玄瑞が京都へ東上した頃、光明寺党の幹部と真木和泉、中山忠光、白石正一郎らが話し合い、新しい隊を結成することとなった。光明寺党を基として、足軽、農民、町人、工匠等の希望者を募って、隊づくりが進行した。八月十八日の政変から禁門の変へ.玄瑞は『解腕痴言』において、『幕府が攘夷の勅旨を受けながら、「優柔不断挙を」なさぬときは、「回天の御良策」として(外国と幕府への)「御親征」あおぐ』と記していたが、真木和泉は、「攘夷の難題を以て、幕府に迫り、この攘夷の大詔を実行できない罪を正すために幕府を討伐する」という、「御親征」と「倒幕」の「名分を立てる」ための攘夷実行を長州藩主に具申した。しかし、幕府は長州の独断攘夷を問題視し、大和御幸の密謀を察知すると、会津、薩摩、中川宮朝彦親王ら公武合体派公卿らと提携し、長州藩をはじめとした急進尊攘派の動きを封ずる挙に出た。これが、八月十八日の政変であり、攘夷親征の延期、長州派公卿の更迭が行われた。長州藩は、宮門警衛の任を解かれ、禁裏への出入りを禁じられ、これにより公武合体派が天下を圧する時期が再び到来した。なお、このクーデターの背後には、孝明天皇の「攘夷は希望するが、倒幕には反対する」という考えがあった。この情勢のなか、玄瑞は政務座役に任じられ、藩の要職として後事を策するため、京都詰めを命じられた。その間、三条実美・真木和泉・来島又兵衛らの唱える「武力をもって京都に進発し長州の無実を訴える」という進発論を、桂小五郎らと共に押し止めていた。