劇場版シリーズの定番となっているエンディング後の次回作の予告は、今作でも放映された。エピローグ終了後にビルの上に立つ怪盗キッドの姿が映し出され、「またお会いしましょう。夜空に浮かぶ船の上で。」とキッドが呟いた後、次回作の製作およびGW中の公開が決定した旨の字幕による予告が流れた。のちに次回作は、怪盗キッドがメインとなり、シンガポールが舞台となる『紺青の拳』であると明らかになった。
ストーリー.
警視庁で捜査会議が開かれ、爆発は施設地下で起こったガス爆発が原因であることや、現場のガス栓はネットを通じての遠隔操作が可能な最新型であることが判明し、現場の状況から当初は事故と思われた。そこに警視庁公安部の風見裕也が現れ、事件現場の遺留品から採取された指紋が毛利小五郎のものと一致したことを報告し、一同は騒然となる。
後日、公安部による毛利探偵事務所の家宅捜索が行われ、資料やパソコンが押収されていく。小五郎本人はもちろん、コナンや毛利蘭、鈴木園子が無実を主張するも、まったく相手にされない。コナンは小五郎の潔白を証明すべく、現場に残されていた爆発物の調査を灰原と阿笠博士に依頼するなど独自に調査を開始し、高木刑事から当初は事故と見なされていたサミット会場の爆発が風見からの小五郎の指紋に関する報告を機に事件として扱われた経緯を聞く。
翌日の夕方、押収された小五郎のパソコンから東京サミットの日程表や爆発現場の見取り図などの資料と爆発現場のガス栓にアクセスした痕跡などの証拠が発見されたため、小五郎は公安から厳しく追及される。小五郎は改めて容疑を否認して任意同行を拒否するが、その際に風見の手を振り払ったことで「公務執行妨害罪」で逮捕され、その場で手錠をかけられてしまった。コナンは公安の前に立ちはだかり、小五郎には動機がないことを主張するが、風見は小五郎を強制連行する。
公安の強引な捜査に憤りを募らせるコナンは、安室に小五郎逮捕の証拠は公安による捏造ではないかと問い詰める。安室はその答えをはぐらかし、コナンに強い口調で反論して立ち去る。今回ばかりは安室が敵となるかもしれないことにコナンは息を呑む。