間もなく阿礼は息を引き取るも、法律上、生前の希望である「即日火葬」は叶わない。しかし遺体の腐敗がことのほか速く、さらに目を離した隙に遺体が消失し、しかも「布団から這い出した足跡」が残されていた。清一は父が息を吹き返したのかと思い、足跡をたどって神社に行くと、御神火が消えている。地下に降りると、阿礼は「わしは魔物に身体を還す」「やつらが出てくる。像で入口を塞げ」と告げる。水面から現れた「黒い触手」が阿礼を水中に引きずり込む。地上に戻った清一は、父の遺書を読む。
第二章.
阿礼は再婚し、長い月日が経過した。ハワードは病に冒された自分の死期を悟り、死後の邪神の跳梁を心配する。阿礼も同様であり、息子の清一に宛てた遺言を記す。
第三章.
川から阿礼の遺体が上がる。血と内臓がまったく残っていなかった理由は魚に食い荒らされたためと結論付けられ、火葬に付される。
邪神は皇居に狙いを定め、まず警視総監堂本三郎を幻惑して支配下に置く。軍に言っても、魔物など信じてはくれぬだろう。北は天下国家のためにライバルの出口王仁三郎を味方につけることに成功し、出口が率いる大本教の祈りが魔物を抑える。しかし魔物はすぐさま手を打ち、強引に出口を逮捕させる。北は、敵のアジトを警視庁地下と勘付く。
第四章.
はるかな古代の神話の時代、地球には魔物がはびこっていたが、それらの邪神は天照大御神によって、地底や海底に封じ込められる。長い年月が流れて、人類が生まれ、文明が築かれたが、邪神たちは虎視眈々と復活の試みを企てる。深海の邪神は、眷属の魚妖族を使うことで人類を手なずけて地上侵略を目論む。北一輝は、中国に渡ったおりに入手した「屍龍教典」＝ネクロノミコンから、世界の真実を知る。
第五章.
二月二十六日早朝、出撃。まず警視庁を制圧。各部隊は、①首相岡田啓介を殺害、②内大臣斎藤実を殺害、③教育総監渡辺錠太郎を殺害、④侍従長鈴木貫太郎を殺害、⑤大蔵大臣高橋是清を殺害、⑥前内大臣牧野伸顕邸は炎上した。