Procédé d’hydrotraitement d’une composition d’origine naturelle comprenant des hétéroatomes et des lipides choisis parmi des lipides phénoliques, des acides gras, des triglycérides, des di-glycérides, des mono-glycérides, des phospholipides, des esters d'acides gras et/ou un mélange de deux ou plusieurs de ces composés, dans lequel : - la composition d’origine naturelle est soumise à une étape de prétraitement (A) pour éliminer au moins une partie des impuretés contenant des hétéroatomes initialement contenues dans la composition et obtenir une composition prétraitée, - la composition prétraitée de l’étape (A) est envoyée, notamment directement, à une étape d’hydrotraitement (B) dans laquelle elle est mise en contact avec du dihydrogène en présence d’au moins un catalyseur pour produire des hydrocarbures à haute valeur ajoutée, caractérisé en ce que lors de l’étape de prétraitement (A) : - la composition d’origine naturelle est soumise, notamment directement, à une première étape (A1) dans laquelle elle est mise en contact avec une solution aqueuse pour obtenir une phase organique formant une composition partiellement raffinée présentant une teneur réduite en hétéroatomes et une phase aqueuse comprenant des impuretés hydratables initialement contenues dans la composition d’origine naturelle, - la phase organique de l’étape (A1) est soumise, notamment directement, à une deuxième étape d’hydrodémétallation (A2) dans laquelle elle est mise en contact avec du dihydrogène en présence d’au moins un catalyseur dans des conditions d’hydrodémétallation pour obtenir la composition prétraitée présentant une teneur réduite en métaux, l’au moins un catalyseur étant choisi parmi (i) un catalyseur régénéré présentant une teneur en coke d’au plus 1 % m et une teneur en soufre d’au plus 1 % m, et (ii) un catalyseur usé et non régénéré présentant une teneur en coke d’au plus 8 % m et une teneur totale en fer, silicium, sodium, phosphore et arsenic d’au plus 1 % m. Procédé d’hydrotraitement selon la revendication 1, dans laquelle ladite composition d’origine naturelle contient une ou plusieurs huiles choisies parmi une huile végétale, une huile ou une graisse animale, une huile usagée, une huile produite par des microorganismes, des esters résultant de la trans-estérification des esters d’acides gras et/ou de l’estérification des acides gras contenus dans une ou plusieurs de ces huiles, ainsi que leurs mélanges. Procédé d’hydrotraitement selon l’une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que l’étape de lavage (A1) comprend une ou plusieurs des caractéristiques suivantes : - la solution aqueuse est de l’eau à pH neutre, basique ou acide, - l’étape (A1) est mise en œuvre à une température de 40 à 100°C - l’étape (A1) comprend au moins un traitement choisi parmi (i) un lavage à l’eau et (ii) un traitement de dégommage, chaque traitement étant suivi d’une séparation des phases organique et aqueuse, la phase organique finale récupérée formant une composition partiellement raffinée, - l’étape (A1) est mise en œuvre dans des conditions de cavitation. Procédé d’hydrotraitement selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que l’étape d’hydrodémétallation (A2) comprend une ou plusieurs des caractéristiques suivantes : - l’étape (A2) est mise en œuvre à une température de 150 à 280°C et une pression de 20 à 200 bars, - le catalyseur d’origine de l’au moins un catalyseur usé ou régénéré est choisi parmi un catalyseur d’hydrotraitement, un catalyseur de craquage catalytique, un catalyseur d’isomérisation et un catalyseur de décarboxylation et/ou décarbonylation, seuls ou en mélange, - le catalyseur d’origine de l’au moins un catalyseur usé ou régénéré est un catalyseur présentant une granulométrie de 1,2 mm à 5,2 mm, optionnellement sous forme extrudée, de bille et/ou de forme creuse. Procédé d’hydrotraitement selon l’une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que l’étape d’hydrotraitement (B) est mise en œuvre dans des conditions favorisant au moins une réaction choisie parmi une réaction d’hydrodéoxygénation, une réaction de décarboxylation et une réaction de décarbonylation. Procédé d’hydrotraitement selon l’une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que: L’effluent de l’étape (B) est soumis à une étape (C) d’isomérisation en présence d’un catalyseur, et optionnellement en présence de dihydrogène, pour obtenir un effluent contenant des isoparaffines.