奉行の暗殺に成功した翌日、主人公はその存在を邪魔に思った半左衛門の罠にはめられ、保野が率いる同心たちの襲撃を受ける。返り討ちにされ命乞いをする保野と手を組むことにした主人公は、自身の抹殺に現れた京次郎も味方につけ、襲名披露の場で孤立した半左衛門を亡き者にし、青門組の新たな支配者となる。
かすみルート.
青門組に入った主人公は、仁義を重んじた先代組長の娘、天原のかすみと知り合う。先代亡きあと組の実権を握った高沼の半左衛門が素魔を売りさばき、民を苦しめていることが許せないかすみは、強引な取り立てから民を救う行動をとった主人公を見直し、主人公も素魔に苦しむ者を懸命に励ますかすみの強さを見る。天原祭りの夜、半左衛門の依頼で奉行の暗殺に加わった主人公は、半左衛門を倒そうとして失敗したかすみの味方につくことを選ぶ。
主人公は、みずからの弱さを嘆くかすみの力となることを約束し、かすみも任侠の道を歩む覚悟を決め、堅気の女としての自分を主人公に捧げ、一夜をともにする。主人公はかすみとともに半左衛門を討って襲名披露を見届けると、かすみの命を狙う残党の陰沼京次郎を探し出して倒し、天原の地を去る。
無所属ルート.
薬売りの九三郎による案内を受け、主人公は商人の紅屋角兵衛から高沼の半左衛門もしくは黒羽三河守義隆（これまでのゲームの進めかたにより、どちらか一方）の暗殺を依頼される。これを果たすと紅屋は、自分が幕府の密偵であることを明かす。主人公は紅屋の誘いに応じて幕府に仕えるか、断ってふたたび流浪の身となるかを選ぶことになる。
登場人物.
掛け声などしかなかった前作とは異なり、本作におけるイベントの会話はフルボイスとなっている。前作の制作後半からフルボイスにしたいという意見があり、本作の制作にあたってこのことは即決であったという。
天原奉行所.
天原の東側に位置する場所にある。治安を守り住民たちにも信頼されていた奉行所だが、幕府の「お取り潰し」政策が始まって以来、それまでの性質が一変した。
工業地域
工業地域（こうぎょうちいき、）とは、工業活動の集積がみられ、景観・機能の観点で工業活動が特筆される地域のことである。工業地域では、工業的土地利用が卓越するほか、工場間での分業ネットワークが発達している。また、特に規模が大きい場合は工業地帯（こうぎょうちたい）ともよばれ得る。