また、南北朝時代に入ると、将軍の屋敷を家臣が兵で包囲し、将軍側近の排除などの要求を突きつける御所巻が行われるようになる。御所巻の一種とみなされることもある、細川政元による将軍足利義材の廃立（明応の政変）は将軍家に対する主君押込として理解することが可能である。また、当時は守護代により主君である守護大名の廃立がたびたび行われた。戦国大名による領国支配の形態の研究が進むにつれ、その支配体制が決して専制的なものでなく、家臣団の衆議・意向を汲み取っていたものであるとの見方が多くなってきている。
しかし、廃立された主君の代わりとして擁立されたのは、多くは主君の一族であり、廃立した家臣が主君の座を奪った例は少ない。上述の細川氏も、将軍位を自らのものにした訳ではなく、足利氏の中から新たな将軍を擁立している。家臣団の有力者が衆議に基づいて新たな主君となることもあったが、多くは主君の一族であった。これらの現象は従来は「下克上」の一言で片づけられてきた嫌いがあるが、言葉通りに下位者が上位者を倒すものでなく、身分秩序の上下関係は維持されている。個人としての主君は家臣に対する絶対的な存在ではなかったが、「主君の家」は「家臣の家」に対して絶対的な存在だったのである。この観点から近年、下克上をこの慣行による現象とする理解が広まってきている。
このように、江戸時代以前は後世ほど日本的儒教解釈の影響が強くなかったため、主君は家臣にとって必ずしも絶対的な存在ではなかった。主君と家臣団は相互に依存・協力しあう運命共同体であった。譜第の家臣は主君と一体のものであったが、外様の場合は主君から離れる自由があった。そのため離合集散も多く、固定化した関係ではなかった。よって、家臣団の意向を無視する主君は、しばしば家臣団の衆議によって廃立された。
江戸時代.
主君に対する忠誠を絶対とする封建制度が徐々に確立した江戸時代においては、少なくとも徳川将軍家では見られなくなったものの、非常の措置として行跡の悪い藩主を強制的に監禁する行為は慣行として残った。これはお家の存続を大事とするゆえに行われた行為でもある。もし暴政により被害が深刻化した場合、あるいは藩主の不行跡が幕府に発覚した場合はお家騒動扱いになり、領地を治める能力が無いとして転封や減封、最悪の場合は改易という処分を受けかねないためである。