投げて爆発させ、ダメージを与えたり効果を発揮する、投擲爆弾。敵との交戦中に、プレイヤーが一定箇所に長時間隠れていると、膠着状態を打開するため敵が投げてくる。自分が使用したグレネードでも、効果範囲内に入ると自分もダメージを受けてしまうので、それに巻き込まれないよう注意しなければならない。
投げる動作に入るとゲージが表示され、ゲージが振り切れる時間になると爆発するようになった。これを上手く用いることで、時間差攻撃を行える。敵の近くにグレネードを投げて牽制し、敵の攻撃を中断させたり、隠れている敵を引き出したり、数の多い敵を散開させたりできる。また、しばらくグレネードを持ってから投げ付け、敵の位置でちょうど爆発させるようにしたり、空中で爆発させ広範囲に影響を及ぼしたりできる。
エリートパワードアーマー.
特定の区間に限定されるが、エリートパワードアーマー（人型戦闘用ロボット）に乗り込んで敵と戦える。通常移動と、非常に強力な搭載武器での攻撃、非常に高い耐久力を利用し、押し寄せる多数の敵を駆逐しながら先へ進むこととなる。ダッシュやジャンプ、しゃがみ、格闘攻撃は行えず、低く狭い場所は通れない。途中で何度でも自由に乗り降りできる。
敵.
レプリカ兵.
特殊な敵.
特定の相手と戦う場合は、通常の銃やグレネードなどを使っての戦闘にはならず、特定ボタンを連打して対処することとなる。
通信・オンラインプレイ.
本作では、LANケーブルでゲーム機を繋いだり、インターネットに接続して、複数人で対戦プレイできる。マッチモード（対戦プレイ）では、限られたポイント内で武器や守備力などを設定し、様々な戦闘スタイルで楽しむことができる。例えば、強力な武器を持つ代わりにライフを低くしたり、銃を少なくしてグレネードを多く携帯するなど、様々な状態で自由に戦える。
前作との比較.
戦闘システムでも、上半身をそらして頭と銃口だけを出す「覗き込み」や、武器をホルスターにしまうと移動速度が上昇する部分が、廃止された。また、グレネードのピンを抜いても、相手に直接ぶつけるか、地面に落ちた後しばらくしてから爆発し、手から離さない限り誤爆しない点が、本作では一定時間で爆発するよう、変更された。（「武器」「グレネード」の項目を参照のこと）