ゲームをクリアしてもBPによる強化はリセットされず、数値はそのままで次の周回へ持ち越される。BP消費による技能の習得は不可であり、後述のスキルパーツによって習得する。
サブシナリオ.
『GC・XO』で導入されたシステム。特定のシナリオクリア後に次の正規シナリオと平行して出現する小規模のシナリオ。何回でも繰り返しプレイできるため、ここで資金稼ぎやパイロット育成を行うことが出来る。シナリオによっては隠しキャラが登場することもある。
スキルパーツ.
ユニット能力.
他のシミュレーションゲームのように決められた役割はなく、それぞれの個性を重視した性能付けがなされている。しいて分けるならば以下のような分類となる。
強化パーツ.
フル改造ボーナス.
機体の全性能もしくは武装を最大まで強化すると追加できるボーナス要素。
機体性能をさらに強化することができる。ユニット・武器の性能どれか一つを大きく強化する、地形適応を向上させるというパターンが大半だったが、近年の作品ではユニットごとに異なる固有のボーナスも選べるようになっている。固有ボーナスには新しい機能を追加するものも存在する。なお『α外伝』のバザーでフル改造したユニットを売却すると、おまけとして強化パーツが得られるようになっていた。
パイロット能力.
ユニットにはパイロットが搭乗するか、そのユニット自体がパイロットとして扱われる。基本的に、主な搭乗ユニットの長所を強化できる能力を持つキャラが多い。
精神コマンド.
パイロットが原作中で見せる超人的行動を、ゲーム内で再現するためのシステム。「精神ポイント」と呼ばれる数値を消費して使用。同名の精神コマンドであっても作品により効果が異なるものがある。以下はその代表例。詳細は精神コマンド一覧参照。
原作において脇役であったパイロットは、基本能力値が低いが主人公級のパイロットが持たない有用な精神コマンドを所持する場合が多い。そのため運用方法によっては能力値以上の効果を得ることが可能である。この様なキャラクターは概して「サポートキャラ」と呼ばれる。
特殊技能.