なお、二次創作については、原作の著作権者の黙認の上に同人誌が成り立っていること、黙認が上述したコミケット準備会の過去のアピールを前提として成り立っている性質もあるため、同人ショップを通した「商業流通」を「同人誌＝ファン活動の範疇を逸脱している」と著作権者に判断されれば、警告や販売差し止め要求、摘発を受ける可能性がある。実際に、商業流通に載せられたものを「同人誌」と認めない著作権者もいる。
ファン活動の一環として個人やごく小規模なサークルが独力で販売のほぼ全てを手掛けていた頃と異なり、コミケットと同人ショップを介して大部数を効率的に売り捌くシステムが確立されてゆく中で、大手同人サークルは職業化と営利化を果たし、これらが緩やかに集合する同人界自体が事実上の業界化を成し遂げ、かつて商業出版の第一線で活動していた作家も現在では少なからず同人活動に職業的活動の主体を移行する段階にまで至った。だが、反面で上記の二次創作と著作権者の意向にまつわる問題や、大手同人サークルの大半がコミケットに参加し、新刊の頒布開始のタイミングもコミケットに集中しているなど、コミケットに極めて大きな依存をしていることなども含めて考えれば、単に同人ショップ側の問題だけではなく、この産業自体が極めて危ういバランスの上に成り立っている一面も見て取れる。現状でも様々な問題を抱えつつも関係者の尽力でどうにか開催が継続されているコミケットであり、万一これが開催不能になる深刻な事態が起きれば、連鎖する形で最終的に同人ショップという業態自体が成り立たなくなり衰亡することもあくまで起きうる可能性の範囲内といえる。同人誌や同人ショップが世間から姿を消すなんてありえない、と楽観的なことを言えないのが実状である。
なお、ガレージキットなどの立体物や楽曲の二次創作は同人誌とは異なり、多くは版元へのサンプルの事前提出とチェックを経ての許諾および売上額の数パーセント程度に設定されるロイヤリティの支払いが必須となる（ロイヤリティの割合および金額に法的な制限は無く、権利者によって異なる）。
主な店舗.
状態
状態（じょうたい、）は、
ある事物・対象の、時間とともに変化しうる性質・ありさま等を指す言葉である。
分野によってさまざまな意味で使われ、上記の説明とはそぐわない場合もある。
プロ
状態量