ただし、当初は軍内部の規律維持や楊秀清独裁に反対する幹部の粛清に使用されたのがほとんどで、天王洪秀全自身に向けたものはまれであった。それが天京に入城すると次第に回数が増えていった。その内容は洪秀全の妾の扱い方から楊秀清に対し洪秀全と同じく万歳を唱えるべし、といったことまで様々であった。
洪秀全は韋昌輝の首を石達開の陣営に送り、少しの間、石達開の協力体制が敷かれることになる。しかし、洪秀全はすでに肉親以外を重用するつもりはなく、石達開は数か月で天京を離脱して別行動を取るようになった。
太平天国は皮肉にも支配領域を安定させた途端、内紛が生じて弱体化し、金田村で決起した時の主要人物は洪秀全1人となった。しかし太平天国の命運がこのまま尽きることはなく、石達開らに代わる有能な将軍が幾人も輩出し、もうしばらく存続する。
新指導部の登場.
王号の乱発.
そしてさらに深刻な事態が発生した。陳玉成は長江中流で湘軍と死闘を繰り広げていたが、武漢で李秀成軍と合流し共同で曽国藩にあたる作戦を立てていた。しかし、李秀成が江南制圧を重視したため合流は果たされず、陳玉成は敵地に孤立して殲滅された。
かつての太平天国であれば、一旦敗走しても兵力の増強はさして問題ではなかった。規律正しい太平天国軍は民衆の支持を受けていたためである。しかし末期になると、規律は全く弛緩しきっていた。太平天国が食の確保に追われ、無秩序な徴収・略奪を重ねていたことが主な原因である。投降した清朝兵士を自軍に編入し、質が一層低下したこともそれに拍車をかけた。しかし兵の質が劣化しても、そのプライドは健在であった。そのため太平天国と同時期に発生した捻軍や大成国、回族等のほかの反乱軍と歩調を合わせる動きがあっても、太平天国側の自尊心がそれを阻害した。
太平天国の劣勢は自壊作用だけが原因ではなく、清朝側の軍建て直しも大きく影響した。清朝の軍事は八旗と緑営を基本としていたが、時代が進むにつれて退廃して使い物にならなくなっていた。そこで新たな軍形態が模索され、結果生み出されたのが曽国藩の湘軍・李鴻章の淮軍である。この新形態の軍は、極めて個人と個人のつながりを重視した郷勇から誕生した組織であった。