十分な時間が経てば、処理水はボトルから直接飲むことも、清潔なコップに注いで飲むこともできるようになる。ボトルで保存すれば、再汚染のリスクは最小限に抑えられる。他の容器に詰め替えたり保管したりすると、汚染のリスクが高まるので注意が必要である。
太陽水殺菌ではPETボトルと他のボトル素材との混同を避けるため、太陽水殺菌の使用に関する現地での教育が特に重要とされている。既存の衛生習慣と下痢の発生率を適切に評価せずに（あるいは誤った評価で）太陽水殺菌を使用すると、他の水以外の感染経路に対処できない可能性が出てくる。そのため、指導員がまずは自ら適切な使用方法を学ぶ必要がある。
用途.
太陽水殺菌は、燃料や調理器具が入手できない、あるいは水を法外に高価な金額で買う必要がある際に効果的な方法である。燃料が利用できる場合でも、太陽水殺菌はより経済的で環境に優しい選択肢である。太陽水殺菌の使用は、十分な量のボトルが入手できない場合や、水の濁度が高い場合には制限される。実際、水の濁度が高い場合（濁り過ぎている場合）、太陽水殺菌の方法だけで殺菌することはできない。
理論的には、この方法は災害救援や難民キャンプで使用できるが、これらの場所で利用可能なボトルを供給するのは、塩素、臭素、ヨウ素などの消毒用錠剤を提供するよりも難しい事が多い。また、状況によって必要な時間、水を日向に放置することが難しい場合もある。
家庭用水処理と安全な貯蔵のための他の方法（例えば、塩素消毒）など異なるろ過方法又は消毒方法が存在する。適切な方法の選択は、効果、汚染の種類（濁度、化学汚染物質）、処理コスト、労力と利便性などの基準に基づいて行われるべきである。
水の濁度が高い場合、太陽水殺菌を単独で行うことはできない。太陽水殺菌の前に処理する水を透明にするために、ろ過または凝集の追加工程を経なければならない。最近の研究では、食塩（NaCl）が、土壌の種類によっては濁度を低下させる効果的な凝集剤であることが示されている。これにより、太陽水殺菌を行える地域が増える可能性がある。