なお、キャラクターの一人であるマロのスペシャル技「なにかんがえてるの」は相手のステータスだけでなく思考を読み取れるという設定であり、その内容も戦闘のヒント（例：ルピー）からダジャレ（例：マンゾー）や他作品のパロディ（例：ムクムク）までさまざまである。
ボーナスフラワー.
ストーリー.
プロローグ.
ある日、マリオの自宅に遊びに来ていたピーチ姫が、またクッパにさらわれた。いつものようにマリオはピーチ姫を助けにクッパ城へムあったところ、突如クッパ城を巨大な揺れが襲い、その衝撃でマリオは自宅まで吹き飛ばされる。マリオが再びクッパ城を訪れた時には、城に言葉を話す巨大な剣カリバーが突き刺さっていた。彼は自身の主人である武器世界の王カジオーによるマリオワールド征服の野望を語り、クッパ城へ続く橋を落とすことで外部からの進入を断つ。途方に暮れたマリオはやむなく自宅に戻る。
マリオの家～キノコ城.
マリオはキノピオとともにキノコ城に向かい、キノコ大臣に事態を報告する。キノコ大臣はこれまでにない事態に危機感を強め、マリオにピーチ姫救出を託す。
城から出発したマリオは、城下町でマロという綿雲のような少年と出会う。マロはケロケロ湖に住むカエル仙人のお使いで買い物に来ていたが、代金を泥棒クロコに盗まれ途方に暮れていた。マリオはマロに協力し、クロコを追いかけてどろぼうロードに向かう。そして逃げ足の速いクロコを追いかけて倒し、盗まれた代金を取り戻す。
そして到着したローズタウンの各所では、住人たちが動けなくなっている異常事態が起こっていた。その原因は、近くにあるハナチャンの森から次々と飛んできた矢によるものだという。
ドゥカティ～メリー・マリー村.
星のふる丘～リップルタウン.
カントリーロード～バーレル火山.