ただし、これらはいずれも伝承として伝えられているものである。
これらの史料から、初期の木曾氏は藤原氏を称していたこと、「家」を通字としていたことが判明している。反面、義仲や源氏との繋がりを示すものは見つかっていない。また藤原姓として残る「家信」と「家友」は木曽氏の系譜には載っておらず、どのような位置付けにあったかは、いまだ判明していないが、領内の有力社寺の棟札に名のある点から、少なくとも木曾氏本流に近い有力者であったことは想定できる。
南北朝時代～室町時代.
南北朝時代の木曾氏に関する確かな史料は少ないが、伝承ではおおむね家村（又太郎家邨）が弟の家定・家道とともに、足利尊氏の北朝方として活躍し、木曾谷に勢力を扶植したとしている。木曾氏の系図でも、家村の子らから木曽谷の土豪である黒川氏、千村氏、馬場氏らを輩出している。
また『高遠記集成』では、家村の男子すべてが早世したため、弟・家道の子・家頼が伯父・家村の養子となり、木曾氏を継いだとしている。
戦国時代.
関ヶ原の戦いで家康は下野国小山の陣に木曾氏遺臣の山村良勝、千村良重、馬場昌次を召しだし、豊臣方の石川光吉が抑える木曽路を平定するよう命じた（関ヶ原合戦前後の徳川家康文書）。
その後.
義利の子の玄蕃義辰（よしとき）は後の伊予松山藩主松平家に仕えたが後に故あって浪人し、その子らは最終的に元の木曾家臣で親族であった千村氏・山村氏を頼り美濃・尾張また江戸にて秩禄を喰んだ。
義昌には他に二男義成と三男義一（義通）がおり、義成は豊臣秀頼に仕えて大坂夏の陣で戦死、義一は母の真竜院と共に木曽谷で隠遁したとされるが、その後や子孫に関しては伝わっていない。
義富の子義長は幼くして失明したため、異母の家名葦原氏を称し、鍼術をもって松代藩主真田家に仕えたが、次第に名声を得て、ついに江戸幕府奥医師に取り立てられた。
なお、この時に国学者野々口隆正がいわゆる、木曽義仲：旭日将軍を詠んだ「信濃より いつる旭をしたひきて 東の国にあととどめけむ」との追悼歌から、明治時代に旭町の町名が生まれ、現在の旭市へと継承された。
系譜.
木曾氏系図
 凡例
 義辰以降
 　　義辰
 　　義敦
 　　義忠
 　　義長
 　　義寛　忠義　義久　義信　義方
 　　　　　　　　　　　　　　義孝
 　　　　　　　　　　　　　　義一