収益力の高いプロの日程を最優先させるべきだとの意見は以前から一部にはあり、時代の経過とともに大学野球全体の人気の低下がその声を後押しする傾向が強まり、近年は興行収入の問題から大学連盟側がヤクルト球団側に譲歩するようになってきている面もある。ただし、神宮球場側の基本的な認識は、前述の歴史的な経緯から、現在でも球場使用の割り当ての最優先権を東京六大学野球連盟に与えている。
学生野球の使用割り当てを優先的にするのは、あくまでも基本的に春先に行われるその年度の球場使用割り当てを決定する場合においてのみ。一年を通して、春先に決定した内容が年間を通して遵守される。後日に順延等の都合で調整が必要な場合は、基本的に未使用で空いている日時をやりくりして調整を行うことになる。
この手の誤解を招く元になっている代表例として、東京六大学（以下、六大学）と東都の関係を紹介する。
アマチュア野球とプロ野球が同日に開催される場合、観客は通常入れ替え制とするのが原則（アマチュア野球の観客がすべて出場してから、プロ野球の観客を入場させる）。ただし、曜日・注目カード・優勝決定等の理由で入場待ち列が長くなり、神宮外苑内に並ばせる余地がない場合は試合中に主に外野席から優先してプロ野球の観客を入場させることがある。アマチュア野球で外野席を開放するのは原則東京六大学リーグ戦のみ。
下記にその一例（六大学野球・東都大学野球の双方で例外入場歴あり）を示す。
施設概要.
明治神宮野球場.
グラウンド.
スタンド.
スコアボード.
広告.
売店.
明治神宮第二球場.
フェンス広告はないが、ゴルフ練習場として活用されていることを踏まえて、レフト側にゴルフ関連の広告看板が設置されている。また、過去には、神宮球場に合わせて右翼側のスコアボード上に、SEIKOの広告看板が設置されていた。
天覧・台覧試合.
事故.
当球場で起きた大きな事故（選手・観客）として以下のものがある。
胴上げ.
硬式野球以外での使用.
静態保存