栄養価.アリシンは硫化アリルの一種で、独特の匂いの元となる成分でもある。この匂い成分は内臓脂肪の燃焼を促進して新陳代謝を活発にし、動脈硬化・脳梗塞の予防効果、コレステロールの抑制、ダイエット効果、がん予防効果、抗菌作用など、また血小板凝集阻害活性のあるチオエーテル類も含むため、血圧の安定、視力の衰えを抑制する薬理効果がある。成分を利用した健康食品も販売されている。ニンニクの成分に近いためか、食べたときの風味もニンニクに近く独特の臭いを持ち、極めて強い口臭を生じることがある。この匂いの発生は人間にかぎらず、乳牛が放牧中に食べることによって牛乳がにんにく臭くなる問題が発生することがある。採取者の遭難.類似毒草の注意.ギョウジャニンニクはネギの仲間であるが、葉が筒型ではなくて扁平で、葉を見るとバイケイソウ類、イヌサフラン(コルチカム)、スズランなどの毒草と間違えやすい。特にスズランとの区別に注意する必要があり、葉の根元の茎の部分が赤色の繊維状のもので包まれていること、スズランにはネギ臭さがないので、特有の臭いの有無で判別可能である。またイヌサフラン(コルチカム)を間違えて誤食したことによる中毒事例も多く、中には自宅の庭にギョウジャニンニクとコルチカムの両方を植えてあったことが原因の誤食事故もある。イヌサフラン(コルチカム)も切り口はニンニク臭を発しないのでそれで区別が出来る。本種を食用目的で採取する際は、茎などの切り口にニンニク臭があるかを必ず確認し、ニンニク臭を発しないものは破棄するべきである。栽培.園芸栽培.ギョウジャニンニク栽培圃場に発生する病害も報告されている。病害としては根株の腐敗が散発的に発生し、タマネギの乾腐病に似ている。害虫では、土壌中に生息するコガネムシとコメツキムシ(俗称:ハリガネムシ)の幼虫による根株の食害がみられる。品種改良.薬草.まじない的な利用.アイヌの民間信仰では、その独特の臭気は魔物を祓う力があるとされ、かつて(天然痘などの)伝染病が流行した際は、村の入り口に掲げ、病魔の退散を願った。西洋の吸血鬼がニンニクを忌み嫌う逸話と相通じるものがある。アイヌネギアレキサンダー・フォン・フンボルトグリム兄弟