義重の子孫にあたる波多野宣通は元弘の変では幕府側の武将として活躍したが（『太平記』）、鎌倉幕府の滅亡後は別の子孫である野尻氏の系統が越前波多野氏の嫡流となった。この系統の波多野通郷は足利義詮に信任されて室町幕府の評定衆となった。以降、代々幕府の評定衆を務めたが、明応の政変後の足利義稙と足利義澄の対立の際には義澄についたために義稙の将軍復帰後に京都を追われて越前国に本拠を移した。波多野通秀の時代には越前国で台頭した朝倉氏と結び、外様衆として再び足利義昭に仕えたが、足利義昭・朝倉義景の没落と運命を共にせず、以降は越前国で子孫を伝えたとされる。
丹波波多野氏.
出自.
出自については波多野義通を祖とする、因幡国八上郡田公氏の族とする、さらに一説には桓武平氏系の三浦氏の出自とも、丹波の豪族・日下部氏の庶流という諸説があるが、波多野清秀没後まもなく書かれた『幻雲文集』での賛では、清秀は石見の豪族・吉見氏の庶流であり、上洛して細川勝元に仕えた後、母方の姓である波多野を名乗ったとされ、これが最も事実に近いと思われる。
動向.
丹波波多野氏の系譜として、「波多野秀長」「波多野稙通」「波多野晴通」という名が長く伝わっていたが、これらの名は後世の軍記にしか見られず、当時の史料から確認できるのは、波多野清秀・波多野元清・波多野秀忠・波多野元秀、そして軍記にも登場する波多野秀治の五代である。
応仁の乱で細川勝元（丹波守護）方に属した波多野清秀が、その戦功により丹波多紀郡を与えられたのが丹波に波多野氏が勢力を扶植した始まりで、政元にも仕えて以後、波多野一族は多紀郡を中心に丹波国一円へ勢力を伸ばした。
清秀の子の波多野元清は細川両家の内紛では細川高国に味方し、その弟二人も香西元盛・柳本賢治として細川家の年寄・近習の家を継承した。
元清の子の波多野秀忠は細川晴元に重用され、守護代である内藤氏を圧倒し更に勢力を広げ、「丹波守護」と称されるまでに至った。
元清・秀忠の代では丹波国の豪族、酒井氏、長沢氏らの討伐を行った。その結果、酒井合戦で酒井氏が福徳貴寺の合戦で長沢元綱が敗れ、以後波多野氏に臣従することになった。
波多野元秀の代になると、三好氏との対立が激しくなり、内藤国貞・内藤永貞の親子を戦死させるなどの戦果を挙げるも、最終的には松永久秀や守護代内藤氏を継承した松永長頼らに攻められて没落した。