「例の三人」以外の階層において、階層中のすべての敵を倒しても経験値がノルマに達しなかった場合は「延長戦」に突入し、各階に用意されている延長戦用の隠しキャラクターと対戦する。延長戦に勝利して経験値が達した場合は通常通り次の階層に上がって続行となるが、これでもノルマに満たなかった場合はゲームオーバー（コンティニュー不可能）となり、塔から弾き出されてバッドエンドとなる。
経験値はプレイヤーが獲得したスコア（点数）を元に計算されるが、必ずしも累計経験値とスコアが一致するわけではなく、一部の機種では階層レベルアップ時に、倒さずに残っていた敵がいた場合はその数に応じて獲得経験値にレベルアップボーナスが加わる（スコアには加算されない）。
また、マスクドサタンのように機種によってぷよが消えた時の演出が異なるキャラクターもいる。さらに、ゲームギア版やゲームボーイ版などの一部の機種では、ぷよの消え方が統一されている。
その他（ひとりでぷよぷよ）.
以下のモードは、一部の移植版に追加で収録されているモードである。
ふたりでぷよぷよ.
PCエンジン版に限り使用キャラクターを選択可能だが、ボイスとぷよが消滅する演出以外の性能差は特に無い。
みんなでぷよぷよ.
とことんぷよぷよ.
対戦せずにエンドレスでプレイをするモードであり、一部の機種に搭載されている。
なぞなぞぷよぷよ.
ストーリー.
本作には、前作と同様に明確なストーリーは無く、各キャラクターが塔の中にいる理由についても設定されていない。
一部の後発機種のみ説明書にプロローグが書かれているだけだったり、機種によってはストーリーそのものが「無い」と断言されている。
一方で、PCエンジン版では招待状を受け取ったアルルが暇つぶし目的でぷよぷよ地獄へと足を踏み入れているという設定である。
プレイステーション版とWindows版では、アルルが古代魔導学校への旅路で出会う人々から何故か「ぷよぷよ地獄」を挑まれ、塔にたどり着くという物語である。
登場キャラクター.