この法律に基づき、法務省（アニメ版では司法省）の下部組織として「メディア良化委員会」が発足した。その運用に外部機関による監査などの制度は設けられておらず、メディア良化法ならびにメディア良化委員会を批判する報道を取り締まるなど不当な行使が可能な点も問題とされる。アニメ版では更にマスメディアがメディア良化委員会側の主張を正当化し、図書隊側を中傷する等の偏向報道を行っており、公正な報道を逆に歪める結果となっている。この事からも立法の趣旨を逸脱し、全体主義的な翼賛体制を強化するような変質を遂げている。
メディア良化委員会.
メディア良化法の施行に伴って設立された法務省の下部組織。各都道府県に代執行機関となる良化特務機関（メディア良化隊）を設置し、公序良俗を乱すあらゆるメディアに対する取り締まりを行う。その内容は小売店に対しては入荷物の検閲、版元には流通差し止め命令、マスコミには放送禁止・訂正命令、インターネット上ではプロバイダーへの削除命令など多岐に渡り、事実上の言論統制となっている。これによって書籍の価格も法施行前より十倍から数十倍ほどに高騰した。財産権の侵害になり得る個人の所有物にあたる物品は基本的に対象外だが、解釈の余地の広い検閲基準は随時細則や施行令で補われる。取り締まりに抵抗する者に対しては武力の行使が正当化されており、その裁量権は執行機関に委ねられるという極めて恣意的なものである。作中においてメディア良化委員会側の視点による正義は一切語られることがない。図書館法により検閲に抵抗する図書隊とは対立関係にある。
メディア良化隊による検閲権の執行に際しては、代執行宣言の通達と周辺道路の交通規制等がなされる。図書隊と同じく、市街地での発砲権は申請を行わない限り認められないが、アニメオリジナルエピソードでは深夜の住宅街で小牧に発砲し左足を負傷させた他、抗争の終了間際に児童館に侵入した子供に威嚇目的で発砲するなどの不祥事が小牧の口から語られた。しかし、良化委員会側は地域住民からの苦情など明確な抗議が入らない限り不問とし、銃撃による弾痕などの証拠も隠蔽する(小牧はこの良化委員会のやり方について「あいつらにとってルールは守るためじゃなく、上手に破るためにある」と揶揄している)。
麦秋会（ばくしゅうかい）.