人の情念や怨念がアヤカシ（妖）に取り憑くと、人に災いを成すモノノ怪となる。そのモノノ怪を斬ることができる退魔の剣を携えた薬売りの男は、モノノ怪が起こす妖異を解決するため諸国を巡っている。しかし、モノノ怪を斬るためには、そのモノノ怪の「形（かたち）」と「真（まこと）」と「理（ことわり）」を明らかにする必要があり、薬売りは関係者たちから話を伺い、妖異の背景にある人の情念や怨念を探っていく。
「座敷童子」.
雨の降る夜。歴史ある大きく絢爛な建物の旅籠「万屋」に身重の若い娘・志乃が一晩泊めて欲しいとやってくる。満室であったが、老女将の久代は訳あって使っていないという最上階の部屋に彼女を通す。志乃は奉公していた店の若旦那との間に子供ができてしまい追い出されたと身の上を明かし、久代は同情するものの、子供を産むことは諦めるように苦言する。そして広い部屋に一人になった志乃は、いつのまにか部屋に入っていた謎の子供を見つける。それを発端に様々な怪奇現象が起こり、怯える志乃の元にモノノ怪を斬るためにやってきたという薬売りの男が現れ、妖かしの正体が座敷童子であると指摘する。
「海坊主」.
薬売りは、廻船問屋・三國屋多門の江戸行きの廻船に乗っていた。船には他に、かつて化猫騒動で出会った若い女性・加世や、弟子を連れた高僧・源慧、怪しげな修験者・柳幻殃斉、不気味な浪人・佐々木兵衛が乗り合わせていた。夜半、何者かによって羅針盤が狂わされ、船はあやかしの海と呼ばれる海域「竜の三角」に迷い込んでしまう。そして船幽霊や海座頭などの怪異に襲われるが、いずれも薬売りが探すモノノ怪ではない。やがて源慧は、ここをあやかしの海に変えたものは、かつて実妹が人身御供にされた虚舟ではないかと打ち明ける。
「のっぺらぼう」.