Outre les caractéristiques qui viennent d’être évoquées dans le paragraphe précédent, le procédé de modification du microbiome intestinal selon un aspect de l’invention peut présenter une ou plusieurs caractéristiques complémentaires parmi les suivantes, considérées individuellement ou selon toutes les combinaisons techniquement possibles : les données phénotypiques comprennent au moins une donnée parmi : un sexe, un âge, un poids corporel, une taille, un indice de masse corporelle (IMC), une catégorie d'indice de masse corporelle, un tour de taille et une ou des données sur un statut de ménopause. les données médicales comprennent au moins une donnée parmi : une ou des données sur un statut d’apnée du sommeil, une ou des données sur un statut d’un diabète et un traitement du diabète, une ou des données sur un statut d’une dyslipidémie, une ou des données sur un traitement de la dyslipidémie, une ou des données sur un statut d’une hypertension, une ou des données sur un traitement de l’hypertension, une ou des données sur un statut d’une hypertriglycéridémie, une ou des données sur un traitement de hypertriglycéridémie, une ou des données sur un statut d’une hypercholestérolémie, une ou des données sur un traitement de hypercholestérolémie, une ou des données sur un statut d’une arthrite, une ou des données sur un traitement de arthrite, une ou des données sur un statut d’une maladie variqueuse, une ou des données sur un traitement de la maladie variqueuse, une ou des données sur la perception du bien-être émotionnel et physique, une ou des données sur la perception des émotions et des données sur la perception qualité du sommeil, une ou des données sur un type de selle sur une échelle de Bristol. Les données métagénomiques résultent d'un séquençage métagénomique d'un échantillon fécal. Les données de mode de vie comprennent au moins une donnée parmi : une ou des données sur un comportement alimentaire, physique et social, une ou des données sur un statut tabagique, une ou des données d’une ou des pratiques d’activité physique, une ou des données sur un régime alimentaire et une ou des données socio-démographiques et une ou des données géographiques. La détermination, parmi le premier ensemble d’individus, d’un second ensemble d’individus maximisant une similarité avec l’individu cible consiste en une détermination du second ensemble d’individus, parmi le premier ensemble d’individus, minimisant une distance de Gower calculée entre le vecteur construit pour l’individu cible et le vecteur construit pour chaque individu du premier ensemble d’individus. la génération d’une ou plusieurs recommandations consiste à déterminer au moins une modification du mode de vie de l’individu cible pour le au moins un domaine pour lequel des données ont été reçues, la au moins une modification du mode de vie concernant une pratique du mode de vie pour lequel l’individu cible a obtenu un score inférieur à un seuil prédéterminé et/ou la différence entre le score de l’individu cible et les profils numériques du second ensemble est supérieure à une différence seuil prédéterminée. Le procédé comprend en outre : Obtention d’une empreinte moléculaire d’une activité métabolique du microbiome intestinal, pour l’individu cible et pour chaque individu parmi le troisième ensemble d’individus, en simulant à l’aide d’un modèle de communauté à l’échelle du microbiome, un suivi d’un régime alimentaire de chaque individu, le régime alimentaire étant déterminé à partir de données sur l’alimentation de l’individu cible et l’empreinte moléculaire de l’activité du microbiome intestinal comprenant un vecteur des flux métaboliques, ledit vecteur de flux métaboliques comprenant une distribution des flux métaboliques à travers des réactions du modèle de communauté du microbiome, Calcul d’une empreinte moléculaire composite d’une activité d’une communauté à l’échelle du microbiome dans le cadre du suivi du régime alimentaire à partir de l’empreinte moléculaire obtenue pour chaque individu parmi le troisième ensemble d’individus, Calcul d’une ou plusieurs différences entre l’empreinte moléculaire de l’individu cible et l’empreinte moléculaire composite, et Génération d’une ou plusieurs recommandations alimentaires permettant de réduire ladite une ou plusieurs différences entre l’empreinte moléculaire de l’individu cible et l’empreinte moléculaire composite. L’obtention d’une empreinte moléculaire d’une activité métabolique du microbiome intestinal pour l’individu cible et pour chaque individu parmi le troisième ensemble d’individus, comprend les étapes de : Obtention d’au moins un modèle métabolique à l'échelle du génome pour chaque taxon métagénomique de la pluralité d’abondances de taxons métagénomiques et au moins une réaction d'échange supplémentaire, chaque modèle métabolique à l'échelle du génome comprenant des réactions d'échange définissant les conditions environnementales, une biomasse individuelle du taxon métagénomique simulant la croissance cellulaire, et des réactions biochimiques et des réactions de transport codées par des gènes codant pour des protéines du génome du taxon métagénomique, Réception d’au moins une réaction d'échange supplémentaire, Construction d’un modèle de communauté de microbiome comprenant les modèles métaboliques à l'échelle du génome obtenus précédemment liés par au moins une partie des réactions d'échange comprises dans les modèles métaboliques à l'échelle du génome, les modèles métaboliques à l'échelle du génome échangeant des molécules avec un compartiment luminal commun partagé par les modèles métaboliques à l'échelle du génome du modèle de communauté, le modèle de communauté comprenant les réactions d'échange supplémentaires définissant l'admission de molécules provenant du régime alimentaire dans le compartiment luminal commun et la libération des molécules par le compartiment luminal commun dans un compartiment fécal, Calcul d'une empreinte moléculaire de l'activité de la communauté dans le cadre du régime alimentaire, le calcul de l’empreinte moléculaire comprenant l'utilisation d'une méthode d'optimisation linéaire avec la maximisation de la biomasse de la communauté comme fonction objective et avec l'ensemble de données sur le régime alimentaire comme contrainte externe, la biomasse de la communauté étant la somme des biomasses individuelles pondérées par les abondances des taxons métagénomiques, le vecteur des flux métaboliques comprenant une distribution des flux métaboliques à travers les réactions du modèle de communauté du microbiome. La génération d’une ou plusieurs recommandations alimentaires consiste à : Obtention, pour chaque individu du troisième ensemble d’individus, d’une empreinte moléculaire d’une activité métabolique du microbiome intestinal, en simulant à l’aide du modèle de communauté à l’échelle du microbiome de l’individu cible, un suivi d’un régime alimentaire, ledit régime alimentaire étant déterminé à partir de données sur l’alimentation de chaque individu du troisième ensemble d’individus, Classement des individus du troisième ensemble d’individus en utilisant l’empreinte moléculaire obtenue pour chaque individu du troisième ensemble d’individus, ledit classement étant basé sur la similarité de l’empreinte moléculaire d’une activité métabolique du microbiome intestinal obtenue pour chaque individu avec l’empreinte moléculaire composite, et Génération d’une ou plusieurs recommandations alimentaires en se basant sur les données sur l’alimentation des individus du troisième ensemble d’individus et en fonction dudit classement des individus du troisième ensemble d’individus.