またこのような大規模な二次輸送計画のほかに、従来からある多くの地方港で開設されている国際航路では、アジア地区への航路はあるが、欧米向けの航路がなく欧米との輸出入が直接できない、あるいはひとつの定期航路が一週間又は、数週間に一便しか寄港しないなどの事例もある。さらに、厳しい物流環境下の一部の港では管轄する自治体が、たとえばメイン空港に国外からの新規空路誘致運動と同様に「寄港時の最低積載個数（輸出用）として、○○個は集める」との条件で誘致するも、諸般の事情で達成出来ない環境が続いた場合には、時に運行会社からの申し出で一時的に航路休止または、航路廃止などに陥る場合もあるなどのリスクも常に抱えている。このように地方港では、輸出入の大幅な制約やリスクがあるなどの弊害も多く、活発な物流ができない地域も珍しくない。そこで、これらの弊害を解消するためのひとつの手段として、地方港でISOコンテナが流通し始めると同時に、それぞれの物流事情に合わせて大規模港向けの二次輸送以外にも、地方港同士を結ぶ定期または不定期運行の内航フィーダー船も頻繁に利用されて、日本全国の海上物流網が構築されている。
さらに極端な事例では、東京湾内で行われている横浜地区の各埠頭から対岸の千葉県側の埠頭間の短距離を、艀（はしけ）などに数十個程度の小口となるコンテナを載せて輸送されている。これは、東京湾岸の幹線道路が日常的に停滞しているために、増え続けるコンテナを陸路では円滑に輸送出来なくなって滞っている物量の迂回路と、大型けん引免許を保有しているドライバー不足に対する苦肉の策として行われていて、関係自治体からは各種の運賃補助などの手厚い支援策も行われている。
また東京湾地区以外の一部の地方主要港でも、同様およびCO2排出削減に向けたモーダルシフトでの陸上コンテナ輸送の環境改善のために、内航船（艀も含む）への輸送シフトに際して、条件付ながらも輸送費の一部を負担している地区もある。
トラック輸送.
重量規制.
車高規制.
鉄道輸送.
ISOコンテナ山陽筋ルート.
日本の港湾政策.