体全体が柔軟性に富み、粘りがあるため、普通の魚と異なり「吊るし切り」（後述）という独特の方法で捌かれる。吊るし切りは、下あごにフック（鉤）をかけて体をつるし、アンコウの口から水を流し込んで胃を膨らませ、柔らかい胴体に張りがでたところを解体する方法である。ただし、後述のようにまな板の上で捌かれることもある（#独特の解体法を参照）。
一般には七つ道具と野菜を味噌または醤油味で調味しあんこう鍋として供される。
特に肝臓はアンキモと呼ばれ、ボイルしてポン酢にもみじおろしで食べるなど、美味として珍重され、見た目と食感から「海のフォアグラ」とも云われている。肉よりもその他の部位（七つ道具）の方が旨いとされる変わった魚でもある。
本来、純国内産のあん肝からはアニサキスはあまり出ていなかったようで、あん肝を生食しても大丈夫だったという人も多いが、近年は稀に混入が確認されることがあるという情報も漁師の間から出ている。ただし、その混入頻度は輸入物に比べると遥かに低いとされる。
昭和中期には鯨肉と並び、高級食材に位置付けられる後年とは異なる安価な食材として知られ、相撲部屋でも力士の腹を満たすのによく使われたという。角界で腹が大きく出た肥満体の力士のことを「あんこ（型）」と呼ぶが、これは「あんこう」が縮まったものである。対義語（細身で筋肉質な体型）の「そっぷ」は鶏ガラのことであり、アンコウが鶏と並んでちゃんこ鍋の馴染み深い食材であったことが見てとれる。
独特の解体法.
表面がヌルヌルして図体の大きいアンコウはまな板の上では捌きづらい。そのため、以下のような独特の解体法が用いられることがある。ただし、背中のぬめりを取り去った上で仰向けにしてまな板の上で捌かれることもある。
吊るし切り.
伝統の解体法としてアンコウを吊るして体内に水を入れ回転させながら捌く「吊るし切り」がある。
茨城県水産紙に「高所に吊るして置いて庖丁を入れる」、江戸時代の本草書『本朝食鑑』にも釣切として「縄を魚の下唇に貫いて横梁に懸け…」と紹介されている。
（※吊るし切りの動画や画像資料は外部リンクを参照。）
雪中切り.
青森県風間浦村に伝わるアンコウの伝統の解体法としてアンコウを雪上で解体する「雪中切り」がある。
アンコウ料理.
このほかにも、胃袋を揚げたり、肝を使った豆腐など多種の料理がある。