基金が解散した場合の残余財産を分配する場合、解散日において当該基金が年金たる給付の支給に関する義務を負っていた者に全額移転することとされ、当該残余財産を事業主に引き渡してはならない。もっとも、実際には代行部分の不足額の穴埋めにも事欠く基金が多い。なお政府は、存続厚生年金基金が解散したときは、その解散した日において、当該存続基金が年金たる給付の支給に関する義務を負っている者に係る責任準備金相当額を当該存続基金から徴収する。
運用.
基金はその業務の一部を、信託会社（具体的には信託銀行）、信託業務を営む金融機関、生命保険会社、全国共済農業協同組合連合会（全共連／JA共済連）、企業年金連合会その他の法人に委託することが認められる
この場合、国民年金基金とは異なり、大臣の認可は不要である。また積立金の運用について金融商品取引業者との投資一任契約を締結することができるが、この場合は金融商品取引法に定める投資判断の全部を一任するものでなければならない。
存続厚生年金基金.
清算型基金は、清算計画を作成し、厚生労働大臣の承認を受けることが出来、その承認を受けたときに解散する。清算計画の承認申請は、基金及び各事業主が自らの納付分について作成する清算型納付計画の承認申請と同時に行わなければならない。厚生労働大臣は清算型基金の指定をしようとするときは、あらかじめ社会保障審議会の意見を聴かなければならない。指定後は、基金は代行部分の額に相当する老齢年金給付の支給義務を免れる。
清算型、自主解散型とも、指定日・申請日の翌月以降の老齢年金給付（代行部分を除く）及び脱退一時金等の給付の全額について、支給を停止しなければならない。
現状.
厚生年金基金が解散すると、官報に解散が公告される。
厚生年金基金が代行返上を行い、企業年金基金に年金を移行した場合、厚生年金基金は消滅したものとされ、官報の「企業年金基金設立公告」の中で「消滅した厚生年金基金の名称及び所在地」が公告される
給付.
老齢給付を原則とし、脱退一時金の支給も行う（法定給付）。規約により死亡・障害の給付を行うことができる（任意給付）。
厚生年金基金の加入実績は、ねんきん定期便には記載されない。そのため、定期便に記載される老齢厚生年金の見込額には代行部分が反映されないため、実際の年金見込額よりも低い額が記載される可能性がある。