播磨造船所のドックは田舎の山間に位置しており、（川崎造船所・三菱造船所・大阪鉄工所・藤永田造船所といった主要所より）機密保持に適していたことも発注先に選ばれた理由の一つであった。
戦艦日向の煙突.
完成後の神州丸は日中戦争の実戦投入前に後述の航空機格納庫（馬欄甲板）の擬装ないし、同様の特種船を複数保有しているかの如く欺瞞するため、船体中央部に太い大型煙突を増設している（本物は船体後部、馬欄甲板を避けるようにやや左舷寄りに設けられた細い小型煙突）。飛行機格納庫であることを偽装するため、軍馬を乗せる馬欄（ばらん）甲板と呼称した。
構造.
基本船型.
航空機運用能力.
離船（発艦）手順は、大型デリックを用い前部甲板の円形台座に設置した秘匿名「KS」こと呉式二号射出機三型改二（海軍製の火薬式カタパルト）に、船橋ブリッジ下部の格納庫開口部に用意した機体を載せ射出となる。九二式偵察機、九四式偵察機、九八式直接協同偵察機の射出実験を行ったことがあった。
神州丸に着船設備はなく、また使用機は水上機ではない陸上機であるため、機体は占領した敵飛行場・臨時造成飛行場に着陸、陸上・水上に不時着・不時着水するか、操縦者は乗機を捨て落下傘降下によって収容される。これに類似する運用能力を持つ船舶としては、のちの第二次世界大戦時に輸送船団護衛のためイギリス海軍が実戦投入したCAMシップが該当する。「神州丸」と同じくカタパルトによって発船した戦闘機は、敵機を迎撃した防空戦闘後には陸上の飛行場に向かうか、船団付近に不時着水ないし落下傘降下し操縦者は収容されていた（このCAMシップおよびMACシップは一般の輸送船（商船）を臨時に改装したものであり、日本の「神州丸」以下特種船と異なり揚陸艦ではない）。
実戦.
日中戦争.
太平洋戦争.
マレー作戦.
蘭印作戦.
重巡最上の誤射.
第十六軍参謀長岡崎清三郎陸軍少将と、最上艦長曾爾章大佐は、同じ中学校の先輩と後輩という関係であった。最上艦長によれば、太平洋戦争後の岡崎は曾爾に「船上からまたとない珍しい海戦を見物させてもらった」と笑ったという。曾爾自身は、ジャワ方面の行動で最も残念だったのは（バタビア沖海戦の誤射ではなく）知床型給油艦鶴見が補給任務後に潜水艦（）によって撃沈され多数の戦死者を出した事……と回想している。
サルベージ・修理.
輸送・揚陸作戦.