サウスウェルの死は、ガーネットにとって大きな痛手であった。ガーネットは後に、イングランド滞在中に抱えていた「耐え難き孤独の重荷」について書いている。火薬陰謀事件.また、「過度な借金を背負い、ほとんど生計を立てることもできない」とも説明される。対照的にガーネットは「神の意思に従うことで物事はよりよい解決に導かれる」という考えを持つ人物であった。著述家のアラン・ヘインズはこの時点でガーネットは煙たがられていたのではないかと指摘している。告解の守秘義務.陰謀の発覚・逮捕・投獄.彼らはまずウスターシャーのホルト城に連れて行かれ、数日後にロンドンに移送された。枢密院による尋問.ガーネットの論文は、嘘をつくことを批難しつつも、例えばカトリック教徒が自分の家に司祭がいるか問われた時、「心に秘めた意味」があれば「良心に従って問題なく」、「いいえ」と答えても良いという考えを支持していた。彼は、カトリック教徒にとって正当となる弁明の機会は限られていると考えていたが、そのような返答は不誠実や欺瞞の一例としてみなされる可能性があった。ましてや、ガーネットが自分の主張を証明するのを見たくなかったであろう枢密院のメンバーたちにとっては尚更のことであった。このように枢密院の見解はガーネットの見解とは大きく異なっており、彼らの目には、それは単なる欺瞞としか映らなかった。結果、彼が話す情報は限定的であった。キャリーという看守の男はワッドに雇われ、ガーネットの信頼を得てゲートハウス監獄にいる甥への手紙を中継することを申し出た。また、キャリーは当局が盗聴を目的として壁に穴が開いた状態の独房にガーネットを入れ、隣の独房にいるオールドコーンと会話できるようにした。結果、当局は2人の神父の会話を詳細に記録することができた。彼らの会話のほとんどは当局にとって無意味なものであったが、ガーネットの「ワインを飲みすぎた」という話は、収監中に記録された他の有罪の証拠と共に、後に彼に不利な証拠と使用された。甥やアン・ヴォークスとの手紙のやり取りも傍受されていた。これら手紙はほとんど目的の相手に届けられたが、セシルに報告していたワッドが事前に検閲していた。裁判.処刑.