第二に、自治体などで、行政と地域の間にたって様々な活動を支援する組織のことをいう場合もある。この場合でも、多くはNPOへの支援などを主目的として発足しているケースが多い。まちづくりセンターなどと呼ばれるが、まちづくりへの市民の参加を活性化するという文脈で、NPOの整備のための相談窓口などのセンター的機能を持つことも多い。
第一の一般的意味では、行政とNPOのみならず、企業とNPOや、市民とNPO、NPOとNPO、民間財団や寄付者などの支援者とNPOやNPOの支援対象者などの被支援者、など多様な関係性を取り持つことになる。また、NPOセクターの共通する主張や意見を政策提言したりすることもある。第二の意味での行政側からの、行政と地域（あるいは地域住民）との間を取り持つ組織という視点より広いことに注意する必要がある。
中間支援組織.
日本では、特定非営利活動促進法（NPO法）成立後、特定非営利活動法人（NPO法人）の増加とともに、全国的に中間支援組織の設置が相次いだ。NPOセンター、NPOサポートセンターという名称が多い。公設、民設両方の形態があるが、公設の中には、民営（運営をNPO法人等の民間に委託している）のところもある。地方自治法の改正により、指定管理者制度が導入されたことから、「公設民営」型が増えることが予想される。
中間支援組織の形態としては、NPO、タウンマネージメント機関など第三セクター的なもの、自治体内部におかれるもの、また、社会福祉協議会が設置しているものなどがある。行政の内部におかれる場合には、市民セクターの相互調整や代表機能を果たすことができず、「中間」支援組織というよりも行政組織の地域社会とのつながりを重視した特性を表現している。
様々な方向での専門化も見られ、総合系の他に、国際NGO系、介護保険事業者系、ボランティアセンター系、まちづくり系などがある。
まちづくりと中間支援組織.
中間支援組織は、当初NPOへの支援を主とした事例が圧倒的であったことから、現在でも、NPOやボランティアの支援機関としての意味合いが一般的である。