連用すると土壌が酸性化し、生育障害の原因となる。これを防ぐため、腐熟の際に石灰を加えることがある。下肥は、特によく腐熟させていないものについては寄生虫病の原因となる。特に多いのは回虫症であり、十二指腸虫も主要な病気のひとつであった。東京からの屎尿を下肥として多く使う埼玉県において十二指腸虫症はある種の風土病的性質を有しており、「埼玉病」と呼称されることすらあった。腐熟と肥溜め.歴史.古代から中世.日本における下肥の起源は詳らかではないものの、青木紀元は天津罪のひとつである「屎戸」を、「肥料の屎によって相手の農耕生活を阻害する呪的行為である」と論じている。平安中期に編纂された格式である『延喜式』の内膳司項には、朝廷の畑における作物の所要労力について詳細な記載があり、そのなかには「糞」に関する記述が存在する。楠本正康は、これを下肥に関する最初期の記述であろうとする見解を見せているが、これには異論も多くある。古島は「糞」が「左右馬寮」から運ばれていることを根拠に、これを厩肥であろうとしている。また、宮本常一も同様にこれを牛馬の糞であろうと考えている。慶滋保胤の『池亭記』には、「後園に入り、あるいは糞まりあるいは灌ぐ」という記述があり、西山良平はこれを、菜園に肥料に転用するための屎尿を貯蔵する設備があったものと解釈している。近世.近代.現代.文化.習俗.山陰地方では、宮座の頭人は不浄なものを避けなければならないとして、下肥を用いない。滋賀県八日市市でも、宮座の社守は下肥の利用・獣肉食・性交渉などが禁じられた。大阪府高槻市田能では、御供の餅をつくるための宮田においては不浄を避けるため、下肥は施肥にもちいず、また、女性を中に入れない。壱岐島でも田神祭に用いる苗代をつくるミト田では、女性は田植えをしてはならないとされ、集落によっては下肥もつかわれない。千葉徳爾はこうした神田に下肥や厩肥を入れない習慣は、米を清浄なものとする上古の社会通念によるものであるとし、「下肥をけがれと考えるならば、それをあえて神聖な稲をつくる田に施すようになるまでには、神に対する崇敬と多収についての要求とが農民の心理をめぐって複雑な角逐をした長い期間を考えなくてはならない」と論じている。文学・芸能.俗語.灰とダイヤモンド(GLAYのアルバム)解説.