Par ailleurs, il existe dans la nature des organismes codant des nucléases Cas plus petites que les Cas9, Cas12a (Cpf1) ou Cas12b (1 000-1 500 AA). C’est le cas des nucléases CasX ou Cas12e (inférieure à 1 000 AA), des Cas12f ou Cas14 (400-700 AA) et des Cas12j ou Casf (700-800 AA), offrant un réservoir naturel de Cas compactes permettant l’ingénierie efficace de cellules de mammifères (Tsuchida, CA, et al . 2022 Mol. Cell. 82(6):1199-1209.e6 ; Do Yon Kim, et al . 2022, Nature Biotechnology. 40(1):94-102 ; Wu Zhaowei, et al . 2021 Nat. Chem. Biol. 17(11):1132-1138 ; Xu X, Chemparathy A, et al. Mol Cell. 2021 Oct 21;81(20):4333-4345.e4. ; Pausch P, et al. Science. 2020 Jul 17;369(6501):333-337.). Les nucléases CasX telles que celles dérivées de Deltaproteobacteria (DpbCasX) ou de Planctomycetes (PlmCasX), dans leur version sauvage, ou améliorées pour l’édition génique telles que les versions DpbCasX-R3 (DpbCasX chimérique contenant la boucle R3 de PlmCasX), ou PlmCasX-R1(PlmCasX chimérique contenant la boucle R1 de DpbCasX), ou encore les versions désactivées de CasX par les mutations N672A, E769A and N935A seules ou combinées, permettent une ingénierie programmée des cellules de mammifères de façon efficace, soit pour induire des cassures de l’ADN ou pour moduler l’expression de gènes cibles ((Tsuchida, CA, et al . 2022 Mol. Cell. 82(6):1199-1209.e6 ; Do Yon Kim, et al . 2022, Nature Biotechnology. 40(1):94-102 ; Liu, Jun-Jie, et al . 2019 Nature. 566(7743):218-223). Les nucléases Cas12f Les nucléases CRISPR de type V ont une taille réduite (400 à 700 AA) par rapport aux nucléases Cas9, Cas12a et CasX ; il s’agit par exemple des protéines Cas12f (ou Cas14) d’archées non cultivées (Un1Cas12f1), de Syntrophomonas palmitatica (SpCas12f1) ou d’Acidibacillus sulfuroxidans (AsCas12f1), soit sauvages ou portant une ou plusieurs mutations abolissant complètement l’activité catalytique de la nucléase Cas12f (D225A et E324A pour Un1Cas12f1, ou D326A et/ou D510A pour Un1Cas12f1), ou abolissant partiellement l’activité nucléase conduisant à l’obtention d’une nickase (R383A et D401A pour AsCas12f1) (Do Yon Kim, et al . 2022, Nature Biotechnology. 40(1):94-102 ; Wu Zhaowei, et al . 2021 Nat. Chem. Biol. 17(11):1132-1138 ; Xiaoshu Xu et al . 2021 Mol Cell. 81(20):4333-4345.e4). Ainsi, les mutants catalytiques de Cas12f peuvent être fusionnés à des domaines activateurs ou inhibiteurs de la transcription afin de programmer la protéine Cas12f pour l’expression ciblée de certains gènes cellulaires, mais aussi à un domaine enzymatique d’un éditeur de base ou de la deoxyadénosine déaminase permettant la transformation de bases A ou T en G ou C de façon ciblée, pour la réparation ou l’introduction de mutations ponctuelles dans le génome d’une cellule de mammifère (Do Yon Kim, et al . 2022, Nature Biotechnology. 40(1):94-102 ; Xiaoshu Xu et al . 2021 Mol Cell. 81(20):4333-4345.e4). La nucléase Cas12j ou CasΦ de bactériophage est capables d’introduire une coupure double brin sur une séquence ADN reconnue par un ARN guide. La vitesse de cette coupure peut être accélérée environ 20 fois par des mutations introduites dans l’hélice a7 (E159A, S160A, S164A, D167A, E168A) ou la substitution d’un fragment chargé négativement par une courte succession de glycines-sérines (Pausch, P. et al . 2021, Nature Structural & molecular biology. 28(8):652-661).