オートポイエーシスの作動のなかには、オートレファレンス（自動言及）と呼ばれる作動がある。オートレファレンスとは「産出されたもの（引用者注：構成素）がたんに存在するだけではなく、みずから自身を感知している作動のあり方」である。オートレファレンスは「自己が作動をつうじておのずと自己の境界を区切るだけでなく、自己がそれとしてみずからを区切る」。
この作動は「二重作動」という機構によっても、理解することが出来る。二重作動とは「ある出来事を実行することが同時に別の事態を引き起こすこと」である。
【自己言及】.
【メタモルフォーゼ】.
オートポイエーシスは、反復的な作動をとおしてメタモルフォーゼをする。
具体的なシステム.
【心的システム】.
心的システムは「思考（ノエマ）」を産出するシステムである。河本によれば、心的システムはオートポイエーシスシステムの本性にしたがって、かたちを自在に変えながら作動を反復する。
「思考（ノエマ）」とは、知覚された要素である。知覚には単位がある。なぜそのような単位があるのかは分からない。分からないが、浮かんではやがて消えていくような思考がある。この「浮かんではやがて消えていく思考を、心的システムは連続的に産出している」。
河本によれば「心的システムはみずからの作動をつうじて、感知しうるもの/しえないものの境界を区切るのである」。そして「心的システムは、感知しうるもの/感知しえないものを区別するが、作用関係で言えば、感知しえないものは内部でも外部でもないというようにシステムの自己に浸透している」。
感知しうるものだけが心的システムの構成素となりうるのだから、感知しえないものとしてあるシステムの環境は「システムそのものにとっては際限のない暗闇である」。心的システムはオートポイエーシスシステムの本性にしたがって、かたちを自在に変えながら作動を反復するのだから「心的システムの境界は大幅に変動しうる」。そして「……なんらかのきっかけでシステムの境界が変動すれば、システムは一貫してその境界を産出しつづける」。