なお、学校によっては卒業歌自体が歌われない所もある。
学校によっては国歌斉唱のあとに斉唱する所もある。
司会者により閉式宣言が行われる。
担任教諭が先導。入場と同様、吹奏楽部の演奏（「マイ・ウェイ」など）をバックに退場する。大学などでは式次第としては行われない。
学籍満了日.
卒業式開催日および進路決定・未決定にかかわらず、最終学年の終期、すなわち学籍満了日はあくまで修業年限末日であるため、式後（卒業証書授与後）も同日まではその学校に在籍している扱いとなる。具体的には、学校教育法施行規則における学年の始期および終期の規程に基づき、それぞれ以下のように取り扱われる。
なお、学生・生徒（中学生以上）については学籍満了日までは学割を使うことが可能だが、学生証は式当日に卒業証書と引き換えに回収されることが多いので、その場合は学校や鉄道会社等に相談する必要がある。
離任式・退任式.
卒業式から数日後、異動する教職員とのお別れの式として離任式、早期退職または定年退職する教職員とのお別れの式として退任式が行われることが多い。ちなみに卒業生が参加した場合、その日が事実上の最終登校日となる。
また、当該卒業生の担任団もしくは校長・教頭の教員が定年退職を控えている場合、退任式とは別に卒業生から「教員卒業」という意味で卒業式、いわゆる「労い式」を開いてくれることもある。
卒業式における問題.
学生運動による卒業式中止.
日章旗の掲揚や君が代の斉唱における問題.
学習指導要領では、「その意義を踏まえ、国旗を掲揚するとともに、国歌を斉唱するよう指導するものとする」と定められている。
卒業式ガイドラインのようなものを策定するなどして、各学校・校長へ指示・指導を行っている都道府県あるいは市町村・特別区の教育委員会もある。ガイドラインとは、例えば以下のような内容のものである。
しかし、教職員や児童・生徒の中には、「『思想・信条の自由』に反し不服である」などとして、君が代斉唱時の起立をしなかったり、君が代を斉唱しなかったりする者もいる。教職員のこれらの意見や行動は、日本国内の教育の場に対して混乱を招いているとして、教育委員会が前述のガイドラインを職務命令とし、これに反する教職員を訓告・戒告・減給等の処分にする例が年々増加している。