世界遺産登録前、葦津宮司は「世界遺産になっても沖ノ島は開示するものではない」と明言しており、一般開放はもとより、女人禁制の伝統的禁忌も継承される。このことについてから抗議の声が上がり、観光業界でも懸念が広がった。
これに対しユネスコ指針「ジェンダーと世界遺産」では、「個々の宗教観や文化性は尊重する」「因習を話し合う場があるべき」とし、女人禁制が世界遺産登録審査の障害にはならないことを示唆していた。
不法上陸.
沖ノ島は無人島で監視員も少ないため不法侵入が複数回起きている。
上陸について.
大祭日、女性は大島にある沖津宮遥拝所から沖ノ島を遥拝する。
神聖性と世俗面.
島全体が御神体であるとされ、年一回のみの上陸・女人禁制・禊などの禁忌から神聖性が強調される沖ノ島だが、江戸時代には福岡藩が防人をおいていた。これは神域を守る目的ではなく、江戸幕府の鎖国政策に伴う外国船の監視任務であった。
島での見聞については、島の別称でもある「不言様（おいわずさま）」として一切口外が許されないとされるが、江戸時代に入り貝原益軒は防人を務めた者からの聞き取りを行っており、『筑前国続風土記』に島の詳細な様子を記している。ただし江戸時代より以前は文書への記述すら憚りが有ったとの説もある。なお、現代でも「不言様」の範囲は鳥居（実物）から先の境内であり、船着き港周辺や島の外貌は特に公開など止められてはいない。
島内の「一草一木一石」たりとも持ち帰ることも許されないが、筑前の大名黒田長政は祭祀遺物の金銅製織機などを家臣に命じ取り寄せさせており、その後祟りがあったとして遺物は島に戻された。また、防人は嶋土産と称し山中から薬草を持ち帰っている。
島内での殺生は禁じられているが、防人や水夫らは魚介を食し、直会の後は酒盛りも行われていた。当然ながら防人は多数の武具を持ち込んでいた。
自然.
島は新生代新第三紀中新世の地殻変動に伴い海底岩盤が隆起したものが原形とされ、中核部は主として石英斑岩からなる。第四紀更新世の最終氷期に日本列島がユーラシア大陸と陸続きであった時期、島の原形も陸地の一部（山）となり土壌が堆積。完新世に氷期が終わり海面上昇で対馬海峡や日本海が形成されたことで玄界灘の孤島が形成され、造山運動で海底に堆積していた対州層が周辺海域での火山活動で噴出し島の表面に露出する泥岩となった。