古代末期、ローマ帝国の西方地域では異民族が侵入したことで従来の統治システムが崩壊した。混乱する政府機能とは対照的に、教会は帝国西方において着々と地位と影響力を強めていった。この時期ローマ教皇はローマ司教というだけでなく、ペトロの後継者としての権威によって他地域の教会へも及ぶ特別な位置を確保するに至った。さらに崩壊したローマ帝国の統治システムに代わって教会の広域ネットワークの重要性がいっそう増した。こうして教皇は教会ネットワークの「統治者」としてもろもろの地方権力者たちを上回る権威を持つようになった。他方、帝国東方では異民族の侵入による混乱の影響が少なく、コンスタンティノポリスには依然としてローマ皇帝が健在であったことから西方のように教会の権威が世俗権力のそれを上回ることにはならなかった。（このように同じキリスト教でもローマ帝国の東西の政治状況の違いによって微妙にその性格が変化していったことが、カトリック教会と正教会の分裂へとつながっていく。）
東ローマ帝国における展開.
東ローマ帝国における皇帝権力は、聖職者の叙任権も持たなかった神聖ローマ帝国の皇帝などから見れば遥かに強く、その専権事項である軍事・行政権を行使して教会に圧力を加えたり、総主教を更迭したり、フォティオスのような在俗の官僚や皇族を総主教に任命したりするなどして教会に影響力を行使していた。東ローマ帝国においては皇帝と教会共にどちらかに従属するようなことがなく、時に緊張をはらみながらも「キリスト教ローマ帝国」の支配層を形成していたというべきであろう。
西欧における「皇帝教皇主義」.
宗教上の権威と世俗の権威が主導権を争うことは洋の東西を問わずよく見られることであったが、キリスト教と世俗の権威の関係でもせめぎあいはしばしば見られた。その中で世俗の権威が地域のキリスト教をコントロールする状態のことも広い意味で「皇帝教皇主義」と称することがある。
フランス.
宗教改革（ドイツなど）.