外国から到着した貨物を国内に引取る（輸入する）ときは、輸入者はその貨物を保税地域に搬入した後に、その保税地域を管轄する税関官署に対して輸入申告を行い、貨物に対し、必要な審査・検査を経て、関税、内国消費税等を納付して、許可を受けなければならない。　
輸出申告の手続は、輸入しようとする貨物の品名、数量、価格、申告すべき関税等の額などを記載した所定の様式の「輸入（納税）申告書」が必要である。
また、輸入の許可の判断のために必要があるときは、契約書、仕入書、運賃明細書、包装明細書、包装明細書、価格表、製造者若しくは売渡人の作成した仕出人との間の取引についての書類またはそれに代わる書類の提出を求められることがあり、貨物の種類によっては、法令の規定により必要な書類（輸入許可・承認書、特恵関税の適用を受けようとする場合は「特恵原産地証明書」、EPA関税の適用を受けようとする場合は「協定原産地証明書」又は「原産地申告書」、減免税の適用を受けようとする場合は「減免税明細書」、その他）があればそれらも添付して税関官署に提出することによっておこなわれる。
特別な制度.
輸出・輸入申告では、上記の原則的な方法のほか、輸出入の迅速化・簡便化などの便宜を図るために次のような諸制度がある。
通関手続に関する制度.
輸出入の迅速化・簡便化などの便宜を図るためにある制度である。
関税に関する制度.
輸出入の際の関税に関して、申告の便宜のため情報を提供し、また納付の際の負担を減らす制度である。
日本の通関の課題.
厳格化と簡素化.
日本の通関制度改革の動き.
通関においての日本での制度の改革が推進されている。一例としてNACCS（税関官署、運輸業者、通関業者、倉庫業者、金融機関の相互を繋ぐ電子的情報通信システム）が、税関以外の官庁の手続き（例えば植物防疫、検疫）も行えるように改善されており、ベトナム、ミャンマーでは、日本の協力のもとNACCSもモデルとしたシステムの導入が行われている。
一方日本以外では、香港やシンガポールは早くから手続の電子化を進め、アメリカでは輸出は許可制ではなく届出制で格段に簡素になっており、保税制度についてもアメリカでは保税地域への輸出貨物の搬入義務はない。