かつて幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽は別人格・虚（うつろ）へと姿を変え、地球を道連れに自らの命を終わらせようとしていた。そんな最大の敵である虚の野望を阻止すべく、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの信念を胸に共闘を決意。さらには、銀時たちに加勢すべく万事屋の新八と神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが集結し、護るべきものを護るために命を賭した戦いを繰り広げる。
製作.
残る原作がアクション続きであったことに加え、多数のキャラクターが登場することもあり、「予算や時間をかけてしっかり終わらせたい」という制作側のオーダーで、劇場版での制作が決定した。タイトルには「誰でもこれが最後なんだと一発でわかるようなタイトル」として『THE FINAL』が採択されている。原作後半のリアル寄りの作画に合わせキャラクターデザインも一新されており、原画と声優で原作者の空知英秋も参加している。
本作品で監督・脚本を務めた宮脇千鶴によると、ベースとなる原作話数は「プロットにするまでもなく普通に考えたら入らないだろうというくらいの尺」であったため、最初に銀時、桂、高杉ら「松下村塾」のメンバーを物語の主軸と決め、「銀時が松下村塾で培ってきたものの最後の整理」という方向で原作の要素を再構成している。松下村塾のメンバーに軸を置いた理由としては、万事屋サイドが主軸で本作品のエピソードともリンクする部分が多い『劇場版 銀魂 完結篇 万事屋よ永遠なれ』の焼き直しのようになるのを避け、違う視点の切り口として描くためである。プロット作成の際は何度も話し合いを持ち、監修の藤田陽一による画的な助言や、集英社からの「ラスト部分のギャグパートは絶対欲しい」というリクエストを踏まえた上で、宮脇が最終的な取捨選択を行った。
絵コンテは宮脇がシーンのつなぎ部分を中心に担当し、肝となるシーンでは少し違う色を入れる目的で、あえて他のスタッフに一任している。この分担に対し藤田は、「テレビシリーズからずっとやってくれているスタッフが多いのが『銀魂』の強みであり、これまでの『貯金』があるからこそ、監督だけが背負わずに、各スタッフが作品を理解して動ける」と評している。