太平洋戦争では、駆逐艦が旗艦になることも散見される。水雷戦隊の指揮官は司令官と呼ばれ、通常少将が任命された。
アメリカ海軍主力艦隊を仮想敵とした漸減邀撃作戦では、日本海軍の水雷戦隊は戦艦部隊に匹敵する重要戦力と位置づけられていた。夜間に敵主力艦隊に肉薄し、雷撃戦により敵戦艦を撃破することを想定していた。
解説.
対米戦での位置付け.
日露戦争以後、日本海軍はアメリカ海軍を仮想敵として戦略を立てるようになった。ワシントン海軍軍縮条約とロンドン海軍軍縮条約で海軍力に制限がかけられると、漸減邀撃作戦を元に兵力優勢な敵主力艦隊への対抗手段を立案した。数的劣勢を強いられた日本海軍の駆逐艦は個艦性能を充実させ、それらを統一的に運用する水雷戦隊は漸減作戦を実施するため雷撃能力に特化した性格をもち、対空・対潜・海上護衛という側面は後回しにされた。
太平洋戦争直前の日本海軍が想定していた日米艦隊決戦において、水雷戦隊は戦艦部隊に匹敵する対米戦の機軸戦力になりつつあった。決戦部隊は主力部隊（第一艦隊を基幹とする戦艦部隊、昼間砲撃戦をおこなう）と、前進部隊（第二艦隊司令長官を指揮官とする重巡洋艦と水雷戦隊）に区分されていた。水雷戦隊が独力で敵警戒部隊を排除・突破して敵主力艦隊へ雷撃をおこなうことは不可能と判断され、水雷戦隊に重巡洋艦戦隊を組み合わせて運用することになっていた。
太平洋戦争開戦時の夜戦部隊は、以下の通りであった。
第四戦隊と第三戦隊は第一夜戦群、第二夜戦群に含まれず、火力支援と夜戦全体の指揮をおこなった。
第一水雷戦隊.
編制.
第二水雷戦隊.
略称は二水戦。前進部隊であり、強力な装備と長大な航続力が要求され、常に最新の駆逐艦が投入された。艦隊決戦における夜戦では、二水戦と第五戦隊（妙高、那智、羽黒）により第一夜戦隊を編成した。
編制.
第三水雷戦隊.
引き続き三水戦に所属する川内も、修理と整備のため内地に帰投し、三水戦司令官は夕張を旗艦として作戦をおこなった。その後、秋月型駆逐艦新月がラバウルに進出して秋山少将の旗艦となるが、ニュージョージア島の戦いに伴うクラ湾夜戦で新月が沈没し、秋山少将は戦死、第三水雷戦隊司令部は全滅した。
編制.
歴代司令官.
※解隊、残余艦艇は第三十一戦隊へ改編（江戸少将も第三十一戦隊司令官となる）
第四水雷戦隊.
編制.
第五水雷戦隊.