電脳空間に捕らわれ、電脳体となってしまった仲間たちと会話するには、電脳空間と現実世界のチューニングをあわせるためのアイテム「メモリーアイテム」を集める必要がある。メモリーアイテムはオープンゾーンの随所に散りばめられているものを回収する他にも、エネミーを倒した際に確率でドロップするものを入手できる。仲間たちとの会話イベントはストーリーを進める上で必須となるものと、世界観をより深いものとする「サブイベント」に分類される。電脳空間.クエスト.釣り場.スターフォール.夜になるとまれに発生するイベント。倒した神兵・守護神が復活する他、地面に落ちているスターピースを獲得することでスロットが回転し、結果次第で紫コインを入手できる。アナザーストーリーでは強化版のスターフォール+が発生し、ココと強化アイテムを大量入手できるチャンスとなる。難易度.バトルシステム.予兆.ホーミングアタック.対象にターゲットカーソルが表示されているときに自動でホーミングして攻撃する、ソニックの基本技。コンボ技はホーミングアタックからの入力で発動する。ホーミングアタックはエネミーだけでなくスプリングなどのギミックにも行うことができる。ホーミングダッシュ/ホーミングブースト.スキルツリー.スキル.本作では、バトル系の多彩なスキルが用意されている。スキルツリーの解放によって新しい戦法でバトルが楽しめ、それによって手に入れた「スキルピース」で新たなスキルを解放する、という循環で、バトルをすればするほど多彩なバトルアクションが楽しめるようになる。スキルの中にはストーリー進行の中で自動的に解放されるもの存在する。他のゲームモード.一度ストーリーモードクリアした後、以下のゲームモードがメインメニュー画面に追加される。全ての電脳空間ステージを自由に選択し遊ぶことができるモード。タイム記録はメインストーリーと別として記録される。アナザーストーリー「超・完全決戦」.本編の最後の舞台となるウラノス島に、アナザーストーリーへ行く事ができるゲートリングが出現し、通る事でストーリーが始まるが、通ると本編のストーリーへ戻れなくなる。難易度は本編と比較して高くなっている。内容は以下の通り。音楽.三連続積数概要.多重度開かれた皇室