本作では「武器屋」といった従来の装備品販売店は存在せず、代わりに武器は「ジャンク屋」というショップで、ギルと所定のアイテムを使い改造してもらうことで強化する。改造すると攻撃力・命中率が上昇するほか、主人公スコールの場合は使える特殊技の種類が増える。なお、いったん武器を改造した後でも、材料さえそろえれば以前の武器に改造しなおすことが可能である。
本作では従来の防具に当たるものは存在せず、防御力等の強化は全てジャンクションで行う。
アイテム.
本作は従来のFFシリーズと比較してモンスターはアイテムを数多く落としやすく、「カード変化」のシステムもあるため、アイテムが非常に入手しやすくなっている。従来通りショップで売買も可能。
なお、本作では戦闘によって所持金を入手できないシステムになっており、アイテムの売買が後述の給料と併せて資金源となる。
精製.
レベル連動制.
入手している魔法を装備する形でステータスが強化可能なジャンクションシステムを導入している本作では、必ずしもレベルアップでの成長に頼る必要はなく、むしろ敵の強化を嫌ってあえて低レベルを維持したまま進行するプレイスタイルもひとつの手段となっている。また、モンスターのレベルアップによりレアアイテム・上位魔法が入手しやすくなるため、「レベルアップによって強力魔法を入手・ジャンクションができる」という応用力の高い成長が可能という副次効果がある。「レベルアップ」「レベルダウン」を使えば戦闘中のモンスターのレベルを上げたり下げたりすることができるため、低レベルを維持したままでも高レベルのモンスターと戦い、上位魔法をドローすることも可能である。
経験値ボーナス.
従来は逃げて戦闘を終了した場合は経験値などが全く手に入らなかったが、本作では逃げる前に敵にダメージを与えていれば、与ダメージ値に応じた経験値が逃走後に加算されるようになっており、レベルを上げやすくなっている（逆にいえば低レベル状態を維持するのが難しくなっている）。なお、敵にダメージを与えても、回復させてから逃げて戦闘を終了すれば加算されない。
所持金.
特殊技.