しかし、乱太郎たちが捕えられている砦には、「山賊一号」を名乗る剣の達人が待ち受けていた…。
第四弾.
あらすじ.
ある日、六年生たちは四年生の三人を連れてドクタケ忍者隊との戦いに挑み、彼らの暗躍を阻止することに成功する。しかし、快勝によって生まれた敵への侮りや先輩への遠慮を抱えた四年生と六年生の間には僅かな溝が生まれていた。
そんな中、夜間訓練中だった文次郎・仙蔵・小平太は、ドクタケ忍者隊が密かに手に入れた、火縄要らずの新式銃・シリン銃による狙撃を受けてしまう。
残りの六年生や四年生たちが突如行方不明となった三人の安否を心配する中、ドクタケ忍者隊の暗躍により学園に危機が迫っていた…。
第五弾.
あらすじ.
ある日、六年生との合同訓練中に六年生の勢いについていけなくなり休憩していた四年生の三人は、喜八郎が掘った塹壕に落ちた身なりの良い男性と出会う。
第六弾.
あらすじ.
乱太郎たちは、学園長から半ば強引に任された卒業アルバム編集委員の仕事に伏木蔵を巻き込むが、伏木蔵は資料として渡された過去の卒業アルバムに、不思議な文章を発見する。そして、ドクタケ忍者隊に戻ってきた男・雪鬼が会得した特異な能力が、忍術学園に対して牙を剥いた。
第七弾.
あらすじ.
海の近くでは妖怪・濡れ女子（ぬれおなご）の噂が立ち、六年生はその背後にドクタケ城の暗躍があるのではと危惧していた。一方、兵庫水軍の面々は濡れ女子と思しき不気味な人影に遭遇するが、兵庫第三協栄丸はその人影に立ち向かおうとするも恐怖に耐え切れず真っ先に逃げ出してしまい、泳げず船酔いし胆力もない己の不甲斐なさを恥じ入り、兵庫水軍から出奔してしまう。
ドクタケ忍者隊の企みを阻止しようとする忍術学園、職業柄「忍者」を嫌い頭領不在の現状を乗り切ろうと警戒する兵庫水軍、抜け忍発生による人手不足解消のために兵庫水軍を取り込もうと企むドクタケ忍者隊…それぞれの思惑の元、兵庫水軍の「エピソードゼロ」となる三つ巴の戦いが幕を開けた。
第八弾.
あらすじ.
突然出現したドクタケ水軍の安宅船が、兵庫水軍若衆の乗った小早船を沈める。その一報を受けた学園長は、何かの存在を感じ、五年生に重要な忍務を命ずる。