内閣総理大臣の異議の制度についてはその憲法適合性に関する争いがある。合憲説の主力であった兼子説・田中説は支持を失い、現在のところ少なくとも理論上は違憲説が主流である。国民の権利救済を犠牲にしてもなお内閣の政治判断を優先させるべき事案は厳格に限定されるべきであり、従って一般的・包括的に異議を可能とする現行制度を一旦廃止した上で、事項毎にその必要性を厳格に吟味した上で異議制度を再構築すべきであろう。
合憲説.
国家作用の「本質」に照らせば、制度は合憲である。緊急事態のような迅速な執行を要する事案については、異議制度を存置して、国民に対してより直接に責任を負う内閣に判断を委ねる方が望ましいという批判があり得る。
兼子説.
「司法の優位」は「国政に対して積極的且（かつ）」能動的な作用をもつものではなく、むしろ消極的且受動的なものである」などと司法権の特質を兼子一は強調する。彼によれば、終局判決をする権限は司法権に属するが、執行停止は「行政処分の効力を一時停止させる処分であって、本案の終局判決をする権限に当然付随する権限に基づくものとは観念できない」。したがって内閣総理大臣の異議により裁判所の執行停止の権限を消滅させることは「本来の司法権の侵奪とみるのは当たらない」。
田中説.
「執行停止を命ずる決定はむしろ司法権に託された一種の行政処分的性質をもった作用」であるから、意義制度は合憲である、と田中二郎は主張する。
違憲説.
合憲説のいう「司法」理解に果たして十分な論拠があるかが疑問である。そもそも、国家作用の「本質」に依拠する立論自体が問題を孕んでいる。「先験的（）な行政概念から演繹的に解釈論を導く発想」は過去の遺物に過ぎないから、「裁判を受ける権利」の観点から、内閣総理大臣と裁判所のいずれが執行停止の機能を担うのが適切であるか、という点を端的に検討すべきである。緊急事態における公益に関する裁判官の判断能力は過小評価すべきでない。
真野説.
米内山事件を審理した真野毅の反対意見。執行停止が「司法権に属する司法的処置」である以上、内閣総理大臣の異議は「司法権の領域を侵犯」するものであり、三権分立の原則に違反する。
今村説.
訴訟において当事者は対等でなければならない、という訴訟制度の「基本的性格」から、当事者の一方である内閣総理大臣に異議権を認めることは許されない。