中国に渡った八雲とぱいは三只眼の故郷「聖地」に向かうため、その鍵となる香炉を手に入れようとするが、同じく香炉を狙うトレジャーハンターのマクドナルドと、鬼眼王を崇拝する呪鬼（チョウカイ）一派との三つ巴の争奪戦となる。マクドナルドと共闘し呪鬼一派を退けた八雲達は、途中で出会ったパドマー寺院の僧・ナパルバに導かれ、ついに聖地にたどり着く。しかし聖地は伝説のような華やかな場所ではなく、住む者のいない荒廃した土地であった。
その後、「三只眼」と未だ目を覚まさないパイは養生のため聖地に残り、再び記憶を失った化蛇は「綾小路葉子」として、以前のように東京で普通の女子高生として過ごすこととなる。人知れず葉子を見送った八雲は都会の雑踏の中に消えていった。
八雲と「三只眼」は黄の死を悲しみつつ、来るべき鬼眼王やベナレスとの戦いへの覚悟を新たにする。
ベナレスを倒す手掛かりを掴むため、八雲とパイは綾小路葉子に再会する。葉子は一時ベナレスの部下に操られ八雲達を攻撃するが、途中で化蛇としての記憶と能力を取り戻し仲間となる。さらに、かつてベナレスを封じたという魔道士マドゥライの末裔を探すためイギリスに渡った八雲とパイは、魔道士ベム・マドゥライ本人を見つけ出し、ベナレス攻略のための頭脳として迎える。
一方同じ頃、パイはマドゥライを連れてネパールにある鬼眼水将塚で鬼眼五将の行に臨んでいた。塚守りのココとの一件を経てようやく得た力であったが、その強さは予想を下回っていた。原因を求めて、八雲共々大地の龍脈（ナーガ）に思念体を潜入させた「三只眼」は、自然治癒ができず大地の精を吸い上げる衰えたベナレスの姿を見て、倒すのは今しかないと決断する。
突如、東京にベナレスが現れ、その配下の九頭龍将とハーン・葉子たちは戦うことになる。その危機に駆けつけたのはチベットでベナレスらの動向を待っていた八雲とパイだった。
アマラは単身鬼眼王の元に乗り込む。アマラは八雲に貸していた力を引き上げるが、八雲の精神もまたアマラの元へと運ばれていた。アマラと八雲は協力してベナレスを退けるも鬼眼王に敗北する。八雲は一時、獣魔を失うが、アマラの種を手に入れ不完全ながらも獣魔を取り戻す。一方東京で逃げ延びた人々は合流し、新岩城島要塞を築きローカパーラと交戦する。