記号の数や記述力が限られた他の種類の化学式とは異なり、構造式は分子構造をより完全に幾何学的に表現することができる。たとえば、多くの化学物質には、鏡像異性体的な構造は異なるものの分子式は同じである、さまざまな異性体が存在する。構造式の描き方には、ルイス構造式、示性式、、ニューマン投影式、シクロヘキサン立体配座、ハース投影式、フィッシャー投影式などの種類がある。構造式における構造.結合.電子.電荷.原子の最外殻電子数(オクテット)が満たされず、正または負の電荷を持つことがよくある。原子が一対の電子を欠くか、原子にプロトンが付いている場合、原子は正電荷を持つことになる。原子が他の原子と結合していない電子を持っている場合、負電荷を持つことになる。構造式では、正電荷は⊕で、負電荷は⊖で表される。立体化学(骨格式).不特定の立体化学.ルイス構造式.示性式.図版の使用が非常に制限されていた有機化学の初期の出版物では、示性式()という、有機構造を一行で記述する活版印刷上の体系が登場した。この方式は、環状化合物への適用で問題がある傾向があるが、単純な構造を表現するには便利な方法として残されている。括弧は、複数の同一の基を示すために用いられ、式中に現れる場合は左側の最も近い非水素原子へ、また式の最初に現れる場合は右側の原子に結合していることを示す。骨格式.透視図.ニューマン投影式とのこぎり台投影式.シクロヘキサンの立体配座.ハース投影式.フィッシャー投影式.制限.構造式は単純化されたモデルであり、化学構造のある側面を表現することはできない。たとえば、形式化された結合は、非局在結合のような動的システムには適用できない場合がある。芳香族はそのようなケースであり、結合を表現するために慣習に依存している。構造式の様式が異なると、芳香族性の表現方法が異なり、同じ化学物質でも異なる表現になる場合がある。もう一つの例は、電子密度が形式的結合の外側に広がっている形式的二重結合で、室温では部分的な二重結合の性質を示して相互変換は遅くなる。すべての動的効果において、温度は相互変換の速度に影響を与え、構造の表し方を変える可能性がある。構造式に関する明確な温度は決まっていないが、標準温度とされることが多い。普遍救済主義概要.総社バス主なターミナル.