これまで親身に付き従ってくれた諸隊に報いるため、最後に藩主と面会し正義派の復権を求める為であったとされる。
同日、福岡藩士喜多岡勇平は萩の天樹院を訪れ、野山獄に繋がれた正義派高官の前田楢崎の罪を赦し、重役へ登用するよう再び請願した。
また同日、総督府巡見使の先発・尾張藩士長谷川敬が萩に到着した。
高杉らは会所襲撃は食料金銭を取れれば良く、人を殺すのは悪いと考え空砲を撃った。
馬関総奉行の根来親祐（根来上総）らもすぐに降伏し、会所は遊撃隊が占拠した。
遊撃隊隊士は根来に、俗論派と見做す役人を引き渡すよう強く求めた。
根来が引き渡した際の処置を尋ねると、斬首して晒首にすると息巻く。
根来は、海を隔てて征長軍と対峙している時に、内輪揉めをする場合ではないと遊撃隊隊員を叱責して下がらせ、役人には萩へ帰還するよう言った。
役人は萩への道中に暗殺されるかもしれず、会所に留まりたいと言った。
根来は先ほどの遊撃隊隊士を呼び寄せ、役人は駕篭で萩まで送るが暗殺しないよう言い聞かせ、隊士は決して暗殺はしないと約束し、その通りになった。
流血は避けられたものの、会所襲撃を察知した長府藩が事前に密告をした後であり、会所側は既に金穀を移動させていた。
そのため伊藤俊輔が、高杉と親しい馬関の豪商入江和作らの元を走り回り二千両の大金を借りだした。
高杉は決起を告げ、俗論派政府打倒のため立ち上がることを迫った。
（丙辰丸と庚申丸の奪取には至らなかったものの癸亥丸艦長福原清介の説得には成功したという異説もある）。
このように高杉は功山寺で決起し、馬関の会所ならびに海軍局を襲撃したが、どちらもほぼ無抵抗で占領を許し死亡者を出さなかった。現場では正義・俗論の両派とも武力衝突による流血を回避した。
長谷川の助言.
同日、萩に滞在していた総督府巡見使である長谷川に、藩主父子は使者を送った。
長谷川は諸隊鎮撫、五卿九州行の状況を質問し、使者は現状をありのまま述べた。
その後、萩に滞在していた福岡藩士の喜多岡らも長谷川に面会した。
喜多岡は、諸隊鎮静に手を焼いていることをありのまま長谷川に伝えた。
萩藩政府と喜多岡の報告を聞いた長谷川は機嫌を損ね、形勢がそのようであれば総督府に報告し、巡見を中止すべきと発言した。
長谷川は、長州藩が諸隊鎮撫出来ないのであれば、尾張藩兵を用いて諸隊を討つと言った。