陸軍少佐として占領軍将校であったブレイクニーは、東京裁判の弁護人となり、東郷茂徳・梅津美治郎両被告を担当した。国際法と外交関係に詳しく、ジョージ山岡と並んで日本語を解する数少ないアメリカ人弁護人の一人でもあったことから、日本人弁護人の知らないアメリカ側の資料を活用するなど、法廷では随所で重要な役割を果たした。この事から、現在ではブルーエットやファーネスとならんでアメリカ人弁護人の代表的存在として知られている。開廷早々の管轄権問題では、国際法に戦争に関する法規があることから戦争は犯罪ではないと主張し、検察側立証段階では、有効な反対尋問を行った。特に、弁護側反証段階の冒頭で、アメリカの原子爆弾投下問題をとりあげたことは有名である。「戦争は犯罪ではない。戦争法規があることが戦争の合法性を示す証拠である。戦争の開始、通告、戦闘の方法、終結を決める法規も戦争自体が非合法なら全く無意味である。国際法は、国家利益追及の為に行う戦争をこれまでに非合法と見做したことはない」「歴史を振り返ってみても、戦争の計画、遂行が法廷において犯罪として裁かれた例はない。我々は、この裁判で新しい法律を打ち立てようとする検察側の抱負を承知している。しかし、そういう試みこそが新しくより高い法の実現を妨げるのではないか。“平和に対する罪”と名付けられた訴因は、故に当法廷より却下されねばならない」「国家の行為である戦争の個人責任を問うことは、法律的に誤りである。何故ならば、国際法は国家に対して適用されるものであって、個人に対してではない。個人に依る戦争行為という新しい犯罪をこの法廷で裁くのは誤りである。戦争での殺人は罪にならない。それは殺人罪ではない。戦争が合法的だからである。つまり合法的人殺しである殺人行為の正当化である。たとえ嫌悪すべき行為でも、犯罪としてその責任は問われなかった。