翌日、唯一の生存者アヤとコンビを組むダニエルは、捜査を開始する。オペラ歌手メリッサには身寄りがなく、身体が弱く薬を常用していたが、事件直後に自宅も全焼したため、薬も病院も不明であるという。ミトコンドリアの研究者ハンス・クランプ博士によると、ミトコンドリアが熱エネルギーを発生させて人体を発火させることもできる可能性を示唆したが、事件については口をつぐむ。
アヤたちが署へ戻ると、中止になったはずのメリッサのソロ・コンサートのために、セントラルパークの野外音楽堂に観客が集まっているという。アヤがパーク内の音楽堂に到着すると、イヴは舞台上から「今宵から我々ミトコンドリアが宿主である核を支配するのだ」と宣言する。その途端、観客たちの身体はゲル状に溶けて液状化してしまい、「巨大なスライム」に一体化してしまう。
イヴは舞台から逃げ、アヤがイヴの乗っている馬車に乗りこむと、馬車を引いていた馬が発火し、通りを疾走し始める。戦いの中、「私より赤の他人につくのか」「自分が誰だか知らないようだ。私とおまえは元は…」と語り掛けてくるが、馬が燃え尽きてしまい、アヤは馬車から放り出されて気を失ってしまう。
アメリカ自然博物館内のクランプ博士の研究室で実験を行った結果、アヤの上着に付着していたゲル状のものは、イヴの細胞らしいことが判明する。前田は、「前田の細胞とイヴの細胞」「アヤの細胞とイヴの細胞」をそれぞれ合わせる実験を行う。前田の細胞はあっというまに核との共生関係を逆転して核を支配されたが、アヤの細胞は核を保護強化してイヴの細胞を跳ね返してしまったのだ。
警察署に戻ると、イヴに襲撃されたらしく犠牲者も出ていたことから、アヤは単身でイヴを追う。署の地下に行くと、ダニエルの息子ベンとベイカー部長がいた。アヤが来た瞬間、2人とともにいた警察犬が「異形の姿」へと変身、アヤは警察犬を倒して2人を保護する。
前田によると、現在のイヴは「メリッサの体に寄生している」にすぎず、やがて肉体の限界がきてしまうため、『完全体』とよばれる肉体を手に入れようとしているのではないかと語る。イヴは、人工授精を行っている病院で、精子を手に入れ「自らの体で完全体を産もうとしている」という。アヤと前田は病院へと向かう。