この番組によると、ツインタワーは航空機の衝突によって崩壊したのではなく、事前にツインタワー両棟に爆発物が仕掛けられており、それを故意に爆発させ崩壊したとも言われている。上記の説と重複する点もあるが、その根拠をまとめると以下の通りである。
ジェット燃料はケロシンという灯油の一種で、鋼鉄を溶かしたり強度を弱めるほどの温度まで上昇しない。
タワーが崩落するスピードが速すぎる。
航空機突入とは別の爆発音がしたという、消防士や警官、またビルから救出された人など、多くの人の証言がある。
タワー崩落時の写真や映像では、崩落する時に階下の方から謎の白い煙が吹き出ている。
旅客機がタワーに衝突する直前にタワーから不可解な閃光が発せられている。
消防士たちが鋼鉄が溶けて流れていたと証言。
これらの理由から、ツインタワーは爆破されたのではないかという説がある。ではなぜ爆破されたかという疑問の理由として
NBCテレビのパット・ドーソンは現場取材で「どちらかのビルでまた爆発があった」「（救助に向かった）消防本部長によるとビルに爆発物が仕掛けられていた」と報道している。
また上記の理由に加えて、ツインタワー崩壊で最大の謎があるという。
したがって、ビルは航空機によるものだけではなく、爆破解体されたのではないかという主張がある。
ペンタゴン (国防総省) に突入した飛行物体はミサイルであったとする説が唱えられている。
ペンタゴンの近くにガソリン・スタンドがあり、そこに設置されていたセキュリティー・カメラの一つが事件現場の方を向いていたが、撮影されたビデオは事件後に米軍兵士により没収されてしまった。高速飛行可能な巡航ミサイルのような小型物体が写っていた可能性があって、それを隠蔽しているのではないか。
ハイジャック機からの電話連絡についての疑義.
公式発表に対する疑義.
アルカイーダの犯行声明が登場したことにより、一般的にはアルカイーダの犯行という認識がなされている。しかし、政府が事実を隠していたり、マスコミ報道の内容が操作されているという主張がある。
各国民の世論.
日本政府見解に対する疑義.
藤田は、この発言により欧州議会の会議場にて行われた映画『『試写会（とそれに伴うシンポジウム）やオーストラリアから招待を受けた
ほか、きくちゆみらと共著本を出版したり、シンポジウムなどを開催している。