国内再統一の後、兵農分離、刀狩が行われた。これ以前に、武士でない庶民が平素から帯刀していた習慣があったことは、日本人と剣術との関わりの深さを認識する上で重要である。
戦場ではなく日常での戦いが前提とされた剣術が主流になったのは、この頃からである。
江戸時代.
死傷者の生じる木刀での立ち合い（試合）は幕府によって禁止され、約束動作の形稽古が中心となり、のちに竹刀と防具が発明され、安全性を確保しながら技を試し合うようになった。
武士が剣術道場を開いたことで非武士階級である、農民や町人が剣術を学ぶようになったことも特筆すべきことである。
殺人刀と活人剣.
「殺人刀（せつにんとう）」と「活人剣（かつにんけん）」とは、元来は禅の『無門関』・『碧巖録』などの公案での用語である。
江戸時代初期、柳生宗矩が『兵法家伝書』において、次のように禅とは異なる意味で使用した。
仇なす悪に打ち勝って確実に殺すのが殺人刀であって、その悪を殺したゆえに万人が救われ「活きる」のが活人剣だと言う。兵法、すなわち刀で人を斬る行為にはこの両面がないとならないと諭し、日本の剣術が殺人技法にとどまらず昇華したことを示す。ここで臨済宗の沢庵宗彭が柳生宗矩に『不動智神妙録』を与えたことにより、江戸柳生で「剣禅一致」が説かれた結果として「刀法の尾張柳生」に対して「心法の江戸柳生」と言われたことは史実であり、禅の考え方が影響を与えたことは否定できない。
上記に挙げられている新陰流の刀法および兵法の武術的解釈では、活人剣と殺人剣という言葉に別の意味が存在する。新陰流には「無形の位・転（まろばし）」と呼ばれる「相手の仕懸に対して転じて勝つ」根義がある。まず構えずに（新陰流ではこれを「無形の位」【無刀取りの自然体】と呼ぶ）相手に仕掛けさせ、それに応じて「後の先」を取るわけである。ここでの活人という言葉は「相手（すなわち人）が動く」という意味で用いられている。この場合の活人剣とは逆の意味で、自分から構えを取って斬り込むことを殺人剣と呼ぶ。また「転」の根義により「浅く勝つ」こと、主に小手へ小さく鋭く打ち込む斬撃が多用されるため（技法、魔の太刀、くねり打ち、一刀両段、西江水などにも見られるが、最も典型的な技法は「転打ち」である）、結果として相手に致命傷を与えず勝つことも多く、その結果として「活人剣」と呼ばれることもある。