進化心理学に対するよくある批判は、その仮説を検証することが困難または不可能であるとして、経験科学としての地位に異議を唱えるものである。一例として、批判者は、現在みられる形質の多くは現在とは異なる機能を果たすために進化した可能性があり、歴史に対する後方推論の試みを混乱させていると指摘している。進化心理学者は自分達の仮説をテストすることの難しさを認めるが、それでも可能であると主張する。
一方レダ・コスミデスはインタビューで次のように述べた。
エドアール・マシェリのレビュー論文「進化心理学における発見と確認」（オックスフォードハンドブック心理学の哲学）では次のように結論付けられている。
スティーブ・スチュワート・ウィリアムズは、進化心理学の仮説は反証不可能であるという主張に対し、そのような主張は論理的に矛盾しているとした。進化心理学の仮説が反証不可能である場合、競合する仮説も反証不可能である。なぜなら、代替の仮説（社会文化的仮説など）が真であることが証明された場合、これは競合する進化心理学の仮説を自動的に反証するためである。競合する仮説が真であるためには、進化心理学の仮説は偽でなくてはならず、つまり反証可能でなくてはならない。
同様の主張はアンドリュー・ゴールドフィンチによってもなされた。こういった批判は一様に不確定性の問題であるという。すなわち、多くの競合する説明がある現象に適応しているとき、どの説明が適切かを決めるのは困難ということである。さらに、実験結果の解釈を修正し、新規の事実と適合するようにしたり実験の信頼性に疑問を呈したりすることができる。しかし、これは科学のあらゆる領域に共通の問題であるため、進化心理学に限って批判として使われるというのは辻褄が合わないとゴールドフィンチは主張している。次に、ゴールドフィンチによれば、競合する説明を区別する方法の一つは、新たな予測を立てたり新事実を発見するための手法と、他の手法による新たな発見に適合するような手法を区別することである。予測を立てたりテストしたりできるような手法を、他の手法による発見に適合するような手法より優先すべきなのである。
他の説明を無視しているという主張.
環境的説明.