アトランティスを囲むバリアーを突破するため、ドラえもんたちは地下に潜ってバリアーの向こう側へ抜けることを決心する。幸いにもバリアーは地中にまで到達していなかったため、ドラえもんたちは無事にアトランティスへの潜入に成功する。海底火山の噴火が迫る中、しずかが自分を囮にして拉致させることで敵に鬼岩城まで道案内させるという作戦を提案し、その妙案によって遂に一行は鬼岩城へとたどり着く。ポセイドンの前に引き出されたしずかは、アトランティスへの攻撃がただの自然現象によるものだと必死に訴えるものの、原始的なコンピュータであるポセイドンは一切聞く耳を持とうとしない。そして、無数の鉄騎兵相手に奮戦するも次第に追い詰められていく仲間たちの姿を映し出され、しずかは絶望に項垂れる。そして、火山噴火による巨大地震の発生を合図に、鬼角弾発射のための生贄としてしずかが処刑されようとした寸前、満身創痍の状態のドラえもんが爆弾を手に現れたものの、ポセイドン破壊を果たすことなく倒れてしまう。駆け寄ったしずかの流した涙がドラえもんの四次元ポケットに垂れた時、恐怖のあまりポケットの中に逃げ込んでいたバギーが飛び出してくる。バギーはしずかを泣かせたポセイドンを倒すために、ポセイドンや鉄騎兵からの攻撃を受けて傷つきながらも決して怯むことなく、捨て身の覚悟でポセイドンに自爆攻撃を敢行し、大爆発を起こしてポセイドンと共に散った。それと同時に鉄騎兵たちは完全に機能を停止し、やがて鬼岩城も崩壊。ムー連邦の人々は、ドラえもんたちとエル、そしてわが身を犠牲にしてポセイドンを破壊したバギーを、世界を救った勇者として永遠に語り継いでいくことを誓う。
全てが終わった後、ドラえもんたちとエルは地上人と海底人がいつか分かり合える日が来ることを願いながら別れるのだった。
評価.
漫画研究家の稲垣高広は、本作について「全体的に暗さや重さが漂った雰囲気」とし、また深海や海底に関しての知識を盛り込んだ技術が結果的に学習効果に繋がることを挙げ「硬派の空想科学・海洋冒険もの」と評している。小説家の辻村深月もまたインタビューにて「深海に行くと体がペシャンコになるんだというのを、スネ夫のセリフで覚えていたりします」と述べ、本作での知識について押し付けでない点を評価している。