このようにささやかに行われていた糞尿輸送であったが、太平洋戦争が勃発すると事態が急変した。徴兵で労働力が不足し、さらに戦況の悪化により日本の物資がじり貧になり始めると、東京都区部などの大都市で屎尿汲み取りや運搬、投棄のためのトラックや船の運行が難しくなり、屎尿の処理が滞った。当時の東京都区部では、庭に穴を掘って埋めるという不衛生極まりない処置をとるところまで追い込まれていた。また名古屋では東京とは違って屎尿の汲み取りや処理自体よりも、従来トラックで行っていた市内から農村部への屎尿輸送がガソリン統制で難しくなったことの方が問題となった。この問題の解決のため名古屋市は名古屋鉄道に糞尿輸送を要請、これを受けて市の委託の形で専用設備・専用貨車による輸送が行われた。関西でも東京ほど大規模ではないが、京阪神急行電鉄が京都市電気局と協力し、京都市内の屎尿を滋賀県の農家向けに運んでいたことがある。これは戦前からの方式によるものであった。終焉.衛生面では、輸送時の屎尿漏れが致命傷となった。貨車が無蓋車を改造したにわか作りの木造車であったため、次第に各部に緩みが生じ、しまいには中身の屎尿が盛大に漏れ出すということが起こり始めた。後述する通り路線によってはかなりの長大編成で運転していたため、末期には沿線にざぶざぶと散水車のごとく屎尿をまき散らしながらの走行となり、踏切待ちの人間など沿線の人間は列車が近づくと見るや大あわてで逃げ出すほどであった。さらに機関車や車掌車にも屎尿がかかり、乗務員の健康衛生の点でも問題のある列車であった。また一部では糞尿輸送用の貨車のすぐ後ろに客車をつないで混合列車として運転するなど、乗車中の旅客をいたずらに不衛生な状態にさらし、万が一事故が起こればけが人がなくとも別の意味で大惨事になりかねない運用も行われていた。これ以後、都市部では浄化槽や下水道の普及が急速に進み、屎尿そのものを汲み出すこと自体がほとんどなくなったため、糞尿輸送は特別な場合以外行われていない。各社の輸送実態.国有鉄道.糞尿輸送を行った事業者は、公式の記録に残る限りでは民営鉄道ばかりで、国有鉄道で行われたという直接的な記録は『日本国有鉄道百年史』をはじめとして公式の記録類の中に見出すことは出来ない。