またニュルンベルク裁判における全ての裁判官がアメリカ、イギリス、ソ連、フランスという戦勝国だけから出ていたため、これが戦勝国による軍事裁判であることを考慮したとしても、裁判の中立性を著しく欠いていた。これに対して、極東国際軍事裁判では比較的中立的な立場に立てたインドからも判事が召請されており、ラダ・ビノード・パール判事が個別意見として全被告人を無罪とする意見を出している。
ニュルンベルク裁判アメリカ検事団長のロバート・ジャクソン連邦最高裁判事の上司で、当時アメリカ連邦最高裁長官だったハーラン・ストーン判事は、雑誌『フォーチュン』の記者とのインタビューで次のように答えている。
また、尋問官その他のスタッフには欧州からの亡命者が多く、そのために裁判は「復讐裁判」的な色彩を一層強くしたという指摘がある。ニュルンベルク裁判の判事を務めたが、裁判の手続きを批判して辞任したアメリカの・アイオワ州最高裁判事は、こう述べている。
免責された戦勝国の犯罪.
終戦前後のアメリカ軍によるドイツ人捕虜への虐待による大量死問題も闇に葬られた。の『消えた百万人』では以下のような指摘がある。
他に連合軍、ソ連の戦争犯罪には、戦時国際法に違反したレジスタンス（パルチザン）活動の積極的な支援がある。
ニュルンベルク憲章への批判.
人道に対する罪や平和に対する罪は、法廷が設置される以前には存在しておらず、間に合わせに作り出され、法的な基準に反して、遡及的に適用された。
アメリカ合衆国最高裁・裁判長ハーラン・ストーン判事は、ニュルンベルク裁判は連合国による集団リンチであると述べている。
被告に対する暴行や弁護団への不法行為.
弁護団への妨害行為.
弁護団が見る事の出来るのは、有罪の証拠となるようなデータのみであった。　
これに反し、検察側はこれらのを記録を証拠として有罪を証明できるのであった。
弁護団には被告側に有利な資料を探し出す可能性は、ゼロだった。 
弁護団から要求される記録は、まず検察側に提示されなければならないし、検察側はそれを採用すべきかを決定した。
弁護団が、検察側の引用する記録を見せてほしいと要求しても、引用した記録が行方不明になってる事があった。
ニュルンベルクの記録は連合国の将校たちに警備されていた為、その記録は将校たちの手で金庫から持ち出された可能性がある。