対能力戦の基本は「一つ、まず自分の生存条件を確保する事」「二つ、安全な位置や条件を保ちつつ、相手の能力や痕跡を観察・分析する事」「三つ、手に入れた情報を基に自分の能力で相手を打破する方法を構築する事」に要約される。能力暴きはマス目に旗を立てて地雷を見つけるゲームのような感覚に近く、命懸けで外堀を埋めてから細部を詰めていくのがセオリー。
なお、能力開発の手法自体は科学技術として確立されているが、能力が生み出す現象の機序の解明、能力の産業分野その他の分野への応用、発現する能力の種類に個人差が生まれる原因の究明などはいまだ研究途上の段階にある。したがって、学園都市における能力開発はそれらの研究のためのいち手段に過ぎない。ある研究によると「霊魂と呼ぶべき何かが能力の宿った肉体そのものに宿る」らしく、身体が切り分けられて小さくなればなるほど能力も弱体化するという法則が発見されている。また、「SYSTEM」が真の目的とされる。
能力者.
能力者とはいっても、能力を有すること以外は通常の学生と同じで一般的な学校生活を送っており、能力を活用した行動は本分ではなく、基本的に能力は成績としての意味しかもたない。ゆえに、日常生活の中で能力を使うことはあっても、喧嘩が常である不良や能力者の治安維持要員である風紀委員などの一部を除く大多数の能力者は能力を使った戦闘は行わず、能力者の軍事利用などもされない。
ただし上記はあくまで表向きであり、暗殺や破壊活動が主な暗部において、暗部所属の能力者はその能力を日常的に戦闘に応用しており、格闘や銃器などの軍事訓練も積んでいる。また能力者のクローンを兵器として製造・運用する量産型能力者計画と呼ばれる計画も存在した。
原石.
学園都市外部において自然に発現した天然の能力者。
強度（レベル）.
レベルのランク分けでは上記の通りだが、それとは別に下記のような概念も存在する。
能力の分類・種別一覧.
この項目では学校側が決めるシンプルなカテゴリや、個人に拠らず複数の者が持つ能力について記述する。念話能力のように同一名称でも原理も同一とは限らない場合が存在する。特定の個人固有の能力については、それを用いる人物の当該項目を参照。
主なカテゴリ.
カテゴリ全体を指す時は「○○系能力」と称される。
魔術サイド関連.
魔術.