特急列車は一部を除く「あずさ」と全ての「しなの」が停車する。普通列車は中央東線（本線）・中央西線それぞれから来る列車の殆どが篠ノ井線を通じて松本駅まで乗り入れているのに対し、中央東線・中央西線を当駅で跨ぐ定期列車は存在せず、運行系統が完全に分断されている。
駅構造.
駅施設移転後、塩尻駅を跨いで中央東線と中央西線を直通運転した営業列車は臨時列車だけである（詳細は「中央本線#中央東・西線直通列車」を参照）。この両路線を結ぶ連絡線は塩尻駅の東京・名古屋寄りにあるため、直通運転するには以下のいずれかの方法以外では出来ない。
駅移転前.
なお、旧駅着発線は通称「塩尻大門」として残されており、主に貨物列車が待避するために用いられている。JR貨物塩尻機関区はここに接して設置されている。旧駅跡地は塩尻市役所から南へ道なりに直進するとあり、駅前広場跡のロータリーは長時間駐車禁止となっている。
のりば.
（出典：JR東日本：駅構内図）
貨物取扱.
現在、JR貨物の駅は車扱貨物の臨時取扱駅となっており、貨物列車の発着はない。貨物設備もなく、専用線も当駅には接続していない。
駅弁.
主な駅弁は下記の通り。
利用状況.
駅周辺.
塩尻の市街地は駅の東側に広がるが、やや離れた場所に位置する。
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當麻寺
當麻寺（たいまでら、常用漢字体：当麻寺）は、奈良県葛城市當麻にある真言宗・浄土宗二宗の寺院。法号は禅林寺。山号は二上山。本尊は当麻曼荼羅。創建時の本尊は弥勒仏（金堂）である。宗派は真言宗と浄土宗の並立となっている。開基は聖徳太子の異母弟・麻呂古王とされるが、草創については不明な点が多い。
本項では寺号と行政地名については現地における表記を尊重して「當麻」とし、人名、作品名等については「当麻」の表記を用いる。
歴史.
立地.
当麻は、山道が「たぎたぎしい（険しい）」ことから付けられた名であるとの通説があるが、神功皇后の母方の先祖（アメノヒボコの子孫）、尾張氏、海部氏の系図を見ても頻繁に但馬と当麻あるいは葛城との深い関係が類推される。
創建縁起.
平安時代以降.
当麻曼荼羅と中将姫説話.
中将姫説話.