その上で神道は、本質である「体」、現れ出た姿である「相」、はたらきである「用」の三側面があると主張し、それらの作用が、日月や寒暑、自然などのあらゆる現象を司っているとした。畢竟、森羅万象全ての存在の内部に神が存在し、神が宇宙全体に遍満するという一種の汎神論が、兼倶の構想した神道説であった。兼倶は、神道説とともに多くの祭儀も形成した。まず、吉田神社の境内に大元宮斎場所を築き、そこが内宮外宮、八神殿、式内社三千余社を祀る奉斎場であり、神武以来の我が国における祭祀の根元であり、全国諸社の本宮であると喧伝した。さらに密教の影響を受けて、炉を中心とする八角形の壇の中で火を焚き、そこに穀物や粥を投入しながら祈祷を行う護摩行事を発案し、「十八神道行事」「宗源神道行事」と並ぶ三壇行事を形成した。
このような教説は、『天元神変神妙経』『地元神通神妙経』『人元神力神妙経』の「三部の神経」によって説かれた。これらの経典は天児屋根伝来の教えとされたが、この三経は架空の経典であり、製作された形跡もない。兼倶は、これらに類似する経典を中臣鎌足などに著者を仮託して偽作し、経典を作り上げていったのである。斎場所の由緒も、兼倶が自ら作り上げたものである。
吉田神道は、人を神として祀る神葬祭の儀礼も確立した。古来、神道においては死を穢れとみなす習慣によって葬祭にはあまり関わってこず、亡くなった人を神として祀る例も、怨霊信仰や天神信仰など怨霊を鎮めるという形式に限られていた。しかし、人と神を密接な関係性で捉える吉田神道においては積極的に葬送儀礼が行われ、吉田兼倶はその遺骸の上に霊社となる神龍社を創建させた。
吉田神道は、中世神道思想を集大成し、様々な宗教の諸言説を越境的に統合しつつ、仏教から独立した独自の教義・経典・祭祀を持つはじめての神道説となり、神道学者の岡田莊司は吉田神道の成立を「神道史上の転換期」と述べ、歴史学者の黒田俊雄は吉田神道の成立が神道の成立であると主張するなど、複数の研究者から神道史上の画期であると捉えられている。