Ribosome recruitment in eukaryotes is generally mediated by the 5' cap present on eukaryotic mRNAs.
Rekrutmen ribosom pada eukariota pada umumnya dimediasi oleh tudung '5 yang ada pada mRNA eukariota.
This region of the mRNA has the consensus 5'-AGGAGG-3', also called the Shine-Dalgarno (SD) sequence.
Wilayah pada mRNA ini memiliki sekuens konsensus 5'-AGGAGG-3' yang juga dikenal sebagai sekuens Shine-Dalgarno (SD).
The complementary sequence (CCUCCU), called the anti-Shine-Dalgarno (ASD) is contained in the 3’ end of the 16S region of the smaller (30S) ribosomal subunit.
Sekuens komplementernya (CCUCCU), yang disebut anti-Shine-Dalgarno (ASD), terdapat pada ujung 3' dari daerah 16S pada subunit ribosom yang lebih kecil (30S).
Additionally, some bacterial initiation regions, such as rpsA in E.coli completely lack identifiable SD sequences.
Di samping itu, beberapa daerah inisiasi bakteri tertentu, seperti rpsA pada E. coli, justru tidak memiliki sekuens SD yang dapat dikenali sama sekali.
Prokaryotic ribosomes begin translation of the mRNA transcript while DNA is still being transcribed.
Ketika proses transkripsi masih berlangsung, ribosom prokariota sudah mulai menerjemahkan transkrip mRNA.
Thus translation and transcription are parallel processes.
Artinya, translasi dan transkripsi berjalan secara paralel.
Bacterial mRNA are usually polycistronic and contain multiple ribosome binding sites.
mRNA bakteri umumnya bersifat polisistronik dan mengandung lebih dari satu situs pengikat ribosom.
The ribosomal protein S1 binds to adenine sequences upstream of the RBS.
Protein ribosom S1 berikatan dengan sekuens adenin yang terletak di hulu RBS.
Increasing the concentration of adenine upstream of the RBS will increase the rate of ribosome recruitment.
Semakin tinggi konsentrasi adenin di hulu RBS, semakin tinggi pula laju rekrutmen ribosom.
The level of complementarity of the mRNA SD sequence to the ribosomal ASD greatly affects the efficiency of translation initiation.
Tingkat komplementaritas antara sekuens SD pada mRNA dengan ASD pada ribosom sangat berpengaruh terhadap efisiensi inisiasi translasi.
Richer complementarity results in higher initiation efficiency.
Semakin tinggi komplementaritasnya, semakin tinggi pula efisiensi inisiasinya.
Secondary structures formed by the RBS can affect the translational efficiency of mRNA, generally inhibiting translation.
Struktur sekunder yang terbentuk pada RBS dapat memengaruhi efisiensi translasi mRNA dan umumnya bersifat menghambat translasi.
These secondary structures are formed by H-bonding of the mRNA base pairs and are sensitive to temperature.
Struktur sekunder ini terbentuk melalui ikatan hidrogen antarpasangan basa mRNA dan sensitif terhadap suhu.
At a higher-than-usual temperature (~42 °C), the RBS secondary structure of heat shock proteins becomes undone thus allowing ribosomes to bind and initiate translation.
Pada suhu yang lebih tinggi dari biasanya (~42°C), struktur sekunder RBS pada protein kejut panas akan terurai, sehingga ribosom dapat berikatan dan memulai translasi.
This mechanism allows a cell to quickly respond to an increase in temperature.
Mekanisme ini memungkinkan sel untuk merespons kenaikan suhu.
Ribosome recruitment in eukaryotes happens when eukaryote initiation factors elF4F and poly(A)-binding protein (PABP) recognize the 5' capped mRNA and recruit the 43S ribosome complex at that location.
Rekrutmen ribosom pada eukariota terjadi ketika faktor inisiasi eukariota elF4F dan protein pengikat poli(A) (PABP) mengenali mRNA bertudung '5 dan merekrut
Since the Kozak sequence itself is not involved in the recruitment of the ribosome, it is not considered a ribosome binding site.
Karena sekuens Kozak sendiri tidak terlibat dalam proses rekrutmen ribosom, sekuens ini tidak dianggap sebagai situs pengikat ribosom.
This process is not dependent on the full set of translation initiation factors (although this depends on the specific IRES) and is commonly found in the translation of viral mRNA.
Proses ini tidak bergantung pada keseluruhan set faktor inisiasi translasi (walaupun bergantung pada jenis IRES-nya) dan umumnya ditemukan pada translasi mRNA virus.
Identification of RBSs is particularly difficult, because they tend to be highly degenerated.
Identifikasi RBS cukup sulit dilakukan karena sekuens-sekuens ini cenderung sangat terdegenerasi.
One approach to identifying RBS in E.coli is using neural networks.
Salah satu pendekatan untuk mengidentifikasi RBS pada E. coli adalah dengan menggunakan jaringan saraf tiruan.
Another approach is using the Gibbs sampling method.
Pendekatan lainnya adalah dengan menggunakan metode sampling Gibbs.
Alpha operon ribosome binding site Eukaryotic translation Bacterial translation Archaeal translation Gene prediction
Situs pengikatan ribosom operon alfa Terjemahan eukariotik Translasi bakteri Terjemahan Archaea Prediksi gen