だがフォアランナーは戦争の最中に未知のパラサイトであるフラッドと遭遇。さらに古代人類がフラッドの脅威に追われ侵略戦争という手段で消耗される物資やコロニーを補充していたこと、戦争終末期にはもはや侵略の意図もなかったことが発覚。そして直後に疲弊した状態でフラッドを相手にすることになる。そこからフラッドへの対抗と研究が進み、ついにフラッドや人類を絶滅させる最終兵器ヘイローは作られたのだった。
この研究の過程でコンポーザーと呼ばれる装置が生まれていた。これは生体をAI状の電子生命体にデータ化し無限の命を得るべく産み出された装置だったがデータ変換後は人格を保てず元の有機生命体に戻すことも不可能だった。致命的な問題を抱えたこの研究は、古代人類からフラッドの対策法を聞きだすための拷問への利用など非人道的手段に使われたきり利用は中断されていた。
しかしダイダクトはこれに目を付け、データ変換したAIに機械の身体と武器を持たせディフェンスAIとして再利用する事を提案した。機械の身体にフラッドは寄生できないからである。そしてその材料として目をつけられたのが解体した人類だった。
ダイダクトを打倒すべくマスターチーフはライブラリアンによって遺伝子に埋め込まれた能力を解放された。
ダイダクトとの対決.
チーフはダイダクトを止めるために協力を求めるも、インフィニティのデルリオ艦長は新たなる敵であるフォアランナーとの戦争に備えるために地球への帰還を優先した。
そのヘイローは人類がすでに発見しており、発掘と研究の作業が軌道上の宇宙ステーションイヴァノフ研究所で進められていた。コンポーザーもまたこの宇宙ステーションに保管してあったのである。
ステーションの職員を助けつつ、責任者にコンポーザーの破壊を求める。最初は拒否されるもチーフの説明により承諾した。それから兵士や職員脱出のため防衛システムを再起動するが、コブナントの猛攻とダイダクトの不可思議な力により、コンポーザーはダイダクトの手に渡ってしまう。