田代ファミリーに疑惑の目が向けられ、世間の風向きが変わるなか、かつて学んだ栃木県・泉が丘高校に再編入となった結衣に、田代槇人が殺人指令を下す。結衣は賞金稼ぎの刺客をかわしながら、完成した原爆と、米谷、そして生存がほのめかされた妹・詠美の行方を追う。高校事変IX.元・武蔵小杉高校の英語教師、三井和美(旧姓・敷島)は、高校事変後に体調を崩し、新たに赴任した学校にも通えずにいた。それでもまた以前のように教壇に立つ事を心の支えに、悪夢のような記憶と闘っている。生徒らの身柄を開放する条件として、シビックを興した諏訪野猛は、前首相・矢幡との間で交わした「国家の安全保証に関する裏取引」の存在を仄めかし、そんな最中にシビックを興した諏訪野猛の正体が、優莉匡太逮捕後に行方不明になっていた優莉家の長男・優莉架禱斗であることが明らかとなる。裏取引の存在を知らされぬまま、新首相となった宮村は、苦渋の決断として、架禱斗を良く知る結衣に、関わったすべての事件の罪を不問にする条件と引き換えに、陸上自衛隊・特殊作戦群主導の人質救出作戦に参加させる。優莉匡太が描いた夢の実現を目指す架禱斗。凛香、篤志と接触し、半グレ同盟の再興に暗躍する市村凛。そして姉・智佐子の存在。引き離されていた兄弟は更なる闘いの渦の中に巻き込まれてゆく。その見返りとして架禱斗は内外政の諸問題を鮮やかに解決してみせ、宮村は政権の支持率を回復してゆくが、その影で架禱斗の配下の半グレ組織が秘かに勢力を拡大してゆく。今は亡き優莉家の三男・優莉健斗が通った葉瀬中学校に、武装した少女が現れ、補習授業に参加していた、バス事件の生き残りである生徒らを殺害する事件が起こる。以前、結衣と会話をした事がある生徒・枝沢美佳は、武装した少女が、結衣ではなく智沙子である事を見抜き、難を逃れるが、智沙子を差し向けた架禱斗は、卑劣な方法で健斗を孤立させ、死に追いやった同級生や学校の姿勢を決して許す事は無かった。一方で、市村凛は自分にかつて大怪我を負わせた、「探偵の探偵」沙崎玲奈に復讐するため、娘の凛香に命じて、その行方を探させる。結衣不在の日本で、架禱斗がその凶暴な素顔をあらわにしてゆき、最終決戦の幕が上がろうとしている。