奥州藤原氏が奥州合戦で滅亡し、残党が出羽で起こした大河兼任の乱も鎮圧されると、頼朝は出羽国に橘氏（小鹿島氏：秋田県男鹿市）、平賀氏（平鹿郡）、小野寺氏（雄勝郡）、武藤氏（大宝寺氏：庄内地方）、大江氏（長井氏：置賜郡、寒河江氏：村山郡寒河江荘）、中条氏（村山郡小田島荘）、二階堂氏（最上郡成生荘）、安達氏（最上郡大曾根荘）等の御家人を地頭として配置した。しかしそれ以降も、由利地方以南はしばらく在地領主層（由利氏等）が在庁官人としての権益を保っていたことが『吾妻鏡』に見える。葛西清重ら葛西氏が下総国葛西郡から陸奥国へ移り平泉の統治を任され、奥州惣奉行職に就任して以後は米代川流域も葛西氏の勢力範囲となった。
南北朝時代・室町時代.
中世前半を通じて北部では公領制、南部では荘園公領制が貫徹され、基本的には鎌倉幕府の統制の元、国府留守所は維持されていたが、南北朝時代を境に領主間の争いが活発化した。津軽地方から蝦夷地を経て葛西氏に取って代わった檜山安東氏、橘氏に代わり湊安東氏、陸奥から移住した戸沢氏（仙北郡）、小野寺氏（雄勝郡）、大宝寺氏（庄内）、寒河江大江氏（寒河江荘）、陸奥大崎氏の庶流である最上氏（最上郡）、最上氏の更に庶流である天童氏（最上郡・村山郡）、陸奥から進出した伊達氏（置賜郡）などが支配した。
戦国時代.