しかし、こうした方法で全ての囚人が騙された訳ではなかった。ユダヤ人の中には、「それでも自分の行く手に何が待ち受けているか予想ないし理解していた」が、「目の前の恐るべき光景にもかかわらず、子供を励ますために冗談をいう勇気を見せた」者もいたとヘスは伝えている。何人かの女性は突如として「脱衣中に凄まじい悲鳴を上げたり、髪を掻き毟ったり、狂人のように叫びだすなどした」。このような場合には即座にゾンダーコマンドが駆けつけて射殺した。一方、ガス室へ連れて行かれる前に「まだ隠れている同胞の居場所を明かした」者もいた。
ガス処理が済むと、特殊部隊員が死体を運び出して金歯を抜いたり髪を剃り落としたりしたのち、焼却炉または死体を燃やす穴へ運ばれた。いずれにせよ死体は焼却処分されるが、火は特殊部隊員によって焚かれた。余分な脂肪分を排出し、常に火を燃え立たせておくために「燃える死体の山」がひっくり返された。ゾンダーコマンドの働きは素晴らしいものであったとヘスは述べている。「彼らもまた、いずれは同じ運命を辿ることになるのを十分承知して」いたにもかかわらず、「まるで以前から大量殺戮者だったかのごとく、いかにも当然といった様子で」手際よく任務をこなしたという。ヘスによると、多くのゾンダーコマンドは仕事をしている間、「死体の焼却などの忌まわしい任務を控えている時でさえ」食事を取ったり煙草を吸ったりしていたという。時折彼らが近親者の死体に出くわすことがあり、「さすがにこれには動揺していることは明らかであったが、……何も騒ぎは起きなかった」。ヘスはガス室から焼却用の穴へ死体を運んでいる時に自分の妻の遺体を発見した男に言及しているが、「まるで何も起こらなかったように」ふるまっていたと伝えている。