例外は尾瀬の大部分の山小屋・上高地エリアの槍沢ロッヂや横尾山荘・富山県の剣山荘などの谷川に面した山小屋のごく一部や、御嶽山の二ノ池周辺の小屋のように高山湖の水が使用できる小屋、三斗小屋温泉・赤岳鉱泉・本沢温泉・白馬鑓温泉・法華院温泉など温泉や鉱泉の出る山小屋などが挙げられるが、極めて稀な例ではあるが、八ヶ岳の赤岳天望荘や富山県の仙人池小屋、大峰山山上ヶ岳の宿坊群のように稜線上の小屋にもかかわらず宿泊者用の風呂を備えたところや、徳島県の剣山頂上ヒュッテのように山頂にもかかわらず宿泊者用の風呂を備えたところもある。小屋の近くに残雪が残っている間だけ風呂を提供する山小屋もある。剣沢小屋などシャワーを備えた小屋も増加傾向である。ただし、排水が自然環境に与える影響を少なくするため、及びお湯の使用量をできるだけ少なくするために、宿泊者の石鹸やシャンプーの使用が禁じられている。なお、上高地の山小屋の一部や登山口の山小屋の一部などは、石鹸類の使用が可能のところもあるが例外的である。
なお、従業員用の風呂は、富士山のように水が極めて不足している山域を除くほぼ全ての山小屋にあるが、水の貴重な山小屋や燃料の輸送が難しい山小屋では従業員の入浴回数も制限される。
宿泊料金.
山小屋によっては閑散期にはグループごとに部屋を分けてくれて事実上の個室にするところもあり、この場合は個室料は不要だが、多くの小屋は閑散期でも清掃の問題から一部の部屋だけに詰め込む傾向がある。
休憩するだけの登山者に茶や茶請けを無料で提供するところもあるが、出来れば茶代を払うことが望ましい。
避難小屋は一般には無料で利用できる。ただし、利用料金がかかるところ、あるいは「寄付」を受け付けているところもある。利用料金がかかる避難小屋の場合、事前に山麓の所有者や管理人宅で代金を支払って鍵を受け取る必要のあるところもある。この場合下山後に鍵の返却が必要になる。避難小屋のうち、時期によっては管理人が入る小屋の場合は、その期間のみ有料になることが多い。
物資の輸送.
登山口の山小屋等、車道が通じている山小屋や、ロープウェイ・リフトが通じている山小屋は別として、多くの山小屋にとって物資の輸送は重要な問題である。