指定件数.番号の指定・通知・公表.法人番号を指定する権限は、国税庁長官にある。実際の業務は、国税庁本庁の法人番号管理室(長官官房企画課法人番号管理室)が担当している(同室は、本庁の組織ではあるが、千代田区霞が関の財務省庁舎内にはなく、文京区湯島の湯島地方合同庁舎内にある)。各地の国税局・税務署には委任されていない。設立登記に基づく指定でない場合、国税庁は「法人番号の指定に関するお尋ね」に対する回答または「法人番号の指定を受けるための届出書」の内容に基づいて審査し、法人番号指定通知書を発送する。法人番号指定通知書は、国税庁長官の官印は省略されているが、マイクロ文字などの偽造防止措置が施されている。指定した法人番号を変更する手続は法令に規定されていない。ひとたび指定された法人番号は、法人の名称(会社の商号)の変更、法人の主たる事務所(会社の本店)の移転、法人の組織変更(合同会社から株式会社への変更など)などを経ても変わらない。法人格が同一である限り同じ法人番号を使用し続けるのが原則である。法人・団体の解散後に同じ数字が別の法人・団体の法人番号に使い回されることはない。数字の意味.番号の利用.法人番号は、個人番号とは異なり、利用目的の制限はない(民間企業が自社の情報システムで「取引先コード」などとして利用しても構わない)。国税庁の「法人番号公表サイト」では、法人番号、名称(商号)、住所から法人番号が検索でき、公表されているデータの一括ダウンロードもできる。番号の証明方法.法人番号の導入後、金融機関に法人名義の口座を開こうとする際などに、法人番号を証明する書類の提出が求められるようになった。個人番号の場合、個人番号カード(マイナンバーカード)や個人番号入りの「住民票の写し」を提示することにより、番号を容易に証明することができる。これに対し、法人番号については、番号を記録したカードは発行されず、商業登記・法人登記の登記事項証明書や登記事項要約書に番号は記載されない(登記事項証明書・要約書に記載される番号は会社法人等番号である)。この点に関し、国税庁は、法人番号を証明する用途には、以下のいずれかの文書を使用するように案内している。