これに対して嘉山は「尊敬するある方から昨秋ごろに〔公募に応じるよう〕要請があった」ものの、山形大学の改革、および全国医学部長病院長会議や国立大学医学部長病院長会議の立場から取り組んできた日本の教育改革が途上にあったこと、さらには、「がんセンターの役割、必要性に疑問を持っていた」ことから固辞。しかし、最終的には、「理事長就任を要請した方の、『国立がんセンターの独法化、改革は、単にセンターだけにとどまらず、全国各地にある公団、特殊法人等の改革の先鞭を付けるものだ』との一言で決断」することになった。改革の取組と成果.このように、独法や公益法人改革の先駆をなす、がん研究センターの改革の意義について、嘉山は次のように論じている。週刊誌が報じた厚労省などからの批判、および反論.これについて記事の中で嘉山は「門田のほうが長く委員を務めているので選挙結果は予想通り。人徳がないと言った人こそ人徳がない。金正日と言うが、職員を説得し納得してもらってリーダーシップを発揮している。私が理事長になって様々なことを公開しているし、権威を持って命令したことなどなく以前よりも民主的だ」と反論した。さらにその後、『週刊新潮』記事で引用された発言は「エビデンスに基づいていないものであるため、記事自体がエビデンスに基づかない内容になっている」とし、『三顧の礼で迎え入れた医師を非正規のままで放置し、数カ月で袂を分かった』について「該当すると考えられる医師については辞職をしていない。センターでは医師を非正規のまま放置するということはない」、『(これまでの組織を)破壊』し、『方針には再建策が見当たらない』という記載については、数々の改革の成果を挙げた上で「発言者が国立がん研究センターが行ってきた取り組みを十分に知らないためなのか、悪意を持って事実と乖離した発言をしているかの様に感じる」、『トップが代われば、やり方はいくらでもあります』との発言は「『会の運営のやり方を変えてほしい』という提言を行ったものであり、罵ったものではない」、『あなたは人徳がない』発言については「がん対策推進協議会においてそのような発言はなく事実無根である」とする見解を発表した。