儒学と国学は江戸時代における二大学問であり、二大思想であった。儒学のなかでも朱子学はきわめて世俗的な倫理観をもち、上下の身分秩序を重んじて礼節を尊び、封建制に適した教義を備えていたため幕府に保護され、その主知主義的な側面は本草学など諸学問の発展をもたらした。一方で朱子学は、徳川公儀体制の危機を強く意識し、世を治め人民を救うこと、すなわち経世済民の具体策を講じて為政者の覚醒を促す経世論を生みだした。経世家の唱える政策は政治・経済・農業・国防など多岐にわたったが、そのなかには幕政批判におよんで処罰されたケースもあった。また、知行合一を説く陽明学は、現実を国難であると考えた当時の武士たちに行動主義を訴えたものであり、多数の「幕末の志士」を生みだす母体となった。
国学は、元禄文化期の和歌・古典研究に端を発し、日本人の精神世界を日本の古典や古代史のなかに見いだす学問として発展した。シナの中華思想はもとより、仏教・儒教などを外来思想・外来宗教として排除することが説かれ、万世一系の天皇の存在自体を日本の優越性の根拠とする傾向を有し、幕府よりは朝廷が重んじられた。国学は、尊王論や攘夷論を派生させたのである。荷田春満・賀茂真淵・本居宣長・平田篤胤を「国学四大人」と称するが、なかでも平田篤胤は儒教や仏教と習合した神道を批判し、天皇がおこなう政治の道の発揚を唱えた。篤胤は儒教・仏教・蘭学・キリスト教まで援用して平田国学を確立し、そのなかで外来思想に影響されない日本古来の純粋な信仰、すなわち古道を尊重する復古神道を大成させた。篤胤によって国学は復古主義的・国粋主義の立場を強め、民間から生まれた「草莽の国学」として幕末の尊王攘夷運動・倒幕運動に大きな影響をおよぼした。「草莽」には、島崎藤村の小説『夜明け前』冒頭にみられる売り込み商などのような人びとも含まれていた。吉田松陰もまた一君万民論・草莽崛起論を唱えたが、そこには平田国学の影響がみられる。