甲種本の特徴としては、文永の役におけるモンゴル・高麗連合軍である蒙古軍の対馬・壱岐侵攻に関する史料となっている点である。また、箱崎八幡による奇瑞や神威の顕現によって度々蒙古軍が撃退されたことが述べられている。さらに、叡尊の祈祷による霊験の成果が強調されており、本書の成立に社寺の祈祷に対する朝廷からの恩賞問題が関わっていた可能性が指摘されている。元寇当時、日本各地の社寺では敵国調伏の祈禱が行われており、蒙古軍が去った後、「我々の祈祷のおかげで蒙古軍はさんざんに打ち負かされた」と朝廷に訴えて武士以上の恩賞を得ようと運動していた。八幡愚童訓も、元寇における八幡神の活躍を宣伝した布教用文書とみられる。（群書類従 第一輯 神祇部 巻十三　収録）
乙種本.
序にはじまり、垂迹、名号、遷坐、御躰、本地、王位、氏人、慈悲、放生会、受戒、正直、不浄、仏法、後世の十四章からなり、各項目にわたり広大無辺なる八幡大菩薩の神徳霊験が述べられている。（続群書類従 第二輯 神祇部 巻三十）
諸本研究と記載の異同.
八幡愚童訓には写本が多数あり、内容も各本で異同がある。
以下、元寇に関する九州での御家人に関する記述についての異同事例を述べる。
評価.
超自然的な内容だけでなく地理的にも不正確な記述が多く、明治後期から昭和前期にかけて活動した考古学者の中山平次郎は「八幡愚童訓は実録にあらず」とこの史料をこき下ろしている。しかし、文永の役を詳述した日本側の史料はほぼ八幡愚童訓だけであったために学界でも長らく活用されていた。
八幡愚童訓は基本的には八幡神の大活躍と霊験あらたかさを宣伝するための文書であり、そのために鎌倉武士の無能さや損害を不自然なまでに強調している。元寇における「一騎打ち」を描いた史料は八幡愚童訓しか存在しない。『元史』『高麗史』や武士たちが幕府に手柄を申請した諸文書などでは、海岸線での集団同士のぶつかり合いによる混戦が描かれているほか、兵力の劣る日本側が夜襲やゲリラ戦で蒙古軍を執拗に攻撃したことが書かれており、一騎打ちのようなのどかな話は出てこない。