室内の空気清浄度を管理するクリーンルームとは直接関係しないが、放射性物質の取り扱いや遺伝子組み換え実験などで、有害物質が外部に持ち出されることのないよう、建屋の遮蔽と排気の塵埃、排水・廃棄物の有害物質を除去する設備が要求される場合がある。管理物質（汚染物質）を封じ込めて外部に拡散しないという点で、基本的にクリーンルームと構造上同様の設備を吸排気・給排水に関して逆向きに設置することとなる。生物的な用途ではバイオハザードルームと呼ばれたりする。
構造.
給排気システム.
この図のほか、作業室の床をグレーチング構造にして気流を階下に透過させる建屋構造が用いられることがある。電子工業用途での採用が多い。
冷暖房も必要となり、特に電子工業用途では露光装置の寸法精度を確保するため、温度・湿度の管理が必要不可欠となる。
建屋.
クリーンルームでは内部での塵埃の堆積防止、清掃の容易性、フィルタ交換の維持管理の容易性など、建屋の構造にも考慮が必要である。
給排気システムが一方向の垂直流式では、作業室床がダウンフローの気流を透過するグレーチング構造にし、作業室下の階下に塵埃を落下させる構造が採用されることがある。
天井の給排気装置のメンテナンス用に、天井裏は十分な高さが用意されることが多い。
また、特に清浄を要求される小さな領域をビニールカーテンなどで覆って清浄度を上げる工夫もおこなわれる。
更衣や材料の準備などをおこなうために前室が設けられることがある。火災などの発生時には、非常口が設けられている場合もある。
運用.
原則.
清浄空間を作り、維持するための条件として以下の原則が挙げられる。
入退出.
人間は衣服や人体そのものから大量の塵埃を発生させるので、全身を覆う専用のクリーンウェア（防塵服・無塵服）やマスクを着装し、二重扉の出入口で清浄空気のエアシャワーを浴びて塵埃を落としてから入室する。出入口の床には粘着マットが敷かれ、靴底や装置下面の塵埃を除去する。物品の搬入もドアの開閉時の外気からの塵埃流入を防ぐため、パスボックスを用いて二重扉の間でやり取りする。
用具.
CR内では塵埃の発生は禁忌であるため、使用できる用具には特殊なものがある。
紙はわずかな繊維も塵埃となるため、発塵を抑えたクリーンペーパー（無塵紙）を使用する。