アニメーション作家・映画監督の宮崎駿は東映動画時代の後輩である。また、『太陽の王子 ホルスの大冒険』から『おもひでぽろぽろ』に至るまで、長年にわたって共に作品を作ってきた盟友でもある。東映動画時代、組合活動を通じて宮崎に与えた思想的影響は少なくない。東映動画を離れて以降も共に作品を作り続け、演出面でも宮崎に影響を与えた。但し、晩年は二人三脚で作品を作る事はなくなっていた。
高畑は宮崎の事を『「彼自身の猛烈な労働と惜しみない才能の提供」と「おそるべき緊張感と迫力」によって、わたしの怠け心を叱咤し、うしろめたさをかき立て、仕事に追い込み、乏しい能力以上のなにかを絞り出させたのは、宮﨑駿という存在だった。』、「特に若い頃の彼の献身的で無私の仕事ぶりに日々接する事がなかったならば、わたしはもっと中途半端で妥協的な仕事しかしなかったに違いない。」と述べている。
高畑は『となりのトトロ』について、「子供達は森にトトロがいる可能性を感じられるようになった」と評価している。また、宮崎が基本設計した「三鷹の森ジブリ美術館」を激賞し、その建築的意義を称えている。また、宮崎は、その三鷹の森ジブリ美術館で開催された「アルプスの少女ハイジ展」で、高畑の演出を評価しながら詳細な解説を行なったり、『千と千尋の神隠し』の制作の際には、視点がずっと千尋を追う事に対し「パクさん（高畑）に怒られるな」とぼやいていたという。これは演出に際し、そういう事だけは絶対にやるなと高畑に教わった為である。鈴木敏夫によると、宮崎が一番自分の作品を見せたい相手は高畑で、宮崎が見る夢には、いつも高畑しか出てこないと話した事があるという。宮崎・高畑の両名と仕事をした事のある富野由悠季は、「世情的には、『ラピュタ』以後の二人が袂を分かったという声も聞きますが、全くそんな事はありません」と述べ、高畑の方法論と対峙した結果として、宮崎の作品が生み出されたとして、「高畑さんがいなければ、宮崎さんはアカデミー賞を取れなかったと断言出来ます」と指摘している。