室町後期の関東にあっては古河公方足利氏が関東武士の間において権威を誇っていたが、同氏の出身である足利義明は古河公方足利高基・晴氏父子に対抗し、小弓公方を自称した。このとき、安房の戦国大名里見氏は義明を奉じて関東副将軍を自称したとされる。
足利義昭による任命例.
義昭が信長によって京都を追放され、備後国の鞆にて毛利氏の庇護に入ると、義昭は毛利輝元を副将軍に任じ、鞆において幕府の再建を目指した。また、輝元は副将軍として義昭を庇護することにより、毛利軍を公儀の軍隊の中核として位置づけ、西国の諸大名の上位に君臨する正統性を確保した。
しかし、信長は明智光秀の謀叛に倒れるものの、天下は豊臣秀吉の手に移り、幕府の再興はならなかった。
江戸時代における副将軍.
豊臣秀吉の死後、関ヶ原の戦いに勝利した徳川家康が征夷大将軍に任ぜられ、江戸幕府が開かれたが、幕府内に「副将軍」という役職はなく、江戸時代において副将軍が任ぜられることは一度もなかった。
しかし、徳川御三家の一角である水戸藩主は天下の副将軍または水戸の副将軍と称されることが多い。これは、水戸藩主の地位が他の大名と違って、参勤交代せずに常に江戸に留まる定府が義務付けられていたこと、将軍の補佐役としての色彩が強かったことなどから、そのように呼ばれるようになったとされる。
つまるところ、「副将軍」とは水戸藩主に対して与えられた正式な呼称ではなく、上記のような事実から付いた俗称である。水戸藩主はそうした色彩の強い立場ではあったため、幕府もこの俗称を半ば黙認し、例えば江戸市中の講談師が徳川光圀を「天下の副将軍」と語っても、何ら取り締まりをしなかったという。
いずれにせよ、当の水戸徳川家の出身である徳川慶喜により大政奉還がなされ、江戸幕府、武家政権そのものが終焉を迎えたことで、副将軍の職および呼称は完全に消滅したといってよい。
現代のフィクションにおける「副将軍」.
御三家の一つ水戸徳川家の当主が「天下の副将軍」と称されたことを元に、徳川光圀の諸国漫遊の旅を描いた時代劇「水戸黄門」では光圀を「天下の副将軍」「前（さき）の副将軍」（水戸藩主の地位を譲って隠居の身であるので）として描いている。