DCMに存在する微生物の組成は、地理的な場所、季節、深さによって大きく異なる。たとえば保有している補助色素の違いのため、深度によって植物プランクトンの種が変化する。一部の植物プランクトン種は、光の透過が少ない層であっても特定の波長の光から光エネルギーを収集するように適応した補助色素を持っている。光エネルギーの収集を最適化するために、植物プランクトンは特定の深さに移動して、さまざまな波長の可視光にアクセスする。海洋.地中海の海域を対象とした研究では、北西部で存在する最も豊富な植物プランクトンは円石藻、鞭毛虫、渦鞭毛虫である。南東部でも構成種は同様で、円石藻や単細胞生物(ナノプランクトンとピコプランクトン)がDCMの植物プランクトン群集の大部分を占めていることが報告されている。インド洋を対象とした研究では、DCMに存在する最も豊富な微生物は原核緑藻などのシアノバクテリアや、円石藻、渦鞭毛藻、珪藻であると報告されている。北海では、渦鞭毛藻が密度躍層以下のDCMに存在する主要な植物プランクトン種である。そして、DCMのより浅い部分(密度躍層の上)からは渦鞭毛藻とより小さなナノ鞭毛虫が検出されている。湖沼.スペリオル湖.タホ湖.北パタゴニアのアンデス地域の湖.大きな深い湖のDCM領域では、混合栄養繊毛虫が優勢であることが報告されている。この生物の光合成能力は内部共生藻クロレラに由来しており、特に劣悪な光条件環境においてより優位になることができる。また、この繊毛虫は不足する栄養素を捕食栄養により外部から獲得することもできる。浅い湖では、おそらく植物プランクトンとの競争や水の乱流の強さのために、がほとんど存在しない。生態学的意味.