非使用時の扱いは、特に初経（初潮）を迎えて間もない女子は生理周期が一定でないことが少なくないため、適当な数量を常に携帯することが習慣となっている。ポケットが付いた生理用ショーツ（サニタリーショーツ）もある。使用後の紙ナプキンは通常のゴミだが、区別して処理されるケースが多い。ナプキンは不透水シートや吸水性ポリマーが中にある関係上、トイレに流すと容易に詰まってしまう。また衛生上の理由やエチケット・マナーの点からも使用済みの紙ナプキンをトイレのゴミ箱やサニタリーボックスに雑然と捨てることは褒められた行為ではなく、汚れているほうを内側にして丸め、新しく使用するナプキンの包装ラップに包んでからトイレ個室に備え付けのサニタリーボックスに捨てるべきとされている。トイレットペーパーに包んで捨てるのはサニタリーボックスの容量を無駄に消費するので個包装ラップが無いときに限るべきである。一般の紙ナプキンはトイレに流すべきではなく、トイレに流せるタイプの紙ナプキンであっても説明書きのとおり、防水層を破るなど、流すときの下準備は必ず実施すること。家庭ではトイレにサニタリーボックスを設置するか、不透明の袋を用いることもある。
用途.
生理用ナプキンの名の通り、主に月経時に用いられ、生理用ショーツ（サニタリーショーツ）と併用されることもある。また、産後約一月続く出血や、強姦による出血にも用いられる。他に少量の尿漏れ対策や、下り物（おりもの）等を防止する際に使用することもある。しかし、下り物の場合は通気性確保などの観点から、専用のおりものシート（パンティーライナー）を使用するほうが望ましい。尿漏れ対策には尿吸収パッドが用いられる。
ナプキンは大きさや素材が様々であるので、経血量や交換できる頻度なども考慮の上で使用するのが望ましい。長時間交換できないことが予測される場合（長時間の会議やドライブなど）には、昼間でも夜用の大型のナプキンを使用する女性も多くいる。
ナプキンは、外陰部という皮膚が薄くデリケートな部分に装着するため、また、防水性の素材を使用しているため、装着時には蒸れやすくなり、かぶれやかゆみなどのトラブルを起こす場合もある。。
布ナプキン.