一方、自民党との連立政権に参加している公明党と、その支持母体である創価学会系の反戦運動は調査対象にされていなかったことから、調査対象とされた団体・個人から「戦前の憲兵政治の再来だ」、「一般市民の活動を監視している」と批判される結果となった。調査の対象には消費税や年金の問題、あるいは春闘関連の集会、団体には地方議会までも含まれている、「自衛隊、防衛問題とは無関係でないか」とその正当性を問う批判も出ている。
日本共産党は「表現の自由、プライバシー侵害行為で、違憲である」と中止を求めている。
日本共産党は自衛隊関係者から内部資料を入手したと発表しており、保守派や自衛隊の中では（殊に、情報保全隊自身は）外部から情報を盗み出されたことが「防諜が甘かった」、との観点から一番の問題とする向きもある。
日本共産党は、情報保全隊の関係者が日本の防衛産業及び警備会社に『天下り』を行っていると主張している。
社民党による批判.
防衛省による反論.
関連訴訟.
一般市民一名は上告せず、国側も上告を断念したため、原告勝訴。
平成武装正義団
ストーリー.
悪の限りを尽くす不良集団「邪の目七人番長」と、かつて彼らにイジメを受け復讐を誓った主人公「神風 零」との戦いを描く。
時は世紀末。東京は「私立明鏡高等学校」に、ある日“神風 零”と名のる転校生がやってきた。彼は白ランの下に赤いプロテクターを着込み、さらにグローブ、鉄キンレガースで武装するという異様ないでたちで、「自己防衛のためには暴力も厭わない」という考え方の持ち主だった。
実は零は中学時代、明鏡高校のあるこの街で「邪の目」から凄惨なイジメを受けていた。そして一度は東京から逃げ出したのだが、復讐を誓いかつて暮らした場所に舞い戻ってきたのである。彼の武装は、「邪の目」との闘いへの備えに他ならなかった。
悪漢を撃退した零は、周囲からも一目置かれる存在となった。だがそれは同時に「邪の目」のメンバーである“ジャッカル”、“キカイ田”、“サドラー”らによる明鏡高校殴り込みをも招いてしまう。級友の“神崎スミレ”、“右手番長”の協力（?）のもと、からくも彼らの撃退に成功した零だったが、戦闘によって自身の攻撃の要である脚を負傷し、入院することとなる。