尊氏は後醍醐天皇との和解を図り、三種の神器を接収し持明院統の光明天皇を京都に擁立（北朝）した。その上で、是円（中原章賢）・真恵兄弟らに諮問して『建武式目』を制定し、施政方針を定め正式に幕府を開いた。だが、後醍醐天皇は京都を脱出して奈良の吉野へ逃れ、「北朝に渡した神器は贋物であり光明天皇の皇位は正統ではない」と主張して吉野に南朝（吉野朝廷）を開き、北陸や九州など各地へ自らの皇子を奉じさせて派遣した。
北畠顕家の戦死.
新田義貞の戦死.
北畠顕家・新田義貞という南朝を代表する名将が相次いで戦死したことで、軍事的に北朝方が圧倒的に優位に立った。
後醍醐天皇崩御と北畠親房の台頭.
小康期.
新田義貞・北畠顕家の戦死後は一旦小康期となったものの、各地で小競り合いや調略が続いた。
室町幕府では、保守派の左兵衛督足利直義（尊氏の弟）が、御成敗式目などの鎌倉幕府の古典的武家法を元に基礎を作り、革新派の執事高師直が、雑訴決断所牒などの建武政権の先進的な法制度を改良した政策（執事施行状の発給など）を打ち出すことで、順調に足固めをしていった。
四條畷の戦いと楠木正行の戦死.
吉野陥落.
四條畷の戦いで南朝に完勝した高師直は吉野へと兵を進め、吉野行宮を焼き払った。吉野が陥落して後村上天皇ら南朝一行は賀名生（奈良県五條市）へ逃れ、衰勢は覆い隠せなくなる。
観応の擾乱と高師直の没落.
その後、尊氏が政務を任せていた弟の足利直義と足利家の執事である高師直との対立が表面化し、観応年間には観応の擾乱とよばれる幕府の内紛が起こる。政争に敗れた直義は南朝に帰順し、尊氏の子で直義の養子になっていた足利直冬も養父に従い九州へ逃れて戦う。山名時氏など守護の一部も南朝に属して戦い、京都争奪戦が繰り広げられるなど南朝は息を吹き返すことになる。後村上天皇は南朝方の住吉大社の宮司家である津守氏の住之江殿（正印殿）に移り、そこを住吉行宮（大阪市住吉区）とする。
正平の一統と足利直義の没落.
直義の養子・後継者で、尊氏の非認知子でもある足利直冬は、この後も南朝と連携して、室町幕府・北朝への抵抗を続けた。
観応の擾乱後、南北は泥沼の戦いを続け、四度に渡る京都合戦を繰り広げたが、勝敗は付かず、お互いに疲弊するばかりだった。