これに対し、満鉄側には強い不快感を示すむきがあった。本業が鉄道会社である自分たちに対し、過度に関東軍が介入どころか統制するようなやり方で頭を押さえつけて来ていることや、別の協定で満鉄の収益が関東軍に流れるようにされた上にわざわざ一定の金を払うように決められたりと、関東軍が露骨に満鉄の利益を貪ろうとしているのが明らかだったためである。「鉄道港湾河川の委託経営並新設等に関する協定」自体も関東軍司令官と満鉄総裁の間の協定であったため、ここに権限がないはずの関東軍がからむのはおかしい、やるならばきちんと満洲国政府や日本政府を通せ、という声まで上がった。
また関東軍側が示した計画路線も、ほとんどが軍事路線であり、鉄道経営の面からはとても採算の取れる路線でないものも少なくなかった。それどころか、総局が立てた路線計画にも介入し、収益の上がる線区を「軍事的に重要でない」として無理矢理変更したり、削除したりするという行為に出た。これは鉄道会社である満鉄には承服しかねることであったが、関東軍の勢いの前に従うよりほかなく、泣き寝入りを強いられる。このような軋轢により、これ以降協力関係にあった関東軍と満鉄の関係は急速に悪化し、互いに不信すら抱くようになって行った。
北満鉄路接収と鉄道総局.
鉄路総局時代のもっとも大きな出来事は、元東清鉄道の北満鉄路接収である。国鉄成立時には中国系資本の鉄道は接収出来ても、ロシア資本である同社までは手が回らなかったのである。しかし、新線建設により国鉄側が包囲をかけたことや、そもそもロシア側にとって他国内を通らなければならないということで路線自体の価値が失墜しており、最終所有者であったソビエト連邦政府にとって重荷になっていたことから、ソビエト側は接収に応じることになった。
終戦後.
路線.
満鉄社内で「国線」と呼ばれた路線と同一である。接収された路線ばかりでなく、国鉄成立後に新設された路線、また買収路線も一部を除いて国鉄線とされ、「国線」の中に入れられている。
路線一覧は「南満洲鉄道#国線」を参照のこと。
社線との相違.
満鉄内において「国線」と称された満洲国有鉄道は、満鉄本来の路線である「社線」と特に区別することなく相互直通運転を行っていたほか、旅客制度などもほとんどが共通であり、ほぼ一体化していた。ただし、以下の面においては厳然たる区別が存在した。