ただし、「漢方に副作用がない」というのはある意味で本当である。これは薬が天然のものだからという理由でなく、漢方の方法論において副作用という概念がないということによる。漢方では副作用が出た場合は誤治、すなわち診断ミスか投薬ミスとみなされる。漢方では、理論上は、副作用があって治癒できるなら副作用なしでも可能であるとされている。このことを理解するには証の概念について詳しく知る必要がある。西洋医学の視点からは、漢方薬の摂取による副作用として、甘草による偽アルドステロン症、小柴胡湯による間質性肺炎や肝機能障害などがよく知られている（詳しくは各項目を参照）。また誤治とアレルギー反応は区別すべきである。
一方、漢方医学には瞑眩（めんげん）という概念がある。治療中に一時的に病状が悪化し、その後に完全に回復するような状態を指す。漢方医学以外の代替療法や民間療法などで「好転反応」という言葉を耳にすることがあるが、ほとんど同じ意味である。これは副作用とは異なると説明されるが、実際に症状が出ている時点での区別は困難で、事後的にのみ確認できる。結局は医師の経験によって見分けるしかなく、あまり当てにならないので、瞑眩らしきものがあればただの誤治だったと考えるほうが無難である。この概念は日本独特であり、かつ日本でも江戸時代はあまり認知されていなかった。
また、漢方医学でも古方派の瞑眩を積極的に歓迎する立場は、副作用の考えに近い。
方剤の名称について.
漢方薬（方剤）の名称の最後の文字には、次のようなものがある。「湯」が最も多く、「散」がそれに次ぎ、その他は比較的少ない。
漢方薬（方剤）の名称には、時に次のような文字が入ることもある。
漢方薬学を設置している大学.
韓国では以下の大学に韓薬学科が設置されている。
西洋薬（医療）を主としている日本では、漢方薬学を中心として講義する大学はごく僅かである。
中国や韓国では西洋医学、伝統医学について医師、薬剤師は教育課程が別であり、免許も別である。一方、日本では医師免許、薬剤師免許は一本化されており医師免許を持っていれば西洋薬も漢方薬も処方でき、薬剤師免許を持っていれば西洋薬も漢方薬も販売、調剤できる。これは一つの免許で総合的な医療に対応できる反面、漢方薬も含めた東洋医学の専門性をもつ医師の育成が難しいという課題を持つ。
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