援護行動時に反映される精神コマンドは決まっており、「鉄壁」「必中」「集中」などは反映されるが「熱血」「ひらめき」などの効果は得られない。
援護システムの変遷.
熟練度.
熟練度を獲得することで下記の変化や特典を得ることができる。
小隊システム.
以前の作品では出撃可能なユニット数に限りがあったが、小隊システムの導入により多くのユニットを出撃させることが可能になり、従来なら出撃枠のために出番の少なかったパイロットも出撃させやすいというメリットがある一方、小隊編成に手間がかかるのが面倒という意見もある。
部位破壊.
BGM選択.
なお、作品の枠を超えたBGMの選択というアイデアは、シリーズのヘビーユーザーでもあるアニソン歌手・水木一郎による。
連続ターゲット補正.
敵の攻撃を回避するたびに回避率に一定のマイナス補正がかかり、何度も回避し続けることが困難になる。敵味方問わず有効なため、攻撃を命中させにくい敵に対して攻撃を続けることで命中率を上げることが可能である一方、運動性の高い機体を突出させて囮にする戦術がとりにくくなった。
フェイズ、ターン終了もしくは敵の攻撃命中で補正効果はリセットされる。
勝利・敗北条件.
これを満たすことでマップをクリア（或いはイベントの進行）となる勝利・敗北条件はステージ中に変化する場合もある。下は勝利条件の一例である。
セーブ・コンティニューと全滅プレイ.
ゲーム途中でセーブした時、コンティニューで再開できる。セーブした後でゲームを中断するとキャラクターの小話が入り、スーパーロボット系のキャラクターが登場する時はアニメの次回予告調であることが多い。さらにはそこで登場したキャラや曲等をサウンドモードやキャラクター辞典に登録できるので便利である（基本的に声が入っている作品のみ）。
またこのシリーズの特徴として、戦闘中に稼いだ資金や経験値（レベル・精神コマンド）がゲームオーバーになってもコンティニュー時にそのまま持ち越せるというものがあり、それを利用して故意に敗北条件を満たすことにより同一ステージで延々と資金や経験値を稼ぐことを「全滅プレイ」という。
インターミッション.
パイロット養成.
PP方式.
BP方式.