国司のいない国衙は、留守所と呼ばれ、租税収取を所管する部署（税所（ぜいしょ・さいしょ等）、田所（たどころ）、大帳所（だいちょうしょ）、出納所（すいとうどころ）など）や、軍事を所管する部署（健児所（こんでいどころ）、検非違使所（けびいしどころ）、厩所（うまやどころ）など）、所務・雑務を所管する部署（政所（まんどころ）・調所（ちょうしょ）、細工所（さいくどころ）、膳所（ぜんどころ）など）が置かれ、在庁官人はこれらの部署に所属して実務に従事していた。
在庁官人の任務は多岐にわたっていた。新たな荘園が認可されると、在庁官人は荘園側とともに境界確認を行い、境界を示す牓示を打った。当時、国衙領からの租税収取を確保するために、国内が古代的な郡・郷から中世的な郡・郷・保という単位に再編成されていたが、これを管轄する郡司・郷司・保司に任命されたのも、主に在庁官人であった。国内の荘園・公領の領主・田地面積・作物等を記録した租税台帳である大田文の作成にも携わった。また、国内で紛争が発生した場合、臨時の国単位の軍事司令官たる追捕使・押領使などに任命され、国内武士を統率して国内の治安維持に当たる武力として機能した。また、平時にも国司館に結番・参勤していた。
以上のように見ると、在庁官人は国司の従順なしもべであるようにも思えるが、実態は決してそうではなかった。在庁官人は元々、現地の有力者であり、中央の国司に対する地域の利益代表としての顔も持っていた。そのため、彼らは婚姻を通して複雑なネットワークを形成し、国司の施策が自らの意向にそぐわなければ、国司へ反抗することもしばしば見られた。特に東国では、有力者層の独自性が強く、在庁官人でありながら国司に逆らったり、武力紛争を起こしたりする者が多かった。また、在庁官人は、郡司・郷司・保司に任命されると、郡・郷・保の公領・公田を自らの所領として扱う傾向があった。中には、高級貴族・有力寺社（権門勢家）へ寄進する者さえいた。在庁官人には、在庁官人としての側面を持ちつつも、荘園の開発領主・荘官としての側面も併せ持つ者が少なくなかったのである。
在庁官人の地位.