一方、窪田高明は、歴史書としてわかりやすい本であるとは思いにくい、と主張する。記述は客観的ではない上に、『吾妻鏡』や『増鏡』といった他の中世の歴史書と比べても異質である。また、江戸時代も多くの人は本書を単純な歴史概説書だとは思わなかったのではないか、と推測している。
神国思想書説.
『国史大辞典』「神皇正統記」（大隅和雄担当）もまた、「明確な歴史への態度と、強い意志を表わす明晰な文章とによって（略）」と本書の執筆目的は明らかであると断じ、皇統の移動を儒学的な歴史論と伊勢神道で正当化しようとした、中世の神道的な歴史論・神国思想を代表する古典とした。
国威発揚説.
イスラエルの歴史研究者ベン＝アミー・シロニーは、王朝が非常に古いという「万世一系」の主張は、日本の自国民を感心させるためだけではなかったと主張した。国家としては日本より古いが、歴代王朝は日本より短命だった中国に感銘を与えるためでもあったという。中国人は日本のこの主張を気にとめ、一目置いていたと言って良いという。
日本人も、王朝の寿命の長短に関する中国との比較論に熱中したという。『神皇正統記』では以下のように論じられている。
その後.
明徳の和約後、北朝正統論を唱える室町幕府の影響下に改竄や、続編と称しながら親房の論を否定する『続神皇正統記』（小槻晴富）が書かれた事もあった。徳川光圀は「大日本史」で親房の主張を高く評価し、江戸幕府の中にも泰時の例などを引用して「武家による徳治政治」の正当性を導く意見が現れるようになった。
水戸学と結びついた『神皇正統記』は、後の皇国史観にも影響を与えた。だが、明治になってから逆に国粋主義の立場から儒教や仏教、異端視された伊勢神道の影響を受けすぎているという理由で、重訂という名の改竄（親房思想の否定）を行う動きも起こったが、これは定着には至らなかった。『神皇正統記』研究が再び興隆するのは、現実政治から切り離された、戦後暫くたってからのことである。
評価.