考え方としてはシンプルだが、大規模な計算になると時間を要する。ノイズさえなければ、配列間の相同性の点から見て特徴的な領域を目視で容易に判別できる。ドットマトリックスプロットを作図するには、まず二次元の行列の行に片方に一本の配列を割当て、列にもう一本の配列を割り当てる。そして性質の一致する行と列の交差する箇所に点を描画していく。ドットプロットの実装によっては類似性の程度をドットのサイズや濃さで表すものもある。動的計画法.ワード法.多重配列アライメント.動的計画法.動的計画法の計算コストを減らすためのひとつの方式はそれは「ペアの総計」の最適化関数を信頼するものだが、ソフトウェアパッケージのMSAで実装されている。プログレッシブ法、階層法、ツリー法.繰り返し法.繰り返し法は、プログレッシブ法の弱点を補うための方法で、繰り返し最適化を行う。モチーフ検索.モチーフ検索(プロファイル解析とも)はクエリセット内のシーケンスから短い保護モチーフ配列を配置することを試みるような全域的な多重配列アラインメントを構成する。これはだいたいまず一般の多重配列アラインメント全体を構成し、その後高次の保存配列が分離され、プロファイル行列セットを組み立てることで行われる。保存領域のプロファイル配列はスコアリング行列のように配置されるが、大量のアミノ酸やヌクレオチドそれぞれの位置は保存された領域の文字分布というよりももっと一般的な経験的な分布に由来する。プロファイル行列はそれらを文字列化するモチーフの発生のためのその他のシーケンスの検索にも用いられる。元のデータセットが少数のシーケンスを含んでいるまたは高次の関係シーケンスのみであった場合、はモチーフを表す正規化された文字列分布が追加される。計算機科学による方法.コンピュータサイエンスにおける一般的な最適化アルゴリズムには多重配列アラインメントの問題が適用される。隠れマルコフモデルは与えられたクエリセットに対して多重配列アライメント群の確率点を生成するのに用いられるが、初期の隠れマルコフモデルをもとにした方式はとても遅く、後のアプリケーションは特に効果的なもの、保守的または半保存的な置換を行うときに生成されるノイズの影響を受けにくいような関係が薄いシーケンスを検出するようになった。構造アラインメント.