主人公・鹿目まどかの通う見滝原中学へ、暁美ほむらが転校してくる。まどかに、保健室へ連れて行って欲しいと頼んだほむらは道すがら、「あなたは自分の人生が尊いと思う?家族や友人を大切にしてる?」と問いかける。大切だと答えるまどかに、「なら、今の自分とは違う自分になんてなろうと思わないことね」と言葉を残し、その場を立ち去る。
[後編] 永遠の物語.
まどかの願いにより、宇宙は新たな法則の元に再構築された。まどか自身は人としての存在を失い、未来永劫魔女を生み出さないための概念として昇華するが、時間を超える能力を持つほむらだけがその過程を見届ける。時空を超えて遍在する概念と化し、すべての時代と世界を見ることができるようになったまどかは、これまでのほむらの労苦と友情を知ったことにより、自分を想い涙するほむらに心からの感謝と親愛の言葉をかける。そして、最後の奇跡として互いの記憶が残ることを願い、自らのリボンをほむらに託し、まどかはほむらの前から姿を消す。
[新編] 叛逆の物語.
この世界にはすでに存在しないはずであった魔女についての記憶を取り戻したほむらは、かつてほむらが繰り返した時間の中で、マミを食い殺した魔女そのものだったベベを怪しいと睨む。ベベを捕らえ尋問するが、それがマミの怒りを買い衝突に至る。戦いの末にほむらはマミに捕縛されるが、突如現れたさやかに救い出される。そして、ことの裏側を知るそぶりを見せるさやかは、ほむらに、魔法少女の中にこの状況を望み、結界を作り出した魔女がいることを示唆した。「それは、裁かれなくてはいけないほど罪深いものなのか」との言動にほむらは疑念を抱くが、さやかは、ほむらの記憶より遥かに手練な動作で姿を晦ませてしまう。一方、マミもまた記憶に違和感を抱き始めていた。そこへ、ベベは自らが百江なぎさという者であることをマミに明かし、話を聞いてほしいと告げていた。
さやかを見失ったほむらは、夜の街をさまよう中でまどかに出会う。見滝原を見渡せる丘にて語り合う二人。そこでほむらは、このまどかは本物のまどかであると再認識し、ほむらや皆と永遠に別れる勇気は自分には無いと言うまどかの話を聞き、それがまどかの本心だと解釈して涙する。