応仁の乱前後に、畠山氏の家臣団はそれぞれ政長方、義就方に分かれるなど混沌とした。戦国時代になり畠山氏の当主の権力が弱くなるにつれて、在地勢力でもあった「国人衆」・「大和衆」が力を有するようになったが、守護代として権力を掌握した遊佐氏・神保氏は「鎌倉衆」「鎌倉以来」の家柄であった。畠山家の家臣団は大きく分けて、出身により「武蔵衆」、「足利衆」、「鎌倉衆」、「国人衆」、「大和衆」の五系統に分かれる。
 家臣団
畠山総州家.
総州家は金吾家から別れ、主に大和国と河内国に勢力を有した。
畠山尾州家.
尾州家は金吾家から別れ、主に紀伊国と越中国に勢力を有した。
その後、高政の弟・政尚の子である畠山貞政は紀伊に拠点を移し勢力を盛り返した。貞政は徳川家康と連携するなど、羽柴秀吉に対抗した。しかし後に豊臣政権により放逐され尾州家は全領地没収という形でついに完全に滅亡した(紀州征伐）。
貞政の子である畠山政信は大和で放浪中豊臣家重臣の片桐且元に出会い、片桐家に仕官することとなった。人柄を認められ且元の娘婿となり片桐家重臣となる。政信は能書家としても極めて有能であり豊臣秀頼の祐筆として且元に推薦されることによって豊臣家の直臣となった。しかしやがて片桐且元が豊臣家から徳川家へと主人を変えると、且元の近親であった政信も豊臣家にいづらくなり豊臣家を退散し徳川家に仕えた。
徳川家康は名族好きで知られた戦国武将であり畠山家が河内紀伊大和を領した名家であることから江戸城内の典礼を司ることなどを命ぜられ将軍家近侍を仰せつかる。
政信の子孫は江戸幕府の高家の内の一家となって、その後も幕末まで家系は続いた。明治維新後の当主畠山基永は足利に復姓して士族となった。
能登畠山家（匠作家）.
出自.
七尾畠山家ともいわれる。歴代の当主が修理大夫に任じられたため、その唐名より畠山匠作家とも称された。修理大夫は畠山国清が称した官位であることから、没落した畠山国清系統の再興を意図したのではないかとの指摘がある。
能登国は、当初は吉見家が守護を務めていたが、康暦の政変において細川頼之派であった吉見氏興が失脚し、代わって守護となった本庄宗成（義満の寵臣の一人で元々日野家の家人）もまた統治に失敗があったため、足利一門にして足利義満の信頼の厚かった畠山基国が守護となり、以降は畠山家の分国となった。
室町時代.
戦国時代.