藩は、守護大名が荘園や公領を解体し、これらに所領を持ち一揆盟約で組織された惣村を権力基盤とする国人級の武士や、武士化した名主層（地侍）を被官化し、一円的領域支配を築いていったことに始まる。これは荘園の預所や公領の国衙機構といった中世的な公的秩序機構を基盤とする、室町時代以前の武士の所領支配とは異なった新しい支配の形態である。こうした社会変動を乗り越え成功した守護大名やその下で現地支配実務を担った守護代ら中間管理職的家臣らから成長した戦国大名は領域に自生した一揆的盟約共同体を直接掌握することで一円支配をさらに推し進める一方、家来である配下の武士を城下町に集めて強い統制下に置く傾向が始まる。織田信長は取り立てた武士の所領を勢力・進展とともに次々に動かし、豊臣秀吉は徳川家康ら服属した戦国大名を彼らの地盤である領国から鉢植え式に新領土に移封させたので、安土桃山時代に武士と百姓間の職業的・身分的な分離が進み、関ヶ原の戦いと江戸時代初期の大大名の盛んな加増・移封によって完成された。
藩士である武士を城下町に集めて軍人・官吏とし、彼らの支配のもとで城下町周辺の一円支配領域にある村に石高を登録された百姓から年貢を現物徴収して、藩と藩主の財源や藩士の給与として分配する形態が藩の典型であるが、徳川氏によって新規に取り立てられた小藩の中には支配する領地が飛び地状に拡散していて一円的な支配が難しいものもあった。また肥前鍋島家の統治に於いて藩主家一門や旧主龍造寺家一門から成る重臣層が直接統治する領地を構えた事にみられるように、西国雄藩にはしばしば戦国大名的な統治機構を温存させていた例が散見された。
明治時代.
現在の県は廃藩置県時の諸県を統廃合して生まれたもので、多くの地域では旧藩の境界と現在の県の境界は一致しない。
藩の呼び方（藩名）.
また、久保田藩は江戸時代の藩主の官位として「秋田侍従」があり、戊辰戦争の際も郡名由来の「秋田藩」を名乗り、「秋田藩印」とする藩印を明治政府に提出しているが、藩庁所在地を藩名とする原則が徹底されたことにより、「久保田藩」が正式な名称となった。藩としては歴史的に使われた名称である「秋田藩」と呼ばれることを願い、城下町の名称を久保田から秋田に変更した上で、藩名を久保田藩から秋田藩に改名している。
本藩と支藩.