しかし、公明党（創価学会）、幸福実現党（幸福の科学）、統一協会、神道政治連盟（神社本庁）、日本会議（神社本庁など）、立正佼成会等、宗教団体を母体としたり、深く関与する政党・政治団体が多く存在する。
内閣法制局の見解は、以下である。
「憲法の政教分離の原則とは、信教の自由の保障を実質的なものとするため、国およびその機関が国権行使の場面において宗教に介入し、または関与することを排除する趣旨である。それを超えて、宗教団体が政治的活動をすることをも排除している趣旨ではない。」
以上の公式見解のように現在、政教分離原則に抵触するのは国や地方公共団体・公的機関が宗教活動をすることであり、靖国神社参拝も公務として参拝すると違法になる。宗教団体は私設団体であり、宗教団体が政治活動をしてはいけないというものではないし、公務員ではない宗教者が政治活動に関与したり政治思想に関する発言を公の場で行なったりすることも当然ながら政教分離の問題とは何らの関連性も無い。
法律論として解りやすく述べると
・「△議院議員 ○○」が「××寺院・神社・教会」を、公的身分で公務としての参拝は許されない。
　逆説的に「△議院議員 ○○」を名乗っていても、プライベートタイムで私費で参拝している場合は法律上の問題は生じ得ない。
・また「××寺院・神社・教会」の信者・信徒である「〇〇議員」を、同輩である「××寺院・神社・教会の信徒・信者」が支持応援するのは「当然の権利」であり、そこに直接・間接問わず組織的圧力等が無ければ、法律上の問題は無い。
宗教法人の課税の仕組み.
まず、法人税法がいう「儲け」とは「配当金」のことであり、法人税などは、その法人の株主などへ支払われる剰余金配当（配当金）と、残余財産分配（みなし配当）に対して課税されている。
また、日本は法人擬制説の立場で税法が運用されていて、法人税などは法人自体に課税されたものという見解は法人実在説に立ったもので誤りであり、実際は配当金を貰う個人に対して課税されているのである。
しかし、税法で公益法人等に分類される宗教法人は持分が全くないため、公益事業（公益・宗教事業）以外の事業において「儲け」が出た場合には、法人税等が課税される。