収録されている項目数は一般の[[百科事典]]を上回るが、学者らにより執筆される書籍の百科事典と比較して内容の信頼性を疑問視する声もある。ウィキペディアは間違いや問題のある記述がなされた場合、それを善意の利用者らが修正して精度を高めるという考えに則っているが、プロジェクトの匿名性と、何を記事化するかは個々人に一任される完全な[[自由主義]]、徹底された[[民主制]]のため、悪意ある書き手を防ぎ切れないという指摘がある。また、後述するによる（記事の編集が禁止される）編集の状態が長く続くことにより、誤りや問題のある記述が公開され続けることや、「百科事典」として当然書かれるべき事や外部の、それなりに権威あるウェブサイトもしくは新聞・通信社において報道されている事実などが項目により記述が認められないことについて運営の偏向性を指摘する声もある。しかし[[査読]]制度を執らないウィキペディアの“内容の信頼性”は利用者の質に左右される。また、常に改変できるシステムを採用しているため記事が完成・確定されることは（永久に）ない。ウィキペディアのいくつかの言語版においては紙媒体や[[コンパクトディスク|CD]]、[[DVD]]としても発行されているが、日本語版では同様の動きは起きていない。一部には[[土木学会]]による組織的な活動のような「主要項目を網羅・充実させよう」という動きがあるものの、他の多くの学術団体でこのような動きはほとんどなく、一般ユーザーを含めてもまだ本格化していない。
また、後述されているような宣伝や売名行為、荒らしなどによって信頼性への悪影響が懸念されている。
宣伝的・改竄的投稿.
官庁のIPアドレスからの事実関係の修正を越えた改竄的編集も指摘されている。内閣府の内部からのアクセスでは[[猪口邦子]]元[[男女共同参画担当大臣]]の項目から批判的な文言が削除され、[[総務省]]からのアクセスでは、「[[入国管理局]]」の項目で[[外務省]]や旧[[厚生省]]を揶揄するような表現を挿入する編集履歴がある。文部科学省の[[IPアドレス]]からは、[[本間正明]]・元政府税制調査会会長に関するスキャンダルが削除され、宮内庁からは同庁に関連する疑惑の指摘を削除した跡も見つかった。
行政機関などによる編集.
プライバシー侵害や名誉毀損の投稿.