源頼清からとする説では、村上天皇の第四皇子為平親王が村上姓を賜り、その子源憲定（村上憲定）の娘婿に源頼清がなったことが由来とされる。ただし、この説は十分な確証を得られていない。
信濃村上氏 (満快流).
源満快の曾孫で信濃国司（守）に叙任された源為公の子、源為邦（村上為邦、村上源判官代を号す）は頼清流村上氏からの養子であり、夏目氏などの祖となった。
平安時代.
保元・平治の乱.
なお、為国は叔父の村上盛清の養子となっているが、顕清の後を継いだ兄の宗清も「村上蔵人」を称している（『尊卑分脈』）ことから、。為国の弟・盛国は八条院判官代となり筑摩郡波多郷に拠って「波多判官代」を号した。
この時期の系譜
治承・寿永の乱.
鎌倉時代.
鎌倉時代の村上氏の立場.
その間、村上氏は下記のように家督を相続していった。
鎌倉幕府倒幕と村上氏.
建武の新政と村上氏.
南北朝時代.
南北朝争乱と村上氏.
惣領家である信濃村上氏は次第に北朝方に近い位置に移動していったが、村上氏がすべて北朝方であったわけではなかった。前述の村上義光、義隆父子の系統である村上義光の子で義隆の弟、もしくは義隆の子とされる村上義武、その子、村上義弘は南朝方について活動していた。。
伊予国を中心に瀬戸内海に活動した村上氏は、源仲宗の時代に、伊予守になった伯父、源頼義に従って伊予に下向した時期があり、後に、前述の白河上皇呪詛の事件があり、どちらも瀬戸内海に面している周防、讃岐に流され。。。
室町時代.
幕府との対立.
村上信貞の後は、その子村上師国、そして師国の子村上満信と系譜がつながり、師国・満信父子は、村上氏の勢力と権益を認めず守護職に補任しない室町幕府に対して不信感を持ち、幕府が補任した守護を排斥する動きを見せた。加えて室町幕府は村上氏の持つ「信州惣大将」の地位を軽視し続けたために、村上氏は反守護的な国人衆の代表格として認識されるようになる。
師国の子・村上満信の代にも、信濃守護に補任された小笠原長秀が率いる守護軍と村上満信を始めとする国人勢力（大文字一揆）が篠ノ井で激突し、小笠原勢は撃滅され長秀は京都に逃亡し、守護を罷免されている（大塔合戦）。その後、幕府は代官として細川慈忠を派遣し、満信ら国人勢力の反乱は鎮圧されたが、村上氏は国人の盟主として一定の役割を果した。
村上氏の衰退？.
村上頼清と関東の戦乱.