ただし、旧領を召し上げられた和賀義忠と稗貫広忠は数度にわたり遺民を蜂起させ、南部氏を苦しめた（和賀・稗貫一揆）。一揆の鎮圧で和賀義忠は戦死、稗貫広忠は逃亡した。広忠の娘は出家したが南部信直に見初められて還俗し、稗貫御前と呼ばれる側室になった。一方、義忠の子・和賀忠親は尚も屈せず、関ヶ原の合戦時には伊達政宗に扇動され、南部領に侵攻した（岩崎一揆）。
江戸時代.
江戸時代を通じて三戸南部氏は盛岡藩として存続する。分家で大名とされた家には八戸藩と七戸藩（盛岡新田藩）がある。
明治時代.
なお、鎌倉時代から明治維新まで同じ所領に居続けることができたのは南部氏のほかには薩摩の島津氏などごく少数で、所領が中央政権（幕府）から遠く離れていたのが理由と考えられている。
南部氏の各支族.
根城南部氏も場合によっては三戸南部氏とほぼ同格の存在として見なされることがあり、戦国時代には九戸氏も南部氏一族の有力者として幕府に認知されていた。少なくとも室町時代から安土桃山時代にかけての南部氏には、宗家と呼べるような確固たる権力を所持する家が存在しない同族連合の状況であった。
根城南部氏（遠野南部氏、八戸氏）.
南部氏は多くの支族を抱えていたが、その中で南部師行は南部氏としては記録上初めて、南北朝時代に北畠顕家に従って奥州に下向した。師行は糠部の八戸の地に根城（現在の青森県八戸市根城）と呼ばれる、従前に工藤氏の拠っていた城を接収し、居城とした。師行が一時、工藤氏を称していたとの説もある。
なお遠野南部氏が、日蓮に帰依し身延（現在の山梨県南巨摩郡身延町）の地を寄進したとされる南部実長（波木井実長）の子孫を称するようになるのは、江戸時代後期になってからである。
三戸南部氏（盛岡南部氏）.
三戸に根拠を置いた系統は三戸南部氏と呼ばれる。三戸南部氏の系譜は明確ではないが、南北朝時代に奥州に下向した南部氏の一族と見られている。三戸南部氏は鎌倉時代にこの地に下向した南部氏の宗家と従来は考えられてきたが、上述の通り根城南部氏が当初は南部氏宗家に位置付けられていたと近年では推定されている。三戸南部氏は南北朝時代には北朝を支持していたが、いつごろ南部氏の宗家としての地位を築いたのかは分かっていない。