日本の仏教はほとんどが大乗仏教である。鎌倉時代に成立した宗派（鎌倉仏教）が今日の仏教の礎となっており、日本の歴史に深く影響を与え、現在に至るまで信者数も多く、日本の仏教徒の大部分を占める。
キリスト教.
その後、江戸時代が訪れるとキリスト教は一時的に解禁されたが、すぐに禁止された上に、また江戸幕府が鎖国政策が敷いたため、宣教師ばかりか一般の外国人も入国できなくなり、日本国内のキリスト教は衰退した。当時の日本人キリスト教徒は、棄教するか隠れキリシタンとなった。この隠れキリシタンたちは、密かに信仰を伝えていくこととなった。江戸幕府はヨーロッパ諸国の中で、プロテスタント国家のオランダとだけ、オランダ商館を通じて貿易を継続した。オランダは幕府のキリスト教禁教政策を尊重したため、幕末まで日本にキリスト教が広がることはなかった。
キリスト教の現況.
明治時代以来、キリスト教は西洋文化の一つとして、日本の文化に様々な影響を与えている。一般化されたクリスマスなどキリスト教由来の年中行事のみならず、西洋のキリスト教徒の形式を模して成立したキリスト教式の結婚式も人気が高い。布教の一環としてキリスト教の教団や宣教師らによって開設された学校は現在まで存続しており、文化財に指定されている教会建築物、宣教師が開いた避暑地（軽井沢）なども知られていて、日本にキリスト教が存在し、一定の活動を行ってきたこと自体は日本の社会に認識されていると言える。学校に関しては広く人気の高い学校も含まれており、寺の子に生まれ、長じて僧侶になった人物が、カトリック系の中学校・高校に通っていたという例さえある。
儒教.
神道、仏教に加えて、宗教として意識されることは少ないものの、葬儀、死生観を中心に儒教も大きな影響を残している。祖霊信仰などの観念は現在では仏教に組み込まれているが、本来は仏教哲学と矛盾するものであり、古来の民間信仰と儒教に由来する。位牌、法事など、先祖供養に関わる重要な習慣が、主にその形式において儒教起源である。思想、道徳、政治的規範としての儒学は支配階級を中心に学ばれ、明治時代以降は一般庶民にも直接、間接に影響を与えた。
アイヌの宗教.
アイヌの宗教はアニミズムに分類される。
沖縄の宗教.