本作では『WORLD』同様にオリジナルストーリーによるシナリオが展開し、宇宙世紀中心のルートとそれ以外の作品中心のルートが用意されている。特定のステージをクリアしていくと、条件を満たすことでシナリオの核心に迫るEXステージと高難易度のシークレットステージが出現する。キャッチコピーは「オールガンダム総決戦!まだ見ぬ展開がキミを待つ!」。シリーズ初となる過去作(『WORLD』)の直接的な続編として開発された。また、本作のプロモーションの一環として、フジテレビ系列の幼児向けテレビ番組「ひらけ!ポンキッキ」の楽曲である「はたらくくるま」の替え歌「はたらくモビルスーツ」と「はたらくマニアックなモビルスーツ」のPVをYouTubeで公開。オリジナルの「はたらくくるま」を歌唱したのこいのこの他、「はたらくマニアックなモビルスーツ」ではアムロの物真似で知られる若井おさむも楽曲の歌唱に参加した。作品名の後ろに☆印があるものはダウンロードコンテンツおよびNSW版で追加された。部隊編成ではこれまでのシリーズに存在した「戦艦グループ」に加えて、戦艦不要の「遊撃グループ」が新たに登場した。特定の敵キャラクター「アビリティホルダー」を倒してアビリティを入手する「アビリティGETシステム」、直接操作できないが一定時間経過後に派遣部隊に応じた作戦報酬を持ち帰ることのできる「グループ派遣」など、数々の新機軸が盛り込まれている。作品名の後ろに☆印があるものはダウンロードコンテンツおよびプラチナムエディションで追加された。機動戦士ガンダムSEEDヴァンガード系列.『1st』をベースに、『∀』までの登場キャラクターや機体を加えた「NEO一年戦争」が繰り広げられる。本作のオリジナルキャラクターのデザインは内田順久が担当。ここではリメイク作『DS』での変更点も併せて記述する。発売直前までSEED本編がアニメで放映されていたのもあって冒頭以外はオリジナル展開が多い。最終決戦ではクルーゼがフリーダムに乗って敵として現れ、そのステージをクリア後にフリーダムを鹵獲してキラが搭乗するという展開になっている。なおジャスティスガンダムは登場しないため、アスランの搭乗機は最後までイージスガンダムである。携帯機で発売されたゲームとしては珍しくプロフィールモードも収録されている。