制作会社を決めるにあたっては、当時の時代劇製作の主導的立場にあり、朝日放送とも縁の深かった東映と現代劇やホームドラマを数多く製作、時代劇の経験が皆無に等しい松竹に企画書を送り、コンペが開かれた。実際のプレゼンテーションでは手馴れていた東映に対して、松竹はテレビ部の一名しか来ないという有様であったが、山内は松竹を推して、最終的に松竹に任せることが決まった。山内は型に嵌った時代劇になるのを嫌って、現代劇やホームドラマの要素を取り入れた新しい時代劇を構想しており、松竹に最初から任せるつもりでいた。コンペ前日に山内は松竹のスタッフと会談して、制作意図を予め伝えていた。制作会議では「今までの時代劇と違う、現代的な感覚の作風とそれに合う音楽」「映画風の重みのある作劇」を『木枯らし紋次郎』への対坑策として打ち出すことが決まった。
第1、2話の監督は山内の意向で、後に『仁義なき戦い』のヒットで有名となるも当時は社内で冷遇されていた東映の深作欣二が起用された。深作は妻で女優の中原早苗が、山内がプロデューサーを務めた『お荷物小荷物』に出演した縁で彼と交流があった。本作では後に深作作品の代名詞となった手持ちカメラの多用などの撮影手法が見られる。深作は撮影開始前にカメラ テストを行い、撮影対象全体に光が当たるものと陰影を際立たせたものの二通りのライティングを提示して比較したが石原興カメラマンの「闇が撮りたい」との意見が決め手となって、陰影を強調した撮影手法を採用したという。
当時のテレビ時代劇は東映の得意とする所で京都映画はそれに及ばず、全体に光を当てるとセットやメイク技術の甘さという弱点を露呈してしまうことになるため、影を利用して奥行きを出すという苦肉の策を採らざるを得なかったともされる。結果的に、陰影を強調した撮影が功を奏して、後の必殺シリーズに引き継がれ、代名詞となった。
音楽は『紋次郎』のフォークに対して、歌謡曲の平尾昌晃を起用した。平尾はギター、カスタネット、ブラス等による劇伴を製作、マカロニ・ウェスタン調の主題歌『荒野の果てに』を書いた。