養護学校の小学部では、個別のケースにあわせたカリキュラムを組まざるを得ないため、異年齢「児童（生徒）」が同一学年に在籍している場合も多い。また都道府県によっては学齢超過者就学推進事業が行われたりもしているため、ある程度学齢超過者も在学している。盲学校・聾学校の小学部においてもほぼ同様とされる。
関連人物.
前期中等教育.
前述したように、中学校においては、小学校・高等学校と同様に進級に当たっては「平素の成績を評価」とされているため、法律上は課程主義を取っているとされる。しかし現実的には、一般の公立中学校では年度が替わると自動的に学年が上がるような形となっており、ほぼ年齢主義での運用になっている。
このため、原級留置が行われることは、小学校ほどではないが極めて稀であり、学年を構成するのは同年齢集団となっている。ただし異年齢になるケースも稀ながら存在し、例えば病気などのために長期欠席をした場合や、日本語の能力に問題がある場合の帰国生徒などは、所属できる最高学年よりも下の学年に所属する場合もある。
現在は年齢主義の考え方が強いためと不登校生徒数が多いために、公立では不登校を理由とした原級留置はほぼ皆無に等しい（実際に不登校向けの塾でも、中学校は不登校であっても必ず卒業できると説明している所が多い）が、不登校生徒数が少なかった時代は、不登校の場合は進級や卒業ができずに原級留置や退学となる場合もあった。
私立中学校においては必ずしも公立中学校と同様な基準ではなく、基本的には年齢主義の考え方も強いが、学校によっては課程主義的な考え方も強く、成績次第によっては原級留置となる（慶應義塾普通部の生活 が一例）。
在学中に学齢を超える場合でも、希望すれば継続在学できる場合もあるが、強制的に退学または除籍にされてしまう場合もある。
一般の中学校は上記のように年齢主義を基本として運営されているが、中学校の夜間学級・通信教育課程では基本的に学齢超過者のみを対象としているため、年齢主義は存在せず、また習熟度別学習が行われており、熱心な教員が多いこともあいまって生徒の立場を配慮した教育となっている。しかしごく一部の地域にしか存在しないなど、広範囲に行き渡っていない上、授業時間・内容は一般的な公立中学校と比べてかなり削減されており、必ずしも昼間教育の代替とはなっていない。