その頃、既に施設内に潜入しているピンガの手引きで、海中ハッチからベルモットとバーボンがパシフィック・ブイに潜入。休憩に出た直美を拉致し、施設外に連れ去った。休憩が終わっても直美が戻らないことを不審に思った牧野達は、監視カメラを解析して直美の動向を調べ、2人組の清掃員らしき人物たちに拉致されたことに気付く。海中ハッチを開閉できる権限を持つのは牧野、直美、グレース、レオンハルト、エド達だけだったため、その中に拉致した犯人達の協力者がいるかもしれないと黒田とコナンは考えた。海中ハッチのログを調べても映像が見当たらず、エドはバックドアを仕掛けられたのかもなと飄々と語った。
翌朝、コナンは再びパシフック・ブイのコントロールルームに。防犯カメラの映像から、昨夜の潜水艦や阿笠博士の車とウォッカ達の車のカーチェイスの映像を探してもらうが、潜水艦はおろか、阿笠博士の車とウォッカ達の車も映っておらず、コナンは防犯カメラの映像が改ざんされていると確信した。
一方、ベルモットは計画にないことはしないと単独行動へ。ボスに老若認証の危険性を報告してフィリピンに行き、ボスから「つぶせ」と思った通りの命令を受けてから、志保（シェリー）によく似ている人物に変装をして各地の防犯カメラに映り、老若認証は「顔が似ている別人を同一人物と認識してしまう欠陥品」だと報告する。これで灰原=シェリーという疑惑は消滅することになった。ラムはパシフィック・ブイの破壊を決定、ジンは攻撃を開始。牧野はデコイを発動して組織の潜水艦から発射された魚雷に応戦するも、ベルモットの遠隔操作でデコイによる防衛手段も封じられ、黒田に決断を迫られた牧野は技術者たちに退避を指示。パシフィック・ブイは撃沈する。コナンは「組織の潜水艦を赤井に狙撃させる」という無謀な手段を画策し、阿笠の海中スクーターを使って海中に潜るが、そんなコナンの身を案じた灰原もコナンを追って潜水する。赤井に潜水艦の位置を示すため、スクリューに飲まれながらも花火ボールを放つ。組織の潜水艦が光に包まれ海上からもその姿が露になった所を、上空のヘリコプターに乗っていた赤井がロケットランチャーで潜水艦の狙撃を成功させる。