まず「屋根に妻を持つこと」についてだが、これは神社建築の屋根はほとんどが切妻造で、一部に入母屋造が見られる。入母屋造は仏教建築に由来する様式であるが、同じ仏教建築の様式であるが妻のない寄棟造や宝形造は採用されていない。このことは、仏教建築からの一方的な影響ではなく、神社建築としての価値観に基づいて、神社側が主体的に入母屋造を神社建築に採用したことを示している。
妻の神社建築における意義ははっきりしないが、信仰上の重要な要素であったことは間違いないと思われる。例えば、伊勢神宮正殿において妻の部分の金具が特別視され、式年遷宮の際に妻を装着する儀礼が秘伝とされたことや、流造の社殿を横にいくつも連結した社殿において、ひとつの社殿ごとに正面に千鳥破風（妻）が設けられて、ひとつひとつの社殿が区別されていることからもわかる。
床を高く張ることについては、本来、土間を基本とする寺院建築と対照的である（奈良時代の仏堂や禅宗様の建物は中国の建築と同様に床を張らない）。
装飾が質素なことは、上古の日本建築の様式を固定化したためといえる。日本固有の神の住まいであるので、仏教とは異なることを意識し、日本に伝統的な建築の意匠を取り入れている。
本殿の起源.
神社は、古くはヤシロ（社）といい、このヤシロとは本来は「屋代」の意味で、神を祭る仮小屋や祭壇を指した。ヤシロのシロは、穢れを付着させるための身代わりとされるカタシロ（形代）などのシロと同意である。
神の依代である神籬は、最も小さなヤシロといえる。また、広い意味では祭壇や、忌竹や注連縄などで俗界と区切られて聖域とされた祭場全体も含めて、ヤシロ、つまり、一時的な神の仮住まいといいうる。
神の仮住まいに過ぎなかったヤシロは、寺院において仏像を祀る仏教の影響から、御神体を常祭する「神社」へと変貌していった。神社において、最も重要な御神体の鎮座する内陣を備えた建物が「本殿」とされ、御神体を拝むための「拝殿」や、神域を区切る鳥居などの設備が整備されていった。なお、本来の姿から変貌を遂げていった後も、多くの神社では、御神霊と因縁のある霊域（磐座など）で祭りが行われている。