国鉄への対抗意識から、関西私鉄の多くが国鉄の駅との連絡に消極的であったのに対し、近鉄は大軌子会社の参急発足の頃から、積極的な連絡を図ろうとした。その名残で特に三重県には、津駅・松阪駅・伊勢市駅といった、JRと近鉄が同じ構内を共同で管理する駅が存在する。
さらに名古屋線などの前身である伊勢鉄道（後の伊勢電気鉄道）、南大阪線などの前身である大阪鉄道、吉野線の前身である吉野鉄道などといった会社も、元々は「国鉄と貨物の連携輸送を行うこと」を目的に設立されたことから、それらの会社が建設した路線にも桑名駅や柏原駅・吉野口駅など、JRの駅へ乗り入れている駅がいくつか存在している。
他にも鶴橋駅や近鉄名古屋駅のように、JR線との乗り換え改札口を設けている駅もある。一方で近年は、桜井駅や京都駅のように、JRと改札が分離された事例もある。また近鉄四日市駅は、かつて国鉄四日市駅に近接していたが、名古屋線の付け替え（いわゆる「善光寺カーブ」の解消）により、独自の駅に分離した。
近鉄特急も近鉄京都駅、近鉄名古屋駅では遠方からの利用客を考慮して東海道新幹線の接続を意識したダイヤを設定している。
名古屋鉄道との関係.
しかしその一方、名鉄との間では、一時期激しく対立したこともあった。戦前では伊勢電を巡る争いが最も大きなものであったが、戦後の高度経済成長期には石川県における北陸鉄道支援を名鉄が行った際に、近鉄では北陸鉄道に対抗するバス路線の敷設を目論んで北陸日本交通との名義で会社を設立しようとしたり（これは後に同社を合併して近鉄の子会社化した北日本観光自動車のバス路線網拡大へ方針転換するが、当時の運輸省の方針で却下された）、近鉄が大垣から岐阜・羽島への新線敷設を計画した（「養老鉄道養老線」を参照）のに対抗して、名鉄が岐阜から養老・羽島に至るモノレール建設を発表（後に羽島線の建設へ変更）したという事例がある。
また、伊勢湾にフェリー航路を新設するに当たっては、営業免許を巡って両社共激しく競合したが（当時の新聞紙上では「伊勢湾海戦」と報道された）、これも当時の運輸省の仲裁により、伊勢湾フェリーが両社折半で設立されることになった（現在は両社の手を離れて第三セクターとして運営）。
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