本作で『水戸黄門』の印籠に相当するのは光圀の直筆書状で、事件のクライマックスにお銀が大名や城代家老・奉行らの寝所に参じて書状を見せ、悪事の証拠を提示して悪党への裁きを求めるというものになっている。
『水戸黄門』の勧善懲悪路線を引き継いだ作品ではあるが、制作プロデューサーの逸見稔は「『水戸黄門』の陰の部分とお色気をこの物語の中心にしました」と語っており、『水戸黄門』とは異なり、悪人を成敗する立場である主人公側の登場人物達が、悪事の調査中に悪人を始末（暗殺）することもある。ただし作中で始末されるのは基本的に悪事の証拠が存在しない悪人、もしくは悪人に雇われた影の存在である忍びの者等に限られており、悪人を始末するのはあくまで最低限に留められている。
水戸老公一行の諸国漫遊の旅を終えたくノ一・かげろうお銀は、久々に暇を得て故郷の大和国・月ヶ瀬村への帰路を急いでいた。月ヶ瀬ではお銀の祖父で伊賀忍・藤林一門の頭領である藤林無門が薬を作り、配下のくノ一たちが薬の行商をしながら平和に暮らしていた。
ところが、大和郡山藩十二万石に大事が勃発。次席家老・黒柳監物の讒訴（ざんそ）により国家老・津坂長左衛門が蟄居謹慎、病床にある藩主・本多忠常の病気平癒と称して黒柳が祈祷師を呼び薬湯を飲ませているが、その薬湯と御典医・宮内玄朴が調合する薬にからくりがあった。薬に南蛮渡来の毒物・砒素を混入することにより藩主を殺害し、正嫡鶴千代に代わりお尚の方が黒柳と通じて出来た子・菊丸を世継ぎにと企んでいたのである。
その監物が唯一恐れるのが水戸老公。藤林無門とお銀を通して光圀の耳に入るのを恐れた次席家老の黒柳は、根来の抜忍・髑髏党の宇陀羅坊に無門を襲撃させ、無門は宇陀羅坊の凶弾を受け絶命、お銀も髑髏党に襲われた。飛猿の報せにより水戸の西山荘でこの一件を知った光圀は急遽、助三郎と格之進を大和へ向かわせた。
お銀はくノ一たちを従え横笛小太郎、名張の翔、飛猿、そして助さんと格さんらの協力を得て髑髏党を滅ぼし、見事に祖父の仇を討つ。そして、助三郎と格之進は光圀に託されたある物をお銀に渡す。それは、光圀が書いた諸国の大名に宛てた書状であった。
　此書面　差し出したる時　此者の言ハ　水戸光圀の　言と思ひ
　真摯に対処　致される様　願ひ上げ候
水戸光圀