元慶寺へ着き、天皇が落飾したのを見届けたのち、道兼は親の兼家に事情を説明してくるという理由で寺を抜け出し、そのまま逃げて出家はせず、ここで天皇は欺かれたことを知った。内裏から行方不明になった天皇を捜し回った義懐と惟成は元慶寺で天皇を見つけ、そこで政治的な敗北を知り、共々に出家した。この事件は寛和の変とも称されている。出家にともない懐仁親王（一条天皇）へ譲位し、太上天皇となる。
この事件は親王時代に学問を教え、当時式部丞・六位蔵人になっていた紫式部の父藤原為時（以降長く出世が途絶える）や、尾張国郡司百姓等解文で有名な藤原元命（甥または叔父が惟成）のその後の出世にも影を落とした。
出家後.
出家した上皇は播磨国書写山の圓教寺に入り、やがて比叡山延暦寺に登って戒壇院で灌頂受戒し、法皇となった後には、奈良時代初期に徳道が観音霊場三十三ヶ所の宝印を石棺に納めたという伝承があった摂津国の中山寺（兵庫県宝塚市）でこの宝印を探し出し、紀伊国熊野から宝印の三十三の観音霊場を巡礼し修行に勤め、大きな法力を身につけたという。この花山法皇の観音巡礼が「西国三十三所巡礼」として現在でも継承されており、各霊場で詠んだ御製の和歌が御詠歌となっている。
この巡礼の後、晩年に帰京するまでの十数年間は巡礼途中に気に入った場所である摂津国の東光山（兵庫県三田市）で隠棲生活を送っていたとされ、この地には御廟所があり花山院菩提寺として西国三十三所巡礼の番外霊場となっている。
花山院菩提寺の真南に位置する六甲山山頂付近の六甲比命神社の磐座群の中の仰臥岩に、花山法皇、仏眼上人、熊野権現連名の碑がある。
乳母は橘則光の母右近尼。
逸話.
父親の冷泉天皇も数々の逸話が残る人物であるが、花山天皇は当世から「内劣りの外めでた」などと評され、乱心の振る舞いを記した説話は『大鏡』『古事談』に多い。天皇に即位する前、高御座に美しい女官を引き入れ、性行為に及んだという話が伝わる。出家後も好色の趣味を止めることなく女性と関係を持ち、上記の「長徳の変」と呼ばれる逸話も出家後の話である。また、同時期に母娘の双方を妾とし、同時期に双方に男子を成している。その2人の子を世の人は「母腹宮」（おやばらのみや）、「女腹宮」（むすめばらのみや）と呼んだ。