父親ジョージ・アルスターがいる先遣艦隊との合流を目前に、クルーゼ隊との戦闘に巻き込まれ、その際捕虜になっていたラクスを人質にする事で停戦させようとするが、叶わぬまま父親の乗艦する戦艦がザフト軍に撃沈される様を目の当たりにする。錯乱したフレイは、帰艦したキラを本気で戦っていないと激しく非難した。これをきっかけに、フレイはコーディネイターへの憎しみに囚われ、アークエンジェルが地球に降下する際に事務次官である父親の立場を利用し地球連合軍に入隊志願する。そうする事でキラも志願させ、コーディネイター同士が殺しあうよう仕向け父を失った事に対する復讐をしようとした。さらにキラが同じコーディネイターであるザフト軍との戦闘に迷いを捨てて身を投じるよう駆り立て、また天涯孤独の自分を守ってもらおうと、精神的に不安定になっていた彼の求める慰めを与え男女の関係となる。そのために、親の決めた婚約者であったサイとは地球降下後に婚約を一方的に破棄している。しかし内心ではサイを嫌ってはおらず、キラへの対抗心からストライクを起動させるも崩れ落ちるサイの姿を見て、辛くなり涙を流し立ち去る場面がある。カガリがキラの姉妹とは知らない為、キラの傍によくいる彼女に嫉妬心を抱き、嫌がらせをする描写もある（関連ゲームでもカガリに突っかかる等、不仲さが目立つ）。またその後もサイを心配する描写があり、嫉妬に駆られてストライクを無断で操縦した事で独房に収容されたサイを見つめていたところを偶然キラに見られたためにその事を問い詰めた際、本心ではサイが好きである事をキラに感づかれてしまう。真の愛情を伴わない関係がキラの精神不安定に拍車をかけ、キラは戦闘にのめり込んでいく事となる。