水中での操作についてもブロックを叩いて壊したり、アイテムを出したりできるようになった。またステージ全体が水中になっている従来と同様の水中面のほか、部分的に水中を通る地上面が登場した。このため、地上から水中に飛び込んで泳いだり、水中からジャンプしたりできるようになった。
パワーアップ.
スーパーマリオ・ファイアマリオについては前作とほぼ同様である。以下は、本作で導入されたパワーアップ状態である。なおスーパーこのはとファイアフラワーはチビマリオ状態で取るとスーパーマリオになる（マップ上でのアイテム使用時は、いかなる状態でも関係無くその当該状態に変身できる）が、それ以外のスーツ系（カエル・タヌキ・ハンマー）アイテムはチビマリオ状態でも一気に変身できる。
カエルマリオ、タヌキマリオ、ハンマーマリオのいずれかの状態でワールドをクリアすると、クリア時の王様のメッセージが変化する。
ストーリー.
ステージ構成.
マップ.
通常ステージ（アクションゲームパネル）.
その他マップ上の施設.
マップ上には、上記アクションゲームパネル以外に、各種ミニゲームが施設として導入され、アイテムや残機を獲得できる機会が増えた。
ワープ.
地形構成要素.
前作と同様、ブロックや土管、雲などで地形が構成されている。特定のブロックを叩くとコインやアイテムが出現する点も同様である。ただし、バリエーションは前作より豊富になっている。
アイテム.
アイテムには、ステージ中に登場するものと、マップ上で手に入るもの（マップアイテム）とがある。ステージ上に登場するものは前作までと同様に取るとすぐに効力が発揮される。マップアイテムは本作から導入され、マップ画面でアイテムを使うことで前もってパワーアップを施してからステージに挑むことができるほか、クリアできないステージを飛ばして先に進めるアイテムや、マップそのものに影響を及ぼすアイテムなど、プレイヤーに有利な状況や効果を予め付加できる。なおマップ画面上でのみ使用することができ、アクションゲーム中には使用できない。しかし、パワーアップ系のマップアイテムは、アクションゲームパネルを選択する前に使用することでアクションゲームを有利にすることができる。
ステージ中アイテム.
パワーアップ系.