局の庶務、議会、文書、組織、広報広聴、調査・統計、企画調整、予算、決算、会計、契約、財産及び物品の管理、工事、人事、定数、福利厚生、研修、区市町村との連絡調整、監理団体に係る調整等の事務を行っていた。
指導監査部.
指導検査の総合調整、社会福祉法人設立認可、介護保険事業者、養護・有料老人ホーム障害福祉サービス事業者、保護施設、保育所、保険医療機関及び保険薬局等への指導検査に関する事務を行っていた。
医療政策部.
医療政策の企画調整、医療改革の推進、地域医療対策、救急医療、災害医療、小児救急医療、周産期医療、へき地医療、医療施設等許認可・監視指導、患者の声相談窓口、医療従事者確保対策、免許、医療社会事業、特別区内の死体検案及び解剖、看護師の養成に関する事務を行っていた。
保健政策部.
保健政策の企画調整、保健所事務事業の調整・管理、健康づくりの推進、成人保健対策、難病対策、被爆者援護、臓器移植・献血対策、医療費助成、国民健康保険事業の計画、区市町村・国保団体等指導、審査会、精神保健福祉・難病対策等の専門的対人保健サービス、医事・薬事衛生・食品保健等の生活環境保健サービスに関する事務を行っていた。
生活福祉部.
生活福祉の企画調整、旧軍人等の恩給、生活保護、保護施設及び無料低額宿泊所の運営指導、低所得者対策、路上生活対策、中国帰国者対策、山谷対策、福祉人材対策、福祉のまちづくりに関する事務を行っていた。
高齢社会対策部.
高齢者施策の企画調整、高齢者保健福祉計画の策定、介護保険に係る、財政、区市町村に対する技術的助言、指定居宅サービス事業者等の指定・運営指導等、審査会、高齢者の在宅福祉、認知症高齢者への支援、施設事業者の運営指導、介護老人福祉施設等の整備費補助、ナーシングホームなど都立高齢者施設等の管理・運営に関する事務を行っていた。
少子社会対策部.
子供・家庭・女性施策の企画調整、子供家庭支援、児童相談所、非行児童支援、医療費助成、母子保健、ひとり親家庭の支援、女性福祉施策、児童手当、社会的養護、里親、保育対策に関する事務を行っていた。
障害者施策推進部.
健康安全部.