物語は浩二の帰還までのストーリーのベースに、エピソードの大幅な整理をしつつ原作の流れにほぼ忠実に展開されたが、尺の都合により次兄の昭や隆太軍団、雨森などの一部登場人物の省略、中岡英子の描写など中沢の自叙伝からの一部引用が行われた。また、隆太がヤクザを射殺する展開がないため、隆太はヤクザになることなく最後まで登場する。原爆投下時の惨状は原作者である中沢から「アニメ映画版のように凄惨な表現にして欲しい」旨の要望があったが、全国放送でのゴールデンタイムでの放送のため、全年齢の視聴者が鑑賞出来るように配慮され、目を背けない程度の描写に留める形で製作された。本作品では、冒頭とラストには現代の広島平和記念公園を舞台に老年期になった中岡元が登場し、年老いた元が平和公園を訪れ、自らの過去を回想する形で物語が進行していくように表現がなされている。老年期の中岡元が登場するのは原作・映画・アニメを含めて本作品が最初である。記録映画.作品に対する評価.時代考証.時代考証については誤って表現されている箇所がしばしば見られる。批判的意見.批判的意見として以下がある。後半の記述への批判.単行本の出版.「平和学習」.全国各地の小学校・中学校では、夏休みの登校日などに「平和学習教育時間」が設けられているところもあるが、アニメ版「ゲン」はその時に鑑賞する原爆アニメの定番となっていた。特に、「平和教育」の盛んな広島市では、他機関からのフィルムのレンタルによる上映を含めると実に多くの小中学校でゲンが上映されていた。しかし、原爆投下時の熱線や爆風で老人や乳児を含む市民が犠牲となる描写があまりにも残虐なため、トラウマになったという者も多い。そもそも児童にグロテスクな表現を見せることが教育上よいものかとも懸念されており、児童が「平和教育」自体に拒否感を持つに至った事例も報告されている。そのためこのアニメを学校で強制的に鑑賞させることに否定的な意見を持つも多い。現在では描写がよりソフトな「トビウオのぼうやはびょうきです」などの方が好まれる傾向にある(教育現場における「ゲン」の受容に関しては『「はだしのゲン」がいた風景』第五章に詳しい)。閲覧制限問題.松江市教育委員会による閉架措置問題.