だが悪いことは続くもので、折から開戦した日露戦争のために行われた軍馬徴発の対象となり、馬車鉄道の動力である馬を全部軍馬として持って行かれてしまうという災難に遭う。中央本線という強大な存在に大打撃を負わされた会社にとってはまさに傷口に塩を塗りつけられたも同然で、ここまで来るとその傷も簡単に癒えるものではなくなりぼろぼろの状態であった。山梨軽便鉄道時代.買収と再度の隆盛.再打撃.だがそのような華々しい時代も、富士身延鉄道(のちの身延線)によって終焉を迎えることになる。富士身延鉄道は富士駅から身延を経由して甲府駅を結ぶことを目的としており、ちょうど当社が全盛を迎えている頃に身延駅まで達し、さらに富士川沿いに路線を伸ばしていた。ここより北に進まれることはすなわち当社にとっては致命傷を意味するものであった。事実、富士身延鉄道の鰍沢より北の免許区間は完全に当社と並行しており、一部には完全に重なってしまう場所もあった。また甲府市周辺にこの頃から中小の乗合自動車が走り出したことも、当社に大きな打撃を与えることとなった。これに対し会社は対抗して乗合自動車事業に乗り出したものの、焼け石に水の状態で、完全に周囲を包囲された格好になってしまう。さらにかつて蒸気化・電化の話を失敗したまま放置していたつけもここに回って来てしまい、有効な解決策を見出せないまま転落の道をたどって行った。終焉.後日談.電車線から取り残された休止区間は、結局廃止許可申請が出されることなく放置された。しかし実際には申請を出さなくとも、休止が電車線として復活させるために行われた処置である以上、電車線化をあきらめた時点で自動的に復活する意思がないということになり、実質的に「廃止」と同等の扱いにするしかなくなる。それにそもそも電車線の計画とは軌間も線路規格も合わない古い馬鉄の線路は早々に撤去され、実態は「廃止」という状態になっていたのだから余計である。