イラク戦争における自衛隊派遣に反対した。小泉純一郎内閣に対して「過度のポピュリズムが目立ち、危険だ」と批判した。また、小泉内閣のスローガンでもあった、「官から民へ」について、「利潤を美徳とする民間企業が引き受けられる限度を明示せずに、官から民へは乱暴である」と発言した。また、小泉政権への牽制役として期待をかけていた野中広務が政界引退を表明したときには、自ら出向いて「日本にとって今が一番重要なときなんだ。恥をかかすことになるけれども『後藤田が止めた』と言って、あと三年頑張ってくれ」と頭を下げた。
佐々の著書によると、引退後も後藤田は現職の首相をはじめとする政権中枢に安全保障にかかわる問題や災害対応についてアドバイスを与えていた。また、佐々などかつての部下を総理大臣官邸に送って、処理の補助を行わせていたという。
引退後の後藤田は、しばしば右派勢力から「ハト派」「親中派」と目され、身辺での威圧や嫌がらせを受けていた。後藤田は病弱な妻を気遣っていたが、松子夫人はむしろ「もう遠慮することも失うこともないはず。言いたいことをどんどん言って下さい」などと後藤田に勧めていた。
政界のご意見番的な立場でTBSの『時事放談』に出演していたこともある。
折しも自民党が地滑り的勝利を収めた郵政選挙の直後であり、自らが完遂できなかった政治改革と政治の行く末についての憂慮を残しながら迎えた最期であった。後藤田は当時小泉政権が進めていた「政治主導の意志決定システム」の構築に警鐘を鳴らし続けていたが、訃報に接した小泉からは「後藤田正晴先生は、副総理、内閣官房長官、法務大臣、自治大臣など政府の要職を歴任され、永きにわたり戦後の日本政治を担ってこられました。この間、後藤田正晴先生は、日本の議会政治の活性化のために、一貫して政治改革に取り組んでこられました。平和を愛し、常に国民のために働いてこられた偉大な政治家のご逝去の報に接し、心より哀悼の意を表します」とのコメントが出された。
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