全共闘は、はじめは各大学個別の問題（学費問題等）を扱う組織・運動として各大学の学生自治会の枠を超え、結成された。その後大学当局の硬直した対応や政府や機動隊の介入を経験する中で、次第に全学化し、「大学と学生・研究者のあり方を見直すという大学の理念と学問の主体をめぐる運動」となっていった。そして、現在の大学は、「帝国主義的管理に組み込まれた「教育工場」としてあり、教授会はその管理秩序を担う「権力の末端機構」となっている。そこにおいては「大学の自治」はもはや幻想にすぎず、そうした管理秩序総体を解体することこそが課題となる、と称して全学バリケード封鎖など暴力による大学の解体を主張した。また身分としての「学生・研究者であること」を内から否定する「自己否定」の思想的問いが進められねばならない、として、全学バリケード封鎖は帝国主義大学解体の政治性を持つと同時に自己否定の思想性を持つとされた。
このように東大紛争においては、「大学解体」「自己否定」というスローガンが登場し、大学内問題の枠を超え、「学生と国家権力との間の闘い」 という形になった。このことは、各大学での妥協などで終結できる闘争ではなくなり、また後の闘争敗北後は運動が一気に解体した原因ともなった。当時、学生として早大闘争にかかわった呉智英は「『自己否定』とは『自己肯定』のことである。出世のためにということで学問をすればするほど学問の本義から遠ざかっている自分を発見する。それが自己否定である。自己否定は目指してするものではない。自己肯定の結果、現出するものだ」と述べた。
収束.
全共闘は、各大学における各主要党派の連合体に一般学生が多数参加した形態であり、特定の思想・組織・目標があったわけでもなく、その経過の全貌、形態、評価は多数のものがある。当時街頭闘争を行っていた三派全学連（共産主義者同盟、革命的共産主義者同盟全国委員会、社青同解放派の全学連）や、それを支持した二次ブント・革共同その他の新左翼諸党派との関連も、活字化された記録が中心である。また、三派全学連と全共闘を混同すべきでない、とする当事者も存在する。
特徴.
全共闘の最大の特徴は、文化大革命に影響を受けたと思われる暴力の賛美にある。東大の教官だった、作家の柴田翔は、全共闘の暴力について、次のように書いている。