申請書の提出期限の後、再び、審査会を開いて入札参加資格確認申請書類を審査する。入札参加資格確認申請書類に技術資料（同種工事の実績、配置予定技術者の資格、その他、業務遂行能力を審査する資料）が含まれる場合は、この時に、事前に決めた配点基準に従って技術資料を審査し、評価点を決定する。事前の審査に外部の有識者を招聘した場合は、この時点でも外部の有識者を招聘することが多い。以上の審査結果に基づいて、申込者に対して、入札参加の可否を通知する。入札参加を拒否された業者は、異議申し立てを行うことが出来る。
以前は、入札に先立って参加者が一堂に会した現場説明会が開かれていたが、現在は、談合防止のため、現場説明会を開かないことが多い。現場説明会を開かない場合、仕様書等に不明点があれば、参加者が発注官庁に対して個別に問い合わせることになる。
入札参加を認められた者は、入札期限までに、入札書を郵送または持参するか、電子入札の手続きを行う。以前は、参加者が一堂に会して入札を行っていたが、現在は、談合防止のため、このような手続きを行う。
契約担当官等は、開札日（通常は入札期限の翌日）に、複数の職員立ち会いのもと、入札書の開札を行う。総合評価方式の場合は予定価格以内で評価値（評価点を入札金額で除した値）の最も高い入札書を、価格評価方式の場合は予定価格内最廉価格の入札書を、落札として決定する。同点の場合は、くじ引き等で落札者を決定する。
指名競争入札
手続きの流れ.
公募型指名競争入札では、一般競争入札と同様に公示を実施する。工事希望型指名競争入札や通常指名競争入札では、公示は行われず、指名通知のみが行われる。
公示を見て応募する場合、または、通知を受けて参加を希望する場合は、一般競争入札と同様に、一般競争入札参加資格確認申請書類を応募書類に添えて提出する。
これ以下の手続きは一般競争入札と同様であり、入札参加を認められた者は、入札期限までに、入札書を郵送または持参するか、電子入札の手続きを行い、契約担当官等は、開札日（通常は入札期限の翌日）に複数の職員立ち会いのもと、入札書の開札を行う。総合評価方式の場合は予定価格以内で評価値（評価点を入札金額で除した値）の最も高い入札書を、価格評価方式の場合は予定価格内最廉価格の入札書を、落札として決定する。同点の場合は、くじ引き等で落札者を決定する。