この年、陸軍航空本部の依頼を受け、嘱託として埼玉県の熊谷陸軍飛行学校で飛行機操縦の教材映画（「文化映画」）を演出兼任で撮影。『飛行理論』の空中撮影を、円谷は一人で操縦しながら撮影、アクロバット飛行も披露し、陸軍を唸らせた。この空撮部分は円谷自身の編集によって、『飛行機は何故飛ぶか』『グライダー』にも活用された。また、『嗚呼南郷少佐』を監督（撮影兼任）した。
夏ごろから、円谷は特技課に川上景司、奥野文四郎、向山宏、天羽四郎、西浦貢、渡辺善夫、上村貞夫らを招き、人材の充実を図った。
この『海軍爆撃隊』は、文化映画部部長松崎啓次が円谷のミニチュアテストフィルムの出来栄えを見て、「第一回航空映画」として企画したものである。「飛行機を吊り固定し、背景の岩山を回転させて岩肌を縫う飛行シーンを撮る」という、後年の『ハワイ・マレー沖海戦』の先駆けとなる円谷の特撮は、公開時には大評判となった。
同年、『上海の月』（成瀬巳喜男監督）で、上海湾内を襲う台風の大がかりなミニチュア特撮を担当。
同年、国産初のオプチカル・プリンターを完成させた。この円谷特製のオプチカル・プリンターは手動式で使いやすく、きめの細かい合成ができたという。
同年、東宝は創立記念日に、山本嘉次郎とともに円谷を功労者表彰した。
同年、東宝が日本初の特撮専門スタジオである航空教育資料製作第二工場を設立し、工場長に就任。軍の依頼により新兵教育用の教材映画を手掛けた。敗戦までのこの時期に、特殊な撮影法やミニチュアの使用、合成技術など、特撮技術のノウハウのほとんどが蓄積された。
公職追放と東宝復帰.
フリーとなった円谷は、東京・祖師谷の自宅の庭にプレハブを建て、円谷特殊技術研究所を設立、外部スタッフとして『富士山頂』（新東宝）、『肉体の門』（吉本プロ）、『颱風圏の女』（松竹大船）の特撮技術パートを担当。同研究所は他に大映京都、新東宝、松竹大船などの映画の特殊技術パートを担当したが、ノンクレジットも多く、全容は不明である。