得られたトピックが下記の解決パートでの制限時間の延長アイテムの役割になる。トピックの種類によって制限時間の長さは異なる。
解決パート.
怪奇現象の原因である特異点を消去するためのパートで、マインスイーパに似たゲームである。ハルヒが怪奇現象の現場に到着するという時間内に決められたノルマ数をクリアしていく。
基本的にはキョン、みくる、長門、古泉の内1人をハルヒのもとへ向かわせ、特異点を消去していく間に、向かわせたキャラクターがハルヒ相手に得られたトピックを使って話しかけ、時間稼ぎをする。
ただしトピックを使えるポイントは決まっているため、いつでも無制限には使用出来ない。制限時間が迫ってくると、トピックを使用するかどうかの選択時間も短くなる。
ハルヒに向かわなかった長門、みくる、古泉が必殺技として使用できる。それぞれに能力が異なっており、使用できる回数が決まっている。また、使用後にインターバルが有るため、連続使用も出来ない。
それぞれにレベルが存在しており、使用することでレベルが上がり、能力もあがる。
ハルヒ、長門、みくる、古泉、鶴屋さんは、それぞれのエンディングを見ると登場しエンディングの後日談が見られる。
楽曲.
限定版.
限定版「超SOS団団員コレクション」には以下の特典が同梱される。
ボーカルミニアルバム.
涼宮ハルヒの並列
 
概要.
なお、本作が発表されたのは『直列』よりも後であったが、『直列』の延期により、本作が先駆けて発売することになった。
あらすじ.
船内では船のオーナーである美少年「伊集院泰一郎」の花嫁選びコンテストが行われる事になっていた。ミコトが泰一郎の元婚約者だと知ったハルヒは、ミコトを助け、泰一郎をギャフンと言わせるためにSOS団がコンテストで優勝すると宣言するのだが、泰一郎の妨害工作によってコンテストに参加すらできずに一日を終えてしまう。
だがこれは、延々と繰り返される「ループする一日」の始まりに過ぎなかった。ひょんなことから自分たちが同じ1日を繰り返していることに気づいてしまったキョンは、長門の協力で前回のループの記憶を持ち越せるようになる。その記憶を活用して、なんとかループから脱出しようと奮闘するキョンだが、ちょっとしたことで影響を受けるハルヒが原因で、ループはどんどんおかしな方向に変化し、様々な「並列」ループが生まれるのであった。