総合的な防災方針を決める仕組みとして防災会議と防災計画がある。これらはトップダウン式で、国が中心的な役割を担い、その方針に基づいて都道府県、さらに市町村が計画立案・実施する構造である。国は中央防災会議を置いて防災基本計画を策定、中央省庁は防災業務計画を策定する。都道府県は都道府県防災会議を置いて都道府県地域防災計画を策定、市町村は市町村防災会議を置いて市町村地域防災計画を策定する。トップダウンによる弊害も指摘される一方、年に一度見直される防災計画に期待される市民のチェック機能が働いていないという指摘もある。
専門機関.
消防は常設機関だが防災業務を担う。消防士及び消防団員は、水火災または地震などの災害を防除（予防し取り除く）し被害を軽減し、傷病者を搬送するなど、災害から国民の生命・身体・財産を守るという任務が定められている（消防法、消防組織法）。消防は、救助や救急などの応急対応において専門技能を有する数少ない存在である。災害時には、一定の人口規模の市に設置することとされている特別救助隊（レスキュー隊）や高度救助隊（救助隊の編成、装備及び配置の基準を定める省令）のほか、山岳救助隊、水難救助隊、化学機動中隊、緊急消防援助隊などの専門部隊が活動する。ただし、消防署が市町村の管掌であるため、人員や設備が市町村の財政力に左右されるという欠点もある。
このほか、水防団は水防法に基づいて水害時に治水施設の稼働などの水害予防活動を行うほか、海上保安庁は海上保安庁法に基づいて水難・海難救助や航行支援を行う。
応急対応.
復旧.
また、激甚災害法は一定以上の被害のあった災害を「激甚災害」と認定し、国庫補助率を引き上げる。認定を受けた場合、特別交付税をはじめとして多くの復旧費で国庫補助を受けられるようになるため、自治体は事業の見通しが付けやすくなる。また、非施設を含めた幅広い事業を対象にすることができる利点もある。
災害時には、善意の募金による義援金が集められ被災者に配分される。しかし、被災者数や報道のされ方など、災害によって1人当たりの配分金額に差が出るという課題がある。また、配分について迅速性と公平性のバランスがしばしば問題となる。