明治以降はこの地域全体が知井村となり、芦生奥山やおろし山などと漠然と呼ばれていた当研究林のエリアは、地租改正によって山林土地台帳も整備された。しかしながら、従来の九ヶ村惣山が九ヶ村共有林と呼び方が変わったにしてもこの地域における山林利用の形態に大きな変化はなく、従来同様知井や針畑から入山して、製炭を中心に、生活用品の原材料となる雑木を伐採して生計を立てていた。こうした山林利用の形態も明治中期以降から徐々に変化していく。雑木の利用から杉やヒノキといった用材を植林して山林経営を図るといった考え方が入ってくるようになり、面積広大な当研究林のエリアを事業の対象とする思惑が働くようになった。財政基盤の脆弱な知井村では広大な山林を対象とした事業の実施が困難であったことから、銀行の融資を受けて資金を確保しようとしたものの、木材を搬出するにしても交通の便をはじめとした地理的条件があまりにも悪いことから、融資の話もいつしか立ち消えとなった。その後もこの地域における山林経営が村政運営の課題として採り上げられたが、財政面や有力者の思惑などから手付かずのまま推移していった。また、野田畑に住んでいた人々も明治末期までに朽木村や名田庄村へと下山し、無住の地となった。
近年の大学改革の流れを受けて、京都大学においても学外研究施設の統合が実施され、芦生をはじめ北海道、和歌山、徳山に設置されていた演習林、白浜の瀬戸臨海実験所、串本の亜熱帯植物実験所、舞鶴の水産実験所がフィールド科学教育研究センターに統合改組され、従来の学部単位の施設から全学共同利用施設となった。名称も広く親しまれていた「芦生演習林」から「芦生研究林」に変更されて現在に至っている。
過去と現在の課題.
かつては自ら収益を上げることである程度の独立採算を図ることと大学の財政運営に寄与することが求められ、また借地の上に運営されていることが重なり、大規模伐採・森林の荒廃という悪循環を招くこととなった。昨今では利用者に対して門戸が広く開放されていることが研究林のオーバーユースを招き、結果として林内の環境悪化につながるという問題を抱えている。
施設・経営の問題.