大坂で友人の山崎烝と再会、山崎は、侍になりたい佐々木愛次郎とともに新選組に入るため、京都にやってくる。佐々木は八百屋の娘あぐりと愛し合うようになるが、仙吉は侍になりたい佐々木に危惧を感じ、二人の交際に反対、「あぐりちゃん、わいはな、お前のため、おりん仲良くしてくれた、お前にはなあ、死んだわいのお母さんと同じ、悲しいめになるような・・・・・。侍はいかん。佐々木はん、あんた、新選組に賭けなはったのやろ。それで、女幸せに・・・・」と諭すが、あぐりは「女の気持ち、小鉄さん、知らん」と言い放たれる。周囲の企てで屋根の上らされた高所恐怖症の仙吉は、二人の仲を認めざるを得なくなる。
激動の幕末、京都では、天誅が横行。これを鎮圧するため、会津藩主・松平容保が上洛。会津藩の御用を預かった仙吉は、家老・田中土佐によって、新選組局長の近藤勇と会う。佐々木を脱退させてほしいと頼むが、「これからは人だよ」と近藤に断られる。が、二人の心は、同じ「虎徹」を持つことから通い合う。その席へお富が芸子として現れる。仙吉は追い返そうとするが、お富は仙吉の家に居座ってしまう。
京都の市中で、佐々木とあぐりは、新選組局長の芹沢鴨一派と出くわし、あぐりを見初めた芹沢は、あぐりを妾に差し出すように命じる。隊士・佐伯亦三郎のすすめで、佐々木はあぐりと駆け落ちをはかる。
しかし、それは罠だった。佐々木とあぐりは、芹沢一派の待ち伏せに遭い、佐々木は斬殺、あぐりは自害してしまう。一足遅く駆けつけた仙吉たちは、清純なままに死んだ二人を見た近藤勇が「美しい」というと、お富は「違う。何が美しいです、おおきにです。女が一番美しいのは、好きなお方と添い遂げて、そのお方のややこ産んで・・・・育て・・・・、育て・・・・」という。仙吉は、二人の仇を討つために、芹沢を襲撃、とどめをあぐりの両親である八百屋夫婦にささせる。
岡田以蔵が盗みで引き立てられ、それにすがる情婦を仙吉は家へ送るが、いきなり切りつけられる。事情を聞くと、この女は、かつて、仙吉とおりんを襲って返り討ちにあった追いはぎの娘だった。