その後の写本群で、金剛寺学頭の禅恵は自身を文観の「門弟随一」と誇らしげに記しており、この表現からすれば、入滅時点ではまだ文観には数多くの弟子がいたようである。しかし、その後の南朝の有力真言僧は記録の不明な者が多く、南朝の没落とともに、文観の学派は徐々に歴史から消えていくことになる。仏教学的業績.三尊合行法.内容.日本の中世密教が最も爛熟したのは、鎌倉時代末期から南北朝時代のことである。そして、宗教学研究者の阿部泰郎は、文観房弘真による「三尊合行法」という思想とその聖教群が、中世密教の最高到達点であると主張している。阿部は、学僧としての文観の才覚について、本文・注釈・口伝(秘説)・図像を駆使することで、新たな解釈によって新たな世界観を提示する創造性に長けていることを指摘した。阿部はまた、「文観は、そのような儀礼と図像を統合する術に長けた天才的な師範であり、その実践としてテクスト複合を操る卓越した技量の持主であったといえよう」と評している。三尊合行法というのは、文字通り、三つの尊格(仏・菩薩・明王などの高位の存在)を合わせて修法(祈祷)を行うことである。宗教学的にいえば、「二元的な次元を超越し、不二を止揚した“三位一体”の究極的な秘伝の儀礼化」であるが(「不二」とは対立を超えた絶対平等のこと)、美術的にいえば二つではなく三つのシンボルを絡めて描くことができるので、より深みや広がりが増す創造的な思想だった。歴史的影響.『謀書目録』(石山寺蔵)によれば、後醍醐帝もまた文観の「三尊合行法」に関心を持っており、その受法を文観に要請したという。また、東密(真言密教)では、「一仏二明王」といって、舎利=宝珠(あるいは適当な尊格)に不動明王と愛染明王を加えたものを本尊とするのが一般的で、特に醍醐寺の三宝院流などで重視される様式である。前記の『謀書目録』によれば、これは文観が伝えた三尊合行法に基づくものであるという。