上述の特徴から、「幕屋」は異端であると見なされている。フリーライターの島崎愛が書いた小文によれば、「幕屋」が、他のキリスト教教団の説かない「原始福音」なる概念を重要視すること、新約聖書よりも旧約聖書を重視する傾向があること、ユダヤ教の教義に寛容であること、きわめて政治的に右派的な主張を展開することから、一般的なキリスト教からは異端とされている。
上杉聰は、キリストの幕屋について宗教右派に属するとしている。
ユダヤ教との接近.
ユダヤ教との接近は、例えば、キリスト教の象徴である十字架を、ユダヤ人が象徴として用いてきたメノラー(七枝の燭台)へ置き換えた点などに見られる。その他にも、賛美歌の中にユダヤ民謡が取り入れられたり、ユダヤ教の安息日が祝福されるなどしている。
民俗習合.
日本の民族宗教との混合に関しては、例えば、バル・ミツバと呼ばれる成人儀礼の制度化があげられる。これは、毎年春休みに全国から教団の中学生を集めて熊本や阿蘇山で行われる儀式で、その中には滝浴びをはじめとした「お禊」、熱した炭火を敷き詰めてその上を渡る火渡りなどの苦行が組み込まれている。これらの苦行は、信仰を試すために参加者全員に課されているだけでなく、年次総会の恒例行事でもある。「幕屋」によると、信仰を試すためにこのような苦行が導入されているという。
新国家主義.
手島は「幕屋」の運動の中で、キリスト教の中にユダヤ教の要素を復活させようとした他に、日本の風土への土着化を進めた。「幕屋」以外のグループによる土着化では、武士道や仏教、儒教、神道の価値観が取り入れられたのに対して、手島はもっと歴史を遡り、外来文化到来以前の古代日本の霊的世界とキリスト教とを混合した。手島は古代日本の霊性の礼賛者であり、弘法大師、法然、日蓮、白隠のような仏僧の貢献が大きかったことを認めはしたが、それ以上に古代日本を重要視した。たとえば、手島は、『古事記』や『日本書紀』に書かれた、日本人と神の霊的交わりは、聖書に現れる天使と人間の交流のことであると主張した。また手島は、古代の日本人が、霊性と神への依存という観点から模範的であるばかりでなく、真の人間らしさが志向すべきものであると主張した。
「幕屋」の新国家主義的傾向の例としては、機関紙『生命之光』での神武天皇の霊的指導力と日本国家樹立を扱った漫画の連載、