やがて信濃源氏の木曾義仲が北陸一帯を平定し、余勢を駆って京へ進撃した（倶利伽羅峠の戦い）。平氏は防衛が困難な京を一時放棄し、義仲は法皇を擁して都を占領する。が、あぶれ者ばかりの義仲の軍は市中で乱暴を繰り返し、京洛はたちまち阿鼻叫喚の巷と化し、法皇はたまらず鎌倉の頼朝に救援を求めた。いまこそ都に乗り込む好機と捉えた頼朝は軍を進発させ、義経も部隊を率いて義仲を討ち取り、初陣を勝利で飾る（宇治川の戦い、粟津の戦い）。鎌倉勢は京を制圧するものの、義仲掃討に奔走する間に平氏は体勢を立て直し、捲土重来を窺い京へ攻め込む気配を見せた。要害の地・一ノ谷に張られた平氏の陣営を攻撃するのは非常な難事であったが、義経は騎馬武者をまとめて一部隊を組織し、騎兵部隊の長駆による奇襲攻撃を試み、鮮やかにこれを潰乱させる（一ノ谷の戦い）。多くの将領を討ち取るという大戦果は京洛を沸き返らせたが、しかし鎌倉の反応は冷淡であった。個々の武者同士のぶつかり合いが常識である当時に義経が初めて用いた戦術の価値は認められず、直接兜首をあげたわけでもない義経の功績を讃える者はいなかった。が、ただ一人頼朝のみは義経が何をなしたかを察し、その功の大きさに戦慄した。やがて何の恩賞も得られなかった義経が法皇の厚意で官位を賜ることとなり、その浅慮な行動が頼朝を激昂させる。鎌倉からの奏上なく官位を貰うことは朝廷の序列に入ることであり、そうなれば頼朝の模索する武士による自治政権構想は崩壊しかねない。頼朝は朝廷から隔絶した新たな政治体制を作ろうとしていたが義経はそうした構想を理解できず、鎌倉政権を牽制しようとする法皇にまんまとのせられたのだった。頼朝は在京の代官から義経を解任し、来るべき平氏の追討戦からも外した。義経はただ当惑するばかりで、兄の勘気の理由がまるでわからなかった。