海上保安庁や自衛隊の艦船上の有視界通信、交通誘導を行う警備員、鉄道において列車や車両の乗務員へ手信号や合図を現示する職員、スポーツや公営競技の発走係員・競走審判員などが用いている。道路交通誘導の警備員や船舶関係者は赤と白を、鉄道業務では赤・白・緑の旗を用いている。
その他、マラソンや駅伝などのスポーツの応援の際にも用いられる。
携帯用無線機が普及する以前は、測量業務やクレーン運転合図にも多用されていて資格試験にも手旗を用いた合図法が出題されたりもしたが、現在は至近距離で素手合図を、素手合図を視認できない距離では携帯用無線機が用いられており、手旗を用いた合図は用いられていない。
通信手段.
日本の船舶関係者は紅白の旗を持ち、日本船舶信号法に定められた形象を用いて文字などの通信を行う。
鉄道業務.
別名フライ旗（き）。
鉄道の場合、通常、駅のプラットホームで列車の進入監視業務や出発監視業務を行う時は赤旗を持ち（列車が進入する場合や、列車が出発する際に駅のプラットホームなどになんらかの異常がある場合、持っている手旗を振って列車に対していつでも非常停止合図を現示できるようにするためである。）、列車および車両に対して手信号を現示する場合や入換・連結・解放の誘導合図を行う場合は、赤旗と緑旗を用いる。旗の形状も色々あり、通常は取っ手の付いている旗が主流だが、南海電鉄では取っ手の付いていない赤旗、緑旗が用いられている。旗の色だけでなく持ち方も決められており、旗を広げた状態で合図を現示する場合と旗の下の端一片を握り棒と一緒に握って旗を広げずに合図を現示する、いわゆる「旗を絞った状態」で合図を現示する場合があって、持ち方で合図の意味が変わる。国土交通省令・鉄道運転規則では、臨時手信号の徐行信号で赤手旗と緑手旗を絞って頭上で交差させる現示方式や入換合図の僅少の移動を指示する合図で絞った赤手旗を高く掲げてその下で緑手旗を振る現示方式が定められている。
駅職員が赤旗を軸棒に巻き丸めるのではなく赤旗を絞って携行するのは、何らかの異常があった場合に、即座に旗を広げて停止合図を現示できるように備えるためである。
なお、駅業務、運転業務、保線業務などの分野を問わず、夜間やトンネル内や地下では手旗の視認が困難なことから、電光式の合図灯が使われる。
モータースポーツ.