なお、次のミッションでは街がすべて再建されているほか、システム上おかしな状況が発生することがよくあり(逃げ回る群集を機人で踏みつける、イベント中にキャラクターがパトカーに轢かれる、戦闘中でもないのに主人公がグレネードで街を破壊可能である、など)、シリアスな世界観とのギャップが激しい。ゲームシステム.ゲームは各話に設定されたクリア条件を達成していくミッションクリア方式。ストーリーモード中はクリア済みのミッションの再挑戦は出来ないが、チャレンジモードではストーリーモードでクリアしたミッションを個別で何度でもプレイできる(主人公も選択可能)。ごく一部を除き、ミッションでは出現する敵の撃破を目指す事になる。敵はミッション開始時から登場しているか、ストーリーを進める事で出現するかミッションによって異なり、敵のいない状況では目的地に向かって移動したり、キャラクターと会話をすることでストーリーを進める。敵が出現すると機人を出動させる事になるが、ミッションによっては発進可能まで時間が掛かり、それまで周囲の地形を把握したり敵の攻撃を凌ぐと言った行動が必要な場合もある。出撃可能な機人はゲームを進めると増えていき、一部ミッションを除いて発進時にどの機体を出撃させるか選択する。戦闘では主人公と機人の操作を切り替えながら戦う。機人操縦中は主人公は身動きが出来ないため、操縦に適した位置に移動しなければならない。逆に主人公の移動中は機人は敵前であっても無防備になってしまう。敵を撃破すればミッションクリアだが、一部のミッションでは複数の敵が出現することもある。敵を倒すと報奨金がもらえ、それを元に主人公の装備の強化や機人の改造が行える。ミッション終了時に特定の建物が破壊されずに残っていると報奨金が上乗せされる。ミッションクリア後は河崎友絵によるニュース番組形式で戦闘の被害が報告された後、リザルト画面に移る。プレイ状況によっては更にイベントが発生することも。主人公か機人のどちらかの体力が無くなるとミッション失敗となり、ミッション冒頭から再挑戦となる。ミッション間にはインターミッション画面に移り、主人公や機人の強化、データの保存を行う。