水田稲作が普及しても農耕のみを基盤としたわけではなく、農耕を行いながら従来の狩猟採集漁撈も行っていた。またプラント・オパールの調査から、全面的にイネを長期にわたって栽培したわけではなく、キビ属なども栽培され生産量も多かったと考えられている。種子の遺物からも雑穀などと呼ばれるアワやヒエやキビそしてムギなどの穀物や、マメやソバなどの準穀物も多い。またドングリなどの堅果類はイネを超えて多く出土する。イノシシとシカは引き続き狩猟の重要な対象であったが、田畑を荒らす害獣駆除の側面もあったと考えられている。またシカに対するイノシシの割合が増え、頭蓋骨の変化からイノシシが家畜化されブタとなったものも含まれていると考えられている。ブタに加えてウシやウマ、ニワトリが持ち込まれ飼われていたが多くは出土せず、またニワトリは食べる対象では無かった。イヌは猟犬としても用いられたが、埋葬されず解体痕などから食用の対象にもなった。ブタやウシやウマなどの飼育は、農耕の傍らの小規模なもので乳の利用などを目的としたものではなく牧畜ではない。漁撈では従来のものに加えて、水田や用水路などでコイやフナ、ナマズやドジョウ、タニシなどを対象とした淡水での漁撈が行われる。また内湾での漁撈では管状土垂を用いた網漁や蛸壺漁などが行われるが巨視的には衰退する。また東日本太平洋側や西北九州での外洋漁撈への特化拡散もみられる。農耕による環境や社会の変化が狩猟や漁撈にも変化をもたらしている。
弥生時代以降、日本料理へと.