一方朝鮮では、文禄・慶長の役が終わり、国内で日本の行った行為や李朝の対応への批判が高まると同時に、日本へ大量に連れ去られた被虜人と呼ばれる捕虜の返還を求める気風が強くなっていった。朝鮮の援軍として協力した明が朝鮮半島から撤退すると、日本からの再度の侵略を恐れながらも、対外貿易の観点からも日本と友好関係を結びたいと考えていた。北方からの軍事的脅威も日本との国交再開の理由となった。ヌルハチのもとで統一された女真族が南下してきており、文禄・慶長の役では加藤清正軍が女真族と通じる状況もあったため、女真族と日本が協力する危険も朝鮮では検討されていた。そこで日本とは国交をして、南方の脅威を減らすという判断がなされた。
江戸時代の通信使の編成、行程.
通信使の往来路であると否とにかかわらず、武蔵・相模以西の東海道・畿内・西国の農民には労役の提供や費用の負担が求められ、通信使の来日は、農民達にとっては臨時に重い負担を強いられるものでもあった。
その理由としては当時、李氏朝鮮は北方から後金の圧迫に忙殺されていたため、日本側の制度変更にあえて異論を挟まなかった、あるいは挟む余裕がなかったとされる。朝鮮では、仁祖が清の要求を拒絶したことから丙子の乱となっていた。南漢山城の篭城降伏後、三田渡の盟約が締結され、それまでの明から清の影響下となり、この和議により日本への対応が変化した。来日の際には、幕府に朝鮮国王直筆の親書、銅鏡が進呈され、また使節団が神君とされる大権現家康が眠る日光東照宮を参拝している。
この変更の理由としては江戸時代も安定期に向かい、将軍の国内的地位が幕初の覇者的性格から実質的に君主的性格に移行した現実を踏まえ、国王を称することにより徳川将軍が実質的意味において君主的性格を帯びるようになったことを鮮明にせんとしたとも、あるいは、大君は朝鮮国内においては王子のことを指すので、これではむしろ対等ではないので国王に戻すのだとも説明されている。