南北朝時代に現われた高師直は、足利尊氏に執事として仕える一方で、建武の新政においては尊氏の代理として雑訴決断所の一員を務めるなど、頭角をあらわした。室町幕府成立後は、政治面では兄弟の師泰や一族の師冬らとともに幕府の要職を占め、軍事面では北畠顕家や楠木正行を討ち取り、吉野へ攻め込んで南朝を崩壊寸前にまで追い込んだ。しかし次第に傲慢になったため、尊氏の弟の足利直義と対立を起こした（観応の擾乱）。師直・師泰兄弟は、一時は上杉重能ら政敵を抹殺し直義を失脚に追い込むものの、南朝に降伏した直義の巻き返しに遭い、摂津打出浜の戦いにおいて一戦するも惨敗した。そして、降伏した師直・師泰兄弟は京への護送中に摂津国武庫川付近で上杉能憲（重能の養子）の手勢によって殺害されてしまったのである。この時犠牲となったのは師直兄弟のみならず師夏（師直の子）・師世（師泰の子）・師幸・師兼など一族の大半が含まれ、全滅した。関東で勢力を誇っていた師冬もこれに前後して直義方の上杉憲顕に敗れて自害しており、高氏一族は有力者の多くをここで失ったのである。
ただし、一族のなかでは師直の従兄にあたる高師秋・師有父子（一説によると本来の高氏嫡流とされる）や、師直と師泰の弟重茂など直義方に属し生き残った者もいた。特に師有は関東において畠山国清の没落後、短期間ではあるが関東管領に就任していることが確認される。また高師英（師有の子）は京に戻り、山城守護、佐渡守護を歴任した。しかしこれを最後に、高氏の守護任命は後を絶った。師英の孫・師長は佐渡守護補任を幕府に運動しているが、却下されている。師有以降の関東管領は上杉氏の世襲となったが、子孫は代々鎌倉公方・古河公方に仕えた。初代喜連川藩主・喜連川頼氏の家臣高氏師（大和守）や、喜連川騒動に関わった高四郎左衛門はその末裔と思われる。
また、師泰の孫にあたる師秀が生き延び、高氏の血統を後世まで伝えた。室町時代末期に至るまで、将軍の親衛隊にあたる奉公衆に、高一族の名が見られる。足利義輝とともに永禄の変で討ち死にした家臣の中に高師宣がおり、足利義昭が鞆に逃れた後にも、高五郎次郎が従っていたことが伝わっている。