戦後になると雅春は反ユダヤ主義的な内容を含む教義の一部を撤回し、さらには「天皇中心の社会主義運動」を提唱した。被占領期間中は第二次世界大戦の悲劇を繰り返さないために政治活動を行うことを表明したが、一方で国民主権論を否定もしていた。このような状況において、東京都調布市飛田給にある「生長の家飛田給練成道場」において「愛国」をテーマとする青年向けの練成会が開催されることとなり、生長の家学生会全国総連合（生学連）や生長の家高校生連盟（生高連）が結成された。戦後の学生運動の中では雅春の主張の愛国的な部分が強調されるようになった。
生長の家の政治運動には初期から路線対立が存在していた。最初に対立が表面化したのが生学連で、日本学生同盟との関係を巡って早稲田大学の鈴木邦男と長崎大学の安東巌が激しく対立、鈴木は生長の家を追われることとなった。安東らのグループの中には日本青年協議会を結成した長崎大学の椛島有三らが、積極的に政治活動を行った。安東は後に生長の家青年会副会長となり、彼らのグループは「生長の家青年局」と飛田給練成道場を拠点にしたため「飛田給派」と呼ばれた。一方で、教団内部には昔からの本部職員や婦人組織である白鳩会を中心にした信仰重視の「本部派」や、出版部門である日本教文社や生長の家総本山を拠点とした「教文社派」と呼ばれる派閥も形成されていた。
日本会議の源流となる椛島・安東の二人がいずれも、（核攻撃を体験し戦争絶対反対のはずの）長崎大学の学生であったというのは非常に興味深い事実であると青木理は述べている。
路線対立と敗北.
教団との決裂.
教団への裁判闘争.
本流運動系の諸団体の中で、もっとも強硬に教団を非難する団体として谷口雅春先生を学ぶ会（学ぶ会）とその出版部門光明思想社（教団側の「日本教文社」に相当する社）が結成されると、両者の対立は激化した。であり、こうした活動が日本の右傾化（ネット右翼の出現等）の一因になったとの指摘もある。
このように、本流運動による教団側への裁判闘争は現在も続き、教団と本流運動は全面的な対立関係にある。
元講師・元会員に対するスラップ訴訟.
この批判は、具体的には、
という批判であった。