倒壊したランドマークタワーが直撃するシーンでは、スーツの中に人が入ると危険なため、詰め物をしギミックにより口と手のみを動かしている。
ラストのモスラとバトラに運ばれるシーンは、スーツの中に人が入らない状態で撮影している。川北は、首が動くようになったためそれらしく見えたと述べており、操演の松本光司は人が入っていてはピアノ線が太くなってしまいより大変になっていただろうと述べている。
本作品から参加した音響効果の佐々木英世は、鳴き声や熱線の音に「キーン」という金属的な高音を加えたが、マニアからは不評であったといい、本作品限りで元に戻った。
『ゴジラvsメカゴジラ』.
出現地点はアドノア島→四日市→鈴鹿→大津山中→京都→大阪湾→幕張→東京湾。
撮影・演出（vsメカゴジラ）.
当初は、アドノア島に出現する怪獣はラドンのみであったが、川北の要望によりゴジラも登場することとなった。変更前の内容について三村は、前半でゴジラを出さなかったのはメカゴジラを紹介する時間が必要であり、シミュレーションでゴジラを出していれば充分との考えであったことを語っている。ラドンとの戦闘描写は、『三大怪獣 地球最大の決戦』での対決シーンを再現している。ラドンを踏みつけるシーンでは、スーツの下半身のみを着て演じている。
メカゴジラのショック・アンカーによる負傷シーンは、平成VSシリーズでは初の流血描写となっており、生々しく描くことでゴジラが痛みを感じる命あるものであることを強調している。撮影では、スーツの表皮をえぐり、血糊と弾着を仕込んで表現している。ゴジラを内部から攻撃するという設定は、川北が検討していたメカニコング登場案での人間がゴジラの体内に入って戦うという展開の名残である。
幕張でのゴジラの熱線とメカゴジラの光線のぶつかり合いは、初代メカゴジラの初戦を思わせるものとなっている。
赤い熱線は、ファイヤーラドンのエネルギーを上乗せしたものと想定しており、巨大生物の生命力を表現している。熱線を赤くするという展開は外部には秘匿されており、川北は試写後に田中友幸へ謝罪したというが、田中は従来の枠に囚われず大胆な発想で新たな表現を加えていくことが重要だと語っている。