メランコリックな前奏曲。義母のお梅は天照大神に、全ての人のけがれを祓い、健康を守ってくれと祈る。彼女はお菊さんとピエールがまだ寝ている寝室の襖を開け、すぐに閉める。お梅は白人の男は魅力的だと思わずつぶやき、特に背の高いイヴがお気に入りの様子で、必死に自分の貞操感を抑える。イヴ、勘五郎、義父のサトウがやってくる。サトウは画家で、勘五郎はピエールからお菊さんの両親への謝礼として、サトウにコウノトリの絵を描かせる。ピエールはブルターニュで見た夢の国「日本」を思い出し、お菊さんへの愛を歌う。お菊さんは花瓶に花を飾りながら、花と蝶の運命を語る。ピエールはお菊さんに益々惹かれ、彼女への愛を誓う。お菊さんは「言葉は裏切るので誓わないで」と答える。遠くからフランス民謡が聞こえてくる。ブルターニュの古い習慣に従い、水兵やお菊さんの友人の娘たちが、結婚翌朝に夫婦を祝福にきたのだ。お菊さんの義妹のお雪は、イヴから習ったブルターニュの祝いの歌を歌い、皆で祝宴に出発する。
星の輝く夜、遠くに不知火が浮かぶ。お菊さんとお雪は、黄金の竪琴の調べに乗せて、甘美な二重唱を歌う。二人の姿を見たピエールは感動して、お菊さんとの愛の生活が、自分に新たな目覚めをもたらしたと、官能的なアリアを歌う。お菊さんは、もう捨てられるかとピエールに問うが、ピエールは再び熱烈にお菊さんに求愛する。情熱的な愛の二重唱が頂点に達したとき、船の大砲が鳴り響く。お菊さんはその大砲が意味することをわかっている。動揺するピエール。イヴがやってきて帰艦命令が出たことを伝える。イヴはフランスへ戻れる喜びと、故郷のブルターニュで待つ家族への愛を歌う。サトウとお梅、お雪が、別れの挨拶にやってくる。勘五郎は大げさに別れを嘆くが、しっかりと次の船への取り次ぎを頼み、洗濯物の勘定書として仲介料を請求する。高額で驚くイヴ。ピエールはこの夏の長崎の滞在とお菊さんへの想いを感傷的に歌い、お菊さんをしっかりと抱きしめる。ピエールが船に戻ると、イヴがお菊さんに別れを告げにやってくる。お菊さんはイブに、船が沖に出たらピエールに手紙を渡してくれと託し、ピエールが彼女の話を聞かず、信じず、笑いもしなかったことが悲しかったと言い残す。
エピローグ.