その時、どこからか謎の通信が送られ、古代文字とともにひとりの少女の姿がスクリーンに現れる。古代文字を解読したタイムファクトリーのCEOは、伝説のビッグクリスタルに異変が起こったと知り、ブリンクスにビッグクリスタルのかけらを探す指令を下す。さらに、編成したばかりの予備チームの新人タイムスイーパーたちもブリンクスのサポートとして彼の後を追う。彼らはそれぞれ別々の世界に向かうワープゲートに飛び込み、世界の崩壊を防ぐためビッグクリスタルを手分けして探す任務を開始した。
ゲームシステム.
本作の各ステージは、「ステージ毎に設定されたミッション（任務）をこなす」ことがクリア条件となっている。ミッションの内容は、特定のアイテムを収集したり、特定の敵を一定数倒したりなど様々。このため、本作ではタイムモンスターの殲滅は必ずしも必要ではなく、倒したタイムモンスターや使用したガラクタは一定時間で復活するようになった。また、ステージクリア時にはガラクタだけでなく、余っていた時間操作や空間操作、時の結晶なども自動で換金され、次のステージに持ち越せなくなった。
ライフを失った場合、タイムスイーパー側は前作と同様にリトライを選べるが、それ以外にステージ内の「チェックポイント」を通過していた場合は、そこからやり直すことができるようになっている。チェックポイントからやり直した場合、入手済みのアイテムや倒した敵、イベントなどはその時点まで戻される。
オプションで難易度設定を、通常のノーマルと、敵のHPが少なくなり設置アイテムなどが増加しているイージーから選ぶことができる。初期設定はイージー。
操作キャラクター.
それぞれのストーリーの開始時に、自分の分身となるプレイヤーキャラクター（ネコおよびブタ）を「キャラクターエディット」することになる。
基本操作.
プレイヤーキャラクターの移動は左スティックで行う。スティックを軽く倒すと歩き、大きく倒すと走り出す。
各種アクションにはボタンを使用する。タイムスイーパーとタムタム団の操作方法は、一部を除いてほぼ共通となっている。前作から操作方法が少し変更され、前作の日本式とアメリカ式を混ぜたようなものになっている。
武器の使用.