さらにこうした植生構造の変化と関連して、植物と相互的につながりのある昆虫へ影響が拡大する可能性も指摘されており、北海道の生態系全体の問題となっている。
感染症.
人やペットへの攻撃.
基本的にエゾシカは臆病な性格だが、発情期の雄や子育て中の雌は攻撃的になる。雄の大きな角は非常に危険なのはもちろん、踏みつけによる攻撃も人を負傷させるのに十分な威力を持つ。海外ではシカによる人への攻撃行動が度々報告されているが、北海道の羅臼町でも犬を散歩させていた女性がエゾシカによる攻撃を受けて負傷する事件が発生している。
対策.
エゾシカが引き起こす問題に対して、狩猟の奨励、管理捕獲（有害駆除）、侵入防止柵、忌避剤、爆音機といった様々な手法が試みられている。
狩猟・駆除.
こうした「エゾシカを殺す」という解決策に対して、動物愛護団体や一部の人間による反対意見もある。洞爺湖中島の例では、観光・森林保護・研究といった様々な立場から、シカの駆除を支持する者と保護を訴える者が激しく対立し、マスメディアの大きな注目を浴びたことが過去にあった。世界遺産の知床のトラスト地では、当初エゾシカを排除しない森づくりを目指し、柵などの設置を進めたが、植生被害が後を絶たなかったため駆除を認めざるを得なくなった。
侵入防止柵.
オオカミの再導入.
順応的管理.
利用.
食用.
エゾシカ肉の安全性.
なお、エゾシカは草食性なので、北海道でみられるエキノコックスの心配はない。エキノコックスは基本的に、餌となる肉を経由して肉食動物や雑食動物に寄生する。したがって草や木の皮を食べるエゾシカにはエキノコックスが感染する可能性は考えにくい。キタキツネなど感染した動物の糞尿がついた植物を口にする可能性は有るが、これまでに牛やエゾシカにエキノコックスが感染した例は無い。もし仮に感染したとしても、エキノコックスは肝臓に寄生するので、肝臓を食さなければ問題は無いとする見解もあるが、肝臓には肝蛭が寄生していることがあり、十分な加熱調理が必要である。
皮革・角.
食肉としての活用の他にも、エゾシカ革を使ったバックなどの革製品やエゾシカの角を用いた加工品の製造・販売もされている。毛の内部には空気層があるため保温性に優れるが、繊維に加工すると肌触りが悪いためナイロンなどを組み合わせる必要があるなど、衣服にするにはコストが上昇する。