紀要の学術的水準に関しては、その審査が簡素な査読水準に留まる場合や、査読を行わない場合などさまざまであり、手続き上、掲載される文章の学術水準はまちまちである。かつては、「紀要は査読制が導入されていない」「学会誌や英文学術雑誌に比べて論文の水準が低い」「学内や学会にしか公開されず「誰も読まない」雑誌」などの批判があった。しかし、各大学が機関リポジトリを整備し、論文のオープンアクセス化が進展したことで、紀要の論文公開の早さ、紙幅の制限がなくサーベイや書評論文などを自由に書ける、オープンアクセス化で学内・学会外の多くの読者を獲得できるといったメリットが生まれた。一方、紀要による業績稼ぎや研究不正は、オープンアクセス化や読者層の拡大によって難しくなっている。紀要は大学が発行するため、研究不正を行った投稿者は研究職を失いかねないためである。
入手方法.
例外的に市販されている紀要としては、一橋大学関係の『一橋論叢』（発売: 日本評論社）、『一橋商学論叢』（発売: 白桃書房）などがある。また、大規模な総合大学では、東京大学出版会や東海大学出版会などの各大学の大学出版会が紀要集を製本して市販している例もある。
なお、各大学が機関リポジトリを整備したことで、紀要論文のオープンアクセス化が進展しており、オープンアクセス論文であればインターネット上で容易に閲覧できる。
意義.
また、人文系分野（特に日本文学・歴史学）では、新出資料や翻刻、解題や注釈をはじめとした資料紹介を紀要に掲載する場合が多い。紀要には、現資料を活字に直して注解と解読を加えるという論文以前の基礎作業を公開する意義がある。また、紀要に英文論文を投稿して英文雑誌への投稿の布石にしたり、日本で行った研究成果を日本国内に還元したりといった活用法もある。