閣議の前日に各省庁から提出が予定されている案件を調整する次官連絡会議が内閣官房長官によって主宰され、原則としてすべての府省の事務次官が出席する。事務担当の内閣官房副長官（官僚）は、次官連絡会議の実際の運営に当たることからしばしば官僚機構全体のトップとも見なされる。
この次官連絡会議の構成員には、警察庁長官・金融庁長官・消費者庁長官も含まれている。戦後の警察行政は、民主的・中立的運営のために独任制の大臣ではなく国家公安委員会（委員長には国務大臣を充てる）の管理下で警察庁が実務を行っており、長官が実質的に他省の事務次官に相当する役割も担っている。金融庁と消費者庁については、それぞれ内閣府本府に金融担当と消費者及び食品安全担当の特命担当大臣が置かれるため、長官が事務次官相当の位置付けを帯びている。
なお、各府省の所掌事務の総括整理をつかさどる官職として省名審議官（多くの場合「審議官」に省名等を冠した官名のためこう総称される。外務審議官、財務官、経済産業審議官など）が局長より高位の役職として置かれることがあるが、省名審議官が出席する対外折衝は「次官級協議」・「次官級会談」と呼ばれるように、事務次官とほぼ同等に処遇されるポスト（「事務次官級」と称される）である。
日本以外の国の次官.
アメリカ合衆国.
連邦行政部の次官を次に示す。
国務省.
国務省の次官は次の通り。詳細は国務次官の項目を参照。
財務省.
財務省の次官は次の通り。詳細は財務次官の項目を参照。
国防総省.
国防総省の次官は次の通り。詳細は国防次官の項目を参照。
陸軍省.
陸軍省の次官は次の通り。詳細は陸軍次官の項目を参照。
海軍省.
海軍省の次官は次の通り。詳細は海軍次官の項目を参照。
空軍省.
空軍省の次官は次の通り。詳細は空軍次官の項目を参照。
司法省.
司法省の次官は次の通り。詳細は司法次官の項目を参照。
内務省.
内務省の次官は存在しない。
農務省.
農務省の次官は次の通り。詳細は農務次官の項目を参照。
商務省.
商務省の次官は次の通り。詳細は商務次官の項目を参照。
労働省.
労働省の次官は存在しない。
保健福祉省.
保健福祉省の次官は存在しない。
住宅都市開発省.
住宅都市開発省の次官は存在しない。
運輸省.
運輸省の次官は次の通り。詳細は運輸次官の項目を参照。
エネルギー省.