三原の出場停止が明ける頃、学生時代からのライバルで巨人入団後に三塁手を務めていた水原がシベリア抑留から帰国した。ファンや選手からは待ち望んでいた「巨人の功労者」水原のプレーを期待する声が高まったが三原は水原を起用せず、チーム内から三原に対する批判が起きた。シーズンを終えてからはその批判が大きくなり、選手らを中心に三原を排斥して水原を擁立させようとする「三原監督排斥運動」が起きた。球団はこの事態を重く見て「総監督に三原、監督に水原」の人事を発表し、セントラル・リーグに加盟したから現場の指揮権は水原が握ることとなった。監督に就任した水原は三原の監督交代こそ否定的だったが、一方で「三原君は副代表にどうですか?とにかく僕に監督を、ということなら一本でやらせて下さい」と球団に提案している。
西鉄監督就任～打倒巨人.
なお、西日本パイレーツの監督に就任することが発表された翌日より、名前の表記を「三原 修」から「三原 脩」に変更している。改名の動機について三原自身が自著で触れることは無かったが、後年になって長男が明かした内容によると、「修学」「修行」などといった発展途上を表す熟語のイメージが強かった「修」の文字から決別したい思いがあったとされ、読売ジャイアンツ監督時代にチームを文字通り「おさめる」ことが出来ず、最終的には排斥運動まで起こったことから監督としてより高い立場からチームを「おさめたい」願いを「脩」の文字に託したようである。
三原は、巨人時代の悶々とした気持ちを晴らすために西鉄ライオンズを強大なチームに育て上げ、日本シリーズでの「打倒巨人」を誓った。に球界屈指のスター選手である「青バット」大下弘の獲得に成功すると、中西太、豊田泰光、稲尾和久ら若手有望株の選手を相次いで獲得し、大下を軸にするチーム作りを始めた。その甲斐あってに初優勝を遂げたが、セントラル・リーグは当時「魔球」と呼ばれたフォークボールを武器に大活躍を見せた杉下茂を擁する中日ドラゴンズが優勝したため、この年では巨人との対戦は叶わなかった。
神様、仏様、稲尾様.
大洋監督～適材適所で日本一.
近鉄監督～内部の黒い霧.
ヤクルト監督～若松との出会い.