サマール島沖砲撃戦の後、栗田長官は近隣にアメリカ機動部隊が存在するとの誤報を受けてレイテ湾に突入することなく反転を命じた。宇垣中将の著作には、当時の大和艦橋の混乱が描写されている。引き返す途中、ブルネイ付近でアメリカ陸軍航空隊機が攻撃にきた。残弾が少ないため近距離に引き付け対空攻撃をし、数機を撃墜した。大和の姉妹艦武蔵の沈没は大和型戦艦を不沈艦と信じていた多くの乗組員に衝撃を与え、いずれ大和も同じ運命をたどるのではと覚悟する者もいた。宇垣中将は戦藻録に「嗚呼、我半身を失へり!誠に申訳無き次第とす。さり乍ら其の斃れたるや大和の身代わりとなれるものなり。今日は武蔵の悲運あるも明日は大和の番なり」と記した。レイテ沖海戦で日本の連合艦隊は事実上壊滅した。大和以下残存艦艇は燃料不足のため満足な訓練もできず、内地待機を続けている。海上特攻の準備.神は軍令部との交渉に入ったが、作戦課長富岡定俊少将は反対であった。富岡は「この案を持ってきたとき私は横槍を入れた。大和を九州方面に陽動させて敵の機動部隊を釣り上げ、基地航空部隊でこれを叩くというなら賛成だが、沖縄に突入させることは反対だ。第一燃料がない。本土決戦は望むところではないが、もしもやらなければいけない情勢に立ち至った場合の艦艇燃料として若干残しておかなければならない。ところが私の知らないところで小沢治三郎軍令部次長のところで承知したらしい」と話している。神の提案を軍令部総長及川古志郎大将は黙って聞いていたが、軍令部次長小沢治三郎中将は「連合艦隊長官がそうしたいという決意ならよかろう」と直接許可を与えた。戦後、小沢は「全般の空気よりして、その当時も今日も当然と思う。多少の成算はあった。次長たりし僕に一番の責任あり」という。第五航空艦隊長官の宇垣中将はその日誌『戦藻録』に、及川軍令部総長が「菊水一号作戦」を昭和天皇に上奏したとき、天皇から「航空部隊丈の総攻撃なるや」との下問があり、「海軍の全兵力を使用致す」と奉答してしまったため、第二艦隊の海上特攻も実施されることになったとして、及川軍令部総長の対応を批判している。栗原俊雄はこの『戦藻録』の内容が従来からの定説であったとし、『昭和天皇実録』には内容については書いていないものの、天皇の「お言葉」があったと書かれていて、裏付けられるとしている。坊ノ岬沖海戦.沈没.