一方元将軍徳川慶喜は、二条城にいた頃は王政復古を受け入れ、時間の猶予をもらえれば辞官納地も受け入れるような立場を取っていたが、強硬派の部下たちの気勢を削ぐために大阪城に移った後、だんだん強硬派の部下たちに影響されて、王政復古拒否と朝廷軍との開戦に考えが傾きはじめた。そして君子が道を誤った時は臣たる者は君子を諫めることを以て旨とすべしという儒教の教えを唱えて、天皇に弓引く正当化を図り始めた。天皇は二条城本丸白書院の上段に設けられた簾中に臨御し、総裁熾仁親王、議定、上参与が中段に、下参与が廂に座を占めて朝議が行われ、江戸へ逃れた賊徒の親征と、そのための東征大総督の設置が決定された。朝議終了後、天皇は総裁を召して次の大略の親征令を下した。「このたび慶喜以下賊徒は江戸城ヘ逃れ、ますます暴虐をほしいままにしている。四海鼎沸し、万民塗炭に苦しむさまは見るに忍び難い。よって天皇は、叡断をもって親征を決意した。ついては適切な人選によって大総督を置くこととする。畿内、七道の大小藩は各々軍旅の用意に取り掛かるように。数日内に軍議を決定する。御沙汰あり次第、各部隊は命を奉じて直ちに馳せ参じよ。諸軍とも力を合わせて勉励し、忠戦を尽くすべし」。大坂親征と初めての各国公使引見.イギリス公使ハリー・パークスもこの日に引見する予定だったが、御所に向かう途中のパークスが襲撃される事件が発生し、パークスの護衛たちが多数負傷したため延期された。天皇は事件を知ると深い憂慮の念を漏らし、ただちに山階宮晃親王をパークスのもとに慰問に走らせた。だが京都市民の間ではパークスよりも襲撃者に同情する世論の方が強かった。外国人が御所に出入りすることは神州を衰微させ、のみならず天顔まで拝させるのは、天威を冒涜するものと信じられていたためである。大阪親征は人々から天皇を目に見える形にし、天皇と国民を近づけた最初の行幸として大きな意味があったが、江戸の旧幕府勢力が降伏し江戸城が開城されると、ほどなくして天皇の帰京が検討された。大阪遷都を考えていた大久保利通は当然これを喜ばなかった。大久保は天皇が京都に戻ればまた国民からかけ離れた存在になってしまうのではないかと恐れていた。五箇条の御誓文.