日本人の形成過程を分析する形質人類学からの接近方法には原人や古人骨などの形態解析、石器の分布分析などが古典的な方法としてある。形質人類学的な手法は、「ヒト集団の系統関係の把握」という用途に用いるにはかなり限界があるとの指摘が聞かれてきたところであり、この用途に限って言えば、完全に主役の座を分子人類学に譲り渡した感が強い。もっとも、遺跡発掘骨の年代推定は、発掘物のAMS放射性炭素年代測定法によりかなり正確に推定できる利点がある。
稲作の起源とその考古学的分析.
日本人の渡来ルートを知るために稲作の渡来ルートを考える研究があり、いくつかの説が存在しているが、稲作以前から日本列島には人が住んでいたことと、
民族学・古代史から.
民族学.
人類学者の鳥居龍蔵は、アイヌ、固有日本人（朝鮮半島から、あるいは沿海州から来た北方系民族）、インドシナ族（苗族）、インドネシア族（隼人）を主な構成要素として日本民族が形成されたと考えた。
言語学から.
日本語の起源を解明することで、日本人のルーツを明らかにするという研究もある。
日本語の起源は、従来、アルタイ諸語やオーストロネシア語族との関連が想定されてきたが、比較言語学的にはまだ証明されていない。現在のところ、日本語の起源については、いくつかの説が出ているが決定的なものはない。
学際研究による日本列島へのヒト渡来経路の総合的分析.
名称.
外国系日本人・帰化.
古来、アジアと朝鮮半島から渡ってきた渡来人や帰化人が存在した。ヤマト王権（朝廷）が日本列島の大部分を統治するようになった後は、各地の先住集団と外来の少数集団の同化が進み、日本人（大和民族）が形成された。大和民族は、歴史や人類学で使う呼称であり、法令では使われていない。反対に日本政府は、日本人の中にアイヌのみを別個の民族としており、かつて蝦夷地と呼ばれ日本の本土への統合の度合いが低かった日本北部の一部地域の先住民族と定めている（アイヌ施策推進法）。アイヌの人々は日本の一民族であるため外国系日本人には含まれない。