上述のように海上保安庁からの告発を受けた警視庁、そして東京地方検察庁が本件の捜査を担当しているが、警視庁で本件の捜査を担当している部署は、刑事部捜査一課であることが報じられている。捜査一課が担当する犯罪は、殺人、強盗、暴行、傷害、誘拐、立てこもり、強姦、放火などの凶悪犯罪であり、本件で告発されたような犯罪は、国家公務員法違反や業務上横領なら同じ刑事部でも捜査二課、窃盗なら同じ刑事部でも捜査三課、不正アクセス禁止法違反なら生活安全部、さらに政治的な動機による情報漏洩（スパイ）事件なら公安部と、通常なら捜査一課でない別の異なる部署が担当する事案である。本件を警視庁が捜査一課に担当させている理由については、未だ公式な発表が為されていない。
情報保全に関する検討委員会.
内容.
これらの映像により、従来公表されていた「よなくに」および「みずき」以外にも「はてるま」が従事していたことが初めて明らかになった。
また、映像には撮影場所や時刻などの字幕が表示されており、これらの加工はしばしば海上保安庁内にて行われているという。
字幕には撮影者や当該巡視船にいた関係者の名字と思われる固有名詞もたびたびみられる。なお、後に政府が映像を公開した際は個人名は伏せられた。
日本国内の反応・対応.
それまでの政府による情報公開が消極的・限定的であったことに不満を抱く層からは賞賛される一方で、公務員が非公開の機密情報を漏洩したことに対しての批判や危機管理を懸念する声が（数日前には警視庁国際テロ捜査情報流出事件が起きたばかりだったこともあり特に）上がっている。また、映像の公開を渋る政府方針の妥当性や、そもそも機密情報に該当するのかについても賛否両論がある。
与党.