子ども食堂から子どもの貧困、貧困家庭、貧困対策のイメージを遠ざける例としては、店の名前に敢えて「子ども食堂」と名付けず、「子ども」だけを付けたり、「子ども」すら店名に含めないところもある。また、店の名前はもちろん、活動内容自体も「子ども食堂」とは名乗らず、「こどものいばしょ」と謳っている場合もある。また、貧困家庭というレッテルを貼られることのないよう、利用対象を「地域住民全員」に設定している店もある。開設当初から「誰でも来店できる食堂」という概念を重視し、「恵まれない子どもたちのために」といった弱者支援のような態度をとらない店もある。高齢者や障害者にも立ち寄ってもらうため、名称を「地域食堂」にするケースもある。
認知度.
場所の問題.
子ども食堂の開催場所は、調理可能な場所であることはもちろん、子供が徒歩で通えることなどが条件に課せられており、これを子ども食堂の運営上で最大の課題とする意見もある。東京都足立区の子ども食堂では、自分も食堂を始めたいと言って相談に来るものの、場所の問題で行き詰っているとの声が聞かれる。
これまでに閉店を強いられた子ども食堂の一つには、バーとして用いられていた店舗を借りたため、コンロが少なく、椅子が高くて落ち着かず、行き帰りに車が必要で、駐車料金がかかるなどの声が寄せられていたケースもある。個人宅で開催している子ども食堂では、食事や調理のスペースにも限界があり、告知も届きにくく、子供が気楽に立ち寄ることもあまり期待できないとの声もある。
衛生面.
食事を提供する場である以上、食中毒などの衛生問題も懸念されている。どこか一つの食堂で食中毒が起きれば、子ども食堂全体の広がりに影響が及ぶ可能性も示唆されている。
通常の食堂では洗浄設備や計器類を整え、確認検査を受けての営業許可が必要だが、子ども食堂のような福祉目的の場合、許可は必要ないと判断されることが多いことも問題視されている。
運営資金や悪用問題.
運営資金もまた、課題の一つである。前述のように運営資金のための寄付を募ったものの、現実には運営資金の大半が店の代表者の個人負担となっており、組織の持続的拡大のために運営資金の確保が問題となっているケースもある。