細川藤孝の子・忠興は戦国時代末期の当主輝経の養子となって奥州細川家を継承したといい、近世大名の肥後熊本藩細川家は奥州家の末裔とされることもある。また、近年になって藤孝が和泉上守護家とは関係ないとする説も出されているが（「和泉上守護家」「宇多源氏佐々木大原氏系」参照）、奥州家の養子である忠興の子孫は細川氏の系譜と確実につながっていると言える。
細川輝経は後に妻の弟である松井康之（忠興重臣）のもとに招かれたが、丹後田辺城の戦い（関ヶ原の戦いの一環）の際に康之が九州に派遣されていたため居城の久美浜城に不在の間に西軍の誘いに乗って城を乗っ取り、西軍敗北後に罪を問われて自害したという（『松井家記』）。
遠州家.
天竺氏.
三河国幡豆郡天竺（現在の愛知県西尾市天竹町周辺）を本領としてこれを名字としたとされる。細川義有の子孫が「細川」と「天竺」を併用した。
（年月日不明）天竺右近花氏（天竺孫十郎二位少将花氏）が京より下向し、土佐国大津城主となる。
大津城主天竺氏家臣：石谷氏・井上氏・公文氏・坂本氏・澤本氏・曾我氏・長崎氏・宮地氏・横山氏・依光氏
駿河守家.
細川俊氏の兄・義久を祖とする。駿州家とも。
宇多源氏佐々木大原氏系.
近世.
肥後細川家（豊前小倉藩、肥後熊本藩主家）.
そのため、藩財政は厳しく、江戸・大坂の大商人からの借金を何度も踏み倒して貧乏細川と言われたり、「鍋釜の金気を落とすに水はいらぬ。細川と書いた紙を貼ればよい」と揶揄されたりした。
高瀬細川家（肥後熊本新田藩主家）.
宇土細川家.
谷田部細川家.
竜王細川家.
六位蔵人家.
和泉国上守護・細川元常の子の細川元春が始祖。地下官人の家で藤森・小森両家と共に六位蔵人となる家柄。明治以降は京都府貫属士族。
明治以降.
最後の宇土藩主細川行真は、版籍奉還後に藩領を本藩の熊本藩に吸収された。
最後の肥後新田藩主細川利永は鳥羽・伏見の戦いの後に本藩の熊本藩の勧めで江戸を引き払い、藩地を高瀬岩崎原に定めたことで高瀬藩と改名したが、版籍奉還の際に本藩の熊本藩に藩領を吸収された。
系図.
凡例：太線は実子、破線は養子
細川氏（京兆家・典厩家・野州家・和泉下守護家・淡路守護家）
阿波守護家・和泉上守護家・備中守護家
遠州家
天竺氏
奥州家（熊本藩主家）
宇土藩主家
熊本新田藩（高瀬藩）主家
谷田部藩主家
詩篇