その夜、ココがこっそり絵本の魔法陣を書き写していたとき、キーフリーが現れて魔法陣からココを引き離すが、直後、描いた魔法陣が発動してココの母は家ごと石化する。ココから絵本の話を聞いたキーフリーは、彼女に絵本を売った者を追うため、そしてココの母を助けるため、知らざる者であるココの記憶を消去せずに弟子にする。こうしてキーフリーのアトリエでココは魔法使いの修行を始めることになる。その目標は、失われた「魔法の絵本」の複製を所蔵する「図書の塔」に入る資格を得ること。
世界観.
魔法は“世界にを豊かにする便利な奇跡”だが、生まれたときから魔法の力を持つ者にしか使えないとされている。だがこれは表向きのもので、実際は特殊なインク「魔墨」を用い法則に従った「魔法陣」を描けば誰でも魔法を使うことができる。しかしこの事実は魔法使いでない者には伏せられ、魔法使いは彼らを「知らざる者」と呼んでいる。また、“結託の日”以前の旧時代に魔法使いが災いをもたらしたことから、現在では魔法に関して様々な禁忌や制約があり、それらに従う魔法使いは、つばのない「とんがり帽子」をかぶる。それらの制約に従わない魔法使いは、旧時代の魔法使いの印である「つばあり帽」をかぶっている。
魔法使いの多くは知らざる者との接触を避けるため、大講堂やその麓の町に住居を構えている。大講堂から離れた場所に住む者もいるが、その場合は「見張りの眼（まなこ）」と呼ばれる魔法使いが監視役として付くよう定められている。
制作.
作者の白浜鴎によると、『とんがり帽子のアトリエ』の原型は連載開始の6、7年前から存在していた。白浜がその構想をモーニング・ツーの担当編集に伝えると良い反応が得られ、連載が始まることとなった。
魔法を絵で描くというアイデアは、友人との会話の中で「絵を描く過程は知らない人から見たら魔法のようだ」という話が出たことがきっかけだった。白浜はそれを主題に置けば、馴染みのないファンタジー作品であっても読者からの共感が得られるのではないかと思い、「魔方陣を仕事として描く人たちの物語を描けないか」と考えたのだという。また白浜は、子供のころから架空の動物や景色、設定を考えるのが好きだったと語っており、魔法のしくみや架空の生物といった本作のファンタジーの要素は、こうした今までのアイデアの蓄積から生まれたという。
キャラクター.