日本語学・国語学.
日本語の起源に関する議論は、新井白石『東雅』や本居宣長・本居春庭らの研究を嚆矢とする。それ以前にも言語学的な研究は行なわれていたが、意識的に日本語の総体を歴史的に分析していこうとしたのは、国学者による言語研究であった。以来、今日に至る「国語学」も、江戸以来の膨大な研究蓄積を基礎にしている。明治期に西欧の比較言語学が輸入されてからは、相互に批判・対立もあったが、近年は双方の方法を折衷しながら、いまだ決着の着かない「日本語の由来」についての研究が進んでいる。
比較言語学.
しかし、例えば比較言語学者高津春繁も、セム・ハム語族の研究においてすら、印欧語族の比較方法をそのまま用いることは無理であるとしている。
言語類型論.
しかしながら印欧語族の系統樹と東アジア諸言語の系統樹とは当然異なるものであり、近年は比較言語学の通時主義を包摂する形で地理的背景にも配慮する言語類型論などの観点からも研究が行なわれている。
その他の関連分野によるもの.
比較神話学.
比較言語学と連携して進められた比較神話学の方法も大林太良や吉田敦彦らによって進められてきた。比較神話学は基本的には神話や説話の構造や特性を比較分析するものであるが、要素の単位をどこまで限定できるかという問題がある。構造神話学者クロード・レヴィ＝ストロースは言語学の音素概念に影響された「」概念を創造し使用しているが、分析概念としての有効性は未確定である。しかしながら参考となる知見も当然あり、比較神話学的分析によれば日本神話は北方民族（北東ユーラシア）と南方民族（東南アジア、太平洋諸島ポリネシア等）との混合とされ、日本語の起源に関する言語学的研究の成果との対応がみられる。
考古学・民俗学.
より新しい時代に起源を求める場合には、考古学的遺物・遺構や習俗の類似も日本語の起源の傍証となる場合がある。大野晋などの主張によれば、言語と文化は一致するものではないにせよ、完全に無関係のものとして分けきれないものである。
分子人類学.
日本語の担い手である日本人の人類学的ルーツを探ることで、日本語の起源を探ろうとするアプローチである。この分野は学術的な調査が進行している状況であり、学会の統一された見解は存在しない。