雑誌には啓蒙という大目標があるものの、細かい厳密な編集方針はなく、全号を一貫する具体的テーマもない。また個別のテーマに対する論者の姿勢も一人一人異なっており、後述するような特徴はあっても明六社として、雑誌全体として何か統一的なアピール（たとえば民撰議院を導入せよ/するなといったもの）を行うことはなかった。『明六雑誌』は特定の意見を発信するというよりも、様々な問題を提起し、知識を紹介して人々の関心を高めること自体が目的であった。また演説会・雑誌という当時目新しかった情報伝達手段もそれ自体が関心を引くのに十分であった。議論を公開するという点で外向的、意見が統一されていないという点で拡散的であることを『明六雑誌』は性質としていた。
『明六雑誌』の特徴.
制度的改革.
分野は多岐に渡るが、それらにはある特徴を看取できる。欧米の諸制度・思想を紹介して、それを文明国標準とする一方で、旧来既存の日本の考え方や制度に批判を加えようとする姿勢である。たとえば津田真道の「拷問論」を例とすると、明治になっても容疑者の取り調べには拷問が認められているが、こうしたことは文明国では認められていないもので、司法への不信や冤罪を生じさせる悪風だと論じている。
民心の一新.
人間観の転換.
啓蒙思想の源泉.
主要な論争.
『明六雑誌』は識者同士が議論すること、そしてそれを誌上に掲載することで世論を喚起しようとした新しいメディアである。雑誌に掲載された議論については、その目論見通り様々な反響を呼び、各種新聞には多くの投書が寄せられたという。誌上における有名な論争を挙げるならば、以下のものを無視することはできない。
学者職分論争.
民撰議院論争.
この論争はあくまで民撰議院の設置時期に限定されるものであって、それ以上の深みは無かったけれども、民撰議院が世情の関心の的となったことで、本格的な自由民権運動の種子をまいたと評価されている。
妻妾論論争.
国語国字論争.