開設期間外は完全に閉鎖する山小屋がほとんどであるが、一部のスペースを冬季避難小屋として開放するところもある。雪崩の多発する谷間の山小屋の中には、冬季は建物を解体し、翌年の初夏に組立てなおすところも多く、容易に解体できる構造となっており、プレハブ小屋そのものの山小屋も存在する。営業期間.予約.従来は予約をせずに「飛び込み」利用をする利用者も多かった。これは、多くの山小屋では予約をしても基本的には旅館やホテルと違い、大部屋・相部屋での雑魚寝となり、予約無しで宿泊した場合と待遇の違いに大差がなかったからである。これは、山小屋がホテルや旅館等の宿泊施設とは異なり、緊急避難場所の役割も担っているという事情による。かつて、多くの山小屋は基本的には宿泊希望者を拒めないために、最混雑時は廊下や食堂に布団を敷いて就寝したり、他人と同じ布団で就寝することも起こりうる。しかし、新型コロナウイルスの流行以降、密を避けるため、多くの山小屋では定員制を導入し、予約が必須のところや無予約の宿泊者は割高な宿泊料となるところが増加した。ただし、宿泊者を制限することにより入山者の総量制限を行っている尾瀬や、夜間登山が盛んで夜間でも道に迷う心配の少ない富士山や伊吹山、交通路の整っている上高地など登山口の山小屋などは以前から定員以上の宿泊を受け付けていない。このような山小屋においては予約をしないと宿泊できない場合もありうるほか、宿泊できても食事の提供を受けられない場合がある。大峰山地域の山小屋のように、登山口に予約がない場合は宿泊ができないことを看板などで明示している場合もある。また、個室の利用を希望する場合も、予約がないと満室の場合がある。団体で利用する場合はどのような小屋でも、基本的には予約を必要とする。何人以上だと予約が必要かは小屋によって異なるので、予め問い合わせたほうが良い。逆に予約をしたからといって、暴風雨といった極めて悪条件の中を無理をして予約を入れた山小屋に向かうことは禁物である。警報が出た場合や交通機関がストップした場合は、ほぼすべての山小屋が当日のキャンセルであっても違約金を請求しないが、携帯電話や山小屋の公衆電話などで連絡がつけられる場合はキャンセルの連絡を入れるべきなのは当然である。悪天候程度での当日キャンセルは多くの山小屋はキャンセル料を必要とする。