陶隆房のクーデターである大寧寺の変では、興盛は積極的に関与せず、大内義隆の助命要請も封殺した。その直後に興盛は病死。嫡男内藤隆時は早世していたので、興盛の死後、嫡孫である内藤隆世が家督を継承した。しかし内藤家中は親陶晴賢派の隆世と、興盛の五男で親毛利元就派の内藤隆春の対立が激化。隆世は大内義長に従って毛利氏に抵抗するも、長門国勝山城で自害し、家督は隆春が継いだ。毛利輝元の母が内藤氏の出身であったため重用されたが、その養子元盛が大坂の陣で大坂城に入城したため、子の元珍らもともに切腹し没落した。以後は子孫が小禄の長州藩士として存続した。
系譜.
周防長門系
内藤氏（三河系）.
三河の松平氏（徳川氏）の家臣で江戸時代に大名となった内藤氏は上述の丹波・周防の内藤氏と同祖とされるが、この間、戦国期までの事蹟は明らかではなく、仮冒の可能性も強い。戦国時代から安土桃山時代にかけて、内藤清長・内藤正成・内藤家長・内藤信成らが徳川家康に仕え活躍し、その功績により江戸幕府の成立後は数家に分かれ、信濃高遠藩、陸奥湯長谷藩、三河挙母藩、日向延岡藩、信濃岩村田藩、越後村上藩などの地で譜代大名として隆盛した。清政の系統は、高遠藩江戸屋敷のあった内藤新宿（現在の新宿区内藤町）の地にその名を残している。
昭和前期に延岡内藤子爵家の住居は東京市渋谷区緑岡町、湯長谷藩内藤子爵家の住居は東京市渋谷区向山町、挙母内藤子爵家の住居は東京市品川区上大崎、村上内藤子爵家の住居は東京市中野区高根町、岩村田内藤子爵家の住居は東京市杉並区阿佐ヶ谷にあった。
系譜（宗家・挙母家・湯長谷家）.
宗家・挙母藩主家・湯長谷藩主家
系譜 (高遠家・旗本).
高遠藩主家・旗本
系譜 (鳥羽家・岩村田家).
鳥羽藩主家・岩村田藩主家
内藤氏（甲斐系）.
内藤氏には甲斐に土着した一派も存在する。代々武田氏に仕えたとされるが内藤虎資が守護武田信虎に粛清され、一時断絶した。
昌秀には実子がなく、信濃国衆・保科正俊の三男・千次郎（内藤昌月）を養子に迎える。
系譜.
甲斐系
安芸内藤氏.
その他の内藤氏.
相模国にも内藤姓を名乗った一族が存在し（相模内藤氏）、この内藤氏も秀郷流を称するが定かではない。また、織田信長に仕えた内藤勝介なる人物もおり、こちらの出自は不明である。若狭の武田氏の被官にも内藤氏の一族が存在する。
概要.