Système de collecte (1) de débris flottants ou immergés dans un milieu aquatique, notamment de taille micrométrique ou millimétrique comprenant : au moins un filtre mécanique (2) à trous ou à mailles, destiné à être fixé en travers d’un flux de fluide du milieu aquatique, le filtre mécanique comprenant au moins une partie active (20) destinée à être immergée dans le flux de fluide, au moins un dispositif de collecte et de nettoyage (3) comprenant : une source d’aspiration (4) ; au moins une buse d’aspiration (30); au moins un conduit d’aspiration (31), débouchant dans la buse et relié à la source d’aspiration, la buse d’aspiration et le conduit d’aspiration étant destinés à être montés mobiles en regard de la partie active du filtre fixe de sorte à balayer, selon au moins un mouvement de va-et-vient, au moins une partie de la surface que ladite partie active couvre et ainsi évacuer les débris retenus par la surface balayée. Système de collecte selon la revendication 1, comprenant un détecteur de niveau pour mesurer le niveau du fluide dans lequel est immergée la partie active du filtre, le fonctionnement du dispositif de collecte et de nettoyage étant asservi à la mesure du niveau de fluide par le détecteur. Système de collecte selon la revendication 1 ou 2, le filtre mécanique étant souple ou rigide avec sa partie active formée par au moins une surface plane destinée à être dans un plan transversal au flux. Système de collecte selon la revendication 1 ou 2, le filtre mécanique étant souple ou rigide avec sa partie active formée par une surface incurvée, de préférence selon une portion cylindrique. Système de collecte selon l’une des revendications précédentes, la buse d’aspiration étant munie d’une lèvre ou brosse de raclage adaptée pour racler, lors de son balayage, la partie active du filtre. Système de collecte selon l’une des revendications précédentes, le dispositif de collecte et de nettoyage comprenant au moins un moyen de pulvérisation de fluide de nettoyage, tel que de l’eau, un gaz (air), monté mobile de sorte à être agencé dans une zone du côté du filtre opposé à celui dans lequel est agencée la buse d’aspiration. Système de collecte selon la revendication 6, le dispositif de collecte et de nettoyage comprenant un conduit d’amenée du fluide de nettoyage relié au moyen de pulvérisation. Système selon la revendication 7, le dispositif de collecte et de nettoyage comprenant un circuit fermé comprenant une pompe dont l’entrée est reliée au conduit d’aspiration et la sortie est reliée au conduit d’amenée du fluide de nettoyage, la pompe étant équipée d’un filtre adapté pour retenir les débris aspirés. Système de collecte selon l’une des revendications précédentes, la buse d’aspiration et une partie du conduit d’aspiration et le cas échéant le moyen de pulvérisation, étant montés sur un châssis adapté pour se déplacer selon un mouvement de va-et-vient selon un axe horizontal et/ou selon un axe vertical le long de la partie active du filtre. Système de collecte selon la revendication 9 en combinaison avec la revendication 7 ou 8, le châssis ayant une forme générale en U avec l’une des branches du U logeant la buse d’aspiration et une partie du conduit d’aspiration agencée en regard d’un côté du filtre, et l’autre des branches du U logeant le moyen de pulvérisation et une partie du conduit d’amenée agencée de l’autre côté du filtre. Système de collecte selon l’une des revendications 1 à 8, la buse d’aspiration et le conduit d’aspiration et une partie du conduit d’aspiration et le cas échéant le moyen de pulvérisation étant montés sur au moins un bras articulé adapté pour se déplacer selon un mouvement de va-et-vient selon un axe horizontal et/ou selon un axe vertical le long de la partie active du filtre. Bateau, conduit de guidage ou conduite, notamment d’eaux usées ou berge d’un cours ou d’un plan d’eau équipé d’au moins un système de collecte selon l’une des revendications précédentes.