宮脇淳子は、「かつて朝鮮半島南部にあった『任那日本府』とはどういうものであったかというと、商業ルートの洛東江沿いに建設された都市同盟である『任那』諸国の中に、倭人の『将軍府』、つまり軍団司令部と屯田兵部落があったと考えられる」とする。
鬼頭清明は、「任那日本府」がヤマト大王家の命令に基づいて行動する倭国の支配機構という見解は既に否定されていると主張。日本書紀に、日本府が加耶諸国の安羅にあると記述されており、安羅土着豪族の倭府に存在して、加耶諸国の政治的な会議の際にはメンバーとして加わったとした。
さらに『日本書紀』の任那日本府関連記事編纂の思惑は「任那の調」の始まりを物語るためだが、実際に検証すると「任那日本府」は任那から調を徴集するような機関ではなく、任那を中心とする洛東江沿岸を直接支配していると判断するのは誤りと主張した。
田中俊明は、百済主導で、新羅によって滅んだ金官国の復興の話し合いを名目に、伽耶諸国の首長層を召集して、新羅ではなく百済側に付くよう説得したのが、いわゆる「任那復興会議」であり、「任那日本府」はこの会議に関連して日本書紀中に記されていると主張した。田中は「任那日本府」の実体について、「倭からの使臣」でこのような会議に参加した、または、恒常的に開催される伽耶諸国の合議体に倭の使臣も参加していた、とする見解を否定している。
田中は、大体この会議も安羅や大加耶などは消極的で、百済が懇願した結果開かれたものであり、この会議を「伽耶全体の合議体」とする解釈は大きな誤りだと主張している。会議が友好関係にある国のみの集まりという点は認めるものの、そこへの「任那日本府」（＝倭の使臣）の関与は個別的な事項に限られたとした。
また「任那日本府」がこのような会議に関われたのは、安羅と倭の古くからの友好関係に立脚したもので、それ以上のものではないとした。また田中は、日本書紀の記述に基づいて、倭からの使臣は倭系安羅人に統制され、安羅の意思に沿うように会議で誘導されたとも主張している。
森公章は、現在は任那は百済や新羅のような領域全般ではなく、領域内の小国金官国を指す場合が多く、それらの複数の小国で構成される領域全般が加耶と称され、日本府は加耶に居住している倭人、特に倭と深い関係にあった小国安羅に居住している倭人の一団を指すという学説が有力視されていると主張している。