ダム建設に伴う地元住民との軋轢も各地で発生した。特に堰については、漁業権と環境保護運動の両面から反対運動が起こった。契機は利根川河口堰（利根川）完成後の河川生態系への影響が各方面から指摘された事である。「ダムの無い川」と呼ばれた長良川に建設された長良川河口堰では、自然保護との関連において全国を巻き込む大論争に発展し、筑後大堰では漁業関係者が実力で事業阻止に動いた。この他、徳山ダム（揖斐川）や早明浦ダム（吉野川）などでは地域の存亡に関わる程の水没世帯数であった事から、激しい反対運動が繰り広げられた。水源地域対策特別措置法の指定を受けるダムも多く、事業が長期化しているダムは数多い。
水資源機構への改組.
機構管理ダム一覧.
ダム事業本部管理（国土交通省所管）.
ダム事業本部が管理を行うダムは、その全てにおいて洪水調節目的を有する。従って全てのダムが多目的ダムとなる。だが、水資源機構自体が治水を積極的に行うという訳ではなく、国土交通大臣の委託を受けて管理を代行しているという位置づけである。そのため、ただし書き操作などの重大な洪水調節が必要となった場合には、国土交通大臣が直接ダム操作の指揮を行うことがある（実際の業務は所管の地方整備局が行う）。
多くのダムは元来建設省（国土交通省）が予備調査や実施計画調査に着手した後に、「水資源開発基本計画」の変更によって移管された経緯がある。機構が計画段階より手掛けたダムは青蓮寺ダムが最初となる。
水路事業本部管理（農林水産省・厚生労働省・経済産業省所管）.
水路事業本部管理のダムは、その目的が灌漑や上水道、工業用水道に特化しているものがほとんどであり、洪水調節目的を持つものは無い。従って多目的ダムであっても「河川総合開発事業」で建設される多目的ダムとは異なり、国土交通省の専管外となる。
農林水産省農村振興局が所管する灌漑事業（国営農業水利事業・土地改良事業・かんがい排水事業）や厚生労働省健康局水道課が所管する上水道事業、経済産業省経済産業政策局が所管する工業用水道事業と密接に関係しており、大島ダムなど一部のダムは元来農林水産省直轄ダムであったものが移管されている。また愛知用水公団の事業をそっくり受け継いだ経緯もある。ダムの他愛知用水・香川用水・見沼代用水など全国の主要な用水路の多くも、水路事業部の管轄である。