坂上家の現当主である加奈の身体には、初代当主である鈴鹿の魂が宿っていた。土蜘蛛との抗争で重症を負った鈴鹿は、肉体と魂を分離させる秘宝・金の鉞を用いて魂だけの存在となり、坂上家の当主の身体に宿るようになった。加奈と過ごしていく中で、圭介はこうした事情を徐々に打ち明けられる。後に圭介達は金の鉞を囮に偽温羅を誘い出し、捕まえることに成功する。偽温羅は暮葉であることが判明し、坂上家が暮葉を引き取ることになる。こうして偽温羅騒動は解決する。
偽温羅騒動やデートを通じて加奈と鈴鹿は圭介が温羅であることを知るがその秘密を守ることを選ぶ。圭介は加奈と鈴鹿の両方に恋心を抱き思い悩む。圭介は悩んだ末に加奈・鈴鹿に対し二股をかける宣言をし、2人に受け入れられる。しかし、鈴鹿との恋愛は加奈の兄である坂上 熊吉（さかがみ くまきち）に反対される。それは、鈴鹿の意識が表に出ることが続くと、身体の所有権が鈴鹿に移る恐れがあるからであった。恐れは現実となり、熊吉は金の鉞を用いて鈴鹿の魂を加奈の身体から切り離すことを決める。しかしそれは、鈴鹿の魂を葬り去ることを意味していた。圭介は自身が温羅であることを明かし、熊吉と対峙する。そこに鈴鹿が現れ、金の鉞を用いて自身の魂を加奈の身体から切り離す。自身が犠牲になる道を選んだ鈴鹿に対し、圭介と加奈は鈴鹿を救うことを誓い、直後に鈴鹿は消滅する。
後に圭介は加奈と結婚し、坂上家の婿養子となる。圭介は坂上家の忍者として秘宝を護ることになる。さらに時が流れ、魂を現世に定着させる秘宝を見つけた圭介達は鈴鹿を救うことに成功する。圭介と加奈は鈴鹿との再会を果たす。
暮葉ルート.
暮葉は、所有者が望む物を出す秘宝・打ち出の小槌を盗もうとする。圭介は温羅の姿で暮葉の前に現れ、父親の借金を返すのなら別の方法を執れと諭す。そこに居合わせた坂上家の忍者頭領は、怪盗を辞めて坂上家で働くことを提案する。暮葉は圭介の説得により、一度は打ち出の小槌を諦める。しかし土蜘蛛の生き残りが現れ、暮葉を脅して打ち出の小槌の取得を迫る。圭介は坂上家の忍者頭領と協力して土蜘蛛の生き残りを倒す。事件後に暮葉は、温羅が圭介であること、坂上家の忍者頭領が須久那であることを知る。暮葉は坂上家の温情により、父親と共に坂上家に仕え始める。