この問題の対策として、法的規制を行うことが挙げられるが、全面禁止やそれに近い規制は、流通の現状や費用、愛好家や現場からの反発など、様々なことを考慮しても実現可能性がない。現状としては「特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律」など、部分的な法的規制が施行されている。
人獣共通感染症の問題.
人獣共通感染症（ズーノーシス）とは、動物から人間に感染する事がある感染症である。エキゾチックアニマルは他のペットに比べて、動物由来感染症のリスクが高いとされている。理由は
ただし、爬虫類や両生類に関しては、人間とは体の構造も生理も違うため、共通感染症にかかるリスクは犬猫含む哺乳類より少ないのではないかという意見も存在する。
なんにせよ、身近な動物が意外な病気を媒介したケースもあるし、人間を含むどんな動物も何らかの保菌者であるため、感染症に対しては細心の注意が必要である。
捕獲圧.
野生の生物を捕獲することにより、種の存続や個体群の存続に悪影響を及ぼすことを捕獲圧という。野生動物を捕まえる行為は、多かれ少なかれ捕獲圧を生物種に対して掛ける事になる。その点において、日本はエキゾチックアニマルを含む様々な野生動物を輸入していることから「野生動物輸入大国」と内外から揶揄されることもある。
一部の種では、愛好家と業者が野生生物を乱獲することによる影響も問題視されている。リクガメやオオトカゲなどの大型爬虫類は批判の的となり易い。爬虫類ばかりではなく、たとえば鳥類のオオハシ類もペット用の乱獲で数を減らしている。
動物由来感染症
第三新卒
概要.
従来の考えでは、大学院からの就職というのはいわゆる「新卒」（修士課程を修了後就職する）が最後の機会とみなされていたが、このような博士課程院生の就職問題が顕在化するにつれ、博士課程在学中や博士課程修了後に専門職としてではなく「新卒」として企業に就職しなおす学生が増えてきている。このように、大学院で修めた専門ではなくむしろ自身の能力を客観的に「新卒人材」として評価してもらい就職を考える学生は狭い意味での「第三新卒」（第三新卒人材）に含まれる。