生物系の学芸員のもっとも基礎的な職務は、自然界に存在する生物の種の形態形質、分布とそれらの変異幅の物証となる標本の蓄積と管理である。特に、種の記載の基準となるタイプ標本の保管は、タイプ標本を所蔵する博物館の国際的責務となる。勤務する博物館がローカルなものである場合には対象範囲は地域の生物相の標本蓄積を伴う記録事業（インベントリー）であるし、より大規模な地域を対象とする館である場合には、ナショナル、あるいは国際的（インターナショナル）なインベントリーを行うことになる。ローカルなインベントリーを志向する館であっても、学芸員の中核的な専門分野に関しては、より深化した分類学的研究を行うため、比較研究を全地球規模で展開せざるを得ず、インターナショナルな資料収集が行われることになることが多い。つまり、地方自治体立の博物館の学芸員はその館の設立母体である自治体の範囲、及び、その範囲と生物地理学的に関連の深い地域を対象として、動植物、菌類などの標本を収集、整理、研究を行い、なおかつ自分自身の専門分野の生物群に関しては、より国際的な分類学研究に当たるということが多い。また財団法人などによって設立された、特定のテーマを持つ博物館では、そのテーマに関して、国際的な資料収集を行っているケースが多い。
こうした基礎業務上、学芸員は何らかの生物群に関する分類学研究者、あるいは分類学のトレーニングをある程度受けた者が就くことが望ましいが、現代日本の大学教育で、分類学研究者の養成体制が弱体化していること、博物館に地域の環境教育の拠点としての機能が強く求められるようになり、そうした専門性を期待できる学芸員が必要とされてきていることなどもあって、同じ野外系生物学の生態学を専攻した者が生物系学芸員の職に就くことも多くなっている。
生態学の専門知識を持つ学芸員には、環境教育の基礎情報となる地域の生態系に関する基礎調査が求められるが、同時にその地域の生態系が地域社会の人間生活と歴史的にいかなる関係を築いてきたかを解明する必要があり、里山研究などの形で人文系学芸員とかなり近接した研究活動を行うことも多くなってきている。
配置.