中学から高校時代の藤本は、安孫子と頻繁に書店を訪ね、刊行されたばかりの手塚作品の初版本をほぼすべて買い集めていた。また藤本は手塚の漫画を感激のあまり誰彼となく見せて歩き、必ず相手が読み終わるまでそばにいて反応を見ていた。ただし期待通りに相手が面白がってくれないと「こいつ鈍いんじゃないのか」と不満だったという。高校卒業後はいったん就職することに決めるが、漫画家への夢を諦めたわけではなかった。卒業式を終えた後の春休みに、藤本と安孫子は手塚治虫に会うために宝塚を訪れた。藤本は高校を卒業して漫画家としてやっていけるか不安だったが(藤本と安孫子は当時、プロデビュー作『天使の玉ちゃん』を連載中だった)、手塚から「君たちならやっていけると思う」と言われたことでプロ漫画家として本格的に活動することを決意したという。当時を想起して、藤本は「夢のような声をかけてくれた」と語っている。その後も藤本は漫画の描き方の本や自伝などで頻繁に手塚作品への特別な思いを述べており、「いつか手塚先生のような壮大な作風にも挑戦してみたい気持ちもある」とも語っていた。少年サンデー連載とアニメ.スタジオゼロ社長としての苦悩.大人向け漫画への挑戦.死去.自身も以前から先が長くないことを自覚していたようで、『ドラえもんのび太のねじ巻き都市冒険記』の大筋を執筆前に芝山努に教えていたり、死後の自身の作品の行方や、藤子プロの活動などに対して心配を寄せている内容を書いたメモをスタッフに残していた。また、次女の日子が同月に出産を控えており、産まれてくる孫に会えないと自覚していたため、「おまけの金一封」という産まれてきた孫に渡すための出産祝いも事前に用意しており、妻に託していた。その出産祝いは、藤本亡き後、日子と産まれた孫に渡されている。『ドラえもんのび太のねじ巻き都市冒険記』の漫画は萩原伸一(現・むぎわらしんたろう)が執筆を引き継ぎ、藤本の下描きや原案をもとに完成に漕ぎ着けている。