少女が深い眠りについている時、眠れない少年は卵を打ち砕いて、彼女の元を去った。その事に気づいた少女は去っていく少年を追う。だが、途中で地面の裂け目に気づかず、水を湛えたその裂け目の中へ真っ逆さまに墜落してゆく。まるで水に映ったもう一人の自分と出会うようにして。海岸でまた一人になった少年は海を見つめる。再び世界が朝を迎え、海から太陽が上がる。その中に新しい彫像があった。卵を抱いた少女のものであった。少年は、いつまでも少女の彫像を見上げるのだった。空を見上げる少年を上から見る映像。その映像はどんどん引いていき、最後に少年の立っている海岸、世界の形が明かされる。世界が巨大な方舟であることが明らかになり、物語は幕を閉じる。作品概要.生死や世界の変化は描かれるものの起伏のあるストーリーはほとんど存在しない前衛的内容である。押井が言うに、見所はストーリーではなく、たまごの中に何が入っているのかという点であるという。旧約聖書・創世記に登場するノアの方舟のエピソードを独自に解釈した物語をベースにしている。キーワード「方舟」は押井の複数の後作に形を変えて登場しており、押井の作品世界を語る上で重要な一作である。なお「はこぶね」の一般的な漢字表記としては「箱船」「箱舟」等複数の表記があるが、押井はこの作品以降「方舟」に統一した。この作品は海外へのロケハンの予算が得られなかったため、フランスの地方都市の写真集を基にして構想されている。その無人の路地・石畳の舗道・建築の奇怪な意匠・空を映す窓等の写真から、半ば自動的に設定が生まれ、街の様式や意匠を描写することで物語以前の何かを表現のみで成立するアニメを実現しようと試みたという。登場する意味深げなモチーフは聖書におけるシンボルの暗喩で、例えば「魚」は「言葉」、「鳥」は「命」を意味するなどが挙げられるという考察もある。原画担当だった当時若手の貞本義行曰く、この時の押井は聖書のシンボル事典を横に置いて作業していたという。全体のモチーフは、押井が影響を受けたアンドレイ・タルコフスキーの『惑星ソラリス』に酷似している。