古来より明治時代まで天皇は毎食ごとにかたわらに置かれた皿に一品ずつとりわけて、自分が治めるこの国に飢えた民がひとりでもいるのは申し訳ないという気持ちで名もなき民のために捧げるという「さば」という行事があった。この行事は仏教に由来するとされるが、仏教以前の古来からの伝統行事だったという見解もある。
江戸時代の中期・後期に国学や水戸学に基づいた尊王論の高まりによって祭祀の再興が盛んになったという背景もあり、幕末には孝明天皇により神武天皇祭が制定された。
江戸時代の女性天皇.
江戸時代には二人の女性天皇がいたが、「穢れ」によって神事を十分に果たせなかった。明正天皇は在位中に四方拝や小朝拝を行うことはなく、後桜町天皇も四方拝の場を設けるだけで出御することなく、新嘗祭にも出御しなかった。江戸時代の女性天皇は「つなぎ」役であり政務は摂政が代行し、神事も不十分に行えない「半天皇」でしかなかったと言われている。
明治期から戦前まで.
今日行われている祭祀は、江戸時代後期から明治維新期に大宝令、貞観儀式、延喜式などを継承して再編されたものも多い。
近代制度としての宮中祭祀が確立して以降、明治天皇や大正天皇は国家元首として多忙のため、侍従らが代拝するのが主となった。一方で、貞明皇后・昭和天皇・香淳皇后は非常に熱心であった。
明治天皇は敬神の念篤く、賢所の御拝、新嘗祭の親祭もしていたことを側近の者が記録している。また、年に2、3回「剣璽の間」の奥で、古くからの皇親の御霊位をかなり長い間非常に熱心に御拝していた（これは大正時代に中止され御霊位は賢所に納められたという）。日清戦争の際、戦争には反対であった明治天皇は、宣戦布告の報告のために伊勢神宮と孝明天皇陵に勅使を派遣することを拒否し、宮中三殿での奉告祭にも出御しなかったという。
宮城内の水田では、稲作が行われ、昭和天皇以降は自ら田植えをするようになった。収穫された米は供物として、祭祀の際に用いられている。
戦後.
これに伴い、皇室祭祀令など戦前の皇室令も一旦全て廃止されたものの、宮内庁は内部通牒を出し「新たに明文の規定がなくなった事項については、旧皇室令に準じて実施すること」を確認した。以後、現在に至るまで、宮中祭祀は旧皇室祭祀令に準拠して行われている。
日本国憲法下の位置付け.