突然のクローン戦争終戦の後、それに代わってジェダイ狩りが始まった。パルパティーンによる体制転覆と議会召集の混乱に紛れて聖堂に戻ったオビ=ワンはアナキンがシスに寝返り、暗黒卿ダース・ベイダーになっていたという驚愕の事実にショックを受ける。最愛の弟子であり、家族同然のアナキンを取り戻すため皇帝となったパルパティーンを討ち取ると息巻くオビ=ワンだったが、ヨーダは「お前の力では敵わん、相手が強すぎる。」と制止されてしまい非情にも堕落したアナキンの抹殺を言い渡されてしまう。皇帝の暗殺をヨーダに任せると、オビ=ワンはアナキンの動向を探るためアナキンの恋人であると薄々感づいていたパドメに真相を告げ、動転したパドメの宇宙船に忍び込んでアナキンのいるムスタファーに向かった。パドメの乗った宇宙船からオビ=ワンが姿を現したことに憤慨するアナキンはパドメが自身を殺すためにオビワンを連れて来たと誤解。オビ=ワンの行動はアナキンがフォースグリップによって最愛の人であるはずのパドメに危害を加えるという最悪の事態を招いてしまった。全てが絶望的な状況の中、オビ=ワンはヨーダ、ベイル・プレスター・オーガナと今後の方針について協議した後、ヨーダからかつての師クワイ=ガンがフォースの冥界から戻ったと聞かされる。クワイ=ガンは「生き返った」わけではなく死後フォースと一体になりながらも意思を保っており、そのクワイ=ガンの意思と交信できるようになったということである。生まれたばかりのルーク・スカイウォーカーをタトゥイーンのラーズ家に預けると、自身もルークの成長を見守るべくその地で隠遁生活を始めた。その後ほどなくしてムスタファーで倒したアナキンが生きており、サイボーグの暗黒卿ダース・ベイダーと化していたことを知る。やがてルークがベイダーを暗黒面から救い出したのと同時に皇帝を倒して銀河に平和が訪れると、オビ=ワンは霊体となったヨーダ、アナキンと再会を果たすのだった。師弟関係.略歴・各作品での活躍.