不条理な精神論がまかり通り、ルールや上の命令には絶対服従といった「体育会系」の体質をもつ組織が存在する。 運動能力のほかに特筆する能力のない人材が集まりやすいといった傾向がある。そうした組織では部下が酷使され、短期的な生産性は向上するものの、末端の構成員が「成績を上げるためだけのコマ」になってしまう可能性が高く、「すぐに結果が出せないコマ」は潰されることになる。そのため、長期的観点でみると、生産性が下がるケースも往々にしてある。部署内においても、体育会系の上司の下で働く部下は「上の命ずる業務を遂行するだけのコマ」にされる傾向がある。しかし、その一方で優秀な部下があらわれると、「空気が読めない」など理不尽なレッテルを貼りたがる。結果主義を謳いながら、優秀な人材な人材があらわれると潰しにかかるといった、会社にとって不利益な他罰主義は、体育会系特有の二面性といえる。結果、仕事環境が悪くなり、優秀な人材ほど退職していき、社会問題となっているブラック企業の体質形成の温床となる。
体育会系のなかでも、学業成績優秀者のグループは、体育会系と同じ括りで扱わずに、一般社会では文武両道のエリートとして採用される場面がある。これらの人材は、体育会系に多くみられる価値観とは反するもの、多様性の理解、革新的な内容でも抵抗感なく受け入れるなどといった、建設的思考に長けている傾向がある。特に優良企業と言われている会社では、このような人材を指す意味として便宜上、「体育会系」という言葉を使用する。これは会社に残存する、保守的な体育会系に配慮しているという側面もある。中小企業でも根性論や結果重視といった、昔ながらの体育会系の気質が強い人材は、会社のメリットよりも、会社が被るデメリットのほうが看過できない時代背景となっており、採用を見合わせるケースが増えた。現在では、体育会系への優遇措置を撤廃した企業も多く、このような人事である場合、文武両道の人材は体育会系には含めず（社風や人事判断によって含まれる場合もある）、エリート、キャリア採用などとされる。
思想との関連.