翌朝、シンタローはメカクシ団という奇妙な団体のアジトで目覚める。
そこには妹であるモモこと如月桃の姿があり、事件の顛末を聞かされることになる。
第二章.
対戦形式で貴音が参加者を相手する、ということを危惧する遥。
最初は勝っていた貴音だったが文化祭終盤で如月伸太郎に敗北。文化祭の出し物の中でMVPに選ばれた。
隠したかったこと（中二病をこじらせたアカウント名など）は遥にバレてしまうも、思い出に残る文化祭になった。
先にプリントを終わらせた遥はネットゲームを始めるが、貴音は構って貰いたくてヘッドフォンで音楽を聞き始める。その結果、貴音は遥が発作を起こしたことに気付くことができず遥は倒れ、病院に運ばれる。病院に運ばれた遥の荷物を取りに行く貴音は学園祭以来の後輩である友人、アヤノこと楯山文乃に「自分の気持ちに素直になってください」と言われる。自分の気持ちに気付いた貴音は遥のいる病院に急ぐが発作により倒れてしまう。 目覚めた貴音が電脳世界の中から見たのは謎の研究施設と遥のゲームキャラクターである「コノハ」、明らかに雰囲気の違う担任・ケンジロウの姿だった。
第三章.
カゲロウデイズから抜け出したコノハとヒビヤを追いかけてきたメカクシ団は、ヒビヤの能力や能力取得のきっかけである「大きな口」の存在、モモの能力の制御など大きな進歩をする。その矢先メカクシ団最後の作戦となる「カゲロウデイズ攻略作戦」が始まる。
第四章.
第五章.
カノはエネに元の身体に案内すると提案する。信じようとしないエネに、カノは「身の上話をするから飽きたらどっかに行って構わない」と言って話を始める。
以上のことを冴える蛇に脅されてキドやセトにも言えなかった様子。またヒビヤたちがカゲロウデイズに接触することを知っていた模様。全てを話し終えたカノの前に（エネは身体に戻った）セトが現れる。重圧に耐え切れなくなったカノがセトに心情を吐露し始め、セトはカノの思考を読み取る。
最終的に、カノは皆に全てを打ち明けることを決意する。
第六章.
学園祭当日、遥はシンタローを連れたアヤノと出会い'エネ'こと貴音とシンタローの対戦を見てゲームに憧れる。景品を持ってシンタローに渡し、ゲームについて教えてもらう。