また、ゲームやアニメでは古代文明がポケモンと協調または力を利用する関係であったと見られる描写もある。文明が進んでいなかった時代では、むしろ人間がポケモンたちから知識や技術を得たという事例も存在している(作中では、コンクリートの製法をローブシンから教わったという記録などがある)。また、あくまで昔話であるが、さらに古い時代では人間とポケモンの区別が存在せず両者間での婚姻なども存在したという表現がある。ゲームやアニメ、漫画版「ポケモンカードになったワケ」などでは人間に恋愛感情を抱くポケモンはいるが(アニメのコジロウのヒドイデ♀、「ポケモンカードになったワケ」のニドラン♀のランランなど)、ポケモンに恋愛感情を抱く人間は登場していない。これらの活動にはポケモンを捕獲し意のままに従わせる者たちの力が必須であり、これを「ポケモントレーナー」と呼ぶ。トレーナーとポケモンの関係は基本的には緩やかな支配、被支配の構造を内包しているが、『ウルトラサン・ウルトラムーン』のハウとパートナー御三家、アニメの主人公サトシとピカチュウのようにほぼ対等に近い関係も存在する。また、トレーナー、ポケモン間の支配、被支配の構造をことさら強調したのがロケット団などである。作品を見る限りポケモンの人間社会における使役目的は戦闘目的が主だが、それ以外にも乳や卵を取るための家畜や優れた身体能力を生かした労働力としてポケモンを飼育したり、ポケモンの調査や研究を生業としたりする者もいる。また、ポケモンが食料として狩猟の対象とされていたことをにおわせる神話も伝わっている。現にカモネギは食用のための乱獲で数が減少しており、チェリンボは味が確認されていることから食べている人がいるとされている。また、オドシシやアブソルは角を薬や美術品として狩猟された過去があるという設定があり、実際の狩猟と同様に、食料以外のさまざまな物資を目的とした事例も存在している。ゲーム中の具体的な描写ではヤドンの尾は栄養にはならないものの食用になり、実際に「おいしいシッポ」と呼ばれるアイテムが存在するほかロケット団がこの尾を乱獲するエピソードが見られる。これらの活動においても人間とポケモンとの関係は支配、被支配の構造を持つことが伺えるが、オーキド博士などその枠に収まりきらない者も存在している。