なお、以下では、原則としてコプト語版に基づいて説明する。
本福音書の本文には「使徒トマス」により書き記されたとある。ただし、学問上、実際に使徒トマスによって書かれたものとは考えられない。
そもそも、使徒トマスがなぜ「双子」という呼び名を持つのか、また誰と双子であったのかは不明であるが、本福音書では、イエスと「双子」であったと示唆され、高く評価されている。ただし、グノーシス主義的な立場から述べた象徴的な意味での双子であって、必ずしも血縁の兄弟を意味するものではない。
現行の新約聖書では、使徒トマスは、十二使徒の一人に数えられるだけであまり目立たず、時として低く評価されている
イエスの語録集.
冒頭の編集句にも以下のように述べられ、読者自らにイエスの言葉を「解釈」するよう求めており、自身の解釈によって本来の自己を「認識・覚知」（グノーシス）するための道が示されている。
アグラファ.
正統派教会との関係.
トマスの名を冠した福音書は、これまで原始キリスト教の教父たちの証言により、その存在は知られていたが、正統派教会により退けられたため、今世紀の写本発見までは、その内容はほとんど不明であった。
教父たちの証言.
正典と外典・正統と異端.
キリスト教グノーシス派の位置づけ.
本福音書がマニ教徒による偽作と判断されたように、伝統的に、正統派教会は、「キリスト教グノーシス派は、オリエントやギリシアの思想・宗教などの「異教」の影響を受けた混交宗教であり、そこからキリスト教的要素を取り除けば、もはや独自の宗教として成立しない」と見なしてきた。現在でもこのような見解を採る学者がある。
なぜ排斥されたのか？.
正統派教会側の歴史的・教義的立場から論ずると、「全能の父なる神の独り子・イエス・キリストが（人々の罪を贖って）死に、復活し、天に昇り、やがて再臨する」とされ、この父なる神とイエス・キリストに対する「信仰」及び倫理的「行為」（律法）によって、また救済機関としての「教会」を通じて人は救われるという救済観を持っている。
これに対しトマス福音書を含むグノーシス派は、正統派教会の教義に対して以下の見解を持つ: