また、「貯金」といえる基金についても、「合併が決まる以前から予定されていた事業」と強弁しつつ、「新市町村に持って行かれたら損」とばかりに合併前に駆け込み事業を行ったり、地区団体に配布したりする例もみられた。
合併方式の問題.
新設合併か編入合併かをめぐって対立が起こる場合もある。
合併協議会.
一方、法定合併協議会を設置する前に、いわゆる「任意合併協議会」（任意協議会）を設置することが多いが、任意協議会はその名のとおり法的には設置する必要のない任意の話し合いの場であり、任意合併協議会を設置せず、「研究会」または「勉強会」での協議を経て法定合併協議会を設置するケースもある。
市町村によっては、任意合併協議会で合併協定書記載項目のほとんどの協議を終え、法定合併協議会は形式的に設置して、2、3回程度の協議で合併協定書を締結することもある（新潟市など）。
合併の手続き.
住民発議による法定合併協議会.
しかし、住民発議によって法定合併協議会が設置された場合、任意合併協議会や研究会・勉強会での協議の積み重ねがないケースが大半であり、協議会を設置しても合併に至らない事例が続出した。
合併協定書の調印.
合併協議会で合併協議が整うと関係市町村長による合併協定書への調印を行うことが多い。調印にあたっては、市町村長の署名押印のほか、立会人として議会議長が署名をする場合もある。
合併協定書の調印は法的には何ら意味を持たないが、セレモニーとして、都道府県知事、地元選出の都道府県議会議員や国会議員らを招いて盛大に行われることが多い。しかし、その後に行われた市町村議会で合併関連議案が否決される事例や、合併協議会の解散に至ってしまう事例もあった。
住民投票.
住民投票で合併や分割の賛否を問う方法も、一般化する方向にある。この方法では、「合併または分割自体に賛成との前提で、合併の相手先や合併後の名称次第」とするもの、「合併または分割自体に反対である」、といった選択肢が設けられる。
合併後の名称.