『日本書紀』は官撰史書であり、天武天皇の子舎人親王が編纂を統括した天武寄りの史書である。そこで、『書紀』の編纂者は即位の事実を知りながらもあえて記さなかったとするのが、大友皇子即位説である。　一方、『日本書紀』の記述を認めて、即位はなかったが大友皇子が朝廷を率いたとするのが、大友皇子非即位説である。天皇にはならないが天皇代理として統治することを称制と云い、非即位説は大友皇子称制説と言い換えることもできる。
この他に、天智天皇の死後は皇后倭姫王が即位したとする倭姫王即位説、即位しなかったが政務をとったとする倭姫王称制説もある。
大友皇子即位説の論点.
以下では、即位説を支える論点をまず記し、それに対して非即位説の立場からどの様な反論があるかを紹介する。どちらかの説が正しいという意味合いはない。
平安時代の即位記述.
平安時代の文献には、大友皇子の即位が数多く記されている。
『日本書紀』の編纂方針.
壬申の乱について、今に伝わるもっとも詳しく時代も古い史料は『日本書紀』である。この史料では、天智天皇の次の天皇は天武天皇となっており、大友皇子の即位は記されていない。大友皇子即位説とは、『日本書紀』の編者が曲筆して大友即位の事実を抹殺したという説でもある。
これには、この内戦が大化改新とともに編纂当時の「現代」を作り出した重要な事件であるという認識が働いていたと思われる。その際には、現天皇の系譜を正統化しようという動機もあったであろう。
『書紀』の編者を率いたのは舎人親王で天武の子、完成時の元正天皇は天武の孫で、編纂期間中を通じて皇位は天武系が占めていた。そのため、天武天皇を咎めるような事実を記さなかった可能性が高い。政権が望まない事実を削除したことは後続の『続日本紀』に例があり、まったくの嘘を創作することと比べれば抵抗が少なかったと思われる。
壬申の乱で死んだ皇族は大友皇子と山部王の二人だけであり、他の天智系皇族は大友の子葛野王をも含めて全員が生き残って朝廷を構成した。その他中・下級の官人まで含め、存命のものは多かった。彼ら皇族・臣下は『日本書紀』の想定読者でもあるので、よく知られた事実を否定するような操作は難しかったのではないかという指摘もある。