全域が瀬戸内海式気候に含まれ、温暖少雨であるが、山上と北斜面は東北北部から北海道南部の気候に似ていて、比較的冷涼で冬季に積雪する。市街地からの距離に比べて標高が高く、山頂付近が高原の様をなしているために、避暑地としての利用も多い。また複数の植物園が高度ごとに立地しており、特に六甲高山植物園は山上の冷涼な気候をいかし高山植物や寒冷地の植物を栽培している。
六甲颪.
冬季に神戸市の北側に位置する六甲山系から吹き降ろす風をと呼ぶ。「比叡颪」や「筑波颪」等と同様、冬場の北西からの季節風が山を越えて太平洋側に吹き降りる際、乾燥して強く冷たい風となって吹くものである。
なお西宮市の阪神甲子園球場を本拠とする、阪神タイガース球団の応援歌『阪神タイガースの歌』も、その冒頭の歌詞にちなんで「六甲颪」の俗称で呼ばれている。この俗称を使い出したのは、元朝日放送アナウンサーでタレントの中村鋭一といわれている。実際に甲子園球場で吹くいわゆる「浜風」は六甲颪そのものとは発生の原理が異なる。プロ野球の最盛期の夏季には「六甲颪」は吹かない。また、同じ西宮市の阪急西宮球場を本拠としていた阪急ブレーブスの球団歌『阪急ブレーブス団歌』の冒頭も「六甲颪に鍛えたる…」となっていた。
植生.
六甲山は元々緑の山であった。山頂付近は落葉広葉樹林、その他は照葉樹林の森で覆われていたのが古代の本来の姿であった。
近隣に人が進出するにつれ、伐採利用が行われるようになり、森の二次林化が起こった。
江戸時代に入ると燃料や資材として山中の樹木の伐採が進みはげ山化した。江戸末期の神戸港開港はこうした事象をさらに悪化させ、明治初期には地表が露出するほどに荒廃した。当時の神戸港の写真の遠景には草木が全く生えていない六甲山が写っている。現在の緑豊かな六甲山からは想像もできない全山はげ山の姿であった。わずかに最高峰付近と寺院近傍にのみ林が残存していたのみである。
砂防.
六甲山は風化花崗岩でできた地質であるため、地表から草木が除かれ土壌が流出すると雨により崩壊しやすい。
動物.
六甲山の天然水と宮水.