寒い季節には、掛け布団をかける前に「肌布団（はだぶとん）」という直接肌にかける軽い布団を併用する場合もある。逆に、暑い季節は厚いものでは暑すぎで寝苦しくなる事が多いので、暑さを和らげるために薄い掛け布団を使うか、代わりにタオルケットを用いることがある。また、中間期では、通常の掛け布団よりも少し薄手の「合い掛け布団（あいがけぶとん）」を用いることがある。
通常、布団は、そのまま用いずに、薄い布（木綿やポリエステルなど）でできた「布団カバー」で包んで使われることが多い。布団カバーは、定期的な洗濯を容易にし、清潔を保つためのものである。宿泊施設などでは、カバーの代わりに、もしくはカバーの上にさらにシーツを用いることが多い。この場合、敷布団にシーツをかけ、毛布を一枚から数枚のせて最後に掛け布団をかぶせる。合宿などで用いる研修所では、衛生のため、シーツを毛布の下にも敷き、二枚のシーツの間に挟まれるようにして寝ることを推奨される。ユースホステルでは袋状のシーツに入ってから布団に入るように規定されている。
手入れと保管.
畳に敷いた布団は、毎日、就寝の前に収納場所から出して敷き広げ、起床ののち折り畳んで収納することが慣習化されている。これを「布団の上げ下ろし」という。上げ下ろしすることで、部屋を広く使うことができると同時に、部屋にほこりが溜まることを防ぐことができる。現代では布団が収納されるのは一般に押入れの中段であるが、これは、昭和に綿入り布団が広まった際、それまでのように畳んで床に置いておくだけでは湿気やカビの発生などが問題になったためである。
寝ついていた病人が回復し、病床を離れられるようになって布団を上げることを「床上げ」という。また、布団を畳まずに敷いたままであることを、「万年床」（まんねんどこ）という。万年床は不精で不潔なこととされており、形態としては万年床にほかならないベッドの導入の際などに高齢者が抵抗を示す場合がある。