バトルには野生ポケモンとのバトルと、ポケモントレーナー同士のバトルがある。野生ポケモンとのバトルは、歩いていると突然野生のポケモンが出現（エンカウント）して発生するバトルである。野生のポケモンが出現する場所は草むら・洞窟・海などの自然地だけで、通常町なかで出現することはない。ポケモントレーナー同士のバトルは、各地にいるポケモントレーナーに戦いを挑んだり挑まれることによって発生する。
基本的なシステム.
トレーナー同士の対戦であれば、「ひんし」状態になった時点で、そのポケモンは強制的にモンスターボールに戻され、「ひんし」状態でない手持ちポケモンがまだ存在する場合は新たなポケモンを繰り出さなければならない。どちらかの手持ちポケモンがすべて「ひんし」状態になった時点でバトル終了となる。負けたトレーナーは所持金の一部を賞金として支払わなければならない。その上、最後に利用したポケモンセンターに戻されてしまう。なお、野生のポケモンとのバトル時には逃げることもできるが、トレーナー同士のバトルの場合は一度戦いを挑んだり挑まれたりすると逃げることはできない。以上のように敗北時のペナルティはあるものの、バトルで負けることによってストーリー自体は中断されないので、いずれの作品もゲームオーバーの概念は極めて曖昧である。
捕獲.
基本的に他のトレーナーが所有するポケモンを捕獲して奪うことはできないが、ポケモンコロシアムとポケモンXDにおいて、悪の組織に改造されたポケモンを奪い返すという名目においてのみ許される（この行為は「スナッチ」と呼ばれる）。『コロシアム』では通常のポケモンをスナッチしようとすると作中のヒロインに止められてしまい、『XD』では主人公の持つ機械が作動しない為、いずれもスナッチできない。アニメ版ではトレーナーが所有するポケモンに別のトレーナーがモンスターボールを当てても、そのポケモンには反応しないといった描写がある。
なお、同一世代でも、その世代の一方のバージョンのみに出現する野生ポケモンが存在し、図鑑の完成には対になるバージョンの通信交換を要するものもある。