その後、エンジン内の圧力を上げ、非常弁を全て閉鎖した後、波動砲へのエネルギー伝導管の回路を開き、強制注入機を作動させ、エンジン内のタキオン粒子を波動砲のエネルギー充填用シリンダー内の薬室（タキオン圧力調節室）へ注入する。薬室内圧力が限界に近づくタイミングで、シリンダー底板の「制御ボルト」のセーフティロックボルトを解除する。
戦闘班長がカウントダウンを行い、「発射」の合図と同時にトリガーを引く。連動した「突入ボルト」が後方から前方の制御ボルトをシリンダー内へ押し込む形で突入する。制御ボルトにより、一気に前方へ押し出された高圧縮タキオン粒子はバーストセクションで解放され、タキオンバースト波動流となって艦首に大きく開いた発射口から前方へ噴射される。
防御方法.
種類.
ヤマト以外にも波動エンジンや波動砲を搭載する艦船が複数登場し、波動砲にもバリエーションが生まれている。
波動砲（収束波動砲） / 新波動砲.
ヤマトが装備する波動砲が分類されている。「収束波動砲」という名称はPSゲームシリーズにおいて拡散波動砲と区別するためにつけられたものであり、アニメ劇中でそのように呼ばれることはない。
エネルギー流がほとんど拡散することなく、文字通り収束した状態でビームのように直進していく。単位面積あたりの破壊力は膨大で、対地戦や対要塞戦など、単一目標に対しては非常に有効であり、『さらば』劇中では白色彗星の渦の中心核へのピンポイント攻撃などに活躍している。反面、効果範囲が狭く、しかも艦首方向に限られるため、敵が分散している場合はほとんど効果がなく、対艦隊戦での使用には不向き。ただし『完結編』では目前の小惑星を波動砲で吹き飛ばし、大小の破片を飛散させる散弾銃のような攻撃の結果、一度の発射で大艦隊をほとんど全滅させ、『永遠に』ではエネルギーの融合／誘爆により（デザリアム星の爆発に伴って）二重銀河を崩壊させるほどの打撃を与えている。
『永遠に』では、ヤマトの改造の結果「新波動砲」として登場するが、この名称は同作においてのみ使用されており、その後の作品では単に「波動砲」と呼んでいる。
拡散波動砲.