職種は教育隊入隊直後に数種類の心理・知能・性格・身体等の適性検査を実施し、本人の希望も考慮し決定されるが、適性検査の結果により就ける職種の絶対的選択肢が決まるため、適性外の職種については希望しても指定されない。なお、適性ありには「適」と「準適」があり、その詳細条件は不明なるも、特に心理的要素において大きく影響し「準適」職種を選ぶと離職率が高いようである。逆に「適」職種選択者は能力を発揮しやすいという。適性検査には潜水艦乗員や航空士等として勤務可能か見極めるものもあり、この適性がないと判定された場合、基本的な適性において配置可能職種であっても潜水艦乗員や航空士になることはできない。これらを勘案し、人事幹部により各人の職種が決定される。このプロセスを経て、教育隊での要員別教育前に職種が決定されることとなる。
さらに海上自衛隊では、特技（特定技能）の制度があり、これは職種ごとに付与される、一般社会でいうところの資格のようなものである。通称「マーク」。
教育隊修業後、各職種において数年間部隊勤務した後、術科学校に入校し、各職種別の基本的な専門内容を学ぶ課程を修業すると、各職種特技が付与される。職種と特技はよく混同されるが、職種は先述の通り「各人の専門職務種別」、特技はその職種ごとに付与される「資格」という違いがある。この混同が起きるのは、基本となる職種特技は通常であれば入隊後数年で付与され、かつ職種名称がそのまま特技名になっているため、実質的に職種と同列のものであるのが原因。
各職種ごと段階的に担当職務・機器・機体等に応じた多数の特技が存在し、これらの術科教育は術科学校等で行われ、その各課程を修業することで特技が付与される。これらを列挙すると膨大な量となるため、本節では各種特技のスタート地点かつ職種と対称になる「職種特技」についてのみ述べる。(本節全般出典)
主特技.
各職種に付与される特技で、基本的に在職中は変わることはない（幹部に昇任した場合や能力の低下、心身の故障等により取り消される場合がある）。特に海曹士はこの主特技を軸に自衛官として勤務していくこととなる。なお、一部主特技は海曹に昇任しなければ取得できないものもあるため、海士のうちは別の主特技で勤務する場合がある。
攻撃要員.