北側から順に、下記のように配置されている。
上記のほか、構内には側線が設けられており、車両の留置などに使用される。
ご当地メロディー.
かつては在来線のうち、日本海ひすいラインの一部列車では発車メロディを使用していた。
自由通路.
日本海口（北口）.
元々出入口が設けられていたのは日本海口側で、糸魚川市の中心市街地に面している。
アルプス口（南口）.
駅前広場の駅舎正面には、後述の「レンガ車庫」のモニュメントが設置されている。
また土曜・休日の晴天時やイベント開催時などには車両移動機を使用し、車両全体を駅前広場の歩行者道へ移動させて屋外展示も実施される。
レンガ車庫.
駅前広場に復元再築されたモニュメントは、裏面に設置された鉄骨の支柱によって自立しており、基礎部分や煉瓦の結着などに使用したコンクリートは駅西側に事業所を置く明星セメントが提供した。
貨物取扱.
JR貨物の駅は現在、車扱貨物の臨時取扱駅となっている。ただし、接続する専用線や貨物取扱設備は当駅にはなく、貨物列車の発着もなくなっている。かつては専用線発着車扱貨物の取扱駅であり、当駅に接続する専用線が存在していた。
利用状況.
各年度の1日の平均乗車人員は以下の通りである。
駅周辺.
駅周辺は糸魚川市の中心部であり、市街地が広がっている。駅前広場には日本海口側、アルプス口側ともタクシーがほぼ終日にわたって待機している。
日本海口（北口）側.
日本海口側には駅前広場が整備されており、路線バスの発着点となっている。
アルプス口（南口）側.
バス路線.
物販.
隣の駅.
※新幹線の停車駅は各列車記事を参照
牛込柳町駅
歴史.
駅名の由来.
「旧牛込区の市谷柳町にある駅」であることから命名された。駅所在地は駅本屋の位置の都合上市谷柳町に隣接する原町となっているが、駅自体は主に市谷柳町の下にある。建設当初の仮称駅名は「柳町駅」だった。
なお、市谷柳町の名については、牛込区（新宿区の前身の一つ、東京市の行政区）の南地域のことを市谷といい、この地域に属していたことによる。柳町の名は、江戸時代植物の柳の木が多く見られる地区だったことに由来する。付近に他に柳町が存在するわけではないので、あえて市谷を冠する必要もなく、単に柳町と呼ばれることも多い（中央区の日本橋人形町を「人形町」と呼称するのと同じ）。
駅構造.
のりば.