ところが、正平一統によって北朝が解消したのち、室町幕府との和平を破棄した南朝は、北朝の主だった皇族を拉致した。三宮（後光厳）は拉致を免れたため、幕府の申入れにより急遽践祚することとなった。この際、三種の神器は一統の際に南朝によって接収されていたため継承できず、さらに神器が無い場合の践祚に必要な太上天皇の詔宣も無かったため、継体天皇の先例と西漢の文帝の故事が引照された。
在位中は、財政難・人材難に喘ぎ、政務の停滞に直面した。また、度重なる南朝の京都侵攻によって三度も都を追われ、さらに、帰京した父の光厳法皇と持明院統の伝統を巡って対立し、兄の崇光上皇が持明院統の正嫡となるなど、持明院統の相続問題にも直面していた。そうした中でも、正平一統以降滞っていた朝儀を再興させ、二度にわたって勅撰和歌集の撰集を行わせた。二条良基による『菟玖波集』も、後光厳の准勅撰連歌集にあたる。
生涯.
幼少期.
出生直後から持明院統の重臣である日野資名に預けられ、資名の薨去後は、安居院芝の地にて、資名の後室芝禅尼に養育される。二宮、ないし三宮と称された。光厳上皇は従弟である直仁親王への皇位継承を計画していたため、将来的に三宮は妙法院へ入室することになっていたという。
践祚と北朝再建.
治世.
譲位と皇位継承問題.
後光厳と崇光ははじめは仲が良かったと伝わるが、「たちまち御中あしくなりて、近習の臣下も心々に奉公ひきわかる」と、この一件で後光厳と崇光は絶交状態になったという（『椿葉記』）。
失意の崩御.
政治.
後光厳親政.
しかし、光厳院政以上に種々の制約が付きまとった。その制約とは、後光厳天皇の践祚・即位事情、広義門院・光厳法皇・崇光上皇の存在、室町幕府の躍進などである。雑訴沙汰・記録所庭中の式日は減少し、しかも議定は定められた式日には開催されなくなり、出席者も少数であったという。
後光厳院政.
後光厳院政の性質としては、やや小型化しつつも、光厳院政の伝統を受け継ぎ、法制定の上では伏見院政・後伏見院政を継承したものであった。ところがその実態は、文殿の活動はほとんど見られなくなり、国政審議の場である御前評定も殆ど開かれなくなっていたという。
御製.
述懐
祝言
葬礼.
陵・霊廟.