このように源氏物語の本文中において秘められた男女関係を指す意味で「もののまぎれ」という語が使われていることは確認できるものの、用例も少なくまた少ない用例の中で「もののまぎれ」・「ことのまぎれ」・「まぎれ」といった少しずつ異なる表現が混在しており、それらの異なった表現がどのように使い分けられているのかは必ずしも明らかでは無い。源氏物語の本文中での秘められた男女関係を指す意味での「もののまぎれ」等の語は、柏木事件のことを指した事例のみが確認できる。源氏物語以外では「栄華物語」などの中にも若干の用例が見られるが、これも「合意の上での男女の秘め事」を意味すると見られており、本来「もののまぎれ」という語は藤壺事件における皇統の乱れを意味するような語ではないとの指摘もある。
もののまぎれ論の歴史.
源氏物語を理解・説明するための術語・概念として「もののまぎれ」が取り上げられたのは、主として江戸時代と昭和時代の戦前期である。これらはそれぞれ儒学・漢学的立場からの「姦淫の書」・「不義の書」という批判の高まった時期、あるいは万世一系を軸とした天皇制の立場から源氏物語に対する批判が高まった時期であって、「もののまぎれ」はそれらの「源氏物語批判」から源氏物語を擁護するために唱えられたという性格を有しているためだと考えられている。
江戸時代のもののまぎれ論.
源氏物語を理解するための術語として初めてこの「もののまぎれ」を取り上げたのは江戸時代中期の国学者安藤為章である。安藤為章は、その著書『紫家七論』の中の「其の六 一部大事」（＝一番大事なこと）において、藤壺事件の一連の経緯を取り上げて「もののまぎれ」と呼び、その上で、源氏物語の中で描かれているこの「もののまぎれ」は、
ということから、源氏物語の中で描かれている「もののまぎれ」は、あくまでも「文学的修飾」とでも言うべきものであって「皇統の権威を犯す記述である」というような大きく問題とするべきものではないとした。この時代にこのような「もののまぎれ」という主張が生じたのは、当時の儒学者・漢学者からの源氏物語に対する「姦淫の書」・「不義の書」という批判を受けてのことであると考えられている。
江戸時代全般で見ると、賀茂真淵（『源氏物語新釈』）や萩原広道（『源氏物語評釈』惣論）は安藤為章の論理を基本的に肯定的な立場で受け継いでいった。