一部の科学社会学者は「査読制度においては、エリートや、あるいは個人的な嫉妬によって出版をコントロールできてしまう」と主張している。査読者は、意識的・無意識的にかかわらず、自分の意見と逆の結論には非常に批判的になる場合もあるし、反対に自分の関係者には甘い評価をすることもある。たとえ中立的な立場の査読者による査読であっても、ある学術誌では議論が不十分、あるいは論点が誤っているとして掲載拒否されたものが、他の学術雑誌では掲載されることもよくあり、その論文をどう評価するかはやはり査読者によって大きく左右されてしまう部分がある。
いわゆる「権威のある」科学者は、あまり権威のない人に比べて、有力な雑誌や出版社の査読者として採用されやすい。したがって、エリートの主張に沿った考えは、反動的・革命的なものに比べ、コアジャーナルに載りやすい。この見方はトーマス・クーンの科学革命論と一致する。
ある人は「発表できる学術雑誌は非常にたくさんあるので、情報のコントロールは難しい」といっている。さらに「査読での意思決定は、それぞれの査読者がばらばらに行っており、他のメンバーと相談したりしないため、上記の事項はそれほど問題ではない」と主張する者もいる。しかし、例えばその論文が複数の専門分野にまたがるような内容であったり、または専門家があまり多くはない分野である場合は、査読できる専門家の数が非常に限られ、結果的にごく少数の人間の判断や意見が大きく影響を持ってしまうこともある。この場合、先に述べたようにある雑誌で掲載拒否されたときに別の雑誌に投稿し直した場合でも、同じ査読者に論文の査読が依頼されてしまうこともあり得る。しかし、最終的な決定権は編集者および雑誌の事情に委ねられており、査読者が論文の出版可否を判断する権限を持つわけではない。そのために、同じ査読者が同じコメント（肯定的か否定的かにかかわらず）を提出したとして、それの受け取り方は雑誌により異なっている。
当然ながら査読者も人間にすぎない。間違った判断をすることもあるし、人格や人間性に問題がある場合もある。論文の議論の流れを誤解してしまう査読者もいる。忙しいことを言い訳に、査読の依頼を受けておきながらそれを長い期間放置して、論文投稿者に迷惑をかけたりその人生にダメージを与えても平然としている不届き者もいる。