しかしながら、みなし労働時間制は採用するための要件や対象となる労働者の範囲が厳格に定められていて、本来対象とならない労働者をみなし労働時間制の下で労働させることはできないこととなっている。
管理職に昇進させる.
これを悪用し、管理職を「管理監督者」とみなした上で、「名目だけの管理職」に昇進させ、月額数万円程度で固定される「管理職手当」と引き替えに、「残業手当をカット」する方法が採られることがある（固定額の「管理職手当」が「残業手当」より低く抑えられる）。しかし、職制上「管理職」とされている者全てが「管理監督者」に該当するとは限らない。
コナカや日本マクドナルドなどの直営店長が起こした裁判では店長側の訴えを認め、「コナカや日本マクドナルドにおける店長は管理監督者とはいえない」との判断を下し、過去に未払いとされていた残業代の支払いを命じた（管理職かどうかの判断はしていない）。これらの訴訟では、残業手当の支払いを免れる「名ばかり管理職」という言葉が生まれ問題視されている。
サービス残業への対応.
厚生労働省の対応.
労働基準監督署による是正勧告など.
このような是正勧告に対して、日本経済団体連合会は「企業の労使自治や企業の国際競争力の強化を阻害しかねないような動きが顕著」と非難している。
厚生労働省への匿名での情報提供.
厚生労働省はウェブページ上に「労働基準関係情報メール窓口」を設けており、労働基準法等における問題に関する情報を匿名で提供することができる。情報は、関係する労働基準監督署へ情報提供するなど厚生労働省の業務の参考にされるが、個別の事案への相談には応じていない。
労働基準監督署への申告.
労働者は労働基準監督署へ賃金不払いの申告をすることができる。労働基準法的に申告は匿名では受け付られない。
労働基準監督署への告訴・告発.
労働基準監督署長（又は、警察署長、検察官）に対して、使用者の具体的な法違反があることを法条文の構成要件に従って書面などの根拠を持って示し、使用者の刑事責任を問う意思があることを申し出れば、告訴・告発ができる。ただし、口頭の告訴・告発の場合には告訴・告発調書という取り調べのようなことが行われ、告訴・告発調書は行政官の都合の良いように書かれるため、書面による告訴・告発が望ましい。
未払賃金請求訴訟.