同一の世代に分類されるものは、ストーリー等は異なっていてもほぼ同一のゲームシステムであり、高い互換性を持つ。たとえば、『ダイヤモンド・パール・プラチナ』と『ハートゴールド・ソウルシルバー』はストーリーや舞台は全く異なるが同一世代のため、互いに通信対戦や通信交換を行うことができる。一方で、世代の異なる作品同士の互換性は低い。
データの互換性が低くなる理由は、世代が更新されるたびに新たなポケモン・わざ・アイテムなどが追加される為である。逆に言えば、世代が更新されない限り新ポケモンや新アイテムが追加されることはない。なお、一部例外はあり、例えば、「はっきんだま」は第四世代の途中（『プラチナ』）で新たに追加されたアイテムである。そのため、このアイテムには「通信交換できない」等の特殊な制約がある。同一世代であっても後で発売されたソフトで追加された道具・技・フォルムは先に発売されたソフトには転送できない場合がある。なお、フォルムチェンジ等に関しては、多くの作品では古い側からは通常のフォルムで表示される。
育成システム.
基本的には「けいけんち（経験値）」の蓄積によるレベルアップという、多くのRPGと同じシステムとなっている。
ポケモンの能力.
能力成長の詳細.
ポケモンの性格.
第三世代から追加された要素。能力値への影響をはじめとして、ポロックやポフィンの好みの味、一部のきのみの効果、『エメラルド』のバトルパレスでの行動パターンに影響する。ポケモンの性格は生まれつき決まっており、変化することはない。
例えば、「さみしがり」な性格のポケモンは「こうげき」が伸びやすく、「ぼうぎょ」が伸びにくい。また、「からい」味を好み、「すっぱい」味を嫌う。性格が影響する能力と好みの味の間には関係があり、伸びやすい能力に好きな味が対応している。例えば「こうげき」と「からい」味は対応している。この対応については下の表の最後の行に示す。
ポケモンの進化.
進化のバリエーション.
ポケモンのフォルムチェンジ.
ポケモンのタマゴ.
タマゴの見つかりやすさは、高い方から種類が同じで親が違う＞種類も親も同じか、種類も親も違う＞種類が異なり親が同じの順番。