一般に「殺菌」は、消毒のことを言い、効能などを表記する際、殺菌と消毒をまとめて殺菌消毒などと言われたりするなど、ほぼ同じ概念として扱われてしまっていることが多いが、専門的には異なる概念である。その他、類似する概念として、除菌、抗菌などもあるが、これらも微生物学や医学、食品科学の分野において、意味が異なる概念である。この項目ではこの概念の違いにつき解説する。また、抗生物質の作用機序を表す言葉として殺菌や静菌という用語を用いることがある。市販の洗剤や消臭剤などにおいて、「殺菌」、「除菌」、「抗菌」を謳った製品が存在するが、滅菌のような完全な効果は保証されていない（商品の説明欄に「全ての菌・ウイルスに効果があるわけではありません」などと書かれているのはそのため）。
専門的な概念.
具体量が定義されているのは「滅菌」のみである。
滅菌.
本記事で扱う殺菌、消毒、除菌、等の用語の中で、滅菌がもっとも厳重な方法であり、その用途は限定される。手洗いの際「ヒトの手指を消毒する」ことはできるが、ヒトの手指を滅菌しようとすれば、手指の細胞ごと全部殺すことになり、手指の滅菌は事実上不可能である。
また、対象物をたとえ滅菌できても、一般的な外気に触れれば、再び菌が繁殖することになる。例えばカビの除去で、カビを滅菌した状態（俗に言う「カビの根」が残らない状態）にしたとしても、空気中に漂う胞子が再着落すれば、カビが再び増殖することになる。
殺菌.
消毒.
その他の概念.
以下は学術的な専門用語としてはあまり使われず、より噛み砕いた、あるいは曖昧な意味で用いられることがある。
除菌.
除菌は、対象物から菌を除いて減らすことである。手を水で洗うことから、ろ過などにより菌を取り除くなど、様々な程度の範囲がある。対象や程度を含まない概念である。
抗菌.
防カビ.
殺菌や除菌に用いる次亜塩素酸ナトリウムや消毒用エタノールは、直ちに殺菌効果がなくなるため、塗布しても継続的な防カビ効果は無い。
殺菌と相対する概念.
静菌.
方法による分類.
この項目では、殺菌の方法について解説する。ただし、消毒法・滅菌法などが混在して書かれているので注意が必要。上述したように殺菌と消毒は意味合いが異なるため、消毒法に限定した方法は消毒剤に別記している。該当項目を参照のこと。