日本に帰国した財前は大鹿建設を追い詰める中、陣内を一騎討ちで破るが、陣内に自殺されてしまう。財前は陣内の後を継いだ兄貴分の伊達竜央が送った刺客を破り、曽根屋と大鹿建設の鈴木秀明の逮捕に踏み切る。内取は今津の策謀によりネガティブ・キャンペーンにさらされてしまい窮地に立たされるが、大鹿建設の倒産を回避することで難局を乗り切る。しかし、日本の植民地化を目論むシャロン・マクファーレンらアメリカの介入により内取は仲間を失い、今津も政界の黒幕である射馬給令実篤に見放されてしまう。今津はアメリカの思惑とアメリカに対抗できない日本のシステムを一掃するため、東京で原爆テロを実行するが、原爆の起爆装置は財前に解除され、テロも射馬給令が出動させた自衛隊に鎮圧され失敗する。
今津の原爆テロ鎮圧後、アメリカ側に与した民政党に総選挙で大勝した総理大臣の和泉孝四郎は、「原爆テロは強権的な内取の存在が原因で起きた」と責任転嫁し、内取を活動停止に追い込む。古巣の警視庁に出向した財前は、新しい上司になった丹波宗久と共に料亭の仲居殺しの捜査を進める内に、中国マフィア・黒華幇と日本政財界の癒着を突き止める。和泉は内取を統括する内閣官房長官の城源寺俊雄に捜査を中止させるよう指示するが、腐敗の一掃を目指す城源寺は指示を無視し、内取は外相の安西晋一と五菱物産の武器密売を取り締まる。事件を解決した内取に対し、城源寺は中国軍に拉致されたシンガポール大使の久留間章吾の救出作戦を指示する。財前は中国軍との戦闘の末、久留間の救出に成功するが、その際に中国が「亜州征圧計画」という作戦を進行させていることを知る。
帰国した財前は、中国軍の王家輝と黒華幇が「亜州征圧計画」のために生物テロを実行しようとしていることを聞かされ、都内に潜伏する工作員たちと死闘を繰り広げ生物テロを阻止するが、王に毒を盛られ昏睡状態に陥る。数日後、仇敵の伊達から届けられた解毒剤により回復した財前は、城源寺から「内取が和泉総理の収賄の証拠を掴み、逮捕に向かった」と聞かされ、病院を飛び出し和泉の逮捕に向かう。
テレビアニメ.