ラストシーンは、ゴジラによる都市破壊がなおも続いている状態でエンドロールを迎えるという従来にないものとなっており、VSシリーズで定番化していた海へ帰るというラストシーンとの差別化を図るとともに、ゴジラが人間の味方ではないことを強調し、その脅威を示している。宮坂四郎役の佐野史郎は、本作品は問題提起で終わっており、新しいシリーズのプロローグであったと評している。
製作体制の変化.
配役.
キャスティングについて富山は、俳優としてのパワーを際立たせることができる人物を求め、全体的に大人っぽいイメージでまとめたと述べており、それぞれ役柄の中で自分の持ち味を発揮し、功を奏したと評している。
イオ役の鈴木麻由は、本作品が映画初出演であった。
戦車隊隊長役の西村雅彦は、ゴジラを愛好していたことから本作品へ出演したとされ、大河原は楽しんで現場をやってくれる人は歓迎すべきことだと語っている。
番頭役のなぎら健壱は、大河原からの要望により起用された。大河原は、当初なぎらの役どころをUFOが飛来したときに映る下町のおやじと考えていたが、なぎらのキャラクターを最大限に活かすには食い足りないと感じ、急遽番頭の役を設けた。そのため、なぎらの演技はほとんど大河原によるアドリブであった。
撮影.
迫力のある映像構図へのこだわりが見られ、ヘリコプターでの空撮にゴジラを合成するなどCGも効果的に使われた。また、基本的に着ぐるみによって表現されるのが主だったゴジラが水中を泳ぐシーンで、シリーズとしては初のフルCGで描かれた作品でもある。その一方で、根室上陸シーンでは実物大造形物で破壊描写を表現したり、浜辺のゴジラの足跡はパワーショベルで実物大のものを掘削して再現するなど、実写にこだわったシーンもある。
防衛庁の協力もシリーズ最大級のものとなった。検討段階では空母を登場させる案などもあったが、最終的にはリアリティのある兵器描写に留められた。