日本においては精神保健及び精神障害者福祉に関する法律にて、患者の意思に関わらずに合法に入院させる制度が規定されている。医療保護入院では、精神保健指定医の診断のもと、家族の同意に基づいて精神科病院での入院加療が行われる。自傷他害の恐れが強い場合には、措置入院、緊急措置入院など、家族の同意無しでも強制的に患者を入院させる制度がある。
救急患者.
患者が生命の危機に瀕している場合など時間的余裕がない場合、事前の説明を省略し、一般的な治療を優先させてから事後の説明を行うことはやむを得ない、と考えられている。このような場合、合理的な人間であれば同意したであろうという推定的同意（合理的人間仮説）を根拠に治療が行われる。医療従事者も詳しい説明をする余裕はないし、仮にそのような慌ただしい状況で同意を得ても、法的拘束力には疑問が残る。
がん.
癌の告知の際、日本では、家族にのみ病名を告げるというのが過去から長く続いた慣習であった。これはインフォームド・コンセントの概念に反し、実際インフォームド・コンセントの概念の普及とともに、癌の告知率は大きく上昇した。現代の日本ではほぼ全ての医療機関が、患者本人に正しい病名を告知することを原則としている。
医学上の定説と著しく異なる方針を選ぶ患者.
医学的に標準と考えられる治療法以外の治療法を患者が選択することがある。特に、医学的見地からはほぼ明らかに不適切な方針を患者が選択する場合がある。インフォームド・コンセントの理念に基づけば、十分な情報を提供された上での選択であるならば、患者の主体的な選択が優先されるべきである（反対意見については後述する）。
判例には、宗教上の信念から輸血を拒否したエホバの証人の信者に対して、輸血治療を拒否する明確な意思があることを知りながら輸血の方針に関し説明をしないで手術を施行した医師と病院に対する損害賠償請求を認めたものがある（後述参照）。
なお、単なる誤解や説明不足に起因して患者が誤った判断を行った場合には、医療従事者側に説明義務違反が問われる。
批判と議論.
パターナリズムとの衝突.
健康で判断力を備えた成人ばかりを対象とするわけではない医療においては、困難の欄で述べたごとく、インフォームド・コンセントの前提がそもそも成り立たず、パターナリズムによる医療が行われる場面は多い。