連合会議代表.また国務委員会すなわち連合会議が会期中に行政府として機能する組織の設定も提案した。駐フランス公使.国務長官.ジェファソンはフランスに対する共感に固執し、フランス軍が海外で成功し国内で元気付けられることを期待した。フランスがヨーロッパの戦場で失敗することは、「わが国の君主制支持者を途方もなく元気付け、政府運営の基調に疑いなく影響する。実際にこの夏がフランスにとって悲惨な結果になれば、私が多くの改革を期待している新しいアメリカ合衆国議会における共和制推進の活力を落とすことになるだろう」と恐れていた。公職を離れて.自宅を新築し、後にアメリカの住居としては唯一世界遺産に登録されている。また、ひたすら農業に従事し研究もした。現在、ホワイトハウスの農場には、この地の種子がまかれている。大統領職後.大学の父.ジェファーソンはバージニア大学敷地の建築設計に携わったと広く認められている。それは新しい共和国で州が提供する教育と農業民主主義という強い願望を強烈に表明する革新的なデザインになった。学びのための特化された施設を創設するというその教育に関する概念は、自身が「学際村」と呼んだキャンパス配置計画に具体的に現されている。個々の学術施設は芝生のある中庭に面したパビリオンによって視覚的に特徴ある形に現され、各パビリオンには教室、教員室および住宅を収容している。個々の建物は特徴あるが視覚的な重要性では平等であり、学生の宿泊設備の前面ファサードになっている屋外アーケードで繋がれている。背面には庭園や菜園があり、蛇行した壁で囲まれ農本的生活様式の重要性を主張している。ジェファーソンが特に注文した配置計画はザ・ローンと名付けた中央の矩形の中庭を取り囲む建物群の調和であり、その中庭の端は教室とそれを繋ぐアーケードで仕切られている。中庭の一端はテーブル上座にあたる場所で、知識の宝庫である図書館で仕切られている。図書館の反対側は将来の拡張のために開放されたままだった。芝生は一連の階段つきテラスの所でせりあがり、他の部分よりは数フィート高くなっている。頂点として最も目立つ場所にある図書館まで立ち上がっている。一方でこの学際村が将来への容易な動きを与えることも示唆している。