時を同じくして、綾奈が洞窟で見つけた卵状の物体から奇妙な生物が生まれる。再び洞窟を訪れた綾奈は、封印の石の下に埋もれていた謎の勾玉を介してこの生物と心を通わせ、亡き飼猫の名を取って「イリス」と名付ける。龍成はこの生物を守部家に代々伝えられる「復活すればこの世は滅びる」災厄ではないかと考え、綾奈を諭すが、綾奈はイリスが両親の仇ガメラを殺すことを願い、密かに育てていく。綾奈の憎悪を糧に急速に成長したイリスは繭を形成し、綾奈を自身に包み込む。龍成は洞窟に駆けつけて繭の中から綾奈を救出するが、綾奈は意識不明になり、イリスは姿を消す。
ギャオス、ガメラを創造した超古代文明人の末裔である朝倉は、イリスと交信した綾奈を調査するため、独断で綾奈を病院から移送してしまう。斉藤の情報提供を受け、綾奈を追って京都へ急行した長峰と浅黄は倉田に出迎えられる。倉田は2人を朝倉の元へ案内する途中、深海の「ガメラの墓場」はマナの器たる守護獣になれなかったガメラの廃棄場である、という自説を披露する。長峰は朝倉にイリスが綾奈と神経融合を試みた可能性を示唆し、綾奈を施設の整った東京の病院への搬送を主張する。時を同じくして、大迫に諭された龍成も綾奈を追って大迫と共に京都へ行く。そして南明日香近辺の生物を捕食し、成体となったイリスは、監視していた陸上自衛隊普通科小隊を全滅させ、綾奈との完全な融合を求めて飛び立つ。
イリスはガメラの右手を槍腕で貫き、読み取った遺伝子から再現したプラズマ火球で止めを刺そうとする。ガメラは自らの右腕を火球で吹き飛ばして脱出し、イリスが放った火球をその右腕で受け止め、炎の拳に変化させてイリスの傷口を殴りつけ、粉砕する。その後、綾奈は長峰の必死の心肺蘇生法とガメラの呼び寄せたマナによって事なきを得て、龍成も怪我もなく生還する。綾奈は自身の所業を深く悔やんで涙する。そのころ、米・中・露各軍からの連絡により、世界中のギャオスが日本へ向かい始めていることを把握した日本政府と自衛隊は、攻撃目標をガメラからギャオスに変更し、総力を挙げての迎撃を決定する。傷が癒えぬままのガメラもまた、長峰、浅黄、龍成、綾奈に見送られ、ギャオスとの戦いに向かう。
登場怪獣.
ガメラ.
イリス.