Système de chauffage en flux continu de molécules chimiques pour des réactions de chimie organique et catalyse comprenant : plusieurs modules (M 1 , M 2 , …M N, N ≥ 2), disposés en série, un module (M i ) comprenant : un tube de circulation (TE i ) traversant un guide d'onde (G i ) configuré pour chauffer des molécules chimiques , et débouchant sur une enceinte (E i ) de maintien en température des molécules chimiques, le guide d'onde (G i ) comprenant une source de puissance (S i ) générant une puissance incidente (PIG i ), un isolateur (ISO i ) protégeant la source de puissance (S i ) d'une puissance réfléchie (PRG i ), des coupleurs directifs (CDI i , CDR i ) de mesure des puissance incidente (PIG i ) et puissance réfléchie (PR), un dispositif d'adaptation d'impédance (ADIMP i ), et un court-circuit (CC i ) ; un tube de circulation (TS i ) des produits issus de la réaction chimique se déroulant dans l'enceinte (E i ) de maintien en température ; au moins un capteur thermique (CT i1 ) de mesure de la température dans le tube de circulation (TE i ) entre la sortie du guide d'onde (G i ) et l'entrée dans l'enceinte (E i ) de maintien en température ; au moins un capteur thermique (CT i2 ) de mesure de la température dans l'enceinte (E i ) de maintien en température ; et au moins un capteur thermique (CT i3 ) de mesure de la température dans le tube de circulation (TS i ) en sortie de l'enceinte (E i ) de maintien en température ; et une unité de commande électronique (UCE) du système configurée pour : commander les puissances incidentes (PIG i ) de chaque guide d'onde (G i ) émises par chaque source correspondante (Si), et les puissances délivrées (PEi) par chaque enceinte (E i ) de maintien en température, en fonction des températures mesurées par les capteurs thermiques (CT i1 , CT i2 , CT i3 ) et de températures de consignes correspondantes (Tcons i1 , Tcons i2 , Tcons i3 ) ; et recevoir les mesures des puissances incidentes (PIG i ) et des puissances réfléchies (PRG i ) les destinées à au réglage des dispositifs d'adaptation d'impédance (ADIMPi) et des courts-circuits (CC i ). Système selon la revendication 1, dans lequel l'unité de commande (UCE) est configurée pour commander le réglage des dispositifs d'adaptation d'impédance (ADIMPi) et des courts-circuits (CC i ) à partir des mesures des puissances incidentes (PIG i ) et des puissances réfléchies (PRG i ), en minimisant les puissances réfléchies (PRG i ) tout en maximisant les puissances incidentes (PIG i ). Système selon l'une des revendications précédentes, dans lequel l'unité de commande (UCE) est configurée pour réguler une puissance (PG i , PEi) en fonction d'une température mesurée par un capteur thermique (CT i1 , CT i2 , CT i3 ), en utilisant un régulateur configuré pour minimiser un écart à une consigne (Tcons i1 , Tcons i2 , Tcons i3 ), tel un régulateur Proportionnel Intégral Dérivé, ou à commande prédictive, ou à commande par retour d'état, ou à commande LQG, ou à commande optimale ou à contrôleur flou. Système selon l'une des revendications précédentes, dans lequel l'enceinte (E i ) de maintien en température est un four ou une étuve. Système selon l'une des revendications précédentes, dans lequel le tube de circulation (TE i , TS i ) est en verre. Système selon l'une des revendications précédentes, dans lequel le tube de circulation (TE i , TS i ) comprend un élément de blindage électromagnétique (BM i ) de chaque côté du guide d'onde (G i ), pour limiter les pertes de puissance par rayonnement. Système selon la revendication 6, dans lequel l'élément de blindage électromagnétique (BM1, BM2) est métallique. Système selon l'une des revendications précédentes, dans lequel au moins un module (M K , 2 ≤ K ≤ N), différent du premier module (M 1 ) de la série, comprend une entrée (ER) configurée pour ajouter des réactifs dans un tube de circulation. Système selon l'une des revendications précédentes, dans lequel les dispositifs d'adaptation d'impédance (ADIMP i ) comprennent une boîte d'accord ou deux coupe-circuits.