源頼朝の兄弟に対する扱いの差異は多くで指摘される。『吾妻鏡』の場合、頼朝が兄弟に敵意を示す記述は少なく、捕縛された五郎に対する宥免の提案や兄弟の死後菩提を弔うよう命じるなど、寛大な処置が全面に出されている。一方『曽我物語』の場合、頼朝が兄弟に対し敵意を持つ描写が続き、仇討ち前の段階で既に厳しい処置を命じている。しかし仇討ち後に五郎を尋問する中で頼朝に大きな心境の変化が生じ、一転して五郎を称賛している。梶原景時の忠告もあり厳しい処置に変更は無かったものの、最後には五郎の言葉を聞いて頼朝は感涙している。
また真名本は頼朝登場時は流人として描かれるが、仮名本は登場時より権力者として描かれている。
仇討ちを試みる場面.
仇討ち場面の記述は、両者共通点もあれば明らかな差異も多い。『吾妻鏡』も『曽我物語』も曽我兄弟の仇討ちの舞台を富士野としている点は共通しているが、『吾妻鏡』では井出の屋形が出現しない。また梶原景時・海野幸氏・宇都宮朝綱の名誉譚やいわゆる「伏木曽我」の場面は『曽我物語』独自のものである。また五郎に尋問する描写で『吾妻鏡』は御家人の名を列挙するが真名本には見られず、現場に居た遊女に対する尋問も『吾妻鏡』独自である。
十番切.
「十番切」は工藤祐経を討った後に兄弟が十人の人物（実際は番外がある）と打ち合いをしたことが由来である言葉であり、『吾妻鏡』と『曽我物語』諸本とでは共通する人物と異にする人物が入り混じっている（『吾妻鏡』の十番切の人物は「富士の巻狩#参加者」を参照）。その中で宇田五郎と臼杵八郎は共通しているが、『吾妻鏡』では宇田五郎が死亡しており、『曽我物語』では臼杵八郎が死亡している。『曽我物語』で見た場合、真名本は仮名本と異なり十番切の順番を数えないという特徴がある。
仇討ち後.
十郎の恋人であった虎御前は、真名本においては曽我の里（神奈川県小田原市の曽我荘）に籠もり往生したとする一方、仮名本は自身の古里にあたる大磯にある高麗寺の山奥で暮らしたとする。
事件後.