有機質の肥料でも、従来、植物は無機物の形で吸収し栄養としていると考えられてきた。ほとんどの栄養分は無機物として吸収されるが、一部の有機物はエンドサイトーシスにより、養分として取り込まれることもある。タンパク質の場合、細胞内にタンパク質を取り込んでからタンパク質分解酵素で消化して利用する。アミノ酸では直接利用されるものがある。
無機質肥料（無機肥料）.
無機物を主成分とした肥料で、工場で化学的に生産されたものが中心であるが、天然の鉱物もある。また、炭素をその組成に含まないものと理解する場合もあり、その場合、尿素は有機肥料とする。多くのものは、水に溶けやすく即効性があるが、同時に流れやすくもあるため、定期的に肥料を追加する必要がある。また有機物の量が少ないため、長期間使用すると土壌障害の原因となる。
窒素質肥料、りん酸質肥料、加里質肥料は単肥に分類される。
マグネシウムやケイ素が主成分の肥料は特殊成分肥料という。また、微量要素を一種以上含むものは微量要素肥料という。
なお、有機質の肥料と単肥または速効性の化成肥料をあわせたものを有機質配合肥料という。
化学的反応による分類.
肥料の水溶液が酸性、中性、アルカリ性のいずれをしめすかにより、それぞれ化学的酸性肥料、化学的中性肥料、化学的アルカリ性肥料と分類する。
生理的反応による分類.
肥料の有効成分が作物に吸収された後、土壌（培地）が酸性に傾くか、酸性にもアルカリ性にも傾かないか、アルカリ性に傾くかにより、それぞれ生理的酸性肥料、生理的中性肥料、生理的塩基性（アルカリ性）肥料と分類する。
「化学的反応」と「生理的反応」の分類は一致する場合もあるが、一致しない場合がある。
例えば、
施肥の時期による分類.
植物（作物等）に肥料を与えることを施肥という。
元肥.
元肥（もとごえ）は、植物の種まきや苗の植え付けに先立って与える肥料。遅効性で長期間肥効が続く肥料を使う。基肥（きひ）ともいう。
追肥.
追肥（ついひ、おいごえ）とは、植え付け後の生育途中の過程で作物に与える肥料のことである。特に、果実を食用にする果菜類は生育期間が長く、収穫も長く続くことから追肥が重要な役割を担っている。