原作の最終回は、父・一徹との最後の勝負に勝ち完全試合を達成してから後日、飛雄馬以外の主要な登場人物がみな出席している左門と京子の結婚式を、飛雄馬が一人、教会の窓の外から見届け、何処ともなく去って行く〜そのバックに十字架がかぶるという暗めのラストシーンで終わる。アニメ版のラストは完全試合を終え傷つき倒れた飛雄馬を一徹が背負って、満場の拍手に送られてグランドを去って行くという感動的なシーンに変わっている。最後は太陽に向かって飛雄馬がしっかりとした足取りで歩いて行くイメージシーンで物語は幕を閉じる。
作中終盤の改変.
原作では、伴が中日に移籍する時の交換相手は特に描かれていなかったが、アニメでは投手の黒松圭一というオリジナルの登場人物を設定し、黒松を中心とした「伴の替りにきた投手」という話が作られている。
原作では、飛雄馬が左門に葉書を送るまで大リーグボール三号の秘密を知るのは、新聞記者から真相を知らされた牧場のみだったが、アニメでは花形（記者の役割は花形の召使の一人）に変えてあり、牧場の出番は激減した。さらに、秘密を知った花形が引退を賭けて最後の勝負を挑むオリジナルストーリーが作られた。
最終回の変更.
このアニメ版の最終回では当初、飛雄馬は完全試合を達成し、最後の一球を投げたあとマウンド上で死亡する予定であり、一徹が飛雄馬の墓前で土をかけて泣く、というものだった。そのシナリオも完成し、絵コンテの制作作業も開始されていた。しかし読売テレビ東京支社の営業の最高責任者だった中野達雄はその悲劇的な結末を知って激怒し、「主人公の飛雄馬が死んでもうて、なんで『巨人の星』なんや!?」と猛反対した。プロデューサー以下の制作スタッフがどんなに説得しても、中野は飛雄馬を殺すことを頑として承知しなかった。結局、最終回のシナリオを一から書き直すことになり、飛雄馬は死なないことになった。また、スポンサーの大塚製薬からの強硬な反対もあった。飛雄馬役の古谷徹も、後の取材で最終回が変更されたことを初めて知った。
視聴率.
以下はビデオリサーチ調べ、関東地区。
ゲームソフト.
新・巨人の星.
あらすじ（新）.
前作との設定の違い.