内容においては、母氏・生誕・養子・初目見得・元服・賜号・婚姻・官位叙爵・班次・襲封・領知・秩禄・入部・職掌・従軍歴・公役・恩賞・罪科・慰問・進献・嘉言・善行・致仕・卒去・享年・法名・葬地・妻室等の多岐の項目につき簡明に記す。ただし、旗本以下については大名に比して項目がかなり省略されている場合がある。
なお、記述中における女性の名前はすべて「女子」とのみ記されているため、女性の名前や生没年を調査する場合は、他の史料との比較が必要とされる。寛政譜は江戸時代における大名・旗本の履歴や家族構成を調べる上での基本史料として重要であるものの、すべてが正確に実態を記しているわけではない。例えば、幕府に出生を届けられなかった子女（早世した者など）は記載されていなかったり、藩主や旗本一族だが陪臣に転属した者については記載しないか、簡略記載するかに止めている。
また、当主の出生年は、基礎資料である呈譜（幕府提出用の系譜）において幕府への届け出の年次（官年）が記されているが、元々幕府への届け出の年次は末期養子の規定抵触による相続時における減封などの処罰を避けるために、実際の出生年とずらして提出していることも少なくなく、この呈譜に基づいた寛政譜の記述と実際の出生年とが異なる場合も多い。
寛永諸家系図伝との比較.
『寛永諸家系図伝』では、記録を提出した家によって兄弟姉妹の配列順が不統一であるが、『寛政重修諸家譜』においては兄弟姉妹を長幼の順に並べ直す方針がとられた。しかし、『寛永諸家系図伝』の編纂時から歳月を経ていることもあり、完全には修正されていない。
また、日本大学教授の北原章男の解説によれば、江戸幕府の当初の計画では寛政の系譜編纂は『寛永諸家系図伝』の書き継ぎを目的としていたが、新たに諸家から呈譜を募ると寛永の呈譜とは加除の部分や記述に疑義が生じ、単なる書き継ぎに収まらず、元の寛永譜自体に校閲の筆（重修）を入れざるを得なくなったものとする。書名はこの事によって「重修」の語が付けられている。