再放送・リマスター版.
あらすじ.
編.
原作にはなかった話もいくつか制作され、原作と違ってキースはペガサスに殺害されず、遊戯と城之内の決勝戦（原作ではペガサスが不要と判断し行われず）も描かれた。
ペガサス島から帰還後は、原作における海馬初登場回に写真のみ登場した双六の友人の孫である全米チャンピオンのレベッカが登場するTVアニメオリジナルエピソードが描かれた。
このシリーズでは、中盤あたりまでオープニングの前にアバンタイトルがあった。初期はゲームの歴史と遊戯が千年パズルを完成させたことを紹介するもの、その後は島に渡って仲間と共にペガサスに挑むことを紹介するものであった。シリーズ終盤はアバンタイトルなしでオープニングに入るようになった（その後、ドーマ編の中盤で前回までのあらすじを紹介していたが短期間で元に戻った）。なお、初期のものでは遊戯を「光と闇 二つの心を持つ少年。人は彼を『遊戯王』と呼ぶ」と紹介していた。
クエスト編.
編.
バトルシティ編.
決勝トーナメントの最初の地となった飛行船バトルシップは後述の乃亜編でジェット機のような形状となるが、爆発の衝撃でエンジンを損傷した。その為、アルカトラズ脱出の際には、意識不明になった際の城之内を搬送するために派遣された海馬コーポレーションのヘリコプターが使われた。
乃亜編.
ドーマ編.
KCグランプリ編.
アメリカから日本に帰国するための費用が無い事に困惑する遊戯達。その頃、ドーマの策略で社名に傷がついた海馬コーポレーションは、社運を賭けて世界規模のデュエル大会「KC（海馬コーポレーション）グランプリ」を企画していた。モクバが、城之内は選手として、遊戯は優勝者とのエキシビジョンマッチの対戦相手としてこの大会に出場すれば、遊戯たちは海馬コーポレーションの配慮で帰国出来ると提案する。
一方、海馬コーポレーションを陥れようとする陰謀が暗躍していた。
の記憶編.
原作初期で獏良が初登場したモンスターワールド編を布石とした、本編のクライマックス。物語上の様々な謎や伏線はほぼこの章で明らかとなる。
闘いの儀.
主なカード.
登場人物が使用したカードについては各登場人物の個別ページも参照。
三幻神.
デュエルモンスターズ以外のゲームについて.
クエスト.
御伽龍児が生み出したゲーム。原作ではと称されていた。
デッキマスター.