たとえばアカウント剥奪の基準が当然各サーバごとに違う。自分に逆らえばアカウント剥奪とする運営者も、逆に剥奪が一切無い運営者もいる。またオリジナルのアイテムや装備も運営者自身の趣味を持ち込むことが多いが、それが行きすぎてしまう場合もある。
マップやモンスター、アイテムの画像などはクライアント依存だが、スキルやアイテムの効果、モンスターの情報、クエスト等はサーバ側に格納されている。このため、有志によるエミュレータサーバのプログラム開発は今でも続いている。
有料アイテム関連問題.
しかし、精練成功率に影響を与える有料アイテムを実装した際、「（通常アイテムによる）精練の成功率が下がった」と言う声が多数上がる。有志のユーザーによる検証の結果、今まで影響があった「武器研究」の効果がそっくりなくなっているようだと結論が出た。これにより、「有料アイテムの売り上げを促進するためだけに仕様を変更したのではないか」と言う声が出始める。
この騒ぎに対して運営元であるガンホー社は、公式HP スペシャルアイテムについてのFAQにおいて、「スペシャルアイテムの導入前後において、通常精錬・スペシャルアイテムの精錬ともに成功率の変更は無く、「武器研究」も影響していない」との公式見解を発表した。
しかし、過去に発売された「ラグナロクオンライン ネットカフェ初心者パック」の冊子の中に、武器研究によって精練成功率が上昇するという記述がある事がユーザーの間に広まり、「有料アイテムのために仕様を変え、あまつさえそれを隠すために嘘を付いた」と言う批判が高まる。
との回答と謝罪の掲載を行っており、「武器研究」が精錬成功率に影響していた時期(これがいつであるかの明言はしていない)があったことを認めた。
ユーザーの抗議活動.
なお、近年オンラインゲーム全体として管理会社の対応に不満を持つユーザーが多いためか、国民生活センターでのこれら諸問題の対応として、利用者は現状をよく確認し認識した上で利用規約やマナーを守って利用するように注意を促しており、事実上国民生活センターの指導では改善不可能であることを示している。
後にこの事件は当該マップの名を取って「アサシンギルド事件」と呼ばれることとなる。