司に対抗できる力を得るため、一同は千空の提案で、火薬の原料である硫黄確保に箱根へと向かうが、その動向を推察した司もまた箱根へと追跡に向かう。箱根についた三人は遠くに上がる狼煙を見て、自分達以外にも生きている人間の存在を知るが、司に杠を人質に取られ、やむなく復活液のレシピを司に教える。「科学文明の破棄」を目論む司は千空に科学文明を発展させないと約束を求めるが、純然たる科学の徒である千空は、最期まで彼の脅迫を頑なに断り続け、遂に頸椎を折られて殺害されてしまう。
大樹は友の死を嘆き、その遺体を抱えて杠と共に司から離れるが、千空の人格を知る大樹はそれゆえに「杠を庇って千空が死んだ」事実に疑問を抱く。
実は千空の首筋には石化が残っており、千空は石化解除時には治癒の効果もあるという仮説を立てていて、それによる蘇生に賭けたのだ。その意図に気付いた大樹と杠は残された復活液をもって千空の蘇生を試みる。
復活に至るまでの間千空の意識は、自らが最初に石化から復活し、原始に戻ったこの世界に復活してからのことを夢に見ていた。千空は地道な努力で石器・道具・炎・食料・服・住居を順番に手に入れていく。そして石化した大樹を見つけた千空は彼を復活させるために、自然発生していた硝酸を用いてトライアンドエラーを繰り返していた。夢の中で千空は大樹に復活するよう呼びかける。その叫びが現実における大樹の呼びかけとシンクロし、ついに千空は蘇生復活した。千空は、自身の生存を司が知らないことを利用して大樹達に、司についていって監視するよう促し、自身は単独行動で司に対抗できる「科学王国」の建設を目論む。