諸説あるが、江戸時代、臨済宗の僧・沢庵宗彭が考案したという説がある。沢庵は紫衣事件で出羽国に流罪となり、春雨庵（山形県上山市）に隠遁したが、付近住民の差し入れた大量の大根を干して漬け込み、保存食にしたといい、現在、春雨庵境内には「沢庵漬名称発祥の地碑」がある。その後、江戸に戻った沢庵が創建した東海寺では「初めは名も無い漬物だったが、ある時徳川家光がここを訪れた際に供したところ、たいそう気に入り、『名前がないのであれば、沢庵漬けと呼ぶべし』と言った」と伝えられている。異説として沢庵和尚の墓の形状が漬物石の形状に似ていたことに由来するという説もある。なお東海寺では禅師の名を呼び捨てにするのは非礼であるとして、沢庵ではなく「百本」と呼ぶ。
また別の説によると、元々は「混じり気のないもの」という意味の「じゃくあん漬け」、あるいは、「貯え漬け（たくわえづけ）」が転じたとも言われている。
製法.
漬物製造業では天日干しのほか塩押しで脱水しているものもあり、それぞれ天日干したくあん、塩押したくあんと呼ばれている。
三浦半島や三重県伊勢地方、徳島県などでは、伝統的製法による沢庵が今なお商品として生産されており、付加価値が付いた名物となるとともに一定の需要を得ている。また、紀の川漬のように米糠に代えて麦のふすまを用いるものもある。
高知では暖かい土地柄で発酵が進みやすく、糠漬けなどはすぐに酸っぱくなってしまう。そのためか沢庵漬けなどはあらかじめ酸味を添加してある物があるほどである。
なお、沢庵漬けと塩漬けした秋なすを一緒に漬け込んだものを沢庵百一漬という。
料理.
多くは、糠から取り出したダイコンを水洗いして、糠を落とし、薄切りにして食べる。ご飯のおかずとして食べたり、お茶請けとしても用いられる。千切りにして仕出し弁当の添え物などに用いられることもある。
日干し大根を用いた伝統的な製法の沢庵では、古くなった場合、塩抜きして油いためにしたり、煮物などの料理に使用することがある。
なお、以前たくあんに油分を加えて中華風に味付けしたものを、桃屋が「根菜」として瓶詰めにして販売していたが、製造終了となっている。
新香巻（しんこまき）.
海苔の上に酢飯を乗せ、その上に細切りにした沢庵を乗せて、巻き簾を使用して細巻きにした海苔巻き寿司。四等分や六等分にして盛り付ける。
いぶりがっこ.