以上、祈りを勧める場合はいずれも手を合わせることを指導している。かつて昭和戦前期には、神社参拝で手を合わせることについては批判があった。当時の礼法書では「神社に参拝して手を合わせる人が多いが、手は下におろすのが本当で、手を合わせるのはインド仏教式である。これなどは、この際、断然改めなくてはならぬ」と言われていた。これに従えば、二礼二拍手一礼の途中で手を合わせながら祈ることは難しかった。この当時、社頭参拝での祈願については、たとえば全国神職会『神社読本』は拍手の音に祈願の心も籠められると述べており、拍手をもって祈願を兼ねるという建前であって、手を合わせて祈ることの是非を示していなかった。
戦前の神社は公共施設であり、神社参拝は宗教活動でないとされていたため、そこでの祈りのあり方は公の議論の対象となるものであった。これに対し、現代の神社は民間の宗教法人であり、その信教の自由は憲法によって保障されている。神社における宗教上の祈り方について第三者が「正しい作法というものを指導すること」は憲法の理念に矛盾する。しかし、令和の時代、宗教学者の島田裕巳は第三者の立場から「二礼二拍手一礼では、どうしてもこころを込めて神と相対することにはならない。神社で拍手を打ってはならないのだ」などという指導を自ら試みている。その根拠は以下の通り主観や想像を交えたものである（大意）。昔の参拝は基本的に合掌であった。その仕草は記録に残りにくいが、昭和初期の映画『姿三四郎』では、神前に座ってひたすら合掌して祈りをささげている娘の姿が描かれている。その姿は美しい。そこに祈りがあるからだ。これに対して、二礼二拍手一礼はもともと神職が玉串を捧げる際の作法である。一般人も玉串を捧げた後に二礼二拍手一礼を行うが、通常の参拝において二礼二拍手一礼を行うとき、そこには祈念が欠けている。この欠点について神社本庁が十分に検討してきたとは思えない。単に正しい作法なるものを指導することで自己の権威を示そうとしてきただけではないか。二礼二拍手一礼では心を込めて神と向かい合うことができない。神社で拍手を打ってはならない。
拝と礼の異同.