儀式を受ける者はまず、覆面して投花（とうげ）を行う。次に『瑜祇経』が説く三十七尊の「三昧耶形」（さんまやぎょう）と二十二種の「種子」（しゅじ）を、特定の手順で「観想」する。三昧耶形とは、密教の崇拝対象を、金剛杵（こんごうしょ、図像で後醍醐が握っている道具）などの祭器の形で表したシンボルのことである。種子とは、崇拝対象を梵字（悉曇文字）で表したシンボルである。観想とは、これらのシンボルを心の中で描く儀式である。したがって、儀式に臨むには密教を熟知している必要がある。この儀式を成功させることで、師から印明（いんみょう、手指と言葉による真理のシンボル）を授かることができる。
中世は瑜祇灌頂が比較的多く行われた時代であるが、それでも選ばれた者にしか授けられない灌頂だった。後醍醐天皇は既に伝法灌頂（阿闍梨（あじゃり）の地位、つまり独自の弟子を取ることが可能な地位になる灌頂）という高い灌頂を受けているが、瑜祇灌頂にはそれ以上の価値があったと思われる。世俗身分で治天の君の地位にある後醍醐天皇が授かったというのは、例外的な事例である。ただ、例外的ではあるものの、後醍醐は道順・栄海・性円らから灌頂を受け、文観からは印可・仁王経秘宝・両部伝法灌頂といったものまで授けられているので、熟練の僧侶と同格の修行はこなしてきている。したがって、正しい段階は踏んでいるため、流れとしては自然であるという。
金剛薩埵との一体化.
図像の後醍醐天皇は、右手に金剛杵（こんごうしょ、煩悩打破の象徴）、左手に金剛鈴（こんごうれい、諸尊の注意を引き歓喜させる法具）を持つ。この図像では特に、きっさきが五つに分かれた五鈷杵（ごこしょ）と五鈷鈴（ごこれい）であり、五智五仏（大日如来の五種の智慧）の表象である。また、八葉蓮華（はちようれんげ、「胎蔵界曼荼羅」という図様で大日如来が座す蓮）を敷いた座具の上に座っている。