カリプソの仕業で海が大渦を巻く中、ブラックパール号とフライング・ダッチマン号の決戦となる。ノリントンに代わってフライング・ダッチマン号の船長になっていたイアン・マーサーは戦闘のどさくさに紛れてジョーンズに殺され、ジョーンズは船を取り戻した。ジャックは牢を抜け出し、ジョーンズの心臓が入った箱を奪い甲板に上がるも、ジョーンズと遭遇し一騎打ちとなる。ジャックはジョーンズに箱を一旦奪われるも、空中から放った銃弾により再び取り返した。エリザベスはウィルから突然の求婚を受け、バルボッサ立会いのもと戦闘中の船上で結婚の儀を行う。
エリザベスとウィルはジョーンズとの戦いで窮地に陥るも、駆けつけたジャックが折れた剣を、手元のジョーンズの心臓にかざしてジョーンズを脅すが、ジョーンズはウィルを突き刺す。ウィルが刺された所を見た父のビル・ターナーがジョーンズに襲い掛かった時、ジョーンズの心臓を折れた剣が突き刺す。剣を握っていたのは、ジャックに手助けされた瀕死のウィルであった。ジョーンズは大渦に落ちて行き、沈み行くフライング・ダッチマン号にウィルを残し、ジャックとエリザベスは脱出する。
フライング・ダッチマン号を呑みこむと嵐と大渦は治まるが、ベケットがエンデヴァー号を筆頭に艦隊を進撃させる。ベケットは弱ったブラックパール号を沈めて、海賊達を一気に壊滅に追い込もうとするが、その時フライング・ダッチマン号が海中から現れる。ジョーンズの心臓を刺したウィルは、ジョーンズの代わりに心臓を取り出されてフライング・ダッチマン号の船長となっていた。ブラックパール号とフライング・ダッチマン号がエンデヴァー号を挟むと、ジャックの号令を皮切りに両号の砲弾がエンデヴァー号を粉々にした。放心したベケットは爆風と共に海中に叩きつけられ、エンデヴァー号は木っ端微塵となる。残った艦隊も散り散りに逃げていきジャック達は勝利する。
キャスト.
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評価.
興行成績.
批評.
受賞.
アカデミー賞には製作部門が幾つかノミネートされたが、受賞にはいたらなかった。
MTVムービー・アワードでは、前作と同様に本作も最優秀作品賞に選ばれ、ジョニー・デップが最優秀演技賞を受賞した。
インターネットのファン投票で選考するピープルズ・チョイス・アワードでも、前作に続いて本作が映画賞に選ばれ、デップが男優賞に選ばれた。