原作との最大の違いは、星矢たちが絡むオリジナルのエピソードが多数用意されたことである。これは原作どおりのストーリーだと主人公の星矢たちがほとんど絡まないため、主人公陣の見せ場も欲しいとの意向によるもの。また、原作で白銀聖闘士がハーデス軍の刺客として登場する構想があったことをもとに、オリジナルエピソードでの星矢たちの戦闘場面の相手として白銀聖闘士が登場する場面も盛り込まれた。このエピソードで監督を務めた山内重保は、劇場版オリジナル作品である『神々の熱き戦い』『真紅の少年伝説』を原作の世界を崩すことなく成立させたとの高い評価を受けて起用された。作品の舞台となる聖域の十二宮は、テレビシリーズよりも原作に近いイメージに設定が改められた。
また最終話では、原作では星矢たちが冥闘士の精鋭であるバレンタインたちを追って冥界へ向かうが、シリーズ最後に大きな闘いがなくてはカタルシスに欠けるとの意見から、バレンタインたちの登場は割愛され、代りにラダマンティスを敵側の象徴とし、星矢たちはラダマンティスに敵わないものの一矢を報い、勝敗不明のまま冥界へ向かうよう物語が変更された。
主要人物の1人・パンドラがハープを演奏する場面では、シリーズディレクターの勝間田具治の娘がハープ演奏で参加している。勝間田の娘がハープ奏者を目指したのはアニメ映画『アンデルセン童話 にんぎょ姫』の影響だといい、その『にんぎょ姫』の原画を本作品のキャラクターデザイン・荒木伸吾が担当していたという、数奇な縁での起用となった。
グラビアアイドルの佐藤江梨子、以前より車田と親交のあったプロレスラーの高山善廣が声優を担当したことも話題を呼んだ。
冥界編 前章・後章.
シリーズ構成を担当した黒田洋介は冥界編について、冥界に堕ちた罪深い人間たちの業や、罪人たちが責苦を受ける地獄の恐ろしさを聖闘士たちの目を通して描くことと、そうした人間たちの弱さを知りつつ強敵に立ち向かっていく星矢たちの活躍を描くことが基本テーマと語っている。
エリシオン編.