著者と査読者とがお互いに相手の名前を知らない状態で行われる査読方法を、ダブル・ブラインド法という。これは、（例えば著者が非常に高名なときなどに）著者の名前で審査が偏らないようにするためである（これに対し、一般的に行われている査読者が著者の名前を知っている場合をシングル・ブラインド法ということがある。どちらにしても、査読者の匿名性は保持される）。ダブル・ブラインドで査読を行う場合、著者は自分が誰だかわかってしまうような参考文献をすべて取り払うように要求される。
ただし、一般的にはダブル・ブラインドはあまり採用されない。これは、いくら編集部が匿名性を維持しようと努力しても、失敗に終わることが多いからである。用いているアプローチ、方法、記述方法などから、同じ研究仲間ならだいたい著者がどのグループであるのか、ときには執筆者が誰なのかまで特定できてしまう。
また、伝統的な「査読者の著者に対する匿名」も、徐々に変わりつつある。いくつかの学術分野では、ほとんどの雑誌が、現在では査読者に匿名を維持するかどうかを尋ねるようになっている。論文には、ときに改善点を指摘してくれた査読者への謝辞を名前入りで掲載することもある。
審査の厳しさ.
また、審査は学問分野によっても多少厳しさが異なる。例えば物理学者などには、論文の価値は市場原理に委ねられるべきだと考える人も多く、実際に後述するプレプリントサーバーなど、そのようなシステムが確立している。そのような文化の中でも、査読は出版されるのに十分な高い基準をもたらしている。完全な間違いは見つけられ、著者は訂正や提案を受け入れている。
問題点.
最もしばしば指摘されている査読制度の問題点は、「査読は遅い」というものである。分野によっては、論文を投稿してから印刷されて日の目を見るまで、数か月から数年もかかることがある。査読者の中には、査読に回されてきた論文のアイディアを盗用し、査読を意図的に放置・遅延して公表が滞るようにしておいて、自分の同僚や自分が親しくしている研究者にすばやく連絡をとり教えてしまう者や、（なかには）査読者として読んだアイディアで自分自身の論文をすぐに書いて自分の手柄として先に発表しようとする者すらもいる。