毛利氏は同盟する他大名との外交でも大きなメリットを得た。大名同士での外交は、どちらが格上でどちら格下か、が極めて重要であり、自分の格に関してはとても敏感であった。それゆえ、毛利氏が上から目線の態度を取れば、外交問題に発展する可能性もあったが、義昭の存在がそれを解決した。毛利氏は信長と戦うにあたり、対等・両敬にあった他大名への協力を必要としたが、彼らに何かを要求するとき、その代弁者として義昭を利用した。義昭は将軍であり、毛利氏と同盟する大名は皆、義昭を主君として仰いでいたため、義昭から大名らに伝達する形を取られた。また、義昭が各地に出した御内書には、輝元の副状が添えられていた。
輝元は副将軍として義昭を庇護することにより、毛利軍を公儀の軍隊の中核として位置づけ、西国の諸大名の上位に君臨する正統性を確保した。
これにより、毛利氏の支配領域である中国地方、北四国、北九州、さらには丹波、摂津の一部に及ぶ広大な領域に影響力を行使した。
とはいえ、輝元が自身を副将軍と認識していたことに関しては、あくまで毛利側の自己認識に基づくものであったとする見方もある。毛利氏は上杉氏や武田氏、石山本願寺ら同盟していた勢力よりも上位にあったわけではなく、各地の大名らに上位の存在と認識されていたわけでもない。また、主君に準ずる立場にあったわけでもない。それゆえ、毛利氏は同盟する大名に直接命令を下せたわけでもない。
一方、輝元が自らを副将軍として位置づけたことを、輝元自身や当時の人々は時代遅れの行動をしているという意識は全くなかったとする見方もある。かつて、毛利氏の主家であった大内氏が足利義稙を擁して上洛し、復位させたことにより、海外貿易の利権を握ることに成功していたこともあって、その先例に倣おうとしたとされる。
また、毛利氏は義昭の上意をそれなりに尊重しなければならなくなった。義昭は毛利氏にさまざま上意を下したが、その内容は軍事作戦にまで及んでいた。義昭の上意に強制力はなかったが、毛利氏は義昭から便宜を受けている以上、その意向を完全に無視できなかった。そのため、輝元も配下の諸将に義昭の上意による軍事作戦を伝えており、義昭の意向が一定の割合で受容されていた。