公金の収納の取り扱いは、地方公共団体ごとに定められた指定金融機関・指定代理金融機関・収納代理金融機関に限定されるが、その地方公共団体の区域内に店舗がある金融機関のほとんどを該当させることで、納付者は税や保険料などを自宅近隣の金融機関で納付書や口座振替により支払うことができ、利便性が確保されている。しかし、納付者が遠隔地に居住している場合には、近隣の金融機関では取り扱いが無いことがあり、不便を被ることがある。
一方、公金の支払いは、指定金融機関または指定代理金融機関から全国銀行データ通信システムを通じて振込ができればよく、振込先の金融機関は限定されない。
地方独立行政法人（および、国立大学法人・公立大学法人）の出納業務を手掛ける金融機関を「指定金融機関」と称するが、本稿で説明する指定金融機関とは法的根拠は異なる。
店舗.
指定金融機関には地方公共団体の預金口座が置かれて、公金の決済が行われる。本庁舎周辺の店舗（都道府県であれば「県庁前支店」など）の口座であるのが一般的で、納付書に「取りまとめ店　〇〇銀行〇〇支店」などの表記がされることもある。
庁舎内支店・出張所.
収納や事務の便宜を図るため、都道府県や大規模な市の本庁舎内には、指定金融機関の店舗（支店または出張所）があることが多い。例えば、東京都庁第一本庁舎のみずほ銀行東京中央支店東京都庁出張所、大阪府庁本館のりそな銀行大手支店、横浜市役所内の横浜銀行横浜市庁支店などがある。このような店舗では、庁舎外の店舗と同様に公金に限らず各種銀行業務を取り扱っている。
庁舎内派出.
ゆうちょ銀行の扱い.
郵政民営化当初は、ゆうちょ銀行を指定金融機関にすることは一切できなかったが、民主党政権による郵政民営化見直しにより変更された。なお、収納代理金融機関にすることは、郵政民営化当初から可能である。
新しい収納方法との関係.
コンビニ収納.
クレジットカード.
モバイルアプリ.
地方税共通納税システム・地方税統一QRコード.
手数料問題.
指定金融機関をめぐる手数料の問題とは、指定金融機関としての業務を金融機関が行うために生じる費用に対して、地方公共団体が支払う手数料の額が釣り合わず、不採算となっていることを指す。