慰安所の多くは、軍の管理の下、請負契約の形で民間人が経営した。軍直営の慰安所.後に僻地の末端部隊で直営が一部復活するものの、秦によれば、その場合も業者が介在することが多かった。林博史も、太平洋諸島の小さな島や町には、駐屯部隊が地元民を採用して直営するケースも多々あったとしている。終戦直後のセレベス民生部の調査によれば、インドネシアのスラウェシ島では、一般邦人や現地人の経営者に交じり、陸軍中佐や海軍大尉が責任者を務めた「部隊に於いて経営」する慰安所があったが、「糧食、衣服、寝具、食器類、水道料・・・一切部隊の負担」「給養は一切軍隊と同様」であったと報告されている。慰安所管理人の日記.慰安所規則.慰安所の管理・運営方針を規定した現地軍の公文書のうち、以下の三つは、原文が残されている。この他にも、各部隊が定めた慰安所の利用規定が残されている。規則制定者.慰安所規則は、設置および運営、ならびに利用に大別される。前者は、軍総司令官が、後者は慰安所が設置された部隊長が制定した。設置および運営.取締規則の内容.営業の許可権限者.慰安所の設置および運営に関わる許認可権限者は、設置される地域の行政状況で異なる。地方行政組織が確立している地域では地方行政長官(例:シンガポール・マレー半島)、領事館がある地域では領事館警察署長(例:上海)そして領事館がない前線では軍総司令官による任命者(例:マニラ地区)が、権限者だった。慰安所営業者の資格.経営者の資格は、マニラ軍では認可売春業に経験のある邦人、馬来軍では邦人に限定と規定。支那派遣軍による設置に関する規則は見当たらないが、陸軍省は慰安所の設置や慰安婦の募集に任ずる者の人選においては、派遣軍で統制してこれら人物を選定するよう指示した。営業申請および許可.マニラ地区規則では様式を定め、事業計画書(記載事項:資本金(円)、共同経営者の有無、部屋数、位置、慰安婦の氏名(内地人、台湾人またはフィリッピン人の記載)、従業員採用予定日)、宣誓書(記載内容:規則を遵守し、妨害行為は一切せず、軍の都合で営業の一時停止または廃業することに同意する)の提出を定めている。建物構造要件.運営.慰安所の運営においては、慰安所営業者および慰安婦は、「貸座敷娼妓取締規則」に定める義務および遵守事項に従った。