西国三十三所霊場詣や四国八十八箇所霊場詣、他にも社寺何ヶ所か合わせての七福神めぐりに代表される霊場巡り等の場合には、専用の朱印帳や用紙、色紙、掛軸などが用意されていることもある。四国八十八箇所詣などの霊場巡りでは、巡礼中に着ている白衣（びゃくえ）に御朱印をもらう場合もある。また、霊場には再度参拝した時に、以前いただいた朱印に対して少しずらして再度印を押す重ね印を行う場合もある。
朱印はひとつとは限らず複数扱う社寺もある、神社によっては摂末社や兼務神社の朱印、寺院によってはご詠歌や仏堂、仏像ごとにもらえることもある。また、年中行事や秘仏の御開帳、特別公開期間などに合わせて特別な朱印にすることもあり、複数の霊場を兼ねる社寺では霊場ごとに別の朱印が用意されていることもある。
近年は金泥・銀泥を使ったり、カラフルな和紙を使ったり切り絵にしているなど、従来とは異なる朱印も増えている。
宗教・宗派と朱印.
各社寺.
神仏分離の影響で、御朱印帳に神社と寺院の朱印が混在している場合、押印を断る社寺も存在する。
法華宗、日蓮宗の不受不施義の考えが色濃い寺院では一般的に御首題が押印される。御首題帳へ他宗派や神社の朱印が混在している場合は断られる場合が多い。他宗派の朱印が書かれた朱印帳にはお題目の「南無妙法蓮華経」を略されて、「妙法」などとしか書かなかったり、拒否する寺院もある。もちろん、神仏などの御朱印を行っているところもある。
教派神道の神社でも御朱印を行っていることは多い。現代では教派神道ではないとされる新宗教でも行われていた場合もある。
日本以外では、寺院においては記念スタンプがある国もあるが、朱印は存在しない。観光会社の企画として韓国の寺院で朱印が行われたことはある。そもそも海外に神社は少ないが、神社においては朱印が行われている場合もある。
浄土真宗・真宗と朱印.
浄土真宗には親鸞の旧跡などを参拝する「巡拝帳」と呼ばれるものがあり、納経印とは違い朱印に功徳はなく、「参拝記念」の証という意味付けになっている。
一方、興正派、佛光寺派、高田派、東本願寺派、単立寺院をはじめ、他派の寺院では朱印を継続している場合もある。
その他の施設.
寺社以外の宗教施設では、孔子廟や慰霊施設でも御朱印が存在する場合がある。
トピック.
御朱印ブーム.