ヒクソスたちは、セトを自らの神として選んだものの、古い王家の神であったラーの保護をも求めた。彼らが、エジプト人たちに新しく、あるいは無理な宗教信仰を強制した形跡は見当たらない。
その後、ヒクソスの支配から脱却した古代エジプト人から、新しい信仰が勃興した。
アメン信仰.
アメンは、ヒクソスの放逐と、それに続くシリアにおける軍事的勝利をもたらした神として崇拝された。テーベの人々が、自らの神である大気の神であるアメンと、ラーを一体化した結果、有名なアメン・ラーが誕生した。
これ以降、アメンは太陽神としての属性を帯びるようになり、太陽神神話や王家の守護神としての役割を自分のものとするようになった。結果、一地方神であったアメンは、より広大な力を持つようになり、太陽神としての性格が重要視されるようになった。
テーベの創造神話によって、アメン・ラーは王家の守護神となり、王がエジプトを支配する正当性の後ろ楯となった。そしてこの神の信仰の中心地であるテーベは、エジプトで最も重要な都市となった。信仰の中心地であるばかりでなく、王宮の存在する町であり、また、この偉大な王国の政治上の首都でもあったからである。そして、王たちは、この地に埋葬されるようになった。
アメン・ラー神官.
アメン・ラーの神殿がエジプト全土に新たに造営されるようになり、新しい信仰の中心地においては、アメン・ラーが古い神々を追放して優位に立った。しかし、アメン・ラーの神官たちが宗教の分野ばかりでなく、政治や経済の分野においても大きな影響力を持つに至ったのは、カルナクの巨大なアメン・ラー神殿があるテーベにおいてであった。
神官たちは、ラーやプタハといった重要な神々の称号を帯びるようになり、他の神々の信仰を監督する権利を主張した。神官の富や影響力が増大した背景には、新王国時代初期のこの神に対する王家の政策があった。
「偉大なる王の妻」と結婚することは、他のライバルを蹴落として王位につくことを意味し、その結果しばしば王家の内部で妻の子供たちによって王位をめぐる内紛が起こった。
カルナクのアメン・ラー神殿とルクソール神殿.