戦闘システムはいわゆるアクティブタイムバトルシステムに近く、攻撃してから一定時間が経過するとまた攻撃が出来る、と言った流れであり、後述のようにコンボを沢山つなげると待機時間も長くなり、逆に少ししか攻撃しないとすぐにまた攻撃出来る。また、前作は一対一でしか攻撃ができなかったが、今作では全体攻撃も可能であり、武器、防具はアイテムとして装備し、一定回数攻撃する（される）と壊れてまたデッキに戻るようなシステムとなったため、前作に比べて戦闘がスピーディーになった。
とコンボを繋げることが出来る。また、
と間を抜かして繋げることも出来る。ただし、
など、数字を逆行して繋げることは出来ず、
のように、同じ数字を連続させることも出来ない。
と装備した直後に攻撃を繋げることが出来る。
まで繋げることが出来る。また、通常の攻撃と同様に間を抜かして繋げることも出来る。ただし、必殺技はMPを消費するため、一定のMPゲージに満たないとコンボに組むことは出来ない。
また、アイテムマグナス（回復や補助など）や戦略マグナス（挑発や逃走など）には精霊数がないため、コンボに組み入れることは出来ないので、単発で使用しなくてはならない。
精霊値.
本編で、主人公達がプレイヤー（精霊）に意見を求めてくる場面があり、その選択肢のどれを選ぶかによって、キャラクターとの精霊値が変化する。
精霊値が高いほど、次に引くマグナスが有利なものに変化し、コンボを組むのに必要なマグナスが引けたり、HPが少ない時は回復マグナスを引くことが出来る。
リレーコンボ.
リレーコンボは上記で記述したコンボを、最大三人まで連続して発動することが出来る応用技である。
リレーコンボを行う条件は以下のとおり
なお、リレーコンボは組み終わった後にキャラクターが行動するため、マグナスを選んでいる途中にダウンさせられると繋げなくなる。
EXコンボ.
特定のコンボを組むとマグナスが干渉し、特殊な技に変化することがあり、これを「EXコンボ」と呼ぶ。前作のSPコンボと似て非なるものである。
リアエンジン
自動車でも分野によっては、ミッドシップ配置も広義でリアエンジンに含めていることもあるが（フォーミュラカーなど）、この記事では基本的にミッドシップに相当するものは含めないものとする。
乗用車のリアエンジン.