保険への加入が義務づけられている学校もあるが、たいてい出費は日割りで計算した給食費と細かい教材費を払う程度である。しかし上履き、体育館シューズ、制服など何かと物入りであり、渡航費が自己負担である場合は出費も大きい。また体験入学生の保護者が悩むのは日本の学校へ持参する土産である。教員へ贈る菓子折り、学校への献本、クラスの友達に渡す土産などは居住国に関わる物を贈答することが多いが、公立学校では贈賄疑惑を避けるためや子供達の家庭事情が様々であるため、遠路持参した土産であっても受け取らないことがある。居住国に戻った後に学校やクラス宛てに礼状を送るのが最も一般的である。
いじめ.
体験入学生は帰国生徒に類似した問題に直面することが多々ある。これは日本において海外＝英語圏＝英語がペラペラというステレオタイプが未だに根強く残っているためで、体験入学生は「英語しゃべってちょうだい攻撃」にうんざりすることが多い。 日本語の初歩的な間違いや些細な勘違いを笑われたり、地方では方言ができないことをからかわれることもある。そのような経験がトラウマとなって体験入学を辞めてしまう子供もいる。その一方でいわゆるハーフと言われる体験入学生が特別扱いされたまま体験を終えてしまうこともある。体験入学生は何がしかのハンディがあって特別配慮を受けることがあるが、それをえこひいきだと感じる子供がいると軋轢が生まれる可能性もある。
受け入れ前に学校側が子供達に十分話をしておくこと、予期される反応をあらかじめ保護者が子供に伝えておくなど、事前に準備していれば多少は問題を避けることができる。日本に帰国予定の子供と保護者にとっては、不快や奇妙な体験は将来日本に本帰国した際に直面するであろう問題を表面化させ、その対処方法を考える機会となる。しかし毎年のように体験入学するうちに、本人も受け入れ側も慣れてきて徐々に特殊な目で見られなくなっていく。
体験入学者側に起因する問題.
帰国生徒教育アドバイザーの金井悦子は自著の中で体験入学に際する注意点を挙げている。
日本語能力の不足.
保護者の思慮不足.
法的制度がない現状において、体験入学は学校側の厚意で行われている。その事実を把握せず、子供が教育を受ける権利を主張するばかりで、受け入れ校の立場や事情、負担を考慮しない保護者がいる。