内閣官房副長官を補佐する特別職の内閣危機管理監と国家安全保障局長は大臣政務官級であり政権中枢の業務を担っている。官僚と官僚出身者が就任することもある他の大臣政務官級の役職としては、いずれも特別職の認証官である人事官（人事院総裁除く）、検査官（会計検査院長除く）、侍従長がある。
副大臣級.
一般的に、その職務の重要性と権限から各省の事務次官を越えたキャリア官僚の頂点とされるのが内閣官房の内閣官房副長官（事務担当）である。同職は副大臣級で特別職の認証官であり、閣議への陪席も認められ、事務次官等会議を主催している。旧内務省系官庁である警察庁、旧自治省、旧厚生省において事務次官級のポストを務めた者から就任するのが慣例となっている。官僚が就任する他の副大臣級の役職としては、認証官の宮内庁長官、慣例的に閣議への陪席が認められている内閣法制局長官があり、官僚出身者が就くこともあるポストとしては公正取引委員会委員長があり、いずれも特別職である。
国務大臣級.
官僚出身者が就任する例の多い人事院総裁と会計検査院長は、更に格上の国務大臣級であり、特別職の認証官である。
法務省における例外的運用.
例外的に法務省では認証官の検事総長・次長検事・（高等検察庁長たる）検事長の方が事務次官より待遇が格上であり、給与面は検事総長は国務大臣級、東京高等検察庁検事長は副大臣級、次長検事と検事長（東京高検除く）は大臣政務官級と定められている。これは検事が職務上対応するポストが三権の一つの司法を司る裁判所の最高裁判所裁判官や高等裁判所長官であり、対応する裁判官に合わせた待遇とされているからである。
キャリア制度の歴史.
明治以来の高等文官制度、及び戦後それを非公式に継承したキャリア制度は、世襲や門閥、藩閥による高級官僚登用を防ぎ、かつ職員間の過当競争を回避し、日本の近代国家化・発展に大きな役割を果たした。