さらに、ロシアなどが遺棄していた放射性物質は深海を汚染しているおそれが大きく、カニや深海魚の汚染に不安感がもたれている。特に経済が悪化していた当時のロシアでは太平洋艦隊の古い原子力潜水艦の原子炉を日本海公海上の海溝に投棄していたことが問題とされている。
また、冬季の天候の悪化時に起きる海難事故では、ナホトカ号重油流出事故のように大量の重油で沿岸部が汚染される事件が多発している。中国、ロシア、韓国船の中には船内を海水で洗浄した廃油を海に投棄する船が後をたたない。主に冬から春にかけて、航行中の船から材木などが大量に流出し航行に危険をもたらす事件も起こっている。
磯焼け.
沿岸部の岩礁地帯の植物が死滅して、焼いたサザエの殻のように、水面下の岩に付いた貝等の屍骸で磯全体が広範囲にわたって白く焼けたように見えることから、この呼び名がある。日本海沿岸部全体で観察される現象で、沿岸部での魚の激減、えさの減少から沿岸部で産卵されて育つ人間に有用な魚の稚魚の成長が難しくなることなど、漁業全体への深刻な影響が懸念される。川の水が流入する直近の場所では少ないことから、海水の変化が原因と考えられている。
海水の変化の理由として、有力な説は船底塗料等の中に含まれる環境ホルモンによる海洋汚染、流入する河川の治水による有機物の減少、最新の説には、温暖化による海水の有機物の減少（貧栄養化現象、栄養減化現象）を挙げる説等があるが、原因は不明である。
なお、現代の磯を見慣れている人には「磯焼け」が常態であるのでこの言葉に実感はないが、半世紀前の人々が普通に見た磯（水中）は、岩などが見えないほど海草が生い茂っていたのである。
観光.
能登金剛や東尋坊などの荒々しい海の光景や、天橋立、鳥取砂丘、千里浜海岸、丹後の鳴き砂など海と砂の作る不思議な海岸の光景が有名である。ほかにも多くの風光明媚な観光地や天然記念物が散在し、北海道から対馬まで、観光資源としての価値も高い。
国立公園.
国定公園.