ゲル電気泳動（ゲルでんきえいどう、）は、高分子（DNA、RNA、タンパク質）とそのフラグメント（断片）を、その大きさや電荷に基づいて分離および分析する方法である。臨床化学では、タンパク質を電荷または大きさで分離するために用いられ、生化学および分子生物学では、DNAおよびRNAフラグメントの混合種個体群を長さで分離したり、大きさを推定したり、タンパク質を電荷で分離するために用いられる。
核酸分子は負に帯電しているため、電場を印加してアガロースまたは他の物質のマトリックスを通して移動させることで分離される。短い分子は、長い分子よりもゲルの細孔を通過しやすいため、速くそして遠くまで移動する。この現象はふるい分けと呼ばれる。タンパク質の場合は、ゲルの細孔が小さすぎてふるいにかけることができないため、アガロース中の電荷によって分離される。ゲル電気泳動は、ナノ粒子の分離にも利用できる。
ゲル電気泳動は、電流による荷電粒子の移動である電気泳動において、ゲルを対流媒質またはふるい媒質として使用するものである。ゲルは、電場の印加による熱対流を抑制し、分子の通過を妨げるふるい媒体としても機能する。また、ゲルは、電気泳動後の染色を行うために、単に分離状態を維持する役割も果たす。DNAゲル電気泳動は、通常、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）でDNAを増幅した後、分析目的で行われる他、質量分析、RFLP、PCR、クローニング、DNAシークエンシング、サザンブロットなどの他の方法を使用する前の分取技術として、さらなる特性評価のために利用される。
物理的基盤.
ゲルの種類.
アガロース.
アガロースゲルは、海藻から抽出した天然の多糖類ポリマーから作られている。アガロースゲルは、化学的な変化ではなく物理的な変化でゲルが固まるため、他のマトリックスに比べてキャスティングや取り扱いが簡単である。また、サンプルの回収も容易である。実験終了後、得られたゲルはビニール袋に入れて冷蔵庫で保存することができる。
ポリアクリルアミド.
デンプン.
ゲルの状態.
変性ゲル.
天然ゲル.