本多が特撮映画の演出でこだわったのは、超常現象を目の当たりにしての、演技者の目線の統一だった。俳優を決める際には、「子供が見る映画だからといって、真剣に演じられない人は私の映画には出てもらわなくて結構」と述べ、特撮映画に疑問を持つ俳優はどんなにいい役者でも初めから使わなかったと述べている。佐原健二によれば、俳優の演技に関しては、特撮主体の映画で見られがちなオーバーアクションを極力避け、あくまで抑えた自然体で演じるよう指導されたという。『メカゴジラの逆襲』などに出演した伊吹徹も、本多の作品では宇宙人でも背景がしっかり描かれ、宇宙人役の俳優にもリアルな人間像を要求していたと証言している。また、伊吹によれば、本多は映画的な表現と舞台的な表現を使い分けていたという。本多はドキュメンタリー映画を愛好しており、厳密にはドキュメンタリーではないとしつつ映画『アラン』から影響を受けていると述べている。
中野によれば、本多は「映画は自然を背景にできる唯一の芸術」だという持論を持っており、自然を意識しすぎずあくまで人間の後ろにすることを重視していた。また、「ロングショットが映画の魅力を決める」とも述べており、ロングで撮って面白くないものは寄ってもだめだと語っていたという。屋内の描写においては、「床があって初めて部屋になる」としており、不自然なアオリの画よりも床を映すことを心がけていた。
『ゴジラ』『ガス人間第一号』『メカゴジラの逆襲』など、特撮映画においても恋愛要素を描いているのが特徴である。本多自身は恋愛描写が苦手だと述べており、過剰に膨らませずリアルなタッチにしていたことが逆に良かったのではないかと語っている。大林によれば晩年の本多が撮りたがっていた映画は、若い男女の恋愛を描いた映画であったという。
喜劇的な作品についても、意図的に喜劇にしようとはせず、まじめに一生懸命やっていることが滑稽に見えるよう描いていた。
照明技師の高島利雄によれば、本多は地方ロケを好んでおり、旅先での食事について語っていたという。『ゴジラ』以来多くの作品で助監督を務めた梶田興治や『メカゴジラの逆襲』で助監督を務めた浅田英一は、本多は山中のロケで率先して登っていくなどアクティブな面もあったと証言している。