タンパク質立体構造分類データベース（SCOP）データベースは、既知の構造の構造的および進化的関係の詳細かつ包括的な記述を提供している。タンパク質は、構造的な関連性と進化的な関連性の両方を反映するように分類される。階層には多くのレベルが存在するが、主要なレベルは次に説明するように、ファミリー、スーパーファミリー、フォールドである。
フォールド（主要構造の類似性）： タンパク質は、同じ配列内で同じ主要な二次構造を持ち、同じトポロジー的な接続を持つ場合、共通のフォールドを持つと定義される。同じフォールドを持つ異なるタンパク質でも、二次構造の周辺要素や、ターン領域のサイズやコンフォメーションが異なることが多い。場合によっては、これらの異なる周辺領域が構造の半分を占めることがある。同じフォールドカテゴリーにまとめられたタンパク質が、進化的に共通の起源を持っているとは限らない。その構造的な類似性は、タンパク質の物理的および化学的性質が、ある種のパッキング配置や鎖トポロジーを好都合とすることから生じている可能性がある。
方法.
スコアリング関数の設計： 構造と配列の間における既知の関係の知識に基づいて、ターゲット配列とテンプレートの間の適合性を測定するための優れたスコアリング関数を設計する。優れたスコアリング関数には、突然変異の可能性、環境適合性の可能性、ペアワイズの可能性、二次構造の適合性、およびギャップペナルティが含まれている必要がある。エネルギー関数の質は、予測精度、特にアライメント精度と密接に関係している。
スレッディング予測： 統計的に最も可能性の高いスレッディングアライメントをスレッディング予測として選択する。次に、選択された構造テンプレートの配置されたバックボーン位置にターゲット配列のバックボーン原子を配置して、ターゲットの構造モデルを構築する。
ホモロジーモデリングとの比較.