本編の『ポケットモンスター』風のマップ画面で主人公を操作し、ノンプレイヤーキャラクターとの会話やカード対戦を通じてストーリーが進む。ゲームボーイ向けに若干変更されているが、基本的なルールは当時のポケモンカードゲームと同一である。敵との対戦や様々なイベントでカードを集め、プレイヤーのデッキを自由に組むことができる。
通信ケーブルを利用した通信対戦や、赤外線通信を用いたカードの交換も可能である。しかしごく一部の特殊なカード（後述）を除いて、通信プレイを行わなくてもコンプリートすることが可能である。
カードポン!
この通信と類似のシステムが本編でも「ふしぎなおくりもの」として逆輸入されたが、一日当たりの通信回数が制限されていたり、通信後にゲームを再開して手に入れたアイテムを引き取らないと再通信できないといった相違点がある。
世界観.
ポケモンカードの好きな人が多数いる島を舞台にしている。生身のポケモンそのものは一切登場しない（ただし取扱説明書に載っている漫画には、ランドと共にピカチュウが登場している）。また、人々の生活感のある描写もなく、カードバトルとそれに関連する施設以外も存在しない、極めて抽象的な世界描写が見られる。
本シリーズの登場人物の大部分は、ポケモンカードゲームの関係者や大会での入賞者がモデルとなっている。
ポケモンカードGB.
収録カードについて.
ストーリー.
ポケモンカードが大好きな少年が、ある日「伝説のカード」の噂を耳にする。興味を持った彼は、カードの研究家であるオーヤマ博士の研究所に駆け足で向かうのであった。
特徴.
ゲームボーイカラー専用となったので、前作のようにカートリッジに赤外線ポートが内蔵されていない。
前作では原則としてルールの範囲で自由にデッキを組めたが、本作では使用するカードなどに条件をつける敵キャラが登場する。また、カードバトルにも変則的なルールが追加される場合もある。実際のカードにあった「スタジアムカード」が本作には存在しないため、その効果をイメージさせる変則ルールが多い。
移動中ならいつでもデッキの整理やカードリストの確認ができるようになり、よりプレイしやすくなった。