通信設定は全てのゲームで同じUIが用いられた設定画面にゲームを起動することで飛ばされる。(原理的にはDSでのWiFiコネクションと同様。)ログイン名とパスワードが必要なタイプの回線にも接続が可能。また、IPアドレスやDNSアドレスの手動変更にも対応。この設定画面を退出した場合、ゲームは再起動する。LANが使用できないソフト.オンライン接続に一部型番のUSBモデムが必要となるソフトゲーム内容.ゲームシステムは前作と大きく異なり、グラフィックには手書き風の絵柄が用いられている。本作に登場するマリオは赤ん坊の姿をしており、取扱説明書及びゲーム内での呼称は「マリオ」ではなく「赤ちゃん」となっている。システム.プレイヤーは赤ちゃんを背負ったヨッシーを操作し、赤ちゃんが敵に連れ去られることなく、無事に次のヨッシーに届けるのが各ステージでの目的となる。アクション.ヨッシーは、タマゴを投擲用の道具とする「タマゴ投げ」やジャンプボタンを押し続けることでより遠くまで飛べる「ふんばりジャンプ」など、従来のスーパーマリオシリーズには無かった様々なアクションを用いる。アイテム.スペシャルアイテム.へんしんアイテム.特定のステージではシャボン玉に包まれた以下の「へんしんアイテム」があり、獲得することで一定時間ヨッシーの姿がそれぞれの形を模したものに変身(モーフィング)する。変身中に出現するヨッシーの顔が描かれた「ヨッシーブロック」が変身状態のゴール地点にあたり、これに触れるとその場で元の姿に戻れる。しかし、時間内に触れられなかった場合は、元の姿になった上で使用地点まで強制的に戻される。変身中にその姿と同じアイテムを取った場合は効果時間が延長され、違うアイテムを取った場合はそのアイテムの姿に再度変身する。この場合も使用地点は変わらず、効果が切れた場合は、最初にへんしんアイテムを取った地点まで戻される。また、変身中にパックンフラワーに食べられてもダメージはないが、持っていたタマゴが没収されてしまう。最初から宙に浮いているタイプは、効果が切れても復活して何度でも使えるが、ハテナ雲から出て来るタイプは使い切りとなっている。ボーナスチャレンジ.ミニバトル.