近親交配を繰り返した場合、劣性遺伝のため発現していない、生存に不利な遺伝子が顕在化しやすく、遺伝性疾患が発生しやすくなる(近交退化、または雑種強勢の対語的に近親弱勢)。また、遺伝的多様性の低下原因となり、伝染性の病気などへの耐性が低くなる。生物種の個体群がある程度以上小さくなると近親交配が起こりやすくなる。それぞれの種には絶滅を回避して種を存続できる最低限の規模があり、生存個体数がその規模を下回っているかどうかも保護の判断基準の一つである。個体数が充分な状態では、一般に近親交配は起きにくい。それは多くの生物が近親交配を避けるメカニズムを持っているからである。実際に、生物それぞれに、様々な形で近親交配を避けるようなしくみが知られている。被子植物では、多くの花に雄蘂と雌蘂が共存するが、どちらかが先に成熟するなど、自家受粉を妨げるようになっているものも多い(自家不和合性)。一方で、一部のダニなど特殊な環境で生きる昆虫では、ほとんど近親交配のみで繁殖していることが知られている。この場合、突然変異を考えなければ全ての遺伝子のホモ化が行われ、生存に不利な形質を持つ遺伝子は淘汰されていると考えられる。近親交配の利用.品種改良.品種改良において望ましい形質が低頻度の劣性遺伝子に基づいている場合、形質を固定するために有効な手段となる。望ましい形質を持つ個体とその親と交配させる戻し交配は品種改良における手法の一つとされる。野生種と比べて、飼育動物や栽培植物には近親交配の弊害が脆弱性として表れていると考えられるものも少なくない。ウシやブタのような経済動物では効率の観点から遺伝性疾患の遺伝子を持つ個体は繁殖に用いないが、趣味性の高い競走馬や愛玩動物の品種には、特定の遺伝病が顕著に多発する例も少なくない。ペットの近親交配は野放しに近い状態が続いていたが、先天性異常を持つ個体の増加につながるとの批判から、近親交配がおこなわれた場合には血統書を発行しないなどの措置がとられつつある。生物学の研究.生物学において、実験動物から遺伝的に均一な集団を作成する際に用いられる。そのようにして得られた系統は近交系と呼ばれ、マウスにおいてイギリスのキャッスルの元で近交系マウスの樹立が行われ、癌に関する遺伝子研究等において不可欠となった。人間の近親交配.