奨学金を得て、風華学園に転入することになった鴇羽舞衣は弟の巧海とともに、フェリーで風華学園に向かう途中、漂流していた美袋命を助けたことが縁で、楯祐一・宗像詩帆とも知り合う。楽しい船旅はやがて、玖我なつきの襲撃で終わりを告げる。なつきの目的は美袋命だったが、場に居合わせた舞衣はHiMEとしての能力が発現し、なつきの攻撃を防御してしまう。舞衣の覚醒を目の当たりにしたなつきは、舞衣に学園に来ないよう忠告する。
舞衣はなつきの忠告の意味を理解できないまま、学園生活を満喫していたが、弟の巧海がオーファンという謎の生物に襲われているのを見て、HiMEの能力で倒そうとした時、そこに現れた炎凪が、HiMEの守り神であるチャイルドを召喚するよう勧める。巧海を守るために、チャイルドを召喚した舞衣に対して、凪は「チャイルドを持つならば自分の大切なものを賭ける」、と意味深なセリフをつぶやく。
一方、なつきは舞衣に、風華学園にHiMEが集められていること・そのことに一番地と呼ばれる国家機関が暗躍していることを教える。
深優を擁するシアーズ財団は、アリッサ・シアーズを人工のHiMEに仕立て、最強のHiMEが手にすると言われる力を横取りしようと狙っていた。そのため、一気に軍事力で風華学園を制圧し、HiMEの一掃をはかるが、学園長の風花真白はHiMEたちを結集して、シアーズ財団を撃退する。
共通の敵を倒したことで、絆を深めたHiMEたちの前に、再び、凪が現れる。凪は「HiMEの目的はオーファンと戦うことではなく、お互いのチャイルドを倒すために戦って、最強のHiMEを選ぶことだ」とHiMEたちに通告する。HiMEたちの間で疑心暗鬼が生まれる中、真白と教師の杉浦碧はHiMEたち同士の争いをやめさせようとするが、一番地の介入もあって、それぞれのHiMEの気持ちに差が出来てしまい、HiMEたちは互いに争うように仕向けられていく。
漫画版.