次いで上野原遺跡から縄文時代早期の土偶が出土したが、鬼界カルデラの大噴火の影響か九州では後期まで姿を消す事になる。
早期には近畿、関東東部にも広がっている。中期終半には、東北地方を除いてほとんど作られなくなるが、後期には東日本を中心に復興する。
晩期には東北地方で亀ヶ岡式文化と呼ばれる文化が発達し、遮光器土偶等、従来のものより、より精巧な土偶が作られるようになった。この亀ヶ岡式文化の土偶が沖縄県の遺跡でも発掘されており、その当時に全国的な交流があったものと思われる。
弥生時代には東北地方を除いてほとんど作られなくなり、同地方でも盛んに作られたのは弥生時代前期までで、中期には衰退する。
土偶の中に見られる線刻から当時の日本人に入れ墨文化があった傍証とみる考え方がある。線刻は埴輪にも続いて見られる
出現.
発生期の土偶.
縄文時代早期前半になると、関東地方東部に逆三角形や胴部中程がくびれた形の土偶が出現し、早期後半には東海地方にまで分布を広めて、それぞれが明確な土偶形式を形成している。前期は、この延長線上で板状土偶が発達した。しかし、この段階の線刻礫や土偶が実際にどのような目的で造形されたのかは分かっていない。
立像土偶.
前期後葉の宮城県糠塚貝塚の土偶に始まる。それは両眼・口の表現の獲得である。それ以降は、東北地方中部に分布する土偶から、顔面の表現が次第にはっきり形作られてゆき、北陸地方や中部高地に広がっていき、中期初頭には「立像土偶」へと移り始め、胴部が板状、頭部が円盤状、正面に目・鼻・口が添えられる程度であるが、短期間に立体化し、自立可能な立像を完成させた。長野県棚畑遺跡出土の「縄文のビーナス」はその到達点である。この急速な変化は、それまでの土偶が子孫繁栄、安産祈願、祭祀等の個人レベルの目的に作られてきたのに対して、同時期より村落共同体レベルでの祭祀にも使われるようになったためと考えられる。つまり、土偶はこの中期前葉になって縄文社会に定着したと思われる。
縄文時代後期になると、ハート形土偶が現れる。後期から晩期にかけて、関東から東北地方では、山形土偶やみみずく土偶、遮光器土偶などが大量に作られる。また、仮面を被ったもの（仮面土偶）なども見られる。九州を除く西日本では人型土偶は稀で、簡略で扁平な分銅形土偶などが多い。