また、水害に苦しむ流域住民の悲願であったダム事業に対して、反対住民と共に、地元と全く関わりがなくかつダム問題の専門家でもないメンバーが反対派に加わり、時には反対派の主導的立場となって、結果的にダム事業が中止に追い込まれるなど、問題を必要以上に複雑化させる弊害が発生している。一方で、補償内容が国税が使われているにも関わらず客観的に見て不適切な場合は反発が出るのは必然である。
同様のことは平取ダム（額平川）や川辺川ダム、八ッ場ダムさらには長野県の田中康夫知事（当時）に因る「脱ダム宣言」で中止となった浅川ダムでも見られた。特に浅川ダムについては流域住民のコンセンサスを得ぬまま中止してしまった経緯もあり、長野市や流域住民から批判の声が上がっている。八ッ場ダムでは、民主党が示したダム中止マニフェストに対して、予定地の長野原町・東吾妻町、長野原町観光協会や川原湯温泉組合などの地元のみならず、受益地の石原慎太郎東京都知事をはじめ上田清司埼玉県知事、森田健作千葉県知事、大沢正明群馬県知事が揃って反発している。
一方で、川辺川ダム建設に関連した利水事業をめぐる訴訟において、住民の利水計画同意書や反対意見がダム事業を進めたいとする国側に改竄されていたことが裁判の場で指摘されており、遂にはダム建設に賛成の意思を示していた相良村や推進派の市長が辞任した人吉市が反対に回り、推進派の五木村、八代市、球磨村と対立するなど複雑な様相を呈している。また、推進の立場を取る行政は「地元住民は建設を望んでいる」と主張しているが、新聞社が行った世論調査では建設反対の答えが多いという場合もある。
ダムを建設するにしても取りやめるにしても「地元住民の意見」を集約する難しさを表している。
上流域と下流域の意見相違.