律令制下においては、天皇陵をはじめとする陵墓は国家によって管理されることになっており、大宝令・養老令では担当部署として治部省下に諸陵司が置かれている。その後、天平年間には諸陵司が拡充され、諸陵寮となった。平安時代前期に編纂された『延喜式』には諸陵寮管理下の陵墓の一覧表が記載されているが、このころの墓には外戚（皇妃の実家：藤原氏など）の墓も含まれている。管理の具体的内容としては、陵戸・墓戸の設置がある。醍醐天皇陵の管理が醍醐寺に委ねられて以後、寺院内に造営された陵墓の管理は所領を与える条件で各寺院に任されることになり、陵墓管理が国家の手から離れていく要因となった。平安後期には、推古天皇陵・成務天皇陵・聖武天皇陵の盗掘事件が発生し、勅使発遣・犯人追捕・毀損箇所の修理等の対応がとられ、犯人の配流・宝物の奉還が行われた。
中世以後、天皇家の力が衰えると荒れ放題となる陵墓もあり、周濠が溜池として用いられる例や、中には伝安閑陵古墳（高屋城）のように戦国大名の城として改造されたものまであった。幕末の「文久の修陵」の際には陵墓や周濠が私有地化して中には耕作されている事例もあり、最終的には修陵時に強制的に買い上げられることになるが、そこに至る前に耕作している農民やそこから年貢を得ていた藩や旗本との複雑な交渉を行う必要があった。
陵墓が今日のように整備され、管理が強化されるようになったのは明治以後のことである。明治以後も陵墓を原因とした現地住民との軋轢を抑えるために、陵墓や周濠に影響を与えない範囲での灌漑用水としての利用や陵墓の清掃を名目とした枯枝や芝草の刈取りを限定的に認める事例もあった。
が管理を行っている。
祭祀.
築造された当時の古墳でどのような祭祀が行われていたかについては、諸説あるが定説をみるに至っていない。
『日本書紀』天武天皇即位前紀には、壬申の乱に際して大海人皇子（後の天武天皇）が高市社の事代主神と身狭社の生霊神の神託を受けて神武天皇陵に馬と武器を奉って戦勝祈願を行った記事がみえる。
平安期以降、仏寺に営まれた陵墓においては僧侶による仏教祭祀が行われた。現在宮内庁が管理する陵墓には、門跡寺院の墓地内に営まれた江戸期の皇族墓も多いが、これらも同様である。
修陵.