やがて坊っちゃんは、赤シャツがうらなりの婚約者であるマドンナへの横恋慕からうらなりを左遷したことを知り、義憤にかられる。このことで坊っちゃんと山嵐は過去の諍いを水に流し意気投合。彼らを懲らしめるための策を練るが、赤シャツの陰謀によって山嵐が辞職に追い込まれてしまう。坊っちゃんと山嵐は、赤シャツの不祥事を暴くための監視を始め、ついに夜明けに芸者遊び帰りの赤シャツと腰巾着の野だいこを取り押さえる。当初の予定通り、芸者遊びについて山嵐と共に詰問し、しらを切る彼らに天誅を加えた。
作品の成立.
現在読まれている本文は、『ホトトギス』編集者である高浜虚子による手が加わっている。漱石は虚子宛て書簡において松山方言の添削を依頼しているが、漱石直筆原稿を検討した渡部江里子は、虚子の「手入れ」が「方言の手直しを越えた改変」にも及んでいることを指摘している。渡部は漱石の依頼を越えた「虚子の越権行為」と判断しており、現行のテキストをそのまま受容してよいか議論の必要を提起している。
また漱石の初稿では、坊っちゃんの赴任先は「四国辺」ではなく「中国辺の中学校」となっていた。ここから本作と官立山口高等中学校との関連を指摘する論考もある。
「坊っちゃん」の表記.
批評・分析.
井上ひさしは、『坊っちゃん』の映像化が、ことごとく失敗に終わっているとする個人的見解を述べ、その理由として、『坊っちゃん』が、徹頭徹尾、文章の面白さにより築かれた物語であるからと主張している。
丸谷才一は、清は、主人公である坊っちゃんの生みの母であるという説を提出した。
翻案.
映画.
詳しくは『坊つちやん (映画)』を参照。
テレビドラマ.
詳しくは『坊つちやん (テレビドラマ)』を参照。
「坊っちゃん」を付けた施設・商品など.
作中では舞台は「四国」としか表現されていないが、漱石の経歴および作中の描写（語尾の「ぞな、もし」が特徴的な方言、県庁と温泉があるなど）から、愛媛県松山市が舞台であると推測される。
このことから、作中での扱いは「野蛮な所」「気の利かぬ田舎もの」「猫の額ほどな町内」などと非常に悪いものの、松山市内及びその周辺部には本作にちなんで「坊っちゃん」（「坊ちゃん」と誤表記しているものも散見される）や「マドンナ」を冠した物件や商品などが多数存在する。代表的なものは下記のとおりである。
羽生善治