檀家は一方的な負担を強いられることになったが、先祖の供養といった祖先崇拝への関心・欲求を強く持つことで、檀家制度は受け入れられていった。日本において、死後一定の段階経るとホトケになる（ご先祖様＝ホトケ様）という元来の仏教にないことがあるのは、その代表例である。檀那寺に墓を作るということも半ば義務化されていたが、一般庶民でも墓に石塔を立てる習慣ができたのはこの頃である。檀家は、先祖の追善供養を行い、家の繁栄（守護）を願った。こうした寺を回向寺と呼ぶ。
祈祷寺は、無病息災、恋愛成就といった個人レベルの願い、五穀豊穣、商売繁盛といった家の繁栄の願いなどを寺院参拝の御利益とし、他に祈祷などを行なった。流行仏という言葉も生まれた。また、定期的な縁日や秘仏の開帳を行なうことで布施を集めようとした。ただ、回向寺も檀信徒の信仰心が離れないよう苦心はしていた。祈祷寺と同じく、秘仏がある寺では定期的な開帳を行なったほか、檀家の義務と説いた年中行事も祭事や縁日のような興行的な側面を強くする。布教の一環として説教も盛んに行なった。
江戸時代、人々は回向寺で先祖の追善供養を行なって「家」の現在・将来の加護を願い、祈祷寺で自身の現世利益を願った。
廃仏論と廃仏毀釈.
檀家制度や本末制度によって生じた寺院の強権的な立場は、上記のように僧侶の乱行というような問題も生じさせていた。どのような名目であれ、その立場を利用して檀家から際限なき収奪が可能となった寺院には当然、批判が起こった。また、その批判者は儒者、神道家、国学者など幅広く、数も多かった。これら批判は江戸時代の初期からあり、そのまま明治維新の廃仏毀釈運動まで江戸時代通して存在し続けた。
以上の締め付けもあって、中世のように仏教勢力が一大勢力を築くというようなことは起こらなかったが、それでもこの時代の各種行政サービスを一手に担った寺院の権益を奪いきることは到底できるわけもなく、寺院の腐敗は続いた。明治最初期、多くの寺院の破壊を伴った廃仏毀釈運動が起こるが、その背景にはこのような要因が強く絡んでいた。