施設管理費、現地採用者の人件費、スクールバス運営費、安全対策費といった支出面と、入学金、授業料、寄付金といった収入面との採算を合わせなければならない。現地採用者は、教員のほかに、事務、清掃、庭師、バスの運転手、警備員などがいる。週末は校舎を日本語補習校に貸与して賃貸料が収入となる学校もある。
殆どの企業駐在員や国家公務員、団体職員には子女教育手当が出るが、その額は企業によってまちまちである。理科室・音楽室・美術室・家庭科室・コンピュータ室・図書室といった特別教室、体育館、全天候型運動場やトラック、プールなどの施設、スクールバス、安全対策、外国語・進路指導・特殊教育の専門家を抱える学校の授業料は安くはない。赴任者の手当支給額にも上限があるので一部は個人の負担となる。また現地の日本人企業や日本人会に寄付金が課されることもあり、企業にとっても負担が大きい。寄付金では払う人と払わない人が出てくるため、施設費や管理費という名目で一律の額を全家庭から徴収する学校もある。
日本人学校がない地域でインターナショナルスクールの授業料を元に教育手当が算出されていたのが、それより授業料の低い日本人学校ができると手当が減額されてしまい、引き続きインターナショナルスクールに通わせるには負担が大きくなるため、日本人学校の進出を歓迎しない保護者もいる。
進路指導.
子供だけを日本に帰国させて学生寮がある高等学校に入れる保護者もいる。積極的に帰国生徒を受け入れている寮制の高等学校には茗溪学園（茨城県）、暁星国際(千葉県)、聖パウロ学園(東京都)、新潟国際情報、オイスカ(静岡県)、同志社国際(京都府)、立命館宇治(京都府)、西大和学園(奈良県)、山陽女学園(広島県)、明徳義塾(高知県)、弘学館(佐賀県)がある。このほかにも、埼玉県の早稲田大学本庄(ホームステイ)、東京都には国際基督教大学附属(週末閉寮)、また業者が経営する帰国生徒専用の学生寮もある。
寮制高校は遠方の人間も受験できる利点があるが、「家族と離れ離れになってしまう」、「日本の学生も多く受験するため競争率が高い」、「大学進学も視野に入れると納得できる教育内容ではない」、「校内の状況が荒れている」といった理由で最初からこれらの私立在外教育施設や国内の寮制高校を選択に入れない家庭もある。