証拠資料の中には、正統的ストラトフォード派と反ストラトフォード派の間だけでなく、反ストラトフォード派の諸分派間での議論を引き起こすものが少なくない。ある候補者説を裏づける証拠が、ストラトフォードのシェイクスピアだけでなく別の候補者をも否定することがあるためである。これらの見解の真実性が明らかになれば、正統的ストラトフォード派の学者がその拠り所を失うことになるのは確実である上、ベーコンやネヴィルも真作者候補から外されることとなるため、この問題はオックスフォード派にとって最重要の立脚点であるばかりなく、反ストラトフォード派全体にとって極めて重要な論点となっている。『ソネット集』.『テンペスト』.『ヘンリー八世』.『マクベス』.その他の後期作品.暗号.もはや信仰に近いとさえいえる難解な解釈をする研究者は、シェイクスピアの正典の中に暗号の形で隠された秘密のメッセージを見出すことでこの問題を解決しようと考えている。彼らが発見したと主張する暗号の多くは、ベーコン説を裏づけるものであるが、これはベーコンが暗号解読法に精通していたという事実に照応させたものである。『ソネット集』にも同様の暗号が散見されるとの研究がなされているが、シェイクスピア自身を示すものとマーロウを示すものの両方が発表されている。こうした議論は、本当に「隠されたメッセージ」なるものが意図的に作品中へ織り込まれたものであるのか、そうであるとしてもシェイクスピアが書いたオリジナルのテキストに校訂者の手が加えられている可能性を一切排除してよいのか、そもそもそのような暗号を潜ませる必要があったのかといった疑問を差し置いたものであることは否めない。ストレイチー書簡.「ストレイチー書簡」は、『テンペスト』にインスピレーションを与えた可能性が高い資料であると従来の学者の多くが考えてきた。ウォルター・ローリーの処刑.ただし、これらの学説はシェイクスピア研究史の中でも特異な見解であり、『マクベス』の注解者のほとんどは、マルカムのこのセリフは純然たるフィクションであり、歴史上の事件や実在した人物をほのめかしたものではないと考えている。地理的な知識.