しかし、この王朝交替説に対しても、現状ではいくつかの立場から批判が出されており、今日では戦後に行われてきた王朝の交替や非連続性を強調する考え方には違和感が強い。その原因は戦後の日本の日本古代史研究が歴史学研究会などのマルクス主義中心の歴史学であり、戦前の「万世一系」の否定・反発から始まっているからである。王朝交替説への批判の代表的なものに「地域国家論」がある。
大和川流域間の移動を重視する白石太一郎も同様の見解に立つ。
この朝貢の中で倭王は、百済王が余姓、高句麗王が高姓に並んで倭姓を名乗っており、中国中心の冊封体制の「姓」秩序の中で一時的に倭姓を名乗ったらしい。『宋書』倭国伝に「倭讃」のあとの四王に「倭」がないのは姓を省略したのであり、同じ倭姓の王家一族とみて間違いないだろうとしている。
ワカタケルの政権（古墳時代中期後半）.
さらに、銘文には「治天下…大王」（江田船山）、「天下を治むるを左（たす）く」（稲荷山）の文言もあり、宋の皇帝を中心とする天下とはまた別に、倭の大王を中心とする「天下」の観念が芽生えている。これは、大王のもとに中国の権威からある程度独立した秩序が形成されつつあったことを物語る。
上述した「今来漢人」は、陶作部、錦織部、鞍作部、画部などの技術者集団（品部）に組織され、東漢氏に管理をまかせた。また、漢字を用いてヤマト王権のさまざまな記録や財物の出納、外交文書の作成にあたったのも、その多くは史部とよばれる渡来人であった。こうした渡来人の組織化を契機に、管理者である伴造やその配下におかれた部などからなる官僚組織がしだいにつくられていったものと考えられる。
なお、平野邦雄は「王権を中心に一定の臣僚集団による政治組織が形成された段階」としての「朝廷」概念を提唱し、ワカタケルの時期をもって「ヤマト朝廷」が成立したとの見解を表明している。
王権の動揺と変質.
継体・欽明朝の成立（古墳時代後期前半）.
ヤマト国家から律令制へ（古墳時代後期後半）.
丁未の乱を制した蘇我馬子は、大王に泊瀬部皇子を据えたが（崇峻天皇）、次第に両者は対立し、ついに馬子は大王を殺害した。続いて姪の額田部皇女を即位させて推古天皇とし、厩戸王（聖徳太子）とともに強固な政治基盤を築きあげ、冠位十二階や十七条憲法の制定など官僚制を柱とする大王権力の強化・革新を積極的に進めた。
「日本」へ.