開局時は「日本文化の向上を図るとともに、真善美の理想と正義、人道を基調とした健全な民主主義思想の普及、国家の興隆と民族の繁栄に資する」と理念を掲げた。しかし、実権を握っていた聖パウロ修道会のパウロ・マルセリーノ司祭による独善的な運営や、開局の際にNHKからレッドパージされた職員を大量採用したことで労働争議が頻発し、おまけに宗教色に対する周囲からの警戒感や、娯楽番組の少なさによる聴取率の低迷、小出力による放送地域の狭さ、営利を重視しなかったことなどから、経営状態が悪化して代表者が頻繁に入れ替わったり、「共産圏の日本向け放送ではないか」と言われるほどに放送内容が偏向し、「左傾・反米化していた日本労働組合総評議会（総評）に乗っ取られる」などとする噂もあった。
これに危機感を抱いた財界は旺文社、講談社等の出版社や各界企業と協力して対抗策を講じる事にした結果、聖パウロ修道会と聖パウロ女子修道会は局運営からの撤退を余儀なくされ、財団法人日本文化放送協会は解散した。ただし、聖パウロ修道会は当時の社屋や送信所等設備に出資したということで見合いの株式を交付され、現在では文化放送の筆頭株主になっており、役員を一名送り込んでいる。
文化放送は財団法人時代から数回ほどテレビ放送の免許を申請しているが、周波数が足りないという理由で却下されている。後にニッポン放送 との共同出資で、フジテレビの設立に参加しフジサンケイグループの一員となっている。
一方、旺文社を通じてテレビ朝日と交流していた期間が長きに亘って続いた。人気番組のCMや埼玉西武ライオンズ戦や東京国際女子マラソン → 横浜国際女子マラソン → さいたま国際マラソン 中継などのスポーツ中継を始め、テレビ朝日アナウンサーが番組をコラボとしてゲスト出演し、文化放送とテレビ朝日が連携しているケースが少なくなかった。現在も全日本大学駅伝対校選手権大会中継などで協力関係がある。
また、フジサンケイグループの統一シンボルマークである「目玉マーク」は一切用いない。
これらの事から、同じフジサンケイグループでありながら、フジ・メディア・ホールディングス直系のニッポン放送に比べ、グループからの独自色が強くなっている。かつての筆頭株主であった旺文社は株式を手放して現在は小学館が聖パウロ修道会に次ぐ出資者となっている。
放送局概要.
送信所.