エンディングは実験室で倒れた原田が起き上がり、主題歌「時をかける少女」を歌いながらそれまでの名場面を巡る。原田のためのミュージック・ビデオのような映像は、大林が最初からこのエンディングを作るため、本編の撮影が終わるたびに、もう一度同じ構図で原田の歌う場面を撮影し、それらを編集したもの。これを作った理由を大林は「映画で原田をストイックな役に閉じ込め、映画にこだわるという意味で我慢して引きで撮り、原田のアップも笑顔も撮らなかったため、その我慢していた分を、カーテンコールで発散させた」と述べている。原田は「床に倒れていたのに、起き上がって歌い出したり、何をやっているのか分かりませんでした。見物人のいるロケ撮影ではすっごく恥ずかしかった」と話している。役者は大林が何をやりたいのか、ほとんど分かっていなかったといわれる。みんな一生懸命お芝居をして精魂尽き果てた後で、大林からこのエンディング用の歌と振り付けの指示が出るため、舞台女優として既に名声を誇っていた根岸季衣あたりは、かなり混乱していたという。出演者は歌う原田を優しく見守ったり、体を揺らしてリズムを取ったり、桜の花びらを花吹雪に見立てて原田にかけたりして、新しいアイドルの誕生を祝う。原田のNGシーンを挟んで、拍手が鳴りやまないカーテンコールの中、神社の境内を下駄を履いた原田が遠くからこちらに駆け寄り、カメラの前ではにかむ。素に解き放たれた少女が銀幕の境界を越え身近に感じる。このカットは撮影がほぼ終わった時に撮ったもので、カメラの向こうには共演者やスタッフがおり、大林は「間に合った、学校に戻れるね」と声をかけているという。笑顔の途中で原田はチラッと横を見るが、その時の頼りなげな表情に少年たちの心がオチた。大林いわく「カット」の声がかかったあと、役者が「OKだったかな?」と監督の顔を伺う表情だという。「彼女の伸び伸びとした姿も、記録として残しておきたいと思ったんです。映画の中で、知世を大正ロマンチシズムの世界に閉じ込めてしまっていた。だから、『カット！』のあと、『さぁ、ふだんの、いつもの知世に戻ろう！』と言って、撮ったんです」と話している。　
演出について.