そうした内紛の対応に追われている間に南関東の後北条氏が虎視眈々と勢力を拡大し、北関東へと侵攻を仕掛けてきた。結城氏、小田氏、那須氏、壬生氏といった勢力は後北条氏に従い、佐竹氏や宇都宮氏、小山氏といった勢力は越後国の上杉謙信、南関東の里見義堯と連携し、北条氏康・氏政父子に抵抗した。一方、佐野昌綱、皆川広照、由良成繁といった一部の小大名は上杉謙信を盟主とした連合軍と後北条氏の間を離反と降伏を駆使して命脈を保った。後北条氏の侵攻により山内上杉氏、小山氏といった勢力は没落し小田氏、壬生氏、皆川氏、佐野氏、由良氏といった勢力は最終的に後北条氏に従属する形となった。また、上野国には甲斐国の武田信玄も侵攻を仕掛けており、主君無き後も山内上杉家臣の長野業正が侵攻を食い止めていた。そんな状況下で常陸国の佐竹義重が頭角を現し、反後北条氏連合の盟主を務めつつ奥州方面に勢力拡大するなど佐竹氏は北関東の中心勢力へと成長することに成功。反後北条氏連合は豊臣秀吉による小田原征伐まで後北条氏による侵攻に激しく抵抗していった。
また、戦国時代の北関東では大田原資清、大関高増、壬生綱房、芳賀高定、大田原綱清、福原資孝、芳賀高経、由良成繁等、多くの謀略家が活躍しており、暗殺や下克上が頻繁に起こっていた。
小田原征伐後、豊臣秀吉による宇都宮仕置により、こうした関東地方の文化を築いた諸名家（足利氏、上杉氏、武田氏、小山氏、小田氏、大掾氏、壬生氏、江戸氏等）は支配的地位から退くことを余儀なくされた。一方で佐竹氏、宇都宮氏、結城氏、那須氏、皆川氏、由良氏、大関氏、大田原氏、岡本氏等は所領を安堵され豊臣大名へとなっている。しかし、豊臣大名として残れた勢力も決して安泰ではなく、宇都宮氏のように改易されたり、佐竹氏、結城氏のように豊臣大名から近世大名へと移行する間に江戸幕府の命で北関東の地から去ることとなった勢力もいた。