各エリアに入ると画面上には現在の刻を表す花のマークと、主人公の体力・気力・刀の硬度を示すゲージが表示される。ゲーム内における一日の刻は「未明」「朝」「昼」「夕刻」「夜」に分けられ、エリア内で行動すると時間が経過する。刻が経過したことは花のマークの横にある芽のマークが点滅することで表され、エリアを出ると刻が終了してマークの花びらがひとつ消え、全部消えると次の日に移行する。「体力」は戦闘でダメージを受けたりすると減少し、ゼロになると死亡してゲームオーバーとなる。「気力」は刻が経過するたびにひとつ減り、尽きると気絶して丸一日が過ぎる。「硬度」は装備している刀の耐久力を示しており、酷使してゲージがいっぱいになるとひとつ減少し、なくなると刀が折れる（詳細は後述）。
ストーリーを進めるためのイベントは所定の日時に特定のエリア内に入ると自動的に発生し、終わると一刻が経過する。何もせずに過ごすことも可能だが、時間の概念によって最終的にはエンディング（もしくはゲームオーバーや中途退場）にたどり着き、プレイ内容の評価（侍度）が判定されて称号が与えられ、得点が加算される。得点の累計が増えるたびに、ゲーム内の隠し要素が解放されてゆく。
戦闘・刀.
戦闘における前作からの変更点として、刀の基本動作が大技と小技ではなく、縦斬りと横斬りに区別されるようになっている。このふたつは太刀筋の残像の色で見分けられ、防御時に方向キーを相手の動作にあわせて適切な方向に入力することで「捌き（さばき）」が成功して相手をよろめかせ、そのタイミングでボタンを入力すると威力の大きい攻撃を繰り出すことができる。雑魚キャラクターを相手にした集団戦の場合、捌きでよろめいた相手への攻撃が成功すると一撃で倒すことができ、ほかの相手は動揺して攻撃まえの予備動作が大きくなり、次の太刀筋を読みやすくなるため、時代劇の殺陣のように襲ってくる相手を次々と斬り伏せることが可能となる。一撃必殺の要素がなかった前作においては雑魚キャラクターを倒すのに時間がかかるという意見があり、アクションが不得意なユーザーにも爽快感を与えるために模索され実現したシステムである。なお、前作にあった敵の技を無効化する「あわせ」と「見切り」は廃止されている。
各勢力との関わり.