現在の松本市中心部は、信濃国筑摩郡の一部であった。奈良時代の終わりに、上田から信濃国の国府が遷移し、鎌倉時代には信濃国守護館が置かれた。室町時代に入ると国府の機能は形骸化し廃止されるが、江戸時代には小藩の乱立に加えて天領が細かく入り組む信州に於いて、最大の商業都市であった。明治時代のはじめには筑摩県（長野県の南半分が該当）と旧長野県（長野県の北半分が該当）が統合され旧信濃国が一つの県になった。これにより松本は一県の県庁所在地としての地位は失ったが、大正末期から昭和初期までは長野県の商業の中心地であった。
先史・古代.
奈良時代の終わりから平安時代の初期に国府が上田から移転した。国衙の比定地については諸説あるが、いずれも市東部で、惣社説（そうざ）、大村説、山辺説などがあり、中でも惣社が最有力視されている。また奈良時代には朝廷と太いパイプを持つ人物により、束間の湯に行宮（天皇の別荘）を作る計画が持ち上がり、高田新家らが派遣されたが、崩御によって頓挫した。
市内の古刹兎川寺、放光寺、牛伏寺はいずれも飛鳥時代から奈良時代の草創伝承を有する寺院である。兎川寺は聖徳太子、放光寺は行基を伝承上の開基とする。牛伏寺は善光寺へ奉納するための大般若経を運んでいた牛が、この寺の麓で伏せ倒れたことからこの寺号がついたとされ、坂上田村麻呂が再興したという伝承が残っている。
中世.
鎌倉時代初期には埴原城が建設された。市南部の神林からは高僧「心地覚心」が誕生した。市北部の島内は犬甘氏が支配しており、犬甘島と呼ばれ盛んに開発された。犬甘氏は犬甘城を現在の城山に建てたが、後述する小笠原氏の家臣となったため犬甘城は小笠原氏の支城となった。建武の新政を巡り、中先代の乱が勃発すると、戦乱によって国衙が焼失した。
南北朝期になると甲斐源氏の一族である小笠原貞宗が国司兼守護職を拝命して松本に入った。小笠原氏は井川に城館を築き、後に井川城と呼ばれるようになった。当時は市東部の山々に山城が多く作られ広沢寺などの寺社も多く建立された。また、市のシンボルである松本城の前身「深志城」は小笠原氏の家臣である島立（しまだて）氏によって築城された。御伽草子のなかに登場するものぐさ太郎はこのころ新村で誕生したとされる。