なお、世界各国で激戦が繰り広げられていた最中に交換船が運航されることに際し、全ての交戦国から交換船に対して国際法に基づき「セーフコンダクト」()が与えられ、航路周辺に展開する全ての交戦国の軍隊に対して交換船の運航が通告され、その運航上の安全が保障された。
さらに、安全を期するために交換船から付近を航行する船や地上基地に対して定期的に現在地の報告が行われた他、船腹には白十字の塗装と、夜間でも認識できるように照明が施された。なお、遣独潜水艦作戦中の第二次遣独艦が、南アフリカ沖で交換船を誤って攻撃しそうになったが、直前に船体に照明で照らされた白十字に気づき撃沈を回避している。
また、交換船によるスパイ活動などの軍事活動が行われていないかという点や、両国民の交換が適正に行われているかを監視するために、中立国の外交官や、一時的に外交官の資格を与えられた民間人が交換監視員として乗船していた。
ルート.
第一次日米交換船.
日本からの交換船は、上海の外国租界や日本軍により占領されていた香港、サイゴンで、同地を含む日本の勢力圏内に住み抑留されたイギリス人やアメリカ人などを乗せて交換地のロレンソ・マルケスへ向かった。
アメリカからの交換船は、ブラジルやメキシコ、ペルーやパナマなどの中南米諸国に住み拘留された日本人も多数いたために、ニューヨークからリオ・デ・ジャネイロを経由し、現地に集合していた日本人を乗せて交換地のロレンソ・マルケスへ向かった。
第二次日米交換船.
日本からの交換船は、フィリピンで拘留されていたアメリカ人を帰国させるためにマニラなどに寄港し、交換地のポルトガル領ゴアに向かった。アメリカからの交換船は、モンテビデオなどを経由し、中南米諸国に在住していた日本人を乗せて交換地に向かった。
第三次日米交換船（計画のみ）.
日英交換船.
日本からの交換船は、横浜から、昭南（現在のシンガポール）や上海、サイゴンを経由して交換地へ向かい、イギリスからの交換船のエル・ナイル号は、イギリスなどに在住していた日本人やタイ人ら枢軸国の国民を乗せて、イギリス領インドからは、シティ・オブ・パリス号が西アジアやアフリカにあるイギリスの植民地などに在住していた日本人やタイ人らを乗せて交換地へ向かった。