ただ、正平一統は長くは続かなかった。北畠親房は京都と鎌倉にあった北朝勢力の一掃に動き、京都と鎌倉の占領に成功した。また、北朝方は尊氏の征夷大将軍の職を解かれた上に光厳上皇、光明上皇、崇光上皇、直仁親王を拉致されてしまう。また、後村上天皇は行宮を東条、住吉、男山八幡に移した。
しかし、北朝は和約の内容を知らされなかった。その上、条件には国衙領を大覚寺統の領地とし、両統迭立をするというものがあったが、国衙領はあまり得られなかった上に両統迭立も反故となり、幕府に対して対抗する後南朝の勢力が生まれた。
室町時代後期と戦国時代.
安土桃山時代.
しかし、秀吉は武家関白制の維持のために関白を豊臣秀次に譲り太閤となり、関白の職を豊臣氏の世襲としようとした。だが、秀次事件により関白が空位になると、豊臣秀頼に関白を継がせるために、徳川家康を除いて関白と大臣に誰も就けようとしなかった。そのため、朝廷での宮中行事や官位昇進が滞ることになる。
江戸時代.
朝廷と幕府.
鎌倉幕府成立により政治の実権が武家に移って以降も、天皇を長とする「朝廷」は存在し続けた。
今日において「朝廷」という言葉は「幕府」に対応する言葉としてよく使われるが、これは天皇・公家（公家政権）と武家（武家政権）を対立した存在として捉えるようになった江戸時代中期以降の影響が強い。鎌倉時代（鎌倉殿）、室町時代（室町殿）にあって征夷大将軍（公方）による政権は「幕府」と呼称されておらず、「武家政権＝幕府」という用例が一般的になったのは江戸幕府も後期に至ってからであった。そもそも「朝廷」は京都を指す固有名詞ではなく、「江戸幕府」を指して「朝廷」と呼ぶ例さえ広く見られたのである。武家政権（幕府）に対する公家政権（朝廷）という用法は近世もしくは近代の所産といえる。
朝廷式微論.
「皇室式微論」ともいう。「式微」とは経済的に衰退した状態を指すが、戦国時代の朝廷が衰退していたという論調が江戸時代に強まる。