本門の本尊について、日蓮宗ではその実体は「久遠実成本師釈迦牟尼仏」すなわち法華経寿量品文上に説かれる五百塵点劫成道の釈迦仏であるとし、具体的な本尊の形態としては文字曼荼羅、一尊四士（釈迦仏像の左右に上行・無辺行・浄行・安立行の四菩薩像を安置する形態）、二尊四士（釈迦如来・多宝如来像の左右に四菩薩像を安置する形態）のいずれでもよいとする。
それに対して日蓮正宗など日興門流の多くは仏像を本尊とすることを認めず、本門の本尊とは文字曼荼羅のみであり、文字曼荼羅は日蓮と一体不二であるとする（曼荼羅を法本尊、日蓮を人本尊とする）。その背景には、日蓮宗が法華経に説かれた釈迦仏を本仏（教主）とするのに対し（釈迦本仏論）、日蓮正宗は釈迦仏を正法・像法時代の仏ととらえ、日蓮を末法の本仏とする（日蓮本仏論）など、本仏観の相違がある。
本門の題目.
本門の題目は南無妙法蓮華経であり、また本門の本尊を信受して南無妙法蓮華経と唱えることをいう。
南無妙法蓮華経の言葉は日蓮以前にも存在した。その場合、南無妙法蓮華経は妙法蓮華経（法華経）という経典に帰依する（南無する）ことを意味する言葉だが、日蓮は妙法蓮華経は法華経の名ではなく、法華経の法体であり、心（意）とした。また日蓮は法華経二十八品を「広」、方便品・寿量品を「略」、南無妙法蓮華経を「要」と位置づけた。すなわち日蓮において南無妙法蓮華経はたんに法華経という経典に南無するという意味の言葉ではなく、末法の衆生を成仏させる根源の法（妙法）そのものを意味する。
本門の戒壇.
戒壇とは、従来の仏教においては僧侶の授戒の儀式を行う場所を意味したが、日蓮の仏教の戒壇は本門の本尊を安置して南無妙法蓮華経の題目を行ずる場所をいう。日蓮は、真蹟が確認できる「法華行者値難事」「法華取要抄」「報恩抄」で「本門の戒壇」と名目だけ書き記し、それが指す内容については言及していない。また「三大秘法抄」では「本門の戒壇」ではなく「寿量品の戒壇」と記されている。
なお「三大秘法抄」には妙法が広まった時には最勝の地に戒壇を建立すべきであるとの教示がある。この戒壇は教団が目標とすべき理想を示したものとされる。
五義（五綱）.
教.