また、北方四島交流事業において、日本政府が自国領有を主張しているもののロシア連邦により実効支配（日本政府の立場としては、不法占拠）されている歯舞群島、色丹島、国後島、択捉島（いわゆる北方地域）への訪問団の各個人に向けて、外務省において身分証明書が交付されるが、これも旅券ではない。
これらは、いずれも沖縄県（米国施政下からの復帰前）、小笠原諸島（東京都の一部、米国施政下からの復帰前）、北方領土（北海道の一部、ロシアによる実効支配下）、竹島（島根県の一部、韓国による実効支配下）は『日本固有の領土である』という日本国政府の国是から、これらの地域への渡航のために、旅券を発給できないからである。
記載事項.
一般旅券の身分事項のページには、以下の事項が記載されている。なお、身分事項は「非ICパスポート」は表紙裏、「ICパスポート」は後述の外務大臣要請文ページの次々ページに記載されている。
偽造防止のため、英語の『』が、マイクロ文字で全ページに記載されており、また紫外線発光インクが塗られている。
また、次のような外務大臣要請文（日本語及び英語）が、表紙裏面（非IC旅券は身分事項ページの次葉）に記載されている。
IC旅券.
なお、一部にある誤解とは異なり、IC旅券に電子的に査証が書き込まれる事はない。IC旅券に記録されている情報は、改竄を防止するためからも機構的に読み出し専用である。目に見えるスタンプやシールのない査証は、査証を発行した国の入国管理当局のコンピュータネットワークに、査証情報がサーバに保存されているだけである。
一般旅券の申請.
旅券は、原則として住民票を有する都道府県の旅券窓口（パスポートセンター）で申請する。
一般に、国内窓口での初申請において必要とされる書類等としては以下のものがある。
以下のようなケースでは、必要書類が異なるために確認する必要がある。
受領.
旅券の受取りに必要な書類は次の通り。
旅券名義人が死亡した場合.
旅券名義人が何らかの理由で死亡した場合は、死亡した事実が分かる書類と共に早急にパスポートセンターへ提出及び日本国政府へ旅券を速やかに返納しなければならない。なお、日本国外の場合は、在外公館または日本総領事館へ持参すればよい。