ヒトに対する病原体や、あるいはヒトには病原性がないものの環境に広まると重大な被害を及ぼしかねない、動物や植物に対する病原体を扱うとき、これらの実験材料を実験中に誤ってこぼしたり、実験者に付着した場合もまた、一種のコンタミネーションに相当し、これは特にバイオハザードと呼ばれる。詳細はバイオハザードの項を参照のこと。
その他.
この他、リンパ球などの免疫担当細胞を培養する実験では、エンドトキシン（内毒素）が実験に用いる水にコンタミしている場合に問題になる場合がある。エンドトキシンは細菌の細胞壁に由来する成分であり、免疫担当細胞の一部にはエンドトキシンと反応して分化してしまうものがあり、これが実験結果に影響するためである。これらの実験では特に純度の高い純水を用いる必要がある。
分子生物学.
遺伝子組換え生物による遺伝子汚染.
分子生物学分野では、既存の生物に外来遺伝子を導入したり、その生物が持つ遺伝子を潰したりした遺伝子組換え生物を作出して実験に用いることがある。これらの人為的に作り出された生物は、本来、自然環境には存在しないものであるため、これらが周囲の環境に漏出した場合、生態系に悪影響を与える可能性が考えられる。これを遺伝子組換え生物による遺伝子汚染と呼ぶ。このような事態を避けるため、遺伝子組換え実験は、用いる対象の病原性の有無などに関わらず、管理区域内で正しく行われなければならないが、万一実験中の誤操作によって実験室や実験者が汚染されると、それを介して管理区域外に汚染が広がる危険性があるため、注意が必要である。また、特に遺伝子組換え作物の場合には、受粉による遺伝子汚染が問題視されており、この問題を解決するため繁殖能力を持たない作物のみを用いるなどの対策が行われている。詳細については遺伝子組換え作物、遺伝子汚染の項も参照のこと。
化学.
化学分野でコンタミネーションとは、想定しているもの以外の化学物質の混入をいう。化学実験では様々な試薬や器具を用いるが、試薬の純度が低かったり、器具をよく洗浄していなかったりするとコンタミネーションが生じる。