政変後、フランスを参考に参事院（現内閣法制局）が設置され、民法編纂総裁が伊藤議長に代わる可能性があったが、元老院議官の水本成美や津田真道の働きかけにより、大木がその地位に止まった（商法・訴訟法からは撤退）。
同時代人による説明では、ボアソナードの手が空いておらず、ほかにフランス人の適任もいなかったのみならず、仏法が古過ぎ、商法・訴訟法は最新の法律を模範にすべきとの趣旨からドイツ人に委託したとされる（志田鉀太郎、明治商法起草補助者）。
仏法派も引き続き重用され、岸本辰雄・長谷川喬らは報告委員として商法編纂に参加、磯部も民訴法の審議で重要な役割を果たした。
旧商法編纂開始.
一部教育者は商法にもボアソナードが編纂に関与したと主張するが、詳細不明。
自然法学の理論状況.
近世自然法論の二大潮流.
彼の影響を受けた学者中には暴君放伐論を主張した一派があり、フランス革命の理論的中核となる。君主の暴政は社会契約違反だから、反逆は人民の当然の権利という主旨である。パリ大学のエミール・アコラスは、当時の法学者中例外的に急進共和主義者だったが、西園寺公望（仏法派・断行派、法典調査会副総裁）ら日本人留学生を通して法思想が日本に流入しており、植木枝盛もこの系統（#日本の仏法派の家族観）。
自然法や天賦人権説は共和制や反国家思想に当然には結び付かないが、ルソー流思想を採るときはアナキズムに陥ると警戒されることになる。
自然法学の受容.
仏民法典が基礎とした自然法思想は、日本でも、儒学を介して理解されることにより、キリスト教特有でない普遍的なものとして受容されていた。
西周・津田真道や、井上操（仏法派・断行派、関西法律学校創立者）が自然法と言わず「性法」と訳したのはその現れである。
ボアソナードの自然法論.
ボアソナードの法思想は政教分離の近世自然法論とは異なり、トマス・アクィナスのスコラ学を基盤とする宗教的自然法思想であった。
もっとも、離婚の認容や死刑廃止論など伝統カトリックと異なる面も有していた。仏教・儒教にも敵対せず、法典論争ではキリスト教やモンテスキューの法思想との共通性を指摘している。