その反面、前記の専用定期航路の各営業所を始め、絡む航路から完全に外れて孤立している地区の営業所を含め、営業所毎の事情に合わせて運用されている、[[カラーリング]]や本体構造 ・ 寸法 ・ さらには固体管理番号までもが千差万別のいわゆる、ご当地キャラ的なコンテナとなる物まで多彩に揃っている。
内航コンテナの種類.
ドライコンテナ.
ただし、[[日本通運]]が東京⇔北海道航路、東京⇔九州・瀬戸内航路、東京⇔沖縄航路、大阪⇔沖縄航路など、広範囲に運用するドライや通風コンテナ（通称・DM青コン）には、長距離輸送に伴う気温差による[[結露]]対策として、逆に[[ベニヤ]]などでの内張り仕様が大多数を占めている。
ハイ・キューブ・コンテナ.
リーファー・コンテナ.
日本国内で運用されている[[電源]]が必要な[[冷凍]]・[[冷蔵]]コンテナには、[[海上コンテナ|国際海上コンテナ]]の[[海上コンテナ#リーファー・コンテナ|リーファー・コンテナ]]で触れている方式と同じ複数の方式が取られている。しかし、基本的には船舶とトラックまたはトレーラーだけで輸送するために、鉄道と違い常にコンテナ外部からの給電が出来る環境が整っているので
また、コンテナ個々に独立装着した小型[[発電機]]で直接給電する[[ディーゼルエンジン]]付の単独方式でも、基本的にはディーゼルエンジンを止めて、代わりに専用の電気ケーブルを接続し外部からも給電出来るような併用式が原則である。
これは船舶での輸送中に、例えばトラックに積載してカーフェリーへ乗船している場合やコンテナ単体での輸送中であっても、ディーゼルエンジンは船舶火災防止のために原則、停止状態にするよう法律で規制されているためである。併用式であればエンジンを停止しても、船舶から給電すれば問題ないが、完全なディーゼルエンジンだけの単独方式では船舶からの給電はできないため海上輸送は不向きである。
タンク・コンテナ.
家畜・動物コンテナ.
航空用コンテナ.
航空機用コンテナは、その飛行機と言う脆弱かつ繊細な構造的な要素や、全ての機体が航空管制されているために例えば、海上用コンテナのように国際用と国内用での違いがある訳ではなく、航空コンテナ（ユニット・ロード・デバイス）として管理されている。
災害とコンテナの関わり.
東日本大震災.
伊豆大島・土石流災害.