頼朝は朝廷工作の失地回復を焦り、次女・三幡の入内の話が持ち上がる中、突然落馬してそのまま死去、政子は直ちに落飾する。祐之は、長年の仇敵が突然失われたことに愕然とする。
二代将軍となった頼家は、その杜撰な政務と側近の重用などで御家人の信頼を失い、頼朝の分身として御家人から慕われる政子が政務に関わらざるを得なくなる。やがて頼家は将軍としての決裁権を取り上げられ、北条を中心とする十三人の合議制が幕政を運営することとなる。その憤懣から頼家は、安達景盛の妻・瑠璃葉を略奪、政子が自ら乗り込んで叱るが聞く耳を持たず、女と関係するのだった。鎌倉が不穏な空気に包まれる中、三幡が毒殺される。
揺れる鎌倉で、以前から讒訴などで御家人たちの憎しみを買っていた梶原景時が弾劾状を受けて失脚、救済を求める景時に対して頼家は「これだけの御家人がお前を嫌っている。これをどう思う」と言い放って突き放す。その結果、鎌倉を追放され京都を目指した景時の一族は、頼家の差し向けた軍勢に殺される。
景時亡き後、浮上してきたのは頼家の弟・千幡を擁する北条と、頼家の乳母であり、その長子一幡を擁する比企氏との暗闘であった。やがて北条方にあった頼家の叔父・阿野全成が一幡を調伏した謀反の廉で斬られる。その影には、双方共倒れを狙う三浦義村の策謀も絡んでいた。
間もなく頼家が発病、人事不省に陥った時、ついに北条は決起、仏事にかこつけて呼んだ比企能員を暗殺、比企邸を襲撃し、一族を虐殺する。頼家と若狭局との間の子である一幡も焼死する。回復した頼家は、政子に迫って妻子の末路を知り、仁田忠常をして北条打倒の兵を挙げさせるが失敗、強制的に出家させられた上、伊豆修禅寺に幽閉され、やがて義時の圧力によってやってきた三浦胤義らに斬られる。
これを止められなかった政子は、三浦家に預けられていた頼家の子・善哉を「せめてこの子だけはなんとしても守り抜く」と固く誓う。
この頃、祐之は久方ぶりに義時と再会する。政敵を力をもって排除する義時を祐之は諌めようとするが、それを一笑に付した義時は「反平家の旗揚げは、源氏の旗揚げではなかった。源氏は借り物で、我々坂東武者の旗揚げだったのだ。今の鎌倉を治めるのは、坂東武者の中で最も強い者がふさわしい」と語る。祐之は、かつてひ弱な青年だった義時が、老獪な政治家へ変貌しつつあることに眼を見張る。