そのため浅野のみ刑に処せられた事に家臣達は反発、筆頭家老である大石内蔵助（おおいしくらのすけ）を中心に対応を協議した。反発の意思を見せるため、籠城や切腹も検討されたが、まずは幕府の申しつけに従い、素直に赤穂城を明け渡す事にした。この段階では浅野内匠頭の弟である浅野大学を中心とした浅野家再興の道も残されており、籠城は得策でないと判断されたのである。
一方、同じ赤穂藩でも江戸に詰めている家臣には強硬派（江戸急進派）がおり、吉良を討ち取る事に強くこだわっていた。彼らは吉良邸に討ち入ろうと試みたものの、吉良邸の警戒が厳しく、彼らだけでは吉良を打ち取るのは難しかった 。そこで彼らは赤穂へ行き大石内蔵助に籠城を説いたが、大石はこれに賛同せず、赤穂城は予定通り幕府に明け渡された。
吉良を打ち取ろうとする江戸急進派の動きが幕府に知られるとお家再興に支障が出てしまうので、主家再興を目標とする大石内蔵助は、江戸急進派の暴発を抑えるために彼らと二度の会議を開いている（江戸会議、山科会議）。
しかし浅野内匠頭の弟である浅野大学の閉門が決まり、お家再興の道が事実上閉ざされると、大石内蔵助や江戸急進派をはじめとした旧・赤穂藩士(以降赤穂浪士と記述)達は京都の円山で会議(円山会議)を開き、大石内蔵助は吉良邸に討ち入る事を正式に表明した。そして仇討ちの意思を同志に確認するため、事前に作成していた血判を同志達に返してまわり、血判の受け取りを拒否して仇討ちの意思を口にしたものだけを仇討ちのメンバーとして認めた(神文返し)。その後、大石は宣言通り江戸に下った（大石東下り）。
四十七士は吉良邸から引き揚げて、吉良の首を浅野内匠頭の墓前に供えた。引き上げの最中には、四十七士のうち一人（寺坂吉右衛門）がどこかに消えているが、その理由は古来から謎とされている（詳細後述）。
寺坂を除いた四十六人は、吉良邸討ち入りを幕府に報告し、幕府の指示に従って全員切腹した。
事件の余波.
「義士」論争.