弥生前期になると、玉名市天水町の斎藤山（さいとやま）貝塚から、これまでのところ県内で最も古い鉄製の斧が出土する。集落の周りにはほりを巡らせるようになるが、そうした環濠集落は宇土市の宇土城城山（うとじょうしろやま）遺跡・熊本市中央区の新屋敷遺跡で確認されている。弥生時代を代表する墓制である甕棺墓は弥生早期には出現するが、熊本県下ではこの時期から、前述の江津湖遺跡群・熊本市南区城南町の沈目立山（しずめたてやま）遺跡・同西区の白藤町（しらふじまち）遺跡群などで確認されているほか、当該時期の支石墓が菊池郡大津町の岩坂樋ノ口（いわさかひのくち）遺跡から見つかっている。
弥生後期に入ると環濠集落は増えるが、熊本市北区貢町の五丁中原（ごちょうなかばる）遺跡・菊池郡大津町の西弥護免（にしやごめん）遺跡・菊池市七城町の小野崎（おのざき）遺跡・玉名郡和水町の蒲生・上の原遺跡・上益城郡嘉島町の二子塚遺跡・球磨郡あさぎり町の本目（もとめ）遺跡など、海岸線を離れた内陸部にも出現する。
当該時期においては、中期の黒髪町遺跡が標式遺跡となったほか、本目遺跡から出土した土器が一時期免田式土器と特筆されるなど、独自性の高い個性的な土器型式を呈しているほか、阿蘇郡阿蘇市の小野原（このばる）遺跡群・下扇原（しもおおぎばる）遺跡などにみられる大規模な鍛冶・赤色顔料生産拠点の存在が確認されているものの、鏡・剣・勾玉を一緒に副葬する王墓はこれまでのところ見つかっておらず、王権が成立していたかどうかは判らない。
古代.
肥後国は生産力が高い豊かな土地で、地理的にも重要と判断されたため、律令体制下では大国の一つとされた。行政管区では西海道に属し、道内における大国は肥後国だけであった。
地方行政は国郡制をとり、国の行政拠点となった国府ははじめ益城に置かれ、次いで託麻へ、最後は飽田（二本木）に移った。国を細分した郡の行政単位は郡衙で、熊本県にあっては玉名郡衙だけが発掘調査により全貌が判明している。仏教の導入後は鎮護国家の理念の下、各地に官寺が建立される。熊本市南区城南町の陳内廃寺は所在が判明しているが、宇城市豊野町の浄水寺跡は、当時隆盛を誇っていた火（肥）君により建立された私寺であることが石碑により判明している。
中世.