ニース条約の主要な目的は、将来の拡大に対応するための機構改革を実施することである。この目的は本来、アムステルダム条約に関する政府間会合 (IGC) の決定において実施される予定だったが、アムステルダム条約では不十分な点が多く含まれていたため、新たな対応が求められていた。
ニース欧州理事会で採択された本条約は多方面からの反対を受けた。ドイツは欧州連合理事会の表決手続きに関して、自国の人口をより考慮した票の配分を求めたが、これにはフランスが反対した。フランスはドイツとともに欧州連合に対する影響力を保持したいとの考えから、両国の票の配分は同等であるべきだと主張した。また多くの加盟国が従来の方式を大幅に単純化するべきとの考え方から、特定多数決方式に代わって、加盟国の投票とその人口による二重の多数決の導入が提案されたが、これもフランスが同様の理由で拒否した。これらを踏まえ二重の多数決について、加盟国の投票に加え、賛成を投じた加盟国の連合全体における人口の割合を考慮して、一定以上の市民の意見を代表しているかという観点で決するという妥協案に合意がまとまった。
このほか、ニース条約では欧州司法裁判所と第一審裁判所に、特許などの特定分野を係属する付属的な法廷を設置することについて定めている。
ところで、ニース条約において緊密な協力に関する新たな規定が導入されている。これはもともとアムステルダム条約において新設された規定であるが、実行不可能であると考えられているため、いまだにその規定が適用されたことはない。
またオーストリアの連立政権にイェルク・ハイダー率いるオーストリア自由党が加わったことに対する制裁措置の効果が出ず、拡大のさいにおける新規加盟国の安定性に関する、将来起こりうる危険を受けて、ニース条約では加盟国に対する制裁措置の適用に関する規定を初めて取り入れた。
さらにニース条約ではパリ条約の失効による欧州石炭鉄鋼共同体の消滅による財政面の影響に関する規定を盛り込んでいる。