ワイツがFBI長官となりリードが次官補として仕える。チームはロマンの残したデータから、記憶操作薬ZIPがジェーンの死を招くことを知る。テロリストのレミーに戻ったジェーンはタトゥーを使ってチームを操り、憎むウェラーとともに暮らしながら、密かにサンドストームの使命を実行しようとする。ロマンの幻がしばしばジェーンを訪れて助言する。クロフォードの会社MCIグローバルの大株主のマデリン・バークはブレイクら重役に毒を盛って会社を乗っ取りターシャを手下とする。リードとターシャは互いに愛情を抱きながら敵味方となる。
やがてウェラーはジェーンがレミーに戻ったことに気づく。ジェーンはウェラーやチームの前から姿を消し、悪化する症状に悩まされながらシェパードを脱走させる。ウェラーはジェーンを捕らえ、危険な治療を施して元のジェーンの人格を取り戻させる。ジェーンはウェラーを襲ったシェパードを殺す。ジェーンの死が迫り、チームは治療法を探し出して救う。逮捕されたターシャはCIAの潜入スパイだったことをリードに告白し、再びマデリン・バークのもとに戻り、ボストンとともにエアフォースワンを墜落させようとする計画を阻止する。正体が露見してチームの元に戻る。
チームはマデリンと闘い続けるが、マデリンは全米の電力網をダウンさせるヘリオス計画を実行する。リッチを除くチームがアイスランドで解決を図る間、父を破滅させたFBIを恨むマデリンはチームを罠にかけてワイツを脅迫し、停電を含むすべての自分の犯罪をチームの仕業に見せかける。ジェーンの見守る中、チームの隠れる小屋が爆撃される。
チームは囚われのリッチ・ドットコムを救出する。 ワイツはアナリストのアフリーンと協力し密かにチームを助ける。チェコに隠れるチームはワイツと連絡を取り、マデリンの悪事を暴こうとする。マデリンは全人類に用いるべく大量の記憶操作薬ZIPを準備しながら副大統領を目指す。秘密を知った息子もZIPの犠牲にする。ターシャのCIAでの元上司キートン、カートの元妻で連邦保安官のアリー、リッチのボーイフレンドのボストンは密かにチームを助けようとするも、キートンは殺される。アフリーンはマデリンが政治家を脅していた情報を見つける。隠れ家が見つかってパターソン以外のチームは捕らえられ、ニューヨークのFBIオフィスに連行される。