ストーリー中、クイズやピクロス、迷路などが用意されているのが特徴的でもある。
あらすじ.
マリオとドンキー.
ヨッシー達が暮らす島「ヨースター島」に遊びに来たマリオ達。しかし、マリオ達がヨッシー達と遊んでいる際、ピーチ姫がクッパに攫われてしまったのだ。マリオとルイージはクッパの後を追跡、マリオの仲間のドンキーコングもクッパの追跡に参加。
しかし、ドンキーはクッパから貰ったバナナを食べてしまい、クッパの手下になってしまった。マリオとルイージはドンキーにおびき寄せられ、ピーチ姫がいると思われるドカンの中に入った先は、ピーチ姫の人形と見知らぬ世界だった。人形の手に置かれていた手紙には「がはははは、まんまと罠に掛かったな。ここは地獄のドンキーワールドだ!奴と戦って死ね!クッパより」と書かれていた。ドンキーを敵に回すことになってしまったマリオ達は、無事ピーチ姫を救出する事ができるのだろうか。
長旅を終えたマリオとドンキーはマリオランドへと帰郷する。しかしマリオ達が見たものは石化したピーチ姫たちの姿だった。
原因を探る中、手掛かりとされる風船の破片に書かれた文面を見てキャプテンクルール率いるクレムリン海賊団の仕業だと知る。マリオとドンキーは、ピーチ姫たちの石化の原因とされるキャプテンクルールを打倒すべく、ドンキーワールドに存在するクレムリン島へと向かった。果たしてマリオ達はクレムリン海賊団を相手にピーチ姫たちの石化を解く事ができるのだろうか。
地蔵倉
地蔵倉（じぞうくら）は、山形県最上郡大蔵村肘折温泉近郊にある仏教遺跡・説話伝承地。凝灰岩の断崖の岩陰に地蔵菩薩の石像が安置されている。
由来.
伝承によれば、出羽三山への道を探していた源翁は、迷い込んだ肘折の山中で地蔵倉に住む、地蔵の化身である老僧（一説には小僧・青年）に遭遇した。地蔵は、「昔、岩山から落ちて肘が折れとても苦しかったが、ここの湯に浸かるとたちどころに治り、法力も増した。」と肘折温泉の存在を源翁に教えるとともに、「湯殿山参拝の後、この地に留まってこの地を守るように」と言って、湯殿山へ至る道へと導いたのだという。
源翁は、豊後の国へ戻った後、家族を連れて再訪し、地蔵倉のふもと（地名・元屋敷）に移り住み、これが肘折温泉の興りとされる。
信仰.