舞台である海底の透明感を出すために、通常はポスターカラーで描かれる背景を海の透明感を出したいという手塚の希望で水彩画で描いているが制作に携わった清水義裕によると手塚の要請で漫画部のスタッフが駆り出され漫画制作の傍に背景を制作した為、仕事量の増加からスタッフからの不満の声が多かったとのこと。
エンディングクレジットは、「下から上に流れる」のではなく「上から下に流れていく」タイプとなっている。
漫画化.
YouTubeでモーションコミックによるプロモーション映像が公開された。
マリンエクスプレスの運転士をロックからマサト（『火の鳥未来編』の山之辺マサト）とし、ロックは別の役で出演するなど、配役の変更が行われている。
ストーリー.
日本へ向けロサンゼルスを発車した超特急に乗り込んだのは、日米の計画責任者と関係者たち。その中には列車に忍び込んだ殺人犯を追ってきた私立探偵、計画を成功させることに情熱をもった若い運転士、密かにマリンエクスプレスの破壊を計画する関係者、それに試運転を利用し武器の密輸を企む一団などがいた。
様々な思惑を乗せて走る列車は数々のアクシデントに遭遇し、やがては太古の世界のムー帝国とインベーダーとの争いにも巻き込まれて行く。
登場人物.
人物名の下に、その「役」を“演じている”手塚キャラ名を記載。
登場人物 (漫画版).
漫画版での設定の差異について記述する。
マリンエクスプレス.
日米が共同開発した太平洋海底横断鉄道。停車駅はロサンゼルス〜マルケサス島〜サモア島〜ポナペ島〜東京。海底にある軌道は、深海の水圧にも耐える透明なチューブで覆われている。
先頭が機関車で、発車直前に連結される。連結は進行方向前方からではなく、舞台の奈落のように機関車が軌道とともにせり上がる形で行われた。車両のデザインは深海魚を模したものとなっていて、特に先端と最後尾にその傾向が顕著である。先端部には走行中にゆっくりと上下運動するパーツがあり、まるで深海魚が口を開閉させているような動きを表している。
客車はコンパートメントに区切られたタイプと座席だけが並ぶタイプがあり、後者にはデータ計測用のダミー（人形）が乗っている。ラウンジや医務室もある。
沖縄県立浦添工業高等学校