学協は、やがて学園紛争を生み出した「戦後」という時代そのものへの批判を開始、「米ソによる世界支配」と「日本を永久に敗戦国として固定化せんとする戦後体制」打倒の「反ヤルタ、反ポツダム論」（反YP論）を政治路線として掲げ、「核拡散防止条約」（当時は「核防条約」といった）に対しても「米ソによる核エネルギー独占支配」として、締結及び批准阻止闘争を行った。
また、本来「量的次元」に還元してはならない質的分野まで数量的、合理的に解析説明しようとする「ヨーロッパ近代」思想自体を問題とし、左翼の「反近代論」に対しても「単なる反資本主義の言い換えに過ぎない」と批判、資本主義や社会主義、国家主義等の「近代」思想を根源的に克服し、「日本人としての真の生を回復する」という「反近代・文化防衛」論を主張した。
三島憲法裁判闘争と反憲学連の創出.
「自立草莽・実存民族派」路線とは、かつての日共転向組の鍋山貞親や佐野学らのように左翼民俗学の「常民論」に基づき、民衆の天皇仰慕の情念を革命の手段として利用する戦術であった。また、「反米帝・民族解放」路線は、反米路線によって、第三世界、例えばPLO等との連帯共闘を主張するものであった。そして、彼らは、副島種臣によるマリア・ルス号事件における奴隷解放や戦後のインドネシア独立戦争に参加した日本兵の行為を「日本人民としての行為」とし肯定しつつも、「日本帝国主義を打倒する」として、これら以外の近代日本の歩みを否定する方針を採った。
「反憲」路線とは、三島事件を「三島義挙」と位置づけ、その精神を継承し、占領憲法をこそ戦後体制の象徴と捉えて、全ての政治運動を反憲運動に収斂させる方針を言う。また「民族自立」路線とは、民族の〈原像〉に基づき、戦後・近代がもたらしたとする「擬制秩序」を解体し、「真正国家」創出を目指すこととされる。
ちなみに「民族自立」の「自立」とは、元々は吉本隆明の言葉で、「啓蒙」や「外部からのイデオロギーの注入」という次元でしか「思想」を捉えることのできない近代知識人の限界を乗り越え、思想を内在的に発想していく営為のことである。吉本にとって、“自立”とは、大衆の存在を自らの思想過程のうちに繰り込むことであった（但し、反憲学連の言う「民衆の原像」は、吉本の言うような単なる「大衆の生活史総体」ではない）。
反憲学連の目指すもの.