その頃、日本の岩手県平泉の山奥では、「剣を捨てるべきか否か」と悩んだ五ェ門が1人修行の日々を送っていた。五ェ門は修行中に出会った住職に案内されて彼の寺を訪れるが、そこで住職の孫娘である三姉妹(博美、留美、亜美)に家宝を狙った賊と勘違いされ、襲われてしまう。姉妹の長女博美は「腕試し」と称する襲撃に躊躇し、五ェ門を助けようとするが、逆に危ないところを五ェ門に助けられ、彼に想いを寄せるようになる。二人の仲を見た住職は五ェ門を本堂の奥に呼び、自分たちの正体を明かす。実は住職たちは平泉で死んだ武蔵坊弁慶の所有していた七つ道具を死守し、長い間行方不明となっている弁慶の「黄金の太刀」を探す役目を負っている一族だった。しかし、住職は孫娘たちには一族の宿命を負って欲しくないと考えており、「宿命に躍起となっている博美を救って欲しい」と五ェ門に頼み込み、五ェ門も協力を約束する。マルコ・ポーロの足取りを追うように北京に到着したルパンは、待ち受けていた銭形にわざと捕まり、財宝に関する情報を知る中華マフィアの包龍とともに刑務所から脱出する。包龍の経営するカジノを訪れたルパンは、包龍から「マルコ・ポーロは中国の東方に旅立った」という伝承を聞き、アナザーページに刻まれていた文字を解読した結果、日本の平泉に財宝があることを確信する。しかし、直後にベルナルドの襲撃を受けてしまい、なんとか逃げ出して、包龍からクルーザーを譲られたルパンたちはそのまま日本へと向かう。平泉に到着したルパンたちは住職や五ェ門と出くわし、彼らの話からマルコ・ポーロの財宝と弁慶の遺産が共通したものであることを知り、共に財宝の在り処を調べる。そこにルパンたちの行き先を突き止めたベルナルドが部下を差し向けて来た。リサを助けようとした博美は連れ去られてしまい、責任を感じたリサにルパンはワルサーを渡す。その頃偶然、リサを発見した銭形も現地へと急ぐのであった。博美の行方は掴めず、途方に暮れていたリサの前に再びクラウディオが現れ、そこにルパンも駆けつける。クラウディオはルパンのことを、アルジェント教授を殺した犯人のルパン三世だと叫び、ルパンも自分がルパン三世であることを初めてリサに明かす。正体を知ったリサは慟哭してワルサーを向けるも、ルパンから事件の真相が明らかにされる。三島神社のキンモクセイ由来.