隅田川の洪水シーンは、操演の松本光司の提案により一発撮りで行われた。倒壊する永代橋は、松本自身がミニチュアを手で押している。
原作者の小松は、本映画の唯一の不満点として、潜水艦が進む海底が明るすぎることを挙げている。
特撮班助監督を務めた川北紘一は、本作品がヒットしてもゴジラシリーズの予算が増えたということはなく、東宝本社は本作品が特撮の力で成功したという認識ではなかったと述懐している。
『ゴジラ対メカゴジラ』では、本作品のコンビナート爆破シーンの映像やミニチュアを流用しており、美術助手の好村直行は流用を前提にコンビナートのシーンが設けられたと証言している。
原作や前作との相違点.
本作品は、原作や前作と比較し、登場人物の設定や役回りが大きく異なっている。
監督の樋口は前作の映画のリメイクというよりも原作小説の再映画化というスタンスで挑み、前作に欠けていた一般の市井の庶民の視点を意識して取り入れたとしている。
肩書きは公開当時のもの。
脚本のクレジットについて.
劇場公開時のクレジットでは「脚本 加藤正人」となっており、加藤の単独脚本ということになっていた。しかし、DVDのクレジットでは成島の名前が追加されている。加藤は公開時の桂千穂との対談で、脚本は二人の共作（成島の名前は出していない）であるが、諸事情で自分の名前しか出ていないと話していた。
サブタイトル.
ほか
実現しなかった映画化案.
『日本列島沈没』.
『続日本沈没』の企画.
『新日本沈没』の企画.
小説『日本沈没 第二部』.
執筆までの経緯.
あらすじ（第二部）.
ところがその矢先、地球シミュレータによるシミュレーションで、「異変」にともなって噴出した膨大なエアロゾルが地球の寒冷化を促し、新たな氷河期が近づきつつあることが判明する。
鳥飼外相は中田首相に対し、メガフロート計画を人類救済のために転用するように主張するが、中田は納得できず鳥飼は外相を辞任する。中田はアメリカとの軍事同盟に頼って事態打開を図るが、アメリカは責任を日本政府に押し付けるような情報操作を行ったうえで地球シミュレータを接取しようとする。
「第二部」以降の展開.
野坂真理
青森県青森市出身。高校時代は新体操選手として活躍した。学生時代、NHK青森放送局のローカル番組「FMリクエストアワー」のアシスタントとしてデビュー。