日本の各都道府県庁所在地での家計調査によると、一世帯当たりのマグロの購入量は年々減少している。消費率はマグロ水揚げ日本一の静岡県、隣接する山梨県を筆頭に関東地方や東北地方が上位を占める。一方で、西日本では白身魚が人気で、マグロなどの赤身魚は消費量は軒並み低く、食文化の相違が見られる。ただし、沖縄県だけはマグロの水揚げ量・消費量ともに高い。
漁.
かつてマグロ漁船といえば重労働・高収入の代名詞で、特に遠洋マグロ漁で栄えた気仙沼漁港や塩釜漁港の周辺には、漁師達により「唐桑御殿」と呼ばれる広壮な入母屋作りの家屋が競うように建てられるなど、漁港周辺はマグロ漁と関連産業により活気づいていた（唐桑町は気仙沼漁港の近郊）。
価格高騰.
消費量の拡大に伴い、マグロの価格も高くなった。日本も輸入マグロの割合が増え、価格の影響を受けやすくなっている。さらに原油価格高騰・漁船燃料高騰による出漁のコスト増、マグロ減少による漁場の遠距離化、出漁に対する成果の低下も重なり、価格高騰に拍車を掛けている。
マグロを取り扱う日本国内の各漁業協同組合・水産企業では漁船の燃費節約に迫られたが、対応できず倒産する水産企業が相次ぎ、漁協の解散例すらも出た。これもマグロ漁獲高減少・価格上昇につながっている。
乱獲問題.
養殖.
マグロは長距離を遊泳すること、大型の魚で成熟に時間が掛かること、小さな傷が死につながるほど皮膚が弱いことなどがあり、捕獲したマグロの稚魚や若魚を養殖する「蓄養」が中心で、卵から成魚まで育てる「完全養殖」の技術確立が急がれている。
蓄養.
完全養殖.
東京海洋大学では、移植によってサバにマグロの精子を作らせることより、マグロを量産する方法の研究を進めている。
生物濃縮による汚染.
食物連鎖の頂点にある生物には様々な物質が生物濃縮により蓄積することは以前から知られており、海洋生物のトップであるクジラやマグロも例外ではない。マグロは小型の魚より汚染物質の濃度が高いことも同様に知られている。問題視されることがある汚染物質は、有機水銀（メチル水銀）、ダイオキシン類、放射性物質などであるが、通常の食事においてはドコサヘキサエン酸 (DHA) などの不飽和脂肪酸など利が多く忌避する理由はない。
有機水銀.
放射性物質.