業務の一部は内閣人事局が行っている。
内閣府.
総理府、経済企画庁、沖縄開発庁が統合されてできた官庁。内閣主導によって行われる政策の企画立案、総合調整を補助する目的で設置された。内閣府には国家公安委員会などの重要な機能が集中している。
宮内庁.
総務省.
総務庁、郵政省、自治省が統合されてできた官庁。地方自治、公務員制度、情報通信、選挙、防火防災など内政を担当する。内閣府に次ぐ筆頭官庁。諸外国の内務省に相当。
法務省.
基本法制の整備や法秩序の維持、国民の権利擁護、出入国の管理などを所管する官庁。法治国家の象徴とされ、中央省庁再編前は総理府に次ぐ筆頭官庁。
公安調査庁.
法務省の外局であり、日本の安全保障上の脅威に関する情報収集を、国内外問わず行う機関。
検察庁.
法務省の特別の機関。
外務省.
外交政策、国際協力、政府開発援助、条約などの事務を所管する官庁。アメリカの国務省に相当。
財務省.
中央省庁再編で一部を内閣府と金融庁に移管し、予算編成権を経済財政諮問会議に移し、名称を大蔵省から変更した。旧大蔵省に比べ権限は弱くなったものの、依然、強い権限を持っている。財政政策や予算編成などを担当し、金融政策は内閣府と金融庁が担当する。
文部科学省.
文部省と科学技術庁が統合してできた官庁。教育、文化、スポーツ、科学技術に関する事務を所管する。
厚生労働省.
厚生省と労働省が統合してできた官庁。福祉や社会保障、年金、薬品、医療、労働政策などを所管する。陸軍省と海軍省の残務処理も行っている。
農林水産省.
農業政策、林業政策、水産業政策、国有林の管理、食品の安全確保などを所管する官庁。
経済産業省.
旧通商産業省が中央省庁再編を機に改称。経済政策、通商政策、貿易政策、エネルギー政策、産業政策などを所管する官庁。
国土交通省.
運輸省と建設省、国土庁が統合してできた巨大官庁。国土計画、都市、河川、住宅、道路の建設や維持管理、交通政策、気象業務、海上における治安の維持などを行う。
気象庁.
国土交通省の外局であり、気象観測や予報を行う機関。他に地震や津波、火山などの観測、気象衛星の運用などを行う。
海上保安庁.
国土交通省の外局であり、海上における治安の維持、海難救助、海図の作成、海洋汚染防止、灯台の管理などを行う機関。