ETAT DE LA TECHNIQUE On sait que ces dernières années, un intérêt significatif sur le microbiote intestinal s’est développé puisqu’il serait associé à un large éventail de maladies humaines comme les maladies inflammatoires de l'intestin (IBD) et le syndrome du côlon irritable (IBS), des maladies métaboliques comme l'obésité et le diabète ou de maladies neurodéveloppementales. Le tractus gastro-intestinal humain représente l'une des plus grandes interfaces (250 à 400 m²) entre l'hôte, les facteurs environnementaux et les antigènes du corps humain. La collection de bactéries, archées et eucarya colonisant le tractus gastro-intestinal est appelée « microbiote intestinal » et a co-évolué avec l'hôte pour former une relation complexe et mutuellement bénéfique. On estime que le nombre de micro-organismes habitant le tractus gastro-intestinal dépasse 1014 et représente plus de 100 fois la quantité de contenu génomique (microbiome) que le génome humain. La composition exacte du microbiote intestinale n’est pas encore connue. Cependant, des recherches ont montré que 80 à 90% des phylotypes bactériens sont membres de deux phylums : les Bacteroidetes (par exemple Bacteroides et Prevotella) et les Firmicutes (par exemple Clostridium , Enterococcus , Lactobacillus , Ruminococcus , suivis des Actinobacteria (par exemple Bifidobacterium ) et les protéobactéries (par exemple Helicobacter , Escherichia ). Plusieurs facteurs jouent un rôle dans la formation du microbiote intestinal normal. Ils comprennent : le mode d'accouchement (vaginal ou césarienne), le régime pendant la petite enfance (lait maternel ou préparations pour nourrissons) et à l'âge adulte (à base végétalienne ou à base de viande) et l'utilisation d'antibiotiques ou de molécules de type antibiotique dérivées de l'environnement ou de la communauté intestinale commensale. Le microbiote intestinal normal confère de nombreuses fonctions au tractus gastro-intestinal dont la principale concerne le métabolisme des nutriments de l'hôte. En effet, ils agissent comme une source de nutriments essentiels et de vitamines et aidant à l'extraction de l'énergie et des nutriments, tels que les acides gras à chaîne courte (AGCC) et les acides aminés des aliments. De plus, le microbiote intestinal participe au métabolisme des xénobiotiques (produit chimique de synthèse, étranger au corps) et des médicaments, mais aussi au maintien de l'intégrité structurelle de la barrière muqueuse intestinale et enfin à l'immunomodulation et à la protection contre les agents pathogènes. Cependant, de nombreux facteurs extérieurs comme le régime alimentaire, l'âge, le stress et les maladies provoquent une augmentation ou une diminution de l'abondance relative et de la diversité des espèces bactériennes du microbiote intestinal provoquant un déséquilibre du microbiote intestinal appelé dysbiose. La dysbiose du microbiote intestinal est associée à la pathogenèse des troubles à la fois intestinaux et extra-intestinaux. Les troubles intestinaux comprennent les maladies inflammatoires de l'intestin, le syndrome du côlon irritable (SCI) et la maladie cœliaque, tandis que les troubles extra-intestinaux comprennent l'allergie, l'asthme, le syndrome métabolique, les maladies cardiovasculaires et l'obésité. En effet, dans le cas de l’obésité, des chercheurs ont constaté des différences dans la composition du microbiote intestinal avec moins de Bacteroidetes et plus de Firmicutes et de Klebsiella pneumoniae pour les personnes obèses. Klebsiella pneumoniae est une espèce bactérienne présente dans le microbiote intestinal dont différentes souches sont capables de produire de l’alcool endogène, augmentant sa concentration dans le foie et dans le sang. Cette souche bactérienne est liée à la stéatose hépatique non alcoolique, une maladie nutritionnelle hépatique qui peut conduire à une fibrose voire cirrhose du foie. Une étude a montré que près de 61% des patients atteints de stéatose hépatique non alcoolique possédaient la souche Klebsiella pneumoniae contre 6% pour des patients sains. Cette maladie est notamment associée à l’obésité. Cela nous montre donc l’importance de réduire la concentration en Klebsiella pneumoniae dans le microbiote intestinal. La composition générale qualitative et quantitative du microbiote intestinal est importante pour la sante, cependant les variations au cours de la journée le sont aussi. En effet la composition du microbiote et sa production d’acides gras est synchronisé suivant un rythme circadien. Des perturbations de ce rythme circadien peut résulter en des complications tel que l’inflammation, prise de poids et diabète.