江戸時代の知識人層でも義経の死については疑義が示され、首級の搬送期間が明らかに長いことから、水戸藩編纂『大日本史』では偽の死で北へ逃亡した可能性が注記された。朱子学者・新井白石も義経の搬送された首は偽だろうと記した。明治期になると、帝国大学文科大学教授らが『吾妻鏡』を根拠に義経自刃を史実とし、以降現代に至るまで歴史学上は義経生脱・入夷説は否定されている。一方、民間では創作や捏造が肥大化、江戸時代中期以降、義経は蝦夷地のアイヌたちの棟梁、大陸の金国の将軍、さらには清国の祖とされた。この義経=清祖説は、夏目漱石『吾輩は猫である』でも触れられているように、江戸から明治期まで庶民にとっても耳馴染みの言説だった。明治期には、さらに義経=成吉思汗説が浮上することとなるが、大正末期に出版された小谷部全一郎『成吉思汗は源義経なり』が戦地で配布されたように、同説は「満蒙は国家の生命線」(松岡洋右)とする帝国日本の国家戦略と軌を一にして、昭和期の大陸侵略に利用された。現代では、荒唐無稽かつ有り得ない虚説とされるが、創作や捏造があることと、源義経とチンギス・ハンとが同一人物であるか否かは別問題である。義経の死を疑う論拠は多数あり、年代も合致し、義経の日本での活躍期にテムジンは大陸で行方不明になっており、義経の行方不明後に、テムジンはハーンを宣言、後にチンギス・ハンとなっている。文物も一致し、後述するように遊牧民族、騎馬民族の集団は、世襲・序列などにこだわらず、優秀な人材と信じた者を指導者に選び、場合によっては人種の違いさえも厭わないという事実等を論拠に、同一人物説を主張する人々は特に東北・北海道地方に根強く存在し、それを否定する知識人・歴史家との対立も長い歴史をもっている。ただし、チンギス・ハンは家系がはっきりしており、日本人の噂や伝説は現在の所ないことや(偽史冒険世界)、日本からモンゴル高原まで相当な距離があること、また当時、のちにチンギス・ハンに倒されるまで大陸沿岸に存在した金国(女真族)は強大で、そこを通過する可能性、言語・軍資面など疑問が多く、物理的にも史的観点からもこの説の立証は難しく、またチンギス・ハンが大量殺戮をしている点なども、行動・性格が違いすぎることから、学術的には否定されている。歴史.六回蘇った義経.義経入夷伝説始まる.(松前藩の案内人の報告)