皇居の周囲は濠に囲まれており、西側と北側は濠によって武蔵野台地の先端部にあたる淀橋台から切り離されている。また皇居の東部は濠を挟んで低地帯と接している。また皇居内にも道灌濠などの濠が存在する。いずれの濠も自然地形ではなく人工的に構築されたものと考えられ、濠の建設に使用された外部から移入された大量の石材が確認できる。
沿革と当時の環境.
江戸時代以前の状況.
徳川家康の入城と江戸時代にかけて.
明治以降の状況.
皇居の生物相の調査経緯.
各生物相の特徴.
植物相.
コケ類、地衣類について.
藻類について.
菌類等について.
また子嚢菌類のボタンタケの一種は、吹上御苑のマテバシイの倒木や枯れ枝に多く見られ、同じ都内にある自然教育園のスダジイの倒木でも見ることができる種であるが、同属の別種で伊豆諸島の御蔵島のみで確認されている種はあるものの、現在のところ他の産地が知られておらず東京都区内の吹上御苑と自然教育園の固有種である可能性が指摘されている。
動物相.
哺乳類について.
その他、皇居内で生息が確認されている哺乳類としてはアブラコウモリとアズマモグラがある。皇居内に生息する哺乳類の中で自然分布と考えられるのはアブラコウモリとアズマモグラのみである。アブラコウモリについては皇居内で確認されているものの数は少ない、これは現在の皇居内がかなり深い森となっていて、高木が多いためアブラコウモリが餌を獲るために必要な開けた場所に乏しいことや、皇居内には夜の明かりが少ないためアブラコウモリの餌となる小型の昆虫が集まってこないことが原因であると考えられる。
爬虫類・両生類について.
皇居内で確認された爬虫類はカメ目のクサガメ、アカミミガメ、スッポン、トカゲ亜目のヤモリ、トカゲ、カナヘビ、ヘビ亜目のアオダイショウ、シマヘビ、ヒバカリである。またカメ目のイシガメ、ヘビ亜目のジムグリはかつての目撃例などから生息している可能性があるとされる。また皇居内の環境はヤマカガシの生息環境として適していると見られるが、これまで確認されていない。これは後述のウシガエルによってヤマカガシの子ヘビが捕食され尽くした結果である可能性が指摘されている。また爬虫類はカナヘビやシマヘビのように極めて確認された数が少ないものがある。
鳥類について.
魚類について.
甲殻類について.
多足類について.