旧約聖書によれば「全ての人間の祖先であるアダムは神によって作られ、その妻イヴはアダムの肋骨から造られた」とされ、ユダヤ教徒やキリスト教徒の間では長い間これが信じられてきた。しかし、ダーウィンの進化論が認知され、「原始的な動物が次第に進化して人間になった」と考えられるようになると、聖書の記述をどのように解釈するかについて議論が起こった。インテリジェント・デザインでは、地球が創造されてからわずか数千年しか経たないという「若い地球説」は採用せず、「その過程は偉大なる知性の操作によるものである」として、宗教色を薄めつつも「偉大なる知性」を神と解釈できる余地を残している。
米国でインテリジェント・デザインを公教育の理科の時間にも取り入れようとする動きがあり、ジョージ・ブッシュなどもIDを支持し「平等のため、進化論のみならずインテリジェント・デザインも学校の理科の時間で教えるべきだ」と主張した。こうした動きが議論を起こした。
一方、インテリジェント・デザインは科学とは別の「道徳的な問題」を扱う際のツール（道具もしくは根拠）であり、実際の自然科学と共存する思想であるとする論者もある。これは、「人々が倫理や道徳を考える際に有用な考え方であることが経験的に知られているように、インテリジェント・デザインも自然科学を否定するものではなく、あくまで方便に過ぎないのだ」という主張である。
反応.
科学者.
アメリカ合衆国カンザス州での、進化論と同時にインテリジェント・デザインを学校で教育すべきである、という推進派の主張に対し、「これは科学の議論ではない」、「科学と宗教は全く違うもので、議論自体がナンセンスだ」との意見があった。
一般向け科学解説書の多数の著作がある生物学者リチャード・ドーキンスは、一神教的宗教を批判する著作を発表し、その中でインテリジェント・デザインについても詳細な反論を行った。
カトリック教会.
ID創造論否定論者.