データベース内に別インスタンスを立てても問題ないか。
問題はございません。ですが同インスタンスは弊社のサービス外ですので、お客様ご自身でNPMDBの容量や端末のリソースの考慮をしてご対応頂く必要がございます。また個別に作成されたインスタンス自体およびそれに関連してNPMDBに発生したと想定される問題への対応は弊社では致しかねますので、これらのトラブルにご自身で対処頂く必要もございます。Microsoft SQL Server について知識があまりない方にはおススメは致しません。