なお、『城と秀吉』では、京都や宇治の複数の寺に、落城の際に自刃した徳川家家臣の血がついた床板を天井に転用したと伝わる「血天井」が存在することを根拠に、全建物が焼失したわけではなかったとしているが、これらの天井が伏見城の床板であった証拠や血痕とされるシミが血によるものである裏付けなどについては示されていない。
徳川家康再建時代.
徳川家康は征夷大将軍就任後、江戸城と伏見城を行き来していたが、『城と秀吉』によると「在城期間を累計すると伏見城のほうが多いのではなかろうか」とし、また『近畿の城』では「江戸幕府も初期のころ「伏見幕府」といってよい」としており、初期段階の徳川幕府に於ける伏見城の重要性を指摘している。
廃城後.
城郭.
縄張り.
なお、指月伏見城時代の様子は、図面の類は皆無、文献も乏しく全く分からない。
天守.
徳川期木幡山伏見城の天守は二条城へ移築されたため史料が比較的残っているが、それ以前の天守については不明な部分が多い。
天守台は地形図より本丸の北西部に独立した天守台が残っており、これは徳川家康が再建した天守台である。現在見られている模擬天守は木幡山伏見城の花畑曲輪跡に建てられた。天守、小天守の連結式天守であるが史実との関係はない。
建物.
建物の具体的な構造は不明だが、文献史料から伏見城の存在が知られる。
多くの建物があったことが窺える。
またこの城は非常に沢山の金瓦が出土している。金瓦とは瓦の上に漆を塗り、その上に金箔を貼っている。金瓦の種類としては、飾瓦、鐙瓦、宇瓦、鬼鯱瓦、小菊瓦、熨斗瓦がある。城の殿舎だけではなく、城下町にあった大名屋敷にも葺かれていた。京都市埋蔵文化財研究所には出土した金瓦が陳列されている。
城下町.
また伏見城の城下町には、大手門から西に伸びる大手筋を基軸として碁盤の目に街路が整備され、現在も「桃山町毛利長門西」など人名の屋敷跡と町名表示が同じであった場所が散見できる（京都市伏見区の町名#旧堀内村も参照）。
これら地名から推察されている屋敷名は、豊臣秀吉時代の家臣団だけでなく、徳川家康の家臣団も含まれているが、大半は豊臣秀吉時代の大名達である。
遺構.
御陵の為立入りが出来ない部分が多いが、立入れる範囲で確認出来る遺構は、弾正丸の土塁、水堀（治部池、紅雪堀）、北堀公園の堀跡、土橋がある。