「外来侵入種によってひきおこされる生物多様性減少防止のためのIUCNガイドライン」によれば、外来種の導入の阻止は最も費用対効果の高い対策であり、外来種の導入によるリスクを最大限考慮するべきという予防原則を提示している。したがって、外来種の輸入や利用を規制し、水際で導入を阻止することが何よりも重要視される。環境省は「（外来種を）入れない、捨てない、拡げない」の外来生物被害予防三原則の実践を一般に呼びかけている。
根絶や管理のための具体的な手法として、銃やわな、天敵導入、毒物の利用による捕獲・駆除、柵などの移動制限が挙げられる。オーストラリアでは、外来種のウサギを駆除するため、致死性の粘液腫ウイルスの導入が行われたことがあるが、ウサギの耐性獲得とウイルスの弱毒化変異により失敗した。
課題.
外来種問題への根本的な反対意見として、一部の生物を外来種として悪者のように扱うのはおかしいという主張も見受けられる。それに対し、外来種問題はそもそも生物そのものに対する善悪論ではなく、生物を扱う人間の怠慢と無責任さが論点にあるという指摘もある。
日本の主な外来種.
以下は、日本国内に実際に導入されて定着している外来種の一部のリストである。
日本国外で外来種となる日本産の生物.
日本では日本国外の動植物が外来種として意識されるが、日本国外では逆に日本産の動植物が外来種として問題となっている事例もある。外来種として日本から海外に侵出して定着した日本産の動植物のうち、生態系や第一次産業に大きな影響を及ぼしている生物を以下に挙げる（カッコ内は大きな影響の出ている地域）。
帰化植物
帰化植物（きかしょくぶつ）は、植物に属する外来種である。普通、維管束植物の範囲で考える。
概説.
帰化植物は、単に国外から入った植物の意味ではなく、人為的な手段で持ち込まれた植物のうちで、野外で勝手に生育するようになったもののことである。意図的に持ち込まれたものも、そうでない（非意図的な）ものも含まれる。
外来種にはさまざまなものがあるが、ヒトが移動の際に伴う生物の種数としては植物の方が多いようである。例えば作物と家畜の種数を比べればその差は大きく、意識的に運ぶものでは植物がはるかに多い。植物は景観を構成するので一般の注目を引きやすい面もある。そのため、帰化植物は広く人目につきやすい。