登場する船のカラーはそれぞれ固有の色の他に、イベント時に出る船はテーマ的な色の組み合わせがあり、クリスマスの時はツリーとサンタクロースをイメージした緑と赤、ハロウィーンの時はカボチャをイメージしたオレンジに紫である。
海戦.
本作の海戦は、港や拠点での航路設定によって船を目標に出向する場合と、航海中での洋上イベントにて船と遭遇した場合に発生する。
交易.
ゲームを進める上で必要な金貨は交易所での交易で手に入る（他、各種イベントでも獲得ポイントの条件をクリアするごとに多額の報酬が手に入る）。後述の投資戦（投資イベント）などでは扱う品物も高額になり、多額を稼げるようになっている。これをイベントでの投資に回すか、他の使い道にするかは自由。従来の「大航海時代シリーズ」では交易品は数値入力が必要だったが、本作では品を選んで一括購入に省力化され、ワンタッチで出来るようになった。基本的に、特産品を安く仕入れ、高く売れる他の港で売る商売のセオリーにのっとっている。同じ品物を同じ港で売る、を繰り返すと相場が下がる。産出する交易品、高く売れるものは歴史的背景を反映していて、知っているとなお楽しめる。（酒類はアルコール御法度のイスラム圏では赤字になるなどの法則がある）航海士がスキルを持っていれば、一定の確率で普段の相場より高く売れる「流行」、仕入額が安くなる「安売り」が発生し、他のプレイヤーが起こしたものの恩恵にあずかることも出来る。
拠点.
拠点では、遺跡を探検して発見物などを見つけたり、航海に必要な食糧を調達することができる。
最下層まで到達すると、新たな海図やメインクエストなどに必要な発見物などの報酬が得られる。また、発見物には種類や価値が設定されており、王宮で発見物を報告した際の報酬額や酒場娘の好感度上昇に影響する。
発掘に必要な発掘Ptは、航海中の洋上イベントごとに回復していき、他にもプレイヤーのレベルアップ時やアイテムのつるはしを使用するなどでも回復できる。なお、航海士によっては、探索PTを増加させたり、罠を回避したりするスキルを保有するキャラクターがおり、これらを艦隊に編成することでランダムに効果を発揮できる。
また、拠点では行動力を消費して航海に必要な食料を入手できる「調達」も行える。
航海士.
補佐官.
限界突破.
クエスト.