鎌倉時代初期頃からは皇族や摂家等の子弟が特定の寺院に出家するようになる（摂政九条道家の息法助が初めて皇族でない御室門跡となる）。これは、武家が実権を持ったために平安時代よりも経済力が低下した皇室や公家が、跡取りとなる長男や次男以外を出家させたためである。なお、ここで言う長男・次男とは単純な出生順ではなく、母親が正妻か側室か、それともそれ以下の身分かによって、当然のように優先順位が決められた。
医療の発達していなかった時代は、病気で子に万一のことがあり、家系が断絶することがないように、正妻の他に側室を持ちたくさんの子をもうけることが、上流階級の「家」の存続のために必要であったが、同時にそのことは冠婚葬祭で多くの出費を伴うことに直結した。出家すると婚姻しないため、結納・支度金・婚礼費用等の直接的な出費の削減になるだけでなく、子を作らないため、宮家や別家を作ることがなく、家として大幅な経費の節減となるうえ、少ない領地をさらに分封することを防ぐこともできた。なお、家に残った跡取りに万一のことがあれば、出家した子弟のうちの選ばれたものが還俗して家を継いだ。
また、多くの男子のうちの限られたもの以外を出家させることは、結果的に後継者候補を限定させることにつながり、跡継ぎ争いを減少させることにも役立った。
（武家の場合、次男以下は出家することは少なく「部屋住み」として、分家ができない場合は、他家への養子に入るのを待つことが多かった。）
子弟らは荘園を所有しておりその経済力を背景とした政治力をもって、受け入れた寺院内の支配権を掌握するようになり、各門流を継承するようになった。これらが慣例化してやがて、「門跡」自体が「貴族」出身者によって継承される特定の院家・寺院を指す称号へと変化した。
本願寺の門跡成.
門跡.
宮門跡（親王門跡）.
摂家門跡.
摂家の子弟が住職となる。個々の門跡寺院に固有の称号ではなく、その時々の住持の出身を指す。室町時代頃から用いられるようになった。
准門跡.
門跡に準ずる格式の寺院のこと。または、他の門跡寺に対して従の関係にある門跡寺のこと。脇門跡ともいう。
五門跡.
尼門跡.
皇女や貴族の息女が住職となる寺院。正式には[[比丘尼御所]]と称した。「尼門跡」は明治以降の名称である。
御里房.