Procédé (1) de traitement des eaux usées, comportant les étapes de : (a) décantation (10) de l’eau usée par adjonction de coagulants et/ou floculants (105) à l’eau usée, délivrant en sortie un effluent primaire (12) et une boue primaire (15), la boue primaire (15) comportant au moins 50% des solides en suspension dans l’eau usée, (b) traitement biologique principal (20) de type « boue activée » de l’effluent primaire (12), comportant la mise en œuvre d’un procédé de nitrification et dénitrification simultanées à clarification intégrée, délivrant en sortie un effluent traité (22) et une boue biologique (25), (c) épaississement (70) de la boue primaire (15) et de la boue biologique (25) délivrant en sortie une boue mixte épaissie (72) et un filtrat d’épaississement (75), (d) digestion anaérobique (40) de la boue mixte épaissie (72) délivrant en sortie du biogaz (45) et une boue digérée (42), (e) déshydratation (50) de la boue digérée (42) délivrant en sortie une boue déshydratée (55) et un filtrat de déshydratation (52), et, (f) traitement biologique des retours (60) de type « boue activée » du filtrat de déshydratation (52), comportant la mise en œuvre d’un procédé de nitrification et dénitrification simultanée à clarification intégrée délivrant en sortie un effluent traité de filtrat (62) et une boue biologique de filtrat (65). Procédé selon la revendication 1, dans lequel la boue primaire (12) comporte au moins 50%, mieux, au moins 70%, des solides en suspension dans les eaux usées et/ou au moins 20%, mieux, au moins 35%, de la DBO5 de l’eau usée. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l’effluent primaire (15) présente un rapport C/N inférieur ou égal à 12, mieux inférieur ou égal à 10. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le traitement biologique principal (20) a lieu dans un unique bassin biologique (200) comportant une zone d’aération (230) et une zone de clarification (250) entre lesquelles une liqueur mixte circule en une boucle continue de circulation sans interruption de phase, l’effluent primaire (12) étant introduit dans la liqueur mixte en circulation entre la zone de clarification et la zone d’aération de l’effluent. Procédé selon la revendication précédente, dans lequel le traitement biologique principal (20) a lieu sans pompage interne de la liqueur mixte ou de la boue biologique (25) entre la zone de clarification (250) et la zone d’aération (230). Procédé selon la revendication 4, dans lequel le traitement biologique principal (20) a lieu avec pompage interne de la liqueur mixte ou de la boue biologique (25) entre la zone de clarification (250) et la zone d’aération (230), notamment un pompage interne fonctionnant avec un débit sensiblement inférieur au débit entrant d’effluent primaire, de préférence fonctionnant avec un débit inférieur à 50% du débit entrant d’effluent primaire. Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 6, dans lequel le traitement biologique principal (20) comporte l’aération en continue de la liqueur mixte dans la zone d’aération (230), en particulier par un système d’aération plancher (232) couvrant au moins une partie du fond de la zone d’aération (230) comportant un réseau de diffuseurs d’air (236) pour aérer la liqueur mixte présente dans la zone d’aération (230). Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 7, dans lequel la concentration en oxygène moyen dissous dans la liqueur mixte contenue dans la zone d’aération (230) est inférieure à 0,5 mgO 2 /L, mieux entre 0,2 et 0,4 mgO 2 /L, encore mieux entre 0,3 et 0,4 mgO 2 /L . Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la concentration de boue biologique lors du traitement biologique principal (20) est supérieure ou égale à 6 000 mg/L, mieux comprise entre 6 000 et 8 000 mg/L. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la clarification intégrée est lamellaire. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le traitement biologique des retours (60) est identique au traitement biologique principal (20), notamment a lieu dans un même bassin biologique (200). Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le filtrat de digestion (52) en sortie de la déshydratation (50) est envoyé en entrée du traitement biologique principal (20). Procédé selon l’une quelconque des revendication 1 à 10, dans lequel le traitement biologique des retours (60) est distinct du traitement biologique principal (20), notamment a lieu dans un bassin biologique (600) différent de celui du traitement biologique principal (20). Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, comportant une étape de valorisation énergétique d’au moins une partie du biogaz (80) comportant le chauffage de la boue mixte épaissie (81) et/ou au moins un procédé de conversion de l’énergie, notamment choisie parmi : (i) La purification du biogaz pour son utilisation en biocarburant ou en injection dans le réseau de gaz naturel (844), (ii) La cogénération (840), (iii) Le séchage des boues déshydratées (82), et/ou (iv) L’incinération des boues déshydratées (842). Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les étapes sont configurés de sorte l’effluent traité (22, 62) en sortie du traitement biologique des retours (60) de type « boue activée » du filtrat de déshydratation (52)soit conforme à la directive européenne n°91-271 et directive Cadre sur l’Eau n°2000-60, à l’arrêté français du 21 juillet 2015 relatif aux systèmes d'assainissement collectif et aux installations d'assainissement non collectif, à l'exception des installations d'assainissement non collectif recevant une charge brute de pollution organique inférieure ou égale à 1,2 kg/j de DBO5, ce qui le rend apte à être rejeté dans le milieu naturel sans traitement additionnel.