だが、六角定頼はこの事態に頭を悩ませた。定頼にとって、義晴は晴元とともにこれまで支えてきた同志であり、義輝もまた自身が烏帽子親を務めた人物だった。一方の晴元もまた、自身の息女が嫁いだ娘婿であり、近しい存在であった。もし、晴元に味方すれば、義輝の将軍としての権威を否定し、義維を将軍として認めることになってしまうからであった。そのため、定頼は義晴・義輝父子と晴元を和睦させることにした。
結局、戦況は晴元・長慶方の有利に傾いていたため、義維の出る幕はなかった。他方、晴元の家臣・長慶が一連の戦いで台頭し、やがて晴元に代わる存在となっていった。
だが、義維は長慶の上洛要請に応じなかった。おそらく、義維は自身を庇護していた持隆が三好実休に殺害されたことから、その兄である長慶をはじめ、三好氏を信用することができなかったと考えられている。
その後、義輝が守護を動員して自身の包囲網を作ろうともせず、また播磨守護の赤松晴政が長慶を頼ってきたりしたため、長慶は義維を擁立する必要性を失った。また、六角氏や畠山氏との友好関係を維持するためにも、義維の擁立という選択肢はなくなった。結局、長慶は足利将軍家の人物を擁立せず、京や畿内を支配する道を選んだ。
結局、義維は畿内の情勢に関わることなく、阿波平島に逼塞し続けた。だが、義維の側近・畠山維広（安枕斎守肱）は、 三好実休とともに堺の豪商の茶会にたびたび出席しており、阿波三好氏との友好関係が構築されていた。実休は持隆を殺害したことにより、守護家を上回る権威を持つ平島公方に接近し、その関係を重視したと考えられる。そして、三好本宗家が義輝の排除に動く一方、阿波三好氏は平島公方と関係を結び、ひいてはその擁立に動くことになった。
永禄の変と畿内への進出.
その結果、長慶の死によって弱体化する三好氏と、権威を上昇させる義輝との間には、修復し難い対立が生じた。
悲願の成就と敗北.
無論、義維にとっても宿願の達成であった。義維は義栄に同道していたこともあって、将軍就任をはじめ、実際に主体的に動いたのは義維であった可能性もある。義維は将軍の父・大御所として、義栄を後見しようとした。