病原体が発見されたことで、対策を講じるべき対象がはっきりしたわけであるが、実際に具体的な対応策が発見されたわけではない。パスツールのカイコの微粒子症にせよ、コッホによる炭疽菌の発見にせよ、ひとまず考えられたのは、病原体をもつ個体やそれに触れた周囲のものを燃やす、あるいは埋めるという対策であって、これはそれ以前に行なわれていた対応とほとんどかわらないものである。わずかにコッホによる、炭疽菌は低温では働かなくなるとの発見が合理的裏付けとなったにすぎない。
本格的に役に立つ対応策の最初のものは、パスツールによる炭疽菌ワクチンの開発である。これは、根本的には種痘と同様のものだが、まず弱毒化させた病原体を接種して、動物体に免疫をつけさせるという理論的裏付けができたので、応用が利いた。彼はその後狂犬病やニワトリコレラのワクチンも開発した。この技術によって多くの伝染病に対して予防接種で対抗することが可能となった。また、北里らによる血清療法は、この原理に基づきながら、応用の幅を大きく広げたものである。
病原体が病原体として存在し続ける理由.
宿主が元気で生き続けてくれるほうが寄生生物にとっては自分が行き続けるのに必要な環境が温存され、宿主を殺してしまってはその環境が消滅してしまうことになる。このように宿主を病気に陥らせ死に至らしめることは、「生き残り」の上では寄生者にとって不利に働くように見えるにもかかわらず、このような病原性を持つ寄生生物が世代を重ね生き続ける理由には、以下のようなことが考えられる。
利用.
生物のなかには自らの天敵を遠ざけるために、天敵にとっての病原体を自身の身体のうちに寄生させている例、いわゆる天敵防除に利用する例がある。
ヒトにとっての病原体を一種の兵器として使い、敵に感染させ、敵の命を奪ったり戦闘不能な状態に陥らせる、という手法がある。生物兵器と分類される。
歴史的には、アレクサンダー大王が用いた手法も記録に残されている。アレクサンダー大王は部下に命じて、ペスト患者が着ていた病原体まみれの衣服を敵軍の兵士の多くが利用するであろう井戸にこっそり投げ込ませたところ、狙い通りに、何も知らない敵軍の兵士たちはその水を飲み、敵軍内で猛烈な勢いでペストの感染が広がり、戦闘不能状態、壊滅状態になり、アレクサンダー大王は交戦せずに敵軍を打ち破ることができた、という。