法制上記載しなければいけない、もしくは作成しなければいけない記録の記載、作成漏れの監査機能有するシステムの構築が求められる。外来患者の電子カルテ上の記載監査としては電子カルテ上で患者の診療録を閉じる時点で監査機能が働くべきタイミングであり、入院患者においては、日々の回診業務後に患者カルテを開き、所見並びにオーダエントリを完了し患者の診療録を閉じる時点で監査機能が働くべきタイミングだと考えられるが、このような機能を有するシステムは、ほぼ存在していないのが現状である。
一部の電子カルテシステムでは、DB（データベース）に問い合わせする条件（検索条件モデル）を電子カルテ上の機能を用いて病院側にて作成を要する場合がある。この場合、検索結果で得られる情報精度並び真正性は、病院側が保障しなければいけない場合が多い。特に、個々の病院にて必要とされる統計資料は、診療形態、施設基準等の法制にて要求される内容も違いがあり、病院内の部門から業務上求められる統計資料等も同様に違いがある。そのため、あらゆる病院に対応できる汎用の問い合わせ条件（検索条件モデル）は、ほぼ存在しない。存在する場合としても汎用統計であるためカスタマイズが必要となり別途カスタマイズ費用を求められる場合がある。
会計時に関する機能.
外来会計・入院会計において、電子カルテの記載内容並びにオーダ内容を、医事会計のタイミングでレセプトコンピュータで精査し、診療報酬の返戻を抑えるための「点数請求監査判定」を行うシステムも望まれるが、出来高払い、DPC（包括払い）同様にほぼ存在していないのが現状である。一部のシステム会社からレセプトチェック、DPCコーディングチェック等のソフトウェアがリリースされているが、上記のような監査業務までには結びついていない場合が多い。
地域医療連携に関する機能.
電子院外処方箋発行への対応.
総務省健康情報活用基盤構築実証事業「処方情報の電子化・医薬連携実証事業」にて、処方箋の電子化が求められている。合わせて、厚生労働省による「医療情報ネットワーク基盤検討会」にて、処方箋電子化を実現に向けた検討がなされている。内閣官房・厚生労働省・経済産業省・総務省・民間企業等々、官民一体のプロジェクトとなっており、モデル事業の実施は経済産業省が行っている。
遠隔医療モデルへの対応.
医療DX.