耐震設計については、本発電所の建設においても導入技術の消化にとどまらず、日本国内で産官学連携の形で進められ、炉心周りの耐震実験などはアメリカにデータが無かったためデータの蓄積から始めなければならなかったという。岩盤の上に基礎を厚くとる、複合建屋とすると言った着想は中部電力とメーカーとの討議の結果生まれたもので、多度津工学試験所の他、メーカーでも振動台を導入し、機器の加振試験を重ねたという。
建設時の基準地震動の差.
耐震裕度向上工事.
工事の結果、原子炉の設計上の耐震性（最大水平加速度）は次のようになった。
新耐震基準制定後の国のバックチェック.
中部電力側の研究・反論など.
なお、中部電力は折に触れて下記の懸念に対する反論を行っており、ウェブサイトにて一覧化されている。告発の中には原子炉建屋基礎岩盤強度確認に関わっていない会社の者が原子力発電所の設計者を名乗り「岩盤強度・核燃料の固有振動数・建屋の減衰をごまかしている」などと述べたものがあるという。
その他の安全施策.
地震に対する懸念.
また、当時柏崎刈羽原子力発電所でボーリングデータ改竄が指摘されていたが、伊藤通玄（当時静岡大学教養部）も申請書を精読した結果、弾性波のデータが不自然にバラツキがなく、その疑いを表明していた。
その後に表明された懸念.
また、地震が直接炉に与える震動だけでなく、津波による電源喪失など周辺のシステムの不安についても、東北地方太平洋沖地震以降、国の基準の見直し議論も含め注目点となっている。指摘される懸念は詳細は各項で述べる。
立地点に対する懸念.
歴史地震評価に対する懸念.
設計思想に対する懸念.
耐震裕度向上工事に対しても懸念は表明されている。
また、原子炉建屋や個別の建屋が地震に耐えたとしても、プラント全体として冷温停止するための諸機能が維持されるのかという問題が『原子炉時限爆弾』などで指摘されている。
地震想定の過小評価への懸念.
上述した新耐震基準を反映させるためのバックチェック作業に対しても、想定地震が過小評価されていると批判する者が居る。
といった点を指摘し、地震動過小評価の元となっていると批判した。
津波に対する懸念.