天皇は、鎮台・大阪造幣寮・長崎造船所・各府県庁など近代化の拠点も訪問し、開化の進展を見届けた。九州に入り、肥後国小島では、干満の測定ミスをした海軍小輔の川村純義に対して西郷は激怒、庭にスイカを投げつけ粉砕した。天皇は二階からその一部始終を見ており、この出来事を「あの時は、西郷が怒ってのう」と、後々まで語りぐさにした。長崎では、天皇の洋装反対意見が出されたが、西郷は「未だ世界の大勢を知らざるか」と大声で叱った。鹿児島では、大臣たちが陪食した時に天皇がよく語ったもう一つのお気に入りの逸話があった。鹿児島に暮らす外国人の家に天皇と供の者数名が休憩した時に、その家の老婆が素晴らしい西洋料理と茶菓子でもてなしてくれたという。しかし彼女は「朕の誰れなるかを知らざるが如くなりき」であったと天皇は笑ってこの話を締めくくるのが常だった。天皇が鹿児島を立った後には鹿児島市民に行在所の拝観を許され、夜明け前から拝観のための長い行列ができた。鹿児島市民は天皇が神代三陵を遥拝した際に膝の下に敷いた薦の切れ端と、涼み台として使った御涼櫓装飾の杉の葉を拝戴し、災厄払いの護符にした。学制発布.その聖旨に基づき太政官が日本の公教育の始まりとなった学制を発布し、日本において普通教育制度が始まった。アレクセイ大公の来日.琉球王国から琉球藩へ.尚泰が天皇から琉球藩王に任じられたのを機に、外務卿副島種臣は東京駐在の外国公使たちに対して日本が琉球について全権限を有していることを通達した。しかし清は琉球への宗主権を主張し、日本の琉球領有権主張に異議を申し立ててきた。一応これは日本人全般への批判ではなく、日朝貿易の伝統的枠組みを逸脱したところで商取引をした日本人商人に批判の的を絞ったものだったが、当時の日本人にこの侮蔑の言葉をそのように解釈する者はなかった。特に「無法之国」なる表現は日本の名誉に対する侮蔑以外の何物でもなかった。日本中で朝鮮に対する怒りの声が巻き起こり、朝鮮出兵の呼び声は高まった。