Kickの目的語がcrotchではなくguyになるのは何故ですか？誰かの○○(体の部位)を表現する時は、in the ○○とするのが一般的ですか？
はい、「in the〜」は体の一部に対して行われる行為、たとえば殴ったり攻撃したりなどを表すのによく使われます。
例: The door hit me in the face.（ドアが顔面に当たった。）
例: I got punched in the stomach by the club bouncer.（クラブの用心棒に腹を殴られた。）
例: I accidentally scared the horse and it kicked me in the knee.（うっかり馬を怖がらせてしまって、膝を蹴られた。）