燃料が気化装置に入る前にこれらの物質が取り除かれないと、混入した微粒子による摩耗作用()によって、現代の各種燃料噴射装置で使用される精密部品である、燃料ポンプとインジェクターが故障を引き起こす可能性がある。ガソリン直噴エンジンやディーゼルエンジンなど、燃料ポンプが高圧なほど、この傾向はさらに顕著なものとなる。キャブレターにおいても、微粒子が各種ジェットの摩耗を引き起こして燃調の狂いを招くほか、フロートバルブに大きなごみが噛みこむとオーバーフローの原因となる。また、燃料フィルターは燃料内の汚染物質を効率的に取り除くことで燃焼をより促進させ、性能向上にも寄与する。
メンテナンス.
燃料フィルターは定期的に維持点検を行う必要がある。幾つかの特別に設計された燃料フィルターは洗浄して何度も再利用することが可能であるが、通常は新品への交換が基本である。もしも燃料フィルターが定期的に交換されていない場合は、詰まって燃料の流量が減少や燃圧の低下を引き起こし、エンジンが正常に動作し続けるのに十分な燃料を供給できなくなる。結果的にはエンジンの性能低下の大きな原因となる。ターボチャージャーやスーパーチャージャーなどの過給機が搭載されたエンジンの場合、最大過給圧時の燃圧が不足することでエンジンブローの直接的な要因にもなりうる。
燃料フィルターはどの様な例外的な場合であっても燃料系統への異物の混入回避を最優先とするため、オイルフィルターに見られる様な濾紙が完全に詰まった際のバイパスバルブに相当する機構が用意されていない。その為、濾紙の完全な詰まりが発生した際にはエンストを起こし、その後もエンジンの再始動が不可能な状態となる。それ以前の段階として、燃料流量がピークとなる高速道路などでの全開走行時に顕著なパワーダウンが始まり、最終的にはアイドリングすらもしない程に燃料流量が低下していく。
ディーゼルエンジンの場合.