主人公江戸川コナンが、日常生活で発生する難事件を解決していきながら、幼児化した体から工藤新一本来の体に戻るために「黒の組織」という巨大な犯罪組織の謎を解き、立ち向かっていくのが本作の主軸である。
なお、数多くの事件が発生しているものの、ほとんどは組織とは無関係であり、巻数を重ねても組織の正体が少しずつしか見えてこない。組織に関連する長い伏線が張られていて、例を挙げると以下の通りである（年月は現実のもの）。
人間関係.
推理漫画でありながら、登場人物間の関係についての話も大きな位置を与えられている。物語が進み、黒の組織の内部が明らかになるにつれて両者が混合しつつある。
登場人物の関係ではほとんどが、コナンを取り巻く人々の恋愛が問題になる。また、作者自身もこの作品を「殺人ラブコメ漫画」と称している。恋愛関係になるキャラクターは多くが昔からの知り合いという設定であり、過去の出来事に基づいた挿話がしばしば行われる。
コラボレーション.
作中には、青山剛昌の他作品のキャラクターが出演することがある。『まじっく快斗』の怪盗キッドはレギュラーといえる存在になっている。同作品からは中森銀三が準レギュラー、白馬探と黒羽盗一が稀に登場するゲストキャラクターとして、寺井黄之助と中森青子は名前は出ないながらもカメオ出演しており、アニメ版ではそれに加え、小泉紅子・桃井恵子といった人物も登場している。
その他にも、大沢在昌の小説『新宿鮫シリーズ』の鮫島警部やテレビ朝日のテレビドラマ『相棒』の杉下右京との共演もさせてみたいと青山は考えており、大沢からはに「鮫島を出してもいい」と言われているという。
用語解説.
道具.
以下の道具は協力者である阿笠博士が開発した発明品。
舞台・施設.
作品の主な舞台は東京都内の架空の町や施設で、多くの名称は推理小説に由来している。
関連作品.
特別編.
『名探偵コナン 特別編』（めいたんていコナン とくべつへん）は原作とは一線を画したオリジナルストーリー。
犯人の犯沢さん.
『名探偵コナン 犯人の犯沢さん』（めいたんていコナン はんにんのはんざわさん）は、原作での犯人をパロディ化した「犯沢さん」が主人公のコメディ漫画。
日本史探偵コナン.
『日本史探偵コナン』（にほんしたんていコナン）はオールカラーの歴史漫画（学習漫画）シリーズ。
ゼロの日常.