都市船には産業や人口、政権への支持状態等様々なステータスが設定されており、情勢や夜明けの船の行動等によって常に状態を変化させて行く。場合によっては暴動やテロ、外部勢力の介入、不況等によって劇的に人口を減らしてしまうケースもある。また、プレイヤーが一旦ゲームを中断した場合でも再開時には、不在であった現実の時間から計算された一定のゲーム内時間が経過してしまう。この際にも戦闘を含む各種のゲーム進行が起こっているため、不在中に乗員NPCらが死傷したり、船が窮地に陥っているケースもある。戦闘.戦闘が発生すると、戦闘部署についている者は戦闘に参加し、それ以外の非戦闘員は船内待機となる。戦闘結果によっては、船体が損傷したことにより火災が発生したり、隔壁が降りて閉じ込められたりするなどして、非戦闘員でも死亡してしまうこともある。また、戦闘員であっても戦闘参加のためには実際にハンガーで機体に搭乗したりといった手順を踏む必要があり、行動が遅れた(もしくはしなかった)場合でも戦闘はプレイヤー不在のままリアルタイムで進行していく。戦闘は、トポロジーと呼ばれる独特の戦闘システムを取っており、自機と敵機の位置が三角形のグラフで表示される。三角形の形を合わせるように移動コマンドを入力していけば敵に近づき、攻撃を行うことが出来るようになる。RBであれ、夜明けの船であれ、近接攻撃が最も攻撃力が高いが、ある程度の射程を持つ魚雷や、敵の移動を阻害するように機雷を撒く、といった行動もできる。また、艦長等一部の職についている場合は夜明けの船を操作して戦闘に参加することになるが、移動を担当する操舵手や攻撃担当の水雷手等役割が分かれている他、予め魚雷や機雷の装填が必要であるなど、自由に行動するにはチームワークが必要不可欠となっている。敵は一定条件で降伏したり、近接攻撃を用いる事で撃破せず拿捕することも出来る。敵艦を拿捕した場合、臨検として戦闘後に物資を奪うことも可能である。捕虜にした敵兵は、都市船に入港した際に解放することが出来る。物語の開始時点で、夜明けの船は反乱軍として地球軍から狙われており、地球軍との戦いがメインとなるが、情勢の変化によっては異星人勢力などが参戦してくる場合もある。また、自分たちから民間商船を襲撃して、海賊行為を働くことも出来る。登場兵器.シールドシップ.