外務省退官からしばらくは、三男を白血病で失い、義理の妹・菊池節子（ロシア文学者・小沼文彦の妻）も亡くなるなど家族の不幸に見舞われるが、四男伸生が誕生するなど幸いもあった。
在日イスラエル大使館との交流後
死とその後
顕彰.
日本国政府の対応.
また千畝退職時に外務省筋から「杉原はユダヤ人に金をもらってやったのだから、金には困らないだろう」などという根拠のない噂が流された時も、新関はそれを打ち消すことをしなかった。歴史学者の杉原誠四郎は、「この人物は押し寄せるユダヤ難民を掻き分けるようにして領事館に入り、そして領事館に一泊した」のだから、「この噂が根も葉もないことであることを、新関欽哉はまっさきに証言しなければならない道義的立場にある」と批判している。
歳川隆雄は、日本の外務省内には血縁関係者が多く、入省時の語学研修にもとづく派閥が省内人事や外交政策にも影響があるとして、外務省人事の問題点を指摘している。高橋保の渡欧日記に、「杉原千畝氏の家に招かれ、食事を共にする。そこに鴻巣書記生、亀井トルコ商務官、田中書記生など来る。非常に面白いが、色々外務省の欠点、人事など例の如く話す」とあり、杉原手記に「万事勉強不足で有名な外務省」と述べられているように、千畝自身も実際の能力や業績よりも血縁関係や学閥が優先される外務省の人事システムに疑問を持っていた。外務省退職（解雇）後、かつての外務省の同僚たちが「杉原はユダヤ人に金をもらってやったのだから、金には困らないだろう」と噂していることを知ると、普段温厚な杉原は本気で怒り、以後、杉原は外務省関係者と絶縁した。
作家・学者による外務省批判.
堺屋太一、加藤寛、渡部昇一らの対談によって、千畝の依願退職に関しては、戦後日本の省庁機能を再建する際に、外務省関係者の間で「カウナス事件」における不服従が問題になり、終戦連絡中央事務局連絡官兼管理局二部一課から、千畝の解雇が進言されたのは事実だと主張された。
政治学者の小室直樹は、「これは人道的立場からのやむを得ざる訓命違反であって、失策ではない。杉原千畝元領事は、戦後直ちに外務省に呼び戻すべきであった。日本外務省は、日本の外交的立場をぐっと高めるに足る絶好のチャンスを、みすみすと失ったのである」と、日本政府が杉原を実質的に免職にしたことを批判している。
謝罪と反対意見.