日本における近世の大部分をなす江戸時代には、江戸幕府によって神社行政が再編され、治安や交通の改善によって庶民の伊勢神宮などへの参詣や庶民祭礼が活発化した。一方、国教的な地位についた仏教は、思想としては停滞期にあった。こうした中で、江戸時代前期には仏教を批判する立場から主流の神道説は儒教の朱子学との結びつきを強め、垂加神道などの儒家神道へと移行した。江戸時代中期になると歌学や語学といった日本の古典の実証的研究に神道を統合した国学が発展し、儒家神道に代わって隆盛をみせた。国学者の本居宣長は、中国由来の仏教や儒教の教義に寄せて神道を解釈することを強く批判し、実証的な神典研究を行うことを主張した。こうした宣長の神学は、江戸時代後期になると平田篤胤の復古神道に批判的に継承された。復古神道では、キリスト教から影響を受けて死後の世界を重視したほか、中国神話、インド神話、キリスト教神話など世界各地の神話は日本神話の訛りであると主張し、その後の王政復古に関わった。一方、水戸藩では、儒教を排した宣長を批判し、忠孝仁義といった儒教の倫理観に国学を統合した後期水戸学が展開された。後期水戸学は、儒教と神道とを結びつけることで天皇による日本の統治を主張し、幕末の志士たちの思想の苗床となった。
古代.
律令祭祀以前.
縄文時代晩期から弥生時代にかけて、日本列島に稲作が伝わると、同時に稲作に基づく自然信仰も生じた。それは、自然と神を一体とみなし、神が自然災害という形で祟りを起こさないよう、捧げものを捧げたり祭祀を行うというものであった。
律令祭祀の形成.
律令国家祭祀のうち、祈年祭・月次祭・大嘗祭では、班幣という他国には見られない日本独自の祭祀形態がとられた。これは、神祇官が官社と認定した全国の神社の神職を神祇官に参集させて、そこで中臣氏が祝詞を奏上して斎部氏（忌部氏）が幣帛を神職に配り、これをそれぞれの神社の神に捧げさせるというものである。大祓の祭式も整備され、まず天皇に中臣氏が御祓麻を、東漢氏と西文氏が祓刀を奉って大祓詞を奏上し、次に、百官の男女が朱雀門の祓所に集まり、中臣氏が祓詞を読んで卜部氏が解除（はらえ）を行った。