第一期でカットされた原作十話の奈美初登場エピソードを第一話で行い、放送しづらいネタも削除・改変せずに自主規制音でごまかすなど、第一期よりも原作に忠実となっている。スタッフロールには「東富耶子」（とうふやし・「シャフト」の逆さ読み）という架空のスタッフ名が表記されているが、各話の構成・脚本はシリーズ構成の小黒祐一郎が担当している。原作から取り上げられるエピソードの順番はバラバラで、作中で流れる時間は第一期のような時系列順ではなくなった（例えば第二話では七月→三月→五月）。その一方で、セリフをすべて架空の言語で収録する、様々なアニメ手法を取り入れるなど、毎話いずれかのパートで実験的な演出が行われた。
第二期公式サイトの「裏」にはオリジナルゲーム「ペリー叩き」が存在する。
第三期.
原作準拠が徹底され、第一期、第二期よりも作画が原作に近くなっている。他にも、独特の擬音を声優陣に実際に読ませる、句読点を欠かさない千里の台詞では画面端に逐次句読点を表示させるなどの演出が行われた。また、作品の持ち味である時事ネタの鮮度を損なわないようにするため、雑誌掲載から間もない単行本未収録のエピソードが数本アニメ化された。一方で、アニメ化していない話のキャラクターや設定も、説明なく登場した。
アバンタイトルには斎藤千和によって単行本の「前巻までのあらすじ」（第二集以降）が毎回声音を変えて朗読された。本編終了後にはキャラクター2人ずつによる「絶望先生えかきうた」があり、キャラクターの担当声優による絵が披露された。
オープニングは第二話まで、これまでのアニメシリーズの画像を使用した暫定版で、第三話から宇宙をモチーフとする正規版（途中、劇団「天井桟敷」にちなむイラストを挿入）となり、何度か演出の細かな変更が行われた。
エンディングは、第一話から第九話までと最終回ではへ組生徒の夜の一コマを描くもの、第十話から第十二話は望ら教員の酒場での一コマを描くものだった。
主な声の出演.
さよなら絶望先生の登場人物も参照。
スタッフ.
主題歌・挿入歌.
オープニング、エンディングはそれぞれOP、EDと表記。
各話リスト.
生涯.
第二次世界大戦の間、妻ヘレーネはナチス・ドイツのデンマーク占領とナチ党に同調したことにより非常に嫌われた。この為、ヘレーネは息子達と話すことは無くなったといわれる。
概要.