西牟田氏の系図は、①生葉郡大石村庄屋（西牟田氏の流れを汲む彌吉氏）家蔵のもの（矢野一貞の『校訂筑後国史』に収録）、②佐賀藩西牟田家に伝わるもの（『筑後国豪族旧家系図』などに収録）の二点がよく知られている。
これらはいずれも西牟田氏の始祖である藤原家直を、藤原北家流で関白藤原道隆の後裔としている。
筑後市西牟田にある寛元寺や三潴郡蛭池村の三島明神などの社寺の正式な「縁起」「開基帳」にも同様の内容が記されている。
②の系図では、初代家直の時に筑後国西牟田之邑へ下向したこととなっていて、①の系図と比べると九州へ移った時期が相当早い。
藤姓上妻氏族説.
上妻氏の系図の吉田三郎家基と西牟田系図の吉田三郎家實を同一人物とし、西牟田氏、上妻氏、吉田氏（いずれも藤原氏後裔と称す）を一族と考える説。
筑後宇都宮族説.
一本宇都宮系図（宇都宮氏は藤原氏裔）に「壹岐守義久ー久種（酒見弾正左衛門、西牟田）また久種の兄家久（犬塚刑部太夫）ー家虎（山城守）ー家種（兵部少輔、西牟田）とあるを以て、西牟田氏を宇都宮氏庶流と考える説。
少貮氏族説.
筑後領主附の一本に、西牟田氏は「少貮末」とあり、また別の一本に「蒲池末」とあるを以て、西牟田氏を少貮氏や蒲池氏（いずれも藤原氏後裔を称す）と同族であったとする説。
藤原姓以外の可能性.
しかし、東国出身者であっても地方に土着した後に「小地頭」に任命された例があるので、これだけをもって東国下向説を否定することはできない。
佐賀藩西牟田系図も、西牟田氏の初代は家綱（行西）ではなく、その三代も前の讃岐守家直としており、筑後国への下向を鎌倉幕府の成立前としている。
西牟田氏の九州下向の伝承については賛否両論があり、他の多くの地方豪族の伝承と同様に真偽の程は不明である。
歴史.
鎌倉時代.
西牟田彌次郎家綱（行西）の西牟田村赴任.
元寇・弘安の役における西牟田氏.
南北朝時代.
また、西牟田氏の菩提寺・寛元寺は、南朝（宮方）の勝利祈願のための祈祷寺であった。寛元寺には、正平七年二月廿七日付の征西将軍宮（懐良親王のこと）の「令旨」が現存している。
室町・戦国時代.
大友氏の筑後支配に反旗を翻す.