主に細胞壁を強くし、作物体の耐病性を強化する働きがある。農業・園芸分野では石灰（せっかい）といい、土壌のpH調整に用いられる。生石灰（酸化カルシウム）、消石灰（水酸化カルシウム）、炭酸石灰（炭酸カルシウム）またはケイ酸カルシウム（ケイカルと称される事が多い、ケイ酸肥料を兼ねる）などのカルシウム含有の肥料をいう。「石灰」は文脈によっては、元素のカルシウムのことの場合もある。石灰石や牡蠣殻や鶏卵殻が原料として使用される。
マグネシウム（苦土）.
葉緑素形成に不可欠な物質である。農業・園芸分野では苦土（くど）という。
硫黄.
アミノ酸・タンパク質やビタミンの合成に関わる。一方で、強還元状態では植物に有害な硫化水素の発生原因となる。
含硫黄肥料の多くは硫酸塩であり、これらは硫酸根肥料と呼ばれ、水溶性や酸性のものが多い。一般的な三要素の肥料である硫酸アンモニウムや過リン酸石灰、硫酸カリウムも硫酸根肥料であり、副成分として硫黄を含む。これらの特質を利用して、生理的酸性肥料である硫酸アンモニウムがアルカリ性土壌のpH矯正のため利用されたり、生理的中性肥料である硫酸カルシウム（石膏）がアルカリ性土壌を嫌う植物へのカルシウム供給に利用されたりもする。
日本においては土壌や水からの天然供給が豊富であり、硫黄欠乏は稀と考えられているが、硫酸根肥料の施用が長年に渡って避けられている水田では欠乏がみられることがある。
微量要素.
鉄、マンガン、ホウ素、モリブデン、亜鉛、銅、塩素、ニッケルは、微量要素という。これらは必要な元素であるが必要な量は微量であり、大抵土壌や肥料に含まれている量で充分で、過剰障害も生じやすいことから、微量要素肥料の施用には十分な配慮が必要である。葉面散布で施用すると効果的な場合がある。
分類.
形態的分類.
形態的分類では、粒状肥料、固形肥料、粉状肥料、液状肥料、ペレット状肥料に分類される。粉末で流通し使用者が液状肥料にして用いるものもある（粉末液肥）。
液体の肥料は液肥（えきひ）とよばれ、追肥として使用すると即効性がある一方で、効果が切れるのも早いという特性がある。特に夏場の実もの野菜には、追肥として2、3日おきに与えてもよい。