また、学校によっては生徒やその両親との懇談時に内申書を開示しないなど不正な進路指導も行われ、これらの個人の尊厳を無視した指導により心的外傷を負った生徒も多数いた（今でもその事がトラウマになってメンタルがおかしくなった者もいる）。地元集中を推し進める学校の意向、生徒を（私学との関係強化のために）地元校に行かせたくない進学塾の意向、親の意向、本人の意向が絡み合い対立が毎年繰り広げられ、大阪府や埼玉県では教師による私学受験用の調査書の発行拒否や出し渋りなども横行し、数多くのトラブルを生んだ。また、私学受験を快く思わない教師が私学受験を希望する生徒の調査書の評価を意図的に貶めて書く行為も横行したため、調査書の信頼性そのものを揺るがせることとなり、受験判定に際して調査書の内容が占める比重が大幅に低下することにも繋がった。
地元集中の運動の結果として、表面上は公立高校の学力格差が緩和したように見られる地域もある一方、生徒の個性を無視した画一的な進路指導の結果、かかる指導を憂慮して地元中学を忌避し我が子に私立中学進学を選択させたり、中学進学の際に地元集中が行われていない地域への転居を選ぶ保護者が急増することになった。忌避で受験に失敗した生徒が地元中学に行って問題行動を起こす、レベルの低い地元校から私学に忌避しても上位の学校に進学できるよう塾通いをせざるを得なくなる生徒（経済的負担の増加）等の問題もあった。毎年、学級崩壊や校内暴力などが深刻な問題になっている地域の学校を忌避する人達もこの問題に巻き込まれた。
また、公立中学校の進路指導の結果、不本意な進学を強いられた若者が非行に走るケースも多発した他、公立中学校や地域自体でも荒廃がどんどん進み、他方では生徒や卒業生が集団で起こした問題などが原因となって近隣の私立高校から特定の荒廃している中学校が嫌忌されて受験に不利となり受験指導がさらに困難なものになったり、また顧客などからの情報でそのような事情を把握している不動産業などからも地元集中の受験が行われている地域が忌避されるなど、学校の内外へと荒廃と悪循環が繰り返し波及してゆく状況も少なからず発生した。