主力戦艦のリメイク艦。『PS版さらば』『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
防衛軍実験型戦艦.
ゲームオリジナル艦。『PS版さらば』に登場する。通称は「無人戦艦」。
巡洋艦級.
巡洋艦のリメイク艦。『PS版さらば』『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
防衛軍実験型巡洋艦.
ゲームオリジナル艦。『PS版さらば』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
パトロール艦級.
パトロール艦のリメイク艦。『PS版さらば』『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。
突撃駆逐艦級.
駆逐艦のリメイク艦。『PS版さらば』『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。リデザイン担当は宮武一貴。
新たな設定画が描き起こされている（細部が若干変わった程度でプロポーションにはほとんど変化無し）。さらに続編においては、グラフィックは同一ながらもバリエーション違いの設定も創られている。艦名は「突撃駆逐艦」となっている。
護衛艦.
護衛艦に相当する。『PS版さらば』に登場する。
プロローグのムービー中に登場する。デザインはアニメ版のものを流用している。
主力戦艦改級攻撃空母.
空母のリメイク艦。『PS版さらば』『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
戦略指揮戦艦アンドロメダ改級 しゅんらん.
アンドロメダの派生艦という設定のゲームオリジナル艦。『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
突撃駆逐艦雪風改級大山式 雪風・改.
ゆきかぜの改造艦という設定のゲームオリジナル艦。『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
自動超弩級戦艦級.
無人艦隊大型艦のリメイク艦。『イスカンダルへの追憶』『暗黒星団帝国の逆襲』『二重銀河の崩壊』に登場する。デザイン担当は宮武一貴。
劇中では、無人艦隊大型艦と同様の出番のほか、地球防衛軍第七艦隊旗艦「しゅんらん」の管制下にあった艦が、しゅんらんと共にヤマトの航海に同行する。
自動重駆逐艦級.