ある日、豪商・紀伊国屋文左衛門の屋敷の蔵へ忍び込み、金銀財宝と共にある藍色の小箱を戦利品に加えるが、空箱だったことからあっさり子供にくれてやってしまった。ところがその箱には、織田から豊臣へと支配者が移った真相を書いた密書が秘められていたのだった。文左衛門の屋敷に太閤・豊臣秀吉からの勅命を受けた豊臣家家臣・石田三成と部下たちは屋敷に乗り込むが既に箱は五右衛門に盗られた後だった。文左衛門の屋敷から逃げ延びた五右衛門は手下・猿飛佐助からその箱の影響で、文左衛門を含む親族・使用人ら屋敷の関係者全員が口封じを兼ねて皆殺しにされたことを明かした。天下統一を果たした豊臣勢が血眼になって探す箱に五右衛門は興味を示す。
かつて五右衛門は名のある武家の出であったが、家が没落して父親が目の前で切腹・母親が斬殺、祖母と共に逃亡するも山賊に無残に殺される過去があった。そんな五右衛門を救ったのが、織田信長だった。
それから五右衛門は信長に引き取られ、ライバル・才蔵と共に服部半蔵の元で忍としての訓練を受けさせられ、超一流の身体能力と戦闘能力を誇る忍へと成長していく。そんな五右衛門の元に信長の姪・浅井茶々の護衛の任を与えられる。茶々は父親も母親も死に、叔父である信長に引き取られ安土城で暮らしていたのだが友達もおらず接するのは家臣か女中のみで寂しい思いをしているのではないかと案じた五右衛門が茶々を誘い出す。茶々は五右衛門と友達になれたのかなと尋ねるが五右衛門はその問いには答えなかった。その後茶々は成長して安土城を後にした。礼として五右衛門は信長から双剣を託される。
それから茶々も絶世の美女へと成長して秀吉の居城・大阪城で暮らしていた。秀吉が茶々を引き取った目的が、茶々を自身の側室とすることであることを知るが、そこで茶々も秀吉が信長暗殺の張本人であることを知り、ある決意を固め秀吉の側室となることを決める。
才蔵と別れた後に忍を辞めた後の装備などを再び自分の元に戻した五右衛門はアジトに戻ると佐助と小平太の様子がおかしい。状況を聞いたところ小平太が佐助の小太刀を盗み、母親の仇である又八を街中の白昼堂々の中で殺したのだという。小平太は強くなって母の仇を殺したんだと息巻いていたが五右衛門が叱咤する。