善光寺如来は由緒ある像として権威の象徴とも見なされ、上記を契機として、甲斐国・信濃国を占領下（影響下）に置いた戦国大名はこぞって自領（本拠地）に善光寺如来を遷座させるようになった。善光寺如来は武田氏が織田信長に滅ぼされると（甲州征伐）、その嫡男・織田信忠によって岐阜（善光寺 (岐阜市)）へ、本能寺の変の後には織田信雄により尾張国甚目寺へ、譲り受けた徳川家康の手で遠江国鴨江寺、後に甲斐善光寺へと転々とした。自領内の寺院に善光寺如来を遷座させた武田氏や織田氏は没落したこと、とりわけ織田氏が善光寺如来を岐阜へ遷座させた直後に本能寺の変が発生し、信長・信忠父子が自刃に追い込まれたことから、善光寺如来を私利で外部へ持ち出すと祟られるとする噂がまことしやかに囁かれるようになり、徳川家康が甲斐善光寺に善光寺如来を返還したのは、祟りを恐れたためとも言われる（この頃家康は背中の腫れ物で苦しみ、一時重篤になったという）。
ただし『家忠日記』には美濃から甲斐へ直接移すとする記述があり、家康が遠江鴨江寺に遷座させたとする通説に、疑問が呈されている。『甲斐善光寺建立記』にも古縁起にある上記の経緯を紹介しつつも、他の記録や言い伝えの裏付けが取れないとして、採用は難しいとある。
江戸時代と明治以後.
出開帳が初めて行われたのもこの時代である。その後、現在の御開帳へとつながる居開帳も開始された（後述#御開帳参照）。そうして集められた収益によって、現在の本堂などが建立された。
さらに、この時代に生まれたものとして「お血脈」は無視できない。
お血脈.
釈迦牟尼仏から発し、阿弥陀如来から良忍により確立された、融通念仏の継承者を表にしたもので、歴代大勧進貫主が連なる系図である。授与された者は最新の弟子として阿弥陀如来と結縁し、極楽往生することができる。
全国から善光寺へ「お血脈」を求めて参拝者が集まり、善光寺信仰の全国的普及に大きな役割を果たし、落語『お血脈』（『骨寄せ』）の題材ともなった。
伽藍.
本堂.