慈照寺庭園は西芳寺を参考に作られたとされ、下段に園池、上段に枯山水石組の構成が類似している。慈照寺庭園の枯山水といえば銀沙灘と向月台が著名であるが、これらは江戸時代の作庭とされ、創建当時は単に白砂敷の前庭であったと考えられる。しかし、三玲はこの前庭の空白美が後の枯山水様式に影響を与えた可能性を指摘している。
また、庭を作る技能をもった職人の登場も変化の一因とされる。彼らは河原者と呼ばれる雑役・遊芸に従事した最下層の者で、特に作庭に従事するものを山水河原者、あるいは庭者（にわもの）と称した。貴族間の相伝であった従前の作庭様式はすでに画一的なものになっていたが、彼らの登場によって新風が吹き込まれたとされる。慈照寺の庭園を作庭した善阿弥がその代表である。
安土桃山時代.
安土桃山時代に至ると、禅宗特有の庭園であった枯山水が他宗寺院や城郭の庭園として用いられる。この時代の武家は豪華さを好む風があり、枯山水も種々の発展をする。小野は、武家において来客を会所に招く際に、床の間や違い棚を唐物で飾り立てることで文化的な教養を誇示する事ももてなしであったとし、枯山水にもその影響があったと指摘している。こうした枯山水は枯滝、枯流れを用いる傾向が顕著で、自然主義的な趣がある。用いる石も多く、吟味して選ばれ、構成も立体的になる。また、蓬莱山を模した石組や鶴亀両島などが好まれ、切石の橋や大刈込を用いるなど、他の庭園様式の要素を見出すことが出来る。また大書院建築の流行と共に、庭園面積も広く横幅が広がっていく。代表的なものとして西本願寺書院庭園、名古屋城二の丸庭園、圓徳院北庭、粉河寺庭園、太山寺安養院庭園、一乗谷朝倉氏庭園南陽寺跡庭園、本法寺庭園などがある。
江戸時代.
江戸時代の枯山水の特徴として、禅宗寺院において龍安寺庭園を模範とした構成として再出発していることが挙げられる。こうした庭園は長方形の地割りと空白の白砂敷を基本とするが、石組は奥に寄せる形になっていることが特徴で、借景も用いるようになる。また植栽の刈込や箒目が整形化されるのも江戸時代である。代表例として大徳寺方丈庭園、正伝寺庭園、南禅寺方丈庭園、相国寺開山堂庭園、妙心寺東海庵書院南庭などがある。