近世の初め、天下人の豊臣秀吉や徳川家康は外国宛書簡で神国思想を表明する。
神国思想や自国優越思想、すなわち日本の国体が特異であるという点について、これを学者が詳細に議論するようになったのは徳川幕府が開かれてからである。その理由は、学問が発達し、日本古代の建国の体制が明らかになったことが一般的理由であるが、さらに、儒家がやたらと唐土を尊び日本を卑下する態度に対して反発がおこったこと、また、江戸の幕府が繁栄しているのと対照的に京都の朝廷が衰微していたので感情的に尊王の思潮が湧いたこと等が理由となった。特に京都在住の学者の間にその傾向があった。
儒学.
神道流.
崎門流と前期水戸学.
山崎闇斎が創始した垂加神道に関係して、日本が神国たる所以や皇統が神聖なる所以を述べて、国体の尊厳を説く者は少なくない。たとえば高屋近文『神道啓蒙』、大山為起『唯一論』、伴部安崇『神道問答一名和漢問答』、若林強斎『神道大意』一巻、尾張藩主徳川義直『神祇宝典』自序などがある。
ここに出て来る国体という語は近世最初の用例の一つだという。
徳川綱條が養父光圀の後を継いで水戸藩主であった時、『大日本史』が成った。大日本史の序文に次のようにある。神武天皇が基礎を始めて二千余年、神孫にして神聖なる歴代天皇が承け継ぎ、姦賊の皇位を狙う心を生まず、神器は日月とともに永く照らす。ああ何と盛んなことか。その原因をつきつめると、歴代天皇の仁徳恩沢が民心を固結し国基を盤石にすることに由来する、と。また、水戸の彰考館総裁（修史責任者）安積澹泊は自著『列祖成績』に序して尊王の大義を説いた。
そのほか近世前期の国体思想.
近世後期の国体論.
近世も後期になると国体論が盛り上がる。儒学と対立する国学が勃興し、復古思想を根拠にして国粋主義を唱える。水戸学も徳川斉昭を中心に発達し、国体という語も普及する。国学者と儒学者の間で和漢の国体に関する論争が盛んになり、国体について論議するものがあらわれる。
復古国学.