下克上によって、直接の主筋で北近江の守護であった京極氏を追い落とした浅井氏も、当時南近江の守護であった六角氏との合戦に敗れ、初代当主である浅井亮政（長政の祖父）の代に手に入れた領地も失い、六角氏に臣従していた。そのため長政自身も、生母・小野殿と共に人質になっていたとされる。久政は六角氏との外交に力をいれ、北近江を維持していた。家臣の中には久政の政策に反発する者も多く、また先代に活躍した武将も世代交代という名目で低い扱いを受けていた。
浅井家の成長と六角家の衰退.
六角氏に服従する状況に不満を持っていた家臣達は賢政に期待を寄せ、久政を竹生島に追放して隠居を強要した。長政は家督を強奪に近い形で相続した。長政は六角氏から離反する意思を明確にするため平井定武の娘を六角氏に返し、「賢政」の名も新九郎に戻した。
織田信長と同盟.
織田・浅井の同盟により、信長は上洛経路ともなる近江口を確保し、美濃国攻略の足掛かりとした。信長は同盟成立を喜び、通常は浅井側が結婚資金を用意するのが当時のしきたりだったが、信長自身が婚姻の費用を全額負担したとされている。結婚に際して、信長の一字を拝領し、長政と改名したともされる。
さらに賢政時代の花押をやめて、「長」の字を右に倒した形の花押を作った。
同盟破棄・信長包囲網.
この裏切りについては、信長も当初理由が分からず「虚説たるべき」ととりあわなかったが、現在においても理由は不明である。朝倉氏との同盟関係を重視したとの俗説が広く知られているが、これは江戸時代の創作物が由来であり、学術的にはこの裏切り以前における朝倉氏との同盟関係の存在は亮政・久政の代を通じて否定されている。ただし、この問題に関しては、前述のように、長政が六角氏から自立した際に義景と従属関係を結んだことによって初めて両氏の関係が結ばれたとする説も出されている。
敦賀への進軍に、主力である武将達は参加しておらず長政が居たという記録はない。また、そもそも織田と浅井の同盟自体が存在せず、金ヶ崎の戦いでの織田軍は、目的を達して凱旋中に浅井氏の挙兵を知ったという説もある。一方で、この戦い自体が若狭国の支配を巡って義景と対立を深めていた足利義昭による討伐の命令に基づくものであったとする説もあり、将軍の命令には従わざるを得なかった信長からすれば長政の行動は理不尽であったとする見方もある。