正式な起点は六日町駅であり、六日町駅から犀潟駅へ向かう列車が下り、逆方向を上りとしているが、列車番号は犀潟駅から六日町駅へ向かう列車が通常下り列車を表す奇数、逆方向が通常上り列車を表す偶数となっている。これは、特急「はくたか」がJR西日本主体の列車であったことから、北陸本線に合わせたためであり、「はくたか」廃止後もそのままである。本記事では、以下路線の起点に則って上り・下りを表記する。
現在の運行形態.
一部列車は日曜日を中心に後述の「ゆめぞら」の限定運用となっており、トンネル走行時に映像上映が行われている。詳しい運行状況は北越急行の公式サイトで確認することができる。
過去に運行されていた列車.
特急「はくたか」.
快速.
超快速「スノーラビット」.
なお運行開始以来、一部の列車は直江津駅から列車番号を変え、無愛称の普通列車としてえちごトキめき鉄道妙高はねうまラインの新井駅発着で運行していた。
臨時列車.
急行列車.
超低速「スノータートル」.
乗務員について.
運行管理.
ほくほく線の運行管理は、六日町駅に隣接した運転指令所により行われている。
ほくほく線区間の特急の運転士は前述の通りJRの乗務員が担当していたが、ほくほく線内では一切の指揮系統は北越急行の運転指令によるものとなっていた。一方北越急行の運転士が担当する普通列車のJR東日本区間への乗り入れ先では、JR東日本の指揮下となる。
利用状況.
輸送実績.
ほくほく線の輸送実績を下表に記す。表中、最大値には「(最大)」の記号を、最大値の前後の最小値にはそれぞれ「(最小)」の記号を付している。鉄道統計年報各年度版及び管内鉄軌道事業者輸送実績（国土交通省北陸信越運輸局）より作成。
収入実績.
ほくほく線の収入実績を下表に記す。表中、収入の単位は千円。数値は年度での値。表中、最大値には「(最大)」の記号を、最大値の前後の最小値にはそれぞれ「(最小)」の記号を付している。鉄道統計年報各年度版より作成。
車両.
現在の使用車両.
自社車両.
過去の特急列車の使用車両.
自社車両.
臨時列車等.
以下、「はくたか」以外で乗り入れ実績のある、あるいは予定されている車両である。
柵
柵（さく、 フェンス）とは、
農業用途.
牧畜用途.
牧畜用の柵である牧柵には、（現代では）、物理柵と心理柵（電気牧柵）がある。
鳥獣防除.