藩札の刷新.
江戸時代後半になると、各地の藩は幕府の許可を得て、藩札と呼ばれる独自の紙幣を発行していた。それらは正貨と兌換できることが原則であったが、財政が逼迫する藩では兌換用の準備金を他へ流用し、さらに穴埋めのために藩札の乱造が繰り返された結果、藩札の価値は紙切れ同然となっていた。備中松山藩も例外ではなく、方谷が元締役に就任した当時で藩発行の五匁札には偽札まで出回っており、藩札の信用は地に落ちていた。
文武の奨励と軍制改革.
改革の開始に際し、家中には倹約令とともに文武の鍛錬に励むことが奨励された。併せて銃砲が主体となる洋式軍制の導入が試みられたが、内陸の山国である松山藩では外国勢力への危機意識が薄く、さらに戦国以来の旧弊に拘る藩士たちには受け入れられなかった。
山国であり地形の入り組んだ松山藩では城下町防衛の要となる地を集中的に防衛する必要があったが、それらの多くは山間の未開地であった。これらを防衛するため方谷は倹約令で困窮する下級藩士たちを移住させ、平時は土地開墾に従事させ、開墾地からの収穫には租税を免除することで彼らの窮状を救うと同時に恒常的な防衛体制を整備するという、後に明治政府が北海道開拓に採用した屯田制の先駆けともいえる制度を発案した。この案は当初こそ「武士の身分を奪われる」と誤解されて反発を受け、僅かな希望者が単身で賀陽郡野山（現・吉備中央町宮地）に入植しただけだったが、先述の租税の免除も手伝って大きな収入が得られることがわかると彼らの家族が移り住み、また藩が学問所や道場を整備したことで、移住志願者が続出するようになった。
方谷は庶民の教育にも力を注いだ。城下の鍛治町（現・高梁市鍛治町）、飛地の八田部（現・総社市総社）と玉島（現・倉敷市玉島）に民間のための学校「教諭所」を設けた。教諭所には藩校・有終館の会頭が交代で出張して講義を行い、助教は庶民出身者が務め、成績優秀な生徒には士分への登用の道も開かれていた。
幕末期.
参政就任.
しかし国元では倹約令で不満を溜め込んでいた上級藩士たちの間で「方谷は主君の出世の機会を潰そうとしている」と不満が噴出し、さらに城下防衛と生活救済を目的とした下級藩士の移住計画も「武士の身分を奪われる」と誤解した藩士たちの間で反対の声が上がり、方谷の暗殺計画も噂されるようになった。
長瀬への移住.