日本の木造の大きな建物が焼け落ちた膨大な残骸の中からは、当時の調査能力では特定の人物の遺骸は見つけられなかったであろうと、未発見の原因を説明する指摘もある。『祖父物語』によれば、蘭丸は信長の遺骸の上に畳を5、6帖を覆いかぶせたと云い、前述の宣教師の話のように遺体が灰燼に帰してしまうことはあり得ることである。
また別の異説として、作家安部龍太郎と歴史家山口稔によれば、西山本門寺（静岡県富士宮市）寺伝に本能寺の変の時に信長の供をしていた原宗安（志摩守）が本因坊算砂の指示で信長の首を寺に運んで供養したという記載があるという。
妙覚寺・二条御新造.
信忠は、切腹するから縁の板を外して遺骸は床下に隠せと指示し、鎌田新介に介錯を命じた。一門衆や近習、郎党は尽く枕を並べて討死しており、死体が散乱する状況で、火がさらに迫ってきたので、信忠は自刃し、鎌田は是非もなく首を打ち落して、指示に従って遺体を隠した。（『当代記』によれば）鎌田は自分は追腹をするべきだと思ったが、どうした事かついに切らずじまいだった。（御新造が焼け落ちたことで）信忠の遺体も「無常の煙」となった。
妙覚寺には、一門衆や赤母衣衆が多数滞在していた。彼らは信忠と共に二条御新造に移って上記のように奮戦したが、衆寡敵せず、斎藤利治（新五）を中心に福富秀勝・菅屋長頼・猪子兵助・団忠正らが火を放ちよく防いでいる間に信忠は自刃した。側近たちもそれぞれ討ち死を遂げた。『南北山城軍記』には「班久勇武記するに遑あらず且諸記に明らけし、終に忠志を全ふして天正十壬午六月二日未刻、京師二条城中において潔く討死して、君恩を泉下に報じ、武名を日域に輝かせり」とある。
家人も忠義を尽くした。安藤守就の家臣に松野平介と云うものがあり、安藤が追放された時に松野だけは信長によって召し抱えられたために大恩があったが、変の起こったときに遠方にいて妙顕寺に着いたときにはすべてが終わっていた。松野は斎藤利三の知り合いで明智家に出仕するように誘われたが、主人の危機に際して遅参した上に敵に降参するのは無念であると言って、信長の後を追って自害した。土方次郎兵衛というものも、同じく変に間に合わなかったことを無念に思って、追腹をして果てた。
生存者.