スーパーマンはゴッサム・シティで自警活動を行うバットマンの事をアウトローだと考えていた。バットマンがマグパイという名のヴィランを調査している最中に2人は初めて遭遇する。バットマンは「自分に触れるとこの街のどこかに仕掛けた爆弾が爆発する」とスーパーマンに警告する。マグパイは逮捕され、スーパーマンはメトロポリスとゴッサムの犯罪者の違いから、バットマンが法に縛られない活動をしている理由を悟る。バットマンから爆弾はユーティリティベルトに入れて持ち歩いていたことを明かされ、スーパーマンはバットマンの考え方に完全に納得はできなかったが、その覚悟を理解する。一方バットマンは、スーパーマンの人柄に「出会いが異なれば友人となっていたかもしれない」と思うのだった。
クラークとロイスは豪華客船で開催されるレックス・ルーサーのパーティーへ向かう。2人はプライベートルームへと通され、ロイスはルーサーからアプローチをされる。届けられたドレスがルーサーからのものという事に気が付いたロイスは、ドレスを脱ぎ捨てその場から立ち去ろうとする。そこへ突然テロリストが現る。クラークは海に投げ込まれ、ロイスは他の人質と共に集められる。クラークはスーパーマンのスーツに着替えると、豪華客船ごと抱え上げ港へ運ぶ。ルーサーを追求すると、テロリストはスーパーマンを呼ぶための自作自演だったことが発覚し、ルーサーは逮捕される。後日ルーサーが再び現れ、自身が牛耳るメトロポリスでスーパーマンは致命的な間違いを犯したと指摘して抹殺を宣言する。
スーパーマンがレックスコープの社長室でルーサーの悪事を追求している間に、ルーサーはスーパーマンの身体情報を収集する。それらの情報を分析した結果、スーパーマンが純粋な地球の人間ではなく、エイリアンであることが発覚する。そしてルーサーはその情報をもとにスーパーマンのクローンを作り出すが実験は失敗し、クローンは結晶化してしまう。数日後、クローンはメトロポリスを徘徊しながらスーパーマンと同じように人助けをしはじめる。ロイスの妹ルーシー・レインも助けられ、ルーシーは視力を失っていたためスーパーマンだと誤解する。しかし、クローンは本物のスーパーマンと遭遇すると襲いかかり街中で戦闘になる。スーパーマンがクローンを破壊して倒すと、その塵を浴びたルーシーは視力を取り戻す。