また、富裕層の子供と貧困層の子供、塾に行ける者と行けない者、参考書を買える者と買えない者、習熟度別授業で学力上位のクラスと下位のクラスなどでの格差を広げるのではという危惧も主に左派リベラル系の立場からされていた。
国際学力テストにおいて順位が下がったことなどにより、学力低下を招いたという批判もある。
批判に対する反論.
『学力低下は錯覚である』（森北出版株式会社）を著した神永正博は、自身のブログで、「根拠がはっきりしないことで、若者をディスカレッジしない方がよいのでは」と補足している。
早稲田大学教授の永江朗は自身の執筆したコラム記事の中で、PISAの順位の低下は「参加国が増えたため」とも、冷静に分析すれば考えられると述べ、「PISAの結果が少し落ちていたぐらいで大騒ぎする理由がわからない」と教育社会学の専門家が疑問を呈しているということを紹介している。
同じくジャーナリストの池上彰も、テレビ番組の教育特集の中で順位の低下は参加国が増えたためであり、学力低下と結論付けるのは早計だと発言した。
元東京大学総長・参議院議員・文部大臣・科学技術庁長官の有馬朗人はゆとり教育によりむしろ理科の力が上がった、と述べている。
広島大学教授の森敏昭は国際教育到達度評価学会 (IEA) の調査結果を検討した上で「我が国の児童・生徒の学力は、今なお高い水準を保っている。（中略）「我が国の小・中学校段階の児童・生徒の学力は、全体としておおむね良好である」という文部科学省のいささか楽観的すぎるコメントも、あながち的はずれではない。」と述べている。
受験産業の反応.
さらには、都立高校などが「総合的な学習の時間」のカリキュラム作成にもたついている間に、日能研をはじめとする一部の塾は
と「総合的な学習の時間」を商品として提供を始めている。私立学校や中高一貫校の入学試験が、PISAに似たものになってきているからである。
日本国外の類似例.
韓国.
韓国の幾何教育はロシアに匹敵するほどの驚異として知られていたが、日本と同様に削減対象になっている。
中国.
中国では受験に特化した学力偏重の詰め込み教育「応試教育（）」によりいじめや校内暴力、社会性の欠如の問題が指摘され、総合学習などを取り入れた中国版ゆとり教育「素質教育」に転換した。また中学生以下の塾の新設が禁じられている。
デンマーク.