この間に、教勢は著しく発展し、日本有数の大教団として、また一個の強力な社会的勢力としての地位を得るにいたる。
蓮如以来、政元と親交があった本願寺としては、紛争に巻き込まれることを恐れ、実如と宗祖真影は近江堅田に避難する。
京都移転.
教如退隠.
穏健派と顕如の室如春尼（教如の実母）は、顕如が書いた「留守職譲状」を秀吉に示して、遺言に従い三男の准如に継職させるよう直訴。
教如は本願寺北東の一角に退隠させられ、「裏方」と称せられる。引退後も教如は精力的に布教活動にいそしみ、なお本願寺を名乗って文書の発給や新しい末寺の創建を行っている。のちの本願寺分立の芽は着々と育っていた。
本願寺分立.
関ヶ原の戦い後、かねてから家康によしみを通じていた教如は家康にさらに接近する。
「本願寺の分立」により本願寺教団も、「准如を十二世宗主とする本願寺教団」（現在の浄土真宗本願寺派）と、「教如を十二代宗主とする本願寺教団」（現在の真宗大谷派）とに分裂することになる。
ただし教如の身分は死ぬまで公式には「本願寺隠居」であって必ずしも本願寺が分立したとは言い切れない。
つまり形の上では七条堀川の本願寺の境内の一角に構えていた教如の隠居所（本願寺境内の三分の一を占め阿弥陀堂や御影堂もあった）を、六条烏丸に移させたにすぎない。東本願寺が正式に一派をなすのは次の宣如のときからである。
七条堀川の本願寺の東にあるため、後に「東本願寺」と通称されるようになり、准如が継承した七条堀川の本願寺は、「西本願寺」と通称されるようになる。
一説によると、幕府は、准如が関ヶ原の戦いに際して西軍側についたため准如に代えて教如を宗主に就けようとしたが、教如自身がこれを受けなかった。
この時、本多正信が、「本願寺は、現実には表方（准如派）と裏方（教如派）に分かれているのだから無理に一本化する必要はない」との意見を述べたため教如への継職を止め、別に寺地を与えることに決したという。
現在の真宗大谷派は、この時の経緯について、「教如は法主を退隠してからも各地の門徒へ名号本尊や消息（手紙）の配布といった法主としての活動を続けており、本願寺教団は関ヶ原の戦いよりも前から准如を法主とするグループと教如を法主とするグループに分裂していた。