スチームパンク的な異様な技術体系が発展した架空の幕末を舞台に、サムライガンと呼ばれる超人的工作員たちの戦いを描いた物語である。単なるアクションものというよりはスパイものに近い雰囲気であり、サムライガン達の活躍の裏では虚実入り乱れた情報戦が展開されていることがほのめかされている。しかしあくまでも末端でしかないサムライガンや他組織の工作員達の視線を通して物語は進んでいくため、その全容は曖昧にしかわからない。
終盤、幕府と反幕府組織・評議会は根を等しくする表裏一体の同一組織であったことが明かされ、その裏では謀略組織「秩序機構」が進行させていた「五カ年計画」と、それを阻止せんとする汎世界的な秘密結社の戦いが繰り広げられていたことが語られる。
あらすじ.
サムライガン六号丸・捨吉、二号丸・強太、そして彼らの相棒である松崎の活躍を描いた読本を紐解く形で始まった物語は、やがて実在のサムライガンである七号丸・市松の戦いを描写するようになる。
代門、紅という仲間たちと任務を黙々と遂行する市松は、評議会という組織で育成された超人的な諜報員だった。人殺しを厭いながらも暗殺に従事する市松は、かつて姉を惨殺した烈界という男を殺すためだけにサムライガンを続けていた。対サ特捜の話頭と日夜繰り広げられる過酷な戦いの日々、その中で市松はお花という娼婦と惹かれ合っていく。
一方、評議会の中でも不穏な動きがあり、その過激な暴力性を危険視された二号丸・強太は、自らが粛清対象となったことで組織を離反する。そしてお花を人質にとって市松を呼び出した強太は、初期型のサムライガンは何らかの洗脳処置を受けていることを明かし、評議会に反乱を起こすことを提案するが、市松もろともに行われた評議会の攻撃で惨死する。市松は朦朧とする意識の中、自分を助けるサムライガンの姿を見た。
その頃、三号丸・牧史郎衛門はそう言った情報を知らずにサムライガンとしての任務に従事していた。彼はかつて十一号丸・楓に性的暴行を行っていた候補生を殺害したため、弟である四号丸・牧佐吉を人質に取られる形でサムライガンとなっていた。二人に負い目のある牧は、相棒であり親友でもある花田正蔵、茜と共に任務を真面目にこなしていく。