また、浅間山の噴火は河床への堆積を招いて海水の流入を妨げ、河川改修による利根川上流からの堆積量の増大も霞ヶ浦へ流入する海水を少なくすることに貢献した。また、当時は小氷期とも呼ばれる冷涼な時代で、海水面が低下していたことも同様に一層の淡水化を促すものだった。これらの結果、生息する魚介類も海水から汽水・淡水に生息するものへと変化し、漁業も現在のものに近いワカサギやコイ・フナなどを対象とするものが定着していったと考えられている。
近代.
治水.
明治政府は、本来の流路に近く、河床勾配もきつい江戸川を利根川主流にしようとする「江戸川主流論」などの影響もあり、すぐには水害が激化した利根川の治水方針を明確にできないままであった。しかし、足尾鉱毒事件が発生し、田中正造らの活動によってその被害がつまびらかにされていくにつれ、霞ヶ浦や銚子方面を利根川主流とする方針が明確になる。当時、政府は銅の産出を止めることはできず、なおかつ人口密集地でもある東京方面の被害拡大は避けねばならなかった。そのため、利根川主流を銚子方面に定め、より多くの水を流下させる方針が固まるのである。
水運.
漁業.
大徳網や延縄など漁具漁法のほとんどは江戸時代に生まれたものとされるが、有名な帆曳船による「帆曳き漁」は明治時代初期に考案されたものである。
現在では春から秋にかけて帆曳き船を観光用に運行している。
干拓.
軍事・航空.
その後の飛行船や航空機といった航空技術の向上とともに、航空戦力の重要性は高まり、規模は次第に拡張され霞ヶ浦海軍航空隊が設置された。軍事施設の周囲は、霞ヶ浦の水域を含めて立ち入り禁止とされていたが、取り締まりの危険を冒して漁をする住民もいた。
一方、霞ヶ浦航空隊は日本最大の航空戦力の施設として発展し、予科練の訓練学校も設置された。太平洋戦争開戦のころには、陸軍で云う旅団規模であり、大佐または少将が隊長に就任していた。後の連合艦隊司令長官や海軍次官となる山本五十六が、大佐時代に航空隊の副長や航空学校教頭であったことでも知られており、現在でもそれにちなんだ銅像がある。
終戦後、軍事施設の面積は縮小され、その跡には陸上自衛隊霞ヶ浦駐屯地（および関東補給処、航空学校霞ヶ浦校）や土浦駐屯地（および武器学校）がある。
現代.
治水・利水.