当時の刑事裁判は、検察官に相当する官職はなく、裁判役所である町奉行所が捜査・審理をして、被疑者の罪状を追及、判決を下すところまで行なった。弁護人の制度もなく、被疑者の弁護権も認められていなかった。
出入筋で密通のような可罰的事案が取り上げられることや、出入筋で始まった裁判が役所の判断で吟味筋に切り替えられることもあった。
さらに、出入筋で刑事的強制がなされ判決で刑罰が科されることや、「差紙（さしがみ）」と呼ばれる召喚状を出して奉行所への出頭を被疑者に命じて、吟味筋が開始される場合もあった。
掛の役人.
逮捕から収監までの手順.
刑事事件の取り調べは、呼び出した場合にせよ、捕縛して連れて来たにせよ、その町の自身番屋で一通り聴取をした。廻り方の同心が、巡回中に逮捕した不審者は、一番近い場所にある自身番屋に連れて行って取り調べた。そこで、町内預りにするか、放免するか、牢屋へ送るかを決める。
牢屋敷に送ることを「送り」といい、送りと決まった嫌疑者は大番屋という、自身番屋の中でも留置場の設備のある、大きな番屋へと連行された。この場合、廻り方同心付きの小者が縄をとり、町役人付き添いで送られた。
小泥棒であっても、大勢の者と係り合いがありそうな場合も、多人数を取り調べることができる大番屋送りとされた。
伝馬町の牢屋敷に収監するためには、入牢証文が必要であった。証文を発行してもらうため、廻り方は容疑者を大番屋へ預けておき、たとえ夜であっても、町奉行所に戻り、必要書類を用部屋手付同心に提出する。
この書類は吟味方に回され、それを吟味方が確認した上で御用部屋で書かれた入牢証文を当番方へ渡す。その書類が牢屋奉行の石出帯刀に提出された。
入牢証文が無ければ牢屋敷の方では決して受け付けず、一連の手続きにはどうしても1日はかかるため、その間は留置する設備のある大番屋に容疑者を置く必要があった。
入牢証文.
入牢証文は町奉行の名義で発行される公文書で、
という定型文で書かれていた。
入牢証文が石出帯刀に提出されると、大番屋に預けられた容疑者を町役人と同心付きの小者が牢屋敷まで連れて行く。ここで吟味方与力が一通り調べて、放免するか刑事被告人にするかを決めるが、ここで赦されることはほとんど無かった。
投獄と決まった場合は入牢証文が変わり、牢屋の帳面には
と書かれた。