Почему нельзя просто согласовать проект и на этом завершить процедуру узаконивания перепланировки?
Потому что Решение о согласовании проекта перепланировки не является фактом ее законности. Оно лишь дает право начать выполнение работ, и действует всего год. В течение этого времени вы должны успеть сделать ремонт и ввести объект в эксплуатацию, чтобы разрешение не утратило свою силу.