ある春、幻想郷のいたるところで正体不明の霊が湧いたり消えたりを繰り返すという現象が発生していた。幻想郷の異変をいつも解決している博麗霊夢らは、冥界の管理者を務める西行寺幽々子に相談したところ、この霊は人の欲が具現化した「神霊」だという説明を受け、幻想郷に最近出来た寺（命蓮寺）の方向が怪しいという証言を得る。
霊夢らが命蓮寺を通り過ぎ、寺の墓地に現れた謎の洞窟を抜けると、そこには復活した古代の豪族と聖人がいた。霊夢らは、特に理由はないがその豪族と聖人を退治した。
神霊は、復活した聖人・豊聡耳神子に願い（欲）をかなえてもらおうと彼女のもとへ集まってきていたのだった。神子が幻想郷の地上へ姿を現すと、神霊が現れることは無くなった。魔法使いの霧雨魔理沙は、神霊は神子に吸収されたのだろうと推測している。
登場人物.
新規の登場人物.
ここでは、『神霊廟』が初出の登場人物を解説する。
既存の登場人物.
ここでは、『神霊廟』が初出ではない登場人物を解説する。
セバスティアーノ・セラフィニー
真我
カリフォルニア州の気候
カリフォルニア州の気候は、緯度、標高および海岸からの距離によって砂漠気候から亜寒帯気候まで様々である。州の海岸部と南部は地中海性気候であり、幾分雨の多い冬と乾燥した夏を経験する。大洋の影響で一般に極端な気温の上下を抑えており、特に海岸地域では暖かい冬とかなり冷涼な夏を生んでいる。
気温の変化.
下表は各都市の月ごとの平均最高気温と最低気温を示す。上段は摂氏（℃）、下段カッコ内が華氏（）である。
降水量.
セントラルバレーは雨量に大きな幅がある。その北部は太平洋岸北西部から吹き降ろす冬の嵐によってかなり大量の雨が降り、一方南端の地域は雨が少ないために砂漠に近いものとなっている。セントラルバレーの一部は時として地元でトゥーリーフォッグ（地上霧）と呼ばれる厚い霧に覆われることがある。
山火事.
カリフォルニアの夏は暑く乾燥するのが通常である。このことで山火事を起こしやすくなる。これは生命を脅かすものであり、緊急退避もあり得る。海岸部では夏も湿度があって冷涼なので山火事はあまり無いが、秋には海洋層が暖かく乾燥させることも稀に見られる。
気象用語.
下記の用語はカリフォルニアの地方で特有の気象現象を表現するために使われている。
菅生寺