シベリア出兵の際、鳥居は「シベリア出兵の目的如何ということはともかく、余はこれによっても日本の勢力がここまで及んで来て居るということを感じて、シベリア出兵があながち無意味ではないことを考えたのである。これを利用するの如何ということは、日本人の任務であって」とのべている。また、「日鮮同祖論」をとなえ、「日鮮人の場合は、同一民族であるから、互いに合併統一せらるるのは正しきこと」とのべた。
ただし、鳥居は日本の植民地政策に積極的に加担したわけではなく、もっぱら調査をもとめたその結果が日本の拡大政策と一致したという評価である。その一端は「私たちが蒙古に来たのは軍国主義の使命を果たすためでなくて、蒙古人に親しみ文化的に彼らを教育すると共に、私の専門とする人類学・考古学をこれから研究せんがためであった」などの表現にあらわれている。
このアンビバレントな状態を「植民地統治に無縁でもなく、かといってそのイデオローグでもなかった微妙なグレーゾーン上に鳥居は立っていた」と評するむきもある。
鳥居は日本における人類学の草分け的存在で、。鳥居の研究テーマの根幹にあったのは「日本人のルーツ」であり、その研究は人類学のみならず、民族学や考古学にまで広がり、対象も非常に広範であった。そのため、鳥居は後に「総合人類学者」とも呼ばれている。
東アジアの各地で観察学的にはこれほど綿密な調査がほかになかったため、鳥居の研究報告と写真は現在でも第一級の資料となっている。一方、ミャオ族の調査報告書以降は民族誌的表現から紀行文的な表現へとおおきく舵を切ったことと、短時間でおおくの場所をまわるというその手法のために、風俗習慣の奥にある価値観をさぐるという行為にいたっておらず、「深みがない」との評価もうけたが、鳥居は、欧米の学者は、まず旅行記を書き、後で論文、これをよい方法と思い、だからまねた、と述べている。