細菌やウイルス以外の原因による食中毒の予防策は、「誤食しない」ということに尽きる。どのようなものを食べてはいけないかは、古来からの経験則そして専門家や医療関係者などからの見聞によって各自において対応することになる。逆に、寄生虫による食中毒は、細菌による食中毒の予防原則の「付けない」と「殺す」を守ることで予防できる。
本節の以降の記述は、主に細菌やウイルスが残存することによる食中毒の予防に関するものであり、既に細菌などによる「毒素」が食材に蓄積している場合や細菌類で耐久性芽胞を生成する場合には再加熱などの方法を行っても効果が無いことも多い。詳細は下記に記すが加熱すれば大丈夫と言う過信は極めて危険である。
付けない.
一般に、生の魚介類や肉類には食中毒の原因となる菌が多く付着している。これらの食材自身は、加熱殺菌して食べたり、あまり時間を置かずに食べるなどして食中毒を防止できるが、しばしば盲点となるのはこれらを加工調理した器具に付着した菌である。調理器具の洗浄が不十分であった場合、器具上で菌が増殖してしまい、次に加工する食材に毒素とともに付着してしまうことがある。また、菌が調理器具を経由して生で食べる食材に付着してしまうこともある。包丁の柄は洗い残しやすい部分である。
この問題を避けるためには、魚介類・肉類用の調理器具と、野菜など用の調理器具を分けるのが効果的である。特にまな板は一般家庭の調理においても、魚介類・肉用とその他用で分けることが強く推奨される。複数のまな板を準備するのが困難である場合、まな板の両面で使い分けるだけでも効果がある。集団給食の調理場などではこれを徹底するために、色違いのまな板を用いるなどの工夫がなされていることが多い。また、できるだけ生食の食材の加工を先に行ない、肉類は最後に切り刻むように心がけることも予防につながる。
調理器具とともに、手の洗浄も料理人にとっては重要である。糞尿には菌がきわめて多数含まれているため、調理中にトイレに行った場合には必ず石鹸で手を洗わなくてはいけない。集団調理においては、着衣を着替えたうえでトイレに行き、石鹸による洗浄のあとに消毒用アルコールによる殺菌を義務づけているところも多い。
飲み物の容器.