クリスマスのゲイ・パーティーに参加していた悠一は、そこに現われた鏑木信孝元伯爵と出くわし、お互い驚き合う。鏑木信孝も同性愛者で、仲間内では「ポープ」と呼ばれていた。悠一はポープの誘惑に負け一夜を共にし、彼の愛人となった。鏑木信孝の秘書として邸宅に出入りするようになった悠一は、ある日、鏑木夫人に鏑木信孝との同性愛の情交現場を見られてしまう。鏑木夫人は激しい衝撃を受け失踪した。
失踪先から鏑木夫人の長い手紙が悠一宛に届いた。それは自身の娼婦まがいの半生と、悠一への真摯な恋との告白であった。感動した悠一は、その手紙を俊輔に見せ、自分が鏑木夫人を愛していることが分かったと言う。俊輔はその言葉を笑い飛ばしながら、自分が悠一に恋し始めていることに気づく。
鏑木信孝との縁を切った悠一は、以前「ルドン」に偶然入店してきた、俊輔の旧友・河田弥一郎と愛人関係を結び、河田の会社を手伝ううちに事業人となる野心が芽生えていた。その一方、俊輔の指示で穂高恭子を騙し、傷つけることに成功する。
やがて妻・康子が出産し、それに立ち会った悠一は女なるものと、自分の赤ん坊とに向かい合い、徐々に刹那的な男色の世界の戯れに退屈を覚える。そんな折、動物園で知り合い関係を持った少年・稔と親しくなるが、稔の養父・本多福次郎の嫉妬により、悠一は同性愛者であることを母や妻・康子に密告された。
窮地に陥った悠一は、京都にいる鏑木夫人に助けを求めた。悠一に母性的な無私の愛を抱くように変化していた鏑木夫人は彼のため尽力して、危機を救った。2人の間には友愛のような新たな愛の関係が生まれる。
稔や河田とも縁を切った悠一は、俊輔からも独立しようと、河田から受け取った手切れ金の小切手を持って俊輔宅を訪問する。すでに老作家・俊輔は、徐々にそういう成り行きを予感していた。そして自分がいつの間にか悠一を愛していることもはっきりと自覚していた。俊輔は、全財産を彼に譲ると言い遺し、悠一の傍らで、眠るように自殺する。
登場人物.
（年齢は数え歳）
作品背景.
執筆動機.
三島は『禁色』を執筆するにあたり、〈廿代の総決算〉だという意気込みを見せ、〈自分の中の矛盾や対立物なりの二人の「私」に対話させようとした〉と述べている。また第二部が完結した後には、次にように語っている。