現在では、出生（親と生年月日）、氏名、婚姻（配偶者）、子・養子縁組、国籍の離脱等の個人の関係（法的に「身分関係」と呼ぶが差別的な意味ではない、以下同様。）を明確にするものとなっている。婚姻・離婚の届出や日本国旅券（パスポート）の発行にかかわるほか、親族の関係を証明する唯一の手段として相続人の特定にも活用される。
利点と欠点.
大前提として、よほど手の込んだ不正の無い限り、「出生から死亡までの履歴」が記録され、住民基本台帳制度との連携により、戸籍の附票を閲覧すれば転居の履歴が判明し、市町村名までの出生地は、移記すべき事項と定められているので本人であることの真正性が確実であり、転籍や分籍をした後の戸籍にも記載され、相続などの手続きの際に取るべき手順が明確である。
婚姻や本籍の移転により新戸籍が作られるシステムでは、婚姻や相続の際に、一つの戸籍だけでなく何重にも遡り各地の戸籍を取得しないと、婚姻歴や子の有無が分からないことがあり、一つの戸籍でその者の出生から婚姻・離婚、死亡まで網羅される個人編纂のシステムと比べると不便であると言われているが、個人番号（マイナンバー）制度の導入により、この問題は将来的に解決するとされる。
現行制度では外国人（日本国外の外国籍者）と結婚しない限り夫婦別姓が不可能なため、一方の者は結婚前まで使い続けていた名字が公的証明で通用しない。そのため、選択的夫婦別姓制度の導入を望む声が近年増加している。
現在では世界的に戸籍制度のような血縁・婚姻単位の国民登録制度を持つ国は少数派であり、主要国等では日本、中華民国（台湾）のみである。第二次世界大戦後に家制度は廃止されたが、戸籍制度は残ったために、地方自治体にも国民にも、住民登録との重複業務となっている部分もある。
無戸籍者問題.
無戸籍であっても出生証明書や住民票は取得でき、住民票に基づく権利や行政サービス（義務教育など）を受けられる。ただし、婚姻届や旅券（パスポート）取得はできない。責められるような違法行為だと思い込み、困窮しても自治体に相談せず、餓死に追い込まれた例もある。このため、無戸籍者を含む孤立・困窮世帯の把握や相談対応を強化する自治体もあるほか、法務省は再婚後に生まれた子供は再婚した夫の子とする法改正の準備を進めている。