彼女の言う「疑問」とは何のことでしょうか。神についての疑問でしょうか、それともその存在についての疑問でしょうか。
彼女の答えは曖昧ですので、はっきりとはわかりません。ですが、彼女は学校で「religious enough」ではなかったと言っています。つまり、彼女は宗教や信仰体系（この映画の英語や場所から考えると、キリスト教のことだと思います）について疑念を抱いているのではないでしょうか。神の存在についてかもしれませんし、キリスト教の神への疑念かもしれません。
例: I started doubting my religion when I realized it wasn't very accepting. Though, I still believe in something beyond ourselves.（あまり寛大なものではないと気づいてから、私は自分の宗教を疑うようになりました。ですが、人間を超えた何かについてはまだ信じています。）
例: With all the chaos in the world, it's easy to doubt if God exists.（混沌とした世界の中で、神の存在を疑うというのは簡単なことだ。）