その後、無差別な破壊活動を行うデストロイを撃墜するため、ミネルバはベルリンへと急行。交戦相手であるデストロイのコックピットにいるのがステラだということを知ったシンは彼女を説得しようと必死に呼び掛けるが、シンの記憶をわずかに思い出したステラが行動を止めたかに見えた矢先、視界に入ったフリーダムを見たステラは錯乱し、デストロイは暴走を再開する。再度の呼び掛けも叶わず、シンがデストロイに撃墜されそうになった寸前、フリーダムがデストロイを撃破する。腕の中でステラを看取ったシンは遺体を抱いて号泣し、「二度と彼女が周囲の思惑に弄ばれる事のないように」と山中の湖に水葬する。
ついに、プラント本国はアークエンジェル討伐をミネルバに命じる。復讐を誓い、レイとともに対フリーダムの戦闘シミュレーションを重ねていたシンは、フリーダムの攻撃の裏をかきつつ、インパルスの機体特性を活用して、ついにフリーダムを撃墜する。悲願を成し遂げたシンは、コックピットでステラとの思い出に浸り涙を流す。しかし、キラを撃墜したことでアスランとシンと大喧嘩を繰り広げ、両者の決裂は決定的となる。
次にプラントは、ヘブンズベースを逃れたブルーコスモスの盟主ジブリールを匿うオーブに対して宣戦を布告する。「俺がオーブを討つ」と心に決めたシンは、オーブのMS部隊を撃破し、カガリの操縦するアカツキを撃墜寸前まで追いつめるが、宇宙から駆け付けたキラのストライクフリーダムに阻まれ、激闘のすえにエネルギー切れに追い込まれる。補給を受け再度出撃した際には、アスランのインフィニットジャスティスによってデスティニーの片腕を落とされる。結局、戦闘に紛れてジブリールは宇宙へと逃亡し、ザフト側の旗艦である旗艦セントへレンズはアークエンジェルによって撃沈。タリアの判断で代理旗艦を務めたミネルバを中心に、ザフト艦隊は撤退に追い込まれる。カガリが中心となって親ロゴス派は排除され、オーブはロゴスと決別するが、シンのオーブに対する怒りは続いていく。