北ドイツのルター派地域では、三十年戦争後に形骸化した宗教改革に対して、ドイツ敬虔主義が教会刷新を行った。回心運動であったドイツ敬虔主義は、聖書のテキストよりも、生きた宗教体験を最重要視した。この時期聖書への批判的研究が開始され、ハレ大学が高等批評の中心地となった。また宗教体験の分析研究は、自由主義神学やカント哲学の発展の前提となった。また宗派対立や、教会への権力の集中、および王権と教会権力の癒着などに伴う弊害に対する歴史的反省から、現代に続く政教分離原則が起こったのもこの時代である。
ピューリタン.
これに対し、カルヴァンの影響を受けた改革派があくまで徹底的なプロテスタント改革を要求した。清教徒と呼ばれた彼らは政治的弾圧を受け、その一部は宗教的政治的理想の実現のために北アメリカに移民し、残りは国内で国教会から分離し、非国教諸派（長老派教会、改革派、バプテスト派、会衆派、クウェーカー派）を形成した。
清教徒は次のステュアート朝において清教徒革命を起こして王権を打倒し、一時的に共和国を樹立するが、結局王政復古する。しかし王権に対する議会の優位は決定的となり、名誉革命を経て「君臨するが統治しない」国王の下での議会政治という立憲君主制が確立して、その後の議会的重商主義、自由主義、産業革命、帝国主義に対応し得る政治環境を用意することとなる。
近世の正教会.
一方、オスマン帝国はキリスト教の信仰の自由を認め、教会財産を尊重したが、教会の活動は布教を中心に制限され、信徒は庇護民としてイスラム教徒より社会的に劣った身分におかれた。また帝国領内での神学教育は禁止された。このため聖職者の養成のために、ローマなど西方に留学して神学を学ぶことが行われた。これは正教会のなかにカトリックの影響を強めることになった。
近代以降.
北アメリカ.
北アメリカでは、西ヨーロッパで弾圧を受けた非国教諸派が多数移民して自治共同体を設立し、アメリカ合衆国の成立において国教制度の否定と信教の自由を根幹とする「政教分離原則」を確立した。
リバイバル.
大覚醒.
西ヨーロッパ.