黒澤監督の降板後、それまで日本側シーン撮影に参加していたスタッフは後任監督が決定するまでの間、撮影スタジオの東映京都撮影所に留まっている者もいたがメインスタッフだった黒澤組のスタッフや助監督らは既に芦屋に建造されていた戦艦・長門と空母・赤城の原寸大オープンセットやスタジオセットを準備していた村木与四郎、近藤司率いる美術スタッフらを除いてほとんど降板した。
また、企画段階から参加し音楽担当で作曲作業を進めていた武満徹も降板している。
黒澤が意欲的に抜擢した素人俳優たちは黒澤降板後に解雇され、源田実中佐役で出演予定だった山﨑努をはじめとする職業俳優出演者の一部も降板した。
舛田利雄・深作欣二の登板.
日本側キャスティング.
山村と田村は鹿島建設の出資、東映配給による超大作映画『超高層のあけぼの』にそれぞれ出演が決定し、田村は第一部の主役だったが、『トラ・トラ・トラ！』との掛け持ちは不可能の理由で突如降板した。
南雲忠一海軍中将役の東野英治郎、三川軍一海軍中将役（完成作品では山口多聞海軍少将役に変更）の藤田進は引き続き新体制後の現場に参加した。
また近衛公爵役の千田是也、駐米大使館書記官役の久米明らも新体制後も撮影を続けたが、黒澤組の撮影したシーンはすべて撮り直された。
アメリカ側撮影.
日本側撮影の再開.
こうして舛田利雄と深作欣二が後任監督に決定し両監督を中心に日本側撮影が再開されることとなった。台本は黒澤らが執筆したものが使われ、舛田や深作もその通り撮ったが、アメリカ側が大幅にカットした（黒澤の強い要望から製作会社との協定が結ばれ、本編では一切黒澤の名前がクレジットに出なかった）。黒澤組としてプロジェクトに参加していたスタッフのうち、再び参加が可能な人たちには参加をお願いし、日本側撮影のメインカメラマンは慣れない東映スタッフとの仕事ということもあり舛田たっての希望で日活の姫田真佐久が参加した。今後の九州、京都、大阪での撮影は取材を拒否する方針との表明があった。このため以降の撮影を取材した記事はほとんど見られない。
再現された日本海軍機動部隊と航空機.
航空機.