唐の時代では、三乗教の法相宗が『法華経』が説く一乗思想は方便説だとして、一乗派の天台宗などと論争になった。天台宗は一乗成仏であるから、その根拠として『涅槃経』を多用するのは当然とはいえ、興味深いことに三乗派の法相宗からも『涅槃経』の前半部にある闡提不成仏などを根拠としてよく引用せられた。しかし、後に華厳宗が三乗と一乗の融和を唱え、法相宗の五性各別を認めつつも、『涅槃経』の闡提成仏の思想を根本原理として終局的に一乗成仏することを説き、この論争に終止符を打った、との説もある。
なお、日本では奈良時代に大安寺をはじめとして元興寺や弘福寺、また東大寺において常修多羅宗（じょうしゅうたらしゅう）と呼ぶ、『涅槃経』を研究し講義する学派があった記録はあるが、南都六宗のように独立した宗派形成には至らなかった。
『法華経』との関係.
『涅槃経』は他の経典との関連性を随所に説いているが、『涅槃経』は特に『法華経』と密接な関係があり大乗の思想発展や経典成立の過程を見る上で注目に値する。たとえば如来常住は、すでに『金光明経』の如来寿量品で「仏は般涅槃せず、正法また滅せず、衆生を利せんが為の故に当に滅尽する事を示現す」とある。また『法華経』の如来寿量品には、釈迦仏は釈迦族の王位を捨てて出家し修行して菩提樹の下で初めて悟りを得たのではなく、過去の無量無辺の時空間においてすでに成仏していたことを打ちあけ、「しかも実には滅度せず、常に此処に住して法を説く」とある。これは如来の常住思想を端的に表したものである。とはいえ『金光明経』はもとより『法華経』では未来における釈迦仏の常住については『涅槃経』ほど詳細に述べられていない。これに対し『涅槃経』では、『金光明経』や『法華経』で説かれた未来における釈迦仏の常住説をさらに発展させ、詳細に述べている。したがって『法華経』などの経名が『涅槃経』文中にあることから、それよりも後世の創作であると考えられるが、それら既成経典をさらに敷衍し発展させたことが理解できる。