下のリストの他、ネガタロス軍団（仮）に参加する人間に化けたファンガイア軍団も登場。本編にも人間体のみのファンガイアも多数登場。
ショッカーをパロディ・オマージュした組織.
オリジナルキャラクターのうち、原典（元ネタ）の存在しないキャラクターのみ記述する。原典（元ネタ）の存在するキャラクターは、そちらを参照。
大ショッカー.
スーパーショッカー.
スペースショッカー/宇宙犯罪組織マドー.
ノバショッカー.
鬼（オニ）一族.
外道衆.
シェード.
ドーパント.
ドーパントはガイアメモリと生体コネクタで変身する。
ミュージアム.
ミュージアムを担当し、自身もドーパントだった加頭順については、こちらにも記述する。
オーメダル.
ホロスコープス.
宇宙鉄人.
ファントム.
※『◎』は『ウィザード』本編登場。また「◎」が無い怪人は本編未登場の怪人。人間（宿主）に変身していない巨大ファントムなどの宿主やゲートは記さない（ヤミーの親なども記していないため）。
仮面ライダー（ウィザード、ビースト、メイジ、白い魔法使い（ワイズマン）、ソーサラー）には、「魔法の国」のメイジ以外はファントムの宿主（ゲート）かファントムしか変身できない。
特別に仮面ライダー（魔法使い）に変身する宿主やゲートを記す。
魔法使い.
『ウィザード』に登場する怪人。魔宝石の世界に存在する。
※『◎』は『鎧武』本編登場。また「◎」が無い怪人は本編未登場の怪人。
『鎧武』に登場する怪人。『キカイダー REBOOT』からの友情出演。
※『◎』は『ドライブ』本編登場。また「◎」が無い怪人は本編未登場の怪人。
眼魔世界.
※『◎』は『ゴースト』本編登場。また「◎」が無い怪人は本編未登場の怪人。
眼魔.
眼魔世界の住人が変身用眼魂または器物と融合することで変身する怪人。
アマゾン.
リストの他にも人間体のみのアマゾン（レストランの客・石井や漫画『蛍火』では飯柴紬、誠司など）が多数登場。
バグスター.
※『◎』は『エグゼイド』本編登場。また「◎」が無い怪人は本編未登場の怪人。
「★」はバグスターユニオンから発生したバグスター。
スマッシュ.
※『◎』は『ビルド』本編登場。また「◎」が無い怪人は本編未登場の怪人。