こうした故意に複雑化され、不透明化された金の流れの中で、帝京大学に入ったものは学校法人への寄付金ということで課税対象から外されたが、帝京育英財団に入った分については仮装、隠蔽を伴う悪質な所得隠しと国税当局側から判断された。実際、父母から見ても、帝京大学へ寄付したはずなのに、財団名義のものも加えられて数か月後に領収書が送られてきていたのである。帝京大学グループ公益財団法人の巨額内部留保.このようにそれらの財団法人は、資産の運用利息の部分だけを育英財団事業などの公益事業に用いることで、表向きには慈善事業の目的を掲げながら、財団の資金の本体は実質的には冲永一族の資産になるという、何重もの巧妙な資金洗浄により、裏口入学金を非課税のまま私有化する仕組みが露見した。帝京大学本部が財団内部留保金を一括管理.実際、これらの財団は登記上の事務所が置かれている場所では有価証券などの帳簿管理がなされておらず、帝京大学に帳簿類は預けられたままであり、所管する各県から改善を指示されていた。マネーロンダリングの手法.またこれら一連の過程が、裏口入学を行った大学だけではなく、取引銀行とのつながりの中で遂行されたと報道されたことも、本件の大きな特徴である。冲永荘一総長の関与否定.事件の隠蔽.「帝京大学特別調査委員会」.国会やマスコミの報道でも、総長がこの巨額の寄附金授受に関わっていたか、そして寄附金授受が合格決定前に行われていたかが主な焦点となった。帝京大学から提出された「調査報告書」.文部科学省による帝京大学板橋本部「立ち入り調査」への疑義.それでも工藤高等教育局長は寄附金の授受や処理について、「いずれも歴代の事務局長が個人でやったということでございました。」と述べた。こうした文科省からの報告に対して、文科省官僚の天下り先として帝京大学が機能しているからではないか、という指摘もあった。また、これまでの文部科学省による調査の仕方自体が、帝京大学側の言い分を一方的に聞くだけのものになっており、そのこと自体が問題とも指摘された。帝京大学側にお伺いを立てて、先方が出してきた回答をそのまま文科省による調査報告としても意味がないという指摘であった。