この様なコミケット会場周辺で起こされている直接の問題や主催者が負わされる過剰な負担以外にも、電子掲示板やSNSなどのインターネット上のコミュニケーションの場において、「徹夜組」常習者が同じコミュニティ内のコミケット参加者に対して徹夜行為を勧誘するなどといったことも起きており、これも当事者たちの間でモラルを巡ったトラブルとなり問題視されることがある。
加えて、こうした「徹夜組」常習者の中にはグループで徹夜・深夜来場行為を行い、徹夜・深夜来場行為を率先して指導・先導する者も複数おり（俗に『仕切りたがり』などと呼ばれている）、先導者として振舞っているうちに身勝手な正義感やプライドが芽生え、正規のコミケットスタッフや警備員の指示と異なる独自の行動をとったり、「お前たちに代わって自分たちが徹夜組を管理してやっているんだ」などといった理屈を振りかざして徹夜・深夜来場行為を正当化しようとする者もいる。また、複数の「仕切りたがり」たちが深夜に各自で勝手に待機列や待機集団を形成した挙句「どちらが先に入場するか」で仕切りたがり同士で揉めたり、あるいは自らが形成した待機列が肥大化しすぎて制御しきれなくなり、管理を放棄して逃走したり、スタッフや警備員に丸投げするなどの問題も発生している。
ダミーサークル.
人気サークルがコミケ限定で頒布する同人誌を入手する為に、（徹夜組を含む）一般参加者より早く会場へ入場できるサークルチケットを入手することを目的にサークル参加する者がいる（この中には徹夜組や転売屋も存在する）。サークル参加の落選率の上昇に繋がるなどの理由から問題視されるようになっている。
サークルチケット転売・偽造問題.
コミックマーケット準備会は金銭を代価とするこのような転売行為、および無償の譲渡も認めておらず、出品者やネットオークション業者に対してオークションの取り消しなどの呼びかけを行っているが、単純な所持や本来の目的に違反する使用は法的に禁止されているものではなく、また、有料で販売しているものではないため、ダフ屋行為として取り締まることができず、完全に根絶できない状態となっている（ある程度の報告が寄せられれば出品を取り消されることはあるが、たいていが取り消される前に落札される）。
コスプレ.