体内の外套腔という部分に鰓を持ち、外套腔内に水を出し入れする事で呼吸を行う。アサリ等の二枚貝は、この時に取り入れた水の中から餌を濾し取って食べる。又、イカやタコ等の頭足類は外套腔内の水を勢いよく噴き出して、ジェット噴射の要領で素早く移動できる。但し蝸牛等は外套腔が肺に変化していて、空気呼吸で生きられる。
違い.
殻をどのように発達させ、どのように体に纏うかが軟体動物の各群の特徴ともなっている。
但し、この「殻で身を守る」という特徴は、同時にその体を鈍重なものとする面もある。重い殻を持ったグループは、泳ぎ回ることもはね回ることも難しく、固着するかゆっくりと這い回る行動しか選べない。又、重い殻はその大きさをも制限するものである。寧ろ、ナメクジやタコ・イカは殻を失ったことで自由な運動能力を得た、と言う側面がある。軟体動物の最大種も殻を失ったイカである。
体制そのものに共通性を見いだし難いのは、殻との関係で体の基本構造が大きく変化していることとも関係している。単板類・多板類・無板類は左右相称、腹背が明確で、先端に口、後端に肛門がある点で分かりやすく、これらは軟体動物の基本的な体制を色濃く残している、原始的なものと考えられる。二枚貝類とツノガイ類は殻の中に全身を潜り込ませ、活発な運動をしなくなったものである。その為、運動器官である足は移動の用をあまりなさないようになり、頭部が退化している。巻き貝類と頭足類では内臓を殻の中に全て納め、筋肉質の足を外に出して活動することから、内臓の配置が中央に集まっていて、体が前後方向に大きく寸詰まりになっている。
感覚器.
不活発な動物が多いため、発達した感覚器の目立つものは少ない。頭足類と腹足類以外では明確な頭部が見られない。多板類や単板類では頭部が区別できるが、外見的には眼や触角などの構造はない。それらでは多くの感覚器は体表に細かく埋め込まれたようになっている。
腹足類と頭足類では頭部に対をなす眼があり、特に頭足類のそれは動物界全体で見ても、脊椎動物と並ぶカメラ眼である。腹足類では他に頭部に触角がある。頭足類では足が分かれて触手となっている。
運動器官.