査読制度とは、著者にはその名前を伏せておく査読者（レフェリー）によって論文の内容について審査を行い、掲載（アクセプト）、修正後に掲載、再査読、掲載拒否（リジェクト）などの判定を行うものである。何度かの修正を経て学術雑誌に掲載される場合は、初版の投稿から掲載まで数か月から数年を要することが多い。
査読制度は投稿された論文の中から一定水準のものを抽出するに当たっては有効であるが、論文の優劣に絶対的な基準は無いため、一定水準の論文が選定された後は査読者と論文の相性によって採択の可否が左右される場合もある。したがって、ひとつの論文がある雑誌に掲載拒否されても、別の学術雑誌では掲載されるという場合もある。このため、稀に同一論文を同時に複数雑誌に投稿することが起こるが、モラルに反する行為であるから行ってはならない。判明すれば有形無形に相応のペナルティが課されることがある。もちろん、一度掲載拒否された論文を別の学術雑誌に投稿することはモラル違反ではない。
査読者に指名される者は、当該論文の分野における専門家であるのが普通である。論文の執筆者とは、学会においてライバル関係にあることもしばしばであり、査読にあたって故意にライバルの論文掲載を妨害したり、故意に掲載拒否の判定をして時間を稼ぎ、その間に査読した論文から得られた知識をもとに自分の論文として先に発表してしまうという行為が発生することもある。これらは査読制度のルールがしっかり整備された学会においては、厳しく処罰されることになっている。そうしたルールが整備された論文誌に掲載された論文は高い評価を得られる。また、エヴァリスト・ガロアのように、従来の学問にまったく無かったような画期的な新発見に対して、査読者がその真価を理解できずに掲載が拒否され、後にその価値が判明する場合も稀にある。
検索手法.
主な学術論文誌に掲載された論文は、学術データベース（サイテーションインデックス）で検索が可能である。データベースで検索することで、特定の著者やテーマに関する論文を探したり、論文が引用している文献や、特定の論文を引用している論文や特許等を検索することができる。これにより、ある論文が根拠としている情報の確認や、論文の出版後の誤記やコメント、反論等も検索が可能である。