ゲームシステム.
本作では新キャラクターである宇宙犬・オッチンが登場し、原生生物などを運べるほか、主人公やピクミン達を背中に乗せて移動することなどができる。また隊長のシェパードの訓練を行うと能力が上がるアップグレード要素も導入された。また新たに氷ピクミンとヒカリピクミンが登場する。氷ピクミンは水面を凍らせて足場を作ることができる。一方、ヒカリピクミンは後述する「夜の探索」モードのみに現れるピクミンであり、浮遊能力などを有する
また、プレイヤーは主人公の見た目（肌・髪型・表情・体型など）と名前を自由にカスタマイズすることができる。さらに、本作ではストーリーモードでも2人プレイが可能であり、一方が敵に狙いを定めてものを投げつける「エンゴ射撃」といった遊び方ができる。これまで通常のプレイは、ピクミンを俯瞰した視点で行われてきたが、より地面に近いピクミンと同じ視点でのプレイが開発されている。
夜の探索.
朝までヒカリヅカを守ると、ヒカリヅカがヒカリのミツを出す。ヒカリヅカは一つの場合と二つの場合があり、二つの場合はどちらか一つでも壊されると失敗になってしまうが、朝まで守り切った場合は二つのヒカリのミツを出す。また、ヒカリピクミンが全滅してもヒカリヅカが数匹ヒカリピクミンを放出する。
ステージ.
ダンドリバトル.
ダンドリチャレンジ.
上記のダンドリバトルが2人で点数を競うのに対し、ステージ上にあるオタカラを制限時間内にどれだけ速く運べるかを挑戦するモードである。このモードでは何度やってもクリアできなかった場合、ディンゴにお願いをして、代わりにクリアしてもらうことができる。ダンドリバトルの入り口が地上にあるのと同じく、ダンドリチャレンジの入り口も地上に通常の洞窟の入り口と色違いで灰色になっている。その他、入り口の近くに葉っぱ人が立っているという特徴がある。
葉っぱ仙人の挑戦状.
ストーリー.
第一部.
第二部.
キャラクター.
遭難者・その他の主要人物.
遭難者は、救助される場所などは決まっておらず救助した遭難者が何番目かで、中身の人物が変わる。第二部では一般の遭難者の全員を救助する事が目的の一つとなる。なお、本項では、機能解放（サイドミッション除く）の要件となるキャラクターと、物語上の重要人物のみにとどめる。
沿革.
開発.