ペットの殺処分.
ペットの扱いには国ごとに差異がある。ガス室を用いた殺処分は日本では禁止されないが、アメリカ合衆国の一部の州では禁止されている（後述）。
終生飼育.
外来生物.
外来生物であろうとなかろうと、最後まで飼い主は責任をもって飼育することが求められる。外来生物を野外に放って定着させてしまった場合は、人間の生命・身体、農林水産業、日本固有の生態系に対して大きな影響を与えるため、外来生物法で放流・販売・頒布・購入は禁止されている（責任をもって飼育できる人や団体への無償譲渡は可）。
また、以前から飼育していた特定外来生物は許可があれば飼育可能である。
日本.
保健所は、殺処分を減らすために飼い主を探す努力もしている。たとえば、当該犬を収容している旨を公示して飼い主を探す、譲渡会等で飼い主を募集する、譲渡希望者に気に入った個体を引き渡すなどが行われる。
アメリカ合衆国.
無理な繁殖や近親交配.
珍しい種類や人気がある種類の犬・猫では、ブリーダーが近親交配による繁殖を行うことがある。それらの中には近親交配によって発生した、畸形や遺伝的な異常を持つ個体が販売され、飼い主とペットショップの間で品質面の問題が係争されるなどの現象も起こっており、これを憂う向きもある。しかしながら、近親交配は品種改良や品種のスタンダード維持の重要な手段でもあり、一律禁止は大きな弊害を伴うとされる。また、商業的に利益をあげるために、劣悪な環境で工業的に大量繁殖させるブリーダー、ペット業者が動物福祉の観点から問題となっている。こうした行いはパピーミル(子犬工場)と呼ばれる。
闇取引.
珍しい動物を飼いたいという需要を満たすために、動物が違法に捕獲され売買されることもある。野生のオランウータンはワシントン条約で商取引が禁じられているが、これすら密猟された事例がある。
盗んだはいいが飼い方がわからず死なせてしまうといった事件も起きている。
管理上の問題.
周囲の人々に対する配慮.
ペットによる健康被害.
病原体.