江戸時代には日本の古典研究などを行う国学が発達し、王政復古・武家政権批判の流れが生じた。
他方、在野の倒幕派の志士たちは、水戸学の思想的影響のもと名分論に基づき、攘夷を断行しない幕府に対する討幕論を形成し、薩摩藩の西郷隆盛（吉之助）、大久保利通、小松清廉、長州藩の桂小五郎（木戸孝允）、広沢真臣、土佐藩の武市瑞山、吉村寅太郎、また公家の岩倉具視などの討幕派らは、王政復古と鎖国の継続を構想するとして活動していた。
新政権の議定であった前越前藩主・松平春嶽は、この戦いは薩摩藩と佐幕派との私闘であるとして政府の関与に反対したが、議定となったばかりの岩倉具視は佐幕派の征討に賛成し、征討軍に錦の御旗を与えたことで、佐幕派の勢力は朝敵と見なされることとなった。
ただし、佐幕派はその後も東北諸藩と共に甲州や東北地方、蝦夷地にも及ぶ地域で、朝敵とされながらも抗戦を続け、戊辰戦争はその後も続くこととなった。
関ヶ原の戦いと薩長土肥各藩における倒幕運動.
薩摩藩.
島津家が関ヶ原の戦いにおいて西軍に付いたのは、当時の情報収集能力の欠如が原因と言われる。当時の島津家は上方の情勢に疎かったがために西軍に付かざるを得ない状況となり、この反省から、以後薩摩藩は独立王国の様相を呈し始め、各地に密偵を配置し、情報収集力の増強に努めた。また、敵側の密偵が越境してきた場合はたとえ幕府関係者であろうと厳しく断罪し、情報の漏洩防止に努めた。また黒砂糖事業や琉球王国を介した密貿易事業によって着実に内貨外貨を蓄積し続けたことが、幕末に至って西洋式軍備を急速かつ容易に導入できた大きな要因となった。
長州藩.
ここで特筆すべきは藩主・毛利敬親の寛容さである（そうせい侯）。土佐藩主・山内容堂は武士身分に属する郷士階級に対して厳しい差別を行っているが、奇兵隊は土佐郷士より遙かに下層の階級の人々を主力としていた。このことは、明治初期の四民平等政策や徴兵制度による国民皆兵構想の根幹ともなった。
長州藩からは下級の身分から身を起こした人物が多く運動に参加した。山縣有朋や伊藤博文がその代表的な存在で、倒幕運動の中心となり、明治新政府内では栄進を遂げ、旧長州藩勢力を日本の近代化及び富国強兵への原動力に成長させた。
土佐藩.