なお、本作に登場する地球防衛軍の艦艇には、波動砲を装備している描写は見られない。
リメイクアニメシリーズにおける設定.
『ヤマト』から『復活篇』までの原作アニメシリーズ（以下、旧作）のようにタキオン粒子を放射するというものではなく、「波動エンジン内で発生した余剰次元を射線上に放出し、余剰次元が『我々の暮らす宇宙』を押しのけて『別の宇宙』として展開し始める際、その小さなサイズに見合わない膨大な質量によってマイクロブラックホール化し、それが放つホーキング輻射のエネルギーにより域内の敵を破壊し尽くす」という設定に変更されている。
劇中での描写（リメイクアニメ）.
基本的な演出は旧作と同じだが、その存在の是非を問う描写が入れこまれるなど、単なる強大な兵器としてだけではなく、ストーリーの根幹にかかわる演出が与えられている。
種類（リメイクアニメ）.
収束波動砲（リメイクアニメ）.
拡散波動砲（リメイクアニメ）.
「拡散」と「収束」が選択可能であるほか、「多重ロックオンシステム」で複数の目標を個別にロックオンして拡散ビームを各個命中させることができる。
劇中では第一章のアンドロメダによる発射が初登場。大多数の艦艇を撃破するも、大戦艦のみ撃破に失敗する。その後第五章にて、山南艦隊による拡散波動砲の連射や、土星リングからの強襲の際に使用されている。第六章ではドレッドノート級が発射している他、改アンドロメダ級による彗星都市の重力源破壊の際には、銀河による波動エネルギー増幅装置の助けを借りて発射している。
波動噴霧砲.
パトロール艦と護衛艦に搭載されている波動砲。別称は「小型波動砲」であり、公式ではこちらが多用されている。
『さらば』当時から長らく設定が明確化されていないため、ファンの間で議論の的になっていた「地球軍小型艦艇の艦首砲は波動砲なのかただの大型ビーム砲なのか」という謎に対し、地球側メカデザインを担当する玉盛順一朗が「ビーム砲に波動粒子をまとわせている」と解釈したうえ、「波動噴霧砲」という設定アイデアとしてまとめたものである。
設定上では、ビームが射線上へ一直線に進んでいくのと同時に、斜めに切られた砲口形状に合わせ、エネルギーが斜め下方向へ霧状に広がる構造とされている。
トランジット波動砲.