本作ではジュエルと呼ばれる有償による課金アイテムが存在する。これは指定された量を消費することで、ランダム型アイテム提供方式であるガチャで強力な船装備（設計図含む）や航海士を入手したり、航海士・船装備の所持枠の拡張、「船体強化」でより高くパラメータを上げるなど、プレミアム的なサービスが得ることができる。
基本的な入手の方法としては、リアルマネー（現金・電子マネーなど）から各プラットフォームのゲーム内通貨へと換金し、そこから「ショップ」で任意の量のジュエルを購入する流れとなる。それとは別に、ログインボーナスや各種イベント・ミッションの課題を達成した際の報酬など、幅広い機会で無料で得られる手段があるため、他のゲームのように過度なアイテム課金をしなくてもそれなりに楽しくプレイできる仕様になっている。
各種クエスト、ミッション.
前述の通り、本ゲームはメインクエストを進めることによって物語が展開し、新たな海域での航海が可能になる。その他にも、海図ミッション、列伝クエスト、爵位クエスト、そしてデイリーミッション、ウィークリーミッションおよびマンスリーミッションが用意されている。これらのクエストは各港のクエスト欄（酒場）で受けられる依頼も含めて、同時に併行して行うこともできる。
メインクエストを初め、ストーリー展開のあるクエストは進行状況欄にある航海日誌で時系列が確認できる。
海図ミッション.
その他、特殊なクエストがある海図もある。
列伝クエスト.
一部の航海士には「列伝クエスト」があり、「図鑑」内の「航海士」欄から任意で発生させることができる。内容はその航海士にまつわる個別の物語であり、これをクリアすることで各種アイテムやその航海士の新スキルの追加などの報酬が得られる。列伝クエストは初期に設定された一部の航海士に含め、アップデートによって逐次的に追加されている。
爵位クエスト.
貢献度が一定の値に達することで、爵位を上昇させる爵位クエストを請け負うことができる。爵位は水夫→航海士→准勲爵士→勲爵士→騎士→准男爵までがある。
デイリーミッション、ウィークリーミッション、マンスリーミッション.
真正海図.