義春の地位の上昇のみならず、義材自身の権威の上昇も相まって政元を追い詰めていった。義材はもともと将軍になれる立場ではなかったが、義尚の死で思いがけず将軍になったため、将軍直臣や大名たちとの結びつきが薄く、周囲の人々にその器量を示す必要があった。それこそ、義材が政元の反対を押し切ってでも戦い続けなければならない理由でもあった。そして、義材は最前線でその武勇を示し、義尚がなしえなかった六角征伐を成功、さらには河内征伐をも成功させようとして、その権威を上昇させた。その権威の上昇に伴い、天下の政治は義材を中心に回りつつあった一方、政元は周囲から孤立を深めていったことは想像に難くない。そして、義材が政元を冷遇し、政長や義春に接近していったのであるから、政元がいずれ義材や政長といった与力大名らに自分が討たれるという恐怖に駆られたとしても不思議でなく、それが政元を将軍廃立の蜂起に駆り立てた直接的な理由であったとも指摘されている。大名らが六角征伐と河内征伐に参加した理由は、将軍に忠誠心を見せることができたことや、自身が危機に陥った時に将軍の名の下で諸大名からなる大軍の加勢が期待できたからであった。六角征伐の際、斯波義寛は応仁の乱で朝倉氏に奪われた越前の奪還を要請しており、義材はこれに応じ、河内征伐の後は自ら越前征伐を実行しようとしていたといわれる。実際、義材が越前征伐の大号令を掛ければ、諸大名が動員され、朝倉氏が滅ぼされる可能性も十分にあった。影響とその後.この政変で政元は幕政を掌握したが、奉公衆などの軍事的基盤が崩壊し、傀儡化した将軍権力は以後、政元をはじめ細川氏の権力により支えられる事となる。ただし、以後も幕府権力は存続していたとする見方もあり、伊勢貞宗は日野富子の意向で将軍義澄の後見役を務め、度々政元の行動を抑止している。また、政元の命を受け政変を主導していた政元家臣の京兆家内衆である丹波守護代の上原元秀が急死、京兆家内で政変に消極的な家臣が多数を占めるようになると、京兆家はなるべく幕府の意向を容認、前将軍義材派の巻き返しを用心する方向に切り替えたため、政変後の幕府と京兆家は協調関係に入っていたのではないかとする意見もある。