絶滅危惧に指摘されたことで、にわかに保護熱が高まった結果、こうした遺伝的な違いなどへの配慮をせずにメダカ池やビオトープ池を作り、誤って本来その地域に放流すべきでない他の地域産のメダカや、観賞魚として品種改良を施された飼育品種であるヒメダカを放流した例が多数ある。実際に、関東地方の荒川・利根川水系に生息する個体群のほとんどは、瀬戸内地方や九州北部に分布するはずのメダカであることが判明している。そのため、メダカが泳いでいる中に放流された体色が違うメダカが混じっていることもある。
現在は、地域ごとに遺伝的に大きな多様性を持った地域個体群の局所的な絶滅の進行が危惧されており、遺伝的多様性に配慮した保護活動が望まれている。メダカの保護には生息地の保全がまず重要とされ、安易な放流は慎むことが求められる。生態系全体を考慮したうえでやむを得ず放流が必要な場合は、日本魚類学会が示した『生物多様性の保全をめざした魚類の放流ガイドライン』などを参考にしつつ、専門家の意見を聞くべきである。
利用.
モデル生物.
メダカをめぐる生物学は、明治時代以来、会田龍雄、山本時男、江上信雄などをはじめとする、日本の生物学者達の研究によって発展してきた。
他に、生態学の分野では縄張り制の研究に用いられた。
食用.
新潟県の見附市や阿賀町などでは佃煮にして冬場のタンパク質源として保存食にする習慣がある。新潟県中越地方では「うるめ」と呼ばれている。新潟市にある福島潟周辺でも、メダカをとって佃煮にしていた。少量しかとれず、少し季節がずれると味が苦くなるので、春の一時期だけ自家で消費した。新潟県長岡市付近では、味噌汁の具にも使われていた。
近年では養殖も行われているが、これは野生のメダカではなく、養殖が容易なヒメダカである。観賞用や「メダカすくい」用にはさらに多種のメダカが養殖されている。 
その他.
愛知県ではメダカを生きたまま飲み込むと婦人病に効くとの伝承があった。その他、地域によっては「泳ぎがうまくなる」「目がよくなる」などの伝承もあったらしい。
体色.