INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
Une particularité du séquençage « temps réel » est que les résultats de lecture des séquences d’ADN ou d’ARN sont disponibles en temps réel en sortie du séquenceur, ou en quasi temps réel. Par quasi temps-réel, on entend que les reads (ou les signaux bruts mesurés comme les potentiels électriques) sont produits en sortie du séquenceur par lots à l’issue d’une durée très inférieure à la durée totale nécessaire au séquençage des acides présents dans l’échantillon ou très inférieure à la durée totale de consommation des réactifs nécessaires au séquençage. Chaque lot peut ainsi être produit en quelques minutes ou quelques dizaines de minutes. Le séquenceur temps réel a la capacité de produire des séquences (reads) en temps réel. Cependant, on attend généralement qu’un certain nombre de séquences aient été décodées, dans un fichier généré à intervalles réguliers. A titre d’exemple, le séquenceur MinION d’oxford nanopore génère, par défaut, en quasi-temps réel des fichiers de type « .fast5 » par lots de 4 000 séquences de différences de potentiel qui peuvent être convertis en quasi-temps réel en par un ordinateur en fichier .fastq par lots de 4 000 reads. L’extension .fast5 désigne des fichiers de données brutes. L’extension .fastq désigne des fichiers stockant des séquences, ainsi que des scores de qualité associés. Cela permet une mise en œuvre interactive du procédé, de façon à pouvoir arrêter où poursuivre le séquençage en fonction des résultats obtenus.
Le séquençage peut notamment être effectué de façon itérative, chaque itération correspondant à un séquençage d’un nombre de séquences prédéterminé (ou batch) ou à un séquençage effectué durant une durée prédéterminée. Au cours de chaque itération, suite au séquençage, des séquences sont potentiellement assignées à l’espèce de contrôle SPC ou à l’espèce biologique d’intérêt SOI, ou à chaque espèce biologique d’intérêt ou à d’autres espèces présentes dans l’échantillon.
A chaque itération correspond un rang . est un entier compris entre 1 et , correspondant au nombre maximal d’itérations décrit en lien avec l’étape 70, ou à un nombre maximal de séquences (reads) obtenus. Au cours de chaque itération, le séquençage assigne des nombres de séquences et respectivement à l’espèce d’intérêt SOI et à l’espèce de contrôle SPC.
Les étapes suivantes sont décrites en lien avec une espèce d’intérêt SOI. Elles peuvent être mises en œuvre avec plusieurs espèces d’intérêt différentes.
Etape 50 : Mise à jour du nombre de séquences. Au cours de cette étape, les nombres de séquences respectivement assignées, lors de l’étape 40, à chaque espèce biologique d’intérêt et à l’espèce de contrôle sont respectivement au nombre de séquences , respectivement associées à l’espèce biologique d’intérêt SOI et à l’espèce de contrôle SPC lors de l’itération précédente. Cette étape correspond à une mise à jour du nombre de séquences respectivement associées à l’espèce d’intérêt SOI et à l’espèce de contrôle SPC, selon les expressions :
où et sont les nombres de séquences respectivement assignées à l’espèce d’intérêt et à l’espèce de contrôle lors de l’étape 40 de l’itération . La notation correspond à un nombre de séquences assigné à une espèce lors de l’itération , tandis que la notation correspond à un nombre total de séquences associé à une espèce pour l’ensemble des itérations jusqu’à l’itération .
Lors de la première itération ( = 1), on considère des valeurs initiales et prédéterminées, en général nulles :
Selon une possibilité, les nombres de séquences ou peuvent être normalisées par une quantité de référence. La quantité de référence peut par exemple être une quantité totale de séquences produites lors du séquençage, jusqu’à l’itération courante .
Etape 60 : Comparaisons à des seuils Au cours de cette étape, le nombre de séquences associées à chaque espèce d’intérêt SOI est comparé à un seuil du nombre de séquences , qui correspond au nombre minimum de reads associé à l’espèce d’intérêt SOI nécessaire pour arrêter le séquençage et débuter l’interprétation quantitative relative à la présence de l’espèce d’intérêt dans l’échantillon. Le seuil du nombre de séquences correspond à un seuil du nombre de séquences, ou seuil du nombre de reads, associés à l’espèce d’intérêt.
Le nombre de séquences associées à l’espèce de contrôle SPC est comparé à un seuil de contrôle qui correspond au nombre minimum de reads associé au SPC pour arrêter le séquençage quand le nombre de reads associé à chacun des SOI n’atteint pas le seuil du nombre de séquences S SOI .
Lorsque et : cf. étape 61 ; Lorsque et : cf. étape 62 ; Lorsque et : cf. étape 63 ; Lorsque et : cf. étape 64
La détermination du seuil du nombre de séquences et du seuil de contrôle sont décrits par la suite.
Etape 61 Au cours de cette étape, on ne peut rien conclure quant à la présence de l’espèce d’intérêt SOI dans l’échantillon. Une nouvelle itération des étapes 40 à 60 est nécessaire, sauf si un critère d’arrêt des itérations est atteint, tel que décrit en lien avec l’étape70
Etape 6 2 : Au cours de cette étape, il est possible de conclure à la présence de l’espèce d’intérêt SOI dans l’échantillon et de quantifier sa concentration, par exemple par l’expression :
et sont respectivement les longueurs de génome de l'espèce de contrôle et de l'espèce biologique d'intérêt. α est un facteur de correction déterminé de façon empirique, sur la base d'échantillons d'apprentissage dont la concentration en espèce biologique d'intérêt est connue. Le facteur de correction α permet de prendre en compte des différences d'efficacité du processus de séquençage de l'espèce biologique d'intérêt et de l'espèce de contrôle. Par défaut, on peut considérer α = 1. Cette valeur unitaire permet d'obtenir une quantification absolue suffisante pour déterminer la positivité ou la négativité d'un échantillon par rapport au seuil de décision.
Pour chaque image spectrale obtenue, une classification par partitionnement en k-moyennes a été mise en œuvre pour classer les spectres Raman de l’image, selon quatre catégories. Chaque image a ensuite été colorisée selon les catégories et les spectres provenant de glomérules ont été sélectionnés par délimitation manuelle du glomérule sur un écran affichant l’image colorisée.
Une analyse par composante principale a été mise en œuvre sur l’ensemble des spectres glomérulaires obtenus pour les différents échantillons, et un modèle d’analyse discriminante linéaire (LDA) entrainé pour classer chaque spectre en deux classes correspondant respectivement à la présence et l’absence de dépôts immuns de type organisé a été appliqué sur un ensemble des quatorze premières composantes obtenues pour chaque spectre.
Pour l’entrainement du modèle LDA, les données obtenues à partir de l’ensemble des biopsies ont été réparties en trois ensembles : un ensemble de calibration pour construire le modèle, un ensemble de validation interne pour son optimisation et un ensemble de validation externe pour son test. Un quart des échantillons ont été utilisés pour tester le modèle, et les trois quarts restants ont été répartis à raison de 70% pour la construction du modèle et 30% pour la validation interne.
L’analyse a été répétée quatre fois, en changeant à chaque fois les jeux de données pour la validation interne et externe.
A partir des 25 échantillons initiaux, un total de 15300 spectres a été retenu pour l’état de polarisation linéaire h-0 (dont 6416 de dépôts organisés et 8884 d’absence de dépôts organisés, incluant les dépôts non organisés et l’absence totale de dépôt), 14707 spectres pour l’état parallèle h-h (dont 6263 de dépôts organisés et 8444 d’absence de dépôts organisés) et 1076 pour l’état perpendiculaire h-v (dont 556 de dépôts organisés et 518 d’absence de dépôts organisés). Le fait de disposer d’un nombre inférieur de spectres pour l’état de polarisation perpendiculaire provient de la réduction de l’intensité du signal capté du fait de la polarisation perpendiculaire, et donc un nombre de spectres plus importants qui présentent un rapport signal sur bruit insuffisant.
En référence aux figures 5a à 5c, on a représenté les spectres Raman moyens qui ont été obtenus respectivement pour les spectres correspondant à la présence de dépôts organisés et ceux correspondant à l’absence de dépôts organisés, et pour chaque état de polarisation h-0 ( ), h-h ( ) et h-v ( ). Pour chaque spectre Raman, on a représenté le nombre d’ondes (cm -1 ) en abscisses et l’intensité (en unité arbitraire) en ordonnées. On a noté PDO les spectres correspondant à la présence de dépôts de type organisé et ADO les spectres correspondant à l’absence de dépôt organisé.
Pour une plus grande lisibilité, les spectres PDO ont été décalés en ordonnée par rapport aux spectres ADO.
On remarque des variations entres les groupes PDO et ADO aux niveaux de pics 749, 1100, 1200, 1300, 1400 et autour de 1580 correspondant à des vibrations attribuées à des protéines et à certains acides aminés tels que la tyrosine, la phénylalanine et le tryptophane.
La représentation de la concernant les deux premières composantes principales obtenues pour la polarisation perpendiculaire h-v a également été obtenue sur cette population de spectres.
Sur la , on a représenté les résultats moyens obtenus, pour chaque biopsie, à partir du classificateur LDA appliqués sur les spectres obtenus pour chaque biopsie selon la méthode décrite ci-avant, ces résultats ayant été calculés sur les ensembles de validations internes pour l’ensemble des quatre itérations de l’analyse réalisées. La partie gauche « A » de la figure représente les résultats obtenus pour h-0, la partie du milieu « B » pour h-h et la partie droite « C » pour h-v. A chaque fois la colonne de gauche représente la sensibilité et la colonne de droite représente la spécificité. Les valeurs sont très satisfaisantes avec un niveau de sensibilité moyen de 93.19% pour h-0, 96,16% pour h-h et 93,98% pour h-v et un niveau de spécificité moyen de 95,57% pour h-0, de 95,87% pour h-h et 94,48% pour h-v. La variation de sensibilité et de spécificité entre les quatre itérations de l’analyse a été inférieure à 2%.
Sur le tableau 1 ci-dessous, on a également représenté les performances de la méthode sur les ensembles de validation externe. Pour les quatre itérations de l’analyse, le pourcentage de détection correcte des dépôts organisés étant de 67 % ou 100 %, que l’on retrouve dans les différents états de polarisation. Dans le tableau, SE correspond à la sensibilité et SP correspond à la spécificité. Test 1 Test 2 Test 3 Test 4 PDO n=3 ADO n=3 PDO n=3 ADO n=4 PDO n=2 ADO n=4 PDO n=3 ADO n=3 SE SP SE SP SE SP SE SP h-0 67% 100% 67% 75% 100% 100% 67% 100% h-h 67% 100% 100% 75% 100% 100% 67% 100% h-v 100% 100% 67% 75% 100% 100% 100% 100%
Par ailleurs, dans le tableau 2 ci-dessous, on a représenté les résultats obtenus en combinant deux états de polarisation ; on constate que le fait de combiner au moins deux états de polarisation permet d’améliorer les performances de sensibilité et de spécificité. Test 1 Test 2 Test 3 Test 4 PDO n=3 ADO n=3 PDO n=3 ADO n=4 PDO n=2 ADO n=4 PDO n=3 ADO n=3 SE SP SE SP SE SP SE SP h-0 / h-h 67% 100% 100% 75% 100% 100% 67% 100% h-0 / h-v 100% 100% 67% 75% 100% 100% 100% 100% h-h / h-v 100% 100% 100% 75% 100% 100% 100% 100%
Dispositif de détection de molécules de siloxanes volatils La présente invention se rapporte au domaine de la détection des composés organiques volatils, et notamment à un dispositif de détection de molécules de siloxanes volatils. Selon un deuxième aspect, la présente invention concerne également un procédé de détection de siloxanes volatils mettant en œuvre ce dispositif de détection.
Les poly-siloxanes, ou silicones, constituent un groupe de polymères couramment utilisés, notamment dans la formulation de divers adhésifs, élastomères et plastiques. Ils sont constitués d'un squelette silicium-oxygène comportant un groupe radical de type alkyle ou phényle relié aux atomes de silicium.
Malgré leur excellente résistance thermique et chimique, dans certaines conditions les silicones subissent une dégradation, comme lors d’échauffement d'équipements à haute température, sous une exposition combinée aux rayonnements ionisants et au vide poussé. Le mécanisme de dégradation décompose le polymère en chaînes de plus petites tailles, conduisant à des sous-produits volatils linéaires (Lx) ou cycliques (Dx) tels que l'octaméthyltrisiloxane (L3) ou l'octaméthylcyclotétrasiloxane (D4), illustrés ci-dessous.
Ces sous-produits de dégradation posent un problème pour les instruments sensibles, l'environnement et la santé humaine. Leur adsorption sur les surfaces perturbe l'électronique et les équipements, tandis qu'un échauffement supplémentaire conduit à leur décomposition en dépôts de silice (SiO 2 ) mécaniquement abrasifs. En termes d'impact environnemental, les méthylsiloxanes volatils sont classés comme substances hautement préoccupantes par le règlement REACH de l'Union européenne en raison de leur nature persistante et bio-accumulative.
Comme déjà indiqué, l’invention concerne un dispositif optique configuré pour former de façon sécurisée une image holographique de haute qualité, pouvant éventuellement être authentifiée par un observateur ou une entité tierce. Pour ce faire, l’invention met en œuvre une technique de transfert de texturation pour transférer par lamination des macro-texturations depuis une couche texturée vers une couche holographique, cette dernière comprenant un (ou au moins un) réseau diffractif configuré pour former par effet holographique un arrangement de pixels dans une base de couleurs. Ce transfert de texturation est réalisé en déformant la couche holographique par lamination avec la couche texturée de sorte à ce que la couche holographique forme ou adopte en surface des macro-texturations qui modifient ses propriétés optiques de diffraction, ce qui conduit à une personnalisation de l’arrangement de pixels, et donc de l’effet visuel (ou apparence visuelle) produit par la couche holographique.
L’invention, selon ses différents modes de réalisation, met ainsi en œuvre un dispositif optique comprenant : une couche texturée comprenant une première surface présentant des premières macro-texturations; et un support comprenant en surface une couche holographique intercalée entre la couche texturée et le support, la couche holographique comprenant un (ou au moins un) réseau diffractif formant par effet holographique un arrangement de pixels dans une base d’au moins deux couleurs distinctes. La première surface de la couche texturée est assemblée par lamination avec le support de sorte que la couche holographique, disposée entre la couche texturée et le support, est déformée par les premières macro-texturations pour comprendre des deuxièmes macro-texturations conformes auxdites premières macro-texturations, l’apparence visuelle de l’arrangement de pixels étant personnalisée par les deuxièmes macro-texturations.
L’invention s’applique aussi bien à la formation d’images holographiques en couleurs que des images holographiques en noir et blanc, c’est-à-dire en niveaux de gris. Aussi, dans le présent document, la notion de couleur peut s’appliquer par extension aux niveaux de gris d’une image en noir et blanc.
Dans ce document, la notion de « macro-texturation » désigne des reliefs formés en surface d’un matériau (par exemple en polycarbonate pour un document d’identité) par un procédé de formation approprié permettant de déformer la surface de ce matériau (par exemple, au moyen d’une technique de déformation au laser CO 2 , par lamination…), les propriétés de forme et de résistance mécanique des reliefs ainsi obtenus permettant un transfert de reliefs par lamination (quantifiable et ajustable) vers une autre surface. Ainsi, comme décrit par la suite, un transfert de texturations (ou macro-texturations) est possible depuis une première surface comprenant des premières macro-texturations vers une deuxième surface, à savoir celle d’une couche optiquement active disposée en vis-à-vis de la première surface.
Comme expliqué ci-après, il est ainsi possible d’obtenir une image holographique personnalisée de haute qualité, en couleur ou en noir & blanc, qui est sécurisée car difficile à falsifier ou reproduire, et facile à authentifier, et donc robuste aux risques de fraudes falsification ou contrefaçon. Divers motifs de reliefs des premières macro-texturations peuvent être utilisés pour adapter les deuxièmes macro-texturations formées dans la couche holographique en fonction notamment de l’effet visuel et du niveau de complexité désiré.
L’invention concerne également un document sécurisé comprenant le dispositif optique de l’invention, ainsi qu’un procédé de fabrication d’un tel dispositif optique. D’autres aspects et avantages de la présente invention ressortiront des exemples de réalisation décrits ci-dessous en référence aux dessins mentionnés ci-avant.
Dans ce document, des exemples de mise en œuvre de l’invention sont décrits dans le cadre d’un dispositif optique apte à servir de dispositif de sécurité vis-à-vis d’un document ou autre support quelconque auquel il est associé (voir auquel il est intégré). L’invention ne se limite toutefois pas aux seuls exemples de réalisation décrits ci-après et peut s’appliquer plus généralement à la formation d’un dispositif optique configuré pour produire une image holographique personnalisée de haute qualité et sécurisée à partir d’une couche holographique déformée par lamination avec une couche texturée.
Les termes « premier(s) » (ou première(s)), « deuxième(s) », etc. sont utilisés dans ce document par convention arbitraire pour permettre d’identifier et de distinguer différents éléments (telles que des couches, macro-texturations, etc..) mis en œuvre dans les modes de réalisation décrits ci-après.
Les figures 1 et 2 représentent schématiquement la structure d’un dispositif optique 2 selon un mode de réalisation particulier de l’invention. Comme illustré en figures 1-2 , le dispositif optique 2 comprend une couche texturée 4, un support 6 et une couche holographique 8.
Comme décrit en détail ci-après, le dispositif optique 2 est fabriqué à partir d’une lamination de la couche texturée 4 avec le support 6 de sorte à ce que la couche holographique 8 soit intercalée entre la couche texturée 4 et le support 6. La représente les éléments intrinsèques constitutifs du dispositif optique 2 avant l’étape de lamination ainsi que l’image holographique intrinsèque IG1 formée intrinsèquement par la couche holographique 8 avant lamination. La représente le dispositif optique 2 formé suite à la lamination, ainsi qu’une image holographique personnalisée (ou image finale) IG1a produite par le dispositif optique 2 suite à la déformation par lamination de la couche holographique 6.
Plus particulièrement, la couche texturée 4 comprend une première surface 4a, à savoir la face supérieure dans cet exemple, cette première surface 4a présentant des premières macro-texturations notées 10. Ces premières macro-texturations 10 sont des reliefs, présents en surface de la couche texturée 4, dont les formes et dimensions peuvent être adaptées selon le cas. Comme décrit ci-avant après, ces premières macro-texturation 10 sont destinées à déformer par lamination la couche holographique 8 afin de créer dans cette dernière des deuxièmes macro-texturations 11 qui constituent une texturation conforme ou complémentaire aux premières macro-texturations 10. Les premières macro-texturations 10 de la couche texturée 4 peuvent former un motif particulier (motif en relief) destiné à être transféré sur la couche holographique 8 comme décrit ci-après.
Comme indiqué ci-après, les premières macro-texturations 10 présentent par exemple une hauteur comprise entre 1 µm et 100 µm. La configuration en nombre, taille, forme, etc. des premières macro-texturations 10 peut être adaptée par l’homme du métier en fonction de l’effet visuel recherché.
Selon un exemple particulier, les premières macro-texturations 10 sont uniformes ou régulières, par exemple des reliefs semi-cylindriques ou semi-sphériques, pouvant être arrangés de façon périodique, comme décrit ultérieurement.
Selon un exemple particulier, les premières macro-texturations 10 sont macro-texturations irrégulières ou aléatoires. Pour ce faire, la surface 4a de la couche texturée 4 est par exemple une surface non usinée ou n’ayant subi aucun traitement particulier afin de lui garantir un état de surface irrégulier ou rugueux
Les premières macro-texturations 10 peuvent être formées de diverses manières, par exemple au laser (au moyen d’un laser CO 2 ou autre) ou par une technique de moulage par thermo-compression (comme décrit ci-après en référence à la ). On peut ainsi former les premières macro-texturations 10 par reflux thermique au laser ou par ablation laser (ablation au moyens de pulses lasers ultra-courts).
L’industrie agroalimentaire doit donc faire face à plusieurs problématiques : la lutte contre le gaspillage alimentaire, la garantie de produits alimentaires sains et le développement de systèmes intelligents capables d’informer le distributeur ou le consommateur sur l’état de fraicheur d’un aliment emballé. Cette dernière a ainsi déjà développé des dispositifs, intégrés à l’emballage, permettant une certaine évaluation de la qualité de l’aliment. La plupart des systèmes développés reposent sur l’utilisation d’encres thermochromiques ou d’indicateurs colorés, comme les indicateurs de pH par exemple. Toutefois, il n’existe actuellement sur le marché aucune solution pour donner une information en temps réel au distributeur ou au consommateur sur l’état d’oxydation du produit alimentaire emballé.
L'invention a pour but de proposer un dispositif qui évite les inconvénients précités. Ce dispositif permet ainsi de suivre la qualité et donc la durée de conservation des produits emballés en temps réel, de façon dynamique. En effet, les Inventeurs ont mis en évidence que la cinétique de détection d’une cible par le dispositif de l’invention est très rapide, typiquement de moins de 5 minutes. Ce suivi peut se faire lorsque le dispositif n’est pas au contact direct avec le produit (détection en phase gazeuse), mais peut également se faire en cas de contact direct entre le dispositif et le produit (notamment détection en phase liquide). En outre, le dispositif selon l’invention est peu coûteux à fabriquer et peut être produit en grande série.
Ainsi, selon un premier aspect, l’invention concerne un polymère à empreinte(s) moléculaire(s) pour la détection d’au moins un composé choisi parmi les aldéhydes et les cétones, notamment produits lors de la dégradation d’un aliment ou d’une composition cosmétique ou présents dans un échantillon biologique ou issus de l’environnement, ledit polymère à empreinte(s) moléculaire(s) étant obtenu par polymérisation d’au moins un monomère A portant à la fois, outre le au moins un groupe permettant la polymérisation, (i) au moins une amine et (ii) au moins un groupe fluorophore ou chromophore, ou à partir d’au moins deux monomères A’ et B’, le monomère A’ portant, outre le au moins un groupe permettant la polymérisation, (i) au moins une amine, le monomère B’ portant, outre le au moins un groupe permettant la polymérisation, (ii) au moins un groupe fluorophore ou chromophore, avec au moins un agent réticulant, ou par polymérisation d’au moins un monomère A’ tel que défini ci-dessus, avec au moins un agent réticulant, en présence d’au moins un fluorophore ou chromophore et d’un tensioactif.