プレイ面では垂直に高くジャンプする「ブーストジャンプ」、ジャンプ中に横にステップする「ブーストスライド」、空中から落下攻撃を仕掛ける「ブーストスラム」が新しく登場した。
ストーリー.
それから時は流れ、新たな左腕を手に入れたミッチェルはギデオンやジョーカーらと共に訓練に明け暮れていた。
アトラス社と軍の協力によって首相は救出されたが、KVAの真の狙いは一緒に拘束されていた技術者だった。技術者がバンに乗せられて連れ去られた事実を知ったミッチェルらは人質の奪還に動く。
追跡の末 水中に沈んだバンから人質を回収することに成功したが、KVAが技術者を狙った理由は最後まで謎のままだった。
KVAリーダーのハデスによって「人類をテクノロジーという癌から解放する」という声明が発せられた。その直後、ワシントン州シアトルにある原子力発電所がKVAの襲撃を受ける。彼等の目的は発電所でメルトダウンを起こす事。ミッチェル達はそれを阻止すべく発電所に向かう。
シアトルの発電所への攻撃を皮切りに東京やマドリードなど西欧各国にある原子力発電所も次々に破壊されていった。
ミッチェル達は放棄されて廃墟と化したデトロイトの街を訪れる。ハデスの右腕であるピエール・ダノワ博士がこの街に身を潜めているという情報を掴んだからだ。ハデスの居場所を突き止めるべく、ミッチェル達はホバーバイクに乗って博士が所在する場所に赴いた。途中で謎の透明部隊に助けられながらも、博士の拿捕に成功する。
アトラス社のイロナがダノワ博士を尋問して得た情報により、ハデスがギリシャのサントリーニでの会合に出席する事を突き止めた。今度こそハデスを抹殺するべく、アトラス隊員達は現地に入り、ミッチェルとイロナは夫婦を装って市街地に潜入する。
透明化されたドローンを使ってハデスを殺害したかに思えたが、その男は影武者で本物のハデスはいまだサントリーニで生きていた。イロナとミッチェルは街中で民間人を巻き込んだ凄絶な銃撃戦を繰り広げながらハデスに迫って行く。
ようやく戦いが終わったという安堵もつかの間、ハデスが死に際に残したホログラム・データによってミッチェル達は、アイアンズが事前に核汚染テロを知っていて私腹を肥やすために見過ごしていたという衝撃の事実を知る。