作品テーマについて.本作品では、「願い」も作品の重要な要素となっている。虚淵によれば、本作品は少女の祈りが突っぱねられて無情に転がっていくだけの世界から、少女の祈りが肯定される魔法少女の世界に変わるまでの物語となっており、「少女の祈りを世界が良しとするか否か」がテーマとしてあるという。製作・スタッフ.企画.脚本.登場人物のネーミングは虚淵が行っているが、一風変わった名前の方がネットでの検索エンジンでも検索されやすいとの理由から、特徴的な名前が付けられており、主要人物は女性名にも聞こえるような苗字となっている。まどかの母や仁美といったサブキャラクターの設定や役割は、脚本を書き進める段階で固められた。デザイン.アニメーション制作.実務的なスタッフィングはアニメーションプロデューサーの岩城忠雄が行い、キャラクターデザインの岸田隆宏を始め、それまでのシャフト作品とは縁の薄いアニメーターが多く参加することとなった。シリーズディレクターの宮本幸裕は途中から制作に加わっており、放映の3、4か月前から参加したという。絵コンテなどには注意事項の記載や新房自らによる修正が多く入れられた。一方で、新房には制作作業が予定調和になってしまうと普通の作品になってしまうという発想から、スタッフに詳しい内容を教えずに作業をさせることがあり、エンディングアニメーションの絵コンテから撮影までを1人で担当した鈴木博文には作品内容が伝えられず、鈴木は自主的に調べて映像を仕上げることとなった。脚本段階で詰められなかったアクションシーンの詳細は、監督の新房、脚本の虚淵、シリーズディレクターの宮本、アクションディレクターの阿部望の話し合いで決められた。録音.魔女の声に関しては、設定を考えた劇団イヌカレーに具体的なイメージがあり、劇団イヌカレーからの伝言を元にして試行錯誤が行われた。音楽.劇伴.オープニングテーマ.エンディングテーマ.挿入歌.劇伴曲の中には歌のように聞こえる曲もあるが、多くは歌詞に意味が設定されていないスキャットである(詳細は「#表現手法」を参照)。例外としてオープニングテーマ、エンディングテーマが挿入歌として使用されている場面がある。放送.放送中の動向.日本国外での放送.関連作品.