体育会や文化会などの自治組織が設けられて、部活動やクラブ活動を管轄していることが多い。体育会や文化会などと[[学生自治会]]の関係は学校ごとに様々である。また、これらの活動分野ごとの組織に所属しないでサークル活動を行うこともある。
特に大学に分類される学校での公認クラブは、日本におけるその分野での先駆者的な立場で始まったものも少なくなく、特に外来の運動競技などでは、国内におけるその種目の初期段階から重要な役割を果たしている例があり、そのため、他の学校教育現場での様に、全競技種目を統括するような総合体育大会のような運用方法はとられていない。（一部地域ではそういう形態も見られるが一般的とは言えない。）むしろ競技種目別に個別の連盟や協会が早くから整備され順次加盟校を増やす形態で発達してきたものがほとんどだ。（参考：後述関連項目に一部紹介）
課題・問題点と対策.
ブラック部活.
「ブラック部活」まで行かなくとも、記録や勝利を目指して長時間の厳しい練習を行う部活動が、運動が苦手だったり、他の部活動と掛け持ちを希望したりする生徒に過度な負担となっている面がある。このため参加しやすい「軽運動部」を設けるなどする学校もあるほか、[[スポーツ庁]]が運動部活動のガイドラインを策定している。
[[岐阜県立岐阜商業高等学校|岐阜商高]]硬式野球部監督の[[鍛治舎巧]]は、「引き出しの少ない指導者は生徒を型に嵌めたがる。個性を尊重し奔放にやらせると自分が対応できなくなるから」と話しており、競技経験のない部活の顧問を任される教員が多いことを指摘している。
高校球児の頭髪に限れば、周囲の固定観念が根強い。九州地方のチームが甲子園に立った時、監督は選手の頭髪を自由化すると、OBやファンから「球児らしくない」と苦情が殺到した。頭を丸めることを強制することは明確な体罰(暴力)と定義されている。
[[スタンフォード大学]]アメリカンフットボール部コーチの河田剛は「日本人はケガをおしてやり続けることが素晴らしいと思っている。」と言及している。
部活動中の死亡事故.
部活動を指導する教員の[[サービス残業]]（[[時間外労働]]）が長くなりすぎ、[[過労死]]にまで至った例もある。
学校における働き方改革.
少子化.