適格請求書発行事業者が、売上げに係る対価の返還等（返品・値引き・割戻し）を行った場合には、「適格返還請求書」として、下記の事項を記載した請求書、納品書などの書類を交付しなければならない。
ただし、適格請求書発行事業者が行う事業の性質上、売上げに係る対価の返還等に際し適格返還請求書を交付することが困難な課税資産の譲渡等を行う場合は、適格返還請求書の交付義務は免除される。
電磁的記録（電子インボイス）.
上記のこれらの書類の交付の代わりに、電磁的記録（これらの書類の記載事項を記録した電子データ）の提供を行うことも可能である。電磁的記録の提供には、光ディスクや磁気テープなどの記録媒体のほか、EDI取引や電子メール、ウェブサイトを通じた電子データの提供も含まれる。
記載事項・記録に誤りがあった場合.
これらの書類の記載事項または電磁的記録として提供した事項に誤りがあった場合には、これらの書類を交付した他の事業者に対して、修正した書類の交付、修正した電磁的記録の提供をしなければならない。
適格請求書類似書類等.
適格請求書発行事業者でない者は、適格請求書発行事業者が作成した適格請求書などであると誤認されるおそれのある表示をした書類を交付してはならない。
適格請求書発行事業者.
適格請求書発行事業者には、適格請求書・適格簡易請求書・適格返還請求書の交付または電磁的記録の提供、適格請求書・適格簡易請求書・適格返還請求書の写しまたは電磁的記録の保存の義務が課される。
適格請求書発行事業者として登録された事業者は、登録を取り消さない限り、小規模事業者に係る納税義務の免除の規定を受けることができない（いわゆる免税事業者になれない）。
議論.
事業者への負担増.
インボイス制度の開始は、日本国内の事業者たちの税負担の増加と、従来の帳簿方式に比べて事務手続きが煩雑になるなどの弊害が指摘されている。これは軽減税率導入時より指摘されており、日本経済団体連合会、日本商工会議所、経済同友会、日本百貨店協会、日本チェーンストア協会、日本スーパーマーケット協会、全国商工会連合会、全国中小企業団体中央会、全国商店街振興組合連合会、ならびに日本労働組合総連合会（連合）は軽減税率に反対し、単一税率を維持すべきであるとの主張を行っている。