母親が自殺し、父親が肺炎で死亡した後、主税と輝子は空襲で女中も逃げ出した家で、戦後は2人で暮らしていた。ある日、主税は階下の妹の部屋で不審な物音を聴き、妹が男を連れ込んでいることを察した。彼はそれについて輝子に尋ねる勇気はなく、輝子の部屋の方へ聴き耳を立てていた。主税がそのことを輝子に告白すると、彼らの母親の死に方について思い出された。
主税と輝子の母親だった華子は、書生と密通していた。夫の博士は、偶然その現場に居合わせた。博士は急いで現場を離れ、号泣してベッドに潜り込んだ。一方、密通を見られた華子は、夫が殺しに来るという甘美な夢想に耽っていた。しかし、夫はいつまで待っても現れなかった。そのことは華子の誇りを傷つけた。華子はある日の朝、自ら薬液を注射して死んだ。
彼らが眠りから覚めると、部屋の外から物音がしていた。輝子は男が自分を探していると言い、兄にしっかりと自分を抱いてくれと言った。主税はそのような輝子を抱きながら狂ったような勇気を感じていた。階段を上がってくる足音がした。主税はその足音が堀口のものなのではないかと空想した。輝子は今や主税は子供の体ではなく、死を恐れずに敵を迎える立派な男だと喜びながら言った。足音は階段を上り切らなかった。主税はそのうち、自分の死を願った。彼の眼には、階段の上の一角で、裸の子供たちが手を繋いで、花をまき散らしながら歌い踊っている幻影が見られた。
作品研究・解釈.
三島由紀夫自身は『家族合せ』を、『殉教』と並べて『仮面の告白』の〈萌芽が見られる筈である〉と記している。松本徹は、その意味を敷衍し、「近親相姦、姦通、不能、同性愛、純潔への希求といった、三島のキーワードとなるもの」が、『殉教』と同様に一編の中に含まれていると解説している。また、『春子』『殉教』『山羊の首』などともに、こうした作品が書かれた背景に、「少年の透明な感受性」から「（大人の）あやしい影に満たされた官能性」への移行があり、その「官能性」が、戦後日本の人間主義的な文学に対抗・挑戦する「武器」ともなっていたとしている。