撤退したイリヤ達はとある学校を拠点としていた。そこにエリカと名乗る少女とその父親が現れる。その父親こそエインズワース家当主ダリウス・エインズワースだった。慌てて迎撃しようとするイリヤ達だったが、ダリウスの使う謎の宝具によってなすすべなく敗北してしまう。それを救ったのは田中の謎の力だった。田中の正体を悟ったダリウスは第六次聖杯戦争の開幕を宣言して去っていった。
その翌日、エリカの独断によりイリヤが攫われてしまい、意識をぬいぐるみの中に入れられてしまった。エインズワース家に潜伏していたサファイアと協力して何とか体を取り戻したイリヤであったが、そこで彼女は衝撃の事実を知らされる。それはこの平行世界が滅びの危機に瀕していること、そしてエインズワースの目的は美遊の力を使い、その滅びから人類を救うということだった。世界と美遊、どちらを救うか悩むイリヤの前に現れたクロは、迷うことなく美遊を救うことを選択する。しかし、その選択に納得できないイリヤは世界と美遊、両方を救うことを決意する。
そして、遂に美遊を救い出し、ダリウスに一矢報いることに成功するが、そこで彼の正体がダリウスの息子ジュリアン・エインズワースであることが明かされた。彼は謎の黒い箱から大量の黒化英霊を呼び出し、美遊を取り返そうとする。そこに現れたのは美遊の兄、平行世界の衛宮士郎であった。クロと協力し、アンジェリカを撃破した士郎はジュリアンに刃を向ける。しかし、突如現れた黒い鎧を纏った謎の女により士郎は切り裂かれてしまう。
無尽蔵に湧く黒化英霊によりイリヤたちは徐々に追い詰められていく、それでもなお希望を捨てないイリヤの前に、黒化英霊の泥を打ち消す力を持つ剣が現れた。剣の力により、何とか泥を打ち消すことに成功し、ジュリアンたちは撤退していき、士郎も何とか助かった。そしてイリヤ達は衛宮邸でこの世界での士郎と美遊の過去を知ることになる。
テレビアニメ.
放送局.
劇場アニメ.
内容は、平行世界において、人の願いを無差別に叶える力を持って生まれた「神稚児」たる美遊とたまたま共に暮らすこととなった衛宮士郎が、美遊を守るために平行世界における聖杯戦争を戦い抜き、最後に美遊をイリヤ達の世界へ送り出すまでを描く。イリヤはラストシーンにしか登場せず、主人公は士郎と美遊の二人となる。
OVA.