ヨーロッパや中国などと同様、日本でも何度も大流行を重ねて江戸時代には定着し、誰もがかかる病気となった。儒学者安井息軒、「米百俵」のエピソードで知られる小林虎三郎も天然痘による片目失明者であった。上田秋成は両手の一部の指が大きくならず、結果的に小指より短くなるという障害を負った。天皇も例外ではなく、東山天皇は天然痘によって死去している他、孝明天皇の死因も天然痘との記録が残る。
源実朝、豊臣秀頼、吉田松陰、夏目漱石は顔にあばたを残した。
疱瘡神.
天然痘を擬神化した疱瘡神は悪神の一つとして恐れられ、日本各地には疱瘡神除けの神事や行事が今も数多く残っている。疱瘡神は犬や猿、赤色を苦手とすると考えられたため、赤いものや犬の張子、猿の面などをお守りとして備える地域も存在した。福島県会津地方の郷土玩具「赤べこ」や岐阜県飛騨地方の「さるぼぼ」など、子供向けの郷土玩具に赤いものが多いのは天然痘除けを目的としていることが多い。吉村昭の時代小説『破船』には、天然痘患者が赤い衣装を身にまとう描写がある。岐阜市にある延算寺（岩井山かさ神）や神奈川県の上行寺、日本各地に存在する瘡守稲荷神社などのように、疱瘡除けに霊験があると考えられた神社仏閣は各地に点在しており、現代でも信仰を集めている。
江戸時代にあっては疱瘡神として源為朝の肖像が描かれ、「疱瘡絵」（赤絵）と呼ばれた。これは、八丈島に疱瘡（天然痘）が流行しなかったのは、この島に流された為朝が疱瘡神を押さえ込む力があったためと信じられていたためであった。
アイヌへの種痘による免疫付与.
制圧の記録.
種痘.
天然痘の撲滅.
兵器利用・管理法.
テロリズム.
国家・国際組織の管理法.
日本において天然痘ウイルスは感染症法により特定一種病原体（国民の生命及び健康に「極めて重大な」影響を与えるおそれがある病原体）に指定されており、所持、輸入、譲渡し及び譲受けは一部の例外を除いて禁じられる。運搬には都道府県公安委員会への届出が必要である。所持者には帳簿を備える記帳義務が課せられる。
類似ウイルス.
ペニー・ブラック
郵趣
警察予備隊
概要.