戦闘終了後は、減少したHPやステータス異常など戦闘中に受けた全ての損傷が完全回復し、次の戦闘へは一切持ち越されない。また、戦闘中に「逃げる」コマンドを選択すればその場で確実に逃げることができるが、ボス戦や一部の戦闘では「逃げる」コマンド自体が選択不可能となる。戦闘で危機に陥っても態勢を立て直すことが容易だが、その代わり個々の戦闘がやや難しく設定されている。
戦闘中、味方パーティー全員が気絶・戦闘離脱・石化のいずれかになった場合は全滅して基本的にゲームオーバーとなるが、この際バッドエンディングが流れる場合がある。この内容は、それぞれの編やストーリー進行のタイミングによって異なっている。
技.
戦闘中の行動については消耗品アイテムの使用以外は基本的にノーコストであり、マジックポイントのような概念はないため、キャラクターの固有技は使い放題となっている。しかし、強力な技はチャージ（溜め）に時間が掛かり、技の待機中は一切動けないままターン経過を待つ必要があるなどの制約が存在するものもある。
技には属性、射程範囲、効果範囲、溜め時間の有無などが設定されている。範囲は狭いがダメージが高い技、広範囲にまとめて攻撃可能な技、ステータス異常を与える技、攻撃命中時に使用者もしくは敵のステータスや位置、向きを変化させる技などが存在する。また、一部の技は「反撃技」に設定されており、その技の射程範囲内で特定の攻撃を受けると、直後にカウンター・アタックとして自動で発動する（通常の攻撃方法としては使えない技もある）。
戦闘中の技には色分けがされており、通常の技は黒い文字だが、味方のHPを直接回復させる技は青、自ら発動できない反撃専用技は灰色の文字で表示されている。また、アイテムにも黒文字の攻撃アイテムと青文字の回復アイテム、戦闘中に使用できない灰色のアイテムがある。ほとんどのアイテムは一度効果を発動するとなくなってしまう消耗品であることが多いが、中には何回でも使用できるものもある。
一部の技には以下のような効果が付随する。