現在の日本では、たとえば陸上の脊椎動物や蝶などは通常の図鑑でほとんどの種名が判明してしまう。種子植物などもほとんどは同定できるだろう。しかし、より広い生物の分類群を見渡した場合、一般に生物の同定は難しいものである。実際に存在するすべての種が記載されている分類群はほとんど無いし、その大半が記載されていると言える群も一部にすぎず、身近に見られるものにも未記載種がたくさんある、ということは珍しくない。そしてその同定のための図鑑がない群だっていくらでもある。専門家以外が同定を行う場合、そのような条件下で、ごく一部かも知れない種についてのみ掲載された図鑑を頼りにしていることは知っておくべきである。
たとえば、クモを捕まえて、それが雌成虫であれば生殖器なども観察して種名が確定できる。その結果それがオニグモであるとわかれば、
と採集記録が書ける。亜成虫であれば雌生殖器は確認できないが、それ以外の特徴から、ある程度は確かな判断ができるだろう。しかし、幼虫であれば、この判断は困難となる。その場合、属までの判断であきらめざるを得ない。採集記録はこう書く。
という場合もある。
利用される形質.
同定に使われる形質は、その対象となる群によってさまざまであるが、肉眼的生物では、古くから形態的なそれが重視されてきた。また、微生物学では生理的形質が重視された。現在では、遺伝子も利用できる。
形態.
図鑑などを利用する場合、同定に使われる形質は、主として形態的な形質である。これは、古来の分類学がこれを重視してきたためでもあり、また、最も取り扱いやすいためでもある。例えば高等植物であれば葉の形や葉柄の様子、その縁のぎざぎざの具合、あるいは枝へのつき方などがよく利用される。しかし、多かれ少なかれ基本的にはよく似た姿の生物であるから、その区別は微妙であり、日常的な用語では区別して記述するのは困難であり、いきおい独特の表現が使われる。図鑑等ではそれらの解説が巻頭か巻末に置かれているので、それを参考にしながら理解する必要がある。
たとえば日本産のカシの木の場合、葉の形の描写は以下のような具合である。
生態的性質.