本作のメインモードとなるストーリーモードも通常の対戦ゲームと異なり、物語性の強いものとなっている。ストーリーモードでは、コスモス側のキャラクターごとに別々のシナリオが用意され、訪れる場所や出会う仲間や敵、難易度なども異なる。ステージは神が登場人物を動かす「神目線」のイメージで開発されており、チェスの盤面のようにマスで区切られたフィールドを基盤とする。盤上には宝箱やポーションなどが配置されており、キャラクターによって盤面のデザインや構成も異なる。移動は自身のキャラクターの形を模した駒を進める形式で行い、敵の駒と隣接するとエンカウントで戦闘、ボスの駒などが待つ目的地まで到達するとステージクリアとなる。なおカオス側にはストーリーモードはないが、コスモス側のストーリー中でその動向が語られている。真のエンディングに到達するには、全キャラクターのシナリオをクリアする必要がある。その他、本作では対戦の経過をメモリースティックに録画し、さらにその映像を編集することができる。編集ではカメラアングルなども詳細に設定でき、通常戦闘では見られないような角度での再生も可能である。戦闘システム.敵を攻撃すると得られる「EXフォース」と、戦闘ステージに現れる「EXコア」を集めることで、「EXゲージ」と呼ばれる値が溜まっていく。このEXゲージが満たされると「EXモード」が発動可能になり、発動することでキャラクターごとに固有の変身やクラスチェンジなどを行う。変身中は体力が少しずつ回復するほか、能力値の上昇など各キャラクターごとに設定された様々なプラス効果を得られ、外見の印象も大幅に変化する。またEXモード中にHP攻撃をヒットさせると画面上にコマンドが表示され、それを入力することにより強力な超必殺技である「EXバースト」が発動する。EXバーストは各キャラクターごとに固有の技が用意され、原作で馴染みのある特徴的なものが多い。また、「EXバースト」が成功すると同時に「EXモード」は解除される。