当駅は神戸市街地北端の六甲山の山裾に位置し、JRの駅においては新幹線単独駅となっており、JRの在来線の接続は無い。これは新幹線が東西に細長い神戸市街地を避けて、六甲山の麓をトンネルで通過しているためである。長大な六甲トンネルと神戸トンネルの狭間のわずかな地上区間に新幹線のホームがあり、ホームの両端からは両トンネルの坑口が容易に確認できる。なおこの地形上の制約により、待避線を設置することが出来ず本線に直接ホームが設置されている。
三宮（JR三ノ宮駅・神戸三宮駅）などの中心市街地へは神戸市営地下鉄西神・山手線や路線バスで連絡しているほか、地下鉄北神線から神戸電鉄有馬線経由で有馬温泉など神戸市北部や三田市といった裏六甲地域とも連絡している。なお、運賃は別扱いである。また淡路島や徳島方面への高速バス（西日本JRバス・JR四国バス・本四海峡バス）と新幹線との乗換駅としての役割を担う。
なお、山陽新幹線は当駅を境に新大阪方面は東海道本線、西明石方面は山陽本線の支線扱いとなっている。
また、駅から直結で総合商業施設であるコトノハコ神戸にアクセスできる。
乗り入れ路線.
JR西日本の駅は特定都区市内制度における「神戸市内」に属する。
新幹線ダイヤの推移.
JR在来線との接続.
当駅の自動改札機は、在来線からの再入場には全ての自動改札機が、在来線への乗り換え出場には専用の黄色い自動改札機が対応している。また在来線の三ノ宮駅・元町駅・神戸駅・新長田駅でも、当駅との接続に関わる途中入出場ともに自動改札機が対応している。途中出場の場合は識別のため四角い穴が開けられる。当駅に自動改札機が設置される以前は菱形の特別下車印が押されていたが、設置後も車内発券・手書き補充券などの自動改札非対応券の場合に使用される。
また、途中下車可能な乗車券を所持している場合、選択乗車の特例を利用して以下のパターンで新幹線と在来線を乗り継ぐことが可能である。
駅構造.
JR西日本.
なお、当駅は傘下の被管理駅こそないものの、管理駅長が配置された直営駅となっている。
のりば.
神戸市営地下鉄.
当駅のイメージテーマは「滝」。
のりば.
谷上方面への折り返しが可能な配線となっているが、当駅で谷上方面に折り返す列車は定期列車では存在しない。