ただし、自動車の再使用すなわち車検申請に際して保留は解除され納付義務が発生する。対して、一時抹消及び抹消手続きが申請された際には納付義務がそのまま消滅する。一時抹消後、登録（車検）した場合には、消滅した自動車税の納付義務は回復しない場合が多い（都道府県により対応は違う）。ただし、車検が有効な期間に納付されていなかった自動車税に対しては保留ではなく未納分とみなされ、保留期間に入った後も納税義務は保留されず、消滅もしないので注意が必要。
この制度は、法の趣旨を「逸脱」し、「自動車税は自動車を使用している期間に対して課税される」という考え方の下、車検が切れた期間は「自動車は使用されていない」とみなして納税義務を保留とするものである。都道府県によって扱いが異なり、また課税担当者によっても扱いが異なることがある理由が、ここにある。車検が切れている車であっても、例えば年式の新しい車、高級車、クラシックカーなど財産価値の高い車についてはこの保留制度を適用しないなど、課税担当者の恣意的な運用も見られる。
納税通知書を発付する時点で車検切れになっている自動車について、一律に課税保留する（最初から納税通知書を送付しない）取り扱いをしている都道府県がある一方、納期限までに納税のあった自動車については課税を継続し、滞納になって一定期間を経過した自動車のみ、遡って課税保留する（これにより、滞納した方が納税義務者にとって得になる）扱いをする県もある。
各国の自動車税.
自動車税以外の自動車関連諸税を含めた諸外国との比較.
しかし燃料税（ガソリン税・軽油引取税）に関して、日本は先進国のなかで安く、保有税と燃料税を全部含めた「トータルコスト」だと、自動車所有者の平均納税額は、日本よりヨーロッパ諸国のほうが高い税制となっている。
なお自動車関連の諸税は、日本以上に高額な国家（シンガポール、インドネシア、中華人民共和国特別行政区の香港・マカオ）も存在するが、以下のように自動車にだけ特別高い税金がかけられているわけではなかったり、自動車関連諸税が高額でも、公共交通機関の安価な運賃による自家用自動車の代替移動手段により、国民生活に大きな支障を及ぼさないといった背景がある。