大海人皇子は翌年に決起して壬申の乱を起こした。皇女は草壁皇子と忍壁皇子を連れて、夫に従い美濃国に向けた脱出の強行軍を行った。疲労のため大海人一行と別れて伊勢国桑名にとどまったが、『日本書紀』には大海人皇子と「ともに謀を定め」たとあり、乱の計画に与ったことが知られる。
壬申の乱のときに土地の豪族・尾張大隅が天皇に私宅を提供したことが『続日本紀』によって知られる。この天皇は天武天皇とされることが多いが、持統天皇にあてる説もある。
天武天皇の皇后.
『日本書紀』によれば、天武天皇の在位中、皇后は常に天皇を助け、そばにいて政事について助言した。
皇后は病を得たため、天武天皇は薬師寺の建立を思い立った。
大津皇子の謀反.
持統天皇の称制と即位.
即位の後、大赦を行い、天皇は大規模な人事交代を行い、高市皇子を太政大臣に、多治比島を右大臣に任命した。ついに一人の大臣も任命しなかった天武朝の皇親政治は、ここで修正されることになった。
持統天皇の治世.
天武天皇の政策の継承.
持統天皇の治世は、天武天皇の政策を引き継ぎ、長きに渡って喪に服しつつ完成させる位置付けを示し、飛鳥浄御原令の制定と藤原京の造営が大きな二本柱である。
第一回神宮式年遷宮と新しい京の建設は天武天皇の念願であり、既に着手されていたとも、持統天皇が開始したとも言われる。未着手とする説では、その理由が民の労役負担を避けるためだったと説かれるので、後述の伊勢行幸ともども、天武の治世と微妙に異なる志向がある。
また、官人層に武備・武芸を奨励して、天武天皇の政策を忠実に引き継いだ。墓記を提出させたのは、天武天皇の歴史編纂事業を引き継ぐものであった。
持統天皇は、柿本人麻呂に天皇を賛仰する歌を作らせた。人麻呂は官位こそ低かったものの、持統天皇から個人的庇護を受けたらしく、天皇が崩御するまで「宮廷詩人」として天皇とその力を讃える歌を作り続け、その後は地方官僚に転じた。
持統天皇は、天武天皇が生前に皇后（持統）の病気平癒を祈願して造営を始めた大和国の薬師寺を完成させ、勅願寺とした。
外交政策.
新羅に対しては対等の関係を認めず、向こうから朝貢するという関係を強いたが、新羅は唐との対抗関係からその条件をのんで関係を結んだようである。日本からは新羅に学問僧など留学生が派遣された。
文武天皇への譲位.