村重は細川政権・三好政権を通じての摂津統治の中心であった芥川山城・越水城の両城を廃して、有岡城（伊丹城の改称）を中心とした新たな支配体制を構築した。
以後も信長に従い、越前一向一揆討伐・石山合戦（高屋城の戦い、天王寺の戦い）や紀州征伐など各地を転戦し、武功を挙げた。
謀反.
秀吉は村重と旧知の仲でもある小寺孝隆（官兵衛、のちの黒田孝高）を使者として有岡城に派遣し、翻意を促したが、村重は孝高を拘束して土牢に監禁した。
天野忠幸は自身の書籍にて、乃美文書には村重は御前衆数百騎と共に、織田方の包囲網を突破する形で尼崎城に向かったと記されていることを主張している。また、小川雄は、通説で言われるような恐慌からくる敵前逃亡ではなく、第二次木津川口の戦いや中川・高山の降伏により補給路を絶たれたため、まだ毛利方（村上水軍）が補給路を確保していた尼崎城・花隈城を確実に抑える事で、本願寺・毛利方との連携を維持するための戦略的撤退だったとする見方をしている。
と記している。
しかし、肝心の村重本人は息子・村次と共に、親戚の荒木元清がいる花隈城に移り（花隈城の戦い）、最後は毛利氏のもとに亡命し、尾道に隠遁したとされる。
茶人として復活.
謀反の理由.
村重の織田信長に対する謀反の理由は、諸説があって今でも定かではない。ただ、信長は村重を重用していたため、その反逆に驚愕し、翻意を促したと言われている（『信長公記』、『フロイス日本史』など）。
太平記英雄伝.
歌川国芳画の「太平記英雄伝廿七 荒儀摂津守村重」や、落合芳幾画の「太平記英勇伝三十八 荒木摂津守村重」で描かれている場面は、『絵本太閤記』二編巻之禄六「荒木村重が餅を食らう」の話を基にして描かれたものである。
嘉永期になると幕府の規制が緩み、太閤記関連の版本が多く出るが、それでも江戸時代の武者絵の通例で名前をもじって記載している。
伝説.
広島県尾道市にある時宗 西郷寺の末寺に「水之庵」というのがあった。『陰徳太平記』や現地の伝承では一時、荒木村重が尾道に落ち延びて「水之庵」に隠遁していたという伝説がある。
主な家臣.
（＊有岡城の戦いで村重が没落するまでの家臣。従属者も含む。）
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