モロニーレトロウイルスなどのレトロウイルスをウイルスベクターとして使用する際の主な欠点は、形質導入のため細胞が活発に分裂している必要があることである。そのため、ニューロンのような細胞は、レトロウイルスによる感染や形質導入に対して非常に耐性がある。
レンチウイルスベクター.
アデノウイルスベクター.
アデノ随伴ウイルスベクター.
植物ウイルスベクター.
ハイブリッドベクター.
ハイブリッドベクターは、複数のベクターの特性を持つように遺伝子操作されたベクターウイルスである。通常ウイルスベクターは、搭載する遺伝子の長さや、免疫原性、遺伝毒性といった点や、長期的に適切なトランスジェニック発現を維持できないなどの欠点を持つが、ハイブリットベクターはこれらの欠点を回避するように設計される。ハイブリッドベクターは、望ましくない要素を所望の能力で置き換えることにより、将来、安全性および治療効率の点で標準的な遺伝子導入ベクターを凌駕する可能性がある。
応用面での課題.
遺伝物質を細胞に送達するためのウイルスベクターの選択には、いくつかの輸送上の問題が伴う。治療に利用できるウイルスベクターの数は限られており、ウイルスベクターが外来の侵入者と見なされた場合、体が免疫反応を起こす可能性がある。一度使用されたウイルスベクターは体に認識されるので、同じ患者に再び使用すると効果的に使用することができない。あるワクチンや遺伝子治療が臨床試験で失敗した場合、将来、別のワクチンや遺伝子治療のウイルスベクターを同じ患者に再び使用することができない。
ウイルスベクターに対する既存の免疫が患者に存在している可能性があり、その患者にとって治療が効果的でない可能性がある。ワクチン接種でウイルスベクターを使用する場合、非ウイルス性DNAワクチンですることで既存の免疫を打ち消すことができるが、この方法は、ワクチンの流通過程で追加の費用と障害をもたらす。また、既存の免疫は、ワクチンの投与量を増やしたり、ワクチン接種経路を変更することで克服できる可能性がある。
また、ウイルスベクターのいくつかの欠点（遺伝毒性や低いトランスジェニック発現など）は、ハイブリッドベクターを使用することで克服できる可能性がある。
通俗水滸伝豪傑百八人之一個