ストーリーはベノムより飛来したアングラー皇帝率いるアングラー軍と戦うものとなっているが、最終ボスがアングラー皇帝とは限らず、アングラー皇帝がプレイヤー以外のキャラクターに倒されてエンディングを迎える場合もある（アングラー皇帝が倒されるのはどのルートでも共通）。
ディラン・カスバートによれば、本作はこれまでの作品とは別の世界線のストーリーとして作られており、公式（canon）であるかどうかは個人の自由だとされている。
あらすじ.
アンドルフの野望が阻止されて数年が経ち、惑星ベノムは禁断の地として誰も立ち入る事無く静寂を保ち続けていたが、突如ベノムからアングラー皇帝率いるアングラー軍が次々と現れ、ライラット系各惑星に攻撃を仕掛けてきて、瞬く間に文明都市は占領された。
ライラット系の危機に立ち上がり活躍してきたスターフォックスのメンバー、ペッピー、スリッピー、ファルコはそれぞれ新生活を送っており、一時チームを離脱していた。後にメンバーに加わったクリスタルはフォックスと愛を育んでいたが、スターフォックスを辞めて欲しいというフォックスの意志に反発し、自らチームを離れ行方不明となっていた。
スターフォックスのリーダーで、ナウスと共に2人で続けていたフォックスだったが、アングラー軍と戦う事を決意する。
登場キャラクター.
キャラクターは一切喋らないが、従来のゲームでよく見られる、キャラクターの会話の「ポポポ」という音を用いている。また、オプション画面ではその音を自分の声にすることも可能である。
プレイヤーキャラクター.
非プレイヤーキャラクター.
イベントなどで登場するキャラクター。
アングラー軍.
今作の敵勢力。ベノムの硝酸の海から姿を現し、ライラット系の各惑星を襲撃した。海洋生物の姿をした者達で構成されている。その正体はアンドルフが残したバイオウェポンが独自で進化したもの。バイオウェポン特有の生命力とアンドルフ譲りの凶暴性と頭脳を持つ。
ステージ.
ステージのクリア条件はエネミーコアの全回収、つまり各エリアにある空母の破壊と敵編隊とミサイルの殲滅であるが、ステージによっては敵を殲滅した後にボス機体との戦闘になる場合がある。また同じエリアでもシナリオによっては戦うボスが変化する。
概要.