いずれにしても、当時不比等がまだ若かったこともあって不比等以外の成員にも藤原朝臣が与えられ、鎌足の一族であった中臣大嶋や中臣意美麻呂（鎌足の娘婿でもある）が、不比等が成長するまでの中継ぎとして暫定的に「氏上」（うじのかみ）に就いていたとみられている。
なお、鎌足の死は、庚午年籍が編纂されて全ての臣民が戸籍に登録される前年であるが、藤原の姓の由来が大和国高市郡にもかかわらず、戸籍上の藤原朝臣は全て京戸として扱われている。これは天智・天武両天皇の子孫である諸王及び諸氏と同じ待遇であった。
皇別の藤原氏.
また、奈良時代には皇族が臣籍降下した際、母の姓を受け継いで藤原朝臣を賜姓されることもあった。藤原弟貞（山背王、長屋王の子）や藤原仲麻呂の養子となった石津王が該当する。しかし弟貞の子孫は永原朝臣を賜姓されて藤原氏を称することはなくなり、石津王は仲石伴と改名したとも伝えられるが、いずれにせよ後裔は不明なため、皇孫の藤原朝臣は残らなかった。
藤原氏分離後の中臣氏.
中臣意美麻呂は中臣姓に復帰後に不比等の推薦で中納言となり、その七男の清麻呂は右大臣まで昇った。そのため、以後はこの子孫が中臣氏の嫡流とされて特に「大中臣朝臣」と称されるようになった。平安時代以降になると他の中臣氏も大中臣氏を名乗るようになるが、清麻呂の系統が嫡流であることは変わらず、藤波家として堂上公家に列する。
歴史.
飛鳥時代.
なお、不比等の出生について『興福寺縁起』には「公避くる所の事有り」とあり、これは不比等が天智天皇の御落胤であることを意味するとされる。『大鏡』、『公卿補任』、『尊卑分脈』にはその旨が明記される。
奈良時代.
 
平安時代.
だが平安後期になると、藤原氏と姻戚関係を持たない上皇による院政が始まり、さらに源平両氏の武家政権と移行するにつれ藤原氏の権勢は後退した。
鎌倉時代以降.
鎌倉時代に入ると、藤原氏の嫡流は近衛家（後に首相となる近衛文麿の氏族）・鷹司家（松平信平の氏族）・九条家・二条家・一条家の五摂家に分立した。五摂家が交代で摂政・関白を（豊臣氏を除き）独占し続け、政治の中枢とは隔絶されるが公家社会では幕末に至るまで一定の影響力を持ち続ける。