天文年間ともなると、京兆家は家督争いで大きく影響力を落としており、また幕府職制も有名無実のものとなっている。庄氏の権勢を支えたのは、一門衆と彼らに繋がる人脈であろうか。また吉備津神社社務を司り、これにより国内への影響力を行使しているようである。「中国兵乱記」によると、松山城の庄高資や斉田城(佐井田城)の植木秀長らは、本領安堵を条件に降伏し宇喜多氏の幕下となった。また尼子氏の遺臣山中幸盛は織田信長の後援を受けると、伯耆・出雲の毛利属城を攻め落とし、遂に月山富田城を囲んだ。さらには大友氏に支援された大内氏再興軍が、周防へ上陸し山口攻撃を開始するに至り、毛利氏は背腹の敵に苦しむことになった。この状況の打開に、元就は大友氏との講和を図り九州から兵を引き上げると毛利元清(穂井田元清)を備中へ向かわせた。元清は後月・小田・浅口の備中南西部を回復し、諸兵を従えて植木秀長が立て籠もる斉田城を攻めたが、包囲戦となるうち宇喜多直家の援軍と合戦となり、穂井田実近は戦死、三村家親の子・元親も深手を負い、元清は退却した。備中と備前の間では、一進一退の抗争を繰り返していたが、将軍足利義昭、織田信長の命令に応じ和睦し、つかの間の平和を得る。室町幕府の終焉.浦上宗景は信長にその地位を保全されていたが、主家と対立を深めた宇喜多直家は、毛利氏に講和を求めると宗景に反旗を翻した。信長は浦上家中の内紛として、毛利氏に仲介を期待したようでもあるが、毛利氏は積極的に直家を支援した。この状況に宇喜多氏に遺恨のある三村元親は、織田氏の勧誘を受け、結果的に同盟者の入れ替わりが生じた。そして浦上政宗の孫・浦上久松丸を擁立した宇喜多直家は、勢いに乗じて浦上宗景を天神山城から播磨へ放逐し、事実上の下克上を行った。この後備中国では、高梁川を境に東を宇喜多領とし、西を毛利領としたのである。尼子・宇喜多側として没落の憂き目にあった庄氏一門であったが、備中兵乱では毛利氏の協力者としてなんとか復権を果たし、庄勝資は高釣部城を、植木秀資は斉田(佐井田)城を領したのであった。後年に作成された家譜等ではこの年に毛利元清が、穂井田元祐(庄元資)の養子となり、穂井田元清と名乗ったとされるが、元清自身の書状によれば、在城した猿掛城のあった穂田郷という在名から穂田(穂井田)を名字としたと述べ、庄氏との関係を否定している。