唐の臨済義玄を宗祖とする。日本では中国から臨済禅を伝えた栄西に始まり、その後何人かの祖師たちが中国からそれぞれの時代の清規を日本に伝えたため分派は多い。現在の日本の臨済宗は公案禅といわれ、江戸時代に白隠がまとめたスタイルである。公案とは、裁判の公判記録のことであるが、転じて禅語録として伝えられる祖師たちの対話をいうようになった。それぞれの判例を一則、二則と数える。その対話を知ることにより悟りを知ろうとする。公案は論理的な思考によって理解する事ができない内容が多い。
曹洞宗.
以下は曹洞宗の法系の一例である。
道元は自分の教えは「正伝の仏法」であるとして党派性を否定し、禅宗と呼ばれることも嫌った。
初期は在家への布教にも熱心であったが、晩年は出家第一主義の立場を取った（『正法眼蔵』十二巻本参照）。その後、總持寺開山瑩山の時代に、坐禅だけではなく、徐々に儀式や密教の考え方も取り入れられ、一般民衆に対し全国的で急速な拡大をした。
曹洞宗の坐禅は公案に拠らず、ただ、ひたすら坐る（只管打坐）ことが、そのまま本来の自己を現じている（修証不二）としているが、公案そのものを否定しているわけではない。また、法系によっては公案を用いる流れも存在する。
普化宗.
黄檗宗.
日本の禅宗の教義.
中国で成立した禅宗は、本質的に教義を否定する傾向があったが、比叡山延暦寺の影響の大きい、日本の多くの禅の宗派は、教義を展開する。この節では、現代日本に於ける禅宗の姿を鳥瞰する。
全ての人が例外なく自分自身の内面に本来備えている仏性を再発見するために、坐禅と呼ぶ禅定の修行を継続する中で、仏教的真理に直に接する体験を経ることを手段とし、その経験に基づいて新たな価値観を開拓することを目指す。そうして得た悟りから連想される智慧を以て、生滅の因縁を明らかにし、次いで因縁を滅ぼして苦しみの六道を解脱して涅槃に至り、その後に一切の衆生を導くことを目的とする。そのため師家が修行者に面と向かって、臨機応変に指導する以外には、言葉を使わずに直に本性を指し示す道であるとされる。