電脳世界でウイルスや敵のネットナビと遭遇する、あるいはライバルのネットナビにネットバトルを申し込むとバトル開始となる。
バトルフィールド.
バトルの流れ.
カスタム画面.
バトルが始まると、ロックマンに転送する「バトルチップ」を選択する画面が開く。これがカスタム画面である。バトルチップ選択以外のいくつかの行動もこの画面で行う。
上記のボタン類の上にある「OK」を選択すると、カスタム画面が閉じられてアクション画面へ移り、実際のバトルがスタートする。
アクション画面.
カスタム画面終了後、リアルタイムで時間が進行する中でバトルが行われる。これがアクション画面である。自エリア内を移動し、基本装備のロックバスター（あるいはその溜め撃ち）か、カスタム画面で転送したバトルチップを使用して攻撃などを行う。
バトルの決着.
システム詳説.
パネル.
フィールド上のマスは「パネル」と呼ばれ、ヒビや草むら、氷など様々な種類が存在し、上に立つものに影響を与える。作品ごとに登場するパネルの種類は異なり、バトル中様々な要因で塗り替えられていく。
以下にシリーズに頻出する代表的なパネルを挙げる。
設置物.
フィールドには、ナビやウイルス以外にも、岩やキューブ（立方体のブロック）といった、様々な「設置物」が存在する場合がある。これらはバトルの最初からフィールド上に置かれていたり、またバトルチップなどで自ら置いたりすることができ、攻撃を防ぐ壁として使える他、特殊な効果を及ぼすものもある。
設置物にもHP（耐久力）が設定されており、ダメージを与えることで破壊することが可能。特に「ブレイク性能」を持っている攻撃であれば耐久力にかかわらず一撃で破壊できる。また、同時にフィールドに置くことのできる数は決まっており、上限を超える数を設置した場合、古いものが入れ替わりに消滅する。
通信機能.
通信対戦.
通常のバトルと異なる点は以下の通り。
登場キャラクター.
身長は『ロックマンエグゼのひみつ オフィシャル設定イラストガイド』より。
現実世界の国・地域・施設.
各国はその国独自の言語を持っているが、PETに備わった翻訳機能のおかげで、問題なく意思疎通を行うことができる。
名称のみ登場した地名.
インターネットエリア.
括弧内は登場した作品を表す。
用語.