実は鋼鉄天使計画の技術は、謎の組織アカデミーの手によって各国に流布されていたものだった。加賀はアカデミー直属の鋼鉄天使だった。そして、そのアカデミーは各国にて発展した鋼鉄天使の技術をぶつけ合い切磋琢磨させる場として鋼鉄ファイトを提案。ファイトに優勝した国に、さらなる技術を与えると約束した。
日本ではこれに海軍が名乗りを上げた。神維家と勢力を二分する陰陽師家系・神宮寺家が海軍と協力して創り上げた鋼鉄天使・葵。紆余曲折の末に、くるみたちは彼女と協力してファイトの勝ち抜きを目指すと思いきや、仲人大事のくるみたちと、戦いの嫌いな仲人はそんなことなどお構いなしに日々を過ごす。ところが、どうしてもくるみたちの愛の力を求める者たちがいた。加賀をはじめとするアカデミーである。アカデミーは仲人に綾小路博士の行方を自分たちが握っていることを伝え、鋼鉄ファイトへの参戦を要求してきた。仲人は天城博士の綾小路博士への思いを慮り、参戦を決意する。
過熱していく鋼鉄ファイト。ところが、その最中、謎の悪意ある存在がファイトを脅かす。魔属。アカデミーは彼らをそう呼んだ。そしてアカデミー中枢までたどり着いた仲人たちは、そこで綾小路博士に再会する。そして綾小路博士は、アカデミーを指揮していたのが彼であること、仲人たちと共にいた綾小路博士は、日本に鋼鉄天使技術を供与するために自ら作り上げた別人格であったこと、そして自らが未来人であり、遠い未来に人類を滅ぼす魔属に対抗するため、歴史を変えるためにこの時代にやってきたことを明らかにした。
アカデミーを襲う魔属。くるみたちは必死に抵抗する。しかし、その核となる人物が仲人であることに気付いた魔属は、仲人に死に至る呪いを打ち込み、自分は時の扉を開いて遥かな未来へと逃亡する。仲人が助かるには、自分たちも未来へ行くしかない。そう聞かされたくるみたちは仲人と共に魔属を追って時の扉の中へと飛び込んでいった。