また裏会には様々な組織があり、新しい組織がつくられることは珍しいことではない。
しかし日永が月久の本性を知ってしまったことで、月久の「生きた痕跡」である裏会の破壊を決意。その暗躍によって幹部や部署が次々と破壊されていき、総本部に残された幹部を含むほぼ全ての構成員も日永の洗脳下に置かれ、一度は完全に日永の手に落ちた。その後、十二人会幹部残党を中心として、裏会本部奪還が敢行され、日永側のトラブルも相次いだこともあり、裏会は奪還された。
裏会崩壊事件後、十二人会第二客鬼童院ぬらを新しい総帥に据え、第三客 竜姫が中心となって裏会の立て直しが行われている。
所属者.
覇久魔の城.
裏会総本部を擁する覇久魔の異界に建造された巨大な城で、和風な総本部に対してこちらは全体的に西洋的な作りとなっている。
総帥と直属の配下のみが出入りでき、それ以外ではその存在は裏会最高幹部の一部にのみにしか知られていない。作中では日永が復讐のために城を捨て、配下は全員日永側と月久側に分かれて行動している。
十二人会.
裏会を取り仕切る最高幹部会合で全員が尋常ならざるレベルの異能者。形式上は裏会総帥も出席する会合で奥の座敷に席も用意されているが、作中で総帥が十二人会に出席したことは一度もない。
幹部に任命された者には、身分を示す数字入りの札が与えられる（墨村正守ならば第七客であるため七の数字）。建前上は、番号に意味は無く皆同列とされており、札を壊してしまうか、もしくは失うと降格させられる。だが実際は、不慮の死（他の幹部に秘密裏に殺害される）による交代が最も多い。
同列ではあるものの幹部昇進時期による序列が存在し、基本的に早期に幹部に昇進した者の発言力が強い。会議中の席はその序列順となっている。また、会議中に力を使った場合も降格処分となる。
夜行.
夜行 (結界師)を参照
調査室.
異能者の犯罪などを調査する組織。裏会で扱った事件の洗い直しや内部調査・全国調査などを行っている。探野耕造によれば予算は常に逼迫しているらしい。繁守の発言から、もとは裏会の自浄機関としての意味もあったようだが、扇一郎、奥久尼に利用されており自浄機能は期待できない模様。
検察室.