長崎は意を決し、菊池と佐野の救済を求めて校長の新渡戸稲造に相談した。新渡戸からは「私にまかせてもらいたい。適当の処置を講じようから」という返答を得たが、校長を退任することがすでに決まっていたため、後任の校長となった瀬戸虎記にも長崎は事情を説明し、「善処する」という約束を取り付けた。
菊池の決心の固さ.
だが、学校側に呼ばれた菊池は前言を翻すことなく、退学することとなった。菊池がもしもこの時に自分の無実を告白すれば、学校側は菊池を復学させると同時に、佐野の罪も不問にする手筈となっていたが、菊池はその意図を知らなかった。菊池はその後、長崎に「俺の犠牲を君は無にしたのだ」となじる書簡を何度か出し、佐野のことを憂慮しつつ、「佐野は自殺するであらう」とも書いた。
退学後.
成瀬家の援助と京大入学.
菊池の退学後、成瀬正一はすぐに父・成瀬正恭（当時十五銀行の総支配人）に相談した。菊池の退校理由は一切話さず、大学に行く学資が菊池にないから援助してほしいと頼み込んだ。成瀬の父は菊池と同じ香川県出身ということもあり、快く息子の頼みを聞き入れた。
菊池は高等学校卒業検定試験合格の際に東京帝国大学文科大学（現在の東京大学文学部）の進学を希望していたが、当時の文科大学長上田萬年の認めるところとならなかった。成瀬と石原が直接に上田学長に必死に懇願してもだめであった。上田萬年は佐野の保証人で、佐野が上田の印章でなくデタラメな印章を押印し下宿届などを一高に出していたことが発覚したこともあったため、上田は菊池を佐野の「悪友」と見なしていたようでもあった。
佐野の帝大中退.
この時期、佐野が再び盗みの罪を犯したことを知ったであろう菊池は、自分の犠牲的行為が無に帰したことをはっきりと自覚した。
ロマンチシストの菊池は幻滅的な現実を忘れるため、井原西鶴や歌舞伎、オスカー・ワイルド、谷崎潤一郎などの耽美的・享楽的芸術世界を心のよりどころとした。また、京都の芸術を復興させるため、その計画を『中外日報』で呼びかけるが、結局は頓挫し京都にも幻滅していった。やがて菊池は、ワイルドと平行し愛読していたバーナード・ショーの現実主義的思想に実感を伴って共感するようになり、生活信条やいくつかの文学作品にも反映されることになる。
菊池の京大卒業後.