PTAが任意加入の団体であることは、報道等により近年周知されてきた。しかしながら、大多数のPTAにおいて、保護者・教員は子どもの入学・赴任と同時に書面等による意思確認なくPTA会員にさせられる問題がある。これを強制加入の問題、あるいは自動加入の問題と呼ぶ。組織学者の太田肇は「民主化の三原則」として、「自由参加の原則」「最小負担の原則」「選択の原則」を掲げている。
非会員の子どもの差別問題.
登校班差別.
PTAを退会した保護者の子どもが、登校班から排除されるという問題が起きている。登校班編成や運用は、本来学校の管轄であるが、PTAや地域の育成会・子ども会が担うケースがある。
卒業記念品等の差別（まんじゅうプロブレム）.
活動の強制、役員・委員の選出問題.
免除の儀式.
役員・委員選出に当たり、着任免除の理由として、「闘病中」「シングル家庭で家計を支えている」等のセンシティブな家庭事情をクラスの保護者たちの前で公言させ、場にいる保護者の採決を図る事例がある。会員に守秘義務が設定されない組織では、これにより家庭事情のうわさが回り、プライバシー権侵害の恐れがある。
名簿流用問題.
財政的な問題.
PTAが会費や事業収入等を学校へ寄付する問題がある。その背景要因として、戦後の貧しい予算、また現在はOECD諸外国より低い教育予算を補完するために、金銭的または人的支援が暗に求められてきた（前述『PTA読本』）。
PTA会費の法律規定外寄付問題.
PTA会費を学校運営に流用する背景には、教育予算に地方格差が反映されるという現状がある。地方自治体が学校に教育予算を執行し、実際にかかった費用の一定割合を、国が負担する仕組みである。なお、下記報告書によると、文部科学省としては「学校の管理経費（職員の人件費は除く）については、割り当てて
強制的に徴収するのではなく、PTA等学校関係団体等が真に任意に経費の支援を行うことは禁止されていない」の立場である。を参照すると、不適切な寄付事例が閲覧できる。
労力に対する成果の少なさ.
PTA離職.
PTA活動の負担が重過ぎて、職場を去る羽目になったケースがある。
アメリカのPTA.