そこには朱子学的な自然法の影響も考えられるが、当時にあってそれは必ずしも絶対のものではなく、むしろ相対視され、全体としては分裂していたと見なすことができる。換言すれば、朱子学的な文脈での合理主義は、そのまま近代的な合理主義へは結びつかなかった。朱子学における天円地方説は、ヨーロッパからもたらされた地球球体説や地動説とは相容れなかったし、思弁的な李朱医学の立場は近代における解剖学的な説明とは次元の異なるものであった。
共通するのはただ、自然の観察において神秘的な存在、超越的な存在を認めないという、ただ一点であった。言い換えれば、日本においては自然科学的思考は、同時代のヨーロッパのようにキリスト教神学との格闘を通じて確立していくという手続きを経ないで得られたということができる。この時代、急速な進展をみたのは、日常生活の上で効用の大きい数学・暦法・農学・本草学（博物学）・医学だったのである。
医学.
医学の分野では、陰陽五行説や天人一体説で説明する思弁的な朱子学流の医学に対し、中国漢代の医方をもとに薬石と実践を主とする古医方がさかんとなった。
艮山に学んだ吉益東洞はのちに、医学においては何よりも「親試実験」が重要であると説き、近代科学としての道をふみだし、同じく山脇東洋は『蔵志』を著して人体の解剖学的観察に道をひらいた。かれら古医方の医師は、ヨーロッパの医学からは独立して日本医学の新時代を切り拓いた。
本草学.
山鹿素行や山崎闇斎などにみられる日本主義は、従来中国が発信してきた国づくりの思想の日本化だけではなく、中国発信の産業や物産の日本化へとつながった。これが享保期の国産物調へとつながり、中国の本草学のデータに頼らない国内生産のしくみの特徴検出やその増進の組み立てに向かうこととなったのである。
農学.
知識や教養・娯楽のためではなく、農民の生業のための書物が出版された点で出版史における一大画期であったが、従来は父祖から子や孫へと実体験をもとに口頭で伝えられてきた農業知識や農業技術を書物というメディアを通じて習得することができるようになった点は農業史のなかにおいても画期的なことといえる。
数学.