本作は『女神転生』シリーズの流れを汲む作品の中にあって、特に推理ゲームとしての要素が色濃い作品となっており、物語の終盤では事件の犯人を推理して言い当てるという展開も用意されている。エンディングはどれだけ事件の真相に迫れたかによって分岐し、誤った犯人を言い当ててしまったり、偽りの真相に満足してしまうと、根本的な問題が解決されなかったり、黒幕との対決を経なかったりする形のエンディングを迎えることとなる。ストーリー.登場人物.特別捜査隊.普段は裸眼だが、冒険中は霧で覆われた異世界を見通すためのメガネを着用する。事件関係者.コミュニティ.基本的にコミュのランクを上げるには、コミュイベント中の選択肢や会話(時間経過あり)によって友好度を上げ、アルカナおよびランクごとに決められたライン以上になれば次に話しかけたときにランクアップイベントが発生する。一部のコミュは自動で上昇したり友好度無視でイベントが発生する。なお、友好度は相手のアルカナと同じアルカナのペルソナを所持しておくことで上昇量が増加する。学内のコミュのみ、ランクアップする場合は昼休みにそのキャラクターが誘ってくれるので、すぐ分かる(昼休みに何もイベントがない場合)。一部のコミュは主人公のステータスを一定以上に上げるか、事前に特定のアイテムを貰わないとコミュランクが上がらない物がある。前作同様に特定のコミュは別のコミュランクを上げることで発生する物がある。また一部のアルバイトで発生するコミュも存在する。前作(オリジナル版)と異なり、一定期間交流が無くとも「リバース(不機嫌)」が発生することは無く、「リバース」や「ブロークン(喧嘩状態)」が発生する条件もごく一部の選択肢を選んだ場合のみに留められている。仲間とのコミュの場合、これらに加えてランクを上げるにつれて戦闘中に「主人公へのとどめの一撃をかばう」「追撃する」「ダウンした場合起こす」などの友情行動をしてくれるようになる。また、仲間のコミュをMAXにすると、その人物のペルソナが進化する。単体への追撃は基本的にダウンしていない敵に行われるが、物理属性のため物理耐性が無効以上のシャドウは対象外となる。『ゴールデン』では一定の時期以降にコミュランクがMAXになった仲間と共に過ごす事によって、その人物のペルソナが更なる段階に進化する。