荊たちは引き続き捜索活動を続けるが、そこにコッペリオンの探検係の一員で、二年生の円谷真奈が姿を現す。彼女は体内で核分裂を行い、桁外れの超能力を発揮し荊たちを攻撃する。実は小津姉妹の任務はコッペリオンの失敗作を処分することであり、真奈もその対象であった。その後、二年生のコッペリオンは特有の血液型を有し、全員が欠陥品である事実が明かされる。荊たちは生存者を求めて新都銀行地下に潜入するが、そこで巨大な実験動物キメラの襲撃を受け逃亡する。そこへ真奈が現れると深作葵がこれに共鳴し、荊ともども都庁ビルに連れ去られてしまう。そして、ここで探検係の二年生、市川迷砂が登場する。真奈は迷砂に「この人(荊)を失うとダークマターが安定を失う」と呟く。三島教頭が主導するクーデターは直前で鴎外官房長官に発覚してしまうが、なんとか潜水艦の奪取に成功し、更にその場に居合わせた総理大臣の夏目八郎を乗せ、無事出航する。その頃、遊撃隊として活動する葵は襲来した無人戦闘機と戦いを繰り広げる。そんな中、お台場原発が地震の影響で再臨界が起きてしまったことが判明する。荊は刹那に捕捉されてしまうが、無線機で鴎外にお台場原発の再臨界を止めるため停戦することを提案し受け入れられる。しかし、三教授はこれを聞き入れず鴎外との間に亀裂が生じてしまう。イエローケーキの狙いは潜水艦のミサイルを奪取して石棺を破壊することであった。荊はアクアラインを進みながら疲れや絶望から意気消沈する生存者達を励ましていた。遥人は傭兵部隊を相手しつつ、武者小路や迷砂の手を借りて死神の正体を割り出し、鴎外官房長官へ会議をまとめるために政治の力を使うことを提案する。そして鴎外は「放射性廃棄物輸出禁止条約」を提案。各国はこれを「京都条約」として締結し、全世界へ向けて発信された。これにより原子力事業で莫大な利益を得ていた民間企業は衰退することとなる。そしてイエローケーキも終わりを迎え、小津姉妹や遥人は彼らを拘束、戦闘は終結する。登場人物.コッペリオンたちは映画監督に由来した名前、一般人は文豪に由来した名前が多い。テレビアニメ.政治や企業に対する風刺描写・女性陣のお色気描写も控えられている。常呂港線北安曇郡池田町立高瀬中学校幼年期.第二次世界大戦.朝鮮戦争.