現在は、中南米諸国やヨーロッパ諸国の比較的日本人が少ない都市などを中心に生徒減少の一途をたどるために、中には閉校の危機感を持つ学校も多い。さらに今後は、日本企業の現地化の促進や駐在員の若年化に伴う子女の低年齢化、晩婚化、少子化、単身赴任といった要因で子供数自体が減る恐れがある。なお、日本人学校は義務教育課程の学校ではあるが、通学範囲内に住む日本人に対して、入学が義務づけられてはいない。義務教育施設であっても公立学校ではない。そのため運営は私立校のようにアイディアを絞り、生き残り案を考えなくてはならない。
生徒数を安定させるために、現地の日系企業に出向いて営業活動をしたり、現地国の学校教育法に基づく「国際部」や「○○部」（○○は現地国名）を設けて現地国籍の子供や日本国籍を持たない子供を入学させる学校もある。しかし、永住組や日本人以外の子供の入学は、日本人学校の多くが現地国の学校教育法に基づいていないために卒業後に現地の高等教育校に進めないケースが多く敬遠される事が多い上に、日本語能力のばらつきや学力レベルの低下につながるとして国際部開設に反対する保護者や教員もいる。
カリキュラム.
大規模校.
日本人学校には小中一貫校教育、海外にいながら日本の小・中学校と同じ教育が受けられるという利点がある。大規模な日本人学校は企業駐在員や国家公務員、団体職員が多い地域の大国の大都市近郊にある。立派な施設を持ち、日本の学校の雰囲気そのままを味うことができる。しかし、土地柄公立や私立の現地校、インターナショナル・スクール、補習授業校、日系の塾など選択の幅が広く、近年は現地校やインターナショナルスクールなどに流れる生徒が以前に比べ増加している。
小規模校.