死菌ワクチンとも呼ばれる。狭義の不活化ワクチンは化学処理などにより死んだウイルス、細菌、リケッチアを使用。取り扱いや効果において同様である抗原部分のみを培養したものを含めて不活化ワクチンと称されることもあり、以下その定義に含められるものを挙げる。生ワクチンより副反応が少なく安全性が高いが、液性免疫しか獲得できずその分免疫の続く期間が短いことがあり、このため複数回接種が必要なものが多い（代表例は三種混合ワクチンやインフルエンザワクチン）。免疫不全症の場合でも投与は可能である。
しかしながら、ハイリスク群（高齢者や慢性疾患を持つ人など）の人がインフルエンザに罹患した場合に、肺炎等の重篤な合併症の出現や、入院、死亡などの危険性を軽減する効果が世界的にも広く認められている。これが、国際連合の世界保健機関（WHO）や世界各国が、特にハイリスク群に対するインフルエンザワクチン接種を積極的に薦めている理由である。
日本未承認（日本国内で接種の場合は個人輸入取り扱い医療機関に申し込む）
その他、混合多数。
ウイルスベクター.
ウイルスベクターワクチンは、安全なウイルスを使用して病原体の遺伝子を体内に挿入し、表面タンパク質などの特定の抗原を作り出して免疫応答を促すものである。
トキソイド.
ある病原体の産生する毒素のみを予め抽出して、ホルマリンなどで処理し、毒性を抑えて抗原性のみを残したものを人体に接種し、その毒素に対する抗体を作らせるもの。病原体そのものを攻撃する抗体を作らせるわけではないので、厳密にはワクチンに含めないという考え方もある。
サブユニット（組換えタンパクワクチン）.
植物由来ワクチン.
結合型.
異種.
異種ワクチンは、「ジェンナーワクチン」とも呼ばれ、他の動物の病原体であるワクチンであり、治療対象の生物に病気を起こさないか軽度の病気を引き起こす。古典的な例は、天然痘の予防のためにジェンナーが牛痘を使用したことである。現在の例では、結核予防のためにウシ型結核菌（）から作られたBCGワクチンの使用である。
試験的.
多くの革新的なワクチンも開発中で使用されている。
ほとんどのワクチンは、微生物を不活化または弱毒化させた化合物を用いて作られているが、合成ワクチンは主成分または全体が、合成ペプチド、糖質、または抗原などで構成されている。
接種方法.
接種間隔.