さかなっちはおでん好きでそれぞれ好きなおでんの具の設定があるが、本作ではおでん嫌いのさかなっち（プランクトンっち、きんぎょっち、あざらっち、かいっち）もいるなど、原作である実機と矛盾する設定も多い。
たまごっちにとって地球の空気は有毒なのでたまごっちHOUSEに入らないと地球で暮らす事が出来なかったり、たまごっちは地球上でHOUSEに入らない状態だと電子のような存在になり、人間に姿が見えず声も聞こえない状態になるが、本作では人間界に卵が産み落とされていて地球にも野性のむしっちやさかなっちがいる事を示唆していたり、NPCがコンテストでむしっちやさかなっちを出して来る為、ミカチュー以外にもむしっちやさかなっちを育てている人間がいたり、たまごっちHOUSEではなく普通の虫籠と水槽で飼育されているので、実機の設定はオミット、変更されている。例として実機の公式絵ではむしっちは葉っぱを食べているが、本作のむしっちは葉っぱ嫌いが多い。
『コロコロ』版の『まんがで発見！たまごっち』と似た世界観になっている。
『無印』同様、たまごっちは死亡すると幽霊化し、頭に天冠を着け、十字架のお墓が出て来て無念に満ちた表情で浮遊する。本作ではアダルトっちになるとたまごっちの種類によりお墓のバリエーションが異なる。
登場キャラクター.
前述の実機『森で発見!!たまごっち』と『海で発見!!たまごっち』とほとんど同じだが、名称が若干違っていたり、キャラ数が多かったりと、いくつかの違いがある。実機で登場するキャラの一部が登場しなかったり、実機とGB版で隠しキャラが変更されていたり、さかなっちはキャラが少ない為か、GB版オリジナルキャラクターが多数追加されていたり、実機との乖離が激しい。また、本作のオリジナルたまごっちはバンダイがゲーム用に描き下ろしたキャラクターであり、グッズ化もされている。
本作のむしっち、さかなっちは地球に生息していて、野生個体の存在も示唆されている（フィールドに卵が産み落とされているなど）。
本作の白黒変換センスは独特であり、公式絵のコガネっちの身体は黄金色、ちょびタマっちの身体は水色、みのっちのミノは黄色だが、本作は全て黒で描かれている。
ゲームで発見!!たまごっち オスっちとメスっち.