このことから、室町期当時の根津氏は小県郡の上記部分を中心に、支族を配した佐久群春日一帯や、更級郡の一部、また本領から北の地蔵峠を越えた上野国吾妻郡にまで影響を及ぼしていたことがわかり、また南北朝期での武蔵野合戦や桔梗が原合戦における副将や『太平記』での活躍、大塔合戦での総大将などからも、当時は事実上、滋野三家の中で軍事上は中核を担っていたものと思われる。
根津氏をはじめとする滋野一族は、その後東信濃の覇権をかけて村上氏と争った海野大乱などで、他の滋野一族とともに村上氏等に敗れ、徐々に圧迫されていった。
これにより、鎌倉期より東信濃から上野西部にわたる広大な領地も徐々に縮小されていったものと思われる。
戦国期.
滋野一族のうち、海野棟綱は嫡男海野幸義が討死し、真田幸綱（幸隆）、根津政直らと上野国に逃亡したが、根津元直は諏訪猶子であり神氏を理由に許され、本領安堵（ほんりょうあんど）された。
ちなみに政直の正室は、武田信虎の娘であることから、武田氏と根津氏は重縁関係で結ばれていたことが判明していることや、妻の父である武田信虎は、根津政直の信州高遠知行地内で根津政直の庇護の下終焉（しゅうえん）まで暮らしたことから、両家が非常に密接な関係を結んでいたことがうかがえる。
元直の嫡男・勝直は早世しており、三男の信忠は真田幸綱の妹と婚姻を結んだものの、病弱のため、潜竜斎と号して出家し、真田昌幸に招かれ岩櫃城下の根津屋敷（通称：志摩小屋）に入ったため、家督は元直死後は次男の根津政直（以降松鴎軒常安）が継いだ。
松鴎軒常安は、以降上野国方面の武田氏の勢力の拡大に真田氏とともに貢献している。
現在も長篠古戦場には根津月直と根津家被官の須藤豊後守、土屋助丞などの墓石が、同族真田信綱、昌輝一族などと共に並んで弔われている。
分家による上野豊岡藩立藩と断絶.
古来より大族であり平安初期より続く滋野三家の中で、大名として残ったのは唯一根津氏のみであった。
その後初代藩主根津信政の嫡男・根津政次には男子が無かったため、信政次男更級庄内の根津吉直がその跡を継いだ。
本家のその後.
一方の本家の家督を継いだ根津昌綱（政直の甥：根津信光）は、同族の真田昌幸同様、徳川氏・北条氏・上杉氏と主君を転々と替えた。 
また昌綱は、上田合戦では合戦中に真田昌幸と囲碁をしていたといわれている。