しかし、外科手術まで望まない当事者の存在や、日本など性別移行当事者に対する医療や法律の整備が遅れている国といった事情もあるため、このプロセスどおり進まない人も大勢存在する。当事者が精神疾患などと結び付けられてきた過去もあり、この医学界でよく用いられたトランスセクシュアルという言葉を不快に感じる当事者もいる。そのため使用は避ける方が望ましいとされる。トランスジェンダーという言葉はトランスセクシュアルという単語と比べて、より包括的であり、当事者のスティグマを悪化させることはない。このため、公的な組織の中にはトランスセクシュアルという用語の使用を控える場合もある。それでも医学的処置のうち、身体的な性別移行（トランジション）を希望した人のなかには、トランスセクシュアルという呼称を希望する人もいるため、個別の当事者を尊重する必要がある。
この用語は「性別適合手術済みのトランスジェンダー」を「トランスセクシュアル」と呼び、「トランスジェンダー」の言葉のほうには性別適合手術をしていない人も含まれるといった誤った二分法に基づいて反トランスジェンダー活動家によって恣意的に使い分けられることがある。こうした様々なトランスジェンダーの人々から「真の」トランスセクシュアルを選り分けるような意図でもってこの用語を使用するのは不適切である。
トランスヴェスタイト.
トランスジェンダリズム.
また、前述の政治的イデオロギーと混同させる事案と同義の用法として近年の日本では「トランスジェンダリズム」を「性自認至上主義（性自認主義）」と表記する者がいる。