毛顎動物はヤムシと総称される動物で、かつては成体の口が原口に由来しないという発生様式から後口動物とされてきた。しかし、主な中枢神経が腹側にあることや顎毛（餌の捕獲器官）にキチン質をもつことなど、前口動物の特徴も持つことは古くから知られてきた。分子系統学による解析が始まってから、後口動物ではないことが明らかになった（この頃の解析では後口動物・前口動物のさらに基部の系統に位置した）。
脱皮動物.
汎節足動物.
螺旋動物.
軟体動物.
冠輪動物に属する軟体動物門は節足動物門に次いで既知種の大きい門で、骨格を持たず、体節がない軟体からなる。体腔は真体腔であるが退化的で、体内の腔所は組織の間隙を血液が流れるだけの血体腔である。一般的には体は頭部、内臓塊、足からなり、外套膜が内臓塊を覆っている。外套膜が分泌した石灰質の貝殻を持つ事が多い。卵割は普通全割の螺旋卵割であるが、頭足類では胚盤をもつ盤割となる。
軟体動物の綱は以下のように分類される：
環形動物.
分子系統解析に基づく系統樹は次の通りである：
二胚動物・直泳動物.
分子系統解析から、かつて中生動物とされていた二胚動物および直泳動物はともに螺旋動物に属することが支持されている。ただし、その中でも、二胚動物と直泳動物は姉妹群「中生動物」となり、さらにそれが吸啜動物と姉妹群をなすという結果もあれば、直泳動物は環形動物に内包され、環形動物の極端に退化した形と考えられることもあり、まだ決着はついていない。
後口動物.
水腔動物.
水腔動物 （ 歩帯動物 ）は幼生の形態、三体腔性、軸器官などの形質を共有する。
棘皮動物は、成体が五放射相称、三胚葉性で、内胚葉由来の中胚葉（内中胚葉）を持つ。腸体腔性の体腔で、体腔に由来する水管系と呼ばれる独自の構造をもつ。神経系は中枢神経を持たず、神経環と放射神経からなるが、ウミユリ綱では神経節を持つ。ウミユリ綱、ヒトデ綱、クモヒトデ綱、ナマコ綱、ウニ綱からなり、分子系統解析によりこれらのうちウミユリ綱が最も祖先的だと考えられている。ウニ綱のうちタコノマクラ類やブンブク類では五放射相称が歪み左右相称性を示す。
脊索動物.