本作の宣伝で使われたイメージカットは、自動販売機を挟んでルパンとコナンが互いに視線を合わせるというものだった。また、自動販売機に展示された缶には本作の登場キャラクターたちのほか、本作に登場しなかった阿笠博士も描かれている。
ストーリー.
ヴェスパニア王国のサクラ女王とジル王子が、猟銃事故で死亡した。そのニュースは世界的に報道され、ルパン三世や江戸川コナンの耳にも入る。
サクラ女王の遺児であるミラ王女が王位を継承することになったが、国内ではミラの即位に反対するデモが相次ぎ、ミラ自身も母と兄の突然の死を受け入れられずに次期女王への即位を拒絶していたが、キース伯爵の説得で母が企画していた東京のサクラサクホテルでのレセプションに仕方なく出席することにした。
ミラの護衛を担当するはずだった次元大介と合流したルパンは、ヴェスパニア王国に伝わる秘宝「クイーンクラウン」を狙い、王宮の宝物庫に潜入するかと思われたが、ここでの狙いは別であった。その狙いとは、世界的にも希少な鉱物「ヴェスパニア鉱石」を入手することであり、そのために鉱山へ潜入していた。
その頃、日本では母の代わりに来日したミラが会場で毒殺されかけたところを、鈴木園子に招待されていたコナンと現場に遭遇した毛利小五郎の活躍によって救われ、犯人も逮捕された。しかし、自分の命が狙われたことにショックを受けたミラは、警備の目を掻い潜ってホテルから逃げ出してしまう。
街で自分と瓜二つの少女・毛利蘭と出会ったミラは、蘭と服を交換して入れ替わることで、追跡から逃れようと目論む。その後、ミラは峰不二子に助けられながら、暗殺者たちの襲撃やミラを連れ戻そうとするコナンの追跡を振り切り、身分に縛られない自由を満喫するが、自分にしかできないことを一緒に見つけるべきだと不二子に諭され、帰国を決意する。一方、事情を説明しようとホテルへ戻った蘭は、ミラの身代わりとしてヴェスパニア王国へ連れ去られてしまい、蘭を追うコナンも同国への特別航空機に密航する。さらには、蘭を救おうと急ぐ小五郎も、ルパンを追うICPOの銭形警部の助手として、警視庁の目暮警部の手引で同国へ向かう。