周囲の者たちが泣いて見守る中、ソクラテスは執行人の指示通り、歩き回り、足が重くなってきてから仰向けに横たわる。執行人がソクラテスの足・すね等を強く押して尋ねながら麻痺の進行具合を確認していく中、下半身から徐々に麻痺が広がり、下腹部まで来たところで、ソクラテスは顔にかけられていた覆いを自ら取り、クリトンに医術の神アスクレピオスに対して雄鶏一羽の感謝の供え物をするよう依頼する。これがソクラテスの最後の言葉となった。クリトンが他に言うことはないか聞き返すも返事はなく、しばらくして体がピクリと動いたので覆いを取ると、ソクラテスは絶命しており、クリトンがその口と目を閉じた。
最後にパイドンが、これが知りうる限り当代で最も優れた、特に知恵と正義において最も卓越した人の最期であったと締めくくる。
論点.
「哲学者」と「魂 (思惟)」.
本作は、死刑当日のソクラテスが、仲間に哲学者（愛知者）としての生き様・死に様、その本当の意味を説く話が柱となっている。その過程で、「魂の不死」を証明する問答が始まり、『メノン』で登場した想起（アナムネーシス）説や、本作で初めて（その成立経緯と共に）理論的に明確な形で登場するイデア論を交えながら、その論証が行われる。
哲学者（愛知者）たちは知恵の探究に没頭し、飲食・装飾品といった世俗的な贅沢には興味・関心を持たず見向きもしないため、一般人には「死人同然の生き方」をしていると思われている。しかしソクラテスは、哲学者（愛知者）たちは自分がそのような生き方をしている真義を分かっていないと言う。
ソクラテスは、哲学者（愛知者）たちがそのような生き方をしているのは、知恵の探究によって目指される「正義・美・善や真実在」といったものの把握には、思考・思惟のみが役に立ち、肉体的感覚は役に立たないどころか邪魔になるので、自ずとそれを遠ざけるようになるからだと指摘する。