本能寺の変によって、中国攻めは中断され、中国地方の平定は賤ヶ岳の戦いののちの羽柴・毛利間の同盟成立にまで持ち越されることとなった。この同盟は、毛利輝元が羽柴秀吉に服属するかたちをとり、以後、毛利氏は秀吉政権下における西国屈指の大名として秀吉政権を支える存在となった。中国攻めにおいて秀吉は、「三木の旱(ひ)殺し」、「鳥取城の渇(かつえ)殺し」、「高松城の水攻め」など、攻城戦の名手として、その才覚をいかんなく発揮した。主君信長も「侍ほどの者は筑前にあやかりたく存ずべし」と評するほどであった。鳥取城攻囲戦において秀吉は、若狭の商人らに命じて若狭や山陰地方の米を時価の倍近い高価格で買い占め、やがて鳥取城内に備蓄された米さえ買い上げている。こうした大規模な経済的措置を講じたうえで、鳥取城には兵のみならず邑美郡・法美郡一帯の男女も立てこもるよう仕向けた。ここには一種の近代的な経済戦の要素さえみてとれる。織田政権全体からみた中国攻めは当初、石山本願寺との戦争と並行して進められた。その際、重要な役割をもったのは和泉の貿易港堺であった。堺港を独占的に掌握した信長は、南蛮貿易によって利益を得るとともに、いわゆる「大鉄砲」と呼ばれる新式火砲の導入・国産化を進め、両戦争に大きな影響をあたえた。それにともなって新しい攻城術も採用された。石山合戦において織田勢は陸路においては本願寺を完全に封鎖したものの、強大な動員力・戦闘力をもつ毛利水軍の力に兵糧・兵員の輸送を遮断することができなかった。信長による九鬼水軍の創設によって本願寺の抗戦を終息させることに成功したことは、秀吉をふくむ信長配下の諸将の戦略や戦術にも大きな影響をあたえ、鳥取城包囲戦の際にも、細川藤孝が丹後から船で兵糧を運び、あわせて毛利氏からの糧道を断つ作戦が採られて、鳥取城を孤立に追いこんだ。水軍の重要性を認識した秀吉は、毛利に属していた村上水軍の切り崩しに尽力し、戦略上重要な淡路島の制圧を急いだ。毛利との講和成立後は、毛利水軍は紀州攻めや四国攻めに動員されたほか、秀吉の組織した上方水軍が九州征伐や小田原征伐において果たした役割もまた大きかった。