明治年間には、琵琶湖汽船や琵琶湖新聞・琵琶湖踊・琵琶湖治水会・琵琶湖疏水など琵琶湖の名を冠する名称が多く現れており、琵琶湖という名称が定着したことが窺える。なお、琵琶湖という漢字は難しいことから、ひらがな書きにしたびわ湖やびわこなどの表記も見られる。その他、別称や愛称としては以下のようなものがある。
交通.
先史・古代の交通.
その後、平安時代に都が長岡京から平安京に遷都されると、北国・東国と都とを結ぶ琵琶湖という交通路は、大きく発展していくことになる。『延喜式』巻二六主税には北陸六箇国の税は塩津や勝野から湖上路を大津に運ぶとの規定があり、東海よりの物資も中山道を経て朝妻から同様に大津に運ばれた。
湖上交通は、大量の物資や人を運ぶには便利であったが、前述の風や波による遭難のリスクもあった。高市連黒人による
という歌からは、舟旅への恐れが窺える。平安時代ないし室町時代には、
という歌が詠まれ、また「急がば廻れ」という諺も広まった。
中世の交通.
平安時代から三津浜と呼ばれた比叡山の外港坂本は、中世には大津を凌駕するかたちで栄えるようになり、京都への物資運搬を担う馬借・車借が室町時代以降大きな力を持っていくことにも繋がった。湖上交通の中心は平安時代から引き続き南北ルートであったが、中世以降は琵琶湖の最狭部である堅田などを拠点とする東西ルートも発展していく。また前述のように、港（津）の発展にはが関わっており、を含む湖岸環境の変化により、津の立地も変化している。
中世には荘園領主により港が管理されるようになり、年貢などの貢献物の輸送も湖上輸送も増え、琵琶湖は経済的に利用されるようになる。堅田は中世をとおして湖上交通において中心的な役割を果たし、船の検問などを行い湖上の安全を保証する見返りに金品を求めることのできる上乗権と呼ばれる特権を室町時代に与えられた。湖上には坂本を中心に複数の関も設けられ、関銭は山寺の造営などに用いられた。
近世の交通.