「近江聖人」といわれた中江藤樹は、当初朱子学を学んだが、それにあきたらず、家父長的な家族倫理である「孝」を中心とした実践倫理を唱え、晩年には陽明学の致良知・知行合一の思想に近づいた。『陽明全書』に接した藤樹は日本で最初に陽明学を信奉した人物であり、近江小川村に建てた私塾藤樹書院では「藤樹規」の徳目が掲げられ、また、修養方法としては、同志が集会してたがいに切磋琢磨する「会座」が重視された。武士・農民問わず教育にあたった藤樹には『翁問答』『翁草』などの著作がある。彼は、禄仕を捨てて郷里にもどったその生き方にふさわしく、近世村落の新しい倫理を打ち立てようとしたのである。
朱子学が「性」と「情」を切り離して「性」は肯定するものの「情」を否定するのに対し、陽明学では「性」と「情」を切り離すこと自体を批判し、「心即理」を打ち出し、人欲を最終的に肯定している。この思想が江戸時代の諸文化にあたえた影響は予想外に大きいものといえる。
古学.
朱子学や陽明学のように後世の学者の解釈を通じてではなく、孔子・孟子の古典に直接たちかえって儒学を研究すべきであるという古学派もおこった。その嚆矢となったのが兵学者としても知られる山鹿素行である。
素行ははじめ林羅山に学んだが、『聖教要録』を刊行して朱子学を批判、具体的な生活規範を教える学問の必要性を説き、古代の聖賢に立ち戻るべきことを主張した。また、『武家事紀』では、忠信仁義の道徳を修養することによって天下の人倫を正すのが、労働に追われる庶民に代わる武士固有の職分であるという士道論を唱えた。このような素行の主張は幕府政治にそぐわない面があり、家綱を補佐した保科正之によって、朱子学批判の罪により播磨国赤穂に流され、旧主浅野家に禁錮の身となった。素行はまた、明清交替により、清王朝下の中国をもはや「中華」と見なすことはもはやできないとして、日本を「中朝」「中華」と見なすべきであるとの立場に立った。自叙伝に『配所残筆』がある。
江戸では、荻生徂徠が古文辞学を創始した。こうして文献学的研究は東西で隆盛した。