新キャラクターであるナオコは、大場の義妹の名前からとられた。題名の「ザ・スーパー忍」の由来について、大場は「当時のセガのソフトにはスーパー○○という題名が多く、なんとなく『スーパー忍』にするのが嫌で、意味もなく『ザ・』にこだわっていた」とファンからの質問に対する回答の中で説明している。ゲームバランスの調整には細心の注意が払われ、ゲームの外でシミュレーションを重ねたほか、実際のプレイで難しいと思われる個所は敵の数を変更するなどして調整が行われた。主人公ジョー・ムサシの技のうち、「八双手裏剣」と忍術は、アクションゲーム初心者が先に進めるようにするための施策として取り入れられた。忍術のうち、自分の残機と引き換えに強力な攻撃を相手に浴びせる「微塵の術」は、お蔵入りとなった企画がもとになっており、家庭用ゲーム機向けソフトで機械的なコンティニューができるのは味気ないため、作品の設定と合わせて生み出された。複数のバージョン.これは、当時セガが家庭用や業務用で『スパイダーマン』のゲームを別途リリースする際、版権元のマーベル・コミック側から版権を取得しアーケード版のプロモーションの一環として本作にも登場する契約が改めて行われたことに由来しており、マーベル側からデザインをよりスパイダーマン寄りにしてほしいという要望が寄せられたと大場はセガとのインタビューの中で話している。また、この修正版では起動後、セガのロゴの後にスパイダーマンとマーベル社のコピーライト表記が映し出される。さらに、パッケージ画像メガドライブミニへの収録に際しては、パッケージを模したキーイラストが当時の説明書に掲載された別のものに差し替えられている。音楽.当初、古代は続編らしさを出そうと考えていたが、当時聞き始めていたクラブミュージックやディスコの要素を『ザ・スーパー忍』の持つ和風の世界観と合わせると面白いと思ったと話している。当時の古代はプリンスをよく聞いており、本作の楽曲の中には『』の影響を強く受けた曲も存在する。評価.後世への影響.忍シリーズ一覧.