販売収益の一定割合がアフィリエイト側の収益となることが、大げさまたは不正確な表現を用いて購買を促す誘因となりうることも問題をはらんでいる。現実にアフィリエイトを行うサイトが無数に存在することや、その媒体がブログなど入れ替わりが早いものが中心であることから、明らかな詐欺や医薬品医療機器等法違反などがあった場合にもその取締りは困難である。このような問題点に対し、業界団体である日本アフィリエイト・サービス協会はガイドラインを出し、適切なアフィリエイトプログラムの運用を呼びかけている。
検索エンジンサイト各社では、コンピュータプログラムにより作成された、内容に意味の無い文章だけのアフィリエイト広告を表示するためだけのウェブサイトや、プログラムを利用した単語の繰り返し、アフィリエイト広告だけが載っているようなウェブページを検索エンジン最適化により、意図的に弾く仕組みを構築している。
検索エンジンのGoogleでは、アフィリエイトを行っているからといって、サイトをGoogle検索エンジンのインデックス（登録）から弾くことはないが、内容のないスパムブログ等は検索エンジンにインデックスしないと公式に表明している。
詐欺的サイトへの誘導関連.
情報商材を中心に広告主と呼ばれる広告出稿側の不正が存在し、具体的な広告掲載側の不正行為として、以下のようなケースが挙げられる。
また、いわゆる情報商材の中には現実的ではない方法論や、支払った金額に見合わない幼稚な内容、他者の著作物の丸写し、あからさまに内容に難があるような方法論すらやり取りされているが、こういった詐欺的な内容では、「引っかかった側」が損失分を取り戻そうと更にその情報商材の拡散に加担する場合もあり、アフィリエイトを通じて被害の拡大も懸念されている。
また、アフィリエイトバナーの中にはコンピュータが危険な状態であるとの虚偽のメッセージを表示して詐欺的ソフトウェアを押し売るといった問題も発生しており、高額な報酬や豪華な景品を出して広告掲載者を募っていたケースもあるという。
この他、アフィリエイトの報酬による収入を目的とした、フェイクニュースやヘイトスピーチの拡散も問題になっている。
薬機法関連.