本作ではゲーム開始時にエックスとゼロのどちらかを選択する「ダブルヒーロー制」を導入している。ゼロの攻撃は前作のバスター主体からゼットセイバー主体へと変更され、従来のシューティング感覚の強い操作性と一線を画したその操作性は、後続の作品にも強く影響を与えている。ストーリーの内容は根本こそ同じだが登場キャラクターや挿入される展開が多少変わり、ゼロの場合はより濃密となっている。しかし、それに反してエックスの扱いが軽すぎるため、「影が薄くなった」事を非難されている。パッケージデザインはPS版は従来と同じく各キャラクターを載せたものとなっているが、SS版では暗闇の中にスポットライトのような光を当てられたゼロが一人だけ佇んでいるというデザインに変更されている。スペシャルリミテッドパックとして、エックスのアルティメットアーマーの立体キットが同梱された限定版も同時発売された。ストーリー.ゲーム内容.システム.対応ハードがSFCからPS・SSへ移行したことに伴い、本作で追加及び変更されたシステム・仕様を記載する。登場キャラクター.ボスキャラクター.メインボス.なお、日本国外版ではボスのボイスはそのままだが、日本語で発する台詞は掛け声を除いてカットされた(ただしドラグーンの技を発する台詞はそのまま)。また日本国外版ではクジャッカーだけ声が丸々カットされ無声になっている。中ボス.基本的にそのステージのボスと弱点武器が同じ。エックスの能力.特殊武器.アーマー.ノーマル.アルティメットアーマー.ゼロの技.ブラックゼロ.黒いカラーリングのゼロ。エックスのアルティメットアーマー同様隠しキャラクターのような位置付けであり通常のプレイでは登場せず、プレイヤー選択画面で特定の隠しコマンドを入力することによりゲーム中での使用が可能となる。アルティメットアーマーとは異なり、外見が変化する以外通常のゼロとの性能差は一切無く、ムービー中やダッシュ時の残像は赤いままである。ライドアーマー.補足.スカイラグーン落下事件.カーネルとアイリスの関係.同じCPUを使用しプログラムの大半も共通のものとなっている彼らは互いを想いやる言動を見せ、兄妹と呼べる絆を有している。概要.