日本は、ホセ・ラウレルを大統領とするフィリピン第二共和国を成立させて形ばかりの独立を認めたが、軍政の失敗もあって大半のフィリピン人は日本による支配を受け入れてはいなかった。対日感情は悪化する一方であり、この頃のフィリピン人が異口同音に言っていた皮肉は以下のようなものであったという。
ゲリラ活動の激化.
フィリピン奪還を目指していたマッカーサーは、この日本軍に対するフィリピン人の反感を巧みに利用することとした。日本軍の捕虜にはならずミンダナオ島に潜伏していた大佐など、フィリピンに潜伏していたアメリカ兵たちに指示して、潜水艦で大量の武器を送り込むとゲリラとして組織化した。アメリカ統治時代からフィリピンには多数のゲリラ組織があったが、国家意識が希薄で全部が祖国愛で活動していたというわけではなく、マッカーサーが帰ってきたときの自分たちの立場を考えて、ゲリラ活動をやっていれば得するだろうという打算で活動している組織も多かった。なかには、アメリカに反感を持っているが打算で抗日活動を行っている組織もあった。
虐殺に至るまで.
マニラ防衛方針の混乱.
また地下水脈が多く地下陣地の構築も困難なことから防衛には適さないと判断していた。無防備都市の宣言も検討したが、その権限は山下にはない上に、宣言するにもすべての軍事施設を撤去して、膨大な軍需物資を運び出さなければならなかったが、その時間的な余裕もなかった。
アメリカ軍マニラ進撃.
虐殺.
虐殺事件の発生.
アメリカ軍の作戦も虐殺に大きく影響している。アメリカ軍は多くの住民が残ったままマニラ市街地で日本軍を完全に包囲して閉じ込めてしまったために、日本兵の死に物狂いの抵抗をさせることなり、ひいては絶望的になった日本兵による残虐行為の原因になったという批判もある。また、多くのマニラ市民が両軍の戦闘、主にアメリカ軍の砲撃によって犠牲になってしまった。フィリピンの国家公式ポータルサイトにおけるマニラの戦いのページでは、中国古代・春秋時代の武将・兵法家孫武の言葉を引用して以下の様にアメリカ軍の作戦を批判している。
以下は、マニラにおいて日本軍によって行われたとされる虐殺事件を列挙していく。
ドイツ人クラブ.
スペイン領事館.