中世以降の紛争の激化や社会の流動化の中、法の下での平和を実現する統一権力が求められた。こうした情勢において、本地垂迹説・神仏習合に基づいた中世的神国思想は、人々に正しい道を教える道徳的・超越的権威としての天道を説いた、儒教的な天道思想の影響を受けたものへと変化していった。
戦国時代においては、このような考えに基づき地上に平和をもたらす者が、「国主」の資格を持つ者であるとみなされるようになった。戦国大名は、自らを神仏になぞらえるなど、神国思想を領国統治のイデオロギーとしたのである。
なおこの時期、古来からある寺社が権門領主として支配権を維持していた令制国の大和国を指して「神国」とも呼んだ。
江戸時代.
江戸時代には儒教や仏教などの外来思想に批判的な立場から古典や神道を研究する国学が盛んになり、荷田春満、賀茂真淵、本居宣長らの研究を経て、平田篤胤によって復古神道が確立されると、従来の神仏習合的な神国思想から仏教・儒教的要素を廃し、古代へ回帰した神国思想が広く受け入れられるようになった。しかし、それが幕末の黒船来航などの外的圧力の増大とともに攘夷論へと発展し、尊王攘夷運動が展開されて、やがて江戸幕府滅亡へと繋がった。
明治維新以後.
明治維新後は、神道の国教化は断念され大日本帝国憲法に信教の自由が記載されたが、全ての権利・自由に「法律の定める範囲で」「臣民の義務に背かない限り」という留保が為され（法律学でいう「一元的外在制約」。公共の福祉を参照）、更に政府は神道は宗教ではなく（神道非宗教説）、国家の祭祀であり臣民に義務があるとして国民に強制した（国家神道）。これは国家を支える理念的思想となるとともに、欧化・近代化路線に対抗する国粋主義と結びつき、日本の帝国主義・軍国主義路線の膨張、覇権主義による植民地の拡大とともに、国内外の非氏子民衆を抑圧する思想へと転化して行った。