地球連合軍の最新鋭宇宙艦アークエンジェルとの幾多の戦闘で、キラの搭乗するストライクの攻撃によって機体を損傷し、その時の衝撃で割れたヘルメットのバイザーの破片で顔に大きな傷を受ける。プラントの技術をもってすれば完治可能だったが、「自身の復讐の証」という意味と、「ストライクによって奪われた仲間の仇を取る」という二重の意味を込めて傷跡を残した。以後、打倒ストライクに拘るようになるが、母艦として優れるアークエンジェルの堅牢性や成長著しいキラの戦闘能力を崩すには至らず、感情的にすぎるのも目立って敗走を続けていく。なお、アークエンジェルの所在を確認すべくオーブ連合首長国に潜入した際には、趣味で関心のあるお守りを幾つか購入していた。
だが、内心では少なからず仲間意識を感じており、ニコルが戦死した際は涙ながらに悲しんだ。ニコルの戦死後ロッカールームでアスランに詰め寄るも、自身を責めていると感じたアスランが声を上げて自分に掴みかかった事で、初めて彼の本音を聞き、今まで不審に思っていた偏見が解けるきっかけとなった。
仇を討つため、それまで以上に鬼気迫る勢いでストライクに立ち向かうも敗れ帰投する。この戦闘で、アスランとディアッカがMIA（戦闘中行方不明）となったことを知らされ、イザークの仲間への態度に変化が表れてくる。後日、生存が確認されオーブから無事に引き渡されたアスランがプラントへ帰国する際には、「今度は俺が部下にしてやる。それまで死ぬんじゃないぞ」と再会の約束と握手を交わした。
宇宙に出た後、死亡したと思っていたディアッカと戦場で再会、裏切られたと思い、ディアッカに銃を向けるが、ディアッカとの対話を通して次第に戦争の大局を見据えるようになり、これまでのような差別的言動も消え始めるが、「プラントを守りたい」という初心を貫くためにあえてザフトに所属し続ける道を選び、終盤は結果的に三隻同盟側に協力しているが、小説版では仲間達を次々と奪ったアークエンジェルの面々を「許せない」と思いつつも、それよりも大切な事を見付けたと理由付けられている。
そして迎えた停戦から暫くの期間は、あくまでも義勇兵としての参加だったザフトから本来の文官議員としての職務に戻った。そんな彼の心情を表すかのように、打倒ストライクを掲げてわざと残していた顔の傷痕も、この頃すでに消されていた。