なお西日本旅客鉄道（JR西日本）・JR九州の路線構成上、博多駅にて東海道・山陽新幹線との乗り継ぎとなるほか、博多駅を直通する山陽・九州新幹線と新鳥栖駅での乗り換えも可能であるが、いずれもダイヤパターン上の接続考慮などは未定である。
整備効果.
利用状況.
特急料金・運賃.
また、西九州新幹線では以下の特定特急料金区間が設定されている。
並行在来線の扱い.
西九州新幹線においては、長崎本線が並行在来線として扱われる（新幹線の経路自体は大村線の一部区間とも並行するが、同線は並行在来線の扱いはされていない）が、並行在来線区間は単純に経営分離されるのではなく、上下分離方式により佐賀県・長崎県（直接的には両県の出資する「一般社団法人佐賀・長崎鉄道管理センター」）が第三種鉄道事業者として鉄道施設を保有し、JR九州が第二種鉄道事業者として引き続き運行を担うことになっている。検討の経緯は後述。
運行概要.
佐世保線.
大村線.
快速列車「シーサイドライナー」が、大村線の新大村駅にも停車する。同線には、ダイヤ改正と同時に新大村駅、大村車両基地駅が新設された。
当初の計画.
佐賀・長崎両県が当初示していた並行在来線の運行計画としては、以下の通りのものであった。
上下分離方式の導入.
一方、長崎県内の旧小長井町（諫早市に合併済）などではJR九州の運営となることで普通列車の運行本数増加と新駅設置という長崎県が将来の第三セクター鉄道転換の際に表明していた約束が実行されないのでは、という懸念を示す動きが出ている。
電化設備の取り扱い.
東岳
東岳は各地の山岳の通称。
東岳（とうがく）
東岳（ひがしだけ）
東岳（あずまだけ）
平ヶ岳
平ヶ岳（ひらがたけ）は、山の名前。
上川岳
熊ヶ岳
熊ヶ岳（くまがたけ、くまがだけ）
中岳
中岳
（なかだけ）
（ちゅうがく）
谷本馬太郎
略歴.
谷本は佐世保鎮守府司令長官在任中に病を得て現役のまま病没した。
概要.
三菱銀行（現・三菱UFJ銀行）のコンピュータ受託計算部門を母体に分離独立したユーザー系システムインテグレーターである。
また、日本初のSWIFTサービスビューロ（国際銀行間通信協会接続サービス）を設立するなど、地方銀行を始めとする金融機関向けサービスを強みとしている。