プレイヤーの行動は善悪といった道徳で判断される代わりに「カオス」システムによって追跡される。プレイヤーが敵を殺害すると、それに応じた「損害」の大きさが記録され、ステージクリア後に軽微もしくは重度の判定のいずれかが下される。各種行動はプレイヤー・キャラクターには直接変化をもたらさないが、そのかわりに、受けた「損害」の大小によってステージおよび登場人物の言動が変化していく。多く殺傷をおこなうことにより「カオス」が高くなると、「暴力的な方法を好まないNPCがプレイヤーへの協力を拒んだり、裏切ったりする」といったような事態がおこるほか、以降の章でネズミや感染者（ウィーパー）が増加するなど、間接的にプレイヤーに不利な状況をもたらすことになる。また、特定キャラクターの生死はエンディングにも強く影響する。
戦闘主体プレイではステルスプレイよりもステージのクリア時間はかからないとされているが、直接的な戦闘が多くなってしまう以上、体力やマナおよびガジェットをより多く消費することになり、それに伴い多額のアイテム購入資金も必要となる。また、必然的に「カオス」が高くなるため、良い結末を迎えることは難しくなる。
特徴と能力.
マナはアクティブパワーを使うときに消費され、能力の使用後に一定量回復する。低コストで使用できる能力を使うには充分な回復量だが、高コストの能力を使用するためにはマナ回復薬の使用が不可欠であり、「ポゼッション」や「ベンドタイム」などの強力な能力の使用を制限している。
能力を新たに取得したり強化するためには、各ステージに存在するルーンを、武器道具類の入手とアップグレードにはコインを、それぞれ集めなければならない。
ステルス行動は遮蔽物や建物を盾にしながら敵の円錐状に広がった視野を避けることを基本にしている。本作は一人称ゲームである都合上、コルヴォの胴体を見られると発見された事になるシステムを採用しており、頭だけを出して覗き見している場合は敵に見られても発見扱いにならない。遮蔽物の陰に隠れプレイヤーが隠密状態を保っていれば、人物の近くで会話を盗み聞きすることもできる。鍵穴から覗いて扉の向こうの様子を盗み見ることも可能。敵は音にも反応するため、矢を撃ったり物を投げるなどしてわざと遠くで音を立てその注意を引くことに成功すれば、発見されることなく敵をその場から追い払える。