ただし、尊仁親王の祖母はともに藤原氏の摂関家出身(父方が藤原彰子、母方が藤原妍子)であり、親王が即位しても摂関家以外に外戚の要件を満たす家は存在しないこと、頼通が尊仁親王の妃として後一条天皇の皇女である馨子内親王を入内させていること(馨子に皇子が誕生して皇位を継承しても、頼通と皇子の血縁関係は大伯父と姪孫の関係しか構築できないのは尊仁親王と全く同じである。ただし、実際には皇子は生まれなかった)など、尊仁親王(後三条天皇)と藤原氏(摂関家)の血縁関係を「疎遠」の一言では片付けられない側面も有している。このため、頼通らは後朱雀天皇の嫡男である後冷泉天皇の系統に皇位を一本化する意図であったとする考えもある。しかし、後冷泉天皇は、正式な后妃との間には、ついに成長した皇子に恵まれることのないまま崩御し、尊仁親王は即位した。即位後.頼通が失意のあまり引退した後、上東門院彰子の推挙で弟の藤原教通を関白にしたが、反・摂関家の急先鋒で東宮時代の天皇を庇護していた故能信の養子の藤原能長や、村上源氏の源師房や源経長等を登用して摂関家の政権独占打破を図り、大江匡房や藤原実政等の中級貴族などを登用し、積極的に親政を行った。また、源隆国のように、東宮時代の天皇を頼通に気兼ねして蔑ろにしていた者に対しても、隆国の息子の俊明を登用する等、決して報復的態度を取らないように公正な態度を示した。延久の善政.また、同時代に起きた延久蝦夷合戦にて、津軽半島や下北半島までの本州全土が朝廷の支配下に入る等、地方にも着実に影響を及ぼすようになる。同時代人の評価.陵・霊廟.陵(みささぎ)は、宮内庁により京都府京都市右京区竜安寺朱山の龍安寺内にある圓宗寺陵(円宗寺陵:えんそうじのみささぎ)に治定されている。宮内庁上の形式は円丘。百科辞典堀河天皇来歴.人物.性格は上品かつ優雅であり、その誠実な人柄は宮廷社会でも人望を集めたという。政務への情熱を趣味に傾けるようになってからは、音楽、特に管弦を愛好した。夜の御殿の壁に笛の譜を貼って覚えるほどの熱の入れようで、その腕前も藤原忠実をして「全ク比類ナシ」と感嘆せしめるほどのものだった。この横笛の能手は一条天皇以来。后妃・皇子女.陵・霊廟.