第二次世界大戦以降、寺院の権限はほとんど無いにせよ、檀家制度は残っている。いわゆる葬式仏教や、檀家制度によって確立した年忌法要、定期的な墓参りは日本に根付いており、葬儀や先祖の命日法要、墓の管理を自身の家の檀那寺に委託する例は多い。しかしながら、檀家が減っていることも事実であり、檀家制度に拠る寺院の経営は難しいものとなっている。
特に平成以降、少子高齢化が加速し、実家や墓を受け継ぐ子・孫を中心とした親族がいなくなる（無縁社会）、あるいは、いても疎遠だったり遠方に住んでおり帰省もままならなかったりする家が増えつつある。自分の没後などを見据えた終活の一環などとして、菩提寺に対して檀家からの離脱や、墓の移転・撤去（いわゆる「墓じまい」）を申し入れる人もいるが、拒否されたり、高額な離檀料（後述）を請求されたりするケースもある。
歴史.
前史.
禁教令と寺請制度.
檀家制度の確立.
もし檀家がこれら責務を拒否すれば、寺は寺請を行うことを拒否し、檀家は社会的地位を失う。遠方に移住するというような場合を除いて、別の寺院の檀家になるということもできなかった。よって一般民衆には生まれた家（あるいは地域）の檀那寺の檀家となってその責務を履行する以外の術はなく、寺と檀家には圧倒的な力関係が生じることとなる。江戸時代における檀家とは、寺の経営を支える組織として、完全に寺院に組み込まれたものであった。
これらは、寺院の安定的な経営を可能にしたが、逆に信仰・修行よりも寺門経営に勤しむようになり、僧侶の乱行や僧階を金銭で売買するということにも繋がっていった。新規寺院建立の禁止も、廃寺の復興といった名目で行なわれ、末寺を増やしていった。また、「家」「祖先崇拝」の側面が先鋭化し、本来の仏教の教えは形骸化して、今日に言われる葬式仏教に陥った。
回向寺と祈祷寺.
檀那寺は、檀家制度によって極めて安定的な収入源を得ることに成功した。他方、檀家のいない寺院は現世利益を旨として信徒を集めるようになり、寺院は寺檀関係を持つ回向寺（えこうでら）と現世利益を旨とする祈祷寺（きとうでら）に分かれていくこととなる。