ただし、宗教的な臨死体験者をした者が、後に既成の宗教を離れる傾向がある事、キリスト教文化圏で神の審判、地獄や煉獄などのイメージが殆ど現れない事などは説明が難しい。レイモンド・ムーディは最初の著書の中で「宗教的教育の中で期待するように導かれてきたものと、実際の臨死体験がいかに違っていたかを、多くの人達は強調していた」と記している。自らの信仰に反する体験を報告した者も少なくなく、無信仰である共産主義国で宗教的な体験が報告された例もある。文化・宗教的にはこの世とあの世の仲介に立つはずの牧師やバラモン、ラビ等が頻繁に現れてもおかしくないはずであるが、そうした例はほぼ無い。日本文化においては、共に衰退したはずの「閻魔大王」と「三途の川」のイメージが、後者だけ現れるのは何故かという謎が残る。
臨終時のビジョンが、仮に宗教による迷信に基づく現象であるとすると、高等教育を受けている者ほど死者や宗教的人物の姿を見なくなる事が予想されるが、実際にはそうした関連性は見られなかった。セイボムやリングによるアメリカ国内における調査では、宗教的信念と臨死体験の間に相関関係は見られなかった。宗教性は、臨死体験そのものではなく、「体験の解釈」に影響があるとされた。
レム睡眠侵入説.
レム睡眠侵入説への批判.
レム睡眠侵入で起こる現象は恐怖体験が主であり、トンネル体験やライフレビューなど臨死体験の諸要素は見られない。レム侵入が起こりえない条件（レム睡眠を抑制する薬剤を服用した状態など)でも臨死体験は起こる。そもそも「レム睡眠侵入が臨死体験を起こした」のか「臨死体験がレム睡眠侵入を起こした」のか因果関係が不明瞭である事、などが指摘されている。
ある脳外科医は、レム睡眠侵入が起こるには大脳新皮質の機能が必要だとし、この現象が自身の臨死体験の原因である事はあり得ない、と否定している。
脳の再起動説 (虚偽記憶説).
意識不明により一時的に機能停止していた脳が、意識を回復する際に、古い記憶を放出する事がある。この記憶が臨死体験であり、意識が回復する際の記憶を、無意識中の記憶と取り違えたとする一種の虚偽記憶説である。
出生時記憶説.