物語は先代「黒川組長」が死亡し、二代目会長を実子の黒川忍が継いだ直後の混乱から始まる。黒川の解任後に砂川明治が三代目会長に就任。その後、復帰した黒川が四代目会長に就任（副会長は神林仁）、砂川は新設の名誉職・会頭に就任。黒川の失脚により会長職は空席のまま、仁が会長代行。砂川の死亡に伴い、砂組組長を襲名した仁が五代目会長となる。
シリーズ初期は、墨田川組を筆頭に砂組・別当組・古沢組・流水会という構成。本家・墨田川組が消滅と再編を繰り返して弱体化、砂組が事実上のトップとなる。神林会長の時代に、全体の再編成が行われて参加団体を完全に系列化、対外的には「墨田川会」として一本化される。内部的には系列と縄張りは残っているものの、「〜組」という呼称は用いられていない模様。
高山組→横山組.
一円会会長だった浅見の死去に伴い、推挙される形で長老である高山組組長高山新八郎が会長職に座るが暗殺され、横山理樹が後を継ぐ。その後森の石会と小笠原組の抗争に絡み抗議の引退をし義郎が後を預かる。仇討ちに協力するなど、墨田川に一番親しい組織である。
浅見組→小笠原組.
岩見組.
組長は岩見紀一。関東一円会会長だった浅見徳二の死去に伴い、次期会長を狙っていたが阻まれて脱会し一円会と抗争を始める。一円会離脱後は岩見会の中心組織。
平間組.
組長は平間三郎。平間は登場時は関東一円会幹事長で岩見と行動を供にしていた。一円会を離脱し岩見会結成に参加。副会長職を得て岩見会の中心組織の一つとなる。
森の石会.
登場時の会長は名久井身命。最初は墨田川寄りで副会長まで昇るが、失脚した酒井にそそのかされてサガンに仕手戦を挑んだ末敗北し失脚した後暗殺される。その後一時期分かれたが後に柳沢恒成が頭に座ることで再びまとまり、最後は墨田川のバックアップもあり一円会会長に収まる。
上州またたび会.
登場時の会長は岩津火良和。関東一円会会長酒井の病気に伴い岩津火良和が関東一円会会長代行になる。 だがその直後爆死。清水雄治が跡を継ぎ墨田川の協力を得て首謀者の元酒井組傘下の三ノ宮を討つ。
雄武会.
酒井組.
竜門会.
立志会.
会長は草野一行。竜門会以上に組織としては草野以外の内部が話に出て来ない。
利根組.