散開線は計画上は整然として、通過する敵艦隊を確実に捕捉できるようにも思われるが、実際にはさほど万全ではない。敵の対潜能力が大きいほど捕捉漏れが多くなってしまう。日本海軍の戦前の想定では、低速の戦艦を中心とする大規模な敵艦隊が目標であったのに対し、実際の太平洋戦争では高速の空母機動部隊を相手としなければならず、固定的な散開線で捕捉することは容易ではなかった。しかも、空母は航空機を飛ばして対潜警戒しているため、潜水艦は不自由な潜航を余儀なくされることが多く、目標探知も襲撃も困難であった。
運用面では、司令部が敵情の変化に過敏に反応し、図上演習のような感覚で散開線の移動が頻繁に行われた弊害が大きかった。通信能力が貧弱な潜水艦では命令受信時刻にばらつきが生じて一斉に行動開始できないうえ、移動中の敵情も艦ごとに異なって移動速度に差が出るため、潜水艦が予定どおりに展開できず散開線の混乱・司令部の認識とのずれ拡大を呼んだ。また、高速で移動するため水上航行をせざるを得ず、隠密性が損なわれる結果となった。太平洋戦争当時の標準的な潜水艦は、水中速力が遅く水中航続距離も短いため、迅速な移動には水上航行をしなければならなかった。この点、敵前における散開線の水上移動が敵からの被発見率を増大させることは、戦前の軍事演習でもすでに指摘され、散開線の昼間水上移動は原則として行うべきでないという報告がされていた。
また、前記のナ散開線での大量損失事例を論拠に、潜水艦の配置が推定されやすい欠点があるとも指摘される。中村秀樹は、隠密性を重視すべき潜水艦にとって、配備位置を敵に推定されやすい単純で機械的な配置計画は好ましくなく、一直線上・等間隔で厳密な艦位を指定する散開線配備は最も避けるべきものであろうとしている。