ガンツのミッションを繰り返すうちに玄野はガンツでの戦闘に生き甲斐を感じ始め、加藤は星人を倒すことに躊躇し後手になりながらも参加メンバーの生存を優先する。しかし、そうした2人の行動が結果的に玄野以外全滅という最悪の事態を招く。ただ1人生き延びた玄野は日常で恋人・小島多恵に生き甲斐を見出すようになりガンツからの解放を決意、ミッションでは加藤の意志を反芻しながら参加メンバーを引っ張っていく。次第にメンバー間には協調性が生まれ、情報交換や訓練を経て徐々に生存率も上がっていった。その一方で、ミッションエリアが都市部へと近付くにつれて、星人側にガンツの存在が認知されるようになり、被害はミッションとは無関係な一般市民にも及び、さらにガンツのルールも曖昧になりはじめる。
漠然とした不安を抱えたまま再びマンションに集められると、部屋の明かりは消え、ガンツも故障したかのように様子がおかしくなっていた。転送先では多国籍のチームが混戦を極め、玄野たちも苦戦を強いられるが、半ば強制的にミッションは終了し、ガンツの球には「おわり」の文字が表示される。そして空が赤く染まり「カタストロフィ」が始まる。それは今までの局地的なミッションとは異なり、もはや星人による大規模な侵略戦争だった。一般市民が屠殺や鑑賞用として捕獲されていく中、ガンツメンバーは装備を使って迎え撃つ。玄野は捕らえられた多恵を救う過程で初めて星人と意思疎通を行い、加藤たちガンツメンバーは「真理の部屋」へと転送され、それぞれガンツの真実を知る。
その後、玄野は自爆覚悟の星人から名指しで決闘を挑まれ最後の戦いに向かう。残っていたガンツメンバーの加勢に助けられながら、星人の額に玄野自ら突撃し止めを刺して倒す。しかし残っていた星人が自決し自爆装置を作動させてしまい、転送が間に合わず飛行ユニットで帰還、玄野と加藤は不時着し海を漂流する。浜辺に漂着すると2人は気を失い倒れかけるが玄野は多恵、加藤は歩に抱き支えられる。
登場人物.
キャラクターの一部は、実在の有名人や映画の主人公をモデルにしている。以下主要人物の概要を記述する。
ガンツ.