第二世代以降は、ポケモンに道具を一つだけ持たせることができる。これは一般的なRPGにおける装備と同じもので、あるタイプの技の威力を高めたり、ある特性のと同じ効果を付加したりする事ができる。また、きのみを持たせることでバトル中に特定のタイミングでポケモンがそのきのみを食べ、自動的にHP回復や能力上昇などができるようになる。さらに、保有する特性や技との兼ね合いで、自ら「やけど」や「もうどく」などの状態異常にするためのアイテムを装備する事で、攻撃力や素早さなどを高める場合もある。
ポケモンの特性.
特性によって、次のような効果が発生する（一例）。
通信システム.
通信対戦.
手持ちのポケモンを他のプレイヤーと戦わせることができる。基本的なゲームシステムは本編と同じだが、道具の直接的な使用はできない。ただ、攻撃力や防御力を高めたり、状態異常に陥った際に自動的に回復させたりするための道具をバトル開始前に持たせることは可能で、消費などで失われてもバトル終了時に全て元に戻る。
『金・銀』以降では勝敗数が記録されるが、ここでの勝敗はストーリーに影響が無い（「トレーナーファンクラブ」の人気具合には影響する）。敗北によるペナルティも無い。
統一されたルールの元、全国でチャンピオンを決定する大会も開催される。また、個人的なオフ会においても人気のある通信プレイである。
通信交換.
手持ちのポケモンを交換することができる。一部のソフト・ポケモンを除き、無条件で交換は可能である。ポケモン図鑑を完成させるためには必須な要素でもある。
仲間にしたポケモンにはそのプレイヤーと同じ「IDナンバー」が付けられ、他人からもらったポケモンと区別される。IDナンバーが異なる、つまり他のプレイヤーが捕まえたポケモンを送り込むとそのポケモンは経験値を多く貰えるが、ゲームをあまり進めていない状態（全ての「ジムバッジ」を獲得していない状態）では、レベル次第ではプレイヤーの指示を聞いてくれないことがあり、その場合は全ての技が「うまく決まらなかった」扱いになってしまう。ゲームを進めて「ポケモンジム」をクリアし、ジムバッジを手に入れると高レベルのポケモンも扱えるようになる。これらはゲーム内のNPCと交換したポケモンや配達員から直接受け取ったポケモンの場合も同様である。
タイムカプセル.