攪拌はガラス棒やマグネチックスターラーを使用する。ガラス棒を用いる際は、壁面にぶつけないよう、円を描くよう静かに動かす。ゴムを変質させる溶液でない場合は、ガラス棒の先にゴムをつけて使用すると良い。ビーカーにふたをする際は、パラフィルムを用いると密閉でき、蒸発を防ぐことができる。密閉が不要な場合は、時計皿を蓋として代用することもできる。
洗浄方法.
ビーカーをどの程度洗浄するかは、ビーカーを使用する状況によって大きく変わる。
例えば、小中学校の理科実験であれば、洗剤をつけたスポンジで外側と内側を洗い、すすいだ後に逆さにして乾かせばよい。洗浄用ブラシおよび電気乾燥機を用いてもよい。外側の次に内側を洗い、すすぎも外側の次に内側をすすげば、外側の汚れが内側に入らずに済む。内壁と外壁のどちらに汚れが付着しているかも分かりやすい。最後にガラス面が水で一様に濡れているかを見れば、綺麗に洗えたかを確認できる。
大学などでより高度な実験をするようになると、汚れの程度と求められる清浄性によって、取扱いは大きく変わる。しかし、手洗いかつけ置きか、どのような洗剤や薬品を用いて洗うかに関わらず、最後は純水または蒸留水を流しかけて、水道水中のミネラル成分を落とす。
安全上の注意.
ガラス製のビーカーは、ぶつけたり落としたりしないよう注意する。ビーカーのふちの部分をつかんで持ち上げたり振ったりしてしまうと、破損して、やけどや切り傷につながる恐れがある。ガラス棒を用いる際も、底面が割れる可能性があるので、上下に動かしてはならない。
また、たとえ耐熱ガラスであっても、加熱の際の温度差でひび割れることがある。そのため、決して直火で加熱してはならない。ビーカーの外面に水滴がついている場合は、よくふき取っておく。空焚きもしてはならない。
最後に、キズ・カケのあるガラス器具は、キズのないものと比較して著しく強度が下がってしまう。明快に分かるものだけではなく、ビーカーの底面などについた光沢が失われ白濁したような細かいキズも、ガラスの強度を大きく低下させている。このキズが起点となって、加熱や冷却後に小さな力で破損したり、底が抜ける事例が報告されている。そのため、必ず事前に点検し、気がついた場合は速やかに使用を中止し、新品と交換して使用すること。
種類.
グリフィンビーカー.