琉球独立論と基地反対運動は密接な関係にあり、独立論が基地撤廃運動の手段として使われているという指摘もある。琉球民族独立総合学会の松島共同代表は「独立論を提唱するようになったのはいつからか」という質問に対し、「鳩山政権が普天間飛行場の県外移設を公約したが、日本全国にどこも引き受けるところはなかった。日米安保の利益だけ得て、犠牲は沖縄に押しつける。沖縄差別が顕著になった。このまま日本に頼っては、基地問題や沖縄差別は解決できないと感じた」と、米軍基地問題が直接的なきっかけになったことを認めている。琉球独立論と先島諸島.琉球独立論に関しては、琉球王国時代に人頭税の歴史のあった先島諸島では批判の声がある。東アジアでの琉球独立論.中華人民共和国.中華人民共和国には琉球が日本固有の領土ではなく、中国の領土の一部であるという認識を持つ者も存在する。その根拠として、琉球王国が明や清などの歴代中華王朝の冊封体制に入っていたことを挙げている。中国政府が公には主張していないものの、中国共産党員やマスメディア、学者や現役の軍人が主張しており、民間にも広がりつつある。ただし、冊封は琉球だけが行っていたものではなく、朝鮮半島やベトナムなどの歴代王朝でも行ってきた。しかし、国恥地図にも沖縄は含まれている。また、ポツダム宣言などにより沖縄は日本領でないとする琉球地位未定論なども存在する。中国には「中華民族琉球特別自治区準備委員会」という団体も存在し、沖縄住民は中華民族の同胞であることとの主張を記した意見広告を新聞などのメディアで出している。中国政府の暗黙の了解の元、強硬な中国の愛国主義者たちは、「沖縄中国論」を展開しており、沖縄解放を主張している。これは、中国で琉球独立を支持する学者、唐淳風の思想に基づいている。唐淳風の主張では、元来琉球人は中華民族であり中国語で福建省の方言を話していたが、崖から飛び降りるよう迫るような日本による残虐的な方法により強制的に同化させられたと主張している。中華民族の概念は、「中華民族が住む土地は一つの国家によって統治されるべきである」という考え方の下に、領土問題と合わせて語られることもある。こういった思想はという。