学校の設置者、各地域の教育委員会によって年齢主義の度合いが異なるため、甚だしい場合は日本国内、同一都道府県内同士でも、転居をした際に転出校と転入校で学年が変わってしまう場合、さらには小学校・中学校の垣根を飛び越えてしまう場合もある。小学校から中学校への進学は勿論、学校内での進級も、本来は下学年の履修が条件であるが、この場合においてはそのルールが守られていない。
学校間の学力格差.
年齢主義を基準とした進級・卒業制度をとる以上、そういった学校の卒業生の学力は担保されていないことになる。このため、上級学校への進学を志願する卒業生の中には、本来の課程修了レベルの学力に達していないまま半ば強制的に卒業の形で放り出された者も多く、上級学校によっては、そういった生徒をも入学させることになる。日本の教育環境においては、学力による選抜試験を行って入学者を決定するのが通例であるため、入学難易度の低い学校には学力の低い生徒が集まりやすくなる傾向にある。日本では難易度の低い学校に学力の高い生徒があまり入学しない傾向にあるため（「偏差値輪切り」という）、その傾向はますます強まる。こうして、学校間の生徒の学力格差が広まり、固定化するようになる。
この傾向は、小学校、非大都市圏の中学校においては選抜制の学校が少ないためにあまり見られず、学校内における生徒間の学力格差は大きいが、大都市圏（特に東京）の中学校においては私立中学が多く中学受験が盛んであることから特に公私間の学校格差が拡大している。また、近年は公立中高一貫校の増加に伴い、多くの地域で限定的ながら同様な状況が生まれつつある。
高校においては、ほとんどの学校が選抜制を採用しているため、一時期はかなり強固に学力によって進学する高校が振り分けられており、学校間格差が非常に大きかった。近年はそういった進学指導は緩和しているが、依然として入学試験の偏差値によるランク付けはなされており、「難関校」「底辺校」といった固定的なイメージは残存している。
統合教育との齟齬.
統合教育の考え方においては、障害を持つ児童生徒であっても特別支援学校から普通学校の特別支援学級へ、特別支援学級から普通学級へと統合するのがベターであるとされる。そして実際に、授業を受けるのに大きな支障がある障害児でも普通学級で他の児童生徒と共に教育を受ける例が多くなってきている。