映画音楽の伊福部昭によれば、この年に月形龍之介との付き合いで、京都の小料理屋で円谷と知り合い、その後、飲み友達になった。円谷は貧窮しており、伊福部は数年にわたって「ただ酒をおごらされた」と語っているが、この間互いに名乗り合うこともなかった。2人は『ゴジラ』の製作発表の場で、ようやく互いの素性を知って驚き合ったというが、伊福部によれば、おかげで以後の仕事はお互いに気心の知れた、全く気兼ねのないものとなったという。
こうした中、満を持して戦記映画『太平洋の鷲』が公開された。この作品は、前年にハリウッド視察を行った森岩雄によって、「ピクトリアル・スケッチ」（壁に貼り付けた総覧的な絵コンテ）が導入された、初の特撮映画である。この映画に特技監督として招かれた円谷は、、その後長きに渡って名コンビを組むことになる監督の本多猪四郎とともにこの『太平洋の鷲』を作りあげた。
この年、日本初の立体映画（トービジョン）作品、『飛び出した日曜日』（村田武雄監督）、『私は狙われている』（田尻繁監督）で立体撮影を担当。
また、企画部に「インド洋で大蛸が日本船を襲う」という映画のアイディアを持ち込んだ。田中友幸はこれが『ゴジラ』の草案の一つになったとしている。
その後、『獣人雪男』『地球防衛軍』『大怪獣バラン』『宇宙大戦争』『モスラ』『世界大戦争』『キングコング対ゴジラ』などの怪獣・SF映画において特撮技術を監督。これらは東宝のドル箱シリーズとなり、『宇宙大戦争』以後は円谷の特撮作品というだけで、製作中から海外の映画会社が契約を結びに来日したほどである。
また、東宝内とは別に、自宅敷地の「円谷特殊技術研究所」を再開。東宝で賄いきれない合成処理や、人形アニメ撮影などを行った。研究員の収入は、円谷の個人負担だった。
この年、自宅敷地内の「円谷特殊技術研究所」に佐川和夫、中野稔が研究所生として参加。二人はこの後、東宝特技課に入社して『日本誕生』の現場に加わっている。佐川によれば、この時期金城哲夫も研究所にいたという。
同年、公開予定の『ハワイ・ミッドウェイ大海空戦 太平洋の嵐』撮影のため、東宝撮影所内に東洋一の規模である三千坪の特撮用大プールが完成。また、妻・マサノの熱心な勧めでカトリック教徒になった。