現代における日本語の一般的な表記法は漢字仮名交じり文であり、漢字と平仮名（昔の法令などでは片仮名）を交えて表記する。漢字は実質的な意味を表す語に使われ、平仮名は主に活用語尾や助詞に使われる。朝鮮語などでは漢字が主として字音語にしか使われないのに対し、日本語では和語にも使われ、外来語を除いてほとんどの語に使うことができる。煙草（タバコ）や合羽（カッパ）、珈琲（コーヒー）など大航海時代以降にヨーロッパから入った語彙には、外来語であるにもかかわらず漢字が使われるものがある。
日本の事物を表したり、大航海時代だけでなく幕末・明治に欧米諸国から入った概念・用語を日本語に取り入れたりするため、中国大陸にはない和製漢字や国字も多数生み出された（後述）。
宮脇淳子は、「朝鮮半島の川は全て『江』と表記されるということです。シナ大陸では、黄河は『河』で、揚子江すなわち長江は『江』です。つまり、南部の川は『江』で、北部は『河』と表す。ということは、シナ大陸の北と南では言葉が違っていたということであり、朝鮮半島に最初に入った漢字を使う人々は、海を経由して南から入った可能性が高いと考えられるわけです。その理由として、燕国の東側は拓けるのが遅かったことが挙げられます。その地域一帯は北方騎馬民の勢力圏だから、商隊はすぐに襲われるので安全なルートじゃない。高句麗に入っても靺鞨などが蟠踞しています。そこで海を利用するわけですが、同様に漢字を使う人たちは、日本列島にも東シナ海経由で来た可能性が高いのです。朝鮮半島から日本への渡来人は、いわば第二派だったという説が、現在、かなり有力になっています」と指摘している。
やがて、漢字の草体を元に平安時代初期に平仮名が、漢字の一部を元に片仮名が作られたとされる。
なお、仮名に対して漢字を真名（まな）と呼ぶ。
読み.
日本語においては、一つの漢字に多くの異なる発音があることが多い。また、同じ発音を持つ漢字が多数あることも珍しくない。
音読み.
音読みは、中国語起源の読み方である。呉音、漢音、唐音、慣用音がある。
音読みと中国語.
訓読み.
訓読みは、個々の漢字が表す意味を既に存在していた日本語と関連づけることであり、日本語の表記にも用いた。この際の漢字の読み方が、現在の訓読みの起源となっている。