特徴的なシステムとして「ランドメイクシステム」が挙げられる。また固有のシステム名を持たないがキャラクターカスタマイズ、武器防具作成、ゴーレム製作といった個々のシステムも独特で、バトルシステムもリングコマンドを廃するなど従来シリーズとは全く違ったものとなっている。
ランドメイクシステム.
「ランドメイクシステム」は、何も無いワールドマップ上にプレイヤー自身でオブジェクトを配置し、箱庭のように世界を構築していくシステムである。
ランドには個々に属性の強弱「マナレベル」が設定されており、それが隣接するランド同士で影響し合う。マナレベルは特定のイベントの発生条件、出現モンスターの強さ、魔法の効果、果樹園での果実熟成値に影響を与える。
また、町ランドには配置順とマイホームからの距離によって店レベルが設定される。店レベルによって町にある店の品揃えも変わる。
同じスクウェア製作の『ファイナルファンタジータクティクスアドバンス』にランドメイクシステムと類似したシステムが採用されている。
主導したのはディレクターの石井浩一。石井は『サガ フロンティア』の開発当初から構想しており、それをベースに設計したという。
バトルシステム.
キャラクターカスタマイズ.
バトルシステムに関連して、キャラクターが成長する際に加算される各パラメータの成長値は装備武器種によって違う。そのため、プレイヤーは成長に際して武器を持ち変えることで主人公の成長を自由に決めることができる。
上記のような要素によりプレイヤーは主人公を自由に、個性的に、成長させ行動させることができる。
育成要素.
主人公の自宅マイホームには、ペットを飼うペット牧場、果実を収穫する果樹園、武器防具や魔法やゴーレムを作成するための作成小屋が備えられており、それぞれが独特のシステムを有している。ゲーム中に登場するアイテムは、インゴットや木材などの主原料アイテムと、それ以外の副原料アイテムとに大別され、プレイヤーはこれらのアイテムを用いて、ペットの育成、果実の栽培、武器・防具・魔法楽器・ゴーレムの作成を行うことが可能である。
こうした育成要素に関する法則は非常に複雑であり、なおかつその要素のほとんどが隠しパラメータであるため、全てを把握するのは非常に困難である。
物語.