直営駅で、京都駅（管理駅）の管理下にあるが、地区駅として駅長が配置されている。ただし、傘下に置いている駅がなく地区駅単独で存在という形態となっている。
京都市営地下鉄.
なお、京阪山科駅が近接していることから、当駅から御陵駅経由の京阪京津線への連絡切符は購入できない。
関西地方の地下鉄駅で最東端である。
利用状況.
ベッドタウンとして都市化の進んだ山科区内唯一のJR駅で、京都・大阪方面への通勤通学客が多く、また滋賀県内の湖西線各駅・琵琶湖線各駅間の乗換客（特に高校生）も多い。草津延長運転開始時は通過していた新快速は、その後の利用客の増加や湖西線から琵琶湖線への乗換利便性向上のためのちに停車するようになった。さらに通勤客への対応のため、特急「はるか」・「びわこエクスプレス」も停車するようになった。
一方地下鉄駅は、山科区内からの京都市中心部への通勤通学客のほか、JRから地下鉄経由の京都市中心部へ、あるいは地下鉄醍醐方面からのJRへの乗換利用客が多い。
JR西日本の駅の1日平均乗車人員、ならびに京都市交通局の駅の1日平均乗車人員および乗降人員の推移は以下の通りである。
各年度の1日平均乗車人員は下表の通り。
駅周辺.
駅北側は低層の住宅地であり、その北の山麓に沿って琵琶湖疏水が流れる。さらに北には毘沙門堂門跡がある。
京阪山科駅を挟んで南にはロータリーが設置され、京阪バスほかの路線バスおよびタクシー乗り場がある。特に路線バス乗り場は、京都橘大学行きの直行バスが発着する朝の時間帯には、通学の学生の列が地下街まで延びるほど混雑する。
また、改札口東側に線路下を通る南北方向の歩行者用通路がある。
駅南側.
ラクト山科.
バス路線.
ロータリー内に「山科駅」停留所があり、京阪バスの各路線と高速夜行バスが運行されている。駅前には京阪バス山科駅案内所もある。
レイノルズ数
流体力学上の問題について次元解析を行う場合にはレイノルズ数は便利であり、異なる実験ケース間での力学的相似性を評価するのに利用される。