頭の形はどちらかというと長めだが、去勢されていない雄が成長するとえらが張るようになる。顎は頑丈で、マズルはしっかりとした四角形。
最も一般的な被毛色/パターンはブラウンタビー（茶縞）であるが、単色や三毛を含むあらゆる被毛色のメインクーンが存在する。しかし、チョコレート、ラヴェンダー、濃いタビー、局所的な色パターン（サイアミーズ：シャム猫のようなポイント）のメインクーンは存在しない。
目の色も極めてバラエティに富んでいる。あらゆる被毛パターンで、グリーン、グリーンゴールド、または、ゴールドという目の色がある。被毛が白のメインクーンの場合、両目がブルー、または片目がブルーでもう一つの目がゴールド（オッドアイ）というものもいる。
初期のメインクーンは、持ち前の太足、飾り毛によって、そして多指症の兆候が強くあったため足場を取りやすく、雪上での活動に有利であったとされるが、次第に多指症の傾向は逆転するに至っている。
行動面の特徴.
メインクーンは、極めて賢く、器用で、遊び好きな猫種である。足先を器用に丸めて物を持ち上げるなど、前足を良く使う傾向にあるため、棚の戸を開けたり、水道の蛇口を開いたり、トイレを流したり、小さなものを持ち上げたりすることを簡単に覚えてしまう。中には、直接ボウルに顔を近づけるのではなく、前足を使ってエサや水を飲むメインクーンも見受けられる。
メインクーンは、平均以上の知能を持っているため、トレーニングしやすい猫種のひとつであるといわれている。また、のどを鳴らすような鳴き声と、ニャーという猫の鳴き声を組み合わせたような声を出すことでも知られており、うれしい時や驚いた時にこのような声をだす傾向にあるようだ。他の猫種に比べ、メインクーンのニャーという鳴き声は高めである。仲間の猫や人間と一緒に食事をすることを好み、単独でエサを食べるのは珍しい。メインクーンは、飼い主に甘えて膝の上に乗ってくるタイプの猫種ではないといわれてはいるが、これは、個体により異なり、中には、飼い主の膝の上が大好きというメインクーンもいる。
水の中に入ってというわけではないが、水で遊ぶことを好むメインクーンもいる。おもちゃを水に浸してから遊んだり、水のボウルをひっくり返したりすることがある。また、前足を使って器用に水をすくって飲むメインクーンもいる。