Если я сброшу настройки до заводских, будет ли у меня читаться потом флешка, которая отформатирована только на мой телефон?
Да, будет. Если флешка зашифрована, то расшифровать ее можно только на вашем устройстве. Если речь идет о файловой системе sd карты, то ее можно выбрать в настройках приложения, например, SD Formatter или в стандартном форматировщике.