しかし、これらについても疑問視する研究者もいる。土器の年代に対し疑問が出されており、籾や米粒は外から持ち込まれた可能性もあり、籾の土器圧痕は本当にイネか断定できない場合があり、土器胎土中のプラント・オパールも検出できる量が僅かでコンタミネーションの懸念は払拭できない。多方面からの分析が必要と指摘されている。また、縄文稲作が行われたとするのであれば、稲作らしい農具や水田を伴わない栽培方法を考えなければならない。稲作にともなう農具や水田址が見つかり、確実に稲作がはじまったと言えるのは縄文時代晩期後半以降である。これは弥生時代の稲作と連続したもので、本項目でいう縄文稲作には、縄文晩期後半は含めない。
農具を用いない稲作として、畑での陸稲栽培、特に焼畑農業が注目されている。弥生時代に、現在まで引き継がれる水稲系の温帯ジャポニカではなく、陸稲が多い熱帯ジャポニカが栽培されていた可能性が高いことが指摘されている。しかし、陸稲栽培を示す遺構などは発見されておらず、熱帯ジャポニカも水田耕作が可能なため陸稲栽培が行われたことを強くは示さない。陸稲栽培が行われていたとしても、他の雑穀との混作や「焼畑の稲作」あるいは「水陸未分化」であり、広い面積が田に占められたり、ひとつの場所が長期にわたって耕されるという環境にはなかったと考えられる。
水田稲作の伝来ルート.
朝鮮半島経由説.
と否定されている。
江南説（対馬暖流ルート）.
長江文明が朝鮮半島の遺跡より、弥生時代の遺構に類似しているとは言えない。農具、武器、土器は、朝鮮半島の発掘物に酷似したものが見られるものの、長江文明では見られない。朝鮮半島では見られない高床倉庫が長江文明と弥生時代の遺跡で確認できるが、世界各地で見られる技術であり、日本でも水田稲作伝播前の縄文時代中期には確認できる。
南方経由説(黒潮ルート).
柳田國男の最後の著書「海上の道」で提唱した中国の長江下流域からの南西諸島を経由して稲作が日本に伝播されたとする説。
石田英一郎、可児弘明、安田喜憲、梅原猛などの民俗学者に支持され。佐々木高明が提唱した照葉樹林文化論も柳田の南方経由説の強い影響を受けている。
しかしながら、考古学の観点からは沖縄の貝塚時代に稲作の痕跡がないことから、南方ルート成立の可能性は低いとされている。
古代の稲作.