ポーランド戦後のポーランドは、東部をソビエト連邦が支配し、中央部から西部はドイツが支配した。ドイツの支配地域のうち、西部がドイツ本国の領土に併合され、中央部がポーランド総督府領とされた。総督府領はもともとのポーランド領土全体の四割ほどの面積だった。フランクはそのポーランド総督府領の統治を任されたわけであるが、一部の権限は親衛隊全国指導者ハインリヒ・ヒムラーと共有しなければならなかった。ポーランド人を支配するためには親衛隊の持つゲシュタポや強制収容所など弾圧的装置は必要不可欠だった。
ヒムラーはフランクとフランクの妻の汚職容疑を掴んでそれをネタに脅迫してくるようになった。もともと権力闘争向きではないフランクの神経は衰弱の一歩手前までいった。ポーランド内の行く先々で敵意を向けられることに疲れた妻ブリギッテはバイエルン州に帰り、そこへポーランドからの略奪品を送らせるようになった。フランク自身もポーランド総督職を辞職したがるようになり、国防軍最高司令部総長ヴィルヘルム・カイテル元帥に自分を兵役に戻してほしいと懇願している。カイテルはヒトラーにこれを取り次いでいるが、ヒトラーから「論外だ」の一言で却下されている。
この後、ハンス・フランクはまったく抵抗の意思を見せずにポーランド総督の職務を淡々とこなした。徴収したポーランド人労働者は労働力配置総監フリッツ・ザウケルのもとへ、ユダヤ人はヒムラーのもとへそれぞれ送りだした。ほとんどのユダヤ人がアウシュヴィッツ強制収容所へ送られることになるのを彼は知っていた。
他のナチ党幹部の例にもれず、戦況の悪化とともに趣味の世界へ引きこもるようになった。彼はピアノを弾いたり、『コロンブスに仕えた給仕』という題の小説を書いたりして現実から逃避していた。
逮捕と米兵のリンチ.
その後、ニュルンベルク裁判にかけるため、ニュルンベルク刑務所へと移送された。
ニュルンベルク裁判.
ニュルンベルク裁判においてフランクは第一訴因「侵略戦争の共同謀議」と第三訴因「戦争犯罪」、第四訴因「人道に対する罪」で起訴された。