親会社の日本ハムは徳島県で創業した後に（創業当時の社名は徳島ハム）本社を大阪市へ移していたため、かねてから関東地方への進出を模索した。「プロ野球の発展を通じてスポーツを振興し、青少年の育成、そして社会に貢献していきたい」という大社の熱意もあって、関東地方での球団経営に乗り出した。このような事情から、日拓ホームからの球団買収に際して本拠地を日拓ホーム時代と同じ後楽園球場に置くことを唯一の条件に挙げた。前オーナーの西村は土橋の監督続投を日本ハム側と約束していたが、日本ハム側は球団の買収を主導していた三原の義理の息子で、過去に西鉄でプレーイングマネジャー（選手兼任監督）を経験していた中西を新監督に据えた。
中西監督時代.
植村監督時代.
高田監督時代.
この年をもって後楽園球場が閉鎖したため、日本ハムは巨人と共に同地（文京区後楽）で建設中の東京ドームに移転する。
東京時代（新・日本ハムファイターズ時代）.
近藤監督時代.
土橋監督時代.
上田監督時代.
大島監督時代.
ヒルマン監督時代.
北海道時代（旧・北海道日本ハムファイターズ時代）.
旧本拠地の関東地域のファンのために年間数試合を引き続き東京ドームで行うのと、二軍の本拠地維持の関係上、鎌ケ谷市に「首都圏事業グループ」を設置している。
オフに小笠原が巨人、岡島がボストン・レッドソックスにFA移籍。ドラフトでは日本大学の長野久義をドラフト指名するも、入団を拒否された。戦力外となった坪井と再契約を結んだ。阪神から正田樹とのトレードで金澤健人を獲得。
ヒルマンの後任は梨田昌孝が就任した。
梨田監督時代.
北海道時代（新・北海道日本ハムファイターズ時代）.
梨田の後任は栗山英樹が就任。
栗山監督時代.
BIGBOSS・新庄監督時代.
球団公式サイトは「「ファイターズらしさ」を前面に押し出したデザインとなる見込み」と発表し、同時に演出なども一新されることとなり、とりわけ今シーズンから開始したきつねダンスも他球団や企業にまで波及するほどの社会現象となった。