撮影中、特撮ステージに見学にきた子供たちにゴジラがサンタクロースの格好をしてプレゼントを配った。
出現地点は北山湖周辺。
本作品は、当初ジェットジャガーをメインとして企画されていたため、ゴジラの出番は客分となっている。
『ゴジラ対メカゴジラ』.
出現地点は東京・コンビナート地帯→絶海の孤島→沖縄→太平洋。
東京湾のコンビナート地帯で暴れるにせゴジラ（自分に化けたメカゴジラ）の前に、闘争本能のままに倉庫を砕いて突如出現し、放射熱線を浴びせて正体を暴くが、激闘のすえに痛み分けとなる。岩礁で傷を癒しながら強烈な落雷を受けて電磁石のように磁気を帯びた帯電体質となったあと、沖縄玉泉洞奥にあったメカゴジラの基地に上陸する。キングシーサーとともにメカゴジラと再戦し、体内の電気による磁力と怪力でメカゴジラを吸い寄せ、強引に頭部を破壊して倒す。
撮影・演出（対メカゴジラ）.
殺陣は西部劇を意識している。中野は磁力の設定について、メカゴジラは鉄そのものではないが金属製であることをわかりやすく表現したと述べている。また、中野はゴジラが流血しながらも攻撃に耐えている姿を描くことにより、メカゴジラの最後の爆発を印象的にしたかったとも述べているが、撮影では煙の量が多すぎてしまい、数度撮り直しになったという。これらの演出に対しては否定的な意見も見られる。
バリヤーに触れたゴジラの手が煙を吹くシーンでは、四塩化チタンを用いている。この際には、液状の四塩化チタンがメカゴジラにもかかってしまい、合成で目立たないもののメカゴジラ側からも煙が出ている。
磁力を得たゴジラの背後が火花に包まれるシーンでは、フライヤーと呼ばれる発光する火薬を用いている。
『メカゴジラの逆襲』.
出現地点は太平洋→横須賀→太平洋→横須賀→太平洋。
撮影・演出（メカゴジラの逆襲）.
本作品では人間ドラマと敵側の描写に重点を置いているため、ゴジラの出番は少ない。
特撮監督の中野昭慶は、シリーズの終了が決まっていたため、原点回帰として怖いゴジラを目指したと証言している。また、ラストシーンの夕日は、ゴジラへのはなむけであったと述べている。