装備アイテム関連の仕様追加。原作より種類が増大し、回復アイテム（HPおよび疲労度）が追加。影響を及ぼすパラメータが細かくなり、特に重量が追加されたため重いものは機動力に制約が生じる。また、武器アイテムを使い込むとスキル「戦技」を習得。該当武器を装備している限り使用可能で、魔法と同じくHPを消費することで発動でき、装備の必須と装備できるクラスという制約はあるがある程度任意に「戦技」を使い分けることができる。また、クラス別の攻撃特効が追加。
町の拠点では「鍛冶屋」を利用することで、武器の鍛錬やアイテムの貨幣への換金、武器への名前の付与と消去ができる。鍛錬は、ゲーム内で入手できる金貨及び銀貨を支払うことで、識別や強化が可能。
戦闘中、ユニットの行動や結果を制限回数ありで巻き戻す「ミラの歯車」が、ストーリーにも絡むアイテムとして使用可能。前述のとおりの使い方以外に全体マップで過去を見ることができる。
下記のダンジョンなど、戦闘を続けていくと「疲労」が蓄積していくようになった。疲労度が高まると最大HPが低下していき、解消するにはアイテムを使用するか、ミラへの供え物を行う必要がある。
全体戦闘終了後にユニット全体への経験値付与が明確に明示されるようになった。ユニットの活躍の度合いによって配分が変化する。また、白魔法などの支援でも経験値を獲得できるようになった。
DLCでは、経験値、貨幣、アイテムを入手できるイベントやダンジョンで遊ぶことができるほか、前日譚にあたるストーリーも配信される（こちらでは記憶の欠片や支援会話が得られる）。
また、ファイアーエムブレムサイファとのコラボレーションにより、サイファのユニットを使用することができる。
その他.
進行画面では年月や季節の要素が加えられている。
町や砦などは、外伝の俯瞰形式からアドベンチャーゲームで見られる立ち絵での会話や背景グラフィックから探索する物に変更されている。移動は建物マップに表示されているいくつかの地点を指定して行う。
魔法について、新たなものが実装。また、一部の魔法は効果が全範囲に及ばないように効果範囲を定めて調整されている（一例：ワープはユニット攻撃力の数値の半分までが範囲）。
ストーリー.
本作は、外伝のストーリーから語られなかった部分を掘り下げる形で加筆されている。