進化心理学者は、進化心理学に対する批判は藁人形論法を含み、の誤った二分法に基づいており、さらには理論への誤解に基づいているとして争ってきた 。
論争の例.
重要な仮定に対する批判.
大規模な心のモジュール性.
進化心理学者は、精神は特定のタスクを実行するために特化された認知モジュールで構成されていると仮定してきた。これらの特化したモジュールによって、人類の祖先は環境に与えられた課題に対して迅速かつ効果的に対応できるようになったと理論付けている。その結果、動作の遅い汎用的な認知メカニズムは進化の過程で排除され、領域特化型のモジュールが選択されてきたはずだとする 。
我々の遺伝子は脳とそのすべての想定されるモジュールをエンコードするための情報を保持できないことも指摘されている。ヒトはゲノムのかなりの部分を他の種と共有し、対応するDNA配列を持っているため、残りの部分に他の哺乳類には存在しない特殊な回路を構築するための情報が含まれている必要がある 。
論争の一つは進化心理学で使用される特定の精神のモジュール性理論（大規模なモジュール性）に関するものであり、批判者は代わりとなる理論を支持している 。
進化適応環境.
ジョン・アルコックは、ヒトの多くの形質が現在適応的であるという事実は、それらがもともと適応として発達したことを示しているのだと主張している。これは、生物が元の環境から大きく逸脱し過ぎた場合、新しい変化した環境に適応する可能性が低く、絶滅するリスクがあるためである。したがって、進化心理学者は現代の世界がEEAの世界と比較して大きくは変化していないと考えている。 
スティーブン・ピンカーは、進化心理学者が推論や予測を行うために、ヒトが進化した歴史的環境についての利用可能な十分な証拠があると主張している。ピンカーによれば、先祖代々の環境には「農業、避妊、高度な医薬品、マスメディア、大量生産品、お金、警察、軍隊、お互いに顔見知りでないコミュニティ、その他の近代社会の特徴」が欠けていたことを証拠が示しているという。ピンカーはそれら全てがそのような環境で進化した心へ深く影響を与えていると主張している。
仮説の検証可能性.