構造は大きく分けてキャップ、首軸、胴軸、尻軸に分かれている。首軸、尻軸はねじが切られており、首軸を外してスポイトなどでインクを直接胴軸に入れる方式である。伝統的技術で作られた商品は、首と胴のねじ部分は、パッキンなどをいっさい使わずに、すりあわせだけでインク漏れを完全に防いでいる。尻軸を引き出すことができるため、オノトプランジャー式（吸入式の一種）と勘違いされ、ペン先をインクに浸して直接吸う仕組みと誤解されることが非常に多い。筆記の際には尻軸を緩めて内部の栓を緩め、インクがペン芯に行き渡るようにしてから筆記する。ただし、過去のものでペン芯や首軸構造が不完全なものは、尻軸を緩めるだけではインクが流れないことが多く、軸を振って使用する構造のものだというような解釈がなされていた。本来の完全な商品では、尻軸をゆるめ遮断弁を解放するだけで、持続して筆記できる。
胴軸全体がインクのタンクとなるため、他の方式と比べインク容量は群を抜いている。そのため、インクが少なくなったときは軸の中の空気が膨張・収縮してインクが漏れてきてしまうため、尻軸を閉めている時は、胴軸内のエボナイトの棒がペン芯へのインクの供給路を塞ぐ（この点が、「止」めるという名称の語源）仕組みになっている。インキ止式に類似しているがインクを止めるための部品がなくインクを遮断する機能のないものはアイドロッパー式と呼んで区別する。
現在では、ごくわずかのメーカーでしか作られていない方式である。蒔絵を施す万年筆として、エボナイト製のインキ止め式はもっとも高価なものであり、蒔絵を施したエボナイト製インキ止め式万年筆は日本国外で人気が高い。合成樹脂が一般的になってからは、製造されなくなった構造であるため、過去の品物の素材はエボナイトまたはセルロイドがほとんどである。
万年筆のインク.
インクの種類と組成.
染料インク.
一般に万年筆用のインクとしては染料系のインクが用いられており、発色に秀でるが、耐光性・耐水性に乏しい場合が多い。自分で調色可能な染料インクも販売されている。
没食子インク（古典インク）.