弥生時代.
古墳時代.
遺伝子から見た起源.
北州や山丹は実在の国ではなく、ロシアもまだモスクワ大公国の時代で東北アジアには進出していない。また、当時、地方領主に牛数百頭を輸入するだけの船や財力があったとは考えられず、外国からの大規模な軍勢の到来も確認されていない。それゆえ、『東北太平記』は、蠣崎蔵人の乱を鎮圧した南部氏の功績を宣伝するための創作とする見解がある。
満州国時代には、「朝鮮、内地牛相当ある」とあるように、朝鮮や日本から牛が移入され開拓団で飼育されていた。朝鮮や台湾にも和牛が輸出された例があり、現在の台湾の源興牛は黒毛和種の系統である。それゆえ、中国、台湾、韓国の遺伝子調査では、こうした戦前の和牛輸出も考慮する必要がある。
歴史.
飛鳥・奈良時代.
平安・鎌倉・室町時代.
当時、駿牛としては筑紫壱岐島産の牛の評価が高かったが、元寇の際に蒙古軍が牛を殺して食用にしたため、一時壊滅的な被害を被った。
江戸時代.
江戸時代、主として中国地方では、牛を積極的に近親交配させて作り出した優良な系統は「蔓」と呼ばれた。有名な蔓に「竹の谷蔓」、卜蔵蔓、岩倉蔓、周助蔓等がある。これらに属する蔓の牛（蔓牛）は高い値で取り引きされた。肉食が忌まれ、牛乳利用が広まらなかった日本では、牛は基本的にみな役牛であったので、この時代の優れた牛とは、健康で人の言うことをよく聞いて働く牛である。
一方で、田尻号に代表される但馬牛の系統のみが広まり、和牛から遺伝的多様性が失われつつある現状に対して危惧する意見もあり、竹の谷蔓の復興を目指す動きも近年注目されている。
明治時代.
しかし、一方で、和牛は西洋種に比べて、使役には優れているが乳量や肉量では劣っており、その改良は急務であるとも考えられていた。こうした考えのもとに、明治政府は欧米から優れた性質の牛を輸入し、それを在来の牛と交配させて増やすことで、日本の牛を改良しようとした。その多くは乳肉兼用の品種で、明治になって生まれた新しい需要に対応させるものであった。
大正時代.