鶏や牛といった家畜の糞は肥料として活用されてきた。多くの場合、自然に放牧することによってなされる。家畜の放牧地は交代で畑として利用され、放牧地であった時の家畜の糞が、そのまま肥料となる。放牧が乏しい今日の日本では、おがくずや藁と混ぜて、専用の発酵施設で臭気を抑えつつ肥料にして利用する。これらの有機肥料を使った農作物は、自然回帰のブームなどにより、近年の無農薬栽培や低農薬栽培などと並んで、高価な値段で出回っており、栄養豊富で味も良いと好評を博している。
人糞.
日本の江戸時代では、肥料用の人糞が金銭で購入され、後述のように発酵処理のうえで金肥（きんぴ、かねごえ）と称された。だが人糞を肥料として用いるのは、世界的に見ると一般的なものではない。多くの国・民族において、人糞を人間の食料を生産する畑に投下することは忌避されてきた。例えば明治時代に北海道に住むアイヌ民族がなかなか農業に馴染まなかったとされ、その最大の問題は人糞を肥料に用いることであったと言われる。
しかし他の東アジア地域では、伝統的に人糞を肥料として利用している。人糞を肥料として用いたことが確認される最初の例は、鎌倉時代の日本とも言われる。これ以降、都市部の人糞を農家が回収するシステムが生まれ、日本の都市は世界的にみて、清潔なものとなったと言う。