中陣と内陣の間の欄間には来迎の二十五菩薩の像があり（後述#残された台座の謎も参照）、中陣の右には地蔵菩薩が、左には弥勒菩薩が中陣を見下ろすように座っている。東（向かって右）は開山像を安置する「御三卿の間」である。「御三卿の間」には開山の本田善光と妻の弥生御前、子の善佐の像を厨子に安置する。この厨子は国宝の附（つけたり）指定となっており、寄棟造、本瓦形板葺きとする
御戒壇.
善光の間の東から階段を降り、真っ暗な板廊下を右回りに回って、瑠璃壇・本尊の真下をひと周りして、入り口の北に出る。これをお戒壇巡りという。途中に板戸があり、そこに鍵前がついており、その鍵前を握ると極楽往生できるという言い伝えがある。一方、心がけのよくないものは錠前をつかめずに犬になってしまうという言い伝えもある。
外陣.
まず目につくのは大きな台で、これは妻戸台といって上に太鼓などが置いてある。その東側に松の枝が花瓶に差してあるが、これは親鸞上人が善光寺に参詣した際、松の枝を捧げたのにちなんだものである。
その他.
かつては南大門、五重塔、中門・回廊、本堂と一直線に並んだ配置であった（『一遍聖絵』）。また、長野県立歴史館は、現在より南側に善光寺があったと展示・解説する。
山門（重要文化財）.
経蔵（重要文化財）.
経蔵入り口にはこの輪蔵を考案した傅大士の像があり、経蔵内には伝教・慈覚の両大師像が安置されている。また経蔵の前には輪廻塔があり、この石の輪を回すことで功徳を積み、極楽往生できるといわれる。
日本忠霊殿.
また一階には#善光寺資料館があり、善光寺所蔵の什物を展示している。
仁王門（登録有形文化財）.
鐘楼（登録有形文化財）.
雲上殿　納骨堂.
大勧進.
天台宗の本坊で、大勧進の住職は貫主と呼ばれ、大本願の上人と共に善光寺住職を兼ねている。この中にはさらに、放生池、大門、紫雲閣、萬善堂、位牌堂、護摩堂、#善光寺大勧進宝物館などがある。
善光寺の本堂は、大勧進の慶運大僧正が建立した。また、本堂における御開帳（居開帳）とお血脈は大勧進の等順大僧正に由来している。
大本願.