例えば生態系の例では、ニホンオオカミはかつて日本の山林でクマや猛禽類と並び有力な捕食者であったが、まず江戸後期にコレラ流行に伴うオオカミ信仰の加熱によりオオカミ頭骨・遺骸の需要が高まったことにより捕殺に拍車がかかり、さらに明治後には日本の近代化に従い盛んになっていった牧畜の被害が出たことなどから徹底的に駆除され、明治期には銃器も普及した。また狂犬病やジステンパーなどが流行し、これらの要因が複合して絶滅に至ったと考えられている。結果的に捕食者を欠いたニホンジカやニホンザルなどの増加は山林の開発による生活環境の縮小にも伴い、近隣農村で無視できない被害を出しているほか、増え過ぎたニホンジカは自然林の荒廃を招く一因ともなっている。
一方の資源問題では、象牙の例がよく知られている。象牙はゾウの牙であるが、加工性に優れ独特の風合いもあって、他に得難い工業原料となった。このため乱獲されたゾウは急激にその数を減らし、元より長い寿命から急激に数が回復することを望めないこともあり、一頃はあまりに減少し過ぎたことから種の自然消滅による絶滅も危惧されるほどにもなった。このため積極的な保護活動が行われ、象牙の取り引きは完全に停止された。今日では合成樹脂全般の発達やスイギュウの角、またカゼインと酸化チタンなどからなる代替素材も発達し、必ずしも象牙は資源としての価値はかつて乱獲が進んだ時代ほどはないが、依然として希少資源としての価値が存在する。このためそれら資源的価値に絡む密猟は、漢方薬原料としての価値がある角を持つサイのケースを含め、この動物が生息する地域で、更にはこれが密輸される側の国にとっても問題となっている。
世界の水産物漁獲量と乱獲.
世界の水産物の漁獲量は、この半世紀の間に、飛躍的に増えてきた。
さらに輸入されたシラスウナギの大半は、実際の漁獲が行われていないはずの香港からであり、台湾などから不透明なルートで輸入されていると考えられている。
混獲.
漁業による生態系への影響としては、「混獲（こんかく）」の問題がある。
これは、漁をする際に、目的以外の生物を網や針などの漁具にからめて、誤って獲ってしまうことである。アホウドリなどの海鳥、イルカやクジラなどの鯨類、そしてウミガメ類など、中には絶滅の危機にある海の野生生物も、数多くこの混獲の犠牲になっている。