このように日本国内においては、野球競技が硬式野球・準硬式野球・軟式野球に細分化されて発達。また、競技の過熱化の影響から政府による野球統制令なども生まれた。しかし数年を経た後に、野球分野の指導者たちが政府の干渉を嫌って独自の連盟組織を立ち上げ強化する努力を行い、法案廃止にまで至るなどの歴史的経緯の結果、それぞれの野球連盟は他のスポーツ競技連盟の多くが加盟する日本体育協会などの統制組織には入らず独自の運営を行ってきた。これは、大学野球だけにとどまらず、ほかの各種の野球競技においても似たような情況を経てきており、こういった状況が現在の日本国内における野球競技の組織運営形態の複雑さに色濃く残ったものとなっている。従って大学野球においても硬式野球・準硬式野球・軟式野球は基本的には一つに統一されていないそれぞれ別管轄として運営されている。
また、元来は男性が主体で行う競技とされてきた経緯があるが、近年になって女子野球（硬式・軟式）も新たに加わる形となって過渡期を迎えており、女子の競技者やチームをどういった形で受け入れていくかも、硬式・準硬式・軟式の分野でそれぞれ独自の方針に従って行われている。（一般社会人もまた別の規定などがある。）
以上の経緯から、同じ種別（硬式・準硬式・軟式）の野球部なら、どの野球連盟（後述を参照）傘下に加盟するかは、その野球チームの任意となる。学校単位の学生チームも地域の社会人野球連盟に登録することも可能であるが、協約により学生と社会人双方への重複加盟は禁止されている。但しその協約は、あくまで日本学生野球協会と日本野球連盟との間のもので、軟式野球・準硬式野球・女子野球や医科学生総合体育連盟のような他競技連盟に参加しているチームには適用されない。
硬式野球チームにおいても、医科歯科系チーム（医科大学・医学部単独、歯科大学・歯学部単独）は、学制が新制に移行する以前から通常の大学・学部と履修年度数が違う事によるチーム事情の違いから、全日本大学野球連盟には所属せずに別活動を行っているチームの方が多い。
なお、医科歯科系単独チームの野球部の活動については、東日本医科学生総合体育大会、西日本医科学生総合体育大会、全日本歯科学生総合体育大会なども参照の事。
以下に加盟の選択肢例を説明する。
主な大会について.
以下に、主な大会を要覧する。
軟式野球.