新将軍に就任した喜々の下で改革が始動。手始めに茂々の暗殺を阻止できなかった責務により、近藤と警察庁長官・松平片栗虎に死罪が言い渡され、真選組は解散の上、これまで行われてきた警察行為は代わって見廻組に任せられることになる。銀時は市井視察において蛮行を働いた喜々を殴り飛ばして捕縛されそうになるが、突如現れた桂が自ら身代わりとして捕えらえ、収監された牢獄で同じく囚われていた近藤に接触。共闘するべく、彼と同じく捕らわれていた松平を牢獄から救出する。これに伴って宿敵であった真選組と桂一派は手を組み、近藤と桂を救い出すために彼らが収監された監獄島・黒縄島へと向かう。待ち受けていた異三郎率いる見廻組および奈落と対峙する真選組と桂一派、そして万事屋。しかし異三郎は、かつて自身の妻子を守れなかった国と自分自身への悔念から、倒幕勢力の決起を煽り、自身ごとこの国を終わらせようとしていた。異三郎の真意を見抜いていた奈落は、見廻組ごと黒縄島にいる全ての者を葬るべく島への砲撃を開始し、さらには奈落最強の先代首領・虚が黒縄島に降臨する。虚の圧倒的な力を前に手も足も出ない一行。なぜかその太刀筋を知っており互角に渡り合った銀時は、その仮面の下の素顔を前に茫然自失となるも、なんとか一太刀を浴びせてその場を逃れることに成功する。だが彼らの向かった先には、倒れ伏す異三郎と近藤の姿があった。その姿に絶望する真選組だったが、銀時の叱咤で戦意を取り戻し、最後は仮死状態から活性した近藤や一命を取り留めていた異三郎らと共に脱出を目指す。後一歩のところで異三郎は見廻組副長・今井信女と自身の弟・鉄之助を庇い、飛び立つ飛行船から落下して死亡。しかし彼の抗いによって生まれた倒幕の火は国中へ広がり、喜々政権の強引な手法に疑問を抱く家臣は次々と幕府を去ることになる。そして辛くも脱出に成功した真選組は喜々政権の魔の手を逃れるべく江戸を離れ、倒幕運動に転じるために下野することを決意する。