Procédé de détection d'une espèce biologique d'intérêt (SOI) potentiellement présente dans un échantillon d'analyse, l'espèce biologique d'intérêt présentant un génome connu ou partiellement connu, l'échantillon comportant un mélange de différentes espèces biologiques, le procédé comportant les étapes : a) ajout d’une espèce de contrôle (SPC) dans l’échantillon, l’espèce de contrôle présentant un génome connu, l’espèce de contrôle étant ajoutée selon une concentration (C SPC ) connue dans l’échantillon ; b) extraction des acides nucléiques de l’échantillon ; c) séquençage d’une partie des séquences d’acides nucléiques extraites lors de l’étape b) à l’aide d’un séquenceur à temps réel durant une durée prédéterminée ou jusqu’à l’obtention d’un nombre de séquençages prédéterminé ; d) suite à l’étape c), assignation de séquences ( ) résultant de l’étape c) à l’espèce d’intérêt ainsi qu’à l’espèce de contrôle ; e) mise à jour des quantités de séquences ( ) respectivement associées à l’espèce d’intérêt et à l’espèce de contrôle, de telle sorte que les quantités de séquences associées à l’espèce de contrôle et à l’espèce d’intérêt sont : lors d’une première itération de l’étape e), les quantités de séquences assignées à l’espèce de contrôle et à l’espèce d’intérêt lors de l’étape d) ajoutées à des quantités de séquences initiales ( ) ; lors de chaque réitération de l’étape e), les quantités de séquences ( ) assignées à l’espèce de contrôle et à l’espèce d’intérêt lors de l’étape d) ajoutées aux quantités de séquence ( ) associées à l’espèce de contrôle et à l’espèce d’intérêt résultant de l’itération précédente ; f)comparaison de la quantité de séquence associées à l’espèce d’intérêt ( ) mise à jour dans l’étape e) avec un seuil du nombre de séquences ( ) et/ou comparaison de la quantité de séquence associées à l’espèce de contrôle ( ) mise à jour dans l’étape e) avec un seuil de contrôle ( ) ; g) en fonction d’au moins une comparaison effectuée lors de l’étape f), détection de la présence de l’espèce biologique d’intérêt dans l’échantillon ou passage à l’étape h) ; h) réitération des étapes c) à g) jusqu’à l’atteinte d’un critère d’arrêt d’itérations. Procédé selon la revendication 1, dans lequel l’étape d) de chaque itération est effectuée durant une durée prédéterminée ou jusqu’au séquençage d’un nombre prédéterminé de séquences. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel : lors de l’étape f) d’une itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt (N SOI ) est supérieure au seuil du nombre de séquences ( ) ; lors de l’étape e) de l’itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle (N SPC ) est strictement supérieure à zéro ; l’étape g) comporte une estimation d’une concentration de l’espèce d’intérêt (C SOI ) en fonction : de la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) lors de la dernière mise à jour; de la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle ( ) lors de la dernière mise à jour ; de la concentration ajoutée de l’espèce de contrôle (C SPC ). Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel : lors de l’étape f) d’une itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) est supérieure au seuil du nombre de séquences ( ); lors de l’étape e) de l’itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle ( ) est nulle ; au cours de l’étape g), la concentration de l’espèce d’intérêt ( ) est considérée comme supérieure à la concentration de l’espèce de contrôle ( ). Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel : lors de l’étape f) d’une itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) est inférieure au seuil du nombre de séquences ( ); lors de l’étape f) de l’itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle ( ) est supérieure au seuil de contrôle ( ); au cours de l’étape g), si la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) est nulle, la concentration de l’espèce d’intérêt est considérée comme nulle. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel : lors de l’étape f) d’une itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) est inférieure au seuil du nombre de séquences ( ); lors de l’étape f) de l’itération, lorsque la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle ( ) est supérieure au seuil de contrôle ( ); au cours de l’étape g), si la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) est non nulle, l’étape g) comporte une estimation d’une concentration de l’espèce d’intérêt (C SOI ) en fonction : de la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ); de la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle ( ) ; de la concentration ajoutée de l’espèce de contrôle (C SPC ). Procédé selon la revendication 3 ou la revendication 6, dans lequel la concentration de l’espèce d’intérêt est estimée à partir d’un ratio : où : et sont respectivement les longueurs de génome de l’espèce de contrôle et de l’espèce d’intérêt ; et sont respectivement les quantités de séquences respectivement associées à l’espèce d’intérêt et à l’espèce de contrôle résultant la dernière mise à jour; est la concentration de l’espèce de contrôle ajoutée dans l’échantillon. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel suite à l’atteinte du critère d’arrêt des itérations, si la quantité de séquences associées à l’espèce d’intérêt ( ) est inférieure au seuil du nombre de séquences ( ) ; et si la quantité de séquences associées à l’espèce de contrôle ( ) est inférieure au seuil de contrôle ( ) ; le procédé génère une information selon laquelle ni la présence ni l’absence de l’espèce d’intérêt ne peuvent être confirmées. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, comportant une prise en compte d’un seuil de décision ( ) , le procédé visant à comparer une concentration de l’espèce d’intérêt au seuil de décision le procédé étant tel que lors de l’étape a), la concentration de l’espèce de contrôle, est comprise entre 0.01 fois et 100 fois le seuil de décision. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel dans l’étape h), le critère d’arrêt des itérations est atteint lorsque : la quantité de séquences ( ) associées à l’espèce d’intérêt dépasse le seuil du nombre de séquences ( ); et/ou la quantité de séquences ( ) associées à l’espèce de contrôle dépasse le seuil de contrôle ( ); et/ou la durée cumulée des étapes c) atteint une durée maximale prédéterminée ; et/ou le nombre de séquençages cumulés lors des étapes c) atteint un nombre maximal prédéterminé ; et/ou le nombre d’itérations atteint un nombre maximal d’itérations prédéterminé. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes dans lequel, suite à une détection d’une présence de l’espèce d’intérêt dans l’échantillon, le procédé comporte les étapes : i)séquençage d’une partie des séquences de nucléotides extraites lors de l’étape b) à l’aide du séquenceur temps réel durant une durée prédéterminée ou jusqu’à l’obtention d’un nombre de séquençages prédéterminé ; j) suite à l’étape i), assignation de séquences résultant de l’étape i) à l’espèce d’intérêt détectée; k) mise à jour des quantités de séquences associées à l’espèce d’intérêt ), de telle sorte que les quantités de séquences associées à l’espèce d’intérêt sont : lors d’une première itération de l’étape k), la quantité de séquences assignées à l’espèce d’intérêt détectée lors de l’étape j) ajoutées à la quantité de séquences ( ) résultant de la dernière itération des étapes c) à g) ; lors de chaque réitération de l’étape k), la quantité de séquences assignées à l’espèce d’intérêt lors de l’étape j) ajoutées à la quantité de séquences résultant de l’itération précédente de l’étape k) ; l) réitération des étapes i) à k) jusqu’à l’atteinte d’un critère d’arrêt d’itérations. Procédé selon la revendication 11, dans lequel les étapes i) à k) sont réitérées jusqu’à l’atteinte d’un nombre d’itérations prédéterminé. Procédé selon la revendication 12, dans lequel : au cours de chaque itération des étapes i) à k), suite à l’étape k), le procédé comporte une détermination d’une profondeur de séquençage de l’espèce biologique d’intérêt, la profondeur de séquençage correspondant à un ratio entre la longueur cumulée des séquences associées à l’espèce et la longueur du génome de l’espèce ; les étapes i) à k) sont réitérées jusqu’à l’atteinte d’une profondeur de séquençage prédéterminée. Procédé selon l’une quelconque des revendications 11 à 13 comportant, suite à l’arrêt des itérations des étapes i) à k), une détection d’une séquence type du génome de l’espèce d’intérêt, la séquence type comportant un marqueur d’antibiorésistance ou un marqueur de virulence de l’espèce d’intérêt. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le séquenceur est configurer pour effectuer des séquençages successifs de différentes séquences d’acides nucléiques, les unes après les autres, le séquençage de chaque séquence étant considéré comme effectué en temps réel. Dispositif (1) d’analyse métagénomique d’un échantillon, comportant : une chambre fluidique (2), destinée à recevoir l’échantillon ; un séquenceur (3) configuré pour effectuer un séquençage temps réel de l’échantillon ; une unité de traitement (4), comportant un module de bio-informatique (4.1), programmé pour assigner des séquences résultant du séquenceur à une espèce, et un module de pilotage (4.2), programmé pour mettre en œuvre les étapes c) à h) d’un procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes. Support d’enregistrement, lisible par ordinateur ou téléchargeable, comportant des instructions pour la mise en œuvre des étapes c) à h) d’un procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 15.