マイナ保険証利用時は、受診者本人がカードリーダーへマイナンバーカードをかざし、ICチップに格納された利用者証明用電子証明書などを読みとらせる。マイナンバー（個人番号）自体は使わず、暗証番号、顔認証、職員の目視のいずれかで本人確認を行なった上で、利用者証明用電子証明書を用いて「オンライン資格確認等システム」で保険資格を照会するもの。顔認証には、顔認証付きカードリーダーで撮影した顔画像とマイナンバーカードのICチップに格納されている券面アプリケーションの顔画像情報が使用・照合される。
マイナ保険証利用の流れ.
システム障害時の取り扱い.
災害発生時の取り扱い.
その他マイナ保険証・オンライン資格確認に関連する使われ方.
限度額適用認定証.
日本の公的医療保険には高額療養費制度があり、所得と年齢に応じて自己負担額の上限が存在する（自己負担限度額）。原則的には一旦通常の医療費を支払い、後から高額療養費の還付を受けるものだが、医療機関窓口で当初から自己負担限度額までの支払いで済ませることも可能である。この適用を受けるためには、従来は自身が所属する保険者に対し限度額適用認定証の発行を請求し、それを医療機関へ提示する必要があった。
マイナ保険証（オンライン資格確認システム）では、医療機関から患者の適用区分がオンラインで照会でき、限度額適用認定証の提示なしで自己負担限度額以上の支払いが免除される。
電子処方箋.
医師・薬剤師の電子署名は必ずしも物理カードを要するものではなく、クラウド型の鍵管理機関を用いたカードレス署名（セカンド電子証明書）も存在する。マイナンバーカードの電子証明書もカードレス署名に対応させる方針。
救急業務での利用.
医療費助成・予防接種・母子保健での利用.
生活保護の医療扶助.
診療報酬.
マイナ保険証・オンライン資格確認の導入に伴い、利用の有無によって診療報酬に違いが生じる。
その他の予算措置.
診療情報等の閲覧.
医師や薬剤師は、患者の同意を前提に、薬剤処方情報、診療情報、特定健診情報が一定期間遡及して確認可能となる。これら情報の閲覧は患者の同意を要し、同意なき場合は閲覧不可である。院内で閲覧可能な者は医師・薬剤師等、有資格者に限定される。