このため、当該沿線住宅地域では汚物飛散被害が生じ、またトンネルや地下線路内では拡散が期待できず、多くの主要駅構内では夏場に異臭が漂うなど、古くから問題が多かった。加えて車両や線路をも汚すため、保線区員や信号通信区員など鉄道の保守・整備・工事に従事する職員らからも批判が強かった。
貯留式汚物処理装置の導入.
貯留式の洗浄水問題解消のため、家庭用として商品化されている泡洗浄方式（簡易水洗式便所の応用）も試用され、近畿日本鉄道などで用いられた時期がある。
汚物処理方式の展開.
一部には、簡易水洗式便所に用いられているようなフラップ弁を設けて、便槽からの臭気の逆流を防止しているタイプもある。
構造上、排水弁周りが複雑となるほか、洗浄水量が少なく稼動中に汚損が発生する、循環式と異なり洗浄水の循環使用ができない、不完全洗浄による臭気の発生もみられるなどの短所もあるが、汚物タンクの小型化が可能で設置場所も便所の真下でなくても良いなど、循環式よりも構造設計の自由度が高いことから急速に広まっている。家庭用の水洗式便所と簡易水洗式便所を組み合わせたような構造とし、少量の水を予め溜めておき、洗浄スイッチ操作時に底面のフラップ弁が開いて汚物を吸引し、便槽臭気の低減を図っている。洗浄水には水道水などの無臭タイプが用いられており、循環式のような特有の芳香は発生しない。登場初期は流水部分も含めてテフロン加工を施したFRP製が主流だったが、流れきらない汚物の発生への対策として、流水部分に鏡面加工を施したステンレス鋼を使用したタイプの採用もある。
他にも、水分のみ浄化・消毒して排出し、固形分を使い捨ての回収箱に収納されているカートリッジ状のフィルターに貯めて、抜き取りの際に脱着し、その後焼却処分する浄化排水式（カセット式）もあり、JR西日本の快速・普通用車両で一部を除き多数採用されている。地上側の処理設備が循環式と比べて簡素化出来る利点がある。またカセット式類似だが、固形分は電車床下で電熱焼却処分する方式などが一部で用いられている。いずれも浄化装置は家庭用浄化槽並みの性能を持ち、排水は車外に排出するが、それは飲用可能なレベルにまで浄化されている。
汚物処理装置の完全整備.
車内配置の傾向.
ヨーロッパの列車便所.