新市町村の本庁の位置問題は、当該自治体間で中心地区が明確ではない場合、関係自治体の面子もあって、非常に問題となるケースがある。庁舎は自治体の中心としての意味を持つためである。秋田県にかほ市などのように、実際にこの問題で合併協議がこじれる場合もある。また滋賀県高島市のように新庁舎の位置を巡った結果、建設が予定されている場所とは別のところにある旧自治体の庁舎（旧新旭町役場）を暫定的に使用することになった自治体もある。
なお、平成期においては市町村合併が財政の健全化という文脈で語られる場合も多い上、住民も市町村役場建設などの出費には厳しい目を向けており、旧市町村の庁舎とは別に新自治体としての庁舎を新たな場所で新築しようとするケースは少なく、また市と町村で合併した自治体では合併前の財政力の違いなどから市役所と町村役場の本庁舎の規模に大きな差が生まれていることがしばしばあり、そのまま旧市役所の庁舎を本庁、旧町村役場の庁舎を分庁舎や行政センターとしている例が少なくない。前出の高島市の新庁舎も土地は取得できたものの、現時点では着工のめどは全く立っていない。さらに高島市は旧新旭町役場を拡張し市役所として永続的に使用する公約を掲げた市長が当選し、合併協定が反故にされるとの理由で旧マキノ町と新市役所が置かれるはずだった旧今津町の高島市からの分立を目指す住民運動が動きを見せ始めた。
議員定数及び任期の取扱い.
市町村議会議員の定数と任期の取扱いは議員にとっては身分にかかわる関心事である。しかし、地方自治法上は「合体（新設合併）における関係市町村」及び「編入（編入合併）における編入される市町村」においては市町村の法人格が消滅することから、該当する議会の議員は当然に失職することになる。
これらの特例を適用するかどうかは合併協議会の協議による。特例の内容は合体（新設合併）と編入（編入合併）で異なる。
財政問題.
関係市町村の財政問題も当該市町村の内部ではかなり問題視された場合がある。市町村の地方債・基金の残高状況を含む財政状況そのものは対住民にも公表され、また、横の比較可能な形で決算結果は公表されている。ところが、土地開発公社の財政状況、あるいは第三セクターへの慢性的な支出金・借入金など、市町村の普通会計に属さない領域での隠れ負債があるのではないかとの疑念が生じた。