違約発生に伴う損失は、違約会員の会員信認金、違約会員の取引証拠金、違約会員の特別担保金、違約担保積立金（損失補填準備金として取引所の剰余金から積立）、当該商品市場における違約会員以外の会員の特別担保金の順で填補される。
我が国においては、法律上も取引所の規程上も、清算参加者について特別の資格要件を設けておらず、全ての取引所の会員が清算に参加していた。
（清算に参加する会員の財務上の要件）
商品取引清算機関（取引所または外部のクリアリングハウス）が差金の徴収及び交付を行う点では前記と同様であるが、各会員の取引により生じた債権又は債務の相手方となって決済の履行を保証することにより、会員の違約リスクが他の会員に直接及ばない。取引に関する債権・債務の関係が商品取引清算機関と違約会員との関係になるため、違約が生じた場合においては商品取引清算機関の損失になりうる。会員は商品取引清算機関の信用力で決済リスクを判断できる。国際的にも、相対取引よりも決済リスクが低いという意味で決済の安心面の観点からクリアリングハウス制度での清算は先物取引を行う上での判断材料とされている。
アウトハウス型クリアリングハウスである株式会社日本商品清算機構は、指定商品市場毎に次の順序により損失の補填を行う。
株式会社日本商品清算機構は、決済不履行が発生した場合においても決済を円滑に履行する必要があることから、指定決済銀行との間で「緊急融資枠」に関する契約を締結している。なお、当該「緊急融資枠」の額は、過去の清算実績を勘案して設定している。
売買仕法.
日中立会開始時、夜間立会開始時は全商品、全限月（全シリーズ）一斉に板合せを行う。また、サーキットブレーカー（CB）発動後の立会再開時においても、当該商品の全限月（全シリーズ）にて一斉に板合せを行う。その余の立会時間についてはザラバ取引（サーキットブレーカーの時を除く）。
注文の優先順位は、「価格優先・時間優先」。