巻名については概ね現在でも一般的な巻名を使用しているが、「匂宮」については「かほる中将」という巻名を使用している。この「薫中将」という巻名は現在では見られないものの、鎌倉時代の注釈書である『奥入』や『弘安源氏論議』において「匂宮」巻の「別の呼び名」として記されており、旧注の時代には一定の範囲で使用されていたと見られる名称である。
人物の名称.
人物の名称について、この九条家本では、現在一般的には「玉鬘」と呼ばれている人物を「夕顔尚侍」と、「雲居の雁」と呼ばれている人物を「夕霧大将北方」と、「宇治の中君」と呼ばれている人物を「故郷離るる中君」とそれぞれ呼んでいる。これらの呼び方は古系図の中でも九条家本に近い一部のものだけに見られる呼び方であり、これらの独特の呼称が見られるかどうかがその古系図が九条家本に近い「九条家本系統」に属するかどうかを判別する基準にもなっている。
母方の記述.
人物記述において、母系を記述する際に「はゝ」と記してに後にその人物の母を記しているが、母系が不明なものについて「はゝ」とのみ記してその後に何も書かれていない人物がある。これ以後の成立と見られる多くの古系図では母系を記述している人物についてのみ「はゝ」と記してに後にその人物の母を注記しており、母方の不明な人物について「はゝ」とのみ記してその後に何も書かれていないような例が見られないことから、このような記述は九条家本が未完成ないし作成途中という性格を持っていることを示していると考えられている。
裏書.
本古系図は、人物についての詳細を記した幾つかの「裏書」を持っている点が他の古系図に見られない特徴になっている。裏書きは多くの場合当該人物の記述の裏に記されている。明石中宮、朝顔齊院、紫上、薄雲齊院、夕顔尚侍（玉鬘）、朧月夜尚侍、明石上、空蝉については該当箇所の裏側に記されており、花散里についてのみ巻末近くの裏側に記されている。
引用されている本文.
本古系図では、しばしば本文をほぼそのまま引用して人物に説明を加えているが、そこで引用されている源氏物語本文の系統は青表紙本でも河内本でもなく別本であり、中でも現存する写本の中では保坂本が最も近く、このような本文が当時一般的なものであったことをうかがわせるものとなっている。
記載されている人物の数.
その他.