このような「歴史の科学」を生み出したマルクスの方法とは、いかなるものか。アルチュセールはこれを、「書かれざる」「実践状態で機能する」弁証法であると言い、それこそがマルクスの哲学であるとした。
いわゆる理論もまた、概念を生産するための、一種の実践である。ゆえに彼は、広義の理論活動を「理論的実践」と定義する。そして、諸々の理論が「理論的実践」ならば、そうした実践そのものの一般理論、理論的実践の過程の理論（大文字の≪理論≫）もまた存在する。このような発想から、『経済学批判要綱』の「序説」を引用しつつ、「科学は、具体的な物ではなく、一般性に働きかけ、新たな概念を生み出す」という一般理論を、アルチュセールは見出すのである。彼によれば、いわゆる唯物弁証法とはこの一般理論に基づくものである（cf.「唯物弁証法について」『マルクスのために』）。
では、このような一般理論、このような弁証法をもとにマルクスが作り上げた理論や概念は、いかなる意味において重要なのか。それを理解するには、単に『資本論』のあれこれの節を暗記していればそれでいい、ということにはならない。ここで、「兆候的読解」に対する理解が必要となる。ある問題においては、問いの不在（見えているがゆえに不可視となっているもの）があり、それを適切に見出す読みが、兆候的な読み方である。マルクスは、当時の古典経済学に対して、その読み方を実践したのだ。だから、それを理解しない限り、マルクスの発見の意義を測ることはできないのである。
「理論における階級闘争」としての哲学.
偶然の唯物論.
かつてアルチュセールは、マルクスを大きくヘーゲルから引き離してみたものの、依然『資本論』に至るまでヘーゲルからの影響が或る形で残り続けていたことをもまた、認めていた。このことについては、自己批判の諸テキストの中で、認識論的切断の学説に「継続する切断」という説明を加えていることからも分かる。
後のアルチュセールは、ついに、ヘーゲルのマルクスへの最大の負債を認めることになる。それは、「過程」という概念である。但し、ヘーゲル弁証法特有の、目的論的過程ではない。それは、「主体も目的もない過程」、不均等な起源を持つ様々な要素が織りなす複合的な過程なのだ。そう彼は述べるのである（cf.「ジョン・ルイスへの回答」）。