失点率とは「失点をその守ったイニング数で割ったもの」で、グループにおける戦績が同じの場合の順位決定方法に当該チーム間の失点率によって決まるとした。
キューバ問題.
キューバ共和国は大会開催地のアメリカと国交が無く、アメリカ政府が対立するキューバに対して禁輸措置を行っているため、WBCの利益分配が禁輸措置に違反するという理由によりアメリカ合衆国財務省の海外資産管理事務所がキューバ代表チームの入国を拒否した。これよりキューバのWBC出場が危ぶまれていたが、MLB機構と選手会はキューバに利益分配金が入らないという条件で入国の再申請を行い、また、キューバのカストロ議長も、WBCの分配金をアメリカのハリケーン被害者に全額寄付すると表明。こうした各所でのキューバ参加に向けた積極的な動きによって、最終的にはテキサス・レンジャーズのオーナーを務めたこともあるブッシュ大統領の鶴の一声により財務省もキューバ代表の入国を拒否する理由が失われ、晴れて正式にキューバの参加が可能となった。
台湾問題.
初期においては台湾のエントリー名は「台湾」とされ、青天白日滿地紅旗（）がその国旗として表記されていた。しかし、中国からの圧力によってチャイニーズ・タイペイと表記され、国旗も五輪旗（）に変更された。
審判の問題.
またこの大会の審判は当初、MLBの審判で行う予定であったが、プレシーズンのため契約が不成立となり、マイナーリーグの審判を採用することになった。このことも、一連の誤審騒ぎともあいまって問題点として指摘されている。サッカーのワールドカップの審判員（各国のFIFAのトップクラスの審判、且つどのチームとも関係のない中立国の人間）とは対照的となっている。
この問題に関して日本が提出した質問書に対し、WBC大会本部は「判定への権限がある主審（球審）は最初からアウトの判定だった」として、「判定は正当である」、つまり、二塁塁審の判定はそもそも無効であり、球審がアウトを宣告した時点で初めてタッチアップに対する判定が下ったものと考えるという見解を示した。日本や世界では「世紀の大誤審」と呼ばれている。また、この誤審で初めてWBCが世界中に認知されたという皮肉も聞かれた。
開催時期の問題.
運営上のその他の問題点.
テレビ放送.
日本国内での放送.