信楽高原鐵道は第三セクターで、経営陣が滋賀県庁や町役場の出身者であったことから鉄道そのものに対する技術的知識は全くなく、運行保安に対する意識や知識も欠如していた。開催直前に非常勤に退いていた鉄道主任技術者が退職し、その補充要員をスカウトすることも、社内から信号システムの技術者を迎えることもなく、信号システム施工業者の技術者を会期中に駐在させる対応で済ませるほどに信楽高原鐵道には人員・予算ともに余裕がない状態だった。こと代用閉塞の実施には多くの人員が必要になるが、会期前の打ち合わせから人員が事実上確保できないほどだった。
裁判.
刑事裁判.
また、これとは別に運輸省（現・国土交通省）近畿運輸局の認可を受けずに無断で信号設備を改修したとして、信楽高原鐵道とJR西日本の双方が鉄道事業法違反に問われ、先に確定していた。この刑事記録が後述の民事裁判で遺族弁護団の手に渡り、民事裁判で活用されることとなった。
民事裁判.
補償金の分担.
影響.
この事故の後、鉄道会社間相互で行われる直通運転に対して鉄道車両と運転方法の安全性など鉄道運転業務面の問題点が指摘されるようになった。また、この事故の遺族の運動により、鉄道の分野での事故調査委員会が初めて設けられるようになった。
鉄道会社間の直通運転.
有田鉄道などでは従来行ってきたJRへの定期列車乗り入れを廃止した。
また、鹿島臨海鉄道とJR東日本の間における「ビーチイン大洗ひたち」号（当初予定の大洗駅までの直通を水戸駅での接続・乗り換えに変更）など、臨時列車におけるJRと私鉄・第三セクター鉄道間の直通運転も、不測の事態への対処がしにくいということで、事故を契機に多くが中止された（投資の割に利用客が少ないという、費用対効果の面もあったとされている）。
さらに直通運転に関しては、周到な用意と訓練を行うことが求められるようになり、また従来は直通運転の相手先まで乗務員がそのまま乗務していることもあったが、事故後は自社線のみ乗務することが多くなった。
事故後の信楽高原鐵道.
車両の見直し.
本事故以降の代替車は、NDCなど、より本来の鉄道車両に近い設計への回帰が進んだ。
事故をめぐる報道.
報道各社の救助活動の阻害.