生き物の殺生を禁止する仏教において肉食が禁止されていない事は矛盾であるとように思われるが、これは当時の肉食に関する宗教論争と関係する。仏教の起こった当時のインドにおいては仏教だけでなくジャイナ教などの多くの宗派がアヒンサー（不殺生）を標榜していた。特にジャイナ教においては畑を耕すことによって虫が殺されることなどを指摘し、肉食する、しないにかかわらず生存する限り間接殺を免れぬことを理由に、無食による自殺を最上の行とした。これに対して仏教は間接殺を理論的に突き詰めることの限界を理由に中道を掲げ実際に生き物を殺す直接殺のみを明確に禁じ、間接殺においてはあくまでも貰い物の肉が、殺す所を見なかった肉、供養のために殺されたと聞かなかった肉、自分の為に殺された疑いの無い肉という「三種浄肉」であれば食しても問題はないとされた。さらにここで重要なのは古代仏教において比丘はあくまでも家庭の余った食事を物乞いすることによってのみ食を得るため、肉食＝肉の購買による間接殺という矛盾が成り立たないことにある。
大乗仏教.
とはいえ、大乗仏教も上座部仏教と同じく「悟りを得る」というのが最大の目的である。そのため、そのような細かい制戒にこだわるのは、かえって悟りを妨げると考える僧侶も現れた。法然の弟子親鸞は、戒律を守る人間が善人で救われるのであれば、戒律を守ろうとしても守れない悪人は救われない、悪人こそ救われるべきではないか、末法に戒律は必要か、という疑問から自らを非僧非俗と呼んで、ついに「肉食妻帯（女犯）」を行ったと伝わる。日蓮も末法無戒から肉食を禁制していない（ただし日蓮系各宗派の在家信者のみで、日蓮自身は菜食主義者であることを表明しており、記録によれば、日蓮が摂取したと思われる飲食物は植物性とみられる。また、日蓮の弟子の日興は明確に肉食を禁止している）。一休は周囲の仏教界に反発心の表れで肉食や飲酒した風狂な例として有名である。
多くの宗派では平安時代より明治時代に至るまで国の法律である僧尼令や江戸幕府による寺院法度等による刑罰、寺院内での規約である清規があったために、それら法規に従って肉食妻帯（女犯）の禁制を守った。一方、親鸞の遺訓から真宗各宗派では肉食妻帯が常となり、江戸幕府もこれを容認した。
道教.