タマムシシティにあるロケットゲームコーナーはロケット団が経営している店である。隠し階段により入れる地下は彼らの基地となっている。主人公はこの基地で初めてロケット団のボス・サカキと対決する事になる。サカキとの対決に勝利するとシルフスコープが手に入り、ポケモンタワーのゆうれいポケモンと戦うことができるようになる。
シオンタウンでは、ポケモンタワー最上階でフジ老人を監禁していた。また、シオンタウンでカラカラの母親をロケット団員が殺害し、カラカラの被っている骨を剥ぎ取っている。ポケモンタワーに登場する亡霊は、この殺されたカラカラの母親であるガラガラである。最上階に上がると戦闘となり、戦闘終了後に「ポケモンのふえ」が手に入る。
その後、ロケット団はシルフカンパニーをヤマブキシティごと占拠する。ストーリー序盤でヤマブキシティに続くゲートがすべて封鎖されていたのはこのためである。その後、主人公によって野望が阻止されると姿をくらます。
この後一般のロケット団はしばらく姿を消すが、ストーリー終盤にて、ボスであるサカキはトキワシティのジムリーダーでもあることが判明する。トキワジムにて主人公に敗北したサカキは、ロケット団の解散を宣言しどこかへ姿を消す。その際サカキは「一からポケモンの修行をやり直す」と誓っている。
一般構成員以外に「はぐれけんきゅういん」や「ジプシージャグラー」、対戦はないがゲームコーナーの利権を牛耳る老人などもいる。
『ファイアレッド・リーフグリーン』.
トキワジムで主人公に敗戦してロケット団は解散するが、ムサシ・コジロウは残党であり、殿堂入り後にはイベントもある。
『金・銀・クリスタル』.
チョウジタウンの売店地下にはロケット団のアジトが存在しており、ロケット団は地下の怪電波を使ってポケモンを無理やり進化させようとしている。
『ハートゴールド・ソウルシルバー』.
『ブラック・ホワイト』.
『ブラック・ホワイト』では、直接は登場しないが、ゲーム中のプラズマ団のしたっぱとの会話から、既にロケット団が解散したことが窺える。プラズマ団の団員いわく「ギンガ団やロケット団は無駄に目立っていて色々邪魔された」という。
他にもある条件を満たすと『ハートゴールド・ソウルシルバー』のロケット団の曲が聴けるというおまけ要素もある。
『サン・ムーン』.