シンがフリーダム相手の戦闘シミュレーションに熱心しているのを見て止めさせようとするが、愛するステラをフリーダムに殺されたことでフリーダムを憎んで復讐を誓うシンの強い決意を止めることと介入したフリーダムのせいでハイネら仲間達の犠牲が出た結果もあって止めることはできなかった。そして更にミネルバにアークエンジェル討伐の命が下され、タリア艦長に異議を唱えるがザフトの為もあって却下される。エンジェルダウン作戦において、シンはキラの乗るフリーダムを撃破、アークエンジェルは行方不明となる。帰投したシンに侮辱されてキラの撃墜に対する怒りで、シンと掴み合いながらミネルバのクルー達に「キラもアークエンジェルも敵じゃない」と旧友への想いを主張するが、自身の暴行を制止しようとするレイには「我々ザフトにとってアークエンジェルとフリーダムは敵であり、フリーダムを討てたシンは命を張ってザフトの誇りを守ってくれた存在であります」と断じられたため、アスランの悩みはやがてザフトでの立場からも孤立を始めてしまう。
この際、重傷を負っていたアスランは発声すら困難な状態であったが、カガリやキラを守りたかったと二人に伝える。カガリやキラはアスランが意識を取り戻したことを心の底から安堵し喜んでおり、またアスランが議長に騙されてキラと敵対してオーブに犠牲を出してカガリを傷つけたことを責めなかった。気持ちの根本がたがったわけではないことを確認できた三人は和解する。
オペレーション・フューリーを発動したザフト軍によってオーブが襲撃を受けた際には、アークエンジェルにCICとして乗艦したが、ラクスからインフィニットジャスティスガンダムを受け取り出撃する。戦場でシンと再会し、彼を説得しようとするがレイの妨害により失敗。怒りと動揺に満ちていくシンに猛攻を仕掛けられるも、インフィニットジャスティスはデスティニーやレジェンドに抵抗できる性能を持つ機体であったことと、アスラン自身が精神的な迷いを吹っ切り始めていたことにより、シンとレイを撃退する。しかしまだ傷が癒えていない状態だったため、アスランはコクピットの中で傷が開き気絶して機体は落下してしまい、キラのストライクフリーダムガンダムに回収される。