京都本部時代のみたらしの水は、京都市の水道水であり、滋賀の神苑のみたらしの水は、本部境内（神苑）のある山からのわき水を衛生基準に従い浄化処理したものであり、境内で使用されている生活用水と同じ水である。信者は、参拝時にみたらしの水を専用の容器にくみ入れ、自宅に持って帰り、緊急時のために常備したり、日々の飲用に用いたりする。この水を飲用または塗布などすることで、奇跡が起こった例が会報「秀明」に多数掲載されている。
奇瑞.
神慈秀明会の信者は、奇跡の他に、奇瑞（きずい）と呼ばれる現象を体験することがある。辞書によると、奇瑞は、めでたいことの前ぶれとして起こる不思議な現象。吉兆 といった意味があるが、神慈秀明会における奇瑞とは、「物質の突然の出現や、起こりえない不思議な現象などの発生」を指す。
奇瑞は、いわゆる御利益（ごりやく）とは異なり、病気の快癒や事故の回避など、利益（りえき）をもたらすようなものではない。この現象は奇跡同様、起こすことによって神がその存在を示すための現象とされている。
神慈秀明会では、「神様が本当に現れるときは、色に、音に、味に、薫香に、温熱にあらわれる」としており、信者はこのような体験を神様が現れた証としてありがたがる。薫香（突然良い香りがすること）や光が見えるなどの事例、浄霊時に温熱を感じたりするなども多数報告されている。太陽の周りに虹の輪がかかったという事例や、祭典の瞬間の太陽黒点の写真映像が烏の姿をしていたような事例など、天候や天文学的な不思議現象も奇瑞として報告される。神慈秀明会の奇瑞は、一般信者も非常に多数の者が体験しており、日常的な現象になっていた。
物質出現の奇瑞.
特に膨大に起こった奇瑞は、物質の突然の出現である。金粉、銀粉の突然の大量出現、ダイヤモンドの突然の出現、通称ゴールドと呼ばれる、金で出来た小さな彫刻の突然の出現などがある。
金粉銀粉とは、文字通り、金や銀の粉が、突然出現する現象である。金や銀の物質は、粉状以外にも、薄い金箔の状態のものや、糸状のものや、小さな固まりのものも出現することがあった。金粉銀粉の出現箇所は、信者の身体や服の上、自宅の部屋の中、公園全体など、その場所も、出現の量も多岐にわたる。目撃者の目の前で金粉銀粉が徐々に増えていく目撃例も多数報告されている。