松本説には実際にはかなりの例外があり、とくに単音節語ではオ段の甲乙による最小対が見られる。松本はこれらも音韻的対立ではなく、語の自立性の高さによって甲類か乙類かのいずれかが現れるなどとしているが、それでも説明できない例も存在する。森重敏.論争.研究年表.主要な再構音を示すことで、研究がどのように行われてきたのかを簡単に示す。ここに示したものは単純な対照表と要約であり、これらがなぜ、どんな根拠から再構されたのかや、これらの音韻論的立ち位置の詳細についてはそれぞれの研究者に関する記述を参照。主な論点.中古音を用いた推定.大野晋や森博達が中古音を利用して上代特殊仮名遣の音価を推定したことに関してはすでに述べたが、万葉仮名の中国中古音を使った音価の研究は藤堂明保などによってもおこなわれている。オ段甲乙の存否.一方で、松本や森重の異音説には実際にはかなりの例外があり、とくに単音節語ではオ段の甲乙による最小対が見られることが問題になっていた。松本はこれらも音韻的対立ではなく、語の自立性の高さによって甲類か乙類かのいずれかが現れる、あるいは散発的な音韻変化が想定されるなどとしているが、説明できない例が存在することも指摘されている。幾つかの例を挙げると下図のようになる。(過去に指摘されているもののうち、院政期アクセントも含めて最小対をなしているものは特に太字で示した。)衰退とその要因.オ段甲乙の衰退.少なくとも古事記では上代特殊仮名遣がモについても区別されているとするのは有坂秀世・池上禎造以来の定説である。この区別はのちの時代には失われた。衰退の要因.上代特殊仮名遣の対立は徐々に消えていったが、言語変化の要因一般に言えることから過去に研究者に言及されたものとして、以下の理由が挙げられる。一般にある言語について、同じであったり近い意味を持っていたりすると考えられるのに微妙に語形のことなることば(異形態)を比較することで、より古い状態(共時態)がどのようなものであったかを理論的に予想することができる、という考え方が内的再構である。抽象的なことを言っても分かりづらいため、さまざまな先行研究が上代日本語よりも古い共時態について理解しようとして上代日本語の内的再構を行ってきたうち、最も典型的な例を幾つか挙げる: