これを受けてラビン首相は軍事的手段による人質解放作戦「オペレーション・サンダーボール（サンダーボルト作戦）」の実施を決意し、イスラエル国防軍の派遣を決定した。なお、事件後に公開された多くの文献が、ペレス国防相を除く当時のイスラエルの内閣は軍事的手段の成功に見込みを持っておらず、パレスチナ人テロリストの釈放準備を整えていたことを示している。
作戦経緯.
エンテベへの飛行.
サウジアラビアなどの敵国上空を避けながら紅海沿岸を飛行し、アフリカ大陸を南下しエンテベに向かった。なお離陸時点では作戦の決行はまだ指示されておらず、エチオピア上空を飛行中（領空侵犯中）に最終的な作戦決行の指令を受けた。
攻撃開始.
人質解放.
なお、人質およびイスラエル国防軍部隊がベン・グリオン国際空港に到着し歓迎を受ける風景は映像に収められ、作戦に参加したイスラエル兵の顔が映らないよう細工された上で世界各国に配信された。
この救出作戦を、イスラエル側では「オペレーション・エンテベ」、または「オペレーション・サンダーボール/サンダーボルト」とも呼ばれる。また作戦で唯一戦死したヨナタン・ネタニヤフ中佐に因んで「オペレーション・ヨナタン」とも呼ばれる。
人質殺害.
また、アミン大統領はケニアが事件の際にイスラエルに協力したとして、ウガンダ在住の数百人のケニア人の殺害を命じている。
作戦評価と事件分析.
成功の理由.
攻撃作戦立案の間、イスラエル国防軍は空港ターミナルビルの部分的な実物大模型を構築した。模型の建設は実際にターミナル施工に従事した作業員が担当した。作業員達はどのような仕事を行うか伝えられずに軍の基地に呼び出された。彼らは軍の指揮官と共に夕食を取り、国家安全保障のため模型建設後数日間は基地からの外出を認めないことが伝えられた。作戦行動中は非常に高度な機密保持が行われた。
主権侵害.
ウガンダ政府は後に「主権を侵害された」としてイスラエル国防軍の攻撃に対する非難を行い、国際連合安全保障理事会の招集を要求した。しかし、アミン政権がハイジャック行為を積極的に支援していたという背景があることなどから、安全保障理事会は最終的にこの問題に対するいかなる決議をも下すことを拒絶した。またこれにより国家防衛と自国民保護における国の主権を強化する国際法上の重要な先例を確立した。
事件陰謀説.