またこれはフィルムツーリズムにおいても同様のことは起こりうるが、巡礼者が（作品と事情を知らない地元住民から見て）不審者とみなされるような奇怪と見られる行動をすることがあり、中にはマナー違反や明らかな違法行為に出る者もいる。例として、前述した『涼宮ハルヒシリーズ』の原作者の出身校で、主人公らが通う学校のモデルとされる兵庫県西宮市の県立高校の敷地に侵入し、落書きをする者がいたり、アニメ『Free!』のモデル地とされる鳥取県岩美町の荒砂神社に落書きをされているのが見つかり、インターネット上で批判が殺到する事態となっている。こうした事情・理由から作品によっては、発行元・製作者が「聖地巡礼の自粛」を呼びかけた例もある。
もっとも、このような違法行為・マナー違反の問題については、漫画・アニメなどの舞台地とされる地域に限らず全ての観光地においても起こりうることではある（「マスツーリズムの弊害と批判」・「観光公害」も参照）。
杉山が意識していたかは不明だが『輪廻のラグランジェ』と鴨川市のタイアップは「失敗例」として取り上げられることがある。アニメ作中に「鴨川」の地名及び市内の名所・名物などが頻繁に登場したことや、市がタイアップ効果を狙っていることがNHKの番組にて報じられた結果、アニメファンからは「あざとい」と批判された。ただ実際には、鴨川の町おこしありきでアニメを作っていたわけではなく町側は後からアニメ制作のことを知ったとされており、「輪廻のラグランジェ鴨川推進委員会」は鴨川に来てくれた作品のファンと町の交流も行われたとしている。
主な巡礼先.
どのような作品であっても大なり小なり必ずファンが存在するため、ありとあらゆる作品に対してファンによる聖地巡礼は行われるが、ここでは特に社会的認知度が高い作品を一例に挙げる。
備考.
物語の主な舞台となった場所・作中においてカギとなる場所・視聴者の印象に残りやすい場所、などが「聖地」と定義され、主に巡礼の対象となるが、中にはただ訪れるだけでなく、その場所に憧れて移住する者も居る。聖地に憧れてその地に移住する場合の呼称については「聖地巡礼」のような明文化された呼称は無く、人によって異なるが「聖地移住」「聖地拝住」「聖地詣住」「聖地回帰」などの呼称で表現されることもある。