しかし、当事者であったマ海防は殆どが戦死しており、また、関係者の尋問に出てくる当事者の名前がアメリカ軍が入手したマ海防の名簿に該当者がないこともあって捜査は難航した。大量虐殺については、マ海防が、これまでのゲリラとの戦闘経験から、フィリピン人すべてをゲリラないしは協力者だとみなしており、老若男女を問わず虐殺したり拘束した可能性が指摘されたが、ただし、司令官の岩淵やマ海防を指揮していた振武集団からの虐殺命令は確認されておらず、虐殺の命令が前線部隊から発されたものなのか？もしくはより上級の司令部から発されたものなのか？また、虐殺の実行者が現役兵と現地召集兵のどちらによるものなのか？兵種の区別なく一様におこなわれたものなのか？などは裁判でも明らかにはされなかった。
山下裁判.
弁護団の懸命な弁護活動の甲斐なく、山下はそれまでに判例もなかった、部下がおこなった行為はすべて指揮官の責任に帰するという「指揮官責任論」で死刑判決を下された。マッカーサーは判決に対して「この将校は彼の部隊、彼の祖国及び人類に対する義務を裏切った。彼は軍人としての彼の信条にそむいた」「彼の生涯は軍職に身をおく者の汚辱である」との苛烈な言葉を追加し、山下から一切の軍装を剥がした上での絞首刑を命じた。山下はその屈辱的な死刑判決を受け入れ、最後の言葉として「死に際し、神の前に立っても自分の行いを恥じないだろう。もし日本軍司令官として能力がなかったと言われるなら、それは私の生来の能力のためであり、なんとも言えない」「諸君（アメリカ人弁護団）の親切な扱いを受けられたことはうれしかった。死んでも諸君の親切は忘れないし、刑の執行を非難しようとも思わない」と述べた。同じくマッカーサーの復讐裁判でバターン死の行進の責任を問われて死刑となった前司令官の本間雅晴は、「戦争に負けたのだから致し方ないと諦めるより外ありません」と述べた。
マッカーサーは日本軍が行ったゲリラ討伐を「強力で無慈悲な戦力が野蛮な手段に訴えた」「軍人は敵味方問わず、弱き者、無武装の者を守る義務を持っている……（日本軍が犯した）犯罪は軍人の職業を汚し、文明の汚点となり」と激しく非難したが、その無武装で弱き者を武装させたのはマッカーサーであった。
歴史認識.
日本.
アメリカ.