本作品では「怖いゴジラ」が一つのテーマであったものの、特殊技術の鈴木健二は怖いだけのゴジラでは成立しないと思ったため、身近に感じる時もあれば怖い時もあるなど、いろいろな面を持ち合わせたさまざまなキャラクターを入れたゴジラとしているが、インパクトのある凶暴なイメージの方向性のデザインで作ったという。大きく口を開け、首は肩と一体になるように太く膨らませ、眼はどの方向から見てもゴジラに見つめられているような作り方となっている。
ゴジラの着ぐるみ製作は、『ゴジラvsデストロイア』まで東宝内部で行われていたが、ミレニアムシリーズでは外部発注されており、『大怪獣総攻撃』以外の作品では若狭新一が代表を務める有限会社モンスターズが造形を担当した。若狭によれば、東宝プロデューサーの富山省吾は初代ゴジラを、特殊技術を担当した鈴木健二は『キングコング対ゴジラ』のゴジラをそれぞれイメージしていたといい、両者の希望に沿うよう心がけたと述べている。一方、若狭自身は自身が愛好するキンゴジやモスゴジの雰囲気が入っていると述べているほか、「平成ゴジラを感じさせない新しいゴジラ像」を要望されたことが一番難しかったと述懐している。検討用マケットは若狭と寒河江弘が手掛けた。
海用は表皮が弾着で痛んだ後、足や尾をカットして他の撮影などに使用された。
最大の特徴である背びれは、西川のシルエットデザインを元に巨大かつ鋭利なものとなり、配色も従来とは異なり鈴木の意向でメタリックレッドとなっている。今までより色を感じさせるため、尖端をパールピンクにしており、白い下地に塗布している。若狭は背びれが大きいと重くなり動きの邪魔にもなることを懸念したが、鈴木は迫力があるので良いとして大きいままとなった。しかし、背びれを発光させるために半透明のFRPを用い、強度を保つために軽量化が難しいことから、発光用と通常用の背びれを差し替える仕様となった。また、背びれや肩などに従来のゴジラにはないトゲが存在している。
体の色はグリーン。若狭は、従来の黒やグレーとの差別化から、アメリカでのゴジラのイメージであるグリーンとしたが、ナイター撮影や現場のホコリなどにより、当時のカメラの性能ではほとんどグレーにしか見えなかったと述懐している。