江戸時代、出羽国北部の秋田地方は、佐竹氏（秋田藩）によって治められた。佐竹氏は関ヶ原の戦いでの日和見的な態度により、常陸国から転封された外様大名であり、江戸幕府によって藩内の築城や武力の向上が厳しく警戒された。佐竹家では久保田城の佐竹宗家を中心として、一族の東家、西家、北家、南家を、それぞれ久保田城下、大館、角館、湯沢に配した。江戸時代、大館城代の佐竹西家（小場家）は闘犬によって家臣たちの闘志を養ったとされる。
一方、洋犬種としては、まず大館に近い小坂銅山のドイツ人技師の飼い犬であったマスティフと思われる犬と、明治中期以降には、ジャーマン・シェパード・ドッグやグレート・デーンなどとの交配も行われた。これによって立耳、巻尾といったスピッツタイプ本来の特徴が失われた犬は旧来の秋田マタギに対して「新秋田」と呼ばれた。
再作出への取り組みと天然記念物指定.
大正年間に入る頃から、学識者や関係者によって、「秋田犬を保存すべし」という世論が高まりを見せた。保存運動の中心となったのは、雑化を危惧した当時の大館町長（泉茂家）らである。このような動きは秋田犬に限ったことではなく、明治期の舶来文物偏重や交通の自由化等による洋犬等との雑化と、その反動としての保存運動は、全国の日本犬に関する共通の動きだった。
戦中の受難と戦後の混乱.
日中戦争から太平洋戦争に至る時代の食糧不足、ことに大戦末期と終戦後の深刻な食糧難は、大型犬である秋田犬の保存に甚大な被害を与え、秋田犬の数は激減した。餌として与えるものも、ワラビノリやカタクリ澱粉、野菜類など、植物質のものがほとんどであり、どうにか生き延びても子が生まれなかったり、生まれた子犬も栄養失調でうまく育たず、ようやく育っても、ジステンパー等の病気によって多くが死んだりしたという。
大型犬であればその分必要とする食料も多くなるため、犬に餌をやるだけでも国賊呼ばわりされたという時代であった。大きな犬は目を引く分、風当たりも強かった。戦時下では、軍用の防寒衣料として犬の毛皮を使用したため、軍用犬となるジャーマン・シェパード・ドッグ以外の犬には捕獲命令が出されていた。その捕獲を逃れる目的で、ジャーマン・シェパード・ドッグを交配したことが、秋田犬の純化を後退させることともなった。