しかし、新体制になって採用された、インターフェイスなどの新教義の影響もあり、旧体制時代には絶対に考えられなかった世界救世教の信者との交流を図り、神慈秀明会で明かされていない教祖の教義を研究しようとする信者などがわずかながら現れてきた。
一部の信者らが世界救世教に触れ、神慈秀明会で隠されていた教祖の教義などを知るに連れ、離脱の神意で学んできた事柄が真実ではないことや、知識不足や解釈の違いで別の取りようがあることなどを知る信者が徐々に増え、離脱の神意の盤石性が揺ぎ始めてきた。離脱の神意の信憑性が減ることは、信者らにとって、神慈秀明会という宗教の絶対性や優位性、そして教団の立教の正当性といった根本的なものまでが揺らいでいくということを意味する。
そして、インターネットの利用が一般的なものになるに連れ、そういったわずかな信者らによって、離脱の神意の教義の検証が、インターネットによる情報発信という形態で行われ始めてきた。数々の調査の結果離脱の神意の虚偽点や矛盾点などを発見し、それを研究、解説したホームページが数点登場した。その内容は離脱の神意という教義の致命的な矛盾点の指摘であり、教団の立教の根本を揺るがすような、教義上、信者らにとって深刻な内容であったため、これらのホームページは信者らに大きな衝撃を与え、話題になった。
閲覧する信者側にとっても、インターネットによる情報は、世界救世教に触れることなく読む事が出来るため、離脱の神意の教義によって植え付けられていた世界救世教に対する恐怖心に邪魔されることなく情報を得ることが出来、離脱の神意の教義への反証という情報はインターネットを利用する信者間に一挙に広まった。
現在、インターネットによる情報の流通により、インターネットを利用する多くの信者らには、神慈秀明会の立教の根本を説く離脱の神意という教義の大部分が真実ではないという考えが定着し、旧体制時代には存在していた、他の世界救世教系教団と比較した神慈秀明会の優位性、優秀性といったものは失われ、教団の立教の正当性にまで疑問がもたれている現状であるが、神慈秀明会自体は、現在でも旧体制と同様に、離脱の神意の教義を説き、インターネットで提示された離脱の神意の検証に対する反論などは、まるでそういった問題が存在していないかのように、まったく行われず、黙殺をしている。
会主信仰.