ところが、その主たる面積を占めていた加賀国の旧大伴家持没官領が、藤原種継暗殺事件関係者の名誉回復に伴い、当時の官界の実力者伴善男の要求で伴氏（旧大伴氏）に返還されることとなった。しかも、応天門の変によって伴善男が流罪となり、再度当該地が没官された後に大学寮ではなく、穀倉院に編入されたことから経営基盤を失った大学寮と新たに当該地を得た穀倉院の間で対立が生じた。更に藤原氏などの有力諸氏が自己の氏族に属する学生のために大学別曹を設置して生活を支援したことから、大学寮に替わって大学別曹の支援を受けた有力氏族の子弟と生活支援を失った他氏の学生の間に一種の「格差」が生じるようになっていった。三善清行が『意見十二箇条』によって勧学田の復興を唱えたのはそんな時期のことであった。
穀倉院学問料.
穀倉院は唐の常平倉をモデルとして大同年間に設置されたと言われている社会福祉施設の体裁を採っていたが、実際には早い時期より律令制の弛緩によって不足する内廷費用を捻出するための一種の「裏金」捻出の役割を担っていた。このため、穀倉院領となった旧勧学田を大学寮に返還することは、財政政策上採るところではなかった朝廷はその代償として、穀倉院から一部学生への学問料支給を行うことで大学寮側からの不満の緩和に努めたと考えられている。
勧学院学問料.
一方、大学別曹においても、独自に学問料を授ける例が現れるようになった。大学別曹は元々一族の学生に対する学問及びその生活の支援に重きを置いていたことから、これを奨励する意図から学問料が支給された。大学別曹における学問料の初例は和気広世が設置した弘文院によるものとされる（『日本後紀』）が、弘文院を大学別曹ではなく一種の図書館であったとする説もあり、和気広世個人が和気氏の氏上としての立場から支給した可能性もある。