山内容堂は在京の土佐藩兵に「此度の戦闘は、薩摩・長州と会津・桑名の私闘であると解するゆえ、何分の沙汰ある迄は、此度の戦闘に手出しすることを厳禁す」と伝令を通して告ぐが、伏見方面では土佐藩士・山田喜久馬、吉松速之助、山地元治、北村重頼、二川元助らの諸隊は藩命を待たず、薩土密約に基づき戦闘に参加し旧幕府軍に砲撃を加えた。これが効を奏し幕軍は敗走。（渋谷伝之助隊は迷った末、参戦せず）土佐藩兵は勝利を挙げるが北村重頼率いる砲兵隊は妙法院に呼び戻され、厳しく叱責を受け切腹を覚悟する中、錦の御旗が翻り、藩命違反の処分が留保される。
近江方面.
淀の戦い.
朝廷による征討大将軍の任命.
同日、朝廷では仁和寺宮嘉彰親王を征討大将軍に任命し、錦の御旗と節刀を与え、新政府軍を官軍として任じた。なお、この錦旗となる旗は岩倉と薩摩藩が事前に作成しており、戦闘の際にその使用許可を朝廷に求めた事から「薩長が錦旗を偽造した」とする説もあるが、朝廷の許可を得て掲げられた事は確かであり、天皇の許可を経たのかは定かではないものの朝廷はそれを錦の御旗であると認めている。
橋本の戦い.
しかし、山崎の一帯を守備していた津藩兵が薩摩藩兵から新政府軍側に味方するように説得され官軍側に転じていたため、淀川対岸の高浜砲台(高浜船番所)から旧幕府軍へ砲撃を加えた。思いもかけない西側からの砲撃を受けた旧幕府軍は戦意を失って総崩れとなった。楠葉台場からは西岸へ向けて反撃の砲撃が行われたが、東岸にも新政府軍が現れた。陸路からの攻めに弱かった楠葉台場も放棄され、旧幕府軍は淀川を下って大坂へと逃れた。また、この戦いで、京都見廻組の長であった佐々木只三郎が重傷（後に死亡）を負ったとされる。
徳川慶喜の江戸城帰還と天皇への恭順.
慶喜一行の大阪城脱出.
大阪湾で開陽丸を探す.
船中でのやりとり.