このように同人誌が小規模ながらも常設の棚で扱われることは漫画専門店が出現した頃から見られ、上記の他にも書泉ブックマート、新宿書店などの漫画の品揃えに強い書店の片隅で書店委託により小規模ながら取り扱われていた。同人誌は一般の商業出版の流通ルートに乗った出版物ではないため、同人誌を置いてる書店は都市部でもごく限られた書店にしかなかった。
この事件は東京のみに留まらず全国の同人誌を扱っていた書店にも影響を与えた。書店に委託されていた男性向け同人誌の取り扱いを止めて店頭から一斉に消えた。一方女性向けのやおい同人誌は表現描写の関係からあまり問題とされず、この後も引き続き取り扱いが続けられた。そのため、現在でも女性向け同人誌のみ取り扱いがある書店、アニメショップが一部に存在する（アニメイトなど）。一般的な書店にとっては（たとえ成年向けのゾーニングがされていても）摘発の危険性がある成人向け同人誌が取り扱いにくいものになったことが、この後の同人ショップを生み出す余地を与えることとなった。
この同人ショップがビジネスとして成立した影響は小さくない。現在の同人作品の流通システムが確立・拡大されたことにより、同人関連市場も巨大化した。これによって、同人誌で活動資金どころか自身やスタッフの生活費までをも稼ぎ出す、同人誌で職業的活動を専業的に行うビジネスモデルのノウハウが確立され、かつては特別なノウハウを持つ一部の者だけが行うことができた同人誌販売を主軸に据えた職業的創作活動を、今では様々なジャンルの多くの作家が行っている。現在、このような同人誌販売を主体とする作家の活動は、コミケットと同人ショップの存在無くしては成立し得ず、この両者が共に隆盛を続け、同人関連市場が活性化し続けることが絶対的に必要不可欠な要素となっている。
商品.
同人誌は自費出版の本であり、雑誌コードやISBNコードは付けられていない。そのため仕入れ・流通についても一般の雑誌とは扱いが大きく異なり、定価の概念を設けることができず、ひとたび作者の手元を離れた本については価格面の統制ができなくなる。