律令制下で天皇は太政官組織に依拠し、実体的な権力を振るったが、この政治形態は法令に則っていたため、比較的安定したものだった。主要な政策事項の実施には、天皇の裁可が必要とされており、天皇の重要性が確保されていた。
元明天皇の時代には平城京に遷都した（以降、平安遷都まで奈良時代）。
奈良時代の皇位継承は、「天武天皇‐草壁皇子‐文武天皇‐首皇子（聖武天皇）」という直系皇位継承による既定路線がありそれを補佐するために中継ぎの女帝（女性天皇）が即位した（持統、元明、元正）。聖武天皇の娘である阿倍野内親王が孝謙天皇として即位し、のち重祚して称徳天皇となると仏教に傾倒し僧道鏡を重用して宇佐八幡神託事件を起こした。『続日本紀』は称徳天皇について「道鏡に乗ぜられ、財政難をまねき刑罰も厳しくなりみだりに人を殺した」と酷評している。
称徳天皇が没すると藤原永手らは天智天皇の孫であり、聖武天皇の娘である井上内親王を妻にしていた皇親（皇族）長老の白壁王を即位させた（光仁天皇）。これを受けて井上内親王は一旦皇后についたが後、子の他戸親王とともに幽閉されてその後おそらく暗殺された。
新しい皇太子には白壁王と百済系の和新笠の間に生まれた山部皇子（のち桓武天皇）が立てられたことにより、女帝をを介して＜天武‐草壁‐文武‐聖武＞と伝えられた天武系の皇統はここに断絶し天智系の皇統に移った。
平安時代と摂関政治.
摂関政治の成立の背景には、国内外の脅威がなくなったことにともなって政治運営が安定化し、政治の中心が儀式運営や人事などへ移行していったことにある。そのため、藤原北家（摂関家）が天皇の統治権を代行することが可能となったと考えられる。また、摂関家の権力の源泉としては、摂関家が天皇の外祖父（母方の祖父）としての地位を確保し続けたことにあるとされている。
また文徳天皇以降は天皇は京外に出なくなり、摂関政治が始まるころになると天皇は内裏からもほとんど出なくなり、平安宮内の八省院や中和院にいく時でさえ「行幸」と呼ばれるようになり、天皇は官僚群に囲まれ、人前には出ない存在となっていった。