いかなる原因によるものであっても、（養蜂場でよくあるように）あるコロニーが崩壊しかかっていて、近くに健康なコロニーが存在する場合、健康なコロニーのミツバチはしばしば死にかけたコロニーに入り込んで、貯蓄物を勝手に奪っていく。もし、死にかけたコロニーの貯蓄物が（天然もしくは人工の毒物により）汚染されているならば、結果として起こるパターン（死にかけたコロニーの近くにあったために健康なコロニーで病気が発生した）から、感染症の関与が疑われることになるだろう。しかし、CCDの場合、死にかけたコロニーの貯蔵物は盗まれることが無く、これは少なくとも、こうしたメカニズム（他のコロニーからの奪取により毒物が広がり、それにより病気が広がる）はCCDにはあてはまらないことを示している。
ほか、CCD伝染病説を示す観察証拠として、CCDにより死亡したコロニーの蜂の巣は、DNA破壊をする放射線で処理を行なった場合にのみ、健康なコロニーとして再利用することができたことも挙げられている。
腐蛆病・ノゼマ病.
腐蛆（ふそ）病や、微胞子虫の真菌性「ノゼマ病」がCCDの正体ではないかとする説がある。ペンシルベニア州の蜂の標本では高い比率のノゼマ病感染が報告されたが、他の場所からは同一パターンの報告がなかった。
ウイルスと真菌の組み合わせ.
一部の研究者は、冬用の貯蔵物に高果糖コーンシロップ (HFCS) を与える慣習にCCDの原因があるとしている。CCDの報告に一貫性がないのは、HFCSの可変性が関連しているかもしれない。ヨーロッパの解説者は遺伝子組み換えトウモロコシから作られたHFCSに関連がある可能性を示唆している。しかし、もしこれが関連する唯一の要因であるのなら、冬にHFCSを与えているコロニーにのみCCDが見られるはずであるが、実際にはHFCSを与えていない養蜂家においてもCCDは多数報告されている。
ミツバチの貸し出しと移動養蜂.
CCDは、問題の発生した地域の商業養蜂家により報告されており、野生のコロニーや有機養蜂では発生していないとされ、農薬や遺伝子組み換え作物や自然界ではありえない養蜂の方法が原因という研究がある。一方、有機養蜂でも発生率は変わらないとする研究もある。