庭園の奥には池の水源となる水量の豊かな湧水があり、高野川上流から引き込まれた用水を今日に至るまで使い続けている。この用水は、江戸時代の前期に京都代官であった五味藤九郎という人物によって開削されたものである。かつて湧水に作られていた瀧組は今日では荒廃してしまっているが、瀧組のあったあたりから湧水を導いた池が庭園の中心にある。池は「水」の字の形に作られており、「水字形」と呼ばれるものである。池の右手前には舟石（ふないし）と呼ばれる、舟をかたどった石が配されている。舟石を置く庭園は稀少であるが、舟石を置く庭園のほとんどでは出舟の形があしらわれているのに対し、蓮華寺の舟石は入舟の形をしている点でさらに珍しいものとなっている。出舟とは、向こう岸に理想郷（浄土）を見出し、彼岸を想念させるものであって、平等院庭園のような浄土教的思想に立脚する庭園の造形である。それに対し、入舟は浄土を此岸に見出す思想を表すものである。
池の左前方には亀島と鶴石がある。大ぶりな岩石で組まれた亀島には、唐人帽丸形と呼ばれる石灯籠が据えられ、石橋で岸と繋げられている。現存するのは亀の頭部に相当する亀頭石のみであり、手や足にあたる石組は荒廃により失われた。亀島のの側面によりそうように立てられた立石によって鶴の姿があらわすのが、鶴石である。回遊式庭園と鑑賞式庭園の双方の特徴を備え、かつ桃山時代風の鶴亀蓬莱庭園の特徴を備える当寺の庭園は江戸時代初期の庭園の様式をよくあらわしている。
亀島の左後方には、蓬萊山の姿を岩組みによって描く蓬莱石組が築かれている。この蓬莱石組には今枝重直の一代記が刻まれた石碑が建てられており、木下順庵の撰文、丈山の篆額を伝える刻銘がある。石碑の土台は、亀と麒麟の合体した姿をかたどる石組みである。古代中国の思想によれば、亀は地上の支配を、麒麟は天空の支配をそれぞれ意味するものとされ、両者の合体した姿は宇宙全体の姿となる。そうした点から、この石碑の周囲の造作は、石碑の未来永劫の存続を願うものと解される。蓬莱山の右側奥手には、亀島にあるのと同型で半分ほどの大きさの丸型灯籠が置かれ、奥行きを感じさせるための工夫がなされている。
本堂.