忍者は上忍、中忍、下忍に身分が分かれているように一部で信じられているが、実際の『萬川集海』（まんせんしゅうかい）の記述は上忍とは「人の知る事なくして、巧者なる」者である。中世にはどの村落も軍事力を備えていたが（江戸時代の兵農分離までは、あらゆる階層が武装していた）、その軍事力は村落の自衛に用いられることもあり、また村落外の勢力に傭兵のように貸す場合もあった。外から連れてきた子供を訓練することもあり、伊賀では脱走者（いわゆる抜け忍）は探し出して処罰したと言うが、実際には忍者は想像もつかない忙しさから、一人や二人のためにそこまでする暇がなかったといわれ、放置していたという説もある。
戦国時代、結城氏のように領内で、夜間の作戦に普段からプロの悪党や忍びが集団で雇われているところもあれば、合戦前に忍びを募集するところもあった。例えば武蔵松山城主の上田憲定の合戦前の兵募集制札には「夜走、夜盗はいくらでも欲しい」「侠気のある剛健なもの」「前科者、借財ある者みな帳消しにする」とあり、『陰徳太平記』では「足軽など山賊盗賊でも嫌わず召し集める」とある。後に出世した大名の中で彼らの助力を受けていないものは一人もいないだろう。
『萬川集海』によると「忍芸はほぼ盗賊の術に近し」とあり、忍術には「陰忍」と「陽忍」があるとされる。陰忍とは、姿を隠して敵地に忍び込み内情を探ったり破壊工作をする方法であり、一般的に想像される忍者とはこの時の姿である。対して陽忍とは、姿を公にさらしつつ計略によって目的を遂げる方法である。いわゆる諜報活動や謀略、離間工作などがこれに当たる。近年の研究では、身体能力に優れ、厳しい規律に律された諜報集団という面の他に、優れた動植物の知識や化学の知識を持つ技術者集団としての一面も持つことが判っている。
呼称.
くノ一について.
女中や小間使いとして潜入して諜報活動を行っていた女性の忍者も存在した。忍装束を着て映像作品や漫画作品などで活躍するような通俗的な姿は、近代の創作とされる。史実として武田信玄に仕えた歩き巫女の集団が有名。「くのいちの術」と言って女性を使った忍術は存在するがこれとは異なる。
発祥と変遷.
伊賀・甲賀・雑賀、さらには柳生・根来等の紀伊半島は、天武天皇が壬申の乱の直前に住んでいた場所であり、後醍醐天皇の南朝が置かれるなど、特殊な霊地が多い。