ナツメグとメースは似た官能的品質を有し、ナツメグがわずかに甘く、メースはより繊細な芳香を有する。メースによって与えられる明るい橙色はサフランの様な色合いのため、これは軽い料理でしばしば好まれる。ナツメグは多くの料理の風味付けのために使われ、現在西洋のスーパーマーケットでは大抵挽いたりすりつぶした状態で売られている。ナツメグホールはナツメグのために特別に設計されたおろし金を使って家庭で挽いて粉末にすることもできる。
インド料理では、ナツメグは多くの甘い料理や塩味の料理に使われる（主に）。ケーララ州マラバール地方では、すりおろしたナツメグが肉料理に使われ、風味付けのためにデザートにも控えめに加えられる。また、ガラムマサラにも少量使われることがある。インドでは挽いて粉にしたナツメグが（タバコのように）吸われることもある。
果実.
果皮はジャムを作るために使われたり、あるいは薄く切って、砂糖と調理し、結晶化させて香りの良い飴にする。薄く切ったナツメグ果実の果肉からはインドネシアの というデザートが作られる。これは、風味を加えたシロップ浸け、あるいは と呼ばれる砂糖で覆われた乾燥したものである。では、乾燥して細く刻んで砂糖をまぶしたナツメグの皮がペナン独特のアイスカチャンのトッピングとして使われる。また、氷で冷やしたナツメグジュースを作るために、ナツメグの皮を混ぜ合わせたり（新鮮で青いピリッとした味の白色のジュースになる）茹でたり（より甘く茶色のジュースになる）する。インド・ケーララ州のマラバル地方では、ナツメグはジュースや野菜ジャム、チャツネを作るために使われる。
料理以外の利用.
種子は肉荳蔲と呼ばれる生薬であり、収斂、止瀉、健胃作用がある。東洋医学では、気管支炎、リウマチ、胃腸炎などの薬として処方される。
お香
性差別
精油.
精油は無色または淡黄色で、ナツメグの香りと味がする。焼き菓子やシロップ、飲料、甘い食べ物の天然香料として使われる。食品中に粒子が残らないため、ナツメグ粉末を置き換えるために使われる。精油は歯磨剤や咳止めシロップの製造にも使われる。
ナツメグバター.
歴史.