防衛線を突破したゼントラーディ軍は地球へと降下し、マクロスを目標に襲来。南アタリア島での地上戦が展開されることになる。マクロスは衛星軌道上で戦闘を行っている統合宇宙軍と合流するため地上から発進しようとするものの、重力制御システムの不備（固定器具の金属劣化による、システムの離脱）により地上に墜落する。再度、地球製推進器にて上昇を開始、いったんは衛星軌道上まで到達するものの、ゼントラーディ軍からの砲撃により、合流を阻止される。グローバルは艤装が行われていないマクロスではこれ以上の戦闘は困難であり、艦内や南アタリア島のシェルターに避難した住民を含む民間人と進宙式の来賓の安全確保が最優先との判断から、月の裏側（月には統合宇宙軍の月面アポロ基地があり、ある程度の戦力が保有されていた）への脱出を試みるべく、フォールド航行の決行を決断する。
マクロスは衛星軌道上より降下して、南アタリア島上空で人類史上初のフォールド航行に突入、地球圏から離脱する。ブリタイ艦隊はマクロスを追跡して同圏内より撤退する。
この異星人ゼントラーディとの戦闘は統合政府により厳重な報道管制が敷かれ、後日「南アタリア島は反統合勢力のゲリラ活動により全滅」との偽りの公式発表が行われる。
戦争の経過.
ゼントラーディ軍においては、地球にはあえて侵攻せず、反応兵器のノウハウを入手するべく、マクロスを中心に広域的な包囲網を展開すると同時に地球人の実態を探るため、散発的な戦闘やスパイ活動による情報収集を繰り返しながらマクロスの追跡を開始する。
上層部の無情な決定に反発したグローバルは、マクロスを強攻型の状態で市街地を飛行させて民間人の受け入れを迫り、統合軍との一戦も辞さない構えを見せる。そんな中、マクロスと統合軍の一連のやり取りを傍受していた北米オンタリオ自治区が民間人の受け入れを表明、統合軍もオンタリオ自治区の提案を支持したことでようやくマクロス艦内の民間人に安息の日々が訪れるかに思われたが、民間人の上陸が開始された直後にカムジン艦隊がマクロスを急襲する。マクロスは全方位バリアを展開して攻撃を防ぐが、過負荷状態となったバリアが暴走して大爆発を起こし、オンタリオ自治区の中心市街地が壊滅する。