富永はフィリピン脱出当日の朝、従軍記者らに気づくとわざわざそばにやって来て「大本営の命令で台湾に出張することになった」と告げていて、また、基地の中留軍医部長ら多くの者が、そのような中、当日の出発に手間取る内に大本営の台湾撤退承認の電文が届き、彼らの見る前でそれを隈部から知らされて富永は出発したとする。すなわち、隈部らは撤退用の航空機をどうにか準備すると、富永を台湾に逃がすための口実として「隷下部隊視察」との名目で台湾行きを大本営に申請していたが、やがて陸軍参謀総長からの台湾視察承認の電文が届いたので、後の富永や隈部らの弁明によれば、混信していた為この内容を台湾撤退許可と解釈し、まずは富永を航空機で脱出させることにしたのだという。ところが、後に富永や隈部は、この電報が出発の前日か前々日の富永の入浴時に届いたとするようなことも語っている。高木俊朗は、これらの不自然な展開について、結局、富永と隈部の謀議した芝居だったのではないかと疑っている。
一方で、先の村松記者の説によれば、富永も、レイテ島の戦い終盤までは、マニラを死守して送り出した特攻隊員の後を追うと決めていたが、精神的に衰弱してくると、部下らの言いなりに台湾への撤退を考えるようになったのではないかとする。
富永更迭に対する異説としては、ノンフィクション作家である高木俊朗が、当時の人事局長である額田坦は富永の腹心であり、高木俊朗は、富永には当時の日本軍が下に厳しく上に甘い体質であることが分かっていて、額田に働きかけて予備役編入で済ませるよう工作したのではないかと著書で主張し、実際に台湾で富永がわざわざ額田を呼び寄せ何事か相談していることを指摘している。これについて、額田自身はその著書で、富永の処分については直接関わっていないので詳細は知らないと述べ、また、軍司令官の任免は陸軍人事局長の権限ではないとしているが、一方で、例えば、畑陸相辞任・東條陸相就任の際には阿南次官の承認を得てとはいえ権限外にもかかわらず、東條に代えて山下奉文少将（当時）を航空総監にするように、自身が発案して三長官会議（陸軍大臣、参謀総長、教育総監の会議）で認めさせたことを語っていて、中枢で上級人事に関与することは十分可能であることを示している。
自決.