バスケットボールをしていた少年ルシアンが行方不明になり、コート周辺のマンホールが不自然に開いていた。マンホールの中に潜入したニックとスティーブンは未知の生物の声を耳にし、その生物が運河の方へ移動した波紋を目撃する。運河での夜間捜索ではジェニーが水棲生物に襲われるが、スティーブンが駆けつけて生物を射殺し、その遺体を亀裂調査センターへ持ち帰ることとなる。同時にアビーとコナーは未知の生物の皮を発見しており、ニックも川に別の存在の気配を感じ取る。
一方でアビーの家に上がり込むようになったキャロラインにアビーは不信感を抱き、彼女を家に連れ込んだコナーとの仲が険悪になっていく。極めつけにアビーとコナーの不在中にレックスが冷蔵庫に閉じ込められて酷く衰弱していたことから、台所を出入りしていたキャロラインに対してアビーは激怒し、彼女を家から追放すると共にコナーと仲違いする。
ジェニーを襲った未来のサメの解剖の結果ルシアンの遺体は発見されず、アビーが発見した皮と下水道の声から、ニックは未知の哺乳類が真犯人であると判断する。一方で真犯人を別個体のサメであると考えるスティーブンと見解が割れ、ニックはスティーブンと別行動で調査を行うことにする。途中で姿を目撃したショッピングモールの清掃員に殴打された際に運河で聞こえる生物の声に気付いた彼は、声を再生して生物をおびき寄せることにする。この調査の途中でアビーが生物に連れ去られ、その責任を追及されたニックは解雇され、スティーブンが現場の指揮を執ることになる。
アビーが襲われる原因を作ったニックに対しコナーは怒りを向けてレスターから自宅待機を命じられるが、ジェニーの情報提供を元に生物を探すニックの説得を受け、ニックと合流して地上で生物を捜索する。亀裂を探知した2人が謎の浸水被害に苦しんでいる建物に向かうと、そこでルシアンとアビーが生物に確保されていた。2人はルシアンの救出に成功するが、アビーは生物によって再び別の場所へ連れ去られてしまう。生物の正体は鰭脚類のように水棲適応を果たした霊長類の子孫であると判明する。