先述の通り、本作はシリーズ中の時系列で最古の時代にあたる(それまで最古の時代とされてきたのは『ふしぎのぼうし』)。作中では、これまで詳しく語られなかった退魔の剣マスターソードと万能の力トライフォースの誕生の経緯や、ゼルダがなぜシリーズ中で「伝説」として扱われるようになったのかが描かれる。ストーリー.空に浮かぶ浮島スカイロフト。そこでは人々がロフトバードと言われる巨大な鳥にまたがり、自由に空を飛んで平和に暮らしていた。このスカイロフトの騎士学校に通う青年リンクは、上級学年への昇進試験を兼ねた「鳥乗りの儀」に参加する。学友のバドとのトラブルもあったが儀式も無事に終了し、優勝したリンクは幼馴染のゼルダからパラショールを貰う。リンクとゼルダは空の散歩を楽しむが、黒い竜巻が突如2人を襲い、ゼルダは竜巻に飲まれ雲海の下へと消えていった。そしてリンクは謎の人物に導かれ、スカイロフトにある女神像の中に入る。そこには石の台座に突き立てられた女神の剣があった。リンクを導いた謎の人物は、この剣の精霊ファイであった。ファイはリンクに女神から授かった使命が、ゼルダを見つけ出す鍵になると告げ、リンクに旅立つ事を促す。そしてリンクは女神の剣を手に、雲の下に広がる大地へと冒険に向かう。登場人物.声の出演は賢プロダクション所属の声優。スカイロフト.騎士学校.草食亜人キュイ族.フロリア湖に住むタツノオトシゴのような外見の亜人族。土竜亜人モグマ族.ゴシップストーン.大地で蝶の舞う特定の箇所においてハープを奏でると出現する岩。話しかけると色々な噂を語り、一部のゴシップストーンは入手しにくい貴重な宝を高値で売る。アイテム.一部のアイテムはスカイロフトのショッピングモールで強化ができる。ポーチアイテム.盾.ハイリアの盾を除き、アイテムと同様に強化が可能。空きビン.メダル.ポーチに入れておくだけで効果が発生するアイテム。所持数拡張.消費セレクトアイテムの所持数が上がるアイテム。複数所持している場合は効果が重複する。ダンジョン.今作では全体的に神殿の階層が少ない。また、他作品とは違い、コンパスがなく、ダンジョンマップを入手した時点で宝箱等が表示される。歴史.開発.