京都へ華やかに凱旋した義経だったが、御家人としての立場をわきまえない勝手な振る舞いに、頼朝の心証は悪くなる一方だった。それを知る由もない義経は、意気揚々と鎌倉へ赴くが、思いがけず腰越で追い返され、兄との対決を決意する。叔父・源行家とともに法皇に迫って頼朝追討の院宣を受けるが、兵は集まらず挙兵に失敗、西国で再起を図るため京都を退去する。頼朝はこの機に乗じて朝廷に対し強硬に迫り、守護・地頭の設置を認めさせる。
義経の探索は続き、間もなく愛妾の静が捕らわれ、鎌倉へ護送される。静は身重ながら義経を恋い慕う舞を披露し、頼朝を激怒させる。政子は静をかつての自分と重ね合わせて助命を嘆願するが、頼朝は腹の子供までは約束できないと突き放す。
大姫は静に逃亡をすすめるが、静は生まれてくる赤ん坊が女の子であるよう祈ってほしいと哀願する。しかし生まれたのは男の子であったため、由比ヶ浜の砂に埋められる。大姫は父の非情ぶりを激しく詰った。
間もなく義経は奥州で戦死する。これを口実に、頼朝は奥州を平定する。平泉入りした頼朝は、義経の名前が入った矢を拾い、弟の哀れな最期に涙を流す。残った唯一の難敵は後白河法皇だったが、その崩御を待って、かねてより懇意にしていた九条兼実の尽力により、ついに征夷大将軍となる。同年には、2人目の男子となる千幡（後の源実朝）が生まれた。頼朝の栄光は絶頂を極めた。義時も新しい妻・野萩を迎え、平穏な日々を過ごすこととなる。
頼朝が挙行した富士の巻狩りでは、曾我兄弟の仇討ちという大事件が起こった。その黒幕は、鎌倉に戻っていた祐之であり、仇討ちにこと寄せて頼朝暗殺、三河守範頼擁立を図ったのであった。だが曾我兄弟は、親の敵である工藤祐経を討ったものの、頼朝暗殺には失敗、事件は単なる仇討ちとして処理された。祐之はまたも鎌倉から姿を消す。
頼朝一家には、武家政権樹立という栄光の影で、次第に不吉な陰が忍び寄っていた。大姫の心の病は快方に向かうことなく悪化していき、後鳥羽天皇との婚儀をめぐってついに錯乱、自ら髪を切り、自分は小さな女の子だと口にして「義高さま」と言いながら、その短い生涯を閉じる。順風満帆だった頼朝・政子夫婦に最初の影が差したのだった。大姫の入内に連動した朝廷内の暗闘の結果、兼実は失脚、反頼朝勢力が実権を握り、頼朝の対朝廷戦略にも狂いが生じ始めていた。