警官隊の山狩りの結果、山岳ベースの一つ、迦葉山ベースが発見される。焼けてしまった榛名ベースと違い、ここでは大量の証拠品が残されていた。迦葉山ベースの捜索で警察は、切断された衣服や屎尿にまみれた下着を発見、証拠品として押収した。人間は、窒息などの死亡時、屎尿を垂れ流す。さらに、死後硬直した死体から衣服を脱がすにはナイフなどで切断するしかない。さらにこれまでの捜索から想定されている人数に比べて残されていた寝袋やリュックサックの数が多すぎることから、「殺人」が行われたことを確信した警察は警察犬を投入して周辺の捜索を行ったが、遺体を見つけることはできなかった。
相次ぐ供述による事件発覚.
あさま山荘事件終結後も、日本社会党の議員や左派系マスメディアの中には、連合赤軍を擁護する主張・言動を続けていた者が少なからず見られた。しかし、あさま山荘事件とその直後に発覚した山岳ベース事件の真相と連合赤軍の実態が明らかにされるにつれて、連合赤軍を擁護した者たちの面目と社会的信用は丸つぶれとなった。かくて、左派として行動・主張してきた者たちもことごとく一斉に手の平を返し、連合赤軍を批判する側へと回っていった。
日本国内では、これまで新左翼運動を否定的に見ていた人間はもちろん、新左翼運動を好意的に見ていた人間も、この事件によって新左翼（極左）を嫌悪するようになっていった。それまで世論の一部に存在していた連合赤軍に同調する動きもまた、一気に冷却・縮小していった。
左翼党派の反応.
左翼党派の反応については、以下の通り。
その後・裁判経過.
裁判においては印旛沼事件、あさま山荘事件などの各メンバーが関与した事件も本事件と併せて扱われた。
遺書は以下の通り。
森の自殺を受けて各メンバーは後に以下のように振り返っている。
坂口は現在も確定死刑囚として東京拘置所に、吉野は千葉刑務所にそれぞれ収監されている。なお、坂口の死刑が執行される見通しは立っていない（共犯者である坂東が逃亡中であり、その裁判が終了していないため）。
事件の原因.
山岳ベース事件における大量殺人の原因については、様々な意見がある。
「共産主義化」.
大菩薩峠事件当時に赤軍派に在籍していた当事者でもあった重信房子は大菩薩峠事件による大量逮捕により「共産主義化」が求められるようになった経緯について以下のように振り返っている。