前作で「たたかう/まほう/アイテム/?（状況に応じて変化する）」だったコマンド欄は「たたかう/まほう/アイテム/ドライヴ」になり、「たたかう/しょうかん/チェンジ/れんけい」のコマンド欄に切り替えられるようにもなった。それらの新システムの中から、特筆すべきものを以下に記述する。
ドライヴ.
新たに追加された「DRIVEゲージ」を消費してフォームチェンジを行い、ソラの戦闘能力を上げられるシステム。使用するとソラの服の色と戦闘スタイルが変わる。発動の際にはHP・MPが全回復し、周囲の敵を吹き飛ばせるようになるため、ピンチの時の切り札にもなる。変身できる時間は限られているが、時間の上限はフォームのレベルやアビリティにより、上げられる。各フォームにはアクションやサポートに関わる固有のアビリティが設定されており、自分でカスタマイズすることは不可能となっている。また、敵を撃破した後に発生する会話イベントなどは変身したフォーム姿のままでイベントが進む。
れんけい.
ソラがパーティメンバーや召喚キャラと連携攻撃を繰り出すシステム。ソラのMPをすべて消費することにより、多数の敵を巻き込む強力な技を使用できる。
リアクションコマンド.
あらすじ.
しかし、ある日を境に急に見知らぬ少年の夢を見たり、街で自分にしか見えない現象が起こったりと、身の回りでおかしなことばかりが起こり始める。ロクサスは謎を追いかけていくうちに、自身の過去、そして何故自分がトワイライトタウンにいたかを思い出し、そして夢の中の少年：ソラと出会うも、姿を消す。
その後ソラ、ドナルド、グーフィーが記憶の眠りから目を覚ますと、そこは（前作で眠りについた）忘却の城ではなく、トワイライトタウンだった。わけもわからず街を探索する内に王様と出会うが、列車に乗るよう告げるとどこかへ消えてしまう。
声の出演.
オリジナル版キャスト（日本語） / 『ファイナル ミックス』版キャスト（英語）の順。ただし『FM』でもシアターモードでは日本語音声を聴ける。
登場ワールド.
本作では一部を除くほとんどのワールドを時を跨いでから二度（ワールドによってはさらに多く）訪れることになる。そのため、ストーリーのボリュームはシリーズでも最大級となっている。
PVの変更点.
発売前に公開されたPVと本編の映像では、若干異なるものや削除されたものがある。