以上の上映会ののちに行われた加藤との対談の中で森達也は、一連の市民団体の抗議に関して「結局は内容が反日うんぬんじゃなくて、どの国の監督が撮ったかが問題なんですね。ほかの国の人が日本を批判するのが許せないとしか解釈できない。でも、そんなレベルじゃ、まるで話にならない。（中略）被写体になった太地町の人たちの言い分はまた別ですが、反日だからと上映に反対している人たちには、せめてそのレベルに達してほしいと思います」と語っている。
市民団体による抗議行動.
抗議行動の中心を担っている主権回復を目指す会では、代表の西村修平が「ドキュメンタリーに名を借りた日本バッシングだとはっきりわかる。こうした映画の上映は許すことはできない」と本作を批判した。
この件について、鈴木が参加している月刊『創』編集長の篠田は、鈴木が討論を申し込んだが断られ、警察官が制止したとしている。一方、主権回復を目指す会側は、鈴木が集会を妨害しようとしたと主張している。
太地町民の反応.
マスメディアの反応.
『朝日新聞』『読売新聞』『毎日新聞』『日本経済新聞』『東京新聞』『中日新聞』『西日本新聞』『神戸新聞』『信濃毎日新聞』『山陽新聞』『南日本新聞』などは社説にて、映画内容の偏向性などの問題点は認めつつも上映への妨害行為は許されないとの見解を示した。また、一連の抗議行動によって映画館が映画の上映を取りやめている事態について、言論・表現の自由の侵害に対する懸念を表明した。
Googleによる主権回復を目指す会の動画削除.
日本以外における上映.
影響.
日本でのイルカ漁は和歌山県のほか、東北地方や北海道などで道県知事の許可のもとに行われているが、北海道の沖合では取引価格の低迷で捕獲頭数は年々先細りしており、あるイルカ漁師は『ザ・コーヴ』の騒動が悪影響を与えると話した。
京都府京都市での水族館建設に反対する団体は便乗して「同館で予定されているイルカショーは商業目的による飼育・展示を禁じた生物多様性条約に違反する」と指摘。団体は「国際的な問題となり非難されるだろう」として弁護士会に調査を申し立てた。