また日本では、信教の自由は、「何人に対しても」これを保障するとされているため、政治家であっても宗教および思想について制限を加えることができないとする考え方が一般的であり、司法判断においても私的参拝を憲法違反としたものはない。但し首相の靖国参拝について、これは公式参拝であり故に国民の宗教人格権を侵害していると裁判で争われた。その中で地裁・高裁レベルで公的参拝だと傍論で判断されているものはあるが、国民の宗教人格権の侵害については認めず、いずれの判決でも賠償請求を棄却している（詳しくは靖国問題に関する訴訟を参照）。
宗教性.
日本では、宗教性の有無に関して「参拝は宗教的行為ではなく、習俗的行為であるから政教分離原則には抵触しない」とする主張と、「参拝は宗教的行為であるから問題である」とする主張が対立している。玉串料などを公費で支出することについては最高裁に於いて違憲判決が確定している。
公人における公私の区別.
「国政上の要職にある者であっても私人・一個人として参拝するなら政教分離原則には抵触せず問題がない」という意見がある。これは、公人であっても人権的な観点から私人の側面を強調視するもので、「首相個人の信仰や信念も尊重されるべきであり、参拝は私人とし行われているものであるならば問題がない」という立場をとっている。「アメリカのように政教分離をうたっていながら、大統領や知事就任式のときに聖書に手をのせ神に誓いをたてることは問題になったことは一度もない」ということも論拠の一つに挙げられている。
一方、「公用車を用い、側近・護衛官を従え、閣僚が連れ立って参拝し、職業欄に『内閣総理大臣』などと記帳するという行為は公人としてのそれであり、政教分離原則に抵触する」という意見がある。こちらは、実効的な観点を重く取り上げ、「首相が在職中に行う行為は私的であっても、多少の差はあれ、全て政治的実効性を持つため、私的参拝であっても靖国神社に実質的に利益を与えるものだ」として問題があるとしている。
小泉純一郎首相による参拝以降、参拝客が急増した現象についてはマスメディアの報道が大きく影響しているとの意見もある。
靖国問題に関する訴訟.
靖国問題を取り上げた主要な訴訟としては、玉串料公費支出訴訟、首相公式参拝訴訟、合祀取消訴訟などがある。
玉串料公費支出訴訟.