北畠親房が常陸国で籠城戦を繰り広げていた時期に執筆がなされており、手元にある僅かな資料だけを参照して書いているため、（当時知られていた）歴史的事実に関しての間違いも散見される。
承久の乱.
承久の乱について、神皇正統記には次のように記されている。
写本.
初稿本・修訂本ともに原本は現存しない。
「或童蒙」.
『神皇正統記』のうち、「白山本」など主要な底本にある奥書には、「或童蒙」のために老筆を馳せて書かれたと記されている。この「或童蒙」とは誰なのか、そもそもその内容を鵜呑みにしてよいのか、と言った点で議論が争われており、決着が付いていない。詳細は#『神皇正統記』とは何かの各説参照。
『神皇正統記』とは何か.
誰に向けて、何のために書かれたのかは確定していない。
最も有力な説は幼少の後村上天皇に帝王学を説いた教育書であるという説である。他に、東国武士を南朝に勧誘するためとする説、親房自身のために正義論について真摯に思索した哲学書であるという説がある。
主要説.
後村上天皇への帝王学の書説.
この説はもともと江戸時代から存在したが、その時は伝・親房の奥書が知られていなかったため、「或童蒙」とは関連付けられていなかった。奥書が知られるようになると、「或童蒙」は後村上天皇を指すと解釈されるようになった。
ところが、その後、松本新八郎によって、親房が主君を童蒙つまり「愚かな子ども」と呼ぶことは考えにくい、として#東国武士への勧誘書説が唱えられた。