秘密基地（ひみつきち）とは、一般には秘密となるように建設または設置された基地のことを指す。
概要.
地形を利用したり、カモフラージュを施したりして建設する大掛かりなものから、アパートの一室にそれとなく入ってしまうものまで、さまざまな規模のものがある。
また、子供の間で、部外者に知られたくない秘密の遊び場の意味でこの語を使うことがある。
現実世界における秘密基地.
現実世界では、軍事組織、諜報機関、過激派等の秘密の活動拠点という意味で通俗的に用いられる。ここでは、当事者が広く知られたくない活動が行われる。具体的には極秘技術の開発、民兵組織、スパイの育成及び活動、長期間にわたる監視・諜報活動（諜報機関が置く“隠れ家”に関しては特に「セーフハウス」と呼ばれる）、外部からの逃亡者・犯罪者を匿うなどであるとされる。有名なものとしては、高度経済成長期の日本において極左暴力集団がテロ活動の拠点としたいわゆる「非公然アジト」がある。
これらの形態は、資金力等に左右され、大は巨額の資金をかけ大掛かりに建設しているものから、小はアパートの一室に設置しているものまで多種多様である。
フィクションにおける秘密基地.
スーパーヒーローが登場するフィクションにおいては、ヒーローに分類される側の秘密の活動拠点、あるいは逆に悪役（ヒール）に分類される側のそれを指す言葉として用いられる。基地の形態としては、カモフラージュされた巨大な地下施設であったり、外部からそれとわからないように一般のオフィスなどが改造されていたりするものも多い。世界的に著名な作品における「秘密基地」には以下がある。
子供の遊び場としての秘密基地.
仲間内では大人や部外者（友達でも仲間という約束を交わしていない者）へは、その存在や場所を秘密にする約束が交されることも少なくないが、必ずしも「秘密」であることにこだわらず、大人からみれば単に彼らが集まる場所に過ぎないことも多い。