また縄文草創期に遡る可能性のある資料として、山形県高畠町日向洞窟遺跡から採集された大型軸椎がある。
縄文犬の特徴.
現生の日本犬では柴犬のほか、北海道犬、琉球犬など本州から離れた場所にいる犬が、縄文犬の特徴を強く受け継いでいると言われ、又カナダ原産のラブラドールレトリバーも縄文犬の特徴を受け継いでいると言われる。
ニホンオオカミとの関係.
日本列島におけるニホンオオカミ・エゾオオカミの家畜化については形態学的見地から否定されている。ニホンオオカミと縄文犬はサイズが異なるのに対し、縄文犬と中国・朝鮮半島の古代犬は類似していることから、縄文犬は大陸由来と考えられている。また、DNA分析からもこの説が支持されている。縄文時代の遺跡においてオオカミ骨の出土は少ないが、千葉県千葉市の庚塚遺跡から出土した牙製垂飾はオオカミ上顎犬歯を加工しており、加工品として用いることがあったと考えられている。
縄文犬の用途.
縄文犬と当時の人間との関係については多くの研究があり諸説ある。
縄文犬の用途は主に、縄文時代の主要な狩猟獣であるシカ・イノシシの追跡・捕獲に用いていたとするのが定説となっていた。形態学的にも縄文犬は歯が脱落して歯槽が閉鎖した部分が見られ、現代のイノシシ猟におけるイヌの歯の欠損状態と類似することが指摘される。特に犬歯や小臼歯の損傷は、狩猟によるものであると考えられている。また、縄文犬は縄文以降のイヌと比較しても歯の欠損や肋骨や四肢骨の骨折・関節症が多く、こうした特徴から狩猟により使役された痕跡であると考えられている。なお、荷役や牽引などに使役された痕跡は見られない。
縄文犬と弥生犬.
弥生時代には稲作農耕に伴い大陸からブタ・ニワトリなど家畜が導入される。弥生時代のイヌは縄文犬と同様の小型犬であるが、額段や頬骨弓の形質が異なり、ユーラシア大陸の新石器時代の遺跡から出土するイヌと共通の特徴を持つことが指摘される 。日本列島では愛知県の朝日遺跡から出土したイヌに中間的な形質を持つものが見られ、縄文犬と弥生犬が同時に飼育されていたとも考えられている 。弥生犬は大陸で飼育されていたイヌが導入されたとする説と、縄文犬の形質が変化したとする説がある 。