在来線沿線でも新幹線ルートから外れた場所に位置する長野県小諸市は、地元の小諸駅について東京直通の優等列車の停車が無くなり、第三セクターのローカル駅に転落する事などを恐れ、建設構想の段階では行政と観光などの諸団体が一致結束してフル規格化に反対し続け、小諸駅が停車駅となるミニ新幹線案を強硬に主張し、関連省庁への請願などを繰り広げた。しかし、小諸市を避けたルート(佐久市経由)でのフル規格建設が正式決定された。小諸市側は佐久市内に新設される新幹線駅(佐久平駅)の駅名を巡って「小諸佐久駅」という駅名とする事を求めて論争を引き起こしたが、結局、新幹線の駅名に「小諸」を入れる事にも失敗している。新幹線誘致に失敗した小諸市とは対照的に、佐久市では佐久平駅を中心に大型商業施設の開業が相次いでいる。なお、小諸市と佐久市はのちに上信越自動車道と中部横断自動車道のジャンクション名(仮称・佐久JCT)でも対立しており、こちらは「佐久小諸」に決定された。また同新幹線の群馬県にある安中榛名駅も、現在はJR東日本による施工を中心に住宅開発(びゅうヴェルジェ安中榛名)が進みつつあるが、開業当初は駅前に見える建築物がほとんどなく、秘境駅の一つとして挙げられていた。九州新幹線と筑後船小屋駅.リニア実験線.超電導リニアによる磁気浮上式リニアモーターカーの山梨実験線が長大なトンネルをうがって建設されているのは、設置場所の選定当時の有力政治家であった金丸信の地元山梨県である。宮崎実験線に代わる実験線の建設地選定にあたっては、当初は札幌‐新千歳空港間が最有力視されていたので、これも政治介入の結果と言える。