継続的に戦闘が行われる戦国期においては、戦国大名はいつでも、迅速に、また長期的に政略的・軍事的要地に精兵を動員できるようにしたいが、この中世的兵農分離下では、召集するのに時間が掛かった。また、彼らの郎党には半士半農の者が多く、農繁期の動員に対して不満をもたれるといった問題もあった。
そのような中、応仁の乱前後の社会情勢の中で生まれた足軽は傭兵としての側面を持ち、農業・商業という生産物ではなく、戦闘力の提供層を形成した。骨皮道賢のように集団としての労働力を組織する者も現れた。
戦国末期になると、農業生産力が向上して足軽などの非生産者にも食料が行き渡るようになり、商業が発展して金銭に余裕の生まれた戦国大名の一部には、長期的に兵力を保持する必要から、足軽を継続して雇用したり、家臣団に組み入れる勢力も現れた。加えて村落に居住する侍衆を直接的な農業経営から分離して城下に集めて専任の職業軍人とすれば、召集に必要な時間を短縮できて農繁そして期出兵の問題も解決できた。さらに武具の質も上げることができた。
織豊政権.
織田政権により、柴田勝家が越前国で検地を開始し細川藤孝の丹後国でも続けられた。また、馬廻衆や弓衆の武士と家族たちの城下町への集住が強制されるがそれ以外の、重臣を含めた武士層の妻子たちは領地で暮らしていた。また、身分法令や政策は出さなかった。
また兵農分離による家臣の城下への強制集住は、京都・伏見に大名の妻子の居住が強制され、大名らも京都・伏見在住が長くなったが、国元へ帰国が許されていた。また武士層全体への都市居住政策は無かった。
大名の妻子らの城下への強制集住は、楽市楽座とともに、城下町発展の大きな要因となる。具体的な政策として惣無事令や、身分にかかわる政策として刀狩、海賊停止令が施行された。これらは、土地の支配関係を明らかにし、武士以外の帯刀権を剥奪した。海上においては海賊勢力を解体して、警護料などの金銭徴収を禁止し、大名の水軍武士と漁民に分離するものであった。
兵農分離政策研究の転換.
こうして進んだ武士層の城下集住と、帯刀権規制が江戸時代に一時緩むが再度規制され、兵農分離に大きな役割を果たしたと、指摘されている。
江戸時代.