高等商船学校生は卒業時に海軍予備少尉又は海軍予備機関少尉に任官され、戦時に召集されると海防艦の艦長、特設艦艇の艦長・艇長、あるいはそれらの艦艇の機関長等として船団護衛、沿岸警備の第一線で活躍したほか、乗り組んでいた商船が船ごと軍に徴用されて危険海域の物資・兵員輸送業務に従事するなど、予備士官といえども海軍兵学校出身の正規士官に負けない働きをした。
しかし、優秀なエキスパートであっても予備士官は将校とはされず、有事の際には指揮権継承の優先権を軍令承行令に基いて、将校たる正規士官より下位とされた。
太平洋戦争（大東亜戦争）では高等商船学校出身者の戦死率が海軍兵学校出身者よりも高く、これが後に至るまで海上保安庁（高等商船学校出身者）と海上自衛隊（海軍兵学校出身者）の関係に禍根を残した。組織的な背景を詳らかにすれば、商船学校はピュアに高等船員を養成するのに対し、海軍兵学校はロジスティクスも含めた海軍の官僚組織員の養成学校という本質的な違いがある。
そのほか、海上保安庁では固定翼の練習機を配備していないため、操縦士の初等教育は海上自衛隊に委託されている。
日米同盟.
アメリカ海軍との共同訓練.
国際協力.
海外派遣.
湾岸戦争後の自衛隊ペルシャ湾派遣に始まり、自然災害やPKO派遣等による海外派遣の輸送の要として活動している。米軍のアフガニスタン攻撃の際は、海上での米軍支援のためインド洋に自衛隊の大型補給艦を派遣した（自衛隊インド洋派遣参照）
防衛交流.
海上自衛隊は、各国海軍との防衛交流を積極的に推進している。
主要な部隊・機関.
自衛隊病院.
海上幕僚長を通じて指揮監督を受ける自衛隊病院
人員及び教育.
幹部教育については、術科学校及び幹部学校を中心に行われている。また航空学生制度により操縦士と戦術航空士の独自養成を行っている。
陸上自衛隊が新設を予定する海上輸送部隊の訓練に協力している。
留学生受入.
隊員の主な職域（職種）.
職域とは、各職種区分（ジャンル）ごとの区切り、職種とは、職域内で細分された各人の専門職務種別を指す。