脊索動物 は頭索動物・尾索動物（被嚢動物）・脊椎動物を含むクレードで、一生のうち少なくとも一時期に鰓裂・脊索およびその背側に背側神経管を持つという形質を共有する。脊索は膨らませた細長い風船に喩えられる中軸器官で、脊索鞘という繊維質の頑強な膜に脊索細胞が包まれている。頭索動物および尾索動物がもつ内柱は脊椎動物における甲状腺と相同で、甲状腺は内柱の変化したものと考えられている。発生はさまざまであるが発生の一時期には肛門の後方に筋肉により運動する尾状部分があり、オタマジャクシ型幼生（）を経る。
尾索動物と頭索動物はかつてまとめて原索動物と呼ばれていた。ホヤ類と頭索動物はともに囲鰓腔を持ち濾過摂食を行うが、後者は肛門が独立して体外に開くことと雌雄異体であることで異なる。
脊椎動物から四肢動物を除いたグループは伝統的に魚類と呼ばれ、分岐分類学的には四肢動物は硬骨魚類に含まれるため、側系統群となる。同様に四肢動物は両生類、爬虫類、鳥類、哺乳類からなるが、このうち爬虫類は羊膜類から鳥類と哺乳類を除いた側系統群である。
分類の歴史.
アリストテレスの分類.
伝統的に諸民族で、生物は植物と動物に大別されてきた。古代ギリシアのアリストテレスは『動物誌 』などの著作において動物と植物の中間的存在を認めつつこの区分を採用し、感覚と運動の能力は動物にだけ見られるとし、霊魂の質的差異によって理論的に説明しようとした。さらに動物を赤い血を持つ有血動物（、現代の「脊椎動物」に相当）とそうでない無血動物（、現代の「無脊椎動物」に相当）に二分し、発生様式と足の数を主要な基準として体系的に細分した。アリストテレスはリンネ式階層分類とは異なり、全ての上位分類に「類 」を用い、有血動物を人類・胎生四足類・卵生四足類・鳥類・魚類に、無血動物を軟体類（、現在の頭足類）・軟殻類（軟甲類、、現在の軟甲類 に相当）・有節類（、現在の節足動物から甲殻類を除いた概念）・殻皮類（、現代の貝類に加え、ウニ類、ホヤ類を含む）に分けた。
リンネの分類.
リンネ以降.
かつて存在した動物門.
研究の進行、特に分子系統解析の台頭により解体または他の動物門の下位に吸収された動物門も多く存在する。詳細は各項を参照。
新しい動物門.
人間との関わりによる区分.
使役動物.