だが、管領ではない定頼に烏帽子親を務めさせたことは、晴元の管領としての権威を否定するものであった（そもそも、晴元は管領に任じられていなかったとする説もある）。なお、遊佐長教が細川氏綱を烏帽子親にするように求めて定頼に阻止されたりするなど、当時の流動的な政治背景を元に晴元の舅である定頼を烏帽子親にしたとする見方もある。定頼自身は義晴から烏帽子親になるように命じられ、何度も固辞したものの、義晴は辞退を許さなかったという。
同月の末、義藤は父・義晴とともに坂本を離れ、京の東山慈照寺に戻った。義藤はその直後より、将軍としての活動を開始した。
細川晴元との戦い.
父・義晴は没落気味であった細川晴元と決別し、細川氏綱と手を結んだが、晴元も黙ってはいなかった。晴元は報復として、阿波で庇護していた義晴の兄弟・足利義維を擁立した。晴元は義晴を決別するまで支援しつつも、一方で義維を庇護するという、「ねじれた関係」を持っていた。
だが、この事態は六角定頼を悩ませた。定頼にとって、義晴は晴元とともにそれまで支えてきた同志であり、義藤もまた自身が烏帽子親を務めた人物だった。一方の晴元もまた、自身の娘婿であり、近しい存在であった。もし、定頼が晴元に味方すれば、それは義藤の将軍としての権威を否定し、義維を将軍として認めることに繋がった。
そのため、定頼は義晴・義藤父子と晴元を和解させようとした。その一環として、大坂の石山本願寺に嫁ぐことが内定していた晴元の娘を、義藤の御台所にしようと画策した。だがこの話は強引すぎたため、うまくいかなかった。その間にも、義晴・義藤と晴元の関係が悪化し、晴元は各地で氏綱派を打ち負かし、京へと迫った。
三好長慶との戦い.
ところが、細川晴元の家臣で、畿内に一大勢力を築きつつあった三好氏の当主・三好長慶が晴元を裏切って、細川氏綱の陣営に転属した。その理由としては、晴元が同族の三好政長を重用し、長慶を討伐しようとしたため、主君によって「逆臣」とされてしまったことにあった。
京都を離れる際、義藤は今出川御所の近傍にあった相国寺に御所の留守を命じ、相国寺は上意を受け、御所の留守番を昼夜果たした。この時期、義藤自らが御内書を発給し始めているが、まだ若年ということもあり、大御所である義晴の存命中は義晴名義の、その没後は生母である慶寿院が御内書を発給している例がある。