集会参加者は西国街道経由で箕面へ向かい、吹田に南下する「山越部隊」と阪急宝塚本線石橋駅（現在の石橋阪大前駅）から臨時列車を動かし、服部駅（現在の服部天神駅）から吹田に向かう「電車部隊」に分かれて行動した。人数は山越部隊の方が多かった。
ここで山越部隊は「ファシスト打倒」と称して笹川良一宅に投石したり、棒きれで玄関の扉を損傷させている。
笹川良一本人は留守で、けが人はなかった。休憩後、山越部隊は南下して国鉄労働組合吹田支部の中野新太郎邸に立ち寄り、庭で竹槍を振り回したり障子を破ったりしたが、けが人はなかった。
一方、電車部隊は大阪大学近くの石橋駅に入ったが、最終電車が発車した後だったため、駅長に臨時列車の発車を強要した。駅長はやむなく運賃徴収の上、臨時列車を発車させることになった。
この間、警察は電車部隊が梅田駅に向かうと予想し、梅田で警官隊を待機させていたが、電車部隊が服部駅で下車したため行方を見失い、山越部隊についても電車部隊の対応をしている間に見失っていた。
合流後、デモ隊は南下し須佐之男命神社（摂津市千里丘）に到着した。神社前には吹田市警察や国家地方警察の警官隊が警備線を張っていたが、警察指揮者との交渉をデモ隊が受け入れなかったため、警察隊は警備線を解き、デモ隊に道を譲った。
大阪地方検察庁は、この時にデモ隊が暴徒と化して突進し、暴力で警備線を突破したと主張して騒擾罪を適用した。しかし証拠写真や警察指揮者の証言からデモ隊が暴徒化した事実がないことが明らかになったとされた。
このため後の裁判で被告人全員が騒擾罪では無罪となることになった。
その後デモ隊は西口改札から吹田駅に入り、同駅で流れ解散となった。
吹田駅の助役は裁判時に「デモ隊が順調に乗ってくれたので、『うまいこといきましたな』と駅長とも話していた」と証言している。
裁判.
吹田事件弁護団は後に保守系の吹田市長となった山本治雄を主任弁護士として結成された。弁護団には国会議員をしていた弁護士の加藤充や亀田得治らも加わり、国会でも吹田事件を取り上げて「弾圧」の不当性を訴えた。
このときの裁判戦術は、大衆的裁判闘争と呼ばれ、後に日本国民救援会によって公安事件の闘争方法として定着していくことになる。