主人公はダリオスに勤務する共和国軍の兵士である。スタート時の階級は二等兵であり、通常、パイロットとは思えない最下層の階級であるが、司令部に呼び出されて最新鋭機での単独調査任務を命じられるなど、ある程度の実力は軍から評価されているようである。階級はイベントをこなしていけば、一等兵、軍曹、准尉、少尉、中尉、大尉、少佐、中佐、大佐、准将、少将、中将、大将、元帥と昇進することが可能。戦闘.フィールド上などで敵ゾイド部隊と遭遇すると、戦闘が発生する。一連の流れは前作と変わらず、遭遇後はまず準備画面に移行する。ここでは敵ゾイドのデータが表示され、「せんとう」「にげる」「ITEM」「でーた」のコマンドを選択し、今後の行動を決定する。なお、「せんとう」選択後(または「にげる」失敗時)に移行する戦闘モード中はリアルタイムの射撃戦であるが、準備画面には制限時間などはない。また戦闘モード中にセレクトボタンを押すことで準備画面に戻る事が可能。ただし、準備画面中も時間は経過し敵が動いているので、タイミングが悪いと戦闘モードに移行した瞬間に被弾、ということもある。戦闘モードも基本的に前作と同じ構成である。敵は自機を取り囲むように配置され、プレイヤーがその場で回転する事で横スクロールして画面に表示されるシステムとなっている(自機の移動という概念がない)。自機後方にいるであろう、画面に表示されていない敵が攻撃してくることはない。自機が座標上は移動しないため、自軍ゾイドの最高速は横スクロールのスピードという形で反映されている。敵の撃ってくる弾は視認でき、画面中央の照準カーソル付近にのみ自分の当たり判定が存在するので、画面をスクロールさせて自分の弾を当てつつ、敵弾をかわすことが重要である。敵機と弾のグラフィックが前作と比べて若干小さめに描かれているため、高速で動き回る敵を正確に狙う必要があり、戦闘の難易度は高まった。また、敵の小型機と大型機の区別が明確になり、大型機は攻防ともに優れ、弾の発射間隔も小さい上に移動スピードも速く、手強い相手となっている。このため前作では単にスピードと動きが大きいだけの倒しやすい敵だったサーベルタイガーが、本作では恐るべき強敵になっている。