先住民の言語で先住民の文書を使う近年と呼ばれるメソアメリカの部門の一部の学者は、先住民がどのようにスペインの植民地支配時代を生きたかをかなり詳細に調査できている。主な出典として植民地時代の先住民の文書を利用する主な著作は、の征服後のナワ族：征服後の中央メキシコ史と文献学である。征服以前の先住民の構造の相当な連続性がいかに可能であったかを理解する鍵はスペインが先住民の貴族を植民地で利用したことである。植民地時代に先住民の貴族は主に貴族に対するスペイン貴族の称号ドンやドニャなどの特典と共にスペインの植民地政府により貴族と認められた。今日モクテスマ公爵の称号はスペインの貴族に使われている。数人の先住民貴族はスペイン語を習った。スペインの托鉢修道士は先住民に自分達の言語をラテン文字で書くことを教え、間もなく地域レベルで永続的な伝統になった。現存する著作物は植民地時代のナワ族の知識にとって必須のものである。
今では現代メキシコである場所の征服に参加したスペイン人に報いるためにスペイン国王はエンコミエンダ制を通じて労働に特に全先住民社会の譲渡である先住民の労働の助成金を認可した。先住民はこの制度の下では売られたり本籍の社会から除かれる動産である奴隷ではなかったが、この制度は依然として強制労働の一つであった。中央メキシコの先住民は政体の上層部やテノチティトランのメシカ領主に対する上層部への労働や貢ぎ物を差し出す慣例があり、そのためにスペインのエンコミエンダ制は先行する労働提供の形の上に作られた。
初期の植民地時代のメキシコのスペイン人征服者は先住民の労働で生計を立てた。先住民に対するぞっとする侵害例に対して司教バルトロメ・デ・ラス・カサスは代わりに黒人奴隷を輸入することを提案した。ラス・カサスは後に黒人奴隷に行われる酷い扱いを見ると後悔した。
この先住民の強制労働制度を永続させた他の発見は、先住民の強制労働により数百年間働かされスペインに流れる富の殆どを提供したペルー高地（現在はボリビア）などのスペイン帝国領のポトシで発見された広大な銀鉱山であった。