前述のように、近世、特に石炭が燃料として普及する以前の日本列島における里山の負荷は一貫して高く、村落共同体は里山の植生崩壊を防止するために様々な規則を定めて対応した。これらの規則は「村掟」「村定」「村規則」などと呼ばれ、里山を入会地として持つ村のほとんどが、この種の規則を文書として備えていた。村掟によって定められる里山の利用規則は極めて詳細かつ厳密であった。例えば、肥料用の草は刈り取ってもよい量が家ごとに決められていることも珍しくなかったし、刈り取ってもよい時期が厳密に設定されている（「口開け」と呼ばれる）ことが多かった。村掟を破った者への制裁が予め決められており、多くは米や銀による科料の支払いと盗伐分の返還が科されていた。また、これらの他に労働奉仕も科される例や、盗伐者が科料を払えない場合の五人組による連帯責任による科料支払いが決められている例もある。
特に住民の数に対して利用可能な里山が少ない地域では、里山の管理は厳重なものであり、許可されていない場合は草を一掴み刈り取ったり、木の枝を一本折るだけでも罰せられる場合すらあった。夜間の盗伐を防ぐために持ち回りで里山の夜番をしていた村もあったほどである。これほど厳重な管理をしても里山の盗伐は頻発し、また、村々入会の里山では、里山を巡っての村と村の間での対立も続出した（山論と呼ばれる）。
明治期以降、里山は国有林となるか、あるいは細切れに分割されて個人所有となる、自治体に所有されるといった所有形態に移行した。このうち都市に隣接する地域の里山の多くはデベロッパーに転売されて、宅地やゴルフ場などのレクリエーション施設へと変貌していった。
現在の里山が抱えている問題の一つに、税負担の問題がある。山林の固定資産税そのものは宅地や農地に較べて安価に設定されているが、代替わりの際に発生する相続税では、山林の評価額は近隣の宅地の評価額から造成費を引いたものになる。しかし、実際に所有者がその価格で売却しようとしても、デベロッパーには足元を見られて買い叩かれるか、場合によっては買い手が付かないため、所有者は平地に持っている農地などを切り売りして資産価値のない山林を持ち続ける（その余力もない場合は相続税を支払えず破産する羽目に陥る）しかないのである。
入会地.