則茂以後、その嫡子は元和以来の筋目の通り家老職上席加判・大組支配を連綿とし、また特に長岡城内大手門脇に屋敷を与えられて動かず、原則的に長岡城城代を務め、藩主交代のときは、藩主と共に、将軍家に謁見する格式を幕末の稲垣重光に至るまで維持した。
この家には長岡家臣、稲垣氏の家譜を著述した「藤姓・稲垣家譜録」が伝わり、写本が長岡市立中央図書館に所蔵されている【稲垣家譜】。関連記述は稲垣氏 (牧野家重臣)を参照のこと。
稲垣（太郎左衛門）家.
山本（帯刀）家.
山本氏も牛久保六騎由来の家である。世襲の通称は山本帯刀・勘右衛門。
成政以後、政直（勘右衛門）、政義（勘右衛門）と家督相続が行われ、筋目に従い家老本職上席に就任して安泰であったが、政義には、子がなく、同藩・先法家の疋田氏の庶子を養子とした。この養子は正豊（帯刀）と称して、筋目通り家老上席に就任している。
幕末に、越後長岡藩の門閥勢力が河井継之助に敵対的であったのに対して、同藩次席家老の山本帯刀義路（やまもとたてわきよしみち）は、彼の父・山本帯刀義和とは異なり協力的であった。北越戦争において会津飯寺で捕虜となったが、詫びれば助命するとの沙汰を拒否して、斬首となった。
山本五十六帝国海軍連合艦隊司令長官は、断絶していた山本氏を同藩士・高野家から養嗣子として継いだ人である。
長岡城下大工町の南に屋敷があり、屋敷があった周辺は山本町と呼称された。また、藩主家の縁故者で盲目であった故に山本家の養女となり、後に分家して長岡藩の瞽女頭となった山本ゴイという女性もいた。
牧野（頼母）家.
牧野（頼母）家は、山本氏の流れで、通称は牧野頼母・市右衛門。
また異に、当家は、徳川御三家の水戸家を浪人して、長岡藩牧野家に再仕官したもので、家老次座連綿の山本氏の庶流を再興したものでないとする文献もあるが、上記の家伝などにより信じがたい。
なお、正直（市右衛門）は長岡先手町の興国寺の大檀那となって同寺の再興を支援した【日本地名歴史大系】。
牧野（平左衛門）家.
牧野（平左衛門）家は、松井氏の流れで、通称は牧野平左衛門・浅之助。
家老五家以外.
様々な理由で一代限り家老となった人物。
家老並の高知行でも、家老就任記録のない人物。今泉については「新潟県史」で年貢関連の史料より奉行であった可能性が示唆されている（後述）。
先法家.