幼少期は、内気な性格で一人で過ごすことを好み、読書好きで多数の言語を習得した。そして、非常に信仰深く育つが、政治には全く関心を示さなかったため母イサベル女王を落胆させた。
フィリップ美公との結婚.
婚礼の前日、フィリップとフアナは初めて対面する。美公という通称通り、金髪碧眼の美しい姿にフアナは惹かれ、またフィリップにとってもカスティーリャ人のフアナは初めて見るタイプの女性であり、2人は正式な婚礼に先立ち、対面に立ち会ったスペイン人司祭に命じて、その場で簡素な結婚の儀式を行った。結婚当初は、2人は情熱的に愛し合った。しかし元来真面目なフアナは夫の不実を許すことが出来ず、人目をはばからず夫や相手の女に激昂することもしばしばで、フィリップの心は離れていった。夫への猜疑心へ駆られ、次第にフアナの精神状態は不安定になっていった。
王位継承者として.
スペイン到着後、フィリップはフアナの両親であるイサベル女王とフェルナンド王に対し、フアナが精神異常をきたしていると喧伝した上で、自身の王位継承を要求した。しかしフィリップは、スペインの乾ききった土地と謹厳で信心深い人々を嫌い、翌年には臨月の妻を一人カスティーリャに残し、故郷のネーデルラントへ帰った。
カスティーリャ女王として即位した後に生まれた四女のカタリナのみがフアナの手元に留め置かれた。
イサベル女王はフィリップが君主の資質に欠けることを見抜くと、「娘フアナとその夫フェリペをカスティーリャの後継者とする。」と明確に遺言した一方で、フアナのスペイン到着まで、または統治困難な場合はフェルナンドが摂政としてカルロスの成人まで政務を執り行う旨の但し書きを遺した。すなわち、フアナに統治能力がなければ、フィリップ（西：フェリペ）の共同統治権事態も存在しない。一方、フィリップであれば容易に担ぎ上げることが出来ると目論む貴族たちもいた。
即位後.
父と夫の間で.
スペイン王国は、カスティーリャ＝レオン王国とアラゴン＝カタルーニャ王国が統一されて日が浅く、多数派であり絶大な支持を集めたイサベル女王の崩御によって国内は混乱に陥った。フィリップはスペインを訪れて、フェルナンドと対決してでもフアナの実権を手に入れる野心があった。