文明への第一歩は、遊牧的な狩猟採集から、根づいた農耕社会への移行である。この移行にはいくつかの条件が必要である。その条件は貯蔵に耐えうる高炭水化物の植物へのアクセス、貯蔵を可能にするのに十分乾燥した気候、そして家畜化するのに十分従順で、飼育下でも生き延びるのに十分な能力がある動物へのアクセスである。農作物や家畜を管理することで食料は余剰になる。余剰があることで人々は栄養補給以外の活動に専念することができ、人口増加を支えることができる。専門家と人口増加の組み合わせが、社会的・技術的革新の蓄積をもたらし、互いに積み重なっていく。大きな社会は支配階級とそれを支える官僚制を発展させ、これらが国民国家と帝国の機構につながる。
ユーラシア人は皮や衣服やチーズのためにヤギやヒツジを、牛乳のために乳牛を、畑の耕起や輸送のために雄牛を、そしてブタやニワトリのような良い動物を家畜化した。ウマやラクダのような大型の家畜は、移動輸送のための軍事的・経済的な利点が大きかった。
豊かな食料の供給とそれを支える人口密集が分業を可能にした。職人やスクライブなどの非農業専門家の台頭は、経済成長と技術進歩を加速させた。これらの経済的・技術的優位性は、最終的にヨーロッパ人が本書のタイトルになっている銃と鉄を用いてここ数世紀の間に他の大陸の人々を征服するのを可能にした。
ユーラシアは人口密度が高く、交易が盛んで、家畜に近い場所で生活していたため、動物から人間への感染を含む病気が広範囲に伝播した。天然痘、麻疹、インフルエンザは動物と人間が近接していることにより発生した。自然選択により、ユーラシア人は様々な病原体に対する免疫力を身に付けなくてはならなかった。ヨーロッパ人がアメリカ大陸と接触したとき、ヨーロッパの病気（アメリカ人には免疫がなかった）は逆ではなくアメリカの先住民を襲った（病気の「交易」はアフリカと南アジアではもう少しバランスがとれていた。この地にはマラリアと黄熱病があり、「白人の墓場」と呼ばれる悪名高い地域であった。さらに梅毒はアメリカ大陸に起源を持つ可能性がある。ヨーロッパの病気（この本のタイトルの病原菌）は比較的人数の少ないヨーロッパ人がその支配を維持できるように、先住民族を滅ぼした。
農業.