宮崎駿と鈴木敏夫は狸映画を作ろうと考え、そこに高畑勲監督を迎えることとなった。高畑は当初、『平家物語』を映像化しようと試みたがなかなか実現せず、宮崎と鈴木の2人が考えた案をもとに狸の平家物語のオリジナルシナリオを執筆した。開発が進む多摩ニュータウン（多摩市）を舞台に、その一帯の狸が「化学」（ばけがく）を駆使して人間に対し抵抗を試みる様子を描く物語を完成させる。スタジオ内の初のCG使用作品でもある。
あらすじ.
年が明けると、古狸の火の玉おろくから化学を教わった若手狸たちは、建設工事への抵抗を始める。開発業者のトラックを事故に追い込み、地蔵や稲荷神社の狐に化けて住民の信仰心に訴え、古典的なお化けにばけて人間を驚かした。
二年目には若手狸から選ばれた玉三郎と文太がそれぞれ四国と佐渡に派遣される。狸たちの抵抗運動は、一部の地権者や作業員に工事を思い止まらせ、「ニュータウンの怪」としてマスコミを賑わせるが、全体としては開発を阻止できない。
三年目、強硬派の権太と慎重派の正吉たちが対立しているところに、四国から太三朗禿狸・隠神刑部・六代目金長を伴って玉三郎が帰郷する。三長老の指導のもと、狸たちは具現化した百鬼夜行でニュータウンを襲う、妖怪大作戦を決行する。作戦のさなかに隠神刑部は精根尽きはて落命する。しかし、ニュータウン住民には拍手喝采のイリュージョンにしか映らず、あげくにワンダーランドの宣伝に利用されてしまう。
作戦が大失敗となったことで狸たちは意気消沈し結束が乱れていく。ワンダーランドの社長を抱き込んだ多摩の化け狐竜太郎が金長に接触し、化学を駆使して人間社会で生きる方がよいと唆すが、金長とその娘婿となった玉三郎は社長から一億円を巻き上げる。太三朗禿狸は踊念仏をはじめ、ついには宝船に変化して多摩川に繰り出し死出の旅に出る（補陀落渡海）。鶴亀和尚はテレビ局に犯行声明を送り付け、カメラの前で訴えようとするが、取材に訪れたのは興味本位のワイドショーだった。権太たち強硬派は姿を表して工事現場に座り込み、導入された警視庁機動隊と戦うが、敗北の末に命を落としてしまう。