明治政府は憲法制定過程で軍政大権と軍令大権をどこまで具体化するか腐心していたとされる。「軍政」は軍隊の構成や給与など行政にあたる軍隊の維持管理、「軍令」は特に戦争における作戦の指導など軍隊の運用を指す。
一方、明治憲法下で天皇の権能は特に規定がなければ国務大臣が輔弼することとなっていたが、慣習的に軍令（作戦・用兵に関する統帥事務）については国務大臣ではなく、統帥部（陸軍：参謀総長。海軍：軍令部総長）が補翼することとなっていった。
この軍令と国務大臣が輔弼するところの軍政の範囲についての争いが原因でのちに統帥権干犯問題が発生した。
統帥権独立の考えが生まれた源流としては、当時の指導者（元勲・藩閥）が、政治家が統帥権をも握ることにより幕府政治が再興される可能性や、政党政治で軍が党利党略に利用される可能性をおそれたこと、元勲・藩閥が政治・軍事両面を掌握して軍令と軍政の統合的運用を可能にしていたことから、後世に統帥権独立をめぐって起きたような問題が顕在化しなかったこと、南北朝時代に楠木正成が軍事に無知な公家によって作戦を退けられて湊川の戦いで戦死し、南朝の衰退につながった逸話が広く知られていたことなどがあげられる。
明治期〜大正期.
日清戦争.
日清戦争の指導は、政治主導であった。明治天皇の特旨により、本来ならメンバーでない伊藤博文総理が大本営に列席し、軍事作戦に目を出すことさえあった。政治が軍事をリードできた要因として、第一に統帥権独立の制度を作った当事者達であったため、同制度の目的と限界を知っており、実情に合わないケースで柔軟に対処できたことが挙げられる。第二の要因として、指導者層の性格が挙げられる。指導者の多くは、政治と軍事が未分化の江戸時代に生まれ育った武士出身であり、明治維新後それぞれの個性と偶然などにより、政治と軍事に進路が分かれた。したがって、政治指導者は軍事に、軍事指導者は政治に一定の見識をもっており、また両者は国際環境の状況認識がほぼ一致するとともに、政治の優位を自明としていた（陸軍士官学校・海軍兵学校卒の専門職意識をもつエリート軍人が軍事指導者にまで上りつめていない時代）。関連して藩閥の存在も挙げられ、軍事に対する「政治の優位」イコール「藩閥の優位」でもあった。
日露戦争.