キノコのミニチュアには、開発されたばかりでまだ使用目的の無かった発泡ウレタンが使われた。キノコがみるみるうちに発育していくシーンは、実際に発泡ウレタンが反応して膨れ上がる様子をそのまま使っている。監督の本多猪四郎はこの手法を高く評価しており、試作時に思わず拍手したというほか、後年のインタビューでもこの件を特撮スタッフのアイディアと努力の一例として挙げている。笠井役の土屋嘉男は、撮影までマタンゴの姿を知らずセットで初めて見たが、着ぐるみはヨチヨチ歩きでセットも『白雪姫』のような雰囲気であったため、笑ってしまったという。麻美役の水野久美も最初は笑っていたが、だんだん不気味になっていき、特に天本英世のメイクが怖かったと述懐している。土屋も、撮影時はリアルな怪物を想像していたが、映画全体として見れば気が狂った人々が見た非現実的な描写としては良かったとも述べている。
キャストが食べる劇中のキノコは、米粉をキノコ形に練った和菓子素材の蒸し菓子を、食紅などでピンク色に着色したもの（「新粉細工」と呼ばれるもの）である。菓子は成城凮月堂が映画用に作っており、毎朝撮影所に蒸したてが届けられた。しかし、そのままでは味気なかったため、土屋の提案で砂糖を加えて食べやすくしたところ大変好評で、水野は特に気に入って食べていたといい、スタッフたちも撮影の合間につまみ食いをしていたという。土屋は上品な甘さであったと証言しており、村井役の久保明も本当においしかったと述懐している。
ヨットの造形物は、フルスケールの本編セットと特撮スタジオプールでのミニチュアが用いられた。美術助手の井上泰幸によれば、動きが悪かったので本物のヨットを用いて撮影しようという案も挙がっていたという。セットでの難破船内の装飾には、『モスラ』で用いられたモスラが吐く糸としてゴム糊を噴出する装置が用いられた。助監督の中野昭慶によれば、この装置自体は元々スリラー映画などで蜘蛛の巣の表現として用いられていたものであったという。
井上は、当初マタンゴの森を葉のない枯れ木の森としてデザインしたが、特技監督の円谷英二からはキノコが生えているのだから鬱蒼としていなくてはならないと指摘され、慌ててセットに木を植えていったという。