ファンタジーミステリとしては、密室で魔法使いが殺されたという事件を扱ったランドル・ギャレットの『魔術師が多すぎる』、マジックアイテムを用いた殺人事件を「嘘看破」の呪文を駆使して捜査する山本弘の『死者は弁明せず』などがある。
パズル・ミステリ.
事件そのものの推理よりも暗号やパズルなどの謎解きに重点が置かれる作品。
ストーリーは重視されず、トリックが解けると結末は数行で纏められたり、そのまま作品が終了しその後が描かれない作品もある。舞台背景も重視されず、謎を成立させるために非現実的な設定（1人は必ず嘘をつき、もう1人は必ず真実を話す双子など）の作品もある。分量が少ないため短編集やショートショート集が多い。アイザック・アシモフの『ユニオンクラブ奇談』シリーズはショートショート集である。
極端な例として京都大学推理小説研究会はジグソーパズルと推理小説を組み合わせた『推理小説×ジグソーパズル 鏡の国の住人たち』を刊行した。
子供向け絵本の『いますぐ名探偵 犯人をさがせ！』は、最初から証拠と容疑者の素性提示されており、その情報から犯人を推理することで論理性を養うことを目的としている。
ジョン・ディクスン・カーの『三つの棺』に収録された『密室講義』や、江戸川乱歩の『類別トリック集成』などトリックの分類や解説をした評論もある。
奇妙な味.
推理小説とも怪奇小説ともつかない奇妙なもので、文学小説として分類されることもある。
推理作家でない作家が書くこともあり、ロアルド・ダールは短編を多数執筆した。
日本独自のサブジャンル.
社会派.
新本格ミステリ.
メタミステリ.
本格作品（前述）の〈手がかりをすべて作中に示す〉ことが作中でどのように保証されるかを問題にしたプロット（「本格」としての解決の後、それが実は作中作であって、後日談があって、新たな捜査の進展があって、意外な真相がさらに明らかにされる、など）も含まれ、この種の推理小説自体の枠組みに対し疑念を呈する作品を「アンチ・ミステリー」（反推理小説）と呼ぶことがある。
日常の謎.
日常生活の中でふと目にした不思議な現象などについて、その理由・真相を探るもの。