現在の日本では、刺身や寿司ネタ、海鮮丼など生食することが多く、鮮度が重要視される。なお、ウニの臓器は、口に入れたときに雑味や臭みを感じさせるため、中に入っているであろう海藻と共に取り除かれる。また、ウニを使ったアイスクリームである、ウニアイスも存在する。
ウニの殻は、専用のウニ割り器を使うと比較的容易に開くことができるが、包丁でも割ること自体は簡単にできる。市販されるものは、殻を割ってあり、死んでから時間が経っているため、生臭さがあったり、保存や型くずれ防止のためにミョウバンやアルコールが添加され、食味・風味が劣ったりすることが多い。一方で殻ウニは割ってみるまで品質の善し悪しがわからないため、寿司屋を始めとする飲食店では品質の一定しているミョウバン処理された箱ウニを使う場合がほとんどである。他にも、近年は食味の劣化を防ぐために塩水でパックされたウニも出まわっている。旬は春から秋であるが、特に初夏のものは最も品質が良いとされ、それ以外の時期は冷凍品が出回る。
一般に生ウニとして板に載せ販売されているものは、精巣・卵巣が混ざったものである。卵巣は切るとゾル様に流れる特徴がある。精巣は白く半透明の精子が絡み付いていることがある。精巣の方が味が濃く美味とされており、精巣のみを集めたものは高価で、高級寿司店などに卸されている。
生物学者によれば、生殖巣（雲丹）のツブツブとした構造は卵ではなく生殖小のうとよばれ、精細胞か卵細胞と栄養細胞を保持している。毎年生殖小のうでは栄養細胞が先に成長し繁殖期に生殖細胞（精細胞・卵細胞）が作られ放出して縮小しまた栄養細胞の成長に戻るサイクルを、数年繰り返している。このうち食味に関しては栄養細胞が重要で、成長し（実入りが良く）生殖細胞がまだ現れていない時期、雌雄の違いがまだない時期が最も美味である。これが食品として雌雄の区別をしない理由である。またこの時期は取り出しても形を保っているが、この後に生殖細胞がつくられるにつれて生殖巣が溶け出すようになる。またアカウニ、バフンウニの雌の卵巣は苦味成分である含硫アミノ酸が出て味が落ちてくる。一方で雄は味が変わらないのだが、外見では選別できないためメスに合わせて漁期が決まることになる。