桃山時代.
江戸時代以降.
義春の長男・畠山景広は上杉景勝に仕え続けて米沢藩の一門衆・重臣となった。三男・畠山義真が父の実家である能登畠山氏の名跡を継承し、江戸幕府高家肝煎畠山家の初代となった。江戸時代中期、当主は江戸猿楽町や木挽町に居住していた。
その後も高家・能登畠山氏には、上杉吉憲の三男である義紀が養子入りするなど、米沢藩とは関係が強かった。
維新後は足利に復姓した本家と異なり畠山姓のまま士族となった。
畠山上杉氏（能登畠山氏別家）.
勝煕の子である斉定や勝義が米沢藩主や支藩の米沢新田藩主を継ぎ、以後この両家は廃藩置県の後に至るまで（上杉宗家は現在まで）勝煕の血筋で続くこととなる。
このため、畠山上杉氏は、三男・勝庸が継承、長男・勝輝、その弟・勝広、勝持（勝広の子）、勝嘉と続く。米沢藩には前項のように上杉景広の子孫が米沢藩の一門重臣・能登畠山氏としてあるが、勝煕の家は藩主家族の扱いで明治に至る。
源姓畠山氏の系譜.
太線は実子、細線・二重線（縦）は養子、二重線（横）は婚姻関係。
 　　秩父重弘
 　　畠山重能　　　　　　 北条時政　　　 足利義兼　　　　新田義兼
 重清　重宗　重忠 ========= 六女 ======== 足利義純 ======== 女子
 重政　重慶　重俊　重季　重保　　　畠山泰国　　　　　　岩松時兼　　　　田中時朝
 　　　 （美濃畠山家）　　　　　　 （嫡流）　　　　　（岩松氏へ）　　（田中氏へ）
 　　　　　　義生　　　　　　　　　　時国
 　　　　　　義方　　　　　　　　　　貞国　　　　　　　　　　　　　高国
 　　　　　　宗義　　　　　　　　　　家国　　　　　　　　　　　　　直泰　　　　　国氏
 　　　　　　　　　満純　清貞　　　　　　　　　　　　　満家　　　　満慶　　　　　　　　　　満盛　　　持重　高玉家重
 　　　　　　　　　持純？清純？　西方国賢　持富　持永　持国　　　　義忠　教国　　　　　　高倉政泰　　政国
 　　　　　　　　　成純　政栄　松倉満友　　政長　政久　義就　　　　義有　　　　　　　　　　村国　　新城村尚
 　　　　　　　　　　　　家俊　　　　　　　尚順　　　　義豊　　　　義統　政国　　　　家泰　義氏　　＊義国
 　　　　　　　　　　　　昭国？晴熙　政国　長経　稙長　義英　　　　義元　慶致　義智　　　＊義国