重力をコントロールしてゴジラを宙に浮かせる設定は台本になく、特技監督の川北紘一が「宇宙怪獣らしい必殺技」として提案したものである。川北は、普通の攻撃では従来の怪獣と差別化ができず、新怪獣である意味がないと述べている。結晶体を飛ばす攻撃も当初の予定にはなく、西川は飛行能力やバリヤーなど「超能力版のメカゴジラ」の趣があったスペースゴジラに実弾攻撃がないことに川北が物足りなさを感じたからさせたくなったかもしれないと語っている。また、脚本段階ではスペースゴジラの性格設定が詰められておらず、撮影を進めるうちに輪郭がつかめてきたとも語っている。川北は同族だからこそゴジラに対する憎しみが強いと解釈し、スペースゴジラの強さを前面に押し出している。準備稿では、建物などをゴジラへ向けて飛ばすという描写であった。一方、結晶体を破壊された後には、前作では描かれなかった肉弾戦の迫力を強調している。
スペースゴジラが浮遊しながら攻撃する描写は、前作のスーパーメカゴジラと同様に天井に設けられたレールで操演している。この描写も現場で追加されたものである。川北は上昇するシーンで回転させながら手も動かしたいと想定し、そのためのギミックも用意されていたが、撮影の江口憲一はスペースゴジラをもう少し上昇させたいと要望したため、ギミックは外されて手も動かさないこととなり、回転は操演助手の白石雅彦がセットの床に寝そべって手動で回している。光線を吐きながら横移動するシーンは台車に乗せて撮影しているが、勢い余って転倒し、以後の撮影では下半身を固定している。肩の結晶体が破壊されるシーンでは、火薬が強すぎて火が消えなかったが、播谷は慌てることなく演技を続けていたという。
バース島での戦いは、脚本初稿では火山の噴火により、準備稿ではエネルギー不足により、スペースゴジラはゴジラにとどめをさせなかったという理由付けがなされていたが、尺の都合などからこの点については省略された。バース島の撮影時には、リトルをいじめ抜く様子からスタッフに「イジメッコ怪獣」と呼ばれていた。
『ゴジラアイランド』のスペースゴジラ.