したがって「一向宗」は真宗教団の門徒から見て正しい呼称ではなく、また一向俊聖の「一向宗」と混同される事から望ましい呼び方でもなかった。だが、中世において同じ念仏を唱える浄土教系宗派であった両派が混同され、更に時衆などとも漠然と同一のものとして捉えられるようになっていった。蓮如は前述のように「他宗派の者が（勘違いして）一向宗と呼ぶのは仕方ないが、我々浄土真宗の門徒が一向宗を自称してはいけない」という主旨の発言をして違反者を破門するとまで述べているが、逆に言えばこれは、真宗教団の門徒ですら「一向宗」を自称する者がいた事を意味する。
こうした指導により、教団内部では「一向宗」の語は正式に使われることはなくなり、「浄土真宗」または「真宗」と称するようになった。しかし、門徒たちを中心とする一揆が「一向一揆」と呼ばれるなど、真宗教団のことを教団外から「一向宗」と呼ぶ風潮が収まることはなかった。
江戸幕府は、真宗教団を指す名称として「一向宗」を公式に用い続けた。この経緯としては、徳川家康が三河一向一揆により家中統制で苦しめられたこと、徳川将軍家が（真宗教団が「浄土真宗」を称することを望まない）浄土宗を信仰していることが挙げられる。これに対して、真宗教団側は本願寺の分裂などの影響があり、長らく具体的な対応が取られることがなかった。
宗名論争.
寺社奉行松平忠順は、徳川将軍家の菩提寺である寛永寺（天台宗）と増上寺（浄土宗）に意見書に対する見解を求めた。寛永寺は他宗の問題である事を理由に宗派に任せる姿勢を見せたのに対して（事実上の容認）、増上寺は激怒した。増上寺は法然の直系である浄土宗こそが「真の浄土宗」であり、異端である一向宗が「真」の字を用いる事をむしろ禁じるべきであると回答した。
翌年松平忠順が寺社奉行を辞任し、太田資愛が後任となった。太田資愛は老中田沼意次と協議し、増上寺をはじめとする浄土宗寺院の幕府への貢献が格別であるとして浄土宗の主張を受け入れ、真宗教団の宗派名を正式に「一向宗」とする事を決定した。これに対して真宗教団各派は激しく抗議したため、その後審議のやり直しを決定したものの、実際には単なる先送りに他ならなかった。