幕末、薩長同盟の締結場所・鈴屋に「人斬り厳達」と呼ばれる剣客ら数人が襲撃してきた。護衛に当たっていた緋村抜刀斎は「人斬り厳達」と斬り合い、葬ることに成功する。その後、同盟は成立、そして時世は新時代と突入するのだった。
時雨宅で厄介になっている朱鷺は最近時雨の様子が変であることに気づく。なのでそのことを知り合った剣心に時雨から事情を聞きだして欲しいと頼む。数日後、時雨宅を訪ねた剣心は彼が留守だったので、明日の暮れ神社近くの大橋で待っていると朱鷺に伝言して立ち去る。そして次の日、時雨と会った剣心だが彼の「もし自分に何かあれば朱鷺を頼む」という言葉に疑問を感じる。時雨宅に急ぐ剣心であったが途中、左之助から時雨の周囲に反政府の人間が集っていること、弥彦が行方不明だということを知る。夜通し皆で弥彦を探し回っていたところにその弥彦が現れ、自分と同じ父が彰義隊士である武蔵野泰春たちの仲間になったが置いて行かれたことを話す。その弥彦の「国賓がどうとか」との言葉から剣心は時雨たちの蜂起が英国公使のパレードにあることに気づく。
当日、時雨たち反政府軍の蜂起は斎藤や剣心の迅速な対応もあり上野に敗走する。その戦いの中で時雨は剣心が厳達を殺した人間であることに気づく。そして、剣心は山県有朋に時雨との決着を了承してもらい、最後の戦いへと向かう。
OVA.
いずれの作品も単巻の作品（以下「オリジナル版」と記す）とシリーズ全話と追加パートを収録した特別版があり、特別版では他にBGMが差し替わっているシーンもある。
追憶編.
星霜編.
新京都編.
今回の再アニメ化に際し、スタッフ、キャストは一新されたほか、キャラクターデザインやシナリオなど全編にわたって原作者・和月伸宏が完全監修する。和月は今回のアニメの監修について、以下のように語っている。
また、監督の山本秀世はギャグシーンの見せ方について、「原作のギャグシーンは、キャラクターがデフォルメされた状態で表現されることが多いですが、アニメでは、デフォルメしすぎず、ドラマ部分を遮断しない程度にとどめています。テンションがぶれすぎないようにある程度のところを保つというか」「コミカルなシーンも、実際にありそうな方法でまとめていくというか。実写ドラマにしてもやれそうな雰囲気のラインを守っていく」と、そのこだわりを明かしている。
小説.
ゲーム.