クッパの目的はキノコ城ごとピーチ姫を誘拐することだった。奪ったスターの杖でパワーアップしたクッパはマリオをやっつけてしまい、クッパに敗北したマリオは天空に上がったキノコ城から地上に落とされてしまった。
地上に落とされたマリオはクリボー一家に助けられる。一家の長男であるクリオが仲間に加わる。
システム.
ゲームの流れ.
今作では明確なステージ分けが存在しており、初めにマリオが星の精に関する情報を何らかの方法で聞き出し、その居場所へ向かい始めた時点でステージが始まる。そして星の精を守っているボスを倒し、星の精を救出するとステージクリアとなる。
フィールド上.
マリオ達キャラクターは紙の様にペラペラに表現されており、土管に入るときは少し丸くなって回転しながら入ったり、高い所から落ちるとひらひらと減速したりと、演出も紙の様なものが多い。また、建物に入ると壁や天井が開いて中が簡単に見られるようになるが、これは画面手前からの固定方向視点を維持するためでもある。
フィールドにはマリオ作品らしく穴や段差などの仕掛けが多数あり、マリオや仲間の能力を多用しないと解けない。中には初めて訪れた時点では解けない仕掛けもあり、一度クリアした場所に、レベルアップしたり新たなアイテムを手に入れたりした後で訪れなければならないこともある。
『スーパーマリオRPG』はコマンド入力式RPGだったが、本作の開発者はマリオらしくアクション性を持ったゲームにしようと考えた。また『ゼルダの伝説』のような謎解き要素を入れたいと思い、マリオシリーズの特徴的な敵キャラクターをゼルダの伝説のアイテムに置き換えることでゲームとして成立させられると考えた。序盤に仲間になるカメキやピンキーはゼルダの伝説のブーメランと爆弾と同じ機能を持っている。
戦闘.
本作では「先制攻撃」の概念が追加されている。敵に接触する代わりに何らかの攻撃を加えた場合は先制攻撃が成功した扱いになり、マリオが戦闘開始直後に一度攻撃を与えたり、敵に何らかの状態異常にしたりできる。逆に敵に攻撃されて戦闘に入ると「先制攻撃を受けた」という形になり、マリオが戦闘開始直後一度攻撃を受ける。先制攻撃では基本的にそのキャラとマリオとの間でダメージの増減が行われる。また、一部のキャラは最前列に出ると普段とは違う行動をする。