模造品に関する問題.
Amazonは、偽造品に対して知的財産権所有者の申告などにより対応するとしている。知的財産権所有者がマーケットプレイスで販売された模倣品に関して刑事告訴や民事訴訟をした事例もある。なお、マーケットプレイス参加規約によると、Amazonは自由裁量に基づきインターナショナルサイトを含めて出品者との規約に基づく契約関係や出品を終了させることができるとしている。
海賊版の横行により撤退し自社のECサイトへ切り替える企業もある。
カスタマーレビューに関する問題.
発売前の商品へのレビュー.
中立性の問題、中傷レビュー.
Amazonには中傷や虚偽のレビューも存在している。実際に虚偽のレビューにより販売停止に追い込まれたり、中傷のレビューを書かれた側がAmazonに投稿者の発信者情報開示を求めて訴訟し、投稿者の発信者情報開示を命じる判決が確定したケースが存在する。
五つ星への誘いの問題.
ほしい物リストとプライバシーの問題.
Amazonのプライバシーに関する懸念は米国でも以前から指摘されていたが（他国向けのサイトでの「ほしい物リスト」の初期設定は「非公開」となっており、大きい問題にはなっていない）、日本向けサイトでも「ほしい物リスト」の問題で批判が起きた。
「ほしい物リスト」のページでは、名前かメールアドレスを入力すると「ほしい物リスト」の客の検索が可能となっている。この検索機能でメールアドレスを検索すると簡単にその客の本名が分かってしまう（本名で登録していた場合）という仕様であるため、メールアドレスを公開している大手のサイトオーナーや有名ブロガーのアカウント名があちこちで書き込まれるというトラブルが発生した（なお、公開されたアカウント名が本名であるということを否定している事例もあり、必ずしも発覚したアカウント名とメールアドレスの持ち主の本名が同じであるとは断定できない）。
また、「ほしい物リスト」をしおりのようなものとして利用し、外部に本名などの個人情報が公開されていることを知らない客も多い。「ほしいものリスト」に、公開したくない趣味や嗜好、抱える健康問題、政治思想、宗教思想などが反映されている場合には、その客の生活に問題が起こる可能性がある。