人類は新しい環境に即して生活様式を変革する必要に迫られた。その一つが川や湖沼や海に溢れる魚介類の利用の拡大や開始であり、貝類を常食する人間集団の場合にはその居住地域でごみ捨て場として貝塚が形成されるようになった。
貝塚では、貝殻の炭酸カルシウム成分のために日本列島のような酸性土壌であっても中和され、土壌が有機物由来の考古遺物を保護する作用を持つため、人骨や鳥獣魚骨、骨角器などが比較的良好な保存状態で出土することが多い。貝塚は文字を持たなかった社会を研究するうえで重要視されている。
世界的には、デンマークを中心としたヨーロッパ地域、カナダのブリティシュコロンビアを中心とした北西海岸、アメリカ合衆国メイン州を中心とした大西洋岸、東アジア沿海地域（日本列島を含む）などの、ほぼ同緯度の地域で、ヴュルム氷期（最終氷期）終焉期以降（後氷期の到来以降）に貝塚が出現している。
極東ロシアの沿海地方から東アジアの沿海地域（日本列島・朝鮮半島・中国大陸の沿海地域）にかけての一帯は、世界的に見ても貝塚が濃密に分布する地域である。
日本の貝塚.
東京湾岸にも集中している貝塚であるが、作られ方は時期によって違う。縄文時代早期では、竪穴建物や小さな調理施設である炉穴の中に捨てられている場合が多く、縄文前期にも早期と同様の貝塚が形成されている。
縄文中期になると、前期から成立し始めた環状集落がより増加する。建物がムラのほぼ中程の広場を囲んで配置されていて、それらの建物跡に貝殻等が多量に遺棄・蓄積されるようになったので（考古学者の谷口康浩は「廃棄帯」と呼称する）、結果として環状や馬蹄形状の貝塚の並びが形成されたように見える。加曽利貝塚や蛸ノ浦貝塚などがこれに類する。
日本列島は酸性土壌であり、骨などの有機物が残り難い。しかし、貝塚は大量の貝殻に由来する炭酸カルシウムが豊富なために土壌をアルカリ性に保ち、鳥獣や魚などの骨格（動物遺体）がよく保存されているので、当時の生産や海辺の生活を知る動物考古学の観点から貴重な遺跡となっている。