一方、オスマン帝国の側も一応はキリスト教信仰を認めたものの、とりわけ帝国の中期以降はイスラームの絶対的優越性の理念の下クリスチャンは厳しい迫害と抑圧に苦しみ、帝国領内での神学教育の禁止やイスラーム教徒への布教禁止など宗教活動でも制限を受けた。このため聖職者の養成は、ローマなど西方に留学して神学を学ぶことにより行われた。これは東方正教会のなかにローマ・カトリック教会の影響を強めることになった。
二つの革命.
オスマン帝国とロシア帝国における第一次世界大戦は、それぞれの終焉をもって終わった。両国家はともに世俗化され、国家の統制下で一定の庇護を受けていた正教会は、大きな変化に直面させられた。
トルコ共和国は、コンスタンティノープル総主教座の存続を許したが、総主教はトルコ国籍に限ると規定した。教会領として保障されていた多くの土地は没収された。またこの当時、コンスタンティノープル教会の信徒は、ほとんどがオスマン帝国領内カッパドキアなどの、キリスト教信徒が多数派を占める地方に住み、ギリシャ語を話していたが、トルコとギリシャの間で住民交換が行われ、コンスタンティノープル教会管轄下の信徒は激減した。さらに、ギリシャ領ながらコンスタンティノープル総主教の管轄下にあったアトス山修道院では、トルコとの住民交換により移住したギリシャ人を住まわせる土地を確保するため、ギリシャ政府が、アトス山の領地を大幅に没収した。このためアトス山は大きく運営に支障をきたすことになった。
現代の正教会.
諸正教会は「組織的な一致」にあるのではなく、完全な自律性をもった諸教会が、共通の信仰と伝統と精神性において一致のもとに、相互に教会の自立を承認しあった緩やかな連合を保っている。各主教には序列が定められているが、これは席次や祈祷において名を挙げる順序などの、純粋に名誉上の序列であり、教義にかかわるものではない。