Procédé de traitement de substrats comprenant : - une étape de traitement d’un premier substrat comprenant au moins une étape réalisée dans un équipement réalisant un traitement thermique, le premier substrat étant un substrat comprenant un matériau semi-conducteur ou un matériau piézoélectrique, ensuite - une étape de réduction du niveau de contamination de l’équipement réalisant un traitement thermique par un élément métallique contaminant en réalisant un traitement thermique d’un substrat de décontamination, en particulier un substrat à base de silicium, encore plus en particulier un substrat en silicium mono- ou poly-cristallin ou en silicium poreux ou en SiOCH, et ensuite - une étape de traitement d’un deuxième substrat comprenant au moins une étape réalisée dans l’équipement réalisant un traitement thermique, le deuxième substrat étant un substrat comprenant un matériau semi-conducteur ou un matériau piézoélectrique. Procédé de traitement de substrats selon la revendication 1, dans lequel le premier et le second substrat sont de matériaux différents. Procédé de traitement de substrats selon la revendication 2, dans lequel le premier substrat est un substrat piézoélectrique choisi parmi le lithium niobate (LiNbO 3 ) et le lithium tantalate (LiTaO 3 ) et/ou le second substrat est un substrat semi-conducteur choisi parmi le silicium, le carbure de silicium (SiC), le saphir (Al2O3) ou un substrat semi-conducteur III-V, en particulier l’arséniure de gallium (GaAs). Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 3, dans lequel l’élément métallique contaminant est le lithium. Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 4, comprenant avant et/ou après l’étape de décontamination une étape de détermination du niveau de contamination d’au moins un composant contaminant à l’intérieur de l’équipement réalisant un traitement thermique. Procédé de traitement de substrats selon la revendication 5, dans lequel l’étape de décontamination est réalisée si le niveau de contamination excède un seuil de contamination prédéterminé. Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 6, dans lequel l’étape de décontamination est réalisée à une température d’au moins 500°C, en particulier au moins 800°C. Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 7, dans lequel l’étape de décontamination est réalisée sous une atmosphère oxydante, en particulier en introduisant de l’oxygène. Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 8, dans lequel l’étape de décontamination est réalisée pendant une durée prédéterminée, en particulier pendant au moins 30 minutes, plus en particulier pendant au moins 1 heure. Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 9, dans lequel l’étape décontamination est répétée au moins une fois avant de continuer avec l’étape de traitement du deuxième substrat, en utilisant en particulier à chaque répétition un nouveau substrat de décontamination. Procédé de traitement de substrats selon au moins une des revendications 1 à 10, dans lequel le substrat de décontamination est mis au rebut après le traitement thermique. Utilisation d’un substrat silicium comme substrat de décontamination dans un procédé selon une des revendications 1 à 11.