バトロボ（戦闘）後に、戦闘に参加したロボポンに経験値が与えられる。経験値を溜めることでレベルが上がる。また、ロボポンによっては経験値とともに貰える「エネだま」を溜めることができ、一定量溜めることで研究所で進化させることができる。進化すると、ステータスが上がる他、種族が変わったりする場合がある。
会社経営.
本作では会社の社長という立ち位置があるため、資金を投資して会社を増築したり、入手しているロボポンを下記に記載されている時計の連動機能で時間を指定し、町に派遣させることができる。増築すると様々な機能の部屋や褒章を獲得でき、派遣が成功すると経験値やアイテムを獲得できる。
派遣は遊べない時間を利用して、プレイせずとも育成することができる利点を持つ。
ステータス・装備.
ロボポンは武器パーツとソフトと呼ばれるアイテムを装備することができる。
戦闘.
音楽.
本作では、アーム族をさらに細分化したタイプが存在し、それに応じた装備をする必要がある。システムも独自のものになっており、レベル表記は数値ではなくアイコンで表現され、パラメータ育成については主人公の乗る船内にあるトレーニングルームを使用するか、敵との戦闘で増加させることができる。
ロボポンの船内活動.
本作では、同船しているロボポンたちに船内での活動を指示できる。魚釣りや食事、トレーニング、シャワーなど様々で、これによってアイテムの入手やステータスの強化が可能。一度に活動指示できる数は有限で、ベッドで就寝すると回復する（燃料を消費）。
また、ロボポンには体調が設定されており、それに応じてバトロボ中の行動速度に影響を及ぼす。船内活動でリフレッシュを行うことで回復する。
ロボポンガーデニング.
本作におけるロボポンの入手方法。植物のように、ロボポンやソフトの元となる「シード」を鉢植えに埋めて就寝を繰り返し、育てて手に入れる。植物と同様に船内活動で掃除するなどして環境に配慮を行わないと、何者かに実を食べられることがある（その場合、防衛のミニゲームが行われる）。
音楽.
本作ではタイムトラベルを利用して過去と現在を行き来し、マップを攻略していく。
スパーク.
漫画版シリーズ.