さて、先述したようにアクバルはほとんどのラージプートとの間に同盟関係を構築することに成功していたが、一部のラージプートは服属を拒否していた。メーワール王国とブーンディー王国である。ことにメーワール王国はラージプート諸王国の中で最も高い家柄、
グジャラートの征服.
グジャラートの征服は帝国にとって重要なものであった。この征服により、帝国は西方に領土を拡張したのみならず、港市スーラトなどの西方諸港を通して行う海洋諸国との貿易
を行うことが出来るようになり、その関税収入は莫大なものであった。
ベンガル・オリッサの征服.
グジャラート征服後、アクバルはベンガル地方に目を付けた。このガンジス川一帯に広がる地域もまた、グジャラート地方と同じく重要な地域であった。
北西地方の征服.
カーブルを中心としたアフガニスタンは中央アジアのウズベク勢力やイランのサファヴィー朝に対する前線地帯であり、グジャラートやベンガルとは違った意味で重要な地域であった。この地域はアクバルの弟でカーブル太守ミールザー・ハキームが支配していたが、彼はウズベク兄弟の反乱にも参加するなど中央に反抗的であった。
一方、ベンガル・ビハールの反乱では苦戦が続いていた。だが、アクバルのカーブル入城からほどなくして鎮圧された。
内政.
こうして広大な版図に多くの非ムスリムを抱えるようになった帝国を支えるため、アクバルはムガル帝国の制度の確立に乗り出し、イスラーム法上異教徒に対して課されていたジズヤ（人頭税）を廃止するなど税制を改革した。
アクバル自身は統治に対してとても責任感を抱いており、それをあらわすいくつかの言葉を残している。
宗教.
アクバルは帝国の統治において、かなり宗教的な融和を重視した君主であった。宗教的には中央アジア系・イラン系のムスリムのみならず、土着のムスリムやヒンドゥー教徒が数多い帝国の君主として、アクバルはイスラーム教のみならず、ポルトガル人がインドで宣教するキリスト教に至るまで、多様な宗教に対して関心を寄せていたといわれる。
とくに神秘主義から強い影響を受けつつ諸宗教を総合的に尊重した彼自身の宗教姿勢は、アクバルの側近アブル・ファズルがアクバルの命によって執筆した年代記『』に「」（「神の宗教」の意）という名前で書き残されている。