東京六大学野球連盟が結成された当時は娯楽文化が現在とはだいぶ異なる様相を呈しており、当該野球対抗戦はスポーツ競技娯楽として絶大な人気を集めていた（詳細は前述の特徴の章を参照）。このため、六大学野球連盟成立前の加盟候補に挙がったチームや、成立後に至ってもこの連盟に加盟を希望するチームは枚挙にいとまなかった。また、東都大学野球連盟との関係に関してもさまざまな異説が流布されている（詳細は東都大学野球連盟参照）。
以下にそれらにまつわる事例を紹介する。（下記の大学以外にも伝承・伝聞が諸説存在するが、検証可能なものについてのみ記述した。）
沿革.
※連盟結成以降を記述。
特徴.
六大学野球が成立する以前から加盟を求める大学が相次いだが、連盟はそれを拒否してきた（詳細については後述章の連盟成立・結成にまつわる経緯と諸説を参照）。
リーグ戦で指名打者制を採用していない。
試合開始・終了時には両校応援席とも校旗を掲揚して校歌斉唱と「フレー・フレー」のかけ声（母校と対戦校のそれぞれに対して）からなるエール交換（応援席以外の観客は静粛する）を行い、相手への敬意を表する。エール交換中、応援席に座る学生たちには相手校への敬意から起立・脱帽が義務づけられている。コンバットマーチ（早稲田）ダッシュケイオウ（慶應）狙いうち（明治）チャンス法政（法政）セントポール（立教）鉄腕アトム（東大）など、現在高校野球やプロ野球で使われる応援曲の多くが東京六大学から生まれており、東京六大学の応援が高校野球やプロ野球へ、そして全国へ伝播したものである。また、野球応援にチアリーダーが登場したのは、東京六大学が最初とされている（早慶六連戦を参照）。
試合会場.
週末を中心に、すべて神宮球場のみで行なわれる。全国の大学野球リーグで独立した球場のみですべての試合を行うのは本連盟と東都大学野球のみ（大学所有球場のケースはあり、また東都大学は場合によって他球場使用の実績がある）。