単身で病院へ乗り込んだアヤは、不思議な少女の幻を見る。アヤは昔この病院に来たことがあり、幻の少女はアヤの姉「マヤ」で、母親と共に事故で死んだはずだった。マヤと母親のマリコは交通事故でこの病院へ来ていたという記録があり、そして両名ともに死亡していた。病院にはメリッサの記録もあり、彼女は臓器移植手術を受け成功したが、その後は投薬治療を行っていた。アヤは、「メリッサの入院日」と「マヤが運び込まれた日」が同じだったことに気付く。
イヴは人工精子を手に入れ、病院の屋上にいた。イヴは「アヤが自分と同様に進化している」と言い、仲間になるよう説得する。アヤは自分は人間であり、罪のない人々を殺して異形の姿に変えたりするイヴに反発する。イヴはアヤと理解しあえぬことを嘆いて、姿を消す。
そこにダニエルが現れ、「病院の医者が移植患者のリストをクランプに横流ししていたこと」「深夜の博物館にメリッサが訪れていた」という情報が判明したという。イヴとクランプ博士の繋がりが立証され、アヤ達はクランプ博士とイヴの行方を探す。
クランプ博士は、イヴを使って「完全なるミトコンドリア生物」を作り出そうとしたのだ。捕らえられたクランプ博士によると、「ミトコンドリアには父系と母系があり、日本では父系が反発したため失敗したこと」「そのため、父系を排除した人工精子を研究したこと」「イヴはメリッサの体をかり、既に妊娠中であること」を語り、人体発火によって亡くなる。
博物館を出たアヤは、ダニエルから調査結果を伝えられる。メリッサが服用していた薬は「免疫抑制剤」で、メリッサは幼い頃、アヤの姉のマヤの腎臓を移植されていた。事故にあったマヤと母親はドナー登録をしていたため、腎不全だったメリッサへ移植することになったのだ。その移植手術に立ち会ったのが、クランプ博士だった。つまりイヴのオリジナルは、元々マヤに寄生していたのだ。
自由の女神前にいた巨大なゲル状の物体は、妊婦となったイヴを外敵から守るように包み込んでおり、その物体に近づくだけで発火させられるため、軍隊では攻撃することすらできない。そのため唯一発火しないアヤは軍の空母へ招へいされ、自動運転のヘリに単独で乗り、時限爆弾をゲル状の物体へ撃ち込む……という作戦を実行するよう命じられる。