食用バイオマス(穀物など)を用いて製造するものを第一世代バイオ燃料、非食用のバイオマス(木質燃料や廃棄物)を用いて製造するものを第二世代バイオ燃料という。
再生可能エネルギーの一つとして扱われる。
概要.
種類.
ガソリン代替オットー機関用燃料.
バイオマスエタノール.
ガソリンの代わりに、トウモロコシやサトウキビと言った安い穀物を発酵・濾過してアルコール（エタノール）を作り出し、乗用車・小型商用車用のガソリンを代替するバイオマスアルコール燃料として利用する。
バイオマスアルコール燃料は、化石燃料であるガソリンより出力は劣るものの、向き不向きこそあれど、大抵の穀物は原料に出来るために原料を選ばないこと、安い穀物や、穀物の搾りかす（従来から産業廃棄物のことが多い）を使うことで、コストが抑えられること、硫黄酸化物や窒素酸化物の排出が極めて少ないこと、植物原料の燃料なので新たなCO2を作り出さないこと（カーボンニュートラル）などの長所がある。
軽油代替ディーゼルエンジン用燃料.
ジェット燃料/軽油代替ガスタービン用燃料.
第二世代バイオ燃料.
また、シロアリの消化器官内の共生菌によるセルロース分解プロセスがバイオマスエタノールの製造に役立つ事が期待され、琉球大学や理化学研究所等で研究が進められる。
生成されたワックスエステルから作られる燃料は低温でも固まりにくい性質を持っているため、ジェット燃料の規格に適している。
下水処理やリンなどの資源回収等の付加価値をつけることで見かけ上のコストを削減する方法も検討されている。
バイオガス.
メタン菌による嫌気発酵により有機物を分解してメタンガスを生成する。主に下水や生ごみ等、主に廃棄物が原料となるのでバイオエタノール等の作物を原料として使用するバイオ燃料よりも資源の制約が少なく、既存の処理施設を改造する等、比較的少ない投資で実現可能である。また、下水処理施設等で生成されるメタンガスは地球温暖化の原因ともなっており、有効利用することによって一石二鳥の効果が見込まれる。
バイオ水素.
バイオ水素は水素生産菌や光合成細菌によって生成されるバイオガスである。シロアリの消化器官内にいる共生菌の中には水素を生成する菌がいる事が確認されている。
バイオコークス.
課題.