警察庁の「北朝鮮の対日諸工作」の項目によると、朝鮮総連は、朝鮮学校を用いた日本における民族教育を自らの組織建設の起点と位置付けている。日本政府による助成金支給対象に朝鮮学校学生を含めるために、支持者らと共に日本国中央省庁に対する街頭宣伝、集会等の要請デモをしている。
教育内容・教育課程への批判.
教科書の作成は学友書房が朝鮮大学校の協力のもと行い、朝鮮民主主義人民共和国教育省も関与している。これについて産経新聞などは「検閲」と批判する。一方で世界人権問題研究センター(京都市)の呉永鎬は「編集権はこちら側にあり、本国はほぼチェックだけ」さらに朝鮮戦争直後ですら「放物線運動を習うのに、戦車の弾道の挿絵があるなど、朝鮮学校の教員から批判」されたと証言しており、介入の有無や程度は不明瞭である。
朝鮮学校に対するこうした批判は、長らく学校在籍者や保護者などから出てきていた。これに対し朝鮮学校側は、カリキュラムの更新などで一定の応答を見せたとされる。中井洽国家公安委員長・拉致問題担当大臣（当時）は「全生徒に対して放課後に先軍思想や主体（チュチェ）思想の洗脳教育を行っている」と主張した上で、「朝鮮学校の授業料無償化によって、日本国の支出が朝鮮総連から金正日総書記に渡る」と述べた。
朝鮮学校における教育内容に対して、北朝鮮における教育と同様に、金日成・金正日父子の肖像画を教室に掲げたりと金父子を神格化しているという批判や、北朝鮮の立場を盲目的に支持する傾向・反日的傾向があるとの批判がある。スパイ事件として有名な辛光洙事件と李善実事件に共通するのは、在日朝鮮人の帰還事業により北に渡った者や帰化者はもちろん、日本に住んでいる朝鮮総連と関係するすべての人々の身上記録を労働党が工作に活用したことである。朝鮮総連の活動家たちはみな、組織に自叙伝を出すこととなっている。「朝鮮日報」は朝鮮語を学べるという単純な考えで、「民族教育」をさせる朝鮮学校に子どもを入れる行為は、子と家族を将来、北朝鮮の工作対象にする結果となりうることを忘れてはならないとの警告を発している。