旗艦乗り組みの下士官兵の間では「艦内で出会った際に敬礼すると、ほとんど同時に正確な挙手の答礼を返してくる」と言われていた。新米士官の斉藤一好は、言葉を交わしたこともない山本から「任官おめでとう」と声をかけられたという。戦艦「武蔵」で勤務した蝦名賢造（海軍少尉、連合艦隊司令部通信士官）は、山本の敬礼の美しさに感激しているまた、山本が書くべき考課表を部下達自らに書かせて、「大尉にもなって自分の長所短所が判然と分らぬようでどう修養するつもりか。真実なら自分のことは自分が一番よく知っているはずだ」と諭している。伏見宮博恭王（軍令部総長）と将棋をさした時には一方的に勝ち、伏見宮の付き人に手加減するよう耳打ちされると「同僚や部下には戯れで負けることもあるが、大事な目上の方には誠心誠意相手をする」と返答した。
山本には、部下の扱い方に関して問題があり、特に連合艦隊長官時代の山本が参謀長の宇垣纏に冷淡な態度を取り、重用していた首席参謀黒島亀人に直接指示を出すなどしていたことに批判もある。山本の黒島重用を懸念して「同じ参謀が作戦を練っていたのでは、手の内が見破られる」との忠告もあったが、山本は「黒島は独創的なアイデアを出すので手放せない」「黒島は俺の言ったことに反対する奴だ」と断った。中澤佑中将も、山本は信頼すべき人物を誤ったと指摘している。大和艦長への着任挨拶に訪れた松田千秋に宇垣は「おれは参謀長だけどね、ここではただぼんやりしているだけだ。戦は山本さんと黒島でやっているんだよ」とわびしげに答えたという。山本は「黒島は人の考えが及ばぬところ気づかぬところに着眼して深く研究する。奇想天外なところもあるしかもそれを直言してはばからない美点がある。こういう人がいなければ天下の大事なせぬ。だから手放さない」と語っていた。また、山本の人事改革や賞罰の不徹底の例として、ミッドウェー海戦敗北後も機動部隊の指揮官である南雲忠一中将（長官）と草鹿龍之介少将（参謀長）を再建した機動部隊の指揮官に残留させたことが上げられる。ミッドウェー海戦敗北は山本の責任も大きいため、南雲忠一達の責任を曖昧にすることで自らの責任を回避したという批判も存在する。
『中才は肩書によって現れ、大才は肩書を邪魔にし、小才は肩書を汚す。』という名言を残した。
政戦略.