駆け付けた未希たちの前で目を閉じて力尽き、その後に駆け付けたゴジラが自らのエネルギーを分け与えてもほとんど反応せず再び目を閉じて死亡したかに思われたが、ゴジラのメルトダウンによって大量に放出された高濃度の放射能を吸収して蘇生し、完全なゴジラへ急成長を遂げた。ラストは、ゴジラの死を覆い隠す霧の中から完全なゴジラとなったジュニアが姿を現して咆哮し、「ゴジラを襲名する新たな『始まり』」のシーンで、平成VSシリーズは終幕となる。
制作.
公開当時はゴジラジュニアの存在は公開日まで極秘とされ、一般には明かされなかった。宣伝担当の大野浩は、「ゴジラの死」を主軸に宣伝するためには露出を減らす必要があり、特にゴジラの後継者であるジュニアは見せないほうがいいだろうとの考えであったと述べている。ただし、宣伝方針が決まる前に制作された生頼範義のポスターイラストにはジュニアが描かれてしまっていた。
デザイン（ジュニア）.
デザインは西川伸司と岡本英郎。ゴジラと恐竜の中間をイメージしてデザインされた。皮膚の質感はゴジラと同質のものとなっている。西川によるデザイン画では、設定身長が昭和のゴジラに近いことから、背びれの並びを昭和と同一にしており、中央の背びれのみを大型にしている。
川北は、翌年に公開を控えていたハリウッド版『GODZILLA』のゴジラをイメージして恐竜の要素を取り入れたといい、当時は秘匿されていたハリウッド版のデザインを暗示させていたと述べている。グリーンの体色も、アメリカでのゴジラのイメージを意図したものである。
成長した新ゴジラのデザインも起こされていたが、予算やスケジュールの都合からバーニングゴジラのスーツを黒く塗装したものを使用して撮影された。
造型（ジュニア）.
造型は東宝特殊美術。雛型は小林知己が製作した。
撮影・演出（ジュニア）.
スーツアクターは破李拳竜。
デストロイアとの戦いでは赤い血を流しており、まだ核の影響を受けきっておらずゴジラよりも恐竜に近い存在であることを示している。