INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
L'invention concerne également les polypeptides codés par une séquence nucléotidique selon l'invention, de préférence, par un fragment représentatif des séquences précédentes et correspondant à une séquence ORF. En particulier, les polypeptides de Listeria innocua de SEQ ID NO 12 à SEQ ID N 689 et SEQ ID NO 2042 et 2043 et SEQ ID NO 2047 et 2048 et SEQ ID Non 2053 à 2056 ou ceux de Listeria monocytogenes 4b, caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi les séquences SEQ ID NO 690 à SEQ ID NO 1067 et SEQ ID NO 2049 à SEQ ID NO 2052 sont objet de l'invention.
L'invention comprend également les polypeptides caractérisés en ce qu'ils comprennent un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'invention ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'identité avec un polypeptide selon l'invention ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b), c) ou d) modifié.
Les séquences nucléotidiques codant pour les polypeptides décrits précédemment sont également objet de l'invention.
Dans la présente description, les termes polypeptides, séquences polypeptidiques, peptides et protéines sont interchangeables. Le terme polypeptide comprend toute séquence d'acides aminés permettant de générer une réponse anticorps.
Il doit être compris que l'invention ne concerne pas les polypeptides sous forme naturelle, c'est-à-dire qu'ils ne sont pas pris dans leur environnement naturel. En revanche, elle concerne ceux qui ont pu être isolés ou obtenus par purification à partir de sources naturelles, ou bien obtenus par recombinaison génétique, ou par synthèse chimique, et qu'ils peuvent alors comporter des acides aminés non naturels comme cela sera décrit plus loin.
Par polypeptide présentant un certain pourcentage d'identité avec un autre, que l'on désignera également par polypeptide homologue, on entend désigner les polypeptides présentant par rapport aux polypeptides naturels, certaines modifications, en particulier une délétion, addition ou substitution d'au moins un acide aminé, une troncation, un allongement, une solution chimérique et/ou une mutation, ou les polypeptides présentant des modifications post-traductionnelles.
Parmi les polypeptides homologues, on préfère ceux dont la séquence d'acides aminés présentent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'homologie avec les séquences d'acides aminés des polypeptides selon l'invention.
Selon une autre caractéristique de l'invention, la valeur résistive de chacune des M-1 résistances dans chacune des première et seconde branches de chacun des N trajets de retardement précis est la même.
Selon une autre caractéristique de l'invention, le courant traversant les première et seconde branches de chacun des N trajets de retardement précis est le même.
Selon une autre caractéristique de l'invention, la première branche de chaque trajet de retardement précis comporte en outre un premier transistor possédant une borne de commande couplée à une borne de sortie du tampon de retardement précis associé au trajet de retardement précis, une
première borne de manipulation de courant couplée à une première source de tension et une seconde borne d'alimentation de manipulation de courant couplée au premier des M noeuds de la première branche, un second transistor possédant une première borne de manipulation de courant couplée au dernier des M noeuds de la première branche, une seconde borne de manipulation de courant couplée à une première borne d'une M-ème résistance dans la branche, dont la seconde borne est couplée à une seconde tension d'alimentation, et une borne de commande couplée à la borne de commande du troisième transistor du tampon de retardement précis associé du trajet de retardement précis.
Selon une autre caractéristique de l'invention, la seconde branche de chaque trajet de retardement précis comporte en outre un premier transistor possédant une borne de commande couplée à une borne de sortie du tampon de retardement précis associé au trajet de retardement précis, une première borne de manipulation de courant couplée à une première source de tension et une seconde borne d'alimentation de manipulation de courant couplée au premier des M noeuds de la première branche, un second transistor possédant une première borne de manipulation de courant couplée au dernier des M noeuds de la première branche, une seconde borne de manipulation de courant couplée à une première borne d'une M-ème résistance dans la branche, dont la seconde borne est couplée à une seconde tension d'alimentation, et une borne de commande couplée à la borne de commande du troisième transistor du tampon de retardement précis associé du trajet de retardement précis.
Selon une autre caractéristique de l'invention, dans chaque trajet de retardement précis, l'intervalle de temps, qui s'écoule entre le croisement des tensions des
premier et second noeuds d'un premier couple de noeuds et le croisement des tensions des premier et second noeuds d'un second couple de noeuds est égal à l'intervalle de temps, qui s'écoule entre le croisement des tensions des premier et second noeuds du second couple et le croisement des tensions des premier et second noeuds d'un troisième couple de noeuds, dans la première branche, les premiers noeuds des premier et second couples de noeuds sont couplés entre des première et seconde bornes de l'une différente des M-1 résistances, le premier noeud du troisième couple de noeuds est couplé à une première borne d'une autre des M-1 résistances, dont la seconde borne est couplée au premier noeud du second couple de noeuds, dans la seconde branche, les seconds noeuds des premier et second couples de noeuds sont couplés aux bornes des première et seconde bornes de l'une différente des M-1 résistances et le second noeud du troisième couple de noeuds est couplé à une autre des M-1 résistances, dont la seconde borne est couplée à la seconde borne du second couple de noeuds.
Selon une autre caractéristique de l'invention, N est égal à 32 et M est égal à 8.
Selon une autre caractéristique de l'invention, le détecteur de flancs servant à détecter une transition dans le signal (EDGE) comprend une porte ET qui reçoit le signal (EDGE) au niveau de sa première borne d'entrée, qui n'est pas une borne inverseuse, et reçoit un signal (EDGE) retardé au niveau de sa seconde borne, qui est une borne inverseuse.
Selon une autre caractéristique de l'invention, la borne de sortie du dernier circuit de retardement approximatif dans le premier trajet de retardement approximatif est couplée à une borne d'entrée d'un étage de retardement approximatif.
Selon une autre caractéristique de l'invention, chaque codeur à priorité est un codeur à priorité enregis-
tré comprenant en outre un codeur à priorité combinatoire et un registre à L bits, le codeur à priorité combinatoire servant à exécuter la fonction à priorité et à envoyer le signal à L bits au registre à L bits.
Selon une autre caractéristique de l'invention, chaque registre à M bits et chaque bit de chaque registre à L bits de chaque codeur à priorité enregistrée est un registre ECL possédant un couple de bornes d'entrée de données servant à recevoir les signaux différentiels des premier et second noeuds de l'un différent des couples de noeuds du premier trajet de retardement précis couplé à ce registre à M bits et à ce codeur à priorité enregistrée.
La présente invention concerne en outre un procédé pour enregistrer un instant d'arrivée d'un signal (EDGE) par rapport à un signal d'horloge (CLK), caractérisé en ce qu'il comprend les actes consistant à propager un signal (EDGE) dans au moins un étage d'un premier groupe de N étages de retardement approximatif, les N étages de retardement approximatif étant connectés en série, propager un signal (EDGE) dans au moins l'un de N trajets de retardement précis, chaque trajet de retardement précis étant couplé à l'un des étages de retardement approximatif, chaque trajet de retardement comportant (M-1) étages de retardement précis et M noeuds, et enregistrer, à partir des M x N noeuds des N trajets de retardement précis, le nombre de noeuds, par lesquels un signal (EDGE) se propage, lequel nombre est représentatif de l'instant d'arrivée du signal (EDGE) par rapport au signal (CLK).
Selon une autre caractéristique de l'invention, le procédé comprend en outre l'acte consistant à mémoriser des signaux présents sur les M noeuds de chacun des N trajets de retardement précis.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou de surface de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innoclla ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments.
état dans lequel la lampe de véhicule est en mode d'éclai-
rage de feu de stop et de clignotant; et la figure 8 est une vue en élévation de la lampe de
véhicule éteinte.
Comme l'indiquent ces figures, la lampe 10 de véhicule selon l'invention est une lampe arrière combinée placée à la partie d'extrémité arrière gauche d'un véhicule. Cette lampe comporte deux unités 12A et 12B à lampe logées dans une chambre de lampe formée par un corps 14 de lampe ayant un
contour allongé latéralement et une glace translucide conti-
nue 16. En outre, un panneau 18 de protection entoure ces
unités 12A et 12B à lampe.
La lampe 10 de véhicule est utilisée fonctionnellement comme lanterne, comme feu de stop et comme clignotant. Plus précisément, l'unité 12A placée du côté interne du véhicule dans la direction de la largeur peut fonctionner en mode d'éclairage de lanterne et en mode d'éclairage de feu de
stop. L'unité à lampe 12B placée du côté extérieur du véhi-
cule dans la direction de la largeur peut être mise en fonctionnement en mode d'éclairage de lanterne et en mode
On décrit d'abord la construction de l'unité à lampe 12A. L'unité à lampe 12A comporte neuf sources lumineuses A et un panneau translucide 22 placé devant ces sources A (c'est-à-dire en avant du dispositif d'éclairage mais en
On peut préparer le polynucléotide de l'étape a) par la digestion d'au moins un clone recombinant avec une enzyme de restriction appropriée, et de façon optionnelle, l'amplification de l'insert polynucléotide qui en résulte.
Ainsi, la méthode de l'invention permet à l'homme du métier d'effectuer des études génomiques comparatives entre les différentes souches ou espèces du genre Listeria, par exemple entre les souches pathogéniques et leurs équivalents non pathogènes.
En particulier, il est possible d'étudier et de déterminer les régions de polymorphisme entre lesdites souches. EXEMPLE 1. Construction des banques L'ADN chromosomique des souches étudiées a été préparé par une méthode classique incluant un traitement à la protéinase K et une extraction au phénol (9).
Environ 10 ug d'ADN ont été cassés par nébulisation (1 minute sous une pression de 1 bar) (4). Les extrémités des fragments d'ADN ont été rendues franches en faisant agir la DNA-polymerase du bactériophage T4 pendant 15 minutes à 37 C en présence des 4 nucléotides tri-phosphate. L'enzyme a été inactivé par une incubation de 15 mn à 75 oc. Des adaptateurs (invitrogen Cat. N 408-18) ont
ensuite été ligaturés à ces extrémités. Après ligature, les fragments d'ADN chromosomiques ayant une taille entre 1000 et 3000 paires de bases ont été purifiés après électrophorèse sur gel d'agarose. Le vecteur utilisé pour la construction de la banque, pcDNA2.1 (Invitrogen), a été digéré par l'enzyme BstXl et purifié par geneclean (BIO-101) après électrophorèse sur gel d'agarose. L'ADN chromosomique et le vecteur purifié ont été ligaturés par action de la ligase du bactériophage T4. Le mélange de ligation a été introduit par transformation dans la souche d'Escherichia coli XL2-blue (Stratagene). Environ 4000 colonies sont obtenues par ul du mélange de ligation.
Ce procédé est utilisé pour construire la banque Li-shotgun déposée à la CNCM le 2 octobre 2000 sous le no 1-2565 pour la souche Listeria innocua (CLIP 11262) et la banque Lm4b-shotgun déposée à la CNCM le 2 octobre 2000 sous le nO 1-2566 pour la souche Listeria monocytogenes sérotype 4b (CLIP 80459).
*2. Préparation des plasmides et séquençage Les plasmides ont été préparés par une méthode semi-automatique de préparation développée au laboratoire GMP (Génomique des Microorganismes Pathogènes de l'INSTITUT PASTEUR) basé sur la méthode de lyse alcaline (2). Les inserts chromosomiques ont été séquencés à partir de leurs deux extrémités en utilisant les primer T7 et universel en suivant les recommandations du fournisseur (PEbiosystems). Les séquences ont été déterminées en utilisant des séquenceurs automatiques de type 377 et 3700 (PE-Biosystem).
3. Assemblage des séquences Les séquences ont été assemblées en utilisant l'ensemble de logiciels développé à l'Université de Washington, Phred, Phrap et Consed (5,8). La finition de la séquence a été réalisée en utilisant l'ensemble de logiciel GMPTB (7). L'étape de finition correspond au reséquençage des régions où la séquence est peu sûr et le séquençage des régions situées entre les contigs. Elle a été réalisée soit en séquençant des produits de PCR soit en marchant sur les clones de la banque. Les séquences des oligonucleotides ont été définies en utilisant les logiciels consed et Primo (8,10).
4. Annotation des séquences L'identification des phases codantes (CDS) a été réalisée en utilisant l'ensemble de logiciels GMPTB. Ce programme combine les résultats de différentes méthodes : (i) l'identification de phases ouvertes de lecture et leur tri en fonction de leur taille, (ii) l'analyse de la probabilité d'être codant en utilisant le logiciel Genemark (11), (iii) l'identification d'un début de traduction (codon d'initiation et séquence de fixation du ribosome), (iv) similarité de la séquence protéique déduite avec les séquences protéiques contenues dans les banques de séquence en utilisant le logiciel BLASTP.
Les fonctions des protéines codées par les phases codantes identifiées ont été prédites par l'analyse des résultats de recherche de similarités dans les banques en utilisant le logiciel BLASTP (1). 5. Comparaison des génomes-identification des CDS spécifiques de la souche de L. monocytogenes EGDe et de la souche de L. innocua.
L'ensemble des séquences protéiques déduites des phases codantes prédites de chaque génome a été comparé à l'ensemble des séquences protéiques possiblement codées par l'autre génome en utilisant le logiciel BLASTP. Un seuil de 75% d'identité sur la totalité de la longueur de la protéine a été retenu pour identifier les protéines spécifiques d'un isolat. Cette valeur très élevée a été retenue car elle permet le mieux de discriminer les gènes orthologs des gènes paralogs (6). Pour les séquences protéiques pour lesquelles la conservation de séquence est élevée ( > à 70%) la conservation des séquences nucléotidiques des gènes sera elle aussi élevée et pourrait donner un signal dans des conditions d'hybridation peu stringente. Il sera nécessaire de tenir compte de cette éventualité dans l'analyse du résultat du test. 6. Exemples d'annotations 6.1. Gènes spécifique de L. monocytogenes. Il n'y a pas de similarité significative entre la séquence nucléotidique du gène de L. monocytogenes et le génome de L. innocua.
ID du gène de ID du gène de % d'identité des % d'identité des du gn' innocua L. monocytogenes L. innocua séquences protéiques séquences m ill r s (meilleur score) (% de la séquence) nucléotidiques eueu 1814. 1 SEQ ID N 779 2601. 1 SEQ ID ? 851 615. 1 SEQID ? 1034 1713. 1 SEQ ID NO 772 5385. 1 SEQ ID 2042 25% (100%) 6. 2. Gènes spécifique de L. innocua : il n'y a pas de similarité significative entre la séquence nucléotidique du gène de L. innocua et le génome de L. monocytogenes.
ID du gène de ID du gène de % d'identité des % d'identité des ono L. innocua L. monocytogenes séquences séquences cy mu g (meilleur score) protéiques nucléotidiques m [e Ileur s 1259. 1 SEQ ID N 689 3320. 1 SEQ IDN 527 1348. 1 SEQ ID NO 596 1545. 1 SEQ ID NO 2044 26% (70%) 40% 4232. 1 SEQ ID NO 681 894. 1 SEQ ID NO 2045 30% (90%) 6. 3. Gènes commun aux deux souches pour lesquels la similarité (identité) des séquences protéiques déduites est inférieur à 75% et valeur de la similarité au niveau nucléotidique.
ID du gène de ID du gène de % d'identité des % d'identité des L. monocytogenes L. innocua séquences protéiques séquences (meilleur score) (% de ! a séquence) nuctéotidiqucs 1343 SEQ ID NO 727 36. 1 SEQ ID NO 528 67% 725. 1 SEQ ID NO 1046 1402. 1 SEQ ID NO 2047 60% 1002. 1 SEQ ID NO 690 1021. 1 SEQ ID NO 666 65% 1974. 3 SEQ ID NO 789 897. 1 SEQ ID ? 2048 49% (100%) 58%
6. 4. Gènes communs à L. monocytogenes et L. innocua ID du gène de ID du gène de % d'identité des % d'identité des L. monocytogenes L. innocua séquences protéiques séquences (meilleur score) (% de la séquence) nuctéotidiques 1976. 1 SEQ ID NO 2049 5481. 1 SEQ ID NO 2053 82% 1979. 1 SEQ ID NO 2050 5476. 1 SEQ ID NO 2054 86% 1980. 1 SEQ ID NO 2051 5474. 1 SEQ ID NO 2055 80% 1983. 1 SEQ IDN 2052 5471. 1 SEQ IDN 2056 87% (100%) 79%
Références 1. Altschul, S. F., T. L. Madden, A. A. Schaffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller, and D. J. Lipman. 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST : a new generation of protein database search programs. [Review] [90 refs]. Nucleic Acids Research. 25 : 3389- 402.
une disposition spécifique.
Dans la mesure o le panneau translucide est placé devant la source lumineuse, le panneau translucide peut former un panneau extérieur (glace translucide) exposé vers l'avant de la lampe ou un panneau intérieur placé vers l'arrière. En outre, le panneau translucide peut être un panneau transparent ou peut être formé d'éléments de lentille. La disposition de la partie semi-réfléchissante et de la partie non semi- réfléchissante ou d'ouverture dans le panneau translucide n'est pas limitée à une disposition spécifique. Bien que plusieurs sources lumineuses soient présentes, le nombre de sources lumineuses placées derrière la partie semi-réfléchissante et le nombre de sources lumineuses placées derrière la partie non semi-réfléchissante ou d'ouverture peuvent être égaux à un ou plusieurs. En outre, la disposition des sources lumineuses n'est pas limitée à une disposition spécifique et peut s'appliquer par exemple à des ampoules à incandescence, des diodes photoémissives ou
des dispositifs analogues.
Comme décrit précédemment, comme la lampe de véhicule selon l'invention est disposée de manière que le panneau translucide soit formé avec des parties semi-réfléchissantes
ayant subi un traitement et des parties non semi-réflé-
chissantes ou d'ouverture qui n'ont pas subi le traitement, et comme les sources lumineuses sont disposées en arrière
des parties semi-réfléchissantes et des parties non semi-
réfléchissantes ou d'ouverture, on peut obtenir le fonction-
nement suivant.
Plus précisément, l'intérieur de la lampe de véhicule placée en arrière de la partie semi-réfléchissante peut être rendu invisible par l'action de réflexion de la lumière extérieure sur la partie semi-réfléchissante. L'intérieur de la lampe à l'arrière de la partie non semi-réfléchissante ou d'ouverture peut être rendu visible lorsque la lampe de véhicule est éteinte. En outre, lorsque la source lumineuse placée en arrière de la partie non semi-réfléchissante ou d'ouverture et la
source lumineuse placée derrière la partie semi-réflé-
chissante sont toutes deux allumées, la lampe de véhicule peut paraître lumineuse. La couleur obtenue ne peut pas être prévue d'après la lampe à l'état éteint. En d'autres termes, comme seule la partie non semiréfléchissante ou d'ouverture permet l'observation de l'intérieur de la lampe lorsqu'elle est éteinte, seule la partie non semi-réfléchissante ou
d'ouverture paraît lumineuse à l'état éteint.
Dans la disposition précitée, le panneau translucide a une forme de dôme et une lentille formant condenseur est
placée entre la partie non semi-réfléchissante ou d'ouver-
ture et la source lumineuse placée en arrière de la partie non semiréfléchissante ou d'ouverture. Ainsi, la lampe pour véhicule a une disposition dans laquelle un petit dôme translucide forme un dôme qui paraît réfléchir la lumière extérieure.