歴史.
鎌倉・室町時代.
中院家の家祖通方の子、雅家が洛北の北畠（現在の京都御苑北部）に移ったことから「北畠」を称し、代々和漢の学をもって仕えた。
北畠家は後嵯峨天皇以降大覚寺統との関係が深く、後嵯峨上皇出家時には雅家が、亀山上皇出家時には師親が、後宇多上皇出家時には師重が出家している。
鎌倉時代末期の北畠親房は、後醍醐天皇の建武の新政を支え、後醍醐没後には南朝の軍事的指導者となり、南朝の正統性を示す『神皇正統記』を記した。親房の長男北畠顕家は、父とともに義良親王（後の後村上天皇）を奉じて奥州鎮定に赴き、建武政権から離反した足利尊氏を京都から追い、次弟の北畠顕信とともに南朝勢力として足利方と戦った。
親房の三男北畠顕能は伊勢国司となり、以後の北畠家宗家は伊勢に定着した。室町時代に入っても伊勢で独自の勢力を持ちその支配形態は国司体制を維持するいわば公家大名というべきものであった。幕府の伊勢守護の勢力圏が北伊勢に限られたのに対し、雲出川以南の一志郡、飯高郡、飯野郡、多気郡、度会郡といった南伊勢は北畠家が掌握していた。また、歴代の当主は一志郡の多芸城（霧山城）を居城とし、多芸御所と呼ばれた。
室町時代後期、教具・北畠政郷・北畠材親の三代に関しては、断続的に幕府から伊勢守護に任命され、伊勢国司と守護を兼任した。
伊勢北畠氏からは木造氏（一志郡）、大河内氏（飯高郡）、坂内氏（飯高郡）、田丸氏（度会郡）、星合氏（一志郡）、波瀬氏（一志郡) 、岩内氏（飯高郡）、藤方氏（安濃郡）の諸氏が分かれ出て、それぞれ御所と称された。木造御所は北畠庶流の筆頭であったが、木造御所の官位は北畠宗家・多芸御所を上回ることもあり、度々宗家と対立した。。
また、奥州・津軽には、北畠顕家の子孫説や北畠顕信の子孫説、または顕家（または顕信）の子孫が入婿となったとされる北畠庶流が浪岡御所として存続していた。
戦国・安土桃山時代.
戦国時代に入ると、英主・北畠晴具が現れ、北畠家は南伊勢、志摩国、伊賀国の南部、大和国の南部、紀伊国の東部にまでに及ぶ一大勢力となった。他方、北伊勢の雄たる長野工藤氏とは激しく争ったものの、決着をつけることができなかった。