信長の二条御所の包囲について、久野雅司は信長が義昭の挙兵を幕府と武田氏との外交を担当していた御供衆の上野秀政が唆したものと考えて、その排除を要求したもので、義昭と共に籠城していた秀政が信長に謝罪をしたことより、これ以上の攻撃を行う理由を失ったとしている。この秀政は義昭の「出頭第一」の「寵臣」と評価されると共に、早くから信長の排除を主張して、比叡山焼き討ちの際には義昭の御前で信長を擁護する細川藤孝と論争におよんだと伝えられている（『細川家記』）。
上京焼き討ち
経過.
「彼ら（京の市民）は、彼（織田信長）が公方様（足利義昭）を討伐するために軍勢を召集していると聞くや否や、急遽、わずかの地所を隔てていた上京、ならびに下京から立ち去った。一里にわたる市街の混乱や動揺する情景を眺めるのは恐ろしいことであった。すなわち、日夜見るものすべては混乱以外の何ものでもなく、人々は家財を引き、婦女子や老人は都に近接した村落に逃れ、あるいは子供たちの手を引き、腕に抱いて、どこへ行くべきか途方に暮れ、泣きながら市中を彷徨するのであった」
フロイスは焼き討ちの光景について、下記のように記している。
とはいえ、この焼き討ちは義昭に圧力をかけることを目的としていたため、火の手は「武衛陣（二条御所）の御城の堀際まで」でとどまっている。また、内裏や相国寺などにも火の手は回っていない。
「町人・地下人」殺害の具体的な例としては、以下に詳しく記されている。『年代記抄節』では、信長の軍勢が「京都辺土」で殺戮を繰り広げ、「取り物ども山のごとくなり」と記されており、乱妨狼藉によって殺害されたことがわかる。『日本耶蘇会年報』では、「美濃・尾張の兵士」が「上の都」（上京）の人々を捕らえ、「小児」まで殺害したと記している。
また、避難した市民の中には、川で溺死する者も多かった。
東光寺光明過去帳では、「上下の人びとの道俗・男女・子供」が逃げるさなか、信長の軍勢に追いやれ、「大井川や桂川の川流れ」で「打ち死に」した、と記されている。『日本耶蘇会年報』では、「捕えられことを恐るるのあまり、水流のはげしくて深きをわすれ、川に入りて足の立たざるところまですすみ、たちまち水に流され、漁夫が魚を取らうるために設けた柵にかかりて死んだ」と記されている。