大戦後期になると、外地部隊を中心に重なる損害と滞る補給のため消耗し部隊の維持が困難になる戦隊が多くなり、それら部隊は後方に移り戦隊員（空中勤務者・地上勤務者）と装備の補充を受けたり、他の戦隊・独飛中隊・独飛隊などと統合され戦力回復を果たすのが一般的であったが、ニューギニアの戦い末期やフィリピン防衛戦末期ではその戦力回復も絶望的となり、また大勢からなる戦隊員の後方退却も不可能として貴重な空中勤務者のみが装備機や輸送機で脱出し、整備員ら地上勤務者は現地で歩兵部隊に改編され壊滅・解散した戦隊も存在した（空中勤務者の脱出もままならず地上で戦死した例も多い）。
飛行分科.
飛行戦隊を中心に、陸軍航空部隊の各飛行部隊には以下の飛行分科（分科）および相当の装備機種が決まっていた。
部隊や時期によってはこれら各分科や機種を束ねることもあった。主に大戦後期においては更なる戦闘隊増強の要求から重爆・軽爆・襲撃から「戦闘」へ分科を転科した操縦者や部隊も多く、また戦闘隊が落下タンクの代わりに爆弾やタ弾を搭載し、戦闘爆撃機として臨時の軽爆・襲撃隊として使用されることも珍しくなかった。
定数.
また部隊によっては帳簿上の定数に含まれない員数外の機体として、廃棄機の修復機や鹵獲機を保有している。
戦隊長.
飛行戦隊の長は戦隊長で、階級は大佐・中佐・少佐・大尉が補職する。戦隊でも飛行分科によって違いはあるが、太平洋戦争開戦前頃までは大佐・中佐・少佐が一般的で、太平洋戦争前中期には中佐・少佐が多くなり、後期には大尉が任命されることが珍しくなくなっている。
上級部隊.
飛行戦隊を筆頭に各飛行部隊の上級部隊として、主に以下の部隊が存在し「陸軍航空部隊」を組織していた。
飛行団.
飛行師団.
戦闘飛行集団.
航空軍.
航空総軍.
独立飛行中隊・独立飛行隊.
独立飛行中隊.
独立飛行隊.
部隊マーク.