ストーリーは、フジ博士がアマゾンでミュウとの出会う所から、劇場版本編の前半までとなっている。世界観は『電撃!ピカチュウ』とリンクしており、ロケット団員がミュウ捕獲の為にマスターボールを撃ち出すライフルを装備していたり、「ミュウツーはプロトタイプで、後にロケット団の命令で感情を持たない兄弟が多数作られる予定だった」といった、オリジナル要素が追加されている。劇場版では誕生直後のミュウツーの暴走に巻き込まれてしまうフジ博士であるが、本作では「ロケット団に逆らい拘束され、ミュウツーに自分もろとも研究所を爆破させる」などの設定の変更も見られた。当時はまだ映画自体も『完全版』が公開される前であったために、これらミュウツーの過去に関する描写が無く、後の『ミュウツーの逆襲完全版』ではキャラクターデザインなどに大きな影響を与えている。仮面ライダーゼクロス大阪近鉄あらすじ.概要.特典として、発売時期が近かった『ロックマンロックマン』の体験版が収録されている。ストーリー.だがある時、エックスたちの上官であり最強のイレギュラーハンターであるシグマが、突然人間に対して反乱を起こした。彼はレプリロイドたちに進化を促すため、さらに、以前から興味を抱いていたエックスの秘められた力を見出すために、戦いを生み出したのである。イレギュラーハンターの組織は混乱し、シグマ側に付く隊員も現れる中、エックスとゼロに出動命令が下り、2人はシグマの計画を打ち止めるための戦いを開始する。登場キャラクター.ボスキャラクター.メインボス/特殊武器有り.その他のボスキャラクター/特殊武器無し.能力.特殊武器.ボスを倒すと入手できる特殊武器はオリジナルと同一だが、性能は若干変更されている。アーマーパーツ.