感染症の減少は、ワクチンではなく衛生環境の改善によるものであるとか、特定のワクチンが導入される前にこれらの病気はすでに減少していたと主張する反ワクチン文献があるが、これらの主張は科学的データに基づいていない。ワクチンで予防できる病気の発生率は、特定のワクチンが導入されるまでは時間の経過とともに変動する傾向があり、ワクチンの導入と同時に発生率はほぼゼロに低下する。ワクチンに関する一般的な誤解に対抗するアメリカ疾病予防管理センター（CDC）のウェブサイトは、「ちょうどその病気のワクチンが導入された時期に、衛生状態の改善がそれぞれの病気の発生率を低下させたと信じろというのだろうか」と論じている。
集団の健康.
集団の十分な割合がワクチン接種を受けていれば、集団免疫が効果を発揮し、幼すぎる、高齢である、免疫不全である、またはワクチンの成分に対して重度のアレルギーがある、などの理由でワクチンを接種できない人々のリスクを低下させることができる。免疫の機能が低下した人が感染すると、その経過は一般の人よりも悪いことが多い。
自然感染との比較.
その感染症に自然感染して治癒する方が、ワクチン接種と比べて強い獲得免疫が得られるという主張がある。しかし得られる免疫防御の強さと持続時間は、各疾患とワクチンによって異なり、一部のワクチンは自然感染よりも優れた防御を与える。また、ワクチンにより感染者が減少し、人々が病原体にさらされる機会が減るため、感染症に対する免疫が弱まるという主張もある。しかし、健康であるために病気になる必要はなく、自然感染は重篤な症状や後遺症、死亡のリスクを伴う。ワクチンは病気のリスクを回避して免疫を得るために開発され、活用されている。
費用対効果.
必要性.
ワクチンには、普及すればするほど必要性を感じにくくなるという逆説がある。ワクチンの接種率が上がり、病気の恐怖を低下させることに成功すると、その病気の危険性を見聞きする機会が減り、ワクチンの恩恵を忘れる。もし十分な数の人々が、ワクチン接種をせずに集団免疫の恩恵にあずかろうという「ただ乗り」を望むようになれば、ワクチン接種の水準は集団免疫が機能しなくなる水準まで低下する可能性がある。