この現象のメカニズムについて、これまで多くの識者が検討を重ねてきたが、一致した見解はいまだ得られていない。作家の上前淳一郎は「風が吹けば桶屋が儲かる」ような話で一見脈絡がないようにみえると評している。
この問題に関して科学的な検証が試みられることはこれまでほとんどなく、識者の多くが主観的判断に基づく自説を主張し合うことに終始しているのが現状である。
一般的な解釈モデル.
青木まりこ現象の既往のある者は、これまでの体験から原因として心当たりのあるものを探り出し、その切迫する症状から逃れようとする傾向がある。このような「心当たり」は診断学において患者の解釈モデルと呼び、その病態解明の一助になることがある。
変わった例では、「目から入った情報によって、便が肛門からトコロテンの要領で押し出されるのだろう」という冗談のような解釈モデルもある。
匂い刺激説.
化学物質.
『本の雑誌』編集長の椎名誠と同イラストレーターの沢野ひとしは日常的にトイレで雑誌を読んでおり、このときの紙のにおい刺激（あるいは後述の条件反射的メカニズム）が、この現象の誘因になっているのだと推測した。また、紙の匂いとトイレ（もしくはトイレットペーパー？）の匂いとの類似が関係していると考える向きもあった。しかし青木まりこ本人に対するその後の取材で、よりにおい刺激の強い古書店や図書館では症状が全く起きないということがわかり、この推測は否定された。
一連の症状は何らかの化学物質による中毒や過敏症がその本態であるとする立場もある。しかし、典型的な中毒や過敏症で呈する症状の多くはめまいや嘔気であり、症状がもっぱら便意のみに限られる病態というのは考えにくい。仮に化学物質が原因であったとしても、その物質が特定される目途は立っていない。整形外科医・作家の藤田徳人は、書籍に含まれる便通を促す化学物質の存在に否定的であり、仮にそのような物質が存在するのであれば、既に自分が製剤化・商品化して富を得ているだろうと述べた。
陰謀論.
インターネット上には、製紙業界の陰謀論に原因を探る説もある。これによると、書籍など日常生活で接する製紙製品に、便意を催す作用のある化学物質を大量に混入させ、トイレットペーパーの需要を高めるというものである。
条件反射関連の説.
排便習慣.