学術雑誌にはいくつかの基準によって分類される。
分野・領域.
学術雑誌は学問分野全体で発行されているが、生物学や経済学といった学問分野ごとだけでなく、それぞれの学問分野の下位に属する専門領域（経済学なら理論、金融、公共政策……等々、生物学なら分子生物学、生化学、発生学……等々、のように）ごとにも刊行されている。その専門分野に学会が存在すれば必ず専門の雑誌があると言ってよい。
もっとも広い分野を扱う雑誌は総合誌と呼ばれる。自然科学における例を挙げてみると、『ネイチャー』や『サイエンス』が該当し、物理学、化学、生物学、医学、心理学、地学など、特定の分野・領域にとどまらず自然科学全般のトピックスを掲載している。
内容.
掲載される論文の性格によって、学術雑誌は大きく速報誌、総説誌、一般誌に分類することができる。
総説誌は、レビューと呼ばれるあるテーマについて他の研究者の結果なども含めた広い内容を解説した論文を中心に掲載する雑誌である。新たな研究成果は含まれないが、その分野の情報を効率的に収集することができる。引用されることが多いため、インパクトファクターが高いものが多い。
一般誌は、狭義の学術雑誌である。あるテーマについてまとめた学術論文（速報やレビューではなく）を掲載する雑誌である。雑誌によっては速報や総説が掲載されることもある。
学術雑誌には、これら論文のほか、関連する分野の書評やニュース、製品や求人の広告、学会の告知やプログラムが掲載されていることも多い。
発行母体.
学術雑誌には、学会によって発行される学会誌と、専門的な出版社から発行される商業誌がある。欧米などでは大学出版会による学術雑誌の発行も行われている。日本には学術商業誌というジャンルもある（岩波書店『科学』など）。
学会誌では大学の教授などが編集委員を務めていることが多いため、利益をあまり重視しない。そのため、デザインなどは地味なものになりがちで、電子ジャーナル化などのサービスも比較的遅いが、購読価格は低く抑えられている。