農作物への害が知られるようになったのは近年のことである。被害を受ける作物としてはウリ科のもの、キュウリ、メロン、カボチャ、スイカなどで、他にナスが加害されることもある。被害を受けるのは作物が苗の期間で、新芽や若葉から吸汁される。被害部位では多数の小さな穴や白黄色の小さな斑点が生じ、葉や花芽が欠損する。発生源は植物そのものではなく、根元の土壌に切りワラをすき込んだり、油かすや敷き藁をした場合にそれらでダニが発生し、それが植物体に移動して被害を与える。これらの有機物が分解する過程で発生が多く、完全に分解するとその密度は低下する。
室内での繁殖.
屋内の畳や床の埃の中にも普通に見られる。特に新築家屋によく発生する。畳はその芯のイネワラが発生源となり、半乾きのワラを使うと半年程度で発生が見られるようになる。特にコンクリートに敷かれた畳は繁殖にとって至適とも言える条件となる。ワラそのものがダニの栄養源となり、刈り取られたものが乾燥にかけられる段階で既に繁殖が始まる。畳の内部ではそれ以外にカビの胞子や埃などが栄養源として供給され、また畳の保水性、吸湿性、それにダニの隠れ家としての間隙が多数存在する構造などがダニの繁殖にとって極めてよい環境を作り上げており、畳の縁に白い粉が動いているのが見えるほどに繁殖することがある。
なお、このようなことを日本の家屋の変化と結びつける考え方もある。本来の日本家屋はとても風通しよく作られており、畳も適度に乾燥させられていたものが、近年は遙かに密閉性が高くなり、そのために畳をダニの棲みやすいものにした、という指摘である。
人体への影響.
ケナガコナダニそのものには人体への悪影響を与える性質はない。血を吸うこともないし、毒成分を持ってもいない。食物には知らない間に繁殖することが多々あり、無自覚に口にする例も多いと思われるが、それによって人体に悪影響を与えてはいないと思われる。ただし本種が体内から検出される人体内ダニ症の原因となった例がある。もっとも症状があってダニが検出されることはあるが、ダニと症状との因果関係は明らかではない。