欠点は、フィルターの目詰まりによる吸込仕事率の低下である。そのため、サイクロン粉体分離方式を使う方式と比べて、頻繁なフィルター洗浄を要する。ただし、自動的にフィルターのチリを叩き落す機構を持った機種も多い。こまめにフィルターの水洗浄をすれば、吸込仕事率の低下は避けられる。なお補助としてティッシュペーパーを使用することが推奨されている製品もある。その場合、濾過面積が減って多少の吸引力の低下が起こる一方、ティッシュペーパーを使わない場合に比べてゴミ捨てが簡単、清潔となるなど、紙パック式の利点の一部も併せ持つ。
フィルター式.
吸引されたゴミをフィルターで漉し取り、ゴミをフィルター手前のダストボックスに溜め込む方式で、真空掃除機の基本的な構造である。サイクロン式のダストボックスから遠心分離機構を取り除いた方式とも捉えることができ、サイクロン式の普及以後は「ダイレクト式」「紙パックレス式」などと呼ばれる場合もある。
溜まったゴミは吸引力の低下や排気からの悪臭の原因となるため頻繁なゴミ捨てが必要である。故に家庭用の機種ではほとんどが紙パック式に取って代わられたが、業務用途ではゴミ捨てが元々日常的であり、その際に紙パックを使用していたのではランニングコストもかかるため、業務用掃除機ではあえてこの方式を採用した製品も少なくない。重力でゴミを分離することで吸ったゴミを市販のゴミ袋で回収できるようにした製品もある。
フィルターがチリで目詰まりするため、こちらも頻繁なメンテナンスが必要だが、コードリールからコードを引き出す際のエネルギーを利用したり、専用の電動モーターを利用してちり落としを自動化した製品もある。
紙パック式.
吸引されたゴミを、袋状になった紙パックで濾し取る方式。英語ではこの袋を 「ダストバッグ　dust bag 」と言うが、日本ではパックと呼んでいる。
長所は紙パックがフィルターとダストボックスの役割を兼ねているため、面倒なフィルター掃除が不要なこと、集めたゴミは紙パックごと捨てればよく、ダストボックスの洗浄や部品の乾燥といった手間がないことである。また、紙パック内でゴミが自然に圧縮されるので、ゴミ捨ての回数が少なくてすむ。