北海道は冷涼な気候ゆえに稲作に適さず、松前藩では米による石高制のかわりに、主に海産物の収入に基づく知行を行なった。これはアイヌとの交易によって行われ、北海道の沿岸部には「場所」と呼ばれる交易拠点が設けられた。江戸時代の中期には、商人が場所を独占して交易を行う場所請が制度化された。これらを通じて、（狭義の）蝦夷地にも和人の集落ができるようになり、各地にも神社が設けられた。
明治になると、開拓者が北海道各地に入植するようになり、彼らによって神社が建立された。やがて、これらの諸社は国家神道の観点から体系化される。
草創期の神社.
概要.
道南（＝旧和人地＝旧開地）では遅くとも中世には和人によって神社が創建されていたと考えられている。
これらの神社の多くは道南の漁業拠点に集中し、神道や密教が混淆して山岳信仰や岬信仰が主体的だった。これらの神社は松前神楽などに象徴される独自の文化を擁し、後の北海道開拓時代に新たに創建された神社とは一線を画すことになる。
草創期.
和人がいつ頃から蝦夷地へ入ったのは定かではないが、道南の沿岸地方には創立年代が不詳の古社が多い。古いものでは、平安時代に奥州藤原氏の残党が渡島へ渡り神社を建立したという説もあるが、鎌倉時代か、遅くとも室町時代には神社が建立されていた事が確実視されている。
以下に、北海道最古の神社とみられるものを挙げる。
諸社の起源（明治以前）.
館神と八幡神社.
いちおう、蝦夷地は安東氏の管領ということになっていたが、実際には色々な豪族が土着して館（砦）を構えていた。彼らはその館に神社を建て、これを館神と称していた。館神では武神である八幡大菩薩・八幡神を祀った。このような神社は道南に多い。
江戸時代の中頃からは蝦夷地へのロシア人の関与が幕府の懸案となった。幕府は箱館奉行所を設けた上で蝦夷地の一部を公儀御料（幕府直轄領）とし、東北地方の諸藩に警固を命じた。こうして北海道の僻地のあちこちに到着した警固の武士によって建立された神社は、その多くが武神として八幡神を祀り、のちに八幡神社となった。
海神を祀る神社.