コインロッカーには設置者により約款が掲示されているので利用の際にはそれに従うことになる。
コインロッカーを利用するには、まず荷物をロッカーの中に入れ、扉を閉める。次にコイン投入口に指定された金額の硬貨を投入する。これによってロッカーを施錠して備え付けられた鍵を抜くことができるようになる。荷物を引き取るときは鍵を元の鍵穴に挿して回せば、扉が開いて荷物を取り出すことができる。
有料の場合.
最近では、携帯電話の番号を鍵代わりに使用し、荷物の受け渡しや郵便小包の受取りにも使用することが可能なコインロッカーも存在する。また、電子マネーを用いて利用料金を決済し、その電子マネーを鍵としても使用するコインロッカーも実用化され、徐々に増加中である。一部の鉄道駅では、その事業者が導入している電子マネー対応のIC乗車カード（JR東日本のSuicaなど）を利用できるコインロッカーがある。
無料の場合.
無料のコインロッカーには、使用時には硬貨を投入する必要があるが、荷物引き取り時に投入した硬貨が返却されるようになっているものが多い。このようなコインロッカーは保証金式、返却式、返金式、リターン式（コインリターン式）などと呼ばれている。収益目的ではなく、専ら盗難防止のために設置される。この場合、荷物を預ける際に支払う硬貨はデポジットの意味合いを持ち、鍵を持ち去るいたずらも防止する。
これらは「入場料を支払って利用する」ような施設で主に使われる傾向がある。
収容が原則として禁じられているもの.
原則的に、現金や貴重品などは、盗難などの問題が発生した場合に、設置者側では管理が難しく責任を取れない（取りたくない）ため、利用約款などで預入れが禁止されていることが多い。これはロッカーが簡便な鍵しか持たず、またロッカー自体も余り強固ではないことから、こういった物品を守る機能がないこと。また、貴重品などが預けられるようになると、これらを狙ってロッカーが頻繁に破壊されるようになることが考えられるため、これを回避するという意図もある。
一般的に利用約款では以下のような物件についてコインロッカーでの保管を禁じることが多い。