雲上にあるマシュマロの国では、マルガリータという女が行方不明のマロ王子を見つけたと主張しており、王子から耳打ちされたとして病気の国王夫妻に代わり自分が国の政治を取り仕切ることを宣言する。しかし、彼女が紹介したマロ王子は太った黒い鳥であり、白くてふかふかしたマシュマロの国の住民とは姿が大きく異なる。彫刻家・ガロの家を訪れたマリオたちは、マロそっくりの銅像を見つける。それは現マシュマロ王の若いころの姿であり、ガロはマロこそが本物の王子であると確信する。マルガリータがマシュマロの国の支配を企てていることを知ったガロは、マリオたちを新作の銅像に偽装し、宮殿へ送り込む。マリオたちはマルガリータと鳥のドドを倒し、マロは実の両親との再会を果たす。
クッパ城～武器世界.
エピローグ.
すべてのスターピースが揃ったことで、ジーノはスターロードの復活を宣言。皆に礼を言いつつ依り代のジーノ人形から抜け出し、スターピースとともに空へ帰っていく。
戦い終えたマリオたちが、丘からクッパ城に突き刺さったカリバーが消滅していくのを見守り、物語は終結する。
登場人物.
本作のオリジナルキャラクターはスクウェア・エニックスが著作権を単独で保有している。キャラクター名横に括弧で表記される英字は英語版での名称。
冒険者 （プレイヤーキャラクター）.
掲載はパーティーへの加入順。
サブキャラクター.
カジオー軍団.
マリオシリーズのキャラクター一覧#スーパーマリオRPGも参照。
他機種版.
リメイク版.
攻略本.
開発.
初期は「スクウェアらしい王道RPG」ということで武器をモチーフとしたキャラクターを登場させ、マリオに鎧を着せるという案もあったが、任天堂からマリオらしさに欠けると指摘があり、作り直しとなった。最終的に、武器をモチーフとしたキャラクターは敵陣営に限定された。
反響（オリジナル版）.
評価.
レイラ (ユニット)
経歴.
影響.
さまざまな作家が、マクドナルドと彼のキャラクター『トラヴィス・マッギー』から受けた影響を語っている。
SF作家スパイダー・ロビンソンもまた、マクドナルドの賞賛者であることを明言している。