Système aéroporté de caractérisation et de prélèvement d’eau d’un milieu aquatique comprenant un drone aérien (1), le drone aérien (1) comprenant un capteur optique (2) et un moyen de réception/transmission de données comprenant un moyen de géolocalisation, le système comprenant un dispositif d’instrumentation comprenant au moins un moyen de prélèvement (4b) de l’eau d’un milieu aquatique, un premier treuil (3) monté sur le drone aérien (1) et apte à positionner le dispositif d’instrumentation à une profondeur prédéterminée dans le milieu aquatique, caractérisé en ce que le drone aérien (1) est apte à être maintenu en position aérienne lors du prélèvement et/ou de la caractérisation de l’eau et en ce que le dispositif d’instrumentation comprend un moyen d’acquisition de données (4a) pour mesurer au moins la pression, la température et/ou la conductivité de l’eau au sein du milieu aquatique et permettant de préférence la transmission des données en temps réel au moyen de réception/transmission de données. Système aéroporté de caractérisation et de prélèvement d’eau d’un milieu aquatique selon la revendication 1, pour lequel le capteur optique (2) comprend un capteur optique dans le spectre visible et/ou un capteur optique dans le spectre infrarouge. Système aéroporté de caractérisation et de prélèvement d’eau d’un milieu aquatique selon l’une des revendications précédentes, pour lequel le moyen d’acquisition de données (4a) comprend un moyen de mesure du pH, du taux d’oxygène dissous dans l’eau et/ou de la turbidité. Système aéroporté de caractérisation et de prélèvement d’eau d’un milieu aquatique selon l’une des revendications précédentes, pour lequel le système comprend un deuxième treuil (4) monté sur le drone aérien (1) et apte à vider le moyen de prélèvement (4b). Système aéroporté de caractérisation et de prélèvement d’eau d’un milieu aquatique selon l’une des revendications précédentes, pour lequel le moyen de prélèvement (4b) comprend plusieurs réservoirs de prélèvement. Système aéroporté de caractérisation et de prélèvement d’eau d’un milieu aquatique selon l’une des revendications précédentes, pour lequel le système comprend un moyen de traitement des images issues du capteur optique (2). Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau à partir d’un système selon l’une des revendications précédentes, pour lequel on réalise au moins les étapes suivantes : a) on déplace (Dep) le drone aérien (1) par voie aérienne au-dessus d’un milieu aquatique, b) on utilise (Cam) le capteur optique (2) pour déterminer une zone d’intérêt (ZI) dans laquelle l’eau est à caractériser, c) on stabilise (Stab) le drone aérien (1) en vol stationnaire sur un point prédéterminé (Pt) au-dessus de la zone d’intérêt (ZI) déterminée, et on acquiert une mesure de localisation à partir du moyen de géolocalisation puis on utilise le premier treuil (3) pour descendre ledit dispositif d’instrumentation à une première profondeur prédéterminée dans le milieu aquatique, d) on acquiert (Acq) au moins les mesures de pression, température et conductivité par le moyen d’acquisition de données (4a), pour réaliser une première caractérisation de l’eau, de préférence on acquiert lesdites mesures en temps réel, e) on réalise (Prel) un prélèvement de l’eau dans ledit milieu aquatique à ladite première profondeur prédéterminée (Pf) par le moyen de prélèvement (4b), et on effectue des analyses complémentaires sur l’eau prélevée pour réaliser une deuxième caractérisation de l’eau. Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon la revendication 7, pour lequel, à l’étape e), on réalise (Prel) un prélèvement de l’eau dans ledit milieu aquatique à ladite première profondeur par le moyen de prélèvement si les données acquises de pression, température et conductivité vérifient des critères prédéterminés, et sinon, on déplace le drone aérien (1) sur un autre point de la zone d’intérêt déterminée et on reprend à partir de l’étape c). Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon l’une des revendications 7 ou 8, dans lequel, à l’étape e), avant de réaliser chaque prélèvement d’eau, on effectue une phase de rinçage (Rin) du moyen de prélèvement, cette phase de rinçage comprenant au moins trois répétitions de la séquence dans laquelle, on remplit le moyen de prélèvement (4b) avec l’eau du milieu aquatique et on vide l’eau du moyen de prélèvement (4b), de préférence à l’aide d’un deuxième treuil (7). Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon l’une des revendications 7 à 9, pour lequel les analyses complémentaires de l’eau comprennent une analyse des isotopes de l’eau et/ou des mesures chimiques comprenant de préférence des mesures de carbone organique. Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon l’une des revendications 7 à 10, pour lequel on acquiert différentes mesures à l’aide du moyen d’acquisition de données (4a) à différentes premières profondeurs prédéterminées (Pf) et/ou à différents points prédéterminés (Pt) au-dessus de la zone d’intérêt (ZI) déterminée. Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon la revendication 11, pour lequel, en un même point prédéterminé (Pt) de la zone d’intérêt et à plusieurs profondeurs d’eau (Pf), on acquiert les mesures par le moyen d’acquisition de données (4a) et de préférence, on prélève de l’eau par le moyen de prélèvement (4b), sans avoir à remonter le dispositif d’instrumentation par le premier treuil (3) et de manière préférée en temps réel. Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon l’une des revendications 7 à 12, pour lequel le drone aérien (1), le capteur optique (2), le moyen de géolocalisation, le premier treuil et l’éventuel deuxième treuil sont pilotés par plusieurs moyens de pilotage. Procédé de caractérisation et de prélèvement d’eau selon l’une des revendications 7 à 13, pour lequel on réalise un traitement numérique des images issues du capteur optique (2) pour déterminer la zone d’intérêt.