ただ、これだけであれば学問の多くに共通する特徴でもあるし、逆に、理性や常識を信頼するタイプの哲学が哲学でないことになってしまう。分析哲学においては概念分析という道具を手にすることで、自然科学とは異なる独自の思考形態が成立したが、これも哲学すべてを特徴づける思考形態であるとは言いがたい。
三森定史によれば、科学と哲学は区別されるべきであり、科学が外観学（意識外で観察されるものを収集することで法則を立てる学問）であるのに対して哲学は内観学（意識内での観照から一般法則を導き出す学問）であるとする。また三森は大学でおこなわれているいわゆる「哲学」（哲学・学）への批判を込めて「大学での哲学研究は外観学に含まれる」 としている。
自然科学と哲学.
例えば、時間について考察する哲学者は同じ問題を扱う物理学者とは違い観察や実験の積み重ねによらず結論を導くことがある。また、哲学者は物理学の成果を参照しそれを手がかりに哲学的思索を行うことはあるが、現代において物理学者が（自然）哲学の成果を積極的に参照することは少ないようである。
こうした分離や性格の差が生じた理由はいくつか考えられるが、知識の取得法（方法論、データのとり方、理論の当てはめ方、論争の決着のさせ方など）が確立した分野が順次哲学から分離していった結果、哲学はデータのとれないことについて考える領域なのだという了解が後から成立してきたという事情はおそらくあるだろう。
そうしたものの見方から捉えると、先の時間の例について言うなら、われわれの主観的経験や世界を捉えるためのもっとも基本的な形而上学としての時間は未だに物理学はもちろん心理学でもうまくとらえきることのできない対象でありそのために哲学的な時間論の対象となるわけである。
客観的データになじまないもうひとつの領域が規範の領域、つまり「実際にどうであるか」ではなく「どうあるべきか」を論じる文脈であるが、これは自然科学というよりは、むしろ倫理学の領域であろう。
哲学も決して自然科学的知見を無視するわけではないので自然科学によってもたらされる新たな発見はしばしば旧来の哲学に重大な脅威を与えてきた。またそもそも古代の哲学者が成した科学的発見が自身の手による実験によって証明されていることがある。