そして、この書を中心にして玄奘の弟子の慈恩大師基（もしくは）によってが立てられ、中国において極めて論理学的な唯識の研究が始まった。実質的な開祖は基であるため、法相宗では玄奘をと呼び分けている。その後、玄奘の訳経と知名度等により中国の法相宗は隆盛し、その結果、真諦の訳した論書を基に起こった地論宗や摂論宗は衰退することとなった。
その後、法相宗は道昭・智通・智鳳・玄昉などによって日本に伝えられ、奈良時代さかんに学ばれ南都六宗のひとつとなった。その伝統は主に奈良の興福寺・法隆寺・薬師寺、京都の清水寺に受けつがれ、江戸時代にはすぐれた学僧が輩出し、とともに仏教学の基礎学問として伝えられた。唯識や倶舎論は非常に難解なので「唯識三年倶舎八年」という言葉もある。明治時代の廃仏毀釈により日本の唯識の教えは一時非常に衰微したが、法隆寺の佐伯定胤の努力により復興した。法隆寺が聖徳宗として、また清水寺が北法相宗として法相宗を離脱した現在、日本法相宗の大本山は興福寺と薬師寺の二つとなっている。
識の転変.
唯識思想は、この世界はただ識、表象もしくは心のもつイメージにすぎないと主張する。外界の存在は実は存在しておらず、存在しているかのごとく現われ出ているにすぎない。これを『華厳経』などでは次のように説いている。
第一能変.
第二能変.
この末那識は自我意識と呼んでもよい。つねに煩悩が随伴するので「汚れた意（マナス）」とも呼ばれる。この末那識と意識によって、思量があり、その意業の残滓はやはり種子として阿頼耶識に薫習される。
第三能変.
これまでの説明は、阿頼耶識から末那識および六識の生ずる流れ（種子生現行）だが、同時に後二者の活動の余習が阿頼耶識に還元されるという方向（現行薫種子）もある。それがアーラヤ（=蔵）という意味であり、相互に循環している。
識を含むどのような行為（業）も一刹那だけ現在して、過去に過ぎて行く。その際に、阿頼耶識に余習を残す。それが種子として阿頼耶識のなかに蓄積され、それが成熟して、「識の転変」を経て、再び諸識が生じ、再び行為が起ってくる。
三性.
このような見方は唯識を待つまでもなく大乗仏教の基本であり、その原型が既に般若経に説かれている。
遍計所執性とは、阿頼耶識・末那識・六識によってつくり出された対象に相当して、存在せず、空である。