撮影の富岡素敬は、プールでの撮影でゴジラとキングコングが熱海城を壊しながら海に落ちる際に、崩れる城壁の角を画面に入れるよう円谷英二から厳命されていたが、ゴジラの動きに合わせて城壁も映すことは難しく、そちらに気を取られて怪獣を撮り逃す方が問題であるため、本番でも城壁が入らないだろうと思い撮影したという。円谷はこれに涙を流しながら激怒し、富岡はこのときが一番怒られたというが、ラッシュで城壁が映っていたことが確認されると円谷は「使えるじゃないか」とあっさりとした態度であったといい、富岡はこの時のことは忘れられないと述懐している。
キングコングが登る国会議事堂のミニチュアは、石膏で作られた。石膏を担当した安丸信行によれば、石膏ミニチュアは上からの力には強いため、キングコングが玄関を破壊するシーンでなかなか壊れず苦労したと述懐している。
進撃中のゴジラが高崎観音と対峙するシーンが撮影されているが、本編では使用されていない。予告編では、ゴジラが画面の手前に向かって咆哮する、本編にない映像が使われている。
キングコングの上に乗る自衛隊員のシルエットのアニメーションは、ピー・プロダクションが担当した。クレジットに記載はなく、円谷個人の発注であったとされる。
音楽.
ゴジラのメインテーマには、『ゴジラ』でのゴジラが東京に上陸したシーンでの楽曲をアレンジして用いており、以後の昭和シリーズではこれがゴジラのテーマとして定着していった。キングコングのテーマは、ゴジラとは対照的に活発で律動的な楽曲とし、キングコングの敏捷性を表現している。
当時、劇伴の収録は映像に合わせて演奏を行っていたが、熱海でのキングコングとゴジラの対決シーンが長尺であったことから管楽器奏者が音を上げてしまい、テープ録音の繰り返しが用いられた。同場面では、低音部に風の効果音を出すウインドマシーンを用いている。
各仕様での変更点.
チャンピオンまつり版.
同様にオリジナルネガがカットされた『海底軍艦』や『モスラ対ゴジラ』は複製フィルムが残っていたために全長版での視聴が可能であったが、本作品は複製が残っていなかったために完全な状態での視聴が不可能となった。
ビデオマスターの変遷.
海外版.