生物学的性差.
人間の場合、第一次性徴では性器以外に外形的性差は無く（ただし、性器以外でも骨盤の形状が生まれつき性差があるため、第一次性徴でもウエストからヒップにかけて若干の性差はある）生殖能力も無いが、第二次性徴以降で性器以外でも外形的性差が現れ、生殖能力を持つようになる。ただし、染色体異常や性分化疾患、内分泌器系の異常などを持っている人は下記通りにならない場合がある。
遺伝子に関する性差.
薬物の効果や副作用における性差.
女性で効果が強まる
女性に副作用が出やすい
男性に副作用が出やすい
脳の性差.
近年では、脳レベルの性差についての研究、分析、評論も増えている。それに伴い「男脳」「女脳」、あるいは「システム脳」「共感脳」というような通念も（学術的・厳密でないものも多い)広く普及してきている。。ただし、これが脳の構造に由来するか否かについては、まだ不明な点があり批判も多い。。そもそも、脳の性差は現代の科学では研究段階である為未解明の事も多く、脳の性差により個人の性質を断定する事は時期尚早である。東京大学教授の四本裕子は、男女の脳に形態的な差はなく、脳内部でのつながりには違いが認められるが、それが男女の認知や行動の違いにどう関わっているかまでは不明であるとしている。
学力差.
脳の性差の肯定説.
脳内の神経回路網のつながりの差異.
脳内での神経配線における結合の差異.
脳の性差説に対する否定説.
また、左右の大脳半球をつなぐ神経線維が束になった脳梁は、大きさに男女差があるという説が否定された。
また、男女の脳は半球による言語処理の方法に大きな違いがあるという説も否定されたという。しかし上記の結果は、脳の構造・形態に関するものであり、東京大学大学院総合文化研究科 四本裕子准教授（認知神経科学・実験心理学）の「男女の脳に形態的な差はないが、脳内部の結合の強さ（様々な部位が、別の部位とどれくらい強くつながっているか）に差異がある」という知見に見られるように、脳の性差を否定するものではない。
男性脳の性質.
システム化と空間認識能力.
空間認識能力の性差は男女の社会的格差とも関連することが報告されている。格差が小さい国ほど空間認識能力の性差が小さく、この能力が文化や環境とも関連していることが示されている。
自閉症との関連.
性的指向との関連.
女性脳の性質.