三田本店以外の店舗では、味噌味・塩味、つけ麺や汁なし（油そばに似たメニュー。タレに背油や辛味、ネギなどを加え、少量のスープで伸ばしたものを麺に絡めて食べる。）、つけ味（スープにつけ麺のつけ汁を使用したメニュー）、生卵や生姜、チーズなどの有料トッピング（実施内容や期間、価格は店舗により異なる）などのメニューも取り扱っている。また、小サイズよりも更に少ないサイズを選択肢に加えている店舗もある。
店内でビールを提供する店舗も存在する他、店の前には特定保健用食品飲料を主として多く扱う自販機があり、そこで購入した飲み物に限らないが飲み物を持ち込めることが多い。
トッピングやカスタマイズ.
基本、トッピングはニンニクのみ。店員が客に向けて「ニンニク入れますか?」と声を掛けるので「ニンニクを入れる、入れない」を答えるだけで注文が完結する。
麺量については、食券提出時あるいは食券確認時などに「麺少なめ」「麺半分」などといった要望を告げれば受け付けてくれる。食券を提示する際に申し出れば基本のラーメンより「味薄め」「麺かため」「油濃さ薄め」「背脂少なめ」などと、基本量や麺の茹で始めのタイミングで加減をしてくれる店舗もある。
用語.
ライターの速水健朗は、彼らの多くが「二郎のラーメンが特別に美味しいわけではないが、食べずにいられない」「二郎はラーメンではなく二郎という食べ物である」といった価値観を持っていることを指摘し、ラーメン二郎を食べることを修業とし、巡業のように何度も訪れたり各地を回る「信者」のようだと考察している。また、ラーメン二郎は他の多くのラーメンチェーン店と違って店舗ごとに味が異なるため、様々な店舗を訪れてその味の違いなどの情報交換をインターネット上（ブログなど）で行ってコミュニケーションの素材として楽しんでいる。このようにジロリアンはラーメン二郎を「勝手なルールを元にしたゲーム」のように消費している面があるという。
ラーメン二郎創業者こと山田拓美氏のことを指す。
ラーメン二郎のファンが、その味の再現を目指して自宅で作る二郎風ラーメンを意味する語（テイクアウト専門店や通販などで購入できる二郎風ラーメン、あるいは二郎を模した即席めん類をそのように、あるいは「ジェネリック二郎」と呼称することもあり、前述の「鍋二郎」とは区別される）。