毛利氏はこの勝利によって、京都への進撃を決意し、その準備を進めた。
同月、信長が長治の死により、阿波からの援軍を得ることができなくなった雑賀を攻めた。義昭と輝元は上杉謙信に対し、その隙をつく形での上洛を求めたが、謙信はすでに能登から関東に転戦していた。
同月、謙信が能登に再び進軍し、信長は柴田勝家や羽柴秀吉らを加賀に派遣した。だが、北陸に多くの諸将が派遣されたことで、松永久秀が離反を企てた。
その後、家督をめぐり、養子の上杉景勝と上杉景虎による御館の乱が勃発し、景勝が勝利したが、この乱によって上杉氏は対外出兵する力を失った。
同月、信長は明智光秀を介し、土佐の長宗我部元親の嫡子・弥三郎に偏諱を与え、信親と名乗らせた。これは、義昭や輝元、本願寺の支援を受けた十河存保が阿波において、反信長の立場で活動しており、信長と元親が共通の敵に対抗するために結び付いたものであった。
信長の死・柴田勝家への協力.
秀吉との関係修復・島津氏への和平斡旋.
この頃、義昭は毛利氏に願い、御座所を鞆から山陽道に近い沼隈郡津之郷（福山市津之郷町）へと移させた。時期は不明ながら、鞆に近い山田常国寺を御座所としていた時期もあった。
京都への帰還と将軍辞任.
その後、義昭は出家し、昌山道休と号した。
晩年と最期.
晩年の義昭は秀吉から厚遇された。義昭は前将軍ということもあって、徳川家康や毛利輝元、上杉景勝といった大大名よりも上位の席次を与えられた。また、斯波義銀や山名堯熙、赤松則房らとともに秀吉の御伽衆に加えられ、秀吉の良き話し相手となった。
没後.
義昭の没後、西笑承兌が施薬院全宗とともに大坂城に赴き、義昭の死を秀吉に報告した。秀吉は真木島昭光と相談し、葬儀の阿闍梨（導師）を依頼するように言った。
義昭の遺体は旧臣数十名が供をして、足利将軍家の菩提寺である等持院に入ったのち、方丈の書院に収められた。そして、等持院の足利将軍遺髪塔に収めるため、承兌が戒師となり、義昭の毛髪を剃った。葬送料は義昭の旧臣らによって拠出された。
位牌所は相国寺洋源軒にあるが、同寺の塔頭・霊陽院は義昭の菩提所として創建されたものである。
系譜.
義昭の嫡男・義尋は、信長の人質となった後、興福寺の大乗院門跡となった。義尋は後に還俗して2人の子をもうけたが、2人とも仏門に入った。このため、義昭の正系は断絶した。