長崎県議会・諫早市議会・雲仙市議会・大村市議会・は、菅の判断に対する抗議の決議書を提出した。産経新聞は、菅のこの判断により諫早湾干拓事業の問題が混迷化したと批判した。諫早市長の宮本明雄は、判決確定の直前に長崎県知事の中村法道や地元住民代表らを連れて、首相官邸に菅を訪ねて陳情に行ったが、問題に精通していると自認していた菅が、実は問題に精通しているどころかほとんど何も理解していなかったと述べ、菅首相の「私なりの知見」に基づく独断と暴走が問題をこじれにこじれさせていると批判した。常時開門に向けた準備.開門に反対する運動.堤防の治水機能の重要性を指摘する地元住民や営農者は開門に反対であった。自治体としては長崎県・雲仙市・諫早市などが開門に反対している。開門反対派の主張.開門に反対する人々が問題としているのは下記の点である(以下列挙の出典は)。開門を差し止める判決.制裁金.間接強制の申立.制裁金の増額と課税.漁獲高の推移.環境省での調査や、NPO法人有明海再生機構、西海区水産研究所、農水省統計などによる有明海の環境調査では、「有明海のうち、諫早湾及びその近傍部を除く海域については、本事業と環境変化の関係を認めることができない」という調査結果が出された。また、農水省も「諫早湾干拓事業による水質変化は、諫早湾に限られていた」と発表した。一方で、干拓事業の以前の筑後大堰工事などの公共事業の開始が有明海の漁獲量の減少に影響し、諫早湾干拓事業がその減少に拍車をかけていることとしてみることができるという指摘も多く存在する。魚.海苔.タイラギ.アサリ.有明海・八代海特別措置法.その後の司法判断.開門に関する最高裁判決.請求異議訴訟.裁判の時系列.「失敗百選」認定と事実誤認.