義維も享禄・天文の乱の混乱に乗じた晴元らにより阿波に移され（阿波公方）、義晴と和睦した晴元が政権を握り、晴元の側近として三好政長・木沢長政らが台頭した。
細川晴元・六角定頼との戦い.
三好政権.
足利義輝・六角定頼との和解.
隆盛と一族の死.
長慶は連歌を愛好し、禅を好み、源氏物語などの古典に親しむ風雅の士でもあり、キリシタンに対しても寛容な対応を示すなど、仏教（宗派に関係なく）、神道、キリスト教など幅広い宗教を認めた。そのため、仏教内部の対立（法華宗と一向宗）は沈静化した。また有能な弟達を各所に配置し、大きくなった勢力を統治した。応仁の乱以降の長い戦乱で荒廃した都を復興し、堺の町を一大貿易港として整備するなど精力的に活動した。
三好長慶の死後.
将軍殺害.
内紛・政権崩壊.
織田信長との戦い.
内紛に明け暮れている三好政権は信長の侵攻を食い止めるため、管領職を与えることで六角義賢を味方につけて防衛しようとしたが、義賢は信長の侵攻を受けてあえなく敗れさった（観音寺城の戦い）。
本国（阿波・讃岐）の崩壊.
もはや三好氏単独だけでは対抗できないほどに大きく勢力を伸ばしていた長宗我部氏を止められないと悟った存保は織田信長に降り、織田政権傘下の大名となる。
その後の三好家.
康長流三好家.
三好氏の生き残りである三好康長は信長の家臣となり、河内の一部に所領を与えられた。康長は当時信長家臣であった羽柴秀吉の甥（豊臣秀次）を養子に迎えたが、のち縁組は解消され、以降消息不明となった。高野越中、安井喜内といった康長の家臣たちは若江八人衆として秀次に仕えた。康長の嫡男・三好康俊は、父が畿内に移った後も阿波に残ったが長宗我部元親の侵攻を受け、長宗我部方と織田方の陣営を行き来して最後は長宗我部氏の攻撃を受けその消息は不明である。その子・俊長は長宗我部氏の家臣となり、長宗我部氏改易後は山内一豊に仕えた。山内家の藩士名簿の中に三好姓の藩士を見ることが出来る。
義資流三好家.
三好義興の嫡男で本来ならば三好氏嫡流となるべき三好義資は、三好康長の甥である横田村詮を頼って米子へ移ったとも言われている。しかし、米子騒動によって横田一族は滅び、義資の息子・義紹もその戦いの中で討ち取られた。生き残った義紹の長男・義信は姓を稲田に変え帰農し、次男の長政は姓を変えず町人となった。
存保流十河三好家.