間もなく気がついた龍馬は、刀を灯火にかざし「残念残念」と言い、「慎太、慎太、手は利くか」と言った。慎太郎が「手は利く」と答えると、龍馬は六畳間のところに行き「新助医者を呼べ」といった。それからかすかな声で「慎太、わしは脳をやられちょるもうだめだ」と言い、昏倒した。慎太郎は痛みをこらえ、裏の物干しに出て家人を呼んだが返答がなく、屋根を伝って北隣の道具屋井筒屋嘉兵衛の家の屋根で人を呼んだが返答はなく、そのままそこにとどまった。
発見.
凶行時、近江屋主人の井口新助は、妻子とともに一階の奥の間にいた。河原町通りを隔てた真向かいにあった土佐藩邸に知らせようとしたが、見張りがいたため引き返した。新助は妻子に落ち着いて声を立てないよう言い、裏口から土佐藩邸に向かった。
新助の連絡を受け、下横目の嶋田庄作が駆けつけた。同じころ、龍馬の使いで軍鶏を買いに出ていた峰吉が戻った。嶋田は周囲を警戒し、峰吉が室内を確認したところ、階下で倒れていた藤吉と、部屋で倒れている龍馬を発見した。また井筒屋の屋根の上にいた中岡も発見された。現場には犯人のものと思われる刀の鞘が残されていた。続いて嶋田、新助、新助の弟新三郎、新助の妻と子が上がり、力を合わせて中岡を室内に戻した。
その後土佐藩邸から曽和慎八郎が到着し、続いて陸援隊の谷干城、毛利恭助（吉盛）が駆けつけた。龍馬はこのころすでに事切れていたという。さらに土佐藩医師の河村盈進が到着し、中岡と藤吉に手当を行った。中岡は峰吉に、陸援隊に伝えるよう言い、峰吉は白川の土佐藩邸に向かった。報を聞いて陸援隊士の田中光顕が薩摩藩の吉井幸輔をともなって駆けつけた。陸援隊士本川安太郎も駆けつけている。中岡はこの際、土佐藩らに襲撃された際の状況を伝えている。また隊士たちに後事を託し、鯉沼伊織（香川敬三）には岩倉具視への連絡を頼んだ。また海援隊隊士の白峰駿馬らも現場に駆けつけたという。
影響.
実行犯.
京都見廻組実行説.
京都霊山護国神社に併設されている霊山歴史館には、この説に従った展示コーナーがあり、龍馬を斬ったとされる刀が展示されている。
新選組犯行説.