前作のラストでアグラバーを乗っ取りランプの魔人の力を手に入れたジャファーだったが、相棒のイアーゴと共にランプに封印されて砂漠の果てまで飛ばされていった。イアーゴはランプからどうにか抜け出すが、ジャファーの横柄な態度に嫌気が差してランプを井戸に捨て、アラジンに取り入って再び王宮暮らしに戻るためアグラバーに向かう。
アグラバーに着いたイアーゴは、アビス・マルら盗賊団に襲われていたアラジンを偶然救ったことで、そのことに感謝したアラジンと共に王宮に戻る。その日の夜、アラジンはジャスミンとサルタン、世界旅行から戻ったジーニーと一緒に夕食を楽しんでいたが、イアーゴのことを中々言い出せずにいた。そこに、ラジャーに追われたイアーゴが乱入し大騒ぎになる。サルタンとジャスミンは、アラジンが自分たちに黙ってイアーゴを王宮に入れたことに怒ってしまう。落ち込むアラジンだったが、ジーニーとイアーゴの協力を得てジャスミンと仲直りし、翌日にはサルタンと仲直りのために遠出することになる。イアーゴもアラジンの人の良さやジーニーの底知れぬ明るさにあきれながらも、「いいヤツになるのも悪くない」と彼らと生活する中で心境が変わり始めていく。
一方、砂漠の井戸の中からランプを見つけたアビス・マルは、ジャファーを呼び出してしまう。ジャファーはアラジンに復讐するため、アビス・マルを丸め込みアグラバーに向かう。ジャファーは王宮でくつろいでいたイアーゴを見つけ、アラジンとサルタンをおびき出すように命令する。イアーゴはジャファーに逆らうことができず、結果的にアラジンを裏切る。それと同時に、ジャファーは復讐の邪魔になるジーニーを捕まえ水晶の中に閉じ込めてしまう。
イアーゴに案内された場所に向かったアラジンとサルタンは、そこで空飛ぶ馬に乗るアビス・マルに襲われ滝つぼに落ちてしまう。サルタンとはぐれたアラジンは一人で王宮に戻るが、アラジンの部屋から八つ裂きにされたサルタンのターバンが見付かり、ジャスミンは「アラジンが父親を殺した」として彼を逮捕し処刑を命令する。しかし、ジャスミンの正体はジャファーの変装であり、本物のジャスミンやサルタンはジャファーによって監禁されていた。