陥入による原腸の形成では、植物極側の細胞層の潜り込みと動物極側の細胞層による覆い被せが起こっている。その様子は様々である。
この両方が見られるのが脊索動物のパターンの基本である。ナメクジウオではやや植物極側の細胞が大きい程度であるが、原口は植物極側下端ではなく、やや横に近い位置から始まり、原腸の壁は下側は植物極側の細胞層で、上側はやや動物極側の細胞層から形成され、原腸の軸はほぼ成体の体軸にあたる。両生類ではさらに卵黄の量が多いので、動物極側の細胞による覆い被せ運動がより顕著だが、その型は基本的にナメクジウオのそれと同じと見てよい。
中には全く陥入運動を伴わずに原腸が形成される例もある。およそ次の二つの形がある。
原腸が形成されない場合.
原腸がはっきりと形成されない例もある。刺胞動物の一部では、卵割を通じてその内側に空洞が生じない例があり、これを中実胞胚という。それが内外の細胞に分かれる形で複数層の細胞層を持つに至ると、内部に原腸の構造を持たないものができあがる。後にその内部の細胞分裂によって、改めて原腸が形成される。
元来は原腸が存在したのであろうが、変形によって見えなくなったとおぼしき例もある。脊椎動物の羊膜類がそれである。
原腸形成に関する運動.
原腸の形成では細胞群の大きな移動が起きるため、様々な細胞の運動が起きている。
ウニの場合、原腸陥入の最先端にあたる植物極側の細胞卵割腔内に入り込んで、そこに間充織を形成する。原腸陥入前にも間充織ができるが、これらを区別するために最初のものを第一次間充織、原腸の先端から生じるものを第二次間充織と言うが、これが盛んに変形し、糸状の仮足を出していることが古くから知られてきた。この仮足は原腸の先端に面する外胚葉の内面まで届き、これを引き込むように働くとされる。ただし原腸の陥入に関してこれが主な力になっているわけではなく、原腸壁自体の変形運動も大きく関与するらしい。
両生類の場合、原腸陥入の債に最初に動き始める原口背唇部の細胞がまず内部に潜り込み、その際に内側でふくらみ、外に向けて細くなるびん型になることが知られており、これをびん形細胞という。びん形細胞は陥入してゆく原腸の先端にあって、これが原腸形成運動の主力となっているとされる。
胚葉の分化.