性病の場合はその治療に取組んでいる。また、中絶の場合は、病気や栄養不良等により衰弱している者については既述の通り手術前に数日入院させて体力を回復させてから行っている。
国から違法な妊娠中絶の施術を強制された医師はその不本意を述べている。
その後の二日市保養所.
二日市保養所以外の婦人患者の手術・治療.
上坪隆の『水子の譜』によれば、女性らは二日市保養所のみに集められたわけでなく、国立福岡療養所、九大、久留米医専の各病院でも手術や治療が行われ、それは当時これらの病院で働いていた医師らの証言で裏付けられているという。
二日市保養所以外に九州帝国大学医学部、国立福岡療養所（福岡県古賀市）、九州高等医学専門学校が特殊婦人患者の対応にあたった。佐世保港に上陸した満鮮引揚特殊婦人入院患者に対しては陸軍病院中原療養所（佐賀県）が手術・治療にあたった。九大の元医局長によれば、古賀と中原の療養所で中絶された件数は千件を下らないと推定している。
また、臨月の女性用の病棟が針尾島（佐世保市）にあったという。そこでは分娩直後の子も処分していたとされ、生まれた子を注射で処分していたと聞いたとの話が伝わる。
婦人健康相談所.
婦人相談業務を先発引揚港の舞鶴や函館では既に日本赤十字社で行われていたが、あまりうまく行かず、YMCA理事長を長らくしたことがある援護院総裁斉藤長官が古くからの友人で雑誌「婦人之友」の「全国友の会」会長の羽仁もと子に相談、協力が得られることになったという。佐世保市では、「佐世保友の会」に羽生もと子からの指示にしたがって、会員数名が「佐世保援護局」に行くと、斉藤長官から内意が伝えられていて、婦人相談所の問診員になってくれということであったという。理由としては「外国人など人種の違う者から受けた性病は悪質であるため、今後亡国病となる危険性がある。ために、これを国内に流布せず、水際でとめるために、生活相談とともに婦人相談の形で行う」ということであった。