マークらもオルカの信号からエマとマディソンがボストンにいることを知り、ゴジラとギドラが争う地上に降りるとジョナと袂を分かったエマとも合流してマディソンを捜索、マディソンがボストンの旧自宅にいると推測してそこへ向かう。この時ゴジラは身体が芹沢が起爆させた核弾頭のエネルギーの過剰摂取により数分で臨界点を超え核爆発を起こす危険な状態になりながらも支援に現れたモスラの援護もあって優位に立ちながらギドラを追い詰めていく。しかし、ギドラが呼び寄せたラドンの乱入でモスラとは分断され、さらにギドラの予想外の反撃で大ダメージを受けて満身創痍の状態に陥る。どうにかラドンを退けたモスラもゴジラを庇いながらギドラの攻撃を浴びて消滅。そして再びゴジラはギドラに追い討ちを仕掛けられ劣勢に追い込まれていく。
その後、ゴジラの監視下で世界各地のタイタンたちが地球のあらゆる自然環境を回復させていき、モナークも彼らに関する研究結果を公表。改めてタイタンたちの重要性が世界に発信されることとなる。さらに、巨大な猿と恐竜が争う姿が描かれた壁画が発見される。一方、オキシジェン・デストロイヤーの影響で魚が収穫出来なくなったイスラ・デ・マーラに密かに赴いていたジョナは、先の海中戦でゴジラに食いちぎられ、沖で漁師が引き上げたギドラの首の残骸を買うと申し出ていた。
キャスト.
※括弧内は日本語吹き替え
世界各国の怪獣たちの研究、調査を行う国際研究機関。怪獣の存在が世界的に知られてもなお、他に把握している怪獣たちの情報など研究の全貌を秘匿していることから、国連や各国からの批判の的に晒されている。
過去の殉職者たちの石碑には「フランキー堺」「平田昭彦」「河内桃子」らの名前が刻まれている。
登場怪獣.
製作.
企画.
脚本.
キャスティング.
クリーチャーデザイン.
本作品では登場する怪獣の総称を「」から「タイタン（巨神）」に変更している。ドハティは怪獣のデザインが神聖な存在感を放ち、崇拝の意識を呼び起こすことを求めていた。彼はデザイナーに各年代の怪獣のオリジナルデザインを見せ、「シルエットと特徴を現代的なものにする」ように指示した。彼は怪獣が単なるモンスターではなく「明確な思考プロセスを持つ巨大生物」であることに重要な意味を見出していた。