さらに、ガミラスとイスカンダルが双子星であることが明らかとなる。ガミラス本星での戦いの末、雪はヤマトへと生還し、ガミラスもデスラーの独裁政権が崩壊して新たな門出を迎える。
そして、ついにヤマトはイスカンダルへたどり着いたが、スターシャは地球が波動エネルギーを兵器転用した波動砲の存在を理由に、コスモリバースシステムの提供に難色を示す。しかし、ヤマトが波動砲を自身や誰かを守るために用いていたことを周囲から聞かされたスターシャは、考えを改める。古代はスターシャより、戦死したと思われていた彼の兄・古代守が、捕虜として護送される途中の事故でイスカンダルへ漂着し、重傷を負って彼女にかくまわれていたもののヤマト到着前に死亡してしまったことを知らされる。そして、波動砲の封印と引き換えにコスモリバースシステムはヤマトへ組み込まれ、古代守の思念はシステムの核となる。そしてヤマトは、地球へと旅立つ。
地球への帰路のさなか、ヤマトはデスラーの襲撃を受け、白兵戦の中で雪が瀕死の重傷を負い、地球を目前にして命を落としてしまう。地球への帰還や仲間の結婚を祝う乗組員達に雪の死を伏せて嘆き悲しむ古代の姿に、古代守はコスモリバースシステムを起動させて雪を蘇生させるが、その代償として古代守の思念は消滅し、システムは再起動不能に陥る。しかし、遊星爆弾症候群の悪化により末期へ陥っていた沖田が、目前となった地球の姿に感慨の言葉をつぶやきながら艦長室で息絶えると、システムが「新たな思念」を得て、再起動する。
登場キャラクター.
そのほか、異星人の大半にフルネームや、地球人換算での年齢が設定されている。
地球人.
旧作とは違って階級が明示され、各ユニフォームには肩章が付いている。肩章や階級区分については地球防衛軍 (宇宙戦艦ヤマト)#軍人（リメイクアニメ）を参照。
イスカンダル人.
後述のガミラス語同様、独自のイスカンダル語が設定されている。
ガミラス人.
旧作の物語序盤と同様に、一部の人物に肌が青くない者が存在するのは、「ガミラスが植民地化した惑星の人々を帝国へ取り込んでおり、植民地出身で肌がペールオレンジのシュルツやガンツは二級市民」という設定が追加されたためである。