「自然は発明家ではなく修繕屋だ」と言われる。新しい配列は全く新しく作り出されるよりも、既存の配列を改良したものの方が多い。ドメインは自然が新しい配列を作る時によく利用する材料で、モジュールと呼ばれる。古細菌、真正細菌、真核生物のどの分類にも共通して現れるドメインもたくさんある。様々なタンパク質で広く見られるドメインには、例えば細胞外の凝固、線維素溶解、補体に関わるようなタンパク質や細胞表面の接着、サイトカイン受容体のタンパク質などがある。タンパク質ファミリー.スーパーフォールド.マルチドメインタンパク質.起源.マルチドメインタンパク質は、新しい機能を作るように進化的な選択圧がかかって出現したと考えられている。多くのタンパク質が、他のドメインを取り込むことによって共通の祖先から分岐してきた。モジュールは生物内あるいは生物間を次のような遺伝子シャッフリング等によってしばしば転移してきた。拡散.上記のような機構はドメインの拡散を促す。どのようなタンパク質にも受け入れられやすいドメインは広い範囲のタンパク質、生物種の中に見られる。例えば、ABCトランスポータードメインは全ての生物に見られ、最も大きなドメインファミリーを形成している。広い範囲の生物に見られるドメインには他に代謝関連酵素や翻訳に関係するタンパク質がある。複合化の種類.接続.ドメインの挿入.自動フォールディングの単位としてのドメイン.フォールディング.歴史.フォールディングの過程.フォールディングの順番.プロテインフォールドでのドメインの重要性.独立したドメインは内部のドメインよりも速くフォールディングされるということも言われている。またフォールディングの律速段階はフォールドされたドメイン同士を結合させるところだとも言われている。これはドメインが正確にフォールドされないためか、ドメインの表面から水分子を除くなどの小さな調整がエネルギー的な障害になっているからだと考えられる。ドメインと四次構造.四次構造.ドメインスワッピング.