Procédé de remplissage et de fermeture d’une pluralité de flacons (1) à usage pharmaceutique, le procédé comprenant les étapes suivantes : a) le positionnement, dans une station de remplissage, d’un premier plateau (100) définissant des logements de maintien (102) qui accueillent les flacons (1), b) le remplissage des flacons (1) avec un produit pharmaceutique, dans ladite station de remplissage, c) la préhension de capuchons (2) disposés dans des logements de stockage (202) aménagés sur une face supérieure (200a) d’un deuxième plateau (200), chaque capuchon (2) étant extrait du deuxième plateau (200) et positionné sur un flacon (1) après son remplissage, d) lorsque les logements de stockage (202) sont vidés de tout capuchon (2), le positionnement de la face inférieure (200b) du deuxième plateau (200) sur les capuchons (2), eux-mêmes disposés sur les flacons (1), chaque capuchon (2) étant accueilli dans un logement de calage (203) aménagé du côté de ladite face inférieure (200b), e) l’application d’une force d’appui sur la face supérieure (200b) du deuxième plateau (200) pour verrouiller collectivement les capuchons (2) sur les flacons (1). Procédé selon la revendication précédente, dans lequel, à l’étape c), un capuchon (2) est positionné sur un flacon (1) immédiatement après que celui-ci ait été rempli. Procédé selon l’une des revendications précédentes, comprenant une étape d’), entre l’étape d) et l’étape e), ladite étape d’) comprenant l’application d’un traitement de lyophilisation à l’ensemble formé par le premier plateau (100), les flacons (1) remplis, les capuchons (2) disposés sur les flacons et le deuxième plateau (200), les capuchons (2) et les logements de calage (203) du deuxième plateau (200) étant configurés de sorte qu’un flux de gaz puisse sortir des flacons (1). Procédé selon l’une des revendications précédentes, dans lequel chaque capuchon (2) comprend : - un bouchon (21) élastomère destiné à être inséré dans un col (12) d’un flacon (1), - une coiffe de verrouillage (22) plastique entourant le bouchon (21) et destinée à se verrouiller sous une collerette (13) du flacon (1) lorsque le bouchon (21) est totalement inséré dans le col (12). Ensemble de conditionnement (300) de flacons (1) et de capuchons (2) pour applications pharmaceutiques comprenant : - un premier plateau (100) définissant des logements de maintien (102) configurés pour accueillir les flacons (1), - un deuxième plateau (200) définissant des logements de stockage (202) du côté d’une face supérieure (200a) et des logements de calage (203) du côté d’une face inférieure (200b), les logements de stockage (202) et de calage (203) étant aptes à accueillir les capuchons (2), chaque logement de calage (203) étant centré sur un logement de maintien (102), lorsque la face inférieure (200b) du deuxième plateau (200) est disposée à l’aplomb du premier plateau (100). Ensemble de conditionnement (300) selon la revendication précédente, dans lequel, lorsque les capuchons (2) sont accueillis dans les logements de calage (203), chaque logement de calage (203) entoure une partie supérieure du capuchon (2), ladite partie supérieure correspondant à moins de 50% d’une hauteur du capuchon (2). Ensemble de conditionnement (300) selon l’une des deux revendications précédentes, dans lequel le deuxième plateau (200) présente une base plane (201) ajourée en vis-à-vis des logements de calage (203), ladite base plane (201) ou une surface (201’) parallèle à la base plane (201) permettant un appui sur au moins 20% d’une face horizontale de chaque capuchon (2) lorsque les capuchons (2) sont accueillis dans les logements de calage (203). Ensemble de conditionnement (300) selon l’une des trois revendications précédentes, dans lequel chaque logement de calage (203) du deuxième plateau (200) comporte un composant compressible (205), disposé contre une base plane (201) ou une surface (201’) parallèle à une base plane (201) dudit plateau (200). Ensemble de conditionnement (300) selon l’une des quatre revendications précédentes, comprenant au moins une cuve (110,210) dans laquelle les plateaux (100,200) sont disposés, au moins un film de scellement (120,220) pour fermer la -au moins une- cuve (110,210), et au moins une sache sous vide (130,230).