息子家親の代には毛利氏の後ろ盾を得て備中をほぼ統一し、備前や美作においても部分的に勢力下・支配下におさめ、戦国大名として名を轟かせる。
元親に近い血筋の者は毛利方についた三村親成などの係累を除き、因幡・阿波・讃岐等各地に落ち延びていった。
二松学舎大学創立者で皇室への出入りのあった漢学者三島中洲（毅）を初めとして、三村氏の子孫を称する家系は備中地域などに少なくない。
江戸時代以降.
親成の系統は、水野勝成との縁故（二度に亘り寄食させ、養女（実は家親の末娘）を正室に娶らせた。）から備後福山藩家老職を務めた。他に備前岡山藩に仕官した系統などもある。
上田実親の遺児三村勝親・吉親のうち、前者の系統は讃岐高松藩士となり、後者の系統は幕末の備中松山藩士・三島中洲家となった。
この他にも江戸時代において藩士として禄を食んでいた三村氏子孫の系統は数家あったようである。
備中・信濃両三村氏の関係.
備中三村氏・信濃三村氏の関係については不詳とする文献もある。特に備中三村氏が初期に本拠地としていた星田郷などが「三村荘」と呼ばれる荘園内に属したと考えられることから、備中三村氏の苗字発祥の地（本貫地）を「三村荘」と比定する説もあった。
これらのことから、両三村氏は同流・同族と見て間違いないであろう。家親なども神社をわざわざ信濃より勧請しており、信濃に深い縁故を感じていた節がある。
なお、備中三村氏が古くから小笠原氏分流を名乗る一方、現に小笠原氏の臣下にあった信濃三村氏は源頼親（大和源氏の祖。）子孫などとも称している。
系譜.
 　　源義清
 加賀美遠光 　　　　　 　　 　武田清光　　　　　　　　　
 小笠原長清 　
 小笠原長経 　伴野時長 　大井朝光 
 小笠原長忠 小笠原（三村）長時（住・常陸国筑波郡三村郷）　　　
 三村親時
 親屯（信濃国筑摩郡洗馬郷）
 親實（備中国小田郡星田郷）
 能實
 親経
 親基
 親隆
 時親
 宗親　 　
 　　 　　 家親 　　 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　親成　　　　　　 　 　 　 　親頼
 庄元資　 元親　 元範　上田實親　元高　　於柵（水野勝成正室）
その他の三村氏.