「神国」という言葉の初出は神功皇后のいわゆる「三韓征伐」の際、新羅王が皇后の軍勢を見て「音に聞く日本の船、あれは神国の強者だ」と抵抗せず降伏したという、『日本書紀』の記事である。これが後に対外的危機の際には必ず引用されて神国思想を高揚させる一因となったと言われている。仏教伝来直後は、中臣氏・物部氏など神道を崇拝する人々によって唱えられ、蕃神への信奉が災いをもたらすとして仏教排斥を図り、蘇我氏を中心とする崇仏派と対立する。しかし、神仏習合の普及以後、神道と仏教との対立は一時的に緩和していった。平安時代以後、律令政治の発展による儀礼の深化とともに『日本三代実録』などに見られるようになり、源義経の「腰越状」にもその行が見える。
一説に、各々の豪族は、独自の神話をもち、独自の神を祭っていたとされるが、大和朝廷が大化の改新をへて、天皇を中心とした中央集権国家へと移行すると、天皇家の神格化を図るために、天皇家の祖先神である太陽神・天照大神と天皇家の神社である伊勢神宮を頂点とした、神々及び神社のヒエラルキーが確立されたとされ、このような体系を基にしたのが古代の神国思想であるという意見がある。
新羅との関係.
新羅と日本との外交関係において、「神国」思想が形成されたとする見方もある。
同時に、伊勢神宮、石清水八幡宮、香椎、神功陵などに奉幣および告文をささげ、
と訴えた。こうして新羅を敵視する考えは神国思想の発展へとつながっていった。また、神功皇后による三韓征伐説話もたびたび参照されるようになる。
王朝国家体制以降.
鎌倉時代.
鎌倉新仏教側も日本の仏教は神々の加護によって成立しているとする本地垂迹説を自然と受け入れた宗派もあり、日蓮は大曼荼羅に八幡大菩薩と天照大神を加えている。虎関師錬の『元亨釈書』の「大乗仏教は日本において完成した」という主張はその典型である。
南北朝・室町時代.
南朝の北畠親房は、『神皇正統記』において、「大日本は神国である」とし、親房は天照大神の正統な末裔である天皇によって日本という国家が維持されているという主張を簡潔に述べて、後世に影響を与えた。
戦国・安土桃山時代.