義輝の最期に関しては諸説ある。フロイスの『日本史』では、義輝は自ら薙刀を振るい、その後は刀を抜いて抵抗したが、敵の槍刀で傷ついて地面に伏せられたところを一斉に襲い掛られて殺害された、と記されている。『足利季世記』では、奮戦する義輝は三好の兵を寄せ付けず、最期は槍で足を払われて倒れたところを、寄せ手の兵たちに四方から障子を覆い被せられ、その上から刺し殺された、と記されている。事件の際に在京していた山科言継の『言継卿記』には、義輝が「生害」したと記されており、討死したとも自害したともとることができる。後世には、松永貞徳の『戴恩記』の御所を囲まれて切腹したというものや、『常山紀談』の「散々に防ぎ戦ひて終に自害有ける」といった、自害したという明確な記述も見られるようになる。
この時、義輝とともに多くの幕臣が討死・自害にしたが、三好軍は義輝の生母である慶寿院も自害に追いやり、側室の小侍従局までも殺害している。殺戮が終わると、三好軍は二条御所に火をかけ、多くの殿舎が炎に包まれたという。この日の夕刻、御所の焼け跡には夕立の雨が降ったと伝えられる。
没後.
だが、三好氏による主君弑逆は世間を憤慨させた。特に義輝と親しくしていた大名らは激しく憤り、上杉輝虎は「三好・松永の首を悉く刎ねるべし」と神仏に誓ったほどであった。また、河内の畠山氏の重臣・安見宗房も「前代未聞で是非も無いこと。（略）無念の至りだ」と怒りをあらわにし、上杉氏の重臣である河田長親と直江景綱に弔い合戦を持ちかけている。朝倉義景の重臣らも同様に、「誠に恣の行為で、前代未聞、是非なき次第で沙汰の限りだ」と怒りをあらわにしている。
辞世の句.
義輝の辞世は以下の句が伝えられている。だが、同年代の史料より確認されるものではないため、実際に義輝が詠んだか真偽は不明である。
「五月雨は 露か涙か 不如帰　我が名をあげよ 雲の上まで」
義輝殺害の理由・経緯.
義輝が殺害された理由や殺害に至るまでの経緯に関しては諸説あり、未だ定説には至っていない。
系譜.
義輝を題材とした作品.
舞台
楽曲
バルバラ・ゴンザーガ
生涯.
はつかいち市図書館
徳島市農村環境改善センター
徳島市農村環境改善センター（とくしましのうそんかんきょうかいぜんセンター）は、徳島県徳島市国府町井戸にある農業に関する施設。
概要.