小林は学生に範を示す意を持って会長を辞任したが実質的な解任であった。『ゴー宣』と『脱正義論』で自省と「運動の正義」への批判を行い、薬害エイズ運動を沈静化させる道を選んだ。「学生は運動をやめて日常に復帰せよ!」と、運動家に乗っ取られた薬害エイズ運動を批判した小林を、ボランティアの学生達、弁護士らは激しく抗議した。団体の広報誌では、小林よしのり批判の方が薬害エイズ批判よりも多くなってしまう状態となった反面、『ゴー宣』読者からは驚きと好意的な反応が帰ってきていた。小林はこの後、読者には「良き観客でいろ」と言い、その後の様々な活動でも読者に一定の距離を保つことを求め続け、現在に至っている。従軍慰安婦問題から「新しい歴史教科書をつくる会」へ.これをきっかけに左派や人権派の激しい批判を受ける。自虐史観に対して憂えていた人達からは熱狂的支持を受け、小林の反権力的意見に共感していた一部の読者は、これを機に離れていった。当初のつくる会は、藤岡の司馬史観で進んでいて、大東亜戦争肯定論を語る知識人を呼ばない戦略を立てていた。しかし小林は「戦争論」執筆の際には司馬史観を飛び越え「大東亜戦争肯定論」を描いた。『論』シリーズ・近代史論.『戦争論』を皮切りに、近代史から現代に至るまでの様々な問題・疑問・イデオロギーなどについて主張を展開した。『新・ゴーマニズム宣言SPECIAL戦争論』シリーズ.『新ゴーマニズム宣言SPECIAL台湾論』.『新ゴーマニズム宣言SPECIAL沖縄論』.『新ゴーマニズム宣言SPECIAL靖国論』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL天皇論』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL昭和天皇論』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL新天皇論』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL国防論』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL反TPP論』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL脱原発論』.但し小林自身は、脱原発集会に参加した事は一切ない“書斎派”。『女性天皇の時代』.『ゴーマニズム宣言SPECIAL大東亜論』.『SAPIO』連載作品。これにより、一時的に「ゴーマニズム宣言」本篇は休載状態となり、定期連載は「小林よしのりライジング」の活字版「ゴーマニズム宣言」のみになる。頭山満などのアジアの自立に力を尽くした志士の人生や人柄を描く。