上記のような公地公民論は、次第に疑問視される傾向にある。
まず、大化以前の支配体制とされる私地私民制について、屯倉が王権を支える経営拠点であるように、田荘もまた豪族の政治的地位を支える農業経営拠点であると解される。屯倉と田荘は、天皇や豪族らの経営拠点であって、必ずしも天皇や豪族らの私有地を意味するものではなかったのである。
また、豪族による田荘・部曲の支配は、改新の詔で禁止されたはずだったが、その後も朝廷が田荘・部曲の領有を豪族へ認めた事例が散見される。つまり、土地・人民の所有禁止は実際には発令されなかったか、もしくは所有禁止の実効性がなかなか各地へ浸透しなかったことを表す。これは、公地公民の原則が、当時の社会へ強力に貫徹していた訳ではなく、あくまで理念として掲げられていた側面が強かったことを示唆する。
上記のように、公地公民制が律令制の根幹をなすという従来の通説は、大きく見直されつつある。
改新の詔
改新の詔（かいしんのみことのり）は、大化の改新において、新たな施政方針を示すために発せられた詔。難波長柄豊碕宮で発せられたとされる。
この詔は『日本書紀』に掲載されている。従来はこれにより、公地公民制、租庸調の税制、班田収授法などが確立したと考えられていた。しかし、藤原京から出土した木簡により『日本書紀』に見える詔の内容は編者によって潤色されたものであることが明らかになっている。
概要.
『日本書紀』編纂に際し書き替えられたことが明白となり、大化の改新の諸政策は後世の潤色であることが判明している。だが、孝徳期から天武・持統期にかけて大規模な改革が行われたことに違いはなく、後の律令制へつながっていく王土王民を基本理念とした内容だったと考えられる。
主文.
現代語訳：
各条.
本条は、このような土地・人民に対する私的な所有・支配を排除し、天皇による統一的な支配体制への転換、すなわち私地私民制から公地公民制への転換を示すものと解釈されてきた。しかし、実際にはかなり後世まで豪族による田荘・部曲の所有が認められていることから、必ずしも私的所有が全廃された訳ではないことが判る。また、公地公民制の存在自体が疑問視されるようになっている。