しかし資料館を整備する資金もノウハウもなかった土浦市当局は、資料収集や館内展示に市民の力を頼ることにしたのであった。実際に資料館の収蔵資料は大部分が市民からの寄贈や寄託品で占められることになり、笠間市・龍ケ崎市・谷田部町（現・つくば市）といった近隣地域や遠くは千葉県銚子市や山口県下関市からも資料が寄贈された。資料館運営では、当時土浦市内にあった陸上自衛隊霞ヶ浦駐とん地史料館に協力を要請した。
利用案内.
目玉展示は、土浦藩主・土屋家の保有していた刀剣コレクション、沼尻墨僊の作った傘型地球儀「渾天儀」（こんてんぎ）である。受付で図録等の販売を行っているものの、ミュージアムショップやカフェなどはない。
設計・建築.
館内.
原始の展示は「上高津貝塚ふるさと歴史の広場」へ移行することになったため、展示は奈良時代から始まる。
改装前.
改装前の施設配置は以下の通りである。
特色.
土屋家の刀剣コレクション.
機織り教室.
講座の卒業生による「糸紡ぎの会」という組織があり、月に一度の定例会以外は自主的な活動を行う。また卒業生による機織り伝承グループ「綿の実」という組織もある。
企画展・特別展.
展覧会はほとんどが土浦市立博物館の単独企画で、歴史系・民俗系・考古系・美術系のテーマが選択されてきた。いずれのテーマも一般的な主題を扱うように見えても、土浦市や茨城県との関連があるものを展示に加えている。企画立案から予算の折衝、展示物の借用、広報活動、講師依頼、陳列などすべての業務を学芸員1人で担当するので担当者は多忙である。一方、すべて1人でこなすため準備の進捗状況が明瞭になり、展示室の狭さを逆手に取った見ごたえある展示作りの工夫を行える、などの利点もある。新資料の紹介や地方史の新解釈などの新発見も多く取り上げてきた。
刊行物.
常設展示をやめ、季節ごとに展示を改める方式に変更したことから常設展示解説図録は発行せず、代わりにメッセージ展示のダイジェスト版としての『展示解説パンフレット 霞ヶ浦に育まれた人々のくらし』を刊行した。また『「歴史の舞台・土浦」散策マップ』を発行して博物館では扱いきれない部分を紹介している。
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