この制度は、連結親会社が自己の保有する連結子会社株式を譲渡した場合の譲渡益又は譲渡損と、その連結子会社がグループ内で受けた所得課税又は欠損控除との二重課税又は二重控除を排除するための制度である。すなわち、連結子会社は利益を稼得すれば連結所得に反映されグループとして課税を受けるが、更にその子会社の株式が売却されると、株式は会社の資産状態を反映するものでもあるから、儲かった分だけ株式の市場価値は理論上は上昇しており、結果売主は売却益を得る。したがって、子会社の利益に対する課税と売主の売却益課税に二重課税が生じることから、これを回避するために、株式の売却直前の簿価（譲渡原価）を嵩上げしてやって、株式譲渡益の圧縮を図る制度である。
アメリカ、日本ではこの制度を導入しているが、フランス、ドイツでは行われていない。
企業会計との関連.
連結納税制度と会計分野における連結会計とは、その手法や目的が異なるため、例えば連結会計における連結利益を基礎として課税連結所得を算出するようなことはない。
連結会計においては、子会社の範囲は実質支配基準に基き、親会社の持株比率が過半数であれば原則として子会社に該当することとされる。
連結納税制度.
日本.
申請が承認（みなし承認の場合もある）されると、親会社は連結親法人、子会社は連結子法人と呼ばれる。
また、その子会社が有する一定金額以上の資産を時価評価することが必要とされる。これも、多額の含み損を抱える法人を安く買収して、連結グループに加入後に売却損を計上するなどの租税回避に対抗するためとされる。これらは、日本の連結納税制度の一特徴である。
連結法人間での資産の譲渡の損益調整については、アメリカほど厳密な制度とはしておらず、資産に金額基準を設けているほか、棚卸資産については調整対象外としている。また、減価償却資産、繰延資産については、譲渡先の償却費計上の金額に係らず繰延損益を機械的に取り戻す簡便法が認められている。
グループ計算を行う項目としては、受取配当等の益金不算入額、寄附金の損金不算入額、交際費等の損金不算入額、外国税額控除制度における控除限度額計算がある。また、租税特別措置法における各種所得控除においても、各連結法人ごとの限度額のほかに、グループ全体での所得控除上限が設けられている。
基本的な仕組み.