Probabilityとは、毒性の強さを表しているのでしょうか？
厳密には違います。毒性の程度がどれだけ強いか、ではなく、その化合物がどれくらいの確率で毒性を発現するか、という数字です。
分類閾値が50%に設定されているモデル (GT1_BMUTなど) では、Probability80%は、その化合物が80%の確率で陽性である、ということを意味します。
ただし、閾値が50%より低いモデル (PHARM_BMUTなど) では、Probabilityの数字そのものよりも高い確率で陽性であることを意味します。