日本医師会など医療四団体や民主党の反対派は、今後の協議において、混合診療、病院の株式会社経営の許可等をアメリカが要求する可能性があるとしている。
一方、西村康稔衆議院議員は、USTR代表補で日本担当のカトラーが日本の皆保険制度については何も要求しないと明言したとしている。
農業分野.
製造分野.
日米事前協議.
TPPの日米協議で合意された内容は、TPPが 発効 した時点で拘束力を持つ。
経済効果の試算.
しかし、農水省発表の過去に行われた輸入自由化の影響評価では高品質生果への転換により外国産と競合しなかった桜桃（さくらんぼ）の価格が輸入自由化後に上昇している、「味」・「安全性」など価格以外の要因による消費者の動向が考慮に入れられていないなど、試算の前提との食い違いも見られる。
経済産業省は、韓EU FTA、韓米FTA、韓中FTAが日本のTPP参加よりも先行することにより日本の輸出が減少することを前提にしてTPPの影響を試算している。
農林水産物については以下のシナリオをGTAPモデルに組み入れて影響を試算。
議論.
米倉弘昌経団連会長は記者会見で「TPPに参加しないと日本は世界の孤児になる」と語った。一方で、全国農業協同組合中央会（JA全中）会長萬歳章は全国集会でTPP交渉への参加に反対する立場で挨拶を行い。このように属する立場によって賛成と反対が真っ向から分かれている。
試算について.
中野剛志京都大学准教授は内閣官房の資料「包括的経済連携に関する検討状況」では、TPPに関する経済効果の試算がなされているが、試算は様々な前提を置いた上で弾き出された参考値であり、現実を必ずしも反映しておらず、試算結果を政策の意思決定に用いようとする場合は、しばしば一定の結論を誘導しようとする意図が働くので、試算結果にバイアスがかかるのが一般的であるとしている。さらに、試算がデフレーションや通貨という重大な要素を考慮していないのではないか、という点を指摘している。