海底の捜索は難航したとされる。これは現地の地形によるものであり、酒井良海上幕僚長は「一般的な砂泥の海底であれば比較的簡単に探知ができるが、現地は岩やサンゴ礁による複雑な海底地形であり、海図に載っていない微細な起伏が多い。捜索に当たっている艦艇のソナーは高性能であるゆえに、これらの海図にない起伏を無数に探知しており、機体と同規模の海底突起に絞っただけでもかなりの数になる。これらを一つ一つ確認しているため、どうしても時間がかかる」旨を述べている。攻撃の可能性については事故直後から取り沙汰されていたが、防衛省幹部はこれを否定している。その理由としては、ドローンを含む兵器により攻撃を受けたならば大音量の爆発音が生じるが、事故直前に飛行音を聞いたり機影を見た住民等が複数いるにもかかわらず爆発音の証言はなく、自衛隊などのレーダーは敵性の飛翔体を捉えていない。また、電磁波による攻撃であれば宮古島の航空管制や民間通信にも影響が生じるが、そのような報告や証言がない。加えて、兵器による撃墜であれば機体は四散し大量の浮遊物が生じるが、実際に発見されているのは機体のなかでも外側に位置する外れやすい部品ばかりで、そのうち大きなドアなども原型を留めていること等が挙げられている。また、福山隆元陸将は「既存兵器での撃墜はレーダー探知がないことや爆発音の証言がないことからあり得ない。しかし、何らかの新兵器で撃墜された可能性は否定できない。ただし、高級将校搭乗機を撃墜したとの事実が判明した場合に中国側が被る不利益が大きすぎるので、可能性はほぼない。」とした。経過.事故発生.捜索活動.朝になってから再度、「人のようなもの」の通報があった付近を捜索するも、行方不明者などの発見には至らなかった。新たにドアの一部や機体内部パネル、外部にある整流板などが伊良部島と下地島間の沿岸部に漂着し始めた。現地は、複数の島が隣接している地形的特徴から海流が複雑に変化しており、予想外の範囲へ機体や破片等が流出することが懸念されている。機体主要部の発見.搭乗員の発見と引き上げ.機体の引き上げ.悪天候のため、「新世丸」は引き上げ関係作業を中止。機体の主要部を引き上げ、フライトレコーダーも回収された。日本映画制作適正化機構