JRの快速・普通列車は原則的に普通車自由席のみであり、グリーン車連結でも普通車・グリーン車ともに全車全席自由席となっている列車が多いながら、快速・普通列車でも、蒸気機関車牽引列車(SL列車)などの観光・レジャー目的の列車、優等列車同様に中距離以上の都市間輸送を担う列車、新幹線接続の列車、夜行列車などでは、グリーン車全席と普通車の一部を座席指定にしている列車があるほか、普通車のみの列車でも全車全席または一部を座席指定にしている列車がある。全席指定の例は「ムーンライトながら」(夜行)や「SLやまぐち号」(観光目的)など、一部指定は「マリンライナー」(都市間輸送・新幹線接続)などが挙げられる。通勤客向けのホームライナーなど大都市圏・都市圏で運行される、乗車券のほかに乗車整理券・ライナー券を必要とする列車は、多くが定員制のため乗車整理券等で列車名や号車が指定されるが、席番まで明確に指定されない。これらの指定席を有する列車の情報は、JRの予約システムであるマルスに収録されており、マルスの端末が置かれた鉄道駅やJTB(旧日本交通公社)、日本旅行等旅行業者などに設置されている「みどりの窓口」で予約・購入できる。有人窓口や一部の指定席券券売機では、予約時にこの時点での空席から任意の席を指定できる場合もある。普通列車での指定席は、指定券完売で販売上指定席満席のはずが、実際は多くの空席を抱えたまま運行している問題が生じている。私鉄.JR以外の私鉄でも座席指定が行われており、その目的は駅のプラットホームの安全対策、快適性等を目的として利用されることが多い。全車両で乗車に運賃のほか特急料金等の料金が必要な優等列車は、大手私鉄ではほぼすべて全車全席指定で運行されているが、中小私鉄では、全車で特急料金または急行料金が必要ながらも、指定席のほか自由席が設定された優等列車、または指定席を設けず全車自由席の優等列車も存在する。また、JR東海から伊勢鉄道線に乗り入れる特急「南紀」と快速「みえ」には一部指定席を設けてあるが、線内の指定席料金は不要となっている。ただし、伊勢鉄道線内のみの指定席利用はできない。