日本語の清音を母音と子音とで分類し、それに従い仮名文字を縦横の表に並べたものである。伝統的には、縦書き文の要領で、縦に母音の変化、横に子音の変化を表現する。横一列は母音がそろっており、これらをあ段、い段、う段、え段、お段といい、縦一行は子音がそろっており、これらをあ行、か行、さ行、た行、な行、は行、ま行、や行、ら行、わ行という。五十音図において「ん」はいずれの行、段にも属するものではないが、今日ではわ行の次に置かれる事が普通である。
五十音順は、この表では右から左に、上から下へ「あ」「い」「う」「え」「お」「か」「き」「く」「け」「こ」「さ」… と続く。
歴史.
起源.
仏教の研究過程で日本語と梵字（サンスクリット）を対応させたものとみられる。
五十音が現在のようになった背景にある大きな二つの要素は、悉曇学と反切である。各段の並び方（段順）、各行の並び方（行順）は悉曇文字（梵字）に、子音と母音の組合せという考えは反切に由来する。
段順、行順の由来.
「あいうえお」の段順、「あかさたなはまやらわ」の行順は、インドの梵字の字母表の配列に従ったものである。
「あいうえお」の段順.
なお、詳細な母音の順は、 である。
「あかさたなはまやらわ」の行順.
ただし、過去の文献の中には五十音を現在とは全く異なる配列に並べたものも見出される。現在の配列になったのは室町時代以後である。
反切.
もう一つの柱として漢字音を研究した中国音韻学が挙げられる。中国では古くから字音を表記するのに反切と呼ばれる方法がとられ、音韻表記として漢字二字を用い、一字目（反切上字）の頭子音と、二字目（反切下字）の母音以下および声調の部分を組み合わせることによって多くの字音を表記した。この方法によって成立した字音の子音の分類である五音や清濁が韻書や韻図などによって日本にも伝わっていた。
「五十音」「五十音図」の名は、江戸時代からのものであり、古くは「五音（ごいん）」とか「五音図」「五音五位之次第」「音図」「反音図」「仮名反（かながえし）」「五十聯音（いつらのこゑ）」などと呼ばれていた。
現在では五十音図のヤ行、ワ行には、ア行の「い」「う」「え」が再登場する。 しかし江戸時代後期以降、これらにも独自の文字を割当てる動きが見られた。これは五十音図と日本語の音韻の関係に関する興味に由来する。