フラメンコ星人との戦いから半年、悪が消えた世界には穏やかな平和が訪れていた。そんな中、後藤が故郷に戻り彼女とデートをすることになり、話を聞いてつけようとするまりに引きずられるように正義は同行する。その最中に訪れた後藤の実家で、後藤の母親から後藤の過去や彼女についての秘密を知る。後藤と口論し立ち去るまりの様子を影で見ながら、正義は後藤の悩みに気付かなかったことを悔やむ。そして自宅のマンションに戻った正義の前に、かつてサムライフラメンコとして注意をした中学生の集団にいた少年の一人・澤田灰司が現れ、握手を求められた直後に正義の部屋が爆発する。そして、灰司は正義に「この世界に残った最後の敵」だと宣言し、次々と正義の周囲の人間に危害を加えていく。しかし、正義は警察から自宅に爆弾らしきものや痕跡が見当たらない事や澤田灰司は既に死亡している事を告げられ、正義も灰司の実態や証拠を掴めていないためどうすることも出来ないでいた。そんな中、正義は後藤にこの一連の出来事を話すがまともに取り合ってくれず、つい後藤の彼女へのメールの事について切り出してしまったことに怒った後藤は正義を投げ飛ばすも、正義はこれを理不尽だとして後藤を突いてしまい、正義と後藤の関係に再び亀裂が入る。
連絡を受けた正義は意識を取り戻した要と面会する。ピンチになったらどうすればいいという正義の問いに対して要は「愛が必要だ」と答える。しかし、ヒーローにのめり込んでいた正義には愛が分からない。
その頃、正義の部屋に監禁されていた後藤は、灰司にこれまでに保存されていた彼女とやり取りしていたメールを削除され、激昂する。後藤の救出に駆けつけた正義は、灰司からサムライフラメンコに変身するように要求されるが、灰司にどう対抗するか考えあぐねていた正義は「サムライフラメンコ」としてではなく「羽佐間正義」として灰司と向き合う事を決意し、その要求を拒否する。だが、手錠が外れた後藤は射殺しようと灰司に向けて銃を構える。これを阻もうと正義は後藤の前に立ちはだかり銃を降ろすように要求し、後藤と口論になるが「そんな事したって彼女さんが悲しむだけじゃないですか！」という正義の一言で後藤は思いとどまり、正義はメールを通じて後藤の彼女から感謝される。そんな中フラメンコダイヤが仲間の敵討ちに現れ、灰司をこてんぱんにする。
登場人物.
本物の悪の組織.