直後、かつて正義の危機を救ったミスター・ジャスティスが現れるが、彼の正体はヒーローではなく、地球侵略を目論むフラメンコ星人であった。彼らは人類を進化させる力を持っており、自分たちの同胞とすべく地球へ侵略行為を行っていた。キング・トーチャー、そしてフロム・ビヨンドもその力で進化した存在であると語るフラメンコ星人。彼は正義と一対一の対話を行うことを要求し、正義に進化を促成させる石を渡すが、正義はそれを拒否し、巨大化したフラメンコ星人に絶望的な戦いを挑む。やむを得ず自身を進化させて巨大なサムライフラメンコと化した正義は、自分の信念をこめた拳でフラメンコ星人を宇宙の彼方に放逐することに成功する。
戦いの後、正義の前に宇宙の意思を名乗る高次存在が現れ、物語の終焉を告げる。彼は、世界の悪は根絶されること、ここまでの全ての物語は『サムライフラメンコ』として記録され、宇宙のどこかで読み返される物になることを説明する。最後に正義は常々疑問に思っていた『フラメンコ』の意味を問うが、「フラメンコはおまじないのようなもの」だと教えられた正義は、釈然としない思いを抱えながら平穏な日常に戻る。