南北朝時代に鎌倉幕府復興を目指し、中先代の乱を起こし、三度鎌倉を奪還した北条時行とともに、代々の得宗被官である長崎氏と工藤氏の出身と思われる武将の長崎駿河四郎、工藤次郎が処刑された記録があり、長崎駿河四郎は長崎氏の一族と思われるが、系図等は定かではない。（『鶴岡社務記録』）
出自について諸説ある楠木正成は、鎌倉幕府の御内人で、駿河国入江荘長崎郷楠村（鎌倉幕府内管領・長崎氏の領地内）の領地を持つ長崎氏に近しい一族とする説もある。（得宗被官・御家人説）
室町時代には頼綱の弟・重綱の系統が生き残り、。
後北条氏に仕えた一族もおり、長崎重光は、現在の世田谷区瀬田に瀬田城（長崎館）を築き、行善寺を菩提寺として開基した。後北条氏滅亡後は同地に土着し名主を務めた。またその兄弟は川崎市高津区北見方に移住し、名主を務めている。
他方、現在の長崎県や長崎市の名の由来となっている九州長崎氏は、が、。
東京都豊島区長崎や山形県鶴岡市長崎の地名は鎌倉時代に執権北条氏の家臣長崎氏の領地であったことに由来するとされる。
得宗被官平氏一族の苗字について.
鎌倉時代は、姓に代わって名字が一般化した時代であった。これは、鎌倉幕府草創の時に、初代将軍源頼朝が、自己の直属家臣である御家人に、支配者たる自己とその近親者と、被支配者たる御家人とを明確に区別するため、また、朝臣ではなく将軍の家臣であることを強く認識させるため、姓ではなく苗字を名乗るよう要求したためである（姓とは基本的に朝廷から与えられるものであり、苗字は将軍から与えられた領地の名称に発することが多い）。この結果、例えば北条時宗が正式な名乗りである「平時宗」を用いるのは、官位を受ける時などの公式の場に限られることとなった。しかし、このことは北条氏の被官のような非御家人には求められてはいなかった。鎌倉時代を通じて、非御家人も姓ではなく例えば長崎氏や楠木氏といった苗字を名乗るようになっていくが、これは徐々に浸透して行ったのであり、苗字の由来となる要素（領地を与えられた、ある土地に移住した、一族の惣領が苗字を名乗った）がなければ、苗字を名乗らなかった（従って姓を名乗り続けた）ことは想像に難くない。