紙資料を電子文書化するとき、PDFを利用しない場合には、TIFFなどの画像ファイルとして保存する方法と、OCRソフトウェアを使ってテキストとして保存する方法がある。画像ファイルとして保存された電子文書は画面上で見る場合には紙資料と同じ内容が再現できるものの、文章や文字をコピーすることができないなどテキストの再利用に大きな制限がある。また、OCRソフトウェアを使って作成したテキストファイルではテキストの再利用は可能となるが、OCRソフトウェアの精度の問題もあり、元の内容を完全に再現できない場合が多い。アクセシビリティ.ウイルスと脆弱性.閲覧に使用したコンピュータのウイルス感染.対策として、リーダの最新版へのプログラムアップデートがあるが、新たな脆弱性が発見されてからアップデートまでに時間が必要である。ユーザーによる不要な機能の無効化(例えばAcrobatReaderにおけるJavaScriptエンジンの無効化)を併用することが推奨される。権利コントロール.セキュリティと電子署名.PDFファイルには、情報の機密性を保つために、閲覧パスワード(ユーザパスワード)と編集パスワード(オーナーパスワード)、公開鍵方式の暗号化を設定することができる。閲覧パスワードが設定されていると、利用者は正しい閲覧パスワードを入力しないとPDFファイルを開けない。編集パスワードが設定されている場合、閲覧だけならパスワード入力は不要であるが、次の作業をするには正しい編集パスワードを入力して設定を解除しなければならない。この機能を使うことにより、ユーザの画面上では表示できるものの、コンテンツ内の文章をコピー・アンド・ペーストできないようしたり、文書内の写真の印刷ができないよう設定した文書を配布したりできる。また、電子署名を付け、文書の改竄を防止する機能も持つ。DRM.製品群ではDRMを実装しており、エンドユーザーに配布されたPDFに対して、後から閲覧権限を変更することができる。応用の一例としては、配布されたPDFの内容が古くなってしまった場合に閲覧禁止として、新しい版をダウンロードするよう求めるような例がある。デフォルトの画面設定.PDFは表示するソフトウェアの挙動を定義することが出来る。