ゼロは、ボスを倒すと必殺技・特殊武器を会得する。その大半は武器ゲージを消費せずに使用することができる。技の多くはコマンド入力によって発動する。必殺技・特殊武器.ゼットバスター.敵専用技.以下の三つの他、ゼットバスターの乱射やワープを使用する。パーツ.エックスとゼロが装備することにより特殊な効果を発揮するパーツが存在し、ステージ内で助けを待っているレプリロイドを救出することで入手ができる。それらのパーツはハンターランクを上げることにより装備可能となる。リミットパーツ.自動装備パーツ.体力ゲージと武器ゲージに関わるノーマルパーツである。このパーツを所持するレプリロイドは、各ステージ中に一人ずつ存在する。レプリロイドを救出後、ミッションレポート画面においてステージ中にパーツを所有するレプリロイドを救出したキャラクターのみに自動装備される。エンディング.以下の種類がある。評価.概要.基本アクションにエアダッシュの追加、エンディングがキャラクター別に変更、ゼットセイバー以外のゼロ専用武器の登場、レプリロイドのレスキューによって得られる強化チップの存在によって周回プレイといったやりこみのしがいが増すなど、意欲的な要素が追加されている。従来まで横軸方向の攻撃だった射撃が、ロックオンした敵を攻撃するシステムに変更されている。加えて、エンディング後の引継ぎが導入された。引き継がれる要素は選択可能なキャラクター、パワーアップチップのセット状況、ハンターランクである。ストーリー.公的機関「イレギュラーハンター」で活動する『旧式にして最強』と名高いレプリロイドであったエックスは、「なぜレプリロイド同士が傷つけ合うんだ」と言う台詞で自ら戦線を退いてしまう。その影響からイレギュラーハンターの戦力は低下し、レプリロイドのみで構成される自警団「レッドアラート」が台頭した。登場キャラクター.ボスキャラクター.倒すと各ボスキャラクターに対応した特殊武器・必殺技を入手する。ボスの1人を倒すごとにデモシーンが導入される。メインボス.エックスの能力.特殊武器.アーマーパーツ.