江戸時代中期には、楫取魚彦や本居宣長が契沖仮名遣の修正を試みた。その結果として、仮名遣とは発音の書き分けであり、その後の混乱は発音の歴史的変化により生じたものであることが明らかにされた。これにより歴史的仮名遣は表記の上で、また理念の上からもほぼ完成の域に達した。宣長が字音仮名遣を定めたのも、この頃である。
明治から第二次世界大戦まで.
明治時代になって公教育では、上で述べた契沖以来の国学の流れを汲む仮名遣を採用した。これが今日において歴史的仮名遣と呼ばれるものである。歴史的仮名遣とは契沖仮名遣と字音仮名遣であった。
明治維新前後以来、国語の簡易化が表音主義者によって何度も主張された。すなわち、「表記と発音とのずれが大き過ぎるので、歴史的仮名遣の学習は非効率的であるから、表音的仮名遣を採用することで国語教育にかける時間を短縮し、他の学科の教育を充実させるべきである」との主張である。それらは漢字を廃止してアルファベット（ローマ字）や仮名のみを使用するものであった。しかし、このような主張に対して、民間からの強い批判があり、国語の簡易化が罷り通ることはなかった。
戦後.
なお、漢字制限も同時になされ、当用漢字（現・常用漢字）の範囲内での表記が推奨され、「まぜ書き」や「表外字の置換え」と呼ばれる新たな表記法が誕生した。当用漢字以後は人名用漢字が司法省（法務省）により定められ、漢字制限はJISも含めて混沌としたものとなっている。歴史的仮名遣論者では多く漢字制限にも反発することが多い。福田恆存などは、全ては国字ローマ字（横文字）化のためである、漢字制限に際しては改革案がCIEの担当官ハルビンによって「伝統的な文字の改変は熟慮を要する」と一蹴されたにもかかわらず断行した、と糾弾している。
その一方で、その後も仮名遣いの見直しを含む国語改革への批判と歴史的仮名遣の復権を主張して歴史的仮名遣での出版を続けた個人は少なくなかった。代表的な人物としては以下の人々が挙げられる。
作曲家の山田泉も生前に発表した文章に歴史的仮名遣を使用していた。さらに、井上ひさしや山崎正和、小西甚一、大野晋、大岡昇平らにも歴史的仮名遣によって公刊された著作がある。