浄土真宗では、称えた念仏の数にこだわらないため、念珠の珠を爪繰らない。そのため珠の数に決まりは無い。形状にはこだわらないが、合掌礼拝の際に用いる法具として大切にする。
男性門徒用.
浄土真宗の男性門徒
用本式数珠は、片手念珠を用いる。男性門徒は、本連念珠を用いないのが一般的である。
男性用サイズの尺二寸以上の大型で、長房の本連念珠が販売されているが、本来は僧侶用本連念珠である。
女性門徒用.
本願寺派（お西）の女性門徒は、片手念珠を用いるのが好ましいとされる。本願寺派の場合は、女性も本連念珠を用いない事を勧められる場合が多い。
大谷派（お東）の女性門徒は、片手念珠や、本連念珠である「八寸門徒」を用いる。「八寸門徒」を用いる際は、後述の様に独特の持ち方をする。
大谷派の女性門徒用片手念珠の房は、「切房」を用いるのが好ましいとされ、切房より耐久性のある「新松房」も用いられる。珠の数・材質については、本願寺派と同様である。
八寸門徒
本願寺派の場合は、二重にして輪を作り、その輪に両手を入れ合掌し、房は下に垂らす。
僧侶用本連念珠.
僧侶用本連念珠は、装束作法に厳密な規定があり、袈裟や衣などに対応した念珠を用いる。主に以下に挙げるものがある。
臨済宗用.
持ち方は、二重にして房が下になるようにし、その輪の中に左手の人指し指～小指の四指を入れてそのまま輪の片側を握る。親指は上から人指し指の側面に当てて数珠を押さえる。合唱の時には輪に四指をいれて人指し指と親指の間の股に掛け、そのまま右掌を合わせ、数珠の片側を両手ではさむように合掌する。
曹洞宗用.
房の形は臨済宗と同様である。房は片方の親珠にのみ「ぼさ」とともに付く。房の付く方の親珠の方が、付かない親珠（向珠）より若干大きい。
臨済宗の数珠に似ているが、曹洞宗の数珠は「百八環金」と呼ばれる金属製の環が通してある事が特徴である。高級な数珠には、銀製の「百八環金」を用いることもある。
日蓮宗用.
日蓮宗の場合、在家信者も片手念珠を用いずに、必ず本式念珠を用いるとしている。
房に特徴があり、親珠から出る房の形が対称では無い。
創価学会用.
創価学会の場合、創価学会会員及び信仰者は、本式念珠を用いる。
念珠のかけ方ついて特に決まりはないが、一般的には母珠側を右手中指に、父珠側を左手中指にかけ、真ん中でよじって用いる。