特に戦艦の変容と潜水艦の活用に関心を持ち、在英中に作成した「対米戦略論」では、潜水艇によるパナマ運河及びハワイの閉塞作戦に始まり、西太平洋での迎撃を想定した五段階の漸減戦略を構想している。軍令部作戦課長・作戦部長.日本海軍の作戦指導書海戦要務令の作成に携わって対米作戦の改善を進め、対米作戦の完成者との評価もある。後に、軍縮条約の影響による索敵・漸減・決戦構想について根本的な疑問を示し、高木惣吉は末次の研究の深さに感銘を受けている。また海軍艦艇は重武装のため友鶴事件を引き起こしているが、末次は事前にこの重武装を戒める警告を発していた。潜水戦隊司令官.ロンドン海軍軍縮会議.艦隊派の理論的背景.こうした数字の現実が、末次を対米戦術に腐心させ、月月火水木金金と謳われた猛訓練を生んでいるのである。一方海軍部内には同じ理由で対米戦、まして対英米戦は不可能と考える将官たちも少なからずいた。会議の経過.海軍は、上記の作戦計画から次の三大原則をもって臨んだ。優先事項は順位の通りである。なお、ここで言う補助艦とは「主力艦(主に戦艦)」と空母を除いた艦艇である。で妥協案が出来上がった。にも関わらず、艦隊派が強硬に反対した理由としては、次のような点があった。末次が強硬にロンドン海軍軍縮条約に反対した最大の理由は、潜水艦量に制限を加えられたためと推測されている。上述の通り対米作戦において潜水艦が担う索敵、漸減の役割は大きく、末次は自ら潜水艦部隊を作り上げてきた。末次にとって潜水艦は絶対量が必要であり、比率は無意味であったのである。七割論は艦隊派、条約派を問わず支持するところであったが、日米の国力差を考慮すれば軍縮条約が必要であるとするのが、岡田啓介、山梨勝之進、堀悌吉ら条約派であり、加藤友三郎の次の言葉がその考えを象徴している。条約批准.軍縮条約締結後も批准のためには帝国議会の承認、軍事参議院の同意、枢密院への諮詢が必要であり、末次ら艦隊派は統帥権干犯を唱え反対を続けた。それまで憲法を研究したことのなかった海軍にあって、末次らが統帥権を取り上げたのは、政権奪取を図る野党政友会の影響があったとされる。末次は同党幹事長で策士といわれた森恪とつながっていた。