宗教として.
教会は、「サイエントロジーは現存する世界の主要な宗教と比べても全く遜色なく、そのような宗教の教義と何ら衝突する類いのものではない」としている。しかしながら、サイエントロジーには世界の主要な宗教、特にいわゆる唯一神信仰である宗教との信条、教義における著しい相違が見られるため、世界の主要な宗教とは相容れないものであるとされる。それと関連して、サイエントロジー教会において、他の伝統的な宗教はカモフラージュのためにそれを信じているように見せかける以外は許容されず、信者達がサイエントロジー以外の宗教の行事、式典等に参加することは禁止されている。
教会側は、世論に向けてサイエントロジーが正規の宗教であると認識させるために大々的なキャンペーンを行っている。事実、サイエントロジーは少なくとも宗教として必要である「何か超自然的であり究極的なものに対する信条」、「信条を裏付ける教義」、また「信条と教義によって結ばれているコミュニティー」の三要素を保持しているため、スペイン、台湾、タンザニア、ジンバブエ、南アフリカ共和国、オーストラリア、スウェーデン、ニュージーランドでは宗教法人として認可されており、これらの国々では宗教法人として免税などの法的保護を享受している。しかし、大半のヨーロッパ諸国はサイエントロジーを潜在的に危険なカルト教団と見なしているか、あるいは少なくとも宗教法人格を得るための条件を満たさない宗教団体と見なしている。
営利団体として.
反精神医学.
サイエントロジー教会は、反精神医学運動に参加している団体の一つとして名を馳せており、心理学の体系と実践に公然と反対している数少ない団体のうちの一つである。それに加え、第一次世界大戦の勃発、ヒトラーやスターリンの台頭、アメリカにおける教育水準の低下、ボスニア紛争とコソボ紛争の勃発、アメリカ同時多発テロ事件の発生は全て精神科医に責任があるとしている。これらの問題に関する教会側の意見は主に教会が出版している「シチズン・コミッション・オン・ヒューマン・ライツ」や「フリーダムマガジン」に記載されている。
インターネットでの批判に対する活動.