寝室の領事専用金庫は破壊され、貴重品はすべて持ち去られた。さらに中国兵に後続して、南京の老若男女の住民、苦力らが押し寄せ、電球、電線、装飾器具、炊事道具、風呂桶、便器まで持ち去った。
荒木大尉は、反撃すると日本人避難民に危険が及ぶと考え、海軍陸戦隊員に無抵抗を命じていたため、館内の日本人は一方的に暴行や掠奪を受けた。
領事館外での暴行.
領事館への襲撃のほか、係留中の宿泊船（ハルク）の警備についていた後藤三等機関兵曹は狙撃により射殺された。
松崎病院院長の松崎熊士は、事件の最中に中国人が「（外国人が）虐殺されるのは当然だ。日本領事館で鼻に針金を差し込んで、一人残らず殺した」と話しているのを聞いた。
領事館を含む事件の惨状に立ち会った佐々木到一中佐は、その時の被害状況を以下のように記している。
アメリカ・イギリスの対応.
日本の対応.
幣原喜重郎外相.
外務省は事件当初から、森岡領事から受けた、共産党の計画による組織的な排外暴動であるとの報告により、南京事件が蔣介石の失脚をねらう過激分子によるものと判断していたが、列強が強行策をとれば蔣介石の敵を利するものだとして、幣原喜重郎外相は一貫して不干渉政策をとり、列強を説得した。
日本海軍.
しかし、日本海軍が南京市内を砲撃しなかったことに対して、日本側の思惑とは反対に中国民衆は日本の軍艦は弾丸がない、案山子、張子の虎として嘲笑した。海軍陸戦隊が中国兵によって武を汚されたことは第一遣外艦隊司令部において問責され、荒木大尉は拳銃自殺を図ったが、一命を取り留めた。
事件の反響を恐れた日本政府は「我が在留婦女にして凌辱を受けたるもの一名もなし」とうそを発表したため、南京の日本人居留民は憤慨し、中国の横暴を伝える大会を開こうとしたが、日本政府によって禁じられた。
英米が中国兵や暴民を威圧砲撃したのに反し、日本がこの時に全く何の威嚇も砲撃対処もしなかったことが、中国がその後日本を舐めてかかってくる原因にもなったと言われる。
蘇州でも日本人が監禁された。
中華民国の声明.
上海クーデター.
事件の原因.
また日本側の記録『南京漢口事件真相　揚子江流域邦人遭難実記』でも、「共産党の計画的暴挙」であったとされている。
事件の影響.
ソ連大使館捜索.