これに対して古代種の末裔であるエアリス・ゲインズブールが「忘らるる都」で、「メテオ」を抑え込める究極魔法「ホーリー」を、「白マテリア」を使って発動しようとする為、セフィロスは計画の邪魔になるエアリスを殺害する（なお実際に手を下したのはセフィロスに擬態したジェノバである）。
この時、既に「白マテリア」は、エアリスが命を賭しながらも発動させていたが、セフィロスは「ホーリー」の発動に対しては押さえ込む事に成功している。クラウド達が「ホーリー」を発動させようとする為、「メテオ」の落下を望むセフィロスとの最後の戦いが「北の大空洞」の奥深くで行われることになる。新たに再構築されたセフィロスの力はまさに圧倒的で、クラウドたちが束になっても歯が立たないほどだったがエアリスの想いを無駄にしたくないという覚悟で食い下がり続ける。
ボスキャラクターとしてのセフィロス.
セーファ・セフィロスとの戦いの後、セフィロスの精神がライフストリームの中で健在で笑っている事を感知したクラウドの精神は肉体を離れ、ライフストリームの奥深くでセフィロスと一騎討ちを行うが、これは何を行っても必ずクラウドが勝利する「イベント戦」である。通常は強制的にリミットブレイクになり、クラウドの究極リミット技である超究武神覇斬（この時に限り、覚えさせていなくても使用可能。また、この戦闘専用の特別な演出がつく）を選択して倒す。何もしなかった場合はセフィロスの攻撃にクラウドが強制的にカウンターを行い、その一撃でセフィロスを倒す事になる。この時のセフィロスの攻撃はHPに応じた割合ダメージであり、クラウドが戦闘不能になる事は絶対にない。
セフィロスが喋るのは過去の回想時のみとなっている。ラストバトルにおいても一切台詞を発しない。
キングダム ハーツ シリーズでの活躍.
『キングダム ハーツ ファイナル ミックス』.
『キングダム ハーツ ファイナル ミックス』時。
オリンポスコロシアムの闘技場に現れ、ソラと戦う。彼との戦闘後、闘技場を出るとクラウドとの対決イベントが見られる。
技の一覧.
プレイヤーキャラクターとの対戦時に使用される攻撃について挙げる。
平常時に使用する技.
人間の姿であるときに使用する技を挙げる。
「片翼の天使」について.