事務次官等は、キャリア官僚の出世レースのゴールであり、一般に同期採用または後年採用の事務次官が、誕生するまでに、同年次のキャリア組は退官し、省内に唯一残った最古参のキャリア官僚が事務次官となる。もっとも、まれではあるが同期採用者から複数の事務次官を輩出したり、前任者より採用年次の古い者が事務次官に就任したりすることもないわけではない。また、法務省および外務省においては、異なる人事体系がとられている（後述）。
法務省における事務次官.
法務省においては検察庁が本省を飲み込むような人事体系が取られている。その理由は、検察庁が最高裁判所を頂点とする司法権に対応する特殊な行政組織であるため、その人事体系も必然的に裁判所を見据えたものでなければならないという観点と、内閣の所轄の下にある通常の一般行政部門である法務省の本省機能とをひとつにまとめたことに起因すると考えられる（検察官の俸給体系が、法務省職員を含む一般職国家公務員のそれではなく裁判官の俸給体系に準拠した別個のものとなっているのは、その顕著な例であるといえる）。
それに対し、事務次官は各省における事務方のトップではあるものの認証官ではない。他省の人事体系との均衡の必要性から、法務事務次官だけを認証の有無や俸給の額などの扱いにおいて別個に扱うことは難しい。
一方で、事務次官経験者が東京高等検察庁検事長・大阪高等検察庁検事長といった主要都市に置かれる高等検察庁の検事長ポストに昇格する例が多々あり、これをもって事務次官の地位を主要都市以外に置かれる高等検察庁の検事長よりも実質的に上位にあるとする考え方がある。しかし、法務省は上記のように「一般の行政権」と「検察権」という異質な行政権をまとめて担っており、検察官の地位と法務事務次官の地位を一元的に体系づけることには無理があると思われる。
外務省における事務次官.
技官（技術系行政官）の事務次官.
各府省においては事務官優位の人事慣行のもと、事務官の就任するポストと技官の就任するポストとは明確に区別されており、技官が事務次官に到達する例は少ない。しかし、科学技術庁、建設省の後身官庁である文部科学省、国土交通省では、技官が事務次官を務めることがある。
事務次官等の一覧.
※各府省の事務次官のほか、警察庁長官、内閣府の外局たる庁の長官、デジタル監、復興庁事務次官も含めて記載。