才能カードは自動的に入手できるもの、シナリオをグッドエンドでクリアすることで入手できるもの、生徒のある才能が開花すると入手できるものがある。特定の才能カードがないと才能を全て開花できない生徒も多く、カード入手の手順はパズル的に絡み合ってくる。
登場人物.
※キャラクターの並びは全て出席番号順
シナリオ.
※印が付いているタイトルは『完全版』で追加されたシナリオ
物語は主に「サクラ中学」を中心とした荒川沿いの「サクラ区」内で展開する（例外として修学旅行先の沖縄がある）。イメージイラストの段階ではサクラ中は足立区立であることになっているが、ゲーム中の画像には「佐倉」という漢字表記がみられ、「桜中学」ではないことがわかる。
完全版で追加されたシナリオの「社会科教師の異常な愛情」は「鉄ちゃんの恋」をクリアすることで発生。「人にやさしく」は番外編を除く他のシナリオの全イベントカードの入手によって発生する。
最終話は卒業式のみのエンディングイベントで、それまでのシナリオのクリア状況によって各人物のメッセージ（および完全版ではカットイン）が変化する。
シナリオ名には小説や映画のタイトルから取られているものが多い。
アニメーション.
作画.
キャラクターデザインには社長兼プロデューサーである中村光一の、「沢山の人物が描き分けられ、目が拳よりも大きいようなデザインではなく一般性があって親しみが持てるものを」という意向にそって森川聡子が起用された。武田鉄矢は常々金八先生が他者によって表現されるとき悪意を感じていたというが森川のイラストを初めて見たときには誠意を感じたと語り、コピーを自宅に飾るほど喜んだ。
森川聡子の画を再現できるアニメプロダクションが見つからなかったため、森川自身がスタッフを集めてくることとなった。スタッフ紹介に際し、「スタジオジブリの『猫の恩返し』のスタッフ」の売り文句が使われたが、『世界名作劇場』からの馴染みのメンバーである。
本作ではほとんどのシーンを実際に撮影し、それを元にアニメーションが作成されている。また風景、建物もシンプルなキャラクターに写実的な背景を組み合わせたいというコンセプトからロケを元に描かれている（サクラ病院は『街 〜運命の交差点〜』に出てきた病院を加工）。
音声.