しかし、議事内容が明らかになるにつれ、政府内外からの批判が噴出した。日本政府の法律顧問でフランス人のボアソナードが、この改正案は日本の法権独立を毀損するものであり、訴訟人の利害からしても、国庫負担からしても外国人法官の任用は弊害が大きく、従来外国人居留地に限られていた不利益をむしろ日本全国に及ぼすものであると批判し、また、鹿鳴館における政府首脳の放蕩を憂慮して「予は今日は贅沢の時に非ずと信ずるを以て、各大臣の宴会はすべて謝絶するなり」と宣言した。「政府の智嚢（知恵袋）」といわれた法制官僚の井上毅に対しては「この改正が実現すれば日本人は外国を怨むより、屈辱的裁判制度を作り出した政府を非難するようになるだろう」と進言して「足下は高官の地位にあり、本国のために未曾有の危機に際しては何らの尽力をなさざるか」と責め、伊藤首相に対しても、改正案は法典の外国政府への通知を規定しているが、これでは、立法権すら外国の束縛を受けてしまうことになると指摘した。
井上馨にしてみれば、この案が期限付条約案であることから、国民は国内法制の整備が完了するまでの期間だけ外国人判事による裁判を耐えれば済むということであったが、この時期の日本は自由民権の時代からすでにナショナリズムの時代に移っており、もはや世論は井上改正案を受け入れることができなくなっていた。
谷らの意見に対して井上は、日本人にしても、たとえば当時の朝鮮の法律や裁判に服することが可能なのかと問題提起して、西洋諸国の領事裁判権を完全に撤廃することがいかに困難を伴うものであるかを説いた。さらに、優勝劣敗を説く社会進化論の影響で日本社会が西洋人によって圧倒されてしまうことを危惧する内地雑居反対論者に対し、井上には日本の民間における潜在的力量に対する基本的な信頼感があったとみられ、条約改正問題で一歩前進することにより、日本社会は外国人の刺激によってさらに文明開化がさらに進み、外資増大などによって経済発展をもたらすことが期待できると主張した。
大隈重信の改正交渉とその蹉跌.
条約改正交渉の進展.
大隈はまた、最恵国約款の解釈を改め、従来一国に認めた特権は無条件で他国に与えていたものを有条件主義とした。さらに、従来の通商条約と裁判権に関する条約の二本立てとなっていたものを一個の和親条約として締結するという方針を立てた。