いつ頃から使われたかはっきりしないが、三種の楽器を合わせる意味においていくつかの用例がある。もともと地歌三味線、箏、胡弓は江戸時代初期から当道座に属する盲人音楽家の扱う楽器であり、彼らによってそれぞれの楽器による音楽である、地歌、箏曲、胡弓楽が順次成立した。これらの楽器や音楽を、同じく彼らの専門音楽であり、はるかに以前から行なわれて来た「平曲」 (平家琵琶の音楽) に対して区別するために「三曲」という言葉が使われ始めたのではないかと思われる。ただし江戸時代中期には箏、胡弓、尺八の合奏を「三曲」と呼んだ記録もあって、単に三種の楽器の組み合わせを漠然と「三曲」と呼んだ可能性もある (尺八は当道座の楽器ではない) 。「三曲」という言葉が文献に見えるのはこの頃からである。江戸時代初期には色々な楽器が合奏されていたようだが、まだ「三曲」と呼ばれた記録は見つかっていない。やがて芸術音楽として確立されるに従い、地歌、箏曲、胡弓楽は独自の楽曲を持つようになり、合奏されることのない、それぞれ独立した別個の音楽として成立した。しかし江戸中期頃からこれらの楽器は特に地歌を中心に合奏されるようになった。特に三曲の楽器三種をすべて合奏させることを三曲合わせ、三曲合奏と呼ぶ。「三曲」と「三曲合奏」の前後関係は不明。
尺八は当道座外の楽器であるが、古くから胡弓と交流があり、また江戸時代中期頃からしばしば三味線、箏との合奏に加わるようになり、明治以降本格的に参入した。従って三曲合奏には、ふつう三味線、箏、胡弓と三味線、箏、尺八という二通りの編成があるが、現在では後者の方がずっと一般的となっている。また明治以降胡弓を演奏出来る人が減ったため、「三曲」に胡弓を含めなかったり、無視する三曲人もいる。しかし胡弓は本来三曲の楽器であり、現在でも胡弓楽は伝承されているし、胡弓入り三曲合奏も引き続き行われているので、三曲から胡弓を除いたり過去のものにするのは不当である。
三味線、箏、胡弓の奏者は兼任が多いが、尺八はそれのみを専門とする演奏家が多い。三曲合奏は見た目も美しい為か、錦絵にもしばしば描かれており、その多くは胡弓入りである。