乗客が実際に触れるATOSの機能としては行先・種別などの詳細な案内表示や自動放送などがあり、従来の案内システムからの変化を感じ取ることができる。また、導入対象外のエリアでも電子連動化により、ATOSと同等の旅客案内が使用されているケースもある。関東地方のJR東日本の在来線路線では群馬県の駅では唯一導入されていない。構成.線区共通中央装置.導入線区に共通して使用するものでシステム監視・設備指令などシステムの中核となる装置を有するほか、計画ダイヤ管理装置を有し導入線区全ての計画ダイヤが保存される。また旅客指令もここで行う。線区別中央装置.導入線区ごとに使用するもので、実施ダイヤ管理装置・輸送指令卓などを有する。運行ダイヤを計画ダイヤ管理装置から受け取り進路制御など輸送管理を行う。駅装置.導入線区の各駅毎に設置されるもので、システム端末・電子連動装置・発車標や自動放送装置を制御する旅客案内装置などを有する。線区別中央装置から受け取った情報を元に進路制御・旅客案内などを行う。機能.ダイヤ管理機能.走行する全列車の運行ダイヤを臨時・試運転・回送・貨物列車などを含め一括で管理する。運行ダイヤはダイヤグラムで表示することができる。列車に遅延等が出た場合の情報を把握することができ、ATOS導入線区同士であれば互いの乗入列車の遅延時間等を共有できる。運転整理機能.列車に遅れなどが生じた場合に、時刻調整や発着順序変更など行う。ダイヤグラムでの「スジ」を操作する感覚で変更ができる。変更があった場合は即座に各駅装置に送られ、旅客案内装置などにも反映される。駅の進路制御機能.運行ダイヤに基づいて、ポイント・信号機の制御を自動で行う。また列車の在線位置も表示できる。駅の旅客案内機能.運行ダイヤに基づいて、列車の種別・愛称・発車時刻・行き先などを駅に設置されている発車標・自動放送装置等で構成される旅客案内装置より行う。駅の設定よっては遅れ時分・列車の現在地を表示できる。ダイヤが大幅に乱れた場合は駅の設定により発車時刻が表示されなかったり、「JR」しか表示されないことがあるが、種別・行き先・発車順序など最低限の情報を提供できる。