古典的な理解での摂関政治はまさに院政によって終焉した。古典的理解による摂関政治は母系的繋がりを持つ天皇、公卿による政治の独占で、母系の要となる者が摂政・関白となるという理解である。しかし、院政の出現により、貴族の家格というものが固定される。古典的理解での摂関政治では、幼帝の外祖父とその血縁者のみが摂政、後に関白や公卿の権利を持っていたが、院政の成立後には藤原北家頼通流にのみ摂政・関白職が世襲されることが公認される。皮肉にも摂関政治を終焉に導いた院政が「摂関家」という概念を生み出した。そして、実体としての摂関政治は、後三条・白河期に終焉を迎えていたと見るべきであろう。
その後の摂関.
その後の摂関家は、荘園領主たる権門の一角として一定の勢力を保持した。南北朝時代には正平一統破棄後の北朝再建に際し、二条良基が元関白として正統性寄与のため働いたのだ。
近世に入って豊臣秀吉が自ら関白に就任したことは摂関政治を復興させたと言えなくもない。しかし秀吉は摂関を征夷大将軍に代わる「武家の棟梁」として位置付けようとしたものであり、旧来の摂関政治の復活とは軌を一にするものではなかった。
江戸時代には江戸幕府の支援で摂関家の勢力が再興された。しかし幕府の介入によって摂関家当主による「合議制」による意思決定が義務付けられた事によって、寧ろ逆に摂関政治は否定される事になった。もっとも摂関家当主の合議が朝廷の最高意志決定機関となった事は、天皇の権威を弱める事でもあり、ある意味、摂関家の権威を高める事でもあった。また禁中並公家諸法度において、摂関の席次を親王よりも上位とした事も、摂関家の権威を高め、皇室の権威を下げる事につながった。近衛基煕のように、将軍や幕閣から政治・有職などの諮問を受けた摂関家の当主もいたが、これは近衛が朝廷内において親幕府派として振る舞った事による。もちろん摂関家が常に親幕府であった訳でなく、実際にも霊元上皇が親幕府に転じると、逆に近衛は幕府とは距離をとる方針を打ち出した事もある。ともあれ幕府としては、皇室と摂関家を分断する事によって、朝廷統制に利用してきた。