なお、収量の高い第二世代のラウンドアップ耐性ダイズ品種が既に上市されている。一方、正しい除草剤の使用法を守れば、除草剤耐性雑草の出現は問題にならないという報告もある。そのため、開発メーカーや農業普及指導所はグリホサートだけに頼らず、旧来の土壌処理型除草剤も合わせて使うように指導しているが、これらの除草剤はグリホサートよりも残効性が高いため、水質への環境負荷が大きく、水質浄化というメリットが失われることにつながる、と指摘されている。同研究において、グリホサート耐性雑草の進化を抑えるために、除草剤耐性作物を栽培する農民はもっと異なった雑草管理作業、例えば異なる除草剤とその耐性作物のローテーションや、複数の除草剤に耐性を持つ作物に対する、複数の除草剤の混合使用を取り入れるべきである、と提言している。不耕起栽培は水質浄化以外にも、農業機械の燃料代や人件費の削減にも貢献した。また、遺伝子組換え作物の多くの栽培者は、生産費用の低減か高収量のどちらか、場合によっては双方を経験している。また農民は、遺伝子組換え作物を栽培することによる農場労働者の安全性の増加、農場管理における簡便性と柔軟性の大幅な増加を評価していると報告しているように、今後も遺伝子組換え作物の有効性を維持する上で、除草剤耐性雑草の制御は、重要な問題となっている。多くの者は、ポストラウンドアップ時代の農業は、現代よりも困難になるだろうということに同意している。オレゴン州立大学の雑草科学者は、多耐性の脅威が昔の雑草防除方法への復帰を推し進めているとしている。ワシントン州立大学の研究者は、グリホサートという特効薬がない場合の雑草管理は、輪作、耕作、耕起、適切な除草剤の使用といった困難な方法に戻る必要があるということであり、その方法は、より大きな時間や雑草管理、おそらく費用も必要となるだろう、と述べた。このような、除草剤だけに頼らない雑草管理法を「統合された雑草管理・総合雑草防除()」という。なお全米研究評議会は、機械による耕起除草に対しても批判的であり、畑の土や水が河川・貯水池に流入し、水質汚染につながり、遺伝子組換え作物による水質浄化というメリットが失われかねないと指摘しているように、また、費用面や管理面でも劣るため、旧来の方法に復帰するにしても大きな障害が存在する。