ゴジラジュニアを倒したデストロイアは、羽田に上陸したゴジラと激闘の末、自衛隊の冷凍兵器によって倒される。メルトダウンを開始したゴジラは、全身からの放射線によって東京は死の街と化し、その生命も尽きていった。しかし、その直後には放射線量が急激に低下し、霧の中で新たなゴジラが咆哮をあげる姿をもって物語は幕を下ろす。登場人物.制作.企画から製作までの経緯.当初の仮タイトルは『ゴジラ死す』で、特技監督の川北紘一はそれまでの『ゴジラVS○○』という命名法から脱却し、この作品をシリーズ最終作とする意気込みを体現するつもりであった。ゴジラを死なせるという物語としたことについて川北は、対決ものが続いたことでドラマ作りが難しいところに差し掛かっていると考え、ゴジラという強大なキャラクターと人間側との密接なドラマを構築するため発想したという。また、超兵器によるゴジラとの戦いも人間側のドラマが介在する余地がなくなってしまうため、人間の英知をドラマに盛り込みSF映画としての原点に回帰することも意図している。プロデューサーの富山省吾が発案し、大森一樹が執筆した本作品のプロットの初期案『ゴジラVSゴジラ』は、初代ゴジラの生体エネルギーが幽霊のような「ゴーストゴジラ」として出現し、ゴジラと戦い、ゴジラは倒されるが、ゴーストゴジラはジュニアによって倒される、というものだった。実体のない怪獣という面白い見せ方も考えられた。しかし、前作のスペースゴジラと前々作のメカゴジラとゴジラを冠する怪獣が続いていたうえ、実体のないものに感情移入はしにくいのではないかということで不採用となった。また、川北はビジュアル面でも難しい面が多かったと述べている。