追い打ちをかけるように、志々雄真実が生きており京都で暗躍しているため、大久保利通に日本国のため志々雄を殺して欲しいと懇願される。当初は断っていたが、一週間後の再回答の日に大久保が瀬田宗次郎に暗殺されたことを受け、志々雄を止めるべく、薫にのみ別れを告げて去る。その道中、宗次郎と剣を交えた際に、逆刃刀が折れてしまう。新しい逆刃刀を求めて新井赤空を尋ねるも、そこで十本刀の張に襲われ、止むを得ず「宝刀」として奉納されていた刀を取って戦う。例え相手が悪人であっても逆刃刀でない刀を抜き不殺の誓いを破って人を殺めてしまえば抜刀斎に立ち戻ってしまうことは避けられず、剣心は赤子の命を守るためにそれを覚悟の上で宝刀を抜き張を倒したが、その宝刀こそが赤空の最後の一振りである、逆刃刀・真打であり、張は死んでいなかったため、抜刀斎に立ち戻ることは避けられた。赤空の息子・青空から逆刃刀・真打が悔恨と平和への願いを込めて打った生涯最後の刀だと知らされ、赤空の想いを汲み取りその一振りを受け取る。
そして現在の状態では志々雄一派に勝てないことを痛感し、志々雄一派に勝つための強さを手に入れるため、幼少期に喧嘩別れした師匠、比古清十郎の元を再び訪れる。そこで剣心のあとを追って来た薫たちと再会し、共に東京に帰ると約束する。最初は反対されるが、幼少期からの変わらない意志によって師匠から奥義を伝授される。そして、志々雄一派が待ち受ける比叡山の祠に出向く。奥義である天翔龍閃（あまかけるりゅうのひらめき）を駆使し、蒼紫、宗次郎と立て続けに紙一重で生死を分ける死闘を経て、最後に志々雄と戦うこととなる。激闘の末、勝利したかに見えたが、気を許した不意をつかれ瀕死の重傷を負い死を覚悟する。しかし薫との「共に東京に帰る」という約束を思い出し、生きる意志を持ち立ち上がり勝利。志々雄一派は壊滅する。
いずれ自分が飛天御剣流を撃てなくなると知った際は、その前に幕末時代の宿敵である斎藤一との決着だけは果たしたいと呼び出したが、結局流された。
後に神谷薫と再婚し、息子の剣路をもうける。そして剣心は逆刃刀を明神弥彦に預け、それと同時に自らの思いも託す。それ以降は倭杖を持ち歩いている姿が後日談にあたる番外『春に桜』で見られる。ただし、『明日郎 前科アリ』にて飛天御剣流の技を使う際には弥彦から逆刃刀を借りている。
剣技.