ある日、いつものようにアリスに会いに行き、彼女に陰謀論の話をするが、毎度の如く、体よく追い返されてしまう。その帰りに公用ナンバーの車を偶然見かけたジェリーは、その車を追尾する。だが、それが中央情報局（CIA）のものであることを突き止めた直後に拉致され、拷問を受ける。しかしそこで注射された自白剤により、彼の奥底に眠っていた暗殺術が目覚め、重傷を負いながらも脱出に成功する。
しかし記憶は戻らない。彼はその足でアリスに会うため再び司法省ニューヨーク局に行くが、そこで錯乱してしまったため、逮捕され、病院に収容される。アリスはCIAの医師ジョナス（パトリック・スチュワート）に同行させられ、ジェリーを聴取するため病室に向かう。しかしアリスは、ジェリーが逮捕される前に言った拷問の加害者の特徴（ジェリーが抵抗して噛み付いた鼻の傷）がジョナスにあるのに気づき、ジョナスを警戒する。翌日、ジェリーの同室の患者（強盗殺人犯）がジェリーの代わりに毒殺されてしまう。ジェリーは機転を利かして病院から脱出。アリスの車に忍び込み、二人でジェリーのアパートに向かう。
そこで秘めた想いを告白しようとするジェリーだが、そこもジョナス配下の工作員の襲撃を受ける。しかし襲撃に備えて部屋に仕掛けた発火装置と脱出口やトラップにより、二人は脱出する。そしてアリスは、ジェリーがただの変人ではないことを知る。だがその直後、アリスは彼のストーキング行為を知って激昂し、二人は別れてしまう。
アリスはジェリーのニュースレターの読者を調べ始めるが、一人を除いて全員が不審な死を遂げていた。そして残る一人の住所に行ってみると、そこはジョナスのオフィスだった。そこで彼女はジョナスから驚くべき事実を聞かされる。「MKウルトラ計画」（CIAによる洗脳の研究）が実在し、ジェリーはその被験者として暗殺術の訓練を受けたこと、そして彼女が検事に任官して以来追い続けている、判事だった父の死の原因が彼であること。