世間を賑わせている怪盗キッドこと黒羽快斗とは、工藤新一であったときから、様々な秘宝を巡って何度も対決をしている。父・工藤優作は、初代怪盗キッドである黒羽盗一とは、彼の正体に気付いていた上で宿命のライバル関係になっており、幾度にも渡って対決をしていたが、犯行を阻止したことはあっても、最後まで捕まえることはできなかった。
息子である新一（コナン）は当初、「泥棒に興味はない」と、黒羽盗一の息子である現代のキッドにほとんど無関心であったが、コナンになってからの最初の対決で、挑発された上で逃げられたことからか、その対峙（たいじ）以降は執念を燃やすようになった。現在は世代を超えた因縁のライバル関係となっていて、対決の結果はこれまでのところ互角である。ミステリートレイン（ベルツリー急行）のエピソードでは、黒の組織狙われている灰原を助けるために、下見に来ていたキッドおよび手下を見逃すことと引き換えに協力を仰いでいる。
作者によると、コナンとキッドの対決は『シャーロック・ホームズ対アルセーヌ・ルパン』をイメージして描いていて、両方に勝たせたくないとのこと。
少年探偵団との関係.
だが新一に戻れたと思った際には阿笠博士に転校したとアリバイを丸投げして別れを言わずに消えようと思っていたりと多少粗暴な対応をした。
FBI・CIAとの関係.
服装.
江戸川コナンとしては、青いジャケットに灰色の半ズボン、白いワイシャツに蝶ネクタイ型変声機という服装が多く、夏服としては水色のベストに半袖のワイシャツ、青の半ズボンを着用していたが、物語が進むにつれて様々な服装をするようになった。なお、幼児化に伴い、新一の幼少期の服がごっそり持ち去られていることが宮野志保（灰原哀）の調査で判明している。各作品のキービジュアルやアニメでのオープニング•エンディング映像では現在でも先述のジャケット姿が多い。
工藤新一に関しては特に服装のこだわりは見られない。
一人称・口癖.
江戸川コナンとしての一人称は「ボク」で、蘭や警察関係者の前では子供らしい口調で話す。ただし、自分の正体を知られて尚且つ自らも明かしている相手や少年探偵団のメンバーや悪の人物（黒の組織の仲間）の前では、本来の工藤新一の一人称とほぼ同じく「オレ」を使う。