一回の放送につき三人ほどの懺悔の模様が放送されたが、実際には、たとえゲストであろうと番組でNGを出した者全員が懺悔室の対象であり、放送時間の関係で面白いものだけが放送されたと後に明された。「懺悔! 懺悔!」は当時流行語になり、後述通りパロディも多数登場した。なお神様の裁定時の判定における手の動きだが、「マル」のときはスローだったのに対し、「バツ」のときは逆に素早い動作だった。
また、NGを出さなくても懺悔室に送られるケースもあり、西川のりおは『金儲けしすぎ』という全く番組に関係ない理由で懺悔させられ、水をかけられたことがある。また、公開収録の『ひょうきん公開懺悔室』では、収録テープが入ったビデオデッキの操作ができなかったという理由で明石家さんまが懺悔するハメになったこともある。
懺悔室に送り込まれる対象は拡大して行き、裏方である番組スタッフ、レギュラーが出演した番組、プライベート、営業（後述の出張懺悔室）に加えて、たけしのマネージャー（当時）菊池忠、フジテレビの別の番組出演者、フジネットワーク所属の系列局の社員、フジテレビ乗り付けのタクシー運転手、間違えてテレビ朝日にスタッフ用の弁当を届けた仕出し店の配達員、収録中の客など一般人にまで広がり、当時フジテレビアナウンサーだった逸見政孝や同じく編成局長だった日枝久が送り込まれた回もあった。
時にはNGを誰一人も出さなかった、NGでも面白かったからOKにしたためNG無しという回もあり、その際は「今日は懺悔の無い良い一日でした」と言うナレーションの後、マルの際と同様に紙吹雪が降って、エンディングの流れとなった。神様に大量の水を掛けるパターンもあった。
判決時に使われていたBGMは、『宇宙刑事ギャバン』の「ギャバン蒸着」（作曲：渡辺宙明）。
通常はこの『ひょうきん懺悔室』が番組の最後のコーナーで、これが終わるとそのままエンディング曲、提供クレジットが出て番組が終わる、という流れであった。
マリア島
きらきら研修医
テレビドラマ.
小西真奈美の連続ドラマ初主演作。小西真奈美は役作りのためにデビュー以来初のショートカットにも挑戦している。
番組ではサイバーエージェントが協力しており、劇中のブログ「クラクラ研修医のドタバタ日記」にもアメーバブログのロゴが入っている。