会津が降参するにあたり、会津藩士らは主君・松平容保が「素衣面縛」即ち罪人のように縄で縛られた状態で引きずり出され辱められるのではないかと危ぶんだが、板垣は藩主としての体面を保たせ「輿」に乗った状態で城から出て降伏する事を許した。この事に会津藩士らは感激した。さらに「降伏した以上は、我ら等しく王民(日本の臣民)である」として、会津藩の罪を減ずるよう「寛典論(穏便なる処遇を求める嘆願)」を上奏。その趣意は「これからは海外諸国と対峙せねばならず、過酷な処分によって後世に遺恨を残し、日本民族統合の障壁になってはならない」とするものであった。また「有能な人材は、積極的に政府へ登用すべき」との意見を述べた。これに対して木戸孝允らは「厳罰論(厳しく処分すべきとする意見)」を唱え、処遇問題に総督府内で意見対立があった。本来ならば、勅許の無き日本領土の割譲 は万死に値する罪であったが、結局は会津攻略戦の主将である板垣が言うのならばと、意見が容れられ、家老が詰腹を切る事を条件に、藩主・松平容保の切腹や藩の改易処分を逃れ、減封処分が下る。さらに会津藩が斗南藩へ減石転封となった時は、板垣は藩士らが貧する様を見て特別公債の発給を書面で上奏している。板垣は会津攻略戦の官軍側・主将でありながら、維新後すぐから賊軍となった会津藩の心情を慮って名誉恢復に努めるなど、徹底して公正な価値観の持ち主であったため、多くの会津人が維新後、感謝の気持ちから土佐を訪れている。また、自由民権運動も東北地方では福島県を中心として広がりを見せることになった。
脱走兵.
旧幕府軍の残存兵力は会津を離れ、仙台で榎本武揚と合流し、蝦夷地（北海道）へ向かった（箱館戦争）。
会津藩が降伏したことで、今まで藩の重税に苦しんでいた農民たちにより、会津世直し一揆が起きた。
戦場での残虐行為等について.
戦後処理.
薩摩藩の軍監・桐野利秋や長州藩の参謀・前原一誠の計らいで容保は死一等を減じられて謹慎となり、養子の喜徳とともに江戸（東京）に護送されることになった。
本来であれば、家老上席にあった西郷頼母・田中玄清・神保内蔵助が切腹するところであったが、西郷は行方知れず、神保と田中は城下での戦闘において自刃していたため、次席の萱野長修が、戦争責任を一身に負って切腹した。