変形の無い正規寝殿造の時代があったということは証明されていないが、小寝殿が寝殿造の変化の象徴であることでは研究者の意見は一致している。小寝殿は別御所の形式をとる鎌倉時代の小御所との関連性も指摘され、古代の小寝殿から中世の小御所へと至る過程が想定されている。
高陽院のような小寝殿が何故現れたのか、あるいは用いられたのかについては、独立した家政機構を持ち、本来屋敷も独立するのが普通である二人が同じ屋敷内に住む場合に備えてだと考えられている。
その独立性が更に高まった段階が「角殿」「角御所」「小御所」であろうとされる。それらは同じ敷地内でも門を別にし、別の屋敷として扱われる。例えば正月の拝賀に訪れた公卿は、まず寝殿の院に拝賀し、次ぎに同じ敷地内の女院への拝賀に向かうが、そのときには一旦門を出て「角殿」「角御所」または「小御所」用の門から入るなどである。
初期の小寝殿の平面.
鳥羽南殿の小寝殿： 
柱列から三間四面東孫庇と、普通の寝殿と同じ「母屋・庇の構造」である。
通常、西礼の屋敷であれば西対があり、逆であれば東対があってそこが儀式の場として使用される。ところがこの鳥羽殿の小寝殿はそのハレの対の反対側、奥向・内向きの空間にあった。第二期高陽院でも同じである。それらのことから藤田勝也は、小寝殿成立の契機は内向きの居所としての機能の充実にあったのではないか、小寝殿は私的居住空間の形成を表徴する建物ということになるのではないかと推測する。
川上貢の復元図によると、側柱と入側柱により屋根を支える「母屋・庇の構造」は従来のままである。ただ母屋の南北の仕切り方が標準的な寝殿造と若干異なり、平面的な部屋割りに変化が現れている。
小御所の平面の変化.
鎌倉佐々目遺身院： は「永仁元年胤助伝法灌頂記」にある鎌倉佐々目遺身院の指図及び上野勝久が起こした平面図を元に作成した。ここでも小屋組、つまり屋根の架構が平面から完全に分離している。「母屋・庇の構造」ではない。
伏見殿小御所：
門跡青蓮院の里坊・十楽院： は鎌倉時代末期より南北朝時代初期頃の状況を示す配置図から小御所のみ切り取ったものである。佐々目遺身院同様に「母屋・庇の構造」から完全に脱却している。
寝殿の変化.