こうした観点から、不要なソフトウェアを自らの手によってアンインストール（削除）する中・上級ユーザーもみられるが、メーカーオリジナルのソフトウェアはハードウェアの動作に不可欠なデバイスドライバとセットとする形で直結しているのも多く、どれを削除すればよいかわかりづらいなどの混乱も発生しうる。リカバリーディスクから再インストールした場合、OSとソフトウェアが全て付属する形でインストールさせられることもあり、「インストールしたいソフトウェア」と「不要なソフトウェア」を選択できない場合もあるが、メーカーによっては、OSとドライバの含まれた「リカバリーディスク」とプリインストールソフトの含まれた「アプリケーションディスク」に分離し、リカバリー時にユーザーが任意でソフトをインストールできるパソコンも少なからず存在する。
ライセンス上の問題.
プリインストールソフトについては、基本的には「パソコン本体とセットの形であれば、ライセンス譲渡は可能」とする形態をとっている場合が多いが（マイクロソフトなど）、ライセンスの譲渡を認めない場合もあり、中古機として売却、購入する場合に問題を生じる可能性がある。
プリインストールソフトとパソコン本体価格.
各プリインストールソフトの価格は、市販ソフトの体験版など例外もあるが、基本的にパソコンの本体価格に上乗せされているため、販売価格が割高になる。特に、OSやオフィススイートの種類（グレード）は価格を大きく左右する。
直販メーカーが販売するパソコン製品や（場合によっては自作パソコンも）大手メーカー製と比較して安価なのは、プリインストールソフトが少ないことと、キーボード・マウス・ディスプレイ・プリンターなどの周辺機器を別売としていることも理由の一つである（パソコンの動作に最低限必要なOSとデバイスドライバのみのインストールで済ませる機種もある）。
ビジネスモデルとプリインストール.
法人向けとして販売されている、いわゆる「ビジネスモデル」と呼ばれる機種では、本体価格をできる限り低価格に抑えるため、また業務で使う他のアプリケーションとの競合を回避したり、セキュリティポリシー上で利用が制限されるソフトウェアも出るなどの理由から、プリインストールソフトウェアは極力省かれる傾向にある。