崩壊した神獣の破片が雪となって降り注ぐ中、ランディたちはポポイの姿を探す。しかし、仲間の姿はどこにもない。歴史は繰り返されたものの、ポポイとディラックの犠牲の末に世界の滅亡は避けられた。ランディとプリムは、ポポイのことは決して忘れないと誓い、世界を回り、戦いの終わりを仲間たちに報告。プリムとパメラはパンドーラ王国へ、ランディはポトス村へと、それぞれあるべき場所へと帰って行った。役目を果たした聖剣はランディの手により、再びポトス村の滝へと戻された。そして、ポポイもまた故郷へ戻ってきていた。マナが消えたことで世界は二つに別れ、ポポイは姿こそ見えなくなってしまったが確かにそこに存在していた。世界設定.本作品および聖剣伝説シリーズを象徴する概念として「マナ」があげられる。マナとは、世界中に存在する魔力のような神秘的な力のことである。この節では、本作品においてマナに関係するものを説明する。舞台.パンドーラ王国.大森林.パンドーラ王国側からは通称で「上の大地」とも呼ばれる。マタンゴ王国.カッカラ砂漠.星の砂漠には、所々岩石に混じって星の岩が埋もれる。氷の国.ヴァンドール帝国.登場人物.パーティーメンバー.ヴァンドール帝国.他機種版.携帯電話アプリ版.SFC版で起こったバグは全て修正されている。ただし、SFC版の説明書に書かれていたのにもかかわらず、ゲーム中で登場しなかったプリムの防具「ルビーアーメット」は今作でも追加されていない。アプリ版のみ、リングコマンドを実行するとルナとポポイが表示されるバグがある。スマートフォン版.ストーリー部分には一切変更がなく、アイテムやボスの追加といった追加要素などもない。他作品とのコラボレーション.音楽.音楽制作.BGMは菊田裕樹が担当。菊田がスクウェア入社後、初めてコンポーザーを任されたのが本作である。本作の音楽は発売から十数年経った現在においても、国内外で高い評価を得ている。菊田は後のインタビューで本作のサウンドについて、「呆れるほど時間をかけた」「贅沢な時間の使い方ができた」「楽器ごとの定位や、動かし方も、何度も何度も試行錯誤した上で決定しているという感じで、ちょっと考えられないくらい余裕のある作り方をしている」と振り返り、それらが楽曲の出来映えに結びついたと語っている。