山下は更に、自分が北部ルソンにいて孤立していたこと、通信連絡が急速に悪化しており、離れた部隊の状況を知ることは困難であったことを供述した。それに対して検察側は、これだけの戦争犯罪が発生しているのに、山下が知らなかったはずがないと反対尋問を延々と繰り返したが、山下はそれに臆することなく理路整然と反論した。その様子を見ていた弁護側は「（検察側の）カー少佐は山下から矛盾や食い違いや嘘を発見しようとしたがついにできなかった。山下は全期間を通じて法廷を完全に支配した」と感心している。
検察側は山下が虐殺を命じたことの立証は困難と考えており、でっち上げの証拠を駆使しても山下が「指揮下部隊の統制に失敗した」ということで有罪にしようと考えていたと、日本では主張する者もいる。その検察側の法廷戦略に対して山下は「私は部隊の統制に最も力を注いだ。しかし、それが不十分と言うなら、それを認めよう。誰か別の人にはできたかも知れないから、ただ、私はベストを尽くしたと信じている。」と供述している。山下の弁護団はマッカーサーが裁判長に判決の迅速化を図るよう圧力をかけているという情報も掴んだとし、裁判はマッカーサーの意のままに動いており、公平性に欠けていると何度も抗議をしたが、裁判官の1人は弁護団の抗議に対して「諸君は、馬上の闘いをする騎士ではない。陸軍の法務将校で、この法廷の構成員だ。諸君の義務は事実の発見を助けることで、起訴事実を論破することではない」と突っぱねている。
もっとも虐殺事件はマニラ市攻防戦における海軍部隊によるものがフィリピンにおいてもよく語られるが、実際には米軍のルソン島逆上陸後やがて各地で散発しており、また、マニラを離れて撤退する山下の部隊がイフガオ州の中央山岳地帯で途上の村々を殲滅していったことも現地では伝えられている。ただし、大谷敬二郎によれば、起訴状の対象はマニラ市内とその周辺とくにバタンガスの事件であり、これらは主にマニラ攻防戦が行われていた時期に起きた事件である。