魚類.
ビワマスやアユなどは川を、コイ・フナ・ドジョウなどは水田を産卵場所として利用することが多いなど、琵琶湖に生息する魚類は周辺の水域との間を移動し、環境の違いをうまく利用している。
養殖や放流に用いられて日本の湖沼や河川にも一般的に生息している体高の高いコイ（飼育型コイ）はユーラシア大陸から導入された系統で、日本在来のコイとは異なることが遺伝学的な研究から明らかにされた。器官の形態や生息場所など生態学的な違いがあるが交雑が起こり、日本の自然水域では交雑個体が高頻度で検出されている。在来型コイが残存している水域は限られており、琵琶湖では北部に個体群が知られている。環境省のレッドリストでは「絶滅のおそれのある地域個体群（LP）」に指定されている。
琵琶湖に由来する外来魚.
複数の琵琶湖に由来する種や遺伝的グループが淀川水系の外に導入されている。
アユ種苗での混獲による非意図的な導入の影響は大きく、例えば淀川水系固有種と三方五湖が本来の生息地であるハスが関東地方から九州地方に至る範囲で導入され国内外来種となっている。オイカワは東アジア一帯に広く分布する種とされているが、地理的に隔てられて遺伝的な分化が起きており、それぞれが固有の遺伝的特徴を持つ。アユ放流にともなって琵琶湖由来のオイカワが導入され、本来の生息域外に分布を広げただけでなく、在来のグループとの交雑を起こしている。 はマイクロサテライト領域DNAによって鬼怒川と那珂川のオイカワで関東グループと琵琶湖グループの交雑が起きていることを示した上で、琵琶湖由来のオイカワが定着していない河川が珍しいほどであるために、交雑や国内外来の問題を解明することが難しいと指摘している。
植物.
プランクトン.
人間との関わり.
呼称.
古代の呼称.
琵琶湖は元々、近淡海・淡海・淡海の海・水海・近江の海・細波・鳰の海などと呼ばれていた。
という歌謡のみが挙げられる。一方『日本書紀』には
との文がある。鳰の海については、下って平安時代の『源氏物語』は「早蕨」の巻の
や『千載和歌集』の
また『新古今和歌集』の
中近世の呼称.
近現代の呼称.