剣術と居合は鹿島神道流（鹿島新當流）、柔術や小具足術、棒術は竹内流の系統である。門弟は剣術、柔術を別に学ぶ事が出来たようである。（つまり、剣術のみの皆伝、柔術のみの皆伝などもあったという事である）。棍法では、棒、半棒、中段の三種類の長さの棒を使った。なお、二代近藤三助や三代増田蔵六の出した伝書の表書きが『天然理心流棍法』になっているが、伝書の中では『棒』『半棒』と書かれており、棒、半棒、中段の技術を総称して棍法と呼んだようである。また棍法ではなく天然理心流棒術として伝えた系統もある。
技量に応じて入門から切紙、目録、中極位目録、免許、指南免許、印可と進み、指南免許を得ると独立し門人を集め道場を開く事が出来た。但し指導自体は免許等を得た時点で行われていたようである。
幕末期に近藤家四代目（試衛館）の近藤勇が新選組を結成した事で知名度を上げた。また、日野の名主の新選組後援者、甲陽鎮撫隊の佐藤彦五郎が学んだことも確認できる。
歴史.
初代及び二代.
開祖近藤内蔵之助は遠江国出身といわれ、江戸に道場を構えたが、近隣の農村へ出向き指導したため、門下生の数は大変多くなった。二代目を近藤三助が継ぎ、江戸はもとより、現在の多摩地域や埼玉、神奈川まで広範囲に普及した。近藤内蔵之助には近藤三助以外の高弟に小幡万兵衛、主に柔術を伝承した戸田角内がいる。
近藤三助以降.
各地で天然理心流を教授した近藤三助の高弟には以下のような人物がいる。
幕末期に近藤周助の養子である近藤家四代目近藤勇が京都で新選組を結成した事で知名度を上げた。また、桑原永助門弟の小野田東市が講武所剣術師範に採用されている。
明治維新以降.
近藤家の系統.
現在伝わる天然理心流の会派では、近藤勇五郎は、その当時存命であった多摩在住の師範より天然理心流を学んだとされている。ただし、現在の研究者間ではこの伝承には疑問が呈されている。現在残っている記録から、近藤勇五郎は天然理心流の形稽古はほとんど行わず、おもに竹刀稽古（撃剣）を行っていた事がわかっている。
近藤家以外の系統.
近藤家以外の多くの天然理心流の系統が、関東各地で第二次大戦前まで稽古されていたことが記録に残っている。例として昭和初期の古武道演武会には天然理心流の師範が出場した記録がある。