翌日、竹林の中で比古は「今のお前ではまた人斬りという過ちを犯すだろう。そんなお前に引導を渡すのが師匠の務めだ」と語り、剣心と真剣を交える。戦いの中で恐怖を覚える剣心だったが、それは師匠への怯えではなく、そこにある死への恐怖だと気付く。無我夢中で比古に対する剣心は、志々雄を倒さないまま半ばで命を落とすことを拒否する一心と共に刀を一閃。その一振りに感心する比古は、剣心に足りなかったものは生きようとする意思であり、その命の重みが奥義の会得への第一歩だと諭す。
ようやく奥義を得た剣心は比古と別れを告げる。出立の際に駆けつけた操は剣心に薫の無事を伝え、二人はいったん京都へ向かう。剣心は自分の指名手配を知り、抜け道の地図を授かる。そして翁に別れを告げようと居室へ向かうも、翁の姿はなかった。翁は蒼紫が剣心を襲うと予測し、負傷の身をおして抜け道へ向かったのだった。果たして抜け道に蒼紫が現れ、翁は彼に剣を向けるが、もはや立っているのもままならない。そこに操と剣心が追い付き、ついに剣心と蒼紫が相見える。激闘の末に蒼紫は剣心に打ち倒され、二人の戦いを見届けた翁は力尽きて命を落とす。剣心は後を操たちに任せ、そのまま単身で東京へ進む。一方で操により葵屋に保護された蒼紫は、彼女に自身を殺すよう促すも亡き翁や御庭番衆のためにも生きるよう告げられるのであった。
東京の神谷道場に着いた剣心のもとに警察官たちが乱入する。剣心は剣を交える理由が無いと刀を置き、そのまま捕縛されてしまう。逮捕は表向きのものであり、警視本部で剣心は縄を解かれ伊藤と面会する。政府は人斬り時代の剣心の行いが当時の維新派の意向によるものだと露呈するのを恐れ、志々雄の恐喝によって剣心を生け贄にする意向であった。また今の状態では結果的に東京に大きな被害が出ることも恐れていた。剣心は志々雄に近づければ勝機はあると提案し、それを聞いた伊藤はある作戦に出る。