本法で定義する性同一性障害者で、以下すべての要件のいずれにも該当する者は、自身が申立人となり、住所地の家庭裁判所で性別の取扱いの変更の審判を受けることができる。
（性別の取扱いの変更の審判）
第三条　家庭裁判所は、性同一性障害者であって次の各号のいずれにも該当するものについて、その者の請求により、性別の取扱いの変更の審判をすることができる。
一　二人以上の医師により，性同一性障害であることが診断されていること。
二　十八歳以上であること。
三　現に婚姻をしていないこと。
四　現に未成年の子がいないこと。
五　生殖腺がないこと又は生殖腺の機能を永続的に欠く状態にあること。（最高裁が違憲無効との判断を示している。）
六　その身体について他の性別に係る身体の性器に係る部分に近似する外観を備えていること。
歴史.
成立.
医療技術の進歩により、性同一性障害に対して、ホルモン投与や性別適合手術を用いて当事者の精神的苦痛を軽減し、ジェンダー・アイデンティティに合わせて社会適応させることが可能となってきた。しかしながら、戸籍上の性別が出生時の身体的性別のままでは、公的な証明書を必要とする社会的局面において不都合を生じる。例えば、外見と性別記載が食い違っているために本人確認に問題を生じ選挙権を行使できなかったり、また差別を受けることもあった。
議論.
「性別の変更を認めると、社会的に混乱するのではないか」という意見には、法的性別を変更する当事者は、すでに社会生活上も外見もその性別として移行しているので、戸籍上の性別がそのままでは、かえって社会的な不都合が生じる とする反論がある。
また、犯罪者が捜査の手を逃れるために使用する可能性については、性同一性障害の診察と診断、性別適合手術を受ける等、法的性別の変更が認められるまでには相当の長期間にわたって医療機関や裁判所と関わることが必要であり、身を隠す手段としては適当ではなく、当事者における法的な性別の変更は、外見や生活実態に適合させることになるので、むしろ追跡を容易にする として否定する意見がある。
裁判.