小動物が大型の鳥に襲われることもある。猛禽類は家畜や家禽を狙う場合があり、害鳥扱いされる場合がある。人馴れしたトビやウミネコが人の持つエサを狙ったり、育雛期のカラス（特にハシブトガラス）が巣の防衛のため人間を威嚇・攻撃する場合もある。
渡り鳥は遠方から病原体を運んでくることがあり、例として鳥インフルエンザなどがある。
環境全般に対する害.
集団営巣する種では、糞がその環境全般に強い影響を与える例がある。アオサギやカワウは水辺の樹上に巣をかけるため、集団営巣地では樹木の上が真っ白になるほどに糞をかぶり、木々が荒廃する例が多々ある。
なお、鳥糞そのものは利用される例がある。過去にはカワウの糞が肥料として利用された事もあり、更に離島の珊瑚礁でこのような糞が数千年～数万年堆積して化石化すると、グアノと呼ばれるものになり、化学肥料の材料になる。
対策.
駆除といっても、鳥獣保護法により鳥類は簡単には殺せないことになっている。日本では野生種においては自由に殺すことが認められている鳥類は存在しない。(正当防衛は除く。)特定の狩猟鳥が、それぞれ捕獲可能な一定の期間に特定の方法と数の範囲でとることを認められている。
これとは別に被害を受け駆除が必要な場合は、事前に鳥獣保護法に基づく捕獲許可を都道府県（もしくは市町村）から受けなければならない。許可を受けるには捕獲する目的、種類、羽数、方法、場所など審査基準に適合しなければならない。したがって、明確な被害が出た場合、申請手続きが事前に必要なため速やかに駆除することはできず、捕獲の許可が不要である防除や追い払いという対策をとる場合が多い。そのためにはかかし、防鳥網、磁石、反射材や爆音器、ロケット花火などが使われる。
他方、鳥類には特定あるいは不特定のファンが存在するため、駆除の要求が通ることも少ない。たとえば都会ではドバトによる糞害に困るところが多いが、その町の公園では子供や老人が件のハトに餌をやっている、というのはよく見かける光景である(ただし、これは鳥類が人間の居住地に定着し糞害を引き起こす原因ともなっているために自粛を呼び掛ける自治体も多い)。
給餌による過剰増加.