だが、戦況は三好三人衆と篠原長房に摂津・河内・山城では有利であり、三好義継と松永久秀の反抗を封じ、大和に追い詰めていた。とはいえ、大和と河内においては、依然として松永勢との戦いが繰り広げられた。
将軍就任と幕府の構築.
敗北と最期.
この頃、義栄は腫物を患って病床にあり、篠原長房に勧められ、阿波で養生することになった。義栄の主力は長房の軍勢であったが、義栄がこうした状況では軍勢も士気が上がらず、長房は信長とは戦わずに兵力を温存する形で、阿波へと撤兵することにした。
義栄の幕府の崩壊により、義栄の父・義維と弟・義助は阿波の平島に帰還した。また、義昭の幕府が成立したことにより、義栄派の公家は朝廷を追われた。武家伝奏の勧修寺晴右は蟄居を命じられ、高倉永相・永孝父子は大坂寺内町へ、水無瀬親氏は阿波へ下向を余儀なくされた。
義栄期の室町幕府.
人事・組織.
義栄は伊勢氏や大舘氏など武家故実をもって仕える層を取り込むことには成功したものの、諏方氏、飯尾氏、松田氏など相論の裁許や行政事務をもって仕える層の取り込みは一部しか成功せず、将軍就任後の幕府機構の再建に不安を残す形となった。それでも、父・義維の時とは違って現職の将軍が不在であり、対抗者である義昭の立場が弱かったことが義栄の将軍宣下に有利に働いたとみられている。
義栄の幕府は従来の将軍体制とは変わりなく、天文末年に三好長慶によって廃絶された管領・管領代（奉行人）を復活させた。管領には細川昭元、細川晴元の管領代であった飯尾為清、及びその息子と思われる為房を管領代に任用した。三好三人衆筆頭の三好長逸、故実に通じた大舘輝光、政所執事の伊勢一族、義維と苦楽を共にしてきた畠山維広、及びその息子の伊豆守・孫六郎兄弟、荒川氏らを中核とし、義栄の幕府は構成されていた。
義栄の幕府の組織体制は、伝統的権威を指向しつつ、従来の権威を踏襲したに過ぎなかった。また、一部の奉行人や御供衆が足利義昭に近侍していた事実から、組織自体が完全に一元化されていなかった。そのようななかで、義栄の幕府を強力に推進したのは、三好三人衆や篠原長房など阿波三好氏の重臣層であった。それゆえ、義栄の幕府は三好三人衆政権とも評されているものの、言い換えれば阿波国人衆によって初めて形成された中央政権でもあった。
業績.