治承・寿永の乱（源平合戦）の折に、大祝がどちらに味方するか考えていたところ、祭神が夢に現れて手に持っていた梶の葉の軍配を白旗のある方向へと振り下ろしたことから、諏訪氏は源頼朝に味方する。以来、諏訪氏および諏訪大社を尊崇する氏子は梶の葉を家紋にしたという逸話がある。金刺盛澄（諏訪大夫）は源義仲討伐後に頼朝に捕らえられ、囚人として梶原景時に預けられたが、鶴岡八幡宮で披露した流鏑馬の妙技によって助命された。
鎌倉・南北朝時代.
鎌倉時代の当初は幕府の御家人だった諏訪氏も、幕府の実権を握った北条得宗家の被官（御内人）となり、北条氏のを受けた諏訪大社も、頼朝の崇敬を受けていたこともあって東国の武神としての評判が高まり、全国から勧請されるようになった。
南北朝時代には時継の子・頼継が大祝職となり、北条時行を迎えて南朝方に属して、北朝方の小笠原氏と対抗したが、敗れて没落。その後は頼継の弟・信継が継ぎ、信継の子の直頼も同じく南朝に属した。
まもなく足利将軍家が兄の尊氏派と弟の直義派に分裂して観応の擾乱が起こり直義が南朝に降ると、直頼もこれを支援し、信濃国内における直義党の主将として善光寺付近で北朝の尊氏派・小笠原氏と争い、甲斐国須沢城（山梨県南アルプス市）に篭城した高師冬を自害に追い込むなどの功を上げた。
室町時代.
戦国時代.
頼重には遺児の寅王がいるが消息が不明で、戦国大名家としての諏訪氏は滅亡している。諏訪地方は武田氏の信濃侵攻において直轄領化され、頼重の弟頼高、満隣の子頼忠が諏訪大祝となっている。
なお、勝頼が継承したのは従来諏訪惣領家であったと考えられていたが、近年は高野山成慶院に伝来する『甲斐国過去帳』が勝頼を高遠頼継の高遠諏訪氏の後継として記していることから、勝頼が継承したのは高遠諏訪氏であったことが指摘される。
安土桃山時代.
江戸時代.
明治時代以降.
諏訪子爵家の邸宅は東京市中野区氷川町にあった。
諏訪神族.
諏訪氏の係累にあたる血族を諏訪神族（諏訪神党とも）といい、信濃国には一門が多い。さらに鎌倉時代に諏訪氏が北条氏の御内人となったことから全国に社領を拡大し、多くの一族が全国に拡散していった。地方の領主としては駿河国の安部氏、丹波国の上原氏、出雲国の牛尾氏、薩摩国の上井氏なども諏訪氏の一門に該当する。
諸国の諏訪氏.
京都諏訪氏.