御崎市で平凡な日常を過ごしていた高校生の坂井悠二は、怪物の出現と共に非日常の世界に巻き込まれ、名も無き少女と出逢った。その名も無き少女は、人知れず人を喰らう異世界人“紅世の徒”を探し討滅するフレイムヘイズの1人。彼女は、悠二が自覚がないまま死んでいることを告げ、訳あって“紅世の徒”から狙われるようになった悠二を護る様になる。そんな彼女に悠二は「シャナ」と名付ける。2人は当初は反発しながらも、少しずつ惹かれ合っていく。
フレイムヘイズに課せられた使命の塊であったシャナは、自身が抱く悠二への恋心に戸惑い悩みながらも御崎市で暮らすうちに、徐々に一人の人間として成長していく。一方の悠二も、自身が既に人間ではないことに悩み将来を見出せずにいたが、シャナや仲間たちと共に“紅世の徒”との幾多の戦いを経て、フレイムヘイズと“紅世の徒”の戦いをいつか終わらせたいと望むようになる。
“存在の力”に関する概念.
ここでは本作の設定の根幹を成す“存在の力”の概念について解説する。
“存在の力”とは、この世に存在するための根源的なエネルギーである。人間や動物・物質など、この世のあらゆる個体が持っており、この世の時空に過去・現在・未来に渡って広がっている。“存在の力”の量が多い人間ほど、周囲に強い影響力（≒存在感）を持つことになる。また人間の場合、死亡してもその人物の“存在の力”が失われることはなく、過去の時空にその人物の“存在の力”は残り続け、同時に「その人物が過去に存在していた事実」も残り続ける。
世界の歪み.