こうして信虎による甲斐国内が統一されると、信友は武田宗家に従属する。信友は信虎の娘・南松院殿を正室に迎えて武田宗家との関係を強化し、居館を駿河に近い南部（南部町南部）から下山（身延町下山）に移転し、下山館を中心とした城下町を整備した。
戦国期の穴山氏.
なお、穴山氏の河内領における領域支配は信友期から発給文書が見られ、穴山氏が自立的な国衆として支配を行っている一方で、武田氏の従属下にある点も指摘されている。一方で、信友・信君期には武田家中に属しつつも駿河今川氏とは独自の外交関係を結び、甲相駿三国同盟の一環である甲駿同盟に際した武田・今川間の婚姻などを仲介しており、今川家から所領も得ている。
戦国時代の甲斐の統一、領国拡大期にあたる信虎、晴信（信玄）、勝頼の頃には信友、信君・勝千代と相次いで武田氏と婚姻を結んだ当主が出現し、発給文書の数も最大となり河内地方の支配も盛期を迎える。武田家の庶家の多くが他姓を称しているのに対し、穴山氏は武田姓を称することが許されている。
武田氏の滅亡と穴山氏.
穴山氏の再興と断絶.
信吉没後の穴山衆の動向.
河内領の支配.
河内領は甲斐南部に位置し、甲府盆地南西縁で釜無・笛吹川が合流した富士川が南北に流れる。富士川流域に平坦地が広がるが領域の大半は山地で、木材をはじめとした天然資源に富み、富士川添いには甲斐・駿河間を結ぶ主要街道のひとつである駿州往還（河内路）が通り、通商の要衝でもあった。
河内領では南部氏時代に南部の南部氏館を中心とした支配が行われており、穴山氏の入部後は南部氏館が穴山氏館となり、引き続き支配拠点になっていたと考えられている。一方、下山は穴山氏が武田氏に従属した信友期に居館が移転され城下町が開発された新支配地で、信君期には完成・発展し商職人が集住し、甲斐・駿河方面から身延山久遠寺への参詣客も往来した。
下山は南部と比較して甲府に近いため武田宗家に従属した政治的背景を反映しているが、一方で駿河今川氏の政治的中心地である駿府へも近く、信友・信君期に穴山氏は今川氏と独自の外交関係を築いており、一定の自立性をもっていたことも指摘される。
一方、河内領の伝統的中心地であった南部には南部宿が存在する交通の要地で、穴山氏の直轄支配であったと考えられており、穴山氏の菩提寺である円蔵院の寺領も存在する。