日本では、不法操業など、漁業に関する取締りは、水産庁の職責である。水産庁は、水産資源の適切な保存及び管理、水産物の安定供給の確保、水産業の発展並びに漁業者の福祉の増進を図ることを任務とする行政機関である。テレビ番組などでは不法操業の漁船の拿捕に海上保安庁の巡視船や巡視艇がよく登場するが、領海侵犯の類以外の漁業取締り自体は、あくまでも水産庁に協力しているかたちになっている。水産庁の漁業監督官及び都道府県の漁業監督吏員には漁業法に基づく特別司法警察職員に指名されている者もおり、漁業監督官は行政警察活動として漁船を臨検する権限を持つ。漁業に関する法令にかかる事件については、警察や海上保安庁に頼ることなく逮捕から送検まで水産庁が単独で行うことが可能である。それでも海上保安庁とは相互に協力関係を保ち、漁業取締りを行っている。
水産庁では、飛び乗りによる実力規制をなるべく控えている。立ち入り検査も、針路妨害や警告を実施して対象を停船させてから実施している。殉職事故は現在まで発生していないが、容疑者に物を投げつけられて負傷者が出たことがある。水産庁は監督官に特殊警棒を活用した護身術の訓練を施し、防護のためボディアーマーと安全靴、安全帽と関節保護用プロテクター、防刃手袋を着装させるほか、スタングレネードも装備して立ち入り検査に万全を期している。
現行の法令では、水産庁の漁業監督官及び都道府県の漁業監督吏員には銃器での武装は全く認められていないため、密漁の被疑者から暴行を受けた場合は、特殊警棒による護身術で取り押さえる。あくまでも、護身術であって逮捕術ではない。もしくは船首の砲塔に備え付けている放水砲の発射のほか、LRADやスタングレネード、ミロク製カラーボール発射装置の使用による実力規制しかできない。なお水産庁では、カラーボール発射装置のことを「銃」と呼称している。
水産庁の国民保護計画.