なお、世界遺産としては禁教期の潜伏キリシタンの信仰を具現化したものが対象であるため、禁教明け後もカトリックに復帰せず昔ながらの信仰を保持した「カクレキリシタン」に関しては必ずしも重視されておらず、カクレキリシタン関連を追加登録するならば価値を組み替えなければならない。
また、世界遺産は不動産有形財構築物でなければならないため、動産としての潜伏キリシタンの聖具や、無形文化財の口伝承歌「オラショ」などは補完資料扱いとなる。
大浦天主堂は敷地背後で明治日本の産業革命遺産の構成資産になっている旧グラバー住宅を含むグラバー園と背中合わせになっており、異なる世界遺産がこれだけ近接していることは日本の世界遺産では珍しい。
重要文化的景観として.
長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産の国内保護法令は重要文化的景観だが、世界遺産としては文化的景観の適用はうけていない。
そもそも世界遺産推薦時に求められる法的保護根拠を重文景としたのは、文化審議会から推薦に向けた課題として「信仰の基盤となった生業・生活のあり方を継承し、その後の時間的経過の中で変容を遂げた集落および墓地等はじめ、周辺の農地・海域までをも視野に入れつつ、各構成資産の範囲について検討する必要がある」、と最新のユネスコの指向性や世界遺産委員会の傾向を分析した結果を反映したものであった。
追加調査要請.
久賀島や奈留島は有人国境離島法の対象に指定されており、国が土地の買い取りや財政措置を直接行えることから、調査後の保護に確約が得られる可能性もあるが、法的保護根拠の重要文化的景観は稼働遺産としての生産景観があることが前提のため廃村の指定は難しく、無縁墓地の継承はでの制約があり、公的整備が困難になる場合もある。
候補から外れた資産.
長崎の教会群を世界遺産にする会が選んだ候補は昭和（戦前）に建てられたものにまで及び、再建されたものや鉄筋コンクリート製のものも含んでいた。
テーマの変更について.
一方で、禁教に至った理由や経緯（イスパニアやポルトガルによる日本人の奴隷売買や植民地化計画）についても啓蒙すべきとの意見があり、「禁教期だけの登録では弾圧史が遺産になり世界から誤解を招くのでは」との不安の声もあり、潜伏キリシタン遺産を訪ねることは、単なる巡礼ではなくダークツーリズムになりかねないとの指摘もある。