アニメーションの制作で一番こだわっているのは絵コンテ。絵コンテ次第でどれくらい自分の思う作品に出来るかが決まるので、いちばん注力して緻密に作り込む。脚本との大きな違いは、絵コンテは監督の間合いである「秒数」を入れることができることで、それによって作品のリズムが決まる。絵コンテを描いている途中でラストシーンが見えてくるので、そこに向けて進んでいく。納得のいく絵コンテが描けたということは自分の頭の中で一度映画が完成しているということなので、あとは他のスタッフに任せてズレそうになった時に修正していくだけで良いからである。絵コンテには細かい指示まで書く方だが、アニメーターのアドリブが入っても、それで自分が考えた以上に良くなることもあると思っているので、絵コンテで指示されたこと以外はやるなとは言わない。
音楽も、絵コンテを描きながら入る部分を全て決め、指示も全部絵コンテに書いてしまう。作曲はできないがどういう感じの音楽が欲しいのかは必ず書き込むようにしており、転調のタイミングやインとアウトも全て指示している。
ファンタジーというものにあまり興味が持てない。キャラクターが生き生きと劇中で立っているような作品作りを目指しているので、不思議な世界観や不思議な能力などにあまり頼りたくないという気持ちが強く、超能力者が主人公の『エスパー魔美』でも超能力に魔法のような万能性を与えず、希望や指針をあたえるに留め、事件を解決するのはあくまでも当事者としている。舞台設定も、ほかのアニメ監督のほとんどが飛躍した舞台を扱っているのに対し、原恵一作品はたとえ「ここではないどこか」を扱っていても必ず現実世界との接点を持たせており、それが観客に「いま、ここ」を顧みる作用をもたらす。
絵だけが突出したような作品や思わせぶりな映像の見せ方には興味がなく、実写も含めてきちんとストーリーのある映画を作りたいという。映画作りで大切なことは「キャラクターを立たせること」だと思っていて、良いストーリーに加えて、キャラクターたちがちゃんと立っていれば、どんなジャンルでも面白くなると信じている。