通常版に同梱されている「機動戦士ガンダム ギレンの野望 ジオンの系譜機密映像DISC特別篇」には、『ジオンの系譜』のムービーや機体解説の他に『サイレントボマー』の体験版も収録されている。
この特別版の通常版との差異は以下の通り。
なお本作品のストーリー上ではオリジナルキャラクターはエゥーゴ所属という設定のため、バストアップの顔グラフィックでは大半が、パイロットカットインでは全員がエゥーゴのノーマルスーツ、あるいはカラバのジャケットを着用している。
ストーリー（NEO）.
キャッチコピーは「「機動戦士ガンダムSEED」のドラマを完全再現!!」。ゲームシステムは前作『NEO』のものを踏襲しており、『ガンダムSEED』から機体とキャラクターの大半が新たに登場している。SEEDステージのナレーションは三石琴乃、それ以外のステージのナレーションは鈴置洋孝が担当。
新システムとして、ダブルカットイン（味方と敵の双方が主要キャラクターの戦闘のみ、戦闘アニメーションの開始前に両者の音声カットインが出てくる）や、範囲内の援護が可能なマスターユニット、一部の戦艦のみ使用できる一斉射撃（戦艦の種類によって、狙える敵の数が異なる）、ステージクリア時のランクによって異なるオプションパーツを獲得できる「ハロスコア」がある。
いくつかのユニットは、記載されているアビリティと実際に使用可能なコマンドが矛盾している（例えばプロヴィデンスガンダムはステータス上では「ビームシールド防御可能」となっているが、実際は防御行動そのものが取れない）。
予約特典は本作のプロモーション映像や、オープニング・エンディング曲の歌唱を担当した森口博子のインタビューを収録したDVD「魂ディスク」。
今まで戦艦のみ可能だったマルチロックオンが一部の機体でも可能になり、MAP兵器は一部を除いて味方ユニットに当たらなくなった。戦闘演出の簡略化に伴いコクピットカットインが廃止され、代わりに特定のユニットとキャラクターの組み合わせで特殊演出が発生するスペシャル攻撃が大幅に追加された。また、本作から成長タイプを選択できるマイキャラクターの作成が可能になり、原作キャラクターの出撃制限が撤廃されてキャラクターアビリティが選択式になるなど、キャラクター運用の幅が広がった。
ストーリー（WORLD）.