皇室典範に基づき開かれる皇室会議、皇室経済法に基づき開かれる皇室経済会議は宮内庁の機関ではない。
天皇皇族の護衛、皇居や御所の警備を行う皇宮警察本部は、警察庁の機関である。
また、天皇皇后の諮問に応じる宮内庁参与、宮内庁御用掛、生物学研究所や紅葉山御養蚕所の職員、宮中祭祀を担当する掌典職の職員は宮内庁その他の国の機関の職員（国家公務員）ではない。詳細は当該項目を参照。
内部部局.
施設等機関.
正倉院宝物・聖語蔵経巻の保存管理などを行う正倉院事務所と牧畜などを行う御料牧場がある。
地方支分部局.
宮内庁京都事務所が置かれ、京都御所・京都大宮御所・京都仙洞御所・桂離宮・修学院離宮と桃山・月輪・畝傍・古市各陵墓監区内の陵墓地などの国有財産の管理等の事務を担当している。
財政.
長官.
宮内庁長官には、旧内務省系官庁の事務次官あるいはそれに準ずるポスト（警視総監）の経験者が、宮内庁次長を経て就任することが慣例となっている。
次長.
幹部職員.
防衛施設庁
組織上の特性.
しかし、業務の実態としては防衛庁の外局に相当すると見られており、課長級以上の主要ポストは防衛庁出身の官僚で独占されていた。また、防衛事務次官には大蔵省あるいは警察庁出身の官僚が就任するのが慣例であったこともあり、防衛施設庁長官は防衛庁出身の官僚の「上がりポスト」と見なされるのが一般的であった。さらに大蔵省あるいは警察庁出身の官僚が、防衛事務次官の準備ポストとして防衛施設庁長官に就任する場合もあった。
主な職務.
基地周辺対策.
上記のように、基地がもたらす外部不経済の緩和策の担当官庁であり、基地周辺住民・自治体にとっては防衛庁、自衛隊などより身近な面で接するところがある。その中で中心的な行為は損失補償・防音対策工事などである。当初は行政措置により実施されてきた障害対策もあったが、徐々に立法措置で包含する範囲が拡大していく。根拠法については下記のような変遷を辿ってきた。
廃止時の組織編制.
内部部局.
上記の外、各防衛施設局にはそれぞれ防衛施設地方審議会が置かれた。
廃止後の機能移管・統合など.