休憩中、岩倉は広島藩の浅野茂勲に対し、この会議での妥協はあり得ず、いざというときは非常手段を取らざるを得ないとの覚悟の程を語り、茂勲の賛同を得る。その知らせを辻将曹が後藤に伝え、妥協を促した。後藤もここに至っては無駄な抵抗となることを悟り、山内容堂を説得。結局、春嶽や容堂もに決議に従うこととなった。こうして夜半まで続いた小御所会議は決着し、松平春嶽と徳川慶勝が慶喜へ辞官納地の決定を伝え、慶喜が自発的にこれを申し入れるという形式をとることが決定された。
新政権の三職を集めて行われた初めての会議であったが、上記のごとく岩倉、大久保、後藤を除けば小御所会議での実際の発言は全て議定からなされており、実質的には諸侯会議の色彩が強かった。
以後の政局への影響.
概要.
小御所会議で慶喜の辞官納地が一応決定されたため、一般的には王政復古クーデターは、薩摩・長州など倒幕派の勝利と受け取られることが多い。しかし慶喜はもちろんのこと越前・土佐・尾張などの親幕派諸藩の執拗な抵抗により、辞官納地案は次第に骨抜きとされ、それほど倒幕派の思惑通り事態が進んだわけではない。結局倒幕派が完全に主導権を握るのは翌年初めの鳥羽・伏見の戦いまで待たねばならなかった。
※以下、日付は全て旧暦（天保暦）によるものである。
諸侯会議派の巻き返し.
薩摩藩の挑発と幕臣の怒り.
新政府方針案の後退.
鳥羽・伏見の戦いに勝利した新政府は、徳川家追討とともに新たな行政制度を整える必要から三職の下に七科を設置、のちに三職八局制となる。この間、名目的に要職に任じられた公家・諸侯らが実務に疎かったことから、倒幕派各藩などから召集された徴士が実務を握り、維新官僚として成長し、次第に行政の主導権を握るようになる。
この由利の草案を土佐藩の福岡孝弟が改変して『会盟』と題した。「列侯会議を興し」の字句を挿入し、「私に論ずるなかれ」を削除した。「庶民志を遂け」を「官武一途庶民に至る迄各其志を遂げ」に変え、「士民」を「上下」に差し替え、身分制を前提としたものにした。土佐藩は大政奉還後の公議政体として大名による諸侯会盟を主張していた。士分からすれば民衆は支配の対象でしかなかった。由利の師である横井小楠の富国策である民衆中心の民富論を理解できる者はほとんどいなかった。