大炊頭暗殺を父から命令された左門と茜は根来衆と合流し、駿府城から出てきた大炊頭一行を襲撃。そこに居合わせた烏丸少将がさえぎり、左門は斬殺された。茜は兄の仇と大炊頭を討つ決意をし、遺髪を江戸へ送り、仔細を報告。十兵衛は烏丸が剣の達人であったことに驚きながら、茜ひとりでは負担が大きいと向かう準備をする。この時、玄信斎は柳生屋敷へ侵入。十兵衛と斬り合い、その左目を失明させるが、自身も左腕に重傷を負い、退却した。玄信斎は役者になっていた義理の息子・雪之丞を自分に代わり、家光の暗殺をさせようと大奥へ潜入させる。侍女に化けた雪之丞は家光を襲うが、護衛についていた根来衆のくノ一・マンが阻み、但馬が討ち取った。
左目に眼帯をした十兵衛は但馬と又十郎に家光の警護をまかせ、茜の救援に向かう。十兵衛、茜、左源太、ハヤテら根来衆は身延道を行く大炊頭一行を待ち伏せ、襲う。茜が大炊頭と刺し違えて討ち取るが、この戦いでは左源太が半蔵に斬られ、死亡した。家光は左門と茜の死を但馬に詫びるが、但馬は「将軍として未熟」と逆に叱責する。家光は更に非情となっていく。
但馬は京都（朝廷）が将軍宣下を遅らせているので、十兵衛を京都に遣わす。京都では九条関白・三条大納言・烏丸少将が帝に、江戸と駿河とつかず離れずの関係を装いながら、兄弟対立を煽り、徳川幕府の弱体化と王政復古を果たすと報告。宮中一の切れ者の烏丸自身が不満を抱く薩摩・長州など西国諸藩をまとめようと詔勅を持って下向。これを十兵衛は待ち伏せし、烏丸と一騎打ちをして討ち取り、左門の仇討ちも果たした。
武士恐るべしと動揺した朝廷は、江戸へ下らせた三条大納言に「兄弟対立を煽ったり、西国諸藩に錦旗を掲げさせ、幕府転覆を図っている」という風評は、根も葉もない噂と弁明させる。これに付け込んだ但馬は、家光自ら帝に謝罪し、その上で将軍宣下を承ると三条の言質を取ってしまった。これを知った忠長は、地の利を活かし、家光より先に上洛し、主上の前で理非を正すと家臣に説明。別木庄左衛門は供揃えなど諸事万端整えてあり、いつでも出立できると具申する。