やがて第二部隊に坂本龍馬の警護任務が与えられ、第二部隊の一員で龍馬の愛刀だった陸奥守吉行は、小規模な歴史改変の影響で期せずして龍馬と行動を共にすることになる。龍馬を死なせたくないと思いつつも陸奥守は、歴史を守るため龍馬を寺田屋から伏見の薩摩藩邸へ護送して任務を果たし、「坂本龍馬が暗殺される正しい歴史」を守ることに成功する。堀川に「元の主に未来を教えたくならなかったか」と問われた陸奥守は複雑な胸中を吐露する。そんな折、薩摩藩邸からこっそり抜け出した龍馬を追った第二部隊は、歴史上では別の場所にいたはずの新撰組と遭遇する。時間遡行軍を阻止し、龍馬と新撰組の接触をなんとか回避した第二部隊だったが、土方の姿を見た和泉守は土方への思慕と審神者からの主命との板挟みとなり、堀川は「和泉守兼定の本心」を汲んで土方を箱館戦争で死なせまいと第二部隊から去ってしまう。堀川の決意は歴史を守る使命に反すること。和泉守と陸奥守は審神者の理解と支援を得て「歴史を守る」べく、そして和泉守の心残りを晴らすべく、土方歳三の最期の地、箱館へと降り立つ。
登場人物・キャスト（活撃）.
※刀剣男士のキャスト、およびキャラクター原案はゲームに準ずる（刀剣男士）が、アニメ独自の設定も多い。
Webラジオ（活撃）.
漫画（活撃）.
実写映画.
戦いの末、時間遡行軍を撃退した刀剣男士たちだったが、本丸に帰還後、織田信長が生き延びていたことが判明する。刀剣男士たちは再び過去の時代へ向かうが、正しい歴史を守るためには織田信長を暗殺せねばならず、かつて織田信長の愛刀だった刀剣男士たちは複雑な思いを抱く。部隊長の三日月宗近は何かを隠しているような態度を見せつつ、隊員たちの糾弾をのらりくらりとかわし、部隊は分裂の危機に陥る。
その頃、織田信長は時間遡行軍の協力の下、自ら明智光秀を討とうとしていた。しかし時間遡行軍の一兵無銘は、何故か明智光秀を守り織田信長に刃を向ける。そこに刀剣男士たちも現れ混戦となった隙に、三日月宗近が織田信長を何処かへ連れ去ってしまう。三日月宗近は、殺すべき織田信長を何故助けるのか、何を隠しているのか。