まず、家族法上の観点では、子どもがいる場合はどちらかしか親権を持てない（共同親権が持てない）、子を認知したとしても戸籍には子の立場として婚外子（非嫡出子）と記載される、自分が死んだ際に相手に相続権がない（遺贈するための遺言を残す必要がある）、しかも、法律婚における配偶者への遺産分割や遺贈の場合は税額の軽減があるが、事実婚の場合、特に相続財産が大きい場合には相続税の面で大きな経済的デメリットがある、などの問題点がある。また、離婚の際の財産分与や慰謝料等の支払いで、法律婚ではかからない贈与税が発生する場合がある。夫婦の一方が認知症などで判断能力が衰えた場合などに、成年後見を開始しようとしても、成年後見開始の申し立てをすることができない（そのような事態になる前に任意後見契約を結ぶ必要がある）。また、特別養子縁組もできない。夫婦間の契約取消権もない。
日常生活上の問題点.
日常生活上の不都合としては、「配偶者」との家族関係を証明しにくい。そのため、家族の手術の署名ができない場合や、入院家族の病状説明を断られたり、事故時などの保険金の請求は法律上の親族に限られ事実婚では難しく、生命保険の受取人や住宅ローンの連帯保証人になりにくい、法律婚では取得できる配偶者の戸籍抄本などを取り寄せることはできない、などの問題がある。また、夫婦の一方が海外赴任等をする際に、事実婚では配偶者ビザや永住権が認められないことが多い。介護等のための福祉施設への夫婦としての入居を断られることもある。
これらの問題は自治体のパートナップ証明書があっても対応が分かれている。
経済・コスト上の問題点.
法律婚の場合と比較して、上記の相続時等の不利益以外にもさまざまな経済的な不利益がある。具体的には、確定申告の配偶者控除が受けられない、医療費控除の夫婦合算ができない、不妊助成が受けられないなどが挙げられる。
仮に夫婦間問題が起こった場合も法律的には結婚していないので結婚していれば可能な損害賠償が認められない場合がある。
多くの企業では社員の家族手当において、同性婚や事実婚を対象外としている。
かつてはクレジットカードやマイレージ、携帯電話契約等の家族会員・家族割、海外旅行保険の家族セットが対象外であることが多かったが、社会的な関心の高まりにより、サービスの対象となることも増えている。