吟味が進行する中でその問題の大きさが明らかになってきたのが、石徹白豊前と郡上藩役人との癒着であった。豊前が郡上藩の家老、大目付、寺社奉行らに贈賄し、その結果、豊前の石徹白における専横を許し、騒動を発生させたことは評定所吟味の過程で厳しく追及されていく。
また石徹白騒動が郡上一揆とともに幕府評定所の場で吟味が行われることになった背景には、郡上一揆と同じく郡上藩主の金森家と幕府要人との癒着が、事件をここまでこじらせる一因になったのではないかとの疑いがあり、郡上一揆とともに幕府要人と金森家との癒着解明が吟味の焦点の一つとなった。
吟味の進行.
吟味の中で評定所が最も頭を痛めたのが、石徹白が果たして吉田家の支配であるのか白川家の支配であるのかについてであった。
評定所の判決.
郡上藩主及び藩役人への判決.
まず郡上藩藩主の金森頼錦は、郡上一揆及び石徹白騒動の責任を問われ、領地召し上げ、盛岡藩預かりを言い渡された。ここに名門金森家は大名家としては断絶した。評定所の判決では、大規模な百姓一揆であった郡上一揆に関する藩主としての責任は、主に郡上藩領の年貢取立てに関する問題解決を幕府権力の介入で解決しようとしたという筋違いを問われたが、石徹白騒動についての責任は、騒動に当たり反豊前派の訴えに全く耳を貸そうともせず、石徹白豊前側の言い分のみを聞いた結果、豊前の石徹白での専横を許し、大勢の社人の追放という事態を招いた責任を厳しく問うた。
郡上藩家老職の渡辺外記、粥川仁兵衛への判決は遠島であった。両名については郡上一揆についての責任も問われたが、石徹白騒動に関しては石徹白豊前から収賄した上に、やはり反豊前派の言い分を全く聞き届けずに騒動を激化させた責任を問われた。