バイオマスは通常水を多く含む。燃料として使用する場合は乾燥させる必要があり、そのためのエネルギーや時間、場所が大きなコストとなる。食料とのトレードオフ.可食部を原料とするバイオマス利用は、食料生産と燃料生産とのトレードオフが懸念されている。非可食部のセルロース等を利用すれば食料とのトレードオフは発生しないため、政策的な規制等も含め、今後はそのような方向が模索されることが期待される。各国で食料や飼料用の穀物の生産と競合しない資源的な制約の少ない原材料で製造する第二世代バイオ燃料に関する研究が進められ、セルロース系原料を効率的にエタノール等に変換する研究にも期待がもたれている。また、シロアリの消化器官内の共生菌によるセルロース分解プロセスがバイオマスエタノールの製造に役立つ事が期待され、琉球大学や理化学研究所等で研究が進められる。耕地の確保.現時点では農地の大部分は食糧を確保するために利用されているが、これに加えてバイオマス燃料を収穫するための耕地が必要となれば、さらなる耕地の拡大が求められ、たとえば熱帯雨林の伐採が進む恐れがある。また、耕地の拡大により、世界的に不足が懸念されている水資源が一層枯渇する可能性が指摘されている。森林破壊.不要物を有効利用し燃料とするのではなく、燃料のために森林を伐採しバイオマス発電とする事に対し、非難の声が上がっている。またこの場合森林面積は減少しているためカーボンニュートラルとはならない。加工コスト.[[薪]]・[[ウッドチップ|木材チップ]]などはそのまま燃料として使えるが、[[バイオマス発電]]では発電所の運転の効率化のために[[木質ペレット]]に加工した上で燃焼させている。加工や輸送のためのエネルギーは通常化石燃料が用いられる。悪臭.バイオマスは汚物や発酵処理を扱うことがあり、その処理過程で[[悪臭]]を発する。またバイオマス発電所でエネルギーを取り出す際にも[[騒音]]や悪臭を伴う。京都府・福知山市ではパーム油を燃料とするバイオマス発電所が、稼働後に周辺住民からの苦情が殺到し、最終的に稼働停止となった。外部リンク.[[Category:生態学]][[Category:廃棄物]][[Category:バイオマスエネルギー|*]]おはようワイド・土曜の朝に概要.