罰則として、一同とともに禁じられた森でハグリッドの仕事を手伝うことになったハリーだが、森のなかでマントを着た正体不明のものに襲われる。それは蘇りの効能があるというユニコーンの血を啜っていた。ケンタウルスのフィレンツェに辛くも助けられたハリーは、自分を襲ったものがヴォルデモート卿で、失った肉体を取り戻すため学校に隠された賢者の石を狙っているとほのめかされる。ヴォルデモートが石を手に入れることを三人は危惧する。進級試験の最終日、ハグリッドが酒場でドラゴンの卵をくれた男に、賢者の石が隠された場所を守っている三頭犬のフラッフィーに対処する方法を教えたことを知る。守りの秘密が完全に漏れたことを悟ったハリーたち三人は、副校長のミネルバ・マクゴナガル教授に危険を伝えようとするが、まともに取り合ってもらえず、さらにはダンブルドアが緊急に魔法省へ呼び出されて不在だということを聞く。ダンブルドアが不在となるその夜を狙って、スネイプが賢者の石を盗みに入ることを三人は確信する。クィレルはなぜか部屋に設置されていた「みぞの鏡」から賢者の石をどうしても取り出せなかったが、ハリーが鏡を覗くと石は簡単にハリーのポケットに入る。ヴォルデモートはクィレルにハリーを殺させて石を奪おうとするが、クィレルはハリーの体に触れただけで身体が焼けただれて死亡する。ヴォルデモートは憑依した人間が死んだために、ふたたび体を持たないままの姿で消えていく。ハリーが気がつくと医務室に横たわっており、ダンブルドアが見舞いに来ていた。彼は魔法省で偽の呼び出しに気づいてホグワーツに急いで戻り、ハリーを救い出したのである。ダンブルドアは、フラメルと話し合って賢者の石を壊したことを語る。ダンブルドアは、クィレルがハリーに触れられなかったのはハリーの母親であるリリーの守りの魔法のおかげであったこと、そして、クィディッチの試合でスネイプはハリーを殺そうとしたのではなく、むしろクィレルの呪文に抗してハリーを救おうとしていたことなどを語る。ハリーだけが石を取り出すことに成功した理由は、「みぞの鏡」が賢者の石を使いたい者ではなく、見つけたい者の手に入るように仕組まれていたためであった。制作、出版および評判.制作.イギリスでの出版と評判.