浄土宗の本坊（尼寺）で、上人は大勧進の貫主と共に善光寺の住職となっている。大本願上人は、毎朝善光寺本堂で行われるお朝事などの法要の導師を勤めている。大本願境内には本誓殿、宝物殿、位牌堂、光明閣、奥書院、表書院、明照殿、寿光殿、文殊堂などがある（#善光寺大本願宝物館も参照）。
ぬれ仏（延命地蔵尊）.
六地蔵.
大香炉.
歴代回向柱納所.
御開帳の回向柱はその後、この納所に建てられ、長い年月を経て土に還っていく。
爪彫如来.
浄土真宗宗祖・親鸞聖人が善光寺に滞在した際に手彫りした阿弥陀如来と伝わる像である。
仏足石.
石畳.
駒返橋.
旧如来堂跡地蔵尊.
釈迦堂・釈迦涅槃像.
如来堂跡の向かいにある世尊院釈迦堂の本尊は、鎌倉時代の作とされる我が国唯一の等身大の銅造釈迦涅槃像（国重要文化財）である。戦国時代には善光寺の御本尊・御三卿像・御印文と共に全国を流転した。その他にも木造毘沙門天像、木造阿弥陀如来及両脇侍立像、五鈷鈴、羯磨金剛と文化財を多数所有。
堂内には善光寺七福神の一つである毘沙門天（市文化財第一号）・不動明王・摩利支天が安置されている。阿弥陀如来の善光寺本尊が来世での極楽浄土を約束するのに対し、こちらの釈迦如来は現世利益の仏だと言われる。また、御開帳にはこちらにも小さな回向柱が建てられる。
本善堂の阿闍梨池.
本善堂は旧本堂の西、釈迦堂と対する位置にある。本覚院の小御堂である。本多善光が自分の宅の西に造った芋井堂の跡とも言う。本善堂の横には阿闍梨池という現在は水のない池がある。善光寺七名所の七池のひとつである。この池にはこんないわれがある。
石造宝篋印塔（兄弟塚）.
山門を通り、左手（西）の方角に二基ある。佐藤兄弟塚とも言い、善光寺七名所の七塚のひとつ。源義経の忠臣・佐藤継信と佐藤忠信の兄弟を弔うために建てられたという言い伝えがある。市の有形文化財。
護法石（道具塚）.
本堂の前、左右にひとつずつ立っている自然石。現在の本堂を建てた際に使った大工道具をこの下に埋め、石を建ててお堂のお守りとした。向かって右を「山王塚」左を「諸神塚」という。
おやこ地蔵.
藤原采女亮碑.
真田家関係古塔.
江戸時代に善光寺の外護職を務めた松代藩真田家の重臣たちの供養塔。松代藩は善光寺を保護すると共に篤く信仰した。
むじな燈籠.