BLASTを使って、手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索することにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。BLASTは、バイオインフォマティクスで最も広く使われているプログラムの一つである。概要.BLASTは、バイオインフォマティクスにおいて、DNAの塩基配列あるいはタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスで、ペアワイズのシーケンスアライメントを行う。BLASTは、主にシーケンスの局所的アライメント(ローカルアライメント)を行うために使われる。BLASTは、バイオインフォマティクスで最も広く使われているプログラムの一つである。BLASTが広く使われている理由は、BLASTが処理速度を非常に重視していることにあるとみられる。BLASTのアルゴリズムは正確さより速度を重視している。BLASTにおけるこの速度重視によって、今日では膨大なデータが蓄積されているゲノムのシーケンスデータベースに対して検索を行うような場合において、BLASTアルゴリズムを実用的なものとしている。BLASTが開発された後、BLASTより速いアルゴリズムがいくつか開発されている。BLASTは、大まかなシーケンスマッチングを必要とする他のアルゴリズムの一部としてもよく使われている。BLASTを使うことで、例えば、ハツカネズミの未知の遺伝子を発見したときに、ヒトがそのシーケンスと類似した遺伝子をもつかどうかを調べることができる。ハツカネズミの未知のシーケンスでBLASTを使って、ヒトゲノムのシーケンスデータベースに対して検索を行うと、BLASTは類似性の高いシーケンス群を見つけ出す。また、BLASTは次のような問いを考えるときに使うことができる。BLASTアルゴリズムおよびそのアルゴリズムを実装したプログラムは、次の人々によって開発された。BLASTアルゴリズムを実装したプログラムは複数存在する。それぞれダウンロードして利用することができる。オリジナルの実装はNCBIBLASTである。BLASTアルゴリズム.クエリシーケンス(ターゲットシーケンスともいう)とシーケンスデータベースである。