吸入式タイプであるものの多くは、インクタンク内のインク残量を見るための窓（インク窓）が設けられている場合が多い。単に素通し、透明プラスチックがはめ込んであるだけというものも多いが、高級なものではデザインの中に取り込む工夫がなされており、万年筆の意匠を特徴づける要素の一つともなっている。また完全に無色透明で中の機構を外側から見ることのできるものもある。ただしカーボン系のインクの場合、表面張力が小さいためインク窓表面全体にインクが広がり、かつインク自体透光性が低いため、インクの量を確認できない場合がある。
キャップ.
万年筆のキャップはペン先を保護するとともに、インクが乾かないように密閉しておく役割も持つ。このため、気密構造になっている。キャップの固定方法はネジ式と呼ばれるものになっているものが主流であるが、低価格のものを中心に嵌合式（パチンと音が鳴るまで嵌め込み固定するもの）のものも多い。嵌合式の場合、胸のポケットに入れて携行する場合、外れてインクが服に染み出すことや、勢いよくキャップを抜いたときの負圧でペン先からインクが飛び出すという事故が発生することもある。
インクの補充方式.
吸入式.
ペン軸内にインクを吸入するための機構が内蔵されているものを吸入式といい、吸引式と呼ばれることもある。ボトルインクに入ったインクを吸入して用いる方法で、後述するカートリッジ式や、コンバーター（吸入器）式のものよりも多くのインクを一度に充填することができる。万年筆が考案された当初から使われている形式で、現在でも高価格帯の製品を中心に多くのモデルで製造されている。
かつては吸入装置はさまざまな方式があったが、現在の吸入装置のほとんどは回転吸入式と呼ばれるピストンを上下させることでインクを吸い上げる方式のものになっている。使用できるインクの種類が多いうえ、インクを出し入れするときに細かいゴミなどを同時に掃除することが可能であり、それがメンテナンスとしての役割も果たす（パーカー、モンブランなどの一部のメーカーは洗浄成分をインクに混入させている）。カートリッジ式を採用した製品では、コンバーターを装着しない限りこの掃除機能は望めない。しかし、後述のコンバーター（吸入器）式に比べると、構造の劣化が危惧されメンテナンス性の問題があるうえ、ペン内部の洗浄がしづらいといった欠点がある。