献帝が長安から洛陽に逃亡して来ると、程昱は荀彧と共に曹操に献帝を迎え入れるよう進言した（「武帝紀」）。献帝が許昌に都を定めると、程昱は尚書に任命された。兗州の安定のため、東中郎将として済陰太守を兼ね、都督兗州諸軍事となった。
劉備が曹操の下に身を寄せていた時は、劉備を殺すように進言したが、曹操は聞き入れなかった。その後、袁術を防ぐため曹操が劉備を徐州に赴かせたことを聞き、程昱は郭嘉とともに再び曹操に諫言した。曹操は後悔したが間に合わず、はたして程昱が予期したとおり劉備は車冑を殺害し、曹操に反旗を翻した。
袁譚・袁尚との戦いでは、程昱は李典とともに兵糧を輸送し、それを妨害する袁尚の魏郡太守高蕃を撃破した（「李典伝」）。その後程昱は、山や沼沢に隠れていた人々を掻き集めて、精兵数千人に編成し曹操と黎陽で合流し、袁譚・袁尚を打ち破った。奮武将軍に昇進し、安国亭侯となった。
晩年.
曹操が荊州を支配し、劉備が孫権の下に向かった時、孫権が劉備を殺すという意見があったが、程昱は孫権が劉備を引き入れて対抗する事を予測し「孫権は謀略があり、もう劉備を殺すことは不可能だろう」と言った。果たして孫権は劉備に兵士を与え、曹操に抵抗し、赤壁の戦いで曹操は敗北した。
曹操が馬超討伐に向かった時、程昱は留守をあずかる曹丕の軍事に参加した。この時、田銀・蘇伯らが河間で反乱を起こし、将軍のを派遣して彼らを討伐した。このとき賊のうち千余人が降伏を願い出たが、旧法の通り処置する（包囲された後に降伏した者は処刑する）という意見が圧倒的だった。しかし程昱は次のように反対した。
「投降者を処刑したのは、天下に雲の如く英雄が湧き起こった騒乱時代の事。包囲後に投降した者を許さぬ事によって、天下に威光を示し、賊にとるべき道を悟らせ、包囲するまでもなく降服させるためでした。今天下はほぼ平定され、しかも今回は領内のことです。降伏する以外ない賊を殺しても、震え上がる者もおりません。わたくしは処刑すべきでないと考えます。たとえ処刑するにしても、その前に殿の承認を受けるべきでしょう」。