前身は東京都調布市にあった貸本屋（後に漫画専門古書店）「憂都離夜」（ゆとりや）で山口芳則（水木しげるの元アシスタント）らと創業した。
漫画専門店として有名になった事で、古川は後に『開運!なんでも鑑定団』（テレビ東京）に鑑定士として出演するようになった。しかし、すがやみつるの原稿を石ノ森章太郎の原稿と間違えるなど、鑑定眼に関しては疑問視する声もある。
中野ブロードウェイ内で店舗を増やし、中野ブロードウェイを日本屈指のおたくビルへと変貌させるきっかけを作った。やがて、漫画だけではなくアニメやゲーム等に関する音楽・映像ソフトや各種おもちゃ、アニメグッズ、同人誌、コスプレ衣装など、幅広いジャンルのマニア・おたく向け商品を扱うようになった。また、通販用に写真目録『まんだらけ漫画目録』（後の『まんだらけ』『まんだらけZENBU』）を制作し、古本漫画取引相場の基準となった。
店舗.
中野店を本拠地とし、主に政令指定都市に店舗を広げている。東北地方、北陸地方、中国・四国地方には店舗が存在しない。
関東地方.
東京都内.
事件.
買取におけるトラブル.
ヴィンテージグッズの買取販売を行う会社の性質上、買取を巡ってトラブルとなる事が度々ある。過去には盗難に遭った宮崎駿の水彩画『ラッパを吹く少年』が目録で販売されたり、アニメ制作会社から盗まれたセル画を買い取り販売しようとして元の制作会社から提訴されたりしたこともある。また、ワンダーフェスティバルで当日版権が許可された上で発売されたガレージキットを現地で仕入れて店頭で売っている事なども問題となった。
万引き画像公開をめぐる是非.
こうした声明に対し弁護士などの法律関係者は、あくまで法律遵守の観点から、警察がウェブサイトで公開する場合を除き、一企業が勝手に顔写真を晒す行為は「人の名誉に対して害を加える告知をしているといえるので、店側が脅迫罪として処罰される可能性がある」と指摘している。また、警視庁も中止を要請していた。これに対してまんだらけでは、「法的リスクを承知のうえで公開する」としていたが、最終的に中止を決めた。
残業代不払い・過重労働関連.
アダルトショップ営業・摘発問題.