スペイン人はバテレン追放令をフィリピン侵略計画の発端と見なしていた。
追放令以前の宣教師の状況.
長崎はもともと小さな寒村に過ぎなかったが、カリオン神父は
長崎の特殊な状況、キリスト教徒と仏教徒間の対立がバテレン追放令の原因とする説もある（後述の追放令の原因を参照）。
追放令の原文.
『吉利支丹伴天連追放令』原文.
追放令では「神国」である「日本之地」でのキリスト教の布教はいかなる条件であっても「曲事（不正）」であり、その神国で神社仏閣を打ち破り信徒を持つことは、前代未聞の「天下」の「御法度」に背く（仏法に反する）「邪法」であると断じている。バテレン追放令は『神風』、『神皇正統記』とならぶ神国思想、皇国史観の宗教的な象徴、源流と見なされているが、天皇・神社の権威を借用しておらず、主に仏教側の視座から施薬院全宗が起草したことがうかがえる。
ただ、この機に乗じて宣教師に危害を加えたものは処罰すると言い渡している。キリスト教への強制の改宗は禁止するものの、民衆が個人が自分の意思でキリスト教を信仰することは自由とし、大名が信徒となるのは秀吉の許可があれば可能とした。事実上は信仰の自由を保障するものであった。
注進状（天正十五年七月十三日）.
天照皇太神宮と関連付けて「伴天連御成敗」が宣言され「神慮大感応」と感謝されており、天台宗の元僧侶が主導してはいるが神仏共同による宗教弾圧であったとする見解もある。
「追放令」の起草.
追放令の原因.
秀吉がこの追放令を出した理由については諸説ある。
デ・サンデ天正遣欧使節記では、同国民を売ろうとする日本の文化・宗教の道徳的退廃に対して批判が行われている。
デ・サンデ天正遣欧使節記はポルトガル国王による奴隷売買禁止の勅令後も、人目を忍んで奴隷の強引な売り込みが日本人の奴隷商人から行われたとしている。
追放令の影響.
秀吉がキリスト教に対して態度を硬化させるのはサン＝フェリペ号事件以後のことであるが、事件を発端とした弾圧からはイエズス会が除外されており追放令は空文化していた。
島原の乱後に出版された『吉利支丹御退治物語』には火炙りによる処刑を成仏のためと処刑法に抗議するような記述はない。