主人公のクラスメートである水越眞子は妹である。姉妹で全く逆の性格をしている。実家は初音島最大規模の病院、水越総合病院を経営している、お嬢様である。またゲーム、アニメ共に水越智也と言う弟がいるが、それぞれ学年が違う。
ゲームにおける水越萌.
風見学園の卒業パーティの後、萌をかばった純一は事故により入院することとなる。
そうして萌は目覚めた純一の世話をすると言って退院後も朝倉家に住み込みで面倒を見る。そんな中で純一は萌へと惹かれて行く。
その後、萌がわざと睡眠薬を飲んでいることが判明する。幼い頃によく遊んだが、自分をかばって交通事故で死んでしまった友達「啓くん」（本名は啓一）と夢の世界でなら逢えると信じていたのである。実際には桜の木の魔法により「啓くん」の幻が見えていた。
アニメにおける水越萌.
作中では純一のことが好きだと言っているが、本人の性格故に本当のことなのかは不明。
芳乃さくら
概要.
魔法使いである祖母の血を強く引いており、強い力を持っているが、制御しきれない部分もある。明るい性格ではあるが、その見た目に反して傷つきやすく、魔法が引き起こしたことなどを一人で抱え込んでしまう癖がある。
ゲームにおける芳乃さくら.
シリーズ通して重要な役目を持つキーパーソンとして描かれる。
同じ転校生で気が合う胡ノ宮環と仲が良く、環シナリオで環が純一と結ばれた際には快く祝福しているが、一方で純一に強く想われる環に嫉妬することもあった。月城アリスのシナリオでは、植物学者であることを自慢しており、学者としての好奇心がアリスシナリオの意外な鍵となる。また、教員免許を持っており、シナリオによっては本校で純一の担任となっている。
音夢の病気が枯れない桜の魔法のせいだと気づき、音夢に伝えるも拒否されたため桜を枯らすことを1日ためらった、若しくは枯らせたものの交通事故は防げなかったために彼女を救うことができず、純一同様心に深い傷を負うことになる。その後、何かの研究のため渡米するが音夢の影に縛られ続ける純一を助けるため一時帰国する。
また枯れた桜が純一に見せる夢では芳乃のばあちゃんが、さくらの姿で話しかけている。