その後、教育委員会制度について政策レベルで現在につながる改革論議が公になされたのは臨時教育審議会（臨教審）だった。
その上で、改革の方向性として、
について提言している。
翌年には臨教審の流れを受けて「教育委員会の活性化に関する調査研究協力者会議」が発足し、教育委員会活性化方策が検討された。その内容は、
の柱に沿って地方教育行政制度の見直しに当たっての論点を整理した。
を行った。これにより、教育委員会の裁量で少人数学級の編成が可能になったり、教育長の選任は首長が任命した教育委員の中から行うようになったりした。
しかしながら、福岡中2いじめ自殺事件をめぐる教育委員会対応に対する世論の批判の高まりを受け、教育再生会議（のち教育再生実行会議）において、機能の強化を図ることが検討されている。また各地の学校でのいじめが報道される度に、教育委員会対応や制度全体に対する批判が起きている。
教育委員会制度改革の動向.
教育委員会制度は以前からその形骸化が指摘され、活性化論と廃止・縮小論が展開されてきた。ここではその動向について述べる。
経済界・首長からの廃止・解体論.
教育ジャーナリストの中井浩一は、「教育界全体にあっては、改革にもっとも熱心なのは文科省」で、「市町村教育委員会の独自性を押さえ込んでいるのは都道府県教育委員会である」と指摘する。「その理由に挙げられるのが『全県一律』、『教育の機会均等の原則』、『地域格差をなくす』」というものである。しかし、『教育委員会の真実』の著者である角田裕育は、文科省をはじめ中央政界・官庁が教育委員会を中央集権に利用し、地方分権改革を阻んできたと指摘している。
行政学者の教育委員会制度廃止・縮小論.
第一の教育委員会活性化モデルとは、「従来の文部省統制の緩和を目指しつつも、制度の根幹には改革の手を加えず、むしろ、教育委員会の専門性を高め、自治体内部における教育委員会のプレゼンスを拡大することを指向」する。後述するように教育行政職・教職関係者を重用することで教育委員会の専門性を高めようとするもので、文部省のみならず教育学界や教職員関係者からも支持を得ている。