駅・列車内等の案内.
車両外側の行き先表示は、両方面とも新宿直前まで「新宿経由」と表示する。
また、直通先路線に乗り入れた後、終点到着まで、車内の案内（行き先・停車駅表示及び自動アナウンス）では「湘南新宿ライン」「○○線直通」が省略され、その路線内完結の普通・快速列車と同じ案内となる（例 高崎線直通快速籠原行きの大宮以北主要駅発車時のアナウンス：「この電車は、高崎線 普通列車 籠原行きです」）。ただし、車両外側の行き先表示は、「湘南新宿ライン」「○○線直通」と表示される。
赤羽駅での北行の発車標では、「宇都宮線（東北線）・高崎線（さいたま新都心通過）」となっており、湘南新宿ラインの名称を省略している。
スマートフォンアプリ「JR東日本アプリ」の列車位置情報では、宇都宮線・高崎線方面は赤羽駅以北で上野方面系統と、横須賀線・東海道線方面は西大井駅・横浜駅以南で横須賀・総武快速線系統及び東海道線東京方面系統と並行して扱われている。
運賃及び料金の計算.
また、前記の原則とは別に、運賃及び料金の計算の特例が設けられている区間もある。
運転開始の背景.
他社線との競合.
北関東・南関東を結ぶ輸送需要の存在.
埼京線の延伸中止の見返りとしての性格.
車両運用の合理化と都心車両基地の活用.
湘南新宿ラインを含む南北直通運転は、JR東日本の経営上の観点から
競合各社の動き.
運行経路.
運転系統としては、
大宮駅から田端駅までは東北本線の貨物線（通称・東北貨物線）を走行する。大宮駅から赤羽駅までは東北本線旅客線（上野・東京・品川・川崎方面の宇都宮線・高崎線列車〈上野東京ライン〉が走る線路）及び京浜東北線（線籍上は東北本線）と並走する。宇都宮線・高崎線が停車するさいたま新都心駅は貨物線にホームがないため停車しない。
王子駅付近で尾久車両センター方面（尾久駅）への東北本線旅客線と別れた後、東京新幹線車両センター沿いを京浜東北線と並走し、田端駅構内で京浜東北線と分かれて中里トンネルに入り、大きく西へカーブして山手線の南側に出る。ただし田端駅には湘南新宿ラインの列車は停車しない。
田端駅から大崎駅までは山手線の貨物線（通称・山手貨物線）を走行し、山手線電車と並行しながら駒込駅・巣鴨駅・大塚駅を通過する。
大崎駅構内.