マイクロフィルム、磁気テープ、DVD、ブルーレイなど記録する媒体自体が時間と共に劣化し再生できなくなることと、これらの媒体内にあるデータを読み取る機器や規格が廃れる可能性などの問題、記録した言語が滅びてしまう問題、数千年先の未来まで一度も開けないと途中の世代がその中身の読み方を忘れてしまい、価値も分からなくなり結局無価値になるという問題・批判も指摘されている。
管理.
タイムカプセルの管理にまつわる問題もある。上述した様に、本格的に管理をするとなにかにつけて費用が発生するし、実質的に放置状態の場合にはいざ掘り返して開封という段になって問題が発覚することも少なくない。
十数年程度での開封を予定しているものですら、適切な管理がされていなかった場合、埋設地の目印の腐朽や紛失、周辺の建築物や構造物の改築などにより埋めた場所が特定できなくなるケースは少なくない。当時は植込みなどの一角に埋設されたカプセルの存在が忘れられて、後年にその場所が駐車場や道路として舗装されてしまったり、直上に建物などの構造物が建てられてしまったケースもある。
特に、教育機関や公共施設、企業では、人事異動や退職の際にタイムカプセルの件について引き継ぎがされず、やがて埋設の当時を知る職員がいなくなり、目印が撤去されたり施設が改築されるなどした結果、埋めた場所が判然としなくなり、いざ開封という段になってから行方不明になっていることが判明し、金属探知機や埋設物調査の会社を投入して探索が行われるということや、当時の曖昧な記憶だけを頼りにあちこちを掘り返して無駄な労力や費用を使うというケースも少なくない。
少子化に伴う学校統廃合などにより施設が廃止され、その跡地が企業に売却されたり住宅用地として分譲されるケースもあり、この場合、タイムカプセルの扱いが問題となる、あるいはその時点では存在が忘れ去られており後年になってから騒動となるケースもある。
建物を造る際にたまたま発見されたこともあり、誰が埋めたかなどが特定しにくいこともある。