本作はシリーズとしては初めて移植作ではない家庭用オリジナル作品として開発された版であり、旧来のファンだけではなく、今まで『バーチャロン』に触れたことがなかった新規のユーザーを取り込むというコンセプトが掲げられた。システム.操作方法.『バーチャロン』シリーズは基本的に、攻撃ボタンとダッシュボタン(『オラトリオ・タングラム』以降はターボボタンという呼称)のついた、左右一対の操縦桿(ツインスティック)を操作して、自分が操縦する機体(バーチャロイド)の操作を行う。『マーズ』のみ上記の操作に加えて、基本的な操作が少ない入力で済むように変更・簡略化された「オート操作」(AIサポート)がオプションとして用意されており、攻撃の使い分けや近接戦闘でのガードを半自動化することができる。移動.通常攻撃.各バーチャロイドは攻撃ボタンと移動操作の組み合わせにより、多彩な攻撃手段を使い分けることができる。ただし各種攻撃には動作に応じたルールが付随し、不用意な攻撃には反撃を受けるリスクが伴う。近接格闘.特殊入力技.一部の機体にはレバーの入力とボタンを組み合わせた、固有の特殊入力技が用意されている場合もある。補給.『フォース』および『マーズ』の対戦モードでは、戦闘中にスタートボタンを押すことでレスキューダッシュと呼ばれる操作を行うことができ、僚機に接触して互いのライフを分け合い、均等に再配分することができる。レスキューダッシュを行うと全ての武器ゲージを消費してしまう。また、リーダー機ではない僚機が撃墜された場合、行動不能になった僚機に接触することで同様にライフを再配分することができる。勝利と敗北.『フォース』および『マーズ』における対戦モードのレギュレーションでは、隊長機のヒットポイントが先になくなったチームが敗北となる。また、制限時間内に決着がつかなかった場合は、残りヒットポイントの合計が多い方の勝利となる。一人用のアクションゲーム仕立てとなっている『マーズ』のストーリーモードでは、プレイヤー機のヒットポイントが失われるか、制限時間内に決着がつかなかった場合にゲームオーバーとなる。勝利条件はミッションの内容によって異なり、提示された条件を達成できなかった場合にもゲームオーバーとなる。機体支給.