本作では内政には領内開発以外にも物資の売買・輸送や城主任命や武将移動、兵種変更なども含まれている。領内開発の意味での内政は前作に引き続き奉行を任命して行うようになっている。居城のみにしか任命できず、前作と異なり作業効率の助言を家臣が行うこともないため、前作よりも更にゲームに占める比重は低い。
身分での違い.
大名と軍団長、城主それぞれの立場によりできることは異なる。大名の場合は軍団長に、軍団長の場合は城主に攻略対象を指示することができる。逆に軍団長以下の場合で攻略方針を変更したい場合は軍団長の場合は大名に、城主の場合は軍団長に提案を行うこともできる。軍団長及び城主では身分の変動、転封、時には処断されることもある。
軍団長で大名に提案を行う場合、大名が他の軍団長・発言力の高い城主を召集する評定での発言力及び他武将の説得が重要となってくる。発言力は大名からの指示を達成することで上がってゆく。発言力が高くなれば自分一人の意見だけで提案を認めさせることができるが、低いうちは軍団長・城主と普段から懇意にしておくことが大切である。また説得は各武将の性格により適した方法が異なる。
知行制について.
さらに前作では家臣に知行を与えた後、それに応じて増加した最大兵数に達するまでの兵数は自然増加を待つしかなかったが、本作では（雇う兵数は調整できないが）募兵も可能になった。また勲功による知行の要求量も前作と比較して減少し、知行ではなく金銭を褒美に与えることが可能になるなど、前作のシステムが一部変更されている。
諸勢力について.
といったものがある。
謀略・外交.