秘仏の発生には神道の神社からの影響があるものとする説もある。神社の本殿の扉もまた、普段は閉じられており、特定の祭祀の時にのみ扉が開かれる場合があるからである（他に神棚や祖霊舎もまた、普段は扉が閉じられており、特定の祭祀の時にのみ扉が開かれる場合がある）。神道の神は元来、姿の見えない神である。仏像彫刻の影響を受けて、平安時代初期頃から神像、つまり神道の神の彫像も作られるようになるが、これらは「御神体」として社殿の奥深くに秘められ、一般の人の目に触れることはなかった。
秘仏を有する寺院は真言宗系、天台宗系に比較的多く、浄土教系、禅宗には比較的少ないことが指摘されている。尊像別では、密教寺院の本尊とされることが多い薬師如来や、観音菩薩（十一面観音、千手観音、如意輪観音などを含む）、不動明王などが秘仏とされることが多いことから、密教との関連も指摘されている。
歓喜天（聖天、象頭人身の男女が抱擁している姿に表される）のようにエロティックな像容に表され、「教義に対する誤解を招く恐れがある」と見なされる場合も秘仏となる場合がある。この他火災により焼損してしまい秘仏化したケース、盗難に遭った事実を隠すために秘仏化されたケースもあると推定される。
秘仏の分類.
宗派別.
浄土教系、禅宗系の寺院には秘仏は比較的少ない。ただし、これらの宗派に秘仏が皆無という訳ではなく、例えば浄土宗大本山の増上寺（東京都港区）安国殿本尊の阿弥陀如来像（通称黒本尊）は秘仏である。
像種別.
公開時期.
秘仏の公開時期には様々なパターンがある。
著名な秘仏.
日本文化史上重要と思われるいくつかの事例について略説する。
日本における著名な秘仏の一覧.
秘仏とされる仏像は日本各地に多く、本項でその全てを網羅することは不可能であるので、国宝指定物件を初め、著名なものに限った。
毎年、春・秋などの一定期間に開扉されるもの
開扉時期を定めていないもの
母集団
概要.
大量の要素からなる標本（大標本）の存在を前提とする記述統計学においては、標本と母集団の区別は不明確である（ほぼ同一視される）。
ただし、以下のようなほとんど多くの場合について、その母集団を完全に知ることはできない。