内部組織と組織改革.
内部組織については以下のような問題点が内外から指摘され、組織改革が進められている。民営化や国営化計画も浮上している。
人事制度の抜本見直し.
役職定年制度.
企業年金と巨額欠損.
関連組織への天下り.
NHKエンタープライズをはじめとして、子会社・公益法人・関連会社が存在する。そのいくつかは営利活動が禁止されている本体のため、営利活動を行う「抜け道」として営利活動を行っているとして批判もある上に、本体を退職した元社員の天下り先となっているという指摘もある。
政府・政治との関わり.
予算や人事をはじめとして国会承認事項があり、国会の総務委員会や予算委員会等で、国会議員から質問されることもある。このように政治が国会を通して影響を与え得る構造がある（同じ公共放送の英国放送協会にはないとされる）ことから、政治との関わりが否定的に取り上げられることがある。
吉田茂を茶化すなどの風刺で人気を集めていた『日曜娯楽版』が日本の独立回復直後に打ち切りとなったことへの政治的な背景が臆測された。ただし武田徹は、同番組の放送作家・三木鶏郎が政治風刺に飽きたことが打ち切りの原因として政治的な影響を否定している。
元NHKアナウンサーの膳場貴子は番組内で政治関連のニュースを扱う際は特に規定されている訳ではないが、不文律が色々とあり、キャリアが浅いうちは、事前に想定した質問以外の事項については自発的に聞けなかったと明らかにしている。
会長・籾井の政府との癒着発言.
軍用地所有.
原発問題.
天皇の「おことば」.
受信料制度・未払い問題.
広告・商業主義.
なお、フランス、イギリス、アメリカ合衆国、韓国、ドイツなどの日本国外の公共放送では広告収入は認められている。
ジャニーズ事務所との密接な関係.
ジャニーズ事務所のタレントは、紅白歌合戦や大河ドラマにも数多く出演している。。
民放との関係.
建設した放送に必要な送信設備を、民放に軽い負担で使用させており、これにより批判が大々的にできないという。
放送体制が民業圧迫となっていると懸念する、民放の反発も招いてきた。なお、既存民放番組に対抗姿勢を打ち出した番組を制作することもある。
逆に民放がNHKの既存番組を参考にしたり、対抗姿勢を打ち出した番組を制作することもある。民放がNHK出身者を番組に起用することも多い。