反対派はダム反対運動の中で、大別して治水対策の不備と環境保護の点から最上小国川ダム事業への疑念を呈し、反対を表明している。これに対して事業者である山形県や推進派の有識者・自治体はデータを提示して反論を行っているのが現在の状況である。因みに治水対策の不備で反対派が指摘しているのは以下の点である。計画高水（洪水）流量が過大、ゲートなしダムでは洪水調節が不可能、貯水池内の森林伐採による地すべりの誘発などであり、環境面についてはアユへの影響が解決されていないという理由である。
計画高水流量の根拠が過大であるとの指摘は、反対派の漁協などが流域住民に聞き取り調査を行った結果、山形県が試算している流量での水害が起きていないという結果が判明し、計画が過大であるという指摘を行った。これに対し山形県は同じく地元民からの聞き取り調査に加えて過去の最上小国川流域雨量のデータを解析し、その結果計画高水流量を起こす豪雨は過去に発生していると反論した。山形県は客観的なデータを呈示しているが、両派が同じ地域で行った聞き取り調査の結果については全く相反する結果となっている。
環境面については、アユなどへの影響についてダム建設と漁獲量の減少の関連性を指摘し、反対を行っている。山形県はアユの遡上に対する影響は余り影響がないとしているが、具体的なデータが無い為現在環境影響調査を実施中である。以前に比べ状況は好転している河川もあるが、大抵においてダム建設による漁獲量の減少は各地で指摘されており、この部分の懸念は払拭されていない。
代替案と地元の意向.
こうして事業者の山形県と、最上小国川漁協等の反対派による論争は現在も平行線のままであり、最上川水系流域委員会による「最上小国川を考える懇談会」などを通して議論が行われているが、解決の糸口は見出せていない。