武家の養生法は、明治期には西洋医学的な民間療法を混ぜて科学的な治療法を装うようになり、こうした「呼吸法」「静坐法」が「新しい健康法」として広まった。「呼吸法」「静坐法」と呼ばれた瞑想・身心技法は、科学的であることが強調される一方、精神至上主義の色も濃く、精神や霊性について語られた。心身修養法と呼ばれ、精神修養だけでなく、健康や神経衰弱に効果があると考えられ、坐法と呼吸法からなる岡田式静座法が知識人を含む広い層に流行する等、多くの人が実践した。こうした動きには、科学がその伝統のない日本に突然に導入され、権力者によって強制され、精神的な物事が軽視されるようになったことへの危機感、反発があると考えられる。当時流行した「呼吸法」「静坐法」には、医療・宗教・修養のどれとも言い切れない曖昧さがあるが、それは同時期に流行した民間精神療法（霊術）も同様であり、「呼吸法」「静坐法」の一部の指導者は霊術家でもあった。
近代オカルティズム.
科学的研究.
瞑想は科学か.
瞑想は、研究者や信奉者によってしばしば科学と呼ばれるが、瞑想を科学という場合、それは一般的な意味での科学とは異なっている。「科学」とは一般的に、経験主義的科学を指し、何かが「科学的ではない」と言われる場合、「経験主義的な物質的証拠が提出できていない」という意味である。そのため心理学、精神医学、社会学なども、しばしば「科学ではない」といわれ、瞑想や霊性研究も科学として扱われていない。瞑想研究は非常に困難であるが、あくまで科学の領域の中において「状態特定科学」として、「変性意識状態」という概念に基づいた理解などの成果を上げている研究の方向や、高次の超越的な知の領域があると考えて、科学という名にこだわらずに独創的な研究を行おうという方向もある。
研究.
研究が進むにつれ、リラクセーション法や自己催眠などの他の自己コントロール法でも、瞑想特有と考えられていた様々な生理学的変化が起こることが分かり、研究者も冷静になり、研究方法も次第に洗練された。瞑想研究は多様な観点で行われ、トランスパーソナル心理学とも関連するようになり、学術研究が始まった当初のようなネガティブな見解は減少した。