乾燥工程は日当たりと風通りの良いところに、地面から離すように設置し、十分な期間乾燥させる。雨の降る日はカバーを掛け、濡れを防止する。丸太よりも半割、半割よりも四つ割りというように、細くするほど表面積が大きくなるため乾燥効率が良くなる。一度乾燥したものでも濡れたり湿気を吸うと含水率は上昇してしまうため、保管には雨を防ぐ屋根があり、十分な通気が確保された倉庫等を用いる必要がある。ウッドペレットの場合は、製造過程で乾燥処理がなされているが、表面積が大きいため吸湿しやすい。吸湿すると上述の燃焼効率の悪化だけでなく砕けやすくなりペレット自動投入機能が機能しなくなるため、乾燥を維持するための適切な保管が不可欠である環境負荷.製造過程の化石燃料の使用.木質燃料は、その製造、加工、輸送に化石燃料を大量に使用するため、カーボンニュートラルは成立しない。持続可能ではない森林伐採.木質燃料は再生可能エネルギーで環境に優しいとされるが、木質燃料は原生林を切り倒すことで生産される。森林を破壊すると生態系や土壌の崩壊に結びつき、植物が固定化していたCO2が大気中に開放され、空気中のCO2濃度は上昇する。また人類による消費量に対し樹木の成長が追いついておらず、持続可能ではない。そのためはげ山化や砂漠化が進行している。フランスでは薪などの木質燃料に対し持続可能性のある方法で生産されたことを示す証明ラベルを提供しているが、森林を燃料として扱うことに変わりはなく、環境NGOや気候科学者からグリーンウォッシングであるとの批判がなされている。ペレット加工.燃料としての性質を改善する加工方法として、ペレット加工(木質ペレット)がある。十分に管理された手法で製造された木質ペレットは、含水率が低く、高度に圧縮される。また軽量で、かさも減り、流動性が向上し、燃料としての扱いやすさが向上される。また熱量あたりの輸送コストが小さくなる。また、木質ペレットの発明によりバイオマス発電(火力発電)などの大規模エネルギー産業の燃料としても利用することが可能となったため、一大産業として大量生産、大量輸出が行われており、それに伴い森林破壊やCO2の排出が問題となっている。再生可能エネルギーからの除外.