制作会社はテレビアニメ版と同じであるが、監督以下スタッフと一部のキャスト（項目「登場人物」参照）が異なっている。映画の監督の高坂希太郎は最初、テレビシリーズの監督を務めた谷東からアニメ化のためのイメージキャラクターを依頼されて参加することになった。原作は非常に人気のある作品ではあったが、発売開始から少し時間が経っているという所もあったので、映像化自体を盛り上げようと、製作者側は劇場版とテレビシリーズの企画をセットで動かしていた。その後、劇場版の制作が先行してスタートし、高坂に監督の依頼をすることになった。その段階ですでにテレビシリーズの話もあったが、具体的にどうするかはまだ決まっていなかったので、高坂への要望は映画は独立した一本として作って欲しいというものだった。また一年後に企画がスタートしたテレビのスタッフにも、劇場版につなげるなど考えずに、テレビシリーズとして割り切ったものを作っていこうという方針が伝えられた。高坂は、谷がテレビアニメの監督をやると聞いて応援していたところ、自身が映画の方の監督を依頼されて先に作ることになり、驚いたという。制作はマッドハウスが劇場版とテレビシリーズの両方を担当しているが、それぞれ違うチームで作っているので、映画とテレビシリーズで監督の解釈により展開の異なる作品となっている。
映画内で物語の始動から完結までを描くため、原作の中から選抜されたエピソードが使用され、独自のエピソードも追加の上で、それらを融合してストーリーが組み立てられた。特に、織子の成長を描くという観点から、両親の死についてはより踏み込んだ描写がなされている。登場人物の設定も見直され、オリジナルキャラクターが登場するほか、一部は原作やテレビシリーズでは別々の登場人物が担ったエピソードを一人の登場人物が兼ねている個所も存在する。