また、日本共産党の支持勢力を中心に一部の労働組合や労働争議支援団体、反戦運動・反基地運動、原子力撤廃・反核運動、市民オンブズマンなど行政監視グループ、部落解放・女性解放など人権擁護運動（アムネスティ・インターナショナル、自由法曹団、日本国民救援会、青年法律家協会等）、消費者団体（生活協同組合や産地直送運動・環境保護団体）、言論団体（日本ペンクラブ、日本ジャーナリスト会議等）などについても情報収集を行っているとされ、これらの団体から「調査・監視対象化は不当」と非難されている。
『沖縄における辺野古新基地建設反対運動、東村高江の米軍ヘリパッド建設反対運動は、国政選挙や首長選挙で示された民意を無視して、これらの工事を強行する国家権力に対抗するための非暴力の抗議活動である。特定の政党や団体、活動家らにとどまる反対運動では断じてなく、いわゆる「オール沖縄」の旗印の下に多くの県民が結集する、開かれた抵抗闘争だ。『回顧と展望』六十二頁には、「沖縄県民大会」に「全国から党員や活動家らを動員した」との記述があるが、具体的にどの政党を指しているのか、当該政党の名称を全て列挙した上で、「動員した」と断定する根拠について政府の見解を示されたい』
と質問。それに対して時の内閣総理大臣安倍晋三は
と回答している。
国外関係.
組織概要.
本庁と地方組織の役割分担としては、地方組織が収集した情報を本庁が一元的に分析・評価し、関係省庁に提供する仕組みとなっている。
本庁は、人事・管理を担当する総務部、国内情報を担当する調査第一部、国外情報を担当する調査第二部で構成されており、公安調査局・公安調査事務所もこれに準じた組織となっている。北朝鮮情報やイスラーム過激派によるテロ情報などを扱うのは調査第二部である。
法務省の外局であり、長官、次長、総務部長などに検事が充てられている。このほか、国内情報の責任者である調査第一部長は警察キャリアの指定席となっている。国外情報の責任者である調査第二部長には、公調キャリアが充てられている。
調査手法・権限.
ヒューミント.
職員は、その特殊性から、所属・職名（場合によっては氏名）を偽って活動することが多い。
公安警察との違い.