光の連合に属する主人公・エース・リズは鉄騎同盟への対抗手段を探るために『古代書庫』に赴いていた。
激高し敵へ向かっていったエースも、主人公を庇ったリズも次々と銃弾に倒れた。
何もかもを失い、自身も古代書庫の奥に追い詰められた主人公に精霊リンネが手を差し伸べる。
第一部.
冒険者として人々の依頼を受け、過去の世界と関わるうちに主人公は「過去での行動が未来に影響を及ぼす可能性がある」こと、そして「エースから預かった『想いの欠片』は未来の世界と通信できるだけではなく、それ自体がクリスタルの核と呼ばれる物質で、この時代で『継承の儀』を行うことで未来の世界に新たなクリスタルを生み出すことが出来る」ことを知る。
主人公は様々なトラブルを解決に導き各地の要人の信頼を得ることでクリスタル参詣の許可を取り付け、かつて風の巫女候補であったユリアニスの手を借りて『継承の儀』を行い、そのたびに『想いの欠片』に映し出される未来の様子は好転していく。
クリスタルを厳重に秘匿しその隠し場所を光の連合に伝えることで、ついに未来での戦争も終結する。しかしそこに仇敵レイコックの姿はなかった。彼は主人公が使った古代書庫のゲートを使い過去の世界に飛び、鉄騎同盟が勝利する歴史を求めて再度未来を改変しようと画策する。主人公との激闘の末、それでも鉄騎同盟の勝利を諦めようとしないレイコックにリンネは「クリスタルの恩恵にただすがって生きていくべきではないという鉄騎の理念は未来の世界でも受け継がれている」と諭す。それに納得したレイコックは最後に主人公と一騎打ちの決着をつけようとするが、突如発生した時空の裂け目である『赤い渦』に飲まれ、彼の肉体はこの時代から消失した。