主人公の椎崎奈々は普段は私立「皆星女子高等学校」に通う普通の女子高生。しかし、その裏の顔は怪盗「アマリリス」であり、裏世界ではよく知られた窃盗請負の怪盗集団「華蓮(カレン)」に所属する盗賊である。奈々は、かつて怪盗「白水仙(ナルシス)」として腕を鳴らした母の雪乃やお手伝いのスガちゃんと共に、華蓮の連絡員であるレンタルビデオ店の店長の依頼を受けて怪盗の仕事に邁進していた。その日々の中、奈々は友人達や母の知人の息子である各神遼一郎、隣家に引っ越してきた森村海とその仲間達、更には海の伯父でアマリリス専任捜査官の転警部を交え、様々なドタバタを繰り広げていく。アイドル編.映画編.ある日、ナナは映画の仕事を請けることになる。しかし監督は「所詮、アイドルの出る娯楽映画」と乗り気ではない。「娯楽映画」をけなす監督にナナは怒り、この仕事を降りる事にした。ところが、これが切っ掛けで映画会社に騙された映画ファンから強烈なバッシングを受けることになる。ナナは彼らを見返すため自力で映画を撮ると宣言。友人達を巻き込み裏の人脈も駆使して映画『超少女明日香』を作り上げる。しかし、その間にナナは海に「椎崎奈々=アマリリス」であるという秘密を知られてしまう。逃げようとするナナに海は「映画を撮り終えるまでは、そんなことは許さない」と発破をかける。やがて映画は撮り終わり、映画版『超少女明日香』は大成功を収める。一方で海は奈々のために体を張って階段から落ち、そのショックで秘密を忘れたフリを装う。このことによって奈々は皆と離れることなく変わらぬ日常を送れるようになった。「アルカディア作戦」編.黒いオークション編.快盗アマリリス.あらすじ.地元の高校に転入し、中学時代の親友・佐藤容子に再会する。しかし、小学校に戻ったかのように給食があり、大量の食事に何人分かの間違いではないかと困惑しつつ全部たいらげてしまう。自己嫌悪の毎日の中、容子の表情の翳りの理由を尋ね、薬物研究所の彼女の兄が精神病院に入れられてしまったことを打ち明けられる。帰宅する彼女の背を追おうとして奇妙な倦怠感から足を止めてしまうが、それが生涯続く後悔に繋がるとは思いも寄らなかった。