ファン式（HEPAなどのフィルター式）.
においについては活性炭で吸着する方法をとる。活性炭ではなく二酸化チタンなどの光触媒による消臭を採用している機種もある。なかには、イオン式と同様な原理の電気集塵（多くはプラズマと呼ばれる）を併用しているものもある。放電部分で発生するプラズマ（低温プラズマ。実体は各種のラジカルである）を消臭やバクテリア・アレルゲンの分解に用いている機種もある。
ファン式は、イオン式に比べて本体サイズおよび消費電力が大きく、騒音の点でも不利である。フィルターが汚れると交換しなくてはならないため、ランニングコストもかかる（ただし、交換不要の集塵フィルターを採用したモデルも出始めてきた）。しかし、多くのものは風量のコントロールが可能であり、モーターにインバータ制御を採用した高級モデルにおいて風量を下げれば、消費電力と騒音はイオン式と同等かそれ以下である。
ほこりやにおいのセンサー、タイマー、リモコンなどを備えたものもある。マイコンを内蔵し、プログラムにしたがって各種の自動運転が可能なものも多い。
なお、家庭用清浄機で表示されている集塵効率などはフィルター単体の理論値・規格値であり、清浄機の性能を必ずしも表してはいない。クリーンルーム・クリーンブースなどに用いられる業務用や医療向けなど特殊用途のものは、清浄機を使用したときの実際の性能を表示しているものがある（実際のクリーンルームは部屋の設計に清浄機が組み込まれており、単体の清浄機を使うことはあまりない）。
電気集塵に対して機械集塵と呼ばれる。フィルター式、またはフィルター集塵式ともいわれる。前述のプラズマなどを含め、こうした呼び分けが消費者の混乱を招いている。
電気集塵式.
業務用（とくに工業用）向けとしては、電気集塵の空気清浄機（集塵機）が多く使われる。放電を利用するという点ではイオン式と同様だが、多くは電極の正負が逆であり、集塵装置の効率を高めるため電極の数も多く、粉塵を帯電させる部分と集塵する部分が分かれている多段式となっている。イオン式とは異なり、通常はファンを用いている。放電に伴ってプラズマが発生することから、家庭向けではプラズマ式と呼ばれることが多い。基本的に電極を洗って再生使用するため、ランニングコストは低い。