街中を進むマッドラットは気絶し、暗闇の中で神さまと再会。そこで幻覚の正体は神さまで、神さまはマッドラットの頭の中に住み、マッドラッドを猫に食べさせようとしていることが明らかとなる。目を覚ますとハートはおらず、マッドラッドは一人で幻覚の世界を進むが、胸の鼓動からマッドラッドはハートの存在を認知し、ハートも幻覚の世界に入り込む。神さまは歪な姿をした巨大な幻覚の月ファントムムーンを召喚し戦わせ、マッドラッドは勝利するも猫に食べられる危機に陥るが、現実の世界に現れたのは既に和解したクロネコであり危機を逃れた。研究所に辿り着いたマッドラッド達は、そこで見つけた人間の手記を読んで人間の苦労を知り、そして人間を殺すか生かすかの選択はプレイヤーに委ねられる。人間の生死を決めた後、マッドラットの寿命が迫り、月と夜空が見える建物を死に場所に選ぶ。しかし神さまはマッドラットがこのまま死ぬことを許さず、自身の目的のために時間を一日の朝まで巻き戻す。研究所で目覚めたマッドラットは、自分の寿命を延ばすために人間により心臓移植され、ハートは移植に使われた別の生物の心臓であり、神さまは移植と共にマッドラッドの体内に侵入した真実を知る。マッドラットはハートを救うべく、時間を移植手術前まで巻き戻そうとするが、それを神さまが阻止しマッドラット達を再び幻覚の世界に引きずり込む。マッドラットはそこで神さまと対決する。神さまに勝利した後、神さまの正体はマッドラットの脳に寄生するパラサイトだと明らかになり、マッドラッドを猫に食べさせようとしていたのは自分達の種を残し生き残り続けるためであった。マッドラット達は時間を手術前の朝まで巻き戻し、マッドラットはハートと再会。ハートの正体は赤毛の猫であり、マッドラットの猫嫌いを知り今まで正体を隠していたという。マッドラットは死にかけの体故に足手まといになると思い、ハートに最期の一日で自分達がやってきた事である「クロネコにネズミを食わないよう言う事」と、「人間のコドモを事故から助ける事」を託し、一度はやり遂げる。だが、もう少しだけマッドラットといたいと願うハートは時間を巻き戻し共にやり遂げることを選んだ。開発.