免疫系（めんえきけい、）とは、生体内で病原体などの非自己物質やがん細胞などの異常な細胞や異物を認識して殺滅することにより、生体を病気から保護する多数の機構が集積した機構である。この機構はウイルスから寄生虫まで広い範囲の病原体と異物を、生体自身の健常細胞や組織と区別しながら感知し、機能している。免疫系においては、細胞、組織、器官は、精密かつ動的に連係している。
免疫学は免疫系のあらゆる領域の研究をカバーし、ヒトの健康や病気に深く関係している。この分野での研究をさらに推し進めることは健康増進および病気の治療にも期待できる。
概要.
免疫とは、ヒトや動物などが持つ、体内に入り込んだ「自分とは異なる異物」（非自己）を排除する、生体の恒常性維持機構の一つである。一般に、薬物や化学物質などの排除には、肝臓の酵素による代謝が働くのに対し、免疫はそれよりも高分子であるタンパク質（ヘビ毒やハチ毒など）や、体内に侵入した病原体を排除するための機構として働くことが多い。特に病原体による感染から身を守るための感染防御機構として重要であり、単に「免疫」と呼ぶ場合には、この感染防御免疫のことを指す場合も多い。
重層的防御.
免疫系は、感染から生体を、特異性を高めながら重層的な防御体制で守る。最も簡単なのは、上皮の防壁で、細菌やウイルスが生体に侵入するのを防ぐことである。
病原体がこの防壁を突破して体内に侵入すると、即座に自然免疫（先天性免疫とも呼ばれる）はそれを感知し非特異的に対応して排除する。
自然免疫はあらゆる植物および動物に認められる。
後天性免疫系は病原体を認識して攻撃するが、感染を受ける間、応答を病原体への認識が改善されるよう適応する。
この機構は、病原体が排除された後も免疫記憶として残り、次いで、同一（あるいは非常に似通った）の病原体に遭遇する度に強化される仕組みになっていて、より早く強力な攻撃が加えられる。
上皮の防壁.
病原体に曝露された細胞上皮（いわゆる皮膚だけでなく、粘膜や腸管などを含む）には生体を感染から守る防壁があり、機械的、化学的、生物学的に守っている。表面の防壁（）とも。
機械的防壁.