各部位に装備する「パーツ」の要素と、全部位を集めることによって完成する「アーマー」の要素を複合した、アーマーパーツが登場する。全部位を集めることで、ノーマルアーマーを元に飛行能力を高めた「グライドアーマー」が完成する。原点に帰り個別パーツ制に戻された。パーツを全て集めるとプレイヤーセレクト画面にグライドアーマーが加わり、アーマーを装備していない通常のエックスとグライドアーマー装備のエックスのどちらで出撃するかを選択できるようになる。
ゼロの能力.
必殺技.
専用武器.
本作では、特定のボスを倒すことでゼットセイバー以外の武器を入手、使用可能となる。
アクセルの武器.
本作では、特定のボスを倒すことで初期の武器「アクセルバレット」以外の武器を入手、無制限に使用可能となる。入手する武器名、所有しているボス、その効果など、全てエックスの特殊武器と同じである。
ライドアーマー.
レプリロイドの救出.
前作では敵キャラ「ナイトメアウィルス」に寄生される前にレプリロイドを救出できれば成功であったが、今作では敵からの接触も含むあらゆる攻撃で死亡（救出失敗）するため、その分難易度が上がっている。
パワーアップチップを持っているレプリロイドを救出した場合、ステージクリア後に出るリザルトレポートのチップセット画面でセットを行なう。
パワーアップチップ.
チップをセットできる箇所の場合、そこにチップをセットすると何の能力を得られるかは画面上で確認できるが、チップをセットできない箇所で得られる能力については画面上での確認ができない。言い換えると、さらに次の段階では何の能力が得られるのか、画面上では確認できない（例えばPOWERにチップをセットするとショックアブソーバーが得られる段階では、その次の箇所にチップをセットするとエクステンドが取れるものと確認できない）。確認はできないが、セッティングエリアにチップをセットすることで得られる能力は予め決まっている。
概要.