鎌倉時代には、糟屋氏が源頼朝の御家人となったため、大山寺は鎌倉幕府の庇護を受けることとなった。『吾妻鏡』には、大山寺が源頼朝や源実朝から寄進を受けた旨の記載がある。その後、一時荒廃した大山寺だが、京都東寺の再興事業で実績を上げた願行房憲静（けんじょう）の手で復興された。このとき、願行は蒙古を降伏させる秘法を修得するため大山に登り、百日間の苦行を行い、師匠・意教房頼賢が提供した鉄造の不動明王像の前で祈り続けると、怒り狂った不動明王の姿がみえ、その後、不動明王像の目が見開かれたという。願行は、この時の不動明王の姿をもとに、二体の鉄造の不動明王像を製作し、その一体が大楽寺の不動明王像（「試みの不動」と呼ばれる。現・覚園寺蔵。神奈川県重要文化財）となり、もう一体が大山寺の不動明王像（国の重要文化財）となったとされる。
江戸時代.
明治以後.
史料.
大山寺縁起絵巻.
良弁が参拝人のため、水が出るようにして欲しいと大蛇に依頼すると、岩窟の上から水がしたたり落ち、「二重の滝」となった。ここで、絵巻には、詞書には記載がない役小角が二鬼神とともに描かれており、絵巻の成立背景に修験道の影響があることがうかがえる。また、大山信仰の根幹の一つとされる、「大山寺」と「水」との関係（水垢離をする修行者など）が鮮明に描写されているとされる。
こうして、大山寺を開山すると、良弁は、天皇との約束に従い、帰京していったとされる。
大山不動霊験記.
登山.
大山山頂周遊コース.
大山・日向コース.
大山阿夫利神社下社から日向薬師への大山・日向コースには、二重滝、モミの原生林（神奈川県指定天然記念物）、見晴台などがある。
観光.
公共交通機関でアクセスする場合、山麓の大山ケーブル駅までは、小田急小田原線伊勢原駅からバスを利用し、終点の「大山ケーブル」バス停から「こま参道」を歩くこととなる。ケーブルカー（大山観光電鉄大山鋼索線）は大山寺最寄りの大山寺駅を通って阿夫利神社の下社最寄りの阿夫利神社駅まで通じている。
丹沢山系から流れる良質な水を使った豆腐作り、民芸品としての「大山こま」作りも行われており、大山ケーブル駅までの「こま参道」沿いには宿坊の面影を残す旅館、豆腐料理店、民芸品店が軒を並べる。また、「大山まんじゅう」も名物である。
FMラジオ放送送信施設.
生放送