しかし過度に露出の多いコスプレ（特に女性）が警察当局からも指導を受けるなど一部で問題視される事もあるほか、一部のローアングラーなどの来場者が盗撮行為を行い、それらの写真がインターネットでアップロードされることも多いため、写真全てを取り締まれないなどの問題も残している。「写真撮影を他のイベント同様に登録制にしてはどうか」という提案も出ているが、コスプレイヤーやサークル参加者、同人誌を買いに来た参加者だけでなく企業ブースを目当てに来た参加者、さらにはコスプレ撮影のみを目当てに来た来場者などあらゆる参加者及び「偶然の来場者」も登録対象にする必要があり、その処理を行うだけでも膨大な時間や人員が必要となるため、簡単には実行に踏み切れない事情もある。そのため現状では撮影機材に関してもコスプレ衣装同様に厳格な制限を定めるとともに、会場で配布する小冊子で注意喚起を行うに留まっているのか実情である。
会場内および会場周辺での動画撮影・配信.
コミックマーケットにおいてもそれは例外ではなく、会場内、及び会場周囲の様子を周囲を撮影し、撮影の構図やモザイク処理などのプライバシーに配慮されていない写真や動画がインターネット上にアップされる事態が続発しており、肖像権、プライバシーの観点などから問題視される場合がある。
準備会は個人での撮影については注意事項を公式サイトに記載されている。
パフォーマンス行為と懸念.
加えて、そうした一部のパフォーマーやその協力者が故意に、あるいは傍観者がたまたまに撮影した動画をインターネット上に投稿するケースもある。
諸事情の理解に乏しい参加者の増加.
コミックマーケット特有の事情やルール・マナーをあまり理解しないまま来場する参加者が増加傾向である。企業や行政各局が催すイベントとは違い（カタログなどで）注意事項が周知徹底できないゆえに発生する問題である。