ヘリコプターのシーンでは、小高は舞台でフライングを経験していたこともあり高所恐怖症を克服しこれまでの撮影で一番快感であったと述懐しているが、大沢は初めてヘリに乗ったためパニック状態になってしまったといい、着地後に予定とは反対方向へ走ってしまいNGを出していた。
陸上自衛隊の実景への合成は特撮班ではなく本編班で行っており、デジタル技術の発達を象徴するものであったが、一方で本編班と特撮班との映像の違和感も増す結果となった。
特撮.
海上シーンなどの特撮に用いられる東宝スタジオの大プールは、本年から規模が縮小された。特技監督の川北紘一は、面積が減った分、機材の仕込みなどはしやすくなったが、ダイナミックな広がりはなくなったと述懐している。
音楽.
メインタイトルでは従来のゴジラのテーマを変化させており、前半をゴジラの主題、後半をデストロイアの主題とすることで、両者の対決をイメージしている。伊福部は、タイトルの映像がめまぐるしく変化するため、どこに音をあわせていいかわからず苦労した旨を語っている。
デストロイアの主題は、十二音技法の旋律に調性を無視したハーモニーを入れている。形態の変化にあわせて曲の楽器編成も変えており、水族館のシーンでも主題を弱く取り入れ、最終形態では重低音楽器が加わっている。
ゴジラジュニアの主題は、『vsメカゴジラ』でのベビーゴジラの主題を踏襲している。新ゴジラが現れるラストシーンでは、伊福部は音楽も鳴き声もない方がいいと主張し、大河原の依頼で曲は用意していたものの、話し合いのすえ鳴き声のみを入れることとなった。
伊集院とゆかりの食事シーンではショパンのノクターンを流している。選曲は音楽プロデューサーの岩瀬政雄によるが、伊福部はこのシーンで既成曲を用いることによって恋愛要素が本作品の主軸ではないことを表していた。
ゴジラがメルトダウンするシーンでは、ゴジラの死を哀しむよりもヒューマニズムなどを表すことを重視して人間の声を入れており、後半は現実音をなくすことで観客に考える時間を与えることを意図している。