前作『武将風雲録』では家臣への恩賞として茶器が加わったが、本作では知行（領地）の加増その他多様な恩賞を与えることが可能となった。地方知行制（現地領主として土地支配させる）をシミュレートしている。シリーズの他作品においてはシステム上、武将があたかも大名から兵を与えられて戦をしているかのように表現されているものもあるが、本作ではより史実を反映した形となっている。家臣が史実上領有した土地や叙任された官位をゲーム上でも与え、より戦国大名気分に浸ることもできた。
またアイテムも茶器に加え、武器防具や舶来品など、飛躍的に種類が増えている。更に、効果は小さいが、無料で発行できる感状もある。いずれも、勲功に応じて必要量（またはアイテムの等級）は増え、勲功に見合わぬ行賞（つまり、配下が不当と判断する行賞）を行うと忠誠度が下がることとなる。本作から家宝のバリエーションが増え、複数の能力を高められるものも存在する。
それ以外には「一字拝領」を許可する、つまり家臣に大名の一文字を与えることで恩賞とすることもできる。ただし家臣の元の名前が分かりづらくなる欠点もある。また、一部の機種では大名と家臣の組み合わせによっては「『』の字を与えよう」と表示され名前が変わらないのに何故か喜ばれたり（例：「織田信長」が「龍造寺長信」に与える、「長宗我部元親」が「三村元親」に与えるなど）する場合もある。
同じ文字が連続する名前は回避されるようにプログラムが組まれている（例:「武田信玄」が「高坂昌信」に一字与える→「高坂玄信」）。
大名本人はいくら行動させても勲功が溜まらないことから、ゲームの進行とともに大名のみを使うようにするプレイヤーもいた。また知行地の増えた家臣を最前線の領地に転封し、あえてその国を敵に取らせることで、その家臣の知行地はなくなるが、なぜか家臣からの不満は出ないので、その分与えられる知行が増えるというテクニックも存在した。
一方で知行制は単に金や米を俸禄として与えるシステムより理解しづらい面があり、また論功行賞は家臣団が拡大するほど手間が膨大になる面もあった。そのためかシリーズで知行制の採用がシステムに採り入れられることも『嵐世記』まではなかった。
隠居・婚姻.