アメリカのエネルギー省（DOE）では以前からこの生物の存在を把握しており、同国の生物調査機関に属していた牧悟郎元教授が中心となって生態の研究が進められ、彼の故郷である大戸島の伝承にある神の化身「呉爾羅（ごじら）」の名から「GODZILLA」という英語名が与えられていた。日本政府は「巨大不明生物」と呼称し、牧の情報を入手して以降は、日本語訳した「ゴジラ」の通称も用いるようになる。
形態（シン・ゴジラ）.
デザイン（シン・ゴジラ）.
イメージデザインは前田真宏が担当。庵野が持っていた「原点回帰」というコンセプトと、庵野が描いた初代ゴジラの首が高く伸びて全体が屹立したスケッチなどを手掛かりにしたという。
初代ゴジラは爬虫類が変化したもの、という説明があるが、本作品では急激な進化の行きつく先にあるものは何なのかという考え方から恐竜型には寄せておらず、海から上がってきたゴジラが急激に突然変異が起こって、みるみる変化していき、最終的に初代ゴジラのイメージに近くなったフォルムと解釈したという。
キャラクターデザインではモノクロで描かれていたが、自己再生と崩壊を繰り返しながら進化していくゴジラは、絶えず傷だらけになりながら増殖して大きくなっていくことから、マグマや傷の血を彷彿とさせる赤い体色となった。ただし、痛々しい感じの傷口のようにするために、奥まった溝の部分は赤く、出っ張ったところは黒くしている。
当初は海から上がってくることから陸上ではうまく歩けず、尻尾で支えて歩くイメージであることから、庵野の案で尻尾は大きくしており、足も地面に全体が付くのではなく、かかとが上がっている感じにしている。
造形・表現（シン・ゴジラ）.
キャラクターデザイン・雛形製作は竹谷隆之。
首から胸部にかけては筋が入っている感じにしているが、筋肉ではなく気持ち悪さが出た感じにしている。表皮や筋肉は、重力が下に及んで垂れ下がっていることから、下半身は皺が出来てどっしりとしている。