森本敏拓殖大学大学院教授は田母神論文に対し、「証拠や分析に基づく新たな視点を展開するならともかく、他人の論評の中から都合の良いところを引用して、バランスに欠ける論旨を展開している点である。あの程度の歴史認識では、複雑な国際環境下での国家防衛を全うできない」として、日本は侵略国家でないと主張するのはあまりに偏った見方であると批判している。また一石を投じる目的をもって公表したのであれば、その影響についても責任を有するし、村山談話がおかしいと思うなら防衛省内で大臣相手に堂々と議論すべきであり、懸賞論文に出すなどと言う行為は政府高官のすべきことではないと批判した。その一方で、今回の問題では国内世論が左右にはっきり分かれたが、これは歴史認識が確立していないからであり、近代史に関する歴史教育の重要性を痛感させられると指摘した。軍事評論家の前田哲男は論文やそれまでの発言も含めて「自衛隊の反国民的体質と文民統制無視に関わる問題」「これを一過性の事象として放置するなら、『言論の暴走』は『行動の暴発』に転化するおそれなしとしない」と懸念を表している。東洋学園大学准教授櫻田淳は産経新聞紙上で阿南惟幾の「農民の救済を唱え政治の改革を叫ばんとする者は、先ず軍服を脱ぎ然る後に行え」という発言を引用して政治(活動)家や歴史家でない航空幕僚長が政治を語る必然性を疑問視し、田母神の行動を「自衛隊が築いてきた実績の積み重ねに逆行し、自衛隊への共感と信頼を失わせる」と批判した。同様に自身も元自衛官である軍事評論家の小川和久は、「空自トップとして立場をわきまえない幼児的な行動だ」と批判した。