翌朝、再び家族全員が寝坊してしまい一家は大急ぎで空港に向かうが、前作とは異なりケビンは忘れられずに済む。しかし、空港のターミナルでケビンがカセットプレイヤーの電池を交換をしようと立ち止まり、家族とはぐれてしまう。更に、父と同じコートを着た男性を追ったことで飛行機を乗り間違え、一人だけニューヨークへ飛ぶことになる。両親がケビンがいなくなったことに気が付いたのは、マイアミに着いてからだった。すぐさま警察へ赴き、行方がわからないと事情を話す両親だが、ピーターのクレジットカードがケビンの手元にあることを思い出し、カードが使われると所在地が判明すると警察に進言されたため、すぐに盗難手続きを取る。ケビンは空港で電池が入った父親のカバンを受け取っていたが、そこには大量の現金、手帳、そしてクレジットカードも入っていたのである。ニューヨークにいるピーターの兄にも連絡を取るが、家の改装中で連絡は付かなかった。
一方、ハリーとマーヴは魚のコンテナと共にフルトン魚市場からニューヨークに上陸しており、玩具屋から出てきたケビンと遭遇する。ケビンはなんとか難を逃れ、慌ててホテルに戻るも、そこではヘクターはじめホテル職員がケビンを待ち構えていた。宿泊した部屋のテレビで彼らを翻弄することでホテルから逃亡するが、再びハリーとマーヴに捕まり、そこで玩具屋襲撃の計画を聞かされる。更に逃げ出したケビンはピーターの手帳を頼りに叔父の家を訪ねるが、改装中で誰もいない。仕方なくセントラル・パークへ赴くと、鳩おばさんと再会する。ケビンの状況を知った彼女は彼をカーネギー・ホールの天井裏に連れて行き、オーケストラを聞きながら自分がホームレスとなった経緯を話すと、彼女はケビンに励ましの言葉をもらう。その頃、マカリスター家もプラザホテルにたどり着くが、息子が逃げたと知りケイトはホテルの従業員に激昂、ケイトは周囲の心配を気にせず、ケビンを探すため危険な夜のニューヨークを一人で行動することに決める。