ヨーロッパのように陸続きの鉄道やアフリカなど治安の悪い国々の鉄道では、無銭乗車者、密入国者、麻薬常用者等の犯罪者が潜伏するおそれがあるため、ホーム停車中はトイレが施錠され使用禁止とされている例もあり、自動小銃を携行した警備員が警戒に当たっている場合もある。日本でも不正乗車をする利用者が中で車内改札(検札)を逃れるケース、通学の中学・高校生などが中で喫煙するケースや、内部で放火などの犯罪が行われたりするケースが後を絶たない。開放式.線路等の鉄道設備への衛生上の影響や、沿線住宅地域への悪臭等の被害など「黄害」(おうがい、こうがい)と呼ばれる問題が生じた。粉砕式.処理方式として汚物に薬品を混ぜて化学的に殺菌・脱臭した上で、回転羽で粉砕して線路に排出する方式。黄害を根本的に解決するものではなく廃止された。貯留式.循環式.浄化排水式(カセット式).真空吸引式・清水空圧式.真空吸引式はトイレタンクを減圧して真空にしておき、臭いなども含めて吸引してしまう方式である。このほか、清水空圧式も利用されている。バイオトイレ.日本の列車便所.短距離向けの通勤用車両の一部を除いて、日本の旅客用鉄道車両の多くは車内に乗客用の便所を設置している。それらは車両内の限られた空間に設置される必要性から、通常の建築物に設置される便所とは多分に異なる性格を有し、独特の発達を遂げてきた。日本の鉄道では階段状の床板に填め込まれた和式両用便器か、もしくは洋式便器を設置するのが普通で、室内片隅には小型の手洗器が設置されている。また特急列車などの優等列車に設置される列車便所は、多くの場合隣接する形で洗面所室が設けられている。私鉄の車両.列車式便所.走行中は揺れるため、便器の前の壁に手摺りが設けられている。男女共用のトイレの他に、男性用小便器を備える車両や女性専用の個室を設けたり、JR九州などは男女別の洋式を設置しているケースもある。列車便所の付帯設備.水洗装置.列車便所は、手洗い用のシンクを共に設置する兼ね合いもあって、比較的早期に水洗装置が採用された。