水野の三王朝交替説はその後様々な研究者により補強あるいは批判がなされていくが、現在では万世一系を否定する学者でも水野の唱えるように全く異なる血統による劇的な王権の交替があったと考えるものは多くない。水野のいう「王朝」の拠点が時代により移動していることも政治の中心地が移動しただけで往々にして見られる例であり、必ずしも劇的な権力の交替とは結びつかないとされている。また、ある特定の血統が大王位を独占的に継承する「王朝」が確立するのは応神・仁徳朝以降のことで、それ以前は数代の大王は血縁関係にあっても「王朝」と呼べる形態になっていなかったとする見解が近年有力になりつつある。
こうした王朝交替説が戦後盛んに唱えられるようになった背景には戦前の「万世一系」への批判、反発とマルクス主義史観学の流行にあったのだが、今日ではこうした王朝の交替、非連続性を強調するような論には違和感があるとされている。
三王朝交替説.
昭和初期（戦前）、津田左右吉は記紀が皇室の日本統治の正当性を高めるために高度な政治的な理由で編纂されたとの意見を表現し、有罪判決を受けた。
崇神王朝（三輪王朝・イリ王朝）.
応神王朝（河内王朝・ワケ王朝）.
なお、応神天皇を架空の天皇とする見解もある。応神天皇の出生が伝説的であることから、応神天皇と仁徳天皇は本来同一の人格であったものが三輪王朝と河内王朝を結びつけるために二つに分離されて応神天皇が作り出されたとする説で、この場合王朝は仁徳王朝とよばれる。水野祐も仁徳王朝としている。
また、大阪平野には河内の古市墳群にある誉田御廟山古墳（伝応神陵）や和泉の百舌鳥古墳群にある大仙陵古墳（伝仁徳陵）など巨大な前方後円墳が現存することや、応神天皇は難波の大隅宮に、仁徳天皇は難波の高津宮に、反正天皇は丹比（大阪府松原市）柴垣に、それぞれ大阪平野の河内や和泉に都が設置されていることなどから、河内王朝時代に大阪平野に強大な政治権力の拠点があったことは間違いない。