さらに、修行によって得られた智慧が重要な問題として意識される。その流れは龍樹が興した中観派や、弥勒が興し無著と世親が教学を大成した瑜伽行唯識学派という大きな潮流を形成する。これはチベットにも伝播され、チベット仏教の基礎教学が形成されている。
智慧を主題とする方法論的流れは、部派仏教から大乗仏教に通じるものであったと見られる。そのため、相互の交流はほとんどないと思われるが、互いに補完しながら教学が形成されているように見える。インドの仏教の最終形態として密教に至るが、これは仏教が西方に伝播される時に、その地域の考え方などから影響を受け、すべての事象を象徴化することによって体系化していったものと考えられる。
また、インドにおける仏教は、学派ごとに活動していたことに特色がある。この動きは南伝仏教などにも伝承されているようである。しかし、中国や朝鮮、日本、ベトナムといった大乗仏教圏ではまったく異なった形態がとられている。中国では学派というよりは、寺院ごとのまとまりが強く、いくつかの学派が一つの寺院に並存することがある。また、日本では個人の思想や教えによってグループが形成されている。
インドにおける在俗信者.
一方、仏教徒（檀家、世間）には、将来的に悟りに至るための過程として、「功徳を積み、善い後生を得る」ことが求められた（方便）。
初期仏教においては、呪術、占星術、祖先崇拝、シャーマニズムといった民俗信仰の儀礼・習慣は容認、黙認、忌避、あるいは禁止されていたものの、真言や防護呪といった儀礼や、ジャータカやアヴァダーナといった経典に見られるように、これらの要素のなかは時代が下るにつれて仏教教団側にも取り込まれていったものもあった。
インド仏教の歴史.
しかし、大乗仏教が成立しても、部派の教団は存続し教理の展開がある。また、密教の萌芽は大乗仏教に見られるし、中観派との密接な交渉は途切れることはない。つまり、それぞれは重層的に共存していたと考えられている。
最初期.
部派仏教.
大乗仏教運動の興隆.