日軽金の跡地には新潟県庁舎が新築移転することになり、線路跡は周辺整備の一環で新潟市が道路として整備を進め、関屋分水路と信濃川の分岐部までは新潟市道信濃川右岸線として整備され、それより先は「美咲こもれびのみち」として遊歩道として整備されている。越後線との分岐部の築堤は線路の撤去後も残っていたが、周辺の再開発に伴って順次整地され、前述の右岸線のほか、新潟市道上所新和線（東港線）、市の都市公園「上所島公園」、県の交流拠点施設「新潟ユニゾンプラザ」など道路や公共施設の建設用地として整備が進捗し、さらに後述の連続立体交差化事業に伴い新上所島・上所島の両跨線橋も複線化のため大規模な改修が行われており、往時の遺構は現存しない。
南口の開発.
駅舎の問題点.
駅前広場は万代口側・南口側とも使い勝手が非常に悪く、万代口側は敷地が狭隘であるため歩行者の動線が煩雑化している上に車両が乗り入れにくく、バスターミナルも遠いうえにスイッチバック式のため、駐車時間中は周辺道路の交通を阻害してしまっていた。またバスの発着地は一箇所にまとまっておらず、系統も複雑で分かりにくかった。南口側には新潟運転所の施設が長らく残ったため駅舎から遠く、運転所移転後の跡地が日本国有鉄道清算事業団（当時）に所有権が移り南口の再整備が開始された後も計画が流動的になる、南口に直結できなかったプラーカ新潟が商業的に苦戦する等、駅周辺の環境に関しては問題が山積していた。
平成になっても、戦後混乱期の不法占有に由来する地権の問題が解消せず駅前再開発は停滞、大規模再開発を成功させた仙台駅と対照的に衰退が進んだ。
駅周辺整備事業・連続立体交差化.
万代口駅前広場の部分整備.
上越新幹線と特急「いなほ」の対面乗り換え.
万代口駅舎撤去.
駅構造.
駅設備.
在来線ホーム.
在来線高架ホームにおいては、きらきらと舞い降りる雪と輝く海をイメージしたオリジナルの発車メロディ（曲名『冬』） が使用されているほか戸閉自動放送が導入されておりホーム上に発車標が設置されている。
在来線ホームにはホーム上の柱などに非常停止用赤旗が設置されている。
普通列車に関してはホームを効率的に運用するため、高架開業後の現在に至るまで方面別の振り分けは特に決まっていない。
新幹線ホーム.