寝殿は母屋と庇からなるが、その構造は奈良時代の唐招提寺講堂や平安時代の法隆寺大講堂と変わらない。側柱と入側柱により大きな屋根を支える。側柱は建物の外側の柱でその内側は庇、その庇の内側が入側柱で、その内側が母屋になる。
柱を支える構造.
寝殿造に限らないが、建物の構造は軸組と小屋組に分かれる。軸組とは、まず地面から垂直に立てた柱、つまり側柱と入側柱。そしてその柱の上に乗る梁と桁。柱の中間に取り付けて建物の横揺れを防ぐ長押、鎌倉時代以降には貫などである。
内法長押.
長押とは横材を釘一本で柱に打ち付けたものだが、それで柱の横揺れを押さえられるのは長押に丸柱に合わせた削りが施されているからである。なお当時の釘は今日想像するものとは違って太くかつ長い。柱をそれらの長押で直立させ、横揺れを防ぎ、その上に梁と桁を乗せる。この軸組は寝殿造に限らず、寺院や官衙も含めて飛鳥・奈良時代から平安時代に到るまでの上級建築に共通する技法である。
内法長押は現代の標準的な住宅ならおおよそ天井の高さ、屋内から見ると柱の途中の、人の身長よりもずっと上に取り付けられる。その上は塗り壁。その下にはそれが建物の外周の側柱の列であれば、蔀戸や妻戸があり、その内側に御簾が下がる。
下長押.
寝殿の柱間寸法.
推定平面図は通常桁行も梁行も柱間寸法は同じと見なして同寸の升目上に描くが、判明しているのは以下のような傾向である。
寝殿の外周.
妻戸.
妻戸は両開き（観音開き）の板戸である。寝殿造では寝殿の「妻」、つまり平面図で言うと長方形の短い辺の両脇に付くのが一般的であることからこの両開きの戸を妻戸という。
蔀と格子.
（詳細は「蔀」の項参照）
簀子縁.
簀子縁は冒頭の法隆寺の聖霊院にあるような建物の外周の濡れ縁で、寝殿造の重要な要素である。同じ時代でも庶民の住居には縁が回るということは無い。なお、大饗などが行われる大臣クラスの寝殿では簀子縁に欄干が付き、欄干の無い寝殿は格の低い屋敷と見なされる。そこは通路であると同時に宴会の座を設ける場所としても利用される。
遣戸・舞良戸.