義教殺害後、管領・細川持之は直ちに朝廷に参内して、変事を奏上した。だが、諸大名達は邸へ逃げ帰ると、門を閉じて引きこもってしまった。彼らは赤松氏がこれほどの一大事を引き起こした以上は、必ず同心する大名がいたに違いないと考え、形勢を見極めていた。貞成親王もまた、「諸大名」が関与していたのではないかと観測している。実際には、義教殺害は赤松氏による単独犯行であった。満祐ら赤松一族はすぐに幕府軍の討手が来ると予想して、屋敷で自害するつもりでいた。ところが、夜になっても幕府軍が押し寄せる様子はなかったため、領国に帰って抵抗することに決め、邸に火を放つと、将軍の首を槍先に掲げ、隊列を組んで京を退去した。これを妨害する大名は誰もいなかった。
本拠地の播磨坂本城に帰った満祐は、足利直冬（足利尊氏の庶子、直義の養子）の孫の義尊を探し出して擁立し、大義名分を立てて領国の守りを固め、幕府に対抗しようとした。
持之は播磨への討伐軍派遣を計画したが、強権的な将軍が死去したことで諸大名らが混乱しており、討伐軍は容易に編成されなかった。そのため、等持院で行われた義教の葬儀は、持之のみが出席する体たらくであったという（『建内記』）。しかも、満祐から持之に挑戦状まで送られた。
将軍が殺された時に管領でありながら戦いもせず、真っ先に逃げ出そうとした持之の臆病ぶりは嘲笑され、持之が満祐と結託しているという噂まで流れたが、実際こうした幕府の対応の遅さに、赤松氏に有利になるよう事態を収拾しようとした持之の明確な意図を読み取る見方もある。
赤松氏討伐.
その後、細川持常、赤松貞村、赤松満政の大手軍が摂津から、山名持豊ら山名一族が但馬、伯耆から播磨、備前、美作へ侵攻する討伐軍が決定した。
戦後.
足利将軍家.
義教の死後における幕府の混乱は、義教の将軍親政策の結果という見方もできる。強力な指導力を持つ将軍がいたため、管領以下の幕臣が緊急時に指導力を発揮する機会が無かったということである。実際、赤松満祐を幕政から退ければ、将軍親政はほぼ確立したはずであった。
守護大名の復権.