お召し列車を牽引する機関車には、運転を担う機関区の中で特に状態の良い車両が選ばれる。運転頻度の高い地区においてはお召し指定機関車というものがあり、過去には以下の車両などが定められていた。
運行.
お召し列車には列車番号はなく、ダイヤ上でも「お召し」である。新幹線の場合は、一般の団体臨時列車と同じ列車番号が付けられることが多い。
お召し列車の運行には「三原則」があるといわれている。
このため臨時に他の列車の時間調整を行うほか、事故などの不測の事態に備えてダイヤ作成担当者がお召し列車に添乗する。
お召し列車担当の運転士は、運転区間を管轄する車両基地内で技術、勤務態度、人間性を踏まえて選ばれる。殊に衝撃のない発車や停止、数秒の狂いもない運転、数cmのズレも許されない停止位置など、通常の列車に比べて極めて細かい運行が求められるため、運転技術が特に優れている運転士が選ばれている。
移動日や時刻は『官報』によって公示されている。ただし皇族の行事参加や移動を掲載しているだけであり、必ずしもお召し列車による運行とは限らない。
その他.
お召し列車も団体専用列車の範疇に含まれるため、運行は定期列車の間を縫って走らせ、運賃・料金も当局から然るべく支払われている。お召し列車を運行するにあたっては、事前の準備や警備などにも多くの経費がかかるが、慣例として当日のお召し列車運行そのものに掛かった経費のみを宮内庁が支払っている。
日本国有鉄道（国鉄）時代は、お召し列車の運賃・料金は無料であった。国鉄分割民営化にあたり、民間鉄道で伊勢神宮へのお召し列車を頻繁に運行していた近畿日本鉄道に実情を問い合わせて、それに合わせる形で経費を計算することになった。また、宮内庁がお召し列車の運転を申し込む窓口は、運転線区にかかわらずJR東日本が担っている。これは民営化直前に、当時の国鉄運転局列車課長が宮内庁の問い合わせに対し、「おそらく皇居に近い東京駅を管轄する東日本会社が担当するだろう」と答えたことが慣例となって続いている。
現代においても、お召し列車の運行については沿線や駅の警備のほかに、下に記した事柄のごとく細心の注意が払われていることが多い。
歴史.
戦前・戦中.
戦後.
世界各国のお召し列車.