自民党ではこども家庭庁に幼稚園、保育園、認定こども園を一元化する方向で調整しているが、文部科学省や内閣府による縄張り争いにより踏み込めず、器作りが先行する形となっている。
課題.
設立思想の違い.
保育所は社会保障のセーフティネットとしての役割を持ち平等な保育（教育）が原則であるのに対し、幼稚園は入園の応諾義務と授業料の公定が教育になじまないとして反対している。
根拠法の違い.
保育所は保育に欠ける児童を収容する児童福祉施設であり、幼稚園は就学前に通わせる教育施設である。その目的にあわせて、施設整備や人員配置、カリキュラム作成が行われている。
保護者の違い.
保育所児の保護者は原則として、共働き又は一人親家庭であり、幼稚園の保護者は片働きである事が多い。幼稚園の保護者会は専業主婦の都合に合わせ昼間の時間帯に行われることが多いが、保育園では保護者会は就労事情を考慮し就労時間外に行なうことが多い。
設備.
労働組合の違い.
幼稚園教職員は日本教職員組合や全日本教職員組合などの教職員組合に加入することになるが、保育所職員は公立では全日本自治団体労働組合や日本自治体労働組合総連合など各自治体の労働組合、私立は全国福祉保育労働組合などの独自の労働組合に加入することになる。
業界団体の違い.
ぞれ全国規模の業界団体が異なる議員を支援しているため、族議員である橋本龍太郎（厚生族）と森喜朗（文教族）により一本化が実現しなかった。
社会保険の違い.
公立幼稚園教職員は公立学校共済組合、私立幼稚園教職員は日本私立学校振興・共済事業団の組合員となる。公立保育所職員は各自治体が加入している共済組合(又は健康保険組合)の組合員、私立保育所職員は全国健康保険協会の被保険者または健康保険組合の組合員となる。そのため、保険者選択の必要が生じる場合や、保険料の按分負担が生じる場合が想定される。
資格.
幼稚園教員は幼稚園教諭（専修、一種又は二種）免許状が必要、保育所は保育士資格を有する職員を置かなければならない。
大学・短大・専修学校等の養成課程では認定こども園制度の発足に伴い、幼稚園教諭・保育士を両方取得できるようにカリキュラムを改定している。
入所選考について.
幼保連携型認定こども園の保育所部分の入所選考は、当該自治体の保育所の選考基準に準じて認定こども園が定めた基準により行なわれる。