Procédé d’acquisition d’image en trois dimensions d’un échantillon biologique par microscopie à balayage, ledit échantillon étant situé dans un volume de référence défini par une pluralité de voxels, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : a) pré-balayage (100) des voxels du volume de référence (V), au cours duquel seul un sous-ensemble des voxels du volume de référence (V), dit ensemble initial de voxels sondés (Ω P ré-balayage ), est illuminé, b) calcul (200), par interpolation numérique de l’ensemble initial de voxels sondés (Ω Pré-balayage ), d’une structure géométrique présomptive (S P ) de l’échantillon biologique (B), c) détermination (300) d’un ensemble de voxels correspondant à la structure géométrique présomptive (S P ) , dit ensemble de voxels présomptifs (Ω P résomptif ), d) sélection (400), à partir de l’ensemble de voxels présomptifs (Ω Présomptif ), d’un ensemble de voxels à illuminer (Ω sonde ), dit ensemble de voxels à sonder, et e) balayage (500) du volume de référence (V), au cours duquel seul l’ensemble de voxels à sonder (Ω sonde ) est illuminé. Procédé d’acquisition d’image selon la revendication 1, dans lequel on réitère les étapes b), c) et d) et e) (100, 200, 300, 400, 500) jusqu’à interruption volontaire (600) par un opérateur ou jusqu’à détermination (700) que l’ensemble de voxels illuminés sur l’ensemble des itérations inclut l’ensemble de voxels présomptifs (Ω P résomptif ). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la taille des voxels des voxels présomptifs (Ω P résomptif ) et à sonder (Ω sonde ) correspond à la taille des voxels de l’ensemble initial de voxels sondés (Ω Pré-balayage ). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l’ensemble des voxels à sonder (Ω Sonde ) correspond exactement à l’ensemble des voxels présomptifs (Ω P résomptif ). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, dans lequel l’ensemble des voxels à sonder (Ω Sonde ) est une fraction de l’ensemble des voxels présomptifs (Ω P résomptif ). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la structure géométrique présomptive (S P ) est construite à partir d’au moins une surface. Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'interpolation numérique est une interpolation polynomiale, une interpolation polynomiale par morceaux, une interpolation par splines, une estimation basée sur les proches voisins, une inférence bayésienne, ou une estimation utilisant des réseaux de convolution. Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications 6 ou 7, dans lequel l’étape c) de détermination (300) de l’ensemble de voxels présomptifs comporte les sous-étapes suivantes : - sélection (310) d’une épaisseur pour la surface présomptive (S P ), et - détermination (320) des voxels correspondant au volume défini par la surface présomptive (S P ) et l’épaisseur sélectionnée. Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l’étape a) (100) consiste à balayer tous les voxels du volume de référence (V) et n’illuminer que l’ensemble initial de voxels sondés (Ω Pré-balayage ). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications 1 à 8, dans lequel l’étape a) (100) consiste à ne balayer et illuminer que l’ensemble initial de voxels sondés (Ω Pré-balayage ). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les voxels de l’ensemble initial de voxels sondés (Ω Pré-balayage ) sont répartis aléatoirement dans le volume de référence (V). Procédé d’acquisition d’image selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le sous-ensemble des voxels du volume de référence (V) représente entre 0,01% et 0,2% des voxels du volume de référence (V), de préférence entre 0,05% et 0,1% des voxels du volume de référence (V). Dispositif d’acquisition d’image en trois dimensions d’un échantillon biologique par microscopie à balayage, caractérisé en ce qu’il est configuré pour mettre en œuvre le procédé selon l’une quelconque des revendications précédentes. Dispositif d’acquisition d’image selon la revendication 13, dans lequel le balayage des échantillons est réalisé par un microscope confocal utilisant un contraste d’excitation linéaire ou non-linéaire, pour lequel un scanner peut utiliser un balayage laser à miroir galvanométrique ou acousto-optique, ou un microscope à matrice d’illumination. Dispositif d’acquisition d’image selon la revendication 14, comprenant un système d’illumination (20) comprenant au moins un laser, une matrice de micro-miroirs et un relais optique.