遺伝子操作によって極限まで戦闘能力を高められた結果、目の前の敵を倒すことしか考えられない、闘いのためだけに存在する生命体と化している。闘いで力を最大限に出せるよう、普段は洞窟深くで少しも動かず眠りにつき、エネルギーを貯めている。その性格はポケモンで最も凶暴であり、優しい心は存在しないと言われている。また、初期のデザインは頭身が低めでややデフォルメされた外見だが、金銀以降からは頭身が上がって全体的にスリムになりアニメ版に基づいたデザインとなった。ゲームでのミュウツー.RPG本編でのミュウツー.大乱闘スマッシュブラザーズでのミュウツー.『大乱闘スマッシュブラザーズDX』では隠しファイター(プレイアブルキャラクター)として初登場。声は劇場版などと同じく市村正親が担当しており、劇場版を意識した台詞を喋る。エスパータイプを意識したキャラ設定がなされ、常時「ねんりき」によって浮遊していて滑るように動き、アイテムも直接持たずに浮かして所持する。ふんわりとしたモーションで、上必殺ワザ「テレポート」や空中緊急回避では瞬間移動となって透明になるなどトリッキーな動きがしやすく、ジャンプ力が高くて復帰力も高い。地上での攻撃力は高いものが多く、通常必殺ワザ「シャドーボール」は各キャラクターの飛び道具中でも絶大な威力を誇る(同時に牽制にも利用できる)。念力を用いた投げワザの威力も高く、上投げ・後ろ投げで相手を場外へ吹っ飛ばすことも可能。弱点は浮遊しているため踏ん張りがきかずふっとばされやすいことで、原作を踏襲した高い身長ゆえに当たり判定も大きく、防御面が弱く設定されている。また、混戦向けのワザが少なく設定されており、前述の防御面の低さも相まって意図的に混戦が苦手な設定とされている。ポッ拳でのミュウツー.ポケモンスタジアムでのミュウツー.その他のゲームでのミュウツー.アニメでのミュウツー.ゲーム中では凶暴で闘い以外の行動原理は存在しないと設定されているが、アニメ版では知的で哲学的な面をも併せ持つ性格となっている。アニメ映画でのミュウツー.『ミュウツーの逆襲』関連.