現代の日本に暮らす男子高校生・相良良晴は、ある日突然、戦国時代の濃尾平野に飛ばされてしまう。その世界では今川義元や松平元康、柴田勝家といった戦国武将たちが男ではなく、美少女の姿で存在しており、その上、尾張国の主である織田信長は織田信奈という名前だった。
良晴は、不慮の死を遂げてしまった木下藤吉郎の遺志を継いで信奈に仕えることにした。信奈がもし良晴の知る戦国大名・織田信長とおなじ運命をたどるとしたら、弟・信勝の暗殺を皮切りに残虐な行動を繰り返し、天下統一を目前に家臣・明智光秀の謀反によって本能寺で殺害されてしまう。強烈な個性と進歩的な発想を持つ美少女・信奈に魅せられた良晴は、彼女の運命を変えるために、この戦国の世にとどまって共に生きることを誓う。
現代日本の歴史ゲームに浸ってきた良晴は、ゲームで得た歴史知識を駆使して、信奈の前にある暗い未来を変えていこうとする。しかしそれは困難な道のりだった。敵対する勢力との抗争が激しさを増すにつれ、織田家はしばしば窮地に陥り、信奈やその家臣団の生命が危険にさらされる。良晴が特に信頼を寄せる忍びの蜂須賀五右衛門と軍師の竹中半兵衛・黒田官兵衛には本能寺の変のことを打ち明け、力をあわせて未来を変えようとするが、困難な道は続く。
良晴は現代では全くモテなかったのだが、どういうわけかこの戦国の世界では女性に人気である。信奈とは早期に相思相愛になったものの、ふたりの間にある身分の壁や、信奈の素直でない性格などが障害となって、なかなか関係が進展しない。そうこうしているうちに、ほかの女性武将がつぎつぎと良晴に想いを寄せるようになる。良晴も、極度の女好きという性質から、危機に陥った女性に対しては、たとえ敵方であってもその命を救うことに全力を挙げてしまう。大坂の合戦で記憶を失った際には、毛利家の小早川隆景に拾われて恋に落ち、敵方であるはずの毛利家に仕えて信奈と戦った。後先を考えない良晴の行動の結果、東北から九州にいたる多数の有力大名が良晴を奪いあう展開となる。織田家も例外ではなく、良晴への愛を隠さなくなった重臣・光秀と信奈との対立が、家中の結束に陰を落とす。