しかし幕末になると開国問題を契機として朝廷の権威と雄藩の政治力が高まり、それと共に将軍の公儀としての力は失墜、公武合体や大政委任論で公儀の再定義を試みるが行き詰まる。
征夷大将軍に関する説とそれ以外の武家政権.
源平交代思想と源氏将軍.
源頼朝が東国の軍政（地方統治権）という意味に注目し征夷大将軍という官職を望んだという説以外にも、日本史上の武家政権は、平氏（桓武平氏）と源氏（清和源氏）が交代するという源平交代思想や、源氏であることが征夷大将軍に任ぜられる条件であるという源氏将軍説が存在した。しかし実際には、頼朝以降に限っても、摂家将軍や皇族将軍の例があり、清和源氏以外に藤原氏や皇族、後嵯峨源氏も就任しており、平氏を自称していた織田信長も天皇によって征夷大将軍に推任されたとされる（三職推任）など、征夷大将軍になれるのは源氏に限られている訳ではない。また征夷大将軍ならば源氏長者のような印象があるが、これは足利義満以降の事である。
豊臣秀吉.
豊臣秀吉は、戦国時代を統一して天下人となりながら、他の天下人である源頼朝や足利氏、徳川家康と違って征夷大将軍になる事はなかった。その為、実は秀吉も征夷大将軍の就任を目指していたが、出自の関係から結局なることができなかったとする説が、江戸時代の儒学者である林羅山著書の『豊臣秀吉譜』において、秀吉は将軍になるために前将軍の足利義昭の養子になろうとしたが失敗したとする逸話が書かれ広まった。しかしそれは徳川幕府称賛のための捏造という指摘もある。また、秀吉は摂家の人事紛争に乗じ近衛前久の猶子となることで、征夷大将軍の就任よりも困難である関白への就任を実現させている。公家以外の身分で関白に就任したのは豊臣秀吉が初であり、朝廷にとっては征夷大将軍就任よりも関白就任の方が遥かに抵抗感が強かったとされる。そもそも秀吉は朝廷から公卿就任時に、征夷大将軍の兼任を勧められていたと記載する史料もある。
なお、織田・豊臣期の征夷大将軍に関しては、当時の人々の間に征夷大将軍は足利家の家職と認識されており、源氏出身か否かとは別の意味で「将軍職は足利家以外にありえない」という概念が存在していたために、京都を追放されて実権を失った足利義昭が征夷大将軍として認められ続け、朝廷も積極的な解任を行わなかったとする見方もある。
南方熊楠