しかし、正平一統後の三上皇及び廃太子直仁親王の拉致によって親王の皇位継承が困難となると、改めて第一皇子の崇光上皇を持明院統（北朝天皇家）の正嫡と定めた。この際、光厳法皇は崇光上皇に持明院統正嫡が修得する琵琶の秘曲（石上流泉・上原石上流泉・太常博士楊真操・啄木）を伝授し、持明院統伝来の膨大な記録類を継承させた。さらに、長講堂領や法金剛院領などの持明院統の所領を相続させたが、伏見御領をそれらの所領とは分けて崇光上皇の子孫が管領するように命じた。
その後、崇光上皇が弟の後光厳天皇との皇位継承争いに敗れると、崇光上皇は伏見御領にある離宮の伏見殿に逼塞し、伏見殿と呼ばれるようになった。崇光上皇の崩御後、崇光上皇の第一皇子である栄仁親王は、持明院統伝来の所領を持明院統の「嫡流」として相続していたが、長講堂領、法金剛院領、熱田社領、播磨国衙を後光厳天皇の孫である後小松天皇に没収された（後小松院死後、長講堂領、法金剛院領は後花園天皇に、熱田社領は伏見宮に帰属した。）消沈した栄仁親王は出家入道してしまった。近臣庭田経有朝臣は「凡そ天照大神以来一流の御正統、既に以て失墜、言語に絶するものなり。只、悲涙に溺れおわんぬ」と述べている。また、伏見御領を後光厳天皇皇統の皇位継承を支持する足利義満に没収された。義満の死後に亡き光厳法皇の命令をもとに伏見御領は返還され、崇光の子孫も主に伏見殿に住む。
後光厳天皇皇統の断絶によって、伏見宮貞成親王の第一王子彦仁王が後小松上皇の猶子として即位した（後花園天皇）。後小松上皇の崩御の際には、正嫡である崇光天皇皇統が皇位継承するべきとする貞成の本望が叶わず、後花園天皇が後光厳天皇皇統の後継であると再確認された。しかし、後小松院の「遺詔」に「旧院仙洞は伏見宮の御所たるべからず」「貞成に尊号（太上天皇）あらば後光厳院の御流、たちまちに断絶せんか。尊号の御沙汰あるべからず」とされていたにもかかわらず、貞成親王は将軍足利義教の申し出で京都の旧後小松上皇御所の隣の邸宅に移住し、やがて後花園の「兄」として尊号宣下がなされ、貞成は皇位を踏まずして太上天皇となった。
近世.