本作のストーリーがタイムトラベルとなったのは鳥山が「長いスパンの歴史を描きたいと言う思いがあり、また前作のストーリーから続いている物語だと分からないようにしたかったため、いきなり違う時代の物語を描く事が出来るタイムトラベル物にしたい。」という思いを持っていたためであり、この事を聞かされた北瀬は「ゲームのボリュームが肥大化し過ぎたり物語の整合性がとれなくなったりするのではないかという懸念もあったが鳥山の中に既に物語の構造があったため様子を見る事にした」と語っている。ストーリーの内容は「他のタイムトラベル物とは違う要素を取り入れたかったので普通のタイムトラベルとは逆の要素を組み込んだ他、各地の謎を追う一話完結式のミステリーの様な構造にする事で前作を知らない人にも楽しめる物になる。」という思いから作られている。
ストーリー以外の要素では前作ではフィールドでの遊び要素が足りなかったのと逃亡劇という事から町の人たちと接する機会があまりなかったという点を反省し、トレジャーボックスやフラグメント、時の迷宮といった探索要素が組み込まれ、街の人たちとの会話にもかなりの力が入れられている。
バトルシステムは前作で完成した部分から更にもう一歩をどう踏み出すかに試行錯誤し、最終的に「仲間モンスターへの深い愛着を持たせていく」という方針の元でモンスターを仲間にするシステムが採用され、更に愛着を深めてもらうためにシンクロドライブやアビリティの継承、デコレーションや成長要素等が組み込まれた。
前作と異なり本作は開発初期から様々なアドバイザーを配置し、意見をフィードバックして開発されている。これは前作でアドバイザーから意見を募ったのが開発終盤であり、意見のフィードバックが十分にできなかったのを反省しての事である。また、「現在人気を集めているソーシャルゲームが人気の理由はある程度の完成度に達した時点でユーザーにプレイしてもらい、その意見を反映していく事にあると思うので自分たちもそうするべきだ。」という考えからスケジュールにユーザーテストが組み込まれており、バトルシステム等にユーザーテストの意見が反映されている。
ダウンロードコンテンツ.