彼の精霊を見ることができる力を狙った斎王の手中に落ち、学園の生徒で最初に光の結社に洗脳されてしまう。光の結社側に回った後は、ブルー寮を白く染め上げ、明日香、三沢等を光の結社側に取り込み、十代に刺客を放つなど、学園を危機に陥れるが、ジェネックス開催中に自分の立場に違和感を覚え始める。後に十代を相手に、白騎士団デッキを使用してデュエルすることになる。だが十代のデッキに投入されていた、おジャマトリオが自身の心を呼び覚まし、正気に戻った。
光の結社を離脱した後は、黒い物に異様な執着を見せるようになった。ホワイトサンダー時の記憶はなく（後ろめたい事だけは覚えていたようだが）、自分が明日香と三沢を光の結社に引き込んだ事も覚えていない。その後は他の生徒を率いて光の結社の構成員を全滅させ、最後に勝ち残った早乙女レイに勝利し、ジェネックスの優勝者になった。
ジェネックスで優勝したことによりブルー寮に戻る筈であったのだが、ブルー寮のペンキ塗りを嫌がり、理由をつけてレッド寮に戻る。万丈目グループを超える財力を持つ、ガラム財閥を率いていたアモンに対して尋常ではないライバル心を抱きデュエルを挑むも敗れた。学園ごと異世界に飛ばされた後、突如ゾンビ化した生徒たちを相手にデュエルをしている途中、力尽きて自分も「おジャマトリオ」共々ゾンビと化す。ゾンビとなった万丈目は、「闇魔界の戦士 ダークソード」を主体とするデッキを使用し、十代にデュエルを挑むも敗北。しかし、その後もゾンビのように、決闘を求めて十代達に迫る。
ブルー寮へ戻る（しかし制服は黒から変わらず、オベリスク・ブルーの制服は保管したまま）。デュエルディスクにカードが反応しない事件が起こったため、鮫島校長から明日香と共に調査を頼まれる。
しかし、エドから預かっていたカードを無くすというミスをしてしまい、さらにはエドの代理「おジャ万丈目」として十代とデュエルを行い、付き人の仕事であるカードの整理によって得た経験を元に十代を上回る実力を発揮するが、プロデューサーであるマイクの言葉を鵜呑みにして勝てるはずのデュエルを放棄する形で敗北。十代に失望されるのみならず、千里眼グループの条件で、プロを辞めざるを得なくなったエドにも付き人をクビにされる。