中国の明や韓国の高麗・朝鮮王朝、また日本の室町幕府に対し、倭寇は結果として重要な政治的外交的な影響力を与えた。明は足利幕府に対し倭寇討伐を要請する見返りとして勘合貿易に便宜を与えざるを得ず、また高麗王朝は倭寇討伐で名声を得た李成桂によって滅ぼされ、李成桂によって建国された朝鮮王朝は文禄の役の頃まで倭寇対策（懐柔と鎮圧）に追われた。朝鮮王朝による対馬侵攻（応永の外寇）も、倭寇根拠地の征伐が大義名分とされていた。
また、第二次世界大戦後、韓国では日本に略奪されたと主張される文化財の返還運動が展開し、高麗仏画や仏像など日本に保管される朝鮮由来の文化財の多くは倭寇に略奪されたとする見解が韓国ではなされているが、日本では当時の李氏朝鮮政府が仏教弾圧政策をとったため日本へ貿易品として輸出されたり、贈答されたとする見解がある。
奴隷貿易.
前期倭寇は朝鮮半島、山東・遼東半島での人狩りで捕らえた人々を手元において奴婢として使役するか、壱岐、対馬、北部九州で奴隷として売却したが、琉球にまで転売された事例もあった。
活動地域.
倭寇の根拠地は日本の対馬や壱岐・五島列島、瀬戸内海をはじめ、朝鮮の済州島、中国の沿海諸島部、また台湾島や海南島にも存在していた。
ボルネオ童話において、倭寇と思しき者が活躍する伝承もあり、この周辺まで広く活動していたと思われる。また倭寇であるかは不明であるが、現在のタイ（当時のシャム）においてもスペイン軍が「ローニン」の部隊に襲われて全滅したとの記録もある。
武術.
また、日本の剣術を基にした苗刀という中国武術が明末から清初にかけて生まれた。
倭寇以後の東アジア海上世界.
豊臣秀吉の海賊停止令により、倭寇の活動は一応は収束をみるが、東アジアの海上世界では林道乾や林鳳（リマホン）、明を奉じて清に抵抗した鄭芝竜、鄭成功の鄭一族などが半商半海賊的な存在で、倭寇ではないが同時代の海上勢力である。また、後期倭寇に多く見られた台湾与中国南部（広東・福建・浙江など）出身者は日本（横浜・神戸・長崎の三大中華街）や東南アジアに多数渡り、現地で華僑のコミュニティを形成し、現在も政治や経済において影響力を及ぼしている。
八幡船.