月の異変に気付いた妖怪たちは、人間のパートナーを引き連れて調査に出かける。また、原因を突き止める時間を稼ぐため、夜の進行を止めた。このため後の幻想郷の人間の間では、この異変は「夜が明けなかった」異変（永夜異変）として記憶されている。
主人公たちは幻想郷を駆け巡るうちに、竹林に隠された館「永遠亭」に辿り着く。ここで、真の満月を隠していたのは、月の姫の蓬莱山輝夜とその従者の八意永琳であることが明らかになる。
罪を犯して地上で隠遁生活を送っていた輝夜と永琳は、月から逃げてきた玉兎の鈴仙・優曇華院・イナバを匿っていた。鈴仙を通じて得た月の情報から、満月の晩に月の使者が訪れると知った二人は、罪人である自分たちが使者と会うのはまずいと考えた。そして、真の満月を隠して偽の満月にすり替えることで、使者が自分たちのところへたどり着けないようにしていたのだった。
永琳と輝夜との交戦の後、幻想郷に真の満月が戻った。
また、幻想郷自体が強力な結界に守られているために、月を隠さずとも使者は訪れられないことを知った輝夜ら永遠亭の住人は、竹林に篭もることを止め、幻想郷の住人として暮らすようになった。
登場人物.
新規の登場人物.
ここでは、『永夜抄』が初出の登場人物を解説する。
既存の登場人物.
ここでは、『永夜抄』が初出ではない登場人物を解説する。
自機ではないが、エンディングなどに以下の人物が登場する。
略歴.
舞台を中心に活躍している。
上杉修
経歴.
郷土史家としても八戸藩日記など数多くの郷土資料を収集した。
主な研究.
略歴.
ラジオ・ノヴァ
捜索救難機
ウェストポートの戦い
ウェストポート.
プライスのミズーリ州遠征.
戦闘.
ブラッシュ・クリーク沿いの戦闘.
南軍の撤退.
結果.
注目される参戦者.
ウェストポートで対戦した戦力.
北軍.
南軍.
指揮官に関する論争.
戦場の保存.
このサイトの適切な処置として、広範な金属探査と埋蔵物分析という形でさらなる作業が推奨された。工兵司令部が計画する堤防工事は追加の土地に逆効果であることがうたわれ、緩和措置が推薦された。
記念.