これらのペアは倒木直下などの湿った土中などに狭い巣を作り、交尾・産卵を開始する。これが新コロニーの創世期であり、最初の働きアリが育つまでは新女王・新王が幼虫を育て上げていくこととなる。しかし、新しいコロニーを形成できるのはごく一部の生殖虫に限られる。生殖虫はなんの武器もなく極めて脆弱であり、群飛時からアリ（オオハリアリ、クロヤマアリなど）やクモ、鳥類の餌食になるものが多く、一握りのペアだけが生き残る。
なお、創設期のコロニーにはニンフ（擬蛹）は生じないが、兵蟻は当初から一定割合で生ずることが知られている。
飼育方法.
ヤマトシロアリの飼育は比較的容易で、社会性昆虫の生態観察には格好の材料である。飼育にはやや大型の蓋ができるガラス容器、紙、木片、水があればよい。シャーレで飼育することも可能だが、水分調節が意外に難しく失敗しやすい。ガラス容器内に大型の濾紙などを折り曲げたものを入れた後、スポイトなどで水を吸わせておき、そこに捕獲したコロニーの一部を移せばよい。女王・王の捕獲ができなかった場合でも問題はなく、この場合は、働きアリやニンフから副女王や副王が分化してくる。
擬職蟻は与えた紙を次々と食べていくので、適宜湿らせた紙や木片を追加すればよいが、厚い木片を与えた場合、コロニーが内部に潜り込んで観察困難となる場合があるため注意する必要がある。コロニーは必ずしも暗黒下に置く必要はないが、直射日光下に置くと容器内が高温となり死滅することがあるので注意を要する。
飼育環境が良好な場合、コロニーに様々な変化が生じ始める。コロニー内の幼虫が脱皮して擬職蟻や前兵蟻になったり、前兵蟻が脱皮して兵蟻が生じたりする以外に、女王や王が存在しない容器内で擬職蟻が脱皮してニンフとなり、その後さらに脱皮して副生殖虫となる様子や生殖虫や副生殖虫が交尾・産卵する様子が観察可能である。また、飼育容器内の環境によっては共食い現象が見られる場合もある。場合によっては飼育容器の壁面に蟻道を形成し、容器外への勢力拡大を試みることもある。なお、新女王・新王から新コロニーを作らせることは意外に難しく、ちょっとしたストレスで死滅することが多い。
利害.