これらのシステムは「今作のバトルを支える柱になる 様々な面で対となる二つのシステム」として製作されており、「どちらを主軸にするかを意識しないとゲージが溜まらない様にしてEXとアシストの対立をより明確にするため」に本作ではEXゲージの上昇量が前作の半分程度まで減少している。また本作では追撃を行うと行った側のキャラクターはマップ上のEXフォースをすべて吸収する事が出来るがこれは「激突はアシストに、追撃はEXに有効」という意図が組み込まれているためである。
さらに戦術に幅を持たせるためにダッシュアビリティも多数追加され、読み合いの要素を強くするために追撃のモーションも早くなっている がスタッフの間ではこれが本来の追撃のイメージだったとの事。また、本作ではプレイヤーが独自に戦闘時のオリジナルルールを作成し、ダメージの受ける量や吹き飛ばされる距離等を独自に設定する事が出来るようになっている。ストーリーモードではオリジナルルールはひずみによって有効な場合と無効な場合とがある。
上記の変更以外にも様々な点が細かな部分で異なっている。
前作のすれちがい通信を発展させたシステム。前作と同様にすれちがい通信を行えるほか、オリジナルクエストの作成、配信やダウンロードやネットを通じての疑似すれちがい通信、フレンドコードの設定などを行う事が出来る。
オリジナルクエストは前述のオリジナルルールに加え勝利、敗北条件、バトル前の会話テキスト等も作成する事が可能で、製作したクエストはネット上に配信する事ができ、配信されたクエストをダウンロードして挑戦、評価する事も可能で配信されたクエストをクリアすると報酬が獲得できる。なお、クエストクリアの報酬は「報酬目当てでクリアするユーザーが現れるのをなるべく避ける」ために本編でも入手できる物になっている。他のユーザーのフレンドコードを入力する事でそのユーザーが作成したクエストを一気に検索できる他、勝利条件や難易度からの検索も可能。この他公式クエストの配信も行われており、それらは原作作品の紹介やストーリーの補完を中心として作成されている。
その他のシステム.