共産党スパイを摘発するために、通信傍受、盗聴、郵便物の開封検閲などの捜査も容認されていた。蔣経国は少将以上の軍人、次長以上の文官の全ての手紙を写真撮影し、提出するように指示したと伝えられている。蔣介石の官邸の客間には盗聴器が仕掛けられていて、妻の宋美齢ですら官邸内では客と自由に会話ができなかった。国民党中央本部の電話も全て盗聴されており、呉国楨台湾省主席によれば、呉国楨の使用人、さらには陳誠行政院長の使用人も蔣経国に買収されていた。このようななりふり構わぬ情報収集の上に、共産党スパイ摘発のために秘密逮捕、秘密裁判が容認されているのである。蔣介石・経国父子は共産党スパイの摘発ばかりではなく、国民党・政府・軍内の政敵打倒にもこの無制限ともいうべき特務の活動を利用することになる。国防部政治部主任.国共内戦での国民党側の敗北、台湾撤退を通じ、まず空軍は中央主導で創立された経緯もあって、ほぼ完全に中国大陸から台湾への移転を成功させた。海軍については空軍ほどには中央の統制が行き届いていなかったために、一部に共産党側への寝返りも見られたものの、主力は台湾への撤退を行うことができた。問題は共産党軍との激しい戦闘、そして敗退を繰り返していた陸軍である。現実問題として敗退を重ね、極度の混乱状態の中にあった陸軍にとって、台湾までたどり着くのは至難の業であり、チャンスに恵まれた部隊のみが来台できたという状況であった。結果として台湾に来た中華民国軍の中には中央軍ばかりではなく地方派の軍も混在していた。台湾にたどり着いた陸軍部隊を待ち受けていたのは「整編」である。地方派の軍は改編ないしは解体され、中央軍の指揮下に統合されていった。こうして台湾撤退を利用して地方派を排除することによって、中国大陸では成し遂げることができなかった国民政府軍の中央軍化が実現した。