オカリナでも音程を変えるために指で操作する穴を「指穴」と呼ぶ。ただし、他の管楽器と異なり気柱の共鳴を用いているのではない。音速、空洞の体積、開放されている指穴と歌口の面積で共鳴周波数が決定する。詳細についてはオカリナ参照。
音孔の開閉による共鳴管の伸縮.
共鳴管の伸縮には、様々な方法があるが、そのなかでももっとも簡単な方法は、管に穴を穿つことによって外気に内気を解放し、孔から先の管を共鳴管となさないようにすることである。この孔を指などを使って閉じれば、再び元の長さを得ることができる。こうして、共鳴管の長さを調節することができるようにしたものが音孔である。
音孔の大きさの理想と制約.
理想的には、孔の大きさは管の直径と等しくあるべきである。こうすることによって、内気が完全に外気に解放されるからである。しかしながら、管の直径に等しい孔をあけては指で塞ぐことができない。従って、実際には管の直径よりもかなり小さい孔を穿つことになる。そのため、音の反射の原因となる音響インピーダンスの不整合が十分起らず、開放端としての性質を幾分失うことになる。
原始的木管楽器の音孔「指穴」.
音孔が管の太さに対して十分に大きくない場合（つまり、現実の管楽器において）は、同じ所に孔が穿ってあっても、孔が小さければ小さいほど音が低くなる。従って、孔は、理論上の位置よりも若干吹き口に近い位置に穿たれる。古楽器、民族楽器、和楽器のような単純な木管楽器の音孔は、この原則に基づいて作られている。指で押さえる孔であるから、「指穴」と呼ばれる。
指使いの多様性.
孔が小さいと音が低くなるということは、孔よりも先の内気が振動していると言うことであり、（歌口から遠い）管の状態が、音の高さに影響することになる。すなわち、歌口から見て最初に開いた孔よりも先の孔を開閉することによって音の高さを調節できるということになる。たとえば、左が歌口、●が閉じた孔、○が開けた孔であるとして、
 →●●●○●○
では、下の方がいくらか低い音が出ることになる。一方、孔が小さいと音が低くなるならば、開く孔の大きさを指で調節すれば、完全に開いた状態よりも低い音を出すことができることになる。このようにして、孔の数よりも多くの音を出すことができる。