武士と並んで、中世の軍事力を支えたのが僧兵である。広大な寺領・神領を有して経済的に豊かであった寺社は、自身を防衛する武力を保持する必要が出てきた。京都・奈良の大寺院の雑役に服する大衆（堂衆）が自衛武装したものが僧兵の始まりである。平安時代末期には強大な武力集団となり、興福寺・延暦寺・園城寺、東大寺などの寺院を拠点として、寺院同士の勢力争いや、朝廷や摂関家に対して強訴をくりかえした。以仁王の挙兵では平家とも争った。中央から離れた地域でも有力寺社は軍事力を持ったり地元軍事力と結びつき、当時のパワーバランスに大きな影響を及ぼしていた。源平の争乱の時には熊野水軍を取り仕切っていた熊野別当にたいし双方から政治的な取引がなされた例などが著名である。
騎馬戦闘を主とする武士の弓矢に対し、徒歩戦闘主体の僧兵の主力武器は薙刀であった。中国に留学した僧が、長柄武器である大刀を伝え、これが変化して薙刀になったと言う説もある。平安末期になって武士も徒歩戦闘を行うようになると、徒歩武者も薙刀を使用するようになった。
平氏政権の誕生.
一方、桓武平氏のうち伊勢平氏（平家）は院や朝廷の重用を受け飛躍的に地位を向上させ、平忠盛の代には正四位上に任じられるなど河内源氏を凌駕した（同時期の源氏棟梁源為義は従五位下）。
治承・寿永の乱.
鎌倉幕府の成立.
鎌倉幕府は、それまでの朝廷・摂関家の権威・姻戚関係などに基盤を置いた不安定な武士の立場を改め、朝廷にも対峙できる実力体制の武家政権を実現した。
従来から武士の主従には御恩と奉公という関係があった。御恩とは、主人が従者の所領支配を保障すること、又は新たな土地給与を行うことである。奉公は従者の軍役・経済負担などである。鎌倉幕府の成立によりこの関係は公的なものとなった。鎌倉殿と直接主従関係を結んだ武士は御家人と呼ばれたが、関東地方で一国数十名、地方では一国あたり十名程度であり、御家人は武士の中でも非常に限られた階層だった。
なお、この当時の甲冑や刀剣は明珍や正宗などの名工や鍛冶集団によって高度化されている。
建武の新政と南北朝の動乱・室町幕府.