ただし、その内容形成と編纂は、特定のグループによって一挙に体系的に行われたわけではなく、各種の瑜伽（ヨーガ）を実践していた様々な行者グループの観法が寄せ集められ、『秘密集会タントラ』の名の下にまとめられたに過ぎない。そのため、いくつもの瑜伽観法や曼荼羅が列挙されており、観法の統合に失敗して矛盾した内容になっていたり、重複・欠陥があったり、曼荼羅の諸尊のどれかが欠落したり、配列の前後関係に齟齬があったりと、統一性・一貫性を欠いた箇所が少なくない。
以前の経典との関係.
『秘密集会タントラ』（及びその後の後期密教経典群）は、それ以前の経典の内容と大きく色彩を異にするが、そこに通底するテーマである「欲望を否定しないことや、世俗の積極的な活用」が、それ以前の仏教経典に全く見られなかったかと言えば、そういうわけでもない。
代表的なものとしてよく言及されるのが、『般若経』及び『真実摂経』（『金剛頂経初会』）の一部としても知られる『理趣経』である。また、『維摩経』も、在家者の観点から、教条主義的な欲望否定にこだわる戒律絶対主義者を嘲笑し、欲望を否定しないで涅槃を求める方向性を示そうとしている。
このように、「欲望を否定しない」という側面は、大乗仏教の初期から（一部であれ）孕まれており、『秘密集会タントラ』（及びその後の後期密教経典群）は、その発展形と位置付けることもできなくはない。
構成.
チベット語訳では、第一分から十七分までを「根本タントラ」、十八分を「続タントラ」として区別する。また、ここに更に補足的な「釈タントラ」を付属させることも少なくない。
また、第一分から第十七分（「根本タントラ」）の部分は、内容・外形的に、第一分から第十二分までの「前半部」と、第十三分から第十七分までの「後半部」に分けることができる。「前半部」と「後半部」は内容的にかなり異質であり、「後半部」は記述量も数倍に増す。
なお、第十八分では、（第一分と第十八分を除く）諸分の分類は、
と説明される。
内容.
概要.