事故発生当時、空港上空は雲に覆われており、先述の通り着陸に関する最低限の条件をかろうじて満たしている程度であった。また上空の強風によって機体が大きく流されていたと考えられた。そのため事故原因として「操縦乗員(日本人機長とアメリカ人副操縦士)が進路を変針する地点の目安となる無指向性無線標識(NDB)上空に達していないにもかかわらず通過したと勘違いし、早めに変針したために、着陸進入操作として高度を下げたところ山地に激突した」という説が大勢となった。当時のNDBの精度は必ずしも高いとは言えず、標識の直上でなくとも機上機器が「直上通過した」と表示する事故が本件事故発生以前にも度々あったためである。しかし、この説には異論がある。前記のようにフライトレコーダーやボイスレコーダーがなく、決定的な証拠を欠くなかで早々に「パイロット・ミス」と決めつけることへの批判があった。特に、事故調査委員会やNHKの取材に対し、函館空港や市街地で「ばんだい号と思われる飛行機の音を聞いた」あるいは「飛行機そのものを見た」という確度の高い証言者が多数現れたことから、事故機は空港上空まで到達していた可能性が出た。目撃者らの証言を集めると「いったん空港上空まで到達、旋回して函館市街地を低空で西に飛行した後、北に向かって進路を変え山の方に向った」という航跡が割り出された。だが、その航跡が異例のものであることや、管制と事故機の交信内容と矛盾すること、NDB直上通過を勘違いしたという仮説と整合が取れないことから、事故調査委員会が大いに紛糾する事態となり、結果的にこれらの証言を採用しない形で結論が出された。このことが原因で、事故調査委員会で証言担当を務めた海法泰治が報告書提出前に抗議の辞任をしている。事故調の仮説とは異なる仮説としては、函館近辺の航空地図だけがレイアウトの都合から北方向を上にする通常の書き方ではなかったため、誤読したとの仮説や機長に不測の事態が発生し、来日して間もないアメリカ人副操縦士が函館の空に不慣れなため事故に至ったとの仮説もある。乗員・乗客.事故発生後.サッカーバハマ代表概要.出典:製造年.外観.車内.