日本には多くの[[離島]]が存在するが、その中のいくつかの離島では独自のコンテナ輸送が離島の生活を支えている。それらは、[[フェリー]]を使用した[[本土]]と[[沖縄本島]]を結ぶ長距離航路や、[[新潟]]と[[佐渡島]]を結ぶ近距離航路のほか、[[九州]]地区に散らばる一部地域の離島で見受けられる、利用者が少数のために採算的にフェリーが就航していない地区や、[[関東]]地区の[[伊豆諸島]]などの航路では、[[貨客船]]や小型[[貨物船]]で生活物資輸送を行っている。これらの離島航路に使われているコンテナは、「内航コンテナ」と呼ばれている。
これらの内航コンテナの[[荷役]]作業は多くの場合、 [[埠頭]]に在るジブ・クレーンまたは[[トラッククレーン]]車や、船に装備している[[クレーン]]で、入港時に積み下ろしをする。
これらの瀬戸内海地区特有の事情により、一部の例（[[豊島 (香川県)]]で産廃を管理輸送するために専用コンテナが特別に作られた事例や、積荷の関係で他方からの内航コンテナがトラックに載せられて配達で来島したり、元々のコンテナの利点を生かした倉庫代わり、物品の冷凍・冷蔵での保管等で設置されているなど）を除き、流通していないに等しい。
内航コンテナの輸送手段.
日本通運コンテナの体系.
世界的にも複合輸送を展開している[[日本通運]]は、[[北海道]]から[[東京]]（太平洋航路）、東京から[[瀬戸内海]]側の主要地方港経由して[[北九州]]航路および、東京から北九州（太平洋航路）までを自社所有専用船または、[[商船三井フェリー]]との共同配船で定期的に運行している。この定期航路に使用されている大量の内航コンテナは、統一された新旧三種類の企業カラー（旧色のグレー・新色の紫・冷蔵系の白）を使い、さらに全種類のコンテナで統一された管理番号（長さや用途別に割り振られている）を使っている。そのために、例えば北海道地区の所属であれ、[[博多]]地区の所属であっても全く問題なく利用できる。また、東京・[[大阪]]・博多・[[鹿児島]]の各港からも沖縄定期船として、新色のグレータイプを加えて日々、大量に輸送されている。