上代特殊仮名遣が崩壊したのちに仮名が発達したため、仮名によって甲乙を示すことは通常できない。それゆえ、文字上で甲乙の区別をする必要がある時は「甲」「乙」等といった明記、右左の傍線、トレマやサーカムフレックスをつけたラテン文字・下付き数字の使用、カタカナ化と変体仮名の導入などで対応している。なお、甲類と乙類の区別のない音節を指す場合、一類と呼ぶ場合がある。便宜のために主な表記法を対照すると以下のようになるが、以降の記事では読みやすさのため、特に必要の無い限り仮名表記では甲乙を直截示し、ラテン文字の表記では下付き数字を使って甲乙を直截示す。
研究史・諸説.
発見 (江戸時代）.
本居宣長・石塚龍麿.
仮名遣の研究は、江戸時代に国学が勃興して以降、本格的に行われるようになる。そのような中で上代特殊仮名遣の研究は、 本居宣長によって端緒が開かれた。宣長の著した『古事記伝』には、第一巻の「仮字の事」ですでに「同じ音の中でも、言葉に応じてそれぞれに当てる仮字が使い分けられている」ことが指摘されている。
また、宣長は『古事記伝』再稿本においてこれが音の区別によるものであると考えた記述を残したが、のちに削除してしまった。
凡て此類いかなる故とは知れねども古おのづから音（こゑ）の別れけるにや
橋本進吉.
有坂秀世と「有坂・池上法則」.
音価については、オ甲類を後舌的、オ乙類を中舌的といっているが、それ以外については断定的なことを述べなかった。橋本進吉はイ段は ・、エ段は ・、オ段は ・ という考えであった。有坂秀世はこれと異なり、没後に出版された『上代音韻攷』でイ段乙を 、エ段乙を 、オ段乙を と再構した。
その後の研究（母音融合説等）.
大野晋（母音融合）.
くらいしか挙げることができなかった。
そのため、たとえばサミュエル・マーティンは または がオ甲になったという説について「これを支持するような良い例は全くと言っていいほど示されていない 」と言った 。
森博達.
森説に対しては、中国語音韻論の専門家である平山久雄との間に論争が『国語学』誌上で行われた。
定説への反論.
松本克己.
のような見通しを示した。