当時、葛西氏は大崎氏と共に、奥州では伊達氏、蘆名氏に次ぐ勢力を誇った。
近世.
葛西氏は大崎氏などと共に小田原征伐に参陣しなかった責任を取らされて、豊臣秀吉の奥州仕置によって取り潰され、葛西氏と大崎氏の旧領には木村吉清が入った。
一方、小田原に参陣して秀吉に服属した伊達氏は征服地のほぼ全てを没収された。伊達政宗は葛西・大崎の旧家臣を扇動して葛西大崎一揆を起こさせたが、これは豊臣秀吉に露見した。
政宗は改易を免れたものの、今の福島県、宮城県南部、山形県南部から、おおよそ宮城県全域と岩手県南部へ転封させられた。こうして石巻地方は伊達氏の領地となった。
政宗は当時スペイン領だったメキシコとの太平洋貿易を計画しており、石巻近くの港でサン・ファン・バウティスタ号を建造して石巻の月の浦から出航させたものの、スペインとの通商は実現しなかった。
伊達政宗は仙台領内の新田開発を目指し、川村孫兵衛に命じて北上川の流れを変える大工事を行った。こうして北上川は現在の石巻港付近で太平洋につながった。
江戸時代の石巻港は、北上川水運によって南部藩領からも米が下り、河川舟運と海運との結節点として、日本海側の酒田港と列んで奥羽二大貿易港として全国的に有名であった。
また、東北地方太平洋岸の海運拠点として、千石船による江戸（のちの東京）との交易も盛んで、江戸期の長い期間において石巻港から江戸へで送られた米は、江戸市中で流通する米の半数を占めたと言う。
藩政時代には名実ともに仙台藩の経済の中心地であった。また旧仙台藩内で唯一貨幣の鋳造を許され、現代でも「鋳銭場」という地名が石巻駅前に残っている。日本人として最初の世界一周を成し遂げた津太夫一行は石巻港を拠点としていた。
近代.
近現代.
高度経済成長期に至るまで、船運が鉄道やトラック流通に置き換わっていったため、港の機能は沿岸漁業から遠洋漁業まで対応する漁港として発達。造船所や石巻工業港の建設によって第二次産業も発達した。旧北上川河口沿岸は、江戸時代からの港町として「川湊」と呼ばれ、花街が形成されるほど栄えた。これらの産業基盤によって都市化が進み、商業などの第三次産業労働者が多くを占め、宮城県東部の商業拠点となった。
現代.
震災後は、眺望に圧迫感がない高さで、上部を遊歩道にする形式で堤防を建設。川や海と共存する街づくりを進めている。
行政.