昇殿制が整備された宇多天皇朝においては、天皇が内裏で毎朝石灰壇と呼ばれる台で伊勢神宮を遥拝する毎朝の御拝や、特定神社へ神宝を送る一代一度の大神宝使の制度が始められるなど、天皇や近臣が直接関与する祭祀が一層拡大した。また、朱雀天皇朝には最も丁重な天皇御願祭祀である行幸が初めて行われた。今までの祭祀では、天皇はあくまで宮中にとどまって祭使を派遣するのみであったが、行幸では天皇が直接神社の行宮まで赴いて、そこから祭使を派遣するという点が今までにない形態である。
また、この頃には貴族内で氏神祭祀に関する関心が高まり、斎部広成が斎部氏（忌部氏）の伝承について記述し中臣氏に対抗した『古語拾遺』や、物部氏によって作られたと考えられる各氏の伝承をまとめた『先代旧事本紀』、さらに各氏の出自や伝承などをまとめた官選の『新撰姓氏録』も作られ、各氏が、神代に連なる「神別氏族」、皇族から枝分かれした「皇別氏族」、外国に出自を持つ「諸蕃」、出自が不詳の「未定雑姓」に分類された。
地方の祭祀においては、派遣された国司がそれぞれの国において国内の神社を序列化して参拝する神社の順序を定めた一宮制度が発達した。国司が参拝する神社は国内神名帳にまとめられ、後には二宮以下の神社を一つにまとめた総社も見られるようになる。
神仏習合と神仏隔離.
平安時代に入ると、神仏双方の要素を持つ御霊信仰や、熊野を浄土とみなす熊野信仰など、神仏習合に基づく様々な信仰形態が生じ、仏像の影響のもと神像も作成されるようになる。時代が進むと、神仏習合思想はさらに展開し、神は仏が衆生を救済するために仮に現れた姿であるとみなす「本地垂迹説」が生じ、菩薩や権現といった仏教的神号の使用や、神体である鏡の裏に本地である仏の像を刻む御正体の作成などが行われるようになる。
修験道・陰陽道の成立.