真言密教のみならず、天台宗の立場からも神仏習合思想に基づく神道説が生じた。その基本は、比叡山の守護神である日吉大社の意義を天台教学に基づいて説明するものであり、これを山王神道と呼称する。
鎌倉時代後期には、東大寺あるいは奈良において、三社託宣という掛物も成立した。これは、天照皇大神・八幡大菩薩・春日大明神の三社の託宣として、正直・清浄・慈悲の教条を漢文体で書き記したものである。この三社がとりわけ信仰対象となったのは、天皇の祖神である天照大御神、武家（清和源氏）の氏神である八幡神、公家（藤原氏）の氏神である春日神の三神が、神代において幽契を結んでおり、現世において天皇・武家・公家が協調して政治を行うことが神代より定められていたという信仰によるものである。
なお、本地垂迹説の傾向は鎌倉時代に勃興する鎌倉新仏教にも取り入れられ、浄土真宗においては存覚が『諸神本懐集』を著し、日本の神社を、仏を本地に持つ「権社」と、そうではない「実社」に分け、「権社」のみを崇敬するべきだと主張した。日蓮宗では、日蓮自身も積極的に神道を取り込み、日蓮の弟子日像により法華神道という形で体系化された。その思想は、日蓮が提唱した法華経に基づく正法が正しく行われている場合には、熱田明神を筆頭とする三十番神という日本の神々が、1日交代で日本を護持するというものである。その他、時宗や臨済宗、曹洞宗でもそれぞれの態度に基づいて本地垂迹説が受容された。
神国意識と神本仏迹説.
他方、神社側でも仏教などの外来宗教の影響も受けつつ、神道を教義化・内面化していく動きが活発になり、本地垂迹説に対して神を優位とする神本仏迹説も生じるようになる。律令制の崩壊に伴い、存在基盤が動揺し始めた神道勢力の中に強い危機感が生じ、彼らが神道祭祀について神秘的な権威づけを図って記述を行いはじめたことや、仏教勢力が積極的に神祇の世界に近づき仏教の論理によって神道の再解釈を試みたことに対して、神道側から仏教に対抗して神道の立場を主張しようとしたことが、その背景にある。また、元寇勝利後の神国思想の高まりや、全国への神宮御厨の増加による伊勢神宮の権威の高まりも、体系的神道論形成の背景となった。