天照大神の子である天忍穂耳尊と高皇産霊尊の娘である栲幡千千姫命の子（つまり天照大神の孫）。皇孫（すめみま）、天孫（あめみま）とも称される。高皇産霊尊の意により葦原中国の主として天降（あまくだ）り、日向国の襲の高千穂峰へ至った（『古事記』では高木神の命をうけた天照大御神の神勅）。さらに国を探し求めて吾田長屋笠狭岬へと至り、そこで大山祇神の娘の鹿葦津姫（かしつひめ）、またの名は木花開耶姫（このはなのさくやびめ）を娶った。二人の間には火闌降命・彦火火出見尊らが生まれた。久しくして崩御。可愛山陵に葬られた。
名.
一般には瓊瓊杵尊や邇邇藝命（ににぎのみこと）と書かれる。「あめにぎしくににぎし」（天にぎし国にぎし）は「天にも地にも親和的である」の意、「あまつひこ」（天津日高）は神をたたえる美称であり、高天原と関わる神であることを示す、「ひこ」（日子）は日神である天照大御神の嫡流の男子であることを示す、「ほのににぎ」は稲穂がにぎにぎしく成熟することの意、「ににぎ」は「にぎにぎしい」の意で「にぎやか」と同語源である。
神話での記述.
※ 史料は、特記のない限り『日本書紀』本文に拠る。
瓊瓊杵尊は天照大神の子である天忍穂耳尊と高皇産霊尊の娘である栲幡千千姫命との間に天で生まれた。高皇産霊尊はこの孫を特にかわいがり葦原中国の主にしたいと考えた。そこで天穂日命や天稚彦が派遣され経津主神と武甕槌神によって葦原中国は平定された（葦原中国平定を参照）。高皇産霊尊は皇孫（すめみま）たる瓊瓊杵尊を真床追衾（まとこおふすま）で覆い地上に降ろした。これを天孫降臨と呼ぶ。皇孫は天盤座から天八重雲を押し分けて神聖な道を進み日向の襲（そ）の高千穗峯に天降った。さらに良い国を探し求めて吾田の長屋の笠狭岬に至ると事勝国勝長狭（ことかつくにかつながさ）と名乗る者が現れた。「国はあるか」と尋ねてみると「ここにあります、思いのままにしてください」と返されたのでそのまま留まることにした。