ミストナック使用中に、画面上に表示されているボタンを押す事で他のキャラクターのミストナックへと繋ぐ事ができる。連携回数には上限があるものの、ルーレットで回数を増やす事が出来るため、運が良ければ制限時間の続く限り無限に繋ぐ事もできる。低レベルなミストナックほど連続して繋げやすい。
インターナショナル版ではMPとミストカートリッジは別々となっている。
召喚獣.
各召喚獣の詳細については#召喚獣を参照。
召喚するとフィールド上は召喚者と召喚獣だけとなり、召喚獣は独自のガンビットによって行動する（プレイヤーが指定できるのは「召喚帰れ」のみで、プレイヤーによるガンビット設定もOFFも不可）。インターナショナル版では、召喚獣をリーダーにすることや行動を指示することも可能。召喚技も自由に発動可能だが、ガンビットの設定は不可能。
ストーリーを進める上で倒す必要はないが、各地に封印されている隠し召喚獣も存在する。
ゲームデザイン上、召喚ライセンス獲得に応じてラストボスの能力値が強化されていく。
召喚獣一覧.
すべて初登場時はボスキャラクターとして登場。倒すと仲間になり召喚が可能になる。
金銭システム・交易品.
モブ討伐.
討伐依頼を出されたモンスター「モブ」を倒すミニゲーム。モブの討伐依頼はシナリオの進行によって増えるほか、特定のモブを倒したりクランランクが上昇することによって増えていく。
インターナショナル版.
ゾディアックジョブシステム.
ガンビットプラス（ガンビットの枠を増加する）のライセンスがスタート地点（たたかうのライセンス）に近い距離で固まっており、序盤から購入できるガンビットの種類も揃っていることから、国内オリジナル版よりも序盤の制限は薄くなっている。各ライセンスボードには「離れ小島」が存在、一部の召喚獣ライセンスはそれを繋ぐ役割を持っている。
なお発売前の広告（インターナショナルアルティマニアに収録）では吉田明彦が、主人公達が就いたジョブ毎の装備を着ているイラストを描き下ろしているが、イメージであり製品版でキャラクターの衣装がジョブに準じた物に変わる事はない。
ジョブは以下のものがある。
トライアルモード.
ザ ゾディアック エイジ.
ストーリー.
あらすじ.
構成.
作風.