江戸時代には、料理屋でも寺院の下請けで仕出したり、仏教活動とは無関係に文人墨客向けに調製することが多くなっていた。京都大徳寺の精進料理は前者、飛騨高山の精進料理は後者の典型的なケースであり、いずれも分離していった懐石料理の手法を再び取り入れたりして、寺院のそれとはやや異なる風雅なものを生み出している。
精進料理はすでに記してきた通り、日本料理にも影響を与えて成長を促してきた。永平寺式の精進料理は、室町時代から江戸時代前期にかけて普及した本膳料理に通じる。また、懐石料理は精進料理から派生したものである。現在でこそ、（同音異義の会席料理との混同もあり）豪華なものとなっているが、当初は質素で季節の味を盛り込んだものであり、精進料理の精神が活かされたものであった。普茶料理は、中国料理の調理法が日本風にアレンジされながらも伝来し、けんちん汁、のっぺい汁、葛粉を利用した煮物や炒め物、揚げ煮といった料理や調理法が普及した。これら以外としては、点心の風習がある。これは室町時代に中国から伝わった風習で、軽食として饅頭・羊羹・うどん・素麺などが供された。当初は公家や武士が中心だったこの風習は、やがて庶民にも広がり、現在の昼食につながっていった。
野菜を使用する天ぷらは「精進揚げ」などとも呼ぶ（精進上げとは異なる）。
現状.
寺院仏閣の中には、参拝者を宿坊に泊め、精進料理を提供して仏門の修行の一端を体験させることをしているところも少なくない。参詣参篭が信仰の重要な一部となる天台宗・真言宗系の寺院に多い。また、宿坊においては、料理と宿泊だけの提供もある。長野県の善光寺には、参拝客を宿泊させる宿坊が数多く存在し、夕食に精進料理を供することが多い。出される精進料理は、本膳式の本格的なものから、懐石料理風の現代的なタイプのものまでさまざまである。
一方、京都の寺院では、特に賓客用の精進料理を料理屋に一任したことが多かったため、寺院よりも周辺の料理屋に高度な精進料理が存在することが多い。大徳寺や妙心寺の周辺には精進料理専門の老舗の料理屋がある。