キノコ類の同定は簡単ではない。上の各部名称に記されたようなさまざまな特徴によって分類され、それを頼りに同定するのであるが、元来キノコは菌類であり、カビと同じような微細な組織からなる生物であることを忘れてはならない。それが多数積み重なって肉眼的な構造を取ってはいるが、カビと同様に微生物としての目に見えない部分の特徴が実は重要であり、たとえば胞子や担子器などを顕微鏡で見なければ本当に正しい同定はできないものと考えるべきである。
もちろん、熟練した人は顕微鏡を使わずとも正しい同定ができることがあるが、これはその地域に出現するであろう類似種や近似種の区別をすでに知っているからである。菌類図鑑もいろいろあるが、外形の写真だけの図鑑での同定は基本的には正しくできない可能性があるものと考えなければならない。
真菌学的に化学薬品で同定する場合は、や水酸化カリウム、アンモニアなどを使用して、呈色反応を観察することで行う。
機能.
菌類にとって、キノコを形成することの意義は、前述したように胞子の散布にある。多くのキノコでは、空中に胞子を放出し、風による拡散を行なっている。かさの下に側面から強い光を当てると、胞子がかすかな煙のように落下するのを確認できる場合がある。
一方で中には、昆虫その他の動物を誘引して胞子の散布を行なっていると考えられているものもある。スッポンタケやキヌガサタケは糞便臭や腐敗した果実臭などを放ち、ハエ類が集まる。食用きのことして珍重されるトリュフの類では、昆虫類だけではなくノネズミやモモンガあるいはイノシシなどの哺乳類による媒介もあると推定されており、ヒトクチタケは強い樹脂臭によって特定の昆虫類を誘引しているという。
キノコにかかわる他の生物.
哺乳類.
節足動物.
熱帯域に分布するいわゆる高等シロアリ類や、南北アメリカ大陸に生息するハキリアリの仲間は、キノコを育て菌胞を餌として利用する物がある。
ヤスデ類もさまざまなキノコの子実体上で見出され、子実体そのものを食べるほか、枯れ葉などの上に繁殖したキノコの菌糸を葉ごと摂食する。
軟体動物.
ナメクジやカタツムリ・キセルガイも、しばしばキノコを餌として利用している。特にナメクジは、食用キノコの露地栽培や林地栽培を行う生産者にとって、厄介な存在になっている。
キノコにつく菌類.