くしゃみの基本的な機能は二つある。一つは、体温を上げるための生理現象である。人は、吸気があっても、吐気で鼻腔（鼻の穴）内の体温を保とうとするが、鼻腔内の体温が著しく下がったとき、鼻腔内の知覚神経は脳に体を振動させて体温を上げる命令を出す。これがくしゃみである。二つめは、鼻腔内の埃、異物を体外に排出するための噴出機能である。
鼻腔内には、埃などを知覚しヒスタミンを出して脳が排出するよう判断する機能はあるが、ウイルスに対する知覚機能ではないため、鼻腔など上気道に付着したウイルスなどの異物を激しい呼気とともに体外に排出しようとして起こる呼吸器における反射的な反応ではない。くしゃみが続く現象は、鼻腔に接続する血管や、毛細血管の狭窄やつまりによって、鼻腔内の体温の継続的な格差が生じるためである。くしゃみをする原因としては物理的な刺激（鼻粘膜を毛髪などで刺激する、冷気を吸うなど）や刺激物質の吸引、アレルギー反応などがある。風邪や花粉症などのアレルギー性鼻炎の人でも一般的な症状である。また激しい光刺激（突然の強い太陽光 等々）でも発生することがある（光くしゃみ反射）。
アレルギーによらずに埃や冷気を急に吸い込むなどした物理的な刺激によるものも、ほぼ同様にして反射が起こる。通常は連続することは少ないが、自律神経の異常や精神的ストレスなどが原因で、アレルギーではないにもかかわらず過剰に反応することがある（血管運動性鼻炎）。風邪の場合は、炎症により鼻の粘膜が過敏になっているために発生する。
化学的刺激でも起きる場合がある。 胡椒の粉末を吸い込んだ場合などは、異物が付着したという物理的刺激のほか、胡椒自体の刺激性物質による化学的刺激もあるためくしゃみが発生しやすい。
メカニズム.
なお、くしゃみは不随意運動ではあるが、演技でくしゃみ反応と同様の動作を意図的に行うことは可能であり、コントやコメディ（喜劇）などでも使われる。例えば日本では加藤茶の持ちネタの一つである。
医療・医学.
くしゃみはほぼ上半身全体の筋肉を激しく運動させるほか、息が乱れ呼吸が阻害されるため、くしゃみは連続して発生すると、体力を著しく消耗する。口腔内の唾液を吸い込んでしまい、続けて咳をする事もある。肋骨を損傷するおそれもあるため、多発する場合は抗ヒスタミン薬等が使用される。