ただ、艦隊・戦隊の先頭に立って指揮する以上、最強の艦である必要があるという従来の意見も根強く、日本海軍は軽巡洋艦を水雷戦隊の旗艦として、駆逐艦を率いた。
第二次世界大戦中後期.
また、各艦隊においても、従来のように旗艦が艦隊の先頭にあって率いるよりも、通信機によって全体を指揮するものとされ、個艦の戦闘能力より指揮通信能力がより重要視された。レイテ沖海戦で栗田艦隊の旗艦となった重巡洋艦「愛宕」が代表例。しかしながら栗田のこの判断については、旗艦・司令官が先頭に立つ義務を怠ったという批判もあり、従来の旗艦を先頭艦とする意見も根強いものがあった。
第二次世界大戦後〜現代.
艦固有の運動力（速力）・攻撃力・防御力よりも指揮・通信能力が最重要視されるようになった。というよりも、戦艦という艦種が消滅へと向かい、それぞれの艦に速度と防御力の差が無くなり、攻撃力についてはそれぞれの艦の任務に由来する時代となった。
また、通信機能の発達により、第二次世界大戦中の連合艦隊が示した通り、艦隊に対する総指揮は後方の陸上基地によって執り行うことが可能となってきており、旗艦の任務は限定的、あるいは象徴的なものとなっている。
転用.
ヒンデンブルク号は飛行船であるがツェッペリン社が有する最大の飛行船であったため旗艦と呼ばれた。
また、他の多くの海軍用語と同様、「旗艦」「フラッグシップ（表記揺れでフラグシップとも）」もほかの用途に転用されて、日常的な用語として使われる。この場合、集団やグループの最も重要な位置付けにあるものを指すが、この最も重要な位置付けとは、通常、ステータス性を持つものや戦略的に重要なものとしての位置づけである。
フィクションにおける描写.
『銀河英雄伝説』のOVA版では、各艦隊や司令官クラスの重要キャラクターごとに一般的な艦艇とはフォルムが異なり機能も強化された多様な旗艦級戦艦が描写されている。これは作品中に数多く居る艦隊司令官のキャラクターの個性付けやメカ描写の多様化など、作品の重要なアクセントの一つとなっている。
単孔目
単孔目（たんこうもく、）は、哺乳綱に分類される目。別名カモノハシ目。
分類.
分布.
オーストラリア東部、ニューギニア
形態.