凶悪なダルマガエルの襲来により、地獄と化した故郷の国を出たアマガエルのソクラテスが、苦難の道のりの果てに友達のロベルトとたどり着いたのは、岸壁の頂上にある平和で豊かなツチガエルの国ナパージュ。ついに新天地を見つけたと安堵するソクラテスとロベルトであったが、ツチガエル達のほとんどが奇妙な考えを持っていることに気付く。カエルの楽園のナパージュの平和は、「三戒」（カエルを信じろ、カエルと争うな、争うための力を持つな）によって守られているのだという。平和なナパージュでの暮らしの中で「三戒」に心酔するロベルトに対し、今一つ「三戒」を信じきれないソクラテス。彼はナパージュで一番の物知りと言われるデイブレイクや毒舌な嫌われ者のハンドレッド、北の山に棲むワシのスチームボート、ヌマガエルのピエール、ウシガエルと戦えるほどの強さを持つがゆえに嫌われているハンニバル三兄弟などに会い、「三戒」の起源やナパージュ周辺の状態を知ると共に三戒に対する疑念を募らせる。
そのナパージュに、南のウシガエル達が迫ってきていた。ツチガエル達は元老会議でウシガエルにどう対処するかで活発な議論を展開し、プロメテウスという若手の元老が自分達の手でウシガエルを追い払い、ナパージュを守ろうと提案する。しかし、元老のガルディアンやデイブレイクはウシガエルは友好的で無害だと主張し、プロメテウスを非難する。妥協案としてスチームボートに南の崖を飛んでもらうことになったがスチームボートはその条件として自分がウシガエルと戦いになった時はツチガエルたちも共に戦うよう要求する。当然それは三戒違反となり、元老のみならず、フラワーズという若者を始めとしたナパージュ国民も激しく反対する。結局スチームボートとの約定は御破算になり、スチームボートは「お前たちがそう決めたのなら仕方ない」と言い残し、ナパージュを離れる。デイブレイクはそれをナパージュの真の独立だと讃える。
スチームボートがいなくなって以来ウシガエルはより頻繁に現れるようになり、状況を見かねたプロメテウスは「三戒」の破棄を提案、その可否を国民投票で決めることになる。投票の前日、デイブレイクは国中の有名なカエルを広場に集め、「三戒」の素晴らしさを語らせる。そして迎えた投票日、僅差で「三戒」破棄は否決される。しかし、状況は好転するどころか悪化し、遂にウシガエル達の侵攻が始まる。