この典型的な例が平将門即位の状況に見られる。将門の新皇即位は、神仏習合の神であり天皇家の祖神でもある八幡神がその位を授け、位記（辞令）を菅原道真が書いたとし、仏教音楽により儀式を行うようにと神祇信仰の巫女が託宣したものであり、王権相対化の論理を正当化する手段としての仏教の影響が強く表れている。
一方で、御霊信仰と疫神信仰の融合から出たのが牛頭天王の信仰である。京都では御霊会を受け継ぎ、祇園御霊会が恒例となり、その拠点として祇王天神堂が創建され、これが現在の八坂神社となり、祇園御霊会が祇園祭となった。
ケガレ忌避の論理.
このように呪術的な信仰を求める大衆に対しての仏教の側からの浸透に対抗し、神祇信仰の側からも理論武装の動きが出てきた。
本地垂迹説.
神宮寺の創建を経て、神仏の習合は進んでいき、十世紀頃には本地垂迹説が成立した。本地垂迹とは、仏菩薩が衆生を救済するために、仮に神の姿として現れたものとする説である。
本地垂迹説は、ケガレを忌避する神祇信仰に対し、ケガレから根本的に離脱する方法を提示できる仏教の優位を示すこととなった浄土思想の普及により出てきた動きであり、仏教上位の状況下において仏教側から神祇信仰を取り込もうとする動きとも理解できる。絶対的存在としての仏や菩薩と、その化身である神という形を取ることにより、神仏の調和の理論的裏づけとしたのである。また、このような仏教優位の考え方は、ケガレと日常的に接する武士の心を捉え、以後の八幡神信仰や天神信仰の興隆にもつながることとなった。
更に鎌倉時代になると本地垂迹説による両部神道や山王神道による大祓詞（中臣祓詞訓解）の仏教的解説や、記紀神話などに登場する神や神社の祭神の仏教的説明の試みが活発化し、「中世日本紀」といわれる現象が見られるようになった。
仏教の天部の神々も元来はヒンドゥー教の神であったように、インドに起こった仏教は他国への伝播の過程において、日本だけでなく中国においても、その地域社会の土着の神々や歴史上の重要人物を仏菩薩の化身として包摂することで根付いていった歴史がある。仏教にはそのような性質が本来あったことが神仏習合を生んだ要因でもあった。
神本仏迹説.