崇徳はかつて関係の深かったひとたちの家々を訪ねるが、誰も彼を出迎えない。悲しみくれる崇徳は、知足院に入り出家する。その後、弟の覚性法親王のいる仁和寺へと向かい、そこで腰を落ち着ける。すぐに天皇方の武士がやってきて、仁和寺を包囲する。その間にも忠通は頼長から氏の長者の地位と取り戻し、一方の忠実は自分も討伐されることを恐れて、僧兵を集めて宇治にひきこもる。
義朝と清盛は三条の崇徳の御所、頼長の五条壬生の邸を焼き払い、内裏に帰還する。ここで恩賞が授けられるは、義朝は一族全員を敵にまわしてまで天皇にしたがったのに、あまりにも報いるところがすくないことに再考を求め、信西と論争の挙句にこれを認めさせる。
その頃、頼長は生死をさまよいながら、父忠実のもとを訪れるが、かかわり合いを恐れた忠実は面会を拒否、頼長は舌を噛み切って悔しがり、しばらくして息を引き取る。彼の亡骸は奈良の般若野に埋葬された。忠実はこの報告を聞いて嘆き悲しみ、戦で名の知れた人は誰も死んでいないのに、どうして氏の長者である頼長だけが命を落としたのかと慟哭する。
下巻.
崇徳側についた教長らは次々と捕らえられ、頼長の居場所などを聞き出すために拷問にかけられる。父の敗北を知った重仁親王も、仁和寺に向かって出家する。そして、近江国坂本から蓑浦へと逃亡を続けていた為義も熱病にかかり、天台山に登って出家する。息子たちも合流し、為朝は東国へ逃げのび再帰をはかるべきであると献策するが、為義は老齢などを理由にこれを断り、長男の義朝を頼ることに決める。親子は涙ながらにわかれ、義朝は喜んで父を引き取る。
崇徳側についた武士たちについて、源雅定・藤原実能らの高官たちは、死罪は久しくおこなっていないこと、また鳥羽法皇の服喪中であることを理由に、罪を軽くすることを言上する。しかし、信西は謀反人たちを生かしておけば後々まで禍根を残すと反論し、律のとおりに死罪するべきであると勧め、後白河もこれを認め、家弘・忠正らは斬られる。このうち忠正は甥の清盛が助命してくれることを期待していたが、清盛は自分が叔父を斬れば、義朝も父を斬らざるをえなくなるだろうと陰謀をはたらかせて自ら斬った。