海軍から改組した第二復員省では、裁判開廷の半年前から昭和天皇の訴追回避と量刑減刑を目的に旧軍令部のスタッフを中心に、秘密裏の裁判対策が行われ、総長だった永野修身以下の幹部たちと想定問答を制作している。また、BC級戦犯に関係する捕虜処刑等では、軍中央への責任が天皇訴追につながりかねないことを避けるという名分で、出来るだけ下の者に負わせ、最悪でも現場司令官で責任をとどめる弁護方針の策定などが成された。このような合意が容易に形成されたことには、階級社会の英海軍を範として生まれた日本海軍の体質に淵源を求める考え方がある。さらに、陸軍が戦争の首謀者であることにする方針が掲げられていた。なお昭和天皇は「私が退位し全責任を取ることで収めてもらえないものだろうか」と言ったとされる。起訴状の提出.弁護団の結成.開廷.同日午後、大川周明被告が前に座っている東条英機の頭をたたき、翌日に病院に移送された。罪状認否.弁護側の管轄権忌避動議.補足動議.検察側立証.立証段階.以下、立証段階の日程と項目である。キーナン冒頭陳述.裁判の進行は遅く、ニュージーランドの判事や検事は検察のおよび裁判長の運営方法が問題であるとして辞意を示している。証人喚問.弁護側反証.弁護人による被告別動議は次の通り。内容欄のソートボタンで元の順序に戻る。弁護側証人.東京裁判に出廷した日本人証言は宣誓した上で証言し、かつ検察官による反対尋問が行われた。なお、支那人証人に対しての反対尋問は行われていない。判決.最終的訴因.判事の個別意見書.ハラニーニャ同意意見書.徹底した親米派のハラニーニャ同意意見書では、刑が一部寛大にすぎると批判し、原爆投下が早期決戦をもたらしたとまで述べられた。これはパル反対意見書を批判する目的で書かれたとみられている。パールの個別反対意見書.また、パール判決に関する論争として中島岳志、小林よしのり、牛村圭らによるパール判決論争がある。ベルナールの個別反対意見書.