愛国者法の論争で最も重要な例のひとつは、の判例において示された。あるナイトクラブのオーナーが自宅で麻薬の取引に関わっていたことが彼の車に取り付けられていた法執行機関のGPS追跡装置を通じて分かり、その人物は起訴された。それが取り付けられたのは令状によるものではなく、そのことは裁判において連邦政府の検察官が量刑を要求する際において深刻な障害となった。裁判は数年にわたり、合衆国最高裁判所まで持ち越され、被告に対する有罪判決は覆された。裁判所は愛国者法のような法律が憲法によって保障された容疑者の権利が直接的な危険にさらされ、そのような監視による疑いが高まったと判断した。
一時的に、米国愛国者法は「スネーク・アンド・ピーク 」捜査令状の発布を許可した。
テロリズムへの物質的な支援を規制する法律は、議論の余地があることが証明された。それは電子フロンティア財団により、結社の自由を侵害していると批判された。電子フロンティア財団はこの法律が施行されたのはアパルトヘイト政策が行われていた頃であり、アメリカの市民はアフリカ民族会議（ANC）を支援することができなかったと主張した。電子フロンティア財団はアフリカ民族会議がテロリスト組織として分類されていたと信じている。彼らはまた、イスラエルとパレスチナの紛争により傷ついた子供をどのように救護するかをハマスのメンバーに訓練することができない人道的な活動を行うソーシャルワーカーや、IRAのメンバーに国際法について教えることができない弁護士、効果的な平和交渉や人権侵害を国連へ申請する方法を教えることができない平和維持活動に従事する職員を例にとりあげた。
別の組織、もまた、テロリストに対する「専門家による助言と支援」を禁止する条項に異論を唱え、アメリカ政府に対してそれが違憲であることを明らかにするために訴訟を提起した。彼らの訴訟は成功し、連邦裁判所は、愛国者法が相当の理由がある人が法律に違反しているかどうか予想することができないほどあいまいであると判断した。こうして彼らは、愛国者法がによって保障されているアメリカ市民の権利を侵害し、それを無意味なものにしていることを明らかにした。