拝殿と本殿をつなぐ部分に幣殿が造られることも多く、これらを一続きに建てる場合も多い。建物の横に回ると、拝殿の奥に幣殿や本殿を確認することができる。
仏教伝来以降の神社建築は、寺院建築の影響を受け、朱塗りや瓦屋根を取り入れた例もあるが、建物内部に関しては神道伝統の構成がよく守られている。神社建築は、一宮などの各有力神社において固有の様式を採っており、なおかつ、その固有の伝統的な様式を維持しようと努めている。そのため、神社建築の様式を解明することは、その神社の祭神の性格を知る上で重要な手がかりの一つとなる。後にできた神社においても、建立当初の様式を保つものが多い。
本殿.
拝殿.
拝殿（はいでん）は、祭祀・拝礼を行うための社殿で、祭祀の時に神職などが着座するところでもあり、吹き抜けとされる場合が多い。通常、神社を訪れた際に見るのはこの拝殿で、一般の参拝は拝殿の手前で拍手を打って行うが、祈祷などの際は拝殿に昇る（昇殿）こともある。拝殿は、一般に本殿よりも大きく建てられ、床を張るのが一般的であるが、中央が土間となっており、通り抜け可能な「割拝殿」（国宝となっている桜井神社と出雲建雄神社のものが著名）もある。舞殿、神楽殿、社務所などを兼ねることもある。
幣殿.
幣殿（へいでん）は、祭儀を行い、幣帛を奉る社殿である。本殿と拝殿との間に位置し、両者をつなぐような構造になっているのが特徴である。中殿ともいう。幣殿が独立していることもある。また、拝殿と一体になっている幣殿もある。幣殿がない神社もある。
権現造では、本殿・拝殿よりも低い「石の間」と呼ばれる建物が幣殿である。
その他.
このほか、楼門（神門）や鳥居、神楽殿（舞殿）、手水鉢、社務所などが神社建築に含まれる。
神社建築（本殿）の特徴.
以下はあくまで概論であり、全ての神社建築に当てはまるわけではなく、時代によっても変遷があるが、神社建築（特に本殿建築）の特徴として以下の点が指摘されている。