戦時大本営条例では列席資格は陸海軍将校で文官は認められていなかった。日清戦争の大本営会議には伊藤博文が明治天皇に願い出て特別に参加したが、日露戦争の大本営会議に文官が参加することはなかった。その要因には、戦争指導において陸海軍の作戦立案や実施が専門化・高度化したことや陸海軍統帥の二元化が挙げられている。ただし、明治期には大本営のみで戦争指導が行われたことはほとんどなく、軍人を含む元老を中心とする御前会議で計画の検討や決定が行われた。
ワシントン会議における海軍大臣の職務代理.
これに対して山梨半造陸軍大臣をはじめ、田中義一前陸相及び元老山縣有朋は、軍部大臣に文官を任命することは軍人勅諭及び帝国憲法の統帥権の解釈からして不適当であること、陸軍省官制および海軍省官制には軍部大臣が現役あるいは予備役の大将・中将と明記され（当時は軍部大臣現役武官制ではない）ていること、また、陸海軍大臣の帷幄上奏には統帥に関わる部分も含まれており、これを文官が代理するのは憲法で保障された統帥権の独立に対する違憲行為であるとして反発した。
これに対して、政府と海軍が陸軍と協議をした結果、内閣官制によって事務行為の代理については文官でも認められること、ただし、帷幄上奏に関する職務は軍令部長が代行すること、陸軍に対しては今回の件を前例とはしないことで、陸軍もこれを受け入れた。なお、大蔵大臣高橋是清によって参謀本部廃止論が唱えられたのもこの内閣のことであった。
統帥権干犯問題.
軍政と軍令.
明治憲法の規定に「軍政」や「軍令」の用語が含まれているわけではなかったが、実際の解釈と運用では、軍政大権については国務大臣の輔弼が必要であるが、軍令大権については軍令機関が補佐し内閣総理大臣や軍部大臣の輔弼の対象から外されていた。具体的には陸軍では陸軍大臣と参謀総長に、海軍では海軍大臣と軍令部総長に委託され、各大臣は軍政権（軍に関する行政事務）を、参謀総長・軍令部総長は軍令権を担った。
統帥権のうち、軍事作戦は陸軍では参謀総長が、海軍では海軍軍令部長（後に軍令部総長と改称）が輔弼し、彼らが帷幄上奏し天皇の裁可を経た後、その奉勅命令を伝宣した（但し明治時代は平時では陸海軍大臣伝宣）。
他に軍政上の動員令・編成令・復員令という奉勅命令があり、通常陸海軍大臣が帷幄上奏し、裁可後彼らが伝宣した。