普通列車（快速列車を含む）の普通車自由席などでは、車内改札は省略されることが多い（とりわけ大都市近郊）。特急列車（新幹線を含む）であっても混雑が激しい場合は省略することがある。理由として、混雑の激しい車内ではその実行が困難となること、自動改札機が導入されている地域では有効な乗車券類がなければ出場出来ないこと、また、乗車カードの普及に伴い入場記録の確認が困難であること、地方の線区ではワンマン運転が行なわれていることなどによることが挙げられる。
東日本旅客鉄道（JR東日本）の首都圏の快速・普通列車自由席グリーン車ではSuicaグリーン券利用者には座席に着席した上で、購入に使用したSuicaを天井のグリーン券情報読取部にタッチして緑にした場合に限り、車内改札を省略しているが、紙片のグリーン券利用者等には車内改札を行っている。
指定席車両の改札.
座席指定制を採用する特急・快速・普通列車では指定券の確認のため、車内改札が行なわれるのが原則である。但し、乗務員の携帯端末に座席の予約状況を送信するシステムの導入が進んでからは、その状況は変わりつつある。
JR東日本では、「ひたち」「あずさ」「成田エクスプレス」などの首都圏近郊の特急列車の多くでは、予め座席指定券（指定席特急券・指定席グリーン券）を購入した段階でその情報が乗務員の持つ携帯端末に送られ（DoPa網を使用）、普通車及びグリーン車の指定席車両の車内改札は行わない方向に進めている。乗務員は車内改札の代わりに携帯端末の指定席予約情報と乗客の着席状況を照らし合わせて、一致していれば正規の乗客であると推定して通過する。指定券が発行されていない席に乗客が着席している場合などに限って車内改札を行う。但し東海旅客鉄道（JR東海）から直通する篠ノ井線特急「ワイドビューしなの」は情報端末が対応していない為、無条件で車内改札を行う。全車指定席の特急「スーパービュー踊り子」においてはドアカットで車両入口を限定した上で係員が指定席特急券を確認している。近年投入された特急車両では、普通列車グリーン車と同様のランプが天井に取付けられており、指定席発売状況に応じてランプの色が変化するようになっている。