このように「本来事業は剰余金配当と残余財産分配ができないから非課税、収益事業は納税義務を持つ」という構造は、宗教法人に限らず法人税法にて「公益法人等」に設定された法人全てに共通する。ゆえに、宗教法人への収益に対する課税を主張するのは、上記の法人税制の基本原則と矛盾する言い分に過ぎず、論理が破綻している。
ちなみに、公益法人である宗教法人の役職員は、通常の場合給与を受けており、これは一般勤労者と同じく所得税や住民税などを課税されている。さらに、僧侶・神官等の宗教者が個人資産として、不動産・自動車等の動産を所有している場合は、相続税を始め普通に課税される。また自動車関係の道路特定財源制度諸税については、宗教法人が公益・宗教事業用に自動車を所有する場合でも、自動車税や自動車重量税などの課税がなされる。また、固定資産税が一定条件下で減免されることもあるが、地方税法では固定資産税の減免対象になる事例が鉄道用地など他にも多く列挙されており、いかにも宗教法人であるゆえの特権のように論じるのは詭弁（チェリー・ピッキングの論法）に過ぎない。
なお、宗教法人を含む公益法人へも、国税庁の税務調査は普通に行われる。そして、所轄官庁や税務署へ財産目録などの法定書類を毎年確定申告する必要もあり、税務申告に問題があれば指導もなされる。したがって「宗教法人には一切課税がされない」ことはない。その証左として、宗教法人会計に特化、あるいは強い税理士事務所が複数存在する。
但し、公益財団法人や公益社団法人等が運営する収益事業の税率と、宗教法人を含む広義の公益法人が運営する収益事業の税率との間に減額されていることなどから、
宗教法人が公益法人として課税の優遇措置を受けていることを逆手に取り、宗教法人が運営する寺院の住職が宗教法人の収入を私的流用していたことが、税務調査で指摘された例がある。しかし、法人運営の主導的立場にある者が地位を悪用して財産を流用する不祥事は他種の法人でも生じることであり、上記の事例を宗教法人特有の問題としてあげることは失当である。
公称信者数の不確実性.