作中にしんのすけの語りで、「ぶりぶりざえもんのぼうけん」という物語が入るが、この部分は原作者の臼井によって描かれた話をアレンジしたものである。この部分を含め、ギャグに留まらないまじめなシーンも散見される（なお、この「ぶりぶりざえもんのぼうけん」は実際に今回の映画公開前に書店で販売されていた）。
あらすじ.
ニュースでこの事を知ったみさえとひろしはしんのすけが行方不明と知り絶望する。だが、そこに「SML」の一員でコードネーム・筋肉と名乗る大男が現れ、しんのすけ達は生きていると告げ、みさえたちに今の状況を説明する。筋肉は事件は「SML」が解決すると告げたが、しんのすけを一刻も早く助けたいみさえ達は同行したいと言うが、筋肉に却下され、2人は引き下がる。だが、みさえは筋肉に罠をかけ、野原一家を同行させるという誓約書にサインをさせるも、誓約書は反故にされ、結局みさえ達は取り残されてしまう。
香港に着いたみさえ達はしんのすけを探すが、手がかりは一つもなく途方に暮れる。そんな時、筋肉と再会。二人の同行を認めない筋肉だったが、ひろしの強い意志に押されて同行を許す。こうして、ひろしとみさえは筋肉と共にしんのすけ達とお色気の救出に向かうこととなる。
しんのすけ達が秘密の入口を見つけて入ると、そこは大袋博士と助手のアンジェラ青梅の研究室だった。しんのすけ達はすっかり二人と仲良くなっていたが、監視カメラがあったため再び捕まってしまい、そこでお色気と再会する。マウスにディスクを奪い返され、コンピュータを起動すると、そこにはぶりぶりざえもんが映し出されていた。マウスはコンピュータウイルスを世界中にばらまいて征服する計画を企てていたのである。その最中、しんのすけ達との合流を果たしたみさえらは再会を喜ぶ。
絶体絶命の中、大袋博士はコンピュータウイルスの流布を阻止すべく、しんのすけをプログラムの中に侵入させる。マウスはブラックホールのような入り口を開けて思う存分暴れて来いと命令するが、ひまわりがコンピュータの操作を妨害したためやり直す羽目になった。