土佐藩の谷干城と毛利恭助は薩摩藩の中村半次郎の案内で、現場に残されていた鞘を薩摩藩邸に持参している。これを見た御陵衛士の篠原泰之進、内海次郎らが「原田左之助のものである」と証言した。一方で田中光顕は鞘については「殺害の報を聞いて現場にやってきた伊東甲子太郎が鑑定し、新選組のものとわかったが、誰であったかは判然としない」と回想している。また谷は中岡の証言にある「声音」から、犯人は「中国から四国にかけてのものであろう」と判定した。御陵衛士の阿部十郎は、「そうであるならば伊予の松山藩でありましょう」と答え、「声が似ている」ものとして伊予出身の新選組隊士原田左之助の名を挙げた。ただしこれらの証言は明治中期以降に出てきたものである。
また近江屋新助は、現場に残された下駄に先斗町にある「瓢亭」の印が押されており、瓢亭の主人が「新選組に貸した」と言っていたと証言している。ただし、当時の取り調べでは現場に残されていた下駄は瓢亭のものではない。
紀州藩士報復説.
紀州藩ないしは紀州藩士による報復行動だとする説。
海援隊隊士の陸奥陽之助（陸奥宗光）らは「海援隊と紀州藩の間に起こり、海援隊側の勝利に終わった訴訟「いろは丸事件」に対する、紀州藩士の恨みによる犯行である」と考えていた。また谷干城の回想によれば「紀州藩公用人の三浦休太郎（三浦安）と新選組が共謀して起きたという噂が当時から出回っており、現場に残された鞘も紀州藩士がよく使うものであった」という。そのため三浦が海援隊隊士らに襲撃され、護衛を依頼されていた新選組との間に戦闘が起こる事件（天満屋事件）が発生した。
薩摩藩陰謀説.
西郷隆盛、大久保利通らを中心とする薩摩藩内の武力倒幕派による陰謀だとする説。
松平春嶽は事件翌日、松平茂昭にあてた書状で、龍馬と中岡が暗殺されたことについて福岡孝弟と話しているうちに、政治情勢から「土藩（土佐藩）尽力ニより芋藩（薩摩藩）の姦策已に破れたる形勢ナリ」と記している。木村幸比古はこれを春嶽と福岡が、薩摩藩の犯行だと思っていたことを示すとしている。また『改定肥後藩国事史料』巻七には「坂本を害し候も薩人なるべく候こと」と、薩摩藩の関与をうかがわせる風聞が流れていたことが記されている。