ポケモンの技・特性・姿や、ゲーム内でのポケモン図鑑の説明文や小ネタなどの設定が何らかの形でストーリーや演出に組み込まれることが多い。また、『ポケモンレンジャー』のような本編以外の外伝作品や、アニメ版（特に劇場版）やポケモンカードゲームといったゲーム以外のメディアにおける設定が反映されることもある。
連載に関する事項.
作画担当者交代.
山本担当後も、回想シーンで真斗が担当していた時代のシーンが載ることもある。
単行本発売のペース.
本作品は単行本の発売が不定期になりやすい。これは、章が変わっても巻数が継続する仕様上、単行本において古い章が完結するまでは新しい章の単行本化が行われないためである。
章ごとに違う雑誌で並行連載が行われている場合、主要な連載誌である月刊誌では、ゲーム本編の最新作に合わせた新しい章の連載が優先して行われる。一方の古い章は、不定期刊行雑誌で連載される場合もあるが、それさえも新しい章の連載が優先されて、完結しないまま連載停止になってしまうことも少なくない。その結果、章の終盤に差し掛かるとストック切れが深刻になり、残りのストーリーは単行本へ直接の描き下ろしを余儀なくされるため、単行本の刊行ペースは鈍化する。その為、連載誌と単行本では大幅に台詞や展開が異なる場合も存在する。
翻訳版.
補足.
各章の概要・あらすじ.
ポケットモンスターSPECIALの最初の物語。ゲーム『ポケットモンスター 赤・緑・青』をモチーフにした章。主な舞台はカントー地方。
名目上の主人公はゴールドとなっているが、前述の作画交代から一時はクリスタルが主人公として描かれており、連載時にはそれに伴い一時期「ポケットモンスター☆SPECIAL クリスタル(crystal)」というタイトルになっていた。ゴールド合流後の後半においても、各話でスポットが当てられる人物が目まぐるしく変わる。
連載時に「ルビー・サファイア・エメラルド編」と書かれていた時期があったが正式には、ルビー・サファイア編。従来の「人とポケモンとの交流」よりも人間同士のドラマが主体となって描かれている(以降この主体が強く現れてくる)。
また、本章の後半から山本独自の絵柄に変化していった。
ゲーム『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』をモチーフにした章。主な舞台はシンオウ地方。