当時からオウムは高学歴理系信者の獲得に腐心しており、遠藤もそのために麻原から目をつけられた学生のうちの一人だった。坂本堤弁護士一家殺害事件のきっかけの一つになった「愛のイニシエーション」で麻原彰晃のDNAの効果の是非（すなわち疑似科学）が話題になったが、これは以前からこの構想を描いていた麻原が、当時京大院生だった遠藤に対し「血液の培養はできないか」と問いかけ、遠藤が「（血液自体はできないが）血液を抜くことでリンパ球からDNAを取り出して増やすことができる」旨を答えると、麻原は遠藤にその通り「愛のイニシエーション」の開発を命じたという背景がある。遠藤は教団施設にて麻原の血を抜き、それを京大の研究室へ持ち帰って、指導教授や他の研究員に隠れて一人で麻原のリンパ球の培養を始めた。そして麻原は遠藤に対し、出家したら専用の研究室を与えることを約束し、出家を迫った。
出家後.
ヴァジラヤーナ前 − 地位確立.
「愛のイニシエーション」については、出家後、麻原に与えられた自身の研究室にて出家前に培養した麻原のリンパ球からDNAを取り出し、それを大腸菌に入れることでDNAを増殖させた。こうして遠藤が増殖させたDNAを麻原自身が飲み、遠藤に対し「エネルギーが上がった。コーザル世界やアストラル世界の浄化がおきる」と告げるが、そのとき遠藤は「何故自分のDNAを飲んでエネルギーが上がるのだろう（自分自身のだから変化はないはず）」と疑問に思い、データを取りたい旨を麻原に申し出ると、麻原は自分が言うんだから間違いないとこれをはね退けて、遠藤はやむなく引き下がった。このときオウムの書籍で「京大医学部で調べたら尊師のDNAに秘密があることが分かった」と書かれ、それをオウム真理教被害者対策弁護団が京大医学部側に「照会書」として送るが、もちろん当時の京大医学部長はこれを否定した。遠藤自身も教団の出版部門の責任者に対し「自分が個人的に培養しただけなのにこれでは京大医学部が正式に研究したことになってしまう」と抗議したが、結局うまく言い包められてしまったという。
他にも（獣医であるにもかかわらず）麻原の主治医を務めたり、菊地直子がいた教団の陸上競技部 のコーチをも兼任した。村井秀夫・中川智正とともに理系信者獲得のため教団の科学者として入信希望者の面談を受け持つこともあった。