ペレットは木を原料とするため、寒帯林・温帯林・亜熱帯林、また針葉樹か広葉樹かにより出来上がる製品の品質に差が出る。このためストーブメーカーなどが顧客の使用するペレットがどこで作られた物か聞き取りをし、空気量やペレット供給量などを設定しなければ想定通りの燃焼を得られないケースがある。また日本では製造規格が存在せず、そのため品質不良の粗悪なペレットが出回っていることもあり、安定運用の障害になっている。偽装ペレット.原料である森林の持続可能性に関する認証制度は存在しているが、信頼性が低く機能していない。持続可能性.林業界とEUはバイオマス発電を推進してきたが、森林擁護団体からこの政策を批判する公開書簡が出された。木質ペレット製造業者は木くずなどの廃棄物を活用してペレットを製造していると主張しているが、ペレット製造工場のドローン空撮写真によると、伐採直後の丸太が積み上げられた様子が撮影されている。製造過程の公害.木質ペレット製造施設が大気汚染や騒音などの公害を引き起こしており、喘息や心臓発作、睡眠障害の原因となっている。そうした施設は低所得地域に集中しており、人種差別を強化する土壌となっている。全米有色人種地位向上協会も反対の声明を出すなど被害は深刻化しているグリーンウォッシング.植物を燃焼させてしまうと、植物が固定化しているCO2は大気中に放出されるため、木質ペレットの使用は化石燃料と同様に地球温暖化を加速する。またその製造のために天然林の伐採や湿地の埋め立てが行われていると告発されており、それを「再エネ」として日本が輸入していることに対してグリーンウォッシングであるとの批判を受けている。これに合わせ、米国の環境団体から日本政府に対して木質ペレットの使用を再エネから除外するべきであるとの書簡が出された。木質ペレットは全ての工程においてCO2を排出する。木質ペレットの生産・加工・輸送・発電すべてを総合したCO2の総排出量は石炭火力発電を上回る。気候変動を抑制するには、木質バイオマス発電への投資をやめ、真に持続可能なエネルギーへと転換する必要があることが指摘されている。「脱炭素の抜け穴」としての木質ペレット.木質ペレットを始めとする木質バイオマスの製造企業は極めて強力なロビー活動を展開しており、その力を見せつけている。