敵勢力との戦闘は主に宇宙戦艦による艦隊同士で行われ、プレイヤーは艦船のモジュール構成や人員配置などを自由に行い、自身の艦隊を編成することができる。なお、本作の開発中には、このゲームシステムを同社の人気シリーズ『プロサッカークラブをつくろう!』『プロ野球チームをつくろう!』の流れになぞらえて「宇宙戦艦をつくろう!」という仮タイトルが考案されていた。作中の文章では、本来漢字で書かれて然るべき文字や単語の一部分が平仮名で書かれ、不自然になっている箇所が多々存在する。これは容量節約のため、使用頻度の低い漢字の使用を抑えている為である。システム.造船.造船施設のある惑星で艦を造れる。艦船設計社などで設計図を入手することにより、その設計図の艦船が造船できる。艦船の能力.艦船のパラメータについて述べる。艦船の特殊能力.艦船の種類によっては、旗艦に設定することで特殊能力を使用できる。戦闘中にコマンドとして使用するものと、配置するだけで有効なものがある。クルー配置.各々のクルーを艦内の役職に配属させる。宇宙港のある星ならどこでも可能である。配属したクルーの能力値により、艦隊のステータスに補正がつく。艦長であるユーリは配属変更不可。オペレーターや砲雷長など一部の役職は戦闘中の音声にも影響する。トスカ、チェルシーは専用のボイスが用意されており、それ以外は男女毎に汎用のボイスが再生される。クルーの能力とポスト.スキル.艦隊編成.艦隊戦.画面には時間と共に上昇するコマンドタイム(CT)が表示され、このCTを消費する事で行動はリアルタイムで行なわれる。兵装によって射程が異なり、自艦の索敵範囲外ではたとえ兵装の射程内であっても命中率が低下するので、敵との間合いを読むことが重要となる。移動は「前進」「後退」「待機」から選択する。マップ左端からさらに後退すると離脱もできるが、失敗する可能性もあり、離脱不可能な敵からは逃げられない。以下では各コマンドの解説を行う。白兵戦.マップ移動.