しかし実際には主だった家臣や親族を甲府に人質として置き、木曽の治世はすべて武田家の監視の元で行われたのであって、甲斐国の属国化を余儀なくされた。これにより木曾谷は、武田家の美濃や飛騨への侵攻における最前線基地となった。
武田家滅亡後.
さらに信濃で二郡を与えるとの内命を伝えたとされ、深志城（後の松本城）に城代を置いて木曽の他・松本・安曇地方経営の拠点とした。
岩松丸を人質に取られたことで義昌はやむなく遠山友忠など長可をよく思っていなかった近隣の諸将にも森軍に手出しをしないように依頼して回り、むしろ長可の撤退を助ける役目を負わされた。
また、変後の信濃の混乱を好機と見た深志の旧領主・小笠原氏の旧臣が越後国の上杉景勝の後援を受けて前信濃守護・小笠原長時の弟である洞雪斎を擁立し、木曾方は深志城を奪われ、本領木曽谷へ撤退するに至った。
晩年.
領主にとって木曾の土地資源は、今日でも全体の九割五分を占める山林であることから、木曾の山林に着目した秀吉から木曾を没収され阿知戸を与えられたとする説もある。
城の東南には山村良勝の屋敷が、西南には千村良重と馬場昌次の屋敷を配置し、城の南には市場を開けるように町作りが計画された。
法名は東禅寺殿玉山徹公大居士。墓所は千葉県旭市網戸の東漸寺（旧名は東禅寺）にあり、遺体は城の西方椿海に水葬され、干潟になってから改めて墳墓が作られた。
子孫.
義利は浪人し、その後蒲生氏を頼り、蒲生氏の伊予松山転封に随行、そのまま同地に居住したとされるが、阿知戸を退去した後の義利に関しては、確たる史料に基づく消息は残っていない。
改易に際しても、「下総国に流罪」とする説と単に「追放」とする説がある。
義昌には他に三男・義春（義成）と四男・義一（義通）がおり、義春は大坂の陣における豊臣秀頼の浪人募集に応じ大坂城に入って戦死した。
義一は母の真竜院と共に木曽谷で隠遁したとされるが、その後や子孫に関しては伝わっていない。
一族.
大名家としての木曽家は消滅したが、一族(重臣）であった千村氏・山村氏・馬場氏などの木曾衆は、関ヶ原の戦いにおいて徳川家康のもとで東軍に参加し東濃の戦いで勝利したことにより旗本や尾張藩の重臣となった。
甥・義重の子上松義次は上杉定勝の近習となり、米沢藩に仕えた。
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また、古来数助詞の「つ」にも同じ小書きのっやッを用いることがある。