龍馬は自分の新たな夢を叶える為に幕末の世界を動かし、ついには薩長同盟が成立。しかし、それを良しとしない薩摩の手の者や伊東甲子太郎によって暗殺される。龍馬を守り切れなかった出海は、無為に時を過ごしていたが、沖田との約束を思い出し、病床の沖田と対戦。沖田の三段突きをかわし、死傷する程の蹴りを入れた際に、遺言として土方を「よろしくお願い」された事で、北走する土方を追う様に北海道へ。
五稜郭から単騎で新政府軍本陣まで討って出た土方の前に出海が立ち塞がり闘う。土方の刀を敢えて踏み込み、斬撃の勢いの乗らない鍔元部分を身体で受け止め組み付いた出海の拳を受け土方は敗北。土方はもう思い残す事は無いと新政府軍へ突撃し、銃弾に倒れた。
アメリカ西部編.
西部開拓時代のアメリカ合衆国を舞台に第二部の主人公・出海の弟である雷（あずま）とインディアン達の交流を描く。
他の部同様に「アメリカ西部編」のみで完結したストーリーとはなっているが、本編は『修羅の門』のストーリーとも深い関わりを持ち、また唯一日本以外が舞台となっている等、『修羅の刻』の中に於いてやや特殊な部となっている。
あらすじ（アメリカ西部編）.
雷は単独で騎兵隊の大軍に立ち向かい、将軍を殺害する事で騎兵隊の進行を一時停止させた。
（修羅の門 第三部へ）
寛永御前試合編.
江戸時代初期、寛永年間を舞台に、陸奥を名乗る少女・圓と彼女への助力を約束した謎の人物・天斗の2人を中心に、御前試合の顛末を描く。「宮本武蔵編」の続編に当たり、宮本武蔵・伊織親子が再登場している。
あらすじ（寛永御前試合編）.
御前試合出場の為の江戸への道中、伊織は柳生の手の者に囲まれる。伊織が彼らを片付けようとした時、突然、陸奥圓（つぶら）を名乗る女が乱入し、伊織に勝負を挑んできた。しかしその時、天斗（たかと）と名乗る男にが猪と共に2人の間に突っ込む。
圓は実は真田幸村の九女であり、武名の高い「陸奥」を騙り出場者を討つ事で御前試合に出場し、試合を観覧する家光を討つ事を目的としていた。