当時、国土交通省が設定する航空法関連規程では、TCAS作動時の管制指示逸脱が認められていたが、TCASと管制指示が相反した場合の優先順位について規定されていなかった。一方、日本航空が設定した社内マニュアルでは、TCASのRAが発生した場合、機長が危険と判断した場合を除いてRAに従う旨が定められていた。また、国際民間航空条約では、RAの指示と逆の回避飛行は、脅威機との垂直間隔を縮めることになるので必ず避けなければならない旨が定められていたほか、アメリカやヨーロッパでも、かかる場合はRAに従うべき旨が明確に定められていた。さらに、TCASは操縦士に向けて発出される安全装置であるため、TCASの指示内容はおろか、TCASが指示されていること自体、地上の管制官には伝達されない。そのため、管制官にとって、自身の管制指示がRAと相反していることを認識することは、操縦士からの通報がない限り不可能である。一方の機は管制官の言い間違いの指示に従い、他方の機はRAの指示に従うという本事故の状況に照らせば、RAという安全装置があったにもかかわらず、優先順位が明確に定められていなかったことは、制度上の重大な不備であったといえる。事故後の対応・活かされなかった教訓.事故後、運航規定の改訂を行い、TCASの作動状況が管制側のレーダースクリーンに表示できるシステムの開発と管制官の教育訓練の強化などが実施された。また管制官の指示とTCASの指示が矛盾した場合には、TCASに従うことが明文化された。刑事裁判.裁判の経過.裁判においては、主として以下の点について争われた。さらに櫻井裁判官は、本件のようなミスについて刑事責任を問うことになると、刑事責任の追及を恐れてミスを隠蔽するという萎縮効果が生じ、システム全体の安全性の向上を妨げうるとする指摘について、かかる指摘は今後検討すべき重要な問題となりうる旨を付言した。一方宮川光治裁判長は、補足意見において、かかる指摘は政策論・立法論の観点からして、国民常識にかなわず不相当であると述べた。宮川裁判長は、本事故について、「そもそも、被告人両名が航空管制官として緊張感をもって、意識を集中して仕事をしていれば、起こり得なかった事態である」とも断じている。裁判所の判断に対する批評.マスコミ.