初忍務によろこび勇んで忍術学園を出発した五年生であったが、忍務を果たせず、六年生、兵庫水軍衆や一年生からも力不足だとあなどられる。「頼りない五年生！」と上級生から思われていることを感じていたが、一転、五年生は自分たちのやり方で忍務をやり遂げる。満を持して、ドクタケ水軍安宅船の討伐へ！
ドクタケ水軍安宅船には、忍術学園勢と兵庫水軍衆を危機に陥れる驚くべき罠が！忍術学園勢と兵庫水軍衆、大ピンチ！！
第九弾.
あらすじ.
兵庫水軍の総大将・兵庫第三協栄丸の特命を受け、水夫(かこ)の間切(まぎり)と網問(あとい)が忍術学園にやってきた。
天下を目指す冷酷非道なドクタケ城城主・木野小次郎竹高まで堂々乗り込んできて今や忍術学園はドクタケ学園と化す！！
姿が見えない一年生、忍術学園奪還を託された五年生と六年生二人はどう戦うのか！？間切と網問も水軍戦法で立ち向かう。だがそこに忍ミュ史上最強(？)のドクササコのすご腕忍者が立ちはだかる。
忍たまたちは忍術学園を取り戻す事ができるのか？初めてドクタケが勝利するのか！？手に汗にぎる攻防に、乞うご期待！！！
第十弾.
あらすじ.
競技は恒例の包帯巻き巻き競争で幕を開けた。会場には二人組の甘酒売りが訪れ、参加者らに冷たい甘酒を振る舞った。そして夕刻、学園長の発表した最後の競技に参加チームからどよめきが起こる。それは、キノコ岳の頂上を目指す「キノコ山縦断大障害物競走」。キノコ岳はキノコ山のさらに先、忍術学園からは丸一日かかる距離であった。
一方仙蔵は、きり丸がつかまっていた縄が切られていたことから何者かの陰謀を感じ取る。急いで向かった先で見たのは、襲われて負傷した伊作と、甘酒売りと戦う山田先生の姿だった。仙蔵からきり丸の怪我を知らされた伊作は、乱太郎とともに長次のもとへ向かい、きり丸の手当てをする。一方甘酒売りが学園長の命を狙う刺客であることに気づいた山田先生は、学園長ともう一人の甘酒売りのいるキノコ岳の麓へ仙蔵を急がせる。甘酒売りの正体は暗殺者、万寿烏と土寿烏であった。
同じ頃、チーム五年生はドクタケ忍者隊の策略に気づき、四年生も加わって熾烈な戦いが始まる。
留三郎、仙蔵に続いて小平太、文次郎も学園長の元に駆けつけ、暗殺者を追い詰める。ついには忍たまたちで二人の暗殺者を退けた。