国鉄時代より、「私鉄王国」として知られた関西で並行する大手私鉄との激しい競争に晒されていた京阪神地区のJR西日本は、アーバンネットワークの拡充によって私鉄を凌駕するまでになった。一方、信楽高原鐵道列車衝突事故やJR福知山線脱線事故・日勤教育問題などが発生し、市場原理を優先するあまり安全性を軽視したことが遠因ではないかとの指摘がある。ただし国鉄時代でも事故は多発していたこと、統計によれば民営化後に鉄道事故は減少していること、JRグループよりも私鉄各社の方が事故が少ないことなどから、民営化とは関係ないという反論もある。
運賃体系の分離.
寝台列車の衰退.
空白の世代.
労組再編.
労使関係では、分割民営化に協力した全日本鉄道労働組合総連合会（JR総連）が現場の主導権を握った。後に方針の対立から、鉄労系中心の日本鉄道労働組合連合会（JR連合）が分裂発足する。どちらも連合に加盟している。なお、国労は全労協に加盟している。
JR総連が多数派の会社では、他労組へ移籍した者に対し戻るよう執拗に詰め寄ったり、他労組の者と交流をした組合員を非難し、退職させた事例もあった。
一方、JR連合が多数派の会社においては、他労組に所属する者に対して昇進差別や日勤教育で、恫喝や罵声を浴びせて自殺に追い込ませる事例が報告されている。
巨額債務のその後.
民営化により市場原理を活用したことにより、本業である鉄道での収益は好転した。また、JRにとっては返済可能な程度に負担額が抑えられたこともあって、有利子負債の返済は順調に進んだ。
しかし、土地売却による都市再開発が、さらに地価高騰を悪化させるとする主張がなされた結果「その地域の地価の異常な高騰が沈静化するまでこれを見合わせる」とする中曾根内閣の閣議決定など政治介入があり
、資産売却は予定通り進まなかった。
当初から苦境が予想された三島会社（JR北海道・四国・九州）のうち、JR九州は政令市・中核市を広く有する九州の地の利も生かして改革が功を奏したものの、北海道と四国は株式上場の目途さえ立たないなど深刻な経営難に陥っている。
赤字ローカル線削減.