タイトルは、ノヴァーリスの小説『青い花』に由来する。各話サブタイトルは文芸作品からとられている。藤が谷では毎年「演劇祭」が行われ、その期間はサブタイトルが題材作品のものとなる。
志村の作品は作中での出来事を必ずしも明示せずに行間で読ませる部分が大きく、本作をアニメ化する際のシナリオ会議でも台詞の解釈がたびたび問題となった。
あらすじ.
夏休み、ふみやあきら達は、京子に呼ばれて山梨の清里にある別荘に出かける。あきらは、澤乃井康が許嫁の京子を心から愛していることを知る。秋には江ノ島で、各務先生と杉本和佐の結婚式が挙げられ、恭己の恋は完全に終わる。ふみちゃんは、自分の初恋はあーちゃんだったのだと認め、今改めてあーちゃんが好きと自覚する。恭己は松岡を卒業し、イギリスに留学する。
あーちゃんがふみちゃんを意識し始めるようになる。藤が谷演劇部は、大野春花ら新メンバーを迎える。演劇祭の題目は『鹿鳴館』、主演は京子、あきらも舞台に上がる。舞台の京子は、役に自分の家庭環境を重ねる。ふみちゃんがあーちゃんに正式に恋愛感情を告白する。
夏休み、ふみやあきら達は、春花に呼ばれて箱根の老舗旅館に出かける。あきらもふみも、自分の心に整理がつかず思い悩むが、あきらが正式に返答し、ふみちゃんとあーちゃんの二人は交際を始める。ふみはあきらにはっきり伝える「私の好きは、性愛なの」。
あきらは演劇部の部長となる。京子は恭己への想いや家庭の問題に整理をつけ、康と結ばれる。ふみの同性愛を聞いた友人の本厚木洋子が、シナリオを書き、それを読んだふみは己の恋を重ねて思い悩む。ふみが松岡修学旅行で長崎に行っている間に、あきらは藤が谷演劇祭『三銃士』の準備に忙しい。
秋、藤が谷修学旅行先のイギリスにて、あきらは恭己と再会し、今ふみと交際していることを伝える。それによって、あきらは「かつて非難した、いい加減な気持ちでふみと交際していた恭己と、自分が全く同じことをしている」という矛盾に気づき、揺れ動く。あきらが別れを切り出し、あーちゃんとふみちゃんの二人は破局する。
卒業式。ふみちゃんはまだあーちゃんのことが好きであった。あーちゃんも、ふみちゃんが好きだが、それは……。あきらは、あーちゃんとふみちゃんに呪いの言葉をかける「答えが出せるまで一人で考えさせてね」。進路が別れた二人は、疎遠となる。