薬剤師の業務は多肢に渡る。なかでも薬剤師法で一番にあげられる「調剤」は基本的な薬剤師の業務である。薬局等における医療用医薬品の処方監査・投薬業務のほか、一般用医薬品（OTCや漢方薬など）の購入相談業務など内科医的な側面も併せ持つ。
薬機法および薬剤師法では、「薬剤師法人」「製薬法人」など、社員を薬剤師に限定する合名会社に準じた特別の法人形態の設置を認めていないため、下記に記す薬局・製薬業は株式会社形態により設置されるケースが多い。他の医療資格や、いわゆる「士業」とは異なり、有資格者の大半が株式会社の従業員・役員として業務に従事している点が特徴でもある。
「医薬品の供給」に関する業務においては、開発・製造から、流通、販売におけるまでほぼすべての分野で関与している。また「その他薬事衛生」に関する業務においては、医薬品以外でも世界各国で推進されているセルフメディケーションに関与する唯一の国家資格者としての責任を負っている。
以下、厚生労働省の医師・歯科医師・薬剤師調査
（薬剤師#統計）での薬剤師従事者分類に準拠して薬剤師業務の概要を述べる。
病院・診療所.
現在の薬は、薬効が強く出るため用量調節が難しいことがあるうえ、一昔前であれば、死亡していた重篤な疾患（腎不全、肝不全など）を合併している患者への投与が必要になることがある。このような場合には、薬物動態理論や臨床薬理に関する膨大かつ専門的な知識が必要となる。このため、薬を処方するためだけの専門家が必要になりつつある。米国では、すでに、日本型（旧来型）の薬剤師の養成は中止しており、変わりに と呼ばれる新たな薬剤師を薬学部が養成して、医師とほぼ同じ給与で病院に送り込み、医師の負担を大幅に軽減している。これは、時代の流れと共に、内科医が呼吸器科や循環器に分かれてきた流れと同じである
。内閣府の特別の機関である日本学術会議は、日本の薬剤師も現在の役割だけでなく、将来は医師の処方を補助する専門家にもなるべきであると結論を出している。
学校薬剤師.
学校保健安全法の定めにより大学を除く学校に置くことが義務づけられている。専任の場合はほとんどなく、薬局などの薬剤師が兼務している。水質・照度・空気の検査や給食施設の衛生管理等を行うほか、薬物乱用防止教育などを行う場合もある。
その他.