鎌倉時代末期から南北朝時代になると、僧侶による神道説に対する反動から、逆に、神こそが本地であり仏は仮の姿であるとする神本仏迹説を唱える伊勢神道や唯一神道が現れ、江戸時代には儒学の理論により両派を統合した垂加神道が誕生した。これらは神祇信仰の主流派の教義となっていき、神道としての教義確立に貢献した。
しかし、神仏習合の考え自体は明治時代の神仏分離まで衰えることなく続いている。現在、仏教の寺院の墓地における墓石と板塔婆がそれぞれ石と木で作られることを、神社における磐座と神籬の影響とする説 があるように、近現代においても日本人の精神構造に影響を及ぼしている。
天道思想.
日本の戦国時代は、歴史学上、現在の日本社会の原型が成立した最も重要な時代とみなされている。この時代の日本では、宗教や信仰も大きな隆盛をみせていた。戦国時代には、神仏習合の観念と符節を合わせるように、さらに「天道思想」が戦国武将に広がり、「天運」「天命」を司るものと認識され、仏教・儒教に日本の神道が結合した、天道思想を共通の枠組みとした「諸宗はひとつ」という日本をまとめる「一つの体系ある宗教」を形成して、大名も含めた武士層と広範な庶民の考えになり、日本人に広く深く浸透されるようになった。
この「天道」の観念は、中国から流入した儒教道徳により浸透したとされ、古くは『日本書紀』『今昔物語集』にも見ることができる。天道は『周易』『尚書』などの古代中国にあり、「自然の摂理（道理）」や「天」の人格化に伴いその意志を示す語ともなった。日本では加えて、天道は「人間の運命」を左右するものとされ、「神仏」の加護と同等とみなされ、「世俗的道徳」の遵守、「内面的倫理」を重視することで「心中の実」が天道に適うことが大切とされた。戦国武将も天道に反する行いによって罰を受けるとして、神仏への起請を破ること、世俗道徳を破ることで、天道に見放されると感じていた。織田信長、豊臣秀吉、徳川幕府も天道思想の持ち主であった。
天道思想の拡大の背景のひとつには、五山禅林を中心とした諸教一致の思潮がある。五山の禅僧は、禅学を中心としながら広く他の思想にも関心を示したが、これを保証したのが儒仏道の三教一致の思想であり、中国の禅林の思想が移入されたものであったが、日本では道教（道家思想）を神道に置き換えながら、神儒仏一致の思想として受け入れられた。