スキナーは、体系化された行動主義哲学を構築した理論家・実験家・実践家である。彼の構築した行動主義哲学は、徹底的行動主義と呼ばれている。そして、その哲学と共に、彼は行動分析学という新しいタイプの科学を作りだした。
定義.
スキナーは、徹底的行動主義を打ち立てた。徹底的行動主義は、彼が行った研究（実験行動分析と呼ばれる）を基に体制化された哲学である。徹底的行動主義は、意識・認知・内観などは観察可能な行動と同様の原理が働くとし、意識・認知・内観を行動とは異なる二元論的なものとはしない。そして、意識・認知・内観は顕在的行動と同様に科学的に論じられうるとして、それらの存在を受け入れている。
革新的な実験法と概念.
代表的なフリーオペラントの実験では、レバーと餌が出る装置がついた箱（スキナーボックス）の中にラットを入れる。ラットがレバーに近づくと餌を出すのを繰り返すことで、ラットがレバーに近づく頻度が増加する。次に、レバーに触れると餌を出すことを繰り返すと、レバーに触れる行動が増加する。最終的に、レバーを押したところで餌を出すことを繰り返すことで、レバーを押す頻度が増加する。この実験では、実験者は餌を出す装置（環境）を操作しているが、ラットの行動に直接手を出していない。ラットは箱の中を「自由」に動き回ることができていたため、フリーオペラントと呼ばれる。レバーに特別近づくことがなかったところから、レバーを押すまでに行動を形成する技法はシェーピングと呼ばれる。そして、レバー押しの頻度が増えたことは、行動（レバーを押した）とその行動の結果（餌が出た）の関数関係で説明され（関数（function）は「機能」とも翻訳される）、この説明法は関数分析（機能分析）と呼ばれる。
実験行動分析学によって導かれた行動原理は、応用行動分析学として教育・スポーツ・医療、ペットや介助犬のトレーニング、会社運営、社会的問題解決などに応用されている。
言語（的）行動.
これにより、徹底的行動主義によるヒトの行動の研究は、教示性制御と随伴性制御の相互作用を理解する試みへと移った。そして、＜どのような教示が自発されるか＞や＜どのような行動の支配を教示が獲得するか＞を決める行動過程の研究が行われるようになった。
淘汰による行動の理解.