重度のボツリヌス症は呼吸筋の運動を低下させ、そのためガス交換に支障をきたす。これは呼吸困難として経験される場合もあるが、重度の時は吐き出されない二酸化炭素の蓄積とその結果起こる脳への抑制効果によって呼吸不全にまで至りかねない。これが処置されていなかった時には呼吸停止や死につながる場合もある。
臨床医は多くの場合、球麻痺かつ下行性麻痺、発熱はない、意識も精神状態も清明、という古典的な三大観点からボツリヌス症の症状だと考える。
乳児ボツリヌス症.
芽胞の発芽はボツリヌス毒素を放出し、これが後に血流に吸収されて全身に取り込まれ、神経筋接合部でアセチルコリンの放出を遮断することによって麻痺を引き起こす。乳児ボツリヌス症の典型的な症状には、便秘、無気力、衰弱、摂食障害、おかしな泣き声などがあり、完全な下降性の弛緩性麻痺へと進行することが多い。便秘は乳児ボツリヌス症の最初の典型的な症状であるが、それは一般的に見落とされている。 
合併症.
乳児ボツリヌス症は長期的な副疾患を伴わないが、院内感染による合併症を起こす可能性がある。
ボツリヌス症は呼吸不全のため死に至る可能性がある。ただし、対症療法の改善のため。重度のボツリヌス中毒患者は、時には数ヶ月に及ぶ人工呼吸器と集中的な医療介護を要する場合がある。退院後にリハビリ療法が必要な場合もある。
原因.
全ての場合において、この病気はボツリヌス菌自体ではなく嫌気性条件に置かれた同菌より産生される「ボツリヌス毒素」によって引き起こされる。損傷のパターンは、最初に毒素が頻発刺激(脱分極)した神経に影響を与えるため発生する。
ボツリヌス毒素による人体侵入のメカニズムには以下のものがある。
腸管での定着.
食物.
保存が適切でない食品中の細菌から生成される毒素が、ボツリヌス食中毒の最も一般的な原因である。酸味や塩味を付けずに（酢酸やナトリウム濃度を高めずに）漬け込んだ魚（川魚の熟れ鮨）や、高すぎる温度で保管された燻製魚には、不適切に缶詰・ビン詰めされた食品と同様のリスクが生じる。
創傷.
吸入.
ボツリヌス症の特殊な例は、実験室研究者による吸入後に記述されている。
注射.
メカニズム.
ボツリヌス菌は、亜末端の芽胞を形成する大型の嫌気性グラム陽性菌である。