琴古流は大小いくつもの組織の総体であり琴古流として統一した組織をもつものではない。現在代表的な会派としては、「鈴慕会」「童門会」「竹盟社」「竹友社」「国際尺八研修館」などがある。
都山流.
上田流.
現在は上田流尺八道と称している。
村治流.
竹保流.
その他の古典系流派.
錦風流
その他.
近年では、特定の流派に所属しない奏者・指導者も数多く存在する。
楽曲.
尺八で演奏される楽曲は多岐にわたっている。尺八の楽曲分類で大きなウエイトを占めるのは、本曲と外曲という対概念である
本曲.
普化宗の本曲.
琴古流本曲.
代表的な楽曲には「一二三鉢返調(ひふみはちがえしのしらべ)」、「鹿の遠音(とおね)」、「巣鶴鈴慕(そうかくれいぼ)」(鶴の巣籠りともいう)などがある。山口五郎によって演奏された本曲「巣鶴鈴慕」は日本の楽曲としては唯一ボイジャーのゴールデンレコードに収録され、ボイジャー探査機に搭載されている。
都山流本曲.
中尾都山らが作曲した現代曲、尺八独奏曲または尺八二重奏曲をさす。
三曲合奏.
江戸時代の地歌では三絃（三味線）・箏・胡弓の合奏が行われた。これが三曲合奏である。明治維新以降、胡弓の代わりに尺八が加わることが多くなり、現在では尺八入り三曲合奏の方が一般的に普通に行われる。一部の著述では胡弓入り三曲合奏が無くなったような記述も見られるが、それは全く根拠のない発言であり、現在でも胡弓入り三曲合奏は少なからず行われている。江戸時代にも尺八と箏や三味線の合奏は行われていたと考えられるが、尺八が普化宗の手から離れ合奏が解禁となったのは普化宗廃止後のことである。現在では通常は三曲合奏といえば尺八が入るものを指す。古典的な三曲合奏では、尺八の手付けは三絃の手をベタ付けで尺八向けに編曲したものであった。
こうした三曲の一員としての尺八は、西洋音楽の影響を受けた明治新曲や、春の海で知られる宮城道雄などの新日本音楽を経て、現代邦楽と呼ばれるジャンルを形成するに至った。
三曲系の演奏者のあいだでは、古典的な地歌箏曲を古曲、宮城道雄などの明治期から戦前までの楽曲を新曲、それ以降の楽曲を現代曲と呼ぶこともある。
民謡尺八.
多くの民謡の伴奏に尺八が使用される。特に追分、馬子唄の伴奏には尺八が多用される。江差追分では、尺八の伴奏が必須となっている。
現代音楽と尺八.
現代邦楽.