一定の勲功を納めたプレイヤーは官位が拝領できるようになった。また官位に応じた官職を入札によって拝領できる。官位・官職には献策票の増加効果があり、上位の官位を得るほど国政に影響を与えることができる。破天の章.信長の野望Online破天の章「隠れ里」の導入.「隠れ里」という初心者専用エリアが導入された。キャラクター作成直後はこのゾーンからスタートする。自然と流れるように設定されたクエストが用意されており、これらを全てこなすことでチャットシステムや生産システム、戦闘システム、徒党の組み方などを自然と習得できるように構築されている。また、クエストの一部に戦国時代に丹波国を支配していた波多野氏(波多野秀治、波多野秀尚)が登場している。特化技能四の導入.上位の特化技能の追加知行のレベルの上限アップ.楽市楽座システムの導入.開発側の方針として、当初はコミュニケーションの場を増やすという名目で自動売買システムは実装されなかった。しかし、知行をはじめとした新規アイテムの大量増加により直接売買だけでは入手できないほどアイテムが多岐にわたる状態となったため、楽市楽座機能が実装されることとなった。プレイヤーが毎週入札を行い、その順位に応じた売り子を自分の屋敷に雇い入れ、希望の装備やアイテムを売り買いすることが可能となっている。これにより飛龍の章までは趣味程度の機能だった屋敷が多くの人の目にとまることとなり、内装に意匠をこらすプレイヤーも増加している。侵攻型ダンジョンシステムの導入.新たな狩場が提供されている。これ以前の入場者全員で場所を共有するダンジョンと異なり、徒党ごとにダンジョンが個別に生成される。新職業「傾奇者」の追加.「破天の章」から戦闘おいて「四象」と「地勢」の概念が導入された。「四象」は戦闘における地水火風の各属性を表し、敵味方の行動が各属性に関連するものであれば、対応する四象の値がその効果に加味される。この二つの要素を操作する新しい職業として「傾奇者」が実装された。詳細は職業とキャラクターメイクの項を参照。争覇の章.「飛龍の章」で追加要素の実装の遅れが批判の的となったため、追加要素を順次追加していく事をあらかじめ発表する「チャプター制」という形式になっている。特化技能伍の導入.上位の特化技能の追加。奥義.