水田稲作が普及しても農耕のみを基盤としたわけではなく、農耕を行いながら従来の狩猟採集漁撈も行っていた。またプラント・オパールの調査から、全面的に稲を長期にわたって栽培したわけではなく、キビ属なども栽培され生産量も多かったと考えられている。種子の遺物からも雑穀などと呼ばれるアワやヒエ、キビそして麦などの穀物や、豆やソバなどの準穀物も多い。またドングリなどの堅果類は稲を超えて多く出土する。猪と鹿は引き続き狩猟の重要な対象であったが、田畑を荒らす害獣駆除の側面もあったと考えられている。また鹿に対する猪の割合が増え、頭蓋骨の変化から猪が家畜化され豚となったものも含まれていると考えられている。豚に加えて牛や馬、鶏が持ち込まれ飼われていたが多くは出土せず、また鶏は食べる対象ではなかった。イヌは猟犬としても用いられたが、埋葬されず解体痕などから食用の対象にもなった。豚や牛、馬などの飼育は、農耕の傍らの小規模なもので乳の利用などを目的としたものではなく牧畜ではない。漁撈では従来のものに加えて、水田や用水路などでコイやフナ、ナマズやドジョウ、タニシなどを対象とした淡水での漁撈が行われる。また内湾での漁撈では管状土垂を用いた網漁や蛸壺漁などが行われるが巨視的には衰退する。また東日本太平洋側や西北九州での外洋漁撈への特化拡散もみられる。農耕による環境や社会の変化が狩猟や漁撈にも変化をもたらしている。
遺跡からはドングリがもっとも多く出土するが、農耕が普及し米や粟を主食にし、鶏獣肉、魚、海藻、野菜、山菜を副食にするという日本食の基本ができあがってきた。家畜として導入された豚を食べることは忌避され、鶏も時告鳥（ときつげどり）として別格にあり、卵すら食用にしなかった。次第に食事は、神事の御饌（しんせん/みけ）として供えられ、神事の後に直会（なおらい）にて神主や村人が一緒に食べ、神人供食の文化が起こった。
古墳時代.
飛鳥時代・奈良時代・平安時代.
鎌倉時代.
鎌倉時代には、武士の支持を受けた禅宗とともに精進料理が伝わり、煮染や酒煎など調味の技法が発達する。茶に加えて、豆腐、金山寺味噌など食品加工技術が伝わった。寺院の点心からうどんや饅頭、羊羹などが民間に広まった。
室町時代.
現代の炊飯ご飯と同じような、姫飯（ひめいい）が広く普及する。