以上の団体のほか、関係団体、指定団体がある。
関係団体.
全国神社総代会.
全国神社総代会は神社の氏子総代からなり、神社本庁内に事務局が置かれる。
神社新報社.
神道政治連盟と神道政治連盟国会議員懇談会.
指定団体.
神社関係団体のうち特に神社本庁がその活動を勧奨、育成、助成するものに指定団体がある。
神社本庁との被包括関係に属さない神社.
神社本庁以外にも神社神道系の包括宗教法人がいくつかあり（神社本教、北海道神社協会、神社産土教、日本神宮本庁など）、これに属する神社は神社本庁の被包括関係には属さない。
資産.
政治活動・主張.
神社本庁の関係団体に神道政治連盟（神政連）がある。また、神社本庁総長・田中恆清は日本会議の副会長、統理・鷹司尚武は顧問である。日本会議の前身で宗教団体中心の日本を守る会結成に関与するなど、古くからつながりがある。
上杉聰は、過去に実施された日本会議の行事の受付では、神社本庁を含む各種宗教団体別の受付窓口が設けられ、参加者が組織動員されたと報告している。
皇室典範の改正.
首相の靖国神社公式参拝.
なお、神社本庁は靖国神社崇敬奉賛会の法人会員でもある。
紀元節復帰運動.
上関原子力発電所建設に伴う四代八幡宮境内地処分問題について.
神社本庁は同神社境内地の財産処分申請に対し「原子力発電は地球温暖化の原因となる温室効果ガスを排出しないため環境破壊に当たらない」として、四代八幡宮に対して境内地売却の財産処分を承認した。
神社境内における憲法改正署名運動.
神社本庁と包括関係にある一部の神社で、櫻井よしこが主宰し神社本庁も参加する「美しい日本の憲法をつくる国民の会」が憲法改正を求める署名活動を行っている。神社におけるこのような活動に対して、単立神社である新熊野神社宮司の尾竹慶久は「神社の職務は、参拝者に気持ちよくお参りをしていただく環境を整えること。不快感を抱く人もいる改憲運動を持ち込むのは、神職の職務放棄、神社の私物化」であるとして批判している。また八王子市の浅川金刀比羅神社宮司・奥田靖二も「神社は戦前、戦争協力というより共犯者になった。過去を反省するなら平和安全法制に反対する事こそ神職・宮司のあるべき姿」と明言した。
津地鎮祭訴訟の最高裁判決について.
不動産売買をめぐる疑惑.
疑惑の影響.