細かい手順は万年筆やコンバーターの種類によって異なるので製品に付属する説明書に従って操作しなければならないが、大まかな手順は共通している。まず、インクタンクの内部から空気を追い出すように操作する。その状態のままインクビンのインクの中にペン先を入れて、吸入動作をする。このとき、ペン先をつける量はペンによって異なるが首の部分まで浸さなければ空気を吸ってしまうことになり、インクを充填できない。これは吸入が空気穴を通じて行われるからである。充填が終わったら、余分なインクを拭き取り、使用する。
筆記法.
ペン先を紙に当てる角度は、ペン先の研ぎ方にも拠るが、やや寝かせて書くのが一般的のようである。ボールペンのように垂直に近い角度で使うのは推奨されない。
ねじれ方向の角度に関しては、通常のペン先の場合、ペン先が紙に対して平ら、筆記方向に水平にあたるようにしなければならない。もし、ペン先がねじれて紙と接するように使ったとすると、引っかかるばかりでなく、割り切りの内側の角が削られて、かすれの原因ともなる。ただし、楽譜用など特殊用途のペン先には、ペン先を紙面・筆記方向に垂直に当て、縦線を細く横線を太く引く設計のものがある。
かなり弱い筆圧でも筆記に支障はない。むしろ強い筆圧で柔らかい（よくしなる）ペン先のものを使うと割り切りが開いてしまいうまく書けない。そのため一般に筆圧が強い人には硬いペン先のものの使用が推奨されている。いずれにしてもペン先が反り返ってしまうほど高い筆圧を掛けての使用は故障の原因となる。
メンテナンス.
万年筆の故障のほとんどは長期間使用しないことにより内部でインクが固着することによって引き起こされる。このため、万年筆にとっては日常的に使用されペン先にインクが供給され続けることが一番のメンテナンスである。吸引式の場合インクの補充の際、インクが本体の埃や固まりかけたインクの塊を押し流す役割を果たす。カートリッジ式の場合、この機能を期待できない。長期間使用しないときは、内部のインクを抜き、洗浄し十分乾燥させてから保管する必要がある。