森田療法創始当初は入院治療が基本だったが、現代では通院が中心になりつつあり、症状の軽重によって入院・通院が使い分けられている。
入院.
通院・医療機関外活動.
通院治療においては、「個人面談」が中心だが「日記指導」を併用することもある。入院までの準備期間や退院後のアフターケアとして通院治療が行われることもある。
また、森田療法は、その性質上医療機関だけが治療の場ではなく、神経症に悩む者同士が互いの体験などを分かち合ったり、共同で森田療法を学ぶ活動も重視されており、その具体的な場として、自助グループ「NPO法人 生活の発見会」や会員制掲示板「体験フォーラム」などがある。日本国内だけでなく、海外でも中国を中心に活動が展開されている。
他の治療法との併用.
森田正馬は薬を使わなかったが、現代ではうつ症状の改善などを図るため薬を併用することも多い。また、自律神経失調症や心身のバランス機能を失っている状態においては、心身を健康な状態にまで改善することが必要な場合もあり、認知行動療法や心理療法などとしてのカウンセリングが併用されることもある。
治療結果.
「全治」に到るまでの期間は数十日から数年と個人差があるが、治療結果としては「全治」や「軽快」の率がかなり高い。ただし、「全治」や「軽快」の定義がさまざまであるほか、薬物療法が併用されている場合があることなどには留意が必要である。
ところで、森田正馬は神経症が「全治」した状態に対して「悟り」という言葉を用いており、その体験者として釈迦や白隠の名前を挙げている。さらに鈴木知準は神経症の「全治」と禅の「悟り」は同じ心理状態と考えており、宇佐玄雄は近い状態と考えていた。また宇佐晋一のように、神経症の「全治」は不安がありながらも働いているその瞬間、瞬間にあり、あるがままを「悟り」と考える人もいる。