会計・税務関連.
信託において保有される株式は、会社が取得費用を立替負担しているのと同じであるため、従業員持株会に実際に売却されるまでの間は、通例では会計上の自己株式とみなされる
また、信託が株式を買い付けるための資金は、信託の借入によって賄われるが、設定後に株価が下落すると信託に損が発生し、借入の返済ができなくなるため、通常の銀行借入れは行うことが出来ず、会社による損失補填契約が必要となる点で、信託を連結子会社とする考え方もある。（中間法人等の法人格ある器を利用すると、会社による財務的な支配が明確であるため連結子会社とみなされるが、信託であれば、実態がこれと同じであっても子会社ではないとする見方もある。）
その他の留意事項.
スキームの設定に際して、会社が信託に対して自己株式の処分を行うケースがある。この場合、スキーム開始後に株価が下落した場合には、この補填を会社が約束しているため、自己株式処分価格を事後的に引き下げたのと同じ結果となる。このことからこのような自己株式の処分が公正な処分に当たるかどうか疑わしい場合があると指摘されている。 同様に、新株発行を検討する場合には、会社が補償する借入金が新株払込金に充当されることとなるため、見せ金増資ではないかとの指摘もある。（実際の払い込みは、従業員持株会を通じた従業員の買い付け時点となるため、実質的には分割払い込みと同様となる。但し、払い込み未達分は会社自身が払い込むこととなるため、やはり不公正発行の疑いを生じる。） 市場から買い付ける場合には、自己株式取得手続きの潜脱である可能性が高いほか、本来であれば数年に及ぶ買付株式を一気に取得することとなるため、作為的相場形成に利用される危険性も指摘されている。