頭部はあんパンでできている。あんパンの餡で最も一般的なのはこし餡（こしあん）と粒餡（つぶあん）だが、原作者やなせは、アンパンマンの餡は粒餡だと言った。その理由としては、自分が好きなのが粒餡だから、そして、粒餡の形状を脳みそに見立てたのだという。また、やなせと一緒に仕事をしていた永六輔が「こしあんが好きだから（アンパンマンの顔も）こしあんだ」と言うと、やなせは「絶対に粒あんだ」と言って譲らなかったらしい。その理由は、「沢山の人がいて一つのことができるように、あんこも沢山の粒がないと成り立たない。こしあんだと一粒一粒が残らない。」というものだった）。なお、本項では「頭部」「頭」と呼んでいるが、作品『アンパンマン』では、古いものから新しいものに取り換えられるこのような頭部を「顔」と呼んでおり、新しく用意された頭部（改めて作られたあんパン）のことを「新しい顔」と表現している。
体の構造は不明。「身体はない」という説もある。ただし、「アンパンマンはパンの妖精（のような存在）なので、体が何でできているのかは分からない。」という設定は存在する。やなせは生まれた時の裸体を一度だけ描いたことがある。前述のとおり、飲食をしないが、かつては歯が生えている描写があり、はみがきまんが登場する話では歯磨きをしていた。また、涙や汗を流すことが稀にあり、それが原因で力が半減したこともある。
また、目には見えないが、アンパンマンの体には前述の「いのちの星」が溶け込んでいる。いのちの星がないと復活することができず、映画『いのちの星のドーリィ』では死亡する描写がある。ほかにも火事や雪崩などに巻き込まれた際に生死不明となったことがあるが、いずれも最終的には星の力によって復活している。
赤を基調とした服の真ん中にニコちゃんマークを付けている。黄色い手袋をしている。初期は時々五本指が描かれていたが、その後、常にボール状に描かれるようになった。履いているブーツも色は黄色。
寝るときはパジャマに着替え、ナイトキャップをかぶってベッドで寝ることがあるが、昼間と同じ格好のまま寝ている（マントを除く）時もある。演劇に出演する時をはじめ、浴衣 やタキシード など、他の衣服を着ることもあるほか、服が洗濯中の際にカレーパンマンの服を借りたこともある。
顔.