また、プレイヤーが行動を起こさずとも特定の日の特定の時間に自動でイベントが発生するようになっていた前作に対し、本作ではみずから行動しない限りはイベントが発生しなくなっている。これにより自分からイベントを進めたり天奈を去ったりしないかぎりは、エンディングを迎えることなく永久に天奈に留まり続けることが可能になった。
前作では全体マップ画面であればいつでもセーブが可能だったが、本作では各マップにいるノンプレイヤーキャラクター (NPC) 「琵琶法師」に話しかけることでセーブが行われる。琵琶法師も殺害することが可能だが、その場合はそこでのセーブができなくなる。そのためすべての琵琶法師を殺害するとゲームをクリアするか、ゲームオーバーになるかしないかぎり、セーブができなくなる。
辻斬りなどを行えるのは前作までと同様だが、本作では農民や町人などの武器や戦う力を持たない非戦闘キャラクターに攻撃を当てた場合「非道」あつかいになり、ゲームクリア後の侍点が大きく減点されるようになった。
戦闘・刀.
本作では鍛冶屋にて自分だけのオリジナル刀を作ってもらうことができる。オリジナル刀は、自分が過去に習得した技や構えを技ポイントに応じて任意に設定できるほか、所持している「刃」「鍔」「柄」「頭」などの部品を使用することで部品に応じた能力を刀に付加させることもできる。また、使用する部品は専用のものが必要だが、槍の作成を依頼することも可能。
また、刀の能力値のひとつとして「重さ」が設定されている。「重さ」はおもに攻撃速度に影響し、数値が高いほど武器の振りが遅くなるが、相手の使用する武器よりも「重さ」の数値が高かった場合、攻撃動作中に相手の攻撃を受けてもひるまずに攻撃することが可能になる利点も存在する（スーパーアーマー）。また「重さ」の数値が高ければ高いほど、わずかだが攻撃力にも上昇補正が加えられる。
ストーリー.
舞台は侍がもっとも活躍した戦国時代。
各地では野心に燃える英雄たちが己の手で天下を掴むべく日夜争いを繰り広げており、祇州三国のうちのひとつ、祇州天奈も例外ではなかった。