次の補給場所を探している最中、ルフィが謎の玉(オーブ)を釣り上げた。それに呼応するかのように海から謎の島が出現。その衝撃で仲間とバラバラになってしまう。キャラクター.ボスキャラクター.ルフィ達が冒険する島には青い宝玉が施された台座があり、それを調べると回想シーンが展開されて、直後にボスが出現する。ルフィ達は島を探索する道中、封印から現れた強敵達と戦うことになる。なお、これらの強敵達は本人ではなく、ルフィ達の過去の記憶を基に創造された仮想の存在である。ロビン曰く、ポポラの記憶と共通したものが選ばれていると推測している。フィールド「化石の眠る砂浜」の中ボス。今作にて、最初に戦うことになるボスキャラクター。動きが素早く、遠近共に強力な技を持つ強敵。体力が半分を切ると、必殺技の「ホワイト・アウト」を使用するようになる。なお、初期では仲間が全員合流していないため、ルフィ・ウソップ・ナミ・チョッパーの四人のみで戦うことになる。フィールド「化石の眠る砂浜」の大ボス。あまり積極的に行動はしないが、小刀による素早い攻撃を放つほか、体力が半分を切ると、背中の黒刀も使用するようになる。繰り出す技はいずれも一撃の威力が高い。必殺技の「黒刀・剣王」は前方の三方向に斬撃を放つ。フィールド「深奥に惑う密林」の大ボス。動きが素早い上に、長身を生かした範囲の広い技を繰り出してくる。嵐脚手裏剣は一度当たると連続で当たるため、一気に体力を削られてしまう。体力が半分を切ると、空中戦・ダッシュ攻撃も仕掛けるようになるほか、必殺技の「周断」を使用するようになる。フィールド「闇路に誘う洞窟」の中ボス。主に突進しながら攻撃を仕掛けたり、近距離では歯ガム・ウォーターショットも放つ。動きが素早いが、技は直線的な物が多いため、回避行動で避けると良い。体力が半分を切ると、必殺技としてキリバチを持ちながら回転攻撃を繰り出してくる。フィールド「闇路に誘う洞窟」の大ボス。強力な近接攻撃「砂嵐」と遠距離攻撃「砂漠の宝刀」で執拗な攻撃を仕掛けてくる強敵。砂嵐はこちらの攻撃では止められないため、消えるのを待つしかない。体力が半分を切ると毒攻撃を繰り出してくるほか、必殺技の「千割浸食輪廻」を使用するようになる。