売れない漫画家の小高源吾は、マネージャー気取りのガールフレンドである友江トモ子が持ち込んできた、東京郊外で現在建設中の世界子供ランドのマスコットとなる怪獣デザインの仕事にありつく。世界子供ランドは、「絶対の平和」をうたう謎めいた非営利団体による運営のもと、中心にそびえる建設中の展望台「ゴジラタワー」の頭部に事務局が置かれていた。源吾はゴジラタワーを訪ねるが、妙な英語混じりの言葉を話す事務局長のクボタらは、世界子供ランドが完成した暁には「平和の敵」であるゴジラをはじめとする怪獣島の怪獣たちをすべて抹殺すると豪語する。
ゴジラタワーへ乗り込んだ源吾とトモ子は監禁されていた武士と合流するが、罠にはまって拘束される。文夫とクボタは自身の正体を明かすとともに、寿命が尽きかけた母星に酷似した地球を造り替えるという「平和計画」を語る。そんな中、宇宙怪獣の地球侵入を察知した防衛隊司令部は未知の怪獣であるガイガンの襲来に騒然となり、迎撃体勢を執る。ガイガンとキングギドラは指令電波によって操られ、メーサー車の攻撃をものともせず、都市部を中心に徹底的な破壊を開始する。
応援部隊の「ユニフォーム用」として監禁された源吾らは正作とマチコの用意したワイヤーゴンドラで脱出に成功し、月の瀬海岸の石油コンビナートを襲撃するガイガンとキングギドラの前には、ゴジラとアンギラスが現れる。双方による壮絶な流血戦が開始され、戦場はやがて世界子供ランドへ移行する。
登場キャラクター.