在来種の動植物を捕食したり、食物や繁殖場所など生息環境を奪うことで競争種などを減少させたりする。いずれの場合も、生態系のバランスを崩し、二次的にも大きな影響を与える可能性がある。
遺伝子の攪乱.
外来種が在来種と交雑することによって在来種の遺伝子が変容することがある。この現象を遺伝子浸透（遺伝子汚染）という。外来種の遺伝子が広範囲に拡散すれば、それまでの遺伝子プール（その個体群が共有する一定の変異幅をもつ遺伝子の総体）の状態を回復することは、事実上不可能となる。固有種・固有亜種に外来遺伝子が流入した場合、長い進化の歴史を経て形成されてきたそれらの種や亜種が消滅することになるため、問題は特に深刻である。
農作物や家畜の品種改良の場合、人為的条件での適応、すなわち人間にとって優れた特性の獲得が、交配により達成され、原種と大きく異なった形態の品種が生み出されることが多い。このような例を踏まえて、遺伝子の攪乱（かくらん）は種としては新たな適応の機会であり、悪い事ではないという意見も見受けられる。しかし、自然環境下の動植物で遺伝子の攪乱が広がった場合、攪乱前の状態に戻すことはできず、交雑種が新たな害を及ぼしたり、生態系全体のバランスに大きな影響を与える恐れもある。
第一次産業への影響.
第一次産業に外来種が大きく貢献することがある一方で、農林業や漁業に膨大な被害を与え、数十億円に達する被害額を生じさせる外来種もいる。
感染症及びヒトの生命への被害.
従来その地域では見られなかった病原菌や寄生虫が外来種とともに移入された場合、人間や在来種に被害を与える場合がある。
外来種をめぐる世界の動き.
アメリカ合衆国.
ヨーロッパ.
各国の国内法によって外来種対策が義務化されているが、域内自由経済圏であるEUの出現にともない外来種の管理が難しくなっているという側面もある。
日本.
地方自治体でも外来種対策に取り組んでいる地域がある。北海道では、絶滅の危機に瀕する生物をリストする「レッドリスト」にちなんで、外来種をその危険性をもとに区分した「ブルーリスト」を作成している。滋賀県では、「ふるさと滋賀の野生動植物との共生に関する条例」によって「指定外来種」を規定して、飼育の届け出義務や放逐の禁止を課している。
ニュージーランド.
対策・食べて駆除.