FFシリーズの各種設定を踏襲しており、登場モンスターも同シリーズでおなじみのものが登場する。ただし、FFシリーズ本編とは異なり、人間ではなく主に動物やモンスターのキャラクター達が暮らす独自の作品世界を構築している。バンプレストのスタッフによりデフォルメされたキャラクターデザインも特徴であり、キャラクターデザインを担当した板鼻利幸は本作の後にバンプレストからスクウェアへ移籍した。
ワンダースワン版.
PS版『チョコボの不思議なダンジョン』のアレンジ版で、構成は特に変更されていないが、モノクロである機種の性能上、一部モンスターやイベントなどが変更されている。
モノクロではあるものの、グラフィックの完成度は高く、サウンドもワンダースワンのステレオ出力を生かしたものとなっている。
ただし、ワンダースワン本体との同時発売に間に合わせたためか、アイテムが消える、逆にアイテムが消えず手元に残り続ける、画面が止まる（フリーズ）、突然リセットが掛かるなど、不具合が多い。
ストーリー.
ある村に、旅を続ける主人公チョコボとモーグリのアトラが訪れた。ちょうどその時、畑を耕していた村の農夫のチョコボ（カミラパパ）が、欲望を吸収して成長する謎の紫水晶を偶然掘り起こし、魂を取り込まれてしまう。それと同時に、不思議なダンジョンが村に出現したことから、チョコボはカミラパパを助け出すため、不思議なダンジョンに潜るのであった。
ゲームシステム.
基本的に「不思議のダンジョン」シリーズのシステムを継承しているが、独自の要素もある。
ターンアクティブタイムバトル.
アイテム.
ダンジョンの中で発見し、利用出来るアイテム。店で売買することで地上の街を発展させることもできる。
装備の合成・強化.
属性システム.
なお、攻撃の見た目と属性は必ずしも一致せず、全ての魔石と珠、ディム、シャイン、ドレインには属性がない。
ダンジョン.
ダンジョンの仕掛け.
ダンジョン内部には、ワナや宝箱、魔法陣など様々な仕掛けが存在する。障害となるものだけでなく、チョコボの助けとなるものも数多い。
特殊な階層.
ダンジョン内でクレールが登場するイベントが発生した場合、そのイベント時のみマップが固定された特殊フロアとなる。