冷泉帝が桐壺帝の子として何番目に記述されているかということについて、公式には橋姫巻において冷泉帝が桐壺帝の第十皇子であるとされている（実際には光源氏の子である）ことなどから、多くの古系図では桐壺帝の子としては朱雀帝・光源氏・蛍兵部卿宮・宇治八の宮（同人はこの名の示す通り第八皇子である）といった人物よりも後の桐壺帝の子としては最後尾に置かれながら「即位した人物なのだからもっと前の場所に記述するべきではないか」といった主張を述べている。
本故系図に於いて最も著名な異文注記である「源三位・頭中将・巣守三位・中君」という四人の巣守関連の人物記述について、冒頭の源三位の人物注記において「以下四人流布本無し」と注記した上で以下のように記している。
なお、この記述の「流布本」については、
の二つの立場が存在する。
現行の源氏物語の本文には、夕霧の最終官位について、右大臣であった夕霧が竹河巻において昇進して左大臣になったとの記述があるにもかかわらず、それ以後の巻においてその後降格するという記述も無しに昇進以前のままの右大臣という官位が記述されているという古くから矛盾ではないかと指摘されている個所があり、近年では竹河巻の後記挿入説や別作者説の根拠ともされている。これについて多くの古系図が夕霧の注釈に「薫中将の巻に右大臣、竹河の巻に左大臣とあり」（薫中将の巻とは匂宮巻のことを指す）と記述する中で、この「正嘉本古系図」だけが通常の記述に加えて「蜻蛉の巻に左大臣とあり」なる他の古系図に見られない記述を行っており、この記述も古系図相互の校合の結果ではなくいずれかの源氏物語本文との校合の結果である可能性がある。
常磐井和子は、このような校合の姿勢や校合の対象とした諸系図を「所々の証本」・「家々の証本」などと呼んでいることなどを考え合わせて、この正嘉本古系図が多くの源氏物語系図の校合を行った目的は、伝本によって大小異なるさまざまな異伝を収集するというよりも、あくまで正しい姿を求めるという「保守的な立場にあったのではないか」としている。
不入.
無名人.
奥書.
本古系図には、源氏物語古系図としては珍しく成立の経緯を記した以下のような長文の奥書が末尾に附されている。
この奥書によれば、本古系図は二段階の過程を経て成立したものとされる。