クリア特典であるモード。本編で入手した設計図・クルー全てを最初から使用でき、各宙域ごとに定められたボスを倒していくモード。ただし仲間の能力やスキルは初期値のままであり、少年編と青年編で登場したキャラクター（仲間にならないものも含め）では年齢などの設定は少年編時点のものが優先されている。ただしチェルシーは戦場の女神が使え、ユーリの艦隊指揮レベルは最初から最大である。軌道エレベータは撤去されており地上には降りれないが、宇宙港は機能しており回復はもちろんのこと貨物輸送なども問題なく行える。ラスボスをたおしてもセーブできない。敵からはボス含め離脱可能であるがボスは全て白兵戦不可能。本編で白兵戦ができなかった敵は雑魚でも不可能である。デイジーリップ級は無料で何隻でも建造できる。本編では仲間にならなかったキャラを仲間にできるほか隠し艦載機などもありコンプリートには欠かせない。バグで周回プレイをすると味方や設計図が消えることがある。デイジーリップの司令艦橋をほかの艦船に搭載すると出港時にフリーズすることがある。通信対戦はエクストラモードでも可能である。
登場艦船.
艦船のデザインは数人のデザイナーが各国単位で別々に担当するなど、国によってデザインの特色が違っている。
プレイヤーも使える艦船と敵専用の艦船がある。
戦艦.
空母.
巡洋艦.
駆逐艦.
その他.
国家・勢力.
保有艦船は長期に渡る遠征航海を考慮した設計で、長大な航続距離と高い被弾生存率を有している。
設定ではトスカやライオスは大小マゼラン銀河以外の銀河系出身。
登場人物.
なお、「仲間になる」と記載があるキャラクターであっても、選択肢や名声値などにより仲間にならないこともあるので、仲間にする方法は各自で確認されたし。
主なスタッフ.
以下の情報は公式サイト（国内版、海外版）、開発者インタビュー、開発者コラム、プロモーションDVDに基づく。
出典：公式サイト（国内版、海外版）、開発者インタビュー、開発者コラム、プロモーションDVD。
緊縛 縄の陶酔
概要.
ストーリー.