ガメラの火炎攻撃で海に転落して一時退却した後は名古屋に再び現れて街を蹂躙し、人間の手で急成長させられたガメラとの再戦をも優勢に進めていくが、最後は子供たちの連携によってもたらされた赤い石を食べてパワーアップしたガメラの火球攻撃で爆砕される。
ギャオス.
本作品に登場するギャオスは、オリジナルギャオスと名付けられた。ギャオス#『小さき勇者たち〜ガメラ〜』のギャオスを参照。
特撮.
本作品では実際の動物、着ぐるみ、操演の利用に加え、デジタル合成が多用された。採用されたデジタル合成に関しては#DIシステムの採用で説明する。縦方向の動きを重視した戦闘場面に合わせ、高層ビルディングや橋梁のセットが組まれたほか、成長途中のガメラの実物大造形物が製作され、志摩大橋で捕獲されるシーンやトレーラーで搬送されるシーン、研究所の場面などで使用された。
トトの登場する戦闘場面がすべて昼間に設定されていることは本作品の特徴である。
トトのテーマ.
本作品では監督、脚本と並んで、音楽もこれまで怪獣映画に関わりのなかった上野洋子が担当した。
ゴジラなどの東宝特撮キャラクターには伊福部昭の作曲した印象的なモチーフがあるが、ガメラには、ガメラマーチを除いて、ガメラを象徴する音楽的なモチーフは存在しない。上野はマルチトラックレコーダを用いたエスニック風のボーカル一人多重録音、管弦楽、シンセサイザー、マンドリンなどを用いて、大谷幸による前シリーズとはまた違ったイメージで新しいガメラ像の構築に貢献した。
伊福部と同様に、上野は怪獣や戦闘を表すライトモチーフを用いている。
ノベライズ本と映画の違い.
実際の映画とノベライズ本では異なるショートストーリーがいくつかある。例えば当局が赤い石を入手しようとする場面は公開されたフィルムにはない。透が麻衣を女性として見はじめる場面、晴美が船頭（せんど）の祠でお百度を踏むシーンなどは撮影されたが編集でカットされている。ジーダスが翼を生やして飛行したり、トトのジーダスを倒す場面も異なり、雨宮と一ツ木が映画よりも裏のある人物で最後はジーダスの爆破された肉片により再起不能の重症者になる、ギャオス細胞を持つ肉片が動く（大怪獣空中戦 ガメラ対ギャオスを彷彿させる）、など完成作品とは異なる描写も目立つ。