医師の労働市場の自由化を阻み、自由意志による職場選択を妨げ、その流動性を硬直化させる働きをもつ。いわゆる医師不足は、大学医局が、大学病院以外の総合病院、市中病院で勤務していた医局員とよばれる医局に所属するメンバー医師を、強制的にその病院から退職させて大学病院に異動させたことにより、顕在化したという指摘がある。また、医師不足に悩む総合病院に医局に属さない医師が自発的に自由に就職することは困難であり、それを試みようとすれば、まず同病院を支配している大学医局のメンバーになることを強要されることから（つまり、その医師が医局員でなければ、その給与の天引きはできない）、これを嫌う医師の募集が進まず、医局は医師不足解決の足かせにもなりうる。 
医局に属している限り、医局メンバー勤務医には同医局からの庇護がある（医局員は、医局に上納金をもたらす原資である）。医局員の行動が順法範囲にあるかぎり、反社会的言動、行動も許され、その生活が守られる仕組みがある。ただし、医局組織から脱会を試みると、同医局から制裁措置を受けることがある（上納金を失うことを嫌う）。結果、医局に属する勤務医の精神構造を半永久的に学生レベルに留め、社会化、成人化することを阻む作用をもつ。 
医局に属するためには、医局費および同門会費の二重会費を医局に納め続けなければならない。これを怠ると医局内規を破ることになり、制裁措置が発令されうる。また、学会主催、来賓接待などの名目で、臨時医局協賛費が各医局員から徴収されることが多い。これら集められたお金は、大学医局幹部の自由裁量で医局活動費の原資となる。大学病院以外の市中病院で勤務する医局メンバー医師にとっては多くの恩恵は期待できない。
たとえて言えば、医局は芸能事務所、医局員医師はその事務所に属する芸能人、各関連病院は各テレビ局の番組、といった関係に比喩しうる。総じて医局員医師の給与は高いものとは言えない。
医局に対する報酬.
医師の派遣を受けた関連病院は、研究費を大学医局に寄付することで実質的な見返り・報酬を支払う事例が多く見られた。
国公立病院、自治体病院、公的病院に比し、民間病院からの上納金は障害少なく容易に支払われまた比較的高額であるため、医局員は民間病院に出されることも多い。