この津島神社社家に由来する堀田氏のうち、南北朝期に活動した堀田正泰の子孫の一部が武士化して津島を基盤に発展、仕えた織田氏、豊臣氏の全国制覇とともに歴史の表舞台に登場していった。これが近世大名の堀田氏である。家紋は堀田木瓜である。また、津島神社社家を代々務めた堀田氏は「右馬太夫家」といわれ、武士化した一族とは別に津島で発展した。また、この系統から派生した「番頭太夫家」は近世に商家として発展した。
堀田正泰系の堀田氏は「寛政重修諸家譜」において自らの出自を紀長谷雄の子孫とし、浦上氏・安富氏の本家筋にあたるとしている。ただしこれは、室町時代に武家の名門として中央で活躍し、同じ紀姓を名乗っていた両家の威光を利用し自らの出自を粉飾したものであるという説もある。この系譜は確かに疑わしいものの、前述のように堀田氏の祖を八坂神社の社家に求めるならば、紀長谷雄の血が入っている可能性は高い。紀長谷雄の曾孫忠方の娘の血が八坂神社・津島神社の社家に入っているからである。
なお、八坂氏の流れが堀田氏を名乗った理由であるが、八坂神社は秦氏の祇園信仰を推進するために建立されたとする説もあり、音の類似からも、秦氏と何らかの深い関係があったと考えられている。八坂神社と秦氏の関連性には荒唐無稽な説も存在するが、客観的見地からしても強い関連性がある。平安京の祇園観慶寺感神院（現在の八坂神社）は、都が平安京に移って早々広峰神社から勧請されたものであり、祭神の牛頭天王（素戔嗚尊）が分祠されたとされている（つまり、広峰神社は祇園社の元宮）。広峰の地である播州平野はもともと秦氏が開いた野であり、すなわち本貫地であり、広峰の祭神は秦氏が祀っていた韓神（からかみ）である。その韓神の日本における神名が素戔嗚尊（及び同一視される牛頭天王）になっている。当然、広峰神社の紋は八坂神社や津島神社と同じ木瓜紋である。また、八坂神社のもう一つの紋である三つ巴は、同じく秦氏と関連性の強い八幡神社と同じ紋である。そもそも八坂神社の方でも、八坂氏は同族の他の系統と区別するために八坂と名乗っていたが、それは氏でなく家の名前であって、実際は一族としては秦と名乗っていた可能性がある（藤原氏の中で家名が多くあったのと同じ）。
戦国時代.