それに伴い、同年をもって近畿地区としての全国大会出場枠は発展的な解消をむかえて消滅した。全国の大学野球の歴史を振り返っても、地域を統合する地区連盟からの順次分離独立が通常の流れとなっているが、少なくともこのような統一での再編成は全日本大学野球連盟発足後では唯一の動きである。実質的には関西地区として一リーグ化でもあったが、全組織の解体再編成ではなく、それぞれの連盟組織を維持したままで、入れ替え戦で結合された緩い連合体であったことも極めて特徴的であったわけであるが、この連合形態が後の入れ替え戦廃止と再編成を行なう際に、複雑な思惑の交差として影響を落することになる（後述参照）。
連合時代.
実力本位の関西大学野球連合では伝統校というだけの看板は意味をなさず、連合結成直後に神戸大学が、次に京都大学が下部連盟へ転落した。さらに伝統校の一角である関西学院大学や立命館大学もたびたび下部へ転落し、東京六大学野球の早慶戦に匹敵する人気と伝統を持つ関関戦や同立戦が実施できないという状況がしばしば発生していた。
また連合設立以後は、前述したようにそれまであった近畿地区としての全日本大学野球選手権大会の出場枠は消滅したわけであるが、上部関六への昇格の困難さもあって不満を募らせる加盟校も出てきた。
こうした状況が年数を経るに連れて大きくなっていき、運営上の大きな問題となっていく。
入れ替え戦の中止（連合の解体）.
しかし事態は紛糾し、歩み寄りが全く見られない状況に業を煮やした関西大学と関西学院大学、近畿大学は関六からの離脱を宣言し新連盟の設立を呼びかけた。またこの段階において当時の連盟理事長は現関六の維持を断念し連盟解散を宣言した。この解散宣言により、当初は脱退という強硬論に難色を示していた同志社大学が後に新連盟に呼応し参加を表明。更にその後、その時点では下部の京滋連盟に降格が決定していたため静観していた立命館大学と、同じく当時は京滋連盟所属の京都大学が招聘に応じて参加することとなり、ここに正式に新連盟（この時点では新関六）の発足が決定された。
以上の様な経緯から、新連盟側は伝統ある関西六大学野球連盟の名称の使用は断念し、やむを得ず関西学生野球連盟（戦前に存在した旧関西学生とは無関係）を名乗り「名を捨て実を取る」こととなった。