また、都周辺の特定の地域に陵墓地区を設けることが行われ、奈良時代の天皇陵の多くが平城京の北郊に築かれ、長岡京でも同様の北郊に天皇陵が築かれる予定であった（長岡京で崩御した天皇はいないが、桓武天皇の生母・后妃の陵墓が存在する）。平安京にも同様の計画があったとされているが、在地豪族らの反対もあって断念され、以後の天皇も自身とゆかりのある場所の近くに陵墓を造営するようになった。
院政期の白河天皇、鳥羽天皇、近衛天皇に至って仏式の堂に納骨する方式が現れ、江戸時代の後水尾天皇以後は孝明天皇に至るまで代々泉涌寺（京都市東山区）内に石造塔形式の陵墓が建立された。幕末になり尊皇思想が高揚すると天皇陵にも復古調が取り入れられ、孝明天皇陵は大規模な墳丘を持つ形式で築造された。明治天皇陵の伏見桃山陵は、天智天皇陵に範を取ったといわれる上円下方墳が採用され、以降、今日に至っている。また、皇后陵は中国の古式に則って（例西太后の「定東陵」）天皇陵の東に造営されることになった。そのため皇后陵は「○○東陵（○○のひがしのみささぎ）」と呼ばれる。
大正天皇（即ち東京奠都）以後、天皇・皇后の陵は東京都八王子市の御料地内に作られることになり、武蔵陵墓地が成立した。一方、その他の皇族の墓は明治天皇の皇子（稚瑞照彦尊）の薨去を契機として東京都文京区大塚の護国寺裏山に設けられることとなり、現在、豊島岡墓地となっている。
火葬と土葬.
淳和天皇以降、在位中の天皇の崩御は国家の行事として山陵の造営が行われて土葬され、譲位した太上天皇の崩御は皇室の行事として火葬にされる慣例が確立する（淳和天皇より後に崩御した嵯峨天皇に関しては両説あり）。しかし、譲位後に次代の天皇から正式に太上天皇の称号が贈られる前に崩御した醍醐天皇の場合は在位中の天皇と同じような葬儀が行われ、次に同様の事例となった一条天皇の場合は本人が生前に希望していたにもかかわらず土葬ではなく、太上天皇の葬儀の例として火葬が行われた。そして、後一条天皇が在位中に崩御すると、崩御の事実を隠して譲位の儀式を行ったあとで崩御が発表されて太上天皇として火葬されるようになった。その後、全ての天皇が火葬された訳では無いものの、山陵の造営は幕末まで行われなくなる。
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