本作の航海は、従来のシリーズのようにプレイヤーが自由に船を操作を行うものとは異なり、海図上で目的地への航路を指定して進行するシステムとなっている。具体的には「航路設定」において、海図上に表示されている港(交易や造船所などがある都市)・拠点(発掘調査ができる史跡)・船(海賊や他国船へ海戦をしかけられる)を指定すると航路が決定し、出航させると自動的に目的地へ進行する。それ以外の地点を指定すると「探索航海」となり、未発見の港・拠点を探索することができる(なお、未発見のポイントは画面切り替え時に薄く光る)。また、隣接する海図を所持している場合は、海図端の領域を指定すると隣接する海域の海図に切り替わる。移動できる距離は航続の数値分までであり、これは船の性能や探索担当の航海士の探索値によって反映される。ただし、同時にそれに準じた行動力も消費されるため、要求されるポイントが不足している場合は移動することができない。航海中はランダムで洋上イベントが発生する。内容は、資材や行動力などのアイテム取得、海賊や他国船との遭遇、嵐や藻などの自然災害によるトラブルがある。特にトラブルは様々な種類があり、主に船の性能や食料などにダメージを受けてしまうが、発生の際に時限選択肢が表示され、時間内に正しい回答を選ぶと、被害を最小限に抑えられる。なお、航路設定時にトラブル回避用のアイテムを装備することで被害を回避できるが、大嵐、猛暑、流氷、サルガッソーなど効果半減もしくは対処する手段がない災害もある。艦隊.艦船.艦船は「探検」「戦闘」「交易」向きに大別され、それぞれ性能にかなりの偏りがある。概ね「戦闘」は戦闘力と耐久力が高いが搭載量が低く、「交易」はその逆。「探検」はその中間であるが、航続距離が長く、積載できる食料が多くなっている。また、耐波性が◎、○、△、×の四段階であり、×の船(ガレー船などが多い)は、欧州から出た外洋での嵐では自動的に判定失敗となる。プレイヤーは「小型」「中小型」「中型」「大型」の艦船を建造可能。また、特殊性能が発揮されるには各航海士に振り分けられた適応力の合計が特性が定めた数値以上であることが条件となっている。