主に神社の御神体や石碑や施設に記載されたり、神事などに使われており、一部の神社では符、札、お守りなどに使用するほか、神社に奉納される事もあった。また、機密文書や武術の伝書のほか、忍者など一部の集団で秘密の漏洩を防ぐために暗号として使用されたという。江戸時代の藩札の中には、偽造防止のため意図的に神代文字を使用したものもある。
鎌倉時代のころから朝廷の学者によって研究されたほか、江戸時代にも多くの学者に研究されたが、近代以降は現存する神代文字は古代文字ではなく、漢字渡来以前の日本に固有の文字はなかったとする説が一般的である。その一方で、神代文字存在説は古史古伝や古神道の関係者を中心に現在も支持されている。
明治のころまでは、単に「古い時代にあった（未知の）文字」という意味で「古代文字」と呼ばれるものもあり、遺跡や古墳、山中で発見された文字様のものがそう呼ばれた。この例としては、筑後国で発見され、平田篤胤の著書で有名になった筑紫文字、北海道で発見されたと主張されたアイノ文字等がある。
歴史.
戦後の著名な論考として、神代文字実在論を「妄説」とした山田孝雄の『所謂神代文字の論』があり、実在性を問題とした研究史に終止符を打ったことで知られる。
現代では、清水豊、山下久夫、岩根卓史などによって、平田篤胤の思想研究のための「疑字であることを前提とした」神代文字研究が行われている。
議論.
肯定論側には目的の異なる多種多様な主張が存在し、否定論側もそれぞれの主張に対する反論であるため、全ての記述が神代文字全般にあてはまるわけではない。また、言葉の定義が一定ではない為、すれ違っている主張もある。
否定説.
神代文字存在説への批判は江戸時代に既に湧き起こっており、特に「古史古伝」にかかわるものや平田篤胤が唱えた「日文」に対して行われた。否定説を唱えた者としては貝原益軒、太宰春台、賀茂真淵、本居宣長、藤原貞幹、伴信友などがある。現代においては証拠の不存在から否定説が主流である。
存在説.
肯定論は明治以前には強く主張され、卜部兼方、忌部正通、新井白石、平田篤胤、大国隆正等が唱えた。しかし、必ずしも同じ文字について語っているわけではなく、自らの文字こそが神代文字であると主張し、他の文字を否定する事もある。
芳香族
LCD
概要.