地方宗務審査機関として、各組にて住職が互選した査察委員で構成される紛議調停委員会を教区に設け、宗務上の紛議について審査調停する。
連区
開教区.
開教を必要とする地に開教区を設け、これに開教監督を置き、開教監督部を設けている。
別院.
設立の経緯は、下記の通りである。
別院は、教区、または開教区に所属する。
別院に住職1人を置き、「門首」がこれに当る。ただし、「門首」以外の者を住職とすることもできる。また、別院に「輪番」1人を置き、住職の職務を代掌し、宗教法人である別院の代表役員となる。
別院に院議会が置かれ、輪番が選定した院議会議員が置かれる。また、院議会に常議員会が置かれ、院議会で院議員の互選で選定される。
組.
「教区」を「組」（そ）に分け、普通寺院、教会その他の所属団体を分属させている。ただし別院は、教区又は開教区の所属とする。組には、組長と数名の副組長を置く。
組の宗務機関として、組会で選出される組長を委員長とする「組教化委員会」を置く。
組の議決機関として、「組会」と「組門徒会」を置く。
教区・別院・開教区一覧.
 
教区・別院
北海道教区（北海道）
東北教区（東北）
東京教区（茨城県・群馬県・栃木県・埼玉県・千葉県・東京都・神奈川県・山梨県・長野県）
三条教区（新潟県東部・北部）
高田教区（新潟県西部）
なお、三条教区と高田教区は統合し、新潟教区となることが決定している。
富山教区（富山県東部）
高岡教区（富山県西部）
能登教区（石川県能登地域）
金沢教区（石川県南部）
小松教区（石川県小松市、および周辺地域）
大聖寺教区（石川県加賀市、および周辺地域）
福井教区（福井県・岐阜県郡上市の一部）
岐阜高山教区（岐阜県広域）
大垣教区（岐阜県西部）
岡崎教区（静岡県・愛知県東部）
名古屋教区（愛知県西部）
三重教区（三重県）
長浜教区（滋賀県北部・福井県敦賀市）
京都教区（福井県若狭地域・滋賀県〈北部を除く〉・京都府・兵庫県北部・鳥取県・島根県）
大阪教区（大阪府・兵庫県南東部・奈良県・和歌山県）
山陽教区（兵庫県南西部・岡山県・広島県・山口県）
四国教区（香川県・愛媛県・徳島県・高知県）
九州教区（九州・沖縄）
準開教区
海外開教区
ハワイ開教区
北米開教区
南米開教区
 
戦前に存在した別院
教学研究機関.
真宗大谷派教学研究所.