アナザーアギトは物語の流れの中で要請されたキャラクターであり、 番組制作現場においては当初定まった名称がなく、脚本上は「木野アギト」と表記されていた。劇中では「もう1人のアギト」と呼ばれ、アナザーアギトと呼称されることはない。アナザーアギトの変身者である木野薫は、当初よりアギトに変身する人物として想定されていたが、細かい設定は登場直前まで考えられておらず、名前も男女どちらでも通用するものにされた。
敵陣営であるアンノウンは、ネーミングはラテン語や古典ギリシア語をベースとしているが、語呂を優先しているため、学名の二名法には従っておらず、ギリシア語をラテン語にも変えていないという。また、読みや文法も無視している。
デザイン.
デザイン（仮面ライダー）.
仮面ライダーのデザインワークは、石森プロとプレックスが中心となって進行した。クウガのデザインから発展させたものを主人公のアギトに充て、そこにメカライダーと生物的ライダーを加えるという方向性が決められた。
デザイン（アンノウン）.
アンノウンのうち陸上動物や昆虫、鳥類モチーフは出渕、水棲生物や爬虫類および胸の羽根飾りとバックルは草彅がデザインを担当している。
当初は天使や神の使徒のようなものをイメージしていたため、異次元の生物のようなラフを描いていたが、動物モチーフとなった。前作『クウガ』が蛮族のような野蛮な前史時代のイメージであったため、本作品では神話系にもっていくこととなった。だが、天使という設定が残ったため、出現時に頭上に天使の輪っかが現れる設定となった。背中の肩甲骨部分の小さな羽根の意匠は、骨が羽根になりかけている退化した天使の羽根の状態でデザインされており、「天使になりきっていない者」という意味合いを表現している。それに対してエルロードは大きめの羽をデザインしている。なお、鳥類モチーフのアンノウンは別に羽根が付いている。胸元の羽根飾りのようなアンノウンのマークは、初期案での「上位のロードと契約を交わして出現する」という設定から、共通の意匠として自分のサインのための羽根ペンとして想定されていた。
予算がかかることから中盤からは飛ぶ怪人を避けている。また、夏場に放送されていた回では、海洋生物をモチーフとしたアンノウンが多く登場している。