他方、生態学など個々の生物種に関わる分野では、すべての始まりが分類学だと考えられている。彼らが扱う様々な生物が、いったい何という名であるかが確定しなければ、それに関して記録することすらできず、またその結果を他者のものと比較することもできないからである。いわば分類学は生物の戸籍づくりを期待されている。しかし、分類学は他方においてあらゆるその他の分野の成果を元に作られる。古典的には形態が重視され、この点は現在でも変わらないが、生物に関する新しい技術や知見はすべて分類学に反映される。比較解剖学からは器官の構造が、発生学が進めば卵割様式や胚葉が、生化学が進めばアミノ酸の合成経路や脂肪酸の成分比、細胞学からは染色体が、分子遺伝学からはDNAの塩基配列が、いずれも分類学に利用され、そのたびに分類体系は見直しを受ける。『分類学は見方によっては古典的と映るかもしれないが、クラシックの音楽やバレーが芸術を表現し続けると同様に、分類学は生物界の構成を現し続ける基盤である』。分類学者の仕事.現実には、ほとんどの分類学者はどれかの分類群を専門とし、そのなかで種の扱いをいじってそのときを過ごす。種の判断がしっかりしていることは分類学の基礎であるから、当然ではある。新しい種の記載には厳格な基準が設けられているが、記載しようとしているものが新しい種であるかどうかの判断は当人に任せられざるを得ない。すでに記載されていたものを記載してしまう場合もあり得るし、その後の進歩によって、細かいことがわかって、すでに記載されている種を細かく分けたり、統合する必要が出る場合もある。そのような作業が分類学者の仕事のかなりの部分を占める。正しい分類を模索して、分類学者は生物のあらゆる形質を利用する。外形の特徴、内部の構造、様々な器官の構造と機能、それらを検討し、新しい発見があれば、それが分類にどのように使えるかを考える。動物の場合、高次分類では体全体の基本構造(体制)や器官の構造が、種の分類では細部の形質が重要視される。特に、体内受精をするものでは生殖器(特に交接器)の構造が重視されることが多い。同種と思われていたものが行動の観察から別種と判明、その後に形態上の差異がみつかるという経過をたどったもの複数例ある(ホタル類・キムラグモなど)。