本項目では、アクアリウムにおいて使用する飼育水を生物の育成に適した状態となるよう、有害物質を除去する事全般について説明する。
海や河川などの自然においては、汚れや有毒物がろ過されていくサイクルが成り立っている。
アクアリウムのように小さな閉じられて限定された環境下においては、ろ過を行いやすい環境を整えると共に「ろ過装置」も必要となってくる。
適正なろ過が行われる事により、生物の生育環境が良くなり、ゴミの除去や水の交換頻度を下げる事が出来る。水の量、底砂の種類と量、どのような生物をどれほど飼育しているか、餌の種類と与え方と量、水草の種類の量によって、必要とされるろ過能力が異なってくる。海水の場合は、淡水より高い能力のろ過が必要である。
また、このろ過には複数の種類がある。基本的には、まず物理ろ過を行い、次に一番重要な生物ろ過、そして化学ろ過（省略される場合もある）が行われる。
物理ろ過.
大きなゴミを除去する。
物理ろ過は、アクアリウムにおける水質浄化過程のうち、化学的な汚染物を除去するのではなく、水草の切れ端や餌の残り、鱗などを物理的に除去することをいう。
多くの場合、物理濾過はこれに続く化学濾過、生物濾過の前処理として行われ、ろ材の目詰まりを防いだり、腐敗による化学・生物濾過の負担増加を防ぐことが目的である。
素材・原理としては、フィルターとしてスポンジや砂利、不織布やウール・フェルト生地によるマットなどを通過させるもの、サンプ槽などに自然沈殿させるもの、プロテインスキマーによるものなどが代表的である。より高度なものとして限外ろ過膜を利用するものもある。
使用に伴い汚れやゴミが付着するために、ろ過装置の能力は次第に低下していく。そのため、ろ過装置（パイプやインペラーなど）は定期的に洗浄が必要であると同様に、ろ過に使用するろ材を清掃・交換などのメンテナンスが必要である。
ただし、物理ろ過素材の表面に生物ろ過バクテリアが住みつく事により生物ろ過としての機能を持たせた設計もあり、過剰な洗浄や高頻度の交換を推奨されていない場合がある。
生物ろ過.
濾過バクテリアを利用して有毒物を除去（分解）する。
物理ろ過された、水草の切れ端や餌の残りや鱗をそのままにしておくと腐り、水生生物に強い毒性をもつアンモニアが発生する。