福岡県の津屋崎町にある渡半島には「神代に放ち給うた馬の牧跡」の言い伝えがあり、現在でも牧の大明神の祠が残っている。半島や岬などの地形は、潮風により牧草に塩分が含まれ、馬の飼育に適しており、対馬より馬を陸揚げし、渡半島の山に放牧して調教し、日本各地に積み出した。馬骨や馬歯、馬具が考古遺跡から出土するのが古墳時代以降であり、大陸から九州に移入されたものと思われる。
馬具の出土数は九州地方が最多で、祭祀用に用いられたと思われる土馬は近畿地方に多く、埴輪馬では関東地方が最多となっている。
文献上の記録.
古墳時代では小形馬が主流であり、一部中形馬が存在し、奈良時代になると平城京を中心に中形馬が増加するが、小形馬も地方を中心に依然として残る分布状況であったとみられる（したがって、古代では近畿圏の方が馬の体格は大きい）。
その後の歴史.
南部馬.
古来より良質な大型馬を生み出してきた南部馬は明治期に絶滅した。
特徴.
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競馬等で親しまれているサラブレッドなどの近代軽種馬と比べた場合の特徴として、全体としてずんぐりした体形、具体的には、やや大きめの頭部、太短くて扇形の首つき、丸々とした胴まわり、体格のわりに長めの背、太くて短めの肢、豊かなたてがみや尾毛、などが挙げられる。顔面や四肢の白微はなく、特に木曽馬などでは背中に鰻線（まんせん、背筋に現れる色の濃い線）をもつものが多い。ただし、各馬種ごとにも体形には違いが見られる。多くの毛色と体型が残っているのは飼育頭数がおおい道産馬である。在来馬においては毛色のバリエーションが限られているのは、江戸時代以降、飼育頭数が減ったボトルネックの影響と思われる。絵巻ものなどからは、かつての日本の馬には様々な毛色の馬が存在していたことがわかる。
日本在来馬は体質強健で、よく粗飼に耐える。消化器官が発達しており、そのため、野草のみでも育成できると言われる。体は丈夫で、寒冷地でも年間放牧が可能であるとされる。平均的に骨や蹄が堅く、骨折などの事故はあまり起きない。この「蹄が堅い」という在来馬の特長から、日本では雪国で馬にはかせる藁沓（わらぐつ）を除いて、蹄鉄が発達しなかった。
保護.
現存の日本在来馬の中には、木曽馬のように、純血種としては一度絶滅したものを、戻し交配によって復活させたものもある。