理辺良保行は、アメリカ人より日本人は自我が弱いため、自分のタイプが分かりにくいかもしれず、また、一定以上に自我構造が弱い人、自我の成熟度が低い人が利用するのは不適切であり、ファシリテーターがカルトのように精神的に弱い人を取り込んだり、自分の自我を生徒に押し付けてつぶしてしまわないよう、その指導が問われると述べている。ヘレン・パーマーは「エニアグラムの問題は、それが優れていること」であり、うまく使えばよく知らない人の性格も言い当てられるため、悪用し霊能者を装った人がいたと語っている。
ラス・ハドソンは、エニアグラムは「われわれがよりいっそう『いまここ』に在り、体験していることや本来の自分を、より深い次元において認識する手助けをしてくれる手段」であるとみなしており、この種の深い志向性を欠いていると、エニアグラムを学ぶこと自体が目的化し、自己防衛のため、自分や他者をコントロールするため、白己愛を満たすため、偏った自我を存続させるために、「自我」が学んだ情報を都合よく利用するといったことが起こりかねないと語っている。エニアグラムの学び始めた最初は、おもちゃで遊ぶように学ぶことに夢中になってしまいがちなので、こうしたことはある程度は避けられないという。
吉福伸逸は、本人が自分で自分の有様を見つけなければ意味がなく、その確認作業の役には立つだろうが、タイポロジーに囚われると取り込まれてしまうと、難しさを指摘している。
内容や解釈が不統一.
エニアグラムは統一された定義や理論がなく、各派、各人が自由に理論を解釈し、作り、教えており、内容が一定しない。ランカスター大学心理学部教授のアンソニー・エドワーズは「学派によって違った用語が使われていたり、エニアグラムそのものの解釈さえ違っていたりすれば、これからエニアグラムを学ぼうとする初心者は、何がなんだかわからないだろうし、著者の書評をすべての学派の論点から書ける評論家がいないといった問題も生じてくる」と指摘している。
同じ人物の書籍でも理論の内容は変化している。ヘレン・パーマーもドン・リチャード・リソも、彼ら自身を含め、改善を続ける限り全ての分析家の理論が変化し続けることを認めており、リソは著作で「本書はエニアグラムに関しても性格のタイプに関しても最終決定版ではないし、またそうなることはあり得ない」と書いている。
科学的視点.