Procédé de fabrication d’une structure destinée à être assemblée avec une autre structure par collage auto-aligné par contraste d’hydrophilie, comportant les étapes successives suivantes : définition de plots (15) du côté d’une première face d’un premier substrat (11) ; report d'un deuxième substrat (27) du côté de la première face du premier substrat (11) ; formation, sur les flancs et/ou sur une partie périphérique de la face supérieure des plots (15), d’un matériau (25) plus hydrophobe qu’un matériau de la face supérieure des plots ; et retrait du deuxième substrat (27). Procédé selon la revendication 1, dans lequel le matériau de la face supérieure des plots (15) et le matériau (25) revêtant le flanc des plots (15) présentent une différence d’angle de contact de goutte d’eau supérieure à 20°. Procédé selon la revendication 1 ou 2, dans lequel le premier substrat (11) comprend un matériau semiconducteur. Procédé selon la revendication 3, dans lequel le premier substrat (11) est un substrat de type semiconducteur sur isolant. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, dans lequel la première face du premier substrat (11) est revêtue d'une couche d'oxyde (13). Procédé selon la revendication 5, dans lequel la couche d'oxyde (13) sur le premier substrat (11) comprend des plots de connexion métalliques. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 6, dans lequel, à l’étape b), le deuxième substrat (27) est fixé au premier substrat (11) par collage moléculaire. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans lequel l'étape c) est réalisée par traitement HF vapeur. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans lequel l'étape c) est réalisée par immersion de la structure dans un bain à base d'un composé fluoré. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans lequel l'étape c) est réalisée par immersion de la structure dans un bain à base du mélange connu sous la dénomination commerciale optool, à base de octadecyltrichlorosilaneou à base de perfluorodecyldimethylchlorosilane. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, comportant, avant l'étape c), une étape de découpe du premier substrat (11), de façon à former des puces (20), chaque puce comportant un plot (15). Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 11, comportant, après l'étape a), une étape de nettoyage de la première face du premier substrat (11). Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 12, dans lequel le deuxième substrat (27) est structuré de façon à présenter un plot (39) d’épaisseur non nulle en vis à vis de chaque plot (15) du premier substrat (11). Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 13, dans lequel les plots (15) du premier substrat (11) ont une épaisseur non nulle. Procédé de collage d'une première structure et d'une deuxième structure fabriquée par le procédé décrit selon l'une quelconque des revendications 1 à 12 comportant une étape de dépôt d'une goutte d'eau (36) sur la première face du premier substrat (11) de la première structure et une étape de report de la deuxième structure sur la première structure, les premières faces des premiers substrats (11) se faisant face.