尊皇攘夷派の水戸藩主徳川斉昭は弘道館を建て、水戸学による藩士の教化に努めつつ、領内の廃仏棄釈を推進した。斉昭は西欧列強への対抗と藩財政の立て直しから、藤田東湖・会沢正志斎らとともに、より大規模な寺院負担軽減を施行した。天保年間には水戸藩は防衛整備近代化の一環（大砲の新造）として、寺院から梵鐘・仏具を供出させて、多くの寺院整理に着手。これらの経緯と体験は、新政府を形成することになった国際観を持った若手政治家に、水戸学の有効性を理解させたとされる。また、同時期に勃興した国学においても、神仏混淆的であった吉田神道に対して、神仏分離を唱える復古神道などの動きも勃興した。中でも平田派は、明治新政府の最初期の宗教改革に関与することとなったが、近代化への流れの中で次第に衰退した。
上述のように徳川斉昭は、藩内の寺院に対し、金銅仏や梵鐘などの金属製の仏具を供出させ、それを海防のための大砲鋳造の原料に充てる政策を実施していたが、これに対し、仏教を冒涜しているとの批判も上がったが、斉昭は「かつて江戸幕府が公益上の必要（貨幣流通量の不足）から、方広寺大仏（京の大仏）を鋳潰して銭貨にした」ことを先例に挙げ、自身の政策も国防上必要なもので、やむを得ない政策であると弁明を行っている。
明治初期.
こうした軽減策は、当初は神道と仏教の分離が目的の行政改革であり、仏教排斥を意図したものではなかった。しかし、結果として長年仏教に圧迫されてきたと考える神職者たちによって廃仏運動が惹起され、平田派国学者の神職や民衆によって仏像や仏具が破棄される廃仏毀釈運動が全国的に発生することとなった。
他にも廃仏運動が広がった原因としては、
廃仏毀釈運動の広まりに対して、政府は「社人僧侶共粗暴の行為勿らしむ」ことと、「神仏分離が廃仏毀釈を意味するものではない」との注意を改めて喚起した。しかし、廃仏毀釈のおかげで江戸期の特権を寺院が喪失することにも繋がり、仏教界に反省を促し、仏教寺院を近代的宗教団体へ脱皮させる近代化に結びついたとする意見もある。この点に関連して尾鍋輝彦は、近代国家形成期における国家と宗教の問題として、同時期にドイツ帝国首相オットー・フォン・ビスマルクがカトリック教会に対して行った文化闘争との類似性を指摘している。
廃仏毀釈の地域差.