マルチエンディングを採用しているが、真のエンディングへの分岐が非常に気付きにくいところに隠されているため、初回プレイ時はほとんど通常エンディングルートに入る。通常エンディングルートにおいて、作中メッセージで真のエンディングへの分岐条件を匂わせる箇所がある。真のエンディングに向かうための最終ステージでは、特定の隠しアイテムを入手することによってタイムアタックが可能。あらすじ.前述のとおり、マルチエンディング形式が採用されているため、プレイヤーの選択によりストーリーが変化する。ここでは主に、真のエンディングを基にして記述する。洞窟の中で目覚めたクォートは、洞窟を抜けた先のミミガーの村にて、トロ子という少女と出会う。トロ子がミザリーとバルログにより攫われた後、村の中のアーサーの家にあった転送装置で、クォートはタマゴ回廊に向かう。タマゴ回廊にて、イゴールにやられ、気絶していたスーを救出した後、クォートはスーの頼みで、カズマが幽閉されているクサムラへと向かう。クサムラの奥地に幽閉されていたカズマと、ドクターから逃げてきたブースターを救出した後、ドクターの赤い花入手を止めるために、ブースターの要望でクォートは赤い花が存在する砂区へと向かうことになる。倉庫にて、バルログにより赤い花を食べさせられ、狂暴化したトロ子を倒した後、ミザリーに返り討ちにされて死亡してしまったキングのブレードを受け取ることになる。倉庫から出た直後、クォートはバルログとミザリーによる奇襲に遭い、迷宮に飛ばされてしまう。迷宮内では、同じくミザリーに敗北し迷宮に飛ばされ、満身創痍なカーリーがおり、彼女に薬を飲ませて助けることになる。その後、回復したカーリーはクォートと共に、迷宮脱出に協力する。迷宮の最奥にある、島の心臓部「コア」を撃退した後、クォートは溺れてしまう。しかし、同行していたカーリーによりボンベをつけられ、一枚を取り留める。ボンベをクォートに譲ったことで代わりに気絶したカーリーを背負いながら、コアから繋がる水路へと脱出する。