マイナポータルAPIは、利用にあたってデジタル庁との事前協議が必要である。企画・利用目的を始め、システム構成やセキュリティ体制等の審査を経て利用可能となる。マイナポータルAPI利用規約では、管理やセキュリティ確保は事業者側が責任を持つが、その責任は「事業者等がデジタル庁に対し負う責任」であり、個人情報を取られるマイナンバーカード保有者本人に対する直接の責任ではなく、カード保有者は反射的利益を持つに過ぎない。またデジタル庁は一切の責任を負わない規約となっている。
個人情報を取得される個人と取得する事業者等の間では、当該サービスの規約において個人情報の取り扱いが規定されるが、事業者ごとに異なるので、APIでの情報取得の同意の際には、その内容（「法令を守る」と最低限の保護しか規定していないケースもある）を十分確認することが重要である。
企業・団体等が取得可能な主な情報.
国や地方公共団体が保有する情報の内、自己情報取得API・医療保険情報取得APIによって企業・団体等が取得可能となる主なものは次の通り。取得できる情報は、企業・団体毎にその業務に必要なものとデジタル庁が認めたものに限られる（下表の全データが一括で取得可能になるわけではない）。自動車運転免許関係の情報は、マイナンバーカードでは取得できない。
電子申請等API.
マイナポータルAPIの一つ「電子申請等API」は、マイナンバーカードから得た情報を民間事業者へ送信し、住所変更手続等を電子申請で行なうもの。いわゆる「引っ越しワンストップサービス」での活用が想定されている。
個人番号を証明する書類として.
カードの裏面は、利用目的に沿った場合に個人番号を利用できる者へ直接提示し、マイナンバーカード表面と裏面の情報を併せて郵送や電子データで通知することで、所有者のマイナンバーを証明することができる。
公的身分証明書として.
カードのおもて面は、証明写真付きの公的身分証明書として官公庁や民間で使用可能である。
オンライン手続のための証明書（電子証明書）として.
オンライン手続において、マイナンバーカードのICチップ内に持つ署名用電子証明書を使用し本人確認を行うことができる。「公的個人認証」と称する。