本堂にかかる「日本最初毘沙門天」の扁額は、伏見宮邦家親王の真筆であり、同時期には明治政府の要人であった有栖川宮熾仁親王が神峯山寺本坊の「宝塔院」と書いた真筆を奉納している。また有栖川宮熾仁親王の祖父母にあたる有栖川宮韶仁親王と宣子（のぶこ）女王の位牌は嶺峯院に祀られているなど、幕末から明治期にかけても皇族との関係が密接であったことを表している。
本尊.
境内.
奥之院（北山本山寺）.
現在の神峯山寺には奥之院は存在せず、北山本山寺がかつての奥之院「霊雲院」にあたる。本尊として毘沙門天（重要文化財）を安置。
信仰.
毘沙門信仰.
神峯山寺の毘沙門信仰は時代の変遷によって信奉者と祈願の内容が異なる点で興味深い。開山期は修験霊場の聖地に鎮座する神として祀られ、平安期以降は皇室より国家安泰の勅願所に指定された。また鎌倉末期からは福徳先勝を祈願する武将達の信仰の対象となり、江戸時代には大坂商人による商売繁盛祈願の巡礼地でもあった。国家安泰の祈願は幕末・明治においても続いていたとされる。また最近では福徳先勝より派生して合格祈願の祈願所として初参りに訪れる大学受験者も見られる。
山岳信仰.
役小角が開山した寺院であったことから、神峯山寺一帯は山岳信仰が色濃く残る場所であった。一帯の峯を総称する神峯山は龍のご神体として信仰され、境内にある九頭龍滝はその龍の口であると言い伝えられていることなどから、神仏混淆の寺院として天台宗寺院とは異なる側面を持つ場所であることが分かる。現在も修験道を志す修験者が寺領で修行をする光景が見られる。
阿弥陀信仰.
平安時代末期に融通念仏宗の源流が神峯山寺で伝播したことから、神峯山寺周辺は阿弥陀信仰が根付いた地域でもある。「病気平癒」などのご利益があるとされる阿弥陀如来（重要文化財）は現在も本堂に安置されており、融通念仏宗とも独自の交流がある。
自然.
境内は大阪府立北摂自然公園に属し、大阪みどりの百選に選定されている。野鳥や草花などが多数確認できることから参拝者のほかにもハイカーやバードウォッチャーらの訪問も多い。
東海自然歩道.
山門から仁王門にかけての参道の脇には東海自然歩道が並走しており、ハイカー達の中継地点にもなっている。
周辺寺院との関係.