全国各地の河川で建設される補助多目的ダムは一級水系の本支川の他、特定多目的ダム法ではカバーできない二級水系でも建設された。二級水系では流域の河川依存度が高い反面水害や水不足が頻発するため、「中小河川改修事業」として多目的ダムを建設することも活発に行われた。補助多目的ダムの場合は大抵の場合複数の事業者によって共同でダムを管理しており、この場合は特定多目的ダムと同様に河川法上の「兼用工作物」に認定される。これは同じ県管理でも治水事業は土木部局、電気事業は企業局の管理というように自治体内の別部署による共同管理である場合も該当する。なお、建設省の特定多目的ダムであったものが管理を各自治体に移行したダムがある。目屋ダム（岩木川）・大倉ダム（大倉川）・皆瀬ダム（皆瀬川）・大野ダム（由良川）・市房ダム（球磨川）がこれに当たるが、ダム自体は特定多目的ダム法に基づいて建設されたものであるため、補助多目的ダムの範疇には入らない。
水資源機構法に基づく多目的ダム.
沿革.
兼用工作物.
多目的ダムの内、河川管理者（国土交通省または都道府県知事）と利水事業者（電力会社など）がダム施設を共同で建設・管理を行う多目的ダムのことである。
沿革.
そして特定多目的ダム法が施行される以前に建設された国土交通省直轄ダムについては、旧河川法の下で利水事業者と共同で施工したため、同じく「兼用工作物」ダムとしての扱いを受ける。桂沢ダム（幾春別川）・石淵ダム（胆沢川）・田瀬ダム（猿ヶ石川）・鳴子ダム（江合川）・五十里ダム（男鹿川）・藤原ダム（利根川）・相俣ダム（赤谷川）・柳瀬ダム（銅山川）は特定多目的ダムではなく、このカテゴリーに入る。また芦別ダム（芦別川）・品木ダム（湯川）・猿谷ダム（熊野川）といった洪水調節目的がない国土交通省直轄ダムも、この扱いを受ける。
国土交通省専管事業外の多目的ダム.
多目的ダムの内、河川管理者である国土交通省が全く国庫補助を行っていないか、建設から管理に携わっていない多目的ダムのことである。目的の中に洪水調節がないのが最大の特徴である。