北朝鮮工作機関による犯罪の多くは、日韓併合の歴史的経緯により日本で生まれ育った「土台人」と呼ばれる特別永住者の人脈を利用して行われたとされる。元公安調査庁長官が退官後に報道機関に明らかにした談話によれば、暴力団やフロント企業などの反社会的勢力の内部には、すでに土台人の人脈が張り巡らされ、対日有害活動が行われていると言われている。
工作船から発見された武装.
最終的に回収できた兵器は以下の通り。
工作船の保存.
当初、工作船は検証終了後にスクラップ処分される予定であったが、日本財団が全経費を負担して東京都への移送と展示を実施した。
船の科学館での一般公開終了後、その後の継続的な保存に必要な資金が調達できなかったことからスクラップ処分される予定だったが、石原慎太郎東京都知事ら多くの人々の反対と、海上保安協会に寄せられた多くの人々からの寄付によって処分は中止され、横浜市に移送された。
他方、工作船からの銃撃によって破壊された巡視船「あまみ」の船橋部分は、修理の際に船から切り取られて千代田区霞が関の国土交通省庁舎にて期間限定で展示された後、現在は広島県呉市の海上保安大学校に展示されており、同校への来校者は無料で見学することができる。
日本に与えた影響.
海上自衛隊は海上警備行動こそ発動しなかったが、海上保安庁と連携して対応に当たった。一連の不審船事件は海上防衛の在り方にも一石を投じた事件であった。海上保安庁は、今回の事件を教訓に、現場の海上保安官（乗組員）の生命保護のため巡視船艇の防弾化および相手船舶を安全な距離から停船させるために高機能・長射程の機関砲の搭載、船艇の高速化、海上警備における水産庁の漁業取締船との連携強化、航空機の輸送力アップなどを急速に進めることとなった。
また、一部航空基地に配属が進んでいる機動救難士の発足の理由の一つとして、救急救命士資格を持った機動救難士による現場海上保安官の直接救護の目的もある。海上保安官に対しては、性能のよい防弾ベストを支給し、対テロ訓練を行わせている。
批評.
日本共産党は、この事件における海上保安庁の対応を肯定していたが、当時党議長だった親中派の不破哲三は「中国は『海保はやりすぎだ』と批判している」ことを主張し、共産党見解の発表を握り潰したといわれている。
キャラクター.
シュガーメヌエット.
テレビアニメ.
声の出演.