混雑とも関わる事だが、女性専用車両の導入はあくまで次善策に過ぎず、ラッシュ時の混雑緩和こそが根本的な痴漢対策だとする意見がある。一方で、混雑緩和には相応のコストを必要とするが、運賃の値上げや増便による沿線環境への影響などの社会的負担について、乗客や住民の同意が得られるかどうかの課題が解決されていない。このため、仮に女性専用車両を廃止した場合に代替となる痴漢対策を講じられない状況にある。警視庁では痴漢対策について「電車内では狭い空間に多くの人が密集するという場所的特殊性から発生が多くなっている」と述べ、痴漢と鉄道との関連性を説明している。時間帯別についてのみた所見もあり、京王電鉄によると、痴漢の発生率の最も高いのは朝ラッシュ時間帯で、深夜、夕方ラッシュ時、昼間時間帯の順となり、国土交通省の拡大モデル調査においてもラッシュ時を重視する所見が見られる。
マナー.
アンケートなどにおける女性の意見の中には、「男性のにおい」を回避する事ができる、「ゆっくり化粧できる」「男性の視線を気にせずにすむ」などの理由を挙げるものがある。
また、女性専用車両内における女性乗客のモラルの低下が批判されることもある。著名人が女性専用車両内のモラルの低下を揶揄した事もある。
性差別.
女性専用車両での良くない出来事を伝える内容に対し、女性専用車両特有の問題かのように描写することは女性蔑視ではないかという声もある。また、若林有子アナウンサーは、男性の目がないから問題が起きるという指摘に疑問を投げかけている。ライターの望月優大も若林の意見に賛同したうえで「『女性同士になると』みたいな、『女性嫌い』っぽいことに議論がずれていってしまったりとか、『男性が差別されているんじゃないか』みたいなのはちょっと筋違いな話じゃないかなとまず基本的に思っている」と指摘した。
男性だけが一方的に女性専用車両導入のデメリットを受ける事、男性が被害者になる性犯罪の対処策にはなっていない事などを挙げ、「男女平等の社会に反する男性差別」と不公平感を訴える意見もある。このため、捜査方法の改善が模索され、テレビなどで周知される事もある。
日本経済新聞社の中村みゆきは「女性の隔離で一部男性のゆがんだ品性そのものが改まるとの保証はない」という評論した。
しかし、その後も女性専用車両をめぐる事件・トラブルが発生している。