計画の最終目標は、実験の結果生み出された「第二のシャア・アズナブル」というカリスマを中心にした組織の活動により、巨大化した官僚機構の受け皿にすぎなくなった連邦政府をゆるがし、一般大衆の支持を受けることであった。彼らは組織とシャアの高潔性によって、人類が理想的な完全なる管理体制を確立し、地球保全を万全のものにした連邦を構築する事を目指した。組織の歴史.設立の経緯.メタトロンは、スペースコロニー開拓時代の先兵となった人々が集まって成立した組織である。その前身となったズィー・ジオン・オーガニゼーションは人類全体を管理統制する地球連邦政府の内部の腐敗を指弾し、疲弊した地球を『聖域』にして人を降ろすなと主張してきた。その中心となったのは、かつてシャア・アズナブルという人物が語った絶対理想に共感した人々であり、さらに詳細に言えば、バイオテクノロジーを駆使してシャア・アズナブルその人を再生しようとする前述の「シャア・コンティニュー・オペレーション」を実践したグループである。彼らはかつてスペース・コロニー時代の初期にその独立を画策した反乱分子のジオン公国やネオ・ジオンとは関係がなく、純粋にシャア・アズナブルの意思を再現して次の良き世紀を構築するという夢想にとりつかれた人々である。そのため、地球連邦政府の秘密情報を入手するスタッフはいるものの、連邦議会の動きそのものを牽制できるような政治的な背景はなかった。とはいえ組織も一枚岩ではなく、構成員の中には、ジオン公国の信奉者たち、あるいはそれ以外の主義や組織の信奉者たちもいた。当然そこには派閥が芽生え、のちの組織崩壊の遠因となった。シャアの再来を迎える時までに連邦政府に対抗できるような国家的な規模を持つ組織を確立するのがアザリア・パリッシュ提督ら組織の指導者たちの任務だった。その日に備え、ズィー機関は各サイドのスペース・コロニーに散在する反地球連邦政府運動を糾合し、秘密基地や巨大戦艦を建造するまでに組織を育て上げた。メタトロンの始動.組織の終焉.主要な拠点.