ニミッツは太平洋艦隊司令長官兼太平洋戦域最高司令官の次のポストに海軍作戦部長の地位を望み、キングもニミッツを自分の後任にしようとしたが、海軍長官ジェームズ・フォレスタルとニミッツは互いに海軍次官と航海局長の時代から不仲で、太平洋戦争中もフォレスタル長官はニミッツに太平洋艦隊司令長官の広報誌を発行させようとして対立し、敗れたため、キングの次に嫌っており、海軍作戦副部長リチャード・エドワーズ大将か航空担当海軍作戦部次長マーク・ミッチャー中将を海軍作戦部長にしようとした。大戦後の軍縮が主な任務で、大戦後日本に替わってアメリカの主な仮想敵国になったソ連は当時はまだアメリカの脅威となる程には海軍力の整備が進んでいなかったので、整備と維持に多額の予算が必要である海軍への風当たりは特に厳しかったが、ニミッツは淡々と職務をこなした。晩年.アメリカ政府は国防総省問題で『提督たちの反乱』と称される海軍の猛反発を招き混乱状態にあった。大統領であるトルーマンはニミッツに海軍作戦部長に再任して混乱収拾をしてもらえるよう依頼したが、引退した士官が平時に復帰するのは後世に悪例を残すとして断っている。また、カシミール紛争調停の国連使節に任命されかかったが、インドとパキスタンの関係悪化で実現されなかった。人物.評価.マッカーサーとはやや子供染みた険悪関係にあり、マッカーサーは公式の席上ニミッツのことをわざと「ニーミッツ」と呼んで侮辱していた。一方でニミッツも執務室の机にマッカーサーの写真を貼っていた。親しい友人が貼っている理由を尋ねると、「彼の顔を見て自分の態度が尊大にならないよう戒めているのだ」と答えたという。しかし、ミズーリ号での降伏調印式辺りから関係回復したようで、ミズーリ号でニミッツはマッカーサーを出迎えて楽しげに握手を交わしたという記録が残っている。司令官在任中から部下をはじめ周りの人に対して感情的な非難めいた言葉は決して口にすることはなかった。ただし妻キャサリンに対しての手紙においては赤裸々に感情を記している。