小中一貫教育は明治時代以降から続く長年の教育制度や慣習（目的・目標の異なる初等教育と中等教育のあり方）の変更をも伴う。児童・生徒の数が多く多様な価値観をもつ都市部などでは、施設の形態、学級数、運営方法等の課題も多くなる。また、小中一貫教育に積極的ではない地域との整合性や、中高一貫教育など他の学校種との接続、連携といった課題もある（詳細は下記参照）。
日本の小中一貫教育.
カリキュラムや学校運営については設置者によって柔軟に運用することができるため一概には記述できないものの、先行の小中一貫校の主な先行例を挙げると次の通りである。
など、従来であれば中学校段階の教育の特徴とされてきた慣習的制度（定期考査、校則、部活動等）が小学校段階に早期化されている場合が多く、小学校を中学校化することによって小中学校間の境（いわゆる「中一ギャップ」）を解消しようというのが教育上の建前である。
施設の形態.
現行の小学校と中学校を施設一体型で小中一貫校化した場合、学校の統廃合が伴う。そのため現行の小中学校の小中一貫校化については、「学校統廃合及びそれに伴う教育予算の削減」ではないか、との指摘もある。
また、複数の小学校および中学校を統廃合するのに伴い小学生～中学生に合わせた施設の新築、増改築を行う場合も多く、建設コストがかかる。都市部では、現行の小学校にあるような校庭の遊具施設を設置できない（しにくい）場合もある。さらに、従来よりも学区が広域化することで通学距離が長くなったり、従来の地域コミュニティーから遠方になる場合等のデメリットもある。
学年の区切り.
入学者選抜.
公立の場合、施設の形態にかかわらず入学者選抜は行わない。これは公立の義務教育の中において「エリート校」化することを懸念する意見があるためである。しかし、入学者選抜を行わない場合、柔軟なカリキュラム編成を生かした「早期カリキュラム」のような独自の一貫教育が可能なのか、疑問も指摘されている。横並び意識の強い日本の教育風土においては様々な課題もある。
小中一貫教育の議論（メリット・デメリット等）.