新株予約権について、上場後(M&Aが起きた場合は例外)にしか行使できないという条件を付けたいのですが、可能でしょうか？
可能です。新株予約権には行使条件を定めることが可能なため、上場後にのみ行使可能という条件をつけることは可能です。またそれ以外にも、ベスティングなどの条件を付すことも可能です。