これは頭胸部と腹部にまたがる部分である。吸胃から後方に続く部分は、頭胸部の後半部から左右に突出し、それぞれ前に向かって胸部前方に至り、群によってはその先端部で融合する。この部分を前出分腸（）と言い、ここからは付属肢の基部に向かって嚢状に突き出ている。この部分を分腸枝（）という。この部分では消化が行われていると考えられている。
腹柄を通り抜けるとそれに続く中腸は大きく膨らんで腹部背面近くを通る。この部分では数対の分枝が出ており、これを腺様中腸（）と言い、さらに細かく分枝して腹部の心臓の両側に大きな固まりとなる。ここでは消化と吸収が行われると考えられている。クモが餌を取るとすぐにこの部分に送られ、腹部が膨大する。
後腸部.
中腸末端に左右一対のマルピーギ管がつながっており、さらに膨らんで糞嚢 () となっている。最後の部分は直腸（）で、そのまま肛門に続く。
呼吸器系.
クモ類の呼吸器としては、書肺と気管がある。特に前者は付属肢由来であると考えられる。
書肺.
書肺（）は、クモ類とその近縁の独特の呼吸器官である、肺葉片が偏平で、それが並んでいる様子が書物の頁のようであることから、その名がある。
気管.
循環系.
他の節足動物と同様に開放血管系であり、動脈の先端から血液は細胞間（血体腔）へ直接流れ出て血リンパとなり、再び心門から循環系へ取り入れられる。心臓は腹部背面にあり、腹部と頭胸部へは動脈が走る。
心臓.
血管.
前行動脈は腸管の背面にあり、腹柄を通って頭胸部に入り、吸胃の上で左右の小動脈に分かれ、さらに細かく分かれて付属肢などに入り込む。側腹動脈、尾行動脈はそれぞれ枝分かれして腹部の諸器官の間に広がる。
なお、腹部に流れ出た血液のうち、書肺を通ったものはそこから心臓へ向かう血洞を通って囲心腔へ入る。この血洞を肺静脈（）と言い、クモ類の体内では唯一の静脈である。これは酸素を多く含んだ血液を優先的に心臓へ送り、全身へ送り出す仕組みである。
排出器官.
排出器官としては、マルピーギ管と脚基腺がある。
マルピーギ管.