ケネディは組織犯罪と労働組合の腐敗を追及する「上院マクレラン委員会」(ジョン・マクレランが委員長を務めた。旧称「バラキ公聴会」)の委員として名を連ねていた。実弟でロバート・ケネディはこの委員会の首席顧問として司法省から派遣され検事役を務めた。この委員会の最大の功績は、アメリカ一の組合員数を誇ったトラック運転手組合の「チームスター組合」とマフィアとのつながりを明らかにしたことであり、また「マクレラン委員会」はバティスタ政権下のキューバからアメリカに密輸されるヘロインの中継基地が、南部の港湾都市で港湾労働者組合をマフィアが掌握していたニューオリンズであると特定した。現職の大統領アイゼンハワーと大統領選挙を争う民主党候補に指名されたアドレー・スティーブンソンと組む副大統領候補の1人となり、エステス・キーフォーヴァーと民主党副大統領候補を争い敗れたが、このときの風格ある敗北宣言が党内で称賛された。また民主党大統領候補となったアドレー・スティーブンソンの指名推薦演説を任され、演説は見事な出来であり、有力候補でなかったケネディの善戦が民主党党員に強い印象を残し全国的にその名を知られるようになり、次の大統領選挙への足がかりを掴んだ。民主党予備選挙.民主党全国大会.宗教問題.テレビ討論会.人種問題.ニクソン陣営は、当時注目を受けつつあった人種問題には積極的な対応を見せ、副大統領候補のヘンリー・カボット・ロッジ・ジュニアが「我々は、閣僚に黒人を入れることを考えている」と明言した。これは当時としては画期的な出来事であった(なお、実際にケネディが政権を取ると、閣僚はおろか次官クラスにさえ有色人種を入れることはなかった)。また、大リーガーのジャッキー・ロビンソンが人種問題に冷たいケネディ陣営を嫌い、ニクソン陣営支持を明言するなど、人種問題に対し相変わらず中途半端な対応に終始していたケネディ陣営を大きく揺さぶった。さらにジョンとロバートをはじめとするケネディ陣営が、南部の保守的な白人票欲しさに、公民権運動家のマーティン・ルーサー・キング・ジュニア牧師を「共産主義者」呼ばわりしたマッカーシーと未だに良好な関係を保っていたことも、黒人票をニクソンに向かわせた大きな理由となった。