一口に卒業証明書と言った場合は、「学校教育法に定める学校の発行したもの」又は「指定自動車教習所の発行したもの」を指す場合が多い。
学校教育法に定める学校の卒業証明書.
加えて、卒業直前に控えた者が同様に不確定ではあるものの間もなく卒業することを対外的に証明するために卒業見込証明書が発行されたり、その他退学証明書、在籍(期間)証明書など在籍期間があったことを証明する書類の発行を受けることができる。
なお、大学院の場合は、「修了証明書」となる。通信教育の場合は各校の定めにより「通信教育課程」と表記される場合がある。
発行にかかる手数料は、小学校・中学校の場合は送料実費以外は、義務教育の卒業証明書に対価を求める事の妥当性が問われるため無償の場合がほとんどである（一部私立学校を除く）。高等学校・専修学校・短期大学・高等専門学校・大学については有料であることがほとんどであり、金額については各校の規則により、まちまちである。
また学校統合や廃校により在籍学校が無くなった場合でも、卒業証書授与台帳や学籍簿の保管を引き受け証明発行事務を継承した学校がある場合は継承校にて発行を受けることができる。経営者の学校法人が経営破綻した場合（例：酒田短期大学、創造学園大学）といった特殊事例では、文部科学省や各都道府県の教育関連部局が業務を引き継いでいる。。
指定自動車教習所の卒業証明書.
道路交通法に基づき、指定自動車教習所では教習課程を全て修了した者は卒業検定を受検する。卒業検定の検定課題や採点方法は自動車運転免許試験における技能試験に準じて行われる。そのため、卒業検定に合格し指定自動車教習所を卒業をしたことは即ち技能試験合格の基準を満たしたことを意味する。教習所卒業後に運転免許試験場で運転免許試験を受験する際、卒業証明書を添付することで運転免許試験場での技能試験及び取得時講習が免除される。卒業証明書は卒業検定の合格日より起算して一年間有効である。