この事件は日独間の大きな外交問題となり、日本にはドイツの外相リッベントロップからの抗議文書が届いた。また、陸軍内部でも樋口への批判が一部で高まり、関東軍内部では樋口に対する処分を求める声が高まった。そのような中、樋口は関東軍司令官植田謙吉大将に自らの考えを述べた手紙を送り、司令部に出頭し関東軍総参謀長東條英機中将と面会した際には「ヒトラーのおさき棒を担いで（ユダヤ人に対する）弱い者苛めすることを正しいと思われますか」と発言したとされる。この言葉に理解を示した東條は、樋口を不問とした。
東條の判断と、その決定を植田司令も支持したことから関東軍内部からの樋口に対する処分要求は下火になり、ドイツ国からの再三にわたる抗議も、東條は「当然なる人道上の配慮によって行ったものだ」と全て一蹴した。
ノモンハン事件.
独ソ不可侵条約締結と防共協定違反.
この条約と同時に秘密議定書が締結されていた。これは東ヨーロッパとフィンランドをドイツとソビエトの勢力範囲に分け、相互の権益を尊重しつつ、相手国の進出を承認するという性格を持っていた。
また、これ以後のドイツとの交渉は一切中止となるなど、日本の政界も揺るがす大混乱となった。なお次の駐独大使には、大島とは逆にドイツとの対独同盟に懐疑的で「親米」といわれた来栖三郎が継いだ。
第二次世界大戦開戦と対独同盟派の停滞.
独ソ不可侵条約の締結を、日独防共協定を締結したばかりの同盟国である日本に事前通告をしなかっただけでなく、ポーランドへの参戦（とそれに次いで起きることが予想できたイギリスとフランスのドイツ参戦）も、一切日本への事前通告がなかったドイツとの関係は壊滅的なものとなり、度重なるドイツの態度に怒った日本は、日独防共協定を無視して参戦しなかった。
なおイタリアも参戦せず、オランダとベルギー、アイルランド、アメリカも中立を宣言したが、後にドイツはオランダとベルギーの中立宣言を無視し攻撃することになる。
ノモンハン事件の終焉とソ連のポーランド侵攻.
日本による汪兆銘擁立.
南京国民政府/汪兆銘政権成立.