国学者の本居宣長は、天照大神は天皇の祖神であるとともに、今現在も現実にこの世界を照らしている太陽そのものであるとして、天照大神を上代に日本を治めた存在の比喩であるとしたり、実際の太陽ではなく、その神徳を太陽に例えているものだとする見解を「漢意」として退けた。平田篤胤の復古神道においては、宇宙の主宰神として天御中主神が挙げられ、その下で天皇が統治する顕界と、大国主神が統治する幽冥界（死後の世界）が相対するとされ、特に大国主神の幽冥界が重視されたことで、中心的神格としての天照大神は後退したが、死後の安心を得るための顕界での生き方として、天照大神や天皇への忠誠が説かれ、魂や死後の世界と関係して天照大神が捉えられた。
黒住教
教派神道の一つで、黒住宗忠により創始された黒住教の教学では、身分に関係なく、全ての人間は天照大神の御霊をいただいて生まれてきた天照大神の子であるとする教義が説かれ、日の出を拝むことで天照大神に感謝を捧げる「日拝」という行事が最も重要視されている。
神仏習合と天照大神の男神説.
中世の神仏混淆で本地垂迹説が広まると、天竺（インド）の仏が神の姿をとなり、日本に出現したとする考えが広く浸透した。はじめ天照大神には観音菩薩（十一面観音菩薩）が当てられたが、やがて大日如来となり、両部神道が登場すると天照大神は太陽の仏である大日如来と同一視されるようになる。
平安末期の武士の台頭や神仏混淆が強まると以前より指摘されていた天照大神の男神説が広まり、中世神話などに姿を残した。
天照大神男神説.
神道において、陰陽二元論が日本書紀の国産みにも語られており、伊弉諾尊を陽神(をかみ)、伊弉冉尊を陰神(めかみ)と呼び、男神は陽で、女神は陰となされている。太陽は陽で、月は陰であり、太陽神である天照大神は、男神であったとされる説である。この組み合わせはギリシャ神話でも同じで、太陽神のアポロと月神のアルテミスは兄妹神の組合せで生まれている。
中世では慈円が『慈鎮和尚夢想記』（赤松俊秀『鎌倉仏教の研究』所収）中で、北条重時が『平重時家訓』中で、日蓮が御書「日眼女造立釈迦仏供養事」中でそれぞれ天照大神が女神であることに言及している。