しかしそのような地区所属校のなかにもしだいに野球部の活動に力を入れる有力校が現れ始め、時代の推移とともに参加校が増えるに従って旧制リーグの運営や人気にあやかろうと、地区連盟内に新たなリーグ（連盟）を結成したり、リーグ戦の存在価値を高めようとする動きが大きくなっていった。その為、全日本大学野球連盟としても徐々に選手権大会での出場枠を拡大する方向で地区連盟の再編や新連盟の承認（代表枠の独立）を図っていった。（全日本大学野球連盟としては、代表枠を与えていない連盟については基本的には未承認連盟として任意組織扱いであり、それは当時も現在も同じ。）
このように、当初は地域全体を統括する為に創設された地区連盟（北部・東部・中部・西部・九州）も徐々に新しい連盟が全日本の連盟に正式に承認されるに従って、現在では殆どの地区でその役割を終えて実質的には消滅に至っている。
尚、大学野球の場合は高等学校とは異なり硬式野球のみを統括している。準硬式や軟式などは全く別組織となっており、それらに関しては現状では日本学生野球協会の統括傘下には含まれていない。（この連盟以外での活動チームに関する事情や詳細などは大学野球の記述を参照の事。）
沿革.
※各地区連盟の再編成・独立に関しては全日本大学野球選手権大会への出場枠と連携している事象のため、当該記事側の沿革を参照の事。
加盟連盟.
（これらの内容はあくまで各連盟の事情や都合による運営になるので、全日本大学野球連盟が指導・命令などの干渉を行うものにはなっていない。）
なお、傘下として加盟している各連盟内には全日本大学野球選手権大会への出場枠を持たない連盟・リーグも存在するが、それら自体は全日本大学野球連盟の加盟・承認団体ではないので、各連盟内における支部的な扱いになる。また後述各連盟の枠を超えた連盟やリーグ組織も存在しているが、全日本大学野球連盟の組織・運営とは何ら関わりのない任意の団体となる。
各地区の再編成や独立の経緯や変遷については、全日本大学野球選手権大会の出場枠と完全に連携している（連盟内部での支部運営は除く）ので、当該記事の沿革を参照の事。過去に加盟したも参照。
アメリカの国旗
星条旗 (曖昧さ回避)
星条旗（せいじょうき）
日本学生野球連盟
ノルマンディー公
歴史.