現在の岐阜県土岐市肥田町を発祥の地としているが、歴史の流れと共に居を変え可児肥田氏、尾張肥田氏、伊勢肥田氏、中津川肥田氏、近江肥田氏、江戸肥田氏が確認されている。家紋は「土岐桔梗」「丸に桔梗」。菩提寺は臨済宗妙心寺派天福寺（現在の肥田町）。
 　　　　　　　　　　　　　　源頼光
 　　　　　　　　　　　　　　源国房
 　　　　　　　　　　　　　　源光基
 　　　　　　　　　　　　　 土岐光衡
 　　　　　　　　　　　　　　 光行　　　　　　　　土岐浅野光時
 　　　　　　　　　　　　　　 光定　　　　　　　　土岐光房（肥田氏祖）
 　　　 蜂屋定親　　　　　　　頼貞　　　　　　　　肥田光保　　
 　　　　原師親　　　　　　　 頼清　　　　頼遠　　肥田有光
中津川肥田氏.
土岐肥田氏肥田玄蕃義直系で明智光秀臣　肥田帯刀則家の正室が東濃中津川に定住し中津川肥田氏の祖となる。
伊勢肥田氏.
土岐肥田氏系で土岐肥田三郎太郎衛国が伊勢守護代となり伊勢へ移住した。
尾張肥田氏.
織田信長、豊臣秀吉、徳川家康に仕え尾張大納言義直付属となる。孫左衛門家は、尾張徳川家の城代家老を拝命する　菩提寺は政秀寺（名古屋市中区）
近江肥田氏.
肥田文左衛門弟肥田与左衛門が織田信長の命により小谷へ移住。近江肥田氏の祖となる。菩提寺は小谷寺。
江戸肥田氏.
武蔵国埼玉郡（榛沢、比企郡）、上総国を知行し、徳川幕府の旗本あるいは幕閣として江戸に居住した。家紋は「丸に桔梗」。菩提寺牛込蒼龍山松源寺（現、下落合松源寺）。
豆州肥田氏.
発祥は伊豆国田方郡肥田村（現在の静岡県函南町肥田）であるが戦乱を避け伊豆国賀茂郡八幡野村へ移住した。
また伊豆の古代豪族伊豆国造の系統の値氏子孫・肥田宿禰の子孫説がある。平安期に発祥地に居住し肥田氏を称し、在庁官人となる。
その他、藤原時代を築いた秦氏の「はた」が「ひだ」に転化したとの説もある。
北条氏直に仕え、いったん帰農した後に徳川家康に仕え、水戸徳川家の家老、高松藩家老を勤める。幕末明治期に活躍。
遠江肥田氏.
藤原北家利仁流加藤氏の流れを汲む遠山氏の支流で、家紋は「三つ盛酢漿草」。
播州肥田氏.