また、Suicaエリア内の駅から入場し、他社線に磁気きっぷで乗り換える際には、連絡用自動改札機へ先に磁気きっぷを投入し、その後Suicaをタッチすることで連絡用自動改札機を利用できる（一部改札機を除く）。
入場駅・出場駅の両方がSuicaが使える駅であっても、エリアをまたいだ利用はできない。また、一旦Suicaエリア外を使用する場合でも「Suicaエリア内だけを通過した場合の最短経路」を利用したと見なして計算されるため、実際の乗車経路よりも割高な運賃を差し引かれる場合がある。
新幹線に乗り換える場合の運賃自動精算.
具体的には、Suicaで入場し、乗換駅にある新幹線乗換改札機で、新幹線で使用する乗車券を投入、次にSuicaをタッチすると、乗換駅までの運賃が自動精算される。なお、新幹線で使用する乗車券の発駅が特定都区市内（東京都区内・東京山手線内・横浜市内・仙台市内）に該当する場合は、特定都区市内との境界駅までの運賃で自動精算される。また、特定都区市内の駅からSuicaで入場し新幹線に乗り換えた場合は、新幹線乗換駅でSuicaの入場情報が自動的に取り消される（最初から新幹線の乗車券で入場したのと同じ処理がなされる）。なお、新幹線乗車券の発着駅が最初から特定都区市内にある場合は、Suicaを利用しないようアナウンスされている。
グリーン車Suicaシステム.
IC企画乗車券.
これらのIC企画乗車券でフリー区間外にまたがって利用した場合、乗車経路にかかわらず乗車駅または下車駅から最短となるフリー区間出入口駅との区間で精算される。例として、都区内パスまたは東京フリーきっぷを搭載したSuicaで利用当日に大宮駅から上野駅まで利用した場合、大宮駅から最短の出入口駅である浮間舟渡駅までの運賃がSuicaのSF残額から精算される。
タッチでエキナカ.
利用に際しては、以下の条件がある。
バスでの利用.
Suicaエリアのバスはジェイアールバス関東とジェイアールバス東北の一部路線のみである。