道元ならではの思想として「修証一等」がある。修証一等とは、「修証一如」とも称し、『正法眼蔵』の巻首「弁道話」のなかで説かれ、「修」すなわち修行と「証」すなわち悟りとは同じ一つのものであって、修行に終わりはなく、また、悟りにも始まりはないという考え方である。したがって、そこにおける坐禅（只管打坐）は、悟るための修行ではなく、すでに悟ったうえでの修行なのだから、たとえば、それが初心者の学問修行であっても、そこには完全な悟りが実現されているとみる。すなわち、道元の説くところにおいては、坐禅は、悟りを得るための手段にとどまらない。坐禅して無心の境地にあるとき、人はすでに覚者すなわち仏陀なのであって、坐禅は仏としての行為（仏行）となる。ただし、仏であるという事実に安住するのではなく、仏であるからこそ、無限の修行を続けていかなくてはならないと理解される。そこから敷衍するならば、生活のすべてが修行なのであり、修行となるような生活をこそ送らなければならない。
なお、この時代の遁世僧は、禅宗のみならず律宗や時宗などもふくめ、一般に顕密諸宗の官僧にくらべて諸国間を移動することが多かった。特に禅宗の場合は各地に「旦過」と称する宿泊施設を設けて僧の逗留に資している。
旧仏教の刷新.
信仰と実践を重んじる「新仏教」があいついで生まれ、武士や庶民に徐々に浸透していったものの、社会的勢力としては南都六宗や天台宗・真言宗などの勢力（旧仏教）が、依然として大きな力を保っていた。特に山門（天台宗）は大勢力を保ち、権門勢力と結んでしばしば新仏教に弾圧を加えた（権門体制）。しかし、「新仏教」の活発な活動に刺激をうけて、いわゆる「旧仏教」内部でも現状の反省と革新への気運が盛り上がってきた。なお、後述するように、「新仏教」と呼ばれる変革運動が実際に社会を動かすような力を持つようになるのは室町時代から戦国時代にかけてのことである。
法相宗.
従来の法相宗の基本的教義である「五性各別説」は、人間のなかには仏性をもたない「無性」の者がいるというものであったが、貞慶は良遍とともに「無性」概念は方便として設定されたものであると述べて「悉有仏性」を説き、法相宗のあり方としては自己否定と称されるほど踏み込んだ考えを示した。