牟田口の作戦正当化主張は、牟田口を快く思わない者たちからは自己弁護ととられて激しく批判されることとなった。しかし、牟田口の想いは自己弁護ではなく「戦争をしたものは常にその敵側の問題を正しく評価するべきである。戦史を書くに当たって『丘の反対側』について冷静な配慮が絶対に必要である」といった、あくまでも作戦を客観的に評価するべきというものであったが、これを当事者の牟田口がやろうとしたことで、自らは反省していないと誤解され、立ち振る舞いの不器用さも仇となって、自己弁護しているとの激しい批判を招くこととなった。
晩年.
牟田口自身は「戦後から今日まで、私には心から語り合える友がいなかった。私はいつも孤独だった」と話していた。
墓所は多磨霊園にある。没後しばらくの間は多くの弔問があったという。
戦時中に陸軍予科士官学校で、校長の牟田口から直接指導を受けた経験を有する思想の科学社元社長で評論家の大野力は、このときの牟田口の想いについて、「既に死期が迫っていることを認識して、功名心も使命感も潮が引くように消さっており、あとには死なせた部下への悔恨の情だけが残った」「ここに至って牟田口はようやく、硬い“こわばり”から解放されて、常人の感情に戻ったのではないか」と推察している。
牟田口の教え子で元緬甸方面軍参謀の後は、戦後に靖国神社でのビルマ戦没者慰霊祭で牟田口と再会したとき、「後君、イギリス軍の将校たちがわしのとった作戦をほめてくれたんだよ。わしのやった作戦は間違いじゃなかったんだよ」と握った手をいつまでも離さず熱弁されたのを思い返して「牟田口さんの一徹ぶりを見ていると、なんだか哀れにも、気の毒にも思えてきた」と同情を見せている。後は後日に牟田口宅に招待されて、バーカーとの往復書簡も見ているが「この英軍参謀の手紙こそ、四面楚歌の批難のもと、敗軍の老将の苦悩の心中に、わずかにともされた一灯であった」とも述べている。