ザフトのミネルバは連合とオーブの同盟軍と激突。これにアークエンジェル、フリーダムやキラたちは武力介入し、カガリはオーブの代表としてオーブ軍の撤退を命じるものの、既に実権を握っていたセイランに拒否され、三つ巴の戦いを繰り広げていく。この戦いでセイバーやアビスをはじめとした戦力をも失い、多大な被害を受けたミネルバとファントムペイン。後者に最新兵器「デストロイガンダム」(デストロイ)を渡したジブリールは、ザフトが駐留する連合離脱地域であるユーラシア連邦西側への攻撃を命じる。デストロイは都市を次々と壊滅させ、夥しい数の死者を出しながら侵攻し、ベルリンへ到達。この時、デストロイにはシンと懇意であったステラ・ルーシェが乗っていた。ステラはインパルスに乗っているシンに気付いて一時攻撃を止めるものの、後方で様子を見ていたフリーダムが視界に入るとパニック状態に陥り再び攻撃態勢に入ってしまう。インパルスへ向けて大口径ビーム砲が発射される寸前、やむなくフリーダムがデストロイを撃墜する。ステラは生体CPUであり、肉体的限界が近かったところに撃墜時の傷も負ったため命を落とし、シンはフリーダムへの復讐心を抱くようになる。
これを見届けたラクスはザフトへの停戦勧告を行い、ザフト側も合意。ラクスは調停者としてプラントへと渡り、ザフトとオーブの停戦が実現した。
月日は経ち、オーブにてシンはアスランとともに家族の慰霊碑に花を手向ける。そこに現れたキラがフリーダムのパイロットであることを知り、和解した三人は戦いの決意を誓うのだった。そしてザフトの白服をまとったキラは、プラントにてラクスに迎えられた。
各話リスト.
スペシャルエディション（総集編）.
報道特別番組の影響.
キャンペーン.
HDリマスタープロジェクト.
前作『SEED』と同様に、既存映像のHDリマスター作業と、一部新規作画への差し替えが施されている（詳細は機動戦士ガンダムSEED#HDリマスタープロジェクトを参照）。
新規要素としては、ストライクルージュの新たなストライカーパック「オオトリ」が原典におけるエールパックに代わって登場する（詳細はストライカーパック#オオトリを参照）。
関連作品.
クロスオーバー作品.
他作品に登場する様々なロボットと共演するテレビゲームソフトのジャンル。下記の作品群に登場（参戦）している。
コマーシャル.