平安末期には甲斐源氏一族が進出し、西郡には加賀美遠光の一族が土着する。中でも遠光の子・光朝は南アルプス市秋山を本拠とし、大井荘を本拠としていたと考えられている。鎌倉時代には加賀美・秋山両氏は没落し、代わって大井荘では橘姓大井氏が出現する。
南北朝時代には甲斐国守護・武田信武の子である信明が大井荘に進出し、大井氏（武田大井氏）を称して有力国人となる。大井氏は鮎沢や荊沢を本拠に西郡一帯に勢力を及ぼした。荊沢（ばらさわ）には市も成立する。
戦国時代には大井信達・信業親子が駿河国の今川氏と結び甲斐守護・武田信虎と敵対するが、後に武田氏に臣従して家臣団となる。大師の付近には南アルプス市戸田の富田城や南アルプス市鮎沢の古長禅寺など、大井氏に関係する史跡が多く分布する。
発掘調査と検出遺構・出土遺物.
出土遺物はかわらけ等の土器類のほか国産や中国産の陶磁器、刀子や鏃などの金属器や銭貨のほか、大量の木製品が出土している。有機遺物ではⅠ区から～Ⅳ区で弥生時代と鎌倉時代の動物遺体が出土しているほか、骨角器では弥生時代のイノシシ犬歯製の牙鏃が出土している。
木製品では漆椀や箸、曲物や下駄、草履や櫛、扇子などの日用品や装身具、水田の畦畔に差し込まれる斎串や人形（形代）、呪符などの祭祀・呪術具、同時代の絵画資料に見られ建築材と考えられている網代などが出土している。Ⅳ区からは荷札と考えられている鎌倉時代の木簡一点が出土している。
Ⅳ区から出土した大量の斎串はモモ核や獣骨とともに出土している。Ⅱ区の祭祀遺構からも大量の斎串とモモ核・獣骨が出土しており、これらは雨乞いの祭祀に伴うものである可能性が考えられている。
大師東丹保遺跡のⅠ区・Ⅱ区・Ⅲ区の第二面からは、弥生時代後期から弥生末期・古墳時代初頭にかけて発生した地震により生じたと考えられている地割れ・噴砂跡も検出されている。この地震は南海地震もしくはそれに伴う東海地震によるものであると考えられており、徳島県の黒谷川宮ノ前遺跡においても、弥生Ⅱ期の水田面から噴砂跡が検出されている。大師東丹保遺跡の近在では、油田遺跡においても同様に地震跡が検出されている。
出土遺物は山梨県立考古博物館に所蔵されており、網代や下駄などの出土遺物は保存処理が施され、常設展示されている。
大師東丹保遺跡の動物遺体.