準備稿までは、メカゴジラがアドノア島でラドンと戦うという展開であったが、ゴジラの出番が遅いためゴジラがアドノア島に出現するという展開に改められた。デザイン.ガルーダとの合体案が出る以前は、砲台を装備するという案や、飛行形態に変形する案、専用輸送機で空輸する案なども存在した。メカゴジラの巨大基地を登場させる案やメカゴジラ自体を要塞にする案などもあったが、突飛すぎる案は却下された。スーパーメカゴジラは、村上が製作したプラモデルパーツなどを流用したガルーダを、デザイン決定用の粘土モデルに装着し、バックパックとのバランスが検討された。スーツのメッキ処理も考えられていたが、さまざまな問題で断念された。雛型の段階では、メッキ加工する前提で曲面を強調していたが、メッキが断念されたため、エッジを立てたデザインに改められた。全体的なシルエットは、VS版ゴジラを模しており、旧版メカゴジラの要素としては頭頂部の角と背びれの形状のみに留まっている。胴体のディテールは、大胸筋や肋骨、骨盤などを模しており、生物的要素を取り入れている。前作『ゴジラvsモスラ』で極彩色の怪獣が好評であったことから、川北の要望により、メカに疎い人には「銀色のゴジラ型ロボット」では過去のものと区別がつかないため、旧作と差別化を印象づけるためにメタリックレッドの配色や、地球の軍用兵器であることからグリーンのカラー、全体に黒いラインを入れたものなども検討されていた。最終的な配色の決定について、川北はデザインが決定していない段階で生頼範義へポスター制作を依頼した際に彼がシルバーとすることを主張し、これに決まったと述べているが、吉田はポスター用デザインの後に本格的なデザインワークが行われ、社内プレゼンで赤では悪役にしか見えないとの指摘を受けたと証言している。赤い配色はファイヤーラドンに採用された。川北は、過去の作品を知っている観客を意識するとあまり大胆にはできなかったと述べている。飛行形態は、西川伸司により腕や首の角度が違うものが複数描かれた。ジェット噴射は、旧作のような足の裏では古いとの考えから、背中と大腿部に設けられた。コクピットのデザインは美術の酒井賢が担当。リアリティを重視して小さめのセットとなっている。造型.