スクリーンセーバーの多くは作業中の画面の上からフルスクリーンで再生される。これは本来、プログラム上の理由によるものである。Windowsの場合スクリーンセーバーはそれ自体で一つの独立した実行ファイルであり、実行時は、このプログラムをフルスクリーンで実行している(プレビューとして呼び出された場合は、指示された範囲内にアプリケーションが小さくスクリーンセーバーを表示する。)。このため、スクリーンセーバーで作業中の画面を覆い隠すことなく実行するには、スクリーンセーバーの背景に透かしを入れる必要があり、当時の技術では、プログラムとしてかなり難しくなってしまう。このため、スクリーンセーバーの多くは、作業中の画面を表示できず、覆い隠すことになる。もちろん、「概要」で前述した通り、本来の目的は、CRTの保護であるため、透過技術を用いたスクリーンセーバーも用意されている。だが、透過型のスクリーンセーバーの場合、作業中の画面もそのまま表示されてしまうため、プライバシーの保護というセキュリティー上の観点でスクリーンセーバーを利用する場合には、適さない。こうしたプログラム上の理由により、多くのスクリーンセーバーでは作業中の画面を覆い隠すことになるのだが、この作業中の画面を覆い隠すことにより、作業者が離席したときに他人に作業中の画面が見られることを防ぐことができるというセキュリティー上の効果が見出されるようになった。OSメーカーも昨今のセキュリティー上の理由からスクリーンセーバーを利用することを認めたためなのか、ユーザが離れた隙に別のユーザが操作しようとしたときのために、パスワードを入力しないとスクリーンセーバーの動作を終了できないようにしたものもあり(あるいはOS自体の機能としてスクリーンセーバーからの復帰にパスワードを設定できる)、企業によっては、情報セキュリティ対策の一環として、使用を義務付けていることも多い。利用の衰退.セキュリティホール.スクリーンセーバ速度照査