新システムとして、スタイルチェンジが導入された。その他にもシステムが追加されている（詳細は#新システムを参照）。これらの追加されたシステムは後のシリーズにも受け継がれ、シリーズの基本を作り上げた作品といえる。
ストーリー.
しかし、その一方で世界各国ではネットワークが次々に破壊されるという事件が発生していた。
WWWは壊滅したはずである。一体誰が…。
登場キャラクター.
ネットマフィア「ゴスペル」.
スタイルチェンジ.
スタイルチェンジは、プレイヤーの戦い方を分析し、その戦い方に合わせてナビの姿を変えるシステムである。スタイルの名称は「（属性）（スタイル）」となる。
例：水属性でブラザースタイル→「アクアブラザー」
スタイル.
各スタイルの特徴と、そのスタイルになる条件を以下に記す。
属性.
属性は戦い方とは関係なくランダムに決まる。炎属性は水属性に弱く、水属性は電気属性に弱く、電気属性は木属性に弱く、木属性は炎属性に弱い。
新システム.
マップ名表示.
メニュー画面を開くと、現在どこにいるのかが表示されるようになった。現実世界なら現実世界の場所名、電脳世界ならば「〜エリア」「〜の電脳」と言った表示が出る。これによって、迷路ともいえる電脳世界で自分の現在地が簡単に把握できるようになった。
それでも簡易マップが出るわけではないので、。
サブチップ.
戦闘中に使うバトルチップとは異なり、電脳世界の移動中に使うチップ。現実世界で使うことはできない。各サブチップの名称と効果は以下の通り。この関係で、ロックマンのHPが戦闘後自動的に回復しなくなっている。詳しくは戦闘システムの変更点を参照。
レギュラーチップ.
PAメモ.
データライブラリに追加された新項目。発動したプログラムアドバンス（PA）がここに自動的に記録される。戦闘中以外はいつでも見ることができるので、組み合わせを確認するのに重宝する。
特殊パネル.
前作の足場はたとえ模様は違っても普通のパネルしかなかった。それに対し今作では、ノーマルパネルの模様は統一されたものの、特殊な効果を持つパネルが追加された。
パネルの効果は敵味方にかかわらず受ける。しかし、飛んで（浮いて）いる敵には無効。
戦闘システムの変更点.
これらの変更点はすべて以降のシリーズにも受け継がれている。
隠し要素.
バグ.
CMソング.