やがて、サイバーダイン社がアメリカ空軍との契約に基づいて完成させたスカイネットは自我に目覚めると、全世界へ核ミサイルを発射して「審判の日」を起こした(小説版でマーカスが発見したスカイネットのデータベースにあるネットニュースの記事によると、スカイネットが自我に目覚めてコントロール不能になったことにアメリカ当局が気付くもどうにもならず、スカイネットはロシアに向けて核ミサイルを発射した。その後、ロシアからの報復攻撃でアメリカも大打撃を受けたとある。また、ブレアがマーカスに語った話によれば、スカイネットが第一目標にしていたのは全世界の空港や関連施設とのこと)。これに伴い、実験体となっていたマーカスの身柄もスカイネットの管轄下に置かれた。「審判の日」以降の世界では、ターミネーターやハンターキラーから構成される機械軍を編成する一方、サンフランシスコに自らの重要拠点であるスカイネットセントラルを構築した。ここを含めた各拠点へ機械軍を配備し、人類抵抗軍と交戦している。抵抗軍にさらなる打撃を与えるべく人間を捕獲し、その細胞を研究することで潜入型ターミネーターの開発を進めていく。地球上の人類を絶滅させた後は宇宙開発に着手し、機械を外宇宙の惑星へ殖民させる構想があるとも明かされた。同時に抵抗軍の主要人物の殺害にも乗り出しており、ジョン・コナーと彼の父親となるカイル・リースをリストアップしていた。本作ではモニター上のセレーナ・コーガンの顔と声を借りて、映像上で初めてスカイネットが台詞を発した。小説版では独自の言語を開発し、自身のデータベースや機械軍との連絡等に用いている。この言語は既存の言語とは異なる文字を持つだけでなく、文章の読み方も英文のように左から右へ読むだけに限らず、縦や斜め方向に読むものもあり、暗号言語としての様相を有する。そのため、スカイネットや機械軍以外でこの言語を解読できるのは、抵抗軍の技術兵のみである。スカイネットセントラルではマーカスに対し、人間だった頃は犯罪者という社会の底辺に置かれていた彼がターミネーターになったことで機械の社会では誰しもが記憶するほどの立派な存在になったとの甘言を用い、完全な意味で自分の配下にしようと画策する。