異端活動の告発を審議する権限は常に司教にあったが、何が異端であるかという定義が明確でなかったため、司教たちは他の司教と協議したり、ローマに助言を求めたりした。それに対して教皇庁は、を派遣して対応した。この特使は当初は司教に助言する立場に過ぎなかったが、後に異端審問を行う上で重要な役割を担うようになった。
カタリ派.
カタリ派が異端である最大の所以は、その二元論教義である。悪なる神が物質世界を、善なる神が精神世界を創ったというのがその主張であった。それゆえカタリ派は清貧と貞節を説き、物質主義の価値観を取り払おうとした。また彼らはどのような状況でも忠誠誓約は許されないと説いたため、封建領主層との対立を引き起こした。それゆえ、この時代の異端は宗教的な正統性よりも、まず社会的・政治的秩序に対する攻撃であるという面が大きかった。
教皇審問.
南ヨーロッパでは、アラゴン王国に教会が運営する法廷が存在していた。ただし、このような制度は他のイベリア半島諸国やイングランドなど他の国々でも類を見ない。スカンディナヴィア諸王国では、異端審問の影響はほとんどなかった。
ジャンヌ・ダルク.
歴史家のエドワード・ピーターズは、最初のジャンヌ・ダルクが有罪判決を受けた裁判には様々な違法行為が見られると指摘している。
異端審問の手続き.
異端を発見し告発するべく、教皇審問の手続きは複雑に発展していった。法や手続きの細則によって、異端審問法廷の在り方は細かく定められた。もし被告が異端を手放して正統教会に戻ってきたなら、その者は赦されると共に懺悔を行うよう求められた。もし被告が異端を手放さなければ、その者は破門され、世俗権力に引き渡された。異端に課される罰は、当時のヨーロッパにおいては世俗法廷で申し渡される罰ほど重くは無かったものの、財産没収や世俗法廷への引き渡しなど、教会法の中で成文化されていた。また「異端」「信仰者」「異端容疑者」「単に疑われている者」「激しく疑われている者」「極めて激しく疑われている者」などといった異端審問法廷の重要な基本用語も定められた。
取り調べ.