室町時代末期からは碁打ちが公家や武将に招かれるなどの専業化も進むとともに、それまでの事前置石制から自由布石への移行も起こった。戦国時代には戦国武将たちに好まれ、織田信長に日海（本因坊算砂）が名人の称号を許されたと言われる。江戸時代には幕府から家禄を受ける家元制度が成立し、囲碁の技術が飛躍的に向上するとともに、将軍御目見えによる御城碁が行われたり、碁会所が生まれるなど庶民の娯楽としても定着した。
ルール.
囲碁のルールには、いわゆる日本ルールと中国ルール、中国ルールを元に台湾で考案された計点制ルールなどがある。いずれもゲームの進め方や勝敗の判定に大きな違いはないが、細かい違いはある。以下は日本ルール（日本棋院と関西棋院による日本囲碁規約）を元に説明する。
着手に関するルール.
石を取るルールと自殺手の禁止のルールによって、囲碁では下図のような石の配置には決してなり得ない。
ハンディキャップ（コミ、置石）.
囲碁は、先手の黒が有利な競技である。そのため、対等な条件にするために、「コミ」というルールがある。
また、ハンディキャップ戦として置碁がある。指導目的の碁にも用いられる。
下手（したて）が黒を持ち、上手（うわて）が白を持ち、あらかじめ盤上に黒石を置いた状態でスタートするものである。
下手（したて）が、置き石なしの状態で先に打つ場合は、「定先（じょうせん）」という。
コミのルールがつかないため、陣地の目数が同じ場合は、持碁（ジゴ）と呼ばれ、引き分けとなる（ルールによっては、勝敗を設定することもある）。
（詳しくは置碁の項目を参照）。
石の死活.
対局の進行.
序盤.
通常、対局が始まるとしばらくは布石が行われる。大体の場合は碁盤の四隅に打つことから始まる。なお、初手を四隅に打つ場合は、白番（上手）が右手で打ちやすい隅を残すため、慣例的に右上隅に打つ。
中盤.
中盤は死活の絡んだ戦いになる。互いに死活がはっきりしていない弱い石を意識しながら打ち進める。攻め、サバキ、シノギの技量が問われる。
中盤は、もっとも作戦が富んだところである。基本的な構想をいくつか挙げると、