集団自決は「軍の命令だった」とする意見や、「強制があった」や「関与があった」とする主張に対し、軍命を出したとされる当人の他、否定・疑問視する意見を出す住民、研究者、ジャーナリストもいる。命令者とされてきた赤松元大尉の弟と梅澤元少佐は、後述のような証言・著書等を証拠として、命令をしたと断言してきた大江健三郎の『沖縄ノート』、家永三郎の『太平洋戦争』に関し、名誉毀損による損害賠償、出版差し止め、謝罪広告の掲載をもとめ、大江健三郎と岩波書店を訴えるに至った(「集団自決」訴訟)が、請求は退けられた。日本会議は、「日本軍の強制性を強める修正を行うことは教科書への国民の信頼を傷つける」として記述の再訂正に反対する決議を採択した。また、議員連盟「日本の前途と歴史教育を考える議員の会」も否定的な見解を示している。証拠が不十分との研究.曽野の著書について仲程昌徳琉球大学法文学部教授は「この著書は公平な視点でルポルタージュされた「本土の作家の沖縄戦記」である。曽野の調査が進んでいくにしたがって集団自決は疑わしくなっていくばかりではなく、ほとんど完膚なきまでにつき崩されて、「命令説」はよりどころを失ってしまう。これまで集団自決のあらゆる著書で引用された『鉄の暴風』の集団自決を記載した箇所は、重大な改定をせまられた。」と評価した。ただし、後述の大江に対する名誉棄損訴訟では、曽野の取材に対し「取材対象に偏りがなかったか疑問が生じる」との判決が出ている。(法廷闘争欄参照)また、この仲程の主張は、例えば太田良博の、曽野は自決命令があったことを自身の手記に書いている金城重明に取材していない、赤松の主張に不自然な点が多々ありながらそれらを問題にしていない、朝鮮人徴用工の扱いについて曽野がこれを書けば大変なことになると言うのを太田が聞いた(つまり、それが実際に書かれていない以上、曽野は不都合なことは伏せていると思われる)といった指摘と、かなり異なる。また、山崎行太郎は、曽野の著作に関して、赤松元部隊員がまとめ直した資料を根拠にしていること、その中の自決に関する重要な部分に事実と異なる部分がある事を指摘して、批判している。