その中にあっても、南北両地域で信仰された神々も存在した。しかし政治が発展し、村落が集まって部族を形成し、ノモスという地域に発展した結果、部族の神々が寄り合わさり、ある神は同化し、ある神は他神の追従者となり、ある神は消失していった。
また、南北両地域において、人々が死後を信じる独特の信仰を発展させていったこと、そして、この死後の生活は現世の生活とほぼ同じように考えられていたことなどが明らかとなっている。
初期王朝時代から出現した重要な女神には、
などがいた。
第一王朝時代の頃には、すでにオシリスとイシスに対する信仰がエジプトに存在していた。
セトとホルスの神話.
ホルスに関しては、エジプト統一直前には、南北両地域の住民がホルスを崇拝していた。後のトリノ・パピルスによると、ナルメル王以前の両地域の王たちは、「ホルスに従う者」と呼ばれ、最高神であるハヤブサの神を彼らの守護神としていた。
ホルス信仰が盛んになると、セト信仰は衰退していった。
宗教儀式.
初期王朝時代やそれ以前は、部族長が土地の神々のために儀式を行った。しかし時代が進むにつれて、儀式を執り行うのは、王やその代理人である最高神官が神殿で儀式を行った。
初期王朝前半には、王や貴族の埋葬の際に、来世で主に付き添い仕えるよう、女性や召使いが主と共に埋められたことが資料から明らかにされている。こうした習慣は、初期王朝時代に小像や模型を墓に入れる習慣へと徐々に変化していった。身分によって埋葬に違いが見られるようになったのも、この頃である（マスタバ墳の出現）。
古王朝時代に編集され、書き下ろされたピラミッド・テキストには、より古い時代の思想と習慣を表している文章があり、初期王朝時代に食人が行われていた可能性を示している。
 彼らの魔力を食らい、気高さを飲み込むものは、彼（すなわち王）
 彼らの内で大きいものは、王の朝食のために。中ぐらいのものは、王の夕食のために。そして、小さいものは、王の夜食のために。
 彼らの中の老人と老婆は、王の蒸香のために。彼らが最年長の者の大腿部を入れた鍋に、火を付けるは、北天に座す偉大なるものたち
ラー信仰.
この時代から、ピラミッドの建設が始まり、古王国時代の初めまでに「王だけが永遠なる生命を受けて天空を運行して暮らすことができる」という思想が確立した。