さらに真のエンディングを見る場合、全てのキャラを仲間にして全員生存させ、隠しマップを全てクリアするなど、複数の条件を満たさなければならず、難易度が跳ね上がる。
これらに関してゲーム中や、ソフトに付属している説明書および「忍者大全」から多少のヒントを得ることができるものの条件模索すらも困難なものが大半で、攻略本などで情報収集しないと達成はほぼ不可能なバランスになっている。
ストーリー.
舞台は戦国時代の日本。大名、武田信玄が人知れず育ててきたエリート忍軍、はぐれ透波。
はぐれ透波の忍びである主人公・藤丸は、幼い頃から下界を知ることなく隠れ里で育ってきた。
信玄が急死した事によって自由を手に入れたはぐれ透波の面々。その実力は他の忍軍を震い上がらせるほどだった。
だが、いずれ脅威となるであろう忍の集団である彼らを、世の有力集団が見逃すはずは無く、各々の思惑を持ってはぐれ透波の抹殺を画策する。
血で血を洗う激動の時代、文字通り「はぐれ忍軍」となったはぐれ透波の、生き残りを賭けた戦いが始まる。
システム.
戦闘を行う“幕”と、隠れ里にてキャラの育成や隠れ里の運営を行う“幕間”で構成される。
幕（戦闘）.
幕前に語りが入り、その後に出撃画面へと移る。
隠れ里で育てたキャラクターたちから出撃メンバーを選出し、武器や馬、道具の付け替えを行って出陣する。
属性には武器による攻撃スタイル「斬る・叩く」と、一部の武器と術による「火・水・風・地・金・精」がある。
マップ中には隠しアイテム、隠しイベントといったものが配置されており、これらの入手やアクションを起こすには誰でもよいものと特定のキャラクターでしか起こせないものに分かれている。
幕間（育成、運営）.
隠れ里では、里の発展具合に応じた内容のスケジュールを組んでキャラクターを育てていくことが出来る。 
通常の戦闘のように隠れ里もターンという概念がありターン数は制限されている。マップでの戦闘と隠れ里で消費できる合計のターン数はあらかじめ決まっている。
組めるスケジュールには刻限が定められており、この刻限の最大数は前回の戦闘で経過した時間が影響する（一定ターン数以内でクリアすることで多くの刻数を得ることができる）
それぞれの戦闘幕にて最大刻数が決まっており、戦闘をどれだけ早く終わらせてもそれ以上の刻数は得ることが出来ない。