細菌性髄膜炎の原因として多い肺炎球菌と髄膜炎菌は鼻咽腔上皮細胞に付着しコロニーを形成する。そこから血管内に侵入し脳室内脈絡叢に到達する。脈絡叢上皮細胞に直接感染し脳脊髄液中に入ることができる。脳脊髄液中では免疫防御機構が機能しないため細菌は急速に増殖する。細菌性髄膜炎の発症機序において重要なのは浸潤した細菌が誘発する炎症反応である。細菌性髄膜炎の神経症状や合併症の多くは、細菌による組織の直接的な破壊よりもむしろ、浸潤した細菌に対する免疫応答によって引き起こされている。結果として、抗生物質療法により脳脊髄液が無菌化された後になっても神経の損傷は進行しうる。
急性ウイルス性髄膜炎.
鑑別診断では細菌性髄膜炎やその他の感染性髄膜炎（マイコプラズマやリステリア、リケッチアなど）、髄膜近傍の感染症または部分的に治療された細菌性髄膜炎、培養が陰性となりうる非ウイルス性髄膜炎（真菌性、寄生虫性、梅毒など）、癌性髄膜炎、非感染性炎症性疾患（サルコイドーシス、ベーチェット病、ブドウ膜炎症候群など）による二次的髄膜炎である。特に髄液検査で多核白血球優位の細胞数増加が認められた時は細菌性髄膜炎や髄膜近傍の感染症を考慮するべきである。
成人ではウイルス性髄膜炎の予後は極めて良好であり完全に回復することが多い。まれに数週から数ヶ月にわたる持続的な頭痛、軽度の精神機能障害、協調不能、全身性無力症をうったえる患者がいる。
ウイルス性脳炎.
ウイルス性髄膜炎では感染過程や炎症反応が髄膜にほぼ限局しているのに対してウイルス性脳炎では脳実質も障害される。脳炎患者の多くは髄膜炎症状を伴い（髄膜脳炎）、一部の患者では脊髄や脊髄神経根も障害される。この場合は脳脊髄炎あるいは脳脊髄神経根炎という。
ウイルス性脳炎患者は髄膜炎の特徴である髄膜刺激による急性の熱性症状に加えて、錯乱、異常行動、意識レベルの変化、局所性またはびまん性の神経学的徴候および症状を呈することが多い。意識障害の程度は多様であり、軽度の嗜眠から深昏睡までみられる。脳炎患者には幻覚、興奮、人格変化、行動異常がみられ、時には明らかな精神病状態を示すこともある。
治療はアシクロビルなど特異的な抗ウイルス薬を用いる。経口の効果は補助的な治療としても評価されていない。後遺症や予後は原因ウイルスによって大きく異なる。
亜急性髄膜炎.