この他、斜面や山裾にある文化財に対し土砂災害警戒区域等における土砂災害防止対策の推進に関する法律（土砂災害防止法）による警戒と対策が布かれている。
また、景観法に基づく景観条例が整備されているほか、明日香村では屋外広告物法により景観保持に努めている。
橿原市では都市計画法に基づき、藤原京跡遺跡が確認される区域や大和三山（同法の風致地区指定）付近での開発を制限しており、三山には森林法や都市緑地法の緑地保全地域も適用されている。
藤原宮跡のように史跡公園として整備開放されている場所では、廃棄物の処理及び清掃に関する法律により、ゴミのポイ捨ても処罰の対象として取り締まられる。
一方で、宮内庁所管の天武・持統天皇陵は皇室典範によって定められているが、陵墓に対する犯罪・不敬行為に関する罰則項目はなく（旧皇室陵墓令では規程があった）、国有財産法による皇室財産としても百舌鳥・古市古墳群が世界遺産に登録された際に法的保護根拠とはしなかった経緯もあり、これに準じた。世界遺産条約では「当該国内法令に定める財産権は害さない」とし、所有権とその権利の行使を認めていることから、百舌鳥・古市古墳群では文化財指定をせず、景観法を拠り所とした。
緩衝地帯.
世界遺産では構成資産に開発の影響が及ばなぬよう周辺を取り巻くように緩衝地帯を設定しなければならない。特に明日香村では広域にわたり周知の埋蔵文化財包蔵地であることから、近鉄吉野線の線路や駅、住宅地・田畑（重要文化的景観の奥飛鳥など）が緩衝地帯に包括されている。
課題.
世界遺産の必須条件である顕著な普遍的価値とは、世界史に照らし唯一無二の存在であることや世界に与えた影響などを国際学術的に証明し認めてもらうことであるが、世界的に見て日本という国家の成り立ちが世界史上でどれだけ重要性があるかや、中国や朝鮮半島からの影響が色濃く文化の独自性が弱いといった指摘がなされている。