一部の労組では、新左翼運動の影響の下に政治的な要求や現実離れした要求を振りかざし、他の組合との抗争や政治運動に明け暮れるだけで、本来の役割である労働条件の向上はなおざりにしてしまった組合や、日本航空に見られるように、非妥協・対決路線に走り会社の現状を省みない組合となってしまったものもある（日本エアシステムとの合併がこの問題をさらに複雑にしている）。このため、大衆から「労働組合は過激派と結びついている」という見方が広がってしまった。また、かつての国鉄労働組合や国鉄動力車労働組合は旧国鉄時代、国鉄職員の日頃の勤務態度が芳しくない一方、利用者を省みない遵法闘争を繰り返して待遇改善を要求し、これが結果的に国民の国鉄離れや分割民営化を後押しする風潮を作り上げた。のみならず、公共交通機関における労働争議はその利用者から敵視され、上尾事件、首都圏国電暴動のような暴動に発展するケースがあった。阪神淡路大震災では、一部の労働組合が自衛隊入港抗議デモを行い顰蹙を買った。
一方「労使協調」を掲げた組合（産経新聞社、日本航空（→日本航空の労働組合）など）では、形こそ労働組合として存在するものの、本来の機能を見失って形骸化し、会社側の言いなりとなって組合幹部が取締役会の末席に就くなど、「御用組合」「第二人事部」などと言われるに至る事例もある。場合によっては、そのような組合の存在自体が労働者に不利益となっていることもある。かつての日産自動車のように「労使協調」が労使間の癒着に発展した末に労働組合が経営や人事に介入するなど、社会的にも非難される行動に出る組合もあった。また、「週刊現代」がJR総連に加盟している組合を告発する記事を掲載したときに、その記事の内容について争いがあったとはいえ、JR総連と労使協調関係にあるJR東日本グループの売店などで「週刊現代」を販売しないという手段を取った事例がある。