ところが信長と協力関係にあった守護河内畠山家の没落によって、本願寺を救援したい雑賀門徒と足利義昭の京都復帰を支持する非真宗門徒の思惑の一致の中で雑賀衆の本願寺支援が本格化していき、雑賀荘・十ヶ郷を中心に鈴木氏ら真宗門徒に土橋氏ら非門徒を巻き込んだ反信長連合と言う形で「雑賀一向一揆」と呼ぶべき新たな一揆が形成された（一揆内一揆の発生）。一方で、依然としてこの動きに反対する者もおり、惣国一揆としての雑賀衆としての団結に揺らぎが生じていくことになる。第一次紀伊征伐は実際には織田軍と雑賀一向一揆の戦いであり、雑賀衆でも彼らと距離を置いていた中郷（中川郷）・南郷（三上郷）・宮郷（社家郷）が織田方についたのは当然の流れであった。だが、その後の鈴木孫一・土橋守重や三郷の門徒らによる一向一揆の反撃で南郷は陥落し、雑賀衆の実権は鈴木・土橋ら一向一揆の指導者に握られる。だが、雑賀衆の一揆が持つ統制機能が失われ、石山戦争終結後の対織田政策において本願寺の意向に従って和解を図る門徒系の鈴木氏と足利義昭を支持して抵抗を続けようとする非門徒系の土橋氏の対立が深まると、一向一揆の分裂を招き、雑賀衆は解体に向かう事になった。
武内は「雑賀一揆は信長側で出陣したことはあっても、組織全体として本願寺のために参戦した事実は、一切確認できない」と結論づけている。
根来衆との関係.
鉄砲と雑賀衆.
根来衆には一定量の鉄砲があったと思われているが、これらの鉄砲をどのようにして用意できたのか、現在に至るも明確には解っていない。説としては、堺より外国から移入した、地元で作られた、当時は鉄砲作成技術はなく他の地域より職人を招いたなどが言われているが、いずれも推測の域を出ない。仮に鉄砲を自前で作成していたとしても、雑賀には鉄砲の材料となる鉄、真鍮、黒色火薬の材料となる硝石が生産されておらず、入手経路などを示す資料は解っていない。
ただし、硝石は雑賀に限らず日本国内では天然では産出せず、外国からの輸入に依存していたものであり、海運を営んでいた雑賀はむしろ入手が容易な立場にある。
雑賀衆の構成.
沙也可＝雑賀衆説.
文化財.
ソマリアの大統領一覧