また、安徳天皇の都落ち後に即位した後鳥羽天皇は、三種の神器が無いまま即位した。平家滅亡後、朝廷（後白河法皇、後鳥羽天皇）と源氏軍（源頼朝〈母親は熱田神宮大宮司娘〉、源範頼、源義経）は必死で宝剣の捜索をおこない、焦った源義経は宇佐神宮に願文を奉じている。朝廷側も寺社への寄進や加持祈祷による神仏の力で神剣で探し出そうとしたが、結局見つからなかった。
南北朝時代、足利尊氏（足利幕府）以下北朝陣営と対立した後醍醐天皇は、三種神器の偽造品を作らせたことがあった。
また室町時代には南朝の遺臣らによって勾玉とともに強奪されたこと（禁闕の変）があったが、なぜか剣だけが翌日に清水寺で発見され回収された。これが現在の皇居の御所の「剣璽の間」に安置されている剣である。
現在、皇位継承が発生の際には、ただちに「剣璽等承継（けんじとうしょうけい）の儀」が行われる。
伝承.
また、現在の愛知県名古屋市昭和区村雲町の名の由来になったという説がある。そのほか、静岡市清水区草薙は、神話上の同じエピソードに関連するといわれる。
源平合戦の壇ノ浦の戦いにおける神剣（草薙剣/天叢雲剣）の喪失は、人々に大きな衝撃を与えた。安徳天皇と共に失われた神剣は、崇神天皇時代につくられた宮中の形代であるが、素戔嗚尊が八岐大蛇から取り出した「天叢雲剣そのもの」と見做す者も多かった。
天台座主慈円は『愚管抄』において「安徳天皇は平清盛の請願により厳島明神（厳島神社）が化生（けしょう）した存在だから竜王の娘であり、宝剣と共に海の底へ帰っていったのだろう」と推測。
また「武士が表に立って天皇を守るようになったため、天皇の武力の象徴たる宝剣が天皇から失われた（宝剣も役目を終えたので、失われることを天照大御神も八幡大菩薩も許したのだ）」と考察している。
徳島県の剣山には、安徳天皇が天叢雲剣を納めたという伝説がある。
『太平記』でも「安徳天皇は八岐大蛇の化身で、宝剣と共に竜宮城に帰った」という伝承を採用している。