彼らはこの南である伊予の能島・来島を拠点とした勢力とともに三島村上氏と呼ばれ、芸予諸島周辺海域の舟運を取り仕切った海賊衆である。ルイス・フロイス『日本史』にはその中の総領家である能島村上氏にまつわる記述がある。
なお水軍という言葉は当時は存在しておらず後の研究者が名付けたものであり、現在ではフロイスを参照し「海賊」呼称と併用する傾向にある。
以下、因島にある因島村上氏関連の主な城址を列挙する。村上氏と関係ないものも含めこれ以外にも城址はある。また他の島にも因島村上氏の城があるがここでは記載を省略する。
縄張りの最大範囲は、東端が現在の福山市域になる走島周辺で、田島・百島には城があった。南側は弓削島・岩城島・生名島にも支配権が及んでいた。西側は生口氏（小早川氏系）が支配していた生口島であるが、生口島の南側一部を一時的に支配していた。
近世.
江戸時代、この地は広島藩領となる。
近世初期に西廻海運が確立し北前船などの廻船によって交易網が確立すると、島では交易品として塩が取り扱われ、周辺には商人によって塩田が開発されていき、浜旦那と呼ばれる塩田地主・経営者が誕生した。当時の島の代表的な塩田としては、重井に”重井浜”、土生に”金山浜””赤松浜”、椋浦に”文久新開浜”とあった。
近代以降.
廃藩置県後、広島県御調郡となる。
商品作物の栽培が始まったのは近代初期からである。まず柑橘の栽培が始まり大正時代には主要産物となり、除虫菊が植えられた。これらも第一次世界大戦での戦争景気と大阪鉄工所の影響で販路を拡大していった。
そして大戦後の戦後恐慌による造船不況を経て造船所は再編され、太平洋戦争中には軍需工場となった造船所へ因島空襲が行なわれた。戦後も好不況による造船業の栄枯は島の経済に大きく影響を与えた。
風景.
造船.
また日立造船が造船不況対策として起こしたものの一つに日立造船バイオがあり、ここで研究されていたトチュウが「因島杜仲茶」としてブランド化された。
村上水軍.
除虫菊.
柑橘.