新撰組をモチーフにした作品で、原作・総監督をハドソンの『天外魔境』、セガの『サクラ大戦』を手掛けた広井王子、キャラクター原案を『うる星やつら』『犬夜叉』の作者高橋留美子が、BGMをハドソンの『北へ。』『桃太郎電鉄』シリーズを手掛ける池毅が担当した。
タイトルは司馬遼太郎の小説『燃えよ剣』を意識したもので、「心に萌える剣を抱く」という意味を持っており、俗に言う「萌えキャラ」という意味合いは持っていない。
ストーリー（原作）.
明治維新後の京都が舞台。東京の大学で過ごしていた弓月新太郎は恩師の勝海舟の命で京都にやってくる。夜の京都で妖怪に襲われる新太郎だったが、機動新撰組を名乗る近藤勇子に助けられるのだった。海舟の命は彼女の所属する京都府警直下特殊警察、機動新撰組の財政管理をすることであった。月日が経つにつれ沖田や土方など新たなキャラクターも加わり新太郎は京都に妖怪が増加した原因に近づいてゆく。
登場人物.
新撰組とその仲間.
隊士は全員京都生まれ。
つばめ組.
古き良きものを推奨し妖怪を操る盗賊。TV版では国際妖怪保護機関となっているが、裏で日本の妖怪を拉致して海外に売り捌いて儲けていた。薫も半妖怪ということで拉致されて売られそうになったことがある。
特筆事項.
モテない新撰組隊士.
主役交代.
武器変更.
ゲーム・OVAシリーズでは土方は近藤・沖田と同じく刀が武器（沖田は主に式神）だったが、TVシリーズでは土方の武器は拳銃になっている。ゲーム・OVAシリーズでは機動甲冑なる鎧のような装備も存在した。
方言の違い.
ゲーム・OVAとTVシリーズでは登場人物の話す方言や話し方が違うものがいる。
また、この他の者は両方とも同じ話し方である。
土方機械疑惑.
和解.
テレビアニメ.
ストーリー（TV）.