ただし、ツァーリの強力な統制も西欧化についても、一様な進行プロセスを辿ったわけではない。そしてその生み出された結果についてのステレオタイプな見解「体制従属的なロシア正教会」「他の正教会に比べて西欧的なロシア正教会」についても、それほど単純なものではない。まずロマノフ朝の出発点は、非常に非力なツァーリから始まっていたことには留意すべきであろう。その正教会との関わりの経緯、その終結点についてはさまざまな見解が存在し、これも同じく単純なものではない。ツァーリの統制が完成するまでのプロセスを、主に以下の点を順に追っていくことで概観するが、あくまで概要でしかないことに注意されたい。
世俗権力と教会勢力の不均衡.
カトリック国のポーランドが介入して来るに及び（ロシア・ポーランド戦争）モスクワはポーランドに占領されたが、モスクワ総主教エルモゲン（ゲルモゲン）はモスクワを占領したポーランド人に祝福を与えるのを拒んだ。ポーランドにより獄中に繋がれたモスクワ総主教エルモゲンは、混乱していたロシアに回状を出し正教信仰の守護と国土解放を呼びかけた。ロシアではニジニ・ノヴゴロドを中心に国民軍が編成され、ポーランドからモスクワは解放された。
ニーコン総主教およびその後の改革.
ロシア正教会史の中でも特筆される大事件として挙げられることが多い総主教ニーコンによる改革は、特筆されて然るべきさまざまな決定的影響をロシア正教会に残した。この改革に対する評価は賛否両論があり、現代の正教会関係者からも必ずその功罪の両面が挙げられる。その背景と顛末を、概要のみ記す。なお、この改革は宗教改革とは呼ばれない。
ブレスト合同とキエフ神学校.
伝統を重視する姿勢の二分：古儀式派の発生.
先述の通りこの時代、ロシア正教会では所有派が指導的立場にあったが、所有派は非常に形式を重んじる人々であり、形式主義は非常に深くロシア正教会に根を下ろしていた。
形式主義への偏重を中庸の状態に適正化させること。およびロシア正教会の形式を、正教世界の中心たるロシアに相応しくギリシャに倣ったものとし、ギリシャの奉神礼・伝統・祈祷書を取り入れることで正教会世界の標準的地位をロシアに確立すること。以てカトリック教会への対抗とする。これらがニーコン改革によって目指された。