「学園もの」と「ロボットもの」を分離させないことが当初の課題であったが、そのために本作では多くのキャラクターが「表の顔」と「裏の顔」という多重性を持っている。この多重性は学園生活とロボットバトルを同じキャラクターで繰り広げた方が軸がぶれず物語の一体感が生まれるだろうという考えによるもので、「学園ロボットもの」というジャンルに挑む際の考え方の根幹にもなっている。主人公のタクトは、唯一ひとつの人格を貫き通す存在である。
あらすじ.
日本列島の南に位置する南十字島。この島に活発な少年ツナシ・タクトが「青春を謳歌する」ため、本土からやって来た。
入学初日の夜、タクトは入ってはいけないと注意されていた廃坑跡へ好奇心から潜入を試みる。しかし、そここそがサイバディが安置されている地下遺跡への入口だった。そして偶然にも、巫女の1人であるワコを拉致した綺羅星十字団のメンバーと鉢合わせし、タクトも捕まってしまう。
綺羅星十字団の1人レイジングブルは、サイバディ「アレフィスト」を起動させ、ワコを使ってゼロ時間の封印を解こうとする。だが、入ってこられないはずのゼロ時間へタクトが出現し、サイバディ「タウバーン」を召喚してアレフィストを破壊する。彼は、綺羅星十字団が恐れる「銀河美少年」だった。
敗北を喫した綺羅星十字団だったが、トップが不在の内情を変える好機と考え、銀河美少年を倒した者が組織のリーダーとなることを決定したため、ワコだけでなくタクトも彼らに狙われることとなった。一方タクトも、ワコがサイバディの封印を保つために島の外へ出られずにいることを知り、彼女を救うべく綺羅星十字団のサイバディを全て破壊することを決意する。こうしてタクトは、輝かしい学園生活と共に綺羅星十字団との戦いへ身を投じることとなるのだった。
登場人物.
南十字学園.
演劇部「夜間飛行」.
正部員は全員、サイバディなどの秘密を知っている。
綺羅星十字団.
この作法を行うと、団員は反射的にこの行為で反応するため、団員であるかの確認も出来る。
代表はヘッド。ヘッド不在の間はマリノ（マンティコール）が代表代行を務めた。マリノ以外のメンバーはバーのような部屋に集い、謀り事を画策している。メンバー（カタシロ、マリノ以外）は全員本物のシルシを持っている。部隊のマークはスペード。