などは天台教学を踏襲するとともに、「妙法蓮華経（法華経）の行者」としての自覚と末法観を基調とした独自性を示した。しかし、日蓮の時代は末法であり、天台宗の宗祖の説いた法華経には衆生を救う力がないとされ、南無妙法蓮華経こそが肝心であるとされる。
末法観と法華経.
日蓮は、鎌倉仏教の他の祖師たちと同様、鎌倉時代をすでに末法に入っている時代とみなしており、阿弥陀信仰、禅、密教の盛行によって邪法が広がっていると考えた。
そして、法華経を、滅後末法の世に向けて説かれた経典とみなし、とりわけ「如来寿量品」を、在世の衆生に対してではなく、滅度後の衆生の救済を目的として説かれたものとみなした。そして法華経に説かれた
等を「末法悪世の相」を説いたものとみなした。そして当時の現実の世相（鎌倉幕府内部の権力闘争、天変地異、元寇）を、日本において法華経が蔑ろにされてきた結果とみなした。
五綱教判.
「五綱の教判」のなかで、信仰における重要な契機として「時」（末法の世である現在）・「国」（日本国）を掲げるあり方から、こんにちでも、日蓮宗系の各宗派においては、他の宗派にはあまりみられない政治問題への積極的な関わりがみられる。
日蓮の一念三千.
日蓮は、天台教学を「迹門の妙法蓮華経（法華経）」であり「理の一念三千」と呼んで、その思弁性・観念性を批判し、自らの教義を本門として「事の一念三千」を説き、実践的・宗教的であらねばならないとした。日蓮はまた、法（真理）をよりどころとすべきであって、人（権力）をよりどころとしてはならないと説いた。さらに、仏法と王法が一致する王仏冥合を理想とし、正しい法にもとづかなければ、正しい政治はおこなわれないと主張したのである。また、王法（政治）の主体を天皇とし、天皇であっても仏法に背けば仏罰をこうむるとし、宗教上での天皇の権威を一切否認する仏法絶対の立場に立った。
分派.
思想面(本仏の位置付け、妙法蓮華経の解釈)から、次のような分派(門流)が成立した。
権力との距離という実践面 から、桃山時代末期より江戸時代にかけて
という区分も生じた。