現在の本郷キャンパスの原型は関東大震災後に出来上がった。震災前の校舎の大部分は関東大震災で倒壊・焼失したため、内田祥三（工学部教授、後の総長）を中心に復興計画が立案された。正門と安田講堂を結ぶ銀杏並木は本郷キャンパスの象徴的景観となっているが、これも内田のキャンパス計画によるものである。内田は本郷キャンパスに類似のパターンの建造物を多く残し、それらは「内田ゴシック」と呼ばれている。東京大空襲のときは、懐徳館（旧前田家邸宅）が炎上した以外は被害を受けなかったため、内田ゴシックの建物群は現在も同キャンパス内に残っている。
既存の建物の外観は残したまま、内部だけを改装した建物も多い。また、最近は新しい建物も増えてきている。
弥生キャンパス.
農学部・農学生命科学研究科
地震研究所、定量生命科学研究所、アジア生物資源環境研究センター、インテリジェント・モデリング・ラボラトリー、東京大学附属動物医療センター、弥生講堂、食の安全研究センター、農学資料館など
「弥生地区」とも呼ばれる。また、農学部があるため「農学部構内」と呼ばれることもあるが、実際にはその他の研究施設も多く存在する。本郷キャンパスの北に隣接しており、両キャンパスを隔てる言問通り（学内では「ドーバー海峡」と呼ばれる）には構内歩道橋がある。春以降になると蛙がうるさい。また、初夏には栗の花の臭いが立ち込め、秋には銀杏の実が大量に地面に落ちて悪臭を放つ。
また、野球場も弥生キャンパスにある。観覧席およびダッグアウトが国の登録有形文化財に登録されている。国際獣疫事務局アジア太平洋地域事務局もキャンパス内に置かれている。
ハチ公と上野英三郎博士像.
この像は、待っていたハチと上野博士が出会い、互いに喜んでいる様子を表現したものであり、人と動物との愛情あふれる関係性を示している。
浅野キャンパス.
工学部（一部）、理学部（一部）
理学系研究科（一部）、工学系研究科（一部）
情報基盤センター、低温センター、アイソトープ総合センター など
また、弥生時代の名称由来となった弥生土器は浅野キャンパスの一角から出土しているという説があり、敷地内に碑が建てられている。
なお、茨城県東海村にある東京大学所有の高速中性子源炉「弥生」の名称は、浅野キャンパスに原子力工学関連の施設が多いことに由来する（浅野キャンパスの所在地名は弥生である）。