本作の企画が『アニメ化企画進行中・劇場版 交響詩篇エウレカセブン（仮）』として、最初期の誌上リリースがあった際、ボンズで制作総指揮をとる代表取締役社長の南雅彦は「神話」というキーワードを挙げている。この「神話」にあたる映像に関して、テレビシリーズでは、本作中でも同じ表紙を持つ書物にジェームズ・フレイザーの著作名があてられていたが、本作では具体的な著作名は挙げられていない。しかし、「神話」の存在が物語の展開上、重要な役割を担っており、クレジットでは神話協力として専門家の小関章ラファエルの起用もみられる。ただ、本作のモチーフは児童文学『ピーターパン』である。
本作では、テレビシリーズ『交響詩篇エウレカセブン』でシリーズ構成や脚本などを担当した佐藤大は参加しておらず、京田知己が総監督、ストーリー構成、脚本を手掛け、京田個人の特色がより色濃く反映された作品である。またテレビシリーズの特色の一つであるサブカルチャー色は控えめになっており、特徴であった電子音楽も流れていない。
完成した作品は、カット単位で分解されたテレビシリーズの映像と新作映像とで再構成され、テレビシリーズの登場人物・キャラクターなどはそのまま流用しつつも、全くの別世界の物語となった。ゆえに本作品は、テレビシリーズと世界観、人物設定などが大きく異なり、テレビシリーズで協力関係であった人物が本作品では敵対関係であったり、善悪属性が相反していたり、血縁関係だった人物が他人となっていたり、劇中現在故人という扱いの者もいるなど、全体的に異なった設定になってしまった（一種のスターシステム的な用法）。
本作品のサブタイトルは、YMOの楽曲「ポケットが虹でいっぱい」からの引用である。
ストーリー.
これはもうひとつの宇宙、もうひとりのレントンとエウレカの物語。
突如、南太平洋に出現した、謎の生命体イマージュと、人類との間に戦争が始まって、約半世紀もの月日が流れていた。恐怖と憎悪が世界を覆い、人々は希望を失っていた。
ワルサワでの研究が「ドーハの悲劇」という未曾有の災厄を招き、ドミニクが犠牲になったことをレントンは後に知る。その後、突如現れた人民解放軍によってエウレカが拉致される。レントンは泣き叫ぶエウレカを助けることが出来ず、初めて味わう大人の暴力に屈し、ただただ無力な自分に打ちのめされる。