森下は、学生時代からのオタマジャクシの続きを行い、腸造血の発想に確信があって、それを確かめる実験を準備していた時期で、正式に入室が許されてからは堂々と実験した。教授や先輩たちも森下の実験を、「何か秘密裏に、コツコツと得体の知れない研究をやっているらしい」くらいは分かっていたようだが、森下もまだ決定的な証明が示せる訳でもなかったので、自分の考えを言わなかった。
森下研究室（血液生理学）.
新しい研究室は治外法権のようなもので、森下にはありがたかった。「見放されたのかなぁ」とも一瞬は思ったが、恐らく「自由な発想で自由にやらせた方が、こいつは役に立つだろう」と、大きな視野で考えてもらえたのだろう。そうでないかも知れないが、私はそう思って感謝している、とのちに森下は回想している。
当時、東京生理学談話会という関東一円の各大学が毎月持ち回りで学会を開いており、森下研究室は毎月そこに論文を発表した。毎月演題を出しているので、動物実験代とか研究費と称して、先輩たちが一定の金額を月々払い込んでくれた。先輩たちは殆どが開業医で、研究室には教室の集まりのときに顔を出すくらいで、本業で稼いだお金の一部を回してもらう感じだった。
その代わり、森下は責任をもって論文を書き、色々な大学に提出して教授会の審査を受けたりした。それらの論文のテーマは、森下自身の研究である腸造血に間接的につながるものもあった。血液生理学を標榜していたため、すべて血液関係の実験生理学で、生体内の活性酸素を消去する組織呼吸酵素、カタラーゼ、グルタチオンペルオキシダーゼなど、当時は測定方法さえ確立されていなかったものもすでに興味をもって研究していた。
葉緑素は森下の主たる研究テーマで、葉緑素を熱心に研究していたドイツのビールギー教授の論文を中心に、森下研究室には全世界の葉緑素に関する論文が集まっており、農業関係の大学から問い合わせが来たり、複写したものを送ったりしていた。
腸造血に関する研究も続行しており、ウサギの腹部に穴を空け、ガラス窓を付けて腸の状態を観察しようとしたが、非生理的な実験条件下では決め手を見つけるのが難しかった。結局、周りから証拠を集めるしかないと考えて、色々な動物の骨髄を調べてみることにした。
「細胞新生説」へのプロローグ.