外地での帝国大学設立は、外地での民族自決を抑え込む意味合いがあったものの、学部数や定員は限定され、また、教授陣は日本人、かつ、学生の多くも日本人であったため、民族差別を訴える民族系新聞もあった。また、全ての内地(日本国内)の大学・高等教育機関が文部省管轄下にあったのに対し、京城・台北の両帝国大学を始め、外地のほとんどの学校・大学が台湾総督府・朝鮮総督府・関東局あるいは外務省の管轄下に置かれた。大阪・名古屋.旧制高等学校との関係.帝大は後期高等教育機関であり専門教育を行っていたが、前期高等教育で教養教育(外国語教育)を行っていた旧制高等学校とは密接不可分な関係にあった。大学予科を付設していない帝国大学は旧制高校出身者を最優先に入学させる方針であったため、旧制高校卒業生は大学・学部を問わなければどこかの帝大に入学できた。もっとも、旧制高校卒業生であっても人気学部への進学は難関であり、各帝大医学部、東京帝大法・経済・工部、京都帝大工学部等へは数倍程度の倍率を要したとされる。一方で、京都帝国大学文系は定員無視の全入状態であり、東北・名古屋・九州の各帝大は旧制高校卒のみでは定員の半数程度しか埋められず、後述する北海道帝大のように大学予科を付設することも認められなかったため、旧制専門学校からの傍系入学を認めていた。明治・大正時代の考え方では、外国語(英語・ドイツ語・フランス語)で専門高等教育を行うのが旧制大学であり、その準備教育として旧制高等学校や大学予科で外国語教育を受け、日本語で簡易な高等専門教育を行うのが旧制専門学校であるという棲み分けであった。しかし、昭和時代に入ると旧制大学の教育も日本語で行うようになり、旧制大学と旧制専門学校の違いが教育年限と入学難易度だけということになり、戦前の昭和時代にも学制の改革は議論されていたが具体化するのは戦後である。帝国大学予科との関係.明治時代に開拓使によって設立され、東京帝大・京都帝大・東京高等商業学校と同様に学士号授与権が与えられた高等教育機関である札幌農学校の帝大昇格にあたっては、札幌農学校予修科を東北帝大農科大学予科に改組する方策が採られた。