INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
B) Polymorphisme de type SNP 9 1011 c L'étape d'élongation ou de miniséquençage est ensuite réalisée comme indiqué dans le tableau suivant : Fournisseur Référence Réactif Cône... c. initiale tube finale Pl) Propre Tampon Elongation préparation (X) ,.e Amorce Miniseq Technologies Sur demande (Pm) Sur demande (M) AP Biotech 27-2051 ddNTPs (pM) 2, 5 025 0, 125 (61, 71, 81)-01 2 non marqués de chaque de chaque NEN Nel 472/5 ) 2, 5 0, 25 0, 125 et Nel 492/5 2 marqués de chaque de chaque Tamra et RI 10 AP Biotech E79000Z Thermo-sequenase 3, 2 U/u) 0, 125 H20 Qsp 5 lul 3, 125 Qggj g H20 Qsp 5 I 3, 125 PCR digérée10 ut Vol total 15 ul
Le tampon élongation : Le tampon élongation 5X est composé de Tris-HCI pH 9 à 250 mM, de KCI à 250 mM, de NaCI à 25 mM, de MgCI2 à 10 mM et de glycérol à 40 %.
2 ddNTPs : Pour les ddNTPs, un mélange des 4 bases est réalisé en fonction du polymorphisme étudié. Seulement les 2 bases d'intérêts (C/G) composant le polymorphisme de type SNP fonctionnel portent un marquage, soit en Tamra, soit en R110 Le mélange de ddNTPs est composé de : 2, 5 uM de ddATP non marqué, 2, 5 uM de ddTTP non marqué, 2, 5 uM de ddCTP (1, 825 pM de ddCTP non marqué et 0, 625 uM de ddCTP marqué au Tamra), 2, 5 uM de ddGTP (1, 825 uM de ddGTP non marqué et 0, 625 uM de ddGTP marqué au R110).
Une fois remplie, la plaque est scellée, centrifugée puis placée dans un thermocycleur pour plaque 384 puits (Tetrad de MJ Research) et subit l'incubation suivante : Cycles d'élongation : 1 min. à 93 C, suivi de 35 cycles composés de 2 étapes (10 sec. à 93 C, 30 sec. à 55 C).
Après la dernière étape dans le thermocycleur, la plaque est directement placée sur un lecteur de fluorescence polarisée de type Analyst (D HT de LJL Biosystems Inc.. La plaque est lue à l'aide du logiciel Criterion HostS en utilisant deux méthodes. La première permet de lire la base marquée en Tamra en utilisant les filtres d'excitation et d'émission spécifiques de ce fluorophore (excitation 550-10 nm, émission 580-10 nm) et la seconde permet de lire la base marquée en R110 en utilisant les filtres d'excitation et d'émission spécifiques de ce fluorophore (excitation 490-10 nm, émission 520- 10 nm). Dans les deux cas, un miroir double dichroïque (RHO/Tamra) est utilisé et les autres paramètres de lecture sont : Z-height : 1,5 mm Attenuator : out Temps d'intégration : 100, 000 usée.
Raw data units : counts/sec Switch polarization : by weil Plate settling time : 0 msec PMT setup : Smart Read (+), sensitivity 2 Dynamic polarizer : emission Static polarizer : S
Un fichier résultat est alors obtenu contenant les valeurs calculées de mP pour le filtre Tamra et celle pour le filtre R110. Ces valeurs de mP sont calculées à partir des valeurs d'intensité obtenues sur le plan parallèle (//) et sur le plan perpendiculaire Cl) d'après la formule suivante : mP =1000 (//-g)/ (//+ggL).
Dans ce calcul, la valeur sur le filtre est pondérée d'un facteur g.
Les valeurs de mP sont reportées sur un graphe à l'aide du logiciel Excel de Microsoft Inc., et/ou du logiciel Allele Callers développé par LJL Biosystems Inc..
En abscisse est indiquée la valeur de mP de la base marquée au Tamra, en ordonnée est indiquée la valeur de mP de la base marquée au Roi 10. Une forte valeur de mP indique que la base marquée avec ce fluorophore est incorporée et, inversement, une faible valeur de mP révèle l'absence d'incorporation de cette base.
On obtient jusqu'à 3 groupes homogènes de séquences nucléotidiques ayant des génotypes différents, comme indiqué dans la Figure 11.
La comparaison des séquences nucléotidiques peut être effectuée par séquençage par des méthodes d'hybridation de l'ADN, par différence de mobilité des fragments d'ADN sur gel d'électrophorèse avec ou sans agents dénaturants ou par différence de températures de fusion. Voir Myers et al., Science (1985) 230 : 1242. De telles modifications dans la structure de la séquence nucléotidique en un point précis peuvent également être révélées par des essais de protection aux nucléases, telles que l'ARNase et la nucléase S1 ou encore par des agents chimiques de clivage. Voir Cotton et al., Proc. Nat.
De nombreuses méthodes bien connues de l'homme du métier peuvent être utilisées pour déterminer l'expression d'un polynucléotide de
l'invention et pour identifier la variabilité génétique de ce polynucléotide. Voir Chee et al., Science (1996), Vol 274, pp 610-613.
Ces maladies peuvent être des dérèglements et/ou des maladies humaines, tels que les différents cancers comme, par exemple, les carcinomes, les mélanomes, les lymphomes, les myélomes, les tumeurs cancéreuses ou non, les leucémies et les cancers du foie, du cou, de la tête et des reins, les maladies cardiovasculaires, les maladies métaboliques telles que celles qui ne sont pas liées au système immunitaire comme, par exemple, l'obésité, les maladies infectieuses en particulier les infections virales comme les hépatites B et C et le SIDA, les pneumonies, les colites ulcératives, les maladies du système nerveux central comme, par exemple, la schizophrénie et la dépression, le rejet de greffe de tissus ou d'organes, la cicatrisation de blessures, l'anémie en particulier chez les patients dialysés, les allergies, l'asthme, les scléroses multiples, l'ostéoporose, le psoriasis, l'arthrite rhumatoïde, la maladie de Crohn, les maladies et les désordres auto-immuns, les verrues génitales ou vénériennes, les désordres gastro-intestinaux ou encore les désordres liés aux traitements par chimiothérapie.
Préférentiellement, ces maladies peuvent être des hépatites chroniques B et C, des leucémies telles que la leucémie à trichloroleucocytes et la leucémie myéloïde chronique, des myélomes multiples, des lymphomes folliculaires, des tumeurs carcinoïdes, des mélanomes malins, des carcinomes rénaux métastasés, la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson ainsi que des tumeurs qui apparaissent à la suite d'un déficit immunitaire, tel que le sarcome de Kaposi dans le cas du SIDA.
De même, la présence, l'absence et/ou la concentration de polypeptide selon l'invention peuvent aider au diagnostic d'une maladie, une indisposition ou un dérèglement ou, au contraire, la résistance à une maladie,
une indisposition ou un dérèglement chez un sujet en prélevant un échantillon dérivé de ce sujet.
Médicaments et traitements des maladies Les polypeptides de l'invention possèdent de très intéressantes propriétés pharmacologiques puisqu'ils ont une structure tridimensionnelle et une fonctionnalité différente par rapport à)') FNa-21 nature !.
Les conditions stringentes peuvent être obtenues selon les méthodes bien connues de l'homme du métier et, par exemple, par une incubation des polynucléotides, à 42 C, dans une solution comprenant 50 % de formamide, 5xSSC (150 Mm de NaCI, 15 mM de trisodium citrate), 50 Mm de sodium phosphate (pH = 7,6), 5x Solution Denhardt, 10 % de dextran sulfate et 20 J. ! g d'ADN de sperme de saumon dénaturé, suivi d'un lavage des filtres à 0, 1x SSC, à 650 C.
Ainsi, par exemple, si la séquence nucléotidique comporte le polymorphisme de type SNP a1204g, sa séquence nucléotidique complémentaire comporte toujours le nucléotide c en position 1204.
Identification, hybridation et/ou amplification d'un polynucléotide comportant le polymorphisme de type SNP La présente invention a aussi pour objet l'utilisation de tout ou partie d'un polynucléotide défini précédemment, pour identifier, hybrider et/ou amplifier tout ou partie d'un polynucléotide consistant en la séquence ID SEQ NO 1 ou sa séquence codante (du nucléotide 670 au nucléotide 1239), sous réserve que chacune de ces séquences comporte au moins l'un des polymorphismes de type SNP suivants :
- c973a, - g1011c, - t1049a, - t1155a, - a1204g.
Le polymorphisme de type SNP fonctionnel conforme à l'invention est préférentiellement génotypé dans une population d'individus.
Lorsque ladite population d'individus est déterminée de façon non aléatoire, les individus peuvent être choisis selon leur ethnie ou selon leur phénotype, notamment ceux qui sont atteints par les dérèglements et/ou maladies suivantes : les différents cancers comme, par exemple, les carcinomes, les mélanomes, les lymphomes, les myélomes, les tumeurs cancéreuses ou non, les leucémies et les cancers du foie, du cou, de la tête et des reins, les maladies cardiovasculaires, les maladies métaboliques telles que celles qui ne sont pas liées au système immunitaire comme, par exemple, l'obésité, les maladies infectieuses en particulier les infections virales comme les hépatites B et C et le SIDA, les pneumonies, les colites ulcératives, les maladies du système nerveux central comme, par exemple, la maladie
d'Alzheimer, la schizophrénie et la dépression, le rejet de greffe de tissus ou d'organes, la cicatrisation de blessures, l'anémie en particulier chez les patients dialysés, les allergies, l'asthme, les scléroses multiples, l'ostéoporose, le psoriasis, l'arthrite rhumatoïde, la maladie de Crohn, les maladies et les désordres auto-immuns, les verrues génitales ou vénériennes, les désordres gastro-intestinaux ou encore les désordres liés aux traitements par chimiothérapie.
Les amorces respectivement sens et antisens pour l'amplification PCR, dans le cas du polymorphisme de type SNP conforme à l'invention, peuvent comprendre par exemple les séquences nucléotidiques ID SEQ No 3 et ID SEQ N 4.
Ces séquences nucléotidiques permettent d'amplifier un fragment d'une longueur de 696 nucléotides, du nucléotide 620 au nucléotide 1315, du gène de l'lFNoc-21 (ces nucléotides étant numérotés en référence à la séquence nucléotidique ID SEQ N 1).
La constitution de peau artificielle est une technologie ayant pour but de soigner des patients victimes de plaies thermiques, en particulier des grands brûlés, de plaies vasculaires telles que des ulcères, ou encore les patients atteints de pathologies liées à des défauts de cicatrisation.
Trois types principaux de modèles pour reconstituer de la peau humaine en laboratoire sont actuellement disponibles et réalisables : les dermes équivalents (Procacci et al., J. Inv. Dermatol. 115,518 (2000) ; Bell et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76,1274- 1278 (1979) ; Bell et al., J. Invest. Dermatol. 81,2s-10s (1983)), la peau composite dermo-épidermique allogénique (Burke et al., Am. Surg. 194,413-428 (1981)) et l'épiderme en culture allogénique (Hansbrough et al., J.
Am. Med. Ass. 262,2125-2140). Ces différents modèles sont préparés à partir de cultures primaires de kératinocytes et/ou fibroblastes.
Si ces modèles se prêtent bien à des études pharmacologiques, leur utilisation à des fins théarpeutiques est néanmoins jugée insatisfaisante par un certain nombre d'équipes chirurgicales dans le monde, notamment parce qu'elle s'accompagne de rejet de greffes (Compron et al., Lab. Invest. 60, 600-612 (1989)).
L'autogreffe d'épiderme reconstitué à partir d'une biopsie cutanée sur le patient, suivie d'une culture des kératinocytes pendant environ trois semaines serait la meilleure solution, car elle éviterait tout risque de rejet immunologique. Néanmoins, cette solution présente l'inconvénient d'être longue à mettre en oeuvre.
A l'heure actuelle, pour le chirurgien, l'allogreffe expansée de peau de cadavre reste le meilleur substitut cutané. Cependant, cette solution n'est pas viable à long terme car, outre le problème du manque de donneurs, cette solution expose le patient à une contamination virale potentielle.
C'est pourquoi, des efforts ont été entrepris afin de proposer une alternative à ces méthodes.
La culture de cellules souches embryonnaires humaines étant désormais possible en laboratoire, les méthodes représentées permettent l'obtention illimitée d'épidermes reconstitués greffables sans risque de rejet, les cellules embryonnaires souches présentant le double avantage d'être immortelles sans être immortalisées et d'être aisément manipulables par transfection et recombinaison homologue. Pour que ces kératinocytes persistent chez le patient receveur, des modifications de certains loci, tels que celui des gènes du complexe majeur d'histocompatibilité qui jouent un rôle dans la reconnaissance des cellules étrangères par le système immunitaire, permettent de créer des lignées totipotentes universelles immunotolérantes.
Effet de différentes matrices sur la différenciation kératinocytaire
Matrices J8 J15 Verre Gélatine-/+ + FHN +++ ++++ 3T3 +++ ++++ 804G ++ ++ Racll P ++ ++++ SCC25 ++ + MCF10 +++ + KHSV +++ +++ NBTII + +++ HaCaT + +
Les cellules ES ont été déposées sur des matrices sécrétées par des cellules d'origines différentes. La présence de kératinocytes néo-formés a été détectée à 8 (J8) et 15 jours (J15) par immunomarquage anti-kératinel4.
La présence de cellules K14-positives est représentée quantitativement par : (-) : absence de kératinocyte ; (+) faible quantité de kératinocytes ; quantités moyennes (++), fortes (+++) et très fortes (++++) de kératinocytes.
Cette quantification représente les résultats de plusieurs expériences indépendantes, exécutées en triplicat.
La présente invention propose donc une méthode originale pour induire la différentiation de cellules souches embryonnaires de mammifères en kératinocytes, comprenant les étapes suivantes : - isolement d'une matrice extracellulaire sécrétée par au moins un type de cellules de mammifères, - culture en parallèle des cellules souches embryonnaires de mammifères à l'état indifférencié dans un milieu de culture approprié en présence de LIF, - ensemencement des cellules souches embryonnaires en monocouche sur ladite matrice extracellulaire, - culture des cellules souches embryonnaires ainsi ensemencées en absence du LIF pendant un délai suffisant pour obtenir la différentiation en kératinocytes, et - recueillement des kératinocytes ainsi obtenus.
Avantageusement, le délai de culture des cellules souches embryonnaires ensemencées sur la matrice extracellulaire est efficace dès le 8ème jour et inférieur à 21 jours, et les cellules dont on récupère la matrice extracellulaire sont des cellules humaines, à l'exception des cellules germinales.
PROCEDE DE POSE D'UN DECOR BRODE SUR UN SUPPORT ET ARTICLE BRODE OBTENU La présente invention concerne le domaine de la broderie et plus particulièrement un procédé destiné à réaliser un décor brodé sur un article, notamment un article comportant des fibres de surface. Elle concerne tout particulièrement la pose d'un décor brodé sur un tapis automobile.
Pour obtenir Cb maximum : - il faut choisir un moteur électrodynamique dont les caractéristiques permettent de maximiser le rapport (BL) 2/Zb - Zc doit être minimal (le = 0, soit un court-circuit franc) Pour obtenir Cb minimum : - il suffit d'ouvrir le circuit électrique (Z.
Cette séquence nucléotidique est accessible dans une large séquence répertoriée de la section HTG de la base de donnée GenBank sous le numéro d'accès AC009445.
On entend par"IFNa-21 naturel"le polypeptide codé par la séquence nucléotidique du gène sauvage de référence. La protéine immature de l'IFNa-21 naturel correspond à la séquence d'acides aminés ID SEQ ? 2.
Le terme polynucléotide inclut, par exemple, un ADN simple brin ou double brin, un ADN composé d'un mélange d'une ou plusieurs région (s) simple brin et d'une ou plusieurs région (s) double brins, un ARN simple brin ou double brin et un ARN composé d'un mélange d'une ou plusieurs région (s) simple brin et d'une ou plusieurs région (s) double brins. Le terme polynucléotide peut aussi comprendre un ARN et/ou un ADN comprenant une ou plusieurs régions triple brins. On entend également par polynucléotide les ADNs et ARNs contenant une ou plusieurs bases modifiées de façon à avoir un squelette modifié pour la stabilité ou pour d'autres raisons. On entend par base modifiée, par exemple, les bases inhabituelles telles que l'inosine.
On entend, par exemple, par modifications d'un polypeptide, l'acétylation, l'acylation, l'ADP-ribosylation, l'amidation, la fixation covalente de flavine, la fixation covalente d'un hème, la fixation covalente d'un nucléotide ou d'un dérivé nucléotidique, la fixation covalente d'un lipide ou d'un dérivé lipidique, la fixation covalente d'un phosphatidylinositol, la réticulation covalente ou non-covalente, la cyclisation, la formation de pont disulfure, la déméthylation, la formation de cystéine, la formation de pyroglutamate, la formylation, la gamma-carboxylation, la glycosylation, la formation d'ancre au GPI, l'hydroxylation, l'iodisation, la méthylation, la myristoylation, l'oxydation, le processus protéolytique, la phosphorylation, la prénylation, la racémisation, la sénéloylation, la sulfatation, l'addition d'acides aminés telle que l'arginylation ou l'ubiquitination. De telles modifications sont bien détaillées dans la littérature : PROTEINS-STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd Ed., T. E. Creighton, New York, 1993, POST-TRANSLATIONAL COVALENT MODIFICATION OF PROTEINS, B. C. Johnson, Ed., Academic Press, New York, 1983, Seifter et al."Analysis for protein modifications and nonprotein
cofactors", Meth. Enzymol. (1990) 182 : 626-646 et Rattan et. al."Protein Synthesis : Post-translational Modifications and Aging", Ann NY Acad. Sci.
(1992) 663 : 48-62.
On entend par"identité", la mesure d'identité d'une séquence nucléotidique ou polypeptidique. D'une manière générale, les séquences que l'on veut comparer sont alignées de façon à obtenir la plus grande identité entre ces séquences.
L'identité est un terme bien connu de l'homme du métier et de la littérature. Voir COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY, Lesk, A. M., Ed., Oxford University Press, New York, 1998 ; BIOCOMPUTING INFORMATICS AND GENOME PROJECT, Smith, D. W., Ed., Academic Press, New York, 1993 ; COMPUTER ANALYSIS OF SEQUENCE DATA, PART l, Griffin, A. M. and Griffin H. G., Ed, Humana Press, New Jersey, 1994 ; et SEQUENCE ANALYSIS IN MOLECULAR BIOLOGY, von Heinje, G., Academic Press, 1987.
Un polynucléotide ayant, par exemple, une identité d'au moins 95 % avec la séquence nucléotidique ID SEQ NO 1 est un polynucléotide qui comporte au plus 5 points de mutation sur 100 nucléotides, par rapport à ladite séquence.
A titre indicatif, les principaux paramètres d'un gyromètre ayant la constitution qui vient d'être décrite peuvent être les suivants.
Une source utilisant un piège magnéto-optique, utilisée à la surface de la terre, permet de lancer des bouffées d'atomes ayant une vitesse moyenne comprise entre quelques centimètres par seconde et quelques mètres par seconde. Dans la pratique, on utilisera fréquemment des jets ayant une vitesse initiale verticale de 2,4 m/s et une vitesse horizontale de 30 cm/s. Les faisceaux de création de transitions Raman, lorsqu'un seul couple est utilisé, peuvent avoir un diamètre d'environ 5 cm. Cette taille est un compromis entre une section de faisceaux la plus grande possible (de façon à augmenter la surface soumise à l'effet Sagnac) et les puissances que permettent d'obtenir les diodes laser. Avec
d'autres types de laser, des diamètres plus importants peuvent être utilisés. Par ailleurs, on peut utiliser des optiques donnant aux faisceaux traversés par la trajectoire une section non circulaire.
Les durées de parcours entre deux interactions successives peuvent être de l'ordre de 50 ms. Elles dépendent de la vitesse horizontale des atomes et de la largeur que l'on peut accepter pour les faisceaux. Plus la durée est importante et plus la sensibilité est élevée. Avec des faisceaux de grand diamètre, on peut arriver à des intervalles d'environ 500 ms entre la première et la troisième interaction. Les impulsions de lumière auront une durée qui dépend de la puissance des lasers et la distribution transverse en vitesse des atomes.
Au lieu d'utiliser une séquence n/2, n, n/2, il est possible de soumettre une bouffée d'atomes à un nombre d'interactions supérieur, ce qui correspond à ajouter par exemple un jeu de zones 14,16, 18 au schéma montré en figure 1.
Lorsqu'un gyromètre du genre qui vient d'être décrit est utilisé sur terre, il mesure non seulement sa rotation propre, mais aussi la rotation de la terre, dont il doit être tenu compte soit par voie théorique, soit en effectuant une mesure dans des conditions d'absence complète de rotation entre deux mesures successives.
L'invention permet également de réaliser un appareil remplissant à la fois les fonctions de mesure de la gravité (ou plus généralement de l'accélération) et de la rotation. La figure 4 montre schématiquement un tel appareil. La source 10 est prévue pour lancer des bouffées successives d'atomes suivant une trajectoire 23 dans un plan vertical XZ. Un premier couple de générateurs laser 30 fournit deux faisceaux opposés, dirigés orthogonalement au plan XZ. Un second couple de générateurs 32 fournit un couple de faisceaux opposés, orienté orthogonalement à la trajectoire et dans le plan XZ. Un circuit de synchronisation et de commande 34 permet de commander l'émission des bouffées d'atomes et l'échelonnement d'impulsions de transition Raman, alternativement à l'aide des générateurs laser 30 et des générateurs laser 32.
Dans le cas illustré sur la figure 4, les zones d'interaction sont les mêmes pour les faisceaux dirigés suivant l'axe Y et les faisceaux dirigés suivant l'axe Z.
Mais on peut décaler les zones d'action des paires de faisceaux le long de la trajectoire.
Lors de l'utilisation de l'appareil en mettant en oeuvre les faisceaux laser 32 orientés suivant Z (flèche F2), l'appareil est sensible à la composante de la rotation de l'appareil autour de l'axe Y. En effet, l'aire orientée indiquée par les hachures et délimitée par les bras de l'interféromètre est orientée suivant la direction Y (figure 6). La projection de l'aire orientée dans les plans XZ et YZ étant nulle, l'appareil n'est alors pas sensible aux rotations autour respectivement des axes Y et X. De plus, l'appareil est alors sensible à une accélération suivant la direction des faisceaux laser, c'est-à-dire la direction Z. Lorsque, au contraire, la mesure est effectuée en utilisant les générateurs laser 30 orientés suivant la direction Y (flèche F1), l'aire de l'interféromètre est orientée suivant la direction Z (figure 7). L'interféromètre est alors sensible à la composante de la rotation autour de l'axe Z et à l'accélération suivant l'axe Y des faisceaux laser. Les projections de l'aire orientée dans les plans YZ et XZ étant nulles, l'appareil est insensible aux rotations autour respectivement des axes X et Y.
Il est également possible, dans la configuration utilisant les faisceaux laser 30 (flèche F1), d'obtenir la composante de la rotation autour de l'axe X. Pour cela, il est nécessaire de changer la séquence des impulsions laser de façon à ce que la projection de l'aire orientée dans le plan YZ, pendant la partie ascendante ne s'annule pas avec elle pendant la partie descendante comme c'est le cas dans la figure 7. Pour cela, on réalise les deux premières impulsions Raman (impulsion n/2 puis z) pendant la partie ascendante de façon à ce que les trajectoires se rejoignent au moment où elles atteignent le sommet (voir figure 5) ; on réalise ensuite à nouveau deux impulsions Raman (impulsion n/2 puis s) pendant la phase descendante. Dans cette configuration, l'interféromètre est uniquement sensible à la composante de la rotation autour de l'axe X, mais pas aux autres composantes de la rotation ni aux accélérations.
La figure 7 déjà mentionnée est un schéma montrant l'effet de rotations et d'accélérations dans le cas où les faisceaux sont dirigés suivant les flèches Fi.
La figure montre la projection de la trajectoire dans les plans XY et YZ. La projection dans le plan XY montre que la composante de la rotation suivant l'axe z fournit un signal car l'aire circonscrite orientée délimitée par les bras n'est pas nulle. Une accélération suivant les flèches F1, c'est-à-dire selon l'axe Y, fournit également un signal. En revanche, la composante de la rotation suivant l'axe X ne donne pas de signal, car l'aire circonscrite orientée est nulle, comme indiqué par les deux zones délimitées par des traits continus et interrompus.