興行収入が減り続けていたため、「しんのすけが主人公としてメインで活躍する作品を作る」という方向で制作されたことが、監督の原恵一やプロデューサーの茂木仁史によって証言されている。そのため、本作はしんのすけとひまわりが中心のストーリーとなっている。また、本作ではしんのすけ以外のかすかべ防衛隊メンバーがいつもの私服姿ではなく、別物の私服姿になっている。
劇中、猿とパラダイスキングが踊るシーンでは、カール・ダグラスが歌う「吼えろ! ドラゴン」（劇中テロップでは「吼えよ! ドラゴン」に改名）が使われた。詳細は#主題歌を参照。
前作に引き続き、春日部市民が多数登場している他、酢乙女あい・黒磯・染谷・野原銀の介が劇場版に初登場。
その他.
劇中劇『映画アクション仮面・南海ミレニアムウォーズ』は、SML映画社によって制作、配給されているが、その屋号とロゴマークは前々作『クレヨンしんちゃん 電撃!ブタのヒヅメ大作戦』に登場した秘密組織SMLのものと同じである。
今作では臼井儀人が登場せず、書き置きのみが残されていた。
あらすじ.
野原しんのすけや幼稚園の子供たちも夢中になっている『アクション仮面』の映画最新作「南海ミレニアムウォーズ」が公開される。アクション仮面の敗北を示唆する予告にしんのすけはどぎまぎし、野原一家・風間トオルとそのママ・桜田ネネとそのママ・佐藤マサオとそのママ・ボーちゃん（いつも通り親は不在）は、映画の完成を記念した豪華客船ツアーに参加し、船の旅を満喫する。その一方、いつもの春日部はしんのすけ達がいなくて一部はのんびりしたり、少し寂しかったりする人達もいたのであった。
そして夜。待ちに待った船上試写会が始まった。だが、その試写会の途中で上映が突然ストップ。謎のサル軍団が現れてツアーに参加している全ての大人達とアクション仮面役の郷剛太郎を南の島へ拉致し、子供達だけがとり残されてしまった。
その島を支配していたのは、サル達を率いるパラダイスキング。彼は自らの野望のため、大人達を奴隷にし、子供たちを洗脳するためにアクション仮面を打ち倒そうとしていた。