小諸藩は小規模な藩であるため、町奉行・寺社奉行・勘定奉行は三奉行として一つの役職として、就任することがほとんどであった。職名は奉行ではなく、三奉行である。小諸町奉行が単独の役職であったときは、小諸代官と呼称されていたこともある。また領内に複数置かれた代官を支配して、民政を統括するのは、一般的には郡奉行（こおりぶぎょう）であるが、小諸藩では小諸代官（小諸町奉行）もしくは、町奉行を兼ねる三奉行に、郡奉行を兼帯させるのが通例であった。郡町奉行という記述も小諸藩一次史料に見られる。郡町奉行とは、郡奉行兼小諸町奉行という意味である。また維新期には民政幹事と呼ばれた。
例外として寺社奉行が単独で設置されたことがあるほか、勘定奉行という職名が存在したことはないが、勘定方支配という職名は存在した例がある。その下役で中間管理職に当たるのが勘定方元〆である。 また維新期には会計幹事という名称で実質的に勘定奉行が設置された。
大目付と同じく給人格の家柄の出世の到達点の一つであるほか、用人の家柄の者が、用人職に就任する前職として就任することもあった。小諸藩三奉行は、家老職を補佐したり、藩政全般の実務の実質的責任者である奉行とは異なる。
側用人・側衆・取次（奏者）.
藩主にも公私の別があり、私的部分を管理したのが、側用人である。小諸藩主牧野家の執事といえる。藩主及び家族の交際、進物授受の管理なども行った。
側衆は、近習とも呼ばれ当直係であり、その任にあるときは当番とも呼ばれた。小諸藩では、側衆と側用人が分化していたときと、未分化のときがあったようである。案件を就寝中や、大奥にいる藩主に緊急に取次くか否かの決定権は、取次（奏者）ではなく、側衆（当直係・当番）にあった。給人クラスの家柄で、有能な者は側用人に就任する機会があったほか、門閥出身の若輩当主や、家老職の跡取りが、父が隠居しないため、相当年齢になっても、部屋住み身分のまま出仕を余儀なくされているとき、側用人に就任することも多かった。また幕末近くなると、馬廻り格の家柄でも、側用人に抜擢される事例が出てきた。