モバイルSuicaの会員は、モバイルSuicaアプリからあらかじめ携帯電話で「モバイルSuica特急券」の購入・引き取り（モバイルSuicaにきっぷの情報を記録）を行うことで、新幹線 に、自動改札機にタッチするだけでチケットレスで乗車できる。タッチする場所はSuicaエリア内は「Suicaをふれてください」、Suicaエリア外は「モバイルSuica特急券をふれてください」と書かれている。
ただし、普通車自由席の新幹線特急料金が特定特急料金である区間（隣の駅まで等）では、きっぷと比べて割引額が小さく、きっぷと同額の区間もある。グリーン車用も同様にきっぷと比べて割引額が小さく、無割引の区間もある。また、はやぶさ・こまち・かがやきなどの全車指定席の列車では指定席が満席の際には立席特急券が発売されることがあるが、モバイルSuica特急券では立席特急券を取り扱わない。
モバイルSuica特急券は、取り扱い上特別企画乗車券の一つと見なされるため、新幹線駅で乗車券部分も打ち切られ、乗車距離に関わらず特定都区市内に関わる規定が適用されない。このため、在来線と新幹線を乗り継ぐ場合には在来線区間の運賃が別途発生し、新幹線停車駅以外の特定都区市内発着の場合は通常の切符を購入した方が安くなるケースもある。
なお新幹線の停車駅でも、改札外から直接新幹線改札を通過（入出場）する場合、または新幹線停車駅に有効なモバイルSuica定期券が搭載されている場合を除き、当該駅からの在来線の最低IC運賃以上のSF残額がないと窓口での処理が必要である。
また、モバイルSuica特急券を取扱う新幹線各駅で在来線改札を通過する場合、自動改札機設置箇所ではそのままタッチして通過できるが、Suicaエリア外の新幹線駅で自動化されていない改札口では駅係員に申し出て通過する。
利用にあたってはJR東海が提供する「エクスプレス予約」への会員登録が必要である。
モバイルSuica非対応の機種.
旧機種のサポート終了.
モバイルSuica対応機種は、モバイルSuicaの公式ウェブサイト を確認のこと。
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