先史時代の人類の最大の脅威は急性の感染症であった。このような脅威に対しては宗教的方法による祈祷を行ったり、生贄を捧げたり、掟を定めることで対処しようとした。
古代ギリシャや古代ローマの時代には後世の自然科学につながる自然認識が出現し、都市部の排水、灌漑、浴場、さらに家屋の清潔法など一定の衛生的知識がみられた。先述のようにヒポクラテスやガレノスなどの著書にも衛生に関する記述がみられる。
中世からルネサンス期になるとキリスト教的思想の支配の影響から疾病は人間の原罪に起因しているという思想が強くなり学問的な進展は停滞した。ただ、慈善病院における患者の隔離、ネズミの駆除、検疫といった感染症対策は行われていた。
日本における歴史.
明治時代以前の日本では衛生という概念に基づく事実は極めて少ない。一部の慈恵的な行政や公共施設（神田上水など）のほか、貝原益軒の『養生訓』や杉田玄端の『健全学』といった書物があったにすぎない。
江戸時代末期から明治時代にかけて西洋から種痘法が伝来したことで西洋医学の導入が始まった。
衛生に関する学問.
衛生学.
衛生についての学術体系は衛生学としてまとめられる。その範囲、手法については多岐にわたり、また境界が曖昧であるが、健康に影響を及ぼす様々なリスクを推定し、予防活動に結びつける学問であるといえる。
日本における衛生学の代表的な学会は日本衛生学会が挙げられる。その総会における演題分類によれば、以下のカテゴリーを衛生学の対象としているといえる。感染症の征圧や栄養状態の改善を主な目的としたかつての衛生学に加えて、現代の生活習慣病、老人保健、環境問題などにも対象を広げ、手法も遺伝子や分子生物学を応用するなどの展開を見せている。
衛生工学.
関連する学門に空気調和工学、建築環境工学や都市工学がある。