日蓮系教団との関係.
日蓮正宗との関係.
日蓮正宗傘下の時代.
かつて創価学会は日蓮正宗の在家の信徒団体であったが、戸田が布教の利便と宗門である日蓮正宗を外護するため、宗門に宗教法人格の取得の許可を願い出た。そこで日蓮正宗は「新規に入会した会員は信徒として末寺に所属させること」、「（日蓮正宗の）教義を守ること」、「仏・法・僧の三宝を守ること」を条件に承諾した。
日本基督教団所属のキリスト教徒として創価学会の立場を支持する元外交官・作家の佐藤優によれば、創価学会と日蓮正宗の対立の「背景には、僧侶が『上』、一般信徒は『下』とする宗門の宗教観と、そのようなヒエラルキーを認めない民衆宗教である創価学会の基本的価値観の対立があった。」とする。
学会幹部が日蓮正宗総本山大石寺に登山を行う事で一応は収まったものの、その後も日蓮正宗（宗門）僧侶や檀徒による批判は続いた。
正信会との対立、日顕との同盟関係.
学会に批判的な僧侶が「正信会」を結成、山崎正友も学会を退会して正信会に参加した。これに対し日顕は学会に友好的に接し、学会も日達から日顕に血脈相承が行われたと指導、池田も宗門を擁護する立場を取った。その結果、宗務院は正信会僧侶の大量処分に踏み切り、ついには批判派僧侶のほとんどが日蓮正宗から追放された。
後述する宗門との対立後は、池田や学会は日顕が受けたのはあくまでも内証（内定）であって、正式な儀式は行われておらず、後継指名は成り立たないと解釈を変更している。
日蓮正宗との対立・決別.
一方で、田原総一郎は、この対立の背景として、日蓮正宗の法主である日顕が先祖の墓を他宗の禅寺に建立していたことが判明したり、異性やカネにまつわる僧侶の醜聞が伝えられたりするなど、多くの学会員が宗門に対して不満を持つようになったのではないか、と言及している。
創価学会と日蓮正宗の決別について、佐藤優は、世界広宣流布の観点から、創価学会がこれ以上、「宗門のくびきの下に置かれることは非現実的」とし、聖ウルスラ学院（カトリック系ミッションスクール）理事長の梶田叡一は、日蓮正宗による破門の内実は、「権威的で形骸化した宗門によってそれまで散々蔑まれてきた学会員の魂が、ようやく解放された」としている。
シアトル事件.
偽造写真事件.
コーヒーカップ裁判.
日蓮正宗住職交通事故死.
池田大作に対する民事訴訟.