しかし、『温古之栞』などの伝説は美談として、後世にまとめたものであって、真木（槇）氏は、江戸時代初期当時では、死罪もあり得る「当主出奔」によって、厳しい減石処分を受けたが、その筋目と由緒から、特権的家臣として残さざるを得なかったともいえる。
江戸時代中期になると、長岡家臣の真木氏は、たび重なる不祥事により、名跡こそ残してはいたが、没落していた。明治初期に士族の教会との異名を持つ信州上田教会(現、日本キリスト教団上田教会)指導者の1人となり、小諸でも布教活動を行ったことで知られる真木重遠（日本キリスト教大辞典に収載）は、この家系の出自であり、旧小諸藩士ではなく、旧長岡藩士であった。その一方で槇氏は、長岡で先法家と呼ばれた特権的地位を、廃藩まで保持した。
元禄年間、長岡重臣（先法家）の槇勘左衛門重全が、天然痘となり重篤となったため、かわりに庶系の槇権左衛門が奉公した。槇勘左衛門重全は奇跡的に回復して、実子を儲けた。ほぼ同じころ与板侯牧野氏は、小諸城主に栄転となったが、このときの家老に真木六郎兵衛が見える。
木俣氏から養子入りした真木九馬衛門則孝は、奏者格の格式で物頭職に班を進めた。養子の則孝は、婿養子ではなく亡き真木則直の妻子と対立を深め、嘉永年間ごろより家内騒動になり、ついに則直の女子は出奔・家出をして捕まると自害したとされる。ここに真木九馬衛門則孝は、藩内・家中を騒がせ家内不取締まりを責められて懲戒処分を受け、謹慎となり、奏者格・奏者職に格下げとなった。
真木力太等が、信濃国松代藩（藩主・真田氏）宛に、「藩主遠江守が（小諸騒動による）謹慎を解かれたので、小諸藩江戸藩邸に（松代藩主におかれては）来遊されたい」旨、打診した書簡が現存（独立行政法人国文学館資料館所蔵、松代藩真田家文書）。
稲垣氏.
この分家となる稲垣平助家は、長岡藩牧野氏の家老首座連綿となり、その分家の稲垣太郎左衛門家も、家老職に抜擢され、後に家老連綿の家柄となった。このほか稲垣氏には支族が長岡藩内にあり、本藩の御家中において、最大の門閥勢力である。
小諸家臣稲垣氏の家系図、由緒書は、詳細なものが藩に提出されていたものとみられるが、公開されている古文書・目録等には、簡約なものしか収載がないため、小諸藩文書などの記事を寄せ集めると次のような家系・由緒であったことがわかる。