この朱子学の隆盛に合わせて、主流の神道説も仏教と結びついた神仏習合から、儒教との結びつきを強めた儒家神道へ移行した。中江藤樹の太虚神道など陽明学派から唱えられた神道説もあったが、多くは朱子学により神道説が形成された。神仏習合の思想でも儒教の思想は取り入れられていたが、儒家神道においては仏教が明確に批判され、その影響を脱しようとした点で異なる。他方で、その論理構成においては中世的な秘伝を色濃く受け継いでおり、神仏習合における仏教的理論を朱子学的理論に置き換えたようなものであって、中世と近世の過渡期にあると言える。
吉田神道においては、商人であった吉川惟足が吉田家に入門し、吉田家の当主であった萩原兼従より「神道同統」を授与されて正式な後継者となり、吉田神道から仏教の言説を取り除いて儒教の教えをより多く取り込んだ吉川神道を形成した。その思想は、まず神道は万法の宗源であり、国常立尊が世界の主宰であるとした上で、神と同体である「理」によって世界や人間は創世されていて、人体にも必ず理が内在しているため、元来人神は一体であるが、人の心の汚れにより神明の明智が曇るので、「つつしみ」によって本来の姿に戻る必要があると説いた。そして、その具体的な方法として、祓を行って内外を浄化したり、祭祀儀礼を行うことで誠意を表明し、神へ祈祷を行うことを説いた。また、儒教における五倫こそが神が人に与えた使命であり、とくに君臣関係が最も重要だとした。