「萌え」には軽い性的な要素が含まれることがあり、「萌えアニメ」が、「美少女やおっぱいがたくさん出てくるアニメ」というイメージで語られることもある。深夜帯の萌えアニメではしばしば海水浴や温泉を題材にしたエピソードや、コマ送りしなければ確認できないようなパンチラ、性的なハプニングをほのめかす演出など、時にはテレビの放送コードに迫ることもある性的描写が用いられ、その辺りまでが「萌え」描写の範疇であるとされる。
一方、エロティックな描写は必ずしも萌えの必要要素ではないとし、逆に過剰すぎる性的描写は「萌え」ではないものと見なしたり、「萌エロ」などと呼ばれて区別する意見もある。深夜アニメの中にはあざとい性描写のために規制にかけられる作品もあるが、このようにテレビアニメとして放送できないようなものは「エロ」「萌エロ」に分類される。一方で、エロと萌えは同一視されることもあるため、女性キャラクターの可愛らしさを売りにしつつもエロティックな要素がほとんど見られない作品を「萌えアニメ」と位置づけるかどうかは、使用者によって意見が分かれることもある。
萌えアニメ前史.
萌えアニメの根源.
ゆるい雰囲気の萌えアニメの広まりは深夜アニメの隆盛とも無関係ではなく、仕事で疲労して帰宅した大人が深夜にアニメを見るとき、堅苦しくない作品を求めるのではないかという意見もある。
萌えアニメ史.
経済効果.
また、萌えアニメの舞台のモデルとなった実在の土地がファンによるロケ地巡り（いわゆる聖地巡礼）の対象となったり、地域おこしの題材の題材となったりするなど（萌えおこし）、地域振興と結びついた例もある。
こうした萌えアニメを含む萌え産業の背景には、元は子供向けに作られていたアニメやゲーム、漫画の市場が少子化によって縮小する一方、未婚人口の増加によって趣味に私費を費やすことができる人が増加していることがあるとされる。
萌えアニメ専門誌.
タイの王室歌