スーパーファミコン版.
登場キャラクターをヨッシーアイランドのキャラクターに変更し、背景やBGMはパネルでポンからそのまま流用されたほか新たに製作・追加もされた。システム面ではオリジナル版に存在しなかったオプション機能を追加する、対戦モードにおけるコンピュータの思考パターンを変える、フォントに影を付ける、バグを解消するなど細部の改良が施され、マイナーチェンジ版とも言える内容となった。
ゲームボーイ版.
本作はスーパーゲームボーイ対応ソフトだが、スーパーゲームボーイ使用時のゲーム画面は常に茶褐色で表示され、場面による配色の変更もされない。ゲーム画面外の枠「ピクチャーフレーム」にはスーパーファミコン版のメニュー画面や1人用ゲームの背景画像が流用された。
クッパとその手下がヨッシーアイランドを我が物にしようと魔法で雨を降らせ、島の住人達には互いにケンカをさせる魔法をかけた。唯一この魔法から免れたヨッシーは島の守り神から不思議な力を授かり、仲間にかけられた魔法を解きながらクッパ達の潜む洞窟へ向かう。
本作は本来ヨッシーの敵であるモンスターたちも仲間になっていくという、珍しい展開があるのが特徴となっている。
ゲームボーイカラー末期の作品とあって、次世代機のゲームボーイアドバンスの作品と見紛うほどの高解像度で色彩豊かなグラフィックとなっている。
シリーズで初めてバッテリーバックアップによるセーブ機能を採用し、ゲーム進行だけでなくハイスコアや最高連鎖数など細かな記録の保存を可能とした。ゲームモードには対人戦の練習を目的としたおじゃまアタックが加わり、対戦プレイにステージクリアモードが追加された。初心者向けには以前までの作品に見られたハードルの高さを取り払おうとアクティブ連鎖の練習を行うための「スローモード」が、上級者向けにはパネルが消えている間もせり上げができる「ばくはつせりあげ」が用意されるなど、様々な新要素が盛り込まれた。
通信エラー時の画面が「パネルでポンGB」となっていたりするほか、カラー専用ソフトをカラー以外の本体（ポケットなど）に差し込んだ時に出る警告画面で特定のコマンドを入力すると
パネルでポンGBをプレイする事ができる。