インディはアブナーの日記を手がかりに、一路ネパール・ヒマラヤ山脈奥地の寒村へと向かう。彼の娘であり、かつてインディの恋人でもあったマリオン・レイヴンウッドが営む酒場を訪れるが、既にアブナーは死亡していた。マリオンも今やインディに協力的ではなく、また明日来るようにと言って彼を追い返すが、直後にインディを尾行していたゲシュタポのエージェントアーノルド・エルンスト・トートらが酒場に現れ、マリオンに杖飾りを渡すように強要する。トートはマリオンの目を火かき棒で焼き潰そうとするも、間一髪でインディが現れてこれを阻止。炎に包まれた酒場での銃撃戦の中、トートは炎に炙られていた杖飾りを見つけて拾い上げるものの、手のひらに火傷を負い、あまりの苦痛に杖飾りを手放して店を飛び出してしまう。結局、店は焼け落ちて、杖飾りを取り戻したマリオンはインディと共にエジプトへと向かうのであった。
カイロに到着したインディは、友人の発掘王サラーを頼りに、タニス発掘の情報を集める。しかし、ディートリッヒの部下から襲撃を受け、マリオンがトラックの爆発に巻き込まれてしまう。その上、既にドイツ軍が杖飾りのコピーを入手していることを知る。実はディートリッヒらに合流したトートの火傷痕から複製されたのだが、杖飾りは両面そろって初めて正しい発掘場所を示す為、片面しか得ていないドイツ軍は未だに聖櫃が隠された「魂の井戸」の特定には至っていなかった。
次の日、インディとサラーはエジプト人採掘者に紛れて遺跡の発掘現場へと潜入し、本物の杖飾りを用いて「魂の井戸」の場所を突き止め、さらに生きたまま捕えられているマリオンを発見する。そして密かに発掘を行い、ついに「魂の井戸」と聖櫃を発見するも、明け方になってベロックらに現場を見つかってしまう。インディは聖櫃を奪われた上、マリオンと共に「魂の井戸」に閉じ込められてしまう。