運営会社より所定の独自裁量権限を与えられている駅。駅長が最高権限を持つ。管理下にある駅（被管理駅）に社員をラッシュ時のみ派遣するといった人事権の一部も認められていることが多い。また近隣の業務委託駅・簡易委託駅の指導や被管理駅・無人駅の整備なども行う。なお、JR九州では業務体制見直しに伴い、無人駅整備に限れば、一部地域で、直営駅では無く鉄道事業部工務センター担当となっている。
また配置人員が少ない管理駅では、近隣の管理駅からの助勤が頻繁に行われている。
地区駅.
JR東日本の場合、管理駅を地区ごとにまとめ、その中で重要な駅を地区駅とし、その地区駅の駅長は「地区駅長」を兼務する。例えばJR東日本仙台支社古川地区の地区駅長は古川駅長が兼務し、石巻駅・小牛田駅・くりこま高原駅を統括している。各地区ごとに地区指導センター、地区センター、サポートセンター等の後方支援業務を中心に行う部署を設置している支社もある。
JR東日本新潟支社のように周辺駅管理業務を地区駅に集約し、地区駅以外の直営駅は自駅単独管理となっているケースもある。例えば酒田地区は酒田駅と鶴岡駅が直営駅としてあるが、鶴岡駅は自駅のみ管理し、その他の無人駅・簡易委託駅・業務委託駅の管理はすべて地区駅である酒田駅が管理駅として行っている。
なお、会社ごとで用語・体制が異なるためか、JR西日本の場合は、JR東日本での「地区駅」に相当する駅（鉄道部制の線区・区間でも管理駅が複数ある場合もあり）を「管理駅」とし、その傘下にある拠点駅を「地区駅」として駅長（部内的には管理駅の助役）を配置して、管理業務を分担している。
被管理駅.
管理駅より限定された裁量権限を与えられている駅。直営駅では助役（複数の場合は筆頭助役）が最高権限を持ち、駅長の肩書きを与えられている場合もある。しかしその裁量範囲は管理駅に委ねられており、重要な決裁は管理駅の駅長が行なう場合が多い。委託駅・無人駅では管理駅長がそのまま兼任したり、管理駅の中で担当助役が任命されているようである。