また三浦は反論文を提出し、「全くの濡れ衣である将棋ソフト使用疑惑によるものであり、適正な手続きによる処分とは到底言い難いもの」とした。三浦自身は対局中の離席について「将棋会館内の休憩室である『桂の間』などで横になるなどして体を休めつつ次の指し手を考えていたり、会館内のトイレに赴いていただけです。対局中の食事についても、ほとんどが出前を注文しており、疑惑を持たれている対局では、対局中に会館の外に出ることはありませんでした」と説明してこの不正疑惑を否定しており、弁護士に相談するとしている。また、代わって竜王戦に出場することになった丸山は連盟の決定に賛成出来ない旨のコメントをしている。
羽生三冠の発言.
この処分については、「“黒” にしては軽すぎる、“白” にしては重すぎる」という意見もあった。また、『週刊文春』は、羽生が島に「（三浦は）限りなく“黒に近い灰色”だと思います」とメールしたと報じたが、羽生は妻である羽生理恵のTwitterを通し、「“灰色に近い”と発言をしたのは事実」だが、「疑わしきは罰せずが大原則と思っていますので誤解無きようにお願いを致します」と声明を出した。
第三者委員会による調査.
朝日と読売の盤外戦.
この騒動の報道を巡って、名人戦主催者の朝日新聞は積極的に報道する一方で、竜王戦主催者の読売新聞が報道を避けるという報道姿勢の違いが見られた。
これに対し小暮は「怒りを通り越して呆れています。名誉毀損だし、こんなバカな話はない。たしかに渡辺さんの相談には乗っていました。今はっきりしたことは明かせませんが、当時（三浦九段は）限りなく『クロ』だという認識でした。渡辺さんも相当悩んでいて、最終的には（連盟の）理事に相談した。本来、渡辺さんの役割はそれだけのはずでしたが、（三浦九段への聞き取り調査を行なった）常務会に、三浦さんの要望で渡辺さんが証人として呼ばれ、告発の責任者のように扱われてしまっている。（記事掲載以降は）仕事にも影響が出ている。法的手段？ 私だけでなく渡辺さんの名誉が守れる方法を弁護士と相談しながら考えている。将棋連盟のためにもできるだけ丸く収めたいと思っているが、真実から目を背けることはできません。私なりに名誉を守ります」と反論している。
関係棋士の動き.
橋本崇載は三浦に会って謝罪したとツイートした。
谷川会長の辞任.
和解の成立.