欧米の進んだ科学や技術を熱心に導入した明治政府は、お雇い外国人らを入れ、研究機関を次々と設立し、世界的水準の研究成果が次々と発表されるようになった。経済学では田口卯吉。医学では北里柴三郎、志賀潔、野口英世らが先陣を切って研究を進め、薬学では高峰譲吉、鈴木梅太郎、秦佐八郎らが高い研究成果をあげた。また、物理学、地震学、化学、植物学などが発展し、長岡半太郎、牧野富太郎ら優秀な人材を生んだ。しかし、欧米政策への批判から次第にナショナリズムが台頭。更に資本主義の進展と共に社会的矛盾（貧富の格差の拡大など）が顕著となり、それを批判して社会主義思想が登場した。
大正時代.
大正期には文豪が多く現れ、学習院卒業者が集まった白樺派（武者小路実篤、志賀直哉、有島武郎）や新思潮派（菊池寛、芥川龍之介）、耽美派（永井荷風、谷崎潤一郎）などが有名である。また、大正教養主義（人格主義）が盛んになり、学生は倉田百三『愛と認識との出発』や出隆『哲学以前』、阿部次郎『三太郎の日記』に傾倒し、ドイツ哲学や文学に流れていった。就職難や厭世観などから、文科学生には夏目漱石の文学に現れるような高等遊民になるものや、「巌頭之感」の藤村操のように自殺するものもいた。
京都帝国大学では、西田幾多郎、田辺元らの哲学者を中心とする京都学派が形成され、京都学派四天王や三木清、和辻哲郎、九鬼周造、下村寅太郎などを輩出した。田辺や九鬼、三木はドイツで直接マルティン・ハイデガーらから学び、帰国後新カント派やヘーゲルの哲学やマルクス主義、ハイデガー解釈学を広めた。西田らは学習院卒業者（近衛文麿）や海軍と連絡を取りながら、政治に深く関与（三木清の参加した昭和研究会など）し、戦争に加担していくことになる（田辺元は「種の論理」を説き、学徒出陣に大きく影響を与えたと言われる）。
昭和～第二次世界大戦.
植民地では同化政策の一環として、朝鮮では日本語教育や創氏改名、沖縄では方言札などが行われていた。その結果インフラ整備や政治改革が行われたが、一方で帝国日本の支配に苦しむことになった。