コマンド選択式RPGのシステムを踏襲しつつアクションゲームであるマリオシリーズの特性を活かしている点はSFC版『スーパーマリオRPG』同様であるが、そちらにくらべてアクション性の比重がより高められており、「マリオとルイージの2人を操って攻略する」という点が本作独自の特徴となっている。フィールドやダンジョン含め、様々な場面でマリオとルイージの持つ特殊アクションを駆使し、兄弟同士で協力しあいながら進んでいく。2人がバラバラになるシーンもあり、その際はスタートボタンで操作するキャラクターを随時入れ替えながら進んでいく。
豊富なアクション性を生かした謎解き要素がふんだんに用意されているが、ヒントも多く用意されている為、プレイに詰まってしまうような事は少ない。アイテムの落ちている場所や、しなくてはならないアクションは、画面左上にボタンが表示され、最初は逐一説明が入るなど、チュートリアルが丁寧で、取っ付き易い作品となっている。戦闘場面では、タイミングに合わせてボタンを押すことで、攻撃力アップ、防御行動ができる。
アクション.
ブラザーアクション.
チビマリオから下のアクションは、教わっていない状態で使おうとすると、前の人が怒る。
バトル.
タイミングを合わせてボタンを押すことで、攻撃力アップ（アクションコマンド）や回避行動が取れる。ジャンプ回避のとき、一部の攻撃（主に体当たりなど）はボタンを押すタイミング次第では敵を踏み返すカウンター攻撃もできる。ハンマー防御時は、ハンマーをずっと構えていると、ハンマーの重さに耐え切れなくなって落としてしまい（あるアイテムを装備すると構え続けることができるようになる）、少しの間、ハンマーを出せなくなってしまう。ハンマーで防御する攻撃は、タイミングに関係なくカウンター可能なものはすべてカウンター攻撃になる。
戦闘から逃げる際は、「逃げる」コマンドを選択した後、マリオ、ルイージに対応したボタンを一定量、連打する必要があり、この際、一定量のコインを落としてしまう。強敵相手ほど逃げるのに時間がかかり、落とすコインの量も増える。
状態異常.
状態異常は、以下の種類がある。
ブラザーアタック.
登場キャラクター.
敵キャラクター.
舞台.
本作の舞台はマメーリア王国。この国はキノコ王国の西側にあり、マメ族とウフ族が住むにぎやかな国。
出雲空港
概要.