ただし、政令指定都市であっても、より大きな都市に近接している大都市などでは出店が少ない。
そのため、近隣に店舗が無く、来店が不可能ないしは困難な地域（離島、山村などの過疎地、都市部から離れた地域）の住民は、通信販売やインターネットオークションなどによる購入を余儀なくされている。
二次創作にまつわる問題.
現在流通している同人誌の主流は、「オリジナルの商業作品」の中身を借りた「二次創作」と呼ばれるものが大半を占めている。しかし、このような二次創作である同人誌は実際のところ著作権法上はグレーゾーンの位置にあり、権利的な立場としては非常に弱い。実際のところとして、コミケット準備会が過去に発した「同人誌がファン活動の一環であり、著作権者の利益を損なうものではない」というアピールの他、商業誌が同人界から多くの人材発掘を行なってきたことなど「持ちつ持たれつ」の関係を背景に、著作権者と同人界の「相互の暗黙の了解」という形であえて曖昧なままにされ、同人側のモラルと自制に任されていた部分が少なからずあったのも事実である。
二次創作は、特に性的描写を含む成年向け同人誌を描く場合、著作権侵害による警告や訴訟提起を受けやすいなどといったリスクを抱える反面、一般向けとして描かれる場合、極度に反社会的な描写や著作権者への中傷や風刺、著作物の丸写しでない限り、あまり問題にされることは少なかった。しかし、著作権を巡る価値観の変化への対応や、ビジネス上必要な著作物のイメージ保護の対応が求められる現在では、著作権者は二次創作をただ野放しにすることはできなくなっている。他にも多くの人気作品の著作権を握るメディアミックス関連企業や玩具メーカーがその企業活動のために二次創作に対する判断をいつどのような形に変更してくるかなどは、企業の経営方針など内部情報に属する要素も絡むことで、同人サイドにとっても極めて予想が難しいことであり、たとえ「今後も同人誌は安泰か？」と聞かれても同人イベントに参加している当事者たちでさえ「判らない」としか返答できない面がある。
実際、過去にガレージキットの分野では、多くの人気作品の版権や著作権を持つある企業が、自社でイベントの主催を始めたのを契機に、競合する他社の主催イベントでは自社や子会社が絡む著作権の版権利用を事実上許諾しなくなった事例がある。