ヘリからミサイルが撃ち込まれ、ゲル状の物体を爆破させることには成功。イヴは「人間を繁栄させてきたのは自分たちミトコンドリアであり、人間は乗り物のようなものだ」「自分たちのために、人間は文化を発展させて生活環境を整えてくれた。今こそ人間に代わって、ミトコンドリアが地上を支配するときが来たのだ」と言う。
しかし、アヤのミトコンドリアは「人間の細胞の核と共存すること」を選んでおり、イヴは「アヤとは永遠にわかりあうことはないようだ」と言い、2人は戦闘へと突入する。激闘の末にイヴは倒れ、ゲル状になって溶けていった。
イブを倒して歓喜に沸く中、溶けたはずのゲル状の中から生命体が動きはじめる。ゲル状になったイヴの胎内から「完全体の赤ん坊」は生まれていたのだ。完全体の赤ん坊は、イブを遥かに超える強大な力を持ち、巡洋艦を次々と爆破させていく。兵士から脱出を促されるが、アヤは残って完全体と決着をつけることを決意する。
アヤのいる巡洋艦に乗り込んできた完全体とアヤ、ミトコンドリアと人間のどちらが生き残るのか、最後の戦いが始まる。完全体の赤ん坊は急速に進化を続け、異形の姿に変化してしまい、アヤの攻撃も通用しなくなってしまう。
ヘリの中で、苦戦するアヤを見守っていた前田は、「アヤの細胞の入った特別な弾丸」をアヤに届けたかったという。ダニエルはその弾丸を前田から受け取ってヘリから飛び降り、アヤに向かって弾丸の入った弾倉を投げ、ダニエルは発火しながらそのまま海へと落下する。
受け取った弾丸は絶大な効果を発揮したものの、なおも完全体はしぶとく生きており、ずるずると這いずってアヤへと迫る。アヤは巡洋艦のエンジンの出力を限界以上に上げて爆破し、巡洋艦もろとも完全体を撃破することに成功する。アヤは間一髪で海へと逃れ、ダニエルも発火したものの海へ落ちて無事だった。
エピローグ.
イヴの調査をした前田によると、幼い頃のアヤは右目が弱く、幼い頃に「マヤの角膜」の移植が行われ、マヤの角膜の細胞は「アヤの細胞との共存」を選び、イヴとは逆の進化を辿ったのだという。そのため、アヤにはマヤの幻影が、時折フラッシュバックするかのように見えていたのだ。マヤが、アヤの中で「イヴに対抗する力」を発揮してくれていたのだ。