最後の洞窟を踏破し、ミザリーを倒し、ドクターの元に辿り着いたクォートは、赤い結晶により強化されたドクターを撃破する。その後、コアを破壊するために、コアの保管されている最上部へと向かうが、ミザリーにスーを人質に取られ、阻止されてしまう。しかし、そこに思念として残っていたドクターが現れ、ミザリー、スーを狂暴化させ、ドクター自身もコアに乗り移りアンデッドコアとなり、襲いかかってくる。クォートはこれを撃破するが、コアと一体化したドクターを撃破したことにより、島の崩壊が始まってしまう。クォートは、崩壊から逃げるため、咄嗟に逃げ込んだプレハブに閉じ込められてしまう。そして、彼は脱出口を探すため、プレハブの地下に向かうことになる。
プレハブの地下は、悪魔の王冠を作ったボロスが封印されている聖域だった。クォートは同じく聖域内にいたカーリーと協力して、聖域の最深部「封印の間」まで進むことになる。彼らは封印の間にてボロスをなんとか撃破し、島の落下を止めるが、聖域の崩壊が始まってしまう。そこに、バルログが現れ、間一髪で二人を助け出すことに成功する。
以下、各エンディングの条件と内容を記載する。
ドクターたちから隠れ、山の中でひっそりとカズマと2人で暮らすルート。カズマとクォートの生存のみ示唆されるが、他の人物がどうなったかについては全く描写されない。
カズマと共に逃げず、真のエンディングの条件を一つでも満たさない場合に分岐。
アンデッドコアを倒した後、プレハブに入らずに(このルートだと入ることができない)スーと共に崩壊する島から飛び降り、カズマにキャッチされるルート。百鈴、伊藤、スー、カズマ、クォートの生存は示唆されるが、カーリー、島の住民全員の死亡も示唆される。
カズマと共に逃げず、以下の条件をすべて達成することにより分岐。
登場人物.
主人公とカーリー.
ミミガー.
洞窟内に住み、花を主食とする種族。垂れ耳で白い毛並みに覆われた、ウサギか犬に似た外見をしている。赤い花を摂取すると凶暴化して最終的には死んでしまうとされている。
調査チーム.
地上から、「島」を調査に訪れた人間の一団。
世界観.
本作の舞台は、通称『島』である。正式な名称は、作中で明らかにされない。
この島は、地上のはるか上空に浮かんでおり、それは島に潜む「コア」の能力によるものである。
物語の時系列.