補正と記載事項の変更とは区別される。例えば、願書の出願人の記載に誤記を発見したときには、手続補正書で願書を補正する。一方、特許出願後に特許を受ける権利を譲渡して出願人が変わったときには、出願人名義変更届を提出する。もし出願人名義変更届に誤記があれば、手続補正書で出願人名義変更届を補正する。
補完指令.
補完指令を出さねばならないのは、以下のいずれかに該当したときである。
審査主義.
日本の特許制度では、権利成立のために実体審査を経た後に特許登録を行う審査主義を採用している。審査主義をとることには、成立した権利が特許要件を満たしていることが保証された安定した権利であるという大きな利点がある一方、権利成立までに時間がかかり、多大な行政コストを要するという欠点もある。しかしながら裁判による事後調停、第三者監視負担を勘案すると社会全体のコストとしては無審査主義に比べ遙かに低コストとなる。
現在、ほとんどの国が特許について審査主義を採用している一方で、日本の実用新案のように、特許とは別の無審査登録の制度を採用し又は補完的に有している国も存在する。
出願審査請求制度.
優先審査・早期審査.
出願審査は、原則として審査請求が行われた順番で行われるが、優先審査制度や早期審査制度を利用する事で例外的に審査の時期を早める事ができる。
実体審査.
実体審査においては、
先行技術文献情報開示要件.
拒絶理由.
拒絶理由通知.
実際には、審査請求された出願のほとんどに対して拒絶理由通知が発せられているため、それに対する応答（意見と補正の内容）が特許の成否を分けることが少なくない。そのため、多くの観点からの請求項を含む特許請求の範囲や、上位概念的な請求項から実施例に対応した請求項まで多段階にわたる特許請求の範囲を出願時に作成しておいて、幅の広いクレームを作成することによって、審査上の進歩性の判断ラインを見極めやすくなるため、意見・補正する上で有利になる。
明細書、特許請求の範囲及び図面の補正.
このように規定されている趣旨は、手続の円滑迅速な進行のためには、はじめから完全な手続が望ましい。しかし、そのような手続が望めない場合もあるので、手続の補正をして手続を完全にすることが認められている。