バクテリオファージによる治療法は細菌感染症に対して一般的に用いる、抗生物質による治療法の代替法となり得る。細菌はファージに対して耐性を獲得し得るが、抗生物質に対する耐性と比較してファージに対する耐性は克服しやすいと考えられる。細菌がファージに対する耐性を獲得するように対し、ファージもまた耐性を克服するように進化するためである。一方で、ファージが進化することは、ファージセラピーの安全性に疑問を投げかける。バクテリオファージは極めて特異的であり、標的となる細菌株はせいぜい2,3種類と限られている。従前の抗生物質はこれに比べ多くの種の細菌に対し効果を持ち、消化を助けるようなものを含め、害のある細菌も有益な細菌も、いずれも殺してしまう。バクテリオファージはその特異性により、感染症の治療時に有益な細菌を殺してしまう危険性を小さくできる。広いスペクトラムを持つファージの開発を行うグループは西側諸国に少数存在し、彼らはまた、湿潤療法、熱傷における予防的療法、ファージ浸潤縫合糸など様々な形のMRSA治療法を開発している。ファージ酵素の組み換え体の精製物もそれ自体で独自の抗細菌物質として用いることが可能である。応用への障害.一般.ファージの高い細菌株特異性のため、臨床応用の場で治療に用いるためには、同一の疾患でも、その場その場で異なったファージカクテルを調整しなくてはならない。これは同一の疾患でもそれぞれの地域ごとに、さらに言えば患者ごとに感染している細菌の構成が異なるためである。加えて、特異性の高いファージを用いて治療の成功率を上げるため、ファージは混ぜて用いられる。このため多種のファージを同時に保管する必要があり、さらに保管されているファージは常に新しいものに置き換える必要がある。一般的なウイルスに対する否定的なイメージも、ファージセラピーの導入に対する拒否感の原因となるかもしれない。安全性.西欧ではファージセラピーのヒトへの使用は承認されていない。一番の問題は、進化能を持つ自己増殖体の使用の安全性を証明することである。