近年の復元整備に際しては、これらの埴輪は後円部・前方部ともにレプリカを置く形で再現されている。なお、五色塚古墳の円筒埴輪と同様の埴輪は、西隣の小壺古墳のほか歌敷山東古墳・歌敷山西古墳・舞子浜遺跡・幣塚古墳でも知られ、特に幣塚古墳例は成分分析によると五色塚古墳例と同一産地とされる。
葺石.
近年の復元整備に際しては、前方部の葺石は出土した石を利用し、後円部の葺石は新たに入れた石を利用することで再現されている。
埋葬施設.
埋葬施設は調査が実施されておらず、明らかでない。復元整備前の墳丘後円部において結晶片岩（徳島県東部産か）の出土が見られたことから、竪穴式石室（竪穴式石槨）が存在するものと推測されるが、詳らかでない。
文献上では、『播磨鑑』が『明石記』から引用して本古墳について「石棺露」と記すことから、石棺（一説に長持形石棺）が使用されたと推測する説がある。これについて近年の『発掘調査・復元整備報告書』では、この「石棺露」は実際には「竪穴式石槨の一部の露出」を指したものであって、時代的には割竹形木棺が埋納されている可能性が高いと推測する。いずれにしても、調査時点で石棺の露出やそれに伴う撹乱は認められておらず、詳細は明らかでない。
なお、『日本書紀』神功皇后紀の記事（後述）では遺骸を伴わない「偽陵」が赤石（= 明石）に築かれたとするが、考古学的には本古墳が古墳時代の人物の墓であることは確実とされる。
出土品.
そのほか、墳丘では蓋形埴輪・盾形埴輪などの形象埴輪が、後円部北東の島状遺構（マウンド）では鰭付円筒埴輪棺および副葬品の土師器壺が、後円部墳頂では土師器が、西側くびれ部では子持ち勾玉が出土している。形象埴輪の残欠や土器・土製品は、前述の国の重要文化財に附指定として指定されている。
以上の出土品の多くは、神戸市埋蔵文化財センターで保管される。
小壺古墳.
小壺古墳（こつぼこふん）は、五色塚古墳の西にある古墳。形状は円墳。五色塚古墳と合わせて国の史跡に指定され、出土品は神戸市指定有形文化財に指定されている。
なお文献によれば、かつて五色塚古墳の周囲には、小壺古墳のほかにも遊女塚・小塚（小壺古墳か）・四ッ塚・七ッ塚・東側陪塚と称される古墳が存在したとされる。
伝承.