校倉造の成立年代は不明であるが、関野貞は『日本書紀』の雄略天皇条にみえる「朝倉の木の丸殿」が原型で、「あさくら」が「あぜくら」に転訛したという説を採っている。また成り立ちについては、高床倉庫から発展したとする説と大陸から渡来したとみる説があるが、律令制と共に普及したことから渡来した建築様式と考えられる。なお、中国の華南の貴州・雲南方面と、東北から高句麗に至る渤海周辺には類似した遺構がある。ただしこれらは校木が丸太であったと考えられ、断面が特異な形状になったのは日本独自の変化と考えられる。
律令制において租税の徴収は重要な制度で、集められた租税は正倉に納められた。そのなかでも主に稲穂（穎・えい）を納めた甲倉と記載される倉庫がある。
一方で校倉造のもつ保存性のよさ、あるいは校倉が重要な物資を保存する倉庫の象徴となったことにより、遅くとも奈良時代には宝物の倉庫として用いられ始め、中世以降も宝蔵や経蔵として建てられた。現存する校倉造の遺構はこの用途に供されたものである。
構造.
倉庫であるため、正倉院正倉などのように、湿度管理や害獣・害虫対策で有利な高床建物のものが見られる。
床下は礎石の上に束柱が建ち、その上に台輪（だいわ・床を支える部材）が載る。唐招提寺経蔵など古い遺構では台輪が「へ」の字型をしており、水切りやネズミ返しの名残という説がある。
台輪の上に校木（あぜぎ）と呼ばれる横材を井桁状に組み、それを積み重ねることで外壁を構成する。校木の断面は三角形と言われることもあるが、正確には野球のホームベースに似た変形の五角形もしくはその頂点を面取りした（角を取った）六角形である。外側に稜角部を向けるため外壁は波板状となり、校倉造の特徴となっている。また校木の組み方は古い遺構では直交する校木を段違いに組むが、時代が降ると同じ高さで組まれるようになる。基本的に柱はなく、外壁が構造を兼ねて屋根を支えるが、東照宮上神庫や出雲大社宝庫などの近世の遺構では柱を建て、校木は単に壁仕上げになっているものもある。
なお、『信貴山縁起絵巻』「山崎長者の巻」に描かれた「飛倉」は、校倉造の外壁を持つが、基礎部分には床を浮かせるための柱が描かれていないため高床建物ではなく、「土台（土井・土井桁とも）」と呼ばれる角材を地表面に井桁に組んでその上に校木を積み上げた「土台建物」であると考えられている。