無準師範に師事し帰国した円爾は太宰府の横岳山崇福寺を開山。のちに関白九条道家に請われて東福寺を開山した。東福寺は道家が三宝（禅門・天台・真言）の道場とすることを企図した寺で、様々な宗派の僧が集まり雑多な大集団を形成した。そうしたなかで、聖一派が掲げたのが禅と密の両方をあわせもつ兼修禅である。円爾は「禅は仏心、律は外相、教は言説、称名は方便」として根本に仏心である禅を据えた。
円爾の著書とされる『十宗要道記』によると、顕密八宗に加えて浄土宗と仏心宗（禅宗）を加えた十宗を挙げて、これらが律門・教門・禅門の三門に包括されるとした。ここでは中国仏教とは異なり浄土宗も三門に加えられていることが特徴である。この十宗観は、癡兀大慧の『枯木集』や虎関師錬の『八海含蔵』にも見られるように、聖一派を中心に中世禅宗に共有されていたと考えられる。また東福寺で円爾から学んだ律宗の円照や無住も三学兼修を掲げており、禅宗以外にも影響を与えた。
円爾の思想について矢野立子は、円爾は当時の密教が儀礼化して現世利益の実現に拘泥するあまり心の行をおそろかにしている状況を嘆き、禅の実践により仏心の境地を実現することを目指して「密教を土台と位置づけたうえで諸宗の根本に禅を据えた」と推測したうえで、禅と密が深くかかわりながら鎌倉初期の禅宗が展開されていったとしている。末木や和田有希子は、諸概念が対立する状況を打破するため、これらを超越する密教の究極の境地に至るための手段として禅を根源に据えたと推測している。
この兼学の方針は円爾が栄西の門弟である栄朝らから兼修禅を学んでいたことが影響したと考えられる。鎌倉初期の仏教界は南都仏教も含めてあらゆる宗派が密教に傾倒し兼修しており、栄西も禅と密を近似するものと捉え兼修禅を実践していた。末木は、兼修禅のなかでも禅と密の融合を図ったのが聖一派の特徴としたうえで、「兼修禅は顕密八宗との対立を避けるための妥協と捉えがちだが、むしろ聖一派の教義の根本であった」と指摘する。そして聖一派に大きな影響を与えたのは禅教一致を掲げる『宗鏡録』としている。
聖一派の興隆と顕密仏教の反発.