ノンコーディングRNAはしばしば機能性RNA（functional RNA）と言い表されることがあるが、一部のアンチセンスRNAでみられるように、転写産物であるRNA分子それ自体には生物学的な機能がなく、その遺伝子座で転写が起こることが重要である場合や、そもそもノンコーディングRNA遺伝子そのものが生体にとって必要でない場合もみられるため、厳密にはすべてのノンコーディングRNAが機能性RNAであるわけではない。
ノンコーディングRNAの分類.
RNAの構造は一次構造（塩基配列）、二次構造（相補鎖形成によるステムループ、バルジ、シュードノットなどの構造）、三次構造（分子の全体あるいは一部がとる立体構造）の観点から述べることができるが、ノンコーディングRNAの一部は進化的に保存された一次構造、あるいは二次構造を含むことが知られており、これらの構造上の特徴が生化学的な分子活性に重要であることが示されている。このような構造上の特徴をもとに、ノンコーディングRNAは大きく以下のように分類することができる。
上記のような分類に当てはまらない、現時点ではやや特殊と思われるノンコーディングRNAも多数報告されており、その例をいくつか挙げておく。
RNAサイレンシングによる遺伝子発現制御.
RISCの機能.
ノンコーディングRNAによる核内構造体構築.
哺乳類細胞の核内の核内構造体は膜構造を持たず染色体テリトリー（クロマチン間領域）という領域を形成している。クロマチン間には様々な核内構造体が存在しており下記のようにまとめられている。
概要.
キャスター.
遺伝子組換え
某巨大掲示板
コロンビア大陸
ピュタゴラス学派
パンゲア・ウルティマ大陸
予測されるシナリオ.