律令国家は陸路を重視し、大宰府から都につながる大宰府道・山陽道を交通の中心としたが、平安時代以降は、平安京で消費される米・塩など重量の重い物資を輸送力の高い海運に頼るようになり、波が穏やかで大きな潮汐差を船の推進力に利用できる瀬戸内海には、多くの輸送船が往来するようになった。経済的な価値を高めた芸予諸島は、畿内の貴族・大寺社などによって荘園化が進められた。国司や荘園領主は徴税を強化することで、製塩や海産物資源を獲得し、住民の移動・流浪を抑えて定住化を図った。これに反発する海運従事者や異郷に流浪する人々などは各地で紛争を引き起こし、海賊を生む状況を作り出した。
こうした海賊は時代が下ると組織だって行動し始め、水軍となっていった。そして戦国大名は彼らと対立、あるいは“警固衆”として味方に引き入れようと画策していった。
宣教師ルイス・フロイスは、村上水軍を“日本最大の海賊”と評した。
そして、西側は南北朝時代に倉橋島や蒲刈群島に移り住んだ多賀谷氏（倉橋多賀谷氏・蒲刈多賀谷氏）が、現在の呉市中心部には呉衆とよばれる連合水軍がおり、戦国時代中期にはそれらは大内氏警固衆として活躍している。
交易路としての発展.
近世から近代にかけて塩作りはピークを迎える。江戸時代中期、西廻り航路が確立すると塩が大量に扱われ、瀬戸内海一帯は一大塩田地帯となった。商人たちによって島嶼沿岸部が塩田として整備され「浜旦那」と呼ばれた地主・経営者が誕生した。また本州・四国側においては、竹原塩田（広島藩）・松永塩田（備後福山藩）・多喜浜塩田（西条藩）・波止浜塩田（伊予松山藩）が藩主導で整備され藩財政を潤し、近代に入ると専売制となり、政府が管理した。その伝統を受け継いで現在も残るのが「伯方の塩」である。
江戸時代後期、藩の影響力を超えて芸予の地域交流が盛んになり、安芸の忠海からは塩・綿実・煙草・菰俵・苧などの特産品が多く輸出され、伊予廻船を通じて伊予から干鰯（肥料）・炭・蝋・紙などが輸入された。この頃の芸予諸島は物流の発展により、全国的にみても貨幣経済の浸透度が高かったとされる。
下見吉十郎によって、サツマイモ栽培が導入されたのもこの頃である。
近代化と新産業.