また、神慈秀明会における教祖の教義の学びとは、教祖の教えそのものを学ぶのではなく、教祖の教えを会主小山美秀子がどのように理解し、とらえたかということを学ぶことである。そのことを反映して、神慈秀明会では教祖の教義そのものを学ぶ機会が大変少なく、主な学びは会主小山美秀子の残した言葉に対する物が大部分である。事実、神慈秀明会の会報「秀明」には、教祖の論文や教えよりも、会主小山美秀子の言葉や考え、体験などのほうがはるかに多く掲載されている。その結果、神慈秀明会の信者は、岡田茂吉の信者であるとしながら、岡田茂吉の功績や歴史、思想に関する知識や理解が、他の世界救世教系教団の信者に比べ著しく乏しい。信者らは、教祖に関する知識がほとんど無いにもかかわらず、自らの教団を教祖の教えを引き継ぐ唯一の教団であると自負しなくてはいけない事も、この教団の信者が抱えている矛盾である。
神慈秀明会が短期間で急激な発展を遂げたのは、強力なカリスマ性と布教指導力をもった小山美秀子会主の功績である。そんな小山美秀子の強大な影響のもと、教祖に関する知識や資料が乏しい神慈秀明会においては、年月とともに徐々に教祖の影響が薄れ、教祖の影響が強い他の世界救世教系教団とは異なる価値観や文化を有することとなり、いわば小山流とも言えるような独自の方向に大きく塗り替えられた教団となったのは、自然な成り行きとも言えるだろう。
なお、小山美秀子に対する信仰は、小山家（前会長小山荘吉、現会長小山弘子）に対する信仰につながっており、現在においては、現会長の小山弘子が小山美秀子に近い存在として特別視されている。
教団による小山家神聖化の実例.
教団は、長年の活動下において、信者への教育、教義の勉強会、建築物などを通じて、教祖本来の教義とは矛盾している、「会主小山美秀子、および小山家の神聖化」を、神慈秀明会の教義に織り込み、教祖の影響を弱め、会主小山美秀子や小山家の影響を強めてきた。以下はその実例である。
霊山寺 (奈良市)