脚本決定稿では、ジュニアは天王洲アイルでの戦いでデストロイアに敗北しており、ゴジラと再会するシーンは存在しなかった。このシーンを発案した川北は、ゴジラとジュニアの邂逅にデストロイアが割り込むことで感情移入を狙ったと述べている。このシーンのため、急遽ジュニアの小型モデルにギミックが追加された。また、脚本の描写ではジュニアが強すぎると感じ、オキシジェン・デストロイヤーには歯が立たないという表現に改めている。ジュニアが吐く熱線でデストロイアが爆発するシーンも撮影されていたが、編集段階でカットされた。
デストロイアに上空から国際展示場へ落とされるシーンは、実際に建物の上には落とさず、奥に落下させている。落とされる直前に首を折られる音が入れられているが、川北はそのような意図はなく首を締めているだけという演出であった。しかし、ジュニアの悲劇性が増すことで観客の感情が牽引され、ゴジラや三枝未希の悲しむ描写が活かされたと述べている。このシーンも脚本にはなく、ラストへの盛り上げと舞台を変える意図があった。
脚本では明確にゴジラ化したとの記述があるが、映像では曖昧にされている。川北は、咆哮を入れることでゴジラが生きていると受け取られないか危惧したという。このシーンはゴジラのスーツを用いているため、スーツアクターもゴジラ役の薩摩剣八郎が務めたが、薩摩はジュニア役のスーツアクターに演じてほしかったと述べている。
鳴き声は、当初はゴジラと似たものであったが、ゴジラと区別しづらいという音楽監督の伊福部昭からの意見により、変更された。新ゴジラの鳴き声はゴジラと同じものを用いている。
『ゴジラアイランド』のゴジラジュニア.
ゴジラアイランドの怪獣として登場する。オリジナルと違いゴジラの息子という設定。
『ゴジラ 列島震撼』のゴジラジュニア.
デストロイア登場のマップに現れる。映画のジュニアよりもゴジラ寄りな体型になっているが、設定と同じく背鰭は小さく、体力回復力が速い。
八方
八方（はっぽう）
神武王
即位まで.
即位後.
富士サファリパーク
施設.