本作は開発初期の段階から「お祭り」「神様」「チーム」という要素が確定しており、ヒロイン達がパートナーを連れて、主人公と同じ立場で戦っているという設定が作り上げられた。単なる戦いよりは何かを巡って競い合う方が相応しいという考えから、神様がほしがるほどのお宝は温泉であるということになり、舞台は温泉地に設定された。また、「シミュレーションゲーム形式なら祭の雰囲気を一瞬で伝えることができ、パラメーターや行動ルーチンという形でキャラクターの性質を示すことができる」という理由から、シミュレーションゲームパートが導入された。本作は、「楽しいゲーム」を目指して作られた作品であり、キャラクター設定やテキストの方向性、そしてアドベンチャーゲームパートの演出などの開発には注意が払われた。同様の理由で、あえてバッドエンドは用意しなかった。ディレクター兼シナリオライターの椎原旬は、「バッドエンドのフラグが立っているにもかかわらず、最終日まで遊ばせて、結果的に幸せになれないというプレイを、ユーザーにさせたくなかったんです。」と公式アートワークス内のインタビューの中で話している。キャラクター設定.開発スタッフは「お祭り」と「神様」という要素から、先にヒロインとなる神々を作り、後から彼女たちのパートナーを作った。動物モチーフにするというアイデアは、後から付け加えられたものであり、桜姫の初期デザインには虎の耳や尻尾は無かった。ヒロインのモチーフには十二支を使おうという提案があったが、むやみにキャラクターを増やすとキャラクターのエピソードが薄くなってしまうほか、馬のようにデザインがしにくいものもあったため、見送られた。ヒロインの内、桜姫は最初に作られたキャラクターであると同時に、初期案から大幅な変更があったキャラクターでもある。最初は気高いお姫様のようなキャラクターとして設定したものの、次第に気の強さだけが強調されるようになり、虎のパーツをつけているうちにお姫様要素が弱まり、最終的にはたけやが「普通の猫」と称するほど庶民的な要素の強いキャラクターに仕上がった。また、一人寂しく食べている姿が切なく見えるということで、にぼしが好物に設定された。