プロテスタントも、初期はカトリックのトリエント公会議などにより排斥され、戦争の原因の一つともなった。そうして差別に晒されたプロテスタントは、新天地を求めて当時「発見」されたアメリカ大陸へと渡った。こうしてヨーロッパ人が入植し、やがて成立したアメリカ合衆国ではプロテスタントの方が優勢であり、今度はカトリックが排斥されるようになった。
イスラム教への迫害.
キリスト教はイスラム教徒に対しても厳しい迫害を行ってきた。歴史的経緯によりイスラム教はキリスト教の「異端」とみなされたため、イスラム教徒はキリスト教原理主義者からすさまじい憎悪を浴びせられた。
レコンキスタ.
十字軍.
フィリピン.
スペインのフィリピン征服によりイスラム教徒の多くは屈辱的なキリスト教への改宗を受け入れるか、南部に退却して抵抗を続けるかの二択を迫られた。結果としてフィリピン北部のムスリムはキリスト教への改宗を余儀なくされ、イスラム教徒（モロ）は南部でのみ多数派を占めることとなった。またヒンドゥー教徒も同様の道をたどった。
シチリア.
現代欧米社会.
先住民の諸宗教に対する迫害.
大航海時代が訪れると、キリスト教の司祭達は、アフリカやアジア、アメリカ大陸、オーストラリアなどに軍事力を伴った宣教を開始した。ヨーロッパ白人は、全ての先住民を「野蛮人」と断定し、自らの「先進的な」文化やキリスト教を広めて回った。
北アメリカでも、アメリカ合衆国やカナダの政府が盛んにインディアンやエスキモー、アレウト、またハワイや米領サモアなど太平洋諸島民に対する強制改宗を行った。またこれと平行して略奪や虐殺、女性への強姦も盛んに行われた。
オーストラリアでは、先住民のアボリジニが徹底的に弾圧され、また合衆国のインディアンと同様に、「野蛮」な文化を根絶するために、アボリジニの子供を親元から引き離し、白人家庭や寄宿舎で養育するという政策が行われた。アボリジニの文化を絶やしアボリジニの存在自体を消滅させるための政策であった。アボリジニの親権は、ことごとく否定された。アボリジニの文化や言語は断絶し、政策の目的は達成されたといえる。こうして白人に連れ去られたアボリジニの子供は、盗まれた世代と呼ばれている。この弾圧・虐殺は凄まじく、タスマニア島からは純血のアボリジニが消滅した。
アフリカ黒人の諸宗教に対する迫害.