通常、パージ・トルーパーは尋問官かパージ・トルーパー・コマンダーの指揮のもと活動し、クローン・トルーパーが使用していた戦術を駆使しながら、かつてのジェダイとクローンのように尋問官と連携して生き残りのジェダイを狩っていった。兵科・部隊.銀河系全体でクローン戦争が広まり、クローン部隊も様々な環境下での戦いを要求された。クローンの中には特殊な環境下での戦闘を目的とした兵科が多く誕生した。そうした数多くある兵科・部隊の中でも特に代表的なものを以下に列挙する。なお、クローンはどの専門分野に関してもある程度の訓練は受けており、専門部隊所属のクローン兵ほど特化した技術はないが全クローンたちが各種兵器やスターファイターを平均以上の技術で扱うことができた。劇中でも一般のクローン兵がファイターやガンシップを操縦して戦闘に参加するシーンが描かれている。著名なクローン・トルーパー.クローン・コマンダーのコーディが指揮を執るオレンジ色のマーキングを施した部隊。ジェダイ将軍オビ=ワン・ケノービが率いた。分離主義者のグリーヴァス将軍との遭遇率が高く、幾度となく彼の部隊と戦闘を繰り広げている。様々な指揮官の下で活動しており、コマンダー・コーディ、キャプテン・レックス、ジェダイ将軍アナキン・スカイウォーカーなどの指揮下で功績を挙げた。クローン反乱ネットワーク.ストーム・トルーパー/帝国軍人.クローン軍解体後に帝国に従事したクローンは数少なく、銀河内乱の時代にはクローンは全員退役して軍内でその姿を見かけることはないと言われるような存在となっていた。しかし、銀河内乱の時代にも帝国軍に残っていたクローンも僅かに確認されている。純粋な遺伝子を持つクローン・トルーパー.概要.シリーズ恒例のデュアルスクリーンによるバトルが本作の持ち味。空中戦が多いため、地上と空中で画面がニ分割される。必殺技を使用するとデモ画面になるが、そのデモ必殺技のみに対応した技で返すことができる。このほかにもメテオスマッシュという体力・気力に関係なく放てる隠し技も存在する。