粘土、砂、土を遺跡の外または地表に吸い上げるエアリフトはまだ使用されていましたが、遺跡内を荒らす可能性があるため、より慎重な使用が求められた。現場に何層にもわたり堆積した地層は、発見された遺物の年代を特定するために使用するため、適切に記録する必要があった。遺物の欠片の様々な種類の付着物や化合物の残滓は、それが何かを特定する重要な手がかりであり、細心の注意を払って取り扱う必要があった。出土品.楽器.航海用具.医務室.医療機器のほか、外科医も所属する床屋名誉組合会員が着用するビロードのコイフ(頭巾)など船医の私物も発見されている。保存処理.「メアリー・ローズ」の船体とその遺物の保存方法は、プロジェクト開始当初から重要な課題だった。多くの遺物、特に海底の泥に埋もれていた物は形状こそ良好に保存されていたが、長期間水中環境に置かれていたため、外気に触れた途端に劣化してしまう物が多かった。考古学者と保存修復家が連携して遺物の劣化を防ぐ必要があった。回収された出土品は通常環境下での展示を可能にする保存処理を受けるまでの間、劣化を防ぐため密閉された保存容器に厳重に保管された。保存容器は、出土品の素材によって別々の物が用意された。最も多かった木製品は、湿気を保つためにポリエチレンの袋に密封して保存された。大型の木材やその他の物体は、水を張った水槽に保管された。木材を劣化させる菌類や微生物の増殖は、低温貯蔵や化学薬品、そして大型の物体の場合は木材を分解する生物を食べるが木材は食べない属の巻貝を水槽内に放すなど、さまざまな方法で管理された。皮革・繊維製品も同様に、水槽または密封されたプラスチック容器内に湿らせた状態で保存された。骨や象牙製品、ガラス、陶器、石製品は塩の結晶による損傷を防ぐために脱塩処理が施された。鉄や銅および銅の合金で出来た物は、酸化および表面に浸透した塩分との反応を防ぐためセスキ炭酸ナトリウム溶液で湿らせた状態で保存された。鉛と錫の合金は大気中でも安定しているため特別な処理は必要なかった。銀製品と金製品には特別な保存容器は必要なかった。展示.神戸市立駒ケ林小学校概要.列車位置検知技術概要.信号保安.