一方で出家者においては「受戒をして戒を犯したとしても、受戒せずに犯すよりも優れる」とする観念が平安時代に生まれ、戒律がむしろ破戒を許容するようになっていき、女犯（女性との性行為）や稚児との男色、僧兵による殺生などが一般化する。
中世の戒律.
戒律復興運動.
上述のように中世でも国家的戒壇は機能していたが、僧侶は戒律を護持しなくなり、受戒は儀式化していた。そうした中で受戒の再生を目指す運動が起こる。
以上のように京と南都で戒律復興運動が興った。俊芿の泉涌寺で盛んになった律学を『北京律』といい、対して覚盛の唐招提寺と叡尊の西大寺で盛んになった律学を『南京律』という。『北京律』は天台宗の立場に近く、一方で『南京律』は法相大乗宗に近いとされる。
また、延暦寺戒壇にも戒律復興運動が起こる。興円、恵鎮らは南京律を意識しつつ、途絶えていた夏安居を復活するなど最澄に帰ることを目標とした戒律運動を行い、相模国宝戒寺、伊予国等妙寺、加賀国薬師寺などに私的な戒壇を設立する。また密教と受戒を結びつけた戒灌頂を生み出した。
浄土教の破戒と無戒.
こうした戒律復興の流れとは対極にあったのが浄土教である。
法然は、念仏によりいかなる凡夫も仏に救われるとした。そのため持戒は本願ではなく、戒律を守ることが念仏の妨げになる場合は、破戒もやむを得ないとした。しかし、その一方で念仏者こそ持戒の人でなければならないとし、戒律を不必要とする立場はとらなかった。『玉葉』などの記録でも法然が戒師として広く知られていた事実が記されている。現在にいたるまで法然は専修念仏の祖と位置付けられているが、前述のような理由から戒称二門を旨としたとする説もある。
親鸞は、末法の時代には修行としての戒は消滅したとしたうえで、「無戒名字の比丘こそが貴重な存在である」と無戒を標榜する。本来は戒行は修行者が仏に向うために行うものだが、親鸞は逆に如来の戒行による功徳が衆生に下りてくると説いた。そのため戒行すらも仏に委ね、比丘であっても妻帯・肉食・蓄財も許されるとする。浄土真宗は近世においても唯一、妻帯を認められ現在まで至っている。
日蓮の破戒と無戒.
浄土教に対抗して登場した日蓮も同じく『末法灯明記』の影響を受け末法無戒を唱え、事実上法華経を信じることが唯一の戒となった。
禅宗の持戒.
一方で禅宗においては持戒は重視された。