怪獣たちはコンピュータ・ワールド内で暴れることにより、現実世界に恐ろしい現象をもたらす。電子機器の能力を超えた暴走を引き起こすことができるばかりか、パソコンの画面から直接人間に干渉して洗脳するなど、電子機器に関係のない超常現象すら実現可能。特に、中盤からはそうした傾向が顕著に見られるようになる。
これらの異常現象に見舞われた人間はうろたえ、無力さをさらけ出す。これは、機械に依存しすぎた人間がしっぺ返しを食っていると見ることもでき、番組そのもののテーマを示唆していると言える。しかし最終的には直人たちの活躍で事件が解決するため、「機械の問題を解決するのもまた人間である」という希望的な面も見受けられる。
本作品における怪獣は基本的にコンピュータウイルスの類として描かれるが、カーンデジファーが次元を捻じ曲げるようなことがあれば、現実世界に怪獣が送り込まれる可能性もある。各怪獣には現実世界に出現した際の身長・体重が設定されている。
怪獣の声は役者の声を加工したものや、過去の円谷怪獣の声をベースに仕上げたものもある。
デザイン・造形.
怪獣を倒すことが弱い者いじめに見えないよう、グリッドマンのスーツアクターを中肉中背の人物にし、怪獣の造形を大きくすることで、ヒーローが大きな怪獣と命がけで戦っているように見せている。また、残酷描写を避けるために怪獣が切られても血が出ないプログラムという設定にしている。
武史のパソコン上のシーンは、グリーンバックで撮影された。
魔王 カーンデジファー.
ハイパーワールドから脱走してきた次元犯罪者。「伝説の悪魔」と呼ばれ、様々な次元に跳躍して侵略行為を行う。一人称は「わし」。
ハイパーエージェント（グリッドマン）に追われ、現実世界に侵入した後、周囲と調和することのできない暗い感情を持つ武史の心の歪みに目を付け、彼の所有する専用のコンピュータに棲み付く。以後、武史を使って怪獣を作らせ、コンピュータ・ワールドのみならず、現実世界をもその手中に収めようと画策する。
怪獣の体を形成して生命を与える実体化光線と、あらゆるコンピュータのプログラムを狂わせるシステム組み換え光線を照射する。
サイズ（データ容量）は自在に変化できるらしく、フロッピーディスクに入れられたこともあるが、メディアが無くても自由に移動できる。