ベレー帽とパイプがトレードマークであり、作中に登場する本人の似顔絵にも描かれている。ベレー帽をかぶるきっかけを作った人物は、同じくベレー帽をトレードマークとする手塚治虫ではなく、相棒の安孫子である。ある日、安孫子は知り合いからベレー帽をもらったが、あまりかぶる気にはならなかったため、それをそのまま藤本に譲った。以来彼のトレードマークになった。なお藤本は「安孫子のほうがおしゃれだから、僕より似合ったはず」と思っていたそうである。パイプについては、執筆中に撮影された写真でもくわえているものがあったが、癌を発症した晩年に医者から禁煙を命じられ、禁煙パイポを使っていたこともあった。仕事場ではベレー帽をかぶり、パイプ煙草を吹かしながら黙々と机に向かうのが日課であった。一方でベレー帽は普段は着用せず取材のときだけかぶっていたとの証言もある。
カメラ撮影やジオラマ制作なども趣味であり、ドラえもんのひみつ道具には数多くのカメラが登場するほか、ジオラマ制作について事細かに極意を解いたマニアックな話も登場する。藤本は、ひみつ道具のアイディアをひねり出すヒントの一つに「自分の好きなものをモチーフにする」というのがあり、その一例としてカメラを採り上げていた。そのほか、特撮、プラモデル、ラジコンなどホビー関連に造詣が深い。
落語ファンでもあり、特に古今亭志ん生を好み、ときには落語のネタを自作の中で用いることもあった。
食の面では特に肉を好み、大根だけは苦手だった。いくつかの作品に登場するキャラクター小池さんと同様に、好きな食べ物は「インスタントラーメン（特にチキンラーメン）」であると語っていた。小池さんのモデルである鈴木伸一は、自分よりも藤本の方がずっとラーメン好きだったと語っている。お湯をかけるだけで食べられるという点が「魔法のよう」であると言い、旧スタジオゼロの屋上でインスタントラーメンを食べているグラフが撮影されたこともある。
イタズラ好きで、トキワ荘の住人にたくさんのイタズラをした。赤塚や石ノ森などから仕返しをくらうことも度々だったという。
病歴.
手塚治虫との関係.