鷗外が批判した箇所に対しては、以下のように答えている。
鷗外の再反論.
この鷗外の論文を読んだナウマンは、その日の夕方にナウマン宅を訪れた弟子の横山又次郎に対し、不機嫌そうに「森が復書いたな」と言ったという。ナウマンによる反論は書かれることなく、ここで論証は終結した。
論争後.
評論.
ナウマンが日本を貶めているかのように思われる講演および論文を発表した背景として、日本に対する恨みがあったという説がある。鷗外も、ドレスデンでのナウマンは「不平の色」があったと述べている。これには、ナウマンは日本で解雇され、志半ばでドイツに帰らなければならなかったという、自身の待遇が関係していると考えられている。また、元々ナウマンは血気盛んで、弟子に対して厳しく、不遜なところもあったので、このような性格が講演での態度に影響しているとも考えられている。これに対し、ナウマンは日本での送別会で四国で覚えたという踊りを自ら楽し気に披露したり、ドイツ帰国後も地質調査所の佐川栄次郎と会談したりしていたことから、日本への恨みはなかったという反論もある。
ドレスデンでの鷗外の反論は、鷗外自身によれば、皆が称賛して大成功に終わったという。しかし山崎國紀は、口頭での反論であったので学問的な反論にはなり得なかったのではないかと述べている。
ナウマンの論文全般について、小堀桂一郎は、修飾が多く、科学者らしい明晰な文体ではなく、格調高い文章とは言えないと述べている。一方で内容については、日本の土地及び日本人をよく観察していると評しており、特に、富士登山に関する箇所や、土佐の民俗の話は興味深いと述べている。山崎國紀も、ナウマンの四国に関する内容は「まことに精細かつ人間的で興味が尽きない」と評している。一方で山崎は、講演の抄録として掲載された内容は、内容は論文と同じ方向性にあるが、書きとった記者により言い方が拡大されている部分があることを指摘している。鷗外が論文で批判したのは、論文よりもこの講演抄録で記述された箇所が主となっていた。