鎌倉期の朝廷の政治機構を継承しており、院評定が最高議決機関に置かれた。院評定は御前評定（最高議決機関）と雑訴評定（訴訟事案を審議する議決機関）に分けられている。雑訴評定の下には文殿が置かれ、訴訟事案の調査や審理が行われた。院執事である洞院公賢と、院執権である勧修寺経顕を筆頭として上皇直属の政務機関である院庁が置かれ、検非違使庁別当である柳原資明・油小路隆蔭・正親町三条実継を筆頭として京都の治安維持を担当とする検非違使庁が置かれた。公武間の交渉は、今出川兼季・今出川実尹・勧修寺経顕を武家執奏とし、高師直・足利直義・足利義詮が幕府における北朝担当者となって行われた。
訴訟制度.
このようにして発給された光厳上皇の院宣は、上皇側の貴族が書状（公家施行）を出して室町幕府に遵行（ここでは、所領の紛争に関する院宣を実行すること）を依頼し、幕府の支配機構を通して施行された。森は、このような、光厳の勅裁が幕府に伝達されて、幕府の支配機構を通して光厳の決定が執行される「遵行移管」が円滑に遂行されていたため、北朝（光厳院政）は王朝政権の面目を一応保っていたとしている。なお、公家施行を受けて、幕府側の北朝担当者（前期）である高師直は「引付頭人奉書」によって院宣の遵行を命じ、同じく足利直義（後期）は「院宣一見状」によって院宣の遵行を命じていたが、高師直の「引付頭人奉書」は直義の「院宣一見状」と異なり、武力による強制力を持っていた。
室町幕府との関係・公武徳政.
室町幕府との関係.
森によれば、光厳院政期は、室町幕府にとっては開創期にあたり幕府の支配機構は不安定であったという。そのため幕府は、王朝政権の維持・存続を積極的に容認せざるを得ず、北朝はこのような幕府の事情を背景にして、朝廷における訴訟制度の整備をすることができたという。また、幕府も北朝に対して一定の口入をしたが、観応の擾乱以前における幕府の北朝に対する申し入れは比較的に控えめであったとしている。
室町幕府との公武徳政.
直仁親王について.
出生の真実.