クサヴェラはやむなくドイツに戻り、フランシスコ会の看護学校へ入学した。戦中の要請として、外国語を話せる者に看護学を学ばせることが国策となり、クサヴェラは英語とフランス語を話せたためである。このときに習得した看護学と衛生学の知識が、日本へ渡った後、第二次世界大戦の苦境の中、クサヴェラを救うことになった。札幌での開校.軍国化に伴う日本での苦難.クサヴェラは校長を退任後、英語の教員として務めた。慣れ親しんだ校長室からも離れ、校内では小さな応接室で過ごした。しかし国からの圧力はなおも強さを増し、英語が敵国語として禁止された。日独伊三国同盟が結ばれていたことから、クサヴェラはドイツ語の教員になることを申し出、許可を得た。しかし間もなく、そのドイツ語までが禁止され、一切の外国語の教育すら認められなくなるに至った。そのときクサヴェラが思いついたことは、最初の訪日が阻まれた際に、ドイツで学んだ看護学と衛生学であった。クサヴェラは「空襲に備えて救急手当の方法を教えたい」と申し出て、再び教壇に立つことができた。こうして教科を転々としながらも、クサヴェラは文句も言わず、収容所入りや本国への強制送還に遭わないことをありがたがり、「きっと父兄たちが庇ってくださっているのでしょう」と感謝していた。この時期は藤学園最大の苦悩ともいえる時期であったが、クサヴェラや、クサヴェラの跡を継いで校長に就任した牧野キクの尽力により、校舎の一部を被服の軍需工場にしての勤務奉仕、生徒を授農など勤労動員に駆り出しての協力により、この時代を乗り越えることができた。敗戦後も、札幌市内の休閑地で農作物を栽培するなどして食糧難を凌ぎ、生徒たちを養うことができた。