先進国、発展途上国を問わず、商業的農業、食品産業のあらゆる段階で目立った額の食品ロスが発生する可能性がある。自給自足的な農業では廃棄物の量は不明ではあるもの、その発生はごく限られた段階においてであり、生じたとしても食べられなかった食品は再び栽培に回されるので、グローバル市場の需要とは対照的に、総じて微々たるものである可能性が高い。それでも、発展途上国、特にアフリカ諸国では、食品ロスの正確な性質について議論されているにもかかわらず、農場で保管中に生ずる食品ロスが多い可能性がある。
世界で最も多様かつ豊かな食料供給を誇るアメリカ合衆国の食品産業を調査した結果、食品ロスは食料生産のごく最初の段階で発生していることが判明した。植栽の段階で既に害虫の蔓延や厳しい気候等に晒されて、収穫以前に多くの食料が損なわれている。気温や降水といった自然の力が作物成長の主要因である限りは、これらによる損失もまたあらゆる形態の屋外農業が経験しうることなのである。また、収穫段階における農業機械の使用も、食品ロスを生み出す原因となっている。熟した作物とそうでない作物を識別することができず、あるいは作物の一部だけを集めるということができないためである。経済的要因としては、品質や見た目などの規制や基準が食品ロスを生み出す元となっている 。農家は選択的に収穫を行い、農場には標準化されていない食糧を残すことを好む（それが肥料や飼料として利用可能な場合）。そうしなければ、それらはのちに廃棄されるだけだからである。都市部においては、果実やナッツのなる木は、それが食用でないとみなされるか、汚染されたものであるというおそれがあるためなのか、いずれかの理由でしばしば収穫されずに捨て置かれる。都市部における果実が消費者にとって安全であるという調査結果が示されているにもかかわらず、である。
加工.
。こうした条件は害虫や微生物の生殖を促すからである。極端な温度や湿り気、微生物の作用によって損なわれる作物の栄養価、カロリー、食用性は食品ロスの原因ともなる 
が、こうした「定質的な損失」は定量的なそれよりも評価が難しい 。食料の取り扱い、あるいは重量・体積の収縮によっては、さらなる損失が発生する。