こういった生徒に対しては特別支援学級や特別支援学校などの特別支援教育の場で教育するという配慮をすべきだといわれるが、明らかに重度の障害の場合は所属先を迷わずにすんでも、ボーダーライン上にある生徒の場合は、どこからどこまでが健常で、障害なのかを分けることが難しい（境界知能）という問題がある。
しかしながら、学力のみを進級基準とした制度のもとでは、成績が著しく悪い生徒は何度も原級留置をすることになり、そういった生徒への適切な支援が難しい。また、知的障害や学習障害など、学習面で障害がある生徒の場合、進級基準を杓子定規に適用すると、何年たっても最低学年のままになったり、あるいは卒業ができないまま年月だけが過ぎるという問題が発生してしまう。
最終的に突き詰めれば、延々と原級留置を続けさせるか、あるいは義務教育を十分に修了しないままドロップアウトとして社会に放り出すか、救済措置として日本の小中学校で見られるような形式卒業を認めるかのいずれかの選択（トリレンマ）を迫られることになる。
成績が振るわない生徒が存在する以上、課程主義と教育期間の上限を達成しようとすれば未修了者を出さざるを得なくなる。
課程主義と全員卒業を同時に達成しようとすれば延々と原級留置させ続ける生徒が出ざるを得ない。
そして教育を受けさせる期間を限定し、なおかつ卒業証書を全員に与えようとすれば、形式的な卒業者を生み出さざるを得ないということである。
年齢主義と課程主義のどちらが生徒にとって優しい制度であるのかについては、はっきりとした答えは出されていない。しかし最近では後述するユネスコやOECDの研究にある通り、世界の教育学者の間では、初中等教育における原級留置の弊害が強く指摘されており（後述）、年齢主義が有力視されている。
また、どちらの方式が生徒自身が他人との能力の差を気にしなくてよいのかということも一概には言えない。
特に日本では、ほとんどの小中学校が年齢主義を基本として運営されているという画一的な状態であるため、日本国内での両者の比較は難しいという問題がある（後述）。
もっとも、こういった比較は学齢者の場合であって、学齢超過者の場合は、年齢主義の制度のもとでは原級留置の弊害を議論する以前に入学すらできないという大問題があるので、課程主義または年数主義の制度でしか対応できないことになる。