また、自衛兵器や兵器開発研究の試作品という建前で独自の軍事力を有している（詳細は後述を参照）。必要とあらば他国への軍事介入も辞さず、第三次世界大戦では防衛を大義名分に掲げてロシア本土への侵攻も行うなど、しばしば行きすぎた行動を取る。ただし、国際的には潔白なイメージを常に保つ。
魔術サイドとの外交についてはとある魔術の禁書目録#用語・世界観を参照すること。
治安維持・司法.
学園都市の科学技術や能力開発等の情報は極秘機密に当たるため、警備体制は非常に厳重である。基本的に都市内外は自由に出入りできず、内部の学生でも外出許可を受け取るには申請書類や発信機付きナノデバイスの注射など様々な条件が必要であり、外部の人間は厳重な審査を通った関係業者や学生の肉親にしか許可証が発行されない。
さらに前述の通り学園都市外周は高い壁で囲まれ、外壁上部は常に警備ロボットが巡回し、内部も人工衛星や監視カメラなどによって監視されている。ただし、科学的なセキュリティは万全だが魔術には無防備という弱点があり、作中ではしばしば魔術師の極秘潜入や強行突破を許している。
能力を利用した犯罪行為などが行われたり、一部の過激なスキルアウトが凶暴な犯罪を起こしたりする事が多い。発生する犯罪の大半が少年犯罪なので、治安を維持する側もそれに適した装備を開発・配備していく。なお、暗部では非合法な活動が横行しているが、これらは厳重に秘匿され表向きの治安上には存在しない。上層部からの圧力によって警備員が関知出来ないようになっている事もある。
一方、学園都市が何らかの災害に見舞われた場合は、「営巣部隊（ユースフルスパイダー）」がその後の復旧に当たる。
風紀委員（ジャッジメント）.
能力者の子供たちによる学園都市の治安維持機関。原則として校内を管轄とする。隊員は盾のマークがある腕章を付けている。
セキュリティランクの高い「書庫」のデータへのアクセス権や、「書庫」の管理センターへの入室許可などの権限も与えられるほか、抽選なしで裁判の傍聴に参加できる「特別学習枠」という制度が設けられている。