このペーパークイズは挑戦者の実力を測る試金石であり、歴代クイズ王は概ね好成績をおさめている。また、各挑戦者の得意分野・苦手分野などをチェックする目的も含まれていた。
機内食はペーパークイズ終了後に出された。先にペーパークイズを行うのは食事による影響を防ぐためといわれていた。それ故、余りにもハードな状況（乗り物酔いなど）に体調を悪くし敗者となる挑戦者が毎年必ず出ていた。そのため、途中から挑戦者の笑いを取る問題を混ぜることで、答えやすくしていた。
福留/福澤は挑戦者の解答中に、視聴者向けに低い声で代表的な問題文と選択肢を数問紹介した（答えは字幕）。また、番組初期の頃、制限時間が迫ると福留が「とにかくマークしろ」と挑戦者に声をかけた。これは無解答による点数のばらつきを防ぐためであった。
なお、回によっては合格者の中のワースト挑戦者は敗者復活者などとの入れ替えクイズに臨むこともあった。
特別ルール.
次に挙げる各回では、ペーパークイズに特別なルールが採用されたり、ペーパークイズの前後に別のクイズが行われたりした。
突撃○×どろんこクイズ.
敗者復活戦.
正解者が規定の通過数に足りない場合は残りの枠を巡る敗者復活戦が行われた。ここでの敗者復活者は決勝戦や準決勝まで勝ち残る挑戦者も多かった。
序盤戦のクイズ形式.
団体戦クイズ.
奇襲クイズ.
クイズ形式は○×クイズまたは早押しクイズ。
「奇襲クイズ」と銘打って行われたのは以上であるが、グァム・サイパン以降のチェックポイントでは、直前までクイズをいつ行うか挑戦者に対しては知らされないことが多かった。そのため、広義の意味においては大半のクイズが「奇襲」とも言えた。
早押しクイズ.
早押しクイズは、本選に入ってから最も多く使われたクイズ形式である。実力差が出やすいので、ある程度人数が絞られてから行われることが多かった。本番組の早押しクイズでは、早押しハット（ウルトラハット）という帽子状の機材が使用された。
基本ルール.
お手つき・不正解の場合は、次のようなペナルティが与えられた。ペナルティのルールはチェックポイントによって異なっていた。