倉西聡は「フーガ」は幾つかの声部（独立した旋律）の模倣技術によって成立するものであることから、人物が次々に入れ替わる三人称の断章が「フーガ」、一人称の断章が「前奏曲」であると考えられるとした上で、福永の「そのような断章がたくさんあるとすれば、さまざまの人間関係がそこに描き出され、断章がお互いに響き合うような効果を出せるだろう」との言葉を引用して、読者に音楽的な感覚が生じるように意図されているとする一方で、「前奏曲」に当たる一人称の断章は澁か安見子からの視点が殆どを占め、「さまざまの人間関係」を描き出す効果から考えると問題があること、「フーガ」に当たる三人称の断章の独立性が弱く、「前奏曲」の補足となってしまっていることを挙げて、音楽的効果は稀薄で、「フーガ」同士の横の繋がりよりも寧ろ、「前奏曲」と共に読者を引っ張っていく要素となっている部分があることを指摘している。
倉橋由美子は『海市』を「いくらでもあるようで実はめったにない本物の恋愛小説で、恋愛小説といえばまずこの『海市』が頭に浮かびます」と述べた上で構成に言及し、数々の断章について「それを読み進むのは海中の都市の複雑な街路をたどっていくのに似ていますが、最後まで来た時、不意に目の前が開け、すべての断片が立ち上がって宙に並び、愛と死の物語全体が海上に浮かぶ都市となってその姿をあらわすのです。こうして蜃気楼を見る瞬間の戦慄、それが恋愛小説『海市』のすべてです」と称賛している。