小渕は意識が判然としないまま当日の夜に順天堂大学医学部附属順天堂医院に緊急入院した。執務不能により青木幹雄を首相臨時代理に指名したとされているが、青木の首相代理就任に関しては「脳梗塞で既に意識を完全に失っていた小渕本人に指名を行うことができたのか」と野党やメディアに疑惑として追及された。
後に青木本人が「小渕さんの症状は脳死ではないのか?」という記者からの異議申し立てを却下したうえ、医師団が曖昧な説明しかしなかったため疑惑は残り後任の森喜朗総裁誕生の舞台裏と併せて「五人組による密室談合政治」と批判される原因となった。
首相としての事績.
総理大臣当時、目指すべき国家像として「富国有徳」を打ち出す。この概念は静岡県知事に就任した石川嘉延により引き継がれ、石川知事時代の静岡県のスローガンの一つに掲げられた。
この時の人事では早稲田大学雄弁会OBから玉澤徳一郎農林水産大臣、青木幹雄官房長官を起用。また地元の群馬県から福田赳夫の娘婿の越智通雄金融再生委員長（森派）、中曽根康弘の息子・中曽根弘文文部大臣（江藤・亀井派）、山本富雄の息子・山本一太外務政務次官（森派）といった上州戦争の関係者を起用した。
全体の方針を策定するだけで、各省庁の個別の案件は国務大臣自らの裁量に任せるというのが小渕内閣の特徴であった。
また公明党の発案で、地域経済の活性化と称し「地域振興券」を国民に配布したが、これは「バラマキ政策の極致」と酷評された。また、労働者派遣法を改正し規制を緩和した結果、特殊分野に限られていた労働者派遣業の対象業種は大幅に拡大し、その後、派遣社員のワーキングプア問題が発生した。
首相としての評価.
就任当初、日本政治が専門の三井海上基礎研究所のジョン・ニューファーが「小渕氏は冷めたピザほどの魅力しかない。（内閣総理大臣になったとしても）自分自身では決断ができず、党長老の単なる傀儡にしかすぎないだろう」と述べ、それがニューヨーク・タイムズ誌に掲載されたことから、『冷めたピザ』が日本で流行語となり、外務省がこれに対して批判的なコメントをする事態となった。後にニューファーと対面した小渕は「ところで、冷めたピザとはどういう意味ですか」と直接尋ねた。対面後のニューファーは「人間関係に関しては、内閣総理大臣は思ったよりシャープだ」とやや考えを改めている。