これに対し、我妻建治は、『易経』の蒙卦および六五の爻辞を用い、「易」によればここで言う童蒙は「君主」の意であり、まさしく後村上天皇を指す、と反論した。我妻によれば、『神皇正統記』は徳による「正理」の流れを説明するものであるという。つまり、皇統の継承と断絶、および皇室に限らず家系の興亡は、「正道」「有徳」「積善」があるかどうかに依っているという。この思想は、主に『周易』と『孟子』からの影響が多いと見られるが、そのほかにも『大学』『中庸』や大乗仏教の「自利利他」思想などの影響もあるという。また、親房が君主の条件としてまず三種の神器の保有を皇位の必要不可欠の条件としているのは著名である。我妻によれば、これは単に物質的に尊んだのではなく、それぞれの神器を三達徳に対応させて意味を捉えた、思想的な象徴としての根拠が主であるという。親房は自身の思想に極めて率直だった。たとえば、総合評価では最大の名君とする後醍醐天皇であっても、その政策を全肯定する訳ではなく、部分的には痛烈な批判の対象とした。逆に、相手がたとえ武家であったとしても、正しい政治を行ったものは評価した。承久の乱を引き起こした後鳥羽上皇は非難され、逆に官軍を討伐した北条義時とその子の北条泰時のその後の善政による社会の安定を評価して、「天照大神の意思に忠実だったのは泰時である」という論理展開をした。これも徳治を重視する親房から見れば、正理なのである。窪田高明は、平安時代の例は、宣命、つまり形式上は天皇の言葉であるから、天皇が自分を謙遜する自称を、家臣がどこまで代筆して書いてよいのかわからないから問題になるのであって、親房のように明らかに他称として「童蒙」と呼ぶのは考えにくいのではないか、として童蒙=後村上天皇説を疑問視した。