日本を代表する食用キノコとして親しまれている。かつては秋の味覚の代表格であったが、菌床栽培や水耕栽培などによる人工栽培が確立して、通年流通している。日本では「しいたけ品質表示基準」によって、食品としての「しいたけ」を「しいたけ菌の子実体であって全形のもの、柄を除去したもの又は柄を除去し、若しくは除去しないで傘を薄切りにしたもの」と定義している。
生椎茸.
干ししいたけ.
シイタケエキス（出汁）.
生薬.
また、シイタケから発見された特異的に多く含まれる生理活性物質として、エリタデニン、レンチナン等が単離されている。レンチナンはがん細胞の増殖を抑えることがわかっている。
健康被害.
干しシイタケの戻し汁などでも症状が発生することが報告されている。特にアレルギー体質の児童に対しては注意を要する。
古くなっていわゆる汗をかいた（湿っている）状態のものはヒスタミンが増殖している証拠であり、食中毒を引き起こす可能性があるので食べてはならないとされている。
栽培と流通.
原木やおがくず菌床で栽培されたシイタケが販売・流通され、日常的に食べられているので、なじみが深いキノコの一つとなっている。
日本では室町時代から食べられており、古来日本では古くから産したものの、栽培は不可能で自生したものを採集するしかなかった。その一方で精進料理において出汁を取るためには無くてはならないものであった。道元が南宋に渡った際に交流した現地の僧（食事担当の典座）は、達磨忌の御馳走として出すうどんの出汁を干し椎茸で取るため、日本商船の入港を聞いて遠方の阿育王寺から買いに来たほどであった。典座教訓にこのような逸話があるほど、高価な食材であった。
江戸時代から、原木に傷を付けて菌を植え付けるなどの半栽培が行われ始めた。シイタケの胞子が原木に付着してシイタケ菌の生育が見られるかどうかは全く不明であり、シイタケ栽培は成功した場合の収益は相当なものであったが、失敗した場合は全財産を失うほどの損害となる一種の博打だった。
現在では人工栽培の方法が諸外国にも普及しているものの、日本産干し椎茸は本場ものとして台湾、香港などで人気があり、各地の業者が輸出をしている。
人工栽培.