非共有相互作用は、同じ分子の別々の部位(タンパク質を折り畳むフォールディングなどで)や、異なる分子間で起こりうるため、分子間力としても論述される。静電相互作用.イオン性相互作用.これらの相互作用は、特定の原子に電荷が局在した状態の分子にも見られる。たとえば、エタノールの共役塩基であるエトキシドにある負電荷は、通常、ナトリウムカチオン(Na+)などのアルカリ金属塩の正電荷と一緒に存在する。水素結合.ハロゲン結合.ハロゲン結合は非共有結合の一種だが、実在する結合の形成や切断は伴わず、水素結合で知られる双極子相互作用に幾分近いところがある。ハロゲン結合では、ハロゲン原子が求電子性または電子求引性の化学種として機能し、求核剤または電子が豊富な化学種と弱い静電相互作用を形成する。ここで相互作用している求核剤は、通常、非常に電気陰性度が高い(酸素、窒素、硫黄など)、または負の形式電荷を持つ負イオン性の化学種である。水素結合では水素原子が求核材として陽性に帯電しているのに比べ、ハロゲン原子は部分的に陽性に帯電している。双極子相互作用.双極子相互作用は、分子内の永久双極子間の静電相互作用である。この相互作用は分子を整列させ、引力を増加させる(ポテンシャルエネルギーを減少させる)傾向がある。通常、双極子は、酸素、窒素、硫黄、フッ素などの電気陰性原子を含む。分子に双極子基が含まていても、全体としては双極子モーメントが存在しない場合がある。これは、分子に対称性があるため分子内で双極子同士が相殺することで起こる。例として四塩化炭素などがある。個々の原子間の双極子相互作用は通常ゼロである。なぜなら原子自体が永久双極子を持つことはほとんどないからである(原子双極子を参照)。ロンドン分散力.π電子の作用.π–π相互作用.カチオン–π相互作用とアニオン–π相互作用.極性–π相互作用.疎水作用.非共有結合性相互作用の例.薬剤の設計.タンパク質のフォールディングと構造.