会主信仰という言葉は、神慈秀明会の中では使われてはいないが、解説の便宜上必要なので暫定的に使用している。
もともと世界救世教系教団の信仰は、主催神である大光明（みろくおおみかみ）と、教祖であり神人合一である岡田茂吉が主な信仰の対象であり、これら以外を信仰することは教義からはずれている。これは小山美秀子会主もそのように明言しているのだが、神慈秀明会においては、事実上、会主であり教団創始者である小山美秀子に対する信仰が行われている。このことが、神慈秀明会の内部事情を複雑にし、信者の思想や行動に矛盾が発生している原因となっている。
小山美秀子は、世界救世教在籍中、教会長をしていた世界救世教秀明教会を、短期間で世界救世教内で最大級の教会に成長させ、その功績を買われて布教部長の要職についた経歴を有している。小山美秀子は真剣な信仰姿勢と強い布教指導力と、芸術を重要視する世界救世教において高い審美眼などを有していたことや、上流階級出身であり、上流階級社会との交流も厚かったことなどから、世界救世教においては希有な存在感を表しており、秀明教会の信者に対しては強力なカリスマ性を発揮していた。
なお、小山美秀子はキリスト教系の学校である自由学園の出身であり、ここでの学生生活においてキリスト教の影響を強く受けており、小山美秀子流のキリスト教観は神慈秀明会にも多大な影響を与えている。（ただし、小山美秀子流のキリスト教観に基づく信仰観と、教祖の教義には大きな差異がある。）
独立後の神慈秀明会では、そんな会主小山美秀子を、神 が神界から選んだ唯一の後継者であるとし、小山美秀子だけがこの神に対する正しい信仰のあり方を指導できる唯一の人物であるとしている。そして、小山美秀子の指導からはずれた信仰を行うと、たちまち邪神に憑依され、魂が汚れ、地獄に堕ちると信者に教えている（この思想は前述の離脱の神意から来ている）。
表現を変えると、神慈秀明会の信者が信じているものは、教祖の教えそのものではなく、教祖の教えを唯一正しく取り次ぐことが出来るとする小山美秀子を信じているということも出来る。