トニーを問いただし、これでもかと殴り付けるジャックだったが、何も話さないトニーはただジャックを睨み付けるだけ。その姿を見たジャックは更にショックを受ける・・・。
しかも今度はカーラがキムを人質に取り、トニーを逃がすよう脅迫してきた。ルネのおかげでキムは何とか助かったが、ジャックは拉致され、彼の体内にいる病原体を取り出して再び生物兵器を作り出そうとする。隙を見て逃げ出したがトニーに捕まり、必死で説得を試みるがまったく耳を貸さないトニー。すると、ようやく本当の目的を話はじめる。
ミッシェルを殺した真犯人、そして今回のテロの黒幕であるアラン・ウィルソンを誘い出し殺す事こそがトニーの真の目的だったのだ。しかし、その為にテロを起こして人を殺したにもかかわらず、仕方がないとトニーは言い放った。こんな事をしてもミッシェルは喜ばないと必死で説得するが、話を聞くどころか今日のテロを全て正当化する彼にはもはや誰の言葉も届かなかった・・・。
そしてついにアランがトニーの前に現れた。するとそこにFBIが現れ撃ち合いになる。逃げるアランとトニーを追いかけたジャックとルネはトニーに発砲。寸でのところでトニーを止めた。連行されていくトニーはジャックに罵声を浴びせる。何も言い返す事が出来ず、そのまま倒れたジャックは病院へ送られた。
病院で最期の時を迎えようとしていたジャックは導師ゴハールを呼んだ。今までの出来事を懺悔するかの如くゴハールに話すジャック。話も終わり、「死」を受け入れた彼は眠りに着くように薬で昏睡状態に。その時、キムが現れた。やっとジャックと気持ちを通わせたのに離れたくなかった彼女が幹細胞治療のドナーになると申し出に来たのだ。ドクターメイサーは了解し、ジャックは治療を受ける事になったところでシーズンは終了する。
現在は引退し、以前からは考えられないほど穏やかな顔つきになり、孫娘テリーと遊びながら、ようやく彼は普通の暮らしを手にした。さらに、キムからの誘いでロスに戻る事も決意。ようやく待ちわびたキムや孫娘との幸せな生活が待っているはずだった。
ライタナンの元に潜入したルネと情報を聞き出したが、ルネが襲われた為にライタナンを刺殺。止めに入ったが我を忘れたルネに刺されてしまう。何とかなだめたがショックで打ちのめされそうな彼女を必死に支えた事で彼女に対する愛情を伝える。