海上で漁師に救助されたボーンはウォンボシ暗殺の件や自身の身分はおろか、自身の氏名すら忘れており、治療の際に取り出された体内に埋め込まれていたマイクロカプセルの情報からスイス、チューリッヒの銀行に向かう。銀行の金庫に預けられていたのは拳銃、大金、カラーコンタクト、多数のパスポート、身分証明書などであった。入手したパスポートなどの身分証を手掛かりに記憶を失った自分が何者であるのかを探るべく、パリに向かう。一方、ボーンが作戦に失敗し、逃走したと考えていた現場指揮官のデッド・コンクリンは事態収拾のためにトレッドストーンの工作員を派遣、ボーンが失敗したウォンボシの暗殺を改めて遂行すると共に現地警察の協力を得てボーンを追う。ボーンは偶然知り合ったマリー・クルーツという女性の協力の元、追跡チームの襲撃をかわしながら手掛かりを追ってスイス、フランスとヨーロッパ各地を転々とし、情報を集めるうちに自身がウォンボシ暗殺に関わっていることを察する。コンクリンに接触するが、コンクリンはボーンを「自分が手塩にかけて鍛えたお前は、子供の前で人一人殺せない役立たず」と罵倒する。記憶を失ったことで殺人への嫌悪感が芽生えていたボーンは自分をこれ以上追跡しないように恫喝し、各地を巡る道中で愛し合うようになったマリーと共に姿をくらませる。トレッドストーン計画の総責任者であるウォード・アボットは事態の収拾が不可能になったと判断し、指揮官であるコンクリンを抹殺することで収束を図る。結果、コンクリンは工作員によって暗殺され、トレッドストーン計画は成果を挙げられなかったとの名目で終了した。ボーン・スプレマシー.ブラックブライアー計画.