かつての伝説の花魁・鈴蘭が老いた今も待ち続ける客を探す銀時たちは、その客が先代将軍・徳川定々であるという情報を掴み、江戸城へと乗り込む。しかし殿中で銀時たちは定々の罠に嵌まり、将軍暗殺未遂の罪を着せられて牢に捕らえられてしまう。そこで銀時たちは鈴蘭の本当の想い人が誰であるのかを知らされ、真選組の手引きにより脱獄し鈴蘭の無念を晴らすために大量の護衛たちを退けて定々の元に向かうが、その前には暗殺組織・天照院奈落とその頭目・朧が立ちはだかる。かつての師・吉田松陽の怨敵である定々と朧を前に追い詰められる銀時たちだったが、真選組と見廻組の協力を始めとして将軍・徳川茂々の命で江戸中の全ての警察組織が定々の敵に回ったことにより、形成が逆転する。天導衆の元に逃れようとする定々に対し、茂々は天導衆の介入を制するべく自らも将軍の座を辞すことを宣言。定々は過去の数々の謀略を暴かれたことにより失脚し、投獄され、後に銀時と同じく松陽の弟子であった高杉の手によって暗殺される。一方の天導衆は、敵対する一橋派を封じるべく茂々に将軍職の続投を命じるが、茂々はそれ以降天導衆と一橋派の本格的な対立に巻き込まれていくこととなる。