合併する際の自治体の新名称は上述の通り法定合併協議会において決められるが、その候補の選定にあたっては公募が行われることが多い。公募は特に合体（新設合併）をする場合に多く行われ、合併対象市町村の住民を対象にする場合、住民と通勤通学者、出身者を対象にする場合、居住地域を限定せず全国を対象とする場合などがある。
合併後の新自治体の名称は、合併に加わる自治体のうちのひとつの名称を採用する場合と、新たな名称を採用する場合とに大別される。一般に、編入（編入合併）においては編入する側の自治体の名称が採用されることが多い。新たな名称を採用する場合、旧自治体名の使用を避け、旧郡名などの広域地名（例：千葉県匝瑳市やいすみ市）や合成地名（例：茨城県小美玉市）、方角地名（例：香川県東かがわ市）が採用されることが多い。対等合併で既存の自治体の名称を採用する場合、編入合併の印象を与えないよう、ときがわ町（埼玉県）やたつの市（兵庫県）のように表記が変えられることもある（ひらがな・カタカナ地名）。
合併後の名称が問題となった例.
合併後の名称の問題が原因で廃案となった例は、南セントレア市（愛知県）、あっぷる市（青森県）、平泉市（岩手県）、白神市（秋田県）、はながさ市（山形県）、中央アルプス市（長野県）、武南市（埼玉県）、桜宮市（同）、彩野市（同）、安土市（滋賀県）、西和市（奈良県）、さざなみ町（長崎県）などがある（詳細は各記事参照）。
新名称に賛否が分かれたが採用した例は、にかほ市、さいたま市、あきる野市、つくばみらい市、常総市、みどり市、西東京市、中央市、甲州市、南アルプス市、伊豆市、伊豆の国市、丹波市、四国中央市、南九州市などがある。
一方、新名称に批判が続出するなどして、名称を再検討した例としては以下の例がある。
また、合併後に改称した例としては共に昭和の大合併時で青森県大湊田名部市（むつ市に改称）、徳島県鳴南市（鳴門市に変更）、千葉県東葛市（柏市に変更）、福岡県宇島市（豊前市に変更）がある。
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ストーリー.
登場人物.