幼体と集合体の着ぐるみのボディは、同じ粘土原型から造られた。集合体の触手や足の爪は、操演による。幼体・集合体とも着ぐるみのほか、メカ内蔵のものやアップ用のギミック付きの頭部のみのものなども用意された。メカ内蔵のものは腹の下の中心部の足の先に移動用のキャスターを付け、自走させている。ゴジラジュニアとの戦闘シーンのアップでは、ハサミやツメなどのパーツのみを用いている。川北は、集合体のスーツは形状ゆえに動かしづらく苦労した旨を語っている。メカ内蔵のものは、火炎放射器のシーンで実際に燃やされた。
パトカー内のゆかりを襲うシーンには、頭部のみのギニョールが用いられた。ギニョールの操作は本編助監督の熊澤誓人による。
飛翔体の原型は、コスモプロダクションの八木将勝が手掛けた。内部メカはレプリカが担当。操演用のみで、スーツは存在しない。顔はラジコンギミックを内蔵し、尾やトゲはケミカルソフト（軟質ウレタン）の注型で作られた。
塗装には自動車用の塗料が用いられた。若狭は、『ゴジラvsメカゴジラ』でのファイヤーラドンの配色に納得できていなかったため、それを改善すべく川北好みの発色である新塗料を用いたという。耐候性が高いため埃にも強く、水洗いのみで汚れを落とすことができるようになった。
微小体はCGで描かれた。造型予定もあったが、本番用には作られず、CGモデルの参考に用いられたもののみとなった。
撮影・演出.
飛翔体が品川や天王洲の上空に出現するシーンは脚本になく、川北が避難する一般人を演出するために追加した。新幹線と並ぶシーンでは、あえてデストロイアの方を遅くしている。
完全体の出現シーンでは、爆破でスーツが焦げてしまい、翌日の吊りシーンまでに塗り直された。ジュニアの熱線を受けて爆発するシーンも撮影されていたが、編集段階でカットされた。
脚本では分裂体となるシーンはなく、川北は巨大怪獣同士の戦いを避け、インパクトのあるバトル演出を意図したことを述べている。
ゴジラを持ち上げるシーンでは、長距離を引きずることで重量感を出している。この演出は、臨海部分の埋立地がフラットであったことから可能となった。