レベルについても前作の要領で、レベルが上がるとカラダ(HPが上がる)、ココロ(太陽銃のエネルギー容量があがる)、チカラ(直接攻撃武器の攻撃力が上がる)の各ポイントを自分の好きなようにステータスに割り振ることができるが、最大レベルにしても全能力MAXにすることはできない。また、周回プレイも可能であるが所持アイテムや各種データなどが持ち越されるだけで、レベルはリセットされる。このためいろいろな育て方による様々なプレイスタイルでプレイすることができる。大きな変更点として注目すべきはトランスである。敵に攻撃する、されるなどしてトランスゲージがたまっていき、これが最大となると変身して一定時間戦うことができる。トランス中はアクションも専用のものとなる。ほかにも闘技場として中ボスやボスキャラクターと連続で戦う闘技場にもゲーム終盤に挑戦できる。また、何かを極めることによって、称号も入手できる。ある条件を満たすとぬいぐるみが入手でき、自宅(スミレの家)に飾ることができ、それぞれにある特殊効果がある。戦闘.戦闘システムについては武器が太陽銃と剣のみになり、その他の武器が廃止された。太陽銃は初代ボクらの太陽に近く、フレームとレンズを組み合わせて使うことができる。ただしエネルギーは精神エネルギーに依存するため、ステータス『ココロ』を上げないと容量が上がらない。逆に夜にしかプレイできないなどの理由で剣メインで戦うのであれば、ココロはあまり上げないといった戦略も有効であろう。また、頭・胴・腕・足にも装備をすることができ、さまざまな効果をもった装備品が存在する。バイク.移動時にはバイクを用いるようになったが、他の武器や装備品同様、バイクのパーツもゲームが進むことによっていろいろな方法で入手でき、それらを組み合わせて自由にカスタマイズできるほか、街の施設であるガレージで一度クリアしたダンジョンまでの道を再びプレイしたり、これで優秀な成績でクリアすれば更にレアアイテムがもらえるなどする。登場人物.ボクらの太陽の登場人物を参照ロックマンエグゼとのクロスオーバー.ガリガリ君とのコラボ.関連項目.ボクらの太陽ブラックカラント作戦背景.作戦.フョードル・チェレンコフ来歴.