しかし、京都北白川に出城を構え、応仁の乱では東軍の副将を務めて隆盛を極めた若狭武田氏も、義統と息子の武田元明との家督抗争や重臣の謀反などから国内が安定しておらず、上洛できる状況でなかった。そのため、義統は出兵の代わりとして、弟の武田信景を義秋に仕えさせた。
義秋は一乗谷において、朝倉氏と加賀一向一揆との講和を行ったり、上杉輝虎に上洛を要請したりしたものの、これらは実現に至らなかった。この頃、義秋のもとには上野清信（清延）・大舘晴忠などのかつての幕府重臣や、諏訪晴長・飯尾昭連・松田頼隆などの奉行衆が帰参した。
義秋はまた、輝虎と甲斐の武田信玄・相模の北条氏政の講和を図っている。なお、義秋は朝倉氏よりも上杉輝虎を頼りにしていたという。だが、輝虎は武田信玄との対立と、その信玄の調略を受けた揚北衆の本庄繁長の反乱、越中の騒乱などから上洛・出兵などは不可能であった。他の大名からも積極的な支援の動きは見られなかった。この時期、義秋の御内書には、義景の副状が添えられている。
上洛と畿内平定.
そして、義昭は朝倉氏の家臣であった明智光秀の仲介により、信長との交渉を再開した。またこの時、義昭が光秀に対し、信長に仕えるよう密命を下した、と桑田忠親は指摘する。信長もまた、家臣の村井貞勝、不破光治、島田秀満らを越前に派遣し、和田惟政もこれに加わっている。
将軍就任と幕府再興.
さらに、義昭は信長の武功に対し、副将軍か管領（または管領代）への任命、斯波氏の家督継承、その当主の官位である左兵衛督の地位、五畿内の知行など、褒賞として高い栄典を授けようとしたが、信長はそのほとんどを謝絶した。結局、信長は弾正忠への正式な叙任、桐紋と二引両の使用許可のみを受け取った。また、信長は堺・草津・大津を自身の直轄地とすることを求めていることから、虚名より実利を選択したと考えられる。