異世界に渡ったことで、デューン一行はこの水瓶が異世界からの侵略であったことを明確に知ることとなった。革命軍もまたこの異世界へ足を伸ばし、一足先に戦っていた。しかし険しい道の前に、革命軍は戦力を消耗しており、デューンの父であるジュピターも道半ばで倒れていた。最終的に神々と戦える戦力はデューン一行と、彼らを過去へ送り込んだ男ボラージュ以外に残されていなかった。ボラージュを隊に加え、故郷を守るため神々の総本山へと進軍するデューンたちの前に、連れ去られていたソール神が姿を見せる。ソールは異世界の神のトップであるラグナ神と一心同体の存在であり、ソールは自分ごとラグナ神を倒させようとした。しかしソール一人の力では抑えきれず、ラグナ神を打ち倒す役割はデューンたちに委ねられることになる。この話を聞いたデューンは、生まれ育った時代のダームの町へ戻るためにタイムマシンの製作を革命軍に依頼し、その帰還の旅へボラージュを招待した。しかしデューンの真意は、ボラージュの言動に不審な点があることから、彼の正体を問い詰めるため、逃げ場のないタイムマシンへボラージュを追い込むためであった。ジュピターが負傷したのに同行していた彼がジュピターを回収して撤退する余裕があったことや、滅びの未来から来たと言っていた割に際に使用したタイムマシンがどこにも見つかっておらず、重要なはずのステスロスの研究に関して協力した形跡も見られていないこと、タイムズ・ギアを知る者がボラージュとワンダラーしかいなかったことから、彼の正体がワンダラーでなければ説明がつかないと考えていたのである。そこで、革命軍にとって重要な戦力をいったん倒しておき、進軍を遅らせる強硬手段に出る。この標的になったのが、デューンの父であるジュピターである。サイボーグ手術による蘇生を含めてワンダラーの想定ではあったが、デューンにとってジュピターが他ならぬワンダラーによって倒されていたことは予想以上に過酷な真相であり、最終的にワンダラーと一度戦うことによって話をつける展開へ発展する。そして戦いの後話をつけた両者は別離の道を辿り、デューンたちはダームの町へと帰路に着いた。追加要素.本項目では、本作で新たに追加された要素のみを記載する。オリジナルの基本的な要素についてはGB版の項目を参照。バトルシステム.エンカウント.連携.