フィールド上のモンスターと触れるとバトルとなる。フィールド上で武器を使って攻撃する者もいるが、その攻撃を受けてもバトルとなる。前作より「先制攻撃」が引き継がれており、モンスターをジャンプで踏みつけて戦闘に入ると先制攻撃となり、戦闘前にその敵のパーティー仲間を含めた敵全体にダメージを与えられる。このとき、そのパーティー仲間に「トゲ」がある敵がいたとしても関係なく先制攻撃が可能である。ただし、フィールドにいる敵が頭にトゲをつけていたり炎に包まれていたりすると先制攻撃ができず、逆にマリオ側がダメージを受ける。ハンマーでたたいて戦闘に入るとダメージは与えられないが、敵が目を回すことがある。なお次作以降ではハンマーで叩くと先制攻撃でダメージを与えられる。前作では「トゲキラー」系のバッジを装備することでトゲの敵にもジャンプ攻撃が可能であったが、本作では同様の効果を持つ装備品が存在しないため、「ハンマー」をもつベビィマリオでなければ頭にトゲのある敵に先制攻撃ができなくなっている。逆に敵の武器による攻撃を受けたときは『マリオストーリー』のように「敵から先制攻撃を受けた」とはならないが、後ろから接触あるいは攻撃された場合は「ころび」状態になって戦闘が開始されてしまう（この点は前作と同じ）。
状態異常.
パラメータ.
レベルアップ.
ブロック.
ステージのいたるところに配置されている。基本的には下からたたくと何かが発生したり、アイテムを手に入れられたりする。以下はそのブロックの種類である。
アイテム.
消費アイテム.
ブラザーアイテム.
バトル中、マリオとルイージがそろっているとき（ベビィのコンビでも可）に使えるアイテム。アクションコマンドを成功させ続けると連続した攻撃ができ、敵のHPを大幅に減らすことが出来る。ショップで買える他ステージ内のお宝ブロックや敵がドロップすることで補充することかできる。
そうび品.
コバルトスター.
舞台.
現在のキノコ城.
過去のすべてのステージに行くための中心地点。
経緯.
まるで、国産UNIXの生みの親であったΣプロジェクトが、その国産UNIXから見放されたときと同じように。
ネグロス島
概要.
産業.
砂糖の島.