先史、古代、中世、近世、近代、現代
次元による分類.
Real world（現実世界・実在的世界）.
現実の地表空間を扱う。多くの歴史地理学的研究はここに該当する。史料批判を経た史資料を用いて景観を復原し、過去における客観的な地理像を描くことを目的とする。その手法においては様々な理論が提唱されている。城下町・門前町の景観史や山野河海の環境史、農林漁業・商工業の社会経済史、街道や鉄道などの交通史、海外移民の社会史など、さまざまな領域において研究が蓄積されている。
研究対象.
日本の歴史地理学で扱われる主な研究対象を挙げた。全ての対象を網羅しているわけではなく、区分も便宜的なものである。多くのテーマは、歴史学や考古学、建築史など地理学以外の学問においても研究されている。
集落・地割.
条里地割、都城、国府、荘園、環濠集落、港町、門前町、寺内町、城下町、陣屋町、農村、漁村、山村、新田集落、在郷町、同業者町、鉱山町、渡津集落など。
歴史地理学の中では、最も早くから研究が蓄積された分野であり、絵図や地籍図を使った景観復原などが行われている。
城下町研究においては、「都市プラン」に着目した矢守一彦によって、戦国期型・総郭型・内町外町型・郭内専士型・開放型・崩壊型という形態分類がなされた。また、門前町については藤本利治が、寺内町については金井年が包括的な研究を行っている。
村落研究では、小川琢治によって散村や条里集落に関する問題提起が行われ、他分野も巻き込んでの論争が繰り広げられた。その後、内田寛一によって近世新田集落の研究が進められた。また、水津一朗は社会生活の最小単位である「基礎地域」を提唱した。村落空間に関する研究は民俗学とも関連が深い。今里悟之は、英語圏における「新しい文化地理学」の視角を取り入れ、村落の空間構造を分析している。
文化・社会.
民俗、宗教、地名、古墳、墓地、旅、名所、人口移動、地誌、風景画、郷土、移民、植民地など。
地理学の下位領域である文化地理学は歴史学的な研究方法を取ることも多く、歴史地理学と重なる部分が多い。巡礼や信仰の広がりといった事象は宗教地理学においても扱われる。また、歴史人口学の手法は歴史地理学にも援用され、婚姻や奉公による人口移動による地域変容の研究が進められてきた。
経済・産業.
農業、林業、漁業、工業、商業、流通など。