「世界で唯一ISを使える男」である一夏は、彼以外が全員女子のIS学園生徒たちにとっては興味の的。さまざまな出会いや再会を通し、一夏の前途多難な日常と、ISを巡る戦いの日々が始まる。登場人物.※「声」はアニメ版での声優を表し、特筆することがない限りオリジナル(日本語版)、英語版の順に記述している。IS学園.IS.宇宙空間での活動を想定し、開発されたマルチフォーム・スーツ。開発当初は注目されなかったが、束が引き起こした「白騎士事件」によって従来の兵器を凌駕する圧倒的な性能が世界中に知れ渡ることとなり、宇宙進出よりも飛行パワード・スーツとして軍事転用が始まり、各国の抑止力の要がISに移っていった。ISはその攻撃力、防御力、機動力は非常に高い究極の機動兵器で特に防御機能は突出して優れており、シールドエネルギーによるバリアーや「絶対防御」などによってあらゆる攻撃に対処できる(ただし、それでも万が一のため、搭乗者の生体維持機能もある)。核となるコアが特徴。肩、腰、胸、腹部、アーム、レッグに装甲が装着される。また、空を飛ぶことができるようになり、背中には「カスタム・ウィング」と呼ばれる飛行用の翼が付けられる。前述のシールドエネルギーの存在から余計な装甲が必要ないため、搭乗者の姿がほぼ丸見えな形状だが、身体全体を覆う全身装甲(フルスキン)が存在する。ISには武器を量子化させて保存できる特殊なデータ領域があり、操縦者の意志で自由に保存してある武器を呼び出すことができる。ただし、全ての機体で量子変換容量によって装備には制限がかかっている。ハイパーセンサーの採用によって、コンピューターよりも早く思考と判断ができ、実行へと移せる。ISは自己進化を設定されていて、戦闘経験を含む全ての経験を蓄積することで、IS自らが自身の形状や性能を大きく変化させる「形態移行」を行い、より進化した状態になる。第三形態までが確認されている。コアの深層には独自の意識があるとされていて、操縦時間に比例してIS自身が操縦者の特性を理解し、操縦者がよりISの性能を引き出せるようになる。