九州へと落ち延びる途中、尊氏は光厳院から院宣を得る。新田義貞の討伐を促す趣旨であった。尊氏はこの院宣を根拠に、各地の武将に自分に合力して義貞を討ち取るよう促す。一方、義貞は尊氏を追撃し、その途上にある赤松円心の拠点である播磨を攻めることになるのだが、この際義貞の出兵に遅れが生じた。この遅れた出兵について、一説には、義貞はこの間に病に罹患していたのではないかとされており、奥富・峰岸らがこの説を支持している。病名は瘧病（おこりびょう）という名のマラリア性の熱病であったという。
正成との合流・湊川の合戦.
合戦の趨勢は、まず足利軍先鋒が経島に上陸したが脇屋軍に全員討ち取られた。これを見た足利方の細川水軍は新田軍のいない東の海岸に上陸しようと移動したため、軍勢の大半がこれを追って移動し、義貞、続いて正成も移動する。この時、手薄になった和田岬に足利軍主力が上陸したので、一歩遅れて移動していた楠木軍は湊川へ引き返す。
新田、楠木の両軍は分断されて、正成は湊川で自害した。義貞は、先頭に立って東側に上陸しようとする細川水軍こそ尊氏の本隊だと誤認していたようだが、実際には尊氏は和田岬へと上陸した最後尾の軍船に乗船していた。
尊氏の奇襲作戦は奏功したが、湊川合戦における正成、義貞の敗北の何よりの原因は、兵力の多寡にあるとされる。『太平記』においては、正成、義貞共に、「敵は勢いに乗り大軍を率いているが、一方我々の軍勢は疲弊して人数も少なくなっている」と語っている。また、義貞と正成の間に戦術面における連携の不備があったとも言われる。
ただし、湊川の合戦の「本戦」は西宮付近に上陸しようとした細川水軍を破り、生田の森を背に布陣した新田軍と、上陸した直義軍と合流した、尊氏軍との間で戦われた。『太平記』によると新田軍は一番に大舘氏明、江田行義、二番に中院貞平、大井田、里見、鳥山、三番に脇屋義助、宇都宮公綱、菊池武季、河野、土居、得能が、足利軍の足利軍の足利直義、高、上杉、吉良、石塔と激しく戦った。
義貞は「これ義貞がみづから当たるべきところなり」と、尊氏の本軍と激突した。『太平記』はこの合戦を「両虎・二龍の戦い」「新田・足利の国の争ひ今を限りとぞ見えたりける」と評し、激しさを苛烈を極めた。ただ、数の違いは明らかであり、ついに新田軍は生田の森を突破され敗れた。