2人は博学博識で、そこから生まれるユニークかつユーモア溢れるアイデアは数えきれず、低年齢の子供向け作品を中心として、『オバケのQ太郎』(合作)、『パーマン』(旧作は合作)、『ドラえもん』(藤本単独作)などの国民的な大ヒット作をいくつも生み出した(2人のコンビとしての活動の詳細については、藤子不二雄#来歴を参照)。受賞歴.人物.創作に対する姿勢や嗜好.大ヒットした映画『南極物語』を本来南極に住んでいた野生動物の立場から自作の中で暗に非難し(『裏町裏通り名画館』)、『大長編ドラえもん』でも環境保護を早期から唱えていた(『のび太とアニマル惑星』『のび太と雲の王国』)。子供による、現実と自作の作品世界が混同した無邪気な質問に対しては、夢を壊さないような答えを返している。以下に例を列挙する。作中に登場する女の子には強いこだわりがあり、女の子が登場しただけで単行本に収録する際、加筆修正を何重にも行うこともある(『21エモン』でのルナ登場シーンや、『エスパー魔美』のヌードシーンなど)。特に『ドラえもん』のアニメ化の際、しずかについての作画には多く注文した。晩年、小学館の児童向け学習雑誌や『コロコロコミック』などに作品が掲載される際には、「マンガの王様」というクレジットがあった。初の専属アシスタントとして、『まいっちんぐマチコ先生』で知られるえびはら武司がいる。むぎわらしんたろう(萩原伸一)もアシスタントとして晩年の藤本を支え、一緒に劇を見たり途中でそばを食べるなどとかなり親密な関係だった。また、むぎわらが描いた漫画に細かい部分まで指導を行ったり、『ドラえもん』単行本の表紙を任せるなど、後進としても目をかけていた。性格・趣味など.酒は宴席などでは飲まないことが多かった。この点について楠部三吉郎は、宴席の場ではお互い緊張することになったと述べている。酒類がまったく飲めないわけではなく、自宅でブランデーを飲んでいる姿を見たとアシスタントのさとうかずひろが証言している。