世俗主義はまた宗教と超自然的信念が世界の理解の役に立たず、むしろ自主自立や理性といった現実的な問題から人々を隔離すると主張する。この意味では世俗主義は科学や理性、自然主義思想の推奨と結びついている。また、世俗主義はそれら三つの理念(のどれかひとつでも)を推進する習慣と言うこともできる。そのため世俗主義の主唱者は必ずしも宗教的に中立ではないかも知れない。同時に世俗主義が必ずしも無神論であるというわけではない。社会や政府に対する宗教の影響を認める無神論者がいるかも知れず、同時に信心深い世俗主義者も存在しうる。世俗主義は世俗的ヒューマニズムの必須の概念である。世俗倫理.ホリオークは世俗主義と世俗倫理が宗教的な問題に関わってはならないと考え、強い自由思想と無神論から区別した。この点でイギリスの政治思想家チャールズ・ブラッドローと意見が合わなかった。この意見の不一致は、反宗教運動が必要でないか望ましくないと考える人と、それが必要であると考える人の間で対立し、世俗主義運動を分裂させた。世俗主義に対する議論.マルクス主義のような一部の政治哲学は国家や社会に対する宗教のあらゆる影響が好ましくないと考える。旧東ヨーロッパの共産圏諸国のようにその信条を受け入れた国では、信教の自由は当局の認可やさまざまな規制を条件としていた。教会の教義は非宗教的な法律や社会主義のような公式の原則に合致しているかどうか監視されていた。皮肉にも、これは公共の安全と安定のために行われたのだが、これらの政府はしばしば権力を維持するために残忍性も見せた。大粛清や文化大革命、クメール・ルージュの活動は完全に無神論的な政権の道徳性について頻繁に引用される例である。西側の民主国家では、通常これらの例は完全な信教の自由を侵害していたことを認める。一部の世俗主義者は国家が宗教と全く独立していなければならず、宗教的な機関は政府の干渉から全く自由でなければならないと考えている。政治的な支持を全く持たない教会は「フリー・チャーチ」と呼ばれる。一部の世俗主義者は国が宗教を支援すること(例えば税の免除、「信仰に基づく」教育やチャリティーへの援助)を認めるが、一つの宗教を国教として定めてはならず、戒律の遵守やドグマの立法化をしてはならないと主張する。ザビエル上陸記念碑畠田理恵略歴.