ボールペンは、使用するインクの特性により分類される。
JISやISOの規格では、一般筆記用と公文書用の要件が定められており、後者は薬品による改竄（）への耐性が高い。
油性ボールペン.
低粘度油性ボールペン.
各社ともインクに独自名称を付けていることが多い。
水性ボールペン.
水性ボールペンの内部構造には、インクの貯留方式によって中綿式と直液式がある。従来の中綿式は、毛細管の中綿からインクを供給するため、重力方向にかかわらず筆記できる特徴を持つが、インク残量が見えず、残量が減るとインクフローが下がる欠点がある。後年開発された直液式では、直接液状インクを貯蔵し、万年筆の櫛溝（蛇腹）に似たコレクターを通じて供給することで、中綿式の欠点を払拭している。コレクターのインク保留量には限界があり、極端な温度・気圧変化を受けるとインク漏れするおそれがあるが、この点でも改良は重ねられている。
水性インクにゲル化剤を加えたゲルインクは、リフィル内部では高粘度のゲル状だが、ボールが回転すると速やかにインクが粘度の低いゾル状になり、インクがペン先から滲出する。滲出したインクが紙面に付着するとインクが直ちにゲル化するためインクの滲みが少ない。また比較的大きなインク粒子を使いやすい特徴があり、白色顔料を混ぜたパステルカラー（不透明）インク、ラメ入りインク、香り付きインク、消せるインクといった特殊な製品も登場している。インク素材には染料系と顔料系があり、染料ゲルインクは発色が鮮やかで書き味も滑らかだが、耐水性に難がある。顔料ゲルインクは乾燥後の耐水性・耐光性が高く長期保存に適する。
エマルジョンボールペン.
特殊なボールペン.
消せるボールペン.
ただ、消せるボールペンには文書の改竄の恐れという問題がある。京都府舞鶴市では消せるボールペンで記入されていた公文書が多数発見され問題となり、日本の自治体の事務などでは使用禁止の動きが進んでいる。メーカーも消せるボールペンによる証書類の記入は控えるよう呼びかけている。なお、消せるボールペンで書いた後で消した文字を低温下で復元させる方法もある。
加圧式ボールペン.