時が経ち、コールドスリープから目覚めたバウアー伍長だが、記憶障害を起こしており状況が把握できない。自身の正体や目的すら不確かな中で船内を探索していると、ペイトン中尉がコールドスリープから目覚める場面に遭遇するが、彼も記憶障害を起こしていた。他のクルーの姿が全く見えず司令室のドアも開かない異常事態の中、原子炉の不調に気付いたバウアー伍長は、ブリッジに残ったペイトン中尉のサポートを受けつつ船内を探索することにする。
通気ダクトをなんとか通り抜けたバウアー伍長は謎の女（ナディア）に襲撃されるが、彼女は自分たちに迫る別の気配に気付いてその場を離れる。直後、近くにあった死体が姿を消し、バウアー伍長が気配を追っていくと、その正体は人間を喰らう化物（ハンター）だった。恐怖のあまりペイトン中尉に弱音を吐くバウアー伍長だが、自分達の目的や妻の存在を思い出したことで奮起する。
近くにあった武器庫で暴動鎮圧銃を手に入れたバウアー伍長は、原子炉へと向かう途中で罠に掛かった生存者、シェパードと遭遇する。シェパードはハンターについて忠告しその場を去ろうとするが、その先には迫ってくるハンターの姿が見える。2人は姿を隠すがシェパードは捕まってしまい、逃げ出したバウアー伍長も罠に掛かって身動きが取れなくなってしまう。幸いにもバウアー伍長は農場従事者の男（マン）に助けられ難を逃れるが、彼は英語が話せないため会話ができず、その場で別れて移動を再開する。
一方で、天井裏から現れたギャロ伍長と名乗る男を助けていたペイトン中尉は、精神的に不安定なギャロ伍長に精神安定剤を投与しようとして揉み合いになり、逆にギャロ伍長に抑え込まれ安定剤を投与されてしまう。しかし実際にはギャロ伍長とのやり取りは全てペイトン中尉が見た幻覚であり、彼に注射を打ったのは彼自身であった。安定剤によって記憶障害から回復したペイトン中尉は態度が豹変、ブリッジに辿り着いたリーランドを問答無用で殺害し、ドアを開けた司令室に向かう。
ナディアと共に命からがら司令室に到着したバウアー伍長は記憶を取り戻しており、ペイトン中尉を名乗る男が別人であることに気付いていた。男の正体はギャロ伍長であり、パンドラムを発症して船の支配者となったのも彼だった。ギャロ伍長はパンドラムを発症しつつあるバウアー伍長を精神的に揺さぶるが、バウアー伍長は必死に抵抗する。