坐禅を組んで精神統一をはかり、みずからの力で悟りをえようとする禅宗の教え は、宋の上流階級のあいだにひろまっていた。禅そのものは日本には奈良時代にすでに伝わっていたが、宋での禅宗の隆盛により平安末期以降あらためて注目されるようになり、栄西より少し前にあらわれた大日房能忍は、日本で最も早く禅宗をうちたてようとした僧であった。能忍の活動は当時の社会に大きな影響をあたえたが、かれのひらいた日本達磨宗は、多くの人びとに教義を広める過程で中心を失ってしまった。
栄西没後も中国の臨済禅との交流は活発で、渡宋した円爾（聖一国師）は、帰国後、九条道家の帰依で京都に東福寺を建て、その弟子無関普門は亀山上皇の帰依で南禅寺をひらいた。鎌倉末期の宗峰妙超（大燈国師）は大徳寺、その弟子関山慧玄は妙心寺を開創するなど、臨済宗は京都の公家や上流武士のあいだに広まった。
曹洞宗.
いっぽう、宋より曹洞宗を伝えた道元は、土御門通親の子息 でありながら、帰国後は世俗的な権勢を拒否して都をはなれ、波多野義重の招きに応じて越前国に向かい、永平寺 で坐禅中心のきびしい修行（只管打坐）と弟子の育成に努めた。国文で記された主著『正法眼蔵』は、その存在論や時間論、言語論は現代においても注目されている。道元は、師の如浄の教えにしたがって権勢より離れ、世俗化した当時の仏教については根本からこれを批判し、仏陀本来の精神に立ち帰ることを唱えた。その点では、道元の思想もまた仏教の純化を指向するものであった。坐禅の修行そのものが悟りであるという修証一等を唱えた曹洞禅は、北陸地方を中心とする地方武士のあいだに広まっていった。
この時代の遁世僧は、禅宗のみならず律宗や時宗などもふくめ、一般に顕密諸宗の官僧にくらべて諸国間を移動することが多かった。特に禅宗の場合は各地に「旦過」と称する宿泊施設を設けて僧の逗留に資している。
旧仏教の刷新.
信仰と実践を重んじる新仏教があいついで生まれ、武士や庶民に急速に浸透していったものの、社会的勢力としては南都六宗や天台宗・真言宗などの勢力（旧仏教）が、依然として大きな力を保っていた。しかし、新仏教の活発な活動に刺激をうけて、現状の反省と革新への気運が盛り上がってきた。
法相宗.