しかしある日、突然マーニーは杏奈の前から姿を消す。さらに、湿っ地屋敷には東京から新たな住民が引っ越してくる。杏奈は引っ越してきた住人の1人である赤い眼鏡を掛けた好奇心旺盛な少女、彩香から「マーニー」であると勘違いされる。杏奈は、なぜ彩香がマーニーのことを知っているのかと問うと、彩香からこの家で見つけたというマーニーの日記を見せられる。しかし、なぜか日記の一部が破り取られていた。自分が体験したマーニーとの思い出が書かれたその日記を見た杏奈は、マーニーとの約束で「自分とのことは人には話さない」という約束もあり、マーニーのことを自分が想像で作り上げた友達なのだと彩香に言い、自身もそのように思うようになる。
杏奈はマーニーの正体を疑問に思いながらも、ふたたびマーニーと出会い、互いの悩みを打ち明けあう。そして杏奈はマーニーが幼少期のトラウマからサイロを恐れていることを知ると、それを克服するために、嵐が来る中2人でサイロに行く。しかし、その道中でなぜかマーニーは杏奈のことを「和彦」と呼び始める。サイロに入ると間もなく大雨が降り出す。屋根が壊れている為にサイロ内にも雨が降り込み、マーニーは酷く怯えて取り乱す。その間も杏奈のことを「和彦」と呼び、杏奈に指摘されてようやく杏奈だと認識する。サイロの中に入るも、大雨が降り出し、いつしか2人は疲れ果てサイロの中で眠るが、杏奈が目覚めるとそこには既にマーニーの姿は無かった。夜のサイロに置き去りにされてしまった杏奈は怒り悲しみながら、嵐の中を走り続ける。サイロから帰る途中に転んで気を失い、道端で彩香たちに発見されるも、暴風雨の中に長い時間晒され続けていたせいで高熱を出していた。熱に浮かされながら見た夢の中で杏奈はマーニーに再会出来たものの、一方的に突然の別れを告げられることになる。そしてマーニーはサイロで杏奈を置いていかなければならなかった状況（実はあの時、マーニーからも杏奈がサイロから忽然と姿を消したように映っていた）についてを詫び、最後に許して欲しいと涙ながらに懇願した。悪気は無かったのだと悟った杏奈は彼女を許し、永久にマーニーの存在と、彼女と一緒に過ごしたことを忘れないと約束する。するとマーニーは、微笑みながら白い光の中へと消えていった。