入会収益権は登記することができない。また、一般の権利能力なき社団の所有地の場合と同様に、入会団体の名によって登記することもできない。しかし、薪拾いや耕作等の入会活動が行われている場合は、信義則の働きによって、登記がなくても第三者に対抗できる。第三者が登記の不備を理由に権利を主張するためには、善意無過失である必要があり、土地を実際に見れば入会権が存在する可能性が予見できる場合は、第三者の善意又は無過失を否定できるのである（登記の欠陥の主張は、悪意者であっても理論上は認められ得るが、悪意者が登記の欠陥を主張することは、原則として信義に反すると判断されるため、信義則に照らして保護されるべき理由がない限り、悪意者は登記の欠陥を主張できる正当な権利者とは判断されない）。
入会活動を中止している場合の入会権を主張する方法としては、共有としての登記、明認方法の設置がある。共有としての登記は、入会権を直接に主張するものではないが、入会地が取引の対象となった場合に、登記簿に名前の記載があれば事実関係の調査が必要となるため、第三者の善意無過失を否定することができるのである。明認方法の設置とは、立て看板等を現地に設置することであり、これも同様に、第三者の善意無過失を否定するためのものである。
入会地の登記は、代表者の名前や各入会権者の共有名義で為されている場合が多い。登記名義人となる「代表者」は、登記名義の管理に関する「代表者」であって、必ずしも財産処分に関する代表者であるとは限らない。入会団体は、権利能力なき社団の一形態であるから、権利能力なき社団の場合と同様に、団体の構成員（入会権者）全員の合意があれば、構成員ではない者の名前で登記をすることもできる。それ故、行政機関が同意すれば、行政機関の名義で入会地を登記することも理論上は可能である。現在、地方公共団体名義で登記されている入会地の多くは、行政機関と入会権者の総有財産である場合が多く、登記制度が始まった当時の意思決定が曖昧であったために、混乱をもたらしている例が多い。
行政機関と入会権者の総有財産が、特に墓地である場合は、戦後、「墓地、埋葬等に関する法律」によって墓地設置者が制限されたことにより、行政機関の参加する総有財産であることを示す目的で、登記名義を行政機関名義へと変更されたものが多い。