日本列島では縄文時代にイノシシの飼養が行われていた。縄文時代の遺跡からはイノシシの骨が出土しているが、弥生時代に入るとイノシシの他に骨の形状からブタだと考えられる骨の比率が急増している。また、日本在来のイノシシとブタの中間的な形態の骨は出土していないことから、ブタは弥生時代に、アジア大陸から持ち込まれたと考えられている。また、弥生時代の遺跡から出土するイノシシ類の骨は若い個体が多いため、弥生時代に家畜化されたブタ（弥生ブタ）が飼育されるようになったと考えられている。
食用.
日本で獣肉食が表向き禁忌とされた時代も、山間部などでは「山鯨（やまくじら）」（肉の食感が鯨肉に似ているため）と称して食されていた。「薬喰い」の別名からもわかるように、滋養強壮の食材とされていた。「獅子に牡丹」という成句から、獅子をイノシシに置き換えて牡丹肉（ぼたんにく）とも呼ばれる。文芸では上方落語『池田の猪買い』などに登場する。イノシシ肉の鍋料理を「ぼたん鍋」と称する。
南西諸島の奄美大島、沖縄本島、西表島などにおいては、歴史的にも肉食のタブーの影響がないまま、リュウキュウイノシシが貴重なタンパク源としてよく食べられている。西郷隆盛も奄美大島で好んで食べたとされる。
日本においては、多くがシシ汁、シシ鍋として食べられてきた。近年は焼き肉、バーベキュー、炒め物にすることも増えている。農業への獣害防止を兼ねて、捕殺した野生イノシシをジビエ（野生鳥獣の肉）として販売する取り組みも行われているが、供給に比べて需要が少ないのが現状である。
イノシシ問題.
アジア.
古代から農家にとっては害獣であったが、現代では市街地への侵入が問題となっている。
日本.
イノシシによる獣害は、日本で農耕が始まって以降、深刻な問題となってきた。江戸時代の東北地方では、天候不順による不作とイノシシの食害による飢饉が「猪飢渇（けがち）」と呼ばれた。イノシシの田畑への侵入を防ぐしし垣（シシ垣）を作った地域もあった。
三重県伊勢市の伊我理神社の祭神「伊我利比女命」（いがりひめのみこと）は、その名の由来が「猪狩」であり、五穀を食い荒らすイノシシを狩る女神だとされている。
養豚に打撃を与える豚熱の媒介役にもなっており、農業被害抑制と合わせて野生個体の駆除が強化されている。