江戸時代を通して、武家層を中心として儒教は日本に定着し、水戸学などにも影響、やがて尊王攘夷思想に結びついて明治維新への原動力の一つとなった。一方、一般民衆においては、石田梅岩の石門心学などわずかな例外を除き、学問としての儒教思想はほとんど普及しなかった。
儒学の体系化と立身出世という実益により武家層へ浸透した結果、有事に備えて技術を継承する必要性から同じく体系化されていった兵学にも影響を与えた。それまでの兵学は実戦での経験を踏まえ、作戦部隊の運用や編制など現実的な内容が中心であったが、江戸時代以降は儒学の影響を受け倫理的な側面が強調されるようになった。また生存術や処世術的な意味合いだった武士道も、主君への忠義など幕藩体制を支える思想や倫理を伝授する学問へ変化した。
歴史（近代）.
明治時代になると、儒教的合理主義の影響を受けて江戸時代から一部行われてきた神仏分離運動が激化し、廃仏毀釈が行われた。
『論語』の一節や朱子学の教えが引用されることは多く、道徳や倫理の古典として受け入れられた。特に『論語』は現代に至るまで日本語訳や解説書が多数刊行されている。
渋沢栄一は『論語と算盤』を著し、『論語』を拠り所に倫理と利益の両立を掲げる「道徳経済合一説」という理念を打ち出し、近代経済と儒教思想の融合を図ったが、広く普及することはなかった。また、戦前戦後の日本の政財界に隠然とした影響を与えた安岡正篤は、正統な儒教思想の後継であるとは言い切れないが、公的には陽明学者と称した。
一方で「実学」の重視を主張する福沢諭吉は儒教を妄説とし、厳しく批判した。また、津田左右吉は『支那思想と日本』『文学に現われたるわが国民思想の研究』などで儒教など中国の影響を排除した文化史を描こうとした。
歴史（現代）.
敗戦後、教育勅語、軍人勅諭、戦陣訓などは撤廃された。ウェーバーやマルクスの研究が盛んになると「アジア的停滞性」を生んだ存在としての評価がされるようになり、歴史教科書等でもこうした評価が定着している。和辻哲郎は敗戦に至った日本の停滞の原因を、林羅山の儒教政策と鎖国政策に求めた。