尊氏は鎮守府将軍となったのは前述したが、これは決してお飾りの地位ではなく、建武政権においては実質の最高軍事責任者だった。東北には陸奥将軍府があり、関東には鎌倉将軍府があるため、これらの地域では実際に権限を行使する機会がなかったが、九州で北条氏残党の反乱が発生した時には、鎮守府将軍としての権限を発動して九州の武将を指揮した実例がある。
公家官僚.
建武政権の特徴として、変えるべきところは少しづつ変え、変える必要がない部分は変えずに安定性を確保したことが挙げられる。公家官僚である蔵人（秘書官）の人事は、後者の「変えなかった部分」で、後醍醐天皇の父である後宇多天皇の人事をほぼそのまま引き継いだ。公家の高級官僚である上卿（しょうけい）も基本的には同様だが、中には敵対派閥である持明院統派・北朝から移籍してくる上卿もいた。
蔵人に加えて重要な公家官僚が、公卿（大臣クラスの上級貴族）から選ばれる上卿（しょうけい）で、朝廷の案件ごとに責任を持ち、上卿の意見は評定（ひょうじょう、評議）への決定にも大きく影響した。訴訟・陳情の本来の窓口は蔵人や弁官（実務官僚）だが、実際は大貴族である上卿に口利きを依頼する者もいた。
その他.
軍事政策.
管轄.
非効率的な御家人制を撤廃し（#御家人制の撤廃）、地方の武士→守護→総大将（鎮守府将軍、鎌倉将軍府、陸奥将軍府等）という命令系統に再編した。
御家人制の撤廃.
前代鎌倉幕府では、武士は特権階級である御家人（将軍と直接的主従関係を結んだ階層）と非御家人に分けられていた。その一方で、御家人の中でも北条得宗家を頂点とする事実上の身分格差が生じていたのに、建前としては「御家人は将軍の前でみな平等」というものだったため、制度と実態で様々なひずみが生まれていた。
こうした矛盾を解消するため、後醍醐天皇は、御家人制度とそれに付随する非効率的な御家人役システム（御恩に対する奉公として軍事力などを供出する制度）を撤廃し、公益・軍役賦課をより効率的・現実的なものに再編した。また、後醍醐としては、天皇家から見れば陪臣（家臣の家臣）に過ぎなかった御家人を、直臣に「格上げ」することで、この上ない栄誉を与えたのだという認識を持っていた。