土佐藩士・乾退助（板垣退助）は、神武肇国の基に戻す王政復古（皇権回復論）を唱え、大政奉還が空文化し幕府体勢が維持されることを懸念して、後藤象二郎らの献策による公議政体論に真っ向から反対した。（皇権回復論は後に自由民権運動に帰結する）
しかし、土佐藩の最高指導者である山内容堂は「退助また暴論を吐くか」と笑って取り合わず、徳川恩顧の上士の中で大政奉還論が主流を占めると、過激な武力討幕論は遠ざけられ、反対意見を貫いたことで乾は全役職を剥奪され失脚した。
旗本・御家人を中心とする幕臣や佐幕派諸藩を挑発するため、薩摩藩士・西郷隆盛らは江戸において、はじめ乾が土佐藩邸に匿い、のち薩土討幕の密約に基づき薩摩藩邸に移管していた中村勇吉、相楽総三ら勤王派浪士達を用い、出流山をはじめとする関東各地での挙兵や江戸の撹乱作戦を開始した。毎夜のように、鉄砲までもった無頼の徒が徒党を組んで江戸の商家に押し入った。日本橋の公儀御用達播磨屋、蔵前の札差伊勢屋、本郷の高崎屋といった大店が次々と襲われ、家人や近隣の住民が惨殺されたりした。そして、必ず三田の薩摩藩邸に逃げ込んだ。
幕府は庄内藩に江戸市中取締を命じたが、時の政治状況をわきまえ、浪士を刺激しないようにした。そのため、活動は益々激化し、江戸だけでなく、野州、相模、甲州といった周辺地域まで拡大していった。
一連の事件は大坂の旧幕府勢力を激高させ、勢いづく会津藩、桑名藩らの諸藩兵を慶喜は制止することができなかった。
慶喜は朝廷に薩摩藩の罪状を訴える上表（討薩表）を提出、奸臣たる薩摩藩の掃討を掲げて、配下の幕府歩兵隊・会津藩・桑名藩を主力とした軍勢（総督・大多喜藩主松平正質）を京都へ向け行軍させた。
戦闘の勃発.
鳥羽・伏見の戦いの影響.
西国および東海北陸の状況.
西日本では、新政府軍と佐幕派諸藩との間では福山藩（藩主急逝により態度表明が遅れた）を除きほとんど戦闘が起きず、諸藩は次々と新政府に降伏、協力を申し出た。東海地方および北陸地方では尾張藩が勤皇誘引使を諸藩代官へおくり勤皇証書を出させ日和見的立場から中立化に成功した。これらの西国の藩に対し、銃兵と砲兵以外の騎士や弓槍兵、従者を禁止し、新政府の中央司令による軍事編成介入により一挙の近代軍化を強制して諸藩は従わざるを得なかった。
東海.
東山道（中山道）.
北陸道.