一方でそれら守護や国人の支配権は無条件に強固になったわけではなく、被官が他の守護に寝返ったり、他の国人と一揆を結んで守護の干渉を防ぐこともあった。荘園に対する収税についても守護不入権を勝ち得た荘園には介入の余地がなく、非合法で横領する他はこれらを支配下に組み入れることは困難であった。国人領主も同様であり一門や庶家、配下の土豪層とは主君と家来というよりは緩やかな同盟関係に近く、国人領主の存在は主君というより盟主に近かった。故に国人が配下の庶家や土豪の意向を無視することはできなかった。ややもすれば、国人の配下が幕府や守護に願い出て国人として自立を図ることもあれば、利害をたがえた場合、庶家が国人に公然と反逆し合戦に及ぶことすらあった。即ち、中世以前の武家の主従関係は利害を共有することにより成立し、決して絶対的なものではなかった。
戦国大名と家臣団.
戦国時代以降も、主従関係において利害の共有が重要であることに違いはなかった。むしろ、下剋上やより利害を違えた場合、鞍替えすることが当然視されるに及んでより顕著となったといってよい。但し、室町時代以前の守護大名や守護代、国人領主と戦国大名の大きな違いは強固な家臣団を形成し得たかどうかにある。
大名の家臣団にとって、中世以前と大きく異なるのが、有能な家臣の登用である。一門や庶家、縁戚、或いは有力国人や土豪を系譜に持つ有力家臣が大名家の内政を左右することは珍しくないが、尾張国の戦国大名織田信長が、農民の子から足軽になった羽柴秀吉（豊臣秀吉）を家臣に登用したように、実力次第では出世が可能になるのも、戦国大名の家臣団において見られたひとつの傾向であった。一方で血縁と伝統的な主従関係の下に成立した譜代の家臣と実力を買われ登用された新参の軋轢も生まれることもあった。