「たましいの日」の戦いでコールがゴーストから元の姿に戻った後、ニンジャたちはたましいの日の戦いでメチャクチャにしてしまったニンジャゴー・シティ博物館で片付けをしていた。
同じ頃、ウー先生が焼け跡となったかつての道場で誰かを待っていると、空に時間の渦が出現する。
ウー先生の過去が明かされていく中で、カイとニャーが幼い頃に姿を消した彼らの両親、レイとマヤの謎も明らかになっていく。
ニンジャゴーの世界に戻る方法を模索する彼らの前に、アイアン男爵率いるドラゴンを捕らえる謎の集団、ドラゴンハンターが現れる。
ある日ニンジャゴーシティで幻のゲーム「プライム・エンパイア」が発見され、そして街のあちこちで人々がそのゲームの中の世界へと入ってしまうという事件が発生した。
ジェイもゲームの中の世界へと入ってしまい、彼を追って他のニンジャたちもゲームの世界に入る。ゲームの中はとても複雑なシステムのため、ニンドロイドのゼンとピクサル、そしてウー先生は現実の世界で「プライム・エンパイア」の製作者、ミルトン・ダイアーの捜索を始める。
登場人物.
ニンジャ.
エレメント・マスター.
初代エレメント・マスターの子孫たち。ニンジャたちも同じく、エレメント・マスターである。
ヴィラン達.
オーバー卿陣営.
メンバー全員が「ダークネス」のエレメントに関わっている。目的は闇を増幅させての光と闇のバランス破壊。
アナコンドライ族を信奉するカルト集団。目的はエレメント・パワーを用いてのアナコンドライ族への変貌。
暗黒世界からやってきた幽霊軍団で、物体をゴースト化させて自らのものにできる。水を浴びるとエクトプラズム化して不安定になるという弱点を持つが、氷に触れることは可能。目的はマザー・エミネントの現世への解放。
終盤ではマザー・エミネントの体内から多数湧いたが、マザー・エミネント水没により全員消失した。
かつてソト船長に敗北、封印されていた海賊集団。目的はニンジャへの復讐とゴーライ王国の再建。
タイム・マスターの双子によって率いられる。目的は過去改変。
アイアン男爵が消えたことで全員解放された。日本語版では広島弁で会話することが多い。
プライム・エンパイアを支配する軍隊。目的は現実世界への進出及び制作者ミルトン・ダイアーへの復讐。
その他.