プリンターメーカーは、プリントヘッド機構やインク組成などを特許出願して互換インクカートリッジの排除を行っており、一部でプリンターメーカーとサードパーティーとの間で訴訟にまで発展したケースもある。また、消費者に対しても互換インクの使用がヘッドなどの故障の原因になるとして、使用しないよう呼びかけている。純正インクでプリントした場合と比較して互換インクの方が耐久性に劣るとする報告もある。
一方、互換カートリッジを販売するサードパーティーは、純正品に比べて低価格であることと、正規メーカーのカートリッジにインクを再充填することによるリサイクル（低環境負荷）を消費者に訴えている。ただ、最近はプリンターメーカーが使用済みのインクカートリッジを回収して再資源化したり、使用済みカートリッジに純正インクを再充填して低環境負荷の製品を販売する試みも行われており、リサイクルカートリッジがエコであるとは一概には言えない。
近年は、インクカートリッジにインク残量を管理するICチップを搭載するなどして、再充填された非純正カートリッジを動作させない対策を取るプリンターメーカーが多い。これに対し、サードパーティーはICチップのカウンターをリセットする機器や、カートリッジに穴を空けインクを足すキットを付けて販売するといった手段を用いて対抗するなどの鼬ごっこが続いている状況である。
なお完全オリジナルカートリッジの場合、取り出し用の取っ手の有無、ICチップの違いなど、外観が純正品とは異なるというケースがしばしばあるが、これは純正プリンターメーカーがカートリッジの構造を特許出願申請しているため、全く同じもの（コピー品）にしてしまうと、そのメーカーの知的財産権侵害を犯す可能性があるため、基本的には作ることができないとされている。そのため「〇〇（純正品メーカー）とは関係なく製造したものです」との但し書きをしている。
詰め替え用インク.
互換インクカートリッジがすでにカートリッジにインクを充填した状態で販売されるのに対し、詰め替え用インクはインクのみがボトル等で販売されており、使用済みインクカートリッジにユーザー自身がインクを再注入（詰め替え）して使用する。