「事務」という職名から、しばしば民間企業の一般職の「事務員」と混同されがちだが、ここで言う「事務」とは総務・人事・財務・福利厚生等の学校管理に関する業務の総称であって、学校教育法での正確な職名は「事務職員」となる。公立学校（公立大学法人が設置する学校を除く）における職は「一般行政職」と同等である。行政職給料表が適用されることが多いが、自治体によっては学校事務職員のみに適用する給料表を設けている場合もあり、取り扱いは一定ではない。教育業務・技術業務でない「学校事務」の実質的な総括を行っている。教員の中にも混同して事務員と呼ぶ者もいて適切ではないが、本人及び周囲の意識を変えるためにも、学校教育法の「事務職員」という名称については「学校行政職員」と改正すべきとの主張もある。
一般的な教員（教育職）と違い、校内における指揮系統は、校長の監督の下に、事務長が置かれている場合はその下で職位に応じた業務を行う。場合によっては、校長に事故があるときはその職務を代理し、校長が欠けたときはその職務を行うこととなっている副校長・教頭も学校事務と関係があり、また学校教育法施行規則においては、一定年数以上の学校事務職員の経験を有する者は、校長・副校長・教頭に着任することができることが定められている。
公立学校における役職名は自治体によって違いがあるが、概ね下から主事、主任（副主査）、主査、主幹、事務長などがある。
職務.
身分.
学校事務職員は、その経営主体によって次のような身分となっている。
国立大学の付属学校
公立学校
なお、政令指定都市立学校は当該市が採用し、市町村高校（定時制含む）は当該市町村が採用する。
私立学校
採用方法.
公立学校の場合は、毎年、地域ごとに行われる地方公務員採用試験に合格した者から採用される。公立の専門学校（公立病院の付属看護学校等）も基本的に同様である。また、私立学校の場合は学校法人等による定期または不定期に行われる公募等によって採用が行われる。公立学校学校事務職員の採用試験は、概ね高卒程度試験が実施されることが多いが、一部で大卒程度試験を実施する自治体もある。同自治体の一般行政職採用試験に対して、比較的高倍率であることが多い。
業務.
学校事務職員の業務内容は国立、公立、私立等の経営主体、学校規模や地域等によってそれぞれ多様である。