さらに病原体の自然耐性の有無や、多剤耐性の獲得などによって代替できる薬剤が存在しない場合、化学療法による治療が不可能になるため、治療効果が大きく劣る別の治療法を検討するか、患者の免疫機構によって自然回復するのを待つしかできない。したがって、重症化や場合によっては死亡につながる危険性が高くなる。このことから薬剤耐性は、医学上大きな課題になっている。
また、薬剤耐性病原体による疾患の特徴として、しばしば日和見感染や院内感染との関連が挙げられる。これらの薬剤耐性病原体の多くは、それ自体のビルレンス（毒性）が強くないものが多く、健常者に感染しても疾患の原因になることは無い。しかしながら、加齢や、他の疾患（AIDSなど）、ストレスや疲労によって、免疫機能が低下した状態にあるヒト（易感染宿主）では、弱毒性の病原体によっても感染症（日和見感染症）を発症してしまう。
この場合、宿主の免疫機構が低下していることに加えて、病原体が薬剤耐性を獲得していると治療が極めて困難になり、通常の健常者では考えられないような弱毒性病原体による感染が、生命を脅かしかねない。病院などの医療機関では、易感染宿主となる病人が多いのに加えて、さまざまな種類の化学療法薬が普段から使用される機会が多いため、病原体が薬剤耐性を獲得する機会が多く、これらの病原体による院内感染が発生しやすい状況にある。
耐性菌の分布.
これらの自然環境中から発見される耐性菌は人と家畜の糞便由来のほか、環境中（主に下水）に排出された医薬品の自然界での分解過程での構造変換による影響が指摘されている。
畜産物.
耐性獲得に対する対策.
新しい薬剤耐性を獲得した病原体の蔓延を防ぐためには、
計画的化学療法の実施.
しかし、これを実施する上では二つの大きな障害がある。一つは疾患の初期段階の場合、もう一つは慢性疾患の場合である。
また、HIV感染症や結核、あるいはがんなどの慢性疾患の場合、病原体が宿主に潜伏感染しているなどの要因によって、有効な薬剤であっても短期間の投与では十分に排除が行えず、長期にわたる投与が必要になる。
このような場合には、病原体や常在微生物などが耐性を獲得する機会が多いため、
ことが重要である。