富士の巻狩りの後粛清が相次いでおり、巻狩りが契機となった可能性が指摘されている。例えば巻狩りには源頼朝の異母弟である源範頼が参加しておらず、後の流罪に関係するといった見方もされている。この事件の際に常陸国の者が頼朝を守らずに逃げ出した問題や、事件から程なく常陸国の多気義幹が叛旗を翻したことなどが『吾妻鏡』に記されており、同国の武士とつながりが深かった範頼に対する頼朝の疑心を深めたとする説もある。
事件に関する解釈.
北条時政黒幕説.
歴史学者の三浦周行が大正期に北条時政黒幕説を唱え、それ以来学界に大きな影響を与えてきた。『吾妻鏡』や『曽我物語』では工藤祐経を討った後に時致は源頼朝をも襲っており、これが時政の暗躍によるものとする解釈である。時政は事前に駿河国に入国し準備を行っており、頼朝が富士野に到着した際もあらかじめ参上しており、この説に説得力をもたらした。
またそれ以前より時政と兄弟は縁があり、兄の祐成が弟である筥王（曾我時致）を連れ時政の屋形を訪れ、時政を烏帽子親として元服している。従来より面識のあった時政が兄弟を頼朝襲撃へと誘導したとする見方が現在でも多い。
一方で、頼朝と時政は頼家の擁立で利害が一致しており、時政に頼朝を襲うほどの動機はないし、事件後も頼朝と時政の間に懸隔は見られない。頼家の晴れの舞台で時政が殺人を仕組むとは考え難く、また祐成を討ったのは時政の側近の仁田忠常であり、祐成は時政を狙った可能性が高く、兄弟は時政の統制を逸脱した行動をとっているとして、時政黒幕説を疑問視する見方もある。
クーデター説.
小説家の永井路子は、富士の巻狩り後に範頼の粛清、大庭景義・岡崎義実の鎌倉追放、安田義定・義資の誅殺などが続いていることから、戦時体制から平時体制への移行を進めていた頼朝と御家人たちとの間で意識の懸隔が生じており、挙兵以来の歴戦の御家人の中には平時体制では力を発揮できず不満や反発を募らせていた者もいて、そのような不満分子が曾我兄弟の仇討ちの混乱に乗じて頼朝を倒し範頼を擁立する反北条のクーデターを計画したという説を唱えた。
伊東父子襲撃における源頼朝関与説.