弥生時代は、魏志倭人伝の記録を待つまでもなく、堀（防御施設）でムラ全体を囲む環濠集落の祭祀建築（祭殿）の大型化をもたらしたことや当時の一種の山城である高地性集落などの遺構、あるいは遺物など考古資料の面でも戦争の多い時代だったことが知られる。稲作農耕の本格的な進展は水利権や余剰農産物をめぐる争いを招いたものと思われるが、そうした時代状況を反映して、この時期の掘立柱建物には軍事的性格を帯びる建物や倉庫的使用のなされた建物（高床倉庫・高床住居など）が増加したものとみられる。著名なものとしては、奈良県田原本町の唐古・鍵遺跡出土の土器に描かれた多層式の楼閣がある。これは偶然絵に描かれていたからこそ、同様の建物が存在しただろうという推定が可能となるが、通常は発掘調査における遺構の検出からは上屋構造までは推定できない。佐賀県神埼郡の吉野ヶ里遺跡の掘立柱建物跡もその立地などから考慮して物見櫓であることが確実視され、今日では遺跡公園内に復元されている。
古代.
掘立柱建物と礎石・土台建物.
特殊な事例としては、礎石と掘立柱を併用する基礎形式を採用した例がある。これは、島根県松江市の国の史跡出雲国府跡、平城京跡、長岡京跡（京都府向日市・長岡京市）などにみられる。
日本で掘立柱建物がつくられ続けた理由.
中世.
総柱型建物の登場.
鎌倉時代に幕府の置かれた鎌倉では、礎石建物と掘立柱建物の両遺構が検出されるが、礎石建物は格式の高い武家屋敷の主要な建物のみに限定され、ほとんどの場合が掘立柱建物である。
総柱型平屋建物は、京都の公家層・地方の地頭層から一般集落に至る各階層の住居に普及する、当時としては全く新しい建築様式であり、また日本独自のものである。
中世建物の諸形式.
以上の主流形式以外に「多梁間型」・「律令型」の掘立柱建物がある。
さらにまた近年、上記に掲げたいずれにもつかないタイプの建物が古墳時代までさかのぼることが明らかになってきた。「側柱式」（がわはしらしき）と呼ぶべきもので、これは室内スペースが広く取れることから工房のような用途が考えられる。
中世建物の柱間間隔.
いずれにせよ、室町時代には総柱型を基本形に発展して各地方で地域的特色を持つようになり、近世民家の基礎が形成される。
近世以降.