『唯一神道名法要集』によれば、神道は本迹縁起神道、または社例伝記神道、両部習合神道、元本宗源神道の三種に分けられ、このうち第三の元本宗源神道は吉田家の祖先神であるアメノコヤネノミコトによって伝えられた正統的神道であるとする。同書によれば元本宗源神道とは「元とは陰陽不測の元元を明す。本とは一念未生の本本を明す。（中略）宗とは一気未分の元神を明す。源とは和光同塵の神化を明す。」ものであり、即ち「吾国開闢以来唯一神道是也」とする。
吉田神道は、中世神道思想を集大成し、様々な宗教の諸言説を越境的に統合しつつ、仏教から独立した独自の教義・経典・祭祀を持つはじめての神道説となり、神道史における大きな画期となった。
思想と儀礼.
吉田神道は、仏教・道教・儒教の思想を取り入れた、総合的な神道説とされる。吉田神道は、仏教を「花実」、儒教を「枝葉」、神道を「根」と位置づけた。
吉田神道は、顕隠二教を以って一体となすのが特徴で、顕露教の教説を語るものとしては『古事記』『日本書紀』『先代旧事記』（三部本書）、隠幽教の教説は『天元神変神妙経』『地元神通神妙経』『人元神力神妙経』（三部神経）に基づくとする。
三部神経の教説では、神道には本質である「体」、現れ出た姿である「相」、はたらきである「用」の三側面があると主張し、「体」は「天元」「地元」「人元」の三つを有しているとした。そして「相」には「天五行」「地五行」「人五行」があり、天五行は五行相克を司り五星などを化し、地五行は五行相生を司り五竜王などを化し、人五行は五大を司り五臓などに化すと主張した。さらに、「用」には天妙・地妙・人妙の三妙があり、三つの「妙」がそれぞれ神変・神通・神力の三つの力を具しており、この九つの作用が、日月や寒暑、自然などのあらゆる現象を司っているとし、これを総称して三才九部妙壇と呼称した。総じて言えば、森羅万象全てが神道の顕現なることを説くもので、天上・地上・人体のそれぞれの内部に神が存在し、神が宇宙全体に遍満するという一種の汎神論が、兼倶の構想した神道説であった。
また、儀礼においては、八角形の壇の中で火を焚いて祈祷を行う護摩行事を発案し、「十八神道行事」「宗源神道行事」と並ぶ三壇行事を形成した。
これらの思想や儀礼は、上述のとおり、仏教・道教・儒教のほか、陰陽道、密教の加持祈祷などを取り入れたものである。