幹細胞治療の開発において胚性幹細胞(ES細胞)を単離して培養することや、体細胞核移植を用いて幹細胞を作製すること、およびiPS細胞を作製することが論議を呼んできた。この論争は、中絶に関しての扱いや、ヒトのクローンに関連することが多い。さらに、治療に用いる保存臍帯血の取引も物議をかもしてきた。医療用途.研究.神経変性.パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、アルツハイマー病などのような脳変性のモデル動物における幹細胞の効果について研究が行われている。多発性硬化症に関する予備的な研究もなされている。健康な成人の脳は、自己の細胞数を維持するために増殖を続けるか前駆細胞となる神経幹細胞を含む。健康な実験動物の成体では前駆細胞が脳内へ移動し、主に嗅覚のニューロン集団を維持するように機能する。神経障害の成体ラットを用いた実験モデルにおいて、内在性の神経幹細胞の薬理学的な活性化により、神経の保護や、行動の回復が亢進することが報告されている。脳脊髄損傷.脊髄損傷患者においても幹細胞の使用が、臨床的および動物学的に研究されている。心臓.先駆的研究の中には、矛盾が特定され、信用されていないものもある。成体の心筋梗塞ならびに心筋梗塞からではない心不全において、幹細胞療法が安全かつ効果的であると報告されているいくつかの臨床試験の中で、強力な効果が報告されているのは少数のみである。最初の動物実験では顕著な治療効果が示されたが、後のヒトへの臨床試験での治療効果は、統計的に有意ではあるがほんの少しだった。この矛盾の原因としては、患者の年齢、治療のタイミング、患者が過去に心筋梗塞に何度かなっていたことなどがあげられる。これらの障害は、治療の有効性を高める追加の治療によって、または方法を最適化することによって克服することができるかもしれないが、これらもまた議論の余地がある。現在の研究は、細胞調達技術、細胞型、細胞投与のタイミングおよび手順、およびパラメータによって結果が大きく異なり、比較を行うことは非常に困難である。したがって、比較する研究が現在必要とされている。心筋梗塞の治療のための幹細胞療法は、通常、自己の骨髄の幹細胞を使用するが、脂肪由来の幹細胞のような他のタイプの成人幹細胞も使用することができる。回復のメカニズムとしては、次のようなステップが考えられる。: