（高知ファイティングドッグス）
ベースボール・チャレンジ・リーグ.
信濃.
群馬.
（群馬ダイヤモンドペガサス）
埼玉.
（武蔵ヒートベアーズ→埼玉武蔵ヒートベアーズ）
福島.
栃木.
（栃木ゴールデンブレーブス）
茨城.
神奈川.
（神奈川フューチャードリームス）
九州アジアリーグ.
火の国.
大分.
北九州下関.
（福岡北九州フェニックス→北九州下関フェニックス）
宮崎.
佐賀.
（佐賀インドネシアドリームズ、準加盟）
北海道フロンティアリーグ.
美唄.
（美唄ブラックダイヤモンズ）
石狩.
（石狩レッドフェニックス）
士別.
日本海リーグ.
富山.
※ベースボール・チャレンジ・リーグ、日本海オセアンリーグ時代を含む
石川.
（石川ミリオンスターズ）
※ベースボール・チャレンジ・リーグ、日本海オセアンリーグ時代を含む
ベイサイドリーグ.
滋賀.
兵庫.
大阪.
和歌山.
堺.
（堺シュライクス）
淡路島.
（淡路島ウォリアーズ）
北海道ベースボールリーグ.
富良野.
（富良野ブルーリッジ）
旭川.
（旭川ビースターズ）
無所属チーム.
砂川.
（すながわリバーズ）
※北海道ベースボールリーグ時代を含む。
千葉.
（千葉スカイセイラーズ）
※ベイサイドリーグ時代を含む。
過去に存在したチーム.
翼軍.
名古屋金鯱軍.
（名古屋金鯱軍→翼軍と合併）
西鉄軍.
（大洋軍→西鉄軍→解散）
大和軍.
（イーグルス→黒鷲軍→大和軍→解散）
セントラル・リーグ.
西日本.
（西日本パイレーツ→西鉄クリッパースと合併）
松竹.
（大東京軍→ライオン軍→朝日軍→パシフィック→太陽ロビンス→大陽ロビンス→松竹ロビンス→大洋ホエールズと合併）
パシフィック・リーグ.
高橋.
大映.
近鉄.
（近鉄パールス→近鉄バファロー→近鉄バファローズ→大阪近鉄バファローズ→オリックス・ブルーウェーブと合併） 
国民野球連盟.
熊谷（旧）.
（熊谷ゴールデン・カイツ→宇高レッドソックスと合併）
熊谷.
（宇高レッドソックス→熊谷レッドソックス→解散）
結城.
大塚.
（大塚アンブレラ→大塚アスレチックス→金星スターズと合併）
唐崎.
（唐崎クラウン→解散）
四国アイランドリーグplus.
長崎.
福岡.
三重.
関西独立リーグ (初代).
紀州.
（紀州レンジャーズ→プロリーグ脱退・活動休止）