上述の音韻論的な交替以外の条件で実現される濃音化、激音化、鼻音化はいずれも形態音韻論的な交替と見られる。これらの交替は形態素の境界において起こる。
濃音化.
子音語幹用言に平音で始まる接尾辞・語尾が付く場合、語幹末子音が鼻音・流音の場合であっても直後の接尾辞・語尾の頭音である平音が濃音化する。
体言では、合成語において平音の濃音化が見られる。また、一部の漢字語においても平音の濃音化が見られる。
なお、漢字語においては の直後で平音 ，， が濃音化する。
激音化.
用言のうち、接尾辞・語尾の頭音の平音が激音で現れるものがある。このような用言は語幹末に を持つと考える場合が多い。正書法上では、終声字に「」を含む場合（，，）がこれに当たる。
鼻音化.
漢字語において、終声 の直後で 流音 が で現れる場合、終声 と初声 の間に形態素の境界がある場合に が に交替する。
口蓋音化.
語幹末音に を持つ語幹の直後に あるいは で始まる接尾辞・語尾が付くとき、 と あるいは が組み合わさり あるいは と現れる現象。正書法上では終声字「，」の直後に「，」が書かれて （），（） と発音される。
音の添加.
音素交替と正書法.
朝鮮語の正書法では、同一の形態素は常に同一につづるという原則にのっとって定められている（形態主義）。従って、上記のようなさまざまな音素交替があっても発音の通りにつづらない（ごく稀に正書法上で別の表記を定めることがある）。詳細は朝鮮語の正書法の形態主義を参照のこと。
母音調和.
中期朝鮮語における母音調和は形態素内のみにとどまらずその形態素に付属する語尾類にまで及んだ。例えば「…は」の意の助詞は ～ のように、陽母音形と陰母音形があり、語幹が陽母音から成るのか陰母音から成るのかによって使い分けられた。
一部の用言は母音の陰陽の違いによるペアを持つ。
オノマトペをはじめとした音象徴語は現代朝鮮語において母音調和が最も残っている語彙である。陽母音を含む単語が「明、小、軽」などのニュアンスを含むのに対し、陰母音を含む単語は「暗、大、重」などのニュアンスを含むとされる。
ただし、中期朝鮮語と現代朝鮮語とでは母音体系が異なっているため、音象徴語に見られる母音調和のペアは中期朝鮮語のそれと同一ではない。以下は現代朝鮮語の音象徴語に見られる母音調和のペアである。
略歴.