終演後、バレエ団の少女たちは地下にいるフェズを被ったミステリアスな男（アーサー・エドマンド・ケアウィ）の姿を見かけて動揺する。彼が怪人なのかどうか騒ぎになり、怪人の顔を見たことがある舞台係のジョセフ・ブケーに尋ねることにする。ブケーは生きた骸骨としてその恐ろしい見た目を少女たちに説明し、少女たちは壁にうつった影に驚く。陽気な舞台係のフロリーヌ・パピヨン（スニッツ・エドワーズ）はジョセフの兄弟シモン（ギブソン・ゴウランド）を楽しませることができず追い立てられる。一方オペラ座のプリマドンナのカルロッタ（ヴァージニア・ピアソン）は激怒しながらマネージャーの部屋に飛び込む。カルロッタは怪人から、次の公演からクリスティーヌがマルグリット役を演じること、逆らえば悲惨な結果になると脅す手紙を受け取ったのである。この時楽屋にいたクリスティーヌは壁に映る怪人の影と会話する。その声はカルロッタが演じていた役を水曜から演じるように、そして自分のキャリアと指導者のことだけを考えるようにと語る。
翌日、オペラ座近くの庭園でラウルはクリスティーヌと会い、プロポーズの答えを考え直すよう頼む。クリスティーヌは「音楽の精」の神聖な声に指導を受けているとし、今ここでキャリアを捨てる訳にはいかないと語る。ラウルはクリスティーヌが誰かに騙されているのだと語り、クリスティーヌは怒って出て行く。
地下から解放されたクリスティーヌが恒例の仮面舞踏会に参加すると、エドガー・アラン・ポーの短編から赤死病の仮面の変装をした怪人が登場する。ラウルはクリスティーヌを見つけ、共にオペラ座の屋根に逃げ、クリスティーヌはシャンデリア落下以降に起きたことを全て話す。アポローンの像の上に隠れていた怪人は2人の会話を聞き嫉妬する。ラウルは次の公演の後にロンドンに逃げるよう急遽計画する。2人が屋根から下りると、フェズを被ったミステリアスな男が2人に近付く。男は怪人が階下にいることを知らせ、他の出口に促す。
翌日の夜、ラウルは楽屋でクリスティーヌと会う。クリスティーヌは怪人が全て知っていると語る声を聞く。ラウルは馬車を用意し、クリスティーヌを安心させる。