Dr.エッグマンの野望を阻止するため、ソニックはエッグマンの巨大宇宙戦艦に乗り込んだ。カオスエメラルドのパワーを解放し、スーパーソニックに変身してエッグマンを追い詰めるがエッグマンの罠により高エネルギー捕獲装置に拘束され、カオスエメラルドのエネルギーを吸い取られてしまう。そのエネルギーが惑星に発射されたことによって世界は七つに割れ、大陸の底より化け物が現れた。エッグマンは、このエネルギー生命体『ダークガイア』を復活させ、その無限のエネルギーを使って長年の夢であった、自らの理想郷「エッグマンランド」を建設することが目的だったのだ。
世界が混乱に陥る中、ソニックの身体にも、予想し得ない驚くべき変化が起こる。筋肉が盛り上がり、爪が尖り、牙が生え、全身が長い毛に覆われた獣のような姿に変化していたのだ。
獣の姿になったソニックは壊れた星に落とされるが謎の力に助けられる。そこで妖精のような生き物チップと出会う。彼は記憶を失って思い出せなくなっていた。自分が原因かもしれないと知ったソニックは記憶探しをすることを決心する。
壊れた星を元に戻し、エッグマンの野望を打ち砕くため、ソニックはチップを相棒にして世界をまたにかけた戦いと冒険が始まった。
ゲームシステム.
昼ステージ (ソニック).
ステージミッションは各地にある神殿「ガイアゲート」に入る事によって始まる。
昼ステージは太陽、夜ステージは月、ボス戦は星の模様が描かれた扉の先にあり、それぞれ、扉を開くには対応した石版を入手する必要がある。
石版は「ビレッジの住人達」からもらったり、ステージをクリアするともらえる欠片を住人に修復してもらう。
他所のステージミッションをクリアしたり、アイテムの入手などの条件でステージが追加される事もある。
また、「ガイアゲート」にはステージのミッションをクリアしたり、ステージの道中に落ちているものを拾うなどして入手した「太陽のメダル」と「月のメダル」の枚数に応じて開く扉がある。
ここでは人々から情報を入手したり、買い物やミッションへの挑戦が行える。
「ビレッジ」の奥には、ステージへの入り口、ガイアゲートが幾つか設置された「エントランスステージ」が広がっており、ゲーム中に集めた「太陽・月のメダル」の力を利用することで、ガイアゲートが開かれる。