しかし、こうした可能性はしばしば保護主義的な政策を正当化するのに利用されることがあるという問題もある。そもそも「将来発展する産業が何かということは、民間では分からないのに政府なら分かるということはないはずだ」という産業政策に対する根本的な批判意見もある。
経済学者の岩田規久男は「政府は税・補助金を用いて、特別な投資・消費を促進させたり、特定の産業を促進させないことが産業政策の哲学である」と指摘している。
経済学者の竹中平蔵は「政府が産業を直接育てるということではなく、その産業が育つ環境をつくることが重要な役割となる。具体的には、競争の促進、それを支える人材を育てるための教育制度の整備が必要である」と指摘している。
経済学者の野口悠紀雄は「経済成長は、基本的には民間企業と市場によって実現される。政府の役割は、そのプロセスを邪魔しないように環境を整備することである。具体的には、規制緩和であり、補助金・助成金など従来型保護政策からの脱却である」と指摘している。
みずほ総合研究所は「衰退産業が退場する際の『痛み』を緩和させるための施策は必要な場合もあるが、それを保護し『延命』させるための施策は、結果として国全体の国際競争力を削ぐことになる」と指摘している。
貿易と産業政策.
国内の産業政策は貿易保護政策との関係でも議論される。
幼稚産業保護政策（幼稚産業論）.
特定産業を外国企業から保護するために、輸入・直接投資を制限する政策。直接投資の制限は、技術移転の遅れや雇用を創出しないなどの弊害があるが、現時点では国際競争力が無いが、将来は有望である国内の産業を保護・育成する効果があるとされる。
幼稚産業論は新興工業国で支持されることが多い。
幼稚産業保護は国家全体の技術レベルを向上させるようなハイテク産業には理論的にも説得力がある。しかし、現実的には国内で政治的影響力の強い産業が保護される結果となることや、政府が新技術のどれが最良か予測することも難しいという問題がある。また、幼稚産業として保護した特定の産業が自立できるほど成熟した後、その産業の保護を撤廃することが困難であることが多いという問題もある。
雇用創出.