時は流れ、多くの文明が生まれ、国同士の交流も盛んになっていた。そろそろ他の国も見回るべきというしずかに対し、生贄事件で助けた自分に似た少年ノビ彦の子孫が気になって仕方ないのび太はスペアポケットを手に、一人で日本に似た国に行くことに。その国は平安時代のような社会となっていた。ノビ彦の子孫の野比奈は冴えない老人であり、薬草売りでやはり貧しい暮らしをしていた。そんなある日、野比奈はチュン子という甲虫類と人間を合わせたような奇妙な生き物を保護する。のび太の陰ながらの支援もあり、チュン子は元気になったのだが、生き物嫌いの野比奈の妻に見つかってしまい、引っ叩かれて飛び去ってしまった。探しに行った野比奈はやがてチュン子の養親によって「チュン子のお宿」に招かれ、歓待を受けた後にお土産を貰って帰るという『舌切り雀』のような体験をする。お土産の箱には一杯の宝が詰めてあり、のび太はこの一族にも運が向いてくるだろうと満足して去る。しかしのび太も野比奈も気付かなかったが、チュン子の養親もまた昆虫人だった。彼らは人間との共存を望んではいたのだがその直後、都の人間が名医の令嬢捜索の名目で、居もしない鬼を討つべく山狩りを行った。やむなく昆虫人は人間の望み通りの鬼に化けて彼らを追い払う。
一方、四丈半島に行ったスネ夫とジャイアンは昆虫人の乗る謎のタイムマシンに拉致されていた。このタイムマシンは密航としてタイムパトロールに追われていたが、超空間の支流に飛び込んで逃げおおせる。のび太はしずか、ドラえもんと合流する。しずかは外国で「女神様」として様々な奇跡を起こしていたが、同時に各地で起きていた宗教戦争に悩まされたと語る。作られた神や伝説を盲信し、過ちを犯すのはいつの時代もどこの国も一緒だった。しかし奇妙なことに、どの国でも小さな羽を持つ妖精が信じられ、地底世界の伝説が語り継がれていたという。