避難民の受け入れも本人達の希望で断念し、追われるようにルナツーを出航したホワイトベースはリード大尉のサラミス級巡洋艦に先導されジャブローに向けて発艦。だが、ミライは補給を受けたシャアの追撃を警戒していた。案の定、シャアは常識外の大気圏付近での戦闘に及び、迎撃戦にガンダムを投入せざるを得ない状況となる。アムロはシャアとの二度目のMS戦に臨み奮闘するも帰還困難に陥る。シャアは先の補給で受領していた「ダブルコム」で大気圏に突入。クラウンのザク一機と引き換えにガンダムを大気圏の藻屑にしたかに見えたが、ガンダムはホワイトベース甲板に取り付いて難を逃れる。だが、シャアとの交戦で座標が狂い、ホワイトベースはジオン制圧下の北米大陸に降下してしまう。
ガルマ編.
北米司令官に就くガルマ大佐はシャアと再会して快く迎え入れる。シャアに鼓舞され、自らドップを駆って出撃したガルマだったが、手負いのホワイトベースの思わぬ抵抗に遭う。一方、アムロは大気圏外で孤立させられた恐怖から出撃を拒否するが、ブライトから殴打された後に叱咤され、更にはフラウが出撃すると言い出したことで奮起。「ショルダーマグナム」への換装を指示し、遅れて出撃したガンダムは初めての空中戦をものともせず、敵中孤立していたリュウとハヤトのガンタンクを救出し、ガルマの機甲部隊に大打撃を与える。激昂したガルマはガンダムに迫るが片翼を切り落とされ、更には通信が途絶したことで母艦であるガウ攻撃空母への帰還困難に陥る。ガルマは奇跡的に帰還するが、通信断絶がシャアによる工作だと夢想だにせず部下の失態を詰る。
ホワイトベースは束の間の休日を楽しめることになり、クルーたちは一部を除きバカンスを満喫する。そんな中、郷里が近いアムロは生家に残った母カマリアを訪ねる。だが、中米一帯はジオンと連邦の制圧圏が入り組んでいた。更にジャブロー司令部からホワイトベースにロサンゼルス奪還作戦の命令が下される。アムロは難民キャンプでボランティアに携わるカマリアと再会するが、ジオンのパトロール兵と交戦。アムロ救出に向かったカイ、セイラは追われるアムロを救出。一連の再会劇で息子がすっかり戦争に染まっていることを悟ったカマリアは嘆くが、アムロは母親よりも仲間たちを選ぶのだった。