日本では儒教は学問(儒学)として受容され、国家統治の経世済民思想や帝王学的な受容をされたため、神道、仏教に比べて、宗教として意識されることは少ない。なお中国では儒教は「名教」「礼教」「孔教」「孔子教」という呼称があり、宗教として認知されることが多い。歴史(〜中世).日本への伝来.飛鳥時代では仏教の普及に熱心であった蘇我氏の台頭もあり、飛鳥京を中心に仏教遺構が数多く建造された。だが、乙巳の変以降の皇室、特に斉明天皇は儒教に深く帰依したと考えられ、亡夫である舒明天皇の御陵を八角墳としたり、多武峰に置いた両槻宮とその関連遺構(酒船石遺跡、飛鳥水落遺跡、狂心の渠など)には儒教と陰陽道の影響が強く顕れている。その後の平安時代初期においては天武天皇が発布した律令制にも儒教の影響が見られ、儒教の思想は官吏養成に応用され、また国家で研究を行う学問として式部省の被官の大学寮において明経道として教授された。しかしながら、日本では科挙制度が取り入れられなかったためか儒教本来の価値が定着せず、学問の主体は、実学的な文章道と、道経色が強い陰陽道に移った。やがて神仏習合が進んで救済に加えて鎮守の意味も獲得した仏教が隆盛となり、空海の『三教指帰』では儒教と道教に対する仏教の優越が主張されている。歴史(近世).江戸時代.以下に林家の学派の主要な師弟関係を示す(太字は林家当主、添字は代数)。その他、儒教と仏教が分離する一方、山崎闇斎によって神儒一致が唱えられ、垂加神道などの儒教神道が生まれた。朱子学を批判的に摂取する貝原益軒なども現れた。日本の儒教の大きな特色として、朱子学や陽明学などの後世の解釈によらず、論語などの経典を直接実証的に研究する聖学(古学)、古義学、古文辞学などの古学が、それぞれ山鹿素行、伊藤仁斎、荻生徂徠によって始められた。江戸時代中期に書かれた葉隠では、当時主流となっていた儒学的武士道を「上方風のつけあがりたる武士道」と批判しており、藩内でも禁書の扱いをうけた。この時代には一定の批判もあったが、安定期が長く続くと封建社会を支える儒教的思想が定着し、幕末ごろには兵学や武士道の実用性が失われた。