その頃、明眼院に治療に訪れたキリシタンが、幕府や尾張藩の迫害を逃れ、匿ったお礼にいわゆる「キリシタン灯籠」を寄贈した。円慶らはその真意を悟ったものの、困窮するものを見捨てられないとして密かに安置することを許してこのことは明治維新まで寺の極秘とされていた。後に住持円海が桜町天皇の皇女の治療にあたったことから、明眼院の住持を権大僧正に任じた。
近代.
文化財.
江戸時代に患者から礼物として寄贈されたもの（後水尾天皇御物や小堀政一所持の茶器他）などを中心に多数の文化財を有する。
旧多宝塔.
大日如来坐像.
仁王像.
宝篋印塔.
マンダ教
マンダ教あるいはマンダヤ教は、グノーシス主義のひとつとされる宗教である。
概要.
イエス・キリストの先達である洗礼者ヨハネを指導者と仰ぐことから、イエスが洗礼を受けたヨルダン川との繋がりが指摘され、キリスト教の起源に近接したものとして注目されるようになった。日曜日を安息日とする。
教義.
典型的なグノーシス的二元論で、光の世界の下等神プタヒルが自らを創造主であると錯覚し、闇の世界の助けにより地上と人間を創造したとされる。闇の世界の物質から作られた人間の肉体は闇に属しているが、それだけでは動かなかったため、光の世界に起源を持つ魂がプタヒルにより封入された。これらの所業により、プタヒルは光の世界の最高神から追放を受ける。
天界の水は地上では「活ける水」すなわち流水として流れている。流水による洗礼や信仰儀礼の遵守を生きているうちから行うことによって死後光の世界に帰りやすくなる。その意味で洗礼はキリスト教のように一回限りのものではなく、何度も行うものである。当初の教義では天界の水はヨルダン川に注ぐとされていたが、現代のマンダ教徒はユーフラテス川などをヨルダン川に見立てて洗礼を行う。