この新タイプの追加でタイプの相性によるタイプの強弱、つまりゲームバランスが変化したが、そのことについて開発元であるゲームフリークの森本茂樹は「前作と同じで、結局エスパーが強いという話ではおもしろくない」と語り、西野弘二は「あく」と「はがね」を追加した理由について、「一番の目的はエスパー対策」と語っている。
ポケモンの能力値に関する仕様変更.
ポケモンの性別.
ポケモンの性別は、前作ではニドラン以外では触れられておらずゲームシステムとして存在しなかった概念だが、本作から設定上・ゲームシステム上のいずれでもほとんどのポケモンにオスまたはメスの性別が存在するようになった。性別が存在するポケモンの場合、そのポケモンの「こうげき」の生まれつきの強さがある基準よりも高い場合はオス、低い場合はメスになるが、その基準はポケモンの種類ごとに異なっている。
性別は、ゲーム上では後述するタマゴの要素と技「メロメロ」に関わる。
タマゴ.
ゲーム中で他のポケモンと同じように手持ちに加えたりボックスに預けたりできる「タマゴ」とは、たまごポケモンのタマタマやラッキーに直接関係するものではなく、ポケモンの赤子が入った卵そのものを指す。設定上、誰も生まれる瞬間を見たことはなく実際にポケモンが生んだ卵そのものかどうかは定かではないとされ、ウツギ博士によって「保育器のようなものかもしれない」との仮説が唱えられたとされている。
「タマゴグループ」とは、ポケモンのタマゴが見つかる組み合わせに関わるポケモンの分類であり、すべてのポケモンはその種類ごとにどのグループに属するかが定められている。「タマゴみはっけん」に属するポケモンを預けた場合はいかなる場合もタマゴは見つからない。
タマゴグループ一覧
持ち物.
それにより、以下のようなことができるようになった。
懐き.
『ピカチュウ』版ではオーキド博士からもらったピカチュウ（IDNo.が一致する場合）のみに懐きの概念が存在したが、本作から所持している自分のポケモンすべてに懐きの度合いが存在するようになった。ポケモンの種類ごとにそのポケモンを入手したとき（捕獲、譲渡、通信交換）のなつき度の初期値が決まっており、一定歩数連れて歩く、特定のアイテムを使う、瀕死状態にするなどの行動で増減する。また、通信交換に出すと初期値に戻る。
懐きの具合に関連する要素は以下の通り。