このほか、一般的には地下鉄として認められないが都市部に地下区間を持つ鉄道路線を紹介する。ただし上記鉄道統計年報における地下鉄事業者・地下高速鉄道整備事業費補助制度の適用路線と重複する路線を除く。
旧・都市交通審議会答申において地下鉄路線と一体的に整備する対象とされた路線.
旧・都市交通審議会（現在の交通政策審議会）の答申により、都心部の地下鉄と一体的に整備されるべき都市高速鉄道として挙げられた路線である。都市計画行政上は地下鉄と一体で「都市高速鉄道第○号線」または「東京○号線」のように呼ばれることがある。ここに記載された区間は直通先の（狭義の）地下鉄路線と同様の規格となっている。
他路線とは異なる地下鉄規格で整備され地下鉄路線の延長として一体的に運行される路線.
地下鉄から延伸された末端区間を民間の別事業者が経営しているものである。直通先の（狭義の）地下鉄路線と車両や路線の規格上は同一で、運行体系も一体的なものとなっているが、旅客案内上は地下鉄としては扱われていない。
地上路線の地下区間.
以下の路線・区間については連続立体交差事業や新線建設などで整備された、地下駅を備えた地下区間を有する。ただし旅客案内上は地下鉄と見なされることはなく、単なる地上路線の地下区間である。
地下鉄直通の接続駅.
以下は（狭義の）地下鉄路線との接続駅付近の地下区間で、地下鉄側の事業者により接続駅の駅業務を担っている場合である。ここまでの一覧に取り上げられていない区間を挙げる。
構造.
地下鉄駅.
日本の地下鉄駅の災害などに備えての対策は、世界的に見ても非常に盛んである。その背景には交通営団時代の地下鉄サリン事件が関係している。
東京では墨田区・江東区・江戸川区などの海抜がマイナスのいわゆるゼロメートル地帯を走行する、東京メトロ東西線・都営地下鉄新宿線などに、防水扉が設けられている。
また、著しく利用客の多い駅では、島式のホームを方向別に千鳥状に分けることによって、利用者の混雑を抑えるところや（例:名古屋市営地下鉄東山線名古屋駅）、新規にホームを新設して方面別に分離する（例:東京メトロ銀座線新橋駅）といった対策がとられている。