日本軍は、残存する松型駆逐艦・睦月型駆逐艦・第一号型輸送艦・第百一号型輸送艦・駆潜艇を主力として多号作戦を続行した。投入可能輸送船はマニラ空襲ですべて沈没し、駆逐艦・輸送艦・機動艇・大発動艇・海上トラックしか手段がなくなっていたのである。この事態に、陸軍潜水艦まるゆもレイテ輸送作戦に投入された。海軍側の甲標的（特殊潜航艇）も、少数艇が偵察や襲撃をつづけた。
同時期のアメリカ海軍機動部隊も長期間の行動による疲労と、日本軍特別攻撃隊（陸軍機・海軍機）による損害に悩まされており、補給と休養のために後退する。連合軍は航空攻撃と共に魚雷艇や水雷戦隊を投入し、日本軍を迎撃した。
背景.
台湾沖航空戦以前、日本陸軍はフィリピン方面の決戦において、地上決戦はルソン島で、中央・南部方面（レイテ島・ミンダナオ島）では航空攻撃を行う方針であった。だが台湾沖航空戦で日本海軍が主張する大戦果（誤認）にもとづき、大本営陸軍部はレイテ島地上決戦に踏み切る。
戦局を楽観視していた南方軍も、大本営の意向によりレイテ増援の方針に転換する。
梅津参謀総長の上奏に対し、昭和天皇は「地上戦で敵を撃滅しなければ勝ったことにならない。今一息であるから第一線（部隊）を激励せよ」と指導した。
以上の基本命令により、南西方面艦隊司令長官三川軍一中将は南方軍と協同。航空作戦を第一連合基地航空部隊（指揮官：福留繁中将、次席指揮官兼参謀長：大西瀧治郎中将）、レイテ増援陸軍部隊の護衛を第二遊撃部隊（指揮官：志摩清英第五艦隊司令長官、旗艦：那智）、一連の作戦支援を潜水艦部隊（指揮官：三輪茂義中将）と第一遊撃部隊（指揮官：栗田健男第二艦隊司令長官、旗艦：大和）が担当する。
作戦経過.
太字の艦船名は作戦中の喪失を表す。
多号作戦以前.
三川中将の報告に対し、連合艦隊司令部は第二遊撃部隊を三川中将（南西方面艦隊）の指揮下で作戦に従事させる旨を伝えた。
左近允中将直率の各艦は「第二遊撃部隊警戒部隊」と呼ばれていたが、兵力は分散していた。
多号作戦正式発動.
南西方面艦隊長官の交代と輸送計画.
同日、軍令部次長伊藤整一中将、軍令部第一課長山本親雄少将、航空担当源田実大佐はクラーク基地に到着し、現地部隊と打ち合わせをおこなった。
マニラ湾では、第五艦隊旗艦（第二遊撃部隊旗艦）那智が沈没する。多号作戦従事中の駆逐艦曙・沖波が損傷した。