内生菌には、宿主とする植物種が決まっている宿主特異的な種が存在する。一つの植物種に特異的な内生真菌種は多く存在する。このため、植物個体には多種の特異的真菌が同居している。これら宿主特異的な内生真菌は特に温帯環境において多数存在する。彼らの宿主特異性の程度は非常に高く、この高さは同属種との宿主の獲得を争う競合に競り勝つための進化であると考えられている。
内生真菌は宿主の生活型や生活史戦略に関わらずイネ科や他の多くの植物に普遍的にみられる。数の内生真菌の株あるいは種が共同体を形成することは、単一の株/種の効果とは異なる様々な効果を与えている可能性がある。しかし一般的に、植物が受け取る恩恵の大部分は、単一の真菌によるものと考えられている。
感染と伝播.
内生真菌は親植物から種子に垂直伝播する場合があり、真菌との共生はほぼ絶対となる。垂直伝播する内生真菌は種子内部や、実生の分裂組織、葉腋、葉原基で発見されている。閉花受粉により何世代にもわたって真菌が受け継がれることが予想される。
宿主植物への影響.
食害の防止.
対動物毒素の生産.
テルペンおよびアルカロイドは、植物が産生する防御物質と同様に作用し、広範囲の昆虫や哺乳動物の草食動物に対して非常に有毒である。ペラミンは無脊椎動物に対して更に強い毒性を有し、イネ科植物の内生真菌で産生される。テルペノイド類とケトン類は昆虫と脊椎動物の両方からの高等植物の防御に関与する。
防御物質からの中毒作用の大きさは食植性昆虫の寄主特異性の程度と摂食方法（咀嚼型か吸汁型か）で異なる傾向にある。咀嚼型の場合、広食性昆虫は単食性あるいは少食性昆虫よりも、防御物質の感受性が大きい。食植昆虫は植物の摂食で競合するため、広食性動物の摂食が阻害されることは、単食性/少食性昆虫にとって好ましい可能性がある。また、広食性食植昆虫でも吸汁型の場合、摂食する部位で植物の防御から受ける影響の程度は異なる。葉肉を摂食する吸汁型昆虫は中毒作用を大いに受けるが、師管液を摂食する昆虫はほとんど受けない。
肉食動物の誘引.