現在深刻化となっているのは尾根筋の森林の立ち枯れで、丹沢山から蛭ヶ岳にかけての稜線上や竜ヶ馬場付近では顕著に見られる。この原因は定かではないが、丹沢山地が都心に近い事から、自動車の排気ガスから来る光化学オキシダント等の原因が考えられている。
一方でシカの捕獲に胸を痛めた小学生の作文を横浜の合唱団が劇化するなど、様々な反対運動も行われた。
丹沢山地の稜線上では、シカの食害防止柵をいたるところに設置して植生保護がされているほか、草の少ない時期には木の皮までも食べるため、幹にネットを張り保護されている木まである。またヤマビルがシカに付着して生息範囲を広め、現在問題となっている丹沢のヒル増加の一因となった（詳しくは#ヒル問題を参照）。
歴史.
丹沢山地は古来より信仰の山として知られ、山伏など修験者の修行の場でもあった。山岳や地名には仏果山、経ヶ岳、華厳山、行者ヶ岳、尊仏山（塔ノ岳）、薬師岳（蛭ヶ岳）、菩提、法輪堂（おろんど）など、信仰にちなんだ名前が数多くある。
丹沢山地のうち清川村西部と秦野市丹沢寺山のエリアは幕府直轄領（「丹沢山御林」）、西丹沢の一部が小田原藩領であった。江戸幕府は、山麓の一部に設定された入会林以外の丹沢山地ほぼ全体を御留山とし、山中にあった炭焼き小屋などを接収・廃止の上、伐採・入山を厳しく規制した。そのため、丹沢山中に入れるのは見回りの役人や修験者など一部の者に限られ、盗伐に対して非常に厳しい罰則を与え管理していた。
特徴的な山名.
丹沢山地の山名には、○○岳、○○山、○○ノ峰のように日本語の山名として一般的なもの以外に、○○丸、○○ノ頭と称するものがあり、以上の分類に当てはまらない山名もある。○○丸には、檜洞丸、畦ヶ丸、大丸、小丸（鍋割山の東方）などの例がある。○○ノ頭は、一般的に沢源頭の固有の名称を持たない峰を沢の名を借りて呼ぶ（本間ノ頭→本間沢からなど）が、例外もあるようである。