ADHDやアスペルガー症候群などの発達障害児は、専門家の診断が好ましいが、特殊教育の経験者がいない学校では、配慮の必要な子供の診断や指導に苦労している。通常、安全面などを確認し、普通学級に受け入れられる程度の障害を持つ子供は入学、看護が必要な場合は保護者側の負担となっていることが多い。海外では以前子供が在籍していた学校と言葉が通じない、記録書類が残っていないなど、過去の学習状態を把握しにくいケースも多く、面接や体験入学を行って受け入れ可能かどうか判断することになる。また、肢体不自由児に関しては、物理的なバリアフリーが求められるが、スクールバスでの通学が多い上に、施設や校舎のデザインがもともとバリアフリーにできていない多くの日本人学校では、財政面の負担から改築を渋る所がある。何らかの障害を持つ子供達を積極的に受け入れたい学校も、教員数や財政的な理由から募集数を絞らざるを得ない。支援教室があっても小学部にしか設けられていない学校や、校長や教員の交代で支援体制まで変わってしまう学校は長期滞在者には辛い。「日本とまったく同じ学校」と聞いて、障害にかかわらず誰でも通学できる学校だと思い込んでいる保護者もいる。また、学校の授業レベルが下がることを懸念して障害児を歓迎しない保護者もいる。日本人学校は公的な要素を持つ私立校であるがため、公立の特別支援学校的なサービスと、私立の進学校的なサービス両方が要求される立場にある。危機管理.安全対策.それでもまだ多くの日本人学校においては災害、テロ、反日デモ、感染症のパンデミックやエピデミックといった緊急時対策は不十分であると言える。使えるマニュアルの作成、備品購入と貯蔵、また災害だけでなく爆弾テロ、暴動、クーデター、ゲリラ乱入、不審者侵入、スクールバスへの投石などを想定した効果的な対策や避難訓練の充実が必要とされる。