コレステロール値を下げる効果がある一方、赤血球を破壊する性質（溶血性）があるサポニンを多く含む。キヌアの種子はサポニンで覆われているため、そのままでは苦くて食用には適さない。サポニンは水溶性なので水に晒してサポニンを抜く。サポニンがあると泡立つので泡立たなくなるまで何度も水を換え洗うことでサポニンを除去する。アメリカ合衆国などで販売されているキヌアはサポニンを除去する処理がされている
他の作物との比較.
雑穀は精白米や製粉された小麦粉などより栄養価が高い。以下に各雑穀と比較用に米、小麦、大麦のデータを示す。以下のデータの大半は文部科学省の食品データベースからのものであるが、キヌアのデータは米国農務省（USDA）のデータを抽出したものである。なお文部科学省の数値と米国農務省の数値にはアマランサスで示すように違いがある。
料理.
また、小麦粉とあわせてクッキーやパウンドケーキやパンの生地にして焼いて食べることもある。
発酵させることにより、ビールに似た飲料やチチャのようなアルコール飲料を作ることもある。
サポニン化合物由来の苦い味の種が自然に作られることがあり、調理方法によっては食味に影響を与えることがある。
日本では、白米に混ぜて炊いて食べるのがブームになったことがあった。キヌアを混ぜて炊いた米は若干粘り気が強く、またいわゆる「薬臭い」香りがすることがある。この独特の臭気を誤魔化すため、炊き込み御飯にするなどの工夫が行われることもあった。
キヌアを用いて味噌や醤油を製造しているメーカー（佐賀県の丸秀醤油など）もある。
国際キヌア年.
キヌアは環境適応能力が高く、年間雨量が少ない温帯地域（ステップ気候）での生育が可能で多くの作物が育たない土地での栽培が可能である。
取引価格高騰による弊害.
また過去には地産地消の作物として栽培されていたが、換金作物として作付面積の急拡大や高収量を目指した地力を越えた栽培による環境負荷の増大も懸念されている。
「国際キヌア年」はキヌアの栽培を世界に広めることにより食料安全保障と飢餓撲滅を意図したものであるが、現在スーパーフードとして需要は喚起されたが産地はほぼペルーとボリビアに限られており、価格高騰から産地では消費できない様相になっている。
呼び名.