その後、執行家は複数の家系に分かれたが、室町時代初期に「宝寿院」の院号を称する家系に統一された。宝寿院体制はその後中世および近世を通じて存続し、明治を迎えた。宝寿院は近世には執行代である宝光院、神福院の庶流を生み、これを祇園の三院といった。
執行家に伝来した文書群は足利尊氏をはじめとする室町幕府の将軍や天皇の手による文書を多く含み「八坂神社文書」として重要文化財指定されている。執行家は皇室、公家、将軍家、そして町衆等の檀家からの寄進や宿坊を営むことによる収益等も有していたが、祇園会（祇園祭）の事実上の主催者としての利権を有していた。
概要.
創祀から平安まで（八坂造家）.
祇園社の創祀については必ずしも明確ではないが、斉明天皇の時代に外交使節として来朝した高句麗人が現在の東山八坂郷一帯の土地を与えられ八坂造家となり、その地に朝鮮半島由来の祖先神を祀ったことに淵源を有するとされ、それが後に当地に建立された仏教寺院と習合し、漸次の発展と変容を遂げながら、最終的には、牛頭天王・スサノオ・武答天神・薬師如来等を同一の存在として祀る神仏習合の寺社となったものと考えられている。
この高句麗人は日本書紀に記載のある伊利之とされ、この子孫が八坂造として八坂郷および祖先神の祭祀を継承してきたところ、これを紀百継が婿養子として継承し、八坂造家と紀氏が統合され紀姓を名乗るようになって以来、この地は紀氏の祭祀の地になったとされ、これが八坂神社の公式見解である。
すなわち、祇園執行家は渡来系の八坂造家と古代貴族の皇別紀氏の二つの家系が一つとなって成立したものとされているが、学説からはこの時代の祇園社と八坂造家との関係には史料がすくなく不明な点が多いことから批判もあり、貞観年間に成立したとされる祇園社について、紀氏がどのように祭祀に関与していたかについて学説上の定説はない。
平安から室町初期まで.
南北朝の騒乱と宝寿院家の成立.
その後、行円から枝分かれした紀姓の数家が執行職を持ち回りをした。その中で大きな勢力を持ったのが、行円の子孫に、安部晴明の子孫が入家したものといわれる「晴」字を通字とする家系と、同じく行円の孫・顕玄を祖とする「顕」字を通字とする家系であり、鎌倉時代にはこの二つの家系が持ち回りにより長吏・執行職に就いていた。