この時のベーコンの行動はエセックス伯に対する裏切り行為と取られ、晩年の失脚と合わせて当時から現在まで評判が悪い。しかしベーコンはエセックス伯の好戦的な姿勢が女王に危険視されていたことに気付いており、前述の通り最悪の事態を避けるため反乱前からたびたびエセックス伯に諫言したり、彼が没落しても見捨てず女王の間を取り持とうと奔走したことも事実であり、裁判の参加も女王の命令でベーコンは命令に逆らえなかったという擁護論もある。裁判所・議会・国王の折衝に奔走.議会からの告発、再度の失脚.人物.政治・哲学思想.知識を力として人間が自然の征服者たることを望み、既存の知の体系を整理、正しい知識を獲得する方法として帰納法を掲げ、人生に適用して人類の福祉を増大させるという学問の正しい目標を達成するための方法であると考えた。理論と実践を結び付け、知を現実社会に適応して政界で出世出来たが、自然についての知識を獲得することが人類を窮状から救う手段との信念に基づき、知識の取捨選択に必要な情報収集、および実験設備、更にはそうして獲得した知識に基づいた技術開発など、知識を現実に生かすには権力が不可欠だとも考え、知と力を結び付け、人類を幸福な状態に導くことがベーコンの最終目標だった。彼自身は失脚で挫折し知と力の結合も自然解明の構想も果たせなかったが、方法は次の世代へと受け継がれていった。法の思想と改革.『随筆集』で書かれたテーマ.「友情について」では友情が知性にもたらす効果を記し、自分の考えを友人に話すことで整理出来たり言葉で言い表すことがどんな風に見えるかが分かると書いている。同時に、自分の喜びや悲しみを友人に打ち明けることで、共感に伴う心の喜びを倍加させたり悲しみが薄まる効果も書いている。トビー・マシューとの友情はベーコンにとって大切な物であり、『学問の進歩』をマシューへ送り相談と著作の批評を求め、自分が独善に陥らないように注意している。マシューとベーコンの友情は晩年にも続き、失脚して不遇のベーコンは辛い境遇をマシューへ打ち明け心の癒しにしていた。