舞台はトム・タム国最大の都市、チク・タク市。その日、長い旅から帰還する王子を出迎えるために、街は大変な人出だった。一方で煙突屋のペローは、煙突に上って煙突の笠の修理をしていたが、そこへ鷲から追われている鳩がやってくる。ペローは鳩を煙突の中にかくまってやり、鳩は感謝の印として、兵士を生む「まほうのタマゴ」をペローに贈る。その後、王子を出迎える行列を見に行くことにしたペローは、王子の機関車に乗り込んで機械をいじっていたところ、機関車が暴走を始め、岩に衝突して壊れてしまう。捕らえられ死刑を宣告されたペローだったが、最後の望みとして煙突に登ることを許され、そこから敵兵が攻めてくるのを目にする。激しい戦争が始まり、ペローも煙突の上に据えつけた大砲で加勢するが、味方の兵士が次々に死に、トム・タム国は窮地に追い込まれる。大臣の訴えを聞いたペローは、助けた鳩にもらった「まほうのタマゴ」から兵隊を出し、トム・タム国は勝利を収める。この功績によりペローは罪を許され、褒美をもらって故郷へ帰ることになるが、道中の汽車の中で戦争の爪痕を目の当たりにする。ペローは「こんなごほうびなんかいらないッ！！」「戦争なんか消えてなくなれ！！」と言って、褒美と「まほうのタマゴ」を捨て、その後は農民として故郷で暮らすこととなった。
再発見と復元.
評価・分析.
『煙突屋ペロー』について、アニメ作家の松本零士は「つくった人の情熱が伝わってきます」、アニメ監督の杉井ギサブローは「当時を考えると、勇気と夢のある作品に脱帽。作者たちは無国籍な世界を描きたかったようだが、昭和モダニズムの香りがプンプンして、ある美意識の中で構成されていることが良く理解できる。単なる反戦作品として、レッテルを貼らずに観てもらいたいものだ」と述べている。