セフィロスはその強靭な精神によりライフストリームに還ることも魔晄中毒になることなく逆に膨大な知識を吸収し、自分自身や古代種、ジェノバについての真実、そしてメテオの存在を知り、自身を古代種以上の存在として位置づける。彼の意志はライフストリームに溶けて新たな命や自然の源になる事を拒み、かつてジェノバが降ってきたクレーターである「北の大空洞」で、そこに集まるライフストリームを利用して新たな肉体を再構築し始める。なお、魔晄炉に落下したセフィロスの行方をこの時期の神羅カンパニーは掴めていなかった為、同社は「セフィロスは死亡した」と公に発表している。
星は傷つくと、その傷を修復する為に星のエネルギー（ライフストリーム）を集める。セフィロスは究極の破壊魔法「メテオ」を星に落下させて傷ついた箇所に星の全エネルギーを集約させ、それを取り込むことで「神」に至ろうと計画する。セフィロスは計画を遂行する為に、宝条がジェノバのリユニオン能力の仮説の証明のために作った「セフィロスコピー」（もっとも仕組み上は魔晄を浴びせジェノバ細胞を埋め込んだだけでソルジャーと変わらず、コピーたちはジェノバ細胞に耐えられる精神力を持っていないだけであるが）を彼らの体内のジェノバ細胞を利用して操り、まず神羅カンパニーが所有するジェノバの体を求めて動き出す。
神羅ビルで目撃されて以降各地に現れるセフィロスは「北の大空洞」の本人が操るセフィロスコピー及びジェノバの肉体であり、ジェノバの擬態能力とセフィロスの強力な支配力が彼らをセフィロスの姿へと変えていた。本編で主人公たちが神羅ビルで会うセフィロスは、ここに安置されていたジェノバがセフィロスの姿を象ったものである。なお、この「セフィロス」は神羅の社長プレジデント・神羅を殺害している。
「メテオ」発動に必要な「黒マテリア」がある「古代種の神殿」で、セフィロスはコピーを通して自身の目的を語る。彼は星の力そのものである「ライフストリーム」を吸収し、星と一体化した「神」になるという。そしてクラウドを操り、「黒マテリア」はセフィロス（ジェノバ）の手に渡る。