近縁種との交配が止んだことをもって種が確立されるのなら、確立された新種の第一世代とその親（新種ではない）との間には何の差異があるのか、という問いに対しては、形態的には何の違いもないかもしれないが、近縁種との交配能力という遺伝特性を親は持っていて子は持っていない、と答えることができる。なお、分類学的には種の確立は交配の実質的な停止であっても成立し、イノシシと豚、馬とろばなどは互いに交配が可能な別々の種である。家畜種に限らず棲み分けによって確立している交配可能な近縁種の違いも進化論的に言えば互いに棲み分けるだけのなにがしかの遺伝的形質の差異があり、その差異が初めに生まれたのは親の遺伝子によるものではなく子あるいは卵の遺伝子によるものであると主張することができる。
種の分化とは通常種が分化していく一連の過程として捉えられる。その点では「鶏が先か、卵が先か」という問題を進化論で論じるとき、種の分化のある限定された部分を論じなくてはならないという事情が発生するが、種の分化のどの部分の議論になろうと、種を規定するのは遺伝的形質であり、遺伝的形質は交配によって生じる遺伝子によって規定される以上、卵が先だという結論自体は変わらない。
分子生物学者リチャード・ドーキンスは、遺伝学の基本をダーウィン進化論の種ではなく、遺伝子に書き換えたが、彼が提唱したミームという概念を用いると、これまでの議論とは少し違った現象を見つけることができる。人間に飼われているジュウシマツは野生のジュウシマツよりも飼われているジュウシマツをパートナーに選ぶ。ジュウシマツは鳴き声の複雑さ、平たく言えば歌の上手さでパートナーを選ぶということが分かっており、餌を探す時間や危険な外敵が少なく高い密度で飼われているジュウシマツのほうが、他の個体の歌声をたくさん聴き、アレンジして歌が上手くなる