そして、この一連の流れにより大学病院での医師が不足するようになり、大学病院は高水準の医療を維持するために地方の病院に派遣していた医師を引き上げる結果となった。こうして地域の総合病院などから医師が引き上げられたことで、地域病院の診療科が次々と閉鎖に追い込まれるなどの問題が日本国中で生まれるに至った。
地域偏在による不足.
医籍登録は都道府県単位で行われており、医師は登録変更をしない限り県境を越えて隣県で保険診療が出来ないという制度上の問題もある。
診療科に属する医師の需給不均衡による不足および医学部医学科の高額な学費.
内科、外科、麻酔科、小児科、産科、救急、総合診療科は過酷な勤務状態にあり、転科したり、そもそも私立大学医学部医学科の高額な学費により志望する医学生が減ってきている、私立大学医学部医学科の高額な学費が原因で家庭の所得格差による医学生の質の低下や近年では厚生労働省や教授会の苦渋の決断により「国公立大学医学部医学科受験による多浪」や「苦学生のアルバイト等による多留年」が黙認される事例もある。医学部医学科に入学しても、医師国家試験に合格する見込みのない学生は、医師になれない学科や薬学部等に回されるケースも多く、医学生の質の低下を裏付けている。
また、従来の勤務医も、過酷な労働条件に耐えかねて退職や開業をしたり「フリーター化」する医師が増え、勤務条件の悪い総合病院等の特定診療科における医師不足の拍車をかけている。たとえば、女性医師の増加により、家庭と育児の両立が可能な勤務形態が望まるなか、それが実現していない科はますます不人気になり、よりいっそう労働環境が悪化するといった悪循環が見られる。
この結果（実際に医師が増えている診療科は保険適用が効かず最も高額な自由診療報酬が得られる美容外科学、美容皮膚科、高齢化で重要性の高い診療科で保険適用範囲の曖昧さにより高額な自由診療報酬にならざるを得ない訪問診療（総合診療科）や整形外科、形成外科、リウマチ科、内視鏡・内科・外科、透析科、精神科などであると一般には考えられている。）眼科等の診療科に医師が流れていると報道された。ただし日本眼科医会は、根拠のないものであるとして反論している。
給与レベルに属する医師の偏在による不足.
業務量増大に対する医師不足.