しかしこの計画が実行されると、既に建設されていた宮下、新郷、山郷、豊実、鹿瀬の各発電所が完全に水没するほか、水没により移転を余儀なくされる住民数が膨大になることが予想された。尾瀬分水案の棚上げ.諸問題.新潟県の反発.水利権問題.補償問題.事業の経過.只見川.阿賀野川.阿賀野川ではすでに新郷、山郷、豊実、鹿瀬の四発電所・ダムが戦前に建設されていたが、戦後も発電所の建設が進められた。黒又川.四発電所のうち黒又川第二発電所、及び黒又川第四発電所は揚水発電を行うのが目的で、副次的に奥只見ダムの水を只見川の水が豊富な時に黒又川に導水し、黒又川第四発電所から放流して黒又川第一ダムに貯水し、越後平野への灌漑用水補給を図るのが狙いであった。最後に黒又川第三発電所を建設してこの流域の水力発電事業は完成する予定であった。伊南川.送電.発生させた電力を送電させる送電線網は、幾つかの系統に別れて配電地域に送電される。宮下発電所より下流の只見川・阿賀野川水系に建設された発電所の電力、及び黒又川第一・第二発電所の電力は東北電力へ供給される。そして、上田発電所より上流の只見川については、本名・上田両発電所の水利権問題が解決した際に東京電力と東北電力で申し合わせた、「東北電力の東京電力への電力融通」を行うために電源開発の幹線を使用して関東地方へ送電される。これらの電力は「只見幹線」と呼ばれる超高圧送電線によって送電される。本名発電所を起点に滝・田子倉・奥只見の各発電所で発電された電力は尾瀬・赤城山麓をほぼ一直線に南へ貫き、利根川を渡河して埼玉県川越市にある南川越変電所に送られる。ここから首都圏に電力が供給されるが送電線はさらに南へ伸び、東京都町田市にある西東京変電所で終点となる。ここでは佐久間ダムなどの天竜川水系で発電された電力を送る送電線に接続されるが、日本で有数の電源地帯から送られる電力をこの変電所で融通することにより、火力発電所との連携や緊急時の電力補給に効果を有する。インフラ整備.只見特定地域総合開発において建設されたのは水力発電所やダムだけではなく、鉄道や道路といった地域生活に欠かせないインフラストラクチャーも整備された。その後.再開発事業.尾瀬分水案の中止.地元への影響.