甲府盆地では釜無川、笛吹川の氾濫原が広がっている。郡内地方では富士山の火山活動による影響も受け、定住が困難な時代が続いていた。
旧石器時代の遺跡は長野県との八ヶ岳山麓や静岡県の愛鷹山・箱根山など隣接する文化圏に属する地域や桂川流域を中心に分布する。最古の一杯窪遺跡（都留市）や立石遺跡（甲府市）をはじめ、八ヶ岳山麓の丘の公園内遺跡群（北杜市）や神津島産の黒曜石が出土した横針前久保遺跡（北杜市）、長野県産の黒曜石が発見された天神堂遺跡などが代表的で、周辺地域に比べ密度は低いものの、周辺地域との人的移動を示す資料が発掘されている。
縄文時代草創期から前期には引き続き湧水が利用できる山麓部や富士北麓などに遺跡が分布し、後期旧石器時代から縄文草創期への移行期にあたる神取遺跡（北杜市）や関東文化圏の影響が見られる池之元遺跡（富士吉田市）が出現する。中期には盆地にも進出し、大規模な集落遺跡である釈迦堂遺跡群（笛吹市、甲州市）や重要文化財に指定されている精巧な土器の出土した一の沢遺跡、豊富な生活遺物が出土している花鳥山遺跡などが出現し、縄文農耕論にも一石を投じた有孔鍔付土器など考古学史上注目されている遺物も出土している。また、盆地西部の西郡地域は釜無川の氾濫原であり考古遺跡は乏しいが、近年では精巧な土器や土偶が出土した鋳物師屋遺跡が発掘され、注目されている。
後晩期には地球的な寒冷化の影響を受けて遺跡数が減少するものの、石組や配石遺構など祭祀施設であると考えられている八ヶ岳南麓の金生遺跡（北杜市）や牛石遺跡（都留市）などが出現する。また、郡内地方の桂川流域では関東地方との交流が見られる遺物が出土している。
弥生時代には身洗沢遺跡や金の尾遺跡などの集落遺跡があり、宮の前遺跡（韮崎市）では水田が確認されている。盆地南西部の曽根丘陵では東海地方経由で弥生文化が流入し、方形周溝墓が見られる上の平遺跡など古墳時代に至る遺跡がある。
古代.