当初アーサーは子豚であるベイブを農場で飼い始め、やがては丸々と太らせたらソーセージやベーコンなどにして美味しく食べることを考えていた。一方のベイブはその思惑など知らず、母親から引き離された寂しさを募らせていた。そんなベイブを哀れに思ったフライは「ここに慣れるまで」と、自分の子供と同じようにベイブの面倒をみる。いつしかベイブもフライを「ママ」と呼ぶようになり、フライに付いて回るうちに牧羊犬の仕事に興味を持ち始めフライの真似を始める。
ある朝アーサーは、ベイブが鶏を色別に整列させているところを目撃する。最初は子豚の珍妙な行動に呆気にとられたアーサーだったが、家畜泥棒の難を知らせに走ったベイブに一目を置き、ベイブを本気で史上初の「牧羊豚」として教育し始める。牧羊犬としてのプライドが高いレックスはベイブに辛くあたるが、この珍妙な子豚に興味を覚えた老羊のメーはベイブに「羊に対して礼儀正しく接すれば、きっと応えてくれる」とアドバイスする。
牧羊犬コンテスト前夜、ダチェスから「ご主人は食用としてあなたを飼っている」と聞かされたベイブは家出してしまう。翌朝、ベイブがいないことに気付いたフライは、レックス、アーサーと共にベイブを捜索。発見されたベイブは林の隅で震えていた。熱を出し、食欲もない。それまでベイブを敵視していたレックスが「ご主人のためだ、頑張れ」とこっそり励ます。アーサーも必死に看病し、その甲斐あってか大会に出場できるまでに体力が回復。順番を最後に回してもらい会場に向かう。
会場に着いて、コンテストの羊たちと対面したベイブは見慣れない黒い顔の羊に驚く。緊張しつつも懸命に話しかけるが、羊たちは相手にしない。心配になったフライに、レックスは「俺に任せろ」とどこかへ走り出す。出番直前になって、一緒に出場するのが犬ではなく豚だと大会関係者に知れたアーサーは関係者室に呼び出される。関係者らは「牧羊犬ならぬ牧羊豚」を出場させるべきかどうか、そもそも出場申請自体が冗談ではないかという好奇の目でアーサーをみた。それは長年コンテストに携わり信頼を築いてきたアーサーに対する失望の目でもあった。