高校を退学し、伴とも絶交させられ全てを失った飛雄馬の心は、寂しさのあまり「自分を認めてくれる球団がある」と一時他球団へも動いた。しかし一徹は飛雄馬の気持ちを叱責し「入団すべき球団は巨人あるのみ」と他の球団のスカウトを完全拒否。川上監督も「親子二代に渡って巨人から締め出すことになる」とペナントレースの真っ只中に入団テストを執行する。狙いは星飛雄馬がテストを受けに来る事。飛雄馬は父のスパイクを履き、多摩川グラウンドに向かう。
破滅的引退へ.
引退から復帰の間.
その後（新・巨人の星～巨人のサムライ炎～それ以降）.
その後、水木炎は巨人の入団テストに合格。水木は飛雄馬から大リーグボール養成ギプスを受け取り、こうして飛雄馬の二度目の野球人生は終わりを告げた。それ以降は同作品には登場していない。
人物像について.
喜怒哀楽が激しく、感受性が豊かで涙もろい。驚いたり感動したりすると、心の中に「がーん」という音を響かせ、「うっ!」といいながら手刀を構えるかのように左手をあごの前に持ってくる癖がある。極端に自分を責めるストイックな性格から、往々にして自らに過酷な練習を課し、一時は自らを破滅へと導くが、何度倒れても立ち直る不死鳥のような生き様が当時の読者の共感を呼んだ。
「常に目標に向かって進む」ことをモットーとしながら、決め球を打たれ本塁打になるたびに絶望し、日高美奈の最期のときも野球を捨てる気になったことがある。特異な家庭環境が原因なのか常軌を逸脱している所もあるが、基本的に素直で正義感が強く他人を思いやる好青年である。勉学も優秀だった（詳細は後述）。
父・一徹の厳しさには反発を示すことも多かったが、たまに一徹から逆に優しくされたときにはかえって傷ついていたようである。小学校時代の花形との対決の際の草野球チームや中学校での体育の授業（外伝）を除いては、長い年月、父・一徹とのマンツーマンの練習ばかりであったためか、野球が「チームプレー」のスポーツであるという最も基本的な考え方が身についていない描写が随所に見られる。
語彙・学力について.