幕府による地頭に対する土地支配権の安堵によって、現地支配の場で見受けられた荘園の国司に対する不安定な法的地位が安定したことにより、地頭は、これまでの重層的な土地支配関係を解消し、一元的な土地支配を指向するようになっていった。このような一元的支配を一円知行といい、一円内の年貢を地頭が荘園領主や国司に対して請け負う地頭請が行われ始めた。この場合の地頭の権利は地頭職と呼ばれた。一方で西国では百姓が地縁的な結合を強め、村落を形成し、地頭とは別個に荘園経営を請け負う百姓請も見られるようになった。また、地頭と荘園領主との間で作合を巡る争いの解決方策として下地中分が行われ始めた。
鎌倉時代中期以降、元寇に際し神風が吹いたのは神仏の加護によるものであるとの考えから徳政令の一環として寺社の所領を確保する神領興行令が相次いで出された。これにより、一円知行は地頭側からだけでなく荘官や領家が本所や地頭による干渉を排除する方向でも進んだ。これらの動きにより、領家職を持つ地頭や地頭職を持つ領家が現れるなど、従来の身分格差に応じた体系が崩れだし、荘園・公領における領家職・地頭職のあり方が大きく変わることとなった。更に建武の新政では諸国の本家・領家職が廃され、官社解放令が出されるなど一円化は急速に進んだ。
このような状況のもと室町時代になると、公家領、武家領という概念が定着し諸法令上も一円知行を前提とした規定が見られるようになった。一方で守護の権力が強大化し、守護領国制の成立を目指して、在庁官人を含む鎌倉期の地頭、国人を被官化し、国衙や彼らの所持していた領地を掌握し始めた。この時期には守護が自国の領内における荘園、公領の年貢を本家、領家や知行国主に対して請け負う守護請が広まったが、このような守護の権利も守護職と呼ばれた。
この頃になると、直接の耕作者である作人の耕作権が作職として確立し、惣村の形成が見られ始めた。また、作職を持つ者が下作人と呼ばれる小作人に耕作される事例も見られ、作職も細分化されるようになる。更に職そのものが、本来の身分的な性格から単なる得分権となり、在地領主的な職を本家や領家が直接保持する場合や、その逆の場合が見られてきた。更に公武の利害関係を包括的に調整できる室町幕府の体制により、下地中分などによる荘園の再編成がすすみ、寺社本所による一円領や武家一円領が定着した。
衰退期.