古城は熊本城の南端の南北に細長い台形の郭。鹿子木親員が隈本城として築城した場所でその後も佐々成政や加藤清正も肥後統治の拠点として利用している。内部は二段に別れ上部は隈本城の本丸であったようである。豊臣秀吉が九州征伐の道中隈本城のに宿泊した際には、上記室町時代の沿革にある通り名城と褒めており、桜馬場辺りまで含めた今の郭より大きい城で有ったと思われる。又、加藤清正が入部した時の地図では坪井川沿いに三層の天守（他に二層の櫓二基）を掲げており佐々成政が城主の一年足らずの内に織豊系城郭として整備してたようである。長く肥後の首府であったため、郭周辺には城下町が発展しており、加藤清正はこの城下町を纏め南側に碁盤の目状の古町として整備している。古城西側は井芹川による低湿地帯で防備と洪水に弱い。このため堀と土塁を築き内部を新町として短冊状に区画した城下町としている。この土塁が民謡「あんたがたどこさ」に出てくるせんばやまの元だと言われているが、確証はない。現在は下段は熊本中央郵便局、上段は熊本県立第一高校の敷地として利用されている
段山.
段山（だにやま）は三の丸西方の独立丘である。この地の開発が始まったのは細川藩政時代後期だと思われるが、郭の工事が終わったのは幕末近い天保年間である。ほぼ円形の小丘陵であり櫓もあったようだが、すぐに明治の廃城、更に西南戦争の激戦地となり、西南戦争後は丘陵そのものを削平して周辺の土地と同じ高さになっており数枚の古写真以外は郭の概要が不明。郭そのものが完全に消え去っている。現在は市電の段山町電停に名称を残すのみとなっている
石垣.