前作は守備のセミオートとオート、走塁のセミオート・打撃のロックオン設定はパーツを手に入れることで行っていたが、今作からサクセス開始時で設定できるようになった。ただし、走塁守備設定をオート・ロックオンをありに設定すると初期能力が下がってしまう。
あらすじ.
本土から日の出島に引っ越してきた主人公は、その道すがら誤って島の慰霊碑を倒してしまう。その後野球部に入った主人公だったが、部は非常にレベルが低かった。ある日、他校との試合でボロ負けした際、突然キャプテンが目の前で消えてしまった上、他の部員たちはキャプテンのことを忘れてしまっていた。このことを知った日の出神社の神主・天本セツは「これは慰霊碑が倒れた呪いで、それを解くには甲子園に出場するしかない」と主人公に告げる。次の日、野球部の弱さを考えるとそのあまりにも高い目標に落胆する主人公だったが、野球部の部室が火事で全焼してしまい、部は解散となってしまう。さらに途方に暮れる主人公だったが、「呪いなんかに負けてたまるか」と思い直し、野球部再建を決意する。
作中用語.
物語の舞台となる離島（ただし一日で本土と往復でき、島から本土が目視できるほどの距離）。
昔からの自然が多く残る島であり、特別天然記念物であるオオサンショウウオなども見かけることができる。
島の中には日の出高校やウメの雑貨屋などがあり、施設は比較的充実している。
この犠牲者の野球部員にはキャプテンであった河島廉也や、神木唯の父親の叔父であった神木哲郎も含まれていた。日の出島には現在彼らの冥福を祈った慰霊碑が建てられている。
裏サクセス（RPG風ファンタジー編）.
ファンタジー世界の勇者となって、野球人形を動かす珠を集める旅に出る。途中お金を貯めてパーツを買い、野球人形を強くしていく。人形の能力向上などのルールは前作のサイボーグ編とほぼ同じである。また、このRPG編ではあるイベントをこなすと、本家パワプロに登場した選手のうち、大豪月・猪狩守・猪狩進・早川あおいをサクセス選手として登録することが出来る。このモードでは、過去作品のキャラがゲストで登場している。
なお、操作できるのは主人公だけで、ヤマダ・ミユキ以外の仲間は自動で行動する。
登場人物.