前作のトラの手術の一件から「動物の言葉が解る医者」として認知されたジョン・ドリトルは、動物と人間の医者を掛け持ちする多忙な日々を送っていた。そんなジョンの家庭も以前とは少し変わり、次女のマヤは父親の遺伝を信じ、ひたすら愛犬のラッキーとの会話をしようと試みていた。一方で長女シャリースは父親の特殊な能力を知って以来動物嫌いになり、家族との触れ合いを一切拒絶し続けるようになった。そんなシャリースは、お得意先のピザの配達人のエリックと恋に落ちていた。それを嫌がったジョンはシャリースの誕生パーティーを自宅で開くが、シャリースはそのパーティーにエリックを招き、ジョンは彼女を子供扱いした挙句、用意したケーキがネズミの悪戯のせいで台無しになってしまい、彼女を怒らせてしまう。ジョンは仲直りするために海外旅行を提案するが、その日の夜にビーバーが訪れ、「山に来てアライグマのジョーイに会って欲しい」と依頼される。
ジョンは二人きりの時間を作ってリサとの関係を修復し、一方のアーチーもエヴァに恋をしたため、ジョンの特訓を真剣に受けるようになり、彼女から次第に認められるようになる。これを知った開発企業の社長ジョゼフ・ポッターはジョンに取引を持ち掛けて森林伐採を進めようとするが、ジョンに取引を断られてしまう。一方、エヴァには別種のクマの恋人がいることが発覚する。「頭が悪くても頼り甲斐のあるオスの方が良い」と言われたアーチーは奮起し、何匹ものクマを死に追いやった崖の先にあるハチミツを取ろうと試み、見事成功させる。その姿を見たエヴァはアーチーをパートナーに選び、二匹はじゃれ合うが、アーチーはポッターの部下に麻酔銃を撃たれ、「町に降りて民家を襲った」として警察に捕獲されてしまう。事件が報道されると、ダフ判事は猶予の取り消しを決定する。