Outre les caractéristiques qui viennent d’être évoquées dans le paragraphe précédent, le procédé de modélisation d’un microbiome intestinal selon un aspect de l’invention peut présenter une ou plusieurs caractéristiques complémentaires parmi les suivantes, considérées individuellement ou selon toutes les combinaisons techniquement possibles : la génération du au moins un modèle de communauté à l’échelle du microbiome comprend les étapes de : Combinaison des données métagénomiques des individus maximisant une similarité avec l’individu cible en calculant une pluralité moyenne d’abondances de taxons métagénomiques à partir des pluralités d’abondances de taxons métagénomiques des individus maximisant une similarité avec l’individu cible, Obtention d’au moins un modèle métabolique à l'échelle du génome pour chaque taxon métagénomique de la pluralité moyenne d’abondances de taxons métagénomiques et au moins une réaction d'échange supplémentaire, chaque modèle métabolique à l'échelle du génome comprenant des réactions d'échange définissant les conditions environnementales, une biomasse individuelle du taxon métagénomique simulant la croissance cellulaire, et des réactions biochimiques et des réactions de transport codées par des gènes codant pour des protéines du génome du taxon métagénomique, Réception d’au moins une réaction d'échange supplémentaire, et Construction d’un modèle de communauté de microbiome comprenant les modèles métaboliques à l'échelle du génome obtenus précédemment liés par au moins une partie des réactions d'échange comprises dans les modèles métaboliques à l'échelle du génome, les modèles métaboliques à l'échelle du génome échangeant des molécules avec un compartiment luminal commun partagé par les modèles métaboliques à l'échelle du génome du modèle de communauté, le modèle de communauté comprenant les réactions d'échange supplémentaires définissant l'admission de molécules provenant du régime alimentaire dans le compartiment luminal commun et la libération des molécules par le compartiment luminal commun dans un compartiment fécal, le procédé selon l’invention comprend en outre les étapes : Obtention d’une première empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal en simulant, à l’aide du modèle de communauté à l’échelle du microbiome construit, un suivi d’un premier régime alimentaire par le microbiome intestinal de l’individu cible, le premier régime alimentaire étant déterminé à partir des données sur le mode de vie de l’individu cible, l’obtention de la première empreinte moléculaire comprenant l'utilisation d'une méthode d'optimisation linéaire avec la maximisation de la biomasse de la communauté comme fonction objectif et avec l'ensemble de données sur le régime alimentaire comme contrainte externe, la biomasse de la communauté étant la somme des biomasses individuelles pondérées par les abondances des taxons métagénomiques, le vecteur des flux métaboliques comprenant une distribution des flux métaboliques à travers les réactions du modèle de communauté à l’échelle du microbiome, et Obtention d’au moins une seconde empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal en simulant, à l’aide du modèle du modèle de communauté à l’échelle du microbiome construit, un suivi d’au moins un second régime alimentaire par le microbiome intestinal de l’individu cible, le au moins un second régime alimentaire étant différent du premier régime alimentaire, l’obtention de la seconde empreinte moléculaire comprenant l'utilisation d'une méthode d'optimisation linéaire avec la maximisation de la biomasse de la communauté comme fonction objectif et avec l'ensemble de données sur le régime alimentaire comme contrainte externe, la biomasse de la communauté étant la somme des biomasses individuelles pondérées par les abondances des taxons métagénomiques, le vecteur des flux métaboliques comprenant une distribution des flux métaboliques à travers les réactions du modèle de communauté à l’échelle du microbiome, Identification, à partir des données phénotypiques et/ou médicales de l’individu cible et de la première empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal, d’une empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal parmi les au moins une seconde empreinte moléculaire permettant de modifier des caractéristiques phénotypiques et/ou médicales de l’individu cible, et Détermination de recommandations alimentaires pour l’individu cible permettant d’obtenir l’empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal identifiée. la génération du au moins un modèle de communauté à l’échelle du microbiome comprend les étapes de, pour chaque individu des individus maximisant une similarité avec l’individu cible : Obtention d’au moins un modèle métabolique à l'échelle du génome pour chaque taxon métagénomique de la pluralité d’abondances de taxons métagénomiques et au moins une réaction d'échange supplémentaire, chaque modèle métabolique à l'échelle du génome comprenant des réactions d'échange définissant les conditions environnementales, une biomasse individuelle du taxon métagénomique simulant la croissance cellulaire, et des réactions biochimiques et des réactions de transport codées par des gènes codant pour des protéines du génome du taxon métagénomique, Réception d’au moins une réaction d'échange supplémentaire, et Construction d’un modèle de communauté de microbiome comprenant les modèles métaboliques à l'échelle du génome obtenus précédemment liés par au moins une partie des réactions d'échange comprises dans les modèles métaboliques à l'échelle du génome, les modèles métaboliques à l'échelle du génome échangeant des molécules avec un compartiment luminal commun partagé par les modèles métaboliques à l'échelle du génome du modèle de communauté, le modèle de communauté comprenant les réactions d'échange supplémentaires définissant l'admission de molécules provenant du régime alimentaire dans le compartiment luminal commun et la libération des molécules par le compartiment luminal commun dans un compartiment fécal, et Et le procédé selon l’invention comprend en outre les étapes de : pour chaque individu des individus maximisant une similarité avec l’individu cible, obtention d’une empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal en simulant, à l’aide du modèle de communauté à l’échelle du microbiome construit pour ledit chaque individu, un suivi d’un régime alimentaire, déterminé à partir des données sur le mode de vie de l’individu cible, l’obtention de l’empreinte moléculaire comprenant l'utilisation d'une méthode d'optimisation linéaire avec la maximisation de la biomasse de la communauté comme fonction objectif et avec l'ensemble de données sur le régime alimentaire comme contrainte externe, la biomasse de la communauté étant la somme des biomasses individuelles pondérées par les abondances des taxons métagénomiques, le vecteur des flux métaboliques comprenant une distribution des flux métaboliques à travers les réactions du modèle de communauté à l’échelle du microbiome, et Construction d’une empreinte moléculaire composite en effectuant une moyenne pondérée des empreintes moléculaires de l’activité du microbiome intestinal obtenues pour chaque individu des individus maximisant une similarité avec l’individu cible, et Détermination de recommandations alimentaires pour l’individu cible en se basant sur l’empreinte moléculaire composite construite. la génération du au moins un modèle de communauté à l’échelle du microbiome comprenant en outre les étapes de, pour chaque individu des individus maximisant une similarité avec l’individu cible : Obtention d’au moins un modèle métabolique à l'échelle du génome pour chaque taxon métagénomique de la pluralité d’abondances de taxons métagénomiques et au moins une réaction d'échange supplémentaire, chaque modèle métabolique à l'échelle du génome comprenant des réactions d'échange définissant les conditions environnementales, une biomasse individuelle du taxon métagénomique simulant la croissance cellulaire, et des réactions biochimiques et des réactions de transport codées par des gènes codant pour des protéines du génome du taxon métagénomique, Réception d’au moins une réaction d'échange supplémentaire, Construction d’un modèle de communauté de microbiome comprenant les modèles métaboliques à l'échelle du génome obtenus précédemment liés par au moins une partie des réactions d'échange comprises dans les modèles métaboliques à l'échelle du génome, les modèles métaboliques à l'échelle du génome échangeant des molécules avec un compartiment luminal commun partagé par les modèles métaboliques à l'échelle du génome du modèle de communauté, le modèle de communauté comprenant les réactions d'échange supplémentaires définissant l'admission de molécules provenant du régime alimentaire dans le compartiment luminal commun et la libération des molécules par le compartiment luminal commun dans un compartiment fécal, Le procédé comprend en outre les étapes de : pour chaque individu des individus maximisant une similarité avec l’individu cible : obtention d’une empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal en simulant, à l’aide du modèle de communauté à l’échelle du microbiome construit (53b) pour ledit chaque individu, un suivi d’un régime alimentaire déterminé à partir des données sur le mode de vie dudit chaque individu, l’obtention de l’empreinte moléculaire comprenant l'utilisation d'une méthode d'optimisation linéaire avec la maximisation de la biomasse de la communauté comme fonction objectif et avec l'ensemble de données sur le régime alimentaire comme contrainte externe, la biomasse de la communauté étant la somme des biomasses individuelles pondérées par les abondances des taxons métagénomiques, le vecteur des flux métaboliques comprenant une distribution des flux métaboliques à travers les réactions du modèle de communauté à l’échelle du microbiome, et Détermination de recommandations alimentaires permettant de modifier des caractéristiques phénotypiques et/ou médicales dudit chaque individu à partir de l’empreinte moléculaire obtenue (60c) pour chaque individu des individus maximisant une similarité avec l’individu cible, et Combinaison des recommandations alimentaires déterminées afin d’obtenir des recommandations alimentaires pour l’individu cible. La détermination, parmi l’ensemble d’individus, d’un ou de plusieurs individus maximisant une similarité avec l’individu cible consiste en une détermination d’un ou de plusieurs individus, parmi l’ensemble d’individus, minimisant une distance de Gower calculée entre le vecteur construit pour l’individu cible et le vecteur construit pour chaque individu de l’ensemble d’individus. Les données phénotypiques comprennent au moins une donnée parmi : un sexe, un âge, un poids corporel, une taille, un indice de masse corporelle (IMC), une catégorie d'indice de masse corporelle, et un tour de taille et une ou des données sur un statut de ménopause. Les données de mode de vie comprennent au moins une donnée parmi : une ou des données sur un comportement alimentaire, physique et social, une ou des données sur un statut tabagique, une ou des données sur une ou des pratiques d’activité physique, une ou des données sur un régime alimentaire et une ou des données socio-démographiques et une ou des données géographiques. Les données médicales comprennent au moins une donnée parmi : une ou des données sur un statut d’apnée du sommeil, une ou des données sur un statut d’un diabète et un traitement du diabète, une ou des données sur un statut d’une dyslipidémie, une ou des données sur un traitement de la dyslipidémie, une ou des données sur un statut d’une hypertension, une ou des données sur un traitement de l’hypertension, une ou des données sur un statut d’une hypertriglycéridémie, une ou des données sur un traitement de hypertriglycéridémie, une ou des données sur un statut d’une hypercholestérolémie, une ou des données sur un traitement de hypercholestérolémie, une ou des données sur un statut d’une arthrite, une ou des données sur un traitement de arthrite, une ou des données sur un statut d’une maladie variqueuse, une ou des données sur un traitement de la maladie variqueuse, une ou des données sur la perception du bien-être émotionnel et physique, une ou des données sur la perception des émotions et des données sur la perception qualité du sommeil, une ou des données sur un type de selle sur une échelle de Bristol. Les données métagénomiques résultent d'un séquençage métagénomique d'un échantillon fécal et comprenant une pluralité d'abondances de taxons métagénomiques.