マイナンバーカードへの署名用電子証明書の格納は任意である。希望しない場合はマイナンバーカード申請時に、ICチップへ格納しないよう選択することが出来る。
公的個人認証を行なう際、マイナンバーを入力および使用することは一切ない。
マイナポータルでの利用.
マイナポータルとは、マイナンバーと関連づけられた行政機関が持つ情報や行政機関間での情報連携の履歴の取得、オンライン申請等ができるサービスである。各種行政手続き（申請）や、世帯・年金・税・医療費などの情報閲覧ができる。
マイナンバーカードは、マイナポータルへのログイン時に必要となる。
確定申告や年末調整で必要となる各種書類について、発行者から電子交付の形で受け取り、マイナポータルを介して申告に用いることが可能。以下の各種書類が電子交付に対応しており、申告書作成時に控除額・納税額等が自動計算され、書類は電子的に添付・提出される。
サービス・電子申請機能での利用（全体）.
サービス電子申請機能（ぴったりサービス）とは、市町村の行政手続きの検索とオンライン申請を行えるもの。
サービス・電子申請機能での利用（罹災証明書）.
サービス・電子申請機能での利用（出生届）.
サービス・電子申請機能での利用（子育て関連）.
サービス・電子申請機能での利用（給付支援）.
法人設立ワンストップサービスでの利用.
運転免許証更新講習のオンライン化.
失業認定手続きでの利用.
パスポート（日本国旅券）の申請.
国家資格管理.
自治体サービス.
地域サービスでの利用.
災害支援での利用.
デジタル地域通貨.
その他、埼玉県さいたま市など。
自治体から住民への個別通知.
自治体独自のポイント給付事業.
大阪府阪南市、愛知県蒲郡市、長崎県、群馬県前橋市
自治体独自企画.
公共施設予約・利用の自動化、無人化.
京都府京丹後市
健康増進事業.
宮崎県都農町、岐阜県養老町、宮崎県都城市、青森県むつ市
マイナポイント事業での利用.
電子証明書（公的個人認証サービス）の民間利用.
概要.
公的個人認証の民間活用事例.
公的個人認証サービスは、例として下記の用途に用いられている。公的個人認証サービスにマイナンバーは使用しておらず、公的個人認証を用いることでマイナンバーが相手企業へ伝わることは無い。
失効情報の利用.
失効情報の活用事例.