石原は演出における約束事として脚本と同様に「キョンの見ていない場所ではドラマは進行しない」ことを挙げており、「キョンの一人称」が原作小説の魅力であり本質でもあると考えていたことから、アニメーションでも可能な限り忠実に表現した。映像化をする上では「生っぽさ」を大事にするために「頭に大きな汗が流れる」「怒りのマークがおでこにくっつく」といったアニメ記号的表現を使用しないことも約束事としている。また、本作のような「現実が徐々に非現実へと変化していく物語」を描いていくためには、非日常や非現実的なことが起こった際に説得力を持たせなければいけないことから現実をしっかり描いていく必要があり、そのために日常芝居はドラマ的な描き方をしている。山本は「日常シーンがメイン」だと解釈しており、SOS団という日常のサークル活動の中で宇宙人や未来人といった非日常的要素が介入してくるものの、それによって彼らの日常は破綻せずに高校生活を送っているというコンセプトを貫いている。このコンセプトを作るにあたって、山本は『うる星やつら』から多大な影響を受けているが、例えば「面堂家に襲撃する（本作に置き換えると、ハルヒが神以上の力を使って使用して暴走する）」といった内容は本作では取り入れないことを制作陣の間で決めており、本作では非日常的要素が介入したとしても、それ以外の部分を可能な限り日常的に描くことを意識した。
本編エピソード「射手座の日」で絵コンテ・演出を担当した武本康弘は、本エピソードでは長門がフィーチャーされるため、なるべく彼女を多くの画面に映すことを心掛けた。また、武本は長門を描く上で以下のような点を意識している。
本編エピソード「ライブアライブ」のライブシーンではギターやベースの運指の動きを忠実に再現しており、ドラムも音と絵が完全に一致するように作られている。このライブシーンについて山本は以下のように述べている。
作画・美術.