恐竜人が絶滅しなかった時間軸.
こちらの時間軸は『クロノ・トリガー』のマルチエンディングのひとつ「ディノ・エイジ」がベースになっている。
登場キャラクター.
仲間になるキャラクターは正式にパーティーに加わった時点で名前を変えられる。ただし、前作の主人公である「クロノ」という名には変えることができない。ここではデフォルト名を記す。
キャラクター名の後ろの括弧内に英語表記を記す。日本版と北米版で名称・綴りが異なるキャラクターは、攻略本『アルティマニア』に掲載されている日本版のラテン文字表記には「日本版：」、北米版での表記に「北米版：」を記す。「声」は『アナザーエデン 時空を超える猫』での配役。
仲間になるキャラクター.
パーティーメンバーの入れ替えは、キッドから貰えるアイテム「試作テレシフター」によって行える。前作とは違い、パーティーから外れたキャラクターは一ヶ所に集まるわけではなく、それぞれが元にいた場所に戻ることになる（一部、進行に合わせて居場所が変わるキャラクターもいる）。
バグ.
今作品では以下のようなバグによる不具合や現象が発生する。
開発.
経緯.
また、『ゼノギアス』のデモムービーで使われていた、「さあ、愛に血を流させてやろう！地獄の海のように、紅く……深く……！」という台詞も、『ゼノギアス』本編ではなく、『クロノ・クロス』本編で使われている。
仲間キャラクターについて.
ストーリーの変更.
体験版からの大幅な仕様変更.
初回版の『聖剣伝説』には『クロノ・クロス』の体験版が付随していたが、本作とは処理速度などの基本性能から、ロード時間、キャラクターの移動およびバトル時のポリゴンモデルからモーション、はたまたエレメントのエフェクトまで大きく異なっている。特に、後に製品版では見直したとされるプログラムによるロード時間は比較にならないほど遅く、敵キャラクターが行動する毎にロードが発生していた。のちに公式サイトのトピックで急遽「体験版を出すのが早過ぎた。あの後すべてがパワーアップした。こんなことなら体験版を出さなければ良かった。」というメッセージが載せられた。