しかもプラハではアイヒマンはウィーンでの仕事ほど成果を上げられなかった。すでにほとんどの国でユダヤ人の受け入れを拒否するようになっていた上、ベルリンも保護領のユダヤ人追放よりライヒ (ドイツとオーストリア) 内のユダヤ人追放を優先したがっていた。しかしプラハ勤務時代はすぐに終わりを迎えた。
ゲシュタポ・ユダヤ人課課長.
併行してフランス降伏から独ソ戦開始までの間、アイヒマンは、フランスの植民地であったマダガスカル島へユダヤ人を移住させる計画（マダガスカル計画）の立案に熱心になっていた。しかし何百万人も送るために必要な船舶がドイツには無い上に、マダガスカルまでの海路がイギリスとアメリカに抑えられていることからこの計画をまともに取り合ってくれる上官はいなかった。独ソ戦の準備が始まる中、アインザッツグルッペンが組織されるなどユダヤ人は「最終解決」される方向で首脳部の意図が定まっていき、マダガスカル島移住計画は消えていった。
「ユダヤ人問題の最終解決」.
アイヒマンは後にイスラエル警察からの尋問に対して、これらの視察について「強いショックを受けたこと」や「正視できなかったこと」を強調している。アドルフ本人の証言によるとレンベルクの親衛隊司令官や直属の上官ハインリヒ・ミュラーに「あれでは若い兵士たちをサディストにするだけだ」と抗議を行ったという。
アイヒマンはソ連軍が迫るハンガリーから脱出し知己であったカルテンブルンナーの居るオーストリアへ戻ったが、彼はアイヒマンの任務がユダヤ人の根絶であることを知っていたため、連合国軍から責任を問われることを恐れアイヒマンとの面会を拒絶した。なお、アイヒマンは自身がユダヤ人虐殺の責任者であることを充分に認識していたことから、敗戦が現実味を帯びてくるにつれて写真に写ることを極度に嫌った。ある日写真を撮られたことに激怒し、カメラを破壊したことがあった。
逃亡.
第二次世界大戦終結後、アイヒマンは進駐してきたアメリカ軍によって拘束されたが、偽名を用いて正体を隠すことに成功すると、捕虜収容所から脱出した。なおアイヒマンは死んだと思われていた。
捜査.
拘束.