一方の事代主神説は、江戸時代後期の平田篤胤の『古史伝』での主張に始まる説である。室町時代の『二十二社本縁』賀茂事条にある『葛木の賀茂は（中略）都波八重事代主神云。（中略）伊豆国賀茂郡坐三島神、伊予国坐三島神同体坐云」という記載に基づく。この記述も三嶋神を伊予の三嶋神（大山祇神社）と同神とする点では『東関紀行』などと同じだが、伊予も含めて三嶋神を事代主神とする点で前出の諸資料と異なる。
 〇『二十一社記』賀茂社条
 〇『二十二社本縁』賀茂事条
歴史.
 三嶋神・伊古奈比咩命の変遷　　　　
『式内社調査報告』で推測される三嶋神・伊古奈比咩命の変遷。
創建.
現在通説として知られるのは、初め賀茂郡三島郷（伊豆諸島か）、のち賀茂郡大社郷白浜（伊古奈比咩命神社付近か）、さらに田方郡小河郷の伊豆国府（現社地）へと遷座（一説に勧請）したとする説である。一方の郡名誤記説では、『延喜式』の記載を疑い、太古より当地に鎮座とする。
伊予三島神説では、最初伊予大三島から三宅島に移り、その後白浜、そして現在地へ遷座したとされる。このほか下賀茂の加畑賀茂神社にも、伊予から伊豆諸島を経由して当地に来たとの伝承がある。
概史.
古代.
中世から近世.
この時代、鎌倉幕府の将軍・御家人は東海道を従来の足柄越ではなく箱根越を利用した。これによって箱根路が活性化し、箱根手前に位置する三嶋社には数多くの旅人が参詣した。東海道の紀行文には必ず三嶋社のことが記されており、『東関紀行』の作者（未詳）や、竹崎季長（『蒙古襲来絵詞』上巻）、阿仏尼（『十六夜日記』『夫木抄』）、冷泉為相・飛鳥井雅有（『夫木抄』）、一遍（『一遍聖絵』）、後深草院二条（『とはずがたり』）などが参詣の様子を描写している。
南北朝時代に入り争乱が増えると、三嶋社では戦勝祈願を行う例が多く見られた。三嶋社は室町幕府・鎌倉公方からも篤い崇敬を受けたため、社領寄進が度々なされていた。
近代以降.
神職.
三嶋大社の神主職は、伊豆国造の後裔を称する矢田部氏（やたべし）が代々世襲する。
社殿造営.
三嶋大社は元は下田市白浜に所在したといわれる。『日本後紀』逸文では社地に関する次の記載があるが、これは白浜鎮座時の描写とされる。
境内.
社殿.
社叢.
また、境内に広がる鎮守の森は「三嶋大社社叢」として三島市指定天然記念物に指定されている。
摂末社.