毎日新聞は社説で「文書の存在がはっきりした以上、実際に「総理の意向」があったのか、内閣府側の「そんたく」だったのかが焦点になる。」とし、「国会の場で、前川氏に証言してもらい、真相をはっきりさせなければ、疑問は解決しないだろう。」と論じた。また、読売新聞の前川喜平のスキャンダル報道への批判に対して読売新聞東京本社社会部長原口隆則が「不公正な報道であるかのような批判が出ている。こうした批判は全く当たらない」「一般読者の感覚に照らしても、疑念を生じさせる不適切な行為であることは明らかである」「次官在職中の不適切な行動についての報道は、公共の関心事であり、公益目的にもかなうものだと考える」などと反論する展開は「異様」だと評した。
産経新聞は、「加計学園問題」の特集ページで「学園の理事長が安倍首相の友人である個人的関係が学部新設の許認可に影響を与えたとの疑惑を生み、野党の政権追及材料となっている。」と解説している。また、朝日新聞などが加戸の発言を報じないことについて、“報道しない自由”ではないかとインターネット上で物議を醸しているとし、メディア不信を生じさせていると報じている。
日本放送協会（NHK）は、国家戦略特区の「透明性・公平性」が論点となっているとしている。
時事通信は、「安倍晋三首相への忖度が働いたかどうかが焦点となっている」とし、森友学園への国有地格安売却問題と同じ構図があると評した。
東京新聞は社説で「首相と学園との親密な関係が学部新設に影響しなかったのか、国会が追及するのは当然だ。野党側は首相に「印象操作」などと言われてもひるむことなく、国政の調査という国会の責務を国民の代表として誠実に果たしてほしい。」と論じた。
参議院への愛媛県の文書提出と学園による謝罪.
内閣府職員の私用車利用と関係者の処分.