対して、直売所の農産物は、農協が媒介する流通ルートとは異なり、その周辺の農家が流通に直接携わっている。直売所には倉庫がないため、農家は朝採れた農産物を農家自身のトラック（主に軽トラック）などで持ち込む小規模流通である。これは、農協に出荷する際と同じトラックを流用できるため、新たな支出はない。また、直売所店頭に並ぶ時点で見栄えのよい状態にするため、農協に出荷する際と異なり、最適収穫時にすることが出来る。そのため、消費者にとっては、新鮮な農産物として認識される。
小売.
農協を媒介する流通では、農協がキロ単位や個数単位での全量取引を主としていたため、農産物の質に対する値付けがされず、労働意欲が湧かない状況があった。一方、直売所では、農家がバスケット単位で納入し、個包装ごとに農家が値付けを行う。消費者は、質・量と値段を吟味して購買するため、農家の収入は全量取引とは限らず、市場原理に依存する。
農家がこのようなリスクを伴う直売所取引を受け入れた理由は、農協経由のルートでは中間マージンがあるため単位数量当たりの農産物価格が低いのに対し、直売所の場合は中間マージンがないため価格が高い（農家の利幅が多い）からである。ただし、直売所取引では、周囲の農家と最適収穫時が重なり、直売所内で同じ商品で埋め尽くされることになり、価格競争が激化する例が往々にして見られる。それでも農協に納入するより価格が高ければいいが、農協買取価格よりも安くなってしまうと、一気に質までも下落し、直売所は、農協に出荷できずに処分するような農産物が集荷される処分場（一種のアウトレット的な販売所で、一例としては変形したトマトやキュウリなど）と化す。そのため、最も自由主義的な直売所では、価格は低いが質も低い例が見られる。他方、商品が多品種となるよう農家を指導したり、農産物加工品のコーナーを入れて全体として農家の収入増になるようにしている直売所では、質の担保がある程度なされている。いずれの場合も、農家から直接持ち込まれるため、農産物は新鮮ではある。