しかし、こうした態度は沖縄から来た空手家の指導を疑うようなもので、黙認される場合もあったが大問題に発展した事例も存在した。特に東京帝国大学の坊秀男、三木二三郎らが始めた防具組手は、船越の逆鱗に触れ船越の東大師範辞任問題にまで発展した。また、同じ頃、船越門下の大竹一蔵、坂井賛男、アマチュアボクシングの洪胤植らが九段下に作った「大日本拳法研究会」が、空手と拳闘（ボクシング）の共同研究と称して防具付き空手を始めたが、これにも船越は激怒して坂井を破門にしている。こうした反対に遭い、空手の組手試合の正式な確立は戦後まで持ち越すことになった。
戦後.
本土.
沖縄.
戦後の沖縄では、一心流（島袋龍夫）、上地流（上地完英）、沖縄拳法（中村茂）、本部流（上原清吉）等一部の流派で組手稽古は積極的に行われていたが、こうした例は例外的でややもすれば異端視され、小林流（知花朝信）や剛柔流（宮城長順）などの主要流派では、昔ながらの伝統的な型稽古が中心であった。
しかし、剛柔流でも一部の道場（渡口政吉）では、米国軍人相手の指導において、昔ながらの型稽古では彼らの容赦ない質問を満足させることができないことを痛感して、独自に型分解（分解組手）や基礎組手（基本組手）を制定して、稽古体系の合理化を図っていった。また、小林流でも一部道場（比嘉祐直）で、「掛り稽古」と称して組手稽古を行うところがあった。
しかし、この国体参加問題は、沖縄空手各流派・団体の間に深刻な亀裂をもたらした。全沖縄空手道連盟、沖縄県空手道連盟のほかに、その後いくつかの組織が設立され、ますます混迷を深めた。こうした状況の中で、沖縄独自の組手をどうするかという問題は置き去りにされたまま残り、うやむやのうちに本土の競技空手に迎合したことについては批判も存在する。
組手の変質と多様化.
戦後、試合ルールが統一化されなかったために、防具付き空手、寸止め空手、フルコンタクト空手それぞれが、独自のルールを制定して組手試合を実施した結果、組手のスタイルや技術なども分裂の様相を呈するようになった。