家綱時代の大老・酒井忠清を廃し、自己の将軍職就任に功労があった堀田正俊を大老とした。その後、忠清は病死するが、酒井家を改易にしたい綱吉は大目付に「墓から掘り起こせ」などと命じて病死かどうかを異常なまでに詮議させたという。しかし証拠は出せず、結局は忠清の弟忠能が言いがかりをつけられて改易されるにとどまった。
綱吉は堀田正俊を片腕に処分が確定していた越後高田藩の継承問題（越後騒動）を裁定し直したり、諸藩の政治を監査するなどして積極的な政治に乗り出し、「左様せい様」と陰口された家綱時代に下落した将軍権威の向上に努めた。また、幕府の会計監査のために勘定吟味役を設置して、有能な小身旗本の登用をねらった。荻原重秀もここから登用されている。外様大名からも一部幕閣への登用がみられる。
のちに赤穂藩主浅野長矩を大名としては異例の即日切腹に処したのも、朝廷との儀式を台無しにされたことへの綱吉の激怒が大きな原因であったようである。綱吉のこうした儒学を重んじる姿勢は、新井白石・室鳩巣・荻生徂徠・雨森芳洲・山鹿素行らの学者を輩出するきっかけにもなり、この時代に儒学が隆盛を極めた。
綱吉の治世の前半は、基本的には善政として天和の治と称えられている。
この頃から有名な生類憐みの令をはじめとする、後世に“悪政”といわれる政治を次々と行うようになった（生類憐れみの令については、母の寵愛していた隆光僧正の言を採用して発布したものであるとされる。なお、一般的に信じられている「過酷な悪法」とする説は、江戸時代史見直しの中で再考されつつある。詳しくは綱吉の#評価を参照のこと）。これらが幕府の財政を悪化させた。勘定吟味役（後の勘定奉行）・荻原重秀の献策による貨幣の改鋳を実施したが、本来改鋳すべき時期をやや逸していたこともあり、また元禄金と元禄銀の品位低下のアンバランス、富裕層による良質の旧貨の退蔵から、かえって経済を混乱させている。
死後.
なお吉宗は天和の治をった綱吉に対して敬愛の念を抱いており、吉宗の享保の改革の中にもその影響がみられるといわれている。
官歴.
※日付は旧暦。
評価.
綱吉の行状については価値の低い史料による報告が誇張されて伝えられている部分もあり、近年では綱吉の政治に対する評価の再検討が行われている。