なお、プラットホームのみ地下とし、駅舎は地上にある場合もある。さらに駅をトンネル出口付近に設置したためにプラットホーム末端が地上に露出している場合もある。この場合は地下駅より掘割駅（後述）に近い性質を持つ。
建造物.
地下駅の主な建築素材であるコンクリートは土中の水分に直接接触することで劣化が早まり、構造物としての寿命が地上にある場合に比べ短い。また、東京駅地下施設のように地下水脈に近い場合は常に排水を行わないと駅舎全体が水圧によって浮き上がってしまう心配もある。経年に対応する大規模な改修や修繕が難しく、地上の施設に比べてより多くのコストが掛かる。コンクリートの劣化を防ぐ最大の方法としては水脈よりも深い地下に建設することであるが、高い技術が必要であったり、駅そのものが地下深くになりアクセスが悪くなる、また時には建設時に水脈を破壊しかねないため、難しい。
さらに、廃駅にする場合、地下空間を空洞にしたまま放置することは危険であるが、建造物を破壊してから埋立てることは困難を極めることも問題になっている。そのため建造物をそのままにした状態で土砂等で埋立てるか、建造物を定期的に点検・補修しながら資材置場や避難通路として再利用（例:京成本線博物館動物園駅）することが行われる場合がある。
それ故に地下駅は用途廃止後にも膨大なコストが掛かるという欠点をも持つ。
工法.
建物としての基礎工事は開削工法であれば行われるが、そうでない場合、安定した堅い地盤に建設することが多い。しかし安定した堅い地盤が遠いと基礎工事が困難であるため、簡易な基礎で済まされることも多々ある。仮に駅に基礎工事が行われたとしても線路のトンネルは基礎工事は行われないため地盤が軟らかい場所や、地震が頻発する場所の地下駅は路線と駅との接続部分が経年での劣化が非常に早い。
掘割駅.
プラットホームが掘割内にある駅。地面を掘り下げた掘割内に線路を通してホームを設置したもので、地面よりも低い場所にホームが造られているが、ホーム・線路の上に蓋はされず、天井がない形態の駅である。広義には地下駅に含まれるが、掘割駅の場合には駅舎が掘割の脇の地上に設置されたり、掘割の上に蓋をして地面と同じ高さに設置されたりすることが多いため、地上駅とされる場合もある。
シェルター.