青森県（海峡線及び北海道新幹線の同県内区間を除く）、岩手県、宮城県、秋田県、山形県、福島県、茨城県、千葉県、栃木県、群馬県、埼玉県、東京都、神奈川県（御殿場線を除く）、新潟県（大糸線を除く）、山梨県（身延線を除く）、長野県（飯田線、中央本線塩尻駅以西と大糸線南小谷駅以北を除く）、静岡県（東海道本線熱海駅以東と伊東線のみ）の各都県の旧国鉄の在来線、ならびに東北新幹線・上越新幹線・北陸新幹線の新幹線、および山形新幹線・秋田新幹線の通称を持つ新幹線直行特急が運営基盤である。
現有路線.
他事業者との直通運転.
他社路線との直通運転は以下のとおり。自社線の路線名や並び順は上表での通称・愛称欄に従う。
他社分界駅.
JR他社.
本節内において、自社線と他社線との間で直通定期列車のある路線同士を●で示している。
他社新幹線との共同使用駅.
すべて東海道新幹線との共同使用駅である。
私鉄・第三セクター.
私鉄や第三セクターとの境界駅では自社で管轄していない駅もある。
直通運転における分界駅.
直通運転そのものの詳細については#他事業者との直通運転を参照。
ダイヤ改正.
列車.
車内販売.
車内販売の受託業者.
車内販売の縮小.
車両.
特徴.
普通列車用.
優等列車・新幹線用.
バス.
運賃.
特定区間運賃.
上記以外にも設定区間がある。公式サイトを参照。
制服.
その他の特徴として、他の鉄道会社では非現業の役職者（部長や課長など）や役員などが制服を着用する場合は、専用の制服・制帽や駅長等と同じ制服・制帽を着用することが多いが、JR東日本では一般社員と同じ制服・制帽を着用する（仮に社長が制服を着用する場合でも、一般の平社員と同じ制服・制帽である）。お召列車での天皇の先導などを、JR東日本の社長はスーツ姿で行っている。
社歌.
公式サイト より。一日平均。は、右欄の乗車人員と比較して増（）、減（）を表す。
関連会社.
以下の関連会社等によりJR東日本グループを形成する。業種は鉄道関連に限らず多岐に渡る。詳細はJR東日本公式サイトを参照。各会社の業務内容については当該記事を参照。
グループ会社.
分類・掲載順はJR東日本公式サイトに準拠。
労働組合.