甲賀山に籠った義綱らに対し、白河院は棟梁を継いだばかりの義忠の甥の為義に義綱父子の追討を命じた。更に、義光も為義を支援したので、義綱らは窮地に追い込まれた。
為義軍が甲賀山への攻撃を開始すると義綱方は各所で敗退し、ついに義綱は降伏しようと言い出した。しかし、無実であるのに降伏するとは到底納得できない息子たちは憤激した。特に白河院の判官代となっていた義弘は主人である白河院からの追討ということもあり、自分たちの身の潔白を証明するための自害に意を強くしており、父義綱にも潔く切腹するように言い寄った。それでも義綱は投降しようとしたので義弘は父に範を示そうと兄弟たちの中で真っ先に自害することにし、高い木に登ってそこから谷底に飛び降りて投身自殺した。その後、次男義俊も兄に続いて投身自殺、四男義仲は為義軍が放った炎に入って焼身自殺、五男義範は切腹し、六男義公も自害して果てた。こうして次々と息子たちが自害していく中でただ一人残された義綱はついに甲賀郡の大岡寺で出家し、為義に投降した。
一方で季方邸に籠る義明と季方も白河院の命を受けた美濃源氏で検非違使判官の源重時による攻撃を受けた。重時は最初に義忠暗殺犯として逮捕された源重実の弟であった。義明軍は重時軍に二百余人の死傷者を出させるほどの奮戦をしたが最後は義明、季方二人とも自害して果てた。そして、義綱は佐渡に流された。
こうして義忠の暗殺犯は義綱、義明、藤原季方とされて事件は解決したかに思えたが、真実は違った。真犯人は義忠の叔父であり義綱の末弟である義光であった。義光が兄義家の没後に野心を起こし、河内源氏の棟梁の座を狙ったというものである。義光は義忠の暗殺を行うため、郎党の鹿島三郎（平成幹か？）に義忠の郎党になるように命じ、義忠に近づけさせてその郎党とさせた。そして、かつて後三年の役で活躍し、自らの郎党であると同時に義家の郎党でもあり、その三男の義明の乳母夫で滝口の武士でもある藤原季方に密かに義明の刀を持って来るように命じた。義光はその刀を鹿島三郎に渡し、それで義忠を襲わせた。背後から襲われた義忠は大けがをしたがそれでも抵抗し、鹿島三郎も大きなけがを負ってしまった。そして襲撃後、鹿島三郎はこれみよがしに義明の刀を現場に捨てて行った。