残る堕天使達を追ってタワー内を進むイーノックは、かつて自身が地上の話を語って聞かせた堕天使アルマロスの階層に到達し、彼と交戦する。その最中、突如として冥界の王ベリアルが地上界に干渉し、イーノックを冥界へ誘き寄せるべく、少女ナンナをイーノックの眼前で冥界へ引き込む。イーノックはナンナを追って自ら冥界へ飛び込むものの、力及ばず穢れに飲み込まれてしまう。
一方、アルマロスは冥界へ飛び込んでしまったイーノックのことを想って泣き崩れるが、ルシフェルの唆しを受け、イーノックを冥界から救うべく自らも冥界へ突入する。アルマロスの奮闘によりイーノックの救出は成功するものの、アルマロス自身は冥界に取り残されてしまい、穢れに飲まれてしまう。
その一方、地上では少女ナンナが英雄イシュタールとして覚醒し、勢力を盛り返した堕天使達に対する抵抗運動を繰り広げていた。
悩みを振り切ったイーノックは地上に残していた肉体へと帰還し、エゼキエルと交戦するイシュタールに加勢するべくタワー内のアラキエルの階層を進む。この階層で、アラキエルが既に死亡している事が判明する。階層のさらに奥へ進んだイーノックはエゼキエルと交戦し、彼女の捕縛に成功する。
そしてイーノックが使命を果たした事を確認した評議会が洪水計画を中止したことで、物語は終幕となる。
システム.
体力.
主人公の体力は鎧の破壊され具合で表される（一周目クリア後はオプションでプレイヤーとボスの体力ゲージを表示することができる）。あと少ししか体力がない状態の場合は画面上部が赤くぼやけ、BGMに脈動音が混ざりコントローラーが脈動する。体力切れで倒れた場合、すぐにはゲームオーバーにはならず画面が瞳を閉じるように暗くなる。完全に暗くなる前にボタンを連打することで、ある程度体力を回復した状態でその場で復帰できる。ただし、体力切れの回数が増えれば増えるほど画面が暗転する速度が速くなる。落下した場合はルシフェルが指を鳴らす音の後に直前に自動セーブ（このゲームではセーブポイントで行うセーブのデータの他に、戦闘やエリア移動などの区切りごとに一時的なセーブデータが自動作成される）の所まで戻される。
武器.
これらの武器は道中の敵が所持している場合もある。