また、部屋を作るには部屋ポイントとエネルギーが、通路を作るには通路ポイントとエネルギーが必要である。部屋の大きさは、付けられる強化メニューの数の多さに影響する。部屋ポイントは基本的に大きい部屋ほど多く消費するが、縦長・横長な部屋や小さすぎる部屋でも多く消費する。部屋ポイント・通路ポイントは、基本的に龍穴炉にエネルギーを振込むことで得られるが、アイテムで得ることも可能である。
因素.
因素は仙窟全体に散らばっている粒のようなもので、部屋の面積に含まれた因素の種類と数が、その部屋の基礎生産能力を左右する。因素の数が多い程、部屋の性能は上がる。そのため、因素は部屋の位置を決める際の重要な要素であるが、因素の分布はゲーム開始時にランダムで決まるため、ゲーム毎に仙窟内の部屋の位置は変えざるを得ない。
属性と部屋神・風水.
部屋の属性は「気」として通路を通り、他の部屋へ流れ込む。これを風水と言い、属性によって流れの良い組み合わせと悪い組み合わせがある。部屋に流れ込む風水の組み合わせと量により、その部屋で強化可能な機能（強化メニュー）が決まる。
通路と扉.
部屋の種類.
部屋には以下の種類がある。
無色界.
無色界は部屋ではなく、部屋をある決まった属性の順番で作ると出現する架空の空間である。「魂の修行場」であり、何回か連続する敵との戦いに一度だけ挑戦することができる。負けてもペナルティは無く、最後まで勝ち抜くとレアアイテムか強力な仙獣を獲得できる。
龍穴炉.
侵入者と飛天石出口.
侵入者は飛天石出口というワープゲートのようなものから仙窟内に出現する。設定上、飛天石とは地上と仙窟を結ぶ働きをする岩のことであり、地上にあるそれを使って侵入者は仙窟内に侵入する。また、侵入者は初め洞天福軍の兵士たちだが、ターンが進むと東国や西国の戦士たちなど強力な敵が侵入してくる。
侵入者の中には、部屋を攻撃したり部屋のエネルギー・仙丹を奪うものもいる。そのため、プレイヤーは仙窟の維持のために、侵入者の撃退と飛天石出口の破壊をしなければならない。