サニーベルの街に住む幼い姉弟ユーリとケンは、お隣のローズおばあちゃんから借りた、魔法使いが活躍する童話絵本「マリーベルの絵本」が大好き。町外れの丘の上で仲良く絵本を読み終えた後、両親の営む花屋に客が来ないことに心を痛めていた二人は「マリーベルがいてくれたらなあ…」とつぶやいた。そんな時、まばゆい光と共に2人の足元に咲いた一輪の花の中から、マリーベルという名の不思議な少女が相棒の妖精タンバリンと共に現れる。彼女は自らを「花魔法界からやってきた花の魔法使い」だと名乗り、たちまち二人の願いを魔法で叶えてしまう。その後、マリーベルはサニーベルに住み着いてユーリたちや他の子供たち、町の住人らと徐々に仲良くなり、一人前の魔法使いになるべく花魔法の力で人々に様々な夢や希望を与えながら楽しく過ごしていく。
こうしてサニーベルの町と世界の危機を救ったマリーベルは、フラワーハウスの庭いっぱいに人々の心の花を咲かせることに成功し、花魔法界の女神フローリアから一人前の魔法使いと認められる。そして人と自然がいつまでも共存できるよう見守り続けるため人間界に残り、人間たちと共に仲良く暮らしていくのだった。
用語解説.
花魔法界.
マリーベルの故郷。自然豊かで花が咲き乱れる世界。悪意ある人間の侵入を防ぐため人間の来訪は許されていないが、花魔法界の住人の手引きがあれば行くことができる。花魔法使い、妖精、シーリーコート、そしてフェニックス等の幻獣といった空想世界の存在と言われる者達が平和に暮らしている。人間の世界に見られる国の仕組みは描かれていないが、花や木を守る神のような存在である「聖なる樹」や、花魔法界の心と言われる「フローリア」といった、神秘的な存在は描写されている。人間界と花魔法界での時間の流れの違いなどについての言及は特に無い。
マリーベルたち花の魔法使いは、花魔法界上空に多数滞空している浮遊大陸に自宅を構えている。
花の魔法使い.
花魔法界の住人 で、花魔法を操る力を持つ種族。魔法の力で人間界の人々に夢や希望を与えることを使命としており、マリーベルや彼女の両親のように素性を隠して人間界で活動している魔法使いたちもいる。