別バージョンとしては、前作で同様の立ち位置にある『青』と『ピカチュウ』に比べるとシナリオ、システムともに新要素、追加要素が多いのが特徴で、『金・銀』ではプレイヤー自らが発見しない限り会うことのない伝説のポケモンが本作では目立つ形でシナリオに登場する。特にパッケージにも採用されている伝説のポケモン、スイクンはシナリオの各所で関わるようになっている。
モバイルモード.
『クリスタルバージョン』は、モバイルアダプタGBをゲームボーイカラーに接続して電源を入れることで「モバイルモード」となり、これ以降は起動するたびに「モバイルシステムGB」のロゴがオープニング再生前に表示されるようになる。それと同時にタイトル画面の後に表示されるメニュー（つづきから はじめる、さいしょから はじめる、せっていを かえる）に「モバイル」と「モバイルスタジアム」が表示されるようになる。
発売延期と開発の遅れ.
当時ハル研究所社長であった岩田聡がプログラマーとしてグラフィックの圧縮に貢献しており、VC版（後述）『金・銀』のポケモンを『ポケットモンスター ウルトラサン・ウルトラムーン』へ連れて行き、モリモトとのバトル時に手持ちに入れていると特別なメッセージを聞くことができる。
発表初期には、スピードアップアイテムの変更として自転車がスケートボード（アイテム名は「スケボー」）になると幾つかの雑誌で発表され、公式イラストも登場したが、結局変更されず、自転車のままだった。また同時に「相手トレーナーのポケモンを捕獲できるようになる」というシステムも発表されたが、こちらも廃案となった（このアイデアは後年『ポケモンコロシアム』の「スナッチ」として採用された）。
バッテリーバックアップ機能に関する問題.
バーチャルコンソール.
ただし金銀にあったポケットプリンタやクリスタルバージョンのモバイルアダプタGBの機能は使用することができなくなっている。
平沢貞通
来歴・生涯.
前半生.
帝銀事件以後.