日本共産党は「党員の自覚と厳格な規律による全党の統一と団結こそは、党の生命であり勝利の保障」と規定して民主集中制を組織の原則としている。そのため、派閥ごとに独自の政策、派閥間の駆け引きや離合集散などを引き起こすとして、派閥をつくろうとしていると見なしたり、党の執行部の方針と異なる意見を持つ党員に対して除名など厳しい処分を下してきている。 日本共産党は民主集中制を「党内部の規律」であり、一般社会に押しつけるものではない事、「党員が党の一員としての自覚にもとづいて自発的に守るべきもの」としている。
中央組織.
都道府県組織.
地区組織.
支部.
職場にもとづいてつくられる支部は「職場支部」、地域で結集する支部は「居住支部」ないし「地域支部」、大学など学園の学生で組織されるものは「学園支部」などと呼ばれる。共産党支部は、他の日本の政党には見られないほど多く組織され、都市部の居住支部はとくに身近に存在し、このことが同党を大衆政党（組織政党）として特徴づけている。
支部の最高機関は支部総会、指導機関は支部委員会である。ただし、党員の少ない支部は支部長を指導機関とする。支部総会はすべての党員から構成され、支部委会員ないし（指導機関としての）支部長を選出する。支部委員会はその内部機関として、支部長を選出する。支部には必要に応じて、副支部長をおいたり、下部組織としての班をもうけたりできる。班には班長をおく。
例外だが、状況によっては、社会生活・社会活動の共通性（階層）にもとづいて支部をつくることができる。現在は青年という年齢層にもとづいて組織される「青年支部」、複数の学校にまたがる「学生支部」（学園支部は同じ学校で組織されるので区別される）がある。
後援会.
政治資金.
産経新聞は、神奈川県逗子市、川崎市、座間市、福岡県行橋市といった自治体で日本共産党の議員らが「しんぶん赤旗」の勧誘・配布・集金を行っている、と報道している。また、橋下徹大阪市長は日本共産党が政党助成金に反対していることを「きれい事」「全国の役所が購入してすさまじい額のお金を払っている。政党助成金そのものだ」と述べている。