学校が代理徴収を行わない場合については、学内の他団体と協力して会費納入をお願いする事例が見られる。このような場合においては、（経済的事情などで会費納入の義務を免除されていないにもかかわらず）会費を納めていない学生に対しては、自治会費を納めた学生と比較して会員としての自治に関わるための権利が制限されるとしている学生自治会もある。
なお、大学から学生自治会と認められていない団体が学生自治会名で会費納入をお願いする事例においては、大学側から公認団体ではない趣旨の説明とともに「学生自治会費」を支払う必要はない旨を広報している場合もある。
組織.
議決機関.
学生大会.
個別の名称としては「学生総会」などの場合もある。
代表制の議会・学生投票.
学生自治会によっては、代表制の議会や学生投票のみが設置され、学生大会は設置されていない場合もある。これ以外にも、代議員会・自治委員会・学生評議会・中央委員会などの学生大会等に次ぐ議決機関をおいている学生自治会もある。
執行機関・諸活動を行う団体.
学生自治会の全体に必要な事務は、執行委員会などの執行機関が行う。
大学祭実行委員会は学生自治会の中におかれることも多く、学校における学園祭、文化祭などの企画、実施を行う。学校から大学祭などの企画に要する物品の支給・貸与などの支援を受けている場合が多い。大学祭などの運営費は、学校から補助を受けることがある一方、学生が独自に集金するなどして集める場合もある。
文化・体育・レクリエーション・福利厚生などの諸活動を行う団体（体育会や文化会、各部なども含まれる）については、学生自治会に包括する場合と、学生自治会とは独立した団体になっている場合がある。
選挙管理・会計監査.
上記の他に、選挙管理委員会や、会計監査委員会が設置されている場合がある。
運営.
学生自治会の事業は、主に学生の自発的な活動により、学校生活の充実や改善向上をはかる活動、部活動などの課外活動を支援する活動、学校行事への協力に関する活動、ボランティア活動などを行う。
学生運動とのかかわり.
一時期、学生運動の高まりとともに学生自治会の活動が党派的になったこともあったが、現代においては、多くの学生自治会では、学校内の相互扶助・環境改善などの活動を行っている。その一方、学外の政治思想団体などの強い影響下にある学生自治会も存在する。