メリル死亡ルートでは生きる望みを失ったスネークを奮い立たせてスネークと共に脱出する。事件収束後は改めてお互いの本名を名乗り合い、やはりアームズ・テックには戻らずスネークと共に姿を消した。
マンハッタン沖タンカー沈没事件（タンカー編）.
作戦の最中、スネークとの無線による通信中に、メイ・リンの真似をしてことわざをスネークに教えていたが、途中で彼女からもらったメモをなくしてしまう。そのまま意味不明なことわざ講座を始めたが、それに気づいて無線に割り込んだメイ・リンに怒られた。
ビッグ・シェル占拠事件（プラント編）.
同時に、長らく音信不通であった義妹のエマがアーセナルギア建造計画に関わっているという情報も得て、真相究明のためオタコンは自らも政府の技術者に偽装して「ビッグ・シェル」に潜入する。この情報は既に故人だったリキッドがソリッド・スネークを呼ぶためにオセロットを操ってリークした物だった。
アーセナル内でエマと再会するも彼女はヴァンプによって致命傷を負わされ死去。最期に義妹の本当の想いを知ることになる。彼女の亡骸を抱き自分が彼女の前を去った本当の理由を告げ、彼女の名前を呼びながら慟哭する。
その後はスネークからアーセナルの人質救出を託され、スネークと雷電がアーセナル破壊に向かう裏でヘリで人質救出を試み無事完了させた。
本編終了後はスネークと合流しオルガの娘であるサニー救出に向けて動き始める。
ガンズ・オブ・ザ・パトリオット事件.
この際に残されていたナオミのビデオメッセージから彼女の真意と自分に対する想いを知り、再び慟哭する。
戦争終結後はメリルの結婚式に参加してそこでドレビンから彼の正体を始めとした様々な真相を聞かされる。そして始めての外の世界での友達を作ったサニーの様子を見て彼女に外の世界で生きることを促した。
そして、共にやらなければならない事をすべてやり終え、人として、世界を見届ける事にしたスネークの記録を思いを後世に伝える目撃者になるため、最後までスネークと共にする。
小説版では語り手として登場する。エンディング後にスネークの命が尽きるまで彼と共に世界の進む道を見届け彼の全ての足跡を記録し後世に伝えることをスネークに伝えていたが、実際にそれを文章にしたのが小説版であるという設定になっている。