アルムの生活ですっかり元気になったハイジのもとへ、クララからの手紙が届く。クララが父と約束したハイジとの再会のためのアルム行きがなかなか叶わない、早く会いたいという内容だった。過酷な環境にクララが耐えられるかどうかを確かめに来たクララの主治医は、ハイジの必死の説得により山の中の不便な環境の中でクララが意欲を持って過ごすことこそが回復に繋がるのだと悟りクララの訪問を許可する。こうして、ついにクララが山へやってくることになり、ハイジとクララは再会を喜び合う。自然豊かなアルプスでの生活の中で明るさと健康を徐々に取り戻してきたクララは、接近してくる牛に驚いて無意識の内に立ち上がった一件を機に、ハイジとおじいさん、様子を見にやってきていたおばあさまに促され、自分の足で立って歩く練習を始めることを決心するが、バランスを崩して転んでしまったショック、本当に足が治るのかもわからない不安と恐れから弱音を吐いてしまう。ハイジに叱咤されて突き放されたクララは後を追うと必死で立ち上がろうとし、ついに自分自身の意思で立ち上がることに成功する。ハイジ、ペーター、おじいさんは心からクララを祝福し、手紙を受け取って村から様子を見に戻ってきたおばあさまもクララが自分の足で立ち上がる様を見て涙と共に喜んだ。その翌日、滞在を終えてフランクフルトに戻ることになったクララはハイジたちに別れを告げ、来年の春にまた必ず来ることを約束して帰っていった。
クララとの別れからしばらくの後、クララからの手紙を受け取り、彼女が来る日に向けて懸命にリハビリに励んでいることを知ったハイジとペーターは、再会の日を待ちわびながらアルプスの冬の日々を過ごすのだった。
原作との相違点.
監督の高畑勲が、原作からの最大の変更点として挙げているのはペーターの扱いである。原作では意志薄弱でハイジに従属する存在として描かれており、後述の通りクララのせいで構ってもらえなくなったのを恨みに思い、嫉妬からクララの車いすをこっそり崖から落として壊す場面もある。スピリ作品の少年少女たちは多くの場合で女性優位の構図が見られるが、本作品において高畑は男性優位の秩序を復活させる試みをしている。