「エッチな事ってどんな事だろう」と考えてしまったつぼみ。その時、いつの間にかつぼみのクラスにいた謎の少女遠藤沙耶がつぼみの目の前に現れ、声をかけてきた。つぼみはとっさに考え事を沙耶に話し、頼りがいのある言葉を沙耶からもらった。その後、つぼみと沙耶は深い絆で結ばれた友達になっていく。弟妹が出来る事を嬉しがる間に、つぼみの体は知らない内に大人へ一歩ずつ近づいていった。初潮、体の悩み、男女の違い、そして恋を通して、つぼみは友達と共に成長していく。人名には草や木、花の名前が入っている。そんな彼女にもある一つの悩み事があった。その悩み事のわきどころは幼馴染の押井怜麻で怜麻はつぼみのスカートをめくったりするなどのちょっかいを頻繁にし、つぼみの悩みの種になっていた。つぼみは怜麻と仲良くけんかしながら毎日を過ごす日々を送っていた。そんなある日の事、つぼみと怜麻が部屋で遊んでいると、部屋の天井から不思議な穴が空き、そこから少年の格好をした異星人が現れた。草壁つぼみを初めとした人間と、異星人クロウ・ゼット(地球での名前は草壁縁)の交流、交流の傍らで心体ともに成長し、恋に芽生えていく草壁つぼみの姿が描かれる。人名は家や家具に関する物から付けられている。椎名つぼみは絵を描くことが大好きな、幼さが残る無邪気な性格の女の子。文房具屋からの帰り道、つぼみと幹図は転んで写生用具が入っているカバンを落とした黒いコートと帽子の姿のお兄さんに出会う。一緒に拾い物をすると、チューリップが付いているかわいいシャープペンシルがつぼみの目に付き、つぼみはこのシャープペンシルをもらう事になった。家に帰り、つぼみはそのシャープペンシルを使って絵を描いてみると、描いた絵がむくむくと浮かび、実体化して生き物のように動いてしまった。そんな不思議なシャープペンシルを手にいれたつぼみは、幹図を道連れにして、様々な波乱に満ちた出来事を起こしたり巻き込まれたりする。つぼみ以外の人名には、学校の教科に関する文字が入っている。※つぼみと理志以外の主要登場人物の苗字は連載終了後に発売された『ないしょのつぼみファンBOOK女の子のはじめてのお話』にて明らかにされた。つぼみは小鳥が呼び込む様々な出来事を通じて成長し、恋にめばえていく。登場人物名は十二支にちなんだ物になっている。