しかし、これらの原則は忠実に履行されなかった。作物の種類と量、土地の選定、労働者の動員などの命令はヨーロッパ人の官吏から現地のブパティ（領主）、さらにその下の村長に伝えられた。官吏、首長、村長は地位と成果に応じた報酬を得られたが、逆にノルマを達成できなかった場合は処罰を受けた。このため耕地の半分以上が商品作物の栽培に使用され、食糧が不足することもままあった。
商品作物の栽培に従事する農民は一般に地税よりも多くの収入を得られ、商品の運搬、道路や橋の建設といった賃金労働に従事する機会が増えた。しかし、作物の買い取り価格は市場価格ではなく植民地政府が決定した低い評価額であり、道路や橋の建設は労役という形で課せられることがしばしばあった。また、サトウキビは栽培だけでなく工場に運搬する義務も課せられ、原則に反して工場労働が強制されていた。住民の非によらない栽培の失敗は政府が責任を負う原則も機能せず、実際は住民が損失を補填していた。
どの村のどの耕地を栽培に利用するかは官吏と企業によって決められ、住民の意思は無視された。高地が多く人口密度が低いプリアンガンに高地栽培に適していない藍が導入された際、住民は頻繁に遠隔地に召集され、重い負担を強いられた。藍の栽培期間中は耕地に留まることを強制されたため、婚姻や出産は屋外で行わなければならず、西ジャワのスンダ人の間で「めとるも産むも死ぬもみんな藍畑の上」という言葉が流行した。高地栽培に適しているコーヒーが水田地帯に植えられた例もあり、凶作が起きた後、住民たちがコーヒーノキを引き抜いて再び水田を耕さなければならなかった。
栽培制度がもたらした飢饉によって多数の餓死者と離村者が出、オランダ本国で制度の是非に関する議論が活発化する。
制度への批判、廃止.
制度の影響.