容姿は顔立ちに関してはミサトから「可愛らしい」と言われている。キャラクターデザインを担当した貞本義行によると、シンジは従来のヒーローらしい熱血漢ではなく、女性的な繊細さや清潔感とともに、冷めたやる気のなさを持ち自分の殻を作る「現代っ子」のキャラクターとして作られた。デザイン的には、牛若丸や日本武尊などの、日本古来のヒーロー像にある中性的な美少年がイメージされ、その女性的要素は『ふしぎの海のナディア』の少女キャラクター・ナディアの顔をおだやかに描いて、まつげを取り髪型を変えたかたちになっている。テレビ版・旧劇場版.経歴.性格.幼少時に母親を亡くし、父親に捨てられたことから家族の絆や愛情というものを知らず、それがトラウマになっている。そのことから強烈に愛情に飢えており、自分の存在価値に疑問を抱き、ややナイーブで内向的な性格をしている。自分の居場所を周囲に求めながらも、痛みを恐れるあまり互いの傷つかない距離を保とうとし、その結果、表面的な付き合いをする傾向にある。漫画版.漫画版では、アニメ版の特徴的台詞だった「逃げちゃダメだ」を口にしなかったり、嫌悪するゲンドウと自らの意思で向き合おうとする場面や初めてエヴァに乗った際にも心の中で「ふん、おもしろいじゃないか、やってやる!」と言ったり、初めて会ったミサトに対しこちらも心の中とはいえ「ヘンな女」と辛辣な表現で言い放つなど性格に差異が見受けられる。アニメ版においてのシンジはナイーブであることがストレートに伝わる反面、漫画版においては「ごく普通の少年」もしくは「冷めた子供」というキャラクターで成り立っている。これらの差異は、漫画版を担当している貞本によると、「小・中学校で委員長だった庵野監督とおちこぼれだった自分との違いが、シンジの性格に表れている」「テレビアニメ版のシンジは優等生的だが、漫画版のシンジは子供っぽくひねくれている」とのこと。物語後半で心理的に追い詰められていく物語の進行そのものにほぼ変化はないが、レイとはより親交関係を深める描写が多くあり、レイをよく気にかけ、互いに手を繋いて心を通わせたり、彼女の死の際には「君を失いたくない」と涙するほどで、彼女に対する想いの強さがうかがえる。レイと相思相愛の仲になる点は漫画版のファクターとなっている。