ナビスコカップはグループリーグ敗退。天皇杯は準々決勝でサンフレッチェ広島に敗れた。シーズン終了後に勝矢寿延、エバートン・ノゲイラが退団。ナビスコカップは準決勝でジュビロ磐田に、天皇杯は準決勝でJFLのセレッソ大阪に敗れた。シーズン終了後に早野を解任。ビスコンティ、サパタが退団。シーズン中に鈴木正治、シーズン終了後に山田隆裕が退団。シーズン終了後、デラ・クルスが退任。長年チームで活躍し「ミスターマリノス」と呼ばれた井原に対し、若手の台頭をうけて世代交代を進めたいクラブの意向によりコーチ就任を要請するも固辞され井原は磐田へ移籍。神田らも退団。城がレアル・バリャドリードへ移籍。ナビスコカップ、天皇杯ともに準々決勝で鹿島に敗れる。中村が史上最年少でMVPを受賞。シーズン途中に吉田が大分トリニータへ移籍。シーズン終了後にユーリッチ、マルドナード、エジミウソン、藏川、三浦、柳想鐵らが退団。ナビスコカップは準々決勝で磐田に、天皇杯は準々決勝で鹿島に敗れる。シーズン終了後、マルキーニョスが契約満了で退団。スーパーカップは磐田と対戦してPK戦で敗れる。中澤が日本人DF初のシーズンMVPに輝いた。シーズン中に波戸が柏へ移籍。シーズン終了後に柳想鐵が蔚山現代、安永が柏、佐藤が清水へ移籍。ACLはグループステージ敗退。左伴が社長を退任。後任は斎藤正治。桑原隆が監督就任。クルゼイロECからロニーとロペス、水戸ホーリーホックから小椋祥平、早稲田大学から兵藤慎剛、慶熙大学校から金根煥、帝京高校から浦田延尚、丸岡高校から梅井大輝が加入。ユースから金井貢史、水沼宏太が昇格。シーズン終了後、マルキーニョスが神戸、丁東浩が蔚山現代、田代が千葉、期限付き移籍していた金井が鳥栖、大黒が杭州緑城へ完全移籍。武田が福岡、天野が千葉、比嘉が京都へ期限付き移籍。ACLはグループステージ敗退。エリク・モンバエルツが監督に就任。嘉悦が社長を退任。後任は長谷川亨。ルヴァンカップはグループリーグ敗退。天皇杯は規定により出場せず。ルヴァンカップは準決勝で柏に敗れた。