千世が到着した鎌倉では、実朝との婚礼が華やかに行われる。しかし、実朝は自身の知らないところで事が進む現状に一人苦悩する。一方、息子を失い悲観に暮れるりくのもとを訪れた朝雅は、政範毒殺の真相に気づいた重忠の息子・畠山重保に全ての罪を被せ、畠山一族を討つよう進言する。朝雅の嘘を信じたりくが畠山討伐を望むと、時政は義時や時房の制止を無視してこれを承諾。何も知らない重保は、義村によって由比ヶ浜へ呼び出されて討ち取られる。その後、息子の死を知った重忠が二俣川に布陣すると、義時は追討軍の総大将に志願して戦を避けようとするが、武士の意地を通そうとする重忠との交渉は決裂。少数の軍で義時が率いる大軍と激闘を繰り広げた重忠は、義時と組み打ちののち愛甲季隆に討たれる（畠山重忠の乱）。鎌倉に帰還した義時は、親友である重忠を無実の罪で死に追いやった時政の追放を広元とともに画策。畠山討伐の罪を全て娘婿・稲毛重成に被せて処刑することを時政に提案し、これを実行させることで時政に対する御家人たちの不満を増大させる。さらに、政子に恩賞の沙汰を行わせる新たな政治体制を発足させることで、時政から政の権限を奪う。
義時や政子の行動に激怒したりくは義村を味方に引き入れ、実朝を出家させて朝雅を新たな鎌倉殿に据えようと計画。これに対し、時政は失敗すると分かりながらもりくを守るために協力する。一方、義村の密告によって全てを知った義時は、謀反を起こすまで時政を泳がせることで時政追討の大義名分を得ようと画策。実朝が連れ去られたことを確認すると、自身の覚悟を見せるために異を唱える泰時を従え、軍勢を率いて時政の館を取り囲む。しかし、夫を助けたいというりくの必死の懇願を聞いて駆けつけた政子によって館の包囲は解かれ、自害しようとしていた時政も知家に助け出される。その後、実朝や政子の助命嘆願や三善康信の配慮により、出家した時政はりくと共に伊豆へ流罪となる（牧氏事件）。これを機に時政に代わって幕府の政を取り仕切るようになった義時は、京の御家人に命じて全ての元凶である朝雅を追討する。だが、京で勝手に大軍勢を動かしたことに対し、後鳥羽は義時への怒りを露わにする。