主人公たちはフェアリーを救うべくやむをえず取引に応じ、マナの剣を悪しき者に明け渡す。悪しき者はその力を用いてマナストーンの封印を解き、世界を滅ぼすことを告げて姿を消す。八体の神獣はやがて合一を果たし、最終形態に至る。そうなれば再び世界は滅びの危機にさらされる。これを看過できなかった主人公は、仲間と力を合わせて次々と神獣を撃破していく。そして最後の神獣、闇の神獣ゼーブル・ファーをも打ち倒したとき、フェアリーはこれが敵の策略だったことに気づく。敵は主人公たちに神獣を倒させ、マナの剣にその力を集約していた。それでも主人公たちはあきらめず、悪しき者たちの本拠地へと乗り込みその深奥まで攻め込む。だが時すでに遅く、悪しき者たちの首領は神獣の最終形態の力を手に入れ、用済みとなり自分たちの脅威となりうるマナの剣を破壊する。だが、まだ存在を留めていたマナの女神によって動きを阻害され激昂。首領はマナの女神を滅ぼすべくマナの聖域へと向かう。
その後を追った主人公たちだが、すでにマナの女神は消滅しており、それはフェアリー自身も消滅も意味する。無謀な特攻をしかけたフェアリーは首領の手によって命を奪われ、主人公たちも絶対的な力の前になす術もなく打ち倒される。マナの剣がない今、神獣の力に対抗する手立ては失われ、世界は悪しき者たちの手に落ちるのを待つばかり。しかし、膝を突いた主人公たちを鼓舞する声があった。それは消滅したはずのフェアリーであった。主人公たちはフェアリーと精霊たちの最後の力で治癒し、悪しき者との最後の戦いを繰り広げる。悪しき者は自分を滅ぼせるのはマナの剣しかないと豪語するが、主人公たちの心にある「希望」というマナの剣は折ることができず、犠牲と謀略の果てに得た借り物の力ごとこの世界から完全に消え去る。
マナ.
この世に存在するすべての源となるもの。特にアルテナでは魔法の媒介として用いられており、これがなくなると魔法そのものが使えなくなる。近年、世界中から急速にマナが減少している。
国・土地・街.
登場人物.
主人公.
いずれも主人公に選んだか、パーティーメンバーに選ばなかったかで運命が変化する。主人公や仲間を選択したときに名前変更可能である。
花畑の国ディオール.