交易の基本は、ある港で買った交易品を別の港へ運ぶと買値より高く売れて利益が出るというもの。これを繰り返して資金を増やしていく。交易品は始めは少ししか買えないが、取引スキルを覚え、その種類の交易品を買う経験を積むことでスキルランクが上がると多く買えるようになっていく。
交易品の売却時に利益の大きさに応じて交易経験値が得られる。また、商人ギルドでクエストを受けて交易品やアイテムを指定場所に届けるなどすれば、交易経験値や交易名声、金銭やアイテムを獲得できる。
交易品の売買相場は変動するため、同じ交易品でも相場によって得られる利益と経験値は違ってくる。交易品の相場は時間による変動の他、大量に売ったり買ったりすると大暴落や大暴騰が起こることがある。また、地域によっても安く買えたり高く売れたりする交易品がある。
戦闘.
戦闘には、洋上戦と陸上戦があるが、ゲームの性質上、洋上戦の比重がかなり高い。戦闘クエストの管轄は海事ギルドのため、洋上戦を“海事”と呼ぶプレイヤーが多い。
ゲーム内での主要要素.
大航海時代オンラインでの主な要素を、プレイヤーキャラクター（PC）、航海、ノンプレイヤーキャラクター（NPC）の順に説明する。
プレイヤーキャラクター.
プレイヤーキャラクター（以下キャラクター）は、作成時に性別と子供から大柄までの体型や容貌、髪の色や髪型、肌の色、傷痕や髭といった外見の特徴を設定することができる。性別は衣服や帽子など装備品の制限に関係してくる。
キャラクターのステータスとしては以下のものがある。
航海.
ノンプレイヤーキャラクター.
登場するノンプレイヤーキャラクター（NPC）には、以下のようなものがいる。街の住民や施設の従業員などは場所によって服装や肌の色などが特徴的で、その地域の雰囲気を演出するのに一役買っている。
オープニングムービーにおける「朝鮮海」表記問題.
新要素・追加機能.
　道具屋主人で購入できる郵送箱を所持していると、メールにアイテムを添付して他のキャラクターに送付できるようになった。
2nd Age.
Age of Revolution.
新要素・追加機能.
イベント.
イベントとは戦闘を含む連続したストーリーで、所属国別イベントと世界周航イベントがある。
所属国編.