければ儀式が成立しないことになった。これによって朝廷の人事権を摂関が把握することに成功し、それが摂関の存在を維持することにつながったと言える。
この時期、摂関家の経済基盤は人事決定権にあり、摂関に指名された受領が任地で蓄えた財産の一部を摂関家に貢納することで多くが賄われていた。このような受領の多くは家司受領と呼ばれ、四位・五位の官人であるにも関わらず摂関家の被官であるかのごとき立場であった。かつて史学史上、彼ら家司が運営する摂関家政所が直接国政を支配していたとする政所政治説が唱えられたが、現在では否定されている。
摂関の実権低下と家職化.