日隆の開山以来、尼崎の本興寺とともに山号はなく両山一貫主制をしいていたが、その後、歴代貫主が地方に布教し、日承の時代には末寺が畿内、北陸、瀬戸内沿岸諸国さらに種子島まで広布し、本能寺を頂点とする本門流教団が成立した。
本能寺は、早くから種子島に布教していたため、鉄砲・火薬の入手につき戦国大名との関係が深かった。
現在の場所への移転とその後.
その後明治の廃仏毀釈などの影響もあり本堂の再建は遅れ、寺地も御池通の拡幅整備で削られるなどしたが、本能寺の学問所である大亀谷檀林・隆閑寺（現・伏見区深草大亀谷にあった）の講堂を移築し、仮本堂とした。
旧地の発掘調査.
逸話.
後述の写真の通り、本能寺の「能」の字は「」という今では使われていない字になっていることでよく知られる。本能寺のサイトの説明によれば、このことについて「度重なって焼き討ちに遭っているため、匕（火）を嫌いの字に替えたものである」としている。
ただし、この「」は本能寺のために作字されたわけではなく、当時は現在の「能」よりも広く使われていた字体（伝統的楷書）であり、前述のように本能寺の変以前の本能寺の瓦でもこの文字が使用されている。「能」が一般に用いられるようになったのは康煕字典が広まった明治時代以後のことである。
社会学者
光孝天皇
略歴.
宮中行事の再興に務めると共に、諸芸に優れた文化人でもあったとされる。和歌・和琴などに秀でたとされ、桓武天皇の先例にならって鷹狩を復活させた。また、親王時代に相撲司別当を務めていた関係か、即位後に相撲を奨励している。晩年は、政治改革を志向するとともに、親王時代の住居であったとされる宇多院の近くに勅願寺創建を計画するも、いずれも実現を見ぬままに終わり、跡を継いだ宇多天皇の「寛平の治」及び仁和寺創建に継承されることになる。
『日本三代実録』では「天皇少く（わかく）して聡明、好みて経史を読む。容止閑雅、謙恭和潤、慈仁寛曠、九族を親愛す。性、風流多く、尤も人事に長ず」と評されている。
系譜.
兄弟には、文徳天皇、宗康親王 、人康親王、本康親王、源多、源光がいる。また嵯峨源氏の源是茂を養子としている。
諡号・追号・異名.