朝鮮は儒教の国であり、科挙を経てきた官僚である通信使は高い儒教の教養を持っていた。藤原惺窩や林羅山をはじめとした日本の儒学者は通信使と交流を持ち、日朝相互に儒学者の書籍が紹介された。しかし朝鮮では朱子学、とくに性理学が国教的存在であり、異説を認めない立場が極めて強固であった。一方で日本において儒学の制限はほとんど存在せず、独自に説を発展させる余地が大きかった。このため朝鮮に紹介された伊藤仁斎や荻生徂徠、太宰春台の説は批判され、通信使も旧来の朱子学説を固守する傾向が強かった。この両者のギャップは次第に広がり、後期には日本の学者で「やっと宋儒（朱子学者）が固陋であることを知った。今、貴国ではもっぱら宋学（朱子学）を主張するので、何も問うものがない」と告げる者もいた。
一方で、朝鮮の主流ではない実学の立場からは、日本の儒学を評価する動きもあった。京都の儒学者伊藤仁斎の名は、成夢良をはじめとして通信使のあいだで知られており、仁斎の著作『童子問』は、仁斎の息子の伊藤梅宇によって贈呈されている。
医学、本草学.
本草学に関心の高かった吉宗の時代には、朝鮮から輸入していた薬用人参の国産化が計画された。吉宗の命令で草梁倭館は調査をすすめて、やがて日本では、お種人参という名で国産薬用人参が実用化された。薬用人参の貿易で多大な利益を得ていた対馬藩にとっては、経済面で衰退の一因となった。
文芸.
鎖国を国是としていた当時の日本において、通信使は間接的にではあっても漢詩などの中国文化に触れることのできる数少ない機会でもあった。通信使の宿泊先には多くの日本の文人墨客が集まり、大いに交流がなされるという副産物をもたらした。宋希璟の『老松堂日本行録』のころから詩文の唱和があり、相手は日本国王使でもあった無涯亮倪や、文渓正祐など博多や京都の禅僧だった。記録からは、交流の際に詩と茶がセットで利用されたこともうかがえる。日本の文人は詩文の添削や詩文の贈答も目的としており、詩文の唱酬が行われた。専門家の文人に限らず民衆も詩文の贈答を求めて使節団のもとを訪れており、『海游録』には民衆との詩文贈答についての記述もある。