ある時第三研究所に侵入したエルリック兄弟、マスタング大佐一味は、ホムンクルスのラストと激突。マスタング大佐との激闘を繰り広げた末、ラストは殺される。それと同時に、ラストの攻撃がマスタング大佐の部下、ハボック少尉を腹部を貫通。それによりハボック少尉は退軍した。
それを見たアルは、自分の魂と引き換えにエドが「代価」として失っていた腕を再生させる。
そして神の力が不安定になっていたお父様との戦いの末、エドはお父様を撃破する。
お父様を倒したあと、エドは最後の錬成を行い、自分の錬金術の能力（真理の扉）を対価にし、アルの肉体を取り戻す。
戦いが終わり、故郷に戻ったエルリック兄弟。アルはシン国の錬丹術を学ぶため東へ旅立つことを決める。エドはさらに錬金術を研究するため、西へ旅立った。
用語.
舞台.
「お父様」が「星の真理」を得るために建国した国であり、頻発する内外での紛争や領土拡大は全て国土錬成陣の完成のためのものである。
ヨーロッパをモデルにしており、イメージは産業革命期頃のイギリス。
書誌情報.
コミックス.
初回特装版も刊行されたものについては「ISBN（初回限定特装版）」に記載。
巻末とカバーを外したコミックス本体には描き下ろしのおまけ漫画が収録されている。またカバーを外したコミックス本体の背表紙には、その巻に収録された話において死亡した人物や生物が昇天する様子が描かれている（ごく一部に例外がある）。
アニメ.
実写映画.
舞台化.
ゲーム.
時期によって設定が異なるため、分けて説明する。
全年齢対象の多かった前作に比べて、以上のものが多くなった。また、「約束の日へ」は。
ロンメル
ロンメル
殉職
殉職（じゅんしょく）は、職務中に何らかの原因で死亡すること。
労働災害や公務災害による死亡事故の、別表現。
概要.
警察官、消防官、自衛官、海上保安官などの公務員が職務・業務中の事故などが原因で死亡した場合に、殉職と呼ばれることが多い。また、かつては船舶や艦船の船長、艦長は沈没時には最後に退船したり、時には沈没をする船と運命を共にしたりすることが慣例化されており、その時に救助を拒否し死亡または自殺した場合には、殉職と表現されることがある。