イベントによっては途中「GPS使用禁止ステージ」や「マラソンステージ」（ビバーク中にメカニックによるメンテナンスを受けることが禁止されるステージ）などといった特別ルールが課されることもあり、その場合はさらに難易度が増す。近年のダカール・ラリーは前日ではなく、出走直前にその日のコマ図が渡されるというルール変更でナビゲーションの難易度が上がっており、序盤早々にナビゲーションミスで大勢が決着するようなケースもしばし見られる。
一日のSSで最もタイムの速かった者は「ステージ優勝者」となるが、ステージ優勝者は次のSSで最初に走らされて前方車の轍の無い道を走らされることが多く、結果としてタイムを失うばかりか致命的なナビゲーションミスの原因にも繋がる。ゆえにイベント全体での勝利を狙うのなら、あえてステージ優勝を狙わないのも戦略の一つである。なお世界ラリーレイド選手権は四輪部門はステージの結果も年間ランキングのポイントに加算されるため、総合順位が上の者もプッシュすることを強いられる仕組みになっているが、二輪部門はラリーレイド本来の精神を重視して反映しない、として対応が分かれている。
理不尽な例としては、運営のミスで誤ったロードブックが競技者に渡されてしまったことや、機器の不具合でWPを通過したにも関わらず不通過とみなされ、数時間単位のペナルティが与えられてしまったこともある。
環境.
ラリーレイドの舞台となるのは北アフリカ、中東、中央アジア、南米などに残された、地平線が見えるほど広大な大自然の中である。こうした土地ではルートが道として整備されておらず、コマ図通りに走っているつもりでも正しい進路を見失う危険性が大きい。主催者が事前にコマ図を作成した時点とは、天候次第で目印が変わっている場合すらある。場合によっては、半ばアドリブで走行ルートを選択する必要もある。路面状況や前後の車両の動向などを把握した上で瞬時の判断を求められるケースが多く、ドライバーはもちろんナビゲーターにも多くの経験が重要視される。