元々は当作品がシリーズ最終作であったことが企画担当のおおこおよび稲船敬二によって明かされている（なお、今作で稲船はシナリオプロット提供のみ行い、製作には不参加）。そのため、稲船の提供したシナリオプロットは「シリーズ最終作らしく終末感・終焉感を出した」ものとなり、システムに関しても、「しゃがむことができない」「選択ステージを全てクリアしてからその先へ進む」「トゲトラップでは一撃でミスとなる」といった（初代シリーズを含めた）従来の「お約束」をあえて打ち破る要素が導入されている一方で、これまでの様々な作品からステージ構成・ボスキャラクター・BGMが数多くアレンジされて取り入れられている。
本作では、ボイスが一部のキャラクターのみとなり、また前作はオープニングやストーリーの各所にアニメカットシーンを使用していたが、本作では作中のストーリーデモは一枚絵とテキストのみとなっている（オープニングでは一部でアニメーションムービーが使用される）。今作からステージセレクトのマップが地球規模となった。
ストーリー.
エニグマとスペースシャトルの再起動のパーツを集め、ユーラシアの地球激突を食い止めるためにエックスとゼロは任務を開始した。
ゲーム内容.
この節では特に記述が無い限り、前作までと比較し変更、追加された内容について触れる。
ストーリー進行.
本作の当面の目的は、「被害を抑えるため、（時間内に）地球へと落下するスペースコロニーを破壊する」となる。選択ステージのクリア（ボスキャラクターの撃破）する事で作戦に必要なパーツを入手できる。
コロニー破壊のための作戦は、
コロニー破壊の成功・失敗にかかわらずゲームは進行するが、その後の展開、ひいてはエンディングが異なる。
登場キャラクター.
ボスキャラクター.
今回のボスたちは一部を除いて、シグマウイルスに侵された不幸なレプリロイドたちであり、横の繋がりはない。彼らの所有するアイテムなどを回収するのが本作のエックスとハンターたちの任務であるが、様々な理由で戦うことになる。