ただし、この当時、領主が行使し得た支配権は決して一様ではなく、領主の地位・身分などによって大きな差があり、一口に「知行」と言っても多様なあり方があった。小は個々の荘園や国衙領を分割編成した名田を百姓身分の名主が知行した。さらに荘園や、郡・郷・保を単位とする国衙領は荘園領主や国司（受領）に任命された荘官・郡司・郷司・保司らが知行して治安維持、租税徴収に当たり、この地位にはしだいに武士が任命されることが多くなって鎌倉時代の地頭につながっていく。さらにその上には荘園領主としていくつもの荘園を知行し、また後述の知行国の形で一国の公領もろとも知行する摂関家や官寺に代表される権門が君臨した。知行や領主とはこのように重層的な体制を構成していたのである。
平安中期頃になると、高級貴族や有力寺社（権門勢家）が、ある国の租税収取権を掌握し、国司を自由に任命する権利を得るようになった。これは知行権が一国単位に拡大したものであり、こうした国を知行国といった。知行国は平安後期に急激に増加した。
知行概念の変質.
中世期の特徴は、土地の支配権および収益権をめぐって、中央貴族や有力寺社、在地領主・地頭・名主など様々な主体が入り組みながら重層的な権利関係を形成している点にあった（これを職の体系という）。しかし、鎌倉時代後期頃から、主に地頭によって、重層的な関係を解消し、一元的な支配体系が指向されるようになっていった。このような一元的支配を一円知行というが、こうした動きは室町時代に入ると一層加速していき、守護大名による守護領国制が形成され、さらに戦国時代の戦国大名による大名領国制へ発展していった。
その中で、様々な主体が担っていた所領支配は、武士の手中へと収まっていき、「知行」の語は、武士が主君から給付・安堵（保証）された所領を意味するようになった。知行面積＝知行高は、主君が武士に賦課する軍役の基準となり、その知行高の算出は、戦国期においては貫高により表された。江戸時代になると、知行高は石高で示された（一部では永法や半石半永法も用いられた）。平和で安定したこの時代、知行高は、厳格な体系を持つ武士内部の身分指標の役割を持つようになった。
消滅.
明治維新を迎えると、武士による土地・収取支配の廃止、天皇主権を立憲主義的に導入した大日本帝国憲法の制定など、国家近代化の進展に伴い知行の概念は消滅した。