日本全国では年間、延べ数百冊の書籍が有害図書に指定されているが、年に数十冊ほど指定する自治体がある一方で、個別指定を事実上行わない自治体も多く、地域によってかなり運用に差がある。なお、東京都の条例では「不健全図書」という名称を用いている。有害図書は自治体の条例によって指定されるので、その法的効力は原則的に各自治体の領域内にしか及ばないが、東京都による不健全指定は、出版倫理協議会やAmazon.co.jpにおける自主規制の基準となっているため、全国的な影響力を持っている（後述）。
流通業界の対応.
有害図書に指定された書籍（『完全自殺マニュアル』（鶴見済）など）は、一部の書店で陳列販売されていない。小さな書店では、区分陳列のスペース確保と年齢認証の煩雑さなどから取り扱わず、顧客の注文で出版取次から取り寄せるケースとなる。
Amazon.co.jpでは成人向けマーク付きの商品は販売しているが、東京都によって不健全指定された書籍の取り扱いは規約で禁止しており、該当する書籍はAmazonのウェブページから削除される。また、鳥取県の条例では県外の事業者も規制対象としており、鳥取県で有害指定された書籍がAmazon.co.jpで販売停止となった事例がある。
その一方、不健全指定や有害指定自体は販売を全面禁止するものではなく、あくまでも青少年への販売を規制するものに過ぎないため、Amazon以外のECサイトでは「成人向け商品」として販売が継続されているケースが多い。なお、東京都により不健全指定された書籍のタイトルは東京都のウェブサイト上の不健全指定図書類一覧で確認できる。
また、大手コンビニチェーンや書店の中には「前記の取次停止ルールに該当する出版物を発行している出版社の出版物は、有害図書指定されていない他の出版物も含めて一切取り扱わない」という方針を示しているところもあり、そのためコンビニ販売が主力となる雑誌類を抱えている出版社の中には、万が一の事態に備えて成人向け雑誌・書籍部門を別会社として本体から切り離す動きも見られる（例：毎日コミュニケーションズ→MCプレス）。