山口勝平は怪盗キッドとの兼任だが、本作に出てくる新一はキッドの変装であり、『水平線上の陰謀』同様、小学生時代の新一の声も高山みなみが担当しているため、山口勝平が演じる新一の出番はエピローグのみで、冒頭の解説とコナンの変声を除けば台詞は一言のみであった。
本作以降の毛利小五郎役は降板した神谷明に代わり、小山力也が演じている。本作以降の舞台挨拶にも神谷に代わり小山が、コナン役の高山みなみ、蘭役の山崎和佳奈と共に登場している。
シリーズ恒例となっている阿笠博士からのダジャレクイズは、いつもは本編の序盤で出題されるが、本作では事件解決後になっている。
ストーリー.
一方、その間にテロリストが飛行船のハイジャックテロとバイオテロの情報をネットでばら撒き、感染を恐れた人々はパニックに陥って我先にと大阪より西の地域へ脱出を図り、街はもぬけの殻になる。さらにテロリストは奈良市上空で発煙筒を焚き、飛行船が墜落しかけているかのように見せかけ、パニックに陥った市民は奈良から我先にと逃げ出す。平次から情報を得たコナンは、テロリスト達は本物の赤いシャムネコとは無関係の傭兵集団であり、真の狙いは無人となった奈良の興福寺から国宝の仏像を盗み出す事だと気付く。コナンはキッドと共に赤いシャムネコのメンバーを一人ずつ気絶させていき、リーダーも「キック力増強シューズ」によって倒される。平次達も奈良県警と協力し、ニセ警官に扮して仏像を盗み出そうとしたテロリスト達の仲間を逮捕した。
一方船内では、蘭に炎症が起き、感染が疑われるため、喫煙室に入る。だがコナンは殺人バクテリアは研究所から持ち出されておらず、バクテリアの正体が漆であることを暴き、蘭を安堵させる。コナンは真の犯人が藤岡ということを見抜く。藤岡は雇ったテロリスト諸共飛行船を爆破する算段であり、その前に本来の目的を妨害したコナンをおびき寄せて抹殺しようとするが、コナンは「どこでもボール射出ベルト」を使い、サッカーボールをアドバルーン大に膨らませ、明石海峡大橋に引っ掛けて飛行船を傾かせ、藤岡を落とす。さらに機内も、藤岡が一連の事件の黒幕だったことをコナンに見破られたため、本来の彼の部下である西谷と石本が化けの皮を剥がし再びハイジャックされていたが、飛行機が傾いた事で壁に落下して気絶した（乗客達は手首などを拘束されていたため無事だった）。