だが、輝元の上洛計画は期日を過ぎても実行には移されなかった。毛利氏有利の状況下にあるにもかかわらず、上洛計画が実行に移されなかったのは、大友義鎮に唆された市川元教や杉重良による謀反が勃発し、毛利氏内部が動揺していたことにあった。また、備中・美作の国人領主に対して、信長の調略の手が伸びていたこともあった。
輝元に対して、その上洛を反対したのは隆景であったと考えられている。輝元が祖父・元就の支配地域以上の領域を手に入れ、将軍・義昭を庇護する副将軍として有頂天となり、信長の調略や家中の謀反も顧みずに上洛を考えている姿を見て、隆景は危機感を覚え、これ以上の戦線拡大は危険と判断したからだとされる。
結局、輝元は隆景の説得を受け入れ、上洛を断念した。輝元は義昭からその後も再三にわたり出陣を命じられたが、動くことはなかった。
宇喜多氏・南条氏の離反、但馬・因幡からの退潮.
輝元が上洛を断念したことは、備前の宇喜多氏、伯耆の南条氏といった織田氏との境界最前線に立つ領主たちに動揺を与えた。彼らは毛利氏がその権益を守護してくれる存在として、織田氏との戦いで最前線に立って戦ってきた。だが、輝元が上洛を断念したことは、輝元が織田氏を恐れ、家臣団を団結させる能力が欠如しているという認識を与えた。
南条氏の離反により、西伯耆と因幡、但馬を結ぶ連絡ルートが遮断され、但馬の毛利方勢力は織田氏に抵抗を断念せざるを得ない状況となった。但馬同様に西伯耆とのルートを遮断された因幡でも、翌年から羽柴秀吉による攻略が進められるようになった。
信長包囲網の瓦解・秀吉との攻防.
輝元が上洛を断念したことは、自らが救援するはずだった三木の別所氏、摂津の荒木村重のみならず、大坂の石山本願寺をも見捨てることを意味していた。本願寺は輝元自らの援軍も見込めなくなったこともあり、次第に戦況が不利となっていった。
南条氏によって但馬への連絡ルートを断たれた結果、但馬の国人らは抵抗の断念を余儀なくされた。