三島の初版本を一堂に展示することにより、その作品の多彩さをビジュアル的に紹介している。さらに三島の略年譜も一緒に展示することにより、これらを見比べながら、三島の作品と生涯をたどることができる。
学習院初等科から東京帝国大学時代までの初期作品時代の肉筆資料を展示。
川端康成の主宰する雑誌『人間』に短編（『煙草』など）を掲載させてもらった時期から、初の長編『盗賊』執筆、大蔵省辞職後、『仮面の告白』で本格的に文壇デビューを果たし、『愛の渇き』『青の時代』『禁色』を次々と発表した頃と、世界一周旅行（『アポロの杯』）以後の『潮騒』発表など、作家として有名になった時代の資料を中心に展示している。
『金閣寺』『美徳のよろめき』『鏡子の家』『宴のあと』『憂国』『獣の戯れ』『美しい星』『午後の曳航』『絹と明察』などの小説、『近代能楽集』『鹿鳴館』などの戯曲を旺盛に発表していた時期の資料を中心に展示している。さらに文学以外のボディビル、ボクシング、剣道などの肉体改造、映画『からっ風野郎』主演、写真モデル（『薔薇刑』）などの活動に関する資料も展示している。
三島の死の反響に関わる資料や、死後に刊行された著書、全集、映像資料、映画・演劇関連の資料を展示。
「映像」で知る三島.
展示室内の映像ルームでは、数々の三島原作映画を手がけた藤井浩明が製作した映像『世界の文豪・三島由紀夫』が繰り返し上映されている。
三島由紀夫ガイダンス.
展示室内のコンピューターにより、三島作品に関する以下の情報の検索ができる。
三島由紀夫の本棚.
三島自宅の書斎の一部をイメージ再現して展示。
三島の書斎の本棚が再現。書斎のドアは鏡張り。スチールの机の上には、黒電話、原稿用紙、愛用していた万年筆（モンブラン、パーカー）、煙草（缶ピース）が置いてある。
未公開資料展示.
収蔵されている新たな未公開資料を随時公開展示。
閲覧.
閲覧室の利用には、図書、雑誌類などを見る「閲覧」と、直筆原稿・創作ノートなどを見る「特別閲覧」があり、通常の「閲覧」は、利用申し込み当日に可能だが、「特別閲覧」は予約制となり、当日利用はできない。「特別閲覧」は、オリジナル閲覧はできず、コピー資料での閲覧となる。
文学館活動.
フォーラム.
三島文学の「研究と普及」を基本理念として、山中湖フォーラムを定期的に開催している。
レイクサロン.