非常に大食いで、食い意地も人一倍である。アニメ初期はさほど大食いではなく、てんどんまんとカツドンマンの頭の丼だけでお腹がいっぱいになっていたが、その後徐々に消費量が増えていき現在では何十人前もの料理も一気に平らげてしまう。ドキンちゃんが嫌いな野菜サラダも残すことなく味わって食べている。
食いしん坊なだけに人一倍舌が肥えており、ホラーマンのパスタ料理や鉄火のコマキちゃんの鉄火巻きを食べた際には、それらの問題点を具体的に説明した上で「まずい」と評している。その反面、自身の料理の腕は悪く、自分で蕎麦を作って食べた時はあまりのまずさに青ざめていた。プリンちゃんとエクレアさんが作ったケーキを食べた時に至っては、あまりのまずさにケーキがトラウマになってしまっていたが、現在は消えている。
体質.
特技.
後述の通り基本的に持ち歌を除けば音痴であり、自分が歌うと周りの人は苦い目に遭うほどである。
頭脳.
間が抜けているが、メカやコンピュータに関する科学力・技術力は非常に高く、主に金槌等を使って奇妙ながらさまざまな武器や機能を備えたメカやロボット（バイキンメカと称される）を次々と造り、またそのメカをまるで自分の手足のように動かせる。メカ以外ではバイキン光線を発射する光線銃や巨大なハンマー等を使って戦う。隙を見つけるのも上手く、アンパンマンが彼のメカの攻撃を防いでる途中や二次災害に巻き込まれたり人質にされて空中に投げ飛ばされた人を助けた直後を狙い顔を濡らしたり汚すことも多い。アンパンマンと同等の実力者と戦う時は最初は大抵は彼らの攻撃を一度は食らってしまうが、再び戦う時は彼らの攻撃手段をさまざまな手段で防御したり未然に封じるなどと同じ轍を踏むことはあまりない。
言葉遣い.
一人称は「おれさま（俺様）」。二人称は主に「おまえ」。初期では「きさま（貴様）」とも言っていた。相手によっては「あんた」「あなた（貴方）」、まれに「きみ（君）」と言うこともある。
テレビアニメ初期では「バーカ！」や「弱虫雑魚」などの酷い暴言もあった。テレビアニメ版の放送が続き、メイン視聴者層が未就学児だと判明すると、製作スタッフの意向により、このような一部の乱暴な言葉は表現上避けるようになった。
独特の言い回し.
ばいきんまんの台詞には下記のような独特の言い回しが多い。