ところが、明治以降の近代になると、この状況が急激に変化する。土木技術の進展に伴う水路のコンクリート護岸化や、堰による水路の分断、暗渠化による日光の遮断、田畑での農薬利用などにより、稲作と共生してきた生物はその生活環境が激変し、生命が脅かされることとなる。さらに近年の都市化による生活排水・工業排水の流入や田畑の宅地化が追い打ちをかけ、その結果、かつてありふれた存在であったメダカやタガメなどが日本人の生活から姿を消し、さらには食物連鎖でその上位にいたコウノトリやタンチョウなども姿を消し始めた。それぞれ現在では絶滅が危惧されるまでになり、トキのように一時は絶滅した種もある。裏返せば、彼等はそれだけ日本人の稲作文化と共生していたのである。
メダカ等の絶滅危惧種指定は、稲作文化が支えた生態系の存在を日本人に認識させることとなり、現在はたとえば兵庫県豊岡市でコウノトリが生活できる稲作環境を保全するといった取り組みにつながってゆく。経済と生活環境の共存は、現代社会における課題の一つとして認識され、各所で取り組まれはじめている。
日本住血吸虫の感染源としての用水路.
生態系や生物多様性の保全という観点とは別に、日本の用水路のコンクリート化は単なる自然破壊ではなく、明治以前には原因不明の風土病として恐れられた住血吸虫症の原因寄生虫である日本住血吸虫の撲滅のために行われた施策である事を理解する必要もある。
住血吸虫症は、通年で水に浸り続ける素堀の用水路に生息する特定の巻貝を宿主とする吸虫類が、用水路や水田内に入った人間やその他の大型哺乳類に寄生する事で発症する病気である。感染の度に肝臓に障害が蓄積し、最終的には肝硬変や肝癌により死に至る。日本を含む東南アジア全域に分布する寄生虫であり、今日でも東南アジアにおいては深刻な風土病として猛威を振るい続けているものである。
これにより、日本は住血吸虫症を撲滅した唯一の国ともなった。
用水路への転落事故.