平安時代には、貴族階級が地方に所有する荘園が発達し、それによって中央への貢納が衰えるようになった。紙も同様で、有力な貴族は地方の荘園で紙を独占してしまい、中央の紙屋院へ納められる原料は減っていった。一方、各地の紙産地では独自の製紙法がうまれ、産地固有の紙が登場するようになった。例えば越前国では奉書紙が、美濃国では美濃紙が、備中国では檀紙が、大和国では吉野紙・奈良紙が生み出されていった。
武士階級の台頭と杉原紙.
中世に入ると、公家が地方に所有する荘園の支配権を、武士階級（守護・地頭）が簒奪することで公家と武家の社会的地位の逆転が起きたが、それは紙の動向にも反映された。律令制度に基づく紙屋院への紙原料の貢納は衰微し、紙屋院はもっぱら中古紙を漉き直しての再利用（宿紙）を行うようになり、高級紙としての紙屋紙はほとんど姿を消した。また、紙の産地や原料の産地を武士階級がおさえることで、高級な「厚い紙」を使うという特権は、公家から武家のものになった。
室町時代初期の書札礼である『書札作法抄』では、武家に手紙を出す際には「杉原紙」を用いなければならないと定められており、武士階級の間で定着していたことが示されている。将軍や執権など、武士階級の中で上位にある者が下位の武士へ送る文書を「御教書」と呼び、これにも杉原紙が用いられたことから「御教杉原」「御教書杉原」という表現が頻繁に登場する。
一束一本.
中世に登場した、杉原紙と武士階級を結びつける重要な習慣が一束一本（一束一巻）である。この一束一本に用いられる紙は原則として杉原紙とされていた。
著名な事例としては、醍醐の花見のときに豊臣秀吉と三宝院との間で一束一巻の授受があった例や、徳川家康と雲光院が二束を贈った例が知られている。
近世の杉原紙.
戦国時代には各地で紙漉部落が形成されて地域の紙の需要を賄ったが、江戸時代になると、紙の消費者層として新たに庶民（町人）が加って生活必需品の一つとなり、紙の需要はますます伸びた。江戸時代には浮世絵などにも利用された。