高杉は即時挙兵に賛同する御楯隊率いる太田市之進、伊藤俊輔率いる力士隊、石川小五郎率いる遊撃隊のみで功山寺にて挙兵し、馬関にある長州本藩の会所を占領する計画を建てる。挙兵に際して自らを、死を覚悟して義のために戦った赤穂浪士や、初めて清水の舞台から飛び降りた師の覚悟を、挙兵する自らになぞらえていた為と言われている。同日、総督府は吉川に、近日中に戦争回避の条件の確認のための巡見使が長州に入ることを通告した。吉川は、長州内での偶発的な衝突を懸念し、息子を人質とする代わりに巡見使派遣中止を総督府に願い出る。総督府は拒否したが、吉川はなおも食い下がり軍装ではなく平服での巡見を懇請した。総督府は譲歩し、巡見使は平服で長州藩領に入る事となった。しかし高杉はあくまで消極的な諸隊幹部の態度に怒り、自らと一緒に立ち上がるよう逆に演説を行った。しかし下級武士である山縣や農工商身分の諸隊幹部たちにとって、毛利家家臣を強調する演説では士気を鼓舞出来ず、決起の賛同者を得ることは出来なかった。説得が不調に終わった後、高杉は功山寺を離れ馬関に赴き、僅かな賛同者と決起の準備を進めた。奇兵隊日記には、高杉は『脱走』したと記された。同日、萩へ正義派復権のために出張していた長府藩家老や清末藩主毛利元純が長府へ帰還した。萩を訪れた支藩藩主たちは、藩主父子を握った俗論派から、長州本藩の命として五卿九州行と諸隊恭順の為に働くよう逆に言い渡されていた。帰還した支藩藩主らは、藩政府の命により、諸隊へ萩藩政府への恭順と五卿の九州行きを説くようになる。またこの頃より五卿も諸隊に対し、内訌戦を回避するため俗論派へ恭順するよう諭すようになる。頼みの綱とした長府・清末両藩が陥落した為か、太田市之進と彼の率いる御楯隊が、直前になって高杉の決起から脱落した。高杉は大いに怒り太田を斬ると言い、太田も一時切腹を考えたが野村靖が仲介に入って和解した。このように決起直前、高杉と諸隊は激しく対立した。しかし彼らは不思議と友情を失わなかった。諸隊幹部は高杉らの無謀な挙兵を邪魔することはなく、高杉らは銃器弾薬の準備を整えることが出来た。また高杉から斬ると罵られた太田は剃髪して謝罪し、出陣に際しては酒樽と魚数尾を贈った。