一般に日本のいち地方公共団体であるとされるものの、実際には、学園都市統括理事会（後述）が排他的な統治権を有し、日本国政府とは別に三権分立全般の二つ全て立法権および行政権を行使している。故に、教育・医療・社会保障・都市開発・交通・治安維持など内政全般、財政・金融・産業・流通・情報通信など経済社会全般、外交・通商・軍事・安全保障など国際関係全般の三つ全ての独自性が非常に高く、事実上の独立国家である。ただし、三権分立全般の一つ司法権及び学園都市汎用裁判所（後述）は日本国政府の意地として、学園都市独自の法令は全て条例として扱われており、学園都市の訴訟及び裁定は全て日本国の法律のもとに国際法や学園都市の条例によって裁かれる。名目上は、日本の地方自治制度における地方公共団体の一つとして留め置かれている。政治体制は中華人民共和国の一国二制度における香港特別行政区及びマカオ特別行政区に似ているが、首長による独裁が極めて強力なのが、記上の政治体制とは大きく異なる特徴である。首長は「学園都市統括理事会統括理事長」と呼ばれる。初代はアレイスター＝クロウリー。第二代（現職）は一方通行とする。
学園都市統括理事会.
組織としては一枚岩ではなく、理事各々がそれぞれの専門分野・既得権益を守るために行動することも少なくない。アレイスター曰く「いくらでも替えが利く人員」とのこと。事実、作中において何名かの理事が離職あるいは死亡しているものの、人事が滞っている描写はみられない。
学園都市がただアレイスターが自分の目的を果たすためだけに創られた都市である以上、統括理事長の発言や行動が他者によって制限されるようなシステムは存在しない。統括理事長が自ら辞任したり後継者を指名したりする権限はあるものの、下の者から罷免されることはない。コロンゾンとの決戦でアレイスターが死亡した後、遺言によって統括理事長の全権が一方通行に引き継がれた。
外交・国際関係.
上層部が各国の外交官と面会するなど、学園都市独自の外交が直接行われている。作中世界における現代の科学技術は全て学園都市からもたらされているため、学園都市は全世界が恩恵を受ける必要不可欠な存在となっている。国際社会への影響力は非常に大きく、覇権国家的な側面をもつ。