作戦終了後、私掠船員同士で諍いが起こった。イングランド人とフランス人の2人の船員が口論となり、やがてイングランド人がフランス人を背後から刺し殺す事件が起こった。このままではイングランド人とフランス人間で暴動が起こるところ、機先を制してモーガンは、このイングランド人を逮捕し、フランス人船員らには、ポート・ロイヤル帰還後、犯人を絞首刑に処すと約束した。実際にモーガンはこれを守り、この船員は絞首刑に処された。モーガンは、ポート・ロイヤルに一時停泊した後、ポルトベロに向けて出発した。彼の次の狙いは、スパニッシュ・メインで最も裕福で重要な都市であったカルタヘナ・デ・インディアス(現在のコロンビアのカルタヘナ)であった。湾内に侵入したモーガンらはまず要塞に狙いを定めた。旗艦リリー号による砲撃の後援を受けながら、岸に上陸し、要塞を攻撃した。モーガンらが要塞内に突入した時、そこはもぬけの空であった。実はスペイン側は罠を仕掛けており、ゆっくりと伝う導火線を使って時間差で火薬庫を爆破し、城塞内に入った敵軍を仕留めるつもりであった。しかし、この罠は内部探索中に発見されて失敗した。その後、モーガンらは要塞内の大砲に対し、任務を終えて帰還する際に、再奪取されて自分たちが狙われないようにするために、使えない状態に細工した上で、埋めた。要塞攻略後、モーガンはマラカイボを襲撃した。マラカイボの街は、既に要塞の兵員らが敵軍の襲来を伝えて住民らが避難していたため、モーガンらが到着した時には閑散としていた。この行軍の大部分は徒歩であり、鬱蒼とした熱帯雨林や湿地帯を通り抜けるルートであった。襲撃の可能性を察知したパナマ総督は、スペイン軍を派遣してモーガンの部隊を道中で待ち伏せした。モーガンは一部の経路でカヌーに乗り換えて進んだが、それでも待ち伏せた敵軍を難なく退けた。パナマ総督は自分たちが敗北した場合には街を焼き払う覚悟を決めており、木造の建築物の周りには火薬樽を設置していた。モーガンが勝利すると砲兵隊長は、これらに火を放ち、結果、街を焼く大火は翌日まで続いた。火が収まった後、街は石造りの建物がわずかに残っただけであった。パナマの富の多くは、この大火でほぼ失われたが、一部は敵軍が到着する前に船で運び出されていた。この遠征においてモーガンが得た戦利品の価値的量については論争がある。