タイトル画面や事件解決時には、格さんが印籠を出してドラマ版の決め台詞「静まれ、静まれ!! この紋所が目に入らぬか（中略）頭が高い、控えおろう!!」の台詞を音声合成で喋る。当時のファミコンソフトでは、こういった長台詞をきちんと喋るというのが他社のソフトでは見られず、非常に珍しかったことから話題となった。
ドラマ版との関連性.
ゲームの流れ.
プレイヤーは格さん（奇数ステージ）または助さん（偶数ステージ）を操作し、町の中で聞き込みをしながら証拠品を集め、証拠が固まった所で（証拠を集めるごとに「てがかり」ゲージが上がり、フルになると悪事を裁ける）黄門さまの宿所へ出向き、悪事を裁く。
時間が経過すると日が暮れて調査が打ち切られ、強制的に次のステージへ進む。全てのステージで事件を解決しないとバッドエンディングになる。
ルール.
プレイヤーには「ちから」（ライフゲージ）が設定されており、町をうろつく悪人に触れたり、悪人が投げてくる飛び道具を喰らうと「ちから」が減る。「ちから」が全て無くなるとゲームオーバーとなる。また、堀や水に落ちると「ちから」の残りに関わらず、即ゲームオーバーとなる（格さん・助さんで落下した場合のみ。八兵衛・又平や弥七・お銀で落下した場合は格さん・助さんに戻るだけ）。
町には様々な施設があり、「万屋」で金を払ってアイテムを買うことにより、ゲームを有利に進める事が出来るようになる。
八兵衛・又平を呼び出すには「お椀」「ふんどし」、弥七・お銀を呼び出すには「風車」「三味線」が必要である。これらのアイテムは、助さん・格さんで悪人を倒すと出現することがある（弥七・お銀でしか行けない地形の中に隠されている場合もある）。なお、弥七・お銀の飛び道具で悪人を倒してもアイテムは出現しない。また、助さん・格さん以外に変身中は町中で人に話しかけることはできない。