海上自衛隊の艦首旗（首艦旗・国籍旗）も帝国海軍と同じく日章旗（日の丸）である。掲揚は港に停泊中に自衛艦旗が掲揚されている間には艦首に、航海中は指揮官が国籍を表示する必要があると認めた場合のみメインマストに掲揚する。また国旗と内閣総理大臣旗等又は指揮官旗とを併揚する際には、国旗は右舷に掲揚する。
陸上自衛隊の自衛隊旗（八条旭日旗）と違い、海上自衛隊の自衛艦旗は国際慣習上「国旗」と同様の扱いがされるため、式典等で観閲台の前を通る際は観閲官（観閲官の指揮官旗含む）は自衛艦旗に対して敬礼を行い、毎日掲揚・降下するも自衛艦旗であるため、日本の国旗は『艦首旗』『日章旗』『日の丸』と呼んで区別することが多い。なお主要艦船部隊以外の部隊（総監部、航空基地など）は陸空と同じく国旗を掲揚しており、単に『国旗』と称している。
イギリス及び連邦・旧植民地の海軍旗.
イギリス海軍の軍艦旗は、イングランドの国旗をベースとし、白地を赤十字で四分しカントンに国旗（ユニオンジャック）を配した「ホワイト・エンサイン」と呼ばれるものである。なお、青地（ブルー・エンサイン）であれば海軍予備隊旗あるいは政府船旗（もしくは一定の条件を満たした民間船旗）であり、赤地（レッド・エンサイン）であれば一般の商船旗である。艦首旗は国旗と同一。
このホワイト・エンサイン型の旗は、イギリス連邦諸国および植民地であった国の海軍旗に広く見られる。
アメリカ合衆国の海軍旗.
アメリカ合衆国海軍には個別の軍艦旗はなく、星条旗を掲揚する。現用の国籍旗は「ユニオン・ジャック（Union Jack、イギリス国旗の称とは別）」と呼ばれ、星条旗のカントン部を拡大したものである。
ロシアの海軍旗.
ドイツの海軍旗.
ドイツの海軍旗は、政体の変動による国旗の変遷と共に変化しているが、全体または一部に国旗と同一の色（黒・赤・金又は黒・白・赤）を配し、中央やや旗竿寄りに国を象徴する紋章・意匠を配するパターンは概ね共通していた。ドイツ連邦共和国の海軍の軍艦旗は、スカンディナヴィア半島・バルト海沿岸諸国で伝統的に使われてきた燕尾形のものになった。
中国の海軍旗.
中華民国(台湾)の軍艦旗.
中華民国(台湾)海軍の軍艦旗は国旗（青天白日満地紅旗）と同一である。
その他の海軍旗.
燕尾形海軍旗.
民間船.
沿岸警備隊.