ナウシカは、ブリッグに乗るラステルの母及びペジテの少女の協力により、少女が身代わりになる事で監禁部屋を脱出する。しかし、コルベットが来襲し、乗り込んできたトルメキア兵にたちまち船内は制圧されていく。脱出をためらうナウシカだったが、アスベルによってメーヴェごと空中へ押し出され、迷いを振り切るように谷へと向かう。コルベットはブリッグから離脱してメーヴェを追うが、ガンシップが駆けつけ、コルベットを粉砕する。ブリッグに飛び移ったユパによって船内の争乱は鎮圧され、ナウシカは谷へ危機を知らせるべく急行する。一方、廃宇宙船と対じする谷のトルメキア軍の中で、クシャナはナウシカの帰還を期待し、総攻撃をわずかに遅らせるのであった。
夜、ナウシカ達は怒り狂って谷へ向かい砂漠を暴走する王蟲の群と、群を谷へ導く為に傷つけた王蟲の子を吊り下げ、酸の湖上を飛ぶペジテの浮揚装置・飛行ガメを発見する。ナウシカは子を群に帰す為、一人メーヴェに乗り移って飛行ガメへ捨て身の接近を敢行し、酸の湖の中州へ墜落させる。ミトが皆に王蟲の襲来を知らせる。怯える子に寄り添いながら群を待つナウシカだったが、湖に向かう群は谷からのトルメキア軍の攻撃によって怒りに我を忘れ、湖の横を通り過ぎて谷へと突き進んでいく。ナウシカは中州に落ちた飛行ガメのパイロット達を銃で脅し、自分と子を群の先に運ぶよう命じる。
谷に集まった王蟲達は森へ帰っていった。クシャナ達トルメキア兵は谷から去り、ナウシカとアスベル、谷の大人達はペジテの大人達と共に風車を使う井戸を作り、両方の子供達は植林をする。その後ナウシカは、アスベルと共に腐海の底に初めて向かうユパを見送る。腐海の底に落ちたナウシカのヘルメットの脇で、こぼれ落ちたチコの実から若木が芽生える描写の後、物語は幕を閉じる。
原作との違いと共通点.
以下に原作と映画版の主な相違点と共通点を記す。登場人物に関しては「風の谷のナウシカの登場人物」を参照。
反響.
再上映.
音楽.
イメージアルバム.
シンフォニー編.
ドラマ編.
サウンドトラック.
ベスト・コレクション.
ハイテックシリーズ.
受賞・推薦.
日本.
ここまでの出典。
海外.
ここまでの出典。
売上記録.
（日本国内）
テレビ放送.
関連番組・作品.
コンピュータゲーム.