日教組は、反主流派の離脱を「日本共産党の分裂策動」として強く非難した。脱退した単組があった都府県のうち、義務教育の教職員を組織する組合についてはすべての都府県、高等学校の教職員を組織する組合にあっては約半数の府県で、日教組中央の方針を支持する教職員による新しい組合の「旗揚げ」を支援した。全国大学高専教職員組合.大学教職員組合は、「大学部」という形で日教組に加盟してきたが、大学教組の側では独立した単位組合として認めるよう要求し、日教組中央と対立してきた。その他の教職員組合.連合結成に伴う教組運動の分岐は全教や全大教の結成にとどまらなかった。教員で組織する全国学校労働者組合連絡会(全学労組)や、事務職員で組織する全国学校事務労働組合連絡会議(全学労連)などの独立系労組の結成がその一例である。なお、これらの組合に参加する単組の中には、東京都学校ユニオンや、大阪教育合同労組(全学労組加盟)、学校事務職員労組神奈川(全学労連加盟)など、全労協に加盟する組合も存在する。日教組の関係した活動に関する論議.日教組の活動をめぐっては、教育および教育行政のあり方を巡って、しばしば議論の対象となってきた。君が代不斉唱不起立問題.日教組傘下では、一部の単組で国旗掲揚・国歌斉唱の強制に反対する運動が存在しており、こうした活動を保守派ジャーナリズムがしばしば取り上げるほか、個人の立場で国旗・国歌問題で反対運動に加わる教員について、「日教組の活動」として語られることがある。一方、多くの地域では、日教組加盟組織がそれらの課題に取り組もうとせず、事実上黙認状態であることに対して、反対を貫けと主張する陣営から強い批判を受けている。ただし日教組傘下でも、中央本部の左傾化に批判的で、教職員の互助組合色が強く政治活動に距離を置いている秋田県・福井県の教職員組合は、むしろ国旗掲揚・国歌斉唱に協力的だった。教育基本法改定反対運動.教職員組合の政治活動への批判.日教組系の単組の関係した活動に関する論議.日教組系の単組の活動をめぐっても、しばしば議論の対象となってきた。ストライキの実施.福岡県の事例.校長着任拒否闘争.山梨県の事例.輿石東と山教組の関係について.山教組が呼びかけた募金について.