那智参詣曼荼羅は、社寺参詣曼荼羅の通例である黄土や胡粉で背景を塗りつぶすという特有の描写法によって描かれている。この描写法は、空間の奥行きを抑制し、画面全体が平面的に均質化する。それを補う意味で参詣道や川をジグザグに描いたり、雲や霞が描かれて距離をデフォルメ化し、山道に横線の階段を入れて区別する技法が見られ、この絵図もそうした技法に従っている。このようにして描かれた空間が遠近法を具備するのか、学説は一致を見ていない。黒田日出男は、ジグザグ遠近法と呼ばれる非透視図法的な遠近法を伴っているとしているが、西山克は遠近法は存在しないと捉えるべきであり、雲・霞の描く技法により示されているのは地物の前後関係であって、図像中の各部分は同じレベルにあるとしている。また、広範な空間をひとつの画面に収める社寺参詣曼荼羅の通例として、多様かつ多数の事物や人物が描かれているがゆえに、焦点を結びにくく雑然とした印象を免れないのが通例であるが、その構図は確かな秩序に従えられている。
構図の読解.
ところで、滝本から二の瀬橋までの間の川の線は杉の樹林で途切れている。黒田によれば、この絵図において、杉は常緑樹からなる那智の原始林を代表しているだけでなく、杉の生命力と滝＝川の聖なる力を互いに変換可能な存在として表現している。それゆえ、滝本から二の瀬橋までの滝＝川の線は実は連続しており、巡礼者が通行する道である二の瀬橋と接することにより、人の道と神の道（滝＝川）を交錯させ、画面を右上から左下へかけて分割する斜めの軸を構成する。斜めの対立軸は他にもある。すなわち、右上の滝と左下の那智浜に描かれた米俵や米俵を積んだ船は、生命力の源泉と収穫物の実り豊かさを、右下の補陀洛渡海は左上の妙法山との対比で海上他界と山中他界を示すことにより浄土と死を中心とした対称性を描き出している。