熊野寮の入寮者の選考は京都大学の副学長が行うことになっているが、規程に反して熊野寮自治会に入退寮選考を一任する状態が続いており、京都大学は熊野寮自治会が京都大学新聞に公表する入退寮者の情報を見ることで入退寮者を確認している。しかし、京都大学がその情報を過去に遡って精査したところ、「京大新聞上で入寮者や退寮者として氏名が挙がっていた者の中に京都大学の在籍歴が見当たらない者が多数いる」等の疑義が生じた。京都大学は熊野寮を「京都大学の学籍を有する者のための福利厚生施設」としており、熊野寮自治会に対して上記の疑義について原因調査等を求めたところ、熊野寮自治会は声明を出して無学籍者が多数居住している事実を次のように認めた。また、熊野寮自治会は京都大学の基本理念の一つである「開かれた大学」の理念を引用したうえで、『熊野寮を閉鎖的な寮とするのではなく、開放的な空間として創り上げてき』た、『熊野寮の存在意義を「学籍を有する者」に限定する発想は、京都大学を学内的な利害に基づく独善的な存在に貶めるもの』と主張している。なお熊野寮から次のようなコメントもある。周辺住民に対する無配慮.それに対して熊野寮は、喧騒を「公益性のある行動」と主張し、さらに、「何が度を越した「迷惑行為」であるか等は寮自治会と地域住民の間の直接の対話によって決められるべき」だとして、京都大学から伝えられる周辺住民の苦情を黙殺した。京都大学は熊野寮自治会に対して、当該事実の有無、当該事実が認められる場合にはその発生経緯および再発防止策を取りまとめて報告することを要求した。また、教育上の指導等の必要から、当該学生の所属部局と氏名等の情報提供を要請した。これに対して熊野寮自治会は、そのような報告は「生命の安寧に関して、全くの逆効果である」と主張し、報告書と情報の提出を拒否した。熊野寮自治会が言うには、大学当局への報告は、熊野寮生にとっては緊急時に救急通報をせず隠蔽する方向にインセンティブを働かせるのだという。警察による強制捜査.熊野寮の一部は、中核派系全学連の関係先のひとつとされ、警察による強制捜査が度々行われている。近年の捜索の一部を以下に記す。副学長の論評.警察の熊野寮への捜索の問題点.主張.