科学機関や保健機関による、水道水フッ化物添加反対派への批判の一つは、研究を「投票」にしようとする行為である。ノーベル賞受賞者や歯科専門家による反対派意見への合意は、大衆に対しては、より説得力があるように思われる。しかし、研究者は、投票や世論調査では、科学的進歩は築かれないと強調する。研究者は、投票ではなく、多数の研究の方法やデザインの徹底的な調べ直しの末に、結論を出している。
倫理的課題.
水道水フッ化物添加の反対派には、フッ化物の健康上の恩恵は認めるものの、上水道へのフッ化物を添加することの社会的・政治的意味あいに、同意できないという派閥がある。水道水フッ化物添加が人々の歯の健康を向上するとしても、治療を受けるという個人の選択（自由）に価値を見いだしている。そして、適切な同意が無い、水道水フッ化物添加は「強制的な集団投薬」であると主張するものである。
一方で、ある解説者は、フッ化物への暴露は少量でも健康に悪影響を与える可能性があるため、水道水フッ化物添加の命令は「倫理違反」かつ「人権侵害」であると主張する。フッ化物水道水添加における倫理的課題は科学的研究だけでは扱うことができないため、憲法と人権に関連のある課題として、主に裁判で扱われる。
保健機関の主張.
水道水フッ化物添加の推進派は、これを、治療の承諾についての人権侵害であるとは考えていない。推進派は、フッ化物は全ての水源に天然で含まれているのだから、水道水フッ化物添加は、集団投薬ではないと主張する。推奨者たちの視点では、水道水フッ化物添加は、水に天然で含まれる物質を、虫歯を減らすために、加減していることになる。彼らは水道水フッ化物添加を、しばしば、朝食のシリアル、離乳食にビタミンを添加するといった、他の食品の補強と比較する。
またインフォームド・コンセントは臨床におけるステップであり、公衆衛生においてそれに対応するステップは、倫理的承認と計画の承認である。
フッ化物添加粉ミルク.
政府、産業界による陰謀だとする説.