INPI-France/Brevets-Francais-2024-Chunked huggingface dataset:
En effet, les reverse transcriptases possèdent une fidélité de polymérisation faible due en partie à l'absence de mécanisme de correction d'erreurs (activité proofreading). La fréquence importante d'erreurs introduites par les reverse transcriptases est donc l'une des principales causes des mutations virales La reverse transcriptase de HIV par exemple fait en moyenne une erreur sur 10000 ce qui a pour conséquence de conférer à la progéniture un taux de mutation élevé et un titre d'infectivité faible dû à la présence d'un grand nombre de mutants non infectieux Le taux de mutations introduites par la reverse transcriptase de ce virus est de l'ordre de 1000 à 100 000 fois supérieur à celui observé pour les ADN-polymérases cellulaires Mais si la grande majorité des virions ne sont pas infectieux, ceux qui le sont, sont surtout mutés dans les gènes non vitaux codant pour les protéines immunogènes de l'enveloppe virale, c'est-à-dire les protéines-clé dans une stratégie vaccinale traditionnelle. Ainsi, lors de chaque infection rétrovirale, des millions de variants génétiques peuvent exister en même temps chez un hôte infecté (Domingo et al , 1985) et peuvent ainsi échapper à l'action du système immunitaire en attendant que ce dernier réagisse aux épitopes modifiés. Il s'en suit une spirale mutation d'épitopes viraux/production d'anticorps dirigés contre les épitopes viraux ; le virus, tout en sacrifiant à chaque cycle de reproduction la majeure partie de sa progéniture, produit des variétés virales échappant à la défense immunitaire ambiante car le cycle viral est de moins d'un jour alors que celui de la réponse immunitaire est de plusieurs jours Cette course-poursuite est d'autant plus à l'avantage du virus que la multiplication des épitopes viraux affaiblit et épuise progressivement l'efficacité de la réponse immunitaire dont les cellules sont la cible du virus.
La présente invention repose sur l'analyse du mode d'action de la reverse transcriptase La reverse transcriptase de HIV-1 possède deux sous-unités de 66 et de 51 kDa (Di Marco Veronese et al., 1986). La sous-unité P66 possède les activités polymérasiques et ribonucléasiques Les données cristallographiques et cinétiques montrent que la reverse transcriptase de HIV-1 présente des degrés de flexibilité au niveau du site catalytique en particulier permettant un jeu assez important dans les
positionnements relatifs du déoxyribonucléoside triphosphate (dNTP) en instance d'incorporation, de sa base matrice et de l'extrémité 3'OH du brin naissant. Par ailleurs, la double hélice se présente en conformation A pour les 5 dernières paires de bases formées, en conformation B au delà, avec un coude de 40 entre les deux conformations. Certaines des contraintes de séquences notées ci-dessus donnent lieu à des particularités conformationnelles spontanées permanentes (hélice A pour les suites de plus de 4 à 5 purines, hélice H pour les suites de 3 adénines et plus, coude à la jonction entre les conformations B et A ou B et H). La présence dans les 20 paires de bases couvertes par l'enzyme de l'une ou l'autre de ces contraintes de séquences peut éloigner le dNTP du 3'OH du brin naissant au point d'empêcher l'élongation (perte de processivité), ou encore présenter le dNTP à sa base matrice dans une disposition ne permettant pas l'appariement Watson-Crick complet requis pour la fidélité Le travail expérimental montre précisément que la majorité des misinsertions sont compatibles avec des appariements Wobble du dNTP avec sa base matrice, qui seraient autorisés par la flexibilité de leur positionnement relatif, déterminé principalement par la conformation de la double hélice engagée dans l'enzyme Cette observation permet d'envisager de prendre le contrôle de l'expression et des effets biologiques du fragment d'ADN ou du génome rétrotranscrit par la mise en oeuvre d'analogues de nucléotides ou autres molécules acceptés comme substrats de polymérisation par la reverse transcriptase. La présente invention concerne donc l'utilisation d'analogues nucléotidiques comme substrat de la reverse transcriptase et ne bloquant pas immédiatement la réaction de reverse transcription pour la réalisation d'un médicament destiné au traitement des affections faisant intervenir la reversetranscriptase Par analogues de nucléotides on entend désigner tout nucléotides autres que les nucléotides dits "normaux" que sont l'acide adénylique ou déoxyadénylique, l'acide guanylique ou déoxyguanylique, l'acide cytidylique ou déoxycytidylique, l'acide thymidylique ou déoxythymidylique, l'acide uridylique Les analogues de nucléotides peuvent être modifiés à n'importe quelle position des nucléotides ; les analogues de nucléotides peuvent être sous la forme de mono-, di- ou triphosphate, modifié ou non, pourvu que ces formes soient acceptées comme substrat par la reverse-transcriptase Les analogues de nucléotides selon l'invention répondent plus généralement à deux critères
(i) constituer un substrat de polymérisation par les reverse transcriptases ; (il) ne pas bloquer la réaction de polymérisation nucléotidique au niveau du groupement situé sur le carbone C3' du 2'-désoxyribose de l'analogue nucléotidique incorporé; les molécules selon l'invention permettent l'addition d'au moins un nucléotide supplémentaire après incorporation dans la chaîne polynucléotidique naissante d'un analogue nucléotidique selon l'invention. Par la suite, on se référera pour simplifier à l'ensemble de ces molécules comme "analogues de nucléotides", sachant que la portée de l'invention ne se restreint pas aux analogues naturels et qu'elle inclut toute molécule capable de ces deux activités, qu'elle contienne une base purique ou pyrimidique ou non, un oside pentose ou non et un groupement phosphate ou non.
Par affection faisant intervenir la reverse transcriptase , on entend désigner (i) toutes les pathologies d'éthiologie virale causées par des virus possédant une enzyme ayant une activité reverse transcriptase ; l'ensemble de ces virus constitue le groupe des virus rétroides défini précédemment , et (ii) tous les processus biologiques faisant appel à une étape de reverse-tanscription ; il peut s'agir des processus qui impliquent l'enzyme télomérase qui possède une activité reverse transcriptase, il peut s'agir des phénomènes de rétrotransposition d'éléments mobiles ou de séquences d'ADN (séquences LINE par exemple).
Les analogues de nucléotides utilisés dans la présente invention affectent les multiples fonctions biologiques virales : l'initiation, l'élongation et la terminaison de la reverse transcription, la fidélité et de la processivité de la reverse transcription, le contrôle de l'intégration du génome rétrotranscrit dans le génome cellulaire, l'expression et la réplication du génome rétrotranscrit et le cas échéant la production virale Les effets biologiques de ces analogues nucléotidiques peuvent se manifester immédiatement ou ultérieurement, soit de la phase de reverse transcription en cours, soit au cours de l'une ou l'autre des activités biologiques prenant place lors du cycle de reverse transcription (expression génétique du génome rétrotranscrit, préparation du cycle de reverse transcription suivant ou ultérieur, cycle rétroviral le cas échéant) soit au cours d'un cycle de reverse transcriptase ultérieure Les effets biologiques visés cidessus ne se manifestent que si les analogues de nucléotides ont été introduits lors de la reverse transcription du brin ADN(-) dont la matrice est le génome d'ARN viral, et/ou du brin ADN(+) dont la matrice est le brin ADN(-) Parmi les facteurs déterminant les
effets biologiques, la fidélité et la processivité de la reverse transcription en présence des analogues de nucléotides possèdent une place prépondérante.
Les mécanismes et facteurs intervenant dans la fidélité et la processivité de la RT rétrovirale sont en effet exploités par le virus quand il utilise les nucléotides normaux, selon un dosage très précis, lui permettant de cheminer sur l'étroite ligne de crête entre deux précipices ; d'un côté, la progéniture virale risque d'avoir un taux d'infectivité insuffisant, par suite d'une fidélité et/ou d'une processivité insuffisante , de l'autre coté, une grande stabilité génétique due à une fidélité et/ou une processivité élevée(s), donnera lieu à une stabilité antigénique suffisante pour une réponse immunitaire efficace de l'hôte. La présente invention consiste à utiliser des analogues de nucléotides pour prendre le contrôle de la fidélité et/ou de la processivité de la reverse transcriptase afin de faire basculer le virus dans l'un ou l'autre de ces précipices Ainsi une augmentation de la fidélité et/ou de la processivité obtenue par l'utilisation d'analogues nucléotidiques selon l'invention a pour action d'allonger le délai entre l'antigénicité actuelle et une antigénicité nouvelle, ce qui a pour conséquence d'augmenter l'efficacité des lymphocytes circulants ; à l'inverse, une diminution de la fidélité et/ou de la processivité liée à l'utilisation d'analogues nucléotidiques selon l'invention a pour effet de réduire le titre des virus infectieux circulants.
Un des objets de la présente invention est l'utilisation d'analogues nucléotidiques permettant de contrôler à volonté la fidélité de la reverse transcription On entend désigner par fidélité, le taux d'erreur par base de la polymérase au cours de la synthèse d'une chaîne polynucléotidique à partir du brin matrice. Par erreur, on entend . (i) la substitution d'une base qui correspond au remplacement d'une base complémentaire par une base non complémentaire (la base complémentaire d'une base matrice A est T (ADN) ou U (ARN), base matrice G est C, d'une base matrice T (ADN) est A, d'une base matrice U (ARN) est A, d'une base matrice C est G) , (ii) l'addition d'une ou plusieurs bases par rapport à la base matrice (insertion) ; (iii) l'omission d'une ou plusieurs bases par rapport à la base matrice (délétion) La fidélité est donc la somme des nucléotides substitués, délétés ou insérés par la reverse transcriptase (ou à l'occasion de remaniements génomiques), divisé par le nombre total de nucléotides du brin matrice reverse transcrit La fidélité de la RT de HIV-1 par exemple est estimée à 10-2 à 10-7 par nucléotide in vitro (Preston & Garvey, 1992), de
10-4 à 10 par nucléotide au cours d'un cycle de réplication iii vivo, comparé à 10'9 à [0-11 par nucléotide, habituel pour les ADN polymérases cellulaires. Ces moyennes ont une valeur limitée, dans la mesure où les mutations ne sont pas réparties au hasard, mais sont concentrées très préférentiellement en des "points chauds" mutationnels. La fidélité est susceptible d'être affectée par les mécanismes suivants : 1) Une modification de la probabilité d'appariement Watson-Crick (WC) avec la base matrice, ce qui a pour conséquence de provoquer des appariements non-Watson- Crick (i. e. des mésappariements) et ainsi de modifier le taux de mutation de substitution. Un certain nombre de facteurs sont susceptibles de favoriser les mésappariements au site actif; on peut citer (i) les facteurs physico-chimiques au site actif influant sur la tautomérisation ou l'ionisation des nucléotides ; (ii) les facteurs stériques au site actif responsables d'une présentation du nucléotide triphosphate à la base matrice dans une disposition spatiale permettant l'un des multiples appariements non Watson-Crick, dont en particulier l'appariement Wobble ; (iii) les facteurs cinétiques de la polymérisation, telle la concentration de nucléotide triphosphate au site actif, qui affectent la probabilité d'appariement Watson-Crick ou de mésappariement.
Après arrêt de l'agitation, on observe la formation d'une émulsion Après séparation dans une ampoule à décanter, une phase supérieure organique de couleur brune est récupérée. Cette phase organique est mise à centrifuger à 4500 tr/mn pendant 10 mn , puis filtrée sur membrane hydrophobe.
La concentration de la phase colloïdale organique, déterminée après évaporation de l'Isopar et calcination à 1000 C est égale à 7,35 % en oxydes.
La MET haute résolution montre qu'au moins 90 % des particules sont monocristallines. Ledites particules présentent un dso de 2,5 nm On a égélement constaté que les particules avaient une taille comprise entre 2 et 4 nm.
Exemple 6 (comparatif) : Dispersion colloïdale organique à base de cérium-fer selon l'art antérieur Cet exemple concerne la préparation d'un composé cérium-fer dans les proportions respectives de 90/10 en poids d'oxydes.
On part d'une solution d'acétate de fer obtenue à partir de nitrate de fer par précipitation à l'ammoniaque à pH 7, puis lavage du précipité et résolubilisation dans l'acide acétique à pH 1,5.
On forme un mélange d'acétate de cérium et de fer en solution à 70 g/l dans le rapport d'oxydes 90/10. On fait réagir en continu cette dernière solution avec une solution d'ammoniaque 4M. Les débits respectifs de solution et d'ammoniaque sont de 24 ml/mn et de 26 ml/mn Le pH du milieu réactionnel est de 11.
Le précipité obtenu est séché avec un atomiseur Büchi avec une température de sortie de 110 C.
20 g d'oxyde Ce/Fe (90/10 en poids d'oxydes) sous forme d'hydrate atomisé sont repris dans 200 ml d'eau de façon à obtenir une dispersion colloïdale aqueuse de 100 g/l. Pour former 100 g de sol organique, 10 g d'acide isostéarique sont dilués dans 70 g de Solvesso 150 de façon à obtenir un rapport molaire acide isostéarique/oxyde de 0,3 et une concentration finale en oxyde mixte dans la phase organique de 20 %.
La phase organique est mise en contact avec la phase aqueuse sous faible agitation (100 tr/mn) puis le mélange est porté à reflux (100 à 103 C) pendant 4 heures.
Après décantation la phase organique chargée en cérium fer est filtrée sur filtre hydrophobe puis éventuellement centrifugée à 4500 tr/mn.
La concentration de la phase colloïdale organique déterminée pa l'évaporation de Solvesso et calcination à 1000 C est égale à 19 % en oxyde.
Par observation en MET haute résolution, on n'a pas pu mettre en évidence qu'au moins 90 % des particules étaient monocristallines. La dispersion colloïdale obtenue est principalement constituée de particules de 4 à 8 nm et quelques particules de 20 à 30 nm Exemple 7 (comparatif) : Dispersion colloïdale organique de cérium selon l'art antérieur La synthèse du sol organique de cérium se déroule en deux étapes 1/ obtention d'une dispersion colloïdale de cérium en phase aqueuse ; 2/ transfert en phase organique.
1/ Obtention d'une dispersion colloïdale de cérium en hase aqueuse.
415 ml d'une solution de nitrate de cérium (IV) (1,4 molli, 0,58 molli d'acide libre, d=1,433) sont neutralisés par 835 ml d'une solution d'ammonique à 0,64 molli de telle sorte à obtenir, en final, une solution à 80 g/l en Ce02 préneutralisée à [OH] / [Ce] = 0,5 La solution est ensuite placée dans un autoclave, portée à la température de 150 C en heure puis laissée à 150 C pendant 4 heures Après refroidissement, l'hydrate obtenu est filtré et la teneur en oxyde est déterminée par perte au feu à 1000 C.
40 g d'oxyde de cérium sous forme d'hydrate est repris dans 250 ml d'eau permutée de telle sorte à obtenir une dispersion colloïdale aqueuse de concentration 160 g/l.
Pour s'affranchir de la dépendance de l'amplitude de chaque symbole MDP amn sur son index (m, n), on introduit le vecteur normalisé du bloc transmis : avec A#(k) = a#(k)/#a#(k)#. . Sur ces bases, il est possible de réécrire les composantes du vecteur reçu sur la #ème branche de diversité : où C##(k) est la # (k) ème composante du vecteur canal discret multiplicatif équivalent sur la # ème branche :
On cherche à estimer pour chaque bloc et sur chaque branche le vecteur C .
Pour l'estimation du canal, selon le critère du Maximum a Posteriori, on utilise une représentation
adéquente du canal multitrajets discret pour chaque branche de diversité. Cette représentation est basée sur le théorème de décomposition orthogonale de Karhunen-Loève. Le vecteur représentant le canal multitrajets discret équivalent sur la #ème branche de diversité CI! s'exprime de la façon suivante: où {Bk}k=0N-1 sont les N vecteurs propres normalisés de la matrice d'autocorrélation temps-fréquence du canal discret F=E[C C#*T] et {Gk#}k=0N-1 sont des . variables aléatoires gaussiennes complexes, indépendantes, centrées et de variances égales aux valeurs propres {#k}k=0# de la matrice hermitienne F. La (p,q)ème entrée de la matrice F est donnée par
Les vecteurs {G#}l=0L-1, avec G# = (G0#, ... , G0N-1#)Tsont la représentation adéquate du canal discret multiplicatif vu en sortie des L branches de diversité.
L'estimation du canal revient donc à estimer {Gk#}k=0,#=0N-1,L-1. Cette estimation est réalisée itérativement par la formule suivante en notant Gp#(d) l'estimation de Gp1 à la dème itération de l'algorithme :
où Bp# (k) est la kème composante de Bp et
Le codage n'est pas pris en compte dans cette formule. A cet égard, si une partie du vecteur A transmis est codée par un code quelconque (convolutif, en bloc,...) alors, à chaque itération de l'algorithme EM, les probabilités conditionelles discrètes P(A5(k) = A) RÊ1L-1 @{G (d) L-1 peuvent être calculées exactement en utilisant le treillis de ce code et l' algorithme de Bahl [9]. L'initialisation de l'algorithme est réalisée par la projection des symboles pilote reçus sur les N vecteurs propres {Bk}k=0N-1 de la matrice de corrélation F.
On utilise donc: comme pème composante de l' estimation initiale G(0).
Les vecteurs {Bk}k=0N-1 sont des éléments connus au niveau du récepteur. Ils correspondent à un modèle de canal choisi. On obtient cette famille de vecteurs en calculant la matrice F de corrélation théorique du modèle correspondant et en tirant de celle-ci ses
vecteurs propres {Bk}k=0N-1 et ses valeurs propres {#k}k=0N-1 associées.
La recombinaison des L branches permettant de tirer profit de la diversité spatiale du récepteur est réalisée lors du traitement itératif des probabilités P(A5(k) = A 1 {R f } :6, {G f Cd)} :6). Après un nombre D choisi d'itérations de l'algorithme, les probabilités P(A8(k) = A 1 {R f } :6, @{G (d L-1 permettent d'obtenir une estimation souple des symboles de donnée. La décision est réalisée en traitant ces sorties souples soit directement par un organe de décision si les données ne sont pas codées, soit par un décodeur si les données sont codées.
L'algorithme d'estimation améliorée de canal selon l' invention est illustré sur la figure 4. L'algorithme E. M. est symbolisé par le bloc 50, la sélection de la base adéquate par le bloc 52 qui reçoit le produit BdTm et le calcul des pondérations par le bloc 54 qui reçoit BdTm et No. L'algorithme E. M. du bloc 50 est itératif et comprend une initialisation représentée schématiquement par le bloc 3o et D itérations 3d. La démodulation est représentée par le bloc 58 qui délivre les probabilités P(A # # # {R#}#=0L-1, {G#(d)}#=0L-1).
Un récepteur conforme à la description générale de l'invention est représenté schématiquement sur la figure 5. Ce récepteur comprend des moyens déjà représentés sur la figure 2 et qui portent les mêmes références. Mais le récepteur comprend des moyens pour mettre en oeuvre un algorithme d'estimation itératif qui est schématisé par le rebouclage de la sortie de
l'additionneur 38 sur les moyens d'estimation 361, 36L. Par ce rebouclage, on applique à ces moyens un signal noté ##(k)(d) où d représente le rang de l'itération. Le récepteur représenté comprend en outre un interrupteur symbolique 40 qui se ferme à la dernière itération D pour alimenter l'organe de décision 42.
Il est supposé, dans ce cas particulier de réalisation, que le signal OFDM reçu est composé par des symboles prenant leurs valeurs dans un alphabet Q de type modulation à déplacement de phase à 2 ou 4 états. Les autres caractéristiques du signal reçu telles la forme des blocs, leur taille, la répartition et la puissance des symboles pilotes, ainsi que les caractéristiques du canal sont les mêmes que dans le cas général précédemment décrit.
Dans le cas par exemple d'une commande à distance de renvoi du poste téléphonique rattaché à un autocommutateur privé (PABX).
Pour réaliser cette fonction avec le système qui vient d'être décrit, deux méthodes peuvent être envisagées - accès à un serveur vocal ou, - accès par modem, par Internet ou par minitel.
La fonction consiste, lorsque la personne est à l'extérieur de l'entreprise, de pouvoir renvoyer à distance le poste téléphonique de l'entreprise vers le numéro de son terminal GSM, afin de recevoir les appels destinés à son poste de l'entreprise sur son terminal GSM.
Dans le cas d'un accès vocal il faut que l'utilisateur appelle depuis un téléphone le numéro du serveur vocal dans l'entreprise. Une séquence possible est la suivante - appel du serveur vocal de l'entreprise, - celui-ci décroche et demande à l'utilisateur de saisir au moyen d'une séquence DTMF (Dual Tone Modulation Frequency): - le numéro du poste de l'utilisateur dans l'entreprise (exemple, saisie de 4 touches DTMF du clavier du téléphone), - un mot de passe personnel afin d'authentifier l'utilisateur (exemple 4 touches DTMF), - le type de renvoi souhaité, annulation ou demande de renvoi (1 ou 2 DTMF), - le numéro de renvoi vers lequel les appels destinés au poste de l'entreprise seront renvoyés, - raccrochage du combiné et prise en compte de la demande.
Cette méthode prendra environ 90 secondes à l'utilisateur pour saisir les informations et réaliser cette fonction.
Dans le cas d'un accès données en général (modem, minitel ou accès Internet), il faut que l'utilisateur se connecte avec le terminal approprié au serveur dans l'entreprise. Une séquence possible est la suivante - connexion au serveur de l'entreprise et une page de saisie est proposée afin que l'utilisateur la complète avec les éléments suivants - le numéro du poste de l'utilisateur dans l'entreprise (exemple, saisie de 4 chiffres), - un mot de passe personnel afin d'authentifier l'utilisateur (exemple 4 chiffres), - le type de renvoi souhaité,- annulation ou demande de renvoi (plusieurs choix), - le numéro de renvoi vers lequel les appels destinés au poste de l'entreprise seront renvoyés, - déconnexion du terminal de données et prise en compte de la demande. Cette méthode prendra environ 90 secondes à l'utilisateur pour saisir les informations et réaliser cette fonction. Le but de l'invention est de permettre un accès à un service de télécommunications et/ou d'informatique plus rapide. Ceci est obtenu au moyen d'un système utilisant des messages courts pour transporter des paramètres de commande à destination de l'équipement de télécommunications et/ou d'informatique.
Ces messages pourront être envoyés par des terminaux de télécommunication tels que des terminaux de téléphonie mobiles pour lesquels on utilisera alors le service de messages courts SMS (Short Message Service) ou bien au moyen de terminaux téléphoniques fixes empruntant le réseau de transmission numérique à intégration de service (RNIS), les messages étant émis alors suivant le standard SUU (Service Usager à Usager).
Avantageusement les messages pourront être préprogrammés dans les terminaux de télécommunication. Ainsi, grâce à l'utilisation de messages courts à partir d'un terminal téléphonique, l'utilisation des services de télécommunications et/ou d'informatique d'un opérateur ou d'une entité privée sont aisés et rapides. Les terminaux RNIS et les terminaux GSM par exemple peuvent être avantageusement utilisés dans le cadre de cette invention.
Selon la présente invention, le système proposé donné en exemple permet un accès beaucoup plus rapide puisque l'utilisateur pourra utiliser un téléphone mobile 11 ou un terminal téléphonique 13A ou de données 13B et en empruntant le réseau de téléphonie mobile GSM ou le réseau de transmission numérique RNIS pour accéder directement au terminal serveur.