現在では、逮捕された被疑者は当番弁護士制度が利用でき、勾留されれば国選弁護人が付けられるが、任意捜査の段階ではこうした制度は利用できず、自費で私選弁護人を依頼するほかはない。また、裁判員裁判の対象となる事件では取り調べの可視化が義務付けられているが、やはり任意捜査の段階は対象となっていない。ジャーナリストの江川紹子は、「資力のない被疑者の場合、松橋事件と同じように長々と『任意』の取り調べを行って『自白』に追い込むという”捜査手法”が取られかねない」として、松橋事件のような冤罪を防ぐために任意捜査の段階から録音・録画を行うべきであると主張している。
当初の国選弁護人に対する批判.
たとえ弁護人が被告人が犯人ではないかとの心証を抱いていたとしても、被告人の主張に沿って弁護を行うのが弁護人の務めである。当初の国選弁護人のこうした対応については、被告人の防御権を侵す行為として強く非難されており、同志社大学の浅野健一教授は「犯罪的な言動」とまで言っている。ただし、再審開始決定で熊本地裁は、この国選弁護人の弁護活動について「適切性を欠いているとの評価はあり得る」としながらも、被告人の権利擁護の意図に基づくものと認定している。
この弁護士は、日弁連の問い合わせに対して、文書で「弁護人として全面否認でいくのが正しいとは思えないので、そうするのであれば別に私選弁護人を依頼し、その弁護人に最初から説明をやり直したほうが良いと述べたと思う」と回答したが、対面での聴取には応じることはなかった。なお、この弁護士はのちに熊本県弁護士会の会長を務めた。
検察に対する批判.
再審における証拠開示について.
弁護団は再審請求前に証拠物の閲覧許可を求め、熊本地検がこれに応じたため、再審開始決定の決め手となる証拠を得ることができた。しかし、再審開始前に証拠の開示を行うことやその基準を定めた法律はなく、閲覧請求に応じるか否かは検察官の裁量に委ねられている。熊本地検が再審請求前に証拠物を開示したのは異例の対応であった。
一方で、再審請求審が始まると、弁護側が何度も求めたすべての証拠の開示に対して、検察側は「証拠あさり」につながりかねないと拒否し、裁判所から開示勧告があった物についてのみ開示するという姿勢を崩さなかった。