山室恭子はさらに、綱吉の側用人・柳沢吉保の日誌「楽只堂年録」元禄十六年十二月六日条に「御城下民間にて養へる犬」を中野犬小屋に収容して養育し、餌代は「犬の元主」より出させたとあることから、飼い犬の収容施設だったという説を提唱している。この説に対し根崎は、「御城下民間にて養へる犬」がペットとしての飼い犬とは限らず「食物を与えることを命じられた無主犬や病犬・子犬」も含まれたのであろうと考えている。餌代を供出させられた「犬の元主」という記述も、犬小屋の維持費用が江戸の町々から公役の賦課単位である小間を基準に徴収されたことから、江戸町人の多くが「犬の元主」に該当するとしている。
四谷での犬の収容が開始された当初、町触では「人に荒き犬」を収容しているとあり、ただの無主犬ではなく獰猛な犬の収容が目的で、都市問題としての野犬対策の色彩が強く、人と猛犬との対立激化を避ける狙いがあった。塚本学も、江戸の町に横行する多数の犬が町民とのトラブルを発生させていたことから、野犬公害への対策として犬の収容所を造ったと考えている（『生類をめぐる政治』、平凡社ライブラリー）。同時に、四谷の犬小屋へ江戸の雌犬を全て収容するという記録もあり、犬の繁殖を阻止する目的もあった（「残嚢拾玉集」『加賀藩史料』第五篇）。
しかし、田中休愚は犬小屋に収容された犬の養育のむごさやその餌となる米穀調達の困難さなど矛盾に満ちた犬小屋運営を嘆き（『新訂民間省要』）、『三王外記』には「是に於て群狗相闘ひ、或ひは傷つき、或ひは死す。奴之を救ふて亦た傷つく者あり」と書かれた。
経費.
など、莫大な維持費用がかかった。これ以外に、狼よけのため、毎夜、御用屋敷や多摩川対岸の小机領村々（現・神奈川県川崎市など）で空砲の鉄砲を打っており、この筒薬や火縄の代金も要した。これらの経費は、幕府勘定所賄いで全額が公費から支出されていた。
犬扶持.
村預け.
犬小屋の拡張を終了した段階から収容されていた犬を積極的に江戸周辺農村に預け、それに伴い犬小屋を縮小していった（白橋聖子・大石学「生類憐みの令と中野犬小屋」東京学芸大学近世史研究会編『近世史研究』第四号」）。
御犬養育金.
しかし、徳川綱吉の死後、犬小屋の廃止が決まり、犬の村預けも停止。「村預け」を担当した関係諸村は、前渡しで支給された「御犬養育金」の返還を命じられた。
解体.
御囲