石原慎太郎元東京都知事は、都議会定例会において、「最近、教育の現場をはじめさまざまな場面で、男女の違いを無理やり無視するジェンダーフリー論が跋扈している」、「男らしさ、女らしさを差別につながるものとして否定したり、ひな祭りやこいのぼりといった伝統文化まで拒否する極端でグロテスクな主張が見受けられる」、「男と女は同等であっても、同質ではあり得ない。男女の区別なくして、人としての規範はもとより、家庭、社会も成り立たないのは自明の理だ」と強調し、ジェンダーフリー教育を批判した。。
クリスチャン・トゥデイは、男女の区別をスポーツに曖昧にしたり、女性トイレの男性利用がされる社会的混乱が起こしていると指摘している。「ジェンダーフリー」活動する左翼の一部が女性解放のために子どもを産まない運動、人口削減計画を推進していることに社会混乱を引き起こし、国家破壊に動いていると批判している。
旧統一教会関連団体である「国際勝共連合」はジェンダーフリーを共産主義の亜種である「文化共産主義」とみなしており、反対運動を展開している。
賛成派の対応に対する批判.
ジェンダーフリー運動が始まってから十数年が経ち、数多くの批判がなされるようになるに従い、ジェンダーフリー批判者へ対する賛同者たちのジェンダーフリーの理論に対する直接的な批判だけではなく、ジェンダーフリー賛成派の硬直的で好戦的な態度に対する批判にも繋がっている。アメリカの連邦最高裁判所において（女性差別に関するものではなく人種差別に関するものではあるが）アファーマティブアクションを義務づける法律が違憲とされ、廃止されたことがある。
ジェンダーレスとの混同.