また、特に江戸時代は蔵入米を運ぶため堀を利用した水運が盛んだった。生活面でも、水は炊事や風呂などの生活用水にも利用し、コイやフナ、ウナギやドジョウなどの川魚、エビやタニシ、ヒシやクワイなどの水生植物が採れ食用にしたり、堀岸のヨシを葦葺き屋根材にしたりしていた。
クリーク網での取水・排水や水位の管理は、堰や樋門・樋管により行われる。例えば南筑平野の柳川藩・久留米藩域では、藩政期の旧村ごとに（あるいはいくつかの村を単位として）取水・排水を行う堰や樋門・樋管を設け、複数の水源から取水し、連結された村内のクリークで水を共有する「水囲い」が特徴で、上流から下流へ順番に満水にし、余水を下流に流すという水利慣行があった。
春夏の灌漑期は排水樋門等を閉めて水位を高く保ち貯水、秋冬の非灌漑期は開放して常時排水し水位を下げた。これにより、低湿地でありながら秋冬は乾田化し麦など裏作が栽培できた。また、灌漑期は高水位ながらも満水よりやや下の水位に留め、洪水時の一時的な貯水池の役割を持たせていた。
また、堀（クリーク）の水は雨水とより上流の堀の余水に依存する仕組みなので、上流部になるほど、水の配分が肝要となり水争いが起きやすかった。一方で、排水樋門等を操作する権利はそのクリークの所有者・村落が管理するため、下流で樋門が閉じられると上流は排水困難となり湛水（=不要な水を溜めざるを得ない状態に）してしまう。この操作の権利を巡っても争いが起きやすかった。
また、複雑な配置の堀により、農道はしばしば迂回するため農作業には非効率な面があり、多くの橋も必要となって維持管理を要した。同様に、堀により水田の形は複雑に区画されて広げることが難しく、近代になると大型機械の足枷となった。さらに上流からの排水・汚水が流れ込むため衛生上好ましくない面もあった。
統廃合と保全.
また、化学肥料や家庭で普及した合成洗剤、産業排水も堀に流れ込んで水質が悪化、宅地化と下水道整備の遅れにより排水路と化したり、不法投棄によりごみ捨て場と化すものも出てくるなど荒廃、身近だった堀が生活から遠ざかる「クリーク離れ」が起きた。水害の原因ともなりうることから、堀（クリーク）を悪とする「クリーク征伐論」も一時出ていた。