軍隊では内部資格として操縦士とは別に機長の資格を認定している。海上自衛隊では機長の資格を取得し最初のフライトを終えると、昇格と初任務完遂を祝って基地の隊員からバケツで水をかけられる伝統がある。
航空法上の機長.
自家用飛行でも自家用操縦士が、使用事業でも事業用操縦士が機長となる。
航空運送事業において、操縦に2人を要する航空機の機長は定期運送用操縦士の免許が必要であるが、1人で操縦できる航空機は事業用操縦士であっても機長となれる。
ただし、航空運送事業の機長は単に定期運送用操縦士等の技能証明を受けているだけでは足らず、小型機を除き機長認定が必要である。
責任者として航空機内において大きな権限が与えられており、安全阻害行為を行った乗客に対し拘束や降機の命令ができる。また緊急時ならば航空管制が行われていない状態でも離陸を決定できるなど飛行の判断において高い権限を有する。
機長認定.
日本の場合、航空運送事業の一定以上の大きさの航空機に乗り組む機長は、必要な知識及び能力を有することについて国土交通大臣の認定を受けなければならない。
機長認定は事業者や型式ごとになされ、初期認定審査と、所定の定期審査及び訓練がある。機長資格を維持するためには審査・訓練を受け続けなければならない。
審査.
具体的には次の事項に関して審査が行われる。
アメリカ、他国.
米国では基本的に航空会社の社内審査により機長資格を認定しているが、初期審査時には国の運航審査官が同乗する。
その他の国でも概ね、上記と同様の制度が取られている。
他の輸送機関の長との違い.
現代の航空機は最高指揮者である機長が自ら操縦することが多い。航法装置の発展していなかった時代には大型機の『機長』とは爆撃手や航空士であった。多くの軍隊では副操縦士として経験を積み指揮操縦士へ昇格、その後は機長である航空士や爆撃手になるというキャリアパスが一般的であった。このためノルデン爆撃照準器のように自動操縦装置と連動し、爆撃行程に入ると操縦が爆撃手に移管される照準器も利用されていた。