大神神社は纒向・磐余一帯に勢力を持った出雲ノ神の一族が崇敬し、磐座祭祀が営まれたとされる日本でも古い神社の一つで、神奈備信仰様式をとった神聖な信仰の場であったと考えられる。大穴持命が国譲りの時に、己の和魂を八咫鏡に取り付けて、倭ノ大物主櫛甕玉命と名を称えて大御和の神奈備に鎮座した。これが三輪神社の創始である。（『出雲国造神賀詞』）
祭祀.
三つ鳥居から辺津磐座までが禁足地で、麓の山ノ神祭祀遺跡などからは、古墳時代中期以降の布留式土器や須恵器・子持勾玉・茶臼玉（竹玉）など古墳時代から奈良時代のものが出土した。
三輪山祭祀は、三輪山の山中や山麓にとどまらず、初瀬川と巻向川にはさまれた地域（水垣郷）でも三輪山を望拝して行われた。
杉玉.
伊勢神宮との関係.
大神神社の摂社の檜原神社（#本社近辺参照）は倭姫命が天照大神を磯堅城の神籬を立てて磯城の厳橿の本にはじめて宮中の外に祀った「倭笠縫邑」の地であると伝えられ、元伊勢の始まりの地となっている（『日本書紀』垂仁天皇段）。
祭神.
主祭神.
大己貴神の和魂である大物主神は蛇神であると考えられ、水神または雷神としての性格を合わせ持ち、稲作豊穣、疫病除け、醸造などの神として特段篤い信仰を集めている。また日本の守護神、氏族神（三輪氏の祖神）である一方で祟りなす強力な神ともされている。
三輪山伝説.
主祭神の大物主神に関係する伝説として、大神神社の付近にある箸墓にかかわる伝説が知られる。以下に概略を述べる。詳細は「箸墓古墳#名の由来」を参照。
歴史.
創建.
記紀によれば、大国主神（大己貴神）は少彦名神とともに国造りをしていたが、国造りなかばにして少彦名神は常世に去ってしまった。大国主神が「この後どうやって一人で国造りをすれば良いのだ」と言うと、一柱の神が海原を照らして出現し「私を「大和国の東の山の上に祀れば国作りに協力する」と言った。この神が御諸山（三輪山）に鎮座している大物主神であるという。この神を祀ったのが、現在の大神神社と思われる。
なお日本書紀では大国主の幸魂奇魂（和魂）と明記しているが、古事記では同一の神ではないかの如く記述している。
祭祀.