有機化学が誕生する以前から人類は様々な有機物を利用していた。食料については言うに及ばず、麝香や樟脳等の香料、石鹸やアルコール等がその好例である。石鹸は油脂を植物灰中の金属塩と反応させて作られていた。従って有機化学の始まりを定義するのは異論のあるところである。
有機化学は元来生物を構成する物質を扱う学問であり、生化学とごく密接に関連している。有機化学における手法は、生化学における化学反応の理解や、生体物質の解析などに応用される。現在では、有機化学は生化学や高分子化学の基礎として位置づけられている。
理論.
有機化学の理論は構造論と反応論に大別できる。
実験操作.
有機化学の基本的な実験操作は、現代ではかなり洗練され、実験の安全性および結果の妥当性を保証するものとしてほぼ確立されているので、実験者はまずそれらをしっかりと身につけることが求められる。
ただし各手順は研究者によって微妙に異なることもあり、時にはそこから流派（出身研究室）を推測することも可能である。
炭素骨格と官能基.
有機化学で化合物の合成方法を考える場合、炭素骨格の構築と官能基の変換に大別することが多い。
一般の有機化合物は、鎖式炭化水素（アルカン、アルケン、アルキン）あるいは環式有機化合物（シクロアルカン、芳香族炭化水素、複素環式化合物など）を骨格とし、そこに官能基（ヒドロキシ基、カルボキシル基など）が結合した構造を持っている。
官能基を変換することは比較的容易である。例えば、アルコールは適当な酸化剤を用いることによって、アルデヒドあるいはカルボン酸に変換でき、カルボン酸からさらにアミドやエステルへと変換することが可能である（官能基については基に詳しい説明がある）。
モデル生物
概説.
生物は進化の過程で代謝や発生などの機構を再利用してきた。つまり基本的な生命現象は進化的に保存されていると言える。例えば大腸菌の遺伝子発現の概念、出芽酵母の細胞周期の制御機構、ショウジョウバエの発生機構などは、生物一般にもヒトにもおおむね当てはめることができる。これによってモデル生物研究に有効性が与えられている。
研究に適した生物を選択し、多くの人が同一の生物を用いることで、知見の統合が容易になり、全体的な研究の効率を高めることができる。
モデル生物の選択.