ホメオパシーの理論は科学と大きく異なっている上、由井は医学に対して否定的であると指摘されている。由井の学校で学び、由井が設立した団体の民間資格を持つホメオパス（ホメオパシーの施術者）が関わった死亡事故もあるため、ホメオパシージャパン系には批判も少なくない。
やや日刊カルト新聞の藤倉善郎が週刊新潮に寄稿した記事「死亡者複数という奇妙な「ホメオパシー」にハマっている有名人」について、藤倉はホメオパシーを理解していないしきちんと調査もしていないと名指して批判している。藤倉は、日本ホメオパシー医学協会の見解は説明として成り立っておらず、藤倉の記事への反論になっていないと述べた。
薬事法違反.
現代医学・ワクチンの否定.
日本ホメオパシー医学会が認定したあるホメオパスは「ホメオパシー治療をしている人が病院に行くとショック死することがある」と教えていたと指摘されており、このホメオパスが治療した女性は現代治療を拒み、症状の悪化を好転反応と最後まで信じ、悪性リンパ腫で死亡している。
ホメオパシー医学協会は、「ホメオパシー利用者」と「通常の医療を拒否する人」は関係のない問題であるとしているが、日本ホメオパシー医学協会が認定したホメオパスには現代医療を否定する者もいる。
セラピー.
「インナーチャイルド」という独自のトラウマ理論を唱えており、反精神医学の傾向がある。
荒瀬牧彦は、メンタルの問題にホメオパシーを利用することに不安を覚えると述べている。また荒瀬は、「なんでもなおせる」というホメオパスの一部には、万能意識が見られると危惧している。
ホメオパシージャパン系の団体では、精神疾患の薬物医療・精神医学に反対する新宗教・サイエントロジーが設立した市民の人権擁護の会の世話人の小倉謙にたびたび講演を依頼している。サイクバスター（精神医学を破壊する人）としてサイエントロジーに協力する医師の内海聡ともイベントを行っている。
東日本大震災・放射能関連.
半分、青い。
企画・制作.
北川悦吏子は『あさイチ』のMC陣のドラマの感想を述べる「ドラマ受け」に対して、逆にドラマ本編から『あさイチ』につながる「ドラマ渡し」を脚本に書くことを考えたが、ドラマ本編の次の番組が『あさイチ』以外（NHK総合の昼放送やBS放送）もあるため、NHK担当者から止められた旨を、博多華丸との対談において明かした。