しかし次の日、弦庵は素魔の原料を栽培していたことが発覚し、奉行所の同心に斬殺される。さよは商人より養子縁組の話を持ちかけられるが、そこへ青門組が急襲し、さよを連れ去ろうとする。さよは文字の練習のために弦庵が記した素魔の製法を書き写し、それをすべて記憶していたために身柄を狙われたのである。主人公は青門組の親分を倒し企みを打ち砕くが、今度は素魔に関わるすべてをこの世から葬り去ろうとする奉行所によってさよが連行される。主人公は単身で奉行所に乗り込み、囚われていたさよを救い出す。公儀を敵に回した主人公はひとり去ろうとするが、そのまえにさよが現れて同行を望み、ふたりはともに天原の地より旅立つ。
奉行所ルート.
天原奉行所を訪れた主人公は、同心の武藤郷四郎に幕府の密偵と疑われ、いきなり斬りかかられる。同じく同心の中村宗助による仲裁でその場は収まり、中村は主人公の強さを気に入って奉行所に勧誘する。郷四郎は奉行、黒羽三河守義隆の天原を守ろうとする意志に従っていかなる悪も見逃すまいとしていたが、幕府から目付役として派遣された不良同心、保野暮右衛門はみずからの立場を利用し、青門組と癒着して私腹を肥やしていた。
身分を隠して天原祭りの見物に出かけた黒羽が青門組の襲撃を受け、郷四郎たちは保野が情報を漏らしたと判断するが、立場上保野には手出しできず途方に暮れる。そこで中村は部外者である主人公が動くように仕向け、主人公は助太刀に入った郷四郎とともに保野を始末する。保野の話から、素魔の原料を栽培しているのが民に慕われる町医者であることを知った郷四郎は、大義のためにこれを斬殺する。そして黒羽は同心たちを揃えて青門組屋敷への討ち入りを行い、主人公とともに青門組勢力を一掃する。すべてが終わったあと、黒羽は幕府による取り潰しを避けるために混乱の責任を負い、主人公に介錯を頼んで切腹を遂げる。
青門組ルート.
青門組屋敷を訪れた主人公は、組を支配する高沼の半左衛門に迎え入れられ、汚れ仕事に手を染めることになる。血に飢えた青門組の用心棒、陰沼京次郎は主人公に自分と同じものを感じ取り、異様なまでの関心を見せる。天原祭りの夜、半左衛門は不良同心の保野暮右衛門から奉行が祭りの見物に来ているという情報を得て、主人公と京次郎たちに暗殺を命じる。