後に隠修士として修道院に近い森の中の庵で黙想生活を送るようになったシスネロスであったが、かつての上司であったメンドーサ枢機卿は彼の事を忘れていなかった。トレド大司教としてスペイン聖職者会のトップに立ったメンドーサが、イサベル女王の聴罪司祭としてシスネロスを推薦したのである。シスネロスはフランシスコ会員としての清貧の生活を続けさせてくれる事と、必要な時だけ王宮に赴く事を条件にこれを受けた。王妃の聴罪司祭という地位は、宗教的な意味だけでなく王妃の私的顧問という面において政治的にも重要なポストであった。シスネロスの高潔な人格と清貧の生活は王妃に強い印象を与え、すぐにその信頼を勝ち取った。
改革と反発.
フランシスコ会員としても、カトリック教会の聖職者としてもスペインにおける最高の地位についたシスネロスがまず取り組んだのは、スペインのフランシスコ会の改革であった。弛緩していた規律を正す為、司祭会員に対して妻帯を禁じ任地の小教区への定住を求めた。当時の司祭達の間では任地がありながらそこへ赴かずに聖職禄だけを受ける不在聖職禄が大きな問題になっていた為である。司祭が任地に定住する事で初めて司祭達は信徒に対し説教を行い、告解を聞くなどの司牧活動が行えるようになった。
暴動はすぐに鎮圧され、イスラム教徒たちは改宗するか、国を出るかの二者択一を迫られた。ほとんどのものが改宗を受け入れ、シスネロスは「イスラム教徒を一掃した」と報告しているが、表面的に改宗した人々の問題は長きにわたってくすぶり続ける事になった（スペイン異端審問参照）。イスラム教徒から見ればシスネロスは暴君以外の何者でもなかった。
晩年.
業績.
シスネロスは政治家として一度決めた事は徹底的にやり通すタイプであった。特に正しい事であると確信した事に関しては自分や他人にとって不利になる事でも貫徹した。だが、聖職者の腐敗が目立った中世においてシスネロスのような高位聖職者にして人格高潔の人物がいたという事自体が瞠目すべき事であった。彼は自分の地位に伴って入ってくる収入の全てを自分の教区民の便宜の為に使用した。私財によって国内に多くの教育・保健施設を建設し、維持費を支払った。彼は人生の全てを自分の宗教と自分の国民の為に費やしたといっても過言ではない。政治活動の合間に神学論議に加わる事が彼にとっては息抜きであった。
十三バイパス