一時期DMMで配信されていたPC版はアプリ版とデータ連携を行うことが可能で、一旦連携した場合は双方で同一のID・プレイデータを使用することになっていた(一度連携した後に解除することは不可能だった)。ゲームシステム.クエストの流れ.イベントによってはステージ制ではなく、特定のボスキャラクターとのみ対決する一発勝負で行われるケースもある。パズル.パズルでは、主に以下のブロックが登場する。また、一部のクエストや一部のスキルにより、以下の特殊なブロックが出現する事がある。フィールドが空になると「全消し」となって全員に体力回復が発生し、だいれんさチャンス中以外は通常通り即座に追加のぷよが補充される。なお、「だいれんさチャンス」発生中や「みんなとバトル」、「みんなでクエスト」などでは時間制限があり、これらでタイムアップになると消せないままターンが終了する。キャラクター.クエストをプレイしてる間は味方ならびに相手チームのカードがアイコンで表示され、それぞれ現状のリーダー(デッキの筆頭に設置されているキャラクター)が立ち絵で表示される。本作では従来のぷよぷよシリーズを初出とするキャラクターに加えて、本作で新たに作られたオリジナルキャラクターも多数登場している。また、強化専用の素材アイテムや、プレイヤーが入手出来ないCPU専用のキャラクター(カード)も存在する。能力.味方カードにはタイプ・属性・レベル・レアリティ・たいりょく・こうげき・かいふく・コスト・スキル・スキルレベル・リーダースキル・特攻スキル・アビリティ・とっくん(とくもりとっくん)などのパラメーターが設定されている。敵キャラクターにもクエストの難易度に応じて、攻撃タイプ・HP・属性・攻撃力のパラメーターが設定されている。スタメンの左端のカードとサポーターはリーダー扱いとなり、後述のリーダースキルが発動する。本作では『パズドラ』などとは異なり、リーダーのカードの体力が尽きて離脱した場合は空きが詰められることによって、ゲーム中にリーダーとリーダースキルの入れ替えが発生するシステムとなっている。ただし、サポーター側のリーダーは離脱しても入れ替わらず、そのまま空きとなる。