またグノーシス派の中には、自らを「真のキリスト者」と任じ、正統派教会を批判しながらも、「信仰すら持たない者に比べれば少なくとも正統派教会は信仰を持っており、グノーシスの奥義に導くことができれば救済へ至る可能性が高い」と考え、これに布教の手を伸ばす教団もあった。これらが正統派教会にとって大変な脅威となったと推測できる。
なお、グノーシス派が倫理的行為を軽視する点から、「グノーシス派は律法を否定する放逸主義であり、肉欲的である」と、しばしば正統派教会は非難してきた。だが、この批判は、一部のグノーシス派を除き、グノーシス主義全般に当てはまるものではない。少なくとも、トマス福音書の思想は禁欲的である。
グノーシス主義から見れば、本福音書は偽作でも外典でもなく、グノーシス主義に則って、イエスの言葉を解釈して成立した正規のグノーシス文書である。また、正統派教会が本福音書をマニ教による偽作であるとした根拠として、事実、本福音書は、マニ教徒により広く受容されていたが、グノーシス主義の一派でもあるマニ教が、その解釈原理から本福音書を採択していたのは、至極当然なことである。
トマス福音書のグノーシス神話.
イエスの伝承の視点から見た神話論.
この福音書は、グノーシス主義的な神話というものがはっきりわからない状況にある。
三世紀初頭以降トマス福音書は、初期カトリシズムの教父により、異端者たちの偽作であるとして、正典から排除されたとされている。トマス福音書と同時に発見された文書には、ギリシャ哲学のプラトンの著作もあったことから、グノーシス派は、ギリシャ哲学や、オリエントの諸宗教とも関連があったとされている。そのため、神話論のはっきりしない文書は、客観的思考を重視していた異教としての、ギリシャ哲学や、オリエントの諸宗教と関連づけすることも可能となっている。
ナザレのイエスの説いた教えは、正統的教会によって、おおむね下記のように教義化した。