ある日の夜、縁の同志である鯨波兵庫が「あかべこ」を砲撃し、従業員の三条燕らは重傷を負う。砲撃が行われた上野の山に向かった剣心と相楽左之助は斎藤と鉢合わせになり、「人誅」と書かれた紙が残されていたことや、縁が横浜駅で逮捕された時に剣心の存在を既知していることを仄めかす発言をしていたことを話す。
続いて、縁の同志、乙和瓢湖が浦村署長宅を、乾天門が前川宮内の道場を襲撃。剣心は署長宅で乙和を迎え撃つものの、乙和は「人誅の時間だ」と言い残して自爆する。その後、縁は憔悴しきった剣心の前に姿を現し、自分の目的、姉を殺害した剣心への復讐を告げる。
神谷道場に戻った剣心は、今回の一連の事件が自分への復讐が目的であると、自分の人斬りの過去、縁の姉である巴との出会いと結婚、巴を自分の手で斬ったことを皆に語る。
その後、東京が中国の武器商人によって襲撃される。その原因が剣心にあることを知った御庭番の四乃森蒼紫と巻町操は、巴の菩提寺である住職から巴の日記を預けられ、東京に到着する。その夜、気球に乗って縁らが東京を襲撃。剣心、蒼紫、操は街を襲う鯨波、乾、八ツ目無名異を迎え撃つ。その隙に縁は神谷道場を襲撃。相楽左之助を一方的に倒した縁は神谷薫を誘拐する。明治政府を裏切った沢下条が流した嘘の情報に斎藤たちが翻弄されたこともあり、東京は甚大な被害を被った。
縁が神谷道場に残した手紙を見た剣心は一人、縁の待つ館へと向かう。
ある日の夜、剣心は佐幕派の要人の暗殺を依頼され、目的の人物とその従者を斬っていった。しかし、ただ一人清里明良だけは剣心に何度斬られても立ち向かってきた。許嫁との祝言を間近に控えていた清里は剣心に立ち向かい、剣心の左頬に一本切り傷を入れたが、剣心にとどめを刺されてしまう。
後日、剣心が居酒屋で酒を嗜んでいると一人の女が入ってきた。その女は剣心の真後ろに座った。すると店内にいた似非志士の二人組がその女に絡み始め、それを静かに聴いていた剣心はその女を助けた。剣心が店を出ると待ち伏せしていた二人組とその仲間が剣心目掛けて斬りかかってくる。しかし剣心はその二人組と仲間を斬ると、目の前には助けた女が立っていた。この女こそが雪代巴である。惨劇の一部始終を見ていた巴は気絶してしまう。剣心は巴を抱えながら自らの寝床へと帰っていった。
雪代巴との出会いが剣心の運命を変えることになってしまう。