東伏見稲荷神社に近い東伏見橋から武蔵関公園までは緩傾斜護岸化され、開放的な遊歩道になっている。東伏見橋と弥生橋（東伏見駅、早大東伏見キャンパス近く）の近くは川に入って遊べる「石神井川親水広場」（東伏見公園区域内）として整備されており、梅雨時などは水鳥が泳ぐのも確認できる。
中流域.
下流域.
変遷.
上流域（小平市・小金井市・西東京市）.
中流域（練馬区）.
練馬区内での石神井川は、区の中央部やや南寄りを東西へ貫くよう流れている。現在は河川改修により、練馬区内をほぼ一直線に流れているが、元々は大きく蛇行して流れており、そのためこの流域は幅広の氾濫原となっていた。
かつて中流域には関の溜井と呼ばれる池があった。この池は現在残っていないが、武蔵関公園内にある富士見池がほぼ同じ位置に存在する。
下流域（板橋区・北区）.
この後、石神井川は王子駅の直下を通り東側の豊島の低地へ抜けて隅田川へ注いでいる。
下流の流路変遷についての学説.
石神井川の上流から王子付近まで続く谷底低地は飛鳥山の手前で南へ向きを変え、本郷台と上野台の間の谷田川が流れる谷底低地へと地形的に連続している。これらのことから、石神井川がかつては谷田川へと流路を取っていたが、河川争奪によって現在のように隅田川へ流れるようになったとする説が、戦前は地形学者の東木龍七、戦後は地形学者の貝塚爽平などによって唱えられていた。流路変遷が起こった原因と時期については諸説ある。
縄文時代の河川争奪説.
北区飛鳥山博物館では中野らの研究成果に基づき、縄文時代の河川争奪説の解説が展示されている。
中世以降の人為掘削説.
古石神井川とかつての河道.
最終氷期の海退期にも石神井川は存在し、これを「古石神井川」と呼んでいる。ボーリング調査によって、かつての河道は不忍池からほぼまっすぐ南下し、日本橋台（江戸前島）の東側をなおも南下し、西側を並走していた丸の内谷（日比谷入江）を刻んだ平川（現・神田川）と芝浦沖あたりで合流している。これは昭和通り谷と呼ばれている。縄文海進期、海岸線は現在のJR王子駅付近まで迫っていたと考えられ、このときまでに昭和通り谷は海底谷となって隅田川などからの砂礫が埋め、再び海退していくとともに一帯は三角州が形成されたと考えられる。