不要な胚性の間葉系幹細胞の使用に関心が高まっている。ほかの動物の臍帯、卵黄嚢および胎盤に見られる幹細胞の分化能力を調べるための研究が進行中である。これらの幹細胞は、内胚葉および外胚葉の組織をより容易に形成する能力をもち、それらの成体の幹細胞よりもより多くの分化能をもつと考えられている。幹細胞と組織修復.ウマの軟口蓋欠損は、胚形成中の正中線で胚が完全に閉鎖しないことによって引き起こされる。これらは、軟口蓋全体を眼で見ることができないために見落とされ、悪化してしまう。これにより、治療としての外科的介入の成功率が低くなっていると考えられている。その結果、ウマはしばしば安楽死させなければならない。最近では、間葉系幹細胞の使用が従来の治療法に加えられている。外科医が口蓋を縫合した後、自己間葉細胞を軟口蓋に注入する。幹細胞は、特に古い組織との境界に沿って、治癒組織に組み込まれることが見出された。存在する炎症細胞の数も大幅に減少し、治癒過程を助けると考えられている。幹細胞と整形外科の修復.腱の修復.関節の修理.変形性関節症は、動物およびヒトの両方の関節痛の主な原因である。ウマやイヌでは、最も頻繁におこる関節炎である。軟骨の自然治癒は非常に限定的であり、現在の薬物療法では治癒できず、症状を軽減するだけであるようだ。間葉系幹細胞および他の種類の細胞は、長期治療のために、研究されている。脂肪由来の間葉系細胞は、非侵襲的に採取できるためもっともよく使われている。最近、直接関節に、間葉系幹細胞を注入し、成功が多数あった。これは、簡単に臨床使用されるために、最近開発された、非侵襲的な技術である。この治療を受けたイヌは、関節の柔軟性が高く、痛みも少なかった。骨への損傷の修復.骨折の治療のために幹細胞の治療を行うためには、さらなる研究が必要である。幹細胞は変性骨疾患の治療に使用されている。レッグ・カルヴェ・ペルテス病のイヌへの治療は通常は、変性が進行した後に、大腿骨頭を除去する。最近、間葉系幹細胞を、大腿骨の頭部に直接注射し、骨の再生だけでなく痛みの軽減にも成功している。幹細胞と筋肉の修復.