秀吉死後には五大老の徳川家康が重臣合議制の原則を逸脱して影響力を強め、政権内の対立も深まっていった。五大老の前田利家の死去、七将襲撃事件に伴う五奉行・石田三成の失脚などで、政局の主導権は家康の手に握られてゆく。
関ヶ原の戦いと戦後処理.
一摂家の豊臣家.
朝廷では誕生以来、秀頼を摂家豊臣家の後継者として見なしていた。これは関ヶ原後に家康に権力が移っても関白になり得る存在として朝廷内での位置づけは変わらず、慶長末年に秀頼が国家鎮護のために方広寺大仏（京の大仏）を再建した際にも供養会に朝儀を挙行し、文書を調えるなど、朝廷は秀頼のために機能した。豊臣家は幕府からは五摂家と同じく公家として扱われた。
方広寺大仏（京の大仏）の再建.
大坂の陣.
緒戦では木津川口、博労淵などの大坂城の周辺の砦が攻略され、残りの砦も放棄して大坂城に撤収、野田・福島の水上戦でも敗れる。ただ今福や鴫野の戦いでも敗れてはいるが、佐竹義宣軍を一時追い詰める抵抗を見せたため、大坂方強しと周知される。
大坂城での戦闘では浪人衆の活躍や大坂城の防御力により、幕府軍は苦戦、城内に攻め入ろうにも撃退ばかりされ、特に真田丸の戦いでは幕府方が損害を受ける。
やがて、大坂方・幕府軍双方の食糧・弾薬が尽き始め、家康は和議を提案。
大野治房が軍勢を率い大和郡山に出撃し、制圧・略奪して帰還した。大坂方は阪南から北上してくる幕府の軍を、数で劣る自軍でも撃退できるよう狭い地域で迎え撃つべく、主力軍が八尾方面に進軍。八尾・若江、道明寺で戦い、長宗我部盛親が藤堂高虎勢を壊滅させた。ただ奮戦した木村重成・後藤基次が討ち死に、撤退を余儀なくされる。また紀州の一揆勢とともに浅野長晟を討つべく大野治房らが出撃するも、樫井の戦いで先陣の塙直之が浅野軍に破れ、本隊が到着した時には浅野勢は紀州に撤退済みだったことにより帰城。
敗戦続きで兵力が疲弊した大坂方は、家康・秀忠父子が大坂に布陣したところに決戦を挑む。天王寺・岡山の戦いである。