中国や日本では仏教の発展に伴い律令法の中に僧尼の統制（仏教そのものの統制ではない）を定めた法令（僧尼令）が導入された。だが、中国では、仏教の出家が「家」の秩序を破壊するなど、儒教論理に合わないとされ迫害されたのに対し、日本では鎮護国家の発想の下、僧尼令や僧綱・度牒制度が導入されて官僚組織の一員とまで化したのは興味深いことだと言える（僧正・僧都などは律令制で定められた僧官）。もっともこうした統制について国家が建立した官寺とそれ以外の貴族や民衆によって建てられた民間寺院（私寺）とでは温度差があったともされ、後者に対する統制がどこまで行われていたかについては意見が分かれている。
こうした南都六宗と呼ばれた、三論宗、成実宗、法相宗、倶舎宗、律宗、華厳宗などが大勢を極めた。また、聖武天皇は位を孝謙天皇に譲り、出家した。聖武は妻の光明皇后の影響から信仰に厚く、国分寺、国分尼寺の建造を命じ、大和の国分寺である東大寺に大仏を建造した。出家した聖武上皇は「三宝の奴」とまで称した。仏教が定着するにつれて、実は日本の神々も仏が化身として現れた権現であるという考えである本地垂迹説が起こり、様々の神の本地（仏）が定められ、神像が僧侶の形で制作されることがあった。しかし、仏法が盛んになってくると、今度は戒律などを無視する僧などが増えたりしたため、聖武天皇の時代に鑑真が招かれた。鑑真は東大寺に戒壇を設け、僧侶に戒を授けた。聖武天皇も鑑真から戒を授かった。鑑真は唐招提寺を建立し、そこに住んだ。
平安時代.
その後これら寺院群は政治に口を出すようになった。桓武天皇は、彼らの影響力を弱めるために平安京に遷都し、空海及び最澄を遣唐使とともに中国に送り出し、密教を学ばせた。新しい仏教をもって、奈良の旧仏教に対抗させようとしたのである。最澄（天台宗）、空海（真言宗）には、それぞれ比叡山と高野山を与えて寺を開かせ、密教を広めさせた。