前作との違いとして、各ユニットに宇宙用・地球用・万能といった地形・空間に関する概念と推進剤が新たに設定の追加が挙げられる。設けられると共に、新たな戦略が求められるようになった。初期設定としてゲーム開始時に宇宙及びそこに配置される惑星・衛星の各マップ選択し、初期資金、使用勢力、BGM、ターン数などが設定できる。これらを用いてハンディキャップをつけることも可能である。アクションバトルの面では、新チップの搭載によりファンネルやインコムの動きが大きく変化した。ファンネルでは従来の放出後MSの周りで敵のほうに攻撃するものから敵に近づくとその敵に周囲でランダムに位置を変えながら攻撃するものに変わった。また従来ではファンネルを破壊されるたびに本体にダメージが加わるシステムであったがそれが無くなった。インコムも従来の前方を斜め上下から挟むようなビーム砲からインコムが伸びて敵の方向へ自動攻撃するものに変わった。ハイメガ粒子砲など一部の強力兵器については従来の溜め撃ち型から自身のHPを消費して大火力を撃つものに変わっている。全て回復した)より戦術的にも高度になった。登場勢力.同一勢力同士の戦いも可能となり選択肢が増加している。なお、ゲームバランスの都合により本来クロスボーンの所属では無いザクマリナーがクロスボーンに入っていたり大型MAのバランスの調整によりビグザムがハマーン・アクシズの所属になっているといった若干の変更は存在する。地球連邦軍.地球連邦軍及びエゥーゴのユニットが集まっている。バランスが良く高性能な主役級MSも多数揃っているが単独での生産はできない。ティターンズ.多くが可変MS全盛期のMSのため全般的に移動速度の速いものが多い。グレネード・ミサイルを所持しているMSも多く全体的に火力はやや高めとなっている。惑星上で使用可能な巨大MAを有している。アクシズのハマーン勢力が使用していたユニットや一部の旧ジオンのユニットが含まれる。バラエティに富んでおり様々なタイプのユニットを生産することが出来る。シャア・ネオジオン.ジオン公国軍・グレミー軍及び新生ネオ・ジオンのMSはこの中に含まれている。ファンネル・インコムを搭載したMSが多い。クロスボーン/ザンスカール.