『書紀』の内容が信頼できないことからは、真偽不明という結論は導けても、そこから直ちに『書紀』の記述の反対が真実だとか、論者の想像が真実だとかいう結論は導けない。書紀の記述に信をおかず、同時に大友皇子の即位を認めない説も可能である。即位説を積極的に主張するためには、別の判断材料が必要となる。
『書紀』がもともと天武天皇元年を壬申年の翌年においたのではないかという説は、この編纂方針をふまえた上で展開される。もし、最初の段階での『日本書紀』が天武元年を壬申年の翌年においていたのなら、それは即位年にあわせたからではなく、壬申年が別の天皇の年だったからだと推定できるのである。
そのように考えると、元年に太歳記事がないのは見落としのせいではなく、もともとそのように編集されていたのだとするほうが自然である。太歳記事は読者の便宜をはかるためのものであって、干支と即位の間に直接の関係はない。壬申年一年に一巻をあてた異例の編集にともなう変則と考えられる。
『続日本紀』の「内大臣より君十帝」.
薬師寺東塔銘文の「即位八年庚辰」.
『懐風藻』の「天命果たさず」.
奈良時代に書かれた『懐風藻』は、大友皇子の伝を同情的に書き、『書紀』と異なり大友皇子を「皇太子」とするが、天皇とは呼ばず、即位したとも書かない。伝の中では大友のことを「皇太子」だと繰り返して書く。『懐風藻』には大友の子葛野王の伝もあり、そこでも葛野王は「大友太子の長子」とある。
谷森種松は、『懐風藻』が天智天皇のことを「淡海先帝」とことさらに「先」の字を付けて書いたのは、淡海後帝の存在を暗示するもので、大友皇子の即位を知らせようとしたのだと考えた。伴信友がこれに加えて、序文が「淡海から平都」までの詩をとったというのに、淡海朝（近江朝）の詩人が大友皇子1人だけというのは、暗にこの1人が天皇だったことを示すと論じた。また『懐風藻』には大友皇子の最期を記すとき、「天命を果たさなかった」とあり、この「天命」の字を天皇の地位と解釈する説がある。
ただ、この種の暗号説を用いれば、論者の都合でいかような解釈でも振り出すことができることは古代史ではよく知られており、今日学問的な論証として取り上げられることはない。
学説史.
江戸時代.