沖縄駐留米軍に対する反対運動は多岐に渡るが、ここでは普天間基地及び代替施設移設に関わる運動の内、問題視された行動などに限定して述べる。なお下記のそれぞれの項目の内容については異論もある事に注意されたい。
イデオロギーの優先.
普天間第二小学校の移設断念.
最終的に、移転せず現在地での改築の方針とされた経緯として宜野湾市は、前述の用地費補助問題のほか下記の理由を挙げている。
その他.
中国・北朝鮮等の関与.
中国の関与.
さらには「中国は沖縄米軍の弱体化の一端として特定の機関や投資家を使い、沖縄の米軍基地の近くに不動産を購入している。中国工作員が米軍基地近くに米軍関係者居住用のビルを買い、管理して、管理者用のカギで米軍関係者世帯宅に侵入して、軍事機密を盗もうとしている」といった記述や「沖縄での中国の諜報工作員たちは米軍基地を常時ひそかに監視して、米軍の軍事活動の詳細をモニターするほか、米軍の自衛隊との連携の実態をも調べている」などとも述べられている。
また、『産経新聞』は、中国人観光客の中に「基地監視グループ」がおり、普天間や嘉手納などの軍事施設を連日訪れていた事例を挙げ、日本の反戦団体と連携して情報収集活動が行われている可能性もあると報じた。
北朝鮮の関与.
沖縄県外からの工作活動・過激派の浸透.
『八重山日報』の仲新城誠は、反対派の抗議行動について「沖縄の選挙で県内移設反対派が勝利して民意が示されたのに、政府は聞く耳を持たない。だから実力行使するほかない」という論理で成り立っていると述べ、尖閣周辺海域で実力行使を行う中国と反対派に共通しているのは、「口で分からないならこぶしで分からせる」という「テロリストの論理」だと批判している。
直接的な暴力行為.
『産経新聞』の報道によると、一部の基地反対派の人間が、米軍関係者への嫌がらせや暴力行為を行なっている旨を同関係者が証言している。通勤時間に合わせて集合し、米兵の車両に砂や土を投げつけたり道路に寝そべるといった通行妨害のほか、米兵に直接暴行する事例もあるという。また、飛行場の警備担当者が、移設反対派の男性に殴られ怪我をした事案も発生している。正論によると、沖縄県警察はこのような「暴力的」行為を事実上黙認しており、被害届の受理も拒否することがあるという。
建前と実情の乖離・金銭上の理由による反対.