学校給食はメリットもあるが、集団活動の一環でもあり、問題も多く発生している。ここではまず列挙程度で述べられるいくつかのトピックを示し、個別に掲げるべき問題、すなわち宗教的配慮、アレルギー対策、給食費問題、廃止論は別途節を切って論ずる。社会現象の節で取り上げた事柄も一部は問題としての側面もあるので、併せて参照されたい。
宗教的配慮.
学校給食では、ある特定宗教の教徒には戒律で食べられないものが出ることがある（食のタブー、特にイスラム教におけるハラールを参照）。
また、一部ではハラールはワガママに過ぎず「郷に入れば郷に従え」に反するという意見もある他、ハラール食は手間がかかるので通常の給食費よりも割高増額で対応する所もある。
アレルギー対策.
対策としては
などがあるが、経費が掛かりすぎるためアレルギーに対応できない学校も多いという。また、アレルギー対策が不充分であったために、
給食費の問題.
給食費の無償化.
給食費の無償化とは、学校給食にかかる費用を自治体や国の公費を用いて賄う制度のことで、すべての児童が栄養バランスの取れた給食を食べることができ、経済的な困難から子どもの健康や学習機会が損なわれないようにすることを目的としている。
世界にも実際に学校での昼食費を無償化している国や地域がある。
ヴィーガン食.
給食残滓問題.
給食の過程で出る食べ残しや調理くずを給食残滓（ざんし）あるいは給食残渣（ざんさ）という。
福岡市では残滓を減らす試みとしてパンの持ち帰りを実施しているが、これも夏場は食中毒につながるなどの問題があるとか食べかけを持ち帰るは不衛生などの賛否両論が起きている
外部委託による問題.
給食廃止論.
行政改革の観点から給食にかかる行政コストが問題になったり、保守派の観点からは「親が愛情を込めてつくった弁当を食べることで親子の会話ときずなも生まれる」として、学校給食廃止が議論になっていた地域も多かった。しかし、食育意識の高まりや格差是正の観点、栄養の偏りの是正、共働きの増加など要因から給食維持の声も強まっている。
また、中学校を中心に全員に給食が提供されていない地域も少なくなく、給食の提供を求めて、署名運動が行われた地域もある。
トピック.