ある日、みことが再び誰からも認識されなくなる。巧斗と妹は、御原での因幡の白兎信仰が消えたのが原因だと推測する。妹は原因を調べるため、スサノオの力を借りて人の世界へと戻る。一方、巧斗は神々の世界に残り対策を探す。スサノオや憂架の協力により、巧斗はみことを見付けだす。巧斗はみことと話し合い、自身に眠る神の力を用いて、みことから因幡の白兎を切り離し彼女を救うことを決意する。切り離しに成功すると、みことは赤子を抱えていた。赤子は転生した次代の因幡の白兎だという。巧斗とみことは、二人で赤子を育てることを決意し、互いに幸せを噛み締める場面でエンドロールを迎える。
エンドロールの後、神隠しに遭ってから数年後が描かれる。巧斗とみことは子供を儲けていた。巧斗とみことは、御原にいる椎凪と会話をする。椎凪は御原で、SNSを活用して因幡の白兎ブームを起こしたことを伝える。最後にみことが巧斗に対し末永くよろしくと言う場面で稲白みことルートは幕を閉じる。
高乃椎凪ルート.
高乃椎凪は巧斗の妹である。巧斗と椎凪は、それぞれイザナギとイザナミが正体であるが、物語が始まる時点では、自分達も含め誰もそのことを知らずにいる。巧斗は椎凪とともに両耶島に残り、茶屋の客に聞き取りしたり古文書を調べたりして生みの両親の手がかりを探す。やがて巧斗と椎凪はお互いを恋愛対象として意識し始め、巧斗が椎凪に告白したのをきっかけとして二人は恋人関係になる。
士御ろかルート.
士御ろかは九尾の狐の化身であり、楠葉の娘である。巧斗はろかと共に茶屋でのアルバイトを行い、仲を深めていく。次第にろかは巧斗を父親のように慕い始め、巧斗はそんなろかを甘やかす。ある日、よろけた楠葉を巧斗が支える場面をろかは目撃し、二人が抱き合っていると勘違いする。ろかは嫉妬心を抱いたことで、徐々に巧斗への恋心を自覚する。やがてろかは、自身の恋心を巧斗へ打ち明ける。巧斗はろかの告白を受け入れ、恋人同士となる。
ろかが活動的になるにつれ、段々とろかが持つ神の力が強まり、逆に楠葉の力は弱まっていく。ろかは楠葉にとって次世代の九尾の狐であり、代替わりの際には、楠葉の力は完全にろかに移行し、楠葉は消滅する定めなのであった。そのことを楠葉は、巧斗とろかにはひた隠しにする。