ごく一部ではあるが、歴史イベントにより、支城から本城へ変更される城も存在し、この場合、それまで本城であった城は支城となる。また、シナリオによっても本城が異なる場合がある。
軍団・本拠.
本作では大名の指示が及ぶ直轄範囲に制限があり、指示が及ばない、いわば圏外の城は自動的に配下軍団の所属となり、委任される（圏外の城に家臣がいない場合は例外）。過去作にも軍団制はあったが、本作では圏外すべてが同一軍団として扱われ、任意で軍団の新設はできず、システム的には過去作よりも簡略化されている。
指示が及ぶのは「軍団」コマンドの「本拠」で居城に指定された城から一定範囲内であり、本城、支城を問わず居城に指定できる。また、配下軍団に対しては「攻略」で攻めと守りのどちらの方針で動くか指示を与える事ができる。
内政.
本作の内政は過去作にあった「箱庭内政」や「町並内政」を簡略化したようなシステムを採用している。
政策.
外交.
本作の外交において他勢力には「信用」と「外交姿勢」のパラメータが存在する。
奏請.
街道.
合戦・会戦.
通常の合戦は自軍の城から部隊を出陣させ、目標を指定すれば自動的に進行する。同時に複数の城を攻略する多面作戦やおとりの部隊で敵部隊を引き付け、別働隊で城攻めを行う陽動作戦なども可能。また、野戦では敵部隊を挟み撃ちにすれば有利に戦いを進められるため、敵部隊を挟み込み、味方部隊を挟まれないように位置取りにも注意を払う必要がある。
兵士・部隊.
常備兵は内政パラメータの兵舎の高さによって最大兵数が決まり、人口や民忠に左右されないが、領民兵に比べて数が少ない。
領民兵は城の人口と民忠の高さによって最大兵数が決まり、城下の発展に伴って自然と増加していく。
本作では兵士の所属が城ごとに定められており、他の城からの移動による兵士の補充は不可能となっている。さらに任意で徴兵を行うコマンドも存在しないため、兵力の回復は時間の経過を待つしかなくなった。なお、兵士の補充速度は民忠が高いほど速くなる。
部隊の表示は『覇王伝』以来となる凸型が採用され、高速で移動する際は三角型、城を包囲する際は亀甲括弧型、水上を移動する際は船型に表示が変化する。
調略・国人衆.
姫.