古代の律令制での神祇官は、朝廷の祭祀を司る官であり、諸国の官社を総轄した。養老令の職員令には太政官に先んじて筆頭に記載され太政官よりも上位であり、相並んで独立した一官であった。諸官の最上位とされた日本独自の制度である。
神祇官の名称は大宝律令制定以前の史書にも見えるため、飛鳥浄御原令等で既に設置されていたと考えられるが、記録がないため詳細は不明である。
構成.
四等官
相当する位階は低く、後述の神祇伯の相当位階は従四位下とされる。これは、太政官の常置の長官たる左大臣（正二位または従二位相当）よりはるかに低く、左大弁・右大弁（従四位上相当）、大宰帥（従三位相当）、七省の長官たる卿（正四位下相当）より下である（官位相当制の項参照）。すなわち、上述のとおりでは太政官の上に位置したが、文書行政では太政官よりも下位であった。
平安時代初期までは律令制の原則が守られたため、伯の職も独占ではなかったが、その後、忌部氏や大中臣氏（藤原氏とは同族）が神祇官の要職を占めるようになった。のちに花山源氏白川家が神祇官の長である神祇伯に代々就任した。神祇伯になったものは実際は臣下でも王を称したので、白川伯王家などといわれる。
官衙.
神祇官（の官衙）は、大内裏の南東に位置し、神殿とも称される正殿（北庁）、儀式時に公卿が着座する南舎、天皇を守護する八神をまつる八神殿などからなる。
職掌.
総論.
神祇を祭り、諸国の祝部（ほうりべ、神主や禰宜の下の神職で神戸から選ばれた）の名帳（名簿）や神戸の戸籍の管理、大嘗祭・鎮魂祭の施行、や亀卜を司った。
神祇令規定の実際の祭は以下のとおり：
このうち祈年祭、月次祭、大嘗祭（新嘗祭）には諸国の祝が召集されて忌部から幣帛（ぬさ、みてぐら。供物のこと）を班給された。近年では、このような全国的規模の祭祀（＝神社機構）統括のために、本来地位が低い神祇官が太政官と併置されたといわれる。
神部.
卜部と宮主.
神祇官 (明治時代).
沿革.
神祇官の復興.
明治神祇官.