しかし、日本民法典においても、少なくとも部分的にはなおフランス法系の規定も残存しており、ドイツ法系とフランス法系の異質な規定が混在したために両者の矛盾が問題となって解釈者をしばしば悩ませた。そのために、この体系的な不調和を解釈によって是正して、民法をして「矛盾なき統一体」たらしめることが学説・判例の一大目標となった。ここにおいて、ドイツ法の学理を徹底してフランス法系を不純物として軽視する発想、むしろ旧民法を通してフランス民法典の方が主要な母体（母法）であるとしてドイツ法理論の排除を主張する発想、立法者はあえてフランス法的規定を残したのだから部分的には尊重されるべきとする折衷的発想、ドイツ法流の体系的な論理解釈を基礎に据えつつも、現代的な社会の変遷をより重視して、母法及び過去の歴史的沿革の極端な尊重に疑問を呈する発想、といった解釈態度の立場の違いが生み出されたのである。この問題は結局、歴史認識の違いもさることながら、日本民法典がドイツ法系のパンデクテン方式と法律行為理論を中核とする体系を組んでいることを軽視して個別の文理解釈及び其の母法・沿革に着目するのか、それとも重視してこれを生かした体系的な論理解釈を重視するのかという、法解釈の手法の違いによるものとも考えることができる。
なお、同様の問題は、ドイツ法系の法律に英米法流の思想を接木して根本的改修を図った日本刑事訴訟法にも存在する。またドイツ民法典についても、ローマ法系とゲルマン法系の調和の問題がある。