なお分岐学では最節約原理を用いて分岐パターンを推定しているため、この方法に由来するエラーもありうる（最節約法参照）。それを避けるために様々な統計学的方法が利用されている。
分岐学に対する批判.
分岐学（分岐分類学）と他の分類学の最大の違いは、「側系統を分類群として認めない」という原則である。この影響は非常に大きい。分岐学の原理の論理性、および、分子分類学の発展などもあり、今日、分岐分類学は分類学の中で大きな地位を占めるようになった。しかし、原則を厳密に適用しようとした場合、様々な問題があり、他の分類学や他の分野からの批判がある。
以下の問題点の中には、分岐分類学以外でも該当する事項も含まれているが、特に分岐分類学において顕著な問題になりうるものである。
理論上の問題.
種が側系統になりうること.
この点に対する反論としては、種階級は特別とし、その単系統性は考慮しないとする考え方がある。
進化・分化の形態が分岐のみに限られること.
遺伝子の水平伝播や、種間雑種による進化過程を記述する場合には、分岐は適切ではない。
実用上の問題.
分岐図が煩雑になりすぎること.
分岐分類を厳密に表現しようとすれば、派生形質の数に近い数の分岐(すなわち分類)が発生すると考えられる。このため、新しく発生したグループに対しては、「あまりにも多くの階級が必要となって」「厄介」になるという問題がある。また、重要な形質による分岐とそうでない分岐が混在しているため、控えめに言っても見通しが悪い。
また、それぞれの分類群に階層を割り当てることが困難となる。分岐分類で現れる分類群には、「上目」や「亜綱」などの階層が割り当てられることがあるが、無理に当てはめたものにすぎない。これについては前述のファイロコードなどを使用する対処法がある。
分類が確定できないこと.
分類群が側系統であるとわかった場合、その分類群を解体し、以下の分類をやり直さなければならない。実際、昆虫類のシミ目がそのようにして解体された。
一般的・伝統的な分類の概念から乖離していること.
分岐分類学の提示する分類は、分類学の内部もしくは生物学の内部では妥当性が承認されるとしても、生物学専門家ではない一般人から見た場合には理解が困難なことがある。