これまで多くの昆虫マンガを手がけた藤見がパニックホラーを手がけるのは今作が初となる。巨大化した昆虫が登場するにあたって、藤見自身が「昆虫が巨大化した場合はどのような形状になるのか」を考察し、デザインを行っている。
あらすじ.
私立鳳翔高等学園の生徒たちを乗せた旅客機が謎の事故によって墜落し、織部睦美たちはとある島へと流れ着く。生存者と合流して救助を待つことにするも、その島は巨大な昆虫に支配された島だった。
一方、睦美の親友である成瀬千歳は、他に生存していた生徒達と共に島内を彷徨っていた。神野美鈴を始め、好き勝手に振る舞う仲間達に手を焼く千歳もまた、親友である睦美の身を案じていた。しかし、仲間の一人がミヤマカラスアゲハに遭遇してしまったことで、状況が一変してしまう。次々と仲間達が襲われるが為す術もなく、一人、また一人と犠牲が出てしまうものの、そこへ睦美たちが現れ、睦美の機転で一行は窮地を脱する。
再会の喜びもつかの間、今度はジガバチが千歳を攫って行ってしまう。千歳を助けたい睦美は、グループの面々を何とか説得してジガバチの巣と化していた民家へ向かう。そこでは、ジガバチの幼虫が人間たちを生きたまま捕食していた。睦美はその光景を見て、島は廃島ではなく住民が住んでいたと確信する。しかし、肝心の千歳は見つからない。しかし、メンバーの一人である上條アツシの親友・アキラが他のジガバチに連れてこられたことで、アツシと睦美は別の巣へ突入することになる。再び睦美の機転と他のメンバーの助力もあり、千歳とアキラの救出に成功する一行。しかし、逃げ出した先はマダニの巣だった。
千歳たちを救うべく、一行はマダニの巣を横切ることに。途中で顔面をマダニで覆われた教師と遭遇し、メンバーの三浦真美がパニックに陥ったことでマダニに襲われかけてしまうものの、辛くも脱出することに成功する。海でマダニが付着していないか調べる睦美たち。そんな中、真美は美鈴への恐怖からキャプテンに、美鈴は野心からアツシにそれぞれ迫り、人知れず関係を持つのだった。
『巨蟲列島』の登場人物.
猟友会.
『大巨蟲列島』の登場人物.
辰野神島の人々.
辰野神島の住民達。住民は岐阜弁（東美濃弁）で話している。
舞台.
東ノ小島.
当初は不明だったが作中で東ノ小島（あずまのこじま）と判明。
辰野神島.
辰野大島.