水垢や尿石などの頑固な汚れは紙やすり(耐水ペーパー)等で削ると容易に除去できる。ただし、使い方や便器の色、材質によっては傷になるため、後日かえって汚れが付きやすくなってしまう。清掃業では、衛生陶器表面の釉薬層を傷つけ、色沢を損なうので、紙やすり(耐水ペーパー)、クレンザーを使うことはない。また、温水洗浄便座や暖房便座は洗剤の成分によっては破損する恐れがある。また、故障や感電の原因になる。素手で便器内を磨く行為は、手の傷口から排泄物の細菌が入り込み、あるいは作業時に露出した体表部分に付着した細菌やウイルスによる感染症を引き起こすおそれがある。一部には、奉仕活動や道徳教育の一環として、素手で便器を清掃する活動もあるが、極めて非衛生的かつ危険な行為である。旧日本軍や政治犯収容所では素手で便器を磨かせるという体罰(しごき)が行われていた。エア・コンディショナー等の空調設備のドレン排水の配管や雨樋の配管が、取り廻しの関係で便器洗浄のタンクに接続配管される場合がある。こうした配管では、タンクの水を温水洗浄便座に使用する場合、衛生面でバクテリアや雑菌による感染症防止やお尻かぶれを防止するために配管を別系統に分ける必要がある。また空調機器のドレン排水管内や雨樋からの苔、ミズゴケ類等の藻類や錆、バクテリアによるスライム、場合によってはサカマキガイ等の小型貝類やボウフラがタンク内に流れ込み、タンク内やタンクからの便器への管路、便器内の管路に苔や錆が付着する事や便器から出てくる事もある。場合によってはタンク内や管路内で苔、ミズゴケ類等の藻類やサカマキガイ等の小型貝類やボウフラが繁殖する場合もあり、タンク内の機器の作動不良等の故障や管路の詰まりを未然に防ぐ為に定期的にタンク内部を点検し、付着や繁殖している場合は清掃、除去が必要となる。名称.不潔、不浄なイメージが強いため、日本も含め、多くの文化圏で婉曲表現が存在する。