特に日本の第二次世界大戦後の金融行政において典型的にみられる。日本においては第二次世界大戦前の金融恐慌により弱小金融機関の破綻や淘汰が相次ぎ、取り付け騒ぎなどの社会不安を招いたことから、戦後の金融秩序を確立し、産業界が経済成長を遂げ、民生を安定させていくために必要な低利かつ安定的な資金を供給していくことが課題であった。
このため、金融行政を担ってきた大蔵省や金融政策を司る日本銀行は金融業界に対し、金融業界に対する金融安定化・産業保護政策という「護送船団方式」によって金融機関の倒産（破綻）を防ぎ、経営を安定させ、ひいては預金者の無用な不安を惹起しないよう、他産業に比較し多くの行政指導を行ってきた。例えば、長期信用銀行・外国為替専業銀行・中小企業金融などに典型的に見られる分野調整、店舗規制、新商品規制、一律の貸出・預金利率などを通じ、金融界の過当競争を防いできた。
さらには、不良債権の発生等により経営力が低下した金融機関に対しても、破綻（倒産）という措置を取らせず、他の金融機関との合併を強力に指導した。
功罪.
結果として、第二次世界大戦後から高度経済成長期、安定成長期に至るまで日本において金融機関の経営破綻は皆無であった。
。金融機関の経営陣にとっても、。弱者にとっては庇護を求めるうえで好都合であったほか、強者においても経営の自由度はかなり制約されるものの、他の参入を許さないことによって、結果的に外敵の参入を許さないなどのメリットもあった。
また、行政官庁においても金融機関に対して許認可権を盾に強力な指導力を発揮し、いわゆる天下り先の確保などのメリットがあった。一方、行政官庁の意向を過度に忖度するばかりか官民癒着を生み、金融機関の経営姿勢においても横並び体質がはびこり、顧客に目を向けた金融サービスが行いにくいなどの弊害も指摘された。
崩壊.
その他の業界.
日本では金融業界に限らず、様々な業界で行政官庁の強力な行政指導が存在した。これらも「護送船団方式」と表現されることがある。また、。
また、新聞業界では日本新聞協会が中心となって政治家に働きかけ新聞特殊指定の継続を実現させたり、新聞に対する消費税の軽減税率適用を実現させるなど、いわゆる「放送利権」の問題から記者クラブ制度まで報道機関には護送船団体質が未だ根強く残っていると言える。
自治体運営.