日本では特に江戸時代を舞台にした「名奉行もの（お白州もの）」や「捕物帳」といったジャンルがある。「名奉行もの」は一種の法廷ものである。「捕物帳」は岡本綺堂の『半七捕物帳』を嚆矢とし、緊密な構成をもった本格物から江戸風俗の描写に力を入れたものまで幅広い。歴史ミステリと特に区別なく使用されることがしばしばある。
シャーロック・ホームズシリーズのように長く人気を保ち、後代の作家によって続編が書かれつづけた結果、時代ものとしての一面も持つに至った作品もある。
歴史ミステリ.
歴史上の謎に、現代の探偵役が資料などを元に取り組むもの。史実における謎を真面目に取り扱った作品も存在するが、多くはフィクションとしての面白さを狙った奇抜な回答が用意されることになる。純粋に歴史上の謎のみを解決することは少なく、ほとんどの作品では探偵役と同時代の犯罪事件の解決も付随している。退職した刑事が迷宮入りした過去の事件を再検討する作品は警察ものに分類される。
ジョセフィン・テイの『時の娘』、高木彬光の『成吉思汗の秘密』など。
SF/ファンタジー/オカルト.
魔術師や超能力者が存在する状況、死者が甦る状況、宇宙の果てを航行する宇宙船の中、人類と異なる思考体系の知性体との共同社会など、現実世界ではありえない状況・環境を許容する世界観の中で発生した事件について、その世界観の下で論理的な捜査と考察を行えば推理小説になりうる。日本ではこのような非現実的な状況下において論理的な推理で事件を解決する作品に対し、米澤穂信による『折れた竜骨』の後書きや解説から「特殊設定ミステリー」という用語が使われるようになった。日本でのヒットは超能力による頭脳戦、デスゲームのような極限の状況下、複雑なルールのギャンブルを描いた漫画の影響が指摘されている。
論理性よりもSFや超能力の設定を重視し、ノックスの十戒では批判された（大半の読者には）理解出来ない高度な科学技術や、超能力による犯罪・解決をメインに据えた作品も多い。
サイバー犯罪のように執筆時点では空想であったが技術の進歩により現実となった例もある。
井沢元彦の『猿丸幻視行』のようにタイムトラベルものの歴史ミステリもある。