本作では、前作の「任天堂のキャラクター・世界観を集めた、唯一のゲーム」というテーマを変え、「任天堂が辿ったゲームの歴史を楽しませる」という役割を持たせるため、任天堂のゲームキャラクターを立体化した「フィギュア」が登場している。これに関連して、「本作に登場するキャラクターはフィギュアにイメージを吹き込まれたもの」という設定が加えられるとともに『スマブラ』の世界観設定がなされ、敵キャラクターにも「創造の右手・破壊の左手」、「イレギュラーな存在」などのストーリーが持たされている。この世界観は本作以降も採用されている。
キャラクター一覧.
プレイヤーキャラクター.
初期キャラクター.
この項目では最初から使用可能なキャラクターについて述べる。
隠しキャラクター.
隠しキャラクターを出現させるためにはそれぞれのキャラクターに個別に設定された条件を満たすか対戦ゲームで規定回数以上遊ばなければならない。その後現れた挑戦者と戦い、勝てばその挑戦者を使用可能になる。負けてしまったらもう一度出現条件を満たしてから挑戦者と戦わなければならない。
謎のザコ敵軍団♂♀.
ボスキャラクター.
ポケモン.
使用不可能。モンスターボールを投げるとモンスターボールからランダムで登場する。伝説ばかり登場するイベント戦もある。
ゲームモード.
ひとりゲーム.
本作の一人用には三種類（うち一つは隠し要素）のメインゲーム（レギュラー戦）、「イベント戦」と「競技場」からなる四種類のサブゲーム、トレーニングモードが用意されている。
競技場.
スマブラのシステムを利用して別の楽しみ方が出来るモード。
対戦ゲーム.
大乱闘.
対戦条件は前作よりもさらに詳細に設定にできるようになっており、ふっとばし率の変更や前作で隠し要素だったアイテムスイッチの他にも、
などが含まれている。
また、新たに「名前の登録」のシステムが登場した。名前を付けて戦うと、対戦中キャラクターの頭上に登録された名前が表示され、各名前ごとに対戦成績やコントローラの振動機能のON/OFFが記憶されるようになった。
スペシャル乱闘.
基本の対戦モードとは趣向を変えた、バラエティ要素の高いモード。このモードにおける撃墜数・落下数・試合回数などの各記録は保存されない。
トーナメント乱闘.
フィギュア.
オプション.