あらすじ.
ある時、目覚めた主人公にはそれまでの記憶がなかった。その代わり、彼には不思議な能力が備わっていた。どのような高い所から落下しても死ぬ事はなく、不死身だったのだ。自分は一体何者なのか。唯一の手がかりは、繰り返し見る不思議な夢だけ。夢の場所を探して、主人公は旅に出る。
一方、ヘラクレスはゼウスが地上で異変に対して行動を起こさないことに疑問を思い、独自に調査を進め、不死の人間と異変につながりがあるのではないかと考えるようになった。
そして、ヘラクレスと会った主人公らは、ゼウスが人間に絶望して滅ぼそうとしたことを知る。
一行は、アトラス復活の鍵、石化を解く「ゴルゴーン三姉妹の血」の行方には、バオールという男が深く関わってたことを知る。
それを見たプロメテウスは失望し、ゼウスは洪水を起こして人類を滅ぼす。
冥界の王ハデスは、絶望の淵にいた主人公をバオールと呼び、真実を語る。
そして、バオールに不死と若さを与えたのはハデスであり、かつその目的が冥界の魔物を率いて地上の人間達を抹殺してガイアを救うというものだと判明する。
ハデスはバオールの失敗に対して怒りをあらわにし、主人公（バオール）を醜い巨人の姿に変えて冥界の最下層タルタロスに幽閉する。
そこで主人公と出会った時の神クロノスはバオールの所業に怒り、永遠の時間の環に閉じ込めるため、一行がアトラス復活を目指している場面へ転送する。
主人公はかつての仲間達に襲われるが、敵意がないことを感じ戦闘を取りやめる。だが、同行していたアルビオンだけはウラノスの言葉を信じ、変貌した主人公、ひいてはそれを庇う仲間達も手にかけようとした。アルビオンを撃退した後、主人公はこの時間軸の自分自身と記憶を共有し、バオールという怪物は消滅。この時間軸の主人公に全て受け継がれた。
アトラスを復活させる以外の方法を考えていた主人公のもとに、ヘラクレスが現れ、一行の記憶を取り戻す。
すべてを思い出した主人公は、贖罪のため、オケアノスの石化を解くべく、彼の体内へ向かう。
一方、ウラノスから力を得たアルビオンはオケアノスの体内で主人公らを待ち受けるが、最終的には醜い怪物に成り果て、一行に討たれた。
復活したオケアノスの計らいにより、主人公はゼウスと和解する。