時は流れ、中学の卒業間近になって、隼人は丈太郎にプロ野球選手を目指す事を告げたが、丈太郎は強硬に反対し、家業を継ぐ事を命じた。隼人は反発しつつも、当初は心理的なものだったが、その後悪化して心筋梗塞と診断され入院した父親に配慮し、迷った上でチームを退団する。一方、丈太郎は入院先の病院から抜け出して自宅に戻った時、隼人とその友人、そして南城家を心配する谷口たちの話し合いを玄関先で聞き、隼人が自分の作ったバットをプロ選手相手に叩き売りをしていた事を知った。それによって丈太郎は、隼人の心が野球にありバット職人にはない事を悟る。一旦病院に戻った丈太郎は、医者の制止を振り切って自宅の工場に戻り、一本のバットを作り上げると、そのバットに鑿で『父の魂』と彫り、隼人に「野球をやりたければ野球をやれ、だが今日の自分の姿を忘れるな」と言い残して絶命した。このバットは『魂のバット』と呼ばれる事になる。
谷口の考えにより、その年の地方予選は旧野球部で戦い敗退。翌年春から隼人たちを入部させてユニフォームも一新した。一方真樹は関西の烈風高校に転校し、そこで明智光成という選手と出会っていた。明智は羽柴の後任として織田デパートの重役になっていた明智光夫の弟であり、天才と狂気が同居する人物だった。真樹は光成を利用しようとしていたが、やがてその魂胆が光成に見抜かれている事を思い知る。隼人は椿の師でもある三休和尚のいる伊賀の寺に行き、そこで水流の型を体得したが、同じく三休の弟子である光成も体得し、しかもその過程で三休和尚が亡くなってしまう。遺恨を孕んだ2人は、甲子園で決着を付ける事を決める。
翌年、南城流水流投法を編み出した隼人は予選を勝ち進むも、その途中で羽柴の妻が難産で死亡。残された赤ん坊は秀人と名付けられた。やがて中将学園は甲子園大会に進出、順調に勝ち進む。しかし同じく大会に進出した烈風高校の明智は、予選で見せたという明智流水流打法の本来の打撃を見せないままであった。それでも真樹の活躍で烈風は勝ち進み、決勝戦は中将対烈風になった。