印鑑登録をしたことを証するもの（多くはカード型、一部市町村で手帳型もあり）を印鑑登録証、印影と登録者の住所・氏名・生年月日・性別（性同一性障害に配慮して記載しない自治体も増えている）を記載したものを印鑑登録証明書（印鑑証明）という。登録者が請求すると、各自治体の首長の証明印入りで発行されるため、本人証明書類としても有効。
日本で印章全般のことを俗に印鑑と呼ぶのは、この印鑑登録の制度が語源である。印鑑とは本来、印章の印影が登録されたデータベース（登録簿）の側を指し（詳細は「印章」を参照）、「印鑑に印鑑を登録する」のような用法で用いることは、厳密には日本語の誤用であるが、俗語として広く浸透している用法でもあるため、本項では以下、印章の意味でも「印鑑」の語を用いる。
個人の印鑑登録.
印鑑登録の方法.
一般的な手続の例は以下のとおりで、おおむね前述の自治省通知に従っているが、実際の取扱については法律による全国統一の拘束的規定がないため、各市町村ごとに差異があり、各市町村の印鑑条例内容および受付窓口での確認を要する。
印鑑に登録できない印鑑（印章）.
自治体により細部が異なることがあるがおおむね次の通り。
法人の印鑑登録.
の規定により、会社の設立等に当たって登記を申請する際には、登記の申請書に押印すべき者（代表取締役等）は、登記所に印鑑（印影）を提出しなければならない。印鑑証明書は、その提出した印鑑（印影）について、の規定により発行される。
国・地方公共団体などについては印鑑登録の制度は存在しない。
不動産登記における印鑑証明書.
添付.
概要.
添付必要の場合.
以下の者が登記申請人となる場合で書面申請のときは、原則としてその者又はその代表者の印鑑証明書を、申請情報を記載した書面に添付しなければならない。
添付不要の場合.
書面申請のときでも以下の場合には、条文において印鑑証明書の添付は不要とされている。
このほか、添付必要の場合の反対解釈などから、以下の場合には印鑑証明書の添付は不要である。
他の書面の一部となる場合.
概要.
添付必要の場合.
以下の者の印鑑証明書を、同意書又は承諾書等の一部として添付しなければならない。
添付不要の場合.
以下の場合には、条文等により印鑑証明書の添付は不要とされている。
具体例.
原本還付.
現行印鑑登録制度成立の背景.