ギリシャ兵は労せずして、永年攻め落とせなかったトロイアの城内に侵入することが出来たのだった。エネが寝ているとかつての猛将ヘクトルの亡霊が現れ、「城壁は既に奪われた。トロイアは滅亡する。我々は死力を尽くしたが命運は変えられぬ。イタリアへ行ってトロイアを再興せよ。やがてその国は世界の支配者となるだろう。そこで、英雄としての死がお前を待っている」と告げ、消えてゆく。そこへパンテーが現れ、「ギリシャ兵は夜中に木馬から出て来て、無防備なトロイア兵を倒し、城門を開け外に隠れていたギリシャ兵の本隊が突入したため、落城の危機にある」と伝える。続いてコレーブが現れ、「まだ、場内では持ちこたえている部隊もある」と告げ、エネはあらん限りの反撃を試みようと戦士の勇気を鼓舞し、戦いに向かっていくのだった。
トロイアの女たちが陥落間近の城内の祭壇の前に集まり、辱めを受けることを恐れている。そこへカサンドルが現れ、「プリアモス王や許嫁のコレーブは戦死した。しかし、英雄のエネたちはトロイアの財宝と生き残った兵を連れ、トロイア再興を悲願として脱出に成功し、船団を組んで皆の子らとイタリアに向かった」と告げる。残された女性たちの中でギリシャ人の奴隷となることを拒否する仲間をカサンドルは引き連れ、追ってきたギリシャ兵を軽蔑し、集団で自害、悲劇の幕を閉じる。
エネは外敵ヌミディア人の撃退に成功して、女王ディドの信頼を得る。ディドのもてなしで皆は狩りに出る。しかし、嵐が徐々に激しくなり、皆は散り散りになる。エネとディドは二人で洞窟に逃げ込み、互いの愛情を告白し宿命的な恋に落ちる。この場面が合唱を伴った管弦楽曲の演奏中、パントマイムとして演じられる。嵐は二人の愛は深まるのを暗示するように吹き荒れ、やがて静かに収まっていく。
憔悴しきったディドはアンナとナルバルにエネのところへ行って、あと数日で良いから、出発を延ばすよう頼んでくるよう命令する。しかし、エネが既に出発してしまったことを知らされるとエネの思い出の品々を焼き払い、自殺することを決意する。エネは私の火葬の火を見て、身を震わすであろうと語り、全編を通じての白眉とも言えるアリア「私は死のう、さらば誇れる国カルタゴよ」を絶唱する。