また、在来線から新幹線を経由して在来線へ乗り継ぐ場合は、在来線のどちらか一方（通常は高い方）を割り引く。乗り継ぎ割引が適用外となる列車が含まれている場合は割引が適用になる列車のみ割り引く。この取り扱いは、北海道新幹線をはさんで奥羽本線の特急列車と函館本線経由の特急列車を乗り継ぐ場合にも適用する。
本州と北海道.
奥羽本線と津軽海峡線.
奥羽本線の新青森駅以南の乗車が必要なので、以下の場合は適用されない。
津軽海峡線と函館本線.
津軽海峡線を経由する特急・急行列車と函館本線を経由する特急・急行列車を函館駅または五稜郭駅で乗り継ぐ場合、北海道内の特急・急行列車の特急料金、急行料金、及び指定席料金。ただし、上記の新青森駅または青森駅での東北新幹線との乗継割引との重複適用に限る。
新青森駅または青森駅での新幹線との乗継割引の条件を満たすことが必要なので、前項同様、新青森駅または青森駅を発駅（着駅）とする場合は適用されない。
本州と四国.
特急「サンライズ瀬戸」とJR四国の特急.
寝台特急「サンライズ瀬戸」と坂出駅または高松駅で四国旅客鉄道（JR四国）管内の特急列車に乗り継ぐ場合のJR四国管内の特急列車の特急料金。
西九州新幹線.
なお、この特例が適用される特急券の券面には、「幹特在特」と記される。
新幹線直通在来線について.
以下の路線・区間については、制度上新幹線車両を用いた在来線特急列車となっている。しかし、運転の実態として直通運転を行っている場合が多いので、新幹線と在来線特急列車との乗り継ぎ料金制度を採用せず、扱いを別に定めている。
山形新幹線で福島を跨ぐ場合・秋田新幹線で盛岡を跨ぐ場合.
九州新幹線.
「リレーつばめ」については東海道・山陽新幹線と在来線の乗り継ぎ制度により乗継割引を適用し、九州新幹線の特急券は無割引で発券する。
東海道・山陽新幹線と他の在来線特急・急行列車の乗り継ぎについて東海道・山陽新幹線と在来線の乗り継ぎ制度により乗継割引を適用し、「リレーつばめ」については、「リレーつばめ」と九州新幹線を通しての特定の特急料金を適用し、「リレーつばめ」には乗継割引を適用しない。
グリーン料金の通算.
特急・急行列車.
以下のものについては、利用する全区間の営業キロによる料金でグリーン料金が計算される。