ゲリラとの内戦が激化すると、もはや政府は死の部隊に頼らず、政府軍は直接ゲリラと関係ありそうな農村を襲い住民を皆殺しにする作戦(ジェノサイド)にでた。一方でゲリラも政府軍に協力している農村を選択的に襲い、こうした中米の国々の農民は板ばさみになって虐殺された。
グアテマラ.
ニカラグア.
アメリカの資金援助によって親米反政府民兵「コントラ」が誕生し、虐殺を引き起こしていた。
エルサルバドル.
エルサルバドル軍は国内で汚い戦争を行っていたアルゼンチン軍の指導の下に対ゲリラ戦を学んだ。
内戦終結後も暗殺部隊の行動は止まらず、現在も深夜に徘徊し、社会浄化作戦と称して非行少年などを暗殺しているようである。
ホンジュラス.
ホンジュラスは中米紛争で戦場にならなかったが、ホンジュラスを拠点としていたニカラグアの反政府組織コントラやホンジュラス軍も国内で汚い戦争を行っていたアルゼンチン軍の指導の下に対ゲリラ戦を学んだ。ただし、この技術がホンジュラス人に使われるような事態にはならなかったようである。
キューバ.
南米.
中米と同じようにほぼ全ての国がラテンアメリカであり、キューバ革命以降、革命に影響を受けたゲリラが武装闘争を開始し、多くの国では内戦状態になった。治安回復のために各国の国軍がアメリカの援助と指導の下にクーデターを起こし、ゲリラ関係者や労働組合関係者、左翼とみなされた人間、および全く無関係の市民を次々と暗殺していった。
南部南米では農村民を皆殺しにするジェノサイド作戦には出なかったものの、北部、中部アンデスのコロンビアやペルーでは、中米と同じようにアメリカ軍の指導を受けて対ゲリラ戦を学び、多くの農村で政府軍やパラ・ミリタリーによりジェノサイドが行われた。
ブラジル.
また、死の部隊と呼ばれる程ではないが、大地主が人を雇って土地改革を訴える農民を暗殺させるような事件も起きている。著名な犠牲者としては、シコ・メンデスが挙げられる。