三島市の代表駅である。1日の乗降客数は、沼津駅を上回り、静岡県東部（伊豆半島）で最も多い。JR東海の駅舎と伊豆箱根鉄道の駅舎は分離されているが、駅構内は隣接し、線路がつながっている。JR東海の南口駅舎は富士山と三嶋大社をイメージしたものになっており、中部の駅百選にも選定された。
歴史.
その後、丹那トンネルを開削し、勾配のきつい御殿場経由から熱海経由に東海道本線のルートを変更させようという計画が発表された。三島町ではその話を聞くや明治時代の二の舞は起こすまいと、当初丹那トンネルの出口に当たる函南から直線ルートで沼津まで抜け、三島市街を通過せずその南を通るルートが取られる予定であったのを、当時の鉄道院総裁であった後藤新平の元へ三島町長が直接請求をするなど当初から積極的な誘致を行い、市街北部を通過させる計画に変更させ、現在地に新しい三島駅を開設させた。それに合わせて以前の三島駅を下土狩駅に改称し、豆相鉄道改め駿豆鉄道の起点も新しい三島駅に変更された。三島町ではようやく市街地近くに東海道本線の駅が開設された事を大いに喜び、新駅の開業日には富士山を模した駅舎の前に同じ形のアーチが組まれ、同町のみならず、周辺からの人も集めて盛大な式典が催された。また夜になると、アーチには電飾が翌朝まで灯されたといわれる。
駅構造.
JR東海.
ホーム・駅構内.
在来線ホームは駅構内の南側にあり、その北側に新幹線ホームがある。在来線ホームは地上にあり、新幹線ホームは高架上にある。
（出典：JR東海:駅構内図）
駅舎・設備.
JR東海の駅長・駅員配置駅（直営駅）であり、管理駅として函南駅を管理している。
南北自由通路推進事業.
伊豆箱根鉄道.
当駅から踊り子号修善寺行に乗車する場合、JR有人改札係員に「踊り子」号に乗車する旨を伝えればJR改札内に入場して乗車できる。また、伊豆箱根側でも案内放送が流れる。
ただし、踊り子号東京行を当駅で下車する場合はJR改札口から出場できず、連絡改札口そばにある伊豆箱根の有人改札口から出場することになっている。この有人改札口はJR改札内、伊豆箱根改札内と改札外（伊豆箱根駅舎）の三方を繋ぐ独特の構造となっている。
駅舎はホームの東端にあり、駅南側広場に接続、JR南口に隣接している。駅北側から直接入出場できないことは当駅の大きな課題となっている。