東城医大病院の救命救急センターは「ジェネラル・ルージュ」と呼ばれる救命医・速水晃一によって束ねられていた。速水は天才で確かな腕を持つカリスマ的存在であったが、一方で患者の治療を優先するがために無理な要求でも押し通し、また手段を選ばない性格から、彼に不満や危機感を抱く者も少なくなかった。
田口はある搬送患者に愚痴外来通院歴があったという偶然から救命救急センターに関わった結果、救急精神医療責任者に任命されてしまう。以後次々と運ばれてくる患者の病気の謎を救命医たちと共に究明しながら、患者や救命医たちの精神的なケアを行っていくことに。
同じ頃、白鳥もまた抜き打ち監査のため救命救急センターにやってきていた。だが速水と医療代理店「メディカル・アソート」の社員・佐々木のただならぬ関係に気づいた白鳥は、監査後も患者と向き合う田口をフォローしつつも、速水の収賄疑惑を独自に調査する。
コンビナート爆発炎上事故が発生し、救命救急センターのメンバー達が次々と運び込まれた患者の処置に当たってから数日後、患者が急変して死ぬという匿名の脅迫文が速水宛に送り込まれてくる。田口と白鳥も調査を開始するが、一人の患者が予告通りに急変し、以降も速水宛に送られた予告状通りに患者の容態は急変していく。
犯人像として浮かび上がったのは速水に恨みを持つ者、あるいは救命救急センターから去ろうとする速水を留めさせたい者、そして速水と関わった過去の患者達。それぞれの可能性を追求しながら田口と白鳥は事件の謎に挑んでいく。
舞台が初めて東城医大病院から離れる。また、終末期医療と安楽死問題というテーマの関係上、シリーズで最も重い展開が多い。
田口は高階の指示で、地方病院「碧翠院」へと突如派遣されることになった。桜宮巌雄が院長を務めるその病院は町には無くてはならない存在で、また終末期医療に取り組んでおり患者からの信頼も厚かった。しかし田口が赴任したその日、皮膚科医として潜り込んでいる白鳥の姿を発見する。実は白鳥のもとには一通の手紙が届いており、そこには碧翠院の闇を訴える文章と、助けを求める言葉が綴られていたのだった。そして久しぶりにこの地を訪れたと言う放射線科医の立花善次に出会った白鳥は「この病院で行われていることは重罪だ」という言葉を聞かされるも、その後立花は謎の失踪を遂げる。