『ファントムペイン』では、一度潜入し物資を回収したことを敵が感知するなど、拠点の警備が厳重になる条件が追加されたり、麻酔銃やガス系のグレネードを多用していた場合、敵兵士がそれぞれヘルメット・ガスマスクを被っているなど、プレイヤーの取った手法に応じて対策を施すようになっている。後者のプレイヤーに対する対策はマザーベースでの戦闘班派遣ミッションをこなすことである程度抑止することも可能。
前作『ピースウォーカー』と同様、敵兵を尋問しても台詞は用意されておらず、怯えた声で統一され字幕のみの表現に留まっている。
自由ダンボール.
ダンボール使用中にそのまま銃器やフルトン装置の使用が可能になった他、緊急回避ボタンと組み合わせることでダンボールを囮にして脱出したり、斜面を滑走したりといったことも可能である。また、様々な迷彩柄のダンボールを開発することが出来る他、ゲーム中に手に入れたポスターを貼り付けることも可能である。ポスターを貼り付けたダンボールには特殊効果が付与され、兵士の写真では遠くにいる敵兵士を敬礼させ、女性の写真・イラストでは敵兵士の気を引き付ける事が可能になる。
新機能.
オープンワールド.
時間経過・天候変化.
ファントムシガー.
『ファントムペイン』では特殊な電子葉巻を吸って時間を潰し、ゲーム時間を早回しさせる「ファントムシガー」と呼ばれるアイテムが登場する。マーキングと併用することで、敵兵士の昼夜の動きなどを探ることができるようになっている。ただし、敵兵が近い状況内では基本的に使用不可能。また拘束された捕虜の奪還などのミッションには一定の期間制限があり、時間を進めすぎると捕虜が死亡してゲームオーバーとなるミッションもある。
バディシステム.
『ファントムペイン』では特定のユニークキャラクターをパートナーとした「タクティカル・バディ」との連携行動が可能となっている。高速移動に役立てたり、また先に潜入させた仲間を介して敵の配置をマーキングする・援護攻撃などを行わせることが可能。バディ毎にはミッションによって変動する親密度が存在し、これが一定以上に増えることで指示できる行動などが増加していく。
乗り物への乗車.