この方向性は第二次 仕事人ブームを支持した層とは相容れず、『ザ・テレビジョン』などのテレビ情報誌には「今の必殺は冷たくなった。以前のように、頼み人と仕事人が直接絡むようなスタイルに戻してほしい」などの投書が掲載された。本作は従来の仕事人シリーズ同様、仕事人たちが人情がらみで事件に関わり恨みを晴らす路線へ戻すことになる。
あらすじ.
江戸では奉行所による仕事人狩りの厳しさが増していた。仕事人狩りで捕まった、日本橋室町の元締 丁字屋半右衛門は処刑間際、旧知の主水に「仕事を二度としてはならぬ」と言い残して死んだ。主水は裏稼業を行うことを躊躇していた。竜、政、加代は江戸に戻り、政は鍛冶屋に職を変えていた。
加代は表稼業の何でも屋がうまくいかず、仕事人組織「闇の会」に顔を出し、五十両で北町奉行殺しの大仕事を請け負う。竜と政は仕事を承諾するが主水はこれを断り、結果として仕事は期日までに間に合わなかった。加代は「闇の会」の叱りを受けるも許しを得て、主水の協力も取り付け、仕事人チームを再結成するが、大仕事をするには数が足りない。
そこに、丁字屋半右衛門の配下であった、はぐれ仕事人の壱、弐、参が現れ、主水たちに手を貸す。主水たちは葬式に紛れ、北町奉行とその仲間たちに対する大仕事を完遂する。
かくして、はぐれ仕事人を加えた新しいチームが動き出した。
「闇の会」、はぐれ仕事人.
本作は『新・必殺仕置人』に登場した「寅の会」を踏襲した一大組織が、裏稼業を全て仕切っている。本作は奉行所による大々的な仕事人狩りが行われていることに伴い、江戸で活動している殺しの斡旋業者（元締）は「闇の会」しか無いという設定である。そのため、元締を失った「はぐれ仕事人」は仕事を受けることができないという事態が発生し、壱らは主水グループに手を貸すという形で、金を得ようとする。
基本的なシステムは「寅の会」と同じで、それぞれの仕事人グループの代表者が集まり「値引き競り（ダッチ・オークション）」が行われ、最低金額を提示したグループが依頼を受ける。そして、期日までに殺しを行うという趣向である。逆に「寅の会」と異なるのは依頼人の面通しがあることで、代表者は依頼人の顔を知ることができる。依頼人が死亡した場合でも「寅の会」のように取り下げにはならず、依頼人の遺体や飼っていた動物が面通しに現れたことがある。