幻想郷では、「異変」と呼ばれる怪事件や怪現象などの騒動がしばしば発生する。異変とは、幻想郷規模の広範囲に渡る事件のうち発生時点で原因不明とされたものである。東方Projectの作品群は基本的にこの「異変」を題材としたストーリーが展開されるが、『風神録』のように異変以外の出来事が題材となっている作品も存在する。
異変の原因は妖怪の気まぐれや興味本位によるものである事が多く、博麗神社の巫女である博麗霊夢が調査に向かい、犯人を見つけて懲らしめるという流れが基本である。異変の解決は博麗神社の巫女が行うのが基本であるが、霧雨魔理沙などの模倣者が異変を解決してしまう場合もある。ゲームやその他作品の題材にはなっていないが、人間の里にも妖怪退治を仕事とする者がいる。
又，退治されても、何度も何度も繰り返してかかってくるものもいるので、厄介。
異変が強すぎると結界が壊れてしまうこともある。実際に壊れている時もある。
以下は、『紅魔郷』以降の作品で発生した異変や出来事である。
以下は作中で発生したものではなく、設定上存在するのみの異変や出来事である。
史料.
森近霖之助によれば、「幻想郷に歴史はない」という。これは、幻想郷の歴史とはほとんど妖怪の歴史であり、妖怪は長命で当事者がまだ生きているので、事件が歴史らしい歴史に成りにくいためだという。それでも日々の出来事や歴史を綴った書物や出版物は幻想郷にもある。
地理.
幻想郷の地図は公表されていない。ゲームや漫画、小説、設定資料集などにおいて、個々の場所が僅かに関連付けられているのみである。
博麗神社.
博麗神社（はくれいじんじゃ）は、幻想郷に存在する神社。幻想郷で唯一の有人の神社とされていたが、『風神録』以降は守矢神社が存在するため、唯一ではなくなっている。
現在は巫女である博麗霊夢が1人で住んでいる。
人間の里.
幻想郷で「里」と言えば通常は「人間の里」を指す。里に住む多くの者は、博麗大結界が出来た際に幻想郷に閉じ込められた人間たちの末裔。幻想郷の人間のほとんどは人間の里に住んでいる。妖怪の賢者が保護していて、妖怪退治を仕事とする者も住んでいるため、人間の里の中にいれば妖怪に襲われることはほとんど無い。里の中には妖怪向けの店も数多く有り、人間だけでなく、妖怪も買い物に訪れることがあるという。
魔法の森.