一方、本能寺の変の知らせを受け駆けつけた羽柴秀吉の下に、織田信長からの文が届く。再び天下取りの大号令をかけるため、織田信長は三日月宗近と共に安土城へ身を寄せ、密かに手勢を集めていたのだ。羽柴秀吉は安土城へと駆けつけるが、それは主君への忠義からではなく、織田信長を討ち天下を取るためであった。羽柴秀吉の手によって炎上する安土城を見た薬研藤四郎は、曖昧だった自身の記憶を思い出す。かつて織田信長の愛刀だった薬研藤四郎は、本能寺の変の際に焼けたものと思われていたが、それは誤りで、実際には安土城で焼けたものであった。織田信長は本来の歴史では、安土城で羽柴秀吉に討たれていたのだ。そして三日月宗近は、その真実を明確に知りつつ「織田信長は本能寺で死んだ」と言う表向きの歴史を守るため、他の部隊員たちにも隠していた。
織田信長を再び救出すべく出現した時間遡行軍と、安土城へ駆けつけた刀剣男士たちの戦いの最中、織田信長の最期を見届けた三日月宗近が現れ、他の部隊員たちを無理矢理本丸へと帰還させる。それは、迫りくる時間遡行軍から本丸を守らせるためであった。
彼らの主である老審神者に力の限界が迫っており、時間遡行軍は本丸襲撃の機会を伺っていた。様々な時代へ歴史改変の手を伸ばし、本丸が手薄になった隙に弱った老審神者を襲撃する。本能寺の変の歴史改変も、そうした陽動のひとつだった。こうして刀剣男士たちのほとんどが出払った本丸へ、遂に時間遡行軍の手が伸びる。しかし本丸を守る結界が破られようとしたそのとき、三日月宗近によって帰還させられた刀剣男士たちが現れ、真実を知らされる。
安土城に残った三日月宗近は、独り時間遡行軍と戦っていた。その力に限界が訪れたとき、本丸に帰還させたはずの部隊が再び安土城に現れる。主の命で、三日月宗近を連れ帰るために。形勢逆転した刀剣男士たちは時間遡行軍を討ち果たし、正しい歴史を守る任務を完遂した。
本丸では時間遡行軍の大太刀が老審神者の間近まで迫っていた。そこへ帰還した三日月宗近が立ちはだかり、攻撃を放とうとした大太刀の脇腹に無銘の短刀が突き刺さる。無銘は時間遡行軍に操られていた刀剣男士倶利伽羅江だったのだ。倶利伽羅江を加えた全員で大太刀を討ち果たした刀剣男士たち。しかし、老審神者の姿は既に本丸にはなかった。