旧、国鉄時代との大きな変更点は、大きく分けて以下のように分類されている。
私有コンテナ登録規格.
私有コンテナ登録規格には旧、国鉄時代に制定されるも、現在は登録が終了した「旧式登録規格」と、現行のJR貨物で制定されて日々登録が続いている「新式登録規格」の二通りが存在している。
種類.
日本の鉄道輸送の運営母体は、旧、国鉄から始まり、その後の民営化により現在では、JR貨物と言う民間会社が一手に担っている現状下では、JR貨物以外の民間会社が所有している私有コンテナの一部には、旧、国鉄時代に新規に制作・登録されたコンテナも僅かではあるが、多少なりとも未だに現役で運用されている。しかしこのような運営母体が途中で変わったという特殊な事情ゆえに、種類によっては元々、旧、国鉄時代での種類区分が無く、JR貨物発足後に新たに生まれた種類も多少ある。
この現状に即して、そのような場合のみ 
旨の注釈を付け、それ以外では特に注釈は付けず旧、国鉄と、JR貨物それぞれで登録されたコンテナが混在している現実として表記を進める。
ドライ・コンテナ.
積荷はISOドライ・コンテナと基本的には同じである。運用形態はJR貨物が所有するコンテナと、JR貨物が輸送を認め私有コンテナとして登録した官民が所有する形態での、二通りに分かれている。
またJR貨物への移行にあたり、各コンテナ種類や形式付与ルールが大幅に変わり、ある意味細分化されたために煩雑感も否めなくなってしまった。この影響下で時代の流れと共に、取り扱う貨物内容も旧国鉄時代では思い付かないような事例が多発し、またそれに対処するためにも全く新しい構造をしたコンテナも次々と開発されて来た。元々このドライコンテナ自体が、コンテナの生まれた基本形である『 箱型 』であるために、工夫次第では以後に触れるホッパ・タンク・冷蔵・通風・自動車用などの、極端に言えば多くの特殊コンテナの代用にもなりうる。そのような汎用特性から極一部の事例（完全通風仕様等）を除き、基本的には『ドライコンテナ』と言う原則を超えない範囲で、特殊な構造仕様も登場してきた。
特殊事例（簡易保冷・断熱仕様）.