攻撃後は次席指揮官である第三戦隊司令官の三川軍一中将から再攻撃の意見具申があったが、第一航空艦隊司令長官の南雲は参謀長である草鹿の進言もあり、予定通り離脱した。第二航空戦隊司令の山口多聞少将は「第二撃準備完了」と南雲に信号を送った。第一航空艦隊参謀の吉岡忠一少佐によれば、この信号は準備をして知らせる決まりがあったための行動であるという。山口は搭乗員や参謀から再攻撃を意見具申するべきと要望されたが、「南雲さんはやらないよ」と意見具申はしなかった。連合艦隊司令部では連合艦隊長官の山本に参謀の数名が「再度の攻撃を第一航空艦隊司令部に催促するべし」と進言したが、山本は「南雲はやらんだろう」「機動部隊指揮官（南雲）に任せよう」と答え、再度の攻撃命令は発しなかった。これにはこの時点で催促しても攻撃は夜間攻撃か翌朝の攻撃となり、危険であるという判断もあった。
軍令部は真珠湾攻撃を南方資源要域攻略作戦を終えて迎撃作戦の準備が整うまでの間、アメリカ艦隊主力を抑え、あわよくば敵減殺を企図するのを本作戦の主目的としていたため、一撃のみで損害を避けた見事な作戦指導と評価した。一方、山本は空母の喪失を引き換えにしても戦争を終わらせるダメージを与えたいという考えだったが、草鹿によれば南雲にはその真意が知らされていなかったという。
アメリカ合衆国恥辱の日.
ルーズベルトは日本軍の成功を否定しなかったが、国民の奮起を促し、団結を呼びかけた。この談話は国民の恐怖やヒステリーを和らげ、ルーズベルトは圧倒的に支持され続けた。
ルーズベルトと議会は、戦争準備と並行して日本軍に真珠湾攻撃を許した責任追及も開始した。攻撃翌日には早くもルーズベルト直々の命により真珠湾攻撃について全面的な調査を行う委員会が組織され、委員会の議長には最高裁判事オーウェン・ジョセフス・ロバーツが選ばれた。しかし、海軍長官のノックスが攻撃の数日後に被害状況を調査するためハワイを訪れた際に、キンメルを辛辣に問い質し、その後にマスコミの取材に対して「地上および海上部隊は警戒していなかった」と明言したことから、ワシントンのアメリカ上層部は責任追及を現地司令官に向ける方針であるのは明らかだった。