例えば、闕所になった者の一族が自分たち一族の跡であることを名目として闕所地を非一族に流出させないことを求める場合、あるいは闕所になった者の以前に知行していた者あるいはその子孫が本主としての権利回復を求める場合である。これは土地は売買や譲渡の後も以前の所有者こそが真実の権利者で、何らかの契機によって権利を回復することが認められるという、土地に関する特殊な権利概念に由来している。
鎌倉時代以後、戦による敗者や罪を犯した者の土地などを没収することを闕所と称する事例が登場し、室町時代には専らこちらの意味で用いられるようになった。
なお、この場合、対象者の全財産を没収することを「闕所」と称し、一部没収である「収公」との区分が付けられていた。前者の場合は戦いの勝者が、後者の場合は警察権の行使者が獲得し、その自由処分に任された。
前者の代表的なものとして治承・寿永の乱の平家没官領、承久の乱の京方跡闕所、元弘の乱の北条高時法師与党人跡闕所などが挙げられる。
後者の場合、通常は犯人を追捕検断し、裁判で有罪とした者が闕所を行うこととされていたが、多くの場合は裁判で闕所を決定した幕府が獲得し、実際に追捕検断にあたった地頭や荘官などが報償としてその一部の分与を受けた。
闕所となった土地はその仕組上、警察・司法・軍事に関する諸権限を有していた幕府に集中することとなったが、幕府はその一部を自己の直轄領に編入し、追捕検断にあたった者に分与したものの、闕所によって御恩と奉公（土地給付とその見返りである御家人役負担）の考えに基づく主従関係が破綻することは望ましいものではなく、新しい領主を決定しなければならなかった。当然のように前述の一族や本主が給付を求めて訴え、それ以外にも希望者が殺到して幕府の頭を悩ませた。
また、鎌倉時代後期には北条氏一族が各地の御家人の所領を奪った反動により、鎌倉幕府とともに同氏が滅亡すると、北条氏に所領を奪われた御家人たちが本主権を盾に闕所（北条高時法師与党人跡闕所）の給付を求めて後醍醐天皇の建武政権に殺到した。
室町時代になると、室町幕府の闕所処分に現地の守護なども関与するようになり、守護領国制形成にも影響を与えた。
また、有徳人など所領を持っていない武士以外の人々に対しても家屋敷や動産などを没収する闕所が行われるようになった。
近世.