その後、本作品のヒットにあやかり『続・キングコング対ゴジラ』という続編企画が立てられたが、関沢新一によるプロットが作成されたのみで未制作に終わっている。後年、なべやかんが明かしたところによれば、巨大サソリとキングコングの戦いから始まった後、本作品で死んだゴジラが熱海の海から引き上げられて放電によって蘇生し、阿蘇山麓にてキングコングとの最終決戦に突入するが、新火口の噴火から爆発に遭って両者とも生死不明になるという、『モスラ対ゴジラ』『フランケンシュタイン対地底怪獣』『フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ』に通じるような内容だったそうである。
撮影.
ファロ島のロケは伊豆大島や江の島などで行われた。村を囲う木の杭は、『キングコング』での描写を踏襲している。
特撮.
ゴジラとキングコングの扱いについて、本編監督の本多はそれぞれが日米を象徴する形での対決を望んでいたが、特技監督の円谷英二は日米関係なく子供でも楽しめる怪獣同士が絡み合う面白さを優先し、特撮でもコミカルな描写を取り入れていった。撮影の有川貞昌は、どちらかといえば本多の意見に賛同していたと述べており、従来のゴジラとは異なるイメージを指示する円谷に困惑するスタッフも多かったという。後年のインタビューで本多は、本作品以降ゴジラが擬人化していったことに対して否定的な意見を述べている。
両者のパワーバランスについても、円谷は日本の映画では日本の怪獣であるゴジラの方が強いとしつつも強すぎては物語にならないため、「その都度適当にやろう」という方針であったという。スーツの構造上、ゴジラはキングコングよりも頭が高い位置にあるため、両者が並ぶ場面ではキングコングを台に乗せて釣り合いをとり、対等な力関係を表現している。
熱海城のセットは、大プールに設営されたオープンセットとスタジオセットが併用された。後者では水を張っていない。