当事者や関係者のあいだでも、運動を支持する立場から批判する立場まで様々な意見がある。よく見られる批判は、自閉者の権利運動を推進する人の多くが知的障害を伴わない、いわゆる「高機能」の自閉者であり、より「低機能」な自閉者の立場を反映できていないというものである。
自閉をめぐるパラダイムの対立.
自閉を脳の多様性と捉えるニューロダイバーシティの見方は、自閉を治療すべき病気として捉える病理学的な見方（病理パラダイム）と対立する。病理パラダイムは障害の医学モデルと親和性が高く、自閉を治療・根治可能な疾患と考える。病理パラダイムの支持者にとって、自閉者の非定型的な行動は有害なものであり、治療によって軽減・消去すべきものである。この立場からは、自閉の遺伝的および環境的なリスク因子を特定する研究が重視される。一方、自閉を脳の多様性と捉える見方（多様性パラダイム）は障害の社会モデルと親和性が高く、自閉の脳を病気ではなく正常なバリエーションと考える。こちらの立場から見れば、自閉的行動を消去する治療は左利きの矯正のようなもので、必要な治療とは言えない。多様性パラダイムが重視するのは治療ではなく自閉の理解と受容、また自閉の人々を社会的マイノリティとしてサポートしていくことである。自閉の行動を病的と見なすことの弊害もよく議論される。
病理パラダイム.
病理パラダイムは、生物医学的なレンズを通じて自閉を見る昔ながらの見方である。この見方からすれば、自閉はコミュニケーションや社会性を中心とした様々な機能的障害（インペアメント）によって特徴付けられる疾患であり、正常な機能を果たさない有害なものであると考えられる。定型から外れた脳の働きは「不適切」「不健全」とされ、治療すべき対象となる。また自閉者の非定型的な行動は社会生活と仕事に悪影響を及ぼすため、応用行動分析などの行動を変化させる療法で軽減・消去すべきとされている。このような見方をする人は自閉当事者には稀であり、どちらかというと自閉の子を持つ親に多い。
病理パラダイムの支持者は、自閉者の苦しみを減らすためにも、また「自閉症の流行」に対処するためにも医学的アプローチが必要だと考える。自閉の病因を突き止める研究のほか、生物学、診断法、治療行為（投薬や行動的・心理的介入など）、併存する疾患の治療もその射程に含まれる。