戦闘中に複数キャラクターによる同時攻撃などの要素が加えられ、また一般的なRPG的要素とは別にミニゲーム「マスコンバット」、「トレード」が盛り込まれている。戦闘画面について一部ではファミコンソフトの「独眼竜政宗」に似ているとの意見も出されていた。
システム.
フリーシナリオ.
『ロマンシング サ・ガ』で採用された、選択肢や行動で展開が変わるフリーシナリオシステムを採用している が、本作ではどの主人公でもオープニング時の発生イベントはある程度共通である。
また、本作は「戦闘回数」によりイベントが発生・変化する要素はほとんどなく、主要シナリオ以外の多くが「参加の有無」のみで進行する（次作『サガ フロンティア』に近い）。さらにシリーズで初めて、主人公ごとに複数のエンディングが用意された。
マップ・フィールド.
地域間の移動はマップを選択・指定する方式で、「世界全体のマップ」「地域ごとの小マップ」に分かれている。船で新地域に行ったり、街などで情報収集をすると、マップに地名が書き込まれ、基本的には以降自由に行き来できる。物語を進めると世界地図自体が広がり、より多くの地域に行ける。
フィールド（町やダンジョンを含む）では、方向キーで上下左右への移動が可能（斜め方向への移動は原則不可能）。特定のボタンを押しながらの移動はダッシュとなり、移動速度は上がるが、ダンジョンでは敵の姿を視認しにくくなり、その状態で戦闘に突入すると不利になる（後述）。
また、町などの原則戦闘が発生しないフィールドでは、特定のボタンを押すと屋内にいる場合は屋外へ、屋外にいる場合は「地域ごとの小マップ」に簡易移動する機能がある。
所持金.
宝箱を開ける・一部の敵を倒す・所持品を売却するなどの手段で入手でき、各種店舗にて武具及びアイテムの購入や、船での移動代に使うことができる。
銀行は町施設の一種として存在し、「引き出すこと」はできるが任意に「預け入れること」はできない。一部、銀行を利用できない主人公もいる（後述）。
アイテム管理.
戦闘システム.
コマンダーモード.
主人公を陣形から外した「控え」状態にすると、主人公が「コマンダー」として指揮を担当する。