八幡宮の総本社であり古くから皇室の崇敬を受けているほか、称徳天皇時代の宇佐八幡宮神託事件でも知られる。参拝は一般と異なり、二拝一拝を作法としている。
祭神.
主神は、一之御殿に祀られている八幡大神の応神天皇であるが、ただ実際に宇佐神宮の本殿で主神の位置である中央に配置されているのは比売大神であり、なぜそうなっているのかは謎とされている。また下宮でも主祭神は同じであるが、一之神殿の相殿には大神祖神社として大神比義命（おおがのひぎのみこと）が祀られる。
歴史.
創建.
宇佐神宮の託宣集である『八幡宇佐宮御託宣集』には、筥崎宮の神託を引いて、「我か宇佐宮より穂浪大分宮は我本宮なり」とあり、筑前国穂波郡（現在の福岡県飯塚市）の大分八幡宮が宇佐神宮の本宮であり、筥崎宮の元宮であるとある。宇佐神宮の元宮は、福岡県築上郡築上町にある矢幡八幡宮（現金富神社）であるとする説や、大分県中津市の薦神社（こもじんじゃ）も元宮として有力視されている。
飛鳥時代.
奈良時代.
平安時代.
また、平安時代に大宮司の大神氏(おおがし)が武家などに分かれていった為、空位になった大宮司に、宇佐氏がつき宇佐神宮は神宮寺の弥勒寺とともに九州最大の荘園領主となった。また神職家や坊官家は武士としても活動しており、このため近郊の（特に豊後国の）有力武士としばしば敵対している。
源平争乱期には平清盛の娘を妻とする大宮司・宇佐公通が平氏方につく。屋島の戦いから敗走する総大将・平宗盛ら平家一門は宇佐神宮を頼って束の間安徳天皇と共に公通の舘に滞在していたが、豊後の緒方惟義が源氏方について叛逆したこともあり庇護しきれなかった（このとき悲嘆した平清経が自殺したという場所に、小松塚と呼ばれる石碑と五輪塔がある）。またこのとき緒方氏によって神宮が焼討ちにあったという。この焼討ちの時、神体（金の延べ棒との説もある）が強奪された。この後発見されるが、朝廷の裁定により石清水八幡宮が管理することになった。
中世以降.
鎌倉時代の元寇でも当時の他の社寺同様に加持祈祷を行っている。この際に活躍した宇佐公世（公通の玄孫）は、社領回復に成功して中興の祖と仰がれた。その子・宇佐（到津）公連は鎌倉幕府倒幕においても活躍して、後に懐良親王擁立に参加している。