以後、キリスト教は再度日本での布教を開始していった。戦国時代ではカトリックが主であったが、明治以降はプロテスタントや正教会など、各派が布教を行った。この時、クリスマスなどのいくつかの行事が日本に持ち込まれ、日本の文化の一つとして定着していった。
各国の宗教団体には普遍的に見られることだが、日本のキリスト教団体も、教義や伝道方法への考え方の相違、行動方針や政治的主張を巡っての対立があり、多くの諸団体に分かれている。それぞれの団体は、協力、もしくは対立関係にある。
戦国時代から安土桃山時代.
背景.
このようなヨーロッパの宗教事情が、日本にイエズス会やフランシスコ会の宣教師が入国する下地となっていった。
宣教師は、アジアへ活発に派遣されていった。まず、植民地化が進んでいたインドや東南アジアに大量に送り込まれた。宣教師たちはさらに東にも目を向け、やがて極東にまで進出してくるようになった。
フランシスコ・ザビエルによる宣教活動.
イエズス会（カトリック教会の修道会）の創設メンバーの一人で、西インドで宣教活動に従事していたバスク人司祭フランシスコ・ザビエルがマラッカで知り合った「ヤジロウ」（アンジロウとも）という日本人によって、日本のことを知り興味を抱いたことが、日本における宣教活動のきっかけとなった。
フランシスコ・ザビエルとイエズス会.
日本人を「もっとも優秀で理性的な国民」であると評価したザビエルは、イエズス会本部にさらなる宣教師の派遣を依頼。それに応えて優秀な人材が積極的に日本に送られた。ザビエル以降、ガスパル・ヴィレラ、ルイス・デ・アルメイダ（豊後府内に日本最初の病院を開設）、ルイス・フロイス（織田信長や豊臣秀吉と会見し、『日本史』を記す）、ガスパール・コエリョなどのイエズス会員が日本に来航し、布教活動にあたった。
日本での布教活動.
布教の中心的な役割を果たしたのは、ロレンソ了斎・籠手田氏・一部氏・木村氏（末次平蔵の父親の末次興善・）・ガスパル西・トマス西らなど、肥前国の平戸島・生月島の者達であった。