軍団制の導入によって新たに生まれた概念が、この策略システムである。これは各キャラクターに個別に設定されている新たな能力値である「策略」の値に従って策略ポイントが与えられ、戦術画面に入る前にこのポイントを消費することで、様々な効果（部隊の命中率や回避率などが上下したり、補給や修理、援護砲撃が行われるなど、重要なものが多い）を発動するというもの。
コマンドのコスト制と部下提案.
これまでの作品はコマンド実行時には資金または資源を消費していくものであったが、本作では資金をコストという概念に変えて、コストと資源を消費してコマンドを実行していくものに変更された。
政策コマンド.
これまでのシリーズの外交概念である「対外交渉」に加え、新たに「国内政策」と呼ばれる内政概念が搭載された。
国内政策は、自国の各パラメータ（議会勢力、国民支持、占領地域、反戦活動）に対して実行できる。数値は主に税率への不満・敵エリアの制圧によって悪化し、特に反戦活動が一定値に高まると暴動・反戦デモが発生（全部隊の士気や全キャラクターの忠誠の低下、一定の軍団の行動不可）し、議会勢力が和平側に傾くと停戦協定エンディングが早まるなどのデメリットが生じる。
また、これらの数値を改善する方法として、前述の部下提案も可能であり、各キャラクターには、マスクデータとして「内政能力」「外交能力」の数値と提案タイプが設定されており、タイプ毎により効果やコストが異なる。なお、提案は階級が少佐以上のキャラクターに限定される。
登場人物・機体.
改良システムの導入.
連邦軍初期兵器の強化.
ニュータイプ兵器の弱体化.
ニュータイプ兵器のオールレンジ攻撃が通常兵器扱いからMAP兵器扱いになったため、ニュータイプ兵器（エルメス、ブラウ・ブロ、ジオング、パーフェクト・ジオング）が弱体化した。MAP兵器で攻撃（砲撃）した場合、攻撃対象ユニットが完全防御（反撃しない状態）と見なされて回避率が上昇するのと、通常兵器とニュータイプ兵器の同時攻撃だったのが片方のみの攻撃になったためである。
索敵時の不確定名の導入.
忠誠の導入.