学校では先生に叱られ、自宅でもママに叱られ、ジャイアンやスネ夫に馬鹿にされ、挙句の果てにしずかが出木杉と仲良くしている姿を目撃する。こんな生活が嫌になったのび太に泣きつかれたドラえもんは、どこでもホールでのび太が家出する為の秘密の場所を作ろうとするが、いつもの空き地の地下に巨大な洞窟を発見する。その洞窟の奥にあった古ぼけた祭壇をドラえもんがひみつ道具で復元し、カードゲームの真似をして呪文を唱えると、不思議な生物が現れる。不思議な生物「ビット」と仲良くなったドラえもんとのび太は、その後強引に仲間に入ってきたジャイアンたちと共にその洞窟でダンジョンごっこで遊ぶ。ところが突然おぞましい魔物たちが蘇り、ドラえもんを含むのび太以外の全員がさらわれる。のび太は仲間を救うため、ダンジョンへと冒険に旅立つ。登場人物.ドラえもん側.序盤はのび太とドラミ以外は全員さらわれており、救出しないと仲間に加わらない。クレタ人.祭壇でビットと共に復活した古代人。地球を侵略しようと企む。四魔将.大魔道師.名前の由来は「ホルムアルデヒド」から。町内.ドラえもんやのび太たちが居住する町。初めは自宅と空き地しか行けないが、シナリオを進めると学校と裏山へ行けるようになる。自宅.空き地.いつもの空き地。ここにあるどこでもホールで秘密基地へ行く。学校.のび太たちが通う学校。ダンジョンはないが、サブイベントがいくつか起こる。裏山.ダンジョン.始まりの「祭壇のダンジョン」以外は取得したアイテムを持ち込めるが、ダンジョンによって個数が決まっている。祭壇のダンジョン.しずか、スネ夫、ジャイアンが捕らえられているダンジョンを選び攻略する。ダンジョン攻略の順番はシナリオに影響しない。ケトンが秘密基地に攻め入るイベント。裏山のダンジョン.四魔将が一斉に攻め入るイベント。ビットを元の世界に戻すのに必要な鍵が収められているダンジョン。ボスは2人同時に戦う。ケトンの陰謀で祭壇で復活したキシンと決戦をする。開かずのダンジョン.システム.ステータス異常.敵から攻撃やワナにステータス異常に陥ることもある。数ターンで回復できる。秘密基地.