内向的だが自分にできることを模索するシンジや、夕暮れの電車内を模した空間による心理描写、ルート毎で微妙にすれ違っていく人間関係など、原作の雰囲気に近づけている。
また使徒の能力もシナリオの展開によって能力や体色などが変化する。
登場人物.
基本的にはアニメ本編での設定を反映している。ここではゲーム本編での特色を紹介する。また冬月コウゾウは登場していない。
マルチシナリオ.
転校生・マユミ編.
シナリオによっては彼女の胎内に使徒のコアが宿ることになり、それがゆえに他人（シンジ）に迷惑をかけたことを悲観して飛び降り自殺しようとした彼女をシンジが初号機で救出、使徒殲滅後に再び彼女は転校して去ってしまう内容になる。
使徒の能力：コアの移し替えによる不死
アスカ編.
弐号機のパイロットであるアスカを中心に展開する。主に地球防衛バンドのボーカルとして活躍するシナリオと、地球防衛バンドに対抗して手作りお菓子を発表しようとするシナリオに分かれる。基本的に好感度が低いとバンドのボーカルにはならないのだが、NERV本部で加持リョウジと会っていると態度を一変させて引き受ける。
原作第拾話のようにシナリオの中で起こった出来事を利用して使徒を殲滅したり、表面上はシンジに冷たくしていてもピンチの時には駆けつけたりと、原作前半での明るい描写が目立つ。
エンディングではアスカはシンジの武勇伝を雄々しく語りつつも、心は加持に向いているという話をしており、ダシにされたシンジは腑に落ちない顔をしている様がコミカルに描かれている。
レイ編.
エンディングでは以前は昼食で飲み物しか摂っていなかったレイが、サンドイッチ（シンジと同じ物）を追加し、シンジと相席する。
使徒の能力：加粒子砲
地球防衛バンド編.
マユミかアスカをボーカルにスカウトでき、さらにそれぞれのルートに進まない場合での展開や、スカウトが失敗し途方に暮れるシーンなどがある。スカウト相手には一時ヒカリも候補にあがるが結局は断られ、伊吹マヤに頼みに行くシーンがある（結局断られる）。
エンディングでは文化発表会も一段落し（展開によっては中止になる）アスカとシンジの口喧嘩がまた日常のように繰り返される様が描写される。
使徒の能力：エネルギー吸収
特典.
オリジナルカード.
温根湯温泉バス待合所
北條文栄
常総筑波鉄道鬼怒川線