早くから海産物を目当てに蝦夷地へ往来していた和人の中には、沿岸部に番屋を設けたり土着した者もいた。江戸時代の中期には松前藩が場所請負人や運上屋を制度化した。道南を中心に、沿岸部には彼らによって祀られた海神・水神や漁獲・商売の神仏を奉斎する神社が分布している。こうした神社は、どこかの神社から分霊や勧請によって創建されたというよりは、自然発生的な小祠が発展したものだと考えられている。
主なものは、恵美須堂、弁天社、金比羅社、厳島社、綿津見社などである。
農業神・稲荷社.
こうした農業移民によって祭祀されたのが稲荷社で、道南から道央にかけて多く建立された。
松前藩.
神職の制度化と白鳥氏.
松前地では白鳥氏のもとで神職や神事が整えられ、松前神楽に代表される神事の体系が制度化された。一方、蝦夷地の各地で「自然発生的に」登場した海・水神を祀る祠はこうした体系の外側にあった。
松前神楽.
松前神楽は道南の神社の特徴の一つで、道南の神社の祭祀では、必ず祭典の最後に奏する習わしとなっており、松前地の神職にとっては必須である。田楽と言うよりは神事の性格が強い。
檜山地方では「江差神楽」、後志地方では「渡島神楽」とも呼ばれたが、現在は概ね「松前神楽」で統一されている。北海道の無形文化財に指定されている。
開拓初期.
諸社の起源（明治期）.
故郷の神.
明治期には北海道各地への入殖が推奨され、全国の村から数十戸から時には百戸を超す単位で団体入植が盛んに行われた。彼らの多くは祖霊・産土神として故郷の神社を建立して入殖先で祀った。
炭鉱の神.
神明と開拓三神.
郷里が異なる出身者が集まった地域や、後述する神社改正によって神社の合祀が行われた場合には、祭神を総べる形で神明（天照神）を祀るようになった。札幌神社で開拓三神を祀るようになると、新しく公認を得ようとする神社はこれに習って開拓三神を新たに主神とするものが現れた。基本的には官幣社からの分霊が禁じられていたが、札幌神社に限っては「特別神霊」として分霊が許され、新開地に開拓三神が祀られるようになった。
北海道神社改正.
この頃の社格の認定は、概ね次のような傾向がある。
菊池重賢.
北海道神社改正に大きな役割を果たしたのが、札幌神社の事実上の初代宮司である菊池重賢である。