多神教に基づくとはいえ、この国独自の特徴があるとすれば、「道具や言葉、吐息にまですべてに命が宿る」という考え方であり、例えば針供養、道具塚・言霊・息吹という表現に表れており、また侵略してきた敵さえも祀るという考え方（例えば蒙古塚）もある。
遠くインドを起源とする「仏教・密教」 を大陸から受け入れて、独自の仏教・密教文化を定着させてきた。さまざまな伝統や慣習のうちには仏教を起源とするものも多く見られ、古来の神道と相互に影響しあいながら日本の信仰や文化の基盤を形作ってきた。また、ヒンドゥー教は、ほとんど直接には日本に伝わっては居ないが、仏教・密教に多大な影響を与えているので、日本の仏教や神道においてヒンドゥー教由来の神々が存在し文化的影響がある。
他の東アジア諸国と同様に「儒教」 や「道教」も受け入れたが、その影響は中国や朝鮮半島ほどではない。儒教は寄親・寄子の制度や、戸主や家督制度などの社会制度に影響を及ぼしている。道教は、そのものより陰陽五行や八卦や宿曜道などが奈良時代から平安時代に隆盛を極め、陰陽師の台頭と共に現在もその思想が風俗となって受け継がれているが、儒教と同様に日本独自のものに変化している。具体的な例としては、干支や家紋の九曜やちらし寿司の四色や五色の彩などが陰陽五行に基づいている。武道も神道が基軸となり、それに儒教や道教や禅宗などが加わって修練による開眼精神と哲学を持った芸になったといわれる。