人の心を乱して歴史の流れを変革する「逢魔」と呼ばれる存在が、人心を操り本来の歴史には起こりえなかった殺人事件を発生させていく。主人公・黒上シグマと月弓ネオンは時を渡りながらその事件の真相を突き止め、その原因を取り除く事で事件に未然に防ぐのが本作の目的となる。
ストーリー.
この世界には、人の心を乱す「逢魔（おうま）」と呼ばれる魔物が存在していた。しかし「使い人（つかいびと）」と呼ばれる人々によって時の狭間に封印され、世界は平和を保っていた。その使い人の一族・黒上家の次期頭首である黒上シグマは、幼馴染の月弓ネオンと共に使い人としての鍛錬に勤しみながらも、学生として平穏な日常を送っていた。
しかし、その平穏は突如として終わりを告げる。世界は廃墟と化し、逢魔が空を覆い、シグマとネオンを除く人々の存在が消えていた。何者かが黒上家が滅亡するように過去を改変し、その結果、使い人の血が途絶え、このような世界と化してしまったのだった。困惑する二人は大時計から時の狭間に飛ばされ、その目の前に黒衣を纏った謎の男が現れる。彼は無数の死を解き明かし、世界をあるべき形に戻すように告げて消えて行った。シグマ達は、真実を解き明かし、未来を取り戻す事を決意。そして時の狭間は、元凶となった時代、時間、場所を再現するのだった。