教義上、神慈秀明会では、同教団があらゆる宗教団体でもっともたくさんの奇跡が起こる宗教団体であると信じていた。神慈秀明会で発行される印刷物では、奇跡という表記が使われることが多く、奇蹟という表記が使われることはほとんど無い。神慈秀明会に入信したり、各種祭典への参拝を行うこと、布教活動に参加すること、また、高額の献金を行うことでも、さまざまな奇跡が起こった事例が会報「秀明」に多数掲載されている。特に#夏期布教において奇跡が多数起こるとされており、奇跡を体験したい青年部信者は夏期布教への参加が推奨された。
会報に掲載されたもの以外でも、非常に多数の一般信者が奇跡を体験しており、日常的な現象になっていた。新興宗教にありがちな、虚偽による御利益の捏造のようなものではなかったことは、神慈秀明会に否定的な元信者であっても認めている。ただし、神慈秀明会には、発生した奇跡が本当に神の力による超自然現象か、それとも偶然や思いこみの産物なのかをきちんと見分けようとする風潮はなかった。したがって、偶然や思いこみ、プラシーボ効果によるものも奇跡の一つとして積極的に数えており、そのことが奇跡の発生事例数を水増ししていたといえる。この風潮がいきすぎ、会報「秀明」に、一信者が捏造した奇跡事例を、検証無く真実として掲載してしまった事件も発生した。
なお、神慈秀明会と元信者との近年の裁判において、元信者側の「神慈秀明会は奇跡の話で多数の信者を集めていた」という主張に対し、神慈秀明会側は、弁護士に、そのような行為は行っていなかったと証言させている。
奇跡の水.
神慈秀明会において聖水と位置づけられている水であり、これを塗布、または飲用することで、治病などの奇跡が起こるとされている。「聖水」、「奇跡の水」、「みたらしの水」などと呼ばれる。
神慈秀明会本部への参拝時に、手と口をゆすぐ場所をみたらしと呼ぶが、そこで流れる水のことを聖水としている。世界救世教からの独立直後、神慈秀明会本部が京都にあったときは京都のみたらしの水、滋賀の神苑が完成直後から、神苑のみたらしの水が聖水となった。