法皇より院宣が下り、鎌倉勢はいよいよ平氏討伐に乗り出すこととなる。しかし強力な水軍を揃える平氏は瀬戸内海に数百の軍船を浮かべ、西国の海岸を完全に抑えていた。意気軒昂と京を出た鎌倉勢も攻めあぐね、やむなく頼朝は今一度義経を起用し、義経は兄の勘気を晴らすべく奮起する。平氏水軍の防衛線は長大で、本営を置く讃岐国屋島の防備が手薄になっていることに目をつけた義経は、再び奇襲を企図する。たまさか訪れた暴風雨に紛れて義経は四国へ上陸し、慄いた平氏は本営に火を放って逃げるという失態を犯した（屋島の戦い）。この敗戦により、時勢は平氏を見限り始めた。屋島を占領した義経は地元豪族の調略にも成功し、僅少の部隊はまたたく間に大軍に膨れ上がる。ほどなく鎌倉より送られた後続部隊も到着し、窮した平氏は西へ逃亡した。二度も奇襲にやられた平氏は得意の海戦に持ち込むべく予定戦場を壇ノ浦に定め、激しい潮流を利用した巧緻な作戦を立てるものの、義経はその意図を看破する。軍船の足を取ろうという敵の狙いを見抜いた義経はひたすらに時を稼ぎ、やがて訪れた潮流の変化とともに火のように攻め立てた。敵の意図を逆手に取った義経の戦術により、鎌倉軍は平氏水軍を完膚なきまでに討ち破った（壇ノ浦の戦い）。この戦いにより平氏は滅亡し、義経はついに少年期からの宿願を果たした。
平氏滅亡という赫々たる戦果を携え、義経は京へと凱旋する。華々しい戦勝に京洛は熱狂し、義経は古今無類の名将として宮廷から市井の端々にまで讃仰された。これで兄の勘気も解けるだろうと期待する義経であったが、頼朝の義経に対する警戒心はいよいよ高まった。未曽有の軍功をあげたことにより軍神の如く尊崇されるようになった義経を、鎌倉政権の崩壊を謀る法皇が抱き込もうと画策せぬはずもない。義経は兄である頼朝の肉親の情を無邪気に信じ込んでいたが、頼朝にすれば義経が血を分けた弟である以上、自分の立場を揺るがす脅威となりかねなかった。そして凱旋軍の諸将がまたしても鎌倉に無断で官位を貰ったことで、頼朝は義経を見限る肚を固める。義経の人生の主題は平氏の滅亡によって完結したが、独立政権の確立という頼朝の主題は今より始まる。それが義経にはまったく解らない。事ここに至れば抹殺する他ないと判断した頼朝は討伐令を下し、義経追討を布告する。何故兄に狙われるのかわからないまま、義経は京から逐電した。