映画の主な舞台である関東一家のアジト「新橋の廃ビル」は、内部のシーンは太秦の東映撮影所で撮影された。ビルの外側の撮影は琵琶湖湖畔のオープンセットで撮影され、芦田伸介演じる彫師が乗る船は、実際に琵琶湖に浮かべて撮影された。また、冒頭のせんたちがGHQの検挙から線路上を走って逃げる場面は、JRの車両基地を使って撮影された。上記のマッハの大怪我があったばかりなのに、浅田せん(かたせ梨乃)ときたがわ澄子(お澄・名取裕子)の互いの腕をロープで繋ぎタイマンのデスマッチをするシーンで、入念なリハーサルの後、五社が「おい、ドスを本物に取り替えろ」と指示した。棒切れで闘う名取は「刺される!」とド緊張し、何とか大事なく撮影を終えたが全員グッタリした。ただし、このドスについて当時若手プロデューサーだった天野和人は、「さすがにそれはないと思う。現場でもそんな話はありませんでした」と回想している。また、五社巴は「流石に偽物のナイフだと思います。サービス精神が旺盛な父は話を大きくしがちでしたし」と否定しているが、「思う」と言っており実際はどうだったかは不明。当初の台本では、長谷演じる“ジープのみの”の異名の通り、彼女がジープの米兵相手に争うシーンなど出番が他にもあった。しかし、長谷は当時東京でドラマ『太陽にほえろ!』の撮影を掛け持ちしており、本人は「『肉体の門』の他の女優さんたちに比べて役への没入が足らないと思われたらしく、いつの間にかそれらのシーン自体なくなってしまいました」と回想している。せんとお澄がジルバを踊るシーンでは、かたせと名取がお互いに見せ場の一つになると考えた。このため、2人は撮影の合間を縫って撮影所にある大きな鏡張りの部屋で特訓してから撮影に臨んだ。根津甚八演じる袴田と、西川峰子演じる町子との濡れ場でテーブルが倒れるが、これはテーブルの脚に繋いだロープを見えない状態でスタッフが引っ張って倒している。お澄が米兵から銃撃を受けて川に沈んで最期を迎えるシーンでは、名取が衣装の下にウエットスーツを着た状態で冬の琵琶湖に入っている。本作の終盤で死ぬ前のせんが白いドレスを着て印象的なシーンを演じているが、天野によると「あれは五社監督なりの死に装束だと思います」と語っている。