原作は半村良のSF小説『戦国自衛隊』であるが、題名通り舞台を関ヶ原の戦いにしている。ただし、内容は舞台を同じくする劇画『続・戦国自衛隊』やそのノベライズ版とはまったく別のオリジナルであり、歴史に干渉せず全員無事に現代に帰りたい伊庭と残り少ない命を戦乱の世で完全燃焼させたい嶋村の対立が軸足になっている。後編では、後半の戦闘シーンに映画『戦国自衛隊』から「戦国自衛隊のテーマ」が使われた。
長門裕之・津川雅彦兄弟が共演しているうえ、共演シーンはないが長門の妻・南田洋子も出演している。南田はその後に芸能活動を休止したため、彼女にとって本作品はテレビドラマの遺作となった。
ストーリー.
ある日の夜、流星雨が降り注ぐ空を見ていた少女、伊庭悠は月が赤く見えていた。不吉な予感がした悠は、仕事に行こうとする父親の伊庭明義を引きとめようとするが、本気にはしてくれなかった。しかし伊庭は、「パパは死なないぞ。」と、必ず帰ってくることを約束した。
数日後、富士山の麓にある東富士演習場では、陸上自衛隊東部方面隊第一師団による、実弾を使用した大規模な演習が行われていた。
突然雨や雪が降ったりという異常気象に見舞われながらも、全ての日程が無事に終わり、各部隊が帰路に着いていたさなか、天空から謎の光が降り注ぎ、伊庭とそのライバルである嶋村拓也が小隊長を務めるそれぞれの隊が、その中に飲み込まれてしまう。
気絶していた伊庭たちが目を覚ますと、そこは富士山がどこにも見えなく、近くに湖があるという、明らかに先ほどまでと周囲の状況が異なる場所にいることに気づく。
混乱する彼らの前に、仲間のヘリが空から現れ、状況を確認してみたが彼らも状況を理解しきれてはいなかった。
しかし、彼らからの情報で唯一分かったこと、それは目の前にある湖が琵琶湖であるということであった。
翌日、野営をとる伊庭たちの前に、多数の鎧武者を引き連れた男が現れた。
名乗った男の名前は、戦国武将として歴史に残る石田三成の重臣として名を馳せた、島左近と同じものであった。
島左近たちが帰ったあと、自分たちが戦国時代にタイムスリップしたことを自覚した伊庭は、歴史に干渉せず、帰るまでなんとか生き抜こうと全員に呼びかけるが、嶋村は自分たちの力を使って天下を取ろうと主張。
両者の意見は対立し、二人の間には溝ができてしまう。