一方で、フランチャイザーが破産法により倒産した場合、フランチャイザーとフランチャイズ店は破産管財人の管理下に置かれることになる。この場合、ロイヤルティーの支払義務は不要となる他、フランチャイジーの店舗はフランチャイザーの破産管財人の管理下で営業を継続する、フランチャイジー自身が独立する、フランチャイジーの店舗自体を閉店するなどのケースに分かれる。破産したフランチャイザーが使用していた店舗名は、破産管財人が商号・商標を譲渡しない限り使用できない他、フランチャイザーが所有していた什器備品などは破産管財人により処分される事になる。フランチャイザーの破産によってフランチャイジー自身が独立した場合、什器備品や食材の調達などは独自に起業する場合と同様にフランチャイジーの負担となる他、賃貸契約も新たに契約しなければならない。フランチャイザー名義で借りていた店舗の賃貸契約は、破産手続開始の決定と同時に解約となる。
問題点.
フランチャイズ展開の特性が生む欠点以外に問題視されているのは、フランチャイザー側が「経営の安定性」「高収入」「低リスク」を前面に出し、慎重なマーケティングや加盟希望者へのリスクの説明を適切に行っていない点である。そのため、大きな負債を抱えて廃業するフランチャイズ経営者も少なからず出てきているが、必ずしもフランチャイザー側の問題だけではなく、フランチャイジー側が事業のリスクに関する十分な知識を身に付けないまま開業したことが原因になっている場合もある。
損害賠償を求める経営者が増え、訴訟を起こした例もある。「フランチャイザーは事業成功の見込みが乏しいと分かっていながら、それを告げずにフランチャイズ契約を締結した」とした裁判では、詐欺罪などの刑事訴訟ではなく民事訴訟になることが多いため、民法や商法のみに従った判断がなされることが多い。現在の日本にはフランチャイジーを保護する特別な法律はないため、契約に基づいたフランチャイザーに有利な傾向がある。そのため、店舗経営やフランチャイズ展開について充分なノウハウを持たずに認識の甘い個人経営者を標的としたフランチャイザー、あるいは加盟金を騙し取ることを目的とした詐欺行為も出てきている。