群選択説ではどのように種全体の状況を把握し、将来を設計するのか説明できず、また個体の形質がどの単位の利益を最大化しているか、「群れ」の定義も曖昧であった。群れを家族単位とすれば家族間では、つまり地域個体群内では競争があることになる。群れを地域個体群とすれば種内や亜種内では地域個体群同士の競争が起きていることになる。漠然とした「種のため」や「群れのため」という概念ではどの単位が「群れ」なのか説明していない。
血縁選択説の提唱.
なお、上記の例の中ではレミングの集団自殺は映画にまでなったが、映画自体はやらせであったことが分かっている。
マルチレベル選択説.
群選択が理論的に起こらないか、現実では起こりにくいだけなのかが再検討されている。「種のための行動」のような考えを支えた、古典的な群選択は基本的には起こらないと考えられている。たとえ群れ間の競争で有利になれるとしても、群れの内部での競争の方が個体に対して強く働くため、真に利他的な形質は淘汰されるからである。しかし個体の移動がほとんど無い、突然変異がほとんど起きない、個体群の絶滅が頻繁に起きるなどの非常に限られた状況下であれば、古典的な群選択も理論的には起こりうる。
また、群れとは何かが再定義されている。群れをどのように定義するかによって、同じ生物を観察しても群選択が成立したりしなかったりするためである。一般的には相互に交配する集団（地域繁殖集団）が群れと見なされる。これをデームと呼ぶ。しかし実際には交配可能な集団の内部に、より小さな集団が存在することもある。このばあい、古典的な群選択はデーム間群選択と呼ばれる。これは上述したように限られた状態でしか起こらないと考えられている。デーム内の小集団の間で起きるデーム内群選択は血縁選択と同じものだと考えられている。
マルチレベル選択.
人間における群選択.
ジャレド・ダイアモンドは宗教や社会規範に縛られる人間の間ではナイーブな群選択が起きうるかも知れないと考えた。また二重相続理論では文化的群選択を考慮する。人間社会で見られる自己犠牲的な行動（例えば寄付行為）の進化に関する理論には社会選択や間接互恵性と言った非群選択的な理論がある。
群選択説への批判.