ゲームシステムも、従来の『メタルギアソリッド』シリーズの流れを汲む「敵をたくさん倒せば高得点」ではなく、「いかに敵に見つからないか」を主旨としている「戦略諜報アクションゲーム」となっている。本作ならではの要素として敵兵を拉致して味方にし、スネーク以外のキャラクターに交代してプレイヤーとして使用したり、サポート部隊を編成できる新システムが導入されている。また、他のゲームプレイヤーとのコミュニケーションを活発化させるために無線LAN機能を特徴的に使っており、当時新しく搭載されていまPSPの機能を最大限に生かしたソフトといえる。ゲーム内のイベント演出面においては、リアルタイムポリゴンデモは用いられず、『メタルギアソリッドバンドデシネ』のようにアシュレイ・ウッド()によるコミック形式の絵でストーリーが展開されていく。ゲームシステム.PSPで以前に発売されていた、カードを用いた『メタルギアアシッド』シリーズとは違い、本作は『メタルギアソリッド』シリーズの流れを汲む戦略諜報アクションゲームとなっており、本作ならではの数々の新システムも導入されている。チームでの潜入任務.また、実際に操作する潜入チームの他にも情報を集める諜報チーム、新しいアイテムを開発する技術チーム、メンバーの体力回復の促進及び医薬品の開発を行う医療チームを編成することが可能で、それによって様々な恩恵を得られるシミュレーションゲーム的な要素も入っている。サブミッション.サラウンドインジケーター.無線LAN機能.通信対戦.APスキャン.無線LANのアクセスポイントをサーチし、アクセスすることで兵士を入手できる。入手できる兵士はアクセスポイント毎に違い、スポットによって特殊な兵士が入手できる場合もある。WiFiトレード.GPSスキャン.別売りのGPSレシーバーを接続することで、兵士を取得できるポイントが表示され、実際にそこに移動することで兵士を取得できる。埼玉県立栗橋高等学校管理者の辞任管理者の解任塚本鋭司愛と虐殺の日々概要.ブックレットには、聖飢魔IIに初めに注目し、作詞を助力したこともある「サテュロス」丸沢和宏によるコメントが記載されている。中央部見開き部分には、それまでに使用していた構成員の戦闘服(いわゆるステージ衣装)が掲載されている。