ここで説明されているのは、自由席特急券で乗車した乗客が、着席されていない指定席に対して車内で車掌に差額を支払い、指定席特急券を発券してもらうようなケースである（列車の発車前のマルスシステムでは排他制御が働くため、別の乗客に区間の重複する指定券を発券することは通常はない）。たとえば東海道新幹線に東京からの指定券を用意して品川から乗車するような未乗車区間が短い例ではこのようなケースは現実にはまず起こり得ない（条文を見てもわかるとおり、着席しなければ必ず別の乗客に発券するという趣旨ではなく、乗務員の判断に委ねられる）。
乗り遅れた場合には払い戻しはできないが、同区間を運行するその日の後続列車に自由席がある場合には自由席に乗車することが可能である（後続の列車が全車指定席の場合はこの特例での乗車はできないが、全車指定席の列車でも後続列車への乗車を認めている場合があり、この場合立席や空席の利用が可能である）。なお、接続する列車の運休・遅延により乗り継げなかった場合は後続列車への振替を請求できる。
また、近年では近距離での利用促進を図るため自由席を中心に新幹線を含めた一部の列車では定期乗車券での利用が認められており、一部の特急列車では定期券にこれを追加する事で乗車可能としている。
しかし、もともとは長距離利用を前提としていたため、寝台特急などでは定期乗車券での利用を認めておらず、特急券等のほか普通乗車券も必要である。
発売期間.
シーズン別の指定席特急料金.
過去の規定.
座席未指定券.
JR東日本の一部の全車指定席の列車とJR東日本からJR東海および会社線へ直通する一部の全車指定制列車において、乗車日と乗車区間のみを指定したもの。旅客営業規則では「未指定特急券」、券面上では「特急券（座席未指定）」と称する。乗車する列車・座席は別途指定することができ（購入時の指定も可能）、指定しないままでも普通車内の空席を利用できる。座席指定の有無によらず料金は同一である。
立席特急券.
「はやぶさ」・「こまち」など一部の全車座席指定制列車では、自由席特急券もしくは特定特急券に相当する額で座席指定を受けない条件で利用することができる立席特急券（りっせきとっきゅうけん）を発行する場合がある。