インド・パキスタン分離独立に続いた各地の暴動で、数十万人のムスリムとヒンドゥー教徒が死んだ。インドに暮らすムスリムとパキスタンに暮らすヒンドゥー教徒やシク教徒数百万人の移住は、現代において最大級の人口移動であった。両国は自国領を通って移住する少数民族に十分な安全を提供していないと非難し合った。これは新たに生れた両国間の緊張を高める要因となった。
カシミール紛争.
カシミールはムスリムが大半を占める王侯国だが、統治するのはヒンドゥー教徒の王マハーラージャ・ハリ・シングであった。インド・パキスタン分離独立の時、国の統治者マハーラージャ・ハリ・シングは独立を保つことを望み、インド連邦にもパキスタンにも参加したがらなかった。インドとパキスタンの両国が王侯国を独立した中立国と認めてくれることを望んでいたのである。
パキスタンの将軍によると侵攻部隊は「なにか不明の理由でバーラームーラで（丸）二日を無駄にした」。
パキスタンは現在、住民投票によるカシミールの民族自決権を支持し、約束された住民投票でカシミール住民の運命を決めるべきだとしている。一方のインドは、マハーラージャが加入証書に署名した以上、カシミール全域がインドと一体になったと主張している。
戦争、紛争、論争.
第二次印パ戦争.
第三次印パ戦争.
カルギル戦争.
他の領有権争い.
シアチェン氷河やなど他の領有権争いでも関係は膠着している。
水域を巡る論争.
はインドからパキスタンに流入する川を管理している。水は両国の武力紛争の原因ともなり得ると指摘されたことがあるが、現在までのところのような問題は、外交を通じて解決されている。
アフガニスタン.
ジャーナリストのは、複数の武装組織や犯罪組織が「パキスタン軍の高官、諜報機関ISI、その他同国の軍事組織から支援を受けている」と記している。
その他の暴力事件.
ムンバイ同時多発テロ.
インドの情報局RAWは、パキスタンを中傷しパキスタンののために暴徒を訓練・支援する秘密工作を行っていると言われている。
大量破壊兵器.
対話などの信頼構築手段.
圧力を受けてカシミールの武装組織もインド政府に対話と交渉を申し入れ、インドはこれを歓迎した。