江戸の戸田茂睡は『梨本集』などで歌学の革新を唱え、中世歌学で重んじられてきた制の詞(和歌に使えない言葉)による制約の不合理性を説き、俗語を用いることの正当さと歌学の発展のために歌語の自由を主張した。これは、古今伝授によって伝承されてきた二条家(藤原定家の子孫)らの方法とは異なる、因習にとらわれない自由な研究を提唱したものであった。大坂の下河辺長流と僧契沖とは『古今和歌集』『新古今和歌集』に比較して従来軽んじられてきた『万葉集』の研究をすすめた。長流は、独創的な見解をうちだして徳川光圀の援助を受けたが、まもなく亡くなった。そこで、長流の友人で真言宗の僧であった契沖は長流が果たせなかった研究を引き継いで『万葉集』の精密な考証研究をおこない、多くの実例を通して戸田茂睡の考えの正しさを実証した。その結実が『万葉代匠記』であり、和歌を道徳的に解釈しようとしてきた従来の姿勢を批判して、後世「国学の祖」と称された。なお、『和字正濫鈔』は国語学における契沖の大きな業績である。今日、私たちが日本古典文学と称しているものの大部分が、実際には、この時代に広く読まれるようになったのである。また、中世ヨーロッパにおいて聖書が僧侶に独占されていたことで保たれていたローマ教会の権威が印刷術の発展によって破壊されてルネサンスや宗教改革の運動が興起したように、日本で中世以来保たれてきた秘伝や制の詞は、印刷された書籍の流通によって消滅したのである。これらの古典・国語研究は古代精神の探究へと進み、のちの国学の成立に大きな影響を与えた。実学・自然科学の発達.自然科学では、本草学や農学・医学など実用的な学問が発達した。「本草」とは「薬のもとになる草」という意味であり、本草学は元来、自然物(植物・動物・鉱物)を人間に役立てるための学問で、とくに薬用効果を研究する中心とする薬学であったが、しだいに博物学的性格を強めた。元禄前後の時期にあって実学がおこり、ものごとを合理的に考える態度が養われたのは、当時の産業の発達や経済発展に刺激されたことを背景にしており、ここでは実証的研究が尊ばれたのである。