当時水路部部長を務めていた須田皖次は遭難事故後、会う人ごとに「どうして船を出したか」という質問を受けたといい、当時は明神礁の位置が報告によって様々で確定できておらず、付近航行船舶の安全のために一刻も早く明神礁の正確な情報を公表する必要があったこと、調査団派遣の会議場では「決して危険を犯すな。どうせ今後二次三次と探検船を出すから無理をするな」と繰り返し注意をしたという事実と共に、次のように述べている。
出航と遭難.
出航後、第五海洋丸からは次のような定時報告があった。
捜索.
調査委員会.
各分科会の委員は以下の通りで、津屋の代行者として森本良平、和達の代行者として川畑幸夫と中野猿人、山縣の代行者として元良誠三、平田の代行者として橋房夫などが関係した。
爆発発生時刻.
漂流物の鑑定.
分析.
遭難の要因.
サイエンスライターの金子史朗も、粘り気の大きな安山岩や石英安山岩質のマグマは、マグマが粘るために常に大爆発を伴うとし、「明神礁は多孔質な軽石を噴出する火山である、という情報が測量着手前に第五海洋丸に十分に伝達されていたら、この悲劇は回避されていたことだろう。行動は少なくともより慎重なものとなったに違いないのである」と述べている。また、神鷹丸が前日に明神礁が極めて危険な火山であると確認しており、当局もその事実を把握していた筈であるにも拘らず、第五海洋丸に危険の認識が十分に伝達されなかったことを批判している。
残された謎.
一方で、解けなかった謎も残った。
異説.
第三高根丸の一件.
塚本の分析.
一方で水路部では「四十年近くも前の論文の公表に当惑の表情」で、大島章一企画部長は「年月がたちすぎていて、（塚本論文が）正しいかどうかは判断できない」と述べたが、一方で「しかし、塚本さんが指摘した『高根礁』に該当する火口丘は、最新の無人自航式ブイ『マンボウ』による調査（一昨年五月実施）で存在が確認された。この結果から、塚本さんの主張が正しかった可能性はある」とし、今後の調査研究に生かしたい旨を述べている。
追悼と遺族.
また遭難事故後、水路部構内には「五海洋会館」という名称の和室が設置され、毎年命日には全国から集まった遺族の有志が遺影に焼香し、近況を語り合う場となった。三十三回忌までは、毎年遺族が集まったという。また、海洋情報部の敷地内には、慰霊碑が建立されている。
影響.