東海道本線の西側の終点および山陽本線の東側の起点であり、東海道本線を所属線としているが直通運転が行われているため当駅を起終点とする列車は少ない。JR発足後は大阪駅（東海道本線所属）から当駅を介して姫路駅（山陽本線所属）に至る区間を「JR神戸線」の愛称で旅客向けに案内しており、この区間は一体的に運行されている。また、当駅から分岐する路線はないため、名目上は東海道本線・山陽本線という本州を代表する幹線の終点および起点駅ではあるが、運行上はJR神戸線の途中駅としての側面が強い。ホームの南（浜側）には、両路線の起終点を示すキロポストがある。歴史的には東海道本線が元々から国有路線であったのに対し、山陽本線は民間の山陽鉄道によって作られ、後に国有化された。
都市名を冠する市内の主要な駅の一つとして名目上の神戸市の代表駅や特定都区市内制度の神戸市内中心駅とされるが、神戸市役所や商業地域の中心地に近いのは二つ東隣の三ノ宮駅、県庁は一つ東隣の元町駅が最寄駅であり、山陽新幹線の停車駅は三ノ宮駅の北に位置する新神戸駅である。なお、新神戸駅は運賃計算上は当駅と同一駅扱いとなっている。
接続路線.
以下の駅との連絡が可能となっている。
また、三ノ宮駅・元町駅・新長田駅と同様、山陽新幹線新神戸駅（地下鉄山手線で連絡）との連絡扱いをしている。
駅構造.
のりば.
上表の路線名は旅客案内上の名称（愛称）で表記している。
ダイヤ.
駅弁.
淡路屋が製造・販売を担当している。主な駅弁は下記の通り。
利用状況.
近年の1日平均乗車人員は下表のとおりである。
駅周辺.
線路が南北方向に走り、周辺の地域はほぼ東西に相対している。多くの市民は、神戸ハーバーランド側の方角を「浜手」、六甲山側の方角を「山手」と言い表す。
東寄りの一帯は、ウォーターフロント開発地区の「神戸ハーバーランド」であり、大規模な商業施設や高層ビルが並んでいる。国鉄時代には貨物ターミナルの湊川駅があり、廃止後の駅跡地の再開発により誕生した。
バス路線.
中波帯
現在でも途上国を中心に、中波帯でモールス通信を行う移動業務の無線局は存在しているが、日本においては専ら電波航法や航行警報に利用されている。 
短波帯