征夷大将軍になっている大名がいる場合は幕府も諸勢力の一つとなる。大名討伐令や役職就任を受けるかどうかで、その大名との友好度が左右される。討伐令を出された大名は、他大名との友好度が軒並み低下する。また役職就任により名声も上がるが、幕府の権威が低下すればその上昇幅も小さくなる。
幕府を開いた勢力が存在しても、別の大名が新たに幕府を開く条件を満たした場合には朝廷は旧将軍を解任し、新たに条件を満たした大名が将軍宣下を受け、幕府を開くことになる。
本作は、シリーズで初めて江戸幕府がシナリオ開始時から存在するが、幕府役職は室町幕府のもののみが用意されている。
シナリオ.
また、オンライン通販で以下のシナリオを購入できる。
戦闘システム.
戦闘面ではこれまでの敵味方が交互にコマンドを出すターン制から、リアルタイムで指示を出し、指示に従い半オートで戦闘を行う、リアルタイムストラテジーの要素を取り入れたものになった。また各部将に「槍」「弓」「騎馬」「鉄砲」「大筒」「荷駄」という兵種が設定され、非所持の兵種の部隊は率いることができない。
以上のようにこれまでの信長の野望シリーズにはなかった新方式に変わった戦争だったが、敵総大将のみを狙い打ちにすればいい点など粗が目立ち、発売直後から不評だった。
また武将小隊を壊滅させるとPC版では即部隊壊滅だったのに対し、コンシューマー版では最寄の味方拠点もしくは退却ポイントへ壊走するようになるなど、システムが多少変更されている。
パワーアップキット.
無印からのゲームシステムの変更点は、無印では一度親密になった勢力とはなかなか下がらなかった友好度が時間経過とともに下がったり、ある宗派と親密になると他宗派とは交渉不可能になったりするようゲームバランスを変更可能になった。更にイベント頼りだった幕府担当時の大名討伐令発令や公家来訪時の朝廷工作がコマンドに追加された。また武将ごとに設定された出身国では合戦の間だけ統率が高くなる。その他の点でもシステム面がより強化された。