自治体の設置する公立病院であっても関連病院となるが、一般の公務員と同様に公に求人を行い学歴に関係なく実績や能力のあるものが採用されるべきであるという考えから問題視する声もある。
保険医療制度の元では、医師の経験や技量を問わず、同じ医療行為に対して同一の対価が支払われる仕組みになっている。従って、経験が浅く、賃金も安い医師を雇用した方が病院としては経営上有利である。また、雇用した医師が経験や技量を取得し、高い賃金を要するようになると、新たに若い医師と入れ替えた方が経営上有利である。医局はこのような病院側の事情をくみ入れ、必要に応じて医師を転属させる。こうして病院は人件費を一定に抑え、経営を安定させようと図る。医師の派遣を受けた関連病院は研究費を提供するなどして教授の研究業績に寄与し、有名教授の下にはさらに入局者が集まるという図式であった。
派遣される医師は、病院を点々と転属しながら経験を積んで、理想的には自分の技量レベルを最も求めている病院へと赴く。しかし、現実にはすべての病院が理想的な職場環境ではなく、医局人事は（理想的には）低待遇の病院を出来るだけ多くの医師の間に割り振って、特定の医師が低待遇の病院で長期搾取されることを防止する役目もある。さらに、高度な医療技術を学べる施設に派遣された医師は、その後医局に対する「お礼奉公」と称して、しばらく低賃金で僻地の診療所などへ派遣される習わしがあった。このことによって（理想的には）医局は医療過疎地を保護する役目も果たしていた。
学閥を中心に勤務医師たちが徒党を組み、その団体に所属するものを同じ村人、属さないものをよそ者として認識する性向をもつ。これは、医局という（闇の）人材派遣会社に属するか属していないかという観点から考えれば、当然の帰結である。