下記の分類は、互いに相反するものとは限らず、一つの作品が複数の項目に当てはまることがある。
アメリカ探偵作家クラブが主催するエドガー賞の長編賞では、ハードボイルド（『長いお別れ』など）、警察小説（『笑う警官』など）、医療ミステリー（『緊急の場合は』など）、スパイ小説（『寒い国から帰ってきたスパイ』）など推理要素のある様々なジャンルの小説が受賞している。
サブジャンル.
本格ミステリ.
密室殺人をはじめとした不可能犯罪を扱った作品の多くはこのジャンルに含まれる。
本格であるためには、解決の論理性だけではなく手がかりが全て示されること、地の文に虚偽を書かないことが要求される（わざと決定的な事実を明示せず曖昧に表現したり、登場人物の視点から登場人物自身の誤解を記述するのは問題がない）。たとえば、ある作品では列車に乗り合わせた子供の性別が問題になるが、題名にも地の文にも「男の子」「女の子」といった記述は一切なく、伏線として子供の振るまい（特定の玩具に興味を示す）が記述されている。作家はそれが伏線であることを隠蔽する努力も怠っていない。ただし、現代の視点では、エドガー・アラン・ポーの『モルグ街の殺人』には若干アンフェアな記述がある他、アガサ・クリスティの『アクロイド殺し』はフェアかアンフェアかについて、有識者の間で議論を醸した。現代でも本格ミステリの愛好家にとってはフェアかアンフェアが関心事であり、本格の体裁から外れる作品について論争がある。
ハードボイルド.
私立探偵のフィリップ・マーロウを主人公とするレイモンド・チャンドラーの作品が有名。
コージー・ミステリ.
ハードボイルドの反義語で暴力的表現や非日常性を極力排除した作品。主人公が素人探偵であるのも大きな特徴。非情さを前面に出さず、穏健で道徳的な作風なため、ハードボイルドに対して「ソフトボイルド（）」とも呼ばれる。
狭義には女性向けの「気楽に読める」内容のコメディタッチのミステリをいう。
アガサ・クリスティの『ミス・マープル』シリーズなど、女性の素人探偵が活躍する作品が多い。
安楽椅子探偵.
探偵が事件現場に赴くことなく、情報として与えられた手がかりのみで事件を解決する作品やその探偵は安楽椅子探偵（アームチェア・ディテクティブ）と呼ばれる。