前二作と同じく、原作登場前のストーリーとなっているが、ラオウ編が拳王と名乗りケンシロウと会うまで、レイ編は妹のアイリを捜して各地をさまようという設定上、それぞれの内容は各作者のオリジナルとなっているのに対して、本作はトキの代名詞である「柔の拳」と共に認知度が高い「奇跡の村」が舞台設定となっている。
ラオウ編では拳王軍として部下になる者たち（黒王、ウイグル）や敵対者（サウザー）が、レイ編では因縁が深いもの（ユダ、アミバ）が登場するのに対して、本作ではアミバを除いては直接関わりがなかった者が登場しており、その点でも本作は異色を放っている。
あらすじ.
「北斗神拳史上もっとも華麗な技を使う男」と言われた北斗四兄弟の次兄トキ。しかし、核戦争の時に死の灰を浴びたために継承者を断念。一人の従者とともにあてどもない旅に出ることになる。
旅の途中に食料を求めて、とある村に立ち寄るが、そこは病人・老人・子供がただ死を待つという村であった。その村人の中にあるのは絶望や恐怖ではなく、ただ「虚無」のみであり、トキが触れた子供が死しても誰も気にもとめていなかった。しかし翌日、その子供がトキの元に水を持ってくるのを見て皆が驚愕とともに奇跡を感じることとなる。トキは長年の夢であり、人々に笑顔を取り戻す手助けをするために、その村に診療所を開くことにする。
やがて村は奇跡の手を持つ医者のいる「奇跡の村」として活況を呈するが、村を襲った夜盗達のために診療所はこわされ、集まった人々は我先に逃げ出すことになる。夜盗は倒すことができたものの、村は元の木阿弥となったことに絶望しかかるトキ。
しかし、そのトキに肩を貸すものが現れる。それは、その村で最初に助けた子供であり、その子供と共にこの乱世に新たな光を求めることになる。
西浅草
地理.
台東区の東部に位置する。浄土真宗東本願寺派本山東本願寺（旧：東京本願寺）のほか、教育委員会や図書館が入居する台東区生涯学習センターがあることでも知られる。地域の東部は国際通りに接し、これを境に浅草・雷門にそれぞれ接する。地域南部は浅草通りに接し、これを境に寿に接する。地域西部はかっぱ橋道具街通りに接しこれを境に松が谷に接する。地域北部は、言問通りに接しこれを境に千束に接する（地名はいずれも台東区）。
地域内は主に商店とオフィスビルと寺院と住居が混在した地域となっている。