これらに加えて、城郭研究者の高田徹によれば、関ヶ原の戦いに関連する陣所跡が赤谷山に存在していた可能性がある。
しかし、八幡町（現郡上市）および高田は、南東側の城を犬吠山城（古城）であるとし、北西側の城を赤谷山城=東殿山城（新城）であるとしている。そして、「東殿山城」という名称については「東氏の殿様の山城」として江戸時代以降に使われた呼称であるとし、戦国時代当時の名称は「赤谷山城」であったとしている 。
このように、赤谷山城と犬吠山城は別の城であるのに、その呼称と城の歴史が混同している向きがあり、現在でも各書籍にもそれが散見される。八幡町教育委員会（現・郡上市八幡町文化財保護協会）は、この混同の最大の原因は犬吠山系赤谷山の中に二つの城が並立し、同じ東氏が築いたことにあるとしている。
なお、登山道の標柱も「八幡町赤谷山城」となっている旨を高田は述べている。ただし、標柱の存在するあたりは前述の関ヶ原合戦時の陣所であるとも考えられる。
歴史・沿革.
東益之の時代.
東常慶の時代.
赤谷山城の戦い.
ところが、東氏の勢力はしだいに衰え、支流の遠藤氏の勢力が強大になった。当時、遠藤氏は、遠藤胤縁が木越城を拠点とし、その弟の遠藤盛数は鶴尾山城を拠点としていた。
そこで、常慶は家督を娘婿の遠藤盛数に譲ることとした。しかし、常慶の子である東常堯はこれに納得しなかった。常堯は胤縁の娘を妻とし、盛数に対抗することを計画する。しかし、胤縁はこれを拒絶した。常堯は胤縁の娘を拉致しようと、木越城に乗り込むが、かえって捕らえられて侮辱を受けた。
盛数方としては、粥川甚右衛門、餌取六郎右衛門、胤縁の子である遠藤胤俊、畑佐備後・鷲見氏などが参戦した。一方、常慶方には、東尚胤・東常氏父子や、周辺の諸勢力が加わった。
盛数方の軍勢は、吉田川をはさんで対岸に位置する八幡山に陣をかまえた。これに対し、常慶方は吉田川の橋を壊して防御を図ったが失敗し、赤谷山城は三方から攻められることとなった。
その後.
赤谷山城攻撃の際に、遠藤氏は八幡山に陣を築いた。これが後の八幡城となる。郡上郡支配の拠点は、赤谷山城から八幡城へと移ることとなった。常堯は内ヶ島氏の勢力を頼みとして復帰を図ったものの果たせず、赤谷山城は廃城となった。
遺構・構造.
立地.
主郭.
石垣.
曲輪.