納豆を叩き刻んで味噌汁に入れた納豆汁は、江戸時代までは納豆ご飯よりも頻繁に食卓に上っていた。そば、うどん、カレーライス、ラーメン、チャーハン、和風スパゲッティのトッピング、お好み焼きやオムレツ、焼き餅の具、納豆巻きや軍艦巻の寿司ネタ、天ぷらのタネなどとしても用いられる。
納豆をパンにのせる・袋状のパン（ピタ）に入れる・挟む等の方法で食べることも、いわゆる納豆パン、納豆トーストといった食べ方もある。
薬味・付け合わせ.
ネギやからしを加えると納豆のアンモニア臭を抑える効果があり、優れた薬味ともいえる。ネギやからしを途中で加えずに、蕎麦のネギやワサビと同様に最後に少しだけ載せたり、からしの代わりにワサビを載せたりする場合もある。
北海道や東北地方では、醤油に上白糖を混ぜて甘だれ風にしたものを使用する地域がある。納豆に砂糖を加えると粘りが増す。市販の納豆の添付たれは、ほとんどのメーカーで醤油やめんつゆに砂糖を添加した物が使われている。
福島県の一部では白菜の漬物を入れる風習がある。野沢菜漬などを混ぜて食べられることもある。漬物に含まれる乳酸はアンモニアを中和し、臭いを抑えて食べやすくする効果がある。
販売形態.
主にスーパーマーケットやコンビニエンスストアなど、冷蔵施設を備える食料品売り場で広く売買されている。納豆の自動販売機も存在する。茨城県や埼玉県川越市などでは土産物（名産品）として販売している場合もある。かつては「納豆売り」と呼ばれる行商人が納豆を売り歩く振り売りなどが盛んであった。売り声は「なっと〜〜、なっと〜〜（語尾をあげる）」というものであった。
藁苞納豆は明治時代の東京で派生したもので、経木納豆は大正期以降に行われていた。
からしと納豆用のタレが付属することも多い。
種類.
粒の大きさ.
粒の大きさによって種類があり、大粒＞中粒＞小粒＞極小粒＞超極小粒＞ひきわりの順で小さくなる。原料となる大豆の粒の大きさについては農林水産省の農産物規格規程によって下表の通りに定められており、丸目のふるいを使って振り分ける。なお、超極小粒については規格規定にない。
茨城県で水戸納豆づくりが盛んになったのは、江戸時代に水戸藩が作付けを奨励した、台風襲来前に収穫できる早生大豆が小粒で、豆腐・味噌には使いにくかったためとされる。
ひきわり納豆.