特定の惑星で犯罪者とされていても、銀河鉄道車両内では宇宙法により治外法権が適用され、列車に乗ってしまえば官憲の追及が及ぶことはなく、惑星側の人間が銀河鉄道の旅客を逮捕・拘束することは出来ない。ただし、列車に逃げ込み惑星を後にしても、当該の惑星では犯罪者として扱われたままであり、決して「銀河鉄道の乗客だから」という理由で無罪になるわけではない。逆に滞在先の惑星側からも、銀河鉄道の乗客については極力特別扱いするよう心がけており、相手が銀河鉄道の乗客と知ると途端に態度を覆す住民が何度も登場した。
作中で星野鉄郎が所持している、日本の旧国鉄の定期券に酷似した金券は、正確には「パス」と呼ばれており、日本のジャパンレールパスや欧州のユーレールパス等に相当するものと推測され、普通列車・快速列車は勿論、特別急行列車などの優等列車使用も特に問題はない。
運行中の乗務員は、終点までの途中にある停車駅で一回だけ休暇をとることができるが、休暇を取る停車駅は会社側で決定される。作中では車掌が惑星「ざんげの星」で休暇を取らされており、それに対する不満を口にしている。
利用規約と惑星間航行について.
基本的には、連載当時の日本国有鉄道のものを準用している。従って、現在のJRと似通っている部分もある。
ダイヤについては、惑星消滅、自然災害による天変地異等の列車運行に危険を及ぼしかねない緊急時を除き、どのような理由があろうとも定刻に発着し、原則として乗客のために発車時間を遅らせたり、引き返したりすることはない。また緊急時における運行中止等の判断については鉄道管理局が最終決定権を持っており、機関車及び乗務員は鉄道管理局に運行中止やルート変更等を提案する事はできるが、管理局側が認めない限り実行することは出来ない。ただし前述の通り管理局の判断が優秀とは言い難い描写もある。一方時刻について重視されているのは出発及び到着時刻が決められている地点のみであることから「駅間における停止」などは若干だが融通が利くようで、定刻通り出発した後「次の駅までに遅れを取り戻す」事を条件に、駅間である宇宙空間で停止して、乗り遅れた鉄郎を迎えに行った例がある。その他に乗客に落ち度の無い不測の事態で、旅客を惑星に置き去りにせざるをえない状況下では、引き返すことがある。