第二次世界大戦が激化する中、プレイヤーは極秘の奇襲作戦の為軍艦に乗務し、目標海域に向かう途中であったが、突如として奇妙な光に包まれ、異次元世界（パラレルワールド）へと飛ばされてしまう。その直後謎の軍艦に襲撃を受け危機に陥るプレイヤーだったが、「第零遊撃部隊」を名乗るもの達に助けられる事となる。彼らの話によると光の向こう側の世界では、「超兵器」なる兵器が出現しており、プレイヤーが光の向こう側の世界に飛ばされたのもその「超兵器」が持つ特殊能力のためであるらしい。プレイヤー達は「超兵器」を破壊する為、ひいては自らの帰還と、元の世界への「超兵器」の干渉を防ぐため、その発生するノイズを追いかけて世界中を駆け巡る。
特徴と変更点.
パーツの種類が増え、又、特定のパーツについては「特殊研究機関」に預けることでパワーアップが図れるようになった。また、新しく搭載された「簡易設計」システムにより同種類のパーツの交換が簡単になった。
史実艦に基づいた「組み立てキット」が導入され、艦船設計時に一からパーツを組み合わせる必要がなくなった。しかし実際には、（現実世界では高性能であっても）ゲームの中で全く改造せずにそのまま利用できる艦は、ごくごく一部である。
またストーリーモードとは別に「サバイバルモード」が追加された。内容はストーリーモードの艦で最初のステージから装備を変更せずにどこまでいけるか競うモード。
登場超兵器.
敵ユニットは難易度によって性能が変化（例外もある）するため、「NORMAL」を基準に解説する。
概要.
ストーリー.
「超兵器」をすべて破壊した事で、元の世界に戻る為の光が発生した。プレイヤーの艦が光の中に入り込む直前、突如として、全滅させたはずの「超兵器」のノイズが検出された。プレイヤー達は残った「超兵器」を完全に破壊する為、光への突入を中止し、再び世界を回る。
特徴と変更点.
EXのステージに新たに登場する超兵器に一度負けると、超兵器が弱体化するシステムが導入されている。
概要.
Windows版との違い.
ストーリー.
特徴と変更点.
ゲームシステムについてはシリーズ項目参照。
ストーリー.
特徴と変更点.
また、今までプレイヤーが設計できなかった「超兵器」艦船の設計・使用も条件付では有るが可能となっている。