トイレシステムについてはベビーっち期、くちたまっち、はしたまっち、にょろっち、くさっちはトイレで排泄をしないので呼ぶ事は無いが、その他のたまごっちは基本的にもよおしている時にトイレのボタンを押すとトイレでする。トイレでした後に褒めてあげると、ストレスが減る。しかし、おつむとしつけがしっかり出来ていないたまごっちは呼ばずにその場で排泄をしてしまう為、トイレ信号をちゃんと知らせる子にしたいなら、おつむとしつけをしっかり上げる必要がある。
ベビーっち（幼児）までは布団をかけずに寝るが、こどもっちからは基本的に布団をかけて寝るようになる。寝る時は鼻ちょうちんを出して寝る種類が多い。
当時はたまごっち達には基本的に性別が無く、単為生殖をしていたが、後に再登場した時に性別が付与され、特に元祖出身のたまごっちは、現在の設定ではオス固定設定になっている種類が多い（現在はベビっち、まめっち、ぎんじろっち、くちぱっち、ますくっち、たらこっち、にょろっち、おやじっち、ポチっちはオスしかいない種類になっている。なお、しろベビっち、まるっち、みみっちは現在はメスしかいない種類である）。
たまごっち一覧.
大きさと頭の良さは『たまごっちボン』参照。
画面構成やグラフィック、ゲーム内の音楽は前作から流用され（お勉強ゲームや、学力コンテストなど新調されているBGMもある）、育成方法にも基本的に大きな変更は加えられていない。
前作との主な変更点は、たまごっちに呼びかけが出来るようになったり、風邪が怪我に変更されていたり、落石で怪我をしたり、注射が塗り薬に変更されたり、前作は隠しパラメータであるわがままやストレスがコマンドを打つ事で見られるが、本作では見られないようになっていたり、大会に出る度にストレスが溜まる仕様に変更されたり、トイレシステムが無くなっていたり、たまごっちによってお墓のバリエーションが違っていたり、ご機嫌アップゲームが前作は「あっち向いてホイ!」だったが、本作は「パネルめくり」に変更されている事など多々存在する。
マップ画面での移動や卵探し、通信ケーブルによるたまごっち交換、たまごっちの成長を一時的に止める「冷凍睡眠」など、新要素の追加によりゲーム性がいっそう強められた。