INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
- La synthèse d'un ou 2 OS supplémentaires, dans la limite de 4 OS par SND, est effectuée même pour des complexités inférieures à 512, lorsque ces OS supplémentaires lèvent significativement la complexité de l'OS dégénéré initial.
- Les séquence des OS 5', dont l'élongation par les polymérases d'ADN doit correspondre aux acides aminés situés en aval du motif peptidique considéré (motifs 1 et 2), sont celles du brin ADN (+), alors que celles des OS 3', à partir desquels l'élongation doit correspondre aux acides aminés situés en amont du motif peptidique considéré (motifs 2,3 et 4), sont celles du brin ADN (-). Les OS correspondants au motif peptidique 2 ont été synthétisés sur les deux brins, pour pouvoir effectuer une élongation dans les deux sens.
- Chaque OS comprend des nucléotides supplémentaires permettant d'introduire en 5' la séquence correspondant à un site de restriction, EcoRI pour les OS5', BamHI pour les OS 3', et dans tous les cas une séquence GGAA 5'-terminale favorisant l'arrimage des polymérases et nucléases en amont du site de restriction.
- Suivant ces critères, les OS PTLVE5' (83 a et b, 140 a à d) et PTLVE3' (145 a à d, 228 a à h, 241 a et b) (pour Primate T-Leukemia Virus-like Env), définis ci-dessus ont été synthétisés respectivement pour des élongations en 5' ou 3' du motif ciblé.
3. Mise au point des conditions d'amplification avec les oligonucléotidiques sur des séquences témoins Pour la mise au point de l'amplification de séquences reconnues par les OS décrits cidessus, les inventeurs ont utilisé des préparations ADN témoins de plasmide contenant la séquence d'enveloppe HTLV-1 et des préparations témoins dépourvues de cette séquence. La stratégie d'amplification d'ADN qui a été sélectionnée consiste à enchaîner deux réactions d'amplification par un mélange des polymérases Taq et Pwo sur thermocycler dans les conditions dites de "touch-down" et combinant 2 couples d'OS différents.
Les premiers résultats d'amplification probants et reproductibles (amplification spécifiques de séquences HTLV sans amplification sur les préparations témoins) sont ceux obtenus avec la combinaison des OS PTLVE5'83b et PTLVE3'240b, pour la première réaction d'amplification, suivie d'une 2ème réaction combinant les OS PTLVE5'83b et PTLVE3' 146a sur un échantillon de la 1ère réaction. Dans les deux cas les conditions de "touch-down" incluent 15 cycles combinant chacun dénaturation à 94 C suivi d'une étape d'appariement et d'élongation effectuée à la même température, cette température étant comprise pour chaque cycle entre 65 et 50 C avec un pas décroissant de 1 C entre le 1er et le 15è cycle. Ces 15 cycles sont suivis de 30 cycles classiques d'amplification avec une température d'appariement à 50 C et d'élongation à 72 C.
4. Construction et séquençage d'une banque de fragments amplifiés à partir des réactions d'amplification Un échantillon de la 2ème réaction d'amplification décrite ci-dessus est utilisé pour générer une banque des séquences amplifiées. Pour cela 4 l sur les 50 l de la 2ème réaction est utilisé pour ligation dans un vecteur de type pCR4-TOPO (Invitrogen) et transformation de bactéries. Entre 10 et 100 colonies résistantes à la kanamycine sont repiquées pour chaque ligation et mises en culture. L'ADN plasmidique de chaque colonie est analysé par séquençage en utilisant des séquences amorces universelles T3 et T7 du vecteur.
II PREMIERS RESULTATS OBTENUS A PARTIR D'ECHANTILLONS HUMAINS ET DE PRIMATES Les conditions décrites ci-dessus ont été appliquées à trois types d'échantillons d'ADN :
- Des échantillons d'ADN génomique de "patients séroindéterminés", caractérisés par une sérologie suggérant une infection antérieure par HTLV mais chez lesquels aucun diagnostic définitif n'a pu être établi. Chez ces patients, notamment, une recherche par amplification d'ADN de séquences HTLV gag, pol ou tax sont négatives.
- Des échantillons d'ADN génomique de "patients HTLV-1" chez lesquels une infection HTLV-1 caractéristique a été identifiée.
- Des échantillons d'ADN génomique de singes Mangabey agiles (Cercocebus Agilis) qui présentent une sérologie PTLV positive et chez lesquels des séquences Tax HTLV-1 ou STLV-L ont pu être amplifiées.
L'application de la méthode décrite ci-dessus a permis de détecter la présence de séquences de type SU de PTLV chez les trois types d'échantillons, y compris chez les "patients séroindéterminés".
L'analyse des séquences et de leurs capacités codantes au niveau de la région de SU concernée a permis de faire les observations suivantes: 1. Résultats obtenus sur "patients séroindéterminés" En appliquant la méthode décrite ci-dessus sur l'ADN d'un "patient séroindéterminé" (échantillon No. 424), décrit comme ne portant pas de séquence de type HTLV, les inventeurs ont pourtant pu amplifier et caractériser des séquences de type SU de PTLV.
Au niveau nucléotidique, les séquences identifiées à partir de l'échantillon No. 424 sont de plusieurs types : des séquences HTLV-1 identiques à celles déjà décrites dans la littérature et de nouveaux variants. Au niveau codant, les séquences nucléotidiques se traduisent en trois types de séquences : - Des séquences d'acides aminés identiques à celles des souches HTLV-1 déjà connues.
- Des variants de souches HTLV-1 avec 1 ou 2 résidus jamais décrits auparavant.
- Des variants de souches HTLV-1 avec 1 ou 2 résidus décrits comme communs aux seules souches HTLV-2 ou STLV-L.
Si ces inefficiences ne sont pas traitées par un opérateur du marché, alors une incitation économique subsiste pour que des publicitaires produisent des services automatisés de leur propre chef afin qu'ils interagissent avec les systèmes de gestion de compte de l'opérateur de marché pour obtenir l'avantage économique disponible en relation avec les services automatisés limités fournis par l'opérateur de marché. En tant que conséquence supplémentaire, une telle situation constitue une incitation économique pour que des tierces parties produisent des services automatisés pour des publicitaires moyennant une certaine tarification ou une coupe sombre au niveau des économies. Ceci est déjà en train d'arriver.
BREF RÉSUMÉ A titre d'introduction seulement, les présents modes de réalisation peuvent être appelés de façon collective gestion de campagne automatique. Une gestion de campagne automatique est une amélioration par rapport à un paiement existant pour des systèmes de marché. Dans le système de marché de base, un publicitaire se connecte sur l'interface de publicitaire et gère sa campagne de publicité en examinant l'information de marché et l'information rapportée à ses listings. Par exemple, un publicitaire peut identifier un jeu de termes ou d'expressions, leur description et le CPC pour chaque terme ou expression, qui est le montant que le publicitaire payera si un chercheur clique sur le listing. Un publicitaire peut également vérifier le nombre de cliquages à différents rangs pour un terme ou une expression de recherche, peut examiner les autres listings en compétition pour un terme ou une expression etc...Ensuite,
lorsqu'un terme ou une expression de recherche correspond à une interrogation de recherche qui est reçue depuis un chercheur, le publicitaire peut fournir une valeur économique à l'opérateur du marché. Afin de gérer une campagne de publicité, un publicitaire doit également assurer que le budget est en train d'être dépensé conformément à une planification sur l'ensemble de la campagne.
Les modes de réalisation qui sont décrits ici utilisent le concept d'une offre qui correspond à la valeur économique qu'un publicitaire donnera lorsque des localisations de réseau associées au publicitaire seront fournies en tant que référencement à un chercheur en réponse à une interrogation en provenance du chercheur. La valeur économique peut être un montant monétaire imputé ou imputable au publicitaire, soit de façon directe, soit de façon indirecte. La valeur économique peut être un montant qui est débité d'un compte du publicitaire. Le montant peut être un montant monétaire ou une autre valeur telle que des points de crédit. La valeur économique peut être fournie par le publicitaire à l'opérateur d'un système de recherche en base de données ou à une tierce partie.
La valeur économique est donnée lorsqu'un chercheur se référence sur une ou plusieurs localisations de réseau tel que lorsque des sites WEB de publicitaire sont fournis en tant que référencement à un chercheur. Le référencement peut être réalisé en présentant les emplacements de réseau sur un écran comme utilisé pour une entrée de données et une réception par le chercheur, seuls ou avec d'autres résultats de recherche. Ceci est appelé une impression. Selon une variante et selon un mode de réalisation qui est décrit de façon générale ici, le référencement peut se produire lorsque le chercheur clique sur ou au travers pour réaliser un accès sur les emplacements de réseau de publicitaire, comme il serait décrit de manière davantage détaillée ci-après. Ou le référencement peut être réalisé au moyen d'une quelconque autre action réalisée par le chercheur après accès aux localisations de réseau du publicitaire.
Les modes de réalisation présentés ici automatisent bon nombre des étapes réalisées par un publicitaire au niveau de la gestion d'une
campagne de publicité. Présentement, un publicitaire doit examiner de façon périodique l'état de ses listings, l'état du marché, les dépenses passées et les taux de conversion de chercheurs qui cliquent sur un site WEB de publicitaire et si oui ou non les objectifs d'affaires de la campagne sont en train d'être satisfaits. Cet examen manuel du marché et le réglage des offres des listings sont consommateurs de temps et susceptibles d'erreurs du fait qu'un publicitaire peut avoir à deviner le nombre de cliquages qu'un listing recevra à des rangs différents, si cette information n'est pas fournie par l'opérateur du marché.
Les modes de réalisation décrits d'un système de gestion de campagne automatique permettent à un publicitaire de spécifier les paramètres de la campagne de publicité. Le système prévoit un agent automatisé qui opère au nom du publicitaire, en vérifiant de façon périodique les conditions au niveau du marché et en réalisant des réglages sur les offres des listings de manière à assurer que les objectifs de la campagne sont satisfaits et que le profit du publicitaire est maximisé.
L'agent est un processus par logiciel ou une application qui fonctionne en conjonction avec des données maintenues par le système de marché. Si tout est bien - les dépenses de campagne sont conformes à une planification et les offres courantes pour les listings maximisent le profit du publicitaire-, alors l'agent ne réalise aucune action supplémentaire. Sinon, l'agent règle les offres d'un ou de plusieurs listings pour obtenir les dépenses de campagne en ligne avec le budget et pour maximiser le profit du publicitaire et envoie un message pour alerter le publicitaire des modifications. Des messages peuvent être envoyés chaque fois que des réglages sont réalisés ou ils peuvent être regroupés et envoyés de façon périodique, à la discrétion du publicitaire.
ENTRÉES, SORTIES ET BUTS Un publicitaire décrit les paramètres de la campagne de publicité en spécifiant : 1. {T1, T2,..., Tk} : les listings et leurs termes ou expressions
2. B : le budget pour la campagne 3. # : l'intervalle de campagne (des dates de début et de fin et des temps) 4. un ou plusieurs éléments pris parmi ceux qui suivent : a. C : le CPC moyen maximum sur tous les termes ou toutes les expressions b. R : le taux de conversion qui est la fraction des chercheurs qui réalisent une action au niveau du site WEB de publicitaire ; c. P : le profit moyen/action. Le profit attendu/cliquage vaut P X R.
Il est supposé que le budget B doit être dépensé de façon uniforme ou régulière sur la campagne. Si ce n'est pas le cas, le publicitaire peut spécifier une collection de campagnes séparées où chaque campagne présente un taux de dépense uniforme. Par exemple, on suppose que le premier budget est de 100000 dollars, où 20000 dollars doivent être dépensés dans le mois 1,30000 dollars doivent être dépensés dans le mois 2, et 50000 dollars doivent être dépensés dans le mois 3. La campagne irrégulière peut être rompue selon 3 campagnes séparées moyennant des taux de dépense uniformes : la campagne 1 pour le premier mois avec un budget de 20000 dollars, la campagne 2 pour le second mois avec un budget de 30000 dollars et la campagne 3 pour le troisième mois avec un budget de 50000 dollars.
L'opérateur du marché a accès à l'état courant du marché, ce qui peut être utilisé pour optimiser la campagne. Ceci inclut : 1. bi,J : l'offre pour le terme ou l'expression T, au rang j 2. cI]: le nombre de cliquages pour le terme ou l'expression T, au range j.
L'algorithme de gestion de campagne automatique est déroulé de façon périodique afin d'optimiser la campagne sur une base au fil de l'eau. Au niveau de chaque étape, l'agent qui opère au nom du publicitaire sélectionne l'offre optimum pour chaque terme ou expression dans {T1, T2, ...,Tk}. L'offre sélectionnée pour le terme ou
l'expression T, vaut b,, ce qui est sensé aboutir à c, cliquages de la part de chercheurs sur l'intervalle de campagne.
Pour chaque terme ou expression T, dans {T1, T2, ..., Tk}, son offre b, et son nombre de cliquages estimé ci étant donnés, il devient possible de déterminer : 1. le nombre total estimé de cliquages en provenance de chercheurs sur l'intervalle de campagne c, = c1 + C2 +...+ Ck.
# 9ts(S. xs, ys, zs): Référentiel 3D rapporté à la source d'émission des rayons X. S correspond au centre de la projection perspective (équivalent à un centre
optique). L'axe (S, zs) est confondu avec l'axe principal de la projection perspective (équivalent à l'axe optique).
# Ro(O, x,y) : Repère image 2D peropéraoire. Le point O correspond à l'intersection de l'axe principal avec le plan image. Les axes Ox et Oy sont respectivement parallèles aux axes Axa et Aya ainsi qu'aux axes Sxs et Sys.
# 9tj(I, u, v) : associé à l'image 2D peropératoire discrétisée. Il permet de repérer les positions de pixels de l'image 2D peropératoire par des coordonnées entières suivant une convention matricielle.
L'objectif étant de localiser dans le volume préopératoire l'outil délimité par des points radio-opaques (par exemple un ballonnet délimité par deux points radio-opaques, une endoprothèse, ou tout autre outil) sur l'image peropératoire 2D, il s'agit de définir le modèle de la transformation géométrique entre les référentiels 3D préopératoires et 2D peropératoires par projection, et inversement par rétroprojection. Cette transformation résulte physiquement des différentes transformations décrites dans la suite.
1) #RP, une transformation rigide 3D entre le référentiel 3D préopératoire RP associé à l'environnement virtuel et le référentiel 3D peropératoire RR associé à l'environnement réel. Elle peut s'exprimer suivant l'équation (1) par une matrice de transformation MRP définissant une translation et une rotation 3D de paramètres (Txrp, Tyrp, Tzrp, #xrp, #yrp, #zrp) dans un système de coordonnées homogènes :
Cette transformation amène les points du volume préopératoire à leurs correspondants dans l'espace peropératoire. Elle traduit en particulier le bougé dû aux différences d'installation du patient entre les acquisitions préopératoire et peropératoire. Dans la cas où un référentiel particulier est imposé au niveau de l'espace peropératoire, par une mire de calibrage non solidaire du système d'acquisition et disposée dans l'espace opératoire par exemple, la transformation intègre aussi la différence de choix des référentiels par rapport aux structures anatomiques. Ces structures sont supposées, par hypothèse, ne subir que très peu de déformations entre les
acquisitions pré- et peropératoires, si bien que celles-ci sont négligées et que la transformation recherchée est rigide. Pour certaines localisations ou structures anatomiques (les artères carotides exemple), cette hypothèse reste valable si la région anatomique considérée (dans l'exemple le cou) ne subit pas de déformations entre l'acquisition préopératoire et l'acquisition peropératoire. Cette condition peut être respectée en utilisant un dispositif de contention simple et non invasif, le plan d'installation du patient tenant déjà en partie ce rôle, pour reproduire l'installation du patient (au sens des déformations) entre les deux phases d'acquisition.
2) #SR, une transformation rigide 3D entre le référentiel 3D de l'environnement réel RR et le référentiel 3D rapporté à la source du système d'acquisition RS. Elle peut s'exprimer suivant l'équation (1) par une matrice de transformation MSR définissant une translation et une rotation 3D de paramètres Txsr, Tysr, Tzsr, # xsr' #ysr, #psr) dans un système de coordonnées homogènes :
Cette transformation peut être intégrée dans le modèle de transformation perspective décrit ci-après. Elle concerne alors les paramètres extrinsèques du système d'acquisition (position, orientation dans l'environnement réel). Elle permet de mettre en évidence une décomposition supplémentaire, c'est-à-dire une combinaison de deux transformations qui concernent respectivement le passage du référentiel RRau référentiel 3D du système d'acquisition RA (transformation 'CAR) et le passage de ce référentiel RA au référentiel rapporté à la source RS (transformation #SA). On a alors suivant la convention adoptée :
et donc MSR = MSA#MAR (7) Les ensembles de paramètres considérés sont alors respectivement (Txar, Tsar, Tzar, 6 ## eyar, 8par) et (Txsa, T ysa' Tzsa, 6 xsa, 8>sa' 8psa) pour les transformations tAR et tsa. Le fait d'introduire explicitement la transformation #AR dans l'environnement de simulation virtuelle permet de faire apparaître les paramètres effectivement réglables par le praticien dans l'environnement interventionnel réel. Ceci assure une cohérences des paramètres ajustables dans les environnements réels et virtuels, même si la transformation -CAR n'est pas précisément connue dans l'environnement réel puisqu'elle fait partie des inconnues du problème. Elle peut être estimée dans une phase de calibrage préliminaire ou bien, après combinaison avec les autres transformations, être intégrée dans l'espace de recherche des paramètres (cf. stratégies de recalage), la transformation #RP étant dans tous les cas inconnue.
3) #IR, une transformation de type transformation perspective, qui amène les points exprimés dans le référentiel peropératoire RR en leurs correspondants sur l'image 2D. Le modèle d'un capteur d'image 2D tel qu'un système d'acquisition à Rayons X pour l'intervention (scopie ou encore C-arm ) peut en effet être approximé par une transformation perspective complétée éventuellement par un modèle de distorsions géométriques. Il est aussi possible d'utiliser une représentation mathématique de type modèle multi-plans qui ne fait pas l'approximation d'un centre unique de projection, une correspondance entre ces deux modèle pouvant être établie. Selon la relation (2), la transformation perspective inclut la projection perspective #IS et la transformation #SR de la façon suivante :
où P est la matrice de transformation perspective définie à un facteur d'échelle k près qui peut être normalisé à 1. Cette transformation fait intervenir un ensemble de 10 paramètres qui se décompose en un ensemble de 6 paramètres extrinsèques E(Txsr, Tysr, Tzsr, 9 xsr, #ysr, #psr) et un ensemble de 4 paramètres intrinsèques I(Fu, Fv, uo, vo) avec (uo, va) les coordonnées image du point d'intersection 0 entre l'axe (SO) et le plan image, (lu, lv) la taille du pixel, et d= SO la distance source - détecteur (équivalente à la distance focale).
Dans le cas où le système d'acquisition présente des distorsions géométriques, il est nécessaire d'introduire des termes correctifs sur les coordonnées images u, v afin de modéliser ce phénomène. En considérant des phénomènes de distorsion radiale et tangentielle, les coordonnées effectivement observées dans le plan image numérique, c'est-à-dire les coordonnées avec distorsions ud, vd, s'expriment en fonction des coordonnées idéales sans distorsion u, v par les expressions suivantes : ud = u + #u, vd = v + #v, #u = dru + dtu + dau, #v = drv + dtv + dav, dru = uc#(k1#r2 + k2#r4 = k3#r6 +###), drv + vc#(k1#r2 + k2#r4 + k3#r6 +###), (10) dtu = t1#(r2 + 2#uc2) + 2#t2#uc#vc, dtv = t2#(r2 + 2#vc2) + 2#t1#uc#vc, (10) dau = au#uc, $dav = av#vc, où uc = u - uo, vc = v - vo et r2 = uc2 + vc2.
La transformation perspective exprimée par le produit matriciel (9) est en fait une linéarisation du modèle, la transformation qui fait intervenir explicitement les paramètres physiques pouvant toujours être exprimée à partir des équations matricielles (3) - (9) dans la phase d'estimation des paramètres réels du système d'acquisition. Cette linéarisation du modèle au moyen de la matrice de transformation perspective en particulier, permet une inversion directe de ce modèle, et autorise ainsi une rétro- projection peu coûteuse en temps de calcul. ii.c. Image peropératoire virtuelle Dans la définition donnée par les relations (3) - (10), et connaissant les valeurs des différents paramètres, le passage d'un point exprimé dans le référentiel 3D préopératoire RP à un point projeté dans le référentiel 2D peropératoire RI se fait directement par application respective des différentes transformations. Dans la phase de
simulation, les différents paramètres prennent soit des valeurs typiques rencontrées sur le systèmes d'acquisition réel, soit des valeurs fixées interactivement par l'utilisateur. Il est alors possible de projeter des lignes centrales 3D ou des points de surfaces pour simuler l'ensemble des transformations et créer ainsi une image 2D peropératoire virtuelle. La transformation s'exprime alors par la transformation suivante :
Par ailleurs, de nombreux signaux génèrent des espèces activées d'oxygène (on parle également de "burst oxydatif'). Des espèces activées d'oxygène sont bien connues pour être libérées au cours des interactions plante-pathogène. Des oligosaccharides de diverse origine (acide polygalacturonique, chitosane, O-glycanes ..) ont été répertoriés pour leur capacité à générer un burst oxydatif (Low PS et Heinstein PF (1986) Arch.
Biochem. Biophys. 249, 472-479; Rogers KR., Albert F, et Anderson AJ (1988) Plant Physiol 86,547-553; Apostol I, Heinstein PF et Low PS (1989) Plant Physiol 90,109- 116 ; Vera-Estrella R, Blumwald E et Higgins VJ (1992) Plant Physiol. 1208-1215; Bolwell GP, Butt VS, Davies DR et Zimmerlin A. (1995) Free Rad. Res. Comm. 23, 517-532 ; Orozco-Cardenas M et Ryan CA (1999) PNAS, 25,96, 11, 6553-655 ; NitaLazar M, Iwahara S, Takegawa K, Liénart Y (2000) J Plant Physiol, 156, 306-311). Les enzymes NAD (P)H pour la libération d'anion superoxyde (Van Gestelen PV, Asard A, Caubergs RJ (1997) Plant Physiol 115, 543-550) et peroxydases pour la formation de peroxyde ou d'anion superoxyde ou de radicaux OH, sont impliquées (Baker CJ et Orlandi EW (1995) Ann. Rev. Phytopathol, 33,299-321; Chen SX et Schopfer P (1999) Eur Bioch 260,726- 735). D'autres signaux (acide salicylique, jasmonates, cGMP, NO...) génèrent aussi un burst (Chen Z, Malamy J, Henning J, Conrath U, Sanchez-Casas P, Silva'H, Ricigliano J, Klessig DF (1995) Proc Natl Acad Sci USA, 92,4134-4137; Voros K, Feussner I, Kuhn H, Lee J, Graner A, Lobler M, Parthier B, Wastemack C Eur J Biochem (1998) 15, 251, 36-44; Dumer J, et Klessig J, Wendehenne D, Klessig DF (1998) Proc Natl Acad Sci USA, 95,10328-10333; Dumer D et Klessig DF (1999) Current Opinion in Plant Biology, 2, 369-374).