以降朝廷の崇敬を受け、『延喜式神名帳』では「駿河国富士郡 浅間神社 名神大」と記載されて名神大社に列した。また駿河国一宮としても崇敬された。駿河国府の近くには、浅間大社から勧請を受けて浅間神社（現 静岡浅間神社の一社）も創建された。「本宮」の浅間大社に対し、そちらは「新宮」と呼ばれる。なお、甲斐国の浅間神社も同国では唯一の名神大社に列し、浅間神に対する崇敬の深さがうかがわれる。
鎌倉時代から戦国時代.
江戸時代.
神職.
寛政の社領目録を基とした神職一覧。
境内.
本宮.
社殿.
各所に葵紋と富士氏の家紋である「棕櫚の紋」が附され、蟇股には菊花紋や葵紋や五三桐紋が並んで附されている。『富嶽之記』という江戸時代の記録に「彩色彫物等美盡し、菊葵の紋あり」とあり、実際に現在も菊花紋と葵紋が並ぶ装飾が現存している。また富士山を御神体としていることなどから、富士山を装飾したものもある。拝殿は妻入りで正面が入母屋造、背面が切妻造となっており、本殿と同じく檜皮葺である。内外面ともに丹塗となっている。
社叢.
護摩堂.
境内にはかつて護摩堂が存在していた。この護摩堂は河東の乱により社殿と同様被害を受け、今川氏は勧請による再建立を命じていた。しかし本宮の別当である「宝幢院」はこれを自力で建立し、今川氏は「神妙である」として修造分を宝幢院に新寄進している。
その他.
楼門前には、東西へ伸びる「桜の馬場」があり、神事流鏑馬式などに用いられる。また眼鏡池とも称される鏡池がある。
東側には湧玉池があり、境内に湧出する富士山からの湧水によってできている。何層にも重なった溶岩の間から湧出しており、特別天然記念物に指定されている。水源の岩上には朱塗りの水屋神社が鎮座している。
奥宮.
富士山頂上奥宮は大宮・村山口登山道頂上に鎮座する。奥宮境内地の全てが富士箱根伊豆国立公園の富士山地域の「特別保護地区」に指定されている。元は富士山興法寺を形成する大日堂であったが、神仏分離令により仏像が取り除かれ、跡地は浅間大社奥宮として管理されることとなった。大日堂は「表大日」と称され、薬師堂は「裏薬師」と称されるのが慣例であった。