それに対して、高校募集をしない学校を完全中高一貫校という。完全中高一貫校は中等教育学校とは制度上は別物である。高校募集を停止して完全中高一貫校になる学校が徐々に増えつつある。その背景として、外部生（高校入学組）は中高一貫のカリキュラムを受けた内部生に比べて進度が遅いことがある。高校募集を継続していても、高校から入学した生徒への未履修分野の補講が必要となったり、中には、高校から入学した生徒を中学からの内進生のクラスに組み込まず、別クラスにする学校もある。中等教育学校も基本的に後期課程募集はしない。
同じ名を冠する学校でありながらそれぞれ「進学校」「非進学校」という二極分化が起きることがある。
また、制服についても似ているが、中高一貫校の方が高価な素材を使ったり、学校法人側でも差別化を図っていることがある。
制度変更.
中高一貫教育のメリット・デメリット.
高校受験などの負担が少ないことは大きなメリットの一つであるが、学年が上がるにつれて、学校内での生徒間の学力差が顕著になる傾向がある。中高一貫校の中には高校段階で募集をやめた学校も多いため、学校の校風が自分に合わなくても別な学校に進学しにくいという問題もある。私立大学の附属校は一般入試を受けなくても大学に内部進学できる場合が多く、そのため、難関大学の附属校は人気が高くなっている。
中学校の選択は親の関心が優先しがちなため、公立中高一貫校も「選ばれた生徒だけの特別の学校」になるのは構造的な必然であるという指摘がある。
しかし、一般の地元公立中学校にはゆとり教育やいじめ問題や学級崩壊などの諸問題が発生する場合が比較的多いため、公立中学校に入学することへの不安も強い。これは日本の地方は教育に関する法整備が遅れているためであり、その土地に住む日本人は大学や大学院教育を知らずに過ごしていることが多い。
かつての灘高校が、詰め込み教育を終えた後理工系の数学入門コースを使用していたことで話題となった。学習指導要領の逸脱が容認されている学校もある。
その他.
中高一貫校は高い進学実績を残すのに有利とされている。一部の中高一貫校による一部の学部の大学合格者の寡占状態が問題視されることも多いが、地方では地元の公立高校から大量合格者が出るケースも散見される。