鉱業はさまざまな方法で水生生物の多様性に影響を与える可能性がある。汚染物質が堆積物中で移動している場合や水中で生物学的に作用する場合は、より高いリスクとなる。鉱山排水は水のpHを変化させる可能性があり、生物への直接的な影響とpH変化による影響を区別することは困難である。にもかかわらず、pHの変化によって水生生物への影響が引き起こされることが証明されている。汚染物質は物理的な影響を介しても水生生物にも影響を与える可能性がある金属酸化物の堆積は、藻類またはその基質を覆うことで個体数を減少させ、その群生を妨害する。プランクトン.亜鉛濃度の高い酸性水では藻類群集の多様性が低下し、鉱毒による負荷が藻類の一次生産量を減少させる。珪藻類の群集は、あらゆる化学的変化やpHの植物プランクトン群集によって大きく変化し、金属濃度が高いとプランクトン種の多様性が低下する。珪藻類の中には、金属濃度の高い堆積物中に生育する種もある。また、表層に近い堆積物では、シストが腐食や重被覆に悩まされる。非常に汚染された条件では、藻類の総バイオマスが非常に少なく、浮遊性珪藻類群集が欠落しているが、機能的に補完されている場合は、植物プランクトンや動物プランクトンの質量が安定している可能性がある。水生生物.鉱山周辺の水生昆虫や甲殻類は鉱毒によって、栄養学的な完全性が低下したり、捕食者によって個体数が減少するといった影響を受ける。しかし、影響を受けやすい種が耐性のある種に置き換えられれば、脊椎動物の生物多様性は高い状態を維持することができる。地域の多様性が減少した場合でも、河川の汚染が個体数に影響を及ぼさないこともある。これは汚染された場所で、同じ機能を果たす耐性のある種が、影響を受けやすい種の代わりを務めることを示唆している。魚類もまた、pHや温度変化、化学物質濃度に影響されることがある。陸上.植物.