その後、東港はソ連（現：ロシア）、東アジア、東南アジアとの外航コンテナ航路が就航し、液化天然ガス (LNG) バース、ガントリークレーンなど港湾施設が整備された。そして交通網も整備され、周辺地域も工業団地として開発が進んでいくにつれ、徐々に工業港・商港としての体裁を整えていった。現在、西港区は旅客と貨物の双方を、東港区は貨物を取り扱っている。
新潟西港（西港区）.
元々新潟港として栄えたのが西港区であり、信濃川の河口両岸に開かれた河口港である。新潟市中央区と東区にまたがっている。平野の中心にあって大河の河口に位置する点、周囲を小高い丘や山に囲まれていない点で他の条約港とは大きく立地条件が異なる。
国内旅客航路.
なおクルーズ客船が寄港する際、国内のみ航行の場合は前述の山ノ下埠頭、国外へ航行の場合は後述の国際旅客ターミナルが所在する中央埠頭の発着となる。
国際航路.
かつてはロシア沿海州のウラジオストクやナホトカを結ぶ船が夏期を中心に年数回運航されていたが、近年の寄港実績はない。
貨物・工業・漁業.
国際（貨物）航路.
新潟東港開港によって国際物流機能は大半が東港へシフトしたが、現在でも私有の臨港埠頭などを中心に取り扱いがある。
工業.
漁業.
万代島埠頭に漁港区が設けられている。かつては遠洋漁業の基地として栄えたが、現在は沖合漁業と沿岸漁業が主体である。埠頭南側に水揚場が設けられている。
釣り場としての西港.
西港の西側に伸びる防波堤は、古くから釣り場として親しまれてきたが、他港同様に事故防止、船舶の安全な入出港、テロ防止対策等を理由に立ち入りが禁止されている。
新潟東港（東港区）.
新潟市北区と聖籠町にまたがる地域に建設された掘込港である。
開削前の周辺は元々、小さな漁港と砂丘そして田畑が広がる地域だった。開削によって生じた土は、東港と同時期に建設が進められていた関屋分水路からの開削土と共に、新潟バイパスや亀田バイパスの盛り土として活用された。
開港当初は交通網も未整備で公共交通も脆弱であり、周辺は民家が点在する程度であった。そのため、海外から入港する船の乗組員は、新潟港での入港先を「East」と伝えられると、ひどく怪訝な態度になるほどだったという。