『マルコポーロ』の廃刊をめぐっては日本国内外で大きく報道がされた。日本国外では、ドイツ、オーストリアでこの事件が大きく報道されたほか、アメリカ合衆国の新聞各紙もこの廃刊事件を比較的大きく伝えている。
日本国内での報道.
新聞.
インターネット.
事件の背景分析.
図書館関係者の雑誌『ず・ぼん』は、西岡と社会学者の橋爪大三郎の対談「『ナチ・ガス室』はなかったの論理を検証する」を掲載し、同時にリベラル系のジャーナリスト長岡義幸の記事を掲載させたが、長岡はこの記事の中で事件を巡るマスコミの報道姿勢を強く批判している。
風刺漫画.
言論の自由などに関する事件への批判.
さらに、記事の執筆者であり当時厚生省の職員（医務官）であった西岡が厚生省から記者会見中止の圧力を受けたことは、中央官庁による言論介入が行われたことを意味し、重大であるが、当時の新聞・テレビは、こうした問題を深く掘り下げて報道しなかった。
江川紹子によるサイモン・ウィーゼンタール・センター批判.
この措置によって文藝春秋が執筆者に一言の相談も無く、記事の内容を取り消し、広告ボイコットの圧力に屈したとして、江川紹子は、西岡記事は支持しない立場を明確にした上で、広告ボイコットという行為については厳しい批判を加えている。
江川はさらに、こう懸念を述べている。
言論の自由に関する見解・批判.
出版物でのタブー化の空気とは対照的に、インターネット上でマルコポーロ事件とホロコースト見直し論を論じるブログなどは数多い。
文芸批評家の絓秀実は、ヘイドン・ホワイトとカルロ・ギンズブルグの論争に言及しながら、上記のような言論の自由という争点そのものを批判した。絓によれば、言論の自由という権利は中立的なものではなく政治的闘争の場に他ならないのであるから、その政治性が忘却されてしまった場合、政治的にホロコーストが重要な問題ではなかった日本においては、「ホロコースト否定論」すら言論の自由の名の下に登場し得ることになるのである。
歴史学からの批判.
歴史学者石田勇治のコメント報道.
また石田は、上記『ジャーナリズムと歴史認識』に「アウシュヴィッツ＝ビルケナウ絶滅収容所の史料から」を寄稿して、木村や西岡が問題視するアウシュヴィッツ基幹収容所跡地のガス室の歴史を説明したうえで、ガス室の存在を示す当時の史料を詳しい説明とともに掲載した。