また、防衛省改革会議に防衛省から提出された資料では「自衛隊員が、有する経験や専門的知識に基づき適切な形で意見を述べることは、我が国の安全保障にとって必要なことであると考えている。」としながらも「しかしながら、いかなる場合でも、自衛隊員、特に航空幕僚長のような幹部は、その社会的立場に留意し節度ある行動をとることは当然である。実力組織である自衛隊を運用し、任務を遂行するという重い責任を有している自衛隊員は、自らを格別に厳しく律する必要がある」とされており、自衛官、特に幕僚長という立場の重さを強調している。
関係者の処分.
反応.
政治家.
そのほか与野党双方の議員を含め、防衛省内からも非難の声が上がった。
研究者・評論家・作家.
研究者・評論家の間でも、リベラル左派・保守派の一部が田母神批判の立場にあるのに対し、一部の保守派言論人(石破茂は民族派と定義している)がこれに反論し、田母神論文を擁護するという構図となっている。
論文選考委員の一員でもあった花岡信昭客員編集委員は産経新聞紙上で「防衛省内局の役人的発想を排し、『自衛官にも言論の自由はある』とやっていたら、その後の展開はまったく違ったものになっていただろう」として、保守層の支持回復にもつながったのではないかと政権批判をし、田母神に同情的な論評をした。
また、懸賞論文で佳作になった岩田温は田母神の論文はおおむね正しいとしながらも、史料選定など一部に問題があることを指摘した上で「懸賞論文の入選作の多くが、コミンテルン陰謀論らしい。（中略）陰謀論には懲り懲りというのが、率直な感想である」と懸賞全体への批判もおこなっている。