Enzymes interact with a substrate by means of strain or distortions, moving the substrate towards the transition state.
Enzim berinteraksi dengan substrat melalui regangan atau distorsi, menggerakkan substrat menuju keadaan transisi.
Transition state analogs can be used as inhibitors in enzyme-catalyzed reactions by blocking the active site of the enzyme.
Analog keadaan transisi dapat digunakan sebagai penghambat dalam reaksi yang dikatalisis enzim dengan memblokir situs aktif enzim.
Theory suggests that enzyme inhibitors which resembled the transition state structure would bind more tightly to the enzyme than the actual substrate.
Teori menunjukkan bahwa penghambat enzim yang menyerupai struktur keadaan transisi akan mengikat enzim lebih kuat daripada substrat sebenarnya.
Examples of drugs that are transition state analog inhibitors include flu medications such as the neuraminidase inhibitor oseltamivir and the HIV protease inhibitors saquinavir in the treatment of AIDS.
Contoh obat yang merupakan penghambat analog keadaan transisi termasuk obat flu seperti penghambat neuraminidase oseltamivir dan penghambat protease HIV sakuinavir dalam pengobatan AIDS.
The transition state of a structure can best be described in regards to statistical mechanics where the energies of bonds breaking and forming have an equal probability of moving from the transition state backwards to the reactants or forward to the products.
Keadaan transisi suatu struktur paling baik dijelaskan dalam kaitannya dengan mekanika statistika di mana energi ikatan yang putus dan terbentuk memiliki probabilitas yang sama untuk bergerak dari keadaan transisi ke belakang menuju reaktan atau ke depan menuju produk.
In enzyme-catalyzed reactions, the overall activation energy of the reaction is lowered when an enzyme stabilizes a high energy transition state intermediate.
Dalam reaksi yang dikatalisis enzim, energi aktivasi keseluruhan reaksi diturunkan ketika enzim menstabilkan perantara keadaan transisi berenergi tinggi.
Transition state analogs mimic this high energy intermediate but do not undergo a catalyzed chemical reaction and can therefore bind much stronger to an enzyme than simple substrate or product analogs.
Analog keadaan transisi meniru perantara berenergi tinggi ini tetapi tidak mengalami reaksi kimia yang dikatalisis, dan oleh karena itu dapat mengikat enzim jauh lebih kuat daripada analog substrat atau produk sederhana.
To design a transition state analogue, the pivotal step is the determination of transition state structure of substrate on the specific enzyme of interest with experimental method, for example, kinetic isotope effect.
Untuk mendesain analog keadaan transisi, langkah penting adalah penentuan struktur keadaan transisi substrat pada enzim spesifik yang diminati dengan metode eksperimental, misalnya efek isotop kinetik.
In addition, the transition state structure can also be predicted with computational approaches as a complementary to KIE.
Selain itu, struktur keadaan transisi juga dapat diprediksi dengan pendekatan komputasi sebagai pelengkap KIE.
Kinetic isotope effect (KIE) is a measurement of the reaction rate of isotope-labeled reactants against the more common natural substrate.
Efek isotop kinetik (KIE) adalah pengukuran laju reaksi reaktan berlabel isotop terhadap substrat alami yang lebih umum.
Kinetic isotope effect values are a ratio of the turnover number and include all steps of the reaction.
Nilai efek isotop kinetik merupakan rasio dari angka pergantian dan mencakup semua tahapan reaksi.
Intrinsic kinetic isotope values stem from the difference in the bond vibrational environment of an atom in the reactants at ground state to the environment of the atom's transition state.
Nilai isotop kinetik intrinsik berasal dari perbedaan lingkungan vibrasi ikatan atom dalam reaktan pada keadaan dasar dengan lingkungan keadaan transisi atom tersebut.
Through the kinetic isotope effect much insight can be gained as to what the transition state looks like of an enzyme-catalyzed reaction and guide the development of transition state analogs.
Melalui efek isotop kinetik, banyak wawasan dapat diperoleh mengenai seperti apa keadaan transisi dari reaksi yang dikatalisis enzim dan memandu pengembangan analog keadaan transisi.
Computational approaches have been regarded as a useful tool to elucidate the mechanism of action of enzymes.
Pendekatan komputasi telah dianggap sebagai alat yang berguna untuk menjelaskan mekanisme kerja enzim.
Molecular mechanics itself can not predict the electron transfer which is the fundamental of organic reaction but the molecular dynamics simulation provide sufficient information considering the flexibility of protein during catalytic reaction.
Mekanika molekuler sendiri tidak dapat memprediksi transfer elektron yang merupakan dasar reaksi organik, tetapi simulasi dinamika molekuler memberikan informasi yang cukup dengan mempertimbangkan fleksibilitas protein selama reaksi katalitik.
The complementary method would be combined molecular mechanics/ quantum mechanics simulation (QM/MM)methods.
Metode pelengkapnya adalah kombinasi metode simulasi mekanika molekuler/mekanika kuantum (QM/MM).
With this approach, only the atoms responsible for enzymatic reaction in the catalytic region will be reared with quantum mechanics and the rest of the atoms were treated with molecular mechanics.
Dengan pendekatan ini, hanya atom-atom yang bertanggung jawab atas reaksi enzimatik di wilayah katalitik yang akan ditangani dengan mekanika kuantum, dan atom-atom lainnya ditangani dengan mekanika molekuler.
After determining the transition state structures using either KIE or computation simulations, the inhibitor can be designed according to the determined transition state structures or intermediates.
Setelah menentukan struktur keadaan transisi menggunakan KIE atau simulasi komputasi, penghambat dapat dirancang sesuai dengan struktur keadaan transisi atau intermediet yang telah ditentukan.
Methylthioadenosine nucleosidase are enzymes that catalyse the hydrolytic deadenylation reaction of 5'-methylthioadenosine and S-adenosylhomocysteine.
Metiltioadenosina nukleosidase adalah enzim yang mengkatalisis reaksi deadenilasi hidrolitik dari 5'-metiltioadenosina dan S-adenosilhomosisteina.
It is also regarded as an important target for antibacterial drug discovery because it is important in the metabolic system of bacteria and only produced by bacteria.
Enzim ini juga dianggap sebagai target penting untuk penemuan obat antibakteri karena penting dalam sistem metabolisme bakteri dan hanya diproduksi oleh bakteri.
Given the different distance between nitrogen atom of adenine and the ribose anomeric carbon (see in the diagram in this section), the transition state structure can be defined by early or late dissociation stage.
Mengingat jarak yang berbeda antara atom nitrogen adenina dan karbon anomerik ribosa (lihat diagram di bagian ini), struktur keadaan transisi dapat didefinisikan oleh tahap disosiasi awal atau akhir.
Based on the finding of different transition state structures, Schramm and coworkers designed two transition state analogues mimicking the early and late dissociative transition state.
Berdasarkan temuan struktur keadaan transisi yang berbeda, Schramm dan rekan kerjanya merancang dua analog keadaan transisi yang meniru keadaan transisi disosiatif awal dan akhir.
Therefore, it is also a target for antibacterial agents.
Oleh karena itu, ia juga merupakan target untuk agen antibakteri.
The water molecule is then activated by both the zinc ion and the Glu143 residue and attacks the carbonyl carbon to form a tetrahedral transition state (see figure).
Molekul air kemudian diaktifkan oleh ion seng dan residu Glu143 dan menyerang karbonil karbon untuk membentuk keadaan transisi tetrahedral (lihat gambar).
Holden and coworkers then mimicked that tetrahedral transition state to design a series of phosphonamidate peptide analogues.
Holden dan rekan kerjanya kemudian meniru keadaan transisi tetrahedral tersebut untuk merancang serangkaian analog peptida fosfonamidat.
Arginase is a binuclear manganese metalloprotein that catalyses the hydrolysis of L-arginine to L-ornithine and urea.
Arginase adalah metaloprotein mangan binuklir yang mengkatalisis hidrolisis L-arginina menjadi L-ornitina dan urea.
It is also regarded as a drug target for the treatment of asthma.
Arginase juga dianggap sebagai target obat untuk pengobatan asma.
The mechanism of hydrolysis of L-arginine is carried out via nucleophilic attack on the guanidino group by water, forming a tetrahedral intermediate.
Mekanisme hidrolisis L-arginina dilakukan melalui serangan nukleofilik pada gugus guanidino oleh air, sehingga membentuk intermediet tetrahedral.
In addition, the sulfonamide functional group can also mimic the transition state structure.
Selain itu, gugus fungsi sulfonamida juga dapat meniru struktur keadaan transisi.