設定に時間や空間の要素を取り込んでいるため、明示的にコメントはされていないが、作品の設定構造は複雑に練られており、タイムパラドックスにも触れている。子ども向け作品ながら、SF作品ということを考慮しており、プロデューサーの堀口は「ハードSF」と称している。本作は、今までにない新しい製作体制で行われていたため、最初のうちはスタッフも手探り状態であった。また、キャプテンガンダムのマスクの下に口があるということにも意見が多い。ただし、モーションキャプチャーは全て人間によって行われるため、人以外のキャラクターの製作には困難が付き物であることが、ダルタニアン岡崎がブログによって触れている。本作品のCG製作は、製作時の全ての要素の洗い出した末、出来上がったデータを最終的に合わせている。加えて、デフォルメキャラという、モーションキャプチャーの役者とは異なる要素を持ったキャラクターを動かすため、デザインの通り動かせない、またはそれらが困難を極めたこともあった。爆熱丸の最初のデザインは、アクションするごとに角や肩などが身体の他の部分に当たってしまうものだったため、デザインの調整が施されたり、背中から剣を取り出すと、SDキャラクターがCG上自らの頭を叩き割る結果になってしまうなど。関連項目のマーガレット市長の件もそれに含まれる。また、本作の試作時には「武者○伝」のキャラクターがよく使用されていた。また、製作時間やコスト削減の成功を収めた反面、ストーリー面においては余裕のない状況がいくつか生まれ、お蔵入りになってしまった展開も多く存在している。業界でもこの新しい製作体制は一目置かれており、スタッフがインタビューなどで度々それを語っている。実際、後述するように原作者の富野由悠季が興味を持ち、アポ無しで現場を見学しにいくほどであった。続編構想.商業展開.