ファイルシステムとオペレーティングシステム.組み込み用途向けや、特定用途向けのOSでは、ファイルシステムをサポートしていなかったり、ファイルシステムをサポートしていても、実際の利用時にファイルシステムを使用しないこともある。このようなケースでは、コンピュータは外部記憶装置を持っていないか、持っていてもOSからは単なるデータストリームとして認識し、直接アドレスを指定することでアクセスされる。このように、ファイルシステムはコンピュータやOSにとって必須の機能ではない。平坦なファイルシステム.平坦なファイルシステムでは、ディレクトリが存在せず、ハードディスクドライブ(HDD)であれフロッピーディスクであれ、全てが唯一の階層に格納される。単純なシステムだが、ファイルの数が増えるにつれてユーザーがデータを分類して管理することが非常に困難となり、非能率的になった。スワップファイルシステム.FreeBSDなどの場合は、BIOSから扱われるパーティションをスライスと呼称し、その中にさらに独自に管理する複数のパーティションとしてスワップファイルシステムを構築する。これらのファイルシステムは、プロセス毎のプライベートな名前空間によって構成される。そのため、各プロセスは分散システムに存在する数々のファイルシステムを固有の観点で見ることができる。Windowsのファイルシステム.Windowsのファイルシステムの歴史.WindowsはGUIを通してユーザーと対話するため、ディレクトリを「フォルダの一種」として扱い、フォルダアイコンでグラフィカルに表示している。NTFSの仕様.NTFSはACLベースのパーミッション制御を可能とした。ハードリンク、代替データストリーム、属性索引、クオータ管理、圧縮、ファイルシステム間のマウントポイント(ジャンクションと呼ばれる)、不良セクタの動的ホットフィックスなどがサポートされている。ただし、一部の仕様は未公開である。ドライブレター.リカバリー領域.市販パソコンでは、リカバリー領域と呼ばれる隠しパーティションをもつものがある。ファイルシステムと対応するパーティション番号.この番号により、OSの起動時の、利用すべきパーティションの自動判別が速やかに行なわれる。