フィールドが斜投影図法で描かれ、コントローラーの十字キーの上下と左右を同時に押すことで斜め方向に移動できる。フィールド上には当時のRPGで一般的だった町などのシンボルは存在せず、町とフィールドが同じスケールで描写されている。
戦闘で敵を倒すごとに主人公の父親（パパ）が主人公の銀行口座にお金を振り込み、必要の際はそこからお金を引き出して使用する。また、主人公の妹・ミニーに道具を一定数預けることができる。
主人公たちが扱う武器の等級は、一般のRPGのように「鉄の○○」「銀の○○」などと材質で表すのではなく、「普通の○○」「いい○○」などと表現する。これは、材質名を用いないことで陰惨なイメージを和らげようという糸井の狙いがある。この考えは以降のシリーズでも継承されている。
ハードの性能向上に伴い、グラフィックが前作よりも精細になった。大山功一がアートディレクターを務めている。
作曲は、前作に続き鈴木慶一と田中宏和が担当。戦闘曲はジャズやロックを用いた前作から一転し、テクノサウンドが前面に押し出されている。
フィールドの描写が前作までの斜投影図法から正面見下ろし型（トップビュー）になっている。フィールド上ではダッシュが可能になった。
物語が章仕立てになっており、その都度メインとなるキャラクターが変わる。その総数は、直接操作できないノンプレイヤーキャラクターも含めるとシリーズ最多である。
戦闘ではBGMに合わせてテンポよくボタンを押すことで敵に連続してダメージを与えることができる。このシステムを「サウンドバトル」と呼んでいる。敵を眠らせることで鼓動が聞こえ、リズムをとりやすくなる。敵に与えたダメージは、これまでのシリーズのようなメッセージ枠内ではなく、敵の上部に数字のみ表示される。
敵を倒した際には「DP」と呼ばれるお金のようなものが手に入り、各地にいる「カエル」のもとに自動的に振り込まれる。また、フィールド上にいる「あずかりやのおじさん」に道具を預けることができる。