しかし、御館の乱を契機に武田勝頼は後北条氏を敵に回してしまった。上杉景勝には妹を娶らせて甲越同盟を結ぶも、その時の上杉家は内乱後の深刻な後遺症により上杉領国外への影響力を失っていた。
武田軍は対北条には特に上野戦線では有利に進むも、織田・徳川・北条と三方を敵に囲まれた中で過度の軍の出兵とそれに伴う財政的な支出で、武田領国は疲弊を深めていった。
また、この時の織田氏は畿内や北陸における一向宗との戦い（石山合戦）や西国の毛利氏との戦いに忙殺されていたため、しばらく軍を東へ向けることはなかった。しかし、織田信長の同盟者である三河の徳川家康は長篠の戦い以降、武田氏に対し積極的に攻勢を強めた為、これに応じる為、武田勝頼はたびたび軍の出兵を余儀なくされた。
そうした窮状の中、武田勝頼は信長とは人質として武田家に寄寓していた織田信房を返還し、また常陸国佐竹氏との同盟（甲佐同盟）を通じて和睦を試みたが（甲江和与）、織田信長との和睦は成立しなかった。
その後、織田・徳川連合軍は武田領国へ本格的に侵攻することになった。
この時、武田家は織田・徳川家などに対する相次ぐ出兵や「新府城」の築城にかかった費用を穴埋めすべく、尋常ならざる割合の年貢や賦役を領内に課していた。その結果、武田家領内の人々の心が徐々に武田勝頼から離れつつあった。木曾義昌もその1人であったが、武田勝頼の側も木曾義昌が秋山虎繁（信友）の支援に動かなかったため、木曾義昌に対して不信感を抱いており、両者の関係は急速に冷却化しつつあった。
甲州征伐において、織田信長・織田信忠の父子は伊那方面から武田領内へ、信長の家臣の金森長近は飛騨方面から武田領内へ、同盟者の徳川家康は駿河方面から武田領内へ侵攻することが決定した。関東の北条氏政へは甲州征伐の詳細は知らされなかった。その後、情報収集の末、北条氏政は伊豆、駿河方面から軍の侵攻を開始した。
織田軍の編成.
この「信忠軍団」は、主に東美濃に勢力を張っていた武田軍の影響を駆逐・排除する戦いをしていた。武田征伐時には以下のような陣容であった。
この出陣に当たり、織田信長は「今回は遠征なので連れていく兵数を少なくし、出陣中に兵糧が尽きないようにしなければならない。ただし人数が多く見えるように奮闘せよ」と書状を出している。