ウイルス進化説の解説によく用いられるのが「キリンの首はなぜ長い？」という疑問である。この疑問は現在においても科学的に解明されておらず、様々な説が存在する。有力な説は、ダーウィニズムを基本とする進化論だが、首の短いキリンと首の長いキリンの間の「中間の首の長さ」のキリンの化石が発見されていないことが大きな問題とされることがある。このため、この疑問に答えうる、瞬間的な進化を可能とする説としてウイルス進化説がしばしば登場する。
また分子生物学によって解明されつつある「遺伝子の突然変異による変化の蓄積」は、突然変異のほとんどが生存に不利なものであり進化の基礎とはならないと主張する。適者生存については、必ずしも適者が生き残るのではなく、個体で見れば運の良いものが生存する。だから適者生存も進化の基礎をなすとは言えないと主張する。また生物の体や習性の仕組みはどれも精巧であり、緩やかな変化の蓄積によって成し遂げられた物とは考えにくいとも主張する。これらをすべて説明できるのがウイルス進化論である、としている。ただしその具体的な仕組みには未だ言及していない。
キリンのように生息域が狭い種族が餌環境の激変などにより短期間で進化した場合は「進化の中間の化石」がそもそもあまり残らないため発見されないことは決して珍しい事ではなく（いわゆるミッシングリンク）、ダーウィニズムを基本とする進化論を否定する根拠にはならないとも言われている。
評価.
本説を裏付けるに足る報告は存在せず、進化生物学の専門家からは認められた学説ではない。また、査読のある学術雑誌に投稿した論文でもないため、科学学説としても認知されていない。本説の主張は「自然選択説への誤った批判。現在までの観察、研究例の無視。非理論的な考察」によって成り立っているという批判がある。また学問的な審査を経ていないにもかかわらず、特に初学者向けの解説書などで、有力な学説であるかのように振る舞う姿勢はニセ科学に通じるとも批判される。