徂徠の弟子の太宰春台は、経世論をさらに発展させ、『経済録』『産語』を著している。かれは、政治の基礎には経済があると説き、農本主義の立場に立ちながらも、年貢過重の実態を批判し、また、武士も商業活動をおこなうことや藩が専売制度によって利益を上げるべきことを提案した。春台とならび蘐園社中の双璧といわれた服部南郭は経政論に興味をもたず、ひたすら詩文を楽しみ、そこに人間性の解放を求めた。徂徠が未だ名を成さない頃からの愛弟子であった山県周南も詩文の才にすぐれた。
神道.
上述した朱子学者山崎闇斎は、儒教と神道の合一を唱え、垂加神道を創始した。「垂加」とは闇斎の別号である。闇斎が保科正之にまねかれて会津におもむいたとき、同様に会津藩に招かれていた吉川惟足と出会い、その影響を受けた。垂加神道は、吉川神道のみならず従来の伊勢神道や唯一神道などからも強い影響を受けた。その特徴はきわめて高い道徳性を有することであり、また、神の道と天皇の徳が一体であることを説いたところから、闇斎一門の崎門学はのちの尊王論に大きな影響をあたえた。保科正之死去の際には惟足と闇斎は協力して神道式の葬儀をおこない、磐梯山の山麓に正之を祀る土津神社を創建している。
なお、伊勢神宮の神官であった度会延佳は、伊勢神道を儒教思想中心のものへと大成させた。
仏教.
また、将軍綱吉は仏教とくに新義真言宗の護持院隆光に帰依した。これは、新義真言宗に対するものというよりもむしろ隆光個人とのつながりに重点を置いたもので、綱吉政権下では護国寺・護持院の建立、東大寺大仏殿再建、法隆寺諸堂の修復、寛永寺本坊再建など広く仏教を保護した。
歴史学と古典研究の発達.
歴史学の発達.
儒学は歴史を重視する傾向を有し、また、政権が安定するにつれ、その正当性を主張する目的もあって、歴史への関心が深まり、歴史書の編集事業がはじまった。
山鹿素行は、古文書を用いた新しい研究法による『武家事紀』や『中朝事実』を著した。後者書名中の「中朝」とは日本のことであり、素行は、明清交替により、従来の中華であった明が滅んだことから、日本を爾今の文明発信国とみなして「中朝」「中華」と称すべきとしたのである。
古典研究の進展.
本格的な日本古典の研究もこの時代からはじまった。