この理論はヒステリー患者の精神疾患の原因が幼児期の性的虐待にあるという初期の「誘惑理論」における直接的な因果関係の理論を疑うものであったが、実際に存在する性的虐待の報告の反論に用いられているのではないかとの疑惑から後に非常に批判を浴びた。フロイトは初期の精神分析において、このエディプスコンプレックスの現象を性的誘惑説として考えていたが、それは後に放棄された。彼が本格的にエディプスコンプレックスを主張するようになったのは、性的空想説を採用してからである。すなわちこれはあくまでも無意識的な空想ということになっている。
このエディプスコンプレックスにおける葛藤が神経症の原因であると認知してからは、フロイトやその後の弟子は、神経症の原因はエディプスコンプレックスの未解決にあると考えるようになった。フロイト死後の自我心理学においては特にこのコンプレックスの未解決が強調され、去勢不安や近親相姦的願望を、動物恐怖や感情転移によって説明するようになっている。
このコンプレックスの克服が患者の神経症を回復させ、超自我を強化させ、自我の現実適応を図っているという点から、精神病理の治癒理論として重要視されている。現在でもこのコンプレックスは患者の回復過程などで見られたり、臨床における患者の心を把握する一つの見方としてある。
批判.
エディプスコンプレックスには批判も多く、有名なものとしては「それは外向的な人間に限ったもので内向的な人間においてはそれに限らない」というカール・グスタフ・ユングの批判がある。
実際、エディプスコンプレックス理論は父性的な社会で二元論的な思想が強い西欧ではよく利用される理論であったが、そのような感覚が薄い日本ではさほど感覚的に合わなかった。近親相姦願望が父性的なものに対する破壊願望に裏付けされているなどという理論に対し批判的だった小此木啓吾は、阿闍世コンプレックスの思想を日本で流布させた。ただ、これに関しては家父長制が強すぎるためエディプスコンプレックスが見えなくなっているという反論や、阿闍世も実際は母親ではなく父王への反抗心だったという指摘もあるため、批判も決して少なくはない。