なお、正確な制作時期は不明だが、吉野の吉水神社には、文観と後醍醐天皇の合作による両界種字曼荼羅が残されている。両界曼荼羅は一般に死者追善のために作成されるもので、特に両界種字曼荼羅は真言律宗とも関わりが深い。内田啓一は、時期から考えて、文観と後醍醐天皇が戦死者の安寧を祈って制作したものであると推測しており、「後醍醐天皇の清浄な作善」、（文観は）「これだけ清浄な作善という意味を含めて、関連作品を残した事相僧はいない」と評している。
後醍醐天皇崩御.
『瑜伽伝灯鈔』によれば、文観は後村上天皇の代においても護持僧（祈祷によって天皇を守護する高僧）を務めるように宣下を受けたという。同書によれば、その後、文観は後村上天皇に両部灌頂という儀式を授けている。
その後の南朝側の明確な史料は現存しないものの、おそらく文観が新帝である後村上天皇の護持僧として、先帝供養のための一連の仏事の導師を引き続き担当したと考えられる。
一方、北朝においても後醍醐天皇への仏事が盛大に行われていた。『師守記』等によれば、これは北朝公家側よりも武家である将軍足利尊氏の意向が大きかったという。最も著名なのは、臨済宗の禅僧である夢窓疎石によって、後醍醐帝鎮魂のために開かれた天龍寺の建立である。
後村上天皇護持僧として.
文観が三衣袈裟寄進の際に用いた箱である「蒔絵螺鈿筥三衣入」（金剛峯寺蔵）は、この容器そのものが美しい芸術品であり、重要文化財に指定されている。内田啓一の主張によれば、この箱の製作に文観が直接関わったという確実な証拠はないとはいえ、文観はこれだけ後醍醐・後村上朝の美術品の監修を手掛けてきたのだから、この箱についても何らかの形で参画していたと想定しても良いであろうという。
最晩年.
山城国浄瑠璃寺へ.
正平の一統による返り咲き.
また、このころ慶派仏師の名彫刻家である康俊が東寺大仏師に補任されており、文観との関わりがあったと見られている。なお、同じく文観と繋がりが深いために紛らわしいが、この康俊は、鎌倉時代末期に文観の発願により般若寺本尊の文殊像（重要文化財）を製作した興福寺大仏師康俊とは同名の別人と考えられている。
大和国長谷寺へ.
河内国金剛寺へ.
入滅.