ただし、青表紙系の本文が本当に元の本文に手を加えていないかどうかについては、定家による『土佐日記』の写本を調べると、本文を意識的に整えたと見られる部分もあることなどから、再検討の必要が唱えられている。鎌倉時代後期の成立と見られる昭和中期になって発見された資料光源氏物語本事には、青表紙本のそれもおそらくは原本のことであると思われる「京極自筆の本」について、「こと葉もよのつねよりも枝葉をぬきたる本」と「他の本よりも言葉を取り去っている」との批判を加えている。藤原定家により写本の奥に書き付けられた注釈である『奥入』に第一次と第二次があることを考えても、青表紙本の定義である「藤原定家の定めた本文」がそもそも一通りではないとする見方もある。 
青表紙本＝別本説.
阿部秋生により唱えられたもので、伝承によれば青表紙本とは藤原定家の目の前にあったある写本の一つを忠実に写し取ったものであり、藤原定家の目の前にあったある写本とは別本の一つになるはずであるから、青表紙本とは実は別本の一つにすぎないとして、青表紙本を別本に含めて考える説である。
問題点.
伝流.
鎌倉時代には河内本が優勢で、今川了俊などは「青表紙本は絶えてしまった。」と述べていたほどだったが、室町時代半ば頃から藤原定家の流れを汲む三条西家の活動により青表紙本が優勢になり、逆に河内本の方が消えてしまったかのような状況になった。ただし、このとき普及した三条西家系統の青表紙本は、純粋な青表紙本と比べると河内本等からの混入が見られる本文であった。
江戸時代に入ると、版本による『源氏物語』の刊行が始まった。その際、多くは青表紙系統の本文であった。『伝嵯峨本源氏物語』、『絵入源氏物語』、『首書源氏物語』、『源氏物語湖月抄』等の版本も広い意味での青表紙本系統であり、多くの場合三条西家系統の青表紙本系の本文にさらに河内本や別本からの混入が見られるものであった。明治時代に入って活字本が出版されるようになってもこの状況はしばらく続き、与謝野晶子によるものなど、当時の現代語訳もこれらの本文を元に作られていた。