本作のボスたちには「レベル」の概念があり、ゲームの進行具合（ハンターランク、コロニー衝突までの時間）によってレベルが増減し、ライフエネルギーなどパラメータが異なってくる。条件にもよるが、ボスラッシュ時にはレベルが最も高くなり、ライフエネルギーもゲージが画面の下端から上端に達するほどの長さとなる。
また、シナリオの状況やエックスとゼロ、どちらで対峙したかによってセリフや言葉使いも変化し、状況によっては完全にイレギュラー化し思考回路が破壊される者もいる。
選択ステージのボスキャラクター.
エックスの能力.
特殊武器.
敵専用武器.
アーマー.
本作より、性能が異なる複数のアーマーが選択・使用可能となる。その代わり、従来のようにアーマーのパーツで部分的に装備、および取得と同時にステージ内で即装備することはできない。
フォースアーマー.
ゲームスタート時のキャラセレクトでエックスを選択した時に入手でき、ゼロを選択した場合は破壊されて使用できなくなる。
また、隠しコマンドを使用してスタートした場合はアルティメットアーマーに置き換えられるため、使う事は出来ない。
飛行性能を付加したアーマー。攻撃力よりも機動力を重視した設計で、鷹の意匠が各所に存在するデザインとなる。
開発当初は「ウィングアーマー」という名称だったが、デザイナー（日暮竜二）が鷹をモチーフにデザインを起こしたため、現在の名称に変更された。
ギガアタックのアクティブスキルは、ダメージを受けたときに蓄積するギガエネルギーを向上する他に、攻撃範囲を狭くなる代わりに連続でダメージを与えやすくなる。
アームパーツと同様の武器アイテム「アローバスター」も登場する。
ライト博士が試作中だったという、古いアーマー。派手さを廃したシンプルかつ重厚なデザインが特徴。パワーを重視しており、チャージ速度が非常に早く、さらにはトゲトラップを無効化するなどの特殊な性能も備えているが、エアダッシュができずダッシュ速度が遅い、特殊武器や強化パーツが一切使用できないなどの制約も多い。
この他、説明にはないが、ハシゴの昇降速度も上昇する。
アルティメットアーマー.
ゼロの能力.
必殺技.