上述の通り神葬祭を確立した吉田神道は、戦国時代に入ると戦国大名を神として祀る神社の創建に関わっていくことになり、吉田兼見は豊臣秀吉を神として祀る豊国神社の創建に関与した。また、吉田家の神龍院梵舜は徳川家康に神道を講じ、その遺言により家康没後に神葬祭を実施した（ただし、日光東照宮は天海が論争に勝利して山王神道式となった）。
近世.
江戸幕府の神祇制度と朝儀の復興.
戦乱の時代が終わり江戸時代が始まると、神社行政も再編された。幕府はまず、各神社のその時点での社領を安堵して「守護使不入」の特権を与えていったが、このうち将軍の朱印状を得たものは朱印地と呼ばれ、領主の黒印状を得たものは黒印地と呼ばれた。ただし、これにより認められたのは神社の収益権であり、土地の所有権は幕府のものとされた。また、幕府は将軍直属の役職として寺社奉行を設置し、老中所管の町奉行や勘定奉行を上回る三奉行の筆頭に位置させた。また、神祇の故実や祭儀の典礼を研究して寺社奉行の諮問に答える役職として寺社奉行所管の神道方も設置されて、吉川惟足以降吉川家が世襲した。他方、伊勢神宮を担当した山田奉行や、日光東照宮を担当した日光奉行など、特定神社には個別に奉行が当てられた。
葬祭に関しては、幕府は宗門人別改帳の作成と合わせて檀那寺で行うことを強制し、人々は仏式での葬儀が義務付けられることになったが、吉田家や有力社の社家は寺社奉行の認める限り神式の葬祭が許可され、江戸中期になると神職らの間で檀家制度から離れる離檀運動が生じたことから政策が緩和され、神道裁許状を受けたもので、檀那寺と和解した者は神葬祭が認められた。この場合、寺ではなく神社がキリシタンでないことを証明したことから、「寺請」ではなく「神道請」と呼称された。
琉球への伝播.
近世の庶民信仰.