前照灯シールドビーム化改造.
中央本線名古屋地区転用改造.
行先表示には方向幕は使用せず、先頭車側面に行先表示用のサボ受けが設けられた。前面の運転台窓にはデフロスタが設けられ、助士席側にワイパーが増設された。後にデフロスタは熱線入りガラスに交換された際に撤去されている。
仙石線転用改造.
JR東日本の改造工事.
また、運用路線ごとに特化した仕様への改造も施工された。
これにより、同社の本系列は消滅。なお、以下で同社が施工した大規模改造工事について解説を行う。
電気連結器設置改造.
前面強化工事.
入換車への転用.
JR東海の改造工事.
ドア点検蓋の設置.
電動方向幕の使用.
JR西日本の改造工事.
承継車両の多くが初期から中期型車であったことから、延命を図っている。また、JR化後に新たな用途が多数発生しており、それに合わせた改造も見られる。
羽衣線向けワンマン化改造.
座席モケット交換.
腐食対策.
延命の一環として、腐食の原因を取り除く改造がされた。
スカート設置.
下関・広島地区転用改造.
和田岬線転用改造.
JR九州の改造工事.
筑肥線向けワンマン化改造.
筑肥線向けトイレ設置改造.
性能・運用面での比較・評価など.
投入線区の拡大.
駅間距離の長い線区への進出.
ダイヤ上の問題.
主電動機の性能比較.
国鉄電車用主電動機との比較.
通勤用車両の冷房化率の推移.
他形式等との比較.
大量生産の弊害.
標準化による技術の停滞.
国鉄の財政赤字.
チョッパ制御車の開発遅れ.
抜本的な性能特性改善の未実施.
運用.
山手線・赤羽線.
京浜東北線・根岸線.
常磐線・成田線.
中央快速線.
中央・総武緩行線.
横浜線.
埼京線.
川越線・八高線.
青梅・五日市線.
武蔵野線.
京葉線.
南武線.
鶴見線.
仙石線.
名古屋地区.
大阪環状線・桜島線.
関西本線（大和路線）・奈良線・おおさか東線.
阪和線.
東海道・山陽緩行線（京阪神緩行線）.
片町線.
福知山線（JR宝塚線）.
和田岬線.
加古川線.
播但線.
岡山地区.
広島・下関地区.
筑肥線.
試験.
チョッパ制御試験.
VVVF試験.
訓練機械.
塗色.