また陸軍軍医として、懸案とされてきた軍医の人事権をめぐり、陸軍次官の石本新六と激しく対立した。ついに医務局長の鷗外が石本に辞意を告げる事態になった。結局のところ陸軍では、医学優先の人事が継続された。階級社会の軍隊で、それも一段低い扱いを受ける衛生部の鷗外の主張が通った背景の一つに、山縣有朋の存在があったと考えられている。
晩年.
上京した際に住んだ鷗外ゆかりの地である東京市本所区の弘福寺に埋葬され、遺言により中村不折が墓碑銘を筆した。戒名は貞献院殿文穆思斎大居士。なお、関東大震災の後、北多摩郡三鷹村（現・東京都三鷹市）の禅林寺と出生地の津和野町の永明寺に改葬された。
人物評.
評論的啓蒙活動.
幅の広い文芸活動と交際.
戯曲の翻訳も多く（弟の竹二が責任編集を務める雑誌『歌舞伎』に掲載されたものは少なくない）、歌劇（オペラ）の翻訳まで手がけていた。
翻訳は、文学作品を超え、ハルトマン『審美学綱領』のような審美学（美学の旧称）も対象になった。単なる訳者にとどまらない鷗外の審美学は、坪内逍遥との没理想論争にも現れており、田山花袋にも影響を与えた。その鷗外は、上記の通り東京美術学校（現東京芸術大学）の嘱託教員（美術解剖学・審美学・西洋美術史）をはじめ、慶應義塾大学の審美学講師、「初期文展」西洋画部門などの審査員、帝室博物館総長や帝国美術院初代院長などを務めた。
また、当時としては女性蔑視が少なく、樋口一葉をいち早く激賞しただけでなく、与謝野晶子と平塚らいてうも早くから高く評価した。晶子（出産した双子の名付け親が鷗外）やらいてうや純芸術雑誌『番紅花』（さふらん）を主宰した尾竹一枝など、個性的で批判されがちな新しい女性達とも広く交際した。その鷗外の作品には、女性を主人公にしたものが少なくなく、ヒロインの名を題名にしたものも複数ある（「安井夫人」、戯曲「静」、「花子」、翻訳戯曲「ノラ」（イプセン作「人形の家」））。
小林勇によると晩年の幸田露伴は鷗外について、「森という男は恐ろしく出世したい根性の人だった」「森という男は蓄財の好きなやつさ。心は冷い男だ。なにもかも承知していて表に出さぬ」と語ったという。
軍医として.
その一方で、陸軍の各現場では脚気対策として麦飯を採用し、効果をあげていた（詳細は「日本の脚気史#現場での麦飯採用」を参照）。