学会や学術雑誌、文科系と理科系の別により用語にかなりの差異があるが、主に理科系の場合以下のような区別が一般的である。一般に論文といった場合ジャーナル、レター、レビューを指し、さらに狭義にはジャーナルのみを指す。この他にもジャーナルの分類として様々な形式を採用している学術雑誌がある。
学位請求論文.
文字通り、学位取得のための論文。
卒業や修了において、論文の提出が必須とされる場合がある。特に学位取得を修了要件とする大学及び学位課程はその主たる存在である。卒業論文や修士論文では提出後に発表会や公聴会が開かれ、執筆者による口頭発表の後に、合否の判定が行われることが多い。博士論文では、通常、提出後の口頭試問（英: defence）や語学試験が必須で、論文と併せて合否が判定される。卒業論文では研究の内容や独自性のような価値を重視するよりも、研究論文の書式に従って成果をまとめる訓練として認識されることがしばしばである。なお日本では単に「学位論文」・「学位請求論文」という場合は、博士論文のことを指す。
小論文.
入学試験、入社試験などで合格者を絞り出す判定に用いるため、受験者が「私の夢」「私の仕事観」など一定のテーマについて論理的に文章を作成するものは小論文と呼ばれる。ただし、一般の学術論文のような章の構成を持つことは少なく、作文に近い体裁である。小論文では「字を綺麗に書くこと」「誤字・脱字はないか」「作文としての体裁は保たれているか」、「全体的にテーマに沿った内容となっているか」なども含めて、総合的な面を評価される。公務員試験における小論文は、個人の経験に結びついた価値観よりも、行政官として必要な社会科学的素養が問われる設問になっていることが多く、教養論文という科目名をつける機関もある。
論文試験.
体裁.
論文の書き方については、参考となる多数の文献がある。その概要は次のようなものである。
査読制度.
学術雑誌に掲載される論文の多くは、査読制度によって内容の判断が行われる。研究者の業績評価においては、査読のある論文と、査読の無い論文を区別することが通例である。