終日運転されているが、全線を通しで運転するのは早朝・深夜のごくわずかで、事実上古市駅を境に運転系統が分かれている。
長野線への直通列車は上りは深夜に河内長野発大阪阿部野橋行き、平日の朝ラッシュ終了時に富田林発大阪阿部野橋行き、下りは平日の早朝に河内天美発、全日の早朝に大阪阿部野橋発で河内長野行きが運転されている。
快速急行.
その他.
かつては快速も運転されていた。
車両の増解結と種別・行先変更.
古市駅を境に利用状況が大きく異なることによる車両数の適正化、停車駅ホーム有効長の違い、分岐各線（長野・御所・吉野線）と合わせた車両運用の能率化により終日車両の増解結を行い、切り離した車両を即時別系統の列車にしたり、建前上の終着駅に到着後種別・行先を変更し引き続き営業運転させる（いわゆる「化け」）等の柔軟な車両運用を行っている。近鉄では他に奈良・京都・橿原線と名古屋線の一部の列車で表示上の終着駅到着後に種別・行先を変更して引き続き運転している。旅客の利便性目的ではない点が一般的な多層建て列車等との違いである。
時間帯別においては次の通り。
朝ラッシュ時.
日中・夕ラッシュ時.
深夜.
愛称列車.
PL花火臨時ダイヤ.
終夜運転.
その他.
吉野線沿線には飛鳥や吉野などの観光地があり、春や秋のシーズンにはラジオ番組や新聞社主催のハイキングが開催されている。それに合わせた臨時列車も多く運転されている。また、ラジオウォークなど沿線で行われるイベントにあわせて取り付けられるヘッドマークも多い。
行先はこれらの他に臨時急行、区間急行、快速急行の藤井寺行きがあるが、現在はほとんど使われていない。
乗務員.
乗務員は特急のみ通し乗務で、それ以外は古市駅で交替する。ただし、長野線直通列車（準急）及び一部の吉野線直通列車（急行）、橿原神宮前発着の準急は古市駅で乗務交代を行わずそのまま終点まで乗務する場合もある。
車両.
過去の車両.
名古屋線が狭軌だった頃は、南大阪線と名古屋線でも車両の転属がある程度行われていた。また同様に狭軌である養老線（今の養老鉄道）へ車両自体・または台車のみでも転用されたケースが多い。
歴史.
駅一覧.
主要駅の乗降客数.
串田嘉男