義輝の死後、覚慶は松永久秀らによって、興福寺に幽閉・監視された。久秀らは覚慶が将軍の弟で、なおかつ将来は興福寺別当の職を約束されていたことから、覚慶を殺すことで興福寺を敵に回すことを恐れて、幽閉にとどめたとされる。実際に監視付といっても、外出禁止の程度で行動は自由であった。ただし、大覚寺門跡の義俊が上杉輝虎（謙信）に宛てた手紙では、厳重な監視としている（『上杉古文書』）。
やがて、覚慶を興福寺から脱出させるべく、越前の朝倉義景が三好・松永に対して、「直談」で交渉を行った。だが、この交渉は不調に終わり、謀略を使って脱出を行うことになった。
覚慶はこの地において、足利将軍家の当主になることを宣言し、各地の大名らに御内書を送った。この呼びかけに、覚慶の妹婿で若狭の武田義統、近江の京極高成、伊賀の仁木義広らが応じたほか、幕臣の一色藤長、三淵藤英、大舘晴忠、上野秀政、上野信忠、曽我助乗らが参集している。
また、覚慶は諸国の大名に御内書を発することで、その糾合に努めた。その初期には、関東管領・上杉輝虎（謙信）らに室町幕府の再興を依頼しているほか、安芸の毛利元就、肥後の相良義陽、能登の畠山義綱らにも書状を出して出兵を要請した。これらには和田惟政の副状が発給され、輝虎のみならず、越前の朝倉義景、河内の畠山尚誠、三河の徳川家康らより、覚慶に協力する旨の書状が惟政に送られた。
矢島御所において、義秋は近江の六角義賢、河内の畠山高政、越後の上杉輝虎、能登の畠山義綱らとも親密に連絡をとり、しきりに上洛の機会を窺った。特に高政は義秋を積極的に支持していたとみえ、実弟の畠山秋高をこの頃に義秋へ従えさせた。六角義賢は当初は上洛に積極的で、和田惟政に命じて、浅井長政と織田信長の妹・お市の方の婚姻の実現を働きかけている。
同日、近江の六角義賢・義治父子が叛意を見せた。斎藤龍興と六角義賢の離反がほぼ同時に起きているのは、三好方による巻き返しの調略があったとみられている。信長は美濃を通過できず、さらにはその先の近江も不穏となったため、撤退せざるを得なくなった。
若狭・越前での亡命生活.