しかし、教団活動の沈静化にもかかわらず、この教団に対するネット上などでの批判はいまだに活発である。それは、多数の被害者を出したとされる旧体制に対して、会として責任の所在を明確にしておらず、正式な謝罪や補償などをしていないこと。教団は旧体制時代の存在を、反省すべきものとしてとらえるどころか無かったこととして黙殺しようとしていること。そのため、一部の個人や拠点においても旧体制の反省が無く、旧体制時代式の行動（外での浄霊実践やノルマ設定や強力な献金活動）をいまだに改めない者がおり、教団としてもそういうものに注意を促す体制が無いこと。さらには、教義の根本を覆すような旧体制時代に行われてきた教導が、教祖の教義と多数の矛盾を有している事などに対する説明責任を全く果たしていない。詳細は#旧体制から新体制への節を参照。
組織.
教祖・教団創設者・会長職.
教祖は世界救世教教祖の岡田茂吉。信者は「明主様（めいしゅさま）」と呼ぶ。神慈秀明会の信仰は「明主様信仰」と言われており、岡田は教祖であると同時に、信仰の対象でもある。
役職.
役職には、教師（資格者）、助教師、世話人、準世話人がある。
信者.
神慈秀明会ではおひかりと呼ばれるお守りを授かることで入信（にゅうしん）する。入信すると信者となり、第三講（新入信者会）と呼ばれる本部参拝によって本信者となる。入信していない人は未信者と呼ぶ。なお、くもり信者とは、退会した信者のことではなく、不熱心で活動に参加しない信者や、教団に批判的な姿勢をとる信者のことをさす名称である。
信者は、青年部（未婚の若い男女）、学生部（中・高校生）、ジュニア部（幼児、小学生）、男子部（既婚の男性、または若くない男性）に所属する。青年部は、さらに大学生部と、成人部（大学生ではない若い男女）に分けられる。なお、既婚の女性が所属する部（婦人部など）は、なぜか存在せず、一般と呼ばれ、部としてはあつかわれなかった。
参拝所.
※秀明紙勉強会（秀勉）については戒律の節を参照のこと
所在地.
黄島全域を所有しており、定期航路はない。貝殻をイメージした黄島神殿などの建物がある。
日本国内の支部:
札幌・東京・千葉・名古屋・滋賀・京都・奈良・豊中・神崎・玉手山・西宮・神戸・本山・姫路・福山・広島・松山・高知・北九州・福岡・熊本
日本国内の出張所: