ナビゲーションシステムでは患者位置、または画像位置の登録作業をレジストレーションと一般的に呼ぶ。イメージベースナビゲーションシステムの場合では実際の患者位置と画像位置との関係を一致させる作業となり、イメージフリーナビゲーションシステムでは医師が手術に使用する参照点を登録する作業となる。
イメージベースナビゲーションシステム精度.
レジストレーション作業においては精度が議論となる場合があるが、システム的誤差要因としては主に以下のものがある。
イメージフリーナビゲーションシステム精度.
イメージフリーナビゲーションシステムは画像を用いない為、イメージベースと比較してシステム的な誤差要因は少ない。しかし、医師が患部において正確な参照点を指定する事は困難でありヒューマンエラーの介在する条件が大きいとの指摘もある。
ヒューマンエラーに関する誤差要因.
ナビゲーションに使用する器具取り付けの不具合による誤差はシステム精度に起因するそれよりも大きくなる傾向がある。特に手術中における器具の緩みはナビゲーションの使用経験として発表される学会報告や文献中に多く見かけられる要因である。手術中における器具の緩みや移動の多くは使用者のミスであることが多いが、ハンマーなどによる衝撃の多い膝関節や股関節手術などにおいては製造元の使用方法に従っていても問題が生じる場合がある。
ナビゲーションを使用する際にはレジストレーション中にマーカーや骨などに対して参照点として位置を記憶させる行為が必要となる場合が多い。狭い術野や血液あるいは勘違いなどが原因で誤った参照点を登録する可能性がある。特にイメージフリーナビゲーションシステムは比較対象となる画像が存在しないため、数mm～数cmのエラー検出は困難となる。左右間違いや頭尾側方向の間違いであっても検出されない可能性はある。イメージベースナビゲーションシステムにおいても左右対称な部位や脊椎のような類似した骨が近くに存在する部位ではエラーが検出されない可能性がある。
その他誤差要因.
多くのシステムが赤外線により位置情報を取得している為、手術室における他の赤外線発光体の干渉を受ける可能性がある。特に一部の無影灯下では器具が認識されないほど影響を受けるケースもある。
使用・運用に関する問題点.