とりわけ軽微な違反である青切符では捜査の手間が掛けられないため、その傾向が強くなりやすく、しかも青切符での写真撮影は過去の判例などから許されない可能性もあり、自白を得られない青切符の違反者は、取締りの不当性が認定され、無罪判決が出てしまう可能性を恐れ、起訴もされずに野放しということになりかねない。
このように、自動取締は悪質な違反者の検挙には向いておらず、取り締まり対象が偏っているため不公平という問題がある。ネズミ捕りの速度取締りも、必ずしも平等ではない。しかしながら、あまり問題にならないのは、取締りをやっている限りにおいて誰でも捕まる可能性があるからである。ところが、自動取締装置は暴走族に対して余り効果が無く、職業運転手が集中的に捕らえられるとするならば、法の下の平等の問題も生じる。
ただし、特に悪質な違反者については防犯カメラなどを用いた本格的な捜査が行われることがある。しかしながら、そのような捜査が可能な違反はごく少数となる。
出頭要請になかなか応じない違反者も問題になる。出頭要請の通知が届いても、無視されたり、仕事で忙しい等の理由で指定された日時に出頭しない違反者も少なくなく、何度も出頭要請を行うことになり、警察の負担となっている。再三にわたる出頭要請を幾度となく無視し続けた長期未出頭者は、撮影された画像からナンバープレート、車両の名義人や顔写真などを基に捜査が行われ、最終的に逮捕状が請求されることになるが、逮捕状の請求には多大な手間が掛かり、違反者の搬送にも多数の人員が必要である。そのような違反者に手間取っている間にも次々に新しい違反画像が送られてきてしまい、捜査が追いつかず、作動速度を引き上げたり、破棄する画像が増える結果となり、今度は逆に一般運転手の検挙件数が少なくなるという問題も発生している。
このような問題から、自動取締を速度取締りの主力とすることは捜査の負担の大きさや公平性の観点から不適切であり、自動取締に加えてパトカーや白バイ等による追尾式の取締りや、撮影機能のないスピード測定器を使用し現場で停車させる有人式の定置取締りを組み合わせることが不可欠である。