平安時代末期に起きた前九年の役や後三年の役では、清和源氏の棟梁、 源頼義父子が現在の盛岡に来歴したが、頼義の嫡子義家の弟の源義光の孫である清光の子孫は甲斐源氏と称された武田氏、加賀美氏、安田氏、浅利氏などの諸氏族があり、加賀美氏からは、さらに南部氏、秋山氏、小笠原氏などが分かれている。
奥州南部氏の始祖、南部三郎光行は、清和源氏義光流（甲斐源氏）の加賀美二郎遠光の三男とされ、甲斐巨摩郡富士川西岸の南部郷（現・山梨県南巨摩郡南部町）を領し南部三郎を名乗ったが、父の官途信濃守から信濃三郎とも称された。
光行の子息は、『尊卑分脈』によれば、太郎朝光、二郎実光、三郎行朝、小四郎実長の四人であるが、「秋山系図」（『続群書類従』）は、行朝を太郎、実長を「南部破切の六郎」とし、五郎行連を加える。そのうち、光行の嫡子実光とその子時実の名は、将軍の供奉を務める御家人でかつ北条時頼の側近として、しばしば『吾妻鏡』にあらわれる。
南部氏は南北朝時代から戦国時代にかけて急速に勢力を伸ばし、はじめは三戸（現在の青森県三戸郡三戸町）に居城を構えていたが、豊臣政権を後ろ盾として九戸政実を鎮圧、九戸城を福岡城（岩手県二戸市） と改め移転した。さらに前田利家らの仲介により豊臣秀吉から閉伊郡、和賀郡、稗貫郡の支配も認められると、本拠地である三戸が領地の北側に大きく偏ることとなったため、本拠地を盛岡に移した。
鎌倉時代.
なお、光行の兄・小笠原長清は巨摩郡小笠原荘に住み、小笠原氏の祖となっている。
鎌倉時代末期.
鎌倉幕府と討幕側となった南部氏一族.
建武の新政時代.
建武の新政とこれに離反した足利氏にそれぞれ合流した南部氏.
南北朝時代.
南朝南部氏.
北朝南部氏と北朝に合流した南部氏.
室町時代.
戦国時代.
甲斐の南部氏.
陸奥の南部氏.
晴政の晩年には南部氏の一族とされる大浦為信が挙兵した。広大な南部氏の領地では、国人の家臣化と中央集権化はあまり進んでおらず（南部氏の中央集権が進むのは利直の時代に入ってから）、津軽地方の国人衆、浪岡御所（浪岡北畠氏）、蝦夷管領（檜山安東氏）の残党、石川城の津軽郡代（石川南部氏）らは為信に各個撃破されていった。