このように成立した頃から評価が高かった『古今和歌集』であるが、その歌風は江戸時代になると、賀茂真淵により『万葉集』の「ますらをぶり」（すなわち男性的である）と対比して「たをやめぶり」（すなわち女性的である）と言われるようになる。こうした精神は田安宗武のほか、真淵門下の楫取魚彦などに受け継がれ、次第に万葉風の歌を詠む者が続出したが、同じ真淵門下でも加藤千蔭や村田春海などは、『古今和歌集』を基調とする歌論を展開した。また、同じく真淵門下である本居宣長は、『排蘆小船』において古今伝授を「後代の捏造」と批判する一方で、『古今和歌集』の全歌（真名序と長歌は対象外）に俗語訳と補足的説明を添えた注釈書『古今集遠鏡』を執筆している。この『古今集遠鏡』は、宣長の没後も様々に受容され、批判や修正を受けながらも読み継がれた。しかし、依然として歌壇には、香川景樹のように『古今和歌集』の尊重を強く主張する者が残存していた。
やがて時代が明治に入ると、正岡子規が『再び歌よみに与ふる書』の中で「貫之は下手な歌よみにて古今集は下らぬ集にて有之候」と述べて以降、歌人にとって正典であった『古今和歌集』の評価は著しく下がった。その背景には当時、『古今和歌集』の歌風の流れを汲む桂園派への批判もあったといわれる。子規の他にも、和辻哲郎は直截には言わないが『古今和歌集』の和歌が総体として「愚劣」であるとしており、萩原朔太郎にいたっては「笑止な低能歌が続出」、「愚劣に非ずば凡庸の歌の続出であり、到底倦怠して読むに耐へない」とまで罵倒している。こうして『古今和歌集』は、人々から重要視されることがなくなり、その代わりに『万葉集』の和歌が「雄大かつ素朴である」として高く評価されるようになった。
近代においてはそうした評価を受けていた『古今和歌集』であったが、現在ではその価値が再評価されている。
伝本.
『古今和歌集』については古くは貫之自筆の本と称するものが三つ伝わっており、そのうち醍醐天皇に奏覧した本には仮名序も真名序もなく、皇后藤原穏子に奉った本と貫之が自宅に留めおいた本には仮名序はあったが真名序は付いていなかったという。