特別支援学校に入学可能な障害の程度は学校教育法施行令 第二十二条の三で定められている。なお、この障害の程度はかつてはいわゆる「就学基準」として位置づけられていたが、一定の障害のある者は原則として特別支援学校に就学するという従来の就学先決定の仕組みが改められたことに伴い、就学基準としての機能は持たなくなった。
なお、自閉症についても、知的障害を伴う場合は、表における知的障害者の程度の障害を併せ有する状態に応じて、特別支援学校（知的障害）で教育される場合があり、実際に、多くの自閉症を伴う知的障害の児童生徒が特別支援学校に在籍している。また、病弱・身体虚弱などを伴う自閉症の場合は、それぞれの状態に応じて、特別支援学校（病弱）などにおいて教育を受けることを考慮する必要がある。
ただし自閉症は、就学前に適切な療育等を受けていない場合には、基本的には知的発達の遅れがないにもかかわらず、知的障害があると見なしてしまう場合があるとして、誤って自閉症を特別支援学校の対象としないよう注意を促している。
知的障害を伴わない自閉症の他、情緒障害、言語障害、学習障害（LD）、注意欠陥多動性障害（ADHD）についても特別支援学校に入学可能な障害の程度に該当しない。
就学先を決定する仕組みの改正.
なお、学校教育法施行令の改正により、就学基準に該当する障害のある者は特別支援学校に原則就学するという従来の就学先決定の仕組みを改められたことに伴い、前項の学校教育法施行令第二十二条の三で定める障害の程度の表はいわゆる「就学基準」としての機能は持たなくなったが、「特別支援学校に入学可能な障害の程度」としての機能は引き続き有している。
歴史.
一方、養護学校の義務教育化により重度・重複障害者の在籍比率が増加。軽度障害の在学生に教育が充分に行えない状況も生じた。このため一部の都道府県では、軽度障害者の生徒に対する職業教育・専門教育の場と位置づけた高等養護学校（現在は、高等特別支援学校もしくは高等支援学校。高等部のみの特別支援学校）を、既存の養護学校高等部から新たに設立した。その際、障害者以外は高等養護学校（高等支援学校）への入学、編・転入学できないことを原則とした。この学校においては自ら通学できる生徒を入学の条件としている都道府県がほとんどである。
教員.