前作でカエルの姿に戻ったハロルド国王は病に伏せていた。シュレックとフィオナは遠い遠い王国に留まり、国王の代理として、毎日多くの政務に追われて忙しい日々を過ごしていた。何をやっても上手く行かず、性に合わないと思ったシュレックだったが、国王の容態は悪化し、ついには亡くなってしまう。国王は後継者にシュレックとフィオナか、フィオナの従兄弟であるアーサーを指名していた。王位に就きたくないシュレックは、アーサーを呼びにドンキーと長ぐつをはいたネコと共に船旅に出る。出航直前に、シュレックはフィオナから妊娠を告げられる。急な告白にシュレックは船の中で悪夢にうなされる羽目になる。
一方、チャーミング王子は、おとぎ話の悪役たちを唆して、悪役軍団を組織し、シュレック達に復讐するため、王権を奪取しようとする陰謀を企て、国王不在となった城を急襲する計画を立てていた。
シュレックたちの乗る船はアーサーが在学している魔法学校に着く。勉強もスポーツもダメないじめられっ子だったアーサーは王様になれると喜んでシュレックたちについていくが、帰路の途中でだんだんと責任の重さをプレッシャーを感じ、逃げ出そうとして船を難破させてしまい、魔法使いマーリンの住む庵に一行は漂着する。マーリンはアーサーが過去に父親に捨てられたのがトラウマになっていると診断した。
城のフィオナの元には、妊娠を知ったシンデレラ、白雪姫、眠れる森の美女、髪長姫などのプリンセスたちとにおとぎ話のキャラクターたちがお祝いに来ていた。そこへチャーミング率いる悪役軍団が攻め込んでくる。王妃とフィオナとプリンセスたちは、隠し扉を通って城の地下道へ逃げるが、髪長姫の裏切りによってチャーミング王子に捕まってしまった。