DNAの塩基配列を解析する最も一般的な方法は、他の情報源からの既知の塩基配列と比較することである。
適用.
人類の考古学.
アフリカ.
ヨーロッパ.
南アジア.
東アジア.
アメリカ.
オーストラリアとニューギニア.
植物と動物.
考古遺伝学は動植物の家畜化の発達を理解するために使われてきた。
植物の家畜化.
遺伝学と考古学的発見の組み合わせは、世界中の植物の家畜化の最も初期の兆候を追跡するために使用されてきた。しかし、家畜化発祥の瞬間をたどるのに使われる核、ミトコンドリア、葉緑体のゲノムはそれぞれ異なる速度で進化してきたため、系譜をたどるための利用にはやや問題があった。特に核DNAは、ミトコンドリアDNAやよりも変異速度が速く、また多型の一貫性が高いため、種内変異が大きいことから利用されている。遺伝子マーカーの一貫性が高いためである。作物の「家畜化遺伝子」（特異的に選択された形質、あるいは選択されなかった形質）で発見されたのは以下のようなものである。
植物家畜化の考古学的研究を通じて、最初の世界経済の兆候も明らかになる。ある地域で高度に選択された新しい作物が、本来は導入されなかったはずの別の地域で発見されるという地理的分布は、容易に入手可能な資源の生産と消費のための取引ネットワークの証拠となる。
動物の家畜化.
考古遺伝学は動物の家畜化の研究に使われてきた。家畜化された動物集団の遺伝的多様性を分析することで、研究者はDNA中の遺伝的マーカーを探し出し、子孫種の可能性のある形質について貴重な洞察を得ることができる。これらの形質は、考古学的遺跡を野生と家畜化された標本とで区別するのに使われる。遺伝子研究は、家畜化された動物の祖先を特定することにもつながる。現在の集団に関する遺伝学的研究から得られた情報は、これらの祖先を記録するための考古学者の探索の指針となる。