父の後水尾法皇は天皇の即位をきっかけに、清涼殿・紫宸殿における仏教祈祷を廃止して禁中での祈祷は内侍所の御神楽のみに限定して、国家的な祈祷は上七社（伊勢神宮・石清水八幡宮・賀茂別雷神社・賀茂御祖神社・松尾大社・伏見稲荷神社・平野神社・春日大社）と七大寺（延暦寺・園城寺・興福寺・東大寺・東寺・仁和寺・広隆寺）に固定することにした。これは朝儀再興の一環として中世後期以来の朝廷における祈祷の無秩序状態を解消することを目的としていたが、禁中における仏教色の抑制や将軍家の病気平癒の祈祷が禁中で行われている状況を解消して朝廷権威の回復を目指す意図も含んでおり、法皇が以前から抱いていた構想の実現であったとは言え、後に天皇が目指すことになる朝儀復興と朝廷権威の回復政策の先鞭をつけるものとなった。
親政期.
朝廷執行部・幕府との対立.
幕府が理想とする上皇は朝廷に口出しせず、諸事質素であった明正上皇の姿であり、霊元も譲位後は「本院御所之格（明正上皇と同じ格）」であることが求められた。さらに霊元の素行に不信感を持っていた幕府は「当今之御まねヲ不被候儀二仕度候（東宮は霊元天皇の真似をしないようにしたい）」という考えもあり、新天皇が霊元の影響を受けないことを望んでいた。また、幕府は霊元が院政を開始することに反対の意思を示し、譲位後は政務に関与せず関白・武家伝奏・議奏によって朝廷運営が行われることを求めた。京都所司代土屋政直は天皇の機嫌を損ねて譲位の手続きが延引することを恐れており、綱吉も大嘗祭の再興には不安感を持っていたものの、大嘗祭の再興に関しては臨時支出を求めないという霊元側からの申し出もあり、最終的に大嘗祭を容認した。
霊元は太上天皇となった後、仙洞御所に入って院政を開始し、以後仙洞様とよばれるようになる。霊元の院政は後水尾院政と異なり、朝廷の機構を掌握するのではなく、仙洞御所に別個の機構を確立して、そこから朝廷機構に指示を下すというものであり、以降江戸時代の院政の慣行となる。仙洞御所では霊元の意思で選定された院評定が合議を行い、霊元に任じられた院伝奏が幕府と連絡を取り扱った。また朝廷の主宰者であるという意識を強く持っており、東山天皇が成人するまで本来天皇が行う儀式である四方拝を仙洞御所にて行っている。
第二次院政.
歌道や諸芸の才.