新無神論の著名な提唱者であり、仏教瞑想の実践者であるサム・ハリスは、仏教の多くの修行者がそれを宗教として不適切に扱い、彼らの信仰を「ナイーブ、請願的、迷信的」と批判し、そうした信仰が仏教精神の普及を妨げると主張している。しかし彼はまた、こうした信仰は一部の仏教徒の、仏教の基本的教えを守らない傾向、すなわち十分な証拠がなければ教えを信じないと主張したことから来ていると強調している。
ヒンドゥー教からの批判.
仏教とヒンドゥー教の間には、長い哲学的な議論の伝統がある。古代、中世、近代の多くのヒンドゥー哲学者は、仏教の様々な教義を批判してきた。
アディ・シャンカラからの批判.
仏教の概念や宗派に対する批判.
本覚思想.
松本史朗は日本の仏教、仏性は釈迦の批判の対象であり、仏教の正しい因果の教え（縁起）は仏性を否定するものであると批判した。
伊藤隆寿は、中国における初期仏教の同化について、いくつかの著作を発表している。その中で、僧肇の業績と、三論宗の体系化を行った吉蔵への影響に焦点をあて、この二人の人物が中国に仏教を根付かせるために大きな影響を与えたと理解されていることを指摘する。しかし伊藤は、この二人が中国固有の土着思想である「道」や「理」に基づいて仏教の教えを同化させたというのが実情だと主張する。
禅.
石井修道は中国で生まれた土着の禅について、道教思想である禅は仏教ではないと主張した。
アニミズムとの同化.
学者の中には日本人の宗教意識の基本はアニミズムと祖先崇拝であると主張するものがいる。その代表格が梅原猛の日本学であり、日本の民俗宗教と仏性思想の両方を提唱している。松本史朗はこれに対して、民俗宗教の理解と仏性思想の密接な関係を明らかにすることで、梅原猛の日本学に代表される安易な「日本主義」が、日本民族の優越性、無生物の仏性、和の強調をすることについて批判している。
仏教批判に対する弁明.
仏教に対する批判に対して、仏教学者や僧侶は歴史的な事実を認めつつも本来の仏教の教義ではないと擁護をしてきた。平川彰は仏教における女性差別(八敬法は後から追加されたと主張)や、仏性・本覚思想に対する批判に対して弁明を行った。