INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
sur la variable contenant le résultat de la recherche. Ce résultat de recherche est ensuite réutilisé par l'utilisation de la balise complémentaire d'itération (voir description ci-après).
On présente maintenant successivement plusieurs architectures possibles du système de visualisation selon l'invention, à deux niveaux (moteur de recherche et équipement utilisateur) ou trois niveaux (moteur de recherche, équipement intermédiaire et équipement utilisateur). Il est clair cependant qu'il ne s'agit pas d'une liste exhaustive et d'autres architectures non discutées ci-après peuvent bien sûr être mise en #uvre sans sortir du cadre de la présente invention.
Dans une première architecture à deux niveaux, tous les éléments du système de visualisation 2 sont localisés du côté client. Dans ce cas, le module 24 de gestion des relations avec le moteur de recherche 1 utilise par exemple le protocole HTTP, JDBC ou ODBC. L'équipement (ordinateur) dont dispose l'utilisateur intègre l'ensemble du système de visualisation selon l'invention. La base de données intermédiaire 25 peut être implémentée directement dans la mémoire principale de l'ordinateur de l'utilisateur.
Seul le moteur de recherche à base d'indexation 1 se trouve du côté du serveur distant.
Les avantages principaux de cette première architecture à deux niveaux sont : la possibilité de passer aisément d'un moteur de recherche à un autre, si le système de visualisation est équipé de plusieurs interfaces avec des moteurs de recherche différents ; l'amélioration de l'efficacité des traitements (découlant d'interactions de l'utilisateur) qui ne nécessitent pas un accès au moteur de recherche.
Ses principaux inconvénients sont : la lenteur des échanges de données entre le système de visualisation et le moteur de recherche ; la capacité limitée de la base de données intermédiaire 25 implémentée dans la mémoire principale de l'ordinateur de l'utilisateur.
Une seconde architecture à deux niveaux se distingue de la première discutée cidessus en ce que le module 24 de gestion des relations avec le moteur de recherche 1, ainsi que la base de données intermédiaire 25 sont localisés du côté du serveur hébergeant le moteur de recherche 1. Ainsi, le moteur de recherche 1 est étroitement lié au module 24 qui assure la gestion des relations avec lui. En outre, ce module 24, le moteur de recherche 1 et la base de données intermédiaire 25 peuvent être implémentés
dans un même système de gestion de base de données. Dans ce cas, ce module 24 peut être implémenté sous la forme de procédures stockées, écrites dans un langage utilisé par le système de gestion de base de données (par exemple PL/SQL ou Java). Une telle solution améliore les temps d'exécution.
Les avantages principaux de cette seconde architecture à deux niveaux sont : vitesse et efficacité de traitement des requêtes ; plus gros résultats de recherche stockés et restitués par la base de données intermédiaire 25 ; client plus léger.
Ses principaux inconvénients sont : complexité plus grande du module 24 de gestion des relations avec le moteur de recherche 1, et de la base de données du moteur de recherche 1 ; d'obtenir l'accord du propriétaire du moteur de recherche pour installer les éléments du serveur de visualisation déportés sur son serveur.
Par rapport aux architectures à deux niveaux discutés ci-dessus, les architectures distribuées à trois niveaux offrent une plus grande flexibilité du système et permettent un meilleur équilibrage de charge entre les niveaux.
On définit ensuite un pointeur d'état s et un pointeur de rang k. Lorsqu'un bloc d'instructions # est en cours d'exécution : - k est utilisé pour indiquer quel bloc élémentaire yk doit être réalisé ; valeur de k dépend notamment du bloc II en cours d'exécution (et donc de la variable d'entrée testée)
- s est utilisé pour indiquer si au moins un bloc yk doit être encore être réalisé ou si le bloc y en cours est le dernier du bloc #.
Dans le cas de l'exemple ci-dessus relatif à l'algorithme 1, on peut résumer l'évolution des pointeurs k, s par le tableau ci-dessous.
k s (Di = 1) [gamma]0 : Ro Ro.Ro ; i i-0 0 0
y1 : Ro <- Ro.Ri ; i <- i-1 1 1 (Di = 0) y2 : Ro <- Ro.Ro ; i <- i-1 2 1 tableau 1 s peut être calculé à partir de k : si le bloc élémentaire yk qui doit être réalisé est le dernier bloc élémentaire d'un bloc #, alors s = 1, sinon s = 0.
Dans le cas de l'algorithme 1, on peut par exemple calculer s par la relation suivante (div est la division entière) : s = (k mod 2) + (k div 2) On retrouve les différentes valeurs de s en fonction de k (cf tableau 1). k peut être calculé à partir de s et de DI, Dl étant représentatif du bloc # en cours : - si s = 0 (bloc # en cours de réalisation) , k est incrémenté de 1 à chaque réalisation d'un bloc élémentaire y , pour effectuer le bloc élémentaire y suivant.
- si s = 1, le bloc # en cours est terminée et le bloc élémentaire suivant y à effectuer est le premier bloc du prochain bloc # à exécuter ; k dépend donc de Di.
De ce qui précède, on en déduit que k peut être obtenu par la relation suivante : k <- (/s) . (k+1) + s.f(Di)
avec /s la valeur complémentaire de s (fonction NON logique), et f une fonction logique de Di, qui dépend de l'algorithme à protéger (voir aussi figure 3).
Dans le cas de l'algorithme 1, on peut par exemple choisir f(Di) = 2. (/Di) Ainsi, avec la relation : k <- (/s).(k+1) + s.2.(/Di), on retrouve les différentes valeurs de k en fonction de s et de Di (cf tableau 1).
On définit finalement un bloc élémentaire commun F(k, s), équivalent aux blocs élémentaires [gamma]0, yl, y2 et tel que R(0, 0) = yO, I-'(1, 1) = yl et H(2, 1) = y2. Pour l'algorithme 1, on peut par exemple choisir : r(k, s) Ro En utilisant la fonction F, l'algorithme 1 peut finalement s'écrire (voir aussi figure 3) : Initialisation : Ro Tant que i > 0 : répéter le bloc élémentaire commun F(k,s) : k Ro Retourner Ro.
Algorithme 1 ("Square-And-Multiply") protégé Dans cet algorithme, un seul bloc # est utilisé, quelles que soient les valeurs de Di. Dans le cas où Di = 0, on exécute un seul bloc r. Dans le cas où D1 = 1, on exécute successivement deux fois le bloc r.
Quelles que soient les valeurs des pointeurs k, s et quelle que soit la valeur de Di, le bloc # associé est
équivalent, vis-à-vis d'une attaque à canal caché, au bloc précédemment exécuté et au bloc exécuté ensuite. En conséquence il n'est pas possible de les distinguer, de savoir à quel bloc d'instructions # correspond un bloc r en cours.
A noter que par rapport à l'algorithme 1 non protégé, l'algorithme 1 protégé selon l'invention utilise le même nombre d'instructions de calcul (telles que des instructions de multiplication par exemple) pour aboutir au même résultat final. L'algorithme 1 protégé selon l'invention comprend simplement une étape supplémentaire de mise à jour de pointeurs : une telle étape est beaucoup plus rapide et beaucoup moins consommatrice de ressources qu'un bloc d'instructions de calcul tel qu'un bloc destiné à la réalisation d'une multiplication. En conséquence, le temps d'exécution de l'algorithme protégé est le même que celui de l'algorithme 1 non protégé : Tex = 1.5*M*TO, TO étant le temps d'exécution d'une multiplication.
A noter également que le bloc r n'est pas unique pour un même algorithme.
La famille de polyuréthanes amphiphiles cationiques selon l'invention a été décrite par la demanderesse dans la demande de brevet français N -0009609; elle peut être représentée par la formule générale (la) suivante : R-X-(P).-[L-(Y)ml,-L'-(P')P-X'-R'(1a) dans laquelle : R et R', identiques ou différents, représentent un groupement hydrophobe ou un atome d'hydrogène ; X et X', identiques ou différents, représentent un groupement comportant une fonction amine portant ou non un groupement hydrophobe, ou encore le groupement L" ; L, L' et L", identiques ou différents, représentent un groupement dérivé d'un diisocyanate ; P et P', identiques ou différents, représentent un groupement comportant une fonction amine portant ou non un groupement hydrophobe ; Y représente un groupement hydrophile ;
Le fait que n et p valent 0 signifie que ces polymères ne comportent pas de motifs dérivés d'un monomère à fonction amine, incorporé dans le polymère lors de la polycondensation. Les fonctions amine protonées de ces polyuréthanes résultent de l'hydrolyse de fonctions isocyanate, en excès, en bout de chaîne, suivie de l'alkylation des fonctions amine primaire formées
par des agents d'alkylation à groupe hydrophobe, c'est-à-dire des composés de type RQ ou R'Q, dans lequel R et R' sont tels que définis plus haut et Q désigne un groupe partant tel qu'un halogénure, un sulfate etc.
A titre d'exemple, le groupement hydrophobe peut être issu d'un alcool gras tel que l' alcool stéarylique, l'alcool dodécylique, l'alcool
décylique. Il peut également désigner un polymère hydrocarboné tel que par exemple le polybutadiène.
Lorsque X et/ou X' désignent un groupement comportant une amine tertiaire ou quaternaire, X et/ou X' peuvent représenter l'une des formules suivantes : dans lesquelles : R2 représente un radical alkylène ayant de 1 à 20 atomes de carbone, linéaire ou ramifié, comportant ou non un cycle saturé ou insaturé, ou un radical arylène, un ou plusieurs des atomes de carbone pouvant être remplacé par un hétéroatome choisi parmi N, S, 0, P ; R1 et R3, identiques ou différents, désignent un radical alkyle ou alcényle en C1-C30, linéaire ou ramifié, un radical aryle, l'un au moins des atomes de carbone pouvant être remplacé par un hétéroatome choisi parmi N, S, 0, P ; A' est un contre-ion physiologiquement acceptable.
dans laquelle : Z représente -O-, -S- ou-NH- ; et @ R4 représente un radical alkylène ayant de 1 à 20 atomes de carbone, linéaire ou ramifié, comportant ou non un cycle saturé ou insaturé, un radical arylène, un ou plusieurs des atomes de carbone pouvant être remplacé par un hétéroatome choisi parmi N, S, 0 et P.
2. Résultats obtenus sur "patients HTLV-1 typiques" Au niveau nucléotidique, les séquences amplifiées à partir de l' échantillon provenant du "patient HTLV-1" (échantillon No.422) sont soit typiquement HTLV-1, telles que déjà décrites dans la littérature, soit des variants avec des répercussions sur la capacité codante. Au niveau codant, les séquences nucléotidiques se traduisent en trois types de séquences :
- Des séquences d'acides aminés identiques aux souches connues HTLV-1.
- Des variants HTLV-1 avec 1 ou 2 résidus typiques des HTLV-2, combinés ou pas avec des résidus jamais décrits auparavant.
- Des variants HTLV-2 combinant quelques résidus décrits pour être communs aux seules souches HTLV-2 ou STLV-L, ceci combinés ou pas avec des résidus jamais décrits auparavant.
3. Résultats obtenus sur singes Cercocebus Agilis La méthode de l'invention a aussi permis d'amplifier des séquences de type SU de PTLV chez tous les Mangabey Agiles (Cercocebus Agilis) testés qui avaient été identifiés comme séropositifs pour PTLV. Au niveau nucléotidique, les séquences amplifiées à partir de ces singes sont soit celles des isolats déjà décrits auparavant, soit des variants nucléotidiques avec répercussions sur la capacité codante. Au niveau codant, les séquences nucléotidiques se traduisent en trois types de séquences : - Des séquences d'acides aminés identiques aux souches connues HTLV-1.
- Des séquences d'acides aminés identiques à l'isolât STLV-3/CTO-604 tout récemment décrit chez un Mangabey à tête rouge (Cercocebus Torquatus) (Meertens et coll, 2002) - Des séquences d'acides aminés du type STLV-3/CTO-604 avec 1 ou 2 résidus typiques des HTLV-2 III. BIBLIOGRAPHIE l.Battini, J. L., O. Danos, and J. M. Heard. 1995. Receptor-binding domain of murine leukemia virus envelope glycoproteins. J Virol. 69 (2):713-719.
2.Battini, J. L., J. M. Heard, and O. Danos. 1992. Receptor choice déterminants in the envelope glycoproteins of amphotropic, xenotropic, and polytropic murine leukemia viruses. J Virol. 66(3):1468-75.
3.Kim, F. J., I. Seiliez, C. Denesvre, D. Lavillette, F. L. Cosset, and M. Sitbon. 2000. Définition of an amino-terminal domain of the human T-cell leukemia virus type 1 envelope surface unit that extends the fusogenic range of an ecotropic murine leukemia virus. J Biol Chem. 275(31):23417-20.
4.Lavillette, D., M. Maurice, C. Roche, S. J. Russell, M. Sitbon, and F. L. Cosset. 1998. A proline-rich motif downstream of the receptor binding domain modulâtes conformation and fusogenicity of murine retroviral envelopes. J Virol. 72(12):9955-65.
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6.Meertens, L., R. Mahieux, P. Mauclere, J. Lewis, and A. Gessain. 2002. Complete Sequence of a Novel Highly Divergent Simian T-Cell Lymphotropic Virus from Wild-Caught Red-Capped Mangabeys (Cercocebus torquatus) from Cameroon : New Primate T- Lymphotropic Virus Type 3 Subtype. J. Virol. 76(1):259-268.
7.Sitbon, M., L. d'Auriol, H. Ellerbrok, C. Andre, J. Nishio, S. Perryman, F. Pozo, S. F. Hayes, K. Wehrly, P. Tambourin, F. Galibert, and B. Chesebro. 1991. Substitution of leucine for isoleucine in a séquence highly conserved among retroviral envelope surface glycoproteins attenuates the lytic effect of the Friend murine leukemia virus. Proc Natl Acad Sci U S A. 88 (13):5932-6.
L'invention a pour objet de nouveaux dérivés de stérols, un nouveau procédé permettant l'obtention de ces composés et l'utilisation desdits composés, d'une part, pour la production de vacuoles sécrétoires dans des cellules tumorales pour augmenter la dendritogénèse et, d'autre part, comme médicament pour l'activation du système immunitaire, notamment en vue de la régression de tumeurs cancéreuses.
La dendritogénèse est une modification morphologique des cellules qui intervient notamment dans le système nerveux et dans le système immunitaire. Dans le système immunitaire, la dendritogénèse conduit à la génération de cellules dendritiques à partir de monocytes.
Ces phénomènes physiologiquement importants ne sont pas bien compris à ce jour, mais ils sont associés à une augmentation de l'activité sécrétoire des cellules (MARTINEZ-ARCA S. et coll., 2001, J.
En particulier, les méthodes de typage génétique revêtent un intérêt certain lorsque l'analyse concerne des pathogènes dont la manipulation est difficile et non-reproductible, du fait notamment d'une faible vitesse et d'une versatilité de croissance, ainsi que de l'absence de pré-requis spécifiques en termes de conditions de culture. De telles circonstances rendent les tests métaboliques tout à fait inappropriés (Versalovic et al. 1993. Arch.
Pathol. Lab. Med. 117 : 1088-1098).
Nombre de techniques de biologie moléculaire mises en #uvre pour le typage et la caractérisation des bactéries reposent sur une séparation électrophorétique des produits issus de la digestion des acides nucléiques desdites bactéries, ces produits présentant, espère-t-on, des tailles moléculaires différentes de manière à obtenir des profils de migration aussi clairs et exploitables que possible. Parmi ces techniques, l'on distingue notamment l'électrophorèse en champ pulsé (Pulse-Field Gel Electrophoresis ; PFGE), le polymorphisme de taille des fragments de restriction (Restriction Fragment Length Polymorphism ; RFLP) et le polymorphisme de taille des fragments issus du clivage par l'endonucléase Cleavase 1 (Cleavase I-Fragment Length Polymorphism ; CFLP) (Olive et Bean. 1999. J. Clin. Microbiol. 37 :1661-1669).
Malgré le temps et les efforts nécessaires aux mise au point et mise en oeuvre expérimentales, les profils de restriction ainsi générés s'avèrent souvent extrêmement complexes et ardus d'analyse et d'interprétation, requérant pour ce faire l'assistance de logiciels adaptés. Aussi les investissements imposés par la mise en #uvre de telles méthodes
peuvent-ils être en définitive élevés, voire prohibitifs pour certaines structures, notamment les laboratoires et industries de petite envergure.
Plus simples et plus rapides, les réactions d'amplification, et notamment l'amplification par polymérisation en chaîne, plus communément appelée PCR (Polymerase Chain Reaction), permettent de caractériser des séquences d'acides nucléiques spécifiques d'espèces, en ciblant soit des gènes ubiquitaires tels ceux codant les ARN ribosomaux 16S ou les D-alanine:D-alanine ligases, enzymes pivots du métabolisme de la paroi bactérienne (Evers et al. 1996. J. Mol. Evol. 42 : 706-712), soit des espaces intergéniques telle la région située entre les ADN ribosomaux 16S et 23S (Gurtler et Stanisich. 1996. Microbiology 142 (Pt 1) : 3-16).L'amplification passe par l'utilisation d'amorces nucléotidiques capables d'hybrider avec des séquences complémentaires présentes dans les molécules d'acides nucléiques servant de matrices. Il s'agit là d'une technique simple, facile à mettre en #uvre en routine, fiable et reproductible si les outils utilisés, notamment les amorces, l'ADN polymérase et, dans le cas des amplifications thermo-dépendantes, les conditions de température, sont eux-mêmes respectivement spécifiques, fidèle et adaptées.
Dans le cadre de l'identification des bactéries, l'amplification, notamment la PCR, peut être appliquée seule ou, pour une différenciation plus fine des espèces, couplée à d'autres techniques, parmi lesquelles la détermination de la séquence des produits d'amplification, le RFLP et le polymorphisme de taille des produits d'amplification (Amplified Fragment Length Polymorphism ; AFLP) (Olive et Bean, 1999, supra). La mise en #uvre de ces dernières combinaisons de techniques, manifestement plus longue et plus lourde, n'est cependant pas nécessaire à l'établissement d'une analyse de routine.
En définitive, aux fins d'une telle analyse, qui doit être à la fois simple, rapide et efficace, la technique d'amplification peut se suffire à elle- même, pour autant que les moyens et outils utilisés répondent aux
exigences de spécificité, fiabilité, reproductibilité et pouvoir discriminant évoquées supra. Une telle technique présente en outre l'avantage d'être particulièrement sensible et, en conséquence, de permettre de traiter de faibles volumes et/ou quantités d'acides nucléiques.
Ainsi, compte-tenu des enjeux considérables en termes de santé et sécurité publique, il s'avère absolument nécessaire de développer des procédés de détection et identification des bactéries satisfaisant aux critères suivants, lesdits critères étant imposés par les exigences de mise en #uvre en routine rencontrées par les cliniciens, laboratoires de recherche et d'analyses, industries agroalimentaires et pharmaceutiques : (i) simplicité ; (ii) rapidité ; (iii) acuité ; (iv) fiabilité ; (v) reproductibilité ; (vi) performance, notamment au niveau du nombre d'échantillons susceptibles d'être traités simultanément ; (vii) coût ; et (viii) volume des installations.
La présente invention concerne donc un procédé de détection, identification et, le cas échéant, quantification des bactéries contenues dans un mélange complexe ou en milieu aqueux, ledit procédé remplissant l'ensemble des impératifs de mise en #uvre répertoriés ci-dessus. Ce procédé implique la réalisation d'au moins deux réactions d'amplification, simultanées mais séparées dans l'espace, d'au moins deux séquences d'acides nucléiques cibles spécifiques et exclusives d'au moins deux espèces, genres ou groupes bactériens distincts. A cet égard, ledit procédé comprend au moins les étapes suivantes : a) la mise en contact de l'échantillon d'acides nucléiques avec au moins deux couples d'amorces pour amplification et, le cas échéant, au moins deux sondes associées, chaque couple et chaque sonde associée audit couple étant spécifiques et exclusifs d'une séquence nucléotidique cible ; b) l'amplification des séquences nucléotidiques cibles, notamment par PCR en temps réel ; et
c) la détection de la présence, l'identification et, le cas échéant, la quantification des bactéries contenues dans le mélange complexe ou dans l'eau de départ.
Les amorces pour amplification et sondes associées objets de la présente invention ont été choisies à partir de séquences cibles issues de la littérature en application du critère suivant, dit de double spécificité, à savoir une spécificité de séquence et de taille.
D'une part, la spécificité de séquence est telle que : (i) lesdites amorces et sondes associées pourraient être utilisées dans le cadre de réactions d'amplification de type multiplex, c'est-à-dire des réactions d'amplification multiples, simultanées et ayant lieu au sein d'un seul et même milieu réactionnel, et ce, sans risque d'obtenir des produits d'amplification secondaires non désirés, susceptibles de fausser l'analyse ; (ii) elles ne sont pas hybridables entre elles, ce qui prévient l'obtention de résultats faussement négatifs ; et (iii) elles sont spécifiques de séquences nucléotidiques elles-mêmes spécifiques d'espèces ou de genres, voire de groupes bactériens.
D'autre part, la spécificité de taille des produits d'amplification générés permet d'attribuer sans ambiguïté, au moyen de méthodes analytiques conventionnelles connues de l'homme du métier, telle l'électrophorèse sur gel, chacun desdits produits à la bactérie dont il est issu.
Lesdites amorces pour amplification et sondes associées, en sus d'être spécifiques, sont également exclusives dans les conditions d'utilisation décrites dans le cadre de la présente invention.
motifs (VIII) dans lesquels le reste Z représente un groupement alcényle en C2-C6 (de préférence vinyle), et où x est au moins égal à 1, éventuellement associés à des motifs (VII), et d'autre part, d'un hydrogénopolysiloxane POS =SiH linéaire, ramifié ou réticulé constitué de motifs (VIII) dans lesquels le reste Z représente alors un atome d'hydrogène et où x est au moins égal à 1, éventuellement associés à des motifs (VII).
Concernant le polyorganohydrogénosiloxane ss, il est avantageusement choisi parmi les homopolymères et les copolymères linéaires, cycliques ou en réseau présentant en moyenne, par molécule, de préférence au moins 3 atomes d'hydrogène liés à des atomes de silicium différents et dont les radicaux organiques liés aux atomes de silicium sont choisis parmi les radicaux méthyle, éthyle ; 60% molaire au moins de ces radicaux (et de préférence la totalité de ces radicaux) étant des radicaux méthyle.
Selon une disposition avantageuse, le POS (ss) est utilisé en quantité telle que le rapport molaire des fonctions hydrures du POS (ss) sur les groupes vinyles POS (a) soient compris entre 1,1 et 4.
Des exemples de motifs siloxyles composant le POS ss) sont H(CH3)2SiOi/2, H(CH3)SiOZiz, H(CHS)SiO2iz.
A titre d'exemples de POS (ss), on peut citer : - les diméthylpolysiloxanes à extrémités hydrogénodiméthylsilyles, - les copolymères à motifs (diméthyle)-(hydrogénométhyle) polysiloxanes à extrémités triméthylsilyles, - les copolymères à motifs (diméthyle)(hydrogénométhyle) polysiloxanes à extrémités hydrogénodiméthylsilyles, - les (hydrogénométhyles)polysiloxanes à extrémités triméthylsilyles, - les (hydrogénométhyles)polysiloxanes cycliques.
Ces POS a & ss sont par exemple respectivement un polyorganovinylsiloxane et un polyorganohydrogénosiloxane. Les substituants organiques autres que les groupements réactifs vinyle et hydrogène, sont par exemple des méthyles ou des cyclohexyles. Les hydrogènes et les vinyles sont portés par des motifs siloxyles M = [ R3SiO- ] et/ou D = [ -(R)2SiO- ] et/ou T = [ -(R)SiO- ].
Ces motifs M, D hydrogénés ou vinyles comportent respectivement chacun un ou plusieurs H ou Vinyle, de préférence un seul.
Le nombre de motifs =SiH ou =SiVi par molécule est de préférence supérieur ou égal à 2.
Cela peut notamment représenter de 0,01% à 10 % (de préférence 0,1à 2 %) de vinyle en poids pour le POS a et de 0,001 % à 5 % (de préférence 0,05 à 2 %) d'hydrogène en poids pour le POS ss.
Des POS (3 appropriés sont : o les polyméthylhydrogénosiloxanes à extrémités-Si(CH3)3, o les polydiméthylsiloxanes à extrémités -Si(CH3)2H, o les copolymères méthylhydrogénodiméthylsiloxanes à extrémités -Si(CH3)2H, o les copolymères méthylhydrogénométhyloctylsiloxanes, o et les polymères méthylhydrogénocyclosiloxanes.
En général, les POS a & ss ont une masse moléculaire moyenne comprise entre 1.102 et 1.10 (g/mol).