この段階では、神と仏は同一の信仰体系の中にはあるが、あくまで別の存在として認識され、同一の存在と見るまでには及んでいない。この段階をのちの神仏習合と特に区別して神仏混淆ということもある。数多くの神社に神宮寺が、寺院の元に神社が建てられたが、それは従来の神祇信仰を圧迫するものではなく、神祇信仰と仏教信仰とが互いに補い合う形となっている。
神仏の習合と隔離.
このように、奈良時代まで神身離脱説や護法善神説などの形で神仏習合が成立していったが、一方で神事においては仏法を禁忌する意識も、奈良時代後期から平安時代初期にかけて朝廷や神宮で成立した。
このように、朝廷や神宮では祭祀儀礼において神仏が別体系として存在していたのである。
大乗密教による系列化.
神宮寺は、雑密系の経典を中心とし、地域の豪族層の支援を受けて基盤を強化しつつあったが、一方でこの事態は豪族層の神祇信仰離れを促進し、神祇信仰の初穂儀礼に由来するとされる租の徴収や神祇信仰を通じた国家への求心力の低下が懸念されることとなった。一方で律令制の変質に伴い、大寺社が所領拡大を図る動きが始まり、地方の神宮寺も対抗上、大寺院の別院と認識されることを望むようになってきた。
朝廷側も、国家鎮護の大寺院の系列とすることで諸国の神宮寺に対する求心力を維持できることから、これを推進したが、神祇信仰と習合しやすい呪術的要素を持ちながら国家護持や普遍性・抽象性を備えた教説として諸国神宮寺の心を捉えたのが空海の伝えた真言宗であった。一方でこのような要望を取り入れるべく天台宗においても、円仁や円珍による密教受容が進んだ。
また、奈良時代から発達してきた修験道も、両宗の密教の影響を受けながら神仏習合とも強く関係しつつ、独自の発達を遂げることとなった。
熊野信仰.