イノシシが生息しており、海を泳いで島から島へ渡る様子が住民たちによって度々目撃されている。芸予諸島では、ドングリが少なく田畑が休む冬場でも、柑橘類が豊富でイノシシが餌に困ることがない。近年では皮を剥いて食べた痕跡も発見されている。
また、尾道水道にはかつての海洋生物の定期的な出現（回遊）に因んだとされる地名が複数残されている。三原市に所属する二つの小島の「鯨島」はクジラの回遊が見られた事からその名が付けられたともされており、因島で捕鯨が行われた可能性を示唆させる資料も残されており、瀬戸内海に大型鯨類（ヒゲクジラ類）が普遍的に回遊していた可能性を示唆させる資料の一つになっている。一方で、これらに隣接する尾道市の岩子島はイワシの回遊に因んで命名されたとされている。福山市にはニホンアシカの記録も残されている。今治市の能島と鯛崎島には「クジラのお礼参り」という民話が存在し、スナメリは後述の通り、決して多くはないが近年にも確認されており、現代でもまれではあるがイルカやクジラが周辺に姿を見せることもあり、短期間ではあるが居着いた事例も存在する。
歴史.
先史時代.
縄文時代における芸予諸島の遺跡は海岸に集中している。製塩や海上交通とのかかわりも指摘されている。
なお、庄原市・三次市・東広島市など、海から離れた内陸部から製塩土器が見つかることもあるため、製塩土器は塩の運搬容器にも使われたとみられている。
芸予諸島（広島県側）の主な遺跡
大山祇神社と河野氏.
大山祇神社領は三島領七島と呼ばれ、室町時代前期時点で生奈島（現在の生名島）・岩城島・大三島・大下島・岡村島・御手洗島（あるいは下島・現在の大崎下島）・豊島で構成されていた。つまり現在の広島県側である大崎下島・豊島・斎島は、中世においては伊予国側であった。
水軍の勢力争い.