美濃では、利治の兄とされる斎藤利堯が混乱と同時に岐阜城と近隣を掌握した。山崎の戦いが終わると利堯は岐阜城を織田信孝に明け渡した後、加治田城と加治田衆を引き継ぎ信孝の重臣となったが、加治田・兼山合戦および賤ヶ岳の戦いの結果、森長可に城を明け渡した。
美濃斎藤氏のその後.
利治の子の義興（新五郎）と斎藤市郎左衛門（兵左衛門）は、最初は織田秀信に、後に義興は池田輝政、市右衛門は松平直基に召し抱えられ、義興の子孫は岡山藩士として続いた。。
また利堯の甥の斎藤元忠および、その子の斎藤徳元も織田秀信に仕え、代官として加治田を治めた。徳元は墨俣城代でもあったが、関ヶ原の戦い後に主君・織田秀信の改易によって浪人し、以降は俳人として暮らした。
『古代氏族系譜集成』の斎藤氏系図に基づく系譜。実線は実子、点線は養子、丸数字は持是院家当主。
美濃斎藤氏（利三系統）系図
美濃斎藤氏（松波系統）系図
『美濃斎藤氏（松波系統）』実線は実子、点線は養子。
美濃斎藤氏の系図は、『美濃国諸家系譜』、『古代氏族系譜集成』ともに不正確な箇所が多々あり、確定されていない点が多い。
越後斎藤氏.
越後の斎藤氏は、越後守護上杉氏の被官。その出自や越後に土着した時期については詳らかではないが、室町時代から戦国時代にかけて越後赤田城（現新潟県刈羽村）に居住していた。守護上杉氏の没落後は守護代長尾氏に仕え、斎藤朝信は長尾景虎（上杉謙信）の重臣として有名。
豊後斎藤氏.
戦国時代に入り、斎藤隆実・斎藤長実父子が大友氏の加判衆してその名が現れる。長実は加判衆として大友義鑑に仕えた重臣であったが、大友氏の家督問題で主君・義鑑と対立し殺害され、これが原因で二階崩れの変が勃発する。この家督争いは大友義鎮（宗麟）が継ぐことで治まった。長実の子斎藤鎮実は家督・所領を安堵され、義鎮に重用されたが、耳川の戦いにおいて戦死した。これにより斎藤氏は没落したが、その血筋は外孫の立花宗茂・直次兄弟に継承されて外様大名として後世に残った。
岩櫃斎藤氏.
来歴.
藤原北家魚名流・藤原秀郷の後裔である上野国吾妻郡太田庄の岩櫃城を根拠地とした斎藤氏。初代斎藤憲行はこの地を拠点とした秀郷の後裔吾妻氏の遺児で伯父にあたる吾妻梢基の養子となった人物とも、斎藤氏を称した秀郷から四代孫藤原助宗の後裔斎藤基国の嫡子であるともいわれる。
山内上杉氏の入国.