ただし、行政執行法人とそれ以外の独立行政法人は、役職員に対する国家公務員法及びそれに関連する法律が一部適用されるか否か、並びにそれに付随する法制上の措置に違いがあるのみで、独立行政法人としての組織形態に違いはなく、組織としての権能・権限に差異はない。
したがって、独立行政法人の非公務員化は、法人の機構改革を行ったように見えるが、実際は組織形態の転換を伴わない、単に役職員に対する法令の適用関係を変化させるに過ぎない措置といえる。
また、国家公務員法に関連する、
の各法律の規定は、行政執行法人も適用されていない（独立行政法人通則法五十九条）。
非公務員化の効果.
日本郵政公社の民営化、社会保険庁の全国健康保険協会、日本年金機構への移行と、機構改革に付随して非公務員化が行われているが、独立行政法人については、後述するように、非公務員化自体が改革手法の一つとして考えられており、機構改革を伴わず、単独で措置されているケースが多い。
独立行政法人などを非公務員化すると、給与や手当、勤務時間、休暇等の設定が弾力的に行え、組織運営が柔軟になると評論もあるが、給与法や勤務時間法は上記の通り、すべての独立行政法人において適用外であるため、行政執行法人(公務員型)であっても給与や手当、勤務時間、休暇などは弾力的に行える。こうした非公務員化の効果の評論は、その多くが単にイメージで述べられているに過ぎず、的を射ていないものが多い。
非公務員化の法制上の効果は、公務員として制限されている規制が解除されることに伴って、
などの効果が発生する。使用者側の任免の自由度以外は組織運営には何ら関係なく、専ら職員の個人生活において自由度が増す効果といえる。
また、上記でみたように単に職員に一部適用されていた国家公務員法の規定が全て外れるに過ぎず、機構上の合理化策ではないことから、財政的には、非公務員化によって財政減となる要素は何らない。他方で、職員に適用する労働法制が一般化することになるため、
ということから、必然的な財政増を伴うこととなる。また、職員にも雇用保険料の負担が発生し、職員の可処分所得は低くなるが、これを不利益とみて所得減分を補填した場合は、さらに財政増を伴う結果となる。