終戦後の新学制を間近に、旧制中学が新制高校に移行されることから、新制中学は公立においても一から作られる予定だった。奈良市内の小学校保護者が不安を覚え「旧制中学のような男子だけの新制中学を作れないか」と東大寺の清水公照に相談し、昼間空いている校舎を活用して開校する運びとなった。
改称.
基礎データ.
象徴.
校歌.
生徒募集.
入学者選抜.
高校募集停止.
学校生活.
生徒手帳がなく、代わりに生徒証という三つ折の紙がある。仏教校である特徴として、入学式・卒業式の際に東大寺の僧（理事長）が挨拶に来ること、旧校舎時代は登下校時に大仏殿に向かって一礼する慣習があったことなどが挙げられる。「大仏殿一礼」は、ほぼ唯一の仏教的な慣習だった。境内地から移転した今でも、生徒証提示で大仏殿・三月堂（法華堂）・戒壇院などを無料で拝観できる。また、現在でも校舎内の「転心殿」に毎朝礼拝する。
「校則」と呼ばれるものはないが、生徒の守るべき規則として「生徒心得」がある。
学校行事.
東大寺学.
聖武天皇祭.
菁々祭（文化祭）.
菁々祭公式パンフレットによると、通例主に
などが行われる。
体育祭.
球技大会・サッカー大会.
旧校舎時代には、体育祭の代わりに球技大会が開催されていた。また、冬にはサッカー大会も開催されていた。現在は球技大会は学校行事としてではなく、各学年ごとの行事として行われている。
長距離走大会.
研修旅行.
スキー研修.
夏山登山.
オックスフォード短期留学.
修学旅行.
課外活動.
活発で、近畿大会・全国大会などへ毎年出場している。運動系では陸上競技部、ハンドボール部、硬式テニス部、文化系ではクイズ研究部、百人一首部、囲碁将棋部などが強豪である。芸術系の発表会においても、音楽部、写真部、書道部などが入賞。試験で競う形式のものでは、国際科学オリンピックなどで国際大会へ出場している。
文化祭有志団体.
顧問教員の下文化祭の出展等で活動する「有志団体」という活動形態も存在する。
個人での大会参加.
部や同好会が無くとも、個人的なチャレンジを奨励していることが課外活動の特色である。
関係者組織.
同窓会.
「東大寺学園同窓会菁々」以外の組織は、以下の通り。
歴代校長.
流通センター駅
平和島の中核、東京流通センターの至近に位置する。区間快速が停車する。
駅構造.
のりば.