ゼロは、ボスを倒すと必殺技・特殊武器を会得する。エックスとは異なり、その大半は武器エネルギーを消費せずに使用することができる。技の多くはコマンド入力によって発動する。敵専用技.ゼットバスター.使用できるのはゲームスタート時のキャラセレクトでゼロを選んだ場合のみで、エックスを選択した場合は破壊されて使用できなくなる。前作ではダッシュ時の残像が通常同様の赤色のままであったが、本作では紫色に変更されている。また、同様に必殺技「疾風」の残像も紫色に変化する。強化パーツ.自動装備パーツ.共有はできず、いずれも取得したキャラクターにのみ適用される。下記のどちらを選ぶかによって、同じボスでも入手できる選択装備パーツが異なる。前述の仕様により、体力ゲージと武器エネルギーゲージの両方を最大まで強化することは不可能。評価.概要.ストーリー展開にも影響するアナザーボスの存在など、前作に引き続き非常に凝ったゲームシステムが特徴となっている。前作で初めて搭載されたオペレーターによるステージのオペレートは特定の所で任意表示できるシステムに変更された。本作はあるステージを出ると、他のステージに影響が出て難易度が変化する(詳細は後述)。前作と同じく全てのボスキャラクターを全て倒さなくても次のエリアに進めるが、ある程度パワーアップしないと攻略できない。今作では再び、大多数のキャラクターにキャラクターボイスが導入された(アニメーションではなく、一枚絵方式でイベントが起きるのは前作と同じだが、前作とは異なりボイスが流れる)。ストーリー.登場キャラクター.メインキャラクター.ナイトメア現象.括弧内は、(脱出するステージ→発生するステージ)ボスキャラクター.メインボス.エックスの能力.特殊武器.アーマー.ファルコンアーマー.ブレードアーマー.ファルコンアーマーを基に、ゼットセイバーとの連携を重視されたアーマー。シャドーアーマー.忍者を基にしたアーマー。足元と壁のトゲトラップの無効化、壁や天井への張り付き、ゼットセイバーの振りが早くなるなど、特殊な能力を備えている。前作のガイアアーマーと違い、移動力の低下もなく、パーツ装着の制約も無い。しかしエアダッシュができず、特殊武器が使用できないなどの制約も多い。アルティメットアーマー.ゼロの能力.