妖精村は既に帝国によって滅ぼされており、いたのはポポイのじっちゃんのみだった。マナが消えれば妖精たちも消える運命にあると聞き、ポポイは散り散りになった仲間たちがいつか帰って来れるように帝国と戦うことを決意する。じっちゃんの助言に従い、ランディたちはマタンゴ王国を訪れることに。
国王トリュフォーに会うなり、強引に北の洞窟にいる白竜の様子を見てきてほしいと頼まれる。次の神殿の在り処と引き換えにということになり、ランディたちは洞窟へと向かう。その深部に巣食っていたグレートボアを倒し、白竜の子供を保護するも親竜は既に殺されてしまった後だった。トリュフォーから火の神殿の場所を教えてもらい、一行はカッカラ王国へ。
このままでは、かつての大戦のように神獣が現れ、要塞と神獣の戦いで地上が破壊されてしまう危険性があった。そこでジェマは、マナの聖剣に本来の力を取り戻させるべくマナの聖域を目指すように助言する。聖域は普段は分厚い雲に覆われていて進入できないが、要塞が復活した今ならマナの減少の影響を受け、雲も晴れているはずだという。マナの聖域深部にてランディたちはマナの木を発見するが、タナトスが放った要塞からの一撃により崩壊してしまった。途方に暮れるランディたちに応えたのは、マナの木そのものであった。
このままマナが失われれば世界中に散っていた「神の獣」が一つに合一し、「神獣」が生まれる。神獣はマナを回復させる唯一の手段だが、余りにも急速にマナが失われると反動で凶暴化するという危険性があった。母は最期の力を用いて聖剣の力を解放し、真の力を取り戻させる。母親らしいことを何もしてあげられなかったとを我が子に謝り、夫の後を追って行った。母の死に嘆き悲しむランディだが、仲間たちの励ましによって立ち直る。こうして名実ともに聖剣の勇者となったランディは、プリム、ポポイと共に世界を救うべく最後の戦いの地、マナの要塞へと突入する。