文化行政を掌握する林芳正文部科学大臣は「地元関係者は独特の文化的伝統を物語る資産として再推薦し、登録へ粘り強く取り組んでこられた。たゆまぬ努力に心から敬意と祝意を表する。人類共通の宝である貴重な世界遺産の保護に万全を期し、後世に確実に引き継ぐとともに、その価値を積極的に発信していく」、蒲島郁夫熊本県知事は「推薦書の取り下げ、資産の見直しという苦渋の決断を経験したが、試練を乗り越えた。待ち望んでいたこの瞬間を迎えることができ、心からうれしく思う」との談話を発表した。さらに安倍晋三首相も「長崎と天草地方に残る潜伏キリシタンの集落。江戸時代、当時の社会や風土に適応しながら、何世代にもわたり、その固有の文化を引き継いできました。日本独自の信仰のかたちを物語るものであり、まさに世界に類を見ない人類の遺産です。これまで保全に取り組んでこられた関係者の方々に深い敬意を表するとともに、世界の宝を大切に守り、その魅力を世界に向けて発信する、その決意を新たにしたいと思います」とのメッセージを出した。構成資産.緩衝地帯.構成資産の区分.なお、黒島・野崎島・久賀島は島全体が世界遺産に登録されているが、頭ヶ島は上五島空港がある島東部が除外され、奈留島は江上天主堂がある江上集落地区のみの登録となっている。評価.特徴.日本で被支配層(庶民・一般市民)の継続した生活がある居住地(住宅地)が世界遺産になるのは、白川郷・五箇山の合掌造り集落以来となるが、合掌造り集落は家屋そのものが登録されているのに対し、潜伏キリシタン集落は建築物ではなく、開拓造成された宅地や田畑の立地環境(文化的環境)といった村落景観が主体となる初の事例で(但しそこに建つ家は新しいもののためとはみなしにくい)、春日集落の棚田や石積みの畦など、農地が含まれることも初となる(参照)。これらは寺社・城郭や産業遺産といった、従来の日本の世界遺産にはない新たな類型で、日本の宗教としては仏教・神道・修験道・自然崇拝に加え、初めてキリスト教(カトリック)からの登録になった。