学校内の規則に於いても普通の学校には見られない独自の規則があり、軍歌、君が代および塾歌以外の歌を歌うことは禁止、下着はふんどし以外厳禁など厳しい規則がある。ただしファッションやメイクに関しては自由なようで、サングラスやピアスの着用や染髪も問題視されていない。特に髪型については全く規制が無いようで、長髪、角刈り、リーゼント、パンチパーマ、モヒカン刈りなどの髪型の塾生が多く登場。また、赤石剛次やほとんどの三号生は、学ランの袖を切って袖無しにしている。
塾生である以上教官の命令は絶対服従と詠っているが、塾生側から教官へ質問をしたりアドバイスを要求することは認められている。また、塾生間では「奴隷の一号・鬼の二号・閻魔の三号」とまで言われる絶対的な封建主義のもと、厳しい上下関係があり、その厳しさは三号生、二号生が何かしらの理由で一号生を殺害しても（勿論、三号生が二号生を殺害しても）問題視されていないほか、教官側も生徒間の揉め事に対しては「男は生死を賭けた戦いの中で磨かれていく」という方針から介入しようとはしないため、前述の過酷な授業内容も含めると在学中に生徒が死亡することも日常茶飯事となっており、塾長自身も「生きて男塾を卒業できるかは度胸と運次第」と公言している。ただし、逆に下級生が上級生へ反逆を起こしたり、度の過ぎた行動を取った場合は教官が介入し、何かしらの処分が下されることもある。
三号生に対しては実質的に教官たちでも手を出すことができず、指示を出せるのは塾長のみである。三号生は、天動宮を拠点にして活動しており、遠征と称して日本各地で抗争を繰り広げている。
倉庫には戦車や震電、大砲などが眠っており、有事の際に塾長が持ち出すことがある。
男塾名物.
世間一般の学校行事や特別授業にあたるものだが、その中身は、古今東西の拷問や決闘法を用いたもの（民明書房によると）である。入塾前の秀麻呂が油風呂について知っていたことから、外部に情報が伝えられているものもある。
（きょうらだいよんきょうさつ）
なお、八対八とされているが実際には二対二のタッグマッチであり、託生石（たくしょうせき）の儀式によりその組み合わせが決定される。ただし参加者側の申告により任意でメンバー変更が可能。
塾生.
一号生.
剣 桃太郎（つるぎ ももたろう）.