特に入会窓口である各地区（市・群・大学）医師会のおいて、医学部/医科大学に設置され大学所属勤務医師で構成されている「～大学医師会」は入会金は数万程度で入会手続きも一般公開されている場合がほとんどであるが、「～市医師会」「～区医師会」等の「～市・群医師会」の入会費用は「入会金」の他に「入会協力金」等を称する付則費用もあり総額にして数百万円になる場合もあり、また入会費用も一般公開されておらず入会希望時において希望医師に個別案内としている場合がほとんどとなっている。また各「～市・群医師会」入会は申請だけで認められず各「～市・群医師会」医師会の承認が必要とされていることがほとんどである。また入会後の年会費は「日本医師会」、各「都道府県医師会」、各「地区医師会（市・群・大学）」それぞれ全てに納付することとなり、年会費総額は数十万円となる場合がほとんどである。特に新規開業をしようとする医師が、地域の「～市・群医師会」医師会への入会を希望した場合に、地区医師会が入会を認めないことや高額な入会金の要求等での入会条件を困難にすることで新規開業を不当に制限したりすることは私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律（独占禁止法）における違反事項と公正取引委員会にて勧告されている。
特に各学校や国及び地方自治体からの予防接種・健康診断・がん検診事業は、基本的に営利事業ではないとされていることより、医療機関個々の公募入札で依頼選定されるのではなく、各都道府県医師会や各地区医師会への依頼委託となっている場合がほとんどであり、医師会会員の医師でほぼ独占委託となっており、特に開業医が医師会に入会して会員になる大きなメリットとされている。ただ過去にはインフルエンザ予防接種料の価格カルテルで公正取引委員会から排除措置命令が出された地区医師会もある。近年の新型コロナウイルスワクチンの予防接種では国及び地方自治体から医師会へ集合委託契約がなされ医師会会員でのほぼ事業独占とされている。
勤務形態で以下のように階級分類されている。またさらに日本医師会の「日本医師賠償責任保険」加入の有無にて区分されている。
組織.
都道府県医師会・地区医師会.
各都道府県医師会と、それを構成する各地区医師会と、各大学医師会は、いずれも独立した公益法人であるが、日本医師会の下部組織である。
役員.
以下で構成されている。