この見通しは太平洋戦争の実相から程遠いものではあるが、当時の軍務局第一課長、作戦課長らが加わった海軍国防政策委員会・第一委員会の見通しと同様であった。総理候補.また陸軍省軍務局の予想していた首班筆頭候補も末次であった。対米戦争となれば軍事的主役は海軍であり、内務大臣の閲歴を持つ海軍大将、枢軸派、そして日米開戦論者である末次が首班となることは蓋然性があった。しかし昭和天皇を始めとする宮中関係者は、末次と右翼団体とのつながりを危惧しており、末次への信任はなかった。重臣会議で末次を推すものもなく、内大臣・木戸幸一が推した東條英機が首班に指名された。末次は落胆したという。軍令部総長候補.戦争終結を意図していた岡田啓介は、海軍大臣兼軍令部総長・嶋田繁太郎を更迭することで東條内閣倒閣の契機を掴もうと図り、米内を海軍大臣に末次を軍令部総長として現役復帰させることを提案した。岡田にとっては、米内の海軍大臣就任が眼目であったが、米内の円満な復帰のため末次の系統へも配慮したのである。また末次の手腕に期待する海軍部内の空気もあった。石川信吾、高橋三吉のお膳立てもあり、両人の引き合わせが実現。末次、米内は協力を約束した。末次はサイパン島奪回に熱意を示していたという。米内の現役復帰と海軍大臣就任が実現した後、米内は末次の軍令部総長就任に向けて意気込んだが、伏見宮をはじめとする海軍首脳と陸軍の強い反対のため実現しなかった。末次本人の急病もあったが、昭和天皇も反対であった。人物.兵たちには猛訓練を強いる鬼と恐れられる一方、自ら潜水艦に乗り込んで陣頭に立つ有言実行の指揮官として将兵から強い信頼を受けていた。またいわゆる海軍機関科問題で兵科より軽視されていた機関科将兵の不満が鬱積し、ストライキや反抗の懸念が表れた際には、幕僚が説得に尻込みする中、自ら海軍機関学校を訪ね忍耐強く説得した。日本海軍が理想の指揮官像とした指揮官先頭を実践していたのである。その指揮ぶりは自信に溢れ部下を心服させるものであった。公務には厳しかったが、酒席では部下に胸襟を開いてみせた。戦後、批判的な評価を受ける末次だが、批判側も末次が指揮官として優秀であることは認めるところである。