今作におけるマリオの攻撃手段は基本的にジャンプとハンマーのみであり、新たに加えられた以下の特徴がある。
後述する「バッジ」の中には、ジャンプ時のトゲや炎によるダメージをなくしたり、より強力なジャンプやハンマー攻撃ができるようになったりするものもある。なお、敵キャラによってはマリオたちから受けた攻撃や自身の特定の攻撃により、位置が空中から地上、あるいは天井から空中や地上に移るものがいる。
また、ハンマーやジャンプには、それぞれハンマーには「スーパーハンマー」、「ウルトラハンマー」、ジャンプには「スーパーブーツ」、「ウルトラブーツ」とグレードアップさせられるアイテムが登場し、入手することで攻撃力アップのほか、通常のハンマーでは壊せないブロックを壊せるようになったり、通常のジャンプでは探索やアイテム入手が出来なかったものが出来るようになったりと、フィールド上での行動範囲を広げられるようになっている。
マリオが攻撃する際や敵の攻撃を受ける際の「アクションコマンド」が前作より引き継がれている。これは、攻撃や防御の際に特定の操作をすることによりその効果を高められるというものである。前作ではゲーム開始直後から使用できたが、今作ではティンクからアイテムの「ラッキースター」をもらわないと使用できない。他のマリオRPG作品では最初からアクションコマンドが使用できるが、途中からアクションコマンドが使用可能になるマリオRPG作品は本作のみである。
状態異常.
敵の攻撃によってはマリオが何らかの状態異常を引き起こす場合がある。特定のアイテムなどで治せるほか、戦闘が終わると自動的に治る。マリオがバッジを利用した技を使用すると、逆に敵が状態異常を引き起こすこともある。
ほかに、一部の攻撃によってジャンプ・ハンマー・アイテムのいずれかが数ターンの間使えなくなることがある。
体力.
仲間はHPが設定されておらず、受けたダメージと同じターン数だけ行動不能になる。そのため、仲間を攻撃する敵は少なく、受けたとしてもそのダメージは少ない。
バッジ.
多くのバッジは名前がそのまま効果を表している。バッジによっては同一のものを複数入手できる。
レベル.