ホーム内の発車案内板は、新大阪駅がJR東海仕様の反転フラップ式案内表示機、ダイジェストモードの一部・三原駅・新岩国駅が国鉄仕様の反転フラップ式、それ以外の駅はJR西日本仕様のLED式となっている。
駅到着時の車内放送には、列車によって各駅で接続する路線の乗り換え案内が盛り込まれている（ただし発車番線は入っているが発車時刻は省略されている）。車掌アナウンスには『電車でGO!旅情編』に引き続き立川真司を起用。
今作はATCがメインとなっており、速度変更でいきなりゲームオーバーにならないために「ナビゲーションシステム」を改良し、ATCの速度制限も表示できるようになり、よりクリアしやすくなっている。また実際の新幹線の運転ではATCで減速するが、この動作を再現した（減速時のATCブレーキ作動で運転評価に影響を及ぼさない）「リアルモード」に切り替えることもできる。
ATC信号の速度が実際の速度を超えた場合や、ATC信号が変わったときに実際の速度を超えている場合は、ATCブレーキが作動する。同時に、マスコンとブレーキの表示にAutoという表示が出される。
以下は、ATC信号が変わったときに実際の速度を超えているときの状況を表している。
その他、駅や停車関連のサウンドでは以下のようなサウンドが流される。
一部を除く「ひかり」停車駅では、停車時に「〇番線ご注意下さい、列車入っております」、発車時に「〇番線ご注意下さい、列車が発車しまーす」という駅員の注意喚起アナウンスが流れるほか、新神戸駅では列車が入線時に「〇番線ご注意下さい、安全柵が開きまーす」という駅員の注意喚起アナウンスも流れる（Wii版では停車時に「〇番のりばご注意下さい、列車入っております」、発車時に「〇番のりばご注意下さい、列車が発車しまーす」という駅員の注意喚起アナウンスが流れるほか、新神戸駅では列車が入線時に「〇番のりばご注意下さい、安全柵が開きまーす」という駅員の注意喚起アナウンスも流れるようになる）。
問題点.
Win版ではセーブが不可能になるというトラブルが発生し、ホームページより無料の修正ソフトをダウンロードすることで対処した。