水産庁では、国民保護法に基づき、有事の際には漁港を担当する役所として国民保護を実施する。具体的には、漁船に対して、船舶無線を使用しての安否確認や、漁業者の安全な操業に必要な情報を提供する。同時に、海上保安庁と連携して漁港および海岸保全施設の警戒監視を強化する。有事が海産物に与える影響を調べるモニタリング調査のため、取締船は航行の安全に配慮しつつ事実上の特設監視艇として出動する計画であり、実際に不審船を発見した場合は、直ちに海上保安庁に通報することとしている。水産庁では、九州南西海域工作船事件を契機に不審船対策についてのマニュアルを作成しており、実際に海上保安庁とともに不審船の捜索拿捕等の訓練を実施している。
都道府県の漁業取締り.
各都道府県では、漁業取締船を所有またはチャーターし、乗り込んだ都道府県漁業監督吏員が、前述の水産庁と同様の漁業取締り任務にあたっている。都道府県漁業監督吏員は、漁業法違反の被疑者および漁船に対して、立ち入り検査や逮捕・送検を行うことができる。密漁者を検挙するため、特殊警棒、手錠の携帯が許可されている。近年、速力に優れた密漁船が国の内外から沿岸漁業を脅かしており、対処するためには船の速力向上が迫られている。有明海や瀬戸内海では、国内の暴力団やブラック企業が手引きする密漁を警戒し、日本海側では外国漁船を警戒するため、速力に優れた船を配備している。また、水産庁の漁業取締船と異なり、違法漁船からの視認性低下のため、軍艦のような灰色迷彩塗装となっているものも多い。
水産庁と同様に、停船しない密漁船に強行接舷して飛び乗ることは控えている。密漁容疑の船舶が逃走した場合は、警察や海上保安庁への通報を実施しつつ、追跡して進路妨害を行なって逃走をやめさせてから立入検査を行う。
漁業監督官・漁業監督吏員の装備.
漁業監督官・漁業監督吏員の制服類.
漁業監督吏員は都道府県職員（地方公務員）のため、服制は自治体により異なる。
水産庁の漁業取締り部署.
水産庁の船舶.
基本的に、以下の装備が備えられている。水産庁が取締目的で用船（チャーター）している船にも、同等の装備が艤装される。
水産庁の漁業取締航空機.