開発.
本作のストーリーの骨子はクリエイティブディレクターのおぐらえいすけが担当しており、そこからさらにブラッシュアップを重ねてストーリーへと昇華させていった。
システム構築.
本作のシステム構築に当たっては、前作のプレイヤーがスムーズに移行できるようにするという方針が立てられた。ただし、前作の時点で偏った遊び方をする傾向がみられたほか、過去作のプレイヤーからは前作のシステムの評判がいまいちだったため、それらを解消する方向で調整が加えられた。
演出面においては、前作では分割画面でキャラクター同士の掛け合いを見せていたものの、一方のキャラクターがしゃべっている間、もう一方がほとんど動かなかったのは味気なかった上、口の動きも無理やりツールでそれらしく見せていた点も気になったと空中はファミ通とのインタビューの中で振り返っており、本作においては口の動きにこだわったと話している。また、前作ではキャラクターの掛け合いを全員決まった人数で行っていたため無理が生じたことから、本作においては関係のあるキャラクター同士の掛け合いに限定された。
キャラクター選定・セッティング.
本作のようなシリーズ物は、キャラクターが重要な立ち位置にあるため、デザインだけでなく、登場人物の男女比などといった課題を一つずつ解決していき、最終的には開発スタッフが納得するまでは話し合いをする形でキャラクターが決められていった。
小田は基本的には人気のキャラクターを一通り起用しようとは考えているものの、それではコアファンの要望がマニアックなところ（例：藤堂竜白）に集約されてしまうとも話している。
平山はおぐらやゲームディレクターの空中海人が選定したキャラクターをもとにした、彼らの相関関係の構築にも関わっており、本作はチームメンバーの編成が変更されていることから、齟齬が生じないように注意を払っているとファミ通とのインタビューの中で話している。
新キャラクターのドロレスは当初どこかの組織の幹部として設定されていたが、しっくりこなかったため、ククリの亡き師匠が復活した存在に変更され、狂言回しという立ち位置に据えられた。イスラも組織の一員という設定だったが、おぐらの抱いていたイメージと合わなかったため変更された。