ICカードは障害者割引運賃では利用できない場合が多い。後述するIC運賃を導入した事業者においては、出場時に自動改札機にタッチせずに手帳とICカードを係員に提示し、係員がIC運賃を基準とした割引運賃を引くという処理を行うようにしたことで、障害者割引運賃でのICカードの利用が可能となった。また、一部の事業者では、手帳所持者と介護者に対して自動改札機で使用できる（介護者と同時に使用する前提で障害者割引運賃を引き去る）障害者用・介護者用ICカードを発行している。
IC運賃.
一部のICカード導入事業者では「きっぷの運賃（現金での運賃）」と「ICカード利用時の運賃」をそれぞれ設けていることがある。
首都圏およびJR東日本.
ICカード利用時の割引.
ロンドン地下鉄.
ロンドン地下鉄ではICカード利用促進と混雑解消のため、ICカード利用時の運賃の引き落し限度額が設定されており、ピーク時間帯を含まない時間帯に地下鉄を利用した場合にはその上限額が低く抑えられている。
運賃計算における特例.
通常の運賃計算のルールを適用すると利用実態にそぐわない場合などに、以下のような特例を設けて対処されることがある。
通過連絡運賃.
分岐駅通過の特例.
運賃計算の特例ではなく、乗車券の効力の特例であるが、分岐駅を通過する列車に乗車して分岐する他線区に乗り換えをするとき、途中下車しないことを条件に、最寄りの停車駅と分岐駅間の区間外乗車を認める制度のこと。乗り継ぐ前の列車か乗り継いだ後の列車の少なくとも一方がその分岐駅に停車せず通過することが条件である。詳細は区間外乗車#分岐駅通過列車に対する区間外乗車の取扱いの特例を参照。
特定の分岐区間に対する区間外乗車.
分岐駅を経由する列車に乗車して分岐する他線区に乗り換えをするとき、途中下車しないことを条件に、その近傍の指定した駅と分岐駅の間の区間外乗車を認める制度のことである。上記の「分岐駅通過の特例」と異なり、乗り継ぐ前の列車と乗り継いだ後の列車のどちらも分岐駅に停車する場合であっても適用される。詳細は区間外乗車#特定の分岐区間に対する区間外乗車を参照。
特定の列車による折り返し区間外乗車.