基本的に、『青の救助隊』と『赤の救助隊』のシステムは同じである。青の救助隊は、ニンテンドーDSの機能を活かしてタッチスクリーンやすれちがい通信に対応している。処理能力の違いで赤の救助隊は若干動作が重くなっている箇所があるが、ストーリーなどは全く変わらない。出現する野生ポケモンの種類に多少の違いがあるが、それすらも最終的には全く同じにすることが可能で、ポケモンシリーズ本編のバージョン違いとは趣が異なる。
ターン制.
仲間システム.
本作ではモンスターボールは登場しない。条件を満たしていれば倒した後にランダムで起きあがって仲間になる、というドラゴンクエストシリーズに近いものとなっている。
また、『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』に登場するポケモンも特殊な形で一部ゲスト出演している。
仲間になる条件は、以下の項目を達成していること
アイテムなど.
不思議のダンジョンシリーズにおける、食料・草・巻物・腕輪などが、タネ・たま・ドリンク類・バンダナなどの形で登場している。武器や防具の概念はないが、代わりに「わざ」の要素がある。
わざ.
ポケモンは「わざ」を使うことができる。基本的にはポケモン本編に登場するものと同じだが、攻撃範囲や効果、使用回数などは独自のアレンジがなされている。また、わざではない「通常攻撃」も行えることや、技マシンなどで技を覚えられる機会があればすでに覚えた技も重ねて覚えられることは、ポケモンシリーズとしては異色であると言える。
わざは、従来の不思議のダンジョンにおける武器や杖、巻物のような効果を持っている。一度覚えさせれば忘れさせない限り使い続けることができるが、PP（パワーポイント。使用回数を表す）が切れた場合は回復手段（ピーピーマックス、ガルーラ像エリア）が必要となる。
かしこさとグミ.
ポケモンはグミを食べるとかしこくなり、行動パターンに変化が起きたり、ステータスの上昇やおなかの減り具合、状態異常、罠の対応力などのさまざまな能力を覚える。
ダンジョン脱出後の措置.
ともだちきゅうじょ.