原始生命体は炭素源として何を利用していたのかということも争点になっている。この点は生命の起源の項でも指摘済みである（従属栄養および独立栄養の詳細については栄養的分類を参照）。簡単に書いておくと
原始地球のエネルギーの出所を考えると地球内部からの熱エネルギー、火花放電、ガスの放出などがあげられるが、この全てがこの論争のよりどころになっているためどちらが先に登場したかという点については意見が分かれるところである。一方、生物進化の観点から見ると系統樹上、根が深い生物群はそのほとんどが化学合成独立栄養的に生育し、好熱性を示すという結果が出ている。
ゲノムサイズ.
原始生命体のゲノムサイズを考えるということは、そのまま『生命とは何か』という命題への証明に他ならない。つまり生命の有する最小のゲノムを考えるということである。原始生命体が『最小のゲノム』を有していたと決め付けるには早計といわざるを得ないが、系統樹上、根の深い生物群のゲノムは小さい傾向にある。
進化.
原始生命体の進化速度を考える上で、以下の点について考える。
原始海洋中で生命は発生したとすれば、生命誕生当時紫外線や宇宙線をさえぎるバリアーはほとんど存在しなかったと考えてよい。したがって変異原の存在は申し分なかったと考えても良い。
自己複製の際にゲノムの変異が入ることは、微生物の世界ではよくあることだが、その頻度はそのまま進化速度の速さに繋がる。古細菌は進化速度が遅いとされているが、DNAポリメラーゼに校正機能が付属している点は見逃せない。それほど複雑なサブユニットを構築できなかったであろう生命誕生当時、DNAポリメラーゼの機能は現在のものよりもはるかに劣るものであったかもしれない。
変異修復機能に関しては、全生物が等しく共有する酵素であるフォトリアーゼ（光回復酵素）がその証左となると考えられる。全生物が有する点から原始生命体もフォトリアーゼを有していたと考えられるが、そのことに言及した研究は意外に少ない。