中野渡俊治は、「二所朝廷」と呼ばれていても、平城上皇（あるいはそれ以前の太上天皇）の時代には、後世の院庁・院司に相当する機関は存在しておらず、朝廷（太政官）の職員は天皇と太上天皇の両方に分担して職務を行うことになっていた現象を指すに過ぎず、天皇が詔勅を出すのに必要な内印と駅鈴及びこれを管理・運用する官吏（少納言・主鈴）や詔勅の文章を作成する中務省は嵯峨天皇の平安京に居たと考えられ、平城上皇の下には天皇大権を直接発動する仕組がなかった（嵯峨天皇の同意が無い限り有効性のある詔勅が出せなかった）ことが、乱が早々に失敗に終わった原因であると解説している。
処置.
研究.
この事件に関しては、当時を扱った正史の『日本後紀』が完全な形では残っていないため、様々な謎が残され、研究者の間でも意見が分かれている。
研究史.
桓武天皇の皇位継承構想.
薬子の変の背景と密接に関わるものとして、桓武天皇が自分の死後の皇位継承について一定の方針を示しており、それが却って政治的混乱を引き起こしたとする説がある。
河内祥輔は桓武天皇の皇統における近親婚の多さに注目している。
薬子の変を巡っては皇位継承を巡る対立に原因を求める見解があるため、神野親王（嵯峨天皇）・高岳親王・大伴親王（淳和天皇）の立太子の背景に関する研究は薬子の変の原因を探る上でも重要な問題となっている。
挙兵を計画したのは平城上皇か嵯峨天皇か.
薬子の変については、嵯峨天皇の動きを警戒した平城上皇が挙兵を計画した結果起きた事件なのか、平城上皇の動きを警戒した嵯峨天皇が挙兵を計画した結果起きた事件なのか、一致した見解を見ていない。なお、この場合、挙兵の主導が上皇や天皇自身ではなく、藤原仲成や藤原冬嗣といった側近が主導して上皇や天皇を担ぎ上げた可能性も含んでいる。