また、内村の直接の弟子たちのなかには大学に在学中の学生が多かったこともあり、その門下から多くの学者・著名人があらわれ、聖書学・キリスト教思想史関係の学者も多く輩出した。無教会は牧師養成学校を持たないこともあって、これら無教会系の学者は、国公立もしくは他のキリスト教系私立大学など、宗教・宗派の枠を超えたところで教鞭をとる傾向が強く、比較的早い時期から批判的に高いレベルの研究が行われるようになった。そのためもあって、無教会では知識に重きを置く一方で、霊的な側面を軽く見る傾向がある、と見られることがよくある。実際の無教会には、上記のような学者人脈（戦後の東大総長を務めた南原繁、矢内原忠雄など）と並んで、在野での伝道を行っていった人々（斎藤宗次郎、政池仁など）がおり、いわば二つの系統があるのだが、新保祐司の指摘にもみられるように、「戦後、内村の弟子が東大総長になった、というような、非常に安易な内村鑑三の再評価」が行われた結果、「エキセントリックにしか見えない宗教性は排除されてしまい、内村鑑三の全集も、知識化された宗教として出されるようになってしまった」という事情がある。
無教会主義の思想家による書籍を中心に刊行する出版社としてキリスト教図書出版社（飯能市）がある。
無教会主義の集会.
無教会主義は、キリスト教徒の集会を否定するものではない。実際に、無教会主義のキリスト教徒は通常、各地で集会を形成し、毎週もしくは定期的に聖書研究会または礼拝を執り行う。集会は、基本的に牧師制度は取らず、教会堂は持たないが、独立伝道者と呼ばれる常任の指導者（先生）がいる場合もある。集会の場所は、ビルや公民館などの会議室を借りたり、または私宅などで礼拝を保つことが多いが、専用の集会所を持っている集会も存在する。なお、内村が生前聖書講義の拠点としていた東京の今井館聖書講堂が現在NPO法人として存続し、講堂と資料館を運営しており、さまざまな集会の開催、および、無教会関係の資料・書籍の蒐集と一般者への閲覧を行っている。