このような生物は、最盛期には広い分布域をもっていたが、その後に新しく進化した生物に押されるなどの原因で減少し、元の生息域のあちこちに生き延びた結果、飛び離れた分布域になるものであると考えられる。特に大陸周辺の孤島などにそのような例が多いともといわれる。沖縄のイボイモリなどはその例である。
これに対して、大型哺乳類の場合、大陸移動後に陸づたいに移動したので、オーストラリア大陸への移動が行われていないのが特徴である。ゾウがアフリカとインドに、ラクダがアフリカ北部、中央アジア、南アメリカに分布することなどがその例である。
大陸移動によるもの.
大陸移動そのものが隔離分布の原因になったと考えられる例もある。大陸移動説そのものの根拠のひとつが生物の分布であったのは有名な話である。つまり、ヨーロッパと北アメリカなど、大西洋を隔てて近縁種が存在する例が多々あり、それを説明するためにかつて両岸をつなげる陸橋があったとするのが当時の説であった。これに対して、その他の証拠を含めて、むしろかつては大西洋は存在せず、両大陸がつながっていたと考えるべきだ、というのがアルフレッド・ウェゲナーの主張であった。彼はその著書「大陸の移動と海洋の起源」で北アメリカとヨーロッパに共通するものとして、ミミズやカタツムリを、またヨーロッパとニューファンドランドに共通するヒースなどを例に挙げている。上記の肺魚やダチョウ類などのゴンドワナ要素などもその例となろう。
また、南アフリカとオーストラリアの西南部域、それに南アメリカ南端部は、いずれもその大陸のそれ以外とはかなり異なった植物相を持つことが知られており、植物区系地理学ではまとめてケープ区と呼ばれる。これらは大陸移動前には南極大陸を介して近接した地域にあった。
気候の変動による生育地の変化.
地球は不定期的ながら周期的に温暖化と寒冷化を繰り返してきた。その結果、それぞれの種の分布域は、北半球では氷期には南下し、間氷期には北上したと考えられる。このような移動の結果、分布が分断されたり、切り離されたりした場合にも、隔離分布が成立する。
氷河遺存種.