佐賀藩初代藩主鍋島勝茂は、領内の統治構造の改革に着手し、鍋島氏による支配体制の強化を図る。旧主龍造寺氏一族の勢力の抑制、藩主直轄領(蔵入地)の再編、隆信時代に膨張した家臣団の整理、地方知行制の見直しの諸改革を進めた。その中で、石井氏も例外ではなく、代々支配してきた佐嘉郡与賀郷飯盛村一帯については、佐賀城の南西近くに位置することから、勝茂が召し上げて蔵入地とし、石井氏には改めて蔵入地の佐嘉郡川副郷の一部を割いて鹿江村を中心に代替地として与えた。この川副郷への転封も、藩主外戚であるが故の例外的措置で、勝茂は、石井氏の諸将を御前に召し出し、「当地は海辺防衛の軍事上の重要拠点であり、かつ、龍造寺隆信公、鍋島清房公が筑後国から帰還した由緒の土地である」ために、特に石井氏に与えられたと伝えている。島原の乱では、石井正之と石井正能が、石井孝成率いる石井寄合衆から離れて遊撃任務に就き、早駆けして敵陣一番槍の快挙を成し、佐賀藩の名誉を高めた。石井氏は、藩内ではとくに奉行や代官といった行政事務のほか、藩主家の家政職に就くことも多かった。幕末・明治.主要家系.特徴.石井五家は、当初、各家各戸に嫡庶の差が殆どない特異な展開となっていた。家系の嫡庶や経済力の強弱による主従関係ではなく、血縁による連帯関係で武士団が形成された。一方、分家筋が功労により大身となり、上層家臣に進出し、一族の指導的立場を世襲しており、嫡庶に関わらず、実力主義が一族内で共有されていたことが窺える。この現象は、戦国時代に遡ってみられ、すでに龍造寺隆信の時代に、石井兄弟の長兄忠清の没後、一族の惣領は、隆信の意向で、忠清の嫡男常延ではなく、忠清の甥で、石井四男家(駿河守家)の石井蔵人が任ぜられ(『北肥戦誌』)、戦国時代、一族の指導者は家系よりも人物が重視されていた。その後も、蔵人の娘婿にあたる石井重次(石井嫡男家の分家伊予守家当主)、孫婿の石井茂成(石井嫡男家の分家又左衛門家初代当主)が惣領の役割を担っている。そのため、一門を代表して文武の実務を取り仕切る者を惣領とし、嫡流家当主は、宗家として、陽泰院の実家であることも相まって一門の象徴的中心としてのみ機能した。