戦国時代に入ると、内ヶ島氏は領地を私物化して鉱山経営で財を成し、本城の帰雲城の他に向牧戸城、萩町城、新淵城など多くの支城を持つ戦国大名へと成長した。度々姉小路頼綱や上杉謙信などの侵攻を受けるが、撃退に成功している。佐々成政が越中国に本拠を構えるようになると、氏理は織田信長率いる織田氏、そしてその配下の成政に従った。魚津城の戦いでは魚津城を織田軍と共に陥落させている。しかし、本能寺の変で信長が明智光秀に殺害されると、停戦して飛騨に引き返した。小牧・長久手の戦いでは成政に属して越中に出陣したが、留守中に豊臣秀吉の命で金森長近が白川郷に侵攻してきた。長近は尾上氏綱の守る向牧戸城を落とそうとするものの落とせず、懐柔してやっと寝返らせた。これによって領民は金森軍に寝返り、帰雲城も占拠された。この報を聞いた氏理は急ぎ引き返すが既に遅く、氏理は秀吉に降伏した。しかし、内ヶ島氏の鉱山経営の技術を重要と見なした秀吉は所領を少し削っただけで内ヶ島氏の領地経営を許した。
天正地震から滅亡へ.
その後.
大名としての内ヶ島氏は滅亡したが、個々人については難を逃れた者もいた。氏理の弟である経聞坊（きょうもんぼう）ともう一人の弟は仏門に入っていたために助かった。経聞坊は後に白川郷における天正地震の史料『経聞坊文書』を残した。
埋蔵金伝説.
帰雲城の存在した場所は現在も確定しておらず、帰雲山の前を流れる庄川の岸辺近くに位置していたことのみ判明している。ただ、どちら側の岸辺近くに位置していたかさえ定かでないため、石碑は正確な位置には立地していない。
いずれにせよ埋蔵金は憶測でしかあらず、確証はない。それに、地震の際は山体崩壊に加え洪水も起こったとされ、直後に帰還した者さえ何処に城があったか分からなかったという。この事から、仮に埋蔵金が存在したとしても、発見は難しい。
系譜.
 猪俣氏説
 猪俣時範
 　忠兼
 　忠基　　　岡部忠綱
 　実綱　清綱　国綱　行忠
 　　　　忠俊　国家　家経
 　　　　盛忠　盛綱　俊盛
 　　　　景忠
 　　　　(略)　　　　　　　 嘉念坊善俊
 　　 内ヶ島季氏　　　　 　 (略)　　　　　　 
 　　　　為氏　　　　　　　 　明誓　　　 
 　　　　雅氏　氏教　　　　 教信　明教
 　　　　氏利 経聞坊 氏明　雄円 女＝明心