正午ころ宮中の防空壕にて行われた会議において鈴木首相から再度聖断の要請を受けた昭和天皇は、連合国の回答受諾を是認し、必要であれば自身が国民へ語りかけてもよいと涙ながらに述べて会議は散会された。昭和天皇の聖断と涙に心打たれた阿南陸相は、ポツダム宣言受諾を容認しクーデター計画を止める方向へと舵を切ることになった。直後に阿南陸相が陸軍省で詰め寄る青年将校に聖断を伝えると、将校の一人だった畑中は周囲が怯えるほど号泣したとされる。
決起.
森師団長と白石中佐の殺害の詳しい経緯については、窪田が東部憲兵隊で聴取を受けた際の聴取記録が残っており、概ね明らかである。
宮中占拠.
森の殺害後、畑中らは森の印鑑を盗み、畑中が起案したと考えられる「近作命甲第五八四号」に押印し師団参謀古賀秀正少佐が各隷下部隊に口頭下達、近衛歩兵第二連隊に展開を命じた（ただし、古賀がクーデター計画にどの程度積極的に関与したかについてははっきりとしていない）。この近作命甲第五八四号により、陸軍による皇居と放送局の占拠が実行された。
偽の作戦命令を受け、近衛兵は皇居の門を封鎖。宮内省では電話回線が切断され、皇宮警察は武装解除された。玉音放送の実行を阻止する為に内幸町の放送会館へも近衛歩兵第一連隊第一中隊が派遣され、放送会館職員は監禁された。放送会館職員への脅迫で玉音盤が宮内省内部に存在することを知った古賀少佐は、宮内省を占拠し第二大隊長北村信一大尉や佐藤好弘大尉らに捜索を命じている。宮内省内にいた石渡荘太郎宮内大臣および木戸幸一内府は金庫室などに隠れて難を逃れた。一方で「近作命甲第五八四号」では戦車中隊を代官町通へ進出させることとされた近衛騎兵連隊（牛込区戸山）は、命令に不審を抱いた連隊長伊藤力大佐が東部軍司令部と連絡を取った結果、出動を見合わせている。
井田は水谷一生近衛第一師団参謀長に随行して東部軍管区司令部へと赴き、東部軍管区（第十二方面軍司令部を兼務）のクーデター参加を求めたが、田中軍司令官と高嶋参謀長は既に鎮圧を決定していた。これを受け井田は畑中に夜が明ける前に兵を引くよう説得するも、畑中は聞き入れず第一中隊の占領する放送会館へと向かった。