レイテ沖海戦の際、本土に帰還した第二艦隊の山本祐二参謀より軍令部の山本親雄大佐に「味方航空兵力の支援のない場合、航空兵力優勢な敵を相手として戦闘するのは無謀も甚だしい。今後は一切今回のような無謀な戦闘は（連合艦隊司令部に）やらせぬようにしてもらいたい」と相談があった。もっともだと考えた山本大佐は軍令部総長や次長、第一部長などの承認を得たうえで連合艦隊を訪れ、同様の注意を行った。しかし神は「これまでの戦闘において失敗したのは勇気が欠けていたためである。勇気さえあれば優勢な敵航空兵力があっても、大艦をもって上陸作戦時の攻防戦に参加させることは必ずしも不可能ではない」と述べこれに承服しなかった。山本大佐が過去の戦訓を挙げて「これは単に勇気だけの問題ではない。」とも述べたが神は遂に自説を曲げなかったという。航空戦力のない艦隊が敵航空攻撃を防ぐのは困難であることは第二艦隊だけでなく第一機動艦隊からも同様の意見具申 が作戦後に提出されていたが、神のこの発言は現場のこういった現実を連合艦隊司令部は認識しようとしていなかった事を示している。
沖縄作戦が始まると、連合艦隊司令部では、第二艦隊について「空襲で撃破されるよりは」「全軍特攻という時に水上艦艇が何もしないで良いのか」という意見があった。神は大和型戦艦1番艦「大和」（第一航空戦隊）による海上特攻を主張した。連合艦隊参謀長草鹿龍之介中将も「悔いなき死所を得させ、少しでも意義ある所に」と早期出撃案に同意せず、熟慮していた。連合艦隊司令部では構想として海上特攻も検討はされたが、沖縄突入という具体案は草鹿参謀長が鹿屋（第五航空艦隊、司令長官宇垣纏中将）に出かけている間に神が計画した。神は「航空総攻撃を行う奏上の際、陛下から『航空部隊だけの攻撃か』と下問があったではないか」と強調していた。当時、昭和天皇は及川古志郎軍令部総長に対し「水上部隊はどうする」と質問していたという。