小児特有の消化器疾患.
小児科領域でも消化器疾患は、外科治療が根治術である疾患が多い。
急性虫垂炎.
先天性食道閉鎖症（せんてんせいしょくどうへいさしょう）は、生まれつき食道が閉じている病気。閉じた食道の口側がしばしば気管と繋がっているので、肺から空気が混じって泡になった吐物を嘔吐する。泡になった吐物を嘔吐することを泡沫状嘔吐と言う。逆に閉じた食道の肛門側が胃と繋がっているので、胃から胃酸が肺に入って肺炎を起こす。治療としては手術療法を行う。
胆道閉鎖症は新生児肝炎に類似する病態であるが予後はきわめて不良であり、生体肝移植の適応になる疾患である。どちらも新生児期に遷延性黄疸の発症機序をとる。
肝疾患.
新生児黄疸.
治療としては対症療法として、光線療法、血漿交換等がある。
体質性黄疸.
非抱合型ビリルビンは肝細胞に取り込まれ、肝細胞内でグルクロン酸抱合を受け、肝内胆管に排泄される。その過程に必要な酵素の機能が低下していたり酵素そのものが欠損した病気を体質性黄疸と言う。
心疾患.
小児の心疾患は先天的な心臓の奇形（心奇形）、後天的に発症する疾患に大別される。
不整脈は先天的、後天的どちらもありうる。
成人に認める狭心症、心筋梗塞は稀に存在する。川崎病後遺症の冠動脈瘤による心筋梗塞は重要である。
心奇形.
症状としてはチアノーゼ、心雑音により発見されることが多い。確定は心臓エコー検査と心臓カテーテル検査（造影検査）により行われる。成人の心疾患とはまったく異なるため、複雑な心奇形は小児科のさらに心臓を専門とした小児循環器専門医により診断・治療へとつながれることが多い。
治療は軽症例では内服薬にて一部の症状は軽減することができるものの、複雑例、重症例はほとんどが手術により治療される。
以下に心奇形の分類を示す。これらを複数合併することもしばしば認める。