第二次世界大戦前の日本における伽耶地方の研究においては、『日本書紀』に現れる任那日本府を倭国が朝鮮半島南部を支配するために設置した出先機関であると史書どおり解釈したものであった。その流れにおける研究は明治期の那珂通世、菅政友らをはじめとし、津田左右吉を経て戦後に末松保和『任那興亡史』において大成された。
当時、一般的な認識は、任那日本府の淵源を『日本書紀』神功紀にある「官家」に求め、任那日本府は伽耶地方＝任那地方を政治的軍事的に支配したとするものである。
第二次大戦後.
井上秀雄は、任那日本府は『日本書紀』が引用する逸書『百済本記』における呼称であり、『百済本記』とは百済王朝が倭国（ヤマト王権）に迎合的に書いた史書で、従来の研究はこの史書の成立事情を考慮してこなかったと批判した。
また、任那日本府について近代での朝鮮総督府のようなものが想定されることが多いが、実態は、半島南部の倭人の政治集団であると主張し、三国志『魏志』韓伝にある「倭」の記載について、「倭」は百済や新羅による加羅諸国の呼称であって、百済・新羅に国を奪われた加羅諸国の政治集団を指すと主張した。そしてさらに、逸書『百済本記』の編者は、この加羅諸国の別名と、日本列島の倭国とを結びつけたのであり、任那日本府と大和は直接的には何の関係も持たないと主張した。
請田正幸は「日本府」とは政治的な機関・機構ではなく、使者の意味であり、実体は倭王権が派遣した単なる使者であると主張し、吉田晶は、倭国が国を形づくる上で海外の異民族を支配下に置く必然性がなく、国家を形づくる上で主体となる畿内勢力が朝鮮諸国の発達した文化を独占することが要だったと主張、「日本府」の実態を倭王権から派遣される府卿と加羅諸国の首長（旱岐）層もしくは上級貴族から成り立ち、外交を始めとする重要な事柄を論議する会議だと主張している。
こうした中、吉田孝は、「任那」とは、高句麗・新羅に対抗するために百済・倭国と結んだ任那加羅（金官加羅）を盟主とする小国連合であり、いわゆる地名である伽耶地域とは必ずしも一致しない政治上の概念で、任那が倭国の軍事力を勢力拡大に利用するために倭国に設置させた軍事を主とする外交機関を後世「任那日本府」と呼んだとし、百済に割譲した四県は、倭人が移住した地域であったとする。