波照間島ではラサ島のような優良なリン鉱石は発見されなかった。しかし恒藤はリンを含有した石灰石が大量に埋蔵されていると判断した。そして含リン石灰岩はトーマス転炉での製鉄に使用することにより、鉄の副産物としてトーマス燐肥が生産できると考えたのである。恒藤はトーマス燐肥の原料となるリン資源は、日本国内では波照間島を上回る産地は無いと断言した。晩年と死.評価、影響.恒藤の生涯は、その大半をリン鉱石の資源開発に費やしたと言える。中でもラサ島のリン鉱石事業を誇りとしていた。ラサ島燐鉱株式会社時代の部下にあたる人物は、「恒藤はリン鉱石のお化けで会社のことなど考えないような男だ」と評し、「燐鉱の開発を己の信念として、燐鉱で儲けた金は燐鉱に使ってしまったので、会社経営が順調な時に内部留保などしなかったため、第一次大戦後は大変に困った」としながらも、「私財も全て投じて日本の農業の将来は燐鉱にかかっていると大きな声を出し、信念を貫かれた立派な方だと思う」と評価した。恒藤の孫にあたる恒藤敏彦は、国益のため、そして農村の貧しさを救うために日本農業の近代化を進めるべく、燐鉱の探究と燐肥の生産に全力を尽くし、その中でラサ島の開発をやり遂げ事業家としても成功した。それ以外のことは眼中になかったと評している。また恒藤は「燐鉱、リン酸肥料工業ほど男らしい仕事は無い」と、講師として教鞭を取った高等農林学校などで燐鉱、リン酸肥料工業を魅力を語り、恒藤の薫陶を受けた人材がリン鉱石探査、研究そして実業界で活躍していくようになった。なお恒藤が会社の経営面で行き届かなかった面があったとの評は他にもあり、ラサ島燐鉱株式会社の重役であった井田榮造は事業拡大に鼻息が荒い恒藤に対して、手を広げるばかりが事業では無いと諫めたものの、聞き入れられなかったため辞職して社を去った。また恒藤の要請で南沙諸島の探検を行った小倉卯之助は、主として金銭面の問題で恒藤に不信感を持ち、一緒に仕事が出来るかと不安に感じたと述べている。