こうした筑後川の河川生態系及び漁業保護に対して、河川行政を担う国土交通省は漁業協同組合からの要望を受けてダムや堰の河川維持放流を実施して生態系と漁業資源の保護を行っている。
利根川河口堰（利根川）や長良川河口堰（長良川）などと同様に、筑後大堰建設に際しては計画発表当初から有明海漁業協同組合連合がノリ・エツ漁への重大な影響を懸念して強固な反対運動を展開。
建設省（国土交通省）はこうした漁業協同組合の要望に沿う形で、管理する松原ダム（筑後川）・下筌ダム（津江川）からエツやアユ漁のシーズン、及び渇水によるノリ色落ちの可能性がある場合に漁協の要請があった時に放流を行い、漁業の円滑化とノリの品質保持を図る方針を取った。
この放流事業は筑後大堰のほか、九州電力が管理する発電用ダムである大山川ダム・夜明ダム（筑後川）においても国土交通省の指示により連携した放流が行われ、現在においても漁協の要請によって継続的に実施されている。
こうした官民一体の施策によって筑後川の河川生態系と漁業資源保護が図られるようになったが、密漁対策や水質汚濁対策なども課題となっており絶滅危惧種の個体数回復までにはまだ遠い状況である。
生態系.
筑後川流域の生態系について植生及び鳥類・哺乳類・両生類、昆虫などの生息状況は建設省が行った「河川水辺の国勢調査」に詳しい内容が記載されており、「筑後川水系河川整備基本方針」におけるデータはほぼ「国勢調査」より引用している。
鳥類では上流にヤマセミ、カワセミやカワガラスといった種が渓流沿いに棲息、中流ではコアジサシなどが、そして下流においては国の天然記念物であるカササギを始めオオヨシキリなどが棲息している。シギ、チドリ、カモ、カモメ類も中流から下流域に掛けて多種が棲息する。
昆虫類では上流部の森林地帯にヒラタクワガタなど甲虫類、蝶類が分布。ニシカワトンボなど渓流を好むトンボも多い。中流部より下流ではバッタやテントウムシ、カメムシなどごくありふれた昆虫類やコガネグモなどのクモ類が多い。
魚類ではコイ科の外来種のソウギョやハクレンが定着していることが知られている。
景勝地・観光.
筑後川流域には景勝地や観光スポットが多いが、その大半は上流部に集中している。