また、狭穂彦王と狭穂姫命による叛乱の説話における「もしこの御子を、天皇の御子と思ほしめさば、治めたまふべし」という記述から、狭穂姫命が「この子は天皇の子である」と言わずに「この子が天皇の子と思うなら」という回りくどい言い方をしたのは不自然だとして、狭穂姫命の子である誉津別命は夫の垂仁天皇との子ではなく、実兄の狭穂毘古との子であるという説がある。聖徳太子は欽明天皇の息子である用明天皇と娘である穴穂部間人皇女の間から生まれたと「記紀」共に認めているのだが、聖人として認められている。また、『日本書紀』によると用明天皇の母の堅塩媛は、穴穂部間人皇女の母の小姉君の同母姉にあたり、蘇我稲目の娘であると記す。つまり兄妹であり従兄妹であったということになる。しかしながら、一方で『古事記』は、小姉君を堅塩媛のオバと記している。これについて『捜聖記』(中山市朗と木原浩勝による共著本)においては、堅塩媛が「媛」なのに対し、小姉君が「君」であることから、小姉君は稲目の養女なのではないかと推測しているが、これは推測の域を出ない。なお、聖徳太子の母である穴穂部間人皇女は用明天皇の没後、その皇子である田目皇子と結婚している(『上宮記』による)。これは今で言うところの義理の母子結婚に当たるし、田目皇子は異母兄の子であるため叔母と甥の結婚でもある。豊田有恒は、田目皇子と穴穂部間人皇女の関係は近親相姦ではないとしつつも、聖徳太子からしてみれば耐えられたものではないだろうと論じている。大化の改新が起こり、孝徳天皇は姪の間人皇女を妻とするが、『万葉集』に孝徳天皇が間人皇女に宛てたとする歌の中に、間人と同母兄である中大兄皇子との不倫を示唆しているとも解釈できる歌が収録されている。中西進の『天智伝』は、中大兄皇子が間人皇女のことを女性として見ていたという解釈に基づき書かれている。直接的な証拠はないが、このことで批判されたため中大兄皇子は天皇位になかなか就けなかったのではないかとも言われている。入江曜子は、そもそも間人皇女が皇極天皇によって孝徳天皇と結婚させられたのも、中大兄皇子との恋愛問題が原因だったのではないかと推測する。また、葛城王(後の橘諸兄)の妻の藤原多比能は異父妹とされ、事実ならば同母の兄弟姉妹でも場合によってはタブー視されていなかった可能性もある。