野生のジャンガリアンハムスターの毛色は茶褐色だが、飼育用に改良されたジャンガリアンハムスターには多くの毛色があり、毛色によって様々な名前がつけられペットショップで販売されている。
有色のものは背面の中心上に一本の黒い線があり、頭上でひし形状になっていることが多い。毛色に関わらず、成長過程で毛色が変化する個体や、冬になると毛色が白く変化する個体がある。目の色は黒。
体格がよく似ているキャンベルハムスターを珍しい毛色のジャンガリアンハムスターとして販売していることもある。特にブラック（黒色）やパイド（斑模様）、毛色に関わらず赤目のものはキャンベルハムスターかその混血（ハイブリッド）の可能性がある。
ノーマル（野生色）.
野生の状態に最も近い毛色である。背中側は濃い茶褐色をしており、背面の一本の黒いストライプがあり、色が濃くはっきりとしている。腹側は毛色は白で、毛先が黒い。目は黒色。毛の先と根元の色が異なり、アグーチとも呼ばれる。
サファイア.
ノーマルに比べて背中のストライプも含めて全体的に淡い毛色である。青みがかった灰色なのでブルーサファイアとも呼ばれている。 
サファイアよりもさらに色が薄く、クリーム色を混ぜたような毛色はクリームサファイアと呼ばれる。
ブルーサファイア、クリームサファイアともに潜性遺伝である。
また、サファイアの遺伝子は毛色を薄くする傾向があり（パールホワイトの項参照）、冬になると部分的に白くなる個体が多く、ほぼ真っ白になることもある。春になると毛色は元に戻る。若い方がこの色変わりはしやすい。サファイアの遺伝子を持つノーマルの個体でも、冬は全体的に色が抜けて、普通のノーマルの個体よりも、より白っぽい色に変わることがあるがあまり長生きしない。
プディング.
体毛が全体的にプリンのような明るい薄茶色（ベージュ色）である、背中のストライプもノーマルに比べると薄い色となる。イエローとも呼ばれる。
プディングの色を発生する遺伝子は肥満遺伝子としても知られており、肥満になりやすいといわれている。マシュマロみたいな色をしている。
パールホワイト.
突然変異遺伝子により体毛が根本より白く変化する毛柄である。ノーマルのものは毛先が黒く、背中のストライプの黒もはっきりと見受けられる。パールとも呼ばれる。