脳機能イメージング技術の進化したものを使って、非破壊的に脳の三次元モデルを構築する方法も考えられる。この場合、外部からの観測でどれだけの解像度が得られるかというのが問題となる。現在でもナノメートル単位のイメージングは可能だが、その場合は連続切片化で述べたような脳の物理的な破壊が必要である。
ブラックボックス.
グレッグ・イーガンの作品にあるように、実用的な観点では脳をブラックボックスとして扱い、単に外界からの刺激に対してどう反応するかさえわかれば脳のモデルを構築でき、精神転送が可能という考え方もある。この場合、「自己」とは何かという哲学的問題が生じる。哲学的ゾンビ・中国語の部屋も参照。
複写か移動か.
同じオリジナルを出自とする複写が複数存在する場合、それぞれの利害が必ずしも一致するとは考えられず、複雑な問題が生じることは容易に想像がつく。これは例えば転送装置の故障で複数のコピーが生じてしまったときの問題と似ている。コンピュータ上では複写を作ることは（リソースさえあれば）無限に可能であり、それらがそれぞれ活動する場合を想像することもできる。
このような哲学的な問題に関連して、徐々に脳を置き換えていく手法（上述のナノマシンによるものなど）の方が好ましいと考える者もいる。その間意識を失うことがないならば、これは通常の新陳代謝で脳を構成する分子が常に入れ替わっているのと何ら変わらない。
倫理上の問題.
精神転送には様々な倫理的問題がある。精神転送技術が実現したとき、財産権、資本主義、人間とは何か、来世、神が人間を創ったとするアブラハムの宗教の観点などといった概念と競合するかもしれない。そういった意味では、精神転送の倫理的問題は移植などの身体的延命/改良技術の倫理問題の延長上にある。これは、生命倫理学の範疇になる。また、サイエンス・フィクションはこういった問題を扱う役割もある。