だが戦国時代には官職名ではなくあえて諱で呼び、さらに敬称をつけずに呼び捨てにすることが最上級の敬意を表す事例もあるので、日本の歴史上、諱で呼ぶのが常に礼を失する行為であったわけではない。また、本能寺の変を記した本城惣右衛門覚書では、「のぶながさま」「いへやすさま（別の箇所では「いゑやすさま」とも）」と書かれており、諱が使用される例が皆無であったわけでもない（一方、この文では、自軍であった明智勢の明智秀満を通称の「弥平次」、斎藤利三を「くら介」「さいとう蔵介」と官職名で書いている）。
日本における通字.
日本では「ある人物の諱に用いられているものと同一の漢字を用いることそのものがその人物の霊的人格に対する侵害だ」とする観念が、中国や朝鮮ほど激しくはなかった。
そのため、平安時代中期、漢字二字からなる名が一般的になってから後の日本では「通字（とおりじ）」あるいは「系字」といい、家に代々継承され、先祖代々、特定の文字を諱に入れる習慣があった。これにより、その家の正統な後継者、または一族の一員であることを明示する意図があった。
代表的な例.
門跡、坊官（寺院）・社家（神社）.
など、類例は枚挙にいとまがない。中には、活躍した祖先の事績にあやかり、通字を用いるだけではなく祖先とまったく同じ諱を称する場合もあり、これを先祖返りといった。たとえば朝倉孝景、伊達政宗、毛利元春などが挙げられる。
偏諱.
二字名のうちの主に通字ではない方の字はある程度避ける習慣があり、このような避諱が行われた方の字を「偏諱（へんき・かたいみな）」という。
偏諱授与の風習.
偏諱（へんき）は避けるだけではなく、貴人から臣下への恩恵の付与として偏諱を与える例が、鎌倉時代から江戸時代にかけて非常に多く見られる。
戦国時代から安土時代には外交手段として一字を貰い受けることもあった（織田信長→長宗我部信親など）。桃山時代には、豊臣秀吉が積極的に大名の子息に「秀」の字を与えている。結城秀康、徳川秀忠（家康の次男、三男）、宇喜多秀家、毛利秀元、伊達秀宗などがそうである。