どのような生物でも生殖は行われるので、そのための仕組みが存在するが、体細胞がそのまま生殖の役割を果たす場合、特に呼び変えることは少ない。多細胞生物では、特定の部位が生殖のために分化する場合にはこれを生殖器、あるいは生殖器官と呼ぶ。特に有性生殖に関わる部分をこう呼ぶ場合が多い。動物の場合、生殖細胞を形成する部分を生殖巣（せいしょくそう）という言い方をする場合もある。また、ほ乳類では生殖巣は内分泌腺の能力も持っているので、生殖腺ともいう。生殖細胞を形成する部分の周囲に、その役割を助ける構造が発達する場合、これも生殖器に含める。
形成される配偶子の大きさに差がある場合には、大きい方を形成する構造を雌性生殖器（しせいせいしょくき）、小さい方を形成する方を雄性生殖器（ゆうせいせいしょくき）と呼ぶ。動物のように卵と精子を形成する場合には、卵を形成する側が雌性、精子を形成する側が雄性である。これは個体の雌雄とは無関係である。
生殖器は有性生殖を可能にするための器官であることから、種内ではその形質は安定している。他方、生殖に関するしくみは一般的に通常の生活には利用しない部分であるから、その生物の生活活動での自然選択を受けにくいと考えられる。そのため、その構造は基本的には変化しにくい。高等植物で、花の構造や雌しべの内部構造などが重要な分類上の特徴とされるのは、ここに理由がある。その意味では、リンネが雄しべの数などを用いて分類したのも、見当はずれではない。
それと同時に、種ごとの特異性を示しやすい。特に、昆虫など外骨格の発達した動物ではその部分がキチン質でできており、しかも雌雄の生殖器がうまくかみ合う形になっている。種が異なると細部の構造が異なるので、交尾が成立しないようになっており、種間交雑を妨げる物理的な障壁として働く。各分類群の分類で、種の区別にこの部分を利用する例は多い。
このような部分は、環境との関連が薄く、つまり適応的には無意味である上、鍵と鍵穴のごとく、互いにかみ合わなければ機能として成立せず、しかも生殖に直接にかかわる。それだけに、種分化と大きくかかわることになるとも言われる。
動物の場合（一般論）.
体節制の発達した動物では、体節ごとに生殖器を有する例もある。特に環形動物ではその例が多い。