構成について.本作品については、福永が言う「『前奏曲』と『フーガ』とを交錯させる形式」に重点を置いた論考が多く行われ、音楽的に読み解こうとする試みが重ねられてきた。一方で西田一豊は、福永が発表当時に記した「著者の言葉」に多大に影響された研究状況がある一方、福永自身はその後、この解説の影響を払拭しようとした形跡があるとし、その後書いた「『海市』の背景」では「バッハ」の記述が消えたことや、『福永武彦全作品』の序では「この小説の主題や方法についてはもうあまり書きたくない」と述べていることを挙げ、更に「『海市』の背景」で述べているように、福永が最終的に「音楽的主題」として扱ったのは『海市』と読者との「共鳴音」という「音楽的」関係であり、作品そのものを「音楽的」に解読しようとする研究者の言説とは齟齬が生じていると述べている。「彼」や「彼女」が主体である断章については、先行研究でも主体が誰であるのかに見解の相違が存在する。湯川久光は第十二章と第十八章の「彼女」が主体の断章のみが弓子の視点であると考察しているが、稲垣裕子は一人称が「わたし」の場合は弓子、「あたし」の場合は安見子であると述べ、弓子の視点は他にもあると述べている。その例として、第七章三節の「彼」が「彼女」とボートに乗っている場面の断章は、湯川は澁と安見子、栗山嘉章は古賀と弓子としているが、稲垣は一人称が「わたし」であること、「わたし=弓子」が生涯愛し続ける相手が古賀であるはずがないとして、これは菱沼と弓子であるとしている。そして、このように細かな代名詞の使い分けにまで留意し、作品世界への深い理解を要求する手法が、福永も関心を寄せた「実験小説(ヌーヴォーロマン)」の手法であるとしている。