但し日蓮は『立正安国論』の中で、「国主及び万民が釈尊の心に背いて法華経を捨て、念仏を唱えているから国を守護する諸天善神が日本国を去り、災難が起こるのだ」ということを述べており昭衛および顕正会の主張とは異なる。昭衛の論理は日蓮を神格化し、従わなければ日蓮が罰を下すという構図を作り上げた上で、自身及び当教団に賛同しない者は悉く日蓮から罰すられるという構造になっている。当教団は日蓮宗および親元であった日蓮正宗からカルト扱いを受けており、布教活動のやり方にも大きな問題を起こしている。
他教団との関係と争点.
日蓮正宗、創価学会、正信会、日蓮宗など他の日蓮系教団のいずれとも教義上厳しく対立している。各教団ごとに主義主張（教義解釈）に違いはあるが、日蓮正宗および創価学会・正信会が共通して敵視しているのが顕正会であり、その理由の共通項は「国立戒壇」であるとされる。
創価学会.
日蓮正宗宗門.
日蓮正宗に対しても、日蓮大聖人の御遺命は「国立戒壇」であると主張し続けている。
顕正会と連携、または顕正会から分派した教団.
仏教系以外の勢力.
神道系など他の超国家主義ないしは国粋主義を掲げる政治団体・宗教団体などとも対立している。
日本会議に対しては、神社本庁ともども日本最大の極右団体と断定しその存在自体強い口調で非難する（後述）。
政治的思想.
妙信講としての発足以来、創価学会と対立してきた経緯から、創価学会を支持母体とする公明党の存在を認めておらず、公明党と連立を組んだ政党も批判の対象となっている。その一方で、中国や北朝鮮といった北東アジアの社会主義国家による日本への脅威を主張しており、外交的に極右とみなされることがある。このため一時、公安調査庁の調査対象になっていた。
王仏冥合・国立戒壇建立.
「王仏冥合・国立戒壇建立こそが、国家安泰と世界平和をもたらし、人々を真に幸福にする、究極の政治理念である」と説く。これは「日蓮大聖人の『立正安国論』における『汝早く信仰の寸心を改めて速やかに実乗の一善に帰せよ。然れば即ち三界は皆仏国なり、仏国其れ衰えんや』、および『三大秘法抄』における『王法仏法に冥じ、仏法王法に合して、王臣一同に本門の三大秘密の法を持ちて、乃至、勅宣並びに御教書を申し下して、乃至、戒壇を建立すべき者か』との御指南に基づくためである」とする。