例えば、「植物はなぜ動かないのか」と問うたとき、「植物には筋肉のような運動器官を持たないから」という機構に基づいた答えは正しいのだが自明すぎてあまり有用な答えとは言えない。このような問いは、たいてい、なぜ植物は（動物とは異なり）そのような進化をしたのか、なぜ動くことがなくとも現在のように繁栄できるのか、という疑問から発せられたものだからである。一方、「ある種のイカが外部からの刺激に反応して体色を素早く変色させるのはなぜか」という問いに対しては、周囲の目を欺くためという機能に基づいた回答もさることながら、色素胞と筋肉、それを制御する神経の仕組みという機構に基づいた説明も、たいへん興味深いものになる。このように、「なぜ」という一言は、着目する観点の違いによって複数に分類されるべきことが納得できる。
生物の目が見える理由の一つとして「目は食べ物を見つけ危険を回避する助けになるため」という答えが一般的だが、そのほかに生物学者は異なる三つのレベルの説明を行うことができる。すなわち「特定の進化の過程で目が形成されたため」「眼がものを見るのに適した機構を持っているため」「個体発生の過程で眼が形成されるため」である。
二つの要因は個体に関係する。別の二つの要因は進化に関係する。
究極要因 (進化要因).
進化要因とも訳される。究極要因は「最も重要」という意味ではない。他の要因も同様に重要である。
　現在の環境において生殖または生存の問題にどう寄与しているか。
　例えば「なぜ生物の目は現在の状態なのだろう」という問いに対する答え方としては「食料を見つけたり、危険を回避したりするためだ」といった感じである(←自信ない。訂正求む)。因果関係的に逆説っぽい点に注意。
　ダーウィンの自然選択による進化の理論は、なぜ動物の振る舞いが通常、おのおのの環境の中で生存と繁殖のために「良くデザインされている（少なくともそのようにみえる）」かの唯一の科学的説明である。例えば鳥は食物と暖を取るために冬には南へ渡る。ほ乳類の母親は子どもを育て、それによって生き残る子の数を増大させる。
　進化の道筋の中で種はどう変化してきたか。