質問です。WooCommerceをカスタマイズする際に　WooCommerceフォルダーのテンプレートフォルダをリネームしてthemeの直下に入れて、カスタマイズすると聞きました。しかし、うまくいくか心配なんですが、されたことありますか？
うまく動作しますし、一番親和性が高いので、テーマを作成する感じで作ることができます。しかしアップデートで消えてしまうので、自分のテーマ内で複製してつくること。たまにWooCommerceがアップデートするとファイル名が変わることがあるのでテスト環境で検証ながら運用することが大事です。