本種は日本では最も古くから用いられた染料であるとされている。中国からアイ（タデ科）やリュウキュウアイ（キツネノマゴ科）が伝わる以前から、本種は摺り染め用の染料として用いられた。万葉集や源氏物語にもその名があがっており、皇室が神事に用いる小忌衣（おみごろも）の染料も本種が使われた。生の葉を布に摺り付けることで染色を行い、それによって出る色は青ではなくて緑である。ヤマアイにはインジゴが含まれておらず、青は出ない。
文献では山藍摺りは青色と記されている。上記の小忌衣は「紅（あけ）の長紐」をつけた「青摺衣（あおずりぎぬ）」であり、それを染めるのに本種が使われたという。ただし、日本語の「あお」が現在その名で呼ばれる色を示すようになったのは室町以降ではないかとも言われ、それ以前には緑色をも含めてこの名で呼んでいたと考えられる。ただし、それはやはり青色だったのではないかとの判断から、本種を使い、何らかの手法を加え、青にすることができたのではないかとの検討も行われている。
研究により、地下茎（乾燥させると青くなる）を乾燥させて細かくして水で抽出し、銅を媒染に用いることにより青色を定着させることに成功している。
他方、そのような文献に言及がある山藍が、実際に本種を指したのかどうかについて疑問を呈する声もある。それによると、山藍が日本最古の染料、あるいは日本独自の染料とする通説はあるが、その裏付けとなる文献がごく少ないこと、またその植物が本種であるとの文献も江戸時代以降にしか存在しないことなどを挙げており、あるいは単に『山で取れるアイのような植物』の意味であった可能性にも触れている。
混乱について.
藍と呼ばれるが、実際には青い色素を含まない。しかしながら本種の地下茎は乾燥させると紫になるため、青の染料になるとの誤解がある。またアイやリュウキュウアイと混同されることもある。さらに、明治の初めの頃、鹿児島地方で栽培品のリュウキュウアイをヤマアイと呼んだこともあり、混乱を助長したらしい。実際には藍のように浸染の方法で染めても青くはならず、緑色になる。
女学生
女学生（じょがくせい）
キース・フラク
解説.
レッド・フォート
マカダム道路
加納久徴
経歴.
治績.
若くして山鹿流軍学を学ぶとともに、歴史・文学・芸術を愛する教養人でもあり、文武に優れた藩主であった。
系譜.
父母
正室