SNES（スーパーファミコンの海外版）版は最終決戦のステージが省かれた仕様となっている。
システム.
基本的な進行は、スイッチを踏むことによりどこかで鉄格子や石扉が上がり、その扉が落ちるまでの間に通り抜けることによって先に進む形になる。今作では通り抜け損ねると、扉に挟まって死亡するトラップにもなっている。大抵ひとつだけゴールを開けるスイッチがあり、一部の例外的な面を除きそのスイッチを踏んでゴールをくぐることによってクリアする。
罠は複数存在する。上に乗ると落ちる床板（崩れるか回転する板）や、踏むと扉が即座に落下するスイッチ、踏むとダーツが飛んでくるスイッチ、横から飛び出てくる針、ブレード（左右に移動する刃）、プレス（ブロックで押し潰す罠。大抵はデストラップの場所にあるが、脱出可能の場所にも設置されている）、マグマ、飲むと体力の減るクスリ、画面が上下反転するクスリが存在する。ダーツに当たるとダメージを受ける。針にさされたりブレードに切られたり、プレスや落ちる扉に押しつぶされたりマグマにはまったりすると即死である。本作のギロチンの代わりとなるブレードは横向けに刃が動くもので、しゃがんでうつ伏せに寝ころび、ほふく前進することにより回避する(狭い抜け穴を通るのにも使われるが、剣を抜く事はできないので、コブラと鉢合わせになったらまず助からない)。壁面にスリットが刻まれているのでそこからブレードが出現する。
逆にお助けアイテムも存在し、飲むとライフが回復するクスリや、ライフが全回復した上に最大値も増えるクスリが存在する。ただ、貴重なクスリは罠に囲まれていて、取るのが非常に難しいのが特徴である。なおかつ、落ちるブロックの真下にあるものは落とすと割れてしまい、無駄になってしまう。
敵は数種類存在する。場面ごとに異なった種類の敵が登場する。そして、今作では複数の敵が一度に襲いかかることもある。左右から挟み撃ちにされると、とたんに苦戦を強いられる。
前作ではプリンスの妨害をしたり、手助けをしたりしたシャドーも今作に登場する。今作では、あるコマンドを使用するとシャドーに変身できる（説明書にあり）。ジャファーに唯一通用するシャドーフレイムを使用できる。罠は通用せず敵の攻撃を受けないが、フレイムを使う度にライフの最大値を失う。