大叔父の家の下見にやってきたトーマスは、家を埋め尽くす動物たちに驚き、即座にピーター達を追い出した。そしてピーターたちが庭に入ることができないように囲いを厳重にした。しかしそれにも関わらずピーターとベンジャミンが庭に忍び込んだところ、ベンジャミンがトーマスにつかまってしまう。ピーターと三つ子の妹はベンジャミンをなんとか救い出すが、腹を立てたトーマスは街にうさぎ退治の罠を買いに行く。その街でたまたま買い物をしていたビアに会ったトーマスは、彼女と仲良く話をしながら一緒に村に帰った。ピーター達はその様子を面白くなく思ってみていた。
トーマスとピーターの争いが激化する一方で、トーマスとビアは互いに仲を深めていった。ピーターは、二人の仲を良く思わない。ある日ビアの家の中でピーターとトーマスが争っていたとき、はずみでビアの絵を汚してしまう。トーマスは絵が汚れたことをピーターのせいにし、それを信じたビアは他のうさぎともどもピーターを家から追い出してしまう。ピーターが悲しみにくれる中、ビアとトーマスはさらに惹かれあっていくのだった。
ピーターとトーマスの争いは日に日にヒートアップし、ついにトーマスはピーターらの住む巣穴にリモコン式のダイナマイトを設置する。ピーターらは巣穴から飛び出し、ピーターらは野菜や果物を、トーマスはダイナマイトを投げつけあう激しい争いになる。トーマスの投げたダイナマイトの音を聞きつけたビアが様子を見に外に出てきたが、トーマスは何でもないと言い繕う。しかしそのとき、たまたまトーマスの落したダイナマイトのリモコンを見つけたピーターはスイッチを押してしまう。巣穴に設置されたダイナマイトは爆発し、巣穴の上に生えていた大木が倒れ、ビアのアトリエをつぶしてしまう。激しく怒るビアにトーマスは「ウサギが爆発させた」と説明するが信じてもらえず、ビアはトーマスに失望する。落ち込んだトーマスはロンドンに戻っていった。ビアがピーターたちをいたわる一方、ピーターも幸せな気分にはなれなかった。ふとピーターが、小さいころに亡くなった両親のことを思い出したとき、両親は「愛を分かち合うということは愛を失うことではない」とピーターに語りかけ、ピーターは自分の思い違いに気がつく。