Un aspect de l’invention concerne un procédé de modification du microbiome intestinal comprenant les étapes de : Réception, pour chaque individu d’un premier ensemble d’individus et pour un individu cible, ledit individu cible étant un individu non compris dans le premier ensemble d’individus, de données phénotypiques, de données médicales, de données de mode de vie, les données de mode de vie comprenant au moins un domaine parmi la pratique d’une ou plusieurs activités physiques, la qualité et la quantité de sommeil, le comportement alimentaire, la nutrition et la perception de bien-être émotionnel et de données métagénomiques, lesdites données métagénomiques comprenant une pluralité d'abondances de taxons métagénomiques, Construction, pour chaque individu du premier ensemble d’individus et pour l’individu cible, d’un vecteur comprenant les données reçues, Détermination, parmi le premier ensemble d’individus, d’un second ensemble d’individus maximisant une similarité avec l’individu cible, la similarité étant évaluée à partir des vecteurs calculés pour chaque individu du premier ensemble d’individus et à partir du vecteur construit pour l’individu cible, Détermination, parmi le second ensemble d’individus, d’un troisième ensemble d’individus, chaque individu du troisième ensemble d’individus ayant : une richesse du microbiome intestinal supérieure à une valeur de richesse du microbiome intestinal prédéfinie et/ou supérieure à une richesse du microbiome intestinal de l’individu cible, et une absence d’un syndrome métabolique ou une glycémie, un tour de taille et une cholestérolémie inférieur à l’individu cible, Pour chaque individu du troisième ensemble d’individus, génération d’un profil numérique à partir des données phénotypiques, médicales, métagénomiques et de mode de vie dudit chaque individu du troisième ensemble d’individus, ledit profil numérique de chaque individu du troisième ensemble d’individus comprenant en outre une valeur issue d’une évaluation d’un score représentant l’influence positive ou négative du mode de vie d’une personne sur le microbiome intestinal, Génération d’un profil numérique de l’individu cible à partir des données phénotypiques, médicales, métagénomiques et de mode de vie de l’individu cible, ledit profil numérique comprenant en outre une valeur issue d’une évaluation d’un score représentant l’influence positive ou négative du mode de vie d’une personne sur le microbiome intestinal, Génération d’un ensemble de données de mode de vie à partir des données de mode de vie de l’individu cible, Génération d’un premier ensemble de profils numériques, chaque profil numérique du premier ensemble des profils numériques étant généré à partir de l’ensemble de données de mode de vie généré, Détermination d’un second ensemble de profils numériques parmi le premier ensemble de profils numériques, le second ensemble de profils numériques : maximisant une similarité avec au moins un profil numérique parmi les profils numériques générés pour chaque individu du troisième ensemble d’individus, et ayant un score supérieur au score du profil numérique de l’individu cible, et Génération d’au moins une recommandation concernant le au moins un domaine pour lequel des données ont été reçues, ladite recommandation permettant de réduire l’écart entre le score des profils numériques du second ensemble et le score de l’individu cible pour le au moins un domaine pour lequel des données de mode de vie ont été reçues.