場所は山梨県甲府市。風邪をこじらせながらも立ち寄った診療所から直接研究所へ出勤し、業務に従事していた西橋製薬研究員の田中信男は、同僚から「風邪薬のサンプル品である『赤い瓶に入った青いカプセル』を飲めば風邪が治る」と教えられる。所長の部屋に入った信男は、所長が不在の机の上の瓶の中に入っているカプセルを見つけるが、取り違えて『赤い瓶に入った青いカプセル』の横にあった『青い瓶に入った赤いカプセル』を飲んでしまう。実はその『青い瓶に入った赤いカプセル』は国の依頼によりPKO派遣部隊用として極秘に研究・開発していた際、所長が合成したところ偶然造られた化学物質であり、服用した人体の新陳代謝を作り替え、強力な臭気を発生する物質を生み出す化学工場にしてしまう薬物だった。そのまま応接室で一昼夜寝込んでしまった信夫が目が覚ますと、風邪症状は治っていたが、所長を含めた研究所のメンバー全員が悶絶して仮死状態になっていた。信夫は慌てふためきながらも、所長が切った防菌アラームの電源を入れ、東京の本社で会議中だった韮崎開発局長と連絡をとる。韮崎は信男の報告で事故が起きたことは察したがその原因はこの時点で判らず、救急車が来る前にとにかく極秘サンプルである『青い瓶に入った赤いカプセル』と関連資料を自分のところまで誰にも悟られずに運び、自分以外に渡さないように指示、それを受けて信男はそれらをスーツケースに入れ研究所から本社へ向かう。しかしその道中雪が残る真冬なのにもかかわらずサクラやヒマワリの花が開花したり、信男を救出しようとした人々が次々と倒れていく光景を目のあたりにする。
一方、東京の防衛庁本部では研究所がある甲府方面からの音信が途絶えたことで対策本部が設置され、参考人として韮崎および鎌田専務が招集される。韮崎は『青い瓶に入った赤いカプセル』の実態を明らかにしたうえで信男に運ばせていることを伝えるが、本部長から「なぜその人物だけ生きているのか」との指摘により、信男が『青い瓶に入った赤いカプセル』を飲んだ可能性に思い当たる。また、笹子トンネルで自衛隊が信男を助けようとしたところ自衛官が次々と昏倒したことで、現場指揮官は信男が全身から黄色いガスを発していることに気付き、彼が臭気の発生元であることを断定する。