INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
Avantageusement, l'amplification de l'étape (b) selon la méthode d'analyse de l'invention avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour l'intégrase est effectuée avec la paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides, comprenant les séquences :INT B+ - 5'GTTACTAATAGAGGAAGACAAA3' (SEQ ID No: 9) et INT B- 5'TTTTGGTGTTATTAATGCT3' (SEQ ID No: 10), ou encore des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'intégrase portant au moins une mutation, suivie d'une deuxième étape d'amplification, avec la paire d'amorces : INT V+ 5'CACCCTAACTGACACAACAA3' (SEQ ID No: 11) et INT V- 5'AAGGCCTTTCTTATAGCAGA3' (SEQ ID No: 12), ou encore des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'intégrase portant au moins une mutation Tout préférentiellement, l'amplification de l'étape (b) selon la méthode d'analyse de l'invention avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour l'intégrase est effectuée avec la paire d'amorces : INT B+ -5'GTTACTAATAGAGGAAGACAAA3' (SEQ ID No : 9) et INT B- 5'TTTTGGTGTTATTAATGCT3' (SEQ ID No: 10),
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La région autour de IR1 n'est pas conservée entre les promoteurs DD1-a et DD1-b. La séquence IR1-L est elle-même une structure stem- loop composée de IR1A-L et R1A-R. De même, IRI-R est un stem- loop entre IR1B-L et IR1 B-R. La structure de type STEM-LOOP R7 contient dans le loop la répétition R6 décrite ci-avant. Elle contient dans le stem le palindrome IR6 décrit ci-dessous ainsi que la boîte TATA.
Les structures de type PALINDROMIQUES de chacune des séquences SEQ ID D ? 3 et SEQ D N 4 selon l'invention sont décrites dans le tableau 7 ci-dessous.
position DD1-a SEQ ID W3 position DD1-b SEQ ID N 4 IR2-L 2394 TAG-ATAGATAGGG 1365 TATGGTAGACATAC IR2-R 2419TGT-ATTCAAACAC 1392TATGGTAAAAATAT IR3-L 3001 TCTTTCTAT 2081 TCTTTCTAT IR3-R 3018TCTTTCTAT 2098 TCTTTCTAT IR4-L 3165 CGATAT 2364 CTATAT IR4-R 3176 CTACAT 2375 CTATAT IR5-L 3435 ATATCTTCCTAT 2648 ATATCTCCATAT IR5-R 3458 ATATCTTTCTAT 2671 ATATTTTTCTAT IR6-L 3517 CTATA 2735 CTATA IR6-R 3526 CTATA 2744 CTATA
En outre, plusieurs éléments régulateurs cis potentiels ont été identifiés dans chacune des séquences SEQ ID D ? 3 et SEQ I N04 à la fois. Ces éléments cis sont détaillés respectivement dans les tableaux 8 et 9 cidessous.
Par une étude d'homologie de séquences avec les données de séquences répertoriées dans la base de donnée PLACE, le demandeur a identifié des éléments structuraux caractéristiques de certaines séquences régulatrices, telles que représentées dans le tableau 8 ci-dessous.
Désignation du motif position position séquence (nomenclature PLACE) DD1-a/DD1-b/ SEQ ID SEQ ID NO3 NO4 BOXIINTPATPB 2819 1897 ATAGAA 3010 2090 3447 2660 CCAATBOX1 1826 673 CCAAT DOFCOREZM 1710 565 AAAG 1738 596 2682 1751 2823 1901 3014 2094 DPBFCORECDC3 3044 2124 ACANNG EBOXNNAPA 3562 2780 CANNTG IBOX 3105 2191 GATAAG MYBCORE 2663 1732 CNGTTR POLLEN 1LELAT52 2821 1899 AGAAA 3012 2092 3279 2478 3449 2662 3573 2791 ROOTMOTIFTAPOX1 1789 646 ATATT 2883 1961 3157 2353 3394 2593 3509 2727
Le motif BOXIINTPATPB est retrouvé dans de nombreux promoteurs végétaux, y compris dans le promoteur du gène atpB du tabac et différents autres gènes de plastie végétaux, ce motif étant décrit notamment dans l'article de KAPOOR et al. (1999).
Le motif CCAATBOX1 constitue une séquence commune retrouvée dans les régions non codantes localisées du côté 5'de nombreux gènes eukaryotes.
Le motif DOFCOREZM possède un site de reconnaissance pour les protéines Dof de maïs. Les protéines Dof sont des protéines se liant à l'ADN
possédant potentiellement un unique motif en doigt de zinc. Le motif DOFCOREZM est décrit notamment par YANAGISAWA et al., (1999).
Le motif DPBFCORECDC3 est une classe particulière de facteur de transcription de type bZIP, retrouvé notamment dans la séquence promotrice du gène Dc3 de la carotte, dont l'expression est spécifique de l'embryon. Le motif DPBFCORECDC3 est notamment décrit par KIM et al. (1997).
Le motif EBOXNNAPA est retrouvé dans la séquence régulatrice d'un gène de protéine de stockage de Brassica napus et est décrit par exemple par STALBERG et al. (1996).
Le motif IBOX est une séquence conservée retrouvée en amont des gènes régulés par la lumière. Un tel motif a été notamment retrouvé dans la région promotrice du gène rbcS chez la tomate et chez Arabidopsis. Le motif IBOX est notamment décrit par GIULIANO et al. (1998) et par DONALD et al. (1990).
Le motif MYBCORE est un site de fixation pour les protéines MYB, ATMYB1 et ATMYB2, toutes isolées chez Arabidopsis. La protéine ATMYB2 est impliquée dans la régulation de gènes sensibles à un stress hydrique chez Arabidopsis. Une protéine MYB de pétunia, la protéine MYB. Ph3 est impliquée dans la régulation de la biosynthèse des flavonoïdes comme décrit par SOLANO et al., (1995).
suivie d'une deuxième étape d'amplification, avec la paire d'amorces : INT V+ 5'CACCCTAACTGACACAACAA3' (SEQ ID No: 11) et INT V- 5'AAGGCCTTTCTTATAGCAGA3' (SEQ ID No: 12), pour obtenir un fragment d'ADN de 1460 paires de bases s'étendant des résidus 3950 à 5410 inclus et le vecteur de l'étape (c) est un vecteur retroviral délété de toute la région du cadre de lecture pol codant pour l'intégrase du VIH-1 s'étendant des résidus 4228 à 5093 inclus et de la région codant pour l'enveloppe virale entre les positions 6343 et 7611 incluses.
Selon un quatrième mode particulier de mise en #uvre de la méthode d'analyse de l'invention l'amplification par PCR de l'étape (b) est réalisée avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe, et le vecteur de l'étape (c) est un vecteur retroviral construit à partir d'un génome d'un virus VIH où tout ou partie du gène codant pour la protéine d'enveloppe est délété.
Avantageusement, l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides, comprenant soit les séquences :FIN-A : 5'TCAAATATTACAGGGCTGCT3' (SEQ ID No : 13) et FIN-B : 5'TAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No: 14), soit les séquences FuA : 5'AAGCAATGTATGCCCCTCCCAT3' (SEQ ID No : et FuB : 5' GGTGGTAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No : ou constitués par des fragments de celles-ci ou encore par des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'enveloppe portant au moins une mutation suivie d'une deuxième étape d'amplification, effectuée avec une paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides, comprenant soit les séquences : FIN-C : 5'CTATTAACAAGAGATGGTGG3'(SEQ ID No: 15) et FIN-D : 5'TCCACCTTCTTCTTCGATT3' (SEQ ID No: 16), soit les séquences FuC : 5'ATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGA3' (SEQ ID No: 25), utilisée en combinaison avec un mélange de deux séquences suivantes: FuDl : 5'TCTGTCTCTCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No: 26) et FuD2 : 5'TCTGTCTTGCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No: 27) ou
constitués par des fragments de celles-ci, ou encore par des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'enveloppe portant au moins une mutation Tout préférentiellement, l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces : FIN-A : 5'TCAAATATTACAGGGCTGCT3' (SEQ ID No: 13) et FIN-B : 5'TAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No: 14) suivie d'une deuxième étape d'amplification, effectuée avec la paire d'amorces : FIN-C : 5'CTATTAACAAGAGATGGTGG3'(SEQ ID No: 15) et FIN-D : 5'TCCACCTTCTTCTTCGATT3' (SEQ ID No: 16) , pour obtenir un segment d'ADN de 965 paires de bases s'étendant des résidus 7553 à 8517 inclus et le vecteur de l'étape (c) est un vecteur retroviral délété de toute la région codant pour la portion extracellulaire de la sous-unité gp41 de l'enveloppe du VIH-1, s'étendant des résidus 7745 à 8263 inclus, et comporte un site de restriction unique Mull.
Tout préférentiellement, la méthode d'analyse selon l'invention permet l'amplification de séquences de la région d'enveloppe de virus VIH quel que soit leur sous-type et en particulier des virus des sous-types
A, B,C,D et E), en utilisant pour l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces : FuA : 5'AAGCAATGTATGCCCCTCCCAT3' (SEQ ID No: 23) et FuB : 5' GGTGGTAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No : 24) suivie d'une deuxième étape d'amplification, effectuée avec l'amorce : FuC : 5'ATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGA3' (SEQ ID No : 25) et un mélange des amorces suivantes : FuD1 :5'TCTGTCTCTCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No : 26) FuD2 :5'TCTGTCTTGCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No : 27) , ledit mélange étant préférentiellement effectué dans un rapport compris entre (10% :90%) et (90% :10%) et tout préférentiellement entre (60% :40%) et (40% :60%), pour obtenir un segment d'ADN de 805 paires de bases s'étendant des résidus 7635 à 8440 inclus et le vecteur de l'étape (c) est un vecteur retroviral délété de toute la région codant pour la portion extracellulaire de la sous-unité gp41 de l'enveloppe du VIH-1, s'étendant des résidus 7745 à 8263 inclus, et comporte un site de restriction unique Mull.
Avantageusement, l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une
mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides, comprenant les séquences : NEU-A : 5'TAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATG3' (SEQ ID No: 17) et FIN- B : 5'TAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No : 14)ou FuB : 5' GGTGGTAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No: 24) ou constitués par des fragments de celles-ci, ou encore par des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'enveloppe portant au moins une mutation, suivie d'une deuxième étape d'amplification, avec la paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides, comprenant les séquences : NEU-C : 5'GTGGGTCACAGTCTATTATGGGG3' (SEQ ID No : et FIN-D : 5'TCCACCTTCTTCTTCGATT3' (SEQ ID No : ou un mélange des séquences suivantes : FuD1 :5'TCTGTCTCTCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No: 26) et FuD2 :5'TCTGTCTTGCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No: 27), ou constitués par des fragments de celles-ci, ou encore par des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'enveloppe portant au moins une mutation.
Tout préférentiellement, l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces : NEU-A : 5'TAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATG3' (SEQ ID No : et
FIN-B : 5'TAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No: 14), suivie d'une deuxième étape d'amplification, avec la paire d'amorces: NEU-C : 5'GTGGGTCACAGTCTATTATGGGG3' (SEQ ID No : et FIN-D : 5'TCCACCTTCTTCTTCGATT3' (SEQ ID No : 16), pour obtenir un fragment d'ADN de 2320 paires de bases s'étendant des résidus 6197 à 8517 inclus et le vecteur de l'étape (c) est un vecteur retroviral délété de toute la région codant pour la majorité de la sous-unité gp120 et de la portion extracellulaire de la gp41 de l'enveloppe du VIH-1, s'étendant des résidus 6480 à 8263 inclus, et comporte un site de restriction unique Mull.
Tout préférentiellement, l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces : NEU-A : 5'TAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATG3' (SEQ ID No : et FuB : 51 GGTGGTAGCTGAAGAGGCACAGG3' (SEQ ID No : 24), suivie d'une deuxième étape d'amplification, avec les amorces: NEU-C : 5'GTGGGTCACAGTCTATTATGGGG3' (SEQ ID No : 18) et un mélange des amorces suivantes FuDl :: 5'TCTGTCTCTCTCTCCACCTTCTTCTT3' ( SEQ ID No : et FuD2 :5'TCTGTCTTGCTCTCCACCTTCTTCTT3' (SEQ ID No: 27),
ledit mélange étant préférentiellement effectué dans un rapport compris entre (10% : 90%) et (90% :10%) et tout préférentiellement entre (60% :40%) et (40% :60%), pour obtenir un fragment d'ADN de 2118 paires de bases s'étendant des résidus 6322 à 8440 inclus et le vecteur de l'étape (c) est un vecteur retroviral délété de toute la région codant pour la majorité de la sousunité gpl20 et de la portion extracellulaire de la gp41 de l'enveloppe du VIH-1, s'étendant des résidus 6480 à 8263 inclus, et comporte un site de restriction unique Mull.
Avantageusement, l'amplification de l'étape (b) avec une paire d'amorces encadrant une séquence d'acide nucléique susceptible de porter au moins une mutation dans le gène codant pour la protéine d'enveloppe est effectuée avec une paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides, comprenant les séquences : EOO : 5'TAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATGA3' (SEQ ID No : et ES8B : 5'CACTTCTCCAATTGTCCCTCA3' (SEQ ID No : 20), ou constitués par des fragments de celles-ci, ou encore par des séquences analogues de celles-ci portant des mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de l'enveloppe portant au moins une mutation, suivie d'une deuxième étape d'amplification, avec une paire d'amorces ayant une taille comprise entre 10 et 50 oligonucléotides comprenant les séquences : E20: 5'GGGCCACACATGCCTGTGTACCCACAG3' (SEQ ID No: 21) et E115 : 5'AGAAAAATTCCCCTCCACAATTAA3' (SEQ ID No: 22), ou encore par des séquences analogues de celles-ci portant des
mutations d'un ou plusieurs nucléotides qui ne modifient pas de manière essentielle leur capacité à hybrider la région du gène de la protéase portant au moins une mutation.
Le motif MYBCORE est décrit notamment par LUSCHER et al ; (1990), par URAO et al. (1993) et par SOLANO et al. (1995).
Le motif POLLEN 1 LELA T52 constitue l'un des deux éléments régulateurs responsables de l'activation spécifique du pollen chez la tomate du gène lat52. Un tel motif structural est notamment décrit par BATE et al ; (1998).
Le motif ROOTMOTIFTAPOX1 est retrouvé à la fois dans les promoteurs du gène rolD et du gène de la peroxydase POX1 spécifique des racines de blé. Un tel motif structural est notamment décrit par ELMAYAN et al. (1995).
Par une étude d'homologie de séquence entre les séquences nucléotidiques SEQ ID ? 3 et SEQ ID N 4 selon l'invention d'une part, et d'autre part les séquences répertoriées dans la base de données CARE, le demandeur a identifié des motifs caractéristiques supplémentaires dans les séquences régulatrices des gènes DD1-a et DD1-b, qui sont détaillés dans le tableau 9 ci-après. Tableau 9
Désignation du position position séquence motif DD1-a/SEQ ID N 3 DD1-b/SEQ ID N 4 (nomenclature CARE) AT-TCT-motif 3237 2436 TCTTAC GM-CAAT-box 2727 1806 CAATT 2785 1864 3242 2441 3489 3207 OS#TATC-box 2927 2008 TATCCCA PC-chs-CMA2a 3560 2778 TCACTTGA ZM#TATA-box 2891 1969 TATATAT 33472546 35172735
Les motifs structuraux du tableau 9 ci-dessus sont précisés ciaprès.
Le motif AT-TCT constitue une partie d'une séquence d'ADN conservée du gène gabB impliqué dans la réponse à la lumière. Un tel motif structural est par exemple décrit par KWON et al. (1994).
Le motif GM-CAAT-box est un élément agissant en cis qui est retrouvé communément dans les régions promotrices et activatrices ( enhances ).
Le motif structural OS#TATC-box est un élément agissant en cis impliqué dans la réponse à la gibberelline, qui est décrit notamment par TAKAIWA et al. (1991).
Le motif PC-chs-CMA2a est la partie d'un module d'ADN conservé chs impliqué dans la réponse à la lumière, qui est notamment décrit par HERMANN et al. (1988).
Le motif ZM-TATA-box est l'élément promoteur proprement dit localisé en général à une distance d'environ 30 bases du site d'initiation de la transcription. Un tel motif structural est notamment décrit par SHEEN et al.
En conséquence, l'invention a également pour objet un acide nucléique comprenant un polynucléotide possédant au moins 80% d'identité en nucléotide avec la séquence nucléotidique SEQ ID NO3, ou avec un fragment de cette séquence nucléotidique ainsi qu'un acide nucléique de séquence complémentaire à l'acide nucléique précité.
L'invention a également pour objet un acide nucléique possédant au moins 80% d'identité en nucléotide avec la séquence nucléotidique SEQ ID NO3, ou avec un fragment de cette séquence nucléotidique, ou un acide nucléique de séquence complémentaire à l'acide nucléique précité.
L'invention est également relative à un acide nucléique caractérisé en ce qu'il comprend la séquence nucléotidique SEQ ID ? 3.
L'invention a également trait à un acide nucléique constitué de la séquence nucléotidique SEQ ID ? 3.
SEQ ID N 828 LM-241. 2 unknown 50 g)) 7380228lemb) CAB84814. 1) (AL162756) hypothetical protein [Neisseria meningitidis] Length = 181 SEQ ID N 829 LM-2438. 1 unknwon, surface anchored protein 21 gil1396871splP11000 ! WAPASTRMU WALL-ASSOCIATED PROTEIN PRECURSOR SEQ ID NO 830 LM-2448. 2 autolyse ; amidase 99 gil26536551gblAAC46384. 11 (AF035424) autolysin ; amidase [Listeria monocytogenes] Length = 917 SEQ ID NO 831 LM-245. 1 unknown No Hits found SEQ ID N 832 LM-246. 1 unknown No Hits found SEQ ID N 833 LM-247. 3 unknown, similarto methylases 42 gil74697651pirllS76841 hypothetical protein-Synechocystis sp. (strain PCC 6803) SEQ ID NO 834 LM-2474. 1 Unknown 49 gil75926331dbjIBAA94339. 11 (AB033763) hypothetical protein staphylococcus aureus] SEQ ID N 835 LM-2475. 1 Unknown, putalve secreted and Lysin rich 26 g1J59211461dbj1BAA84590. 11 (ABO03084) RNA polymerase sigma 70 protein [Helicobacter pylori] Length = 675 SEQ ID N 836 LM-2489. 2 Unknown, similarto phospho-N-74 g417313lsplQ03521) MRAY~BACSU PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYLacetylmuramoyl-pentapeptide transferase PENTAPEPTIDE-TRANSFERASE (UDP-MURNAC-PENTAPEPTIDE PHOSPHOTRANSFERASE) SEQ ID N 837 LM-2495. 1 cell-division protein FtsA 74 gij120567IspIP28264IFTSA~BACSU CELL DIVISION PROTEIN FTSA SEQ ID ? 838 LM-2503 1 Unknown, similar to internalin protein 35 glj23471021gb1AAB67968. 11 (U77367) internalin [Listeria monocytogenes] Length = 821 SEQ ID NO 839 LM-2504 1 Unknown, putative peptldoglycan bound 8 gl174855171pirllT41744 hypothetical protein F15J1. 40-Arabidopsis thaliana protein (LPXTG motif) SEQ ID NO 840 LM-2513. 1 No Hits found SEQ ID NO 841 LM-2521. 1 creatinine amidohydrolase 46 gil74795691pirllT35153 hypothetical protein SC5A7. 04c SC5A7. 04cStreptomyces coelicolor SEQ DNA842 LM-2522. 1 52 gil7436634ipir)) F72422 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4hydroxy-2-oxoglutarate aldolase-Thermotoga maritima (strain MSB8) SEQ ID ? 843 LM-2523 1 54 gil1176259plP45548 ! PHPECOLI PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN SEQ ID NO 844 LM-2524. 1 55 gil7480860lpirllT37066 probable integral membrane protein-Streptomyces coelicolor SEQ ID NO 845 LM-2527. 1 50 giI2851672lspIP39303IPTXA~ECOLI UNKNOWN PENTITOL PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME Il, A COMPONENT SEQ ID NO 846 LM-2528. 1 50 gil7443060lpirllD70044 transcription regulator GntR family homolog yvoaBacillus subtilis SEQ DNA847 LM-2597. 3 unknown, similartoMINORTEICHOICACIDS 22 gil2l98542lembICAA59781. 11 (X85787) ss-1, 3-NBIOSYNTHESIS PROTEIN GGAB acetylglucosaminyltransferase [Streptococcus pneumoniae] Length = 306