京都へ大番役に出ていた父・時政の留守を預かっていた北条宗時は、公家化した平家の堕落振りに失望し、三浦義村ら若き志士たちと語らい、東国武士団の決起による武家政権樹立という夢の実現へ向かって動いていた。その頭目として期待されたのが、伊豆蛭ヶ小島に流されていた源氏の嫡流・源頼朝。宗時らは、その頼朝と伊豆の豪族・北条家との縁をつなぐため、恋文のやりとりを画策する。北条政子は頼朝に恋心をいだくが、ちょうどその時、京都から、後妻牧の方を伴って帰ってきた父時政の反対は強く、政子は山木兼隆と結婚させられることになる。そこで宗時らは政子に恋心をいだく伊東祐之を騙して伊豆権現への逃避行をさせるという手段で、頼朝の許へ駆け落ちさせる。この一件で辱めを受けた祐之は源氏や北条への復讐を誓い、親友だった政子の弟・義時に絶交を宣言する。このときの義時は、三島大社で出会った大庭景親の娘・茜と恋に落ちていた。若き日の義時は、武芸よりも学問が好きな、ややひ弱な青年だった。
その頃、京都では「義経」を名乗る盗賊が出没するが、彼らの前へ本物の義経が登場、平家への復讐に燃える義経と盗賊・苔丸らとの間に奇妙な友情が芽生える。
平家打倒を目指して以仁王と源頼政が挙兵、この二人は間もなく敗死するが、これをきっかけに諸国源氏に向けて平家追討が令せられる。先に初めての子・大姫が生まれ、政子と幸せな日々を送っていた頼朝ではあったが、ついに北条の後ろ盾を恃みに決起、山木兼隆への襲撃は成功するものの、大庭景親と戦った石橋山の合戦では敗北、三浦へ援軍要請に出た宗時は復讐に燃える祐之に殺される。頼朝や時政は、退却し物陰に潜んでいるところを大庭軍に加わっていた梶原景時に発見されるが、景時はわざと見逃し、その命を救う。再起を図った頼朝は安房で、先着していた北条時政・義時父子と合流する。宗時の討ち死により、北条の総領息子にならねばならないと、義時は父に諭される。
やがて頼朝のもとには有力な坂東武者軍団が続々と参集、歴史の大きな転換が始まった。