浄霊とは、同教団で行われる儀式的行為のこと。いわゆる手かざしの一種である。「薬毒や個々人の日ごろの行い、先祖の罪けがれなどによる『霊の曇り』（＝病因）を『浄霊』による浄化促進作用によって解消していく（＝救済）」という考えである。近年では先祖との関係性はあまり重視されず、病因と救済が今ここの個人に集約され、「自分が浄霊などで浄まれば、自分が良くなる」というように変わっている。治療行為としての面もあり、病人の患部、あるいは各病気ごとに有効とする「急所」と呼ばれる個所に手をかざす事によって、霊的な力でその病状を癒すとする。岡田茂吉は、病気の原因は薬による二次被害であるとする思想(薬毒)を説き、西洋医療の投薬や手術、東洋医学の漢方にかわる治療として浄霊を推進していた。
岡田は、浄霊の研究を望み医師を呼んでの懇談会や出版物を出すなど意欲的だったが、医学界には認められなかった。このため信者には医学との対立的な姿勢を見せる者もあり、その結果発生したトラブルが新聞に掲載されることもあった。岡田の死去後、世界救世教は、その方針を教祖存命時よりも医学との共存的な姿勢を取る方向に向け、二代教主（茂吉の妻岡田よし）らにより世界救世教の浄霊は宗教的儀式(祈り)の面が強調され、浄霊の実施者は病気の急所などの知識は必ずしも必要ではないとされた。会派によっては、医療施設も設けた。
なお、「ヒーリングに寛容なイギリスでは、浄霊は健康保険が適用できる代替医療として認められている」という趣旨の記述が見られる場合があるが、そのような事実はない。世界救世教は日本においても浄霊が可能な複数の医療機関を開設しているが、浄霊自体に健康保険の適用を受ける事は出来ない。
自然農法.
世界救世教にとって自然農法は、「土の持つ本来の浄化力を活用しようとする試み」であり、島田裕巳は浄霊の考え方に通じていると指摘している。日本の自然農法・有機農法・自然食などの先駆けとなっている。こうした自然志向は世界救世教系の教団に受け継がれており、一時期ヤマギシ会が世界救世教の土地を借りて農業をしていた。現在も世界救世教系の自然食品店が全国にある。
EM菌.