扱いとしては広義の普通列車であるため、乗車券（定期券を含む）に乗車整理券を追加で購入することで乗車が可能となる。一般には座席分の枚数しか発売されないため、着席が保証されるいわゆる座席定員制であるが、かつての札幌地区のように、事実上乗車整理券の発売枚数に制限がなく、着席保証がない場合もあった。また、運行区間末端方においては、停車駅を「降車専用駅」の扱いとして乗車を認めないクローズドドア制で運転したり、通常の快速列車の扱いとして運転する列車も存在した。
グリーン座席の扱い.
使用車両にグリーン座席の設定がある場合、現存するJR東海においては、乗車整理券に代わって普通・快速列車に準じる自由席グリーン料金券を要求している。
かつては、列車により普通車扱いとして乗車整理券のみで乗車可能とする例や、車両そのものを締め切りとして開放しないケースもあった。
使用車両.
また、基本的には自社の車両が運用されることが多いが、JR東海の東海道線名古屋地区のホームライナーでは、同地区へ直通するJR西日本の「しらさぎ」用の車両が間合い運用で用いられている。過去にはJR東日本の「ホームライナー古河」「ホームライナー鴻巣」でJR西日本の車両が、逆にJR西日本の「びわこライナー」でJR東日本の車両が用いられていたケースがる。
運行概況.
詳細な運行状況は各運行路線・個別記事で記載されているため、本節では運行される線区での概要のみを記載するにとどめる。
JR北海道.
JR東海.
なお、「ホームライナー」の商標権はJR東海が有している。
静岡地区.
なおこの地区では、ホームライナー設定以前のこの列車は後に「ホームライナー」に吸収された。
名古屋地区.
中央本線.
東海道本線.
過去の事例.
JR東日本.
仙台地区.
首都圏.
宇都宮線・高崎線.
総武快速線.
東海道線.
常磐線.
横須賀線.
中央線・青梅線.
東京駅発着となって以降、この系統では座席指定を行っていたことも特徴であり、晩年は「えきねっと」加入者向けに携帯電話を使用した予約サービスも行われていた。
長野地区.
信越本線.
篠ノ井線.
新潟地区.
JR東海.
関西本線.
JR西日本.
阪和線.
東海道本線（琵琶湖線・JR京都線）.
関西本線（大和路線）.
福知山線（JR宝塚線）.
JR四国.
JR九州.