ボラーという新たな脅威を生みながらも惑星探査を続けるヤマトだったが、ガルマン帝国の次元潜航艇の部隊から奇襲を受け、敵要塞に拿捕されてしまう。しかしその後、かつてのガミラスの総統デスラーから通信を受ける。ガルマン帝国の正体はデスラーが再興したガルマン・ガミラス帝国だったのである。自身の監督不行き届きのお詫びとしてガルマン・ガミラス本星に招いたヤマトから、地球の状況を教えられたデスラーは、償いとして協力を申し出て、やがて地球に酷似した惑星ファンタムの存在を発見したことを知らせる。
主な登場人物.
地球.
第二の地球探しという長期の航海であることから、艦内生活や人間模様を描くために、土門竜介、揚羽武、坂巻浪夫、仁科春夫、雷電五郎、板東平次、赤城大六、幕之内勉、平田一、京塚ミヤコ以下の看護士・看護婦や、多数のロボットやアンドロイドなど、各部門に新しいキャラクターが多数加えられた。しかし、土門、揚羽以外のほとんどの人物は、名前とセリフこそあったものの、早々に退場するか、その他大勢程度の活躍のままで終わる。
主題歌.
放送局.
総集編.
また、ヤマトがバース星に立ち寄るエピソードもカットされているため、ヤマトとボラー連邦の関わりは全くと言っていいほどなくなっており、終盤でようやく直接戦闘することになっている。
その他.
本作のヤマトは、前作劇場版『ヤマトよ永遠に』から引き続き、艦首と艦体後部に錨マーク、主砲に参戦章が付いたデザインとなる（次作『完結編』では錨マークが消える）。
『宇宙戦艦ヤマト 新たなる旅立ち』から顕著になる「宇宙服を着用せずに宇宙空間に出ても生きている」描写は本作でもフラーケンの登場シーンで描かれそうになったが、本作から参加した出渕裕によって宇宙服ありに変更された。
シューマッハー
洗い
洗い（洗膾、洗魚、あらい）とは、鮮魚の調理法の一つ。
料理.
コイなどの魚を三枚におろし、厚めに薄造りにしたものである。そぎ切りにした身を、清水、氷水、井戸水または湯などで洗うことで、筋肉を収縮硬化させて独特の食感を出す。コイやフナのほか、タイ、ヒラメ、スズキ、カレイなどの白身魚が用いられる。
酢味噌（辛子酢味噌）のほか、わさび醤油や土佐醤油などで食べる。
カニの刺身をさっと湯引きしたものを洗いと呼ぶ地方もある。
文化.