この玉川上水の水元役玉川庄右衛門・清右衛門の処罰から町奉行への上水事務の移行、更に上水取扱・請負人の設置までは短期間で行われている。
水元役について.
神田上水の水元役を任ぜられた内田六次郎は井之頭池を見立てたといわれ、大久保藤五郎忠行とともに神田上水を開設した人物に挙げられている。上水の開設者の家が代々水元役を勤めるというのは神田上水だけではなく、玉川上水・三田上水・千川上水でも同様になっていた。彼らは上水の請負人として武家や町方から水銀を徴収していただけではなく上水の管理全般に渡って広い権利を持っていた。
内田家が神田上水の水元役としてどのような役割を担ってきたかについて、『上水記』第八巻に詳しく記述されている。
内田茂十郎の罷免により、水元役は事実上廃止された。これにより神田上水は完全に幕府が支配することとなった
料金制度.
上水を維持・修復していくには、莫大な費用が費やされた。そのために料金の徴収は必要であった。具体的には水銀(みずぎん)は上水の使用料である。その他、上水修復のための普請金があり、それに上水を生活・灌漑用水として使用している農村に課せられた水料（堰料ともいう）があり、水料の方は玉川上水だけであって、神田上水にはなかった。金ではなく米で納められることが多かった。
江戸初期の水銀の徴収については管理同様に不明な点が多い。
この時期の神田上水の水銀割当てについてはわかってないが、玉川上水と同様な割合で徴収されていたと思われる。
水銀の徴収以上に重要だったのは普請金の確保である。当初は幕府が普請費用を賄ってきたが、上水道の構造が脆いため度々修理が必要であった。そのために普請金の徴収も行うようになった。
江戸中期まで玉川上水では水銀のみならず、普請金や水料の徴収も両玉川家が行っていた。
組合は上水修復に必要な普請金の徴収を行っていたが、後に水銀徴収も行うようになった。普請金は水銀と異なり上水の利用云々を問わず、上水路の沿道の武家・町家から徴収した。
終焉.