蒸すか茹でるかした大豆を潰して団子にし、藁で包んで味噌玉として軒下などに吊るし、枯草菌や納豆菌やカビが生えるなどして熟成したものを塩水と合わせて仕込む玉味噌は、現代でも地方各地に残っている。また、味噌玉を作って味噌を仕込む方法は朝鮮半島のテンジャンにおいても見られる。すでに江戸時代の『本朝食鑑』には「玉味噌というものあり。煮豆を半煮えで庖丁で砕き粗い細かさにして麹は少なく塩は多く揉み合せ、玉にし鞠の大きさにする。これを藁で包み縄で縛り、これを軒下につなげ、年が過ぎて使う。これは下等品である。または煮えた大豆を使い麹、塩を混ぜ米糠を合せて造る。これは最下等品である。長期保存しても腐らないため下々の者は好む」（大意） とある。
明治時代末期に日本陸軍糧秣廠に勤めていた河村五郎（日出味噌創業者）が、麹の働きを温度管理で調節する味噌速醸法を考案。醸造時間は数ヶ月に短縮することが可能となった。当時、東京で主流となっていた仙台味噌の醸造法とともに全国に普及した。
明治時代末まで味噌の原料豆を砕く道具は臼と杵であり、完全な破砕ができなかったため、出荷された味噌には豆の粒や欠片がそのまま残っており、使用の前にすり鉢で粒を潰し「みそこし」で漉してから使った。やがて味噌製造が機械化すると味噌を出荷前に機械で漉し、家庭でいちいち擂ったり漉したりの手間が省ける「漉し味噌」「擂り味噌」が販売されるようになった。現在のような滑らかなペースト状の味噌が販売されるようになったのはみそ漉し機械の導入以降であるが、味噌をすり鉢でする習慣は戦後も残っていた。漉し味噌は食味で劣るとの議論もあり、現在でも漉していない「粒味噌」が販売されており、鹿児島県の奄美料理のように粒味噌のまま使っている地域もある。
大正時代.
昭和時代.
現代.
味噌の種類.
また、その製造法に起因する色の違いによって、赤味噌・白味噌・淡色味噌のようにも分類される。
赤味噌と白味噌.