継室の時子が二条天皇の乳母であったことから清盛は天皇の乳父として後見役となった。また時子の妹平滋子（建春門院）は後白河上皇お気に入りの寵姫であり、院との間にも強いパイプを持つこととなった。
清盛は検非違使別当・大納言に昇進した上に院庁の別当にもなり、天皇・上皇の双方に仕えることで磐石の体制を築いていった。
病から回復した清盛は福原に別荘・雪見御所を造営して、かねてからの念願であった厳島神社の整備・日宋貿易の拡大に専念した。
『平家物語』では義弟の時忠が「この一門にあらざる者は皆人非人なり」と言ったとしており、これは、その後の「平家にあらずんば人にあらず」という慣用句で知られる。
平氏に対する不満.
その後、清盛は、後の処置を平宗盛に委ねて、また福原に戻った。しかし、院政停止後の政権構想は拙いものであった。高倉天皇・近衛基通・平宗盛の三人はいずれも政治的経験が未熟であり、結局は清盛が表に出てこざるを得なかった。清盛は、解官していた平頼盛・花山院兼雅の処分を解除するなど一門の結束につとめ、基通の補佐のため藤原氏の有力者である左大臣・藤原経宗、右大臣・九条兼実の懐柔を図った。実際の政務に関しては、平時忠・四条隆季・土御門通親などの能吏が清盛の代弁者となった。
反乱の狼煙.
しかし、寺社勢力、特に園城寺と同じ天台宗で親平氏の延暦寺でも反平氏勢力の動きがあった。
これに対して、清盛は頼朝らの勢力拡大を防ぐため、平維盛を総大将とした平家の大軍を関東に派遣したが、富士川の戦いでは交戦をせずに平家軍は撤退してしまった。
この平家軍の敗戦を契機に、寺社勢力、特に以仁王の反乱に協力的であった園城寺・興福寺が不穏な動きを見せ始めた。さらに、近江源氏が蜂起し園城寺・延暦寺の反平氏分子と提携して、物流の要所・琵琶湖を占拠し、反乱勢力は旧都を攻め落とす勢いにまで成長した。また、九州でも反乱が勃発した。
最期.
死の直前、自分の死期を悟った清盛は、自分の死後はすべて宗盛に任せてあるので、宗盛と協力して政務を行うよう法皇に奏上したが、返答がなかったため、恨みを残して「天下の事は宗盛に任せ、異論あるべからず」と言い残したとされる。
死因について.
清盛の病名、死因については様々な意見、記述、仮説がある。