Système (10) pour traiter et caractériser un échantillon (Ech) comprenant : un microscope à balayage électronique (MEB) comprenant : une chambre (Ch) contenant un gaz ou sous vide, dans laquelle est disposé ledit échantillon et dont une paroi comprend un hublot (H), un dispositif (COL) configuré pour générer un faisceau d’électron (FE) et pour focaliser le faisceau d’électron sur l’échantillon, au moins un premier détecteur (Det) configuré pour détecter des électrons issu de l’échantillon, une source laser (LAS) configurée pour générer un faisceau laser (FL) à onde continue, un dispositif de balayage (DS) bidimensionnel configuré pour déplacer le faisceau laser sur ledit échantillon avec une vitesse déterminée (v), un dispositif de focalisation (DFOC) configuré pour focaliser le faisceau laser sur l’échantillon au travers du hublot et pour modifier une valeur de la focale de manière contrôlée, la source laser et le dispositif de focalisation étant configurés pour que le spot de focalisation sur l’échantillon présente une puissance (P) et un diamètre (D) déterminés. Système selon l’une des revendications précédentes dans lequel le dispositif de focalisation comprend une optique de focale fixe (L) et dispositif (20) configuré pour modifier ladite focale disposé en amont du dispositif de balayage. Système selon l’une des revendications précédentes comprenant un séparateur de faisceau (BS) disposé en amont du dispositif de balayage et une caméra de visualisation (CV) disposée sur le trajet d’un faisceau optique (FLR) réfléchi par l’échantillon et réfléchi par le séparateur de faisceau, et configurée pour visualiser l’échantillon. Système selon l’une des revendications précédentes comprenant un capteur thermique (CT) configuré pour mesurer la température d’une zone comprenant le spot de focalisation laser sur l’échantillon. Système selon l’une des revendications précédentes comprenant en outre un dispositif d’injection d’un gaz (DIG) déterminé dans la chambre. Système selon l’une des revendications précédentes dans lequel le premier détecteur est un détecteur d’électrons secondaires (DES). Système selon l’une des revendications précédentes comprenant en outre un deuxième détecteur (DER) amovible configuré pour détecter des électrons rétrodiffusés par l’échantillon. Système selon l’une des revendications précédentes comprenant en outre une caméra cristallographique (CC) amovible configurée pour détecter des électrons rétro-diffractés par l’échantillon. Système selon l’une des revendications précédentes comprenant un calorimètre amovible permettant la calibration de la puissance de sortie du laser. Système selon l’une des revendications précédentes dans lequel le microscope à balayage électronique est de type environnemental (MEBE). Système selon l’une des revendications précédentes dans lequel la source laser est couplée à une fibre optique et dans lequel la source laser, le dispositif de balayage bidimensionnel et le dispositif de focalisation sont disposés dans un boitier unique, le système comprenant en outre une pièce d’accouplement configurée pour interfacer le boitier et le microscope à balayage électronique. Procédé de traitement et de caractérisation d’un échantillon (Ech), l’échantillon étant disposé dans une chambre (Ch) d’un microscope à balayage électronique (MEB), la chambre comprenant un gaz ou étant sous vide, une paroi de ladite chambre comprenant un hublot (H), le procédé comprenant : une étape 100 de génération d’un faisceau laser (FL) à onde continue présentant une puissance (P) modifiable, une étape 200 de traitement comprenant la focalisation du faisceau laser sur l’échantillon en traversant le hublot, la valeur de la focale étant modifiable de manière contrôlée, et le balayage selon deux dimensions du faisceau laser de manière à le déplacer sur ledit échantillon avec une vitesse déterminée (v), le spot de focalisation sur l’échantillon présentant une puissance (P) et un diamètre (D) déterminés, une étape 300 de caractérisation consistant à réaliser une première image dite de post-traitement avec le microscope à balayage électronique, en illuminant l’échantillon avec un faisceau d’électron (FE) focalisé et en détectant des électrons issu de l’échantillon. Procédé selon la revendication précédente comprenant en outre une étape 50 consistant à réaliser une deuxième image dite de pré-traitement avec le microscope à balayage électronique avant l’étape 200 de traitement.