しかし、浅い眠りを増やし深い睡眠を減らすことによって睡眠の質を悪化させる。ベンゾジアゼピンを含む睡眠薬の他の欠点として、その作用に対する耐性が予想されることや、反跳性不眠、徐波睡眠の減少、反跳性の不眠や長期にわたる不安や動揺といった特徴のある離脱期間が挙げられる。不眠症の治療に対して承認されたベンゾジアゼピンの一覧は、多くの国の間でも似たり寄ったりであるが、公式に指定されている不眠症の治療に処方される一次選択の睡眠薬としてははっきりとした違いがある。ニトラゼパムやジアゼパムのような長時間型のベンゾジアゼピンは翌日まで効果が持ち越すため、通常は推奨されない。アメリカで不眠症に対して適応のあるベンゾジアゼピンは、半減期の短いエスタゾラム、トリアゾラムやテマゼパムなどである。
発作.
持続的な痙攣性のは、救急医療が必要とされる状態であり、通常は強い抗てんかん薬である即効性のベンゾジアゼピンの投与によって効果的に対処できる。病院環境では、クロナゼパム、ロラゼパムやジアゼパムの静脈投与が第一選択薬剤となり、クロナゼパムには他より強い抗痙攣作用があり、ロラゼパムは作用開始が速く、ジアゼパムは作用時間が長い。（日本においては、ジアゼパムにのみ注射薬が存在する）通常の環境では、静脈内投与は実用的ではないため、坐剤による直腸からのジアゼパム投与や、（最近では）ミダゾラムの鼻腔あるいは吸収が用いられ、ミダゾラムのほうが投与がたやすく社会的に許容されやすい。
アルコール離脱.
クロルジアゼポキシドは、によく用いられるベンゾジアゼピンだが、
ジアゼパムも代わりに用いられることがある。共に断酒をしようとする患者の解毒に用いられ、ベンゾジアゼピン系薬に対する耐性と依存の形成のリスクを減らすために、短期間において処方される。これら半減期の長いベンゾジアゼピン系薬は解毒を耐えやすくし、危険なアルコール離脱の作用を生じにくくする。一方、短時間型ベンゾジアゼピンはにつながる可能性があり、外来患者の解毒には推奨できない。やロラゼパムは、抱合を介して他のベンゾジアゼピン系とは異なって代謝されるため、特に高齢や肝硬変といった薬物が蓄積するリスクがある患者によく用いられる。