同様の目的の機器として無菌実験台（クリーンベンチ）や無菌室があるが、それらは内部を無菌とするだけでなく、特殊なフィルターを通して無菌化された空気を吹き込み、これを作業空間に吹き付けることで外部からの雑菌混入を積極的に避ける仕組みを持っている。無菌箱はこれを持たないために、これらに比べると無菌操作もその可能な作業も大幅に制限される。しかし簡便なだけに安価であり、持ち運びも可能である。現在ではクリーンベンチの普及によって使われることは少ない。
構造.
無菌箱は、机の上に置いて使う窓のついた箱である。古いものは木製、新しいものはステンレスなどの金属製の枠にガラスの窓がつけられている。様々な方向から見えた方がよいため、通常は少なくとも前方と両側、さらに上面のほぼ全面が窓になっている。上からのぞき込むこともできる方がよいから、普通はそれほど大きなものではない。また、長方形でなく、前面の上柄半分が斜めにカットされた、横から見ると台形になった形のものも多い。この方が操作する場所に顔を近づけられる。
また、前方や側方に器物を搬入搬出するための口、および前方に操作のために手を突っ込むための窓を備える。この窓にゴム手袋のようなものが繋がっているものもある。この場合、操作はその穴から手を入れ、ゴム手袋に手を入れて行うことになる。複数の人間で操作するために、対面などからも手を入れられる構造を持つ例もある。
天井などに事前の滅菌のための殺菌灯を備えているほか、照影用の蛍光灯などを備える例もある。
操作法.
実際に操作する場合には、まず無菌箱を置いてある部屋の窓を閉め、扉の開け閉めも注意する。これは室内の空気の動きを少なくし、無菌箱の無菌性を維持しやすくするためである。操作は操作用の窓から手を突っ込んで行う。その際、滅菌された手袋を着用するとよいが、素手の場合には消毒薬で十分に消毒してから行う。手袋が取り付けられている場合はこれに手を突っ込んで使用する。
内部での操作に際しては、滅菌操作の各種手順を守る。火炎滅菌のためにはアルコールランプなどを用いる。ただし、あまり火を使うと内部の空気が攪拌されるので注意を要する。