原核生物の細胞骨格は、原核生物の持つ全ての構造繊維のかつては原核生物の細胞は細胞骨格を持たないと考えられていたが、近年、これらの細胞にも繊維が含まれることが明らかになった。実際に、真核生物の全ての主要な細胞骨格タンパク質のホモログが原核生物で見つかっている。細胞骨格は様々な原核生物で、細胞分裂、保護、形態の決定、極性の決定等に必須の役割を果たしている。
栄養素貯蔵構造.
細胞質内封入体.
細胞質内封入体は、代謝活性を持たず膜と繋がっていない非生物部分と考えられている。最も一般的な封入物は、グリコーゲン、脂質の小滴や結晶、色素である。ボルチン顆粒は、無機化合物のポリリン酸塩の複合体を含む。これらの顆粒は異染効果を示すことから、メタクロマチック顆粒と呼ばれる。青色染料のメチレンブルーやトルイジンブルーで染色すると、赤色または青色になる。
ガス胞.
ガス胞は、膜に結合した紡錘型の小胞でプランクトン性の細菌の一部や藍藻で見られ、全体の細胞密度を下げることで浮力を与える。正の浮力は、光合成を継続させるため、細胞を水の表面に位置させるのに必要である。これらは、内側の表面が疎水性のタンパク質の殻で作られ、水は透過できないが気体の多くは透過できる。ガス胞は中空の円筒であるため、周りの圧力が大きくなると崩壊する。ガス胞の直径とそれが崩壊する圧力の間には、単純な関係がある。ガス胞がより太くなると、より弱くなる。しかし、より太いガス胞はより効率的であり、タンパク質のユニット当たりの浮力がより大きくなる。異なる種類の細菌は、異なる大きさのガス胞を作り、水中の異なる深さにコロニーを作ることを可能にする（早く生育し競争の大きい種は太いガス胞を持ち、最上層に来る。一方、生育が遅く暗所に適応した種は細いガス胞を持ち、深い層に位置する）。