連立与党側の運営は、各党書記長・代表幹事らの「与党代表者会議」によって行われるケースが多く、特に新生党代表幹事小沢一郎と公明党書記長市川雄一の「一・一ライン」が中心となった。当時の野党などから「権力の二重構造」と批判されることもあった。
当時の連立与党内では、政権党の中枢で仕事をしたことがある政治家は、自民党から分裂して誕生した新生党以外にはほとんどなかったことから、主要ポストを新生党が独占した。羽田孜・外務大臣、藤井裕久・大蔵大臣、熊谷弘・通商産業大臣、畑英次郎・農林水産大臣、中西啓介・防衛庁長官という顔ぶれは、外交や重要懸案での政策の継続性と、政権の安定性に気を配った人事だった。
衆議院議長には、新生党や公明党が、元社会党委員長の土井たか子を推薦した。社会党左派に人気が高かった土井を議長とすることで、連立への参加に批判的な左派を含めて社会党全体を政権に引きつけることを狙った。
内閣官房長官は、通常では首相と同じ政党・派閥の議員が就任するのが慣例だが、細川が率いていた日本新党は新人議員ばかりだった。新生党の熊谷も候補として挙げられていたが、結果的に新党さきがけの武村正義が選ばれた。内閣官房副長官には鳩山由紀夫、首相特別補佐には田中秀征と、いずれもさきがけ出身者だった。当時、首相特別補佐は制度上は認められていないポストだったが、事実上の補佐官として首相官邸に出入りするようにした。
政治改革.
当時の世論は、自民党長期政権の下での政官業の癒着構造、カネがかかり政権交代が行われない選挙システム、政治腐敗等に対する不満が高まっていた。自民党もまた数年来、カネがかからず政権交代を容易にする選挙制度改革や政治資金規制強化などのいわゆる政治改革に取り組んでいた。しかし党内は守旧派と後の新生党・新党さきがけ・自由改革連合などにつながる改革派に分かれて激しく対立し、結局これを実現できなかった宮澤内閣は内閣不信任決議を突きつけられ、新生党・さきがけの離党、衆議院における過半数割れによって下野することとなった。