以下、一般的な査読プロセスについて概説する。
投稿.
著者は、自分の仕事を論文にまとめ、分野や内容の良し悪し、審査の厳しさなどを勘案して、投稿する雑誌を選び、編集部宛に送付する。現在ではほとんどの雑誌が電子投稿を受け付けており、電子投稿に限定している場合もある。また、情報科学などの一部の分野では、研究の再現性を確保するため、研究に利用した実際のデータやプログラムコードの提出も求められる場合がある。
原稿を受け取った編集者は、著者に受け取ったことを知らせる ()。これ以後の段階では、その論文は投稿中 () であるといわれる。ただし、この段階では論文が雑誌に掲載されるかどうかは全く決まっていないため、業績として書くことはできない。
また、『ネイチャー』などの一流雑誌では、受け取り時に編集者によるレビューが行われ、価値が低いと判断されるとこの時点で掲載拒否となり、査読に回される前に原稿が返却されてしまう。
査読者の選定.
原稿を受け取った編集者は、その内容を評価できる（であろう）専門家から、ふさわしい査読者を探し依頼する。通常、査読者が誰であるかは、著者には知らされない。
場合によっては、著者は査読者としてふさわしい人物、あるいはふさわしくない人物の名前を挙げるように求められる。
ただし、査読者は、報酬は支払われず、時間的にも負担が大きいため、嫌がる人も少なくない。それゆえ、査読者になりうるのは自ら論文を投稿したことがあって、査読制度に理解がある人でなければならない。また、分野によっては研究者の数が非常に少なく、ほとんどが著者の利害関係者であったり、あるいは匿名性が維持できなくなってしまうこともある。
ふさわしい査読者が決定したら、編集者は査読者に締切などを記した依頼状とともに原稿を送付する。
査読.
原稿を受け取った査読者は、内容について審査を行う。このとき、査読者同士も他に誰が査読者かは明かされず、完全に独立した立場で仕事を行う。
採否の決定.