日本においては、脳の機能は完全に解明されておらず脳死とされる状態においても脳としての機能が恒久的に消失した状態にあるということを完全に証明することができない、また仮に脳機能が完全に消失していたとしても、無機物にも魂が宿っているともされてきた日本の文化として、脳機能の消失だけをもって直接的に人間としての死でもあると断定的に結びつけることには無理がある、と主張された。しかし実際には、欧米でも一般人は日本と同じように脳死という新しい観念を受け入れるのには相当の抵抗を示し、臨床的脳死(後述)の状態でありながらちゃんと呼吸をしている患者の延命措置の停止には、日本と同様に遺族が反対する事例は多い。また臓器などの摘出に関しても「欧米と違い」日本人は特別な文化的執着があると論じられているが、例えばイギリスで病院が死亡した幼児の臓器を後の検死のために親に無断で摘出・保存していたことが発覚して一大スキャンダルとなった際は、複数の親が臓器を病院側から取り戻した後に墓から遺体を掘り起こし、取り戻した臓器と遺体を合わせて葬式と埋葬をやり直すまでの事態に発展している。欧米で一般人の生死観に関わらず臓器移植が早急に普及したのは、移植においてはあくまで本人による生前のドナー合意(及び遺族からの合意)が確認される場合のみとの立場が徹底されたためであった。しかし、脳死を合理的で科学優先の欧米文化の観念とし、これを感情的・霊的文化を有する日本文化となじまないとの日本文化論が、脳死および臓器移植に対する反対論として長らく日本では展開され、一般人の心情を文化論に昇華させて臓器移植に反対するという論争が起こった。脳死判定.診察・検査結果などから、明らかに脳死であろうと判断された状態を臨床的脳死と呼ぶ。しかし、臓器移植などの目的で脳死を法的に示す必要のある場合は手順に則った脳死判定が行われる。このような目的がないときに脳死判定をすることはできない。なぜなら、判定基準は呼吸器を外して自発呼吸を確認するなど患者の状態をさらに悪化させるリスクのある検査項目も含まれるためである。