被告人質問で「人を殺傷するサリンの生成をなぜ続けたのか」と問われ、この日、仏祥院に監禁してまでオウムから脱会させようとした両親の「オウム壊滅の過程で正実の命が失われるのは仕方ない（父）」、「死刑になって当然（母）」との検察官面前調書が読み上げられた、「私には、人生の帰り場所はないんですね。サリン生成を嫌です、とやめるのは下向（脱会）を意味する。生成して保存するだけ。軍事年鑑を読んでも米ソは使っていない」と答えた。「人生で一番後悔していることは何か」との問いには「（麻原からの寵愛を競い合い犬猿の仲だった）遠藤を殴らなかったこと。もし殴っていれば（遠藤が生成した地下鉄事件の）サリンも作れず、（地下鉄サリン）事件は起きなかった」と答えた。
一方で、公判で遺族の証言を聞くのには耐えられず拘置所で嘔吐し、松本サリン事件の遺族・被害者の供述調書を証拠として提出している。
控訴審（東京高裁）.
白木勇裁判長は、「裁判に向き合う姿勢を見せなかった。自ら控訴しておきながら審理を拒否する被告に更生の気持ちをくみとることはできない」と非難し、「被告人の関与なくして無差別大量殺人は起こらず、単なる工場長だったなどと矮小化はできない」と述べた。
上告審（最高裁）.
「当然の結果。生涯謝罪の気持ちを持ちながら、自分に何ができるか考えたい」と話し、死刑を受け入れていた。一連のオウム事件の全容が分かるような文章を書くことを目指していたが、実現できないまま死刑が執行された。
洗脳が解けるまで.
晩年.
晩年は東京拘置所に収監された。
獄中結婚.
大石圭との交流.
精神状態の変調.
死刑執行.
エピソード.
遠藤誠一との対立.
元上司の遠藤誠一とは不仲だった。
しかし遠藤の冷遇は続いた。土谷が麻原に会うことを禁止したり、遠藤の実験棟「ジーヴァカ棟」に出入りできないように鍵を取り上げたり、仕事を取り上げたりして関係はさらに悪化。「やりたいことをやらせてもらえない」、「手柄を取られた」と遠藤への不満を周囲に吐露するようになった。土谷は遠藤の配下から独立しようと、業者との担当窓口を探すなど模索をはじめた。