日本のデータベース運用は国際標準に届かないとして、犯罪捜査において、DNAをデータベースに照合するだけで個人を特定するためにも、データベース量をいかにして増やすかが、今後の課題であるとされていた。
犯罪捜査などへの応用.
日本警察におけるDNA型鑑定.
DNA捜査の現況.
最高裁の司法研修所により、「科学的証拠は客観的・中立的で極めて安定性が高い」とされ、捜査への積極活用を促されている。ただし、「正しい判断をするためには、限界を理解することが不可欠で、過信・過大評価してはならない」とされる。DNA型鑑定含む科学的証拠は、多くが争点判断のごく一部を示す情況証拠に過ぎず、科学的証拠から直接的にどのような事実が認定でき、その事実にその他の事実を加えることで、どのような事実が推認できるか、という分析的思考が必要となるのである。例えば、現場に容疑者のDNA型を含む体組織が残されていることはDNA型鑑定によって直接的に認定できるが、更にそこから容疑者が犯人であると言えるかどうかは、別の検討が必要となる（被害者の知人などの場合、犯罪以外の機会に現場にDNAを残してしまう可能性がありうる）。
頭髪からDNA型の検査ができるという一般認識には若干の誤解がある。頭髪はDNAが発現したタンパク質であり、これを逆に遡及して遺伝情報を求めるのは現在の技術では困難だからである。毛幹部には、通常は核DNAは含まれていないため、毛根部分に頭皮組織の一部（毛根鞘）が付着していた場合に限って検査が可能となる。ただし、ミトコンドリアDNAに限っては毛幹部からも検出されることが多く、ごく一部の例で個人識別に使用されることがある。
イノセンス・プロジェクト.
近年無実の受刑者を刑務所から釈放するための証拠としてDNA型鑑定を利用した実例が数多く報道されている。DNA型鑑定は、有罪を裏付けするのと同様に、無実の受刑者を護る役割も果たしている。
具体的にはアメリカ合衆国・イリノイ州の死刑判決では刑確定後のDNA型鑑定で受刑者の容疑が晴れ、州知事により死刑執行が停止された。
このプロジェクトにより多くの州政府が法案の整備を推進し、連邦政府レベルでもDNA型鑑定のために予算処置が進められた。DNA型鑑定は刑事司法制度の将来に確実に影響を与えると考えられている。