牧会区は日々の運営に責任をもつ。このなかには、職員に必要な資金の募集や施設の維持管理、礼拝、委員会活動、将来計画などが含まる。これらは一般に会衆からの協力で行われているが、より広い地域のひとびとからの募金活動も、それが抽選や宝くじ、ビンゴなどのゲームのようなものでなければ認められている。牧会区はまた教職者や演奏家、平信徒の職員などの教会職員の公募と採用についても責任をおう。他にも、施設財産の修繕や管理、礼拝をいつどれくらい行うのか、洗礼や結婚の候補者に関する決まりごと (とくに同性婚の式を礼拝堂で行うかどうかに関して）、教会におけるキリスト教教育 (日曜学校、青年と成人に対する堅信教室）、外部のコミュニティや世界に対する布教事業など、もろもろのことに責任をもつ。
このレベルでの方針決定は、たいてい教規に定められた何通りかの形式による教会委員会か会議で決められる。けれども、予算や財政、委員会選挙や教職者の牧会関係 (牧会の時間を増やすか減らすか、教職者を辞めさせるか、新しい教職者を探す公募委員会を設置するか、教会のための新しい教職者を招く呼びかけをするか）などは教会員全体が参加する集まりで承認される必要がある。
長老会.
協議会.
総会.
教職者.
信仰と実践.
聖書.
合同教会では聖書はキリスト教の信仰において枢要なものであり、神の啓示をうけたひとたちによって書かれたものであると信じている。他方で合同教会は聖書で述べられる物語を文字通りに受け取るべきではないと考えている。聖書がまとめられた状況は当時の歴史や文化に根差しており、奴隷制のようないくつかの事柄は現代の私たちの暮らしとは相いれないと教会は考えている。
聖礼典.
洗礼.
開放性.
イエスは徴税人や売春婦、その他の「好ましくないもの」たちもその食卓に歓迎したという。このことから教会は、年齢、人種、階級、ジェンダー、性的指向、身体的な能力にかかわりなく、すべてのひとを歓迎するようにしている。同様に、教職者になることに関心があるひとたちについても、制約を設けていない。
結婚.