米飯のみを用いて発酵させ、乳酸などの有機酸の風味が豊富な「なれずし系」と、寒冷地で考案された製法で麹を添加することにより、発酵を促しつつ糖化により甘みが付加される「飯寿司（いずし）系」に分類する見解もある。なれずし系には琵琶湖周辺の鮒寿司、和歌山県、富山県のサバのなれずし、岐阜県、兵庫県のアユのなれずしなどがあり、いずし系には秋田県のハタハタ寿司、北海道のサケのいずし、石川県のかぶら寿司、岐阜県のねずしなどがある。
いっぽう、篠田は、現代の滋賀県のふなずし（およびその周辺のいくつかの類似のなれずし）について、いくつかの点が他地域のなれずしに無い特徴を有することから、これらを他地域のすしから区別しうるものと考えた。具体的には：
以上のことに基づき、篠田は滋賀県のふなずしを他地域のものと区分し「ホンナレ」と呼んだ。一方で、それ以外の地域のなれずしは、熟成期間が短い、漬け終わった後の賞味期限が短い、漬け床の米飯も食べるといった特徴から「ナマナレ」に区分した。それらとは別に、麹を用いるものについては「いずし」に分類した。
日本のなれずし.
なれずしはタイの北部から中国雲南省にかけての地域に起源を持ち、弥生時代に稲作が中国から伝わったのと同じルートでもたらされたものとされている。平安時代中期に制定された延喜式には、西日本各地の調としてさまざまななれずしが記載されている。アユやフナ、アワビなどが多いが、イノシシ、シカといった獣肉のものも記述されている。従来の見解では、室町時代に発酵期間を数日に短縮し、「漬け床」の飯も食する「生成（ナマナレ）」が始まり、江戸時代になると酢が出回るようになり、発酵によらずに酢飯を使用した寿司が作られ、それが主流となるとされていた。
戦国、織豊時代以降には、新たにドジョウやナマズ、ウナギなど魚の種類が増加し、ナスやミョウガ、それにタケノコなどの野菜類を材料としたものが現れる。
日本各地にはなれずしが郷土料理として残っている。日本海側各地には、アジやニシンなどを使ったなれずしが多い。
以上のもののほか、米麹を併用するものとして以下のものがある。
ふなずし史の再考.
篠田統は、戦後日本の各地方のふなずしについて調査し「すしの本」に情報をまとめた。その中で、篠田は戦後日本の滋賀県のふなずしについて次のように述べた：