方広寺大仏・大仏殿の再建が完了したため、落慶供養の段取りを進めることになった。段取りは片桐且元が進め、武家間では京都所司代の板倉勝重や、徳川家康との協議がなされた。しかし落慶供養は武家側だけで決定できるものではなく、朝廷や公家・寺社勢力との協議も必要であった。方広寺は、上述のように正式な寺号を持たず、朝儀を経て創立された寺院ではなかったため（悪く言えば豊臣氏の私的な建造物であった）、正式な寺院となるよう、朝廷との協議がなされた。寺号については「東大寺」とするか、もしくは新たに定めるかなどが候補として挙がっていたが、方広寺の寺号を「東大寺」と定め、方広寺を東大寺の継承寺院とする案も検討されていた。
方広寺鐘銘事件の発生.
なお、家康は徳川氏も工事に協力した方広寺大仏・大仏殿の再建が完成した暁には、大仏の開眼供養に出席するため上洛する予定であり、またこの際に後の禁中並公家諸法度・寺社法度を発布する計画で、そのための資料収集を命じていた。また、武家の法度への資料収集も命じていた（『駿府記』『本光国師日記』）。しかしながら鐘銘事件によりこの計画は修正を余儀なくされ、結果として大坂の陣による豊臣家滅亡後に発布された。
大坂の陣の開戦まで.
方広寺鐘銘事件に対する評価.
先述のように秀頼は戦乱で荒廃した多数の寺社に寄進を行い、伽藍・社殿の整備を図った（豊臣秀頼の寺社造立も参照）。これにより寺社勢力は宗勢を回復したが、鐘銘事件で豊臣氏が苦境に陥った時、寺社勢力で豊臣氏の弁護・助力に積極的にまわったものはなかった。歴史学者の村山修一は「（鐘銘文の作者）清韓は国家安康君臣豊楽と徳川豊臣の融和繁栄を裏に偶したつもりであったが、逆用曲解される始末になった。」「（鐘銘事件に類似した阿衡事件では）基経を諫止ないし批判した菅原道真のごとき人物が出たことは痛快というべく、これに対し鐘銘事件では誰一人正面から家康に反対意見を開陳した者はなく、作者清韓を支持したのはわずかに妙心寺の海山和尚ただ一人であった。」「鐘銘事件にみる（家康に加担・迎合した）僧侶の暗躍ないし幇間的行動は、古代中世にわたる日本仏教の権威に汚点を遺した。」としている。