その歌に触れた者の意識を同調させ自我を失わせる「星の歌い手」の力を手に入れたウィンダミア王国は、母星と対をなすラグナのシステム上に現れた「星の神殿」に美雲を据え、全銀河に歌を響かせようとする。ケイオスの部隊はこれを阻止すべくラグナに突入するが、ロイドは和平を求めるハインツの意に反し、「星の歌」の力によって全銀河に住まう人類種の意識を同調させて巨大な知性体へと進化させ、ウィンダミア人を核とした永遠なる統治をもくろむ。すべての自我が取り込まれようとするなか、ハヤテはフレイアに自分の思いを告白し、寿命の差を気にして気持ちを秘めていたフレイアもミラージュに叱咤され、その思いにこたえる。迷いを振り切ったフレイアの歌をきっかけに意識の同調を打ち破ったワルキューレとΔ小隊は、ハインツの命を受けた空中騎士団の助力を得て、美雲の救出に成功する。そしてキースは道をたがえた友ロイドをみずからの手で討ち、運命をともにする。ウィンダミア軍が撤退し、平和を取り戻したラグナの空で、ハヤテはフレイアとともに生きてゆくことを誓う。世界設定・用語.ヴァールシンドローム.ヴァールシンドロームの初の発症確認とほぼ時を同じくして、フォールド細菌による自我への影響を抑える受容体「フォールドレセプター(フォールド因子受容体)」保有者も現れはじめた。バジュラという宿主を失ったフォールド細菌がランカ・リーを教材として、人類と新たな共生形態を持ったとみられる。星間複合企業体ケイオス(後述)はヴァールシンドロームに対抗すべく、フォールドレセプター保有者を集め、戦術音楽ユニット「ワルキューレ」を結成する。同ユニットの生体フォールド波を伴った歌声でヴァールの鎮静・予防が可能となるが、これはあくまで対症療法にすぎず、根本的な治療法は確立されていない。録音やデータ化した音声では生体フォールド波の効果が激減するため、歌い手が直接生の歌声を聴かせる必要がある。のちに対抗策として開発されたフォールドジャミング装置により、ある程度発症を抑制させて戦闘を継続する対策も行われるが、装置を破壊されると無効化される欠点を持つ。ケイオス.各惑星の名称や設定は、本作の文芸を担当した小太刀右京が考案し、風景はロマン・トマが河森らとロケーション・ハンティングで赴いた土地などを参考にデザインした。惑星ラグナ.