一方、鎌倉時代から室町時代にかけての写本には、その巻の巻名だけが書かれており、「源氏物語」という物語全体の題名も、その巻が何番目に読むべき巻なのかという巻序も記されてはいないのが通常の姿であった。このような事実を元に、そもそも書かれた当初の『源氏物語』には読者に（あるいは作者を含めて）共通したどの巻の後にどの巻を読むべきであるといった「正しい巻序」などという概念は存在しなかったのではないかとする見方も出されている。
現在の巻序.
近代以前の一般的な巻序.
近代以前の『源氏物語』の注釈書・梗概書・巻名目録などの中で巻を並べるときには、現在のように全ての巻を単純に一直線に並べて番号を振るのではなく、しばしばある巻と別の巻とが「並ぶ」・「併せる」・「奥に込める」といった表現でつなげられており、全体としては「二次元的」あるいは「複線的」と呼びうるような形で配置されていた。また巻名に番号を振るときでも「並びの巻には番号を振らない」といった形をとるために全体の巻数と最も大きい巻序の番号とは一致しない。また、いくつかの巻は現在とは異なった名称（この名称は「異名」という術語を使用されることがあるが、これはあくまで「現在一般的に使用されている名称と比べたときに異なる名称である」ということを意味しているに過ぎない呼び方であって、「匂宮」に対する「匂兵部卿」のように過去には現在の「異名」がより一般的な名称であったと見られるような場合も存在する。）で呼ばれていることがある。
以下に近代以前の一般的な巻序を示す。括弧内は巻名の異名であるが、単純ではない。詳しくは各巻の記事を参照。
橋姫から夢浮橋までのいわゆる「宇治十帖」については、他の巻と同じような並べ方が記載されている形の文書もある一方で、
といった事例が見られるほかに、この宇治十帖を「無いものもある」との注釈を加えている文書も存在する。
現行の巻序と異なる巻序の存在.
古い時代の注釈書や巻名目録などには現行の巻序とは異なる巻序に基づくと見られる記述がしばしば見られる。
源氏物語絵巻の巻序.