しかしながら、鉄道においてはさよなら運転が行われずに廃止になる例もある。主な例としては、災害や事故などの突発的な事情で運行不可能となった場合が挙げられる。この場合は物理的に列車の運行ができない状態に置かれているので、さよなら運転もできず、そのまま廃止せざるを得ない。最近では、京福電気鉄道永平寺線、高千穂鉄道高千穂線、JR岩泉線などの例がある。ただし、この場合でも列車を運行しない記念式典を行うことはある。例えば、小田急向ヶ丘遊園モノレール線では車両の欠陥による廃線のためさよなら運転は実施されなかったが、廃止後にさよなら見学会が行われた（後述）。
その他に、特殊な例として廃線を伴わない駅の廃止を記念してさよなら運転が行われたことがある。石勝線の楓駅の信号場格下げがそれであるが、運行系統上、同駅は実質的に盲腸線の終点駅であった。
また、路線の廃止手続きを伴わない、ルート変更など新路線への切り替えもさよなら運転は実施しないのが通例である。しかし、例えば北陸本線の支線としてしばらく使われた柳ヶ瀬線はさよなら運転が行われており、同じく北陸本線への旧線からの切り替えも（この二つの例の場合は北陸本線として発展の基礎を築いたとして）、関係者の間では杉津駅などの駅などにおいて記念式典が行われた。
特定列車の休廃止を記念するもの.
ダイヤ改正により特定の列車が廃止になる場合、その列車が人気のある急行・特急列車であればさよなら運転が行われることがある。列車という以上、ダイヤに従って運行されるので、臨時列車を仕立てることはないが、定期列車の最後の便が始発駅を発車する前、あるいは終着駅に到着した後で別に記念式典が開催されることもある。
特定形式の車両の全廃・運用終了を記念するもの.
特定の形式の車両・機体が全廃され、またはある路線での運用を終了する場合、その車両が人気のある車両であれば、さよなら運転が行われることがある。この場合は、列車というより鉄道車両に乗車することを目的としているので、その車両を用いた臨時便を運行することも多い。また、さよなら運転の終点を車庫の最寄駅に設定し、車庫で撮影会などを行うケースもある。通常の運用を変更し、その車両を用いて運用に入ることがある。この場合、一部の運用を事前に告知することがあるが、前述のトラブルを防止する目的で最終運転時刻を公表しない場合もある。