ついに法水と対峙するシグマ。しかし法水は既に最強の存在となりつつあり、その戦闘形態「♭ペンデュラム」はもはや別次元の強さと化していた。シグマは成す術もなく敗れ、ネオンも再び消滅してしまう。絶望するシグマだったが、突如としてそこに巨大な人型ロボットが現れた。それはゆうが捧げた命を供物として美巫女が未来へと時を紡ぎ、可能性の未来から召喚した最強の力「対逢魔決戦兵器オルトゴール」だった。美巫女の、ネオンの、そして未来を奪われた全ての人々の願いが込められたオルトゴールに対し、法水はそれを人という生き物のエゴと言い捨てるが、シグマは「たとえ傲慢でも間違いでも、生きる」という確固たる意志の元、オルトゴールを駆って再び法水に戦いを挑む。成層圏を舞台に繰り広げられる、オルトゴールと♭ペンデュラムの時空を揺るがす死闘はシグマが操るオルトゴールの勝利に終わる。法水は「歴史が改変される限り何度でも調律者は生まれる」と告げるも、シグマに「その度に使い人達が未来を勝ち取る。僕らのように」と返され、負けた事実だけは潔く認めて消滅する。シグマもまた、役目を果たして消滅する事を受け入れた上で、最後の調律を行った。そして世界は再構成される。暖かな日差しが差し込む教室で、自身を呼ぶ声にシグマが目を覚ますと、そこにネオンが笑顔で立っていた。シグマは彼女に「おかえり」と告げるのだった。
事件.
以下は本編のストーリーとは連続性を持たないエクストラシナリオ。条件を満たすと解禁される。
システム.
探索.
主人公達が居るのはあくまで時空の狭間であって実際の現場に居る訳ではなく、過去の光景を見ているに過ぎない。その為、現場に直接干渉したり関係者の聞き込みを行う事は無く、現場に残された魂の影と呼ばれるオブジェクトを調べて時の再演（その時間帯にその場所で起きた出来事を見る）を行う事で情報を集める。一部の証拠品などは、現場に残されているものを直接発見する場合もある。
超推理.
推理が完成すると主人公による解説が成され、規定の場所にボスが出現する。事実とは異なっていても完成させることができ、刻音の配置に応じた結論と解説が展開される。しかし配置の仕方によっては、主人公が無茶苦茶な結論を出したり、途中で推理を放棄してしまう場合もある。
バトル.
用語集.