本作のメカニックデザイナー寺岡賢司が言うには 「プラズマ流体システムを想定しており、プラズマ化されたヘリウムや水素を充電したプラズマバッテリー」で、MSをほぼ無給油で長時間動かすほどの性能を持つことを想定したという。SF考証担当の白土晴一は「動力源のようなイメージはなかった」と言った。動力源について特別に語られるシーンはほぼ見受けられないが、作業用のモビルスタンダード「デスペラード」については、水素エンジンを搭載している設定となっている。
MSは全て「フォトン・バッテリー」と呼ばれる特殊なバッテリーで稼働しており、それを生産・供給しているのは地球から伸びた軌道エレベーターの終点にある「ヘルメス財団」と設定されている。ヘルメス財団以外がバッテリーを製造することは禁止されており、独占供給状態を維持している。また、フォトンエネルギーの出力を放出するフォトン装甲を採用する。
動力源にはエイハブ・リアクターを採用。全てのMSが「高硬度レアアロイ」と呼ばれる頑強な素材で構成されるインナーフレームを持つ。駆動方式は一般的にはモーター駆動だが、ガンダム・フレームはシリンダー駆動を採用しており、より人間に近い動きが可能となっている。
ただし、エイハブ粒子が電波障害を引き起こしやすいという短所も持ち合わせているため、市街地に持ち込むと都市インフラを麻痺させてしまう。そのため地球では、都市部にリアクター、およびそれを搭載した兵器を持ち込むことを固く禁じている。
エイハブリアクターから発するエイハブ粒子を噴射するエイハブスラスターが存在。この方式ならば新たな推進剤は必要としないが、非力なため姿勢制御等への使用がメインとなる。そのため、主な推進器は高熱によって膨張した水素を噴射する熱相転移スラスターが用いられている。