アウドムラはハヤトを艦長とし、クワトロとカミーユの宇宙帰還の好機を探る。その頃ハヤトの妻フラウ・コバヤシはシャイアン基地で軟禁中のアムロ・レイに接触を図る。アムロは出産のため日本に渡るフラウたち親子のためにチケットを手配。空港での見送りを装い、あらかじめ示し合わせたハヤトの養子カツ・コバヤシと共に輸送機を強奪して監視を逃れる。
カラバはシャトル打ち上げ基地のあるヒッコリーへの案内役としてベルトーチカ・イルマを派遣する。アムロと出会ったベルトーチカは感受性の強さからアムロの繊細さと言葉とは裏腹に戦いに臆している様を見て取り、逆に好感を抱く。カミーユやカツといった若者たちに失望されていると感じていたアムロはかつての仇敵シャアからもハッパをかけられて再起しようと足掻く。
ホンコンシティ攻防・ニューギニア攻略.
一方、ブラン少佐を失ったスードリはベン・ウッダー大尉を中心に少佐の弔い合戦を挑もうと躍起になっていた。彼らに日本の「ムラサメ研究所」が協力を申し出る。研究所から派遣されたのは強化人間フォウ・ムラサメとフォウの調整役ナミカー・コーネル。そして巨大なスードリの格納庫にも収まらない謎の巨大MAだった。フォウはウッダーに単独出撃を申し入れ、巨大MAで出撃。ホンコンシティを急襲した巨大MAサイコガンダムは街を大混乱に陥れる。アムロの不在で単独出撃したカミーユはビームライフルを弾き、拡散ビーム砲での無差別攻撃を行い、MS形態に変形するサイコガンダムに慄然とする。カミーユとサイコガンダムの戦いを歯痒く見守るアムロはルオ商会を統括するステファニー・ルオと対面し、彼女を伴って避難する。カミーユは苦戦を強いられるがビームサーベルによる肉薄攻撃を敢行。物理的損傷はなかったものの、意識を斬られたと錯覚したフォウは何故か撤退する。
カラバはティターンズの新拠点ニューギニア基地攻略を予定していた。ウッダーは建設途上のニューギニアを守るべくアウドムラを最低でも足止めするという重責を担っていた。
なお、この戦いの後、カラバはニューギニア基地を攻略する。
シロッコ参戦とアポロ作戦.
ブレックス准将暗殺.
グラナダへのコロニー落とし.
毒ガス作戦.
ティターンズ、アクシズと密約.
キリマンジャロ襲撃.
ダカール演説.