「魔術」とも呼ばれた指揮の仕組みについては、楽団員たちと同様、ニキシュ自身もよくわかっていなかった。ニキシュは「私の感覚をどうやって奏者に伝えるのかとよく聞かれますが、どうするかわからないまま、ともかくやっています。一つの作品を指揮するときには、音楽の刺激的な力に心を奪われてしまいます。私は、一定の法則に従って音楽を解釈することはしません。ですから、私を突き動かす感情の強さに応じて、解釈は、ほとんどどの演奏でも、細部で絶えず変化します」と述べている。指揮者のユージン・オーマンディはニキシュについて「同じ演奏をもう一度繰り返すことはありませんでした」と語っている。その一方でニキシュは、手首を自由に動かせるようになるために、指揮者はみなまずヴァイオリンを習うべきだと語っていた。また、ニキシュは暗譜で指揮をしたが、これは当時としては珍しいことであり、聴衆や同僚を驚かせた。なお、ニキシュは「ひとつの雰囲気を生み出すのが指揮者のもっとも重要な務めでしょう。交響曲をとてもすばらしく指揮しはじめても、その楽章が終わったあと、休止のあいだに次の楽章への期待の雰囲気を生み出せなければ、最高の演奏とは言えません」と語った。また、聴衆の1人が隣の友人に「魔法がかかり始めたら、教えてちょうだいね」と語りかけたというエピソードをニキシュはよく口にした。リハーサル.