生徒会の会員となる生徒は活動に対して義務感で参加している割合が高いことや、学校行事の伝統や慣行、顧問教師の指導などに依存する傾向が強いため、生徒主体の立場に立って会員の意思を統合して目標を立て、その目標に向けて会員を組織し活動していくといった自治的集団活動の基本的視点が欠落している場合が多い。生徒会活動が学校雑務や教員の下請け機関となったり、文化祭の活動が形式的なあるいは娯楽的なものにとどまっている学校が現状でも多いという問題点がある。また、活動を行う上で、生徒会の執行機関を担っている役員が毎年交替するため、その方針や力量が蓄積されないことも問題点としてあげられる。つまり、前年度を踏襲する活動で収まってしまうことや、学校外にまで活動や情報収集の視野角を広げて生徒に還元することが欠落していることが課題としてあげられる。
それに対して、指導する立場となる教員や学校側の問題にも課題がある。それぞれの実情に合わせた指導体制や方法を実施することが重要であるがそれが確立できていないことや、生徒会が持つ本来の意義や役割を十分理解させることが出来ていないという問題点がある。活動について、情報や資料を十分に提供し、自発的な活動を側面から指導・支援することが重要であるが、教員の綿密かつ適切な指導が不足している学校が多い。
また、校外活動においては、学校生徒会としての予算が執行できないことから経済的な問題や、生徒会の連合化に向けた取組がほとんど存在しないことなども課題としてあげられている。
日本以外における生徒会.
欧米諸国においては、生徒会が生徒の代表として、学校の最高意思決定機関に参加する。ここには、校長・教員・保護者・地域関係者も含めて運営されている。この場所での議論は、すべての立場の者が平等に権利を有している。
フィクションにおける生徒会.
学校を舞台にしたアニメ・漫画・ライトノベル・ゲームなどで、生徒会が話の舞台となったり、生徒会役員が出てきたりすることがある。これらが話の展開上重要な役割を担っていることもある。このような作品では現実の生徒会にはない特徴（強大な権限等）を持っていることがある。
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