また、古河城は度重なる渡良瀬川の洪水に悩まされていたため、他には例を見ない洪水対策マニュアルも整備されていた。
明治以降（渡良瀬川改修と城の消滅）.
この河川改修の際、遊水池を設けるために、古河城の北にあった旧古河藩領・谷中村が廃村となった。このとき、田中正造は「関宿の江戸川分岐点の閘門を広げて、利根川の水を地勢に従って東京湾に流すことで、遊水池がなくても洪水を防げる」と主張し、足尾銅山の鉱毒問題が治水問題にすりかえられていると批判した。
構造.
中世.
ただし、「御茶屋」や「江戸町」など明らかに江戸期の古河城下を示す記述があるとともに、天正期とする論拠が「放生曲輪」を「北条氏政が御座した曲輪」であるという解釈と、「栗橋」が「川口」の誤記であると断言するなど（栗橋の表記のままであれば利根川東遷事業後の川筋を示すことになる）天正期と断定できない要素が非常に多い為、注意が必要である。
近世（江戸時代）.
ほぼ北から南に向かって流れる渡良瀬川の東岸に位置した。古河城が築かれた台地は、川とその東側に広がる沼地にはさまれ、北から南に伸びる半島状になっていた。
構造は、土塁に囲まれた複数の曲輪が、直線状に配置された連郭式である。主な曲輪は、北から順に、観音寺曲輪、桜町曲輪（丸の内）、三の丸、二の丸（西側）／本丸（東側）、頼政曲輪、立崎曲輪である。そのほかに、桜町曲輪の東側には、水堀（百間堀）の先に「出城」と呼びならわされる諏訪曲輪があった。
このうち、観音寺曲輪・桜町曲輪・諏訪曲輪には重臣たちの武家屋敷、二の丸には藩主の御殿が置かれた。頼政曲輪には源頼政を祀った頼政神社があった。三の丸には馬場が設けられた。観音寺曲輪の北側に追手門、桜町曲輪の東側に御成門など、多数の門が置かれた。御成門は日光社参時に立ち寄る将軍が入城する門であり、外枡形門形式で虎口を開き、周辺には石垣も築かれた。
他にも、桜町曲輪にあった茂平河岸は、城内との物資輸送や人員の移動を担った。また、水掘の周囲に配置された寺社（永井寺・正定寺など）は出城としても機能し、城の防衛拠点となっていた。
なお、古河歴史博物館内には精密な古河城下模型が展示されており、城全体の構造が再現されている。
遺構.