後醍醐天皇が護良親王を死なせたことについて、政権内部には驚愕と動揺が広がり、『太平記』「兵部卿親王流刑事付驪姫事」に見えるように、「いくら少しの過ちがあろうとも、宥めることもせずに敵人の手に渡してしまうのは如何なものか」という世論が形成された。
後に後醍醐天皇が尊氏の討伐を決意する際に影響を及ぼしたのは新田義貞であるが、義貞はその糾弾の際に、護良親王殺害の罪を全て足利尊氏の悪逆によるものと訴えたため、後醍醐天皇は政権に叛意を抱く尊氏の討伐を、護良親王殺害の復讐としての意味も持たせ、先述の世論や政権内の空気を一掃できると考え、義貞の訴えを受け入れた。
祖父の亀山上皇からは、母の忠子が後に亀山のもとに身を寄せたこともあって可愛がられており、亀山の崩御まで庇護を受けていた。最晩年の亀山に子の恒明親王が生まれてそちらに寵が移ったあとも、亀山は後醍醐天皇のことを気にかけており、忠子と後醍醐天皇に邸宅や荘園などの所領を残している。
『増鏡』作者は、恒明親王（後醍醐天皇祖父の亀山上皇の最晩年に生まれた子）も後醍醐と交流が深く、特に後醍醐の子である尊良・世良と一緒にいることが多かったと描いている（『増鏡』「春の別れ」）。実際、恒明派から世良を通じて後醍醐派に転じた廷臣も多く、北畠親房はその代表例である。
血縁だけではなく、妻方の家族とも交流があった。中宮禧子の父の西園寺実兼や同母兄の今出川兼季から琵琶を学び、その名手だった。また、側室の二条為子の実家である二条派に学び、その代表的歌人でもある。
綸旨の乱発.
後醍醐は本来綸旨を貰う身分ではない土民や地侍、辺境の武装商人、農村武士にまで綸旨を与え、民衆世界にある反体制、あるいは体制外的な勢力を根こそぎ倒幕軍事力として動員しようとした。そこに伝統や故実への配慮は見られず、結果的に、天皇制の危機の克服を目指したはずの後醍醐が、王権の最も重要な道具立てである綸旨の権威を回復するどころか逆に失墜させてしまい、『二条河原の落書』にみえるように気軽に偽綸旨が作られるような空気感を生み出した。