Зачем вообще прописывать НДС отдельно, ведь я оплачиваю по договору полную стоимость товара с учетом налога?
Это необходимо для целей налогового учета. Организация, которой вы платите, должна правильно начислить и уплатить НДС с каждой финансовой операции.