武器は放射能熱線、引力放射能熱線（対キングギドラ最終攻撃時）。太平洋戦争の英霊が原水爆実験で変異した水棲爬虫類に憑依した霊的存在であるため、通常兵器での殺傷は不可能である。
泰三の回想によると、彼の幼少期にゴジラが東京を襲撃しており、当時はある科学者が作り出したとされる「未知の毒化合物」によって消滅している。また、当時は防衛軍が迎撃に当たったもののまったく通用せず、その事実が国民に露見すれば防衛軍そのものの不要論に繋がるとの理由から、先述の事実は上層部の一部関係者以外には隠蔽され、表向きは「防衛軍の火力をもってゴジラを撃滅した」と発表された。
監督の金子修介は、史上最も凶暴・凶悪なゴジラをコンセプトとしている。監督を依頼された際には、製作の富山省吾に初代ゴジラのような凶暴凶悪なゴジラをやりたいと告げていた。一方、ゴジラが第五福竜丸の母港であった焼津港に上陸する、熱線によってキノコ雲が発生するなどの描写で「核の象徴」としての要素を強調しつつ、ゴジラそのものを核兵器と同一視することは避けている。なお、放射能の描写については甘すぎると述べており、実際に放射線を発していると周囲の人間が皆死んでしまうため、ファンタジーとして割り切っている。
脚本を手掛けた長谷川圭一は、近年でのゴジラのアイデンティティが曖昧になっていると感じていたことから戦争のメタファーとしての要素を強調することを主張していたが、共同脚本の横谷昌宏は話が暗くなってしまうとしてこれに反対し、金子はゴジラを戦争の怨念と位置づけ、現代のスタンスでこれに相対する現代の若者を描くことにより、日本が過去の戦争から脱却して新しい時代を拓いていく象徴としている。また、金子は戦争を追求すると日本のタブーに行き着いてしまうとし、テーマの追求よりも娯楽映画としての爽快感を選んだと述べている。