他の一般的な批判には、「遺伝子は単独では生存できず個体を作るために他の遺伝子と協力し合わなければならないのだから単独の単位たり得ない」、がある。『延長された表現型』でドーキンスは「遺伝子の乗換えと有性生殖が存在するために、個々の遺伝子の視点に立てば他の遺伝子は環境の一部と見なせる」と述べた。
ドーキンスの側に立つ代表的な論者にはスティーブン・ピンカーとダニエル・デネットがあげられる。デネットは遺伝子中心視点を支持し、生物学における還元主義を擁護している。ドーキンスとグールドは、学問上の意見の不一致にもかかわらず、敵意は個人的な関係にまでは及んでいなかった。ドーキンスはグールドの死の翌年に出版された『悪魔に仕える牧師』でグールド追悼のために一節を当てている。
創造論批判.
ドーキンスはまたインテリジェント・デザインを理科教育に含めることを「それは科学的な主張ではない。宗教の一つだ」と述べ、猛烈に反対している。創造論を公立学校の教育に持ち込もうとするイギリスの団体「科学における真実」の強力な批判者であり、そのような試みは「教育のスキャンダル」だと述べた。
無神論と合理主義.
ドーキンスは率直な無神論者で、宗教批判者である。「無神論は進化を理解することの必然的な延長である」と考えている。また「宗教は科学と両立し得ない」とも考えている。
『盲目の時計職人』では次のように述べている。
一方ドーキンスの擁護者たちは、批判者たちがドーキンスが提示した本当の論点について述べていないと指摘している。ドーキンスは、ルースの「味方となりうる人々を侮辱するのに時間を費やしている」と言う指摘に対して、遺伝学者ジェリー・コインの発言を次のように引用している。「単に創造論対進化論の論争ではない。ドーキンスやウィルソンのような科学者からすれば本当の戦いは合理主義と迷信の間で繰り広げられている。科学は合理主義の一形式に過ぎず、一方で宗教は最もありふれた迷信の形式である」。
ドーキンスは「誠実な信仰を持った良き科学者」として物理学者ラッセル・スタナードらの名を上げ、「キリスト教の細部について彼らがどのように考えているのか（中略）私は困惑させられる」と述べている。また『神は妄想である』の出版が、彼の宗教批判の「たぶん頂点」であると述べた。
ミーム.