フジモリは、大統領に就任すると大規模な経済改革を実行した。国際通貨基金 (IMF) による詳細な指導を基に、様々な国有財産の売却、国内法の改正、外国資本の石油、天然ガス、鉱物資源への投資を積極的に誘致した。これらの政策によってペルーのマクロ経済は安定を取り戻し、ガルシア政権下で落ち込んでいた外国との貿易額も劇的に改善した。のちに、この改革は「フジショック」と呼ばれた。
これらの政策を円滑に進めるため、鉱物・石油資源の開発計画を指導する部局を政府内に設置した。それまでは環境法により一元的に決定されていた化学物質の排出規制、廃棄物の処理手続きなどは、この組織によって開発プロジェクトごとに決定された。同時に国立公園、アンデス山脈地域、アマゾン川流域など保護地区での開発規制を撤廃した。
議会閉鎖と憲法破棄.
フジモリは議会と伝統的政治とを通じた「大衆（ポピュラリティー）の危機」を利用して、これが国家の問題、特に危機管理に対する障害の側面を強調した。 議会閉鎖と権力の絶対的なコントロールを計画し始めた。
憲法がその修正のための仕組みを提供しているのは事実だが、（中略）憲法は現在の任務においてはほぼその役割を終え、我々はペルー再建のために必要な法的手段のみを有することとなるだろう。 （中略）
ペルー離陸を可能とするすべての深い変化を作り出す機関または仕組みとは何か？間違いなく、議会も司法も現在の変化を代表するものではなく、むしろ変革と進歩を阻止している。共和国大統領として、私はこれらの歪みを直接証明し、この国家再生プロセスを軽減するための例外的態度を取る責任を感じる。私は以下の重大な措置を講じることを決めた。
テロとの戦いと人権侵害.
再選.
恩赦法.
憲法の真正解釈法の制定.
こうした対立状況の下、学生の抗議、労働組合、そして数多くの市民団体の抗議運動が起きた。憲法裁判所はこれを違憲としたが、最終的に最高裁で三選支持とする判決が下り、フジモリの三選が可能となった。
日本大使公邸人質事件.
言論統制.
エクアドルとの戦争と平和.
強制避妊政策.
これらの資金は主に、米国際開発局 (USAID) や国連人口基金 (UNFPA) から出ていたが、曽野綾子が当時会長を務めていた日本財団も、この計画を支援した。
賄賂ビデオとモンテシノスの逃亡.
大統領職の放棄.