対する魔女は異形の姿をした化物であり、「結界」と呼ばれる普通の人間には見えない異世界から「使い魔」と呼ばれる部下を伴って現れる。魔女はグリーフシードと呼ばれる黒い宝石状の物質を孕んでおり、このグリーフシードは魔法少女が魔女を倒すことで得られる見返りである。魔法少女の持つソウルジェムは魔法を使用するたびに穢れが貯まり輝きが失われる。全く魔法を使わずにいたとしても肉体の維持のため少しずつ濁って行き、濁りきるとソウルジェムはグリーフシードに変わってしまい、魔女が生まれる。グリーフシードはそんなソウルジェムに溜まった穢れを移し替えることが出来るアイテムであり、ソウルジェムからグリーフシードへ穢れを転嫁することで魔法少女は再び魔法を使えるようになる。魔法少女は濁りを回避するために、定期的に魔女を倒さなければならないという仕組みになっている。なお、魔女は新たに孕んだグリーフシードから孵化したり、使い魔が多くの人々を襲うことで魔女になったりするかたちでさらに増殖し、この過程で殖えた魔女は発生元の魔女と同一の形態となる。各々の魔女や使い魔にはそれぞれ個別に設定が与えられており、本編で描かれないところでは設定に基づいた行動を取っているとされる。また、『[新編]叛逆の物語』にて、暁美ほむらがまどかの「円環の理」の力を奪い悪魔化した時に、ソウルジェムと異なる「ダークオーブ」が登場した。これはピンクの毛糸のボビンが噛み砕かれたほむらのソウルジェムの破片をまとって生まれた物で、ほむらの感情の極みによって再構築されたものである。ほむら曰く、私のソウルジェムを濁らせたのは呪いではなく「愛」と言っている。ダークオーブは通常時はイヤーカフスの形状でほむらの左耳に付けられ、宝石の部分にはまどかの力が封じ込められている。ストーリー展開.新たに構成された世界では、魔法少女が魔女になることはなくなり、力を使い果たした際は心安らかなままソウルジェムとともに消滅し、その魂はまどかの導きで別の宇宙へと転送されるというシステムに変化していたが、魔女に代わり魔法少女の敵として魔獣が現れていた。改変前の世界で戦死したマミ、杏子も存命しているが、まどかの存在は彼女の家族を含む人々の記憶から消えている。最後に戦い続けるほむらの姿が描かれて、物語の幕は閉じる。作風.ジャンル.