最終話では、杏子を失って生きる目標を見失っていたマミに接触。杏子との約束を果たすために、ワルプルギスの夜と戦うことを提案する。それでも、ほむらはマミを完全には信用できず、「まどかだけは絶対に契約させたくない」という思いは、最後までマミに話すことができなかった。そのため、その後まどかがマミのもとにやって来たとき、マミはまどかの契約を一度は思い留まらせようとしたが、逆に説得されて、まどかの契約の意思を尊重することになった。こうしてまどかは契約し、この時間軸のまどかを契約させないというほむらの目論見は失敗に終わる。
委員長の魔女との戦闘にて、時間停止魔法を発動していたにもかかわらず現れた環ういの幻影による「運命を変えたいなら神浜市に来て。この町で魔法少女は救われるから」という言葉を受け、神浜市に関心を持つようになる。その後、行方不明となったマミを探すためにまどかと共に神浜市に向かい、そこで出会った環いろはたちと情報を共有するようになる。見滝原市内にてアリナ・グレイによって結界に閉じ込められ、杏子の助力で脱出した後は再び神浜市に向かい、ホテル・フェントホープの崩壊後はマギウスによって神浜市に召喚されたワルプルギスの夜と戦う。
さやか、杏子、マミの死後、ワルプルギスの夜との決戦まで魔力の温存をまどかに進言するが、人々を守る事を優先するまどかに断られる。
ワルプルギスの夜の圧倒的な強さに諦めかけるも、まどかが全力で彼女に挑む姿勢を見てまどかを救う決意をより強めた。
敗北後は原作アニメと同様にまどかを手にかけ、過去に戻るが同時にまばゆの意識も巻き込まれる。
後にまどかは魔法少女となり、魔女に苦戦するまどかとまばゆに加勢。まどかが契約した週は彼女と距離を取り、見捨てる旨を明かすもまばゆの叱咤を受ける。そして自身の魔法で見た未来に従い、まばゆがほむらを庇い犠牲になった。
しかしまどかはお菓子の魔女を絶望から解放すべく魔法少女になってしまい、魔女から生まれたなぎさに冷たい態度をとる。
なぎさが魔女の時に犯した罪を知り、彼女が罪悪感に苦しむとまばゆの提案でまどかと共になぎさに想いをぶつけ、まばゆはなぎさの悪夢の記憶を切り取って救済する。
キャラクター設計.