鳥類の激減によって南鳥島での羽毛採取、はく製製造の事業は先が見えつつあった。後述のように水谷は他の南洋の島々にも手を伸ばしており、利用価値が減少した南鳥島からの撤退を考え始めていた。そのような中で南鳥島でグアノ資源が発見される。南鳥島事件とグアノの発見.なお、南鳥島事件後、それまで水谷村と呼ばれていた島内の集落名は外務省の石井書記官にちなんだ石井村と改名され、また島内の地名も派遣された海軍艦艇にちなんだものへと変更されて、水谷による開拓にちなんだ命名は全て取り消された。グアノ採掘事業への参画.南海各島への展開.北西ハワイ諸島と水谷.採取された羽毛は日本に搬入された後に輸出に回され、大きな利益を挙げていた。沖大東島の開拓権獲得と取り消し.東沙諸島への挑戦.初回の挑戦失敗とバタン諸島探検.台湾の基隆市北東海上にある彭佳嶼、棉花嶼の借地権を得ていた岡山重次郎は、かねてから彭佳嶼の住民より東沙諸島に多くのアホウドリが生息しているとの情報を入手していた。岡山はビジネスチャンスを掴んだと判断し、東沙諸島でアホウドリ羽毛採取事業を始めるため、上京して計画を進めることにした。東京で岡山は「探検家で航海王」である水谷と面会して東沙諸島の話をしたところ、水谷の賛同を得て共同で東沙諸島へ向かうことになった。アホウドリの羽毛採集が目的であった一行は失望し、中でも水谷は計画を持ち込んだ岡山のことを問責した。岡山は責任を認め、所有している彭佳嶼と棉花嶼の借地権を水谷に譲渡することになった。水谷たちにとってカツオドリの羽毛採取は問題にならず、また後に多くの南洋諸島で採掘が進められることになるグアノやリン鉱石についても全く関心の外にあり、アホウドリの羽毛のみが狙いであった。東沙諸島に取り残される.水谷は香港経由で台湾へ戻り、台湾総督府から遭難についての事情聴取を受けた。結局、水谷と西村は資金難のため東沙諸島の開発を断念して、開発事業全般を西沢吉治に譲渡することになった。沖大東島と南鳥島からの撤退.沖大東島の鉱業権を巡る争い.沖大東島でのリン鉱石発見.前述のように南鳥島でのグアノ発見、肥料原料としての採掘、利用の開始を通じて水谷は恒藤と知り合った。水谷が南方の島々で鳥類捕獲を行っていることを知った恒藤は、それらの島々の石や土砂を持ってくるように依頼した。