フランス共産党を内部から批判すべく、『マルクスのために』、『資本論を読む』を著し、マルクス研究に科学認識論的な視点（認識論的切断や徴候的読解）を導入した。また、論文「イデオロギーと国家のイデオロギー諸装置」において、呼びかけ＝審問()による主体形成の理論を提案した。
高等師範学校への復学後、アルチュセールはガストン・バシュラールの指導のもとヘーゲルを研究。バシュラールのもとでの研究が後の認識論的切断を生み出した。
生涯.
伝記.
自伝（『未来は長く続く』）執筆のきっかけ.
（ウィキペディア・フランス語版より抄訳）
アルチュセールの友人は、反論を勧めた。しかし、彼も予審免訴に与っているのだから、その記事はたしかに当を得ている。こうして、アルチュセールは自伝をものして、自分のしたことを説明しようとしたのだ。（『未来は長く続く』の「編者による紹介」を参照〔邦訳には載っていない〕。）
思想.
「歴史の科学」の発見.
当時各国の共産主義を取り巻いていたヒューマニズムの風潮に、アルチュセールは警鐘を鳴らした。彼の目するところ、それは凄惨な粛清を生んだスターリン主義と地続きのものであった。加えて マルクス主義ヒューマニズムには、若きマルクスの疎外された主体性の奪還というテーマですべてを語ろうとするきらいがあった。そうではない。マルクスのもっと重大な発見は、別なところにある。若きマルクスはその時代の学問的風潮に未だ捉われていたのであり、『ドイツ・イデオロギー』を境目として、真に彼独自の思想が展開されるのだ。アルチュセールはそう考えた。これが、「認識論的切断」のテーゼである。
アルチュセールの説くところ、マルクス独自の思想は、ヘーゲル的なプロブレマティック（問題系、問題設定）を脱するところに開花する。ヘーゲルにおける「現象」と「本質」の関係、単一の内的原理から社会を説明する方法を、マルクスはひっくり返す。それも、ただひっくり返すのではなく、「現象‐本質」という前提（プロブレマティック）そのものを問い直し、「（経済的）土台による規定と上部構造による反作用」という別な問題を提示する。こうして、「重層的決定」の概念が登場する。ここにおいて、社会の一元的な規定原理というものは想定しえないのである。