日興以降の歴代法主の本尊は南無妙法蓮華経と書いた直下に日蓮在御判と書き、その左下に書写した法主の名前と花押を加えており、日蓮花押とは書かない。また、日蓮の本尊には一切書かれていない本尊の賞罰についても、左右に小さく書き足しているのも特徴的であるほか、戒壇本尊には二千二百二十余年と書いてあるが、歴代法主は二千二百三十余年と書写する。
例外であるが日蓮在御判の部分を日蓮聖人と書いた日目の本尊も存在する。
本尊の形態.
本尊の形態には「紙幅本尊」と「板本尊」がある。
紙幅本尊は表具をつけて掛軸の形にしてあり、法主直筆の「常住本尊（書写本尊）」と、法主直筆の曼荼羅を印刷した「形木本尊」に分けられる。寺院所蔵の紙幅本尊はすべて「常住本尊」であり、葬儀の際に掲げられる「導師本尊」も同じく「常住本尊」である。信徒宅に貸し下げられる本尊は「形木本尊」（特別形木本尊もある）で、信心熱心な信徒が所属寺院を通して総本山に申請すれば「常住本尊」が授与されることもある。
「板本尊」は、日興門流のみに代表される「常住本尊」である。総本山の諸堂、各寺院の本堂に安置され、伝「本門戒壇之大御本尊」を模して、黒漆塗りの板に文字を刻み、文字には金箔が施されている。また、末寺の客殿や納骨堂に安置される板本尊には法主直筆の白木の板本尊もある。蓮華座に本尊の臍を差し込んで安置されている。大石寺客殿安置の「御座替わり御本尊」（日興書写）など、周囲に金色の枠が施されている本尊もあるが、施設に関しては紙幅本尊のところもあれば板本尊のところもある。
なお、此処に書かれている常住板御本尊と本門戒壇大御本尊の形状は同じである。また、本尊には書写年月日、所蔵寺院名、安置場所、願主名などが脇書として書かれることもあり、本尊を書写した時の法主の名と判形（花押）も下部に書かれている。
本門戒壇の大御本尊.
熱原の法難を契機に日蓮の指示によって、当時はまだ所化僧であった泉公、後の日法が彫刻して作成したと大石寺側は主張しているが、泉公に漆を塗る技術や金箔貼りの技術があったのかは不明であり、その事については説明はない。
導師本尊.