交付を受けるためには、運転免許証、日本国旅券（パスポート）などの公的身分証明書を市町村・特別区の窓口に持参し、窓口で対面による本人確認を受ける必要がある。この本人確認を申請時に行なう「申請時来庁方式」と、交付時に行なう「交付時来庁方式」がある。申請時来庁方式の場合はその段階で本人確認が済んでいるため、カードの交付は郵送であることが多い。申請時来庁方式は必ずしも庁舎での受付に限らず、出張申請受付も多用されている。一方で申請時来庁方式は、顔写真を取り違えてカードを発行（郵送）するといった単純ミスも発生している。（→「#地方自治体（区市町村）の単純ミス」を参照）
マイナンバーカードの申請や交付が困難な者への対応.
多くの住民にマイナンバーカードを交付すべく、下記の取り組みが行なわれている。
過去には、自治体職員以外の者が本人確認行為を実施する案も検討されたが、いずれも制度化は見送られている（下記）。
受刑者への交付.
利用.
APIを用いた企業・団体による個人情報の取得.
マイナンバーカードを作成することにより、本人の同意の上で、第三者（企業など、個人も可）がAPIを用いてインターネット経由で、カード保有者本人の個人情報を政府のサーバーから直接取得することが可能となる。自己情報取得API、医療保険情報取得API等があり、総称して「マイナポータルAPI」と呼ぶ。
この機能はマイナンバーカード固有のものであり、他の身分証（パスポート、運転免許証、健康保険証など）では代替できない。カードのICチップ内に電子証明書を搭載した上で、カード実物（所持要素）と暗証番号（知識要素）による二要素認証を行ない、情報提供が本人の意思であることを確実にする。
活用事例.
自己情報取得API・医療保険情報取得APIの主な活用事例は以下のとおり。
情報管理.
本人が同意した条項の中に該当する事項が含まれていれば、個人情報を長期間（=本人同意を得た期間）に渡り保有蓄積することも、別の第三者へ（あくまでも同意を得た目的に反しない範囲内で）提供することも可能である。マイナポータルAPIで個人情報を取得した第三者には、公務員のような厳しい守秘義務はない。