ラクスがキラに助けられる形でアークエンジェルに保護され、後に戦いで不利になったアークエンジェルから人質とされると、キラに対して怒りを顕わにする。キラがラクスの身柄をザフトに引き渡した際、ラクスを取り戻しに向かったアスランはキラにも共に来るよう説得するが、断られた。
地球降下直後の移動の際、搭乗していた輸送機が墜とされたためイージス共々パージされ、漂着した無人島にて、同じく漂着していたカガリ・ユラ・アスハと出会う。お互いに自分の考えをぶつけあい、武器を向け合いもしたが、最後には名前を教え合い友好的な雰囲気で別れた。救助された後はニコル・アマルフィ、イザーク・ジュール、ディアッカ・エルスマンを率いてアークエンジェル追撃にあたり、途中オーブに匿われたアークエンジェルの行方を探るためオーブに潜入した。偶然再会したキラから今も変わらぬ友情を伝えられ、さらに苦悩するが、キラとの出会いからオーブに居ると分かったアークエンジェルを軍人として討つことを決意する。
地球に降りたアスランは、地球連合軍のオーブ解放作戦に遭遇し、地球連合軍の新型MS（カラミティガンダム、フォビドゥンガンダム、レイダーガンダム）相手に苦戦するフリーダムを発見。ニコルをキラに殺されたことや、ラクスの言葉やカガリの言葉、マルキオ導師が養育している戦災孤児の男児がザフト軍への恨みや憎しみからアスランの足を蹴ってきたことなど様々な思いを交錯させつつもオーブ側に加勢することを決意し、任務を放棄して自らの意思で戦闘に介入。キラを援護して地球連合軍を撃退する。戦闘後、カガリの仲介もあってキラと和解を果たし、キラ達の望む平和が自分の望む世界と同じであると感じたことから、ザフトを離脱しラクスの主導する三隻同盟に加わった。