日本福音同盟は統一教会はキリスト教ではないと表明し、様々な姿と紛らわしい組織体を持ち、それらを通じて多くの人々を勧誘し「マインドコントロール」していると断じ、その活動に憂慮を示している。
統一教会などのカルト視される新宗教の信者に対する脱会カウンセリング（特定教団に入信した信者はマインドコントロールされているために信者であり続けるとみなし、家族とカウンセラーが積極的に信者当人の信仰問題に介入することでマインドコントロールを解き、教団から脱会させようという特殊なカウンセリング）には、信教の自由などの面から問題視する向きもあり、強制棄教であるというジャーナリストによる批判もある。
統一教会が聖酒には「父母の愛の象徴が入っている」と表現したせいか、聖酒には「精液」が混入されていると報道されたこともあったが、統一教会側は事実無根であると述べている。
同性愛者の信者は、当然同性愛を「克服」しなければ教会に残ることはできない（同性を愛するのは倫理道徳に問題があるから、同性愛者が人種のマイノリティのように権利を求めることは間違いとされるため）。
論争.
浅見定雄と室生忠.
ジャーナリストの中には統一教会に対して擁護の論調をとる人物もおり、浅見定雄は「癒着」として名指しで批判した。浅見が批判したのは室生忠で、浅見が関与してきた信者の脱会支援運動を「拘束連行・拘禁・強制説得」であるとの連載記事を雑誌『創』に投稿していた。浅見はこの記事を名誉毀損であるとして、室生に訴訟を提起していた。浅見によれば、室生の主張はほぼ統一教会側の出した資料に依拠したものであり、脱会した信者や家族への取材をせずに中立性を欠いているという。その一方で、室生を批判した有田芳生に対して、取材を受けていないと抗議した「矛盾」を突いている。また浅見によれば、室生は統一教会系のシンポジウムの講師を務めており、裁判傍聴のさいには教団側から車を手配される便宜を受けているという。
この裁判は最高裁まで持ち越されたが、浅見側の勝訴に終わり、室生に謝罪と賠償が命じられた。
関連事件.
赤報隊事件の関与疑惑.