主な収入源は主催行事の開催、外部への講師派遣、行政からの受託事業、旅行代理店等との提携等である。主催（自主）事業は主催者の思いや考え方を具現化していけるが、広報、募集・営業活動、受付、実施運営といった全てのプロセス、作業を自力でやらねばならず、手間がかかる割にあまり利益率は高くない。講師派遣も収益性は高くない。指導のノウハウや経験が生かせ、かつ収益性の高いものは受託、提携事業であり、民間独立自営型の自然学校はこうした多様な収入源を組み合わせて経営を成立させている 。
他の分野のNPO活動と同様に、民間独立自営型の自然学校は経営基盤、組織力、資金力、社会的認知などが乏しいなかで活動をスタートさせているケースがほとんどであり、経営基盤やマネジメント・システムを築いている自然学校はまだ少数である。自然学校全体としても経営力水準の向上は今後の大きな課題である 。
自然学校の「指導者」とその専門性.
「自然体験学習の専門家組織」として自然学校をとらえた場合に、その専門性が発揮されている要素として次のようなものが挙げられる。
「自然のことをよく知っている」「野外技術に精通している」という領域にとどまらず、社会や地域の諸課題に対して具体的に解決策を提示していける総合的スキルを身につけてきた専門家組織であるといえる。
自然学校の設立、運営主体.
自然学校の設立、運営主体は単に公立や民営というような分け方にとどまらず、成り立ちや運営の仕方を含めて極めて多様である。
①民間（独立）型.
一人、もしくはグループによって資金・労力を持ち寄って起業、設立された自然学校である。個人事業の規模からスタートして次第に規模を拡大し、現在では法人化して数億円規模の売り上げとなっている自然学校もある。
【代表例】「ホールアース自然学校」、「国際自然大学校」、「NPO法人ねおす」
②民間（部門）型.
まず経営母体があり、その一部門として起業、運営されている自然学校である。旅行代理業、出版業、宿泊施設、学習塾、テレビ局、NPOなど営利非営利はさまざまであるが、本業と関連している場合が多く、また事業部形式で運営されているケースが多い。
③民間（ボランティア主体）型.
施設や専従スタッフをもたず、非営利で市民のボランティアを主体に運営されている自然学校である。