アイヌの歴史（アイヌのれきし）では、アイヌ民族の歴史を解説する。歴史区分についてはアイヌ史の時代区分、本州側の歴史上のアイヌ観については蝦夷も参照のこと。
その一方で、アイヌ文化は何時まで遡れるのかという歴史上の問いがある。アイヌ文化には古くから狩猟採集というイメージがあるが、考古学的な研究により交易を中心とした文化と捉え直されるようになった。北海道は古代から周辺地域との交易・交流を通して広域的な文化が接触する領域であった。アイヌはその交易を担っていく中で、周辺地域の文化を選択的に吸収・翻案して独自の文化を形成してきた。アイヌの歴史は、そうした地政的な環境に加えて北海道の自然に根差して生成された独自の文化・民族の変容の過程と言い換えることができる。それゆえアイヌの歴史の解明には考古学的な研究に加えて、本州以南および北東アジア世界との相互依存的・広域的な歴史との関連付けと、北海道の自然環境と生物相も考慮する必要がある。
旧石器時代.
いっぽうで大陸産の石や琥珀を使った装身具や、鉱物性の顔料には大陸の影響もうかがえる。
縄文時代.
縄文晩期に至ると周堤墓は造られなくなり、多数の副葬品が出土する首長墓が現れる。それらの副葬品には実用に向かない形だけを整えた製品が含まれていることが特徴で、それらは集落の住民から首長墓へのお供え物だと考えられている。
また道内から出土する糸魚川のヒスイ、八戸市是川中井遺跡の漆から検出された道産の硫化水銀、道内で出土するイノシシの骨などから、本州との交易および祭祀等の信仰・思想の共有があったと考えられている。
続縄文時代.
続縄文前期.
土器は道南で弥生土器の影響を受けた恵山式土器、道央では恵山式土器の影響を受けた江太式土器が見られる一方で、道北や道東では弥生土器の影響を受けない興津式・下田ノ沢式などが分布する。土器の分布と共通するのが装身具で、道南や道央では貝製白玉や本州産碧玉が好まれるが、道北や道東ではサハリン産の琥珀玉が多い。
続縄文後期.
この頃から続縄文社会に対外交易を意識した特定の生産活動の集約化が見られるようになり、近世アイヌ文化期まで継続する交易文化が形成されつつあったと考えられる。続縄文時代後期でも集団間に序列はなく、水平的なネットワークを形成していたと考えられている。
オホーツク文化期.
擦文時代.