起こりうると予想された望ましくない結果（合併症など）については、責任の追及を行わない旨の誓約書に署名をさせられる場合もある。ただしこれは重過失がある場合の責任追及や、裁判を受ける権利までを制限するものではない（それらまで制限する契約は公序良俗に反するとされる）。
患者からの開示要求を拒みうる場合.
日本医師会ガイドラインでは、病名を正確に告知することで患者自身がショックを受け、病状が悪化する、ないしは発作的に自殺や殺人などの自傷・他害行為を行うことが予想される場合、医療従事者側の説明義務の例外とみなされる。やむを得ず患者には病名や治療方法を知らせず、保護者や家族等に病名を知らせるといった対応が取られることもある（のちに患者の状態が十分安定したときに病名の告知をすることもある）。
インフォームド・コンセントが困難な場合.
しかし、インフォームド・コンセントの概念自体、患者に十分な理解・判断能力（「治療同意能力」または単に「同意能力」と呼ばれる）と、十分な時間的余裕があるという前提で成り立っている概念である。実際の医療現場でインフォームド・コンセントを行うにあたり、以下のような困難な状況が生じる。
未成年患者.
注射を嫌がり続ける幼児に対しては、保護者の同意のもとに治療行為が行われる。子供には「未来を得る権利」があるため、その時点での自己決定権を制限されるという考えがあり、これが子供の自己決定権が保護者によって代替される根拠となっているとされる。
意思の疎通が出来ない患者.
患者に意識障害があったり、認知症などのために判断能力（意思能力）を欠くために、患者自身の意思が確認できない場合は、家族など代理人の同意にて診療行為を行わざるを得ない。通訳を準備する時間的余裕が無ければ言語的障害も意思疎通を欠く事になる。
精神疾患患者.
精神障害の場合、その病状によっては、説明を傾聴し、理解し、治療に対して同意を行うことが困難なこともある。このような状況を踏まえ精神保健法を根拠とする治療では、医療専門家が患者の意思決定を上書きできる規定がある。