土壌と水質に及ぶ影響は間接的で複雑であり、その後の自然、生態学的、社会経済的条件への影響は入り組んでいる。全てではないが幾つかの例として浸食や土壌塩害が起こりうる。しかし、灌漑は土壌排水と一緒に使用されることで、土壌から過剰な塩分を浸出させて塩害を克服することも可能である。灌漑はまた掘抜きの井戸による地下水汲み上げで実施することも可能であり、水文学的な結果として灌漑は水位を下げることが判明している。その影響として化石水、地盤沈下、塩水くさびなどが生じる場合もある。灌漑事業は大きな便益をもたらしうるが、悪い影響が看過されていることも多い。高出力の送水ポンプ、ダム、パイプラインなどの農業灌漑技術は、帯水層、湖、川といった淡水資源を大規模に枯渇させる原因となっている。この大がかりな淡水転用の結果として、湖、川、沢が干上がり、周囲の生態系に深刻な変化や歪みが生じて、多くの水生種が絶滅する要因になっている。農地損失.世界平均の土壌侵食率は高いとされ、従来耕作地の侵食率は土壌生産率の推定値よりも桁が通常ひとつ多いと考えられている。畜産.生態系への影響.環境破壊.生息地分断化.生息地分断化は生息地の損失につながる大規模な生息地の減少である。生息地分断化および損失が世界じゅうの生物多様性の喪失や生態系の劣化の主な原因だと考えられている。人類の行動は生息地の連続性や質を変化させる生息地分断化および損失に大きな原因となっており、生息地分断化の結末を理解することが生物多様性の保全および生態系の機能強化にとって重要である。農業用の植物は繁殖を受粉に依存しており、人間にとって重要な食事である野菜や果物も受粉が頼りである。生息地の破壊がある時は常に、受粉が減って収穫量も減少する。植物の中には種子の飛散を動物の食餌行為に依存するものがある。そのため、動物の生息地破壊はそれらに依存する全ての植物種に深刻な影響を与える。大量絶滅.生物多様性の減少.生態系のコミュニティから動物が失われることを生物減少という。植物の生物多様性が減少すると、残っている植物の生産性が低下し始める。結果として、生物多様性の喪失は世界中の生態系の生産性に対する脅威であり続け、これが自然の生態系機能に多大な影響を及ぼす。侵入種.サンゴ礁の死滅.