近鉄難波線やJR東西線のように、市内中心部を通る路線は地下鉄と直通しないが、路線のほぼすべての区間が地下というような場合もある。また神戸高速鉄道は、山陽電鉄本線の神戸都心への延長、阪急神戸本線・阪神本線の山陽電鉄本線との接続ならびに神戸電鉄有馬線との連絡のために設立された企業で、自社では運行を一切行わず、地下路線と地下駅施設の保有・管理に特化した運営を行っていた。同社は日本地下鉄協会にも加盟していたが、鉄道事業法の改正にあわせて線路の保有（第三種鉄道事業者）に専念することとなり（阪急・阪神・神鉄が神戸高速線として各駅を管理）、日本地下鉄協会からも脱退した。
東京都心.
東京都心については、JR山手線内は基本的に私鉄の路線は乗り入れておらず、JR中央線と縦横無尽に張り巡らされた地下鉄が都内中心部の鉄道交通の役割を担っている。
大阪都心.
大阪では、大阪城跡が現在の業務中心地からややはずれた一角にあることと、地下鉄路線網が格子型のペーターゼン式ながら網の目にむらがあるため、皇居のような問題はほとんど無い。各路線は大阪環状線（同記事も参照）の内側では、ほぼ南北の筋と東西の通りに沿って建設され、かつて存在した市営モンロー主義の名残もあり、御堂筋線を中心として市内交通の主力になっている。東京とは異なり、JRの大阪環状線は御堂筋線などの地下鉄路線を補完する存在となっている。ただし、私鉄やJRとの相互乗り入れが活発でなく、私鉄やJRの駅から地下鉄の駅に到着するまでの乗り換え回数が多くなる傾向がある。また、梅田や難波、天王寺といった市内の主要な街を通る御堂筋線に利用者が集中するという問題もある。
名古屋都心.
名古屋では大阪同様、都心部においては碁盤の目状に張り巡らされた大通りの地下に沿って建設された。路線同士の交差部では必ず駅が設けられている。市内最大の繁華街である栄やターミナル駅である名古屋駅を結び、最初に建設された東山線が主力路線となっている。
日本の地下鉄における優等列車.
基本的に、日本の地下鉄では次の理由などから、各駅停車のみの運転を行っている路線や、東京メトロ半蔵門線など他社線内では優等種別として運転していても地下鉄線内では各駅に止まる場合が多い。