通商条約締結問題と並行し、幕府内では将軍継嗣問題を巡る政争が進展していた。松平慶永（越前藩主）、島津斉彬（薩摩藩主）ら有力大名は自藩の政治参加を求めて一橋慶喜（一橋徳川家当主）の擁立を図る運動を起こし、雄藩協調策を採る阿部ら幕臣もこれを支持した（一橋派）。一方、幕府の権威再興を目指す保守派の井伊直弼（彦根藩主）らは徳川慶福（紀州藩主）を支持した（南紀派）。
井伊政権と戊午の密勅.
尊攘急進派と公武合体派の対立.
直弼の暗殺後、老中首座には安藤信正が就任した。信正らは井伊政権時から検討されてきた孝明天皇の妹和宮と将軍家茂の結婚を推進し、朝廷との連合（公武合体）をもって権威の修復を試みた。天皇は侍従岩倉具視らの献策を受け、幕府による将来の攘夷に期待して和宮降嫁を受け入れた。しかし、この政略結婚はかえって尊王攘夷派を刺激し、信正は水戸浪士に襲われ負傷（坂下門外の変）、程なく失脚した。
一方、越前藩や土佐藩は幕府を前提とした公武合体路線の行き詰まりから、内戦を避けて朝廷の下での諸侯会同による「公議」の実現を目指した（公議政体派）。慶喜は土佐藩の主張を容れて大政奉還を行い、大名連合政権（諸侯会議）の樹立による徳川宗家の実権確保を目指した。
大政奉還から明治維新後.
結果として、武力倒幕の意志を明瞭にした岩倉と薩摩藩に対し、公武合体論の帰結となる諸侯会議派の越前・土佐・尾張側が武力倒幕に反対の姿勢を示すことになり、薩摩側も大幅な妥協を迫られた。春嶽、慶勝から報告を受けた慶喜は辞官納地をただちに実行すれば家臣たちが激昂するので猶予を求めると回答。京坂地域での戦闘回避を求める風潮が広まり、諸侯会議派が勢いを増した。慶喜の辞官については「前内大臣」を称することで、納地については具体的な方法が不明瞭となり、更に内容を骨抜きにした形で三職会議で了承された。
ところが長州藩兵が赦免されて入京。また西郷が江戸市内で放火・略奪・暴行といった挑発行動を行うよう指示。これに旧幕府側が江戸薩摩藩邸の焼き討ちで報復した。こうした動きに暴発した旧幕府勢力が鳥羽・伏見の戦いを引き起こした。結果、敗北した慶喜は大坂を退去し、恭順を示すため蟄居。慶喜寄りの諸侯会議派は反徳川派への転換を迫られた。