こうした「方法的に社会領域を消去した物語」はセカイ系諸作品のひとつの特徴とされ、社会領域に目をつぶって経済や歴史の問題をいっさい描かない点をもってセカイ系の諸作品はしばしば批判も浴びた。つまりこの時期にはセカイ系とは「自意識過剰な主人公が、世界や社会のイメージをもてないまま思弁的かつ直感的に『世界の果て』とつながってしまうような想像力」で成立している作品であるとされている。
これらのセカイ系作品においては、世界の命運は主にヒロインの少女に担わされる。「戦闘を宿命化された美少女（戦闘美少女）と、彼女を見守ることしか出来ない無力な少年」というキャラクター配置もセカイ系に共通する構図とされている。世界の危機と平行して、この傷ついた少女（＝「きみ」）と無力な少年（＝「ぼく」）との恋愛が学園ラブコメディとして描かれることも多く、このため「きみとぼく系」と呼ばれることもあった。さらに、ごく乱暴に「セカイ系とは『学園ラブコメ』と『巨大ロボットSF』の安易（ゆえに強力）な合体であって、つまり『アニメ＝ゲーム』の二大人気ジャンルを組み合わせて思い切り純度を上げたようなものである」（佐々木敦）とも説明されることもあり、こういった極小化された「きみとぼく」の純愛世界と誇大妄想的な「世界の危機」がシンクロして物語が進行する奇妙さがセカイ系の特徴とされていた。
これらの「セカイ系」の用法においても、『新世紀エヴァンゲリオン』の強い影響があったとする見方は持続しているが、その一方で「きみとぼく」+「世界の危機」という構造はギャルゲー/アダルトゲーム特有の方法として現れたとする見方も提出されている。