しかし、過去に石仏を彫らせるほどの富を得た長者がいたことは事実であろうと考えられ、石仏近くの満月寺には室町時代の作とみられる「真名野長者夫婦石像」が伝わっており、伝説そのものもかなり古くからあったことがわかる。
伝説中に出てくる「用明天皇が皇子の時に九州大分まで旅して来ていた」との伝については疑問視する声も多いが、大分市坂ノ市にある万弘寺は用明天皇の創建であることが伝えられており、近年の調査によっても法隆寺と同等の伽藍配置を持っていた可能性が指摘され、地元民俗学者の肯定材料となっている。
また、同じく伝説の中で語られている「姫島の由来」（後述）についても、現地姫島では「古事記に記されているイザナギとイザナミから産まれた女島（天一根）であることに由来する」とされており、一致しない。
「臼杵伝承」と「三重町伝承」との違い.
一方、豊後大野市三重町には、『内山記』『内山山王宮縁起』などの古文書が現存しており、真名野長者が活躍した具体的な年代や、実在した天皇名・貴族名・豪族名、さらに活動の舞台となった地名、朝鮮半島や中国大陸との交流実績なども詳細に記録されている。
「三重町伝承」では下記の諸点が「臼杵伝承」とは異なっており、この論争は現在まで続いているが、いずれにせよ真名野長者は豊後国に実在した人物である可能性が高い。
◆真名野長者が誕生したのは、三重町の玉田の里である。
⇒現在でもその場所に石碑がある。
◆若い頃住んでいたのは、三重町の蓮城寺の敷地の中である。
⇒このお寺には真名野長者が娘の病気平癒のため奉納した千体薬師如来像がある。
◆娘が用明天皇と結婚することになったため、新婚夫婦用の新居を臼杵の深田の里に新築した。
⇒つまり真名野長者はその活動拠点を三重町から臼杵に移した。
◆真名野長者夫妻のお墓は、三重町の蓮城寺の境内にある。
真名野長者の孫が聖徳太子だとする説.
「臼杵伝承」「三重町伝承」ともに、「真名野長者の孫娘は、父の用明天皇に会いに行く途中で船が難破して亡くなった」と伝えている。
ところが一方で、江戸時代を中心に「その孫とは男子であり、聖徳太子となった」とする説が大流行して、下記の著作物にも残されている。