後に事件を分析した東大医学部教授の上野正吉は、小南鑑定には傷に生活反応がない点を以て死後の受傷とするという完全な思い違いがある、と批判した。また、中田は後に自殺説について、日本人は縊死の際に懸垂と同時に踏み台から降りることが多いので、踏み台の上で意識を喪失して身体が痙攣することはない、と反論している。これについても上野は、確率を論ずるだけで実例には結び付かない無意味な論である、と批判した。上野は、他殺論者の理屈には「法医学上許され難い誤りがある」としているが、犯人が息がなくならないように小笛の首を絞め、痙攣が表れないうちに帯に吊り下げるという方法をとるならば、本件の様態の場合でも他殺は可能である、と論じてもいる。
その後、小南が事件について語ることはほとんどなかった。小南に対して投げかけられた種々の非難について、小南の門下生である中国管区警察学校講師の香川卓二は、「その後に発刊せられた雑誌や書物のうちには自殺説の学者が本人の前では語り得ないような挑戦的な文句で他殺論者を誹謗しているもの等があって心あるものの顰蹙を招いている」と嘆いている。
山本禾太郎の『小笛事件』.
好意的評価.
後世の評価では、評論家の中島河太郎が「戦前の探偵小説としては、甲賀三郎の『支倉事件』と並ぶ収穫」、編集者の戸川安宣が「戦前随一と言っていいノンフィクション・ノヴェルの傑作」と高評価を与える。歴史家の細川涼一は、「島田荘司『秋好事件』や佐野眞一『東電OL殺人事件』の戦前における優れた先蹤として、記憶されるべき作品」と評価している。また、かつて山本に資料を提供する側であった高山は、後の回顧録では『小笛事件』について「もっとも事実に忠実で良心的に調べられている」と評価し、回顧録の資料として全面的に依拠するまでに至っている。
批判的評価.
その一方で評論家の山下武は、『小笛事件』には重要な疑問、すなわち「なぜ小笛は知人の娘たちまでも道連れにしたのか」という謎についての解答がない、と指摘する。山本は作品中で「高山弁護人は動機を突き止めたが、道義的理由から口外しなかった」と説明するが、山下は、山本のこの説明は探偵小説の否定であり甚だしく読者を愚弄するもの、と批判した。さらに、そもそもカタカナしか書けないような小笛が、かくまで謎多き事件の黒幕であるとは信じ難いとも指摘した。