日本の地域団体商標はすでに確立した知名度をもっている物を対象としている。物やサービスの名前だけでなく、その名前と特定の団体(その土地の業界団体など)との関係が良く知られていることも求められているので、あまりに広く用いられていて、すでに特定の団体との関係が希薄になっている場合（つまり、「どこでも誰でも使っている」という状態）はこの周知性の要件を満たしていないとして登録を拒絶される。例えば、喜多方ラーメンや京料理は出願はされたが地域団体商標として登録されなかった。
日本において、地理的表示法も地域団体商標も同じく地理的表示を保護する仕組みであるが、地理的表示法に基づいて地理的表示が登録されるには単に商品の名前だけでなく、商品の生産方法や商品に求められる特性を定める必要があり、登録後も権利者が品質管理を行うことが求められている。他にも地域団体商標は不正使用に対して直ちに自ら損害賠償請求、差止請求を行うことが出るのに対し、地理的表示法に基づく地理的表示の不正使用は行政が取り締まるという違いがある。
商標として地理的表示を保護する方法.
同国では地理的表示をもっぱら企業や生産者グループの競争力の元になる知的所有権とみており、農業振興や地域の伝統の保護という性格をもつヨーロッパでの地理的表示とは位置づけが異なる。商標を保護する仕組みを利用する利点としては次のような点があげられる。
これに対して地理的表示を商標とは別の物として扱う場合の利点には次のようなものがある。
地理的表示の保護に良く用いられる商標のうち、証明商標とはその商標があらかじめ定められた品質が満たされていることや特別な特性を持つことを示す商標である。地理的表示保護の文脈では「証明商標」と言われることが多いが、多くの場合それは認証マークである。ただし、アメリカの商標法での証明商標の定義にはシンボルだけでなく、単語、名前なども含まれる。地理的表示の保護については、例えば、アイダホポテトは地理的表示が証明商標として登録されている。アメリカの証明商標は、原産地の表示のほかに、製品やサービスの質や特性などを表示するものや（例えばエネルギースター）、特定の団体に属する者によって製造・提供された製品やサービスであることを示すものがある（例えば認定パラリーガル）。