大饗料理から派生した本膳料理が確立した。のちの懐石料理や会席料理にも影響を与えており、出汁と合わせて日本料理の基礎が確立されたと評する論もある。醤油が作られ用いられた。鰹や昆布を使い、火を使った焼き物、煮物、汁物がたくさん出されるようになり、武家特有の料理が整い日本料理が誕生する。
室町時代に料理書『四条流包丁書』や『大草家料理書』が書かれたとされる。精進料理が発達し、出汁の概念が生まれた。安土桃山時代に来日したジョアン・ロドリゲスは著書『日本教会史』の中で「能」（実践的な教養）として「弓術・蹴鞠・庖丁」を挙げている。
安土桃山時代.
懐石料理が成立する。茶の湯の発達に伴うものであり、千利休の影響が大きい。南蛮船によりてんぷらやがんもどきなどの南蛮料理や、南蛮菓子（カステラやコンペイトウなど）が伝わった。唐辛子の伝来もこのころである。
江戸時代.
日本の料理文化の基本的な形は、古代から中世にかけての貴族が伝えてきた魚・鳥を軸とした料理に、寺院で発達した精進料理が結びつき、それに武家上層の食事様式の影響を受け、室町時代から江戸初期にかけて成立し、江戸後期に成熟した。その特徴は、個人膳であること、皿数が多いのをご馳走とすることから少量ずつを配膳すること(何汁何菜)、片付け食いではなく選んで食べること（残すことが当然）、獣肉が極端に少ない、酒席膳を第一とするなどがある。
関東の料理.
江戸料理と呼ばれる地元の材料を使用した料理が発展した。
『絵本江戸風俗往来』に「江戸市中町家のある土地にして、冬分に至れば焼芋店のあらぬ所はなし」と焼き芋屋が大人気であった。初ガツオ・初ナスなど縁起を担ぐこともあった。ダシは鰹節を使い、醤油は濃口醤油が使われた。コショウなど香辛料も利用され、芳飯も鶏飯なども取り入れられ、おじや、ねぎぞうすいも食べられるようになった。
関西の料理.
京都、大阪の料理は「上方料理」と呼ばれた。北前船で北海道産の昆布が輸送された。瀬戸内の魚介類や近郊の野菜に加えて、全国の産物も集められたため「諸国之台所」と評された。
その他.