制服の色は水色で、白字の井桁模様が入っている（寝間着は井桁模様は入ってなく、色は同じ。
一年は組.
全体的に学業の成績が悪いが、度重なる補習やいつも巻き込まれるトラブルのお陰で実戦経験は豊富なこともあり、クラスの強い絆と団結力でピンチを幾度も乗り越えてきた。学業の成績以外では、上級生を打ち負かすこともあるほか、学園長の思い付きで開かれた競技でも優勝したことが個人含め幾度もある。
一年い組.
一年ろ組.
二学年.
三学年.
上級生.
四学年.
五学年.
六学年.
くの一教室.
制服は原作では花模様の長袖、アニメ版では渦巻模様の袖なしの着物の下に黒い半袖のアンダーウェアを着ている。しかし、シゲだけは長袖の着物を着ており、袖を少しまくっている。生地の色は原作では薄いピンクで、アニメ版では濃いピンクになっている。
教職員.
教師の忍装束の色は（老婆の山本シナを除く）全員原作では黒、アニメ版では紺色。
委員会.
顧問は教職員が担当し、委員長は六年生が担当する。また、火薬・学級委員長委員会以外は二年生以上の生徒は各委員会に各学年一名ずつしか所属していない。
会計委員会.
作法委員会.
通称、燃える戦国作法。首実検に必要なフィギュア等の過激な物を取り扱うことから、度胸のある生徒でなければ勤まらないと言われている。首のフィギュアは元々用具委員会の管轄だったが、委員長・仙蔵の発案で作法委員会の管轄に変わった。一年生は一年途中からの加入になっている。予算会議では生首のフィギュアを武器に使っている。
図書委員会.
体育委員会.
委員長・小平太曰く、委員会の花形。野外訓練での長距離コースを往復で走らされるなど、他の委員会に比べて肉体労働が多い体力勝負の委員会。委員たちは人並み外れた体力の委員長について行くだけで精一杯。小平太が学園の備品を多数破壊するため、それの修理にかかる費用や、あちこちに掘った塹壕を埋め戻すための費用も加算されるため、予算をバッサリ削られてしまうことが多い。
保健委員会.