平安時代には、年始の「元旦四方拝」や宮中における天皇の毎朝の神事である「毎朝御拝」、宮中女官による内侍所祭祀が成立した。また、天皇親祭の新嘗祭、神今食や神祇官による祈年祭、御体御卜（おおみまのみうら）などは継承された。
天皇が勅使を遣わして伊勢神宮以下の諸神社に幣帛を捧げることは醍醐天皇の代に始まったといわれ、伊勢神宮以下の特定の神社への奉幣使発遣の神事は天皇の親祭とされた。奉幣使は例幣をはじめとして伊勢神宮がもっとも頻繁であり、平安時代から院政期・鎌倉期には公卿が伊勢奉幣使（伊勢例幣使）に任命される習慣となり公卿勅使と呼ばれた。
この時代、病気や疫病、地震、火災、天災といった災い事は神の祟りなどが起こすものと考えられ、人々は、祟りを起こす神の存在を鬼に例えたり、疫神として恐れていた。疫神祭、鎮花祭、風神祭、大祓、宮城四隅疫神祭、防解火災祭、螢惑星祭等の陰陽道は平安貴族社会を基盤にして呪術的に展開され、律令制の神祇祭祀の中には陰陽要素が含まれていた。
日夜、天皇を密教修法により護持する護持僧が置かれ、御七日御修法、大元帥法など密教による護国修法が宮中で行われるようになったのもこの頃からであったが、神事と仏事は厳密に分離され、神事優先を原則とされており、天皇主祭の神事には僧侶は遠ざけられ、仁寿殿観音像や経典類まで別の場所に移され、僧侶達の供物も神饌に供することは禁ぜられた。仏教法会の期間が神事の期間に重なる場合がある時は仏教法会の期間を短縮した。
他にも、新嘗祭、月次祭、祈年祭、神今食、神社への勅使派遣などの祭祀がこの時期に行われていた。
なお、律令国家の成立以来、祭祀の法制化が進んだが、平安中期の『延喜式』によって一応の纏まりを見せた。
鎌倉～戦国時代.
江戸時代.
江戸時代の天皇は、神事再興を第一の悲願とし、幕府の援助を得て伊勢例幣使、大嘗祭、新嘗祭など戦乱により途絶えていた多くの神事を再興した。また、毎朝御拝や四方拝など、江戸時代以前から歴代の天皇に引き継がれた行事もある。
近世の宮中祭祀は、中世より引き継がれた内侍所（現賢所）の祭祀を中心に行われた。また、節分の日には、庶民にも内侍所の参詣が許され、内侍所の刀自（今の内掌典か）に鈴を上げてもらい（「御鈴上げ」）供米や煎り豆を賜ったりしたという。