私立三流大・双葉大学の医学部に通う夏目温子は頭脳明晰、容姿端麗、スポーツ万能で、まさしく学園のアイドル。彼女を狙う医学部通いのボンボンたちは、クリスマスはぜひとも彼女を誘いたいと、次から次へとデートを申し込む。だが、彼女はそれを頑として聞き入れない。クリスマスは彼女にとってとっても大事な日だった。
温子の保護後見人、夏目久作教授はかつて禁止された生体実験を行ったとして学会を追われた人物だった。彼は現在、双葉大学にて講師を務めながらある研究を行い、その成果を引っさげて学会への復帰と自分を追い落とした者たちへの報復を狙っていた。一方で彼の息子・龍之介は学会への返り咲きを夢に見すぎて生活をおろそかにし、妻に逃げられた父親を戒めながらも、温かく見守っている。
そんな三人の一年前。学会を追われ妻に逃げられ、やさぐれていた久作に息子の龍之介はある願いをする。それは路上で車に轢かれて死にかけている猫を助けてほしいというものだった。クリスマスプレゼントなんていらないから、と必死にせがむ龍之介に久作は親としてその願いをかなえる。自らの研究の集大成をもって。
かくて久作の学会返り咲きを願う研究と、龍之介とヌクヌクの「家族の時間」が同時進行で語られていくことになる。
旧OVA版アニメコミックス.
『新万能文化猫娘 誕生編』.
原作者である高田の手による旧OVA版のセルフ・リメイクであり、その設定や内容は旧OVA版（後述）に準じている。「新」の文字があるがTV版や新OVA版の内容は反映されていない。ただし舞台はTV版・新OVA版の設定と同じ「マネキ市」である。これは元々、この作品がTV版と連動したメディアミックス企画上の一作品として作られたためであるが、本作の執筆開始時にはTV版および新OVA版の設定がかたまっておらず、初期段階のプロットのみをもって作品執筆が行われたため。
あらすじ（新・誕生編）.
龍之介は「NKシステム」に温々の頭脳を使うことを久作に願い出た。元々「命を救う」ためのシステム。久作は了承するが、自分ひとりでは無理だと語る。助手もいるし半年はかかる。龍之介は三島の跡取り。本来ならばすぐさま戻らねばならない、と。しかし龍之介は自らの意志で助手を買って出て、久作の下で暮らすことを申し出る。