ネオ・アルカディアの最深部にてエックスのオリジナルボディに封印されていたダークエルフを取り込み、究極の力を手に入れたエルピス。しかし、結局はその力を制御できずにゼロに敗れ、自らサイバーエルフとなって姿を消した。
登場キャラクター.
一部のキャラクターの詳細に関しては、ロックマンゼロシリーズ参照。
サブキャラクター.
四天王.
ボスキャラクター.
バイル・ナンバーズ（バイル八審官）.
ちなみに裁判は各三審官による尋問、審官長の声による判決、副審官長の「死神の鎌」による断罪の三審制で、ナンバーズとはあるが劇中ではその個体の形式番号は明かされていない。
ベビーエルフ達同様、オメガがダークエルフと融合し全世界のレプリロイドを操作する準備が整うまでの陽動作戦用の駒でしかなかった。
今回から正式に声優が起用されるようになった。
武器・EXスキル.
主要な武器に関しては、主要武器参照。
リコイルロッド.
チップカスタム.
隠し能力.
ミニゲーム.
概要.
ボイスは前作から更に強化され、ボスのボイスがミッション時とボスラッシュ時とで一部変化するほか、オープニングナレーションやエンディングテーマまで入れられている。
また、初心者用に本シリーズとしては初めてイージーモードが搭載された。「アルティメットモード」もこれまでとは違い、設定したレベルまでのサイバーエルフの全能力を一度に使う事ができるモードに変更されている。
ストーリー.
バイルの支配から逃れるためにネオ・アルカディアから脱走する人間・レプリロイド達が増加し、レジスタンスも脱走者達の救助活動を始めていた。ゼロ達は自然が唯一残った場所である「エリア・ゼロ」を目指す人間達を助ける。バイルは既に「エリア・ゼロ」に目をつけており、新たな部下達に狙わせる。当然ゼロは全員の迎撃に応じる。最後の戦いになる事も露知らず…
登場キャラクター.
一部のキャラクターの詳細に関しては、ロックマンゼロシリーズ参照。
サブキャラクター.
レジスタンス.
前作までの拠点だったレジスタンスベースを離れているため、今回は登場するメンバーが少ない。
人間達.
ネオ・アルカディアを出て数少ない自然のある場所「エリア・ゼロ」に移住して来た。戦争の原因としてレプリロイドを激しく嫌っていたが、レジスタンスによってネージュが救出されて以降は、ゼロ達を信用するようになる。