室町幕府三代将軍足利義満は朝廷をも超える権勢をふるい、皇族に準じる准后の地位を得て明から「日本国王」と公認され、当時の知識人から「日本国王とは以ての外だ」「明の臣下になるのは屈辱外交だ」と大いに批判されたが意に介せず、太政大臣に就任して朝廷の実権を握り、愛児義嗣の元服を親王の例に倣い行った直後に急死した。
その振る舞いとタイミングと急死から、義満に皇位簒奪の意図があり、それを阻止するために暗殺されたとの説がある。
暗殺はともかく、義満の皇位簒奪の意図については歴史学的にも可能性が示唆されており、古くは歴史学者田中義成が主張している。今谷明の足利義満研究で近年一般にも知られるようになった。それらの歴史学の研究を元に歴史作家の井沢元彦が「義満は世阿弥に暗殺されたのではないか」と主張した。
本能寺の変.
本能寺の変の裏に秀吉や家康のような黒幕がいて明智光秀を嗾かしたとする説。詳細は本能寺の変の項目の「主犯存在説・黒幕存在説」参照。明智光秀の謀反を支持したことが明らかになっている各地の国衆（小さい地侍）や長宗我部元親のような大名はいるものの、歴史学的には明智光秀が天下を取りたかったか、信長を恨んでいたために自ら謀反を起こしたことが定説化しており、黒幕と言えるほどの存在は立証されていない。
宇都宮城釣天井事件.
宇都宮藩主本多正純が将軍秀忠の日光参詣の帰りに、秀忠暗殺を企てたとして改易流罪になった事件。結局、暗殺計画の証拠は出なかったが、家康の側近であった正純を失脚させるために秀忠や幕閣が巡らせた陰謀とみなされている。
冷戦やらせ説.
冷戦がやらせであるという陰謀説。ロックフェラーがソビエト連邦を支援した。この論説によれば、独占資本主義と共産主義は、ロックフェラーによる、地域文化を考慮した市場の独占を目的とした戦略である。
天皇すり替え説.
孝明天皇が忍者・伊藤博文に暗殺され、鳥羽・伏見の戦い後に長州が朝敵になるから明治維新のとき明治天皇がすりかえられたとするニンジャスレイヤーのような陰謀説。鹿島曻が唱えたものが有名である。
この説では岩倉具視が長州藩を御所に招きいれ、人斬りとして有名だった忍者・伊藤博文は明治維新への障害である孝明天皇と皇位継承者であった睦仁親王を暗殺し、睦仁親王（明治天皇）を南朝の子孫である大室寅之祐にすりかえたという。