江戸時代になると盆栽の栽培や園芸が盛んになり、盆栽が描かれた浮世絵も残る。徳川幕府三代将軍、徳川家光は愛盆家として知られる。大久保彦左衛門が家光愛蔵の松の盆栽を庭に投げて諌めた逸話は有名である。皇居には家光遺愛の盆栽「三代将軍」（伊東巳代治旧蔵）が伝わる。
盆栽では、主幹が蛇行形をとりながら、上に向かって屈曲の程度が弱まる整姿形、いわゆる「蛸作り」の姿をした盆栽が流行した。蛸作りは『慕帰絵詞』に描かれた庭園の松にも見られるが、江戸時代には盆栽にも取り入れられた。
江戸末期になると、大阪を中心とする上方では、頼山陽、田能村竹田、池大雅らの南画趣味の影響を受けた一部の茶人たちの間で、煎茶会の室内に飾るための新しい盆栽、いわゆる「文人盆栽」が好まれるようになった。盆栽は「ぼんさい」と音読されるようになり、南画の教科書ともいうべき『芥子園画伝』や『十竹斎画譜』に描かれた樹形が、盆栽の整形に影響を及ぼした。たとえば、今日「文人木」と呼ばれるような、細幹の上のほうにわずかに枝葉がついたような樹形が好まれた。また『芥子園画伝』にある直幹や懸崖といった語が盆栽用語として採用された。
近代.
明治時代になると、東京遷都にともない文人盆栽は東京にも伝わった。山内容堂、藤堂高潔、鍋島直大ら、旧大名が大阪から文人盆栽を取り寄せ、その結果、文人盆栽はほかの政府要人や華族の間にも広まった。文人盆栽の流行とともに、江戸時代に盛んだった「蛸作り」の樹形は過度に人工的なものとみなされ、廃れていった。
明治中頃、大阪の好事家、通称「淀亀」が針金掛けを考案し、これを大阪の業者が採用して改良を加え、その後東京、全国へと広まり、盆栽の整形技術に革新をもたらした。
この頃、盆栽が次第に高尚な趣味として人気を博していく中で、文人盆栽のように南画に描かれた草木を模範とするのではなく、生きた自然の草木を模範とすべきだという「自然美」の追及を謳う盆栽観が現れた。芸術という意味で美術の語を用いて「美術盆栽」が提唱された。こうして絵画の様式美から解放されて自然美を模範とし、単なる鉢植えではなく芸術として盆栽を追及するようになると、従来の文人盆栽は次第に人気を失っていった。