ジェファーソンは、人が他人と付き合う中で正しいことと間違っていることを見分ける生まれ付いての道徳観を持っている、すなわち人が自制することを選ぼうと選ぶまいと他人の自然権について既得の感覚をもっていると信じた。さらに無政府主義社会であってもそれがかなり小さければ、十分機能するに足るだけの道徳観があるとも考えた。幾つかの機会ではインディアンの部族内での生活様式を称賛してもいた ジェファーソンは時として理性的な無政府主義者と見られることもある。
ジェファーソンが書いたアメリカ独立宣言初稿の前文では次のように書いていた。
州の権限.
武器の携行について.
法人について.
司法について.
政府を縛り個人の権利を保持するための反逆について.
自己評価.
婦人の参政権.
ジェファーソンは婦人の参政権について提唱する者ではなかった。著作家のリチャード・モリスは「アビゲイル・アダムズを例外として、ジェファーソンは知的な女性を嫌悪した。パリのサロンで女性たちの政治的なお喋りに悩まされ、家に宛てて『我々の良き婦人は...政治的な議論から苛立って帰ってくる夫の心を宥め落ち着かせることに心を配っている。』という期待を表明した。」と記した。ジェファーソンは大統領である間に、「女性を役職に就かせることは大衆が準備できていないような革新である。私も準備できていない。」と書いていた。
宗教観.
トーマス・ジェファーソンの宗教観は当時の正統的キリスト教から離れ、広く多様化していた。その生涯を通じて神学、聖書研究および道徳に深く興味を抱いた。最も密接に結びついたのが聖公会、理神論の宗教哲学およびユニテリアン主義だった。「大胆にも神の存在を問題にした。なぜなら神がいるのならば、盲目に抱かれる恐れの尊敬よりも理性の尊敬をもっと認めなければならないからである」と言ったと報告されている。
対インディアン政策.
「ルイス・クラーク探検隊」を組織し、西方のインディアン部族の文化・言語や風俗を集めてもいる。ジェファーソンはインディアンを「高貴な野蛮人」と呼び、白人とは異なった彼らの文化に対して畏敬の念を隠さなかった。
一方でジェファーソンは、大統領としてインディアンの強制移住政策を公式に立案した最初の人物だった。