シュレックは父親になることを恐れている自分と、王位に就く心の準備ができないアーサーを重ねあわせ、父親に食べられそうになった過去を話し、「自分を信じればきっとなりたい自分になれる」とアーサーを励ます。そこへ、悪役軍団の手下が襲い掛かり、フィオナが捕われの身になったことを知ったシュレックたちはマーリンに頼み込んで魔法で遠い遠い王国まで飛ばしてもらう。ドンキーと長ぐつをはいたネコの心が入れ替わるトラブルがあり、城に乗り込んだシュレックたちだったが、チャーミング王子に捕まってしまう。シュレックはアーサーの命を助けるために、王様候補は自分だけでアーサーには資格がないと嘘を言い、これが容れられてアーサーは釈放される。しかし、アーサーは嘘とは気づかず、シュレックに利用されたと思い、傷ついて去って行った。
捕われのプリンセスたちは王妃の頭突きで牢の壁を破り、脱走。それぞれの特技（シンデレラはガラスの靴をブーメランのように投擲して攻撃、白雪姫は「移民の歌」を歌って小鳥たちを操って攻撃）を活かして城に突撃をしかける。ドンキーと長ぐつをはいたネコが、シュレックの言葉はアーサーの命を救うための嘘だと教え、アーサーも城へと向かう。城の庭では、チャーミング王子が自身が主演の劇を開き、鎖で縛ったシュレックに剣を振り下ろそうとしているところだった。ドラゴン、ピノキオたち、フィオナとプリンセスたちがシュレックを助けようとするが、逆に悪役たちに追いつめられる。その時、アーサーが現れ、悪役たちに呼びかけた。「世間から悪者だ、怪物だ、負け犬だとレッテルを貼られても、自分を信じる力さえあればなりたい自分に変われる」アーサーの言葉は悪役たちの共感を呼び、悪事をやめ、シュレックたちと和解する。それでも悪事を辞めようとしないチャーミング王子は隙を突いてシュレックに剣を突き刺すも失敗に終わり、ドラゴンによって舞台の下敷きになった。シュレックたちを救ったアーサーは自分を信じて国王になることを決心し、国民からも受け入れられた。
沼に帰ったシュレックとフィオナには三つ子の子供が生まれ、一家は幸せに暮らす事になった。
キャスト.
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日本語吹替版ではその他にも、江川央生、坂東尚樹、後藤哲夫、小上裕通、川上とも子、伊東久美子、逢坂力、久嶋志帆、林勇、関山美沙紀が声を担当している。
制作.