近代経済学、とくにその主流となる新古典派経済学の古典的形態では、個人ないし企業などの経済主体がみずからの行為を合理的に選択すると考えて全理論を構成していた。たとえば、浦井憲と吉町昭彦は、経済学(ミクロ分析)は、「合理性による社会の把握」であり、それが「経済学の限界でありまた同時に意義」であると述べている。
より具体的には、消費者は予算制約のもとでみずからの効用を最大化し、企業は可能に生産可能な範囲で利潤を最大化すると、ミクロ経済学は考える。その画期的かつ古典的・典型的な成果は、アローとドブリューの「競争均衡理論」である。この意味で、新古典派の経済理論は、すべて合理的選択理論に基づいていると言ってよい。
合理的選択理論やゲーム理論は、最近、とくに公共経済学や公共選択、公共政策の分野で注目されているが、理論経済学の主流は、むしろ限定合理性を前提にした行動理論に移行しつつある。公共経済学や公共選択では、政府の行動とそれに対する人々の行動が問題になる。そこでは市場での自由競争では、十分な供給と状態の維持が不可能な公共財について、説明することが重視されている。社会秩序も公共財の一つであり、その意味で、社会学における秩序問題と、公共財の研究は同じである。この場合、政府が考えなければならないのは、真の意味の合理的選択行動ではなく、相手に出し抜かれない程度の推察である。二者二択ゲームのような単純かつ限定された設定において合理的選択理論は一定の有効性をもつと考えられている。
合理的選択理論は経済学を起源とするものだが、古典的な形態(ないし教科書的形態)では標準とされているが、経済学での理論研究の大勢はその有効性をうたがうものとなりつつある。
政治学と合理的選択理論.
政治学において合理的選択理論が移入される以前から、経済学者ケネス・アローは集合的意思決定に関する先駆的研究を行っている。その知見は一般可能性定理（不可能性定理）として知られており、合理的選択理論のうち特に社会的選択理論（集合的選択理論）と呼ばれる分野を確立した。