国共内戦は国民党軍の敗退が続き、結局台湾への撤退を余儀なくされる。この時期、蔣経国は父に常に近侍し、補佐をするようになった。生母との離婚、ソ連時代にはいったん絶縁状をたたきつけたこともあった父との距離は国共内戦時以前は必ずしも近くなかったが、危機は父子の関係を深め、蔣経国は蔣介石側近筆頭の地位を確保する。台湾に撤退後、蔣介石は蔣経国に、特務の元締めと軍の政治工作部門の掌握といういわば体制の汚い部分を任せた。ソ連で軍の政治工作部門について学び、蔣介石に最も信頼されている蔣経国にとって適任ではあったが、政治家として大成するには特務の元締めという負の遺産を清算せねばならないという課題を背負うことになった。蔣経国は特務の元締めとして、台湾に根を張りつつあった共産党組織の壊滅に成功するが、実際の共産党関係者をはるかに上回る冤罪被害者を生み出した。軍の政治工作部門を掌握した蔣経国は軍の人事権を確保し、特務、軍の政治工作部門を活用して政敵を追放ないし抑圧することにも成功し、主として政治の裏側で強大な権力を握る。幼年・少年時代.誕生.蔣一族は代々食料、塩、酒類を商う商人であったが、太平天国の乱に巻き込まれていったん家財を失ってしまう。しかし蔣経国の曽祖父にあたる蔣斯千は商才があり、家業を立て直した。蔣斯千の死後、家業は蔣経国の祖父である蔣肇聡が継いだ。蔣肇聡も有能な商人であり、公益事業にも熱心な人物であった。蔣肇聡は三度の婚姻歴があり、最初の妻、そして二人目の妻とも死別した後、王采玉を三度目の妻として迎えた。蔣介石が国事に奔走していくようになる中、妻・毛福梅との関係はさらに遠くなった。毛福梅は母・王采玉に勧められて結婚した女性であり、蔣介石は次第にこの田舎育ちの妻がうとましく感じられるようになっていった。蔣介石の毛福梅に対する態度もひどいもので、殴る蹴るはもちろんのこと、二階から突き落としたことも何度かあったと伝えられている。息子である蔣経国はむろん母のことを慕っていたが、このような家庭環境は蔣経国に影響を与えたと考えられる。伝統的な教育を受ける.