寛永年間に成富兵庫茂安の石井樋造成により、石井樋より上流を川上川、下流を嘉瀬川とよび、初めて佐嘉川が嘉瀬川となり現在の流路に定着したと言われている。「川上川」の名前は扇状地の頂部に位置する、『肥前国風土記』に記載される川上の石神「世田姫海神」を祀る與止日女神社（河上神社）の名前に関連があると思われる。「嘉瀬川」は過去下流部左岸にあった佐賀郡嘉瀬郷（現佐賀市嘉瀬町など）の郷名に関連があると思われる。
流域の詳細.
源流から平野部に流れ出る官人橋（かんじんばし）までを上流、官人橋から嘉瀬川大堰までを中流、感潮域である嘉瀬川大堰から河口までを下流として解説する。
上流山地部.
嘉瀬川ダムの下流には渓流のそばに古湯温泉、またさらに下流には熊の川温泉があり、古くからの温泉地として知られている。富士町を流れる川上川とその景観は、水の郷百選に選ばれている。
上流部にはアユ、ヤマメ、タカハヤ、カジカガエル、カワガラス、ヤマセミなどの渓流の生物が生息している。
中流平野部.
中流部の地質は堆積土砂からなる沖積層であり、平野部に出てからしばらくの区間は周囲よりも川床の方が標高が高い天井川となっている。そのため古くは洪水が頻繁に起こっており、洪水の際は成富兵庫茂安が設けた日本最古の取水施設とされる石井樋の象の鼻や天狗の鼻などの荒篭（あらこ）で水の流れをゆるやかにし土砂を沈ませきれいな水だけを多布施川に取り入れ、尼寺林（水害防備林）によって土砂が振るい落とされながら徐々に溢れてゆく仕組みとなっている。これによって洪水被害も治まり、田畑に必要な水量も確保でき、農作物の収穫も安定した。周辺の田畑は洪水でも荒れることなくむしろ客土が増えて豊かになることから、村人は「洪水を喜んだ」とされるほどであった。
バルーン会場となる嘉瀬川荻野地区は海岸だった頃は千本松と呼ばれ、有明海の潮風による塩害防止のため松の木が植えられ松林は川上まで連なっていた。後に、成富兵庫茂安の指示で松林は伐採され、代わりに竹林が堤防に造成された。今は、堤防の竹林は嘉瀬川改修工事のため消滅した。現在は竹林は川上方面に残るのみ。
下流平野部.