江戸時代中期に、国学は背景としてナショナリズムおよび、大坂懐徳堂などの実証的な儒学の影響を受けながら広まった。国学は、『古事記』、『日本書紀』、『万葉集』を含む古代日本の思想・文化を実証的に研究した。国学は仏教や儒教と異なる日本の本来の道徳文化を発掘することを狙いとしていた。賀茂真淵は『万葉集』の研究に取り組み、男性らしく寛容な様式を「益荒男ぶり」と呼び、蔵書を純粋かつ簡潔に評価した。古事記の研究を通じて、本居宣長は、日本文学の本質は、物事に接した時に自然に起こってくる感情である「もののあはれ」から生まれてくると主張した。彼は中国の(儒教・仏教の)「からごころ」に代えて「やまとごころ」を尊重した。彼によれば、国学は神道という日本の古い流儀を追究するべきであるという。国学の研究を通じて、平田篤胤は国粋的な復古神道、天皇への服従、儒教及び仏教の廃止を唱えた。これが江戸幕府の崩壊と明治維新の駆動力となった。
蘭学.
「鎖国」により、オランダ貿易を除いて西洋との直接交流はなかったが、享保の改革の頃に中国からの漢訳された西洋の書籍の輸入を奨励することで蘭学が流行した。前野良沢と杉田玄白はターヘル・アナトミアを和訳し、『解体新書』を著した。蘭学は江戸幕府末期までにはイギリス、フランス、アメリカ合衆国といった他の西洋の国々の研究にまで展開していた。「和魂洋才」という思想は佐久間象山の直接的な表現「東洋道徳、西洋芸術（技術の意）」に完成された。林子平は「三国通覧図説」を出版して取り締まられ、蘭学者の高野長英と渡辺崋山は鎖国政策を厳しく批判して弾圧された（蛮社の獄）。
民衆思想.
江戸時代には、私塾が実際的な側面で働く武士、商人、学者らに開かれていた。彼らの中には封建秩序による支配に対する批判を行うものもあった。
石田梅岩は儒教、仏教、神道を統合して大衆のための実践的な哲学を創始した。彼は誠実さと倹約による効果として商業に精を出すことを奨励した。安藤昌益は自然の世界をそこで人間が農業に従事して不自然なものなしに自給自足的に生きる理想的な世界であるとした。彼は、封建的な階級差別や貧富の差が存在するとして法治的な社会を批判した。二宮尊徳は、人は徳に報いなければならず、そのことがその人個人の徳とともにその人の存在を支持すると主張した。
近代.
明治維新から自由民権運動まで.