多くの患畜が連続的に発生し馬の移動などが大きく制限され、また患畜はしばらくの期間は競走に使用できなくなる事で出走可能な競走馬の数的確保が困難になるため競馬の開催については一定の期間は事実上不可能となる。
馬インフルエンザウイルスは高病原性鳥インフルエンザウイルスの様な死に直結する程の強い毒性を持たない。また馬伝染性貧血の様に治療やワクチンによる感染予防が不可能という性質のものでもない為、これら家畜伝染病の様な患畜の強制的な殺処分などの規定は無いが、届出伝染病として感染馬が発生した場合の所在地を管轄する都道府県知事への届出を義務づけている。患畜には治療が行われ、体内のウイルスが消滅し体調が回復すれば再び競走に出走できる。また体調が回復し再度トレーニングを行えば、競走能力への影響もない。 ただし、海外では重態となった馬に対して安楽死処分がとられた事例がある。
なお、治療については基本的には対症療法と安静が基本である。また、治療薬については人間と同じく抗生物質などが状況に応じて選択されるが、ウイルス自体に抗生物質は全く無効で、二次細菌感染の予防目的で使用される。
馬インフルエンザウイルスとワクチン開発.
日本における馬インフルエンザの発生.
また、年末には新潟県営競馬の他、西日本では初となる福山競馬場、ついで園田競馬場でも集団感染が確認され、新潟県営競馬は冬季休催期間であったが、福山競馬は新春開催から全面的に中止となった。園田も開催中止を余儀なくされている。
なお、中央競馬の栗東トレーニングセンター、上述した場を除く地方競馬他地区は入厩制限や順を追って行われたワクチン配布などの懸命の防疫体制を敷いたことが奏功し、感染防止に成功した為、競馬開催は通常通り行われた。
この馬流感騒動は、競走馬の生産（繁殖）部門にも大きな影響をもたらした。
一例を挙げれば、メジロアサマは引退後種牡馬になったものの、無精子症に近く受胎率の低さに悩まされる事になったが、これは馬インフルエンザ治療で使用した抗生物質の副作用と言われている。そのため、種付けをしても思うように受胎成績が上がらず種牡馬として廃用寸前に追い込まれたほどである。馬インフルエンザの影響でメジロアサマ同様に種牡馬及び繁殖馬失格に追い込まれた馬もいた。