しかし、享徳の乱以降の混乱期においては、大森憲頼・成頼と大森氏頼・実頼父子の二系統に分かれ対立したが、太田道真・道灌の支援を受けた氏頼系が勝利し、憲頼系は箱根山中に逃亡し、氏頼系は扇谷上杉家に属し重臣となって、小田原城を拠点として勢力を広げ繁栄した。
大森氏の衰退と一族のその後.
その後の大森氏について、通俗的には氏頼の子で実頼の弟の大森藤頼の代に伊勢盛時の手により小田原城を落とされ没落したといわれるが、史料の上ではつじつまの合わない部分も多く、その経緯の詳細については不明である。なお三浦氏滅亡の際にともに討ち死にした人物に「大森越後守」があり、氏頼の弟の高頼とされている。
江戸時代に入っても徳川氏に仕え江戸幕府の寄合旗本として存続した者の他、水戸、備中など各地で大森氏子孫を名乗る家が存在した。
系譜.
駿河大森氏系図
 凡例
伊予大森氏.
大森氏（おおもりし）は清和源氏に属する日本の氏族の一。
伊予大森氏の歴史に関する伝承.
出自.
伊予国砥部の大森氏においては、以下のように伝えられている。
宇野氏の祖の源頼房（頼親、あるいは頼成の子）の六代の孫親治の四代の孫と称した茂治が、下総国大森に住したことにより大森姓を名乗るようになるが、茂治は承久の乱に際して御所において戦死、その功績により伊予国に所領を得て、一族が移住した。松山平野南部を流れる現・重信川北岸の高井を拠点として松山平野一帯に勢力を広げた。
衰退と大森彦七の中興.
しかしその後、鎌倉幕府の滅亡、中先代の乱とつづく混乱の中で、松山平野北東部の赤滝落城で大森長治、高井落城で大森春直の一族が滅亡し、その領地のほとんどを失うが、そのころ上京していた大森彦七盛長が足利尊氏に従って功績を挙げ、砥部・中山に所領を得た。おそらく松山平野一帯は守護河野氏に抑えられてしまっていたので、足利政権としてもそれを取り返すことが出来なかったために、松山平野の南部、砥部・中山に領地を与えたものと思われる。
なお、大森彦七の出自については色々といわれているが、上記のような家系であったことは砥部大森氏に強く意識されていたらしい。それは、大山祇神社に彦七の大太刀（国宝、無銘豊後友行、刃長六尺、茎二尺）と称するものを寄進した大森直治が、自らを大森源左衛門尉源朝臣直治と称しているし、砥部の千足を承久の勲功の地と称していることなどからわかる。