日本国内のプロボクシングにおいて、JBCがライセンスやランキング、ルール面、JPBAが興行や育成面を分担している。一方、各日本協会に加盟するにはJBCに認められたジムであることが条件となっている（ジムを運営するJBCクラブオーナーライセンス保持者名義で加盟）。
また、協会長及び各地区協会会長、その他一部役員はJBCにおいては評議員として加わっている。
なお、日本プロスポーツ協会にはJPBAが加盟している。
JBCライセンス.
JBCが定めるライセンスの種類は以下の通り。
JBCルール.
課題.
JBCおよび日本のプロボクシングが抱える課題としては主に下記のものがあり、JBCを含めた関係者によってしばしば協議されている。
重量級の認定.
しかし彼らはランキング認定までは、日本でプロボクサーとして活動することができなかったため、西島洋介のように海外で活動してWBA・WBC・OPBFのいずれかにランクインするか（西澤ヨシノリやクレイジー・キムのようにOPBFに戴冠した例はあるが、WBCとWBAのスーパーミドル級以上を制した日本人はいない）、プロ以外の手段でボクサーとして活動するかしかなかった。
IBF・WBOへの加盟.
WBA・WBC王座の扱い.
上記のIBF・WBO問題にも関連するが、近年ではWBA・WBCが認定する王座の扱いについても議論が増している。
その理由として両団体とも暫定王座の粗製乱造やスーパー王座・シルバー王座創設などを進めており、その結果として他団体不認可の前提である「世界王座乱立の防止」という建前は脆くも崩れてしまっている。これもIBF・WBOへの加盟論議を進めるに当たってひとつの問題として提起されている。
女子の解禁.
ただし、女子選手でも協会に加盟しているジムに所属せねばならず、国際女子ボクサー協会（IFBA）世界スーパーライト級チャンピオンのライカなどの女子選手の多くは協会非加盟のジムに所属していたため、加盟ジムに移籍するか所属ジムが協会に新規加盟しない限りプロテストを受験することができなかった。ライカの所属する山木ジム（現山木ボクシングジム）は、女子選手育成の実績が高いことから加盟料免除でに加盟することとなった。
他競技との関係.