ハイコンテントスクリーニングでは、はじめに細胞と物質を培養し、一定期間後に細胞の構造や分子成分を解析する。最も一般的な分析では、タンパク質をで標識し、最終的には自動画像解析を用いて細胞表現型の変化を測定する。吸収極大値と発光極大値が異なる蛍光タグを使用することで、複数の異なる細胞成分を並行して測定することが可能である。さらに、イメージングは細胞内レベルでの変化 (例えば、細胞質 vs 核 vs 他の細胞小器官) を検出することができる。したがって、細胞ごとに多数のデータポイントを収集できる。蛍光標識に加えて、標識を含まないさまざまな試験がハイコンテントスクリーニングで使用されている。 
一般的な原理.
自動化された画像ベースのスクリーニングは、細胞の表現型を変化させる小さな化合物の同定を可能にし、細胞機能を修飾するための新しい医薬品や新しい細胞生物学的ツールの発見が興味を引く。細胞表現型に基づいた分子の選択は、化合物によって影響を受ける生化学的標的の事前知識を必要としない。しかしながら、生物学的標的を特定することで、その後の前臨床最適化や、ヒット化合物の臨床開発を著しく容易にする。細胞生物学的ツールとしての表現型/視覚的スクリーニングの使用の増加を考えると、これらの分子が広く使用されるには、体系的な生化学的標的の同定を可能にする方法が必要である。標的の同定は、化学遺伝学/ハイコンテンツスクリーニングにおける律速段階として定義されている。 
計装.
すべての機器に共通しているのは、画像を自動的に撮影、保存、解釈し、大規模なロボットセル/培地処理プラットフォームに統合する能力である。 
ソフトウェア.
多くのスクリーニングは、装置に付属する画像解析ソフトウェアを使用して分析され、ターンキーソリューションを提供する。サードパーティ製のソフトウェアは、特に難しいスクリーニングや、研究室や施設に複数の機器があり、単一の分析プラットフォームに標準化したい場合によく使用される。機器ソフトウェアの中には、サードパーティ製ソフトウェアを使用せずに画像やデータの一括インポートやエクスポートが可能なものもあり、単一の分析プラットフォームで標準化したいユーザには、このような機能が必要となる。 
アプリケーション.
歴史.