従来、漢語は漢字で書くものであり、その字音を仮名で書きとる方法を確立させる必要性はあまりなかった。そのため江戸時代の国学において契沖が歴史的仮名遣を研究し確立した際にもその適用範囲は和語のみであり、漢語にはほとんど及ばなかった。漢字音の仮名遣いに関する研究は本居宣長の『字音仮字用格』に至ってようやく基礎が固められ、本居宣長はこれを「字音仮名遣」と名付けた。現在は「じおんかなづかい」と読むが当時の国学者たちは「もじごえかなづかい」と読んだと推測されている。本居宣長は万葉仮名と中国の韻書の反切を対照させる方法を採っており、字音仮名遣の研究は反切資料を忠実に反映させようとしたいわば理論的な作業であった。これを受けて太田全斎は『漢呉音図』を著し、東条義門が『男信（なましな）』、さらに白井寛蔭が『音韻仮字用例』を著すことによって字音仮名遣いの研究が進んだ。明治に入って大槻文彦が国語辞書『言海』を著すと、歴史的字音仮名遣が徐々に普及していった。
江戸期の漢学においては、漢詩を作詩することは重要な素養のひとつとされていたが、音読みの音は、元来異なる音が合流して受け入れられているため、押韻を正しく踏まないことも多く、それを区別する必要があった。そのため、平仄とあわせて、反切を一字一字記憶することが漢学を学ぶ者において求められたが、字音仮名使いはその便法として漢学初学者に普及した。
またこのような字音仮名遣は、反切に忠実な漢字・漢文の読音であった漢音にはうまく適応したが、日本語の日常語としてもなじんでいた呉音に関しては反切による復元と古来よりの読音とが合わない場合が多く見られ、現在でも辞書ごとに異なるものが少なくない。
和語と漢語語彙の区別.
オ段+オは必ず和語.
「現代かなづかい」で「党利」が「とうり」で「通り」が「とおり」、「多い」が「おおい」で「王位」が「おうい」という違いがある。これは現在の日本語では「同音語の書き分け」と見なされ「王様」を「おおさま」、「そのとおり」を「そのとうり」と書くなど混同する人が多い。
漢語語彙同士の区別.
中古音との対応.
字音仮名遣の「揺れ」.
「熊」も和歌山県田辺の熊野（いや）のように、もとは「いう」であった。
このように、歴史的字音仮名遣いは未完成の現状にある。
情熱 (KinKi Kidsの曲)
解説.