小胞体から送られてきたタンパク質を含む小胞は、ゴルジ装置で修飾された後、細胞からの分泌や細胞の他の部分への輸送のための準備がなされる。酵素で覆われたゴルジ装置内の空間を通過する過程で、タンパク質には様々なことが起こる。糖タンパク質の炭水化物部分の修飾と合成は、タンパク質の加工に共通の過程である。ゴルジ装置は単糖を除去して置換し、さまざまな種類のオリゴ糖を作り出す。タンパク質の修飾に加え、ゴルジ装置自身も高分子の製造を行う。植物細胞では、ゴルジ装置は植物の構造に必要なペクチンや他の多糖を産生する。
修飾過程が完了すると、ゴルジ装置はそれらを選別し、細胞の様々な部分へ送り出す。分子を同定するためのラベルやタグがゴルジ装置の酵素によって付加されており、選別過程を助けている。全ての準備が整うと、ゴルジ装置はトランス面からの小胞の出芽によって輸送を行う。
液胞.
液胞は、細胞内に存在する膜結合性の袋構造で、小胞よりも大きく、その機能は多岐にわたる。液胞の働きは、植物と動物では異なる。
小胞.
小胞は、異なる構成要素の間の分子輸送を行う、膜で閉じた小さな輸送単位である。ほとんどの小胞は、小胞体で組み立てられた膜をゴルジ装置へ輸送し、その後ゴルジ装置から様々な場所へ輸送を行う。
小胞には、タンパク質構成が異なる様々なタイプが存在する。そのほとんどは膜の特定の領域で形成される。小胞が膜から出芽する時、その細胞質側表面には特定のタンパク質が含まれている。小胞が向かう膜にはそれぞれ細胞質側表面にマーカーが存在しており、膜へ向かう小胞表面のタンパク質と対応する。小胞が対応する膜を見つけると、小胞は膜と融合する。
リソソーム.
細胞膜.