本件運転士が虚偽報告を求める車内電話をかけたこと及び注意が運転からそれたことについては、インシデント等を発生させた運転士にペナルティであると受け取られることのある日勤教育又は懲戒処分等を行い、その報告を怠り又は虚偽報告を行った運転士にはより厳しい日勤教育又は懲戒処分等を行うという同社の運転士管理方法が関与した可能性が考えられる。 　
同社は、次の措置を講ずるべきである。
 列車脱線事故が発生した場合に事故現場付近を原則として速やかに停電させることなど、列車脱線事故発生時等における最も安全と考えられる対応方法を定めたマニュアルを整備するなどして、どのような状況においても人命の安全を最優先とした運行管理を行うよう改めるべきである。 
 曲線標等の標識類について、確実かつ容易に認識されるよう、改善、充実するべきである。
列車速度超過説（事故報告書、通説）.
当初疑われた原因.
事故発生当初は、下記のように種々の原因が疑われた。しかし、最終報告書ではそれを裏付ける傍証は明示されなかった。
非常ブレーキ説.
カーブ通過中に運転士が非常ブレーキをかけて車輪が滑走した場合、車輪フランジの機能が低下して脱線に至る可能性が大きいという説があり、当初、非常ブレーキを動作させなければ脱線および横転の可能性は少なかったと言われた。のちの解析の結果、運転士はカーブ進入後、車体が傾きだしていたにもかかわらず常用ブレーキを使用していたことが判明。非常ブレーキは脱線・衝突の衝撃で連結器が破損したことによって作動していた。
乗用車衝突説.
線路置石説.
また、事故後しばらく、模倣とみられる置石事件で逮捕される者が相次いだ。
事故の間接的要因.
同事故においては以下のような多くの問題が指摘された。
JR西日本の経営姿勢が抱える問題.
国鉄時代から並行する阪急電鉄などの関西私鉄各社との激しい競争にさらされており、その影響からか、民営化後のJR西日本にも競合する私鉄各社への対抗意識が強かったとされる。私鉄各社との競争に打ち勝つことを意識するあまり、スピードアップや停止時間の短縮による所要時間短縮や運転本数増加など、目前のサービスや利益を優先し、安全対策を疎かにしていたと考えられる。