それらの小さなサイズと低価格に関係するUSBフラッシュドライブの大容量は、注意深い管理と論理的な管理なしにデータを保管のために使うことは、情報の利用性、機密性、集約性にとって深刻な脅威となるかもしれないことを意味する。マルウェアによる悪影響.解決策.物理的なドライブの機密保護は損なわれやすい持ち運びやすさの利点なしには保証できない、機密保護管理は基本的に、マルウェアによる実行であるかもしれないような、疑いを招くようなドライブにおける不正な利用者や不正な処理に対して、データをアクセス不能にさせることに専念することである。一つのありふれた対処法は、保存用データの暗号化と、コンピュータウイルス、マルウェア、及びスパイウェアに対する対ウイルスプログラムによる定期的なUSBフラッシュドライブの走査である、けれども他の方法も可能である。ハードウェアでの暗号化.幾つかのUSBドライブは、そのUSBドライブ内臓のマイクロチップが自動的かつ中身が見える様に暗号化を与えるものである、ハードウェアでの暗号化を利用可能にする。幾つかの製造業者らは、そのドライブへアクセスを許可する前に、装置における物理的なキーボードへ導入される或るピン符番を要求するものであるドライブを手がける。これらのUSBドライブの費用は著しくなりうるが、しかしUSBドライブのこの形式の普及促進につれ低減しだす。ハードウェアシステムは、もし正しい番号の回数よりも多く不正なパスワードが入力されると、そのドライブの記録内容を自動的に上書きする機能の様な、追加の仕様を引き受けるかも知れない。機能性のこの形式は、暗号化されたデータが単純にそのドライブから複写できるので、ソフトウェアシステムでは提供できない。けれども、もし登録された利用者が不測に活動させたり、強力な暗号化アルゴリズムが実質的にそのような機能を阻ませるならば、ハードウェアでの機密保護のこの形式はデータを失う結果になるかも知れない。