Système automatisé de préparation d'un échantillon biologique (X) contenant des espèces biologiques (Y), caractérisé en ce qu'il comporte : Une plaque support (M0) dans laquelle sont réalisés un ou plusieurs puits (10) traversants, Chaque puits (10) traversant présentant deux accès opposés, un premier accès et un deuxième accès, le premier accès étant séparé du deuxième accès par une paroi poreuse (100), formant un filtre, contre laquelle peut être déposé ledit échantillon biologique à lyser, Et pour chaque puits : Un premier organe mobile (20), actionnable en translation dans l'axe du puits pour s'insérer à travers son premier accès, Un deuxième organe mobile (30), actionnable en translation dans l'axe du puits pour s'insérer à travers le deuxième accès, Des moyens d'entraînement (5) en translation de chaque premier organe mobile et de chaque deuxième organe mobile, Des moyens de stimulation (4) de type mécanique et/ou thermique de chaque premier organe mobile et/ou de chaque deuxième organe mobile et/ou de la plaque support, Une unité de contrôle (UC) configurée pour : Commander lesdits moyens d'entraînement, Commander lesdits moyens de stimulation. Système selon la revendication 1, caractérisé en ce que les moyens d'entraînement (5) sont configurés pour déplacer ladite plaque support (M0) entre au moins deux positions distinctes, une position de stockage dans laquelle elle est en attente d'utilisation et une position de travail dans laquelle elle est positionnée pour recevoir dans chaque puits (10), un échantillon biologique (X). Système selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce qu'il comporte, pour chaque puits (10) de la plaque support (M0), des moyens de dispense d'un échantillon biologique (X) dans chaque puits de la plaque de support, les moyens d'entraînement (5) étant configurés pour déplacer les moyens de dispense entre deux positions distinctes, une position de stockage et une position de travail dans laquelle ils sont contrôlables pour injecter un échantillon biologique dans chaque puits. Système selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les moyens de stimulation (4) de type mécanique comprennent des moyens d'actionnement de type vibratoire coopérant avec le premier organe mobile (20) et/ou le deuxième organe mobile (30). Système selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les moyens de stimulation (4) de type mécanique comprennent des moyens d'actionnement en rotation autour de son axe du premier organe mobile et/ou du deuxième organe mobile. Système selon l'une des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que les moyens de stimulation (4) de type thermique comportent un élément chauffant intégré dans le premier organe mobile et/ou le deuxième organe mobile. Système selon l'une des revendications 1 à 6, caractérisé en ce que le premier organe mobile (20) et/ou le deuxième organe mobile (30) présente une extrémité libre et en ce que le système comporte pour le premier organe mobile et/ou le deuxième organe mobile un capuchon de protection (90) agencé sur son extrémité libre. Système selon la revendication 7, caractérisé en ce qu'il comporte un module (M6) réunissant plusieurs capuchons de protection (90). Système selon l'une des revendications 1 à 8, caractérisé en ce qu'il comporte, pour chaque puits (10) traversant, un dispositif d'élution comprenant un réservoir (80) destiné à recevoir un fluide d'élution à injecter dans chaque puits et un réceptacle (81) destiné à récupérer ledit fluide d'élution, traversant la paroi poreuse (100) du puits. Procédé de préparation d'un échantillon biologique (X) contenant des espèces biologiques (Y), mis en œuvre à l'aide d'un système automatisé tel que défini dans l'une des revendications 1 à 9, caractérisé en ce qu'il comporte des étapes de : Commande des moyens d'entraînement (5) pour positionner la plaque support (M0) dans une position de travail, Commande des moyens d'entraînement (5) pour insérer en translation le premier organe mobile (20) dans chaque puits à travers son premier accès jusqu'à venir en appui contre ladite paroi poreuse, Commande des moyens d'entraînement pour insérer en translation le deuxième organe mobile (30) dans chaque puits à travers son deuxième accès jusqu'à venir en appui contre ladite paroi poreuse, Commande des moyens de stimulation (4) de type mécanique et/ou thermique du premier organe mobile et/ou du deuxième organe mobile associés à chaque puits et/ou de la plaque support (M0) pour lyser les espèces biologiques (Y).