河本による定式化では、すでに存在している空間にシステムが実現するのではなく、システムがみずからで空間を形成する。そのための機構として定義に書き加えられたのは、構成素の系列の閉域化である。オートポイエーシスによって産出された構成素は、運動や物性をつうじて閉域を成す。そのことによって、オートポイエーシスは具体的単位体としてシステムを実現することになる。具体的単位体は、物理的な実態を持つため観察することが可能である。
河本によればオートポイエーシスの現実的なモデルは「幹細胞」である。幹細胞の特徴は、自己複製と分化能のどちらもを有していることである。オートポイエーシスとして捉えるならば、「一方で純粋な反復を継続してみずからの複製を行うが、他方では作動の回路を切り替えて機能分化」するシステムである。そして、理想的なモデルとして次のようなものを挙げている。幹細胞だけからなる多細胞個体を想定したとき、これは純粋なオートポイエーシス個体である。ところがこれはつねに分化と増殖を繰り返して変化していくために、特定の形態に留まることができず、また分化の範囲があらかじめ定まっているわけでもない。
河本はのちの著作において、これらの機構をまとめてつぎのように述べている。
ひとたび自己ができてしまうと、その後、維持系や修復系に機能化していきます。機能系をあらかじめ組み込んでおけばそのとおりに動いてくれるのですが、機能系が出現する前に、機能の出現を支えるための運動態の集合が決まってこなければいけない。その部分を運動のモードで定式化したのが、オートポイエーシスと呼ばれるものです。
オートポイエーシス・システムとは、反復的に要素を産出するという産出（変形および破壊）過程のネットワークとして、有機的に構成（単位体として規定）されたシステムである。
（ⅰ）反復的に産出された要素が変換と相互作用をつうじて、要素そのものを産出するプロセス（関係）のネットワークをさらに作動させたとき、この要素をシステムの構成素という。構成素はシステムをさらに作動させることによって、システムの構成素であり、システムの作動をつうじてシステムの要素の範囲（Sich）が定まる。