弁護側の証人や支援者は、脅迫を受けたり、出廷させてもらえなかったり、逆に検察側の証人にされたりした。
オズワルド・ポール () は、アメリカおよびイギリス役人から拷問を受け、
許可されなかった反対尋問.
数人の被告に重大な不利益をもたらすものである供述書の内容に対し、異議を申し立て、反対尋問を要請した。
被告への暴行や拷問行為.
他にハンス・フランクも、アメリカ兵に暴行されたと証言している。
国際犯罪観への影響.
戦後ドイツにおけるニュルンベルク裁判観.
ニュルンベルク裁判は戦犯個人、および組織の罪を裁いたものであったが、ドイツという国家自体については裁かれなかった。カール・ヤスパースはナチス・ドイツをナチ党による不法な簒奪によって生成された「不法国家」であるとみなし、ニュルンベルク裁判の被告となったナチス指導者達は政治犯ではなく、刑事犯罪者であると規定した。この考え方はドイツにおけるニュルンベルク裁判観の主流となり、裁判によって個人やナチス組織の罪が追及されたものの、ドイツ国民やドイツ国の「集団的罪」についてはこれを否定する傾向がある。
ドイツ政府によるニュルンベルク裁判への対応.
ドイツ政府は現在に至るまで、ニュルンベルク裁判は戦勝国に一方的に不法で裁かれた裁判（）として認めておらず、いかなる条約も受諾していない。
民衆扇動罪は、公共の場で「ホロコーストは捏造である」「ガス室は無かった」等の発言で大衆を扇動するなど、社会の平穏を乱すような場合にのみ適用される。したがって、ホロコースト否定派が、閉じられた空間の中でそうした発言をしても適用されない。
また、ホロコーストの規模や人数を「疑問視するだけ」では、民衆扇動罪の要件を満たさないので適用されない。
ニュルンベルク裁判の問題点.
武井は南京大虐殺、従軍慰安婦、ホロコーストの否定などの歴史修正主義の動きに批判的な歴史学者であるが、歴史修正主義者の主張には、以下の点において正当性が含まれていると指摘する。
また、武井は戦後秩序の形成に画期的だったはずのニュルンベルク裁判は、皮肉にも歴史修正主義の「生みの親」になったとしている。
戦勝国のみで裁判官が構成されており、法廷の中立性を侵している。