ボートのシーンは、実景では大人が操縦するもので撮影し、ブルーバックで撮影した子供たちが乗るものに合成で差し替えている。関口は、夏場の撮影であったためプールは水が濁っていて使えず、ブルーバックで水をかけるという非常識な撮影をしたと述懐している。神殿に突入するシーンは、ミニチュアをモーションコントロールカメラでコマ撮りした映像に、ボートと水を合成している。
ピラミッドから脱出する際に階段を駆け下りるシーンは、向ヶ丘遊園の階段で撮影した人物をミニチュアセットに合成しているが、ミニチュアの階段の幅では人物に対して大きすぎるため、階段部分のみロケ地に合わせて圧縮している。割れた海を駆け抜けるシーンも、大プール横の通路で撮影した人物を合成しているが、関口は俯瞰で小さかったためあまりありがたさがなかったと述べている。
特撮.
本作品での特撮は、ピラミッドを中心にプールでの撮影が主軸となっている。またCGを多用しつつも、それだけに頼らずミニチュア特撮にも重点を置いている。
ニライカナイのピラミッドがダガーラとともに消滅するシーンで、脚本および絵コンテでは「ニライカナイへ！」のユナ王女の言葉とともにその意思で消滅したとように描写しているが、書籍の解説ではモスラの技で水に替えられて消滅したことになっている。川北は、モスラが水のピラミッドを打ち破るという意図であったが、あまり伝わらなかった旨を語っている。
音楽.
音楽は、前作に引き続き渡辺俊幸が担当。当時渡辺は、大河ドラマ『毛利元就』を担当していたため本作品の作業に十分な時間をとれないため、オーケストレーションに沢田完を起用した。
渡辺は、当初モスラのテーマなどは前作のものを流用することを考えていたが、監督の三好から「1、2小節聞いただけでこれだとわかる音楽が欲しい」との要望を受け、楽曲の多くを一新し、よりメロディアスな音楽を目指した。また、三好はダガーラのテーマが重要だと主張し、スター・ウォーズシリーズでの「ダースベイダーのテーマ」のような楽曲とすることも要望し、渡辺はこの曲を念頭にイメージを膨らませていった。