暗殺者としての任を全うしていく中で目標の従者であった清里明良を斬殺する際に左頬に一つ目の傷を付けられる。その後、清里の許嫁だった雪代巴が復讐のために剣心に近づく。新時代のためとはいえ人斬りとしての自分に疑問を抱いていた剣心は、次第に巴に依存するようになる。また、巴も剣心に魅かれるようになり、一時的に身を隠す際に夫婦として大津で暮らすことになった。しかし巴が剣心暗殺のために協力していた闇乃武が、巴を囮にして剣心を襲撃する。実際は始めから闇乃武が巴を利用していたに過ぎず、剣心の「弱点」にするため巴を近づけさせていた。闇乃武の首魁と一騎討ちの中、それまでに首魁の団員との闘いで五感の中で視覚・聴覚・触覚を一時的ながら失い剣心は目が見えていない状態でほぼ捨て身の攻撃を首魁に敢行。相手の攻撃から剣心を庇ったために巴は剣心の手によって過って斬殺され、その際に巴の小刀が手から抜け落ち剣心の左頬に二つ目の傷が付き、十字傷が出来上がる。
その後、巴の日記によって、自分が許嫁であった男性も斬っていたことを知り、新時代が来たら、もう二度と人は斬らないと誓う。京都に戻ってからは、暗殺稼業は志々雄真実に譲られ、先陣を切って幕臣たちと戦う「遊撃剣士」として働く。
“明治の御一新”から十年後、神谷薫と出会い、神谷活心流道場で暮らし始める傍らで人々を守り、街中で滅法強いと評判の剣客となる。そんな中、左之助や鵜堂刃衛、蒼紫、斎藤一と出会い戦ううちに、封じていた人斬りの本能が目覚めていき、その狭間で悩み苦しみながらも薫に支えられる。