（※冒頭に「体制保持のために幕府では武士の入れ墨は固く禁じられ、禁に背いた者はお家取りつぶしの断罪となった」という旨の字幕が表示される。）
日光東照宮改修工事に用いる資材納入のための入札を争う材木問屋のひとつ・難波屋の材木置場で南町奉行所与力・梶川の転落死体が発見される。現場は北町奉行所の管轄であったため、北町奉行・遠山が検死を担当する。多忙であった遠山は自殺として処理するものの、現場となった難波屋には入札にからむ普請奉行・榊原らへの贈賄疑惑があったため、梶川の死がいつまでも気がかりとなった。
贈収賄疑惑を捜査するため、遠山は、別の材木問屋・近江屋に木場人足（＝運搬作業員）の「金さん」として雇われる。ある夜、近江屋が殺害され、そこへ出前にやって来た上方出身のそば屋・幸吉が、駆けつけた南町奉行所与力・兼田に逮捕される。貧しい幸吉は近江屋から金を借りて商売をしていたものの、恨む理由がなかった。冤罪を訴える幸吉だったが、南町奉行・鳥居の迅速な裁きにより、死刑判決が下る。ほかに真犯人がいると見た金さんは、近江屋と喧嘩別れして難波屋に転職した木場人足頭の通称「ぐず安」を尋問するが、ぐず安は「殺してやろうと思って現場に行ったら、すでに死んでいた」と否認する。そこに兼田が割って入り、ぐず安を近江屋殺害犯として連行する。遠山の顔を知っていた兼田はこの際に、金さんが遠山であることを見抜く。
難波屋が資材納入の権利を落札する。榊原と鳥居は賄賂を払った難波屋に落札の便宜を図る見返りに、その商売敵である近江屋を兼田に殺させていた。そして近江屋が夜ごとに幸吉の出前を頼む習慣があることを調べていた兼田は、罪を着せる格好の相手として幸吉を選んだのだった。難波屋の賄賂は南町奉行所の与力たちや、老中・水野忠邦にも及んでいた。兼田から鳥居を経由し、「遠山が町人姿で捜査をしている」との報告を受けた水野は、公儀隠密・坂崎に遠山暗殺を命じる。