ミミズ堆肥の容器は、その用途や規模に応じて大きく異なる。
小規模の場合.
小規模のミミズ堆肥化装置には、いろいろな幅の広い容器が使える。また、専用の容器を作ることもあり、既製品もある。一般に、容器は古いプラスチックの入れ物や、木、スタイロフォーム等から出来ている。
容器の材料によっては、適さないものもある。スタイロフォームは、ミミズに有害な物質を放出すると言われている。金属容器は、熱の伝導が良すぎること、錆びやすいこと、重金属を堆肥に放出することなどが往々にして問題となる。
大規模の場合.
大規模なミミズ堆肥化システムには、物理的な容器を組み込むことが実用的でないとして、通常、大きい容器の代わりに、ミミズが生息する敷材を利用する。有機物は、敷材に加えられる。敷材には、ミミズが逃げるのを防ぐ障壁はないが、ミミズは餌となる有機物が豊富にあると、その周囲に集まり、外へ逃げない。また敷材は外敵がミミズを害するのを防ぐために使用される。大規模の敷材の特性として、餌となる有機物が食べられると、新たな餌を求めてミミズが集団で移動するため、残された堆肥を簡単に収穫できる。
使い始め.
ミミズ堆肥容器を使い始めるとき、容器に湿気の多い敷材を入れ、次に、できるだけ多くのミミズを入れる。始めに、1日にミミズの体重の半分以下の台所の食べ残しを餌として与える。ミミズが環境に馴染んだ後は、1日にミミズの体重と同量まで与えることができる。
敷材.
敷材はミミズの棲家であり、食物でもある。炭素分の多い物質で、ミミズの自然界での生息地である枯葉に相当する。敷材は、ミミズが呼吸し、有機物分解を容易にするために、湿気が多く、低密度のものを利用すべきである。
敷材の材料として、大豆インキなどを使用した新聞紙、おがくず、干草、段ボール紙、ピートモス、未熟堆肥などを使用することができる。　
ミミズに有害な物質を含むとして、新聞の光沢紙、雑誌、ダイレクトメール、およびシュレッダーに掛けられたオフィスからの古紙（重金属や石油を使用したインクを含むもの）が避けられることがある。敷材を工夫することにより、有機物を加えやすく、堆肥を収穫しやすくすることができる。
温度.
台所の生ゴミ.