「大谷廟堂」の詳細については、「大谷廟堂」を参照。
しかし寺務は覚信尼・覚恵に委任し、陸奥国にある大網の草庵に戻り布教活動を続ける（『大谷本願寺通紀』）。
如信は、親鸞の祥月忌のため毎年上洛し、その際に覚如（親鸞の曾孫）に対して宗義を教える。後に、覚如によって如信は「本願寺第二世」に定められる。
本願寺成立.
自らを、「本願寺第三世」とし、親鸞を「宗祖」（「開祖」）、如信を「本願寺第二世」に定める。
浄土真宗の発展と本願寺教団の形成.
浄土真宗は弱小勢力であった本願寺を横目に、親鸞の門弟たちの教団によって発展していった。
関東では真仏・顕智の系統をひく高田門徒（専修寺を中心とする）・荒木門徒・和田門徒が、他にも鹿島門徒・伊達門徒・横曽根門徒が有力であった。特に高田門徒は非常に盛んであった。
了源の教団は、京都の佛光寺を中心にして「名帳」・「絵系図」によって近畿で発展をとげる。
また、北陸では如道を祖とする三門徒が勢いを持っていた。
綽如は越中（富山県）井波に瑞泉寺を建立する。
本願寺は、近江や北陸地方を中心に徐々にではあるが教線を拡張する。
中興の祖・蓮如.
本願寺第八世 蓮如の生涯についての詳細は、蓮如「生涯」の節を参照。
継承当時の本願寺は衰亡の極みにあり、青蓮院の一末寺でしかなく、蓮如の支援者となる堅田本福寺の法住らが参拝しようとした際に、余りにも寂れた本願寺の有様に呆れ、佛光寺へ参拝したほどであった。
蓮如は、対立する富樫幸千代が真宗高田派と組んだことを知ると、同派の圧迫から教団を維持するために政親と協力して幸千代らを滅ぼした。
だが、加賀の民衆が次第に蓮如の下に集まる事を政親が危惧して軋轢が生じるようになる。
更に蓮如の配下だった下間蓮崇が蓮如の命令と偽って一揆の扇動を行った（ただし、蓮如ら本願寺関係者が蓮崇の行動に対して全く関知していなかったのかどうかについては諸説ある）。
小浜、丹波、摂津を経て河内（大阪府）の出口に居を定めた。出口（現在の光善寺）を拠点に積極的な布教を開始。
浄土・聖道諸宗の僧俗が多く帰依する。
経豪は蓮如から蓮教という名を与えられて改名し、興正寺（真宗興正派）を建立する。これによって佛光寺派は大打撃を受けた。
戦国時代の本願寺.
本願寺は、民衆が支配者に対して展開した解放運動のささえとなり、社会変革の思想的原動力となる。