作風は前作よりもさらに実際のトレカゲームのリードプレイ、リプレイ集的な印象が強くなっているほか、物語前半はカードゲームの楽しさを描いた明るいコメディ作品だったが、後半は「心の闇」をテーマにややギャグが入りながらも前作同様のシリアスな作風となった。
この作品を収録したDVD版もある。本作はVHSビデオが出された最後の作品となり、以降の作品はDVDに完全移行した。
あらすじ.
十代をライバル視していたオベリスクブルーの万丈目は、十代と三沢を相手に連敗したことで、信用を失い学園を去った。万丈目は偶然漂着したノース校で腕を磨くと、同校のトップとなるまでに成長を遂げた。アカデミア本校とノース校の対抗戦で、万丈目はノース校の代表として本校代表の十代と戦った後、本校に復帰することになった。
世界を滅ぼす程の力を秘めた故に学園に封印されていた「幻魔皇ラビエル」「降雷皇ハモン」「神炎皇ウリア」の三幻魔のカードをめぐって、セブンスターズと名乗る集団が襲来する。三幻魔のカードの封印の鍵を守るべく、十代、亮、明日香、三沢、万丈目、クロノス、大徳寺が鍵の守護者として選抜され、セブンスターズと戦うことになった。セブンスターズとの戦いは闇のデュエルと呼ばれ、敗者の魂が奪われる命がけの戦いとなった。
エドに敗れた亮は、その後も連敗を続け完全に落ちぶれていた。非正規の地下デュエルによって精神を追い詰められた亮は、対戦相手やデュエルそのものをリスペクトする心を失い、ただ勝利のみをリスペクトするヘルカイザーとなってしまう。
ジェネックス終了後、鮫島は生徒たちの更なる向上を目指して、デュエル・アカデミア・ウエスト校からプロフェッサー・コブラ教師を特別教師として招いた。十代は、自分と同じく精霊が見えるヨハン・アンデルセンと出会い友人となる。
ゾンビ達も正気に戻り、無事学園に戻ってきた十代たちだが、ヨハンはユベルと共に消え戻ってくることはなかった。そしてアモンも戻っていなかった。十代は全ての元凶であるユベルがかつての自分のカードだったことを知り、自分の責任だと思い詰めるが、仲間たちに励まされ、ヨハンを助けるために再び異世界へと向かった。その場に居合わせた亮、エド、クロノス、アモンの同僚のエコーもそれぞれの思惑を秘め異世界へ飛んだ。