江戸時代.
天正年間の天守は望楼型天守が主流であったが、構造上無理があることから、不安定で風や地震に弱く、必ず屋根裏の階ができるため使い勝手が悪かった。
又、予算の関係で建物の木造復元計画はない。
現代.
本丸の石垣と内堀が江戸時代の姿を残している。
石垣・内堀の改修について.
石垣・内堀の一部で、近代以降に改修工事が行われている。
石垣については、特に御金櫓（東隅櫓）直下の石垣にが改修によって本来は存在しなかった石垣の反りが施されてしまっている。また、上記の鉄御門の復元に伴い、門を構成する石垣も発掘調査に基づいて復元されているが、場内公園への緊急車両の乗り入れのため、史実より高くなっている部分がある。その他、山里櫓直下の階段について手すりが設けられるなど、改修箇所がある。
内堀は、一部が道路の拡張に伴い埋め立てられている。また、周囲に擬木製の柵が設けられ、北東側の土橋が拡張されているほか、西側の橋について、木製であったものを土橋と石橋に改修している。
天守の存否.
今治城の天守は、一次資料が不足しているため、築城当時に建造されたか否かが確定されていない。
藤堂家の家譜『宗国史』巻二には「城中に五層の高楼を建て、府下を五街に開き」と記述されているが、敷地内に天守の遺構が確認されていないためである。
天守は天守台と呼ばれる基壇を造り、その上に建てられることがほとんどであるため、天守台の遺構が発見されていない今治城の天守は存在が否定されていた。これについて三浦正幸は、築城された頃は整った平面矩形の天守台を築くことが技術的に困難であったため、天守は不整形な矩形の天守台の上に建てられていることがほとんどであるが、天守台を築かず本丸中央付近の地盤に直に基礎を敷き建てることで、より整形された矩形を造る必要があった層塔型天守の建造を可能にした、としている。
いずれにしても、天守の存在を示す一級資料や遺構等の具体的な裏づけとなるものは確認されていないため、天守が建てられたかについて結論に至っていない。
しかしながら、本丸には江戸時代を通じて天守の代用とされた北隅櫓が設けられていた。北隅櫓には千鳥破風が一つだけ付けられ、天守を意識した外観となっていた。
再建天守.
今治城の再建天守は、当初の建築の実在について明確な資料が少ないため、史実に基づかない模擬天守である。