そして神婚の儀が始まり、天の神が襲来し、最終決戦のときを迎えた。亜耶は神官と共に千景砲のエネルギーの充填を、防人は亜耶らの護衛を、樹、夏凜、園子は天の神の侵攻を食い止めるために、そして風と東郷は神婚を阻止するために、それぞれの戦いが始まった。千景砲は一度はエネルギーが足りず失敗し、諦めた神官達は次々と神樹の眷属となり消え、亜耶もまた神樹の眷属となりかけたが芽吹の言葉で「人として生きること」を決意。そして千景砲を天の神に喰らわせた。またほぼ同時に夏凜と園子も天の神に一撃を加えた。その直後、天の神は樹海を火の海にした。一方、東郷は神樹内の友奈の元に辿り着き、以降は「勇者の章」と同様に、友奈を歴代の勇者・巫女達の意志とともに「人として生きる」意志を示し友奈を救出。そして友奈は高嶋友奈に導かれ大満開により天の神を打倒、神樹は壁の外の世界を元に戻して散り、友奈のタタリは消え、全ての戦いは終わりを迎えた。
神樹がいなくなったことで社会には混乱が起こった。風が引退し、樹が部長となった勇者部では今後の方針を話し合う。その中で園子は大赦をぶっ潰すと宣言するが、友奈の言葉や、樹の「勇者部は今まで以上に勇者部になる」という言葉を受けて方針を転換し、勇者部は続けつつ、安芸先生とともに大赦の実権を握ることにした。
登場人物.
バーテックス.
神世紀の人類を支える神樹の破壊を目的とし、友奈たちはこれを倒すために勇者に選ばれる。
ダメージを負わせても再生するため、倒す際には「封印の儀」を行なうことによって本体から「御魂（みたま）」と呼ばれる逆四角錐型の心臓部を引きずり出し、これを破壊する必要がある。ただし、御魂の段階になっても「高速で移動する」「煙幕を張る」「無数に分裂する」といった各々の能力で抵抗するため、「封印の儀」に成功しても容易に決着はつかない。
その正体は、四国の部分だけ残された人間の世界の外界に蔓延る「生命の頂点」の集合体。最小単位の個体である「星屑」は弱く、勇者の敵ではないが、無限に増殖し、新たな黄道十二星座の巨大な個体を構築する材料になる。
園子によると、天の神が人類を粛清するために遣わした存在で、西暦の時代に突如出現し、人類を滅亡寸前まで追い込んだという。