ニュースサイトという性格上、時事問題や政治家に関する記事、芸能人など有名人のスキャンダル、企業の不祥事に関する記事などでは、コメント欄が「荒れる」状態になり「炎上」することも多い。他の媒体に執筆した記事がYahoo!ニュースに配信されてしまったがゆえに、著者の意図に反してコメント欄が炎上したり、それがさらにTwitterなどのSNSへ「飛び火」することさえある。読者による誤解でコメント欄が炎上したこともあり、後日関係者などから苦言を呈されたこともある。
問題点を指摘したまともな批判コメントであっても「ヘイト」「誹謗中傷」などとして扱う向きが強く、フィルターに引っかかって反映されなかったり、即時削除となることが多い。また、指定されたNGワードはユーザーによって異なっているため、特定の単語が遣えるユーザーと遣えないユーザーがおり、一貫していない。そのため、言論の自由を阻害しているとの批判がある。
トラブル事例.
対応.
こうした「不適切なコメントが多い」という批判を受け、ヤフーでも問題点への対応に苦慮しており、ガイドライン違反のコメント通報機能を設けたり、AI（人工知能）による自動検知やコメント表示順位の改善により「暴力的・差別的コメント、品位に欠けるコメントの表示を減らす」などとして対策を講じてはいるものの、匿名性が高く自由に投稿できるというサイトの性格上、抜本的な改善は難しいとされる。また、特定企業（ヤフー）にコメント削除等の権限を与えすぎるのは世論を一定の方向に導くことになり、危険であるという識者からの指摘もある。
ヤフー側はこのような批判に対して、「コメント欄の廃止は、建設的な議論を奪うため、対策を講じながら改善を続ける」と説明し、コメント欄の閉鎖は考えておらず、引き続き対策と健全化を図っていくと表明した。
現状で利用者側で誹謗中傷や差別、暴力的、荒らしに該当するコメントに対処できる最善の方法はコメント非表示を設定して、コメント欄を見れなくしたり、そういった内容のコメントに対しては「そう思う」ボタンを押さず、返信もせず通報することだと考えられる。ただし、コメント非表示を設定すると、そのままでは自身もコメントできなくなるため、コメント非表示は今後一切コメントしない予定の人にとって有効な手段と言える。
AIによる警告・コメント欄非表示機能の導入.