INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
Les composants sont connectés selon un schéma prédéterminé considéré fixe pour chaque exécution du système Configurateur. Ces connexions sont définies par l'architecture du modèle global de simulation et spécifiées par le fichier de description d'architecture (FDARCH) (voir annexes A1-A5).
Chaque instance d'un composant dans ce schéma obtient un nom ou label qui identifie de façon non équivoque la position du composant et son type.
Le fichier de définition de la configuration (FCONF) fournit une description synthétique de la variante de Configuration à générer par le système Configurateur. Seuls les composants principaux (Composants Actifs, Blocs de Monitoring et Blocs de Vérification) y sont mentionnés avec les types de modèles souhaités. Les autres composants (Blocs Globaux, Blocs Système et Blocs Intermédiaires) seront instanciés automatiquement par le système configurateur.
Parmi les différents types de composants, les "Composants Actifs" constituent le sous-ensemble des objets explicitement désignés dans le fichier de configuration (FCONF) et qui échangent des stimuli en émission et réception avec leur environnement.
Parmi les différents types de composants, les "Blocs de Monitoring et Vérification" constituent le sous-ensemble des objets, explicitement désignés dans le fichier de configuration (FCONF), qui ne font que recevoir des informations de leur environnement. Ils sont utilisés à des fins d'observation et de Vérification (MONITOR, VERIFIER). La granularité de traitement de ces modèles est l'événement qui rend compte des changements de valeurs des signaux de contrôle et des échanges arbitraires de données.
Tous les autres Composants constituent des composants dits implicites, qui sont gérés et instanciés de façon automatique par le système configurateur, en fonction des paramètres du fichier de configuration (FCONF) (type de composants explicites, type d'interface, ...).
Les composants peuvent être connectés entre eux directement ou par l'intermédiaire de composants d'adaptation externe dits "Blocs
Intermédiaires" définis et déclarés spécialement à cet effet. Ils sont souvent utilisés, comme nous le verrons par la suite, lors des phases successives de développement pour compléter les parties manquantes du design.
Le système Configurateur peut insérer ainsi un ou plusieurs blocs intermédiaires pour connecter deux composants actifs.
Les composants dits "Blocs Systèmes" sont associés aux autres composants pour leur fournir les signaux d'environnement qui leur sont spécifiques. Ces composants encapsulent, au niveau de chaque interface, l'ensemble des signaux système ne participant pas à la connexion entre les autres composants. Les "Blocs Systèmes" sont eux-mêmes connectés aux "Blocs Globaux" et gèrent l'ensemble des signaux d'environnement : les signaux d'horloge et de contrôle général (dock, reset, powergood, diagnostic), qui peuvent être éventuellement transformés pour les adapter au besoins du bloc actif correspondant (changement de polarité, retard etc.), ainsi que les signaux spécifiques, différents pour chaque instance particulière du composant actif concerné, par exemple les signaux codant le numéro de module ou le mode de fonctionnement du composant, etc... Ces derniers sont gérés par des paramètres fournis par le système Configurateur aux instances de modèles des composants générés. Si, pour un Composant donné, le Bloc Système n'est pas nécessaire (ce qui est indiqué par les tables de description de la configuration), il sera relié directement aux Blocs Globaux (cf. 1 de A2).
Le fichier de configuration (FCONF) peut contenir des informations supplémentaires spécifiant des blocs intermédiaires à utiliser en association avec les instances des composants actifs. Ainsi, l'utilisateur peut influencer le choix du composant intermédiaire, ou lever l'ambiguïté, dans le cas de plusieurs choix possibles. Les connexions ainsi obtenues sont comparées à la table de règles de cohérence de connexions (TRCOH) pour détecter des incompatibilités entre extrémités de connexions entre les composants et, en pareil cas, choisir et ajouter, dans la table de connexion des instances (TCINST), encore un composant adaptateur (Bloc Intermédiaire) inséré dans la connexion considérée.
Le système Configurateur s'appuie sur une représentation générique, telle que décrite sur les figures 3a à 3c, commune à l'ensemble des composants déclarés dans le fichier de description d'architecture (FDARCH) du modèle global de simulation, et comprenant deux parties, de type HDL (par exemple VERILOG ou VHDL) et de type HLL (par exemple C++).
L'on peut également citer à titre purement illustratif les balises moléculaires ( molecular beacons ), appartenant au groupe des sondes d'hybridation. Ces balises portent un fluorophore et un quencheur, respectivement situés aux extrémités 5' et 3' des sondes. Les séquences des extrémités 5' et 3' des sondes sont dessinées indépendamment de la séquence cible et sont mutuellement complémentaires, afin de former en solution une structure tige-boucle, ou structure en épingle à cheveux, dans laquelle fluorophore et quencheur sont situés en vis-à-vis. La région centrale des sondes est complémentaire d'une région interne de la séquence cible, et forme la boucle de cette structure. En présence de la séquence cible, les sondes s'hybrident à leur séquence complémentaire par leur partie centrale, ce qui provoque le déploiement de la structure repliée des sondes. Le fluorophore est alors séparé du quencheur. A la différence de la chimie TaqManTM, la fluorescence émise doit être mesurée durant l'étape d'hybridation, lorsque les sondes émettent un signal fluorescent en se liant à la région de la séquence cible qui leur est complémentaire.
Au sens de la présente invention, le terme analyse ainsi que l'expression détection de bactéries sont susceptibles de signifier à la fois détection, identification et, le cas échéant, quantification desdites bactéries. Un tel sens ressort pour l'homme du métier clairement et sans équivoque du contexte.
La présente invention concerne un procédé d'amplifications multiples, simultanées mais séparées dans l'espace dans la mesure où se déroulent, non pas une réaction d'amplification à l'aide d'un trio unique comprenant un couple d'amorces et une sonde associée, mais plusieurs réactions concomitantes d'amplification de plusieurs séquences cibles différentes présentes dans le même échantillon, lesdites réactions étant telles que : (i) elles mettent en jeu plusieurs trios distincts associant couples d'amorces et sondes ; (ii) à chaque couple d'amorces et sonde associée est assigné un espace réactionnel particulier ; et (iii) chaque réaction d'amplification est effectuée au sein d'un milieu réactionnel spécifique, contenu dans ledit espace.
Avantageusement, un tel espace est une chambre réactionnelle d'une cartouche à usage unique décrite dans la demande de brevet US n 09/981070 bénéficiant de la priorité de la demande de brevet français publiée le 1er février 2002 sous le numéro 2812306. Par exemple, une telle cartouche comprend notamment une pluralité de chambres réactionnelles, chacune contenant un couple d'amorces et une sonde associée pour l'amplification de séquences nucléotidiques cibles, auxquelles se trouve relié un réservoir d'alimentation en échantillon d'acides nucléiques servant de matrices lors des amplifications multiples, simultanées mais séparées dans l'espace. Le nombre de chambres réactionnelles peut varier de 20 à 500 environ, ou de 30 à 100 environ. Par exemple, le Genedisc, commercialisé par GeneSystems (Bruz, France), comprend 36 chambres réactionnelles.
Cette cartouche est utilisable dans un dispositif de type automate pour l'amplification de séquences d'acides nucléiques, ledit dispositif comprenant, outre la ou les cartouches elles-mêmes, au moins une platine de chauffage dont au moins deux zones distinctes peuvent être portées à au moins deux températures différentes et maintenues constantes, chaque température correspondant ainsi à une étape donnée d'un cycle d'amplification, à savoir l'étape de dénaturation, d'hybridation ou
d'élongation, ainsi que des moyens de déplacement relatif entre la ou les cartouches et la ou les platines, ledit déplacement assurant une exposition cyclique des chambres réactionnelles d'une cartouche à la température de chacune des zones d'une platine, ce qui permet d'enchaîner automatiquement les cycles de la réaction d'amplification se déroulant à l'intérieur desdites chambres.
Au sens de l'invention, le terme plusieurs s'entend comme étant synonyme des expressions, elles-mêmes équivalentes, au moins deux et deux ou plus .
Les acides nucléiques couvrent, selon l'acception usuelle, les ADN et les ARN, les premiers pouvant être par exemple génomiques, plasmidiques, recombinants, complémentaires (ADNc), et les seconds, messagers (ARNm), ribosomaux (ARNr), de transfert (ARNt).
Les réactions d'amplification sont applicables tant aux ADN qu'aux ARN, moyennant dans le second cas, l'introduction d'une étape préliminaire de transcription inverse, fournissant une copie de l'ARN sous la forme d'un ADNc et générant par là-même une matrice utilisable aux fins de l'amplification à l'aide des couples d'amorces nucléotidiques choisis et, le cas échéant, des sondes associées auxdits couples. En ce cas, la réaction d'amplification est connue de l'homme du métier sous l'acronyme RT-PCR (Reverse Transcription - PCR). Elle figure parmi l'ensemble des réactions regroupées, conformément à la définition supra, sous la dénomination amplification ou PCR .
D'après le vocabulaire usuel en matière de PCR, les séquences d'acides nucléiques à amplifier sont dites cibles ou matrices .
Comme précisé supra, dans le contexte particulier de la présente invention, lesdites séquences sont revêtues des propriétés de spécificité et exclusivité telles que définies supra.
Ainsi, selon le procédé objet de la présente invention, les séquences d'acides nucléiques cibles sont amplifiées à l'aide de couples d'amorces nucléotidiques spécifiques et exclusives, l'expression amorce spécifique
et exclusive désignant en l'espèce toute séquence nucléotidique utile comme amorce pour amplification et capable d'hybrider en conditions strictes avec au moins 80 % des séquences d'acides nucléiques cibles. Les conditions strictes d'hybridation obéissent à la définition classique et sont connues de l'homme du métier (Sambrook et Russel. 2001. Molecular cloning : a laboratory manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y.) Des conditions strictes d'hybridation sont, par exemple, des conditions permettant l'hybridation spécifique de deux séquences d'ADN simple brin, et ce, après au moins une étape de lavage.
L'étape d'hybridation peut notamment être réalisée à environ 65 C, dans une solution comprenant du SSC 6X, du SDS 0,5 %, de la solution de Denhardt 5X et 100 g d'ADN non spécifique (par exemple de l'ADN de sperme de saumon), ou dans toute autre solution de force ionique équivalente. L'étape suivante, comprenant au moins un lavage, est par exemple effectuée à environ 65 C, dans une solution comprenant du SSC à au plus 0,2X et du SDS à au plus 0,1 %, ou dans toute autre solution de force ionique équivalente. Les paramètres définissant les conditions d'hybridation dépendent de la température Tm à laquelle 50 % des brins appariés se séparent. S'agissant des séquences de plus de 30 bases, la température Tm est définie par la relation : Tm = 81,5 + 0,41x(% G+C) + 16,6xLog(concentration en cations) - 0,63x(% formamide) - (600/nombre de bases). Pour les séquences de moins de 30 bases, la température Tm est définie par la relation : Tm = 4x(nombre de G+C) + 2x(nombre de A+T).
Les conditions d'hybridation peuvent donc être adaptées par l'homme du métier selon la taille des séquences, la teneur en GC et d'autres paramètres, comme indiqué notamment dans les protocoles décrits dans Sambrook et Russel (2001, supra).
Dans la suite du présent texte, les amorces et les sondes seront de préférences définies par leur pourcentage d'identité avec les séquences décrites. Plusieurs logiciels existent pour calculer le pourcentage d'identité entre deux séquences, au nombre desquels figure le logiciel BLAST, qui
Selon une autre particularité du procédé, le fichier de définition de configuration comprend, pour chaque composant, au moins une partie en langage de type HDL, ladite partie en langage de type HDL fournissant une interface vers d'autres modèles.
Selon une autre particularité du procédé, les modèles comprenant une partie en langage de type HLL comprennent des adaptateurs d'interface.
Selon une autre particularité, le système Configurateur choisit chaque modèle d'adaptateurs d'interface en fonction de la table de règles de cohérence de connexions.
Selon une autre particularité du procédé, les connexions des signaux physiques sont spécifiés par des "Ports", chaque port étant une sélection arbitraire des signaux de l'interface de type HDL d'un composant à l'aide des
expressions régulières portant sur les noms de ces signaux, et étant constitué de paires expression régulière / expression de substitution, ces expression étant appliquées successivement au nom de chaque signal de l'interface de type HDL, et, si la substitution finale est identique pour deux signaux, ces derniers sont connectés entre eux, la connexion étant mémorisée dans la table de câblage.
Selon une autre particularité du procédé, chaque adaptateur d'interface étant partagé entre plusieurs modèles connectés sur le même port, un seul de ces modèles émet des signaux sur ledit port.
Un autre but de l'invention est de proposer un système Configurateur qui permette de pallier un ou plusieurs des inconvénients précédents.
Ce but est atteint par le système de traitement de données pour l'établissement automatique d'un modèle global de simulation d'une configuration de blocs fonctionnels déterminés, mutuellement reliés par des connexions d'interfonctionnement, pour constituer le modèle global de simulation d'une architecture comprenant des modèles de circuits intégrés en développement pouvant constituer une machine répondant à la spécification fonctionnelle d'une configuration, système caractérisé par le fait que le système de traitement de données utilise un programme Configurateur qui comprend des moyens de réaliser une simulation du câblage par l'application d'expressions régulières mémorisées, d'utiliser un fichier de définition de configuration en langage de haut niveau, une table de composants et de règles de connexion décrivant les propriétés (type, Interfaces de type HDL, ports, constructeurs d'objets de classes HLL, etc...) des composants logiciels de simulation du circuit, une table de règles de cohérence de connexions en langage de haut niveau (HLL), des moyens d'instancier les éléments résultants du fichier de définition de configuration, un générateur du code HLL qui combine les paramètres des composants avec les règles de connexion.
Selon une autre particularité du système, il existe au moins cinq types de composants : les Composants actifs, les Blocs de Monitoring et de
Vérification, les Blocs intermédiaires, les Blocs Système et les Blocs Globaux.
Selon une autre particularité du système, il est agencé pour effectuer un contrôle de conformité des connexions en comparant la table de connexion des instances avec une table de règles de cohérence des connexions physiques entre les modèles choisis des blocs constituant le modèle global.
Selon une autre particularité du système, il est agencé pour comparer la table de connexion des instances réelles entre blocs à la table de règles de cohérence des connexions, pour détecter des incompatibilités entre extrémités de connexions entre blocs, et, en pareil cas, pour spécifier, et ajouter, dans la table de règles de cohérence des connexions réelles, un bloc fonctionnel adaptateur inséré dans la connexion considérée.
Selon une autre particularité du système, la table de composants et de règles de connexion, comprenant les propriétés des composants, contient des paramètres globaux communs à tous les types de composants et se présente sous forme d'une table répartie suivant une ou plusieurs tables, associatives ou non, dont les entrées sont des noms désignant l'ensemble des modèles possibles pour un même composant.
Selon une autre particularité du système, les tables associatives peuvent contenir la description, soit sous forme de suites de paramètres, ou bien sous forme de références à des procédures qui génèrent les valeurs requises, les entrées de ces tables associatives étant des noms désignant l'ensemble des modèles possibles pour un même composant et formant une chaîne de caractères contenant des identificateurs spéciaux prédéterminés, substitués par les valeurs calculées par le système Configurateur.
Selon une autre particularité du système, au moins trois sélecteurs indiquent l'instance à prendre en compte, cette dernière étant transmise comme paramètre à un constructeur d'un objet HLL : - un premier sélecteur indique l'instance courante, - un deuxième sélecteur précise l'instance connectée à l'autre extrémité du port,
- un troisième sélecteur indique l'instance composée correspondant au Composant actif contenant le port d'observation.
(5) les polymères dérivés du chitosane décrits notamment dans les brevets français N -2137684 ou US-3879376, comportant des motifs monomères répondant aux formules (XIII), (XIV), (XV) suivantes réunies dans leur chaîne: le motif (XIII) étant présent dans des proportions comprises entre 0 et 30%, le motif (XIV) dans des proportions comprises entre 5 et 50% et le motif (XV) dans des proportions comprises entre 30 et 90%, étant entendu que dans ce motif (XV), R25 représente un radical de formule : R27 R28 R26 C - (O)q - C-H dans laquelle q désigne zéro ou 1 ; si q=0, R26, R27 et R28, identiques ou différents, représentent chacun un atome d'hydrogène, un reste méthyle, hydroxyle, acétoxy ou amino, un reste monoalcoylamine ou un reste dialcoylamine éventuellement interrompus par un ou plusieurs atomes d'azote et/ou éventuellement substitués par un ou plusieurs groupes amine, hydroxyle, carboxyle, alcoylthio, sulfonique, un reste alcoylthio dont le groupe alcoyle porte un reste amino, l'un au moins des radicaux R26, R27 et R28 étant dans ce cas un atome d'hydrogène ;
(7) Les polymères répondant à la formule générale (XI) tels que ceux décrits par exemple dans le brevet français 1 400 366 : dans laquelle R29 représente un atome d'hydrogène, un radical CH30, CH3CH20, phényle, R30 désigne l'hydrogène ou un radical alkyle inférieur tel que méthyle, éthyle, R31 désigne l'hydrogène ou un radical alkyle inférieur tel que méthyle, éthyle, R32 désigne un radical alkyle inférieur tel que méthyle, éthyle ou un radical répondant à la formule : -
(8) Des polymères amphotères du type-D-X-D-X- choisis parmi: a) les polymères obtenus par action de l'acide chloracétique ou le chloracétate de sodium sur les composés comportant au moins un motif de formule : -D-X-D-X-D- (XVII) où D désigne un radical et X désigne le symbole E ou E', E ou E' identiques ou différents désignent un radical bivalent qui est un radical alkylène à chaîne droite ou ramifiée comportant jusqu'à 7 atomes de carbone dans la chaîne principale non substituée ou substituée par des groupements hydroxyle et pouvant comporter en outre des atomes d'oxygène, d'azote, de soufre, 1 à 3 cycles aromatiques et/ou hétérocycliques ; atomes d'oxygène, d'azote et de soufre étant présents sous forme de groupements éther, thioéther, sulfoxyde, sulfone, sulfonium, alkylamine, alkénylamine, des groupements hydroxyle, benzylamine, oxyde d'amine, ammonium quaternaire, amide, imide, alcool, ester et/ou uréthanne ; b) les polymères de formule :
Le ou les tensioactifs peuvent être indifféremment choisis, seuls ou en mélanges, au sein des tensioactifs anioniques, amphotères, non ioniques, zwittérioniques et cationiques. Toutefois, les tensioactifs anioniques seront différents des alkyls sulfates en C14-C30 utilisés dans l'association décrite ci-avant.
Le ou les tensioactifs sont de préférence choisis parmi les tensioactifs non ioniques.
D'autres décompositions du bloc d'instructions #0 peuvent être envisagées, par exemple : no = 'y' 0 y' 1 avec y' 0 . Ro Y'1 : Ro Cette décomposition est envisageable dans la mesure où l'instruction fictive i <- i-0 peut être exécutée à tout instant au cours du bloc #0. On constate dès lors que les blocs élémentaires [gamma]'0 et y2 sont identiques. Le tableau 1 est alors modifié alors de la manière suivante.
k s (Di = 1) [gamma]'0 : Ro Ro.Ro ; i i-1 0 0 [gamma]'1 : Ro Ro.Ri ; i i-0 1 1 (Di = 0) [gamma]'0 : Ro Ro.Ro ; i i-1 0 1 tableau 1' Le pointeur s devient ici superflu dans la mesure où seules deux blocs élémentaires sont possibles [gamma]'0 et y'1. On obtient finalement le bloc élémentaire commun r' et l'algorithme protégé suivant (voir aussi figure 4) : Initialisation : Ro Tant que i # 0 : répéter le bloc élémentaire commun r'(k,s) . k Ro Retourner Ro.
Algorithme "Square-And-Multiply" protégé (2ème version) D'autres algorithmes peuvent également être protégés selon l'invention.
L'algorithme d'exponentiation dit "Right-To-Left binary algorithm" (appelé par la suite algorithme 2) par exemple est assez similaire à l'algorithme "Square-And Multiply". Il permet de réaliser une opération de type Y = XDen partant du bit le plus faible de D de la manière suivante : Initialisation .
Ro Tant que i # M-1, répéter : Si Di = 1, alors réaliser le bloc #0 :
Ro Ri Si Di = 0, alors réaliser le bloc #1 : Ri Retourner Ro .
Algorithme 2, dit "Right-To-Left binary algorithm" Les bloc #0, l'Il peuvent par exemple se décomposer de la manière suivante :
k s #0 (Di = 1) yO : Ro Ro.Ri ; i i+O 0 0 [gamma]1 : R1 Ri. Ri ; i i+1 1 1
fil (Di = 0) -Y2 R.1 yO, yl sont utilisés pour décomposer Ho, I-11, le pointeur s est donc inutile. On peut par exemple choisir le bloc élémentaire commun r suivant : #(k) : Rk <- Rk.Ri i <- i+k et mettre à jour le pointeur k avant chaque réalisation du bloc r(k) selon l'instruction k <- k # D1.
On obtient finalement l'algorithme 2 protégé ci-dessous, où # désigne l'opérateur OU-Exclusif : Initialisation : Ro Tant que i # M-l : répéter le bloc élémentaire commun F(k,s) : k <- k # Di
Rk Retourner Ro.
Algorithme "Right-To-Left binary algorithm" (algorithme 2) protégé Les exemples ci-dessus décrivent des algorithmes au cours desquels on exécute deux blocs d'instructions #0 ou #1 en fonction d'une variable d'entrée D1. L'invention peut cependant s'appliquer à des algorithmes utilisant plus de deux blocs d'instructions #. Par exemple, si on considère l'algorithme dit "(M, M3) algorithm" (appelé par la suite algorithme 3) : Initialisation : Ro Tant que i 0, répéter : Si Di = 0, réaliser le bloc d'instructions #0 : Ro Si Di = 1 ET (Di-i = 0), réaliser le bloc #1 : Ro Ro Si Di = 1 ET (Di-1 = 1), réaliser le bloc #2 : Ro Ro Ro Retourner Ro.
Algorithme dit " (M, M3) algorithm" (algorithme 3) ET est la fonction ET logique.
En remplaçant les carrés (Ro)2 par des multiplications R0.R0, et en introduisant des instructions
fictives de type i
De manière avantageuse, il peut être réalisé en Inconel.
Le dispositif peut comporter un capteur de la vitesse de rotation de l'hélice, logé dans le support et placé dans l'axe de l'hélice.
La présente invention concerne également un procédé de montage d'une hélice sur un support pour l'acquisition de données dans un écoulement. Il comporte les étapes suivantes : fixation d'un palier fixe sur le support, positionnement, dans une première position, d'un palier mobile sur le support, le palier mobile étant suffisamment éloigné du palier fixe pour placer
l'axe de l'hélice entre eux, les paliers comportant chacun une empreinte sensiblement conique, mise en place de l'axe de l'hélice, cet axe ayant des extrémités sensiblement coniques, chacune d'entre elles devant se loger dans une empreinte, positionnement du palier mobile, dans une seconde position, en butée sensiblement sans jeu contre l'axe, solidarisation d'une butée par rapport au support, cette butée devant coopérer avec le palier mobile, sa position prenant en compte un jeu prédéterminé à aménager entre le palier mobile et l'axe, déplacement du palier mobile jusqu'à une troisième position qui l'éloigne du palier fixe du jeu prédéterminé et qui le met en appui contre la butée.