Procédé (100) de collage par activation de surface par bombardement d’ions ou d’atomes d’une première surface (SF1) d’un premier substrat (S1) à une deuxième surface (SF2) d’un deuxième substrat (S2), le matériau du premier substrat (S1) au niveau de la première surface (SF1) comprenant au moins deux espèces chimiques dont l’une, dite espèce d’intérêt, s’appauvrit lors de l’activation par bombardement d’ions ou d’atomes, le procédé (100) comprenant : Une étape(1E3) de dépôt sur la première surface (SF1) du premier substrat (S1) d’une couche (CI) de l’espèce d’intérêt ; Une étape (1E5) d’activation de la première surface (SF1) par un bombardement de la première surface (SF1) par un faisceau (FS) d’ions ou d’atomes de sorte à consommer l’intégralité de la couche d’espèce déposée précédemment ; Une étape (1E5’) d’activation de la deuxième surface (SF2) par un bombardement de la deuxième surface par un faisceau d’ions ou d’atomes ; Une étape (1E6) de mise en contact de la première surface du premier substrat avec la deuxième surface du deuxième substrat. Procédé (100) selon la revendication précédente comprenant, avant l’étape (1E3) de dépôt, une étape (1E1) de préparation de la première surface (SF1) et/ou de la deuxième surface (SF2) comportant le nettoyage de ladite ou desdites surfaces (SF1, SF2). Procédé (100) selon la revendication 1 ou la revendication 2 comprenant, avant l’étape de dépôt (1E3) et après l’étape (1E1) de préparation si une telle étape (1E1) est mise en œuvre, une étape (1E2) d’activation préliminaire de la première surface (SF1) du premier substrat (S1) et/ou de la deuxième surface (SF2) du deuxième substrat (S2). Procédé (100) selon la revendication précédente dans lequel l’espèce d’intérêt du matériau au niveau de la première surface (SF1) du premier substrat (S1) est dite première espèce d’intérêt et dans lequel le matériau au niveau de la deuxième surface (SF2) du deuxième substrat (S2) comprend au moins deux espèces chimiques dont l’une, dite deuxième espèce d’intérêt, s’appauvrit lors de l’activation par bombardement d’ions ou d’atomes, le procédé (100) comprenant avant, pendant ou après l’étape (1E3) de dépôt de la couche (CI) de la première espèce d’intérêt sur la première surface (SF1) du premier substrat (S1), une étape (1E3’) de dépôt d’une couche de la deuxième espèce d’intérêt sur la deuxième surface (SF2) du deuxième substrat (S2), l’étape d’activation de la deuxième surface étant effectué de sorte à consommer l’intégralité de la couche de la deuxième espèce d’intérêt déposée précédemment. Procédé selon l’une des revendications précédentes comprenant, après l’étape (1E3) ou les étapes (1E3,1E3’) de dépôt, une étape (1E4) de recuit de la couche (CI) ou des couches (CI) déposées précédemment. Procédé (100) selon l’une des revendications précédentes dans lequel l’étape (1E5) d’activation est prolongée après la consommation de la couche de l’espèce d’intérêt (CI) et, lorsqu’une telle couche existe, de la couche (Cl2) de la deuxième espèce d’intérêt, de sorte à obtenir une gravure partielle de la première surface (SF1) du premier substrat (S1) et, lorsque la couche de la deuxième espèce d’intérêt a été déposée, une gravure partielle de la deuxième surface (SF2) du deuxième substrat (S2). Procédé selon l’une des revendications précédentes dans lequel le matériau au niveau de la première surface (SF1) du premier substrat (S1) et/ou le matériau au niveau de la deuxième surface (SF2) du deuxième substrat (S2) est choisi parmi le SiGe, le SiC, le CGe. Procédé selon l’une des revendications précédentes dans lequel l’étape (1E2) d’activation préliminaire lorsque cette étape (1E2) est mise en œuvre, l'étape (1E3) ou les étapes (1E3,1E3’) de dépôt, les étapes (1E5, 1E5’) d’activation et l’étape (1E6) de mise en contact sont réalisées dans une machine de collage par activation de surface comprenant une chambre de dépôt permettant le dépôt de la ou des couches de l’espèce d’intérêt.