また、専横著しい蘇我氏を排除したとされる大化の改新についても、近年事実関係が異なるのではないかという説が提唱されており、馬子の子と孫である蘇我蝦夷・蘇我入鹿親子は後に実現する律令体制への移行を推し進め、外交面では朝鮮半島への派兵計画に反対していたが、天皇即位を目論んでいた軽皇子は乙巳の変で入鹿を殺害し、蝦夷を自殺に追い込み、直後に孝徳天皇として即位した。その後、百済支援を名目とした朝鮮半島への武力介入を強行したものの白村江の戦いに大敗し、唐、新羅との対立が深まる結果となった（乙巳の変#反動クーデター説）。その後、天智天皇として即位した中大兄皇子により唐との外交関係の修復や太宰府の強化による国防計画、近江大津宮への遷都が試みられたものの国内の不満は収まらず、その死後に壬申の乱を招く結果となっている。
奈良県明日香村において、蘇我入鹿邸跡とみられる遺構が発掘されているが、日本書紀に記されているように入鹿が「上の宮門（みかど）」「谷の宮門」と呼称してあたかも天皇のごとく振る舞った根拠とされる遺跡からは武器庫や武器が発見されており、さながら軍事要塞の体を成していたことが確認されている。
このことから入鹿が唐の侵略を警戒し、外交による解決を図るとともに有事の際に皇室を護る備えをしていたのではないかとする、日本書紀の記述とは大きな隔たりがある仮説が立てられている。また、改新の詔の内容については藤原京から出土した木簡により文書が奈良時代に書き換えられたものと決着した。このように遺跡発掘による科学調査が進むにつれて、日本書紀の記述に疑いが生じ、蘇我氏専横についても信憑性に疑いが生じている。
伝説.
伝説によれば、蘇我馬子が相生に来て死んでしまい、その従者の将監光庵はその地名により小河を姓名とし、馬子の為に菩提を弔い、剃髪して庵を結び、光庵禅師を名乗り、子孫代々光庵を名乗ったという。
系譜.
父は蘇我稲目。 姉妹に蘇我堅塩媛（欽明天皇妃、記・紀）、蘇我小姉君（欽明天皇妃、紀。『古事記』では「小兄比売」は堅塩媛のおばとされる）。