雲林寺を始めとする苗木領内の全ての寺院は取壊されて廃寺とされた。廃仏毀釈に対する抗議活動.廃仏毀釈には当然のことながら寺側一部僧侶の中から強い抗議が起った。僧侶の中にはこうした動きの中で直接的な行動はとれないので、本山を通じて藩庁への抗議という形をとっている。加茂郡久田見村の真宗大谷派の法誓寺では本山へその旨を申し出た。本山では早速僧侶を派遣し、中津川の西生寺に宿泊し、藩庁との折衝を試みたが、苗木藩庁がとりあわなかったので、その抗議は空しく終ってしまった。神葬改宗.神葬改宗については、各平田門人たちの間で個々に進められていった。その火ぶたを切ったのは青山景通(稲吉)であった。仏像の処分.坂下村の長昌寺の場合は、苗木藩から使者が来て寺の内部を検分し、庄屋代表の吉村重郎の指揮により村人総出で取壊し仏像を焼いたというが、後伝によると仏像は焼かずに、合郷の原銀一が隠匿し、達磨大師像は新町観音堂に、阿弥陀仏は下野村の法界寺に秘かに移したという。廃仏毀釈が終了すると、静岡県瀬戸谷村から坂下村に蔵田寺が移建され、仏像は安置された。法名を俗名に換えさせる.寺院を取り壊し、仏像を破壊し、僧侶の還俗を実行した後に、墓石に刻まれている法名を削除させて俗名とし、各家庭にあった位牌の廃棄を遂行した。各家に御霊様を祀る.苗木藩が断行した廃仏毀釈は、仏教の各宗派は狂奔して朝廷に哀訴するに至ったが、苗木藩は既に朝廷の弁官に「神葬祭相用申度」を願い出て承認されていたので如何ともすることができなかった。かくて信仰の対象である「仏」を奪われ合掌することさえ禁じられた苗木藩の領民の中には、仏像を密かに隠して所蔵し、または苗木藩領外の知人に仏壇を預ける者もいた。神道に改宗した者は、各家の神棚に先祖の神霊を祀り「御霊様」として春秋の皇霊祭の日に盛大な祭事を執行するようになった。知藩事の領内廻村と仏壇の焼却.その夜、後見役の柘植謙八郎を召し出して、仏壇を所持していることを詰問し、組頭の市蔵の倅の為八にも命じて、翌日の朝、庄屋の庭前に両家の仏壇を持参させ、仏像を土足に掛けたうえで焼き捨てた。市蔵の妻は狂乱して如来と共に焼け死ぬと騒いだが、知藩事に恐れありとして抱き止めらた。遠山友禄知藩事は、その月中に仏壇を処分しない者は役人を差し向けて焼き払う旨を沙汰して引き上げた。