しかし、光厳法皇や崇光上皇にとって本来は僧籍に入る予定であった後光厳天皇の即位は想定外であり、更に直仁親王も出家してしまったため、長講堂領など持明院統相伝の所領のほとんどを崇光上皇に与え、法皇は改めて崇光上皇を持明院統の正嫡とした。後光厳天皇と光厳法皇は不仲であったという。
崇光院流皇統の浮上.
分裂の余波.
新天皇の元でも後小松上皇が院政を行ったが、貞成親王との確執は収まらなかった。上皇はあくまでも後光厳流皇統の継続を意図して新天皇を崇光院流皇統・伏見宮とは無関係な自分の実子として扱おうとした。これに、新天皇の即位によって皇統が崇光院流皇統に復帰したと考えた貞成親王は反発した。後小松上皇が崩御した際、後小松法皇の側近たちはこの遺詔に基づいて「実子」である後花園天皇が父である後小松法皇の喪に服する「諒闇」の儀式を行うべきと主張した。貞成ら一派は、諒闇の回避を主張し、激論がかわされたが、結局くじ引きをして決めることとなり、諒闇が実施されることとなった。
伏見宮の確立とその後.
こうして伏見宮が確立。また、後花園天皇の子孫は今日までの皇室へと繋がることとなり、持明院統は皇統を独占するようになった。
文化.
和歌.
持明院統では、伏見天皇が京極為兼とともに革新的な歌風を生み出して以降、京極派の和歌が詠まれるようになった。自らの心を自由な詞で表現するというのが特徴である。伏見上皇のもと、京極為兼によって『玉葉和歌集』が編纂され、光厳上皇は『風雅和歌集』を編纂しており、ともに高く評価されている。南北朝期も、北朝において京極派歌壇が活動していたが、後光厳天皇が墨守的な歌風である二条派に切り替えたことで、初期の伏見宮家以外ではほとんど詠まれなくなった。
琵琶.
後深草が極めて以降、持明院統の正嫡は琵琶を極めるようになった。流派は「西流」であり、「楊真操」・「石上流泉」・「上原石上流泉」といった秘曲を受け、一人前になると最秘曲である「啄木」が伝授されていたようである。琵琶は、伏見宮の家芸となる。
所領.
持明院統の所領としては、以下の所領群が挙げられる。
持明院統の天皇.
（持明院統は後花園天皇以降も皇統を独占し、現在の天皇に繋がるため、厳密にどこで区切れるということはない。）
概要.
のれそれ.
宇宙の年表