大阪港で「北山船舶修理工場」を営む北山良作には、弘という小学生の息子がいた。北山は、間もなく大阪千里丘で開催される「大阪万博」会場で使用される遊戯用潜水艇の製作を依頼されていた。この関係で、弘は万博の広報部員・沢田圭介に連れられて建設途中の万博会場の見学をする。万博開催のテーマは「人類の進歩と調和」であり、圭介も自らの考古学知識を存分に役立てようとしていた。
一方、ウエスター島では既に政府からの許可を得ていた発掘隊がウィリアム博士主導の下、悪魔の笛を貨物船「南海丸」へ運搬するために最後の大詰めを迎えていた。そこへ突然ガメラが飛来し、なぜか発掘・運搬を行おうとするヘリコプターを妨害し始める。ウィリアム博士は毅然と指示を出し、ガメラへの攻撃も用意しようとする。博士の息子・トミーとその妹・スーザンから反対されても断固としてガメラへの攻撃をやめようとしない。やがて悪魔の笛が完全に発掘されるとガメラは本格的に妨害を強行し、同時にウィリアム博士らも攻撃を行い、ガメラを相手に一触即発の緊張状態となる。
大阪港では、到着した南海丸から悪魔の笛の荷揚げが行われようとするも、船員たちのほとんどが悪魔の笛に触れてから謎の奇病に侵されており、作業が進まない。圭介からの依頼で訪れた港湾の労務者たちの手によって何とか荷揚げは完了するものの、その1人が悪魔の笛から怪音が響きだすと共に苦しみ始めてしまう。
解説.
前作での宇宙から一転して、「日本万国博覧会」を舞台にした作品。当時少年誌各誌ではカラーグラビアで「謎の古代遺跡」を題材にしたものが流行っており、これを企画に採り入れたもので、万博を舞台にしたのは後付けだった。そのため、万博会場でのロケが行われたものの、監督の湯浅憲明によると東宝のようにパビリオン協力しているわけでもなく、大映にそこまでの営業力もなかったため、タイアップではなかったという。
弘少年がかぶっているのはロッテオリオンズの野球帽である。同球団の前身は「毎日大映オリオンズ」でオーナーは大映の永田雅一。本作品公開時にはロッテに改称されていたが、まだオーナーは永田であった（詳しくは千葉ロッテマリーンズの歴史の項を参照）。
登場怪獣.
ガメラ.
本作品では半切り・立て看用ポスターのほか、関連図書でガメラとジャイガーの「必殺戦法」が紹介された。
小ジャイガー.
キャスト.