モダン・フルートは、すべての木管楽器の中で最も論理的に設計されているが、さまざまな制約から妥協せざるを得ない部分もあるので、特に高音域には上記のように問題が多い。これらを完全に解消することは、設計上どのような工夫を以ってしても不可能であり、最後はアンブシュアの微妙な調節や特殊運指の使用など、奏者の技術に委ねられている。
構造.
頭部管.
歌口は楕円形ないし小判形（角の丸い矩形）であるが、メーカーによって異なり、断面も微妙な形状に成形されている。この部分はフルートの音色・音量・発音性などに大きく影響するので、形状の異なる複数の頭部管を製作しているメーカーもあり、頭部管だけを専門に作るメーカーもある。
胴部管.
インラインとオフセット.
ベーム式のフルートのキーの配列は大別して「インライン」と「オフセット」の二種類がある。
両者の中間となるハーフオフセットの楽器もある。オフセットの方がキーを押さえやすいが、インラインはポスト（メカニズムの先端部分）が広い分多少開放的な音色になる。大きな違いではないので、楽器の購入の際にどのタイプを選ぶかは奏者の好みや手の大きさにより、初心者向けか上級者向けかといった区別はなく、構造上大きな優劣の差はない。
タンポ（パッド）.
カバードキーで最も一般的に使われているタンポは、フェルトにフィッシュスキンを巻いたものである。これは金属のフルートをテオバルト・ベームが開発した時代から変わっていない。その他、ゴム、シリコーン、コルク等を用いているものもある。
調整する際には、調整紙と呼ばれる、薄いドーナツ状の形状の紙をタンポの裏側に入れる。
金属製の楽器では、トーンホールが管体から立ち上がってキー（タンポ）と密着しているが、この立ち上がり部分をどのようにして製作するかによる分類で、今日市販されているフルートは、ほとんどドローントーンホールである。
材質.
フルートは他の管楽器に比べ、使用する材質のバリエーションが幅広い。当然高価な貴金属製や稀少な素材になるほど値段も高くなる。