「現代語としては、語構成の分析的意識のないものと考えられる」との理由は、かなり主観的色彩の濃いものであり、客観的で明確な判断基準たり得ないという批判や異論は当時から多くあった。この語意識の問題は、三つ列挙した例のうち後者二つに波及する問題である。
合拗音・四つ仮名の方言.
「現代かなづかい」では、「注意一」として次の文言を掲げていたが、「現代仮名遣い」ではこれを掲げていない。
現代仮名遣いに対する批判.
仮名遣、歴史的仮名遣を参照。
漢字への依存.
現代仮名遣いに対する批判の一つとして、「漢字に依存していて表音的でない」ということがある。先に挙げた「国語シリーズ」では漢字で隠れるから大きな混乱はない、ところが助詞は隠れない、等と述べられている。この漢字依存については、現代仮名遣い以外でも、歴史的仮名遣における「鋳る・居る」の「い・ゐ」の使い分けについて金田一京助が「漢字に隠れ恥じ無きを得ているのではないか」と批判したことがある。
語幹の変化.
「言う」では認めないのに形容詞のオ列長音では認めるという矛盾など。語幹については上述。
五十音図に応じた活用の消失.
五十音図の成立について、以下のような説がある。
成立過程については諸説あるが、従来からの国語文法において、五十音図が活用を説明する上で便利であり、そこには表記における正則性が認められた。活用は必ず同じ「行」に属する、というわけであるが、現代かなづかい以降生じた文法変更の要請によって、その正則性がくずれた。たとえば、ハ行転呼音によるハ行活用の未然形がワ行になり、それ以外の活用形でのア行と分かれたことである。
これら国語文法は、教育において、以前のものは文語文法、現代かなづかいによる変化を加えたものを口語文法として呼び分けることがあるが、本質は同じ体系の文法論である。その口語文法においては、この変則性を例外であると教えることになる。
上は文語文法のハ行四段活用を行う「問ふ」の例である。文語文法ではハ行に正則性がある。
適用範囲の逸脱.
原理的に適用が不可能であるはずの古文に対しても無理に現代仮名遣いが適用されている。
丸谷才一による批判.
小説家丸谷才一は次のように批判した。
開発.
特徴.
車体部は三菱重工業、砲塔部は日本製鋼所が製造した。