腐生菌（ふせいきん）は、菌類を栄養の摂り方で分ける際の区分の一つである。生物遺体などから栄養をとるものを指す。
定義.
しかし、現実的には、野外でその菌がどのようにして栄養を吸収しているかを判断するのは困難である。いかにも生きた生物の上で生活しているように見えても、実際にその生物と栄養の関係はないかも知れないし、老廃物の上に出現する菌類であっても、実際には微細な生物に寄生するものであるかも知れない。というより、そもそも野外で発見することのできない菌類も山ほどある。分離培養を行って出てきたものについて判断する場合も多々ある。
そこで、もう一つの定義がこれである。培地上で純粋培養できるのが腐生菌。できないのが寄生菌である。通常の培地には一般的な菌類が要求するような栄養素は含まれているが、生きた細胞内からしか手に入らないようなややこしい成分は含まれていない。したがって、ここで培養できるものは自然界でも生きた生物なしで生活できる可能性が高い。逆に、生きた細胞との接触が必要なものは、この様な培地ではまず人工培養できないから、これを寄生菌と認める。また、寄生生活を行うことが確認されたものであっても、純粋培養できた場合は腐生菌に扱える。ただし、その場合、寄生生活するのは確かだから、この菌は条件的寄生菌であると見なすわけである。
ただし、この区分で問題になるのは、明らかに寄生菌であっても、培養法が確立すれば腐生菌に“格下げ”される場合があることである。たとえばエダカビはケカビ類に寄生して生活し、寒天培地上に胞子を接種しても、わずかに発芽管を伸ばすが、宿主菌糸に触れなければ、場合によってはわずかに胞子を形成するが、そのまま死滅する。しかし、牛の血清などを含んだ特殊な培地が工夫されたことによって、純粋培養ができることが判明している。
寄生菌との関係.
純粋な寄生菌は、寄生生活に特化したさまざまな構造や性質を持つ。腐生菌にはそのようなことはないが、たとえば生きた植物上の、枯死した部分に生活する菌が、弱った部分を攻撃する場合などは珍しいものではない。いわば日和見感染である。
また、ナラタケで知られるように、森林の土壌中で植物遺体の分解をして生活する菌が、その場所が切り開かれ、畑地になったときに作物の病原菌となる例も知られる。