全身疾患や栄養失調による遅れがある場合、治療介入はその解消に方向性を絞る事になるであろう。セリアック病の患者では、早期診断とグルテンフリー食の確立により、長期的な合併症を防ぎ、正常な成熟を回復させる事ができる。甲状腺機能低下症の場合は、甲状腺ホルモン治療が必要となる。
卵巣または精巣の原発性障害（高ゴナドトロピン性性腺機能低下症）.
体質性遅滞の子供は思春期以降に性ホルモンの血中濃度が正常になるのに対し、ゴナドトロピン欠乏症や性腺機能低下症は生涯に亘って性ステロイドの補充が必要となる場合がある。
原発性精巣不全の男子は、生涯に亘ってテストステロンを投与する事になる。
思春期のホルモン経路の遺伝的または後天的な欠陥（低ゴナドトロピン性性腺機能低下症）.
その他.
成長ホルモンも選択肢の一つであるが、など成長ホルモンが不足している事が証明されている場合にのみ使用すべきである。体質的な遅れを持つ子供には、成長ホルモン療法の有効性は示されていない。体質性思春期遅延では、血清成長ホルモン値は低いが性ホルモン治療後に上昇するので、その様な場合には成長ホルモンによる成長促進は選択肢とならない。
性腺機能低下症に起因する重度の思春期遅延の場合、心理学者や精神科医による評価、カウンセリング、支援的環境は、子供にとって重要な補助的治療法である。また、小児医療から成人医療への移行も重要で、多くの子供達が医療移行の際に混乱している。
予後.
成長および思春期の体質的な遅れは、長期的な健康へは影響しない正常な発達の変動であるが、持続的な心理的影響を及ぼす可能性がある。思春期遅延のある思春期の男子は、同年代の男子と比較して不安や抑うつが高い水準にある。また、思春期遅延のある子供は思春期の教育において低学力であるが、成人期における学力の程度については明らかではない。
思春期の遅れは、骨量やその後の骨粗鬆症の発症にも影響を及ぼしかねない。思春期遅延のある男子は、アンドロゲン治療の影響を受けず、骨密度が低いか正常である事がよくある。女子は骨密度が低くなり易く、その結果、思春期が始まる前でも骨折のリスクが高くなる。
更に思春期の遅れは、女子においてのみ心臓血管および代謝障害におけるより高いリスクと相関しているが、女子では乳房および子宮内膜、男子では精巣癌に対して保護的である様にも見える。