サッカーが大好きな少年「松風天馬」はそんなイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学する。さっそくサッカー部に入部しようと意気揚々でグラウンドに向かうが、そこでは部員たちがひとりの少年相手に打ちのめされていた。「剣城京介」と名乗るその少年は、今や全国のサッカーを管理・支配する組織「フィフスセクター」から送り込まれたシード（精鋭選手）だった。
「フィフスセクター」によって勝敗から得点まで全てを管理されたサッカー界で、天馬はあのころのサッカーを取り戻すため、新たな雷門のイレブンたちとともに立ち上がる。
クロノ・ストーン編.
天馬は豪炎寺に頼まれ、サッカーの楽しさを子供たちに教えるために沖縄へ一時戻っていた。そして雷門中に帰ってくるとサッカー棟へさっそく向かうが、部員がまったく見あたらない。不審に思った天馬はそこを偶然通りかかった神童に話を聞くが、「サッカー部なんてもともとこの学校にはない」という衝撃の言葉が帰ってくる。
その後ほかの部員たちを見つけるが、全員サッカーのことも、天馬に関する記憶もすべて失っており、さらに天馬が無所属だと知ると自分の部活に勧誘してくる。混乱する天馬の前にひとりの不思議な容貌の少年が現れ、天馬に「お前からサッカーを消去する」と宣告する。サッカーを守るために、天馬は時空を超えた戦いに挑む。
バージョンの違い.
『シャイン』と『ダーク』の違い.
各バージョンにより、登場する敵チーム、円堂守の妻などが異なる。また、オリジナルエピソードが別々に収録されている。
『ビッグバン』と『スーパーノヴァ』の違い.
テレビアニメ.
地上波本放送のフォーマット.
各話リスト.
なお、各話サブタイトルは松風天馬役の寺崎裕香が読み上げる。
今日の格言
放送局.
キャンペーンアニメ.
本作は映像ソフト化されておらず、現在は視聴することが出来ない。
オリジナルキャラクターとして風烈隼光が登場。風烈隼光が雷門サッカー部に入部し、再び海王学園と対決する。
漫画.
コロコロ版.
別冊コロコロ版.
『コロコロイチバン』誌上において、前作同様こしたてつひろにより連載された。ホーリーロード編序盤のストーリーが、各話ごとの読み切りエピソードという形で描かれている。
ちゃお版.
アーケードゲーム.
イナズマイレブンGO バトルスタジアム.
遊び方.