汁は煮干や椎茸の出汁がよく用いられる。醤油、味噌、醤油と味噌の合わせ味と、家・店によって違う。外観上も澄まし汁と味噌汁の中間といった感じを呈す。また汁に具として細切りや輪切りのニンジンやシイタケが多い。合わせ味は、醤油、味噌ともに大豆から作られることから「いとこ汁」と呼ばれる。最近は県外者の客の好みに合わせて削り節や昆布の味もある。家食の場合も基本的には、出汁と味付けは大きく変わらない。
付け合せ.
茹でキャベツや油揚げと、甘辛く味付けされた肉には馬肉を用いることが多く（近年は豚肉の使用が多い）、トッピングにきんぴらごぼうを入れることもある。近年では、肉なしのうどんは安く提供し、肉を入れたうどんは「肉うどん」として別メニューにする店が多い。茹でキャベツを添えるのは桜井うどんが始めたとされる。
薬味には「すりだね」を用いる。これは赤唐辛子をベースにしてゴマや山椒を加えて油で炒めたもので、これも吉田のうどんと各店の特徴ともなっている。
食べ方.
一般家庭では、冠婚葬祭時にうどんでもてなす習慣がある。その場合は煮あげた麺を大皿に盛り、銘々が箸で取り、手元のお椀に入った煮干や椎茸出汁の醤油味の温かい澄まし汁につけて食べる「つけ麺方式」が多い。
店舗にあるメニューで特徴的なものは、馬肉(稀には豚肉)を甘辛く煮たものを乗せた「肉うどん」、冷たい麺に冷たい汁を皿に満たした「冷やし」、温かい汁に冷たい麺をつけて食べる「つけ麺」などである。いずれも煮キャベツが具として入れられている。店舗によっては、つけ麺の麺を温めて汁が冷めないようにできるところもある。
なお、つけ麺で食べるときはお代わりをする前提で皿に麺が大量に盛られている。店舗の場合はつけ麺やかけうどんによらず一杯ごとのボリュームがあるために、お代わりを頼む人はそう多くない。また回数も控えめである。
また、茹でた麺を器にとり、茹で汁をそのままかけた「湯もり」という食べ方もある。この場合、鰹節等を上からかけた上、生醤油を回しかけて食べるのが一般的である。
店舗.
市販品.
吉田のうどんをモチーフにした、カップ麺、セブンイレブンでのレンジアップおよび冷やし吉田のうどんなどが市販されている。
動画.
吉田のうどんをPRするため、富士吉田市出身の武藤敬司出演の動画”ムトウ踊るマハラジャ”が地元の富士吉田市により制作されている。