庭山は、一審判決について「こういう判断をする裁判官はその職を退いてもらうほかないとさえ思う」と怒りを露わにし、阿部もまた、控訴審裁判官が「検問表」作成者の立場を独自に認定したような、証人の立場を意図的に歪める行為は「もとより証拠の解釈などという問題ではない」、「司法権・裁判権を裁判官に付託した主権者の国民に対する重大な裏切り行為である」と述べ、一審・控訴審判決は「結論を決めた行政処分のようなものであって、真の意味での裁判ではない」と批判した。庭山の他に、阿部泰隆・小田中聰樹や宗岡嗣郎などの法学者も、本判決を国賠法上違法であると指摘している。
一方、この訴訟で原告側が提出した訴状においては、桂鑑定が「箸にも棒にもかからない鑑定」と批判され、その反応時間が桂の謳うものと違っていることにも弁護側は一審から気付いていた、とされている。この点について桂は、その批判には理由の説明すらなく、また反応時間の違いに一審から気付いていたのなら、なぜその疑問を照会も証人申請もせずに放置したのか、と抗議の弁を述べている。
国賠一審判決.
検察官の行為について.
起訴検察官の行為の違法性については、一審・控訴審と審理が重ねられてなお有罪判決が下された事実を考慮すれば、公訴の提起・追行が違法であったとは言えない、とされた（検察官の責任については、その訴追裁量が極めて緩やかに設定されていることから、庭山も訴訟が成功するとは当初から考えていなかった）。
裁判官の行為について.
総論.
違法性の判断基準.
国賠判決はまず裁判の違法性問題総論について、判決が確定した場合と、上訴・再審によって原判決が取り消された場合を区別しない従来の裁判例を批判する。そして、確定判決に国賠法上の違法を問い得るまでの瑕疵が存在するのであれば、国賠訴訟以前に上訴・再審によって不当の是正を図るべきであり、取消しを待つことなく国賠訴訟の対象となる違法な行政処分（後見的・潜在的な司法審査対象）とは同一視すべきでない、と述べる。そして、確定判決に対する国賠訴訟は司法自らによる三審制の否定であり、許されないと判示する。