本作においては「帝国が国力をつけるために各地を制圧する」というストーリーで進んでいき、イベントをこなすことでその地域を制圧し、帝国の領土を広げる。領土の地域では「税収（後述）が増える」「地域のキャラクターを仲間として使用できる」「地図からその地域にジャンプできる」など、様々な恩恵が受けられる。ただし必ずしも制圧できるとは限らず、絶対に制圧できない地域もある。
エンカウント.
今作では敵シンボルは接近時に迫ってくるものの、動きはある程度ランダムであり、ダンジョン突入時から主人公目がけて追いかけてこないため、前作と比較して戦闘を回避しやすい。
前作同様、敵のシンボルは種族ごとに違うため、シンボルの外見から敵の内容をある程度判断することができる。
フリーシナリオシステムを採用している都合上、エンカウント時に出てくる敵の強さは「戦闘回数」に応じて上昇していく「敵ランク」で決まる。ただし戦闘から退却しても戦闘回数がカウントされるため、敵から退却を繰り返すと、味方が強くならないまま「敵ランク」が上昇し、強敵が出現するようになる。例外として、アプリ版・リマスター版で追加された追憶の遺跡に出てくる敵は階層ごとにランクが固定されている。ただし、メルー砂漠の蛇系モンスターやターム系モンスター（後述）など、特殊シンボルのキャラはこの戦闘回数に影響を受けず固定の敵が出現する。
戦闘システム.
今作でもパーティが陣形を組んで戦闘するシステムは導入されているが、前作と内容は変更されており、それぞれに特徴を持った陣形の中からあらかじめ選択する。陣形には様々な特徴があり「絶対に先手が取れる」「1人に敵の攻撃を集中させる」など、多々存在するが、敵の近接攻撃に絶対に狙われないポジションはなくなった。新しい陣形を覚えるには、その陣形に対応したクラスのキャラを皇帝にして陣形の練習をしている兵士に話しかける必要がある。ただし、これらの特性はメンバーのうち1人でも戦闘不能になると無効となるものが多い（ステータス強化は影響なし）。
キャラクター設定.