明治初頭に出された神仏分離令の影響で上社・下社付属の寺院の多くが撤去・破壊され、その中に安置していた仏像・仏具は諏訪郡内の寺院に移された。
神職.
諏訪大社にはかつて最高位の神官・大祝（おおほうり）のもと、五官祝（ごがんのほうり）と呼ばれる神職が置かれた。
その他の神職として、若宮祝・宮津子祝・神楽役検校大夫・天王祝などの祝、八乙女、荷子などが文献に見られる。明治以降は社家制度が廃止され神社本庁から神職が派遣されるようになったため、上記の氏族は現在祭祀に関わっていない。
境内.
上社.
上社（かみしゃ）は、諏訪湖の南岸、諏訪盆地の西南端にある。下社に対しては上流の位置にあたる。
かつては本宮を主として上諏訪の中心地であったが、近世以後は北方の高島城城下町に移り、そちらに甲州街道の上諏訪宿も設けられた。
本宮.
前宮.
上社の中で一番古い社で、かつては祭事の中心地でもあった。本来は守矢氏の本拠地であったが、神氏が諏訪に進入して大祝体制が成立してから大祝に譲ったといわれている。
当地には大祝の始祖とされる有員が初めて大祝に就いて以来、大祝の居館が設けられていた。大祝は神体と同視（いわば現人神）されていたことから、その居館は「神殿（ごうどの）」と尊称され、周辺は「神原（ごうばら）」と呼ばれた。当地では代々の大祝職位式のほか多くの祭事が行われ、摂末社も多く置かれた。大祝は祭政両権を有したことから、当地は諏訪地方の政治の中心地であった。
江戸時代までは「前宮社」として上社境外摂社筆頭の社格を有して鎮座していたが、明治以降上社の前宮と定められた。上社の祭政一致時代の姿を色濃く残していることから、現在境内は「諏訪大社上社前宮神殿跡」として長野県の史跡に指定されている。
現在の祭神は八坂刀売神となっているが、これは『続日本後紀』に記載されている「前八坂刀売神」から発生した後世の解釈であり、古文献には「前宮二十の御社宮神」が見られることから本来はミシャグジを祀る場所だったという説がある。
摂末社.
諏訪大社上社三十九所の一覧。
下社.
下社（しもしゃ）は、諏訪湖の北岸、諏訪盆地の北縁にある。上社に対しては下流の位置にあたる。
一帯は下諏訪の中心地で、近世には中山道・甲州街道の宿場町として下諏訪宿も設けられた。
秋宮.