劇場版ではついにセカンドインパクトの真相に辿り着いたことが示される。戦自襲撃時は当初発令所で指揮を執っていたが、シンジの身に危険が迫るに当たって自ら救出に向かい切り抜ける。しかし道中で銃撃を受けシンジを庇った際に被弾。自分自身にケリをつけ、必ず戻ってくるよう言い含めてシンジをケイジへ送り出し、自身は戦自による区画爆破に巻き込まれて死亡した。
性格.
研究を優先し家族を顧みなかった父を嫌っていたが、セカンドインパクトの際に命を救われたため複雑な感情を抱いている。使徒殲滅に対する強い執着も、「（父の呪縛から抜け出すために）父に復讐したいのかもしれない」「使徒に復讐することで（父への思いを）誤魔化していた」とミサトの自白によって語られる。加持に好意を抱いたのも、NERVに入ったのも父を追い求めていたからだという。
漫画版.
パラレル作品.
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』（漫画：林ふみの）では、原作とは変わらぬ立場にあるが、加持との進展が見られる。
『碇シンジ育成計画』（漫画：高橋脩）では「セカンドインパクト」の設定自体がないため、「体に傷がある」という設定がなくなっている。それ以外は、概ね本編に準じた人物設定になっている。ストーリーの序盤ではシンジが両親と暮らしていたために同居はしていなかったが、両親が研究所詰めになって以降はシンジと同居している。その後、同じく母親が研究所詰めであるアスカも同居することとなった。一方、父親の設定については、「何年も前に行方をくらませた」ということが本人の口から語られている。
新劇場版.
:序、:破.
ビール好きなのは旧世紀版と同様だが、日本酒も愛飲している模様。
髪を後ろに流して団子にまとめ、サングラスを着用し常に制服を着こんでいる。当初は他の構成員と違って青いバンダナは身に着けていなかったが、ヤマト作戦を前にして加持の遺品である血痕の付いたバンダナを着用した。『:破』の後に加持との間に息子をもうけ「加持リョウジ」と名付けたが、一生会わないと決めており両親のことも教えていない。
ゲーム版.
『名探偵エヴァンゲリオン』では、特務機関NERV戦術作戦部作戦局第一課所属一尉であると同時に、シンジたちが通う学校の教師も兼任している。また、本作品では唯一シンジたちの敵になるというエピソードがある。
名前の由来.