内政をするには内政ユニットを目的地のマス目へ移動させた上で、「開墾」や「町造」、「治水」などのコマンドを行う。すると「荒れ地」であったマス目が「水田」や「街」に変更される。マス目の数は限られており、城を基点に城規模が上がるほど範囲が広くなる。作成可能な施設には地形による制約がある。どこに何を作るか長期的な都市計画を考えて街作りを行う必要がある。前作まででは領地の開発度が一定数値に達したら開発はできなかったが、本作では（一度開発した場所を再開発することで理論上は）半永久的に開発が可能である。これは次作である『烈風伝』にも継承されたシステムであるが、城の改修度に応じて収入範囲が増減するシステムは『烈風伝』には引き継がれなかった。
前作まで存在した、兵士の徴兵という概念がなくなり、開発の中で自然に兵士が増えるようになった。また攻城などを行う軍勢ユニットも、内政と同一マップ上で行動するシステムとなっている。これは『烈風伝』にも引き継がれたが、外交や調略、輸送を行う際にもそれぞれ使者ユニット、間者ユニット（職業が忍者の武将は忍者ユニット）、輸送ユニットを配置したり、使者等を捕らえるための関所を設置したりできる要素は引き継がれなかった。支城という施設を設置することも可能であり、配備した軍勢ユニットは兵糧の消費を抑えることができる。
パラメータ.
本作での武将の能力パラメータは隠しを含めても「政治」「戦闘」「智謀」「寿命」「義理」「相性」で、前作から比べると減った。その代わり兵科適性や特技の要素は健在で、特技については内政特技は「農業」「商業」「建設」「外交」「登用」、戦闘特技は「三段」「騎突」「火矢」「騎鉄」「抜穴」がある。ただし一部特殊能力を持つ武将が存在する。覇王伝・天翔記に続いて、パラメータが全体的に高くまとまっているが、ユーザーからの能力が高過ぎるとの意見から、後の『烈風伝』で大幅に抑えられることになる。
合戦について.
合戦は野戦（海戦含む）と攻城戦の二つに大別される。
軍勢ユニットには、方向というものがあり側面や背後から敵を攻撃すると有利な条件で戦闘することができる。また武将の身分に応じて率いられる兵士数には上限があるが、優秀な武将なら最低の足軽頭の状態であっても大名や身分の高い武将を、側面・背後からの奇襲、場合によっては正面から倒すことも可能である。