海軍反省会によると、永野は戦争不可避という状況下で、苦心しながら作戦指導に当たったとされる。しかし、後に一般公開された海軍反省会による海軍関係者の証言などによると、実際に戦ってみた感想が述べられており、日本軍の兵器の殆どが欠陥品・粗悪品で、明治以来の日本の技術教育は近代化を焦る余り、欧米の技術の模倣で終わってしまっており、欧米列強の基礎技術に裏打ちされた独創性・精密性に溢れる技術力とのレベルの差は歴然としていた上、潤滑油として機能していた明治の元勲たちの亡きあとの明治の欠陥憲法による制度上の問題と明治以来の教育によって生み出されたセクショナリズム化の為、陸海軍を統制出来る役職、あるいは調整できる人材が存在せず、単に海軍という一組織、一軍人の技量だけで大局的な総力戦の勝敗を決するのは困難を極めたという。一方で、永野は万が一に備えて興亜工業大学を創設、日本再建のために優秀な日本の若者を温存するための処置をとっていた。興亜工業大学とその所属学生は、大戦期を通じ(国への奉仕・戦争一辺倒の時代において)他の高等教育機関(大学や軍学校)とはまったく異っており、世俗からは極力隔離され、国家枢要を担う人材、世界文化に貢献する人材を養成するための中枢機関となるよう物心共に特別な配慮がなされていた。現在においても哲学の講義ではカント哲学と西田哲学が重要視されている。ミッドウェー海戦の惨敗について、昭和天皇から「これ(ミッドウェー敗北)により、士気の沮喪を来たさないように注意せよ。なお、今後の作戦は、消極退嬰とならないようにせよ」と注意を受ける。また、この時、山本五十六連合艦隊司令長官から永野修身軍令部総長宛にミッドウェー作戦の敗戦の責任は自らにあるという内容の書簡が送られたが、焼却処分されたという証言がある。東京裁判.米国戦略爆撃調査団が永野に質問を行なった際、その中には、なぜ日本海軍は無差別潜水艦作戦を実施しなかったのかという潜水艦の用兵に関する質問があった。永野は戦争中海軍の軍令の最高責任者を長く務めたにもかかわらず「残念ですが、私は潜水艦については詳しく知りません」と陳述した。