戦国時代にはこれまでの荘園とそれを取り巻く土地制度が解体され、戦国大名による新たな土地支配の体制が確立された。戦国大名は貫高制に基づいて検地を行い、軍役を定めた。貫高制では土地の面積や大まかな質によって年貢高が定められ、実際の収穫高とはほとんど無関係であった。
石高の概念自体は、戦国時代に一部の大名が採用し、織田政権でも土地の評価方法として一部の地域で採用されていたが、本格的な導入は豊臣政権による太閤検地以後であり、徳川政権（江戸幕府）は、それを土台として日本全国の支配を確立させた。原則としては検地丈量を行って石盛を行って石高が確定し、それに基づいた公儀による印判状・判物の発給によって領知高が確定されたが、実際の運用面で検地の数字を重視しながらも経済的・政治的な事情を加味した加減が加えられた「公定の生産高」が石高として算定され、そのために各種の例外が適用された事例も多かった。
導入の背景には、農民層の田畑や屋敷地に対する経済的価値の把握・表記には、実際の収量を元にした石高制の方がより直接的で適切であったことがあげられる（ただし、実際の石高が直接的な表示であったかどうかという点には問題点もある）。更に、土地に対する名請人を実際の耕作者に固定することで、現地の土豪や有力農民による中間搾取を困難にし、彼らの武士化・領主化を排除して、兵農分離の徹底と下剋上抑止の役目を果たした。また、急激な統一政権成立の過程において、従来の惣村と外来の新領主が年貢徴収などを巡って、対立する事例がしばしば見られた。領主側は一円支配確立のために、惣村における複雑な土地関係を整理して把握することで、彼らの抵抗を抑えようとしたのである。
太閤検地.
江戸時代.
石高制の確立と人掃令、更には武士に対する城下町集住政策によって兵農分離は進展し、城下町の整備が進むことになった。なお、武士や農民以外の層と石高制は全くの無関係ではなかった。公家や寺社もまた公儀から所領を与えられており、町人は農民の石高に代わる各種の役負担が命じられていたからである。そうした、負担体系の違いが、江戸時代における農民・職人・商人の最大の違いであった。