関係者の間で協議が行われた結果、当該区間の整備新幹線を建設した特殊法人日本鉄道建設公団（後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構）がJR東日本から受けとる新幹線に対する線路使用料を原資として、JR貨物の支払う線路使用料を補填することになった。この制度は後の整備新幹線開業でも適用され、期限はJR貨物の完全民営化時とされている。
かつては、秋田や郡山にある工場への車両回送ルートとなっていたが、JRの路線が分断され、従来は東北管内で完結していた回送であっても、首都圏を経由するなど大迂回をするようになった。
北陸新幹線.
九州新幹線（鹿児島ルート）.
これ以外の路線区間は都市圏輸送体系上、分離されずにJR九州が継続して経営を行っている。
九州新幹線（西九州ルート）.
地方格差助長問題.
新幹線の建設を促進する理由として、地方格差の是正と地域振興が主張されるが、地方の衰退を促進する効果が大きいと指摘する専門家もいる。
その理由として、以下のようなことを挙げている。
設計・運行速度.
北陸新幹線
概要.
北陸新幹線は整備新幹線として初めて着工され、電源周波数が異なる地域や山岳地帯、豪雪地域を経由する路線でありながら工事費を抑えるために様々な新技術が用いられている。
駅一覧.
各駅の構造.
運行形態.
列車の概要.
列車愛称.
「かがやき」.
「はくたか」.
「つるぎ」.
「あさま」.
現行のダイヤパターンと停車駅.
以下に示す時刻・運転区間などは昼間時間帯の平均的なパターンで、早朝・深夜は若干異なる。
号数の振り方.
車両.
運賃と特急料金.
乗務員.
運転要員.
客室乗務員.
主要技術.
異周波数対応.
冬季対策設備.
地震対策.
その後、最新の観測技術や高速ネットワークに対応し、早期探知アルゴリズムを改良した「早期地震防災システム」が開発された。
沿革.
構想から整備計画の決定.
ルート選定.
建設の凍結と運輸省案による整備方針.
スーパー特急方式による暫定整備計画.
新規着工拡大と全区間フル規格化.
新潟県の費用負担問題.
北陸新幹線の整備費用のうち、新潟県の負担分について国と新潟県との間で一時対立が生じた。