ところが、為兼が再度逮捕され土佐に流されると、大覚寺統の後宇多上皇は幕府に花園の譲位を主張した。幕府は両統での協議を促し（文保の和談）、皇位継承計画案を提示したが、大覚寺統に有利な提案であったため、持明院統側は拒否した。そうした中、伏見は崩御した。主柱を失った持明院統は花園の譲位を認めざるを得ず、花園は皇太子尊治親王（後醍醐天皇）に譲位した。
生涯.
皇太子となる.
践祚.
伏見親政.
親政の開始.
ところが、政務から引退したはずの後深草法皇は、日常の政務から国家的大事に至るまで、様々な発言を行っていた。また、伏見の践祚に関与した頼綱も、朝廷の政務に口入するようになっていた。さらに、後深草の近臣は宮廷内で幅を利かせ、頼綱の側近である禅空は朝廷の裁判に盛んに介入するようになった。
そこで伏見は、後深草の近臣が禅空の口入によって官位昇進していたことに目をつけ、禅空の所行を鎌倉幕府に訴えた。こうして、禅空が関与した訴訟の裁許をすべて無効とさせ、さらに後深草の近臣らの解官に成功する
もっとも、それ以降も伏見は後深草の意向を尊重しているが、自ら政治を主導する体制を着実に整えていった。
政治改革の実行.
この改革は、大覚寺統派の廷臣にも絶賛された。また、中世史研究者の美川圭は、こうした伏見親政に始まる制度によって承久の乱で破綻した治天の君の権力が回復することになった、と指摘している。
こうした政治改革は、幕府の期待に応えるとともに、大覚寺統を掣肘する狙いがあったとされる。
譲位と両統迭立.
もっとも、伏見は後伏見の弟である富仁親王（のちの花園天皇）の立太子を主張し、幕府に認められた。こうして、両統迭立は常態化していくこととなる。
なお、富仁の立太子は将来的に持明院統を分裂させる危険性があった。そのため伏見は、富仁の立太子の際、富仁を後伏見の猶子にしたうえで、後伏見に皇子が誕生した際は富仁の猶子とし、その皇子の系統に皇位を継承させるよう厳命している。当時伏見が後伏見に送った消息（宮内庁書陵部蔵「伏見院御文類」）には、次のようにある。
伏見院政.
為兼の再失脚と崩御.
人物.
書道.