羽後岩谷駅で行き違うため、両駅で同区間の閉塞を施行（羽後本荘駅の出発信号機が進行を現示）した後に、羽後岩谷駅に上り貨物列車が定着した。しかし、下り単行蒸気機関車は乗務員の交代と蒸気機関車に必要な整備（火床整理、給水、打音検査など）のために、羽後本荘駅を発車するにはまだ時間がかかる状態であった。
そこで輸送指令は、羽後本荘駅での行き違いにすると両駅に指令した。このとき、羽後本荘駅の助役は先の指令を下り単行機関車の機関士に通告するため（当時は列車無線がなかった）駅本屋を離れていた。そのような状況下で両駅に指令がなされたため、羽後岩谷駅はすぐに閉塞打合を依頼してきたが、その当時羽後本荘駅の駅本屋にいた信号掛（信号係）は、閉塞を取り扱う立場ではないにもかかわらず、同駅の連査閉塞器を操作して閉塞してしまった。これによって、羽後岩谷駅の出発信号機は進行現示、羽後本荘駅の出発信号機は停止現示となり、羽後岩谷駅では直ちに上り貨物列車を発車させた。
行き違い地点が変更になったことを知らない羽後本荘駅の助役は、出発信号機が停止を現示しているのを確認せずに下り単行機関車の機関士に出発合図を行い、機関士もそれを信じて出発してしまった。停止信号を冒進した際に警報が鳴る車内警報機が単行機関車に装備されていたが、構造上、出発信号機の現示に対しては作動しないように設計されていた。これらの原因により、双方の列車は両駅の中間部付近で正面衝突する結果となった。
事故後の対応.
国鉄.
この事故は羽後本荘駅助役と下り単行機関車機関士の信号冒進事故とされ、連査閉塞式に欠陥があるかといった調査はなされなかった。
また当時、羽越本線では事故現場付近に信号場を設置する予定だったが、この事故を契機として複線化へと計画が変更された。
国会.
当時、国鉄では単線の主要幹線を対象に、タブレット閉塞方式を廃してタブレット交換の不要な連査閉塞の導入を進めていた。本事故の発生した区間も連査閉塞に切り替えられてまもない区間であった。
この事故について参議院運輸委員会で議題に上がり、運輸委員長は、出発信号機の進行現示を確認して出発しても軌道回路を通過する前までの時間に閉塞の変更を行うことができ、結果、単線区間に両方向から出発できる可能性がある連査閉塞の問題点を指摘している。
事故車.
その他.
ウェーブヘア
セミショート