日本に仏教文化が伝来すると、それに平行して医療や医術に関する知識も流入した。仏教においては病を退けて福を招来するものとして入浴が奨励され、近傍の寺僧が温泉地を開拓、あるいは主宰となって近隣住民に施浴をおこなうために湯治場を設けることも多くなった。そして、住民たちは病気や怪我が平癒すると温泉に対してありがたみを感じるようになり、温泉信仰が根付くようになった。やがて、少彦名命を祀った温泉神社が建てられたり、薬師如来は温泉の神様として知られ、温泉寺も多数建立されるようになり、温泉地を見守る存在となった。神や仏が鳥獣に化けて温泉の在処を教えた、傷を癒したという伝承も、ある種温泉信仰から生まれたものである。また、皇室・皇族が主宰となって温泉地開発の奨励を行った場所も見られ、温泉は万民の療養、湯治の場であるとともに、信仰の場として認識されるようになった。
鎌倉時代以降になると、それまで漠然として信仰の存在となっていた温泉に対し、医学的な活用がウェートを占め、実用的、実益的なものになる。鎌倉中期の別府温泉には大友頼泰によって温泉奉行が置かれ、元寇の役の戦傷者が保養に来た記録が残っている。さらに戦国時代の武田信玄や上杉謙信は特に温泉の効能に目を付けていたといわれる。中でも信玄は自身が結核の罹患者でもあり、そのために自らの病気を治療する目的で、温泉に足繁く通っていた。また、自陣の兵が負傷すると隠し湯で負傷兵の治癒を行っていたとされる。他にも楠木正成や真田幸村など数多くの武人が温泉の効能を活用していたといわれる。
近世.