コンピュータネットワークが高度に発展し、ネットワーク技術が様々な分野に利用されるようになった、近未来の社会。人々は携帯端末「PET（ペット）」と人格を持ったプログラム「ネットナビ」により、専門的な知識を持たずして、数々のネットワーク技術の恩恵を受けられるようになっていた。しかし、生活が便利になっていくその一方で、数々のネット犯罪も引き起こされていた。
明るく元気な小学生、光熱斗とそのネットナビ、ロックマンは事件を日々解決しながら、裏で暗躍する組織に立ち向かっていく。
世界設定.
ロックマンエグゼシリーズは、上記の通り「ネットワーク技術が発達した世界」を舞台としており、現実世界と電脳世界という二つの世界を行き来して物語を進めて行く。あらゆる電子機器がコンピュータネットワークを利用して管理されているため、二つの世界は密接に関連しあっている。ネットワーク上に異常が生じた場合は、現実世界にもそれが直接反映されるような形で何らかの異常現象が引き起こされる。例えば電子レンジの電脳世界内で火災を引き起こせば、現実世界においても電子機器本体の温度が上昇し炎上する。作中のネット犯罪者は、このような現象などを利用して悪事を働く。
現実世界.
主人公の熱斗を含め、人々が住む世界である。現実世界では熱斗を操作して進めていくことになる。これからどうすれば良いのか困った時には、PETにいるロックマンに相談もできる。現実世界にある電子機器にプラグインすると、電脳世界に画面が切り替わる。現実世界で物語を進め、必要に応じてプラグインを行い、電脳世界を冒険するというのが基本的な流れである。プラグイン可能な物はパソコンのような見ただけでもプラグインできそうだと判断できそうな物から、犬小屋や隠れた場所など、一見しただけでは判別できないものまである。
現実世界では、徒歩の他にメトロライン（地下鉄）やリニアバスを使って各地域・施設に移動する。空港から海外に飛び立ったり、船で孤島に行くこともある。メトロは小学生は無料で利用可能となっている。航空機や船も作品によって扱いが異なるが、熱斗はキーアイテムなどによって無料で利用できる。
電脳世界.
電脳世界には大きく分けてインターネットエリアと呼ばれるものと電脳の二つの区域がある。
バトルシステム.