家畜ふん堆肥など堆肥の原料は様々で、肥料成分も多様であり、堆肥の使用目的や要求される条件も異なるため、どの堆肥がよいかは作物や土壌の状況に合わせて総合的に判断する必要がある。堆肥を作る立場では流通・散布時の取り扱いやすさが重視されるため、発酵が進み、水分が少なく、手触りがサラサラとしていて、においが少ないほうがよい堆肥とされる。また、堆肥を使う立場では、堆肥の肥料成分や土壌改良効果、安全性、価格や入手面のコストが重視され、堆肥に期待する効果が肥料成分の供給か土壌改良（土壌の物理性の改良）かによっても異なる。
堆肥の種類.
家畜ふん堆肥.
最も堆肥化が行われているものが、家畜ふんの堆肥化である。使用されるのは主に牛ふん堆肥、豚ふん堆肥、鶏ふん堆肥である。
豚ふん堆肥と鶏ふん堆肥は水分が低く、特にりん酸の肥料成分が多いが難分解性有機物含量は少ない（炭水化物は豚ふん堆肥と鶏ふん堆肥で同程度）。豚ふん堆肥と鶏ふん堆肥は肥料系、牛ふん堆肥は土づくり系の資材とされている。
稲わら堆肥.
もみがら堆肥.
木質堆肥.
せん定枝堆肥.
リンゴなど果樹の剪定枝をチッパーで粉砕して窒素源として鶏ふんや石灰窒素を混ぜて堆肥化させたもの。
バーク堆肥.
針葉樹のバークを原料にした堆肥で、腐熟が難しい堆肥原料であるが、保水力や保肥力など物理性の土壌の改良効果が高いため利用されている。樹皮だけを発酵させたものと、樹皮に家畜ふんを加えて発酵させたものがある。
生ごみ堆肥.
ゴミの減量化などを目的として、企業から排出される生ゴミを堆肥化する施設が建設されている。また、一般家庭でもコンポスターを使用して生ゴミの堆肥化が行われている。窒素・リン酸・カリウムの含有はやや低い。さらに、生ごみと共に紙ストローや新聞紙、ティッシュ、段ボールなどをきめ細かくした紙ごみ（感熱紙、ノーカーボン紙、裏カーボン紙、防水加工のされている紙、粘着テープのついたもの、圧着ハガキ以外の紙ごみ）を、そのまま土に還す、もしくは水で少し湿らせて土に還すことができる。
堆肥の位置づけ.
各有機質肥料.
堆肥は動植物性の有機物を原料とする有機質肥料の一種である。有機質肥料には他に動植物質肥料（魚粕粉末、菜種油粕、骨粉など）や有機副産物肥料（汚泥肥料など）もあるがこれらとは区別される。
下肥.
厩肥.