基本的なミッションの流れは以下のとおり。ストーリー.元科学者のシエルはイレギュラーの汚名を着せられたレプリロイド達とレジスタンスを結成し、細々と暮らしていたが、遂に彼女達にも政府の魔の手が迫る。追い詰められたシエル達は、はるか昔に封印されたと言われるもう一人の英雄・ゼロの眠っている遺跡を目指した。登場キャラクター.一部のキャラクターの詳細に関しては、ロックマンゼロシリーズ参照。サブキャラクター.四天王.ボスキャラクター.武器.武器にはそれぞれスキルというものが設定されていて、使いこなすことでそのスキルは上がっていき、新たな能力が付与されたり性能が上がったりする。主要な武器に関しては、主要武器参照。サイバーエルフ.エリア.秘密基地を除くエリアには全てトランスサーバーというものが設置されていてそれを利用して他のエリアへ移動する。ただし一度も使ったことのないトランスサーバーへはワープできない。ボスキャラクターの修正.本作に登場するボスキャラクターは後に登場するシリーズにてさまざまな改良が加えられている。リマスタートラックロックマンゼロ.南川秀樹概要.ロックマンゼロシリーズ二作目。特定の条件を満たすと、おまけとして、ゲーム中のイベント中に表示された一枚絵をギャラリーとして鑑賞できるようになる。ストーリー.前作でネオ・アルカディアの統治者であるコピーエックスを倒したゼロは、シエル達を逃がすために自ら囮となり、シエル達はその期を逃さず、ネオ・アルカディアの力が及ばない地へ移動した。登場キャラクター.一部のキャラクターの詳細に関しては、ロックマンゼロシリーズ参照。サブキャラクター.四天王.ボスキャラクター.武器.武器には「スキル」と呼ばれる成長要素が存在する。スキルはそれぞれの武器で敵を倒していくことでレベルが上昇し、その都度新たなアクションが可能になる。スキルレベルは装備切り替え画面に表示される★の数で確認できる。ゼットセイバー、バスターショット、シールドブーメランに関しては主要武器を参照。EXスキル.いずれも各フォーム(後述)による攻撃力の影響は受けず、与えるダメージは常に一定である。ゼットセイバー.