信号システムの供用開始前からトラブルはあったものの上層部への報告はなかった。また閉塞取り扱い違反や信号故障、列車遅延ならびに運休について、所轄の運輸局への報告が義務付けられているにもかかわらず、両社は必要な報告を怠った。輸送力増強の要請を受けた直後から乗り入れにあたり、JR西日本と信楽高原鐵道は会合の場を持ち、それに必要な契約は交わしたものの、写しを現業部門に交付することもなく、また契約の詳細に至るまで乗務員に周知徹底されることはなかった。それに加え両社の運転取扱心得の比較対照も行われなかったことが、後に裁判において指摘されている。教育訓練の拙さもあり、JR西日本の運転士の中には「信楽高原鐵道線内での運転取扱心得はJR西日本のものと同じ」という言葉を信じたままの者もいた。教育訓練が不十分な中で信号トラブルが相次いだが、彼らは信楽高原鐵道の信号トラブルも、また職員の代用閉塞取扱の規定違反も上役に報告することなく、その場限りとなってしまっていた。
運転指令と各列車間の連絡手段については列車無線の周波数が違うことから、JR西日本の乗務員と信楽駅ならびに対向する信楽高原鐵道の乗務員とでは、無線通話が行えなかった。このためJR西日本側では、信楽高原鐵道線への入線時に無線の電源を切り、代わりに車載の可搬式の列車電話を使うこととなっていた。ところが小野谷信号場で赤信号のまま待たされた運転士が、実際に連絡用の列車電話機を使おうと線路に降りると、接続箱が施錠されていて使えなかった。そればかりか信号の停止措置が取られないまま、小野谷信号場にて赤信号を表示していた上り出発信号機が突然青信号に変わり、直後に赤信号に戻るという現象を現認したにもかかわらず、その異常事態が報告されることはなかった。
信楽高原鐵道の社内事情と押し寄せる乗客.