大豆や麹のたんぱく質と糖分によるメイラード反応により味噌は着色する。強く蒸した大豆を多く使い、長期間、高温で熟成させると色が濃くなり赤味噌になる。一方、茹でて糖分やタンパク質を流し出した大豆を、精白した米や着色の進まない系統の麹を多くあわせ、短期間熟成させると白味噌になる。白味噌は熟成期間が短いので色が白く材料の麦などの粒子が残るものもある。熟成期間の長い赤味噌は保存のために塩分濃度が高い傾向にあるが、高温で超短期間に熟成を終える赤味噌である江戸甘味噌は塩分濃度が低く甘い。この中間として信州味噌を代表とする淡色味噌があり、全国的に普及している。
一般に赤味噌は塩分濃度が高く塩辛く、熟成期間が長いのでコクがある。白味噌は塩分濃度が低く麹の糖分により甘い。赤味噌は、東北地域（米と豆）・中京地域（豆）を中心に作られている。豆は糖分が少なくアミノ酸の材料である蛋白質が多く含まれているので、豆からは主に赤味噌が造られている。中京地域の一部では、黒い八丁味噌も含め赤味噌と呼び、その味噌汁を赤だしとよぶ。
米味噌・豆味噌・麦味噌の特徴と地域.
豆の赤味噌は蒸し大豆（或は煮大豆）と豆麹を用い、米の赤味噌よりも熟成期間が長いので、その色は米の赤味噌よりもさらに赤みが強く黒味を帯びた濃い赤茶色である。米味噌や麦味噌に比べて甘味が少なく、渋味がありうまみが強いのが、大きな特徴である。豆味噌を主として消費するのは中京圏の愛知県全域、岐阜県美濃地方の中南部・西部、三重県北勢・中勢・南勢と静岡県西部に限られる。豆味噌では、八丁味噌が代表的である。
全国の味噌.
日本各地で味噌は作られているが、各地方で材料・風味・色にそれぞれ特徴があり、地方色の強い食材でもある。
米みそ.
大豆と米を発酵・熟成させたもの。北海道から本州、四国など広い地域で造られている。
麦みそ.
豆みそ.
大豆のみを発酵・熟成させたもの。愛知県で主に造られている。
蘇鉄みそ.
大豆と玄米とソテツの実（方言で、なり）のデンプンを発酵・熟成させたもの。南西諸島特産。
調合みそ.
上記の各みそを混合したもの。または、その他の調味料を加えた合わせみそ。特に甲州味噌は関東圏と中部圏にまたがり、米と麦の両方を使用する全国でも珍しい味噌である。
もろみみそ.