MEROPS is an online database for peptidases (also known as proteases, proteinases and proteolytic enzymes) and their inhibitors.
MEROPS adalah basis data daring untuk peptidase (juga dikenal sebagai protease, proteinase, dan enzim proteolitik) serta inhibitornya.
The classification scheme for peptidases was published by Rawlings & Barrett in 1993, and that for protein inhibitors by Rawlings et al. in 2004.
Skema klasifikasi untuk peptidase diterbitkan oleh Rawlings & Barrett pada tahun 1993, sedangkan skema untuk inhibitor protein diterbitkan oleh Rawlings dkk.
The most recent version, MEROPS 12.5, was released in September 2023.
Versi terbaru, MEROPS 12.5, dirilis pada September 2023.
Comparisons are restricted to that part of the sequence directly involved in the reaction, which in the case of a peptidase must include the active site, and for a protein inhibitor the reactive site.
Perbandingan dibatasi pada bagian urutan yang langsung terlibat dalam reaksi, yang dalam kasus peptidase harus mencakup situs aktif, dan untuk inhibitor protein, situs reaktif.
The classification is hierarchical: sequences are assembled into families, and families are assembled into clans.
Klasifikasi bersifat hierarkis: urutan disusun menjadi keluarga, dan keluarga disusun menjadi klan.
Each peptidase, family, and clan has a unique identifier.
Setiap peptidase, keluarga, dan klan memiliki identifikasi unik.
The families of peptidases are constructed by comparisons of amino acid sequences.
Famili peptidase dibangun melalui perbandingan urutan asam amino.
A family is assembled around a type example, the sequence of a well-characterized peptidase or inhibitor.
Sebuah keluarga disusun sekitar contoh tipe, yaitu urutan peptidase atau inhibitor yang telah teridentifikasi dengan baik.
All other sequences in the family must be related to the family type example, either directly or through a transitive relationship involving one or more sequences already shown to be family members.
Semua urutan lain dalam keluarga harus terkait dengan contoh tipe famili, baik secara langsung maupun melalui hubungan transitif yang melibatkan satu atau lebih urutan yang telah terbukti menjadi anggota keluarga.
Typically, FastA or BlastP is used to establish sequence relationships, with an expect value of 0.001 or lower taken to be statistically significant.
Biasanya, FastA atau BlastP digunakan untuk menetapkan hubungan urutan, dengan nilai expect 0,001 atau lebih rendah dianggap secara statistik signifikan.
HMMER or psi-blast searches are used for adding sequences which are distantly related to a family.
Pencarian HMMER atau psi-blast digunakan untuk menambahkan urutan yang secara jauh terkait dengan famili.
Each family is identified by a letter representing the catalytic type of the peptidases it contains followed by an arbitrary unique number.
Setiap famili diidentifikasi oleh huruf yang mewakili jenis katalitik peptidase yang dikandungnya, diikuti oleh nomor unik sembarang.
Some families are divided into subfamilies due to evidence of very ancient divergence within the family.
Beberapa famili dibagi menjadi subfamili karena bukti divergensi yang sangat kuno di dalam famili.
The divergence corresponds to more than 150 accepted point mutations per 100 amino acid residues.
Divergensi tersebut sesuai dengan lebih dari 150 mutasi titik yang diterima per 100 residu asam amino.
The similarity in three-dimensional structures supports the evidence that many of the families do share common ancestry with others.
Kesamaan struktur tiga dimensi mendukung bukti bahwa banyak keluarga memang memiliki asal-usul bersama dengan keluarga lain.
"Clan" is used to describe such a group of families.
“Klan” digunakan untuk menggambarkan kelompok keluarga semacam itu.
A clan is also assembled around a type example, this being the structure of a well-characterized peptidase or inhibitor.
Sebuah klan juga dibentuk sekitar contoh tipe, yaitu struktur peptidase atau inhibitor yang telah terdefinisi dengan baik.
A family is included in a clan if the tertiary structure of a family member can be shown to be related to that of the clan type example.
Sebuah keluarga dimasukkan ke dalam klan jika struktur tersier anggota keluarga dapat dibuktikan terkait dengan struktur contoh tipe klan.
For peptidases, other evidence to indicate that families are related when a tertiary structure is absent includes the same order of catalytic residues in the sequences.
Untuk peptidase, bukti lain yang menunjukkan bahwa keluarga terkait ketika struktur tersier tidak ada termasuk urutan residu katalitik yang sama dalam urutan.
Each family, clan, peptidase, and inhibitor has a unique identifier.
Setiap keluarga, klan, peptidase, dan inhibitor memiliki identifikasi unik.
Description and example of identifiers are shown in the table below.
Deskripsi dan contoh identifikasi ditampilkan dalam tabel di bawah ini.