なお、王桜は韓国では韓国の固有種とされているが、現在の生物学では、独立した種（）と見なされるためには、その種の中の個体に遺伝的多様性があり、個体が互いに交配して子孫を残すことができている一定規模の集団でなければならない。王桜は野生での個体数が野生種の集団としてはあまりにも少ないため、現在の生物学上の種の概念では独立した種とはいえず、あくまでも種間雑種である。
伊豆半島における自然発生説.
現在、ソメイヨシノが染井村から日本全国に、そして世界中に広がったことは確認されているが、ソメイヨシノの最初の一本がどこで生まれたかは確定していない。
独立種説.
健康と寿命.
ソメイヨシノなどの桜が植栽された、いわゆる「花見の名所」とされる場所は、植栽後は、剪定などの管理が行き届かずに放置されて、害を受けているところも多いのも実情である。
サクラに存在する生物学的弱点はソメイヨシノにも同様である。ただし他の多くの栽培品種のサクラと同じく全個体が単一クローンであるため、突然変異以外に新しい耐性を獲得する可能性はない。またソメイヨシノは都市部の街路樹などに人為的に大量に集中的に植樹されていることが、より病害を広げ環境の悪影響を受ける要因となっているため、その点を本項目に記す。
菌類による病気.
害虫による食害.
植樹環境による光・水・養分の不足.
ソメイヨシノは都市部に街路樹として植えられている場合が多いが、これがソメイヨシノの健康に悪影響を与え樹勢を削ぐことが多い。街路樹では新たな建物の建設や隣のサクラの成長により陰となってしまい十分な光が得られなくなる場合があるほか、根の近くまで舗装されていることで根への酸素と水と有機物の供給が滞りソメイヨシノの健康を害している。特に健全な土壌である程度生育してから再開発などで突然根の近くまで舗装されると、根が死んでいき生育した上部に必要な分だけの十分な酸素と水と養分が供給できなくなり、大きく健康を害する。また排気ガスに晒されることで健康に悪影響を与える可能性が指摘されている。花見に一番使われる木であることも病気の遠因といえ、根に近い土壌を過剰に踏みしめられることで舗装したのと同じような悪影響与え、花見客に枝を折られたりすることも健康に悪影響を与えると推測される。