円谷は、他人が使わないだろうと思うフィルムも細部まで記憶しており、編集の石井清子や記録の久松桂子らはカット屑を捨てることができなかったという。一度、円谷が爆発カットのつなぎにと考えていた数秒の白抜けのフィルムが、どうしてもラッシュフィルム（現像の上がってきたばかりの未編集フィルム）に見当たらず、大騒ぎになったことがある。円谷は青くなって現像所まで押しかけ、そこで不要と判断して捨てられているのを発見、事なきを得たという。あとで現像所のスタッフは全員で、円谷の元へ謝りに来たそうである。
円谷組のメインキャメラマンは、有川貞昌（主に引きの画面担当）と富岡素敬（主に寄りの画面担当）が務め（後期はこれに真野田陽一が加わる）、円谷は「絵コンテ」で画面のイメージを伝えた後は、アングルなどすべて彼らに任せていた。その代わり、舞台で言う「上手と下手」の使い分けを、演出の際の心がけとして常に指示し、画面の構図として、常に「二等辺三角形」のパースを口酸っぱく言い続けていた。編集の際にも、この位置関係を常に念頭に置いて、ことに本多猪四郎とは綿密な打ち合わせの元、スムーズにカットをつないでいる。特撮班との連携をあまり重視しない稲垣浩と組んだ『士魂魔道 大龍巻』での竜巻シーンの特撮では、この原則が崩れているのがよくわかる。
一方で、徹夜続きで考えがまとまらない状態で編集を行い、無意識にフィルムを切りすぎてしまい後で貼り直すこともあったという。
アニメ演出.
特撮監督として知られる円谷だが、アニメ演出家としての側面も持っている。円谷が初めて制作した映画は、巻紙をフィルム代わりに、マッチ棒を一こま一こま描き込んだ、小学生の折の自作のアニメ映画である。東宝では特技課内の線画室の動画技術を指導する立場でもあった。
線画室にいた鷺巣富雄（うしおそうじ）は、円谷と組んで制作した教材映画で、「スチール・アニメーション」という動画手法を創案している。撮影した映画フィルムをひとコマずつスチール写真に焼いて、これを引き伸ばし、あるものは背景に、あるものは切り抜いて、セル画のように重ねてこれをコマ撮りする、白黒フィルム作品で絶大なリアルさを発揮する、簡便な「合成」手法だった。ピープロ時代ののちのちまで多用されるこの手法も、鷺巣は円谷の撮影技法がヒントになって出来得たものであると語っている。