各作法の持つ意味.
神社本庁によると、拝礼については具体的な作法（かたち）の前提にある意味（こころ）を理解することが重要であるという。各作法の持つ意味については例えば次のような説がある。
拝礼中の祈り.
伊勢神宮の「参拝の作法（二拝二拍手一拝）」は祈りについて言及しない。伊勢神宮では「ご参拝」とは別に「ご祈祷」がある。「ご祈祷」は、申し込みに応じて神宮が執り行うものであり、「祝詞の奏上をもって皆様の真心とお願いごとを大御神にお届けします」という形式である。伊勢神宮では一般参拝者が二拝二拍手一拝の途中で願い事を念じたとしても、それは「ご祈祷」に当たらない。
神社本庁の「拝礼の作法」も祈りについて言及しない。ただし、神社本庁の示す祈願の方法は伊勢神宮の祈祷とかなり異なる。神社本庁の「玉串拝礼の作法」によると、神社で祈願するときは神に玉串を捧げる。玉串とは新鮮な榊の枝に麻や紙を取り付けたものであり、「私たちは、神前に進み、玉串を通して自らの誠の心を捧げるとともに、神さまのお陰をいただきます」という。また、玉串を捧げる過程の途中で「祈念をこめます」と明記している。動画上は玉串を捧げ終えたあとに続いて二拝二拍手一拝を行っている。
神社本庁の唱える“神社で祈願するときは神に玉串を捧げる”という命題の対偶をとれば、玉串を捧げないときは二拝二拍手一拝の途中で何かを念じても祈願したことにならない。一方で神社本庁は、二拝二拍手一拝に関して「そこに、どう心を込めるか、また込めたほうがよいのかは、参拝される皆さんの心の持ち様ではないでしょうか」とも述べており、玉串を捧げない単なる二拝二拍手一拝に祈願を込めてよいかは参拝者のお気持ち次第に委ねられている。
このほか拝礼中の祈念や祈願に言及しない神社としては、八坂神社、久能山東照宮、愛宕神社、沼津日枝神社、金刀比羅宮などがある。
逆に、二拝二拍手一拝の途中、二拍手の後に祈念や祈願をすることを指導する例は以下の通りである。