また在来線に関しても多岐に渡る運転系統が発着する。これらの在来線各線のうち、宇都宮線・高崎線・常磐線と京葉線・武蔵野線が同一の線路を共有している。それ以外は、各系統ごとに専用の線路が割り当てられている。
歴史.
建設.
発展.
戦災と復興.
新幹線開業後.
駅構造.
JR東日本.
JR東日本の駅は各路線の線路とホームはほぼ南北方向に伸びているが、成田新幹線計画の名残である地下の京葉線ホームのみ他線と遠く離れ ほぼ東西方向に伸びている（後述）。出入口は東西南北に設けられており、西側を丸の内口、東側を八重洲口、北東側を日本橋口、南側を京葉地下出口と称している。
駅長（兼 常務執行役員）・助役配置の直営駅で、京葉線の八丁堀駅と越中島駅を管理する。新幹線乗換口（中央・南とも。乗換窓口・精算所業務を含む）、丸の内地下北口、京葉地下丸の内口、日本橋口の業務はJR東日本ステーションサービスに委託している。なお、丸の内地下南口と京葉地下八重洲口はお客さまサポートコールシステム導入により、終日無人となっている。
のりば.
（出典：JR東日本:駅構内図）
JR東海.
JR東海東海道新幹線はJR東日本の新幹線の隣の東側（八重洲寄り）にあり、その部分は自社管理区域となっていて標識のフォーマット、各種宣伝や広告などもJR東海のものである。
新幹線南乗換口の出改札業務、中央乗換口の出札業務は新幹線メンテナンス東海に委託している。
構内北端が東京メトロ東西線と地下でつながっている。
東京メトロ.
当駅は「東京地域」として駅を管理しているが、駅務管区所在駅は当駅ではなく後楽園駅である。
のりば.
（出典：東京メトロ:構内立体図）
発車メロディ.
ワンマン運転開始に伴い、スイッチ制作の発車メロディ（発車サイン音）が導入されている。
国鉄・JR線地上ホームの変遷.
以下の表は当駅地上ホームの変遷を記したものである。なお、下表に示す以外に工事等によりホームが一時的に撤去されている場合もある。
その他.
地下水上昇問題.
再開発事業.
事業の概要.
JR東日本などが主体となって赤レンガ駅舎の復原などを内容とした当駅周辺と駅ナカの大規模な再開発事業が行われている。
赤レンガ駅舎の復原.
復原に至る経緯.
復原工事.