本作品では日本が舞台にもかかわらず、怪獣作品で恒例の逃げる人々や兵器車両はおろか、自衛隊をはじめ防衛軍や防衛隊の類も一切登場しない。また、在日米軍も一切登場しない。特技監督を務めた中野昭慶の回想によると、沖縄が日本に返還されたばかりという事情を踏まえ、自衛隊や在日米軍を出すのを避けたという。検討用台本では防衛軍と在日米軍が出動する描写があった。脚本を手掛けた山浦は、シナリオハンティングに同行できなかったため、沖縄の描写が『モスラ』のインファント島のようなエキゾチックなものになってしまったと述懐している。フォース助監督の浅田英一によれば、フェリーでの撮影では、あまりの寒さのためスタッフにポケット瓶のウイスキーが配られたという。撮影助手の桜井景一も、寒風吹きすさぶ船上での撮影に苦労した旨を語っている。黒沼の部下を演じた遠矢孝信によれば、玉泉洞でのアクションでは、同じく黒沼の部下役である渡辺高光が鍾乳石を傷つけないよう気遣った殺陣をつけていた。特撮.コンビナートのシーンは、『日本沈没』の映像やミニチュアを流用する前提で設けられた。特殊美術の青木利郎によれば、コンビナートのセットはシネスコを意識しており、横長だが奥行きはなく、プラント設備も書き割りで表現しているなど、低予算をアイデアで乗り切ったという。爆発用のタンクは東宝特美、ブリキ製のミニチュアは戸井田板金製作所でそれぞれ制作された。コンビナートの爆破は、特殊効果助手の関山和昭が担当した。中野は、他作品ではホリゾントの背景を暗い空とすることを好んでいたが、本作品ではロケハンで訪れた沖縄の青空に感動したことから、最終決戦のセットは青空とし、美しい映像づくりを意図したという。空を明るく描く手法は円谷英二が用いた「円谷カラー」でもあった。アンギラスの出演シーンでは、本編の御殿場ロケ時に雪が積もってしまったため、急遽シッカロールによる雪の表現が加えられた。富士山の噴火シーンは、本来は連続した噴火を表現していたが、ピアノ線に爆破の光が反射してしまい、岩が噴出する場面しか使用することができなかった。