海中を泳ぐシーンでは、ゴジラを初めてフルCGで描いている。上陸シーンでも、ヘリコプターで空撮した実景映像にスーツのゴジラを合成するなど、デジタル合成が多用されるようになった。冒頭の尾で薙ぎ払われる居酒屋は、実物大セットの映像にCGの尾を合成している。実物大セットは、黒幕を巻いたユンボのアームを尾に見立てて壊している。
砂浜の足跡は、重機を用いて実物大のものが掘られた。足跡がCGだと思われたくないという大河原の要望により、波打ち際で作ることが検討されたが、掘ると海水が出てきてしまうことや中で俳優が芝居を行う都合などから、実際には波打ち際から離れた場所で掘られた。
下半身のみのスーツも制作され、冒頭の脚部のアップシーンやジャンプする際の足元の撮影などに用いられた。下半身のみのスーツを用いての地面を踏み抜くシーンでは、レールでその進行を固定している。
尻尾はスタッフの手によるもののほか、操演によって演出された。
洋上を前進するシーンでは、水上撮影用の上半身のみのスーツをプール内に設置されたレールに乗せて動かしている。このモデルは、スタッフから「カチコチ君」と呼ばれていた。鈴木は、こういったシーンはいつも同じになってしまうため、意識的に変えたことを印象づけるために制作したと述べている。
水中シーンは、フルCGで表現している。モデリングは前作のものを活かしつつ、表面は全体的に作り直している。
ダークなイメージであった前作との差別化から、ゴジラの登場シーンは冒頭の回想以外すべて昼間となっている。
冒頭の大阪のシーンは、人間とゴジラとの初めての戦闘であるため、もったいつけて登場させることで人間側の恐怖心をあおり、ゴジラには歯が立たないことがわかるという演出にしている。
ゴジラがクリーンエネルギーを襲う理由は明確になっていない。脚本を担当した三村渉は、ゴジラの不思議な能力におんぶにだっこであったと述べており、明確にしないことでゴジラを不気味で偉大に見せる意図があったと語っている。
背ビレの発光は、前作で色をつけすぎたという鈴木の反省から、黄色いものとなった。鈴木の意向により、単に光るだけでなく背ビレの形状を活かしたものとなったため、合成はマスクを手書きで抜いている。
『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』.