議長は内閣総理大臣の指名を行うことを告げ、投票方法の説明ののち参事に点呼を命じる。点呼は議席番号順に行われ議員は壇上（衆議院は時計回り、参議院は反時計回り）に上がり票を投じる。投票終了後、議長が「投票漏れはありませんか」と投票漏れがないか確認し、投票漏れがなければ議長の「投票漏れなしと認めます。投票箱閉鎖・開票。」の宣告が入り開票作業に入る。なお、後述のように内閣総理大臣の指名など選挙手続における投票の場合においては表決における記名投票の場合とは異なり議場を閉鎖しない（表決の項目も参照）。
慣例により参議院議長は投票しないこととなっている。衆議院議長及び両院の副議長は投票している。衆議院議長が記入した投票用紙は事務総長を通じて参事に渡され、参事が代理で票を投じる。
開票.
議長は投票終了確認後、投票箱の閉鎖を宣告し、参事に投票の計算及び投票の点検を命じる。
開票作業は参事により行なわれるが、衆議院では閣僚席後側のテーブル（内閣総理大臣が座る箇所の後側で、事務次長などが座る箇所）にて、参議院では演壇にて行なわれたのち、事務次長に集計・記録を行なう。そして結果が記載された用紙を事務総長に最終確認し、議長に手渡される。
白紙の票、国会議員以外の者を記載した票、被指名者の特定が困難な票（同姓の国会議員がいる場合で姓のみを記載した票は按分票とされず無効票とされるのが先例である）、投票者の氏名の記載を欠く票（投票者の記載が必要な衆議院のみ）などはすべて無効票となる。なお、後述の決選投票となったときは決選投票の際に対象となっている者以外の者を記載した票も無効票となる。
衆議院においては、投票結果の報告に先立って衆議院議長が投票総数及び本投票の過半数と無効票について報告し、それに引き続いて事務総長から開票結果が報告される。参議院においては参議院議長が開票結果を報告することになっている。
指名.
両院での指名後の手続.
各院ともに指名後は散会あるいは暫時休憩となる場合が多い。「暫時休憩」は一方の議院がまだ確定していない場合で衆議院がほとんどである。両院とも指名された者が同一であれば暫時休憩がそのまま散会となる。