本尊は本堂に安置されている宝冠阿弥陀如来像。他に、元三大師（がんざんだいし）像を秘仏として祀る。元三大師は、鬼などに姿を変えて衆生を疫病から救う「鬼大師」とも呼ばれるため、深大寺の節分会豆まき式では「福は内」を発声するものの「鬼は外」を言わない。
水と深大寺.
門前町の側溝には多量の水が流れ、また周囲には神代植物公園の分園・水生植物園やわさび田を擁する都立農業高校神代農場など、谷戸地形と潤沢な水を利用した施設が広がっている。
崖線から湧き出す豊富な水は古くから田畑を潤し、人びとの素朴な信仰を集めてきた。深大寺によれば、水源地であるがゆえに霊場でもあったこの地が仏教の伝来以降あらためて注目され、“水神「深沙大王」”ゆかりの深大寺建立に至ったのではないかという。
「深大寺そば」が付近の名物として発達したのも水の恵みと無関係ではない。蕎麦の栽培、そば打ち、釜茹で、晒しに湧水が利用されただけでなく、水車を利用してのそばの製粉も行われてきた。
太閤
太閤（たいこう）は、摂政または関白の職を退いて後、子が摂関の職に就いた者、摂関辞職後に内覧の宣旨を受けたものを指す称号。敬称は摂政・関白と同じく「殿下」であり、呼びかけの場合は「太閤殿下」となる。本来は太閤下（たいこうか）と呼ばれていたが、やがて略されるようになった。大殿（おおとの）とも呼ばれる。
また出家した太閤のことを禅定太閤（ぜんじょう たいこう）、略して禅閤（ぜんこう）という。
沿革.
古くは摂関・太政大臣現職者を指す尊称であった。『西宮記』や『左経記』には在職中の摂関が太閤を称した記述があり、「関白太閤」と称されていた。
豊太閤と江戸時代の太閤.
豊臣秀吉が養嗣子の秀次に関白を譲った後も慣例より太閤と呼ばれたが、秀吉の死後も太閤といえば秀吉を指すことが多く、太閤検地のような語を構成することもある。このことから「大師は弘法に奪われ、太閤は秀吉に奪わる」という格言までできるほどだった。特に秀吉を指すことを強調する場合は豊太閤（ほうたいこう）と呼ばれる。
今太閤.