メッセージの内容を考える上では、物理層として用いる電磁波の周波数から送信内容の記述に用いられる自然言語までのあらゆるレイヤーにおいて、異星文明と地球文明の間の通信プロトコルの整合性が全くないことが、非常に大きな障害になる。従って、どのプロジェクトにおいても、宇宙共通の法則である数学を唯一の通信プロトコルとしてメッセージを送信しており、異星文明による電波探索と、受信データの数学的解析による意味の抽出に頼っている現状がある。また、星間空間における電波の減衰の問題から、メッセージは収束させた電波により送信されるため、異星文明が存在する方角とメッセージを送信する方角が少しでもずれていれば、異星文明の観測に掛からない可能性が遥かに大きくなる点も問題である。そもそも、異星文明が存在する方角が未知であるため、宇宙観測により異星文明の存在確率を推定しながら虱潰しに送信を行うしかない。
問題点.
恒星系間の距離が近くて数100光年以上離れている場合が多く、アクティブSETIを行っても、メッセージ到着前に送信先の文明が滅亡する可能性がある。また、存続していても、返信が返って来るまでに超長期間待たなければならない。
過去の送信はいずれも、象徴的行為としての性質が強く、パッシブ（受動的）SETIのような網羅的・継続的なアクティブSETIはいまだ行われていない。送信はごく短時間であり、運よく送信先に異星人がいたとしても、受信される可能性は低い。
そもそも、未知の異星文明が他文明に対して友好的な存在である保証はなく、新たに発見した文明に対して侵略行為に出る可能性があるため、アクティブSETIは危険な行為であると考えることも出来る。
具体例.
初期の計画.
アクティブSETIの構想は、無線通信より古く、太陽系内に異星人がいると思われていた時代にまで遡る。
ウィーン天文台長のは、幾何学図形の溝を掘り、そこに原油を流して火をつけるアイデアを示した。
Active SETI
大友克洋の漫画作品一覧
大友克洋の漫画作品一覧（おおともかつひろのまんがさくひんいちらん）は、大友克洋の漫画作品の年代順一覧である。
凡例
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バベル・フィッシュ
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