警察でも、現金奪取はカムフラージュで株価操作による利益が目的だった可能性を考えて、事件に関係した企業の空売り・買い戻しで目立った動きをした人物や団体は徹底的にチェックしていた。中でも当時ビデオセラーという会社を運営していた仕手グループは、最重要監視対象として目をつけられていたという。しかし、そもそも金が目当ての犯行でないならこの説にも疑問符が付く。
被差別部落説.
宮崎学説.
北朝鮮工作員グループ.
また、事件当時は、北朝鮮工作員による日本人拉致事件が数多く発生しており、これらの拉致事件を隠蔽しかつ、捜査をさせるために北朝鮮工作員グループが事件を起こした、とする説も浮上した。だが、この説も現在では根拠及び確証に乏しいことから否定的に捉えられている。
元暴力団組長グループ.
その他.
安倍昭恵は父が森永製菓の社長だったことから、本人にも警察の保護がついた。
なお、ハウス食品脅迫事件では、人質事件以外では極めて稀な報道協定が締結された。しかし、この協定には疑問の意見が噴出し、まず日本新聞協会に属さない新左翼系の『人民新聞』が報道し、続けて日本雑誌協会に属さない『噂の真相』の記事が決定打となって、『噂の真相』の発売日に事件未解決にもかかわらず、報道協定は解除された。この報道協定の件は、犯人グループも「報道の自由の自殺やないか」と批判している。
この事件により、グリコと森永の経営は大きな打撃を受けた。製品は一時撤去され、広告も半年にわたり自粛。森永は当時放送されていたテレビアニメ『キン肉マン』のスポンサーを降板した。一方のグリコも長年スポンサーを務めたラジオ番組『リクエスト合戦』を降板。それら以外の番組提供は降板しなかったもののCMを自粛した（森永は『夜のヒットスタジオ』など）。その後両社は特別CMを放送して広告再開を果たしたの後、友達にロゴタイプを変更した。
同時期にパラコート連続毒殺事件が発生したこともあり、食品業界全体が包装を不可逆なものにしていく流れとなった。
類似事件.
くさや
なお「くさや」の語源については、複数の説が存在する。例えば、新島における方言で魚全般を指して「ヨ」と言われており「臭い」＋「魚」＝「クサヨ」が転じて「クサヤ」になったと言われている。一方で、くさやは酷く臭いため「くさいや、くさいや」が転じて「クサヤ」になったとも言われている。
特徴.