幻想郷で「森」と言えば通常は「魔法の森」を指す。幻想郷の「魔」が集まった森。この森は常に禍々しい妖気で溢れており、普通の人間は森の瘴気に長時間耐えられない。人間だけでなく妖怪もあまり寄り付かない場所となっているが、瘴気に耐えられる人間にとっては妖怪があまり来ないため安全。また、化け物茸の胞子がもたらす幻覚は、人間の魔力を高める作用があるので魔法使いを志すものが好んで住み着く。
霧の湖.
迷いの竹林.
迷いの竹林は、竹が生い茂る幻想郷の竹林。深い霧が立ち込め、竹の早い成長により日々変化して目印がなく、緩やかな傾斜によって方向感覚も狂うため、非常に迷いやすい。竹林の中には永遠亭がある。
かつては高草郡と呼ばれていて、伝承では大津波によって幻想郷に流れ着いたとされている。
因幡てゐはこの竹林の持ち主を自称していて、八意永琳との取引により永遠亭に誰も近付けないようにしていた。また『永夜抄』以降、藤原妹紅が永遠亭へ向かう人間の案内をしている。
無縁塚.
無縁塚（むえんづか）とは、魔法の森を抜け、「再思の道（さいしのみち）」を進んだ先にある木々に囲まれた小さな行き止まりの空間にある、無縁仏のための墓地。再思の道から無縁塚にかけては、結界の綻びがある結界の交点になっており、冥界や三途の川とも繋がることがある。また外の世界の物が落ちてきたりすることがある。。妖怪桜である「紫の桜」があるのもここである。
妖怪の山.
幻想郷で「山」と言えば通常は「妖怪の山」を指す。多くの古参妖怪や神々が住み、人間や他の妖怪たちとは異なった独自の文化や社会を築いている。特に天狗や河童は、外の世界を模した高度な技術力を持っている。幻想郷にまだ鬼が居た頃、天狗を従えた鬼神が築いた社会が基盤となっており、妖怪には珍しく組織的な社会となっている。仲間意識が強い反面、排他的で、山に入り込む余所者は追い返そうとする。
木花咲耶姫に砕かれる前の富士山よりも高かった頃の本来の八ヶ岳であり、大昔は荒らぶる火山であった。百年程前に外の世界の八ヶ岳から石長姫が移り住み、不尽の煙が上がるようになったが、人間の里ではこの煙は河童の工場の煙と考えられている。「幻想郷縁起」には妖怪の山についての様々な噂が掲載されている。