児童相談所の一時保護ついては「行政による神かくし」と表現する者もおり、日常から切り離された児童たちが強いストレスを抱えることがある。
保護された子供が喧嘩や自傷などでけがをしていることが多発しているとの報道がある。
また、一時保護所では非行児童と被虐待児を混合処遇することで生じていると職員が感じている困難性もある。それは虐待・保護者不在などで保護が必要な児童と、不法滞在の外国人で処遇決定までの期間の子ども、中学卒業で非行に走っている子ども、警察の身柄付通告の非行児童など多様な対象を一つの施設で保護することから起因する。子どもが器物破損や職員・他の子どもへの暴力を行うことも事件も発生している。また、一時保護所は「児童相談所運営方針」により子どもを鍵のかけた個室に拘束することを禁じているため、子どもが中から出ていくことが可能なつくりとなっているため、無断外泊するなど許可なく施設を出る子どももいる。
児童福祉法に基づく一時保護が行われている児童生徒は，当該措置が行われる間，学校へ通うことができなくなることがある。児童相談所の一時保護所で一時保護が行われている児童生徒の中には，当該施設において，相談・指導を受け，学校における学習活動に遅れが生じないよう努力している者もいる。このような者の努力を学校として評価し支援するため，一定の要件を満たす場合には，当該施設において相談・指導を受けた日数を指導要録上出席扱いとすることができることとしている。なお、入所児童の在籍校は原則前と変わらないため、一時保護所の近隣の公立小中学校に通うことはない。入所児童の学習は施設内で行われる。入所経験者は一番つらいかったこととして、一時保護所にいると勉強が全然できないことを挙げてる。出てきたあとの学校での勉強についていくことが困難な状況を生み出していたことを語っている。
一時保護所に子どもを拉致されたという親などによる児童相談所バッシングが起こることもあるが、一方で一時保護をしていた児童が家庭に戻った後、虐待死した場合には、児童相談所の処遇が問題視されることがある。
兵庫県三木市では、父親から虐待された女児の保護をめぐり、兵庫県三木市立小学校の校長（当時）や市議が、保護にあたった養護教諭のことを父親に漏らしたため嫌がらせを受け休職を余儀なくされ、後に養護教諭が自殺した事件が起こっている。