かつては、筑波鉄道の線路が本丸の南東部から北西隅にかけて斜めに横切っていたが、筑波鉄道廃線後に路線の跡地がつくばりんりんロードとして整備される際、小田城本丸を横断する部分は、本丸土塁外側の南から西を周って迂回するコースに変更された。土塁北西隅部の線路跡は切通しとして残され、小田城歴史ひろば案内所から本丸を見学する際の誘導路および土塁の断面の展示として利用されている（トイレも設置されている）。
小田城廓見取図.
一の濠と二の濠の間には、小田家一門の屋敷があり、三の濠と四の濠の間には旗本屋敷や米蔵、武器庫などがあった。城の北側に大手門があり、西には旗本屋敷や竜勝寺、長久寺等がある。
小田城平面図.
歴史.
鎌倉時代.
源頼朝が平氏を滅亡させて鎌倉幕府を作った時に頼朝とともに戦った八田知家は、有力御家人の一人として常陸国の守護職を得て小田城を築き、小田氏の祖となった。それまでの常陸国南部は、平将門を亡ぼした常陸平氏が支配していたが、小田氏はやがて常陸平氏を従えて常南地方で最大の大名になった。しかしやがて鎌倉幕府の政権が北条氏に移り、常南地方の小田領も北条氏に多くを奪われるとともに守護職も失った。
南北朝時代.
後醍醐天皇が中心となって鎌倉幕府が倒されたが、元弘の乱で小田氏は幕府軍に従っており、幕府滅亡後その罪を問われることを恐れて、幕命で常陸国に流罪とされていた万里小路藤房を助けて上洛し新田義貞に味方し赦免を得ることができた。続いて足利尊氏の北朝と後醍醐天皇の南朝に分かれて激しい戦いが続いた南北朝時代になり、小田城は常南地方の南朝の中心になった。南朝勢力の参謀役であった北畠親房は、皇室領の荘園で小田氏の支配下にあった信太荘に海路上陸し、やがて小田城に在城して東国の勢力挽回を図った。北畠親房の著した『神皇正統記』が小田城で執筆されたことは名高い。
室町時代.
旧領の回復を願って小田氏は南朝に味方して戦ったが、期待した恩賞が得られず、北朝の足利尊氏勢から小田城が攻撃されることになり、やがて小田氏は足利尊氏に従うことになった。室町幕府は、東国経営を目的に鎌倉府を設置して鎌倉公方（足利氏）を置き、鎌倉府の下に東国武士を支配する関東管領（上杉氏）を置いた。常陸国の守護職には、当初から北朝側にあった佐竹氏が任命された。