鎌倉時代末期、京極宗氏の弟とされる宗満が近江国伊香郡黒田村に住み、黒田氏を称したのが始まりといわれる。この黒田氏は主に室町幕府将軍の奉公衆としての活動の記録が残っており、黒田高政が近江を離れたとされるよりも後の時代である天文年間まで存在が確認されるという。『黒田家譜』『寛永諸家系図伝』などによると、黒田家はこの末裔とされるが、先述の通り疑問視する向きも強い。
明石黒田氏説.
近年、明石藩士黒田家文書、『播磨鑑』には、黒田官兵衛孝高は押部庄黒田村 (現神戸市西区平野町黒田) の出身とする『本朝通紀』長井定宗説が出てきた。これは播磨国明石藩松平家の家老職は代々黒田家であり、同姓である。がゆえに、古文書等の由緒書に、黒田氏の先祖は、播磨国明石郡黒田村の記述があるという。東播磨の一大土豪であった明石氏と黒田氏は、お互いの家に嫡子が絶えると養子を譲りあいながら家系を継いできたという。
西脇黒田庄説.
従来説と大きく違うこの系図は、黒田孝高の祖父とされている黒田重隆が、祖父ではなく実父であるとしている。また、孝高の父とされている黒田職隆は孝高の養父となっており、黒田氏ではなく小寺氏の人物であるように記されている。播磨国に近江源氏流とは違う黒田氏が当初より存在していたという説の論拠ともなりうる系図だが、江戸時代末期に作成されており歴史的史実と乖離する記述も多く散見されるため参考資料とする程度である。
黒田氏の歴史.
封建時代.
なお、黒田孝高は有岡城の戦いから救出された後に有岡城の土牢で世話を受けた、利仁流加藤氏の支流・伊丹氏の一族とされる加藤重徳の次男を養子に迎え、黒田姓を与えて黒田一成と名乗らせている。一成は関ヶ原の戦いで功績を残し、福岡藩立藩後には藩大老となり三奈木黒田家を起こし、明治まで代々、藩主に仕えた。このほか黒田姓を与えられた家には立花黒田家（初代は薦野増時）などがある。黒田家家臣団は俗に黒田二十四騎、黒田八虎として知られる。
明治以降.
系譜.
 凡例
 ※ 構成の都合で出生順より組み替え。
播磨多可郡の黒田氏.
なお、前述の福岡藩主・黒田氏の西脇黒田庄説の通り、黒田官兵衛とその子孫があまりにも有名なため、当の西脇市でもこの黒田氏は官兵衛の黒田氏であるとの伝承が地元でも古くからなされている。
下野黒田氏.
系譜.
 凡例　太線は実子、細線は養子。
 宗満