ビデオゲーム、とくにアドベンチャーゲームなどの、プレイヤー（読者）の選択によってストーリーが分岐し、異なる結果をもたらす遊戯全般において、それらの論理構造を記述するコンピュータのプログラミング上の基礎的な概念の「フラグ」に由来する。
これらのゲームは一般に、プレイヤーの選択に基づいてシーンの分岐が決定する。その中でも、あるシーンの分岐が過去の別の場面でなされた選択に基づいて決定される場合、プログラムの都合上プレイヤーが該当の場面でどのような選択をしたのか、プログラム内部で記録しておく必要がある。その記録を付けることをプログラミング用語で「フラグを立てる」と言い、後にシーン分岐を決定する際にフラグが「立っている」ならこのシーン、「立っていない」ならばあのシーン、といった形で用いる。また、フラグは大きなシーン分岐に用いられるに留まらず、伏線を張るために登場人物のセリフなどを細かく分岐する際にも用いられる。
こういった事情から熱心なゲーマーを中心に、登場人物のセリフや行動、演出から（プログラム内部にあり、プレイヤーには見えないはずの）フラグの状態を推測することで、その先の展開を推測しクリアする解析手法が模索され、活発に情報交換された。そして、この手法は特にマルチ・エンディングのゲームをコンプリートする際に効率的な枝刈りや重要なステップとなる以外にも、プレーヤーの期待感を煽る効果があることから、ゲーム製作側が「ストーリー上関連性がありわかりやすい」演出を積極的に採用したことで有為な解析手法として確立した。後に、このような解析結果を基に行われる、フラグが立つことが必至である選択を「フラグを立てる」と表現するようになる。