また、正平一統とその後に成立した後光厳皇統の不安定さは公家社会にも複雑な影響を及ぼした。南朝は後光厳天皇を「偽主」として非難し、偽主に従う者は解官・所領没収などの措置を取るとした。一方、北朝も公事に参仕しない者に対して解官・所領没収の措置を取るとし、室町幕府も同様の姿勢を示した。だが、実際には京都の支配権が南北両朝の間を移り行き、神器も治天からの正式な支持もない後光厳天皇に従うことに不安を感じる公家が続出し、正平一統前は公事への公卿の参仕が少ない時でも官位への補任などを材料に他の公家を出仕させることで運営に必要な人員をカバー出来たものが、後光厳天皇の下では同天皇の擁立に関わった公家などしか集まらず、公事も停滞した。更にこの時期には寺社勢力の動きも活発化して春日神木の入京によって公事が妨げられることもあった。そのために後光厳天皇は公家たちの「忠節」によって人事や家門の継承、家領の安堵などを定め、室町幕府がその実施を保障する(ただし、当事者の公家と幕府との関係によって武家執奏を行って加減を図ることがある)ことで求心力の維持を図ろうとした。この路線は貞治年間に幕府軍が優位に立つことで効力を生じることになり、以後も基本的に継続されていくことになる。だが、その過程で去就の判断を誤って没落した家や反対に家格以上の待遇を得られる家も登場し、更に幕府との関係による家の浮沈も絡んで、公家社会の地図は大きく変化することになる。特に他の村上源氏諸家の没落に伴う久我家の源氏長者独占の確立や勧修寺流・日野流の名家の台頭という室町期公家社会特有の現象も、元をたどれば、後光厳天皇擁立やその後の京都脱出(地方下向)に際して当時の当主が北朝方に奉仕し、天皇や室町幕府から「忠節」を評価されて信任を得ていたという歴史的背景と深く関わっていた。将軍義満、管領細川頼之時代には武家執奏による朝廷への口入がみられるようになる。北朝天皇家の分裂.南北朝統一.北朝のその後.北朝の三種の神器.