日本国内で口蹄疫が発生した場合、対応は、家畜伝染病予防法および農林水産省の定める「口蹄疫に関する特定家畜伝染病防疫指針」（防疫指針）に従って行われる。家畜伝染病予防法は第一号法定受託事務にあたり、国の適正な処理確保がされた状態で都道府県に委託されている（詳しくは地方分権一括法を参照）。また、同法では、農水大臣が県知事同様に殺処分等を命ずることができるなどの措置も担保している。
病原体.
症状.
一般的な症状.
病理的にはウイルス血症を起こし、外見的には発熱、元気消失、多量のよだれなどが見られ、舌や口中、蹄（ひづめ）の付け根などの皮膚の軟らかい部位に水疱が形成され、それが破裂して傷口になる。「口蹄疫」という病名はこれに由来する。ただし、水疱が形成されないケースも報告されている。基本的には口蹄疫には他のウイルス感染症と同じように不顕性感染があり、症状がまったくなくても、感染区域にいた牛・豚は感染症の媒介者になり得る。
農水省による公式症状.
伝播.
野鳥、犬、猫、ネズミは口蹄疫に感受性はなく感染しないが、ウイルスを運ぶ可能性があり、移動制限を受ける。
アウトブレイクの引き金となる最も重大な感染ルートは肉製品によるものである。
宿主.
感染動物の死後.
ヒトへの感染.
農水省は、口蹄疫の報道発表文の冒頭に毎回「口蹄疫は、牛、豚等の偶蹄類の動物の病気であり、人に感染することはありません。」という文を付けている。
診断.
写真判定.
鑑別.
治療・殺処分.
致命的な病気ではないが、本疾病に対して治療が選択されることは基本的にない。前記のとおり、偶蹄類が感染する伝染病の中でも最も伝染力が強い部類に入り、蔓延すれば畜産業界に経済的な大打撃を与えかねない疾病でもあるため、患畜として確認され次第、家畜伝染病予防法に基づき、患畜のみならず同じ畜舎に飼われる家畜も全て速やかに殺処分される。
殺処分方法の動物福祉問題.
逆性石鹸には溶血作用、神経筋接合部におけるクラーレ様（筋弛緩）作用がある。クラーレ様作用により動物は全身の骨格筋が麻痺していき、最終的に呼吸筋の麻痺により窒息して死に至ると考えられている。
また、OIE動物福祉規約の「防疫目的の動物の殺処分」一般原則には