途中から加わった大赦から派遣された勇者の三好夏凜とともに友奈たちはバーテックスを全滅させることに成功するが、その際に勇者の力を開放する能力「満開」を使用した友奈・美森・風・樹は自分の身体の一部の機能が失われていることに気付く。大赦は身体機能の喪失は一時的なものだと説明するが、友奈と美森の前に現れた元勇者の1人・乃木園子は、不随となっている自分の身体を示しながら、身体機能の損失は「満開」で力を解放する代償として、隠された能力「散華」で自らの身体機能を供物として神樹に捧げた結果であり、治らないものであると友奈たちに伝える。友達を守れなかった後悔の念をにじませた園子の涙を伴った告白に、友奈たちは愕然とする。これを聞いた風は、大切な存在である樹の声が二度と戻らないこと、自分が友奈たちを戦いに巻き込んだためにこうなったことを痛感し、真実を隠していた大赦への怒りに身を任せて大赦を壊滅させようとするが、友奈は再び「満開」が近い身を挺して風を制止する。過酷な状況や自分を恨まず、まっすぐな思いを明かす樹と友奈に風は号泣する。
バーテックスの一時壊滅を受けて勇者部一同は神樹の勇者としての役目から解放され、戻らないと思われていた身体能力も取り戻していく。しかし友奈だけは戦闘終了後から意識を失ったままになってしまう。勇者部一同は友奈が必ず回復することを信じて文化祭の出し物の演劇を準備し、そんな中で友奈も意識を取り戻す。そして文化祭当日、体調が完全に回復しないまま主役をこなす友奈は最後で立ちくらみを起こして倒れてしまう。しかし、彼女を支えようと勇者部一同が駆け寄る姿に感動した観客たちは勇者部に拍手を送る。こうして、「結城友奈の章」は幕を下ろす。
大満開の章.
防人に最終決戦における勇者の援護の司令が出た。
一方、友奈が天の神のタタリを受けていることを知った夏凜は、壁の外へ赴き天の神に抗議を叫んだ。その際に夏凜は防人と邂逅した。夏凜と芽吹は交戦するが、互いの思いをぶつけ合い和解、夏凜は友奈に謝罪する勇気を得た。しかしその後、友奈が神婚することを知る。
最終決戦において、亜耶と神官は祈祷によりゴールドタワーにエネルギーを充填させ、千景砲を天の神に喰らわせる任務につき、そして防人たちはその護衛を行う。