原作の内容、展開とは異なるオリジナルストーリーとなっている。また、原作に登場した「エノーラ」などの一部登場人物は登場しない。
舞台は、人工浮遊都市「アトール」。海中の土地から引き上げた部品でつくられたこの土地の向こう側には、略奪者集団「スモーカーズ」が潜んでおり、セイジ、ニック、ピーターらは、常に異常がないか監視している。
ある日、ヘレンが土を持って帰ってきた。この土はドライランドのもので、そこへ行けば皆が救われるという。しかしその時、ドライランドを狙うスモーカーズがヘレンの後を追い、アトールへと侵入してしまう。ニックやピーターらは、アトールを守ろうと奮闘するがスモーカーズにより殺されてしまう。合図でディーコンまでもがアトールへと侵入してしまう。セイジは、ディーコンとヘレンとの駆け引きによって猛毒が入っているタンクに落とされてしまう。
その時、マリナーが水中から登場し、スモーカーズに立ち向かう。ヘレンも加勢するが、ディーコンに背後から殴られ気絶してしまう。ヘレンはすぐに目を覚ますものの、マリナーはディーコンに撃たれ水中に投げ出されてしまう。アトールの人々やスモーカーズら全員が殺されてしまった時、ディーコンはヘレンと結婚し、共にドライランドの巡礼の旅をすることを思いつく。その時、殺されたと思われていたマリナーが姿を現し、ディーコンに再び立ち向かう。ディーコンはヘレンに銃を向けるが、マリナーが邪魔をしたために、用意していた脱出用の飛行機に当たってしまい、墜落してしまう。ディーコンは、腹いせにマリナーに追い打ちをかけるが、ヘレンの攻撃によって、自身が火の玉となり水中に落下してしまう。
マリナーとヘレンはガスタンクの爆発する直前でボートに乗って逃げ切り、スモーカーズの野望は消えた。
ストーリーアナウンス.
USJで流れるストーリーアナウンスは次の通りである
未来の地球
環境破壊による温暖化はついに北極と南極の氷をすべて溶かし尽くした
あらゆる陸地は水で覆われ海の底深く横たわっている
ここは、ウォーターワールド
人類は、いくつもの水上要塞を築き、日夜戦っている
彼らの願いは、本物の乾いた土地ドライランドを探しだしそこへ移住すること
しかし、悪の帝王ディーコンの率いる凶暴な侵略者たちスモーカーズは、だれよりも早くドライランドを発見し、支配しようと企んでいる