ダグラス・マッカーサーの情報将校であるチャールズ・ウィロビーは「機関」とよばれるいくつかの下部組織の情報収集機関設立を許可している。
これらの「機関」の多くには、戦犯として分類されたために公職追放された人々が含まれていた。
作られた機関の一つ、服部卓四郎が率いる「服部機関」は、国粋主義に敵対的な態度を理由に、吉田茂首相を暗殺しクーデターを起こす計画を企てていた。
CIAは、現在の日本の政治体制が形成されるための基礎作りに貢献した。中国から差し押さえた資産の徴発を幇助して、自由党の創設に資金面で関与した。また、自由党の後継政党である自由民主党（以下、自民党）が岸信介を首相に迎えるよう影響力を行使した。
CIAは、在日軍事施設や安全保障上の利益に関する政策について、自民党に積極的に助言していた。この自民党支援の過程では、自民党に資金を密かに提供するために、タングステンの取引で「鉄のトライアングル」と言われるような関係を作り上げた。自民党への資金援助に加えて、CIAが日本社会党や沖縄の反米デモを活発に破壊・妨害したとの複数の証言がある。
サンフランシスコ講和条約の調印に先立ち、CIAの工作員がの一環として日本に到着し、二重スパイの疑いがある者に対する「行動テクニック」をテストした。 
背景.
日本政治への干渉.
逆コースにおける役割.
自由民主党の創設.
岸信介の浮上.
鳩山の辞任後もアメリカの情報機関は自由民主党に対して岸を日本の首相に迎えるよう圧力をかけ続けた。 しかし自由民主党はその年の候補者の中で最も親米的でないと広く見なされていた石橋湛山を指名し、アメリカの情報機関関係者らをさらに苛立たせた。 石橋は「対中国でアメリカの意向に自動的に従う時代は終わった」と宣言したが、これによってアイゼンハワー政権との関係はさらに緊張を深めた。 
沖縄における活動.