この様な動きに対し荀彧は、儒者の立場から「公（曹操）が義兵を起こしたのは、本来朝廷を救い、 国家を安定させる為であり、真心からの忠誠を保持し、偽りのない謙譲さを守り通してきたのだ、 君子は人を愛する場合徳義による（利益を用いない）ものだ、そのようなことをするのは宜しくない」と、曹操の腹心の中では唯一、断固として反対の姿勢をとった。しかし曹操は次第に、魏公の九錫を受ける意思を明らかにし始めていた。
この死には謎が多く、自殺とも言われる。『後漢書』『魏氏春秋』では、曹操から贈られた器の中身が空だったために、その意図を「お前はもう用済みだ」と解釈した荀彧は服毒自殺した、とある（「器は空だった」と正直に言っても「中身があった」とごまかしても主君を誹謗した罪を受けるため）。また、『献帝春秋』では、かつて董承が殺害されたとき、伏完から曹操への反乱を仄めかす手紙を送られたことを長期間黙秘しており、それが発覚することを恐れて自己弁明紛いの告発をした為、曹操から疎まれたことが遠因であるともいう。
荀彧の功績は極めて大きかったが、荀攸や鍾繇ら多くの者が魏の功臣として曹操の廟庭に祭られる中、荀彧が祭られることはなかった。裴松之はこのことについて、荀彧が晩年に曹操へ異議を唱え、魏の官位を得ることなく亡くなったからと推測している。
その子孫.
荀彧の事績は他の同時代人物よりも特に多かったためか、単独で列伝は立てられていないにもかかわらず、その伝の記述は極めて多い。
三国志演義.
小説『三国志演義』においても曹操の懐刀として登場し、事あるごとに曹操に助言・策略を授けている。 曹操の群雄時代には劉備に官職を与えて見返りに呂布を討たせる「二虎競食の計」「駆虎呑狼の計」といった奇計を編み出す。最期は魏公冊立をめぐって曹操と対立し、自害するという結末になっている。
評価.
同僚の鍾繇は「（孔子の弟子の）顔回の没後、それに匹敵する徳を備えた唯一の人物である」と称賛した（『荀彧別伝』）。
司馬懿は「書物に書かれていることや、遠方の出来事を見たり聞いたりはしているが、百数十年間に亘って、荀彧殿に及ぶ賢才は存在しない」と評価した（『荀彧別伝』）。