江戸川コナンはスケボーに乗ってキッドを追跡するが、あと一歩のところで突如現れた何者かにスケボーを真っ二つにされ、取り逃がしてしまう。その手口から、コナンはルパン一味の石川五ェ門が斬鉄剣でスケボーを切断した事や、キッドがルパン三世の変装であった事に気付く。一方、追跡を振り切ったルパンはアラン・スミシーという謎の男に連絡を取る。峰不二子を人質に取られたルパンは、テストとしてキッドに変装して盗みをさせられていたのだ。
翌日、コナンは少年探偵団と阿笠博士の家に居た。コナンがルパンの日本滞在理由を思案していた時、テレビで海外の人気アイドル・エミリオが来日したというニュースが流れ、少年探偵団はエミリオに釘付けになるが、そのニュース映像にかつてヴェスパニア王国の事件捜査でコナンと手を組んだルパン一味の次元大介の姿を見付けたコナンは、ルパン一味が何かを企んでいると睨む。同じ頃、米花町の銀行の金庫で厳重に保管されている宝石「チェリーサファイア」を頂くという、ルパンからの予告状が警察へ届き、万全の態勢を敷いて待ち構える銭形と佐藤、高木だったが、ルパンにまんまと出し抜かれ、町を滅茶苦茶にされた挙句チェリーサファイアを奪われてしまった。
ライブ前日、スタッフ達は本番への準備に大忙しの中、クラウディアはエミリオがまだ無名だった頃を蘭に語る。その頃、チェリーサファイア捜索を続けていた銭形達は、ルチアーノが小物のマフィアと密輸業者という顔を持ち、彼が日本で何らかの取引を計画している事を知るが、情報を得てもルパンの目的は不明のままライブ当日を迎えてしまう。
クラウディアからの情報によって、アラン・スミシーなる人物とルチアーノが接触するだろう事を予想して銭形達は網を張るが、裏をかかれライブ会場から抜け出されてしまう。同じ頃、独自にルパンを追っていたコナンは「ある場所」へ向かっていた。