南北朝時代に入ると、伊勢神道の影響を受けた北畠親房が『神皇正統記』や『元元集』を著し、日本の皇統が神代と連続し、一度も交代しなかったことから神国としての日本の優位論を説くとともに、天皇には血統のみならず儒教的な徳目を要求し、「諸教を捨てず」と説いた。同時代、天台僧の慈遍も伊勢神道から影響を受けて『旧事本紀玄義』を著し、天皇の君主像を提示し、神道における政治論を確立した。また、公家の一条兼良も『日本書紀纂疏』を著して日本書紀神代巻を哲学的に解釈して神道思想を形成した。忌部正通は『神代巻口訣』を著して日本書紀神代巻の注釈を通じて神道神学を叙述した。
吉田神道の形成.
応仁年間に入ると、応仁の乱が生じて京都は焼け野原となり、多くの寺社にも影響を与え、大嘗祭や即位式などの朝廷儀礼も中絶した。その動乱に衝撃を受けた神官の一人が、吉田兼倶である。兼倶は、自らが奉職してきた吉田神社を戦火により失うとともに、吉田神社周辺の住人十数名が戦災のために命を落とし、動揺のあまり出奔するに至った。しかしながら、この戦災のために多くの古典籍を喪失したことが、かえって吉田神道という新たな神道説が形成される契機となった。
なお、吉田家は卜部を本姓とし、神祇官において亀卜を専門として代々神祇官の次官である神祇大副を世襲した家系である。中世には、卜部兼方が『釈日本紀』を著すなど日本書紀研究に精通し、「日本紀の家」と呼称されるに至っている。
さて、兼倶は『神道大意』『唯一神道名法要集』などを著して、中世神道思想を集大成しつつ、様々な宗教の言説を取り入れて「吉田神道」という新たな神道説を提示した。その中で兼倶は神道を「本迹縁起神道」（各神社に伝わる縁起類）、「両部習合神道」、「元本宗源神道」の三つに分類し、自家に伝わる「元本宗源神道」こそが我が国開闢以来の正当な神道だとし、神を「天地万物の霊宗」、道を「一切万行の起源」と定義した。また、神道と儒教や仏教との関係について、神道が根元であり、儒教はそれが中国で枝葉として現れたもので、インドに至り果実として仏教が花開いたとする根本枝葉果実説を強く主張し、三教一致の立場に立ちながら、神道こそが諸教の本質であると主張した。