初期の〈神智学〉ではキリスト教は厳しく排斥されたが、のちに後継者のアニー・ベサントは、ブラヴァツキーら先輩たちの教え、特にキリスト教に関するものを修正し、表向きのキリスト教の背後に由緒正しい「秘教的なキリスト教」が存在するとしてキリスト教を東洋思想と同列に並べた。この戦略で、多くのキリスト教徒が〈神智学〉に引きつけられるようになった。
これらと進化論などの新しい知見を折衷して、ブラヴァツキーは万物の一元性、宇宙や文明や人種の周期的な発生と衰退、カルマと普遍的な因果応報、再生（輪廻転生）、太古の文明、超能力、高次の意識、原子や鉱物や惑星の進化、生命体の進化に伴う天体間の移動などを説いている。
霊的進化と転生.
ブラヴァツキーはダーウィンが提唱した「進化論」から進化という概念を、インドやチベットの思想から「カルマの法則」と「輪廻転生」（再生）の理論を取り入れ再解釈した。
〈神智学〉では、キリスト教のように絶対者が霊魂の救済と罰を審判するのではなく、すべての行為が原因となって果報を生じる「カルマの法則」の普遍的な因果応報が人間を支配すると考えられた。自らの行為による結果を自分で引き受けるというカルマの法則により、人間は自身の運命を決めていく。この法則により、自らの努力により無限の精神の向上が約束されているとする（このような発想はインドの輪廻・業（カルマ）とは異なっている）。これには今生の生だけでは不十分であり、人生という「学びの学校」を、幾度となく再生（輪廻転生）を繰り返した「霊的進化」の終わりに、人間の「霊的な完成（高次の自己）」を想定し、最終的にマハトマ（偉大な魂）の境地にまで至るとされた。自助努力によって無限の精神の向上が可能であり、最後には「神」に近い存在に近づくことができるとし、キリスト教に替わって自己が自己を救済するというシステムを構築したのである。