店頭で支払う際は、店員にEdyで支払う旨を伝えると、POSレジまたは決済端末に金額が表示されるので、これを確認の上、端末にEdyを触れさせれば決済完了となる。その際「シャリーン」という決済音が鳴る機器が多い。端末機器によってはほかの電子マネーによる誤決済防止のため、利用する電子マネーのボタンを利用者自身が選択しないと決済が進まないものがある。
自動販売機の場合も、同様にリーダ・ライタ部に金額が表示され、Edyを触れさせれば決済完了となるが、残高不足の場合、現金や複数個のEdy併用ができない機器もある。
Edyでポイント.
楽天Edy移行後.
EdyスマイルクーポンとEdyハッピー優待.
Edyギフト.
提携関係など.
前項の通り、複数のクレジットカードにも、Edyが搭載されている。この場合、Edyバリューのオンラインチャージは、そのEdyと一体のクレジットカードからのみ可能（いわゆる「自己チャージ」）である。
自治体の楽天Edy発行.
紛失等の対応.
不正使用の場合.
不正使用（横領、詐欺など）の場合、事業者側は対応しない（他社の電子マネーでも同様）。
盗難・紛失の場合（カード型）.
クレジットカード等一体型の場合は、クレジットカード等会社への届け出も併せて行う。
障害等の場合（カード型）.
カード型の故障・破損等については、クレジットカード等一体型も含めて、原則、カードに書かれたコールセンターに問い合わせて指示をあおぐことになる。当該サービスの変更や終了で、記載されている連絡先に電話がかけられず、その後継先がない場合や連絡先自体がカードに記載されていない場合は、原則として「楽天Edyカスタマーデスク」が受付となる。
カード型の故障・破損等について利用者に重大な過失がない場合は、Edy発行元となっている各企業が対応する。
代替カードを使用する場合は、代替カードの提供に関しては、無料、有料、送料を含め各企業ごとに対応が異なる（代替カードを提供せず新規再発行とする企業もある）。
故障したカード型チャージ分の返金対応とする場合は、故障カードをEdy発行元へ送付する際に同封する申請書に記載した口座宛の銀行振込での返金手続きをとる。
盗難・紛失・故障の場合（モバイル型）.