異なる細胞タイプは異なる代謝要求をもつので、膜に封入された細胞のタイプに応じて、膜の透過性を最適化しなければならないことが示されている。いくつかのグループが細胞のマイクロカプセルの膜透過性の研究しており、酸素のような特定の必須の要素の透過性の役割は示されているが、各細胞のタイプによる透過性の要件はまだ決定されていない。
機械的強度と耐久性.
マイクロカプセルのサイズ.
細胞の選択.
細胞マイクロカプセルを何に使うかによって、使う細胞のタイプは変わる。カプセルに入れられた細胞は、患者由来（自己細胞）、別のドナー（同種異系細胞）または他の種（異種細胞）由来であってもよい。自己細胞の使用は、細胞によっては入手困難な場合がある。異種細胞は容易に入手可能であるが、ウイルス、特にブタは内在性レトロウイルスがあり、患者への感染の危険性が臨床への適用を制限している。いくつかの研究グループは、異種細胞の代わりに同種異系の使用が必要であると結論づけている。用途に応じて、細胞を遺伝的に改変し、必要なタンパク質を発現させることもできる。
ただ、この技術は、カプセルに充填された細胞の高い免疫原性のために、臨床試験の承認を得ていない。それらは、サイトカインを分泌し、カプセル周囲の移植部位で重度の炎症反応を引き起こし、カプセル化細胞の生存率を低下させる。一的に研究されているの抗炎症薬の削減への免疫応答の制作による管理は、細胞搭載マイクロカプセルです。このため、細胞療法の用途のための間葉系幹細胞などの幹細胞の使用が研究されている。マイクロカプセル化された細胞の長期の生存を損なう別の問題は、最終的にカプセルいっぱいに細胞が分裂して、半透膜を横切る拡散が低下する。これに対する解決策のひとつとしては、マイクロカプセル化の後に増殖しない筋芽細胞などの細胞の使用が考えられる。
医療以外への応用.
プロバイオティクスは、健康のために、アイスクリーム、ヨーグルト、乳製品のデザート、チーズなど、多くの乳製品など、日常の食品に取り入れられている。しかし、食品中のプロバイオティックの細菌は、生存率が低い。細菌は、製造された食品で安定で、消化管を通って移動する間も生存し、宿主の腸に到達すると効果をもたらす必要がある。