授業を理解しにくい状態で無理に進級すればますます理解できなくなるため、学年内能力別教育によっても目標水準に到達できない健常生徒に対しては、原級留置の適用を拡大するべきだという意見もあるが、それによる弊害を指摘する学術研究も存在していることや、教育史的にも時代の流れに真っ向から逆らうことになる（先述）ため、単純に課程主義を導入すればよいというものではない。
一方、浮きこぼれについても大きな問題となっている。通塾率の増加、学習指導要領の簡素化などで、同一年齢の生徒でも大きく知識力に差があるようになってきている。また、公私間転学の際、カリキュラムがあまりに違うと浮きこぼれが生じやすい。大学の早期卒業・大学・大学院の飛び入学など、高等教育以上では対策が始まっているが、初中等教育では飛び級による対策は皆無である。
入学・復学拒否問題.
こういった強制進級・強制卒業問題のため、生徒によってはかえって学校に復帰しにくくなっている（ただし、特に現代日本においては逆に原級留置がなされることによって復帰しにくくなる生徒も存在する事も忘れてはいけない）。
休学期間中に学力が伸びていない場合は、進級した学年の内容に付いていこうとすると、遅れを取り戻すためには家庭や学習塾などで猛勉強をしなければならず、かえって不登校以前より疲労することになる。学業不振が原因の不登校の場合は、なおさらそういった問題が大きい。現状では、そういった元不登校者の受け皿は民間の塾やフリースクールしかない。塾やフリースクールはどんなに設備が充実している所でも、プール・校庭・体育館・理科室などはないであろうし、授業料も高いという問題がある。また通常の塾は学校の生徒の空き時間に合わせて開業しているため、午前中は開いていない場合が多い。このため、なかなか学校の代替となる民間施設はない。こういった状況下で、一度学齢を超過すると復学が困難となるという問題があると、小中学校段階で不登校になった生徒に対する教育機会が保障できなくなる。