フリーランスや自営業者、声優などの人たちは、全国各地でインボイス制度に対する反対運動を起こし、政府の導入決定に対し反対声明を出した。 
日本漫画家協会も、「現行のインボイス制度導入反対について」の声明を発表し、インボイス制度が始まると「出版社等の発注元が仕入税額控除を行うためには、漫画家からインボイスを発行してもらう必要がある」、「インボイスを発行するためには免税事業者の漫画家は課税事業者への変更を余儀なくされる」、「インボイスを発行できない場合、発注元と漫画家との関係悪化、もしくは最悪、免税事業者であることを理由に取引が中止される等のリスクが出てくる」、「インボイス発行に伴う事業者の事務処理負担が増加する」、「いずれも漫画家の創作活動を阻害するおそれがある」として、インボイス制度を批判した。
東京保険医協会は、「インボイス制度」が大問題である理由を公表した。
大和総研は、インボイス制度について中小事業者の経営に大きな影響が及ぶ可能性を指摘しており、「深刻な問題」であると発表した。
一方で、財務官僚の森信茂樹などはシステム導入コストがかかるとした上で、軽減税率導入により税率が複数になり、その対応に必要な事務コストを大幅に軽減できると主張している。
一方で、免税事業者を理由として選ばれなくなることを回避するために、適格請求書発行事業者として登録すれば、その事業者は本来であれば免税とされるはずの小規模事業者であっても課税事業者となることを選択せざるを得なくなる。
適格請求書発行事業者・仕入税額控除を行う事業者は、適格請求書の保管をはじめとして、登録番号の確認、課税・非課税・不課税の判断、標準税率適用・軽減税率適用の判断などを行わねばならず、税務当局においても、登録番号の付与・管理を行うという事務負担が新たに生じることとなる。
すでに、個人事業主が取引先から登録手続きを行うように圧力を掛けられる事例が多数報告されている。公正取引委員会は、下請け事業者に課税事業者になるように強制したりすることは、私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律（独占禁止法）や下請代金支払遅延等防止法（下請法）に抵触する可能性があることを警告している。
消費税額計算の例.