特別市、広域市、特別自治市および特例市を除く。また、大都市に対する特例は未認証だが、認証の見込みのある市が存在する場合は最後に付記。
全国大都市市長協議会.
奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
登録地.
緩衝地帯.
登録基準.
法的保護根拠.
日本の自然遺産（屋久島・白神山地・知床・小笠原諸島）は、自然環境保全法に基づく原生自然環境保全地域もしく自然環境保全地域が広域に設定されてきたが、奄美大島と徳之島の森林の一部は他の世界遺産登録地のような原生林ではなく、太平洋戦争時のや戦後の伐採からの森林再生による二次林であるが、希少生物の生息環境であることから生物多様性基本法の生物多様性保全地域が初適用されている。なお、西表島の崎山湾と網取湾のみ自然環境保全地域指定となっている。
この他に自然公園法に基づき奄美群島国立公園・やんばる国立公園・西表石垣国立公園が制定されているほか、文化財保護法での天然記念物指定、種の保存法の適用（生息地等保護区ではない）や鳥獣保護法の希少鳥獣生息地指定、外来生物法、森林法（国有林は国有財産法）、河川法、海岸法、公有水面埋立法、水質汚濁防止法によって保護されている。
但し、奄美大島におけるゴミの不法投棄ややんばるに残された米軍由来の廃棄物の問題がありながら、土壌汚染対策法は用いられていない。また、上記の緩衝地帯で触れている軍用地設置の根拠となる駐留軍用地特措法も保護根拠にはなり得ていない。
経緯.
除外された海洋域.
しかし、環境省・水産庁や有識者の見解としては、日本の近海洋域では漁業権やマリンスポーツとの調整が必要で、海中でのオニヒトデの駆除は容易でなく、地球温暖化による海水温上昇や海洋酸性化、あるいは漂流・漂着ごみなど日本一国だけでは保護のための解決には至らないことなどを理由に、海洋域は除外することになった（沖縄本島やんばる域の海岸部は沖縄海岸国定公園だが緩衝地帯にも含まれない）。これは小笠原諸島が世界遺産に登録された際に、陸上の生態系を主体としたことにも共通する（小笠原は緩衝地帯として海洋域を取り込んでいる）。
屋久島との相違.
政治的思惟.
課題.
管理.
危機対策.
一方で、捕獲された野猫が殺処分される可能性があることに対し、動物の権利（愛護）の観点から批判的意見も出されている。
地域参加.
持続可能性.
修景.
登録後の動向.