『太平記』によると尊氏のほか、後醍醐天皇・阿野廉子とも反目し、尊氏暗殺のために配下の僧兵を集めたが、暗殺は叶わなかった。朝廷は護良親王の盟友・楠木正成を遠ざけるため、北条残党の反乱や、新政に不満を持つ大和・摂津・紀伊等の武家の鎮圧を命じた上で、護良親王が皇位簒奪を企てたとして征夷大将軍を解任。上意を受けた名和長年・結城親光らによって、護良親王は部下の南部氏・工藤氏らと共に捕らえられた。その上で足利方に身柄を預けられて鎌倉へ送られ、鎌倉将軍府にあった尊氏の弟・足利直義の監視下に置かれたと述べられている。
その一方、『梅松論』では、兵部卿の護良親王は後醍醐天皇の密命を受け、新田義貞・楠木正成・赤松則村と共に尊氏を討つ計画を企てたが、尊氏の実力になかなか手を出せずにいた。同年夏、状況が変わらないことに我慢がならなくなった護良親王は令旨を発し、兵を集めて尊氏討伐の軍を起こす。尊氏も兵を集めた上、後醍醐天皇に謁見し、護良親王の行いについて上訴した。後醍醐天皇は「これは親王の独断でやったことで、朕には預かり知らぬことである」と発言し、護良親王を捕らえ、尊氏に引き渡したと述べられている。
鎌倉に流罪.
護良親王は内を通じて、帝位を奪う事などは全くの誤解であると伝奏役に渡して帝に上奏するよう申し渡した。いずれにせよ父・後醍醐天皇との不和は、元弘の乱に際して討幕の綸旨を出した天皇を差し置いて令旨を発したことに始まると言われ、皇位簒奪は濡れ衣であると考えられている。足利氏寄りの歴史書『梅松論』に拠れば、「武家（足利尊氏）より君（父帝）が恨めしい」と述べたという。
北条時行挙兵（中先代の乱）と最期.
護良親王の予測通り、足利尊氏は勢力を拡大した。護良親王の死によって、後醍醐天皇を取り巻く力は著しく削がれ、南北朝の内乱へと突入していく。
死後.
『保暦間記』では、護良親王に同情する姿勢は見せつつも、冷淡に「是偏ニ多クノ人ヲ失給ヒシ悪行ノ故トソ見エシ」と述べている。これは、特別護良親王に対して冷淡だったのではなく、一般庶民や民間の知識人、宗教者にとっては、戦闘階級や為政者全体に対する言いようのない嫌悪感があったと考えられる。
宮内庁が管理する公式の墓所は神奈川県鎌倉市二階堂の理智光寺跡で、入口から長くて急な石段を登りきった丘の頂上にある。妙法寺にも墓がある。