小惑星が地球に衝突し、地球に甚大な被害を及ぼそうとしていた。世界中から科学者達が招集される事が決定された中、世界でも有名な科学者である熱斗の父・裕一郎は久しぶりに息子達と買い物に出掛けていた…。
新システム・新要素.
ソウルユニゾン.
ソウルユニゾンは、バトルした相手のソウルが共鳴することによって、ロックマンが得ることの出来る新たな力である。ソウルを獲得すると、PET画面のロックマン画面にそのナビのマークが表示されるようになり、戦闘時にそのソウルにユニゾンする事が可能になる。
ソウルユニゾンするとロックマンはそのソウルのナビに似た姿に変身し、ソウルごとに異なった能力が付加される。なお、各ソウルの持つチャージショットの威力は固定されており、ロックマンのステータスの影響を受けない。
ルール.
ソウルユニゾンを使用する際のルールは以下の通りである。
トーナメント レッドサン.
属性を持ったソウルが多い。
ココロウィンドウ.
戦闘時のロックマンの心情を表示し、それぞれの心情により能力が変化する。普段は「普通」状態だが、特定の条件を満たすと「フルシンクロ」や「不安」「怒り」「悪」状態になる。
ダークチップ.
ダークチップを使うとその戦闘中はロックマンのココロウインドウが悪状態になり、ソウルユニゾンを行うことは出来ない。ダークチップを選択すると、ターン開始後に選択したダークチップに応じたバグが発生してしまう。
ダークチップでSPナビを倒すことによって、ナビチップDS（ダークソウル）が手に入る。ナビチップDSは悪状態でないと使用できないバトルチップである。なお、ナビチップDSは電脳世界の奥深くに存在する場合もある。
ランダムで出現するダークチップは以下の通りとなる。
周回制.
このような周回制は、以降のロックマンエグゼシリーズには採用されていない。
オペレーションバトル.
このモードは通常のバトルとは違い、ロックマンは自動で動く。プレイヤーが指定できるのは敵との間合いとバスターやシールドを出すタイミングだけである。プレイヤーは実際にバトルチップゲートにバトルチップをタイミングよく差し込むことでロックマンにバトルチップを転送し、バトルを行う。オペレーションバトルにはCPUと戦う1人プレイと、通信ケーブルを使って友達と通信対戦できる2人プレイがある。
バトルチップゲート.