タイガース時代には江夏豊を宿舎の自室に呼び、お茶を飲みながらスタルヒンと沢村の話を聞かせたという。晩年のに江夏が広島東洋カープで初めて優勝を経験した際にも藤本は杖を突きながら現れ、「良かったなぁ」と泣きながら祝福した。監督として.投手起用.プロ野球初の没収試合.にパシフィックの監督に就任した際に、戦前に他球団に所属していた選手を入団させたことで没収試合を経験することとなった。同年からプロ野球は復活したが、戦後の混乱期の中で選手契約についても議論が割れていた。具体的には、プロ野球がに一時休止になった時点で「いずれかの球団に所属していた選手はそのチームに戻るべき」という意見と、「戦後新しくスタートするのだから戦前の所属球団にこだわる必要はない」という意見である。藤本は移籍容認派で、「戦争が終わって、日本もイチから出直すのだから、職業野球もイチから出直す。よって選手も自由に球団を選ぶべきだ」と述べ、プロ野球が中止されて球団が解散した時に、選手のその後の支援を何もせずに一方的に解雇したにもかかわらず、選手の保有権を主張する球団の対応に不満を持っていた。そして、藤本率いるパシフィックにヴィクトル・スタルヒンと白石勝巳(東京巨人軍)、藤井勇(阪神軍)を、巨人・阪神両球団の許可無く入団させた。これに対して日本野球連盟は「調査の必要もあり、様々な意見を聞いて慎重に決定する必要がある。それまでは対象になる選手の出場を一時見合わせるように」という全球団に対して通告を出していた。藤本は前述の球団の対応への不満に加え、戦前に巨人軍の選手だった青田昇・前川八郎が阪急軍と契約し、白石や藤井と同様に試合に出場していたにもかかわらず不問にされた上に、その阪急の球団代表が藤本を批判していたことを引き合いに出して反論した。各種記録.後輩・江夏と川上と.阪神タイガースに入団し、その後広島東洋カープ、日本ハムファイターズなどで活躍した江夏豊は、自身の著書においてタイガース監督時代の藤本の立場を示すエピソードについて語っている。