円谷が課長を務める特技課内の線画室にいた鷺巣富雄によると、線画室長の大石郁雄と円谷とは仲が悪く、人のやり取りもはばかれるほどだったという。直属部下のいなかった円谷は、新人の鷺巣にこの「オプチカル・プリンター」の助手を頼んでいたが、これも大石が出征中で一時不在だったため出来たことであって、鷺巣も退社後や休日に、隠れるようにしてこれを務めるというような状況であった。こうした状況を一変させたのが、東宝の「戦意高揚映画」への参加である。これを機に円谷の特技課に続々と人材の充実が図られ、突如大所帯となっていく、まさに掌を返したかのような打って変わった処遇振りであった。
こうした「戦争映画」の特撮で、円谷は観客の心理を逆手にとって、飛行機のミニチュアを逆さに吊って操演したものを、天地逆さまにしたキャメラで撮影したり、また、飛行機とキャメラを同一固定し、バックの空を回転させて急旋回の画を撮ったり、飛行機は固定して背景の山並みを回転させて山間部を掠め飛ぶシーンを撮ったり、また、洋上の艦隊を雲間から見下ろすカットのために寒天で大海を表現してみたりと、まさに尽きせぬアイディアで、いかにリアルに飛行機を飛ばすかの撮影トリックに心血を注いでいる。こういった、「ミニチュアを天地逆さまにする」といった撮影手法は、戦後のSF特撮映画でも、これに火を放ってはうような火災を表現するなど、発展させ応用されている。そんな中でも、軍の意向に振り回されるだけでなく、松竹映画に「一番弟子」の川上景司ら特技スタッフを引き抜かれるなど、戦争末期まで不本意な事態に煩わされ続けている。
こうして積み重ねたキャリアにもこだわらず、日本の敗戦という状況の中、公職追放という形で、円谷はまたも現場を追われることとなってしまう。この公職追放の時期、円谷と飲み友達となっていた伊福部昭によると、円谷は現場に対する不満をよくこぼしていたという。
『加藤隼戦闘隊』で山本嘉次郎の助監督として円谷の特撮現場を目の当たりにした本多猪四郎は、「まるで物理の実験で、新しい発見をしようとしている作業と違いがない」と感じたと語っている。