キャプテン★レインボーの正体である青年ニックは、再び子供たち憧れのヒーローとなるべく、どんな願いも叶うという伝説の島「ミミン島」を目指し旅立つ。だがその最中、海で溺れる不思議な生き物を発見する。助けるべく海に飛び込んだキャプテン★レインボーだったが、水が弱点であるため変身が解けてしまう。さらにニックはカナヅチだったため、逆に溺れて意識を失ってしまった。
浜辺に打ち上げられ、意識を失っているニックに不思議な生き物は腕輪を授け、姿を消す。意識を取り戻したニックは、漂着した島の住人たちの話からここがどこなのかを知る。実はこの島こそが伝説のミミン島で、彼らもニックと同様に自分の願いを叶えに来ていたのである。だが、ここに来て自分の願いを叶えられた者は未だにいないのだという。
ところが、不思議な生物に授けられた腕輪や島に存在するレインボーの到着を予期した遺跡などによって、ニックは自分の願いを叶えに来たはずが、「人の願いを叶えることができる唯一の存在」となってしまう。
自分の願いを叶えるか、ヒーローとしてみんなの願いを叶えるか。ニックことキャプテン★レインボーはどうするのだろうか?
システム.
主人公ニックはヒーロー「キャプテン★レインボー」に変身する事ができる。変身中は身体能力が上昇、ヨーヨーで攻撃・破壊・収拾ができるため、アドベンチャーパートでの探索やアクションパートの流星夜で有利に動ける。しかし変身には時間制限があり、「レインボー変身メーター」がゼロになると変身解除と共に死んでしまいゲームオーバーとなる。メーターはミミン島に自生しているキノコや果物を食べると少量回復し、ひかりの料理を食べる・寝具で休む・流星夜で他の人の願いをかなえる事で全回復する。
アドベンチャーパート.
アドベンチャーパートは、住人からの依頼をこなしながら、流星夜発生に必要な「キラリン」を集めていくこととなる。キラリンは、落ちているものを拾う、点在するはにわや石を壊す、住人からの依頼をこなす等をすると手に入る。
住人からの依頼内容は様々で、特定のアイテムを持ってくるものやミニゲームをこなすものなどがある。また、特定のイベントをこなすと、住人との間に「強い絆」が結ばれ、その住人はアクションパートにおいて協力を要請、及び祭壇で願いを叶えることが可能になる。
アクションパート（流星夜）.