実験ノートや紙媒体を研究室に持ち込むこと自体が難しい場合もある。バイオセーフティレベルの高い部屋や放射線管理区域などのように汚染された環境では、実験ノートが汚染されてしまい、廃棄処理せざるを得なくなる場合がある。実際、「キュリー夫人の実験ノート」のように、極めて価値の高い知的資産と称されながらも放射能汚染が見られ、取り扱いに注意を要する例が存在する。。逆に、クリーンルームや無菌室のように清浄度に関して特段の注意が必要な環境では、実験ノート自体が実験室の汚染原因となる可能性が高い。そのような場合には特別な種類の実験ノートを準備したり、適宜ホルマリン燻蒸などの処理をするなどして持ち込まなくてはならない。
以上の問題を解決したとしても、現実には、実験ノートを取りながらの実験そのものに相応の訓練が必要である。一流の研究機関で研究室を任されていても、実験ノートの取り方については「未熟」だと断じられる研究者もいる。
また、第三者認証は国内でも一部の機関では実施されているが、認証をおこなう人材を雇用する必要が生じるなど、一般的な研究機関では予算的に困難な側面もある。
このように実験ノートの使用法の厳格な統一には運用上の困難が多い。しかし、使用法のすべてを個人に任せるのは好ましくないというのが多くの研究者の一致した見解である。それらは概して、運用の支障とならないよう注意しながらも、実験ノートの要件定義と、最低限守るべきことを明確にしたうえで、自分勝手な方法ではなく周囲や第三者の了承を得ながら実験ノートを作成/運用するべきであるという点で共通する。例えば岡崎康司（京都大学教授）は「ノートだけで記録しきれない情報は多いが、個々人に方法を任せている現状が問題を引き起こしている」「誰もが実験を再現できるような、研究内容をいつでも確認できるような厳格なノートの書き方を理解した上で、現場のニーズに合わせて運用するのが良い」と述べている。
科学史に見る実験ノート.
優れた実験家は、優れた実験ノートを残している。例えばマイケル・ファラデーやトーマス・エジソン、ロバート・ミリカンなどの優れた実験家のノートは、科学史や科学哲学などにおいて貴重な歴史資料となる。
電子化について.