Procédé d’indexation (100) des motifs atomiques d’une structure cristalline, caractérisé en ce que le procédé comprend les étapes : - d’acquisition (104) d’une image (10) de la structure cristalline, ladite image représentant une pluralité de motifs atomiques ; - de traitement (108) de l’image acquise pour obtenir un ensemble de points, chaque point (P n ) de l’ensemble de points étant associé à un motif atomique de l’image acquise et chaque point de l’ensemble de points étant localisé dans un repère de référence ; - d’application (110) d’un algorithme de triangulation à l’ensemble de points pour obtenir un maillage triangulaire, chaque sommet d’un triangle (T n ) du maillage triangulaire étant un point de l’ensemble de points, un point particulier de l’ensemble de points étant connecté à un point dit voisin dudit point particulier par un côté d’un triangle ; - de détermination des vecteurs directeurs ( de la structure cristalline à partir des propriétés des triangles du maillage triangulaire, un vecteur directeur définissant une direction principale de la structure cristalline, un indice étant associé à chaque direction principale ; et, - d’indexation (140) de chaque point de l’ensemble de points, par itérations successives à partir d’un point sélectionné comme point origine (P 0 ) et dont les indices selon chacune des directions principales sont nuls, en sélectionnant un point indexé à l’itération précédente comme point central (P c ), en vérifiant si un point voisin (P k ) dudit point central correspond à une translation du point central selon un vecteur de translation égal à l’un des vecteurs directeurs, respectivement à l’un de leurs opposés, et, dans l’affirmative, incrémenter, respectivement décrémenter, l’indice du point central selon la direction principale associée au vecteur de translation pour indexer ledit point voisin à partir des indices du point central. Procédé selon la revendication 1, dans lequel l’algorithme de triangulation est un algorithme de triangulation de Delaunay. Procédé selon la revendication 1 ou la revendication 2, dans lequel l’étape de détermination des vecteurs directeurs de la structure cristalline à partir des propriétés des triangles du maillage triangulaire comporte l’application d’un traitement statistique sur les angles et les longueurs des triangles du maillage triangulaire. Procédé selon la revendication 3, dans lequel le traitement statistique comporte une estimation des angles des vecteurs directeurs à partir d’un histogramme des angles de chaque côté des triangles du maillage triangulaire, puis une estimation de la longueur de chaque vecteur directeur à partir d’un histogramme des longueurs de chaque côté des triangles du maillage triangulaire dont les angles sont proches de l’angle estimé pour le vecteur directeur considéré. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, comportant en outre une étape (130) d’application, sur l’ensemble de points, d’une transformation géométrique permettant de passer d’un repère défini par les vecteurs directeurs de la structure cristalline à un repère défini par des vecteurs orthonormés , afin d’obtenir un ensemble de points transformés. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel un point d’un ensemble de points est caractérisé par un identifiant unique, une pluralité de coordonnées spatiales, et, à l’issue de la mise en œuvre du procédé d’indexation, une pluralité d’indices. Procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel tous les points de l’ensemble de points appartiennent à un même plan (XY), la structure cristalline possédant deux directions principales, c’est-à-dire deux vecteurs directeurs. Procédé d’indexation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’étape consistant à traiter l’image acquise s’effectue par application d’un traitement de correspondance de modèle permettant d’obtenir une valeur de corrélation entre l’image acquise (10) et une vignette (12) représentative d’un motif atomique pour différentes positions relatives de la vignette sur l’image acquise, chaque maximum local de la valeur de corrélation correspondant à un point de l’ensemble de points. Procédé d’indexation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l’acquisition de l’image (10) s’effectue par microscopie électronique par transmission (HAADF, STEM, EDS, EDX, EELS) ou par microscopie à effet tunnel (STM). Produit programme d’ordinateur comportant des instructions logicielles qui, lorsqu’elles sont exécutées par un ordinateur, mettent en œuvre un procédé d’indexation selon l’une quelconque des revendications précédentes.