本居宣長に夢の中で対面し、「死後の門人」を名乗った平田篤胤は、『霊の真柱』『古史伝』『本教外篇』などの主著を著して、本居宣長の神学を批判的に継承しつつ「復古神道」を体系化した。その思想は、まず第一に「大和魂を固めるには霊魂の行方を知ることが第一である」と宣言し、現世は「大国主が人の善悪を見定めるために生かしている仮の世」であるとするなど、死後の世界を重視するものであった。篤胤は、宇宙は天、地、黄泉の三要素で構成されていると考え、「人が死ぬと黄泉国へ行く」という神道説を否定して、人が死ぬとその霊魂は「地」にある大国主神が主宰する「幽冥界」へと行き、そこで大国主神から生前の行為についての審判を受けると主張した。「幽冥界」は、世界の主宰神である造化三神のもとで、天皇が治める「顕明界」に相対する世界であり、大国主が主宰する世界である。幽冥界は地であるため、そこに行った霊魂は地上の生きている人々を見守ることができるとしたが、これは日本人の古くからの霊魂観を理論化したもので、神葬祭の理論的な支えともなった。また、中国神話、インド神話、そしてアダムとイヴによるキリスト教神話に至るまで、すべての国の神話は日本神話の「訛り」であり、同じ事実を異なる言葉で表現しているものであると主張した。主宰神的性格や死後の審判などにおいて、キリスト教からは大きな影響を受けていると考えられている。篤胤は、『出定笑語』などで仏教を厳しく批判したが、儒教については『玉襷』で「古道を知らず、ただ漢説のみを囀る」ことは批判したが、儒教の倫理自体については肯定をしている。主に古道論において儒教批判が主であった宣長に対して、国学の宗教性を顕在化した篤胤にとっての主敵は儒教よりも仏教であったのである。
このように、平田篤胤は宣長の実証主義的な研究からは離れ、宗教的な要素を多分に含んだ神道説を提示した。このため、本居大平や伴信友などの同時代の鈴屋門下の国学者からは批判を受けた。一方で、平田篤胤の神学は多くの門下に受け継がれ、大国隆正、矢野玄道、丸山作楽、権田直助、福羽美静らの平田派国学者らが王政復古や明治時代初頭の神祇政策の形成の担い手となった。