法人である株式会社が意思決定をし、行為をするには、自然人や会議体による意思決定・行為が必要である。そのような自然人や会議体を会社の機関という。
株式会社にどのような機関を置き、各機関にどのような権限を配分するか（機関設計）は、各国の法制、各会社の選択によって異なるが、所有と経営が分離した株式会社では、取締役会が経営を行う一方、取締役の選任など株主全員による意思決定を行うために株主総会が開かれるのが典型的である。このほか、監査役や会計監査人などの機関が置かれることもある。なお、本店・支店や、部・課といった会社の内部組織は、機関とは異なる。
どのような機関設計を行うかは、コーポレート・ガバナンス（企業統治、後述）にとって中心的な意味を持つ。
株主と株主総会.
取締役会と経営.
日本の株式会社では、従来は必ず取締役会が置かれることとされていたが、新会社法においては、公開会社などでは取締役会を置かなければならない一方、それ以外の会社では取締役会を置くか否かを定款で定められることとなった。
コーポレート・ガバナンス.
株主の保護.
株主の利益を保護するためのコーポレート・ガバナンスの仕組みとしては、法制上又は実務上、次のようなものが設けられている。
少数株主の保護.
少数株主の利益を保護するためのコーポレート・ガバナンスの仕組みには、次のようなものがある。
その他の利害関係者の保護.
会社と従業員（労働者）との関係は雇用契約に基づくものであり、労働者の保護は主に労働法によって図られるが、国によってコーポレート・ガバナンスに労働者の利益を取り入れた制度がある。
一方、会社と債権者との関係は、消費貸借契約などの契約に基づくものであり、債権者の保護は契約法や担保法によって図られるが、会社法上も会社債権者の保護のための制度が設けられている。
そのほか、債権者保護のための会社法上の制度としては、最低資本金制度、配当規制などがある。
資金調達.
会社が事業を行うためには、資金が必要である。会社を設立する際には、前述のように、株式を発行して外部から資金を調達する必要があるが、設立後は、内部資金と外部資金という二つの資金源が考えられる。