執行部門はその名前のとおり、決策局が決定した政策を実行する部門である。執行部門は特定の局に管轄され、その局に対して責任をおっている。ただし、一部の執行部門は直接、司長や行政長官に責任を負っている。また、政府の会計監査を担う審計署は直接、立法会に報告を行っている。
執行部門の長官のうち、海関関長（税関長）、廉政専員（廉政公署長官）、警務処処長（警察長官）、入境事務処処長（入境管理局長官）、審計署署長（会計検査院長）は香港基本法において香港政府の高官に準じる位置づけとされ、行政長官が指名し、中央政府（国務院）が任命することになっている。
公営機構.
公営機構は、半官半民の組織である。政府本体には含まれない。ただし多くの場合、名士や学識経験者などによる委員会が運営を決定しており、比較的強い独自性を持っている。その一部は日本の特殊法人や独立行政法人同様、政府の出資と指示を受けて行政サービスを提供する組織であるが、他にも由来や性格がさまざまに異なる組織がある。
政府から運営費を交付される機構だけではなく、事業収入で運営される公営企業あるいは公有企業も含まれている。香港鉄路、香港機場（空港）管理局がこれにあたる。
中央政府との関係.
香港の自治権は、外交と防衛を含まない。そのため、香港の外交事務については外交部駐香港特派員公署が、防衛については人民解放軍駐香港部隊が香港に設置および派遣されている。香港における中央政府の代表部として中央政府駐香港連絡弁公室が設置されている。
香港基本法の規定により、中央政府は香港政府高官の任命権を持っている。その対象は行政長官、司長、副司長（未設置）、局長のほか、廉政専員（廉政公署の長官）、審計署署長（会計検査院長に相当）、警務処長（警察長官）、入境事務処長，海関長（税関長）を含む。ただし行政長官は選挙で選出されることになっており、他の高官は行政長官が指名するため、事実上の任命拒否権に近い。
公務員制度.
香港政府本体の職員つまり公務員には、政務職系、行政主任職系、法定言語主任・同時通訳主任・校正員職系、訓練主任職系、文書・秘書職系のカテゴリーがある。いずれも中国語（広東語と普通話）、英語の能力が必須とされる。
政務職系（政務官）.