アフリカ大陸を征服したキリスト教諸国は、アフリカの土着信仰を「邪教」「悪魔の教え」と断じ、宣教師団などを用いてキリスト教への改宗を促す政策を推進した。
ヨーロッパ白人は、アフリカ大陸を「暗黒大陸」と呼称し、アフリカのすべての文化、宗教を否定した。キリスト教布教は、キリスト教諸国にとって文明開化を意味し、宣教師団による啓蒙活動の推進であったが、実際には搾取に他ならなかった。また北アフリカにおけるイスラム教徒に対する迫害は、彼らの激しい抵抗を呼び起こした。
ヒンドゥー教に対する迫害.
イギリスのインド統治の期間中、もしくはそれ以前のヨーロッパ諸国によるインド南部の支配においてキリスト教の宣教師たちは盛んにヒンドゥー教を「邪悪」であり、「偶像崇拝」以外何もない空虚な教えであるとして激しく攻撃し、その存在価値を認めなかった。イギリス以前の支配者の中にはヒンドゥー教徒を激しく迫害したものも多く、イギリス時代にも当然のようにキリスト教徒と非キリスト教徒の間には強い差別が存在した。
ユダヤ教に対する迫害.
キリスト教はユダヤ教から派生した宗教であったが、ローマ帝国にキリスト教が普及し、国教として採用されるにあたりイエスの処刑の原因をユダヤ人に擦り付けスケープゴートにすることで反ユダヤ主義的な帝国市民との妥協を行った。これ以降キリスト教徒からユダヤ教徒は「神殺し」と呼ばれ、きわめて厳しい迫害を受けた。
ユダヤ人はゲットーに閉じ込められ、キリスト教徒との交際や婚姻を制限され、またしばしば民衆の不満の捌け口になった。また、イスラム教や東方教会、各種原始宗教と同じく十字軍の標的にもなった。
仏教への迫害.
ベトナムでは、ベトナムのカトリックによって仏教徒が迫害される仏教徒危機が発生した。熱心なカトリック教徒だったゴ・ディン・ジエム大統領自ら、仏教徒を積極的に迫害し、差別した。
日本における諸宗教への迫害.
その過程において、一部のキリシタン大名とキリスト教信者によって、領内の神社、寺院が焼かれ、僧侶が迫害されるという事例が存在した。ただし仏教徒の大名の領土では、逆にキリスト教徒が迫害されていた事例も存在した（原因の一つにキリスト教が他宗教を「悪魔の教え」と見なしたことによる対立がある。アフリカにおける例を参照）。