マリーことマルローネはシグザール王国の都市「ザールブルグ」にある王立魔術学校（通称「アカデミー」）に通い、錬金術士を目指して勉強をしていた。
だが、世の中にある「元素」をこねくり回して新しい物を作り出す錬金術においては、器用さや忍耐強さが求められ、ガサツな上に細かい作業が苦手なマルローネは、学校での成績が振るわなかった。
彼女はその性格を治そうと試みた事はあっても中々改善せず、アカデミーを辞めてしまおうとさえ思いながらも錬金術自体は好きだった為、時だけが経っていた。
こうして、マルローネは自分のために与えられたアトリエで店を経営することになった。
登場キャラクター（マリー）.
なお、年齢は、から引用。
ボスキャラクター（マリー）.
普通のRPG同様、強大なボスキャラが出現するが、必ずしも倒さなくてもよく、それなりにストーリーは進んでいく。
反響（マリー）.
本作はガスト社内において二番手として位置づけられていたものの、女性からも人気を集め、後にシリーズ化された。
その一方で、一部のプレイヤーからは、失敗した際に材料がすべて台無しになるのが不満だという指摘が寄せられた。
特徴（エリー）.
前作『マリーのアトリエ』の調合システムを強化し、アイテム毎に品質・効力のパラメータを設け、作成できるアイテムの増強や街の外の行動範囲を広げ、妖精の育成および恋愛要素を盛り込むなど、様々な要素に追加をしている。
新たに追加された調合は「ブレンド調合」と「オリジナル調合」で、条件を満たすと使用できるようになる。
今作から「錬金術LV」「冒険者LV」が分けられるようになった。以降のシリーズ作品でもこの方式が採用されている。
ストーリー（エリー）.
『マリーのアトリエ』の後の話。ロブソン村で恐ろしい流行り病が発生し、村人が次々と倒れる事態が発生。
数年後、エリーは憧れのマルローネと同じ錬金術士になるため、そしてマルローネと再会するためにザールブルグを訪れ、アカデミーの入学試験を受ける事にした。
憧れだけでなれる程錬金術士の道は甘くなく、エリーは補欠合格で何とか入学する事が出来たものの学生寮に入れず、自力で生活することを余儀なくされる。
依頼をこなし、町の人たちや学友たちとの交流を深め、外の世界を旅して採取や魔物との戦いを経験し錬金術の能力の伸ばし、アカデミーの卒業を目指す。