実際のストーリーとしては、神素盞嗚大神が全巻を通し主役として活躍するわけではない。まず物語冒頭に王仁三郎が霊的に体験した天国と地獄の様相が述べられる。次に舞台は神話世界に移り、日本神話の創造神にして国祖国常立尊が物語の中核となる。霊主体従を原理とする国常立尊は、敵対する体主霊従（われよし）の盤古大神一派（ウラル教）・力主体霊（つよいものがち）の大黒主神一派（バラモン教）と争った末、八百万の神々の要求により地上神界の主宰神の地位を追放され世界の艮の方角に隠退、妻神豊雲野尊も坤の方角に隠退してしまう経緯が記されている。王仁三郎は、国常立尊こそなお（直）に懸かった「艮の金神」と定義している。
以下、伊邪那岐命と伊邪那美の国産み・神産み、アマテラスとスサノオの誓約や天の岩戸隠れ・開き、スサノオとヤマタノオロチの戦いなどが再構成されており、『霊界物語』前半は日本神話の影響が強い。王仁三郎は権力者達によって改竄された古事記を本来の姿にしたものが『霊界物語』とも語る。天照大神（万世一系の天皇）を正統とする従来の日本神話に対し、王仁三郎はスサノオこそ正統の神と読み返える事で「自分（スサノオ=王仁三郎）が世界を救う」と宣言したと指摘される。
霊界の消息に通ぜざる人士は、私の『霊界物語』を読んで、子供だましのおとぎ話と笑はれるでせう。ドンキホーテ式の滑稽な物語と嘲る方もありませう。中には一篇の夢物語として顧みない方もあるでせう。また寓意的教訓談と思ふ方もありませう。しかし私は何と批判されてもよろしい。要は一度でも読んでいただきまして、霊界の一部の消息を窺ひ、神々の活動を幾分なりと了解して下されば、それで私の口述の目的は達するのであります。
（中略）本書を信用されない方は、一つのおとぎ話か拙い小説として読んで下さい。これを読んで幾分なりとも、精神上の立替へ立直しのできる方々があれば、王仁としては望外の幸であります。」
霊界物語に見られる天界と天使.