制作当時『ドラえもん』へ対しストイックになっていた渡辺は「ドラえもんはこうあるべき」という自身の主張と、エコロジーをテーマとするにもかかわらず安易な本作のプロットやシナリオと相容れることができず、反発心がぬぐえなかったという。結果として決定稿がまとまらないまま、スケジュール的な理由と総意で渡辺は絵コンテの作業へ突入することとなった。
反発したその主たる理由の一つが、本作の原案となる「さらばキー坊」で渡辺が注目した、「のび太とキー坊の関係」であった。キー坊は言葉を話さない植物の擬人化であり、人と緑を繋ぐ存在である。しかしそこでドラえもんの道具を使い、キー坊と同じ木々を変形して遊んだり、森や土の気持ちを理解するという描写をすれば、キー坊の存在する意味が無くなるだけでなく、キー坊がラストで発言する内容にも説得力がなくなるというのが、渡辺の主張であった。
そのため、映画と映画ストーリー（漫画）、更にはゲームでそれぞれ展開や描写に違いが多く見られ、特に中盤からエピローグ直前までは大部分が異なる。例えば映画ストーリーでは後半に暴走した植物型宇宙人のシラーたちを明確な悪役に位置付け戦いを繰り広げている一方で、映画は地球だけではなく彼らの母星である緑の星にも大規模な被害が出てしまい、シラーが己の愚かさを悟るという展開になっている。テーマも「環境問題を火種とした戦争」（後述）の物語へと移行する映画と違い、映画ストーリーは一貫して「動物と植物」の共生についてクローズアップがなされている。
演出.
作中ではキー坊をはじめ植物に対しのび太や登場人物たち（ジョーロの少女や町の住人といったモブキャラクターも含む）が水を与える場面が繰り返し強調されているほか、「靴」が度々小道具として登場する。渡辺は「二人（のび太とキー坊）の関係の象徴」であり、「植物なのに動けるということの象徴」に位置付けている。
評価.