西武池袋線方面は石神井公園駅・保谷駅・清瀬駅・所沢駅・小手指駅・飯能駅発着が設定されている。東武東上線方面は志木駅・川越市駅・森林公園駅発着が設定されている。東京メトロ副都心線内発着として和光市駅・池袋駅（着のみ）・新宿三丁目駅発着が設定されている。東急東横線内発着として渋谷駅・武蔵小杉駅・日吉駅（発のみ）着が設定されている。
各駅停車.
西武池袋線方面は石神井公園駅・保谷駅・清瀬駅・所沢駅・小手指駅・飯能駅発着が設定されている。また西武ドームでの試合日では西武球場前駅発が設定される。東武東上線方面は志木駅発着が設定されている。東京メトロ副都心線内発着として和光市駅・小竹向原駅（発のみ）・千川駅（発のみ）・池袋駅（着のみ）・新宿三丁目駅発着が設定されている。東急東横線内発着として渋谷駅・自由が丘駅（着のみ）・武蔵小杉駅・元住吉駅・日吉駅・菊名駅（着のみ）発着が設定されている。また線内運転として横浜発が設定されている。
臨時列車.
本路線沿線で花火大会などのイベント開催により一時的な多客時輸送を行う場合、混雑のピークが予想される時間帯に限り、みなとみらい線内では全列車各駅停車とする臨時ダイヤを組む。その場合は事前に駅構内ポスターや電光掲示板、東急およびみなとみらいの公式ウェブサイト上で告知されるほか、臨時列車も運転されることもある。
みなとみらい号.
西武ドームへの観客輸送.
女性専用車.
歴史.
建設当時の仮称駅名は、横浜側から順に「横浜駅」（横浜地下駅とも呼ばれた）・「高島駅」・「みなとみらい中央駅」・「北仲駅」・「県庁前駅」・「元町駅」だった。またもともと、高島駅（現在の新高島駅）は計画されていなかったが、東横線高島町駅廃止の補償も考え、後に都市計画が決定したことにより追加された駅である。
国鉄横浜線との直通計画.
しかし、並走する根岸線の処理や国鉄分割民営化議論の影響、国鉄の財政問題もあり、国鉄横浜線への直通計画は実現しなかった。
直通先を東急へ変更.