前述の臨床的な異常や薬剤歴を認めない場合、機能性便秘の可能性が高くなる。機能性便秘の場合、「機能性便秘の診断基準」「便秘スコア(CSS)」を利用し細分類が行われる。
機能性便秘の分類.
かつては「弛緩性便秘」「痙攣性便秘」「直腸性便秘」に分類していた。
治療.
症状の訴えがあっても本人が苦痛を感じておらず、また肛門疾患などの合併症がなければ治療の必要はない。急性症状の場合、外科的に閉塞の原因を取り除く。器質性便秘、症候性便秘、薬剤性便秘も同様に対症療法を中心に原因を取り除く。
形質的・器質的疾患を有している場合は疾患に対応する治療が行われる。例えば過敏性腸症候群では、「過敏性腸症候群の診断・治療ガイドライン」が策定されている。
内服薬剤.
腸内細菌叢を正常化させるため、瀉下薬（便秘薬）と乳酸菌製剤が併用されることもある。
治療例.
瀉下薬による副作用として、塩類下剤では高マグネシウム血症、刺激性下剤は習慣性になりやすく、薬剤に対する感受性が低下し、便秘薬を服用しないと排便が行われなくなる便秘薬依存症や腸管粘膜障害などがある。
浣腸.
浣腸にはグリセリンが入っており、これらの直腸への刺激で排泄を促す。刺激が強く急激に催し、また悪寒や吐き気などといった症状を誘発させる場合もある。グリセリン浣腸では、我慢しきれずすぐに出す使い方をした場合は、後述するような体質によっても違い、便を出し切ることができず不快感が残る場合もある。
腸洗浄.
完全に腸内の便を取り除くのを望む場合には、腸洗浄と呼ばれる処置もある。腸洗浄とは、ぬるま湯（生理食塩水を使う場合もある）を注入し、それらの湯と一緒に排出する。注入時に無理な圧力を掛けると、直腸穿孔を起こすおそれもある。したがって専用の器具が利用され、また市販もされている。基本的には専門の医師による指導が望ましい。また、こちらは専用の器具や温度管理などで手間が掛かるが、注入量が多く刺激が少ないため、腹痛などの問題が起きにくい体験談も聞かれる。
民間療法の範疇としては、ぬるま湯や生理食塩水以外のもの（コーヒーなど）を使うという話も聞かれるが、医学的に根拠はない。
摘便.