各店舗で粉から生地をつくり発酵させ、店舗で焼く方式。本来のパン作りの方式である。パンを焼くオーブンのほか、生地を練りこむミキサーも備え、ある程度の規模の厨房設備が必要となる。スクラッチ方式のみで製パンを行うことを「オールスクラッチ製法」などと呼ぶこともある。
小規模のチェーンでオールスクラッチ製法を実現しているところは数多いが、全国展開しているチェーンの一部にもある。
ベークオフ方式.
大手パンメーカーがあらかじめ工場で多品種の業務用冷凍生地を生産し、それを小ロットで店舗に配送し、店舗側では簡易的成形～二次発酵～焼成のみを行う方式。
単店舗と異なってチェーン系の店舗では、各店舗の品質を同レベルに揃えることも求められるため、工場で生地を大量に生産して各店舗に配ることで同一品質の実現が容易となる。大量生産でグループ全体での製造コストの低減ができるというメリットや、小店舗でも数十種のパンを品揃えできるというメリットもある。
スーパーマーケットのインストアベーカリー、道の駅や高速道のサービスエリアなど、狭いスペースでも多種類のパンを並べた焼きたてパン店が設置できる。そのため日本の全国チェーンではベークオフ方式が主流になりつつある。企業の垣根を超えて冷凍生地を相互に提供しているケースも多数存在する。
またチェーンによっては、ベークオフ方式とスクラッチ方式を併用して部分部分で使い分けているところもある。
フランス.
米国.
米国の製パン業界の団体としては米国製パン協会がある。
日本.
食品小売業における分類としては生鮮食料品に次いで賞味期限の短い「日配品」として位置づけられることが多い。
大手メーカーのナショナルブランドによるもののほか、パンの特徴として「焼きたての香りや柔らかさ」や「様々な味覚の惣菜パン」も好まれるために、ベーカリーチェーンや中小製造業者、街角の「パン屋さん」に至るまで様々な規模・業態の製造業者が共存していることも製パン業界の特徴である。