また、医師は初め脳器質疾患を疑うこともあるが、それは念のための診断である。肉体を切るとエンドルフィンというホルモンが分泌され、精神的な苦痛が緩和されるのでそれを無意識的に期待して切る者もあるとも考えられている。だが、大抵本人はこの事は分かっていない。
精神疾患.
精神医学上は自傷行為はそれらのパーソナリティ障害、解離性障害などの精神障害の二次的な症状であるとされ、それ単独で起こるとはされない。しかしながら実際には、必ずしも症状の深刻さと自傷行為のひどさは一致しないことが分かっている。これは本人に「自傷行為者（リストカッター）としてのアイデンティティ」が確立するか否かによるようである。これはかつて多くの精神病者と病院との間の関係で社会学者達から指摘されたものであり、病院での交友関係が定常化して「自分は健常者」という意識がもてなくなることによるとされる。
薬物とアルコール.
遺伝的・生化学的因子.
自傷行為の原因として、脳内のセロトニン不活性も考えられている。しかし、その生化学的因子は幼少期にトラウマを負ったことによっても形成されるとされているので、現時点ではそれが遺伝的因子と同一であるかについての結論は出ていない。
アルコール依存症などの遺伝的因子は、自傷行為をよりひどくする因子であると考えられている。
身体の自己所有意識の欠如.
自身の身体についての所有意識が希薄であるケースも見られ、内在する病理の問題点が指摘できるが自傷行為との直接の因果関係は不明である。家父長制度のような社会文化的制度により自身の身体が自分のものではないとする漠然とした認識を持つようになることが誘発因子であるとする見方は当たらない。イスラム社会のように家父長制度が長く、現在でも極めて強い諸国での自傷行為が日本など先進諸国よりも多くみられるとの信頼に足る報告は無い。
虐待との関連性.
虐待を受けた人が自傷行為をするとは限らない。イギリス精神医学学術誌の系統的レビューによると、日本を含む世界では、自傷行為は幼少期の親からの虐待が原因であると考えられているが、その証拠は全くない。
直接的動機について.