狩りの習慣を守る者たちもおり、諏訪神社は狩りで得た動物を贄として祀る祭祀を、古来から続けていた。特に、鹿や猪・魚（岩魚を除く）・鳥（山鳥を除く）が贄として神前に捧げられたと考えられている。一方で、嘉禎年間に定められた「諏訪上社物忌令」によると、熊・猿・山鳥・かもしか・岩魚は、神聖であるとして贄としては避けられた。
武士の時代.
当時は末法思想が流行し、鎌倉新仏教が勃興しつつあった。法然は自身の肉食は忌避してはいたものの、肉食をしても念仏を唱えれば救われると説いた。法然の弟子の親鸞は「肉食妻帯」伝説で知られ、『口伝鈔』よると、幼少期の北条時頼の前で僧の象徴である袈裟を着たまま魚を食べたと記されている。日蓮は「魚鳥をも服せず」と肉食に否定的だったが、「末法無戒」を唱えた。対して禅宗の影響で、動物性の材料を一切用いない精進料理も発達した。精進料理は単なる植物食ではなく、「猪羹」など獣食に見立てた料理もあった。
たぬき汁が登場する「かちかち山」が成立したのは室町時代後期といわれるが、その時代の料理書「大草家料理書」にはタヌキを蒸し焼きにした後に鍋で煮る「むじな汁」のレシピが記されている。当時の評価では同じく肉食対象だったアナグマと比較して、タヌキ料理は不味かったという。
戦国時代・安土桃山時代.
また、戦国末期からは阿波などで商業捕鯨が始まっている。阿波の三好氏の拠点勝瑞城の館跡地では、牛馬に豚や鶏、鯨、犬や猫などの骨が数多く出土しており、食用だけでなく鷹の餌や、愛玩用として家畜が飼われ、肉が市場に流通していたと考えられている。徳島県藍住町教育委員会は、当時の食事を研究し、三好義興が京都で将軍を歓待した時の本膳料理を再現した。その時の材料には、ウズラやシャモ、クジラ、サケが使用された。
江戸時代.
江戸時代には建前としては獣肉食の禁忌が守られた。特に上流階級はこの禁忌を守った。例えば狸汁は戦国時代には狸を使っていたが、江戸時代にはコンニャク、ごぼう、大根や豆腐を調理した精進料理に変わっている。ただし薩摩地方だけは、琉球料理の影響もあって、現代の薩摩汁や豚骨料理につながる豚を含めた獣肉食の習慣があった。