蔣経国、陳誠は呉国楨が押し進めた地方自治の推進に脅威を覚え、反対した。そしてより深刻な問題は「地方自治」を標榜する以上、行うべきである省主席公選に関して発生した。これはいくら「中国の正統政権である中華民国」を標榜してみたところで、実際の統治地域はほぼ台湾のみである矛盾に起因している。この状態で台湾省主席を公選してしまったら、中華民国大多数の有権者となる台湾住民によって選ばれた省主席は、民意という観点から言えば総統を上回る権威を獲得するのは火を見るより明らかであった。しかも呉国楨は外省人であるが妻が廈門出身で、台湾で広く使われている台湾語を理解し、省主席として台湾各地を視察して民衆とのコミュニケーションを図っていた。さらに先述したように呉国楨はアメリカ受けがよく、このような中で省主席公選を実施すれば、呉国楨が当選して蔣経国、陳誠、ひいては蔣介石にとって深刻な脅威となると考えられた。結局省主席の公選は凍結されることになった。結局のところ台湾時代の国民党・政府において「領袖」蔣介石のもとで自派の形成ができたのは、台湾省主席・行政院長といういわば表で治績を挙げ、政策遂行を進めたテクノクラート層を押さえた陳誠と、特務のリーダーといういわば裏、政治のダーティーな面を掌握した長男の蔣経国の2人のみであった。このように領袖蔣介石の後継者となり得る人物は陳誠、蔣経国の2人に絞られていた。政敵の追い落とし.蔣経国と台湾省主席の呉国楨との関係は悪化していった。もともと蔣経国と呉国楨は、国共内戦時に蔣経国が上海で経済統制を行った際に対立したといういきさつがあり、経済統制の失敗の一因は上海市長であった呉が足を引っ張ったことにあると考え、蔣経国は根に持っていた。しかし国共内戦に敗北して台湾に逃れた蔣介石は、アメリカ受けがよい呉国楨を重用してアメリカの歓心を得ようとし、台湾省主席に任命した。呉は台湾省主席として特務の元締めである蔣経国による政治的要求や特務の横暴に激しく反発した。呉国楨の出国を蔣経国は阻止しようと試みたが、蔣介石夫人の宋美齢の協力によって出国が可能になったと考えられている。呉国楨は後にアメリカで蔣介石政権の独裁性や政治のやり方が完全にソ連のコピーであることを主張するなど、激しい政府批判を展開した。このいきさつから蔣経国と宋美齢との間の溝が深まったと伝えられている。