元寇に出陣した千葉頼胤が戦死し、嫡男の宗胤が代わりに九州に下った。下総の留守を守る家臣たちの中に、下総守護の職務が行えない宗胤に代わって弟の胤宗を当主に擁立して、宗胤には肥前国に留まるように望む意見が高まった。これに反発する宗胤とそれを支持する家臣はこれに抵抗し、長期にわたって紛争を続けた。胤宗は妻の実家である金沢流北条氏の支援を受けて本拠地である千葉荘を掌握したのに対して、兄の宗胤は下総国府と隣接する八幡荘を掌握して対抗した。また、胤宗は金沢流北条氏が崇敬していた律宗（真言律宗）を保護したのに対して、宗胤は八幡荘を拠点としていた日蓮宗（中山門流）を保護するなど、信仰面でも対立したとされる。宗胤没後、長男の胤貞は、折りしも勃発した南北朝の戦いに際して北朝方について南朝方の貞胤（胤宗の子）を攻め、貞胤は北朝方に降伏した。しかし降伏した貞胤は北朝側に寝返って、室町幕府より下総守護の地位を保障された胤宗の子孫が千葉氏宗家として存続した。このため、宗家の地位を失った胤貞流の千田氏はその後衰退し、肥前国にあった宗胤の次男胤泰が九州千葉氏を興すことになった。
室町時代.
千葉胤賢と千葉輔胤の系統は互いに千葉氏の宗家を名乗った。便宜上、前者を武蔵千葉氏、後者を下総千葉氏と呼称することがある。だが、輔胤の系統が古河公方の支援を受けて下総本国を掌握していったのに対して、胤賢らを支援してきた室町幕府が古河公方との和議に踏み切って享徳の乱による古河公方主導の再編を黙認したため、武蔵千葉氏が下総へ帰還する望みは失われ、石浜城（現在の浅草）を中心とした小領主に転落することになった。以後、下総千葉氏の当主が千葉氏歴代当主として系譜に記載されることになる。
なお、東京都足立区の長勝寺には武蔵千葉氏によって建立された千葉勝胤（下総千葉氏当主）の墓があり、下総千葉氏と武蔵千葉氏のつながりを示すものとして足立区登録有形文化財になっている。
戦国時代.
戦国時代に入ると、常陸国の佐竹氏、小弓公方足利義明や安房国の里見氏の侵攻を受けるようになる。そして北条氏康と姻戚関係を結ぶことで、後北条氏の支援をもとに所領を守る。