文部科学省は所管の海外子女教育振興財団などを通して日本人学校を始めとする在外教育施設の安全対策の費用を一部負担している。防護フェンス、外壁嵩上げ、有刺鉄線、門の補強、自動開閉ゲート、インターホン、非常口、遮断機、防犯カメラ、感知式ライト、緊急サイレン、携帯無線機、携帯誘導灯、校内放送設備、防煙マスク、校舎の防弾ガラス 通学バスの防爆シート・飛散防止フィルム・銃弾貫通防止フィルム、緊急避難用はしご、緊急時用水のための地下水ポンプといった物品の設置・購入を援助費で補っている。
心のケア.
現地で深刻な自然災害や犯罪事件などが起こった際には、国内同様、PTSDを引き起こした日本人の子供達にカウンセリングが必要となる。文部科学省は海外日本人学校を対象とした学校臨床心理学の一人者である小澤康司（立正大学心理学部教授）を派遣している。
カウンセラーの使命は、PTSD症状を緩和させるリラクセーション実習、絵画療法などにとどまらない。緊急時に備えて学校カウンセラーを世界中の日本人学校に配置するのは物理的に不可能であり、とくにテロでは海外渡航が禁止・制限され日本からカウンセラーが到着するまでに日数を要する。
そのため日本人学校では危機事態に自己コントロールできるよう園児から学生まで年齢に沿ったストレス・マネジメント教育が必要とされる。また異国の地で気が動転してしまいがちな保護者が冷静に行動・判断できれば子供のPTSDを抑える助けになるため、保護者に対する自己コントロール訓練も不可欠である。そして学校全体、ひいては日系あるいは国籍を問わずに現地コミュニティーが一丸となって緊急時対応ができるような組織を作り上げることも重要である。カウンセラーはこのような点に関して日本人学校スタッフにアドバイスを行っている。
脱北者の駆け込み.
北京日本人学校はまず在北京日本大使館に連絡を取り、脱北者は大使館に引き取られて、その大部分が韓国への亡命を果たしている。中華人民共和国は脱北者を「不法入国者」として北朝鮮に返す協定を北朝鮮政府と結んでいるため、この様な日本人学校の対応に非常に不満を持っている。