元新撰組三番隊組長の警官・斎藤一は迷路のような道が続く廃坑道へ調査に踏み込む。そこで次々と仲間の警官たちが姿を消していく。斎藤が物音を追うと、道の奥で顔を包帯で巻いた男、志々雄真実と出会う。志々雄の命令で吊された警官たちが炎の海へ落とされるのを見た斎藤は志々雄に迫ろうとするが行く手を阻まれ、志々雄は道を塞ぎそのまま姿を消していく。
「人斬り抜刀斎」も過去の人物として扱われる平穏な時代の中、剣心たちは明治政府内務卿で剣心と旧知の間柄でもある大久保利通と会見。大久保は、志々雄が京都で再び暗躍していることを告げる。
志々雄は剣心と比類する剣術を持つ「影の人斬り」であったが、剣心が刀を置いた鳥羽・伏見の戦いで維新派が勝利した後、同士に裏切られ斬られた後、体を焼かれた。志々雄は奇跡的に一命を取り留め、京都に身を潜めて明治政府への復讐と転覆を目論み兵を集めている。政府も数々の手を打ったが頼れるのはもはや剣心のみとなったのだった。会見の一週間後、大久保は志々雄率いる特攻部隊「十本刀」の一人瀬田宗次郎に殺害された。志々雄らの犠牲となった大久保や警官たちから、剣心は過去の自分の過ちと照らし合わせ、京都に行くことを決意する。
剣心は京都へ向かう途中の小田原で巻町操と名乗る少女と出会い同行する。そして志々雄の一味に襲われ廃墟となった村にて志々雄と対峙。剣心は志々雄が差し向けた宗次郎との闘いの末、居合いで逆刃刀の刀身を折られてしまう。
志々雄は隠れ家で十本刀を集結させるよう命令を下す。集結次第、ついに「国盗り」が開始されるのだ。
剣心はついに京都へたどり着き、料亭「葵屋」にて翁と出会う。剣心の素性を知った翁は、自分や操らは旧幕府の隠密御庭番「京都探索方」の一党であることを明かす。
隠密御庭番衆の御頭、四乃森蒼紫は守るべき仲間も憎むべき幕府も無い中で、死んだ仲間への手向けとして“最強”の称号を捧げるために修羅に堕ち、剣心＝緋村抜刀斎を倒すことが唯一の生きる目的になった。操は蒼紫のことを特に慕っており、彼の本来の目的も知らず、蒼紫が探していた抜刀斎を葵屋に連れてきたとしか思っていないのだった。
剣心は翁ら御庭番衆の協力で折られた逆刃刀の生みの親、新井赤空の居場所を探し出すが、赤空はすでに他界していた。剣心は赤空の息子青空に新しい刀を打つように頼むが、青空はもう二度と刀は作らないと辞退する。