若葉城に将軍が御成りになることが決まるが、藩内に事前に潜入していた隠密が次々と討ち取られる。半蔵は若葉城の不穏な動きに気付き、影丸を派遣。若葉藩が抱える「甲賀七人衆」はこれまでの忍びにはない特殊な能力を持っており、影丸も苦戦を強いられる。知らせを受けた半蔵は大八と右京を応援に向かわせた。
半蔵の報告から事態を重く見た幕府は、若葉城に使者を派遣して将軍御成の取り止めを告知。野望が露見したと悟った城主・若葉右近は、全ての処置を邪鬼に一任し切腹する。邪鬼は使者を江戸に返すまいと、仕掛けを作動させるが……。
甲賀七人衆.
甲賀の里の中でも異端的な扱いをされている姫宮村の出身。特異な環境に育った為に全員がそれぞれ特殊な体質を持つ。
姫宮村の人々.
甲賀の里の中にある邪鬼たちの出身地（初出では姫宮部落と称されていた）。天然の要塞とも言うべき定期的に毒ガスが発生する山中に位置する。邪鬼たちと同じく、村人たちは特異体質を持ち、それを生かした戦い方を得意とする。甲賀の里でもその扱いは異端とされている。若葉藩の一件のあとの処遇は不明。
由比正雪の巻.
正雪は新たなる決起の場所として大阪を選び、東海道を西へ急いでいた。大阪へ着くまでに正雪を討たねばと先を急ぐ影丸達だが、彼は陰流の忍者に守られており苦戦を強いられる。その途上、若葉の里で影丸との戦いに敗れ、影丸に雪辱戦を挑もうとする邪鬼が再度出現し、公儀隠密と影流忍者双方を翻弄し始めた。激しい戦いの中、影丸、正雪共々次々と仲間を失っていく。そして最後に影丸が知った真実とは……
シリーズ中最長で、主要登場人物は最も多い。
闇一族の巻.
山城の国で起こった一揆は謎の忍者集団によって引き起こされた（正確には、一揆が起こったかのように偽装された）ものだった。忍者集団の正体は、かつて北条氏に仕えた闇一族。その暗躍を阻止するため、半蔵は影丸と村雨五兄弟に山城の国に向かうよう命令する。影丸たちは毒物の扱いに長け、奇怪な術を使う闇一族に苦戦するが、ついに闇一族の本拠を潰し、首領にも重傷を負わせる。そして影丸は闇一族を操る黒幕の正体を知るのだが…。
村雨五兄弟.