たとえば、現在の登城口（三の丸北側）から入ってすぐの「菱の門」からは、まっすぐ「いの門」・「ろの門」・「はの門」の順に進めば天守への近道のように見えるが、実際は菱の門から三国濠の脇を右手に進んで石垣の中に隠された穴門である「るの門」から進むのが近い。「はの門」から「にの門」へ至る通路は守り手側に背を向けなければ進めない。「ほの門」は極端に狭い鉄扉である。その後は天守群の周りを一周しなければ大天守へはたどり着けないようになっている。「はの門」へ続く坂道は「将軍坂」と呼ばれている。
「菱の門」は伏見城から移されたという伝承があり、長押形の壁に火灯窓を配した古式な姿を残している。また、「との一門」は置塩城から移築したという伝承があり、壁が板張りであって、門の下側にいる敵を弓矢や槍などで攻撃できる「石落し」がないなど古風な様式で、城内に現存する門の中でも異色の存在である。
本丸.
天守丸は連立した天守群によって構成され、天守南の備前丸には御殿や対面所があり池田氏時代には政務の場であった。御殿や御対面所などは明治時代に焼失している。
天守の下は岩盤で井戸が掘れず、そのため天守と腰曲輪の間の補給の便のため水曲輪を設け、「水一門」から「水五門」までの門を設けている。
大天守.
外観は最上部以外の壁面は大壁塗りで、屋根の意匠は複数層にまたがる巨大な入母屋破風に加えて、緩やかな曲線を描く唐破風（からはふ）、山なりの千鳥破風（ちどりはふ）に懸魚が施され多様性に富んでいる。最上階を除く窓はほとんどで格子がはめ込まれている。
小天守・渡櫓.
二の丸.
秀吉時代の縄張りを活かした雛壇状の作りになっており通路は迷路のように入り組んでいる。
三の丸.
江戸時代、三の丸西側には三の丸御殿や屋敷があり本城（御居城）と呼ばれ、東側には向屋敷と庭園があり本多氏以降の政務の中心の場であった。
本城の三の丸御殿には、
などの御殿建築があった。又、三の丸御殿大広間・虎の間には、名古屋城本丸御殿や金沢城二の丸御殿表向のような豪華な障壁画、彫刻、金箔張りであった。
西の丸.
西の丸は本多忠政が伊勢桑名から移ってきた時に整備・拡張された曲輪。北端に位置する化粧櫓及び櫓群と、これらを結ぶ渡櫓（長局）が残っている。これら渡櫓は西の丸整備を命じた幕府老中連判状に特に明記されている。