以下の駅とは地下通路などでつながっているが、各鉄道会社によっては公式な接続駅となっている駅もある。
地下鉄各線との連絡.
乗継割引適用の有無（○：適用、×：不適用）
歴史.
新宿駅の駅名は、江戸時代に甲州道中（甲州街道）の日本橋と高井戸の間に新しく作られた宿場「内藤新宿」が由来となっている。
京王と小田急のホームが地上にあった一時期に、のりばの番号が国鉄（現・JR）→小田急→京王の順で連番だったこともある。当時は各社の駅をつなぐ連絡跨線橋が設置され乗り換えに供用されていた。また軌間が同じ国鉄と小田急の間には連絡線が設置されていた。
駅構造.
JR東日本.
当駅の所管は東京支社で、電報略号は「シク」である。
駅長を配置した直営駅であり、管理駅として山手線の新大久保駅と高田馬場駅を管理している。また新宿営業統括センターの所在駅であり、上記の被管理駅に加えて中央線の大久保駅も管轄内である。
のりば.
（出典：JR東日本:駅構内図）
備考.
各線とも北向きの列車が下り、南向きの列車が上り。一部の路線では内回りや南行などの言い回しをするものもある（山手線や中央緩行線、湘南新宿ライン）が、線路名称としては上り・下りで揃っている。
ホーム使用状況の変遷.
発車メロディ.
なお、後に楽曲は別のものに変更されている。
コンコース.
東西自由通路（旧・北通路）.
自由通路の東端はルミネエスト新宿の地下1番街に直結し、西端は小田急百貨店新宿店の階下を経て西口地下広場・バスターミナルに連絡している。自由通路の東改札・西改札に挟まれた区画に、東口・西口双方にあったみどりの窓口・自動券売機が移設されている。
中央通路.
西端はJRの中央西改札（旧・中央西口改札）と京王線連絡通路・小田急線連絡口に繋がっている。中央通路から見て右端がJRの中央西改札であり、小田急百貨店新宿店の階下を経て西口地下広場に直結する。左端が小田急線連絡口となっている。中央が京王線連絡通路であり、通路を経由して右手が京王線連絡口、左手がJR中央西改札（通称京王口）で京王百貨店の地階売場・小田急エース南館・京王モール方面に連絡している。京王口は京王に改札業務を委託しており、京王の駅員が京王線と同機器で対応する。
中央東改札に近いコンコースにある発車標は、通常よりも小さいものが設置されている。
南口跨線橋.