西洋においては航海の安全を祈願しバウスプリットの根元から船首にかけて、船首像（フィギュアヘッド）と呼ばれる女神の像を取り付ける習慣があり、日本でも西洋式の帆船で採用例がある。ヨーロッパにおける軍艦内部の宗教施設としては、キリスト教の礼拝堂（教会堂）が挙げられる。イギリス海軍の事例では、巡洋戦艦「フッド」の礼拝堂はパイプオルガンを備えていた。戦艦「マレーヤ」の艦内礼拝堂には、ユトランド沖海戦で戦死した同艦乗組員の姓名を祀ってあった。なお異なる宗教の将兵が一隻の軍艦に配属されているため、宗教儀式も複雑であったという
現代の軍艦には採用されないが、アメリカ海軍の空母には艦内にキリスト教の礼拝所（小教会）が設けられている。
勧請する神社.
日本海軍はその草創期から、艦艇の名称には人名ではなく、旧国名、山岳名、河川名、気象名などを用いてきた。これは明治天皇が艦名に偉人の名前を冠することを嫌ったためである。艦内神社がどの神社を祀るかについて、あるいは艦内神社の規模について、海軍として明確な規定があるわけではない。
大体はその艦名に関わりの深い神社が祀られることが多い。駆逐艦や潜水艦の場合は、おおむね伊勢神宮である。
艦長の意向によって決まる例もあった。特設水上機母艦「君川丸」の場合、民間船から特設水上機母艦になった際、艦長が主計長に「艦内神社を奉斎したい」と相談。そこで市川主計長の父が宮司を務める川崎稲毛神社（主祭神武甕槌神）より分祀をおこなった。
艦名に関連する事例は以下の通り。
戦艦「安芸」は艦内に安芸國一之宮である厳島神社を勧請しており、これは当時の安芸艦長であった矢島純吉海軍大佐の発案であったという。
戦艦「長門」であれば長門國一之宮である住吉神社のように、旧国名という特徴からか戦艦にはその國の一之宮が祭られる傾向があったという。
戦艦「大和」の場合、戦艦であれば旧国名であるので、大和國一之宮大神神社を勧請すると思われるが、実際に艦内に祀られていたのは大和神社であるとされている。このように、艦によってさまざまであった。余談であるが、戦艦「大和」は沖縄特攻出撃時(坊ノ岬沖海戦)、艦内にあった「大和神社の図」を撤去したという。図会は現在江田島の教育参考館に展示されている。