一方、戦い続ける薫の前に宗次郎が現れ、隙を突いて拉致する。それを目撃した剣心は宗次郎を追い、その先に巨大な甲鉄船を発見。この巨船こそ志々雄一派が身を隠していた軍艦「煉獄」だった。剣心はすぐに船に乗り込むが、人質とされた薫に身動きが取れなくなる。剣心は志々雄と剣を交えるが、十本刀の佐渡島方治が薫を海原へ蹴り込む。剣心は咄嗟に志々雄の刀をかいくぐり薫を追うように嵐の海原へ飛び込む。
海原に飛び込み、気を失って砂浜に打ち上げられていた剣心は謎の男に救出されるのであった。
伝説の最期編.
目を覚ました剣心は、その名と剣技を与えてくれた師匠である比古清十郎と久しぶりの再会を果たす。比古は偶然見つけた剣心を救い、作陶工房を兼ねた自宅に運んだのだった。剣心は志々雄を止めるために飛天御剣流の奥義伝授を願い出る。
そのころ、煉獄が東京湾に到着。志々雄は大久保の後任者、伊藤博文を呼び出し海岸で会合を行う。都合の悪いことは全て闇に葬る伊藤の政治のやり方に「俺を焼いたのも政治なのか」と問いかける。志々雄はかつて体を焼かれたせいで自身の体は発汗が出来なくなり、生きているのも不思議な高熱を常に宿す肉体と化したのだ。志々雄に「命が惜しければ剣心を探し、民衆の目の前でさらし首にしろ」と恐喝された伊藤は、政府に剣心の指名手配を命じた。
一方、葵屋では、左之助と弥彦が剣心と薫の安否を心配していた。京都にも剣心の指名手配の情報が入り左之助は激怒するが、弥彦は剣心がまだ生きているという証拠で、きっと薫も一緒だと希望を持つ。その時、葵屋に届けられた手ぬぐいを持ってきた客から事情を聞き、病院へ行くと昏睡する薫の姿があった。
剣心は奥義を伝授してもらうべく、師匠に木剣で挑みかかるが全く刃が立たず軽くあしらわれていた。それでも剣心は命を引き換えにしてでも奥義を会得しようとするも、比古は愚かだと首を振り、今の自分に欠けているものを理解するよう告げられ悩み考える。