典厩家の当主は弟の藤賢が継承して将軍足利義輝・義昭に仕えた。織田信長と反目した義昭が挙兵した際にはこれに従って抗戦したが、その後は信長に降伏し近江国坂本城の守備を任された。信長滅亡後は豊臣秀吉に仕えた。氏綱の子藤次は豊臣氏の後、細川忠興・細川忠利に仕え、その子頼次は妹が対馬府中藩主宗義成の室だった縁で同藩に仕えた。藤次の弟元賢からは重賢、乗賢と続き、子孫は金沢藩士（加賀前田家家臣）として幕末に至った。
野州家.
阿波守護家（讃州家）.
義教の信任厚い持常は、嘉吉の乱で義教が暗殺された後、赤松満祐征伐のため播磨国に出兵するも、山名持豊（宗全）に一歩遅れる形となり、播磨守護職は山名氏のものとなる。播磨を巡る山名氏と阿波細川家の潜在的対立は、持常の後を継いだ成之の、赤松家の再興運動への助力という形になって現れる。これらのことは、当初は友好的な関係にあった山名氏と細川京兆家との関係悪化を招き、応仁の乱の遠因ともなった。
成之は、応仁の乱では東軍として京兆家を盛り立てたが、細川勝元の没後、政元の時代においては、権力集中を図る京兆家としばしば対立し、摂津守護代の薬師寺元一の反乱に関与するなどした。成之は孫の一人である澄元を、京兆家・細川政元の養子に送りこむことに成功するものの、それは畿内の争乱をさらに激化させることになり、政元暗殺とその後の「永正の錯乱」へと事態は進展するのである。
なお、成之の次子の細川之勝（後の細川義春）は備中守護の細川勝久の養子となっていたが、成之の嫡男の細川政之が早世したため、義春と改名し阿波守護家を継いだ。後に義春の子の細川之持が短期間であるが備中守護にも任じられている。
京兆家の細川政元の養子となった澄元を擁した三好之長は、畿内において細川高国と抗争を続けたが敗れ、澄元もまた京兆家として主導権を取り戻せぬまま夭折する。
之持の跡を継承した細川氏之は三好元長の補佐の元で成長すると、細川晴元や元長と協調し足利義維を擁立し、堺公方とするなど京都の幕府と対立を続けた。
なお、之持から氏之にかけての阿波守護家の動向には不明な点が多く、異説として之持は天文年間初頭まで健在であったとする若松和三郎の説 や持隆は之持の子ではなく澄元の子（晴元の弟）とする馬部隆弘の説 が出されている。
和泉守護家.