やがてほむらは、この偽りの見滝原は自身の願いによってソウルジェムの中に創られた世界であるという結論に達する。現実世界ではほむらは魔女化に至る寸前の状態にあり、そこには、効率的な感情エネルギーの収集方法の確立を目論むインキュベーターの思惑が関与していた。
ほむらから「魔女が存在する世界における感情の相転移エネルギー」の話を聞かされていたインキュベーターは、魔女と「円環の理」の存在を検証するために、ほむらのソウルジェムを外部の干渉から遮断するフィールド内に隔離し、その経過を観察していた。この遮断フィールドは外側からの干渉は遮断するが、内側からは干渉できるよう仕掛けられており、内部のほむら（ほむらのソウルジェムの中にいる魔女としてのほむら）が望んだ、まどかをはじめとする一部の者たちだけはフィールドを通過して結界の中に招き入れられ、記憶を書き換えられ、偽りの見滝原で活動していたのであった。ほむらに「円環の理」を遮断フィールドの内側に招き入れさせ、自分たちが観測可能な状況でソウルジェムを浄化させる、これがインキュベーターの描いた実験のシナリオである。その最終目的は、「円環の理」の観測、そして干渉、制御であった。しかし、実験は停滞する。その原因は、魔女の結界内における記憶の捏造が、ほむら自身とまどかにまで影響していたことにあると、インキュベーターは認識していた。
絶望の力はやがて巨大な断頭台を出現させるに至り、魔女の姿へと変貌したほむらは自ら破滅への道を進み始めた。その時、鹿目まどか・美樹さやか・百江なぎさ・巴マミ・佐倉杏子が、ほむらを救うべく動きだす。その中心的な役割を果たしたのが、さやかとなぎさであった。二人は「円環の理」に導かれた魔女であり、インキュベーターは、鹿目まどかこそが「円環の理」であると認識していたが、さやかとなぎさもまた「円環の理」であった。二人は、まどかの「円環の理」としての記憶と力を秘かに預かり、また、他の魔女から借り受けた使い魔を引き連れ、結界内に入り込んでいたのである。五人と使い魔たちの活躍により、魔女の結界と遮断フィールドは破壊され、インキュベーターの企みは失敗に終わる。