土佐藩の庄屋であったが尊攘思想に傾倒して土佐勤王党に加盟。平野国臣らが画策する浪士蜂起計画（伏見義挙）に参加すべく脱藩するが、寺田屋騒動で捕縛されて土佐に送還され投獄される。釈放後、再び京都へ上り孝明天皇の大和行幸の先駆けとなるべく京都で中山忠光を擁立して天誅組を組織して大和国で挙兵するが、八月十八日の政変で情勢が一変して幕府軍の攻撃を受け敗れて戦死した。（天誅組の変）
生涯.
脱藩まで.
脱藩後の活動.
天誅組の変.
しかし翌日、京都では八月十八日の政変が起こり政局は一変し、大和行幸を計画した三条らの急進的尊攘派公卿は失脚、長州藩も京都からの撤退を余儀なくされた。大和行幸の詔は偽勅とされ、天誅組はその活動を正当化する根拠を失い、天誅組は孤立してしまった。吉村らは協議を行い、京の政変は天皇の意に反する会津や薩摩などの逆臣による策謀であり、一時的なものと見做し、倒幕の軍事行動を継続することとなった。
天誅組は五條襲撃直後から近隣諸藩に使者を送って兵糧の供出などを約束させていたが、京都での政変を知った高取藩は態度を翻してこれを拒否したため、天誅組は高取城攻撃を決定する。高取城を奇襲して占拠し、籠城して討伐軍に抗戦する計画であった。 
決死隊はなすところなく五條に退却したが、本隊は既に天の辻まで退却していた。吉村らもそれを追って天の辻に到着するが、本隊は更に長殿村まで退却した後だった。 
再び合流した本隊とともに奮戦し追討軍を撃退する局面もあったが、多勢の追討軍に抗しきれず各地で退却を余儀なくされた。また、統率力を失った主将・忠光の元から去る者も出始めて天誅組の士気は低下し、追討軍が迫ると十津川郷へ退却する。
天誅組は十津川に籠城し天険を頼りに決戦しようとするが、天誅組を逆賊とする詔が下ったことが伝わると十津川郷士も離反、主将・中山忠光は天誅組の解散を決定した。殿軍の後続隊を率いて遅れて本隊に合流した吉村はそこで初めて天誅組の解散を知らされたが、この時既に傷が悪化して歩行困難となっていた吉村もその決定に従うほかなかった。一同は河内方面に向けて脱出すべく山中を彷徨うが、筵で作った即席の駕籠に乗った吉村は一行に遅れをとってしまう。
辞世の句は「吉野山 風に乱るる もみじ葉は 我が打つ太刀の 血煙と見よ」。