平安時代末には、武家や地方へ補任する国司も護持僧を置くなど、護持僧は貴族社会で多く見られるようになった。さらに鎌倉時代に入ると、将軍個人を護持する将軍護持僧（武家護持僧）が組織されるようになった。
職務.
後三条天皇期以降、護持僧となった僧侶は清涼殿の二間に伺候し修法を行うことで、仏による加護を祈った。この祈祷は日常的なものであるが、その他に公務や年中行事、自然変異や中宮の出産があった時には、臨時の祈祷を行った。護持僧の成立により、天皇の身体は神仏の力で常に守られるようになり、その祈祷は鎮護国家の役割も担った。
護持僧による修法の特徴としては、三壇御修法（如意輪法・普賢延命法・不動法）の実施がある。その始期は後三条天皇の時期とされるが、堀河天皇期とする説もある。その後、三種の修法は寺院により分担され、延暦寺が如意輪法、東寺が延命法、園城寺が不動法を修するようになった。如意輪法では如意輪観音を本尊とし息災、普賢延命法では普賢延命菩薩を本尊として増益を祈り、不動法（本尊不動明王）は息災や王敵降伏のために修された。また神仏習合が進んだことで、護持僧となった真言僧は、神祇の勧請も行ったとされる。
成立期に関する学説.
また、護持僧が制度として展開していく過程については諸説ある。
湯之上隆によると、護持僧の歴史的な展開は三段階あり、法力の優れた僧が天皇との個人的な信任によって護持僧に任じられた第一期、延暦寺・東寺・園城寺といった有力寺院が護持僧を輩出した第二期、そして護持僧の補任形態や修法が固定化した第三期に分けられるという。これらの時期はそれぞれ、桓武～宇多天皇、醍醐天皇期から院政期以前、後三条天皇期（院政期）以降に当たる。
武家護持僧.
鎌倉時代以降は、武家である将軍家にも護持僧が任じられた。研究上、将軍の護持僧は主に武家護持僧や将軍護持僧、あるいは幕府護持僧などと呼ばれている。江戸時代には将軍護持僧はいなかったとされるが、徳川綱吉に仕えた隆光など、将軍から信任を得た僧が護持僧と呼ばれる事例はある。
鎌倉時代.