他方、戦後は吉本が東京から一時撤退し、大阪のローカル企業としての色彩を強めていったこともあり、戦前の東京吉本の歴史を知らない東京演芸界の若い世代からは、大阪べったりに見える吉本への批判や疑問の声が飛び出すことにもなった。たとえば「人気がなければあっさり切り捨てる」という点で立川談志は「あいつらは戦前から売れねぇと使けぇ捨てるんだよ、ったく冷てぇったらありゃしねぇよ」と著作において批判した。また永六輔は江戸笑芸を否定した戦略を打ち出す姿勢を問題視しており、毎日放送が「大正テレビ寄席」を打ち切って「サモン日曜お笑い劇場」に差し替えたことに激怒。絶縁以降は自身出演のラジオ番組・自身が請け負った連載で非難を続けた。創業者一族と主導権争いの歴史.穎右とせいが相次いで世を去ったことで、吉本興業の実権は名実ともに創業家の吉本家から林正之助社長の林家に移ることになった(会社の株はせいの三女の吉本恵津子が相続)。タレントの待遇.ギャラに対して.そもそもタレントは芸能プロダクションに「雇用」されること自体が稀で、タレント自身の芸能活動のマネジメントの一切を芸能プロダクションに「委任」する「専属マネジメント契約」という形態を取るのが通常であり、吉本もこの形態を取っている。事務所の影響力による圧力.闇営業問題発覚後.また、この問題に前後して公正取引委員会が事務所の圧力行為が独占禁止法における優越的地位の濫用や「取引妨害」に抵触するおそれがあるとの見解を出したことから、芸能人が芸能事務所から退社・独立が相次ぐ契機になったとの指摘もあり、吉本興業からもオリエンタルラジオや加藤浩次など、円満に契約解消を行うタレントも出てきている。上下関係.本部・事務所.吉本興業は、大阪・東京に本社を置き、それぞれ「大阪吉本」「東京吉本」と呼ばれている。それ以外に、札幌・横浜・東海(名古屋)・福岡に支社、東北(仙台)、福島、新潟、広島、四国(松山)に事務所、沖縄に子会社を置き、その中でも東海・札幌・福岡・広島・沖縄は「名古屋吉本」「札幌吉本」「福岡吉本」「広島吉本」「沖縄吉本」と呼ばれて、地元では親しまれている。