豊富な水量と高落差を有し、未開発の水力資源が多く残存する木曽川水系の水利権帰属は、北陸地方の河川と同様に大いに揉めた。最終的に公益事業委員会の裁定によって木曽川本流については関西電力、長良川・揖斐川そして飛騨川については中部電力が水利権を継承することで決定し、以降飛騨川の水力発電所とダム、そして発電用水利権の一切は中部電力が所有することになり現在に至る。流域一貫開発へ.河川総合開発への参加.計画完了へ.発電・送電施設.発電所一覧.送電.飛騨川流域一貫開発計画で建設された水力発電所で生み出された電力は、幾つかの高圧送電線を経由して名古屋市、長野県方面、北陸地方に送電されている。バス事故とダム操作.補償.飛騨川流域一貫開発計画において建設された発電所やダムは多数に上るが、建設に伴う地元住民との補償問題の解決は避けて通れない課題であった。ダム建設によって故郷が水没する住民への一般補償、漁業が盛んな飛騨川の漁業補償、発電所の取水と灌漑用水取水との整合性が問題となった農業補償など、幾つもの補償案件が山積しており、その解決には相応の努力が必要であった。計画進行による住民の犠牲は、こうした大規模河川開発における最大の問題となっている。一般・公共補償.漁業補償.飛騨川は流域のほとんどを山地で占めているが、植生は良好で水源涵養(かんよう)も保持されていた。これが水生昆虫や藻類の繁殖を促し、さらに魚類が棲息するという好循環を生み出していた。飛騨川や支流の馬瀬川はアユ釣りが特に盛んなほか、イワナ、アマゴ、ウナギ、コイなど豊富な漁業資源を有する河川であった。しかし水力発電所、特にダムを建設することでアユなどの遡上する魚類が深刻な影響を受けるほか、工事中の濁水で河川環境が悪化するなど漁業で生計を立てる関係者にとっては死活問題であり、日本各地のダム開発では漁業権を保有する漁業協同組合との漁業補償交渉が特に困難を極めていた。