ボームの思想はこのような考えと相反するため、多くの人から退けられた。彼のパラダイムは還元主義と相反する。ボームは物理学者の間に浸透している信念として「世界は独立して存在する分割不可能で不変の'基本粒子'により構成され、この基本粒子の振る舞いを知ることによりこの世界の全てが理解できる」があると述べた()。ボームの秩序の考え方によると、全体を構成する個々の要素ではなく、全体に内包されている秩序に重きが置かれる。この考え方では、粒子などの個別の要素はあるレベルでは実在しているとみなせるが、別のレベルでは単なる見せかけにすぎないのである。この考え方に内包されているのは、あらゆるものは本質的に分割不可能であるということである。
この新しい洞察を名付けるとすれば「流動する不可分の全体性」となるだろうか。この見地では「流れ」は流れの中に生滅する「もの」よりも根源的なものとして捉えられる。流れの中にできる渦は比較的安定した構造を持つが、渦が全体の流れとはっきりと区別された境界を持つとは言えず、全体と不可分なものなのである。
ボームによれば、全体は連続する流れであり、ホロ・ムーブメント(全体の流れ)と呼ばれるのである。
量子論と相対性理論.
ボームが新しい秩序の考え方を持つに至ったのは、量子論と相対性理論のよく知られた不整合がある。ではこの問題を以下のように述べた。
...相対性理論においては、運動は連続的であり、因果律に従い、よく定義されている。しかしながら、量子論においては、不連続で、因果律に従わず、またよく定義されていない。どちらの理論もそれ自身の持つ静的で断片的な実在（相対性理論では、お互いに信号をやり取りできる独立した事象、量子論では明確に定義された量子状態）によって記述の形式が制限されているのである。このため、それらの基本的な構成要素を捨て去りながら、両者の基本的特徴を兼ね備え得るものが新しい理論の形として浮かび上がるのである。この新しい理論においては旧理論の特徴は不可分の全体に内在するより深い秩序から派生するのである。
隠れた変数理論.
「内在秩序」のアプローチの以前は、ボームは隠れた変数理論を提案していた(ボーム解釈を参照)。ボームによると、彼が隠れた変数理論を唱えたのは純粋にそのような理論が構築可能であることを示すためであった。これについて はこう述べている。