山崎は本作について「困難があるたびにキョンをサポートしてきた長門とキョンの物語」だとし、いつもは巻き込まれ役だったキョンが自らの意思で行動する点が特徴であると評している。特筆すべき点として「キョンの描写」を挙げており、普段温厚なキョンが徐々に追い詰められる描写を細かな動きで表現しており、サスペンス的な緊張感が漂っていたと評している。暮沢は、改変された世界で「妙に人間臭く」なっている長門の存在はハルヒ以上に重要であるとしている。長門というキャラクターには、原作小説の発表当初から「綾波レイの劣化コピー」であるという批判が加えられてきたが、固有の時間が流れているというオリジナルの設定が、ここに至り彼女をゼロ年代にふさわしいセカイ系作品のヒロインたらしめていると評している。本作公開後、「長門は俺の嫁」というネットの書き込みが急増した。批評家の福嶋亮大は原作小説『涼宮ハルヒの消失』を「涼宮ハルヒの世界を解体し、再生させる物語」だと表現し、涼宮ハルヒシリーズのコンセプト自体を照らし出すような自意識が含まれていると評しているが、この原作小説を映像化した本作は原作小説を忠実に表現しつつも「表現と土地の間の関係を結び直す」という新たな要素が加えられていると評している。福嶋は本作全体を通して「コンビニやマンションが立ち並ぶ清潔で均質的な風景と坂や森のあるごつごつとした自然の風景」が緻密に描かれていることに着目し、アニメーション映画の歴史上本作ほど実在の土地に密着した作品はないだろうと述べている。アニメ評論家の藤津亮太は本作について以下のように述べている。リリース情報.外国でのリリース.評価.「AVWatch」編集部の山崎健太郎は本作のBD版を同サイト内で取り上げており、各項目について以下のように評しているエピソード.テレビシリーズ『涼宮ハルヒの憂鬱』におけるエピソード「エンドレスエイト」の打撃もあり、秋葉原のショップではテレビシリーズのDVDよりも本作にかける意気込みの方が強まっていた。店舗スタッフによれば「売れるのは間違いないから、どれだけ売るかが勝負」であるといい、既に発売決定となっていた主題歌やサウンドトラックも含めて「いかに多くの売上げを出すか」が焦点となっていたという。サウンドトラック.放送.テレビ放送.配信サイト.企画・イベント.