課金（料金体系）.
Wiiのバーチャルコンソールの有料ソフト購入の支払いには、Wiiポイントを使用した。一度購入手続きを行いダウンロードしたソフトは、削除しても無料で再ダウンロードすることができる。
保存先.
ダウンロードしたソフトは、Wii本体内蔵フラッシュメモリもしくはSDメモリーカード・SDHCメモリーカードに保存する。Wii本体内蔵フラッシュメモリに保存した場合はWiiメニュー、SDメモリーカード・SDHCメモリーカードに保存した場合はSDカードメニューから起動する。なお、SDメモリーカード・SDHCメモリーカードに保存したソフトを他のWii本体で使用することはできない。
Wii本体にゲームキューブ用メモリーカードを差し込むことはできるが、バーチャルコンソールソフトのデータ保存はできない。
コントローラ.
使用するコントローラは、各プラットホームごとに対応・非対応が異なるが、
が使用可能である。
バーチャルコンソールアーケードでは新たにヌンチャクにも対応したほか、ポインティングや傾き感知といったWiiリモコンおよびヌンチャクの機能を用いてアーケード版に近い（もしくはアーケード版にすらなかった）操作に対応したソフトもある。
コントローラ対応表.
【記号凡例】
ボタン対応表.
下図は一例であり、各々のソフトにより若干異なる。
取扱説明書.
プレイ中にWiiリモコンのHOMEボタンを押し、メニューから「説明書」を選択することで、画面上でそのソフトの取扱説明書を確認できる。
中断機能.
プレイ中にWiiリモコンのHOMEボタンを押し、メニューから「Wiiメニューにもどる」を選択するとバーチャルコンソールのゲームを終了してWiiメニュー画面に戻るが、この際にプレイ中の状況が保存され、次回そのソフトを起動した時には中断した時点から再スタートすることができる。
中断機能を使用した後の起動時にはゲームタイトル画面以外の場面で復帰されることとなる。旧来のゲーム機のイメージからは違和感のあるこのような状況を回避するためには、次のいずれかの方法を用いる必要がある。