コナーはサイバーライフから直に命令を受ける立場で変異体事件の捜査を担っているため、カーラを追跡する・マーカスが起こした事件を捜査するといった形で、他の主人公のストーリーにしばしば関わることになる。変異体の関与が疑われる事件が起こった際に、アマンダという管理者から捜査を命じられ、デトロイト市警のハンク・アンダーソン警部補の捜査補佐として現場に赴くという流れが、多くのチャプターで繰り返される。ハンクは元々優秀な警官だが、個人的事情をきっかけにアルコールに依存していて勤務態度も悪く、且つアンドロイド嫌いなこともあり、初めに捜査に任命されてからストーリー中盤までは際立って非協力的であるため、コナーが時に強引に現場へ連れていく。しかし、分岐に応じて個々の事件で容疑者にあたる変異体を見つけたり動機を聞き出したりすることができても、変異の兆候を見せるアンドロイドが増えていること自体の解明には至らない。コナーの捜査は難航し、プレッシャーをかけてくるアマンダと、変異体事件に関わる中で情緒不安定になり存在論的問いを投げかけてくるハンクとの間で板挟みになっているうちに、マーカス達は次々と行動を起こし事態は大きくなっていく。ある時ハンクの発案で、2人はサイバーライフ社の創設者にしてアンドロイドの開発者であるイライジャ・カムスキーのもとを捜査に訪れる。変異体の情報について訊かれたカムスキーは、彼らのことを自由意志を手に入れた素晴らしい存在だと語り、コナーに対しても自由意志の有無を試すテストを仕掛ける。カムスキーの邸宅でコナーが捜査の手がかりを得たかどうかにかかわらず、結局マーカス達のデモ隊と警官隊の衝突を受けて内戦勃発の危機が高まったことを理由に、捜査はデトロイト市警からFBIに強制的に引き継がれてしまう。担当を解任されたコナーはアマンダからの命令に従い、単独でジェリコの場所を突き止めることになる。なお、コナーは次の機体にメモリーをアップロードできるので、死ぬことによってコナー編のチャプターが終了することはない。一連の捜査の結果によっては廃棄処分を命じられ、この時点で終了する。