初期の帝大は、大日本帝国最上位の国立高等教育機関（最高学府）および研究機関として設置された。各帝大は、複数の専攻科を擁する「分科大学」を包含し、学際的な研究を理念とする「大学院」を設置した。
一方、各帝大内では、学部よりさらに下位に当たる各「講座」が優勢になり、大学より上位にあって学際的な研究を期待された大学院をも大学の講座による支配が及んだ。このような大学の講座が大学院まで影響力を持つ体制は、戦後の新制大学成立後も続いている。
各帝大は、前身となる高等教育機関を包摂して改組・改称したり、学部を新設したりするなどしてその組織を整備し、時代が下って大学令に基いて設立された官立（国立）・公立の単科大学や私立の総合大学が設置される中でも日本の高等教育や研究をリードした。戦後は「帝国大学」の名称を廃し「国立総合大学」と改められたが、日本で有数の総合大学である状況は変わらなかった。
一覧.
かつて存在した帝国大学は次の通り。番号は帝国大学として設置・昇格された順番を示す。
歴史.
東京.
京都.
帝国大学設立期から、関西にも大学設置を望む声があった。
東北・九州・北海道.
帝国議会と政府との関係、資金面の問題、校舎建設の問題、前身となる高等教育機関と新設各帝国大学との関係から、この時期の帝国大学の設立経緯は複雑であり、盛岡藩出身で藩校作人館修文所で原敬と同級生だった佐藤昌介（札幌農学校最後の校長、東北帝国大学農科大学初代学長、北海道帝国大学初代総長）も関係している。
また、この時期設立の帝大は全て地方名が大学名として採用され、その他の帝大が都市名を冠しているのとは対照的となっている。
当時の帝国大学令では、帝国大学は複数の分科大学により運営される必要があったが、東北帝国大学の場合は当面の間札幌の農科大学のみで完結させる必要があり、特例として農科大学のみで運営することを前提とした東北帝国大学農科大学官制を施行することとなった。
京城・台北.