構造主義生物学は、言語学者のソシュールや記号論のパースといった構造主義者の考えを生物学に応用しようとする試みである。このアプローチは、命名行為、すなわち言語と非常に深い関係がある。言葉は世界を切り取って、何らかの同一性にはめ込む性質を持つ。科学は、このような「同一性」をなるべく明示的にしたい、という欲望や、現象をインバリアント(不変)でユニバーサル(普遍)なものに押し込めてしまいたいという欲望を常に持っている、と説明する。このような西洋の科学特有の発想の根底には、古代ギリシャのプラトンのイデア論がある、と指摘する。イデア論では、例えば猫なら猫のイデアが存在し、それは時空間を超越していつでも同じものとしてあると考えるわけであり、科学というのはそのような存在(イデア的存在)を発見することを目指しているとする。ところが、実世界にはそれほど簡単ではなく、例えば、「猫」を不変で普遍なものとして構想することはできない。それなのに、科学というのはなるべくそれを希求しているという。このような問題は、すでに中世にあった普遍論争における実念論と唯名論に関係している。「生物を構造主義的に見ようということは、遺伝暗号系以外のさまざまなルールもまた恣意的に決まっていると考えようということである」と述べている。遺伝暗号に限らず、さまざまな高分子間の対応は恣意的であると考えることと述べ、そう考えると、生物というのは、記号論的に世界を解釈している高分子の集合体と見たほうが、むしろぐあいがいい」と池田清彦は述べている。柴谷篤弘による構造主義生物学.それによると、『進化における上位分類群間の差異の起源については、これを単に新しいゲノムの創立としてあつかうのでなく、「構造」の創立として解かねばならない。「構造」とは、自然言語の例に見るように、人間の脳内に仮構される定式である。』と説明し、『「構造」はそれにあらたな成分が生成または付加されることがあっても、対応する外界の実態のように随時変動はしない。この仮構が外界の理解に役立てば、あたかも外界にその「構造」が実在するかのように、科学人も普通人も同様に考えてしまうことが一般である。』とする。