貝塚時代（狩猟採集時代）からグスク時代（農耕時代）の移り変わりの時期は殆ど歴史記録が無いが、琉球神道記には「昔他国の人来て、此国を治む。（当時は）国に鬼類多し」という記述がある。
先島先史時代.
旧石器時代からスク時代に至るまでの過程は連続したものではなく空白期間が何度もあり、出土時期に大きな隔たりがある。そのため中期にあたる時代の遺跡は未発見である。後述する白保竿根田原洞穴遺跡の土器文化は早期にあたる可能性があるが下田原期の時期とは五千年近く離れているため関連がはっきりせず既存の編年には含まれていない。
同じくほとんど歴史記録が無く原史時代に当たる、スク時代の初期の新里村期（沖縄本島における原グスク時代）もやはり先島先史時代とは区別される。このため「先島新石器時代」とも言うべき時代である。
前期と後期はその特徴からそれぞれまったく違う文化だったとされる他、本土の縄文文化や北琉球の貝塚文化とも異質だったとされている。そのため「先島先史時代」として縄文時代や貝塚時代とは分けて表記されることが多い。
発見.
当初は無土器期から土器文化の下田原期に移行するという通常の編年が組まれたが沖縄返還後に行われた発掘調査で下田原期よりも無土器期の年代の方が新しく、まず土器文化の下田原期が出現してその後無土器期が出現するという世界的にもあまり例のない過程を辿ったことが判明し、編年を組みなおすことになった。
旧石器時代.
前期以前.
前期.
空白期間.
前期と後期の間の出土物は発見されておらず、二千年近くも空白期間が続く。この間に先島諸島では海岸線が大規模に変動した痕跡があるため、もしもミッシングリングとも言える中期の文化の遺跡があるならばそれは現在海底にあるものと推測されている。
後期.
前期には土器が見られたが、後期の遺跡からは土器が出土しないため、無土器期とも呼ばれるが、無土器時代（旧石器時代の別称）と混同しやすく、またこの時代の文化が仲間第一貝塚に代表されることから仲間第一期とも呼ばれる。仲間第一貝塚などから出土のシャコ貝斧、焼石料理など、フィリピン、マレー・ポリネシアなど南方系文化との関連性が指摘されている。
スク時代（有史以降）へ.
中世以降からは史書の記録などに徐々に先島諸島が登場し始める。
形質論.