また、南京事件では民間人を便衣兵認定してから殺害する行為が問題とされた(南京事件論争)。便衣兵認定とは軍服を着用しない人間をゲリラ扱いする行為のこと。太平洋戦争.日本軍兵士自身の投降については戦陣訓により厳しく戒められるようになった。その原因は敢闘精神の不足と敵への情報の漏洩を恐れたことと言われる。捕虜となれば本人や家族が厳しく糾弾されるため兵士は戦死よりも捕虜になることを恐れ、しばしば自決や玉砕の動機となった。日本軍は竹永事件などきわめて少数の例外のほか組織的投降を行わず、個人の投降者も稀であった。このことは欧米と比べとても異質であるため海外から見た日本軍の印象に大きな影響をあたえている。一方で、捕虜となった際に敵による尋問や強要を切り抜けるための教育がなされなかった上、捕虜となったことを日本軍に通知されることを極度に恐れた日本兵捕虜は、氏名や階級などを偽ったり、投降前や投降直後の態度とは一転して積極的な対敵協力者になる例が多くあった。また集団心理から恐慌状態となり、カウラ事件のように絶望的な反乱を起こした例もあった。また、投降を認めないことにより、不利になった戦場の味方をあえて見捨てて降伏させるという決断が不可能になり、作戦の自由度を大きく削ぐという問題も生じている。キスカ島撤退作戦が「奇跡の作戦」として特筆されているが、裏を返せば他の撤収作戦は失敗していることと、救出を諦め守備兵の降伏を認めるという選択肢が当時の日本軍には無かったことをも意味している。海軍乙事件のように、遭難した高級将校がゲリラに捕縛され、後に解放され帰還した事件で、これを敵の捕虜となったとみなすかどうかということのみが重要議題となり、機密文書を奪われたという重大事についての議論がおざなりになるという、滑稽な事態も起きている。なお、大本営の「機密戦争日誌」や「陸支密大日記」等には捕虜による軍事機密の漏洩に触れた箇所はなく、「捕虜」「俘虜」といった言葉すらほとんど登場しない。こうした捕虜そのものが日本軍に存在しないという前提は、参謀本部の情報管理を杜撰なものにした。