結果として条約調印直後にパナマ・シティが破壊された事実は、アレンが「国家情勢危機」と表現したように、イングランドとスペインの和平関係を破綻させるものであった。
この時、モーガンがロンドン塔に収監されたとする資料もあるが、ポープによれば塔の記録にその事実を示すものはない。
ロンドン滞在中のモーガンはおそらく自由を許されており、政治的な雰囲気も彼に有利となるように変化していった。たとえばアーリントン伯が、国王のために、ジャマイカ防衛に関しての改善案の作成を依頼するほどであった。
裁判は実施されなかった代わりに（すなわち、モーガンは公的に罪に問われなかった）、モーガンは貿易・農園評議会において、私的な証拠を提出し、パナマ攻撃前にマドリード条約の締結を知らなかったと証明した。
後にも伯爵は「日毎に確信を深めている・・・（モーガンの）軽率さと民政に関わる資格がないことだ」とモーガンに対する不満を漏らしている。
また、伯爵が国務大臣に宛てた手紙においても、モーガンが「酒場で飲酒し、賭博に興じている」ことを嘆いていた。
モーガンと、ジャマイカ議会の彼の協力者たちは私掠船と海賊への対処に真剣に努力した。しかし、この動きは書記官のローランド・パウエルによって弱められた。彼は王立アフリカ会社の独占を認める既存法に反する布告に彼の名前を偽造した。
モーガンによる統治への批判は、ロンドンでも、2人のジャマイカ元総督、カーベリーとリンチによって扇動されていた。
モーガンは数年来の大酒飲みであったが、この一連の出来事は気落ちした彼の酒量を増やすことにつながり、酒が彼の健康を蝕むようになっていった。
アルベマール卿の専属医であるハンス・スローンはモーガンを診察して水腫と判断した。また、彼が過度の飲酒を行っていることを知り、量を減らすよう命じたが、無視された。スローンは、当時のモーガンの状態を次のように述べている。
黒人奴隷の所有者として.
死去と遺産.
後世への影響.
モーガンは常にジャマイカ総督からの委任を受けて戦っており、そのために、彼の活動はジャマイカ防衛のための行動であり、イングランド政府の予備海軍という側面を持っていた。
対して、スペインは私掠船を合法的な活動と認めなかったために、たとえ私掠免状を所持していようとも、彼らからすればモーガンは単なる海賊であった。