一方、ウェンディとはぐれたジョンとマイケルは、タイガーリリーの仕掛けた罠にはまり捕まってしまう。そこにフック船長が現れ三人を連れ去り、ピーターを誘い出すための囮として暗黒城の海に沈めてしまう。人魚たちから話を聞いたピーターとウェンディは暗黒城に向かい、三人を助け出しフック船長と戦う。フック船長はピーターを圧倒するが、フック船長を狙うワニが現れたことで動転した隙を突かれ、ピーターたちに逃げられてしまう。脱出に成功したピーターたちはインディアンたちと宴を開き、ピーターとウェンディはダンスを楽しむ。森の中からその様子を眺めていたフック船長は、ウェンディの一件でピーターに嫌われていたティンクに取引を持ち掛ける。
ウェンディは次第にピーターに好意を抱くようになるが、大人が抱く「愛」の感情を知らないピーターと喧嘩してしまう。ウェンディは一人で小屋に戻るが、海賊たちによって海賊船ジョニーロジャー号に招待される。そこでウェンディはフック船長に諭され、海賊になるように誘われる。隠れ家に戻ったウェンディは海賊になるか悩むが、ジョンやマイケルが両親のことを忘れかけていることを知り、両親のもとに戻ることを決める。ウェンディはピーターやロストボーイたちも一緒にロンドンに来るように誘うが、大人になることを拒むピーターだけはネバーランドに残ると言い張り部屋に籠ってしまう。説得を諦め隠れ家を出たウェンディは、彼女の跡を付けて来たフック船長たちに捕まってしまう。フック船長はピーターを殺すため、ウェンディが置いてきた飲み薬に毒を混ぜて立ち去る。
フック船長に閉じ込められていたティンクは、ジョニーロジャー号から脱出しピーターのもとに向かい、彼に代わり毒を飲んで死んでしまう。それと同時に嵐が発生し、フック船長は「ピーターが死んだ」と喜ぶ。悲しむピーターはティンクを生き返らせようと「妖精はいる」と叫び、ウェンディたちや世界中の子供たちも「妖精はいる」と叫び出し、その言葉を聞いたティンクは生き返る。
フック船長を倒したピーターはウェンディたちをロンドンに送り届け、ウェンディたちと一緒にロンドンに着いたロストボーイたちもダーリング家の家族として迎えられる。ティンクと共にネバーランドに帰ろうとするピーターに対し、ウェンディは「あなたのことを忘れない」と告げ、再会を約束し別れる。
キャスト.