EU農業改革の近年の課題となっているのは、価格上昇対策、食品の安全と品質の確保、農家の収入安定の保証である。このほかにも環境破壊、動物保護、農家の代替収入源の開拓といったものがある。これらの中には加盟国が担っていく課題もある。
EU全体および各国の補助金関連の予算には上限が設けられている。これは限られた財源の中でEUが共通農業政策に充てる予算の額が増加することが求められるという事態を避けるためである。
批判.
開発に対する反対.
共通農業政策への批判はグローバリゼーション支持派からも反グローバリゼーション派からもなされることがある。すなわち、西側諸国は農業に対して莫大な補助金を支給しており、経済協力開発機構 (OECD) 加盟国の農業補助金の合計はアフリカ全体の域内総生産 (GDP) の額を上回っている。このために競争において不公平が生じているが、共通農業政策による補助金制度はアメリカやそのほかの西側諸国の制度と同様に、ヨーロッパ要塞といった問題を惹き起こすものとして批判される。
食品価格の人為的高騰.
小規模農家への打撃.
環境問題.
加盟国の資金拠出.
一部のEU加盟国にはほかの加盟国に比べて農業の比重が大きい国がある。そのような国にはフランスやスペイン、ポルトガルなどがあるが、これらの国は共通農業政策のもとで補助金をより多く受け取っている。このほかの加盟国はEU予算のほかの分野から恩恵を受けている。全体で見ると一部の加盟国については、EUに対する拠出額がEUから受ける財政支出を大きく上回ることになり、とくにその差（純拠出額）が最大であるのはドイツ、1人あたりでの純拠出額が最大であるのはオランダであるが、イギリスやフランスもそのような状況にある。逆にギリシャやアイルランドは1人あたりの受益額（純受益額）が大きくなっている。
対英払戻措置と共通農業政策.
国家干渉としての共通農業政策.