監督の要求以上のアイデアを盛り込むという意味では、とても演出家的なアニメーターで、『フリクリ』監督の鶴巻和哉は、「発想はユニークでアイデアも豊富だが、ただの一スタッフには収まりきらず、結果として他人の作品を自分の色に染めてしまうところがある」と評している。また、一緒に仕事をしていた当時から「早く監督をやるべきだ」と言っていた一方で、「表現したいことに対して決してあきらめないので、強力な制作会社でないと彼をコントロールしきれないだろうと思っていた」とも語っている。井上俊之は「作品全体を作るためのアイデアをビジュアル面も含めてひとりで産み出せる監督であり、そういう人を他に探すと宮崎駿くらいしか思いつかない」と述べている。磯の作品はSF(サイエンス・フィクション)というジャンルに分類されることが多いが、本人はあまりそれに縛られたくないという。優先されるべきは正確な考証よりもエンターテインメント性であり、見ている人が楽しめるのならファンタジーでもSFでも構わないという。あくまでフィクションの中の未来というのは「言い当てる」ことよりも、今現在の人が見て面白いか、いかに想像力が膨らむかということが大事であり、「将来実現できるかどうか」についてはあまりこだわらないようにしている。オカルトを「ワクワクする話の種」として好んでいる。最初から嘘だとわかっていることを与太話として正しく楽しめるという点では、漫画やアニメといったフィクションと同じだと考えている。現実には偽りの事実で騙されたり他人にそそのかされたりして苦しむ人がいるのはわかっているが、一方で人間の性としてそういうものに惹きつけられることは避けられないという諦めのようなものもある。そこで、そうならないためにも、まずはオカルトをフィクションとして楽んで耐性をつける習慣が広がればいいと思っている。アニメは絵であり、全てウソでできているのは作り手も観客も分かっている。それでも感情移入して没入できるのがアニメの力であり、必要なのは「リアル」ではなく「リアリティ」だと考えている。観客の多くは厳しい現実を知りたいわけではなく、それを忘れて、現実では得がたいものを得たくてアニメを見ているので、そこは見失わないようにしようと思うと語っている。