「関東空部隊」として発足した当初、自らで「芙蓉部隊」（もしくは「芙蓉隊」）と称し、沖縄戦における菊水作戦中に正式な部隊名として呼称されるようになった。美濃部正少佐が指揮を執り、敵飛行場・艦船に対する夜襲を主戦法とした。指揮官美濃部の方針により特攻を拒否した部隊として紹介されることが多いが、実際には部隊編成当初から特攻を戦術として採用し、美濃部の命令で特攻出撃をしたことがあり、自発的特攻による戦死者を出している。芙蓉部隊隊員の多くも、自分達が特攻隊の編成から外されたという認識は無く、実態については異聞がある。
特徴.
部隊の名称は、富士山の別名“芙蓉峰”からとった芙蓉隊、後に芙蓉部隊が用いられた。これは部隊の根拠地となった静岡県志太郡静浜村（現・焼津市）の藤枝基地（現・航空自衛隊静浜基地）から富士山がよく見えたことにちなんで美濃部少佐が命名したものである。第三航空艦隊長官寺岡謹平中将の揮毫による隊旗も作られた。芙蓉部隊所属の搭乗員は、フヨウの花の色である薄紅色のマフラーを着用していた。
副官の徳倉正志大尉は芙蓉部隊の部隊名が決まると『芙蓉部隊の歌』という歌を作っている。
夜襲.
芙蓉部隊は指揮官の美濃部に夜襲特化部隊として育成され、当時の日本軍としては唯一、日本人離れした「ねばり腰の強さ」で地道に正攻法を取り続けたとの指摘もあるが、芙蓉部隊以外の日本陸海軍航空隊も終戦まで、芙蓉部隊と同様の飛行場や艦船への正攻法である夜間通常攻撃に多数の作戦機を出撃させて相応の戦果を上げており、芙蓉部隊が唯一の存在ということはない。（#戦果を参照）