だが、ジュマがアメリカにいる事を知り、バーネットを拷問にかけて聞き出すが失敗。訊問場所がホワイトハウスだった為に大統領の突入命令で捕まる。直後にホワイトハウスが襲撃により占拠され人質となる。ジャックがガスを充満させてテロリストを一網打尽にしようとするが、まだ隠れているジュマの協力者を見つける為にブキャナンが身代わりに特攻をかけてガス爆発を起こしてテロリストを全滅させた。
ブキャナンの死を前にし、悲しみにくれるジャックだったが、情報を手に入れるために再びバーネットを訊問しようと病院に向かう。ところが敵に先回りされてしまいバーネット殺害犯に仕立てあげられてしまう。ルネの協力で逃げながらも犯人と生物兵器の場所を特定。トニーと協力して兵器を奪い去ったが、逃走の際にコンテナが破壊され、兵器の容器が破損。ジャックは生物兵器を浴びてしまい、更にはヘリと物量による攻撃に対抗出来ず奪われてしまった。
ジャックは生物兵器に感染。時間の経過とともに病状が悪化。手足の痙攣や健忘症に苦しめられる。痙攣をごまかす注射はあるものの、根本的な治療法はなかった。唯一助かる方法は親族の幹細胞を使った治療、つまりキムだけが頼みの綱だった。だが、キムに自分が死ぬ姿、そして死を見せるというジャック自身の苦痛を味わいたくない為に拒否をしていた。その後キムが探していた事もありついに再会。キムが治療の協力を申し出るがキム自身にもリスクがあるためにジャックは断った。
生物兵器の症状が早速現れた為にラリーの配慮により現場を外れ、現場はトニーとラリーに任せて兵器の容器を確認する為にFBIで指揮を取ることに。しかし、敵の策略にかかり失敗。内通者の協力によりトニーを潜入させて一旦下がり、トニーが兵器とスタークウッドの切り札である地対地ミサイルを発見。トニーの活躍によりミサイルと兵器は消滅させたかに見えたが、スタークウッドの傭兵が一本の容器を奪い去り、ラリーが死んだと聞いたジャックはルネと共に現場に急行。
ジャックは捜査の過程で衝撃の真実を知る。トニーは裏切り者だったのだ。どう考えてもあのトニーが裏切った事が信じられない。彼を問いただそうとしたところ、発作を起こしてしまい、注射を射とうとしたがトニーが足止めに奪い彼は逃走。ルネに説明し、大統領にもトニーが裏切り者だった事を話したジャック。