運賃・料金面では、旅客営業規則において「急行列車」以外の列車を「普通列車」と定めており、この概念では「乗車券（回数券・定期券を含む）以外に特急料金・急行料金が不要な旅客列車」となる。この場合は快速列車も含む概念であり、フリーきっぷなどで「普通列車（快速含む）」とあるのはこの規則による。JRにおいて快速列車を含む普通列車は普通車の自由席であれば、乗車券または定期券で乗車可能である。全車座席指定列車やホームライナーなど座席指定券・着席整理券（ライナー券）が必要な列車であっても、別途それらに該当する料金券を購入すれば乗車券・定期券と併用することで乗車できる。
私鉄.
基本的に各駅へ停車する（もしくは一部の駅を通過する）列車が普通列車と案内される。事業者によっては国鉄・JRと同様に料金不要の速達列車（快速列車相当）を運行しているが、優等列車として扱うのが一般的である。ただし、料金不要列車も優等列車の範疇に含めるかどうかは事業者によって異なる。ただし、観光列車においては、座席指定券または乗車整理券などの特別料金が必要になり、また普通列車であっても主要駅を除いてノンストップなど、急行列車や特急列車に匹敵するものもある。
通過駅.
複々線区間のホーム不設置.
複々線区間において、全駅にホームが設置されている緩行線と少数の駅にのみにホームが設置される急行線（快速線）が別々に運行管理される場合、急行線を走る普通列車は緩行線に対しては複数の駅を通過することになる。
複数の路線が同じ線路を共用する区間内において、特定の路線の列車のみ停車し、別の路線の列車はすべて通過する駅がある。ただし路線が異なるため通過駅とはみなされず、その路線の駅としては存在しないものとして扱われる。
乗降客の少ない駅.
普通列車であっても、乗降客の少ない駅を通過する列車がある。理由としては運用上の都合（各駅に停車すれば所要時間がかかりすぎる、単線区間で対向列車との行き違いができない駅において、他駅での行き違いのタイミングを合わせるため通過する）が含まれる場合がある。
他線区からの直通列車.