日本の武術流派では、流派の家元のことを宗家と呼ぶ。ただし明治以前は、各流派の武術指導者は、師範や指南役等と呼ばれており、宗家（家元）という呼称が一般化したのは明治以降である。例外的に、天神真楊流、浅山一伝流、北辰一刀流のように明治以前から宗家（家元）制度を敷いていた流派もある。
武術流派における家元制度の起源は小笠原流などの弓馬術である。これは弓術・馬術が他の武術と比べて、早い時期から儀礼的、遊芸的なものとなり、他の者から勝負を挑まれるような事態を回避することができたからである。本来、武術は実力勝負の世界であるから、もし敗北すれば流派の家元としての権威を保つことはできない。しかし、弓馬術においては、射礼、犬追物、笠懸、流鏑馬など、技法が貴族的な儀礼として行われるようになった。このため、小笠原家は世襲的に弓馬術の家元となりえた。
江戸時代には、多くの武術流派で特定の家柄が世襲的に師範や指南役を継承する、ある種の家元のような存在はあったが、他の芸道の家元のように全国の門弟を統制下におくような家元は、上記諸流派を除いて一般的ではなかった。これは、幕藩体制下においては各藩は他藩に対して対立的な封鎖社会を構成しており、特に武力は完全な藩独立内部の秘密事とされていたため、藩という国境を越えて、全国の門弟を家元が統率することは困難だったからである。それゆえ、弟子が師匠から免許や指南免許等を得た時点で、独自に門弟を指導し、免許を発行する権利（免許発行権）も与えられるのが一般的であった。このため、江戸時代には各地に多くの分流や分派が生まれた。ただし、天神真楊流の磯家や北辰一刀流の千葉家のように宗家（家元）にしか免許発行権がなかったり、支部には目録までの発行権しか与えず免許発行権を制限する流派もあった。
また、御流儀、御家流、御留流などと称して、他藩への伝授を禁止したり、上士にしか伝授されない流派もあった。例えば、紀州藩御流儀の関口新心流や富山藩御留流の四心多久間四代見日流などである。また、薩摩藩御流儀の示現流のように、東郷家宗家（先々代までは師範の称号）のみが唯一の師範で他には一切師範資格を与えなかった流派もある。ただしこれらの流派でも正式な指南免許が出たかは別にして、結果的に支藩や他藩に伝わった例はある。