巨大企業体・黒潮コンツェルンに関係する貨物船やタンカーばかりが謎の幽霊船に襲われる事件が頻発していたある日、大好きなボアジュースを飲みながら両親とモーターボートを楽しんでいた隼人は、海岸の道路で交通事故を目撃する。事故に遭ったのは隼人の父・嵐山が勤める造船所の親会社・黒潮コンツェルンの黒潮会長夫妻で、隼人と父は、介抱するため、幽霊屋敷と呼ばれる洋館に夫妻を運び込んだ。その洋館で隼人は、ドクロの仮面を付けた幽霊船の船長と遭遇する。
数日後、隼人と父が街に出かけている時、「幽霊船の使者」と名乗る巨大ロボット・ゴーレムが現われ、 街を破壊しはじめた。防衛軍の戦車隊や戦闘機が出撃するが、全く歯が立たず、隼人の父もビルの破片に当たって重傷を負ってしまった。重傷の父親を何とか家に連れ帰り、ドアを開けた隼人が見たのは、ガレキに押しつぶされた母親の姿だった。
その夜、臨時の救護センターで、瀕死の父は、隼人に驚くべきことを語る。十年前、父親が勤める造船所の海岸に板切れに乗った赤ん坊が流れついた。子供のいなかった嵐山夫妻は、その赤ん坊を自分たちの子供として育てることにしたが、その赤ん坊が隼人だったのである。その時一緒にあった赤ん坊の隼人と実の両親が写った写真を隼人に託すと、父は息を引き取った。
数日後、隼人は黒潮会長を訪ね、黒潮会長が組織しようとしている幽霊船討伐隊に自分を加えるように頼み込んだ。両親の仇を取るためである。ちょうどその時、テレビの臨時ニュースで、巨大ロボット・ゴーレムが出現し、街を破壊していることを放送していた。ニュースはさらに驚くべきことを告げていた。白昼堂々、幽霊船が東京湾に出現したのである。幽霊船を発見したゴーレムは、ロケットを噴射して空中に飛び上がり、腹部からミサイルを発射した。しかし、なぜか、ミサイルは見えない壁にぶつかるように幽霊船の直前で自爆してしまった。