呉国楨とともにアメリカ受けがよい人材として陸軍総司令に登用された孫立人もパージされた。そもそも中華民国軍内部には蔣介石はともかく、軍歴も浅く実戦経験もない蔣経国が軍内の人事を壟断し、政治工作系統を掌握して軍をコントロールすることに対する反発があった。陳誠も蔣経国が指導する軍の政治工作系統に対する不満を隠さなかったが、軍内で最も強く反発したのが孫立人であった。文字通りソ連形式のコピーである国民政府軍の政治工作系統を、アメリカ受けがよい軍人である孫立人が受け入れるのは困難であった。
実際中華民国軍の政治工作系統は、アメリカの軍事顧問団ともしばしば摩擦を引き起こしていた。アメリカにとってみれば軍事援助対象の中華民国軍内に、ソ連制度のコピーである党が軍を統制する政治工作系統が存在していることを問題視するのは当然であった。しかし結局アメリカ側は蔣父子の強固な存続意志を曲げることができず、政治工作系統の存続を受け入れていく。
蔣経国にとって潜在的なライバルとなり得るのが弟の蔣緯国であった。蔣経国は自らが率いる政治工作系統を利用し、蔣緯国をも牽制して軍内での昇進を遅らせることに成功した。このように蔣経国は特務、軍内の政治工作系統を活用して政治的ライバルを排除、抑圧していった。しかし一方では呉国楨はアメリカに渡り、孫立人は軟禁され、陳誠・蔣緯国は抑圧を受けたものの、政敵を大規模に粛清するといった共産圏国家で発生したような事態は起こらなかった。これは蔣介石・蔣経国が党・政・軍を掌握しているという自信があったとともに、やはりアメリカの大規模な援助の下で大規模な粛清を行うのは無理であるという事情が大きかった。
父・蔣介石の後継者となる.
ストロングマン支配体制と台湾社会.
国共内戦の結果台湾にやって来た蔣介石を頂点とする中華民国政府は、中国の正統政権を主張し続けていた。しかしその支配地域は台湾がそのほとんどを占めており、しかも蔣介石とともに台湾に渡ってきた外省人は台湾内部では少数派であった。蔣介石らはあくまで台湾は仮住まいであり、いつの日にか中国大陸の支配権を共産党から取り戻し、大陸に戻っていくつもりであったから、台湾における支配体系は大陸へ復帰する日を見据えて蔣介石とともに大陸から渡ってきた人たち、いわゆる外省人中心に構成されることに疑問を持たなかった。