INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
On rajoute 10 g d'eau et on refroidit à 50 C. On ajoute alors 0,17 g de 2,2'-azobis (2- méthylbutyronitrile), 9,63 g d'iodure de perfluoroalkyle (0,018 mole) contenant 43 % C6F,3I, 35 % CsF17I, 15 % ClOFz1I, 7 % C12F25I et une solution de 2,05 g de dithionite de sodium à 85% dans 6,66 g d'eau. La température s'élève à 75-80 C ; on maintient la température à 80 C pendant 3 heures tout en mélangeant. On refroidit alors le mélange à 20 C et on ajoute 5,5 g d'épichlorhydrine du glycérol (0,06 mole), on porte la température à 50 C pendant une heure et on rajoute une solution de 5,5 g de potasse caustique dans 8 g
d'eau et on chauffe à 80 C pendant 6 heures. On refroidit à 60 C, on ajoute une solution de 21 g de monochloracétate de sodium (0,18 mole) dans 33 g d'eau et on chauffe 6 heures à 80 C. Après avoir refroidi le mélange, on ajoute 1,5 g de potasse pour régler le pH à 7,5 environ. On obtient environ 110 g de solution concentrée.
La compartimentation peut amener à devoir déterminer et/ou optimiser les conditions expérimentales nécessaires à l'expression et/ou l'activité de l'endonucléase.
Les séquences codantes pour les endonucléases présentant les caractéristiques requises et issues de la sélection sont ensuite clonées et séquencées. De préférence, ces séquence codantes sont soumises à une méthode de criblage d'endonucléase.
Dans le mode de réalisation alternatif où le substrat contient un site de coupure, l'invention concerne une méthode de sélection d'endonucléases capables de couper un site de coupure parmi une banque de séquences codantes pour des endonucléases, présentant un type de coupure décalée, comprenant les étapes suivantes : 1) fournir ladite banque de séquences codantes pour des endonucléases ; 2) préparer une banque de substrats ADN double-brins contenant un site de coupure présentant une localisation distale sur ledit substrat ADN et bordant une cassette d'expression pour une endonucléase de ladite banque, lesdits substrats portant un ligand à l'extrémité proche dudit site de coupure ; 3) préparer un mélange comprenant lesdits substrats ADN et un extrait de transcription/traduction in vitro ; 4) compartimenter ledit mélange dans des microcapsules ; 5) mettre dans des conditions propices à l'expression de l'endonucléase et à son activité de coupure ; 6) rompre la compartimentation ; 7) dépléter les substrats ADN non coupés avec la cible du ligand immobilisée sur un support solide ; de manière facultative, 8) amplifier le substrat ADN coupé afin de restaurer le substrat ADN initial; 9) reproduire les étapes 3) à 8) jusqu'à un stade de sélection suffisant.
La présente invention concerne également une méthode de sélection d'endonucléases capables de couper un site de coupure parmi une banque de séquences codantes pour des endonucléases, présentant un type de coupure décalée, comprenant les étapes suivantes : 1) fournir ladite banque de séquences codantes pour des endonucléases ; 2) préparer une banque de substrats ADN double-brins contenant un site de coupure présentant une localisation distale sur ledit substrat ADN et bordant une cassette d'expression pour une endonucléase de ladite banque; 3) préparer un mélange comprenant lesdits substrats ADN et un extrait de transcription/traduction in vitro ; 4) compartimenter ledit mélange dans des microcapsules ; 5) mettre dans des conditions propices à l'expression de l'endonucléase et à son activité de coupure ; 6) rompre la compartimentation ; 7) dépléter les substrats ADN non coupés avec la cible du ligand immobilisée sur un support solide ; de manière facultative, 8) amplifier spécifiquement lesdits substrat ADN coupés avec une amorce s'hybridant sur ladite séquence non présente de manière à restaurer le substrat ADN initial; 9) reproduire les étapes 3) à 8) jusqu'à un stade de sélection suffisant.
SELECTION DE SITES DE COUPURE La méthode d'observation de l'activité de coupure par une endonucléase selon la présente invention peut également être utilisée pour effectuer une sélection des sites de coupure capables d'être coupés par une endonucléase déterminée. Cette sélection permet l'exploration des sites de coupure par demi-site. En effet, la coupure par l'endonucléase du site de coupure entraîne la perte des informations sur la séquence du demi-site qui sera détaché du substrat ADN.
Dans un premier mode de réalisation, l'endonucléase testée coupe dans le site de reconnaissance et la sélection de sites de coupure est pratiquée soit sur une banque des substrats ADN comprenant un site constant connu pour être coupé par l'endonucléase testée ou par une autre endonucléase et un autre site composé d'un demi-site variable et d'un demi-site constant.
Dans un deuxième mode de réalisation, l'endonucléase testée coupe dans le site de reconnaissance et la sélection de sites de coupure est pratiquée soit sur une banque des substrats ADN comprenant deux sites composés d'un demi-site variable et d'un demi-site constant. Le demi-site constant a
une position distale sur le substrat. En effet, il est placé vers l'extrémité du substrat ADN. Le demi-site variable présente une position proximale sur le substrat. Il est placé vers l'intérieur du substrat ADN de telle sorte que le clivage par l'endonucléase fournit un substrat ADN conservant le demi-site variable. De préférence le demi-site constant est un demi-site dérivé d'un site de coupure connu pour être coupé. De préférence, le substrat contient deux sites. Les sites ont de préférence une location distale sur le substrat ADN. Plus particulièrement, ils sont placés aux extrémités du substrat ADN.
Dans un troisième mode de réalisation, l'endonucléase testée coupe en dehors de son site de reconnaissance. Dans ce cas, les substrats ADN de la banque comprennent un ou deux sites variables. Ces sites peuvent être partiellement ou totalement variables. De préférence, la position du site de reconnaissance est proximale sur le substrat par rapport au site de clivage.
Les substrats ADN peuvent également comprendre un gène de résistance à un antibiotique et/ou une origine de réplication.
Les diverses demi-sites de coupure peuvent présenter une séquence déterminée, ou une séquence partiellement ou complètement aléatoire.
De nombreuses techniques permettant de préparer cette diversité de demi-sites de coupure sont disponibles pour l'homme du métier. Par exemple, les sites peuvent être préparés par des méthodes de synthèse d'oligonucléotides. La diversité est introduite en insérant des mélanges de plusieurs nucléotides à des positions choisies lors de la synthèse. Ces oligonucléotides correspondant aux demi-sites de coupure sont ensuite clonés. Ils sont ensuite insérés dans un substrat ADN pour la préparation de la banque de substrats ADN avec le ou les demi-site(s) variable (s). La banque de substrats ADN comprenant un ou deux demi-site (s) peut être préparé avec une amplification par PCR de matrices comprenant les demi-sites variables.
Facultativement, ces matrices peuvent également comprendre une cassette d'expression pour l'endonucléase testée. Les amorces sont conçues de telle manière que les fragments d'amplification comprennent les deux sites de coupure.
Dans une alternative où le substrat comprend un site de coupure constant, le site de coupure constant peut être prédigéré avant la mise en présence de la banque de substrats ADN avec l'endonucléase testée. Dans ce cas, le site de coupure constant est clivé par une endonucléase autre que celle testée.
. 2.7.3.3. - Principes d'escalade de la dose, en stéréoradiothérapie Postulons que nous somme en présence de n cibles micro-dosimétriques moléculaires. L'analyse combinatoire et la théorie dite de la cible multiple n peuvent, en fonction de la densité de dépôt d'énergie, s'appliquer à notre dispositif pour deux caractères : destruction (D) et réparation (R) cellulaires.
> Pour une augmentation de Pl, probabilité de contrôle tumoral : il faut que D l'emporte sur R > Pour une diminution de P2, probabilité de complication du tissu non tumoral : il faut que R l'emporte sur D 2. 7.3.3.1. - Densité de dépôt d'énergie et rendement quantique d'irradiation simultanée à faisceaux externes multiples 1. - Interaction électromagnétique par convergence des deux faisceaux simultanés Le cas d'utilisation des deux faisceaux simultanés, tel qu'en Stéréoradiothérapie, avec symétrie en miroir conduit à une probabilité de destruction accrue, en raison de la forte densité de dépôt d'énergie, dans les zones d'interactions électromagnétiques . des deux faisceaux en miroir au sein de la lésion de l'ordre de P1 = ((n)2)1. D/R.F + Diffusion de Coulomb, si F représente le nombre de fractions ou la durée d'étalement en jours. Des effets causés par les réactions nucléaires sont évalués, comprenant la dose accrue du fait de la production de neutrons et de la radioactivité induite résultant en un facteur d'efficacité biologique relative (relative biological
effectiveness, RBE) augmentée d'un facteur supérieur à 1,03. Sachant toujours que la diffusion représente le flux des particules secondaires.
*2. - Interaction électromagnétique par convergence des 11faisceaux simultanés Dans le cas de onze faisceaux simultanés qui ont, deux par deux, dix combinaisons possibles des plans de symétrie en miroir de la présente invention.
Ce qui donne P1 = ((n)2)10. D/R.F + Diffusion de Coulomb.
La balistique correcte s'effectue de façon à laisser complètement en dehors de la zone d'interaction électromagnétique toutes les structures environnantes appartenant aux tissus sains où on rencontre à chaque fois un seul faisceau, dont le potentiel et la densité de dépôt d'énergie sont, comme dans l'irradiation traditionnelle exposée ciaprès, relativement très faibles.
D'où P2 = n . D/R.F + Diffusion de Coulomb (faible).
3. - Trans-action d'un seul faisceau conventionnel avec un milieu tissulaire traversé La diffusion de Coulomb est ici négligeable, excepté à des énergies radiantes très élevées < 20 MeV. La participation à la dose est ici, contrairement à l'Interaction électromagnétique, exposée ci-dessus, un élément essentiel du processus traditionnel de trans-action électromagnétique. En ne voyant dans la transaction , comme nous l'avons fait jusqu'à présent, qu'un courant d'énergies radiantes qui traverse, d'une part, les éléments selon des mécanismes internes bien établis (dépôt par atté- nuation en profondeur et diffusion unidirectionnelle) de même sens que la fluence du faisceau.
En revanche en Radiochirurgie cérébrale, par exemple, le terme F = 1 En StéréoRadiothérapie, le terme F = ~ 12 - 15 j max ( deux semaines). Le maximum des effets de dose se produit au sein de la lésion plutôt qu'à la périphérie.
Tandis qu'en PolystéréoRadiothérapie, le terme F = 3 - 5 j (une semaine de traitement max). Là où la Radiothérapie conventionnelle procède avec F = 22 - 30 séances (3 à 4 semaines) voire plus le nombre des fractions a naturellement tendance à se réduire. Le maximum des effets de dose se produit, dans le cas de l'irradiation classique, au niveau de la porte d'entrée du faisceau incident unique et s'atténue en fonction de la profondeur. Ce qui a pour conséquence de pouvoir handicaper énormément le contrôle tumoral au bénéfice de la réparation cellulaire et complique singulièrement l'optimisation balistique, comme nous le verrons ci-après dans l'exemple de l'irradiation thoracique.
2.7.3.3.2. - Exemple d'optimisation de l'Irradiation thoracique Dans le but d'optimiser la probabilité de contrôle tumoral et d'évaluer l'utilisation des distributions inhomogènes, avec ou sans modulation d'intensité d'un seul fais- ceau, de la dose-cible obtenue avec des plans de radiothérapie conformationnelle 3- D, W. R. de Gersem et coll. (1999) ont planifié le traitement des 10 patients ayant le cancer NSCLC de stade III, afin d'offrir la possibilité d'augmenter les indices de toxicité aux tissus normaux et/ou d'augmenter les indices de contrôle tumoral du cancer pulmonaire non à petites cellules de stade III (NSCLC = non-small cell lung cancer), en utilisant une technique conventionnelle 3-D et une technique impliquant . la modulation d'intensité du faisceau non-coplanaire (noncoplanar beam intensity modulation = BIM). Deux volumes cibles de planification (PTVs) ont été définis à cet effet : le PTV1 incluait le volume tumoral macroscopique et le PTV2 incluait, quant à lui, le volume tumoral aussi bien macroscopique que microscopique. La simulation virtuelle définissait ensuite les formes du faisceau ainsi que les inciden- . ces tant pour les orientations du filtre en coin (3-D) que pour les contours du segment (BIM). Les pondérations des faisceaux filtrés, celles des faisceaux non- filtrés et des segments ont été déterminées par optimisation, en utilisant une fonction objective ayant une composante biologique et une composante physique. La compo- sante biologique incluait uniquement la probabilité de contrôle de la tumeur (TCP) pour le PTV1(TCP1), tandis que pour le PTV2 (TCP2), elle comprenait la probabilité de complication du tissu normal (NTCP) du poumon, celles de la corde spinale et du c#ur; mais n'évaluait pas la variabilité au cours du temps de ces organes mobiles comme le prône la présente invention. Sans tenir compte des biais éventuels de visée, la composante physique incluait, comme le prône la présente . invention, aussi bien la dose maximum et minimum que la déviation standard de la dose au PTV1. Les distributions de la dose cible les plus inhomogènes ont été obtenues, en utilisant seulement la composante biologique de la fonction objective (optimisation biologique). En autorisant la composante physique, en plus de la com- posante biologique, l'inhomogénéité du PTV1était réduite (c'est l'optimisation biophysique). Les valeurs NTCP aussi bien que les doses maximums ou les niveaux de dose aux fonctions pertinentes du volume de l'organe ont été utilisés, comme indices de toxicité aux tissus normaux.
Lorsque l'optimisation a été réalisée, par rapport à la fonction biologique objective et à la fonction biophysique, l'inhomogénéité du PTV1 dans cet exemple décrois- saient pour le 3D- de 13 (8-23) % à 4 (2-9) % (p = 0,00009) et pour les plans BIM
de 44 (35-56) % à 20 (9-34) % (p 0,001, pour toutes les valeurs). La probabilité de contrôle de la tumeur (estimée par TCP1 x TCP2) était par exemple plus élevée de 4,7 % (3-D) et de 6,2 % (BIM) dans l'étude de W. R. de Gersem et coll. (1999), pour l'optimisation biologique (p = 0,01 et p = 0,00002 respectivement). Le NTCP (poumon) et le pourcentage du volume pulmonaire excédant 20 Gy étaient plus élevés avec l'utilisation de la fonction bio- physique objective. Le NTCP (c#ur) était également plus élevé, avec l'utilisation de la seule fonction biophysique objective. Le pourcentage du volume du c#ur excé- dant 40 Gy tendait à être plus élevé, mais la différence n'était pas significative. Pour la corde spinale, la dose maximum aussi bien que le NTCP (corde) étaient, similaires, pour les plans 3-D (D(max) : p = 0,04 ; NTCP : p = 0,2), mais ils étaient . significativement plus faibles pour le BIM (D(max) : p = 0,002 ; NTCP : p = 0,008), lorsque la fonction biophysique objective était utilisée seule. En utilisant les techni- ques 3-D conventionnelles, les distributions inhomogènes de dose semblent offrir à ces auteurs le potentiel d'augmenter davantage la probabilité de contrôle tumoral local non compliqué. Elles semblent être indiquées pour utiliser les techniques, tel . que le BIM, qui conduiraient à la grande escalade des doses cibles maximums, pour limiter l'inhomogénéité de la dose-cible afin d'éviter les niveaux de dose qui sont si élevés avec des variances également élevées que la sécurité devient problématique (W. R. de Gersem et al 1999), sans la maîtrise du phénomène des biais statistiques.
Ces auteurs ont pourtant estimé que ce type d'optimisation améliorait l'homogénéité . des plans 3-D et le BIM de la dose à la cible ainsi que la dose minimum au PTV2 qui diminuait spécialement grâce à l'optimisation dans les plans 3-D. Après optimisation, les histogrammes dose-volume (DVHs) du poumon et du c#ur étaient déplacés (changés) vers les doses plus faibles pour les 80-90 % du volume de l'orga- ne. Puisque le poumon est l'organe limitant de la dose dans le NSCLC de stade III, . une dose minimum au PTV1 augmentait en même temps que diminuait la dose au volume pulmonaire principal ; ce qui suggère dans ces conditions un ratio thérapeutique amélioré. L'optimisation autorise ainsi, aux niveaux d'isotoxicité pulmonaire et de la corde spinale, 10 % d'escalade de dose pour les plans 3-D et 20 % pour les plans BIM. L'oesophage peut devenir pour l'escalade de la dose la struc- . ture limitant de la dose, lorsque le PTV1 s'étend à proximité de celui-ci. L'opfimisa-
tion utilisant une fonction biophysique objective permettrait, d'après de Gersem et coll. (2000), une augmentation du ratio thérapeutique de la planification de radiothérapie, pour le NSCLC de stade III. On observe une fois de plus qu'il est fait appel à un formalisme mathématique pour résoudre des questions d'ordre technique, tenant compte des éléments anatomiques réels en présence avec leurs variabilités physiologiques et biophysiques.
2. 7.4. - Symétrie d'irradiation, symétrie organique de représentation et Mécanisme thérapeutique de transformation anticancéreuse Le meilleur choix d'une stratégie thérapeutique, en Radio-oncologie, doit mettre en . #uvre la connaissance des modalités évolutives de la maladie, et celles des moyens techniques mis en pratique. Le Radiophysicien est habituellement confiné à l'exécu- tion des calculs et c'est, de notre point de vue, une erreur lourde de conséquence.
Selon un mode de réalisation, le nombre de cellules mémoire à sélectionner dans chaque groupe est déterminé à chaque cycle de programmation par un masque de programmation qui est combiné bit à bit avec les bits des mots à enregistrer, le masque de programmation comprenant des bits présentant une valeur logique autorisant la programmation de cellules mémoire et des bits présentant une valeur logique interdisant la programmation des cellules mémoire correspondantes.
Selon un mode de réalisation, la valeur du masque de programmation est rafraîchie à chaque cycle de programmation en portant l'ensemble des bits du masque de programmation à la valeur logique interdisant la programmation, puis en portant à la valeur logique
autorisant la programmation un bit du masque de rang correspondant à un premier bit à enregistrer, et ainsi de suite pour chaque bit successif du masque de programmation jusqu'à ce que le nombre de bits à enregistrer égaux à la première valeur logique soit égal à N.
Selon un mode de réalisation, chaque cycle de programmation comprend une étape de comptage du nombre de bits à enregistrer et une étape de comptage du nombre de bits présentant la première valeur logique dans les bits à enregistrer, le nombre de bits à enregistrer étant atteint lorsque N bits présentant la première valeur logique ont été comptés.
La présente invention concerne également une mémoire programmable électriquement comprenant un plan mémoire comportant des cellules mémoire connectées à des lignes de mot et à des lignes de bit, et des moyens de programmation pour enregistrer une pluralité de mots binaires dans une rangée de cellules mémoire connectées à une même ligne de mot, en effaçant les cellules mémoire de la rangée puis en appliquant plusieurs cycles de programmation à des groupes de cellules mémoire de la rangée, chaque cycle de programmation d'un groupe de cellules mémoire comprenant l'application d'une tension de programmation aux cellules mémoire devant recevoir un bit égal à une première valeur logique, les cellules devant recevoir un bit égal à une seconde valeur logique inverse de la première étant laissées dans l'état effacé, la tension de programmation ne pouvant être appliquée à plus de N cellules à la fois, dans laquelle les moyens de programmation sont agencés pour enregistrer au cours d'au moins un cycle de programmation des bits appartenant à des mots différents, choisis de manière que le nombre de cellules mémoire recevant la tension de programmation pendant le cycle de programmation soit maximal tout en étant inférieur ou égal à N.
Selon un mode de réalisation, les moyens de programmation sont agencés pour sélectionner durant les cycles de programmation des groupes de cellules mémoire comprenant un nombre variable de cellules mémoire qui est déterminé de manière que le nombre de cellules mémoire recevant la tension de programmation soit maximal dans chaque groupe tout en étant inférieur ou égal à N.
Selon un mode de réalisation, les moyens de programmation sont agencés pour enregistrer à chaque cycle de programmation un nombre entier de mots binaires, le nombre entier étant variable et choisi de manière que le nombre total de bits égaux à la deuxième valeur logique dans les mots binaires soit maximal tout en étant inférieur ou égal à N.
Selon un mode de réalisation, les moyens de programmation sont agencés pour enregistrer à chaque cycle de programmation une chaîne de bits comprenant N bits égaux à la deuxième valeur logique.
Selon un mode de réalisation, les moyens de programmation sont agencés pour enregistrer la pluralité de mots binaires en une succession de cycles de programmation de N cellules mémoires.
Selon un mode de réalisation, la mémoire comprend des moyens pour générer, pour chaque cycle de programmation, un masque de programmation déterminé qui est combiné bit à bit avec les bits des mots à enregistrer et comprend des bits présentant une valeur logique autorisant la programmation de cellules mémoire et des bits présentant une valeur logique interdisant la programmation de cellules mémoire.
Selon un mode de réalisation, la mémoire comprend des moyens pour, à chaque cycle de programmation, porter l'ensemble des bits du masque de programmation à la valeur logique interdisant la programmation, puis porter à la valeur logique autorisant la programmation un bit du masque dont le rang correspondant au rang d'un premier bit à enregistrer, et ainsi de suite pour chaque bit
successif du masque de programmation jusqu'à ce que le nombre de bits à enregistrer ayant la première valeur logique soit égal à N.
Selon un mode de réalisation, la mémoire comprend des premiers moyens de comptage pour compter le nombre de bits à enregistrer au cours d'un cycle de programmation, et des seconds moyens de comptage pour compter le nombre de bits présentant la première valeur logique dans les bits à enregistrer, le nombre de bits à enregistrer étant atteint par les premiers moyens de comptage lorsque les seconds moyens de comptage ont compté N bits présentant la première valeur logique.
Selon un mode de réalisation, les premiers moyens de comptage comprennent un registre à décalage piloté par un signal d'horloge dans lequel un bit de référence est propagé au rythme de l'horloge.
Selon un mode de réalisation, la mémoire comprend des moyens pour délivrer une autorisation de comptage d'un bit présentant la première valeur logique, quand un bit à enregistrer dont le rang est désigné par le rang de la cellule du registre à décalage où se trouve le bit de référence présente la première valeur logique.
Ces objets, caractéristiques et avantages ainsi que d'autres de la présente invention seront exposés plus en détail dans la description suivante de deux exemples de mémoires programmable électriquement comprenant des moyens de mise en oeuvre du procédé de l'invention, faite à titre non limitatif en relation avec les figures jointes parmi lesquelles : - la figure 1 précédemment décrite représente l'agencement de cellules mémoire dans un plan mémoire FLASH, - la figure 2 précédemment décrite représente l'architecture générale d'une mémoire FLASH classique, - la figure 3 représente un premier exemple de réalisation d'une mémoire selon l'invention,
Pharm. Bull. 19(4),(1996), 573-576), alcools triterpéniques, (Triterpene Alcohols from the flowers of compositae and their antiinflammatory effects, AKIHISA T., YASUKAWA K, ONNUMA H., KASAHARA Y., YAMANOUCHI S., TAKIDO M., KUMAKI K. TAMURA T.,Phytochemistry Vol. 43, n 6, (1996) 1255-1260), composés phénoliques..., en proportion très variable, sans qu'il soit possible à partir des travaux antérieurs rapportés sur le sujet de définir une composition optimale en regard du problème à traiter.