元々はアクティビジョンの要望により、海外市場向けに開発されることとなったが、日本での発売予定が無かったことから、次回作で日本のユーザーがストーリー上の辻褄が合わなくなるのを回避するために、過去のエピソードを採用することとなった。開発途中で版権がアクティビジョンに変更になったことから、アクティビジョンの要望で、前作にあった和風の要素(越後屋や悪代官)、ステージのBGM等は廃止された。天誅参.高性能のハードになったため、グラフィックが大幅に向上。アナログスティック操作により、方向転換する事なく全方位に動ける、右スティックでカメラアングルが自由に操作できる、忍殺モーションのキャンセル、奥義の習得、死体隠遁のオミットといった追加、変更がなされた。前作のゲームオーバーでは枯れ木の闇に囲まれている墓標に十六夜と二振りの小太刀が置く静止画となっていたが、本作では映像のものに変更され、力丸プレイ時は枯れ木の闇に囲まれた強い風とその墓標に突き立てられた十六夜の風景(特別任務でも同様だが、『郷田城への帰還』は郷田兵が巡回しているため、殺害すると即任務失敗になるので注意)、彩女プレイ時は満月と桜の花弁が舞い散る時の風景、鉄舟プレイ時は夕日の風景がそれぞれの映像になった。力丸プレイ時はゆっくり映像の画面が出始め、彩女と鉄舟プレイ時は早く映像の画面が出る(下画面にスタートボタンが再挑戦、×ボタンが終了のアイコンが出ており、どちらのボタンを押すとその映像の画面がゆっくり消えるようになる)。ゲームオーバーの映像に変更した際、『任務失敗』のロゴの色がオレンジから赤に変更されている。また、前作では横書きだったが、本作では縦書きとなり、一斉に俳句が出るようになった。Best版には、メイキング映像や、イメージギャラリー集、天誅紅のプロモーション映像が収録された特典ディスクが附属されている。天誅紅.