「軍の関与の決定的証拠である」とする吉見説に対して、以下に述べるように反論が出されるとともに、吉見説と異なる解釈が提出された。
還流
反応を行う際に加熱する事はよくあるが、還流は用いている溶媒に対して（常圧では）最も多くの熱を加える事が可能な方法である。また、還流している際には温度を測らずとも溶媒に依存した一定の沸点で反応が進行しており、温度管理を行う必要が無いのも利点の一つである。
常に凝縮を繰り返しているので基本的には溶媒を追加する必要はないが、低沸点の溶媒を長時間還流する場合には、溶媒の凝縮が完全には起こらずに溶媒量が減ってしまう事もあるので注意が必要である。
ベレンコ中尉亡命事件
経緯.
また、ベレンコは日本領空に接近する前に迎撃機を飛来させる目的で高度を上げるも、「米軍機と勘違いして迎撃機は来なかった」と証言している。
強行着陸.
着陸時の一部始終は空港敷地内で工事をしていた現場監督が撮影していた。監督は撮影しながら機体に近づいたが、ベレンコ中尉が銃を取り出して空に向けて威嚇発砲したため危険を感じてフィルムを差し出した。のちにベレンコ中尉は、抵抗の意思がないことを示すためだったと証言している。また、当時学生だった航空機ファンの地元民が低空で飛ぶソ連機に気づき、授業を抜け出し滑走路のフェンスを潜り抜け近づいたのが最初の接触だとの証言もあり、こちらも空中への威嚇発砲を受けたという。
警察と自衛隊間の混乱.
「領空侵犯は防衛に関わる事項であるが、日本国内の空港に着陸した場合は警察の管轄に移る」という主張から警察によって封鎖された現場から、陸上自衛隊員は管轄権を盾に締め出され、情報収集の為航空自衛隊千歳基地から来た隊員も函館空港事務所に行くものの門前払いされた。
アメリカへの亡命.
自衛隊の非常態勢.
事件終結後、日本国政府は対処に当たった陸自に対して、同事件に関する記録を全て破棄するよう指示したが、これに対し三好は自ら陸上幕僚長の辞意をもって抗議した。
事件の影響.
軍事面の対応.