予約統計に予約件数を反映させたまま、追加した便を削除することは可能ですか？
できます。全期間の予約数には含まれたままになります。各路線ごとのブロック内に便ごとのグラフがありますが、ここには削除した便は出てこなくなります。路線ブロック内部の便ごとのブロック（停留所ごとのグラフ）もブロックごと出てこなくなります。
このため、便ごとのグラフの数値を全て足し合わせたものと全期間の予約数とのグラフの数値がずれることになります。