昭和二十七年、戦争の混乱で音信の途絶えていたブラジルから日水上人が来寺。日博上人と大いに意気投合する。その折り、日水上人の要請を受け、開講百年記念奉公の一環として日博上人主導のもと宗門に海外弘通総局が開設し、昭和三十年、第一回ブラジル巡教が実施。日博上人は第十一世講有日颯上人の随伴として同行。お会式・お講・お助行・講演会などを通し、ブラジル弘通の基礎固めとなる多大な成果を上げる。このブラジル巡教を記念して、信徒増加著しい大和方面の信者のため、別院建立を発願、大和に土地を取得した。昭和三十九年に日博上人は第十五世講有日晨上人の随伴として、大病を押して第二回のブラジル巡教に同行。
　昭和三十三年、墓地納骨堂建立のため、現在の所在地となる三ツ沢に土地を取得。昭和三十九年、別院（回向堂）完成。
　昭和四十一年、妙深寺は二級寺院に昇格。その記念奉公として、この年、教化五百戸・助行三万回の誓願を成就。
　妙深寺の礎を築き、世界を股にかけて奉公をした日博上人は、「命をば妙法蓮華に奉り　カンナをかけてやりし日もあり」「ワッハッハよきも悪しきも今生は　まずはこれまであとは来世で」と豪傑な辞世の句を詠み、昭和四十二年五月四日、法寿六十二歳を以て遷化。一つの時代の節目を迎えた。
第二代　松風院日爽上人（長松清涼師）時代.
日博上人の後継として、御講尊日晨上人の指導のもと、日博上人の息女の夫の長松清涼師（日爽上人）を住職代務として就任、昭和四十四年に正式に第二代住職となる。まだ二十代の若き住職のもと、妙深寺の新たな時代が始まった。
　昭和四十七年、日博上人御七回忌の記念事業として三ツ沢に新本堂建立、移転。岡野町の旧本堂は信者みんなの手により解体された。翌四十八年には開筵式が挙行、二千四百名の参詣で賑わった。昭和五十一年、教養会館建立。ボーイスカウト・ガールスカウトなどの集会室にあわせ、「教務は寺内に住むべき」との先住の意向により、教務住宅が併設された。
　昭和五十四年、先住御十三回忌の記念事業として、大和別院新本堂が完成。昭和六十二年には、第二本堂（納骨堂を含む多目的会館）を建立。ガラス製の御本尊・御宝前は、洋式の結婚式も行えるようにとの日爽上人の意向で、「新時代の寺院」として新聞やテレビでも報道された。