ポルトガルはゴア、マラッカ、マカオ等の独立した小規模の貿易拠点、居留地を手に入れる一方で、文明がすでに発達していたインド、中国、イスラム王朝が支配する東南アジア等のアジア諸国の植民地化には成功しなかった。ゴア、マラッカ等の港湾都市の領有と要塞化は法制度が異なり財産権が十分に保証されない国との香辛料貿易を行うために不可欠な環境整備であり、ヨーロッパの小国だったポルトガルが最優先すべき目標は安全な貿易路の確保、ポルトガル人の資産保全、香辛料貿易の独占であって大規模な軍事紛争を伴う植民地化ではなかった。
フランシスコ会修道士たちは布教を「瞑想と観想」によってのみ可能であると考えていたため、望むほど早く多くの人々を改宗させることができなかった。また植民地政府とフランシスコ会の修道士の間に緊張が生じ、最終的には何人かの修道士が現在のメキシコ西部に逃亡し、フランシスコ会の小教区が解散することになった。また、フランシスコ会の小教区の解散には、清貧の誓いや植民地政府からの非難などの問題もあった。フランシスコ会の宣教師は先住民の権利を守ることで、スペイン政府としばしば対立していた。
フランシスコ会はスペイン政府との一定の距離感が保たれており、ときには互いに非難の応酬をすることもあった。イエズス会も国家から独立した組織として布教する現地住民の意向を優先しており、ポルトガルとスペインの両国とも緊張関係にあった。宗教を絡めないイギリス、オランダ等によるアジアの植民地化の成功、コルテスによるアメリカ征服が宗教の介入なく軍事的になされたことからも、キリスト教の布教から文明の発達した国家の征服に乗り出すという想像上の政策の実現性は低く、またはそのような政策が実際に存在したかについても諸説ある。
当時の海事法との関連.
二十六聖人殉教との関係.
また、秀吉がそれまで言い伝えていた処遇から翻った処断を下したこと、この事件の直後に殉教事件が起きていること、処刑された外国人はフランシスコ会だけであったことから、秀吉は前々より都周辺での布教を自粛していたイエズス会に代わり、遅れて国内で布教し始めていたスペイン系の会派（他にアウグスティノ会など）の活動や宗派対立を嫌悪していたことが考えられる。