四賢者.異次元の神々.原則的に敵対することになる、異次元世界出身の神々。難易度設定によっては、その大半がストーリーとは無関係に別の場所でも登場することがあり、ストーリー上で戦うより強くなっている(ストーリーで出会う前に強いバージョンと戦える相手もいる)。変更要素.本項目では、オリジナルから仕様が変更された要素のみを記載する。成長システム.能力値など.種族システム.GB版では「ロボット(本作では「メカ」)」「サイボーグ」「獣人」「モンスター」それぞれに実際に敵として登場する魔物が対応しており、レベルに応じて割り振られた魔物に変身していた。それに対し、本作ではモンスター以外はキャラクターごとに固有の容姿に固定され、上記のように「能力値や得意武器に補正がかかった状態」である。それにより、GB版では「ロボット」「サイボーグ」「獣人」に設定されていた魔物も、本作では種族は全て「モンスター」扱いになっている。バトルシステム.武器・魔法・能力.種類に関しては以下の通り。それぞれ熟練度が設定されている。種別毎に多くの種類が用意されている。地域の敵の強さにより適宜買い替えることで、破壊力の底上げをしやすい。種別ごとの数は少ないが、属性や性質は武器よりも多彩な傾向があり、それらを同時期に使い分けることができる。属性に関しては以下の通り。耐性や弱点で威力が増減する。モンスター種族に変身している間は、前述のとおり防具の効果が発揮されないため、防具からの耐性も得られなくなるが、ダメージに関する耐性は効果が出るため、以下の属性には対応可能。ターゲット指定.GB版では一部の攻撃のターゲット指定が「敵単体⇔敵グループ」や「敵⇔味方」の切り替えが可能だったが、今回はすべて廃止された。敵のサイズ.状態異常.戦闘中の自然回復はターン終了時に一定確率で行われ、状態に応じて自然回復の確率はそれぞれ異なる。これは前作と共通の仕様。今回は、未発見のパーツの数を検索する「レーダー」が登場しない。また、フリーシナリオで手に入るパーツも多数存在する。移動時.マップ.