神棚が日本の歴史に登場するのは、近世江戸時代中期頃である。もともと神道では神とは常在のものでは無く、人が祀る時に初めて現れるものとされる為、神の常在を前提とした神棚の成立はそう古いものでは無く、古代日本には神棚は存在しない。
なお、『神道大辞典』では「鎌倉時代から室町時代初期（中世）にかけて伊勢両宮の神官等が神符を各地に配布する頃に神棚が誕生した」と説明している。
近世以降の神棚.
江戸時代には伊勢神宮や富士に参詣する事が観光旅行として庶民に広まっており、この時、旅行案内人としての役割を担った存在に御師(おし)がある。御師は身分的には百姓と神職の中間に位置づけられて、全国にお神札(ふだ)を配布しながら伊勢神宮への信仰を勧めた。信仰を勧める戦略の一つとして、御師は大神宮棚というものを考案する。
これは伊勢神宮のお神札を家庭で祀ることの出来る物であり、これが今で言う神棚に当たる。神棚が各地の神社の御師によって広められることで、やがて庶民の間に、神道上の慣習として定着するようになった。
武道道場の神棚.
現代の武道の道場にはよく神棚が祀られているが、江戸時代の道場は神棚ではなく、『日本書紀』や『古事記』など日本神話から「剣の神、武の神」とされた「鹿島大明神」（武甕槌神）と「香取大明神」（経津主神）の二柱の神名、さらに幕末期には尊皇攘夷思想の高まりとともに「天照皇大神宮」（天照大神）を中央に加えた三柱の神名を書いた掛け軸が床にかける神床であった。
神棚と家相の関係.
家相では、家の中心点を
「太極柱（大黒柱）」「囲炉裏」「神棚」「一家の主の正寝」「商店は床の間」「武家は玄関」
神棚と仏教の関係.
仏教（主に真言宗）でも御札は神棚に祀る。その場合、神道の神札とは別けて祀る場合と、同時に祀る場合が存在し、祀る順番も合わせて厳密な決まりは無い（高野山真言宗の場合）
明治維新までの神仏習合の影響が大きいことが理由である。
自由主義史観
定義.
提唱者や支持者は、「大東亜戦争肯定史観」と「東京裁判史観」「コミンテルン史観」のいずれにも与しない立場を取っているとしており、「自由主義」という名前を冠しているのも、これらを廃した自由な史観だからだという意味で、（政治思想の）自由主義とはもともと関係がないので注意を要する。