時を経て少年へと成長したナルトは、忍者を目指しアカデミーに通っていた。両親も友人もいない孤独な日々を送っていたナルトだったが、とある事件で身を挺して守ってくれた教師のうみのイルカに認められ、卒業の証の額当てを送られて晴れて下忍になる。下忍になったナルトは同期のうちはサスケや春野サクラと共に、上忍のはたけカカシの第七班に配属され、以降、いくつもの任務を経て、ナルトは自らに封印された九尾の力を、サスケはうちは一族の血継限界である写輪眼の力を、それぞれ徐々に開花させていく。
カカシ外伝～戦場のボーイズライフ～.
ときは第三次忍界大戦、第一部から遡ること十数年前。はたけカカシの少年期の物語。写輪眼を手に入れた経緯が明らかにされる。
任務遂行のためミナトと別行動を取ったカカシ達は、敵の奇襲に遭い、リンを人質に取られる。任務を優先するカカシと、仲間の命を優先するオビトは、忍者として人としての在り方で対立する。オビトは単独でリンを助けに向かい、窮地に陥るが、駆けつけたカカシに救われる。この戦闘でオビトは写輪眼を覚醒させ、カカシは左目を失う。リンの救出に成功するが、オビトはカカシをかばい、落石の下敷きになってしまう。己の死を悟ったオビトは上忍の就任祝いと称し、カカシに写輪眼を、そしてリンを託した。
第二部・青年編.
その後木ノ葉は復興へと動くが、ペイン襲撃の際にチャクラを使い果たして昏睡状態に陥った綱手に代わり、相談役であったダンゾウが半ば強引に六代目火影への就任を宣言する。間もなく、暁への対応を協議すべく、五大国それぞれの里長による緊急会談が開かれる。しかしそこへマダラ・サスケらが会場に侵入し、五影と交戦する。その最中にマダラは世界中の人間を幻術の世界へといざなう「月の眼計画」の存在、および「第四次忍界大戦」の宣戦布告を伝え、サスケともども姿を消す。最終的に五影たちは、マダラらに対抗するための各里による忍連合軍を結成する事を決定する。
宿命の闘いが迫るナルトとサスケ。月の眼計画の最終段階に動き出す暁、それを阻止しようとする忍五大国。全ての因縁に終止符を打つべく、ついに第四次忍界大戦が開戦。ナルト達の最後の戦いが始まる。
第四次忍界大戦.