落ち物パズルの常として高度な「連鎖」を仕込むことが高得点や勝利への近道となるが、このゲームではゲーム中常にカーソルへのキー入力が受け付けられ、パネルの消去中にも他のパネルの移動や消去が可能とされており、連鎖の途中でもその連鎖の続きを新たに組むことができる。このようにして作られた連鎖をアクティブ連鎖と名づけ、「仕込み」と「アクション」の絶妙なバランスを成り立たせたことが特徴である。アクティブ連鎖の導入は単純明快な基本ルールと合わせ高評価が与えられた。しかし既存の落ち物パズルとは操作方法が異なり、アクティブ連鎖の習得に慣れと練習が必要となることから支持者は限られ、広報活動の失敗から広く普及もしなかった。任天堂はマイナー作品からの脱却を狙い、リメイク作においては自社の人気キャラクターを起用する、自社の有名なパズルゲームとカップリングして発売する、定価を抑える、テレビCMにタレントを起用するなどの販売戦略を取ったが、いずれも大幅な普及促進には繋がらなかった。さらに度重なる登場キャラクターの交代と削除は、ファン層を分裂させる原因にもなった。企画から発売まで.雑誌メディアによる評価.移植とキャラクターの交代.スーパーファミコン版『パネルでポン』には妖精の少女を中心としたオリジナルキャラクターが起用されたが、アメリカ版を制作する際、現地スタッフから絵柄について日本アニメに親しんでいる人にしか受けないだろうと言われたことを受け、以降の作品では任天堂の別作品のキャラクターが用いられるようになった。キャラクターの排除へ.いずれもそれまでの作品における特徴であったキャラクターによる演出を排除し、勝ち抜き形式により物語が進展するコンピュータ戦も廃止され、マルチプレイと同じルールでコンピュータと戦えるようになった。さらに『パネルでポンDS』ではゲームスピードの減速により難度の引き下げが図られた。ダウンロード販売による再供給.ゲームモード.パネルでポン.ゲーム画面やメニュー画面の構成、ゲームモードなどのシステム、キャラクターそれぞれに別の掛け声・ゲーム画面のBGMと背景を用意する、ゲームモードごとに異なるエンディングを用意する演出手法、多数用意された隠しコマンドや裏技などの要素は後の移植作品にも継承され、シリーズの基礎を築いた。ストーリー(パネルでポン).