機能においても、細胞が代謝、刺激への反応、成長といった生物に独特の性質を細胞が持つとする。生殖に関しては、最初の細胞説が問題であった部分であるが、その後に細胞分裂が細胞の増殖法として認められたことで、やはり細胞がその性質を持つとの認識に至った。
構造の面では、細胞内部の構造も問題になる。細胞説の成立の頃は、まだ顕微鏡も性能がよくなく、せいぜい核と核小体が広く知られるくらいであったが、これが様々な細胞に、また動物にも植物にも見られたことが、それらを同じ「細胞」なるものと見なす大きな根拠となった。この当時は、たとえば植物細胞と動物細胞では細胞膜の厚みが極端に異なること（植物の細胞壁が細胞膜と考えられていたため）などから難色を示す考えもあった。しかし、研究が進むにつれてむしろ共通性が確認されたことはあるが、異質性が強いことが重視されたことはない。研究に電子顕微鏡が使われるようになって、この点はさらに強まった。
これらのことは、外見では大きく異なる動物や植物の違いも、細胞のレベルまで下るとその差が大きくないことを意味する。これはまた、特定のモデル生物を使っての細胞以下のレベルでの研究が、より広い生物に適用できる一般性を持つことの裏付けでもある。
なお、実際には生物における細胞のあり方は様々である。また原核生物が発見されたことで細胞への見方は大きく変化した。そのような例は数少なくない。しかしそれらは細胞の概念をより一般化することを助けたとも言える。
前史.
また、発生学の分野では、卵割が観察され、これは細胞の概念に影響を与えた。ただし発生学自体は細胞を見いだすことなく、むしろ細胞説の成立によって大きく進み始める。
細胞説の成立へ.
シュライデンによると、細胞は植物の体の構成要素であるが、それだけではなく、核小体を含む核を（少なくとも若い間は）そなえ、成長し、それ自体が小さな生命体である。シュワンも、シュライデンの細胞観をほぼ踏襲している。ただし、細胞の起源については、二人とも現在とは異なる説明をしている。シュライデンは元の細胞の中で、核を中心として小体ができ、これが新しい細胞の元、細胞芽となるとしている。シュワンは、むしろ細胞間物質から細胞が作られるのだと述べている。いずれにせよ、この細胞の起源の説明は、彼らの細胞説の大きな部分であり、この点ではどちらも変ではある。