内田二機隊長が撃たれた後に警察庁から拳銃使用許可が下りたものの、現場の混乱もあって命令が上手く伝達されず、結局数名の隊員しか発砲しなかった(威嚇発砲のため犯人には当たらず)。狙撃班も配備されていたものの、射程が長く殺傷力の大きな狙撃銃の使用は長官許可とされていたため、結局使用されなかった。ただしこの拳銃使用許可を受けて、狙撃班長・保坂調司警部により、屋根裏部屋の銃座に対する威嚇射撃が行われた。この銃座は二機隊長・内田尚孝警視を始めとして多くの犠牲を出していたが、この威嚇射撃を受けて射手が退避し、無力化された。裁判.しかし、徐々に被告間で事件に対する認識の齟齬やそれによる軋轢が生じたり、坂東國男の超法規的措置による釈放・国外逃亡による離脱などの事情もあり、最終的には統一公判組(坂口・永田洋子・植垣康博)と分離公判組(吉野・加藤倫教)に分かれることになった。統一公判組の第一審判決において中野武男裁判長は本事件を「追い詰められ、逃げ場を失った暴徒が、血迷ったあげくに敢行した居直り強盗と評するほかはない蛮行であって、革命などとはなんら関係がない」とし、「これを権力に対する殲滅戦とか、内乱を目的とした戦闘などと主張するのは、まことに笑止千万、牽強付会もはなはだしいというべきである。ここには革命の大義名分などは微塵もなく、ただ血に飢えた暴徒による無差別的殺戮があっただけである」と断じた。坂口に対しては本事件の「総指揮者」と位置付けた上で「犯行全部に共同正犯の責任を負うことは当然」とし、2人の警察官が射殺されたことだけをみても「万死に値する」とされた。統一公判組の控訴審においても坂口は「自ら主唱してかつ主導して山荘内からの徹底抗戦を打ち出し、拠点としたベッドルーム内において逐次状況を把握しつつ他の者らを指揮しかつ督励して警察官に対する殺害行為を行った者であるのに照らすと、被告人坂口は共犯者の所為によるものをも含めて厳しく責任を問われるものであ」るとされた。国外逃亡した坂東國男は現在も国際指名手配されている。警察関係者や評論家の中には、「坂東が逮捕されるまであさま山荘事件は終わらない」と考えている者もいる。歴史.