Méthode de détermination d’un paramètre représentatif de la qualité d’une composition d’origine naturelle comprenant des hétéroatomes et des lipides choisis parmi des lipides phénoliques, des acides gras, des triglycérides, des di-glycérides, des mono-glycérides, des phospholipides, des esters d'acides gras et/ou un mélange de deux ou plusieurs de ces composés, la méthode comprenant : (A) la détermination de la teneur totale de ladite composition en au moins un hétéroatome choisi parmi le phosphore et l’azote, (B) l’identification des composés de l’au moins un hétéroatome hydratables à pH neutre et la détermination de la teneur totale de ladite composition en l’au moins un hétéroatome présent dans les composés de cet hétéroatome hydratables à pH neutre identifiés, (C) la détermination en tant que paramètre représentatif de la qualité de la composition du rapport de la teneur totale en l’au moins un hétéroatome présent dans les composés de cet hétéroatome hydratables à pH neutre identifiés sur la teneur totale de la composition en cet hétéroatome, ce rapport étant déterminé pour le phosphore, pour l’azote ou pour chacun de ces deux hétéroatomes. Méthode de détermination selon la revendication 1, dans laquelle l’étape (B) est réalisée au moyen d’une technique d’analyse choisie parmi la RMN, la spectroscopie de masse, la chromatographie ionique, la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse et la chromatographie sur couche mince performante. Méthode de détermination selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle ladite composition d’origine naturelle contient une ou plusieurs huiles choisie parmi une huile végétale, une huile ou une graisse animale, une huile usagée, une huile produite par des microorganismes, des esters résultant de la trans-estérification des esters d’acides gras contenus dans une ou plusieurs de ces huiles, ainsi que leurs mélanges. Procédé de détermination du traitement d’élimination en hétéroatomes à appliquer à une composition d’origine naturelle comprenant des hétéroatomes et des lipides choisis parmi des lipides phénoliques, des acides gras, des triglycérides, des di-glycérides, des mono-glycérides, des phospholipides, des esters d'acides gras et/ou un mélange de deux ou plusieurs de ces composés pour atteindre une teneur cible pour au moins un hétéroatome, le procédé comprenant : (a) une étape de détermination d’au moins un paramètre représentatif de la qualité de la composition au moyen de la méthode de détermination selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, (b) une étape d’estimation d’une teneur résiduelle en au moins un hétéroatome choisi parmi le phosphore et l’azote, à partir du paramètre représentatif, cette teneur résiduelle correspondant à la teneur en l’au moins un hétéroatome après élimination des composés hydratables à pH=7 contenant cet hétéroatome, (c) une étape de détermination d’un traitement à appliquer à ladite composition pour atteindre une teneur cible en l’au moins un hétéroatome en sortie du traitement, ledit traitement étant choisi parmi : (i) un lavage avec de l’eau à pH neutre, (ii) un lavage avec de l’eau à pH neutre suivi d’une étape d’élimination de composés non hydratables, (iii) un lavage avec de l’eau à pH neutre suivi d’une étape d’élimination de composés hydratables à un pH autre qu’un pH neutre, (iv) un lavage avec de l’eau à pH neutre suivi d’une étape d’élimination de composés hydratables à un pH autre qu’un pH neutre puis d’une étape d’élimination de composés non hydratables, dans laquelle on compare la dite teneur résiduelle à la teneur cible et on choisit le traitement (i) si la teneur résiduelle est inférieure ou égale à la teneur cible, sinon, on utilise une base de données ou un modèle configuré pour fournir, une estimation d’une teneur en l’au moins un hétéroatome en sortie de chaque traitement (ii) à (iv) en fonction d’une teneur en cet hétéroatome en entrée du traitement égale à la teneur résiduelle, et on choisit le traitement pour lequel la teneur en sortie estimée est inférieure ou égale à la teneur cible, et optionnellement pour lequel le nombre d’étapes de traitement est le plus faible. Procédé de détermination selon la revendication 4, dans lequel, au cours de l’étape (c), si aucune des teneurs en sortie estimées n’est inférieure ou égal à la teneur cible, on réitère les étapes (a) à (c) en diluant ladite composition d’origine naturelle avec une autre composition d’origine naturelle, optionnellement une composition présentant un paramètre représentatif de la qualité de la composition supérieur à celui de ladite composition. Procédé de détermination selon la revendication 4 ou 5, dans lequel, la base de données ou le modèle est configurée pour fournir une estimation, pour chaque traitement (ii) à (iv), des teneurs en l’au moins un hétéroatome en sortie dudit traitement, obtenue pour différentes conditions opératoires des traitements (i) à (iv) et au cours de l’étape (c), on choisit un traitement et les conditions opératoires de ce traitement pour lequel la teneur en sortie estimée est inférieure ou égale à la teneur cible, et optionnellement pour lequel le nombre d’étapes de traitement est le plus faible et/ou pour lequel la quantité de réactif utilisée est la plus faible. Procédé de détermination selon l’une quelconque des revendications 4 à 6, dans lequel ladite composition d’origine naturelle contient une ou plusieurs huiles choisie parmi une huile végétale, une huile ou une graisse animale, une huile usagée, une huile produite par des microorganismes, des esters résultant de la trans-estérification des esters d’acides gras contenus dans une ou plusieurs de ces huiles, ainsi que leurs mélanges. Procédé de diminution de la teneur en hétéroatomes d’une composition d’origine naturelle comprenant des hétéroatomes et des lipides choisis parmi des lipides phénoliques, des acides gras, des triglycérides, des di-glycérides, des mono-glycérides, des phospholipides, des esters d'acides gras et/ou un mélange de deux ou plusieurs de ces composés, le procédé comprenant : (E1) une étape de détermination du traitement d’élimination en hétéroatomes à appliquer à la composition d’origine naturelle pour atteindre une teneur cible en au moins un hétéroatome, au moyen du procédé de détermination selon l’une quelconque des revendications 4 à 7, et (E2) une étape au cours de laquelle on soumet ladite composition d’origine naturelle au traitement déterminé à l’étape (E1). Procédé de diminution de la teneur en hétéroatomes d’une composition d’origine naturelle comprenant des hétéroatomes et des lipides choisis parmi des lipides phénoliques, des acides gras, des triglycérides, des di-glycérides, des mono-glycérides, des phospholipides, des esters d'acides gras et/ou un mélange de deux ou plusieurs de ces composés, le procédé comprenant : (E’2) une étape d’élimination en hétéroatomes au cours de laquelle on soumet la composition d’origine naturelle à un traitement choisi parmi : (i) un lavage avec de l’eau à pH neutre, (ii) un lavage avec de l’eau à pH neutre suivi d’une étape d’élimination de composés non hydratables, (iii) un lavage avec de l’eau à pH neutre suivi d’une étape d’élimination de composés hydratables à un pH autre qu’un pH neutre, (iv) un lavage avec de l’eau à pH neutre suivi d’une étape d’élimination de composés hydratables à un pH autre qu’un pH neutre puis d’une étape d’élimination de composés non hydratables, et dans lequel, la composition d’origine naturelle présente un paramètre représentatif de la qualité de la composition, préalablement déterminé au moyen de la méthode de détermination selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, qui est supérieur ou égal à un seuil au-delà duquel l’efficacité de l’étape d’élimination est suffisante pour réduire la teneur en hétéroatomes de ladite composition à une teneur cible ou inférieure à une teneur cible. Procédé de diminution selon la revendication 8 ou 9, comprenant en outre (E3) une étape d’hydrotraitement du produit directement issu de l’étape (E2) ou (E’2). Procédé de diminution selon l’une quelconque des revendications 8 à 10, dans lequel la composition d’origine naturelle contient une ou plusieurs huiles choisie parmi une huile végétale, une huile ou une graisse animale, une huile usagée, une huile produite par des microorganismes, des esters résultant de la trans-estérification des esters d’acides gras contenus dans une ou plusieurs de ces huiles, ainsi que leurs mélanges. Procédé de diminution selon l’une quelconque des revendications 8 à 11, dans lequel, lors de l’étape (E2) ou (E’2), le lavage avec de l’eau à pH neutre de chacun des traitements (i) à (iv) est mis en œuvre avec un ratio en masse eau /composition de 1 :99 à 10 : 90. Procédé de diminution selon l’une quelconque des revendications 8 à 12, dans lequel, lors de l’étape (E2) ou (E’2), le lavage avec de l’eau à pH neutre de chacun des traitements (i) à (iv) est mis en œuvre dans une enceinte choisie parmi un bac de stockage, une capacité de dessalage, un ballon. Système de détermination du traitement d’élimination en hétéroatomes à appliquer à une composition d’origine naturelle pour atteindre une teneur cible en au moins un hétéroatome, configuré pour mettre en œuvre les étapes (a) à (c) du procédé de détermination selon l’une quelconque des revendications 4 à 7.