公開時からの邦題は『ラストサムライ』とスペースが入る表記だが、公開前の製作発表などでは『ラスト・サムライ』と中黒が入る表記が使用されていた。あらすじ.訓練と談笑と生活の中でオールグレンは心の中に静けさを取り戻し、いつのまにか悪夢からも解放された。サムライの村での生活に安らぎと神聖なものを感じ始める。またオールグレンは、氏尾との手合わせで、はじめて引き分けることができた。これを機に、オールグレンは氏尾や村の男たちからの信頼を急速に勝ち取る。そんな中、村で祭りが行われ、ふだんは怖く厳しい村の首領・勝元が道化を演じる舞台がはじまる。皆の笑いでにこやかな雰囲気の中、そのスキを狙って大村が差し向けたとおぼしき刺客たちが密かに村に近づき襲撃してきた。オールグレンと勝元・村人は心をひとつにして襲撃者たちと戦い勝利する。ついにオールグレンは村人と味方になった。オールグレンは、大村の不平士族討伐軍の指揮官就任のオファーを断り、日本での職・役割を終わらせてアメリカへの帰還の準備をするが、大村の差し向けた刺客に襲われ、彼らを返り討ちにする。その後、信忠ら村の武士たちやグレアムと共に勝元を謹慎先から脱出させる。勝元一行は村へ帰還できたものの、殿を務めた信忠は警備兵に撃たれ、帰らぬ人となる。もはや、政府軍と勝元達反乱軍との対決は免れ得ないものとなった。村に帰還したオールグレンは反乱軍の一員として、大村とバグリー大佐率いる政府軍に一矢報いる事を決めた。するとたかは戦う決意をしたオールグレンに亡き夫の鎧を着るよう促す。朱色の鎧を着て、武士たちとともに戦場に現れたオールグレンを見て驚くバグリーと大村だったが、勝元に降伏勧告を突き付ける。勝元はそれをはね除け、ついに全面対決となる。訓練された上に榴弾砲まで装備した政府軍だったが、思い上がった大村の命令が仇となり、勇敢な反乱軍の前に初戦で敗北する。最後の騎馬による大突撃でオールグレンはバグリー大佐を討ち取ったが、騎馬隊は回転式機関銃ガトリング砲により阻止される。反乱軍はオールグレンと勝元を残し、氏尾をはじめ全員が戦死した。致命傷を負った勝元は、信頼するオールグレンにとどめを刺すよう頼み、オールグレンの背後に咲く桜を見ながら「すべてパーフェクトだ」という言葉を遺して安らかに息を引き取った。こうして反乱軍はオールグレン1人を残し全滅した。