ただし、他事業者線への直通運転や、運転業務の受託など、他事業者の線路に列車を走らせていても自らの営業路線として運賃を収受しないものは第二種鉄道事業ではない。
第二種鉄道事業者の路線のうち、施設保有事業者が第一種鉄道事業者であるのは以下の例がある。施設保有事業者が第三種鉄道事業者の例は第三種鉄道事業者の節の表を参照。
第三種鉄道事業.
鉄道線路を第一種鉄道事業を経営する者に譲渡する目的をもって敷設する事業、及び鉄道線路を敷設して該当鉄道線路を第二種鉄道事業を経営する者に専ら使用させる事業。
上下分離方式を取るに当たって地方自治体が第三種鉄道事業者としてインフラを保有する事例もある。
鉄道事業の許可.
鉄道事業の許可基準.
特定目的鉄道事業.
景観の鑑賞、遊戯施設への移動その他の観光の目的を有する旅客の運送を専ら行うもの。
なお、これらと同様に観光目的でトロッコ列車を運行している嵯峨野観光鉄道、黒部峡谷鉄道は開業時点で特定目的鉄道という概念がなかったこともあり、それぞれ単なる第二種鉄道事業者、第一種鉄道事業者であり、特定目的鉄道事業者ではない。なお、黒部峡谷鉄道は親会社である関西電力が資材輸送のために敷設した専用鉄道を起源としており、現在もなおその使命を有している。
鉄軌道事業者の経営形態.
日本の鉄道事業者は民間資本による私企業のほか、公営企業、特殊法人、第三セクター、宗教法人、財団法人、社団法人がある。現在は個人事業、有限会社、合名会社、合資会社、合同会社はない。
鉄道事業者の経営形態は以下のとおり区分される（以下には軌道経営者の許可も受けている事業者を含む。また、便宜的に軌道経営者の許可のみを受けている事業者を含む）。
株式会社.
公営企業.
戦後、鉄軌道事業を行っていたものの、現在では廃止した公営事業者は
大都市（政令指定都市）の地下鉄が公営企業によって経営されているのは、地下高速鉄道整備事業費補助制度に基づく地下鉄建設費の補助金が、原則として地方公共団体及び旧営団だけに支給されたためである。
特殊法人.
現在、鉄道（軌道）事業を行う事業者に「独立行政法人等登記令（旧特殊法人登記令）」の別表に掲げる法人に含まれる狭義の特殊法人は存在しないが、新設・目的の変更・廃止が総務省による審査の対象となる広義の特殊法人に次の特殊会社（株式会社）が含まれる。