生体分子（タンパク質、核酸、脂質、糖etc.）は各結合の立体配座が変化することで立体構造を大きく変化させる。言い換えると、高分子の各結合の立体配座の総体が高分子の立体構造を規定する。それゆえコンフォメーション変化により高分子の取りうる立体構造の特定の一つもコンフォメーションと言い表される。特にタンパク質の場合にこの用語が使用されることが多い。しかしながら、立体構造が重要であるような生体分子の場合には広く適用されている。また、特殊な状態（液相、温度、pHなどの変化）をのぞけば自発的に構造が決定される。また、特定のコンフォメーションを取ることが、タンパク質や核酸の生物学的作用発現に必須でもある。
非常に低温にしたり、立体的に大きな置換基を導入することで、回転や立体反転に要する活性化エネルギーが分子の持つ熱運動のエネルギーを上回るようにすると、配座異性体間の相互変換が不可能になりそれぞれの配座異性体が単離できるようになる。
単結合についての立体配座.
シクロヘキサン環の立体配座.
孤立電子対を持つ原子の立体反転.
高分子の立体配座.
タンパク質.
タンパク質の構造は以下の四段階に分けて考える事が多い。
例外的な単位としては以下のものがある。
また、特に三次構造以上の構造を『タンパク質高次構造』と呼ぶ。
この中でも、コンフォメーションの意味合いに使用されるのがタンパク質三次構造であり、これらは以下の力によって保持されていると言われている。
これらの作用が最もエネルギー的に安定する状態がタンパク質立体構造であり、タンパク質によっては（好熱菌タンパクや細胞外タンパク質など）これらの結合は極めて強固である。これらの相互作用は四次構造にも寄与する。
タンパク質溶解度と立体構造.
一般に可溶性タンパク質（水に対して親和性の高いタンパク質）は球状構造を取っており、外部には親水性の残基、内部には疎水性の残基が強固に凝集している。また、サブユニット間相互作用においても結合部位は疎水性の残基が集まっている。可溶性タンパクはコンフォメーションの決定が比較的容易であり、数多くの結晶構造が明らかになっている。
コンフォメーション変化とフォールディング.