核酸塩基の分類.非標準塩基.DNAには多くの非標準塩基が存在することが知られている。これらのほとんどは、ウラシルを含む標準塩基()が修飾されたものである。主溝と副溝.塩基対合.含有量.センスとアンチセンス.原核生物や真核生物のDNA配列、そしてプラスミドやウイルスではより多くのDNA配列が、()を持つことによってセンス鎖とアンチセンス鎖の区別をあいまいにしている。このような場合、DNA配列の中には、一方の鎖に沿って読まれると一方のタンパク質をコードし、もう一方の鎖に沿って逆方向に読まれるともう一方のタンパク質をコードするという、二重の役割を果たすものがある。細菌では、この重畳が遺伝子転写の調節に関与している可能性がある。一方、ウイルスでは、オーバーラップ遺伝子によって、小さなウイルスゲノム内にコードできる情報量を増加させる。スーパーコイル.代替DNA構造.代替DNA化学.四重鎖構造.は、複数の枝を含むネットワークを形成することがある分岐DNA.人工塩基.酸性度.DNAのリン酸基はリン酸と同様の酸性特性を与えることから、とみなすことができる。DNAは、通常の細胞内pHでは完全にイオン化し、陽子を放出してリン酸基は負電荷を帯びる。これらの負電荷は、DNAを加水分解しうる求核物質をはねつけて、加水分解による分解からDNAを保護する。巨視的外観.細胞から抽出された純粋なDNAは、白い糸状の凝集塊を形成する。化学修飾とDNAパッケージングの変化.塩基修飾とDNAパッケージング.遺伝子の発現は、DNAが染色体の中でクロマチンと呼ばれる階層的な構造にどのようにパッケージングされているかに影響される。塩基修飾はパッケージングに関与する可能性があり、遺伝子発現が低いかまったくない領域は通常、シトシン塩基のメチル化が高レベルで見られる。DNAパッケージングとその遺伝子発現への影響は、クロマチン構造においてDNAが巻きついているヒストンタンパク質コアの共有結合修飾や、クロマチン・リモデリング複合体によるリモデリングでも起こりうる。さらに、DNAメチル化とヒストン修飾の間にはがあるため、クロマチンと遺伝子発現に協調的に影響を与える可能性がある。損傷.生物学的機能.遺伝子とゲノム.