シリーズではおなじみの「複数のキャラクターによる立て続けの行動」。本作では、キャラクターの行動順番が連続しており、かつ同じグループの敵を狙っており、さらに連携に対応した技を使用すると発動することがある。メンバー間で立て続けに行動し、通常より大きなダメージを与えられる（敵モンスターも連携を行う）。コマンド入力中に行動順番がわかるようになっており、意図的に味方の連携を繋いだり敵の連携を遮断する形で調整することが可能。ターンが始まると連携が成立したキャラクター同士のアイコン間に赤い矢印が表示される。
タイムズ・ギア.
戦闘中.
アビリティ.
移動中に「フリーズシステム」で時間を止める事が可能。敵シンボルや地形の動きなどすべてを停止できるため、ピンチを切り抜けたり探索を容易にするといった効果がある（詳細は後述）。
シナリオ.
シナリオ・シンクロ・システム.
フリーシナリオ.
GB版のストーリーに加えて新規追加されたシナリオ。上記のSSSはほとんどがこれに該当する。このシナリオの展開によって、新たなエリアに進めることもあり、場合によってはストーリーに影響をも及ぼす。
ハント.
町の住民から強力なモンスターの討伐を依頼される。引き受けて倒せば報酬をもらうことが可能。指定されたフィールドやダンジョンに出現し、シンボルも戦闘時と同じ姿で待ち構え、移動や追跡は行わない。戦闘になると最初から巨大化した状態で登場するため通常より手ごわく（詳細は後述）、難易度によっては本編のボスが大幅に強化された状態でリベンジを待ち構えていることもある。ボスの強化版との対決では戦闘から逃げられない。
プレゼント.
台詞の追加.
真のエンディング.
多くのサブイベントをクリアしていく事により開示される「真のエンディング」が追加された。この真のエンディングは前述のSSSとタイムズ・ギアを併用する事で発生する仕様になっている。開示条件として少なくともギアゲージが特定の色になっている必要がある。
BGM.
全てのBGMがハードに合わせてアレンジされただけでなく、以下の新曲が追加された（カッコ内は使用される主な場面）。
各種設定.
難易度.
パスワード.
キャラクター.
新キャラクターおよび、本作で設定が追加・変更された点を記載する。
メインキャラ.
サブキャラ.
シナリオ途中で一時的にパーティに加わる人物。