さらに正規の寄付金と簿外処理の寄付金との金額の格差についても指摘があり、ましてや一度財団に納入されて簿外処理された寄付金が帝京大学に戻されるとき、その大学への納入金を総長が知らないで事務局長だけの判断で行ったというのはあり得ないとも指摘された。
この指摘に対して工藤高等教育局長も、事務局長の独断という帝京大学からの答えを「不自然」と認め、「おっしゃいますように、私どもも、一事務局長がこのように多額の寄附金を管理し、あるいは、いわゆる帝京グループに個人の判断で配分をするということは大変不自然なことでございますし、仮にそれが事実だとしましても、そういう処理をしていたことについて、当時の経営陣の管理責任というのは大変重いものと感じているところでございます。」と返答した。
続けて文部科学省による調査の限界を工藤高等教育局長は、「私どもの立場というのは、警察等と違いまして、捜査機関でもございませんので、おのずからの限界があるところでございます。」と述べた。
さらに帝京大学の行為について、国民が求めている答えと文科省による調査結果とが乖離していることの指摘が繰り返しあり、そして文科省による調査が限界ならばどのような措置の可能性があるかについての質問があった。
それに対して当時の岸田文雄文部科学副大臣は、大学への閉鎖命令は不可能であること、大学の特定組織に対する認可取り消しなどの段階的な措置を検討することを答えた。しかし抜本的な調査や法的制裁については不可能ということであった。
これに対して工藤高等教育局長も、寄付金の事務局長一人による処理は「疑問」であることを認め、「事務局長が一人で処理した、しかも寄附者との関係が、本当にどうして事務局長にストレートに接触できるようになっているのか、先生と同様の疑問を私どもも抱いて、いろいろ追及したのでございます。」と述べた。
政治家などによる口利きと献金への関与.
この日の厚生労働委員会では、帝京大冲永総長が帝京大医学部を受験した医療法人親族の受験番号を宮路事務所に電話で問い合わせてきた事実を示すというメモがその証拠とされた。このメモは、電話応対した宮路事務所の北山秘書が書き取ったものであった。そのメモを宮路副大臣自身が会議中に読んでいたところ、メモ内容を撮影され、それが証拠として呈示されたのだった。