株券電子化までに証券会社等を通じて証券保管振替機構に株券を預託していた株式については、特段の手続きを経ることなく新制度へ移行した。
一方、タンス株や株券の発行されていない単元未満株式等、証券会社の口座にて管理していなかった株式については、株券電子化の際に会社が「特別口座」を開設し、その権利を保護することになっている。特別口座にて管理されている株式は、いつでも証券会社等に開設した自身の口座へ移す（口座振替）ことが可能であるが、特別口座から直接株式を売却することはできない。また証券会社にて管理している株式を特別口座に移すこともできない。
振替制度における株主名簿の作成.
振替制度では株券が廃止されるため、株券の名義書換（＝株主名簿の書換）手続きが無くなる。
振替制度におけるの株主名簿は以下の流れにより作成される。
株式等振替制度における株主の確認手段.
上場会社の株主名簿は基準日（通常は半年ごと）しか作成されないため、期中において新たに株主となった者を株主であるか確認する手段がなく、また直近の基準日で株主であっても株式を売却する可能性があることから、「知りたい時」に株主であるか把握することができない。また、株主側からも少数株主権の行使の際などに会社に対し株主であることを証明することができないという問題が生じる。このため、以下の手続きが用意されている。
署名
署名（しょめい、）とは、行為者がある行為（例えばクレジットカードの利用時）をする際に、自己の氏名を自署すること、また自署したものである。
印章との関係.
署名（サイン）と印章とは、ともに自己同一性を証明するものとして洋の東西を問わず古来広く使用されてきた。花押も署名の一種と理解される。
日本においては、律令制度の確立以降は印章が重視されていたが、次第に簡便な署名が通用するようになり、中世以降は花押全盛となる。もっとも、戦国時代から印章の使用も再度広まり始め朱印状などが発行されるようになる。江戸時代になると、印章の使用も広がる。明治時代以降は印章が非常に重視されるようになる。もっとも、閣議署名は今なお花押が使用されている。なお刑法においては、「印章又は署名」「印章若しくは署名」等のように同列に扱われており、署名や印章の偽造等は犯罪とされている。