室町中期までに、幕府における守護大名の権能が肥大化し、幕府はいわば守護大名の連合政権の様相を呈するようになる。当時の有力な守護には、足利将軍家の一族である斯波氏・畠山氏・細川氏をはじめ、外様勢力である山名氏・大内氏・赤松氏など数ヶ国を支配する者がいた。これら有力守護は、幕府に出仕するため継続して在京することが多く、領国を離れる場合や、多くの分国を抱える場合などに、国人を守護の代官としたり、直属家臣の中から守護代を置いた。さらにその守護代も小守護代を置いて、二重三重の支配構造を形成していった。なお、東国の守護は京都ではなく、鎌倉府のある鎌倉に出仕していた。これを在倉制と称する。
戦国大名の出現と戦国期守護.
こうして、鎌倉・室町期以来の守護のうち領国統一や支配強化に成功した守護家や、守護家に代わって台頭し、守護家と同様に領域支配を行った守護代・国人は戦国大名へと変質・成長し、戦国大名の出現・消滅をもって「戦国時代」の時代区分が用いられる。戦国大名の定義には諸説あるが、おおむね郡規模から一国以上の領域を支配し、朝廷や室町将軍・鎌倉公方などの伝統的権力以外と主従関係をもたないが必ずしも中央政権によって保証された権力ではなく、独自に外交・軍事を行っているなどの要素が指摘される。
戦国大名のうち畿内や西国は室町幕府の御分国であり守護家に出自をもつ戦国大名家が多く、一方で東国では駿河今川氏や甲斐武田氏など守護家出自の戦国大名家のみならず、非守護家でありつつも拡大領国を達成した相模後北条氏や、関東・東北地方では郡規模の支配を行う地域勢力が分立するなど、地域的特徴をもつ。
「戦国大名」に関する研究は戦後の実証主義史学において深化するが、それに伴い戦国期における守護の位置づけについても再検討が行われ、戦国大名権力の背景には戦国大名による戦国法の制定とともに守護公権の存在が指摘され、勝俣鎮夫らによって戦国大名の領国支配をひとつの「地域国家」としてみなす試みも行われた。