これら、運搬・降下など自然営力で形成された層（自然堆積層）や有機質土壌で形成された層（古土壌）のほか、さらに人類が整地などの目的で外部から持ち込んだ搬入土の層（客土層）・貝塚の貝層に代表されるゴミの堆積層（廃棄物集積層）・水田や畑など下層を耕すことで形成された層（作土層）などのいわゆる人為層が、繰り返し堆積して形成された、ある土地（あるいはある遺跡の調査区内）を構成する基本的な堆積土層を「基本土層」といい、その堆積順序（層序）を「基本層序」という。
遺跡の形成.
人類が過去のある時期に活動した土地では、当時使われた土器や石器・木器・金属器などの遺物が、上述の基本土層の形成に伴って土層中に埋没していくが、これら遺物を包含する土層は遺物包含層（または文化層）と呼ばれている。
またこれと同じ土地で、人類が過去のある時代に建築した建物（竪穴建物・掘立柱建物・柱穴等）やその他の土木施設（落とし穴などの土坑・城の堀などの溝・井戸など）は、その当時の地表面（生活面）から地中へ掘り込まれた「穴」であり、それらが役目を終え放棄された後は、内部に土砂・土壌が堆積・充填し、さらに上部を新たな堆積土が覆うことで土層中に埋没していく。これらが考古学における遺構と呼ばれるものである。これら、基本土層中に形成された遺物包含層と、土層中に掘り込まれた遺構からなる人類活動の痕跡が、今日遺跡（周知の埋蔵文化財包蔵地）と呼ばれているものである。
なお上記では、遺構の例として竪穴建物や溝など、当時の地表面への掘り込み（掘削）を行うものを挙げたが、古墳その他の塚・城の土塁・竪穴建物の周堤など、当時の地表面に盛土した構造物も遺構である。
また、水田や畑を耕すことで形成された作土は、面的な広がりを持ち遺跡地内の基本土層に組み込まれるが、畔や畝などを持つため遺構としても扱われる。
遺構面の検出.
発掘調査は、調査区を設定した範囲で、表土と呼ばれる現地表面直下の最上位の土壌や、現代の整地層・作土層を重機（バックホー）で除去し、下の基本土層（遺物包含層）を面的に表出させる工程から開始される。