その一方で、これもトンネル区間が多い方が技術試験を行う実験線としては有効であり、また人口の比較的少ない山梨県で殆どトンネルの区間を建設するだけならば、用地買収や騒音にまつわる問題や手間が少なくて済むとも考えることもできる。同線は将来、リニアモーターカーによる中央新幹線が開業した場合の予定線上に建設されている。トンネル断面は、仮にリニアモーターカー路線計画が頓挫した場合には、大規模な再掘削を行わずに鉄軌道式の新幹線へと転用できるようにという配慮から、リニア車体に対して大き目のサイズで設計されている。しかし、このような配慮は多額の費用を投じて実験を行う上では必要なことであり、実験線が山梨県であろうが、札幌 ‐ 新千歳空港間であろうが同様になされるものと考えるのが自然である。
ただし、中央新幹線のルートについては、JR東海は南アルプスをトンネルで直進・縦断するルートで建設に着手している。しかし長野県と中央本線沿いの地方自治体は、既存の中央本線に沿って南アルプスを北方に迂回する伊那谷経由のルートによる路線敷設と、県内への複数の駅設置を熱望して対立し、JRの計画線上にある飯田市などの下伊那郡の自治体と、長野県の構想線上に位置し駅設置を主張する諏訪地域（諏訪市など）・上伊那郡の自治体もまた路線誘致で争う状態が見られた。
新幹線と沿線の住民・地方行政をめぐる諸問題.
新幹線の建設ルートから外され「疲弊した地方」の象徴的な存在といえるのが先述の長野県小諸市のほか、鹿児島県阿久根市が挙げられる。また、新幹線ルート上にあっても駅が設置されなかった自治体では、地域の発展から、自らの自治体が取り残されることを恐れ、新幹線開通後にも地元への駅新設が、市政における大きな課題となることが珍しくない（例:長野県千曲市）。
他方では、新幹線開業で大都市への交通が至便となった結果、地方から企業支店・出張所が撤退したり、若年層が流出していくストロー効果も生じつつある（この現象は日本の高速道路の建設でも同様に発生している）。一例としては、福井県鯖江市では北陸新幹線越前たけふ駅から遠くなることを懸念して、「特急サンダーバード・特急しらさぎの存続を実現する会」が活動している。