欧州憲法条約では後者の方法を通常の立法手続となるため理事会では特定多数決方式による採択が用いられるが、一部の例外的な事案においては個別の加盟国に拒否権が認められる。また安全保障・防衛政策や税制についての事案では全会一致での採択を要する。
特定多数決.
欧州憲法条約で大きく変更されたのは欧州連合理事会における採決法である。いわゆる「特定多数決方式」において各国の意思がより反映されるようになり、従来に比べて少数派の意見が重視されるようになった。ニース条約で定められた票数配分は恣意的なものであり、欧州憲法条約では廃止されることになった。ニース条約の下での特定多数決方式では
のすべてを満たして可決とされていたが、欧州憲法条約ではいわゆる「二重の多数決」の原則により
の両方を満たして可決となる。
外務理事会・連合外相.
欧州委員会および委員長.
欧州委員会は従来と同じく、調整、執行、運営についての機能を実行する。また例外的な事案を除いては、連合の立法行為は欧州委員会の提案に基づいてのみ採択される。ただし発議権の例外は欧州憲法条約において削減されているため、欧州委員会の機能は強化されることになる。
内容面での変更.
欧州憲法条約では機構改革のほかに、新たに欧州連合の権限について整備したり加盟国間での協力関係のありかたを構造化したりすることが企図されている。以下はそれらの中でも重要な変更となるものである。
権限の定義.
欧州連合は原則として基本条約に明文化されている権限しか有さないものとされている（個別授権原則）。従来の基本条約では、そのような権限は特定の条文においてではなく条約全体で記述されていた。このため条約の解釈が困難なものになっており、また詳細な連合の権限の範囲が不明確であった。
連合の目的と価値.
（日本語仮訳）連合は、個人の尊厳、自由、民主主義、平等、法の支配、少数者とされる人々の権利を含む人権の尊重を基礎として成り立つものとする。これらの価値は、多元主義、非差別、寛容、正義、社会連帯、男女同権を特色とする社会にある加盟国すべてに共通するものである。
補完性原則.