遊真が一日中だらだらできるという誘惑に負けて入部して幽霊部での毎日が始まる。しかし、部として成り立つための規定の人数を満たしていないため、仕分け委員会につぶされそうになる。知り合ったばかりの祈や、親友の芥川、後輩のヒカリを巻き込んで何とか部を存続させようとした結果、部としての存続を認められた幽霊部。そうして集まった面々と楽しいときを過ごしていく。
祈ルート.
祈は幽霊部への入部を機に遊真と一緒に過ごす時間が増えていき、なんだかんだありつつも二人は打ち解けていく。祈のことを好きになった遊真は、若葉や芥川に悩みを相談したり、アドバイスを受けたりしていく中で、遊真は祈に告白し二人は付き合い始める。デートや学園内などで二人で親しい時間を過ごしていくうちに、祈から遊真に胸に秘めていた悩みを打ち明ける。
彼女の未練は兄の飛鳥の存在だということを知った遊真は、親友の若葉と芥川に相談するが、そのことが裏目に出てしまい、祈に付き合うことを拒否されてしまう。その日の夜に彩乃が祈に対し本当にそれは正直な気持ちなのかと尋ねる。彩乃からの質問に耐え切れなくなって逃げ出してきた先で遊真と遭遇し、先ほど公園であった出来事を遊真に話して仲直りし、二人の関係は元に戻ることができる。翌日、遊真は祈の未練をなくすために体を張って彼女の本心と向き合い、二人で手を取り合って生きていこうと約束する。
彩乃ルート.
新しく部長になった遊真と彩乃は日を追うごとに親しくなっていく。しかし遊真は彩乃とともに過ごしていくうちに彼女が何を目指しているのか、どんな人間なのか分からなくなる。素直にそのことを彩乃に質問すると、彼女は自分の過去の境遇を語っていき、昔飛鳥が作った「何でもお助け団」をやりたくて幽霊部を作ったのだと説明する。遊真は彼女に託された未練に応えるべく、改めて幽霊部の部長として彼女の期待に応えることを決意する。