戦時下.
強制遷座と戦後復興.
穴守稲荷神社の一隅で御霊を守っていた金子直吉・寿父子は、早くから進駐軍と接触があり、羽田飛行場拡張の話を事前に聞かされていた。初めの案では羽田穴守町を避けて拡張する案も検討されたが、結局それは叶わず、御霊の遷座を早急に思案しなければならなくなった。宮司を空襲で失ったこともあり、蒲田区職員・福岡幾造、羽田神社宮司・橋爪英尚、氏子・横山安五郎の三者が相談の上、御霊を羽田神社に仮遷座することになった。
このため、ご神体、神輿や神刀等の神宝数点などを除いて、当時の神社の施設や設備は放棄させられ、後に連合国軍によって取り壊された。尚、更地にされた神社跡地にしばらく放置されていたものを地域住民が掘り起こして運び出された一対の狐像、羽田空港沖合展開の際に元境内地にあたる部分から出土して神社へ返還された石碑類、後述の大鳥居など、のちになって神社へ戻ってきたり、残されたものもある。また、ごくわずかに持ち出すことができた神宝類は、羽田神社の他に池上本門寺の末寺にあたる池上常仙院にも移されたという。
穴守稲荷神社と共に鈴木新田内に鎮座していた玉川弁財天や鈴納稲荷神社なども同様に強制退去となっており、玉川弁財天は羽田水神社へ、鈴納稲荷神社は羽田神社へ移されている。
また、駐留間もない占領軍は、付近の状況に疎く、様々な誤解による事件が生じていた。例えば、地元の漁師が目の前の海で魚を獲って暮らしていることを知らなかった為、羽田沖を航行する船を尽く捕まえ、蒲田警察署に連行した。その為、金子直吉・寿父子が事情を説明しにゆき、釈放してもらったこともあったという。
また、この頃に池上常仙院に穴守稲荷が祀られているという噂が流布し、崇敬者が参拝するという珍事もおこった。戦後、穴守稲荷のご神体は羽田神社に遷座していたので、常仙院への参拝はおかしなことであったが、常仙院の庫裡を再建した時、穴守稲荷神社の拝殿に使われていた古材を使ったことが、この誤解のもとであったらしい。
本殿・拝殿の再建.
社殿再建後から現在.
羽田空港（航空業界）との関係.
当時、日本飛行学校に在籍していた飛行練習生が初めてソロ（単独初飛行）する前夜、ひそかに油揚げを献じたところ、上首尾だったので、お礼参りをしたエピソードもあった。