しかし、水域全体の底質を調査するには、過大なコストが必要となるため、行政による規制はごく限定されたものとなっている。現在、底質に対する規制が実施されているのは、水銀、PCB、ダイオキシン類についてのみとなっている。
従って、有害性が未解明で法規制も行われていなかったり、水処理技術が未発達だった時代に排出された水・廃棄物に由来する有害物質が底質に蓄積されているため、水質が改善した現代の環境へと、逆に溶け出してくるおそれがあり、これは現実に発生していると考えられる。
例えば、ダイオキシン類の排出量は大きく改善されているにも係わらず、環境調査における水質でのダイオキシン類濃度がほとんど減少していない。これは、過去に排出されたダイオキシン類が底質に蓄積し、改善された水質を汚染しているためと考えられる。
日本における水質汚濁.
日本で水質汚濁が激化したのは高度成長期以降であるが、住民への有害物質による健康被害が重大化したのは江戸時代からの足尾鉱毒事件が最初といわれる。
「公害列島」時代.
また、生活水準向上への欲求から水洗トイレが普及したが、生活排水の不十分な処理のままの放流により、多くの河川や湖沼が高濃度のBOD成分により汚染され、魚類等の水質環境変化による絶滅、生産性の衰退など被害が激化した（川漁が盛んな地域で迷惑料を課したケースもある）。
公害国会とその後.
しかし、都市中小河川や湖沼などの閉鎖性水域では、環境基準達成率は依然として低い状態が続いている。
生活排水への取り組み.
進行中の水質悪化.
水質汚染との違い.
汚濁は、公共用水域、地下水などの自然環境の汚れを表現する場合に用いています。 汚染は、特定事業所・工場等から排出される排出水の汚れを表現する場合に用いています。 また、工場内の施設から流れ出す汚水等については、汚水、排水、廃液などと表現し、工場から公共用水域に排出する場合は、排出水と言うそうです。
海外の水質汚濁.
有害物質による大規模な汚染災害が、過去に何件か起きている。現代では中国をはじめとする新興工業国での恒常的な水質汚濁激化が、国内外で健康被害を招く事例が急増している。
そのほか貧困や格差、紛争による社会基盤欠損が、人口の過密による生活排水汚染を放置し住民の健康を蝕んでいる事例は、アメリカからアフリカまで全世界で枚挙に暇がない。