縄文時代の狩猟や漁労、あるいは自然物の採集が主だった頃に、人々は、土地や家の神々に礼拝し、自然現象に霊の存在を認め、畏怖し、呪術によって災難を避け、自然の恩恵を祈る風習があったことが考えられる。晩期縄文時代には、稲作が日本に伝わり、急速に日本列島に広まり、弥生時代を迎える。 日本人の信仰のベースとして自然宗教に近い宗教ともいえる、神道の前の宗教を指す。
神道.
『古事記』には皇室や神話などの情報が詳しく記されている。『日本書紀』や『古語拾遺』なども成立し、それらを神道は規範としている。神道の「神」とは、自然や人間や動物・植物を含めた万物の中でも、特に優れた徳を持ち、人々がおそれ慎む存在であると考える。しかし、病気をもたらす「疫神」のように、恐ろしい神もある。また「雨の神」は、豊かな水を与えてくれるが、大雨を降らし、洪水を引きおこすこともある。神をおそれ、かしこむことは、自然のルールを守り、自然と共存して生きていくことを誓う意味もある。奈良時代になると、神社に神宮寺が建てられ、寺に神がまつられるようになり、「神仏習合」の時代が長く続いた。ただし出雲大社のように、早くから神仏分離をした神社もある。明治維新で政府は、神道と仏教との区別を明確にしようと「神仏判然令」を発布し「神仏分離」を行った。第二次世界大戦の終戦後、GHQにより「神道指令」が発布され、いわゆる「国家神道」は廃止され、神社は「国家の宗祀」の地位を失い「宗教法人」となった。現在の神道は、八百万神々（やおよろずのかみがみ）と祖先を祀り、皇室や日本の文化や伝統を重んじ、「浄き心、明き心、正しき心、直き心」で「世のため人のために尽くすこと」を眼目にしている。神道信者や神道施設（神社等）の数は、日本の宗教の中で最大だと言われている。神道（神社神道）は「神は言挙げをせぬ（ものをはっきり言わない）」という思想に見られるように、明確な教義が存在せず（教派神道系のセクト宗教（新宗教）には明確な教義が存在する）、厳密な入信規定もない。氏子入りがこれに近いが、特定の神社の氏子でない日本人が神棚の設置、神社への寄付、祭事への参加などを行うこともあり、これをもって信者と見る向きが多い。
仏教.