ヤマトはついに大マゼラン星雲まで辿り着くが、そこにはイスカンダル星だけでなく、二重惑星であるガミラス星もあった。罠に嵌ってガミラス星へと引きずり込まれたヤマトは絶体絶命となるが、波動砲で海底火山脈を撃ち抜き、地上に大火山活動を誘発させ勝機を見出す。激戦の末、生ける者のいない廃墟と化したガミラス星を見た古代は、自分たちが犯した過ちを痛感する。そして、自分たちに今できることはイスカンダルへ向かうことであると思い至り、再びヤマトを発進させる。
主な登場キャラクター.
ガミラス人.
松本零士漫画版を含む劇中では放射能を含む大気中でないと生きられない種族と描写されており、その性質を遊星爆弾による地球汚染やデスラー艦によるヤマトへの接舷攻撃に利用する。
制作の経緯.
企画の発端.
西崎は、子供の頃に海野十三や南洋一郎によるSF冒険作品から影響を受け、透明な飛行機や空飛ぶ戦艦などに憧れていた。
最初の企画案は、藤川桂介と豊田有恒が競合する形で創られた。
藤川案におけるタイトルは『宇宙戦艦コスモ（仮題）』。
放映の決定.
『ハイジ』の裏番組になったため『ハイジ』の視聴者である幼児をターゲットとせず、本作は『ルパン三世（旧）』『ゼロテスター』と同じく中学生以上を取り込むことになった。
制作体制.
演出の石黒昇は、アニメに初参加だった監督の松本零士をサポートし、絵コンテを全てをチェックして、西崎と松本のイメージを画面作りに反映する演出作業を行った。石黒はSF好きということもあり、無重力での爆発などヤマト独特の爆発フォルムを産み出したほか、様々な自然現象のエフェクトアニメーションにも手腕をふるった。作画面では、岡迫と芦田豊雄の虫プロ系と、小泉謙三のスタジオメイツと白土武のタイガープロダクションと主に東映動画（現・東映アニメーション）の仕事を主にしていた作画プロダクションに二分された。そのため、作画監督によってキャラクターの顔が異なり、そのことは逆にアニメファンにアニメーターの個性を認識させる一因となった。オープニングやバンクのヤマトの作画は泉口薫が担当した。
初期の企画担当者で基本設定を考案した豊田有恒は、裏番組の『猿の軍団』の原作者の1人となったことから、脚本は執筆せず、監修という立場でSF設定の助言をするにとどまった。