京では、あわよくば政権を取り返そうとする朝廷の不穏分子が蠢いていた。幕府は京都所司代に牧野佐渡守を据え、取り締まりを強化。ある晩、公家が斬殺され、その場にいた里隠れの伊賀衆・清兵衛も殺された。倅の庄助は急ぎ江戸へ向かい、三代目服部半蔵に報告し、即座に京へ戻った。かつて清兵衛は半蔵に「いつか故郷の土を耕しながら、のんびりと暮らしたい」と話していた。半蔵は清兵衛の死の真相を明らかにし、「世に起こる波乱を未然に防ぐ。富と力が合い寄って偏るとき、おれは戦う」と決意。そして瓢六と共に入京した。すると清兵衛だけでなく、他の伊賀者の首が京都所司代の名で晒されており、半蔵は牧野を問い詰める。牧野は自分が指示したものではないと否定し、幕府よりの公家が更に殺され続けていることも踏まえ、「保科殿から知らせが届いており、全面的に協力する」と申し出た。半蔵らは修験者の出入りが多い東大路公房の屋敷に忍び入る。公房は公家らしからぬ鋭さがあった。警護する修験者と剣を交えた半蔵は、鞍馬衆と見切る。加えて京で一、二の身代を持つ山城屋が堺から荷を東大路の屋敷へ納めていることを掴む。一方、甲賀組もお甲に公房を探らせていた。