列車の運転時刻そのものを変更する方法。もっとも基本的な手段であるが、特に他の手段と組み合わせをしなければ、運転指令員が指示を出すまでもなく列車運行管理システムがその時の運行状況に基づいて信号扱いを行い、駅の発車標を操作して旅客への案内（京阪神地区の遅れ約○分など）も自動で行えるようになっていることが多い。
抑止.
通知運転.
抑止の一種で、駅間で列車が停車することを防止するために、先行列車が次の駅を出発して駅の番線が空いてからでなければ続行列車を出発させないようにすることをいう。次の駅の番線が空いた場合にはその駅まで進むことが許され、駅に到着後は再び次の駅の番線が空くまで待機する。先行列車が出発して次の駅に進めるようになることを「通知解除」という。抑止と同様にATOSでは出発時機表示器により自動的に実施することができる。
時間調整.
遅延している列車の先行列車、および後続列車の発車を故意に遅らせて運転間隔を調整する方法で、運転時刻変更の特殊例である。
列車が頻発運転されている都市部の線区では、乗客は特に時刻表を見ずに駅にやってきて、その時点でもっとも都合のよい列車を選んで乗車するという行動をとることが多い。このような状態で特定の列車が遅延すると、遅延した分だけ駅で列車を待っている乗客が増加して乗降に時間が掛かるようになり、さらに遅延が拡大していく。一方で、その後の列車は前の列車との間隔が詰まって駅で待っている乗客が少なくなるため乗降時間が短くなり、何も手を打たなければどんどん早くなって前の列車に追いつき、団子運転となってしまう。このため運転間隔を調整し、各列車に均等に乗客が分散するようにして、遅延の拡大防止を図っている。
臨時停車・臨時通過.
停車駅を通過することは、誤乗を誘発し案内が大変困難であるため避けられるが、地下鉄サリン事件や阪神・淡路大震災のように駅で事故・災害などが発生した場合などに見られる。
種別変更.
特急から急行へ、快速を各駅停車に変更するなど、主に種別を格下げする方向での種別変更が行われる。臨時停車・臨時通過を一定のパターンで組み合わせたものであると見ることもできる。種別を格上げする方向での変更は、一般に誤乗防止の観点から避けられる。 
運行順序変更.