日本国憲法の下では、司法の独立を保証するため、司法行政権の多くは裁判所が有することになっている。裁判官会議の議に基づいて行われる裁判所の運営を補佐するため、最高裁判所には最高裁判所事務総局（以下「事務総局」）が、下級裁判所には事務局が置かれている。司法行政の最高監督者は最高裁判所である（）。
最高裁の司法行政の主な内容としては以下の物があり。裁判所運営上の人的物的両側面に及ぶ。
裁判官会議の議決が所属裁判官の半数以上が出席し、過半数で決定される。
裁判所は建前上、司法行政権を行使して個々の裁判官の裁判権行使に影響を与えることはできない。
問題点と課題.
裁判所が有する司法行政権は、建前上は裁判官会議の議に基づいて執行されることが定められているものの、日本は人口の多さと比べて裁判官の定員が極端に少なく、裁判官の仕事は非常に多忙で、実際の裁判官たちは裁判官会議に時間をかける余裕がないため、実質的には最高裁判所の内部に存在する事務総局が司法行政権の全てを掌握する形になっている。元裁判官たちの証言によると、日本の裁判官会議は単に事務総局が決めたことを追認するだけの形骸化した会議に過ぎず、現在は下級裁判所事務処理規則の変更などによってその権限も大幅に縮小されてしまっているという。