実質上の初代藩主は輝元であるが、形式上は秀就である。秀就は幼少のため、当初は輝元の従弟の毛利秀元と重臣の福原広俊・益田元祥らが藩政を取り仕切った。
江戸時代中期から後期.
すでにこの時期産業革命を達成した西洋列強が日本近海にも勢力を伸ばしており、本州の西端にあって三方を海に囲まれていた長州藩はこうした国際情勢に敏感であり、早くから洋学を積極的に取り入れて西洋医学を教える医学所などを次々と設立した。ペリー来航後には周布政之助が登用され、財政再建とともに西洋列強の外圧に対抗するため西洋の近代的軍制を模範とした軍制改革が実施されている（安政の改革、安政の軍制改革）。
幕末.
幕末になると長州藩は尊皇攘夷の志士を多数輩出し、明治維新の原動力となる。その思想的背景として、幕府によって事実上幽閉状態に置かれていた藩士・吉田松陰の私塾松下村塾があった。多くの藩士がここに入門して松陰の尊皇攘夷を思想的な軸とした兵学や史学を学んでいた。門下生には高杉晋作、久坂玄瑞、伊藤博文、山県有朋、前原一誠など幕末から明治に活躍する人材が多数ある。
明治時代初期.
戊辰戦争では、藩士の大村益次郎が上野戦争などで活躍した。この戦争のうち、会津戦争やその戦後処理によって、会津藩（会津若松市）と長州藩（萩市）の間には今でも複雑な感情が残っているともいわれるが、実際は、長州藩軍は北越の戦いで進軍が遅れたため、会津戦争では戦闘を行なっておらず、また占領統治を指揮する立場でもなかった。
菩提寺.
歴代藩主一覧.
歴代藩主の肖像は全て現存しており、毛利報公会が所蔵している。「萩市史・第一巻」に掲載されている。
藩の職制.
以下は「萩市史」や「図録古文書入門事典」(柏書房)で『防長回天録』や『もりのしげり』をもとに作成された組織表をもとに記載。
幕末の領地.
上記のほか、明治維新後に石狩国樺戸郡、雨竜郡、天塩国増毛郡、留萌郡を管轄した。
マシュー・ペリー
江戸時代に艦隊を率いて鎖国をしていた日本へ来航し、開港への交渉を要求したことで知られる。来航当時の文書には「ペルリ（漢字では彼理 / 伯理）」と表記されていた。
生涯.
日本来航まで.
日本開国任務.
帰国と退任.
気象学への貢献.
ペリーは航海時の嵐からの安全に意を尽くしており、アメリカの気象学者ウィリアム・レッドフィールドと交流があった。
晩年.