しかし、税金の優遇を受けている公益財団法人である全柔連の会計から支払われるのはルール違反だとの指摘が公益財団法人の関係官庁関係者から指摘され、また、理事や強化委員会で負担すべきとの意見も出されて、結論は出なかった。
続けて、助成金問題に関して、強化留保金は強化委員会内のことで、全柔連とは直接関係ないと認識していたが、それは誤りだった。
助成金受給者に関しては強化委員会が決定していたことで、誰を受給させるか指示していたことはない。第三者委員会の中間報告書に再考を求める要望書を提出したのは、順法精神の欠如と指摘されたことに大いなる違和感を覚えた全柔連事務局員の熱い思いを受け止める形になったまでのことで、第三者委員会に圧力をかける意図があったわけではないと語った。
勧告書の概要は以下の通り。
一、暴力などの不当行為に依存せずに選手を適正に育成する「技術的能力」の回復と確立
一、必要な費用を適切に計上し、助成金などを受ける場合はコンプライアンス（法令順守）を徹底する「経理的基礎」の回復と確立
これを受けて、公益認定等委員会委員長の山下徹と事務局長の高野修一も記者会見で、「全ての問題において、監督や理事ら指導的立場の人が直接関与している。問題は多岐にわたり深刻」「組織として機能していないのは、はっきりしている。同じ運営形態では改善に向けた答えにならない。人心一新も案としてありうる」「信頼回復のため何をすればいいのか、（こちらに）言わせないでほしい」と、全柔連による自己決定能力を発揮しての根本的刷新を求めた。
また、全柔連は返還後の穴埋めとして、責任の範囲を明確にした上で、第三者委員会からこの問題で最も重い責任があると認定された吉村や、不正受給に直接関与した指導者らに個別の弁済を求めることになるという。
負担の比率が最も大きいのは上村になる見込みだという。
全柔連側は組織全体の責任として返還金の一部を全柔連の会計から割り充てる意向も示していたものの、内閣府はあくまでも不正受給に関係した各指導者から相応の徴収をするようにと厳命した。
不足分が生じた場合は理事会が最終責任を持つことになった。
受給資格に問題がなかった指導者をも含めて任意の寄付を募ることになり、山下泰裕や斉藤仁が理事や強化委員に協力を要請して、回収役を受け持っているという。