建武の新政下においても後醍醐の綸旨乱発は変わらず、現実や伝統を無視し、綸旨によって物事を個人的に裁定し、これまでの政治の仕切り直しをしようとしたため、朝廷内部の政治行政のありようが破壊的打撃を被った。また、後醍醐自身も「建武以後の綸旨は、容易く改めてはならない」という旨の綸旨を発しており、自分が綸旨を乱発し、しかもその内容が改変されたり誤っていたりすることを認めている。また雑訴決断所を開設し裁判の効率化を図ったものの、後醍醐の天皇絶対化の志向は変わらず、自身の理念的な無理から生じる政治の矛盾を解決するには至らず、多くの人物からの離反を招いた。
加えて、後醍醐はこの時代特有の法慣行（「古き良き法」の尊重）に対する配慮が足りず、元弘戦乱時に出された護良親王の令旨も否定した。
後醍醐の軍事力.
綸旨・院宣文書数に対する伝奏奉文の少なさ.
公務時間と訴訟制度への関心.
武士への対応.
他にも後醍醐は、鎌倉幕府の御家人身分（御恩と奉公によって征夷大将軍に直属する武士の特権階級）を撤廃した。これは一つには当時御家人制度が社会の実態にそぐわなかったことが挙げられる。
後醍醐天皇が好んでいたのは、行政的な実務手腕に優れた官僚型の武士であり、記録所・恩賞方・雑訴決断所といった新政権の重要機関に（特に雑訴決断所に）、鎌倉以来の実務官僚武家氏族が多く登用された。鎌倉幕府の本拠地鎌倉からよりも六波羅探題からの登用の方が多く、これは、鎌倉では北条氏と繋がりを持つ氏族からの縁故採用が多かったのに対し、六波羅探題には純粋に官僚的能力によって昇進した実力派が集っていたからではないか、という。また、森幸夫によれば、一般的には武将としての印象が強い楠木正成と名和長年だが、この二人は特に建武政権の最高政務機関である記録所寄人に大抜擢されていることから、実務官僚としても相応の手腕を有していたのではないか、という。