第二次世界大戦の開戦当初においても、機雷とはすなわち触発式の係維機雷であり、これに対する掃海艇は、特に外洋型においては、艦隊の前路掃海を主任務として比較的高速・重装備の鋼製の艇が主流であった。しかし大戦後期に、沈底式感応機雷が出現したことで、対機雷戦はいっそう複雑かつ熾烈になった。感応機雷としては、まず船の磁気を感知する磁気機雷、次にスクリューの音響を感知する音響機雷、そして最後には水圧を感知する機雷も敷設された。このことから、特に磁気機雷に対する触雷を避けるため、以後、掃海艇の建材は非磁性化が求められるようになった。
これらの沈底式感応機雷は、大戦後にも改良が続けられ、朝鮮戦争において実戦投入されたことで、その脅威を関係各国に認識させることとなった。特に感応機雷発火装置の高知能化・目標追尾機雷の出現は、従来の曳航式後方掃海における触雷のリスク・掃海の不確実さを増大させることになり、爆発物処理の手法により機雷を一個一個確実に無力化していくという、機雷掃討に注目が集まった。この必要に応じて、既存の掃海艇への機雷探知機（高周波アクティブ・ソナー）の装備が進むとともに、後には機雷処分を担当する遠隔操作無人探査機である機雷処分具の装備化も進められた。
FRP艇の出現と深深度/短係止上昇式機雷への対処.
船体.
掃海艇の建造にあたっては、下記のような船質が用いられる。
機関.
また、掃海艇特有の事情として、電磁石式の磁気掃海具を搭載している場合は所要の電力が大きいことから、艦内サービス用の主発電機とは別に、専用の掃海発電機が搭載されることが多かった。ただし近年では、パワーエレクトロニクスの進歩もあり、えのしま型などでは同一発電機で兼用している。
これらのエンジンは、音響機雷への対策のため、防振ゴムや、天井から吊り下げた特殊な架台に載せたりして、外部へ振動が伝わらないようにされている。特にFRP艇においては、FRPの構造的連続性のために船内の騒音が減衰されにくく、水中放射雑音の大きさに直結することから、これらの防音・防振措置は非常に重要となっている。
装備.
これらに用いるため、掃海艇には下記のような装備が施されている。
機雷探知機.
掃海具.
掃海具としては、係維機雷を掃海するための係維掃海具、感応機雷を掃海するための感応掃海具がある。
掃討具.
兵装.