現状では天理図書館所蔵本、東海大学桃園文庫蔵本とも内題・外題とも存在しない。元から無かったのか、それとも元々は存在したのだが失われてしまったのかは不明である。
巻名目録.
東海大学桃園文庫蔵本には冒頭に以下のような巻名目録が添付されている。
この巻名目録は以下のような特徴を持っている。
系譜部分.
人物の表記について、青表紙本と河内本とで表記が異なる人物については、源氏物語古系図では河内本に見られる表記に一致していることが多い。これは古系図の原形である九条家本が青表紙本や河内本が形成されるより以前に作成されたものであり、その元となった現在では古伝本系別本に分類されることになる源氏物語の本文が現在の河内本に近いものであったためであろうと考えられている。そのような中で、絵合巻において絵合に参加している青表紙本系統の本文では「大弐の内侍のすけ」・河内本系統の本文では「大江の内侍のすけ」と表記されている人物について、この正嘉本古系図では「大弐典侍」という青表紙本系統の本文に沿ったと見られる表記が採られているという古系図の中では珍しい状況が存在する。このような青表紙本に近親性を示す本文状況と、本書の奥書において数十に及ぶとする校合の対象となった諸伝本の中で「嵯峨禅尼（＝俊成卿女）本」・「京極中納言（＝藤原定家）家本」・「定家卿が献上した貴所御本」といった御子左家の関係する三つの伝本のみを特記している事実は、本古系図を作成した人物の立場などと何らかの係わりがあるのではないかと考えられている。
記載されている人物の数.
異本との校合など.
奥書によれば、本古系図は数十巻の系図との校合を行ったとされるが、本文中に異本との校合を記した場所は以下のように巣守巻の登場人物についての言及など数カ所にとどまっている。
今上帝の子について、現行の源氏物語の本文による限り同一人物である四宮と常陸宮を別々の人物として列挙する現存本でいえば伝為氏本古系図・伝清水谷実秋筆本古系図・日本大学蔵本古系図・学習院大学蔵本古系図・神宮文庫蔵本古系図や源氏物語巨細のような系図があることに触れ、「異本では四宮と常陸宮を別人として扱うが誤りではないか」と批判している。