歯根尖部周囲の膿瘍の酸性度によって麻酔の不活性化が起こるため、鎮痛管理を成し遂げるのが難しいことがある。 時には、膿瘍が排出されて抗生物質が処方され、炎症が和らいだ時に施術が再試行されたりもする。ドレナージ（排膿）して圧力緩和を促進することができるよう、その歯の歯冠を取り払ってしまうこともありうる。
仮封.
最終的な修復.
歯内再治療.
歯内治療は技術的要求の厳しいものである。 歯科医による細心の注意が必要とされるため、それは時間のかかる施術にもなりうる。 再治療の症例は一般的に歯内治療の専門医に持ち込まれる。手術顕微鏡や拡大鏡の使用が結果を向上させる場合もある。
使用器具および設備.
レーザー根管手術は論議を呼んでいる技術革新である。レーザーは速いかもしれないが、歯全体を完全消毒すると示されたことはなく、損傷を引き起こす恐れがある。
術後の痛み.
施術由来の余病.
器具の破損.
根管治療中に器具が分離（破損）することがあり、それは施術中に使用された金属製ファイルの一部が歯の内側に残ることを意味する。 許容レベルの洗浄および成形が既に完了していて、断片を除去する試みが歯を損傷させてしまう恐れがある場合、ファイルの断片は取り残されることがある。患者を不安にさせる潜在要素ではあるものの、金属支柱、アマルガムの詰め物、金歯、義歯の 金属焼付ポーセレン など、歯の内側に金属を入れるのは比較的一般的である。ファイル分離の発生率は治療が行われている歯の狭さ、湾曲、長さ、石灰化、歯根の数に比例する。分離したファイルの障害物による洗浄不完全な根管から生じる合併症は、外科的根管治療で対処可能である。歯内治療用ファイルの破砕リスクを最小限にするためには以下のことが挙げられる。
次亜塩素酸ナトリウムの事故.
歯牙変色.
質の悪い根管充填.
転帰と予後.
システム上の課題.
感染した歯は体の他の部分に悪影響を及ぼす恐れがある。 近年の人工関節置換、修復不可能な先天性の心臓欠損、免疫不全といった特別な脆弱性を有する人達は、歯科施術中の感染拡大を防ぐために抗生物質を服用しなければならない場合もある。アメリカ歯科医師会は（根管治療を行う際の）いかなる危険性も適切に管理可能だと主張している。 根管治療が適切に行われると、感染した歯髄部分が歯から効率的に除去される。