棚の正面中央には、通常始祖の厨子甕を安置する。その後は、昭穆の順に従って、二世、三世、四世……と始祖の厨子甕の左右に交互に安置する。ただし実際には各門中・家ごとに設置の仕方に相違・例外もあり、この通りにならない場合もある。
各部名称.
※墓の各部名称は地域によって異なる。下記は一例。
墓制.
亀甲墓は元来、破風墓とともに士族のみに許された墓形式であったためか、沖縄本島でも首里・那覇を中心に中南部によく見られる。
沖縄の伝統的な墓制は門中墓・家族墓であるが、かつては社会階層や地域、また各門中ごとに被葬者の資格が細かく決まっており一様に定義するのはむずかしい。首里・那覇の上流士族階層では、歴代当主とその室、あとは夭折した子女のみを葬る本墓（家族墓）と、側室や次男以下の兄弟が葬られる脇墓とが区別される例があった。
個人墓は沖縄ではきわめて例外的であるが、玉城親方朝薫の「一ツ墓」や今帰仁按司朝敦（具志川御殿三世）の「津屋口墓（アカン墓）」のような例があった。
沖縄では厨子甕（蔵骨器）は墓室に納めるが、台湾などでは小さな縦穴を掘り金斗と呼ばれる蔵骨器をそこに納める（近年は墓室タイプも登場している）。また、洗骨（拾骨）も、沖縄では風葬後に行うが、台湾では土葬後に行われる。
神墓.
亀甲墓の室内で厨子甕が満杯になってしまうと、『中山世鑑』にある「七世生神（しちせいしょうしん）、すなわち「死後七代目には必ず神になる」と言う琉球神道の思想から、その墓を塗り固めて閉じてしまい「神墓」（かみばか、方言：クリバカ）とし、新たな「当世墓」を建てると言うのが、かつての王士族の慣わしとなっていた。一方平民などの門中墓・共同墓など、そう言う訳にいかない場合には、古いお骨から順に「池」と呼ばれる区画に散骨し風化させ、厨子甕は処分する。これは本土墓のカロートに似ている。
かつて古い時代は風葬において洞穴墓や横穴墓の入口を埋め固め「神墓」となっていた。神墓は特に古い時代の物は人里離れた山中などにあり、管理する者が居なくなると廃絶した物も多いと考えられる。いっぽう、子孫係累、門中などが代々「拝所（をがん）」として祀り、次第にシマやクニの民が多く礼拝の対象とし「御嶽（うたき）」となった物も数多くある。古い時代のものは「按司墓（あじばか）」などと呼ばれる。
思想.