ほとんどのコンパイルされたプログラムは実行時（ランタイム）環境においてコールスタックを使用し、プロシージャ/関数呼び出しに関する情報を格納するのに使っている。そして、呼び出し時のコンテキスト切り替えや呼び出し元への復帰の際に使用して、呼び出しの入れ子を可能としている。そのとき、呼び出される側と呼び出し側の間には引数や返り値をスタックにどう格納するかという規則が存在する。スタックは関数呼び出しの入れ子や再帰呼び出しを実現するための重要な要素となっている。この種のスタックはコンパイラが内部的に使用するもので、プログラマがこれを直接操作することはほとんど無い。
コールスタック内に関数の呼び出し毎に作られるフレームをスタックフレームと言い、それをたどって（トレースして）得られる呼び出しの情報をスタックトレースと言う。
セキュリティ.
たいていの場合、プロシージャ内のローカルなデータとプロシージャ呼び出しに関する情報は共通のスタックに格納されている。つまりプログラムは、プロシージャ呼び出しのリターンアドレスという極めて重要な情報を保持しているスタックに対して、データを出したり入れたりしているのである。データをスタック上の間違った領域に書き込んだり、大きすぎるデータをスタックに書き込んだりして、リターンアドレスが壊されると、プログラムが異常動作することになる（バッファオーバーラン攻撃）。
悪意ある者がこの種の実装を逆手にとって、入力データのサイズをチェックしていないプログラムに大きすぎるデータを入力したりする。そのようなプログラムはデータをスタック上に格納しようとしてリターンアドレスを壊してしまう。攻撃者は実験を繰り返し、リターンアドレスがスタック領域内（特に攻撃者の入力データが書き込まれた領域内）を指すようになる入力データのパターンを見つけ出し、許可されていない操作をするような命令列を入力データに含ませることでセキュリティを破る。こうした攻撃に対してプログラマはスタックの扱いに注意する必要がある。
スタック指向プログラミング言語.
いくつかのプログラミング言語はスタック指向である。スタック指向言語は、基本操作（二つの数の加算、一文字表示など）でスタックから引数を取ってくるようになっていて、結果をスタックに返すようになっている言語である。
スタックマシン.
歴史.
弘前市