堀氏にも他氏と同様異流がいくつかある。後述の堀秀政の系統は藤原氏利仁流斎藤氏族、秀政の従兄弟堀直政は元は清和源氏の斯波氏族庶流奥田氏の血脈だが、秀政より堀氏を賜り、藤原姓に改める。他には、清和源氏頼光流(多田源氏)、桓武平氏良文流の千葉氏族、近江国の藤原氏秀郷流、近江国浅井郡堀村の菅原氏族、若狭武田氏族、宇多源氏佐々木氏族、藤原氏利仁流大神氏族などがある。歴史.概略.堀直政の子孫は、嫡男の直清(直次)の系統は、直清の嫡男直昌は小浜藩の酒井家に仕え、次男の直浄(直倫)と六男直正(直信)は越後新発田藩の家老となり、七男直勝(直長)は飯田堀家に仕えた。直清の子は三男から五男が不詳であるが、そのうち直成(なおしげ)が飯田堀家に、舎人某は細川越中守(熊本藩)に仕えたという。直政の子孫で、村松藩、須坂藩、椎谷藩の藩主となった、直寄、直重、直之の系統は、明治時代に奥田氏に復姓していて、子孫はすでに堀氏ではない(椎谷藩の家督は村松からの養子が相続した)。春日山(越後福島)藩.飯田藩.明治以降.堀子爵家の邸宅は東京市赤坂区新町にあった。奥田堀家(奥田家).尾張中島郡奥田庄にて、奥田直純の子として生まれ、従弟の堀秀政の家老となり、堀姓を与えられた堀直政(奥田直政)の家。村松藩.堀直政は主君・堀秀政の没後は嫡男・堀秀治に仕える。上杉景勝に代わり秀治が越後へ移された際、甘粕景持に替って三条城の城主となる。椎谷藩.須坂藩.明治以降.利重系堀家(交代寄合).各系統の家紋.戦国時代、堀秀政は三つ盛亀甲に唐花菱、堀直政は亀甲に唐花菱を定紋とし、共に釘抜きを替紋としていた。村松堀家が定紋を釘抜きとし、飯田堀家が丸に梅鉢を定紋にしてからは、これらが堀氏の代表的家紋として挙げられることが多い。直清の系統は亀甲に唐花菱を定紋としている(新発田藩の世臣譜に直清の孫にあたる蔵人直隆が、村松から亀甲に唐花菱を定紋としたいと申し出があった際、許さぬ、と返答したという逸話が載っている)。丸のある家紋は装飾の多くなった江戸中期以降の分家の家紋と思われる。亀甲に唐花菱は一般に流行し通紋となったため、堀氏だけのものではなくなっている(「三つ盛亀甲に唐花菱」は戦国時代の近江の浅井氏の家紋としても知られている)。系図.堀氏青年期.上院議員.南部連合.亡命.