院政は承久の乱以降も存続し、公家政権の中枢として機能した。特に乱以後初めて本格的な院政を布いた後嵯峨院政期に院政諸制度が整備されている。後嵯峨院は、奏事（弁官や蔵人による奏上）を取り次ぐ役職である伝奏の制度化、そして院が評定衆とともに相論（訴訟）裁許に当たる院評定を確立し、院政の機能強化に努めた。院評定は当時の課題であった徳政の興行のために訴訟の裁許を円滑化する役目を担った。
院政の形骸化.
建武新政期には後醍醐天皇が親政を行い院政は一時期中断したが、数年の後に北朝による院政が復活した。室町時代に入ってからも院政は継続したが、治天の後円融院が自暴自棄な行動で権威を喪失すると、足利義満が院の権限を代行するようになり、これは後円融院の崩御後も継続した。この時期の義満を治天であったとみなす学者もいる。
江戸時代の院政.
江戸時代に入ると、『禁中並公家諸法度』に基づいて江戸幕府の対朝廷介入は本格化した。幕府は摂政・関白を中心とした朝廷秩序を求めた。しかし後水尾上皇による院政が敷かれたため、明正天皇が朝廷に於ける実権を持つことは無く、後水尾上皇に朝廷内の実権が集中した。だが、江戸時代に入ってからの院政は、室町時代までの院政とは本質的に異なるものとなった。江戸時代の院は公家社会以外への支配権を持たず、仙洞御料も上皇が存在する時に限ってその都度幕府からあてがわれ、その管理は全て幕府に委ねられていたためである。
皇位継承の法制化と院政の禁止.
院政を否定的に見る考え方は、江戸時代の朱子学者（例:新井白石『読史余論』など）にも見られるが、院政期当時は天皇家の当主を擁した「朝廷」という組織が維持されれば天皇親政でも院政でも、天皇家の当主が天皇に在位しているか退位しているかの違いしか認識されていなかった。ところが、皇室典範の制定は皇位継承が法律によって厳密に行われることを意味するようになり、こうした曖昧な形態を持った「朝廷」というあり方そのものを否定することとなった。これによって、従来は存在しなかった「皇位にあってこそ天皇として振舞える」「譲位して皇位を離れた天皇はその地位も権限も失われる」という概念が形成されるようになり、その後の日本人の一般的な院政観や専門家の院政研究にも影響を与えることとなった。
院政一覧.
基本の意味の院政の具体例の一覧は以下のとおりである。
江戸時代.
注：