平安時代には蔵人所の設置によって女官が担当してきた分職務も男性官人が行うようになり、また天皇が直接参加しない政務や儀礼の場の増加に伴って天皇に随って政務や儀礼に参加してきた女官の役目も減少したことにより、後宮十二司は機能が縮小して最終的には内侍所へと統合されることになる。しかし、天皇の食事や私的な祭祀への奉仕は女官が勤めるものという考え方がその後も残っており、女官の制度がその後も続いた背景であるとみられている。
なお、后妃や天皇に仕えた「女房」が「女性官人」だったかどうかは結論が出ていない。多数の女房がすべて女官除目で女性官人として叙位任官を受けていたことを示す記録はなく、后妃が私的に主従関係を結んだ女性であったと考えるのが一般的である。天皇についても、南北朝時代以降は、天皇の生母を例外として叙位任官を受けることはなくなり、后妃を立てることもなくなったため、多くの女房が天皇の側室を兼ねている状態だった。
一方で、江戸時代には女官全体を指して「女中」「女房」と呼ぶ用例もあり実際の使用に関しては互換性があったと考えられ、また武家（将軍家や大名家）の奥に仕える女性については「女中」の呼称が一般的である事から、日本近世史の学術用語として公武を問わず「奥」に仕える女性という共通の位置づけを前提として、朝廷に仕える女性に対しても「女官」に代わって「女中」を使うケースが見られる（この場合の「女中」には女官制度の枠に含まれない禁裏や院に仕える女性達も含まれている）。
明治時代末期の天皇・皇后付女官.
明治時代の女官には他に葉室光子（典侍）、橋本夏子（典侍）、四辻清子（典侍）や、下田歌子（士族出身の初の女官）、税所敦子、鍋島栄子（結婚前）、松平信子（通弁）、壬生広子（掌侍）、中川栄子（掌侍待遇）、六角章子（権掌侍）、堀川武子（命婦）、吉田愛（権命婦）などがいた。皇后宮職も参照。
現在の皇室の女官.
現在、宮内庁の職員で「女官」に相当する職掌は以下のものがある。いずれも特別職の公務員である。
また、上記以外に皇室費の内廷費をもって天皇家に直接雇用されている非公務員の「女官」に相当する職掌として以下のものがある。