INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
Selon des modes de réalisation, un tel microscope optique peut comporter une ou plusieurs des caractéristiques suivantes.
Selon un mode de réalisation, le dispositif optique comporte un filtre d’amplitude disposé entre l’objectif de microscope et le détecteur optique, par exemple dans le plan de Fourier de l'objectif de microscope ou dans un plan image de ce plan, et configuré pour appliquer une première atténuation sélective à la portion réfléchie de la lumière d’éclairement.
Ainsi, la lumière diffusée représente une proportion plus importante de l’intensité de la lumière sortante détectée par le détecteur optique. En d’autre termes, un tel filtrage augmente le rapport entre l’amplitude du champ diffusé et l’amplitude du champ réfléchi.
Différentes techniques sont disponibles pour réaliser un tel filtre d’amplitude, par exemple un dépôt de couche mince, notamment un dépôt de couche mince métallique. L’atténuation appliquée par le filtre d’amplitude peut être caractérisée par un coefficient de transmission d’intensité. Selon un mode de réalisation, le coefficient de transmission d’intensité associé à la première atténuation est compris entre 10 -1 à 10 -6 , préférentiellement entre 10 -2 et 3.10 -4 . Par exemple un coefficient de transmission d’intensité proche de 10 -3 est approprié pour utiliser en tant que détecteur une caméra avec une capacité de puit de 10k électrons, ce qui est courant.
Selon un mode de réalisation, le coefficient de transmission d’intensité associé à la première atténuation est inférieur à 10 -6 . En s’assurant ainsi que la transmission du champ réfléchi est sensiblement nulle, on obtient une configuration de champ sombre.
Selon un mode de réalisation, la lumière diffusée par l’échantillon est constituée d’une première portion de lumière diffusée provenant du ou des modes excités de façon résonante et d’une deuxième portion de lumière diffusée, le filtre d’amplitude étant en outre configuré pour appliquer une deuxième atténuation sélective à la deuxième portion de lumière diffusée. Un tel filtre d’amplitude permet de sélectionner la lumière diffusée autour d'un angle particulier correspondant aux fuites radiatives du ou des modes guidés par atténuation du reste de la lumière diffusée. Ainsi, le champ diffusé via les modes guidés n'est pas atténué et est transmis au détecteur optique. Un tel filtre d’amplitude peut être utilisé dans une configuration de champ sombre ou dans une configuration interférométrique à champ clair.
Selon un mode de réalisation, le coefficient de transmission d’intensité associé à la deuxième atténuation est compris entre 10 -1 à 10 -6 .
Selon un mode de réalisation, le coefficient de transmission d’intensité associé à la deuxième atténuation est inférieur à 10 -6 .
Selon un mode de réalisation en configuration de champ sombre, le coefficient de transmission d’intensité associé à la première atténuation et le coefficient de transmission d’intensité associé à la deuxième atténuation sont inférieurs à 10 -6 . Ainsi, le filtre d’amplitude est configuré pour appliquer une atténuation totale au champ réfléchi et au champ diffusé par l’échantillon excepté autour d'un angle particulier correspondant aux fuites radiatives du ou des modes guidés.
Selon un mode de réalisation en configuration interférentielle, le filtre d’amplitude est configuré pour appliquer une première atténuation sélective à la portion réfléchie de la lumière d’éclairement et une deuxième atténuation sélective à la deuxième portion de lumière diffusée. De préférence dans ce cas, le coefficient de transmission d’intensité associé à la première atténuation est supérieur au coefficient de transmission d’intensité associé à la deuxième atténuation. Par exemple, le coefficient de transmission d’intensité associé à la première atténuation est compris entre 10 -1 et 10 -6 et le coefficient de transmission d’intensité associé à la deuxième atténuation est compris entre 10 -1 et 10 -6 .
Selon un mode de réalisation, le dispositif optique comporte deux lentilles convergentes agencées pour imager un plan de Fourier de l’objectif de microscope sur ledit filtre d’amplitude.
Ainsi, le filtre d’amplitude peut atténuer la portion réfléchie du second faisceau lumineux, une position de ladite portion réfléchie du second faisceau lumineux étant connue dans le plan de Fourier.
le signal du capteur de position tridimensionnelle (40) étant envoyé vers le microcontrôleur (70) pour piloter la position dudit premier interrupteur (61) ;
la carte à puce comprenant en outre un dispositif de gestion de puissance (50), alimenté électriquement par l’antenne du concentrateur (30), et configuré pour piloter la puissance électrique d’au moins le microcontrôleur (70) et le capteur de position tridimensionnelle (40).
- le premier élément sécurisé (10) n’est pas relié électriquement directement au deuxième élément sécurisé (20),
- le premier élément sécurisé (10) est relié électriquement au moins au premier pôle de connexion (31) de l’antenne du concentrateur (30) via un premier interrupteur (61),
et qu’elle comprend en outre :
- un microcontrôleur (70),
- ledit premier interrupteur (61), piloté par le microcontrôleur (70) et pouvant adopter sélectivement :
o une première position dans laquelle le premier pôle de connexion (31) de l’antenne du concentrateur (30) est relié électriquement au premier élément sécurisé (10), et
o une deuxième position dans laquelle le premier pôle de connexion (31) de l’antenne du concentrateur (30) est relié électriquement au deuxième élément sécurisé (20) ;
- un deuxième interrupteur (62) piloté par le microcontrôleur (70) et pouvant adopter sélectivement :
o une première position dans laquelle le deuxième pôle de connexion (32) de l’antenne du concentrateur (30) est relié électriquement au premier élément sécurisé (10), et
le signal du capteur de position tridimensionnelle (40) étant envoyé vers le microcontrôleur (70) pour piloter la position dudit premier interrupteur (61) et dudit deuxième interrupteur (62), ledit premier interrupteur (61) et ledit deuxième interrupteur (62) étant configurés pour adopter simultanément la première position ou la deuxième position ;
la carte à puce comprenant en outre un dispositif de gestion de puissance (50), alimenté électriquement par l’antenne du concentrateur (30), et configuré pour piloter la puissance électrique du microcontrôleur (70) et du capteur de position tridimensionnelle (40).
On peut prévoir que l’un au moins parmi ledit premier interrupteur (61) et le dit deuxième interrupteur (62) est un relais statique.
un module d’apprentissage de modèle de réseau de neurones 155 configuré pour entraîner par apprentissage le modèle de réseau de neurones au moyen des échantillons d’apprentissage, et considérer un modèle de réseau de neurones entraîné par apprentissage comme étant un modèle d’interprétation pour les failles de décrochement.
En se basant sur le même concept de l’invention, en correspondance avec le procédé ci-dessus servant à établir un modèle d’interprétation pour les failles de décrochement, certains modes de réalisation de la présente invention mettent par ailleurs en œuvre un procédé d’interprétation pour les failles de décrochement. En référence à la , dans certains modes de réalisation, l’appareil d’interprétation pour les failles de décrochement peut comprendre :
un module de réception 161 configuré pour recevoir des données sismiques d’un puits à des fins d’analyse ;
un module d’interprétation 162 configuré pour entrer les données de profil sismique dans les données sismiques dans un modèle d’interprétation pour les failles de décrochement qui est entraîné par apprentissage dans le procédé décrit dans l’un quelconque des modes de réalisation mentionnés ci-dessus, en vue d’obtenir des images de la faille de décrochement.
Pour faciliter la description, l’appareil ci-dessus est décrit comme étant divisé en différentes unités basées sur ses fonctions et décrites respectivement. Bien sûr, les fonctions des différentes unités peuvent être réalisées dans les mêmes un ou plusieurs logiciels et/ou matériels quand la présente invention est mise en œuvre.
Il faut noter que les informations d’utilisateur (y compris, mais de façon non limitative les informations se rapportant au dispositif de l’utilisateur, les informations personnelles de l’utilisateur, etc.) et les données (y compris, mais de façon non limitative les données à des fins d’analyse, les données stockées, les données affichées, etc.) impliquées dans les modes de réalisation de la présente invention sont toutes des informations et des données admises à des fins d’utilisation par l’utilisateur et entièrement autorisées par toutes les parties.
Les modes de réalisation de la présente invention mettent par ailleurs en œuvre un dispositif informatique. Tel qu’il est illustré sur la , dans certains modes de réalisation de la présente invention, le dispositif informatique 1702 peut comprendre un ou plusieurs processeurs 1704, tels qu’une ou plusieurs unités centrales de traitement (UCT) ou des processeurs graphiques (PG), et chaque unité de traitement peut mettre en œuvre un ou plusieurs fils de matériel. Le dispositif informatique 1702 peut par ailleurs comprendre une mémoire quelconque 1706 configurée pour stocker n’importe quel type d’informations telles que des codes, des réglages, des données, etc. Dans un mode de réalisation spécifique, un programme informatique est stocké dans la mémoire 1706 et est en mesure d’être exécuté sur le processeur 1704, et quand il est exécuté par le processeur 1704, le programme informatique peut mettre en œuvre des instructions d’un procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation ci-dessus. Sans limitation, par exemple, la mémoire 1706 peut comprendre l’un quelconque ou des combinaisons de n’importe quel type de mémoire RAM (mémoire vive), n’importe quel type de mémoire ROM (mémoire morte), un dispositif à mémoire flash, un disque dur, un disque optique, etc. De manière plus générale, n’importe quelle mémoire peut utiliser n’importe quelle technologie servant à stocker des informations. Par ailleurs, n’importe quelle mémoire peut fournir une conservation volatile ou non volatile des informations. Par ailleurs, n’importe quelle mémoire peut représenter un composant fixe ou amovible du dispositif informatique 1702. Dans un cas de figure où le processeur 1704 exécute des instructions associées stockées dans une mémoire quelconque ou des combinaisons de mémoires, le dispositif informatique 1702 peut effectuer n’importe quelle opération des instructions associées. Le dispositif informatique 1702 comprend par ailleurs un ou plusieurs mécanismes d’entraînement 1708 (par ex., un mécanisme d’entraînement de disque dur, un mécanisme d’entraînement de disque optique, etc.) en interaction avec n’importe quelle mémoire.
Le dispositif informatique 1702 peut par ailleurs comprendre une interface d’entrée/sortie (E/S) 1710 configurée pour recevoir différentes entrées (par le biais d’un dispositif d’entrée 1712) et pour fournir différentes sorties (par le biais d’un dispositif de sortie 1714). Un mécanisme de sortie spécifique peut comprendre un dispositif de présentation 1716 et une interface utilisateur graphique (IUG) associée 1718. Dans d’autres modes de réalisation, l’interface d’entrée/sortie (E/S) 1710, le dispositif d’entrée 1712, et le dispositif de sortie 1714 peuvent ne pas être inclus, et le dispositif est uniquement utilisé comme étant un dispositif informatique dans le réseau. Le dispositif informatique 1702 peut par ailleurs comprendre une ou plusieurs interfaces de réseau 1720 configurées pour échanger des données avec d’autres dispositifs par le biais d’une ou de plusieurs liaisons de communication 1722. Un ou plusieurs bus de communication 1724 couplent ensemble les composants décrits ci-dessus.
La liaison de communication 1722 peut être mise en œuvre d’une façon quelconque, par exemple, par un réseau local, par un réseau étendu (par ex., le réseau Internet), une connexion point à point, etc., ou par toute combinaison de ceux-ci. La liaison de communication 1722 peut comprendre toute combinaison d’une liaison câblée, d’une liaison sans fil, d’un routeur, d’une fonction de passerelle, d’un serveur de noms, etc. gouvernés par un protocole quelconque ou par une combinaison de protocoles.
La présente invention est décrite en référence à un diagramme de flux et/ou un diagramme de blocs du procédé, de l’appareil (système), du support de stockage lisible par ordinateur et du produit programme informatique selon les modes de réalisation de la présente invention. Il faut apprécier que chaque flux et/ou chaque bloc dans le diagramme de flux et/ou le diagramme de blocs, et les combinaisons des flux et/ou des blocs dans le diagramme de flux et/ou le diagramme de blocs peuvent être mis en œuvre par le biais d’instructions de programme informatique. Les instructions du programme informatique peuvent être mises en œuvre dans un ordinateur universel, un ordinateur spécialisé, un processeur intégré ou un processeur d’un autre dispositif de traitement de données programmable, pour former une machine de telle sorte que les instructions, qui sont exécutées par l’ordinateur ou par le processeur d’un autre dispositif de traitement de données programmable, génèrent un moyen servant à réaliser les fonctions spécifiées dans un ou plusieurs flux dans le diagramme de flux et un ou plusieurs blocs dans le diagramme de blocs.
Les instructions du programme informatique peuvent également être stockées dans une mémoire lisible par ordinateur en mesure d’amener l’ordinateur ou d’autres dispositifs de traitement de données programmables à fonctionner d’une façon spécifique, de telle sorte que les instructions stockées dans la mémoire lisible par ordinateur génèrent un article fabriqué comprenant un dispositif d’instructions qui met en œuvre la(les) fonction(s) désignée(s) dans un flux ou une pluralité de flux dans le diagramme de flux et/ou dans un bloc ou une pluralité de blocs dans le diagramme de blocs.
Les instructions de ce programme informatique peuvent également être chargées sur un ordinateur ou sur d’autres dispositifs de traitement de données programmables, de telle sorte qu’une série d’étapes d’exécution est exécutée sur l’ordinateur ou sur d’autres dispositifs programmables pour générer le traitement effectué par l’ordinateur, par conséquent les instructions exécutées sur l’ordinateur ou sur d’autres dispositifs programmables fournissent les étapes pour la mise en œuvre de la fonction désignée dans un flux ou une pluralité de flux dans le diagramme de flux et/ou dans un bloc ou une pluralité de blocs dans le diagramme de blocs.
Dans une éventuelle configuration, le dispositif informatique comprend un ou plusieurs processeurs (UCT), une interface d’entrée/sortie, une interface de réseau et une mémoire.
La mémoire peut comprendre la forme d’une mémoire volatile, d’ une mémoire vive (mémoire RAM) et/ou d’une mémoire non volatile telle qu’une mémoire morte (mémoire ROM) ou une mémoire RAM flash, etc. parmi les supports lisibles par ordinateur. La mémoire est un exemple des supports lisibles par ordinateur.
Le support lisible par ordinateur comprend des supports permanents et non permanents, amovibles et non amovibles, qui peuvent effectuer le stockage d’informations dans quelque procédé ou technique que ce soit. Les informations peuvent être des instructions lisibles par ordinateur, des structures de données, des modules de programme ou d’autres données. Un exemple du support de stockage informatique comprend, mais de façon non limitative, une mémoire à changement de phase (mémoire PRAM), une mémoire vive statique (mémoire SRAM), une mémoire vive dynamique (mémoire DRAM), d’autres types de mémoire vive (mémoire RAM), une mémoire morte (mémoire ROM), une mémoire morte effaçable et programmable électriquement (mémoire EEPROM), une mémoire flash ou d’autres techniques de mémoire, un disque compact à mémoire morte (CD-ROM), un disque numérique polyvalent (DVD) ou d’autres stockages optiques, des cassettes à bande magnétique, des disques magnétiques ou autre dispositif de stockage magnétique ou tout autre support de non-transmission, qui peuvent servir à des fins de stockage d’informations accessibles à un dispositif informatique. Selon les définitions dans les présentes, le support lisible par ordinateur ne comprend pas de supports lisibles par ordinateur de type temporaire (supports transitoires), du type signal numérique modulé et onde porteuse.
Ceux du métier apprécieront que tout mode de réalisation de la présente invention peut être mis en œuvre sous la forme d’un procédé, d’un système ou d’un produit programme informatique. Par conséquent, la présente invention peut prendre la forme d’un mode de réalisation de type entièrement matériel, d’un mode de réalisation de type entièrement logiciel, ou d’un mode de réalisation combinant logiciel et matériel. En outre, la présente invention peut prendre la forme d’un produit programme informatique mis en œuvre sur un ou plusieurs supports de stockage utilisables sur ordinateur (y compris, mais de façon non limitative, mémoire à disque magnétique, CD-ROM, stockage optique, etc.) contenant dedans des codes de programme utilisables sur ordinateur.
De préférence la reconnaissance des peptides par au moins une composition comprenant des anticorps ou des lymphocytes B porteurs d’anticorps est déterminée à l’aide de plaques miniaturisées (« micro-arrays » aussi nommées puce ELISA) de peptides, ou par expression de phage (« phage display ») des peptides, ou par ELISA contre les peptides. Ces techniques sont bien connues de la personne du métier mettant en œuvre des cartographies d’épitopes (« epitope mapping » ).
De préférence, les peptides sont marqués par des fluorophores différents et leur reconnaissance par au moins une composition comprenant des lymphocytes B porteurs d’anticorps est mesurée par triage de cellules assisté par fluorescence (FACS). On utilisera dans ce cas un FACS permettant la détection simultanée d’au moins 5, 10, 15, 20 ou 25 longueurs d’onde de fluorescence différentes.
Dans un premier mode de réalisation du procédé d’identification d’un épitope conformationnel tel que défini ci-dessus, l’au moins un premier peptide et l’au moins un deuxième peptide sont sélectionnés parmi une pluralité de peptides distincts comprenant une séquence issue de l’antigène protéique du fait de leur reconnaissance par au moins une composition comprenant des anticorps ou des lymphocytes B porteurs d’anticorps issue d’au moins deux individus distincts immunisés contre l’antigène protéique.
De préférence, selon ce premier mode de réalisation, les au moins deux individus distincts sont des forts répondeurs à l’au moins un premier peptide et l’au moins un deuxième peptide parmi une pluralité d’individus distincts immunisés contre l’antigène protéique.
Selon ce premier mode de réalisation on met en œuvre un epitope mapping par puce ELISA où la protéine est découpée en peptides, si possible chevauchants, qui la recouvrent intégralement et on peut mesurer les réponses d’une composition d’anticorps contre les peptides simultanément. Alternativement, on peut utiliser une approche de phage-display, où les séquences exprimées peuvent correspondre aux protéines ciblées ou encore peuvent être aléatoires. Dans ce dernier cas, on ne prendra en considération que les zones des protéines ciblées qui ressemblent suffisamment à la séquence de peptides présentés par les phages et qui sont identifiés comme “positifs“. La structure tridimensionnelle de l’antigène protéique (éventuellement plusieurs si l’antigène a plusieurs conformations possibles) est utilisée pour calculer les distances entre les peptides. Cette distance peut correspondre à la distance la plus petite qui sépare les acides aminés des deux peptides, mais d’autres modes de calcul de distance peuvent être utilisés, par exemple la distance entre les acides aminés centraux des peptides. Si la structure tridimensionnelle de la protéine n’est pas disponible, on peut la prédire avec des outils de prédictions très fiables comme Alphafold 2. Une fois ces données connues, on dispose ainsi d’une matrice de distance entre tous les peptides deux à deux. On peut aussi procéder à des matrice 3x3 si on veut affiner la méthode en travaillant directement au niveau tridimensionnel sur des triplets de peptides disjoints, voire 4x4 ou plus, en identifiant par exemple tous les peptides à une distance inférieure à 3.10 -9 m les uns des autres.
On recherche ensuite les peptides pour lesquels les compositions présentent des réponses parallèles ou corrélées, ce qui veut dire par exemple qu’on retrouve les mêmes sujets forts répondeurs contre ces peptides au sein d’un groupe. Comme en général, il n’y a qu’une fraction des sujets qui répondent de manière forte à un peptide donné (rarement plus de la moitié voire rarement plus du tiers), on va rechercher les peptides pour lesquels les « forts répondeurs du groupe » sont les mêmes. On va rechercher par exemple les peptides pour lesquels les sujets situés dans le percentile supérieur en terme des réponse anticorps (par exemple 25%, 30%, voire 50%) sont les mêmes à x individus près. Plus le nombre d’individus dans l’étude est faible plus x sera faible, plus le nombre d’individus étudiés sera élevé plus x pourra être élevé. Typiquement, si on étudie les réponses d’un groupe de 24 individus, on pourra prendre le 25% supérieur (6 individus) ou le 33% supérieur (8 individus) avec une flexibilité possible d’un individu différent dans la population supérieure choisie, aboutissant respectivement à 5 ou 7 individus forts répondeurs en commun sur les 6 ou 8 du percentile supérieur respectivement. Si on dispose de 60 compositions on pourra prendre par exemple le 25% supérieur ou le 30% supérieur, respectivement 15 ou 18 individus communs, avec une flexibilité de 1, 2, ou 3 individus voire plus, respectivement 13, 14 ou 15 individus communs sur 15, ou 15, 16, 17, ou 18 individus sur 18. Pour faire ces calculs, on peut utiliser un logiciel de tests flexible qui permet de lister le nombre d’individus communs obtenus selon les couples, ou triplets, de peptides et les conditions choisies. Alternativement, on peut essayer d’utiliser des coefficients de corrélation entre les réponses contre les peptides, mais cela peut-être moins précis, à moins de se limiter aux groupes de patients à forte réponse, issus des percentiles de réponse anticorps élevés.
Suite aux opérations précédentes, on obtiendra un tableau de couples, ou triplets, de peptides avec les coefficients, à savoir nombres de forts répondeurs en communs ou bien coefficients de corrélation, pour chaque couple de peptide. A partir de ces résultats, nombre de compositions forts répondeurs communs ou fort coefficient de corrélation, on peut ainsi définir les meilleurs couples de peptides qui satisfont des critères suffisamment stringents en terme de nombres de forts répondeurs en commun ou en terme de coefficients de corrélation élevés. Si on travaille sur les réponses anticorps contre plusieurs protéines en même temps, une façon de différencier les meilleures corrélations de couples de peptides issus de la même protéine du bruit de fond sera de regarder les meilleures valeurs trouvées pour les couples de peptides situés sur des protéines différentes. Normalement ces couples ne correspondent pas à un épitope conformationnel sauf si les protéines forment un multimère, et on peut donc prendre comme nombre seuil à considérer la meilleure valeur trouvée en inter-protéines ou bien cette meilleure valeur moins un.