全共闘は各大学等で結成されたため、その時期・目的・組織・運動方針などはそれぞれである。中でも日本大学の日大全共闘と東京大学の東大全共闘が有名で、後に全国全共闘も結成された。東大全共闘では「大学解体」・「自己否定」といった主張を掲げたとマスコミが伝え、広く流布した。「実力闘争」を前面に出し、デモでの機動隊との衝突では投石や「ゲバ棒」（ゲバルト棒）も使われた。特定の党派が自己の思想や方針を掲げる組織運動というよりは、大衆運動との側面があったともされる。
全共闘と最も対立したのは民青系全学連で、東大紛争でも全共闘が乱入する中、七学部代表団を主導して大学当局と確認書を作り終結させた他、入試中止で文部省が動いた際にはストライキ解除の実力行使を行い、これに全共闘も応戦したことで機動隊導入のきっかけとなった。また日大で全共闘と対立したのは、体育会系・民族派系であった。
歴史.
前史.
従来の学生自治会での多数決を行ってから行動をする方式では、戦闘的な戦術は多数派のノンポリ学生がついて来られないので否決されてしまうため、活動家学生のみによる「共闘会議」が各地で発足した。全共闘運動においては、戦術として本館封鎖・バリケードストライキという実力行使を伴う闘いを行い、教官・職員の立ち入りを阻止する闘争方法に発展したことが特徴である。
以下は、おびただしい個別事例のうちのいくつかの例である。
学生運動の発端は、各大学においてそれぞれ異なっているが、一般に「全共闘」と呼ばれるのは以下の日大・東大における全共闘運動である。
発端.
しかし翌日になり佐藤栄作首相が「大衆団交は常識を逸脱している」 と横やりをいれ、当局側も学生との約束を撤回した。両国講堂には日本刀を持った体育会系の学生が乱入し、直後の機動隊突入では全共闘側学生は拍手で迎えたが、機動隊は逆に全共闘側学生のみを鎮圧した。これにより日大闘争は沈静化するが、一部の学生は東大紛争などへ合流した。
展開.