御三卿の格式は尾張家と紀州家に準じるものとされた。元服すると従三位に叙され、八省の卿もしくは右衛門督の官職と権中将を兼任し、家督相続後は参議となり、長寿に達すると権中納言や従二位権大納言へ昇進した。当主と嫡子は徳川の苗字（本姓は源氏）の使用を許され（ただし庶子は「松平」を用いる）、参議に任じると田安・一橋・清水を号した。なお、幕府儀礼における御三卿の席次は、御三家の当主とその嫡子の間に置かれたが、御三家の家格が尾張・紀州・水戸の順に固定していたのと異なり、御三卿はその時々に任官した順番が席の高低に反映された。他に、御三卿の正室に対する尊称としては御三家正室と同じく「御簾中」が用いられた。
また、御三家以下の諸大名が江戸城への登城時には大手門から入城し、表御殿の各詰所に控えた一方で、御三卿は平川門から登城して本丸御殿中奥の内玄関（御風呂屋口）を経て、中奥の御控所（おひかえじょ）に入るという相違もあった。将軍の生活空間である中奥に御三卿の詰所があったのは、将軍の最近親者としての御三卿に対する特別礼遇であった。
領地.
家臣.
俸禄の支給についても、御付人は直参として幕府から直接受け、幕臣でありながら陪臣として扱われる御付切は御三卿を介して幕府から受け取り、同じく陪臣とされる御抱入の俸禄は御三卿の賄料から支払われるなどの違いがあった。
家老.
政治との関わり.
御三卿創設の理由は上記のほか、将軍職継承に際して将軍家の「身内」である御三卿から後継者を選ぶことで、後継ぎ争いを未然に防ぐためであったとも言われている。