このような一族内の主従関係が曖昧な状況に終止符が打たれたのは、豊臣秀吉によるいわゆる「天下統一」事業により三戸南部氏当主である南部信直が、津軽為信に押領された津軽三郡以外の所領を安堵され、また津軽氏へ与えられた津軽地方の代替地として和賀郡、稗貫郡が与えられたころである。近世大名としては同族連合を否定し、有力一族も家臣として宗家への服属を求められた。南部一族の有力勢力のうち、八戸政栄は根城南部氏が三戸南部氏の「付庸」であることを認めたが、九戸政実は逆に反発して三戸南部氏側と激しく対立する。秀吉は九戸政実を近世的秩序である「豊臣の平和」への反逆者として全力で討伐して九戸氏は滅ぼされ（九戸政実の乱）、全国的にも近世秩序を再確認する契機にもなった。
その後、三戸南部家は居城を三戸から盛岡に移し、根城南部氏に対しては遠野への知行替を行った。三戸南部氏は大浦氏以外の南部諸氏を家臣化することに成功し、宗家としての地位を確立した。
八戸藩.
七戸藩.
七戸藩（盛岡新田藩）は、重信以後の盛岡南部氏の分知旗本南部氏に、盛岡南部氏が更に分知を行い、幕府に願い出て分知大名としたものである。分知旗本家の創設の際、七戸藩の創設の際、いずれの分知も名目上は新田開発による打出高を当てたため（新田分知）、盛岡藩の石高に変動はない。
分知旗本南部氏は二家あり、共に南部重信の子を初代とする。もう一家は当主の南部利正が盛岡藩主となったとき、幕府に願い出て盛岡藩に併合された。
庶族.
その他にも、津軽や岩手郡にも今井氏などの支族があったが岩手郡の南部氏支族は没落し、津軽の南部氏支族は全て大浦氏に滅ぼされた。
歴代当主.
※　以下は三戸南部氏（盛岡南部氏）の当主である。
系譜.
※ 凡例　数字は『南部系譜』による南部宗家の当主、太線は実子、細線は養子。※は同一人物。
 　 南部光行
 行朝　 　 実光　　　　　　　　　 　実長　　　　　　朝清　　宗清　　行連
 （一戸氏）[三戸南部氏] 　　　　　　 　　 　　　 (波木井南部氏) 　(七戸氏)(四戸氏)（九戸氏）
 時実 　　　　　　　 　 実継 　長義
 　　 　 政光　 宗経 政行 実政 　 宗実　　義元 長継
 　　　　　　　 　 信政 義重　　茂時　信長　仲行　　茂行　 信行　 政連 祐政
 　　　　　　　　 　 　 信光 政光 　 政行
 守行