レーダーの電波や可視光線がほとんど届かず、数少ない捜索手段として有効な音さえも水の状況で伝播状況が複雑に変化する水面下で「深く静かに潜航」した潜水艦を探知・撃沈することは、最新鋭の探知装置と対潜兵器を備えた現代の対潜部隊にとっても容易なことではない。潜水艦は自らの存在を気づかれることなく、敵哨戒網を突破して敵艦艇や輸送艦、輸送船を沈め、機雷を敷設し、そのほか特殊部隊の潜入支援や情報収集任務などに運用することができる。潜水艦のなかには巡航ミサイルによる対地攻撃、さらには核弾頭を搭載した潜水艦発射弾道ミサイル（SLBM）の運用が可能なものも存在する。また、敵の潜水艦を攻撃したり、水上艦を敵の潜水艦から護衛したりすることもある。
そして水面下の「どこか」に魚雷、あるいはミサイルを持った潜水艦がいるという事実（「はったり」のこともあるが、それは潜水艦を探知するか、潜水艦から攻撃を受けない限りわからない）は敵に対して心理的圧力をかけ、結果として抑止にもつながるのである
その意味で潜水艦の持つ最大の武器は隠密性にある。潜水艦がたびたび「究極のステルス兵器」（）と呼ばれ、潜水艦部隊が「沈黙の軍隊（あるいは不言実行の軍隊）」（）と称されるゆえんである。
潜水艦は隠れることで真価を発揮するため、浮上しないことが望ましい。海中から航空機を攻撃することは難しく、対潜哨戒機には一方的に捜索・攻撃されることが多い。対空兵装を備えた潜水艦も一部にある ものの、攻撃すれば存在を知らせることになるため対空装備を有しないのが基本である。
発達史.
近代以前に構想または建造された潜水艦は以下のようなものがある。
第二次世界大戦では、各国の潜水艦が通商破壊だけでなく戦艦や空母を含む戦闘艦撃沈の成果を上げて威力を発揮した。ドイツは開戦当初から潜水艦を活用して無制限潜水艦作戦を行った。第一次世界大戦では単独での運用が行われていたが、潜水艦集団で護送船団を追い詰める群狼作戦を行った。しかし、アメリカ側も同じく群狼作戦を採用し、物量とレーダーと無線機を用いて、大西洋と太平洋を席巻した。
しかしいずれも撃沈された潜水艦は洋上またはそれに近い深度での航行中であり、現代において一般にイメージされる潜水艦同士の戦闘とは異なる。