鹿嶋市はかつて「陸の孤島」とも呼ばれ、第一次産業以外に目立った産業がなかった。その状況を打破し、鹿島地域に新しい工業地帯を作るためには、宅地開発・インフラ整備と共に、人材の育成が急務となった。そんな地元の要望に応え、また鹿島開発事業を完遂させるべく、中高一貫の私立校が設立されることとなった。現在では人材育成はもとより、大学進学に重点を置いた教育を進めている。
校名「清真」はこのような経緯から生まれた初代理事長・岩上二郎の造語であり、古典などからの引用ではない。また、中国語で「清真教」とはイスラム教を意味するが、そちらとも全く無関係である。
教育方針.
高校は、普通科しか設置されておらず、体育科、理数科、英語科、特別進学コースなどの特殊なカリキュラム編成の学科やコース区分は存在しない。
これは、『文武両道』の精神の下、学業・部活動（文化系含む）・行事・学校自治等において、全生徒が偏ることなくその責任と義務を負い、かつ精進するという目標を掲げているからである。なお、体育系の部活に加入することを勧めているのではない。
教育指導.
将来的に大学進学を希望する者を対象とした、中学校・高等学校六年一貫型の全人教育を主として掲げている。
六年計画.
学生自治.
これらは「教育活動の重点」にも示されており、特別活動については下記のようになっている：
施設.
建造物.
多くの建造物は、渡り廊下や屋外通路などを通じて、「ピロティー」という赤レンガ広場を中心にしておおよそ円形につながっている。
地勢.
学園内は高低差があるが、斜面を除けば上部と下部はそれぞれ平らな土地が広がっている。上記の建造物は全てが上部か斜面に建っている。
小さな建造物や構造物については以下のとおり。
加えて部活動では、隣接施設である鹿島神武殿や鹿嶋市まちづくり市民センター（旧清真学園女子短期大学）を借りることも多い。前者は剣道部・少林寺拳法部が道場を、後者は硬式テニス部・サッカー同好会がテニスコートとサッカーグラウンドを、それぞれ毎日のように使用している。
また、教職員用の住宅も学園のすぐ隣に立ち並んでいる。ただし、木に囲まれた高台にあるため、校内から見ることはできない。
環境.