海事法では、船の状態がどのようなものであっても船主の責任が最優先されるので、船を放棄することはサルベージの権利の性質を含めて法的な結果をもたらす。従って、船が遭難したときに、船長が船を放棄して避難したとしても、船長が不在の間の出来事についても船長は一般的に責任を負うことになり、船の危険性が容認されるまでは船に戻らざるを得ない。
大日本帝国海軍においては、撃沈された艦から生還した艦長はその多くが予備役に回されたり、左遷されるなど厳しい処分を受けた。例としては、空母赤城の青木泰二郎大佐、戦艦比叡の西田正雄大佐と同艦に将旗を掲げていた阿部弘毅少将（第十一戦隊司令官）などがある。このこともあり、多くの大型艦の艦長は船と共に沈まざるを得なかった。
例外もある。日露戦争では、戦艦八島が機雷で沈没した際、八島艦長坂本一大佐は特に処分を受けていない。比叡と同じ海戦で沈没した戦艦霧島艦長の岩淵三次大佐や、マリアナ沖海戦で沈没した空母大鳳艦長の菊池朝三大佐と空母翔鶴艦長の松原博大佐は、特に処分をうけていない。
杉野修一大佐（第二回旅順口閉塞作戦で戦死した杉野孫七の長男）は、軽巡球磨沈没後に空母大鷹艦長となり、大鷹沈没後後に戦艦長門艦長となった。
ガダルカナル島の戦いで沈没した重巡加古艦長の高橋雄次大佐は沈没後に重巡鈴谷艦長へ栄転、重巡古鷹艦長の荒木伝大佐は沈没後に重巡愛宕艦長に任命された。小型艦艇の駆逐艦では、夕立沈没時の吉川潔中佐など、沈没後も新たな艦をまかされる事例は多い。 
反対の例.
船長は、船と共に沈んで死ぬよりも、船を自沈させて危険から逃れることを選ぶ場合もある。この選択は通常、損傷によって船の乗客や乗員の大部分が直ちに危険にさらされることがない場合にのみ可能である。遭難信号が成功し、乗組員や乗客、船の貨物などが救出された場合、その船はサルベージする価値がなく、沈没させられることになる。また、プエブロ号事件のように、敵の軍事組織に船舶が拿捕され調査されるのを防ぐために、遭難した船を破壊する場合もある。また、貨物として運んでいる商品や軍需品を相手側に捕獲されるのを防ぐために破壊する場合もある。
また、船長が自分の身を守るために、乗組員や船舶、その任務を犠牲にする場合もある。船の指揮の責任を回避することにより、通常、船長は法的・刑事的・社会的な罰を受けることになる。