「由良兵庫館」においても、館に来て兵庫助を見た六郎は「愚人に向ひ詞はなしサアサア勝負」と兵庫助と争うが、このときも長蔵が六郎のあとをつけ様子をうかがっていた。兵庫助と六郎が、筑波御前と湊に真相を打ち明けたとき、六郎は「この家にたどり着きしかど、あとより慕ふ不適の曲者」と述べ、また館に来た長蔵も「見え隠れに付けて来て、（六郎が）奥へ入ったをとっくりと見ておいた」といっており、ここでも兵庫助と六郎は長蔵が見ているのに気付き、それを欺くための芝居をしなければならなかった。兵庫助が旅に疲れた筑波御前と湊を追い返したのも、この二人が見れば友千代と呼ばれている子が本当は誰なのかがわかり、それが「もしや敵へ洩れんかと」するのを恐れたのである。そして上使として徳寿丸の首を受取りに来た竹沢監物は、兵庫助と六郎の仕込んだ身替りの計略に気付けず偽首を持ち帰り、筑波御前の事を知らせに走ろうとした長蔵は兵庫助に手裏剣で討たれる。
竹沢監物は自分が新田の味方だと偽って義岑に近づき、その兄義興も騙し最後は謀って殺してしまうが、由良兵庫助は敵に寝返った裏切り者だと人に思わせ、徳寿丸の命を救う。新田家の人々を騙した竹沢が、その元家臣である兵庫助に欺かれるという皮肉な展開である。六郎は兵庫助が疑われないようにと最後は自害して果てる。悪人と見えた人物がじつは…というのは義太夫浄瑠璃や歌舞伎ではよく見られるが、兵庫助が「善悪二つに引き分れし」というように、この「由良兵庫館」は「悪」を装う兵庫助だけではなく、「善」の南瀬六郎が主君の遺児を救うために心を砕き、犠牲となる悲劇も描いている。
なお兵庫助は「昔、唐土趙の国に程嬰杵臼といふ二人の臣下、主の孤を助けんと、敵を計りし故事を思ひ出して相談極め…」とも語っており、わが子と主君の子を取替えての身替りはこの「程嬰杵臼」の故事によるとしている。それは『史記』の「趙世家」を原拠とする話で、『史記』によればそのあらましは以下の通りである。