このように森田療法における治療と仏教における救済との間の親和性・類似性はたびたび指摘されているが、一方で、両者を完全に同一視するかのような見方には警鐘も鳴らされている。森田正馬自身が神経症の「全治」と禅の「悟り」は全く違うとも述べ、北西憲二もこれと同旨の意見を述べるほか、大原健士郎は、神経症の「全治」と仏教の「悟り」は似て非なるものであり、治療者は森田療法を体験すると「悟り」を得られるなどという、おごった気持ちになるべきでないと戒めている。
「あるがまま」概念の留意点.
森田療法では、治療の要点を表す言葉として「あるがまま」という表現がしばしば用いられる。森田療法の創始者である森田正馬自身、「治療の主眼については、言語ではいろいろと言い表し方もあるけれども、詮じつめれば『あるがままでよい、あるがままよりほかに仕方がない、あるがままでなければならない』とかいうことになる。」「ことさらに、そのままになろうとか、心頭滅却しようとかすれば、それはすでにそのままでもなく、心頭滅却でもない。」「当然とも、不当然とも、また思い捨てるとも、捨てぬとも、何とも思わないからである。そのままである。あるがままである。」などと述べるのがその例である。