ゲームの舞台となる天原では、悪事を取り締まる「奉行所」と、やくざの「青門組（あおとぐみ）」が対立しており、そのあいだで「町人」たちが暮らしている。
プレイヤーはエリア内での自由行動中、これら各勢力から「仕事」を受けることができる。各勢力の本拠地付近には主人公に仕事を依頼する人物が立っており、話しかけて依頼を受ける。一刻が過ぎるまでのあいだに目的を達成し、これを依頼主に報告すれば仕事は成功となり、報酬として金を受け取れる。
各勢力には、「勢力度」「信頼度」というふたつの隠しパラメータがある。これはゲーム中にプレイヤーがさまざまな行動をすることによって変動する。
「勢力度」が高いほど、その勢力に属する人々が
町中に増え、仕事でもらえる報酬が増えたり、店での品物の数が増加したりする。数値が変動増減する条件としておもに「各勢力で任された仕事を成功させる」「施設で代金を払う」「各勢力に属する人々を殺す」などがある。
「信頼度」が高いほど、プレイヤーに対して親しく接するようになり、より報酬の高い仕事を任せられる。逆に低いほどプレイヤーへの反応は厳しくなり、町人勢力の場合は町なかの民に逃げられ、店の利用を拒否される。奉行所の信頼度が低いと同心や岡引が捕縛しようと襲い掛かってくる。ゲーム開始時点では各勢力とも同じ数値で、数値が変動増減する条件としておもに「各勢力で任された仕事を成功させる」「各勢力に属する人々に襲いかかる、目の前で抜刀する」「店で金を払わず逃げる」などがある。各勢力のイベントのうちいくつかは、この信頼度の状態によって見られなくなる可能性がある。
施設.
前作はさびれた峠が舞台のため、主人公が金を払って利用できる施設は鍛冶屋くらいであったが、本作は町が舞台となるため新たに施設が追加され、上述の鍛冶屋のほかに「自宅」「店」「道場」が登場する。
本作では町なかにある長屋の一角が自宅となり、ここで休憩を取り時間を消費することで体力・気力を回復させられる。