更に中央政府による荘園整理令とは別に諸国の国司が独自に荘園整理令を申請し、太政官における陣定の「諸国条事定」において審議され承認された場合も存在する。
延喜の荘園整理令.
荘園の増大は有力貴族や彼らに保護された寺社などに莫大な収入をもたらす一方、国司等による税の徴収が不可能（すなわち公領の減少）となってしまうために国家財政に深刻な打撃を与えていた。また、それらを補うために開発された勅旨田も結果的には農民を駆使して公費や公水を利用するなど、却って社会・経済の混乱要因となった。
その為、荘園の新規設置を取り締まり、違法性のある荘園を停止させることで、公領を回復させて国家財政の再建を目指した。
同時に、成立の由来がはっきりとしていて、かつ国務の妨げにならない荘園は整理の対象外としており、この方針は後の整理令にも受け継がれている。また、この時期に「所領」「領主」などの概念が生み出されたのも、この時期に班田制が崩壊していく中で公験などの正規の文書によって土地所有者とされた者がその土地の用益権を持つことが管理権限を有する国衙によって認められたことの反映であるとみられている。
長久・寛徳の荘園整理令.
だが、実際の政務を行っているのが最大の荘園領主である摂関家以下有力貴族であったこと、国司側も任期が終了に近づくと、次の役職を得るための一種の猟官運動として、国司免判による国免荘を設置することで有力貴族による荘園実施を認める傾向にあったために多くの例外が生まれ、実効性が乏しかった。
違法の寄進地系荘園や国免荘の増加の流れは止まらず、国衙領は次第に不法荘園に侵食されるようになっていった。
延久の荘園整理令.
慈円の『愚管抄』によると、藤原頼通の関白在任時に口頭で摂関家領と称する違法荘園が諸国に出現し、そのために国務が滞っているとの報告を後三条天皇が受け、それがきっかけで違法荘園の整理を決めたという。
延喜の荘園整理令以来の方針として、成立の由来がはっきりとしていて、かつ国務の妨げにならない荘園は整理の対象外とする事とし、更に従来の命令とは違って細かい規制が加えられた。