生物を大きく仲間分けすることは古来普通に行われてきたことであって、普通名詞に含まれる生物の名前はすべてその過程の産物である。この場合の分類は人間の生活上の都合がよければそれでよいものである。このような分類法を人為分類という。日本語では、たとえば、獣といえばほ乳類を対象にしており、現在の分類学とほぼ一致するが、「魚介類」というと脊索動物である魚類、軟体動物である貝やイカタコ、節足動物であるエビやカニ、棘皮動物であるウニやナマコまでもがそこに含まれる。しかし、魚屋で扱われる生き物というくくりとして、実用的には便利なまとめ方である。
自然分類.
西洋の博物学の歴史のなかでは、どのような分類が正しいのかが検討され続けた。自然の仕組みを正しく理解することへの欲求がそれを推し進め、あるいは世界を創った神の意志を推し量るためでもあったと思われる。そのようななかから、生物の分類には何か唯一の正しいものがあると考えられるようになった。たとえば、クジラは魚介類ではあるが、実際には魚類ではなくほ乳類に分類すべきだと判断するのである。それを自然分類という。ここから、分類学は自然分類を探し求めることがその目的になった。その始まりがカール・フォン・リンネであった。
なお、どのような分け方が自然分類に当たるのかは最初は当然わからないわけで、既にある分類体系を検討し、個々の生物についての知識を増し、それをもってさらに体系を再検討することを繰り返してゆくことで、いつかは正しい自然分類にたどり着くと考える。当然、その途中の段階では自然分類ではない分類法が取られることになる。それは、その時点では分類に重要と考えられた特徴に基づいて分類されたものだが、後代からはこれを特定の特徴に引きずられ、誤った判断に基づく人為分類といわれることになる。
カール・リンネ.
分類学の位置.
分類学は、その学問における位置づけが見方によって大きく変わる。一方では博物学的で、網羅的、記載的な学問であり、古くさいものだとの見方がある。これは往々にして生命科学を標榜するような分野からの視点である。このような分野では、生物の個々の種などはあまり重要でなく、すべてに共通するような生命の基本的な性質に関心があり、それを解明するためには少数のモデル生物さえあればよいのである。