上社大祝を務めた諏訪氏(神氏)の由来については、共に大国主神の後裔とされる三輪氏の同族とする説と、欽明朝や推古朝の頃から平安時代初期に信濃国地方政治で活動して後に下社大祝家となった金刺氏の分家とする説がある。仮に大国主神の後裔とする場合、父母が素戔嗚尊、奇稲田姫、祖父母が伊邪那美尊、伊弉冉尊であり天照大神の遠戚である可能性が高い。また金刺氏としても、始祖が神八井耳命であり、その父母は神武天皇及び比売多多良伊須気余理比売であるためやはり遠戚である可能性が高い。祝(はふり)は神明の垂跡の初め、御衣を八歳の童男に脱ぎ着せ給ひて、大祝と称し、「我に於いて体なし、祝を以て体とす」と神勅ありけり。これ則ち有員、神氏の始祖なり。家督相次ぎて今にその職を忝くす。を指摘して、「こうした要素を無視して、一つの「系図」によって「金刺氏創祀」説を唱えることは、非常に疑問を覚えざるを得ない」という批判の声を上げている。また、『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』を発見した田中卓自身も、「これら諸氏の系譜の結合によって構成された広範囲にわたる同族的系譜関係は、もちろんこれを受け止めることはできない」、「それだけでなくその結合に用いた一々の氏族の系図の記載も、やはりそこに記載してあるというだけでは、これを軽々に信用するわけにはいかない」と述べ、これを否定している。村崎真智子は、『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』は江戸時代末期から明治初期までに、飯田武郷が文案を作り、中田憲信が系図としたことを想定しており、信憑性に疑問を抱いている。佐藤雄一も、以上の田中や村崎の研究から、「その記載と事実との関係に慎重な態度を取るべきであり、現段階では本系図を元にした考察を行うことは難しい」と述べている。間枝遼太郎は、『阿蘇氏略系図』がに影響を受けて成立していると明らかにした。以上のように、現在の学界では『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』を否定する学者が多く、「これらの系図が古代の歴史的事実を反映するものではなく(後略)」、「古代の歴史的事実を明らかにする力は持たない」と評されている。