それぞれのメーカーがお互いに市場を分割しながら競争を繰り広げ、それぞれの機種に互換性がなかったことから、ソフトウェアメーカーはより多くのユーザーに自社ソフトを売るために、各機種に適合するソフトウェアを個別に開発しなければならなかった（これらを移植ソフトと呼ぶ）。
用途.
プログラミング.
市販ソフトウェア.
商業ベースの市販ソフトウェアも多数のタイトルがあり、マイコン専門店においては豊富に取り揃えられていた。初期のソフトウェアの品質は玉石混淆であったが、ある程度ハードウェアの淘汰が進み、ソフトウェアの流通が整備されてくると、品質も次第に向上していった。
同時代の特色として、当時の物価水準ではパソコン本体及び周辺機器が高価であったことに加え、ソフトウェアもまた（単価が現在と大差ないことを鑑みれば）高価なものであったことから、主要都市やターミナル駅の周辺にはこれらのソフトウェアの（違法な）レンタルショップやコピーショップ、コピーガード除去ツールを販売する店も存在していた。
ゲーム.
当時の家庭用ゲーム機においては、あまり多くのメモリー（RAM）が搭載されておらず、またROMカートリッジの容量も、実際にプログラムが組み込まれるROMチップは容量あたりの単価が高く、技術的な問題から価格と集積度の制限があり、フロッピーディスクを多数枚組みにする事で安価かつ容易にデータ量を追加できるパソコンとは違い、現実には一定以下の容量でしか使用できなかった。
初期のコンピュータRPGやアドベンチャーゲームは、専らパソコン向けのソフトウェアであり、後に『ポートピア連続殺人事件』や『ドラゴンクエスト』等の家庭用ゲーム機向けの物が発売された以降にも、パソコン向けのこれらゲームは、家庭用ゲーム機を遥かにしのぐ表現能力で根強いファンを獲得していた。また、そのようなゲームは必然的にプレイ時間が長くなる為、ゲームデータを一時保存する必要があった。テープやフロッピーディスクに保存できるパソコンとは違い、当初のROMカートリッジは保存機能がなかった為、パスワードやSRAMバッテリバックアップといった方法が採用される迄は実際に発売するのも困難だった。