¿Linux es FAT32 o NTFS?
Si necesita la unidad para un entorno sólo de Windows, NTFS es la mejor opción. Si necesitas intercambiar archivos (aunque sea ocasionalmente) con un sistema que no sea Windows, como un Mac o un Linux, entonces FAT32 te dará menos problemas, siempre que el tamaño de tus archivos sea inferior a 4 GB.