大型の老熟したマッコウクジラの体表には多くの傷が見受けられる。特に雄個体には頭部に前述の歯によって噛み合った傷が多く、これは繁殖期で雌をめぐって雄同士争う後によく見られるといわれる。なお傷は時間と共に白く変色していって体表にそのまま残るか、皮膚に埋もれていく。
泳ぎが遅く、深海性のため、暖かい海にいる個体はダルマザメの標的にもされている。
天敵.
人間のほかには、シャチが天敵で、幼獣だけでなく成体も、シャチの群れに襲われ殺されることがある。しかし、成獣はシャチにとっても手強く、日本列島の沖合で、シャチの群れに襲われた雌と子供から成る群れを、どこからともなく現れた未成熟の雄が救援し、その群れを率いて脱出する光景も観察されている。
脳油（鯨蝋）.
脳油はイルカやシャチなどのハクジラ類にみられる反響定位（エコーロケーション）の際に音波を集中するレンズの機能を持つメロンと呼ばれる頭部器官を満たすワックスエステルである。なお、一部で脳漿油と呼ぶ向きもあるが、脳漿は脳の髄液を指す為、全く無関係である。反響定位による音波は他のハクジラ類同様に、遊泳時の障害物の探知や獲物の捜索に使われるが、マッコウクジラの脳油であれば、獲物に対して高い指向性を持った強力な音波を放つことで失神あるいは麻痺に陥らせ、捕らえる事が可能であるという説もある。実際には確認されていない。
捕鯨.
あくまで小説中の話ではあるものの、捕鯨船員のキャリアを持つハーマン・メルヴィルが書いた『白鯨』の中では、欧米においても鯨食は強くタブーとしていなかったため、同時代人から見ても「船員の食肉とすらしない」というのは疑問であったようである。これに対して「眼の前の数十トンの肉塊を見て食欲を催すことはない」「捕鯨船では商品にならない絞り粕を油として使うが、鯨の肉を鯨自身の油で焼くのはさすがに縁起が悪い」と言った主旨のことが述べられている。一方無価値と見られた故に食べたいという船員に対して止めることもなかったようであり、マッコウの尾のステーキなども紹介されている。
なお、前述の鮎川においても余剰鯨肉が捨てられており、後に鯨肥に活用するようになった（クジラ#鯨の利用のその他、残滓の利用も参照）。
マイルカ科
マイルカ科 () は、鯨偶蹄目ハクジラ亜目に属する科の一つ。