日本軍での覚醒剤の使用目的は、当時の医学界の研究成果の通り、「疲労回復」や「眠気解消」や「士気向上」程度を期待されていたものと推定される。それを証明する証言として、戦後の国会での厚生委員会で、厚生省薬務課長が戦中の覚醒剤の製造認可に対する質疑で「ヒロポン等につきましては、特別に製造許可をいたしました当時は、戦争中でありましたので、非常に疲労をいたしますのに対して、急激にこれを回復せしめるという必要がございましたものですから、さのような意味で特別な目的のため許したわけでございます。」と答弁しており、覚せい剤の使用目的は「疲労回復」であったとしている。仕事の能率を高めるなどとして精神科医の方面から宣伝され、夜戦の兵士や、軍需工場の工員に能率向上として半強制的に用いられ、兵役中に味を占める者も出てきた。
戦時中の覚醒剤の服用方法は、戦後の参議院の予算委員会の質疑において厚生省の政府委員によれば「大体、戦争中に陸軍・海軍で使っておりましたのは、全て錠剤でございまして、飛行機乗りとか、或いは軍需工場、軍の工廠等におきまして工員に飲ませておりましたもの、或いは兵隊に飲ましておりましたものはすべて錠剤でございました、今日問題になっておりますような注射薬は殆ど当時なかったと私は記憶しております。」との答弁通り、ほぼ服用であり、効果の強い注射による投与は例外であったとしている。しかし、若年者に市販の安い注射剤が蔓延していたという指摘もある。
また、特攻隊員の恐怖心を失わせるために投与されたと主張する者もいるが、歴史学者吉田裕は、「よく戦後の特攻隊に関する語りの中で、出撃の前に覚醒剤を打って死への恐怖感を和らげて出撃させたんだという語り・証言がたくさんあるんですけれども、これは正確ではないようです。覚醒剤を使っていたのは事実のようです。日本のパイロットは非常に酷使されていて（中略）疲労回復とか夜間の視力の増強ということで覚醒剤を大量に使っていて」と語っていて、とくに海軍では平素から使われていて、恐怖感を和らげるためというのは実際と異なるとの指摘がある。