宝船型モーターボートによる航海は何事もなく進んだが、スリルと興奮を求めたのび太の要望でほどほどあらしによるほどほどの嵐を体験する。しかし嵐はほどほどを通り越した激しさで船を襲い、のび太が船酔いに参ったこともあって一行は嵐が止むまで撤退する。その際にのび太は海賊船を見たと騒ぎ立てたがドラえもんもしずかも信じなかった。その後、ジャイアンとスネ夫を敵の海賊役として強引に引き込み、ほどほど海ぞく船でほどほどの砲撃をさせるも、ほどほど装置の故障で宝船はボロボロになってしまう。一行は仕方なく付近の無人島でキャンプをするが、ここでもまたのび太は海賊船を目撃した。
一行は牢屋に閉じ込められるが、ようやくのび太と合流。キッドとベティもジャックと再会する。折しも、偶然から敵のスーツを奪って変装していたゴンザレスとパンチョに助けられ、二手に別れて仲間の救出に向かう。のび太、ドラえもん、しずか、ジャックはDr.クロンを拘束してルフィンを救出。残るキッドらも仲間の海賊の解放に成功し、ベティとジャックは父と再会を果たす。一旦基地から脱出したものの、ドラえもん一行が元の時代に帰るには基地のバリアループを解除し、タイムパトロールにこの島を見つけてもらうしかない。つまりキャッシュの野望を阻止しなければ帰れないのだ。それを聞いた海賊たちもキャッシュ一味に借りを返すべく協力を申し出、一行は戦うために基地へと戻っていく。