三河の牧野氏を穂国造の末裔、あるいは三河一宮の砥鹿神社や尾張成海神社等の神官の末裔ではないかとして、四国の田口氏末裔説に否定的な諸説が存在する。
穂国造末裔説.
太田亮が戦前に唱えた説である。
神官・神職家庶流説.
柴田晴廣 『穂国幻史考』第三話の「牛窪考」で、牧野氏は、愛知県豊川市砥鹿神社神主・草鹿砥氏と同族ではないかとしている。ただし草鹿砥氏自身が穂国造同族と見られるため、この場合上記穂国造末裔説と同趣である。
このほか、郷土史家などから、牧野氏は、神官・神職が土豪化・地侍化したものではないかと指摘されている。三河山本氏、堀田氏、諏訪氏などは、神官・神職の出身者が土豪化した例である。
室町時代の牧野氏動向.
牧野平三郎系.
牧野平四郎系.
藩主・牧野氏が牧野平三郎家の庶流であるとする説を採用すると、成興→忠高→氏勝→貞成（牛久保城主）→成定（牛久保城主）→ 康成→忠成（長岡藩祖・牧野氏）となり、平三郎成興が、長岡藩主家との同一の先祖となると見られることになるが、この部分について長岡藩主家系図以外では同時代文書や確かな記録類等、比較が可能なものは知られていない。
同家系図によると、長岡藩主牧野家の「牧野家系図」にある牧野成興（平三郎）がこの系図上には存在せず、また牧野成勝の父は、牧野成敏であったとしている。
「牛窪密談記」や「今橋物語」の記述よれば、正岡城主牧野氏は享禄もしくは天文初期に当時主流であった今橋城主牧野氏に敵対するまでして、早くから岡崎松平氏（徳川氏）に帰属したとする。
牧野田蔵系.
四国から渡来した伝承をもつ牧野成富（田蔵左衛門尉）を祖とし、その子成時（古白入道）が、それまでの宝飯郡から豊川（当時は吉田川）の対岸渥美郡に今橋城を築いて居城とした流れで、以後当主は代々、田蔵・田蔵左衛門（田は伝とも表記される）と称した牧野氏の一系統である。
この系は織田氏・豊臣氏と所属を変遷し、関ヶ原の戦いで徳川方に移り、のちに徳川氏旗本になった。この牧野氏は本姓を変えず田口としている（大名家の牧野氏は清和源氏支流と公称した）。
尊王攘夷の志士として著名な岡山藩士・牧野権六郎成憲は、この末裔である。
牧野筑意.
戦国時代から織豊期の牧野氏.