日清戦争の勝利により日本がアジアの中でその地位を高めたことで、ビゴーの風刺は日本を中心とした極東情勢が主なテーマとなっていった。同時にロシア帝国に対抗するイギリスが日本への接近を図り、条約改正への流れは決定的となる。ビゴーが主な顧客としていた居留地の外国人が条約改正を嫌って離日すること、また写真の発達で報道画の仕事が激減したことで、ビゴーは生活の不安を抱えた。加えて、条約改正に伴い、外国人居留地と治外法権が撤廃されることで、従来のような居留地を根拠とした自由な出版活動が困難になることを予期していた。ビゴーはまた多くの居留外国人同様、日本の司法や警察に不信を抱いていた。
帰国後.
死後の再評価.
第二次世界大戦前の日本ではビゴーの事績はほとんど知られることがなかった。これは、ビゴーの仕事の多くが居留地や海外の欧米人向けであったことや、生前に黒田清輝と絶縁してしまったことが影響している。日本の洋画界への影響に関しても、幕末に来日したチャールズ・ワーグマンとは異なり、洋画を本格的に志す日本人は自ら留学する時代になっており、ビゴーがその手本となることはなかったのである。
戦後、歴史学者の服部之総が主催する近代史研究会のテキストで、ビゴーの風刺画を多数紹介したことで日本国内に広く知られることとなった。社会科の教科書にビゴーの絵が掲載されるようになったのもこれ以降である。日本の芸術史においても、漫画のほか、日本の銅版画家に影響を与えたことが指摘されている。
また、上記の通り及川茂によって、帰国後のエピナール版画の挿絵画家としての仕事が発掘され、及川は「ビゴーにはエピナール版画の中興の祖という言葉こそ相応しいと思う」と記している。
日本に対するスタンス.
ビゴーの描いた風刺画のうち、鹿鳴館や日清戦争を扱ったものは小学校や中学校、高校などの社会科（歴史）教科書にしばしば教材として掲載されてなじみが深い。これらの絵では日本に対して辛辣な描き方がされている。これについて清水勲は、ビゴーは条約改正を尚早と考える点では居留地の外国人と同じスタンスに立っており、日本人の非近代的な側面を強調することでそれをアピールしようとした際に、貧相な容姿と非近代性をこじつけることが読者の理解を得やすいと考えたからだとしている。