火球での攻撃、テレポーテーションなどを使ってくる。キャッチリングは引きちぎり、八つ裂き光輪はバリヤーで防ぐ。スペシウム光線は吸収して撃ち返しウルトラマンを倒す。原作通りのスペシウム光線を使用するとウルトラマンは倒されるが、科特隊モードで無重力弾を命中させれば倒すことができる。また、ウルトラマンがゼットンを倒すことも可能。しかし、総じて難易度は高いステージである。ストーリーモードで倒すことができれば怪獣天下モードや怪獣大乱闘モードで使用可能になる。ゾフィーと共に隠しキャラとなっており、上記のゼットンを倒してクリアすればバトルモードなどで使えるようになる。ここで使えるゼットンは、前述のゾフィーで挑んだ際の攻撃力と防御力の下がった状態である。ウルトラモードでは『ウルトラマン』の最終回を模したものであり、ゼットンの能力は通常時より上がっている。原作同様ウルトラマンはスペシウム光線を跳ね返される(他の必殺技も一切効かない)が、一定の条件を満たすとゾフィーを操作しゼットンと戦うこととなる。なお、ウルトラマンを葬った光線は「ゼットンファイナルビーム」として、隠し技扱いとなっている(ウルトラ戦士以外のキャラクターでは唯一の隠し技である)。対決!ウルトラヒーロー.怪獣バスターズ.怪獣墓場に生じた時空のゆがみから突如現れ、周辺を破壊しだしたことから主人公に討伐が命じられる。このほか、時空のゆがみから発せられる大量のエネルギーを吸収して進化した「変異種」と呼ばれる個体も登場し、こちらは体に無数のとげが生え、角はヘラジカの角のような特異な形状になっている。接近戦には瞬間移動で後ろに回り込んで拳で叩き伏せる攻撃、遠距離戦ではバリアーでこちらの攻撃を無効化しつつ火球とゼットンファイナルビームを用いて攻撃する。ゼットンファイナルビームを放つ際には若干の溜めが入るが、溜め中に攻撃するとビームの威力が倍になるという特性がある。変異種の攻撃方法もほぼ同様だが、火球の代わりにブラックホールのようにプレイヤーを引き寄せる効果を持った引力弾を使用する。過去の映像を流用しての登場.いずれも映像はそれぞれの初登場作品の流用。ゼットン星人