政豊は俊豊を廃嫡して三男の致豊を後継者に決めて、国内混乱の決着をつけた（山名俊豊の子孫は備後に土着し備後山名氏となる）。しかし国人衆の要求を呑んだこと、またその過程で国人衆の支持を取り付けるために各種の特権を与えたため、守護権の縮小に繋がり、結果として国人衆とりわけ守護代の垣屋氏が力をつけた。家臣筋である垣屋氏に城之崎城（豊岡城）を制圧された政豊・致豊は九日市の守護所を放棄し、より守備力がある丸山川対岸の此隅山城に移ったが、そこも攻撃されるような状態となった。
さらに出雲の尼子経久、周防の大内義興、備前守護代・浦上村宗らの圧迫を受けるようになり、次第に山陰道山陽道の領国は奪われていった。
祐豊率いる但馬守護家は垣屋氏・太田垣氏・田結庄・八木氏ら但馬の有力国人衆を次々と武力で征した。更に因幡守護家の誠通が尼子氏の従属下に入る（尼子晴久から偏諱を得て改名し、因幡国の支配権を譲り渡す）とこれを討ち、弟の豊定を因幡へ派遣し因幡守護代（陣代）とすることで、「因幡守護家の誠通の遺児が成長するまで政務を後見する」という形で因幡を実質支配した。また、因幡の国人たちに対してもこれを武力で従え、地位を失いつつあった守護大名山名氏を但馬因幡の戦国大名山名氏へと成長させた。なお、正式な守護職は幕府より、出雲尼子氏に与えられていた。豊定の没後はその地位を祐豊の長男の棟豊が継いだが早世したため、豊定の子の豊数が継承し、また。
さらに、新興勢力である毛利元就とも手を結び、あるいは対立し、因幡国人および因幡守護家を支援して勢力を拡大しようとする出雲尼子氏ら周辺諸国と抗争を続けた。
織田家の侵攻と滅亡.
祐豊の三男・堯熙は、落城前に因幡へ敗走して助かった。
但馬平定に続き、羽柴氏による因幡侵攻が始まると、堯熙は八木氏・垣屋氏ら旧山名家重臣らとともに羽柴氏に従い因幡へ従軍した。羽柴家の要請により鳥取城に籠もる敵方の主要な付城である因幡国八東郡私部城を攻め取り入城し、鳥取城落城因幡平定に貢献した。
但馬は、その後も播磨と併せて羽柴氏の根本領地となり、生野銀山からの莫大な財力と但馬兵は後の羽柴氏と明智光秀（丹波）との戦を支え続けた。