最初に入牢する段階では嫌疑だったものが、再入牢の際には刑事被告人扱いとなり、これで予備審問終結となった。
捕物で犯人を捕らえた時は、町奉行から入牢証文を貰って伝馬町の牢屋敷に送られるが、これは奉行から捕物出役の命令があったなどの特別な場合であった。
取り調べ.
砂利が敷かれた下の間（土間）では、同心や小者が警固に当たり、容疑者は砂利の上に引き出されたが、身分のある武士や僧侶が容疑者であれば縁側に座らされた。
奉行が出席する白洲と違い、吟味方与力が取り調べをするのは白洲より狭い吟味場で、だいたい容疑者と一対一で行なわれた。吟味場は畳敷の上段と板の間の下縁、その一段下には砂利が敷かれた三段の構造だった。吟味方与力は畳敷の上段にいて、容疑者は下段の砂利の上に筵を敷いて座らされる。重罪であれば与力2人で調べることもあった。
場数を踏んだ常習犯が相手だと、審問の合間に隙が生じれば「恐れながら、恐れながら……」と屁理屈を並べ立て吟味が進まなくなる。吟味方与力は、相手が何を言おうと構わず、初めは静かに、徐々に早くなって「サアサアサア」と、嘘をつく余裕も息つく間も与えず攻めたてることが（取り調べの）上手とされ、白洲に引き据え「御場所もわきまえず不埒至極、サァサァ何事も有体に申し立て、恐れ入れい」と一喝して一挙にたたみ込んだ。
そのため、割り込んで尋問を中断してしまってはいけないので、奉行は口を挟まないようにしており、何か質問があれば吟味方与力に言って、吟味方与力が改めて容疑者に聞くという手順になっていた。
吟味は、被疑者の自白による犯罪事実の認定に主眼が置かれる。証拠が明白であっても、本人の自白が無ければ拷問によって自白を引き出すことになった。しかし、被疑者をうまく誘導して自白させるのが吟味方の手腕であって、拷問をすることは手際が悪いとされた。
本来、『御定書』は三奉行と京都所司代・大坂城代のみが閲覧できるものとされていたが、裁判実務に携わる吟味方与力や評定所留役も上司である奉行から借用し閲覧することができた。
尋問に際して吟味方与力は相当に乱暴かつ強圧的な態度で臨んだらしく、佐久間長敬・原胤昭兄弟の父の佐久間健三郎は「鬼」とあだ名され、その審問は「惨酷」で健三郎の大音声は「往還の通行人の耳を突ん裂く事があつた」という。
拷問.