しかし図鑑では、色や形の似た種を識別するのは難しい。個々の種の解説があっても種間の違いが明文化されていないことも多く、違いを知るにはそれぞれの種の記述を読んで比較しなければならない。また図鑑には必ずしもすべての種が網羅的に掲載されているわけではなく、とくに『日本動物図鑑』のような幅広い分類群を扱う一般的な図鑑では、網羅性はかなり低くなり、種の同定には向かないこともある。同定したい生物が掲載されていない種だった場合、「該当種なし」と判断するべきところを、図鑑では掲載されている種のうちでもっとも似ている種に誤って同定してしまう危険性がある。『日本産セミ科図鑑』のように対称分類群を限定して作られた専門的図鑑ならば網羅性はかなり高くなり有用だが、専門知識がなければ活用は難しい。
図鑑に限らず紙媒体の出版物では、研究の進展による分類体系の更新を反映できないという欠点を持つが、この点を補う電子図鑑も製作されている。
検索表.
図鑑に検索表を併せて掲載した検索図鑑と呼ばれるものも出版されている。
形質データベース.
DNAバーコーディング.
生物が持つDNAの塩基配列を利用して同定を行うのがDNAバーコーディングである。RNAの配列を利用する場合もある。微生物や隠蔽種のように形態での同定が難しい場合や、現実的に処理できないほど大量のサンプルを同定する必要がある場合などにとくに有用で、また検索者の判断を必要としない点も特徴である。
より専門的な方法.
もっとも正確な同定を行うためには、関連する分類群のすべての既知種に関して、その記載論文を参照することになる。さらに、関連する種のタイプ標本を直接に調べる必要が生じることもある。このようなレベルになると、専門的な分類学者以外には難しくなる。
図鑑や文献を使っても確実な同定ができない場合には、その分類群を専門とする分類学者に同定を依頼することもある。ダニの分類学者である青木淳一は、専門の分類群の同定依頼には応じるのが分類学者の責務であると指摘する一方で、依頼する側にも、標本は適切な状態に処理し、必要なデータ（採集地など）を付けること、標本の返却を求めないことなどの配慮がマナーとして求められるとしている。
どの階層まで確実か.