新しく作られたトイレは、従来の山小屋のトイレのイメージを覆すものも多く、簡易水洗トイレや洋式トイレはもちろん、シャワートイレ（ウォシュレット等）を設置する例もあり、山小屋のトイレは臭い・汚い・暗いというイメージは少しずつ改善されつつある。トイレがない山小屋や山域では携帯トイレの利用をする場所が設置され、その使用を推奨している例もある。
いずれにせよトイレによっては、指示に従ってトイレットペーパーを備え付けのゴミ箱に捨てたり、宿泊者以外は利用料金を必ず払うなど、登山者側の協力も大切である。また、自然環境に対する悪影響をできるだけ少なくするために、トイレ以外での用便は緊急時以外は慎むべきである。
従来型の便槽式トイレは、低温により微生物の働きが弱いため、トイレのアンモニア臭がひどく、大抵山小屋の宿泊棟や食堂からは離れて建てられており、深夜に行く場合や雨天時に行く場合は非常に面倒である。険しい場所にある山小屋の中には、トイレに行くためには岩場を少し下らないと到達できないため、小屋に備え付けのサンダル履きでは少し危険なところもある。
風呂.
当然のことながら、ごく一部の例外を除いて、山小屋に宿泊者用の風呂やシャワーはない。水の貴重な稜線上の小屋はもちろん、谷川沿いの水が豊富な山小屋でも燃料の輸送の問題により、宿泊客用の風呂はないことがほとんどである（#水の確保も参照されたい）。