後述の間接非自動制御とも共通するが、ノッチ進段を運転者の判断・感覚で手動で行うため、進段が早すぎた場合や誤ってノッチを飛ばしてしまった場合、主回路に過大な電流が流れ、保護機構が作動して力行が中断してしまうことがある。
間接式.
低圧電源で小電流の主回路切替用制御信号線のみを運転台に引き込み、この信号線の接続切り替えによって、離れた位置にある制御装置を遠隔操作する方式である。この遠隔操作のために運転台に設置されるものが「主幹制御器」「マスター・コントローラー」である。
運転台に搭載されるコントローラーの内蔵スイッチは、取り扱う電流量が微少であるため直接式より小型にでき、また操作時の運転士の負担は少ない。複数の車両の制御装置を同時に遠隔操作できるのが最大の長所である。電車・電気機関車に限らず、気動車・ディーゼル機関車にも応用できる。
進段について、運転者の手動操作によって行うものを間接非自動制御、自動的に行うものを間接自動制御と称する。
現在の鉄道車両で通常用いられているのは、この間接制御器である。
電車用間接式制御器の発展.
GE社.
当然ながら、自動進段式のMA系と、手動進段式のMK系とでは、その制御段数の相違からコントローラーの仕様が異なっており、相互の併結は不能であった。
WH社.
WH社（およびそのライセンスを受けて製品を製造した三菱電機）の場合、その型番体系は非常に合理的、かつシステマティックに整理されており、以下の各種の記号を組み合わせたモデルが存在した。
EE社.
東芝.
また、日本では進段シーケンス（とブレーキ指令方式）さえ合っていれば異形態の主制御器を持つ車両同士（例えば、電動カム軸制御車と単位スイッチ制御車、抵抗制御車とVVVFインバータ車、など）でも併結できる利点が生かされ、広く行われている。
操作系の形態の種類.
横軸マスコン.
マスコンとブレーキレバーは別々であるものの、従来型と違い、マスコンレバーの見た目が自動車のATセレクターの様な横軸（水平）型レバー式となっている。