本作での不二子は、現代的な女子力を感じられるように設定されており、本編前半では、これまでのアニメ作品では見られなかったストレートヘアの姿で登場している。
あらすじ.
いつものようにお宝を奪うルパンとそんな彼を追っていた銭形であったが銭形はルパンがいるシンガポールではなくラスベガスで警察に追われ、ルパンとの共謀罪で逮捕されてしまった。さらに、ショパンコンクールのファイナリストの少女・アリサが何者かに誘拐されてしまった。
それからしばらくして南の島でバカンスを楽しむルパンの背後に現れた次元から銭形が無実の罪で捕まり、今までの犯行も銭形がいたからできたものだというニュースが伝えられ、自身のプライドを踏みにじられたルパンは憤ってガセネタであることをニュース番組で伝えると、ニュースキャスターの指示で『タイムクリスタル』を盗んで欲しいと依頼され、いつものように盗みに成功するも長年の相棒である次元が「俺が仕組んだことだ」とルパンと五ェ門を裏切り、『タイムクリスタル』を奪ってしまう。
実は次元はかつての恋人の娘アリサをアメリカの政治家、ロイ・フォレストに人質にされ、彼女を救うためにやむを得ず従っていた。しかし、次元の行動に違和感を抱いていたルパンはクリスタルを偽物とすり替えていた。
その頃、次元が裏切る前にくれたライターのおかげで命拾いしたルパンは、黒幕を突き止めるために五ェ門と共に銭形を救出、共闘して警察のデータベースからロイに関する情報や不二子が絡んでいたことを知り、ロイのアジトに潜入する。
最終局面では銭形の協力でアジトへ向かったルパン達はそこで次元の裏切りの真相を知り、再び次元と対峙するがルパンの思惑に気づいた次元はルパンで弾を跳ね返し、ロイの腕時計を破壊したことでアリサを自由の身にし、彼を拘束するも実はそのロイは影武者で本物はずっとその様子を監視していたのだった。