しかし、役人の人員削減のため、長崎奉行の松浦信正 (河内守)によりこの役職は廃止されることとなった。ただし、両人の父親が本家の後見役を勤めたこともあるので、一代限りにおいて町年寄末席を許可し、その子孫は出島乙名・唐人屋敷乙名になるようにと命じられた。
長崎奉行との関わり.
また、長崎に新任の奉行が着任する際には、年番町年寄が地役人の代表として日見峠に出向き、奉行の一行が峠で小憩を取る時にその到着を祝う。
萩原伯耆守美雅は、長崎会所の中で素行が悪い者や怠慢な者は免職にして役人を削減し、また経費の削減や役人の不正を防止するようにという指示を出している。その目的は、町年寄の統率力を強化し、地下役人の腐敗・怠慢を無くして貿易業務を円滑化し、不正な資金が地下人達へ流れることを食い止めて利益を確保し、運上金や貿易のための資金を捻出することにあった。
松浦河内守信正は、貿易利益銀の確保と長崎町年寄を始めとする長崎地下役人の人員削減による経費節減を老中より命ぜられ、大幅な改革を実施した。松浦の地下への申渡しは、年番町年寄は長崎会所で業務を遂行し、商人・役人とは会所で接見し自宅で業務を行うことを禁止。地下役人の申請・願書等は、年番町年寄の出勤時間に合わせて提出し、それを町年寄が受理。町年寄の家来が長崎地下に関することを処理することを厳禁し、長崎会所役人が吟味して町年寄が裁断すること。町年寄が月番で取扱っている業務や金銀勘定は会所に移譲し、自宅へ会所役人を呼ぶことは禁じ、問題があれば町年寄が会所へ出向くこと。年番町年寄やその他の町年寄が取扱っていた控諸帳面は、今後は会所が引き継ぐこと。他にも町年寄の会所への出勤・退出時間の規定や、職務に怠慢な者への処罰等、多岐にわたった。
これは、町年寄を頂点とした地下人たちの組織と長崎会所による組織の二重構造となっていた長崎を、年番町年寄を長崎会所上席に据えることで会所に取り込み、その下で諸事を全てにわたり掌握する組織を再構築することを目的としていた。これ以後、町年寄が担当していた勘定関係業務は長崎会所に移管され、貿易に関するさまざまな帳面の作成は会所で担当し、町年寄が裁決することとなった。この他にも本興善町の糸蔵に保管されていた江戸への御調進薬種の扱いを会所に移す等、貿易業務を会所を中心としたシステムに変えていった。