また、この事件と何の関係もなく、かつ警察関係者でもマスコミ関係者でもないルビーがなぜやすやすと警察署内に入りこめたのか、についてウォーレン委員会は、ダラス市警察本部の事前警戒の不備を厳しく批判するだけで、その理由については最終的に満足な説明はしていない。ただ大統領暗殺事件が起き、その容疑者が収監されたからと言って、警備体制はいつも通りで警察署内への出入りは特には制限されていなかった。国葬.政府による公式調査.ウォーレン報告.オズワルドの単独犯行.オズワルドの単独犯行説はローン・ガンマン・セオリーと呼ばれる。その後の調査.ウォーレン報告の評価.陰謀論および仮説.今日までに下記のような仮説、陰謀説が提示されている。マフィア壊滅作戦に反発したサム・ジアンカーナを中心としたマフィア主犯説.「マフィア主犯説」は、かつてサム・ジアンカーナらがケネディ本人や父のジョセフ・ケネディ・シニアによる依頼を受けて、大統領選挙におけるケネディ陣営の資金集めや不正を手伝ったにもかかわらず、その後ケネディがフーヴァーやロバートの忠告を受けてジアンカーナや共通の友人であるフランク・シナトラらとの関係を突然断った上に、ケネディ政権がロバートを中心にしてマフィアに対する壊滅作戦を進めたことを「裏切り」と受け取ったジアンカーナらを中心としたマフィアが、「裏切り」への報復と壊滅作戦の停止を目論んで行ったとするものである。しかし、これには反論もある。大統領をいきなり暗殺することで生じる国家安全保障上のリスクを引き起こしたマフィアに対し軍部、諜報組織などから報復措置が全くとられていないという事実から考えて、彼らが事件の主導者であったとは考えにくいという意見である。第一、彼らがどれほどケネディを憎んでいたとしても、犯罪組織としての利益のみで核戦争のリスクに関わる事態を引き起こすことは自らをテロ組織として位置づけることとなり、国家安全保障上の脅威としてアメリカのみならず全世界から一斉に弾圧の対象にされてもおかしくないリスクとなるはずであり、マフィアがその問題をどう解決できるのかという疑問が生じてしまうのである。