原作では登場人物の死亡・殺害描写、残酷描写や暴力的表現も数多く見られたが、アニメ化に際しては大幅に書き換えられている。
作品のテーマも原作と大きく異なっている。原作ではバカボンのパパをはじめ、登場人物がおかしな行動をとることで一般常識や漫画作品としてのルールすらゆさぶり、ストーリーや設定の破綻すらお構いなしのナンセンスな世界を展開するのが狙いであるのに対し、本作品ではバカボンのパパたちの一見おかしな行動は「無垢な心の表れ」であり、彼らの偽りない真心が、結果として問題を解決へ導いたり周囲の人々に幸せを招く…という、赤塚作品では『もーれつア太郎』のような「人情劇」やホームコメディを彷彿とさせる世界観に改変された。これは全国アンケート「子どもに見せたくない番組（ワースト番組）」を実施していた日本PTA全国協議会から番組内容にクレームが寄せられたことが影響している。また番組スポンサーの大塚製薬からは「一家の主が働かないで生活が成り立っているのはおかしい、設定上ではなくパパが実際に働いてるシーンを映像で見せて欲しい。」との要望が出され、苦肉の策として番組中盤より「パパを定職（植木屋）に就かせる」という本作独自の設定が生まれ、原作に無い植木屋で働いているシーンが多数盛り込まれた。しかしこれらの内容改変は、「パパは無職（バガボンド＝放浪者）でないといけない」としている原作者、赤塚を大いに激怒と同時に失望させることとなった。
この他にも、バカボンの学校生活が原作より多くなり、担任の「凡田先生」、ガールフレンドの「さくら」、ガキ大将の「中村」・「青成」といった、原作に無いオリジナルレギュラーキャラが加わった。またママが激怒すると、落雷場面がカットインする演出があった。このようなオリジナル設定は次作『元祖天才バカボン』でスタッフが一新された事を受け無くなった。
スポットや次週予告での最後の決めゼリフは、パパの「来週の『天才バカボン』を見よ! 見ない奴は死刑なのだ!」というものだった。なお予告の台詞には歴代では唯一、次回放送作品のサブタイトルが無かった。
なお台詞の中には前番組『巨人の星』同様差別用語が含まれているのがあり、かつて再放送の際そのままにされていたが、現在は無音になる事がある。