Если я прочитаю сообщение пользователя через TgHacker до того, как владелец аккаунта сделает это через Telegram, будет ли оно отмечено как прочитанное?
Нет, какие действия бы вы не совершали с отслеженным контентом, это никак не отобразится во взломанной учетной записи.