その子どもが典型的な性役割と異なる行動（例えば、男の子が女の子向けのドレスを着たいと言ったり、女の子になりたいと主張するなど）を一度か二度見せたとしても、ただちにその子の性同一性を断定することはできない。ある程度の一貫性があり、固執して、数か月、または数年にわたってそうした行動をとる場合、その子の性同一性は出生時に割り当てられた性別とは一致していない可能性がある。子どもの性同一性に関する言動は千差万別なので、不安なときは（トランスジェンダー・ヘルスケア）に精通した専門家やに相談するのが望ましい。ただし、だからといって思春期前の幼い子どもが性別移行の医療処置を受けさせられることはない。
決定要因.
性同一性がどのように決定されるかについて単一の説明はできない。遺伝的影響や出生前ホルモンレベルなどの生物学的要因、思春期や成人期以降の経験など、各種の要因が複合的に寄与していると科学的に考えられている。では、性同一性には生物学的な基盤を示す科学的根拠があり、施策にはこれを考慮すべきであるという見解をだしている。
性同一性の原因に関する研究は各所で行われているが、これらの理論は、トランスジェンダーの人々をシスジェンダーにするための「治療」へと接続する誤った方向の要求を増大させるだけではないかという指摘もある。なお、性同一性を強制的に変えようとする行為は「転向療法（コンバージョン・セラピー）」と呼ばれており、米国小児科学会やアメリカ医師会などは転向療法の危険性を指摘し、反対の立場を示している。転向療法はや性別移行とは全く異なるものである。
医学的な扱い.
性同一性が出生時に割り当てられた性別と一致しないことによって心理的苦痛（性別違和）を感じている場合は、アメリカ精神医学会の『精神障害の診断と統計マニュアル（DSM）』では精神障害と診断されることがあり、これはもっぱら医療的な（トランスジェンダー・ヘルスケア）を受けるために必要となるからである。出生時に割り当てられた性別と一致しない性同一性を持つこと自体が精神障害というわけではない。
差別.
法的対応.