違いとしては自社が運用し他社販売分の席があるものを「共同運航便」と表記され、逆に他社が運用し自社販売分の席があるものを「共同運送便」または「○○社の機材で運航」と区別されていることがある。この例は、航空会社の予約サイトや一般には鉄道時刻表として有名な『JTB時刻表』（JTBパブリッシング発行）などで見られる。
国内線.
国内航空会社間.
海外航空会社.
地方空港から大都市の国際空港を結ぶ便を中心に、国内線でもコードシェア便が運航される。
例えば、日本航空（JAL）便においてはコードシェア便としてブリティッシュ・エアウェイズやバンコクエアウェイズ、カタール航空、ハワイアン航空などの便名が付与されることもある。そのことにより、海外の航空会社にとっては、日本の空港から自国まで、あるいはその逆経路も一貫して（便名上は）自社の便として販売することが可能となる。同時に日本の航空会社にとっては、海外の航空会社の利用客にまで販路が広がる。
このような場合、海外航空会社便として搭乗できるのは、国際線と国内線との乗り継ぎを行う場合だけで、国内線区間だけを搭乗する場合は、実際に運航する航空会社便としてのみ購入可能となっている。
アライアンス間のねじれ.
以下では日本国内における例を挙げる。
日本航空（ワンワールド加盟）.
なお、共同事業の対象は中国東方航空が日本・中国本土間、ガルーダ・インドネシア航空は日本・インドネシア間である。中国本土（香港除く）とインドネシアはワンワールド加盟の航空会社が存在しない国である。
全日本空輸（スターアライアンス加盟）.
カタール航空はもともとANAとの間で二社間提携を行っており、カタール航空のワンワールド加盟以前は二社間でのコードシェアであった。同社のワンワールド加盟当初は、ANAとのコードシェアをそのままを継続しJALもコードシェアに加わる形になった。
「地域航空サービスアライアンス」の枠組.