そしてダ・ヴィンチもまた、作品を通じて暗号（コード）を残し、それにはキリスト教の歴史を根底から覆す意味が隠されているという。それが著名な壁画「最後の晩餐」だ。聖書では生涯を独身で終えたはずのイエス・キリストだが、実はマグダラのマリアと呼ばれる女性と結婚をしており、その女性とはヨハネのことであった。そして磔にされたとき、彼女はキリストの子供を身ごもっていた、とにわかには信じられない説をリーは語る。キリストの死後、マリアは女児を生み、その女児はキリストの継承者となったが、男性を権威の根源とするカトリック教会は彼女の存在を否定し、キリストの血を絶つために魔女狩りを行った。その後、マリアの遺体と彼女の子孫はシオン修道会によって秘匿されたという。
リーはクリプテックスを破壊したロバートを責め立てるが、彼の表情から、彼が聖杯の在処を突き止めたことを知って狂喜しながら連行されていく。ロバートとソフィーは聖杯の眠る墓所に向かうが、そこには既にマリアの棺はなかった。しかし、そこにはシオン修道会が残した大量の史料があり、その中にはソニエールの物もあった。ロバートはその中から、ソフィーの家族が事故死した新聞記事を見付け出すが、記事には「家族全員が死亡」とあり、さらに一家の名前もソフィーとは異なっていた。ロバートは、ソフィーとソニエールとの間には血縁関係がないことを突き止め、彼女こそがキリストの継承者であるマリアの子孫だと語る。墓所を出た二人の前に、老女に率いられたシオン修道会のメンバーが姿を現し、マリアの子孫が戻ってくることを長い年月待っていたと語る。その老女はソフィーの本当の祖母であり、ソフィーは彼女たちに迎えられる。
ソフィーと別れてパリに戻ったロバートはルーヴル美術館に向かい、ルーヴル・ピラミッドの前に跪く。ルーヴル・ピラミッドの地下には、ソニエールによって運び込まれたマリアの棺が安置されていた。
製作.
シラス役のポール・ベタニーは、。
トム・ハンクスは天然パーマだが、。
ジャック・ソニエールの死体は、。
音楽は当初はロン・ハワードと親しいジェームズ・ホーナーが担当することになっていた。