従って、対岸同士を結ぶ路線は、本州では、太平洋岸や瀬戸内海岸に向かう方向が「上り」、日本海岸に向かう方向が「下り」となる路線が多い。四国では、瀬戸内海岸に向かう方向が「上り」、太平洋岸に向かう方向が「下り」となる路線が多い。
ただし、例外もいくつかあり、例えば武豊線は建設時の経緯から行き止まりにあたる（東京駅により遠い）武豊駅へ向かう列車が「上り」となる。京阪本線や阪急京都本線では大阪市を基準に起点および終点を定めており、起点が終点より東京駅に遠いため、起点へ向かう方向が「下り」、逆へ向かう方向が「上り」となっている。
中央本線の場合、長野県塩尻市にある塩尻駅に向かう列車が「下り」であり、塩尻駅を境とする中央東線（東日本旅客鉄道区間）は原則通り東京駅方面へ向かう列車が上りだが、中央西線（東海旅客鉄道区間）は逆に名古屋駅（東京駅からの距離は塩尻駅より遠い）へ向かう方が上り列車となる。
アーバンネットワークでは、上下の区別は行わず、方面を意識した案内を行っている。
九州旅客鉄道の場合、開業時に最も東京寄りであった門司港駅を始点とした鹿児島本線を基準として「上り」「下り」を決定したため、その概念が狂う場合があることから、自社での案内を「○○駅方面」とする旨を告知している。
また、環状運転や、東京駅方面が中間に位置する場合や、複数の路線を越える運行を行う運転系統では、「上り」「下り」という言い方をしない場合がある。以下に例を挙げる。
列車番号・便名.
鉄道の場合、列車を効率よく運行するために必要な管理番号として列車毎に与えられる列車番号がある。これに相当するものは、路線バス（主に高速バス）や、ダイヤグラム自体が存在しない航空機、定期客船などにも存在する。
間合い運用.
車両運用の効率性もダイヤグラムを作成する際の重要な要素である。列車により使用車両を限定する場合にはその車両の運用を優先する形でダイヤ作成が行われるが、使用車両を限定すれば回送列車や長時間運行されない編成が発生しやすく、これは運用上の無駄となる。そのため、閑散路線や通勤時などは車両の運用効率を高めるために特急形車両や急行形車両など本来用途が限定された車両を異なる種別の営業列車に使用することがある。これを一般に間合い運用と称する。
補完列車.