そんなシグマとネオンの前にディクソンとクリスティという男女が現れる。彼らは逢魔を統べる存在「逢魔人」。本来は大時計に厳重に封印されていたのだが、何者かによって封印を解かれたらしい。彼らこそが黒上家滅亡の歴史を作り上げた過去の変革者であった。ディクソンとクリスティは大逢魔を嗾けてまた新たな事件を起こすが、シグマとネオンも調査と超推理を繰り返し、歴史を修正していく。歴史が改変され、被害者、加害者として、時には根本の境遇すら変えて翻弄されていく過去の黒上家の面々。事件が進むにつれ、ねねの弟・ゆう、譲葉の頭首・芙蓉、その息子の麟と、事件の「役者」も増えていく。一方、シグマはネオンが死ぬという不吉なビジョンを見るようになる。それがこの歪んだ時間の未来なのかと考えたシグマは時を戻す決意をより強固にする。そしてついにシグマ達は自ら出向いてきたディクソンを撃破する。怒りに燃えるクリスティが引き起こした事件も解決し、とうとうクリスティをも倒す。二人の逢魔人はまた寄り添って大時計へと封印されていった。
逢魔人を倒し、これで全てが終わったと思った矢先、あのビジョンの通りシグマの目の前でネオンが貫かれ、消滅してしまう。そして彼の前に現れた真の過去の変革者。それは麟であった。本来の歴史における彼の名は法水麟。自身を封印した黒上家への復讐のためにディクソンとクリスティを解放し、歴史改変を行っていた。彼は変革した時の中に存在し続けられるシグマを何者かと問う。次々と不可解な言葉を口にする麟を前に混乱するシグマだが、麟の口にした「音音（ねおん）が既に死んでいる」という言葉からネオンがいないこの世界を拒絶し、無意識のうちに調律とはまた違う力を発動する。それは世界の存在そのもの否定し、再構成するというものだった。麟は再構築に呑まれて消滅し、シグマは館で目を覚ます。しかしそこに居た少女はネオンではなく、世界はやはり逢魔によって荒れ果てていた。