生体内に異物（それは感染源をはじめとして、有害であることが多い）が入り込んだ際に、それに対する防御反応として炎症が起きる。その結果異物の有害性（生体にとって不利益な刺激）そのものをうまく弱体化できればよいが、それができない場合には、刺激を和らげるために異物を「隔離」してしまえばよい。この「隔離」によって最大の効果を得ようとする活動が肉芽腫形成である。このように異物を分解したり除去できるのか、それとも「隔離」するしかないのかは、宿主の免疫機能と異物の性質の相互関係にかかっている。十分な免疫力があれば肉芽腫は、細胞内に感染して殺すことのできない病原体を終生無症状のままコントロールすることも可能である。また肉芽腫性反応は、異物だけでなく腫瘍細胞に対しても有効なコントロールをできることがある。
肉芽腫反応を起こしうる原因は非常に多いが、ヒトの肉芽腫の原因になるものには、肝生検のデータなどからわかるものとして以下のものがある（以下の疾患あるいは物質で起こる可能性があるだけで、必ずしも普通に肉芽腫形成が起こるわけではない）。重要な疾患については後に詳述する。
形成のしくみ.
感染源ではないが、多量の異物や分解不可能な異物を貪食した場合にも肉芽腫が形成されることがある。
肉芽腫を形成する代表的疾患.
結核.
肉芽腫は結核のもっとも特徴的な病変のひとつである。初期感染の後、完全治癒した場合は肺および肺門リンパ節の感染巣に瘢痕が見られ、これは治癒性肉芽腫と呼ばれる。また完全治癒せずに潜行感染している場合は、炎症反応が続くため、肉芽腫が成長を続ける。この肉芽腫の中心は壊死を起こして炎症反応が及ばず、結核菌が多数存在している。壊死部分はカッテージチーズ状に見えるため乾酪壊死と呼ばれ、乾酪壊死を中心に持つ肉芽腫を乾酪性肉芽腫という。進行性感染では乾酪性肉芽腫が肺全体に拡がる。
ハンセン病.
肉芽腫性血管炎.