服部幸雄は、宿神である秦河勝の実体は摩多羅神であるという論を展開し、摩多羅神と秦河勝は同一視できると主張した。曽根原理は、玄旨帰命壇で説かれる「一心三観=無である」という論を重視し、摩多羅神を信奉する乗因などのいわゆる「異端派」が、それに反対する霊空などの「正統派(安楽律派)」と対立し、それゆえに摩多羅神が弾圧されたかのように見えたと主張した。しかし実際は、「正統派(安楽律派)」の中で権僧都に昇り執当に任じられた真如院覚深は『摩多羅神私考』の中で「摩多羅神は(崇神天皇紀の大物主神のように)行疫神であり国家守護の神である」と述べている上、寛永寺貫主公弁法親王に重用され大僧正に昇った鶏足山覚深も『摩多羅神行要記』の中で同様の旨を述べており、摩多羅神自体が弾圧されていたという事実は存在しない。なお、真如院の摩多羅神図について、『諸抄記』にとある。資料に見える摩多羅神.月舟寿桂が記した『日本書紀神代巻抄』では、唐土の青龍寺の鎮守である金毘羅権現の父は素戔嗚尊であり、その別名が摩多羅神であると説かれている。『玄旨帰命壇秘録集』には、玄旨帰命壇が摩多羅神を祀る際の手順やその意味が記されている。実俊の『摩多羅神軌儀』によると、摩多羅神は「妙観察智・根本万法」の元の神であるとされ、かつその体は「元品無明」であるとされる。摩多羅神が錦装束や黒冠を着け歌を歌い鼓を打つと、二童子が立ち舞うという。その二童子は、空であり肩に青色の錦を打ち懸け「弊零」を着る「丁禮多」と、仮であり赤色の錦を打ち懸ける「爾子多」であると説明される。二童子は倶に左手に茗荷を持ち「指々利子爾子々利指(理体惣持の梵語)」、右手に竹葉を持ち「蘇々呂蘇蘇爾ソソロ蘇(智慧惣持の梵語)」と歌う。中間にいる摩多羅神が座り鼓を打つのは、「十波羅蜜の鼓」を打ち、「十界を舞」い、「二徳」を施すことを表しているとされる。覚深は他にもと述べている。