『孝亮宿禰日次記』には「近日関東大地震有之、死人等多云々、又伊勢国、紫国等有大地震云々、」とあり、関東や伊勢の状況が伝えられ大地震があったことを示唆しているが、「紫国」は筑紫国であるか不明であり恐らく四国の状況が伝えられたものとされる。『田原町史』には戸田尊次が田原藩に封ぜられた後に、田原城の櫓や石垣が大坂の陣の前年の大地震によりゆり崩されたと記録されているが、これを大坂の陣の前の年と解釈し慶長地震による震害とする見方もある。顕著な震害としては『淡路草』に淡路島安坂村の先山千光寺の諸堂が倒壊、仏像が飛散した記録がある。震源域.南海トラフ巨大地震とされる宝永地震、安政地震および昭和地震などで見られた南東上りの地殻変動を示唆する記録や温泉の湧出停止などの記録は確認されず、土佐湾西部で宝永津浪が著しいのに対し、室戸岬付近では慶長津波が宝永津波を上回るのは、宝永地震における高知、土佐湾西岸の沈降と室戸岬付近の隆起に対し、慶長地震では地殻変動が小さかったことも関連していると推定される。南海トラフを主震源域とする説.震動および津波に関する伝承記録から解析し南海トラフを主震源域として駿河トラフ、相模トラフなどどの領域が連動したのか、いくつかの見解がある。また、東北地方太平洋沖地震の知見を踏まえ、弱い震動と大きな津波の発生理由として海溝軸付近でのすべり量を大きく見積もる研究がある。また、泡と発光現象を説明するため、南海トラフの海底にあるメタンハイドレートが連鎖的に気化したと考える説がある。東京大学の古村孝志は、強震動と地殻変動の記録が残っていない事などから南海トラフ沿いプレート境界の海溝軸に近い浅い地域の地震だったとしている。名古屋大学の安藤雅孝は、宝永地震や安政地震と同じ断層面でゆっくり滑りが発生したとは考えにくいとの指摘もあることから、メタンハイドレートの介在の可能性を指摘している。南海トラフを主震源域としない説.西日本の南海トラフ沿いに強震動が及ばなかった事を重要視した説である。津波が広い範囲に及びながら確かな震害の記録がないことから、東海はるか沖、あるいは遠地津波も否定できないとする見方もある。