侵入者は一人以上のグループとして行動するが、グループの最後の一人が倒されると宝箱を落とすことがある。また、そのターンに出現する飛天石出口の最後の一つを破壊しても宝箱が出現することがある（宝箱でない場合は通常より多くエネルギーや仙丹が手に入る）。宝箱の中には装備品やアイテムが入っており、装備品は主人公や仙獣が装備することができる。
仙獣.
仙獣グループは集計タイムで設定された行軍ルートに従って仙窟内を巡回する。この時、巡回する部屋に対して仙獣は以下の働きをする。
また、仙獣グループは巡回中に侵入者と遭遇すると撃退のために戦闘をする。リーダーの仙獣によっては、巡回経路に出現した飛天石出口を破壊するものもいる。ただしあくまで巡回経路にあればであり、巡回経路からずれた場所にある飛天石出口を破壊に行ったりはしない。
主人公グループの仙獣は主人公の操作に従うため、行軍ルートの設定は必要ないが、仙丹の運搬などは能力があっても行えない。しかしリーダーを主人公以外にすることは可能であり、リーダー修正や飛天石破壊属性も有効である。
主人公のアクション.
主人公の可能なアクション一覧。
集計タイム.
SFC版との主な相違点.
基本的にSFC版に様々な要素を追加する方向性での移植だが、SFC版からオミットされた部分などもある。
なぞ窟.
おまけディスク.
初回限定版にはおまけディスクが付属している。ヒロイン（さくら）と林玲蘭がナビゲート役。このディスクのコンテンツでのみ主人公の声が聞ける。以下がディスクの内容。
間氷期
更新世の間氷期.
間氷期の間は、ちょうど現在の間氷期のように、気候が温暖で、ツンドラは氷床を追うように極地方へと後退していき、かつてツンドラ植生を育んでいた地域に森林が戻るようになる。間氷期は陸上または浅い縁海上の古生物学的特徴で識別される。温暖な気候を指し示し、具体的な年代を示す植物相および動物相の種の遺存体は、特定の間氷期を識別するために使用される。よく使われるのは、哺乳類と軟体動物の種と花粉と大型植物遺存体（種子や実）である。一方で、昆虫、貝虫、有孔虫、珪藻など、その他多くの化石・遺体が有用なこともある。最近では、氷床コアと海底堆積物コアから、気温と氷床の総体積を示す、より定量的かつ正確な年代が特定できる証拠が得られる。