両院協議会を開き得る対象案件は「先議院・後議院の順で送付・受領して議決する案件（法律案、予算、条約の承認、憲法改正原案、国会承認・承諾案件など）」であり、また「案件」ではないがこれに「内閣総理大臣の指名の議決」が加わる。これらに該当しない案件（国会同意人事など）では（両院で同時期に同様の内容の議決は行うものの）形式上は両院で相互に送付・返付・受領等をする関係にない対等な各院終局案件であり、両院の議決が一致しない場合であっても両院協議会を開くこと（求めること）はできない。
臨時会及び特別会の会期の日程に関する議決、並びに国会の会期延長に関する議決において、両院の議決が異なる場合又は参議院が議決を行わない場合は衆議院の議決によるとの規定があるが、これについても先議・後議の順がなく対等・独立の議決であるため両院協議会の対象とはならない。
開会請求が必須とされる案件.
予算の議決、条約の承認の議決、首相指名の議決において衆参の議決が異なった場合は、所定の院が必ず両院協議会を請求し、開かなければならない。両院協議会を開いても意見が一致しないときは、衆院の議決が国会の議決となる（衆議院の優越）。
予算.
条約の承認.
内閣総理大臣の指名.
開会請求が任意とされる案件.
法律案.
したがって、法案の議決が異なる場合の両院協議会の設置は、衆議院に実質的な決定権がある。
憲法改正原案.
憲法改正原案において衆参の議決が異なった場合は、原則として先議院が優先的に両院協議会請求ができるなど、先議院・後議院の間の差異自体はあるが、衆・参どちらかに特定した優先措置はなく、その意味では相互に平等な規定となっている。
その他の国会の議決を要する案件.
上述の事例以外の「国会の議決を要する案件」において後議院が先議院の議決に同意しない場合は、先議院のみ両院協議会を請求することができる（衆・参の扱いに優劣はない）。
議事.
なお、両院協議会は国会議事堂中央の両院協議室（通常は、会期決定や延長の際に開かれる常任委員長会議がひらかれる委員長室をその日だけ名称変更する）で開催される。
成案.