スターシアは、地球に派遣されたサーシアはイスカンダル人ではなく、デスラー同様にスターシアが創造した仮生命体（イメージライフ）であることを明かし、自ら（スターシア）のイメージライフを演じてみせ、反陽子爆弾で汚染された大地で生きるには生体改造が必要なことと、その方法を伝授すると共に、デスラーを滅ぼすにはスターシアを破壊するしかないことを示唆し、再び機能停止に陥る。
沖田十三と古代守（沖田の実子）は2人のみで、イスカンダル星に宇宙戦艦ヤマトで肉弾攻撃し、スターシアを破壊し、デスラーを消滅させた。古代進と森雪はゴッドウィング号で地球を目指す。
本作でのガミラスは地球人に憑依して意識を操ることが可能で、イスカンダルも同様の能力を有している。ヤマトクルーがガミラス星に上陸した際に森雪と同化し、ガミラス/デスラーの地球侵攻の理由などを古代進らに伝えた。
また、通信カプセルには放射能除去装置を渡すというメッセージは無かったことが本作の後半で明らかにされており、アニメ版のような大型の機械は登場しない。しかし、イスカンダル自身が放射能の除去や空気中の成分を変えることが可能な能力を有しており、古代進が通信カプセルを回収した際に高濃度放射能に汚染された外気に触れたにもかかわらず、何の影響も見られないことから、艦長の沖田がカプセルの送り主には放射能を無力化する能力がある可能性を見込んだことが始まりである。
劇中、敵のガミラスという名称は地球側が呼称した名であり、自分達はデスラーと名乗った。それと同じく、イスカンダルも地球側が名付けたものとなっている。
アニメ版ではイスカンダル星はガミラス星の隣にあって二重惑星を構成しているが、本作ではガミラス侵攻前の地球のような部分と、ガミラス攻撃後の地球の赤茶けたような部分とが表裏一体になった惑星であり、パンフレットなどでは、前者がイスカンダル星、後者がガミラス星とされている。
旧作からの大きな変更点は特にないが、寿命に関しては本作では語られず、延々と続く無人の廃都の映像だけが長回しで流された。