明治時代、京都府福知山教会の牧師である留岡幸助の元に、同じく牧師としての先達であった金森通倫が訪れる。金森は知人の典獄（監獄長）である大井上に請われ、北海道にある監獄の教誨師を探し、その職に留岡を推挙しようとしていた。同志社英学校に学生として学んでいた時代からジョン・ハワードの存在に影響され監獄の改良に志を持っていた幸助は、慣れた福知山の人々と別れを告げ、妻と共に北海道へと赴く。だが、そこで幸助が見たものは懲罰主義に凝り固まり人を人とも考えず囚人への暴力に明け暮れ嗜虐に酔う看守たちと、苛烈な労働と下等待遇を強いられて怪我や病気をすれば見殺される囚人たちという、予想をはるかに超えた地獄のような有様だった。
必死になって監獄の改良を訴える幸助であったが、自身を呼び寄せた頼りの典獄である大井上は即日に別の監獄へと配属替えになってしまい、後任典獄は前例踏襲しかできない事なかれ主義の人物。さらに間の悪いことに、監獄を実質的に牛耳っていたのは、薩摩上がりの武力のみでのし上がってきた有馬という「耶蘇嫌い」の看守長だった。絶望的な状況に思わず膝を折りかける幸助だったが、それでも歯を食いしばり、まずは囚人たちに教誨のための説法を始める。幸助は囚人たちに希望を持ち理想を持ち、そのために、まず自分ができる低い場所から物事を始めるようにと根気よく説諭した。幸助の言葉に囚人たちはもちろん、看守たちも耳を傾けるようになり、やがて看守長の有馬が感極まり「高い理想のために低い場所から始める」幸助の思想に共感を持つようになる。やがて有馬が別の監獄に転属となっても後任の看守たちは幸助の思想を理解し、彼を助けるようになってくれた。