ニーメラーの発言や礼拝説教はますます野党的なものになった。最終的には、ニーメラーは告白教会内においてラディカルな路線を選んだ。彼は古プロイセン合同福音主義教会の告白教会評議員会に属し、この組織こそが真の教会指導部であると見なしていた。異端になってしまった者たちは、教会指導部を構成する資格がないと見なしたからである。異端者たちをニーメラーはドイツの臣民と見なさなかった。それに反して、多くの教会関係者は教会担当省大臣ハンス・ケルルによって設立された帝国教会指導委員会に加わってしまった。ナチス政府にお膳立てされたこの官製組織に入らなかったのは、ニーメラーの属する古プロイセン合同福音主義教会の告白教会評議員会とテューリンゲン州を中心とするドイツ的キリスト者内の過激派だけであった。この時代に生きていた多くの保守主義者たちと同じように、ユダヤ人を詐欺師と見るような反ユダヤ主義的傾向をニーメラーは持っていた。強制収容所に拘束されていた間、ニーメラーは神学に関して新たな展開を遂げた。それまでのニーメラーは教会の働きとして民族への奉仕を強調していたが、イエス・キリストの十字架刑において、すべての諸民族を対象にした出来事が生じたと理解した。何よりも教会は国境、人種、イデオロギー対立の克服に従事しなければならないと認識した。その上、ナチ党の権力掌握に際してドイツの諸教会にも連帯責任があると認める必要があるとした。ドイツの戦後.西ドイツ駐留アメリカ軍のクレイ将軍はニーメラーについて、ワシントンに以下のように報告していた。福音主義教会の再建.平和主義活動家としてのニーメラー.ニーメラーは西ドイツをローマにおいて構想され、ワシントンで生まれたと見なして、その建国自体に嫌疑を表明した。西ドイツの再軍備、冷戦時代における教会の姿勢、並びに大国の軍事政策にも批判的であった。批判的な言葉で示された彼の政治に関する見解は忌避された。このような意見を表明した教会関係者はニーメラー以外にはいなかった。ニーメラーの批判的見解に関して、中立の立場を示す者はおらず、賛成者か敵対者に二分された。