上記のような極めて重大な情報を盗むため、被害に遭うと、中にはマシン全体の支配権を完全に奪取されてしまう場合もある。この種類のトロイは比較的ファイルサイズが小さいものが多い。
クリッカー型.
トロイのクリッカー（以下クリッカー）は、起動すると、レジストリを改変、追加もしくは、ウェブブラウザのセキュリティーホールを悪用するエクスプロイトを使用し、ブラウザの、本来管理者権限でしか変えることのできない設定を改変する。そして、被害者のマシンが起動、もしくは、インターネットに接続した瞬間に、常時攻撃者が指定した特定のウェブサイトへ接続させるトロイである。
目的としては、
ドロッパー型.
ドロッパー型トロイは、元から内包された悪意あるプログラムを秘密裏にインストール、実行するために使用される。
プロキシ型.
トロイのプロキシ型は、実行されると被害者のルータやDNSの設定を無許可で改変し、被害者のマシン上にプロキシサーバを構築する。攻撃者のインターネットへのアクセスは全て、このトロイを実行したマシンを経由して行われるようになるため、攻撃者は、匿名性を上げることが可能となる。一方で、被害者は、自分のIPアドレスをハイテク犯罪に乱用されるため、知らず知らずのうちにハイテク犯罪の加害者となってしまう場合も少なくない。このように、攻撃者がプロキシサーバとして悪用するマシンのことを、ボットネットとも言う。
広告型.
広告型は、普通の広告だと思わせてウイルスが入っている広告を表示させ、セキュリティホールを使って侵入し、機械に悪影響を与える。
感染経路.
トロイの木馬は、その性質上、まずは被害者にプログラムを実行してもらう必要がある。当然、一見して危険を察知されるような怪しげなファイル名や、アイコンは（当然）回避される。そして例えば、動画の再生コーデックのインストーラ、アンチウイルスソフトウェア、メディアプレーヤーなどの名に偽装し、被害者にダウンロード及びインストールを促す。
対策.
既知のものについてはダイジェスト等のデータベースにもとづいて発見する、未知のものについては危険なパターンの静的な発見や動的な検出による、という、他のマルウェアと一般に同様の手法で対策される。偽陰性による見逃がし、偽陽性による誤検出、などの可能性についても同様である。
既知の場合.