キャラクターは人気やユーザーからの参戦要望が高かったキャラクターやスタッフが出したかったキャラクターが多数追加され、システム面では「RPG好きのユーザーに対する訴求をより高める」ためのワールドマップを移動するストーリーモードや、「EXモードと対となる新たな戦闘システム」となる他のキャラクターを召喚して攻撃や防御をしてもらうアシストシステムが搭載されている。この他BGMや召喚獣もさらに増えている。システム.ストーリーモード.ストーリーに沿って物語を進めて行く本作のメインモードである。前作には無かったワールドマップが新たに作成され、コスモスの戦士達は闇に閉ざされた世界を廻りながらカオスの軍勢と戦い物語を進めて行く。マップを移動するキャラクターは「パーティー」を組んで移動し、プレイヤーが操作するキャラはマップ上に全身で表示される。それ以外のキャラはアシストキャラとして画面下に顔アイコンで表示されて行動を共にする事となり、そのメンバーは物語の展開によって固定される場合と任意で選択できる場合とがある。ワールドマップの形は「見て回りたくなる物を」という提案から見た目にも拘って作られており、若干の相違点はあるものの初代『FF』のワールドマップと同一の形になっている。パーティーバトル.フリーバトルやフレンドカードでのパーティーバトルは通常のバトルと異なり、各キャラクターに能力を向上させるジョブを設定して戦う事が出来る。ジョブは基本的な物のほか上級ジョブもあり、特定の組み合わせの基本ジョブで勝利する事でそのバトルが終わるまで、あるいは一度敗北するまで使用できるようになる。戦闘システム.また、アシストキャラの攻撃がEXモード中の相手に当たった場合は「EXブレイク」が発動しマップブレイブを全て得たうえ相手のEXモードを強制終了させる。アシストキャラが攻撃を行う前に敵の攻撃を受けたりアシストキャラの攻撃をガードされると「アシストロック」が発動し、しばらくの間アシストキャラの召喚やゲージのチャージが行えなくなる。EXモード時にアシストロックを行った場合は「アシストブレイク」となりマップブレイブを全て得た上でアシストロックを行う。また、連続攻撃を受けている最中にアシストキャラを召喚するとアシストキャラが身代わりとなって攻撃を受ける。