現生哺乳類の下顎骨は歯骨のみで成り立ち、顎関節は歯骨と鱗状骨から成る。古生物学による化石分析によると、爬虫類が顎関節に持つ関節骨および方形骨は、小型化を経て関節機能から外れ、耳小骨へと変化したと考えられている。化石分類上では、この特徴が哺乳類を識別する指標とされてきた。クジラの骨格には退化消失した部位が多い。主に水中生活に適応するため、外見上の頸部を無くし体は紡錘形となり、魚に近い姿をしている。それに合わせて骨格も変化し、後肢を退化させ、わずかな痕跡を残して骨盤も消失している。前肢は胸鰭と変化し、大きさを確保するために指骨の数を増やした。魚類と異なり、根本に尾骨の伸長が見られるのみで、尾鰭には骨格が無い。同じ海生哺乳類でも後肢由来でない尾鰭を備えるのは海牛類であり、アシカやアザラシの尾鰭は後肢が変化した物である。鳥類.しかし、飛ばない鳥(走鳥類)ではこれらの機能に退化が見られる。ダチョウは肩部の骨が退化して癒着し、竜骨突起も失われている。一方で、後肢の大腿骨に空洞は無く、重力から巨体を支えるために堅牢である。爬虫類.哺乳類に比べると、爬虫類の骨格は多様である。一般に、肋骨が腰にまであるため、胸部と腹部の区別がつけられない。腕や足を持つ種の骨格は基本的に哺乳類や鳥類と同じだが、多くは四肢が体から水平方向に伸びる骨格を持ち、地面を這うように歩くことから「爬虫類」と命名された。脊椎も頸椎が上に湾曲する。トカゲの中には尾が切れて外敵から身を守る種がいる。これは、特定の尾椎にある切れやすい部分である、自切面が外れることによって実現させており、関節が外れるわけではない。ワニは頸部にも肋骨を有し、また皮骨が鱗と相まって硬い表皮構造を持つため、胴体は柔軟性に欠ける。これに対して、尾の付け根には可動性に富む関節を有し、特に左右に大きく振ることができる。両生類.両生類もまた、多様な骨格を持つ。爬虫類・鳥類・哺乳類は陸上生活に適応する中で、椎骨の椎体において側椎心を大きく発達させて、重力にあらがい体を支えるための強度を得ている。そして間椎心は退化縮小している。脊柱は直線的な魚類に対して胸椎・腰椎部分が上方向に湾曲している。しかし、変態前では水中で生活する両生類では、間椎心が椎骨を支える主要素である。魚類.