水中では、水域が干上がるような場合を除いて水不足とは無縁でいられるので、乾燥への対応を迫られることの多い陸上に比べ、その点では有利である。また、浮力があるので体を支える必要もないため、水草の体は軟弱であるものが多い。また、乾燥した陸上に比べて急激な温度変化が少ない。他方、酸素と二酸化炭素の供給には恵まれない。特に、維管束植物では非同化組織が多く、酸素を供給してやらなければならない。そのため、茎の中は空気が通れるようになっているものも多い。レンコンの穴はその例である。種類によっては呼吸根といって、根の一部が地下から上に伸び、水中や水面に顔を出す。また、水は光をよく吸収するので、水中は陸上に比べ、はるかに光合成量が稼げない。したがって、多くの水中植物はできるだけ水面に顔を出すような適応をしている。水面に出た葉は水を被らないよう、表面に水を弾く仕組みがある。また、葉や茎に浮袋を形成して水面に浮くようになっているものもある。
湖沼に生育する水草には岸から沖に向かって、水深に対応した帯状分布が見られることがよくある。岸の水辺付近がなだらかであれば、湿地性の植物が生える。水が溜まる辺りから、次第に抽水性で背が高くなるものが生え、ある程度の深さまでを占有する。抽水性のものが入れない深さになると、水面を浮葉性の水草が占め、それらの隙間から沈水性の水草が顔を見せる。浮葉性の植物でも届かない深さでは、水草はほとんど見られないが、水底には車軸藻類の生育が見られる場合もある。車軸藻類も、水深による帯状分布を示すという。
なお、浮遊性の水草は大きな水面では風によって流されてしまい、生育できない場合が多い。多くの場合、抽水性の水草の生育区域で、その茎の隙間の水面に出るか、沈水性や浮葉性の植物が水面に繁茂して、水面の水の流れが滞ったところに出現することが多い。
沈水性の水草.
浮葉性植物などであっても、芽生え頃には、すぐには葉を水面に出せない場合がある。そのため、本来の葉とはやや異なった水中葉を持つ種がある。場合によってはこの水中葉で過ごす時間が長いこともあり、逆に気中葉をあまり出さないものもある。