もうひとつは、酵素のような構造遺伝子は、種の間であまり変わらない。異なるのは、遺伝子発現がツールキット遺伝子によって調節される方法である。これらの構造遺伝子は、胚の異なる部分で、異なる発生段階で何度も再利用され、制御の複雑なカスケードを形成し、他の調節遺伝子および構造遺伝子を正確なパターンでオンオフする。
新しい形態学的特徴および最終的には新しい生物の「種」ができるのは、ツールキットによってであり、ツールキット遺伝子が新しいパターンで発現される場合、またはツールキット遺伝子がさらなる機能を獲得する場合のいずれかにおいてである。もう一つの可能性はエピジェネティックな変化が後にされるという新ラマルク説である。これは、多細胞生命の歴史の初期において重要であったかもしれない。
歴史.
反復説.
進化形態学.
体の構造の制御.
深い相同性.
動物の卵は、クラゲからロブスター、蝶からゾウまで、非常に異なる体を生じさせる。これらの生物の多くは、コラーゲンや酵素のような身体を構成するタンパク質においては、同じ遺伝子を共有しているが、生物学者は各動物群に独自の発生のルールがあると予想していた。エボ・デボの驚きは、さまざまな動物の種によるの体の違いに寄与するのは、遺伝子が異なるからではなく、調節遺伝子すらも、すべての動物が古代から共有してきたものであったということである。キリンは長い頸部の遺伝子を持っていない。象は大きな体の遺伝子を持っていない。彼らの体の発生は、切り替えシステムによって異なっていた。つまり、いつはじめるか、胚のこの部分またはその部分に生じさせるか、発現の時間を多くするか少なくするかなどにより、パターン化され異なる特徴が発生で生じる。
胚発生が制御される方法の謎は、ショウジョウバエをモデル生物として解決され始めた。その胚発生の制御は、蛍光色素を、胚で発現されるタンパク質に結合させ、視覚化された。目的のタンパク質が、生きている胚の、どこにいつ出現するかが調べられた。
遺伝子ツールキット.
胚の制御ネットワーク.