伽藍を構成する主な建物として、俗世間との境界を示す山門、本尊を祀る本堂、仏塔、学習の場である講堂、僧の住居である庫裏、食堂（じきどう）、鐘楼、東司などがある。これらの要素の名称、配置や数は宗派、時代によって異なるが、古くは鎌倉時代の『聖徳太子伝古今目録抄』で金堂、塔、講堂、鐘楼、経蔵、僧坊、食堂の七つがあるのが伽藍、としており、これを七堂伽藍と呼ぶ。また、後に禅宗では、仏殿（金堂）、三門（山門）、僧堂、庫院（くいん）もしくは庫裏（くり）、法堂（はっとう）、浴室、東司（とうす）（または西浄〈せいちん〉）から構成されるが、禅宗以外も含め、宗派や時代によってまちまちである。実際には、単に多くの建築物を擁する大寺院を七堂伽藍と呼ぶことも少なくない。
平安時代に入ると、密教の山岳寺院では敷地の制約があり、奈良時代のような整然とした伽藍配置は見られなくなった。しかし、平安京の羅城門の東西に建てられた東寺・西寺など平地の伽藍では奈良時代の配置が踏襲された。山岳寺院では高野山の壇上伽藍が存在する。
また浄土教の発展に伴い、阿弥陀堂を中心にして前面に広い池を設けた浄土曼荼羅図（浄土変）にみるような伽藍が多く建てられた。これは貴族の邸宅の形式である寝殿造が寺院建築に取り入れられたものと見られる。藤原道長建立の法成寺（廃絶）、白河天皇発願の法勝寺（廃絶）、平等院鳳凰堂などでは池の西岸に阿弥陀堂が建ち、現世において彼岸（阿弥陀如来の住する西方極楽浄土）を拝するという意味があった。
鎌倉時代になると、禅宗の伝来によって再び整然とした伽藍配置が行われ、総門を入ると三門（山門）・仏殿・法堂が一直線に建つ伽藍配置が現れた。三門からの回廊が仏殿に達し、後ろに法堂・方丈を建て、回廊左右に庫院と僧堂を、三門斜前方に浴室と東司を設けるという中国風の左右対称の伽藍配置をもつ寺院もあるが、回廊まで含めて残っているのは富山・瑞龍寺、京都・萬福寺など近世以降のものに限られている。なお、禅宗寺院でも塔を建てる場合があるが、伽藍中枢部を離れ、伽藍配置として有機的な関連は持たない。