ニホンオオカミ絶滅の原因については確定していないが、おおむね狂犬病やジステンパー（明治後には西洋犬の導入に伴い流行）など家畜伝染病と人為的な駆除、開発による餌資源の減少や生息地の分断などの要因が複合したものであると考えられている。
生存の可能性.
在野の動物学者、作家の平岩米吉は、それらの事例はタヌキの幼獣や野犬、キツネを誤認したものであったと断じている。
絶滅の弊害と導入計画.
ニホンオオカミが絶滅したことにより、天敵がいなくなったイノシシ・ニホンジカ・ニホンザルなどの野生動物が大繁殖することとなり、人間の生存域にまで進出し、農作物に留まらず森林や生態系にまで大きな被害を与えるようになった。アメリカでは絶滅したオオカミを復活させたことにより、崩れた生態系を修復した実例があり、それと同様にシベリアオオカミを日本に再導入し対応するという計画が立案されたこともあった。しかしながら、ニホンオオカミよりも大型で体力の強いシベリアオオカミが野生化することの弊害が指摘されて中止になった経緯がある。現在も、祖先がニホンオオカミと同じという説がある中国の大興安嶺のオオカミを日本に連れてきて森林地帯に放すという計画を主張する人々がいる。
なお、近年では、クローン技術によりニホンオオカミを復元しようという話も持ち上がっている。
ただし、特に島嶼地域に顕著だが、頂点捕食者が歴史的に存在せずに草食・雑食動物の生息が保たれてきた島々が多数存在するのも事実である。日本国内の例をあげると、淡路島や対馬、屋久島や口永良部島や馬毛島には現代でもシカやイノシシが自然分布するが、これらの島々ではニホンオオカミの歴史的な分布が確認されていない。同じくオオカミの記録が無い佐渡島にも過去にイノシシが自然分布していた可能性も指摘されている。近年の調査では、屋久島のヤクシカが捕食者の不在にも関わらず自然に減少することが示唆されている。
また、外国においてもオオカミの導入による生態系の一方的な回復を疑問視する声も存在し、導入から数十年経過した地域でも発生しうる獣害の是非に関する議論は続いており、導入したオオカミを結局は人為的に駆除して数を減らす場合もある。