有機農産物は「安全性」が高いと一般的に認識されている。その理由の一つとして、有機農業は農薬を用いないことがある。すなわち、有機農産物を摂取することにより、農薬の暴露を回避することができるという認識が一般消費者にある。農薬は健康に悪いイメージがあるため、農薬の残留量は消費者にとって食品の安全性の指標のひとつである。
味.
他の農法の農産物と比較した有機農産物の味を評価した研究は多い。一般的に食品の味は食味成分の分析や官能試験により科学的に評価される。
有機農産物と慣行農産物との味の違いは多くの研究で解析されているが、トマト、ホウレンソウ、米の場合、差があるとする研究とないとする研究の両方が存在する。
外観.
色は測定機器により容易に測定が可能であるため、有機農産物と慣行農産物の色を比較した研究は多くある。有機農法で栽培したホウレンソウと葉ネギの葉色は、慣行農法と比べて良かった。有機栽培されたトマトの色については、より良かったとする報告と差異はなかったという報告とがある。中国農試畑地利用部青野圃場で行われた栽培試験では、大根の葉色は、有機肥料の施用よりも化学肥料の施用でより濃かった。また、有機肥料でも化学肥料でも施肥量が大きいほど濃くなる傾向が見られた。
認証に関わる問題.
日本農林規格の改正によって、有機JAS規格を満たす農産物・加工食品で無ければ「有機」等と表示した（＝有機JASマークを付した）商品を販売することは出来なくなった。しかし、この規格は広告等に「有機栽培」「無農薬」といった表記をすることを制限するものではないため、生産者や業者がホームページやパンフレットで「有機栽培」として販売していても（それが虚偽表示で無い限り）問題とされない状況にある。そのため、認証を受けていない生産者や団体はそれぞれ独自の規格を設けるなどして安全性・妥当性を持たせる場合が見られるものの、有機JAS規格のように第三者機関が関与し公的に認めたものではないことに注意が必要である。実際、化成肥料を用いて栽培したため農林水産省から改善命令が出されたケースもある。