大覚寺統傍流の後醍醐天皇は、幕府から退位を強要されると笠置寺に籠り抵抗するが幕府に捕らえられ隠岐に流された。しかし、この間、後醍醐天皇の意向を受けた護良親王、楠木正成らの挙兵により反幕府勢力が拡大すると後醍醐天皇は隠岐から脱出し伯耆国船上山に籠って全国の兵に倒幕を呼び掛けた。六波羅が足利尊氏に攻められ、鎌倉も新田義貞に攻められて得宗北条高時は自害して鎌倉幕府を滅亡した。後醍醐天皇は新しく中央集権的な天皇親政（建武の新政）を試みたが、二条河原の落書が風刺した世相の混乱もあり、建武の新政（建武の中興）は足利尊氏の離反によって終止符を打たれた。
南北朝時代・室町時代.
建武の新政の崩壊の後、太上天皇となっていた光厳上皇は、弟の光明天皇を践祚させ、治天の君として院政を始めた。また、足利尊氏が光明天皇から征夷大将軍に任命され、室町幕府が開かれた。しかし、密かに京都を出奔した後醍醐上皇は皇位の回復を宣言し、南北両朝が並立することとなった。
幽閉中の光厳上皇は、後光厳天皇践祚に反発して出家し、帰京後に崇光上皇を持明院統正嫡に定めて、長講堂領などの持明院統伝来の財産の大半を崇光上皇に譲渡した。この崇光上皇の直系子孫が、旧宮家の宗家である伏見宮家であるが、後光厳天皇系統と崇光天皇系統（伏見宮家）に北朝天皇家（持明院統）が分裂し、その後後小松天皇が伏見宮家から持明院統伝来の財産を没収するなど、北朝内部の対立が激化していく。
さらに足利義満は明との交渉に際し「日本国王」を名乗ったが、これは先に南朝の征西大将軍懐良親王が明に説得されて「日本国王」を名乗っていたものを踏襲したものであった。
称光天皇の崩御により、伏見宮家出身の後花園天皇が、後小松上皇の猶子として即位したことで、後光厳天皇系統と崇光天皇系統の対立が収束。後花園天皇は良好な公武関係を構築し、積極的に政務を展開。正平一統後に失墜した権威を回復させた。
将軍足利義教は鎌倉公方の足利持氏と関東管領上杉憲実との対立に端を発した永亨の乱が起きると後花園天皇に「治罰綸旨」の発給と「錦御旗」の下賜を願い出て乱の平定に当たったが、天皇権威の復活を恐れた義教はこの事実を京都ではひた隠しにしたという。
応仁の乱が発生すると、朝廷は再び財政の窮乏に悩まされることとなった。