なお、日本国政府認定拉致被害者同様、個々の家族の事情等により、失踪者について民法の規定に基づく失踪宣告により死亡したものと見なし、当人にかかわる法律関係を一旦確定の上、戸籍・住民票が消滅している事例と、そうした手続きを行わず戸籍上も生存しているものとして扱っている事例、更に家族や関係者がいない事例に分かれるが、同会が調査する上においてはその取り扱いに何ら差はない。更に警察の捜査により自殺・事故死等として処理され、事件としては法律上の手続きが完了している事例であっても、調査の依頼があれば、これに対応している。
特定失踪者と拉致被害者等の扱い.
特定失踪者認定は、民間団体である特定失踪者問題調査会が個人情報を扱うことからあくまで家族・関係者等が「夜逃げをするような理由が全く見あたらないのに突然姿を消した人」で「北朝鮮による拉致の疑いが完全には排除できない失踪者」として同会に調査依頼した行方不明者を対象としており、同会が独自に情報を集めた失踪者を除き、行方不明者であっても家族・関係者等から同会に依頼がない場合は、もとより「特定失踪者」としては扱われない。
また政府認定拉致被害者は、日本国民であることが北朝鮮当局によって拉致された被害者等の支援に関する法律（拉致被害者支援法）の認定基準であるが、特定失踪者については、民間団体が示した呼称でありそのような条件もないため、消息不明となっている在日朝鮮人等も含まれている。
更に特定失踪者以外でも、拉致被害の疑いが濃厚とされ、警察の捜査対象となっている失踪者も存在している。北朝鮮工作員に関わる何らかの犯罪行為に巻き込まれているものとして警察当局が捜査し、北朝鮮工作員に関わる事件であると断定した事案の行方不明者で、且つ政府認定拉致被害者以外の行方不明者である田中実・小住健蔵については「救う会」が拉致被害者と指定しており、特定失踪者ではない。
また、よど号ハイジャック事件実行犯岡本武と北朝鮮で結婚したという日本人女性福留貴美子についても、八尾恵の証言などから拉致の疑いが濃厚とされ、「救う会」が拉致被害者と判断しているため特定失踪者とは区別される。