なお、日興門流では日蓮の入滅前に日興に対して付嘱がなされたとして「日蓮一期弘法付属書」と「身延山付属書」があったと主張するが、他門流はそれを認めていない。
日蓮の思想の背景.
日蓮は鎌倉時代の仏教の最高学府であった天台宗比叡山延暦寺で学び、日蓮自身は天台宗の僧としての自覚のもと、伝教大師最澄を崇敬し、法華経を信奉していた。『立正安国論』では「天台宗の僧侶日蓮が記した（天台沙門日蓮勘之）」と記している。
法然自身も批判される事を承知していたが、『選択本願念仏集』が開版されると、延暦寺、興福寺などからも多くの批判に晒され（承元の法難）、明恵の『摧邪輪』『摧邪輪荘厳記』や定照の『弾選択』といった批判書も出た。
日蓮もこの法然の浄土教を邪教として激しい批判を行い、邪教が武家、庶民にまで、広まってしまったために、数々の災いが日本に生じており、いずれは内乱（自界叛逆難）と他国侵略（他国侵逼難）により日本が滅びると考えた。
日蓮は阿弥陀仏にすがり、来世で極楽浄土への往生を求めるのではなく、現世（娑婆）で、娑婆国土全体を仏国土に開いていく事こそ、正しい教えとし、阿弥陀仏ではなく、阿弥陀仏の教主である本仏釈尊と諸天善神を信仰すべきで、題目（南無妙法蓮華経）を唱えるべきであるとの思想を展開した。
思想.
日蓮の主要教義は、三大秘法と五義（五綱）である。ここではその概要を述べる。
三大秘法.
三大秘法とは本門の本尊・本門の題目・本門の戒壇の三つをいい、仏教全般の基本である戒定慧の三学を日蓮の仏教に当てはめたものとされる。「法華取要抄」「報恩抄」「三大秘法抄」などにおいて説かれる。「本門の」との言葉が冠されるのは、日蓮が弘めた法が従来の仏教を超越していることを示す趣旨である。ただし三大秘法の解釈については各宗派において大きな相違がある。
「三大秘法抄」は古来より真偽未決の遺文である。「三大秘法」という言葉は「三大秘法抄」を除いて使用例はなく、唯一「曽谷入道殿許御書」で「一大秘法」という用例が見いだされる。
本門の本尊.
本門の本尊とは日蓮の仏教における信仰と礼拝の対象をいう。