切腹の動機としては、主君に殉ずる「追腹（おいばら）」、職務上の責任や義理を通すための「詰腹（つめばら）」、無念のあまり行う「無念腹（むねんばら）」、士道では喧嘩両成敗が一つの考え方として有ることから、復讐の手段として遺恨のある相手を名指しして先に腹を切ることで相手にも腹を切らせる「指腹（さしばら）」が行われた。
また、敗軍の将が敵方の捕虜となる恥辱を避けるためや、籠城軍の将が城兵や家族の助命と引き換えに行うことがある。また、戦場における命令違反を行った者に対し、刑罰的な意味で切腹を命じる場合もあった。
日本における歴史.
平安時代.
鎌倉・南北朝時代.
『太平記』によれば、鎌倉時代末期、護良親王の家臣村上義光が主君の身代わりとなって切腹した後、自身の内臓を引きちぎって敵に投げつけ、太刀を口に咥えて絶命するという壮絶な逸話が残っている。
室町・戦国時代.
。その秀吉は、豊臣秀次、千利休らに対し、刑罰として切腹を命じている。また、関ヶ原の戦い、大坂の陣での敗軍武将への死刑執行は全て斬首刑であるが、古田織部・細川興秋など豊臣方与力と見なされた者は切腹させられている。
江戸時代.
切腹は即ち庶民に科せられた死罪（斬首刑）に相当し、当然武士に科せられた刑罰としても最も重いものであった。しかし、武士と言えど必ず切腹を命じられるわけではなく、不名誉な罪科とみなされた場合には死罪が適用された。例として島原藩主松倉勝家は、島原の乱の責任を問われ、諸大名への戒めとして死罪に処せられた。ただし、年代を経るごとに切腹は形式的なものとなり、実質的には斬首刑とも言えるものであった（後述）。
責任を取る以外にも切腹は様々な用途で行われ、復讐に用いる「指し腹（さしばら）」は、恨みを抱いた者が切腹に使用した刀を、遺族が復讐の相手に届け、相手はその刀を使用して切腹しなければならない習俗であった。また、主君に対して不満の意思表示をする切腹は「無念腹」と呼ばれ、傷口から臓物を意図的に溢れ出す手法が用いられた。
近現代.
しかしながら、切腹を自殺の方法として用いる例は、明治時代以降も軍人等の間に見られ、切腹を名誉ある自決とする思想は残った。
外国への認知.
日本が開国され、様々な情報が欧米に流れる中でもっともエキセントリックな文化として紹介され、日本の最も著名な文化・風習として知られている。