コンシューマ版ではクリア状況により、この制限を解除することができる隠し要素が盛り込まれている。
サブウェポンには以下のものがある。
なお、コンシューマ版オリジナルのヒロインシナリオではサブウェポンを使用し、パワーアップさせていく「武器成長システム」が搭載された。
ストーリー.
ルカノ側もすぐさま応戦。ルカノ独立解放軍による抵抗運動が開始され、この「アスティゴス島紛争」は本格的軍事衝突へと発展した。だが物量で圧倒的に勝る連邦軍の前に、解放軍は一時撤退を余儀なくされる。
解放軍司令官のダニエル・ウィンストンは自ら調査・破壊作戦を立案し、副官ジェイク・ヘルナンデスと数名の部下と共に極秘裏にアスティゴス島への侵入を開始した。
ダニエルの妹で、解放軍女性兵士のアリシア・ウィンストンはそれを知り、ダニエルら捕虜の救出とミサイルの破壊を試みて単身アスティゴス島に潜入。
潜入した連邦軍前線基地にて、配備されているミサイルの正体が核弾頭搭載の戦略核ミサイルであるという情報を入手したアリシアは、国際特殊諜報機関「VSSE」にその情報を送信する。
問題解決のためにエースエージェントのアラン・ダナウェイ、ウェズリー・ランバートの2人を、アスティゴス島に送り込むのだった。
ステージ紹介（ヒロインシナリオ）.
また、コンティニューするとステージの最初に戻されてしまう。このモードをクリアするとクライシスミッションがプレイ可能となる。
クライシスミッション.
このモードのプレイヤーは今作から本編主人公ではなく、名も無き新人エージェントとなる（顔も姿も確認できない）。今回も撃ってはいけない民間人がいる。なお、内容に関しては単なる攻略情報となるため省略する。
登場人物.
VSSE.
今回の「アスティゴス島紛争」に対してはアラン・ダナウェイとウェズリー・ランバートの2人を送り込んだ。
ルカノ独立解放軍.
「ルカノ国」軍隊。その規模や指揮系統よりゲリラ組織に近いと見えるが、きちんとした国家正規軍であり、政府による正式報道にも登場する。
攻撃が命中すれば一撃で倒せるが、頭上にグリーンのライフゲージが表示され、数回の攻撃に耐える兵士もいる（この場合、ゲーム上ではライフゲージが表示される。ここでは「耐久力がある」と表現している）。