さらには、回復が徐々に見られている国家でも回復の程度には地域間に差が見られ、以下の様にホエールウォッチングを行っている国々やその周辺でも、たとえばタスマニアやオーストラリアの南東部から東海岸など、依然として生息数や回遊が回復できていない地域も散見される。
しかし一方で、個体数の回復が比較的に良好な場合は過去の分布への回帰が見られる場合もあり、例えばエレファント島、サウスジョージア・サウスサンドウィッチ諸島、フォークランド諸島などにおいて確認されている。
近年、バルデス半島などのアルゼンチンの沿岸に目立つが、カモメがミナミセミクジラを襲撃して皮膚や皮下脂肪をついばむ行動が確認されており、授乳が妨害されるなどのストレスなどによって子鯨が十分な脂肪を蓄えられず、子鯨の生存率が低下したり大量死も発生している。この現象の背景は厳密には解明されてはいないが、人間が排出した有機廃棄物によってカモメが過剰に増加した可能性が指摘されている。
また、繁殖率や体重の大幅な低下や減少が各地で確認されており、これまでの生息地への来遊への減少も見られている。これは、地球温暖化の影響によって餌となる生物の発生量が減少したり発生場所が変化したことから、栄養を十分にとれないことが原因だと推測されている。
さらに、厳密な原因は不明だが、たとえば赤潮などが示唆される大量死も発生している。
人間との関係.
捕鯨終了後、本種の生態の解明に大きく貢献したのが、バルデス半島におけるロジャー・ペイン博士（）によるミナミセミクジラとの交流や観察の記録である。
海岸や湾内に頻繁に現れるので、陸上からのホエールウォッチングが可能であるが、同時に、人間の生活圏に非常に近い範囲に生息するため、船舶との衝突や漁網への混獲などはセミクジラ属に共通する脅威となっている。また、好奇心が強く人懐っこいので、自ら人間やボートに接近する事も多く、時には人間とスキンシップを持ったり、遊泳者やカヤッカーやパドルボーダーを背中に乗せたり触れたりすることもある。そのため、海水浴客やサーファーなどが不用意にセミクジラに接近し、触ったり、背中に乗るなどの不謹慎な行為を行い、処罰が検討されることもある。
セミクジラ科は「アンブレラ種」であり、セミクジラ達の保護を促進する事によって他の鯨類や他の面の環境保護も恩恵を受けるとされる。
捕鯨.