INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
la figure 225 illustre un exemple de demandes et attributions de verrous sur les axes des temps logiques de deux postes clients en association avec un tel blocage mutuel, la figure 226 illustre deux situations correspondant respectivement à un blocage mutuel et à l'absence d'un tel blocage, la figure 227 illustre le recours à un compteur pour délier des situations de blocage mutuel, la figure 228 illustre des propagations de transitions entre cinq objets, afin d'illustrer une fonction de retour en arrière, la figure 229 illustre l'état de listes de messages correspondants côté serveur et côté client, la figure 230 illustre d'autres propagations de transitions dans le même exemple, la figure 231illustre l'état correspondant de la liste de messages côté serveur, la figure 232 illustre d'autres propagations de transitions encore dans le même exemple, la figure 233 illustre l'état correspondant de la liste de messages côté client, la figure 234 est un diagramme d'états et de messages illustrant une situation de conflit entre serveur et client, les figures 235 à 238 illustrent au niveau de la liste des messages côté serveur les étapes de résolution du conflit.
(10) Le polymère de diammonium quaternaire contenant des motifs récurrents répondant à la formule : formule (VII) dans laquelle : R10, R11, R12 et R13, identiques ou différents, représentent des radicaux aliphatiques, alicycliques, ou arylaliphatiques contenant de 1 à 20 atomes de carbone ou des radicaux hydroxyalkylaliphatiques inférieurs, ou bien R10, R11, R12 et R13, ensemble ou séparément, constituent avec les atomes d'azote auxquels ils sont rattachés des hétérocycles contenant éventuellement un second hétéroatome autre que l'azote ou bien R10, R11, R12 et R13 représentent un
radical alkyle en Ci-Ce linéaire ou ramifié substitué par un groupement nitrile, ester, acyle, amide ou -CO-O- R14-D ou-CO-NH- R14-D où R14 est un alkylène et D un groupement ammonium quaternaire ; A1 et B1 représentent des groupements polyméthyléniques contenant de 2 à 20 atomes de carbone pouvant être linéaires ou ramifiés, saturés ou insaturés, et pouvant contenir, liés à ou intercalés dans la chaîne principale, un ou plusieurs cycles aromatiques, ou un ou plusieurs atomes d'oxygène, de soufre ou des groupements sulfoxyde, sulfone, disulfure, amino, alkylamino, hydroxyle, ammonium quaternaire, uréido, amide ou ester, et X- désigne un anion dérivé d'un acide minéral ou organique; A1, R10 et R12 peuvent former avec les deux atomes d'azote auxquels ils sont rattachés un cycle pipérazinique ; en outre si A1 désigne un radical alkylène ou hydroxyalkylène linéaire ou ramifié, saturé ou insaturé, B1 peut également désigner un groupement-(CH2)n-CO-D-OC-(CH2)n- dans lequel D désigne : a) un reste de glycol de formule : -O-Z-O-, où Z désigne un radical hydrocarboné linéaire ou ramifié ou un groupement répondant à l'une des formules suivantes : -(CH2-CH2-O)x-CH2-CH2- -[CH2-CH(CH3)-O]y-CH2-CH(CH3)- où x et y désignent un nombre entier de 1 à 4, représentant un degré de polymérisation défini et unique ou un nombre quelconque de 1 à 4 représentant un degré de polymérisation moyen ; b) un reste de diamine bis-secondaire tel qu'un dérivé de pipérazine ; c) un reste de diamine bis-primaire de formule : -NH-Y-NH-, où Y désigne un radical hydrocarboné linéaire ou ramifié, ou bien le radical bivalent -CH2-CH2-S-S-CH2-CH2- ; d) un groupement uréylène de formule : -NH-CO-NH- .
Des polymères de ce type sont notamment décrits dans les brevets français 2. 320.330, 2. 270.846, 2. 316.271, 2. 336.434 et 2. 413.907 et les brevets US
2. 273.780, 2. 375.853, 2. 388.614, 2. 454.547, 3. 206.462, 2. 261.002, 2. 271.378, 3. 874.870, 4. 001.432, 3. 929.990, 3. 966.904, 4. 005.193, 4. 025.617, 4. 025.627, 4.025.653, 4.026.945 et 4.027.020.
De plus, des mécanismes d' inactivation post-transcriptionnelle ont également été mis en évidence dans la résistance des plantes aux virus.
Ces phénomènes d'inactivation, révélés accidentellement par la transgenèse, reflètent donc certainement des processus fondamentaux du contrôle épigénétique de l'expression des gènes. La mise en évidence de ces phénomènes soulève par ailleurs de nombreuses questions quant à l'utilisation de plantes transgéniques tant pour des programmes d'amélioration variétale que pour des études de physiologie moléculaire. En effet, les phénomènes d'inactivation post-transcriptionnelle constituent un obstacle important à la stabilité de l'expression des transgènes dans les plantes. Ces phénomènes de suppression de l'expression du transgène sont particulièrement fréquents dans le cadre de transgènes fortement exprimés et limitent donc l'expression de protéines recombinantes dans les plantes.
Au niveau moléculaire les mécanismes impliqués dans l'inactivation posttranscriptionnelle restent méconnus. Plusieurs modèles ont été proposés pour expliquer la spécificité de séquence de ce mécanisme (pour une revue voir Kooter et al., Trends in Plant Science, 4:340-347, 1999). Il est souvent postulé que l'inactivation post-transcriptionnelle est initiée par la synthèse d'un ARN aberrant. La synthèse d'un ARN aberrant serait provoquée par la structure particulière du locus transgénique ou se produirait naturellement en raison d'un niveau de transcription particulièrement élevé. Cet ARN aberrant serait ensuite reconnu par une ARN polymerase ARN dépendante appelée RdRp (RNA dépendent RNA polymerase). Cet ARN aberrant servirait ensuite de substrat à la RdRp
pour synthétiser un ARN complémentaire. L'ARN aberrant apparié à son complémentaire serait ensuite dégradé par une ARNase spécifique des ARN double brin. Ce modèle reste cependant très spéculatif et incomplet. Plus récemment, le gène qdel de Neurospora crassa impliqué dans le phénomène de "quelling" analogue à l' d'inactivation posttranscriptionnelle a été cloné et caractérisé (Cogoni et Macino, Nature, 399:166-169, 1999). Ce gène code pour une protéine présentant des homologies avec une RdRp. D'autre part, des gènes présentant des homologies avec des RdRp ont été identifiés dans différents organismes et notamment chez la tomate (Schiebel et al., Plant Cell 10:2087-2101, 1998).
La grande diversité des ces RdRp et leur faible homologie de séquence suggèrent cependant que ces RdRp pourraient jouer des rôles très variés dans les cellules eucaryotes.
Chez les plantes le rôle des différentes RdRp, leur implication éventuelle dans l'inactivation post-transcriptionnelle et dans la résistance aux virus n'ont pas été déterminés. On conçoit donc qu'il est aujourd'hui indispensable d'identifier les gènes impliqués dans l'inactivation post-transcriptionnelle afin d'améliorer d'une part la stabilité de l'expression des transgènes et d'autre part la production de protéines recombinantes dans les plantes. L'identification de ces gènes présente également un grand intérêt en raison de leur rôle dans la résistance des plantes aux infections virales.
La présente invention concerne un nouveau gène de plante, dénommé SGS2, impliqué dans les phénomènes d'inactivation post-transcriptionnelle dans les plantes transgéniques et dans la résistance des plantes aux infections virales. Le gène SGS2 de l'invention complémente un mutant affecté dans l'inactivation post-transcriptionnelle. En outre, l'inactivation du gène SGS2 conduit à l'inhibition des phénomènes d'inactivation post-transcriptionnelle en particulier dans les plantes transgéniques. L'analyse des homologies de séquence montre que le gène SGS2 appartient à la famille des RdRp bien que son homologie avec le gène qdel de Neurospora crassa impliqué dans un phénomène analogue à l'inactivation post-transcriptionnelle soit très faible. La présente invention a donc pour objet une nouvelle RdRp de plante impliquée dans l'inactivation posttranscriptionnelle ainsi que des mutants et des procédés pour identifier des RdRp impliqués dans le phénomène d'inactivation post-transcriptionnelle chez les plantes. L'invention concerne également des plantes transgéniques dans lesquelles le gène SGS2 est inactivé ou inhibé pour permettre une expression plus stable et plus importante de certains transgènes, notamment en vue de la production de protéines recombinantes dans les plantes. La présente invention a également pour objet la surexpression du gène SGS2 pour la préparation de plantes plus résistantes aux infections virales.
Description des figures FIGURE 1: Mutants sgs2 Description de la liste de séquences SEQ ID NO.1: Gène SGS2 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID NO. 2 : ADNc du gène SGS2 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID NO. 3 : Polypeptide SGS2 d'Arabidopsis thaliana Description de l'invention Polynucléotides SGS2 La présente invention concerne des polynucleotides SGS2, en particulier des polynucléotides comprenant un gène SGS2 de plante. Préférentiellement, les polynucléotides de la présente invention comprennent la séquence codante d'un gène SGS2 de plante. Le gène SGS2 peut être isolé chez les plantes dicotylédones, comme Arabidopsis, le tabac, le colza, le tournesol, le soja, le coton, ou chez les plantes monocotylédones comme le riz, le maïs ou le blé. De manière avantageuse, le gène SGS2 est isolé chez les plantes dicotylédones, en particulier les crucifères comme Arabidopsis ou le colza. De préférence, les polynucléotides de l'invention comprennent un gène SGS2 d'Arabidopsis thaliana.
Le terme "polynucléotides SGS2" désigne l'ensemble des polynucléotides de la présente invention, de préférence, les polynucléotides de la séquence génomique de SGS2, les polynucléotides de la séquence de l'ADNc de SGS2, ainsi que les polynucléotides codant pour les polypeptides SGS2 de la présente invention. Le terme "polynucléotides SGS2" désigne également des polynucléotides recombinants comprenant les dits polynucléotides.
Selon la présente invention, on entend par "polynucléotide " une chaine nucléotidique simple brin ou son complémentaire ou une chaine nucléotidique double brin pouvant être de type ADN ou ARN. De préférence, les polynucléotides de l'invention sont de type ADN, notamment d'ADN double brin. Le terme "polynucléotide" désigne également les oligonucléotides et les polynucléotides modifiés.
Les polynucléotides de la présente invention sont isolés ou purifiés de leur environnement naturel. De préférence, les polynucléotides de la présente invention peuvent être préparés par les techniques classiques de biologie moléculaire telles que décrites par Sambrook et al. ( Molecular Cloning : Labratory Manual, 1989) ou par synthèse chimique.
L'invention comprend des polynucléotides de la séquence génomique du gène SGS2. Cette séquence génomique comprend 2 exons (positions 851-3564 et 3987-4862 de
la SEQ ID NO. 1), un intron (position 3565-3986 de la SEQ ID NO.1) et des séquences régulatrices en 5' et en 3'. Dans un mode de réalisation préféré de l'invention, les polynucléotides de la séquence génomique de SGS2 comprennent le polynucléotide de la SEQ ID NO.1ou un polynucléotide comprenant au moins un exon de la SEQ ID NO.1.
La présente invention concerne également un polynucléotide comprenant une séquence régulatrice en 5' ou en 3' du gène SGS2. Dans un premier mode de réalisation, l'invention concerne un polynucléotide de régulation en 5' comprenant le polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 850 de la SEQ ID NO. 1.
Dans un deuxième mode de réalisation, l'invention concerne un polynucléotide de régulation en 3' comprenant le polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 4863 et la position 6863 de la SEQ ID NO. 1.
L'invention a également pour objet un promoteur du gène SGS2 d'Arabidopsis thaliana. De préférence, le promoteur du gène SGS2 comprend un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 850 de la SEQ ID NO. 1. Dans un autre mode de réalisation de l'invention, le promoteur du gène SGS2 comprend un fragment biologiquement actif d'un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 850 de la SEQ ID NO. 1.
On peut donc synthétiser le dendrimère a par deux voies différentes dites voie convergente et voie divergente comme indiqué dans les schémas des figures 6 et 7.
La voie convergente de synthèse du dendrimère a indiquée à la figure 6 est la méthode la plus rapide.
On peut noter que la synthèse du dendrimère a par voie divergente selon le schéma indiqué à la figure 7 et décrite dans la partie expérimentale à l'exemple 2 comporte une étape supplémentaire par rapport à la synthèse du dendrimère a par voie convergente selon le schéma indiqué à la figure 6 et décrite à l'exemple 1.
Pour l'obtention du produit de formule 12, on peut utiliser du dichlorométhane ou de préférence de l'acétonitrile (solvant utilisé dans les couplages de la synthèse du dendrimère b) on peut noter que dans ce dernier solvant, les produits précipitent pendant leur formation et sont facilement isolés par filtration.
La molécule 13 est ensuite couplée avec le linker 14.
Les dendrimères b et c peuvent de même être synthétisés selon des voies convergente et divergente comme indiqué ciaprès.
La voie convergente de synthèse du dendrimère b comporte une étape de moins que le dendrimère a. On peut synthétiser le dendrimère b dans les mêmes conditions que le dendrimère a. Tous les couplages sont réalisés grâce à BOP/DIEA et toutes les déprotections des groupements Boc se font dans HCl-AcOEt.
La voie divergente de synthèse du dendrimère b est
indiquée sur le schéma de la figure 8.
Le dendrimère c tel que défini ci-dessus est un dendrimère "mixte", composé d'abord d'un fragment de 3 branches, puis de 2 branches, ce qui apporte un compromis entre nombre de chaînes finales et poids moléculaire. La voie divergente de synthèse du dendrimère c est réalisée selon le schéma indiqué à la figure 9.
Dans la partie expérimentale de la présente demande indiquée ci-après, on décrit précisément en exemples 1 à 4 les synthèses du dendrimère a par voie convergente et divergente et les synthèses des dendrimères b et c par voie divergente.
Les dendrimères colorés selon la présente invention et notamment les trois types de dendrimères différents a, b et c tels que définis ci-dessus peuvent donc être synthétisés selon deux voies en synthèse. On peut noter que l'on préfère la méthode de synthèse des dendrimères dite divergente telle que définie ci-dessus.
La présente invention concerne également l'utilisation des dendrimères selon la présente invention comme supports solubles en synthèse organique.
L'utilisation des dendrimères de la présente invention comme supports solubles en synthèse organique est exemplifiée dans le schéma indiqué à la figure 10.
Pour étudier l'utilisation des dendrimères en tant que supports solubles selon la présente invention, on a choisi une réaction modèle qui est la réaction du Suzuki (Miyaura, N. ; Yanagi, Y. ; Suzuki, A. Synth. Commun., 1981, 11, 513) (Watanabe, T. ; Miyaura,N. ; Suzuki, A. Synlett, 1992,207) (Martin, A.R. ; Y. Acta Chem. Scand. 1993,47, 221) (Suzuki, A. Pure ≈Appl. Chem., 1994,66, 213) (Miyaura, N. ; Suzuki, A. Chem. Rev., 1995,95, 2457).
Dans la partie expérimentale de la présente demande indiquée ci-après, on décrit en exemples 5 à 6, des exemples d'utilisation des dendrimères selon la présente invention comme supports solubles en synthèse organique.
Cet ensemble de tables est également utilisé par le module d'indicateur pour d'une part mettre en place un modèle d'équation sur une adresse IP déterminée, et d'autre part pour mettre à jour les indicateurs.
Selon l'invention, les index des attributs d'un indicateur peuvent être de deux types entier ou chaîne. Un index de type entier, est noté ?In, où n permet d'identifier un index lorsqu'un attribut comprend plusieurs index. Un index de type chaîne de caractères est noté ?Sn.
La mise en place d'index d'attributs variables dans une équation représentative d'un indicateur implique le respect de certaines contraintes sur les index et notamment sur le nombre des index. En effet, plus un attribut déterminé d'une équation comprend d'index, plus la mémoire nécessaire pour le calcul de cet attribut est importante. L'expérience a démontré que pour obtenir une taille de processus compatible avec une utilisation industrielle du procédé selon l'invention il est souhaitable de limiter à 5 le nombre d'index par attribut, quel que soit le type de l'index.
De même, au moins un attribut dit fédérateur de l'équation représentative de chaque indicateur doit comprendre tous les index variables de l'équation. Cette contrainte est fixée pour deux raisons. Premièrement, l'attribut fédérateur est utilisé lors de l'évaluation de l'équation (décrite ultérieurement) pour retrouver toutes les instances possibles de l'ensemble des attributs de l'équation. Deuxièmement, si un tel attribut n'existe pas dans l'équation alors cela signifie qu'au moins deux attributs de l'équation sont décorrélés. Par conséquent, l'équation n'a plus de sens.
La mise en place d'attributs à index variables dans une équation d'indicateur permet également d'évaluer cette équation uniquement pour des valeurs déterminées d'index. En effet, en fixant des contraintes sur les valeurs que peuvent prendre les index il est possible de choisir des attributs particulier pour lesquels l'équation sera évaluée. A titre d'exemple prenons l'indicateur permettant de connaître le taux de fragmentation d'une base de données. Selon l'invention cette équation s'écrit :
(TauxFragmentation ?11. ?12)*1024 Où 11 représente l'identification d'une base de données et 12 représente un tableau de cette base de données. Si l'utilisateur souhaite connaître tous les taux de fragmentation de tous les tableaux de toutes les bases de données, aucune contrainte n'est nécessaire sur les index 11 et 12. Par contre, si l'utilisateur souhaite connaître le taux de fragmentation de tous les tableaux d'une base de données particulière, alors il est nécessaire d'ajouter une contrainte sur l'index 11. cette contrainte est par exemple de la forme : Dbname. ?11= nom base de données Ce qui signifie que la valeur de 11 est choisi pour que le nom de la base de données soit nom de la base de données .
Les étapes du procédé selon l'invention vont à présent être explicitées en référence aux figures 1 et 2. Comme expliqué précédemment, le module de découverte du sous-administrateur réalise la découverte des équipements à superviser. Ensuite un module de configuration transmet au module indicateur tous les renseignements (adresse IP, type d'équation) de façon à ce que celuici renseigne la table 1. Ainsi, pour chaque équipement supervisé le module indicateur du sous-administrateur connaît le type d'équation à appliquer.
Lorsque le module indicateur reçoit une information du module de configuration l'informant qu'un nouvel équipement est à superviser, le module indicateur déclenche une étape d'initialisation (10). Cette étape d'initialisation (10) consiste à renseigner la table N 1 en ajoutant, pour chaque index de l'équation, une ligne contenant l'adresse du nouvel équipement, l'index du modèle de l'équation et une valeur d'initialisation pour l'index. cette valeur d'initialisation est, par exemple, -1 lorsque l'index est de type entier, ou par exemple une chaîne de caractères vide lorsque l'index est de type chaîne de caractères.
Ensuite le module indicateur déclenche une étape d'évaluation de l'indicateur sur l'adresse spécifiée. Cette étape d'évaluation consiste, d'une part à rechercher toutes les instances possibles et valides de tous les index de tous les attributs de l'équation, et d'autre part à réaliser l'évaluation de l'équation pour toutes les instances valides des index.
La recherche des instances des index des attributs de l'équation consiste tout d'abord en une étape (11) de recherche de l'attribut fédérateur de l'équation. Pour ce faire, le module (MCI, figure 3) indicateur comprend une procédure d'analyse de l'équation qui compte le nombre d'index pour chaque attribut et qui choisit l'attribut ayant le plus d'index comme attribut fédérateur. Lorsque plusieurs attributs ont le même nombre d'index, le premier attribut peut alors être arbitrairement choisi comme attribut fédérateur. De même, une autre solution consiste à écrire les équations en choisissant le premier attribut rencontré dans l'équation comme attribut fédérateur. Dans ce mode de réalisation, l'étape de recherche (11) de l'attribut fédérateur consiste simplement à extraire le ou les index du premier attribut de l'équation.
De même, lorsque des contraintes sur les index sont introduites. Le choix de l'attribut fédérateur se portera sur l'attribut qui, en plus d'avoir le plus grand nombre d'index, a les contraintes sur ses index.
En effet afin de simplifier le processus de traitement des équations l'ensemble des contraintes existantes sur les index de l'équations est reporté sur l'attribut fédérateur qui, par définition, comprend tous les index.
Ensuite, le module indicateur déclenche une étape d'extraction des attributs de l'équation. Cette étape consiste en fait à déterminer les valeurs des index des attributs pour lesquelles l'équation est calculable. Pour ce faire le module indicateur déclenche l'envoi, à l'étape (12) de requêtes d'interrogation Getnext sur l'adresse spécifiée en demandant la valeur suivante de l'attribut fédérateur. Lorsque le protocole d'administration choisi est le protocole SNMP, cette interrogation est réalisée par l'intermédiaire d'agents SNMP.
A ce stade deux cas de figure sont possibles. Premièrement, l'agent retourne une valeur ne correspondant pas à l'attribut fédérateur ou une erreur, ce qui signifie que l'attribut n'existe pas. Dans ce cas, le procédé de calcul d'indicateur s'arrête, mais la valeur d'initialisation de tous les index est conservée, de façon à pouvoir effectuer une mise à jour ultérieurement.
Deuxièmement l'agent retourne une instance pour l'attribut fédérateur, alors le module d'indicateur extrait à l'étape (13) l'instance de tous les index de l'attribut fédérateur pour former alors un ensemble ordonné de valeur
communément appelé n-uplet de valeurs. Ensuite, le module indicateur vérifie à l'étape (14) si la ou les instances des index du n-uplet trouvé répondent aux éventuelles contraintes fixées pour les index. Si l'une des contraintes n'est pas respectée sur l'un des index, alors les instances des index sont ignorées et la valeur suivante de l'attribut fédérateur est demandée.
Selon un mode de réalisation préféré, les polynucléotide antisens de la présente invention sont exprimés dans les cellules végétales ou les plantes à partir d'une cassette d'expression.
La présente invention concerne l'utilisation d'un polynucléotide ou d'un fragment d'un polynucléotide de la SEQ ID NO. 1 et de la SEQ ID NO. 2 selon l'invention pour l'identification du gène SGS2 dans d'autres plantes. Le clonage s'effectue par exemple par criblage de banques d'ADNc ou de banques d'ADN génomique avec un polynucléotide ou un fragment d'un polynucléotide de la SEQ ID NO.1et de la SEQ ID NO.2. Ces banques peuvent également être criblés par PCR à l'aide d'oligonucléotides spécifiques ou dégénérés dérivés de la SEQ ID NO.1ou de la SEQ ID NO.2. Les techniques de construction et de criblage de ces banques sont bien connues de l'homme du métier (voir notamment Sambrook et al., Molecular Cloning : Labratory Manual, 1989). Des gènes SGS2 de plante peuvent également être identifiés dans les bases de données par BLAST nucléotidique ou protéique à l'aide des SEQ ID NO. 1-3.
De préférence, on vérifie que les gènes clonés assurent la même fonction que le gène SGS2 d'Arabidopsis thaliana par introduction des gènes identifiés dans des mutants sgs2 et par test de restauration de l'inactivation post-transcriptionnelle (voir ci-dessous).
Polypeptides SGS2 La présente invention concerne également des polypeptides SGS2. Le terme "polypeptides SGS2" désigne l'ensemble des polypeptides de la présente invention ainsi que les polypeptides pour lesquels codent les polynucléotides de la présente invention. Le terme "polypeptides SGS2" désigne également des protéines de fusion, des protéines recombinantes ou des protéines chimères comprenant ces polypeptides. Dans la présente description le terme "polypeptide" désigne également des protéines et des peptides ainsi que des polypeptides modifiés.
Les polypeptides de l'invention sont isolés ou purifiés de leur environnement naturel.