INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
Le VHH-72 a été obtenu par immunisation d’un lama avec les protéines S de SARS-CoV-1 et MERS-CoV suivi d’un criblage des VHH spécifiques par une approche de phage display. Le VHH-72 montre une bonne affinité pour la protéine RBD de SARS-CoV-1 (1,15 nM), une absence de reconnaissance de RBD MERS-CoV mais une affinité modeste pour RBD SARS-CoV-2 (39-63 nM), caractérisée par une dissociation rapide (22). De plus, le VHH-72 une fois exprimé en fusion avec un fragment Fc d’anticorps humain, présente une capacité très modeste de neutralisation des pseudovirus SARS-CoV2 (IC50 d’environ 0,2 µg/ml).
Il est donc nécessaire d’augmenter l’efficacité et l’affinité du VHH-72 pour pouvoir neutraliser le virus SARS-CoV2.
Des travaux ont permis l’identification de plusieurs mutants ponctuels du VHH72 (en particulier le mutant VHH72-S56A) ayant une affinité pour RBD SARS-CoV-2 légèrement améliorée par rapport à la molécule parentale (Kd ≈ 8,3nM) (26). Cette amélioration se traduit également par une augmentation de la liaison du VHH à la protéine Spike trimérique de SARS-CoV2 et une augmentation de la neutralisation des pseudovirus SARS-CoV2. Toutefois, l’affinité et la cross-réactivité partielle de ce mutant du VHH72 restent insuffisantes pour cibler et neutraliser efficacement le plus grand nombre possible de variants du SARS-CoV2.
Au vu de la persistance de la pandémie de COVID-19 et de la fréquence élevée d’apparition de nouveaux variants, ainsi que du risque de l’émergence de nouveaux sarbecovirus, il est primordial de mettre au point de nouveaux anticorps possédant une grande affinité pour différents variants du SARS-CoV2, combinée à un fort pouvoir neutralisant.
Dans le cadre de la présente invention, les Inventeurs ont mis au point des agents de liaison innovants, notamment des anticorps à domaine unique innovants, capables de reconnaitre de manière spécifique et de neutraliser les différents variants du SARS-CoV2.
Ces agents de liaison optimisés ont notamment été obtenus par une approche innovante d’ingénierie moléculaire de l’anticorps et de maturation d’affinité à partir de l’anticorps à domaine unique VHH72, combinant des techniques de Deep-Mutational Scanning et de Yeast Surface Display. Cette approche a permis d’identifier les positions d’acides aminés et les mutations susceptibles de conférer une augmentation d’affinité à l’anticorps. Un assemblage dans des banques combinatoires combiné à un séquençage haut débit permis d’identifier un grand nombre de variants enrichis ayant une plus forte liaison à l’antigène que l’anticorps parental VHH72.
Les Inventeurs ont notamment montré que, de manière surprenante, les agents de liaison ainsi mis au point possèdent de très bonnes affinités pour les différents domaines RBD des variants du virus SARS-CoV2, à la différence des agents de liaison (notamment les anticorps à domaine unique) décrits dans l’art antérieur. De façon remarquable, les données montrent également que ces agents de liaison optimisés sont capables d’empêcher la liaison entre le récepteur ACE2 et le domaine RBD, de manière plus efficace que les agents de liaison (notamment les anticorps à domaine unique) décrits dans l’art antérieur. Ces données révèlent ainsi le potentiel thérapeutique de ces agents de liaison pour traiter les maladies liées aux sarbecovirus, notamment les coronavirus.
La présente invention concerne notamment des variants du VHH72 ayant une affinité améliorée, pouvant être utilisés dans la prévention et le traitement des maladies liées aux sarbecovirus.
La présente invention concerne en outre agent de liaison (tel qu’un anticorps ou un fragment fonctionnel d’anticorps, notamment un anticorps à domaine unique) comprenant, ou consistant essentiellement en, ou consistant en, la séquence d’acides aminés SEQ ID NO :1, comprenant une combinaison d’au moins deux substitutions de résidus d’acide aminé, le résidu d’acide aminé substitué étant sélectionné dans le groupe consistant en :
Le résidu en position 57 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : G, N et M (de préférence par un acide aminé G) ; Le résidu en position 58 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : S, W, R, et H (de préférence par un acide aminé S) ; Le résidu en position 60 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, L, I, T, M, H, Q, Y, et F (de préférence par un acide aminé sélectionné parmi V, L, et I); Le résidu en position 61 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : S, R, P, Q, I, M, W, et F (de préférence par un acide aminé sélectionné parmi S, et R); Le résidu en position 62 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi n’importe quel acide aminé à l’exception de D, C, et Q (notamment substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : F, L, V, P, I, M, W, Y, A, G, S, T, N, E, H, K, et R ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi F, et L); Le résidu en position 98 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi n’importe quel acide aminé à l’exception de A, P, et D (notamment substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, W, R, Q, I, E, L, F, V, M, Y, G, C, S, T, N, H, et K ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi V, W, R, et Q ; de préférence encore par un acide aminé V); Le résidu en position 101 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, F, Y, C, E, et W ; Le résidu en position 102 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : E, Y, et N (de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi E et Y) ; Le résidu en position 103 de la SEQ ID NO :1, substitué de préférence par un acide aminé V ; et Le résidu en position 104 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : W, et Y (de préférence par un acide aminé W) ; et Une combinaison quelconque de ceux-ci.
La présente invention concerne également un agent de liaison tel que défini ci-dessus, qui a été humanisé (c’est-à-dire dont la séquence a été humanisée).
De préférence, l’ouverture centrale du DCRR correspond à ou constitue l’ouverture centrale de la roue distale, ou respectivement de la roue proximale.
De préférence, la roue proximale et/ou la roue distale comprennent, chacune, une ouverture centrale.
De préférence, l’ouverture centrale du DCRR peut comprendre ou peut correspondre ou peut être constituée par l’ouverture centrale de la roue distale et l’ouverture centrale de la roue proximale.
La paroi périphérique radiale peut être définie comme une paroi extérieure circulaire.
L’anneau peut être défini comme un disque en saillie par rapport à la surface de la roue s’étendant selon un plan perpendiculaire à l’axe de révolution du DCRR. L’anneau peut être défini comme un disque en saillie selon l’axe de révolution du DCRR. L’anneau peut être défini comme un disque en saillie selon la direction reliant la roue proximale à la roue distale du DCRR.
La surépaisseur latérale peut s’étendre selon l’épaisseur de la roue. La surépaisseur latérale peut s’étendre selon l’axe de révolution du DCRR. La surépaisseur latérale de la roue proximale peut s’étendre selon l’axe de révolution du DCRR. La surépaisseur latérale de la roue proximale peut s’étendre selon la direction reliant la roue proximale à la roue distale.
La saillie radiale peut être définie comme un épaulement circulaire formé par une paroi externe d’un disque, le disque formant une surépaisseur latérale de la roue.
Le guide peut être fixé, de manière réversible, par des moyens de fixation, sur la roue proximale, ou respectivement sur la roue distale, et la roue distale, ou respectivement la roue proximale, comprend une encoche agencée pour accueillir, au moins en partie, en totalité ou en partie uniquement, le guide.
De préférence, les moyens de fixation du guide sur la roue proximale peuvent être identiques aux moyens de fixation des roues proximale et distale ensemble. Les moyens de fixation du guide sur la roue proximale peuvent être différents des moyens de fixation des roues proximale et distale ensemble.
De préférence, le guide s’étend radialement, c’est-à-dire selon la direction perpendiculaire à l’axe de révolution du DCRR, au-delà de la denture du DCRR. De préférence, le guide s’étend entre l’extrémité proximale de la portion hélicoïdale, de préférence entre l’extrémité proximale de la denture de la portion hélicoïdale, et la portion circulaire.
De préférence, la roue distale est formée de deux pièces distinctes, une des deux pièces, dite roue de lancement, comprend la première partie de la portion hélicoïdale et l’autre des deux pièces, dite roue intermédiaire, comprend la seconde partie de la portion hélicoïdale.
De préférence, la première partie de la portion hélicoïdale forme ou constitue une partie périphérique annulaire de la roue de lancement.
De préférence, la seconde partie de la portion hélicoïdale forme ou constitue une partie périphérique annulaire de la roue intermédiaire.
De préférence, la roue de lancement et/ou la roue intermédiaire et/ou la roue distale comprennent, chacune, une ouverture centrale.
De préférence, l’ouverture centrale du DCRR peut comprendre ou peut correspondre à ou peut être constituée de l’ouverture centrale de la roue de lancement, l’ouverture centrale de la roue intermédiaire et l’ouverture centrale de la roue proximale.
Le fait que les première et seconde parties de la portion hélicoïdale appartiennent à deux pièces distinctes pouvant être assemblées de manière réversible rend le DCRR modulable.
- au cours de l’étape de gestion, on détermine lesdites bornes maximales de chaque machine électrique en prenant en compte les limitations suivantes :
(i) la puissance électrique maximale disponible au niveau de la batterie de traction,
(ii) une consigne de puissance électrique cible déterminée en fonction de la position d’au moins un organe de commande du véhicule,
(iii) une consigne de puissance maximale intrinsèque de la machine électrique,
(iv) une valeur en cours de la puissance électrique fournie par la machine électrique, et
- au cours de l’étape de distribution, on distribue à chaque machine électrique une consigne de couple établie en limitant un couple de consigne cible avec des minima et maxima obtenus par conversion en couples mécaniques des bornes maximales de puissance électrique déterminées au cours de l’étape de gestion.
Ainsi, la consigne de couple distribuée à chaque machine électrique ne peut dépasser les limitations intrinsèques de la machine électrique considérée et l’ensemble des consignes de couple distribuées ne peuvent dépasser la capacité de la batterie. Il est ainsi impossible de dépasser les capacités de la batterie de traction, en charge ou en décharge, ce qui permet de préserver ses performances.
Les étapes du procédé de commande peuvent être mises en œuvre à chaque détermination de la consigne de puissance électrique cible, autrement dit à chaque changement de position dudit au moins un organe de commande du véhicule ou à des intervalles de temps prédéterminés. Dit autrement, les étapes du procédé de commande selon l’invention sont typiquement mises en œuvre à un instant t et réitérées à chaque détermination de la consigne de puissance électrique cible ou à des intervalles de temps prédéterminés.
Avantageusement, au cours de l’étape de gestion, notamment lorsqu’au moins une machine électrique travaille en mode moteur, on peut déterminer lesdites bornes maximales en prenant également en compte comme limitation une puissance électrique disponible au niveau de la batterie de traction provenant d’une puissance électrique à venir fournie par une machine électrique fonctionnant en mode générateur pondérée par un facteur d’anticipation de puissance disponible dépendant de la température de la batterie de traction dont la valeur est comprise dans un intervalle allant de 0 à 1. Lorsque des machines électriques travaillent en mode moteur, il peut arriver que la puissance électrique maximale disponible au niveau de la batterie de traction soit très faible (cas typique d’une batterie très froide). La prise en compte de cette limitation avec l’ajout d’un facteur d’anticipation de puissance disponible à l’apport à venir d’énergie par une machine électrique de charge permet d’éviter un blocage du système.
Avantageusement, au cours de l’étape de gestion, on pourra procéder de la manière suivante :
on détermine d’abord une puissance électrique disponible au niveau d’un réseau formé par l’ensemble des machines électriques et de la batterie de traction, puis on détermine les bornes maximales de chaque machine électrique selon un ordre de priorité prédéterminé des machines électriques :
la borne maximale de la première machine dans l’ordre de priorité étant égale au minimum entre (i) la puissance électrique disponible au niveau du réseau, (ii) la consigne de puissance maximale intrinsèque de la première machine électrique, (iii) la consigne de puissance électrique cible de la première machine,
la borne maximale de la deuxième machine dans l’ordre de priorité étant égale au minimum entre (i) la somme de la puissance électrique maximale disponible au niveau de la batterie de traction et de la valeur en cours de la puissance électrique fournie par la troisième machine électrique, moins la valeur de borne maximale de puissance électrique déterminée pour la première machine et (ii) la consigne de puissance maximale intrinsèque de la deuxième machine électrique,
la borne maximale de la troisième machine dans l’ordre de priorité étant égale au minimum entre (i) la puissance électrique maximale disponible au niveau de la batterie de traction moins les valeurs de borne maximale de puissance électrique déterminée pour les première et deuxième machines, et (ii) la consigne de puissance maximale intrinsèque de la troisième machine électrique.
Ceci revient à distribuer la puissance électrique disponible au niveau du réseau entre les différentes machines selon un ordre de priorité qui peut être différent selon que la batterie de traction fonctionne en mode charge ou en mode décharge.
En particulier, la puissance électrique disponible au niveau du réseau peut être déterminée comme étant :
Lorsque le rayon de la première partie de la portion hélicoïdale est constant la vitesse de rotation du DCRR est rapidement augmentée, et ce dès l’initiation de la transmission de l’effort au DCRR, en conservant le rapport de transmission constant.
Lorsque le rayon de la seconde partie de la portion hélicoïdale est variable, le rapport de transmission est modifié de sorte à faire varier la puissance générée en conservant la vitesse de rotation d’entrainement optimale et/ou la charge d’entrainement optimale.
De préférence, l’hélice dentée de la première partie de la portion hélicoïdale s’enroule d’au moins un tour et demi autour de l’axe de révolution du DCRR.
Autrement dit, la denture de la première partie de la portion hélicoïdale forme une spirale pouvant comprendre au moins une spire et une demi spire.
Le rayon de la seconde partie de la portion hélicoïdale peut augmenter le long de l’axe de révolution selon une direction s’étendant depuis une terminaison distale de la denture de la seconde partie de la portion hélicoïdale vers une terminaison proximale de la denture de la seconde partie de la portion hélicoïdale.
Le nombre de spires sur lesquelles le rayon de la seconde partie de la portion hélicoïdale varie peut être adapté en fonction d’un ou plusieurs paramètres d’individualisation de sorte que la variation du rapport de transmission, opérée sur la seconde partie de la portion hélicoïdale, intervienne au moment adéquat pour assurer un maintien de la vitesse de rotation d’entrainement optimale et/ou la charge d’entrainement optimale.
L’augmentation du rayon de la seconde partie de la portion hélicoïdale permet d’augmenter le rapport de transmission pour augmenter la puissance générée, en se rapprochant du point de rendement maximal du système, par exemple un moteur ou un humain, tout en développant la vitesse de rotation d’entrainement optimale et/ou la charge d’entrainement optimale.
Il peut être entendu par charge d’entrainement, le couple de force appliqué au DCRR.
Le dispositif peut comprendre un guide disposé entre la terminaison proximale de la denture de la portion hélicoïdale et la denture de la portion circulaire, ledit guide étant agencé pour assurer et/ou concourir à et/ou contribuer à un engrènement continu, de la chaine avec laquelle le DCRR est destiné à être engrené, depuis la portion hélicoïdale vers la portion circulaire.
De préférence, le guide est, en outre, disposé entre la portion hélicoïdale et la portion circulaire.
De préférence, le guide s’étend principalement selon un plan parallèle à une portion d’extrémité de la spire proximale de la seconde partie de la portion hélicoïdale.
Le guide permet que la transmission de l’effort, à la chaine avec laquelle le DCRR est destiné à être engrené, soit assurée sans chevauchement ni à-coup. En outre, le guide permet une transition ou un passage, depuis la portion hélicoïdale vers la portion circulaire, sous charge et sans à-coup.
De préférence, la denture de la portion circulaire comprend un évidement d’au moins une dent en regard duquel le guide est disposé.
De préférence, l’évidement comprend au moins deux dents. De préférence encore, l’évidement comprend trois dents ou plus.
L’évidement permet qu’il n’y ait pas de chevauchement ni de frottement entre les dents de la portion circulaire et la chaine avec laquelle le DCRR est destiné à être engrené. Ainsi, une baisse minimale du rendement de réduction est assurée et aucun à-coup n’est observé.
L’évidement permet de minimiser les jeux mécaniques lors de la transition ou du passage depuis la portion hélicoïdale vers la portion circulaire.
La présente invention concerne également une molécule d’acides nucléiques codant un de ces agents de liaison, un vecteur comprenant au moins une de ces molécules d’acides nucléiques et une cellule hôte comprenant au moins une de ces molécules d’acides nucléiques et/ou au moins un de ces vecteurs. La présente invention porte en outre sur l’utilisation de ces agents de liaison, molécules d’acides nucléiques, vecteurs, et cellules hôtes, pour traiter une maladie liée aux sarbecovirus. La présente invention se rapporte en outre à une composition ou un kit comprenant au moins un de ces agents de liaison et/ou au moins une de ces molécules d’acides nucléiques, ainsi que leurs utilisations. La présente invention porte également sur une méthode de diagnostic d’une maladie liée aux sarbecovirus, ainsi qu’une méthode de suivi, de pronostic et/ou d’évaluation de l’efficacité d’un traitement d’une maladie liée aux sarbecovirus, comprenant l’utilisation d’au moins un agent de liaison et/ou d’au moins une molécule d’acides nucléiques et/ou d’une composition et/ou un kit susmentionné(e).
Description detaillée de l’invention
La présente invention concerne un agent de liaison comprenant, ou consistant essentiellement en, ou consistant en, la séquence d’acides aminés SEQ ID NO :1, comprenant au moins une substitution d’un résidu d’acide aminé sélectionné dans le groupe consistant en :
Le résidu en position 57 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné parmi G, N, et M ; de préférence par un acide aminé G ; Le résidu en position 58 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné parmi : S, W, R, et H ; de préférence par un acide aminé S ; Le résidu en position 60 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, L, I, T, M, H, Q, Y, et F ; de préférence par un acide aminé sélectionné parmi V, L, et I ; Le résidu en position 61 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné parmi : S, R, P, Q, I, M, et F ; de préférence par un acide aminé sélectionné parmi S, et R ; Le résidu en position 62 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné parmi n’importe quel acide aminé à l’exception de D, C, et Q ; notamment substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : F, L, V, P, I, M, W, Y, A, G, S, T, N, E, H, K, et R ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi F, et L ; Le résidu en position 98 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi n’importe quel acide aminé à l’exception de A, P, et D ; notamment substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, W, R, Q, I, E, L, F, V, M, Y, G, C, S, T, N, H, et K; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi V, W, R, et Q ; de préférence encore par un acide aminé V; Le résidu en position 101 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, F, Y, C, E, et W ; Le résidu en position 102 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : E, Y, et N ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi E et Y ; Le résidu en position 103 de la SEQ ID NO :1, substitué de préférence par un acide aminé V ; Le résidu en position 104 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné parmi : W, et Y ; de préférence par un acide aminé W ; et Une combinaison quelconque de ceux-ci.
Selon un mode de réalisation, l’agent de liaison comprend au moins une substitution d’un résidu d’acide aminé choisie parmi : la substitution du résidu en position 57 de la SEQ ID NO :1 par un acide aminé sélectionné parmi G, N, et M (de préférence par un acide aminé G) ; la substitution du résidu en position 103 de la SEQ ID NO :1, de préférence par un acide aminé V ; la substitution du résidu en position 104 de la SEQ ID NO :1 par un acide aminé sélectionné parmi : W, et Y (de préférence par un acide aminé W); et une combinaison quelconque de celles-ci.
La présente invention se rapporte en outre à un agent de liaison comprenant, ou consistant essentiellement en, ou consistant en, la séquence d’acides aminés SEQ ID NO :1, comprenant une combinaison d’au moins deux substitutions de résidus d’acide aminé, le résidu d’acide aminé substitué étant sélectionné dans le groupe consistant en :
Le résidu en position 57 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : G, N et M ; de préférence par un acide aminé G ; Le résidu en position 58 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : S, W, R, et H ; de préférence par un acide aminé S ; Le résidu en position 60 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, L, I, T, M, H, Q, Y, et F ; de préférence par un acide aminé sélectionné parmi V, L, et I ; Le résidu en position 61 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : S, R, P, Q, I, M, W, et F ; de préférence par un acide aminé sélectionné parmi S, et R ; Le résidu en position 62 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi n’importe quel acide aminé à l’exception de D, C, et Q ; notamment substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : F, L, V, P, I, M, W, Y, A, G, S, T, N, E, H, K, et R ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi F, et L ; Le résidu en position 98 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi n’importe quel acide aminé à l’exception de A, P, et D ; notamment substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, W, R, Q, I, E, L, F, V, M, Y, G, C, S, T, N, H, et K ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi V, W, R, et Q ; de préférence encore par un acide aminé V ; Le résidu en position 101 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : V, F, Y, C, E, et W ; Le résidu en position 102 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : E, Y, et N ; de préférence encore par un acide aminé sélectionné parmi E et Y ; Le résidu en position 103 de la SEQ ID NO :1, substitué de préférence par un acide aminé V ; et Le résidu en position 104 de la SEQ ID NO :1, substitué par un acide aminé sélectionné de préférence parmi : W, et Y ; de préférence par un acide aminé W ; et Une combinaison quelconque de ceux-ci.