ボトルガーデンは一般的に室内装飾の一種として、あるいはパティオや高層マンションなどのスペースがあまりない場所での庭の代わりとして利用されている。製作と維持管理が簡単にできるので、教室内で小型エコシステムを学習する経済的手段として、学校でも使用されている。また、ボトルの内部環境を効果的に制御し、外部の刺激から隔離することで、制御機構として利用することもできる。ボトルガーデンは、乾燥地や水不足の地域での野菜生産にも利用されており、他の用途のために水を節約するということもできる。
ボトルガーデンは植物が生きていくために必要な土、水、光に加え、水が蒸発しないようにボトルの中に閉じ込めてあるので、水を貯めることが可能。植物の細胞呼吸から出る二酸化炭素は光合成に使われ、光合成から出る酸素は呼吸に使われる。そのため、ほとんどメンテナンスが必要ないのである。
爬虫類.
ボア科やオオトカゲ科、ワニ等の大型種では、レイアウトするほど余裕のある飼育スペースを確保しにくい上、レイアウトを壊してしまうことも多いため、複雑な構造を持つテラリウムで飼育することに向かないとされる。但し、動物園・水族館レベルの大型施設はその限りではない。
カメは活発に動き回り、力も強いため複雑なレイアウトを乱すことが多い。また他の爬虫類に比べて大きさの割に広大な飼育スペースを要する。さらに排泄量も多く、清掃も大変である。そのため、他の爬虫類に比べて複雑なテラリウムには導入しにくく、不向きである。
両生類.
昆虫類・甲殻類.
魚類.
水中部分がある程度取られているテラリウムでは熱帯魚やメダカなどの観賞魚を飼う例もみられる。テラリウム内に人が入れるほどで、その中に小川が流れているというほど巨大なテラリウムは別であるが、通常、魚を長期飼育出来るほど水場のスペースを広く取ったものは「アクアテラリウム」と呼ばれることが多い。
陸貝・その他.
日本ではあまり馴染みがないが、欧米ではカタツムリやナメクジなどの陸貝をテラリウムで飼育することがある。これらの多くは植物食性で、テラリウム内の植物を食害することもあるが、それぞれの種で好む植物と好まない植物があるため、植物の選定に注意すれば共存も可能である。
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