こういったダイヤへの厳しさが目立つ規約の中で、最も極端なものが、一度でも所定の列車の発車時刻に乗り遅れた場合、以降は所定の乗車券などを買っても銀河鉄道全線において乗車拒否をするという、不条理な規則である。また、メーテルは鉄郎に対し「乗り遅れたら死ぬことになる」と教えている。
たとえ乗客であっても規則に背けば即座に拘束対象とされ、車内において発砲等の危険行為に及んだ場合、車掌の裁量によっては走行中の車両から車外の宇宙空間に放逐されることもある。往来危険（列車妨害）や偽造パスの使用はもちろん、入場券による乗車さえも死刑である。定期券は、不正な手段によって入手しても真正のものであれば、本来の所有者とは無関係に記載の氏名を名乗るだけで正規の乗客と識別され乗車できるが、他人のサイン（名前）のある定期券を使用したのが発覚した場合は死刑となる。死刑執行は公安官が行うが、駅間などでは車掌が死刑を執行する権限を持つ。
一般の乗降客に対してダイヤや旅客取扱の有無、行き先など、基本的な運行情報を伏せることは珍しくない。また、銀河鉄道の列車が発着している事自体を、停車駅である惑星側が知らされていないケースもある。
本社の存在する「運命（ディスティニー）」駅は、銀河鉄道車両以外にはガス星雲を偽装し、たどり着けないように細工をしている。つまり、一般の利用者にとっては、乗り換え以外には使いようのない駅である。
惑星間・恒星間航行については他に公共交通機関がほとんど存在せず、銀河鉄道による独占状態に近いため、自力で移動手段を調達できない場合、銀河鉄道の定めるルールに従わざるを得ない状況が成立している。なお、作者の松本によれば宇宙船は車やバイクに相当するものとのことである。また、乗り物に一切乗らない移動方法としてワープがあるが、時空や重力の歪みでとんでもないところに飛ばされるリスクがあるとのことで、銀河鉄道が「究極の安定したレール」なのだという。
路線について.
銀河鉄道物語で登場した路線.
※下記の路線は名称があがったのみで、劇中には登場しないものである。
空間軌道について.