後村上天皇の皇子女のうち、南朝系図で嘉喜門院の所生とされるのは、長慶（寛成親王）・後亀山（熙成親王）の他、泰成親王・良子内親王である。
嘉喜門院を天皇の生母とする説は、『嘉喜門院集』『新葉和歌集』に収録された和歌・詞書の解釈に拠るところが大きい。すなわち、嘉喜門院と当時の今上天皇（『嘉喜門院集』の「内の御方」、『新葉和歌集』の「御製」）とが睦まじくしばしば贈答歌を交わしていることから、両者は母子関係であろうと推定されたのである。近世から明治に至って、両歌集の今上天皇は後亀山であるとの見解が支配的だったため、この時期に書かれた系図や史書は全て、嘉喜門院を後亀山の生母としていた。
一方、長慶・後亀山両天皇が同腹であったか否かについては、これを裏付ける確証がないことから否定的な見方が多かった中で、塙保己一のように早くから同母兄弟説を主張する者もいた。明治時代に入って長慶の在位に関する実証的研究が進むと、両歌集の今上天皇は後亀山ではなく、長慶であるとの説が有力となり、それを受けて嘉喜門院を長慶の生母とする新説を載せた系図や史書が流布した。この際、旧来説との混同を避けられず、確証もないままなし崩し的に、両天皇とも嘉喜門院所生の同母兄弟とすることが通説化したらしい。『嘉喜門院集』には東宮時代の後亀山との贈答歌も見えるが、これのみで母子関係を断じることは困難である。
なお、先述の『満済准后日記』の記事からは、後亀山の東宮（皇太弟）である護聖院宮（惟成親王か）も嘉喜門院の所生であったと推定されている。
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