純粋な農林水産省直轄ダムは国土交通省直轄ダムに比べてその数は多くない。直轄でダムを管理する場合の指針や基準は、例えば阿賀野川から阿武隈川へ導水路による流域変更を行う羽鳥ダム（鶴沼川・福島県）のように複数の水系・河川を利用した灌漑事業である場合、あるいは加古川水系・紀の川水系・大淀川水系などでの国営土地改良事業のように受益地域が通常の事業に比べ広範囲に及ぶ場合など、利害調整の上で土地改良区単独では対処できないケースでは農林水産省が水源であるダムを直轄で管理する。管轄する内部部局は農村振興局であるが、実際の管理は地方農政局の各部署が行う。東北農政局、近畿農政局、九州農政局管内で直轄ダムが多い。
管理上一般人の立入が制限されるダムも多いが、ダム水源地環境整備センターが選定するダム湖百選に羽鳥ダムの人造湖である羽鳥湖が選定されたほか、鴨川ダム（鴨川・兵庫県）の人造湖である東条湖や津風呂ダム（津風呂川・奈良県）の人造湖である津風呂湖などのように周辺地域が観光地として整備されているダム、山田ダム（野田原川・和歌山県）のように釣りのスポットして知られるダムもあり、観光地として多くの人を集める直轄ダムも増えている。
沿革.
国営農業水利事業.
古来より稲作を中心に農業を発達させた日本ではあるが、稲作に必要な農業用水の確保は最も重要な課題であった。概ね河川より直接取水する方法で用水路を整備していったが、旱魃になればその水源は容易に涸れてしまい、水の確保を巡って流域内において水争いが絶えず、鎌や鍬を持って流血の惨事となることも希ではなかった。また、ため池建設の際に水神を鎮める目的で人身御供も行われ、各地で悲話が伝えられている。こうした水問題を解決すべく大規模なダムによる用水補給の必要性が問われたが、技術的問題や慣行水利権の問題で導入には至らなかった。太平洋戦争の敗戦後、日本は極度の食糧不足に陥り餓死者や栄養失調に苦しむ国民が急増した。こうした不満を背景に食糧メーデーなどデモが頻発。治安上にも悪影響を及ぼしていた。背景にある日本共産党の活動に危惧を抱いた連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）はデモを弾圧する一方で国民の不満を逸らすために緊急食糧援助を行う傍らで、早急な食糧増産態勢を敷く必要に迫られた。