遠い遠い国は大都会。出迎えた国王夫婦と国民たちは、シュレックが緑色の怪物だと知って茫然となる。晩餐会でも国王とシュレックの溝は深まるばかりでフィオナは途中で席を立って部屋に閉じこもってしまう。そこへフェアリー・ゴッドマザーが現れ、フィオナの願いをかなえてあげると唆すが、フィオナは断る。その後、シュレックもフィオナの部屋を訪れ、帰ると主張するシュレックに、フィオナは両親と仲良くする努力をしてほしい頼み、シュレックとフィオナは仲違いする。その夜、偶然子供時代のフィオナの日記を見たシュレックはその中にチャーミング王子という婚約者がいたことを知り、怪物であることに苦悩する。
フェアリー・ゴッドマザーは次に国王を呼び出し、昔に国王の望みをかなえる代わりに取り交わした約束に従って、フィオナをフェアリー・ゴッドマザーの息子・チャーミング王子と結婚させるよう責め立てる。しかたなく国王は殺し屋・長ぐつをはいたネコをシュレックに差し向ける。しかし、偶然の出来事もあって暗殺は失敗し、さらに長ぐつをはいた猫も恩を返すためにシュレックの仲間に加わる。シュレックは国王にそんなに嫌われていたのかと落ち込み、フィオナのためにも自分を変えようと決心する。
監禁されていたシュレック達は魔法の鏡でその様子を見ていたクッキーマンやピノキオたちおとぎ話のキャラクターに助けられ、仲間たちと共に城に乗り込んだ。シュレックが乱入したことでチャーミング王子はシュレックではないことを知ったフィオナは彼の元に向かうも惚れ薬入りお茶を飲んだ彼女にチャーミング王子はキスをして自分のものにしようとするが罪悪感を抱いた国王が普通のお茶とすり替え、阻止された。
フェアリー・ゴッドマザーは魔法の杖でシュレックを攻撃するが、国王がシュレックを庇い、鎧によって跳ね返った魔法によってフェアリー・ゴッドマザーは消滅した。その効果で国王は元の「カエルの王様」のカエルに姿に戻り、今までの非礼を詫び、二人の結婚を祝福した。
シュレックはフィオナに、今キスすればこの美しい姿のままでいられると言ったが、フィオナは怪物の姿を選び、2人はまた緑色の怪物夫婦に戻って、みんなから祝福されて醜く幸せに暮らした。そしてドンキーもドラゴンとの間に生まれた子供達に囲まれ、幸せに暮らした。
キャスト.
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