このように、広義の歴史的仮名遣にはこれも含むが、和語における歴史的仮名遣とは体系を別にするものであるから同列に論ずることはできない上に、そもそも字音仮名遣は表記された年代のほか、どの時代における音韻を基準とするかなどによって揺れが激しく、定見を得ないものも多い。そのような成り立ちから、歴史的仮名遣論者にも、「表語（表意）」を重視する立場から見て字音仮名遣を含めない者（時枝誠記・福田恆存・丸谷才一）と、含める者（三島由紀夫）がおり、字音仮名遣と歴史的仮名遣に対する立場は一様ではない。前者の主張は漢字自体が表語文字だからということであるが、その場合漢字制限を指してこれに反発した（後述）。
歴史.
前史.
江戸時代の契沖が仮名遣についての研究を世にあらわす前、仮名遣にはおよそ以下のような推移があった。
国語表記の始まった上代の借字（万葉仮名）では、上代特殊仮名遣が行われたが、平安時代初期に仮名が発達して借字が衰退し、同時に上代特殊仮名遣も衰退した。平安中期になると「天地の詞」にみられるような、えとや行えの区別が上代特殊仮名遣の衰退と共に薄れた。
こうした表記上の変化については、時代とともに日本語の音韻が以下のように変化し表記同化が生じたことによると推測されている。
定家仮名遣.
しかし、下官集の語例の一部は、上代のものとは異なる仮名遣を示した。この原因は、定家の調べた文献が、必ずしも充分古いものではなく、すでに音韻の変化により変則した表記を含んだためと考えられる。また、「を」と「お」の仮名の使い分けは、古い文献に依拠するものではなく、当時の語のアクセントに基づいた。
国学における研究.
仮名遣が音韻の変化する以前の古い文献に基づいて学問的に研究されるようになるのは、契沖の「契沖仮名遣」に始まる。これによって、定家仮名遣いに対して修正が必要であることが明らかになった。
江戸時代初期の元禄時代、僧契沖が『和字正濫抄』において、『万葉集』や『日本書紀』などの古い文献に基づいて、古い時代の仮名遣を明らかにした。契沖は「居（ゐ）る」と「入（い）る」などのように、「語義の書き分け」のためにあると結論づけた。