しかし、九州の武家は親平家方であったため、源頼朝は「戦後処理」として、九州の在地武家を抑えこむため、新しく東国御家人の少弐氏や島津氏、大友氏を守護として九州に送り、これらの「下り衆」が勢力を強め、菊池氏や松浦氏、秋月氏などの在地の武家を抑え、その後の九州の武家の中枢となる。
後醍醐天皇は吉野（奈良県）に逃れて南朝を開き、宮方の武将に自身の皇子を奉じさせて各地で南朝勢力の集結を呼びかけ、九州には懐良親王が宇都宮貞泰に守られて派遣され、菊池氏に奉じられる。懐良親王は明から倭寇鎮圧の要請のために派遣された使者を迎え、「日本国王」として冊封されて明の権威を背景に勢力を広める。また、足利家では観応の擾乱と呼ばれる内紛が発生し、尊氏の側室の子である足利直冬が九州で尊氏と敵対して戦う。
主要な戦国大名
近世.
近世には豊臣秀吉の九州征伐を経て豊臣政権下に組み込まれ、北九州は秀吉による朝鮮出兵である文禄・慶長の役の拠点であった。
江戸時代には幕藩体制の確立に伴い薩摩藩、佐賀藩、福岡藩、熊本藩、対馬藩をはじめとする諸藩が成立する。江戸時代の鎖国体制下では平戸・出島などが対外交易の入り口となり、長崎奉行所がおかれた。
江戸前期には島原の乱が発生する。
幕末には薩摩藩などが明治維新を主導する雄藩となった。
年表.
「九国」、九州および「九州地方」の地名に関連した年表。
経済.
第一次産業.
第一次産業では、農業、漁業、林業 がバランスよく九州各県に広く分布しており、出荷額も多い。温暖な気候を利用して筑紫平野では米、オオムギ、小麦の二毛作が展開される。宮崎平野ではビニールハウスを利用した野菜の促成栽培が行われている。加えて熱帯・亜熱帯地域が原産のサツマイモ、マンゴー、ブンタン、バナナなどの生産も行われている。鹿児島県や宮崎県南西部には稲作には不向きなシラス台地が広がり、畜産が盛んである。
第二次産業.
第三次産業.
九州の産業生産額に占める第三次産業の割合が高く、九州全域を市場として発展している。
情報通信業では、、その多くが福岡市内に集積している。
交易.
位置的に朝鮮半島や中国、東南アジアなどに近く、特にアジアとの貿易や輸送が盛んである。
人口.
※順位・人口・割合のデータは現在。
主要都市.
交通.
鉄道・軌道（ケーブルカーを除く）.
航空.