長崎市は市内を山に囲まれており、平坦地が少ないため、市内中心部に向かう道路が限られている。このため長崎バスの路線も市中心部に集中しており、北部方面は宝町、南部方面は中央橋から分岐するようになっている。長崎駅から中央橋の間は経路が二分され、中央橋方面へ向かう全ての路線が大波止経由か市役所前経由のどちらかで運行される。大波止経由は船着場や商業施設ゆめタウン夢彩都のある大波止（波止場周辺地域を差す名称であるが、住居表示上の正式な町名ではない）を通り、市役所前経由は長崎市役所を初めとしたオフィスビルの建ち並ぶ地区を通る。
なお、経由番号については見直しを行うという方針があるとされるが、実施には至っていない。長崎市中心部では再開発事業（新幹線、県庁舎や市庁舎の移転など）が計画されているため、番号のみならず大波止経由と市役所前経由という区分けも含めた再検討が必要と考えられている。また、経由番号の見直しにあたって行き先ごとに番号を割り振ることも検討されている。
山坂やカーブ、道幅が狭い道路などが多く存在する長崎市内であるが、長崎バスでは全路線とも基本大型バスでの運行となっている。例外として、一部に大型バスでは運行できないほど道路が狭い場所を運行する路線のみ、中型バスや小型バスで運行される体制を取っている。
運行系統の詳細は各営業所の記事を参照。
ミニバス担当路線.
ながさき観光ルートバス
快速シャトルバス『プレミアムライナー』
まちなか周遊バス.
高速バス.
都市間バス
空港リムジンバス
廃止路線
撤退した路線
貸切バス.
定期観光バス.
バスツアー.
長崎市内や雲仙温泉へのツアーを中心に、九州各地へのバスツアーを運営している。また、長崎バスやさいかい交通の一般路線バスに便乗して移動し、長崎市周辺の観光地への日帰り旅行を行うツアーも企画されている。
車両.
カラーリング.
車両番号.
また、デザインナンバープレートを使用する路線バスの車両は希望ナンバー制度を使用して、車両番号と同じ番号で陸運登録を行なっている。
車両の仕様.
また特殊装備として、左側路肩に向けたコーナリングランプが標準装備されており、必要に応じて点灯させている。
グループ・関連会社.