日清戦争においては、島村は参謀として、連合艦隊旗艦「松島」に乗り組んで参加した。途中で上役である参謀長が出羽重遠大佐（当時）に交代した。鮫島とは異なり、謹厳かつ豪胆な性格の出羽であったが、島村とは気が合い、関係は良好であった。
日清戦争における島村のはたらきとしては、作戦立案面では坪井航三が主張していた単縦陣戦法を支持して黄海海戦を勝利に導いたほか、艦隊首脳部の間を取り持つ調停役としての活躍もある。敗戦の責任をとって清国の提督・丁汝昌が自害した際、清から没収した艦船の中から商船「康済号」を返し、丁の亡骸を送らせるという伊東の行動は世界各国から賞賛を受けたが、これにも島村の助言があったと言われる。
結婚.
義和団の乱.
翌年義和団の乱が勃発すると、澎湖島の馬公にいた須磨は直ちに大沽に派遣されて警備についた。島村は当時の海軍大臣山本権兵衛から、大沽に派遣された日本海軍の司令官役として推され、指揮を執った。迅速かつ的確な判断で指示を出す一方で、自ら哨兵として立つなど率先して働き、その目覚しい活躍から、英国海軍中将シーモアから感謝のメッセージを貰っている。
日露戦争.
日露戦争には旗艦「三笠」に乗り組み、旅順港封鎖に参加。連合艦隊は機雷によってロシア海軍の名将ステパン・マカロフを戦死させたが、このときに機雷敷設の指揮をとった小田喜代蔵に対し、作戦の訓令を起草したのは島村であった（他にも東郷名義の報告書を代筆するなど、文章力についても評価されていたようである）。この間に少将に昇任している。