醍醐天皇の治世でも宇多上皇の御幸や宴席に従うなど、宇多の側近としての立場も保ち続けた。
左遷と死.
また『扶桑略記』延喜元年七月一日条に引く『醍醐天皇日記』は、藤原清貫が左遷後の道真から聞いた言葉として、「自ら謀ることはなかった。ただ善朝臣（源善）の誘引を免れることができなかった。又仁和寺（宇多上皇）の御事に、数（しばしば）承和の故事（承和の変）を奉じるのだということが有った」と記載している。これにより、廃立計画自体は存在したという見解もある。また、廃立計画の背景として、時平の妹である穏子の入内を望む醍醐天皇に対して、阿衡事件の経緯から基経の娘（時平の姉妹）の入内を拒んできた宇多上皇が反発したとする指摘がある。
死後の復権.
家系.
父は菅原是善、母は伴氏。菅原氏は、道真の曾祖父菅原古人のとき土師（はじ）氏より氏を改めたもの。祖父菅原清公と父はともに大学頭・文章博士に任ぜられ侍読も務めた学者の家系であり、当時は中流の貴族であった。母方の伴氏は、大伴旅人、大伴家持ら高名な歌人を輩出している。
正室は島田忠臣の娘、島田宣来子。忠臣は父も不明であるという家系の出身であったが、紀伝道においては道真の師であり、度々道真と詩や手紙を交わしあう関係であった。子は長男・高視や五男・淳茂をはじめ男女多数。子孫もまた学者の家として長く続いた。高視の曾孫が孝標で、その娘菅原孝標女（『更級日記』の作者）は道真の六世の孫に当たる。
系譜.
ただし伝承上の子も含む。
事績・作品.
和歌.
海ならず 湛へる水の 底までに 清き心は 月ぞ照らさむ（新古今和歌集 雑歌下。大宰府へ左遷の途上備前国児島郡八浜で詠まれた歌で硯井天満宮が創建された。「海ならず たたえる水の 底までも 清き心を 月ぞ照らさん」）
東風吹かば にほひおこせよ 梅の花 主なしとて 春を忘るな（初出の『拾遺和歌集』による表記。後世、「春な忘れそ」とも書かれるようになった）
漢詩.
月輝如晴雪　梅花似照星　可憐金鏡転　庭上玉房馨（月は雪の如く輝き　梅花は星の照るに似る　憐れむべし金鏡転じ　庭上に玉房馨れるを）十一歳の道真が詠んで周囲の大人たちを感嘆させたという漢詩。
彫刻.
伝説.
飛梅伝説.
薨去の地に関する伝承.