清掃工場などにある焼却炉での廃棄物(ごみ)燃焼や薬品類の合成に際して、意図しない副生成物(非意図的生成物)として生じる。このため、前者についてはごみ問題の一部という面もある。現在では、廃棄物の焼却処理過程においての発生が一番多く、その他、金属精錬施設、自動車排ガス、たばこの煙などから発生するほか、山火事や火山活動などの自然現象などによっても発生する。焼却炉や電気炉などの対策.家庭における非意図的な発生.毒性.ダイオキシン類の毒性は一般毒性、発癌性、生殖毒性、免疫毒性など多岐にわたりそれぞれの毒性発現量は異なる。一般毒性.ダイオキシン類の残留濃度が高い場合、糖尿病を発症するリスクが上がることが国外の研究や、日本の厚生労働省による研究で分かった。台湾におけるPCDFの事例からは子供の成長遅延、知力の不足、頭蓋骨の石灰沈着異常、舟底踵、歯肉の肥厚、異物性結膜炎の水腫様の眼症状等が認められている。遺伝毒性.生殖毒性.PCB及びPCB加熱から生じたPCDFが混入した台湾油症の事例からは子供の成長遅延、知能低下、運動機能の発達遅延、皮膚の黒皮化などが報告されている。免疫毒性.有毒説、無毒説.一部にダイオキシンが有毒であるという根拠が科学的ではないとする論議がある。セベソでのダイオキシン類暴露事故においては、当日の家畜大量死、翌年の流産率の急増、女子出生への偏りなどが報告されたものの、事故直後では人間の死者と奇形出産が出なかったことから、対人間無毒説の根拠とされる。また、当初はダイオキシンの高い急性中毒性について議論されていたが、いつの間にか慢性毒性や発がん性に話がすり替わっているというような、研究者の非科学的態度もダイオキシンが有毒であるという論への懐疑的要因である。ダイオキシン類の毒性発現機序は低濃度では主にアリール炭化水素受容体()と結合することで発現すると考えられている。ダイオキシン類とアリール炭化水素受容体との親和性は種差があることが知られており、ヒトのアリール炭化水素受容体とダイオキシン類との親和性は他の動物に比べ低いことから、ヒトがダイオキシン類の毒性について感受性の低い根拠の一つになっている。しかし実験動物では進んでいるものの、ヒトにおける発癌性や内分泌攪乱作用とアリール炭化水素受容体の役割について詳細には判明していない。