対馬は、日本では対馬にしか生息しないユーラシア大陸との共通種が数多く生息しており、これらはかつて大陸と陸続きであったことを物語る貴重な動植物である。また、南方系の動物も生息し、対馬固有の動植物も多い。このため、各地に自然保護区が指定され、自然環境の保護がはかられている。歴史.先史.旧石器時代に人が、大陸から対馬の陸橋を通過した足跡は発見されていない。現在までに確認された最古の遺跡は、新石器時代に属する縄文文化のもので、この時代はすでに陸橋が切れ、対馬が、島として孤立している。大陸からのナウマンゾウ等の哺乳類の化石も見つかっていない。北部九州ではこの頃から水稲耕作が始まり、平野が開発されてゆくが、対馬では河川や低平な沖積地に恵まれず、水田を拡大できなかったが、いわゆる『魏志倭人伝』に書かれた「南北市てき」(南北に交易する)によって、九州本土と同一歩調で弥生文化の恩恵に浴するとともに、朝鮮半島あるいは漢・三国時代の中国文明のも先んじて接することができた。イネの収穫具であった石包丁ほか、大陸系磨製石器や青銅器・鉄器などの金属器などの出土も多く、魏志倭人伝にいう「南北市てき」の様態が出土品=埋蔵文化財からも伺うことができる。平地の乏しい対馬では古代以来の定住地は後世にも村落が形成されたと思われ、住居址などの発掘調査はあまり行われていない。弥生時代前期には、朝鮮半島からの舶載品である有柄式石剣が多く見られる一方、その後、北部九州で製作された中広銅矛・広形銅矛は箱式石棺墓や、その他の遺跡・遺構から数多く出土している。鉄器、青銅器とも、まだ対馬島内での鋳造・鍛造など製作を示す遺跡・遺物は未発見である。古代.神話.交通の要衝.古くから大陸との交流があり、歴史的には朝鮮半島と倭国・倭人・ヤマトをむすぶ交通の要衝であった。島の首長について『先代旧事本紀』の「国造本紀」では「津島県直」と伝えており、壱岐や九州本土の大型古墳と比較すると小さいとはいえ、墳丘を築く墳墓に葬られた者(被葬者)を想像すると、津島県直のほかにいないだろうと指摘されている。白村江の戦い.白村江の戦いの頃には対馬島と表記されているが、それを契機に金田城(朝鮮式の山城で九州から瀬戸内沿岸にも築かれた)が完成した時には、史書も「対馬国」と表記している。