巴マミは見滝原で魔法少女として一人で魔女退治をしていたが、ある日隣町の風見野から魔法少女になったばかりの佐倉杏子がやってくる。杏子はマミに弟子にして欲しいと頼み、二人はコンビを組んで行動するようになる。しかし、杏子が魔法少女であることが父親に知られ、それが発端となって家庭は崩壊、自身も特有の能力である幻惑魔法が使えなくなる。そして考え方を変えた杏子はマミと対立、戦いの末マミの元から離れていった。
それからしばらくしたある日。マミは鹿目まどかに呼び出され、美樹さやかと杏子の争いに割って入った。お菓子の魔女との戦いで危機に陥っていたマミを、契約したばかりのさやかが救っていたのである。マミはさやか、そしてまどかと共に行動するようになり、見滝原に戻ってきた杏子は1人で行動をとりつつ、暁美ほむらとワルプルギスの夜を倒すため結託しようとする。そうした中、親友の志筑仁美が魔女に魅入られていたのを知っていたさやかは、その魔女との戦いでマミが苦戦したことは自分が原因であると自分を責めるようになりマミとはコンビを解消、さらに上条恭介の腕を治したのがさやかの願いであると本人に知られ苦悩する。
そして苦悩の末にさやかは魔女と化し、マミはさやかを救えなかったと自分を責め、苦悩するようになる。そして自ら覚悟を決めて魔女に戦いを挑もうとするが、そこで杏子と対峙し、激突することとなる。
アニメ本編と同じく見滝原を舞台にしており、新たな魔法少女、美国織莉子を中心に、杏子、マミ、ほむらといったテレビアニメ版の主要登場人物たちが関わっていくという物語。
本編と比較すると、作風のみならず、画風もダークでショッキングなものとなっている。ムラ黒江自身のTwitterには、「登場人物の身体の切断面をリアルに描いたらNGを出された」という旨のツイートもあった。
一方、見滝原にやってきて魔女を倒した杏子は、両親が魔女に殺された少女、千歳ゆまと出会う。孤児になったゆまは杏子になつき、杏子もゆまをかつて亡くなった自分の妹に重ねて見るようになる。
そうした中、見滝原では魔法少女が魔法少女によって殺される「魔法少女狩り」が横行していた。この事件に杏子とゆま、見滝原を守るために戦うマミ、まどかが魔法少女にならないよう寄り添うほむら、彼女たちが巻き込まれることになる。