他のほとんどの専門科学雑誌と同様に、論文は編集者による最初の選別を受け、その後査読（ピアレビュー）が行われる。ネイチャーの場合、話題性のある主題を扱っており、その特定の分野で十分に画期的であると判断された場合にのみ、レビューの段階に進むことができる。そのため、提出された論文の大部分は、レビューされず掲載拒否されることになる。
ネイチャーの最初の信条は、以下の通りである。
これは、後に以下のように改訂された。
特筆すべき掲載記事.
画期的な論文.
近代史における最も重要な科学的進歩の多くは、ネイチャーで最初に発表されてきた。例えば、これまでにノーベル賞を受賞した研究業績の多くは、ネイチャーに掲載されてきた。以下は、ネイチャーで公開された科学的大発見の中から、いずれも重大な結果をもたらしたものを選び、掲載された論文の引用文を掲載したものである。
日本人のさきがけ的な寄稿.
論争.
撤回.
また、コピー・アンド・ペースト流用や加工が大量にあり一見して明らかな捏造の隠蔽と撤回回避のための虚偽訂正であったにも関わらず、過失という著者の虚偽説明を鵜呑みにして、訂正公告で過失と表明し、虚偽内容の大量訂正を行う事がある。例えば加藤茂明（元東京大学分子細胞生物学研究所教授）はネイチャー論文で「捏造・改竄の疑いを把握していながら、当該論文の撤回を回避するためにその隠蔽を図り、関係者に画像や実験ノートの捏造・改竄を指示し、事実と異なる内容を学術誌の編集者へ回答するなど、極めて不当な対応をとっていた」。
このような杜撰な審査、不正隠蔽の片棒を担ぐ出版社の大量訂正掲載に対し、日本分子生物学会の研究倫理のフォーラムで大量訂正は一種の査読システム違反であり、後から大量訂正できるならば、査読者がデータの公正さや結論の正しさを判断する事ができないという指摘があったが、ネイチャー誌の編集者は論文の主旨、結論が正しいかどうかで撤回かどうかを判断するという回答であった。
東大分生研の明白なコピペ捏造と大量訂正による隠蔽後も同様の明白なコピペ捏造の掲載が繰り返されている。
サイエンスフィクション.
関連出版物.
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