剣心は浦賀の海岸で斬首刑に処されることになり、町では号外が配られ、薫たちは海岸へ急行する。刑場へ連行された剣心に立会う志々雄一派の中に志々雄本人の姿は無く、代理人の方治によって、剣心、すなわち当時の維新派の差し金で斬られた被害者たちの名前が次々と読まれていく。ついに処刑人の刀が一閃するが、振り下ろされた刀は剣心を縛る縄を切っただけだった。処刑人の正体は斎藤一で、警官隊と剣心は一斉に志々雄勢と交戦する。そこに左之助も合流し、剣心と左之助の二人は煉獄に乗り込んだ。
煉獄で再び相まみえた宗次郎を打ち倒した剣心は志々雄の元へたどり着くが、志々雄の無限刃から出る紅蓮の炎に燃える焔霊（ほむらだま）が剣心を襲う。そこへ左之助、斎藤、蒼紫が続々と合流して戦うが、志々雄は上昇する体温に苦しみつつも、手練れの四人を相手にして一歩も引かない。その戦いの最中、軍隊が海岸に据え付けた重砲から放たれた砲弾が煉獄に命中する。伊藤が率いる軍隊は剣心たちを巻き添えにするのを承知のうえで、煉獄と志々雄一派を海の中に葬ろうとしていた。
燃え盛る炎の中、剣心と志々雄は再び一騎打ちとなる。互いに決定的な一撃を加えることができない中、志々雄は自身の身を案じて庇おうとした愛人の駒形由美を盾に剣心に致命傷を与える。剣心は苦しみながらも、愛する人の命を奪ってまで勝ちに執着する志々雄に対する怒りから再び剣を向ける。激しい撃ち合いの最中、おもむろに逆刃刀を鞘に納め抜刀術の構えをとる剣心に対して、これを機と見て襲いかかる志々雄であったが、剣心は独特の足捌きから抜刀術を繰り出して志々雄を弾き飛ばし、「飛天御剣流奥義・天翔龍閃」と技名を告げる。決定的なダメージを負いつつも再び立ち上がろうとする志々雄だったが、遂に体内温度が限界に達し人体発火を引き起こす。剣心に対し「お前の勝ちではなく時代がお前を選んだだけだ」と言い残した志々雄は、高笑いしながら炎に包まれやがて息を引き取った。
煉獄から脱出し薫に迎えられた剣心たちは、政府、警察の敬礼に見送られながら元の生活に戻っていくのであった。
斎藤一は志々雄に甲鉄艦を売った上海の裏社会を牛耳る武器商人を横浜駅で逮捕するも、日本帝国と清国間の領事裁判権のために武器商人は釈放されることになる。その武器商人は姉を殺害した剣心に深い恨みを持つ義弟・雪代縁であった。