一方、貧困層に属する住民の割合が高い地域は、豊かな地域に比べて学校予算が低い。また保護者の学校参加率も低い。その理由として、保護者が長時間の肉体労働を伴う仕事に就いていて時間的体力的に無理、教育を受けていなかったり英語が上手く話せないことを恥じている、学校について十分な情報を得ていなかったり言葉の壁で理解できない、学校の教職員から歓迎されていないように感じている、あるいは学校側が保護者を最初から教育に無関心だったり子供の勉強を見る能力がないと決め付けているといった点が挙げられる。行政の徹底した介入なしにはマグネット・スクールの運営は難しい環境にある。
学力格差.
マグネット・スクールは「頭の良い子が行く学校」ではなく、「校区に左右されず広い範囲から入学者を受け入れる学校」であったが、近年は日本のスーパーサイエンス・ハイスクールと同様、エリート養成校になっている、公教育の差別化につながっている、多額の予算を使いすぎる、といった批判を受ける学校も出てきている。
しかし現実問題として、広範囲に住む多種多様の人間を惹きつける実用的なマグネット・プログラムとなると、学力向上が上位に挙がるのは当然である。人種・宗教・所得にかかわらず多くの親が願うのは、子供が良い教育を受けて安定した職に就き、精神的にも物質的にも豊かな生活を送ることである。そのため学術とくに自然科学やテクノロジーなど理数系の特化教育を掲げる学校が多い。人文、芸術系やオルタナティブ教育に比べ、理数系は標準テストの点数で成果が量りやすいのも成果主義社会のアメリカに好まれる理由である。
多様性を高めるために、くじ引きで合否を決める学校もある。また入学者の半分を学力考査、残りの半分をくじ引きで選ぶ学校もある。学校全体がマグネットではなく、マグネット・プログラムを持つ一般校の場合は、ネイバーフッド・スクールとして通う地元の子供と、マグネット・プログラムに通う子供が混在する。抽選の場合は学力面での差別はないが、マグネット校の抽選を受けられる指定地域内は不動産が高騰し、結局は比較的裕福な家庭の子供が集まるという所得格差が存在する。
予算配分.