また、この鴨川本流とは別に、京都市右京区の芹生峠を源とする一級河川貴船川と、京都市左京区の花脊峠を源とする一級河川鞍馬川がある。両者は貴船口で合流し一級河川鞍馬川となり、山幸橋付近で鴨川と合流し大きな流れとなる。なお、貴船神社社伝においては玉依姫命が淀川・鴨川の源流を遡上した際にたどりついたのが貴船の地とされる。
鴨川は一級河川鞍馬川と合流後、北区上賀茂で京都盆地に出る。上賀茂神社（賀茂別雷神社）、下鴨神社（賀茂御祖神社）脇を南南東に流れ、賀茂大橋（加茂大橋）手前で一級河川高野川と合流する。そこから京都市内を真南に流れ、四条大橋上流で一級河川白川と合流したのち南西へ流れ、五条大橋から再度南下、九条高架橋を越えた後に南西へと流れを変え伏見区下鳥羽で一級河川西高瀬川と合流、そのまま桂川に注ぐ。また、中京区で西に高瀬川を分け、以南で並行して九条付近で再度合流する。
表記.
平安京の東部を流れることから、古くは東河あるいは朱雀川とも呼ばれた。また左岸四条下流側にある花街「宮川町」の名の由来は鴨川を宮川と呼んだためとする。
歴史.
古代の鴨川上流域は賀茂県主氏の本拠地であった。上賀茂神社、下鴨神社はその氏神を祀る。
平安京においては都の東限となる。なお、鴨川が平安京の東限とされた理由として、作庭記を根拠に、風水の四神相応、つまり四神の玄武（山）・青龍（川）・白虎（道）・朱雀（沢）の東の神「青龍」に擬したためだとする説がある。しかし、そうしたことは史書では確認できず、作庭記も平安京の地勢については言及していないことから、四神相応の思想が造都工事に影響を与えたという史学的根拠はなく、後世における推論が通説化したものと考えられる。
中世には四条から五条の河原が歓楽地となり、多くの芸人が集まるようになった。その中の一人に出雲阿国がいる。現在も四条大橋東側に年末恒例の顔見世で有名な南座が建っているが、これは四条河原が芸能の地であった名残であり、また祇園町、先斗町、宮川町などの有数の花街が拡がるのもその名残である。
フランス橋をめぐる景観論争.
条例による規制.
治水.
古来鴨川は氾濫を繰り返す暴れ川として知られていた。これは大都市を流れる河川としては勾配が急であることに加え、平安京造営時に北山の木が伐採されたこと、市街地の東への拡大にともない河原が市街地化したことなどが原因である。