短編シリーズのみに登場するが本編には一切登場せず、短編シリーズにおいても登場頻度はごく僅か。ただし、本編においてカリーニンが航空機事故の現場で本作の主人公である相良宗介が初めて会った時、唯一所有していたのがボン太くんらしきぬいぐるみであり、彼は母親の死を知った後、「この子はぼくが守るの」と言い、このぬいぐるみを手放そうとはしなかった。本編にボン太くんらしき物が登場したのはこのシーンのみである。後にカリーニンがアフガンで宗介と再会した時には、このぬいぐるみを抱いてはおらず、代わりにまだ熱が籠る弾切れの銃を抱いていた。
以下に作中、実質的にキャラクターとして登場したボン太くんを記す。
着ぐるみとしてのボン太くん.
強化服としてのボン太くん.
押し売りのフェティッシュ.
宗介はボン太くんの着ぐるみをなぜか気に入っており、『一途なステイク・アウト』においてこれを入手してからは、強化服として運用するための改修を行った。具体的には、外装を超アラミド繊維に変更したほか、指向性マイク・サーマルセンサー・暗視システムなどを組み込むなどしている。TV版ではこれに加えて軍用ヘルメットとタクティカルベストを装備している。
原作においてはボイスチェンジャー機能は停止しているが、若菜陽子に電気銃で攻撃された際に誤作動を起こし、以後はボイスチェンジャー機能をOFFにするとシステムダウンするようになってしまう。
「仁義なきファンシー」以降.
AIプログラムの不具合があるためか、ボイスチェンジャーを作動しない限り、全ての機器が正常に作動しなくなってしまった（OFFにするとシステムがフリーズする）。本来ダメージを受けていないはずの量産型ボン太くんについても同様。ボイスチェンジャーを作動させると、「ふもふも」「ふもっふ」等としか発声できなくなる。
米警察特殊部隊に納入されたタイプでは、若干仕様が変更されている（原型と比較して声が野太い）。また、著者によるとアマルガムの人間サイズのASであるアラストルと戦えば、ボン太くんが勝つと、あくまで冗談であるが述べている（ボン太くんは長編には全く登場しない）。
量産型ボン太くん.
ボン太くんを気に入った宗介が私財を投じてベルギーの軍需企業、ブリリアント・セーフテック社のベアール社長と共に開発した特殊防護服。アニメ版において、こちらの声は水田わさびが担当した。