これ以降、本願寺は武装化していき武士勢力との抗争が始まっていく。
石山本願寺時代.
細川晴元らとの抗争の中で石山本願寺は寺領を拡大し、城郭の技術者を集め、周囲に堀や土塁を築き、塀、柵をめぐらし「寺内町」として防備を固めていった。このように石山本願寺は証如時代にすでに要害堅固な城郭都市に至ったと考えられている。
と報告されるほど本願寺は多数の門徒とその門徒がもたらす財力を有していたことがわかる。
証如期には中央権門や戦国大名家への外交も展開されており、中央権門では天皇・公家衆へ接近を強め、東国の戦国大名家では甲斐国の武田氏、相模の北条氏康・北条氏政 親子と親交を結ぶ。そして三条公頼の三女教光院如春尼を、法敵ともなっていた六角定頼の息子六角義賢の、続いて細川晴元の養女としたうえで顕如の正室に迎え入れ、戦国大名と同盟を結んでいき基盤の安定を整えて、石山本願寺の絶頂期をむかえていた。
石山合戦と廃城.
とあり、教如による意図的な放火との見方を記している。
その後豊臣秀吉が跡地に大坂城を築き、城下町を建設したため、大坂本願寺の規模や構造などはほとんどわからなくなってしまった。
石山本願寺と寺内町の構造.
「要害の地に占め、寺院とはいえ堀と土居に囲まれ、まさに堂々とした城郭であった」とされている。石山本願寺は、「門前町」が栄える本山・本願寺ではなく、本山・本願寺を中心に濠や土居で囲まれた「寺内町」を有する一種の環濠城郭都市であった。
立地.
石山御坊時代の坊舎が建っていた地は、淀川河口の要港渡辺津に近く、景勝、要衝の地であったと思われ、『本願寺史』には、
規模.
石山本願寺の推定地は、現在の大阪城の二の丸周辺とされている。ルイス・フロイスの報告によると、
とあり、また『』によると、
石山本願寺の実際の規模を示す史料は現存していないが、石山本願寺を仮に方五町余の規模とした場合、『宇野主水日記』の条件を充たし、徳川期の二の丸、現在の外堀内側の面積にほぼ充当する。これらにより『摂津石山本願寺　寺町の構成』によると「石山本願寺を大阪城二の丸に充当することは、ありえぬ想定ではないと考える」としている。
防備.
籠城戦が本格的になり始めたころ、石山本願寺は守りを強化する為、柵や五重の逆茂木、その内側には空堀、その外部には総堀を掘り、櫓を建てそこに鉄砲隊を配置していた。『天文日記』には、