水が使えない場所や、下水道設備がない場所に設置される。欧米諸国（スウェーデン、カナダ、アメリカ合衆国、イギリス）やオーストラリアにおける沿道施設や国定自然公園などで多く使われているほか、同じくスウェーデンやフィンランドなどにおける山村・農村の別荘で多く使われている。
日本を含むこうした先進国から、インフラストラクチャーの整備が遅れている発展途上国へ、バイオトイレやその技術が輸出・提供されることもある。
構造.
オガクズなどを便槽の中に詰め込んであり、排泄された糞尿をともに攪拌して好気性微生物を活発化させ、分解・堆肥化させる。電気ヒーターなどにより高温加熱する方式と加熱しない方式に大きく分けられるほか、糞尿をすべて一緒に処理する方式と、固形分（糞）と液体分（尿）を分けて処理する方式に分類できる。糞尿に含まれる水分は、蒸発により放出させるか、または別に分けて処理する。残った有機物を、オガクズ内に生息している好気性のバクテリアが分解する。最終的には、土化したオガクズと、再利用可能な堆肥を生成する。
好気性微生物の活性化のためには便槽の撹拌が必要であり、手動ハンドルなどによって撹拌するものと、電気モーターで撹拌するものとに分類される。
原理的にはコンポスターと同様であるため、生ごみ処理機としても利用できる場合もある。故障防止のため、骨などの固形物を細かく砕かなければならない場合がある。このほか、ペット用や室内設置用の家具調、家畜用のバイオトイレもある。
特徴.
設置は比較的簡単であり、都市公園のトイレなどに設置されている例も見受けられるほか、個人宅のトイレにも設けられることがある。
間接的に汲み取り費用が不要になることから恒常的なランニングコストの低減も期待できるが、保温用や攪拌用の電力料金は使用頻度や機種によってかなり高額になることもある。
電気の使用については、選択肢として下記が考えられる。
留意事項.
バクテリアによる生分解に依存しているため、便座クリーナーや洗剤などの除菌作用のあるものは使用できない。攪拌スクリューやモーターの故障につながるため、硬い物・衣類などの投入も厳禁である。生理用品やおむつ、たばこの吸殻の投入も好ましくない。