湖岸整備や埋め立てによる産卵地であるヨシ原の消失、繁殖期の降雨時に行われる瀬田川洗堰の放水に伴う水位低下による卵や仔魚の干出、人為的に移入されたオオクチバスやブルーギルによる仔魚や稚魚などの捕食などにより生息数は減少している。養殖個体が琵琶湖に放流されており、交雑も懸念されている。稚魚の放流、ヨシ原の造成などといった保護対策が進められている。
ヘラブナ.
ヘラブナ（箆鮒）は、大正期に発見された体高の異常に高い突然変異個体を育てて品種改良したものである。河川に普通に見られるが、自然種ではない。ヘラブナは基本的に植物性プランクトンを好んで食べる。なお、水槽内では細かく砕いたミミズなど動物性餌だけで飼育することは可能である。自然界でも稀にミミズ等の生き餌に掛かる事もある。大阪（河内）で盛んに養殖され（「カワチブナ」呼称の由来）、主に淀川水系へ放流された。現在も養殖されて、各地の「へらぶな会」などにより全国に放流されている。
ヘラブナ釣り.
昔から『釣りはフナにはじまりフナに終わる』と言い習わされてきたが、始まりのフナはマブナで、終わりのフナはヘラブナであるなどとも言われる。釣りの難易度と釣趣で「鮎とへらは最高峰」とも言われるが、釣り堀や管理釣り場であれば初心者でも比較的容易に楽しむことができる。反対に、野池やダム湖などに放流されて半野生化したものや、自然に繁殖し成長した「地べら」は警戒心が強く、魚影も薄いため釣り上げるのが困難であることが多いが、自然の中に遊ぶという釣り本来の趣向を持ち合わせており愛好者も多い。
冬場に新たに放流されるへらぶなは、「新べら」と言われ、餌慣れしており釣れ易く、また釣られたことがないため「引き」も強い。一瞬の微妙な「あたり」に素早く対応するためと、道糸が風の影響を受けることによって糸が引きずられて仕掛けが引きずられないようにする目的で、竿の先端（穂先）を水中に入れ、道糸を沈めたるませないようにする。
特に前述の産卵期には、浅場などで激しく魚体を叩きつけるような動作をし、大きな水音を立てる。釣り師の間ではこれを「乗っ込み」、「ハタキ」と呼び、春の風物の一つとみなし話題に上ることが多い。またその前後に荒食いをみせることから、年間を通してもっとも大型を釣り上げることの出来る可能性の高い時期でもある。
餌.