スネークは立ち、しゃがみ、匍匐の三姿勢で行動できる。立ち姿勢では新たにダッシュが追加。ダッシュは素早く移動が出来るが、敵に発見されやすい。匍匐移動は見つかりにくいが移動速度は遅い。また、マップの拡張に伴って、高い障害物にも登れるようになったり、今までのシリーズでは行えなかったジャンプアクションが追加された。壁のヒビに手をいれてよじ登るクラッククライミングやゴミ箱やトイレに隠れ、敵兵をしまうと言ったアクションが追加され潜入の幅が広がった。ジャンプは特定の場所でしか行えないものの、高いフェンスや建物の上に飛んでよじ登ったり、隣の建物へ飛び移ることが可能になった。
本作はローリングから緊急回避アクションへ変更され、飛び込んで回避しそのまま匍匐状態になることができるようになった。さらに『ファントムペイン』では一定の高さから緊急回避で飛び降りるとローリングで着地する動作が追加された。緊急回避は当たると敵兵を転ばせることができる。
本作から、シリーズ恒例であった「壁叩き」動作が廃止された。その代わり空弾倉が無料無限となったほか、『ファントムペイン』では義手の動作音で敵を誘き寄せる機能が導入された。スネーク以外の戦闘班の兵士の場合は義手ではないため、指を鳴らして音を鳴らす動作になっている。
フルトン回収.
前作『ピースウォーカー』と同様、本作『ファントムペイン』では、敵兵士や捕虜にフルトン回収装置を装着することでマザーベースへと回収し、仲間にすることができる。それだけでなく羊などの動物や、開発を進めることで敵が所有する車やコンテナ、対空機関砲などの固定武装もフルトン装置で回収することが可能となっている。後述するバディの離脱などもこのフルトン装置によって行われる。ただし本作では屋内や天候・対象の状態・周囲の敵の状況などによって、バルーンが障害物や敵兵によって撃ち落とされたり、回収対象が死亡していたり行方不明になるなどで失敗する場合がある。また、回収を試みる度にマザーベースの運用資金であるGMPを一定数消費するようになった。