リハーサルではまず曲全体を通して演奏し、その後注意が必要なところをピックアップして繰り返させた。ただし細かく指示することはせず、具体的な演奏法は各演奏者に任せた。演奏中に生じる直感を重視したニキシュは、このようなやり方で楽団員たちの信頼を勝ち得ており、その結果ニキシュのリハーサルにおいて団員たちからの非協力的な態度は一度も見られなかったという。また、団員たちの名前を覚えていたニキシュは、ヴァイオリニスト時代にともに演奏した団員を見かけると声をかけたりした。ニキシュは「オーケストラが熱心に仕事に励めば、そこから卓越した腕が育ってくる。どんな楽員もそれぞれの個性、それぞれの思想を持っている。正しい音を引き出すのに、彼らを個人的に知る必要は全くない。他の職業とおなじで、音楽家の場合、楽器が人間を作る。指揮者はオーケストラ全体をいわば舌先に乗せ、楽員たちの楽器とはまったく別のひびきを出して見せねばならない。そうしてはじめて指揮者は目的を達する。個々の奏者は自分たちのしたいやり方で演奏している。でもまあ一応指揮者の言うこともきいてやろう、と思わせることに指揮法のこつがある」と述べている。卓越した記憶力と即座に物事を把握できる理解力ゆえ、ニキシュは指揮する曲をリハーサルで初めて目にするということもあった。音楽評論家のヴェルナー・エールマンは「彼の場合、実際に音が鳴り響き耳に聞こえるときには、すでにそれが完成された音楽になっていた。あらかじめ下準備をする必要もなかった。総譜から直接、音の全貌が浮かび上がり、同時にそれを頭の中で精緻に描き上げ、陰影を施すことができた。彼には音楽は音であり、音は限りない彩りと明るさ、強度とニュアンスに富んだ鳴り響く実世界の媒体であった」と記している。なお、マックス・レーガーの新作をリハーサルで指揮することになった際、ニキシュは曲を知らないのではないかという疑念を抱いた作曲者レーガーは「まず最後のフーガを練習してほしい」とニキシュに伝えたところ、ニキシュは「それはどこにありますか?」と返答したという。なお、その曲に最終フーガは存在していなかった。作品解釈.