方谷は参政在職のまま移住したので、月の半分は松山に出仕して「水車」と呼ばれる城下の藩主別邸に寝泊まりして政務にあたり、長瀬との間を行き来する生活が続いた。参政とはいえ、当時の方谷の家禄は高いものではなく、さらに移住を機に多忙を理由に断ってきた入門希望者を受け入れようと大きめの屋敷を建てたこともあって、山田家の家計はかなり苦しくなっていた。藩主の政治顧問.鳥羽・伏見の戦いの直後、勝静は徳川慶喜、松平容保・松平定敬兄弟に次ぐ第三等の朝敵とされ、岡山藩を初めとする中国地方の諸藩に松山藩征討の勅命が下り、征討総督・伊木忠恭(岡山藩家老)率いる軍勢が松山領を包囲した。情報をいち早く入手した方谷は冬季演習の名目で農兵隊を総動員して国境を固め、城に重臣たちを集めての協議の結果、降伏・開城と決し、城下には藩を挙げての謹慎が布告された。晩年.方谷の能力を高く評価した岩倉具視、大久保利通、木戸孝允らが明治政府に登用された三島中洲や川田甕江(剛)らを介して会計局への出仕を求めてきたが、方谷は老齢と病、郷学に専念したいことを理由に断り続けた。思想.方谷は、王陽明の『伝習録』から自得するところのあった部分を抜き書きした『伝習録抜粋』(序文のみ現存)を作成し、その序文の中で朱子学と陽明学を比較して論じた。朱子学の利点は、初心者でも学問の順を追って学べば深く学ぶことができる。しかし、我が心の内を忘れて我が心が得心しているかは問わないという欠点があった。一方、陽明学の利点は、我が心が得心しているのかを問うて人間性の本質に迫ることができ、十分な知識を得た人物が学べば道理をより正しく判別でき、事業において成果を出すことができる。しかし、未熟な人物が学ぶと独善に走って努力を怠り、道理の判断を誤ることが多いという欠点があった。方谷は弟子達から陽明学の教えを請われても安易に教えることはせず、まず朱子学を深く学ぶことを諭した。これは、先述した陽明学の欠点を熟知していたことによる。方谷は朱子学を十分に習得した上で、なお疑問を持って陽明学を学ぶことを希望した者にだけ陽明学を講義した。外交論.