全員が武器の攻撃回数分の攻撃を終えると敵のターンに切り替わり、味方が攻撃を受ける。このとき攻撃を受けたキャラクターの装備やスキルによっては、一定確率で敵の攻撃を無効化したり、反撃（カウンター攻撃）のチャンスを得たりする場合もある。反撃の機会が生じた場合、タイミングよくボタンを押すことによって攻撃を回避しつつ敵にダメージを与えることができる。
魔晶石・紫炎石.
魔晶石や紫炎石に混ざって宝箱があらわれることがあり、この場合は戦闘後にアイテムを入手する。
タクティカルアーツ・エナジーと決め技.
CT（チャージターン）.
1人1人のキャラクターには決め技や魔法を使ったペナルティとして溜まるCT（チャージターン）ゲージがあり、このゲージが溜まっている場合、そのキャラクターは決め技、魔法を発動させることができなくなる。戦士系のキャラの場合、CTが溜まることによって使えなくなるのは決め技だけであり通常攻撃は問題なく出来るが、魔法使い系のキャラクターは通常攻撃の魔法でもCTが溜まり、CTが溜まっている間の行動を補うスキルを習得していない場合は、CTが回復するまで攻撃に参加できなくなってしまう。
CTはターン経過の他、紫炎石を取ることによっても回復する。戦闘が終了するとCTはリセットされる。
DME（ディバイン・マテリアライズ・エナジー）.
弱点.
敵キャラクターには「炎属性に弱い」などの弱点属性が設定されている場合がある。本作では特定のアイテムやアーティファクトに、特定の弱点属性を持った敵に対しては即死攻撃になるなどといった強力な効果が付与されていることがあるため、アイテムの使い方一つで強力なボスも攻略できるようになっている。
戦闘ボイス.
各キャラクターが戦闘時に発する台詞は、一度聞くと「ボイスコレクション」としてメニュー画面からの視聴が可能になる。どのボイスを聞いたかはセーブデータごとに管理され、ボイスコレクションにはメモリーカードに入っている全てのセーブデータを総合した達成率が表示される。
ボイスによっては、戦闘中はひと続きの台詞として扱われているが、コレクションでは分割されているものもある。また、戦闘開始時やダメージを受けたときなど一部のボイスには、複数の台詞が用意されており、どの台詞が聞けるかはランダムに決定される。
難易度.
難易度によって以下のような違いがある。