精神分析が創始されたころの精神医学においては、「精神病の原因は脳の何らかの器質的異常によるものであるが、その異常はいまだ解明されていない」という精神病内因説が優勢であった。また、脳科学もその異常を解明できそうなところまで発達していないので、フロイトと同時代の精神科医たちは精神障害の原因究明には興味を示さず、むしろ症状を詳しく分類することに力をそそいでいた。
このような精神医学は、精神障害の根本的メカニズムを解明しようとする精神分析とは交流を持たず、しばしフロイトならびに精神分析を排斥し迫害する立場に回った。そのため精神分析は、精神医学界から離れたところで独自の発展を遂げることになる。精神分析が精神医学と深く結びついていくのは、フロイトの死後かなり経ってから、それも第二次世界大戦後のアメリカにおいてである。
精神医学との結びつき.
それまでの精神医学の治療法は、ある方法を用いたら病気が良くなった、といった経験則に頼ったものであった。そのため、病理学・病因論・治療理論といったものがなく、根治的な治療もできず、医学の他の領域に比べるといささか科学性が欠けているように見られた。
精神分析学の衰退.
近年、従来の薬物療法に加え、認知行動療法の有効性が確認され、薬物療法と併用する医師が増加している。これに加え、医療経済上も成り立たなくなっていることから、精神分析の影響はさらに減少し、国内外を問わず、精神科の臨床で精神分析療法を用いる医師はほとんどいない。
アメリカでは、薬物療法や認知行動療法の進歩と普及により、精神分析はエビデンスの不十分な療法として支持を失った。。
。口語版精神分析とも呼ばれる交流分析は心療内科や看護、介護の領域で活用されている。
また一般の人々が、抑圧やコンプレックスといった精神分析由来の概念を使用（あるいは誤用）して、自分や他人の行動や心の動きを説明することも、日常生活のなかでよく見聞きする。
治療技法.
フロイトは、以下のような治療の技法を用いた。
自由連想法.
患者が寝椅子などに横たわり、リラックスした状態で、何気なく心に浮かんできたあらゆることを言語化して語るように要求されるという方法の事。たとえば、窓の外の雲から空を連想し、空から水色が浮かび、といった連想を、患者が治療者に語るもの。