江戸時代後期にいたって、庶民の所得が増えて需要が拡大したことで日本各地の地域市場が成長し、江戸や大坂といった中央の大市場への商品流通量が減少していたことも、物価の上昇の一因となっていた。株仲間の解散により、中央市場への商品流通機能はさらに低下することになった。
幕府が民間の経済的取引に対して契約履行を保証する制度を作らなかったため、株仲間は取引のルールを自主的に決めることで、運営に当たっていた。仲間商人のいずれかに代金の不払いや商品の数量不足などの不正行為をした取引相手がいた場合、仲間内で評議した上で、全員一致して取り引きを停止することで、代金支払の保証・品質の保持などの自衛手段を講じてきた。しかし、仲間の解散によりそうした商取引にともなう債権保全の手段も失われた。
諸都市や諸藩の反応.
法令が通達されたにもかかわらず、規約を残したまま組や講と称して年行司を置くようになるなど、解散令は徹底されなかった。堺・近江八幡では株仲間は無くならず、兵庫では問屋・仲買の名称をやめて諸問屋を「諸国荷請屋」に、穀物仲買は「穀物商人」と変えただけで内実は変えず、奈良では物価引下げ令は諭達されたが仲間解散は実行されなかった。江戸では法令は十組問屋に対してのものでそれ以外の問屋は自分たちには無関係のことだとし、江戸以外の地では江戸の問屋仲間だけの解散令であるとして、活動を続ける者が少なくなかった。問屋仲間は解散されたものの、問屋それぞれの商売は自由であったため、問屋仲間の機能を維持させ続けている者たちもいた。かれらは問屋仲間の名称こそ使用していないものの、「御触以前の姿にて取引」していた。これは、歴史学者の北島正元は問屋側が法令をできるだけ自分たちに有利に解釈し、既得権を守りぬこうとしたからと解釈している。
施行後の各業種での影響.
安政年間に行なわれたと推定される株仲間停止後の流通機構についての調査によれば、下記のような影響があった（本庄栄治郎「幕末の株仲間再興是非」）。