本作中では当時のフィクション作品等に登場するロボットでは描かれなかった「オペレーティングシステム」の存在と運用が描かれている。
本項では、「レイバーのオペレーティングシステムの戦いの物語」とも評される漫画版を主として（一部は劇場版も）参考とする。
前述のようにパトレイバーなどの機体では、学習型のシステムにより、パーソナルデータとして個人が運用した際のデータが蓄積されており、これによりレイバーの動作に個体差が生まれる。
バビロンプロジェクト.
東京湾を干拓し、用地を確保するプロジェクトであり、川崎から木更津へ向けて巨大堤防の建設が進められている。過去にない超大規模なプロジェクトであったが、レイバー技術の発達によって現実味を帯びて推進された。現実では同様のルートで東京湾アクアラインとして建設が開始されるころであった。
篠原重工.
レイバーを含めて重工業メーカーとしては目立造船、菱井インダストリー、皮崎重工といった大企業と比較すれば後進で規模は小さく、前身の「篠原製作所」から社名を変更してから企業買収を繰り返している。そのため、社内には独立した派閥ができており社内の目標すら一枚岩とは言えない。漫画版によると特車二課へ納入する機種に関しても八王子工場と所沢工場で競合が行われたという。主要人物の篠原遊馬の家系が取締役を務めていることから作品との関わりが深い。
シャフト・エンタープライズ.
全世界に展開する巨大多国籍企業であり、「つまようじからスペースシャトルまで」というキャッチコピーのもと、家庭用品から自動車、化学製品、果ては武器や兵器まであらゆる製品を製造・販売し、警備や人材派遣のサービス業も行っている。各国に独立した企業体を持って企業活動を行い、地域ごとに指揮管理するマネージャーが置かれている。
その一方、密輸、人身売買、武器・爆発物などの所持、テロリストへの資金提供など非合法活動を組織的に行っているのではないかと、当局に疑いを持たれている。
シャフト日本法人.
日本法人はアーケード・ゲーム機やゲームソフトを開発する会社として知られている。東京に本社を持ち、土浦に研究所を持っているが、明確な経営情報が明らかにされておらず、企業活動には不明な点が多い。社長の氏名、素性などは明らかになっていない。
アニメ版.
初期OVAシリーズ（アーリーデイズ）.