エンディングの順番も変更されており、裸体のカットが「起きる時間です」の後に、ポートレイト風カットがクロージングクレジットの前になっており、人物の衣装が私服から劇中準拠に変更されている。また、クレジット演出もキャラの立ち絵を用いた紹介ではなく単なる文字のみで、最初のクレジット者が小次郎ではなくまりなになっている。加えて、今作はレイティングの関係によるアダルトシーンの改変に端を発するシナリオやビジュアルに手が加えられた最初の作品でもあり、それらは剣乃ではなく別人（非公開）、田島（松本、薄）ではなくスタジオ旗艦などが担当した。
また、SS版におけるパロディとして『エイミーと呼ばないでっ』の篠原栄美（しのはらエミ）をはじめとする様々なキャラクターがモブキャラクターとして登場した。
BGMは梅本および高見ではない別人（非公開）の手によるアレンジが施され、一部効果音が変更された。
本篇中のBGMをFMシンセサイザーかGM・コンパチブルから選べるようになった。
エンディングが再編集された結果、日記からクロージングクレジットの間にあった裸体のズームアウトのカットが削除され、タイトル画面の流用でスタッフを、次にキャラの立ち絵を用いた原作準拠の演出で小次郎からキャストを紹介し、SS版準拠のポートレイト風カットで締め括られるものとなった。
当作は北米に向けて発売されたバージョンもあり、テキストは英語に対訳されているが、音声は日本版そのままとなっている。
システム上の変更点としては、本篇スタート時の主人公選択が削除され、物語の開始が小次郎編に固定されたことがあげられる。（直後にチェンジは出来るが、初見でまりな編からは始められない）。
また、キャラクターのデザインやユーザーインターフェース、フォントが変更されたほか、テキストの再改定も行われた。例えば、冒頭での「ルンペンの溜まり場」という表現は「お子様の遊び場」に変更されたほか、他作品に関する言及も同様に変更された。さらに、イベントシーンにおける説明調の独白は要約した台詞に差し替えられた。
EVE.