平野はオープニングテーマ「冒険でしょでしょ？」のレコーディングの際に歌詞が記載された紙にねこマンを書いており、その場に居合わせた石原にねこマンのイラストを披露した。その後、シリーズ後半部分に「ファンシーなキャラクター」を必要としていた石原は平野にねこマンの使用許可を求めた。石原は結果的に自身の予想を超えて様々な場面で使用されたと振り返っている。
展開.
パロディ.
本作では日本のポップカルチャーから様々な文化的要素がパロディとして組み込まれており、その形式は文章やフレーズ、キャラクターの動き、画面構成、音楽など様々である。例えば「射手座の日」では石原が当時好きだったアニメ『宇宙戦艦ヤマト』（以下ヤマト）のパロディが随所に見られる。ゲームパッケージにはヤマトの艦長・沖田十三に似た人物が描かれていたり、敵の親玉であるコンピ研部長はデスラー総統に似た容姿となっており、これらは石原自身も言及している。また、同エピソードでキョンが着用している軍服は『銀河英雄伝説』に登場するヤン・ウェンリーが元ネタと言われている。また、他のエピソードにおいても「孤島症候群」では、涼宮ハルヒが目の前の人物に向かって指差すシーンがあるがこれはテレビゲーム『逆転裁判』が、「涼宮ハルヒの退屈」においてSOS団メンバーが野球をするシーンに使用されているBGMは『タッチ』がそれぞれ元ネタと言われていたり、「ライブアライブ」では実写映画『リンダ リンダ リンダ』のオマージュとなっていたりする。
エピソード.
制作陣は「次週のエピソードのネタバレはしない」ということを徹底しており、アニメ雑誌にも次週のあらすじを載せておらず、ランティスもCM展開を自粛していた。
次回予告のハルヒとキョンの台詞には台本が一切なく、全てアドリブでの収録となっている。杉田と石原が互いに台詞の案を出し合い、それを口頭で平野に伝えるという形となった。