ゼロは、ボスを倒すと必殺技・特殊武器を会得する。エックスとは異なり、その大半は武器エネルギーを消費せずに使用することができる。技の多くはコマンド入力によって発動する。
敵専用技.
ゼットバスター.
使用できるのはゲームスタート時のキャラセレクトでゼロを選んだ場合のみで、エックスを選択した場合は破壊されて使用できなくなる。
前作ではダッシュ時の残像が通常同様の赤色のままであったが、本作では紫色に変更されている。また、同様に必殺技「疾風」の残像も紫色に変化する。
強化パーツ.
自動装備パーツ.
共有はできず、いずれも取得したキャラクターにのみ適用される。下記のどちらを選ぶかによって、同じボスでも入手できる選択装備パーツが異なる。前述の仕様により、体力ゲージと武器エネルギーゲージの両方を最大まで強化することは不可能。
評価.
概要.
ストーリー展開にも影響するアナザーボスの存在など、前作に引き続き非常に凝ったゲームシステムが特徴となっている。前作で初めて搭載されたオペレーターによるステージのオペレートは特定の所で任意表示できるシステムに変更された。本作はあるステージを出ると、他のステージに影響が出て難易度が変化する（詳細は後述）。
前作と同じく全てのボスキャラクターを全て倒さなくても次のエリアに進めるが、ある程度パワーアップしないと攻略できない。
今作では再び、大多数のキャラクターにキャラクターボイスが導入された（アニメーションではなく、一枚絵方式でイベントが起きるのは前作と同じだが、前作とは異なりボイスが流れる）。
ストーリー.
登場キャラクター.
メインキャラクター.
ナイトメア現象.
括弧内は、（脱出するステージ → 発生するステージ）
ボスキャラクター.
メインボス.
エックスの能力.
特殊武器.
アーマー.
ファルコンアーマー.
ブレードアーマー.
ファルコンアーマーを基に、ゼットセイバーとの連携を重視されたアーマー。
シャドーアーマー.
忍者を基にしたアーマー。足元と壁のトゲトラップの無効化、壁や天井への張り付き、ゼットセイバーの振りが早くなるなど、特殊な能力を備えている。
前作のガイアアーマーと違い、移動力の低下もなく、パーツ装着の制約も無い。しかしエアダッシュができず、特殊武器が使用できないなどの制約も多い。
アルティメットアーマー.
ゼロの能力.