続いてオメガマンとサムライの闘いの中、サムライの正体がネプチューンマンであることが判明。キン肉マンと仲間割れになるかと思われたが、2人は和解する。この時、ネプチューンマンの発した「ネプチューン・メッセージ（アニメではネプチューンマン・メッセージ）」を受け、世界中から多数の正義超人が大阪城に向かって移動を開始。キン肉マンとネプチューンマンにはその足音が聞こえたものも、フェニックスには聞こえず、ネプチューンマンに「本当に大王なのか」と指摘される。
フェニックスとオメガマンはキン肉マンとネプチューンマンの「巌流島コンビ」にKO寸前に追い込まれるも、邪悪の神の手により復活する。オメガマンはΩメタモルフォーゼによりキン肉マンの師であるプリンス・カメハメに変身、さらにその肉体にカメハメの魂が宿ったことで師弟対決となり、キン肉マンは師の関節技で苦しめられる。フェニックスは助けに出るネプチューンマンを縄で縛り、預言書に繋がる糸に繋ぎ、その下に蝋燭を置いて身動きをとれなくする。
その時、シズ子がフェニックスを止めるためリングに乱入。知性以外の四邪神はシズ子の口を封じるためにフェニックスから離脱し襲い掛かるが、駆けつけた正義超人たちに返り討ちにされた。それでもフェニックスは自分こそが真の王子であると信じ、キン肉マンを心肺停止に追い込むも、預言書の「偽りの王子は心臓の病で死に至る」との記述通り、心臓の病が悪化し始めたため、キン肉マンをマッスル・リベンジャーに捕らえて完全に抹殺しようと図る。
キン肉マンに謝罪の言葉をかけるも許され、彼に家族と認められ共に並び立つ場面で物語は幕を閉じる。アニメでは前述の態度などから、ビビンバと恋愛関係になっていた。
オメガ・ケンタウリの六鎗客編.
王位継承サバイバル・マッチ終結後、フェニックスはキン肉マンからキン肉星の行政の中枢を担う補佐官に就任するよう打診されたが、それを固辞してキン肉星を去った。
その後、完璧超人軍と正・悪連合軍の戦争には関与せず、とある辺境の星でフェニックスマンとして開墾作業を行っていたが、その最中、復活した知性の神から「古い友人がこの世を揺るがす暗躍を始めた」と聞かされ、再びキン肉マンスーパー・フェニックスに戻るよう命じられる。
新シリーズ.
コンピュータゲーム.