漢方薬による治療も行われる。従来の漢方専門薬局のみならず、総合病院や開業医でも扱うことが増えてきており、漢方科を設置するケースも見受けられる。有名メーカーの顆粒エキス剤は医療保険対象のものが多い。元来、漢方薬は症状ではなく、個々人の体質によって薬を選択するので、漢方専門家の診断と、予後経過観察しながらの投薬の種類や用量の適宜変更が必要であるが、西洋医は、効果のマイルドな薬という観点で西洋薬学的に用いることが多いため、時に上記の抗ヒスタミン薬など西洋薬との併用も行われるが、そのような運用手法は東洋医学的には誤りであることも多い。西洋医は東洋医学には精通していないのが主因である。例えば小青竜湯は水気の貯まった肺や気管支を乾かし熱を帯びさせるが、その予後を経過観察せず飲み続けると今度は鼻炎など炎症が悪化してしまう、という具合である。適度の鼻水で潤されるのも、きちんとした生理的理由があるのである。うかつに症状を取るだけでは漢方医療とは言えない。
花粉症によく用いられる漢方薬
このように、症状を抑える即効性の薬のほか、長く飲み続けて体質を変えて根治をねらうとされる種類の薬もある。体力と免疫力の落ちた状態、血行の悪い部位、リンパの蓄積でむくみがある状態、ではアレルギー物質に弱くなり反応が悪化する、というように、気血水や胸脇苦満などの理論に基づいた、基礎体力をはじめとする体質改善の方が、対症療法よりも効果が高いケースも往々にしてある。体質が弱体化したまま、対症薬だけ服用しても、山火事に放水するに等しいなどという例えられ方をする。
よく誤解されているが、漢方薬なら副作用がないというのは誤りである。特に小青竜湯や葛根湯に含有されるマオウは、体質や服用量により動悸や血圧上昇などが起こる可能性があるので、服用に当たっては熟達した漢方薬剤師か、漢方処方経験に厚い西洋医師に運用を依存するべきである。メジャーな漢方材料による副作用は他に、カンゾウによる偽性アルドステロン症（低カリウム症状が出る）や、ジオウとダイオウなどでの下痢、柴胡処方による血流や体温の低下に伴う、衰弱の進行した重病患者の合併症増発などが代表的である。虚弱体質の人が小柴胡湯を飲んで冬の山に行くと、消炎作用が強いため凍えて動けなくなってしまう恐れすらある。この場合はせめて柴胡桂枝湯などに処方を変えなくてはいけない。