大和で天誅組が挙兵した直後、京では政局が一変していた。会津藩、薩摩藩と気脈を通じた中川宮が尊攘派の排除を図り、孝明天皇を動かして政変を起こした（八月十八日の政変）。これにより、大和行幸の延期と三条実美ら攘夷派公卿の参朝禁止、長州藩の御門警護解任が決定された。これらの決定は会津藩ら諸藩兵により御所を封鎖した上で行われ、宮門に駆けつけた長州藩兵との間で一触即発の事態になる。結局、長州藩は武力衝突を避けて撤退、攘夷派公卿は官位を剥奪されて失脚し、朝廷の実権は公武合体派が握ることになった。
孝明天皇は攘夷の実行を望んではいたが、妹和宮を将軍家茂に降嫁させるなど公武合体の思考であったため、武力倒幕を主張する長州藩や急進的な公卿の活動を快く思っていなかった。このため、大和行幸・攘夷親征の詔勅は天皇の真意ではない偽勅であったとされ、大和行幸の先鋒として挙兵した天誅組は、その活動を正当化する根拠を失った。
忠光らは協議を行い、京の政変は会津や薩摩などの逆臣による策謀であり、一時的なものと予測し、倒幕の軍事行動を継続することとなった。
また高野山金剛峯寺にも協力を要請する使者を送ったが、高野山では協力を約束しながらも紀州藩に通報した。
高取城攻撃.
京都守護職松平容保は、高取藩、彦根藩、津藩など周辺諸藩に対し天誅組追討令を発した。これを受けて、先に天誅組に恭順を約した高取藩は態度を翻し、兵糧の差し出しを拒否したため、天誅組は高取城攻撃を決定する。高取城を奇襲して占拠し、籠城して討伐軍に抗戦する計画であった。
。同日夜、高取城へ向けて進撃中、高取藩の斥候が捕らえられ、那須信吾が尋問するが返答しなかったため斬首した。高取城を奇襲する計画であったが、すでに天誅組の行動が察知されていると知り、松本奎堂や藤本鉄石は攻撃を再検討すべきと主張するが、積極派の意見に押された主将中山忠光は予定通りの進軍を決めた。
長殿村に退却した忠光は、藤本の提言に基づき、紀州新宮に出て、海路で移動し、四国、九州で募兵して再起を図ることを提案するが、天の辻にいた吉村や水郡はこれに従わず、忠光の本隊と別行動を取って抗戦することとなった。吉村ら別働隊は天の辻付近で追討軍を迎え撃つこととし、周辺に防塁を築くなどして防戦準備を整えた。