一方で、「アラブ民族の優越」が強調され、アラブ人ではない少数派民族（クルド人やベルベル人等）が迫害や政治的に冷遇されることになった。事実、シリア、イラクではクルド人に対して弾圧、大量虐殺が起き、リビアやチュニジアではベルベル人が権利を抑圧され、一民族として認められず、ベルベル語の使用も制限されている。
ナーセルとアラブ連合共和国.
アラブ諸国で汎アラブ主義路線をとった国は他に、リビア、チュニジア、モロッコなどがある。
カダフィとアラブ共和国連邦.
サッダーム・フセイン.
現在もなおイラクの汎アラブ主義政権の中立的な歴史的評価は定まっていない。
汎アラブ主義とイスラーム主義.
なお、職業的なマスコミでさえしばしば誤解、もしくは曲解と受け止められる報道をするが民族運動である汎アラブ主義と、宗教運動であるイスラーム主義、更にはイスラーム「原理主義」は時と場合によっては対立する概念である。
しかし、これは明確な主張というよりは、無神論を訴える共産主義（マルクス主義）と既存の民族主義の妥協の産物といえるものであった。アラブ諸国においてソヴィエト式の厳密なマルクス・レーニン主義体制を取った国は、過去には旧南イエメン人民共和国（現・イエメン）しか存在していない。なお、これに対して旧北イエメン（イエメン・アラブ共和国）は王政が倒された後にナーセルに強い影響を受けた汎アラブ主義国家が誕生しており（外交的には親サウジアラビア→親エジプト及びソヴィエト→親サウジアラビア及び旧西側諸国）、統一されるまでアラブ社会独特の南北問題が存在していた事になる。
それでも神権を第一とするイスラーム主義にとっては、イスラームを表面的・形式的とはいえ減退させる汎アラブ主義とは対立せざるを得ない。エジプト、シリア等では早くからムスリム同胞団等による爆弾テロや要人誘拐・暗殺が起こり、シリアに至ってはその報復に無関係の多数の一般市民を巻き込んだ弾圧に乗り出した。
イラン（ペルシア人）のイスラム革命の直後に起こったイラン・イラク戦争は、この対立が具現化したものである。
このほか表面的、欧米的な見方ではあるが、汎アラブ主義の社会主義的側面を捉えてアラブ独自の左翼、民族主義的側面を捉えて右翼と捉える識者もいる。