しかしながら、アレルゲンとなるのは上記のような物質中に含まれるタンパク質または糖タンパクであることがほとんどで、それが人体を構成するタンパク質とは異質（異種タンパク質と呼ぶ）であるため、排除の原理が働いて抗体が産生され、それによって過剰な免疫反応であるアレルギー症状を起こすと考えられている。その意味では、体内に入っても異物として認識され得ないものは、アレルゲンにもなり得ないと考えられている。たとえば水や塩などは抗原にもアレルゲンにもなり得ない（下記のハプテンになり得るものは除く）。
アレルギー疾患患者においては、こうした環境中のアレルゲンを排除するなどして、できるだけ接触しないようにすることが重要とされている。感作はしていても実際にアレルギーの発症を起こしていないならば無理に避ける必要はないともいわれるが、予防原則の立場からは若干の議論が残るところではある。
交差反応.
また、そうした花粉症患者のうち、花粉ではないものに反応する患者もいる。カバノキ科花粉症患者によくみられる口腔アレルギー症候群がそれで、リンゴやモモなどバラ科の果物を食べるとかゆみやしびれなどを感じる。これら果物で症状がないうちは問題ないと思われるが、かゆみ等出てきた場合ひどくなると呼吸困難等に至りアナフィラキシーショックを起こすこともあるので注意が必要である。医療機関で果物のアレルギー検査もできる。業務上ゴム製品に接することの多い人にみられるラテックス（ゴム）アレルギーがあるが、これはアボカド、バナナ、クリなどの食品と交差抗原性がある。ラテックス・フルーツ症候群という。
仮性アレルゲン.
アレルゲンそのものではないが、アレルギー発症のメカニズムに関与するケミカルメディエーターと同様な物質を含むなどにより、多く摂取すると症状を悪化させ得ると考えられている物質を仮性アレルゲンと呼ぶ。とくに食物アレルギーにおいて、以下のようなものがあると考えられている（鮮度によって異なる場合があるので、不必要に恐れぬこと）。食物アレルギー以外にはほとんど影響しないと考えられている。実際の症状への影響において、これらを避けることを疑問視する見方もあるが、アレルギー患者ではなくとも鮮度の落ちた食材によってヒスタミン中毒などの食中毒を起こすことはある。
ハプテンとアジュバント.