江戸時代には、幕府や海辺に領地をもった大名は船手組、船手方、船手衆などと呼ばれる水軍をもち、幕府では向井氏、長州藩では能島氏、尾張藩では千賀氏のようにかつての海賊衆の末裔たちが世襲して維持したが、戦争の絶えて久しい平和な時代にあっては領内の海上交通を管理したり、領内巡察や参勤交代などで大名が船旅するときに船を出したりする程度の役割でしかなかった。そのような中で、瀬戸内海の塩飽諸島を拠点とした塩飽衆は「人名」という地位・身分を得て幕府から保護され、いずれの大名にも属さない自治が認められていた。彼らは高度な航海技術を有し、幕末には咸臨丸の水夫としても活躍している。
幕末に至って欧米諸国を範に幕府や雄藩は近代的な艦隊の創設に向かうが、そのときにはすでに海軍という用語が用いられ、水軍の名は過去のものとなる。しかしながら、幕末の海軍創成期には、先の塩飽諸島出身者をはじめとした水夫達のかなりの人員が水軍の伝統ある地方の出身であった。
水軍・海賊衆.
日本の海賊.
安東水軍・安東氏
気仙沼水軍・葛西氏
房総水軍・里見氏
伊豆水軍・北条氏
駿河水軍・今川氏
熊野水軍・北畠氏・織田氏
志摩水軍・北畠氏
淡路水軍・三好氏
塩飽水軍・三好氏
木津水軍
下津井水軍・浦上氏・宇喜多氏
村上水軍・毛利水軍
赤間関水軍・大内氏・陶氏
丹後水軍・尼子氏
土佐水軍・長宗我部氏
板島水軍・河野氏
五島水軍・松浦氏
門司水軍・大友氏
豊後水軍・大友氏
中国の水軍.
中国では「南船北馬」という言葉があるように、長江を中心に水路が入り組んだ南方において水軍が発展した。魏晋南北朝時代、五代十国時代、南宋時代のように中国が南北の勢力で分割されたとき、水路が入り組んだ南方江南の諸国は水路を天険の守りとし、強力な水軍を養成してしばしば北方の騎馬兵力を擁して軍事的に優越した華北諸国の軍を撃退することに成功した。
水軍（水師）の駐屯地は水師営と呼ばれる。