連邦軍はガンダム各種、ガンキャノン各種、ジム系統、戦闘機、陸戦型ガンダム等を主戦力とする。汎用性の高い機体が多く、初心者でもプレイしやすい陣営である。スターターパックに最初から封入されているジム先行量産型ですら、ビーム兵器を装備可能なので、序盤でほぼ同じコストのジオン軍モビルスーツを相手にするときは、若干有利に戦いを進めることができる。後述のカード追加でいわゆるガンダム系と呼ぶことができる、高性能高コスト機体のバリエーションが多くなった。
種別.
部隊編成後の操作.
出撃.
その他の機能.
これまでの戦闘成績を見たり、部隊配置が気に入らなかったり時間が無かった場合の再編成が出来る。
ゲーム進行.
ユニットは筐体上に置いた位置及び方向に応じて、戦艦はトラックボールにより移動する。筐体の上にセットしたユニットに、選択したマップ及びプレイヤーの階級ごとによって、異なる母艦を操作する。なおICカードを初使用する場合、丁寧な説明のついたチュートリアルがプレイ出来る。プレイしなくともよいが、最低一度はプレイしないと、いつまでたってもチュートリアルの選択が出続ける。
弾切れと補給.
武器である以上、ほとんどの武器には弾数が設定され、攻撃時に画面の左上に「残り弾数/最大弾数」が表示される。ただし母艦の武器とモビルスーツの格闘兵器には上限が無く、「∞」と表示。残り弾数がゼロになると「弾数ゼロ」と表示され、その武器ではもう攻撃出来ない。母艦の周囲で留まると補給→破壊された武器や盾の修理→HP回復が順に行われ、再度攻撃可能となる。進行状況は画面のグラフィックや秘書の台詞で判別可能。ただし補給中はこちらから攻撃出来ない。
三すくみについて.
相性とテンション.
搭乗機とパイロット.