先述のとおり、連立政権発足時の三党合意には普天間問題は明記されなかった。この時点では日米関係における喫緊の課題はインド洋における給油問題であり、移設問題は最重要課題とは捉えられていなかったのである。
一方、国政与党でも社民・国民新両党は県内移設案に対する否定的方針を明らかにし、県内移設の際には連立離脱をほのめかすとともに、独自に海外移設を模索し始めた。岡田外相は嘉手納飛行場との統合案を模索したが、アメリカと地元側の両方から拒否された。鳩山首相は県外への移設を目指すとしながらも、「辺野古（案）も生きている」と、県内移設の可能性を排除しなかった。
菅直人政権.
鳩山由紀夫内閣時代に検討された移設案の概要.
以下、鳩山内閣期に日米両政府間、あるいは日本政府・与党やその関係者の間で、何らかの形で検討された案を、報道などに現れた範囲で列挙し、説明を加える。
九州移設案（新田原・築城基地移設案）.
嘉手納基地統合案.
普天間基地の航空機を近傍の嘉手納基地（アメリカ空軍が使用中）に統合する案。
キャンプハンセン移転案.
なお、小川は自民党政権時代に国会に参考人招致され、安全保障関係のいくつかの委員会や防衛大学校での講義も行ったことがある。小川は県内移設自体は必要条件とみなし、日米安保に依存しない場合国防費が数倍に跳ね上がる旨を主張している。
なお、キャンプ・ハンセン移転案および類似した案として、嘉手納弾薬庫地区への移転案はSACO時代に検討対象となっているが当該項で記述した経緯によって棄却された。
また、漢那ダム北東、キャンプ・ハンセンとキャン・シュワブの境界付近一帯には宜野座ダム、宜野座大川ダム、鍋川ダム、潟原ダムなどが点在し、中部演習区域の多くがこれらの集水域となっている。
一方金武（億首）ダム北西、キャンプ・ハンセン中部、金武町内には喜瀬武原ダムがある。反対に、本島西部側に流れる川に建設されたものとして、恩納村内、キャンプ・ハンセン西北部には戸袋川ダム、恩納ダムがある。小川の案である嘉手納並の延長の滑走路の建設はこの水源地帯にて実施する。