ゴジラが京都を襲撃するシーンは海外輸出を考慮したもので、外国人にもわかる観光名所を映すことを意図している。京都でのゴジラのシーンは、熱線で破壊される京都タワーを除き、実景との合成で処理されている。清水寺の避難シーンは当初エキストラを手配していたが、道路事情で当日の一般開放前の時間に間に合わず、やむなくその場にいた修学旅行生など実際の観光客に事情を説明し、協力してもらい撮影した。川北は、ハリウッド版の制作も意識して、ラストシーンでゴジラをサンフランシスコのゴールデン・ゲート・ブリッジの下から出現させるという描写も検討していた。
クライマックスの舞台である幕張は、東京湾のベイエリアで唯一怪獣に襲撃されていないことから選ばれた。当時は認知度が低い地域であったため、前作での横浜のシーンと同じく空撮による描写から始めることで全体をわかりやすく紹介している。空撮はデイシーンにする必要があったため、その前後のシーンは脚本から大幅に組み替えられている。ラドンが東京ディズニーランドを破壊するという案も存在したが、上空を通過するにとどまった。
配役.
撮影.
アドノア島でのヘリ発着シーンは、川越のエースヘリコプター発着場で撮影しており、コンクリートを黒幕で隠し地面の色に合わせている。
特撮.
特撮監督の川北紘一は「ミニチュアでの実写はCGにはない味がある」「恐竜映画ではなく、最高の怪獣映画を目指す」と発言するなど、同年に公開された『ジュラシック・パーク』との差別化を意識していた。CGはメカゴジラの描写に一部使用しているが、川北は生物感の必要がないキャラクターのためCGの質感が合っていたと述べている。
特撮美術は、前作の撮影中盤より体調不良となった大澤哲三に代わり、美術助手の高橋勲が現場を指揮した。特撮助監督の神谷誠は、本作品の製作が決定する前に特撮テレビドラマ『電光超人グリッドマン』へ参加していたため、本作品には途中参加となり、クレジットも表記されていない。操演助手の白石雅彦は、工事記録映画の監督を務めていたため当初は本作品に参加していなかったが、操演チーフの小川誠がテレビでの仕事のため離脱し、応援として呼ばれた。
音楽.