しかし、当時の運輸省から「不特定多数の個人利用に際して団体扱いで発行はおかしい」旨の注意を日本国有鉄道が受け、以降形式上貸し切り団体扱いとせず、「割引」として販売されている。
発券方式.
上に掲げたとおり、当初の目的は始発駅での整理であり、中間停車駅での乗車を前提とはしていなかった。
従来、乗車整理券は基本的にプラットホーム上に設置された専用の券売機でしか購入できなかった。あらかじめ列車毎に各駅での発行枚数が割り当てられており、券売機上部に直近の列車の残り枚数が表示されていた。券売機が設置されていない釜戸駅、武並駅、美乃坂本駅の各駅では、駅窓口で販売を行っていた。
ライナー券.
JR東日本管内のうち、東京近郊区間内では乗車整理券の名称をライナー券としていた。
なお、この扱いを行っていたのは、東京近郊区間内を走るホームライナーと「湘南ライナー」のみであった。
ライナーセット券.
乗車票・乗車駅証明書.
その他「乗車証明書」というものもあるが、これはある特定の列車または特定の路線を利用した場合に鉄道事業者側が記念品として利用者に配布するもので、乗車駅証明書とは直接関係がない。言葉としては乗車駅証明書と乗車証明書が混同されることもある。
JRでは人件費の削減を目的に自動改札を導入しているが、整理券や乗車駅証明書は自動改札に対応していないため、駅員のいる改札を経由する必要がある。
プラスチック式バス整理券.
整理券の高度化.
前述のようにバーコードを記した整理券や、IC整理券を発行する路線バスがある。整理券読み取り機能つき運賃箱と連動し、整理券を読み取って運賃箱に運賃を表示し、運賃収受の正確性を期している。
さらに整理券のバーコードは整理券番号だけでなく、停留所コードをバーコード印字しているものもある（IC整理券は前述のデータを内部に記録する）。
遠州鉄道では整理券から得た情報に加え、同社発行のICカード乗車券ナイスパス発行時に登録された住所データも併用し「いつ、どこにすんでいる、どのような年齢層の利用者が、どこから、どこまで利用した」というデータを蓄積・分析し、ダイヤ編成や経由地変更などに活用している事例もある。