楽器編成は基本的には前作と変わらず、合唱や特殊楽器は本作品では用いていない。渡辺は、戦闘シーンなどではティンパニが必須だと考えたが、録音では使用できる音程が制限されるため、キーボードに収録されている音素材を生のティンパニでの音に加えて低音部を構成している。楽曲制作も前作と同じく映像の尺に音楽を合わせるハリウッドスタイルで行われ、渡辺は秒数を小数点単位で合わせていたが、森林でのシーンなどはオールラッシュの後に編集が入り、大幅に短縮された。ゴーゴのテーマは、登場時のサスペンス感と別れのシーンでの感動的な謳い上げを両立できるよう構成している。セミオールラッシュの段階では、ゴーゴとの別れのシーンの直後に怪獣の戦いが挿入されていたため、渡辺は三好に相談しゴーゴのテーマだけで謳い上げられるよう編集を変えている。ユナのテーマは、ニライ・カナイの歴史の悲壮感を表現しており、渡辺は台本を読んでスッとイメージすることができたと語っている。子供たちのテーマは、カットの切り返しが多いことから前作よりも単純化しており、転調を繰り返すことで短いシーンでも存在感を示すメロディとした。「モスラの歌」は、アレンジは前作と同じだが、前作では削ぎ落としたエネルギッシュさを戻している。また、新モスラに張り付いたベーレムをエリアスがビームで落とそうとするシーンでは、「モスラーヤ、モスラ」の部分のみを繰り返す「応援の歌」が用いられた。渡辺は、水中モード・モスラについてスピード感が増すイメージであることから楽曲もそのようにし、メロディアスにはならないため専用の主題は設けなかった。エリアスについても、本作品では心情を語る要素がないため主題を設けていない。試験的にコンピュータによるクリックを導入し、タイムコード入りのビデオを用いてコマ単位で映像に音楽を合わせることが試みられたが、時間的な問題などから完璧にはいかず、編集で映像が入れ替えられるなどしたため、本作品では十分な効果は得られなかった。坂井は、後年のコラムでよくこれで脚本からクレームが来なかったものだと述懐している。概要.ストーリー.登場キャラクター.製作.創作経緯.