グールドは多くの形質が副産物だと主張し、適応主義は適応でないものも適応だと考える恐れがあり「危険なうえに誤りだ」と述べた。そのたとえに挙げたのは扁桃腺である。扁桃腺はしばしば感染症によって摘出される。コスミデスは、「より危険なのは、機能仮説が考慮されないことだ」と述べ、扁桃腺の欠如が長期的に患者に与える影響を調べるには扁桃腺がどのような機能を持っているかを調査せねばならず、それはまさしく適応主義だと考えている。遺伝子選択批判と多元主義.人間社会生物学と進化心理学批判.グールドは自らを環境決定論者ではなく、遺伝子可能性論、生物学的潜在性論者と名乗った。「人間の特定の社会行動が遺伝的にコントロールされている直接の証拠は何かあるだろうか」「行動上の特定の性向に対して特定の遺伝子が対応するという遺伝的決定論の考え方に対して、何者にも対してもあらかじめ固定的に向けられてはいないのである」人間のはかり間違い.その他の論争.ジョン・メイナード=スミスは恐らくグールドのもっとも強力な反対者の一人である。彼は常に批判的であったわけではない。パンダの親指の書評では「彼は時々私を激怒させるが...素晴らしい作品を書くことを楽しみにしている」と述べた。しかし後年は態度を変え、デネットの書評で「私が話し合った進化学者は彼の考えを混乱していて論じる価値がないと考える傾向があり...グールドは非生物学者に進化理論の現状について誤った絵を見せている」と批判した。マイケル・ルースはグールドが学術誌での論戦を避け、一般向けエッセイで自説を強調しすぎたことがメイナード=スミスのいらだちの原因だったのではないかと考えている。またルースは、グールドが決して過ちを認めず、過去の発言を批判されると自分はそのような事は言っていないと応じていたと指摘している。