歴史的始祖は不明である。家伝では建御名方神（諏訪明神）と対抗した国津神・洩矢神の後裔。
神職.
神長官は大祝の即位式を含め上社の神事の秘事を伝え、神社の事務長格でもあったため伝える古文書が極めて多い。古くから諏訪地方で祀られていたミシャグジという神（精霊）を扱うことができる唯一の人物とされ、祭事の時には降ろしたり上げたり、または依代となる人や物に憑けたりしていた。上社神宝のうち、御宝鈴と呼ばれる鉄鐸は誓約の鈴として、神長官の振り鳴らすもので使用料の定めもあり、収入源の一つであった。
神長官はをはじめとする薬草、鹿・猿・蛇の黒焼き、そして神灰（屋敷内の祈祷殿の香灰）から作られたという秘薬も製造販売していた。梅毒（瘡）に効く妙薬とされ、あまりにも辛かったため直接に喉へほうり込んだことから「ほうり込み薬」とも呼ばれた。
明治維新の解職にいたるまで年中神事の秘法や伝承、諏訪薬の製造法などは、真夜中、火の気のない祈祷殿の中で、一子相伝により口移しで伝授された。
居住地.
屋敷は茅野市宮川高部（旧高部村）にある。その一部が現在神長官守矢史料館となっている。
敷地内にはミシャグジ社（御頭御社宮司総社）と祈祷殿があり、かつては厩舎や上社の春の御頭祭において大祝の代理となるの精進屋などもあった。
屋敷の背後には大祝の墓所がある。本来は神長の廟所であったが、諏訪氏にこの墓地が求められたため、守矢氏は熊野堂と呼ばれる村の共同墓地へ移った。なお御柱祭の年に亡くなった者は、厳しい物忌みにより、「廟」と呼ばれる杖突峠の登り口にある別廟に葬られた。
守矢氏は本来上社前宮の周辺に居住し、大祝体制が成立してからこの土地を大祝に譲ったという可能性も考えられる。
歴史.
守矢氏の始まり.
諏訪地方に伝わる伝承によると、諏訪大社の祭神・建御名方神（諏訪明神）が諏訪に侵入した際に地主神の洩矢神と相争った。戦いは建御名方神の勝利に終わるが、敗北した洩矢神は諏訪の統治権を譲り、建御名方神に忠誠を誓いそのもとに祭政を司ることとなった。この神話は守矢氏が諏訪盆地にやって来た外来勢力（のちの神氏）に征服された事を反映していると考えられる。
この説話をもとに守矢氏を土着の勢力集団と考えるのが一般的だが、外部から流入してきたという説もある。また、上記の通りに物部氏とは何らかの繋がりがあるのではないかと思われる。