ここでは「you too」ではなく「me too」が正しいのではないでしょうか。
これは「good to see you too」の「good to see」を省略した表現ですので、間違いではありません。ただし、紛らわしいので全文を言ったほうがよいですね。
例:
A: Great to see you today!（今日は会えてよかった！）
B: It was great to see you too.（本当によかったです。）
例:
A: Have a nice day!（よい一日を！）
B: You too.（あなたも。）