本格的な合戦が増えた鎌倉時代には、武士にとって武勲を上げる機会が増えた。そのため必然的に敵味方を区別したり、自身の手柄の確認させたりするための手段が必要となり、幔幕や幟旗、馬標や刀の鞘など、ありとあらゆる物場に家紋が入れられた。
公家社会においては武士のように名を上げるために家紋を使用する必要はなかった。そのため室町時代に入る頃には、ほとんど廃れてしまう。そもそも家を識別するために紋章を使用するという発想は武家のものであり、その存在自体が厳格な家格の序列に固定化された公家には、そうした紋章をあえて使用する必然性がなかったのである。したがって公家の家紋は「武家にならって創られた伝統」だという側面が強い。
南北朝時代に入る頃には、「大紋」といった直垂に家紋が縫いつけられた衣服が武士の間で普及する。室町時代頃から、紋章を付けた衣服のことを礼服と呼ぶようになるが、礼服に必ず家紋をつけるという発想や考えはまだ一般化してなかった。その考えが定着し始めたのは、大紋から発展した「素襖」や「肩衣」といった衣服が出始めた室町時代中期の東山文化が栄えた頃だと言われる。同じ頃、羽織が生まれた。
戦国時代に入ると同族同士で戦い合うことも増えた。敵・味方の区別をしやすくするため、この頃から急激に家紋の種類が増え始めた。
同時期、「平紋（ひょうもん）」と呼ばれる2・3色に柄を色分けた家紋が流行した。例えば安土桃山時代、朝鮮に出兵した武将・加藤清正の平紋柄の桔梗を小袖につけている肖像画が、京都の観持院に残されている。この柄は江戸時代に入っても人気は衰えず、元禄頃の華美な家紋が流行した時期などは派手好きな民衆に特に好んで使用された。
江戸時代.
江戸時代には、武士同士による激しい戦はほとんどなくなり、合戦における敵味方の区別のように実用的だった家紋の役割は変化していき、一種の権威の象徴となっていった。
士農工商という身分が明確に分けられていた階級社会があった江戸時代では、家紋の用途は相手の身分や家格に応じて自分や家族の身なりを正すためであったり、家の格式を他人に示したりする、相手の身分を確認したり示したりするといった目的に変化した。