清正は特に石垣造りを得意とし、熊本城では、始め緩やかな勾配のものが上部に行くにしたがって垂直に近くなる「武者返し」と呼ばれる形状の石垣を多用している。熊本城で使用されている武者返しは慶長の役の際に朝鮮に築かれ、難攻不落と呼ばれた蔚山倭城（うるさんわじょう）に使用した築城技術を元にしたものである。上益城郡山都町にある通潤橋は、江戸時代末期にこの熊本城の武者返しの石垣をモデルに架けられた。江戸幕府の仮想敵であった薩摩藩に対する備えとして建造されているため、南側が非常に堅固（その分北側がかなり手薄）な構造になっている。この構造が西南戦争で薩摩軍の包囲戦をしのぐことができた要因の一つとなっている。熊本市役所前の石垣は、長さとしては日本最長である。
本丸御殿大広間.
なお本丸御殿は当初から藩主一族の居住・政務は想定されておらず、加藤清正は本丸御殿完成後坪井川を渡った城外東側に花畑屋敷（現、花畑町近辺）を造営しここで政務を執っている
天守.
櫓.
建物は、漆喰壁に柿渋塗りの下見板張りの黒い外観が特徴である。天守以外の櫓や門の屋根には反りが少なく破風には直線かむくりが付けられている。多重櫓はすべて望楼型である。
五階櫓.
三階櫓.
遺構.
また、外観復元されていた馬具櫓が木構造部分が老朽化したため、木造で改めて復元される。
重要文化財建造物.
城下町.
城下町は西南戦争における戦闘で焼失し、その跡には一般的な市街地が形成されたため、現在ではほとんど面影は残されていない。しかし、辛島町から熊本駅までの一帯には城下町の町割りのまま道路が敷かれているほか、呉服町、魚屋町、古大工町、紺屋町といったかつての職人町の地名が数多く残っている。
特記事項.
加藤氏にかかわる話.
江戸時代、熊本藩の歴史の大半を占めたのは細川氏であったが、西南戦争で天守が焼失する様を地元の人は「清正公（せいしょこ）さんの城が燃えている…」と悲しんだといい、西南戦争の際、官軍の守る熊本城を攻め落とすことができなかった西郷隆盛はこのように、熊本城には加藤氏・加藤清正にかかわる話がある。
焼失の原因.
熊本城公式サイトでは「時代遅れの天守閣を焼き、兵に籠城を覚悟させるため、司令長官の谷干城（たにたてき）が命じ、参謀の児玉源太郎（こだまげんたろう）が火を付けたという説が現在では有力」と記されている。