幕末・明治維新以降、佐幕側についた侍（藩士）は豪商や庄屋に婿養子（婿入り）した者もいた。徒士や足軽と百姓上層（本百姓）との間にある程度の流動性があることに着目し、この階層を（「身分的中間層」徒士、足軽、本百姓）と呼ぶ考え方もある。この他、百姓が苗字帯刀の特権や「士分格」という格式を得ることがある。しかし、この特権・格式は必ずしも武士化ではない。また、士分とその他の身分の間の通婚は禁じられていたが、養子縁組によりこれを回避することができた。
例外的な身分移動や同身分(百姓)間の職業移動を根拠に、江戸時代にある種の「自由」を見る考え方もあるが、身分制度は、枠組みとしては強固であり、個別の事例において、ある程度の流動性を前提にした柔軟性を有するシステムと評価される。身分移動の存在は、身分制度の弛緩や形骸化を意味しているわけではない。個別の事例をもとに、身分制度の強固さを否定しようとする論説も存在するが、それは誤りである。
日本における士農工商の終焉.
明治時代になると、近代国家へ脱皮するためには中世封建制社会の身分制度を破棄することは避けて通れないと考えられ、明治政府により江戸時代の身分制度が廃止され四民平等（しみんびょうどう）の政策が採られることになった。ただし、支配階層には華族・士族の称号が付与され、戸籍に明記された。
「華族」は、堂上家と大名を主として付与され、「士族」は、華族とされなかった武士と大部分の地下家（後に世襲の足軽も編入）に付与された。また、「卒族」は、足軽を主として一時的に付与されたが、極短期間で廃止された。
また、既得権益は恵まれた階層が持っているものとも限らない（既得権益を参照）。
後世のイメージ.
田中圭一は、「本来、士・農・工・商は職分であり、そのような職分を身分制度として説明すること自体が馬鹿げているのであるが、書物は今もそれを変えることをしない」と述べている。