なお、大阪の東宝敷島劇場・敷島シネマに掲げられた本作品の看板の前には、劇中よりも巨大に制作された怪物の人形が展示された。
撮影.
ロケは伊豆大島と八丈島で行われたが、マムシが頻繁に出没するうえ、森のシーンではムカデなどが多く、スタッフやキャストを悩ませた。笠井役の土屋嘉男によると、霧の演出のためにスモークを焚いたところ、樹上からいろいろな虫が落ちてきて大騒ぎになったという。
小山役の佐原健二は、『モスラ対ゴジラ』のオーディオコメンタリーで「『マタンゴ』では、いやらしい雰囲気を出すために、ちょうど歯医者に行っていて（奥）歯の治療をしている時に、治療とは違う（前）歯を抜いてしまうことを思いつき、担当医には強く止められたが、役作りの一つとして歯を抜いた」と語っている。また、自著でも「本作品の役作りのために歯を抜いた」と記している。さらには、セットでのリハーサルの際にバケツの水が降り注ぐ中で（抜いた後に）差し歯にした歯を落としてしまい、大変だったとも述べている。こうして、佐原は本作品での演技が評価された結果、本多の勧めにより、翌年の『モスラ対ゴジラ』でも悪役を演じるなど、本作品以降は悪役も演じるようになっている。
後年にみうらじゅんが水野に尋ねたところによれば、彼女がキノコを手に取って妖艶な仕草で美味しさを伝えるシーンは、よく意味がわからないまま監督に何度も駄目出しされたという。
登場人物のモデル.
遭難する登場人物たちには、それぞれモデルとなった人物が存在する。これは脚本の木村武と監督の本多猪四郎が、脚本を仕上げていく段階で設定された。
ヨットのオーナーである会社社長・笠井は西武グループの堤義明・清二兄弟、小心者の推理作家・吉田は大藪春彦、仲間を見捨ててヨットで逃げ出す船長・作田は堀江謙一、大学助教授・村井はワイドショーで人生相談に出演していた学者（学生を自分の恋人にしている）、歌手・麻美は「芸能界のどこにでもいた女性」、ヨットマン助手・小山はそんな彼らを庶民の視点から見る人物となっている。
この設定は製作の田中友幸を怒らせたが、本多はほとんど直さずに作品を仕上げている。また、本多は尺があれば船に乗る前のイントロダクションとして、贅沢で非生産的な当時の裕福な若者たちの生態を描きたかったと述べている。