これらの状況判断により、第一遊撃部隊からレイテ湾突入を取りやめて反転北上をする旨の電報が届いたとき、軍令部も連合艦隊もこれに対する措置は何も執らなかった。それどころか栗田艦隊の反転北上は、南下するハルゼー機動部隊の大群に航空援護もなく自艦隊だけで突っ込んでいくものと認識され、伊藤整一軍令部次長は「却って危険だ」と発言している。軍令部では第一遊撃部隊は単独でアメリカ軍全力を相手にしていると考えていたのである。また、現場指揮官が状況に応じて判断した措置を、遠く離れて状況を知らない司令部がそれに対して指示を与えることは現実問題として不可能だったという理由もある。神風特別攻撃隊.誤認・誤報が飛び交う敵情報告.結果とその後.戦果と戦況判断.軍令部ではこのような戦況判断を基に、事後の捷一号作戦の方針をと定めた。これは打撃を与えた空母機動部隊にとどめをさし制海空権を確保、上陸した部隊は補給路遮断と陸軍兵団の増強で対処するというもので、空母機動部隊への攻撃を重視するととれるものだった。などを指示した。一方で海戦で損害を受けた損傷艦への修理は、継続するレイテ島での戦いに支障になることが懸念されたので、タンカーや海防艦、駆逐艦などの小艦艇の修理が優先され、大艦の修理は後回しにすることが海軍次官だった井上成美中将を中心に決定される。これに対して軍令部などでは次長の伊藤整一などから反対があり、議論の末戦艦などの修理は後回しとするが余力ができれば行うこととされた。また壊滅した空母戦力は、その再建が長期化することなどから、軍令部は第三艦隊を解隊することを決断、これに伴い第一機動艦隊も解隊となり、同じく第一機動艦隊を構成していた第二艦隊は連合艦隊直轄となった。こうして開戦以来日本とその周辺を席巻した「空母機動部隊」は消滅した。戦訓.しかし連合艦隊は当初の作戦内容では基地航空隊と機動部隊による航空支援を盛り込んではいたが、台湾沖航空戦の誤報戦果に踊らされて捷号作戦用に用意されたそれら航空戦力を磨り潰してしまい、続けてアメリカ軍がレイテに侵攻すると後手後手に回り、結局航空支援のない突入を前線部隊に強要した。このことは連合艦隊と前線部隊、特に第二艦隊との間にしこりを残した。水上艦船が航空機に対抗することの至難さを改めて痛感した前線部隊各指揮官は、各々戦闘詳報でと報告した。