フォトンポイント/攻撃方法.
フォトンポイントは装備していれば（これはつまり即時攻撃できる状態にしておけば）徐々に回復していくが、回復速度は遅いのでフォトンアーツを乱発するとすぐにフォトンポイント切れになるため注意が必要である。この自動回復速度は武器の種類とプレイヤーの職業、そしてゲームモード（オフライン/オンライン）によって異なる。他にも要所にあるフォトンチャージャーで「メセタ」を支払って回復するか、「フォトンチャージ」というアイテムを使うことでも回復できる。
また、拡張パッケージである「イルミナスの野望」発売以降、オンラインモードでは打撃武器の通常攻撃をヒットさせるとフォトンポイントが少量回復するように仕様変更された。
その仕様が入る前まで、ハンタークラスの職業はフォトンアーツをひたすら連打し、ポイントが無くなったら武器を取り替えて後は使わない、いわゆる「武器の使い捨て」的な戦い方を基本とし、通常攻撃の存在は無視されていたが、これにより多少なりとも意味のある存在となった。
アクションパレットの改定.
これには「通常攻撃」の他に「回復アイテムの使用」「テクニック（魔法）の使用」などが含まれており、職業によってはボタンが足りなくなるという問題があった。また、武器のクイックチェンジには直接対応していなかった。
ガード行動.
ステータス異常.
効果の内容も見直され、例えば「感電」と「麻痺」は同じように攻撃などができなくなるといった極めて似通った効果であったが、「麻痺」は一定時間完全に動けなくなり、「感電」は動けるがテクニック以外の攻撃できなくなるなど、効果に適切な性格付けがされた。
テクニック（魔法）と属性の改編.
ミッションへの参加と同時参加人数.
ミッションの種類によっては「ボス」を倒すことが攻略の条件になっている場合もある。これは基本的にイベントシーンが含まれているか否かの違いだけで、オンラインとオフラインモードでその基本形式そのものに違いはない。ちなみにオンラインモードでは一人プレイでもパーティー一つの扱いであり、他のプレイヤーがすでに請け負っているミッションに途中参加する形で、その「パーティー」に加入することも可能。
ミッションクリア.
ボス戦の強化.
ボスには弱点があり、主観視点モードにして銃で攻撃するなどで通常よりも大きなダメージを与えることができる。