伊勢神道においても江戸時代に入り、祠官の出口延佳により、仏教を除いて儒教を取り入れた後期伊勢神道が形成された。延佳は、『大神宮神道或問』や『陽復記』を著して神道説を述べ、その中で神道の本質とは、日本人が日常生活で当然行うべき道で、自分の職分を正直・清浄の心で真っ当に行う「日用の道」であり、手足の動作から飲食に至るまで日常の隅々まで神を意識して行うことであるとし、祝詞を唱えたり玉串を持つなどの神社の祭儀のみを神道だと思うのは間違いであると指摘した。また、諸教は究極的には全て一致する共通普遍の道であり、特に神道と儒教の一致点は多いものの、制度文為は各国において違いが生じるので、日本人は日本の法や習慣を重んじるべきだとして、習合府会を目的に儒教や仏教を用いることを批判し、自らが儒教を用いるのも自然と神道と一致しているからであり、無理に習合しているのではないと主張した。ただし、神道を中心に据えるのであれば、儒教や仏教を学んでも良いとも述べており、仏教や儒教に弊害があるからといってこれを禁止し、現在の習慣を破壊するのは、自然の成り行きに逆行するもので、神道とは相違していると主張した。
これらの儒家神道説を集大成したのが、山崎闇斎である。闇斎は、儒者として名声を高めた後、会津藩主の保科正之に召し抱えられ、そこで同じく正之の賓師であった吉川惟足と接触して吉川神道を学び、独自の垂加神道を創設するに至った。
その思想は、まず神世七代と朱子学における理気二元論を結びつけ、国常立尊が太極であり、それ以下で生じた五柱の神は五行の神であり、最後に生まれたイザナギ・イザナミは五行を兼ねて国土や神々や人々を生んだとし、人々には人々を創った神の霊が内在していて、神と人は「天人唯一之道」という合一状態にあるとした。そして、神道とは人が神に従って生きることであり、人は神に祈祷を行うことで冥加を得なければならないが、それには人が「正直」でなければならず、その「正直」の実現には「敬（つつしみ）」が第一だとした。また、吉川神道と同じく君臣関係を非常に重視し、君臣が対抗関係・権力関係ではなく本来的に一体であり、君臣相守により国を守ってきたことが神道の君臣関係であるとし、のちの尊皇思想にも大きな影響を与えた。