当初は大館村にあったが、のち九戸の地に移り九戸城を築城し移ったのが『系胤譜考』では、九戸光政の代、『奥南落穂集』では信実の代という。また他説では、政実が岩手郡、紫波郡に出陣し、安東氏との鹿角合戦にも武功をたてたことにより宗家三戸南部氏の南部晴政から二戸（旧・福岡）領を加増され、その時に九戸城に移ったとされる。信実、信仲のとき浄法寺氏、新田氏、七戸氏、久慈氏、野田氏などと姻戚関係を結んでいる。政実のときには三戸南部氏、八戸氏（根城南部氏）と並ぶ糠部郡の雄となっていた。
三戸南部氏の晴政、晴継が急死し（晴政の通夜の帰りに乗った籠が刺客に襲われて暗殺されたとも、その刺客が田子信直自身とも言われている）、その後継者が以前に南部晴政の長女の婿となり養嗣子でもあった田子（南部）信直と、九戸政実の弟で、晴政の二女が正室である九戸実親が候補に挙げられた。しかし北信愛が八戸政栄を調略、さらに信愛が南氏の兵と軍事クーデターを起こし信直が南部惣領家の後継者に決定する。これに政実は不満を持ち、南部信直による津軽為信の討伐の要請にも動かず、さらに三戸南部との対立を深めていった。ちなみに、元服前の大浦（津軽）為信を久慈氏に推挙したのは、政実である。
蒲生氏の計らいで政実を秀吉に謁見させようとするが、秀吉による関東の後北条氏の小田原城攻めの際に、後北条側の支城の一つである成田氏の本拠である武蔵国の『忍城』を大軍をもってしても落とせなかった屈辱と、九戸氏を存続させたくない三戸南部側の策略も在り、政実は降伏謝罪をしたが許されず、宮城県栗原郡内〔三 迫〕で配下の諸将数名と共に斬首処刑されて九戸氏は滅んだ。
現在の宮城県栗駒町九戸壇には、政実と共に処刑された武将の櫛引河内守清長・久慈備前守直治・七戸彦三郎家国・一戸彦次郎実富・円子右馬助光種・大湯四郎左衛門昌次・大里修理大夫親基と共に埋葬され、墓印に植えたと伝える椿が残る。
系譜.
 九戸氏　本名南部　紋丸ノ内鶴　割菱
 　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　南部光行
 　 一戸行朝　南部実光　波木井実長　七戸朝清　四戸宗清　九戸出雲
 　（一戸氏）（三戸氏）（八戸氏）　（七戸氏）（四戸氏）　　行連
 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　左馬助
 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　連実