公領経営に深く携わるようになった田堵は、名主の地位を得て耕地の経営に当たるとともに、自ら墾田して領主（開発領主）となったが、自領が公領に収公されることを防ぐため、その土地を荘園として受領層に寄進し、自らは荘官として土地の実効支配権を持ちながら、一定の税を寄進先の受領層に納めた（職権留保付寄進）。こうして荘園を持つようになった受領層を領家と呼ぶが、領家と同階層の国司による荘園の収公が続いたため、これを防ぐため、更に権門層に寄進することとなった。こうして荘園を集積した権門層を本家と呼ぶ。また、本家・領家のうち、荘園の実効支配権を持つ者を本所（ほんじょ）と呼んだ。
こうした荘官、領家、本家と重層的になった土地支配の構造において、各主体の保有する権利を「職」と呼び、荘官は預所職、領家は領家職、本家は本家職を保有した。
一方、国司請負制により権限が強化された国司は公領を自領のように扱いはじめ、田堵を在庁官人に任命し、郷司、保司等として地方行政官とした。郷司、保司等は一定の税を国司に納め、国司は更に一定の税を朝廷に納めた。
この場合、郷司は郷司職、保司は保司職と呼ばれ、実際の現地支配において荘園と公領の区別は外見上ほぼなくなった。それぞれの職の保有する取り分を作合（さくあい）といい、このような重層的な土地支配体系を「職の体系」という。
なお、近年の研究では、荘園の職の体系についての理解としての「職権留保付寄進」という概念に疑問が呈されている。
確立.
公認化された荘園の領主は、田地の地子（じし）（賃租料）に加え、調、庸や徭役にあたる公事（くじ）も徴収し、同様に公領においても租税体系は一本化した。この一本化した税は年貢と呼ばれるようになった。
荘園公領制の確立と軌を一にして、在地領主は彼ら同士の土地争いの解決のため武装し、武士となっていった。鎌倉幕府の成立に従い、主に東国の武士は鎌倉幕府に奉公する御家人となり地頭に補任され、所領の支配権が鎌倉幕府に保証された。当初は地頭職というものはなく、あくまで荘官や郷司、保司のうち幕府と主従関係を結んだものが地頭と呼ばれていた。しかし承久の乱以降は西日本を中心に荘官と地頭が並立する荘園も見られ、後述するように地頭請が行われるようになると、徐々に地頭職という観念が定着した。
変質.