二酸化塩素ガス自体は有効な殺菌作用を持つものの、眼や呼吸器などの粘膜を刺激して喘息などの原因となる危険性がある。また、二酸化塩素が食品添加物であることから安全と称している製品もあるが、製品自体の安全性が高いことを示すわけではないという指摘もある。実際に除菌剤を首からぶら下げて幼児を抱いていたところ、幼児の胸部が化学熱傷を負う事故も発生している。また、長期間低濃度雰囲気での曝露に関する安全性の検証は不安定で反応性の高いガスであるため、塩素ガスより毒性が高く、世界的にも安全性は確立されていない。次亜塩素酸水.次亜塩素酸水は食品の殺菌に使われるほか、食品添加物にも指定されていることから安全であるとされている。食品添加物としては、最終食品の完成前に除去する(口に入らない)ことという前提で食品添加物に指定されている。ただし、歯科業界では次亜塩素酸水は歯周病の治療、うがい薬としても広く普及しており、誤って飲み込んでしまっても健康上の被害はないとされる。次亜塩素酸ナトリウム.次亜塩素酸を含む消毒薬(次亜塩素酸ナトリウム液)については、厚生労働省によって「次亜塩素酸を含む消毒薬の噴霧については、吸引すると有害であり、効果が不確実であることから行わないこと」とされている。また、厚生労働省は「感染予防に役立つ見込みがなく、濃度など条件次第では有害になりうるので使用はやめてほしい」と求めている。消費者庁と国民生活センターが運営している「事故情報データバンクシステム」には、次亜塩素酸ナトリウム噴霧液によるものと見られる健康被害に関する報告が寄せられている。Twitterなどでは次亜塩素酸と次亜塩素酸ナトリウムを混同する書き込みが見られ、「次亜塩素酸水は次亜塩素酸ナトリウムを水で薄めたものだと思っていた」といった誤解も見られる。次亜塩素酸ナトリウムを含む漂白剤の製造メーカーにも「加湿器に使用できるか?」といった問い合わせが寄せられているという。メーカーは「たとえ水で薄めたとしてもアルカリ性が強い」としており、「加湿器などで霧状に噴霧された希釈液を吸い込むと、せき込んだり、呼吸器に異常をきたしたり、目に入ると失明のおそれもあります。また、機器の動作不良や故障の原因になる場合もあります」と述べ、注意喚起している。行政指導や処分.歴史.映像祭で授与される賞.