足利義昭が織田信長によって京都から追放されて室町幕府が崩壊すると、貴族(公卿)でもあった陰陽師達は新たに台頭した戦国大名たちの要望に応えていく事に活路を見いだした。殊に土御門家は、当時もっとも大きな影響力を持っていた織田信長に接近し、信長もまた土御門家に目をかけた。その証拠に、前右大臣である信長の推挙によって土御門家は「公家成」を果たしている。これまでは土御門家当主が個人で位階昇進を果たしていたが(蔭位による)、信長による推挙によって、土御門家は明治に至るまでつづく正式な「公家」の一員となった。また信長の弟である織田信包の嫡子である織田信重の娘は久脩の子である土御門泰重の妻になっており、織田家と姻戚関係にもなっている。ともあれ、こうした混乱の結果、賀茂氏嫡流である勘解由小路家は無嗣となって没落。ここに賀茂氏本流は途絶える事になった(後に賀茂氏の血統は庶流である幸徳井家が継承する)。陰陽頭の地位は勘解由小路家が無嗣になると、再び土御門家の元に戻った。信長は甲州征伐(武田攻め)後頃から、東海信越および他地方において、陰陽寮が作成する暦と異なる節気基準や閏法を用いている事に注目し、土御門久脩にその理由と改暦について問い合わせている。この時に久脩がどう回答したかは明らかではないが、その場にいた公家の勧修寺晴豊の日記によると、久脩は勘解由小路在昌らとも相談して、地方暦の事情や改暦の必要性は見いだせない事などを答申し、信長は一旦納得したという。陰陽道「宗家制度」確立へ.太閤豊臣秀吉が死去し、政権運営が五大老と五奉行による合議制になったが、そのなかで台頭したのは石高も地位も高かった徳川家康であった。天下取りに動き始める家康と、それを阻止して豊臣政権の維持を図ろうとする石田三成らとの対立は必至であった。しかし、ながらく配流されていた事も影響してか、久脩の後継となるべき土御門泰重は陰陽頭になれず、陰陽頭職から外され、同職は賀茂氏庶流であった幸徳井家より出される事になった。なお、これには上記の理由の他に泰重の「失態(暦道における失態)」(詳細は不明)も大きな原因になったようだ。実は幸徳井家の祖は安倍氏から出ているのだが、室町期の安倍氏庶流出身である安倍友幸が師家である賀茂氏の賀茂定弘の養子に入って同氏庶流になっていた事から、陰陽頭の座は再び賀茂氏系に奪われる事になった。