フェイはエリィを救うべく、そして父との約束を果たすべく仲間たちと共に最後の戦いに赴く。星そのものを兵器に改造するべく惑星と一体化を始めたデウスの内部へと突入。かつての親友から大切な人の行方を賭けた最後の戦いが幕を開けた。フェイはゼノギアスの力を以ってデウスを破壊し、ゾハルこと「神」の解放に成功する。そして、フェイとエリィの愛を試すべくカレルレンが生み出した刺客「ウロボロス」をも撃破。デウスの内に取り込まれたエリィを救出し、更に改心したカレルレンの手助けによりデウスから脱出する。フェイはカレルレンにも手を差し伸べたが、彼はデウスに残ることを選び、異次元へと転移した波動存在と共に姿を消した。ゼノギアスに乗ってフェイとエリィが仲間たちのもとへ帰還するところでこの物語は幕を閉じる。
勢力・組織.
なお、年表はエルドリッジ墜落の年を元年とした「創始暦」という年号が一貫して使われている（作中では年号や「今年は創始暦〜年」などの言及や記述は一切登場していない）。
神聖ソラリス帝国.
アヴェ王国.
海賊組織.
潜砂艦ユグドラシルを駆ってシャーカーンに反抗する旧王国派の勢力。王子のバルトを救出してからは、バルトが率いている。
サンドマンズ.
砂漠の盗賊。ストーリーには関わらない。
宗教国家ニサン.
アヴェの北、キスレブの西に位置するニサン正教の宗教国家。古代人が大昔に隕石が落ちた場所に湖を建設した地、カテドラルなどがある。アヴェとは血縁関係もあり友好を結んでいたが、シャーカーンが実権を握ってからは絶縁状態となった。現在のニサン正教の教義はソフィアがつくったものであり、かつてのニサン教はエーテル能力者崇拝から始まり、信仰が広まって国政を左右するようになった、いわばカトリックに似た宗教形態であった。
ソフィアの改革後、シェバトの技術、ファティマ兄弟の商隊、ソフィアの教えなどによって多くの人が集まり巨大な勢力になっていった。
キスレブ帝国.
教会.
ビリーの孤児院.
イグニス大陸の南に位置する大陸にあった国。ここに住む人種は能力が高い。ソラリスに反抗的だったために粛清されることになった。その際に現れた謎の男イドと赤いギアがソラリスとエルルの双方を滅ぼしている。この時、ラムサスもイドに倒されたため凄まじい敵対意識を持っている。また、エレメンツのドミニアの出身国である。
原初.
ゼボイム.