以前は自由貿易協定（）とは異なるものとされていたが、後述するように、現在ではほとんど同義となっている。
自由貿易協定とWTO協定との関連.
自由貿易協定により、協定の当時国間でのみ関税の引下げ・撤廃を行うことが、WTO上の一般最恵国待遇に違反しないのは、次の規定に合致する場合である。
FTAとEPAの違い.
自由貿易協定と経済連携協定は、従前は次のように異なるものとして説明されていた。
「自由貿易協定」 (Free Trade Agreement, FTA) は、特定の国や地域とのあいだでかかる関税や企業への規制を取り払い、物品やサービスの流通を自由に行えるようにする取り決めのこと。通商政策の基本ともいわれる。
日本は東南アジアやインドとの経済の連携協定を進めてきたように、FTAだけでなくEPAの締結を求めており、GATT（関税及び貿易に関する一般協定）およびGATS（サービスの貿易に関する一般協定）に基づくFTAによって自由化される物品やサービス貿易といった分野に加え、締結国と幅広い分野で連携し、締約国・地域との関係緊密化を目指すとしている。その理由は、関税撤廃だけでなく、投資やサービス面でも、幅広い効果が生まれることを期待していることによる。