し尿は最初は河川や沼沢に捨てられていたが、経験則から肥料として利用されるようになった（下肥）。または大陸から稲作が伝わった後、し尿を溜めて肥料にする習慣が生まれ、その場所をそのまま便所として整備するようになったとする説明もある。日本では、江戸時代ごろに汲み取り方式が主流となった。
しかし、汲み取り式便所の汚物は近隣の農民が肥料として使用するサイクルが出来上がっていたため、農民らとの間に軋轢が生じることもあった。
構造.
大便器.
便器内の半分（半穴または丸穴）、もしくは全体に穴が開いてあり（全穴）、その穴を通って排泄物が便槽に貯留される仕組み。汲み取り式に使われる便器は基本的に和式便器であるが、洋式便器も障害者対応便所や老人が同居している住宅など、一部に見られる。また、和式便器に洋式便器を被せた「簡易洋式トイレ」というものもある。
小便器.
江戸時代ごろまでは、壁式や木製ストール式が存在していた。現在は陶器製朝顔形が多いが、その他に陶器製またはプラスチック製のストール式小便器が存在し、一部の施設ではトラップの有無に関係なく水洗用のストール式小便器を汲み取り式に使用している例も見られる。
臭突.
大抵、外気に臭いを排出する煙突式の臭突（しゅうとつ）がある。旧式の汲み取り式便所は水で洗浄しないことに衛生上に問題があったが、近年では簡易水洗式が増えたため、水洗便所と余り変わらない清潔さがある。簡易式水洗には臭気を外に出す臭突を必要としない場合もある。臭突にはかつて石綿管が使われていたが、後にほとんどが塩ビ管となっている。
臭突の先端には雨水が便槽に入るのを防ぐための傘が付けられるが、風力式もしくは電動式のファンが多く付けられる。後述の無臭トイレにはヒーター式の脱臭装置がついている場合もあるが、後に電動ファンに交換される場合が少なくない。
スパッター.
便器と直下管を接続するための短い継ぎ手管。穴を小さくするので、小児の転落防止に役立つ。
直下管.
便槽（し尿槽）.
汚物を貯留しておく槽。
汲み取りの方法.
また、便槽に貯留された汚物は、定期的に便槽から取り出す必要がある。古くは柄の長い柄杓を用いて汚物を汲み取り、農業の肥料として使用された。「汲み取り式」と呼ばれる所以である。戦後はバキュームカーで回収するのが一般的となった。
汲み取り口.