JR駅舎の真下にある出口は東口である。橋上駅舎と跨線橋により改札外でつながる東西の出口にはJR東日本のロゴしかないものの、どちらの会社線に乗降する際も使え、流山線階段上に「流山線」と表記された案内標識がある。一方、出改札口は両社別でJRは橋上駅舎、流鉄はホーム上に存在する。両社間に連絡改札口は存在しないため、乗り換えの際は一度改札外に出る必要がある。流山線階段上に設置されているスピーカーは、その場所にもかかわらずJR線の遅延案内放送に使われる。
JR東日本.
のりば.
（出典：JR東日本:駅構内図）
流鉄.
発車ベルは東京近郊の鉄道としては数少ない「ジリジリ」と鳴る電磁タイプを使用している。装置は流山線入口付近にある。音量が大きい。
待合室内には、かつて総武流山電鉄→流鉄時代に活躍していた車両の写真が飾られている。また、幸谷寄りには流山市の観光案内図が設置されている。
駅舎内の施設（駅ナカ・駅ビル）.
饋電線の接続.
流鉄はかつて日本国有鉄道（国鉄）及びJR東日本から買電していた経緯から、JRの架線とき電接続されており、現在でも流鉄の変電所が機能しなくなった時の非常用として使われている。
貨物取扱.
臨時車扱貨物を取り扱っており、流鉄の新車を搬入するために使われる。このため、日暮里方で流鉄線とJR常磐線快速下り線の線路が接続されている。次の順番に繰り返し転線、方向転換する形で入換を行う。
現在のJR常磐線の複々線化までは、貨物の取り扱いが行われていた。
利用状況.
JR東日本および千葉県統計年鑑によると、近年の1日の平均乗車人員の推移は以下の通りである。
バス路線.
駅東口側は駅出口から少し離れている場所にバス乗り場がある。バス路線は南北方向の鉄道線に対して東西方向に伸びており、松戸市八ヶ崎・西馬橋・旭町・栄町西などからの連絡を担う。
東口（馬橋駅入口停留所）.
西口（馬橋駅西口停留所）.
廃止された系統.
並行区間など.
当駅から南流山駅へ向かうJR馬橋支線は全線「複線」扱いである。一部、単線のように見える部分があるが、その部分は当駅構内として扱われる。
幸谷駅
歴史.