当初の専攻は日本古代思想史であり、特に仏教思想史研究で成果をあげたが、次第に研究領域を広げ、後半生では反権力的姿勢を強め、その立場からの社会的発言をおこなったほか、植木枝盛・美濃部達吉・津田左右吉・田辺元など、同様の傾向を持った近代思想家に対する共感を込めた研究や第二次世界大戦に関する反省からの思想史的アプローチを試みた論著を多く発表した。、「朝鮮戦争」（アメリカの侵略による）と記す。
反権力的自由主義者.
家永三郎文庫.
評価.
家永は、当初から反権力的志向だというわけではなく、青年期に陸軍士官学校教官を志望し受験するも、胃腸に慢性的な持病があったため身体検査で落とされるという経歴を持っている。また戦後も、昭和天皇に進講したり、学習院高等科の学生だった皇太子明仁（後の明仁上皇）に歴史を講ずるなど皇室との係わりを持っていた。
松永昌三は、朝日新聞に寄稿した追悼文で以下のように述べている。
家永は、『戦争責任』で日本の戦争責任を鋭く衝いている。それ以外に、アメリカとソ連の戦争責任にも触れているが中国に関しては以下のように記している。
そしてこれに続けて通州事件も最終的に日本軍の責任であり、中国については全体的に日本の侵略の被害者として位置づけるのが相当であり、日本に対する戦争責任を問う余地は皆無に近いとすべきであると結論付けている。
平川祐弘は、家永を戦後という時代の御用学者として「日本の悪い面をこれでもかこれでもかと列挙した挙句、中国人民解放軍の良い面をこれでもかこれでもか」という歴史書を書いた人間だとし、歴史に対する感性がないから吉田清治が病的虚言症だということも見抜けなかったと批判している。