Нужно ли мне покупать ЭЦП на Рутокене, если у меня уже есть ЭЦП в реестре компьютера?
Нет, сервис "Маркировка" работает как с  «Рутокен» ЭЦП 2.0 с аппаратным сертификатом (для ЕГАИС), так и с ЭЦП на флэшке. При приемке УПД через компьютер либо кассу - вам будет необходима лицензия КриптоПРО. Подробно об электронных подписях, которые подходят для работы с сервисом "Маркировка", можно прочитать здесь.