グリーンピースは政府や企業からの支援を一切受けず、個人からの寄付金のみで活動している、と公式に説明している。これに対し、以下のような異論がある。
さらに、資金の使途については、一般の会員から「年次会計報告がなされず、使途が不明」との疑問が呈されることもある。
組織内部の意思決定.
人種平等会議による批判.
日本での批判.
世界での批判.
広報（パフォーマンス）重視のボランティア活動に対する懐疑的見方など、しばしば逆効果になっているという批判がある。
さらに非欧米の国の文化、国民性を無視しているとの批判もある。
歴史.
この航海は、アムチトカ沖の目標地点まで行き着くことはできなかったものの、あまりの反対の強さ・反響の大きさに、アメリカ合衆国は、結局その後のアムチトカでの核実験を断念、同地は自然保護区（バードサンクチュアリ）と宣言された。
捕鯨問題と環境問題への接近.
同じ頃、ニュージーランド出身で、後に国際的な鯨類学者となるポール・スポング （）が、バンクーバーのグリーンピースに接近し、クジラをめぐる問題について注意喚起を行った。このスポングの接近は、グリーンピースが捕鯨問題に進出するきっかけとなった。
注釈.
レインボー・ウォーリア号事件.
この抗議行動を受け、フランス政府はムルロア環礁での核実験を中止しなかったが、それ以後の核実験を行わないことを確約した。
日本との摩擦.
接触事故.
この事故について日本政府は、護衛船の「しきしま」の右舷後方から、追い越し船の立場にあったソロが異常に接近し、急に左転したことが事故発生の原因であるとしている。また、実際に国際海事機関からも同様の見解が出されていると主張している。
この件でグリーンピースは海上保安庁に賠償と修理費を請求したが、拒絶された。
グリーンピースの抗議行動のエスカレート.
それを裏付けるように、その翌月には、捕鯨船団に対しての抗議中にグリーンピースの活動家1人が海に転落する事件が発生した。グリーンピース側は、「捕鯨船が狙っていたミンク鯨を守ろうとしていたボートから活動家が転落した」と主張しているが、それに対し、日本鯨類研究所は、捕鯨船の陰に隠れていたボートが突然出現した画像を公開し反論、グリーンピースの行動について、「報道機関の関心を維持するため、だんだん危険な行動をとっている」と批判した。