目的のためには自隊の隊士すら平気で捨て駒として利用したり、自身に旅禍の情報を教えようとしない一角を独断で処刑しようとしたりといった残虐で非倫理的な行動が目立ったが、破面篇以降、マユリは異常な冷血漢というよりは、非常に掴みにくいキャラクターではあるが、その実は隊長格に相応しい傑出した才覚と使命感を併せ持つ存在として再描写された。千年血戦篇においてもこの一面が強く描写されており、他隊の隊士などからインモラルであると見なされる彼の行動や戦術も、靜霊廷を護るという使命を貫徹するための彼にとって最善の選択であるという主旨が語られている。
過去.
尸魂界篇.
隊首会議で、一護らと対峙しながら仕留め損ねた市丸の責任を追及した。瀞霊廷侵入後、死神に変装していた石田と織姫を襲撃する。織姫の能力に興味を示し捕らえようとするが、石田に阻まれ対峙、疋殺地蔵の能力で追い詰める。しかしネムを捨て駒として扱ったことや、前述の目的・方法で宗弦を捕えていたこと、およびその末路を教えたことで彼の怒りを買い、卍解まで使用して応戦するも胴体部に即死してもおかしくないほどの大穴を開けられて倒され、自身の肉体を液体化させて戦闘から脱出する。藍染惣右介の裏切りが判明した時点で体は治っていたが、興味がないとして追うことはなかった。
破面篇.
当篇の戦いが終結した後は、虚圏で行われた戦闘データの収集と研究のため虚圏に通い詰めている。
死神代行消失篇.
千年血戦篇.
「見えざる帝国」が一時撤兵した後、一護にハッシュヴァルトに両断された卍解『天鎖斬月』の修復が不可能なこととその理由を伝える。戦況立て直しのため零番隊が瀞霊廷を訪れた際は、修多羅千手丸と嫌味を言い交わすなど何らかの因縁がある様子を見せた。一護たちが霊王宮へ向かった後は、ネムと共に局長室に籠って発明と吉良の治療に当たっていた。
これらの戦闘の中で、自らの研究者的興味とは別に、「瀞霊廷を護る」という護廷十三隊隊士としての責務を度々語る描写があるが、これらがマユリの本心であるのか、もしくは自らの非人道的な戦略を正当化するための建前であるのかは判断しづらい。六車や鳳橋を自身のゾンビとしたことで、「弄ぶような真似」と白哉からは批判されている。
斬魄刀.