モリアーティ一味の残党から逃れるために姿をくらましてからの行動ははっきりしない（チベットなどアジアにまで足を運んでいたという示唆もある。「空き家の冒険」の項を参照）。ホームズ自身の説明によると、兄のマイクロフト・ホームズに資金を援助してもらいながらモリアーティ一味の残党を倒そうとしたが上手くいかなかったという。
人物像.
性格は極めて冷静沈着。行動力に富み、いざ現場に行けば地面を這ってでも事件の一端を逃すまいと血気盛んになる活動家。反対に兄のマイクロフト・ホームズは、シャーロックよりも鋭敏な頭脳を持つが、精力的な捜査に興味がない為に探偵にはならなかった（「ギリシャ語通訳」）。
ホームズはワトソンが書く自分の物語に関してはその書き方を特に批判している（だが、後にワトソンに「そこまで言うなら自分でやるように」と怒られて、自分で書く羽目になった「白面の兵士」では読者を喜ばせるためにワトソンと同じ書き方をしてしまい、反省する一幕がある）。また、ワトソンはホームズの許可をもらわなければその事件に関する物語を書くことはできない。基本的に自分の名を世間に知られるのは好ましくないと考えている（その割には、ワトソンを自分の「伝記作家」と呼ぶこともあるが）ため、中々許可を出さないが（他にも依頼人の立場などを考慮していることもある）、稀にいきなりワトソンに連絡を取って一方的に許可を出すこともある。
彼の多才な能力はそのまま犯罪に使うこともできるため、ホームズ自身、自分が犯罪者になれば大変なことになっていたであろうという旨の発言をし、また、犯罪紛いの行動を取った際にはレストレード警部にも釘を刺されている。
再三にわたってナイトの地位を辞退している。本人は肩書きが無いのを好むためと言っているが、その一方でフランス政府からのレジオンドヌール勲章は受章しており（「金縁の鼻眼鏡」）、この矛盾については正典内で明確な説明はない。
緋色の研究における人物評.
しかし、『緋色の研究』の事件においてホームズはワトソンの判断を覆すような引用・発言をし、後の作品でも多方面にわたる見識と知識を見せている。ワトソンは「後で騙されていたと気付いた」と述べている。『緋色の研究』の時点でこのような評価になった理由は、二人が知り合って間もないうえ、教養の必要性を主張するワトソンをホームズがからかったためだとされる。