病気や経済的な理由による者を除いた長期欠席は、かつていじめの増加によるものだ、という考えが蔓延したが、全ての不登校児童生徒がいじめ被害に起因するものではないので、一面的であり、すべての事実を的確に述べているとは言いがたい。
また同様に、「不登校は病状である」という考えがあるが、現在の不登校児童生徒の定義は身体的・精神的病気によるものを除外して考えることが大勢であり、治療の対象ではないといわれている。しかし、小児科、精神科それぞれの研修体系は大きく異なり、かつ、小児科と精神科の双方の専門的研修を受けた医師（いわゆる小児精神科医）は、きわめて少ない。そのため、医学的根拠に基づく「病識のない精神疾患」であるという診断が行われるのは、きわめて少数である。医学的根拠に基づく小児精神医学への取り組みは少数に留まるものの、医学界における断定的な完全否定はない。なお、「病気によるものを除く」とされているが、身体的な疾患についてはともかく、精神的な疾患の場合は、判断基準があいまいだとされている。
さらに学校に行ける者でも、登校の際に心身症的症状としての腹痛やめまいなどが現れたり、登校しても保健室や図書室、各学校が用意した特別教室までで、自己が所属する学級の教室まで行くことができないなどの状態も見られる（俗に「保健室登校」などと呼ばれる）。そのような学校に対する不適応の現象も総称して、不登校と呼ぶこともある。
用語の移り変わり.
この種の長期欠席のことを「不登校」と呼び慣わすようになるまでには、さまざまないきさつがあった。ごく初期では、「学校嫌い」や「学校恐怖症」という言葉であらわされていた。しかし、それらはその言葉では片付けられない問題との認識が広がり、包括的な「不登校」という言葉が用いられるようになった。
また一時期、「登校拒否」という言葉がよく用いられていたが、現実的には学校に行くのを拒否するというよりも、様々な理由により「行けない」という心身的な不調状態であることも多く、登校を拒否しているわけではないとして「登校拒否」という言葉は不適切とされ、現在では「不登校」という言葉がより適切な表現として主に用いられるようになった。しかし、旧来の「登校拒否」のさすものをそのまま「不登校」に言い換えてしまった例も多く、定義の混乱が生じてしまっている。