週刊誌には「アマゾン川で検問に当たる兵士の極端な待遇の悪さ。日本の裕福な若者の『冒険という名の遊び』が、貧しいペルーの若者兵士にはどう映ったのか」という読者からの投書があったのをはじめ、「無謀な遊び」「不用心」と被害にあった両名を攻撃する記事が多く掲載された。
大学および探検部の関係者は「両名の事前準備は十分行っていた」、「今回の事件は冒険旅行のためではなく、予想できない犯罪行為のため」とその都度、事実関係を説明した。
橋本龍太郎のコメントや事実認識およびその批判.
自身の対応の不備や能力不足などを指摘された橋本総理大臣は意見広告が掲載された翌日、記者団の前で事前に用意した釈明文を読み上げた。内容は「報道されたのは記者諸君への発言の一部に過ぎず、犠牲者の方に説教を行なう趣旨ではなかった。不快な思いをされたというのであれば、それは自分の本意ではなかったことをご理解いただきたい」というものであった。
作家の大石英司は、自身のエッセイにおいて「橋本総理の発言があちこちで批判されていますけれど、そんなに目くじら立てなければならんような発言だろうか？」と疑問を呈している。
ペルー政府の対応に対する批判.
ペルー政府は事件を起こしたとされる兵士を容疑が固まらないうちに軍籍から外し、一般犯罪として裁判にかけた。つまり事件の背景にある問題を兵士の個人的事情にした。これは事実上、ペルー軍およびペルー政府の責任逃れともとれる。
日本政府のペルー政府への対応に関する批判.
直近で発生した、ルクソール事件での日本政府の対応は毅然としており、国会答弁においても「橋本総理の方からムバラク大統領に対しましてメッセージを発出いたしまして、我が国としましてはこのような卑劣なテロ行為を断固糾弾する」と表明していた。
一方で、この事件については上述のような橋本総理大臣のコメントや国会での政府答弁「基本的には賠償の問題は当事者間の問題である」などに見られるように、消極的な態度であった。日本政府のこのような態度に関して、「大統領が日系なので仲間意識が働いたのでは」という指摘もなされた。また「強く抗議することで、フジモリ大統領の立場を悪くするのは避けるべき」という配慮がなされたともいわれる。