全銀ネットなどの外部ネットワークとの接続の必要性や、勘定処理とは関係しない業務処理が多数発生したため、勘定系システムとは別に外部ネットワークとの接続制御を行う対外系システムや、情報系システムが勘定系とは別に構築された。また、業態別では都市銀行から地方銀行にオンラインシステムが展開され始めた時期にも当たる。運用面では、手狭な本店に設置されていたコンピュータが、郊外のデータセンターでの運用に切り替わり、銀行本体からシステム部門が分離され、現在の運用開発体制の基礎となった。災害対策や故障対策を兼ねて、バックアップ系の整備が図られはじめたのもこの時代で、バックアップ機の有効活用を兼ねて、システム子会社が一般企業のデータ処理業務やシステム開発にも進出していった。第三次オンラインシステムでは、それまでシステム化の進行が遅かった相互銀行(現在の第二地方銀行)や、信用金庫などの中小銀行にも波及した。都市銀行や地方銀行の多くは、独自にシステム開発を進めたが、中小銀行ではベンダーや他銀行との共同開発で展開したケースが多く、現在のアウトソーシング化への布石となった。合併期においては、優劣の開いたシステム間で統合が図られることとなったために、原則的に先進的なシステムか、規模の大きいシステムに片寄せされる片寄せ統合が多く行われた。旧三和銀行と旧東海銀行が合併したUFJ銀行(現:三菱UFJ銀行)のように、合併と同時にシステムが統合される場合もあったが、東京三菱銀行(現:三菱UFJ銀行)・(旧)三井住友銀行・(旧)みずほ銀行・(旧)三菱東京UFJ銀行(現:三菱UFJ銀行)のように合併が優先され、システム統合が間に合わない場合には、旧来のシステムを並行稼働させて、単一のシステムのように見せかける「リレー統合」がしばしば行われた(現・みずほ銀行や現・三井住友銀行は、この限りではない)。また、合併対応後のシステム開発においては、もはや第三次オンラインシステム時代のような、アーキテクチャを含めシステムを全面的に刷新する動きは見られないものの、勘定系システムに依存したオンラインシステム全体を見直し、サービスごとにシステムを再構築したり、勘定系システムの実質的な解体に繋がるハブ・アンド・スポーク型アーキテクチャへの移行が進められている。地方銀行とポスト三オン.