鎌倉以降の時代になると、「菖蒲」が「尚武」と同じ読みであること、又、菖蒲の葉の形が剣を連想させる事などから、端午は男の子の節句とされたと仮説されている。そして男の子の成長を祝い、健康を祈るようになった。鎧、兜、刀、武者人形や金太郎・武蔵坊弁慶を模した五月人形などを室内の飾り段に飾り、庭前にこいのぼりを立てるのが、現在に至る典型的な祝い方である（但し「こいのぼり」が一般に広まったのは江戸時代になってからで、関東の風習として一般的となったが、京都を含む上方では、当時は見られない風習であった）。鎧兜には、男子の身体を守るという意味合いが込められている。
江戸時代迄、端午の日に子供は河原などで兜巾や鈴懸の山伏姿となり、頭に菖蒲鉢巻を巻いて腰に菖蒲刀を差してから、敵味方に分かれて石合戦をする「印地打ち」という風習があったが、負傷者や死亡者が相次いだ為に禁止となった。また、印地打ちが禁止になった後、菖蒲を刀の代わりにした「菖蒲切り」というチャンバラが流行した。
端午の日には柏餅（かしわもち）を食べる風習がある。柏餅を食べる風習は日本独自のもので、柏は、新芽が出るまで古い葉が落ちないことから「家系が絶えない」縁起物として広まっていった。
女性の節句.
一部の学者は、女性の葺き籠りや菖蒲湯の沐浴として、中世以前から確立していると主張し、本来は女性にまつわる習俗から、男児にまつわるものへと中世末期から近世にかけて移行したと論説する。すなわち「菖蒲の節供」は元々女性の節句だったとする。
中国.
中国の端午節には様々な禁忌が布かれ、五色の糸で縫った香袋を身に着ける、ちまきを食す、雄黄酒を顔に塗布する、艾草（）を人型にの束ねた人形や菖蒲の剣を戸口に飾るなどの慣習がおこなわれ、龍舟競渡（ドラゴンボートレース）が開催されてきた。
後漢・晋.
中国で端午についての古い文献記録は、後漢末の応劭による『風俗通義』であるが、端午と夏至にちまき（「粽」、別名を「角黍」とも称した）を食する習慣が記される。また、晋の周処による『風土記』にも記載があり、この時節にはアヒルを煮、ちまきを食べる（「仲夏端午、烹鶩角黍」）と記される。ちまきの言及こそあるものの、俗にちまきの考案者とされる屈原との関係（後述）については一切言及されていない。
端午の競渡の起源.