光環境から見た場合、典型的な陰樹とされる。富士山周辺における観察事例では同じく陰樹とされるツガよりもさらに耐陰性が高く、ツガ林はヒノキ林を経て極相性の広葉樹へと遷移していくことが予想されている。
スギ同様挿し木繁殖も比較的容易とされており、ヒノキの産地は苗木の生産方法として実生によるものと挿し木によるものに分けられる。
漏脂病.
漏脂病はヒノキをはじめとするヒノキ科樹木における最重要の病害であり造林上の大きな課題となっている。罹病個体は患部から樹脂を垂れ流し続け、形成層が部分的に壊死することで樹幹が変形し木材としての価値を失う
トックリ病.
トックリ病（徳利病）は地際の幹が徳利のように肥大する病気である。漏脂病ほど致命的ではないとされるが肥大部の材質は劣化しており歩留まりが低下するため利用上問題となる。ヒノキでは成長の良い沢筋や疎林で発生が多いとされているが、原因は特定されていない。
人間との関わり.
木材.
木目が通り、芳香があって加工がしやすく、斧や楔で打ち割ることによって製材できるヒノキは、古くから建築材料として用いられてきた。『古事記』のスサノオ神話の中で、ヒノキを建材として使うことが示唆されている。
奈良時代以降の仏像にも、多くはヒノキが使われた。江戸時代前期の修験僧である円空が彫った仏像（円空仏）は、ヒノキで彫ったものが多いといわれる。
ヒノキ材の枯渇問題.
上記のようにヒノキは有用な樹種であり、古代より多方面で建材に使用された。そのため日本の歴史の流れと共に大径材の枯渇が顕著となる。このヒノキ材枯渇のありさまが、東大寺の歴史からうかがえる。
精油.
特有の香気のあるヒノキチオールが採取できる。ただしヒノキから取れる量は微量とされ、商業的には台湾原産のヒノキ科樹木であるタイワンヒノキ、もしくは国産の場合はヒノキアスナロから採取される。
花粉症.
広い範囲で植栽され、花粉が風媒されるという点は同科のスギと同じであり、ヒノキもまた花粉症の原因となることがある。無花粉ヒノキの探索と固定はヒノキの育種の課題の一つとなっている。
土砂災害とヒノキ林.