直江状が届いた即日、家康は上杉攻めを決定。諸大名に命じ、上杉討伐の軍を組織した。秀治にも「津川口から会津へ攻め入るべし」との書状を送った。これについて堀家では意見が割れた。堀直寄は「太閤（豊臣秀吉）の恩に報いるため上杉と組むべき」と主張したが、堀直政は「秀吉のみの恩ではなく、そもそも（堀家は）信長公の御恩から起こったのだから、秀吉の恩だけを強く感じる必要はない」と主張し、加えて直政は「家康方の勝利は確実なので、堀家のためには家康方」と主張したことにより、堀家は家康方につくこととなり、戦争の準備を始めた。
上杉遺民一揆.
予想される、北陸方面からの徳川方の諸将の会津侵入を妨害・阻止するため、また、景勝が奥羽越佐を一大領国化し、その覇王となることを目指したとする説もある。上杉方は旧領越後国内にて軍事行動を行うことで妨害を行うこととした。
上杉氏は会津に移動して間もないため、越後には当時、会津転封に従わずに越後に残留した上杉家臣や、旧主である上杉氏に誼を通じ、自領を長く支配してきた在地武士（国人）や独立的な諸勢力が多く残っており、逆に言えば新しく入った堀・溝口・村上らはそれら在地勢力の扱いには悩まされてきた。
また堀氏は転封後、即座に検地を行い、作物にこれまでよりも多くの年貢をかけ、また上杉時代は無税であった商品作物などにも課税を行ったことにより、農民などからも恨みを買っていた。これらの統治政策に対し、越後に残った旧上杉方の国人領主・地侍らが堀氏の居城春日山城に大挙して押し掛け、罵声を上げる事件なども発生していた。
また、徳川方の西上により、上杉方は当面の攻撃目標を北方の最上氏に変更したため、越後方面に割く軍勢はなくなった。越後では堀家を中心とした残党の掃討戦が行われ、一揆は自然消滅していった。
なお、片桐昭彦によると、この一揆は上杉景勝の意向ではなく、直江兼続が独断的に動かし、越後の村上・溝口両氏だけでなく、石田三成や佐竹氏らとも交渉を行っていたとする。これは一時的な状況だが、関ヶ原合戦前における上杉氏の政治体制のあり方を象徴的に示しているとしている。
この掃討戦の最中、堀秀治勢に連行された寺泊の豪商の身柄を巡って、秀治は与力大名の溝口秀勝と対立している。
影響.