古くは、源氏、平氏、藤原氏など氏族を同じくする血族集団とそれらの構成員を指した。源氏一門、平家一門という呼称はそれにあたる。ちなみに鎌倉幕府を開いた源頼朝は源氏一門に対し、御家人たる武家の源姓使用を制限し、一門の中でも功績があり、また信頼のおける者にのみ御門葉の格式を与え、御門葉に限って源姓を公称することを許したというが、この門葉という概念もまた一門の同義語といえる。
後代になると、ひとつの氏族の中でも同族が増え膨大となり、特に鎌倉時代以降は祖先を同じくする場合にも、親族の嫡庶、領有する地所に合わせて世帯あるいは個人単位でそれぞれ異なる名字を称するようになる例が増えた。例えば河内源氏の嫡流とされた源頼朝は源姓のみを称したのに対し、支流　源義国の長男は新田義重を称して新田氏の祖となり、次男は足利義康を称し足利氏の祖となり、それぞれ鎌倉幕府において有力御家人となった。
このように同じ氏族であっても、その中でそれぞれ異なる名字を称することが定着すると、一門の単位もそれまでの氏族から名字を単位とするようになった。例えば前出の新田氏や足利氏などがそれぞれ新田一門、足利一門と称するようになったのはその好例といえる。ただし、特に鎌倉時代から室町時代にかけては、同じ名字を持つ者であっても分家した場合、新たな名字を称することが多く、一門という単位は同じ名字から分かれた庶流の家系を含めた総称としての意義を持つようになった。例えば、新田一門という場合は嫡流の新田氏はもちろん、それから分家した山名氏、里見氏をも含み、足利一門という場合は足利氏とそこから分家した吉良氏、斯波氏、畠山氏、細川氏、一色氏、渋川氏などはもとより、さらにそこから分家した同族（例えば吉良氏から分家した今川氏など）を含めた同族集団の総称としてとらえられるようになったといえる。