ウイルスの影響で機能不全となったアーセナルギアがニューヨークのフェデラルホールに突入して停止するまでの間に、一連の自分の体験は「情報管理の中での無意識的な人間の支配」のための演習だったことも知り、演習の完結となることを自覚しながらも、ソリダスとは一騎討ちにて決着をつけている。その後、スネークの意思を聞き、本物のローズと連れ添って、崩壊したニューヨークの街へと消えていった。
偽りの記憶が彼の中にあったが、ローズとの思い出に関しては真偽入り交じっていた模様。
ガンズ・オブ・ザ・パトリオット事件.
事件の後に強化外骨格は取り除かれ、失った両腕にはより人間の皮膚に近い義腕が取りつけられた。また、疎遠になっていたローズから、ロイ・キャンベルとの婚姻と胎児の流産は、「愛国者達」からの監視を欺く為の偽装であったことを明かされる。息子であるジョンは無事に育っており、そこで初めて顔を合わせた。真実を聞かされた後にローズマリーと復縁、ジョンとも心を通わせ新しい人生を家族と共に生きていくことを決意する。
その後については詳細に語られていないが、自分の寿命が尽きるまで世界を見届けると語り合うスネークとオタコン、サニーの輪の中で「みんな」という形容が使われており、小島秀夫は特典ディスクのインタビューで「サニーの“みんな”が誰を指すのかは敢えてハッキリとは描写せず、プレイヤーの想像に委ねる。もしかしたら雷電（ジャック）も居たかもしれない。そういうことをユーザーの皆さんに想像してみてほしい」と述べている。
新興国首相誘拐事件・アブハジア首都占拠事件.
搾取される弱者の救済といった雷電の目的・望みの前に、法的な制約が付きまとうPMSCsでの活動では限界があるとの考えに至り、退社。自己が内面に抱える大きな闇とも対峙する事になり、「ミーム（MEME:文化的遺伝子）の感染・拡散」というメタルギアシリーズ共通の要素が登場する。スティーブン・アームストロングの野望・理想とは全く相容れなかったが、雷電自身が「力で敵を黙らせ生き延びてきた人間」という事は当たっていた。