三年前から大奥へ上がり、御台所孝子に仕えていた妹の柳生茜は、この騒動で閉門蟄居となった柳生家へ戻っていた。茜は優しかった十兵衛が乱心したとは信じらず、動揺が収まらない。そんな茜に宗矩は道場で実力を確かめる。後日、家光以下幕閣諸侯が集まる閣議の場で、宗矩は十兵衛を勘当したと報告。その場にいた島津宰相は「柳生家が上様より拝命された、中山道巡検使を返上せよ」と宗矩へ迫る。巡検させず、街道周辺に居る反徳川勢力を結集することを企んでいた島津宰相は、ゆくゆくは江戸幕府転覆を目論んでいた。しかし宗矩は「将軍家安泰のために、中山道の整備は急務。巡検使は末娘の茜に拝命していただきたい」と願い出た。幕閣諸侯から異論が噴出したものの、宗矩は「お役目を失敗したら、柳生一族郎党全て切腹する」と言い切る。
十兵衛の乱心は幕府に反逆を企てる敵を欺くために、宗矩や家光と示し合わせた狂言芝居であった。宗矩は十兵衛が巡検使として中山道に赴くと、反徳川の陰謀の噂ある街道の諸藩や江戸・京の要人たちも警戒を強め、鳴りを潜めるばかりであぶりだせず、これら反徳川の黒幕を島津宰相と睨んでおり、十兵衛を表舞台に立たせず、確かな証を掴ませようとしていた。宗矩は十兵衛と秘かに再会。十兵衛は「女の嗜みを身につけさせるために、茜を大奥へ上げていたはずだ。侍へ戻すとは手前勝手」と父へ苦言を呈するが、「茜は柳生の子だ。巡検使は柳生家のお役目」という宗矩の覚悟を知る。「茜は必ず守ってみせる」と誓った十兵衛は、野に下る。正式に家光より巡検使を拝命した宗矩は、茜へ「又十郎は柳生の里を離れられん。今日より男になれ。『柳生縫之介』を名乗り、十兵衛に代わり中山道巡検使として京へ向かえ」と命じ、随行には柳生家家臣・鏑木太郎兵衛と裏柳生の阿里助・朱実兄妹をつけた。男装した茜は京を目指し、中山道六十九次へ旅立つが、十兵衛が陰ながら見守っていた。彼らは訪れた宿場町で様々な人々と出会いながら、巡検する。