ボンバーマンを操作し、爆弾を武器に数々のステージをクリアしていく。エリア内の敵を全滅させると次のエリアに進むためのワープホールが出現し、入ることでクリアとなる。これを繰り返していき、最終エリアをクリアするのが目的。今回はワープホールが複数出現する事があり、選んだワープホールによって次のステージが変化する。ステージには番号が割り振られているが、ルート分岐するため番号順に進むとは限らない。ワープホールの色は行き先が未クリアなら黄・クリア済なら紫になるため、ルート進行の参考にできる。
全エリアをクリアしたファイルを選択すると、もう一度攻略を最初からやり直す事になるが、これは『裏ステージ』であり、出現アイテムが追加されている（特に序盤から強力なアイテムが手に入る）。裏ステージの面クリア達成率も記録される。
ゾーン・エリアについて.
バトルゲーム.
ゴールドメッキ版限定で、みそボンの設定に「ハイパー」がある。「ハイパー」ではみそボンから復活する時に倒した相手のアイテムを引き継ぐことができる。
バトルステージ.
パワーアップアイテム.
ソフトブロック（爆弾で破壊できるブロック）を破壊したときに中から出現することがあり、取ればボンバーマンがパワーアップする。ほとんどはミスをした時に失われる。
ドクロ.
原則バトルモードのみの登場。取ると様々な異常を起こす。他のプレイヤーに接触すれば相手に効果を擦り付けて回復する。ドクロ以外のアイテムを取れば、回復する以外にドクロ自体をフィールドに捨てられる。爆風では壊れないが、爆弾を投げたり蹴ったりして潰せば消滅する。
ボス.
今作のボスキャラクターは一部を除いてバトルモードと同じ形式なので、触れるだけではダメージを受けない。倒すことで次のゾーンに進むことができる。バトルモードと同じ形式のボスは倒すと固有のアイテムを落とす。
鷹司輔熙
バレーボール使い郷田豪
安田学園安田女子高等学校
桂玉團治
桂 玉團治（かつら たまだんじ）は、上方落語の名跡。現在は空き名跡となっている。
得意ネタには「鳥屋坊主」「おたおたの太助」「茗荷宿」などがあった。
弟よりも入門は早かったが、結局、落語家としては大成せず、弟の付き人か取巻きのような形で収まった。初代春團治が死去した際には既に廃業しており、弟の家の家主であった豊田三味線店の番頭をしていたという。