主題歌の歌手には、一般の人気が高い沢田研二が起用された。当時はアニメに人気歌手を使うことは異例だったが、沢田が歌う「ヤマトより愛をこめて」はオリコンにもランクインするほどのヒットとなった。ヤマトのストーリー同様「箝口令」が敷かれ、レコーディングは録音スタジオ・サウンドシティーにおいて密かに行われた。本作では他にもコスチュームデザイン協力にファッションデザイナーの花井幸子を起用する試みを行い、パブリシティに一役買っていた。
なお映画のノベライズ版が、西崎でなく松本名義で出版されている。
あらすじ.
テレザート星に到着した古代たちは、幾多の戦闘の果てに地下に幽閉されていたテレサを解放する。彼女は古代らに白色彗星帝国の存在と彼らの次の狙いが地球である事、および自分が反物質人間ゆえ、共に手を取り合えばエネルギー化し消滅してしまう事を告げると、不思議な力で超状現象を起こしつつ天空へと消えた。
地球に迫り来る白色彗星に対し、出撃した新造戦艦アンドロメダを旗艦とした地球防衛軍宇宙艦隊は、前衛のバルゼー艦隊を拡散波動砲にて撃破し一時的に有利に進めるものの、直後の彗星本体との直接対決には敗れ壊滅してしまう。
戦う力を失った地球は降伏か死かの選択を要求される。
一方、彗星帝国に亡命していたデスラーとの戦いに勝利したヤマトは、地球を破壊する為遂に進撃を開始した白色彗星の眼前に、ワープアウトを強行し、死に際の彼から教えられた白色彗星の弱点である渦の中心核を目掛け波動砲を打ち込む事で高速中性子のガス体の除去には成功するものの、 激しく発光するその内部から、鋭角的な線で縁取られた異様な姿の要塞都市帝国が出現した。
だが、戦力として満身創痍のヤマトしか残されていない古代は、沖田の肖像に向かい「自分はこれからどうすればいいのか」と問いかけると、そこに沖田の面影が現れ「人間の命だけが邪悪な暴力に立ち向かえる最後の武器なのだ」と古代を諭した。超巨大戦艦を倒す最後の手段を悟った古代はヤマト艦長として残った数少ない乗組員に総員退艦を命じたが「自分も残る」と反駁された。古代は「俺もまた生きる為に行くんだよ、これは死ではない。しかし世の中には現実の世界に生きて熱い血潮の通う幸せを創り出す者もいなければならない」と説得して乗組員を退艦させた。