公孫瓚は配下を率いて張純らを攻撃し撃破したため、騎都尉となった。更に反乱を繰り返す張純に公孫瓚は攻撃を仕掛け、遼東付近でこれを攻め破り（石門合戦）、誘拐・捕虜とされていた人民らを素早く救出し、さらに長城を越えて反乱軍を追撃した。だが、深入りしすぎたために今度は逆に反乱軍の包囲を受け、数百日の激闘の末、食糧が尽きて両軍ともに撤退することになった。
この劉虞の懐柔による反乱平定の際に、公孫瓚は自身の功績を劉虞に奪われることを恐れ、劉虞と烏桓族の交渉を妨害した。この反乱の経緯から、公孫瓚と劉虞の対立が始まり、それが後に大きな動乱を招く一因となった。
劉虞との対立.
異民族に対し恩徳を以た懐柔策を採る劉虞に対し、公孫瓚は「異民族は制御し難いものであるゆえに、彼等が服従しないことをもって討伐すべき。若し今彼等に恩徳を与えたら、益々漢室を軽視するに違いない。劉虞の政策は一時の功名は立てても、長期的戦略ではない」と考えていたため、劉虞が鮮卑族に対して与えた恩賞を常に略奪していた。劉虞は公孫瓚に会見を申込むも、いつも仮病を使って無視されていた（『魏氏春秋』）。
関東において袁紹・韓馥らが義兵を挙げると、董卓は長安に遷都すると同時に劉虞を中央に呼び寄せようとした。また、袁紹らも劉虞を擁立し皇帝に祭り上げようとし、それが拒絶されると、尚書の事務を担当させ官爵の任命を行わせようとした。献帝は洛陽に帰還するため、劉虞の子の劉和を長安から脱出させて劉虞の軍事協力を仰ごうとした。
劉和は武関を抜け出したが、南陽で袁術に抑留された。袁術が劉虞の軍勢を手に入れるために、劉和に手紙を書かせて援軍を要請させたところ、劉虞は数千の騎兵を派遣することに決めた。公孫瓚は袁術の狙いが分かったためこれに反対したが、劉虞の決心が変わらなかったため、自身も袁術の歓心を得るため、従弟の公孫越に数千の騎兵を率いさせ、劉虞の軍に同行させた。公孫瓚はさらに袁術に密使を送って同盟を結び、劉虞の軍の強奪に加担しようとした。このことがあって、劉虞とは不和となったという。
このころ、公孫瓚は、反董卓の義兵に加わると称して安平に駐屯していた韓馥を攻撃し、これを破った。進退に窮した韓馥は袁紹を頼ったという（魏志「袁紹伝」）。