しかし犯人グループの一人が金浦国際空港内にノースウエスト航空機などが駐機しているのを発見し異常に気づく（この点については、「航空燃料タンクの商標」「シェル石油のロゴのついた給油トラック」「犯人グループが持っていたラジオをつけたらジャズやロックが流れた」「ジープに乗ったネグロイドの兵士がいる」「フォードの車が動いている」「北朝鮮の職員に偽装した韓国の警官が、『日本の大使が待っています』と発言した」など、諸説ある）。
さらに犯人グループは機体に近づいてきた男性に「ここはピョンヤン（平壌）か？」と尋ねた。男性は「ピョンヤンだ」と答えたが、犯人がさらに北朝鮮における五カ年計画について質問したため、答えに窮してしまう（「九カ年計画の三期目と答えた」との説もある。また、ほかの軍人に「ここはソウルか？」と尋ねたところ、事情を知らないその軍人は「ソウルだ」と答えた。こうした食い違いは、当事者の少なさやその当事者の後日談による部分が多いためだと考えられる）。
これを見た犯人は、畳みかけるように「キン・ニチセイ」（金日成）の「大きな」写真を持ってくるように要求したが、北朝鮮の敵国である韓国においてこの写真は当然用意することもできず、犯人グループは偽装工作を確信する（写真の件については諸説あり、用意できたという説もある）。
交渉.
着陸したのが金浦国際空港であることが犯人にわかってしまったあと、韓国当局は犯人グループと交渉を開始。韓国に来てしまった犯人グループは即座に離陸させるように要求したものの、韓国当局は停止したエンジンを再始動するために必要となるスターター（補助始動機）の供与を拒否。この結果、よど号は離陸することができなくなり、事態は膠着する。管制塔から「一般客を下ろせば北朝鮮に行くことを許可する」との呼びかけも行われ、犯人グループは強硬な態度を保ったものの、食料などの差し入れには応じた。
膠着状態.
このあと、よど号の副操縦士が犯人グループの隙を見て、機内にいる犯人の数と場所、武器などを書いた紙コップをコックピットの窓から落とし、犯人のおおよその配置が判明した。韓国当局はこの情報をもとに特殊部隊による突入を行うことも検討するが、乗客の安全に不安を感じた日本政府の強い要望で断念する。