主人公・神山高志は優等生ながらも、中学時代に助けてもらった親友と同じ高校に行くため「引き算ができれば入学できる（しかも面接がない）」というクロマティ高校を受験したのであったが、なんとその親友は不合格となってしまったため、結局神山1人が入学してしまう。それでも挫けず通っている内に、究極のバカ林田慎二郎や影の薄い前田彰、茶筒型のロボット番長メカ沢新一や、高校生なのか日本語が通じるのかすらわからないフレディ、それどころか明らかに本物のゴリラであるゴリラ（豪ヒロミ）、喧嘩は強いが乗り物に弱い竹之内豊、大財閥の息子・北斗武士と名前を名乗ろうにも必ず妨害が入るため名前を名乗れない子分など、クセの強い友人や仲間が増えてゆき、この異常な学校にも馴染んでいった。彼らと共に学校生活を送るうち、神山の校内における立場も向上していく。
そんな中で、クロ高と敵対するバース高校の不良に捕らえられた前田を救出に向かったり、修学旅行の飛行機をハイジャックされてしまったり、唐突に野球部を結成してみたり、林田が謎の地底帝国で迷ったり、相撲部に参加したりなど、奇抜な高校生活をそれぞれ満喫するようになっていく。
クロマティ高校沿革.
その後、校舎に再び隕石落下（フレディが連れ去られる）、修学旅行機がハイジャックされる（竹之内連れ去られる）、野球部の青木ヶ原での遭難、火事で校舎全焼、三度隕石落下などの出来事が起きている。
なお、実際には「東京府立第○○中学校」が付与されれ建設された学校は、東京府立第二十三中（のちの大森高校））までしかない。四十九は元野球選手ウォーレン・クロマティの巨人(読売ジャイアンツ)時代の背番号にかけたものである。
登場人物.
都立クロマティ高校.
教職員.
教師は他に二人登場しているが、序盤において神山以外の生徒はその存在を知らず(フレディの教室ではテストのために教室に現れている)、さらに小説版ではクロ高生全員（神山でさえ）が、校長の名前どころか教師の存在自体を知らないことになっている。
アニメ.
特徴.
ナレーションは毎回異なった声優が担当したが、回によってはナレーションが存在しない回もある。
アニメの独自設定.
原作では曲名が判明しなかった林田達のうろ覚えの歌が、オープニング曲を歌っている吉田拓郎の「人間なんて」になっている。