復活したタイタンたちによる世界規模の災害が発生する中、マークはこれをモンスター・ゼロが自身を頂点に立つ怪獣としながら他のタイタンたちを支配しての知能的な破壊活動であると推測。さらにアイリーンの調査でモンスター・ゼロがギドラという名前であること、そしてギドラは地球の自然界に属さない宇宙生物であること、そして地球の生態系を破壊し自身に適した環境に作り変えようとする存在だと示唆される。エマも復活したギドラが他の怪獣たちを勝手にコントロールし始めたことで自分のプランが完全に破綻してしまったことを悟り、ジョナに事態の収束を申し出るが彼はそれを聞き入れず、両者の間に溝が生まれる。そんな中、雲南省の施設から脱走した後、滝の中で蛹になっていたモスラが羽化して飛び立ち、ゴジラの住処だったバミューダ海域に現れる。マークたちはモスラがゴジラと交信を試みていると気付いてその反応からゴジラの生存を確認、潜水艦にゴジラのエネルギーとなる核弾頭を積んでゴジラが隠れている地点に向かう。マークらはスタントン博士の提唱した地下空洞論に基づく海底洞窟の先にあった古代遺跡の奥地で、そこを住拠として休眠していたゴジラを発見。だが潜水艦の魚雷発射システムは事故で破損し核魚雷の発射が不可能な状態に陥っていた。そこで芹沢が自ら一人で小型潜水艇でその住拠へと向かい、ゴジラの目前まで核弾頭を運び、日本語で「さらば・・・友よ」と言い遺し自らの命と引き換えに手動で起爆させる。そしてゴジラはそのエネルギーを吸収し、より強大な姿で復活しマークたちの眼前に現れる。そしてゴジラはマークたちを一瞥し、敵意が無いと確認するやそのままギドラとの最終決戦へ向かっていった。