鈴木宗男が衆議院で提出した質問書によると、日本国政府は、北千島と南樺太の地域に関し、条約において、領土であると請求する権利を放棄しているため「我が国の領土ではない」とし、同様の理由から「（北千島と南樺太の）帰属について述べる立場にはない」と認識している。これが北方領土問題と区別すべき原因である。ただし、日本国政府は、ロシアによる領有は認めておらず、帰属先がまだ決まっていない地域（帰属未定地）と認識している。
ロシアによる実効支配.
国際法において帰属が未定であるにもかかわらず、ロシアが南樺太と北千島の実効支配を継続するとして、千島列島とユーラシア大陸に囲まれているオホーツク海が、ロシア連邦軍の所有する弾道ミサイルを搭載する原子力潜水艦の隠し場所として機能させるためであると指摘されている。「核の聖域」または「戦略原子力潜水艦の聖域」と通称されている。この指摘は、北方領土問題にも通ずる背景とされている。
見解.
この問題を解決するにあたっていくつかの見解が展開されている。
主権残存説.
日本による北千島と南樺太の放棄は、条約の当事国であるアメリカ合衆国をはじめとする連合国に対してのみ放棄しただけに過ぎず、条約に調印していないソビエト連邦に対しては、依然として日本の主権が残存するという説。旧社会党などが主張していた。また、日本共産党はカイロ宣言で示された領土不拡大の原則に基づき、平和的に定められた樺太・千島交換条約時代の国境に戻すべきとしており、千島列島全島の返還を求めている
処分権残存説.
条約には明記されていないものの、ソビエト連邦に対して北千島と南樺太を譲渡することを暗に示しているとする説。
無主地先占説.
南樺太と北千島に対する日本の権利が条約によって放棄したとき、その後に連合国のいずれかの国に帰属したわけではないため、主のいない土地となり、誰の土地でもない地域をソビエト連邦が支配したとする説である。
無異論帰属説.
ソビエト連邦は、ヤルタ協定を権原として占有し、ソビエト連邦の憲法上の手続きによりソビエト連邦の領土に編入されているため、国際的な異論がないとする説。
放棄予約説.
条約に書かれている日本による領土の放棄は、あくまでも領土の放棄を予約しているものに過ぎず、放棄するとしても、直ちに連合国が放棄する地域を処理することはできないとする説。
純粋放棄説.