急激にクラッチを接続したり、速度に対して低すぎるギアを選択するなど、路面とタイヤの摩擦に対して強すぎるエンジンブレーキが作用すると、駆動輪がスリップし車両が不安定となる。未舗装路や氷結路など、摩擦係数の低い路面で比較的発生しやすいが、フットブレーキのみ使用するよりは安全であるとされてきた。これは、例えば左右の車輪で摩擦係数に大きな差がある場合(左車輪が氷結路面、右車輪が乾燥路面など)、各車輪を個別に制動するフットブレーキでは左右の制動力にも差が生まれ、車体が横滑りを起こす危険がある一方、エンジンブレーキではディファレンシャル機構によって制動力が左右均等に作用するためである。近年ではABSを含む横滑り防止装置を採用する車両も増えており、上述のフェード現象やベーパーロック現象が生じない限り、フットブレーキのみでもカバー出来る。
また、近年の日本製の中・小型車の主流となっている金属ベルト式CVT（無段変速機）の場合、エンジンブレーキ多用は駆動系へ負担をかけ、滑らかな変速ができなくなる可能性がある。そもそもエンジンブレーキはフットブレーキの性能が貧弱だった時代に推奨されていたものであり、フットブレーキの性能が向上した現代の車にはエンジンブレーキを多用する理由は無いとする評論・専門家もいる。
オートレースの競走車はアクセルを完全に閉じることで非常に強力なエンジンブレーキをかけることが出来る（一般的なエンジンにあるアイドリング機構が無い。）。
鉄道車両.
気動車やディーゼル機関車のうち、自動車のMT同様の構造を持つものや、液体式変速機を持つものでも、直結段では理論上はエンジンブレーキが使える。しかし鉄道車両の場合、車体重量がエンジン容量に比べて大きく、かつ線路と動輪間の摩擦係数が金属製のため低いという特徴を持つため、効果的な減速が行えないことと、動輪の滑走を防ぐため、長らくエンジンブレーキが常用されることはなく、連続する下り坂でも制輪子による制動が行なわれてきた。制輪子以外の制動方式として、ハイドロリックダイナミックブレーキやトルクコンバータを利用するコンバータブレーキもあるが、これらもエンジンへの制動力の入力を回避するためである。