分布は日本の他地域やそれ以外にも及ぶが、大規模な内湾である有明海で個体数・漁獲量が多いものもいる。
鳥類.
哺乳類.
かつては球磨川と川辺川にニホンカワウソ（絶滅種）が生息していた。
また、湾奥部の小長井町に坐する長戸鬼塚古墳からは捕鯨の様相を描いた線刻画が発見されており、牛深町の沿岸にもクジラの回遊経路が存在したとする伝承が存在し、西彼杵半島の一帯にも古式捕鯨の基地が存在したことから、かつては有明海や八代海や天草灘の一帯には、沿岸性のヒゲクジラ類の回遊が見られたと思われる。実際に、近年をふくめ、これらのヒゲクジラ類の一帯への回遊が存在したことを示唆させる記録が存在する。
歴史.
有史以前.
縄文時代前期には筑紫平野・菊池平野の大部分と熊本平野・諫早平野の一部がそれぞれ満潮時に海面下となっていたが、河川による土砂運搬で次第に海岸線が後退していった。
干拓の歴史.
近代以後、公営の干拓事業や、国による干拓事業が続いたが、しばしば台風に伴う波浪で潮受け堤防が破堤するなどして、多くの犠牲者や大規模な塩害が生じた。
沿岸の産業.
有明海は干満差が大きく、湾奥には広大な平野が広がる。沿岸の低標高の干拓地においては、高潮に備えた防潮堤が各地に設置されている。それでも台風で潮位が上がった時には海水が堤防を越えて干拓地に流れ込むことがあった。干拓造成時にもこのような海水の流入があったため、干拓には長い時間と労力がかかり、塩分を含む土地の改良にも苦労があった。
また、逆流防止のため多くの中小河川は水門を設置しているが、大河川では水門を設置できないため、有明海の干潮・満潮に合わせて川面が大きく上下し、満潮前には大規模な逆流も発生する。この干満差を利用して、満潮時に船を出し、引き潮の流れに乗って沖へ出て、帰りは満ち潮に乗って海岸に戻るという航法が、古くから伝えられている。
川港.
有明海の干満差を利用して、内陸でも港が栄えていた。
港湾.
遠浅で干満差が大きいことから大型船用の港湾整備には工夫を要すため、三池港は日本では珍しい閘門式、熊本港は沖合の人工島形式を採用している。
有明海苔.
海苔養殖面積の増加とともに、色付けをよくするための酸の大量ばらまきが有明海の環境破壊を招いている（後述）。
小長井カキ.