下痢はウイルス性胃腸炎の場合は水溶便であることがほとんどだが、腸管出血性大腸菌、赤痢菌、サルモネラ菌、腸炎ビブリオ、カンピロバクター等の細菌が原因の場合は血便となることがしばしばある。
各症状の出現頻度には患者年齢や病原体による差もあるが、個人差が極めて大きいのも急性胃腸炎の特徴である。症状の持続期間も個人差が大きい。
例えば、ベロ毒素を産生する腸管出血性大腸菌や赤痢菌に感染すると、溶血性尿毒症症候群を起こすことがある。
サルモネラ菌では敗血症を、カンピロバクターでは稀にギラン・バレー症候群を続発することがある。
治療.
嘔吐は1日以上続くことは少ない。このため、症状が軽症であれば経口での水分摂取を薦めることで十分である。関節などの痛みや高熱を伴う場合もあり、発熱性過換気症候群を併発したケースもある。咳や鼻水を主たる症状とした、一般的な風邪とは異なり、重症となり入院するケースは少ない。入院した場合には、通常の点滴による水分補給及びビタミン点滴による栄養補給を行い原則として絶食する。絶食によって腸管を休ませることが最大の治療であり、風邪と同じく特効薬はない。通常、水性下痢が治まるまで点滴を行い、通常の食事を取って正常な便が出るまでに回復すれば退院となる。
嘔吐の程度が強く経口摂取が十分にできない場合、経静脈輸液（いわゆる点滴）が必要となる。特に小児などではアセトン血性嘔吐症（自家中毒）の合併が多く、こちらにも急速輸液が有効である。嘔吐の持続期間が長く経口摂取できない状態が続く場合や、下痢が重篤で経口での水分摂取が追いつかない場合、明らかな脱水がみられる場合は、入院して絶飲食とし、十分量の輸液を継続する必要がある。
ウイルス感染が圧倒的に多いため、病原体ごとに特異的な薬剤というものは存在せず、また使用する必要もない。脱水さえ回避できれば症状は自然軽快するからである。細菌性腸炎の場合でも、よほど重篤な場合を除いては、抗菌薬の投与は必要ない。細菌性腸炎は実質臓器の細菌感染や敗血症と異なり、自然軽快傾向が強いからである。