戦後間もなくできた秘密結社スサノオの桜に匿われることとなった鳥尾は、彼らの毒殺実験に関わり、不本意ながら大量虐殺に加担する日々を過ごしていた。一連の事件に鳥尾が関わっていることや、スサノオの桜の存在を掴んだ黒河内は、これが戦後間もない頃に起こった怪事件・照銀事件の再現だと気づく。清家は黒河内の介在もあり、公安でも特に警察内部を調査する通称「ピンク」に配属され、スサノオの桜や照銀事件について調べ始める。
清家は内通者のボビー海部などを通し、スサノオの桜が憲法改正などを目論んで、某アジアの大国が国会を襲撃するというシナリオの大規模テロを計画しているとわかる。公安を中心に警察はテロの主犯と思わしき中国人の男・林伊健をマークするが、黒河内は林は囮で、真の計画は別にあると推測する。やがて黒河内は、スサノオが行おうとしていることが、特殊な飲料を使った国会議員の大量毒殺と新幹線テロだと気づく。黒河内は、緑川や野中を現場復帰させテロ防止を目論み、最小限の被害に押さえ込むものの、緑川が殉職してしまう。
スサノオの桜の首領・桜木がイタリアへ高飛びし、事後を幹部の灰田に任せる。また、鳥尾は偶然から桜木に裏切り者と誤解されてしまい、彼らに命を狙われ始めたことで、改めて自身の信条に向き合い、逆に桜木や灰田の命を狙い始める。一方、黒河内はクレジットカードの不正引き出し事件の出し子の捜査を担当することになり、新しい部下・浅黄と共に行動する。出し子グループの中心核は実は桜木の孫であり、黒河内はそこから桜木に迫ろうとする。
鳥尾は灰田を襲うものの、返り討ちに遭い致命傷を負うが、予め仕掛けていた爆弾で灰田を爆死させ、黒河内に情報を託して息を引き取る。間もなく桜木は灰田以外のテロの実行犯達を謀殺して帰国を果たすが、黒河内は鳥尾が桜木邸に残した爆弾を再起動させて、彼を爆死させる。
一方、黒河内と清家は沢渡の正体について調査し、どこかの国の破壊工作員と予想するが、ただ純粋な悪としか言えない人物像に謎は深まっていく。そんな折、警察では警察内警察「グレイ」が発足され、担当で正義感の強い白雪警視は黒河内を追い詰めようとしていた。清家は白雪よりグレイへの参加を切望され、黒河内との関係から渋るが、白雪が清家文吾殺しの真相を茜屋長官に公表させたため、最終的にグレイに入ることを決める。