Зависит ли лимит на сканирование от директивы nofollow?
Не всегда. Сканирование любого URL влияет на лимит. Кроме того, помеченный директивой nofollow URL на вашей странице все равно может быть просканирован, если он указан без этой директивы на другой странице вашего или чужого сайта.