起源.
越智大島を始め伊予国（現在の愛媛県）各地には、源頼義が伊予守をしていた時期に甥の村上仲宗（信濃村上氏の祖）に命じて多くの神社・仏閣を建立させたという伝承が残っており、もともと伊予は信濃村上氏と縁のある土地であったとされる。
また能島村上氏の系図では、自らの出自を村上天皇の皇子具平親王の子源師房を祖とする村上源氏としている。因島村上氏にも同様の起源を主張する系図が残されている。また信濃村上氏に残る系図には、源頼信の次男源頼清が村上天皇の皇子為平親王の子源憲定（村上憲定）の娘婿として村上姓を名乗ったとする、よく似た説が伝わっている。その他に、伊予越智氏の庶流との説もある。
この他、村上義弘は、愛媛県新居浜市沖の新居大島の生まれであると同島では伝えられており、水軍活動初期のものと思われる城跡や舟隠し跡などが残されている。
村上水軍の活動.
能島村上氏は能島城（能島）、因島村上氏は 長崎城 から 余崎城、その後 青木城 へと移り（長崎城と青木城は因島、余崎城は向島）、来島村上氏は来島城（来島）を本拠として活動した。
ただし、村上水軍の支配が実質的に及んだのは、斎灘や燧灘西部など芸予諸島近辺に限られ、瀬戸内海一円を支配した訳ではない。例えば瀬戸内海東部には塩飽諸島の塩飽衆、真鍋島の真鍋衆、日生諸島の日生衆が点在しており、大阪湾への遠征の際は、彼らに通行料を支払い安全を保証してもらっていたに過ぎず、塩飽衆などとの間に従属関係は存在しなかった。
村上水軍の解体.
因島村上氏は、そのまま毛利家の家臣となり、江戸時代には長州藩の船手組となって、周防国三田尻を根拠地とした。能島村上氏は毛利家から屋代島（周防大島）を与えられて臣従し、江戸時代には因島村上氏とともに長州藩船手組となった。来島村上氏は、関ヶ原の戦いで徳川家康が勝利した結果、江戸幕府によって豊後国の内陸部にある玖珠郡に転封され（森藩）、一部の飛地藩領や海路による参勤交代を除いて、海から遠ざけられた。
系図.
能島村上氏.
 （村上師清？義胤？）
 　義顕
 　雅房
 　隆勝
 　義雅　義忠　隆重
 　義益　武吉　景広
 　元吉　景親
 　元武　元信
 　　
 　　　 （略）
 　　　惟庸（兼助）（右田毛利房顕の次男）
 　　　毛利親信（右田毛利家を継ぐ）
 　　　　藤枝
因島村上氏.
 （村上義胤？義顕？）