更に、王弼や何晏によっても新たな注釈が作られた。王弼は『周易』に注したが、これは漢代の「象数易」を廃して「義理易」という思弁的な易学を切り開いたものである。また、何晏は『論語集解』を作り、漢代以来の諸家の説を整理した。彼らの学術成果には、玄学の影響があることが指摘されている。
南北朝時代に入ると、義疏という形式が発展する中で、経学も南学・北学に分裂した。『北史』儒林伝の記載によると、以下の傾向に分かれる。
隋唐.
唐代に至るまでに、経学は古文学・今文学、鄭学・王学、南学・北学など様々に分裂し、多くの学説が生まれていた。これらを集大成し、公定の経義を統一的に示すため、唐の太宗の時に孔穎達らによって『五経正義』が編纂された。この編纂は、科挙に用いるための教科書を作ることを目的としていたほか、政府が王朝としての正統性を持つことを示す意味合いもあった。
この時期の経学は、朝鮮や日本にも伝来し、法律の整備や君主権力の誇示のために利用された。
宋代.
宋代に入ると、比較的自由な心性、批判的知性に基づく「宋学」が盛んになった。その集大成として、南宋の朱熹によって朱子学が勃興した。これは、王朝イデオロギーとしての儒教の実践を、その担い手である士大夫の意識にまで内面化したもので、その哲学として理気説が唱えられた。朱子学によって、『論語』と『孟子』、更に『礼記』の中の一篇であった『大学』と『中庸』が重視され、「四書」と呼称された。今、経書を「四書五経」と総称する名の起こりはこの時である。
明代.
明代になると、朱子学が科挙のための教養となり、次第に形骸化したことに対する反発が生じた。ここから王陽明は、以前までの経書を通して聖人の教えを学びそれを実行に移すという発想を転換し、真の知は人間の心の中にもとから備わっていることを強調した。これが陽明学である。陽明学は、経書を相対化する方向性を持ち合わせており、後には反儒教的な傾向を生じせしめた。これにより、経書研究としての経学は退潮した。
また、明代の儒者である朱舜水は、『春秋』を核心とする尊王攘夷の思想を唱え、日本において水戸学に影響を与えた。
清代.