すでに他のトレーナーにゲットされているポケモンにモンスターボール（たとえ、ポケモンを確実に捕獲出来るマスターボールであっても）を投げると「人のものを盗ったら泥棒」という事で弾かれてしまう。弾かれたボールは、どんなボールでも失われる（アニメ版を除く。『ダイヤモンド・パール』で初めて失われなくなった）。なお、アニメ版ではすでに誰かが捕獲済みのポケモンがボールで捕獲出来ない（投げつけてぶつかっても機能しない）という描写があり、単にトレーナーが妨害しているだけはなくポケモン自体にも何かしらの処置がかかっているようである。しかし、それを可能にするのが『コロシアム』や『ポケモンXD』で使用される「スナッチマシン」である。詳細は下記のスナッチボールを参照。
『ルビー・サファイア』以降では、捕獲に使用したボールの種類がポケモンごとに記録される。バトルに出たときの画面効果もボールによって異なるので、プレイヤーによってはボール自体の性能を度外視し、自らのこだわりでボールを選ぶ者も多い。
捕まえても、ポケモンを意のままに操れるわけではなく、
『プラチナ』のアカギの手記には、伝説のポケモンをボールで捕らえても神話に伝わる真の力を発揮させることはできないと記載されており、
『ブラック・ホワイト』では、シャガがポケモンの気持ちまでは縛る事は出来ず、ポケモンが人との関係を望まなければ自ら去る事も出来ると述べている。
『ポケットモンスターSPECIAL』での設定.
『ポケットモンスターSPECIAL』では、アニメで見られるようなボールが拡大・縮小する機能はなく、常に同じ大きさのままで携帯・使用しているとみられ、ボールの上半分は透けていて中にいるポケモンが外の様子を見たり、外部から中のポケモンの様子を見る事が可能。捕獲の時は当てどころも重要とされており、ポケモンの体の中で生命エネルギーが集中しているツボを正確にとらえた時にボールは真の力を発揮するとされている。