上條の言葉から組織を疑った飛羽真は組織から孤立するが、新たな仲間であるユーリ / 仮面ライダー最光が加わり、飛羽真と同じく組織に疑問を抱いた尾上亮 / 仮面ライダーバスターと大秦寺哲雄 / 仮面ライダースラッシュも合流する。
そんな中、消滅したはずの賢人が新たなカリバーとなって甦るが、彼は全ての聖剣を封じようとする。賢人を慕っていた緋道蓮 / 仮面ライダー剣斬は組織を離脱し、倫太郎も飛羽真とともに組織と戦おうとする。
登場人物.
ソードオブロゴス.
太古の昔に存在した世界を創り上げた大いなる力を持つ本を守り、長年に渡って人知れず世界の均衡を保ってきた剣士の任務をバックアップする秘密組織。聖剣に選ばれた剣士によって構成されている。
ノーザンベースとサウザンベースで聖剣と、世界に散らばって回収したワンダーライドブックを分散して保管することで、ワンダーワールドと現実世界の均衡を保ち、全てのワンダーライドブックが揃うことで全知全能の書が復活することを防いでいる。
最終決戦が終わった後は、所在不明のワンダーライドブックを捜索するために組織を存続させ、倫太郎と凌牙の話し合いを元に組織の体制をマスター制から評議員制に変更し、倫太郎、ソフィア、ユーリ、凌牙が新たな評議員となった。
仮面ライダー.
聖剣とワンダーライドブックによって変身する「剣士」とも呼ばれる者たち。
コンセプト.