エフェクトアニメーションを担当した松本肇は、放射熱線の表現として昭和ゴジラのようなモコモコとしたものも用意していたが、川北はシャープな光線描写を選んだという。若狭湾での自衛隊との戦闘は、シリーズ初の夜間かつ雨天での戦闘シーンであった。ゴジラにミサイルが着弾する描写は、ゴジラの前面に置いたベニヤ板にミサイルを当てている。ビオランテの蔦に手を貫かれるシーンでは流血描写を避け、ゴジラの血かビオランテの樹液かわからないような描写となっている。こうした残虐描写は、アメリカのスプラッター映画からの影響とされる。ゴジラに蔦が絡みついていく描写は、絡みついた状態から蔦を引き戻す様子を撮影し、それをフィルムへ逆順に焼き付けていくという古典的な方式で行われた。手から蔦を引き抜くシーンや足元に蔦が落ちるシーンでは、薩摩ではなく操演スタッフがスーツを着用したり手のみを入れたりしている。ビオランテの強酸性樹液を浴びてゴジラから白煙が吹き上がるシーンでは、空気中の水分に反応する四塩化チタンをカプセルに入れ火薬で爆破している。出現地点はカムチャッカ半島沖→北海道・網走→札幌→東京→太平洋。本作品では、歴史改変を題材としていることから劇中でタイムパラドックスが生じているが、製作の富山省吾と監督の大森一樹は「このゴジラはどのゴジラだ」といった問題は脇に置き、ストーリーの面白さやバトルシーンの迫力などを重視することとした。準備稿では、人類側が原子力潜水艦を用いてゴジラを誕生させるという展開であったが、製作の田中友幸がこれに反対し、完成作品での内容に改められた。東宝スタジオ入口前に展示されているゴジラのブロンズ像は、このギドゴジをイメージしたものとされる。演じる薩摩は、前作では自分流の形を作ろうとした結果、いきがった部分が出すぎてしまったことを反省点として挙げており、本作品では我を出さず、爬虫類然としたリアルな演技を心がけたと述べている。網走海岸にて尻尾パーツで灯台を破壊するシーンが存在したが、カットされた。札幌での陥没シーンはNGを経て再撮影されたが、完成作品ではNGカットの方が使われた。