戦国時代には都留郡を領した国衆・小山田氏が市域を本拠としている。小山田氏は国中地方における守護武田氏と有力国衆との抗争に介入して武田氏と敵対していたが、信虎期に武田氏と和睦して武田家臣団に加わる。
晴信（信玄）期には有力家臣として活躍し、勝頼期には織田・徳川連合軍の侵攻に際して小山田信茂が織田方に内通するが、織田氏により討伐され小山田氏は滅亡する。小山田氏は、はじめ桂川支流大幡川左岸にあたる中津森館を本拠としていたが、武田氏の武田城下町造成と平行して現在の都留市中心市街にあたる谷村（やむら）の地へ居館の移転を行い、谷村館（正確な所在地は不明）を中心に城下町整備を行う。
谷村は後の甲州街道から分岐し吉田へ至る富士道が通り、中世には市も成立した要地で、近世に甲斐国を領した徳川氏や豊臣系大名時代にも政治的拠点として活用された。また、谷村から桂川を挟んで対岸の川棚には勝山城が所在し、築城期は不明であるが、城跡からは豊臣系大名の浅野氏時代の居館や屋敷地の遺構が検出されており、桂川左岸に新たな城下町造成が企図されていた可能性も指摘されている。
近世.
江戸時代には谷村城が築かれ鳥居氏、秋元氏二代の谷村藩が成立し郡内地方の政治的拠点となり町場が発達する。秋元氏時代には郡内地方における用水堰の開削や郡内織の新興が行われているが、市域でも秋元氏時代の開削と言われている谷村大堰があり、近世には郡内織も広く営まれていた。
行政.
市長.
特記なき場合「歴代市長」による。
施設.
国家機関.
郡内地方全域を管轄する司法、検察機関の支部を持ちながら、警察署本庁舎がない珍しい自治体である。
交通.
鉄道.
中心となる駅：都留市駅
名所・旧跡・観光スポット.
観光スポット.
都留市は現在市役所のある谷村地区を中心として、中世から城下町を形成していた歴史があり、現在もその谷村地区を中心として多くの名所・名跡が残されている。
適塾
特徴.
適塾の開塾二十五年の間には、およそ三千人の入門生があったと伝えられている。適塾では、教える者と学ぶ者が互いに切磋琢磨し合うという制度で学問の研究がなされており、明治以降の学校制度とは異なるものであった。