フリーシナリオを実現するため、敵の強さを場所ではなくゲーム内時間（実際には戦闘回数）で調節している。これにより、序盤はどこに行っても弱い敵が現れるが、終盤はどこでも強い敵が現れるようになり、攻略順を固定する必要が無くなった。また、イベントの発生や終了も戦闘回数で設定されており、時間を掛けすぎると手遅れになるイベントもある。時間と共に事態が進行して行く概念は、当時の RPG では珍しかった。
戦闘システム.
陣形.
UIがそれまでの作品から一新されており、カテゴリごとに別管理されている行動手段を十字ボタンの左右で切り替える。
フィールド上で後方から敵シンボルに接触されると並び方が前後逆になり、横から接触された場合もその向きに応じた隊列となり本来の戦略が取れない状態になる。これは敵側にも同様に当てはまり、敵シンボルに対して側面や背後から接触することで中列や後列にいるはずのモンスターを前列に引っ張り出すことが出来る。
武器.
防具.
術.
パラメータ.
自由度の高い陣形の組み方・効果が豊富な技や術などを加味すれば、非常に幅広い戦術を展開することができる。しかし、各技術の効果の不明瞭さ・長期戦を強いられる戦闘の少なさなどの要素から、続編と比較して戦術性に乏しいとされることもある。
ステータス異常.
パーティーメンバーが気絶すると戦闘終了まで回復しない。アイテムによる回復も不可能。石化の場合はバトル後も継続する。
その他.
バグ.
このゲームはバグが極めて多いのも特徴である。以下は主なものである。
またバグではないものの、効果の判然としないパラメータやゲームバランスの不調など仕様面に理不尽な部分が多々ある点は否めず、詳細が判明したのはインターネットによる情報交換やエミュレータが発達した近年になってからである。
設定.
ストーリー.
登場人物.
マルディアスは神の創り上げた土地であり沢山の神々が住んでいる。それぞれの神に多くの信仰者がいる。
移植版.
スクウェアはワンダースワンカラー版を完全版と位置づけており、容量の都合でスーパーファミコンに搭載できなかった要素が追加されている 。
一部キャラクターや敵モンスターの名前が変更され、新しくシナリオが追加されたほか、ブラックダイアを除く全てのディスティニーストーンが入手できるようになった 。