治承・寿永の乱においては、佐竹氏は平家にくみしたために源頼朝によって所領を没収された。後に頼朝に従って奥州合戦に加わったが、近年の研究では奥州合戦の直前まで佐竹氏の抵抗が続いていたと考えられている。奥州合戦の際に無地の白旗を持参したところ、頼朝の旗と等しかったことから紛らわしいとの理由で、扇を白旗の上に付けるよう命じられた。この扇は月を描いており、以後、佐竹氏は家紋として「扇に月」（一般的には日の丸扇と呼ばれている）を用いることになる。
承久の乱の戦功によって佐竹氏は美濃国に所領を与えられるが、その時一族の一部が美濃に移住した。後に和泉国や土佐国に見られる佐竹氏もその末裔と推測される。
鎌倉時代においては、奥七郡への支配権は宇佐見氏、伊賀氏、二階堂氏などに奪われ、後に北条氏などがそれらの郡の地頭職を獲得し、佐竹氏は不遇の時代を過ごすことになる。
常陸佐竹氏.
南北朝・室町時代.
戦国・安土桃山時代.
義宣は秀吉の権威を背景に常陸南部に割拠する大掾氏配下の国人たち（いわゆる南方三十三館、主として鹿行二郡の塚原氏・行方氏・卜部氏・麻生氏・鹿島氏など万石未満の土豪。小田原陣の頃は下総の千葉氏の傘下に転じている）を討伐するなど領主権力の強化を進めることとなる。
関ヶ原の戦い.
処遇の際、細川忠興が「大大名の佐竹氏には出羽一国でなければ家臣を賄いきれず変事が起きるかもしれない」と進言したが、家康の側近だった本多正信・正純親子に「出羽一国を与えるのでは常陸と変わらないから半国でよし」と決められてしまった。後に政争に負けた正純が失脚したとき（宇都宮城釣天井事件）、幕府は正純の身柄を佐竹氏に預け、出羽横手への流罪とした。正純は横手城の一角でさびしく生涯を終えたという。
江戸時代.
明治時代以降.
昭和時代前期に佐竹侯爵家の邸宅は東京市麹町区九段、佐竹子爵家の邸宅は千葉県船橋町、佐竹（西家）男爵家の邸宅は東京市世田谷区代田、佐竹（南家）男爵家の邸宅は埼玉県浦和市領家、佐竹（東家）男爵家の邸宅は東京市世田谷区東玉川町にあった。
岩崎佐竹家の佐竹義理子爵は相馬子爵家からの養子であり、貴族院の子爵議員や、國光生命保険会社の社長を務めた。その息子で爵位を継いだ佐竹義勝は陸軍騎兵将校となった。