世間一般では「脚が短い」と思われているが、実際には体内の皮下脂肪の内側で脚を屈折している。関節はこの状態のまま固定されているので、脚を伸ばすことはできない。体外から出ているのは足首から下の部分だけである。成鳥ではほとんど脂肪に隠されており表面上見えないが、生後まもなくの脂肪の少ないペンギンではその骨格がはっきりと見てとれる。
分類.
系統樹の目間は 、目（科）内は より。
ペンギン目は海鳥・渉禽類（の一部）からなるクレード の一員である。姉妹群は外洋性の海鳥のミズナギドリ目である。
ペンギン目は現生科に関しては単型である、つまり、ペンギン科のみが属す。
歴史上のペンギン分類には大きく分けて、いずれかの海鳥の仲間だとする説と、他に類縁のない独特のグループだとする説とがあった。
 はペンギン目を廃し、現在の 全体を拡大したコウノトリ目に含めた。ペンギン科はグンカンドリ科・アビ科・ミズナギドリ科（現在のミズナギドリ目）と共にミズナギドリ上科に含めた。
 はペンギン科とペンギン目を系統的に再定義し、ペンギン科は現生ペンギンの最も新しい共通祖先の子孫、ペンギン目はペンギンの祖先が飛翔能力を失ってからの子孫とした。
ペンギンの絶滅属については、以下の系統が求まっている（属分類と矛盾する部分は簡略化している）。ただし遺伝子による系統に比べれば分岐は不確実である。
生態.
陸上ではフリッパーをばたつかせながら歩く姿がよく知られているが、氷上や砂浜などでは腹ばいになって滑る。これをトボガンという。
食性は肉食で、魚類・甲殻類・頭足類などを海中で捕食する。
人間との関係.
飼育対象としてのペンギン.
ごく少数だが、家庭のペットとしてペンギンを飼育している例もある。ただし、ペンギンの大半の種類はワシントン条約で保護対象となっており、捕獲や輸入が規制されているため入手が困難であるほか、大量の餌や水、気温の調節などで飼育コストが高く、臭いや鳴き声が大きいなど、ペットとしての飼育は非常に困難である。
捕鯨との関わり.