桶狭間の戦いの後、今川氏は三河国の松平氏の離反等により、その勢力を急激に衰退させる。これを機に信長は今川氏の支配から独立した徳川家康（この頃、松平元康より改名）と手を結ぶことになる。両者は同盟を結んで互いに背後を固めた（いわゆる清洲同盟）。
美濃斎藤氏と足利義昭.
二重政権.
織田信長の上洛戦.
もっとも、京都やその周辺の人々はようやく尾張・美濃を平定したばかりの信長を実力者とは見ておらず、最初のうちは義昭が自派の諸将を率いて上洛したもので、信長はその供奉の将という認識であったという。
幕府再興.
しかし、幕府による訴訟の遅延の問題（後述）や軍事的な強制力を持つ織田家の力を借りて訴訟を解決したいと言う考えも強かった。このため、信長が上京するたびに多くの訴訟が持ち込まれる事態となった。また、村井貞勝や明院良政を始めとする京都にいた信長の奉行人に同様の裁許を求める者もあった。
そして、何よりも義昭自身が恣意的な裁許を行ったことによって問題を深刻化させる事態も発生していた。信長による『殿中御掟』の制定も幕府における訴訟の円滑化と義昭や側近による恣意的な裁許を止めて公正な訴訟が行われることで幕府の安定化を意図したものと考えられている。ただし、幕府再興のために将軍や幕臣の態度に対しても積極的に意見していく信長の姿勢は、義昭や側近の幕臣たちからは義輝時代の三好長慶の再来として警戒の対象になった可能性も指摘されている。
伊勢侵攻.
なお、近年の研究において、大河内城の戦いは信長側の包囲にもかかわらず北畠側の抵抗によって城を落としきれず、信長が足利義昭を動かして和平に持ち込んだものの、その和平の条件について信長と義昭の意見に齟齬がみられ、これが両者の対立の発端であったとする説も出されている。
第一次信長包囲網.
第二次信長包囲網.
この恨みが忘れられなかったのか長篠後に藤孝に「信玄入道表裏を構え、旧恩を忘れ、恣の働き候いける」と申し送っている。
こうした武田方の進軍を見て、足利義昭が同月に信長との決別を選び、信長と敵対した。
なお、元亀年間に行われた武田氏の遠江・三河への侵攻や信長との対立は「西上作戦」と通称され、信玄は上洛を目指していたとされてきたが、近年ではその実態や意図に疑問が呈されている。
室町幕府の「滅亡」.
足利義昭の没落.