下剋上も条件が整えば可能だが、その際に悪評が立つことで他大名家との友好度や家臣の忠誠度が下がることがある。朝廷や幕府から大義名分をもらうことで悪評を抑えることができる。逆に、大名は『覇王伝』以来久々に処断が自分の家臣にも可能になった（シリーズの他作品では、ほとんどが敵の捕虜または捕虜と外交の使者のみ可能になっている）。たとえ謀反の意志が無くても、流言により大名に処断されることも多いため、城主や軍団長を選択した場合、大名との関係維持は重要である。処断される場合、城主・軍団長でプレイすると、大名に呼び出されて手討ちされる演出が入る（呼び出しを断れば、友好度は下がるが殺されることはない）。プレイヤー城主・軍団長が手討ちされると、謀反の意志の有無にかかわらず、後継城主は強制的に独立する。プレイヤーが大名ならば、切腹を申し付けることになる。
同じ勢力の城主同士で足を引っ張り合うことも、逆に他の城主に根回しすることで、主君を隠居させ無血のうちに大名家を乗っ取ることも可能である。
パラメータ.
武将の能力パラメータは（隠しも含め）「政治」「統率」「知略」「相性」「義理」「野心」であり、前作から比べるとシンプルになっている。前作までの「野望」が「野心」に変更された。
前作までの特技は計略・内政時に有利な特技と戦争時に有利な策戦に分けられた。「策戦」は戦闘中、敵部隊と戦うことで、徐々に上がる「戦意」が溜まらないと使えない。特定の策戦コマンド・兵種コマンド実行時に特殊効果を発揮する武将も一部いる。
合戦.
カテゴリ的には前作と同じリアルタイム制になるが、システム的には前作と全く違うものとなっている。
野戦では、部隊の種類は「足軽（足）」「長槍（槍）」「騎馬（馬）」「鉄砲（鉄）」「騎鉄（騎）」があり、
攻城戦は三の丸・二の丸・本丸を順に落としていくようになっていて、比較的大まかな指示しかできない。
なお本作では「総取り」と呼ばれる、たとえいくら他に城があっても本城を落とせば他の敵城ごと敵家臣全員を無条件で手に入れられるというシステムが採用されている。これはゲームの進行を早くすることができる一方で、武将の相性などは関係なく下剋上をいともたやすく行えるためゲーム性が幾分大味になっている。
パワーアップキットでの強化点.