後醍醐天皇無罪判決の後も、側近の日野資朝と日野俊基は、無礼講という身分秩序を無視した茶会を開いたことを口実に、鎌倉へ護送され、取り調べが続いた。これは、事態をうやむやにしたい幕府の意向があったのだと推測される。もし後醍醐派を完全に無罪としてしまうと、今度は黒幕として持明院統や邦良親王を捜査せざるを得なくなるが、すると天皇家内部での明確な敵対が世間に明るみに出てしまい、天皇家と一定の距離を保ちつつ秩序を維持したい幕府にとっては最悪の事態になってしまう。そこで、他愛もない風紀問題を口実に資朝・俊基を捕縛して、政治的判断を下すための時間を稼いだのではないか、と推測されている。
背景.
河内祥輔は後醍醐の人物像について以下のように主張した。
経緯.
事件当日.
この事件に係わる武士は全て土岐氏関係者である。以下に図を示す。
この事件の真相を知るには国長と頼有の弁明が必要だが、六波羅は両者の捕縛に失敗して自殺させてしまったため、結局は頼員の「自白」しか証拠がない。しかし、日本史研究者の河内祥輔によれば、仮に頼員の討幕説が正しかったとしても、討幕軍は土岐氏庶流のみであり、六波羅を滅ぼすに足る兵力とは到底言えない。また、国長が実際に延暦寺・興福寺や他の武士を誘っていた実証的証拠もないという。
このように、頼員の主張は鵜呑みにするには疑惑が多く、幕府・六波羅探題は検証のため、後醍醐側である日野資朝・日野俊基の弁明も聞こうとし、また土岐氏嫡流側にも調査の手を進めた。
討幕説の流布.
はじめ六波羅探題は、後醍醐天皇謀反説を信じ、これを触れ回った。正中元年事件に勢いづいたのは、持明院統と邦良親王派である。
河内は以下のように主張する。そもそも後醍醐謀反の証拠は、土岐頼員の密告以外には存在せず、六波羅はその検証を後回しにして京や幕府に広めてしまった。謀反が真なら、後醍醐退位は大覚寺統邦良派と持明院統の両方に望まれていることであるから、幕府は遠慮なく後醍醐を処分したはずである。そうならなかったのは、幕府が事件後に十分な検証をした結果、後醍醐の謀反は本当に冤罪であると認定したためであろう、という。
討幕説延命.