環境の影響という面でも、高松塚古墳壁画が劣化した例に顕著なように、外部から持ち込まれたもの（黴、細菌など）が汚染を招くという事態が多くなっている。観光化に伴うこうした例は地域振興と密着しているために根絶を求めるのは難しく、古墳や景観保護のため、環境負荷を最小限に留めるのが、今後の課題となっている。
古墳の破壊も後を絶たない。古墳時代にすでに古墳が破壊されていたことが発掘などにより判明しているが、これらは政治的意図と思われる。しかし年月が経過すると、土地使用に供するために古墳を破壊するようになった。古くは、平城宮建設のために市庭古墳（平城天皇陵）の一部などが破壊された。農地のための破壊は歴史を通じて見られた。中世には高台や水濠を備えていたことから城砦への改修に最適地形とされ、特に三好長慶や松永久秀によって多くが破壊された。
古墳の名前.
日本にある近現代の遺跡の名称は、その遺跡の古来の所在地名に倣って、その地の大字（）や小字（）を付けることを原則にしている。これは、大字や小字が、その地の古来の地名（※人々が暮らすうちに自然に生まれてきた地名、幕藩体制の下で作り出された地名、その他）を残した近代行政地名（※近代行政の施行に則して設けられた地名）であるが所以である。