一方で、内閣総理大臣在任中の小泉純一郎による靖国神社参拝が問題になっていた頃、参拝に反対する自民党議員の勉強会に講師として呼ばれた後藤田は「くだらない負け惜しみは言わない方がいい」と発言している。「つくる会」の新しい歴史教科書（扶桑社発行）についても、反対の立場をとった。
政治家引退の時の演説.
憲法と安全保障.
警察予備隊本部課長時代、福知山市で水害が生じたときに駐屯地の司令が手続きを踏まずに独断で部隊を出動させる出来事があった。このとき後藤田は「実力をもった部隊の独断専行は絶対、許すべきではない」「こういうときこそ、将来のため、現在において厳しい躾をしておかなくてはならない」と、文民統制徹底の観点から厳しい姿勢で臨んでいる。
後年は安全保障や憲法の問題に関してはハト派寄りの発言が多いことで知られたが、憲法については「国のためにあるのであって、憲法のために国があるのではない」として野党や進歩的文化人と異なる見解を示している。
冷戦終結後は米軍への基地供与には消極的であり、日米安保条約を平和友好条約に変換すべきとの考えも持っていたが、普天間基地移設問題に関して岡本行夫から辺野古移設について説明を受けたときには否定も肯定もしなかった。一方で上述の琉球フォーラムでは、「戦勝国の軍隊がいつまでも敗戦国の中にあって、従来の基地を別の基地に新しく作るなんてことは、新しく作られる側の住民が賛成するわけないじゃないですか」「私は日本の立場というものをこの機会にこそ、アメリカに対して強硬に主張すべきだと思います。過去六十年間、日本は独立したといいながら、実際は半保護国の状態にあるのではないか」と述べている。
また、日本の情報機関については他国に比べて極めて貧弱であり強化すべきであるが、情報の収集・防衛に特化させ謀略は行うべきでないとの考えであった。
政治改革.
しかし、自民党政権下の海部・宮澤内閣では法案不成立となり、小選挙区制度の導入を含む政治改革四法が成立したのは、非自民連立政権である細川内閣においてであった。この日のメモに後藤田は「感無量、ただ、未だ三合目。政治改革の目的から見れば出発点にすぎぬ。今回の改革はただ変革の第一歩にすぎない」と綴っている。
経済政策.