ストーリー中の言い回しなどは、メタボリックシンドロームが名前のモデルである「メタコロ病」をはじめ、発売当時における社会の話題を風刺したものが多い。
BGMは前作に引き続き下村陽子が担当。
あらすじ.
プロローグ.
ある日、突然体が丸く膨れコロコロと転がり続ける奇病「メタコロ病」がキノコ王国のキノピオ達に流行。この事態を救うべく、ピーチはスターの妖精やマリオとルイージも招集しての会議を開く。その会議の最中、自分が呼ばれなかったことに腹を立ててピーチを攫いに来たクッパが乱入するも、マリオに返り討ちにされる。
返り討ちに遭ったクッパは、森の中にいた怪しい商人から奇妙な色をした「ラッキーキノコ」なるものを渡される。あまりの怪しさに初めは敬遠していたが、それを食べれば劇的にパワーアップできるという言葉を聞き、マリオに勝利したいという思いからクッパはそれを口にしてしまう。
システム・基本操作.
フィールド・上下画面の連動.
また、マリオとルイージがクッパの体内で行ったことがクッパの行動に影響を与えることがある（例として、腰の神経を叩くことで気絶しているクッパを起こしたり、筋肉を刺激することでクッパの筋力を上げて激しい力仕事を可能にしたり、クッパが食べた食べ物をタッチペンで突いて消化を助けるなど）。反対に、クッパの行動がマリオとルイージがいる体内に影響を与えることもある（クッパが水を飲むとある区画が水没したり、マリオとルイージがクッパが吸い込んだ敵と戦うことになるなど）。
バトル.
フィールド上で敵に触れると画面が切り替わり、その敵たちとのバトル（戦闘）が始まる。敵に触れる際、ジャンプやハンマー、パンチなどで敵に攻撃すると、バトルのはじめに全ての敵に少しだけダメージを与えることができる。ただし、敵に背後から接触されるとそのキャラクターが転んだ状態でバトルが始まってしまう。
巨大化バトル.
このゲームは基本的にDSは横持ちで操作するが、あるイベントでクッパが蘇生された反動で巨大化し、そのクッパが巨大な敵と戦う場面では、DSを縦に持ち替え、タッチペンとマイクで操作をする。このバトルでは基本的にパンチや火炎放射で攻撃を行ったり、巨大な敵から出てくる敵をタッチペンで角度を指定して炎を吐き攻撃の迎撃などをする。ほかにも、戦闘毎に異なった操作が用意されている。
スターメニュー.