獣害対策としては爆竹音を鳴らしたり、石油臭を利用したりするなどの方法があるものの、高度な学習能力を持つため設置箇所や時間帯が回避され継続的な効果は期待できない。完全に防ぐには電気柵や強固な鉄柵を張るしかないが、経費の問題もあり、あまり現実的ではない。広島県の呉市や竹原市などは防護柵の設置に補助金を支給している。経験の浅い若い個体が餌を探して町中に迷い込むこともある。本能的に嫌う焦げた匂いがする忌避剤も開発されている。ニホンイノシシの個体数の増加傾向の原因として、畜産用に飼われていたイノシシとブタとの間の一代雑種であるイノブタが飼育中に逃亡し、野生のイノシシと交配し、ブタの多産性質を広めているという説がある。過去にイノシシが絶滅した千葉県では狩猟目的でイノブタ及びイノシシを放した証言があり、近年出没する個体はその子孫ではないかとする見解もある(千葉県イノシシ・キョン管理対策基本方針)。タケノコの季節には胃内容物の大半がタケノコであり、放置竹林が問題であるとする説もある。中山間地の過疎化による休耕地や耕作放棄地の広がりがイノシシに格好の餌場や住処を提供し、そのために人里近くまでイノシシが出没するようになったことが原因であり、イノシシの個体数そのものは、従前とあまり変わらないのではないかとの考えもある。耕作放棄地を整備したり再び畑として利用したりする事で、イノシシが近寄りにくい環境にする取り組みも行われている。日本のイノシシは高い確率で日本脳炎ウイルスに感染しているという報告があり、イノシシと人間の接触機会が増えると感染症伝搬の危険性も増加すると考えられる(人獣共通感染症も参照)。また、沖縄県の八重山諸島では、病原性のレプトスピラの宿主であることが報告されている。香港.台湾.近年では人間の生活空間に入り込み物や家畜が被害を受けているため、伝統的に狩猟対象としていた台湾原住民の猟師が駆除にあたっている。ヨーロッパ.アメリカ.北アメリカ大陸.南アメリカ大陸.人為的に持ち込まれたイノシシが繁殖し、ペッカリーの分布を脅かしつつある。オセアニア.