秀吉のバテレン追放令や書簡はキリスト教に対抗して、吉田神道の宇宙起源説を引用するなど、神国思想を意識的に構築しており、家康もその基本路線を踏襲している。秀吉の書簡や家康の禁教令はキリスト教を、統一された日本の宗教（儒教、神道、仏教の三教一致）の敵であると名指しで批判して、禁教令の正当性を示そうとしており、秀吉と江戸幕府の宗教政策には禁教令の観点から継続性が見られる。
豊臣秀吉による禁教令.
秀吉が禁教令を発令した目的には諸説あり、「外交権、貿易権を自身に集中させ国家としての統制を図るため」「九州で日本人の奴隷売買が行われていると知り、それを禁止させるため」「」などがある。ヨーロッパは日本の植民地化をもくろんでいて、キリスト教はその尖兵の役を果たし、その意図に気づいたため、秀吉はキリシタンの禁圧に乗り出した、との説明があるが、この説には無理があり、この時期に日本に盛んに来航していたポルトガル、スペインは実は国力が乏しく、日本のように抵抗力のある国を植民地化するなど、とても不可能であるという指摘がある。
バテレン追放令は日本で最初の国策としてのキリスト教への制限ではあるが、、また形式的なものであったことに注意が必要である。
この禁教令が発令された理由についてはよく「サン＝フェリペ号事件」が挙げられる。巨額の積荷を没収されたサン＝フェリペ号の一人の船員が憤り、宣教師はスペインが領土征服のための尖兵であると積荷を没収された腹いせに発言したことで、秀吉がキリスト教を警戒したためという説がある。豊臣政権はアジアにおけるスペインの脆弱な戦力を正確に把握しており、スペイン人船員の口から出任せの発言を高度な情報分析能力のあった奉行とその報告を受けた秀吉が宣教師脅威論を真に受けたかについての結論は出ておらず、それどころかフィリピン侵略に乗り気であった。
江戸幕府による禁教令.
禁教令発布まで.
しかし、幕府の支配体制に組み込まれることを拒否し、かつ活動は活発化していったキリスト教に対して幕府は次第に態度を硬化させていった（日本の情勢に詳しかった古参のイエズス会は秀吉の時代の時と同様に慎重な対応を求めたが、新参の修道会には受け入れられなかった）。日本との貿易権を狙うイギリスやオランダの忠告や、神仏勢力の抵抗活動もあった。
この事件をきっかけとして幕府はキリスト教の禁止を行い始める。