このことは第二次世界大戦後の京大法学部の再建に大きな影を落としたといわれる。すなわち戦後、GHQの方針により瀧川は京大に復帰したが、他の「辞職組」教官らは復帰しなかった。また、瀧川を法学部長に据え法学部再建の全権を委ねる旨の密約が交わされており、これによって黒田法学部長が解任され、佐伯ら前記「復帰組」教官らも辞職したことで事実上、瀧川の報復人事を許すことになった。
一方、京大とは対照的に、この事件で予期せぬ漁夫の利を得たのは、立命館大学だった。立命館は、安い給料で当時一流の学者を招聘できた。また、戦後になって立命館がGHQに睨まれた際にも、この京大事件で追われた末川博を総長に据えるなど、大学の民主化を図って切り抜けた。
なお、鳩山一郎が戦後GHQの公職追放指令を受けたのは、かつて文相として瀧川の処分を強行したことに関係があるといわれる。
影響.
久野収はこの事件の特色について以下のように回顧し、言論弾圧の対象が従来の共産主義思想から自由主義的な言論へと拡大することとなった大きな転機であると強調した。
しかし、自由な研究や教授を大きく制限され、当時の政府や軍部の政策に協力することを求められるようになった。具体例を挙げると、京大医学部の教員による、関東軍の防疫給水部(七三一部隊)への、人材提供を上げることができる。これには、医学部長の戸田正三や、医学部教授であり人類学者・考古学者でもあった清野謙次が関わっている。
立命館大学『学園通信校友版』「百二十年の歴史を訪ねて」によると、同省は瀧川を弾圧すると末川が反対に乗り出すことを予想し、むしろ弾圧の本命を末川としていたとする説もあることを紹介している。その末川は「この事件は瀧川個人に加えられた弾圧ではなく、日本の学問の自由と大学自治に加えられた弾圧だったから京大事件と呼ぶべきだ」と繰り返し語っていた。その他の京大関係者においても滝川事件と呼ぶ者と京大事件と呼ぶ者がおり、呼称は完全に統一されていない。
事件をモデルとした作品.