植物の根は種によって、個体の経歴によって土壌水分に対する呼吸の応答を変化させる。一般的に根の呼吸は、特に乾燥した気候では水分の増加に伴って増加する。湿地植物を除いて、水分には上限があり、それに達すると呼吸は低下する。土壌窒素分.粗大有機物の窒素分も土壌呼吸に影響する。高窒素分の粗大有機物は、低窒素分のそれと比べて早く分解され、土壌呼吸を活発にさせる傾向にある。低窒素分のセルロースが粗大有機物中に高濃度で存在することはその粗大有機物の分解を制限する要因である。粗大有機物に窒素化合物を加えることで分解を促進することができる。測定手法.自動測定機器で評価.この調査方法は一つの地域のみを対象とする。少しの距離でも土性の違いで測定誤差が生じるため、通常は調査地点を複数とする。同じ地域でこの測定誤差がどれほど生じ得るものなのか、調査前に試験することもある。調査地点に自動計測機器を設置する。この機器は、長期間にわたって野外で環境条件に曝されるよう設計されているものでなければならない。自動計測機器の例を以下に示す。複数の場所と時間で測定.この方法では携帯型の開放型/閉鎖型チャンバーを使用する。異なる多くの地域で二酸化炭素の発生の経時変化を追跡する。土壌呼吸の測定部位を土壌に一定期間突き刺す。突き刺しにより土は乱れるため測定値がずれる可能性がある。このため、付近でいくつかの異なる場所でも測定を行う。安定した同位体を使用し測定.人間による影響.二酸化炭素の増加.地球温暖化.地球温暖化の進行により土壌温度が増加傾向にある。これは、主に人間による森林伐採の結果であると考えられている。植物は土壌表面を覆い太陽からの赤外線エネルギーを遮断し、また冷却する。植物の喪失は土壌の冷却作用を失わせるとともに、従属栄養細菌を増やす。従属栄養細菌の増加は土壌呼吸を増やし、また、土壌有機物の分解産物を河川や海に流出させる。この分解作用とは別に森林伐採は土壌構造を脆弱にし、洪水の発生を誘発する。洪水もまた水圏への有機物とその分解産物の流出の要因となる。流出は水圏の表層水を混濁させ、水中への太陽光の進入を遮る。その結果、水生植物といった植物はさらに減少する。