火山・海藻の異常発生・暴風雨および地震は同様に水質と水系の生態系の状態における大きな変質を招くものなのだが、水質が誰かが使えなくなるほどに悪化したときにこれを汚染という。水質汚染にはさまざまな原因と種類がある。栄養負荷の増大（肥料分や栄養塩の増大）は富栄養化という結果になるであろう。都市の下水などの有機性廃棄物は受容水系への過剰な酸素の負担を掛け、生態系に対する重大な影響を与えかねない酸素の枯渇という結果を引き起こしている。産業は、重金属・樹脂のペレット・有機毒素・石油・栄養素・固形物を含めた汚水を放出する。こうした放出は熱的運動をともなう（特に発電所からのものである）が、同じく使用可能な酸素を減じる。建設現場、山林伐採、農業を含めた多くの行動から生じるシルトをともなう流出液が光合成を限定し、湖底や川底を広く覆いつくし、代わりに生態系に被害を与えている水中を透す射光の浸透を抑制するのである。
汚染物質.
汚染には有機化合物のケースと無機化合物のケースがある。
運搬と水質汚染における化学反応と生態系の異変.
地下水の汚染は表層の汚染よりも減少しにくいもので、これは地下水が見えない帯水層を長距離にわたり移動することが原因である。粘土層などの浸透性のない帯水層では、単純な濾過作用（吸収）や希釈、またあるケースでは化学反応と生物活性である。しかしながら、あるケースでは汚染が単純に土壌汚染物質に変質している。地割れや洞窟を移動する地下水は、それほど濾過されず、表層の水と同じく容易に移動することができる。カルスト地形の地域では、天然のゴミの集積場としての陥没穴が使われるというのが人間の行動の結果として事態を悪化させている。
汚染の副次的影響.
有害汚染物質から生じたのではなく、派生した状況から生じる副次的効果に多様性が存在する。二次的影響として考えられるのは、シルトを帯する表層流出液は、水柱を透す射光の浸透を抑制し、水生植物の光合成を妨げたことや、温水汚濁が、魚類のショック死や夏緑性植物の拡大を引き起こしたことなどが原因である。
環境アセスメント.
水質汚濁との違い.