科学的実在論への批判の別の例としては、決定不全性()の問題から派生したものがある。これは歴史的に見て他の批判ほど声高に主張されたわけではない。この批判によれば、観察されたデータは、相互に相容れない複数の理論によって基本的に説明できるのだから、実在論流の理論観は誤りと言える。実在論者側からの反論としては、科学史において決定不全性テーゼが指摘されたケースは数少ないということが指摘される。通常の場合データの説明に要求される要件は非常に厳しいので、科学者がこの要件を満たす理論をわずか一個さえ見つけることは難しい。また、決定不全性テーゼを文字通りに受け取るなら、我々は直接に観察したものしか知ることが出できなくなる。例えば、化石を証拠として恐竜がかつて生きていたことを理論的に証明することはできない。なぜなら、同じデータをもとにして他の理論（例えば化石がよくできた捏造であるといったもの）を立てることができるからである。実在論者の主張では、理論の選択にあたっては、経験的に適合するということに加えて、オッカムの剃刀のような他の規準も必要である。
対立する立場.
対立する立場の一つに道具主義がある。道具主義は、「科学的な概念は、単に説明や理解のための道具に過ぎず、観察可能な現象の背後にある観察不可能な隠れた実在の真の姿は知り得ない」と主張する立場。現在の物理学者に対して「電子は存在するのか、波動関数は実在するのか」といった存在論的な問いを発した際に受ける最もよく見られる受け答えは、この道具主義の立場に基づくものである。
科学的実在論の位置づけ.
戸田山による位置づけ.
諸論が対立する背景.
科学的概念に関する以上のような対立が生まれる背景には、現在の理論物理学のモデルの中に、電子や波動関数といった、日常感覚から言えばかなり奇妙な性質をもつ対象が頻繁に登場する、という事情がある。例えば電子には大きさがないかもしれない、と考えられている。
こうしたかなり特殊なありかたで記述される種々の物理学上の概念に出会ったとき、実際にそうした対象が普通の意味で存在しているのか、という点について、人によって意見が分かれることになる。
普通の人間の立場.