魔法少女として限界を迎え、本来なら「円環の理」に導かれるべきほむらが、インキュベーターの実験により通常の救済が不可能になっていたため、まどか・なぎさと共に行動を起こす。インキュベーターの目を欺くため、なぎさと共にまどかの記憶を預かり、ほむらのソウルジェムの中に構築された魔女結界＝偽りの見滝原へ潜入。その世界で日常生活を演じる一方で、秘かにほむらを救出する機会を伺っていた。改変前の世界やインキュベーターの実験の影響などの事情を全て認識していたため、毛嫌いしていたほむらに対しても歩み寄りの姿勢をとっている。なぜかさやかの家の居候になっていた杏子とも仲良くしていた。
ほむらの結界の中には魔法少女としてではなく、魔女として現れており、ほむらを救済する戦いにおいて、なぎさと共に中心的な役割を果たす。「円環の理」の他の魔女から借り受けた使い魔の大軍を召喚・使役し、くるみ割りの魔女の使い魔の軍隊と交戦したり、また杏子とのコンビネーションとして、自らの半身である「人魚の魔女」の刀を杏子の武器である長槍に変形させ、魔女結界の壁を突き破るなど、奮戦している。
ほむらが“導かれ”ようとする際にまどかの記憶と力を消し去り、因果律が再改変された影響で、さやかは「円環の理」に帰れなくなり、再び人間（魔法少女）として生きていくことになる。ほむらに対面した際には、『円環の理』を踏みにじる行為を厳しく糾弾したが、「『悪魔』の自分が神の理に逆らうのは当然」と返される。ほむらの態度に怒りがおさまらないさやかだったが、ほむらの力によって「円環の理」としての記憶が失われつつある中では「だけどこれだけは忘れない。暁美ほむら、あんたが悪魔だってことは！」と告げるに留まった。その一方で、かつての思い人である恭介や恋敵であった仁美に出会った際には「こうやってまた“おはよう”が言えるのは幸せ」と語っていた。
外伝漫画のおりこ☆マギカでは、まどかやほむらのクラスメイトとして一緒に行動していた。魔女の結界の中では逃げ惑い生き延びようとし、最後にまどかとともに行動する。なお、さやかは魔法のことは知らず、魔法少女とはなっていないが、使い魔に攻撃を仕掛けたり、ほむらに助太刀しようとしたりする勇敢さを見せる。