その後、「円環の理」としての記憶と力が戻ったまどかが、ほむらを導こうと天から訪れる。だがこの時、ほむらが「円環の理」の力の一部をもぎ取り、因果律を再構成させるという予想外の行動を起こす。その結果、「円環の理」から「人間としての鹿目まどかの記憶」が強引に引きはがされることになる。こうして再び因果律が書き換えられた世界では、「円環の理」は力尽きた魔法少女を導く存在として存続する一方で、引きはがされた「人間としての鹿目まどかの記憶」の部分は“三年ぶりにアメリカから帰国してきた転校生”として学校生活を送ることとなる。
だが、引き裂かれたまどかから「円環の理」としての記憶が完全になくなったわけではなく、ほむらに引率されて校内の案内をされる際に、自分には何か大切な使命があったはずだと思い出しそうになる（この際にまどかが変身しかかり、再度の世界改変が起こりそうな描写がある）も、かろうじて抱きついたほむらに抑えられる。その際にほむらから投げかけられた「欲望と秩序では、どちらが大事と思うか」との問いに、まどかは戸惑いながらも「ルールを勝手に破るのはよくない」と答える。それに対してほむらからは、「私はいずれあなたの敵になるかもしれないが、それでも構わない」との言葉と共に、かつて因果律が構成された際にまどかがほむらに託したリボンを返されている。
終盤で織莉子たちと佐倉杏子たちとの戦闘に巻き込まれ、その際織莉子の最期の攻撃が直撃、魔法少女でも回復することができない致命傷を負って死亡する。
本作では円環の理と化している為、出番はほぼ無いが、代わりに彼女に化けた魔獣（正体はほむらの中のまどか像、通称マドカ）が登場する。マドカは他の変異魔獣と異なり、自分が魔獣である事を最初から明かしたり、自我を持っていたり、魔法少女姿に変身しても本物と瓜二つで、テレパシーを使えば会話可能だったり、友好的な不利をしつつ精神攻撃でほむらを絶望させたり、魔法少女を大物魔獣から守ったりなど、他の変異魔獣に比べるとイレギュラーな存在である。マドカの一人称はオリジナル同様、「わたし」。