結果的には敵同士になってしまった尊氏からも敬愛された。真言律宗の僧で、ハンセン病患者などの救済に生涯を尽くした忍性を再発見、「忍性菩薩」の諡号を贈って称揚した。また、文観房弘真らを通じて、各地の律宗の民衆救済活動に支援をした。正妃である中宮の西園寺禧子は才色兼備の勅撰歌人で、おしどり夫婦として、『増鏡』終盤の題材の一つとなっている。
一方で、大塚紀弘は、後醍醐天皇は密教や寺社重宝がもたらす呪術的な力にすがらざるを得ない追い込まれた事情があったと、記している。
生涯.
即位前.
即位.
正中の変.
元弘の乱.
建武の新政.
まず、自らの退位と光厳天皇の即位を否定し、光厳朝で行われた人事をすべて無効にするとともに、幕府・摂関を廃した。両統迭立を廃止して皇統を大覚寺統に一統した。実子で元弘の乱に最初期から参戦した護良親王を征夷大将軍とし（数か月後に解任）、足利高氏を戦功第一とし自身の諱（本名）「尊治」からの偏諱「尊氏」の名を与えて鎮守府将軍や参議などに任じた。同年中に記録所・恩賞方・雑訴決断所・武者所（頭人（長官）は新田義貞）・窪所などの重要機関が再興もしくは新設された。また、地方政権としては、親房の子北畠顕家を東北・北関東に（陸奥将軍府）、尊氏の弟足利直義を鎌倉に配置した（鎌倉将軍府）。
足利尊氏との対立.
『梅松論』によれば、この時、楠木正成は勝利した側であるにもかかわらず、後醍醐天皇に尊氏との早期講和を進言したが、公家たちによって退けられた。
尊氏は九州へ落ち延びるが、翌年に九州で態勢を立て直し、後に北朝となる持明院統の光厳上皇の院宣を得た後に再び上洛を目指した。尊氏率いる足利軍は、新田・楠木軍に湊川の戦いで勝利し、正成は討死し義貞は都へ逃れた。
南北朝時代.
摂津国の住吉行宮にあった後村上天皇は、南朝方の住吉大社の宮司である津守氏の荘厳浄土寺において後醍醐天皇の大法要を行う。また、尊氏は後醍醐天皇を弔い、京都に天龍寺を造営している。
人物.
容姿.
後醍醐を直に見たことがあると思われる『増鏡』作者の貴族（二条良基など諸説あり）は、天皇である後醍醐自身の容姿については余り直接語らない。『増鏡』作者は、後醍醐の逸話を光源氏になぞらえて叙述する傾向が多いが（『増鏡』「秋のみ山」「久米のさら山」等）、これはどちらかといえば王朝文学の雰囲気を出すためかともいう。