クリスタリウムで育てたモンスターのアビリティを継承させたり、モンスターに名前やデコレーションアイテムと呼ばれるアイテムを付けて自分好みにカスタマイズする事が出来る。
アビリティを継承させる場合はロールが同じモンスター同士であれば、アビリティも引き継ぐ事が可能である。ロールが異なる場合はアビリティが引き継げないが、特殊なアビリティを取得する事がある。どちらの場合でも継承元となるモンスタークリスタルは失われる。
デコレーションアイテムを付けたモンスターは外見は変化するが能力は変化しない。これは「デコレーションアイテムで能力が変化するとユーザーが強いデコレーションばかり付けてしまい、個性が無くなってしまう」という考えのためである。
装備品.
前作同様、装備品として登場するのは武器とアクセサリーである。本作の装備品は改造で強化した前作とは異なり、ショップで入手したりフィールド上のトレジャーから入手していく。本作のアクセサリーはアクセサリーごとにコストが設定されており、キャラクターの装備能力を上回る様に装備させることは出来ない。前作同様、アクセサリーと武器を特定の組み合わせで装備すると連鎖アビリティが発生する事がある。
ゲート.
本作の物語はゲートと呼ばれる時空移動装置を用いて時空を超えて進んでいき、同じ場所でも時代を変える事で全く違う風景になる事もある。また、ゲートを一度閉じ、再度開く事で物語をやり直すことも可能。
ゲートは、専用のオーパーツを使わなければ開けない黄色と、消耗品のワイルドオーパーツを使わなければ開けない青色の二種類が存在する。また、ゲートを閉じるにはリバースロックというアイテムが必要。
各時代にはパラダイムシフトによるパラドクスと呼ばれる異変が生じており、物語はその異変を解決する事によって進展していく。スタッフの試算では一つの時代の物語は三時間程度で終わるとされており、これは「忙しい人にも配慮した結果」との事である。
チョコボ.
バトルチョコボ.
バトルシステムに「モンスター」の使役が追加されているので、バトルしてチョコボのモンスタークリスタルをGETするとチョコボが使役できるようになる。
ちなみにいうとバトルチョコボは黄・赤・青…と多種類いるので、GETする価値はある。他にも何色かはある。
全部ゲットするのは人の好みである。
やりこみ要素.