当時、共産党はスパイを摘発する目的で、波多然・大沢武男といった党員に対して「査問」と称するリンチを行っていた。宮本によると、スパイを行った場合には、共産党規約により査問を受けることが予め承諾されていたという。印刷局副主任であった荻野増治も査問にかけられ監禁されていたが、このままでは殺されると考え、逃走した。
逸見重雄の供述によると、彼らに加えられた暴力行為は以下のようなものであったとされる。まず最初に大泉に対して棍棒で殴打するなどのリンチを加え気絶させた。その後小畑を引きずり出し、キリで股を突き刺したり、濃硫酸をかけるなどの凄惨な拷問を加えた。最後に薪割で小畑の頭部に一撃を加えた。そして大泉を引き出して小畑同様のリンチを加えた。大泉はこの拷問に耐え切れず気絶したが、宮本らは死亡したものと早合点しそのまま引き上げた。大泉はまもなく蘇生した。
この頃小畑が死亡する。裁判では小畑の死因は外傷性ショックであるとされた。小畑の死体はアジトの床下に隠された。
ちょうどその頃、警視庁麻布鳥居坂警察署（現麻布警察署）の巡査が勤務を終え、目黒区下目黒の自宅に戻ったところ、近所の住人が空家から人のうめき声が聞こえると騒いでおり、声がするという部屋をのぞきこんだところ、大泉が射殺されようとしている現場を目撃することとなった。巡査は直ちに現場に踏み込み、拳銃を持っていた共産党員の女を逮捕した。大泉の供述により、小畑達夫の遺体が発見された。
判決.
日本共産党による主張.
日本共産党は公式に、当時の裁判で認定された被告人による小畑・大泉に対する暴行の事実を全て否定している。また大泉・小畑に対するスパイの嫌疑も、裁判の中で自ら特高のスパイであることを理由に無罪を主張していた。大泉については、彼の主張の力点は、自分はスパイとして党活動をしたのだから、治安維持法違反に問われるべきではないというところにあった。