海軍は国防組織の一部局であり、この組織の最高指揮権は国権と同様に大統領や首相、また一部では国防相などが保有している。この部隊の軍事作戦を指揮統制する命令は軍令であり、最高指揮官の軍令が通達されることによって作戦部隊が行動することとなる。軍令の対照として軍事についての行政的分野を軍政というが、軍政部門としては海軍部隊には国防省や海軍省が設置されている。このような軍政機関が予算編成や基地管理などの行政的な業務を行っている。
艦隊編制.
海軍の編制は国によって大きく異なるが、基本的には軍政上の単位と戦術上の単位として艦隊がある。艦隊とは単独の指揮官の下で特定の海域を航行する海軍部隊であるとされている。例えばアメリカ海軍の艦隊は軍政上では大西洋と太平洋に配備された二大艦隊から成り、その両方には航空母艦部隊、巡洋艦部隊、駆逐艦部隊、潜水艦部隊、水陸両用部隊、補給部隊などの部隊があり、これらは種類に応じてそれぞれに指揮官が存在している。
空母打撃部隊.
空母打撃部隊とは航空母艦の持つ航空打撃力に主眼を置いた部隊であり、艦隊を構成する。
護衛部隊.
また艦隊の構成部隊として巡洋艦、駆逐艦、フリゲートなどから成る護衛部隊があり、哨戒の任務をも担う。
掃海部隊.
機雷を排除する任務を担う。
潜水部隊.
水中を行動する事で、探知機器の発達した現在においても存在自体の秘匿性が高い。
第二次世界大戦あたりまでは、哨戒・通商路の破壊または妨害を主任務にする事が多かった。第二次世界大戦後には弾道ミサイルや巡航ミサイルの発射母機としても使用され、陸上への攻撃能力が加わった。一部の潜水艦には特殊部隊の搭載スペースがもうけられ、隠密裏に陸上戦力の投射と回収をする事が可能となっている。
輸送部隊.
海上輸送を担う。
水陸両用部隊.
水陸両用部隊は海軍に付随して海上要務と着上陸作戦を任務とした部隊である。水陸両用部隊については、古代ギリシアの歴史学者ヘロドトスとツキジデスはギリシア艦隊の「重装備の兵士たち」に言及しており、またローマ海軍でも艦隊兵団についての記述が見られるように、古来より存在している。
近代的な水陸両用作戦の祖は日本軍とされ、太平洋戦争において、真珠湾攻撃に続いて太平洋の島々を攻略した時に編み出した戦法とされる。
海軍基地.