これには、留置施設は、警察署に近い・内部にあり捜査に際しての利点が多いという捜査機関の事情がある一方、刑事施設は数、収容力に限界があるため、全ての被疑者・被告人を刑事施設に収容することは不可能であるという事情もある。
刑事施設及び受刑者の処遇等に関する法律の一部を改正する法律による「刑事収容施設及び被収容者等の処遇に関する法律」への改正により、留置施設制度が改めて法定された。
指摘される問題点.
さらに、国際連合の人権小委員会や規約人権委員会では、日本に関する人権問題として代用刑事施設問題が取り上げられることが多い。多くの場合、人権小委員会はこの問題に対して懸念を表明しており、規約人権委員会は対日審査・最終見解にて、代用監獄制度の廃止を勧告している。
一方で公訴の是非を判断しないまま、身柄拘束が可能な制度については、日本より外国が拘束期間が長いとされる。外国では公訴を判断する政府機関（予審など）が、捜査機関から送致された被疑者に関する公訴の是非を判断しないまま、数ヶ月以上拘束することが可能な未決勾留制度を設けている国もある。
このため、諸外国で認められているのと同程度の長期間にわたる未決勾留を行うにあたっては、どうしても別件容疑での再逮捕に頼らざるを得ないため、やはり強い批判を浴びている。
代用刑事施設の利点.
以上のような批判に対し、被疑者の側にも代用刑事施設で拘禁されることによるメリットもあると主張する者もいる。一般に弁護人は、刑事弁護だけでは生計を立てることが不可能であるため、他の業務と並行して弁護活動も行っている。代用刑事施設は、拘置所よりも場所・時間的に便利な面があるため、廃止された場合には、接見に行くことが難しくなるか不可能になるなど、刑事弁護活動に障害が生ずる可能性もある。
なお、警察官によって接見交通の時刻制限が発動されれば、この利点は消滅される。また問題の本質は、あくまでも拘束中の被疑者の取り扱いであるため、場所や時間などの利点は、テレビ電話の代替措置で解決できるとの反論も存在する。
対策.