同じ名前の店舗であっても全てがフランチャイズ店舗とは限らない。実績を積んで成功した直営店を模範にフランチャイズ展開するのが基本であるため、外見上は区別の付かない同名の直営店とフランチャイズ店も存在する。ただし、フランチャイズ展開を行うとFC店舗数が急激に拡大、直営店に比べてその比率は圧倒的にFC店が高くなる。
廃業率の水準については、フランチャイズ加盟店の廃業率が非加盟店の廃業率を上回っていることが明らかとなっており、テリトリー権が付与された場合や加盟金が多額な場合に廃業率が低いという結果が出ている。
直営店とフランチャイズ.
フランチャイズ経営法人の有無による違い.
フランチャイズ店舗は本社が直接経営しているわけではないので、必然とフランチャイズ経営法人によって経営するか、オーナーの個人経営扱いとすることになる。
経営法人によって経営する場合は、経営法人をフランチャイザーよりも身近なサポート役として頼ることができる場合や、経営法人が加盟している社会保険に従業員が加盟することができる場合がある。代わりに、フランチャイザーだけでなく経営法人からもロイヤルティーを徴収されるデメリットがある。
サービス品質.
本部側にとってリスクの高い直営店では厳しい経営管理が要求され、本部にとってリスクの少ないFC店舗はオーナーによる経営管理まかせになることが多いので、直営店とFC店では消費者へのサービスの差が大きい傾向がある。その一方で、数年間にわたる店舗勤務の後にのれん分けのような形でフランチャイジーとなることができる壱番屋や、フランチャイジーの希望者に何度も面接を行い他のオーナーの訪問も行った上でレポートを求めるモスバーガーなど、本部との意識共有を重視するフランチャイザーも存在している。
利点.
FC店舗は、フランチャイザーにとっては低コストでの事業拡大を可能とする。すでに土地や店舗物件を有する（あるいは供出する）形で加盟店が参入するため、取得にかかる時間や費用を大幅に短縮できる。そのため、新事業を急速に拡大し、ブランドを確立するための方法として、様々な業種で採用されている。フランチャイズ展開後の収入においても、安定的なロイヤルティーが見込めるという利点を持つ。