主人公・八神隆之は、今も元極道の相棒・海藤正治と共に、神室町で様々な依頼を請け負う探偵業を続けていた。そんなある日、仕事中の八神の元に一本の電話が掛かってくる。電話の主は、かつて神室町で連続猟奇殺人事件を解決した時の協力者であった杉浦文也。杉浦は、同じく八神の協力者であった九十九誠一と共に横浜で探偵事務所を開業したと語り、その事務所で依頼を受けた仕事で八神達に協力を頼みたいという。八神達は仕事を片付けると、その翌日、伊勢佐木異人町にある九十九達の探偵事務所「横浜九十九課」を訪問する。
登場人物.
ガールフレンド.
※はDLC専用キャラ
ユースドラマ.
ミステリー研究会.
ダンス部.
ダンス部員の誰かがパパ活を行っているという噂があり、その女子生徒はカモをその気にさせてお金を巻き上げ、ここぞというタイミングで姿を消すという手口を繰り返し、男達から恨みを買っているという。
ロボット部.
創部以来全く成果を上げられなかったが、転校生の沖手河童夢が入部してからは彼の手腕によって大きく変化した。
異人町でロボットによるひったくり事件が発生しており、天沢は現場付近で拾った特注のボルトから、ロボット部の部員が事件に関与している疑いがあると語る。
暴走族.
品行方正な生徒として知られていた周防のあまりにも極端な変貌ぶりに、天沢は彼の変貌にプロフェッサーが関わっている可能性を疑う。
轟木拳闘ジム.
異人町で「辻殴り」と呼ばれる犯人による通り魔事件が頻発している。狙われるのは質の悪いチンピラばかりで、一方的に決闘を申し入れた上で完膚なきまでに叩きのめしている。
先日の練習試合で三本松がスター級の実力者に圧勝しており、その試合でチートを使用した疑惑がもたれている。
ガールズバー.
ただ、その店員はとても口が堅く、しかも興味のない客は相手にしない気まぐれな性格で知られており、彼女から情報を聞き出すのはかなり難しいという。
スケボーコミュニティ.
誠稜高校の外壁に、突如プロフェッサーのグラフィティが出現した。
カジノ.
そのため会員証を偽造していると思われるが、偽造には高度な偽造技術を持った人間の協力が必要。そのため天沢は、早川の陰にプロフェッサーの存在を疑う。
写真部.
理科準備室を部室として活動している。毎回テーマを決めて写真撮影を行っており、今回は「非行」をテーマにしている。