また、生物体の化石は、そこにその生物がいた証拠とは必ずしも見なせない。死んで運ばれてきたものが化石になる場合は珍しくないからである。しかし、生痕化石は、確実にその生物がそこで活動していたことの証拠となる。ただし、現在ではプレートの移動が知られているから、生痕化石の発見場所が過去にもその地点であったとは言い切れない。
また、生痕から当時の環境や地層の性質そのものが判る場合もある。たとえば河岸段丘と考えられていたところで穿孔性の二枚貝の化石が見つかったことで海岸段丘であったことが判明した例、褶曲によって上下関係が不明になっていた地層で、多毛類の棲管が発見されたことで、その出口側が上と判断できた例などを井尻は挙げている。
正体の判断.
生痕化石は生物本体ではないため、その正体の判断がむずかしい。それを作った本体と込みで化石になっていれば簡単であるが、そのような例は少ない。どうしても現在の生物における活動の痕跡と比較をして、それを頼りに当時の生物相と引き比べて判断する、といった方法に頼らざるを得ない。過ちが生じるのは、半ばやむを得ないところである。
現在の生物の活動の痕跡を調べるのは、判断の上では重要である。現在の生物に関する知識は、当然ながら生物学者の活動範囲に含まれる。しかし、古生物学者にとって必要な知識が、生物学者にとってはさほど重要とは見えない場合もままある。たとえば泥の中のミミズの巣穴の形を詳しく調べる、カニの巣穴の表面の模様を探す、といった事まで考える生物学者は少ない。そのような知識を得るために、干潟のカニの巣穴に石膏を流し込み、巣穴の形を写し取るなどの研究手段も執られることがある。
代表例.
代表的な生痕化石としては以下のようなものがある。
生痕化石の発見.
東伊勢崎駅
東伊勢崎駅（ひがしいせさきえき）は、群馬県伊勢崎市豊城町にあった日本国有鉄道両毛線の駅（廃駅）である。
駅構造.
内藤政憲
略歴.
系譜.
父母
正室、継室
子女
ネブカドネザル
藤中伸介
概要.
ストーリー.