一行は十津川に約半年潜伏するが、熊野別当・定遍が恩賞目当てに五百騎で探索に来たことで、一行は吉野を目指し逃れる。途中で追いつかれるも、竹原八郎の甥の野長瀬六郎・野長瀬七郎兄弟の軍勢に助けられる。吉野への道中で、鎌倉方の土豪、芋瀬（いもせ）庄司が持ち物検めをしていたが、錦の御旗を所持していた赤松則祐が芋瀬の目に留まった。則祐はやむなく錦の御旗を芋瀬に渡した。そこに村上義光が遅れて到着し、錦の御旗が芋瀬の手にあるのに気づき、芋瀬から錦の御旗を奪い返して護良親王一行に合流した。
吉野で挙兵.
この頃の鎌倉幕府は護良親王が諸寺諸山の下層山伏、凡卑放埒の悪僧・悪党を基盤としていると見抜き、またそのため、護良親王と楠木正成の2人を集中して殺害すれば自ずと乱を鎮圧できると考えていた。
後醍醐天皇の隠岐脱出.
六波羅探題・鎌倉幕府の滅亡.
建武の新政.
後醍醐の圧力.
信貴山で陣を敷く.
一方、千早城を囲んでいた鎌倉幕府勢は、幕府滅亡により後ろ盾を失った兵に対して足利尊氏が独自に軍政を敷き、盛んに武士達の人気を集めているのを見て、尊氏に野心有りと、陣を敷いていた。
後醍醐天皇の建武の新政に尊氏が逆向すると見た護良親王は上洛せず、信貴山を拠点にして尊氏を牽制した。後醍醐天皇は右大弁宰相清忠（坊門清忠）を勅使にし、護良親王と交渉した。清忠は、天下太平の為、武家を辞め門跡となり法灯に進む様にいったが、護良親王は天下太平は一時的であり、尊氏が武家として台頭することで戦乱の世が来ると主張した。後醍醐天皇は清忠と相談の上、護良親王に征夷大将軍を宣旨した。
征夷大将軍になり上洛する.
解任され捕らわれる.
これ以上勢力が消耗しては太刀打ちが出来ない護良親王は、父帝に尊氏の野望を指摘し追討の勅語を発することを願うも、受け入れられなかった。後醍醐天皇は尊氏の実力を恐れていたが、表面上融和を探っていた。