Selon un mode de réalisation alternatif ou en combinaison avec les modes de réalisation décrits ci-dessus, la méthode comprend en outre une étape b’) réalisée entre l’étape b) et l’étape c), de détection de la présence ou l’absence (et/ou la quantification) d’au moins un sarbecovirus dans un ou plusieurs échantillon(s) biologique(s) de sujet(s) de référence. Le(s) sujet(s) de référence comprend(comprennent) de préférence au moins un sujet souffrant d’une maladie liée aux sarbecovirus à un pronostic/stade/niveau de stratification connu (de préférence au moins un sujet de référence souffrant d’une maladie liée aux sarbecovirus à un pronostic/stade/niveau de stratification connu, la maladie liée aux sarbecovirus étant la même pour le sujet de référence et pour le sujet testé/pronostiqué) et/ou au moins un sujet de référence sain. Comme échantillon d’un sujet de référence souffrant d’une maladie liée aux sarbecovirus, on pourra notamment utiliser un échantillon d’un sujet souffrant d’une infection par un sarbecovirus, le sarbecovirus étant de préférence choisi parmi le virus SARS-CoV1 d’origine, les variants du virus SARS-CoV1 d’origine, le virus SARS-CoV2 d’origine, et les variants du virus SARS-CoV2 d’origine (notamment tels que listés dans la section définition ci-dessus). Plusieurs échantillons de sujets de référence souffrant de différentes infections par un sarbecovirus peuvent être utilisés à l’étape b’). Préférentiellement, plusieurs échantillons de sujets de référence souffrant de la même maladie liée aux sarbecovirus mais à des pronostics/stades/niveaux de stratification différents connus peuvent être utilisés à l’étape b’). Selon ce mode de réalisation, la méthode peut en outre comprendre une étape b’’) réalisée entre l’étape b’) et l’étape c), de comparaison des sarbecovirus détectés (notamment des quantités de sarbecovirus détectées), pour les étapes b) et b’). Dans ce cas, l’étape c) comprend le pronostic, le suivi, la stratification, ou toute combinaison de ceux-ci, ou l’évaluation de l’efficacité d’un traitement, de la maladie liée aux sarbecovirus chez le sujet, en fonction de la comparaison de l’étape b’’). Le sujet aura un pronostic comparable, et/ou sera stratifié comme étant à un stade/niveau de stratification comparable, à celui d’un sujet de référence souffrant de la même maladie liée aux sarbecovirus à un pronostic/stade/niveau de stratification connu, si la comparaison de l’étape b’’) montre que le résultat de l’étape b) est comparable à celui obtenu à l’étape b’) pour un échantillon de référence du sujet de référence (selon les différents échantillons de référence, un pronostic, un suivi, une stratification, et/ou une évaluation plus précis(e) parmi les différents stades peut potentiellement être fait sur le même principe). Le sujet aura un pronostic plus négatif, et/ou sera stratifié comme étant à un stade/niveau de stratification plus avancé (plus grave), qu’un sujet de référence souffrant de la même maladie liée aux sarbecovirus à un pronostic/stade/niveau de stratification connu ou d’un sujet de référence sain, si le résultat de l’étape b) montre une détection plus importante de sarbecovirus ou une quantité de sarbecovirus plus élevée, que celui obtenu à l’étape b’) pour un échantillon de référence du sujet de référence ou du sujet de référence sain. A l’inverse, le sujet aura un meilleur pronostic, et/ou sera stratifié comme étant à un stade/niveau de stratification moins avancé (moins grave), qu’un sujet de référence souffrant de la même maladie liée aux sarbecovirus à un pronostic/stade/niveau de stratification connu, si le résultat de l’étape b) montre une détection moins importante de sarbecovirus, ou une quantité de sarbecovirus moins élevée, que celui obtenu à l’étape b’) pour un échantillon de référence du sujet de référence.