神智学協会はキリスト教の神のような「人格神」を立てないが、フレデリック・ルノアールは、〈神智学〉は一種の有神論と一種の「個人的自我」への信仰であると述べている。岩本道人は、『シークレット・ドクトリン』における真にオリジナルな教説は、聖なる数字とされてきた「七」を用いたオカルト進化論の単位とも言える「周期（ラウンド）」と、「根源人種（ルート・レース）」の神秘的人種論の二つだけであると述べている。岩本は、『シークレット・ドクトリン』の特質をなすオカルト進化論は、その二つの理論を除いてサンスクリット語の装飾を落とせば、一昔前のアルフォンス・ルイ・コンスタン以来の西洋近代オカルティズムの伝統であるカバラの上に成立しており、その独特の人種論もフランス人オカルティストたちに起源があると指摘している。吉永と松田は、フランスの秘教家などとの類似が指摘されるものの、極めて独自な思想であると述べている。
岩間浩は、〈神智学〉および神智学協会の特質を、次のようにまとめている。
取り入れられた宗教・思想.
神智学協会の〈神智学〉は、「西洋伝統思想」に仏教など多様な宗教・思想を折衷して作られた。マハトマ（秘儀参入者）が伝承してきた教えは、様々な宗教や神秘思想とオカルトの源泉であり、真理はそれらのなかにも断片として表現されているが、〈神智学〉はその教えを純粋に復原したものと主張される。
とは言っても、すべての宗教を同列とみなしたわけではなく、ユダヤ教は忌まわしい代物で（好意的な引用もある）、キリスト教はイエスを除けば何の値打ちもなく、イスラム教も数人の神秘家を除けば同様であるとし、その叡智が宿るのは「人類の魂のゆりかご」インドであるとした。
特に仏教への偏愛が著しく、もっとも完成されたものと判断した。ただし、その仏教は、大衆の間で実践され学者が研究してきた「顕教的な（外面的な）仏教」ではなく、「秘儀伝授を受けたもの」のみに伝えられてきた「秘教的仏教」であり、彼らの言う「顕教的な仏教」には重大な誤りが含まれており、無学な大衆向けのものであるため、宇宙の意味や人間の運命にかかわる究極の英知は含んでいない、という。