試作品の時点でキャラクターは豆腐（直方体）だったが、当初は縄張り意識が高いという性質からウサギをモチーフとしたキャラクターを使う予定で、
プレイヤーが大ジャンプをするスーパージャンプもウサギがキャラクターだったゆえに制作した機能である。また、開発初期の段階におけるプレイヤーキャラクターは白や黒を中心としたカラーリングだったため、カラフルなインクに満たされたステージにおいては見栄えが良いという利点もあった。だが、プロトタイプをプレイした社員の「面白いが、なぜウサギにした？」という疑問に対して明確な回答を出せなかったことに違和感を覚えた開発チームは、プレイヤーキャラクターの案を見直すことにした。多くのキャラクター案が出る中、開発チームは「インクの中を高速で移動する」行為を「インクの中を泳ぐ」行為に置き換えたところ、イカがふさわしいということに気づいた。また、「インクを撃つ」という行為はイカの「墨を吐く」習性に結び付けることができるため、結果的に「インクを吐くことが納得いくモチーフ」としてイカが採用された。
任天堂が過去に開発、販売した『スーパーマリオサンシャイン』には、ポンプを用いて水を放射するアクションがある。プロデューサーの野上恒は関連性を問われるが忘れていたと答え、加えて「ゼロから遊びの構造を考えて、それに適したデザインをしようとしていましたので、既存のキャラクターを借りてこようという考えはあまりなかったんです。」と答えた。
プレイヤーキャラクターが完成したことにより、本作の世界観やキャラクター群のコンセプトが定まった。例えば、戦闘中のBGMを「本作の世界の若者たちに人気のミュージシャンの代表曲」にしてはどうかというアイデアが出た場合、美術チームがバンドメンバーの設定やアルバムのジャケットをデザインしたほか、音楽チームも「本作の世界における様々なバンドの曲」というコンセプトで作曲するなど、開発チームの面々はアイデアを出し合った。
オンラインプレイ.
オンラインプレイを主体とする本作は、プレイ人口の大きさが重要であるため、任天堂はプレイ人口を確保するため様々な挑戦をした。