医学面から見ると防疫の原則は「隔離と滅菌」であるから、感染源となる事物は健常人にとどまらず医療従事者からも効果的に隔離されることが必要で、それらは適切な滅菌措置が取られた後、一般的なメンテナンスや廃棄処理がなされることが必要である。また、伝染病罹患者の衣服・寝具・生活用器具や排泄物が感染源となるとは古くから知られており、たとえば排泄物は、今日では治療施設に併設された浄化施設で適切に処理されている。
つぎに滅菌処理の観点から見ると、焼却か湿熱滅菌（オートクレーブ処理）が望ましく、焼却以外の乾熱滅菌では胞子性の細菌に対しては十分な滅菌ができないケースが発生する。それ以外の滅菌法、例えば、紫外線・γ線あるいはガスや薬剤を用いた滅菌（殺菌）法は特定の状況以外では無効な為、あくまでも危険に接触するリスクを軽減する以上の意味はない。一方医療の高度化に伴い、医療器具に用いられる素材（医療材料）や形状は金属やガラス製の単純な形状な物から、プラスチックや電子機器など加熱滅菌に適さない素材や複雑で汚染を拭い去ることが困難な形状のものが医療器具の大半を占めるようになってきている。それに伴い、患者に接触する部分を隔離する目的で、医療器具の「ディスポーザブル化」（→使い捨て）が急速に進行してきた。
日本では、廃棄物を処理・処分方法を規定する法律として廃棄物処理法があり、医療廃棄物についても同様にこの法律で規定されている。法による規定がなかった当時は、医療関係者の判断にゆだねられており、主に医療機関内の自家用小型焼却炉で処理・処分されていた。この自家焼却については、低温焼却炉から発生するダイオキシン類の発生問題により、医療施設内の焼却炉設置・維持が困難となり、事実上委託処理・処分により行われるようになり、外部委託が増大した。すなわち医療専門家の管理下から外部委託へと代わることを意味し、医療に従事しない第三者に対しても、防疫や基本的な医学的知識を普及させることが必要になってきた。このため、都道府県知事は感染性廃棄物についての収集運搬又は処分の業を、許可事業としている。