プランクトンが気付くと巨大化したバーガーがそばで寝ていた。その場から逃げ出すがカレンのモーニングコールはバーガー目覚めさせる。プランクトンはレーザーを自分に向け、巨大なモンスターと化す。バーガーはプランクトンを追いかけ、ビキニタウンを破壊する。そして高層ビルに隠れるバーガーを見つける。各階を破壊して強制的に露わにする。その頃、スポンジ・ボブとジェンキンスはワームの口から脱出、プランクトンを見つける。バーガーはプランクトンを掴み、スポンジ・ボブを複葉機で逃げる。それに怒ったプランクトンはは複葉機を追いかける。
スポンジボブはバーガーを倒す考え巡らせつつプランクトンから逃げる。下水道や建設現場などを移動したあと、スポンジボブはラジオ塔にプランクトンを誘い出す。スポンジボブは塔と不安定にさせるため支柱を破壊、プランクトンの後ろに倒れ込む。痛み苦しみだすと申し訳ない気持ちになったスポンジ・ボブは彼を助けようとするが、逆に捕まってしまう。
エンディング.
プランクトンを小さくした後、彼はパトリックとスポンジ・ボブをバブルの夢へ連れて行き、カニカーニで医者に頭を見てもらう。医師は彼らがこのような奇妙が夢を見たのは眠る前にバーガーを食べたせいだと話した。バーガーの化学組成は生物に夢を生み出す影響を与えた。スポンジ・ボブはどれだけバーガーのこと知っているのか医師に聞く。すると医者は服を脱ぎ、自分が夢の中でバーガーであったことを明らかにする。スポンジ・ボブ、パトリック、プランクトンは彼を追いかけ最終レベルに進み、バーガーの賞品のためにみなは悪夢のようなレースに挑む。初回に操作できるのはスポンジ・ボブのみでパトリックとプランクトンを操作するにはゲーム中に存在するスリーピーシーズを集めてアンロックする必要がある。エンディングはキャラクターによって異なる。