FR 3094378 A1 20201002 FR 1903364 A 20190329 Description Titre de l'invention : TRAITEMENT DES MALADIES RESPI- RATOIRES AVEC LA BACTERIE LACTOBACILLUS ANIMALIS [0ool] Le microhiote, composé de bactéries mais aussi de virus, parasites et champignons présents au-niveau de toutes les muqueuses, telles que l'intestin ou les poumons, est une composante majeure des interactions hôte-pathogène. Le microhiote intestinal, par exemple, exerce un effet protecteur, tant pour le maintien de l'homéostasie (mécanisme de tolérance), que pour la protection contre des pathogènes [1]. Notamment, l'orientation du système immunitaire vers un profil anti-inflammatoire, permettant de limiter l'inflammation, dépend largement du microbiote [2]. Son étude a ainsi permis l'identification parmi les bactéries du microbiote intestinal, de souches dites probiotiques, possédant des propriétés spécifiques permettant la prévention ou le traitement de différentes maladies (notamment les infections pulmonaires) [3, 4]. [0002] Bien que longtemps considérés comme stériles, les poumons possèdent eux aussi un microbiote. Les données disponibles dans la littérature proviennent majoritairement d'étude de métagénomique [5,6, 7]. En effet, la charge bactérienne dans les poumons en bonne santé est au moins d'un ordre de grandeur plus faible que celle de l'intestin. Il a pu être montré que le microbiote du poumon se compose d'une relativement grande diversité d'espèces bactériennes. [0003] La colonisation par le microbiote a un impact très important sur l'immunité et la santé. Les présents inventeurs ont ainsi mis en évidence l'effet protecteur d'une souche d'Enterococcus faecalis contre l'asthme allergique [8]. En outre, un candidat pro-biotique issu du microbiote pulmonaire, Corynebacterium pseudodiphtheriticum, améliore la réponse immunitaire pulmonaire contre l'infection par le virus respiratoire syncytial (VRS) et la pneumonie résultant de l'infection secondaire par Streptococcus pneumoniae [9]. Ces questions sont plus largement développées dans [10, 11]. [0004] La tuberculose est l'une des 10 premières causes de mortalité dans le monde. Grâce aux traitements actuels (vaccin BCG (Bacillus Calmette-Guérin) et quadrithérapie antibiotique), l'incidence de la maladie diminue en moyenne de 1,5 % par an. Cependant, l'apparition de formes de tuberculose résistante aux antibiotiques souligne le besoin d'identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques [12]. [0005] La tuberculose est une maladie infectieuse causée par une bactérie (Mycobacterium tuberculosis) et touchant le plus souvent les poumons [13]. La multiplication du pathogène et l'expression de certains composés moléculaires induisent une hypersensibilité immunologique conduisant à une inflammation incontrôlée [14]. 2 [0006] Une fois que le bacille tuberculeux inhalé a atteint les alvéoles, il est phagocyté par différentes cellules immunitaires, dont notamment des macrophages alvéolaires. Cette défense cellulaire est complétée par une défense immune, impliquant les lymphocytes T par l'intermédiaire dc leurs récepteurs avec les antigènes de M. mberculosis . Ces cellules après s'être multipliées localement vont migrer dans l'organisme et gagner le foyer infectieux primaire où elles vont déclencher une réaction inflammatoire. [0007] Les facteurs toxiques sécrétés par les cellules immunitaires, délétères pour les bactéries, mais aussi pour les cellules de l'hôte, conduisent à des dommages tissulaires importants au niveau des poumons [15]. Ainsi, pour lutter efficacement contre la tuberculose, il est nécessaire de développer de nouveaux antibiotiques, mais aussi d'identifier des outils permettant dc maintenir une inflammation suffisante pour contrôler la bactérie mais sans être délétère pour l'hôte. Cc type de thérapeutique est important également en dehors de la tuberculose puisque de nombreuses maladies respiratoires sont liées à une inflammation trop importante, comme par exemple les infections par Francisent' fularensis ou Pseudomonas aeruginosa. [0008] La présente invention a pour objet de nouveaux traitements de l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose. La présente invention a notamment pour objet leur prévention. [0009] Plus particulièrement, les présents inventeurs ont montré que la bactérie Latin- bacillus animalis possède des propriétés tout à fait avantageuses dans le traitement et/ ou la prévention de maladies respiratoires liées à l'inflammation telles que la tuberculose. [0010] En effet, l'administration de cette bactérie confère une forte protection contre l'infiltration leucocytaire des poumons, un marqueur clinique important de l'inflammation. En outre, elle entraîne une forte diminution de la population de leucocytes produisant des cytokines pro-inflammatoires dans les poumons. Dans le même temps, les lymphocytes T régulateurs produisant des cytokines anti-inflammatoires sont fortement stimulés. En particulier, les lymphocytes iTregs sont induits. Encore plus particulièrement, les lymphocytes iTregs qui sont induits sont des lymphocytes T régulateurs bifonctionnels. [0011] Dans un premier aspect, l'invention a pour objet la bactérie L. animalis pour son uti- lisation dans le traitement et/ou la prévention de l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose. Elle a aussi pour objet l'utilisation de la bactérie L. animalis pour la préparation d'un médicament pour traiter et/ou prévenir l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose. Préférentiellement, le sujet affecté par ladite maladie respiratoire est un mammifère, y compris l'homme, le chien, le chat, les équidés, les bovins, les caprins, les porcs, les ovins et les 3 primates non-humains. De façon plus préférée, ledit sujet est un sujet humain. Alternativement, le sujet peut être un mammifère non-humain, tel qu'un chien, un chat ou un équidé. [0012] L'invention a notamment pour objet une souche particulière de L. animalis pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose. Plus spécifiquement, l'invention a pour objet la souche de L animalis déposée sous le numéro 1-5314 le 16 avril 2018 à la Collection Nationale des Cultures de Microorganismes (CNCM), 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, Rance, pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose. [0013] L'invention a aussi pour objet une souche particulière de L. animalis possédant des propriétés de prévention et/ou de traitement des maladies respiratoires liées à l'inflammation. Plus spécifiquement, l'invention a pour objet la souche de L. animalis déposée sous le numéro 1-5314 le 16 avril 2018 à la Collection Nationale des Cultures de Microorganismes (CNCM), 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France. [0014] La souche 1-5314 est produite par culture, par exemple, dans un milieu de croissance connu de l'homme du métier (par exemple, un milieu liquide MRS : « Man, Rogosa et Sharpe ») pendant 1 à 2 jours en conditions aérobie, à une température de 30-37°C, avec ou sans ajustement du pH. Le bouillon de fermentation contenant les cellules bactériennes est recueilli. Le bouillon peut être utilisé tel quel, concentré ou lyophilisé. Avantageusement, les bactéries seront recueillies, par exemple par centrifugation puis remises en suspension dans un tampon approprié, par exemple du PBS (« phoshate-buffered saline »). La concentration bactérienne peut être établie en utilisant un cytomètre de flux ou un autre procédé équivalent. [0015] La souche de l'invention est particulièrement avantageuse en ce qu'elle entraîne une forte augmentation des populations aussi bien de lymphocytes Th17 que de lymphocytes Tregs. L'induction des lymphocytes Treg est notamment importante car ce sont avant tout des Tregs bifonctionnels qui ont à la fois des propriétés pro- et anti-inflammatoires. Ainsi, en fonction du contexte, les biTregs peuvent réguler de manière positive ou négative la réponse inflammatoire intervenant au cours de la maladie infectieuse [16, 17, 18]. [0016] Selon un mode préféré de réalisation, l'invention a donc pour objet la bactérie L. animalis pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose, ledit traitement et/ou prévention comprenant une diminution de l'infiltration leucocytaire et une augmentation des populations pulmonaires lymphocytes Th17 que de lymphocytes Tregs. [0017] Selon un autre mode préféré de réalisation, l'invention a pour objet l'utilisation de la bactérie L. animalis pour la préparation d'un médicament pour traiter et/ou prévenir l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose, ledit traitement et/ou prévention comprenant une diminution de l'infiltration leucocytaire et une augmentation des populations pulmonaires lymphocytes Th17 que de lymphocytes Tregs. [0018] Selon un mode de réalisation encore plus préféré, les lymphocytes Trcgs sont des lymphocytes iTregs. Encore plus préférentiellement, les lymphocytes iTregs sont des lymphocytes iTregs hifonctionnels. [0019] Les « lymphocytes T » ou « cellules T » sont un type de lymphocytes (globules blancs) jouant un rôle central dans l'immunité à médiation cellulaire. Ils peuvent être distingués d'autres lymphocytes, tels que les cellules B et les cellules tueuses naturelles (cellules NK), par la présence d'un récepteur de cellules T (TCR) à la surface de la cellule. Tel qu'utilisé ici, le ternie « récepteur de cellules T » ou « TCR » représente un récepteur présent à la surface des cellules T qui est responsable de la reconnaissance des antigènes liés aux molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (MHC). Les cellules T ne présentent pas d'antigènes et dépendent d'autres lymphocytes (cellules tueuses naturelles, cellules B, macrophages, cellules dendritiques) pour faciliter la présentation de l'antigène. Les types de cellules T incluent notamment les cellules T auxiliaires (cellules Th), les cellules T mémoire (Tcm, Tern ou Tcmra), les cellules T régulatrices (Trcg), les cellules T cytotoxiques (CTL), les cellules T tueuses naturelles (cellules NKT), les cellules T gamma delta et les cellules T invariantes associées à la muqueuse (MAIT). [0020] Parmi les lymphocytes T, les « lymphocytes T CD4* », appelés également « T auxiliaires » et aussi « T helper (Th) », ont pour fonction principale de réguler positivement ou négativement d'autres cellules immunitaires. Ces cellules expriment la glycoprotéine CD4 à leur surface. Le terme « CD4 », tel qu'utilisé ici, désigne une glycoprotéine membranaire de lymphocytes T qui interagit avec les antigènes du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) de classe II et est également un récepteur du virus de l'immunodéficience humaine. La protéine fonctionne pour initier ou augmenter la phase précoce d'activation des cellules T. De préférence, la molécule CD4 de l'invention est un polypeptide ayant la séquence d'acides aminés représentée par NP_038516. [0021] Les lymphocytes T CD4' peuvent être classifiés selon le type de cytokines qu'ils produisent. On peut ainsi notamment identifier des lymphocytes T CD4* Thl, des lymphocytes T CD4' Th2, des lymphocytes T CD4* Th17 ou encore des lymphocytes T CD4* régulateurs. [0022] On appelle «lymphocytes T CD4* Thl » ou « lymphocytes Thl » ou « Thl » une po- pulation de lymphocytes T CD4* activés qui orientent la réponse immunitaire vers la réponse cellulaire et la cytotoxicité. Les Thl produisent principalement les cytokines 1L-2, TNFa et IFNy et expriment le facteur de transcription T-het. Le terme « T-bct » ou « TBX21 », tel qu'utilisé ici, représente un facteur de transcription de la famille des facteurs de transcription à T-box, qui est nécessaire à la différenciation des lymphocytes T Thl et des lymphocytes T cytotoxiques Tel (c'est-à-dire un lymphocyte T cytotoxique présentant à sa surface des récepteurs pouvant se lier à des complexes formés par un peptide présenté par une molécule CMH de classe I), deux populations lymphocytaires capables de sécréter l'JFNy. Dans un mode préféré de réalisation, la protéine TA-Jet possède la séquence d'acides aminés représentée par NP 037483.1. [0023] Les lymphocytes Thl sont induits par la cytokine IL-12 en réponse aux infections par des pathogènes viraux ou bactériens (comme M. tuberculosis par exemple). Les cytokines alors produites par les Thl activent les macrophages qui détruisent les pathogènes. Cependant, cette réponse anti-infectieuse Thl peut aussi être à l'origine des lésions immunopathologiqucs tissulaires, notamment en présence d'une infection chronique. [0024] Par « lymphocytes T CD4' Th17 » ou « lymphocyte Th17 » ou « cellules Th17 » ou « Th17 », on entend ici une population de lymphocytes T CD4' auxiliaires exprimant le facteur de transcription RAR-related orphan receptor-yt (ROR-yt) et produisant la cytokine IL-17A, une cytokine fortement pro-inflammatoire. Avantageusement, les cellules Th17 sont également caractérisées par la libération d'IL-17F, d'IL-21 et d'IL-22 et la co-expression des marqueurs membranaires CCR6, ICOS et CCR4. Les cellules Th17 sont impliquées dans le contrôle des infections bactériennes extracellulaires et fongiques. [0025] Tel qu'utilisé ici, le terme « cellules T régulatrices » ou « cellules Tregs » ou Tregs » ou « cellules T suppresseurs » désigne une population de cellules T qui expriment le facteur de transcription FOXP3 et qui maintiennent la tolérance immunologique. Les cellules Tregs sont importantes pour maintenir l'homéostasie, contrôler l'ampleur et la durée de la réponse inflammatoire et prévenir les réponses auto-immunes et allergiques. Au cours d'une réponse immunitaire, les Tregs suppriment ainsi les réactions immunitaires médiées par les cellules T effectrices, telles que les cellules T effectrices CD4' ou CD8+. [0026] Les cellules T régulatrices peuvent être des cellules Tregs naturelles ou des cellules Tregs induites. Par « cellules Tregs naturelles » ou « Tregs naturels », on entend ici des cellules T d'origine thymique qui expriment des marqueurs particuliers de la surface des cellules, à savoir les marqueurs CD4 et CD25. Lesdites cellules sont donc de préférence de phénotype CD4+CD25highFOXP3hlgh. En outre, les Tregs naturels expriment le facteur de transcription Helios. [0027] Les « lymphocytes Tregs induits » ou « cellules Tregs induites » ou « cellules iTregs », tel qu'on les entend ici, sont des cellules T d'origine périphérique dont la dif- 6 férenciation est induite à la suite d'une interaction antigénique en présence de cytokines telles que TGF-ri et IL-2. Les iTregs sont caractérisées par la présence de la chaîne a du récepteur de FIL-2 (CD25) et de CCR4 à leur surface et la production de cytokines suppressives comme par exemple IL-10, en sus de l'expression de FOXP3. En outre, les cellules iTregs n'expriment pas le facteur de transcription Hclios. [0028] Le terme « CD25 », tel qu'utilisé ici, désigne la chaîne alpha du récepteur de l'TL-2. Cette protéine est une protéine transmembranaire de type I présente sur les cellules T activées, les cellules B activées, certains thymocytes, les précurseurs myéloïdes et les oligodendrocytes qui s'associent à CD122 pour former un hétérodimèrc pouvant servir de récepteur à haute affinité pour IL-2. Les Tregs en particulier expriment CD25 en plus des CD4 et FOXP3. De préférence, la molécule CD25 de l'invention est un polypeptide ayant la séquence d'acides aminés représentée par NP 032393. [0029] Par « Hclios », on entend ici un facteur de transcription à doigt de zinc codé par le gène IKZF2. Le facteur de transcription Hclios forme des homodi mères, voire des hétérodimères avec les facteurs de transcription Tskaros et Aiolos. Hclios est exprimé notamment dans les cellules Tregs. Plus spécifiquement, Hel ios est exprimé exclusivement dans les Tregs naturels, mais pas dans les Tregs induits. Préférentiellement, la protéine Hélios telle qu'on l'entend ici correspond à deux isoforrncs, dont les séquences en acides aminés sont représentées par NP 057344.2 et NP 001072994.1, respectivement. [0030] Dans un mode de réalisation préférentiel, les cellules iTregs sont des cellules possédant une double fonctionnalité et sont appelées « lymphocytes iTregs bifonctionnels » ou « lymphocytes bi-Tregs » ou « cellules iTregs bifonctionnelles » ou cellules bi-Tregs » ou « biTregs ». Selon ce mode de réalisation, les cellules biTregs sont des cellules qui expriment à la fois ROR-yt et FOXP3. Préférentiellement, les cellules biTregs produisent à la fois la cytokine pro-inflammatoire Il-17 et la cytokine anti-inflammatoire IL-10. De façon encore plus préférée, les cellules biTregs produisent en outre les cytokines TGF-r3 et IL-35. [0031] Par « RAR-related orphan receptor-yt » ou « ROR-yt », on entend ici un facteur de transcription de la famille des récepteurs nucléaires des hormones stéroïdiennes, exclusivement exprimé dans les cellules du système immunitaire. Le facteur de transcription ROR-yt joue ainsi un rôle clé dans la régulation de la différenciation des cellules Th17. De préférence, le facteur de transcription ROR-yt est un polypeptide ayant la séquence d'acides aminés représentée par NP_001001523.1. [0032] Tel qu'utilisé ici, le terme « FOXP3 » désigne un facteur de transcription appartenant à la famille des régulateurs de transcription « forkhead / winged helix ». Le facteur de transcription FOXP3 est le régulateur principal du développement et de la fonction des lymphocytes Tregs. En outre, FOXP3 est un marqueur des lymphocytes Tregs, 7 l'expression de ce facteur de transcription dans un lymphocyte T CD4 suffisant à caractériser un lymphocyte Treg. De préférence, le facteur de transcription FOXP3 est un polypeptide ayant la séquence d'acides aminés représentée par NP 001186276. [0033] Les présents inventeurs ont ainsi montré que l'administration de la bactérie L. animalis conduit à une augmentation de la population pulmonaire de cellules iTregs. Cette augmentation n'est pas causée par un accroissement de la prolifération cellulaire, niais par une induction de la différenciation de ces cellules. De préférence, l'administration de L animalis conduit à une induction dans le poumon de lymphocytes iTregs sécrétant aussi bien des cytokines pro-inflammatoires (par exemple, Il-17A) que des cytokines anti-inflammatoires (par exemple IL-10). [0034] Le terme « cytokine », tel qu'on l'entend ici, se rapporte à une famille de petites protéines sécrétées régulatrices ayant un rôle crucial dans les réponses immunitaires. Les cytokines sont impliquées dans la communication entre cellules et régulent de nombreuses fonctions cellulaires, comme par exemple la survie et la croissance des cellules, ainsi que l'induction de l'expression de nombreux gènes. Les cytokines peuvent être produites par de nombreux types cellulaires. Comme expliqué plus haut, le type cellulaire d'un lymphocyte donné est notamment déterminé par son profil cytokinique. Ainsi, les « cytokines Thl », telles qu'on les entend ici, sont les cytokines produites par les lymphocytes T CD4 Thl (notamment 1L-2, IFNy et TFNa). [0035] Par « cytokine pro-inflammatoire », on entend ici les cytokines qui conduisent à une augmentation de l'inflammation. Elles comprennent notamment des cytokines telles que, par exemple, IL-113, TNFa, IL-6, IL-15, IL-17. IFN-y et IL-18. Selon un mode de réalisation préféré, les cytokines pro-inflammatoires sont TNFa. IL-6, 1FN-y et 1L-17, plus préférentiellement IL-17. Les « cytokines anti-inflammatoires » sont celles qui contrôlent la réponse des cytokines pro-inflammatoires. Les cytokines anti-inflammatoires agissent de concert avec des inhibiteurs de cytokines spécifiques et des récepteurs de cytokines solubles pour réguler la réponse immunitaire humaine. Les cytokines anti-inflammatoires majeures comprennent l'antagoniste au récepteur d'IL-1. IL-10 et TUF-13. Préférentiellement, les cytokines anti-inflammatoires sont IL-10 et TUF-P. [0036] Selon un mode de réalisation plus particulièrement préféré, l'administration de L. animalis entraîne l'induction dans le poumon de lymphocytes iTreg produisant de l'Il-10. du TOF-I3 et de l'IL-17. Les inventeurs ont d'ailleurs montré que le nombre de cellules produisant ces cytokines est augmenté après administration de L. animalis. En revanche, la concentration de cytokines pro-inflammatoires telles que TNFa, IL-6 et IFN-y n'est pas affectée. [0037] Le terme «'interleukine 17 » ou « IL-17 » ou « IL-17A », tel qu'on l'entend ici, re- présente une glycoprotéine homodimérique de 20-30 kDa. Le gène de l'IL-17 humaine 8 code une protéine constituée de 155 acides aminés, dont une séquence signal de 19 acides aminés et un segment mature de 136 acides aminés. Il-17 est une cytokine pro-inflammatoire qui participe aux défenses contre les infections bactériennes extra-cellulaires et fongiques. Une fois sécrétée, cette cytokine agit sur les cellules épithéliales, les cellules endothéliales, les fibroblastes ainsi que sur d'autres cellules du système immunitaire, en les activant pour qu'elles produisent des cytokines pro-inflammatoires comme l'IL-1, l'IL-6, le TNF-a, des chimiokines, du GM-CFS, etc. [0038] Par « interleukine 10 » ou « IL-10 », on entend ici une protéine homodimérique composées de deux sous-unités en hélice a liées par des interactions non covalentes. De façon préférée, chaque monomère d'IL-10 est exprimé sous la forme d'un précurseur dont la séquence en acides aminés est représentée par NP 000563.1. L'IL-10 est une cytokine anti-inflammatoire clé produite par des cellules immunitaires activées qui joue un rôle critique dans le contrôle des réponses immunitaires. En particulier, elle réduit l'expression des cytokines Thl, des antigènes du CMH de classe II et des molécules co-stimulatrices sur les macrophages. Elle améliore également la survie, la prolifération et la production d'anticorps des cellules B. L'IL-lO peut bloquer l'activité de NF-KB et est impliquée dans la régulation de la voie de signalisation JAKSTAT. [0039] On entend ici par « TGF-I3 » ou « transforming growth factor-13" ou « facteur de croissance transformant-I3 » une cytokine multifonctionnelle appartenant à la superfamille des facteurs de croissance transformants et comprenant quatre isoformes différentes (TGF-(31 à 4). De façon préféré, TGE-131, 2, 3 et 4 ont des séquences en acides aminés représentées par NP_000651, NP_001129071 ou NP_003229, NP_001316867 ou NP_001316868 ou NP_003230, et Q64280.1. Le TGE-I3 est impliqué dans de multiples processus. Notamment, il joue un rôle immunosuppresseur et anti-inflammatoire en favorisant la résolution de l'inflammation et le retour à l'homéostasie. Il supprime ainsi la production de cytokines en inhibant l'activité des macrophages et des cellules Thl. En particulier, il neutralise l'IL-1, l'IL-2, l'IL-6 et le TNFa, et induit IL-IRA. [0040] Le terme « augmenté », tel qu'il est utilisé ici dans certains modes de réalisation, signifie une plus grande quantité, par exemple, une quantité légèrement supérieure à la quantité d'origine ou par exemple une quantité en grand excès par rapport à la quantité d'origine, et notamment toutes les quantités dans l'intervalle. En variante, « augmentation » peut faire référence à une quantité ou une activité qui est au moins 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% ou 20% de plus que la quantité ou de l'activité pour laquelle la quantité ou de l'activité accrue est comparé. Les termes « augmenté », « plus grand que », et « accru » sont utilisés ici de manière interchangeable. Une « population de lym- 9 phocytes augmentée » signifie ainsi une population desdits lymphocytes, par exemple des lymphocytes Th17 ou iTrcgs, notamment des biTregs, accrue par rapport à un contrôle de référence, tel que, par exemple, un contrôle n'ayant pas été traité avec la présente bactérie L annnalis. En d'autres ternies, une « population de lymphocytes augmentée » dans les poumons, par exemple dcs lymphocytes Th17 ou iTregs, notamment des biTregs, signifie que le nombre desdits lymphocytes dans les poumons est augmenté par rapport à un contrôle de référence, tel que, par exemple, un contrôle n'ayant pas été traité avec la présente bactérie L animalis. Cette augmentation peut résulter notamment d'une augmentation de la différenciation des lymphocytes T dans le type de lymphocytes d'intérêt (par exemple des lymphocytes Th17 ou iTregs, notamment des biTregs) et/ou d'une augmentation de la prolifération cellulaire. Préférentiellement, cette augmentation de la population de lymphocytes d'intérêt (par exemple des lymphocytes Th17 ou iTregs, notamment dcs biTregs) ne résulte pas d'une augmentation de la prolifération cellulaire. [0041] Le terme « diminution », tel qu'il est utilisé ici dans certains modes de réalisation, signifie une plus petite quantité, par exemple, une quantité légèrement inférieure à la quantité d'origine, ou par exemple une quantité beaucoup plus petite que la quantité d'origine, et notamment toutes les quantités dans l'intervalle. En variante, « diminution » peut faire référence à une quantité ou une activité qui est au moins 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% ou 20% de moins que la quantité ou de l'activité pour laquelle la quantité ou de l'activité diminuée est comparé. Les termes « diminué », « plus petit que », « moindre » et « décru » sont utilisés ici de manière interchangeable. Une « population de lymphocytes diminuée » signifie ainsi une population desdits lymphocyte réduite par rapport à un contrôle de référence, tel que, par exemple, un contrôle n'ayant pas été traité avec la présente bactérie L. animalis. En d'autres termes, une « population de lymphocytes diminuée » dans les poumons signifie que le nombre desdits lymphocytes dans les poumons est réduit par rapport à un contrôle de référence, tel que, par exemple, un contrôle n'ayant pas été traité avec la présente bactérie L. animalis. [0042] Ledit « contrôle » tel qu'utilisé ici peut être un patient, un modèle animal ou encore un modèle cellulaire in vitro. De préférence, le « contrôle » est un patient. Par « patient », on entend ici un sujet humain souffrant d'une inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose. Selon un autre mode de réalisation préféré, le sujet est un animal, notamment un chien, un chat ou un cheval. [0043] Dans un autre aspect, la présente invention a aussi pour objet une composition phar- maceutique comprenant la souche I-5314 et au moins un excipient pharmaceutiquement acceptable. [0044] La bactérie inactivée induit les mêmes effets que la souche vivante et possède donc elle aussi des propriétés de prévention et/ou de traitement des maladies respiratoires. [0045] Selon un mode de réalisation particulier de l'invention, la souche 1-5314 présente dans la composition pharmaceutique est une souche inactivée. Par « souche inactivée », on entend ici une souche bactérienne qui est incapable de croître et/ou de se diviser. Préférentiellement, une souche inactivée n'a plus d'activité métabolique. Toutefois, les bactéries inactivées selon l'invention sont toujours capables dc modérer l'inflammation, c'est-à-dire que l'administration de la bactérie inactivée entraîne une diminution de l'infiltration leucocytaire et une augmentation des populations pulmonaires de lymphocytes Trcgs. [0046] Les techniques d'inactivation des bactéries sont bien connues dc l'homme du métier. On citera par exemple I' inactivation par la chaleur, I' irradiation par les UV ou les rayons gamma, le traitement par les acides, le traitement par le peroxyde d'hydrogène, etc. Les bactéries L animes seront préférentiellement inactivées par traitement à la chaleur. [0047] Ti est particulièrement avantageux d'utiliser des extraits de la souche 1-5314 dans les présentes compositions pharmaceutiques. Un « extrait », tel qu'on l'entend ici, désigne tout matériel cellulaire obtenu suite à la lyse d'une ou plusieurs souches bactériennes. Avantageusement, un extrait a subi une ou plusieurs étapes supplémentaires d'extraction et/ou de purification. Préférentiellement, l'extrait est obtenu à partir d'une seule souche ; plus préférentiellement, ladite souche est la présente souche 1-5314. [0048] La lyse peut être réalisée par tous les moyens connus de l'homme du métier : lyse alcaline, lyse par sonication, lyse par haute pression (presse de French), etc. L'extrait obtenu par la lyse cellulaire peut ensuite être soumis à des étapes d'extraction et/ou de purification supplémentaires. Celles-ci peuvent comprendre n'importe quel traitement usuel de tels extraits et connu de l'homme du métier : on mentionnera entre autres les centrifugations (par exemple pour séparer la membrane plasmique du cytoplasme), les filtrations, les précipitations et les séparations des différents constituants cellulaires (par exemple en utilisant l'un des nombreux types de chromatographie), etc. Chacun des différents extraits obtenus à chacune de ces étapes peut être utilisé dans la méthode de l'invention pour autant qu'il soit toujours capable de modérer l'inflammation, c'est-à-dire que l'administration dudit extrait entraîne une diminution de l'infiltration leucocytaire et une augmentation des populations pulmonaires de lymphocytes Th17 et de lymphocytes Tregs. [0049] Les présentes compositions sont utiles pour le traitement de l'inflammation liée aux maladies respiratoires. [0050] Par « maladie respiratoire », on entend ici les maladies de l'appareil respiratoire, notamment des poumons ou des bronches, ou provoquant des troubles de la respiration. Parmi ces maladies respiratoires, un grand nombre sont liées à une inflammation de 11 l'appareil respiratoire, notamment des poumons ou des bronches. On citera ainsi, et de manière non exhaustive, l'asthme (légère, modérée ou sévère), par exemple, bronchique, allergique, intrinsèque, extrinsèque, induite par l'exercice, d'origine médicamenteuse (y compris l'aspirine et aux AINS) et l'asthme induit par la poussière, l'asthme résistant aux stéroïdes, la bronchite, y compris la bronchite infectieuse et à éosinophiles, d'une maladie pulmonaire obstructive chronique (COPD), comme la BPCO (broncho-pneumopathie chronique obstructive), la fibrose cystique, la fibrose pulmonaire, y compris cryptogénique alvéolite fihrosantc, la fibrose pulmonaire idiopathique, pricumonias interstitielles idiopathiques, la fibrose compliquant une thérapie anti-néoplasique et chronique, l'infection, y compris la tuberculose, la tularémie (causée par F. tularensis), l'aspergillose et d'autres infections bactériennes (par exemple par Fraticisella Novicida ou par P. aeruginosa) ou fongiques (par exemple par Candida albicans ou par Aspergillus Pen/go/us); complications de la transplantation pulmonaire; vascularite et troubles thrombotiques du système vasculaire pulmonaire et hypertension artérielle pulmonaire (y compris l'hypertension artérielle pulmonaire); activité antitussive comprenant le traitement de la toux chronique associée à des affections inflammatoires et sécrétoires des voies respiratoires et la toux iatrogène; rhinite aiguë et chronique, y compris la rhinite médicamenteuse, et la rhinite vasomotrice; perannuclle et saisonnière rhinite allergique y compris la rhinite nerveuse (rhume des foins); polypose nasale; infection aiguë virale, y compris le rhume, et l'infection due au virus respiratoire syncytial, la grippe, coronavirus (SRAS notamment) et l'adénovirus, un oedème pulmonaire, embolie pulmonaire, pneumonie, sarcoïdose pulmonaire, la silicose, poumon de fermier et les maladies apparentées; pneumopathie d'hypersensibilité, insuffisance respiratoire, syndrome de détresse respiratoire aiguë, l'emphysème, la bronchite chronique, la tuberculose et le cancer du poumon, etc. Les maladies respiratoires telles qu'on l'entend ici comprennent aussi les maladies respiratoires affectant spécifiquement les animaux, notamment les chats, les chiens ou les chevaux. Elles comprennent notamment la toux du chenil, causée en particulier par les infections au virus Parainfluenza et la bactérie Bordetella bronchiseptica. Selon un mode de réalisation préféré, ladite maladie respiratoire est la tuberculose. [0051] Par « tuberculose », on entend ici une maladie infectieuse causée par la bactérie My- cobacterium tuberculosis. Dans la grande majorité des cas, la tuberculose est une tuberculose pulmonaire, ce qui signifie que l'infection touche les poumons. Lorsqu'elle se déclare, la tuberculose pulmonaire se manifeste par une toux, parfois productive ou sanglante, des douleurs thoraciques, une asthénie, une perte de poids et des sueurs nocturnes. En outre, la tuberculose peut être responsable d'une inflammation d'évolution prolongée, dont l'aspect anatomopathologique est caractéristique. 12 [0052] Par « inflammation », on entend ici l'ensemble des mécanismes réactionnels de défense par lesquels l'organisme reconnaît, détruit et élimine toutes les substances qui lui sont étrangères. La réaction inflammatoire est la réponse à une agression d'origine exogène (cause infectieuse, traumatique) ou endogène (cause immunologique, par exemple une réaction d'hypersensibilité ou une autre cause, par exemple le syndrome d'ischémie- rcperfusion). La réponse inflammatoire est habituellement composée d'une phase d'initiation qui fait suite à un signal de danger d'origine exogène ou endogène et qui met en jeu des effecteurs primaires, d'une phase d'amplification avec la mobilisation et l'activation d'effecteurs secondaires et d'une phase de résolution et de réparation qui tend à restaurer l'intégrité du tissu agressé. La réaction inflammatoire est ainsi, le plus souvent, une réponse adaptée strictement contrôlée par de multiples systèmes régulateurs, dont, par exemple, les cellules Tregs. Toutefois, si la réponse inflammatoire est inadaptée ou mal contrôlée ; elle peut devenir agressive. Dans certains cas, l'inflammation peut devenir chronique : par exemple, la tuberculose entraîne une inflammation chronique. [0053] Les termes « traiter « traité », « traitement », ainsi que les termes analogues, tels qu'ils sont utilisés ici, se réfèrent à la réduction ou l'amélioration des symptômes d'un trouble (par exemple, l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose) et/ou les symptômes associés avec celui-ci chez un sujet. On notera que, bien que ce ne soit pas exclu, le traitement d'un trouble ou un état ne nécessite pas que la pathologie, la condition ou les symptômes qui lui sont associés soient complètement éliminés. [0054] Les termes « prévenir », « prévention », ainsi que les termes analogues, tels qu'ils sont utilisés ici, se réfèrent à la suppression du risque d'apparition d'un trouble (par exemple, l'inflammation liée à une maladie respiratoire, notamment la tuberculose) et/ ou les symptômes associés avec celui-ci chez un sujet. [0055] On entend ici par « sujet » n'importe quel mammifère pouvant bénéficier du traitement décrit ici, y compris l'homme, le chien, le chat, les équidés, les bovins, les caprins, les porcs, les ovins et les primates non-humains. Plus spécifiquement, on appelle ici « patient » un sujet humain. Ledit patient peut appartenir à n'importe quelle classe d'âge, c'est-à-dire le patient peut être un enfant, un adolescent ou un adulte. Alternativement, le sujet peut être un mammifère non-humain, tel qu'un chien, un chat ou un équidé. [0056] Les présentes compositions pharmaceutiques comprennent outre la souche I-5314, un ou plusieurs excipients pharmaceutiquement acceptables. [0057] Par « excipient pharmaceutiquement acceptable », on entend ici un excipient dont l'administration à un individu ne s'accompagne pas d'effets délétères significatifs. Les excipients pharmaceutiquement acceptables sont bien connus de l'homme du métier. 13 [0058] Tel qu'il est utilisé ici, l'expression « excipient pharmaceutiqucment acceptable » comprend tous les solvants, tampons, solutions salines, milieux de dispersion, revêtements, agents antibactériens et antifongiques, agents isotoniques et retardant d'absorption, et analogues qui sont physiologiquement compatibles. Les excipients sont choisis selon la forme pharmaceutique et le mode d'administration souhaité, parmi les excipients habituels qui sont connus de l'homme du métier. Le type de support sera ainsi choisi en fonction de la voie d'administration prévue. Dans divers modes de réalisation, le support est approprié pour une administration intraveineuse, intrapéritonéalc, sous-cutanée, intramusculaire, topique, transdermique, orale, ou par aérosol. Ainsi, dans des modes particuliers de réalisation, la présente souche est formulée dans des véhicule pharmaceutiquement acceptables, tels que des solutions, suspensions, comprimés, comprimés dispersibles, pilules, gélules, poudres, formulations à libération prolongée ou élixirs, pour administration orale ou dans des solutions ou suspensions stériles pour administration parentérale, ainsi que des patchs transdermiqucs et des inhalateurs de poudre sèche. Les véhicules pharmaceutiquement acceptables comprennent les solutions ou dispersions aqueuses stériles et des poudres stériles pour la préparation extemporanée de solutions ou dispersions injectables stériles. L'utilisation de milieux et agents pour des substances pharmaccutiquement actives est bien connue dans la technique. Les techniques et les méthodes bien connues de la personne du métier seront ainsi utilisées pour préparer des compositions pharmaceutiques contenant la souche 1-5314 ou les extraits de celle-ci (voir par exemple, Ansel (1985) Introduction to Pharmaceutical Dosage Foims 4th Ed., p. 126). Les procédés pour préparer des compositions pharmaceutiques, notamment des compositions pharmaceutiques administrables par voie orale ou par inhalation, seront connus ou évidents pour l'homme du métier et sont décrits plus en détail dans, par exemple, « Remington's Pharmaceutical Science, 17th ed., Mack- Publishing Company, Easton, Pa. (1985) », et le 18e et 19e éditions de ce manuel. [0059] Les présentes compositions sont administrées au patient à une dose thérapeu- tiquement efficace. Le terme « dose thérapeutiquement efficace » tel qu'utilisé ici se réfère à la quantité nécessaire pour observer une activité thérapeutique ou préventive sur l'inflammation liée à la maladie respiratoire, notamment la tuberculose, en particulier la quantité nécessaire pour observer une amélioration des symptômes. La quantité de bactérie I-5314 à administrer ainsi que la durée du traitement sont évaluées par l'homme du métier selon l'état physiologique du sujet à traiter, ainsi que la voie d'administration utilisée. La souche bactérienne utilisée peut être administrée sous la forme d'une dose unique ou de doses multiples. [0060] L'homme du métier saura ainsi choisir au mieux les voies et modes d'administration de la composition, ainsi que les posologies et formes galéniques optimales, selon les 14 critères généralement pris en compte dans la fabrication d'un médicament ou l'établissement d'un traitement pharmaceutique ou vétérinaire. De préférence, ces composés seront administrés par voie systémique, en particulier par voie intraveineuse, par voie intramusculaire, intradermique, intra-péritonéale ou sous-cutanée, par voie orale, ou par voie topique (au moyen de gel, aérosols, gouttes, etc.). Les formes unitaires d'administration appropriées comprennent les formes par voie orale telles que les comprimés, les gélules molles ou dures, les poudres, les granules et les solutions ou suspensions orales, les formes d'administration sublinguale, buccale, intra-trachéale, intraoculaire, intranasalc, par inhalation, les formes d'administration topique, transdermique, sous-cutanée, intramusculaire ou intraveineuse, les formes d'administration rectale et les implants. Pour l'application topique, on peut utiliser les composés selon l'invention dans des crèmes, gels, pommades ou lotions. [0061] Il sera particulièrement avantageux d'administrer la composition par voie entérale, orale, parentérale (par exemple sous-cutanée, intradermique, ou intramusculaire) ou mucosale (par exemple intranasale, sublinguale, intravaginalc, transcutanée). De manière plus préférée, la composition pharmaceutique sera administrée à plusieurs reprises, de manière étalée dans le temps. Son mode d'administration, sa posologie et sa forme galénique optimale peuvent être déterminés selon les critères généralement pris en compte dans l'établissement d'un traitement adapté à un patient comme par exemple l'âge ou le poids corporel du patient, la gravité de son état général, la tolérance au traitement et les effets secondaires constatés. [0062] Dans les présentes compositions pharmaceutiques, le principe actif ou les principes actifs sont généralement formulés en unités de dosage. Par exemple, quand la bactérie I-5314 vivante est administrée, l'unité de dosage contient au moins 102 ufc, préférentiellement au moins 103 ufc, préférentiellement au moins 104 ufc, préférentiellement au moins 10' ufc, préférentiellement au moins 106 ufc, plus préférentiellement au moins 107 ufc, encore plus préférentiellement au moins 10' ufc, le plus préférentiellement au moins 109 ufc, par unité de dosage. Selon un autre mode de réalisation, l'unité de dosage contient entre 10' et 109 ufc, avantageusement entre 105 et 109 ufc, de préférence de 10' à 109 ufc par unité de dosage, pour les administrations quotidiennes, une ou plusieurs fois par jour. Par ailleurs, quand des extraits bactériens sont administrés au patient, l'unité de dosage contient 2,5 à 500 mg, avantageusement de 10 à 250 mg, de préférence de 10 à 150 mg par unité de dosage, pour les administrations quotidiennes, une ou plusieurs fois par jour. Bien que ces dosages soient des exemples de situations moyennes, il peut y avoir des cas particuliers où des dosages plus élevés ou plus faibles sont appropriés, de tels dosages appartiennent également à l'invention. Selon la pratique habituelle, le dosage approprié à chaque patient est déterminé par le médecin selon le mode d'administration, l'âge, le poids et la réponse dudit patient. 100631 L'invention sera décrite plus précisément au moyen des exemples ci-dessous. LEGENDES DES FIGURES 100641 I Figure 1 : Protocole expérimental utilisé pour étudier l'effet de l'administration de bactéries isolées du microbiote pulmonaire sur l'infection par Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Des souris C57BL/6 femelles âgées de 6 semaines reçoivent par voie intranasalc (i.n.) 107 bactéries (L. salivarius CNCM 1 4968, ou L. animes CNCM 1 ou L. rhamnosus CNCM 14967 ou du PBS) dans 25pL de PBS 3 fois par semaine pendant 2 semaines. Selon les expériences elles sont ensuite sacrifiées (Figure 2.) ou infectées par 103 UFC de Mtb (autres figures). Pour les souris infectées, l'administration de lactobacillcs est poursuivie jusqu'au sacrifice à raison de 2 fois par semaine (groupes traités avant et après infection, noté « av/ap »). Alternativement les lactobacillcs peuvent n'être administrés qu'après infection (groupe CNCM 1 5314 ap) et non avant. Après sacrifice, les poumons sont utilisés soit entiers pour une analyse en histologie de l'immunopathologic soit homogénéisés pour déterminer la charge bactérienne et caractériser la réponse immunitaire locale par cytométrie en flux. [0065] Figure 2 : Modification du système immunitaire pulmonaire de souris non infectées par des bactéries isolées du microbiote pulmonaire. Des souris C57BL/6 reçoivent par voie intranasalc 107 bactéries (L. salivarius CNCM 14968 ou L. affirmais CNCM 1 5314 ou L. rhatnnosus CNCM 14967 ou PBS) dans 25 pl- de PBS 3 fois par semaine pendant 2 semaines. Après sacrifice, une suspension cellulaire est obtenue par dissociation enzymatique et mécanique des poumons. Les proportions de sous-populations de lymphocytes T CD4+ sont déterminés par cytométrie en flux. A. Stratégie d'analyse: Après exclusion des doublets et des cellules mortes, les lymphocytes T CD4+ sont sélectionnés. La proportion de différentes sous-population est déterminée en sélectionnant les cellules exprimant un facteur intracellulaire spécifique d'intérêt (panel du bas) et pas son isotype contrôle (panel du haut). B. Proportion de lymphocytes T CD4+ exprimant le facteur Foxp3 (appelés Treg), produisant du TNF-a. (cellules de type Thl) ou de l'IL-17 (Th17). Les graphiques représentent la médiane obtenue en groupant 3 expériences ayant chacune 4-7 souris. Statistique : test de Kruskal-Wallis : p REVENDICATIONSBactérie L. animalis pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de l'inflammation liée à une maladie respiratoire. Bactérie L. animalis pour son utilisation selon la revendication 1, caractérisée en cc que ladite bactérie est inactivée. Bactérie L. animalis pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisée en cc que ledit traitement et/ou prévention comprend une diminution de l'infiltration leucocytaire et une augmentation des populations pulmonaires de lymphocytes Th 17 et de lymphocytes Tregs. Bactérie L. animalis pour son utilisation selon la revendication 3, caractérisée en ce que les lymphocytes Tregs sont des lymphocytes iTregs. Bactérie L. animalis pour son utilisation selon la revendication 4, caractérisée en ce que les lymphocytes iTregs sont des lymphocytes biTregs. Bactérie L. animalis pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que la maladie respiratoire est la tuberculose. Bactérie L. animalis pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que ladite bactérie est la souche de L. animalis déposée à la Collection nationale des cultures de microorganismes (CNCM, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France) sous le numéro I-5314. Souche de L. animalis déposée à la Collection nationale des cultures de microorganismes (CNCM, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France) sous le numéro I-5314. Composition pharmaceutique comprenant la souche de la revendication 8 et au moins un excipient pharmaceutiquement acceptable. La composition de la revendication 9 caractérisée en ce que la souche est inactivée. La composition de la revendication 10 caractérisée en ce que la souche est inactivée par la chaleur. La composition de la revendication 10 caractérisée en ce que la souche est présente sous forme d'extraits.