Suica定期券の場合は、定期区間外を利用する場合でも、Suica乗車券としての利用方法を準用する形で使用できる。そのため、定期区間外と区間内をまたがる際の精算も、出場駅の自動改札機にタッチすることで自動的に行われる。自動精算機におけるチャージ額を利用しての精算は、定期券情報・入場記録のないICカードに限り可能である（基本的には磁気式イオカードやオレンジカードと同様の扱いとなる）。
なお、事業者によっても取扱いが異なる場合がある。
主に使用可能エリアの郊外にある小さな駅では自動改札機が設置されていないことが多いが、この場合は簡易Suica改札機にタッチして入・出場する。タッチしないと入場処理が記録されたままで次回から利用できない。ただし、簡易Suica改札機が設置されている多くの駅では自動精算機が設置されていないため、チャージ金額（残高）が不足の場合は駅係員に申し出て精算する必要があるが、無人駅など一部の駅では改札外の自動券売機・簡易チャージ機（一部の駅のみ）や場合によっては駅近在の交通系IC対応コンビニエンスストアで不足分をチャージし、改めて改札機にタッチすることで精算できる。それも困難な場合、後日別の駅の有人改札で申告し精算となる。なお、有人改札や後日精算の場合は実際の乗車経路の正規運賃を現金で精算となりSF運賃やSF残額の適用はできない。
普通乗車券にある割引制度（学生割引・ジパング倶楽部等）は事前に割引証（大人の休日倶楽部は専用クレジット決済）で割引切符を買うことで成立するので、Suicaのチャージでは割引が効かない。なお障害者割引については下車駅で申告することで対応可能である。
Suicaエリア外へ出る時の制限.
Suicaエリア内の駅から入場し、エリア外の駅にて出場（精算）する際は、駅員が利用履歴等を確認できるSuica用携帯表示器を使って入場記録を確認した上で現金で精算を行う。この場合、Suicaに出場記録を書き込めないため、出場証明書を発行してもらい、次回利用時にSuicaエリア内の駅窓口などで出場処理を行う必要がある。なお、Suicaエリア内でもシステムに対応していない一部の駅や改札口では利用できない場合がある。