パラドクスエンディング.
エンディング後に他作品の様にタイトルに戻るのではなくヒストリアクロスに戻るのは、「ヴァルハラからまた歴史は繰り返されるのでプレイヤーに異なる歴史を探し当てて欲しい」という意図によるものである。パラドクスエンディングは「プレイヤー自身が物語を紡いでいく実感を得て欲しい」という意図で実装され、その内容はコミカルな物もある。これは、ノーマルエンディングがシリアスな終わり方となっているため、その差を出したいと言う方針によるものである。
フラグメント.
時の迷宮.
このシステムが導入された理由は前作の不満点の中に「ダンジョンの数が少ない」という意見があったためである。
ミニゲーム.
本作では前作にはなかったカジノ等のミニゲームがあり、専用硬貨であるカジノコインをギルで購入する事で遊ぶ事が出来る。
本作のチョコボレースはただコインを賭けて観戦するだけでは無くチョコボを仲間にしていればそのチョコボをレースに参加させることも可能でその場合はスタートダッシュ等の介入を行う事が可能になる。
レースに参戦したチョコボの強さはチョコボのレベルや取得しているアビリティによって変わり、またレースに参加中のチョコボは引き取らなければバトルメンバーに加えることは出来ない。
ストーリー.
概要節にあるように本作はマルチエンディングであるため、本節では正史となるノーマルエンディングのストーリーを記載する。
時空を超える旅の過程でセラは婚約者スノウや姉のかつての仲間ホープと再会しノエルと共に、時に彼らの力も借りつつパラドクスを解決していくがそんな彼らの前にカイアス・バラッドと名乗る謎の男と女神エトロが与えた未来を見る力「エトロの瞳（め）」を持つユールと名乗る謎の少女が現れる。カイアスはセラ達を自らの目的の邪魔者とみなし、幾度となく襲いかかってくる。
登場人物.
下記の他にNPCも多数登場し、ストーリー上の情報収集は主にNPCとの会話を通じて行う。
作品世界.
前作では一度行った場所にはグラン＝パルスと政府首都エデンの一部を除いて戻る事は出来なかったが今作では戻る事が出来る。探索要素も前作より強化され、前作では一部の個所でしか出来なかったジャンプがより自由に出来るようになったり固定されていなかったナビマップが北向きで固定されている。