三木が昭和研究会の文化研究部会に参加することになったのは以下の事情による。支那事変によって世界における日本の地位が大きく変わったことに対して、昭和研究会内に世界政策研究会が発足する。この研究会は各界の権威者からヒアリングすることから始められた。そうした中、三木が中央公論に発表した「日本の現実」が酒井の目にとまり、昭和研究会で三木が「支那事変の世界的意義」と題した講演を行った。この講演の中で三木が昭和研究会の中に思想・文化に関する研究会の設立を提案した。三木の提案は昭和研究会に受け入れられ文化研究会が設立され、委員長に就任するよう酒井から要請があり三木が受諾し昭和研究会へ参加することになった。。
総力戦体制に対する抵抗と関与という両義的な態度は、同時代の転向知識人がかかえる二面性であるが、三木はその典型であった。すでに軍部と皇道右翼によってマルクス主義はもちろん、自由主義者もまた、自立的な社会的活躍の余地を奪われていた。そのような政治的に非常に息苦しい状況にあって、総力戦体制の効率化、合理化は、一面では、体制派の主流に対するある種の批判的意見表明を可能にする最後の可能性と見えていた。しかし、昭和研究会は軍部や保守勢力によって敵視され、不本意にも解散を余儀なくされたため、やがてその流れは、大政翼賛会のなかに取り込まれていく。そのことにより、総力戦動員の合理性に託して、何らかの社会変革を遂行するという知識人の当初の期待は、単なる戦争協力へと変質していくことになる。
同じ刑務所にいた中村武彦（右翼運動家）が、看守から聞いたところによると、取るに足らない微罪であったため、検事も刑務所もここで死なれては困るからと終戦後は早々に出す意向であったが、妻に先立たれて（身元保証人たる）家族がおらず、身柄引受人が誰もいないため、釈放が難航した。そうこうしているうちに疥癬が悪化し、猛烈な痒みで転げまわって常に寝台から落ちるため、看守からも放置され、全身が汚物まみれになって、悪臭の中、死んでいったという。
三木の通夜の席で、三木や尾崎秀実、戸坂潤と親交のあった松本慎一が「政治犯即時釈放を連合軍に嘆願しよう」と提案したが、その提案が唐突過ぎ、また場所柄もふさわしくなかったために、用意した嘆願書の草案を取り出すことができなかった。