また、消防隊がトンネルに到着した時点では国鉄職員が現場にいなかったことや、消防が救援のため敦賀駅構内のモーターカーの出動を要請したが、当初対策本部に「鉄道管理局の許可が必要」と拒否されるなど、緊急事態にもかかわらず形式的で硬直化した対応をとるなど、国鉄の対応は後手に回った。当時、国鉄は「電化されたトンネル内で火災は発生し得ない」との見解を示していた立場から、排煙設備や消火設備を一切設置せず、別経路の避難口もなく、トンネル内の照明も労働組合から「運転の妨げになる」という反発があったため、消灯していた。時系列表.原因.出火原因.出火原因と発火過程に関する捜査および調査は、福井県警を中心に行われた。出火場所と出火原因の特定は容易に判明したが、極めて短時間のうちに発火する現象には多くの謎があったことから、発火に至るまでの過程を解明するには専門家による科学的な調査および鑑定を必要とした。のちに福井地方裁判所に提出された「火災原因調査鑑定書」によって発火に至る過程が解明された。以下にその内容をまとめる。警察による出火原因捜査.北陸トンネル火災事故を捜査する福井県警・列車火災特別捜査本部(以下「特捜本部」と記す)は、名古屋高等検察庁、福井地方裁判所、日本国有鉄道・金沢鉄道管理局と合同で北陸トンネル内および火災事故車両の現場検証を行った。同時に乗務員や乗客に対する事情聴取も並行して実施された。火災原因調査鑑定書.上記の各鑑定書の出火原因に関する結論を見ると、裁判所が認定した事実.追加鑑定.糸谷鑑定人の「糸谷鑑定書」は、「小松崎鑑定書」および「布施田鑑定書」が福井地裁に提出された後、両鑑定書の合理性を証明するために、両鑑定の結果を基に追加で行われた鑑定である。糸谷鑑定人は、押収された食堂車喫煙室の電気暖房器具について更なる追加鑑定を行った。糸谷鑑定人が同電気暖房器具を鑑定した結果、同暖房器具の顕著な被熱の痕跡として以下の現象を認めた。