数ある僧坊酒の中で、奈良の寺院が造った「南都諸白（なんともろはく）」は室町時代に至るまで長いこと高い名声を保った。諸白とは、現在の酒造りの基礎にもなっている、麹米と掛け米の両方に精白米を用いる手法で造られた透明度の高い酒、今日でいう清酒とほぼ等しい酒のことを、当時の酒の主流をしめていた濁り酒（にごりざけ）に対して呼んだ名称であり、江戸時代以降も「下り諸白」などのように上級酒をあらわす語として使われた。
奈良菩提山正暦寺で産する銘酒『菩提泉』を醸す菩提酛（ぼだいもと）という酒母や、今でいう高温糖化法の一種である煮酛（にもと）などの技術によって優れた清酒を醸造していたが、この時代の清酒は量的にも些少であり、有力貴族など極めて限られた階層にしかゆきわたらなかったと考えられる。
中世.
鎌倉時代.
商業が盛んになり、貨幣経済が各地へゆきわたったことを背景として、酒は、米と同等の経済価値を持った商品として流通するようになった。京都、とくに伏見などを中心に、自前の蔵で酒の製造を行い、それを販売する店舗も持つ酒屋、いわゆる「造り酒屋（つくりざかや）」が隆盛し始めた。まだ十石入り仕込み桶が開発される前で、二石から三石入る甕（かめ）（もしくは「瓶」の字をあて「かめ」と読ませる場合も）を土間にならべて酒を造っていたようである。
室町時代.
また灘に伝わる『柴田家文書酒造り始之由来』 には、「むかし大内裏（朝廷）で造酒之寮（造酒司）と呼ばれる御官人が祭祀のために酒を造っていたが、室町時代になると酒の需要が高まり、とても追いつかなくなったので、御官人の縁者が市中でも造り始めたところ、とりわけ摂州表で造る酒は出来柄がよかった。」と書かれ、室町時代が酒造業にとって急成長の時代であったことを裏付けている。
当時の酒屋は資本力を持ち、土倉（どそう）といって金融業者を兼ねていることが多く、借金の取立てや財産の自衛のために用心棒たちを養っていた。なかでも五条西洞院にあった柳酒屋という酒屋は、規模だけでなく扱っている酒質も同業者の群を抜く存在で、その名声は全国に知られた。