色を経験することでメアリーがなにか新しいことを学ぶかどうか、という問題は、クオリアの存在や物理主義に対する知識論法と関わっている。
クオリア.
まず、メアリーが何か新しいことを学ぶとしたら、クオリア（経験の主観的、質的性質）が存在するということになる。この思考実験に携わってみるならば、大抵の人は、メアリーが部屋を出ればなにか知らなかったことを学ぶだろうと考えるだろう。ジャクソンによれば、その新しく学ぶだろうことこそが、赤く見えるということのクオリアであるとされる。そうであれば、特定のクオリアを持つ人と持たない人との間には差異があるのだから、クオリアという質は実在する、ということを認めなければならない。
知識論法.
つぎに、メアリーが何か新しいことを学ぶとしたら、物理主義は誤っていることになる。とくに、心的な状態については物理的な説明ですべて事足りる、と主張する物理主義者には手痛い打撃となる。メアリーが色を知覚するということについての全ての科学的知見を持っていたとしても、赤を見たことがなかったとしたら、赤を見るという体験がどんなものかを知ることができるであろうか。ジャクソンは、メアリーは自身の経験を通して新しいことを学ぶのであり、それゆえ物理主義は誤っている、と主張する。そして次のように述べる。
ただし、ジャクソンが論文中で攻撃の対象としている物理主義とは、すべての（正しい）知識は物理的事実についての知識のみであるとする認識論的な意味での物理主義であって、あらゆる事物は物理的であるとする存在論的な意味での物理主義ではない。
反応.
ダニエル・デネット.