土浦市の表玄関となる当駅は城下町の歴史を有する中心市街地の東端に位置し、駅東側には日本の湖では琵琶湖に次ぐ面積である霞ヶ浦が近接していて、桜川や川口川の河口部であった駅及び線路東側は湿地帯や沼地、蓮畑が殆どであった。
駅周辺地区は中小規模の商店やオフィスビル等が集まるエリアとなっている。
かつては西口側の駅前(元々、東口は存在せず、上野側跨線橋の改修工事後に開設された)にはワカサギ等の佃煮や貝細工などの民芸品を売るお土産屋が数件立ち並ぶなど、霞ヶ浦観光の玄関としての側面を持ち、
バス路線.
路線バスのバスターミナルがあり、地域の交通拠点となっている。一般路線バスは一部を除き西口、高速バス・空港バスは東口発着である。茨城観光自動車撤退により、乗り入れ会社は関東鉄道、関鉄観光バス、関鉄パープルバス、関鉄グリーンバス、JRバス関東および高速バスを関東鉄道と共同運行する千葉交通、成田空港交通、近鉄バスである。また、土浦市まちづくり活性化バス「キララちゃん」の市街地循環各コースも乗り入れている。
西口.
駅舎から最も遠い1番乗り場から反時計回りに番号が付与されている。降車場はエスカレーター前に統一されている。停留所名は運行事業者ごとに異なる。
東口.
高速バスと一般路線バスの一部が発着する。
隣の駅.
※当駅に停車する特急「ひたち」・「ときわ」の隣の停車駅は各列車記事を参照。なお、特別快速は当駅から荒川沖方のみの運転で、神立方の定期列車は特急と普通のみとなる。
ヴァレンヌ逃亡事件
ブロックフレーテ
二宮駅
東京駅発着系統と、新宿駅経由で高崎線に直通する湘南新宿ライン、東京駅・上野駅経由で宇都宮線・高崎線に直通する上野東京ラインが停車する（運転形態の詳細については「東海道線 (JR東日本)」を参照）。またかつて一部停車していたライナー列車に代わる特急「湘南」の一部列車が停車する。
駅構造.
国府津駅管理の業務委託駅（JR東日本ステーションサービス委託）。お客さまサポートコールシステムが導入されており、早朝は遠隔対応のため改札係員は不在となる。
のりば.
（出典：JR東日本:駅構内図）
利用状況.
近年の推移は下記の通り。
駅周辺.
商業、業務施設が集積し、町役場などの行政サービスに関する機能や商店街が形成されている。
ふたなり