全蔵やあやめら御庭番衆を生んだ忍の源流である里・伊賀の忍たち。地雷亜によれば忍たちは年中勢力争いを繰り広げているとされる。御庭番衆は「伊賀越え」の功により家康公に召抱えられ江戸に移った伊賀流の分派にあたる。伊賀に残った者たちは将軍家への忠誠心は皆無であり、戦国より金で飼われる職業傭兵集団であり、雇主次第では同胞をも手にかける集団となっている。
将軍暗殺篇では茂茂の暗殺に先駆けて春雨の第七師団の襲撃を受け、里の実権という褒美に目が眩んだ藤林の一派の内通もあり瞬く間に蹂躙され陥落し、従わねば里を焼き払うと脅され新政権樹立後の新しき御庭番としての雇用と引き替えに茂茂暗殺への協力を求められるが、実際には一橋派は茂茂の暗殺後その罪をすべてなすりつけて伊賀の里を壊滅させるつもりだった。里は藤林ら恭順派と一橋派への徹底抗戦を訴える百地ら主戦派の真っ二つに割れ、一度は百地らも恭順派に従う素振りを見せ伊賀衆は各地で将軍の首を狙い暗躍するが、それらの兵はすべて藤林の兵であり、裏で全蔵に協力を求めていた百地ら主戦派の忍たちによってすべて始末されていたことが明かされる。その後は藤林を始末した百地らにより万事屋や真選組らとともに、茂茂を護るために鬼兵隊や第七師団と交戦した。
春雨.
天人で結成された宇宙海賊団であり、銀河系最大の犯罪シンジケート。非合法薬物を主な収入源としており、地球でも密売を行っている。組織系統は元老と呼ばれる各星の犯罪組織の首領たちが春雨のトップに立ち、その下に提督の阿呆と神威ら幹部（十二師団の各団長）、団長を補佐する副団長、さらにその下の末端組織で構成されている。
十二師団.
天導衆.
将軍家を傀儡として裏から操り国の実権を握る、数名の天人たちからなる謎の組織。編笠とマントで身体を覆った行脚僧のような姿をしており、船体に城が建てられた巨大な宇宙船を拠点に持つ。攘夷戦争の終結以降は、地球の時の権力者に仕えてきた暗殺組織・天照院奈落を手足としている。天人襲来に際して発生した攘夷戦争の折に、反幕府勢力の鎮圧への協力という建前の下に内政に介入し幕府の実権を握った。そして定々や奈落に命じて「寛政の大獄」と呼ばれる攘夷志士たちの大粛清を指導し、吉田松陽ら多数の志士を捕縛・処刑した。