いつから日本で脚気が発生していたのかは、はっきりしていない。しかし、『日本書紀』や『続日本紀』に脚気と同じ症状の脚の病が記載されている。平安時代になると白米食が上層階級に広まり、天皇や公卿を中心に脚気が発生した。
江戸時代.
白米食の普及に呼応して米食偏重、副食軽視の風潮が生じた。
江戸時代（特に中期以降）の脚気治療においては、「飲食の禁戒を守らなければ薬効なし」というほど食養生が重視された。例えば、林一鳥や竹越元通は、素食、赤小豆食、麦の煮汁、減塩、水制限などを行った。やがて、「脚気には小豆めし、麦めし」が世間の常識となり、明治へ受け継がれていった。
明治時代.
近代西洋医学と脚気.
当初、欧米では、脚気は民度が低い東洋民族あるいは植民地原住民がかかる特殊風土病と見ていた。したがって、原因についても、環境の不良、衛生の不良、食品の不良など生活レベルが劣悪なためとの蔑視的な見方が強く、文明民族には無縁の病気と見ていた。
日本において、明治時代まで受け継がれてきた脚気医学は漢方医学であり、日本は長い伝統を持ち、世界に先行していた。これに対して、西洋医学に脚気知識が加わるのは、植民地を拡大していく十九世紀のことで、その知識の導入源は東洋であった。近代西洋医学は、脚気医学に関しては、はるかに漢方医学より遅れていた。しかし、日本は明治になると脚気に無知である西洋医学を本流として、漢方医学を廃止していった。
明治初期に来日した外人医学教師らは、脚気患者を前に困惑し、大方は古来の漢方脚気医書を参考にして勉強を始めるというのが実情だった。明治初期の脚気医学は、未熟さと錯誤と新旧が入り混じった玉石混交の様相であった。
明治期の主な脚気原因説.
多くの研究がされてきたにもかかわらず脚気の原因が分からなかった要因として次のことが挙げられる。
明治期の主な脚気原因説としては次の説が挙げられる。
伝染病説は、全国の医界で受け入れられて定説のように広がり、ありもしない脚気菌探しを招いた。また、海軍最初の医学教師として招かれ海軍軍医の育成にあたったイギリス人医師のウィリアム・アンダーソンも伝染病説を信じていた。
海軍.
海軍の兵食改革.