そしてローリの妊娠が発覚。変化した世界で生き抜いて行く苛酷さ、生まれた途端に死の危険に晒され、良い思い出を持つことすら困難になった状況に、親として苦渋の選択をとって中絶を試みるが、思いとどまる。
マギーと恋愛関係になり始めたグレンが、農場の一角の納屋に幽閉された多数のウォーカーを見つける。排除を主張する一行に対し、ハーシェルは転化した妻や知人がいずれ治療できる可能性を主張し、一行に農場から出て行くよう迫る。しかし、暴走したシェーンが納屋のウォーカーを解き放ち、リック達はやむをえず全て撃ち殺す。納屋の中からは転化したソフィアが最後に姿を現し、リックがとどめを刺す。元家族のウォーカーは土葬され、その他は焼却される。
リックらは、行方をくらましたハーシェルを探しに行って他の生存者と遭遇し、一人の少年を捕まえる。一方農場ではハーシェルの娘ベスが、転化した母親に襲われたショックで自殺を図る。
町で捕えた少年の処遇などを巡ってメンバーの意見が分かれ、デールは独り処刑に反対する。デールはリック達に失望して家から出たところをウォーカーに襲われてダリルに介錯された。
シェーンや少年が噛まれてないのに死後に転化した事について、リックはCDCのジェンナー博士から聞いた、「すでに全ての人が感染している」、という言葉を告白する。
農場を脱出してから数か月後、一行は刑務所に住み着く。ハーシェルがウォーカーに足を噛まれるが、リックが足を切断し転化を防ぐ。
ガバナー達は報復のため刑務所を襲撃する。アンドレアは襲撃を知り、刑務所に行ってリック達を説得しようとするが失敗する。
ウッドベリーとの全面戦争に備え、リック達は武器を調達するため元の街に戻り、息子を亡くし錯乱したモーガンに再会し、武器を分けてもらう。
ガバナーは裏切り者のミルトンに重傷を負わせてアンドレアと一緒に閉じ込め、刑務所を襲うが、反撃され総崩れになる。非難に逆上したガバナーは住民を虐殺し、残った側近二人と共に車で逃げ去る。ミルトンに噛まれたアンドレアは自ら頭を撃ち抜く。リックたちは襲撃に参加しなかったタイリースらウッドベリーの住民達を刑務所に受け入れる。