組換えは連鎖を弱めさせる主要な原因であり、組換えが存在するということそのものが連鎖解析を成立させている。組換え確率の正確な測定と疾患の伝達との関連を見ることにより、疾患の原因遺伝子は一意に特定されてもよいように思われる。しかし組換え確率の推定は前述のように不正確な要素も多く、また組換えホットスポットの存在によって結果として疾患関連領域の位置は大まかにしかわからない。現在現実の疾患遺伝子マッピングでは、むしろ連鎖不平衡のほうがより詳細な領域を同定するために有用である。
DNAレベルの組換え.
分子生物学では、連続したDNA分子の中のある部分が切断と再結合により他のDNA分子の一部と混ぜ合わされることを組換えという。上記の染色体内での組換えはこのDNAの組換えによるものであるが、DNAの組換えには、他にもいろいろなタイプがある。
なお分子生物学あるいはバイオテクノロジーの基礎技術である人工的なDNA組換え（遺伝子組換えあるいは遺伝子工学）も組換えと呼ばれるが、仕組みは異なる。
相同組換え.
染色体の組換えは普通、相同性のあるDNAの間で行われる。これを相同組換えという。
減数分裂の過程で染色体の乗換えに伴うのが普通であるが、体細胞分裂での乗換えに伴うものもある。
相同組換えであっても、染色体の別の位置（染色体レベルでは相同でない）の間で組換えが起これば、座位の数が変化する。その範囲に遺伝子が含まれていれば、遺伝子の重複または欠失につながる。これを不等組換えといい、不等乗換えに当たる。
他のタイプの組換え.
部位特異的組換え.
非相同組換え.
以上と異なり、相同性のないDNA配列の間での組換え（非相同組換え）もある。プロファージDNAが染色体から抜け出す（切り出されて新しいファージを作る）際にこれが起きることがあり、この場合には宿主の遺伝子を含んだファージ（形質導入ファージ）ができる。
体細胞における組換え.
体細胞では、染色体の乗換えに伴う組換えとして、無性生殖する生物におけるものがある。
相同性
ヴィクトリア・アデレイド・メアリ・ルイーズ
染色分体
染色分体異常.
遺伝的組み換え
道の駅豊根グリーンポート宮嶋
概要.
相同組み換え
道の駅鳳来三河三石
以下の企業、機関、医学用語の略称
田中寛一