形而上学は、哲学の伝統的領域の一つとして位置づけられる研究で、歴史的にはアリストテレスが「第一哲学」()と呼んだ学問（そして、それに関する著作がまとめられた『形而上学』という書物）に起源を有し、「第二哲学」は自然哲学、今日でいうところの自然科学を指していた。
形而上学では、存在論の他に、神、精神、自由の概念等が伝統的な主題とされ、精神や物質もしくは数や神のような抽象的な事柄が存在するか、また人間という存在は複雑に組み立てられた物質的な体系として定義できるかどうか、などが問われてきた。
形而上学の研究には心理学的、宇宙論的、存在論的、神学的な関心に基づいた研究もあるにもかかわらず、形而上学は哲学的方法に基づいた研究であり、物理学や心理学や生物学といった科学的方法に基づいた自然諸科学や、特定の聖典や教義に基づいた神学と区別される。
歴史.
古代.
歴史の中で、形而上学的な問題の研究であれば、古代ギリシアに遡ることができる。ソクラテス以前の哲学者と呼ばれる古代ギリシアの哲学者は、万物の根源を神でなく、人によってその内実は異なるにせよ何らかの「原理」（アルケー）に求めたのであって、哲学はもともと形而上学的なものであったともいえる。
ソクラテスやプラトンも、現象の背後にある真因や真実在、「ただ一つの相」を探求した。
中世.
アリストテレスの形而上学は、その後、中世におけるアンセルムスやアクィナスなどによる神学的な研究を経ながら発展してきた。中世のスコラ学では、創造者たる神を万物の根源であるとして、神学的な神の存在証明を前提とし、普遍、存在、自由意思などなどの形而上学的問題を取り扱ったのである。
近世.
近代に入ると、デカルトは、スコラ学的な神学的な神の存在証明を否定し、絶対確実で疑いえない精神を、他に依存せず存在する独立した実体と見、その出発点から、理性によって神の存在（および誠実さ）を証明するという方法をとった。ジョン・ロックはデカルトの生得説を批判したが、やはり神の存在は人間の理性によって証明できるとした（いわゆる宇宙論的証明）。
現代.