作品解説は他作品とは異なり本編に挿入されており、江戸川コナンが車に乗り込む場面で新一のナレーションが入る形式になっている。しかも新聞記事のシーンは無く、蘭の紹介ナレーションも蘭が映りこんだ際に「彼女は同級生の毛利蘭」と紹介した後に新一がコナンになった経緯を語るという今までに見られなかった珍しい試みがされている。また、本作でメインとなる鈴木園子が初めて紹介され、オープニングのキャストクレジットにも園子役の松井菜桜子が追加された。
回想ではあるが、この作品に限り蘭の中学校の制服がブレザーになっている（他の作品やアニメではセーラー服）。
ストーリー.
佐藤刑事と高木刑事は、都内で強盗犯とカーチェイスを繰り広げていた。佐藤は巧みなドライビングテクニックで強盗犯の車を追い詰め、横転させる。そのまま逮捕されることになった強盗犯は、「神海島」と「ジョリー・ロジャー」という意味深な言葉をつぶやき、意識を失った。
そんな中、トレジャーハンターの1人が、海底宮殿を探索中にサメの群れに襲われ死亡した。当初は不幸な事故と思われたが、ダイビングスーツに残っていた痕跡から、コナンはこの事件が殺人だと推理する。さらに、東京からはるばるやってきた目暮警部の話から、トレジャーハンター達が昨日都内で起きた強盗事件の犯人とつながっていることが明らかになる。
その日の夜、島の観光館にトレジャーハンター達が泥棒に入り、逃走中に何者かからライフルで狙撃されるという事件が起こった。さらに翌日、蘭と園子がトレジャーハンターたちに連れ去られてしまう。蘭たちを助けるために1人、コナンは海底神殿に向かう。
トレジャーハンターは海底神殿で海賊船を見つけるも、そこに財宝が無い事がわかり、蘭達を始末しようとする。そこにコナンが助けに現れトレジャーハンター達を制圧し、彼らの仲間を殺した犯人である神海島観光課長の岩永城児が後をついて来た事にも気づいた。岩永が神海島の宝探しを企画した真意は観光客に財宝の謎を解いてもらうためだった。その直後に起きた地震で入り口が塞がれた上、神殿内に海水が流れ込むが、神殿内に噴出していたメタンガスを爆発させて船ごと脱出する策を思いついて実行する。自分の分の酸素ボンベを持っていなかったコナンが窒息しかけるも、それを察知した蘭に救われる。