治天の地位を確保した後白河天皇は平氏・源氏など武士勢力の勃興に対して、王権の維持を図ろうとしたが、結局、王権の一部を鎌倉幕府へ委譲することとなる。後白河天皇の正当な後継者は高倉天皇であり、その早世と後を継いだ安徳天皇が外戚である平氏とともに西国に下った後もこの方針が揺らぐことなく、治天である後白河天皇によって安徳天皇の異母弟である後鳥羽天皇が擁立された。このため、一時的に2人の天皇が在位する事態となったものの、安徳天皇が平氏の滅亡と運命をともにしたことにより皇統は後鳥羽天皇の系統に統一された。これによって治天である後白河天皇の下で皇統が安定した。
皇統分裂の時代.
後嵯峨天皇の子には、後深草天皇・亀山天皇の兄弟がいたが、互いに後嵯峨天皇の後継者たる治天の君の座を争い、その妥結として、両者の直系子孫が交互に皇位・治天位に就く両統迭立が行われることとなった。兄・後深草天皇の系統を持明院統、弟・亀山天皇の系統を大覚寺統というが、これが日本史上最大の皇位迭立となり、後世に大きな影響を与えることとなる。
足利義満.
皇族の子孫は数代経た後に皇籍から離脱するのが律令以来の通例であったが、中世以後、伏見宮や閑院宮の様に皇統維持のために、何代経ても親王位に就くことのできる家系（世襲親王家）を創出していったのである。また、当時天皇に複数の皇子がいる場合、複数の親王の生活を支える財政的ゆとりが無い事や、臣籍降下をさせるだけの公家官位の余裕が無い事から、皇位継承者以外の皇子は全て幼くして出家を強要せざるを得ない（当然ながら出家した皇子には子孫が存在しない事になる。前近代の後宮制度の充実ぶりにもかかわらず、中世以後に皇統断絶の危機が何度も生じたのはこうした事情がある）状態にあったが、世襲親王家が断絶した場合には、天皇が実子を養子として送り込む事で、子孫の安泰を図る事も行われた。
やがて、明治維新に伴う近代的な法治国家への移行に伴い、これまで皇室内部の事情によって決定されてきた皇位継承にも法的根拠が求められるようになり、大日本帝国憲法公布に合わせて皇室典範や登極令などが整備されていく事になる。
課題.
また、河野太郎衆議院議員や一部研究家は現時点で皇統と血縁が近い男系子孫を指す皇別摂家の検討の必要性を訴えている。
考察.