天文学者アーサー・ゴードンは友人から木星の衛星エウロパがある日突然消滅したことを告げられる。
アメリカのデスヴァレーでは突如火山が出現、オーストラリアではエアーズロックの複製が出現する。
デスヴァレーの火山は実は異星の惑星破壊機械であり、それに乗ってきたのだという瀕死のエイリアンは「私が持ってきた知らせは悪い。きみたちみんなにとって不幸かもしれない」と英語で語った。惑星破壊機械によって地球は滅びる。避ける方法は存在しないと伝えた。
ニュートロニウムと反ニュートロニウムで構成された弾丸が地球のコアに向けて発射され、対消滅によって地球が破壊されることが明らかとなる。
地球の酸素量が増えていることが判明するが、これは惑星破壊機械が海水を分解し水素を取り出し酸素を排出していたためである。海溝沿いに核爆弾が配備されていたのである。
一方、小さなクモのようなロボットを使い、ある種のマインドコントロールを介して人間のエージェントを集め仕事を与える別の思惑を持った別のエイリアンの派閥が存在した。命令を下された人間たちは生物圏からすべての人間のデータ、生物学的記録、組織サンプル、種子、およびDNAを必死に収集させ、少数の人々を地球から避難させる。
そして地球の破壊が始まる。惑星破壊機械は箱舟を破壊するため核兵器で各都市を消滅させた。海溝の核爆弾による甚大なエネルギーは巨大な津波を巻き起こし大地を飲み込んでいく。ニュートロニウムによる対消滅は地核を破壊し、地層は隆起し、地球を内側から破壊し尽くした。方舟に乗った人類の僅かな生き残りはそれを見ていることしかできなかった。
エピローグでは方舟に乗っていた人間達はコールドスリープされ、テラフォーミングされた火星と金星に辿り着く。消滅したエウロパはテラフォーミングのために使われたのである。
〈法の船〉の乗組員として選ばれた僅かな若者達は、地球を滅ぼした機械「惑星喰い(プラネットイーター)」を建造した文明へ復讐するため旅立つ。そして次回作である『天界の殺戮』へと続く。
物語は科学者、エイリアンの第一発見者、大統領関係者、科学ジャーナリストらそれぞれの視点で群像劇として進む。
その他.
各部の表題に使われている言葉はレクイエムから取られている。邦訳版では前田昭雄の訳が参考にされている。