「衛生仮説」という用語は命名が不適切であるともされてきた。これは衛生仮説が個人の手洗いのような衛生行動について言及しているものとして誤って解釈されるためである。食事の前に手洗いを行わないといった非衛生的な行動はアレルギーや免疫疾患に良い影響を与えず、単に感染の危険性を増やすだけと考えられている。衛生仮説は幼少期に、より多くの感染を経験することが、全体として利益をもたらすことを示唆するものではない。概念.歴史.生物学的な理論体系.科学的検証.微生物への曝露の不足とアレルギーをはじめとした疾患を関係付ける説を支持する科学的根拠は数多いが、否定的な見解も根強く存在している。衛生の状態を定義したり、直接測定することは困難であり、社会経済状況、収入、食事などが代替的な指標として用いられる。様々なアレルギーや自己免疫性疾患などの疾患の発生が、先進国に比べて発展途上国で少なく、発展途上国から先進国への移民が時間と共に免疫の病気を生じやすくなることを、数多くの研究がこれまでに示してきた。この代表例として喘息やその他の慢性炎症性疾患がある。このアレルギーの増加は主に食事や微生物叢の多様性の減少によるが、その理論的な要因については明らかでない。衛生仮説の限界.衛生仮説は全ての集団において当てはまる訳ではない。例えば炎症性腸疾患の場合、社会の豊かさの向上や豊かな国への移住による、個人の豊かさの向上は炎症性腸疾患の発生と関係性を持つが、ある程度豊かな状態になると関係性が一定になる。また、衛生仮説ではアレルギー性疾患が貧しい地域でも発生する理由を説明することが難しい。加えて、ある種の微生物への暴露は将来的な疾患への感受性を高める。例えば、ライノウイルス(一般的な風邪の主要な病原体)への感染は喘息のリスクを増大させる。公衆衛生.「衛生仮説」という用語の誤解は、ワクチン忌避に代表される、重要な公衆衛生事業への不当な反対運動を招いた。初期の衛生仮説が流布した結果、家庭内の衛生が軽視されるようになったことが指摘されている。また、メディアによる衛生仮説や他の健康情報の紹介は、適切な科学コミュニケーションを妨げてきた。清潔さと衛生仮説.