実体顕微鏡の照明は、通常の複眼顕微鏡とは異なり、透過照明(ダイアスコープ)ではなく、反射照明(物体を透過する光ではなく、物体の表面から反射する光)を用いることがほとんどである。物体からの反射光を利用することで、通常の複眼顕微鏡では厚すぎる、あるいは不透明な標本も観察することができる。実体顕微鏡の中には、透過光照明が可能なものもあり、通常は、対象物の下にある透明なステージの下に電球やミラーを設置するが、通常の複眼顕微鏡とは異なり、透過光はほとんどのシステムでコンデンサーを通して集光しない。特別な装備の照明器を備えた実体顕微鏡は、反射光と透過光のいずれかを使用して暗視野顕微鏡検査に使用できる。低倍率での大きな作動距離は、特に後述する光ファイバー照明を使用して、大きな固体物体の破断面などを検査するのに有効である。また、このようなサンプルは、興味のある箇所を決定するために簡単に操作することができる。倍率.固定式、ズーム式ともに、接眼レンズを交換することで倍率を変化させることができる。照明、アクセサリー.照明器具・アクセサリー.実体顕微鏡では、被写体を上から照らすのが一般的であるが、生物観察用などでは、透過光照明が基台部に組み込まれていたり、追加オプションで用意されていたりすることもよくある。高級機種では透過照明装置では、暗視野照明、上下からの光が混在した状態での作業も可能なものがある。望遠鏡タイプの実体顕微鏡では、同軸照明によって物体の凹部(被検査物の穴など)を照らすことができるし、影のない照明のために、対物レンズにクランプするリングライトも用意されている。地質学で岩石の大面積の薄切片を調べる場合、分析装置と挿入可能な補助物体(ラムダプレート)を備えた、取り付け可能な偏光ターンテーブルがある。アナライザーは、対物レンズの前方で底部に固定される。生物学の準備作業では、大きな対象物を観察するためのフリーアーム三脚など、さまざまな交換可能な三脚が用意されている。