本部を神奈川県横浜市緑区長津田町の東京工業大学すずかけ台キャンパス内に設置する。なお本部には「支部総括室」のみが所属し、その他の部署は東京都内にある。
具体的には、旧日本育英会から引き継いだ日本人向け奨学金事業が育英会本部のあった新宿区市谷本村町の市谷事務所、旧日本国際教育協会から引き継いだ留学生事業の大半と旧内外学生センターから引き継いだ学生生活事業は江東区青海の東京国際交流館にある青海事務所、そして留学生事業の一部が旧日本国際教育協会本部のあった目黒区駒場の駒場事務所と分かれている。また、旧国際学友会から引き継いだ東京日本語教育センターが東京都新宿区北新宿に、旧関西国際学友会から引き継いだ大阪日本語教育センターが大阪府大阪市天王寺区上本町の旧大阪外国語大学跡地に設置されている。さらに、北海道から九州にかけて日本各地に地方ブロック支部を置いている。
事業費を対象とした日本学生支援機構への寄付金は、税法上、特定公益増進法人への寄付金となる。また、学費の貸与を目的とした当該法人への寄付金は、指定寄付金とされ課税対象外となる。
発足以前の団体が個別に行ってきた日本人学生への奨学金貸与事業、外国人留学生に対する奨学金の給付事業や学生生活調査などの学生支援事業を総合的に実施する機関とされている。業務は、内外学生への日常業務としての支援の他、機構独自の講演会や育英友の会との留学生・奨学生地域交流集会共催などがある。
奨学金事業.
国内.
奨学金（給付型）.
第一種奨学金（無利息）.
専修学校（専門課程）、高等専門学校、短期大学、大学、大学院に在学する学生を対象とし、無利息で一定額を貸し付ける。本人の成績及び経済状況により選考される。
大学院在学中に特に優れた業績を挙げた者を対象に、貸与期間終了時に大学院在学中の奨学金の全部または一部の返還が免除する制度がある。
第二種奨学金（利息付）.
海外.
第二種奨学金（海外）.
国内の学校を卒業した後に、海外の大学へ留学する者を対象とし、利息付で一定額を貸し付ける。進学前に採用の申し込みを行う予約採用であり、
家計の経済状況により選考される。
第二種奨学金（短期留学）.