文字通り、国防に関する事務処理を行う部局。劇中ではオペレーション・スピットブレイク発動の際に言及されている。また、ザフトの組織図に記載されていない「直轄特殊部隊」という非公然部隊を独自に保有し、極秘裏に要人の誘拐、暗殺、後方攪乱といった非正規作戦をおこなっているともいわれる。これは真実だとする意見と、プラントの広告代理店が地球連合側を混乱させるために流した噂だとする意見が、人々の間でも分かれている。
広報局.
ザフトの広報、プロパガンダ活動を担当する部局。わかりやすい「胡散臭い」組織として設定されたもので、劇中デスティニープランの解説、啓蒙のためのアニメを制作して放送したのもこの広報局である。
司法局.
パトリック・ザラがクライン派議員の拘束に際して言及している部局。パトリックの死後、この部署がどうなったかは不明。
フェイスは、「信頼」「信念」の意味。
クライン派.
元々、コーディネイター社会においてはその迫害の歴史から優生思想が発生していたが、シーゲル・クラインはコーディネイターの出生率低下によってその未来に疑問符を感じ、将来的には交雑によってナチュラルへと回帰する路線を思案する。また、クライン派は宇宙に存在し得る未知の遺伝子を入手し、出生率の低下を抑える思索もしていた。
前大戦の終結後、これらクライン派は地球連合を含む各勢力からの非戦派とともに「ターミナル」や「ファクトリー」を結成し、その活動を継続した。アークエンジェルやエターナルへの補給や情報提供も行っている。また、プラント内においても旧クライン議長の支持派は残っているため、プラントの高官やザフト技術者もクライン派に参加。私的な活動者も含め機密情報や機体の横流し、機体開発までを行うことで彼らを支援している。
ザラ派.
クライン派とは対照的に、プラント最高評議会において、地球連合に対する急進派となる派閥。
その筆頭となるパトリック・ザラはコーディネイターに対しての迫害と尊敬を一身に受けてきた世代であり、それが高まるほど優越思想に傾倒していった。そのため、コーディネイターの出生率低下が問題視された際も、パトリックはその思想を捨てたシーゲルとは対照的に、あくまで科学技術の発展によるコーディネイター存続を望んでいた。