脚本では、桐島と明日香のラストシーンは車が走り去っていく描写であったが、ロケを行う時間がなくなってしまったためストップモーションで表現された。
特撮.
川北は、本作品での演出的な挑戦として怪獣の主観映像や実景との合成などを取り入れている。また、ゴジラが戦う場面で風や雨などを演出したのは、黒澤映画の模倣であると述べている。一方で、操演のワイヤーが見えにくくなることから、戦闘シーンは夜が多くなり、デイシーンでも暗めに映している。夜間シーンではサーチライトが効果的に使われており、回転台や首振り機能付き扇風機などに取り付けて動かしているほか、照明助手が手で振っていたものもある。
若狭の戦闘時間の方が芦ノ湖での戦闘シーンより短く東宝から疑問の声が出た。これは川北が芦ノ湖側の撮影に時間を使い、若狭側の撮影予定を消化しきれずに時間切れとなったためである。
未使用シーン.
これらの未使用シーンは、DVDに映像特典として収録されている。
音楽.
冒頭の自衛隊とバイオメジャーとの戦闘でかかる「バイオウォーズ」では、ゴジラのテーマのアレンジが挿入されている。大森や音楽担当者からは好評であったが、音楽プロデューサーの岩瀬政雄は後日伊福部から苦言を呈されたことを述懐している。
すぎやまの楽曲について、映画音楽評論家の小林淳は「軽快で口当たりの良い音楽」「ゴジラ映画のエンターテイメント性を引き出してきた」、東宝レコードの岩瀬政雄は「流麗なハリウッド風のオーケストレーション」と評している。しかし、小林はすぎやまの音楽と伊福部の音楽は水と油であった、岩瀬は結果として伊福部の楽曲の方が印象に残ってしまったとも述べており、次作では伊福部本人が復帰することとなった。
宣伝.
制作当時は児童向けにディフォルメキャラクターが好まれており、本作品でもポスターなどにディフォルメされたゴジラのイラストが用いられた。このことは、前作から観客層を拡大する狙いがあったとされ、以降の作品でも踏襲している。
舞台が大阪ということもあり、劇場公開の前後には読売テレビが『CINEMAだいすき!』の放送スタイルに近い形の「ゴジラ特集」を組み、公開までの数か月間、毎土曜深夜に過去のゴジラ作品ほぼすべてが放送された。番組内では、映画放送後に監督や脚本家へのインタビューのほか、スーツアクターへのインタビューなども放送された。