また、政教分離の対象は国家および地方公共団体である。判例によれば、護国神社などは私的な宗教団体であり、私人である隊友会が殉職自衛官を山口県護国神社に合祀申請しても国家は関係ないから政教分離の問題にはならなかった。
神道の評価と目的効果基準.
歴史的経緯.
目的効果基準.
箕面忠魂碑訴訟では、この目的効果基準にしたがって、忠魂碑の移転に関わる費用等を市が負担した行為が合憲とされた。また、愛媛県靖国神社玉串料訴訟では、同基準に従い、県知事が公費から靖国神社に玉串料を奉納した行為が違憲とされた。さらに、砂川政教分離訴訟では北海道砂川市が市有地を神社に無償提供していた件が違憲と判断された。
目的・効果基準はアメリカのレモンテストに由来する。
なお、宗教的要素をもった文化財に対する補助金や、宗教系私立学校への助成金支出などもこの基準に照らして問題ないとされている。宗教系私立学校への公金支出については、学校教育法、私立学校法などにより公教育を担っていると位置付けられているという理由もある。
靖国神社公式参拝の問題.
政治と靖国神社の関係について、「特権付与の禁止」と「国の宗教活動の禁止」の視点から議論がなされてきている。
次は政治家の参拝が違反であるという意見と合憲であるという意見の例である。
この政治家への徹底は不可能であるとの論に対し、
宗教団体の政治参加.
宗教勢力と関連がある団体の政治参加について、「宗教団体の政治的権力の行使の禁止」と関わりが話題にのぼることがある。日本政府の見解 によれば宗教団体が政治的活動をすることに問題はないが、国民の間には忌避感があるという。
宗教政党.
現在、日本の宗教団体が設立に関与したり、あるいは支持母体とする政党は、以下の通りである。
また、過去には、オウム真理教が設立に関わった真理党、和豊帯の会が母体となったなかよしの党(旧称・女性党)も存在した。
学界の議論.
学界の通説は、国家が宗教団体に政治上の権力を行使させてはならない、ということは、宗教団体を政治参加させてはならないという意味ではないとする。すなわち「政治上の権力」とは、国が独占すべき「統治権力(立法権、課税権、裁判権等)」のことを指す とするものである。