セキュリティの観点ではFPGAにはASICや通常のマイクロプロセッサと比べて長所と短所がある。装置の製造（組み立て）段階で悪意ある細工をしようとしても、FPGAではそれが具体的にどう動作するのかハードウェアを見ただけではわからず、そのようなリスクが低くなる。一方で、コンフィギュレーションをロードする際に傍受される危険性があるため、ビットストリームの暗号化をサポートするFPGAもある。
用途.
FPGAの用途としては、デジタル信号処理、ソフトウェア無線、アビオニクス、ASICのプロトタイピング、医用画像処理、コンピュータビジョン、音声認識、暗号、バイオインフォマティクス、コンピュータハードウェアのエミュレータ、電波天文学、金属探知機など多岐にわたる。
FPGAは特に高い並列性が期待できる分野やアルゴリズムの実装で威力を発揮する。例えば暗号解読がその典型例で、総当り攻撃の実装にはFPGAが適している。
FPGAは高性能計算用途にも採用されつつあり、高速フーリエ変換や畳み込みといった演算をマイクロプロセッサとソフトウェアの代わりにFPGAで実装するといった使い方がなされている。
FPGAの論理リソースは本質的に並列動作可能であるため、クロック周波数が低くても計算時間を大幅に短縮できる可能性がある。またFPGAの柔軟性を利用すれば、演算精度と同時に動作する演算ユニット数のトレードオフにより、さらに高い演算性能を達成できる。ここから時間のかかる計算をソフトウェアからFPGAに肩代わりさせるという考え方が生まれ、再構成可能コンピューティングと呼ばれるようになった。
ソフトウェアに比べてFPGAの構成の設計は複雑で時間がかかることから、高性能計算におけるFPGAの採用は限定的なものとなっている。
従来からFPGAは生産量の少ない特定分野向け用途で使われてきた。生産量が少ない場合、ASICよりもFPGAの方がコストが低くなる。近年はこの境目が変化しつつあり、FPGAの方がコストと性能の面でASICよりも優れているという範囲が広がってきている。
並列計算でない用途としては、異なる信号規格どうしの回路信号の変換器としての用途もある。
アーキテクチャ.