その夜、つかの間の休息をとるも、失踪した源外を探すため、かぶき町中を駆け回ったところ第七師団と遭遇する。その後、神楽や神威とともに夜兎部隊を蹴散らすが、虚の出現とともにアルタナが噴出され、江戸は壊滅状態となる。そよ姫のもとを去った定春を捜索するなか、信女が星海坊主を連れて合流し、アルタナの結晶刀を渡され、虚と定春のもとへ向かう。虚との戦いでは結晶刀を砕かれたうえ、加勢してきた真選組や第七師団をも一掃され窮地に陥るが、結晶刀の破片が虚の体内に入り、龍脈に飲み込まれた定春がアルタナを抑えていたことで虚の再生能力が低下し、最終的に新八や神楽、真選組と星海坊主・神威親子とともに虚を追い詰めた。しかし、敗北を悟った虚が龍脈へ飛び込み、手を伸ばそうとするも天鳥船の破片が落下し、彼を救うことができなかった。戦争終結後、万事屋へ戻り、神楽が定春を救うため宇宙へ行くと決めた際、自分も「やらなきゃならないこと」ができたとして、万事屋の看板を下ろすことを宣言し、江戸を去った。
龍脈の中へ消えた虚を見つけ出すため江戸を去り、全国各地の龍穴を調べまわっていた。ある龍穴へ立ち寄った際に宮司から龍穴に漂着した肉片が瞬く間に赤子へと姿を変えた話を聞き、その赤子が虚と確信し引き取る。一度は虚の殺害を決意し、短刀を突きつけたが殺すことができず、そのまま彼を連れて放浪の旅をしていた。そんなある時、崖から落ちかけた虚を助けた際、虚が松陽だったころの人格を取り戻すが、直後に奈落の襲撃を受け、拘束された虚から結晶石と化した心臓を託され、海へ落ちていった。その後、虚の心臓を破壊する決心がつかず、奈落に追われる日々を送っていた。
白衣を着てネクタイはきちんと締めておらず眼鏡をかけ、タバコ（アニメ版では煙の出るレロレロキャンディー）を咥えていることが多い。本人曰く「レロレロキャンディーはもの凄くレロレロすると煙が出る」とのこと。実際にアニメ版の銀八先生ではキャンディーを口から出し、生徒に見せていた。
ゲーム版.
『銀時vs土方!? かぶき町銀玉大争奪戦!!』では彼の鼻糞から生まれたクローンが敵として登場。ただし不完全な出来であるため、着物の色・肌の色が若干黒くなっている。