構造改革特別区、海上都市「アクア・エデン」。そこはカジノや風俗が合法化された、日本でただ一つの特別な島である。アクア・エデンに、観光を楽しむべく友人と訪れた主人公の六連 佑斗は、島内でとある少女の誘拐事件に遭遇する。正義感からその事件に関わった佑斗は、誘拐犯の思惑により吸血鬼となってしまう。吸血鬼となってしまった佑斗に、アクア・エデンの秘密が語られる。この島は吸血鬼という存在が政府に認められた唯一の場所であるということ。同時に、人間と吸血鬼が共生する場所でもあるということ。吸血鬼と化した佑斗は本土に戻ることが許されず、アクア・エデンで暮らすことになる。新しい仲間達との出会い、そしてこれまでと全く違う常識と大騒動が、佑斗の生活を鮮やかに彩っていく。こうして、海上の楽園を舞台に、吸血鬼としての新しい生活が幕を開ける。
美羽ルート.
検疫のために合成血液の流通を一時的に止めた結果、吸血鬼による暴動が生じる。吸血鬼達は検疫を吸血鬼排斥運動の一貫と捉えたのだった。暴動の最中、アクアエデンと本土を結ぶ橋が爆破される。これは、アクアエデンを煙たがる一部の政治家が暴動に乗じてアクアエデンを潰す計画を執行したためだった。この非常時に対し、アクアエデンの市長・小夜は全住民を脱出させることを決断する。吸血鬼達は暴動を止めて避難を始める。避難の際、瓦礫撤去のため吸血鬼は能力を行使し、それを見た人間は自ら血を差し出す。暴動を起こした吸血鬼達は、その光景を見て吸血鬼と人間の共生が可能だと判断する。
梓ルート.
梓は吸血鬼を狩る狩人の一族であったが、吸血鬼を自分の目で確かめるためにアクアエデンに移り住んだ。また、梓は人間であるが、小夜の補佐役であるアンナ・レティクルの血を引いていた。アンナの娘は吸血鬼であったが狩人の男性と駆け落ちして梓を儲けた。後に梓の母親は狩人から迫害を受け、アンナに懇願して吸血鬼足らしめる原因のヴァンパイアウイルスを破壊してもらい人間となった。しかし梓の母親は、人間となったため不老能力を失い、急激に衰えて梓と死別したのだった。出生の秘密を梓は知らず、親は事故で死んだと聞かされていた。