キノコの本体（実体）は、カビと共に菌類という生物群に含まれる。菌糸と呼ばれる管状の細胞列で、体外に分泌する酵素で有機物を分解吸収することで生長し、胞子を作り繁殖を繰り返す。
日本菌学会の『菌類の事典』では、子実体、あるいは担子器果がいわゆるキノコであり、有性生殖器官を作る菌糸組織構造物であり、菌などの分類群を指す名称ではないと説明される。
つまり厳密にキノコと言えばより大きい、傘状になるものを指す。しかし不正確だが、それを作る生物の種そのものを指す場合もあるということである。つまり、定義としては子実体はすべてキノコ、あるいはそれを作る生物はすべてキノコ、ということである。後者の場合、たとえば枯れ枝の表面などに張り付いていたり埋もれていたりする微小な点状のものもキノコと見なす。キノコである生物がカビに見えたり酵母状だということである。このような点状の子実体を持つものは和名も「カビ」とも呼称される例がある。
目に見える大きさになる子実体を持つ菌は、担子菌門 か子嚢菌門 に属するものが多い。しかし変形菌などの、かつて菌界に分類されていたが、現在は菌類以外に分類されている生物の子実体もキノコとして取り扱われる場合がある。栄養素の吸収の仕方から、動植物の遺骸を栄養源とする腐生性の木材腐朽菌、腐朽菌と植物の生きた根と共生が必要な菌根菌、昆虫類に寄生する冬虫夏草菌と分類される。キノコを含め菌類は生態系のサイクルの「分解」という重要な部分を担当している。キノコがあることで植物を構成するリグニン等は分解され、複雑構造のタンパク質は簡単な構造を持った物に変化し、再度植物の生長のために使われる。
子実体は胞子を散布するための器官であって、通常は「キノコ」の本体ではなく、その役割から言えばむしろ維管束植物でいう花に近い（ただし子実体と花が互いに相同な器官というわけではない）。いわゆるキノコの生物としての本体は基質中に広がっている菌糸体である。
生活環.
生育場所.