下茹でした豚または牛の小腸と生姜を臭みが取れるまでさらに茹で、具材に大根、人参、牛蒡などの根菜類と コンニャクや豆腐などを加え、醤油および味噌で味付けし、盛り付けの際に長ネギを粗みじん切りにしたものを乗せたものとなっている。材料も味付けも時期や地域によって多様である。
大まかな日本各地のもつ煮、およびそれに類する料理を挙げていくと、北海道中部の赤平炭鉱では、鉱夫の間で馬のナンコウ鍋と呼ばれる料理が食べられていた。このナンコウ鍋は基本的には馬肉を煮込んだ料理であるが、その出自からもともとは内臓肉を含むとされている。「なんこ鍋」とも呼ばれ、秋田県の鉱山坑夫の間で始まったものが北海道に渡り、歌志内市など北海道各地の郷土料理として残っているとされる。また上記文献の著者自身の実体験談として、実家が秋田県で博労（牛馬の売買をする人。馬喰とも表記する）であったことから、母親が豚の内臓を煮込んで食べた経験があるとしている。
九州地方にはもつ煮よりも、博多を中心としたもつ鍋の文化の方が定着しており、ニンニクをスライスした醤油ベースのスープに、キャベツ、ニラなどを具材とした鍋として食する。
沖縄には、琉球王朝時代から豚を余すことなく工夫して食べる食文化があり、伝統料理として、中身汁（中味汁）が主として正月や慶事の代表料理として親しまれてきた。豚の小腸・大腸・胃を丁寧に洗浄し、長時間煮込むなど手間と時間をかけて下ごしらえした中身（豚の内臓）と、こんにゃくやシイタケを具にして煮込んだ一種の吸い物。具だくさんの煮物として供される場合もある。鰹節・昆布・鶏肉で出汁をとる場合もあり、また沖縄そばに具として入れた中身そばや炒め物など、他の料理にも応用されている。また、豚肉のみならずヤギの肉や内臓、血などをごった煮にした山羊汁や、牛の臓物を煮込んだ牛汁なども伝統食として知られる。
歴史.
明治以降の内臓肉食ともつ煮の誕生.
近代のもつ煮.
学食や定食屋、居酒屋に至るまで「もつ煮」あるいは「もつ煮込み」は安価で栄養価が高いメニューとして認知され、前述の通りモツ以外の材料や味付けも多岐にわたっている。