分類学は、この世に存在する、あるいは存在したすべての生物をその対象とする。現在存在しない生物については古生物学が分担するが、現在の生物の分類にも深く関わりがあるため、それらはまとめて考える必要がある。実際には、個々の分類学者はその中の特定の分類群を研究対象とし、全体を見渡した分類体系をその対象にすることのできる人はあまりいない。
分類学は本来は進化論とは無関係であったが、現在では近いどうしを集め分類群を作成することで系統樹が作成され、分類学は進化を理解する上で重要な役割をもっている。
分類学が成立すること.
生物の世界で分類学が成立することは生物の重要な特徴の一つである。分類学が成立するためには以下のようなことが必要であろう。
まず、生物は種に分かれている。つまり、まず、生物には、細部にわたって同じ構造、機能をもつ個体が複数存在し、それらが生殖によって同じ構造・機能を持つ個体を再生産している。しかも、それらとは違った構造・機能を持ち、同様の個体を再生産する群も存在し、それらの間にはっきりと見分けがつく。このような群を種と呼ぶわけである。
次に、種はそれぞれに固有の特徴を持つが、種を互いに比べたとき、基本的な部分は似ているが、細部で異なった種がみつけられる。それらをまとめることで、ある程度、基本的には似ている種をまとめられる。それを属と呼んだり、科と呼んだり、とにかくそうしてつくったグループを見比べると、それをさらにまとめることができ、このようにして、次第に大きな群をつくることができる。それらの群を分類群という。
実際にはすべての場合にこのようなことがみられるとは言い難いが、大部分の場合にはそうである。このような事柄は生物以外のものではなかなか成立するものではない（再生産されることをのぞいてもである）。分類学者はそこに何らかの意味が存在することを認め、正しい分類をすれば、生物の分類群間の正しい関係をみつけることができることを確信する。その関係のことを類縁関係、それによって組み立てられた分類体系を自然分類と呼ぶ。類縁関係を進化という現象によって理解し、分類体系を再構成しようという考え方が進化分類学である（現在の世界にも進化論を受け入れない人々がおり、彼らはまた異なる考え方をする。創造科学を参照）。
分類学の歴史.
人為分類.