植物生理学における休眠とは、植物の成長が停止する期間のことを言い、種子や芽の休眠がよく知られている。多くの植物種が、冬季や乾季などの生育に適さない気候を生き抜くための戦略として、休眠を用いている。植物は、周囲の環境の変化を感知し、休眠に入る時期を決定していると考えられている。休眠の誘導または打破に関与する外部からの刺激としては、日長、気温、湿度や土壌の含水量の変化などが知られている。例えば、多くの木本植物では、自身が持つ概日リズムにより日長の変化を感じ、短日になる（限界日長を超える）と成長が阻害され、休眠芽を形成することが知られている。
種子休眠.
植物の種子は、発芽に適した条件下においても発芽しないことがあり、このような現象が種子休眠である。これにより、春に発芽するはずの種子が環境の似た秋に発芽してしまい、冬の間に枯死してしまうといったような現象が防がれている。種子休眠には二つのタイプが存在する。一つは、種皮などによって固く覆われているために、胚発生を進めるために必要となる水や酸素などの供給がされず、結果として発芽できないタイプの休眠である。もう一つは、内的な要因により胚発生が停止し、発芽に至らないタイプである。多くの植物が形成する乾燥種子中の成熟胚は、発生（成長）が停止した休眠状態を保たれている。休眠が解除されない限り種子は発芽しないが、休眠打破の引き金となる要因は植物種によって様々である。例えば、レタスの種子は、発芽に適した水や温度条件の下、光（赤色光）を浴びることで発芽が誘導されることが知られている。また、このような種子休眠には、植物ホルモンであるアブシジン酸とジベレリンが関与していることが知られている。アブシジン酸は種子の成熟と休眠の形成を促進する（発芽を抑制する）働きを持ち、一方のジベレリンは発芽を促進する（休眠を打破する）作用を持つことが知られている。種子発芽に対するこれら二つの植物ホルモンの作用は拮抗的であり、これらホルモン量と感受性のバランスが、種子の休眠と発芽に深く関わっていると考えられている。
芽の休眠.