近代〈神智学〉では、東洋の哲学・宗教の多くの教えが改変されたが、特に「輪廻転生」の理論は根本的に改変され、元来の教義からはるかに遠ざかっている。〈神智学〉の転生の信仰では、永続する個人的な根源、死後も存続し次の生へ転移する「自我（霊魂）」の存在が想定されている（仏教では実体のある自我は存在せず、個人的意識・霊魂が輪廻することはない）。神智学徒たちは、チベットのトゥルク（化身ラマ）という悟りに到達した人が、衆生が地上で苦しむ限り涅槃に達しないという菩薩の誓いを立て、死の瞬間に人格と意識の統一を保持し転生するという慈悲の転生から着想を得て、秘教的仏教では死後の意識の根源を認めていると賛美したが、フレデリック・ルノワールは、チベットの概念では生まれ変わる「永続的な根源」や「個人的な意識」の存在は想定されておらず、その教えを歪曲したものであると指摘している。チベットの思想において、トゥルクは全くの例外的存在である。
〈神智学〉の霊的進化論（霊性進化論）は、最終段階で神に近い存在に至るとされるが、キリスト教で神が天地創造の段階で人間を神の似姿として作ったという神話の逆である。また、人類は初めは肉体をもたない霊的な存在（第一根源人種）であったが、徐々に退化して物質世界に埋没したのが類人猿になったとされる。吉村正和は、これは猿人からの進化を説くダーウィンの進化論の逆であると述べている。
マハトマ（偉大な魂）・大師（マスター）.
神智学協会の主張によると、宗教、神秘主義、オカルトの奥義は、歴史の黎明以来ひそかに受け継がれてきたもので、それが支配する力の大きさや危険性から、どの時代においても一部の選ばれた少数の人間にのみ伝授され、守られてきたものであるという。神智学協会の創立者たちは、自分たちがそれを託された最後のものだと主張し、自分たちの使命は全世界のそれを知らしめ、その「ヴェールを脱がせる」ことであるとした。