Флешка отформатирована в exFAT, можно ли через командную строку преобразовать ее в FAT32?
Да, используйте для этого команду format (способ описан выше). Также есть различные приложения для форматирования с графической оболочкой, см. все способы преобразования из exFAT в FAT32.