いまの蒲生地区は「蒲生郷」と呼ばれており、平安時代には石清水八幡宮の広大な荘園があって「巨野別宮」と呼ばれていた。蒲生地区に隣接する馬場地区は八幡宮の流鏑馬神事を行う場所だったと伝えられている。また、馬場付近の蒲生川左岸には石室を伴う古墳がいくつか見つかっている。かつて蒲生別宮はかなり広い所領を有していたが、中世を通じて「宇治」地区や温泉のあるあたりが栄えるようになり、「蒲生別宮」と「宇治別宮」が区別されるようになっていった。
江戸時代には蒲生地区に関所がおかれたり後述する鉱山によってある程度栄えた。しかし鉱山が江戸時代には下火になっていったのに対し、宇治地区付近の岩井温泉が街道の宿場として繁盛するようになり、地域の中心地は温泉のある岩井地区へ移っていった。
蒲生川流域の鉱山と荒金鉱山の鉱毒問題.
一方、これらの鉱山と山を隔てた小田川支流の荒金川上流には荒金鉱山がある。ここでは古代から金を産したが、精錬技術がなかったため鉱石のまま朝廷に献上されており、そのために「鉱（あらかね）」が村の名前になったとされている。荒金川の右岸には、当時の鉱山管理のための役所跡ともみられる古代の建物跡からなる広庭遺跡がある。しかし、鉱山の採掘は近世までほとんど行われておらず、明治中期にはいって銅の露頭が見つかり、開発が本格化した。鉱石は新井地区まで陸送し、そこから船で運び出していたが、明治末期に山陰本線が開通すると、岩美駅から鉄道で輸送するようになった。
一方、川の汚染は銅山最盛期には最悪の状態を迎えた。かつて荒金川・小田川には、鯉、フナ、ナマズ、ウグイ、ウナギ、カニ、アユなどが生息していたが、昭和に入る頃にはこれらが全く見られなくなった。汚染は蒲生川にも及び、合流して海に注ぐあたりの魚も死滅し、蒲生川には全く魚が遡上しなくなった。水田も被害を受け、苗が枯れて浮き上がったり、秋になっても結実しなくなった。鉱山のすぐ下流の院内地区では鉱山廃水を避けるために別の谷に独自のダムを設けて溜池を作ったが、これだけでは一帯の農地を潤すには足りず、多くの地域ではやむなく廃水に石灰を混ぜて中和して利用した。
蒲生川の水運.