古くから紋章として多く使用された花は蓮華（ハス）で、飛鳥寺を始め飛鳥時代の各地の遺跡から様々なデザインの蓮華文軒丸瓦の出土がある。
観賞用のキクは奈良時代に中国大陸より伝えられた。高潔な美しさが君子に似ているとされ、梅、竹、蘭と共に四君子とされた。
江戸時代には幕府により厳しく使用が制限された葵紋とは対照的に、菊花紋の使用は自由とされたため一般庶民にも浸透し、菊花の図案を用いた和菓子や仏具などの飾り金具が作られるなど各地に広まった。
図案.
菊花紋は古くから、公家・武家の家紋、店舗の商標などとして豊富な種類が図案化され、変種も多い。主に、花弁の数、花弁の重なり（一重または八重）、表と裏（蕊（ずい、しべ）があれば「表菊」、萼（がく）があれば「裏菊」）、その他の意匠（輪郭を浮かせた「陰菊」、円形でなく菱形にした「菱菊」、水流をあしらった「菊水」、尾形光琳が考案した「光琳菊」、半円形に割った「割菊」「半菊」、井筒・井桁・文字・菊葉等と組み合わせたものなど）により表記される。ただし、文献により表現の仕方に違いがある。とりわけ皇室・皇族関係の紋には、詳しく花弁の数に弁や葉（十六弁（太政官布告）・十六葉（皇室令））などの単位がつけられることがある。
天皇・皇室・国の機関の菊紋.
戦前（明治・大正・昭和初期～第二次世界大戦）.
菊は「菊花紋章」から皇室の代名詞とされ、幕末の流行り歌にも「菊（＝皇室）は咲く咲く、葵（＝徳川将軍家）は枯れる」と歌われている。日本軍においても、幕府や諸藩が明治政府へ環納した小銃に種々様々な紋所や刻印が刻まれていたのを、菊花紋章に改刻して統一したのを端緒に、村田銃以降のすべての国産軍用小銃に刻印されていた。これらの小銃を部外に払い下げる場合には、菊花紋章を削り取る、または丸印等の刻印を重ねて打って潰す措置が行われた。また陸軍の軍旗（連隊旗）の旗竿先端（竿頭）や、海軍の軍艦の艦首に金色の菊花紋章が付されていた。
戦後（第二次世界大戦後～昭和後期・平成）.