『ゼロシリーズ』ではとある廃研究所に封印されており、ゼロの伝説を頼りにやってきたシエルによって目覚めさせられる。そしてシエルらレジスタンスとともにネオ・アルカディアと闘っていくことになる。
『ゼクスシリーズ』での設定.
『エグゼシリーズ』での設定.
『ロックマンエグゼ トランスミッション』で初登場。他のシリーズのゼロとは無関係であるが、電子機器やネットナビに感染し機能を著しく低下させ、そして進化を続けるウイルス、「ゼロウイルス」から偶発的に生まれた“心あるウイルス”として登場する。
元々は犯罪組織「WWW（ワールドスリー）」の首領であるDr.ワイリーが設計・開発、その後諸事情により凍結したゼロウイルスを彼の助手である「教授」が呼び覚まし、ネットワーク社会を混乱させる為にばら撒いたことが切っ掛けとなり生まれた。人（ネットナビ）の形を成してはいるが、その実態は全く異なる。
『トランスミッション』にて事件を解決していく主人公、光熱斗＆ロックマンと物語の終盤に自身が生まれた場所でもある「ゼロアカウント」エリアにて初めて遭遇する。ゼロウイルスの能力により、会わずしてロックマン達の素性を知っていたゼロは、彼らを「電脳世界の平和を守る為に戦ってきた戦士」と評するも、まだ消え去るつもりは無いとしてロックマンを迎え討つ。しかしロックマン達の持つ仕様以上の力、絆や友情の力に敗れ、感じたことのなかったその気持ちに理解を示し、潔く敗北を認める。また、「望んでウイルスに生まれたわけでは無い」「ただ自分が生まれ出た世界やそこで暮らす人々を知りたかった」とも語るが、ウイルスが消されるのは当然の結果であるとして自身のデリートを促す。だが直後に熱斗が事前に父、光祐一朗に渡し解析を依頼していたソースがワイリーの残したゼロの設計図だということが判明。ゼロの持つウイルスの生産力や感染力のみを封印させられる事が実現し、新たにネットナビとして生まれ変われた。