これら都市伝説的な解釈の多くは多元宇宙論など現代物理学の理論から着想され、学術的に一定の支持を得た仮説を前提とするものであるため、しばしば科学的に実証されたものと誤解される傾向がある。しかし、それら要因が人間の記憶に干渉する具体的なメカニズムが示されておらず、その因果関係を示す科学的な根拠も乏しいため、一般には疑似科学的な俗説とみなされている。
提唱者のブルーム自身はSFドラマ『スライダーズ』になぞらえたパラレルワールド説を好んで引き合いに出し、それが同氏の主張としてしばしば紹介されているが、ブルーム本人はそれはあくまで空想的な考察の一つであり、絶対的な主張として述べたものではないとしている。同氏によるとマンデラ効果は本来SF愛好家などが不可解な現象を空想的に楽しむための概念として確立されたものであり、学術的に真剣に議論するようなものではないとしている。また、現象の作為性が認められないとして、陰謀論としての解釈にも否定的な立場を取っている。しかし、近年陰謀論者らがマンデラ効果を持論に援用するためその理論を曲解するようになり、マンデラ効果の議論が本来の趣旨とはかけ離れたものになってしまっているとの苦言を呈している。
懐疑論.
懐疑主義の立場からは、マンデラ効果を人間の記憶の不確かさによる虚偽記憶としている主張が多く見られる。主な説としては、他の記憶からの連想（類似した記憶によって作り出された記憶）によるとするもの、記憶の抽象化や再構築の過程で生じた作話（脳内で無意識に捏造された記憶）によるとするものなどが挙げられる。
それ以外にも、フェイクニュースの影響によって事実と異なる記憶が生じたものとする説や、によって既存の正しい記憶が誤った情報の干渉を受けたものとする説が唱えられている。
ブルームはマンデラ効果の事例の中にも、それら懐疑的な理論で説明できるものがあることを認めている。しかし、それらは同じ記憶が不特定多数で広く共有されている事実について十分に説明できるものではなく、全ての事例について合理的に説明できる有力な説は現在のところ存在しないと主張している。
学術的な研究.
マンデラ効果そのものは学術的な研究の対象となるものではないが、事実と異なる記憶を多くの人が共有する現象はと称し、その現象の認知科学的な解明が進められている。