その後、鎌倉に東国政権を樹立すると、各地の武士が続々と頼朝支配下へと入っていった。急速に増加した支配下の武士等を秩序だって組織化するため、以仁王の令旨が利用された。すなわち、令旨に従って頼朝の支配に入った武士等は、一律に「御家人」として組織された。御家人には武士出身の武士御家人と、文吏僚出身の文士御家人とがいた。武士御家人の有力者が千葉氏、三浦氏、小山氏等であり、文士御家人の代表が大江広元、三善康信、二階堂行政等である。
治承・寿永の乱期には、本拠である関東以外の各地の多くの武士を服属させる（御家人として組織化する）必要があり、平氏追討に従う武士を御家人として認定し本宅を安堵する「本宅安堵」が多く行われた。関東の御家人の多くが頼朝の所領安堵を通じて御家人となっていたのに対し、本宅安堵の御家人に所領安堵する権限を有していたのは荘園領主たる本所や国司だったため、頼朝は本所・国司の権限を侵すことなく、地位を安堵することで御家人を組織したのである。
このように御家人は、鎌倉殿から直接に所領安堵を受ける御家人と、本宅安堵を受ける御家人に分けられる。前者には東国に在住し、早い時期から頼朝に臣従していた者が多い。地頭職に補任されるなどの厚い保護を受ける見返りに、有事には緊急に鎌倉に参集する義務を負っていた。後者は国を単位に編成され、「国御家人」と呼ばれた。治承・寿永内乱の終結後は、大番役への催促を通じて各地武士の国御家人化が進められ、西国武士の多くがこれにより国御家人へ編成された。国御家人を統括するのは守護の任務であり、大番役を催促するとともに、大番役勤仕の御家人名簿を幕府へ提出していた。
御家人は、上記のとおり直接所領安堵・本宅安堵の区分のほか、広大な所領を持ち数カ国の守護を兼ねる有力御家人から、ごく狭い所領しか持たない零細な御家人まで大小さまざまな規模であったが、鎌倉殿に等しく従属する家人として、身分上は同格として扱われた。ただし、同時の主従関係では従者は己の利害により自由に主人を選択出来たし、複数の主人に仕えることも出来たので、御家人の中には、京都の公家を主人とする者も存在した。また、有力御家人はその勢力を伸張する中で、小御家人を家人化する例もあった。
御恩と奉公.