しかし、下関戦争では武器をそろえた外国の軍艦に勝てるはずもなく惨敗し、彦島及び下関は一時的に占領下にあった。さらに幕府による長州征伐が追い打ちをかけ、これに危機感を持った長州藩は第一に外国との講和を行うべきと考え、高杉晋作を講和大使として派遣した。この際の講和条件には彦島を租借地とすることも含まれていた。高杉晋作はこれを突っぱね、彦島は助かったとされる（宍戸桂馬という偽名を使ってイギリスのキューパーと交渉）。実際には藩主から「租借もやむなし」と言われていたが、これを託かった通訳の伊藤博文が高杉に伝えなかったためという説（後の伊藤自身による回顧）や、そもそもイギリス側からそのような話は出なかったという説（イギリス側の会議議事録）もあり、判然としない。この話の初出が伊藤の後年の回想録であるため、古川薫はこの話が真実かどうかは不明であるとしている。
ふつうは軍艦にただの船が勝てることはないが六人は若松(北九州)まで石炭を運んでいる、と嘘をつき相手の油断している隙をついて攻撃した。すると田の首や弟子待の方からも砲撃の援助があったため軍艦はそそくさと逃げていった。この援助があったために長州藩も大里(北九州)へ攻め入ることができた。
近代.
近代初の対外戦争となった日清戦争では、戦地から帰還した兵士の検疫が課題となった。ここ彦島では、似島、桜島 (大阪市)と共に、当時臨時陸軍検疫部事務官長だった後藤新平が管轄した検疫所となった。
戦歿慰霊塔
戦歿者芳名 海士郷...十八人 老町...二五人 本村町...七〇人 江の浦町...一二〇人 弟子待町...三八人 田ノ首町...二八人 福浦町...三〇人 迫町...四六人 西山町...三八人 竹ノ子島町...九人 六連島町...二〇人
村長・町長.
以下に歴代の彦島村村長及び彦島町町長とその任期をまとめた。
彦島村
彦島町
その後彦島だけの自治体は消滅。
伝承.
平家ゆかりの話として、平家の祈願所の建設にあたって安芸国の厳島(宮島)と並んで最終候補地になったことがある。しかし「七里七浦七曲り」の条件のうち、わずかに長さ(里)が足りず、厳島神社が選ばれたと伝えられる。