しかし平正盛が院近臣として栄達すると、他の平氏諸流と一線を画すようになった。正盛の孫平清盛が権勢を握ると、清盛の一族、いわゆる「平家一門」は朝廷の中枢で高官となり、在地の伊勢平氏庶流の多くは平家の武士団に編成されていった。その結束は一枚岩ではなく、平業房のように反平家の陰謀に参加するものや、平家の家人となった諸平氏も治承・寿永の乱において鎌倉方につくものもあった。しかし平家の西走後も伊勢・伊賀では三日平氏の乱など伊勢平氏系の反乱が相次いだ。壇ノ浦の戦いで平家の宗家が滅亡すると、家人となっていた伊勢平氏諸流の多くは没落した。一方で平家側につかなかった諸流は存続し、また平家の後裔を称する武家も存在する。
正盛流.
その子忠盛も鳥羽上皇の時に内昇殿を許され、殿上人となり、刑部卿にまで累進するなどの寵愛を受け、伊勢平氏は公卿に準ずる地位にまで家格を上昇させるに至った。忠盛は播磨・伊勢の国守となる。これが後の伊勢平氏の豊かな財政の基礎となった。
しかし治承・寿永の乱で敗北し、清盛の系統は断絶した。また平家の家人となっていた多くの諸流も没落した。
一方で、戦乱から落ち延びた平家諸流の後裔を名乗る者も多く存在している（平家の落人）。平盛綱は清盛の孫資盛の後裔を称し、その子孫である長崎氏は得宗被官として鎌倉幕府で大きな勢力を得た。後に武家の織田氏・宗氏は清盛の後裔を称している。
清盛の弟平頼盛の系統・池氏は京に残ったが、室町時代頃に断絶している。また武家の越後池氏は頼盛の後裔を称した。
忠正流.
忠盛の弟忠正は、保元の乱で崇徳上皇側についたため、子らとともに死罪となった。
後に武家の戸沢氏、服部氏などがこの系統の後裔を称している。
維盛流.
平業房は院近臣となり、後白河法皇に仕え、平家と対立した。妻の高階栄子（丹後局）が法皇の寵愛を受けたためその系統は栄進し、子の平業兼は公卿にのぼり、教成は藤原実教の養子となって堂上家山科家の祖となった。
貞弘流.
平家弘とその子は崇徳上皇の家人であり、保元の乱でも捕縛されるまで上皇に付き従った。戦後、家弘は流罪となり、その子らは処刑された。
季衡流.
室町時代に政所執事を世襲した伊勢氏は、平季衡の後裔を称している。伊勢氏からは関東の戦国大名となった後北条氏が出ている。
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