『ポータブル・オプス』同様、イベントシーンはリアルタイムポリゴンデモではなく『バンドデシネ』のように絵イラストでストーリーが展開していく。ムービー中に操作を要求される事もあり、ステージ評価に影響する場合がある。今作のイラストは新川洋司を始めとする複数のイラストレーターによって描かれており、前作のイラストを担当したアシュレイ・ウッドもゲストとして参加している。また、数は多くはないがリアルタイムポリゴンデモも存在する。『ポータブル・オプス』の無線には声が付いていなかったが、本作ではフルボイスとなっている。ゲームシステム.ミッションでは敵兵のいる海岸やジャングル、敵基地などに潜入し、要人の捜索や重要アイテムの回収、次のエリアへの到達、巨大兵器(ボス)の制圧などの任務をこなしていく。シリーズ恒例のゲーム難易度は廃止され、ミッションごとに難易度が設定されている。また、ステルスゲームである本作は、敵兵を殺すことや敵兵に発見されることは評価としてはマイナスになる。このため、他のメタルギアシリーズ同様、敵を倒すより敵に見つからないことが重要である。また、敵兵を排除する場合でも殺さず眠らせるだけにしたり、戦闘を回避することが評価を上げることに繋がる。眠らせたり、気絶させた兵士はアイテム「フルトン回収システム」によってマザーベースに収容、味方にすることができる。ミッションの目的を達成するとミッションクリアとなり、設計図やユニフォームが手に入ったり、新しいミッションが選択可能になる。ミッションクリア時にはプレイ内容が評価され、それによって「英雄度」というパラメータが上下する。英雄度が高くなると志願兵が増えたり、より優秀な兵士が志願してくるなどのメリットがある。マザーベース.基地が成長するに従って訓練施設、兵器プラントなどが増設され、装甲車両や航空兵器の運用、志願兵の登用なども行える他、世界中の紛争地帯に部隊を派遣する事も可能になる。なお、公式HPで公開されているトレイラー映像によれば、このマザーベースの発展が後の「アウターヘブン」創設に繋がっていった事が示唆されている。マザーベースの収容人数を超えて人数を増やしすぎると、マザーベースから人員が転げ落ちることもある模様である。アイテム開発.通信機能.兵士の回収.