発生地や時期の定説はなく、後述するさまざまな説が唱えられている。日本列島においては縄文時代から粉食文化が存在し、弥生時代以降には穀物の粒食が一般化する。弥生時代以降の考古遺跡においては製粉具の出土が減少し、鎌倉時代以降になって再び粉食習慣が復活し、石臼などの製粉具も出土している。山梨県内では南アルプス市の二本柳遺跡から戦国時代の石臼が出土しており、考古学的には中世後期段階で「ほうとう」の起源にあたる麺類が食べられていたと考えられている。
山梨県（甲斐国）では、近世に養蚕の普及による桑畑化で田地が集約され、裏作での麦の栽培が一般的となったことから、おねりやおやきなど粉食料理の体系が発達した。ほうとうはその中でも各種野菜や汁で増量されるために小麦の使用量が少なく経済的であり、また味もよいことから広まったといわれる。
また山梨県東部の郡内地方では、山間部であるため寒冷な気候で平坦地に乏しく、富士北麓では富士山の伏流水の季節変動が激しく、水利に乏しい溶岩台地が広がっているため、全般的に米の栽培が困難であった。一方、麦は富士北麓では流水を用いた「水掛麦」（水を畑の畝間に流すことで冬季の凍結を防ぐ栽培方法）による栽培が行われており、吉田うどん・おつけ団子（大月）などの粉食料理が根付いた。
語源.
「」語源説.
現在広く知られる説として、「ほうとう」の名は「」の音便したものであるとされる。この説の詳細は以下の通り。
これら二説についての見解.
その他の説.
同音の「宝刀」や「放蕩」などを語源とする説も存在する。「宝刀」については「信玄が自らの刀で具材を刻んだ」といった武田信玄に由来するとする俗説が広く流布している。これは戦後、山梨県において歴史的資源を活かした観光業が主要産業化する過程で形成された現代民俗であり（『山梨県史民俗編』）、言語学的見地からは否定されている。「放蕩」については「空いた手間と時間で放蕩することができるために、ほうとうという名称になった」とされるが、出処不明であり根拠は全くない。
ほうとうと山梨県.