木曽義仲が北陸で平家軍に大勝すると(倶利伽羅峠の戦い)、平宗盛は安徳天皇と三種の神器とともに都を落ち延びる。これにより、義仲は源頼朝より先に上洛を果たすが、田舎者ゆえに後白河法皇と反りがあわず、後白河が頼朝に東山道の支配権を認めると2人は対立する。これを好機と見た頼朝は、御家人たちに義仲追討を命じるが反発に遭い、次第に頼朝と坂東武者たちとのずれが明らかとなる。京で義仲が平知康を破り(法住寺合戦)、後白河を幽閉した頃、鎌倉では千葉常胤を中心とする坂東勢が、頼朝の嫡男・万寿を人質にして頼朝を御所から退去させるという計画を進めていた。この謀反計画を事前に察知した北条義時は、上総広常に協力を頼んで事態を収束させる。だが、頼朝は京から下ってきた文官・大江広元と謀って無実の広常を謀反の首謀者に仕立て上げ、御家人たちの前で見せしめとして殺害、鎌倉を恐怖で支配する。同時期、義時と八重の間には金剛(北条泰時)が誕生する。その後、義仲を討つため先発隊として出陣していた源義経は、兄・源範頼が率いる本軍と協力し、巧みな情報操作を用いて義仲軍を撃破する(宇治川の戦い)。義仲は愛妾・巴御前を逃がした後、今井兼平とともに近江にて討ち取られる。勢いに乗った義経は西へ進み、後白河の協力や鉢伏山からの奇襲によって平家軍との戦いにも勝利する(一ノ谷の戦い)。一方、頼朝は今後の憂いを取り除くため、大姫の許嫁となっていた源義高の殺害を義時に命じる。義時や政子は、義高を慕う大姫のためにも彼を逃がそうと海野幸氏を身代わりとし、家族や御家人たちの協力を得て逃亡を手助けするが失敗。義高の死を知った大姫は心を閉ざし、政子は激怒する。義時は、政子の言葉を重くみた頼朝の命で、義高を討った藤内光澄を処刑。さらに、義高を焚き付けて頼朝を討とうと画策した武田信義の嫡男・一条忠頼を、謀反の罪で粛清する。