それでも皇后の怒りは解けず別居状態が続いた。
后妃・皇子女.
仁徳天皇の男系の皇統は玄孫にあたる武烈天皇が嗣子なく崩御したため途絶えるものの、同じく玄孫で武烈天皇の姉にあたる手白香皇女と橘仲皇女が、いずれも傍系（弟の稚野毛二派皇子の子孫で、手白香皇女は継体天皇、橘仲皇女は宣化天皇）たる天皇の皇后となって嗣子（手白香皇女・継体天皇は欽明天皇、橘仲皇女・宣化天皇は石姫皇女をもうけ石姫皇女は欽明天皇の皇后となり敏達天皇）をもうけ、その嗣子の皇統が今日の皇室へと続いている。
年譜.
『日本書紀』の伝えるところによれば、以下のとおりである。『日本書紀』に記述される在位を機械的に西暦に置き換えた年代については「上古天皇の在位年と西暦対照表の一覧」を参照。
皇居.
即位後は都をそれまでの大倭、または行宮の難波大隅宮から大伴氏などが本拠地を置いていた難波に遷都し、皇居を難波高津宮（なにわのたかつのみや）とした。
陵・霊廟.
『古事記』には「御陵は毛受（もず）の耳原にあり」、『日本書紀』には寿陵であったと記され、「（八十七年）冬十月の癸未の朔己丑に、百舌鳥野陵（もずののみささぎ）に葬（はぶ）りまつる」とある。『延喜式』諸陵寮には「百舌鳥耳原中陵。在和泉国大鳥郡。兆域東西八町。南北八町。陵戸五烟。」と記されている。陵名の由来は、陵墓造営中に野から鹿が走り込んできて絶命。その鹿の耳の中からモズが現れたことから地名を「百舌鳥耳原」と名づけられる（なお、モズは大阪府の鳥である）。また、この古墳の北と南にも大古墳があり（北陵は反正天皇陵、南陵は履中天皇陵）、「中陵」と名づけられている。
伝承.
日向髪長媛.
この歌は天皇が髪長媛を諦めることを意味していた。喜んだ大鷦鷯尊は返歌をした。
大鷦鷯尊と髪長媛はすぐに懇ろとなり、二人きりで歌を詠みあった
奇譚.
考証.
事績.
『日本書紀』応神紀における吉備行幸や枯野船の逸話が『古事記』では仁徳記にある。このように事績の一部が父の応神天皇との混同・重複は、元来は1人の天皇の事績を2人に分けたという説、あるいは当時の特殊な紀年方法で記された年代をそのまま後世後世の紀年に当てはめたことによる混乱説などがあるが定かではない。
逆に『播磨国風土記』においては、大雀天皇と難波高津宮天皇として書き分けられており、二人の天皇の事跡を一人に合成したとする説もある。