漫才コンビ爆笑問題がゲストのもとへ出向き、実験やレクチャーなどを交え、ゲストの専門分野とその本質についてトークを繰り広げる。番組構成.太田光が専門家に対して疑問を呈して議論を持ちかけ、田中裕二は太田をなだめつつ聞き役に徹することが多い。太田が苦手な話題に一歩引いた時は田中が積極的な聞き役に回る姿が見られる。科学的な解釈が展開する理工学・理化学の分野では、太田は積極的な議論は行わず、聞き役に回ることが多い。太田は「(僕らは)ホストというよりゲストという意識」と語っている。当番組には台本がなく、他のバラエティ番組に見られるコーナーごとの仕切りやクイズが入る間隔も存在しない完全フリートークな展開で進行する。遠方であっても爆笑問題の2人がゲスト出演者の研究室や自宅(研究室を持たない名誉教授)を訪問するが、海外在住の研究者や海外の文化論を取り扱う研究者などは関係組織や関係施設、料理店などがロケ場所として使用される。コールドオープンは、爆笑問題の2人がゲスト出演者の待つ場所まで歩いて行くシーンが流れる。長回しで撮られており、太田が「この番組OPのストローク長いな〜」と文句を言っている姿が描写される。太田がデジタルカメラを持参し専門家の表情や資料などを撮影している姿も見られる。これについて田中は「NHKの人も、すごくは困らないけど、ちょっと困っていると思います」、「僕らはスタジオ収録が多くてロケはあまりない。この番組はロケ主体で普段ほとんど外に出ない太田が開放感相まって勝手にやっているみたいです。」と語っている。番組要所にその日のお題に対して、素朴な疑問や感想を口にする猿や猫を登場させている。時にはお題の対象生物であったり、無生物であったりもする。画面隅にいる番組キャラクターは「問」を模している。公式サイトにはパイロット版からのマスコット「サルのつぶやき」という動画配信コーナー(動画に爆笑問題は登場せず、内容の解説中心)もある。次回予告で放送されたVTRが本放送ではカットされて日の目を見ないままのことがある。