社会経済史において扱われるような対象を空間的に分析する。みかん栽培、ニシン漁業、薬種問屋、電力事業など、さまざまな対象が扱われる。食文化や地域資源など、横断的なテーマによるシンポジウムが開催されることもある。
日本の歴史地理学においては、戦後に入るまで歴史学や経済学が主流の社会経済史との接点は希薄であった。東京帝国大学経済学部を卒業後、ソルボンヌ大学地理学教室で学んだ飯塚浩二は、長らく理学部系が強かった関東の地理学界において、地理学を歴史学や経済学と結びつける役割を果たした。その後、黒崎千晴は明治期の統計資料を用いて、計量的な歴史地理学研究を行った。また、経済地理学においても歴史的観点からの研究が蓄積されている。
古地図.
荘園絵図、日本図、世界図、官撰図、村絵図、道中図、官製図、地籍図、外邦図、都市図、鳥瞰図など。
環境史.
山林、河川、治水、湖沼、資源管理、歴史災害、古気候など。
環境史研究では、人間が環境からどのような影響を受けるか（参照：環境決定論）、あるいは反対に人間が環境をどのように改変するかといった問題が扱われる。地理学と民俗学の双方で業績を残した千葉徳爾は、日本や朝鮮、中国における山地の植生変化を調査し、前近代においては人間活動の結果としてのはげ山が広く見られたことを示した。
過去の自然環境に関する研究は、自然地理学や環境考古学との関わりが深い。古文書・古記録や絵図といった歴史史料の利用だけでなく、花粉分析やプラント・オパール分析などの自然科学的手法による植生の復原や旧耕地面の特定も行われている。
交通史.
駅路、街道、宿場、水運、鉄道など。
古代交通路研究は考古学との関わりが深く、歴史地理学においては、空中写真の判読や、行政界の境界などから律令時代の直線道路を見つけ出す研究が行われてきた。
近現代の交通史では、鉄道忌避伝説の検証を始めとする実証的歴史研究を行った青木栄一の業績が特筆される。また、三木理史は近代日本における「通い」（通勤・通学）の誕生や、植民地における交通・物流の分析を進め、研究方法の体系化も行っている。
地方制度.
国郡里制、藩、都道府県、市町村など。
地方制度や行政区域を扱う。古代の政治領域に関する研究や、明治時代の地方制度成立過程に関する研究などがある。
記憶・遺産.
石碑、史跡、町並み保存、文化的景観など。
史資料.