ワサビの葉も辛味があり、わさび漬けなどに、太い根茎は、主にすりおろして香辛料とする。食欲増進、食物防腐、制菌作用があることから、生ものに添えられ、刺身や寿司、蕎麦などの日本料理には欠かせない薬味として知られる。根茎は薬効がある生薬として、民間では山葵根（さんきこん）と称されることもあるが、ワサビは中国にはなく、本来は「山葵」とすることは誤りである。薬用としてよりも、香辛料として用いられる。野生のワサビは根茎部が小さくてほとんど使えないため、山菜として利用するのは主に地上部である。
地下茎（根茎）.
根茎はおろして辛味薬味として使う。根わさびとして使う部分は地下茎で、すりおろすと揮発性のからし油が生じて、鼻に抜ける刺激的な辛みが生じる。おろしわさびは、日本料理の薬味として使い、寿司、刺身、茶漬け、蕎麦、鰻の白焼きなどに添えられる。特に、魚類の生食には欠かせない食材として知られる。洋食のローストビーフやスパゲッティに使われることもある。また西洋料理、特に日本料理に影響を受けた近代フランス料理でソースなどに使用されることがある。牛肉とも相性が良いので焼肉に添えたり牛カツに添える店もある。ワサビをすりおろしたことにより生じる辛味成分アリルイソチオシアネートは、強力な抗菌作用があることが知られており、刺身や寿司に使われることは食中毒予防の観点で理にかなっているといわれ、その香りによって魚の生臭みも防ぐこともできる。ワサビの辛味は、根茎の先の根に近い下のほうに行くほど強くなり、水分は少なく白っぽくなってくる。青茎種が最も辛みが強く、粘り気がある。
ワサビの風味、特に辛味は揮発性のものが多いため、すりおろして余り時間を置くと風味を失ってしまうが、すってすぐの物も味にカドが有る。地下茎とおろし器を供して自分でするシステムを取る店やその来店客は、おろす動作の体験や、おろしたての強い香りを重視する。
ワサビの鼻につんとくる独特の刺激的な辛さは、一般的に子供には好まれない。そのため、寿司などにワサビを入れないものを「サビ抜き」といい、子供やワサビが苦手な人のために作られる。また、逆に鉄火巻きの要領でワサビだけを巻いた寿司として「ワサビ巻き（なみだ巻き）」がある。
刻んだ地下茎を酒粕に混ぜて漬け込んだ粕漬けの一種のわさび漬けは、酒のつまみや米飯の副菜となり、静岡県の名物となっている。