そんな中、アンディの家が引っ越すという新たな問題が持ち上がる。その騒ぎの最中、バズのことが気に入らないウッディは、バズを机の裏に突き落とすことを画策する。だが、想定外なことに様々な偶然が重なったことでバズは机の裏ではなくアンディの部屋の窓から転落するという大事故に見舞われてしまい、さすがのウッディも愕然とする。他のおもちゃたちは、ウッディが自分に取って代わりそうなバズを窓から突き落としたのだと追求する。その最中にアンディが部屋に来るとウッディはアンディに連れられて「ピザ・プラネット」というレストランに連れて行かれる途中、二人を尾行してきていたバズに会うも、喧嘩となってしまう。夢中になるうちに、ガソリンスタンドでアンディとはぐれてしまう。必死に彼を追う二人だったが、道すがら「おもちゃ殺し」と称される隣家に住む凶悪な少年、シドに発見され、そのまま連れ去られてしまう。一方、ウッディとバズを両方無くしてしまったアンディは、二人の安否を心配し、酷く落ち込んでしまう。
翌日、部屋に閉じ込められたウッディとバズは、シドから酷い扱いを受けつつも、何とかしてもうすぐ引っ越してしまうアンディのもとへ戻ろうと試みる。しかし、テレビで流れていたバズ・ライトイヤーのCMを見たバズが、自分がおもちゃであることに気づき落ち込み自暴自棄となる。更にシドがバズにロケット花火を括り付け、爆死させるという恐ろしい計画を企てる。自分がおもちゃだった事、そしてもうすぐシドに壊されてしまう事を知ったバズは絶望してしまう。しかし、ウッディの説得で立ち直ったバズは、箱の中に閉じ込められていたウッディを救出し、二人でアンディのもとへ戻るのを決意する。その直後、目覚めたシドによってバズは連れていかれてしまうが、ウッディとシドによって改造された善良なおもちゃたちによって、無事救出される。同時にウッディは、シドの目の前で動き出し、「これから先はおもちゃを大切に扱うことだな！」と説教して、彼に一生忘れられない恐怖を与える。これに発狂したシドは、おもちゃがトラウマとなり、慌てて部屋へと逃げていった。