また、脊髄に照射すると脊柱の椎骨も同時に照射され、その結果骨が伸びにくくなり座高が低くなったり、女児では脊髄の最下部に照射する際に卵巣が照射野に含まれることがあり、その場合は不妊となる。多量に照射すると放射線脊髄炎を招くことになる。
照射方法.
難聴の原因となるため、後頭蓋窩局所への照射には工夫が必要である。特に旧来の対向二門照射は内耳への照射量が多く、問題が大きい。斜めからの四門照射や原体照射が試みられるべきである。
全脳照射と全脊髄照射は、それぞれ別の機会に行うと、つなぎ目の部分に照射線量の不足が生じたり、もしくは重なってしまって耐用線量をオーバーする可能性があるため、同日に行うべきとされている。
化学療法.
脳には血液脳関門というバリアーがあり、従来、抗がん剤はこのバリアーを通過しにくいと考えられていた。実際にシスプラチンのような分子量の大きい抗がん剤も有効であることが近年になって判明したのであるが（腫瘍が存在する部位では血液脳関門が破綻していると考えられている）、このような事情から、小児脳腫瘍についての化学療法の取り組みは、化学療法によって治療成績を劇的に改善してきた他の小児がんと比べて大きく遅れていると言われている。
放射線照射と化学療法を行うと骨髄抑制による貧血、白血球減少による感染抵抗力の低下、血小板減少による出血傾向などの副作用に注意が必要である。そのほか、使用する化学療法剤によって種々の副作用がある。 
また、放射線と多量のメソトレキセート投与を併用すると、不可逆的な白質脳症が発生することがあり、照射線量とメソトレキセート投与量の限界を見極めることが必要である。小児白血病の治療では、中枢神経の再発予防照射をメソトレキセートで代替してきた歴史があり、小児科には豊富な経験がある。
したがって、これらの化学療法は、小児の化学療法に深い知識と経験のある小児科との連携により行われる必要がある。特に最近は、多剤併用療法が主流であり、各抗がん剤の効果を最大にし、副作用を最小にするという工夫が必要であり、そのアプローチは複雑なため、抗がん剤を熟知している医師でないと新しい治療法の開発が不可能であることはもとより、既存の治療でも安全に行うことは難しい。