兄妹をモチーフとして血のつながった親子の中での家族の再編をテーマに描いている。アイデアのベースは細田自身の2人の子供。彼らのリアクションを見ていると、この世の中は何か豊潤な良いものがたくさんあふれているのではないか気づかされ、そういう世界の広がりを映画を見る人と共有できれば、との思いで作っているという。また細田は本作で、大人や「キャラ」を描くことが役割となってしまった日本のアニメーション界では難しくなった「子供を描く」ということに挑戦している。
映画の舞台は横浜市で、中でも中心部から少し外れた磯子区や金沢区近辺になる。
ストーリー.
出産のため、しばらく入院していたおかあさんが帰ってきた。主人公のくんちゃんは初めて見る妹に興味を示し、おかあさんに「仲良くしてね」「守ってあげてね」と言われ、約束する。しかし、おとうさんとおかあさんは「未来（みらい）」と名付けられた赤ちゃんの育児に追われるため、どうしてもくんちゃんのことを後回しにしてしまいがち。
そんな日々が続いたことで、ミライに嫉妬感を覚えたくんちゃんは、動物の形をしたクッキーをミライちゃんの顔に並べたり、ほっぺたを引っ張ったり、指で鼻を押したりとミライの顔で遊び、おかあさんに止められる。その腹いせにオモチャの新幹線で頭を敲くなどの癇癪を起こしてまた止められる。疎外感を感じて、家に自分の居場所が無いように感じたくんちゃんは、庭に逃げる。すると、一人の男がくんちゃんに話しかけてきた。それは人間の姿になった飼い犬のゆっこだった。ゆっこはくんちゃんの感じている感情を嫉妬だと言う。色々やっている内にくんちゃんは尻の辺りに犬のしっぽらしきものが生えていることに気付いた。思わずそれを毟り取って、試しに同じとこに付けてみると全身が犬のようになり、そのままひと暴れしたことで気は収まり、くんちゃんが伝えたことでゆっこの待遇も向上した。くんちゃんはその後も、未来からやってきたセーラー服姿のミライが嫁に行き遅れないためゆっこと共にひな人形を片づけ、母親の子供時代に行って一緒に騒ぎまくったり、曽祖父の馬やバイクに乗ったりといった不思議な体験をしつつ成長していく。