しばしば誤解されることであるが、全プロジェクトに共通の方針や法的措置にかかわる場合を除き、財団は各プロジェクトにおけるコンテンツの内容をめぐる議論にも個別の運用方針にも関与せず、また各プロジェクトの代表者というものも存在しない。財団のプロジェクト.フリーコンテンツモデルを追求しているウィキメディア財団では、ウィキペディアを始め、多くのウィキを運営している。コンテンツを支えるプロジェクトも存在する。例えば、では、ウィキメディア・プロジェクトの利用促進についてのガイドラインを示している。組織.理事会.理事会は、財団とプロジェクトに対する最終的な決定権を持ち、また定款を変える権限をもつ。会員資格.提携団体.ローカル・チャプター.ウィキメディア運動と推進する目的を共にし、ウィキメディアを名乗る資格を財団から認められた国や地域別に設置された非営利法人を、ローカル・チャプター()と呼ぶ。財団の下部組織ではなく、それぞれ独立した組織である。以前は「地方支部」と訳されていたが、下部組織と誤解を招きやすかったので「国別協会」あるいは「国別・地域別協会」と翻訳されるようになった。ローカル・チャプターと財団の法的関係は、必ずしも一様ではなく、個別に契約を締結する。ウィキメディア財団を現地で法的に代表する資格を持つものから、独立な法人格をもち非公式な協力関係にあるものまで、主に現地の法律上の理由にもとづきさまざまな関係が存在する。それぞれのチャプターの設立年次および法人格等についてはメタ・ウィキのウィキメディア国・地域別協会にある。テーマ別組織.利用者グループ.職員.歴史.委員会はすべて理事会決議によって設置され、設置と同時に委員長を含む原初構成員が指名される。構成員には、議決権をもつメンバーと議決権をもたないアドバイザーの二種があり、理事、地方支部理事、一般ユーザ、外部のエキスパートなどが構成員となりうる。構成員は理事の指名または委員会メンバーからの推薦および承認によって決定される。