彼はそれから一本の系統樹すなわち百科全書の樹についての言及を始める。彼がここでも強調していることは、他のすべての学問の諸原理を内蔵しているとみなされ、このため当然百科全書的順序においては最上位を占めるはずの学問の大部分が、観念の生成史的順序においては同じ地位を維持しないことである。「人間知識の系統図」をつくる際は、百科全書順序と生成史的順序とをできる限り満足させるようにつくったという。そして系統図を体系づける三つの能力と知識、すなわち記憶に結びつく「歴史」、理性の成果である「哲学」、そして想像が生み出す「芸術」について言及している。
第一部の最後では、この『辞典』で百科全書的順序をアルファベット的順序と調和させるのに、どう骨折ったかを説明している。
第二部.
芸術と文学がすでに尊敬されていたのにひきかえ、哲学は同じ進歩をしなかった。彼はこれを説明するのに、たとい観念の順序において理性の働きが想像力の最初の努力に先行するとしても、後者は、それが第一歩をはじめてからは、前者よりもずっと早く進むものであると述べている。また、無知の幾世紀の自称学問なるものの全体をなしたスコラ学が、この光明（啓蒙）の最初の世紀における真の哲学の進歩に障害となったといっている。
スコラ学に進歩を阻害されながらも発展した哲学を代表する人物としてフランシス・ベーコンについて触れている。彼の学問の分類はダランベールの「人間知識の系統図」をつくる上での土台となった。次に、代数を幾何に応用したデカルト、微積分計算と級数の方法を発明したニュートン、形而上学を心の実験的物理学に還元したロックについて述べている。
第二部の後半にはディドロの『趣意書』を基にした文章がつけ加えられている。この部分では、百科全書を作成するという仕事そのものの目的と百科全書の構成方法について書かれている。彼らが目指したのは「技術と学問のあらゆる領域にわたって参照されうるような、そしてただ自分自身のためにのみ自学する人々を啓蒙すると同時に、他人の教育のために働く勇気を感じている人々を手引きするのにも役立つような」辞典をつくることだった。