朝廷においては、特に毎年一定の時期に各地の国司から提出される大計帳・正税帳・調帳・朝集帳を「四度公文」（しどのくもん/よどのくもん）と呼んでこの数字を監査することで国司の不正に対する監視を行うとともに、行政・財政の基本資料としても重要視された。また、国衙においてはこれらの文書を作成するために公文所が設置され、文筆や計算に通じた人物を目・史生と言った在庁官人に任命した。これを「公文目」・「公文史生」と呼んだ。
五山制度における公文（公帖）.
また、足利将軍家が発給した五山十刹などの住持を任命（補任）する辞令を「公文」もしくは「公帖（こうじょう）」と呼んだ。
五山制度は鎌倉幕府にも存在しており公文（公帖）が出されていたが、同制度が整備されたのは、室町幕府初代将軍足利尊氏が禅宗保護に積極的であったことに由来する。したがって公文（公帖）は将軍直々の命令書である御教書もしくは御内書形式（手続としては、僧侶代表（鹿苑僧録・蔭涼職）から出された名簿を参考に将軍が選任し、将軍の指示に従って公文奉行が本文を執筆し、将軍が内容を確認の上で署名捺印して僧侶代表に発給してそれを被任命者に授与した）で発給されるのが通例であった。
また、室町時代中期以後には実際には居住していない僧侶に対して名誉職の意味を持った住持職任命を目的とした公文（公帖）が発給される場合があった。これを「坐公文（いなりのくもん）」と呼ばれた。
このような公文（公帖）の発給のために献上された礼銭が室町幕府の重要な財政収入になったのみでなく、織田信長によって京都を追放された足利義昭の追放中の活動資金にもなったと言われている（「五山十刹」の住持の任免権は室町幕府ではなく、足利将軍個人にあると考えられていたため）。なお、鎌倉五山などの関東の寺院に関する公文（公帖）は鎌倉府に発給権があり、地方の寺院については現地の守護が将軍の代理として発給した例も存在している。
その後、足利義昭の出家による引退後は代わって豊臣政権や江戸幕府が公文（公帖）を発給している。江戸幕府は五山十刹諸山之諸法度を出して蔭涼職を廃して鹿苑僧録に替わって金地院僧録を設置し、「秉払なしに公帖を発行してはならない」などの厳しい資格制限を付けた。ただし、東福寺は九条家・一条家のいずれかが、天竜寺・大徳寺・南禅寺などは院宣や綸旨によって出される事もあった。