一方で新興企業や業績が好調な企業は組合がなくてもよい程度の賃金と労働条件が既に与えられていることも挙げられる。また、多くの人材派遣業の会社には労働組合が無い。企業にとって万一の事態が起きた場合、その企業に組合が存在していると「迅速な」リストラ策が取りづらくなってしまう、という点が嫌気されて、投資家からは労働組合の存在について「株価にマイナス」と見る向きが多い。しかし同時に、健全な組合がないがゆえのリスクの側面をも見る必要がある。すなわち、経営者の行き過ぎを戒め、ブレーキをかけるものが実質的に不在になることで、経営危機へ追いやる可能性も高めるのである（創業経営者が労働組合に厳しい態度を取ってきたため労働組合が求めてきた違法・脱法行為の是正や労働環境の改善が果たされず、結果として経営危機に陥ったコムスンやゼンショーなどがこの事例である）。
また使用者側の法令違反が常態化したいわゆるブラック企業とされる会社では、労働組合の組織を試みた者に解雇や左遷などの報復を行うケースや、入社時に組合活動をしない旨を求められる（これらは不当労働行為にあたる）ケースもある。ブラック企業対策は近年大きな社会問題となっていて、社会全体で取り組むべき課題とされ、他人・他社の権利に関心を示してこなかった企業別組合の存在意義が試されている。
逆に、経営合理化に協力して、正規労働者の非正規労働者への置き換えに抵抗しなかったとして批判される場合もある。
もっとも雇用形態の多様化は経済団体（使用者側）の主導で行われており、労働組合潰しという側面もある。
労使コミュニケーション.
ネガティブなイメージ.
日本の企業の経営者は、労働者の出世レースのゴールであることが多く（経営者と労働者の未分離）、それが過度の癒着、または対立を生む背景の一つであった。現在の日本では、労働組合活動自体があまり知られているとは言えない現状であり、労働組合というだけで「抵抗勢力」や「何にでも反対する」というレッテルを貼られがちであり、さらには先入観から労働運動自体に眉をひそめる人もいて、労働組合の果たしている労使協議等の多面的な機能が労働者に十分評価されていない。近年ではストックオプション制の導入など、労働者を経営側に取り込む動きも見られている。