また、当時強化委員長だった吉村が、助成金の受給者となる強化選手とその選手を担当することになる指導者を一方的に決めており、選手も指導者も事前には何も知らされておらず、それに異論を述べることも出来なかったと指摘して、この問題で「最も重い責任を負う」人物と認定した。
加えて、強化委員長時代からこのシステムに関与しながら是正する姿勢を示さなかった上村と、全柔連事務局長の村上清の責任も言及されることになった。
これに対して第三者委員会側は「具体的な事実を根拠に誤りを指摘するものではなく、理由なく当委員会の見解を否定するものだ」、「自らの責任を棚上げし、制度運営者に責任を転嫁するかのような態度は、極めて不当」と諭した。
さらにこれらの反論文書が理事会の決議を経ずに提出された点に「現場の意向を聞かず、物事を決める上層部の体質が改善していない如実な証左」と指摘した。
以上を踏まえて、調査に当たった第三者委員会委員長の山内は「全柔連のガバナンス（統治）の大きな問題と見ている。改善する最後のチャンスと思う。真摯に受け止め、適切に対応してほしい」、同じく委員の望月は「世間からどう見られるかわかってないんですかね。そのへんが常識とのズレで、この問題の根っこ」、山口は「あれ（全柔連が提出した文書）を見たとたんこのチームでは無理だとおもいました。価値判断できないということです。あれを公表したことの恥ずかしさ、いま柔道家として歩いているとバカだと思われます」とコメントした。
強化留保金制度は取り止めとなった。
助成金を支給される選手と指導者の組み合わせは、強化委員会からの推薦を受けた後に常務委員会の承認を経て決定されることになった。
告発状を提出したのは民主党の元衆議院議員で、現在は地元の相模原市柔道協会で相談役を務めている本村賢太郎と会社顧問の山田重人で、強化助成金の不正受給及び強化留保金の不正使用で「日本スポーツ振興センターと国に損害を与えた」として、上村と吉村を追及することになった。
本村は「柔道界のイメージは最悪。根源は上村会長と吉村前強化委員長にある。柔道界だけで処理せず、法の裁きを受けてほしい。」と訴えた。
一方、告発された上村は「（告発状が受理された場合）身の潔白を証明したい」と述べた。
返還方法の協議.