事件後に事件の捜査を行った匂坂春平陸軍法務官（後に法務中将。明治法律学校卒業。軍法会議首席検察官）や憲兵隊は、黒幕を含めて事件の解明のため尽力をする。
事件の捜査は、憲兵隊等を指揮して、匂坂春平陸軍法務官らが、これに当たった。また、東京憲兵隊特別高等課長の福本亀治陸軍憲兵少佐らが黒幕の疑惑のあった真崎大将などの取調べを担当した。
そして、小川関治郎陸軍法務官（明治法律学校卒業。軍法会議裁判官）を含む軍法会議において公判が行われ、青年将校・民間人らの大半に有罪判決が下る。磯部浅一はこの判決を死ぬまで恨みに思っていた。また栗原や安藤は「死刑になる人数が多すぎる」と衝撃を受けていた。
民間人を受け持っていた吉田悳裁判長は、北一輝と西田税は二・二六事件に直接の責任はないとして、不起訴、ないしは執行猶予の軽い禁錮刑を言い渡すべきことを主張したが、寺内陸相は、「両人は極刑にすべきである。両人は証拠の有無にかかわらず、黒幕である」と極刑の判決を示唆した。
匂坂春平はのちに「私は生涯のうちに一つの重大な誤りを犯した。その結果、有為の青年を多数死なせてしまった、それは二・二六事件の将校たちである。検察官としての良心から、私の犯した罪は大きい。死なせた当人たちはもとより、その遺族の人々にお詫びのしようもない」と話したという。ひたすら謹慎と贖罪の晩年を送った。「尊王討奸」を叫んだ反乱将校を、ようやく理解する境地に至ったことが窺える。
民間人に関しては、木内曽益検事が主任検事として事件の処理に当たった。
判決.
自決.
自決等
階級・所属部隊・年齢等は事件当日のもの。階級名の「陸軍」は省略した。罪名中の「群集指揮等」とは「謀議参与又は群集指揮等」のこと。以下各表について同じ。
田中光顕伯、浅野長勲侯が、元老、重臣に勅命による助命願いに奔走したが、湯浅内府が反対した。
真崎の事件関与.