ドゥークー伯爵率いる独立星系軍は、共和国軍との戦争で銀河各地に争いの種を蒔いた。結果、多くの文明的な惑星を荒廃させ、共和国の政治・行政指導能力を壊滅寸前にまで追い込んだ。疲弊した民主主義の中で、大権によりあらゆる手続きを省き迅速に対処するパルパティーンの強権政治は人気を博した。少なくとも表向きには平等な人物であったパルパティーンは、強い指導者として銀河に欠かせぬ存在となっていた。戦争の早期終結の大義名分の元、任期満了後も元老院から留任を求められる形で最高議長の座に留まり続け、幾度も法律を改正して多くの権限を手中に収めていった。
そして、独立星系軍が劣勢となりつつあったクローン大戦末期、パルパティーンは一つの大きな賭けに出た。ドゥークーとグリーヴァス将軍が率いる大艦隊に、共和国の首都惑星であるコルサントを襲撃させ、自分自身を誘拐させる自作自演に出る。片やドゥークーは、ジェダイを誘き寄せて殲滅し、アナキン・スカイウォーカーを暗黒面に誘惑するという作戦と聞いていたが、そこにはドゥークーよりも更に若く、より強力な力を見せていたアナキンを据えようとしていたパルパティーンの二重の陰謀があった。パルパティーンの思惑通り、アナキンは無抵抗のままのドゥークーを殺害し、暗黒面へと堕ちる片鱗を見せた。この際、始末される筈であったオビ＝ワンは生き延び、逆に捕らえる筈のグリーヴァスは逃亡するという二つの誤算が生じた。
ともあれ、謀られた救出劇でのアナキンの活躍を絶賛したパルパティーンは、ジェダイ評議会に対して彼を「最高議長の代言人」として評議員に加えるよう提案。ジェダイ評議会はこれを渋々承認するが、逆にアナキンに対してパルパティーンのことをスパイするよう命じた。評議会はパルパティーンの独裁的な姿勢に疑問を持ち、彼の近くにシスがいるのではないかと疑っていたのである。アナキンはパルパティーンへのスパイ任務を承諾したが、評議会への不信感を抱くようになる。反対に長年父のように慕い、常に自分の実力を評価し、励ましてくれるパルパティーンをアナキンはこれまで以上に信頼するようになっていた。また、評議員に加えながらマスターの地位は与えないというジェダイ評議会の決定もスパイ任務と同様にアナキンのジェダイに対する不信感を増大させた。