一般的には朱印帳を寺に持参して社寺に規定料金を支払い寺院から印を受ける。「お気持ちをお納め下さい」として金額を明示しない場合もある。この場合、「志納」という。また、服装に輪袈裟や白衣姿などでないと応じない寺院、事前に電話やインターネット等での連絡が必要な社寺もある。
朱印は印・墨書に社寺名や神仏名、寺院の朱印の場合は仏そのものを表しているとされる梵字（種子）が入っていることも多いことから、社寺で授与されるお札などと同等とされ、粗末に扱うべきではないとされる。実際、朱印帳を普段は神棚や仏壇に上げているという人も少なくない。
同様の理由で正式な朱印帳を持参しない場合、スタンプ帳やメモ用紙、ガイドブックの余白などには朱印を拒絶している社寺もある。このような場合は社寺が用意している一枚物の紙に押印して貰える（いわゆる「書き置き」）場合もある。朱印をする社寺は朱印帳を授与していることも多い。オリジナルの朱印帳を用意している社寺もあり、これを収集する人もいる。
「記念スタンプ」とは違い、社寺の職員や神職、僧侶、氏子などの手によって押印し、参拝者側が自由に押印できないのが一般的である。ただし、無人あるいは無人となることが多い寺院や神社の場合は、参拝者がみずから押せるように印章が置かれている場合や、書き置き朱印の完成品が用意されている場合もある。
構成.
単なる印だけの場合や、印に「奉拝」などの文字だけや、日付だけを墨書する場合もある。
なお、社寺名・神仏名の入った墨書風の印章（スタンプ）を押すいわゆる「版木押し」であったり、事前にあらかじめ「書き置き」した別紙、または墨書や版木押しを複写した（印刷した）別紙を渡される、もしくは貼り付けられる社寺もあるが、これらは江戸時代初期にはすでに存在している。他にも霊場の場合は、印刷された台紙に印のみを押す場合、紙ごと差し込む場合などもあり、こちらも古くから存在するものである。いずれにせよ、朱印としての価値は変わらないとされる。
全ての社寺で行われているわけでは無い。無人の社寺では基本的に行っていない場合が多く、有人の社寺でも最初から受け付けていなかったり、以前は行っていたもののやめてしまったりしている場合もある。やめてしまう理由としては、対応者の多忙や死去、朱印の破損や盗難、後述するブームに伴うトラブル回避などが上げられる。