平安時代から鎌倉時代にかけて延暦寺から多くの名僧が出ている。円仁、円珍の後には「元三大師」の別名で知られる良源（慈恵大師）は延暦寺中興の祖として知られ、火災で焼失した堂塔伽藍の再建、寺内の規律維持、学業の発展に尽くした。また、『往生要集』を著し、浄土教の基礎を築いた恵心僧都源信や融通念仏宗の開祖・良忍も現れた。平安末期から鎌倉時代にかけては、いわゆる鎌倉仏教の祖師たちが比叡山を母体として独自の教えを開いていった。その一方で、当時の比叡山からすれば法然の専修念仏思想などは「異端」であったため、念仏停止を要求するなどの対抗措置・圧力をかけたり、武力衝突（嘉禄の法難）も起きている。
比叡山で修行した著名な僧としては以下の人物が挙げられる。
武装化.
延暦寺の武力は年を追うごとに強まり、強大な権力で院政を行った白河法皇ですら「賀茂河の水、双六の賽、山法師、是ぞわが心にかなわぬもの」と言っている。山は当時、一般的には比叡山のことであり、山法師とは延暦寺の僧兵のことである。つまり、強大な権力をもってしても制御できないものと例えられたのである。延暦寺は自らの意に沿わぬことが起こると、僧兵たちが鎮守社の日吉社にある神輿（当時は神仏混交であり、神と仏は同一であった）を奉じ、強訴という手段で時の権力者に対し自らの主張を通していた。
このように、延暦寺はその権威に伴う武力があり、また物資の流通を握ることによって財力も保有し、時の権力者をも無視できる一種の独立国のような状態（近年はその状態を「寺社勢力」と呼ぶ）であった。延暦寺の僧兵の力は興福寺と並び称せられ、南都北嶺と恐れられた。
武家との確執.
初めて延暦寺を制圧しようとした権力者は、室町幕府第六代将軍の足利義教である。義教は将軍就任前は義円と名乗り、天台座主として比叡山の長であったが、還俗し、将軍就任後は比叡山と対立した。
なお、義教は延暦寺の制圧に成功したが、義教が嘉吉の乱で殺害されると延暦寺は再び武装化し、数千人の僧兵軍団を強大化させ、以前のように独立国状態に戻った。
復興.
近代.
現代.
延暦寺近辺への土砂の大量不法投棄.
組織暴力団との関係.
暴力事件.
比叡山の修行.
籠山行.