クリア後には、第五章の延長として、真の敵と戦うストーリーである第六章（表題無し）が付け加えられた。ゴットサイドの祭壇に謎のダンジョンが出現し、新たな仲間のキャラクター1人、およびそのキャラクター専用の武器・防具が追加された。なお、堀井雄二は、FC版に容量の都合でカットされたエピソードがあったことを語っている が、それがリメイク版の六章と同一の物であるかどうかは不明である。
キャラクター.
キャラクターに関する変更点は以下の通り。
またFC版よりも多くの設定が追加された。
また仲間となるサブキャラクターに関して、グラフィックはFC版のグラフィックや関連書籍でのイラストとは別のものに変更されている。
仲間とならないキャラクターに関しての変更点は以下の通り。
モンスター.
主人公たちと対峙するモンスターに関する変更点は以下の通り。
また設定の追加・変更は以下の通り。
ニンテンドーDS版.
PS版では第五章以降のみの登場だった大きなふくろは、第一章から登場する（ただし各章のふくろの中身はそれぞれ別扱い）。各章で持ち越したアイテムはふくろの中身も含め、第五章で各章のメンバーが全員加わった時に大きなふくろに追加される。
非キリスト教圏のマーケットに展開を行うための配慮として、サントハイムの紋章や、墓などの十字架の形が変更された。
過去の携帯機のシリーズ作品同様に、その場でゲームを中断できる機能（中断の書）があるが、中断したゲームを再開しても「中断の書」のデータは消えず、何度でも再開できる。ただし、町や一部ダンジョンでは中断セーブはできない。
移動画面.
戦闘.
移民の町.
また、DSのすれちがい通信機能を使用し、自分の設定したキャラクターをメッセージとともに相手の移民の町へ送ることができるすれちがい大使機能が新たに加わった。迎えたキャラクターはそれ以降、そのプレイヤー側でも使えるようになる。 この機能を使って、限定キャラクターの配信が行われたこともある。
その他の変更点.
海外版では仲間との会話機能が削除された。
スマートフォン版.
アイテム課金は無いが、アイテムコードを入力することで、特別なアイテムを入手できるシステムが追加された。
反響.
本作に纏わる事件.
ファミリーコンピュータ版