腸体腔をもつ後口動物および毛顎動物、腕足動物などでは、原腸壁の一部が胞胚腔に向かって膨出 ()し、そこから分離して胞胚腔内で独立した体腔嚢 ()を形成する。こうしてできた体腔は腸体腔であり、それを囲む壁が中胚葉である。脊椎動物においては、両生類（無羊膜類）では中胚葉の形成と原腸の形成が同時に起こるが、羊膜類（鳥類や哺乳類）では、中胚葉の形成が先に行われ、その後卵黄嚢と連続する内胚葉の一部が中胚葉に包み込まれるようにしてくびれ、原腸の形成が行われる。
細胞分化と器官形成.
脊椎動物などでは、組織や器官を形成するため、胚細胞が特定の機能を持った細胞に変化する（細胞分化）。この際、基本的な細胞機能の維持に必要な遺伝子（ハウスキーピング遺伝子）の機能は残しつつ、特定の機能に必要な遺伝子を新たに発現し、逆に分化後には不必要になる遺伝子をDNAメチル化により不活性化する。
起源と進化.
起源.
古生物.
先カンブリア時代.
最古の化石記録に関しては議論があり、異論の余地がない確実な動物化石の証拠は顕生代に入ってからに限られている。また左右相称動物の動物門の確固たる証拠はカンブリア紀になるまでない。とはいえ、動物の進化は先カンブリア時代からの歴史があるという見方が一般的になってきている。
古生代.
シルル紀には最古の陸上動物の化石である節足動物多足類が登場し、デボン紀に節足動物が多様化、石炭紀には翅を持つ昆虫類が登場した。
中生代.
ジュラ紀には恐竜が繁栄し、鳥類も登場した。また、軟体動物の殻を破るカニ類や硬骨魚類が進化し、これに対抗して厚い殻をもつ軟体動物が進化した（中生代の海洋変革）。白亜紀までには現生の昆虫類のほとんどが登場。
新生代.
新生代は哺乳類が優勢になり、鳥類、昆虫類、真骨魚類も適応放散し、現在と同様の動物相が形成された。新生代の後半にあたる第四紀には人類も出現した。
化石動物についての動物門.
化石動物について、上記の分類される現存動物門のいずれにも属さないとして、新たな動物門が提唱されることがある。以下に主要なもののみ挙げる。
現生の動物の系統.
下位分類.
系統樹.
前左右相称動物.