当時の日本副管区では、日本やポルトガルでの宣教保護から十分な資金を得られなかったため、マカオ=長崎間の貿易仲介によって必要な資金を得ていた。貿易の不安定さによる収入の逓減と、副管区の体制が整うのに伴い増大した出費と、日本での保護者への贈答品にかかる費用によって、副管区の会計は慢性的な赤字であり、ロドリゲスは貿易によって得られる利益の拡大に力を入れていた。秀吉や家康などからの依頼による貿易代行がそれであるが、他にも生糸の価格決定への関与などへも精力的に関わった。その一方、これらの商行為や政治への関与は、強い反感と反撥をもたらした。イエズス会では、聖性を乱すとして、かねてより商行為への関与は否定的に見られており、強い制約が与えられていた。その制約が緩和され、ますます活溌になるのを見るにつけ、貿易を容認する日本管区上部にイエズス会総長や教皇からの圧力を求める声があがった。貿易は托鉢修道会からとくに強く批判され、周囲の大名は、ロドリゲスの政治介入について批判した。長崎奉行の長谷川藤広と、長崎代官の村山等安らによってロドリゲス排除が試される(但しこの試みは失敗した)など、立場が次第に危うくなっていった。中国にて.日本を追放された後のロドリゲスは主にマカオに住んだ。と定められた。この結論はロドリゲスの意見からはかけ離れたものだった。著書.ポルトガル語の教育を充分に受けていなかったため、書体や修辞などのまずさについて、しばしば断っていた。ロドリゲスは、しかし、日本のことには精通しており、自負もあって、その記述は細部におよんでいた。日本語文典.『日本大文典』.その説明は、宣教言語学において一般的であったように、ラテン語学の枠組みに基づき、形態論的な問題を中心としてなされる。また、支配層を通じて布教しようとしたイエズス会にとって、また支配層との折衝にとくにあたっていたロドリゲスにしてみれば、実用文法書には典雅な文体や官位や通称をどのように使いこなすかという問題が取り扱われてしかるべきものであった。影印はがある。土井忠生によって日本語に翻訳されている。『日本語小文典』.