やがて共和国内部の政治腐敗が進み、日常的に賄賂が横行していた元老院に於いて、各議員に対する根回しは早くから行っていたものと考えられる。彼は水面下で、議長の座を得るための機会を密かに窺っていた。
しかし、その混戦の中で「ジェダイですらかなうまい」と絶賛していた愛弟子のダース・モールを倒されたことで、新たな弟子にふさわしい者、すなわちモールをも越える強力なフォースを持ち、更にフォースの暗黒面に染まりやすい者を強く求めるようになる。
元老院最高議長時代.
パルパティーンは、自らクローン大戦への布石に着手した。元老院最高議長として、ジェダイ・マスターのサイフォ＝ディアスと秘密裏に協議した彼は、来たるべき危機に備えるという名目で、膨大なクローン・トルーパーを惑星カミーノに発注するように要請した。これが後に、共和国軍の兵士となるクローン兵である。永らく共和国を案じていたサイフォ＝ディアスは、自身の名義でクローン軍を発注したことを最高議長とカミーノ人以外には極秘にしていた。だがシディアスは、密かにこの発注計画の乗っ取りを画策する。
また最高議長としては、親子ほども年の離れた、若きジェダイのアナキン・スカイウォーカーに特別目を掛けるようになり、一方のアナキンもまた、父を持たぬ身としてパルパティーンを深く慕い始めていた。当時、アナキンから「父」と見做されていたオビ＝ワン・ケノービは、師という立場から、アナキンに家族としての愛情を表現することは出来ず、対照的にパルパティーンはあからさまにアナキンを可愛がった。数年後には、アナキンのオビ＝ワンに対する表現は「父」から「兄弟」へと変化するようになる。以前にアナキンがタスケン・レイダーを虐殺したこともパルパティーンは知っており、ジェダイはおろか、妻のパドメよりも多くの事をアナキンから打ち明けられる立場となっていたのである。
クローン大戦.