長慶との和解・決別.
伊勢貞孝も義藤が三好氏と和解すると赦免され、義藤のもとに帰参した。貞孝は長慶と深い絆で結ばれ、親三好の幕臣の同志を集めた。それにより、幕臣の中に親三好派と反三好派が生まれ、次第に反目するようになっていった。やがて、義藤の側近である奉公衆の上野信孝が台頭し、これに反発する幕臣との確執が強まった。
朽木での幕府政治.
晴元と定頼はともに義輝を支える存在であり、その娘が顕如と結婚したということは、義輝と本願寺が同盟したことを意味した。これにより、三好氏の支配する京都は、東の義輝側の勢力、西の大阪本願寺、つまり東西から挟撃される可能性を帯びた。
三好氏との再戦・和解.
三好軍は義輝と本願寺の同盟によって、背後を本願寺に突かれるかもしれないという不安もあったため、その動きが鈍った。さらに、毛利元就ら毛利氏が永禄改元に応じず、義輝と同じく弘治の年号を使用して反三好の立場を示し、備讃海峡でにらみ合いを続けたことも三好方を懸念させた。
三好氏への厚遇.
義輝は三好長慶と和睦して帰京すると、三好一門を厚遇した。主だった者たちに対しては、栄典を次々に与えた。
まず、長慶は幕府の御相伴衆に加えられ、桐紋の使用を許されたほか、さらに修理大夫への任官を推挙された。長慶の嫡子・孫次郎もまた、義輝から「義」の偏諱を拝領して、義長（後に義興に改名）と名乗り、同様に御相伴衆に加えられた。
三好一門は義輝から将軍近侍の直臣や有力大名に授与される上位の栄典を得て、社会的な地位を大いに上昇させた。他方、それを知った諸国の大名らは羨望の眼差しを向けると同時に、分不相応だと批判もした。彼らもまた、他国の大名らと争う過程において、社会的地位を上昇させるために高い栄典を望んでいた。特に、「義」の一字拝領に関しては公家からも批判があり、吉田兼右は「末世の故なり」（『兼右卿記』）と嘆いている。とはいえ、三好氏は将軍家との関係を旧主・細川氏よりも深め、畿内・四国を勢力圏とし、長慶のもとで最盛期を迎えた。
将軍親政・三好氏との共闘.
永禄元年以降、義輝は帰京したのち、三好長慶ら三好氏を支柱とし、政治的立場を安定させた。義輝の治世は実質的にここから始まり、またそれを補佐したのは上野信孝と進士晴舎であった。また、義輝の生母・慶寿院やその兄弟の近衛稙家、大覚寺義俊、聖護院道増、久我晴通らが補佐した。