駿府城の築城に当たっては伊豆石という伊豆半島産の石材も使用されたようである。沼津市井田の井田高田四郎家文書、宝暦・明和・文化年間の井田村「村差出帳」に、水戸徳川家の石丁場と、江戸・駿府城の為に石を切り出した公儀の石丁場が所在した記録が残っている。また、細田家史料には、「駿河様御丁場」の記載がある。沼津市重寺村付近の、地元の室伏家文書には、天和年間に江戸の町人請負、寛永六年頃に駿河徳川家、寛永十二年頃に越前最小、享保十四年「村差出し」などから駿府城・久能山・江戸城の御用石を商人請負で切り出していたことがわかっている。
現在.
縄張.
駿府城は北にある賤機山と東にある谷津山の稜線を延長した線が交わる位置にある。西には安倍川と藁科川があるが、城下まで流れていた前者を、慶長期にいわゆる薩摩土手により流路を変更させ合流することで、城下町の治水と西への防備とした。北西には淺畑沼が広がるが近世以降は徐々に耕地化された。沼からの流れは巴川として清水湊に繋がり、水運として活用された。
慶長期以前の縄張は不明な点が多いが、発掘調査により天正期天守台は慶長期天守台より一段奥まった位置にあった。また『当代記』には慶長期の二の丸にあった竹腰正信の屋敷は天正期は井伊直政の屋敷として二の丸の外にあったとされ、慶長期と比較して一周り小さい規模だった。
家康の隠居城としての改修は当初は天正期の城より南の河野辺に新規築城する計画だったが、その後に従来の城を南北へ拡張する形に変更された。大改修が行われた駿府城は、輪郭式平城として本丸を中心として二の丸・三の丸が同心円状に巡る縄張で、何れも石垣と水堀が巡りている。ただし三の丸は本丸・二の丸に対して少し傾いている。
本丸は北西に天守台が南に正門として玄関前門、東に台所門、北に天守下門があり、何れも枡形を形成している。この基本構成は同時期築城の名古屋城本丸と全く同一であり、また天守台の位置が不明で土塁造りではあるが高田城本丸とも類似している。両城は共に家康の子（徳川義直・松平忠輝）の居城として築城された。