儒学のなかにあっても特に朱子学は、大義名分論を基礎とし、主従・父子の別や上下の秩序、礼節を重んじ、身分制度や家族制度など封建的秩序を自然秩序と同様に定まったものとみたので、文治政治をすすめるうえで好適な教学であるとして江戸幕府や諸大名に歓迎された。幕藩体制は、基本的には農村を基礎とする封建的割拠体制であり、鎖国令にいたるまでは比較的自由にふるまえた商業資本もまた、「貴穀賤金」の理念にしたがって農民の下に位置づけられ、農業を本とし、商業を末とする本末論のかたちを有し、この体制を維持すべきものとして朱子学が根本にすえられたのである。
戦国時代に南村梅軒が土佐国でおこしたとされる南学（海南学派）も朱子学の一派で、梅軒の弟子で江戸時代初期にあらわれた土佐の谷時中によって大成された。この系統からは、土佐藩の藩政改革に実権をふるった家老野中兼山や、儒学による神道解釈を提唱した山崎闇斎らが出た。
闇斎は会津藩主保科正之に招かれ、正式な藩士とはならなかったものの保科家の家訓の制定にたずさわったといわれている
謹直な人物として知られる保科正之は儒学を尊信しながらも、そこにふくまれる革命思想を嫌悪したが、闇斎もまた明確に革命否定の立場に立った。闇斎はまた、朱子学の道徳的側面を強調する一方で日本古来の伝統を重視して神儒融合の垂加神道を説いた。闇斎はしだいに朱子学に対し批判的態度を示すようになり、佐藤直方や浅見絅斎ら「純儒派」の弟子たちは師の説く朱子学解釈に反対し、晩年の師に忠実な「神道派」と対立、闇斎より破門されるなど師弟相互の確執を生んでいる。
陽明学.
陽明学は、明の王陽明（守仁）が朱子学の観念性を批判して提唱した実践を重んじる学問で、行為よりも知識を重んじる朱子学に対し、知識と行為の一致すなわち知行合一の立場で現実を批判してその矛盾を改めようとするなど革新性をもっていた。