日本人という語は、他方において、日本列島に起源を持つ下記の民族集団を指す場合がある。日本人は、それらの集団に分類される出自および言語・文化を有する人、あるいはそのように見なされる人の呼称でもある。
（アイデンティティとして日本人）
日本人なる集団の境界線を日本への所属・帰属に係る意識すなわちアイデンティティ（同一性）に求めることができる。そのアイデンティティ集団は、以下のように民族的同一性・文化的同一性・国民的同一性の各観点別に分析できるが、各集合が大いに重なっているため、曖昧な認識を抱える人が多い。
概史.
日本民族（先述）は、人種的にモンゴロイドの一つ。旧石器時代または縄文時代以来、現在の北海道から沖縄諸島までの地域に住んだ集団を祖先に持つ。祖先はユーラシア大陸東部より複数回にわたって渡来。樺太を経由して北海道に至る北方ルート、朝鮮半島を経由する北西ルート、南西諸島などを経由する南方ルートなど複数の渡来経路が考えられる。大陸出身の集団がヤマト（日本国の旧称）に帰化した古墳時代までは相当の規模の渡来があった可能性があるが、本州以南、同時代の末から江戸時代までの長い期間は、大量移民による、民族の相違が現れるほどの変化は一切なかった。
先住民.
日本列島全体の歴史的先住民は縄文人である。地域等によって程度の差はあれど、以後発展した日本列島のどの民族も縄文人の血を引いている。
日本列島には蝦夷（えみし）や隼人（はやと）などの集団が居住していたが、ヤマト王権成立後は同化が進み、これらの集団が大和民族と呼ばれるようになった。詳しくは、民族としての形成についての節を参照。
大和民族については、本州、四国、九州などの先住民であることが自明の史実だとして、大和民族の先住性を政府があえて公認する動機が少ない。
国籍および居住地に基づく日本人の人口.
言語.
日本語族の起源については、孤立した語族とする説は支配的である。日本語は、膠着語であり、助詞、モーラ、高低アクセントなどの特徴を持っている。漢文の影響で、シナ語派由来の多くの字音語（漢語）が使われている。また、近現代以降は、英語など欧州の言語を中心に外国語から多くの語彙を借用している（外来語）。