「盲導犬」の呼称については、日本盲導犬協会を中心とする「認定NPO法人全国盲導犬施設連合会」加盟団体（後述）では「盲導犬」の名称を公式に使用している。しかしアイメイト協会では、創立者の塩屋賢一の「『盲人を導く犬』の言葉は人と犬との共同作業にふさわしくない」という独自の思想により「盲導犬」ではなく「アイメイト」の名称を公式に使用し、「盲導犬ではなくアイメイト」を強調する。
また呼称だけでなく、各施設により「盲導犬」の定義や呼称、犬の訓練法、対象とする視覚障害者、盲導犬の使用法などもそれぞれ異なる。
一例として、アイメイト協会では全盲者のみを対象とし、白杖と盲導犬の併用を禁じる「単独歩行」を採用し、盲導犬のハーネスは利き手にかかわらず左手で片手持ちする。また犬のしつけとして叱ることもあり、リードを引いて合図する「チョーク」を行うこともある。
一方、日本盲導犬協会では白杖との併用も行い、ハーネスは「原則左手持ちの右手併用」としている。また全盲者に加えロービジョン者を積極的に対象とし、「視覚障害者=全盲」という思い込みが生むロービジョンへの偏見を解消したいとしている。犬に対する厳しいしつけは廃し「チョーク」も禁止している。
このように盲導犬育成施設が乱立し、各施設により名称や方針が異なることは一般社会にあまり知られてはいないが、この現状を抜きに日本の盲導犬を語ることはできない。そしてこのことが盲導犬の育成や実際の使用、ひいては社会における盲導犬への理解に混乱をきたす一因ともなっている。
二大育成施設の略歴.
日本の盲導犬育成施設団体における、二大施設の略歴は以下のとおりである。
統一への動き.
この二大団体の他にも、各地域に独自の盲導犬育成団体が多数存在するが、これらの団体に統一の動きがなかったわけではなかった。
訓練について.
訓練内容について.
盲導犬の訓練には人間との信頼関係が最も重要である。負傷するなど危害を加えられても吠えずに耐えるような訓練は、実際に痛みを与えて行う必要があるため、そのような訓練は行うことができない（なお、補助犬ではないペットであっても動物愛護管理法で禁じられている動物虐待に当たる）。
そのため、盲導犬などの身体障害者補助犬に対して、一部マスメディアで誤って報道されたような「痛みに耐える訓練」などは一切行われていない。