女性専用車両に隣接する車両が混み合うという不満が出されている路線や区間もある事から、男性を中心にして不満を感じているという意見が見られる。横浜市営地下鉄ブルーラインなど編成の中央部に女性専用車両を配置している路線では、男性客の通過を遠慮するよう掲示しており、他の車両に移動する際に車外を回らないといけない場合がある。
路線ごとに車両位置や時間帯が異なる事で、女性専用車両の利用を望む女性客からも分かりづらいと批判される事がある。先頭又は最後尾が女性専用車両となる路線では、乗り換えの不便さや降車駅改札までの遠さなどを理由に乗車しない女性客もおり、比較的空いている事を期待して利用する回答がある。
障害者の利用.
性同一性障害者の利用について.
混雑.
国土交通省の拡大モデル調査では、試験結果を受けて路線の状況や時間帯での運用方法についても議論が行われていたが、東急東横線などのように導入を行ったものの、混雑悪化などを理由として設定を縮小・変更したケースが存在する。
痴漢対策.
痴漢犯罪の減少が目的ではないものの、導入の前後で痴漢被害の件数に変化があったのかどうか多くの鉄道事業者では数値を公表していない。発表された一部の路線では、御堂筋線や埼京線のように減少した路線も、中央線快速や京王線のように増加した路線もある。また変わらない路線もある。一部の列車種別の列車のみに導入しても、未導入の列車では痴漢被害相談が継続している。車両の運用については拡大モデル調査でケース別に検討所見があり、導入に積極的な事業者でも試行錯誤が続いている事を認めている。一方、痴漢冤罪を問題視する団体が、冤罪防止の観点から女性専用車両の導入を歓迎していることを報道機関の取材に対して表明した事例も見られる。