蘭とコナン、そして王女の護衛として雇われていた次元に、キースはサクラ女王とジル王子の猟銃事故がジラード公爵による陰謀である可能性を語る。蘭の救出にやってきた小五郎も巻き込み、王位継承にも関係する捜査網が築かれ、その過程で「世紀の大泥棒」と称されるルパンと「迷宮なしの名探偵」と称されるコナンが、互いにそうとは知らないまま邂逅を果たす。
その後、ルパンは王宮へ潜入してクイーンクラウンを盗もうと画策するが、不二子によって盗まれた後であったうえ、必須アイテムであったヴェスパニア鉱石内蔵アイテムもすり替えられており、ルパンは危機に陥るが、石川五ェ門の手を借りて脱出に成功する。一方、その騒乱を奇貨としたジラード公爵はミラをはじめとする関係者たちを、王宮内にある東屋へ呼び出す。
東屋では、捜査報告とジラード公爵の真意が語られた後、公爵が事前に仕掛けていた爆弾を使ってミラの抹殺を謀るが、侍女の1人に変装していた不二子や、小五郎に変装していたルパン、そして彼からバックアップを頼まれていた次元と五ェ門の活躍によって状況は急転し、猟銃事件に端を発する陰謀劇は落着する。
戴冠式の前、密航者であるコナンはヴェスパニア王国の日本大使館による強制送還に際し、実在しない人間であることを察知されてしまうと焦るが、ルパン一行による拉致を経て不二子の友人の潜水艦により、日本へ送還されることとなった。ルパンと別れる際、コナンは「今度泥棒したら捕まえるからね」と宣戦布告とも取れる言葉を放ち、ルパンも脅かして撮ったコナンの写真を保存して互いを宿敵と認め、ルパンとコナンによる世紀の対決は、ひとまず次回に持ち越す形で幕を下ろした。
その後、コナンは帰国までの間、永遠の若さを狙う不二子に潜水艦内で問い詰められる羽目になった。
ルパンとコナンの「共演」.
「みてミル?」.
キャスト面の備考.