この他にも、装束や職分をめぐって修験者（山伏）と、また支配権を巡って神事舞太夫や夷願人などの諸芸能者集団との間で争論が起き、寺社奉行の裁定を仰いでいる。これらの問題が常に発生していたのもひとえに職分および職務範囲を定めたガイドラインとしての法度がなかった事に端を発していると言えよう。土御門家はこの問題を再三にわたって寺社奉行や京都所司代、幕府に相談をしているがついに法度が出される事は無かった。土御門家は法度にかわって「職務規定」にあたる「掟状」を何度も発布している他、掟をまとめて全国の配下陰陽師に周知させるための「触れ流し」を出している。なお、幕府は法度制定は認めなかったものの、「掟状」や「触れ流し」の発行は認めている。その他にも全国各地に配下陰陽師を統括・管理する「触頭」「小頭」あるいは「一本職」と呼ばれる存在を配置した他、近畿地方周辺では代々土御門家に仕えているという事から「歴代組」という名で組織を構成。「古組」「新組」「新々組」等と土御門家配下になった時期を基に組織区分を作っていた。
「宝暦改暦」以後の新展開ー土御門神道の学問化と「門人」の登場.
江戸幕府も八代 徳川吉宗の時代になると西洋書輸入の規制緩和などが始まった事で、西洋文明の波が押し寄せてきた。天文と暦を担当する土御門家にとって、西洋文明の流入は大きな「岐路」ともなった。土御門家を陰陽道宗家とし、天社神道を提唱した土御門泰福は嫡子 泰誠が早逝した事で泰誠の弟である泰連が後継者となるも、継嗣がいなかったので末弟であった土御門泰邦が家督を継ぐ。
この宝暦暦の”実質的失敗”は土御門家配下陰陽師らにも大きく影響した。もとより土御門家配下として暦の頒布も行っていた陰陽師らも、諸行事の日程選定や、暦日の吉凶判定にしばしば混乱を起こす事につながった上に、殊に日蝕予報を外したり、季節変化の節目を外してしまう事は貴族・武家層だけでなく町人・庶民層にも影響を与えた。陰陽道の宗家たる土御門家の当主が自ら作った暦法の失敗は天文方に利す事となり、造暦権限は再び幕府天文方が奪取。土御門家は「陰陽道宗家」という立場からの監修役に収まってしまう事になった。