『ハワイ・マレー沖海戦』は、海軍省の至上命令で制作された映画であるが、円谷が航空母艦（空母）や戦闘機の資料写真を要求しても、「カツドウ屋など信用できるか」のひと言のもと、一切が機密扱いで提供を拒まれ、セットの資料にも事欠き、本編監督の山本嘉次郎も円谷も頭を抱えるような有様であった。しかもこの映画では、海軍を相手の完成試写の際に、甲板のセット（資料提供が受けられないため、アメリカの空母を参考に作った）に対して宮家の人間が激怒し、あわや公開差し止めとなりかけるという始末であった。円谷も山本もこのことを「はらわたが煮えくり返った」と述懐しており、山本は「誰がどうやってあの事態を収めて公開にこぎつけられたか、今でも分からない」と後に語っている。
そのような軍主導の映画制作であっても、円谷はあくまで特撮の技術向上に努め、ミニチュアワークを使用し娯楽要素を盛り込んだスペクタクル映画制作に徹している。
円谷はこうした「教材映画」「戦意高揚映画」への加担を理由に、戦後GHQによって公職追放処分を受けるが、戦後このことについて一切の言い訳をしていない。円谷にしてみれば、題材がどうあれ、ベストを尽くした仕事であり、そして、どのフィルムも、円谷が憧れた飛行機が活躍するのである。円谷の下で数々の教材映画に関わった鷺巣富雄は、「同じことをしたウォルト・ディズニーは戦後見返りに土地を提供され、ディズニーランドを建てた。ようするに、“勝てば官軍”なのだ」と語っている。
有川によれば、『ゴジラ』以前の円谷は『ハワイ・マレー沖海戦』で評価されていたが、円谷自身は「特殊技術=戦争映画」と思われていたことを嘆いていたという。
活動.
撮影.
今では当たり前のように使われている撮影手法である、「なめ（画面の手前に物を置く撮影手法）」の技法や、「クレーン撮影」、「キーライト」を、戦前の、白塗りの歌舞伎役者が俳優を務めていた時代に初めて用いたのも円谷である。ビール瓶のかけらをフィルター代わりに用いて「擬似夜景」も撮影しており、有川貞昌はキャメラマンの三浦光雄による、「日本で色フィルターを使って撮影したのは円谷さんが初めてだ」との証言を伝えている。