十代達が飛ばされた世界は、以前の異世界とは違っていた。その世界は「暗黒界」のモンスターが支配しており、デュエルの敗北は死に繋がる生死を賭けた戦いそのものであった。十代はヨハンを早く助け出そうとして、一人で先走るようになり、その結果、仲間達から不信感を抱かれるようになる。 暗黒界の狂王ブロンと戦う十代だったが、ブロンは魔法カード「邪心教典」により明日香、万丈目、吹雪、剣山の魂を次々に奪い去ってしまう。仲間を奪われた十代は怒りと憎しみに身を震わせ、ブロンを倒すが、生き残った仲間達との不和は決定的なものとなり、見捨てられてしまう。頼るものを全て失い消沈する十代の手に、ブロンが生贄を捧げて完成させようとしたカード「超融合」から異世界の支配者「覇王」の声が不気味に囁くようになる。
亮との戦いで酷く消耗したユベルに、異世界の王とならんとするアモンが立ち向かうが、返り討ちにあい生命力を吸収され消滅する。十代はユベルと戦い、「超融合」によってレインボードラゴンとネオスを融合させ、ヨハンの救出に成功する。己の姿を現したユベルは十代との再戦の中で、幼少の十代に見放されたことは全て十代の愛情の裏返しだと悟ったことを告げ、全ては自らが受けた苦しみを分け与えようとしたための行いだったと打ち明ける。ユベルが歪みきってしまったと感じた十代は、ユベルを倒すためにさらなる力を求め、覇王の人格をその身に宿して戦う。終盤、ユベルとの前世から連なる因果が呼び覚まされた十代は、ユベルと自らの魂を超融合により調和させ、和解を得ることに成功する。これにより、全ての怪奇現象が元通りとなり、消滅したと思われた仲間達（実はユベルに囚われていた）も元の世界へ無事に生還を果たした。「大人になる」と言い残し姿を消した十代も、後日流星となってアカデミアに戻った。
海外版.
エドやヨハンといった海外出身のキャラクターを含めほぼ全ての登場人物の名前がオリジナル版から変更されている。この点については他シリーズと比べても特に顕著であり、主人公の名前までもが変更されたのは本作のみである。
その他、英語版での細かい変更点については以下を参照。
三幻魔.
視聴者オリジナルモンスター.
視聴者が考えたカードの募集があり、採用されたカードはアニメで使用された。
スタッフ.
放送局.
途中打ち切りのネット局.