守護の職務を代行した職種を指す。広義には代官の一種であるが、室町時代以降は室町幕府の直轄領の土地支配の代理人を代官といい、守護の代理人たる守護代と代官は区別された。
いっぽう、荘園の崩壊による惣の発達によって在地土豪や国人層の社会的地位が上昇し諸国で紛争が発生すると、領国を一元的に支配する傾向が顕著になって戦国大名が成長し守護大名とともに守護代は消滅していった。ただし越後の長尾氏、越前の朝倉氏や、尾張の織田氏、阿波の三好氏、備前の浦上氏、出雲の尼子氏のように、守護代が戦国大名化した事例も全国的に見られる。
戦国大名化した守護代たち.
また、守護代の戦国大名化に伴い、守護級の格式を求められる大名家が増えていった。
その代表例は朝倉氏である。朝倉氏はそもそも、足利将軍家の有力一門で、代々三管領筆頭の地位を占めた斯波氏の被官であった国人の一人であった。応仁の乱では西軍に加担し、渋川氏から斯波氏を相続した斯波義廉を大将に守り立てていたが、東軍の総帥、管領細川勝元の誘引により、東軍寝返りの見返りに越前守護に補任され、守護となった。しかし、旧主斯波氏による訴えや幕府の斯波氏に対する同情から、朝倉氏の守護職維持が次第に難しくなり、三代将軍足利義満の次男で兄足利義持に謀叛して倒れた足利義嗣の末裔が越前国に鞍谷御所と称し存続していた点に目をつけ、斯波義廉の子に鞍谷御所を相続させて足利義俊と名乗らせ、傀儡の越前守護に補任するよう手続きし、越前一国の実効支配を確保した。
このように、室町時代は守護の代理人としての地位に過ぎなかった守護代の地位は戦国時代の幕開けとともに、主君を追い、取って代わる存在へと変貌していった。
一方で、戦国大名化に一時的に成功するも、やがてその家臣により失敗した例も多く存在する。その代表例が、三好氏である。尾張国の守護代織田信友も主君である斯波義統を傀儡の守護として奉じ、自らの尾張国内での優位性と勢力拡大の大義名分に利用していた。しかし、やがて対立するようになった主君を自害に追うものの、傍流にして家臣でもあった、織田信長に主殺しを咎められ攻め滅ぼされた。