なお死去に前後して、市立函館図書館（現在の函館市中央図書館）は教育雑誌『実験教授指針』を含む著作と師・新井奥邃に関する旧蔵資料の寄贈を受け、これらを「在寛文庫」の名で郷土資料に加えている。
評価.
函館市文化賞の受賞について、齋藤與一郎は「今さらいうまでもないその人柄」と題し、佐藤を以下のように高く評価している。
北海道国際交流センターの代表理事である大総一郎は、佐藤を以下のように高く評価している。
東京滞在時に出版した教育雑誌『実験教授指針』について、教育史家の石戸谷哲夫は自著で「教育界の開眼先駆者たち」と題し、「平民社に呼応して、教員の社会的開眼に働いたのは、官学の教育学者たちではなく、『実験教授指針』主筆任天佐藤政次郎と、『教育実験界』主筆隈川渡辺英一とであった」と述べている（『任天』は当時の佐藤の号）。
上野女学校の退職にあたっては、卒業生たちが総会を開き、同窓会は母校との絶縁を宣言した。また、多くの教え子たちが佐藤の退職に抗議し、温旧会を発足させ、佐藤を師と仰ぎ、その後も長きにわたって佐藤の教えを受け続けていた。佐藤の晩年には彼女らの子供が函館盲唖院に寄宿し、佐藤と生活を共にしたケースもある。これらのことから佐藤の影響力、教え子たちに慕われる佐藤の人間性の魅力を評価する声もある。
佐藤のもとで主宰された研修団体について、函館盲唖院の生徒であった日本点字図書館創立者の本間一夫は「町の真面目な青年たちが先生を慕って集まり（中略）私も函館の七年間特別に、薫陶を受け、大きな影響を受けた忘れられない大恩人です」と語っている。実際の参加者の内、茨城大学・明治大学の教授である桐田尚作は、木曜会のことを「行ってみたらとてもやさしいので安心した。（中略）その後むしゃくしゃしたときに、先生のお宅でお会いするとスーッと気持がさわやかになるので、知らず知らず足が向くようになりました」、函館文化会会長である棟方忠は土曜会を「先生は滅多に結論めいたことは言われなかったが、聖書や論語などを引用し、或いは巧みな比喩で、その行くべき道を示唆してくれた。しまいには先生の傍にいるだけで、胸のもやもやが拭い去られるような感じさえした」と語っている。