しかし、都会の暮らしに慣れていないパディントンはさっそく騒動を引き起こしてしまい、一家の主ヘンリーから煙たがられてしまう。パディントンは探検家の行方を探すために、メアリーの協力で骨董品店を営むサミュエルの元を訪れる。その途中、パディントンは店を出ていく客が財布を落としたのを目撃し、財布を渡そうと客を追いかける。パディントンは街中で騒ぎを起こしながらも客に追いつくが、なんと客の正体はスリの常習犯だったため、その場で警察に逮捕される。彼は一躍街のヒーローとなり、ブラウン一家の娘ジュディや息子ジョナサンからも慕われるようになる。同じころ、パディントンの噂を聞いた自然史博物館のミリセントは、彼を剥製にしようと行方を探し始める。
サミュエルの協力で、探検家が地理学者協会の一員だと知らされたパディントンは、ヘンリーと共に協会を訪れるが、「ペルーを探検した協会員は存在しない」と返答される。二人は協会に忍び込み資料を探し、探検家の情報を見付け出す。パディントンは記録映像を見て、探検家の名前が「モンゴメリー・クライド」だと知る。そのころ、ブラウン一家の隣人カリーからパディントンのことを聞き出したミリセントは、彼を利用してパディントンを監視させる。彼女は一家の留守を狙いパディントンを誘拐しようとするが失敗し、撤退する。パディントンは連れ去られそうになったことをブラウン一家に話すが、信じてもらえず厄介者扱いされてしまう。ショックを受けたパディントンは家を飛び出し、一人でクライドを探し始める。