頼朝は総州・武蔵を経て鎌倉に入り、富士川で平家と対戦、これを敗る。黄瀬川で奥州から駆けつけてきた義経との「兄弟対面」を演出した頼朝は、直ちに都に進撃することなく東国経営に着手する。頼朝の下に参じた東国武士たちの結束を密にし、頼朝の御家人とすべく、鎌倉では婚礼の議が続くが、直ちに京都に出陣することを主張する義経は不満を露にし、御家人の中で疎まれる存在となっていく。この間、頼朝の浮気に怒った政子が、その相手の家を焼き討ちする事件が発生する。北条一門が鎌倉を去る中、ただ一人残った義時を頼朝はいたく信頼するのであった。義時は、心ならずも一族同士が殺し合わなければならなかった茜と、身を寄せ合うように暮らしていた。政子は頼朝の跡継ぎとなる男子万寿（後の源頼家）を出産するが、その妊娠途中にまたも頼朝は浮気に走る。今回言い寄ったのは、義時の妻である茜であった。やがて茜の妊娠が判明するが、義時の子供なのか、頼朝の子供なのか、本人にも判断がつかなかった。茜はこれを恥じ、義時に真相を語らないまま鎌倉を去り、京の平家に身を寄せ、やがて男子を出産した。頼朝軍に敗れ零落した祐之もまた、京で苔丸ら盗賊団の一味となっていた。
信濃で決起した木曽義仲は、頼朝との和睦の証に嫡子・義高を鎌倉へ送ってきた。表向きは頼朝・政子夫妻の長女・大姫の婿ということであり、まだ幼い大姫はこの婿殿と戯れるのであった。京都へ入った義仲は、後白河法皇を武力で幽閉、法皇からの救援要請に応えた頼朝は、義経を派遣してこれを討たしめ、勢いに乗った義経はさらに、義仲によって都落ちし、その後一の谷まで戻ってきていた平家を攻撃、これを西海に走らせた。その功によって義経は法皇から官位を授かるが、このことが頼朝との亀裂を生むことになる。
鎌倉では、政子の努力も虚しく義高は殺され、このことで大姫は父・頼朝に心を閉ざす。京都の義経は静という白拍子に魅かれ、やがて恋に落ちていく。源範頼の指揮下、滞っていた平家討伐に業を煮やした頼朝は、再び義経を起用する。義経はこれに応え、屋島の戦いで瀬戸内の制海権を握り、壇ノ浦の戦いに臨み、遂に平家を滅亡に追い込んだ。この戦いに従軍していた義時の目の前で、茜は海へ飛び込む。そのとき鎌倉には、既に茜が生んだ男の子が届けられていた。後の北条泰時である。