精神分析は、現在の英米系の精神医学と対立することがある。
精神分析は、人間には無意識の過程が存在し、人の行動は無意識によって左右されるという基本的な仮説に基づいている。フロイトは、ヒステリー（現在の解離性障害や身体表現性障害）の治療に当たる中で、人は意識することが苦痛であるような欲望を無意識に抑圧することがあり、それが形を変え神経症の症状などの形で表出されると考えた。そのため、無意識領域に抑圧された葛藤などの内容を自覚し、表面化させて、本人が意識することによって、症状が解消しうるという治療仮説を立てた。
歴史.
当時においてはヒステリーは原因不明の病気であり、脳に何の異常もない器質性の病気ではない事が知られていた。そのため心因性の病気だと考えられていたが、根本的な治療法は見つけられていなかった。ただ催眠療法が最も有効な治療法として確立していたようである。
フロイトによる精神分析の創始.
心的外傷と無意識.
これに基づいて彼は、ヒステリー患者が無意識に封印した内容を、身体症状として出すのではなく、思い出して言語化して表出することができれば、症状は消失する（除反応　＝カタルシス療法）という治療法にたどりついた。
この治療法はお話し療法と呼ばれた。たいへん原初的で素朴な療法であるが、この時代の精神分析が主流から外れてしまった今日の精神医学においても、ナラティブセラピーその他の方法で展開されているものである。
科学としての出発点.
フロイトは自然科学者であり、あくまでも「科学」としての精神療法を目指した。フロイトの理論の背景には、ヘルムホルツに代表される機械論的生理学、唯物論的科学観が存在した。フロイトは、脳神経や精神（心）の動きがすべて解明されれば、人間の無意識の存在やその働きについてもすべて実証的な説明が可能になると信じていた。それゆえ、フロイトは宗教や宗教的なものに対する峻厳な拒否を生涯にわたって示しつづけ、その結果ユングをはじめ多くの弟子たちと袂を分かつことにもなる。
精神医学界による排斥.