明治維新で発足した新政府は、旧幕府や戊辰戦争で敵対した諸藩の領地を接収し、直轄地として支配した。
藩.
「藩」や「幕藩体制」は歴史学の用語であり、江戸時代には公式には「藩」という語で大名の領地を呼ぶことはなかった。「藩」は一部の学者などが書物などで使用するのみだった。
新政府内での版籍奉還論の形成.
新政府では、薩摩藩の寺島宗則や森有礼、長州藩の木戸孝允や伊藤博文らが封建的な幕藩体制の限界を指摘し、その改変を主張した。
諸藩の状況.
この頃、日本中の諸藩では、財政問題や戊辰戦争における藩内の内紛があった。江戸時代、各藩主は代替わりごとに領地の所有を将軍に承認されていたが、徳川幕府の瓦解によって領地所有の法的根拠が失われていた。また、戊辰戦争においては近代兵器を用いた戦争に藩主はほとんど指導力を発揮できず、藩内において藩主の権威が失墜していた。さらに、戦乱による被害と藩の権威の低下により、戦闘の場となった関東や東北などでは農民一揆が続発して年貢の徴収も滞りがちであった。
版籍奉還の上表.
侯伯大会議の開催.
版籍奉還の実施.
版籍奉還により、藩主が非世襲の知藩事に任命されたが、例外として、御三卿で維新立藩したばかりの田安藩と一橋藩は版籍奉還するも、旧藩主は知藩事に任命されず廃藩を命じられた。一方で知藩事と陪臣であった藩士が、同じ朝廷（明治政府）の家臣（「王臣」）とされる事で朱子学に基づいた武士道（近代以後の「武士道」とは違う）によって位置づけられてきた主君（藩主）と家臣（藩士）の主従関係を否定することになるものであり、諸藩の抵抗も予想された。そこで版籍奉還の実施に際してはその意義については曖昧な表現を用いてぼかし、公議所などの諸藩代表からなる公議人に同意を求めた。もっとも、公議所では賛否の両論が伯仲したため、半数弱の公議人の署名による両論折衷の答申を出し、政権から失望されている。これに前後して戊辰戦争の恩賞である賞典禄について定めることで倒幕に賛同した藩主や藩士を宥めて不満を逸らした。
このため藩の中には「将軍の代替わりに伴う知行安堵を朝廷が代わりに行ったもの」と誤解する者もあり、大きな抵抗も無く終わった。
奉還後.