操縦システムに有機デバイスシステム「阿頼耶識システム」を導入しているか否かで大きく異なる。阿頼耶識システムが搭載された機体は、パイロットの脊椎に埋め込まれたコネクターと有線接続するためのインターフェースを有する。パイロットは接続した機体の情報を脳内で処理するためマニュアルを必要とせず、通常の操縦方法より反応速度や操作性が向上し、網膜投影システム等により自身の体のような感覚で機体を操ることを可能にする。ただし、パイロットに必要となる手術の危険性や、基本的に成長期の子供にしか定着しないという特性に加え、MSに使用すれば膨大な情報フィードバックが脳に深刻な負荷をかけ、機体と脳を過度にシンクロさせると肉体に障害を負ってしまうおそれがあるなど、パイロットにかかる負担が非常に大きい。そのため主流となった大戦末期以降は非人道的なシステムとされ、正規にはほぼ忘れられた技術となっていくが、その後も地球圏外の識字率の低い貧困層や犯罪組織において運用される傾向にある。
『水星の魔女』におけるモビルスーツ.
操作（水星の魔女）.
従来のシリーズ同様にレバーやペダルによって操作を行うが、パイロットの身体に「パーメット」という新種の元素を流入させることにより、機体とパイロットをリンクさせる「パーメットリンク」というシステムが用いられている。パーメットを過度に流入させることは人体に大きなダメージを与えることになるため、監査組織「カテドラル」が設けた規定により流入量は厳しく制限されている。
武装（水星の魔女）.
宇宙空間での実弾使用がスペースデブリを生むという理由から、宇宙で運用されるMSにはビーム兵器が多く普及しているが、地球上でも運用される機体には、ミサイルなどの実弾兵器を装備しているものも存在している。また、アスティカシア高等専門学園で行われるモビルスーツ同士の決闘の際には、実戦時よりも出力を落とした緑色のビームが使用される。
無線誘導兵器やオールレンジ攻撃用の端末は、単なる攻撃用としてではなく、自在に動く盾としての機能を持つもの、攻撃が当たった箇所を機能停止させるものなど、様々な用途を持った端末が登場している。
文禄の役
慶長の役 (曖昧さ回避)
慶長の役（けいちょうのえき）
慶長年間に行われた戦役。
パワードスーツ