その正体はニライ・カナイが滅亡間際に同国の技術で創造された心を持つ水の精であり、聖水は地球に生命をもたらした「奇跡の水」である（つまり、ゴーゴ自身がその秘宝だった）。ゴーゴは自らを奇跡の水に変え、汚染された海水を浄化し、モスラを「レインボーモスラ」へ強化する。
ベーレム.
前作で大破したガルガルの残骸をベルベラが修理・改造した強化型。以前よりも機械的な外観となっている。
武器は口から放つシュビビン・ビームと翼からのビームを同時に放つ紫色の光線ドガバンビーム。
製作.
主要舞台となるピラミッドは、本編・特撮とも大規模な造形物が用意された。ピラミッドのデザインは、エジプトのピラミッドではなく中南米のピラミッドをモチーフとしている。また、当時注目されていた与那国島海底遺跡のイメージも取り入れている。
配役.
浦内汐里役の満島ひかりは、本作品の舞台である沖縄出身であることから抜擢された。三好は、沖縄アクターズスクールからデビュー予定のグループが東京に来ていた際に会う機会があり、その中でも色黒で眉の太い満島が沖縄の子供らしいとして起用した。三好は、満島が劇団所属の子役ではないことから無理な芝居やセリフ回しはさせず、周りの芝居を受けてリアクションをとることを重視し、普段のままの子供に見えるよう心がけていたという。
撮影.
CGの描写は前作よりもさらに向上しており、カットの過半数にCG処理がなされている。一方で、製作時間がなかったため、前作のようなシミュレーション映像は作られていない。
ピラミッド内の谷に架かる橋が崩れるシーンは人物以外フルCGで表現された。そのほかにも、シーンによってはピラミッド内の壁や天井はCGで描いており、フェアリーやガルガルの動きにあわせて背景も動かすなど高度な表現にも挑戦している。制作途中からは、ワイヤー消し専門のソフトも導入された。一方、モスラに合わせてエリアスの衣裳やフェアリーの体色にも緑が取り入れられたため、合成にはデジタル向きのグリーンバックではなくブルーバックが用いられた。
ペンションの撮影はロケセットで行われた。
林のシーンでは、ロケ地の地面がデコボコであったため撮影用の移動車が使えず、カメラマンはカメラを背負いオートバイに乗って撮影している。火花を散らす木は、火薬を用いてブルーバックで撮影したものを合成で足している。