今作では一定のスキルレベル条件を満たし、修練所で認定を受けることで「海賊」「ローザリア重装兵」「帝国術学士」といったクラス（専門職）に就くことができる。クラスに就く事でクラスごとの特殊能力に当たる「クラス特性」が得られ、例えば「海賊」の場合には素早く行動ができるようになる・「ローザリア重装兵」の場合は敵からの物理攻撃のダメージを軽減できる・「帝国術学士」の場合には術合成（覚えている術を組み合わせて使用し、より強力な術が使える）ができる、などの恩恵を受けることができる。また、そのクラスに必要なスキルと同じ攻撃技を使った場合に武器耐久力 (EP) やLPの消費が軽減される効果もある。就きたいクラスによって、認定させてもらえる町は異なる。周回プレイでは最初から認定できるクラスの種類を引き継ぐ。
登場人物.
主人公.
※今作ではゲーム開始時の命名時に主人公たちはデフォルトで名前が設定されている。
今作では神々ごとに信仰値がマスクデータとして設定されており、信仰値はイベント内容に影響を及ぼす場合がある。信仰値は対応した陣を発動させることで増加する。また、戦闘中に一定の条件を満たすことで神の恩寵が発生する場合がある。発生条件は発動する恩寵によって様々であるが、神の恩寵が起こるとプレイヤーに様々な恩恵が発生する。恩寵発生後は対応する神への信仰値が減少する。
開発.
小泉はラスボスの調整にあたり、プレイヤーが見たことのない要素は取り入れず、それまでに何かしら出てきた戦い方の総結集で攻略できるようにするため、一番難しく作ったという。なお、真サルーインは公式の隠しボスという立ち位置にあり、テストプレイチームが「クイックタイム」を使ってなんとか勝てるほどだったという。このようなことになった理由について、小泉は「一番のサービス。攻略しがいがあるもの」とリマスター版の発売前夜祭で寄せられた質問に答える形で明かしている。
セッティング.
基本的にはオリジナル版当時からあった設定を使って、オリジナル版では見送られた要素を入れた形となるが、ダークのような完全新規キャラも存在する。当初は新作として開発期間を縮める為に既存の世界観を使う狙いもあったが、実際に製作を始めると開発期間が想定どおりに短縮されることはなかった。