ヒンドゥー寺院の破壊、寺院の新築・修繕の禁止、宗教教育の禁圧、ジズヤの復活などを行い、結果として帝国内の多くの非ムスリムがイスラム教へと改宗した。アウラングゼーブの政策は結果として、マラーターの指導者シヴァージーをはじめとする非ムスリムの反乱を呼び起こし、ムガル帝国の衰退の主因となった。
とはいえ、アウラングゼーブは軍事力においては死ぬまでヒンドゥー教徒に頼り続けなければならなかった。なぜなら、帝国軍の大部分の兵士や軍司令官さえもが、帝国の民族構成上ヒンドゥー教徒でだったからである。
その他.
現代の迫害.
イラン.
現在のイランではシャリーア（古典イスラーム法）を直接適用するイスラム共和制の名の下にイスラム教徒と非イスラム教徒の間の格差が合法化されている。
その下にイスラームの異端（カーフィル）、そして『欧米とイスラエルの手先』として支配層に認識されているバハイ教徒が存在しており、彼等の信仰は法律で禁止されているため多くがムスリムを装って生活しているとされる。バハイ教の信仰が発覚した場合、逮捕・投獄されることや場合によっては死刑に処されることもあり、国際連合や欧州連合などから問題視されている。また無神論者・無宗教者も同様の扱いを受けている。
国際連合や欧州連合、アムネスティ・インターナショナルなどは盛んにイランにおける宗教的迫害に対し抗議を行っているが、現在もそれを黙殺しいる。
サウジアラビア.
サウジアラビアではイスラム教が国教である。宗教警察にあたる勧善懲悪委員会がある。またワッハーブ派はシーアを異端のイスラム教徒ではなく非イスラム教徒（異教徒）であると宣言しているため、サウジアラビア東部のシーア派のイスラム教徒の宗教的自由も制限されている。またワッハーブ派は、女性が車を運転することも禁止されているなどイスラム教の厳格な解釈に基づく人権弾圧も問題とされている。
イエメン.
イエメンでは、サウジなどと同様、ムスリムの影響力が極めて強く、飲酒などにおける刑が定められている。同性愛、背教罪にも厳しい刑がある。
アフガニスタン.
アフガニスタンのターリバーン政権は非ムスリム国民に対しイスラム教徒と区別できるよう特別な衣服の着用を義務付けた。