文徳天皇の孫の陽成天皇は素行に問題があったとされ廃位となり、変わって大叔父にあたる皇族最長老だった光孝天皇が公卿らの合議と群臣推戴というプロセスを経て即位した。中世には光孝天皇以前は上古とされ、先例は光孝天皇以降を調べるものとされた。光孝天皇が重篤となると臣籍降下していた源定省が皇籍復帰し親王となり宇多天皇として即位した。関白・藤原基経は帝からの詔にある「阿衡」を不服とし、天皇の勅答を撤回させて己の力を誇示した(阿衡事件)が、基経が死去すると宇多天皇は意欲的に国政に関与し、改革を行い後に「寛平の治」と呼ばれた。宇多天皇は藤原基経の嫡男・藤原時平と学者出身の菅原道真を重用し、『寛平の御遺誡』にも両者を重用するよう示して醍醐天皇に譲位した。醍醐天皇の下で時平は左大臣、道真は右大臣にまで昇進したが、道真が自分の娘を醍醐天皇の異母弟斉世親王の妃としたことなどから疑われて道真は太宰権師(だざいのごんのそち)に左遷され二年後にその地で没した。道真はその後、怨霊(のち北野天満宮祭神)になったと信じられ皇太子保明親王、慶頼王が相次いで死去し、清涼殿に落雷が落ちて大納言藤原清貫が胸を裂かれ死亡し、その他多くの死者やけが人が出る(清涼殿落雷事件)と、醍醐天皇は直後から病に伏し朱雀天皇に譲位した七日後に崩御した。醍醐天皇や村上天皇は後の世の故実。先例の手本とされ、また摂政・関白を置かなかったことから後に「延喜・天暦の治」と呼ばれるようになった。院政期.平安後期に即位した後三条天皇は、摂関家を外戚に持たない立場だったことから、摂関の権力から比較的自由に行動することができた。そのため、記録荘園券契所の設置など、さまざまな独自の新政策を展開していった。後三条天皇は、譲位後も上皇として政治の運営にあたることを企図していたという説がある。後三条天皇の子息の白河天皇は自らは退位して子息の堀河天皇・孫の鳥羽天皇をいずれも幼少で即位させた。これは、父の後三条天皇の遺志に反し、異母弟の実仁親王と輔仁親王を帝位から遠ざけるため、当時の天皇の父・祖父として後見役となる必要があったためである。さらにその結果として、次第に朝廷における権力を掌握したため、最終的には専制君主として朝廷に君臨するに至った。