またこのそれぞれに職名・補職名として「司書」を発令する自治体と、肩書きの上では特に一般の事務職員と区別しない自治体がある。例えば東京都の場合、都は図書館専門職員として司書となる資格を有する者を試験によって採用し、事務職員の職務名として「司書」を発令しており、各特別区は現在図書館専門職員の採用を行なっておらず、事務職員の職務名には「司書」は存在しない。近年、行政の合理化の中で地方公務員の職名は整理統合される傾向があり、「司書」の職名を正式に発令する自治体は減少傾向にある。
図書館に必ず司書を置かなければならないとは法解釈されず、また公立図書館の役割や実態、機能、地方公共団体における人事行政の方針その他を総合的に勘案して決定されるべきであるとも法解釈される。
現状、日本では公立図書館にかならずしも司書は置かれていない。また公民館図書室などの設置をもって図書館の機能を代替している自治体も多いが、こうした図書館代替施設は図書館法にいう図書館にはあたらないため、そもそも司書制度の適用外である。
専門職制の未確立に加えて、公立図書館における職員の非正規雇用が司書職制の大きな問題として存在する。もともと公立図書館は開館時間の長さなどを補うために、非常勤職員、嘱託職員が数多く雇用されてきた。さらに近年、これに加えて貸し出しカウンターなどの定型的とみなされる業務の外部委託や、あるいは指定管理者制度、PFIの活用による図書館全体の運営の外部委託が広がっている。
受託者として図書館の業務を行う者の職員のなかには司書となる資格を有し、公共図書館の業務に関して高い意欲を持つ者も少なくないが、多くは非正規雇用者であり、公務員司書のような安定的雇用にない。また図書館職員の外部委託化の進展により、地方公共団体の職員として専任の司書を採用する枠はますます狭まると考えられる。その結果、公共図書館における司書のあり方は近年大きな変動のなかにある。
大学図書館の司書.
大学図書館における司書の状況は、国立大学、公立大学、私立大学のそれぞれによって事情が異なる。