フロイト自身は様々な生物学的見地から基づく論文や脳神経医学に基づく論文を引用して、自身の精神分析学理論の妥当性を主張していたために、当時としては科学的に見られる部分もあったが、現代の者から見ればその多くの点が間違っていたり、全く脳精神医学からの科学的研究の基礎が無いままに展開されていた理論も多数であったと考えられている。その代表例としてはユングの無意識理論であり、あれはほとんど人文学の研究に近いと言われており、脳科学からの検証は不可能である。ただしもちろん近年に近づくにつれて精神分析学は脳精神医学の様々な科学的見地と歩調を合わせながら理論を考えるようになっている。
精神分析による人類学・民俗学研究への批判.
精神分析を医学以外の分野に応用した際に精神分析の誤りが露呈してしまう事がある。
例えばフロイト自身が『トーテムとタブー』という宗教の起源を論じた本を書いたが、リヴァース、ボアズ、クローバー、マリノフスキー、シュミット、そしてレヴィ＝ストロースといった人類学者達はこれを馬鹿げてると公言してはばからなかったし、権威ある宗教学者エリアーデによると、この本は研究書というよりも「手におえないゴシップ小説」で、書かれている事も「気違いじみた仮説」にすぎないと断じた（『オカルティズム・魔術・文化流行』、ミルチア・エリアーデ）。また、フロイト自身もこの本で主張したことが憶測にすぎないことを自覚していた。
また精神分析学者のエーリヒ・フロムやブルーノ・ベッテルハイム等は『赤ずきん』をはじめとしたメルヘンを読んで精神分析的解釈をし、民間伝承や民俗学に関して様々な考察をしたが、これらは間違ったものが多かった。
なぜなら今日知られている『赤ずきん』の話の内容の多くはシャルル・ペローが創作したものであって歴史が浅いので、それを読んでも民俗学的知識が得られるはずがなかったのである。例えば『赤ずきん』に出てくるずきんの赤さをフロムは「月経の血」、ベッテルハイムは「荒々しい性的衝動」と解釈したが、ずきんを赤くしたのはペローのアイデアであった。