真オーガノイドには自己増殖、自己進化の能力があり、これによって暴走したデススティンガーは襲撃したゾイドを糧にして自ら増殖、進化していったが、真オーガノイドの危険性を察知した前述のヘリック、ガイロス両国のエースパイロット二人とその専用機の活躍と犠牲によってデススティンガーの暴走は阻止された。
後に量産されたデススティンガータイプの機体には「インターフェイス」という、搭乗者への精神負担を肩代わりする事ことで暴走を抑える人間サイズのゾイドを一緒に搭載することによって真オーガノイドのコントロールは可能となった。
後期.
リバースセンチュリー.
ゲーム.
搭載ゾイド.
（限定）は限定的にOSが用いられている機体。（培養）はOSを使って培養された機体。（真）は真オーガノイドを用いた機体。
作中においてゾイドと合体する時は、そのゾイドコアと一体化する描写が見られる。合体することでゾイドの戦闘力は強化され、その性能から作中ではヘリック共和国軍・ガイロス帝国軍を問わず探索が行われていた。いずれもゾイドを進化させる能力を持っており、このうちジークとシャドーは「エボリューション・コクーン」と呼ばれる繭を形成してゾイドを進化させている。一方で、アンビエントとスペキュラーは合体直後または戦闘中にゾイドの姿を変貌させている。
パルスはマスター（ゼル）の感情や精神に影響を受けて成長し、会話の選択肢によって体色が白・黒・青・赤に変化（能力も変化）する。オーガノイドについて、ゼルは（実在するとは思わなかったが）ゾイドを強化できる生物という程度の知識があったが、町の人々はオーガノイドを全く知らないような反応を示した。物語中では、パルスが時空融合に伴う現象である時空クレバスに反応したり、ブリッツタイガーはパルスと合体することで限界まで性能を引き出せると説明されたりした。
HMM（ハイエンドマスターモデル）.
コトブキヤより展開されているHMM（ハイエンドマスターモデル）においては、従来の公式ファンブックやアニメシリーズのそれと異なり、複数の設定が与えられている。
ブラックマヨネーズのずぼりらじお
番組概要.