なお、これらは自然な分布の下でのことであり、例えば人為的に移植が行われた場合、帰化種の場合にはたやすく雑種が生じる場合もある。たとえばタイワンザルが日本に持ち込まれ、ニホンザルとの間に雑種を形成しており、さらにその雑種との交配も確認されている。それらの雑種はほぼ両者の中間的な形質を持っている。このことから、両者を別種としていることに対する疑問を呈する向きもあるが、別種と見なす判断は、元来は地理的に隔離されており、生殖隔離が完全に近く、その上で形態的な差異があることに基づいている。人為的な移植がなければ別種との判断が揺らぐことはなかったと推測される。
イエネコとヤマネコは極めて近い種であるために交雑が発生し得る。これらでは野猫の問題が良く知られており、野生動物・在来種としてのヤマネコを保護する観点から、人為的に持ち込まれたイエネコ（ノネコ）を捕獲・駆除しなければならないという状態にあり、捕獲後の扱いに関して、これに反対意見を述べる者もあって社会問題にもなっている。このように、在来種の遺伝子プールが、外部から流入した外来種との交雑によって変異することを遺伝子汚染という。
日本では養蚕業で長年カイコが飼育されてきたこと・野生種のクワコが存在していることから、伝承として『青白』というカイコの品種がクワコと交雑したと考えられているが、現在では実際にクワコからカイコへの遺伝子移入が起こったかどうかは確認されていない。逆に、『外来種』であるカイコの遺伝子がクワコに流入したかについては、長年カイコが養蚕業で飼育されているにもかかわらず、交雑個体が野外で確認されていないこと等により起こっていないと考えられている。ただし、クワコ由来の遺伝子が交配により導入されたカイコの品種や形質（クワコツマグロ）が存在する。
人為的な雑種.
家畜・作物では、混血（交雑）は様々な優れた形質を家畜や作物に与えようとして（品種改良）、実験的交配が繰り返されてきた。この中には生物学的な問題を無視して、異なる科や属に位置する種族どうしを掛け合わせようとした歴史もある。