さらに、ちいさな水辺などに水草や抽水植物、小魚等を飼育する環境を「ビオトープ」と呼ぶ語法も出てきている。各地での展開と歴史.欧州.またヨーロッパでは、人工的に形作られた河川などの形態をより自然に近い形に戻し、それによって多様な自然の生物を復活させるとともに、本来の自然が持っていた浄化・修復能力を利用する、といった観点から、近自然河川工法という言葉が使われるようになった。つまり、これまでは機械的に形作られてきた河川護岸を、生物の生息場所であると意識し、それを積極的に利用する方法が始められたのである。日本.日本でビオトープが注目されるようになったのには、都市の整備の際に既存の自然環境が失われる開発方法に対する反省がある。特に都市化の過程で最も破壊が進んだのが水辺環境であり、河岸は護岸工事で固められ、川の水は水質汚濁が進んだ。水田は圃場整備事業によって広いが単純で生態系に乏しいものとなり、水路からは切り離され、水路は単なる側溝となりさらに農薬散布がこれに被さり、昔は身近に見られた多くの生き物が姿を消した。また、里山では雑木林が減少して生物の減少が問題となった。また、日本でビオトープの概念が導入された当初は、身近な自然環境の保全という観点が希薄で、多くは自然環境復元事業だけの意味でビオトープが用いられていた。平成元年度からの旧建設省の多自然型川づくりの推進や河川法の改正で、河川を自然環境媒体の視点からみる考え方が普及した。ビオトープ管理士.ビオトープアドバイザー.ビオトープ事業の推進にあたっては、自然生態系に関する広範な知識と実践的経験に加えて従来の環境保全・再生に関する計画及び設計・施工の知識、技術が必要である。一覧.詳しくはビオトープの一覧を参照のこと。主体別のビオトープ.学校.学校では環境教育の観点から学校ビオトープが整備される例もある。子供たちに対しては、そこに住む生き物も含めて魅力が大きくまた、それを手に取り、どろんこになる体験教育としての効果も期待されていて、水田を想定した浅い池を田んぼビオトープなどと称する。しかし、田んぼにメダカとホテイアオイを入れただけのものであったりと、「ビオトープ」と称するには無理のあるものもいくつか見受けられる。