プレイヤー機体は「シューティング重視タイプ」と「BUZZ重視タイプ」の二種類が用意されている。前者はショットの威力が高い代わりにBUZZで得られるニュートリノ量が極端に少ない。後者は前作と同様の性能。
BUZZゲージがニュートリノゲージと名称が変わり、得られる経験値の量はニュートリノ量と呼ばれる。前作はステージ道中で得られる経験値量の変動が特定ステージ、およびボスぐらいしかなかったが、本作では得られるニュートリノ量は多くの要素によって変動し、ニュートリノゲージの色で示される。通常は緑、青のときが最高で逆に赤のときは最低となる。
他の変更点としては以下のようなものがある。
また、主に以下のような理由から、作品としての評価は前作ほど高くない。
作中用語や一部の機体名には素粒子や霊科学などが用いられている。前作で使われた素粒子名はそのままボスの名称として使われている。
生涯.
スタジオ・ファンタジア
有限会社スタジオ・ファンタジアは、かつて存在した日本のアニメ制作会社。
概要・沿革.
下請け参加の場合は「スタジオファンタジア」「ファンタジア」の名義でクレジットされていた。
スタンダード
スタンダード（）
愛知県立瀬戸西高等学校
愛知県立瀬戸西高等学校（あいちけんりつ せとにしこうとうがっこう）は、愛知県瀬戸市緑町一丁目にある公立高等学校。最寄駅は愛知環状鉄道・愛知環状鉄道線の瀬戸口駅。
概要.
校舎は、瀬戸市南部の丘陵地に設置されており、周辺の住宅地よりも高い位置にある。このため、景色を遮る建物が少なく、校舎からは数十キロメートル離れた伊吹山や御嶽山、校歌にも歌われている猿投山を見ることができる。
設置学科.
教育方針.
教育目標として「知・情・意」を設定し、学力向上に励む、思いやりを持った、目的意識を持つ生徒の育成を目指している。
ストルーベ
九鬼隆昌
正室は池田輝澄の娘。子に娘（九鬼隆律正室）。官位は従五位下、長門守。
生涯.
瀬戸西高等学校
九鬼隆律
生涯.
一関バイパス
概要.
交通量.
永井直壮
歴史.
前沢バイパス
概要.
永井直哉
系譜.
尾張徳川家初代徳川義直の男系子孫にあたる。
分離帯
講道館四天王
概略.
ジャパンケネルクラブ
一柳末彦
略歴.
コミックモーニング
過形成
過形成（かけいせい）: