建武政権崩壊後の後醍醐天皇は、吉野に潜幸した後、自身が持っている三種の神器が本物であり、北朝の光明天皇に渡した三種の神器は偽物であると称したとされる。これに基づいて『大日本史』においては南朝を正統とし、明治政府も南朝を正統したが、三種の神器の真偽や所在が天皇の正当性に繋がるという考え、また、そもそも南朝が本物の三種に神器を持っていたとすること自体に、古くから異議が唱えられてきた。各天皇の三種の神器.光厳天皇.光明天皇・崇光天皇.このような点から、村田正志、飯倉晴武、林屋辰三郎らは、南朝が本物の三種の神器を保有していたという主張に疑念を付している。後光厳天皇から後小松天皇.論理的批判.『大日本史』は、本物の三種の神器を保有していたという理由で南朝を正統としたが、すでに江戸時代から三種の神器の所在や真偽で皇位の正統性を判断するという見解には異議が唱えられてきた。江戸時代中期の儒学者である三宅観瀾は、名分論で南朝正統を主張しつつ、三種の神器による南朝正統論を批判した。明治以降は歴史学からの批判がなされ、田中義成は「神器の真贋という説は明瞭ならず。故に只神器の所在を以て正当となす説は、学術上に価値なし」と一蹴している。瀧川政次郎も、三種の神器の所在を以って皇位の所在とする主張は北畠親房以前には見られなかったとした上で、「神器がなければ、天皇の位がないというならば、神器が自然の災厄によって滅失してしまったときには、日本国が滅びるという愚かなことになる」とした。また、上記の通り北朝初代の光厳天皇は三種の神器を保有していたことが確実である。ゆえに村田正志は、本物の三種の神器の有無という観点で、三種の神器無しで践祚したがその後神器を受けた後鳥羽天皇や後小松天皇の皇位を認めるなら、北朝の光厳天皇の皇位を認めなくてはならないとした。