ばいきんまんと同じくバイキン星（）からやってきた、黴菌（）の女の子。バイキン星でばいきんまんの噂を聞いて地球へ来た。絵本ではばいきんまんの助っ人としてやってきたことになっているが、テレビアニメのほうは、その口ぶりからどうやら興味本位でのことだったらしい。ポータルサイトは絵本と同じことを言っている。ばいきんまんに何の連絡も入れず、ドキンちゃんは水玉模様の卵型UFOに乗ってやってきた。テレビアニメの場合、激しい動悸に襲われて飛び起きたばいきんまんは、根城のバイキン城に隕石のような赤い球が落ちてくるのを察知し、バイキン城を空へ移動させて衝突を避けようとするが、赤い球は空飛ぶバイキン城を追いかけてきて、ぶつかって城を撃墜する（赤い球は普通に着陸する）。ばいきんまんが様子を見に行くと卵の殻が割れ、中から小さな女の子が現れた。女の子は「面倒を見なさい！」「おなかが空いた！」と言って聞かないので、ばいきんまんは仕方なく面倒を見てあげることにした。それがドキンちゃんの初登場の様子だった。それ以来、ドキンちゃんはバイキン城に居候している。
「ドキンちゃん」という名前は、心臓の拍動の高まりを表す日本語の擬態語「どきどき」から来ている。その名のとおり、「黴菌なのに恋する乙女」だと紹介されることも多い。周りから「ドキンちゃん」と愛称的敬称「ちゃん」付きで呼ばれるのが通例で、呼び捨てにされることはほとんどない。クレジットタイトルでも常に「ちゃん」が付いている。妹分のコキンちゃんからは「ドキンおねえちゃん」と呼ばれている。
ばいきんまんと同じく変装の名人で、子供に変装した時の名前は「ドキ子」。変装の際には瓶底眼鏡（）を掛けることが多い。また、変装したばいきんまんと共に登場するため、本来は実在しないようなキャラクターを名乗った少々無理のある変装をすることも多い（#変装を参照）。
外見.
身長や体格は、ばいきんまんと同等。妹分のコキンちゃんより少し大きい。アンパンマンやしょくぱんまん等と比べると明らかに身長が低い（ドキンちゃんの目の高さとしょくぱんまんの首元の高さが同じくらい）。