殿中で将軍・徳川茂々の暗殺未遂事件が発生。暗殺を画策した喜々率いる一橋派と手を組んだ高杉と神威は、天子のいる京へと向かう茂々一行を鬼兵隊と春雨、それに一橋派についた伊賀の忍たちを率いて次々と襲撃する。万事屋や真選組、そして茂々との絆を胸に再結集したお庭番衆らと共に忍の里・伊賀へと向かった茂々たち一行は、一橋派と内通していた裏切り者を始末した百地乱破ら将軍派の忍と共に、追ってきた鬼兵隊や春雨の第七師団と激闘を繰り広げ、そしてついに銀時は宿敵の高杉と、神楽は兄の神威との一騎討ちに突入する。だがあと一歩で脱出しようとしていた茂々たちの前に、突如天導衆に連れられた喜々が現れる。喜々は天導衆から、自身は高杉たちに利用されているに過ぎなかったことを聞かされて激怒し、高杉たちを将軍の命を狙った賊として切り捨て、次期将軍の座を見返りに天導衆に鞍替えしたのだった。そして両陣営の潰し合いによる消耗を待って現れた天導衆は、先の一件で茂々から預かっていた解官詔書を突き付けて茂々に退位を命じるが、茂々は最後の将軍として国を護るために京で新政権を樹立することを宣言。そして京でかつての仲間たちを集め再起を図ろうとするも、喜々の差し金によって裏切った旧友・友之介によって毒針を刺される。死を悟った茂々は、何も知らない妹のそよの膝の上で眠るように息を引き取るのだった。