またボスには複数の命中判定ポイントがあるため、範囲攻撃が可能な武器・テクニックなどを用いて同時にヒットすると、通常の数倍もの大きなダメージを一度に与えられる。ただし、それが可能な武器は近接武器がほとんどで、また接近戦は大きなリスクを伴う。
エネミー（敵）行動パターンの変化.
前作ではエネミーの多くの敵がプレイヤーに対して直線的に接近し攻撃を仕掛けるパターンが多かったが、本作では敵エネミーの中でもサイドステップ、バックステップなどの回避行動や、プレス攻撃などの必殺技などを仕掛けてきたり、テクニック（魔法）攻撃を仕掛けてくるエネミーの数もより多く増えた。
NPCとの冒険.
マイルーム.
マイルームはチケットを購入すると「模様替え」して部屋のイメージを変更することができる。また、ルームアイテムと呼ばれるコレクション用のアイテム手に入れると部屋にある飾り付け用のポイントに設置することが可能である。イルミナスの野望専用ルームでは設置の自由度が上がっている。
パートナーマシナリーによる生産と販売.
コミュニケーション.
ストーリーモード.
イーサンはある事件をきっかけに心変わりし「ガーディアンズ」に入団、同期入団したヒューガ・ライトや教官のカレン・エラ 等、ガーディアンズの仲間と共に任務をこなしつつ、太陽系外から突然襲来して周囲の生物を凶暴な性質に変化させる謎の生命体「SEED」（シード）の“浄化”と古代に滅んだ技術をめぐり 敵対するキャスト部隊（同盟軍）や宇宙海賊らと衝突や共闘を繰り広げながら物語の核心を目指すことになる,、スペースオペラのアクションRPGである。
ストーリーモードで操作するイーサンはオンラインモードのプレイヤーとは異なり、いわゆる「ヒーロー特権」が与えられている。
イーサンは職業に左右されず様々な武器やテクニックを扱うことが可能で、敵の攻撃に対する耐性も高めに設定されている。それに加えさらにオンラインモードに比べてレベルアップや通貨の取得量、エネミーの強さなどのハードルも低く設定されており、それほど苦労することなく進められるため、純粋にアクションRPGとして遊べる作りになっている。尚、ロビーアクション・チャットなどの機能が不要のため一部制限されている。