特殊なものとして、オリーブオイルなどの油を染み込ませたものや、精製水や香料を含ませた水を染み込ませたもの、機械の清掃向けとして静電気を起こしにくいような薬剤が染み込ませてあるものなどもある。
一般的な用途は耳掃除であり、耳介から外耳道を掻く（拭う）のに適している。女性が化粧の際に用いたり、幼児における綿棒浣腸に用いたりもする。耳掃除用のものを中心に黒い綿棒も発売されている。黒色であるため綿棒に付着した汚れが確認しやすい。
なお、綿棒とは言いがたいが、綿棒の綿球部分に粘着剤を備え、それによって耳垢を貼り付けて耳掃除を行おうという商品も存在する。綿球の代わりにスポンジを用いたものもあり、これも便宜的にスポンジめん棒などと呼ばれ、クリーンルームでの細かい作業などに用いられる（綿の字は用いないことがある）。これは綿球から繊維が外れて飛散することを避ける意味がある。
ちなみに、高齢者等の介護として、綿棒で口腔内の清掃を行うことがあるが、清掃能は専用に作られた柄付きスポンジのほうが高かったとの報告がある。綿棒では、一度ぬぐったものが再付着するからだという。綿棒を口腔内の清掃に用いることは、自分で歯磨きができない乳児およびペットなどにおいて、推奨されることがあるが、一考を要することを示唆しているといえよう。また、歯に食品の色素などが付いた場合、歯ブラシによる清掃よりも、綿棒に歯磨き粉を付けてこするとよい。
歴史.
日本に綿棒が入ってきたのは第二次世界大戦の終戦後であり、進駐軍の放出品として市場に出回るようになった。当時の綿棒は、軸が木製であり、その材質が爪楊枝と同じシラカバであり、製法も似ていたことから、爪楊枝の産地であった現在の岐阜県高山市において国産化がなされた。
危険性.
医学的には、綿棒を使った耳掃除は有効性が乏しく、かえって危険を伴うものとされている。耳垢は通常、外耳道（耳の穴）の分泌物として自然発生するものであり、外耳道の皮膚を守り、バクテリアや菌、昆虫、水の侵入を防ぐ役割を持つ為である。
これらの理由により、やその他アメリカの多くの医療機関で、耳掃除に綿棒を使わないよう勧告している。