大学院重点化に伴い、博士課程に在学中の学生と、博士号を取得したポスドクの人数は飛躍的に増えている。しかしながら、博士課程の学生に対する生活資金補助は、政府による補助、大学による補助を合わせても充実しているとは言えない。ポスドクを雇用する資金の多くは国のプロジェクト予算であるが、これは政策目的に沿った国家プロジェクトの成果を出すことが求められるため、若手研究者が自由な発想で研究を進めるのにふさわしい制度とは言えず、将来日本の学術を担う層を育成するために、より自由な研究を可能とする制度が求められていた。制度.特別研究員制度は、最も研究意欲が充実した伸び盛りの時期の研究者に生活費と研究費を支給することにより、研究に専念できる環境を用意することを制度の目的としている。研究に専念することを重視しているため、博士課程の学生や大学・研究機関と雇用関係がなく報酬を受けない無給研究員としての身分を除き、同時に他の身分を持つことは許されない。研究テーマは本人の独自のテーマであることが重視され、独自のテーマを進めるために科研費の補助が受けられる。審査.特殊な雇用形態.特別研究員は日本学術振興会との間に雇用関係がないことが明記されている。所属する大学などの研究機関とも雇用関係がない。このため社会保険や厚生年金に加入することが出来ず、期間終了後に就職できなかった場合も失業手当を受け取る事が出来ない。研究機関が他の雇用関係にある職員に与える通勤手当、健康診断などの福利厚生も認められない。博士課程の学籍を有するDC採用者であれば、所属大学の学生として健康診断の受診が可能である。国民年金と国民健康保険は加入できるが申請は個々人が行う。採用者の実態.制度の沿革.博士課程後期の学生を含む若手研究者を、研究者養成の最も重要な時期にあると同時に、現実に第一線の研究にも従事している人材ととらえ、その地位と役割にふさわしい研究条件と処遇を行うことを目的としていた。具体的には、採用期間の一年間から二年間への延長、研究奨励金の額の大幅な改善及びその後の支給単価改善方式の確立、博士課程在学者も対象としたこと、採用者に科学研究費補助金の申請資格を与えたこと等の改善が行われた。制度創設以来、採用人数の増員、申請資格の拡大、研究奨励金の額の改善等が行われている。