基本的な短所としては、まずゴミが溜まってくると吸い込んだ微粒子によって紙パックが目詰まりし、吸込力が落ちるという点がある。これを解決するため、自動で紙パックを叩いてホコリを落としたり、紙パック周辺の空気の流路を工夫したりすることで、ほぼ満杯まで吸引力を維持できる製品が出ている。このほかの短所としては、紙パックは使い捨てのため定期的に購入し、常に予備を用意しなければならず、ランニングコストがかかること、取付部の構造が特殊な専用品の場合その供給に製品寿命が左右される、というものがある。交換用紙パックは、掃除機本体のメーカーが発売する自社専用の「純正品」と、それ以外の掃除用品などのメーカーが発売する「汎用品」がある。純正品は各メーカーごとに吸込口の台紙の形状が異なっているが、汎用品では台紙に複数の切り取り線を付け、本体のメーカーに合わせて台紙の指定された部分を切り取ることで、同じ紙パックで複数のメーカーに対応できるようにしているものもある。なお、紙パックは純正品を使用しない場合、メーカー保証の対象外になる場合が多い。これは、様々なメーカーと機種に対応した廉価な汎用品の性能が一定しないためである。また一部の機種では、ゴミ漏れによるモーター故障を防ぐため、掃除機本体の蓋は「使用機種に適合した各メーカー純正紙パックが正しく取り付けられていないと閉まらない」構造になっている。汎用品の紙パックは非常に幅広いメーカーの機種に対応しているものもあるため、純正品の供給が終了している機種を継続利用する場合には有用である。紙パック式は、ほかの方式に比べてゴミ捨て時に吸ったゴミが散乱するリスクは小さいが、それでも取り外す時などに吸込口からゴミがこぼれてしまう可能性があるため、掃除機本体や紙パックに工夫を施すことによりリスクを低減させている。本体側に工夫を施した例としては、従来存在した紙パックを所定の位置に固定するフックなどを廃することで紙パックの出し入れをスムースにした機種や、紙パックを籠状の入れ物にセットし、籠ごと本体から出し入れすることで紙パックに触れずにゴミ捨てをできるようにした機種がある。紙パック側に施した例としては、ゴミ捨て時に紙パックの吸込口にシールなどで蓋ができる機構を持たせたものがある。