小林は、作業の際にまず「上がってきた背景原図を問答無用で消しゴムで消す」所から始めた。当然上げたアニメーター達からは非難が殺到したが、小林は全く動揺せず、消しながら「レイアウトは理屈であり、雰囲気ではない」「明確な理論を持った上で上げなければいけない」「嘘を排除していけば、自ずと画面は存在感を持ったものになる」ということをアニメーター達の目の前で説教した。その叱責は「罵詈雑言」と言ってもいい程にひたすら貶すような言い方だったため、押井は「どうしてそこまで言うんだろう」と引いた。ただ、修正された背景は確実に良くなっていったため、アニメーター達と押井は全く文句が言えず、納得するしかなかった。押井はこの経験を元に基本的なレイアウトの見方を学び、「『機動警察パトレイバー』以降で、レイアウトをチェックする時に三角定規を手放せなくなった」と語り、後に独自のレイアウトシステムを確立する契機となった。作画.名倉は鈴木から誘われる形で参加して、原画スタッフとしての作業に留まる予定だった。当初は作画監督はなかむらたかしが務める予定だったが、「工事中止命令」の作業が大詰めを迎えていたため、なかむらは参加できなくなった。困った押井が名倉が描いたレイアウト・原画が本作の世界観にハマっていたのを見て、押井の独断で名倉を作画監督に任命した。音楽.押井からは「水の音と音楽だけで作品を作りたい」というコンセプトを提示された。そこから「ある程度動画が仕上がった所で、最初の劇伴の録音を行い、それに合わせてまた動画を作り出して、もう一度音楽を録音する」という双方向の作り方を採用した。風をイメージした音色は、菅野のアイディアでコーラスを担当した人々が少年の台詞をそれぞれ違ったスピード・声色で話したのを録音し、それを編集することで作り上げた。キャスティング.斯波重治は「この作品は形而上学的・観念的・啓示的な内容だ」という自身の思いを踏まえて、「子供から大人に変わる年代を意識した、キャラクターの年齢に近い人」ではなく「人間が背負っている重みが、画面を通じて声の中に出せる人」を基準に選び、「声の芝居の中に、役者の存在感を感じさせる」様な演じ方を要求した。根津に対しては、押井が根津に前々から抱いていたイメージを意識して、名指しで起用した。監督による解説.