学校生活をテーマとしたユニットであるため、運営においては現実の学校を模した用語が広範に使用されており、派生ユニットは「部活動」、メンバーは「生徒」、現メンバーは「在校生」、元メンバーは「卒業生」、新規加入メンバーは「転入生」、マネージャーは「職員室の先生」、ファンは「父兄」と呼ばれている。さくら学院の「三大行事」として「転入式」、「学院祭」、「卒業式」と名付けられたライブコンサートが毎年度開催されていて、歌とダンスに加えて新加入メンバーの紹介や卒業証書の授与式などが行われる。「転入式」の中で行われる「生徒総会」では、最高学年を中心としたメンバーに「生徒会長」や「トーク委員長」などの生徒会の役職が与えられる。他にも、様々な分野から有識者の講師を招く「公開授業」と題したイベントを定期的に開催し、過去にはさくら学院のコンセプトを紹介する「学校説明会」を行ったこともある。基本の衣装は、さくら学院オリジナルデザインの学校制服で、冬服と夏服があり、中等部はネクタイ、小等部はリボンを着用する。「学院日誌」と名付けられたさくら学院オフィシャルブログが開設されており、メンバーが手書きでルーズリーフに綴った文章や絵が掲載されている。また、グッズも学校をテーマとしたものがいくつか販売されている。
さくら学院をサポートする役割として先生役が設定されており、「担任の先生」の森ハヤシは、ライブやイベント、レギュラー番組のMCを務めたり一部の楽曲の作詞を行うなどして、さくら学院の活動に広範に関わっている。「校長」の倉本美津留は、生徒総会での生徒会のメンバーと役職の発表、卒業式での祝辞のほか、放送作家や音楽家としての経験を生かして毎年度末に行われる「歌の考古学」をはじめとする「公開授業」の講師も務めている。
卒業生の多方面での活躍や、成長期限定ユニットとしてメンバー育成に重点を置いた運営方針が、さくら学院の際立つ特徴として度々言及されている。
メンバー.
最終メンバー.
旧メンバー.
※年度ごとのメンバーの記載順序は公式サイトに準拠した。
在籍期間.
部活動.
さくら学院には派生ユニットとして部活動が存在し、それぞれが部活のテーマに合った楽曲や衣装でパフォーマンスを行っている。
略歴.
（特記なき場合の出典は公式サイトの「さくら学院のあゆみ」によった。また、さくら学院運営上の年度で記載した。）