ナマコは明確な呼吸器を持つことで棘皮動物の中では突出している。総排泄腔から体腔内に左右一対の樹状に分岐した管が伸び、ここに海水を出し入れすることで呼吸が行われる。この器官を呼吸樹 () という。なお、ナマコは皮膚呼吸も行っており、呼吸樹を失っても直ちに生命に危険が及ぶわけではない。板足目・無足目のナマコは呼吸樹を持たない。
楯手目のナマコの一部には、呼吸樹の基部に白い糸状の器官がつながっている。これはキュビエ器官と呼ばれる特殊な防御器官で、ナマコは敵に襲われるとキュビエ器官を肛門から放出する（行動を参照）。
循環器.
神経系.
生殖器.
生殖巣は体の前方にあり、精子や卵を放出するための生殖口は触手の後方付近に開く。繁殖期には、生殖巣は体腔のほとんどを占めるほど大きくなる。精巣と卵巣は色合いがわずかに異なるものの、肉眼で区別することは一般に難しい。
繁殖と発生.
繁殖.
発生.
利用.
食材としてのナマコ.
生食が中心の日本に対し、中国では乾燥させた干しナマコとして利用するのが一般的である。内臓を除いて薄い塩水などで煮た後に乾燥させたナマコを煎海鼠、海参（いりこ）という。煎海鼠は、日本でも古くは体内の虫殺し、肝臓への薬効、痰の除去などに効果があると言われ、『養老律令』賦役令及び『延喜式』にも諸国からの貢納品として挙げられている。『本朝食鑑』には、その形がネズミに似ていることから「鼠」の字が用いられたと伝えられ、江戸時代には米俵に似ているということで豊作に通じた縁起物として正月の雑煮の具（上置）に用いられた。また、長崎貿易においては「俵物」として清などに輸出された。
卵巣を干したものはこのこまたは口子（くちこ）と呼ばれる。
医薬品としての利用.
ナマコは漢方薬として古くから滋養強壮薬、皮膚病薬として用いられてきた。中国語でナマコを指す「海参（ハイシェン）」は、その強壮作用から「海の人参（御種人参）」との意味でつけられた名前である。朝鮮人参の主要薬効成分であるサポニン類は通常は植物の持つ成分であるが、ナマコやヒトデなど一部の棘皮動物にも含まれていることが明らかにされている。
サポニンの界面活性作用を石鹸に用いることがある。
ナマコの文化.