最初のメインパイロットであるベス以外は必ず戦死したことから、当時のアニメ誌では“イデの呪いのかかったメカ”と揶揄されていた。合体時にはイデオンの腰部、脚部。合体形態.機能.コントロール.イデのゲージ.イデオンにとってのメインコントロール回線であるこのゲージに、地球人たちは地球製のメカ(コクピット)を割り込ませ、サブ・コントロールシステムにした。テレビシリーズでは、ユウキ・コスモ達は成り行き上パイロットを務め、そのまま戦闘を繰り返すうちに経験を積んでいったことで操縦技術が向上し、他の大人達を抑えて実質的に専属パイロットとなった。劇場版では、本編開始前にコスモ達がテスト起動で一度各メカの起動に成功しており、その際に「子供が乗らないと動かせない」事が明らかになった。小説版ではマシーンに乗る人間の年齢が低いほどイデのゲージが輝くという事が判明しており、少年少女がパイロットを務めている要因が付加されている。インテンション・オートマチック.小説版ではこの操縦システムについて詳しく解説されており、ミムラ・ジムナウによれば、第六文明人の機械的なシステムをコスモ達地球人の体型に合わせてコピーし、イデオンの機械的な部分に接続させただけのものだった。こうすることで、第六文明人のマシーンに対しての考え方や癖をコピーしながら推論してゆくためのもので、動力源が何なのかも解明されていない段階であり、ジムナウ達はこのシステムで、イデオンを動かせるとは思っていなかった。バリアー.イデオンを守る強力なバリアーで、加粒子ビームのバリアーとは異なり、ミサイルをも弾き飛ばす圧倒的なエネルギーを放出している。イデオンの咆哮.機体各部.頭部.頭部顔面、人間で言うと眼に当たる部分のバイザー状の表示部に、稼働状況に応じたサインが現れ、イデの状態や意図らしきものを表現する。通常は走査線状の一定のパターンだが、稀に図形が現れたり、中心部が強く輝いたりすることもある。『発動篇』におけるイデ発動状態下では、不規則なパターンが激しく明滅していた。コクピット.兵装.格闘攻撃.グレンキャノン.ミサイル.なお、映画版『接触篇』では、当初からイデオンには自動制御のミサイルが内蔵されている。