崖の下の草むらで倒れていた主人公は男の声で目を覚まし、介抱を受け男の自宅で意識を取り戻す。男は天地と名乗った。その後、自分が倒れていた現場に戻り1人の少女と出会う。その少女・橘あゆみから、自分が空木探偵事務所に所属する探偵助手であることを告げられる。そして、主人公は事務所で「明神村 綾城」と書かれたメモを見つける。記憶を喪失する前の自分が置いていったというそのメモから主人公は明神村に向かうことを決意する。その際、主人公は自分の名前を思い出すことに成功する。
明神駅に降り立った主人公は、駅員から綾城とは綾城家のことだろうと言われる。綾城家は明神村随一の資産家で、主人公は綾城家当主であったキクの死に不審感を抱いた綾城家の執事、田辺善蔵から依頼を受けていた。キクは遺言書を公開した直後に寝室で死亡しているのが確認され、村の唯一の医師である熊田によって心不全との診断が下されたが、善蔵は病死とは思えないと言う。また、村には綾城家に纏わる「死者が蘇り綾城家に仇なす者を殺す」という戦国時代から語り継がれる伝承があり、また、明神村では未だに遺体を土葬にしているという。
他にも、綾城商事内では完治と二郎が会社の中で激しく対立していた事、善蔵に主人公を紹介したのは弁護士の神田であること、ユリは村を訪れた青年と愛し合うようになったが、徳兵衛に猛反対されたため駆け落ち同然で村を出て行ったきり行方不明である事、ユリには義兄弟の弟である和人がいる等の情報を得る。
その最中、綾城家敷地内の土蔵の中で完治が殺害されているのが発見され、土蔵の鍵からアキラの指紋が検出されたためアキラが容疑者として指名手配される事になる。続いて、二郎が明神山で首を吊って死亡しているのが発見される。
主人公は、ユリが八束町というところで暮らしていたことを突き止める。しかし、ユリは過去に起きた火災の火傷が元で亡くなっており、ユリの子どもが行方不明という情報だけを手に入れる。
熊田医師が病院に戻ってきて二郎の右手から青酸反応が検出されたという重大な情報を伝える。さらに、海上の崖の下であずさが海で浮いている所が発見される。あずさは、絞殺されたあとに崖から突き落とされたようだった。あずさの爪からは誰かを引っ掻いた時に付着したと思われる人間の皮膚組織が発見された。