文部科学省が公表している『特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準』では、史跡の指定基準が次のように定められている。
特別史跡.
そして、『特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準』は、特別史跡の指定基準を次のように規定している。
指定基準の改正.
地方公共団体指定の史跡.
東京都の制度では、「東京都指定史跡」として指定することの困難な伝承地や現状が大きく変更された植物園などを、「東京都指定旧跡」の名で指定している（詳細は後述）。
旧法による保護.
史跡指定をめぐる諸問題.
境界問題からの限界.
史跡に限らず記念物は、名勝でも天然記念物でも一般に「土地に結びついた文化財」（ただし、天然記念物の動物個体指定だけは例外）であり、この場合、たとえば、古戦場跡や旧街道跡は、指定面積が限定しにくいため、境界が確定できる区域に限って史跡指定される性格をもっている。
旧跡.
「史跡」の要件を満たすことが難しいものに関しては指定史跡に準ずるもので、歴史の正しい理解のために欠くことができず、その遺構に歴史的価値の痕跡が残っているもの、または旧態を推定し得るものとして旧跡という指定区分を設け、保存措置を講じている。
「開発」記録保存か遺跡保存かの問題.
史跡指定と有形文化財指定との関係.
神戸市の「箱木家住宅」（重要文化財）のように建築史上、建物自体が重要だという遺構に関しては、史跡ではなく有形文化財（国宝、重要文化財）として指定されている。ここでの指定は、いわば土地とは切り離されており、場合によっては、博物館明治村の移築建造物のように、指定はそのままで移築がなされることもある。一方、建築物として重要であるが敷地である土地や付属する井戸等も合わせて保存を図ろうとする重要文化財の例がある。それに対し、萩市の「伊藤博文旧宅」（史跡）は土地と結びついてこそ重要であるとの見地から、史跡として指定され、記念物に含められている。
陵墓および陵墓参考地.
「大仙陵古墳」や「誉田御廟山古墳」をはじめとする「陵墓」は、宮内庁が管理し、現在も皇室による祭祀が行われている。そのため研究者が自由に立ち入って調査することができない。宮内庁により管理・保存が講じられているため、史跡等の指定の対象とされていない。このことについては、考古学研究者、歴史研究者からの根強い批判がある。