盟友の荒尾が中国に渡り活動を始めたことから大陸行の希望を強めるも、その希望ははたせず、東京砲兵連隊・仙台砲兵連隊・参謀本部に勤務した。その一方で、一般人や陸軍幼年学校・陸軍士官学校有志学生に経書を講じ、また中国について論議をもつなど、軍エリートが一様にヨーロッパ志向であった当時にあって中国重視の姿勢が一貫していた異色の人物であった。
荒尾精による上海の日清貿易研究所に予備役として参加することが許可され大陸に渡ると、同所資金調達のために不在が多かった荒尾に代って実質的な所長として同所の運営、教育活動にあった。この日清貿易研究所時代、根津は『清国通商綜覧』を編纂刊行している。これは先に荒尾精などによる中国実地調査を資料として編まれた中国についての百科事典であり、中国といえば古典のイメージが強く同時代の知識に乏しかった当時の日本において、生の中国を伝える高い価値を持つものであった。
日清貿易研究所は資金難と日清戦争前夜の不穏な状況のもとに閉鎖を余儀なくされる。軍の復帰要請を断り、京都に隠棲し禅学に傾倒する生活に入ったものの、日清戦争開戦にあたって乞われ軍務に復帰する。根津は上海へ密航し諜報活動を行い開戦後に日本に帰還、その際、広島の大本営での御前会議に列席し「根津大尉の長奏上」と伝えられる情勢報告と作戦意見を奏上した。その後の日清戦争の実戦に従軍し功績を挙げた後軍籍を脱け、再び京都での生活に戻る。
しかし、その能力への評価や中国通としての経歴から東亜同文会会長近衛篤麿の招請を受け、同会が上海に設立した東亜同文書院院長に就任し、同校の基礎から拡大発展に当たった。
根津は東亜同文書院において、岸田吟香の流れを汲む荒尾の日清貿易研究所「貿易富国」（日中が友好的に経済的発展をすることによってアジアの平和秩序を築く）を実現する商業活動の即戦力養成としての性格、すなわちビジネス・スクールとしての教育方針を継承する一方、自身の特徴を同校教育の根幹に取り入れている。根津は入学式で次のように述べたという。
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