などが縄文時代に既に存在していたことがわかった。また、遺伝子の研究という新しいアプローチから下記の事が判明している。文化伝搬の地域差が激しく、人種も完全に入れ替わってはいないこともわかり、弥生時代と縄文時代を明確に分割することが困難となり、開始年代やそもそもの定義について議論が起きている。
認識と意義.
弥生時代の意義は稲作の始まりにあるのではなく、稲作を踏まえて国家形成への道を歩み始めることが重要とする見解が示されるようになり、水稲農耕を主とした生活によって社会的・政治的変化が起きた文化・時代を弥生文化、弥生時代とする認識が生まれていった。
この新たな弥生時代の定義によれば、西日本の弥生文化こそが典型的な弥生文化であって、東日本のものはそれとは大幅に異なる別文化であるとする見解が示される様になった。この弥生併行期の東日本の文化については「縄文系弥生文化」、「続（エピ）縄文」、「東日本型弥生文化」など研究者によって様々な呼称が与えられており、定まった名称はない。ただしこの新たな定義については、自らの研究領域が弥生時代の定義から外れる事になる東日本の研究者からの強い反発がある。
弥生時代の水稲耕作とその文化.
古代日本の稲作の風景.
新川和江の「私を束ねないで」と言う詩の一節に「秋/大地が胸を焦がす/見渡すかぎりのの稲穂」とあるが、日本人にとっての稲作とは右の写真のような一面の温帯ジャポニカの水稲であろう。しかし、豆、芋などとともに陸稲が栽培されていたかもしれないし原始的な焼き畑農業が営まれていた可能性もある。
稲の伝来.
前史.
長江文明と呼ばれるこの発見については、麦、粟、黍、稗などの栽培を中心に発達してきた黄河文明とは異なり、「稲作を中心として発展してきた」とする見解が出されている。
経路.
主だった仮説を以下に示す。なお、経路はこのうち一つかもしれないし、いくつかの伝来経路を経ているかもしれないことに留意されたい。
間接渡来説.
直接渡来説.
などが挙げられている。
南方説.
は本説に対し、柳田の戦後の日本人に対する意識や騎馬民族征服王朝説との関連性を指摘しており、はの実証を伴わず断定的な仮説を述べる姿勢に着目して、「（柳田が）他の多くの隣接科学を巻き込んだ南島研究の発展を願った」と述べている。
「単一渡来」と「多段階渡来」.