しかし日本陸軍では、上陸作戦は上陸した段階で終了するものと捉えており、その後の戦いは通常の陸上作戦となるものとする観念が強く、島嶼戦の連続となるような状況や、港湾設備がない島嶼で長期に渡って活動し続けるという状況は想定されていなかった。また特に中国沿岸で圧倒的な制海制空権下での成功体験を積み重ねたことは、後に太平洋戦域において強大な米英の海空軍に対抗するにあたり、陸海軍協同の阻害要因となった。海軍は艦隊決戦に重きをおいており、上陸作戦の援護や、上陸後の軍事海運に対する関心は薄くなっていた。
これに対し、アメリカ軍の水陸両用作戦は当初から統合作戦として発達したこともあって、サイパンのように大規模な作戦では、ひとつの攻略作戦において海軍・海兵隊・陸軍と軍種を越えた指揮系統が組織されるようになっていた。特にこの時期の海兵隊と海軍との連携は歴史上前後に例がないほどに強いものであった。
冷戦期以降.
種類.
段階.
計画と準備.
水陸両用作戦では、陸海空の各領域を担当する多くの軍種や兵科の統合（共同、諸兵科連合）及び調整、時として同盟国との連合が求められるため、各段階のうち「計画」が最も複雑な部分となる。
上陸地点を選ぶ際には、敵の防衛体制に加えて、海岸の地形による見通しや海流の状況が考慮される。また汀線付近においては、上陸用舟艇が座礁しないように遠浅の海を避けるとともに、上陸部隊の体制を整えたり兵站支援を支障なく行えるような地積も必要である。
上陸日時は、気象状況や敵情に応じて決定される。夜間の上陸は奇襲効果を期待できるが、上陸活動そのものの難度が上がることもあって、最もよく上陸が行われる時間帯は、明け方と夕暮れである。
戦闘地域への前進.
計画が決定されると、作戦のために任務部隊が編成されて、作戦地域（）へ移動する。多数の輸送艦・揚陸艦や護衛艦が行き交うことになり、また敵もこれを阻止しようとするため、水陸両用作戦部隊にとって移動は危険な任務である。
このため、攻撃側は制海権の確保を志向する。任務部隊は敵の航空機や水上艦艇、潜水艦の脅威が最も少ないルートを移動し、できるだけ長期間外洋に留まって地上からの脅威を避けるとともに、必要であれば広範囲に散開することもある。