ウナギの蒲焼は、江戸時代以前から存在したが、現在の蒲焼とは異なり、ウナギをぶつ切りにし、串刺しにして焼き、味噌や塩をかけて食べた（一説にその形がガマの穂に似ているため、「蒲（ガマ）焼き」と呼ばれるようになり、それが次第に訛り、「蒲焼」と呼ばれるに至った、とされる。詳細は「蒲焼＃語源」参照）。
なお、蒲焼にすることが多いウナギやアナゴなどを、たれをつけないで焼いた料理を白焼という。
語源.
「蒲焼」の語源については諸説ある。
以前は（ウナギを捌かずそのまま）串刺しする調理法であり、それが蒲の穂に似ていたからこの名がついたとする説がある。昔は丸のまま縦に串刺しにして醤油と酒で調味し焼いて調理されていたことは、『大草家料理書』等に記されている。
蒲の穂説をとる江戸期の書物には、橘守部『俗語考』、喜田川守貞『守貞謾稿』、久松祐之『近世事物考』が挙げられる。
はじめ「」と名付けられたもの略形である、または「がま焼」か「かま焼」からさらに転訛した、とも解説される。
焼いている香りが早く伝わることからついた「香疾焼」（かばやき）に由来するという説もある。
ウナギの蒲焼.
ウナギの蒲焼は単に「蒲焼」と呼ばれることも多い。ウナギの多くは蒲焼として調理されている。
蒲焼に使う「たれ」は醤油とみりんなどで作られ、「半助（頭の部分）」を焼いて入れる店もある。うなぎの脂や身の汁などがタレに混ざり込んで徐々に風味が良くなることからつぎ足しながら使う店が多い。
串打ち三年割き八年焼き一生.
「串打ち三年、割き五年（または八年）、焼き一生」と言われるように、最適な焼きは難しく、この技量は長い修業によって得られるものとされている。
さばき方と焼き方など調理法は日本の各地域や店舗で大きく異なっている（後述を参照）。ウナギを扱う店舗では専用の包丁であるうなぎ裂きが用いられることも多いが、地域により江戸裂、名古屋裂、京都裂、大阪裂など包丁の形状も大きく異なっている。ウナギの蒲焼を焼く際には、細長いことから、開いた鰻に竹串などを予め打っておき横長の焼き台（串焼器）を用いて焼き上げることが多い。調理法の詳細については#調理法を参照。
ウナギをさばいて焼き上げるまで長い時間がかかり、そのために客は蒲焼が出来上がるまでお新香をつまみながら酒を飲み待つスタイルがある（古典的なスタイルだが現在でも行われている）。