この情報を掴んだIAEA（国際原子力機関）は、この軍隊に対する査察を申し入れる。しかしビッグ・ボスは、国籍もなくNPT（核拡散防止条約）にも加盟していない「国境なき軍隊」を査察しようとするIAEAの意図を図りかねていたが、ヒューイが独断で核査察を受け入れようとしたため、やむなく受け入れを決断した。
その中で、ピースウォーカー事件で死亡していたと思われていた少女・パスが生きており、キューバ南端の米軍基地内で尋問されているという情報がビッグ・ボスのもとに飛び込んできた。この情報を聞いた少年・チコは単身で救出に乗り出したが、捕えられてしまう。チコから助けを求める無線を受けたビッグ・ボスは、パスとチコを救出するためキューバへ単身潜入を開始する。
マザーベース壊滅後、ビッグ・ボスは対立するもビッグ・ボスの死を望まない、ゼロ少佐の計らいによってキプロスの英軍病院に運ばれていた。ゼロ少佐は、ビッグボスの安全のため、あの事件の際にヘリにスネークと同乗していたメディック（エイハブ）を影武者として身代わりにする計画を進めており、追体験によりメディック自身をビッグ・ボスだと思わせることに成功した。
しばらく気を失っていたエイハブだったが、目を覚ますとイシュメールの姿は消えており、救急車の外に出た途端、武装ヘリに捕捉される。しかし、炎に包まれた鯨がヘリを飲み込むと、直後にペガサスやユニコーンにも似た燃える馬に乗った燃える男が再び現れる。
オセロットの口から、ミラーがアフガニスタンでソ連軍に拘束されていることが語られる。捕鯨船でキプロスから紅海を渡り、パキスタンに上陸した二人は陸路でアフガニスタンに到着。オセロットはミラーが監禁されている村の付近まで案内すると、エイハブに単身で救助に向かわせた。覚醒したスネークの救出をオセロットに依頼していたミラーは、ソ連軍に捕まった自分を単独で救出させることで、彼に伝説を取り戻させようとしていたのだ。
ゲームシステム.
主人公ヴェノム・スネークを操作し、広大なフィールドに散在する拠点を捜索しながら、障害となる敵などの発見を避けつつ、様々なミッションをこなしていく。
ミッションは多岐にわたるが、その多くは目標となる特定の人物または兵器を排除または回収することが目的となる。
既存の機能と変更点.
キャラクター操作.