この踏み込みは、それまでストーンウォール・インに対して行われていたものと、いくつもの点で異なっていた。それまでの踏み込みでは、一般的に第六分署がストーンウォール・インの経営者に内報した後で、家宅捜査に入っていた。加えて、通常、踏み込みは早い時間に行われ、書き入れ時の時間帯には店は通常の営業に戻れた。しかし、この夜の踏み込みは、第一分署が主体となり、いつもより遅い書き入れ時に行われている。
また、この捜索中、警察官はハンマーで店のレジを壊している。この行為について、後日、居合わせた客の一人は警察官が金を盗んだと新聞記者に証言したが、警察は店とマフィアとの繋がりを裏付ける証拠を押収するために行ったと反論した。
二日目以降.
謎と逸話.
事件にまつわる伝説.
このように謎が多い事件であるが故に、事件に関する数々の伝説的な逸話が生まれ、真偽はともかく今日まで伝えられている。
次に、暴動の引き金となった行為について、代表的な説の一つによれば、という名のトランスジェンダー女性が、警察官に警棒で突かれたことに立腹し、瓶を投げつけたという。別の説によれば、パトカーに乗せられようとしたレズビアンが暴れて、店の前にいた群集に同様の行為を唆したという。これら二つの逸話は、最初に暴動を仕掛けた人物が外見上女性であったという点、および最初に警察官に投げられた物が瓶であるという点に、共通点が見られる。
加えて、最初に警察官に投げつけられた物がヘアピンであったという神話的な逸話も流布しており、ライチをして「ヘアピンが落ちる音が世界中に響き渡った」と言わしめた。これはストーンウォールの反乱がもたらした社会的影響の大きさを象徴的に表現した名文句として、しばしば引用される。
警察官の証言.