沖縄諸島を中心とする先史時代呼称のひとつであり、日本本土の縄文時代や弥生時代と比較して、狩猟・採取経済が生活が中心であったことや、この時代の水田が未だ見つかっていないことなどからこの呼称が用いられた。
かつては本土の同時代と纏めて貝塚時代と呼ばれていたが本土の貝塚時代が縄文時代と呼ばれるようになった後も沖縄のものは縄文文化との相違点から貝塚時代・貝塚文化の呼称が引き続き用いられている。
区分法は次の例がある。
なお貝塚時代と同時期の先島諸島は先島先史時代として区別される。同時期の奄美群島はこれまで貝塚時代・貝塚文化に含まれるとされてきたが後述する城久遺跡群などの発見により沖縄本島に比べて日本本土の影響が強かったことが判明してきている。
概要.
旧石器時代.
形質論.
埴原和郎の「二重構造モデル」によれば、旧石器時代から縄文時代にかけては南方系アジア（スンダランド説）から琉球弧を通って日本列島に縄文人が広がり、弥生時代以降には渡来人が本土西日本から広がる一方で北海道や琉球弧には及ばなかったため、琉球人は縄文的形質を残したとされる。更新世（洪積世）最終氷期（旧石器時代とそれ以前）に、琉球弧が大陸とある程度地続きもしくは狭い海峡を挟んで大きな列島状であったことを示唆する地質学上の研究も、埴原仮説を支持している。
埴原仮説に対して形質人類学上の研究では、琉球人は形質・遺伝的には「南方系由来の縄文人」とするよりは、むしろ北方系（すなわち日本本土の縄文人や渡来系弥生人由来）の形質が優勢であるとされ、土肥直美は、琉球先史時代の人はいわゆる本土縄文人とは異なる形質を持っていることや、中近世になって琉球人が骨格上も本土大和人に近似してくることを指摘している。
言語.
現在の琉球諸語（日本語沖縄方言）は中世のグスク時代に日本本土から渡来した琉球祖語に起源があり、それ以前の貝塚時代に話されていた言語はこれとはまったく違うものだったと考えられている。この言語は現在の琉球諸語には痕跡が確認されていない。一方で崎山理は「奄美」などといった地名にはオーストロネシア語の痕跡があると主張した（仮にオーストロネシア語由来だとしてもそれが貝塚文化で話されていたのかはまた別の話となる）。またアレキサンダー・ボビンは貝塚時代の琉球ではアイヌ祖語である縄文語が話されていたとした。
沖縄貝塚文化.