東京にいた大久保利通のもとにも林と川村から電報が送られた。大久保は今回の暴発は西郷の意思ではなく、桐野利秋や篠原国幹の計略であろうと考えていた。大久保はしばらくは東京から動かず、京都にいる伊藤と連絡を取り合っていたが、やがて自身も京都へ向かうことを決意した。
その激戦の間天皇は西郷との直接対決を避けようとして引きこもりがちになった。天皇は長く側近として天皇に仕えた西郷を深く憐れんでいた。征韓論論争の際には西郷の下野のために近衛兵の多くから離反されて著しい天皇の権威低下を招くといった辛酸を嘗めさせられはしたが、それでもなお天皇は西郷には信頼を寄せていた。その様子を見た木戸は功臣を思う天皇の憐憫の情に深く感銘を受け、感涙したという。
しかし西郷との直接対決を回避しようとするあまり、御学問所にもあまり姿を見せなくなったため、三条、岩倉、徳大寺、東久世らは折に触れて天皇に諫奏したが、徒労に終わることが多かったという（『明治天皇紀』）。乗馬好きだった天皇が御所内の馬場に出ることも減った。やがて木戸も天皇が「日々深宮を出でたまわず」という状態になったことを憂慮するようになり、病に侵される木戸は最後の力を振り絞って天皇に外出の諫奏を繰り返した。
脚気を患う.
内国勧業博覧会行幸.
大久保利通受難.
この時天皇は赤坂仮御所で元田永孚から『論語』の進講を受けているところだった。書記官が駆けつけてきて元田に大久保遭難を報告。驚いた元田はすぐに進講を打ち切り、天皇に事の次第を奏上した。その時の天皇の様子について元田は手記の中で「皇上容ヲ動シテ驚嘆シ玉フ」と記している。
だがこれ以降侍補の政治化は進み、政府の人事にも政策面にも侍補が口を出すようになり、政府高官と侍補の衝突が増えていく。
北陸東海両道巡幸.