実際問題、ラサ島在住者の多くが下痢の症状持ちであった。高野六郎は気候的に暑いことや食料が良くないこと、そして飲料水の不良によって腸障害が発生していると判断した。このラサ島在住者、訪問者の多くが罹患する下痢に島内では「ラサ腸カタル」という名前が付けられていた。その後、雨水貯水タンクの密閉性を高め、タンク内にコイやフナを放してボウフラの発生を抑えるといった措置を講じた。台風の被害と相次ぐ海難.ラサ島では毎年台風などの気象災害が起こり、その対応に追われる事態が続いた。まず荒天が続いて船の来航がストップしてしまい、食糧難に直面したため全島休業して木の芽等の食糧確保を行ったこともあった。そして毎年、台風シーズンになると多くの施設が破壊される事態が繰り返された。例えば島の生命線ともいうべき仮桟橋は、後述するコンクリート製の桟橋が完成するまでの間、数十回破壊されたという。そして台風の被害として深刻だったのが船の遭難が相次いだことであった。鉱石輸送等の目的でラサ島付近を航行していた船舶のうち数隻が台風によって遭難し、多くの死者、行方不明者を出していた。コンクリート桟橋の建設.無線通信所と気象観測所の建設.各施設の台風対策強化.衛生問題と食糧問題.恒藤はかねてから南洋の無人島やフィリピンやボルネオなど熱帯地方の開拓事例を研究しており、水の問題やネズミの大量発生、そして伝染病の流行等が課題となるとの知識を持ち、それなりの対策を講じていた。しかしラサ島で事業を拡大していく中で後述のような問題が相次ぐことになった。ハエ、ネズミ、ゴキブリの大量発生.ハエの大量発生への対応としては、まずハエを取る機器を設置したり、汚物に石灰乳を散布したりするなどの対策を講じてみたが効果が見られなかった。そこで在島者の糞便を毎日海に流しこむ施設を整備したところ、ハエの数は激減していった。腸チフスの蔓延.もともとラサ島にはマラリアは全く無かった。しかし外部からマラリアが持ち込まれる可能性があり、警戒を怠らなかった。実際、沖縄で雇った労働者がマラリアに罹っていた事例はあったものの、島内への持ち込みの事前防止に成功し、ラサ島内でマラリアが流行する事態は起きなかった。