もっとも、時季変更権を使用者が行使した場合、その可否を判断するのは民事的な問題であるため、労働基準監督署では判断する権限はなく、一度なされた時季変更権を労働者が否定するには、都道府県労働局によるあっせん等の申し立てや、終局的には裁判所での判断が必要になる。このため、事実上、理由の適否に関わらず、使用者が時季変更権を行使してしまえば、年次有給休暇の取得を強制させるのは困難になる。
長期かつ連続した年次有給休暇の請求.
離職時との関係.
自由利用の原則.
年次有給休暇の請求を拒否できる場合.
労働者がその所属の事業場においてその業務の正常な運営の阻害を目的として一斉に休暇を提出して職場を放棄する場合（一斉休暇闘争）は、年次有給休暇に名を借りたストライキにほかならないから、それは年次有給休暇とはならないとするのが判例・行政解釈の立場である。
実際には一斉休暇闘争と他の事業場への争議行為に参加する行動との判別はときに困難である。一斉休暇闘争も基本的には年休の時季指定とみなしたうえで、使用者の適法な時季変更権の行使にもかかわらず就労がなされなかった場合に初めて争議行為が成立するというべきであり、その行使が結果として適法と認められた場合でも、解雇や懲戒処分が有効であるかどうかは慎重な検討を要する。
賃金算定.
時間単位年休の場合は、上記の額をその日の所定労働時間数で除した額となる。また、出来高払制その他の請負制による場合は、その賃金算定期間によって計算された賃金総額を当該総労働時間数で除した金額に、当該期間における1日平均所定労働時間数を乗じた金額が「通常の賃金」となる。変形労働時間制を採用している事業場における時給制労働者については、各日の所定労働時間に応じて算定される。
消化義務.
同時に改正された時間外労働の要件とは異なり、中小企業への適用猶予はなく、全ての使用者に同日から消化義務が適用される。
年次有給休暇管理簿.
年次有給休暇の買取予約禁止.
なお、法定日数分の年次有給休暇につき、労働者がその権利を行使せず時効や退職等の理由でこれが消滅するような場合、残日数に応じて調整的に金銭の給付をすることは、事前の買取と異なるため、法の趣旨からは外れるが、必ずしも禁止されていない。