市西部の「清哲町」(せいてつまち、北巨摩郡清哲村)は、特殊な合成地名の例として、地理・地名関連の書籍で取り上げられることがある(「水上」(さんずい)と「青木」で「清」、「折居」と「樋口」で「哲」と、合併した各村の漢字の一部分を合成して作られた)。歴史.先史.市域では縄文時代早期からの遺跡が分布している。縄文中期には遺跡数が増加し、特に七里岩や穂坂丘陵には遺跡が濃密に分布し、山梨県における考古学史上においても重要な坂井遺跡などが存在する。弥生時代には藤井平を中心に遺跡が分布し、藤井平駒井の宮ノ前遺跡は弥生前期の水田遺構が検出されたことで知られる。古墳時代には坂井南遺跡において古墳前期の方形周溝墓郡が見られ、古墳後期には中小の円墳が分布する。古代.古代の律令制下には巨麻郡余戸郷に属し、官牧である穂坂牧が存在していた。平安時代後期には宝荘厳院領甘利荘が成立した。中世.平安後期には常陸国から配流された源義清・清光親子が入府し、その子孫は甲斐源氏となる。義清・清光親子は当初は甲府盆地南部の市河荘に拠ったが、巨摩郡北部に勢力を伸ばし、市域にも影響力を及ぼしたという。市域の神山町武田は中世の「武田郷」に比定され、清光の子・信義は当地に居住して武田氏を称したという。市域には信義が勧請したと伝わる武田八幡宮や氏寺の願成寺、要害の白山城など、信義に関わる伝承を伝える寺社や城郭などが分布している。一方で、武田姓の名乗りについては源義清が常陸国武田郷(茨城県ひたちなか市)に居住して「武田冠者」を称したことを始まりとする説もある。室町時代から戦国時代には甲斐国では逸見氏、穴山氏、跡部氏ら有力国人が台頭し、守護・武田氏の内訌や駿河国の今川氏、相模国の後北条氏、信濃国の諏訪氏・小笠原氏ら対外勢力の動向と関係して、乱国状態となった。近世.市域東西は山麓・台地で乏水地帯であるため生業は畑作が中心であったが、近世には市域東部の茅が岳山麓で穂坂堰、楯無堰が、市域西部の山麓地域では徳島堰など用水路の開削が実施され、新田開発も行われた。米麦栽培のほか、木綿や煙草の栽培も行われる。