秀吉の死により、清正らは日本に帰国することになった。すぐに帰国に応じたことからも、清正も朝鮮出兵が無益な戦いであることを認識していたものと考えられる。帰国した清正は向こう数年の百姓の夫役を停止するなどの領国建て直し策を出す。また、朝鮮出兵時から続けられていた国内外を舞台にした投機的な取引によって、収取された米や大豆、麦などの農産物を売買し、少しでも財政難を解消することにも努めた。ところが、現実には緊迫した政治情勢の中で熊本城の改築などの軍事的対応が優先され、領国の再建は先送りされることになる。
ところが、島津氏の重臣である伊集院氏が主家に反旗を翻した庄内の乱において、清正が反乱を起こした伊集院忠真を支援していたことが発覚した。庄内の乱は家康が五大老として事態の収拾を図っていた案件であり、清正の行動は家康からすれば重大な背信行為であった。家康は清正の上洛を禁じて、清正が上方に向かった場合にはこれを阻止するように有馬則頼に命じた。
また、家康の会津征伐の発動に清正が強硬に反対したが、家康は同意せずに清正に対して立腹したとされている。
死後.
人物.
武具・装備一式.
手話単語において.
清正の熊本での事業.
なお、現在の堀川は加藤忠広が着工し、細川忠利の時代に完了した。白川と坪井川を結ぶ農業用水路である。
死因.
墓所・霊廟・寺社.
墓所は熊本市西区花園の発星山本妙寺の浄池廟、また山形県鶴岡市丸岡の金峰山天澤寺。さらに東京都港区白金台の最正山覚林寺（清正公）に位牌がある。
なお、東京都大田区の長栄山大国院本門寺（池上本門寺）に供養塔。奉斎神社は熊本市本丸鎮座の加藤神社。
加藤清正を主題とした作品.
なお、加藤清正は豊臣秀吉の一代記の作品群である『太閤記』の登場人物にもなっている。浄瑠璃や歌舞伎など演劇では「太閤」の官職名を「大功」に代えて『大功記』のタイトルにしている作品や、「太閤秀吉」の名を「大功久吉」にして脚色している作品があるが、加藤清正も演劇では「加藤正清」の名になっている作品がある。
加藤嘉明
加藤 嘉明（かとう よしあきら / よしあき）は、安土桃山時代から江戸時代にかけての武将、大名。豊臣秀吉の子飼衆で、賤ヶ岳の七本槍・七将の1人。伊予松山藩および陸奥会津藩初代藩主。