政府は海上自衛隊を出動させて足取りを探る一方で巨大生物の再襲来に備え、矢口を事務局長とした「巨大不明生物特設災害対策本部」（巨災対）が官邸内に設置される。被害地域では未知の放射性元素の検出や軽微な放射線量の上昇が確認され、その空間線量分布図が巨大生物の移動ルートと一致したことから、放射線源は巨大生物と判明する。米国からは大統領次席補佐官および大統領特使が極秘裏に来日し、巨大生物の正体は太古から生き延びていた深海海洋生物が、不法に深海の生息地域に海洋投棄された大量の放射性廃棄物の影響下でも生き残る耐性を有するように適応進化した「ゴジラ」（GODZILLA）と呼称される未発表の生物であることや、その研究をしていた牧悟郎という老人の学者が行方不明であることを伝え、牧の遺品である解析表などを日本側に提供する。巨災対は、ゴジラが体内の生体原子炉から活動エネルギーを得ており、そこから生じる熱はメーンの冷却機能としている血液流によって発散しているため、体内の血液流を強制停止すればゴジラは生命維持のために自らスクラム停止・急激な冷却を行い、活動停止するはずであると結論づけ、血液凝固促進剤の経口投与によってゴジラを凍結させる「矢口プラン」（仮称）の具体検討を始める。
登場人物.
巨災対の官僚など.
正式名称は巨大不明生物特設災害対策本部。泉修一の力を借りて矢口蘭堂が設立した、民間や各省庁のエキスパートが結集した巨大不明生物（ゴジラ）に対応する組織である。首相官邸機能の立川への移管後は、名称が巨大不明生物統合対策本部へと変更された。
市井の人々.
登場兵器・メカニック.
製作.
日本の『ゴジラ』シリーズでは初となる、フルCGで制作されるゴジラのデザインには、『巨神兵東京に現わる 劇場版』などで雛型模型を手掛けた竹谷隆之が起用された。樋口から依頼を受けた際には詳細は知らされず、「背びれのある怪獣」とだけ伝えられていたという。デザインの詳細は前田真宏のコンセプトスケッチを基に庵野、樋口、竹谷、尾上克郎が打ち合わせを行い、庵野は本作品におけるゴジラのコンセプトを「完全生物」と定め、題名に「新」「真」「神」など、複数の意味を含ませた作名「シン・ゴジラ」と命名した。