詳しい時期は不明だが、乃木は左目を負傷して失明している。その原因として一説には、ある夏の日の朝、母の壽子が蚊帳を畳むため寝起こそうとしたが、くずって起きなかったので、「何をしている」とたしなめ、畳みかけた蚊帳で無人の肩を叩いた際、蚊帳の釣手の輪が乃木の左目に当たり、負傷させたのが原因とも云われる。乃木は失明を明らかにしたら壽子が気にするだろうから他言したくない、と後年述べている。
長府への転居・元服.
学者を志して出奔.
その後、報国隊は越後方面に進軍して戦闘を重ねたが、これに参加しなかった。明倫館在籍時に講堂で相撲を取り左足を挫いたことから、藩が出陣を許さなかったのである。
乃木はなんとしても出陣しようと、脱藩を決意して馬関（現・山口県下関市）まで出たが、追捕され、明倫館に戻された。
陸軍少佐任官.
秋月の乱を鎮圧.
西南戦争への従軍.
放蕩生活と結婚.
またこの頃の話として乃木は他隊との合同訓練ではいつも正面攻撃しか行わず、歩兵第二連隊長として佐倉（千葉県）にいた児玉源太郎との合同訓練では奇襲に敗れ児玉に揶揄われたという話も伝わっている。
少将への昇進とドイツ留学.
帰国後、乃木は復命書を陸軍大臣・大山巌に提出した。この復命書は、形式上、川上と乃木の連名であったが、川上は帰国後に病に伏したため筆を執れず、そのほとんどを乃木が単独で書いた。その内容は、軍紀の確保と厳正な軍紀を維持するための綱紀粛正・軍人教育の重要性を説き、軍人は徳義を本分とすべきであることや、軍服着用の重要性についても記述されていた。
その後の乃木は、復命書通りの記述を体現するかのように振る舞うようになった。留学前には足繁く通っていた料理茶屋・料亭には赴かないようになり、芸妓が出る宴会には絶対に出席せず、生活をとことん質素に徹した。平素は稗を食し、来客時には蕎麦を「御馳走」と言って振る舞った。また、いついかなる時も乱れなく軍服を着用するようになった。