先史時代、縄文時代前期より日本では捕鯨が行われてきた。江戸時代の鎖国政策によって遠洋航海が可能な船の建造が禁止されていたため、遠隔捕鯨化に伴う産業的な拡大は限定的で、これは明治以降の沿岸捕鯨の近代化・沖合捕鯨の開始・南極海商業捕鯨（輸出向けの鯨油の確保による外資稼ぎが主目的で、冷凍船の導入などで持ち帰りが可能に）にもある程度引き継がれた。
また、現行されている生存捕鯨においても捕獲が許可されていない種類の捕獲などのルール違反が発生することが判明しており、中には「生存捕鯨」としての条件を満たしていないにもかかわらずに行われているとして複数の国々から中止を求められている事例も存在する。
国際捕鯨取締条約の解釈.
国際捕鯨委員会（IWC）の目的の一つが捕鯨産業の秩序ある発展であることは、IWC設立の根拠となる国際捕鯨取締条約にも明確に記載されている。
調査捕鯨.
調査捕鯨の仕事は大別すると、鯨体を捕獲する捕獲調査と個体数を数える目視調査がある。鯨の推定頭数の算出や生態調査も目的としている。平行してバイオプシー調査も行っており、こちらでは確保不能なシロナガスクジラなどの種のサンプルも集めている。
また、耳垢栓や生殖腺などの器官は鯨体の内部深くにあり、体内の汚染物質、胃内容物の調査を効果的に実施するためには致死的調査は不可欠である。バイオプシーなど非致死的調査で得られる情報もあるが非効率で現実的でないことはIWC科学委員会でも認識されている。
世界自然保護基金は、日本は生態系調査を目的とする「調査捕鯨」（鯨類捕獲調査）に切り替えたが、捕殺した鯨の肉の一部を商業市場で販売しており、調査捕鯨は科学調査という大義名分を使った疑似商業捕鯨であると述べた上で、日本は集積された情報を独立した審査のために公開することを拒否し、調査で集められたデータの殆どは殺さない方法で得ることが可能であり、日本の鯨調査計画が信頼にたる科学として最低限の基準を満たしていないと批判している。
調査捕鯨による鯨肉の需要減少による過剰在庫の存在.
領海への接近及び侵入.
オーストラリア及びニュージーランドがその領海に隣接する南極海の領域を管理しているという見方がまず客観的にも存在しており、そこが南極の調査捕鯨に対する不快感につながっているとされている。
異文化対立、文化多様性.