閉鎖都市は、核兵器開発や化学兵器開発などといった国家秘密にかかわるような、特定の目的のための都市であり、その住民は、主として核兵器製造や化学兵器製造、あるいは何らかの軍事活動に従事している者やその家族である。通常、都市というのは出入りが自由であるが、閉鎖都市は多くがフェンスや壁など、出入りの障壁になるもので囲まれており、検問所や何らかのゲートのようなものが設置され、立ち入ることが厳しく制限されており、一般人は立ち入ることができない。立ち入ることができるのは、極めて限られた者だけである。
また閉鎖都市ではしばしば、住民が都市の外に出ることも無制限というわけではなく、何らかの許可や手続きを必要とするものも多い。住民が転出すること（その都市の外に引っ越しをすること）も、陰に陽に、さまざまな形で制限されたり、それをしないように当局（国家）から圧力がかかったり、それができた場合でも当局から監視の対象になることも多く、そのような理由から、その都市で生まれた子供は結局多くが、生涯その都市で暮らすことになる、と言う。
閉鎖都市の中には、都市の存在を地図に掲載しない、上空の飛行制限を行う、閉鎖都市につながる道路を封鎖する、郵便私書箱の番号を都市の名称代わりに用いるなどの方法で、その都市がこの世に存在することすら、できる限り秘密にされているものがある（あった）。そうした意味で、閉鎖都市は「秘密都市」と呼ばれることもある。
ソビエト連邦.
さらには軍事上重要な都市への旅行も制限が課せられるようになった。外国人のみならず自国民や地元住民も閉鎖都市には自由に旅行出来ず、滞在には当局の審査を必要とした。地元住民も外部に情報を漏らすことは許されず、場合によってはKGBによる摘発の対象にもなり得た。
公式には住民は存在していないことになっており、厳重な警備体制(検問所による入退出の管理、有刺鉄線フェンス、監視タワーや武装警備隊等)が敷かれていた。道路標識に都市の位置は記載されず、一般人が使用する鉄道やバスの路線図にも記載されていなかった。
例えば、カリーニングラード州全体が、外国人のみならず、居住者ではないソビエト住民に対しても旅行が制限されていた。セヴァストポリとウラジオストクもソビエト海軍基地があったため、同様に国内旅行者も制限されていた。