クリア時間の短さに対するタイムボーナスが大幅に増加し、命中率の高さによるボーナスが新たに追加された。マルチ・スクリーンバトルに失敗した場合、タイムボーナスはなくなる。ガンアジャストモード.ペダルを踏み、トリガーを引いた状態でコインを投入すると「こだわり設定モード」が出現する。ガンコントローラーの反動(ブローバック)の有無の設定や、日本語音声と英語音声の選択が可能。音声の切り替え機能は日本版のみの要素であり、海外版では英語音声固定となっている。フルミッションモード.アーケード本編では語りきれなかった事件の全貌を描く、家庭版オリジナルモード。得点は表示されず、成績に応じてリザルト(結果表示)画面で勲章の数が表示される。主人公は、アーケードモードでVSSEをサポートしていたラッシュ大尉。武器はハンドガン、マシンガン、ショットガンの他、グレネードランチャー、手榴弾、音波パルス装置が使用可能。特殊武器としてナイフと盾を使用することができる。クライシスミッション.VSSEの新人エージェントを主人公とするモード。アメリカ軍と合同で、劇中の事件を元にした模擬弾演習を行う。過去のシリーズで登場したVSSEエージェントがカメオ出演している。ストーリー.EUは、国際特殊諜報機関『VSSE』のエージェント2人をアメリカに派遣することを決定、米軍統合監察部との合同捜査に乗り出す。同部所属の監察官ウィリアム・ラッシュ大尉は、上官のラリー・ガーフィールド中将、デビッド・マクスウェル准将から、事件調査及びVSSE到着前の情報収集を命じられる。直後にラッシュは、その虫が米軍の開発した極秘生物兵器『テラーバイト』である事と、VSSEの介入が既に謎の部隊にキャッチされ、エージェントが到着するカリフォルニア州の国際空港が襲撃されることを知る。そしてアメリカに到着したVSSEエージェントのジョルジョ・ブルーノとエヴァン・ベルナールの2人も、国際空港でラッシュと同じ謎の部隊の襲撃を受けてしまう。ラッシュと合流したエージェント達は、彼からその虫が『テラーバイト』と呼ばれる生物兵器であり、彼もこの不正取引を捜査していることを聞く。武器.サブウェポン.サブウェポンには弾数制限があり、一般兵(黄服)を倒すことで弾薬を補給できる。