特発性過眠症に特徴的な脳波、深い睡眠、起床困難、等の症状は睡眠不足と完全に同一であり、脳波解析など客観的な検査で特発性過眠症であるか睡眠不足症候群であるかの鑑別診断ができない。上記は多くの研究で議論され続けてきた診断基準の問題点であるが、現在まで解決策の合意に至っていない。有病率について.現在の特発性過眠症の有病率は不明とされている。歴史.この形態の特発性過眠症のみが本物の特発性過眠症であるという説が様々な研究で支持をされており、特発性過眠症専門研究所からも同様の見解である発表がある。次回の診断基準の改定において反復睡眠潜時検査MSLTの廃止と長期の睡眠時間をモニタリングする必要性が議論されている。ナルコレプシーはオレキシンという脳内物質が原因であった事が明らかになった。特発性過眠症は、眠気や覚醒に問題を引き起こす物質はオレキシン以外に存在する、ヒスタミンが原因である、等の様々な仮説に則り研究が行われてきた疾患である。しかし、ヒスタミンは睡眠不足症候群の研究でも関連性が指摘されており、ヒスタミンと眠気との関連性はナルコレプシーや特発性過眠症という病態であるよりも、健常者の睡眠不足や単純に眠いという状態に起因しているだけの可能性が高い事が指摘されている。又、この疾患は医療関係者に認知が乏しく、診断基準の問題や誤解から、医療関係者から疾患定義に関して多く勘違いを受けている疾患である。医療関係者ですらこの疾患の問題を認識していないことが少なくない。この疾患の診断に必要な検査は高額であり、検査が不必要な患者にこの検査を受けさせることで医療機関に大きな利益となる。他国ではこれらの検査を不必要な患者に受けさせる違法行為で医師が逮捕されており、過去に同様の事件が何度も起きている。つまり、日本の医療制度上でもこの不必要な検査を患者に受けさせることは欧米の制度と同様、医療機関側に大きな利益を生み出す結果となる。従って、医療機関は検査基準に合致しない患者に故意的に問題点を説明せず、この検査やこの疾患の診断を受けることを勧めたがる傾向にある。現在の特発性過眠症の診断基準に関してこれだけ多くの専門研究機関や公的機関から正式発表がある中、これらの問題等について知る人が少ない。