このため、この事件ではマフィアは実行部隊の中心としては動くことは出来ても、計画と手配を推し進める政治力に欠けており、計画の立案から証拠の揉み消しを含めた論議の沈静化を図れるほどの実力は無く、事件に関与はできても主導する組織とはなりえないとする意見が多い。
ピッグス湾事件の失敗を恨む亡命キューバ人主犯説.
ピッグス湾事件の失敗を、「当時大統領に就任して間もないケネディが、土壇場でアメリカ正規軍の投入を中止したため」と考える者が、亡命キューバ人を中心とした実行部隊の遺族に多く、この失敗によりキューバにおける利権を取り戻すことが永遠にできなくなった亡命キューバ人やマフィアが、実行部隊の遺族らと団結してケネディの暗殺を行ったという説。
これはマフィア主犯説と同様の理由で根拠薄弱と見なされている。そもそも難民集団でしかない彼らには事件後見られたような証拠の揉み消しや政治工作と疑われるようなことを為す力は無く、やろうとすれば、アメリカ政府機関の反発を買い、自分達の政治的立場をさらに弱めてアメリカからも出て行かねばならない状況に陥るはずである。
軍産複合体の意を受けた政府主犯説.
「軍産複合体の意を受けた政府主犯説」は、「ケネディの南ベトナムからのアメリカ軍による軍事顧問団の縮小計画と、その後に予想された軍事顧問団の完全撤収が『軍産複合体の利益を損ねる』と恐れた政府の中の一部勢力（といっても大統領を暗殺という手段で交代させられる以上、事実上の影の政府機関ではないかと見る向きも多い）が、CIAなどの諜報機関の有力者に様々なお膳立てをさせた上で大統領の警備を弱体化して犯行に及んだ」とするものである。