義輝は奮戦するも、多勢に無勢であり、遂に討ち取られた。殺戮が終わると、三好軍は二条御所に火をかけ、多くの殿舎が炎に包まれたという。
変後、跡地には真如堂が移された。
足利義昭の時代.
信長はこの戦いを受けて、さらに防備の整った御所の必要性を認識し、義昭のために城構えの居館を造営することを決めた。また、三好氏に焼き払われた「光源院（義輝）御古城」を再興する必要もあった。
建物の多くは本圀寺から移築され、さらには屏風や絵画などの什器までも本圀寺から運び込まれた。宣教師ルイス・フロイスの『日本史』では、信長が木造建築の宮殿の造営を決心したものの、新たに山や森を伐採せねばならず、工事が遅延することを恐れ、本圀寺から「きわめて巧妙に造られた塗金の屏風とともに」「すべての豪華な部屋を取り壊し、城の中で再建すること命じた」と記されている。『当代記』や『』にも、同様のことが記されている。
完成した御所の四周は、「東西の範囲は室町通りと東洞院通り」「北は出水通り（近衛大路）、南は丸太町通り（春日小路）」と現在では考えられている。このうち、西側は室町通りであった考えられる。そのため、義昭の御所はとても巨大なものであった。
同月、信長は門や建物や取り壊し、安土に移築した。他方、石垣は諸人に略奪させており、不特定多数の人間が持ち帰ることが許された。
このように、二条新御所の建築が進められると同時に、二条御所の解体が進められることとなった。だが、二条御所の門や石垣が二条新御所に転用された形跡はない。
遺構.
白鷺城
白鷺城（はくろじょう、しらさぎじょう）は、日本にある以下の城の別名。
銀杏城
なっち
なっち、ナッチ
名に「なつ」の文字が入る、特に女性に対して付けられる事が多い。
ワラビ
特徴.
世界の温帯から熱帯にかけて広く分布する。日本には、北海道、本州、四国、九州、南西諸島の平地の原野から山地に分布する。主に日当たりと水はけの良い草原や土手、山の斜面などに群生する。
森林内に出ることは少なく、火事、植林地などの攪乱（かくらん）されて生じた日当たりの良い場所に出現する。山腹の畑地周辺などにもよく出て、大きな集団を作る。
栽培.
栽培品種・系統.