前作までとのシステム面での変更点は、前作の論功行賞は大幅に簡略化され、知行制はいったん姿を消し、内政や戦闘により増える勲功により身分が「足軽頭」「侍大将」「部将」「家老」「宿老」と上がり、それに応じて最大兵数や支給する俸禄が決まるようになった。また本作から大名家を滅ぼしても大名が勝手に自害することはなくなった。斬首するか逃がすかを選ぶことができ、逃がした場合は大名は浪人になる。また本作では他国情報は忍者などを使わなくても自由に閲覧できる。また前作では大名家の支配下にはあるが武将が一人も配置されていない城に攻め込んだ時は自動的に攻撃側の勝利となっていたが、本作では本丸までたどり着かないと落城させることはできなくなった（以降の作品でも無人の城に攻め込んだ場合に自動的に落城することはなくなっている）。
戦争面について.
一方向からの敵に備えるだけでよい奥羽・蝦夷や九州、特に大砲や鉄甲船が入手可能な九州の大名は有利であり、挟み撃ちされやすい畿内・中部の不利が前作までより拡大している。
しかし南部家、大友家、細川家、大内家などの特定の大名が、史実でもそこそこ力はあったものの、それ以上に勢力を拡大するケースが多かった。おおむね、好戦的な大名が強い傾向にあった。（北条家、武田家などはあまり戦争を起こさない当主が多いため、前述の大名家に圧倒されやすかった。島津家にも同様のことが当てはまるが、ゲームの仕様上背後に大名がない位置にあるため場合によっては勢力を伸ばすこともある。）
外交面について.
軍団制.
前作まででは一国一国を委任することができたが、本作では城ごとの委任はできなくなった。その代わり全国を統一するために大きくかかわるのが軍団による支配である。軍団を編成しない限り全国統一は難しく、軍団長人選がポイントになる。優秀であっても、松永久秀や武田信玄など、野望が高く、不義理に設定された武将は謀反を起こしやすい。しかし、「野望」が低いと行動力が回復せず運営に支障をきたす。勢力が拡大し城を多く支配する段階では軍団編成は不可欠で、配下軍団への指示が領国を大きく左右する。
教育システム.
一方「魅力」は交渉時、「野望」は教育など能力成長や軍団長任命時の行動力増加に影響があり、両方とも生涯上昇することはない。また、「義理」の低い武将は軍団長に任命した場合に内応や独立をする可能性が高い。