護持僧の場合、鎌倉幕府における内訳は、東密（東寺）・台密（山門・寺門）で構成され、有事の際には陰陽師（主に安倍氏）と共に祈祷を行った。護持僧を務める顕密の高僧も、鎌倉では輩出できず、基本的に京の顕密仏教界から輩出された（または京で教育を受けた者が任じられた）。宗尊親王将軍期には、後嵯峨上皇によって僧の将軍御所出仕が朝廷への出仕と同列に扱われるようになった。そのため、護持僧として鎌倉へ出仕することが、僧のキャリア形成上不利ではなくなった。また、北条得宗家にも護持僧が置かれた。
鎌倉の宗教界は、各時期の政治状況の影響を受けたが、それは護持僧も例外ではなかった。
九条頼経が四代将軍になった際には、京から観基が護持僧として鎌倉に入った。観基は九条家が院主となった青蓮院門跡に出仕していた僧であった。その他にも多数の高僧が鎌倉へ送られており、鎌倉宗教界は前代から幕府に仕えていた官僧と、九条家から派遣された僧によって構成された。ただし宮騒動により、将軍周辺にいた高僧は将軍と共に鎌倉を追放された。例えば、寺門派僧侶で九条良経の子であった道慶などは、京で活動した後、鎌倉に下向、頼経の護持僧となった。しかし頼経が京に追放された際には、頼経と一緒に鎌倉を去った。
室町時代.
護持僧就任者の宗派は、天台宗寺門派が最も重要視されており真言宗醍醐・小野派、天台宗山門派と続いた。足利義満の時代には、醍醐寺の三宝院が護持僧の統括を行うようになった。その後も三宝院は勢力を増し、明徳年間には、武家護持僧が一時的に醍醐寺院家に占められるようになる。これは室町殿義満の関与によるもので、従来までの山門・寺門・東密の三門で編成された護持僧人事からすれば異例であり、義満による護持僧制度への積極性を示すものであった。
義持時代になると、将軍護持僧の活動も広がりを見せる。この時期の護持僧は二か月ごと交代で長日祈祷を行った。義教時代になると、その数も六人から最大十二人に増員され、足利義満の弟満詮の子息や南朝皇胤も護持僧に任じられた。また、山門派の有力門跡であった青蓮院・妙法院・梶井の三門跡は護持僧には補任されず、幕府の護持僧制度からは外されていたとされる。