中高一貫校には、高校からも外部からの生徒募集を行う学校と、行わずに併設中学校の卒業生のみをそのまま入学させる、完全中高一貫校がある。近年の傾向としては完全中高一貫校への移行が多い。完全中高一貫校は実質的には中等教育学校と形態はほぼ変わらないが、完全中高一貫校が中等教育学校へと移行する動きは見られない。その理由は、高等学校からの生徒募集を行わず、完全中高一貫教育を行う私立の中高一貫校が少なくないことが考えられる。私立の完全中高一貫校の場合、わざわざ中等教育学校に改める必要はないからである。
法制面での分類.
中等教育学校.
前期課程を修了した者には中学校を卒業した者と同じ資格が与えられ、すなわち義務教育を修了した者として扱われる。なお前期課程を修了したあと、他の高等学校や高等専門学校など（以下総称して「他校」）を受験する道は閉ざされていない。一方で、併設型・連携型中高一貫教育校とは異なり、後期課程開始時点で大規模に生徒の編入を募集することは通常ない。
設置例
併設型中高一貫教育校.
同一の設置者が中学校と高等学校を併設し、接続して中高一貫教育を行うもの。中学校の卒業者は無試験で接続の高等学校に進学することができる（いわゆる「内部進学」）。これに加えて、外部からの高等学校入学希望者に対して入学試験を行うことも可能である。
基本的に、併設されている中学校の生徒はそのまま接続高校に進学するが、他校を受験する道は閉ざされていない。
中等教育学校と同様に、教育課程の特例が認められている。
統計では、国立・私立の従来からの中高一貫校はこの分類に当てはめられていない。
設置例
完全型中高一貫教育校.
基本的には高校募集を行わないのみで、実質的には中学校と高等学校は併設扱いである。また設置校数は、併設型に比べてかなり少ない。
設置例
連携型中高一貫教育校.
そもそも学校として一体となっている中等教育学校、設置者が同一である併設型中高一貫教育校とは異なり、異なる設置者間での設置が可能である。一つの高等学校に複数の中学校、あるいは複数の高等学校に一つの中学校が対応していることもある。