論争.
グールドは多くの論争を引き起こした。彼は混乱や論争が好きだった。彼が起こした論争の多くは科学的なものだったが、いくつかは道徳や政治にも関わっていた。
スティーブン・ピンカーは進化心理学論争においてグールドと論戦を繰り広げた。しかし適応主義批判に関しては、代々の古生物学者が自然選択に懐疑的であったことに触れ次のように述べる。「古生物学者は石になった生物を扱う。彼らの最初の興味は、胃がどのようにして働くか、などではあり得ない。... 古生物学者以外の生物学者は生きている生物を扱うために、自然選択をずっと重視するだろう。異なる人がそれぞれ問題の異なる面に興味を持っている」。したがって、おそらく科学的論争のいくつかは、真の意見の相違ではなくて強調点の置き方の違いであった。
断続平衡説.
断続平衡説は大進化と小進化の区別が重要である可能性、選択の階層性などに生物学者の注意を向けさせた。主張の多くは未だ議論の的である。グールドは断続説をダーウィニズムの代替理論として提示したために、グールドはダーウィニズムや自然選択を強調されすぎていると批判し、ダーウィニズムを受け入れがたいと思っている人々に、他の説明があるのだと誤った希望を持たせたとドーキンスは指摘する。後にグールドは態度を変え、こう述べた。「自然選択は極めて機能的なデザインの唯一の原因だと認める...適応的なデザインは自然選択の結果に違いない」
反適応主義.
グールドは外適応という概念を提唱した。これはダーウィンの前適応と基本的には同じものであるが、グールドによれば二つの異なる意味を持っている。ひとつはある機能のために選択によって形作られ、そのあと他の機能を担うようになった形質のこと。二つ目はそもそも何かの適応として形作られたのではなく、他の適応の副産物として形作られ、現在は別の機能を持っている形質のことである。例えば鳥の羽は空を飛ぶためではなく体温保全の機能を持って形成されたかも知れないとグールドは述べる。デイビッド・バスは「鳥の羽が体温保全のために生まれたのだとしても、その後明らかに飛ぶ機能のために自然選択によって修正されている」と述べ、グールドが適応と同じ意味で外適応を用いていることを指摘した。