野洲郡の領地については、矢島村（現在の守山市矢島町）に存在していた矢島館跡（戦国末期に足利義昭が滞在したことで「矢島御所」とも呼ばれる）を出張陣屋として利用していた。
政治.
藩政機構.
江戸屋敷は、上屋敷が芝愛宕下に、下屋敷が白金村にあった。このほか、京都に京屋敷を置き、大津に蔵屋敷を構えて役人を配置していた。
家臣団.
その後の財政悪化などを背景として、知行を給される上級家臣の数や知行高が削減されるとともに（名目上は知行給であっても、実際には蔵米が「借上げ」として削減されて支給されるようになった）、複雑化する行政事務に対処するために現米給の下級藩士の増員を行っている。
大名公役.
大溝藩主は、幕府から公務（公役）として、罪人の預かり、大坂城加番役、朝廷の使節である公卿の接待役、京都火消役、江戸方角火消役、江戸城所門警固役などを命じられている。
文化・産業・人物.
学問.
中江藤樹と藤樹書院.
堀川学派の高弟たち.
藩校：修身堂.
産業.
大溝湊を擁する大溝城下は湖西地方の商業中心地であった。高島郡出身の商人（高島商人）は全国に展開し、いわゆる「近江商人」の一角を占める。大溝出身の小野新四郎は江戸時代初期に盛岡に進出し、のちの小野組の基礎を築いた。
史料・文化財.
分部氏に伝わった文書類は、旧藩士の家を中心とした「分部宝物保存会」によって保存され、高島歴史民俗資料館に寄託されている。「大溝藩分部家文書」は高島市指定文化財に指定されている。
円光寺にある藩主一族の墓所は「大溝藩分部家墓所」として滋賀県指定史跡に指定されている。
堅田藩
藩史.
前史.
堅田藩の立藩.
後史：佐野藩の堅田領.
滋賀郡の所領は佐野藩の飛び地として幕末期まで受け継がれることとなった。
歴代藩主.
柳本藩
柳本藩（やなぎもとはん）は、大和国式上郡・山辺郡・宇陀郡を領有した藩。藩庁は柳本陣屋（現在の奈良県天理市柳本町黒塚古墳）。なお、藩庁は陣屋であるが、家格は城主格大名であった。
藩史.
なお、織田氏の諸藩では他に、織田信雄の系統で天童藩、柏原藩が、有楽の系統で上述の芝村藩（戒重藩）が、明治維新まで存続した。有楽の系統は他に野村藩が存在したが、江戸時代初期に除封、無嗣断絶している。
歴代藩主.
原文兵衛