糞は消化器系の働きを直接に反映するため、その状態は診療においても重視されることがある。これは人間でも家畜でも同様である。この目的のために糞を調べることを検便と言う。現代の医療現場では、検便で感染症・食中毒の原因菌・ウイルスや寄生虫卵、血液が含まれていないかの検査が行われる。排便した本人の目視では分からない便潜血が検出されれば大腸癌や消化性潰瘍などの可能性があるほか、肉眼で血が混じっていると確認できる血便や下血では上記疾患のほか痔核などの可能性がある。
中国には、父親の病気を心配する親孝行の息子が父の便を嘗めてその状態を知ったという故事がある。これを由来とする嘗糞という検便行為にまつわる逸話が李氏朝鮮などに見られる。
医薬品・民間療法.
日本では馬糞（まぐそ、ばふん）に薬効があると信じられ、戦国時代には「馬糞治療」としての地位を確立していた。馬糞は傷口に塗る以外にも、直接食べるか水で溶いて飲むことによって銃創（鉄砲傷）に効くとされた。。また、傷の痛みが酷い時には温めた人の小便を飲ませることもあった。
インドにおいては牛の糞尿が医薬品から石鹸、シャンプー、歯磨き粉などの衛生用品など非常に幅広く使われており、牛の尿から作ったソフトドリンク「牛の水」なども存在する。
糞便移植.
燃料.
乾燥地帯で牧畜が行われている地域では、家畜である草食動物の未消化である植物性繊維を多く含む糞を乾燥させて、燃料や壁材として利用されている。例えばインドでは牛糞に藁などを加えて円形に乾燥させて牛糞ケーキという燃料にする。また、防虫として壁や屋根に塗る。
糞を発酵させると発生するメタンガスは、燃やすと発電に使用できる。現在、世界中で牧場の電力を糞発電により自給自足するなどして有効活用が広がっている。また、日本国内では家畜排せつ物管理の規制強化に伴い、鶏糞をボイラーの燃料とする火力発電所による発電事業が宮崎県などで行われている。
兵器・軍事利用.
糞便は、古より包囲戦の際に、攻撃側が敵の城内に投げ込むことによって城内の衛生環境を悪化させ、疫病を発生させたり、逆に守備側が城内で貯めたものを撒きつけて退散させたりするという目的で用いられた。ある種の細菌兵器である。近代の戦争で、赤痢などの伝染病を蔓延させるための兵器として使用されたこともある。
狼煙の語源は狼の糞を使用することからとされている。