DataKurator機能で構造を修正したとき、入力した元ファイル (mol, SDF) を直接書き換えているのでしょうか？
いいえ。書き換えていません。
修正後のデータをSDF形式で保存したい場合は、DataKurator画面左上メニューの、Load/Save Chemicals >Save as a SD (v3000) Fileをクリックしてください。