鹿島神宮は武神を祀るため、中世の武家の世にも神威は維持され、歴代の武家政権や大名から崇敬を受けた。源頼朝から多くの社領が寄せられたように、神宮には武家からの奉幣や所領の寄進が多く確認される。その反面、武家による神宮神職への進出や神領侵犯も度々行われており、頼朝により武家の鹿島氏（常陸大掾氏一族）が惣追捕使に任命されて神宮経営に入り込んだことを発端として、藤原氏の影響下からは離れていった。室町時代には、武家政権の神領寄進に平行して在地勢力による侵犯が進み、社殿造営費用にも欠く状態であったという。
明治以降.
神職.
 鹿島大宮司家系図　　　　
鹿島大宮司家に関する系図。
鎌倉時代に入り、源頼朝により常陸大掾氏一族の鹿島氏が惣大行事に任じられた。それまで神職の補任権は基本的に藤原氏が担っていたが、この武家の進出によりその影響下からは離れることとなった。
主な職は次の通り。
社領.
『常陸国風土記』や『延喜式』によれば、神宮の鎮座する常陸国鹿島郡は神郡、すなわち郡全体が神宮の神領に指定されていた。
また『常陸国風土記』には、神戸すなわち祭祀維持のための付属の民戸について次の記載がある。
その後奈良時代の文書には、次の記載がある。
社殿造営.
境内.
神宮の鎮座する地は「三笠山（みかさやま）」と称される。この境内は日本の歴史上重要な遺跡であるとして、国の史跡に指定されている（摂社坂戸神社境内、摂社沼尾神社境内、鹿島郡家跡も包括）。
社殿.
石の間は桁行二間、梁間一間、一重、切妻造、檜皮葺で、前面は幣殿に接続する。本殿同様、漆塗りで極彩色が施されている。幣殿は桁行二間、梁間一間、一重、切妻造、檜皮葺で、前面は拝殿に接続する。拝殿は桁行五間、梁間三間、一重、入母屋造、向拝一間、檜皮葺。幣殿・拝殿は、本殿・石の間と異なり漆や極彩色がなく、白木のままの簡素な意匠である。これら本殿・石の間・幣殿・拝殿は国の重要文化財に指定されている。
要石.
御手洗池.
御手洗池（みたらしいけ）は、神宮境内の東方に位置する神池。潔斎（禊）の地。古くは西の一の鳥居がある大船津から舟でこの地まで進み、潔斎をしてから神宮に参拝したと考えられており、「御手洗」の池名もそれに由来するとされている。
鹿園.
参道.