全国学協と日学同は当初友好協力関係にあり、一時は民族派全学連（結成準備委員長犬塚博英）の結成まで準備されていたが、長崎大学学生協議会による自治会選挙の勝利を自らのセクトの功績であるかのように日学同が機関紙で報じた頃から次第に関係は悪化した。
全国学協と生学連.
九州学生会議と学協.
かつて、九州の大学には九州学生会議という武闘派で有名な民族派学生組織があった。この九州学生会議は九州学協と共闘関係にあったが、九州学生会議OBらでつくる黎明社と学協OBらでつくる青協は共闘関係にある。
反憲学連と全国学協（撃攘派）.
学協『撃攘』派の主張の背景には、次のような事情があった。沖縄は、日本の中央から距離が遠いため、中央政府の政治的な支配が及びにくく、長く琉球王朝がこの地を支配していた。そのうえ沖縄は第二次世界大戦で唯一地上戦を体験し、大きな惨禍を蒙ったため、県民と本土の人々との間には少なからぬ溝が存在すると信じられていた。このため、「琉球（沖縄）は日本ではない」「琉球（沖縄）は日本から独立すべき」という主張が、新左翼各派（革マル派を除く）などによって公然と主張されていたのである（琉球弧人民解放論）。長大学協『撃攘』派の主張もこれとほぼ同趣旨であった（機関紙『撃攘』では、「同民族異文化間の問題」と少し慎重な表現が使われているが、長崎大学学生の主張は、それに比べてかなり大雑把であった）。
これに対し反憲学連側は、「琉球方言は日本語以外のいかなる言語にも分類できず、沖縄には東北地方の方言と同じく王朝時代の日本語が多く残されている」「沖縄の宗教も日本の古神道の形を残している」という点を挙げ、沖縄も日本の一部であると反論した。そして「沖縄県民の多くは日本からの独立など望んでいない」、「明治国家の成立の際に、天皇は単に大和民族の象徴ではなく、アイヌ・沖縄も含めた近代国家としての日本の象徴（元首）と再定義された」と主張し、学協『撃攘』派の主張を「祖国分断策動」と批判した。結局この闘いは痛み分けだったようだが、学協『撃攘』派側には軽傷者が出ている。
平成に入ってからは、反憲学連、学協『撃攘』派双方ともその活動、存在が確認されていない。
一水会と日学同.
鈴木邦男（元全国学協委員長）を会長として結成された青年組織が一水会である。一水会には平成の初期に学生部も設けられた。