工事は随時位置が変更されており、利用の際は注意が必要であったが、バスタ新宿開業とともに、おおむね確定した。
甲州街道改札は、その名の通りこの跨線橋に設けられた新駅舎の中で甲州街道に直結した出入口として設けられており、同じく甲州街道に面した既存の南口の斜め向かいに位置している。元の名称はサザンテラス口であるが、新宿サザンテラスへは直結していない（旧・サザンテラス口は直結していた）。
京王電鉄（京王線）.
後述する新線新宿駅を含めた京王電鉄の駅で唯一、新宿区に所在する。
改札内は繋がっているが、新線新宿駅と区別するため、旅客案内では「京王線新宿駅」と表記されることがある。
管区長所在駅であり、「新宿管区」として当駅と新線新宿駅を管理している。
のりば.
（出典：京王:駅構内マップ）
コンコース.
降車専用ホームにあった列車接近装置には、ほかの駅ではあまり見られない「電車にご注意ください」という表示があった。
かつては西側にも中地階通路があったが、駅リニューアル時に閉鎖されている。
京王電鉄（京王新線）・東京都交通局（都営地下鉄新宿線）.
京王電鉄と東京都交通局の共同使用駅で、駅自体は京王電鉄が管轄しているため、駅の放送や券売機、精算機、改札機の機器やサイン等は京王仕様であるが、構内の構造は概ね他の都営新宿線の駅と類似している。また、改札内に東京都交通局系の売店「メルシー」が、改札外に東京都交通局の定期券うりばがある。
都営地下鉄側では単に「新宿駅」と案内されるが、東京都交通局直轄となる都営大江戸線の駅と区別して「新宿線新宿駅」と表記されることもある。
のりば.
（出典：京王:駅構内マップ）
コンコース.
新線口改札は甲州街道の西新宿一丁目交差点直下に位置しており、京王線各駅からバスタ新宿を利用する際は新線新宿駅の利用が便利である。
東京都交通局（都営地下鉄大江戸線）.
建設に際し、ホーム階はシールドトンネルで、上層階は開削工法で施工された。
のりば.
（出典：東京都交通局:構内立体図）
コンコース.