コミックマーケットでは全ての参加者は対等の立場であるとされる。このため一般参加者であってもルールとマナー、諸注意事項を理解して参加するなど事前の準備が必要であり、毎回発行されるカタログ上で呼びかけられる。しかしながらインターネット上のコミュニティが発達し、またコミックマーケット自体も社会的な認知度が高まるにつれ、雑誌やインターネット上の掲示板などの情報だけを頼りに来場する参加者が増えてきており、他の参加者やスタッフなどとの間で以下のようなトラブルにも発展するようになってきた。これらはイベントの運営進行と参加者の活動に悪影響を与える言動として注意が必要となる事項である。
出品物に関する問題.
参加者の低年齢化に伴う影響と成年向け同人誌の氾濫.
このため、同人誌即売会においてはこのような性描写の氾濫が最も問題視されている（「性描写の問題」と「パロディによる著作権の問題」は、本来別の問題であるが、一括りの問題とされることがある。後述の「東京都や警察庁の表現規制方針」も参照されたい）。また、コミックマーケットで多数のサークルで成人向けを扱う状況から、「成人向け作品を販売するイベント」との誤解や偏見が持たれている状況も多々存在する。
東京都や警察庁の表現規制方針.
印刷所に関するトラブル.
かつて茨城県龍ケ崎市に存在した印刷会社「木内印刷」は、価格が非常に安く、同社を利用するサークルも多かったが、文字化け状態のまま印刷する、乱丁率の高さなど仕事そのものの低品質さに加え、印刷の遅れから前日搬入を行えず、やむなく準備会がサークル側への救済措置として当日朝の搬入を認めるなど、トラブルを多々起こしていた。特に規定外搬入については以前から繰り返しており、準備会からも改善要請を再三行ったにもかかわらず改善が見られず、さらに開催ごとに必要な搬入企業登録料も支払われていない状況が続いていた。
二次創作と著作権について.
販売量.