デントの犯した罪を被ったバットマンは姿を隠し、その正体であるウェイン産業会長ブルース・ウェインも再建された屋敷に閉じこもって人目から遠ざかっていた。
ある晩、ブルースは母の形見である真珠のネックレスをメイドの一人に盗まれる。彼女は「猫」の異名を持つ宝石泥棒セリーナ・カイルであり、ウェイン産業役員・ダゲットの依頼によりブルースの指紋を盗むために潜入していた。セリーナはダゲットの手下に指紋を渡すが、裏切られたために警察を呼び寄せ、ダゲットの傭兵と警官隊の銃撃戦が起こる。ゴッサム市警本部長ジム・ゴードンは自ら地下水道に入って逃げた傭兵を追うが、逆に捕らえられマスクをした傭兵ベインの前に引き出される。ゴードンは隙を見て水路に飛び込んで逃げたが、銃弾を受けて入院する。
ゴードンから地下での様子を聞いていた若手警察官ジョン・ブレイクはブルースを訪ねてバットマンの協力を要請する。自らも孤児だったブレイクはブルースが額面通りの人間ではない事を見抜き、バットマンの正体である事を確信していた。ゴードンの様子を確認したブルースはウェイン産業社長ルーシャス・フォックスから垂直離着陸機「ザ・バット」を受け取り、傷めた体にギプスを着けてバットマンとして復帰を果たす。
セリーナが盗んだ指紋が悪用され、ブルースは破産。ウェイン産業がダゲットに乗っ取られて核融合炉が兵器にされる事を防ぐため、ブルースとフォックスはクリーンエネルギー開発に熱心な役員ミランダ・テイトに会長職を任せる。
爆破前日にブルースはゴッサムへ帰還し、セリーナへ接触。セリーナは犯罪から抜け出してやり直すために全てのデータベースから個人情報を消去できるという「クリーン・スレート」を求めてダゲットに協力していたが、ブルースはそれをセリーナへ渡し、協力を求める。フォックスとも合流してバットマンの装備を確保したブルースは、ゴードンやブレイクに協力して警官隊を開放し、ベインとの戦いに備える。