こうした繁栄は、明治時代以降機帆船の登場により風待ち潮待ちは必要がなくなり、そして鉄道の登場により物流も変わったため、港の存在意義はなくなり衰えていった。その様子は「まるで水から引きあげた切花のように凋んでしまった」と言われた。丘陵地でかつ温暖な気候なのを活かして近代から取り組まれてたのが柑橘栽培である。愛媛では江戸時代終わりからミカンの栽培が始まり、現在では日本有数の産地となった。近代の軍事拠点.明治以降、芸予諸島にはいくつかの軍事拠点が置かれた。平成の大合併.芸予諸島の市町村でも平成の大合併にともなって廃置分合が行われた。芸予諸島に市町村役場を置いていた自治体の多くは、呉市や今治市など、本州・四国本土に市役所を置く自治体と合併した。一方、江田島市・大崎上島町など、芸予諸島に役場を置く形で合併が行われたケースもある。経済・産業.主な産業は造船・観光・柑橘類栽培である。愛媛県であっても広島県への依存度は強く、全域が中国電力の電力送電網に属しており、中国新聞が購読できる。特に上島町は自動車で四国側に直接渡る手段がなく、一旦フェリーで広島県側に出て再度愛媛県に入る必要があるほか、水道水・医療・防災事業なども一部広島県に依存している。造船.農業.観光.芸予諸島の近海は「日本のエーゲ海」とも呼ばれ、多島からなる景観が高く評価されている。また、新鮮な魚や柑橘、郷土料理など、多くの観光資源を有している主な観光資源海運.愛媛県今治市の旧伯方町の島々では海運業が盛んであり、昔から地元造船所が船主に対して建造代金の分割払いを認める「愛媛方式」という商慣行によって、零細事業者が何隻もの船を持つ独特の経営が根付いているかつては本州・四国とその間の島々を結ぶ多数の旅客船・フェリー航路が存在したが、過疎化・人口減少、架橋による陸路シフトの影響もあり、航路休廃止・減便等が続いている。主なフェリー会社架橋.広島県側は県の積極的な架橋により、大崎上島を除く大型の島は離島指定が解除されている。一方、愛媛県はしまなみ海道を除けば架橋が進んでいない。上島町や大下島などの離島が存在するほか、岡村島は四国ではなく本州に接続されている。本社.芸予諸島に本社を置く企業その他.芸予諸島の中には、一企業・団体が島全体を所有しているものがある。文化.