ゲームボーイ版の『聖剣伝説 〜ファイナルファンタジー外伝〜』を原作としてストーリーやキャラクターを作っているためリメイク版という位置付けになるが、ストーリーを始めとする様々な部分に変更が加えられているなどゲームボーイ版とは大幅に異なる点が多く、プロデューサーの石井浩一は「聖剣を大事に思ってくれたユーザーさんのために出すんですから、いまの自分たちで作れる精一杯のものを提示しないと失礼」と語っている。
「FF外伝」を銘打っていた旧作とは異なり、作中の用語なども後期の聖剣シリーズのものに合わせられ、FFシリーズとの関連性はほとんど無くなった。本作のタイトルである「新約」を『旧約聖書』と『新約聖書』の関係になぞらえ、旧作が「旧約 聖剣伝説」と呼ばれることもある。
ゲーム内容（新約 聖剣伝説）.
設定の変更点.
ゲームボーイ版の設定に加えて、ストーリー設定の追加とキャラクターの生い立ちなどに変更が加わっている。
主人公はヒーローとヒロインを選択する方式となっており、選択した主人公によって仲間となるキャラなどが異なる。ヒーローは原作同様に奴隷剣士となるが、グランス公国の大臣の息子という設定に変更されている。また、ヒロインが単純なNPCでなくなっていて、原作とはかけ離れた行動派として描かれている。しかし、性格が大幅に変わっているもののラストは原作通りのままとなっている。
他にも、ゲームボーイ版でストーリー上死亡するキャラが生存していることや追加で与えられている設定も数多くある。
システムの変更点.
戦闘システムでは必殺技ゲージをヒット数でカウントするタイプに変更した。また、シリーズでお馴染みとなっている精霊を登場させ、特定の魔法を作らず、武器ごとに異なる動きをするように変更した。また、ゲームボーイ版では自動で行動していたNPCを操ることができるようになっており、パーティ人数は主人公として選んだキャラを含めて最大二人までとなっている。
同社開発の『マジカルバケーション』から引き継がれたシステムとして、ゲームボーイアドバンス専用通信ケーブルを使用することで、他のカートリッジと通信（アミーゴシステム）を行うことができる。これにより、七賢者を用いた召喚魔法などができるようになった。
音楽（新約 聖剣伝説）.
評価（新約 聖剣伝説）.
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