『悪魔』となったほむらにより再構築された世界では、マミや杏子は元の形（杏子は見滝原中学校に通っている）で生活し、またさやかとなぎさは再び人間としてこの世で生きていくこととなった。さやかは「円環の理」としての記憶を残していたため、ほむらの行為を「魔法少女たちの希望であった『円環の理』を踏み躙った」と厳しく糾弾する。しかしほむらは、「まどかの人間としての記録を奪っただけ」、「『魔なる者（悪魔）』の自分が『神』の理に抗うのは当然」と応じた。怒りが収まらないさやかだったが、「円環の理」としての記憶が次第に失われゆく中では、ほむらが悪魔であることだけは忘れない、と告げるに留まった。
やがて、見滝原中学で在学生として過ごすほむらのクラスに、アメリカからの帰国子女としてまどかが転入して来る。ほむらがまどかに校内を案内しているとき、何か大切なことを忘れている気がする、と訝るまどかは、自分が「円環の理」として存在するべきであることを思い出しかけるが、ほむらにより止められた。そしてほむらは、いずれ敵対することになるのかもしれないがそれでも構わない、と言いつつ、かつての世界で受け取った赤いリボンを返し、「やっぱり、あなたの方が似合うわね」と涙を浮かべる。
声の出演.
前後編
前編
後編
新編
製作.
主要スタッフはテレビ版の終盤からほぼ変わっていないが、テレビ版にて監督を務めた新房昭之の役職は総監督に変わり、シリーズディレクターを務めた宮本幸裕が監督として表記されている。また副監督には、テレビ版では原画として参加した寺尾洋之が新たに起用され、総作画監督を担当した谷口淳一郎はキャラクターデザインにも名を連ねている。もう一人の総作画監督は他のシャフト作品でも作画監督として起用されてきた山村洋貴が新たに務めている。映像を作成するにあたっては、テレビ用の作り方では劇場のスクリーンでは映像の粗さが目立つようになるため、それに耐えうるように劇場用の大判の原画用紙にキャラクターを大きめに書き、撮影時に縮小して映像に落としている。
製作（前後編）.
製作（新編）.