先述の通り、非課税自体は制度上の問題ではない。しかし、非課税取引のうち医療・介護など報酬額の定めがあるものについては仕入税額を直接消費者に転嫁することができず、仕入に際して負担した消費税は、診療報酬等を通して配分されることとなる。このため、消費税と診療報酬等との関連付けが不十分だと、医療機関等の経営が不安定になりかねない。
これに対し、これらについて仕入税額控除を適用することにより、税制の変化にかかわらず医療機関等が課税仕入を行うことができるようにすべきであるという主張がある。仮にこの方法を取ると、医療機関等の自由度（仕入との対応関係）が増す一方で、平等性（売上との対応関係）が損なわれることとなる。消費税の趣旨だけでなく社会保険の趣旨にも関わるため、どちらが適切であるか一義的な結論を導くことはできない。
二重課税.
課税標準に含まれる従量税.
酒税、たばこ税、揮発油税、石油石炭税、石油ガス税などが該当する。個別消費税相当額についても狭義の消費税が課されるため、消費者から見れば一方の税率が変動すると乗法的に負担が変動することとなる。
課税標準に含まれない従量税.
入湯税、ゴルフ場利用税、軽油引取税などが該当する。相互に独立しているため、問題を指摘されることは少ない。
課税標準に含まれない従価税.
軽減税率の導入.
軽減税率は、所得が低いほど消費に占める生活必需品の割合が大きいことに着目した制度であるが、高所得者にも軽減税率が適用されるため、金額ベースでは絶対的な消費が大きい高所得者がより多くの恩恵を受けることとなる。このため、必ずしも富の再分配の観点から、好ましいとは言えないという批判がある。
消費税増税問題.
この項では、消費税率の引き上げと関連事項について述べる。消費増税論の主な動機である日本の財政問題については、「日本の財政問題」を参照。
財政赤字の削減議論において税率引上げの第一の対象となっているのは消費税である。この点については「無駄な歳出をまず削減すべき」という点には、一般的にコンセンサスがあり、政府・与党においても歳出削減策から検討が進められている。また「増税はまず累進課税の所得税や法人税や相続税など、負担能力のあるところからやるべき」という立場からは批判が強いとされている。
国際通貨基金（IMF）の見解.
経済協力開発機構（OECD）の見解.