反憲学連の理論は、三島由紀夫、小田村寅二郎、葦津珍彦、谷口雅春等の影響を受けていると言われている。
反憲学連は、戦前（特に昭和初期以降）の教条的な「忠君愛国」的ナショナリズム（新兵を虐め、戦死者の遺族へ一掬の涙も許さなかった軍部に代表される）を、権力によって「揚げ底化」され、「体制化」された「体制ナショナリズム」（擬制秩序）であると批判し、連合軍の占領政策に対する日本国民の抵抗を不十分にした原因もここにこそ起因すると分析している。また、占領憲法を中心に作られた戦後日本の秩序を「新たな擬制の始まり」とし、これを解体して、「自立的ナショナリズム」に基づく、真正国家、道義国家の建設をこそ目指さなければならないとしている。
また、具体的な政治制度については、現在は議会制民主主義を支持しているが、「単純多数の数の論理だけで下される決定方法が必ずしも正しい答えを導き出すとは限らない」として、これを絶対視しているわけではない。
経済制度については、今日の日本のような、資本主義的な自由経済と社会主義的な累進課税・社会保障制度等の組み合わせを支持しているが、「人々の欲望に基づく競争原理だけで決定される需給関係」を克服するためには、「国民全体の倫理、道義を確保するための“国家の精神的な基礎”が必要」と主張している。
また、安全保障政策については、現状では日米安全保障条約を肯定する立場だが、最終的には「反安保」を志向している。実現の過程としては、まずは現状の「片務条約」を「双務条約」に改定し、やがて日本の国防力とこれを支える法制度や国民意識が一定の水準に達した段階で、安保条約は破棄されるものとしている（現在の自衛隊の戦略は米軍の来援を前提としたものであり、装備は米軍の装備を補完する内容でしかなく、安保の即時破棄は不可能という立場）。
アジア政策については、戦前の「玄洋社」などの運動への憧憬を持っているためか、「アジア主義」的な志向が強い。東南アジア諸国や台湾は勿論、韓国、そして北朝鮮や中国でさえも将来は連帯すべき対象と考えられている。但し、北朝鮮や中国の現政権には極めて厳しく批判的である。