生存者には、優秀な外科医として皆を助けヒーローとなりリーダーともなったジャック、殺人犯として護送中のケイト、詐欺師でトラブルメーカーのソーヤー、引き取ったばかりの息子ウォルトとの関係がうまくいかず島からの脱出を切望するマイケル、父親にだまされ腎臓を取られたうえ下半身不随にまでなったが墜落後なぜか健常体となりサバイバル能力を発揮するロック、元イラク軍人で通信に詳しいサイード、ロックについていくブーン、韓国人夫婦のジンとサン、等がいた。
島で見つけた謎のハッチを、ジャックたちは遂に開いた。灯りが底部にとどきはするものの、かなり深い縦穴であった。
まだ行動すべきでないと主張するジャックと、すぐにハッチの中に入ってみるべきだと主張するロック、そして「数字」への恐れから元々ハッチを開けることに猛反対していたハーリーは対立する。また、梯子が老朽化しており、降りるにはロープが必要だった。結局、ケイトが先行してハッチ内を偵察に降りていく。次いで、ハッチの中へ消えてしまったケイトを追うためにロックはハッチの中へと潜入。二人がハッチの中に入ったと知ったジャックも中へと入っていく。
ジャックたちは、「他の者たち」であろう1人の男を捕まえることに成功する。その男は、何日も監禁され、嘘を言っている様子はなかった。しかし、サイードたちが彼が嘘をついているという証拠を見つけ、ジャックたちが「他の者たち」と人質の取引をしようとしたところに、マイケルが現れる。彼によれば、息子を取り返すため相手の基地まで見つけたが、人数が多く一人では助けられない、だから手伝って欲しい、ということだった。しかし既にマイケルは、人質に取られた息子を取引材料として脅されており、「他の者たち」の手先になってしまっているのだった。
ジャックが目覚めると、彼は大きな空の水槽の中に閉じ込められていた。ジャックは「他の者たち」に捕まっていたのだ。水槽の中で暴れるジャックの前にジュリエットという女性が現れる。ケイトとソーヤーも、それぞれシャワー室と屋外の檻の中で目を覚ます。三人の囚われた者たちは、「他の者たち」の実態に触れながら、仲間のキャンプに戻ろうと試みる。