京都に残留した幕府の官僚組織は、政元ではなく幕府政所頭人で山城守護伊勢貞陸（貞宗の子）が掌握しており、政元との間で駆け引きが繰り広げられることになる。貞陸は富子の要望で義澄を後見する役目を担っており、義澄や政元の決定も貞陸の奉書作成命令をなくしては十分な有効性を発揮することは出来なかったのである。これに関連して明応の政変直後に貞陸が義材派の反撃に対抗することを名目に山城国一揆を主導してきた国人層を懐柔して山城の一円支配を目指し、政元も対抗策として同様の措置を採った。このため、国人層は伊勢派と細川派に分裂してしまい、翌年には山城国一揆は解散に追い込まれる事になった。
畠山氏は政長が自害したことで尾州家が没落、政元に支持された総州家の基家が家督を継承した。基家はすかさず尚順が逃げた紀伊を攻めたが、これは撃退されており、尾州家と総州家の分裂は依然として解消されなかった。
また近年では、同年に発生した伊勢宗瑞（北条早雲）の伊豆侵攻が、義澄の実母と実弟を殺害した異母兄である堀越公方の足利茶々丸を倒すために義澄の命を受け政元や上杉定正と連携して行われたとする見方が有力になっている。早雲は伊勢貞宗とは従兄弟に当たる幕臣（奉公衆）であり、伊豆の隣国である駿河国守護の今川氏親の叔父で駿河国内に居城と領地を持っていたからである。
さらに明応の政変と今川氏親・伊勢宗瑞の動きはもう一つの三管領である斯波氏にも影響を与えたとする指摘もある。当時の宗家（武衛家）では隠居の斯波義敏が京都で義材に与して政元を牽制し、当主の斯波義寛が領国の尾張国および遠江国で領国経営の立て直しを行うことで幕府への影響力回復と守護代織田氏らの抑制を図ることに成功していたが、政変によって義材派であった義敏父子の幕府への影響力が低下した一方で、応仁の乱以来断続的に続いてきた今川氏の遠江侵攻が活発化したことで義寛が尾張から遠江に兵を進めざるを得なくなり、斯波氏は中央政治から姿を消すことになったとみられている。
当たりギャグは「なんで（ど～して）そうなるの!」（萩本）、「飛びます! 飛びます!」（坂上）。
来歴.
コントについて.