ヴァジラヤーナ以降 − 名声失墜.
土谷正実が出家した背景として、遠藤の生物兵器開発が失敗を重ねたことで化学兵器に目をつけた教団が、化学の素養を有する土谷に有用性を見出し、強引に土谷を出家させたということがある。これは「遠藤が無能なせいで教団の悪事に加担させられた」として土谷が遠藤に恨みを募らせる遠因となった（土谷正実#遠藤誠一との対立も参照）。
遠藤は、土谷のような純粋な探究心や知的好奇心に突き動かされる科学者というよりも、地位や名声を求めて仕事をする科学者だと見なされていた。前述の通り教団には、修行の進度に応じたステージから構成されるピラミッド型の階級制度が存在していたが、結局そのステージの昇降自体が麻原の一存とされていたので、信者達は麻原に取り入って歓心を買うことで出世を求め、遠藤もそうした背景事情の下で麻原の企てる違法行為に足を踏み入れていった。
事件への関与.
松本サリン事件、滝本弁護士サリン襲撃事件、 駐車場経営者VX襲撃事件、池田大作サリン襲撃未遂事件の実行犯、地下鉄サリン事件のサリン製造係として事件に関わった他、生物兵器培養、化学兵器製造、違法薬物製造などを行った。
生物兵器の培養.
麻原らが首都圏各地にこれらの菌を撒いたが、いずれも効果は無かった（亀戸異臭事件、オウム真理教の国家転覆計画も参照）。またオウム真理教被害者対策弁護団の中心人物滝本太郎弁護士の毒殺をねらって脱会交渉の場でボツリヌス菌を塗布したコップでジュースを飲ませたが、ボツリヌス菌が培養出来ていなかったためこれも健康被害はなかった。地下鉄サリン事件直前には霞ケ関駅でボツリヌストキシン散布を試みたが失敗した。
オウム出版『日出づる国、災い近し』に「北海道大学医学部卒の聖者ジーヴァカ正悟師」として登場、ハルマゲドン時に使われるであろう新しい生物兵器と、それらの対策や治療方法について意見を述べている（なお遠藤は北大卒ではないが、詐称したのか誤植かは不明。土谷は遠藤から北大出身だと聞かされ信じこんでいたという）。
非合法薬物・サリンの製造.