ポケモンの繁殖については明らかになっていない部分が多い。大部分の種族において雌雄の別が明らかになってはいるが、実際に生殖行動が確認された事例は過去に無いとされる。人工飼育下のつがいを特定の環境に置くと「タマゴ」（これは「卵」ではなく、自然物で作られた保育器のようなものである）が見つかり、やがて中から仔が産まれるのだが、そのつがいが産んだものなのか、他所から持ってきたものなのかすら明らかになっていない。よって、タマゴを得た際には「産卵」ではなく「発見」と称される。ただし生まれた仔はつがいの性質を引き継いでいることが多い。
タマゴを得るためのつがいは必ずしも同種である必要はなく、「タマゴグループ」と呼ばれる分類が共通する種族同士ならば可能である。また、メタモンは大部分の種族と雌雄を問わずつがえることが確認されている。
性別の確認されていないポケモンも存在し、ゲーム中では「性別不明」で一括りにされているが、これは「雌雄同体である（ヒトデマンなど）」、「性別が存在しない」、「性別が存在するのか未解明、もしくは性別の確認方法がない」など様々な理由で雌雄に分けられないポケモンが混在している。この中でもメタモンとならつがえられてタマゴが発見されるポケモン、タマゴが一切発見されない繁殖方法の不明なポケモンに分けられる。なお、性別不明のポケモンに分類されていても実際には雌雄が存在すると見られる描写のされる作品もある。
またゲームでは、イベントで配信された特別な姿のポケモン（サトシのピカチュウなど）は、性別と通常の姿のタマゴグループを問わず、「タマゴが一切発見されない」のように内部プロテクトが存在するため、繁殖により無限に入手することはできなくなった。
人間との関係.
技術が発展していない時代においては、ポケモンは神や精霊などのように畏怖された存在であったと思われる記述、描写がゲーム本編やアニメ、漫画などでも見られる（伝説のポケモンの図鑑内容など）。