クラーク・ケントがデイリープラネット社に復帰を果たした日、ロイスは新型シャトルの実験飛行に立ち会うが、ルーサーが起こした停電のせいで墜落死するところを、危うくスーパーマンに助けられる。ケントはロイスと再会するが、世の中には犯罪、紛争、悲鳴が溢れかえり、そしてロイスは母となり、婚約者がいた。何より彼女は「なぜスーパーマンは必要ないか？」という記事でピューリッツァー賞まで受賞していた。
クラークはロイスに、なぜ地球を離れたかを説明するため会いに行くが、ロイスは婚約者のリチャードとスーパーマンの間で心が揺れ動く。スーパーマンはクリスタルが盗まれたことに気が付き、急いで引き返すが、ロイスと息子ジェイソンがルーサーに拉致されてしまう。
地球規模の地震と共に、ルーサーによる大犯罪計画が実行される。アメリカ大陸を沈め、新しい大陸を作ろうというのだ。ロイスがファクスで急を知らせようとした時、ルーサーの護衛に気付かれ殺されそうになるが、息子に助けられる。
死亡した（と周囲が思った）スーパーマンを、ERの医者や看護師は懸命に蘇生させようと努力するが、体に針は刺さらず、電気ショックは効かないばかりか逆に回路が発火寸前に陥る程だった。なんとか昏睡状態まで回復したスーパーマンをロイスとジェイソンが見舞い、キスをするが意識は回復しない。
一方、宿敵ルーサーは脱出に使ったヘリの燃料が尽きて、小さな無人島に不時着。食糧になるはずだったココナッツの実を八つ当たりで海に全て投げ捨ててしまったことを後悔し、途方に暮れる。
次の日、看護師が巡回に行くとスーパーマンの姿が消えていた。病院はたちまち厳戒態勢となるのを余所に、スーパーマンは眠っているジェイソンに会いに現れる。そして、「いつかお前は強くなる。将来は後継者となり、息子は父となるんだ」と自分がジェイソンの父であり、ジェイソンがスーパーマンの血を受け継いだ息子であることを、眠っているジェイソンにそっと打ち明けた。
ジェイソンの声でスーパーマンの存在に気付いたロイスは「また逢える？」と問いかけ、ロイスの問いにスーパーマンは「いつでも」と答えた。
それを告げたスーパーマンは終わりなき使命に向かって、空高く飛び去って行く。
キャスト.
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製作.
企画.
撮影.
デザインと特殊効果.
音楽.
製作費.
公開.
マーケティング.