秦郁彦は、家永は悪玉の悪行は見つけしだいに書くが、善玉の悪行は目をつぶるくせがある（この場合の悪玉は日本政府、日本軍、アメリカ、南ベトナム、資本主義であり、善玉は中国、ソ連、北ベトナム、社会主義）として、具体例として、家永教科書の先生用の『指導資料』に、「ベトナム人民の総決起により、ベトナム全土は解放され（中略）前後して、カンボジア、ラオスも解放され（中略）続いては南北ベトナムは統一され」と記しているが、中越戦争もボートピープルも知らん顔で、教科書の方ではさすがにベトナムのカンボジア侵攻を「ベトナムとカンボジアとの関係をめぐり新しいインドシナでの紛争が発生したことは（中略）微妙な問題を生み出し」と記しているが、文部省から「微妙」ではなく「深刻」ではないかと注意され「複雑」に落ち着いたことを家永は著書で「ベトナムのみを一方的に非難する現政府のきわめて露骨な政治的意図が丸出し」と記している事を挙げている。
保阪正康は、「戦争は悪である」という前提は、本来、歴史的事実を検証した上で確認すべき教訓であるが、教訓のみを提示し、それに合わせて歴史的事実を確認していくと検証能力が著しく殺がれることになる、そして口当たりのいい要領のいい人物が正義の士として受け止められるようになる、その典型例が家永であると指摘している。
室谷克実は、家永を以下のように評している。
高山正之は、家永を以下のように評している（引用の際に、原文の改行を省略している）。
長尾龍一は、家永のように尽きぬ情熱をもって延々と旧日本を糾弾し続けるのは薬の続けすぎという印象を持たぬ訳でもないと評している。
リチャード・マイニアは、同年代の井上清・遠山茂樹・丸山眞男・家永を評し、井上と遠山をマルキスト、丸山と家永はマルキストではないが影響はあったと規定している。
沖縄戦集団自決の記述.
改訂版では、渡嘉敷島の箇所のみ修正されたが、訴訟で原告から批判された。
この裁判は原告の全面敗訴で決着しており、現在も本書は、この記述のまま出版が続けられている。
『日本占領秘史』をめぐる論争.
『上代仏教思想史研究』序文について.
これに対し家永はこう反論した。
『津田左右吉の思想史的研究』への評価.