また、経久は興久の件を踏まえて晴久の正室に尼子国久の娘を嫁がせて次代での親族の不和を無くそうとしたものの、この妻の死こそが国久との絆を断ち晴久を新宮党の粛清という非情な手段へ踏み切らせることになる等、尼子氏の婚姻・縁戚関係は経久の思惑であった尼子氏の勢力拡大に貢献はしたものの、この婚姻関係の破綻こそが晴久・義久の二代に渡る尼子氏の足枷へとなる。更にはこの新宮党や塩冶氏と結びつきの強かった国人衆は退転・没落・領地削減を余儀なくされる等、非常に不安定な地位にあった。
こういった出雲国の特殊な情勢において、晴久の一貫していた方針は「尼子宗家の権限強化」であり、それらの犠牲になったのが、これらの独立性の強い国人・親族・諸勢力であった。特に三沢氏は晴久期においても反抗的な姿勢を取ることが多いなど独自性が強く、これは当然として尼子氏にとっても脅威な存在であった。その為、三沢氏を含めて大内氏に寝返った国人の多くは、月山富田城の戦い以降に勢威を回復した晴久から領地削減される他、血縁関係もあった宍道氏に至っては嫡流が出雲から永久追放を受けている。
晴久期の成果として、自らが登用した者に政治権限を持たせたことや、出雲国や他国の国人衆への統率強化として国人の一部を奉行衆へと取り立て、本領地から城代への配置転換といった形（多胡氏・本城氏等）が上げられる。これは在地領主であった彼らを直臣へと組み込めたという成果の証左である一方、元々統治機構が整備されないまま戦国時代へと移行し、晴久による支配体制への改革によって中央集権化が浸透する前に彼自身が急死したこと、婚姻関係の破綻による圧迫を受けた国人衆の尼子氏への不満が、次代の義久において一気に噴出する結果に結びついてしまった。
内政.
杵築大社を自らの配下に組み込むべく、大社と反発していた日御碕神社を支援することや、大社宮司千家氏・北島氏やその配下衆に直接介入することで、杵築門前町を支配下に置こうとした。
西出雲塩冶郷の水運への直接介入や出雲鉄・伯耆鉄・石見銀を用いて貿易にて得られる津料。更には石見銀山採掘場で栄えていた鉱山町にて物資を売ることで得られる利益を御師坪内氏の権限を認めることで、その利益の一部を尼子氏に上納させるなどしていた。これらの豊富な財源が尼子氏の遠征を支える軍資金としてだけでなく、神社仏閣の造営を行う際の基盤ともなった。