この時代の村上氏の系譜
村上氏の系図の混乱.
中務大輔もはっきりと満信の子であるとはわからないし、が定かではない。頼清に関しても史料的に確認が取れない。頼清に関しては、。。など多数あるが確定を見ていない。義国については優良な史料では存在の確認が取れていない。また、持清の子には成清という子以外は史料にみえない。満信の弟に関しても優良な史料には記載がない。それぞれに問題点をはらんでおり、この時期、。
諸説一覧
小笠原氏の内紛と村上氏の再興.
実力者小笠原政康の死後、小笠原氏惣領職をめぐって政康の長男の小笠原宗康と京都にあって将軍家の奉公衆を勤めた政康の甥（兄の子）の小笠原持長との間で家督相続をめぐって争いが起きた。持長は結城合戦や赤松満祐の討伐でも功績があり、幕府の実力者管領畠山持国とも縁戚関係にあり、問題を複雑化させた。
その戦乱の中で村上氏は着実に勢力の回復を図り、中信濃と南信濃に分かれて対立する小笠原氏を尻目に北信濃を手中に収めていった。
戦国時代.
戦国大名としての躍進と没落.
安土桃山時代・江戸時代.
義清の子の村上国清（山浦国清）が武田氏滅亡後一時的に信濃に復帰するも、上杉氏の家臣としての立場であった。国清は独自で各大名家と書状のやり取りをしていたことを上杉景勝に他家に内通と疑われ、勤めていた海津城代を辞めさせられ、家臣も四散して没落し、歴史から姿を消す。国清以降の信濃村上氏については水戸家に仕官した庶流など各説あって定かではない。また、村上氏諸氏の一部は上野国、下総国等の国々に飛散してしまったといわれる。なお、安土桃山時代に登場した村上頼勝は信濃村上氏の一族と称している。
現在の村上氏.
村上氏の末裔といわれる墓標は長野県上水内郡飯綱町に現存している。
信濃村上氏の後裔となる氏族.
屋代氏（矢代氏）、平地氏、滝沢氏、東条氏、室賀氏、雨宮氏、清野氏、安川氏、波多氏、百瀬氏、上条氏、下条氏、飯田氏、島本氏、福沢氏、出浦氏、小野澤氏、力石氏、山田氏、平屋氏、今里氏、二柳氏、小野氏、岡田氏、古池氏(小池氏)、小泉氏、三川氏、牧島氏、吉田氏、安藤氏、上野氏、西川氏、林氏、栗田氏、千田氏、山浦氏、吾妻氏、倉科氏、塚田氏、福島氏など。
系譜.
 源頼清
 　 仲宗
 　 顕清 仲清
 　 為国 盛満 宗清
 　　　　 村上為国
 　 信国 泰遠 　 安信 経業 基国