こうして、輝元は豊臣期末に目指した専制体制を、自らの手で終わらせることにした。そして、輝元出頭人に権力集中を通じた輝元の専制体制から、毛利氏一門や譜代家臣、旧有力国人層らの上に、輝元と秀就が立つという支配体制に転換した。
財政の再建・家臣団の処遇.
輝元は上方に留まりながらも、防長減封の直後に発生した先納貢租の返還問題、家臣団の処遇に関して対応した。
他方、減知された家臣の中には、不満を抱いて藩から出奔する者もいた。だが、実際には、家の規模を維持するため、他大名への仕官を選択したものと考えられる。出奔した家臣の中にはのちに帰参した者もおり、『萩藩閥閲録』といった由緒書などにはやむなく家中を離れたと記されている。
出奔する家臣が大勢出る中で、輝元は上方に留まりながら、混乱に対処しなければならなかった。輝元は出奔する家臣の続出により、自身や毛利氏が侮られることや、家康の機嫌を損ねることを恐れていた。そのため、輝元は国許を統括する佐世元嘉を通して、問題の対処にあたっている。
他方、輝元は有能な者は家中にとどめておく必要があるが、そうでない者は財政再建の支障になると考え、ある程度の出奔者はむしろ好ましいと考えていたようである。実際、出奔した家臣らは備中の出身者が多く、輝元との関係が薄かったため、本拠を捨ててまで毛利家中に残る忠誠心はなかった。輝元としても、出奔者を引き留めるよりも、その知行を残留した譜代家臣らに与える方が有効と考えていた。
輝元はまた、連年にわたって課された幕府普請役の対応によって、家臣が疲弊しており、その不満を解消し、財政基盤を強化する必要にも迫られていた。減封後の家臣数は全体の石高縮小比率に比べて減少しておらず、領地に比して家臣団が過大であった。
三井検地によって、毛利家中から離反者がほとんど見られなくなり、また藩が幕府の普請を表面上は問題なく務めたことから、家臣団統制、幕府への対策として成功したと考えられる。
萩城の建設.
大坂の陣.
冬の陣.
この頃、家康は大坂城の堀の水位を減少させて攻撃しやすくするために、摂津国西成郡江口に堰を築いて淀川を塞き止め、淀川の支流の伝法川に舟橋を架けるよう、輝元に対して要請した。
夏の陣.