なおこのころ、政情不安や物価の高騰による生活苦などから「世直し一揆」や打ちこわしが頻発し、また社会現象として「ええじゃないか」なる奇妙な流行が広範囲で見られた。
東征大総督として有栖川宮熾仁親王が任命され、東海道・中山道・北陸道にそれぞれ東征軍（官軍とも呼ばれた）が派遣された。一方、新政府では、今後の施政の指標を定める必要から、福岡孝弟（土佐藩士）、由利公正（越前藩士）らが起草した原案を長州藩の木戸孝允が修正し、「五箇条の御誓文」として発布した。
そして、旧幕府において京都と江戸の警備に当たっていた会津藩及び庄内藩は朝敵と見なされ、会津は天皇へは恭順を表明するものの新政府への武装敵対の意志を示し、新政府は周辺諸藩に会津への出兵を迫る事態に至った。新政府に劣位の立場で参加することを嫌った仙台藩・戦国時代の旧領回復を望んだ米沢藩などの主導により、陸奥、出羽及び越後の諸藩が奥羽越列藩同盟を結成し、盟主として上野戦争以降東北にいた輪王寺宮公現法親王（のちの北白川宮能久親王）が擁立された。長岡（→北越戦争）・会津（→会津戦争）・秋田（→秋田戦争）などで激しい戦闘がおこなわれたが、いずれも新政府軍の勝利に終わった。
国際関係.
日米関係.
日英関係.
戊辰戦争に関しては、英国は局外中立を宣言し、他国もこれに追従した。また、パークスは新政府軍の江戸城総攻撃に関しては「無抵抗の徳川慶喜に対して攻撃することは万国公法に反する」として反対し、江戸無血開城の一因となったとも言われている。
日仏関係.
日蘭関係.
海軍伝習所から派生した長崎英語伝習所や長崎養生所は、名前を変えて現在も存続している。そこでは、フルベッキ、ポンペ、ボードウィン、ハラタマらが教育に尽力し、幕末・明治初期の人材育成に貢献した。
日露関係.
なお、ムラヴィヨフが来航した際に、ロシア海軍の軍人2人が攘夷派武士に殺害されている。これが幕末の最初の外国人殺害事件であるが、ムラヴィヨフは賠償金を請求しなかった。
日独関係.
幕末の日本見聞記.
幕末の思想.
その他.
佐幕からの派生、主に東北地方（奥羽越列藩同盟・蝦夷共和国）で強くあった。
幕末の兵器.