南谿自身は旅の目的を「医学修行のため」「医学のため」と位置付け、旅の「主意」は自身著すところの医書の誤謬を少なくするためのものであったと述べている。他方、当時は薬草を研究する本草学者による有用な薬物を求めて日本各地を探索する活動も見られ、それは医学とも深く関わる分野ではあったが、南谿自身は「余元来本草物産の学に疎ければ」と、本草学を不得手とすると述べているので、そこからその「主意」は医学の理論を構築したり薬物の研究を行うためのものではなく、もっぱら実際に即して患者に適切な施療を行うことを志向した臨床医としての立場のものであったと評価でき、ことに地方ごとの風土の違いによって在地の人間に表れる人体上の相異や日常生活の変化といった点に注意を向けていたようである。なお、南谿はそうした「主意」の成果は別の著作にまとめたので両遊記にはその他の「旅中見聞（けんもん）せる事を筆のついでにしる」すのみと述べ、事実、両遊記記事中の多くは各地で見聞した奇談の記録となっているが、医術に関する記述も見られるので本分である医家としてのそうした「主意」も反映された書となっている。また、その過程では「よき人を見ては我身の手本として見習ふ様に心得」、「道に勝（すぐ）れたる人には必（かならず）尋行て相見（あいまみえ）又其事跡をもくはしく（詳しく）尋（き）きけり」、「諸国に遊ぶに何に寄らず才芸勝れたる方には必ず尋ねて其論説を聞き医術の心得にせるに」等と述べ、逆に「あ（悪）しき人に逢ふてはみづからかくのごとき事やなきやと顧み慎む種とな」さん事を志したと述べる等、自身の倫理・教養の陶冶をも目的とする旅であったとも位置付けている。
ただし、「予はかゝる奇異の事のみ探らんためばかりに下れる事なれば」とも述べているので、奇異（奇事異物）の見聞そのものも目的の一であったには違いなく、また、南谿が旅を思い立ったそもそもが彼生来の煙霞の痼疾に起因するもので、先人百井塘雨の旅がそれを触発助長したものと思われる。
西遊.
東遊.