宇宙空間ステージの削除.
厳密にはヤキン・ドゥーエなどの宇宙建造物などでの戦闘は存在するが、『連邦vsジオンDX』以来導入されていた宇宙空間での戦闘が削除されている。これにより、初代『連邦vsジオン』以来となる、全てのステージに地表と重力が存在するシステムに変更された。
コスト表記の変更.
ブーストダッシュ.
格闘コンボ.
これまでの格闘ボタン連打による格闘コンボに加え、レバーを加えることでそれに対応した格闘が出せるようになった。
チャージショット.
一部MSはタメ押しをすることで強力な攻撃を出すことができるようになっている。
シールドガード.
シールドを持つMS限定ではあるが、レバーを素早く下上に入れることでシールドを前に突き出し、攻撃を無効化することができる。また、格闘をシールドガードで防いだ場合、相手を吹き飛ばし、有利な状況に持ち込むことが可能となる。また、今作ではこれまで隠しデータであったシールド耐久数値が撤廃され、シールド破壊はなくなっている。
しかしシールドガードは狙って出すこと自体が難しく、また相手の攻撃をガードするタイミングもシビアであることや、側面と後方が無防備になること、ブーストゲージを多少消費すること等からガードを使わずに後述のステップキャンセルなどで回避したほうが、後の展開を有利に持ち込める。なおシールドガードはアピールの一環として加えたもので、ゲームバランスには影響しないように留意したとの開発者発言（「ファミ通」の家庭用第一報が載った際のインタビューより）もある。
覚醒.
BGM.
自由編成、鹵獲機カラーの削除.
今まではプレイヤーとそのペアが連邦側ならば連邦に属するキャラクターのみ指定することが可能であったが、今作では連合、ブルーコスモス、ザフト、オーブ、三隻同盟の所属を問わず、それぞれ他勢力のキャラクター同士での編成が可能となった。その一方、別勢力カラーを表す鹵獲機カラーは削除されている（PS装甲設定によるカラーリングの制約のため。ただしPS装甲の概念自体は本作には最終的に採用されなかった）。
ダウンについて.
今まででは空中で攻撃を受けた場合、シールドで防がない限り必ずダウンしていたが、今作では特定のヒット数（「ダウン数値」が一定値を超えたとき）、特定の武器を食らう以外では空中でもダウンすることは無くなった。