また、亀王丸には足利義維（幼名は不詳）という兄弟がいた。彼は亀王丸の兄とする説と、あるいは弟とする説がある。ただし、公家の鷲尾隆康が自身の日記『二水記』において、義維を「江州武家舎弟」と記しているように、義晴を兄、義維を弟とするのが当時の人々の認識であった。
播磨での生活.
誕生直後、亀王丸は義澄派であった播磨守護・赤松義村のもとに送られ、その庇護下で養育されることになった（『高代寺日記』『武家昇譜日記』）。その理由として、義澄を庇護していた六角高頼が義稙と内通しているとの噂があり、信頼できる赤松氏に預けることが賢明だと判断されたからである。
将軍就任.
朽木での政治.
地方の大名もまた、義晴との関係を維持していた。近江においては、六角氏と湖北地方の京極氏・浅井氏と対立していたが、義晴は朝倉氏に近江北境を守らせるとともに、高国に六角氏と浅井氏を仲介させ、和議を図ろうとした。京から北東で義晴方の主力となったのは、近江の六角定頼、越前の朝倉孝景、 若狭の武田元光、但馬の山名誠豊らであり、彼らが義晴を軍事的に支えた。そして、その軍事力を背景に、晴元や三好元長らが擁立した堺公方の足利義維に対抗した。
桑実寺での政治.
また、義晴は桑実寺に滞在中、『桑実寺縁起絵巻』の作成を三条西実隆と土佐光茂に依頼しているが、京を離れていても京と強いつながりをもっていたのは、この頃の義晴の強みでもあった。
義晴・晴元体制の成立.
義晴が帰京すると、様々な案件が舞い込むようになって、多くの政務処理が求められた結果、定期的に開かれる審理日だけは追いつかなくなった。また、管領に代わるべき定頼が上洛しなかったこともあり、義晴は京における政務の補佐・代行者を必要とした。
晴元との対立・将軍職譲渡.