その後、ラクスの命を狙った謎のコーディネイター部隊からの襲撃が起こり、キラはラクスたちを守るために再びフリーダムに乗ることを決意する。その後、オーブにも大西洋連邦との同盟に向けた不穏な動きが始まる。カガリもユウナ・ロマ・セイランと政略結婚させられることになるが、キラはフリーダムで結婚式に闖入し、カガリをアークエンジェルに連れ去る。アークエンジェルはそのままオーブを後にし、行方をくらます。
オーブが地球軍の一国としての立場でザフトと戦うのを止めようとして、オーブ軍が合流した地球軍とザフト軍艦・ミネルバとの間の戦闘に武力介入し、両陣営に対してフリーダムの圧倒的な戦闘力を見せ付けて戦闘停止を働きかける。しかしこの介入の結果、議長の誘いを受けてザフトに復隊し、ミネルバに配属されていたアスランとの対立が深まり、後に再会して話し合うもついに噛み合わず、対立が今後決定されるままアスランと決別してしまう。
ラクス・クラインがプラントの様子を見るために宇宙に上ると言った際には彼女の身を案じて強く反対したが、説得を受け入れて彼女を送り出した。キラ自身はラクスに同行すると発言したが、ラクスがキラ不在の間のカガリらを心配して押し留めた為、アークエンジェルとともに地上に残る。
アスランとの二回目の対立がクレタ海域での戦いにて行われ、アスランは再度戦闘に介入したキラに襲い掛かり、対するキラはカガリの気持ちに少しも理解を示そうとしないアスランに怒りをぶつけて彼のセイバーを破壊した。その後ベルリンでは、ステラ・ルーシェの搭乗するデストロイを止めるべく出撃するが、ステラを説得して止めようと割って入ったシンと小競り合いになる。ステラも一度はシンの説得により戦闘を止めたものの、目の前でネオを撃墜したフリーダムが視界に入ったことによる恐怖で再び暴走。やむを得ずキラは発射寸前のデストロイのビーム砲を攻撃して発射を止め、機体の誘爆によってステラは戦死する。これによりフリーダムは決定的にシンの怒りを買うことになった。