折しもベーリング海のアドノア島で翼竜の化石が見つかり、国立生命科学研究所の古生物学者である大前裕史を中心とした調査隊が出向。そこには翼竜の巣があり、孵化した後の卵の殻と孵化していない卵があった。調査団は孵化していない卵をヘリコプターの中に持ち込み分析していたが、もう一方の卵から孵化し、核廃棄物の影響で巨大化した翼竜・ラドンが姿を現す。逃げ惑う調査員たちに追い討ちをかけるかのごとく今度は海からゴジラが姿を現し、ラドンと戦い始める。調査員たちは卵とともに辛くも島を脱出、持ち帰った卵を京都の国立生命科学研究所に持ち込んだ。登場怪獣.登場人物.制作.企画経緯.前作でも監督を務めた大河原孝夫は、前作の記録的ヒットを受けて本作品でも続投となった。脚本を担当した三村渉は、前作でもシノプシス制作で参加しており、採用には至らなかったが田中の好感触を得て、『ヤマトタケル』の検討用脚本を経て、本作品の執筆を手掛けた。本作品での「卵を育てる女科学者」などの要素は、三村による前作のプロットから引き継いだものである。内容の変遷.本作品では、人間と怪獣との種の存続を賭けた戦いをテーマとしている。三村は「怪獣とは何か」ということを考え、異形の痛みを訴えることを意図していた。また、ゴジラとメカゴジラの戦いだけでは男性的な世界観となるため、女性受けする要素としてベビーゴジラを創作したと述べている。脚本の検討稿では、白亜紀にゴジラザウルスがプテラノドンに托卵する描写が存在したが、予算の都合から不採用となった。準備稿まではアドノア島でラドンとメカゴジラが戦うというシチュエーションもあり、ゴジラの登場は中盤ごろであったが、川北からの提案によりアドノア島でゴジラとラドンが戦うという展開に改められた。