歴史的な内容を基盤にした著書は、さまざまな時代の事象や言説を、当時の歴史的事情を考慮せず、超時代的にまとめあげたものが多いとも評されている。人類学者である山口昌男は、『共同幻想論』発表当時、同書中の重要概念「対幻想」について、「それは近代の核家族にのみ通用するものではないか」と批判したが、吉本は「チンピラ人類学者」として罵倒を返したのみであった。「傍系」について.「大衆の原像」について.戦中派としての「戦争体験」について.『民主と愛国』が出版されて以降、吉本はこれら疑問に対して応答し、理系大学への進学は、小学校卒業から工科学校に行っていた吉本にとって自然なコースであり、意図的かつ戦争前線へ行くことの忌避のためのいわゆる「兵役逃れ」の事実はなく、したがって、そこに由来する「罪悪感」はありえない、と述べている。いずれにせよ「皇国少年」「コンプレックスなしの軍国主義者」であり、「戦争やれやれ」と思っていた自分はどのみち戦場に出て行き、そこで死ぬだろうと思っていた、としている。もっとも、自分の高校時代の同級の多数を含む同世代が軍隊に動員され、多数戦死した中、敗戦後に結果として生き残ったため、「敗戦しても死なずに生きていること」について、生き恥さらした心境だった、とも述べている。仏教について.オウム真理教評価について.