物語は、江戸や諸藩における諸問題について南町奉行・大岡忠相や高級幕臣（この高級幕臣が事件の黒幕であることが多い）などから報告を受けた吉宗が、事態の深刻さに憂慮することから始まる。ここで吉宗に報告される又は吉宗が「め組」などで見聞する諸問題の代表例を以下に挙げる。
事件の調査や気分転換などを理由に江戸市中に出た吉宗は、ストーリーの中心人物が悪人の手下に襲われている現場に遭遇、その優れた剣術で手下たちを撃退する（回によっては「正義」と記された扇子、または柔術や拳打で敵を倒すこともある）。その後被害者から襲われた事情や身の上話を聞き出し、め組の頭や若い衆をはじめ、南町奉行・大岡忠相、公儀御様（おためし）御用（後に浪人）・山田朝右衛門らと協力して問題解決にあたることとなる。
事件の真相究明.
吉宗に撃退された手下たちは現場から逃走し、周囲に十分な注意を払わぬまま商人や要人の屋敷へと逃げ込む。しかし彼らは吉宗の御庭番によって尾行されており、屋敷の主が事件の黒幕として特定される。また、回によっては波止場で待つ黒幕が手下の口を封じて船で逃亡することもあり、遺留品などをもとに地道な捜査を余儀なくされることもある。
黒幕の例として、以下のようなものがある。
これらの他に、以下のようなものも黒幕として登場したことがある。
悪党一味に協力を拒んだり抵抗したりした町人や、新之助に頼らず独力で悪党一味の打倒に向かった武士が殺害されることも多い。駆け付けた吉宗は悲嘆し、自責の念にかられるが、この時はメインテーマをスローテンポにした悲しげなトランペットソロが流れることが多い。これは番組中盤で話のテンポを落とし、ドラマにメリハリをつける重要な「つなぎ」の場面である。これによって同時に「かたき討ち」という時代劇になくてはならない要素に深みが加えられていることはいうまでもない。なお、被害者の親族・いいなずけなどが吉宗を将軍と知らずなじり、これに立腹した「め」組の組長などが介入するのを吉宗が制止し非難を敢えて受ける、というのもよくある地味だが効果的な演出である。ナレーションが入ることもある。