『マトリックス』の世界が構成されるまでの前時代の出来事を前後編で綴った内容。ザイオンに存在するデータアーカイブの一つ「第二次ルネッサンス」（再生、回帰、復興）を参照する形式となっている。特定の主人公が設けられず、ストーリーが進む。支配構造、対立から戦争に至る人類が繰り返す歴史を描き出している。なお各パートの終始に曼荼羅を用いており、日本語版の語り口調についてもそれに沿ったものになっている。
マトリックスの登場人物キッドが、とある夢から投げかけた問いにより猜疑心を抱き、最終的に仮想世界から現実世界にたどり着くまでの出来事である。
とある学生であるキッドは、空中から地上へ、柵を掠めて落ちる夢を見た。キッドは夢の出来事に妙な現実感を抱き、ふとコンピュータネットワークを介して疑問を投げかけ、本当の現実を確かめる方法は、と問う。その問いに対して、現実と虚構が対という謎掛け的な文脈、そして「真実を確かめたければ、命を掛けるしかない」という返答の文字。この返信にキッドは、返信者は誰なのか、そして自身は一人なのかを再度問いかけたが、それに関して一切返信はされなかった。その時から、キッドはこれまでおくってきた日常に違和感と孤独感を持ち、世界からの離脱を願った。そして、学校での授業中突然キッドの携帯電話が鳴り出す。講師に一度注意され電源を切るが、なぜか再度鳴り出し講師に迫られる中でキッドは電話に応じる。耳に伝わったのは「逃げろ」という声。外からは黒服の男エージェントが迫る。キッドは、声のままに追うものからの逃亡を始めた。
キッドの逃亡シーンでは大平晋也が作画を担当している。
ススキの生える平野から迫る騎馬隊。降り注ぐ火矢をあしらい騎馬隊を難なく蹴散らした、白い女武者姿のザイオンの戦士シズ。その世界はトレーニングプログラムだった。戦いを終えたシズの元へ、黒き男武者姿の戦士デュオが現れる。戦いを交える二人であったがその最中、デュオから現実世界からマトリックスへの帰還をシズに持ちかける。