二次純水は不純物の除去処理を行った後、再度ループ配管に循環させるか、一次純水と合流させる。実際には、超純水がユースポイントで使われて二次純水が減った分だけ、一次純水がシステムに補給されるようにして、一度超純水となった水を有効に活用しようとする場合が多いが、業界ではこの一次純水以降の超純水製造・供給システムを、二次純水が循環することを指した呼び名である「サブシステム」と言い表すことが多い。
最近の半導体素子や液晶パネルなどの大規模な工場では、コスト節減や省資源化による環境保護を目的として、二次純水はもとより、原料の純水を造る際に逆浸透膜などから排出された水や、ユースポイントで洗浄に使用された超純水も全て回収・再利用し、排水の放流を極限まで減らすようにしている（ゼロエミッション）例が多い。
小型簡易精製装置.
研究室で使用される高純度の求められないものは、内部がカートリッジ化されているものがほとんどで、メンテナンスフリーが前提となっている。脱塩装置の再生や膜の洗浄などをユーザーが行うと水質を保証できないためで、費用は高くつくが新鮮な超純水をいつでも使える便利さが特長となっている。
ただし、小型装置ではタンク内に貯蔵されている超純水の管理はユーザーが行う必要があり、長時間放置すると水質が低下するため、注意が必要である。基本的に貯蔵はせず、精製して直ぐに使用しないと、空気中の物質や貯蔵タンクの材質を微量に溶解してしまうため、実験結果に悪影響を及ぼしてしまう。
用途.
超純水は比較的安価で環境負荷が小さいことから、洗浄水、溶媒としての利用が多いが、それ以外にも、特徴的な用途が見出されている。
性質.
超純水が有害であるという俗説が根強くある。超純水を摂取すると体内のミネラルを奪い、その反応として下痢を引き起こすというが、そのようなことはない。
超純水とは高度に精製された水の「状態」を意味し、何らかの物質や核種を指すものではない。つまり「コップに採った超純水状態の水を飲用する」ことは可能だが、体内に入ったコップ一杯分の水を、超純水状態に維持し続ける事は不可能である。従って、飲んだ超純水が腸管粘膜に与える影響、などというものは存在しない。歯が脱灰するという話もあるが、砂糖の摂取や唾液による再石灰化と比較する限り無視できる。