ひとり残った惣太に、「粟津の七郎、ハテ久しゅうて逢ったわえ」と近寄ってきたのは六部姿の源吾貞景。貞景は高札を川に切って落とす。粟津の七郎こと惣太は、じつは梅若丸を手にかけたのは自分だと貞景に打明け、この後は貞景と一味することを誓う。軍助がさらに追っ手から逃れるため、惣太の置き忘れた葛篭に着物を替えた桜姫を入れたが、そうとは知らぬ惣太にまた葛篭をもっていかれる。また桜姫のなりをした采女も、源吾に捕らえられる。そのとき采女は身包みをはがれ、桜姫の着物は川へと落ちて流れてゆく。
（隅田川の場）落魄した姿の清玄尼が、船着場にさまよい出る。清玄は葛篭を背負った惣太をみて渡し守と思い、向うに渡すよう乞うので、惣太は葛篭と清玄を舟に乗せ、向う岸に渡ろうとする。
もはや時刻も暗い時分、川のあちこちに漁火がみえる。すると、むこうからこれも漁り舟が一艘やってきてすれちがう。そのとき、最前の高札と桜姫の着物が流れてきた。高札に目をつけた清玄は川から取り上げて読む。大友常陸之助頼国の正体は吉田の松若丸…高札の文面を見た清玄はびっくりするが、今すれちがう川舟に乗っていたのは、他ならぬその松若丸だったのである。松若は桜姫の着物を川から拾い上げる。二艘の舟は暗い中、そのまま互いのことを確かめられず過ぎ去るのだった。
二番目中幕.
（妙亀庵の場）清玄尼は土地の人々のはからいで、鏡が池近くの妙亀庵に住んでいる。しかし出家の身にありながらなおも松若への思いは立ちきれず、悶々とする日々であった。この庵室に惣太が葛篭を背負ってやってくる。采女の行方を追う吉原の者達は惣太の背負う葛篭の中に采女がいると見て、惣太の行方を追っていた。惣太は庵主の清玄が知らぬあいだに庵室の軒下に葛篭を隠し、自らは逃げていく。
やがて吉原の若い者たちや女衒などが妙亀庵に来て、軒下に葛篭があるのを見つける。清玄はそんな葛篭は知らないというが、若い者たちは清玄が采女をかくまっていたのだと思い腹を立て、清玄をそばにあった割り木で散々に殴る。清玄は気を失う。葛篭の中にいたのは、采女と着物を取り替えた桜姫であったが、葛篭から出された姫は采女と間違われたまま吉原へと引っ立てられようとする。