真珠湾攻撃以来、日本海軍機動部隊（第一航空艦隊）の主力であった第一航空戦隊（赤城、加賀）と第二航空戦隊（蒼龍、飛龍）は連戦連勝を収め、一方的な勝利に自信を深めていた。一航戦と二航戦から格下と見られていた第五航空戦隊が珊瑚海海戦で健闘したことは、一航艦や連合艦隊の過信を助長した。また、ラバウルの基地航空部隊による過大な戦果報告は、中央や連合艦隊にアメリカを過小評価する一因となった。
戦後、福留繁（当時、軍令部第一部長）は「日本海軍が進攻を断念したのはミッドウェー海戦の敗北のためである。珊瑚海海戦は戦略的（ソロモン方面に連合軍の注意をひきつけ南方資源占領地域の安全を図る）にも戦術的（祥鳳とレキシントンの刺し違え）にも日本海軍の勝利だった」とし、珊瑚海海戦は航空艦隊同士の航空戦で勝敗を争ったという意味で、従来の大艦巨砲主義が転換したことを象徴する記念すべき海戦とも評価している。
戦後、アメリカ太平洋艦隊司令長官のニミッツ大将は「戦術的に見るならば、珊瑚海海戦は日本側にわずかに勝利の分があった。」「しかし、これを「戦略的に見れば、米国は勝利を収めた。開戦以来、日本の膨張は初めて抑えられた。」「さらに重要なことは、空母「翔鶴」の損傷修理と打ちのめされた空母「瑞鶴」の飛行隊再建の必要から、これら両艦ともミッドウェー海戦に参加できなかったことである。両空母がミッドウェー海戦に参加していたならば、この海戦の成果に決定的な役割を充分果たしていたであろう。」と語っている。
勝敗の要因.
本海戦は、緒戦の連戦連勝の中での初のつまづきであり、第四艦隊司令長官井上成美中将は、本海戦によるポートモレスビー作戦の延期、また戦果拡大を図る追撃を中止したことを理由に、権威を損なう臆病風、攻撃精神の欠如と中央や連合艦隊司令部の指導者から非難された。軍令部や宇垣纏連合艦隊参謀長はおろか、連合艦隊司令部、山本五十六連合艦隊司令長官、永野修身軍令部総長からも批判を受け、最終的に昭和天皇から「井上は学者だから、戦は余りうまくない」と評された。嶋田繁太郎海軍大臣に至っては井上の将官人物評で「戦機見る明なし。次官の望みなし。徳望なし。航本の実績上がらず。兵学校長、鎮長官か。大将はダメ」と酷評した。土肥一夫少佐によれば、連合艦隊司令部の電報綴には井上と第四艦隊に対する罵倒の赤字が書き殴られていたという。