水門には役割に応じて、河川などの計画的な分流のために設けられる分流水門、湖沼の水位操作や塩害の防止のために設けられる調節水門、高潮による河川の水位上昇や津波を防ぎ氾濫（洪水）を防ぐために設けられる防潮水門、支川に本川の水が逆流してくるのを防ぐために設けられる制水門などの種類がある。ただし、実際に設置される水門は複数の目的をもつことが多く、実際にある水門を厳密に分類することにはあまり意味がない。
樋門との区別.
樋門（ひもん）も水門と同じく河川（合流する河川の支川。水門が架かる河川に比べ小規模）または水路を横断する形で設けられる流水を制御するための構造物（主には河川水の逆流防止機能）であるが、樋門は堤体内に樋管（ひかん）という暗渠を挿入して設置されるものをいい、普段は河川から農業用水などを取り込むための門である。
樋門の設計は、従来は剛構造でなされたが、これでは下に軟弱な地層がある場合などは基礎工を施工して樋門の安定を図るため、樋門と周辺堤防の土とのなじみが悪くなりやすく、亀裂や空洞の発生がみうけられた。
樋門として設置後にその役割を終え、堤体部分を道路として転用し、樋門部分の構造物を道路橋として活用する場合もある。主な樋門を参照。
堰との区別.
堰（せき）とは河川の流水を制御するための構造物のうち堤防機能をもたないものをいう。
ただし、水門には河川付近に設置される防潮水門のように外見上は堰（河口堰）と判別しにくいものがある。例えば、隣り合って設置されている常陸川水門と利根川河口堰は、その外見が非常に類似しているが、洪水時、常陸川水門は扉を閉じて水の往来を止めて利根川本川から常陸利根川（霞ヶ浦）への逆流を阻止する（堤防としての機能）一方、利根川本川にかかる利根川河口堰は扉を開放して水をなるべく多く流そうとする（堤防としては機能していない）。
水門の構造.
現在日本で設置されている水門の多くは、ローラーゲートといわれる門扉方式を採用している。ローラーゲートは、鋼鉄などでできた開閉用ゲートの板に、ローラが付いたもので、それをワイヤロープなどによって垂直に持ち上げて上下に開閉する。ローラーが付いているため、摩擦抵抗が少なく大きな水圧がかかる大規模な水門にも利用できるほか、構造上止水が容易で信頼性が高いため河川構造物ではよく用いられている。