初期には大規模な海退が起こったようである。北アメリカとヨーロッパは大西洋の拡大により完全に分断されたが、逆に北アメリカとアジア（シベリア）はベーリング海峡付近でしばしば接続し、動物の行き来があった。北アメリカと南アメリカは白亜紀よりこの世まで大アンチル諸島が陸橋となってつながっていたが、やがて北東に移動していった。
インドがアジアに衝突し、テチス海は急速に消滅しつつあった（これも海退や気候変動、ひいては多くの動物の絶滅の一因とされる）。アフリカ・南アメリカ・オーストラリア・南極の各大陸は海で隔てられ、孤立している。アルプス山脈とヒマラヤ山脈の造山運動が開始された。北アメリカ西部の造山運動は続いている。
生物相.
大陸の分離によって、動物相には地域ごとの違いが見られるようになった。また、前の始新世に栄えた動物の多くが、始新世と漸新世の境界付近で絶滅し、それに変わる新しい種の発展が見られる。
オーストラリアでは漸新世になっても有袋類の化石は見つかっていないが、既に有袋類の一部が入っていた可能性はある。南アメリカ大陸は他の大陸と孤立して独自の生物進化を始め、午蹄中目と呼ばれる有蹄類が分布した。また、この時代に、いまだに比較的近い位置にあったアフリカ大陸から南米大陸に幾らかの小型動物（広鼻下目の祖先となる霊長類や齧歯類）が流入したようである。
中新世
背景.
気候.
中新世は新第三紀以降から現在に至るまでの期間では最も気温が高い時代であり、一般的に温暖であったが、寒冷化は徐々に進行し、南極大陸には氷床が発達・拡大していた。中新世の終わりには氷床は大陸のほとんどを覆うようになっていた。これが更に地球を冷し、以降、氷河期が訪れることになる。
生物.
孤立している南アメリカ大陸とオーストラリア大陸のみ、異なった動物相である。
鮮新世
パナマ地峡が形成され、ヒマラヤ山脈の上昇が激しくなった。
分類.
気候.
気候は寒冷化しており、南極大陸は中新世よりもさらに氷床を拡大していた。北半球での氷床の発達もこの時代に既に始まっていた。ヒマラヤ山脈などの大山脈の形成、上昇が同時に激しい岩石の浸食を招き、これによって大量のカルシウム塩が海に流入していった。このカルシウム塩が二酸化炭素を吸収し石灰岩化していったため大気中の二酸化炭素量は激減していき、寒冷化の進行を促した。
生物.