小御所・小寝殿で建築構造の変化が始まる鎌倉時代後半以降も、寝殿ではかろうじて「母屋・庇の構造」を一部に維持してはいる。ただしそれは寝殿のハレ面、南半分においてであり、寝殿の北側にははっきりとした変化が見られるようになる。以下オレンジと黄色が母屋・庇構造を残している部分である。
室町殿・寝殿： 
室町殿の寝殿はもはや「間面記法」では表現出来ない。母屋の北は梁間が三間もある。その梁間三間には内側に柱の無い部分の方が多い。奈良時代以来の「母屋・庇の構造」「側柱と入側柱」により、屋根の小屋組を支える構造では無くなっている。
つまり小御所は新技法で建てるが寝殿は旧来技法というのではなしに、屋根の小屋組を支える架構自体は寝殿においても新技法が採用されており、南半分での母屋と庇は単に儀式空間としてレイアウトされているだけで、屋根を支える構造とは何の関係もない。
応永度内裏の清涼殿： は応永度土御門東洞院内裏の清涼殿である。同じような傾向はこの前の建武度寝殿、この後の康正度内裏の清涼殿にも見られる。清涼殿は東がハレだが、その東面だけに母屋・庇のレイアウトを残す。この応永度内裏の清涼殿は七間四方の正方形であり、その内東面の母屋・庇のレイアウトは三間と半分以下である。西側四間は母屋・庇とは全く関係無しにレイアウトされている。
なお、僧の屋敷を寝殿造の中であつかうのは、この当時の門跡は天皇や摂関家の子弟、院家も公卿の子弟であり、貴族社会の一員であるからである。現に「海人藻芥」には大臣の屋敷、公卿の屋敷について例えば四足門を建てられるかどうかなど屋敷の格式のきまりがしるされているが、法親王家の門跡は大臣邸と同じ格で、院家は公卿の邸の格式と同じとある。
小規模邸宅の伏見殿.
貞成親王が、まだ少年だった子の後花園天皇に読ませるために書いた『椿葉記』にはこうある。
 次の年六月に伏見へ還御なる、いまはもとの御所もなし、御座あるへき所なくて、故三位局〈杉殿と申〉里にて宝厳院と申比丘尼所になされたる所を、まつ御所になさる、狭少不思議なる草庵のかりそめなからいまに御所にであるなり。
応仁の乱.
室町期の公卿の屋敷.