404 ページはインデックスから削除したほうがよいですか？
404 ページがある（検索インデックスに残っている）から審査に落ちる、ということはありません。404 ページへのアクセス数はあまりに多いなら、301 リダイレクトで関連性の高いページに転送したほうがよいかもしれません。