児童は男女の別に関わらず、肉体的な快感とは別に、男性器への強い関心を示す傾向が見られる。これはフロイトによれば男根リビドーと呼ばれ、この関心を示す時期を「男根期」というが、去勢への恐怖・願望を伴うことがあり、性器切断を思わせるフレーズに強くひかれる様子が見受けられるのはこのためであるとされる。故意に性器に対して痛覚や温度的な刺激を与えるなどし、ときには自傷行為に及ぶこともある。
少年による男児への性器傷害事件は、この妄想や性的衝動がより強く到った結果と解釈することもできるが、現在のところ、明確な説として出されているものではない。
外科的治療手段としての性器切断.
生殖器に発生した病変の治療のための性器切断.
性同一性障害に対する性別適合手術以外にも、症病によっては治療の一環として性器の切除手術を余儀なくされる場合がある。こうした医学的理由による切除の原因は外傷もあれば様々な症病の種類も多様であるが、陰茎切断や睾丸摘出はガン、陰嚢切断はフルニエ壊疽に対する場合が典型例である。切断を伴う手術にあっては形成外科手術を経て性転換に到ることもあるが、本件に限って言えば性器の切断そのものが目的ではなく、治療の手段として行われるやむを得ぬものであるため、できうる限り残すか、もしくは人工的に性器を形成する手術（陰茎再建術/陰嚢再建術）を伴うこともある。ちなみに医学用語の「陰茎切断術」は（ドイツ語：）の訳語である。
割礼事故としての性器切断.
先進国の多くでは正規の医療施設での包茎手術が整備されているが、一方で家庭でも手軽に施術の行える器具が市販されている。仕組みは器具によって様々であるが、亀頭の包皮を内側と外側から挟み込み、巻き込んだ後にトリガーを動かして器具内部の刃によって切除するといったものが挙げられる。家庭での使用を念頭に置いてあるため、ビデオなどの映像による説明書が添付されていることが多いが、誤って包皮を両側から挟み込まずに作動させ、亀頭に損傷を負うといった事故は懸念される。
事故による治療としての性器切断.
半陰陽治療としての性器切断.