染色体的には女性（男性）でありながら男性器（女性器）、もしくはこれに準ずる器官を有したり、男女どちらともつかない外性器を持って生れる個体が存在し、これを半陰陽と呼ぶ。複雑な事情を抱えている分野ではあるが、男女どちらかの性として明確にされたほうが良いとされる。
自傷行為における性器切断.
本節は治療手段におけるものではないが、医療的内容を含むため、自傷行為およびこれに準ずるものをここにまとめる。
自傷行為は、上記に掲げた本人の嗜好によるものや性転換目的など様々な理由が存在するが、特に小児の場合、それがいかなる理由によるものであったとしても一般的なガイドラインとしては本人へのヒアリングは行われず、修復手術が手配される。
これは本人が児童である場合の意思決定に関する諸々の理由のみならず、上記諸節にもあるように失血や感染症、尿道狭窄などの生命に関わる危険から救命救急を優先するために現実問題としてヒアリングを行う余裕を持ちえないからである。また、仮に性同一性障害によるものであったとしても、形成外科の観点から材料となる皮膚の欠損を回避する必要が求められ、状況の確定しない時点にあってはいずれにしても整復手術を最優先として行われることになる。
修復手術の方法としては人工ペニスの移殖が第二次世界大戦時の頃に確立しており、時代とともに技術も発達を遂げ、現在では排尿機能だけではなく勃起をさせて性交を行うことも可能なものが存在する。一方、単なる人工物ではなく脚や腕の組織から生成し、自己移殖するという手法が最近では採り入れられている。前者とは異なり、神経縫合を行うことにより感覚も有することができるのが特徴としてあげられる。