このように軍内部の意識改革から進めていったシャルンホルストであったが、肝心の軍制改革はなかなか実行に移されなかった。改革を妨げる大きな原因は、七年戦争以来の功臣たちの存在だった。フリードリヒ大王の下でプロイセン軍の栄光を担った古参将校たちは、すでに確立された従来のやり方を変更することを望まなかったのである。
プロイセンの敗北と再建.
当時のプロイセン軍は傭兵主体の軍隊であった。将校は貴族出身者で占められ、平民出身将校には出世の見込みがなかった。これはフランスを除く他国の軍隊でも同様であり、シャルンホルストがプロイセンに出仕する際に貴族の地位にこだわったのはこのためである（それでも、彼は成り上がりものとして、同僚から白眼視されていた）。シャルンホルストの改革の要点はこうした旧弊を打破することにあった。
解放戦争.
評価.
近代参謀本部制度の生みの親として、シャルンホルストの業績は高く評価されている。それ以外の経歴を見ても、総じて優れた軍人という評価は揺るがない。ハノーファー軍時代には、野戦指揮官として有能であることを証明し、雑誌、書籍の出版で軍事理論家としての名声を確立した。プロイセンに仕官してからは、さらに活躍の場を広げ、教育者としてクラウゼヴィッツ、グロルマンら優れた弟子を育成し、組織改革者としてプロイセン軍の抜本的な改革に成功した。参謀総長として戦争を指導した時期は短かったが、諸国民解放戦争では大胆な作戦を立案し、後任の参謀総長アウグスト・フォン・グナイゼナウはその基本構想を引き継いだ。