その後関東では室町幕府と鎌倉府の対立、鎌倉府と関東管領の対立、扇谷上杉家と山内上杉家の対立、両上杉家と家宰（太田道灌や長尾景春）の対立が続いた。上杉禅秀の乱、永享の乱、享徳の乱、長尾景春の乱、長享の乱などの戦乱が起きた。伝統的な豪族層が支配する北関東から武蔵国の国府である東京都府中市を通って鎌倉に抜ける鎌倉街道はしばしば戦場になった。府中市の分倍河原の合戦等多くの歴史碑と文献が残っている。武蔵国は六浦や品川湊などの湊を抱え、西国や内陸部に広がる「内海」での交易を活発に行っていた。
近世.
近代.
明治維新とそれに続く東京奠都によって首都機能が山城国の平安京（京都）から、武蔵国の東京（旧江戸）に遷された。
徳川家の重要地で在った事から、明治維新時の廃藩置県では行政区域が細分化され、首都であった国府の東京都府中市は何度か配置県替え、分割に遭ったが、最終的には江戸と共に東京都を構成し、武蔵国は大きく分けて東京都、埼玉県及び神奈川県（川崎市と横浜市の大部分）に分割された。
近代の沿革.
細かい管轄区域の変更は各郡の項目を参照。
国内の施設.
国府.
全国で最も国府域の実態が明らかになっている。
神社.
延喜式内社
総社・一宮以下
一宮・三宮に関する議論
一宮以下については諸説ある。『神道集』以外の文献は以下の通り。
これらを基に、室町時代以降に氷川神社が小野神社に替わって一宮の地位を確立したのではないかとする説や、『延喜式神名帳』に「氷川神社：名神大社、小野神社：小社」とあることから、平安中期から氷川神社が上位にあるとする説がある。しかし現在のところ、氷川神社を一宮とする史料は中世までの間では見つかっていない。
総社の大國魂神社（六所宮）では、『神道集』（南北朝時代）に記載される「武州六大明神」を基にして、
を公式としている。
牧.
飛鳥時代
平安時代
地域.
郡.
領.