こうした通説に対して柴裕之は、そもそも信長の後継者である信忠に何かあれば、その嫡男である三法師が家督を継承することは信長存命中からの方針で家中に異論がなく（勝家が信孝を推したとするのは『川角太閤記』の創作とする）、清洲城で会議が開かれたのも三法師が滞在している城だからとする。会議で問題になったのは三法師が成人するまで「名代」を設置するか否かで、信雄と信孝の対立の焦点もそこにあったとしている。信忠の同母弟であるが光秀討伐の功績のない信雄と、光秀討伐の功績はあるが三法師との血縁が薄く、三法師の後継者としての貴種性を揺るがしかねない信孝とでは、いずれも家中の納得を得られないため単独の名代の設置は回避された、と柴は説いている。つまり柴の指摘に従えば、清洲会議は「信長の後継者を決める」会議ではなく、信長の後継者である三法師がいる清洲城に集まって「三法師を支える体制を決める」会議であったということになる。
織田家領地再配分.
また、神流川の戦いの後、北条氏政・上杉景勝、そして織田家の従属大名状態となっていた徳川家康が、織田家の支配が動揺している旧武田領国に侵攻した（天正壬午の乱）。このうち、徳川家康から羽柴秀吉ら織田家重臣に対して旧武田領国への進出の了承を求めてきていた。滝川一益敗走の知らせを受けた重臣たちは当初は旧武田領国の奪還を方針としていたが、家康の申し入れを受けて家康による旧武田領国の平定を容認することになった。ただし、これによって滝川一益をはじめとする今回の決定によって所領を失うことになる旧武田領国に与えられていた諸将への対応は決定されず、後日旧武田領国を家康に委ねたことを知った滝川一益から代わりの所領を要求されるが、重臣たちは会議で決定した所領配分のやり直しも出来ずに結論が先送りされ、一益の不満を強めていくことになる。また、信雄が支配することになった尾張国と信孝が支配することになった美濃国の国境についても両者の意見の対立があり（信孝は洪水による木曽川の流路変更を理由に国境線自体の変更を求めた）、信孝の意見を支持する秀吉と信雄の意見を支持する勝家が対立した（秀吉は信孝の意見を支持する代わりに三法師の安土移動を取引する算段であったという）。最終的に信雄の意見が会議の合意に基づいたものとして認められることになるが、これは信孝の不満を強めていく一因となった。