緒戦ではそれなりの活躍をした二式水上戦闘機ではあったが、戦局の推移にともない、日本軍が攻勢から守勢にまわると、活躍の場を失った。十五試水上戦闘機が強風として完成した頃には水上戦闘機の出番はすでに無くなっていた。強風は陸上戦闘機の紫電に設計変更され、後の日本海軍最後の傑作機、紫電改の母体となっている。
アメリカ軍は建設能力に優れていたため、またそれ以外の国はそもそも多数の島嶼を占領するような戦争を経験していないため、水上戦闘機を必要とせず、試作機も作られてはいるが実戦投入はされなかった。
潜水艦搭載機.
第二次世界大戦後.
遊覧.
自動車部品メーカーのサードが富裕層向けの小型水上スポーツ機の開発を予定している。
海難救助機.
沿岸地域の海難救助はホバリングが可能で小回りのきくヘリコプターがその任を引き継いだ。しかし、外洋での救助活動は、航続距離が長く凌波性能の高い飛行艇が今でも役立っている。
消防飛行艇.
最近注目を集めている飛行艇の用法として、大規模火災の消火がある。山火事などの現場近くの海面・湖面に着水し、機内タンクに取水して再離水、現場上空にて放水するものである。
地面効果翼機.
厳密には航空機と呼ぶには異論があろうが、飛行艇から派生したものとして地面効果翼機がある。実用化されたものにソ連のエクラノプランがある。
地面効果（表面効果）を利用すれば、航空機は通常より遙かに効率よく飛行できる。「地面」効果といっても、効果を維持できる高度は低く、実際に地面の起伏に合わせてその高度を維持するのは非常に危険であるため、基本は地面ではなく水面航行となる。そこで通常飛行と地面効果利用の両方が可能な水上機として研究は始まった。
その後、水面を離水しての飛行は不要と考えられ、「船よりも速く、飛行機よりも経済的」な輸送システムとしてエクラノプランの研究は続けられた。結果、ソ連は各種多様な機体を試作しカスピ海で試験運行したが、偵察衛星の画像でこの種の機体の存在を知った当時の西側は、西側の設計思想とのあまりの異質さから「カスピ海の怪物」（「ネス湖の怪物」に掛けた呼称）と呼んだ。
船としての利用.
水上機は着水後にエンジンで滑走するのが基本だが、エンジンを止めた状態で帆を張れば帆船ともなるため、一種の機帆船とみなすこともできる。