これらと逆に、神社のために鎮守の森が作られた例もある。特に有名なのが明治神宮である。台湾などからの献木で持ち込まれた樹種もあるが、基本方針として本来その地にあるべき植生（潜在自然植生）に配慮し、将来的には天然更新によって、自然な鎮守の森らしくなるよう計画されたものである。なお、春日山は、世界遺産に登録される際、この点が考慮されて自然遺産ではなく、文化遺産とされた。
植生.
鎮守の森は、古くからそのような姿で保存されてきたと考えられている。したがって、その森林植生は、その地域の本来の植生、いわゆる原植生を残していると考えられる。周辺の自然が破壊されていることが多い現在では、鎮守の森が、かつてのその地域の自然を知るための数少ない手掛かりとなっていることも多い。そのような意味から、日本の森林生態学では鎮守の森は重視され、神社林、あるいは社寺林（しゃじりん）と呼ばれ、よく調査の対象とされる。その過程で貴重さが確かめられ、天然記念物等の形で保護を受ける例も多い。そのような意味では、沖縄に於ける御嶽に付随する森林も同様なものである。
さらに、こうした分断化された植生では、そこを生活場所とする動物の行動圏が個体群を維持するのに十分なだけ確保できないことが多く、植物群落以上に動物群集の劣化は進んでいると考えられる。植物は花粉媒介、種子散布などに特定の動物を必要とするものが多いため、こうした動物群集の劣化はさまざまな形で植生そのものの変質にかかわっているとも言える。