ただし日米外交筋によれば「バイデン政権の閣僚候補の中に『日本は同盟国として大局的な役割を果たしていない』と不満を持つ人がいる」といい、バイデン政権が対中強硬策を講じた場合、日本に具体的協力が求められる可能性があり、逆に対話路線に転じる場合、日米で意思疎通を欠けば混乱する恐れがあると報じられている。また北朝鮮問題をめぐっても前内閣総理大臣菅義偉は国会の所信表明演説においてトランプ政権下の米朝対話の流れを念頭に北朝鮮の最高指導者金正恩との「前提条件なしの対話」に意欲を示したが、バイデンは金正恩との直接対話に否定的な立場を示しているため、オバマ政権時代の「戦略的放置」に戻る可能性もあり、その場合日本の「前提条件なしの対話」路線も練り直しが必要になる可能性がある。日本政府内でもバイデン政権はトランプ政権との違いを示すために北朝鮮に強硬路線を取る可能性が高く、北朝鮮問題の優先順位も含めて不透明であるとの見方が広がっているという。
沖縄基地問題への影響について、沖縄国際大学教授の佐藤学は、アメリカは沖縄を中国の軍事的進出に対抗する最前線と位置づけており、その前提となる対中強硬姿勢はバイデン政権になっても続く可能性が高いため、沖縄を取り巻く状況に変化はないだろうと分析している。
自由貿易協定（FTA）を巡っては、トランプ政権と安倍晋三政権が進めた締結した日米貿易協定では、自動車などが積み残しになっているため、依然としてアメリカによる追加関税の懸念はっている。またバイデンは新たな通商協定に消極的で、トランプ政権が取り組んできた対日貿易協議もしばらく様子見になるのではとの観測もある。