敵の攻撃によって起こることがあるステータス障害。基本的にアイテムによって回復する必要があるが、戦闘終了後や一定のターン経過後に自動回復するものもある。
戦闘システム.
移動中に敵と遭遇したり、何らかのイベントが発生して敵と戦う事になるとバトル画面に切り替わる。なお、移動の際にダッシュを使うと敵と遭遇しやすくなる。
画面構成.
バトル画面の構成。本作では、戦闘時、画面内に多くの情報が表示される。
ゲームオーバー.
コマンド.
メニューボタンを押すことでバトル中に出現するコマンド一覧。
ローテーション （メンバーチェンジ）.
ハイパーモード.
戦闘中、メニューを選択することで発動するパワーアップ。キャラクターのあらゆる能力が向上し、戦闘により特化した能力が得られる。エックスとゼロ（アブソリュートゼロ）だけは発動時のエフェクトが異なり、専用のものとなっている。
この他にも隠し要素のハイパーモードが存在する。
アクショントリガー.
この他にも、隠し要素のアクショントリガーがある。
ファイナルストライク.
フォースメタル （FM）.
一方で、FMから発せられるエネルギー負荷が大きくなるにつれて機体に様々な悪影響を及ぼし、その浸食が限界を超えると人工知能の暴走・イレギュラー化を招く危険性を持っていることも確認されている。また、FM本体からも常に何らかのエネルギー波が発せられていると思われ、たとえ自身がFMを搭載していなくても、その影響を受ける可能性があると推測されている。一般的なFMは六角形のケースに収められており、内部はそれぞれの機能を司ると思われる様々な色の結晶体が中心部に据えられ、その周囲を複雑な回路が取り巻く構造をとっている。大きさは手のひらに収まる程度。
フォースメタルハザード （FMハザード）.
フォースメタルから発せられるエネルギーによる負荷が、フォースメタルを装備することによって侵食という形でエックスたちに影響を及ぼす現象。各キャラクターはそれぞれフォースメタルに設定されている「侵食値」に対する「抵抗値」を持っているが、この数値を侵食値が上回った場合、ステータス上に「注意」もしくは「危険」と表示され、バトル直前に一定確率でペナルティが発生する。
装備用フォースメタル.