そして、どさくさに紛れ暗黒世界から復活したゴーストニンジャのモローが、父を失い落ち込むロイドに憑りつき、カイ、コール、ジェイ、ゼンに襲いかかる。
そんな中、ニャーはウォーター系ニンジャとして覚醒し、コールはゴーストになってしまう。
モローの目的は、暗黒世界の恐ろしき女王、マザー・エミネントを解放すること。ニンジャたちは見知らぬ土地を巡り、新しい仲間と出会い、新たな技”エアー術”を身につけてニンジャゴーの世界の平和を守るため奮闘する。
モローとの戦いに勝利し、ニンジャゴーの世界を救ったニンジャたち（カイ、ロイド、コール、ジェイ、ゼン、ニャー）。平和を取り戻し街の人気者となったのも束の間、新たな敵が現れる。
海賊ミスフォーチュンの船長、魔人ナダカーンが暗黒世界から逃亡したクラウズの手によって復活した。ナダカーンは、ニンジャたちとモローとの戦いが自分の故郷の崩壊につながったことを知り、復讐を決意する。
ナダカーンとその仲間たちは、「海賊船ミスフォーチュン号」を改造した、空飛ぶ「空賊母艦ミスフォーチュン号」に乗り込み、ニンジャたちに襲いかかり次々とニンジャを「封印の剣」の中に閉じ込めていく。仲間が減っていくニンジャたちだが、ナダカーンを倒しニンジャゴーシティの平和を守ることができるのか。シーズン唯一のラブストーリーである。
ナダカーンを破り、世界を救ったニンジャたち。だがコールはいまだにゴーストから元の姿に戻れていなかった。
その日は先祖や身近な人に想いを寄せる「たましいの日」で、数千年に一度の月食、ダークムーンの日と重なっていた。
ニンジャゴー・シティ博物館の新館長サンダース博士は、たましいの日に合わせ、これまでニンジャゴーの世界を襲ってきた邪悪な強敵たちが飾られた展示室「邪悪の展示室」を博物館の中にオープンした。
体が消えかけ始め、仲間に忘れ去られる事を悩んでいたコールは、展示室に飾っていた影の剣を持って、自分をゴーストに変えたヤン先生のいるゴースト寺へと向かう。
ニンジャたちは復活した強敵たちを倒し、暗黒世界に送り返すことができるのか。そしてコールは空に開いた「たましいの裂け目」を通ってゴーストから元の姿に戻ることができるのか。