進化心理学者のワークマンとリーダーは、還元主義は一部の人にとっては「悪い言葉」かもしれないが、実際には重要な科学的原理であると答えている。彼らは、原子で構成されている世界や進化の結果である複雑な生命などを発見するに至った源には還元主義があるという。同時に、説明のすべての「レベル」への着目が重要であることを強調している。たとえば、うつ病の環境的原因を調べる心理学者と脳を見る神経科学者のいずれも、うつ病に関する知識のさまざまな側面に貢献している。ワークマンとリーダーはまた、遺伝子が絶対的に行動の原因だというのではなく、文化や個人の生活史などの要因によって影響を受けつつも要因となるのだとして、遺伝的決定論だという非難を否定している。 
分離・粒度問題.
進化心理学の理論的仮定が真実であることが判明したとしても、それでもその実践を危うくする方法論的問題につながるという主張もある。 分離・粒度問題は、進化心理学の適応機能の不確定性についての方法論的な課題を生み出すと主張されている。つまり、「特定のメカニズムのもつ機能は何か？」という質問に対してありうる複数の回答群から正しく選択することが不可能ということである。
フランクスはまた、「この議論は心理学の進化論的説明一般に反するものではない」とした上で、仮定を緩和することによって問題を回避できるかもしれないという。ただし、これは詳細なモデルを作る能力を低下させるかもしれない。 
個人間の遺伝的差異の無視.
よく見られる批判は、進化心理学は個々人の発達と経験の複雑さに対処しておらず、個々の行動に対する遺伝子の影響を説明できないというものである。進化心理学者は、進化心理学という分野は主として特定の個人の行動を説明するためのものではなく、社会や文化全体にわたるヒトの行動を幅広いカテゴリーにわたって説明するものであると答えている。進化心理学が純粋な文化的・社会的な説明と異なるのは、種全体の心理的適応（ないし「ヒトの本性」）の探求を行っている点である。心理的適応には、さまざまな環境的、文化的、社会的状況に対応できる、（平均的に）適応的な認知的決定ルールが含まれている。
特定の領域における論争.
レイプ、攻撃性への誘引.
ウエスト・ヒップ比.