赤い熱線は、特技監督の川北紘一と合成担当の小野寺浩が「最後だから今までと異なることをしよう」と決めたものであったが、試写会までは他の関係者には見せず秘匿していた。小野寺は、試写で東宝プロデューサーの田中友幸に謝罪することとなったが、それよりも試写で赤い熱線を観て関係者が驚きの声を挙げたことの方が印象に残っていると述べている。
戦闘シーンでは、爪で引き裂いたり、切断技を受けて流血したりするなど、従来のVSシリーズでのゴジラよりも泥臭い演出を行っている。脚本では、ゴジラの尾が千切られるという描写も存在した。
平成VSシリーズではゴジラを海外の都市に出現させなかったが、本作品では香港に出現している。ゴジラが香港に出現した理由について川北は、核エネルギーを求めて中国大陸へ行くのが自然だと述べている。富山は、ゴジラを海外に出すことで日本を中心とした物語が曖昧になるのではないかと危惧していたが、どうしてもという要望を受けて最後なのでやってみようと決断した。
脚本では、ゴジラが上陸する前にジュニアがデストロイアに倒されるという展開であったが、怪獣側のドラマの山場を設けるため、クランクイン後にゴジラとジュニアが邂逅する展開に改められた。このシーンではゴジラがジュニアに自身のエネルギーを渡そうとする描写があるが、劇中では特に説明はなく、川北は理解を観客に託したと述べている。
ゴジラが死ぬ描写は、メルトダウンによって自ら崩壊していくことで尊厳死や自然死のような扱いとし、観客の悲しみを誘うことを意図している。川北は、骨をはっきり見せることを嫌ったが、明確な描写がなければ観客は納得しないと考え、部分的に表皮が溶けて骨が見えるという描写にした。脚本では、デストロイアを抱きかかえてメルトダウンするという描写であったが、流れの邪魔になるためデストロイアとの最後の戦い自体がカットされた。
本来、核爆発と炉心融解は別の概念であるが、脚本を手掛けた大森一樹はそれを承知のうえでストーリーを優先し、飛躍した展開にしたと述べている。
ゴジラザウルス.