就学事務は多くの場合、実務的には住民基本台帳を基に作成された学齢簿によって処理するため、本来なら義務教育の対象者である学齢期の日本人であっても、住民登録がなかったり、実際の居所が住民登録地とかけ離れた場所にあったりする場合は、制度の想定外となってしまうが、例外的に住民登録がない場合でも学齢簿に掲載し就学させることは可能である。。典型的な例は、親が債権者や暴力を振るう元家族から隠れている場合、出生届を出されていない子どもの場合などである。
就学すべき学校の指定.
指定校になりえるのは市町村が設置する小学校、中学校（高等学校併設型中学校を除く）、義務教育学校のみである。入学者選抜試験のある中学校や中等教育学校は指定校にはならない。
学齢到達前（小学校等入学前）.
小学校等の卒業等時(中学校等入学前).
義務教育の対象者が、小学校・特別支援学校小学部を卒業又は義務教育学校前期課程を修了する前には、教育委員会は学齢簿に基づき指定の中学校等への進学のための就学の通知書を発行する。このとき、多くの自治体では学区に基づき中学校等を指定しているため、別途手続きをとらなければ指定校に就学することになる。
中学校等についても、認定特別支援学校就学者については、市町村教育委員会は都道府県の特別委員会に通知しなければならない。対象生徒は特別支援学校に入学することになる。
学齢簿に変更があった時など.
義務教育の対象者が、転居により学区が変更になった場合、私立学校などを退学する場合、就学猶予を解除する場合などには学齢簿の内容が変更になる。また、学齢の日本在住者が日本国籍を取得した場合や学齢期の日本国籍者が日本に住民登録した場合は新たに学齢簿に追加される。これらの場合には、その都度就学指定校を定めることになる。原則的には、年齢に応じて小学校、中学校、又は義務教育学校が就学指定校となる。
学年の決定.
多くの教育委員会（国私立等の場合は学校）では、「年齢相当学年」という概念に基づいて入学する学年を決定するが、絶対的なものではなく、いわゆる飛び級は認められないが、日本語能力が不十分な児童生徒が学年途中で編入した場合、学籍上は年齢相当学年にして、実際には下の学年で授業を受ける取り扱いや、学籍上も正式に下学年に編入することも認められている。年齢相当学年については「年齢主義と課程主義」の項目を参照。