日本の保険診療の場合、診療報酬点数表に基づいて計算され点数で表現される。患者はこの一部を窓口で支払い（いわゆる自己負担）、残りは公的医療保険で支払われる。保険を適用しない自由診療の場合の医療費は、診療報酬点数に規定されず、医療機関が価格を任意に設定し、その費用は患者が全額を負担する。
日本.
日本における問題点.
報酬価額.
診療報酬は薬価を含めた全体引き上げ率で語られることが多い。しかし増額は患者窓口負担や健康保険保険料上昇になるので、増額より配分の見直しが先決ではないかとの意見がある。これは、収入の低い診療科や勤務医に重点配分して、医師不足を是正しようとの考え方である。厚生労働省による医療経済実態調査によれば、診療科ごとの報酬の格差や開業医と勤務医の収入の格差が存在するとしているが、同調査は収支の定義、調査期間、調査客体選定の公平性など、統計処理上の問題点が数多く指摘されており、このデータを元に議論するのは不適切との批判が多い。
薬価差益.
医療機関で処方される医薬品の価格は、診療報酬の薬価として定められている。
院内処方が主流であった時代、診療報酬上の薬価よりも医薬品の実際の納入価格が大幅に安く、これが「薬価差益」と呼ばれ病院の大きな収入確保策となっていた。特に、後発医薬品（当時は「ゾロ」「ゾロ薬」と呼ばれた）は大幅な値引きが行われ、薬価差益が大きくなっていた。このことが多剤併用（いわゆる「薬漬け医療」）の元となり、社会問題ともなっていた。
その後、医薬分業が推進され、更に厚生省の方針により度重なる大幅な薬価引き下げが行われ、実際の納入価格との差が縮小したことにより薬価差益も縮小した。また保険薬局が整備されたことにより調剤報酬は病院経営と切り離された。
これにより、薬価差益の減少傾向は医薬品卸の経営を圧迫することになり、個人薬局が医薬品卸に対して強気に価格交渉を行うことも難しくなった。販売すればするほど損をしてしまう、仕入れ価格が薬価より高くなっている医薬品などもみられる（逆ザヤ）。