サンゴの体はポリプといわれ、イソギンチャクを簡単にしたような姿をしている。イシサンゴ類では、触手は口の周囲にならぶ。触手ははじめ八本あり、成長に連れて倍増する。体は円筒形をしている。体内には体を仕切るように放射状に隔膜が入り込んでいる。隔膜の数は始めからある一次隔膜が八枚、その隙間に二次隔膜がはいる。このような構造は、骨格にも隔壁の形で反映される。和名にも使われている菊目石（きくめいし）の名は、骨格の表面に丸い個虫の形が見え、その中に、隔膜に対応して放射状に隔壁があるのを、菊の花に見立てたものである。なお、個虫を区別する壁が骨片にない場合もある。その場合、いくつもの個虫の放射状の隔壁がつながったような模様になり、列をなす個虫の列間に仕切りがあるものもある。造礁サンゴでも他の仲間では骨格の様子が違っている。
骨格.
サンゴの骨格は、石灰質（炭酸カルシウム）でできている。鉱物としてはアラレ石である。個体の入る部分はほぼ円形で、縦の断面を見れば筒状になっている。隣の個体の入る管との間は共骨とよばれ、そこを埋める組織は共肉といわれる。
なお、塊状の群体を作るものがごく浅いところに出ると、上面が海水から顔を出し、中央付近のサンゴが死ぬことがある。そうすると、その部分はくぼんで、周辺の生きた部分が、まるでごく小さな環礁のように見えることがある。これをマイクロアトールとよぶ。
サンゴと褐虫藻.
造礁サンゴは必ず褐虫藻と共生している。これは、偶然ではなく、石灰質の骨格の速い成長には、褐虫藻が必要であるためらしい。その理由は必ずしも明らかではないが、いくつかの説がある。たとえば、褐虫藻が光合成することで、サンゴの体内から二酸化炭素を奪うことが炭酸カルシウムの沈着を促進するとか、石灰質沈着を阻害するリン酸を褐虫藻が奪うためとか、石灰化の基質となる有機化合物を褐虫藻が生産するためとか、さまざまな説明がなされている。いずれにせよ、造礁サンゴであるためには、褐虫藻が共生することが不可欠であるらしく、造礁サンゴが浅い海にしか住めないのも、熱帯海域にしか生息しないのも、それと関わりがあると見られる。
なお、サンゴと共生藻類をまとめて考えた時、1日の光合成量と呼吸量を比べると、明らかに光合成量が多いという。すなわち、サンゴ礁の生態系において、サンゴは生産者の役割を果たしているといえる。