Dans tout le texte, les termes "amont et "aval" sont utilisés par référence à la direction et au sens de déplacement des particules du faisceau. Avantageusement, un procédé selon l'invention est en outre caractérisé par l'une au moins des caractéristiques suivantes : - on détecte des particules secondaires de même nature que les particules neutralisantes - notamment à des fins d'imagerie - à l'aide de moyens de détection de particules secondaires disposés au voisinage de la surface du substrat ; et on forme le nuage de particules neutralisantes à l'amont desdits moyens de détection, de sorte que ce nuage n'interfere ni avec lesdits moyens de détection, ni avec les particules secondaires ; - on forme le nuage de particules neutralisantes entre une source de particules neutralisantes et une électrode d'attraction des particules neutralisantes que l'on dispose latéralement de part et d'autre de la trajectoire du faisceau d'ions, à l'amont et à distance de la surface du substrat ; - on utilise un cache adapté pour protéger lesdits moyens de détection, des photons qui peuvent être émis par la source de particules neutralisantes, et/ou on utilise une source de particules neutralisantes incorporée dans une chambre noire de façon à minimiser l'émission de photons ; - on associe la source de particules neutralisantes et l'électrode diamétralement à l'opposé l'une de l'autre, à un cylindre creux en matériau conducteur formant une cage de Faraday, que l'on dispose par rapport à la trajectoire du faisceau de façon que le faisceau traverse axialement le cylindre creux ; on applique sur l'électrode un potentiel électrique le plus faible possible pour extraire les particules neutralisantes de la source de particules neutralisantes et les confiner dans le cylindre ; on applique sur l'électrode un potentiel dont la valeur absolue est comprise entre 0, 1 V et 10 V ; - on forme un faisceau d'ions dans une colonne qui comprend une sortie débouchant dans une chambre de traitement contenant le substrat, et on forme le nuage de particule neutralisantes dans la colonne, notamment immédiatement à l'amont de la sortie de la colonne ; en variante, on forme le nuage de particules neutralisantes dans la chambre de traitement ; les ions du faisceau d'ions étant des ions positifs, les particules neutralisantes sont des électrons adaptés pour interagir avec les ions du faisceau avant qu'ils n'atteignent la surface du substrat pour former des particules électriquement neutres bombardant la surface du substrat ; - les ions du faisceau sont des ions monoatomiques - on focalise le faisceau ions, et donc le faisceau de particules électriquement neutres bombardant la surface du substrat, en une zone submicrométrique de la surface du substrat; - on focalise un faisceau de particules électriquement neutres sur au moins une portion de surface non conductrice du circuit intégré ; - le traitement est un micro-usinage en présence d'au moins un gaz de micro-usinage, le faisceau de particules neutres présentant une énergie incidente supérieure de 20 keV - notamment de l'ordre de 30 keV - ; En outre, une installation selon l'invention est aussi avantageusement caractérisée en ce qu'elle comprend des moyens adaptés à la mise en #uvre d'un procédé selon l'invention, notamment de l'une au moins des caractéristiques mentionnées ci-dessus.