なお、大江戸線単独の改札口の券売機でも京王線の乗車券は発売されているが、すべての券売機が都営仕様であり、京王線(新線も含む)の券売機と異なり、入場券の口座が設定されていない(京王線の初乗り運賃の乗車券で代用可、出場時は有人改札口を利用)が、都営のすべての改札口でほかの京王線の券売機で購入した入場券を用いることができる。ただし、精算券は都営で精算した券で京王の改札口を出ることはできない(その逆は可)。小田急電鉄.駅構造.ロマンスカーを除き乗車と降車で別のホームを用いるが、平日休日問わず朝の時間帯は乗車ホーム側にも乗客を降車させる。特急ロマンスカーは乗客を降車させたあとに車内の清掃と点検を行い、同じホームから乗車させる。回送運転で到着した場合には到着後すぐに乗車できる。地上ホームから出発する列車は特急ロマンスカー・快速急行・急行であり、特急ロマンスカーを除いては次の停車駅が代々木上原であるため、地上ホーム駅名標には隣の駅として代々木上原が記載されている。地下ホーム駅名標には隣の駅として各駅停車の停車駅である南新宿が記載されている。なお、かつて区間準急が運転されていた頃の地下ホーム駅名標には南新宿と代々木上原が併記されていた。ホームののりば案内では、のりばの番号と種別(または降車専用)が表記されており、具体的な駅名は記載されていない。のりば.(出典:小田急:駅構内図)ダイヤ乱れの際は上記の発着番線が変更される場合がある。コンコース.ホームの南寄りに跨線橋があり、地上ホームからつながっている。ここを南に出ると南口で、JR南口に隣接している。その東側にJRへの南口連絡口がある。トイレは西口地下改札内外と南口改札内(ともに出口改札に向かって左側、改札内)にある。多目的トイレは西口地下改札外と南口改札内に設置され、どちらもオストメイトに対応しており、南口側にはオストメイト用の給湯設備を備えている。西口地下改札外のトイレには一般用の洋式便器の設置がない。当駅を発車する列車は、発車時に発車ベルを鳴らす。東京メトロ.JR・京王・小田急の駅と新宿西口駅(都営地下鉄大江戸線)・西武新宿駅(西武新宿線)と接続している。ただし都営地下鉄新宿線・都営地下鉄大江戸線の新宿駅とは連絡扱いがない。