INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
En présence d’un calage interne 100, 120, on pourra avantageusement prévoir que les moyens d’ancrage assurent une liaison entre l’insert témoin d’utilisation 70 et le calage interne 100, 120 pour assurer l’ancrage de l’insert témoin d’utilisation 70 dans l’étui d’emballage 20. En effet, en ancrant l’insert témoin d’utilisation 70 sur une structure interne à l’intérieur de l’espace intérieur délimité par l’enveloppe 22 de l’étui d’emballage 20, on peut réaliser un montage plus simple de l’insert témoin d’utilisation 70, n’impactant pas l’enveloppe 22. Dans l’exemple comportant un calage interne inférieur 100 et un calage interne supérieur 120, ce dernier étant agencé au-dessus du calage interne inférieur 100, on prévoit avantageusement que les moyens d’ancrage assurent une liaison entre l’insert témoin d’utilisation 70 et le calage interne supérieur 120 pour assurer l’ancrage de l’insert témoin d’utilisation 70 dans l’étui d’emballage 20. On comprend que l’insert témoin d’utilisation 70 est agencé au-dessus du calage interne supérieur 120 dans l’étui d’emballage 20.
Dans l’exemple les moyens d’ancrage comportent au moins une patte d’ancrage 140, solidaire de l’un parmi l’insert témoin d’utilisation 70 et le calage interne (dans l’exemple le calage interne supérieur 120), et une fente d’ancrage 142 aménagée dans l’autre parmi l’insert témoin d’utilisation 70 et le calage interne 120. La patte d’ancrage 140 comporte une forme d’ancrage permettant l’insertion de la patte d’ancrage 140 dans la fente d’ancrage 142 et s’opposant au retrait de la patte d’ancrage par rapport à la fente d’ancrage 142.
Le terme " fragment fonctionnel d'anticorps", tel qu'il est utilisé ici, désigne une ou plusieurs partie(s) ou fragment(s) d'un anticorps, conservant la capacité de se lier spécifiquement à un antigène. Des exemples de fragments de liaison englobés dans le terme "fragment fonctionnels d'anticorps" comprennent, sans s'y limiter, un fragment de liaison à l'antigène (Fab), un fragment Fab', un fragment F(ab')2, un fragment variable (Fv), un fragment variable à chaîne unique (scFv pour « single chain variable fragment »), correspondant aux régions VH et VL fusionnées à l’aide d’un peptide de liaison), un fragment dsFv (« disulfide-bond stabilised Fv »), un fragment ds-scFv (« disulfide-bond stabilised scFv »), un domaine VH, un domaine VL, un di-scFv (scFv divalent, constitué de l’association de deux scFv), un « diabody » (constitué de l’association covalente ou non de deux scFv), un « diabody » à chaine unique, un triple corps, un minicorps (« minibody », constitué des fragments VL-VH-CH3), un nanocorps (« nanobody »), un anticorps à domaine unique (sdAb), un fragment d'anticorps à chaîne unique (scAb), un anticorps à chaîne lourde (HcAb), un VHH, un VNAR (variable new antigen receptor), un récepteur de nouvel antigène d'immunoglobuline (IgNAR), un engageur de cellules T bispécifique (BITEs), une molécule de reciblage à double affinité (DART), et toute combinaison de ceux-ci (par ex. une protéine de fusion de ceux-ci).
Le terme " anticorps à domaine unique ", ou « sdAb », tel qu'il est utilisé ici, désigne les fragments d'anticorps constitués d'un seul domaine variable monomère d'un anticorps. Ces anticorps ne comprennent que les régions variables monomériques de la chaîne lourde des anticorps à chaîne lourde produits notamment par les camélidés ou les poissons cartilagineux. En raison de leurs origines différentes, ils sont également appelés fragments VHH (camélidés) ou VNAR (variable new antigen receptor ; poissons cartilagineux). Les anticorps à domaine unique sont également appelés nanocorps (nanobody en anglais). Les anticorps à domaine unique peuvent également être obtenus par monomérisation des domaines variables d'anticorps conventionnels de souris ou d'humains par le biais du génie génétique. Ils présentent une masse moléculaire d'environ 12-15 kDa et sont donc les plus petits fragments d'anticorps capables de reconnaître un antigène.
Par « agent de liaison humanisé » ou « K d » ou « Kd » on entend un agent de liaison dont la séquence a été modifiée afin d’optimiser sa fonction chez un humain. Pour ce faire, la séquence de l’agent de liaison humanisée peut être modifiée afin d’être plus proche des séquences de agents de liaison trouvés chez l’humain. Les agents de liaisons humanisés présentent donc une proportion plus importante (i.e. supérieure à celle de l’agent de liaison avant humanisation) de matières/substances d’origine humaine (i.e. trouvées de manière naturelle chez l’humain), en particulier une proportion plus importante de séquences, notamment de séquences d’acides nucléiques et/ou d’acides aminés, d’origine humaine (i.e., trouvées de manière naturelle chez l’humain). Les agents de liaison humanisés présentent de préférence au moins 80% de matières/substances (en particulier de séquences, notamment de séquences d’acides nucléiques et/ou d’acides aminés) d’origine humaine. De préférence, l’agent de liaison humanisé comprend au moins une séquence (notamment une séquence d’acides nucléiques et/ou d’acides aminés de l’agent de liaison) comprenant au moins 80% de séquences (notamment de séquences d’acides nucléiques et/ou d’acides aminés) d’origine humaine, de préférence au moins 85% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 86% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 87% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 88% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 89% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 90% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 91% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 92% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 93% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 94% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 95% de séquences d’origine humaine, de préférence ayant au moins 96% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 97% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 98% de séquences d’origine humaine, de préférence au moins 99% de séquences d’origine humaine, de préférence encore 100% de séquences d’origine humaine (i.e., de séquences trouvées de manière naturelle chez l’humain).
Dans le cas où l’agent de liaison est un anticorps ou un fragment fonctionnel d'anticorps (tel qu’un anticorps à domaine unique), l’anticorps humanisé ou le fragment fonctionnel d'anticorps humanisé comprend au moins une séquence d’acides aminés comprenant au moins 80% (de préférence au moins 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou 100%) de séquences d’acides aminés d’origine humaine (i.e., de séquences d’acides aminés trouvées de manière naturelle chez l’humain).
Différentes techniques sont connues de la personne du métier pour humaniser un agent de liaison. Par exemple, dans le cas où l’agent de liaison est un anticorps ou un fragment fonctionnel d'anticorps (tel qu’un anticorps à domaine unique), l’anticorps humanisé ou le fragment fonctionnel d'anticorps humanisé peut être obtenu en greffant/insérant les CDR d’intérêt dans la charpente d’un domaine variable d’un anticorps humain ou d’un fragment fonctionnel d’anticorps humain (cette technique est dite humanisation par « CDR-grafting »). L’anticorps humanisé ou le fragment fonctionnel d'anticorps humanisé peut également être obtenu en effectuant dans leurs séquences, des substitutions d’acides aminés spécifiques afin d’obtenir une séquence plus proche d’une séquence d’origine humaine. Quelle que soit la technique sélectionnée pour humaniser l’anticorps ou le fragment fonctionnel, on peut avantageusement utiliser la séquence germinale d’un anticorps humain ou d’un fragment fonctionnel d’anticorps humain (i.e. la séquence dépourvue de mutations liée à la maturation de l'anticorps) codée par le gène humain le plus proche de la séquence de l’anticorps non-humain ou du fragment fonctionnel d’anticorps non-humain à humaniser (i.e. dont les CDR sont issus). La séquence germinale la plus proche peut notamment être identifiée en réalisant des alignements de séquences en utilisant les bases de données de séquences et les outils connus de la personne du métier (cette technique est dite technique du « best-fit »).
Par « constante de dissociation à l’équilibre » ou « K d » ou « Kd » on entend la constante qui permet d'évaluer l’affinité entre deux molécules (par exemple entre un anticorps et le domaine RBD de la protéine Spike ou un sarbecovirus). Cette affinité repose sur la nature, la géométrie et le nombre des interactions physicochimiques entre les deux molécules (interaction électrostatique, liaisons hydrogène, interaction de van der Waals et forces hydrophobes). Plus la valeur Kd est basse, plus l'affinité de liaison entre les deux molécules est élevée. Le Kd s'exprime en M (mol / l), souvent en nM ou pM.
Il existe plusieurs techniques permettant de déterminer/mesurer les constantes de dissociation, qui sont bien connues de l’homme du métier, telles qu'ELISA, les essais de retard sur gel, la filtration, la chromatographie, la thermophorèse, les essais « pull-down », la dialyse à l'équilibre, l'ultracentrifugation analytique, la résonance plasmonique de surface (RPS, ou SPR en anglais), les essais spectroscopiques, le titrage calorimétrique isotherme (ITC), la filtration sur membrane de nitrocellulose, l’interférométrie (par exemple l’interférométrie BioLayer), etc. La méthode pour déterminer/mesurer les constantes de dissociation est de préférence l’interférométrie. La constante de dissociation à l’équilibre peut notamment être déterminée, dans des conditions standards, à l'aide des représentations de Scatchard et de Lineweaver Burk, ou encore à l’aide des modèles de liaison de Langmuir (tel que le modèle de Langmuir global), bien connus de l’homme du métier.
Par « polypeptide », “ protéine ” et “ peptide ”, on entend des polymères de résidus d'acides aminés qui comprennent au moins neuf acides aminés liés par des liaisons peptidiques. Le polymère peut être linéaire, ramifié ou cyclique. Le polymère peut comprendre des acides aminés naturels et/ou analogues d’acides aminés et il peut être interrompu par des résidus non-acides aminés. Comme indication générale et sans y être cependant lié dans le présent document, si le polymère d'acides aminés contient plus de 50 résidus d'acides aminés, il est de préférence appelé un polypeptide ou une protéine, alors que si le polymère est constitué de 50 acides aminés ou moins, il est de préférence appelé "peptide". Les sens de lecture et d’écriture d’une séquence d’acides aminés d’un polypeptide, d’une protéine et d’un peptide tel qu’utilisés ici sont les sens de lecture et d’écriture conventionnels. La convention de lecture et d'écriture pour des séquences d’acides aminés d’un polypeptide, d’une protéine et d’un peptide place la terminaison amine à gauche, la séquence étant alors écrite et lue de la terminaison amine (N-terminus) à la terminaison carboxyle (C-terminus), de gauche à droite.
Les acides aminés constituant les polypeptides, protéines et peptides, comprennent notamment les acides aminés dits « standards » (également appelés « acides aminés naturels », dont le tableau 1 ci-dessous fournit une liste non exhaustive), ainsi que les acides aminés non standards (également appelés « acides aminés rares », comprenant par exemple la pyrrolysine (symbolisée par la lettre O), la sélénocystéine (symbolisée par la lettre U), l’alloisoleucine, l’allothréonine, l’ornithine, etc.)
Tableau 1 : Acides aminés standards
Nom 3 lettres 1 lettre alanine Ala A arginine Arg R asparagine Asn N aspartate ou acide aspartique Asp D cystéine Cys C glutamate ou acide glutamique Glu E glutamine Gln Q glycine Gly G histidine His H isoleucine Ile I leucine Leu L lysine Lys K méthionine Met M phénylalanine Phe F proline Pro P sérine Ser S thréonine Thr T tryptophane Trp W tyrosine Tyr Y valine Val V
Les termes " polynucléotide ", " molécule d'acide nucléique " et " acide nucléique " sont utilisés de manière interchangeable dans le présent document et désignent une macromolécule polymère ou oligomère constituée de monomères nucléotidiques (de préférence d'au moins 5 monomères nucléotidiques, également appelés résidus nucléotidiques). Les monomères nucléotidiques sont composés d'une nucléobase, d'un sucre à cinq carbones (tel que, mais sans s'y limiter, le ribose ou le 2'-désoxyribose), et d’un à trois groupes phosphates. Typiquement, un polynucléotide est formé par des liaisons phosphodiester entre les monomères nucléotidiques individuels. Les molécules d'acide nucléique comprennent, sans s'y limiter, l'acide ribonucléique (ARN), l'acide désoxyribonucléique (ADN) et leurs mélanges, comme par exemple les hybrides ARN-ADN (polyribo-polydésoxyribonucléotides mixtes). Ces termes englobent les versions simples ou double brin, linéaires ou circulaires, naturelles ou synthétiques, non modifiées ou modifiées de celles-ci (par exemple, polynucléotides génétiquement modifiés ; polynucléotides optimisés), polynucléotides sens ou antisens, mélange chimérique (par exemple, hybrides ARN-ADN). En outre, un polynucléotide peut comprendre des nucléotides d'origine non naturelle et peut être interrompu par des composants non nucléotidiques. Les exemples d'acides nucléiques d'ADN comprennent, sans limitation, l'ADN complémentaire (ADNc), l'ADN génomique, l'ADN plasmidique, le vecteur d'ADN, l'ADN viral (par exemple, les génomes viraux, les vecteurs viraux), les oligonucléotides, les sondes, les amorces, l'ADN satellite, l'ADN microsatellite, l'ADN codant, l'ADN non codant, l'ADN antisens, et tout mélange de ceux-ci. Les acides nucléiques ARN exemplaires comprennent, sans limitation, l'ARN messager (ARNm), l'ARN messager précurseur (pré-ARNm), le petit ARN interférent (ARNsi), l'ARN en épingle à cheveux courte (ARNc), microARN (miARN), vecteur ARN, ARN viral, ARN guide (gRNA), ARN antisens, ARN codant, ARN non codant, ARN antisens, ARN satellite, petit ARN cytoplasmique, petit ARN nucléaire, etc. Les polynucléotides décrits ici peuvent être synthétisés par des méthodes standard connues dans l'art, par exemple en utilisant un synthétiseur d'ADN automatisé (tel que ceux qui sont disponibles commercialement auprès de Biosearch, Applied Biosystems, etc.) ou obtenus à partir d'une source naturelle (par exemple un génome, un ADNc, etc.) ou d'une source artificielle (telle qu'une bibliothèque disponible commercialement, un plasmide, etc.) en utilisant des techniques de biologie moléculaire bien connues dans l'art (par exemple le clonage, la PCR, etc.). Les acides nucléiques peuvent par exemple être synthétisés chimiquement, par exemple selon la méthode du phosphotriester (voir, par exemple, Uhlmann, E. & Peyman, A. (1990) Chemical Reviews, 90, 543-584).
Par « molécule isolée », on entend une molécule, notamment une protéine, un polypeptide, un peptide, une molécule d’acides nucléiques, un vecteur (par exemple un vecteur plasmidique ou un vecteur viral) ou une cellule hôte, qui est extrait de son environnement naturel (c'est-à-dire séparé d'au moins un autre composant auquel il est naturellement associé).
Par « vecteur », on entend un véhicule, de préférence une molécule d'acide nucléique ou une particule virale, qui contient les éléments nécessaires pour permettre l'administration, la propagation et/ou l'expression d'une ou plusieurs molécule(s) d'acides nucléiques dans une cellule hôte ou un organisme.
D’un point de vue fonctionnel, ce terme englobe des vecteurs pour la maintenance (vecteurs de clonage), des vecteurs pour l'expression dans diverses cellules ou organismes hôtes (vecteurs d'expression), des vecteurs extrachromosomiques (par exemple des plasmides multicopie) ou des vecteurs d'intégration (par exemple conçus pour s'intégrer dans le génome d’une cellule hôte et produire des copies supplémentaires de la molécule d'acides nucléiques qu’il contient lorsque la cellule hôte se réplique). Ce terme englobe également des vecteurs navettes (par exemple, fonctionnant à la fois dans des hôtes procaryotes et/ou eucaryotes) et des vecteurs de transfert (par exemple pour le transfert de molécule(s) d'acides nucléiques dans le génome d’une cellule hôte).
D’un point de vue structurel, les vecteurs peuvent être des sources génétiques naturelles, synthétiques ou artificielles, ou une combinaison d'éléments génétiques naturels et artificiels.
La présente invention concerne également une composition ou un kit comprenant, ou consistant essentiellement en, au moins une molécule d’acides nucléiques selon l’invention (telle que définie ci-dessus).
La présente invention concerne également une composition ou un kit comprenant, ou consistant essentiellement en, au moins un vecteur selon l’invention (tel que défini ci-dessus).
La présente invention concerne également une composition ou un kit comprenant, ou consistant essentiellement en, au moins une cellule hôte selon l’invention (tel que définie ci-dessus).
La présente invention concerne également une composition ou un kit comprenant, ou consistant essentiellement en :
au moins un agent de liaison (tel qu’un anticorps ou un fragment fonctionnel d’anticorps, notamment un anticorps à domaine unique) tel que défini ci-dessus, ou au moins une molécule d’acides nucléiques telle que définie ci-dessus, ou au moins un vecteur tel que défini ci-dessus, ou au moins une cellule hôte telle que définie ci-dessus, ou une combinaison quelconque de ceux-ci.
Avantageusement, la composition ou le kit comprend, ou consiste essentiellement en, une combinaison choisie parmi :
une combinaison d’au moins deux agents de liaison (tel qu’un anticorps ou un fragment fonctionnel d’anticorps, notamment un anticorps à domaine unique) distincts, tels que définis ci-dessus ; une combinaison d’au moins deux molécule d’acides nucléiques distinctes, telle que définie ci-dessus (i.e., chacune codant un anticorps à domaine unique distinct) ; une combinaison d’au moins deux vecteurs distincts, tels que définis ci-dessus, ou une combinaison d’au moins deux cellules hôtes distinctes, telle que définie ci-dessus, ou une combinaison quelconque de celles-ci.
La composition est de préférence une composition pharmaceutique. Elle peut donc comprendre un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
Selon un mode de réalisation, la composition pharmaceutique est présentée sous une forme propre à une administration par injection, ou sous une forme propre à une administration à l’aide d’un système thérapeutique transdermique adhésif (par exemple sous une forme de patch), ou sous une forme propre à une administration par pulvérisation ou par vaporisation (par exemple sous une forme de pulvérisateur, de vaporisateur, de spray, etc.), ou sous une forme propre à une administration topique (par exemple sous une forme de crème, gel, lait, sérum, etc.), etc.
Avantageusement, le kit est un kit choisi parmi :
un kit pour traiter au moins une maladie liée à au moins un sarbecovirus chez un sujet, la maladie étant de préférence choisie parmi les infections par un sarbecovirus ; un kit pour détecter (de préférence in vitro ) la présence ou l’absence d’au moins un sarbecovirus dans un échantillon ; un kit pour déterminer (de préférence in vitro ) la quantité d’au moins un sarbecovirus dans un échantillon ; un kit pour cribler (de préférence in vitro ) des composés/molécules capables de détecter et/ou reconnaitre au moins un sarbecovirus, de préférence pour cribler des composés/molécules capables de neutraliser au moins un sarbecovirus ; un kit pour le diagnostic (de préférence in vitro ) d’une maladie liée aux sarbecovirus chez un sujet susceptible de souffrir d’une maladie liée aux sarbecovirus, la maladie étant de préférence choisie parmi les infections par un sarbecovirus ; un kit pour le pronostic et/ou le suivi et/ou la stratification (de préférence in vitro ) d’un sujet souffrant d’une maladie liée aux sarbecovirus, la maladie étant de préférence choisie parmi les infections par un sarbecovirus ; un kit pour l’évaluation de l’efficacité d’un traitement (notamment un traitement curatif et/ou préventif) administré à un sujet souffrant d’une maladie liée aux sarbecovirus ou susceptible de contracter une maladie liée aux sarbecovirus, la maladie étant de préférence choisie parmi les infections par un sarbecovirus ; et une combinaison quelconque de ceux-ci.
Avantageusement, le kit comprend en outre des moyens adaptés pour la détection de la présence ou de l’absence d’au moins un sarbecovirus dans un échantillon.
La détection ou la quantification des sarbecovirus peut être réalisée par toute technique connue de l’homme du métier. De telles techniques comprennent notamment toute technique de détection et/ou quantification de protéines (pour détecter le virus au niveau protéique, en détectant et/ou quantifiant de protéines virales), telles que la cytométrie de flux (en particulier tri cellulaire activé par fluorescence (FACS)), western blot, dosage immunoenzymatique, LFA (lateral flow assay), ELISA, ELISPOT, puces à anticorps, immunoprécipitation, immunohistologie, coloration de la membrane cellulaire par biotinylation ou autres techniques équivalentes suivie d'une immunoprécipitation avec des anticorps spécifiques, dot blot, puce (« microarray ») de protéines, microarray de tissus, microarray d'anticorps, microarray d'acides nucléiques, immunohistochimie. D'autres techniques appropriées comprennent le FRET ou le BRET, des méthodes de microscopie ou d'histochimie de cellules uniques utilisant une ou plusieurs longueurs d'onde d'excitation et appliquant l'une quelconque des méthodes optiques adaptées, des méthodes électrochimiques (techniques de voltamétrie et d'ampérométrie), la microscopie à force atomique, des méthodes de radiofréquence (par ex. spectroscopie à résonance multipolaire), microscopie confocale et non-confocale, détection de la fluorescence, de la luminescence, de la chimiluminescence, de l'absorbance, de la réflectance, de la transmittance et de la biréfringence ou de l'indice de réfraction, ELISA cellulaire, radioisotopique, imagerie par résonance magnétique, analyse par électrophorèse sur gel de polyacrylamide (SDS-PAGE), HPLC, spectroscopie de masse, spectrométrie, chromatographie couplée à (par exemple, chromatographie liquide/spectrométrie de masse/spectrométrie de masse (LC-MS/MS)).
La quantité de sarbecovirus peut être mesurée, par exemple, au niveau nucléique, en mesurant la quantité d'ADN de sarbecovirus et/ou de transcrits de sarbecovirus (ARNm ou ARN régulateur) et/ou d'ADNc de de sarbecovirus. Dans ce cas, toute technologie habituellement utilisée par l'homme du métier peut être mise en œuvre. Ces technologies comprennent des méthodes bien connues telles que la PCR (réaction en chaîne par polymérase, si elle part de l'ADN), la RT-PCR (transcription inverse-PCR, si elle part de l'ARN), la RT-PCR quantitative (RT-qPCR), les capteurs à base d'acide nucléique, les microréseaux d'acide nucléique (y compris les puces à ADN et les puces à oligonucléotides), l'analyse du transcriptome, l'analyse ARN-seq (y compris 3'RNASeq, 5'RNA-seq, 3'scRNA-Seq, 5'scRNA-Seq). Il est également possible d'utiliser l'hybridation avec une sonde d'acide nucléique marquée, comme le Northern blot (pour l'ARNm) ou le Southern blot (pour l'ADNc) ou l'hybridation in situ par fluorescence (FISH), mais aussi par des techniques telles que la méthode d'analyse de l'expression génétique en série (SAGE) et ses dérivés, comme LongSAGE, SuperSAGE, DeepSAGE, etc. Il est également possible d'utiliser des puces tissulaires (également appelées TMA : "tissue microarrays"). Les tests généralement utilisés avec les puces tissulaires sont l'immunohistochimie et l'hybridation fluorescente in situ . Pour l'analyse des ARNm, les puces tissulaires peuvent être couplées à l'hybridation in situ fluorescente. Enfin, il est possible d'utiliser le séquençage massif en parallèle pour déterminer la quantité d'ARNm dans l'échantillon (RNA-Seq ou "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing").