蓮田は、「そんな莫迦なことは断じてない。日本が続くかぎり、日本民族が存続するかぎり、天皇が最高であり、誰が教えなくとも、日本の子供であるかぎり、天皇を至尊と讃える」と激しく反論するが、高木大尉は、敗けてそんなことを言っても無駄だとし、「あんたの単なる理想」だと軽くうけ流した。蓮田は高木大尉に食い下がり、「敗けたからこそ、なお必要ではないか！」と叫び、2人の議論は噛み合わなかった。
その後、田中大尉が「飯がまずくなる」と論争を止めて、会食は終った。
「つかまえろッ！」という河村大尉の怒号の中、蓮田は築山を目指して走り、自らの右こめかみに銃口を当て引き金を引くが不発となった。黒田軍曹がすっ飛んで行って制止すれば自殺を防げそうだったが、黒田軍曹はあえてそれをしなかった。知性の高い蓮田が上下関係の箇条を犯してまで敢行した所業には、それ相当の覚悟と理由があったに違いないと黒田軍曹は咄嗟に判断し、もしも築山で文書焼却作業をしている兵士たちが蓮田の自決を止めようとしたら、逆にそれを抑えようと考えた。
蓮田の遺体は原隊の梶原隊に移され、戦友たちにより、現地ジョホールバルで荼毘にふされた。同郷の島村肇伍長が蓮田の遺骨や原稿を持って帰国する手筈になっていたが、英国軍が遺骨の持ち帰りを禁止したため、やむなく遺骨はシンガポールのゴム林の中に葬られた。左手に握りしめられていた葉書や、書きためてあった行李いっぱいの原稿類も憲兵隊に持ち去られた。
蓮田が死んだ日は朝から曇りで、夕方から雨が降り出した。本部付の下士官が就寝前に外庭に出ると、玄関前から飛び立つ火の玉があったという。後藤軍曹は、「蓮田中隊長の魂が祖国日本に向かって昇天した」と綴っている。ちょうどその日あたり、植木町にいる敏子夫人が夜、庭の方を眺めていると、阿蘇の方角から両手に抱えるほどの大きさの火の玉が飛んで来た。また、ある日夫人は不思議な夢を見た。それは明け方、ふと気づくと枕元に軍装の夫が佇んでいたので「お帰りなさい」と挨拶すると、蓮田の姿は崩折れるようにその身を沈めて消え、その瞬間に夢から覚めたというものだった。