風海純也はいつものように編纂室での勤務を終え小暮と共に帰宅する途中に、高校時代の同級生であり、初恋の人でもある春日雪乃と再会する。夫が自殺を図り、遺留品を引き取りにきた帰りだったと言う彼女を自宅まで送り届けた2人だったが、招かれたアパートの部屋で、壁に女性を描いたかのような奇妙な赤いシミを発見する。小暮はその絵に不吉なものを感じ取り、純也は雪乃の夫の自殺との関連性を調べ始める。
第一話 予知夢.
ある日、編纂室に宮本舞と名乗る女性が訪ねてくる。彼女は日々の行動を分単位で克明に書かれた手紙を郵便受けに投函される「ストーカー被害」にあっていた。更にストーカーに殺される夢を見た日、現実にそれと同じシチュエーションに遭遇した彼女が自室に逃げ帰ると、ドアに「夢と違うことをするな！」と血文字で書かれていたと言う。編纂室のメンバーは現実離れした事件に疑問を抱きながらも、彼女の警護を始めるのであった。
第二話 心霊写真.
人気演劇団「劇団千年紀」の劇場にて、トップ女優の五十嵐理緒が殺害される。その事件の証拠品に「心霊写真」が提出されたことがきっかけとなり現場に派遣された編纂室の面々は、以前事故死した天才女優、辻さやかにまつわる祟りの噂を聞く。
最終話 流行り神.
人見編 よみがえり（PSP、DS版限定）.
選択肢が存在せず、セルフクエスチョンや推理ロジックも登場しない完全に一本道のシナリオであり、最終話を人見の視点から描いている。エピソード終了後には最終話と同じくエンドクレジット（BGM違い）が流れる。その後、同事件裏での道明寺に関するミニエピソードを見ることができる。
かごめ編 座敷わらし.
休暇を利用し東京から遠く離れた故郷を訪れた賀茂泉かごめは、未だ残骸の残る生家の焼け跡に足を運ぶ。幼い頃遊び場だった庭石に腰掛け思い出したのは、夏祭の数日前に出会った不思議な少女「ちーちゃん」の事だった。
小暮編 エレベーター幽霊.
小暮宗一郎が乾署に赴任して間もない頃の体験。小暮は警視庁へ書類を届ける直前、先輩連中からエレベーターにまつわる怪談話を聞かされる。そして小暮を乗せたエレベーターはボタンを押してもいない階で止まり、恐怖に戸惑う彼の前に、庁内で起きた事件について隠密調査をしていると言う女性管理官、御園雛子が現れる。
ゆうか編 作られた都市伝説.