Чем, кроме отсутствия перегруженности, единый JSON-RPC лучше дискретного API?
Перегруженность уже является весомым отличием. Кроме этого можно отметить семантику синхронности слоёв. В дискретном API придётся это реализовывать «вручную», как следствие – создавать механизмы для подобной синхронизации в пользовательском слое.