ネメシスに対して有効な対策が見つからない中、生き残りのゼニス「ウォルター・ロンドラ」の存在について、サイレンスから知らされる。ウォルターは地球帰還後すぐに他と袂を分かち、ロサンゼルスで単独行動をしているという。アーロイはサイレンスの依頼により、一人ロサンゼルスに飛ぶこととなる。
システム.
基本的な機能は前作の物を引き継いでおり、新要素が多数追加されている。
全体的な変更点として、保管箱が各地に設置された。
戦闘システム.
前作での複数本の矢をセットするなどの特殊アクションが各武器系統に設定された。使用には「武器スタミナ」というゲージをスキルごとに決まった量だけ消費する必要がある。複数修得した場合、構えている時に左右ボタンで切り替えることができる。
一方で、サイレントストライクの威力減少、エネミーコール廃止、罠設置数上限の設定、人間型エネミーの兜装着率の上昇、機械獣の接近が分かるような特徴的な足音の廃止、乗り物系以外のオーバーライドの時間制限、オーバーライド機械獣が単独では敵から攻撃対象にされないなど、前作でほぼ一方的に敵を倒せていた能力・機能は下方修正を受けている。その為、極力敵に見つからずに進めるのが難しくなっている。
フォーカス.
フォーカスは前作同様、データや機械獣のスキャン、敵の移動ルートを表示するなどの機能があり、機械獣は部位を調べる事ができるようになった。新しい機能として機械獣をスキャンした際に特定の部位をハイライトできる機能が追加。ハイライトした部位は時間経過でも発光が消えないため、特定の部位を狙いたい時に便利になった。
また、移動したままでも使用可能な短距離スキャンが追加され、資源や登れる箇所を探知する事ができるようになった。水中で使うとソナーとなり、アイテムや敵が近くに存在すると反応が返ってくるようになった。
勇技.
槍に貯めたエネルギーに遠距離攻撃を加えることで大ダメージを与えるスキル。
機械獣.
世界中に展開しているマシン群で様々な動物の姿を模している。大半はテラフォーミングのために生み出されたものだが一部は人間を狩るために特化したテラフォーミングと関係ない機種もある。