MisskeyってMastodonの亜種ですよね？
いいえ。Misskeyは2014年から開発が始まっている全く別のソフトウェアです。Mastodonから分岐（フォーク）したわけでもありません。インスタンス間で相互に通信ができるというだけで、クライアントAPIに互換性がありません。そのため、MastodonのクライアントアプリはMisskeyでは使えないことが多いです。Subway Tooterは、独自に対応を実装したから使えるだけです。(Subway Tooterのバージョン5.519で、Misskeyのサポートが終了しました。)