サイトメガロウイルスは、臓器移植患者や免疫不全患者に起こり得る。菌類.寄生虫.トキソプラズマ、糞線虫、回虫、マラリア原虫など。以前原虫とされていたニューモシスチス肺炎は現在は真菌に分類される。症状.発熱、咳、痰、呼吸困難、全身倦怠感、胸部痛など。初期はのどの痛みはあまりないが、痰を排出しようと咳を繰り返すことで炎症を起こす場合がある。しかし、高齢者の場合、発熱がみられないなど非典型的な症状を呈することが多く、食欲低下、何となく元気がない、といったちょっとした体調の変化をきっかけとして肺炎の診断につながる例も少なくないので注意が必要である。診断.喀痰のグラム染色は有用と考えられ、好中球による貪食像(どんしょくぞう:好中球が細菌を取り込んでいる像)は起炎菌の同定(原因となる病原体を特定すること)につながることもある(肺炎球菌では特に)。ただし、臨床研究では喀痰グラム染色と起炎菌とは一致しないと結論され、アメリカのガイドラインでは推奨されていない。なお、肺炎の原因菌の中でも特殊な結核に付いては、常に鑑別にあげなければならない。分類.肺炎の分類としては、いくつかの異なった分類が存在する。予防.治療.細菌性肺炎が疑われる場合は原因菌に抗力のある抗生物質を投与するが、原因菌特定には、喀痰培養同定・感受性検査など、時間のかかることが多く菌の種類を推定して抗生剤の選択を行うことが多い。肺真菌症では抗真菌薬、ウイルス性肺炎では対応した抗ウイルス薬を用いる。施設による違いはあるが、米国式のやり方をとっている施設では、菌の種類は推定せず、市中肺炎であるか院内肺炎であるかによって抗生剤を使い分ける。それは、胸部レントゲン像で菌の種類をみわけることはできないとする臨床研究の結果にしたがったものである。しかし、日本の一般的な医療機関では、まず広域抗生剤といわれる多くの種類の細菌に効く抗生剤を、患者の状況などから経験的に投与し、培養検査(肺炎の場合喀痰を培養し、原因菌を調べ、またどの抗生剤が有効かを調べる検査)の結果が出た時点で抗生剤を適宜変更するというのが標準である。小児の肺炎.小児の肺炎では、経験的治療は大きく異なってくる。その違いは肺炎の起炎菌の違いによるものである。