一方、事件当時に横浜地方検察庁検事正であった佐藤道夫は「この批判は的外れ」とし、県警はオウムの関与は間違いないだろうと判断しており、事の性質上、捜査の方向や進捗状況を明らかにするわけにいかなかった。あの時点では家宅捜索なりを行うことも無理であったとしている。相手が宗教団体だったことで、捜査上大きな障害となった。元東京地方検察庁特別捜査部長の河上和雄や神奈川県警は、暴力団の後藤組の犯行と見ていた。中沢新一ら著名文化人による教団擁護.オウム側はさかんにメディア進出を行い、テレビ番組に出演したり有名人と麻原の対談などを行い潔白を主張するようになった。これもあってオウムへの嫌疑は次第に薄れていった。「坂本弁護士と家族を救う全国弁護士の会」によれば、こうした中沢の擁護発言記事によって「オウムは間違っていない」という誤った印象を与え、教団への疑惑を「宗教弾圧」と称して攻撃する根拠ともなり、また、この記事を読んでオウムに入信したという者も現れた。中沢の発言以降、島田裕巳、吉本隆明、荒俣宏、栗本慎一郎、ビートたけし、池田昭も教団を肯定的に論評する発言を行った。教団幹部の動向.遺体発見とその後の裁判.遺体発見.坂本の妻の遺体が発見された場所は、新潟県と富山県の県境付近である林道別又僧ヶ岳線の魚津市別又谷の上り口から数kmの地点の山中であった。発見場所には遺族が木製の慰霊碑を建て、慰霊登山も執り行われている。裁判と死刑執行.TBSビデオ問題.その他.「被害者が戸締まりをしていなかったから」という結論に対して被害者遺族からは不満の声があり、被害者の遺族の中には、「本当の命日を知りたい」という声がある。事件発生時に坂本の自宅が施錠されていなかったことは、当時の緊迫した状況からは考えにくいとして、早川の弁護側には「岡崎一明が偵察に行ったとき開けたのでは」と疑いをかけられた。さらには「侵入したオウム信者とは別に、教団外の協力者がいたのではないか」との陰謀説まである。事件時に手袋をしていなかった村井や早川は麻原に指紋消去を命令され、熱したフライパンや豚の皮で指紋消去を行い指がボロボロになった。