さりながら、診療的意思決定と公共政策的意思決定との異同を考慮すると、証拠に基づく政策という構想の有用性や応用性については議論に争いがある。多角的で競合的な社会的利害関係における選択を含む政治的決定は文字通り政治的であり、政治的決定のこの性質は通常すべての当事者が目標に関して一致しうる（例：患者の治療という目標）診療的意思決定のそれと本質的に異なりうるものである。政治的決定における一連の合致した諸目標の欠缺という事実は、異なる社会的利益を志向した政治的主張に関連した証拠集が複数個存在するであろうことを意味する。したがって、政策立案者に対して「証拠に基づく」選択肢がただ一つ存在しうるという考えはすべてに妥当するものではなく、専ら最も単純な技術的演習にのみ妥当するものである。
ある特定の種類の証拠を政策立案者が検討するにあたり「最適」であると推奨している者もいる。ランダム化比較試験などを例として、ある手法などが政策がもたらす諸結果をより良いものとするかどうかを判定する科学的に厳密な評価方法による証拠がその種類に含まれる。しかしながら、政策に関連する知識は計量分析的な研究によっては十分に提供されず、関連する証拠の収集にとり決定的な要素である方法と手段に関しての議論を招いている。例えば、人権、公共受容性または社会的正義に関連する政策は、ランダム化比較試験がもたらすものとは別種類の証拠を要請しうるし、あるいは、介入効果の証拠（これはランダム化比較試験が基本的に提供するようデザインされている）への考慮に加えて道徳哲学的推論を要請しうる。とはいえ概して、良質なデータ、分析手腕、および科学的知識の使用に対する政治的支援は、証拠に基づくアプローチの重要な要素であると考えられている。