そのため、小山美秀子の判断や指導が教祖の教義の記述と矛盾していたとしても、信者は小山美秀子の方が正しいと判断する。その延長として、直接的に小山美秀子の指導とは限らない神慈秀明会の活動方針や各拠点の活動方針が教祖の教義と矛盾していても、会主小山美秀子の名の下にその矛盾は許容され、受け入れられている。事実、神慈秀明会の活動や思想には、教祖の教義との矛盾点や問題点が多数発見されている。
ところが、小山美秀子自身は、神と信者との関係性について、次のように説いている。「今までの考えでいけば、私をその間（註：神と信者との間）の取り次ぎ者とみるかも知れない。しかしこれはたいへんな誤りです。何者も介しないのです。
小山美秀子の思想が、神と人との間には何者も介さないというものでありながら、現実問題として、神慈秀明会では、神慈秀明会という団体や、会主小山美秀子を介さないと、大光明（みろくおおみかみ）や岡田茂吉とつながることは出来ないと暗に説いている。その結果、神慈秀明会の信者は、会主が「何者も介さない」と言っているのだから自分たちの信仰には何者も介在していないはずであると信じながら、同時に神慈秀明会という団体や会主小山美秀子を介さないと信仰は出来ないとも信じている。また、それは事実上、会主小山美秀子に対する信仰になってしまっているということに気づいていない。だが多くの信者はこの矛盾に気づいておらず、この点が信者の言動や思想における様々な矛盾発生の原因になっている。