これに対して『百錬抄』『皇代暦』など京都で編纂された歴史書の中には、院宣や官宣旨の内容を受けて北条義時討伐の戦いとして承久の乱を描いた書が存在していたが、室町時代に入ると京都でも朝廷の事務方を担う外記のトップであった清原業忠および養子の宣賢が『御成敗式目』の注釈において『吾妻鏡』の解釈に基づいて「後鳥羽上皇の挙兵は「関東」・「武家」の「退治」が目的であった」とする解釈を行なった。
また倒幕説を採用した場合、疑問として残されるのは、「何故、九条三寅（後の頼経）の鎌倉下向を後鳥羽上皇が認めたのか？」という点である。仲恭天皇の母九条立子は三寅の伯母であり、何事もなければ仲恭天皇の治世を祖父である後鳥羽上皇と外戚である九条家がこれを支え、九条家出身の将軍を擁した鎌倉幕府もその影響下に置かれるからである。つまり、後鳥羽上皇と彼を頂点とする「王家」は外戚政策を介して鎌倉幕府の包括に向かって進んでいたと言えるのに倒幕説はこの流れに矛盾することになり、この説明が求められることになる。
一方で、承久の乱が起きた当時は、“鎌倉幕府”というような武家政権を表現する言葉が日本にはまだなく、討伐の対象としては個人名を上げるのが自然である。平安末期の以仁王の令旨においても討伐対象としては平清盛個人の名前が挙げられており、鎌倉末期の後醍醐天皇の綸旨においても北条高時個人の名前が討伐対象として挙げられている。だからといって以仁王や後醍醐天皇が清盛や高時の排除のみを目指し、平氏政権や鎌倉幕府の打倒を目指していなかったとは考えられない。また幼児の三寅や女性の政子は討伐対象としては不適当であり、義時が当時の幕府の最高権力者であることは明らかなため（後醍醐天皇の綸旨にも、実権の全くなかった当時の幕府の将軍守邦親王の名は成人男性であるにもかかわらず挙げられていない）、北条義時の打倒＝倒幕と考えるのが自然だとする反論もある。