明恵は法然の唱えた「専修念仏」の思想を痛烈に批判し、華厳宗の復興に努めた。「専修念仏」とは、仏法が衰えた「末法」の時代には、人は菩提心（さとり）によって救われることはなく、念仏以外の方法で極楽往生することはできないという主張であり、これは菩提心や戒律を重視する明恵の思想とは相反するものであった。ただし、明恵はこうした批判をしたにもかかわらず、法然その人とは終生交誼を絶やすことはなかった。
また明恵は、鎌倉時代初期に臨済宗の開祖栄西から茶の種を貰い、当寺の境内に植えたという伝承がある。この地で栽培された茶は、栄西が南宋へ留学した際にそこで種子を得て、帰国後に明恵の求めに応じて贈ったものと伝える。明恵はこれを初めは栂尾山の深瀬に植え、明恵が没した後も栂尾において栽培が続けられた。また宇治の民の願いによって明恵が宇治に種を撒き、宇治その他の土地に広まったとも伝える。
なお、この栂尾産の茶は鎌倉時代後期にはその味わいの良さが評判となり、金沢貞顕ら東国の武士たちまで争って求めるほどの高評価を得た。このため室町時代初中期に盛んに行われた闘茶においては、「我が朝の茶の窟宅は、栂尾をもて本となすなり」（『異制庭訓往来』）として栂尾産の茶を「本茶」と呼び、その他の地で産出したものを「非茶」と呼んだ。
高山寺は中世以降、たびたびの戦乱や火災で焼失し、鎌倉時代の建物は石水院を残すのみとなっている。
境内.
文化財.
数多くの文化財を所蔵するが、建造物を除く指定文化財の大部分は東京および京都の国立博物館に寄託されている。
重要文化財.
以下は高山寺所有の重要文化財の一覧である（上に略説したものも重出している）。
建造物
以上いずれも鎌倉時代のもの。このほか未指定だが鎌倉期の優れた石造美術品として、「石水院」銘笠塔婆、明恵上人五輪塔（霊屋内安置）がある。
絵画
彫刻
工芸品
書跡典籍
拝観.
雀頭
スペイン語アルファベット
スペイン語の表記法の大きな特徴は、?と!で終わる文の最初に¿(逆疑問符)と¡(逆感嘆符)が使われることである。
フランシス・ゴルトン
生い立ち.
アフリカ大陸の冒険.
「暗黒大陸」とも呼ばれていたアフリカ大陸横断をヨーロッパ人の初期に当たる。
世界各地を旅し、アフリカの探検記を著した。探検の成果は、英国とフランスの地理学会から表彰された。