慶長の役の際、秀吉が亡くなったことで撤退戦に入った日本軍とそれを追撃する明軍、それを防ぐ小西行長勢の船を、明軍船が結果として囲んだ際、鄧子龍（水軍副総兵）の船の帆柱を明の後陣船の石火矢が命中させて折ってしまったことが『土佐物語』巻第十八「太閤薨去 日本勢帰朝の事」に記述されている。この同士討ちが原因で小西勢に乗り込まれて、鄧子龍は討ち取られたと記す。
援護射における同士討ち.
援護射撃・砲撃、援護空爆でも誤った情報下では同士討ちするケースはある（例として、硫黄島の戦い、ベトナム戦争、アフガニスタン紛争など）。
戦時下における新兵器の登場.
航続距離が長い戦闘機などでは、戦時中に新型機が登場すると、敵軍の新型機と誤認されるケースが第二次世界大戦中にはあった（例、一式戦闘機、三式戦闘機）。
情報伝達の遅さ・不信用における同士討ち.
厳密には、戦時下において急きょ同盟を組んだ場合、稀に局地で情報が遅れ、敵と誤認されるケース（橋の上で友軍がいるにも関わらず、情報が届かず、爆破されるなども例の一）。また、戦後、同盟関係を構築したにも関わらず、局地残存兵（残党）がそれを信じず、抵抗した場合。例として、旧日本軍の一部兵士（残留日本兵）が南方の諸島において、米軍に妨害活動（破壊活動や食料を奪うなど）をしたことなど。一兵が敵であると一方的に認知していても、実質上、国家間では戦後同盟にあるため、同士討ちといえるが、戦後でも射殺された場合、戦死扱いとなる（例として、小野田寛郎が所属した部隊員）。
精神錯乱時における同士討ち.
過酷な戦場下において、精神の錯乱や仲間同士の不和（結束・団結の欠如）によって起こるケース。また、戦時下でなくとも、軍隊内でのいじめ・虐待などが原因で殺害（殺し合い）に至る場合もあり、通常勤務時でも起こりうる。これは敵軍の戦術（直接的ではなく、間接的な方法による疑心暗鬼の助長）によっても起こる場合があり、内因・外因の両面で生じ得る。隔絶された状況下で起こりやすく、映画等の創作物でも演出される。
潜水艦が事故で海中に沈み、艦内にガスが充満し、乗組員が外に逃げようとハッチに集まって、互いに殺し合いにまで発展したケースもみられる（詳細は第六潜水艇#第六潜水艇の遭難のイタリア海軍を参照）。
撤退・逃亡時における同士討ち.