本作のプレイヤーキャラクターにはパーティーキャラクターと主に戦闘後に仲間にできる仲間モンスターが存在する。
仲間モンスターシステム.
いくつかの町などにはモンスターじいさんの家があり、仲間モンスターを預ける、パーティーに戻す、状態を見る、別れる（登録抹消）ことができる。また、仲間が増えてパーティーの人数を増やせない時は、パーティーのうち誰か一人をその場でモンスターじいさん、もしくはルイーダに送ることができる。
戦闘.
戦闘画面は以下の変更が行われた。
戦闘システムでは以下の変更が行われた。
設定.
舞台設定.
主人公たちの世界（以降人間界と呼ぶ）は、「天空への塔」や「セントベレス山」のある大陸が世界地図の中央にあり、その大陸を囲むように各大陸が位置する。「天空への塔」は世界地図上の座標で見ると前作とほぼ同位置であるが、世界の地形や世界にある町は前作と全く異なる。前作の世界がどのように、またどの程度の年月をかけ本作の世界となったかは作品内では語られていない。
フィールドマップは人間界のほか、幼年時代で往来する妖精の世界と、終盤で登場する暗黒の世界がある。
道具.
物語の進行上、特に重要な道具について解説する。
登場人物.
妖精世界の住人.
妖精の世界に暮らす妖精やエルフ、ドワーフである。人間界では子供にだけ妖精が見える。主人公も幼年時代には妖精が見えるが、青年時代は息子か娘が一緒でないと妖精が見えない。
その他の人物.
以下の人物は、ストーリーに関わりのある人物である（味方の魔物を含む）。
光の教団.
その他の魔物・敵.
以下は光の教団との関連がないか、作中で関連が示されていない敵キャラクターである。
開発.
ナンバリングシリーズではチュンソフトが開発した最後のソフトである。また同社社員でドラゴンクエストシリーズのプログラムを担当していた山名学も本作を最後にチュンソフトを退社し、次作から山名が設立したハートビートに開発を移行した。
キャラクターイラスト.
SFC版の開発当時、主人公たちのほか、町人のグラフィックが鳥山明により数点描き下ろされており、『週刊少年ジャンプ』（集英社）のゲーム紹介コーナー「ファミコン怪盗芸魔団」内で開発中の本作紹介記事にてゲーム本編には登場しなかったキャラクターのイラストが掲載された。