五島列島奈留島（五島市奈留町）の火葬場の裏には現在も聖母マリアの姿をした墓がいくつも置かれている。五島列島ではかくれキリシタンの組織は大半が既に解散してしまい、信仰の道具の一部が福江島の堂崎天主堂キリシタン資料館に収蔵されているが、いまも福江島や奈留島、および中通島（旧南松浦郡若松町）にわずかに組織が残っていて信仰が受け継がれている。
平戸島では、かくれキリシタンの集落単位の信仰組織は全て解散・消滅してしまったが、地元の殉教者・殉教地はいまも大切に崇められていて、カトリック教会と合同で慰霊祭が継続して行われている地区もある。また、代々信仰の対象となってきた聖画・聖具などの一部が平戸市切支丹資料館に収蔵されているほか、いまも各家庭で聖画等を保管して個人的に信仰を受け継ぐ信者もいる。
そして生月島では、現在最も多くかくれキリシタンの組織が残っており、独自の信仰行事がいまも伝承されている。平戸市生月町博物館「島の館」には、生月島のかくれキリシタンが信仰の対象としてきた「納戸神」の一部が展示されているほか、かくれキリシタンの人たちによるオラショがCDに収録されて出版もされている。
カトリックに戻らないかくれキリシタンが存在する理由.
禁教令が解かれた以降もカトリックに戻らないかくれキリシタンが存在する理由については、様々な要因が考えられている。主なものとしては、次などが挙げられている。
カモフラージュであったはずの仏教や神道の信仰が強くなってキリスト教の信仰理解が失われてしまい、かくれキリシタンにとって先祖が伝えてきたキリスト教起源の祈りや行事を絶やすことなく継承していくことが大切であって、たとえ本来のキリスト教の意味は理解できなくなっても、継承こそ先祖に対する子孫の務めと考えられている。また、明治初期のカトリック教会による宣教の際には、前述の浦上四番崩れなど直前にあった激しい迫害や差別を恐れたり、当時のカトリックの教義が厳格であったりしたため容易に戻って行けなかったことなども、理由として考えられる。