林は皇道派に属すると見られており、真崎もこの人事に賛成したが、永田は皇道派の締め出しを図り、荒木、真崎らに嫌悪感を抱くようになっていた林もこれを追認した。
皇道派と統制派の板挟みになった林は一時辞意を表した。真崎は電話で荒木と林追い落としの相談をしてるのを高宮太平に聞かれ、高宮を部屋に通した夫人と女中を殴りつけ、高宮に黙っていてくれと懇願している。
派閥間の対立はさらに先鋭化し、統制派は真崎の更迭を目論むようになった。林陸相から辞任して欲しいと言われた真崎はこれを拒否し、陸軍三長官会議で決することになった。真崎は林のことを蛇蝎の如く嫌っており、日記には「林」と書かず、わざわざ「土蜘蛛」と書いている。北岡伸一（歴史学者）はこれを読んで「何か背筋の寒くなる思いがした」という。
真崎の評判は極めて悪く、会議の直前に岡田啓介首相は林陸相に対して「内閣が倒れてもいいから真崎だけは辞めさせてくれ」と伝えている。
真崎は本人が同意しないまま教育総監を罷免され、後任には渡辺錠太郎がついた。
昭和天皇も真崎の更迭を歓迎し、「真崎の行動は甚だ非常識であり（ロンドン海軍軍縮会議で強硬論を主張し内閣を揺さぶった）加藤寛治海軍大将と同じような性格ではないのか」と述べて、真崎の退任の挨拶に際しても形式的な「ご苦労であった」との御言葉を与えるのを「加藤のように悪用されては困る」と承知しようとしなかった。
真崎の辞任の経緯は自身の口から青年将校へ漏らされ、さらに統制派を批判する怪文書が作られて配布された。
真崎自身によると、軍中央から遠ざけられた三月事件、十月事件の関係者は真崎らを恨み、政界、財界、重臣方面に真崎らを誹謗しており真崎追放を決心し、特に湯浅倉平が天皇に真崎中傷を行い、閑院宮と梨本宮の両者も動かされ、教育総監更迭に至ったとしている。
本庄繁侍従武官長から天皇に上奏書類を非公式に見せ、天皇も「真崎の言うことも一理ある」と発言したが、湯浅の中傷、木戸幸一が真崎の直訴を阻止したために、天皇の考えを変えさせるに至らなかったと主張している。
二・二六事件.
事件前に磯部浅一は荒木、真崎、杉山元などを訪問し、上層部の動向を確認している。
一方、当時真崎の護衛憲兵で陸相官邸へ同乗していた金子桂伍長はこれを否定しており、「なんということをやったのだ」と叱責したとしている。