本作では作品の責任者である監督が存在せず、代わりにテレコムを率いる大塚が監修を務め、原画マンや作画スタッフがシークエンスごとにアイデアを出し合い作画する、というかつての東映動画的なスタイルとなった。
大塚によると、当初は若手の演出家を監督に抜擢していたが、その演出家の提示した絵コンテがテレビアニメ的なアップや口パクを中心とした動画枚数を省略するスタイル（リミテッド・アニメーション）であり、劇場長編クオリティの作画スタイル（フル・アニメーション）で育って来たテレコムの作画スタッフの要求に応えられず現場を去ってしまったため、大塚をはじめ友永和秀、田中敦子といった原画担当のアニメーター達が場面ごとに絵コンテを担当し、演出不在のまま作品を仕上げることになった、とのことである。また、大塚は演出の代わりに全カットの原画に目を通して、アニメーションの動かし方の指導を担当することとなった。
演出の大関雅幸は本作について、全体をゲームタッチにしたいとロールプレイングゲームを基本に持ってきたことを明かしている。
物語の冒頭で銭形が住職として登場するのは、『ルパン三世 ルパンVS複製人間』で使われるはずだった設定の流用である。
当初の題は『ルパン三世 五右衛門紫変化』で、公開前の雑誌や主題歌レコードのジャケットではこのタイトルが使われていた。その後、東宝事業部の担当者によって現題に改題されたという。
劇伴は宮浦清が担当した新曲が用いられており、従来の作品のものは一切使用されておらず「ルパン三世のテーマ」も使用されていない。また、音響関係のスタッフも一新されている。
声優の変更.
本作では、メインキャストである五人の声優の総入換えが実施された。長寿作品となり声優交代が順次行われているシリーズではあるが、長期にわたり固定され当時現役だったキャスト全員が交代したという点では唯一の作品である。
経緯.
この変更は、制作会社の東京ムービーで新任となった企画担当者によって行われたとされる。