アクア＝エリアスは、キャラクターの総合的な性能（強さ、特徴）は、「能力値」（ステイタス）を基本として、「熟練度」（スキル）および「クラス」によって表現されるスキル・クラス複合制を加えて表現される。しかし、これらの要素が独立してあるのではなく、互いに密接に影響しあっていることが、大きな特色となっている。
熟練度は、キャラクターの習得している様々な技術を分野ごとにパーセント(%)単位で表したものである。キャラクターのゲーム中での性能は、この熟練度に大きな影響を受けるため、キャラクターをどのように成長させるかが、ゲーム攻略上の大きなポイントとなる。
熟練度は、キャラクター自身がレベルアップしたり、仲間のレベルアップに立ち会うことで上昇する。どの熟練度がどれだけ上昇するかは、キャラクター（や仲間）が現在就いているクラスによって様々である。つまり、ある熟練度を成長させたければ、特定のクラスに就く（か、特定のクラスに就いている仲間を持つ）必要がある。
その一方で、各クラスには能力値や熟練度による就職条件が定められている。また更に、各クラスは性能や特技がそれぞれ異なるため、クエストを攻略する上でのクラスの選択も、非常に重要な要素である。
クエストシステム.
マップ上の拠点間を移動することで次回の更新での戦場を決定した当時の他の定期更新ゲームとは異なり、アクア＝エリアスにおいては、あらかじめ用意された種々の「クエスト」を選択するシステムが採用された。各クエストには固有のシナリオ、特定の戦術テーマに沿ったフィールド条件や出現モンスターが設定されていることが多く、ストーリー性や戦術要素の充実に繋がっている。またこれは、他キャラクターとのエンカウント要素を排除したものでもある（後述）。
その他.