また『WWF黒書』で示された上述の資金の使途とスタッフへの高額報酬問題については、WWF側からの反論は見られない。
認証事業の公平性.
WWFが認証制度の立ち上げに関与する場合、WWFと利害関係を持つ特定の企業に有利に制度設計が行われているのではないかと疑いが持たれているケースが幾つかあり、その独善的な振る舞いを指摘する声がある。独立性や公平性などの点でも複数のNGO団体などから疑問が呈されている。
幹部理事の特徴.
環境破壊に対する免責.
スポーツハンティング.
ロッキード事件.
関係者の違法行為.
思想的背景.
WWFが野生生物の保護を謳う一方で、人口増加を抑制するための宣伝を精力的に行ってきたのは、このような優生学思想に基づいた人口増加（人口爆発）に対する強い懸念が根底にあるのではとの指摘がなされている。
その他.
団体の方向性.
近年では、WWF日本支部のWWFジャパンが沖縄県の米軍北部訓練場ヘリパッド建設中止を求める活動に参加し、国会前などで抗議運動を展開しているように、これまでの穏健な活動にも変化が見られる。
捕鯨問題.
WWFはグリーンピースと並ぶ反捕鯨運動の代表的団体である。絶滅危惧種であるか否かにかかわらず、豊富に生息しているクロミンククジラやイルカを含む鯨類全体を、象徴的なフラッグシップ種として扱っている。商業捕鯨に対しては、条件付きで留保の可能性を認めてはいるものの、現状では一切反対であり、扇情的なアピール活動を行っている、と批判されることもある。
日本の調査捕鯨については、「無責任な科学かつ無責任な捕鯨」であり、「信頼するに足る科学としての最低限の基準を満たしておらず」、「科学の名を偽装した商業捕鯨」であると名指しで激しく非難しており
、日本政府に対して「商業捕鯨」をやめるよう、繰り返し要求し続けている。
なおWWFカナダは、カナダ国内やグリーンランド・アラスカにおけるイヌイットによる捕鯨について、「重要な文化的伝統と価値を守るもの」としている
割り箸に関する取り組み.