前作の主要スタッフは当時『ヤマトタケル』の撮影に入っており、監督の山下賢章や脚本の柏原寛司など平成VSシリーズの経験がなかった新規のスタッフが参加している。製作の富山も同作品と兼任していたため、製作補として有正真一郎が参加した。富山は、前作で一度やりきっているため全部新しくしようという狙いもあったと語っている。柏原は、東宝で企画していた植木等の主演映画や高嶋政伸主演で予定されていた若大将シリーズのリメイク企画などに参加していたがどちらも流れ、本作品に至った。内容の変遷.プロット段階から参加した山下は、柏原の方向性に同調しゴジラ対人間のリベンジドラマを主軸とすることを目指した。山下は、ゴジラとスペースゴジラの関係性を「母親と不良家出少年」または「不良家出少年と長男の兄弟喧嘩」に例えてイメージしており、一方で人間側は世代交代をテーマとしている。柏原は、検討稿で冒頭のスペースゴジラに襲われるスペースシャトルの描写に力を入れていたが、予算の都合によりカットされた。また、バース島での結城の描写が長く設けられていたが、全体のバランスを考慮して削られた。そのため、柏原は自身がファンであった小高恵美が演じる三枝未希を中心とした物語に切り替えた。一方で、山下は結城と千夏の関係性を重視し、完成作品ではこの2人の描写を膨らませている。これまでシリーズではゴジラが九州を襲うことがなかったため、企画当初から九州襲撃が予定され、ランドマークとして福岡タワーがある福岡が舞台に選ばれた。福岡タワーが従来の破壊されるランドマークと異なり、物語上の存在理由が与えられているのも特徴である。一方で、翌年公開の『ガメラ大怪獣空中決戦』と舞台が競合しており、両作品のプロデューサーが協議した結果福岡ドームを撮影しないこととなったため、スペースゴジラの進入方向が海側に変更され、ミニチュアでも造られなかった。山下はスペースゴジラが同地に出現する理由が必要であると考え、当時環境問題として話題になっていたオゾンホールを結びるけることを発想したが、決定稿には明記されなかった。また、脚本では結晶体から発する強磁界により警察車両や報道ヘリが進入を阻まれるという描写があり、山下も絵コンテでこのシーンに力を入れていたが、予算の都合などから撮影は行われなかった。配役.