今作では球場が広くなるといった改善された部分はあるものの、以下のような調整ミス・バグが存在する。
バグ.
収録ミニゲーム.
サクセスモード限定.
これらのミニゲームはおまけモードから選択できない。
表サクセス（謎の転校生 甲子園ヒーロー編）.
※『実況パワフルプロ野球』シリーズ版の「花丸高校」については別節を参照。
ヒーロー編といえども子供っぽい内容ではなく、従来通りダークな展開は健在である。特にヒーロー戦に負けたときの終わり方は悲惨なものであった。また、ヒーローたちに立ち向かうルートでは「正義」とは何かがテーマの一つとなっており、主人公たちは一体何が正義だったのかと苦悩することになる。
あらすじ.
登場人物.
ヒーロー全員は、必ず色に関連した名前になっており、またラッキョウがパワーの源。相手を洗脳したり、レントゲンによる透視能力等、一人一人が特殊能力を持っている。最初は騒がれたり不可解に思われたものの、徐々に野球部や世間にも存在は浸透していき、彼らの活躍で花丸高校はそれ以前とは比べ物にならないほど強いチームとなった。
マスコミに取材されたことで、甲子園の相手校が存在を知っていたりと、彼らの知名度は全国区に広がった。また野球だけでなく、悪の組織であるワルクロ団とも戦っている。最初こそは非常に頼もしい助っ人達だが、物語が進んでいくと、徐々に彼らの本性が明らかになってくる。
ワルクロ団は実は彼らによって構成された下位組織で、ヒーロー達は黒野博士から奪った怪人量産マシーンによってワルクロ団を結成させた。ヒーローは彼らに陰で悪事を起こさせ、自分達がワルクロ団を退治する事で周りの評価を得るという自作自演を謀っていたのだった。