絵コンテでは、ラストシーンはゴジラを見送る画となっていたが、川北はゴジラシリーズがこれで終わりではないということを示すため、ゴジラが向かってくる描写とした。準備稿では、同シーンでゴジラがベビーを口に咥えて海へ去るという描写であったが、決定稿で一緒に泳ぐという描写に改められた。
鳴き声や熱線の音は、前作での不評を受けて元に戻しているが、最後の熱線のみ変化させている。一方、川北は短めの鳴き声が金属音のようで嫌いだと述べている。
出現地点は南太平洋バース島→太平洋沖→鹿児島湾→鹿児島→熊本→別府→大分山中→福岡→博多湾。
スペースゴジラとの対比やリトルとの絡みから、本作品でのゴジラは平成シリーズとしては珍しく、人類の味方という立ち位置で描かれている。バース島の戦いではスペースゴジラに攻撃されるリトルを見て憤慨したり、リトルを身を呈してかばうなど、他の「vs」作品では見られない擬人的な描写がある。監督の山下賢章は、ゴジラとスペースゴジラの関係性を「母親と不良家出少年」または「不良家出少年と長男の兄弟喧嘩」と解釈している。ただし、演じる薩摩剣八郎は、尺の都合でゴジラ親子の感情があまり活かされなかったと述懐している。
脚本初稿では、バース島の戦いでゴジラは負傷するものの火山の噴火により難を逃れるという展開であったが、噴火が以前の作品と重複することやその後のゴジラが傷を癒やす描写が長くなることなどから改められた。また、川北はゴジラから積極的にスペースゴジラと戦いに行くのではなく、リトルを守るかたちにすることで親子の感情を表現し、後半の戦いとのギャップを生じさせるとともに『ゴジラの息子』のイメージも取り入れている。結晶に閉じ込められたリトルを見てゴジラが哀しむシーンも撮影されていたが、カットされた。
スペースゴジラのグラビ・トルネードにより宙に浮く場面では、薩摩はスーツに入らず、操演と内蔵ギミックにより顔や尾を動かしている。
『ゴジラvsデストロイア』.
出現地点は香港→台湾沖→豊後水道→東京・羽田空港→国際展示場。