綱領によれば原則的に組合員の政治活動は自由であり、特定政党の支持はしないことになっている。教職員の経済的、社会的、政治的な個々の政策ごとにそれぞれの政党等と政策合意することで各要求の実現をはかることとされている。日教組は組織内候補者として民主党や社民党の候補者を推薦し、組合費から民主党や社民党へ党費を支出する等、組合活動として「選挙闘争」を行ってきた。全教はこのような活動を「特定政党支持」の誤りと考え、組合としての特定政党の支持は一切行っていない。ただし、組合内には日本共産党員及びその同調者もいる。また、日本共産党が最も多く一般からの請願署名紹介議員となっている関係で、日本共産党と協力関係を持っている。
その他、日教組や他の教職員組合の労使協調的姿勢を批判し続けている。また、部落差別はもはや存在しないとして「同和教育」完全終結を主張し、現場で反対運動を展開していることも日教組と違う。日教組より、より左翼的とする意見もある。
日教組からの離脱.
日教組から離脱した単組のうち大阪では、離脱した大阪教職員組合（大教組）に対抗して新たに大阪市教組、豊中市教組など、大教組内の日教組支持派が結成した大阪府教職員組合（大阪教組）が、義務制においては大教組を抑え、多数を制した。
なお、共産党系が執行部を握る単組のうち宮城県教組や長野県教組は日教組系と勢力が拮抗していたため全教加盟方針が提起できず、宮城高教組、名古屋市立高教組、福井高教組などは、大会や全組合員による批准投票などで日教組離脱方針が否決され、全教加盟は不可能となった。これらの日教組傘下組織と全教は、「教組共闘」という組織を通じて共同行動を行っており、それらの活動を通じて、日教組への浸透と、切り崩しを図っている。
同じ都道府県でも地域によって状況は異なり、ある地域では全教の教職員が多くを占めるが、別の地域では日教組の教職員がその多くを占めるという状態もある。これは、上記のように、都道府県教組から一部組織が離脱して日教組あるいは全教傘下組織が結成された経緯の名残である。
特徴的な活動.
国会への請願では普段から多くの国民の請願を引き受けている日本共産党だけではなく自由民主党、立憲民主党、社会民主党、国民民主党、れいわ新選組、沖縄社会大衆党など幅広い政党が紹介議員となっている。
組織.
加盟組合.