自分の手でアンパンマンを倒すことを夢に見ているが、アンパンマンに助けられたり顔を食べさせてもらったときは協力するなど、潔い一面がある。これは、「アンパンマンに助けられた」イコール「負けた」ことを認めたくないというのが理由の一つ。しかし、ばいきんまんはアンパンマンのことを永遠に敵だと思っているため、一度借りを返せばまた元の関係に戻る。
JAの「こども共済」のテレビコマーシャルではアンパンマンと一緒に落ちそうな赤ん坊を助けて共に喜ぶ一面を見せている。
その他の敵キャラクターとの関係.
アンパンマンをやっつけるばいきんまんだが、他力本願なところもあり、これまで、色々なキャラクターと共にアンパンマンたちを困らせたことがある。エピソードによっては、ばいきんまんと絡まなければ悪事を働くことのなかった者も少なからず存在する。この節では、映画版での悪役に関する記述は省略する。
変装・変身.
変装.
オリジナル.
（作中世界において）実在しないキャラクターに変装したもの。他のキャラクターに成り済ます必要がない場合や複数のゲストキャラクターの味比べをする時に変装することが多い。変装するキャラクターの名前・容姿・設定は、標的となるゲストキャラクターのそれらに因んだものがほとんどである。
バイ吉（バイきち）、バイ太郎（バイたろう）、きんたろうくん
怪しいおじさん（あやしいおじさん）
磯辺餅の人（いそべもちのひと）
うどん大臣（うどんだいじん）
占い師（うらないし）
運送業者（うんそうぎょうしゃ）
おはぎ姫（おはぎひめ）
海賊バイキング（かいぞくバイキング）
カステラ伯爵（カステラはくしゃく）
かまめし仙人（かまめしせんにん）
からっ風のバイ太郎（からっかぜのバイたろう）
騎士（きし）
キュービクル王子（キュービクルおうじ）
シロザル様（シロザルさま）
旅人（たびびと）
ギョーザ大王（ギョーザだいおう）
グルメ大王（グルメだいおう）
黒マント（くろマント）
子羊（こひつじ）
ショウガ大臣（ショウガだいじん）
食パン先生（しょくパンせんせい）
世界一の名人シェフ（せかいいちのめいじんシェフ）
千両役者（せんりょうやくしゃ）
遭難者（そうなんしゃ）
通りすがりの者（とおりすがりのもの）
どんぶり仙人（どんぶりせんにん）
どんぶり大王（どんぶりだいおう）
どんぶりっ子（どんぶりっこ）