中央構造線上に位置し、花崗岩質を母岩とする裂化充填鉱床である。主要鉱物は、辰砂、黒辰砂、自然水銀、鶏冠石、石黄、輝安鉱、白鉄鉱、方解石。水銀鉱床であるが、鶏冠石と石黄の産出が比較的多い。歴史.地名.古代.このように、伊勢産の水銀が重用されていたが、数少ない丹生鉱山の「現場記録」として、『今昔物語集』に収載された説話がある。これはあくまでも仏教説話であって信仰の重要性をとなえる物語であり、必ずしも事実に沿っているとはいえない。誇張等もあると考えられる。しかし、丹生鉱山における水銀採掘現場をほぼ直接記したものであり、貴重な資料と考えられている。中世.律令制度の衰退にともなって他の物資共々、都への水銀供給が滞るようになり、水銀価格が上昇していった。この状況を利用して、水銀商人が出現するようになっていった。丹生には日本で唯一、水銀座と呼ばれる座が存在した。水銀座も他の座同様、本所と呼ばれる庇護者が存在したが、それは近隣の伊勢神宮ではなく、朝廷の中心に位置する摂関家が本所になっていたのではないかと考えられている。伊勢神宮側が朝廷に対して商取引や水銀山の領有を巡る丹生の水銀商人の横暴を告発する訴訟が提起されている。当時、水銀座は摂関家の権威を借りて、威圧的に商取引を進めたり、他の座の利権を侵食したりする事もたびたびあったと見られる。明代末の技術書『天工開物』には、辰砂を容器に入れて加熱し、気化した水銀を冷却、液化して採取する図が存在する。この方式は、現在の水銀製錬の原理にも通じる蒸留製錬であり、日本においても同様の製錬が行なわれていたと考えられる。先述したように、丹生鉱山からは鶏冠石や石黄といったヒ素鉱物が多く産出する。高濃度のヒ素は、水銀鉱石を製錬する際、辰砂に酷似した鶏冠石が混入したために検出された可能性が高い。このような事から、丹生若宮遺跡は中世における水銀製錬遺跡であると見られる。