査読で問題点が見つかってもすぐに論文は拒絶（リジェクト）されず、修正を要求されたり（リビジョン）、著者の弁明が通ることで問題は解消される。問題がないことが確認されると論文は通り（アクセプト）、出版される（パブリッシュ）。
掲載基準とインパクトファクター.
ジャーナルが出版可否を決めるうえでの基準は、誌によって広く異なる。ネイチャーやサイエンス、米国科学アカデミー紀要やといった論文誌は特にその分野で根本的なブレイクスルーを起こす論文が掲載されるとされている。多くの分野で科学学術雑誌間の公式・暗黙のヒエラルキーが存在し、その分野で最も権威があるとされる論文誌はどの論文を載せるかにおいて特に選択的で、多くの場合その分野で最も高いインパクトファクターを持っている。国によってはジャーナルのランクが資金提供の決定に利用されることもあり、個々の研究者の評価でさえ資金提供の判断において軽視されることもある。
再現性と複製可能性.
科学学術雑誌において、科学的結果の再現性と複製可能性は、他の科学者が論文に記載されているのと同じ条件下で結果が再現できることを確認することを可能とする中心的な概念である。論文内に書かれた詳細事項だけで結果を再現できると期待されてはいるが、実際は出版のために第三者による再現の有無は求められることは、病原菌や昆虫といった生物分野に限らず一般的ではない。したがって、記事における結果の再現性は、報告された手順の質やデータの一致から暗黙のうちに判断される。
記事の種類.
科学学術雑誌の記事には、正確な呼称と定義には分野やジャーナル間で違いがあるものの、主に以下のような種類がある。
これに加え、サイエンスなどのいくつかの科学学術雑誌では、政治的問題も含めた科学の発展についての話題を取り扱うニュースのセクションがある。この記事は科学者ではなく科学ジャーナリストが執筆する。さらに誌によっては編集者によるセクションや編集者への手紙を扱うセクションもあるが、これらの記事は査読を受けないため科学学術雑誌に掲載されていても、業績の上では科学学術雑誌の記事とは扱われない。
電子出版.