一方、日本側の対応は、「遺憾」「不快」「国民感情を逆撫で」などといった表現で日本の国民感情への配慮を求めるという感情論に終始した。日本政府の対応と異なり、広島市の平岡市長は「原爆が戦争終結を早めたというのは、アメリカが自分たちを正当化しているだけ」「あれは必要もないのに敢えて原爆を使った」、長崎市の本島市長は「現在、歴史学者たちの間では、原爆投下は終戦後ソ連に対して有利な立場に立つためだったという考え方が一般的」「特に長崎は対ソ連のPRのためだけに原爆を投下された」とそれぞれの歴史認識をもってアメリカ側の主張に反駁している。日本政府も、アメリカ側の「原爆が戦争終結を早めた」という歴史認識に対して、日本側としての歴史認識を示して抗議し、史実に照らして正面から歴史的検証を行うべきであったという批判も多い。ジャーナリストの前田哲男は「日本政府が『無神経だ』と頭から感情的反発をするのは疑問」であるとし「本当に原爆は必要だったのか、きちんとした歴史的検証のうえに立つべき」と述べ、昭和史研究家の半藤一利は「ヤルタ協定でソ連参戦の密約があるのも知らずに、日本はソ連に対して和平工作を行っていた」ことは「アメリカにも筒抜け」で「日本が本土決戦など本気でやる気がないこと」も「日本の降伏が間近いこと」も「とっくに知っていた」として「原爆を落とす軍事的必要性は皆無だった」「原爆投下を遂行したのは、ソ連に対する政治的駆け引きであるのは間違いないでしょう」としている。作家の上坂冬子にいたっては、「日本は遺憾だとか不快だとか、単に感情をぶつけているだけ」「事実関係をもとに日本としての見解をきちんと述べた上で抗議すべき」などとし、「むしろ一貫して自分たちの見解を貫くアメリカの方が立派」とまで言っている。ただし、お札と切手の博物館の顧問などを務めた切手研究家の植村峻は、「アメリカが戦後政治のイニシアティブを確保するために使用したことも事実であろうが」としつつも、自身の体験から「当時の情勢は『一億総玉砕』『戦争遂行』の声ばかりであり、そんなに容易に敗戦を受け入れる状態ではなかった」のであり、終戦の詔勅や鈴木貫太郎首相の内閣告諭から「『原爆投下は戦争の終結を早めた』のは、まぎれもない『歴史的事実』」として「日本人は、歴史的事実に対してもっと謙虚でなければならない」と説いている。大井和郎略歴.