宣戦布告直後、宮内大臣土方久元は天皇の御前に伺候し、清国への宣戦を奉告するため、伊勢神宮および孝明天皇陵の後月輪東山陵に派遣する勅使の人選について伺ったところ、天皇は「其の儀に及ばず、今回の戦争は朕素（もと）より不本意なり、閣臣等戦争の已むべからざるを奏するに依り、之れを許したるのみ、之れを神宮及び先帝陵に奉告するは朕甚だ苦しむ」と答えたという。驚いた土方は「既に宣戦の詔勅を裁可あらせらる、然るに今に於て斯かる御沙汰あらせらるるは、或は過まりたまふことなきか」と天皇を諫めたが、天皇が「再び謂ふなかれ、朕復た（また）汝を見るを欲せず」と怒り出したため、土方は恐縮して退下した。
土方はどうしたものかと思い悩み、その夜眠れなかったというが、翌朝になると、徳大寺侍従長が土方の官邸にやってきて、伊勢と京都に送る勅使を速やかに選定して奉呈せよとの聖旨が伝えられた。驚いた土方は急遽参内し、御座所に伺候すると、天皇は昨日と打って変わって機嫌がよかったという。土方が勅使の人選を上奏すると、天皇は直ちにこれを裁可し、土方は感泣して退下したという。
何故天皇がこの戦争を「不本意」と称したかは諸説ある。ドナルド・キーンはその理由を知ることはできないとしたうえで、敗北するのを恐れたのかもしれないし、戦争が諸外国の干渉を招く結果になると思ったのかもしれないし、国民が多数死ぬであろうことにいたたまれなくなったのかもしれないし、幼い頃より儒教の教えを受けて育ったことから、儒教の賢者を数多く生み出した国と戦うのを望まなかったのかもしれない、など色々な可能性を挙げている。また、天皇は重用する伊藤首相などの影響により、そもそもが対外穏健派だったこと、天皇は朝鮮出兵自体には反対でなかったが、清国との関係が悪化したことで政府の決定に不信感を強め、特に隠し事が多い陸奥の外交手法に不満を抱くようになったことなどを指摘する説もある。
いずれにせよ、この後の天皇にもはや迷いはなかった。以降は日本の勝利のために全力を尽くした。