信長が本能寺の変で死ぬと、彼の家臣の豊臣秀吉が実質的な後継者の座についた。秀吉は概ね信長の路線を引き継ぎ、自身に敵対した根来寺や高野山を屈服させた。一向一揆は秀吉軍と上杉軍から挟撃され瓦解した。さらに有力寺社を大坂城の城下町へ引っ越しさせたり、僧兵の影響力が大きかった大和に弟・豊臣秀長を派遣したり、刀狩・惣無事令によって寺院の武装解除を大きく進めるなど、寺社への統制を強めた。寺院の統制と武装解除は続く江戸幕府でも大きな問題として引き継がれていく。
江戸時代.
豊臣秀吉の死後に権勢を掌握した徳川家康は、寺院諸法度を制定し、寺社奉行を置き、仏教を取り締まった。人々を必ずいずれかの寺院に登録させるようにし（寺請制度）、布教活動を実質的に封じた。鎌倉仏教にとっては、檀家制度によって全国に寺院が作られたことで、全面展開がなされた。浄土真宗の本願寺は、東西に分裂させられ、勢力を弱体化させられたが、現代に至るまで最大の宗派となっている。全国の修験道は、聖護院を本山とする本山派と、醍醐寺を本山とする当山派のいずれかに属するように規制された。また、朱子学や国学の立場からの排仏論も起こった。
これらの幕府の統制により江戸時代の仏教は堕落したという「近世仏教堕落論」は戦前における宗教史の通説であったが、戦後になると多くの批判が行われた。一方で近世仏教思想の再検討は、未だ不十分な段階である。上からの押しつけと解釈されやすい寺請制度だが、社会の安定に伴い菩提寺を求める民衆の意思も無視できない。仏像も規格化されたものが大量生産され各地の寺に収められたが、美術的な観点はともかく信仰の対象が身近に存在する人心安定の意義は大きい。
幕府の寺社政策を担った以心崇伝、天海、日々の職業生活の中での信仰実践を説いた鈴木正三、独力で大蔵経を刊行した鉄眼道光、サンスクリット研究、戒律復興を提唱した慈雲、臨済宗中興の祖と称される白隠らが活躍した。
明治時代.