最大節約法や距離行列法と比較して正確性の高い樹形が得られるとされるが、使用する進化モデルを変更すると系統解析の結果が大きく変化する場合がある。また、系統樹の枝（解析の対象とする生物の系統）ごとの進化速度が異なる場合、枝長（形質状態の遷移回数）の見積もりを誤って不正確な系統樹を導く場合もある。さらに、最大節約法やベイズ法と比較して計算速度も遅い。こうした欠点はソフトウェアやアルゴリズムの改良により徐々に解消されつつある。
理論的妥当性.
最尤推定の統計的推論としての最終目標は、手元の限られたデータ（標本）から真の母集団分布を得ることである。しかし一般に真の母集団分布は観測できず、ゆえに最尤推定された統計モデルが「正しいか」（真の母集団分布と一致するか）は検証が不可能である。人間にできることは推定されたモデルと真の分布のずれ（誤差）がどのように統計的に振る舞うかを検証することだけである（詳しくは汎化誤差）。
最尤推定そのものはあくまで、仮定された分布と観測されたデータから得られる尤度を最大化するパラメータを求める方法論である。最尤推定の枠組みは「常に真の分布と一致した分布を得られる」とは主張していないし「最尤推定を用いることが真の分布へ近い分布を得る唯一最良の方法である」とも主張していない。
これらの疑問点は汎化誤差をはじめとする研究によって検証される。
最大節約法
理論.
基本的な理論.
アルゴリズム.
信頼性の評価.
特徴.
また、最大節約法はステップ数が最小の樹形を最適樹として扱うため、複数回の進化が同一の形質において起きている場合にその進化を検知できず、進化回数を過小評価してしまう。収斂進化が数多く起きている場合には誤った推定結果が得られることになる。長谷川英祐は、実際に起きた進化回数が少ない場合に最大節約法の有効性が高いと考えている。
利用.
畠山長経
畠山 長経（はたけやま ながつね）は、戦国時代の武将、守護大名。河内国守護。政長流畠山氏（尾州家）当主。畠山尚順の子で、稙長の弟。官位は左京大夫。
生涯.
「両畠山系図」によると尚順の次男であり、当初は宮原長経を称して、石垣政氏（同系図によると尚順三男）を石垣城で殺害した後、石垣氏を名乗ったとされる。