ボスポラス海峡にてザフトが地球連合とオーブの同盟軍と交戦した際、アークエンジェルからキラのフリーダムとカガリのストライクルージュが介入し、両陣営やアスラン自身も混乱する。元より交戦の場であったためキラ達の介入が原因とは言えないが、この際にハイネが犠牲となったことや状況を混乱させられたことでアスランは憤り、ミリアリアを通して個人的にキラとカガリに接触する。二人には「介入はやめてオーブへ戻れ」と忠告するが、逆にキラからはコーディネーターの特殊部隊によるラクス暗殺未遂の一件を聞いて愕然とする。対してキラとカガリは、アスランがザフトに復隊したこと、敵陣営である以上は自身をオーブごと撃つことも止むを得ないと考えていることにショックを受ける。当時は恋人であるカガリがユウナの戦略結婚を受けようとしていた背景があったことや、信じていたはずの議長に対し疑心が湧いたことなど複雑な感情が渦巻き、冷静な話し合いを続けることすらできずに決別してしまう。
ロドニアの研究所の戦闘では、シンとともにステラ・ルーシェのガイアガンダムと交戦し、ステラを捕虜にした。この戦闘ではステラはアウルとの会話でロドニアのラボの件でアウルのブロックワードの暴走に端を発してステラが無断出撃し交戦状態となった。アスランは隊長として(ロドニアのラボの証拠隠滅作戦の可能性ありで)ガイアが要塞攻撃なら特殊な装備をしているかもしれないと判断し、シンに爆発させずに撃破しろと命令してシンと共にガイアを爆破させずに捕縛に成功している。