コメントの表示タイミングは、書き込まれた現在時刻に関係なく、すべて「動画内の時間軸」で扱われる。そのため、コメント投稿そのものに時間差があっても、動画上では書き込まれた時と同じタイミングで表示される（自分の投稿とそれ以前・以後に書き込まれたコメントが並存する）ことになる。その結果、閲覧者はチャットや掲示板のような時系列とは異なり実時間を超越して擬似的に時間を共有することができる（運営側はこれを「非同期ライブ」と名づけている）。メディアの分類方法として、情報の送信されるタイミングと受信側に届くタイミングのギャップの有無により「同期型（ギャップなし）」「非同期型（ギャップあり）」に分けるものがあるが、ニコニコ動画のコメントの場合は「実際にはコメントが投稿される時刻とそれが別の利用者に読まれる時刻は異なる（非同期）が、動画の再生時間上では同一のタイミングでそのコメントが投稿される/読まれることになるため同期的であるかのように錯覚する」という意味で、「擬似同期」の性質を持っていると論じられることがある。コメントに時間の概念を導入したことで、ニコニコ動画は従来の動画投稿には無い「利用者同士の一体感」を獲得することに成功している。コメントを駆使して作成したアスキーアート（AA）で投稿動画を彩ったり、「歌ってみた」カテゴリ動画に歌詞を表示したりといった職人と呼ばれる存在もある。動画の中でも特に盛り上がる場面では、画面を覆い尽くすほど大量のコメントが一斉に書き込まれることもあり、これらを弾幕と呼ぶ。
コメントは動画上にかぶさって表示されるため、邪魔に感じる場合は「コメント非表示」をチェックすることにより、その動画に関するコメントを非表示にすることができる。標準設定は「表示する」であり、コメント非表示設定は記憶されない（プレイヤー上では「忘れっぽいです」と注意書きされている）。
書き込まれたコメントが一定件数を超えると、古いコメントから順に表示されなくなるが、「マイメモリー」に動画を登録することで、その時点のコメントを保存できる。保存したマイメモリーの閲覧時には、任意のコメントの表示・非表示を設定することも可能である。