法廷では、「尊師と一緒に断罪されたい」「ポアは慈悲の心による救済」と麻原崇拝とオウムの思想を捨てることなく、最後まで事件の正当性を主張し、「私自身は、千年王国、弥勒の世のためには、捨て石でも、捨て駒でも、地獄へ至ろうと決意したのです。つまり、多くの人の喜びのために、多くの人の救済のために、この身体、この生命を投げ捨てて殉じようと覚悟したのです」と語り、「日本シャンバラ化計画（オウム真理教の国家転覆計画）が実現させられず申し訳ない」と独自の謝罪を行った。贖罪としては死刑となり、来世において真理勝者になることしかないとした。また、内乱罪の適用を主張した。
麻原の裁判に証人として出廷した際には「麻原尊師の再生によって全てが救われますよう!」と意見陳述をしては事件の一切について黙秘を貫いた。一方、自分の裁判では「たとえ、この命が奪われようとも」「オウムの正史を残すため」として、事件の全貌を率直かつ正確に答えた。やがて麻原の裁判でも「御存知の通り、私のかつての法友については検察側立証も終了しています。残るは尊師一人になりましたので。これまで、私が法廷で話すことで苦しむ人もいるのではないかと考え黙秘してきました。しかし、尊師は空（くう）の体験をされた人と考えているので、頓着はしません、無頓着であると考えています。苦しむこともありません。かえってきちんと話すほうが、尊師に対して逆恨みでなく、真実の尊師がわかると思っています」として事件の内容を語り始めた。麻原に帰依している者が事件の詳細を語ったことは、結果的にオウム犯罪の大きな証左となった。麻原は新実に「消えろ」「破門だ」などと怒鳴り証言妨害をしようとする場面もあった。
裁判で逮捕後の心境について触れた際は「林郁夫さんには、やはり、驚きましたね……」「自分のことしか考えない人だと思った。事件について自供すれば、尊師とか友人が死刑になる。自分の立場をどう考えているのかと、疑問に思いました」と感慨深げに寂しそうに語った。