上記「構成資産の区分」の節で触れているように、黒島・野崎島・頭ヶ島・久賀島・奈留島の離島集落は、潜伏キリシタンが移住して構築したもので、これら後発集落は先住の仏教徒らと折り合いをつけながら開拓した「共生」も評価されたことにより、「宗教に寛容な（文化的不寛容さがない）日本的風土」（宗教多元主義）として、ユネスコが重視する多様性や文化的自由を前面に押し出すことになった。
世界遺産登録後の動向.
巡礼の道整備へ.
今後の課題.
持続可能性.
アクセシビリティ.
潜伏キリシタン集落に暮らすクリスチャンが世界遺産に包括された教会へ礼拝へ出向く際、信徒が年々高齢化しており急傾斜地形は足枷となり、文化財指定された教会ではバリアフリー化も難しいことから、アクセシビリティが課題となる。
景観保全.
ヘリテージツーリズム.
世界遺産は観光資源となるため今後訪日外国人旅行者を含めた観光客の増加が見込まれる。訪問者が正しいをしを理解することでヘリテージツーリズムは成立するが、潜伏キリシタン関連遺産の主体は集落景観となるためその本質が判りにくい。多くの報道や出版物において集落景観ではなく教会建物の画像を掲載しているが、潜伏キリシタンが切り拓いた改変地形に注視しなければ本質は伝えられない。しかも、その集落景観に建つ家屋は古民家ではなく、ほとんどが戦後に建てられた現代建築で地域的特徴も見られない住宅であるため（潜伏キリシタン家屋が残されていたとしても保存が難しい掘っ建て小屋になる）、なおさら本質が見えにくい。不動産有形財構築物が前提の世界遺産であるが、潜伏キリシタン関連遺産では文化的空間がもつの紹介が重要になる。
観光公害.
ヘリテージツーリズムのような遺産の商品化に伴う弊害として観光公害が上げられる。構成資産となる集落の多くが外来者用駐車場もない狭い範囲内の閑静な住宅街であり、そこへ観光客が大挙押し寄せることで騒音やプライバシー侵害などが危惧され、さらに生きた信仰の場としての教会でのミサなど宗教行事に差し障りが生じることを地域住民は懸念している。
人出の鈍化.
ガイダンス施設.