やがてミュウツーは自分を造ったロケット団を裏切ったことをきっかけに、ポケモンを統制するシステムへの反発や自分を利用するためだけに作り出した人間たちへの失望からある計画を企てる。それは、自分のように通常のポケモンより優れた「コピーポケモン」の軍団を作り出し、人間や通常のポケモンを淘汰するというものだった。
だが、サトシ達が受け取った招待状はミュウツーの仕組んだ罠だった。サトシを初めとするトレーナー達は強大な力を持つミュウツーや彼が作り出したコピーポケモンの前に歯が立たず、より強いコピーポケモンを作ろうとするミュウツーに手持ちのポケモンを奪われてしまう。
奪われたポケモンたちからコピーポケモンが生成されるが、ピカチュウを追いかけてきたサトシがコピー装置を破壊し、ポケモンたちを解放する。人間への復讐のために関係の無い者を巻き込むミュウツーに憤ったサトシ達は彼の元に向かう。
そんな中、ミュウツーの前に彼のオリジナルであるミュウが現れる。自分の「本物」であるミュウに敵意を露にし「本物」であるミュウと「コピー」の自分のどちらが強いかを決めようと戦いを挑むミュウツーに、ミュウはある提案を持ちかける。それは、自分達だけでなくコピーポケモン達とそのオリジナルのポケモン達を戦わせることで「本物」と「コピー」のどちらが強いかを決めるというものだった。ミュウの言葉をニャースが翻訳して曰く、技など使わず体と体でぶつかれば、本物はコピーに負けない、と。
こうして始まった肉弾戦は長引き、ポケモン達が次々と倒れる中ミュウツーとミュウだけは激戦を続ける。二匹を止めない限りポケモンたちの闘いも止まらないと考えサトシは自ら身を投じるが、ミュウツーとミュウの挟み撃ちに遭い石像と化してしまう。静寂に包まれるバトルフィールド。自らの力ではどうにもならず、パートナーとしての存在を失ったピカチュウはと悲しみに暮れる。戦いをやめたポケモンたちも、それに呼応するかのように……すると、ポケモン達が流した涙はサトシの元に集まり、サトシは息を吹き返した。