信越本線・ほくほく線（および同線経由で上越線）から妙高はねうまラインを経由して、上越妙高駅で北陸新幹線に乗継ぐ場合は、前後及び中間のJR線の営業キロを通算した運賃・料金に、妙高はねうまラインの運賃・料金を合計して計算され、北陸新幹線と特急「しらゆき」を乗り継ぐ場合は「しらゆき」のJR線内の特急料金が半額となる乗継割引が適用される。但し、妙高はねうまラインの特急料金は割引対象外となる。
駅構造.
JR東日本とえちごトキめき鉄道（以下、トキてつ）の共同使用駅であるが、経営分離後は施設管理を始めとした業務をトキてつが直営駅として行っている。
このため、JR直江津駅（信越本線）としての運営もトキてつがJR側から委託されている。
改札口には経営分離前から自動改札機が設置されており、JR側の信越本線エリア内においてSuica等の交通系ICカードが利用可能である。
エリア内ではあるが、一部対応駅に留まるため、Suica定期券発売及びカード発行、払戻し、再発行は一切取扱っていない。
駅構内図によれば、バリアフリー対策として連絡通路と各ホームを連絡するエレベーター、改札外の自由通路と地上階の連絡用にエスカレーター・エレベーターがそれぞれ設置されているほか、男女トイレのほかに多機能トイレが併設されているが、ホームページの駅情報ではいずれのバリアフリー設備も未設置としている。
JR管理駅時代.
駅構内.
駅出入口・自由通路.
自由通路（直江津駅自由通路）は上越市が管理しており、通路は「市道直江津駅線」に指定されている。駅舎および自由通路は客船「飛鳥」をモデルとしてデザインされたもので「あすか通り」という愛称が付けられており、通路内には駅舎・通路と「飛鳥」のデザインを対比できるパネルが設置されている。
終日通行可能で、歩行者のほか自転車も通行できるが、自転車は安全のため、押して徒歩で通行する必要がある。
北口.
ロータリーの車道西側はバスターミナルやタクシープールとなっており、駐車場が設けられている。
南口.
駅弁.
当駅の駅弁は、ホテルハイマートが調製・販売を行っている。直江津駅構内（コロナ禍のため、ホテル前ドライブスルー駅弁販売所にて）で販売している（予約の場合はホテルフロントでも販売）。主な駅弁は下記の通り。他にも、季節限定品や要予約品が存在する。
利用状況.
駅周辺.