ツァラトゥストラを主人公とする物語の体裁をとっているが、大半はツァラトゥストラによる思想の吐露である。一連の物語において、ニーチェは神の死、超人、そして永劫回帰の思想を散文的な文体で論じている。
山に篭もって思想を養い、孤独を楽しんでいたツァラトゥストラは、神が死んだことを知覚し、絶対者がいなくなった世界で、超人思想を人々に教えようと山を下りる決意をする。だが、低俗な人々は耳を貸そうとしない。そこで、ツァラトゥストラは、自分の思想を理解する人を探し始め、従う弟子たちを得る。しかし「師に従うばかりではいけない」と結局弟子も棄ててしまう。あらたな思索の末、ツァラトゥストラは人々に対して自らの思想を語ることを控えることを決め、山に帰郷する。ツァラトゥストラは山中の洞窟で、何人かの特別に高等な人々と会い、彼らとの交流の中で歓喜する。最後には、ツァラトゥストラが再び山を降りることで、物語は締めくくられている。
彼は一般大衆に向かって教説を説くことの愚かさを悟り、友を求める決心をする。そこで彼は再び町に出て、「超人」を説き、若干の友を得る。「五色の牛」と言う名の町で、彼は精神の三段階の変化、どのようにして精神が駱駝となるのか、駱駝が獅子となるのか、そして最後に獅子が幼子になるのかということを語る。続いて、徳の講壇として、市民道徳の浅はかさを、世界の背後を説く者では、すべての超越的な世界、宗教的な彼岸の世界が勝手な妄想であること、を説く。友が弟子となると、彼は弟子たちが師の信者からさらに進んで、自律的な人間となることを期待して、彼らと別れる。
その時声なき声が、彼に呼びかける。「おお、ツァラトゥストラよ、あなたの育てた果実は熟れている。熟れていないのは、あなた自身の方です。だから、あなたは再びあなたの孤独にもどりなさい。あなたはさらに熟れなくてはならないのです。」彼は、体中から汗が吹き出すのを覚えて、再び弟子たちに別れを告げ、彼らのもとを立ち去ることにする。