その名称は、調理器具の玉杓子に似ていることから付けられた。カエル類の一般的な幼生は、親との外見の相違が大きく、また魚類にも見えない独特の形である。正確には、肺魚（魚類）や山椒魚（両生類）とその特徴が類似しているところもあり、魚類から両生類への進化の過程を垣間見ることができる。水中で泳いでいることから両生類の粘膜状の皮膚も嫌悪を感じさせず、愛嬌のある小動物として認知される。
有尾類の幼生も便宜上オタマジャクシと呼ばれる場合があり、例えば「サンショウウオのオタマジャクシ」などという表現もある。ただしこれらは外鰓（がいさい）が発達すること、早い段階で成体にかなり近い体形であることなどから、あまり一般的ではない。
魚類では全体に流線形など滑らかな体形が多く、胴体だけが大きいオタマジャクシの体形は魚類とも大きく異なる。いずれにせよ、オタマジャクシの形は独特で、それを表現する言葉として「オタマジャクシ型」が通用する。例えば、楽譜に使われる音符や動物の精子を「オタマジャクシ」と呼んだり、学術面でもホヤのオタマジャクシ型幼生の例もある。もっとも、オタマジャクシにも様々な例があり、ヒメアマガエルやツメガエルなど遊泳性の強い分類群では魚に近いプロポーションのものもある。
構造.
全体は頭と腹からなる胴部と尾部にはっきりと区別できる。頭と腹の区別がはっきりせず、首がくびれない点は親に似ているとも言えるが、それ以外の点は大きく異なる。骨格のほとんどが軟骨であるが、成長に従って硬化する。眼は頭部上面両端から側面にあるが親のようには突出せず、小さい。口は先端下側にあって大きく開かない。また、口の周囲には襞（ひだ）と細かい歯があって、餌を削り落として食べる。なお、この襞の部分の構造は種の区別点としても使われる。アフリカツメガエルのオタマジャクシは口のそばに一対の髭（ひげ）を持つ。
頭部の後ろに内鰓があり、そこに鰓孔（さいこう）が開く。左右一対もつ種もあるが、日本産のものは全部左側にだけ鰓穴（さいけつ）がある。鰓孔はやや管状に出て、後ろ向きに開く。有尾類の幼生は外鰓をもつが、カエルでは外鰓は孵化直後にわずかに発達してその後は退化し、オタマジャクシはほぼ内鰓で呼吸する。