事業計画が曖昧だったり、地元住民の理解がないままに建設を強行しトラブルになる例も見られる。宮城県の石巻や登米では、バイオマス発電に使用する燃料が不明のまま建設計画が進められたことが報道され、住民の反発を呼んでいる。住民説明会も開かずに建設を開始したり、また事業主体がはっきりせず問題発生時の責任の所在があやふやなまま進められている事業計画もある。自治体は「法律上、説明会を開く義務はない」として拘束力のある対応は取れないという。また民間業者ではなく自治体側がバイオマス発電事業を強行する姿勢を見せているケースもある。登米市では、市側がバイオマス発電所建設計画を把握しており、かつ市長が業者と面会していたにもかかわらず、住民に事業計画を伝えず、業者に対し住民説明会を開催するように求めることもしていなかったことが明らかになっている。
福島県伊達市では廃プラを燃料にする施設の併設を説明なしに計画していたことが判明し、住民の反発を受け撤回した。住民はバイオマス発電所そのものの建設中止を求め、市議会に署名を提出、市議会も反対決議を可決したが、市長は「法令上は市が関与できない」としている。
補助金、固定価格買い取り制度(FIT制度)の悪用.
国からバイオマス発電への支援事業であるFIT制度や補助金制度があるために、各地で建設ラッシュが起きており、その中には虚偽申請をしたり認可を受けた後に計画を大幅に変更して申請内容と異なる事業を行う事例も報告されている。建設地の住民はこうした変更に反対しているが、経産省はコメントで「同じ住所での事業変更であれば、問題無い」と回答している。同様に発電機やガス発酵タンクの位置などを変更することも許容される。
産廃処理.
木質バイオマス発電の産業廃棄物(焼却灰)の処理を引き受ける処理会社が必要な許可を得ていない状態で創業していたことが発覚し、同県環境部から指導を受けている。また書類等を偽造した疑いもかかっている。この会社は福岡県豊前市の第三セクターとして設立されたもので、最終的に福岡市から社長が解任され、業者は産廃処理業の許可取り消しの行政処分となった。
バイオマス燃料の高騰.
日本製紙は秋田でバイオマス発電所の建設を計画していたが、燃料費が高騰したために白紙撤回された。
国外.
欧州.