上越線ではほくほく線直通の全列車が石打駅・大沢駅・上越国際スキー場前駅を通過するほか、同線の塩沢駅および信越本線の黒井駅も一部通過する。これは短い編成でワンマン運転を行うほくほく線の列車では、JR線内での突発的な需要に応じ切れないことが理由にある。
伯備線の布原駅は芸備線直通の列車のみが停車し、伯備線の列車は運転停車することがあっても客扱いを行わず全列車が通過となる。
特定の時期に通過となるもの.
観光のオフシーズンなど特定期間に著しく利用客が少なくなる駅では、臨時駅でなくとも一部もしくは全部の列車が通過となることがある。
案内時の表現.
各駅に停車するため、発車標や列車の方向幕などで「普通」と表示していても、放送では「各駅停車」と案内される場合がある。日本の大手私鉄では、京成電鉄、東武鉄道、近畿日本鉄道、京阪電気鉄道、阪急電鉄、阪神電気鉄道が該当する。
なお、新快速と学研都市線・JR宝塚線・湖西線の快速は、各駅停車区間でも普通表示には切り替えない。
普通車（列車種別）.
普通列車・各駅停車を「普通車」と称する会社もある。多くの私鉄ではグリーン車等の特別車両を保有しないことから、この場合は車両としての言葉ではなく、特急列車など優等列車に対しての普通列車という意味合いで慣例的に用いられているとされる。
関西地区では慣例として「普通車」という表現を使用する会社が多くあった。南海電気鉄道（南海電鉄）や山陽電気鉄道（山陽電鉄）では、現在でも案内放送などで用いられている。
普通列車の愛称.
特急や急行とは異なり、基本的に列車愛称はつけられない。
なお、北陸新幹線が「長野新幹線」と称された時代に新幹線列車に接続する列車として運行されていた「妙高」には座席指定席が存在したため、列車愛称を持っていた。
夜行普通列車.
道路が十分に整備されておらず、鉄道以外の公共交通機関が未発達だったころは鉄道が中・長距離輸送の主力であった。まだ新幹線がなく、単線・非電化の路線がほとんどであった時代は、深夜の時間帯でも一定の旅客需要があったことから、主要幹線では二等車（後に一等車に改称、現在のグリーン車）を連結した夜行普通列車も数多く運転されていた。