関東の豪族・宇都宮氏の庶流である武茂氏からの分流で、南北朝の争乱の際に武茂時綱の子の武茂泰藤が奥三河の松平郷に居住した松平氏に仕えたと自称するが、関連性を立証する資料は存在しない。
大久保忠茂または大久保忠俊の代に越前国出身の武芸者にあやかり大窪（大久保）姓を称した。
歴史学者の村岡幹生は『三河物語』に大久保氏の記述が頻出するのが松平清康の時代以降であることを指摘し、大久保氏は清康によって吸収された岡崎松平家の旧臣であったとする説を唱えている。
戦国時代に徳川家康の配下として知られるようになり、主に大久保忠員の子である大久保忠世、忠佐の兄弟が主要な合戦で武功を挙げている。
江戸幕府草創期.
忠隣の次男以下も処分対象であったが、蟄居処分で済んでいる。
赦免.
傍系.
戦国期の忠員の兄弟である忠俊の子孫は旗本になった。また、忠行は戦で足が不自由になった後に菓子作りで徳川家康に仕えて、後に神田上水の開削に努めた功によって子孫は代々江戸幕府の菓子司を務めたという伝説がある。
忠員の子である忠世・忠佐兄弟には、他にも「天下の御意見番」の異名で呼ばれる忠教（彦左衛門）がおり千石の旗本として家名を伝えた。
彦左衛門の系統以外に、忠為の系統も存在する。忠為の直系孫・常春は下野国烏山藩を起こした上に、老中に抜擢された。
なお、幕末・明治期の政治家大久保一翁（忠寛）は、大久保忠俊の子で伯父に当たる忠久の養子となった大久保忠政の三男、忠利（忠重）の末裔である。
明治以降.
小田原大久保子爵家.
烏山大久保子爵家.
荻野中山大久保子爵家.
大久保一翁子爵家.
三河大久保氏系図.
宗家・小田原藩系大久保氏系図
 凡例
烏山藩系大久保氏系図
 凡例
薩摩大久保氏.
薩摩国出身の大久保利通の一族がいる。薩摩藩士の大久保家は藤原姓とされるが定かではない。『甲東逸話』では一説、源姓畠山氏の一族で戦国時代に京都から薩摩に移るという。また、寛文年間の『諸家大概』にその系図を偽者扱いされている大窪源太左衛門という人物が源姓畠山氏を称しているが、この人物と当大久保家との関係は不明。貞享年間に市来郷川上に下り、後年に鹿児島城下に戻るという。彼の一族については大久保利通を参照。
利通系薩摩大久保氏系図.
薩摩大久保氏系図
 凡例
臨床心理
心理学部