江戸時代になって参勤交代制度によって各街道が整備されると、今まで地元の住人しか利用されなかった温泉は、往来する人々によって流布されていくようになり、様々な温泉地が発展を遂げた。開湯伝説が広まったのもこの頃からであり、各の温泉が歴史や効能を挙って謳い文句とした。また、藩主や城主がその効能に目を付け、藩湯として温泉地を占有したり、その一方で庶民のために温泉による湯治場を開いたりもした。その中で今日に至るまで名湯として知られるものも存在する一方、一部の温泉は温泉による療養より、むしろ今日に多い行楽温泉として発達を遂げていくものも現れ、従来の温泉観とは一線を画すものとなった。また、この頃になると医学的に温泉療法を解析した者も現れ、中でも儒学者、本草学者でもあった貝原益軒は「益軒養生訓」において温泉に多くの頁を割いている。他に江戸の名医であった後藤艮山、シーボルトと親交があった宇田川榕菴などが温泉研究の先駆である。
近代.
明治時代になり、温泉は大きな転機を迎える。直接的要因となったのが西洋医学の流入であり、西洋文化崇拝の背景もあって、それまで漠然とした効果しか得られなかった東洋医学を駆逐していった。温泉療法もその一環と捉えられてしまい、民間療法、あるいは疑似科学に過ぎない見方をされるまでになり、一時的に発展がとざされた。その一方で、各温泉では温泉成分の解析が進んだ。また、ベルツの研究によって国際的に知られるようになった草津温泉は、再来日の際、温泉療養施設の建設を約束したほどである。それは現実のものとはならなかったが、もしベルツが再び来日すれば、世界的な温泉地になっていたとまで言われるほど、効能が高いものであったことを裏付けた。このように温泉療法や温泉の計り知れぬ効能は一部の見識者によって見守られていき、後の萌芽を待つことになる。一方、この頃の温泉は行楽地と結びつき、娯楽的要素が高まっていった。その際に、温泉本来の湯治場、医療施設としての在り方は次第に忘れられ、後に歓楽要素を含んだものも誕生することになる。この風潮は戦後になっても続き、一部の温泉は優れた効能を発揮していたにもかかわらず、急激な開発の波に呑まれ、従来からの姿を失った所もあった。
現代.