リディと接触をしていたクインはリディ殺人の容疑者として逮捕される。ルーメンがジョーダンに捕えられ、デクスターは彼女を救出し、ジョーダンを殺す。殺人現場に来たデボラは半透明のプラスティック越しに二人のおぼろげな姿を認めるが、そのうち一人が犯罪の被害者女性であることを知って同情し二人を見逃す。ジョーダンが死んだ今、ルーメンはもはや殺人の衝動から解放され、新しい人生を歩むためにデクスターの元を去る。
デクスターはクインの靴に付いたリディの血液の証拠を隠滅してクインの容疑を晴らす。デクスターは自分の未来には希望があるのか疑う。
ヨハネ黙示録の予言に従って殺人を行いその徴を残す「黙示録キラー」殺人事件が連続して起こり、元神学教授のジェームズ・ゲラーとその教え子で美術品修復業のトラヴィス・マーシャルが容疑者として登場する。デクスターは、過去の犯罪を悔いて神父となり、修理工場を経営しながら犯罪者を雇って更生をはかるブラザー・サムを「黙示録キラー」だと疑って近づく。潔白と分かったあとは、悪の衝動を抑えてハリソンのよき父となるための手本として親しくなる。だがブラザー・サムは殺され、犯人を赦せというサムの言葉に背いて犯人を処刑する。
実はゲラー教授は何年も前に死んでおり、トラヴィスの想像の中だけで生きていたことが判明する。トラヴィスはデクスターを黙示録の「獣」と呼び殺そうとするがデクスターは逃れる。トラヴィスはデクスターの息子ハリソンを誘拐するが、デクスターはハリソンを救い、トラヴィスの意識を失わせて処刑場として準備していた教会に運び込む。
ウクライナ・マフィアの幹部であるアイザック・シルコは部下の死を調査し始め、デクスターが手を下したことを知って復讐を誓う。組織の命令に背いて調査を続けたアイザックは組織に追われる身となり、殺された部下とは恋人であったとデクスターに語る。デクスターの助けを得るためアイザックはハンナを誘拐するが、組織の暗殺者に殺され、デクスターはハンナを救い出す。
デボラはハンナの犯罪の証人を見つけるが、その直後にハンナに薬物を飲まされて交通事故で死にかける。デクスターはこれを許さず、ハンナがプライスを殺した証拠をデボラに渡し、愛するハンナを逮捕させる。だがハンナは脱走する。