テレビシリーズは当初の想定とは異なる形で打ち切られたものの、制作スタッフ達は本作品の結末を何らかの形で発表することを望み、番組終了後に劇場版の制作が決定した。当初は『機動戦士ガンダム』劇場版と同様に複数に分けての公開も考えられていたが、興行不振で最終作を制作できない事態になる恐れを考慮し、一本にまとめられた。新作の原画は作画監修の湖川友謙がほとんど1人でこなしているが、一部の新作の戦闘シーンの原画は板野一郎が担当している。また本作品の制作スタッフは劇場版『ガンダム』の制作現場と同じスタジオで作業を行っている。
評価等.
公開時には商業的な成功こそ収められなかったものの、テーマ性、作風、演出方法がアニメ業界へ与えた影響は非常に大きく、アニメ業界関係者を中心に作品のファンは多い。
また、映画解説書においては
といった評価が記されたものがある。
旧アニメ版『美少女戦士セーラームーン』シリーズのシリーズディレクターで知られる幾原邦彦は、富野由悠季のドラマ作りに於けるターニングポイントであり、それまで富野が模索してきたアニメーションに於けるドラマ描写について、「観念だけでもドラマにできる」という自信を深めた作品だとする一方で、湖川友謙が描くキャラクターが作風とマッチし過ぎており、富野由悠季の意図的な描写をそのまま伝えてしまって、視聴者側に考察する余地を与えていないと指摘している。
本作品こそ富野作品でも最高傑作であるとの感想を述べている作家の福井晴敏は、自身が原作を務めた『機動戦士ガンダムUC』の中に、イデオンが搭載するシステムと同名の「インテンション・オートマチック・システム」を登場させたり、アニメ版『UC』の終盤にはイデオン・ソードの効果音を挿入する など、いくつか本作品へのオマージュ的要素を取り入れている。
あらすじ.
劇中さまざまな人間模様が繰り広げられ、ソロ・シップは艦内に不和を抱えたまま宇宙を逃走し続けるが、次第に「イデ」の目覚めにより宇宙規模の異変が起こる。
用語解説.
イデオン.
格闘戦のほか、イデのパワー上昇に伴い、ミニ・ブラックホールやイデオン・ガン（波導ガン）、イデオン・ソードというイデの無限力を体現したイデオン本来の武器を使用可能となる。