また同社においては、先述の競争の激しさや長大路線を抱えている点から、従業員がダイヤの乱れた時における乗客からの苦情の殺到を過度に恐れていたとの指摘もある。
同社の安全設備投資に対する動きが鈍かった背景には、先述の私鉄各社との競争環境に加え、民営化後多数の赤字路線を抱えていること、阪神・淡路大震災で一部の施設が全壊および半壊するなどの被害を受けたことや、山陽新幹線のコンクリート崩落問題で多額の支出を強いられたことなどが挙げられる。
これらの要因から運行にかかわる人員は大きなストレスにさらされていた。さらに運行にかかわるトラブルに対して運転士や車掌に日勤教育をはじめとした厳しい指導や処分がくだされていたことも、ストレスを増加させ事故の遠因となったと指摘されている。
日勤教育の問題.
目標が守られない場合に、乗務員に対する処分として再教育などの実務に関連したものではなく、日勤教育という懲罰的なものを科していた。具体的には、乗務員休憩室や詰所、点呼場所から丸見えの当直室の真ん中に座らせ、事象と関係ない就業規則や経営理念の書き写しや作文・レポートの作成を一日中させた。トイレに行くのも管理者の許可が必要で、プラットホームの先端に立たせて発着する乗務員に「おつかれさまです。気をつけてください」などの声掛けを一日中させたり、敷地内の草むしりやトイレ清掃などを命じるなど、いわゆる「見せしめ」「さらし者」にする事例もあれば、個室に軟禁状態にして管理者が集団で毎日のようにや罵声を浴びせ続けて自殺や鬱に追い込んだ事例もある。それが充分な再発防止の教育としての効果につながらず、かえって乗務員の精神的プレッシャーを増大させていた温床との指摘も受けている。
日勤教育については事故が起こる半年前に、国会において国会議員より「重大事故を起こしかねない」として追及されている。また、日勤教育は「事故の大きな原因の一つである」と、多くのメディアで取り上げられることになった。
国土交通省の事故調査報告書は、日勤教育について「ほとんど精神論」と断じ、事故原因として「日勤教育等のJR西日本の管理方法が関与したと考えられる」と報告している。
ダイヤ面での問題.