下流域は国土交通省（大和川河川事務所）の直轄管理となっているが、大和郡山市額田部南町・川西町大字吐田付近（奈良県浄化センターの南）より上流は奈良県（桜井土木事務所）管轄となる。管理境界地点の看板には下流は「大和川」、上流は「初瀬川」と記されており、この地点より上流が初瀬川と通称される。ただしあくまでも河川法上は源流まで大和川である。上流の橋の欄干や地図上では大和川と記されている。
治水・流路変更の歴史.
かつては生駒山系を抜けて現在の柏原市付近で石川と合流すると、その流れに乗るように北へ流れ、河内平野に大きな湖（草香江（くさかえ）、または河内湖）をつくって古い時代の淀川を合わせ、上町台地の北で海へと出る流路を為していた。河内湖は次第に土砂により埋まり、河内平野へと変わっていったが、基本的にはこの一帯は上町台地にさえぎられた低い湿地帯であり、江戸時代までは大和川の分流や多くの池を残していた。
江戸時代半ばごろまでの古い大和川は、柏原市の北で長瀬川（久宝寺川ともいう、本流）・楠根川・玉串川（吉田川と菱江川に分流）など幾筋にも分かれ、吉田川など一部は寝屋川が注ぎ込む深野池（大東市周辺）・新開池（東大阪市の鴻池新田周辺）の両池に注ぎこんでいた。これらの池の水と長瀬川本流は現在の大阪市鶴見区放出周辺で合流し、さらに淀川支流の古川、同じく河内平野を流れる平野川と次々合流しながら上町台地の北（現在の天満橋の辺り）でやっと淀川（大川）本流に合流していた。淀川はそこからまた安治川や木津川など多くの川に分かれ、デルタ地帯を形成しながら海へ流れていた。
これら大和川の支流は土砂が堆積した天井川で、たびたび河内平野は氾濫の被害にあった。河内平野の洪水防止や農業開発を目的として流路を西へ付け替える構想は古くは奈良時代以前からあり、治水工事の歴史は古墳時代に遡る。
江戸時代の付け替え計画以前.
仁徳天皇による堀江掘削.