近世では「村中入会」「村々入会」「他村持地入会」など、様々な形態の入会が存在した。「村中入会」は、特定の村の中に入会地があり、その村の住人のみが入会地を利用できるという形態である。「村々入会」は、複数の村が入会地に接しており、入会地に接する村の住人のみが入会地を利用できる形態である。また、「他村持地入会」は、ある村の住人が自村に接していない入会地を利用できる形態である。この場合、入会地を持つ村に入会料として現銀が払われることになる。入会権を持つ者は入会地の毛上（けじょう）を利用できる。なお、毛上とは動植物のことである。
こうした入会地としての里山は、明治維新とともに大きく変化することになる。明治政府の地租改正作業の中で、入会地が入会権を持つ諸個人の私有地に分割され、入会地としての機能を失うこともあった。また、入会地であることの証明がなければ官有地とするという明治政府の政策により、多くの入会地としての里山が官有地として収用されたと考えられている。この時、明治政府は明確な書証あるいは口碑がある場合にのみ、入会地を官有地にしないという方針を採ったが、書証がない入会地については、入会地に隣接する村から公式な証言が得られた場合に入会地として認めるという方法を採用した。ところが、こうした村の中には、かつて山論で敗れて入会地から排除された村もあり、かつての遺恨から執拗に入会地としての証明を拒んだり妨害する事例も見られた。
また、民俗学者の宮本常一は、明治期に官有地として没収された入会地を取り戻す訴訟を行うため、成人後に読み書きを学んだ大阪府河内長野市滝畑の人物の事例を報告している。
植生.
歴史を遡ると、近世までに日本の里山の大半はアカマツ林、あるいは草山、禿げ山となっていた。本来の植生は木材や薪の切り出しによって失われ、落ち葉や草の類も田畑の肥料として搬出されてしまったために土壌の栄養分が乏しくなり、痩せた土地でも生息できるアカマツが優勢となっていった。また、アカマツ材は樹脂が多く、水中での耐久性に優れる。そのため薪材や建材として優良な樹種でもあり、選好して植えられたということもあった。有岡利幸は、江戸期に描かれた各地の名所図会に登場する山の大半が、局所的に松が茂る禿げ山として描写されていることを、この傍証として挙げている。