「ガイア・ネクスト」をクリアした後、そのデータを引き継ぎ、「源流の果てに」を開始し、「源流の果てに」をクリアしたデータを引き継ぎ、「ガイア・ネクスト」を開始し...と、相互にデータの引継ぎを行いながら何度でもシナリオを進めることが可能のため、マスター、モンスターのレベルを無限に上げながらプレイすることも可能だが、モンスターはレベルアップに伴い知力が上昇するため、マスターの支配力が追いつかずにいずれ行き詰まりとなる。戦闘システムは少々変更されており、オリジナル版では攻撃回数が複数回の場合、攻撃側・防御側が交互に攻撃と反撃を行っていたものが、攻撃側が攻撃し尽くしてから防御側が反撃を行う仕様に変更された。これにより、防御側は反撃する前に倒される可能性が生じ不利となる。真行寺和彦マスターオブモンスターズファイナルシステム.システムは前作までと共通する部分も多いものの、ゲームの流れは前作までとは全くの別物となっている。シングルゲームが廃止され、キャンペーンゲームのみとなっている。それに従い、ストーリーは大幅に増強されており、独特の世界観を見せる。本作ではモンスターの召喚、アイテムの購入、部隊編成などを行う編成画面と、従来の戦術画面が明確に区別され、戦術画面で従来のようにモンスターを新たに召喚することは不可能となった。このため、各マップでは彼我共に、従来と比較して非常に限られた戦力で戦いを繰り広げることとなる。ストーリー.マスター.大魔法.マスターが修得していく大魔法は、初期の主人公選択の次にどの指輪を選ぶことで決まる。選択により、マスターのパラメータも若干変化する。初期の大魔法から既に、タイプごとに明確な違いがある。その他の大魔法はレベルアップを重ねることで発生する進化の度に、タイプごとに決められた複数の大魔法を一度に修得する形式である。進化による大魔法修得以外に、戦術画面でのイベントで修得できる大魔法もある。また、敵マスターのみが使用できる大魔法も存在し、その一部はマスター専用アイテムという形で自マスターも利用可能である。本作では大魔法の詠唱時にどの程度のMPを使用するかを指定でき、その多寡によってダメージ/回復の量、成功率などが決まる。アイテム.