イギリス側は犯行の行われた鎌倉での清水の処刑と梟首を主張したが、幕府は鎌倉が宗教的に神聖な土地であるという理由で、これを拒否した。そこで、協議の結果、処刑は横浜で行われること、かわりに鎌倉を始めとする外国人遊歩区域の各所に罪状書を掲示する事が決定した。
清水清次の素性について.
先述のように、幕府の発表によれば清水は遠江の出身とされているが、当時流布していた情報の中には清水の素性について、青森出身の浪人や肥後藩の元足軽、一橋慶喜の家来などと伝えるものがあったという。
また、先述のフレッチャーも清水には水戸または常陸の訛りがあったと証言しており、江戸幕府から引き継いだ外交関連文書を明治政府が編纂した「続通信全覧」に収録された清水の捕縛を伝える風説書にもその身元について「細川玄蕃頭(常陸谷田部藩主細川興貫)元家来清水清次」と記されていることから清水を元谷田部藩士とする説もあり、清水の素性が当時攘夷の中心的存在だった水戸浪士と結び付けられ、その動向に神経を尖らせていたイギリスを刺激する事を恐れた幕府が事実を歪曲した可能性があると考えられている。
共犯者の探索.
清水の処刑後、幕府は引き続き高橋藤次郎の行方を追ったが、手を尽くして探索しても高橋に関する手がかりは全く得られず、結局、幕府も高橋藤次郎は清水がでっち上げた架空の人物であると結論せざるを得なくなった。
しかし、田中と天方は事件への関与を頑強に否認、目撃者による面通しも行われたが彼らが共犯者であるという証言は得られず、やがて2人が著しく衰弱したため取り調べは中止となり、2人は釈放されたが、のちに田中は清水から事件について聞きながら届け出なかった科により遠島に処されたという。
間宮一の捕縛.
幕府の取り調べに対して間宮はただちに犯行を認め、概ね以下のような供述を行った。
しかし、養父が出奔して行方不明になったため実家に戻り、以前より外国人の増長に憤りを感じていたため、その鬱憤を晴らすために同志と2人で鎌倉に行き、イギリス人士官を斬殺した。
犯行後は江戸の知人宅に身を寄せ、その後伝手を頼って現在の主人に仕えるようになった。
犯行に使った刀は刃こぼれができたため、研師に出した後、捕縛の時まで差していた。
事件の終結.
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