さらば真選組篇では近藤に呼び出され、誰もいない真選組屯所で杯を交わす。そして近藤からの伝言を受け取り、彼が茂茂暗殺の責を負って見廻組に逮捕される現場に立ち会うことになる。
小銭形の部下として配属された土方の歓迎会に呼ばれ、スナック「すまいる」に訪れる。しかしその直後に見廻組を伴い来店した喜々が暴虐の限りを尽くし、お妙を手にかけようとしたことで、土方が喜々に殴りかかった瞬間に自らその拳を受ける形で制止する。そして自身が喜々を殴り飛ばして重傷を負わせ、佐々木に逮捕されかけるが桂が身代わりになったことで脱出に成功する。
その後、真選組が近藤・松平を救うべく黒縄島に乗り込む際に同行し、再び眼前に立ち塞がった朧と天導衆の一人・虚と刃を交える。虚の松陽に似通った素顔に激しく動揺するものの、その後神楽・沖田・信女の力を借り、先陣を切って脱出経路を確保し、近藤の屍を見て戦意を喪失した真選組に叱咤激励し、彼らの闘志を取り戻させ、無事に黒縄島を脱出する。その後、江戸を去ることになった土方とともに行き付けの定食屋に入り、互いに貶し合ってきた宇治銀時丼・土方スペシャルを交換して平らげる。そして「まずい」という感想・清々しい笑顔とともに真選組出立を見送った。
さらば真選組篇での一連の事件に関わった事で幕府を敵に回し、喜々からも「すまいる」での一件で憎悪を向けられるなか、危険を承知で江戸に残り、定春をお登勢に預け、新八・神楽とともに地下都市アキバにある桂一派のアジトで潜伏生活を送ることになる。一方で、喜々を殴りつけたことが攘夷派の間で話題になったらしく、調子に乗った桂が自らの扮装をした写真を幕府に提供したことがきっかけで自身の知らないうちに指名手配犯となってしまった。
虚に敗れた星海坊主に絶望し、自らの手で殺そうと突進する神威の眼前に降り立ち、間一髪で彼を静止する。「最強」の座を求めて星海坊主の命を狙う神威を止めるため矛先を自分に向けさせ、一騎討ちに臨む。
神威に恐怖のような違和感を植えつけ、最後は形勢逆転して神威を追い込むも、先に自分の限界が訪れ逆に神威にとどめを刺されかけるが、間に入った神楽に神威が動揺したその隙に渾身の一撃を見舞って勝利する。