（猿沢池の段）盲目の帝は采女が猿沢池に身を投げたことを知り、池に行幸する。そのとき凶事の知らせが来る。入鹿が宮中に乱入し、帝位を称したというのだ。鎌足の息子藤原淡海（藤原不比等）は、帝を猟師芝六じつは家臣玄上太郎の家に匿う。
（つづら山の段）芝六は入鹿を滅ぼすには爪黒の鹿の血と嫉妬深い女の血が必要と知り、禁を破って葛籠山で爪黒の神鹿を射殺す。
（芝六住家の段）山中の芝六の家は帝が逃げ込んだことで、にわか仕込みの宮中に早変わり。多数の官女や公家が詰め、そこに米屋が掛取りの催促に来るわ、帝の無聊を慰めるために芝六の子の三作が萬歳を披露するわで大騒ぎである。芝六が神鹿を殺したことが露見し、その罪を三作が被って石子詰の刑を受けようとするが、鎌足の働きで助けられる。采女と神鏡も見つかり、神鏡の力で帝の眼も治る。こうして鎌足たちによる反撃が始まる。
三段目.
（花渡しの段）権力を手にした入鹿は暴政の限りを尽くす。清澄と定高に久我之助をわが家臣に、雛鳥を我が側室にせよと無理難題を言い、花の枝を渡して、その返答として吉野川に流せと命令する。だが入鹿は久我之助については采女の局の行方を知っていると見て、召抱えると称して拷問し白状させる魂胆だった。
（山の段）「古は神代の昔山跡の、国は都の初めにて、妹背の初め山々の、中を渡るる吉野川、塵も芥も花の山、実に世に遊ぶ歌人の、言の葉草の捨て所」という格調高い浄瑠璃の詞で始まる。吉野川を挟んで大判清澄と太宰家の後室定高の両家は満開の桜の妹山、背山に住む。
雛鳥と久我之助は川越しに、両家の不和のために一緒になれない身の不幸を嘆く。思いつめた雛鳥が「とても叶わぬ浮世なら、法度を破って此川の、早瀬の波も厭いはせぬ」の浄瑠璃の言葉通りに川に飛び込もうとするのを「ヤレ短慮なり。雛鳥」と久我之助が咎める。