義務的なワクチン接種の反対者は「政府が個人の選択の自由を侵害している」と主張する。一方、支持者は「ワクチン接種の十分に証明された公衆衛生上の利点」を引用する。ワクチンを「接種したくない」人の人権は可能な範囲内で守られるべきだが、その自由な判断は正確な情報による公平なリスク評価によって行われなければならず、その判断が他者を害さないことが前提になる。
子供の権利.
ワクチンの義務化は、親の権利に関する倫理的な問題も引き起こす。医療倫理学者は、「ワクチンに対する親の感情に関係なく、子どもはワクチンを含む利用可能な最善の医療を受ける権利がある」と主張し、「医療の自由と選択に関する議論は、子どもの人権と憲法上の権利と相反する。親が守らないときは政府が守らなければならない」と述べている。
ワクチン未接種者による病気の蔓延を防ぐため、法律で定められていない場合でも、ワクチン未接種の子どもの入学を禁止している学校や病院がある。医師がワクチン未接種の子どもの治療を拒否することは、子どもと公衆衛生の両方に害を及ぼす可能性があり、親が子どものために別の医療機関を見つけることができない場合、非倫理的と見なされる可能性がある。
対策.
利便性の改善.
ワクチンの利便性（接種場所や予約のしやすさ、時間、金銭面など）の改善、義務付けを含む多様な取り組みが、ワクチン接種率を改善させる可能性がある。同時に複数種類の免疫を得られる「混合ワクチン」や「同時接種」は、時間的・金銭的な負担を軽減させる。
専門家の対応.
世界保健機関（WHO）は、専門家が公の場で対応する際に、反ワクチン派ではなく、一般の人々を対象にすることを推奨する。また、会話の目的として反ワクチン派が誤った情報を広めるために使うテクニックを明らかにして誤りを訂正することを提言し、そうすることで一般の人々が反ワクチンの戦術に対して抵抗力を高められると主張している。
科学教育.
コミュニケーション.