同じ区間でJR貨物が第二種鉄道事業者として営業していてもJR線として見なされない。
東京モノレール、JRバスのようにJR会社の子会社の運営である場合や、JR会社の第一種鉄道事業路線や第三種鉄道事業路線であっても他の事業者が第二種鉄道事業者として運営している場合は、一般にJR線とは認識されず、運賃の通算も行われない。第一種鉄道事業の例としては東海交通事業城北線、嵯峨野観光鉄道嵯峨野観光線、第三種鉄道事業の例としてはのと鉄道七尾線の和倉温泉駅以北がある。
また、第一種鉄道事業者のJR線と線路を共有して、他の鉄道事業者が第二種鉄道事業者として営業している場合もある（のと鉄道七尾線の和倉温泉駅以南、嵯峨野観光鉄道嵯峨野観光線、井原鉄道井原線）。この場合、同じ線路を走行するが、運賃は別立てである。（特例で運賃がJRと同額となる区間も存在する。）
関西国際空港へと向かうJR関西空港線と南海空港線もりんくうタウン駅から関西空港駅の間でともに第二種鉄道事業者として線路を共有している。両社の接続点となるりんくうタウン駅は共同使用駅であるが、関西空港駅では両社のホームと改札が分離されているためこの区間で南海の電車に乗る場合はJR線とは見なされない。乗車券についてもりんくうタウン駅から乗車し関西空港駅まで普通乗車券で利用する場合のみ特定運賃が適用され、券売機は両社それぞれ用意されているものの同じ運賃でお互いの列車と改札を利用できる特例があるが、関西空港駅から乗車する場合やその他の乗車券の場合はこの特例は適用されない。
所有者はJRではないがJR線扱いされる路線.
鉄道事業者における案内呼称.
私鉄各線の駅や車内放送における乗換案内では頻繁に聞かれる言葉である。たとえば渋谷駅では「東急東横線・東急田園都市線」などと会社名と路線名を両方述べる言い方が多く、「東急線」という一括案内は用いられることが少ないのに対し、JR駅への案内は山手線、埼京線などとは言わず「JR線はお乗り換えです」という表現で一括することが多い。また、JR中央線の各駅停車と快速は共通して中央線などと呼ばれるのに対し、常磐線は常磐快速線と常磐緩行線を分けて言うことが多いようである。