神戸市外にある神戸大学関連の施設としては、上述の神戸大学ビーフを開発した農学研究科附属食資源教育研究センターが加西市に、基幹研究推進組織内海域環境教育研究センターのマリンサイトが淡路市に、海事科学研究科附属国際海事教育研究センターの淡路海洋実験実習場が南あわじ市に、そして、神戸市中央区には、先端融合研究環統合研究拠点、神戸医療産業都市構想に関わる神戸バイオテクノロジー研究・人材育成センターおよびインキュベーションセンターが存在する。
対外関係.
地方自治体との協定.
立地している地域の関係で、主に兵庫県や県下の市町との協定締結が大半である。
（「地域福祉向上、産業振興、教育・文化・スポーツの振興及び発展、人材育成、まちづくりのための連携」を目的としている）
（「文化・教育及び学術の分野で援助・協力し、生涯学習等に関する諸課題や文化遺産を活用した地域との連携事業について協同で研究等に参画」することを目的としている）
（「文化・教育及び学術の分野で援助・協力し、生涯学習等に関する諸課題や文化遺産を活用した地域との連携事業について協同で研究等に参画」することを目的としている）
（「県下の市町や県民が取り組むまちづくり、文化及び学術の分野で連携し、地域の歴史的資源の活用、優れた景観の形成等を通じたまちづくりに関する調査・研究」を目的としている）
（県と共同で医療行政の研究を実施することで、地域医療に貢献することを目的としている）
（文化・教育・学術の各分野で連携することで、生涯学習等に関わる諸問題や文化遺産を活かした地域との連携事業について協力・共同して研究等へ参画することを目的としている）
（地域の課題に迅速かつ適切に対応し、活力ある個性豊かな地域社会の形成や発展を支援を目的としている）
（長年培われてきた協力連携実績や信頼関係を活かし、さらなる地域活性化と発展を目的としている）
その他、学部や学科ごとに、連携協定を締結している場合もある。こちらも主に兵庫県下の自治体や病院等との提携がほとんどである。例外的に自治体ではないが、国立療養所邑久光明園（岡山県瀬戸内市）等の、県外公共施設との連携協定締結を行っている学科（発達科学部人間発達環境学研究科等）もある。
交流協定校.
※大学・機関名（締結年）
附属学校園.
改組前は以下の附属学校が存在した。
ガリー・カスパロフ