実際、数学ソフトウェアのあるもの（数学ライブラリー）は他の科学ソフトウェアの一部に組み込まれて利用される場合がある。極めてプライマリーなもの（たとえば初等関数を浮動小数点演算をして計算する）も数学ソフトウェアの範疇に入るかもしれない。これらは一般的にはミドルウェアとして一般のシステムに組み込まれることがある。数学ソフトウェアはいわばアプリケーションソフトではあるが他の科学ソフトウェアの基本となるという側面がある。
数学ソフトウェアは教育目的などでユーザーインターフェイスが良いものも多いが、その問題を解く核となる部分は、数学上の知見に直接依存したアルゴリズムによっており、問題が少なくとも（ハードウェアに物理的な限界がある）数学的観点から構成的に解けなければ処理できなくなっている。これが他のアプリケーションソフトとの大きな違いだろう。
なかでも、数学ソフトウェアを使う際には以下に気を付けななければならない。
数学ソフトウェアの進化.
従来は主に数値解析と数式処理の分野が重要な位置を占めていたが、他のものも広がりを見せている。電子計算機が現れる以前の（数値的）解法が電子計算機の出現によって、広く用いられるようになった例のように、電子計算機の発明以前にあったアルゴリズムなどの有用な数学的知見が数学ソフトウェアの開発に寄与した一方で、（ムーアの法則に見られるような）の増大によって、従来では別物だったアルゴリズム、処理方法が統合されて、（例えば数値解析と統計学が組み合わさったようなデータ同化などの）新しい手法が逆に広い意味での数理科学ないし応用数学の発展を要請している。
ソフトウェア電卓.
ソフトウェア電卓は利用者が加算、乗算、指数計算、そして三角関数のような単純な数学的な操作をするのを認識する。データー入力は典型的には手操作で、そして出力はテキスト・ラベルである。
数式処理システム.
多くの数学的な一揃いのものは数式処理を用いる数式処理システムである。それらは人が読める記号法において古典的な代数方程式と問題を解くよう設計されている。
統計学.
多くのツールがデータの統計的な解析のために利用できる。
数値解析.
がある。力点がアルゴリズムの明確な理解におかれる、違ったアプローチはによって採用される。
（以上に挙げた）多くの数式処理システムは数値的な計算に使うこともできる。