ケイオスはワルキューレを奪還すべく、ウィンダミア主力艦隊への奇襲作戦「オペレーション・ラグナロク」を始動する。一方、敵艦に潜入していたハヤテとミラージュも、それぞれ鹵獲（ろかく）されていたメッサーの機体と、待機中の機体に搭乗して出撃するが、ウィンダミア艦隊はラグナに出現した、異常なフォールド波を発する巨大神殿のもとへ向けてフォールドを行う。ロイドに操られた美雲の「星の歌」によってプロトカルチャーシステムが起動し、全銀河の人類種の意識をひとつに統合させ、銀河そのものともいうべき巨大なネットワークを形成する。自我が薄れゆくなか、ハヤテを思うフレイアの「命の歌」をきっかけに、ハヤテたちやワルキューレメンバーは意識を取り戻し、美雲も仲間たちの歌声に応じて呪縛を打ち破る。しかし、逆上するロイドの感情に呼応して、プロトカルチャーシステムが暴走をはじめる。フレイアたちは空へと飛び出して意識を奪われかけたハヤテたちに歌を届け、ワルキューレとΔ小隊の命をかけた姿に心を動かされたキースは、空中騎士団を率いてその援護に回る。ハヤテとミラージュは巨大神殿内部に突入し、美雲の救出と中枢部の破壊に成功する。そしてキースは盟友であったロイドを討ち、最期の瞬間に心を通わせながら、ともに爆炎のなかに姿を消す。ウィンダミアは新統合政府に和平交渉の申し出を行い、戦争終結への道筋が立てられる。
『絶対LIVE!!!!!!』のストーリー.
ギガシオンの医務室でハヤテたちは、村人を守るために遺跡のバリアを起動し、感覚器官「ルン」を激しく輝かせて全身が結晶化したヨハンの最期に立ち会う。ヨハンは、特務諜報員だったライトが「星の歌い手」の細胞をウィンダミアのために奪還しようと尽力したことをハヤテに語り、ルンを輝かせて歌うことの代償にみずからの命を削っていたフレイアには「なんのために生き、なんのために歌うのか」を考えるように告げる。
時は流れ、白い花を咲かせたリンゴ畑で、ハヤテとルンをもつ子供が仲睦まじく過ごしているところで物語は終わる。
登場人物.
当記事では各人物の基本設定、およびテレビ版『マクロスΔ』との相違点について記す。
登場メカ.
劇場版の変更点を中心に記す。
使用曲.
曲名に※がついているものは本作のための新曲。
『激情のワルキューレ』の使用曲.
『激情のワルキューレ』の挿入歌.