水性マーカー（水性インク）は油性マーカーより適用範囲、速乾性には劣るが、裏移りしにくくインクの安全性に優れる。主に紙などへの描画に使われてきた。油性同様にインクには染料と顔料があり、後者は乾燥後に耐水性、耐光性に優れる。代表的な商品として「サインペン（ぺんてる）」、「ポスカ（三菱鉛筆）」がある。
固形マーカー.
固形化された塗料の芯をチョークやクレヨンのように素材に擦り付けて描画する。
プラスチックや金属（鉄骨、鉄板など）の他、ガラス、ゴムや発泡スチロール、石など粗い表面材料への描画に適している。用途としては建設資材や設置場所のしるしやメモ書きなど。またゴムにも描けるためタイヤにも描くことができる。一部の商品では水を含んだ布などで拭き取る（消す）ことが出来るので、ホワイトボード用マーカーの代わりや工事用耐水黒板への記入にも使われる（ただし従来の黒板には使用できない）。固形塗料は主に油性だが、用途によっては水溶性のものもある。特長としては、チョークと違い粉が出ず、油性マーカーと違い溶剤が揮発しないので臭いも少なく、キャップを閉め忘れて使えなくなることもない。また一部の商品では水で含んだ布などで拭き取る（消す）ことが出来る、など。
固形マーカーは、クレヨン同様、手が汚れないように芯には紙が巻いてあったり、また芯が折れないよう細長い容器に入れられている。容器に入れられたものは、スティック状の口紅やスティックのりのようなねじ式、シャープペンシルのようにノック式で先端を送り出して使用する。商品によっては、芯のみ交換することもできる。
日本のメーカーが販売している商品としては、寺西化学工業の「ギターマーキングパス」「ギター耐水チョーク」「ギターマーキングチョーク」、サクラクレパスの「ソリッドマーカー」「工業用水溶性マーカー」「工業用クレヨンマーカー」、日本理化学工業の「キットパス」「キットパス工事用」などがある。
ゲルマーカー.