選択できる行動は「こうげき」、「スキル」、「アイテム」、「さくせん」、「ターンをゆずる」の五種類である。「スキル」は「TP(チームワークポイント)」というポイントを使用して各キャラクターの固有技を出すことができる。「アイテム」は所持しているアイテムを使うことができる。アイテムにはさまざまな効果のものがあり、HP(体力)やTP・状態を回復する基本的なものだけでなく、味方の能力をアップさせたり敵にダメージを与えたりすることができるものなども存在する。「さくせん」は主に直接ダメージや回復などに関わらない行動がまとめられている。「隊列切りかえ」「かんさつ」「なにもしない」「にげる」が選択可能。隊列切りかえは三匹のポジションを入れ替えることができる。これにより攻撃を担当させたいキャラクターや敵の攻撃からかばいたいキャラクターなどを任意の位置へ変更することができる。なお、そのラウンドで三匹のうち誰か一匹でも行動を終えているとそのラウンドでは選択できない。かんさつはコマンドを入力することで敵キャラクターの情報を見ることができる。一度かんさつを行った敵は以降のバトルでHP残量が分かるようになるほか、メニューの「せいぶつずかん」からいつでも詳細と三匹それぞれのコメントを確認できるようになる。かんさつ時のコメントは三匹分全て用意されているが、一度でも誰かがかんさつすれば三匹分全て読めるようになっている。「なにもしない」ではその通り攻撃やスキル使用などを一切せずに行動を終了させる。特定のメダルを装備していた場合、これによってHPやTPを回復させることも可能である。「ターンをゆずる」は、各キャラクターの行動回数を別のキャラクターへと譲ることができる。例えば宙に浮いている敵にはリーフとカブの攻撃では届かないが、その場合リーフまたはカブがヴィーにターンを譲ることで無駄を少なくして行動できる。「にげる」はコマンドを入力してバトルから逃げ出すことができる。敵の強さによっては、コマンド入力中に手持ちのベリーが少しずつ失われてしまう。また、失敗すると敵からの攻撃を一方的に受けてしまう。状態異常.