本作は京都を舞台とし、主水ら仕事人達が謎の多い闇討人なる闇稼業の者達と戦うというストーリーである。中村主水や鍛冶屋の政といったいつものメンバー以外にも、京都の仕事人として『新 必殺からくり人』ほか多数出演歴のある近藤正臣扮する元結の新吉などが登場する。
話そのものは京都御所の改修工事にまつわる不正と闇討人の暗躍、そして主水ら仕事人たちがその正体を暴くという筋立てであるが、同時に政の恋愛話という側面も持つ。
脚本ではゲストの仕事人・新吉は最後の殺しにも加わっているが、改定されて妹の罠にはまって命を落としている。
あらすじ.
京都に着いた政は、既に裏稼業からは足を洗っていた嵯峨野の元締・五兵衛と、その娘で昔馴染みの仕事人・ろくろのお竜の協力を得て、片山を殺害した弥平次一味を見つけ出す。政は京の仕事人・鉄五郎と共に一味を急襲して弥平次を捕らえ、今回の黒幕・闇討人の頭目の正体を吐かせようとする。しかし、突如現れた般若面の人物に弥平次を殺され、鉄五郎も彼に殺される。
主水の知らせもあって、政は次に般若面の男が用いた京八流の小太刀を手掛かりに黒幕を探す。一方、一度は仕事を断った新吉も京八流の使い手を捜していた。実は、少し前に入札において有力商人が京八流の使い手に暗殺され、その巻き沿いで新吉の恋人・染香も殺害されていたのだ。新吉は、染香の敵討ちという条件で一時的に政と手を組み、標的の京八流の師範を捕らえる。しかし、黒幕の名を吐く前に、突如現れたお竜に殺害されてしまう。政はお竜も闇討人の一味ではないかと疑うが、新吉は彼女を庇う。
夜中、主水は高麿に付け文を届けるよう頼まれる。主水が夜の街角を歩いていると牧口が襲い掛かってくるが、これを返り討ちにする。そして怪しいものを感じた主水はそのまま行方をくらます。一方、付け文の届け先であったお竜の家に高麿が現れる。高麿は彼女に主水のことを確認し、来てないことを知ると主水は死んだと思い込む。闇討人の頭目は、高麿であり、やはりお竜もその仲間であった。高麿は、京都御所の入札に絡み、牧口や山﨑屋と組んで不正を行おうとしていた。そして、その計画の邪魔となる者達を闇討人として暗殺していた。さらには、配下で自身の正体を知る弥平次一味や京八流の使い手らを消すためわざと情報を流し、仕事人に始末させていた。