『源平盛衰記』には、二段（現在の二町）ばかり深い処があって、盛綱が馬を泳がせて渡ったことが記されている。それでも、このとき平家は軍船を南岸に浮かべて源氏に対抗したことを考えると、まだまだかなり航行できる程度の深さはあった。また、高倉上皇の『厳島御幸記』に、上皇が藤戸にお泊まりになったことがでているのをみても、それを知ることができる。
その後も土地の隆起と堆積とが絶えず進んで、海が浅くなっていった。それは足利尊氏が九州から東上の途次、直義の陸軍が福山城 (備中国)に拠っていた大井田氏経を攻めたとき、水軍を率いた尊氏は、その軍船を藤戸海峡に進めて福山城攻略の支援をすることができず、下津井に碇泊して、戦況を身守っていたことで知ることができる。この頃の軍船はかなり大きくなっていたが、そのような船は、もはや藤戸海峡を通過することが出来なくなっていた。
近世以降.
それから約三百年を経て寛永頃になると、海はかなり埋もれて浅くなり、場所によっては沼沢地のような状況となり、葭（アシ）原になったりした。その間に残された澪が僅かに海峡の名残を留めることになっていた。そしてこの前後の時期から次第に干拓が行われていった。鞭木新田をはじめとする粒江一帯の新田、さらに有城付近の新田と、早く陸地化した西方から干拓が進み、やがて天城・藤戸の新田ができ上がっていく。古い土地が起点となって沖へ沖へと広がていったが、一気に仕上げられるものでなく永い年月を要した。
戦国時代末期に宇喜多秀家により酒津や福山南麓などの干拓を始めとして、次第に南方へ干拓は行われていき、江戸時代初期の元和年間には、現在の倉敷市笹沖・新田の北半分が干拓され、陸地は現在の足高山の辺りまで南下していた。そのため現在の吉岡川両岸の平野部にあたる東西に長い海峡が生まれ、藤戸海峡は東西に長く範囲を広げた。
そして現在のような土地に仕上げられたのは、今から二百年ほど前のことである。
海域の変遷.
現在の藤戸町藤戸・藤戸町天城・粒江北部・粒浦・八軒屋・有城・新田などの各平地部分。
現在の吉岡川両岸から倉敷川中流両岸の平野部（倉敷市福井・吉岡・堀南・笹沖・新田・浦田・黒石・八軒屋・加須山・粒浦・粒江・有城・藤戸町天城・藤戸町天城の各平野部）