「安全安心の五輪」を実施するために選手・五輪関係者については隔離し外部と遮断する「バブル方式」をもって運営され、感染対策の指針「プレイブック」に従うことが義務化されているが様々な綻びが指摘されている。
スポンサー・テレビ局配慮.
競泳決勝などの一部競技が日本時間の午前中に開催されるなどイレギュラー対応が取られた。これは、IOCに対して多額の放映権料を支払っており、時差の関係でアメリカではゴールデンタイムとなる夜間での生中継を希望していた同国の大手テレビ局NBCの意向といわれており、後述の酷暑による開催時間を変更する競技が相次ぎ、選手やコラムニストから批判が出る遠因となった。
また大多数の会場で無観客開催となる中、茨城県のカシマサッカースタジアムでは地元の小中学生限定でサッカーを観戦することになったが、このうち鹿嶋市のある公立学校で「（会場内に持ち込む）飲料はペットボトルの場合、コカ・コーラ社製の飲料でお願いします」とする文書を保護者に配布したことが明らかになった。組織委員会が会場を視察した際に、組織委員会の担当者が各校の教職員に「（ワールドワイドオリンピックパートナーである）コカ・コーラ社製以外のペットボトルは持ち込み禁止で、それ以外はラベルを剥がして」と発言したのを受けた通知と見られ、鹿嶋市の教育委員会にも苦情が殺到した。
オリンピック構想との乖離.
コンパクト五輪.
復興五輪.
気象.
大会前から競技期間中は台風の接近や厳しい暑さとなることが指摘されており、様々な対策が行われているが不十分という指摘がある。
廃棄.
弁当.
マスク・消毒液など.
食品.