本作では、主人公である古代進とヒロインの森雪を宇宙と地球に完全に別離させた上（ストーリー上、終始両者が全くの別行動を取り続ける展開は、後年制作された「復活篇」を除き、シリーズ中本作のみである）、古代には姪のサーシャを、雪には敵将校のアルフォン少尉を接近させ、それぞれが別の異性との間で揺れ動くという形で、遠距離恋愛に伴う危機を描き、「愛することは信じ合うことである」（西崎プロデューサー曰く「信頼の愛」）をテーマに（主題歌・「愛よその日まで」の歌詞中にもそのテーマの片鱗が覗える）、地球と暗黒星団帝国との戦いを描いた。
前年に放送されたテレビスペシャル『宇宙戦艦ヤマト 新たなる旅立ち』からの続編。シリーズ中、唯一前作と共通の敵と戦う。
松本零士は、本作で「宇宙戦艦ヤマトシリーズ」を終えるとしていた。
製作会見.
ストーリー.
古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結し、小惑星イカルスへと向かう。しかし、森雪が途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカルスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であると判断し、爆発阻止のために暗黒星雲へと旅立つ。
その頃、地球に取り残された雪は、敵将校アルフォンによって介抱されていた。雪は、アルフォンから重核子爆弾の情報を聞き出すため、彼の下に残るが、彼もまた彼女の思惑を知ったうえで傍に置いていた。そして、次第にアルフォンは愛する人を信じ続ける雪の姿に惹かれていく。
その時、地球にいる雪から通信が入る。地球ではパルチザンが占領軍との戦いを続けており、アルフォンから「自分を倒せれば重核子爆弾の秘密を教える」と約束され解放された雪は、重核子爆弾内部でアルフォンとの一騎討ちに事実上勝利。アルフォンからもたらされた解体図を基に、爆弾本体側の起爆装置の解除に成功したのである。
デザリアムと波動エネルギーの融合による爆発は二重銀河全体へとおよび、二重銀河は崩壊し、新しい銀河が生まれようとしていた。自らの行いを責める古代だったが、そこへサーシャの幽霊が現れ、古代やヤマト乗組員を励まして、母スターシャの下へと帰っていく。スターシャとサーシャを見送った後、ヤマトは地球への帰路に着いた。
主な登場人物.