この寺の開基については、かつては北条綱成の開基で、実際の創建者は孫の北条氏勝であるとされてきた。
また、種徳寺殿についても、北条氏康（為昌の兄）の娘として記録される初出は実は『寛政重修諸家譜』所収の小笠原系図であり、それ以前の系図類には北条氏のものを含めて記されていない。ただし、夫である小笠原康広は氏綱の母方の縁者であるため、北条一門であったと考えられる。そして、本光寺の移転・再興が種徳寺殿の手によるものとするならば、彼女が為昌の縁者と考えるのが自然であり、実の父親は為昌であったと考えられている（為昌の早世によって伯父・氏康が引き取って養女にしたことは考えられる）。以上のことから、種徳寺は北条為昌の菩提寺・本光寺を前身としており、開基は為昌で娘の種徳寺殿が庇護してきた寺と言える。
ただし、実際の本光寺の創建は為昌の兄である氏康が主導していたと考えられ、為昌の菩提寺であると同時に北条一門の菩提寺である早雲寺の出張所的存在でもあり、更には鎮城山の山号が示すとおり小田原城鎮護の祈りも込められていた。また、小田原城を訪問した来賓の接待場所としても使われ、施餓鬼会や戦没者の合同供養などの行事も行われていた。
墓所.
以下の家系・人物が葬地としている。
関連項目.
 
高徳寺 (東京都港区)
高徳寺（こうとくじ）は、東京都港区にある浄土宗の寺院。
歴史.
墓所.
持法寺
持法寺（じほうじ）は、東京都港区にある法華宗陣門流の寺院。
歴史.
立行寺は大久保彦左衛門ゆかりの寺であり、当寺の檀家には大久保家の傍系の家もある。
海蔵寺 (東京都港区)
海蔵寺（かいぞうじ）は、東京都港区にある黄檗宗の寺院。
歴史.
かつては「首塚」と「富士入定塚」という塚があったが、現存していない。
墓所.
以下の人物が葬られている。
立泉寺 (東京都港区)
立泉寺（りゅうせんじ）は、東京都港区にある浄土真宗本願寺派の寺院。
歴史.
玉窓寺 (東京都港区)
玉窓寺（ぎょくそうじ）は、東京都港区にある曹洞宗の寺院。
歴史.
墓所.
以下の人物が葬られている。
龍泉寺 (東京都港区)
龍泉寺（りゅうせんじ）は、東京都港区にある浄土宗の寺院。
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広閑院
広閑院（こうかんいん）は、東京都港区にある浄土宗の寺院。
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中興・妙運尼.
正伝寺 (東京都港区)