インカ文明の集団墳墓では、しばしば頭骨に大きな穴の開いた物が発見されるため、古代インカ帝国では（神秘主義的な）頭部穿孔が流行していたとする者もある。中には「穴の開いている個所が同じ」であるとして精神外科（ロボトミー）の施術によるオーパーツだと主張する者すらいる。
しかし実際には、当時の鉄の存在を知らなかった南アメリカでの戦争の様式が「石を投げあい、棍棒で打ち合う」というもので、特に棍棒にいたっては、石を加工して作った打撃ハンマー（中央に穴の開いた星状の石が先端にはめ込まれている）で、頭に当たれば頭蓋骨骨折を起こす物だった。このため兵士や戦闘に巻き込まれた民衆達は、絶えず頭蓋骨骨折等の負傷を受ける危険にさらされ、これによって頭骨骨折の治療技術が発達したと現代の考古学では考えられている。
頭骨が骨折する程に強い打撃を受けた場合、骨の下の硬膜下にあるクモ膜の血管が切れて血腫と呼ばれる血の塊ができる。これは急性硬膜下血腫と呼ばれ、早急に頭骨に穿孔して固まる前の血を排出させないと、脳を圧迫して意識を失い、最終的には死にいたる。また早期治療が行われないと、予後が非常に悪い事もあるため、現代医療でもしばしば行われる治療であり、疑似科学や神秘主義的な頭部穿孔とは全く別の、現代医学と同様の理由に基く物である。おそらく、頭から出血するほどの負傷者の方が、出血の無い負傷者よりも生存率が高かったことから、意図的に頭蓋骨に穴を開けて、出血させるという治療法が見つけ出されたと考えられる。
インカでは、薬物であるコカインの原料として知られるコカが栽培されており、その葉は滋養強壮や傷の麻酔に利用されていた。これを使って古代インカの脳外科医らは苦痛に患者が暴れる心配もなく、患者の頭部を切開、脳を傷つける恐れのある頭骨の破片を取り除いて縫合する事が出来た。またインカ帝国は押並べて高山地帯の寒冷地に都市が集中していた事もあり、周辺の雑菌も比較的少なかったために、感染症を起こす率も低かったという。