しかし、フランチェスコの回心はきわめて個人的で、また彼にとってきわめて実存的な経験だったのであり、実のところ、これほど教団組織の発展になじまないものはなかった。フランチェスコ本人が経験した、その直接性は彼の存命中にすでに修道会の発展の前に力を失いつつあり、フランチェスコ自身もそれに気づき、彼は最晩年、自らの創設した修道会の運営を他者に任せて自分は少数の最初から同志とともに隠修士の生活を送った。そのあいだ彼は「遺言」も書いているが、その「遺言」とは、会則は福音書におけるキリストと使徒の生活を示したものであり、一切の註釈も加えずにそれを実践すること、および教皇からいかなる特権も受けないことであった。歴代教皇からは、この「遺言」は黙殺され、そして、修道会はフランチェスコ自身が懸念した方向に向かっていったのである。
修道会の聖職化.
設立当初のフランシスコ会は修道士の割合が非常に高く、司祭や神学者など教導職にある者はほんのわずかであった。そうしたなかで、リスボンに生まれ、フランチェスコの思想に共鳴してフランシスコ会に初期の段階で入会し、のちに教会博士とされたパドヴァのアントニオ（リスボンのアントニオ）は数少ない神学者のひとりであった。初期のフランシスコ会に教導職が少なかったことには、創設者のフランチェスコが貧しさを礼賛することにかけては徹底しており、物質的な豊かさのみならず、精神的ないし知的な豊かささえも認めなかったことが影響している。この点は、同じ托鉢修道会ではあったが学問や理論の重要性を認め、当初から聖書研究や神学教育がさかんであったドミニコ会とも異なる点であり、フランチェスコ自身は「心貧しいことこそ神の御心にかなう」と主張し、修道士に学問や書籍は不要とさえ述べたのであった。