海上保安庁は海上の安全および、治安の確保を図ることを任務とする国土交通省（旧運輸省）の機関（外局）である。一方、国外の艦艇に対応する任務は行政上別系統である防衛省の特別の機関である海上自衛隊が担当しており、船舶に対する任務を海上保安庁が担う。海上自衛隊は防衛大臣による海上警備行動の発令によって初めて洋上の警備行動が取れる。
高等商船学校生は卒業時に海軍予備少尉または海軍予備機関少尉に任官され、戦時中召集されると海防艦の艦長、特設艦艇の艦長・艇長、あるいはそれらの艦艇の機関長等として船団護衛、沿岸警備の第一線で活躍した。
終戦後、海上保安庁（高等商船学校出身者）と海上自衛隊（海軍兵学校出身者など）が組織される際には、人事の面において、候補者の出身校や経歴に影響が見られた。
なお、海上警備行動時には海上自衛隊が海上保安庁の任務を一時的に肩代りするものであるから、海上自衛隊も警察官職務執行法・海上保安庁法を準用して行動する。
海上保安庁が運用する固定翼機の操縦士は海上自衛隊の操縦士を養成する小月教育航空群に委託され、海上自衛隊の隊員に準じた教育を受ける。（回転翼機は海上保安学校で養成）
防衛大臣による指揮.
その他の大臣による指揮.
武力紛争法上の地位.
組織.
内部部局.
施設等機関.
地方支分部局.
管区海上保安本部.
他の地方機関の場合、機関の設置規定がありその管轄区域が定まるのが、通常である。海上保安庁の場合は、これらとは異なり、まず「全国及び沿岸水域を海上保安管区に分か」つことが先にあり、これに続いて「海上保安管区ごとに管区海上保安本部を置」くことが規定されている。そのため、法制上「海上保安管区の区域」というのが正式な言い方になる。各管区の区域は特記のない限り、当該都道府県の区域（陸地）、沿岸水域及びその沖合い水域を担当する。管区の番号は、基本的に小樽（北海道）から日本列島を右回りに付けられている。ただし当初は、第七管区が九州全域を管轄していたものを、南九州を分割して第十管区としたこと及び、沖縄復帰に伴い第十一管区を新設したためこの部分は番号が連続していない。
海上保安管区の名称は「第一海上保安管区」のように「海上保安管区」まで付したのが正式なものである（本部は「第一管区海上保安本部」）。
旗.