ただ、土御門家もこの一連の事態を重く受け止め、泰邦の後継となった土御門泰信、泰栄、そして土御門晴親は当時先進の天文学・暦学を積極的に受け入れていくようになったと同時に、これを研究・研鑽して今後の陰陽道および天社神道に活かしていく方法を考えていった。
その一方法として、土御門家はその知識を積極的に公開すべく門戸を開き、土御門家当主や重臣が積極的に教授する事で、天社神道を宗教の枠だけに納めておくのではなく、保有する膨大な知識を「学問」として広く啓蒙していくようになっていった。ここにおいて土御門家は、天社神道を基盤にして、あらたに教育の分野にも手を拡げていく契機を得た。
また改暦作業の拠点も幕府の本拠地である江戸ではなく京都に設置している。しかも土御門邸のあった梅小路に近い場所に置いており、いかに幕府側に造暦権限があろうとも土御門家の権威なくしては成り立たなかったのである。当時の天体の運行図や地図の中心点は京都梅小路土御門邸の真上になっている。
また松平定信によって行われた寛政の改革で、陰陽師は他の雑多な宗教者らと共に「裏店暮らし」を強要された他、全国で「陰陽師」と名乗って無断で活動をする者や、土御門家配下ではあるものの、既定の職務以上の事を行って対価を得る者等も出てくるようになり、土御門家は江戸時代後期以降、たびたび「触れ流し」を出して配下に活動の再確認と綱紀粛正を求めるとと同時に、全国の触頭や小頭らに無断で陰陽師あるいは「陰陽家」などと名乗って活動をする者の監視および告訴を強化した。重大な問題である場合は京都の土御門家（陰陽道本所）から使いを出して、実検する事もあった。幕末へと向かっていく中で時勢も次第に穏やかではなくなっていくと共に、「ガイドライン」たる法度がなかった陰陽道は統率の乱れを露呈していく事になった。
そのような中、上記の通り土御門家は積極的にその蓄積していた知識や技術を啓蒙していく。幕末期の土御門家当主である土御門晴親は邸宅内に家塾「齊政舘（斉政舘）」を開いた。これによって、土御門家は「陰陽道（天社神道）」宗家（陰陽道本所）としての機能と共に、長年かけて蓄積してきた技術・学術などを学びたいという者に対して積極的にその情報を教授・公開していった。