水圏生態系（すいけんせいたいけい）とは、水域にある生態系のことで、水界生態系とも呼ばれる。水圏生態系の中では、生物の群集がお互いに、また環境にも依存して生活している。水圏生態系には大きく分けて「海洋生態系」と「淡水生態系」がある。 
分類.
海洋.
海洋生態系は、水深や海岸線の特徴によって多くの区域に分けられる。外洋域は、クジラ、サメ、マグロなどの動物が生息する広大な海洋の部分である。底層は、多くの無脊椎動物が棲む水面下の生息環境で構成されている。潮間帯は満潮線と干潮線の間の領域で、この図では沿岸帯と呼ばれている。その他の沿海域には、河口、塩沼、サンゴ礁、ラグーン、マングローブ湿地などがある。深海では熱水噴出孔があり、そこでは化学合成硫黄細菌が食物網の基盤を形成している。 
海洋生態系で見られる生物の綱には、褐藻、渦鞭毛藻、サンゴ、頭足類、棘皮動物、サメなどがいる。海洋生態系で捕獲された魚類は、野生生物から得られる商用食料の最大の供給源である。 
海洋生態系に関する環境問題には、持続不可能な海洋資源の利用（特定の種の乱獲など）、海洋汚染、気候変動、沿岸域での造成などがある。 
淡水.
静水.
湿地は、ほとんどの湖岸に沿って自然に形成されているため、止水域の一部と言えて、 湿地と沿岸帯の幅は、汀線の傾斜や年単位の水位の自然変化の程度に依存する。枯れた木は、湖岸の風倒木や洪水の際に運ばれた丸太などで、この水域に集められることが多い。この流木は、魚類や営巣する鳥に重要な生息地を提供するだけでなく、湖岸線を浸食から保護している。 
池.
動水.
河川生態系の主要水域は、河床の勾配や流速によって決まる。動きの速い乱流水は、一般的に溶存酸素濃度が高く、水たまりのように動きの遅い水よりも生物多様性を支えている。これらの区別は、河川を高地の河川と低地の河川に分けるための基礎を形成している。河岸林内の河川の食物基盤は、ほとんどが樹木に由来するが、より広い河川や林冠のない河川では、食物基盤の大部分が藻類に由来する。溯河性魚種も重要な栄養源となっている。河川に対する環境の脅威には、水の損失、ダム、化学汚染、外来種などがある。ダムは負の影響をもたらし、それは流域にも波及する。最も重要な悪影響は、湿地帯にダメージを与える春の洪水の減少と、三角州の湿地帯の損失につながる土砂の滞留である。