女系天皇（じょけいてんのう）または母系天皇（ぼけいてんのう）とは、男系（父系）でない人物が天皇となることを指す。
具体的には、現状では女性皇族（内親王および女王）が民間の男性と結婚したとき、従来ならばその時点で女性皇族は皇籍離脱、相手の男性も皇族にはならず、間に生まれた子供およびその子孫も民間人のままである。これを改め、女性皇族は引き続き皇族となり、逆に相手の男性が新たに皇族となり、間に生まれた子供およびその子孫も皇族であり、場合によっては皇位も継承する、というものである。
この時、女性皇族は結婚後の皇籍離脱有無にかかわらず初代天皇の男系子孫であるが、彼女と民間人男性の間に生まれた子供は、男系では民間人男性の系統になるため、民間人男性が初代天皇の男系子孫でなければ、初代天皇の男系子孫ではない。そのため、この子供（あるはその子孫）は、従来の初代天皇男系の血統（皇統）に属さない、新しい血統の皇族（いわゆる「女系皇族」）になる。更に、将来的に皇位を継承した場合は、史上初めて、初代天皇の男系子孫ではない天皇（女系天皇）が誕生することになる。
このように、皇室の成員、天皇の属性について、従来の原理原則（男系）を改め、現皇族およびその子孫の中で皇位継承権の付与の条件を緩和しようというのが、女系天皇論の論旨である。
また混同されがちであるが、過去に女性天皇は存在したがその全てが男系である。「女系天皇」は歴史上一度も存在したことがないことに注意が必要である。
議論の推移.
※名前右の（）内に当時の年齢、名前下に当時の皇位継承順位併記。
政府の議論（平成）.
政府の議論（令和）「女系天皇の否定」.
宮内庁の議論.
小泉純一郎内閣時代の有識者会議と同時期、宮内庁においても皇位継承問題について議論が行われていた。
宮内庁案では、「男系男子をもって継承することを原則とするが、やむを得ない場合のみ女性天皇・女系天皇を容認する」という内容であった。
言論界の議論.
小泉純一郎内閣時代の有識者会議の結論に対しては、言論界からは強い反発があり、特に女系天皇も容認しようとする同会議の姿勢に対しては、「なし崩し的である」との強い疑問の声も上がった。
有識者会議には、単なる男女平等論調の観点から意見を述べた委員が複数存在したことも判明し、また「結論を急ぎすぎている」と同指針に対する批判も相次いだ。