神社について、その法人格を具体的に規定した法令は存在しなかったが、行政上の運用や判例によれば、神社は「財産権の主体」であり、
の性格を有するものとされた。各神社は国家が管理する台帳の一種である神社明細帳に登録された。
神道行政の管轄機関.
神社制度・神社政策.
神職政策・神職制度.
祭式制度・祭式政策.
外地の神社造営.
台湾、朝鮮、南洋諸島などの外地にも神社が建てられた。これはもともとは外地に在留する日本人が自分たちのために建てたものであった。
外地の神社建立にあたり、多くの神道家らは現地の神々をまつるべきだと主張したが、政府は同意せず、欧米列強の植民地へのキリスト教伝道、土着信仰の残滓の払拭といった発想と同様に多く明治天皇、天照大神を祭神とした。これは明治政府が宗教勢力を完全に国家の従属化に置き、宗教勢力の意向を政策立案過程から排除することに成功した先進国の中でも稀有な世俗政権だったことも示しているが同時にこれら時期を逆説的に「神道の暗黒時代」とする意見の根拠ともなっている。
GHQの国家神道観とそれに対する批判.
GHQの国家神道観.
GHQから見た「国家神道」は、軍国主義、超国家主義（ウルトラナショナリズム）に思想的に裏付けられた危険思想であり、以下に挙げる理由をもとに、日本の支配を他国民や他の民族に及ぼそうとする日本人の使命を擁護し、正当化する教え、信仰、理論を包含するものであると定義している。
これらはいずれも、太平洋戦争敗北後に昭和天皇の発した「新日本建設に関する詔書」、通称「人間宣言」によって否定された。
このようなGHQの国家神道観は、日本の占領政策において宗教政策を担当したアメリカの宗教学者の論理や意見が大きな影響を与えている。ホルトムは、加藤玄智の神道論に影響を受けており、加藤は神道を「国家的神道」「宗派的神道」に分類し、さらに「国家的神道」を「神社神道」と「国体神道」に分類した。ホルトムは、これに影響を受けつつ、加藤の主張した「神社神道」と「国体神道」とを同一視し、国家神道を神社神道を同一視して定義した。
GHQの国家神道観への批判.