実際には「監理銘柄（審査中）」「監理銘柄（確認中）」の二通りに分けて指定される。監理銘柄（審査中）とされるのは、有価証券報告書等に虚偽を用いたなど犯罪性や社会的影響が想定され、上場資格の審査を行う場合である。監理銘柄（確認中）はそれ以外、単純な上場基準への数値抵触や法定義務過怠があり、その復帰や実行の経過を確認する場合である。
また、監理銘柄指定を受けた場合に必ず上場廃止になるものではないことに注意を要する。基準抵触の恐れがある事項が解消に至れば監理銘柄指定は解除される。
整理銘柄.
従来の「整理ポスト」で取り引きされていた銘柄を、東京証券取引所のIT化に伴い改称したもの。ある株式の上場廃止が決まった場合、その旨を利用者（投資家）に周知させるため、この区分に指定された上で売買を行う。原則として上場廃止当該日まではここで取引がなされ、通常の株式の売買はできるが、信用取引を新しく行うことはできない。
ただし東京証券取引所による上場廃止の決定を受けた銘柄の信用取引に関しては、他の証券取引所に重複上場している銘柄で、かつ他の証券取引所では上場廃止基準に該当しない場合や、TOKYO PRO Marketから他の市場へ市場変更する場合は、東京証券取引所による上場廃止決定後も継続して行うことができる。
東京証券取引所における整理銘柄に指定される期間は以下の通りである。
特別注意銘柄.
指定の決定には以下の基準がある。
指定の決定は、東証上場企業の場合は日本取引所自主規制法人が、名証上場企業の場合は名古屋証券取引所自主規制グループがそれぞれ審査を行った上で決定される。監理銘柄（審査中）に指定されている上場企業が指定される場合は、監理銘柄（審査中）を解除の上で指定される。過去に指定を受け、かつ指定解除された上場会社が指定基準に再度該当した場合は再度指定される。
指定された上場会社は、通常の取引銘柄と区別されて売買取引が行われる。上場契約違約金も同時に徴求される（重複上場の場合は各証券取引所から個別に徴求される）。
東京証券取引所上場銘柄において、特別注意銘柄に指定されたと同時に徴求される上場契約違約金は下表の通りである。
指定された上場企業は、上場契約違約金の微求の他にも以下のペナルティが課される。
内部管理体制確認書では、以下の様に読み替えられる。
経過処置期間.