煙突にこびりついたすす、タールは発がん性がある有害物質であり、過去には煙突掃除人癌の職業病問題を引き起こしていること、高所の作業であること、メンテナンスが不十分だと火災を引き起こすなどの理由から、専用の装備を整えた専門業者が行うことが望ましい。
灰に含まれる重金属汚染.
木質燃料は燃えたあとに灰を残すため定期的な灰掻きを行う必要があるが、木灰には樹木に蓄積されていたカドミウム、水銀、鉛、クロムなどの重金属が濃縮され、有害である。
また灰は極めて微細な粉塵であり、多量に吸入すると塵肺を引き起こす。
また屋内に飛散するとハウスダストとなる。
そのため飛散、吸入に注意し適切に処分しなければならない。
木灰を肥料として利用しようとする者がいるが、上述の重金属汚染の他、肥料を販売するには免許が必要となり、無免許で販売すれば警察に検挙される他、メルカリでは出品が禁止されているため注意が必要である
規制.
環境保護団体や医学者、医師団体は政府に薪ストーブへの対策を求めており、また大気質に対し責任を持つ政府の環境関連部署は下記に挙げるような種々の規制を実施している。
薪ストーブの性能による認証制度.
薪ストーブの排気中に含まれる汚染物質の量をテストし、基準を満たさないものは新規販売、使用を禁止するというもの。
アメリカのEPAが実施するものが標準となっている。
EPAへの批判.
米国肺協会()で副会長を務めるローラ・ケイト・ベンダーは、短期的に排出量を減らすことは有益ではあっても科学的に安全な粒子状物質への暴露などというものはなく、長期的な解決策は薪ストーブを完全に廃止することであるとしている。
薪ストーブの交換プログラム.
薪ストーブを廃棄し、よりクリーンな暖房器具へと交換することを促進するための資金援助プログラム(補助金)が実施されている。
アメリカ・ポートランドの非営利団体ベルデは特に低所得世帯を対象に薪ストーブを電気ヒートポンプに置き換えるためのプログラムに資金を提供するよう州に要請した。
薪ストーブの使用継続に対する批判.
薪は家庭で使用可能なエネルギー源の中で最もエネルギー密度が低く、最も汚染度が大きいものであり、薪ストーブは停電などの非常時のための二次的な熱源になりうるが、日常的に使うなら汚染が少ない電気式の暖房を使うべきであるという。