伊賀を藤堂家が統治して以後は、無足という武士身分を保障され、扶持米を支給され、支配階級に組み込まれていった。このため、天草の乱の討伐戦をはじめ、全国の多くの一揆鎮圧に伊賀衆が派遣され、大いに活躍している。
その後は徐々に分散していき、消滅したとされている。
同心
同心（どうしん）は、江戸幕府の下級役人のひとつ。諸奉行・京都所司代・城代・大番頭・書院番頭・火付盗賊改方などの配下で、与力の下にあって庶務・見回などの警備に就いた。身分は足軽階級の者（士分格を持たない）が当てられた。
また、諸藩においても藩直属の足軽階級の正式名称を同心としているところも少なくない。
明治維新後は卒族とされた。
歴史.
中世.
同心は、元々中世後期の日本において「一致団結」を意味する語として使用され、「一味」や「一揆」と同義語だった。戦国時代に入ると、戦国大名の家臣（下級武士）たちは、主家への平時の奉公や軍役をこなすために相互に団結して事に当たるようになった。そのため下級武士を「同心」と呼ぶことが一般的となり、後の江戸幕府も幕臣の役職名として「同心」の称を採用した。
様々な同心.
江戸幕府成立時、徳川家直参の足軽を全て同心としたため、忍者を祖先とする伊賀同心、甲賀同心、鉄砲組の百人組、様々な同心職ができた。このように江戸時代初期から同心となった者は、特に「譜代」と呼ばれ、役職がなくなっても俸禄（現代でいう給料のようなもの）を受けることができ、子孫にこれを受け継がせることができた。幕府の同心は、幕臣であっても旗本ではなく御家人身分だった。
八王子千人同心は戦国大名の武田家の職制名を受け継いだ為、江戸時代の職制の同心とは異なることに留意。
町方同心.
一方、罪人を扱う汚れ仕事だったため不浄役人と蔑まれることもあった。そのため世襲とはせず、代替わりの際には新規召抱えとした。しかし治安維持という任務上、その職務に精通している事が必須であるため、事実上世襲が行われていた。江戸時代も中期を過ぎると、建前上は養子入りする事で実質上は金銭で「株」を買う事によって町人が武士の身分を得る例が見られた。ただし、町方同心の場合はその職務に通じている必要があり、また同心株を売るほど困窮した者も多いとはいえなかったため、事例は多いわけではなかった。有名な例としては樋口一葉の父が挙げられる。
捕り物道具
鎖鎌