日本人は自分たちが「アジアの光」であるとの言葉を広めた。日本の占領は当初、大日本帝国軍旗を振って「日本は私たちの兄」「万歳大日本」などの支持を叫ぶインドネシア人から楽観的な熱意で歓迎された。インドネシアには「インドネシア民族は長い間、異民族に支配されるが、やがて北の方から黄色い肌の民族がやってきて、白人を追い払い、しばらくの間統治するが、トウモロコシの実るころまでに去り、その後には独立が訪れる」という「」という伝説があり、この伝説も日本への期待感を助長したとみられる。日本軍が進駐するにつれて、反体制的なインドネシア人が事実上全ての群島地域でヨーロッパ人グループ(特にオランダ人)を殺害するようになり、より大きなグループの居場所については日本軍に知らせた。占領政策.日本政府は、侵攻前にはラジオ東京から民族歌「インドネシア・ラヤ」を流し、オランダの植民地支配から解放するという放送をしていた。しかし占領後は民族歌や民族旗を禁止したため、インドネシア人に失望を与えた。捕虜・強制収容.行政.日本軍は港湾や郵便などのインフラストラクチャーおよびサービスを軍政監部の統制とした。インドネシア人の協力により、日本の軍事政権は大規模な群島の水路および空路を確保することができ、その島を連合軍の攻撃に対する防衛拠点として使用できた。日本軍は、オーストラリアから連合軍が攻撃する可能性が最も高いと予想していた。行政機構の最上位は日本人が占めた。以前蘭印政府に勤務していた現地公務員や、政治家で構成されたインドネシア人の支配階級は日本の軍当局と協力し、日本側は現地の政治エリートに権力を維持させて、新たに到着した日本の産業工場や企業および軍隊に彼らを雇用した。蘭印における補助的な軍隊や警察の上級職は日本軍によって運営された。行政組織の長は、州長官、県長、市長、市区長、郡長、村長、区長が定められ、呼称は日本語が使われた。軍政監部があるジャカルタは特別市とし、州長官と特別市長は日本人で、県長以下は蘭印政府の人員やインドネシア人をそのまま利用した。