FR 2942541 A1 20100827 FR 0951205 A 20090225 Procédé de diagnostic d'une vascularite L'invention concerne un procédé in vitro de détection d'une vascularite, ou d'un risque de développer une vascularite, comprenant la détermination de la présence et/ou de la quantité d'anticorps (Ac) anti-cellules endothéliales (AECA) dans un échantillon biologique provenant d'un patient. Etat de la technique Les vascularites sont des pathologies orphelines dont la prévalence est faible, de l'ordre de 24 à 150 par million d'habitants. Elles représentent un groupe de maladies caractérisées par la présence de lésions inflammatoires au niveau des parois des vaisseaux. Les vascularites sont classées selon la taille des vaisseaux atteints et répondent à différents mécanismes pathogéniques dominants : une production de cytokines proinflammatoires et une activation des macrophages dans les vascularites intéressant les vaisseaux de gros calibre, comme que la maladie de Horton (ou artérite à cellules géantes) ; le dépôt de complexes immuns circulants responsables de l'activation de la voie classique du complément, et le recrutement de neutrophiles dans les vascularites intéressant vaisseaux de taille moyenne, telles que la périartérite noueuse associée à une infection par le virus de l'hépatite B ; et une activation des neutrophiles par les Ac anti-cytoplasme de polynucléaires neutrophiles (ANCA), préférentiellement dans les vascularites intéressant les vaisseaux de petit calibre, telles que la granulomatose de Wegener et la polyangéite microscopique. La granulomatose de Wegener est une vascularite granulomateuse intéressant surtout les sinus de la face, le poumon et le rein, associée dans les formes systémiques dans 90 % des cas à des Ac anti-protéinase 3. La polyangéite microscopique est une vascularite nécrosante qui intéresse les vaisseaux de petit calibre et peut être à l'origine d'une atteinte glomérulaire et capillaire pulmonaire à l'origine d'un syndrome pneumo-rénal en plus des manifestations systémiques en rapport avec la vascularite. Le syndrome de Churg et Strauss correspond à un asthme à début tardif d'évolution sévère associé à une hyperéosinophilie et une vascularite nécrosante. Actuellement le diagnostic de vascularite repose toujours sur une biopsie, qu'il s'agisse d'une biopsie cutanée, d'une biopsie rénale, d'une biopsie neuromusculaire ou autre. Cependant, les ANCA constituent une aide importante au diagnostic de vascularite systémique. Des ANCA anti-myéloperoxydase (MPO) sont ainsi présents chez 60 à 75% des malades atteints de polyangéite microscopique et 38% des malades atteints du syndrome de Churg et Strauss. En corollaire, une proportion notable de patients n'a pas d'ANCA, ce qui rend difficile le diagnostic, l'évalutation du pronostic, et la prise en charge thérapeutique. Il existe donc un besoin d'identifier des marqueurs immunologiques d'intérêt diagnostique etlou pronostique autres que les ANCA. La demande internationale W02004/094538, en langue japonaise, fait mention d'une recherche d'anticorps anti-peroxirédoxine 2 dans le sérum de patients atteints de vascularite, mais reste semble-t-il isolée dans ce domaine. Dans cette perspective, les inventeurs se sont intéressés aux anticorps (Ac) anti- cellules endothéliales (AECA), qui sont détectés et semblent jouer un rôle clé dans la pathogénèse des vascularites (Guilpain et Mouthon, Clinic Rev Allerg lmunol, 2008 Oct;35(1-2):59-65). Ainsi, la fixation des AECA aux cellules endothéliales peut entraîner une destruction de la cellule cible par un mécanisme de cytotoxicité cellulaire dépendant des Ac (ADCC), peut induire l'apoptose et augmenter l'expression des molécules d'adhésion. Cependant, les cibles antigéniques de ces anticorps n'avaient jusqu'à présent pas été identifiées. Résumé de l'invention Les inventeurs ont maintenant identifié des cibles antigéniques des anticorps anticellules endothéliales (AECA) dans les vascularites ANCA-positives. Sur cette base, l'invention fournit un procédé in vitro de détection d'une vascularite chez un sujet, ou d'un risque de développer une vascularite, comprenant la détermination de la présence etlou de la quantité d'au moins un AECA dirigé contre un antigène choisi parmi le groupe constitué de Vinculine, FUbp2 (Far upstream element-binding protein 2), Caldesmone , protéine précurseur de 78kDa régulée par le glucose (78 kDa glucose-regulated protein precursor), Heat shock cognate 71 kDa protein, Précurseur mitochondrial de la protéine de Stress-70, Lamine-NC, ribonucleoproteine K nucléaire hétérogène, sous-unité epsilon de la protéine 1 du complexe T, Précuseur mitochondrial de la protéine 60 kDa heat shock, Précuseur protéique de la disulfure-isomerase Al, Précurseur protéique de la disulfure-isomerase A3, sous-unité theta de la protéine 1 du complexe T, sous-unité beta de la protéine 1 du complexe T, Précurseur mitochondrial de la sous-unité alpha de I'ATP synthase, ribonucleoprotéine H nucléaire hétérogène, Chaîne beta Tubuline, Fructosebisphosphate aldolase A, Précurseur mitochondrial de la sous-unité alpha de I'ATP synthase, Précurseur de Calumenine, Reticulocalbine-3, Sous-unité 13 régulatrice non-ATPase du proteasome 26S, pyrophosphatase inorganique, Annexine A5, 14-3-3 protéine epsilon, 6-phosphogluconolactonase, Galectine-1, Précurseur mitochondrial de la Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transférase 1, ribonucléoprotéine DO nucléaire hétérogène, Sous-unité 7 régulatrice de la protease 26S , Herne oxygénase 2, Histone H2B type F-S, sous-unité alpha type-5 du Proteasome, sous-unité beta type-2 du Proteasome, Protéine 4 associée au cytosquelette, Uroporphyrinogen decarboxylase, Adenine phosphoribosyltransferase, Profiline-1, Plastine-3, protéine 2 liée au récepteur du facteur de croissance, ribonucléoprotéine L nucléaire hétérogène, Précurseur de la Reticufocalbin-1, Précurseur de la Calumenine, Serpine B9, Précuseur mitochondrial de la sous-unité alpha de la Isocitrate dehydrogenase [NAD], GMP synthase [hydrolysant la glutamine], Sous-unité zeta de la protein 1 du complexe T Cofiline-1, Précurseur mitochondrial de l'aconitate hydratase, Protéine de la membrane interne des mitochondries, ribonucleoprotéine K nucléaire hétérogène, Précurseur mitochondrial du facteur d'élongation Tu, Alcool dehydrogenase [NADP+], Sialic acid synthase, S-formylglutathione hydrolase, sous-unité beta-2- like 1 de la protéine de liaison au nucleotide guanine, Purine nucleoside phosphorylase, Prohibitine, Précurseur mitochondrial de la protéine de liaison au C1q, ATPase du réticulum endoplasmique transitionnel, et Nucleoside diphosphate kinase A, dans un échantillon biologique provenant d'un patient, la présence dudit au moins 30 un anticorps étant indicatrice d'une vascularite ou d'un risque de développer une vascularite. Ladite vascularite peut être notamment une granulomatose de Wegener, une polyangéite microscopique, ou un syndrome de Churg et Strauss. De préférence, la présence dudit au moins un anticorps dans l'échantillon biologique est comparée à une valeur contrôle, la présence dudit au moins un anticorps en une quantité supérieure à la valeur contrôle étant indicatrice d'une vascularite ou d'un risque de développer une vascularite. Un autre objet de l'invention est un procédé in vitro de pronostic ou de suivi d'une vascularite, comprenant la détermination de la présence etlou de la quantité d'au moins un anticorps tel que défini ci-dessus, dans un échantillon biologique provenant d'un patient, à différents temps, l'augmentation de la quantité dudit au moins un anticorps au cours du temps étant indicative d'une aggravation de la vascularite. Un autre objet de l'invention est un procédé in vitro d'évaluation de l'efficacité d'un traitement envers une vascularite, comprenant la détermination de la présence etlou de la quantité d'au moins un anticorps tel que défini ci-dessus, dans un échantillon biologique provenant d'un patient, à différents temps avant, au cours ou après le traitement, la diminution de la quantité dudit au moins un anticorps au cours du temps étant indicative d'une amélioration de la vascularite. Description détaillée de l'invention Les inventeurs ont utilisé des cellules endothéliales de veines ombilicales humaines normales (HUVEC) comme source d'antigènes et testé les sérums de patients ayant une vascularite systémique associée à des anticorps anti- cytoplasme de polynucléaires neutrophiles (ANCA) et des sujets sains. Pour identifier les cibles des anticorps anti-cellules endothéliales (AECA), les inventeurs ont utilisé un immunotransfert en deux dimensions l'identification des antigènes se faisant par spectrométrie de masse. Les inventeurs ont ainsi identifié 37 tâches protéiques correspondant à 28 antigènes cibles différents reconnus spécifiquement par les IgG d'au moins 20% des patients ayant une granulomatose de Wegener, 15 tâches protéiques correspondant à 14 antigènes cibles reconnus spécifiquement par les patients ayant une polyangéite microscopique sans Ac anti-MPO, 5 antigènes cibles reconnus spécifiquement par les patients ayant une polyangéite microscopique avec Ac anti-MPO, 15 tâches protéiques correspondant à 1 a antigènes cibles reconnus spécifiquement par les patients ayant un syndrome de Churg et Strauss sans Ac anti-MPO, et 7 antigènes cibles reconnus spécifiquement par les patients ayant un syndrome de Churg et Strauss avec Ac anti-MPO. Définitions Le terme � échantillon biologique � se réfère à tout échantillon biologique provenant d'un patient. Des exemples d'échantillons incluent des liquides biologiques, des biopsies tissulaires. De manière préférentielle, l'échantillon peut 10 être du sang, du sérum, de la salive, de l'urine, du sperme. De manière davantage préférée, l'échantillon biologique est un échantillon de sang ou de sérum. Le terme � patient � se réfère à tout sujet susceptible d'être testé. De préférence il s'agit d'un humain, mais le terme inclut tout autre mammifère, tel que des chiens, chats, rongeurs, bétail, chevaux, singes etc. Le patient peut être testé quel que 15 soit son sexe ou son âge. Le patient peut être un sujet à risque, être asymptomatique ou présenter des signes précoces ou avancés d'une vascularite. Le terme � diagnostic � signifie l'identification de la pathologie ou l'évaluation de l'état de sévérité de la pathologie. Le terme � pronostic � signifie l'évaluation du risque d'aggravation, et de ses 20 conséquences. Le terme � valeur contrôle � se réfère à une valeur basale correspondant à la moyenne des valeurs obtenues avec l'échantillon biologique de sujets sains, non affectés par une vascularite ou une maladie susceptible d'entraîner une vascularite. II peut s'agir d'une valeur statistique de référence. 25 Pour évaluer l'évolution de la pathologie, il peut être utile de tester un patient et de contrôler l'effet d'un traitement ou l'évolution de la pathologie, en testant de nouveau le patient, par exemple à plusieurs mois d'intervalle. Dans ce cas, les résultats du second test sont comparés aux résultats du premier test, ainsi que souvent à la valeur dite � contrôle �. 30 Une quantité d'anticorps � supérieure à la valeur contrôle � signifie généralement une augmentation statistiquement significative, par exemple d'au moins deux déviations standards au dessus de la moyenne des densités optiques des réactivités IgG de l'ensemble des sujets sains.5 Par � antigène de capture �, on entend un antigène, de préférence fixé sur une phase solide, qui est capable de retenir ledit au moins un anticorps présent dans un échantillon biologique, par liaison affine. L'antigène de capture peut être marqué. Le terme � marqué � se réfère aussi bien à un marquage direct (par le biais d'enzymes, radioisotopes, fluorochromes, composés luminescents, etc...) qu'à un marquage indirect (par exemple, par le biais d'anticorps eux-mêmes marqués de manière directe ou à l'aide de réactifs d'une "paire d'affinité " marquée, telle que, mais non exclusivement, la paire avidine marquée-biotine, etc..). Par � vascularite �, on entend toute vascularite systémique primitive ainsi que des vascularites secondaires en particulier une vascularite médicamenteuse, vascularite associée à une connectivite, ou vascularite d'origine infectieuse. Les vascularites visées comprennent ainsi la granulomatose de Wegener, la polyangéite microscopique et le syndrome de Churg et Strauss. Anticorps identifiés : Comme indiqué dans la partie � exemples �, les inventeurs ont identifié plusieurs anticorps anti-cellules endothéliales (AECA) chez des malades ayant une vascularite. Ces cibles antigéniques sont impliquées notamment dans le stress oxydatif, le métabolisme cellulaire et la maintenance de l'homéostasie cellulaire. La détection et/ou la quantification de ces anticorps peut être mise en oeuvre pour détecter une vascularite, pour réaliser le pronostic ou le suivi de ces pathologies, ou pour évaluer l'efficacité d'un traitement envers ces pathologies. Les antigènes reconnus par les anticorps identifiés sont listés ci-dessous (cf aussi les tableaux 1 à 5, de la partie � Exemples �). Un listing de ces séquences protéiques est en outre annexé. Les numéros d'accès dans la base de données SwissProt et les séquences correspondantes sont donnés à titre indicatif. Vinculine (Swiss-Prot: P18206, SEQ ID NQ:1) FUbp2 (Far upstream element-binding protein 2) (Swiss-Prot: Q92945, SEQ ID NO:2) Caldesmone (Swiss-Prot: Q92945, SEQ ID NO:3) protéine précurseur de 78kDa régulée par le glucose (78 kDa glucose-regulated protein precursor) (Swiss-Prot: P11021, SEQ ID NO:4) Heat shock cognate 71 kDa protein (Swiss-Prot: P11142, SEQ ID NO:5) Précurseur mitochondrial de la protéine de Stress-70 (Swiss-Prot: P38646, SEQ ID NO:6) Lamine-AIC (Swiss-Prot: P02545, SEQ ID NO:7) ribonucleoproteine K nucléaire hétérogène (Swiss-Prot: P61978, SEQ ID NO:8) sous-unité epsilon de la protéine 1 du complexe T (Swiss-Prot: P48643, SEQ ID NO:9) Précuseur mitochondrial de la protéine 60 kDa heat shock (Swiss-Prot: P10809, SEQ ID NO:10) Précuseur protéique de la disulfure-isomerase Al (Swiss-Prot: P07237, SEQ ID NO:11) Précurseur protéique de la disulfure-isomerase A3 (Swiss-Prot: P30101, SEQ ID NO:12) sous-unité theta de la protéine 1 du complexe T (Swiss-Prot: P50990, SEQ ID 20 NO 13) sous-unité beta de la protéine 1 du complexe T (Swiss-Prot: P78371, SEQ ID NO:14) Précurseur mitochondrial de la sous-unité alpha de I'ATP synthase (Swiss-Prot: P25705, SEQ ID NO:15) 25 ribonucleoprotéine H nucléaire hétérogène (Swiss-Prot: P31943, SEQ ID NO:16) Chaîne beta Tubuline (Swiss-Prot: P07437, SEQ ID NO:17) Fructose-bisphosphate aldolase A (Swiss-Prot: PO4075, SEQ ID N0:18) Précurseur de Calumenine (Swiss-Prot: 043852, SEQ ID NO:19) Reticulocalbine-3 (Swiss-Prot: Q96D15, SEQ ID NO:20) 30 Sous-unité 13 régulatrice non-ATPase du proteasome 26S (Swiss-Prot: Q9UNM6, SEQ ID N0:21) pyrophosphatase inorganique (Swiss-Prot: Q15181, SEQ ID N0:22) Annexine A5 (Swiss-Prot: P08758, SEQ ID NO:23) 14-3-3 protéine epsilon (Swiss-Prot: P62258, SEQ ID NO:24) 6-phosphogluconolactonase (Swiss-Prot: 095336, SEQ ID N0:25) Galectine-1 (Swiss-Prot: P09382, SEQ ID N0:26) Précurseur mitochondrial de la Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transférase 1 (Swiss-Prot: P55809, SEQ ID N0:27) ribonucléoprotéine DO nucléaire hétérogène (Swiss-Prot: Q14103, SEQ ID NO28) Sous-unité 7 régulatrice de la protease 26S (Swiss-Prot: P35998, SEQ ID N0:29) Herne oxygénase 2 (Swiss-Prot: P30519, SEQ ID N0:30) Histone H2B type F-S (Swiss-Prot: P57053, SEQ ID N0:31) sous-unité alpha type-5 du Proteasome (Swiss-Prot: P28066, SEQ ID N0:32) sous-unité beta type-2 du Proteasome (Swiss-Prot: P49721, SEQ ID N0:33) Protéine 4 associée au cytosquelette (Swiss-Prot: Q07065, SEQ ID NO:34) Uroporphyrinogen decarboxylase (Swiss-Prot: P06132, SEQ ID N0:35) Adenine phosphoribosyltransferase (Swiss-Prot: P07741, SEQ ID N0:36) Profiline-1 (Swiss-Prot: P07737, SEQ ID N0:37) Plastine-3 (Swiss-Prot: P13797, SEQ ID N0:38) protéine 2 liée au récepteur du facteur de croissance (Swiss-Prot: P62993, SEQ ID N0:39) ribonucléoprotéine L nucléaire hétérogène (Swiss-Prot: P14866, SEQ ID N0:40) Précurseur de la Reticulocalbin-1 (Swiss-Prot: Q15293, SEQ ID N0:41) 20 Serpine B9 (Swiss-Prot: P50453, SEQ ID N0:42) Précuseur mitochondrial de la sous-unité alpha de la Isocitrate dehydrogenase [NAD] (Swiss-Prot: P50213, SEQ ID NO:43) GMP synthase [hydrolysant la glutamine] (Swiss-Prot: P49915, SEQ ID N0:44) Sous-unité zeta de la protein 1 du complexe T (Swiss-Prot: P40227, SEQ ID 25 N0:45) Cofiline-1 (Swiss-Prot: P23528, SEQ ID N0:46) Précurseur mitochondrial de I'aconitate hydratase (Swiss-Prot: Q99798, SEQ ID NO:47) Protéine de la membrane interne des mitochondries (Swiss-Prot: Q16891, SEQ ID 30 N0:48) ribonucleoprotéine K nucléaire hétérogène (Swiss-Prot: P61978, SEQ ID NO :49) Précurseur mitochondrial du facteur d'élongation Tu (Swiss-Prot: P49411, SEQ ID NO:50) Alcool dehydrogenase [NADP+] (Swiss-Prot: P14550, SEQ ID NO:51) Sialic acid synthase (Swiss-Prot: Q9NR45, SEQ ID NO:52) S-formylglutathione hydrolase (Swiss-Prot: P10768, SEQ ID NO:53) sous-unité beta-2-like 1 de la protéine de liaison au nucleotide guanine (Swiss-Prot: P63244, SEQ ID NO:54) Purine nucleoside phosphorylase (Swiss-Prot: P00491, SEQ ID NO:55) Prohibitine (Swiss-Prot: P35232, SEQ ID NO:56) Précurseur mitochondrial de la protéine de liaison au Cl q (Swiss-Prot: Q07021, SEQ ID NO:57) ATPase du réticulum endoplasmique transitionnel (Swiss-Prot: P55072, SEQ ID 10 NO:58) et Nucleoside diphosphate kinase A (Swiss-Prot: P15531, SEQ ID NO:59). Parmi les auto-anticorps détectés, six sont particulièrement pertinents. II s'agit des anticorps dirigés contre les antigènes suivants : 15 Caldesmone protéine précurseur de 78kDa régulée par le glucose Heat shock cognate 71 kDa protein sous-unité epsilon de la protéine 1 du complexe T Précurseur protéique de la disulfure-isomerase A3 20 ou Précurseur de Calumenine En effet, ces six antigènes sont reconnus par plus de 60% des pools des trois sérums de patients atteints de granulomatose de Wegener testés ,deux d'entre 25 eux (caldesmone et précurseur de caluménine) étant en outre reconnus par les pools de trois sérums de patients ayant un syndrome de Churg et Strauss sans ANCA. Les anticorps identifiés par les inventeurs peuvent être mis en oeuvre dans les 30 procédés selon l'invention seuls ou en combinaison. La détection et/ou la quantification peut être réalisée vis-à-vis d'un seul des anticorps identifiés, ou peut concerner une pluralité d'anticorps. On ainsi peut imaginer la réalisation du procédé sur un support solide, par exemple une microplaque, sur lequel sont disposés de manière définie et ordonnée les antigènes correspondant à la pluralité d'anticorps à détecter et/ou quantifier. Selon un mode de réalisation de l'invention, les procédés décrits mettent en oeuvre la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 1, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'une granulomatose de Wegener. Plus particulièrement, l'invention a trait à un procédé pour le diagnostic, le prognostic ou le suivi d'une granulomatose de Wegener, ledit procédé comprenant la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène choisi parmi Caldesmone, protéine précurseur de 78kDa régulée par le glucose, Heat shock cognate 71 kDa protein , sous-unité epsilon de la protéine 1 du complexe T, Précurseur protéique de la disulfure-isomerase A3 , ou Précurseur de Calumenine. Selon un autre mode de réalisation de l'invention, les procédés décrits mettent en oeuvre la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 2 ou le tableau 5, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'une polyangéite microscopique. Plus particulièrement les procédés décrits peuvent utiliser la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 2, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'une polyangéite microscopique avec ANCA anti-MPO. Par ailleurs, les procédés décrits peuvent utiliser la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 5, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'une polyangéite microscopique sans ANCA anti-MPO. Selon un autre mode de réalisation de l'invention, les procédés décrits mettent en oeuvre la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 3 ou 4, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'un syndrome de Churg et Strauss. Plus particulièrement, les procédés décrits mettent en oeuvre la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 3, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'un syndrome de Churg et Strauss avec ANCA anti-MPO. Par ailleurs, les procédés décrits peuvent utiliser la détection d'un anticorps dirigé contre un antigène identifié dans le tableau 4, pour le diagnostic, le pronostic ou le suivi d'un syndrome de Churg et Strauss sans ANCA anti-MPO. Dosage des anticorps : L'échantillon biologique est de préférence un échantillon de sérum, de préférence dilué au 1/100ème, ou plus, par exemple au 11200ème ou 11400ème. De manière avantageuse, la quantité d'anticorps peut être déterminée par un 10 immunoessai. L'échantillon biologique peut être éventuellement traité dans une étape préalable, ou mis directement en présence d'au moins un antigène de capture. 15 Le procédé selon l'invention peut être réalisé selon divers formats bien connus de l'homme du métier: en phase solide ou en phase homogène; en un temps ou en deux temps; en méthode compétitive, à titre d'exemples non limitatifs. Selon un mode de réalisation préféré, l'antigène de capture est immobilisé sur une 20 phase solide. On peut utiliser, à titre d'exemples non limitatifs de phase solide, des microplaques, en particulier des microplaques de polystyrène, telles que celles commercialisées par la société Nunc, Danemark. On peut également utiliser des particules ou des billes solides, des billes paramagnétiques, telles que celles fournies par Dynal ou Merck-Eurolab (France) (sous la marque EstaporTM), ou 25 encore des tubes à essai en polystyrène ou polypropylène, etc. Un format d'immunoessai de détection des anticorps par compétition est également possible. D'autres modalités d'immunoessai sont encore envisageables et bien connues de l'homme du métier. Dosages ELISA, radioimmunoessais, ou toute autre technique de détection peuvent être mis en oeuvre pour révéler la présence des complexes antigènes-anticorps formés. 30 Selon un mode particulier de réalisation préféré, l'antigène de capture correspond à une protéine entière ou à un fragment de ladite protéine. Par exemple, le procédé de l'invention comprend la mise en contact d'un échantillon biologique avec une protéine entière reconnue par l'anticorps à détecter et/ou quantifier. Dans un exemple particulier, l'antigène de capture peut être couplé à une glutathion S transférase (GST), avant d'être déposé sur une microplaque. A titre illustratif, les échantillons de sérum à tester, par exemple dilués au 1/100ème, sont mis à incuber sur la microplaque. Après lavage, des anticorps anti-Fcy humain marqués (par exemple avec une phosphatase alcaline) sont ajoutés, les complexes étant révélés (par exemple par ajout d'un substrat de la phosphatase dont le clivage peut être détecté par lecture de l'absorbance). Patients visés : Les patients visés sont atteints d'une vascularite, suspectés d'être atteints d'une vascularite ou sont susceptibles de développer une vascularite. II peut s'agir de vascularites chez des patients ANCA-positifs, ou chez des patients qui n'ont pas d'auto-anticorps ANCA. Les méthodes de l'invention permettent de diagnostiquer, pronostiquer ou de 20 suivre l'évolution de tout type de vascularite, et particulier une granulomatose de Wegener, une polyangéite microscopique, un syndrome de Churg et Strauss. Evaluation de l'efficacité d'un traitement : Un autre objet de l'invention est un procédé in vitro d'évaluation de l'efficacité d'un 25 traitement envers une vascularite, comprenant la détermination de la présence et/ou de la quantité d'au moins un anticorps tel que défini ci-dessus dans un échantillon biologique provenant d'un patient, à différents temps avant, au cours ou après le traitement, la diminution de la quantité dudit au moins un anticorps au cours du temps étant indicative d'une amélioration de la vascularite. 30 Les exemples suivants illustrent l'invention sans en limiter la portée. Exemples Les sérums de 45 patients ayant une vascularite ANCA-positive (15 ayant une granulomatose de Wegener (WG), 12 ayant une polyangéite microscopique (MPA), 12 ayant un syndrome de Churg Strauss (CSS) ont été testés par pools de trois et comparés à un pool de sérums de 12 sujets sains. Les réactivités IgG sériques étaient analysées à l'aide de gels d'électrophorèse en deux dimensions suivis d'immunotransferts utilisant des antigènes de cellules endothéliales de veines ombilicales humaines normales (HUVEC) (cf Servettaz et al, Proteomics. 2008 Mar;8(5):1000-8). Les IgG sériques des pools de patients atteints de WG avec ANCA anti-protéinase 3 (PR3) (n=5), MPA avec ANCA anti-myeloperoxydase (MPO) (n=2), MPA sans ANCA anti-MPO (n=2), CSS avec ANCA anti-MPO (n=1) et CSS sans ANCA anti-MPO (n=2), reconnaissaient 107�17, 148, 211, 128, et 101 spots protéiques, respectivement, tandis que les IgG sériques de sujets sains reconnaissaient 79 tâches protéiques. Les IgG sériques de patients atteints de WG avec anti-PR3, MPA avec anti-MPO, MPA sans anti-MPO, CSS avec anti-MPO et CSS sans anti-MPO reconnaissaient spécifiquement 37, 12, 22, 15 et 23 tâches protéiques, respectivement. Les antigènes cibles étaient impliqués dans le stress oxydatif, le métabolisme cellulaire et d'autres fonctions biologiques cellulaires clés. Méthode d'identification Electrophorèse à deux dimensions Les inventeurs ont utilisé un pH de 3 à 10 et un gradient d'acrylamide de 7% à 18% dans toutes les expériences, ce qui a permis d'étudier une grande quantité d'antigènes de 10 à 200kDa. Les protéines ont été soumises à une iso-électrofocalisation sur le Protean IEF Cell System, comme décrit dans (Gôrg et al, 2000, Electrophoresis, 21(6):1037-30 53). Brièvement, immédiatement après l'iso-électrofocalisation, les échantillons ont été décongelés et dilués dans du tampon IPG contenant de l'urée ultra-pure 7M (VWR, Fontenay-Sous-Bois, France), 2M thiourée (Sigma), 4% CHAPS (Sigma), 0.002% Triton X100 (Sigma), 60p1 de véhicule ampholyte pH 3-10 (Pharmalytes 3- 10, Amersham Biosciences, Uppsala, Sweden) et du bleu de bromophénol (Sigma). Pour la préparation des gels 2-D, 100pg de protéines d'HUVEC ont été chargés sur les bandes IPG. Celles-ci ont été réhydratées et soumises à une électrophorèse automatisée pendant 12 h à 50V, 1 h à 200V, 1 h à 1000V, et 7 h à 10,000V (6 h linéaire et 1 h rapide). Avant la deuxième dimension, les bandes ont été équilibrées pendant 15 min dans 10mI de la première solution d'équilibrage (51 mM Tris [Amersham Biosciences], 6mM urée, 40% (v/v) glycérol, 52mM SDS [Amersham Biosciences], 32.4mM DTT), puis pendant 20 min dans une seconde solution d'équilibrage (51 mM Tris, 6mM urée, 40% [vlv] glycérol, 52mM SDS, 86.5mM iodoacétamide). Les bandes équilibrées ont été transféré sur le gel de gradient 7%-18% de polyacrylamide. Dix microlitres de marqueurs de poids moléculaire (PM) Precision Plus Protein Unstained Standards (Bio-Rad) ont été chargés sur chaque gel. La seconde dimension a été menée sur un système Laemmli sur gels de gradients linéaires 7%-18% polyacrylamide (20cm x 20cm x 1.5mm): d'une solution à 18.5% d'acrylamide PAGE (Amersham Biosciences) 2.5M, piperazine diacrylamide/diacrylyl (PDA) (Bio-Rad) 24.7mM, 0.375M Tris-HCI (Amersham Biosciences) pH 8.8, glycérol (Sigma) 15% (v/v), SDS 3.5mM, TEMED (Bio-Rad) 0.05% (vlv), et ammonium persulfate (APS) (Bio-Rad) 1.6mM, et une solution à 7% d'acrylamide 1.OM, PDA 10mM, 0.375M Tris-HCI pH 8.8, SDS 3.5mM, eau bidistillée, TEMED 0.06% (v/v), et APS 2.4mM ont été mélangées. Les gels d'IPG équilibrés ont été scellés sur le dessus des gels de polyacrylamide avec 1% d'agarose contenant du bleu de bromophénol, et du tampon d'électrophorèse (24.8mM Tris, 192mM glycine, et 0.1% SDS) a été ajouté. Les gels ont été soumis à une électrophorèse initialement à 40V (constant) pendant 1 h puis à 15mA/gel pendant 21 h 15 min. Electro-transfert et immunoblot Les gels ont été transférés sur membranes de PVDF membranes (Millipore, Bedford, MA, USA) par transfert semi-sec (Bio-Rad) à 320mA pendant 1 h 30 min. Après blocage avec de PBS-0.2% Tween pendant 90 min, les membranes ont été incubées une nuit at 4°C avec les pools de serums de 3 patients phénotypiquement identiques (granulomatose de Wegener, polyangéite microscopique ou syndrome de Churg et Strauss) et les pools de sérums de 14 donneurs de sang sains, à une dilution de 1:100. Les membranes ont été lavées avant incubation avec un second Ac de lapin anti-Fcy humain couplé à la phosphatase alkaline (Dako, Glostrup, Denmark) pendant 90 min à température ambiante. Les immunoréactivités ont été révélées en utilisation un substrat NBT BCIP substrate (Sigma). Les réactivités spécifiques ont été déterminées par densitomètre (GS-800, Bio-Rad) à l'aide du logiciel Quantity one (Bio-Rad). Les membranes ont ensuite été colorées à l'or colloïdal (Protogold, British Biocell International, Cardiff, UK) et soumises à une seconde analyse densitométrique pour enregistrer les spots des protéines marquées pour chaque gel. Marquage des gels Les gels analytiques ont été colorés avec du nitrate d'argent ammoniacal. Analyse des images des gels et transferts 2-D Les images des gels et des membranes obtenues à l'aide du densitomètre GS-800 (Bio-Rad) ont été analysées par le système Image Master 2-D Platinum 6 (Amersham Biosciences), avant et après coloration à l'or colloïdal. Les marquages spécifiques ont été reliés manuellement aux tâches protéiques sondées IgG sur les deux images. L'algorithme transférait automatiquement ces marquages de l'image du blot 2-D coloré à l'or colloïdal aux images des gels colorés au nitrate d'argent. Digestion du gel par la trypsine La digestion du gel a été menée par le robot Freedom EVO 100 digester/spotter (Tecan, Mânnedorf, CH). Les tâches ont été décolorées deux fois avec un mélange de 100mM ammonium bicarbonate (ABC) et 50% ACN pendant 45 min à 22°C puis séchées avec 100% ACN pendant 15 min. Elles ont ensuite été soumises à un traitement de 25mM ABC contenant 10mM DTT pendant 1 h à 60°C puis ensuite alkylées avec 55mM iodoacétamide dans 25mM ABC pendant 30 min dans le noir à 22°C. Les morceaux de gel ont été lavés deux fois dans 25mM ABC et réduits deux fois dans 100% ACN pendant 15 min et séchés dans 100% ACN pendant 10 min. Les bandes étaient complètement déshydratées après 1 h à 60°C. Les morceaux de gel ont été incubés dans 13pl de trypsine (Sequencing Grade Modified Trypsin de Promega, Wl, USA; 12.5pg/ml dans 40mM ABC-10% ACN pH 8.0) une nuit à 40°C. Après digestion, les peptides ont été lavés avec 30p1 de 25mM ABC, réduits avec 100% ACN et extraits deux fois avec un mélange de 50% ACN-5% d'acide formique (FA). Les extraits ont ensuite été séchés par centrifugation sous vide (Eppendorf, Hamburg, Germany). Finalement les peptides ont été désalés à l'aide de C18-ZipTips (Millipore) et deux élutions, la première avec 50% ACN-5% FA puis avec 80% ACN-5% FA. Les élutions regroupées ont été mises à sécher à temperature ambiante. Identification des protéines par spectrométrie de masse (MS) Pour les analyses MS et MSIMS, les peptides ont été redissous dans 4pl CHCA (5mg/mI dans 50% ACN-0.1% TFA). Un microlitre et demi de chaque échantillon a été déposé directement sur une plaque MALDI (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Les gouttes ont été mises à sécher à température ambiante. L'analyse des échantillons a utilisé un spectromètre de masse MALDI-TOF-TOF 4800 (Applied Biosystems). L'acquisition des spectres et leur processing ont été réalisés par le logiciel 4000 series explorer (Applied Biosystems) version 3.5.28193. Le calibrage externe de la plaque a été réalisé par 4 points déposés aux 4 coins de la plaque avec un mélange de 5 standards externes (PepMix 1, LaserBio Labs, Sophia Antipolis, France). Les masses de peptides ont été acquises par étapes de 50 spectres de 900 à 4000Da. Les spectres MS ont été additionnés à partir de 1000 coups de laser avec un laser Nd-YAG opérant à 355nm et 200Hz. Après filtration des pics contaminants de trypsine, kératine et de matrice, jusqu'à 15 ions parents ont été sélectionnés pour une fragmentation MSIMS subséquente, selon leur masse, l'intensité du signal, le rapport signal sur bruit, et l'absence de masses voisines dans le spectre MS. Les spectres MSIMS ont été acquis en mode 1kV positif, et 1000 coups ont été additionnés 50 par 50. La recherche sur bases de données a été menée à l'aide du logiciel Mascot 2.2 (MatrixScience, London, UK) via GPS explorer (Applied Biosystems) version 3.6 combinant les interrogations MS et MS/MS sur les protéines humaines de la banque Swissprot 54.5 (www.expasy.org). Les paramètres de recherche étaient les suivants: carbamidomethylation possible des cystéines et oxydation possible des méthionines. Jusqu'à un clivage trypsique manqué était permis, et une tolérance de 30ppm pour l'exactitude de la masse pour les précurseurs, et 0.3Da pour les fragments a été permise pour toutes les recherches de masses trypsiques. L'identification a été basée sur un score Mascot au dessus du niveau de significativité (i.e. Tous les spots dans ce tableau sont reconnus par les patients atteints de granulomatose de Wegener et pas par les sujets sains, les spots avec une étoile sont reconnus spécifiquement par les patients atteints de granulomatose de Wegener et pas par les patients atteints d'autres vascularites. Les antigènes en gras sont reconnus par les IgG sériques de plus de 60% des pools de 3 5 serums de patients atteints de granulomatose de Wegener Tableau 2. Antigènes cibles des AECA chez les patients ayant une polyangéite microscopique avec ANCA anti-MPO Spectométrie de masse Nombre de Couverture N° sur le Numéro d'accès PM théorique / PI théorique 1 ion total Meilleur de la gel Protéine SwissProt estimé (kDa) estimé peptides identifies score score ion séquence uni ues q (%) Sous-unité 7 régulatrice de la protease 851 26S PRS7_HUMAN 49150 5.7/6.3 10114 306 68 36 2077 Herne oxygénase 2 HMOX2_HUMAN 36136 5.315.8 217 77 54 35 2088 Histone H2B type F-S H2BFS_HUMAN 14 122 10.415.8 214 77 60 33 sous-unité alpha type-5 du 2128 Proteasome PSA5 HUMAN 26134 4.7 / 5.7 4/5 210 91 24 2143 sous-unité beta type-2 du Proteasome PSB2_HUMAN 23132 6.5 / 7.1 5/5 236 68 32 20 Tableau 3. Antigènes cibles des AECA chez les patients ayant un syndrome de Churg et Strauss avec ANCA anti-MPO Spectométrie de masse Nombre de Couverture N° sur Protéine Numéro d'accès PM théorique I PI théorique peptides score ion Meilleur de la le gel SwissProt estimé (kDa) 1 estimé identifies total score ion séquence uniques# (%) 671 Protéine 4 associée au cytosquelette CKAP4_HUMAN 5.615.2 66167 316 80 32 12 1123 Uroporphyrinogen decarboxylase DCUP_HUMAN 41 143 5.815.7 313 45 16 7 1669 Adenine phosphoribosyltransferase APT_HUMAN 20120 5.815.9 616 251 62 55 1836 Profiline-1 PROF1_HUMAN 15115 8.418.3 519 284 78 72 2083 Plastine-3 PLST_HUMAN 70173 5.516.3 9/17 388 91 34 Growth factor receptor-bound protein 2 protéine 2 2146 liée au récepteur du facteur de croissance GRB2_HUMAN 25125 5.916.4 517 104 37 32 2152 ribonucléoprotéine L nucléaire hétérogène HNRPL_HUMAN 64169 8.517.3 4110 52 19 24 Tableau 4. Antigènes cibles des AECA chez les patients ayant un syndrome de Churg et Strauss sans ANCA anti-MPO Spectrométrie de masse Nombre de Couverture N° sur Protéine Numéro d'accès PM théorique / Pl théorique peptides score ion Meilleur de la le gel SwissProt estimé (kDa) / estimé identifies total score ion séquence uniques# (%) 370 Far upstream element-binding protein 2 FUBP2_HUMAN 73191 6.817.1 418 151 64 16 382 Far upstream element-binding protein 2 FUBP2_HUMAN 73191 6.817.1 619 174 59 16 382 Far upstream element-binding protein 2 FUBP2_HUMAN 73192 6.817.3 619 174 59 16 387 Far upstream element-binding protein 2 FUBP2_HUMAN 73191 6.8 17.1 219 90 53 17 387 Far upstream element-binding protein 2 FUBP2_HUMAN 73191 6.817.1 219 90 53 17 1049 Précurseur de la Reticulocalbin-1 RCN1_HUMAN 39146 4.914.4 5 18 143 98 30 1077 Précurseur de la Calumenine CAt_lt_HUMAN 37145 4.514.4 6110 148 32 41 1105 Serpine B9 SPB9_HUMAN 42/43 5.616.2 6112 182 64 31 Précuseur mitochondrial de la sous-unité alpha de 1281 la lsocitrate dehydrogenase [NAD] IDH3A HUMAN 44137 6.516.1 315 119 59 15 1808 Profline-1 PROF1_HUMAN 15115 8.418.9 213 39 23 27 21 2108 GMP synthase [hydrolysant la glutamine] GUAA_HUMAN 77175 6.417.1 7111 172 45 23 2132 Sous-unité zeta de la protein 1 du complexe T TCPZ_HUMAN 58188 6.217.5 213 39 20 6 2137 Caldesmone CALMI-IMAN 93175 5.616.9 212 113 69 4 2141 Conne-1 COF1 HUMAN 18117 8.218.2 416 242 68 40 * les antigènes en gras sont également reconnus par les IgG sériques de plus de 60% des pools de 3 serums de patients atteints de granulomatose de Wegener Tableau 6. Antigènes cibles des AECA chez les patients ayant une polyangéite microscopique sans ANCA anti-MPO Spectrométrie de masse Nombre de Couverture N° sur Protéine Numéro d'accès PM théorique 1 Pl théorique peptides score ion Meilleur de la le gel SwissProt estimé (kDa) / estimé identifies total score ion séquence uniques# (%) 359 Précurseur mitochondrial de l'aconitate hydratase ACON_HUMAN 85196 7.417.6 10118 385 56 31 457 Protéine de la membrane interne des mitochondries IMMT_HUMAN 84181 6.1 17.4 418 85 40 14 497 Heat shock cognate 71 kDa protein HSP7C_HUMAN 71 176 5.4162 419 68 31 20 741 ribonucleoprotéine K nucléaire hétérogène HNRPK_HUMAN 51 162 5.416.2 7114 298 75 39 994 Précurseur mitochondrial du facteur d'élongation Tu EFTU_HUMAN 50150 7.317.2 618 218 60 25 1033 Alcohol dehydrogenase [NADP+] AK1AI_HUMAN 37 147 6.316.0 515 175 66 18 1156 Alcohol dehydrogenase [NADP+j AKIA1_HUMAN 37 141 6.317.0 414 125 54 14 1171 Sialic acid synthase SIAS_HUMAN 40140 6.3 17.1 617 214 61 31 1391 S-formylglutathione hydrolase ESTD_HUMAN 31131 6.516.9 6 167 53 39 sous-unité beta-2-like 1 de la protéine de liaison au 1394 nucleotide guanine GBLP_HUMAN 35 131 7.615.3 212 94 67 5 1398 Purine nucleoside phosphorylase PNPH_HUMAN 32131 6.516.6 617 363 106 32 1439 Prohibitine PHB HUMAN 30/29 5.616 9113 451 75 64 1505 Précurseur mitochondrial de la protéine de liaison au Cid Cl QBP_HUMAN 31 127 4.716.4 314 99 45 29 2130 ATPase du réticulum endoplasmique transitionnel TERA_HUMAN 89 175 5.1 16.1 5112 144 57 20 2162 Nucleoside diphosphate kinase A NDKA_HUMAN 17116 5.816.2 _ 415 170 81 36 MSMS et MS+MSMS REVENDICATIONS5 1. Procédé in vitro de détection d'une vascularite chez un sujet, ou d'un risque de développer une vascularite, comprenant la détermination de la présence et/ou de la quantité d'au moins un anticorps anti-cellules endothéliales (AECA) dirigé contre un 10 antigène choisi parmi le groupe constitué de Vinculine, FUbp2 (Far upstream element-binding protein 2), Caldesmone , protéine précurseur de 78kDa régulée par le glucose, Heat shock cognate 71 kDa protein, Précurseur mitochondrial de la protéine de Stress-70, Lamine-AIC, ribonucleoproteine K nucléaire hétérogène, sous-unité epsilon de la protéine 1 du complexe T, Précuseur mitochondrial de la 15 protéine 60 kDa heat shock, Précuseur protéique de la disulfure-isomerase Al, Précurseur protéique de la disulfure-isomerase A3, sous-unité theta de la protéine 1 du complexe T, sous-unité beta de la protéine 1 du complexe T, Précurseur mitochondrial de la sous-unité alpha de l'ATP synthase, ribonucleoprotéine H nucléaire hétérogène, Chaîne bêta Tubuline, Fructose- 20 bisphosphate aldolase A, Précurseur mitochondrial de la sous-unité alpha de I'ATP synthase, Précurseur de Calumenine, Reticulocalbine-3, Sous-unité 13 régulatrice non-ATPase du proteasome 26S, pyrophosphatase inorganique, Annexine A5, 14-3- 3 protéine epsilon, 6-phosphogluconolactonase, Galectine-1, Précurseur mitochondrial de la Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transférase 1, 25 ribonucléoprotéine DO nucléaire hétérogène, Sous-unité 7 régulatrice de la protease 26S , Herne oxygénase 2, Histone H2B type F-S, sous-unité alpha type-5 du Proteasome, sous-unité beta type-2 du Proteasome, Protéine 4 associée au cytosquelette, Uroporphyrinogen decarboxylase, Adenine phosphoribosyltransferase, Profiline-1, Plastine-3, protéine 2 liée au récepteur du facteur de croissance, 30 ribonucléoprotéine L nucléaire hétérogène, Précurseur de la Reticulocalbin-1, Précurseur de la Calumenine, Serpine B9, Précuseur mitochondrial de la sous-unité alpha de la Isocitrate dehydrogenase [NAD], GMP synthase [hydrolysant la glutamine], Sous-unité zeta de la protein 1 du complexe T, Cofiline-1, Précurseurmitochondrial de l'aconitate hydratase, Protéine de la membrane interne des mitochondries, ribonucleoprotéine K nucléaire hétérogène, Précurseur mitochondrial du facteur d'élongation Tu, Alcool dehydrogenase [NADP+], Sialic acid synthase, S-formylglutathione hydrolase, sous-unité beta-2-like 1 de la protéine de liaison au nucleotide guanine, Purine nucleoside phosphorylase, Prohibitine, Précurseur mitochondrial de la protéine de liaison au Clq, ATPase du réticulum endoplasmique transitionnel, et Nucleoside diphosphate kinase A, dans un échantillon biologique provenant d'un patient, la présence dudit au moins un anticorps étant indicatrice d'une vascularite ou d'un risque de développer une vascularite. 2. Procédé selon la revendication 1, comprenant la détermination de la présence etlou de la quantité d'au moins un anticorps dirigé contre un antigène choisi parmi le groupe constitué de Caldesmone, protéine précurseur de 78kDa régulée par le glucose, Heat shock cognate 71 kDa protein , sous-unité epsilon de la protéine 1 du complexe T, Précurseur protéique de la disulfure-isomerase A3 , et Précurseur de Calumenine. 3. Procédé selon la revendication 1 ou 2, dans lequel l'échantillon biologique est un 20 échantillon de sang ou de sérum. 4. Procédé selon la revendication 1 à 3, dans lequel la présence dudit au moins un anticorps dans l'échantillon biologique est comparée à une valeur contrôle, la présence dudit au moins un anticorps en une quantité supérieure à la valeur contrôle 25 étant indicatrice d'une vascularite ou d'un risque de développer une vascularite. 5. Procédé selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel la quantité dudit au moins un anticorps est déterminée par un immunoessai. 30 6. Procédé selon la revendication 5, dans lequel l'immunoessai est un dosage ELISA. 7. Procédé selon l'une des revendications 1 à 6, dans lequel le patient est un humain. 8. Procédé selon l'une des revendications 1 à 7, dans lequel ladite vascularite est 5 une granulomatose de Wegener. 8. Procédé selon l'une des revendications 1 à 7, dans lequel ladite vascularite est une polyangéite microscopique. 10 9. Procédé selon l'une des revendications 1 à 7, dans lequel ladite vascularite est un syndrome de Churg et Strauss. 10. Procédé selon l'une des revendications 1 à 9, dans lequel le patient n'a pas d'auto-anticorps ANCA. 15 11. Procédé in vitro de pronostic ou de suivi d'une vascularite, comprenant la détermination de la présence et/ou de la quantité d'au moins un anticorps tel que défini à la revendication 1, dans un échantillon biologique provenant d'un patient, à différents temps, l'augmentation de la quantité dudit au moins un anticorps au cours 20 du temps étant indicative d'une aggravation de la vascularite. 12. Procédé in vitro d'évaluation de l'efficacité d'un traitement envers une vascularite, comprenant la détermination de la présence et/ou de la quantité d'au moins un anticorps tel que défini à la revendication 1, dans un échantillon biologique provenant 25 d'un patient, à différents temps avant, au cours ou après le traitement, la diminution de la quantité dudit au moins un anticorps au cours du temps étant indicative d'une amélioration de la vascularite.