過去に#集中式クールコンテナシステムが頓挫した現在、本州と北海道を結ぶ青函トンネル内では、冷凍コンテナ毎に搭載している小型エンジンで発電して、冷凍機を駆動する#分散式での走行火災事故や、またエンジンからの排熱による火災報知器の誤作動を防ぐために、エンジンを完全に一時的に止めなければならない。エンジンの停止・始動は、青函トンネル前後の地上に設置された装置からの指令を無線受信することにより行なわれるが、受信装置が付いていないエンジン付冷凍コンテナもある。リモコン装置が付いていないコンテナは、青函トンネルの通過を禁止されており、それらの冷凍コンテナ両側面には「青函トンネル通過禁止」の表記が義務付けられているが、古いタイプには未表記も存在する。ヤンマー撤退とその後.変わった使用方法.リーファー・コンテナの変わった使用方法としては、冬場の寒冷地で特に凍結などを嫌う各種物資を凍結防止に、保温目的で使用する場合もある。この輸送方法は、鉄道での冬場の北海道向けJR貨物用冷凍・冷蔵コンテナ輸送でも良く用いられている。冷蔵コンテナ.鮮魚専用重冷蔵タイプ.また近年では市場への引込み線廃止や、高速道路網の発達で競合するトラックなどの輸送体系の劇的な変化、さらには鮮魚輸送の宿命的とも言える魚類特有の匂い付着の影響で、一般雑貨などの帰り荷が積載出来ず、ほぼ空コン状態での返回送による無駄な運賃の発生により、輸送手段としての競争力を失ってしまった。そのほか、積荷による塩害腐食により室内はステンレス仕様のためにさほどの影響は無いものの、コンテナ外観の激しい腐食は避けられず、特に両側面に付いている積み込み口のドア周りや、積み込み口下部の中央付近に設置されている車両との緊締装置の致命的な強度低下による短命廃棄などの事情が重なり、現在ではこのタイプは製作されておらず、また実際に使われているコンテナは、ほぼ全滅状態と思われる。冷蔵・通風兼用タイプ.