一人の主人公で最後までプレイした前作とは異なり、複数の主人公が異なる立場で同じ災害に遭遇するオムニバスストーリーになった。それぞれの主人公たちを操作して絶体絶命の状況を生き抜くことがゲームの基本的な目的だが、主人公によって行動原理は異なり、都市からの脱出だけが最終目標とは限らない。主人公はプレイヤーが自由に選択できるわけではなく、それぞれの主人公のシナリオを決められた順番でプレイしていく事になる。各シナリオのボリュームは均等ではなく、プレイ時間が数時間に及ぶ長大なシナリオもあれば、一時間も掛からずクリアできる短いシナリオもある。主人公にはそれぞれ固有の特殊技能があり、脱出のサポートをしたり、娯楽を与えたりすることができる。また、ストーリーの進行に深く関わっているものもある。
ダッシュ、ジャンプと言ったアクションを駆使して危機を乗り越えるゲーム性は前作と同様。テーマが水害である今作では揺れや建物の崩落は勿論だが、それ以上に洪水、濁流、寒さによる体調悪化と言った新たな脅威がプレイヤーを襲う。激しい水流に流されないようにロープなどに掴まりながら移動する、ぶら下がり状態から下に飛び降りる、（任意の場所で）四つん這いで移動する、と言った新たなアクションも可能になった。
グラフィックや街並みの表現に進化が見られる。最初から街が崩壊していた前作に対して本作では被災前の通常の街も描かれており、災害の起きていない平和なシーンで主人公を操作するパートも存在する（これはシリーズでも本作のみ）。前作ではゲーム開始時点で一部の人々を除いて避難は完了しており、街のほとんどがゴーストタウン状態だったが、本作では主人公以外のキャラクターが配置された場所が多くなっており、これらの人物との関わり方次第でエンディングなどに変化が生じる場合もある。人物のグラフィックについても、前作では少なかった登場人物の表情の変化や口パクが表現されている。一方、前作のような進行に応じて主人公や同行者の服装が破損していく演出は無くなっており、また雨の降りしきる場所や吹雪のシーンなどでは深刻な処理落ちが発生する箇所も存在している。
乗り物も前作より増加しており、ボートやタクシーを局面によっては操作する必要がある。前作に引き続き、街中に落ちている「コンパス」を集めるというコレクション要素も存在する。