群馬県警の捜査員は、ボーイングの修理担当者から直接事情を聴くため渡米したが、ボーイング社は修理担当者への事情聴取に応じなかった。海底捜索とさらなる残骸の回収.コンピュータ解析と破壊実験.圧力隔壁の有限要素法による強度計算は、圧力隔壁に格子点をつけ、格子点を囲った区画(メッシュ)ごとに材料特性、強度などのデータを入力していく。客室の空気圧が上昇すると機体がわずかに膨らみ、圧力隔壁もゆがみが発生するため、機体部分も有限要素法にかけて計算を行った。メッシュを細かくすれば精度が上がるが、作業量も増えるため格子点の設定は試行錯誤したという。生還可能性の検証.報告書では、「接水時の対気速度を以下に下げることは不可能と考えられる。沈下率・姿勢等も大きくばらつくため、生還可能性はほとんど期待できない」と結論づけ、建議で「異常な事態における乗組員の対応能力を高めるための方策を検討すること」と示した。聴聞会.大阪工業大学学長佐藤次彦は、パイロットの操縦について「発動機の出力の調整及び主翼の補助翼、フラップなどを利用したある程度のコントロールは可能だったのではないか」と指摘した上で、「羽田に戻るのではなく、できるだけ早い時期に着水することを主目的に、主として海上を西南方向に飛行することが正しい判断ではなかっただろうか。ある程度の着水操作は可能であり、事故による死亡者を大幅に減少できる確率があったのではないか」と主張した。国立大学名誉教授は、「左旋回して海に出ていたら、被害は軽微だったはずだ。危機管理のマニュアルが山岳国家日本向けにできていなかった」とし、「墜落ではなく、山への衝突だった」「山が殺した」と主張した。傍聴していた遺族が「山が殺した」の発言に憤激して発言中に退席し、聴聞会終了後、名誉教授に詰め寄る一幕もあった。疲労亀裂の発見確率.事故原因の決定.勧告、建議.事故後の対策.与圧空気流入による操縦システム破壊の防止策.後部圧力隔壁の設計変更.事故調査をめぐる疑問点.「急減圧」は本当にあったのか.運輸安全委員会の回答.よって、急減圧を感じなかったのではないか、としている。運航乗務員が酸素マスクを使用しなかったのは、事故機に生じた程度の減圧に対処するよりも操縦操作を優先したと考えられる、としている。さらに、