動物の生態を研究する際に、実際には個々の個体を見ながら記録をとる訳であるが、この時、対象とする個体が、その個体群における任意の個体であり、どの個体も同じであるという認識で当たることは、ひとつの科学的な判断であると見なしてよいだろう。しかし、それだけでは見落とす事項や得られない情報があり、そのような部分を埋めるためにも、個体識別法は大きな役割を果たす。たとえば長期にわたる調査において決まった個体を追跡したい場合がそれである。また、実際には個体群の中に於いてどの個体も同じ意味を持つとは限らない。たとえば、個体群に順位制のような構造があれば、順位によって生態が異なることはあり得る。そのような場合には、個体ごとに記録することが望ましい。使われる局面.個体群生態学においては、個体群の一部を採集し、その個体からさまざまな情報を得るのが通例である。たとえば体長、体重、性別、栄養状態、成長の段階、年齢などがそれである。しかし、たとえば個体の寿命はここからは分からない。飼育下で確かめる方法は、生理的寿命が分かるだけで、生態的寿命、つまり、その生物が生活している場で、実際に達成される寿命はまた別である。これを知るためには、個体識別を行なった上で、追跡調査を行なうことになる。生息区域の中で、それぞれの個体がどのように移動しているかを知るためにも個体識別が必要である。例えば干潟に巣穴を掘って多数のカニが住んでいるが、次の日に見た時に、同じ巣穴にいるのが同じカニである保証はない。個体識別が行なわれていれば、これを確認することができる。動物行動学でも、特定個体を継続的に追跡することは、一定時間の範囲だけを見た場合の解釈を大きく変えるものになり得る。日本でのニホンザルの研究はそれまでのサルの社会への認識、研究法を大きく変えることになった。ニホンザルの場合、一部では家系までもが追跡調査されている。識別の方法.個体識別を行なうためには個体を区別する方法を考えなければならない。人の顔なら見覚えるのはさほど難しくないが、それでも間違う場合がある。よく人種が違うと個人の見分けが難しいというが、別種ならなおさらである。科学における客観性という観点からも、間違えないための方法が必要になる。地図で対応させる.