ステージ内には、様々な時の結晶（タイムクリスタル）が設置されている。また、タイムモンスターを倒した場合もランダムで落とし、これらの時の結晶をブリンクスが触れるか掃除機で吸い取ることで入手できる。出現した時の結晶は、取らない限りステージ内に残り続けるため、先に進んだ後に戻って回収することも可能。
ショップ.
ヒミツのメダル.
入手枚数に応じて、おまけムービーやギャラリー、強力な掃除機の購入などができるようになる。
タイムモンスター.
「時の結晶」が放置された状態になるとそのまま怪物化してしまい、この怪物を「タイムモンスター」という。外見は可愛らしいが、かなり手ごわい。タイムモンスターは一口にいっても、ガラクタをはきだすものからガラクタを吸いこむものなど種類は多く、それに応じて倒し方も異なる。またステージが進むにつれ同じ種類でも体力の高い色違いのモンスターが出現する。そして各ステージの最後には普通のモンスターよりもかなり体が大きく、攻撃方法も多彩なボスキャラクターが待ち受けている。
基本的にガラクタをぶつければ倒すことはできるが、前述の通り中にはガラクタを吸いこむものもいるので、時間操作を駆使したり特定のがらくたを使う事も必要になる。またモンスターの種類によっては攻撃時等に体が点滅する「無敵状態」になる事があり、この時はガラクタをぶつけても効かない。体力の多い敵の場合ダメージを与えた後も無敵状態となり、連続してダメージを与える事も不可である（例外はある）。タイムモンスターの体には当たり判定があり、触れるとダメージを受ける。このため大半の敵はブリンクスに向かって突進してくる攻撃方法をとる。
その他.
作品解説.
ストーリー.
一方、タイムファクトリーでは「世界中の時間エネルギーが突然急激に減少している」という異常事態を確認していた。このままでは時間の流れが完全に止まってしまう。しかし、マザーコンピュータのチェックではどの世界にも異常は見当たらない。さらに、タムタム団と思われるものすごい数の軍勢にタイムファクトリーが襲撃される。ブリンクスを始めとするタイムスイーパーたちは立ち向かうが、緑色の謎の光に包まれたタムタム団には攻撃が全く通用せず、彼らの侵攻を阻止できない。ついにマザーコンピュータもライフラインを切断され、停止してしまった。