鎌倉時代の将軍は全国の御家人と個々に主従関係を結び、所領（地頭職）を安堵する立場にあり、守護は任国の軍事・刑事の長であり、国内の御家人の監督者に過ぎなかった。
これに対して室町幕府は、守護大名による合議制・連合政権であったと評される。長期の南北朝内乱の間に、守護はその権限を拡大し、任国内の領主層の武士（国人）を被官化するなどして、任国の管理者から領国支配者（大名）となっていく（ただし地域差があるので、詳細は「守護領国制」を参照）。これにより、御家人＝将軍直臣という鎌倉幕府の基礎構造は失われ、将軍の諸国武士・所領に対する支配は相当後退し、主に守護を通じて全国支配を行う体制となった。しかしながら室町将軍がこの現状をよしとした訳ではなく、鎌倉時代以来の足利氏の根本被官や一族、守護の分家など、守護大名の頭越しに各地の武士と主従関係を結ぶ場合もあった。特に足利義満は直属軍事力の整備に熱心であり、奉公衆を整えていき、以降の将軍にも継承された。
また、義満以降の室町幕府は「天下無為」の実現をもって全国統治の基本的な考え方としていた。「無為」とは何もしないことではなく、何もしない状態にもっていくことを指し、室町殿である将軍の上意をもって紛争当事者間の調停を図るものであった。上意は紛争解決の手段としては万能ではないものの、守護や国人にとっては無視しえないものであった。だが、嘉吉の乱後、幼少の将軍が続いた中で、管領である細川氏と畠山氏が上意を利用して自己に有利な政治的な状況を作りだそうとし、それに振り回された守護や国人は上意に従わなくなり、独自行動を取るようになる。やがて、彼らは仲間同士で連携して行動することで上意の相対化を図るようになり、特に守護たちは細川氏側と反細川氏側（最初は畠山氏、後に山名氏を盟主とする）に分かれて集団を形成して争い、応仁の乱の一因を作った。
室町殿御分国.