『×メカゴジラ』でのゴジラは、初代ゴジラの骨を求めて出現しているが、劇中では明言していない。手塚は、あまり詳細を説明せず、なぜ出現したのかを観客に考えてもらいたかったと述べている。『東京SOS』では、ラストシーンでDNAデータが残っていることを明かしており、ゴジラがこちらを探していたことも示唆している。
造形（機龍二部作）.
外見上は次のように区別される。
出現地点は南極→シドニー→ニューギニア（オーストラリア）→真鶴→富士山麓→東京。
上下のアゴは極端に薄く、背びれは鋭角的で小ぶりながらスタンダードな形状である。手はしっかりと物を掴め、投げ技も得意としている。細い足はジャンプや走ることも可能である。
監督の北村龍平は、本作品の制作にあたりCGをあまり使わずにこれまで培われた特撮技術を用いて見せ方を新しくしたいと考え、地球をリングに格闘で暴れるゴジラをイメージした。スーツアクターの喜多川務、特殊技術の浅田英一、造形の若狭新一らがこれに賛同し、北村が子供のころに観ていた東宝チャンピオンまつり時代をイメージしつつも、スピーディな全く新しいゴジラとして創作されることとなった。アクションでは擬人的な描写が多く取り入れられている。
三村渉による当初の脚本ではゴジラが中盤まで登場せず、東宝上層部から登場が遅いと指摘され、桐山勲による改訂版で冒頭でのゴジラと初代轟天号の戦いが加えられた。
通称ファイナルゴジラ、ファイナルゴジ。
粘土原型は若狭新一が担当。明確なデザイン画は描かれていない。デザインは、全体的にシャープでなイメージとなっている。背びれはアクションに備え、やや小型化された。眼球は意志があるように見えるのを避けるために白目があえて排除されており、炎を思わせるオレンジ配色となっている。
黒い体色の皮膚のパターンは平成VSシリーズに似たものとなっている。
造形部の八木文彦が口をラジコンで動かしているほか、操演部が尻尾を動かしている。
従来のゴジラは平手で叩くことがほとんどであったが、本作品では拳を握って殴っている。喜多川は、スーツがほとんど素手と変わらなかったため、殴ると手が痛かったと証言している。