深津氏.
なお、【文化十三年武鑑】では深津金右衛門が定府の奉行扱いである。
大川氏.
原氏.
新井氏.
鬼頭氏.
小出氏.
稲葉氏.
佐野氏.
【諸役人留】に新潟明和騒動時の新潟町奉行の一人に佐野与惣左衛門の名が見える他、【万延元年武鑑】に定府で用人兼附役である佐野與惣左衛門の名が見える。加えて河井継之助の姉婿の一人が佐野与惣左衛門である。
槇氏（槇三左衛門家）.
小嶋氏.
江戸武鑑では【元文六年武鑑】に用人、【宝暦十三年武鑑】に奉行として小島助右衛門が見られる。
毛利氏.
江戸武鑑では【文化九年武鑑】から【文政三年武鑑】まで用人兼牧野忠雅附役、【文政四年武鑑】より奉行、【天保四年武鑑】では中老に定府藩士の毛利幾右衛門の名が見える。
幕末・維新期の非常時の重臣.
小林氏.
小林氏は、元々は上州浪人の赤堀氏で、大坂の陣・武功組みで幕末に牧野忠恭附役であるが、詳細は、小林虎三郎を参照。北越戦争では、恭順派に属した。大参事（＝家老に相当）となった小林氏とは、異流の小林氏も長岡藩士に存在する。
河井氏.
三島氏.
中堅以下で著名な家臣.
高野氏.
元は宇津氏。故あって信濃上田藩から移籍。大組所属。詳細は高野貞吉を参照。高野永貞（栄軒）、高野常道（余慶）、高野正則（松陰）が儒臣として著名。連合艦隊司令長官・山本五十六元帥の実家。
小山氏.
長尾氏.
しかし江戸武鑑でも牧野忠雅の代以降に長尾姓が登場しなくなるが、【安政分限】以降においても、長尾権十郎家以外に、長尾姓の長岡家臣は消滅する。改易となったのか、あるいは延岡から国替えとなっていた笠間に帰参したのかは不明である。
伊東氏.
伊藤氏.
渡邊氏.
渡邊姓は長岡家臣の中で最も多い姓であるが、同姓であっても同族とは限らない。
鵜殿氏.
秋山氏.
梛野氏.
梛野（なぎの）氏は、河井継之助正室「すが」の実家の姓として著名である他、幕末の改革で財政を担当した村松忠次右衛門の母が梛野弥五左衛門正春の娘である。
幕末の江戸武鑑では、【万延元年武鑑】に奉行の、【元治元年武鑑】に牧野忠訓の附役兼用人に梛野弥五左衛門の名が見え、ともに定府である。
北越戦争敗戦後の家臣団.
重臣.
なお河井氏と山本氏（勘右衛門家）は、謀反首謀者として改易。三間市之進は小諸に転属。
転籍した主な家臣.
倉地氏.