主人公であるマリオネットドクターの女性、キタジマ教授は、マリオネット暴走の原因をつきとめるため、供のマリオネットであるクーニと、自らに仕えてくれているスティンガーを連れて暴走マリオネットが数多く出没し、彼らの残骸が眠る樹海の探索に乗り出す。だが探索を始めてすぐに一行は暴走マリオネットの襲撃を受ける。ピンチに陥る彼女らを助けたのは、どこからともなく現れたマリオネット「ZERO」であった。
関連CD一覧.
シングルCD
アルバムCD
など
上記のCDは、いずれも、スターチャイルド（キングレコード）より発売された。
セイバーマリオネットシリーズの基本技術.
クローン人類.
結婚概念・法律もあるが両名の次世代を残す事は不可能。子供はクローン工場により生産し、赤ん坊を育てている。
各国により事情は異なるが、メソポタミア号のオリジナルの六名に近いクローンの個体ほど重用され身分的にも高い位置に置かれている。
少数派であるが里子を引き取る家庭が同じ系列のクローン細胞を使用して兄弟として育てることを望むことがあり、アニメ版の花形兄弟がこれに該当する。
マリオネット.
男性しか生き残ることのできなかった人間たちが、失われた女性を忘れないために作り上げた女性型アンドロイドの総称。後に人間による労働力の不足、開拓における効率化などの問題によって労働力へと転化され、「ただの機械」「道具」として扱われるようになってしまう。
マリオネットはその用途によって以下のカテゴリに分類される。
汎用型マリオネット.
主に人間（男性）の生理的な生殖欲求や視覚的な満足を満たすための愛玩型。アニメではセイバードールと表記され、愛玩という設定はほぼ除外されている。
セイバーマリオネット.
戦闘能力・戦闘装備に特化。セイバー、セイバータイプ、セイバードールと称されることもある。
主に国家の軍隊・警察にて活躍、主を守るSP的性質を持つものもこれに含まれる。また、その特長によってさらに細かく分類されることも。
兼用型マリオネット.
乙女回路.
マリオネットに装備される感情創出回路にしてミス・ローレライによる「ローレライ・システム」最終成果の一つ。感情創出とそれにともなうパワー（力）・スキル（技術）のアクセラレーター（増幅）機能を持っており、「学習」することでマリオネットに「成長」を促すことも可能にする「心の回路」。