病理学的検査も衛生検査所で受託可能であるが、臨床検査技師等による標本作成や細胞診スクリーニングだけではなく、医行為としての病理診断や細胞診断が含まれていることが現実である。病理学的検査受託料金から病理医に支払う病理診断・細胞診断の委託料を差し引くので、衛生検査所での契約単価低下がある場合、病理学的検査部門の経営的各指標は他分野部門よりも変動が大きい。この構造的問題を解決するためには、診断を含む病理学的検査を受託できる施設要件の見直しや、衛生検査所での検査受託について診断内容を含まないもの(たとえば形態学的検査と呼称して区別する)に限定するなどの施策が求められよう。
生体検査は衛生検査所で受託することはできない。
指導監督医.
指導監督医は衛生検査所の管理者が医師以外である場合に、衛生検査所の検査業務のすべてを指導監督するために選任された医師である(施行規則・省令,衛生検査所指導要領)。
病理学的検査と病理診断科.
登録衛生検査所は臨床検査技師等に関する法律で規定された施設であり、医師の指導監督のもとでの臨床検査のうち検体検査、病理学的検査が実施できる。なぜ登録衛生検査所で病理学的検査が行われるようになったか定かではないが、登録衛生検査所は病理学的検査を受託することができ病理標本が作製される。しかし病理標本に対する「病理診断は医行為である」との解釈があるので、登録衛生検査所から病理医または細胞診指導医にから診断または判定についての報告書作成を委託している。登録衛生検査所の病理学的検査報告書として病理医が作製し署名した病理検査報告書が医療機関に届けられる。つまり、病院・診療所から病理学的検査を衛生検査所が下請けし、病理診断・細胞診断を医師が孫請けするという構図である。