動かないままでは迫力が足りないということで動くシーンが急遽撮影されたが、DVDに収録された撮影風景ではスタッフたちの「すげー」という笑い声が聞こえる。白石は、このカットがうまくいき操演の松本光司も非常に嬉しそうであったと証言している。このシーンは、本作品最大の見せ場であるとともに、制作エピソードとしても話題に挙げられることが多い。操演とレール移動を併用するノウハウは、映画『ヤマトタケル』でのヤマタノオロチの撮影に活かされた。
未使用シーン.
芦ノ湖のシーンでは、本編班により蔦が桟橋を破壊する描写が東宝スタジオの大プールで撮影されていたが、カットされた。大森によれば、本来は特撮班で撮影する予定であったが、撮影が進まなかったため本編側で担当したものであった。また、特撮班で蔦がボートを襲うシーンも撮影されていたが、本編班側でシーン自体が不採用となったため欠番となった。大森は、桟橋のシーンと重複するためボートのシーンをカットしたと述べている。
花獣形態の上空をヘリコプターが旋回するシーンも撮影されていたが、ヘリのミニチュアの電飾が不調であったため不採用となり、ビオランテ単独のシーンに改められた。
ゴジラと蔦がモデルアニメーションで戦うシーンも撮影されたが不採用となった。
植獣形態では、蔦に仕込んだフラッシュ球で腹部が閃光を発しているように見せていたが、使用場面は予告のみで使われた。
当初はビオランテの最期をアニメーションで描写し、ゴジラを飲み込んだあと、空へ消えていく予定だった。しかし、アニメと実写が親和せず、カットされた。大森は「ラッシュでそのアニメを観たスタッフのほぼ全員が唖然としていた」と語っている。作画を担当したアニメーターの毛利和昭は、自身も怪獣映画のファンであったことからこのシーンには違和感を感じていたといい、試写でカットされたことを聞いた際はがっかりするよりもホッとした気持ちの方が大きかったという。このアニメーションは、DVDに映像特典として収録されている。
評価.