地理的担当官は欧州委員会の担当官と重複しないことになっている。欧州対外行動局はまた、安全保障、戦略的政策立案、法務、連合の機関間関係、広報外交、内部監査、個人情報保護を担当する部局を有している。職員.幹部職.上級代表が往復外交を行い、また特別代表が上級代表に対して直接報告するのに対し、欧州対外行動局の日常的な業務は事務総長が総括的に行う。理事会は事務総長の任務の概要について、以下のように合意している(日本語試訳)欧州対外行動局は上級代表の権限の下で活動する事務総長によって運営がなされるものとする。事務総長は組織や予算の管理など、欧州対外行動局の円滑な機能を確保するために必要なあらゆる手段を講じるものとする。事務総長は連合代表部や本庁のすべての部局との間での効果的な調整を確保するものとする。総局長はそれぞれの部局を運営している。事務総長は合同情勢センターなどの自立的機関、軍事スタッフ、内部セキュリティ部署、内部監査部署、欧州連合のほかの機関との連携を担当する部署の監督も行う。欧州議会では、事務総長の権限が過大である一方で政治的な責任を負っていない、上級代表の補佐に当たるものは政治的な手続きを経て任命されるべきであり、役人であってはならないという懸念を持っている。そのため欧州議会は予算総局長の人選を自らにさせるよう強く求めた。代表部.従来は欧州委員会を代表する外交団として非加盟国や国際機関に置かれた代表部は、欧州連合の大使館として欧州対外行動局のもとにおかれるようになった。代表部は欧州議会議員の訪問の支援を行い、代表部の長は欧州議会での聴聞を受け、また担当する国に関する欧州議会の質問に答えることになっている。欧州連合代表部は国際連合加盟国のほぼすべての国に置かれており、それぞれの代表部の長は上級代表が任命する大使である。予算.欧州議会の監督.欧州議会は欧州対外行動局に対する監督権限を得ることを強く求め、欧州対外行動局が独立した機関であるにもかかわらず、最終案では予算について欧州議会が承認、拒否を決めることとなった。欧州議会はまた在外公館の予算についても図られることになり、その監督権限を強化することとなった。また欧州議会は非公式ながらも、重要国への大使の任命に強くかかわることになり、また欧州対外行動局の重要文書を閲覧する権利を得ている。諜報活動.