二階堂氏の子孫は実務官僚として鎌倉幕府・建武政権・室町幕府に仕え、その所領は日本全国に散在しており、多くの庶子家を出した。喜連川藩の家老であった二階堂氏は元は上総国椎津城を与えられた鎌倉府の家臣で、小弓公方成立時にその傘下に入りそのまま喜連川氏に従った椎津二階堂氏の出身であるが、鎌倉府に仕えた二階堂氏の系統が複数あるため、どの系統につながる二階堂氏かは不明である。
隠岐流二階堂氏.
鎌倉時代の二階堂行政の子・行村の流れで鎌倉時代中期から建武政権、室町幕府にかけて執事、評定衆、検非違使、高家として活躍した。細かく分けると、行村の子である元行を祖とする「隠岐家」、同じく行村の子である行義を祖とする「出羽家」、同じく行村の子である行久を祖とする「常陸家」、同じく行村の子である行方を祖とする「和泉家」、行義の子である行有から分かれた「備中家」（広義の「出羽家」に含まれる）に分けられる。
嫡流であった隠岐家は霜月騒動の影響で衰退し、本拠地を薩摩国に移して薩摩二階堂氏に発展する。薩摩二階堂氏の傍流は伊勢国深矢部郷に移り、室町幕府の奉公衆となっている。
信濃流二階堂氏.
鎌倉時代の二階堂行政の子・行光の流れで、行盛の代から政所執事を独占した。相次ぐ当主の急逝や隠岐流に執事職を奪われたことで衰退するが、室町時代になると再び勢いを取り戻し、室町幕府の政所執事や評定衆として活躍した。細かく分けると、行盛の子である行泰を祖とする「筑前家」、同じく行盛の子である行綱を祖とする「伊勢家」、同じく行盛の子である行忠を祖とする「信濃家」に分けられる。