FR 2833969 A1 20030627 FR 0116963 A 20011220 Procédé pour préparer des biopuces, de haute qualité contrôlee, les biopuces thématiques ou de criblage ainsi préparées, et leurs applications. Secteur technique de l'invention : La présente invention concerne le secteur technique des biopuces (dénommées biochips"ou plus récemment microarrays > > ) c'est-à-dire, comme le sait l'homme de métier, des supports par exemple du type verre, verre-silice, matières plastiques ou membrane de Nylon TM, ou tout autre support approprié, comme on le verra dans les exemples non limitatifs donnés ci-dessous, sur lesquels sont fixés ou déposés ( spotted > > ) des fragments de gènes, des ADNc ou des fragments d'ADNc, ou des oligonucléotides. On peut aussi fixer ou déposer les acides nucléiques échantillons sur des surfaces à plots électroniques, en faisant appel à l'attraction électrostatique de charges + et-, ou des supports couplés à des semi-conducteurs. Le verre est préféré comme support car il est inerte, résiste aux températures élevées, présente une faible fluorescence naturelle, et est facile à employer pour le dépôt des échantillons, mais on peut utiliser maintenant d'autres supports, comme indiqué ci-dessous. Une utilisation fréquente de telles biopuces, entre autres utilisations, est de vérifier la présence de transcrits (ARNm) dans un milieu biologique donné, en recherchant si ce milieu hybride ou non avec les ADN d'une puce donnée. La détection peut se faire par des méthodes classiques de fluorescence ou par le moyen de radioisotopes, ou toute autre méthode de détection connue ou qui serait jugée appropriée par l'homme de métier, telles que méthodes colorimétriques et analogues ou via des semi-conducteurs. On sait que l'information génétique de toute espèce vivante est codée sous la forme d'une très longue séquence de bases nucléotidiques, l'ADN, composé de quatre nucléotides dénommés G, C, T, et A. La chaîne de ADN forme la double hélice bien connue. Chaque brin de l'hélice est complémentaire de l'autre car les nucléotides sont capables de reconnaître leur nucléotide complémentaire, ce qui donne des liaisons A-T et GC. Le principe de la reconnaissance par une biopuce consiste à fixer sur un support une sélection donnée de gènes ou de fragments de gènes sous la forme d'un seul brin , capture probe ). On procède ensuite à une incubation en présence du milieu à déterminer, et, si la séquence complémentaire de gènes (ADN visé ou target ADN ) est présente dans ledit milieu d'essai, cette séquence va reconnaître spécifiquement sur la biopuce sa séquence complémentaire et former un double brin d'ADN. Ce processus est dénommé hybridation. Il résulte de collisions entre les divers brins et formation progressive de l'hélice double au fur et à mesure de la reconnaissance des complémentaires. De manière habituelle, les biopuces sont constituées d'un support sur lequel on a fixé ou déposé des sélections multiples de gènes ou de fragments de gènes, chacune étant a priori spécifique pour l'hybridation avec les, et donc la détection des, séquences d'ADN recherchées. En l'état actuel de la technique, on vise à détecter en un seul essai l'expression (ou, plus précisément, les transcrits ) de nombreuses séquences de génomes. La technologie des biopuces à ADN consiste donc en l'hybridation de molécules d'ADN sur un support solide avec une sonde marquée. Il existe différents types de supports. Les plus couramment utilisés sont les lames de verre et les membranes de Nylon"'. Il existe deux procédés de fabrication des biopuces. Le premier consiste en des micro-dépôts de molécules d'ADN (ADN complémentaire ou oligonucléotides). Le deuxième est développé par la société Affymetrix : il s'agit de la synthèse in situ d'oligonucléotides. Plusieurs applications des bio puces ADN sont possibles. Un intérêt est l'étude du transcriptome. Cela permet de mesurer simultanément l'expression de centaines (voire milliers) de gènes. Plusieurs travaux scientifiques ont montré l'intérêt des biopuces à ADN et de l'analyse du transcriptome en médecine et dans le domaine général des sciences du vivant. En termes de produits, des biopuces sont commercialisées (société Clontech, Incyte, Research Genetics, Affymetrix). Ce sont des biopuces dites thématiques qui permettent l'étude d'un processus biologique donné au niveau moléculaire. Par exemple, cela peut concerner l'apoptose (mort cellulaire), le cycle cellulaire, la réponse immunitaire. Ces biopuces sont de densité relativement faible (de l'ordre de 200-300 gènes/cm2). Il existe également des biopuces dites de criblage . Il s'agit alors de biopuces de haute densité permettant le dépôt de plusieurs milliers de gènes sur un support unique. Problème technique posé : La qualité des biopuces connues est très contreversée. En effet, suite à des problèmes de contamination survenus lors de la préparation technique des capture probes , les gènes déposés sur les supports ne correspondent pas toujours à ceux supposés être théoriquement présents. L'interprétation des résultats est alors entachée de de nombreuses imprécisions, voire erreurs, qui ne peuvent être corrigées que par l'utilisation d'autres techniques alternatives de biologie moléculaire (PCR quantitative, Northern blots , ...). On note également des problèmes de séquences, de positions sur la lame. On ne sait pas, actuellement, fabriquer des bipuces de haute qualité. Les diagnostics posés à l'aide des biopuces connues sont soit très imprécis, soit erronés, ce qui oblige à les valider ou les infirmer par des techniques alternatives. L'intérêt de l'emploi des biopuces connues s'en trouve donc fortement diminué. La fabrication de biopuces de haute qualité est donc un réel besoin en raison de la recherche d'une plus grande précision dans les diagnostics biologiques, et d'un besoin accru de diagnostics thématiques plus fins pour répondre aux attentes scientifiques, et économiques, dans le domaine de la santé publique et de toutes les sciences du vivant. De plus, il serait très intéressant de développer des biopuces précisément adaptées à l'étude d'un processus biologique dans un modèle donné. Il serait également de la plus haute importance, notamment en cancérologie, de développer des biopuces qui soient des outils de diagnostic précis, fiables, et complets pour le praticien. L'invention concerne, dans ce but, des biopuces qui seront désignées ici par le vocable de très haute qualité , lequel vocable sera défini ci-dessous, quelle que soit la finalité d'utilisation de ces biopuces, et que ces biopuces soient dites thématiques (ou à thème ) ou bien dites de criblage , ou représentent diverses combinaisons de telles biopuces sur un même support. L'invention concerne également lesdites biopuces employées dans, et adaptées pour, d'autres domaines technologiques, comme le domaine médical, vétérinaire, phytosanitaire et tous les domaines analogues de toutes les sciences du vivant (cf. section applications ). Résumé de l'invention : La présente invention vise à fabriquer des biopuces dites ici de très haute qualité zu ou de haute qualité (cc contrôlée ) pour l'étude moléculaire de maladies précises, notamment dans le secteur médical et plus particulièrement de l'oncologie, notamment (mais à titre non limitatif) du cancer mammaire, capable de représenter de réels outils de diagnostic, mais aussi, avec les adaptations nécessaires, dans les sciences du vivant y compris le phytosanitaire. Description détaillée de l'invention : BIOPUCES à sondes moléculaires de très haute qualité L'invention concerne en premier lieu de nouvelles biopuces de très haute qualité , capables de remplir des fonctions de diagnostic biologique impossibles à obtenir à ce jour, ou bien avec un niveau bien moindre de précision. Il s'agit d'un concept entièrement nouveau, et le mérite de l'invention est de s'être donné l'ambition d'une recherche de pointe dans ce secteur scientifique et technique très ardu, comme on le verra ci-dessous. Ce concept conduit à des avantages pratiques d'une très grande portée médicale (ou dans d'autres domaines mentionnés id dans la section applications))). Selon l'invention, les biopuces sont caractérisées en ce quelles comportent, sur au moins un support, au moins une sonde moléculaire qui est : de haute pureté en quantité connue déposée sur ledit support ; et identifiée dans sa séquence nucléotidique . Les termes entre sont connus de l'homme de métier, ou bien compréhensibles par l'homme de métier, mais on en donnera la définition suivante, qui sera valable dans toute la présente demande, y compris les revendications : sonde moléculaire : désigne la totalité ou un fragment d'ADN, ou d'ADNc, caractéristique d'un gène donné et répondant (dans le cadre de la présente invention) aux trois exigences qui viennent d'être précisées. Dans le cadre général connu de l'art antérieur et des connaissances générales de l'homme de métier, la définition est naturellement identique, mais les trois exigences ne sont pas présentes ou rassemblées. de haute pureté ou de très haute pureté signifie que la sonde moléculaire est débarrassée de tous les réactifs chimiques, des oligonucléotides libres, et des fragments nucléotidiques ne correspondant pas à la sonde (fragments de sonde et/ou amorces ou primers ) ; on opère comme on le verra, et à titre non limitatif, au moyen de membranes ou d'autres technologies équivalentes connues de l'homme de métier. en quantité connue signifie que l'on a accès à la quantité précise déposée car elle résulte d'un dépôt sur le support d'un volume connu de suspension de départ, elle même de concentration connue. identifiée dans sa séquence nucléotidique signifie de manière plus précise identifiée dans sa séquence nucléotidique informative par rapport aux fonctions du gène > > , ce qui à son tour signifie que l'on a procédé à l'identification de la séquence des bases nucléotidiques correspondant à tout ou partie d'un gène identifié juste avant son dépôt. Par tout ou partie on désignera id le nombre minimal de bases suffisant pour définir la spécificité d'un gène. On parlera encore de longueur de la séquence vérifiée Pour encore clarifier ces définitions indispensables à la clarté du texte, on rappellera brièvement un minimum de données scientifiques connues de l'homme de métier. Un gène est composé de nombreux fragments et représente une information génétique codée. Les fragments sont constitués d'alternances d'exons et d'introns. La cellule va supprimer toute la partie intronique, ( maturation du gène dans la cellule) ce qui réduit le fragment considéré à une suite d'exons séparés ou raccordés entre eux par des jonctions", l'ensemble formant l'ARN messager mature. Cet ARN va servir de matrice pour être traduit en protéines, qui sont les molécules chimiques ayant une fonction biologique dans la cellule. depuis par exemple un nombre aussi élevé que quelques milliers de bases ou aussi faible que 50 bases. Pour identifier la spécificité d'un gène, les scientifiques ont recours à des méthodes mathématiques bien connues. En général, il suffira d'une vingtaine de bases pour assurer la spécificité du gène identifié (c'est-à-dire être certain que la succession des bases nucléotidiques est caractéristique du gène ou unique dans le génôme de l'organisme étudié) et permettre une identification, mais dans la plupart des cas, les scientifiques s'accordent pour considérer que l'identification n'est fiable qu'à partir d'un nombre de l'ordre de 50 à 70 bases. Selon un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont des biopuces de criblage de très haute qualité . Selon encore un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont des biopuces thématiques de très haute qualité . Selon un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de plusieurs sondes moléculaires thématiques. Selon encore un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison d'au moins une sonde moléculaire thématique et d'au moins une sonde moléculaire de criblage. * Selon encore un mode de réalisation particulier, non limitatif, de l'invention, l'une au moins de ces sondes est une sonde moléculaire de très haute qualité . * De préférence, toutes les sondes moléculaires employées sont de très haute qualité . Comme exemples non limitatifs de telles combinaisons, on citera celles décrites et revendiquées dans la demande de brevet français déposée le même jour au nom des Demandeurs, et intitulée Biopuces à thèmes et à modules de recherche associés . L'invention concerne encore les biopuces de très haute qualité , à thème ou non, soit en tant que telles, soit telles qu'obtenues par la mise en oeuvre des procédés décrits ci-dessous. Biopuces thématiques : A la différence des biopuces à thème connues, qui comportent un très grand nombre de gènes et qui ne peuvent pas former un outil précis de diagnostic (les utilisateurs étant contraints de corréler les 500 etc.... gènes présents avec les résultats obtenus, c'est-à-dire à procéder par approximations et interprétations successives), les biopuces selon l'invention sont caractérisées par un nombre beaucoup plus réduit de gènes, eux-mêmes ciblés sur une pathologie précise, par exemple le cancer du sein, et de très haute qualité ou pureté. On se référera utilement en ce domaine à la demande de brevet français déposée le même jour au nom des Demandeurs, et intitulée Biopuces à thèmes et à modules de recherche associés . Ces caractéristiques ouvrent la voie pour la première fois à de vrais outils de diagnostic, capables de permettre au médecin ou au biologiste aussi bien de caractériser, de classer une tumeur, que d'évaluer ses facteurs pronostiques. L'invention concerne donc également des biopuces à thèmes telles que définies ci-dessus - caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de sondes moléculaires spéciales adaptées pour comprendre des gènes dont l'expression donne une indication sur le tissu tumoral (stade de la tumeur, son aggressivité, les cellules atteintes, le pouvoir invasif, la résistance ou au contraire la sensibilité aux traitements anti-tumoraux...). L'invention concerne également les biopuces qui comportent seulement une combinaison de sondes moléculaires spéciales dont l'expression permet d'évaluer la résistance (ou la sensibilité) de la tumeur à tel traitement ou à telle molécule pharmacologique. L'invention concerne encore de telles biopuces, qui comportent de plus des sondes moléculaires de criblage. L'invention concerne encore des biopuces comportant des sondes moléculaires de criblage de très haute qualité et comportant également une combinaison de sondes moléculaires spéciales adaptées pour comprendre des gènes dont l'expression donne une indication sur le tissu tumoral (stade de la tumeur, son aggressivité, les cellules atteintes, le pouvoir invasif, la résistance ou au contraire la sensibilité aux traitements anti-tumoraux...). L'invention concerne également des biopuces caractérisées en ce que elles comportent au moins une biopuce de criblage de qualité normale, c'est-à-dire selon l'art antérieur, outre une ou plusieurs biopuces thématiques et/ou de criblage de très haute qualité. L'invention concerne également des biopuces caractérisées en ce que elles comportent au moins une biopuce thématique de qualité normale, c'est-à-dire selon l'art antérieur, outre une ou plusieurs biopuces thématiques et/ou de criblage de très haute qualité. De manière tout à fait préférée, lesdites biopuces comportent en totalité ou au moins en partie des sondes moléculaires de haute pureté préparées par l'un des procédés décrits ci-dessous, et de préférence en totalité. Biopuces de criblage de très haute qualité zu L'invention couvre également les biopuces dites de criblage , c'est-à- dire à très haute densité de gènes, caractérisées en ce que lesdites biopuces comportent en totalité ou au moins en partie des sondes moléculaires de haute pureté préparées par l'un des procédés décrits ci-dessous, et de préférence en totalité. PROCEDE L'invention concerne également un procédé original permettant de fabriquer des biopuces thématiques ou de criblage, de très haute qualité , contrôlée, telle que définie ci-dessus, et ce, quelles que soient les applications spécifiques de ces biopuces. Afin de replacer l'invention dans son contexte, un exemple non limitatif de procédé selon l'invention est caractérisé par une combinaison de 10 étapes connues en soi, mais jamais combinées entre elles ou du moins pas entièrement, ou pas de la manière dont procède l'invention : 1. Extractiond'ADN plasmidiques. 2. Dosage des ADN plasmidiques ; 3. Dilution des ADN plasmidiques. 4. Amplification des ADN complémentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragments d'ADN, 5. Purification des produits d'amplification obtenus. 6. Dosage de ces produits. 7. Dilution à une même concentration. 8. Préparation d'un plaque où tous les ADNc sont à la même quantité. 9. Séquençage des ADNc. 10. Dépôt sur le support (lame de verre ou tout autre support). Comme on le verra ci-dessous, le procédé selon l'invention, permettant de préparer des sondes moléculaires de très haute qualité , pour préparer des biopuces thématiques ou de criblage, ou mixtes, comme indiqué ci-dessus, est cependant caractérisée par trois étapes essentielles, autour desquelles l'homme de métier sera capable de construire le procédé global, avec des variantes et des options qui seront à sa portée, comme l'exemple non limitatif à 10 étapes qui vient d'être donné. On rappellera les définitions des étapes considérées. L'homme de métier comprendra que les précisons techniques données dans les définitions qui suivent le sont à titre de simple illustration, de portée évidemment non limitative PROCEDURE TECHNIQUE DE PREPARATION DE SONDES MOLECULAIRES (ADN ou ADN COMPLEMENTAIRES HUMAINS) ET DEPOT SUR LAME DE VERRE Cela consiste en des dépôts d'ADN ou d'ADN complémentaire sur lame de verre ou tout autre support approprié. Ces ADN ou ADNc correspondent à la totalité ou à des fragments de gènes humains dont ils sont caractéristiques. Les ADN déposés sont appelés sondes moléculaires. Ces sondes ont été, selon une variante non limitative de l'invention, obtenues à partir de clones bactériens commercialisés par la société IncyteTM (Etats-Unis), à l'issue de différentes étapes techniques. On aurait tout aussi bien pu utiliser des clones de la socité Invitrogen, etc.... voire des clones que tout laboratoire aurait fabriquer par lui-même. 1. Extraction d'ADN plasmidiques. Il s'agit d'une molécule d'ADN circulaire d'origine bactérienne qui contient l'ADN complémentaire humain. Une fois extrait, chaque ADN plasmidique servira de matrice pour les réactions d'amplification. 2. Dosage des ADN plasmidiques : Il permet d'estimer la quantité d'ADN plasmidique obtenu après extraction. 3. Dilution des ADN plasmidiques : Elle permet d'ajuster tous les ADN à la même concentration. 4. Amplification des ADN complémentaires : Le but est d'obtenir le maximum de molécules d'ADN en vue des dépôts sur lame de verre ou tout autre support approprié. Lors de cette réaction, l'ADN est mis en présence de différents réactifs (sels, tampon, enzyme etc...). 5. Purification : On peut utiliser des plaques 96 puits (Multiscreen PCR, Millipore) qui se composent d'une membrane qui retient uniquement les molécules d'ADN amplifiés. Les réactifs en excès sont éliminés. Cette étape est essentielle dans le procédé selon l'invention car elle permet d'obtenir une solution d'ADN pure. De la qualité des ADN dépendra la qualité du signal fluorescent obtenu lors de l'étude de la biopuce. On aurait pu utiliser d'autres formats, comme l'aura compris l'homme de métier, comme des plaques à 384 puits ou tout autre format. De même, il aurait été possible d'utiliser d'autres procédés de purification, autres que sur membrane, tels qu'il en apparaît régulièrement et qui sont bien connus de l'homme de métier, comme par exemple des systèmes de gel filtration, colonne, purification chimique,.... 6. Dosage : Le rendement des réactions d'amplification n'est pas identique pour tous les ADN. Il est donc important d'estimer la quantité des ADN obtenus. 7. Dilution : Les résultats obtenus avec une biopuce dépendent, en partie, de la quantité d'ADN déposée sur la lame. Or, pour étudier un mécanisme moléculaire, i est souvent nécessaire d'étudier le niveau d'expression de plusieurs gènes à la fois, et de les comparer entre eux. Afin que cette comparaison soit possible, les ADN sont donc dilués à une même concentration. 8. Préparation d'une plaque dépôt : Il s'agit id d'une étape où les ADN sont en quantité identique (même concentration, même volume). 9. Séquençage : Il est essentiel pour l'obtention de la très haute qualité des biopuces selon l'invention car il garantit l'identité du gène étudié et sa position sur la lame (voir document précédemment envoyé). Le procédé général selon l'invention est du type selon lequel on dépose au moins une sonde moléculaire formée de tout ou partie de gènes sur un support, caractérisé en ce qu'il comporte au moins une séquence d'étapes aptes à former - au moins une sonde moléculaire > qui est : - de haute pureté zu en quantité connue déposée sur ledit support ; - identifiée dans sa séquence nucléotidique dz et apte à être déposée sur un support pour biopuce, et où sonde moléculaire désigne la totalité ou un fragment d'ADN, ou d'ADNc, caractéristique d'un gène donné et répondant (dans le cadre de la présente invention) aux trois exigences qui viennent d'être précisées. où de haute pureté ou de très haute pureté' > signifie que la sonde r ctff moléculaire est débarrassée de tous les réactifs chimiques, des oligonucléotides libres, et des fragments nucléotidiques ne correspondant pas à la sonde (fragments de sonde et/ou amorces ou primers,)-, 1 où en quantité connue signifie que l'on a accès à la quantité précise déposée car elle résulte d'un dépôt sur le support d'un volume connu de suspension de départ, elle même de concentration connue ; et où identifiée dans sa séquence nuciéotidique"signifie de manière plus précise identifiée dans sa séquence nucléotidique informative par rapport aux fonctions du gène", qui à son tour signifie que l'on a 1 procédé à l'identification de la séquence des bases nucléotidiques correspondant à tout ou partie d'un gène identifié, où tout ou partie désigne ici le nombre minimal de bases suffisant pour définir la specificité d'un gène (ou longueur de la séquence vérifiée ). L'invention concerne encore un procédé tel que décrit ci-dessus, caractérisé par le fait qu'il comporte en combinaison au moins une étape de dosage, de dilution et de sequençage. L'invention concerne encore un procédé tel que décrit ci-dessus, - caractérisé en ce qu'il comporte en combinaison au moins une étape de purification, de dosage, de dilution et de séquençage. On aura compris qu'il s'agit d'un moyen général dont le principe même, et la fonctior même, n'ont jamais étés envisagés dans l'art antérieur. On donnera ci-dessous quelques exemples non limitatifs de définition de procédés obeissant à ce principe genéral, et permettant de mettre en oeuvre la foncton générale décrite. Selon un mode de réalisation particulier, le procédé selon l'invention est caractérisé par le fait qu'il comporte au moins les étapes 6 (dosage), 7 (dilution) et 9 (séquençage). Notamment, l'étape 6 de dosage n'a pas de sens si elle n'est pas suivie par l'étape 7 de dilution. L'invention concerne donc un procédé de fabrication de biopuces thématiques ou non, de très haute qualité - du type comportant au moins certaines des étapes définies ci-dessus, caractérisé en ce qu'il comporte au moins les étapes 6 (dosage), 7 (dilution) et 9 (séquençage). Sans être absolument essentielle, car elle peut ne pas être employée dans certains cas d'applications ou de niveau de qualité souhaité, l'étape 5 de purification est également importante. L'invention concerne donc encore un procédé de fabrication de biopuces du type comportant les étapes définies ci-dessus, caractérisé en ce qu'il comporte au moins les étapes 5 de purification, 6 de dosage, 7 (de dilution) et 9 (de séquençage) combinées. Comme support, le verre est nettement préféré, mais on pourra aussi utiliser des supports par exemple du type verre, verre-silice, polymères et matières plastiques, ou membrane de NylonTM, ou tout autre support approprié, comme on le verra dans les exemples non limitatifs donnés ci- dessous, sur lesquels sont fixés ou déposés ( spotted > )) des fragments de gènes, des ADNc ou des fragments d'ADNc, ou des oligonucléotides. On peut aussi fixer ou déposer les acides nucléiques échantillons sur des surfaces à plots électroniques, en faisant appel à l'attraction électrostatique de charges + et-, ou des supports couplés à des semi-conducteurs. Les fixations ou dépôts pourront être effectués, notamment en cas de combinaisons, sur un ou éventuellement plusieurs supports, identiques ou différents, ce que l'homme de métier saura déterminer. Principes + Fabrication des biopuces de qualité contrôlée. Cette fabrication consiste en un dépôt d'ADN complémentaire sur lame de verre ou autre support. On parle de sondes ADNc . Ces sondes sont obtenues (à titre d'exemple non limitatif) à partir de clones bactériens commercialisés par la société Incyte à l'issue de différentes étapes techniques. Ces dernières sont automatisées grâce à une plate-forme robotique. On a utilisé un robot d'amplification (Robot Amp4200TM, MWG Biotech TM) un appareil de dépôt sur lame (Affymetrix 417tu Arrayer) et un scanner Affymetrix 41 8 Scanner). Comme indiqué plus haut, d'autres équipements équivalents ou sensiblement équivalents auraient pu être utilises, et sont connus de l'homme de métier). La préparation des sondes se fait (à titre d'exemple non limitatif) dans des plaques 96 puits et se déroule comme suit : 1 Extraction d'ADN plasmidiques. 2 Dosage des ADN plasmidiques ; 3 Dilution des ADN plasmidiques. 4 Amplification des ADN complémentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragments d'ADN, 5 Purification des produits d'amplification obtenus. 6 Dosage de ces produits. 7 Dilution à une même concentration. 8 Préparation d'un plaque où tous les ADNc sont à la même quantité. 9 Séquençage des ADNc. 1 0 Dépôt sur la lame de verre ou tout autre support.. Chacune des étapes techniques citées ici est connue en soi. L'une des originalités de l'invention est de les avoir associées pour obtenir des ADNc d'une qualité optimale. Ainsi, l'identité des ADNc déposés sur la lame correspond strictement à la liste théorique des gènes étudiés. BASE DE DONNEES L'invention concerne également une base de données et son emploi qui assure la traçabilité de toutes les étapes techniques de préparation des gènes (paramètres techniques, numéros de lots des réactifs utilisés...). Les résultats obtenus lors des différentes étapes techniques sont inclus dans cette base de données. Plus particulièrement, l'invention concerne le procédé tel que décrit ci-dessus, caractérisé en ce que la mise en oeuvre d'au moins une de ses étapes, de préférence plusieurs, et de préférences toutes, est consignée et répertoriée, y compris les résultats de l'étape ou des étapes en cause, dans une base de données. L'invention concerne également le procédé tel que décrit ci-dessus, caractérisé en ce que en ce que ladite base de données contient tout ou partie des fragments de codes utilisés pour la fabrication des biopuces. + biopuces à thème : A partir d'une étude bibliographique et un travail de synthèse, on a sélectionné des séries de gènes. La pertinence de ces biopuces réside dans le fait que la combinaison des gènes choisis permet l'étude d'un processus biologique dans un modèle donné. D'un point de vue moléculaire, l'étude de ces gènes permet de répondre à une question scientifique précise. Quatre séries de gènes ou fragments de gènes ont été développées, au stade actuel qui forment un élément de biopuce cancer du sein , un élément de biopuce réparation des lésions de l'ADN", un élément de biopuce chimiosensibilité , et un élément de biopuce gène de prédisposition héréditaire au cancer du sein". La biopuce cancer du sein Cette biopuce permet une classification des tumeurs mammaires afin d'améliorer le diagnostic, donc le pronostic et le choix thérapeutique. Le profil d'expression permettra d'étudier les propriétés biopathologiques des tumeurs mammaires. Selon un mode de réalisation tout-à-fait préféré de l'invention, on a indiqué en Annexe 1 SEQ 1 une liste de sondes moléculaires correspondant à une biopuce thématique cancer mammaire (on se référera en ce domaine à la demande de brevet français précitée, déposée le même jour que la présente demande). La biopuce Réparation des lésions d'ADN Selon un autre mode de réalisation tout-à-fait préféré de l'invention, on a indiqué en Annexe 2 SEQ 2 une liste de sondes moléculaires correspondant à une biopuce thématique réparation d'ADN" (on se référera en ce domaine à la demande de brevet français précitée, déposée le même jour que la présente demande) La biopuce chimiosensibilité Son but est de permettre au praticien de prédire la sensibilité ou au contraire la résistance d'une tumeur à une drogue anticancéreuse ou à un type donné de traitement thérapeutique afin d'orienter les protocoles lors du traitement des patients. (on se référera en ce domaine à la demande de brevet français précitée, déposée le même jour que la présente demande. + Avantages de l'invention : En médecine, notamment en oncologie : - Le cancer mammaire est un problème de santé public. - Les biopuces sont de haute qualité. - Les biopuces selon l'invention forment des outils de diagnostic simples et précis, donc fiable : le nombre de gènes de chaque biopuces n'est pas élevé. Chacun des gènes ou la combinaison de seulement quelques gènes a été choisi pour que l'analyse des résultats apporte des réponses précises. Par exemple, si les gènes A et B sont surexprimés alors la tumeur sera résistante au Taxol TM (drogue anticancéreuse). - Compte tenu de la faible densité des biopuces, on peut envisager la production de biopuces à coût réduit. On se référera utilement en ce domaine à la demande de brevet français déposée le même jour au nom des Demandeurs, et intitulée Biopuces à thèmes et à modules de recherche associés . On retrouvera les mêmes types d'avantages dans les autres domaines d'application de l'invention, qui seront évidents pour l'homme de métier, et dont des exemples sont donnés ci-dessous. APPLICATIONS L'invention concerne également les diverses applications des biopuces, et des procédés selon l'invention comme moyen de diagnostic précis et fiable, dans toutes les sciences du vivant, notamment le domaine médical, vétérinaire, phytosanitaire. L'invention concerne également les diverses applications des biopuces, des combinaisons de sondes moléculaires précitées et des procédés selon l'invention, à toute étude de génome connu par exemple génome bovin, végétal, bactérien ; pour vérifier la fonctionnalité d'un gene chez des organismes génétiquement modifiés ; et en virologie, les biopuces étant alors utilisées pour caractériser la présence et le type de virus infectant un organisme ; et pour l'appréciation des mécanismes mis en jeu et de la qualité de la réparation des lésions de l'ADN, et notamment en oncologie, notamment pour le cancer mammaire ; et comme moyen de diagnostic dans le domaine de toutes les sciences du vivant, et notamment dans le domaine médical ou vétérinaire dans le domaine phytosanitaire. des biopuces et des procédés selon l'invention comme moyen de diagnostic. L'homme de métier comprendra que les biopuces et combinaisons de sondes moléculaires et le procédé selon l'invention s'appliquent à l'étude de toutes les grandes fonctions cellulaires, notamment apoptose, cycle cellulaire, transduction du signal, prolifération cellulaire, protéolyse, mobilité et invasivité cellulaire, etc.... et à tous les types de maladies, notamment inflammatoires, infectieuses, endocriniennes, autoimmunes, héréditaires, nutritionnelles, dégénaratives, chroniques ou aigües, etc... L'homme de métier saura comprendre sans difficulté ces applications, effectuer éventuellement les adaptations de routine nécessaires, et envisager d'autres applications. L'invention sera mieux comprise à la lecture de la description qui va suivre, et des exemples non limitatifs ci-dessous. EXEMPLES : Exemples de biopuces préparées par le procédé selon l'invention : Biopuce thématique du cancer mammaire qui comporte les sondes moléculaires caractéristiques rassemblées en Annexe 1 SEQ 1. l'homme de métier remarquera le nombre restreint de sondes (330) qui permet une grande précision du diagnostic. Un module de biopuce réparation des lésions de l'ADN également été préparé par le procédé selon l'invention, et comporte les sondes moléculaires caractéristiques rassemblées en Annexe 2 SEQ 2. on remarquera également le nombre très restreint de sondes. L'invention couvre également tous les modes de réalisation et toutes les applications qui seront directement accessibles à l'homme de métier à la lecture de la présente demande, de ses connaissances propres, et éventuellement d'essais simples de routine. ANNEXE 1 SEQ 1 BIOPUCE THEMATIQUE : CANCER MAMMAIRE, 333 SONDES MOLECULAIRES Nom du gène Unigene 5T4 oncofetal trophob1ast g1ycoprotein Hs. 82128 acid phosphatase 5, t artrate resistant Hs. 1211 actin, alpha 2, smooth muscle, aorta Hs. 195851 activating transcription factor 3 Hs. 460 adrenergic, beta, receptor kinase 1 Hs.83636 alcohol dehydrogenase 2 (class I), beta polypeptide Hs.4 aldehyde dehydrogenase 1, soluble Hs.76392 alpha-2-macroglobulin Hs. 74561 androgen receptor (dihydrotestosterone receptor ; testicular feminization ; spinal and bulbar muscular atrophy ; Kennedy disease) Hs. 99915 annexin A1 Hs. 78225 annexin A8 Hs. 87268 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 80976 apolipoprotein A-I Hs. 93194 apolipoprotein D Hs. 75736 apoptosis inhibitor 4 (survivin) Hs.1578 aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kD) Hs.74602 aquaporin 7 Hs. 25475 armadillo repeat gene deletes in velocardiofacial syndrome Hs. 171900 ARP1 (actin-related protein 1, yeast) homolog A (centractin alpha) Hs. 2477 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 5 Hs. 108660 basonuclin Hs. 64025 B-ce11 CLL/1vmphoma 2 Hs. 79241 bc12 assocaited athanogene Hs. 41714 bc12 associated X protein Hs. 159428 beta-2-microglobulin Hs. 75415 Brcal associated RING domain 1 Hs. 54089 breast and bladder overexpressed gene 1 Hs. 78768 Breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer antiestrogen resistance 1 Hs.273219 breast cancer antiestrogen resistance 3 Hs.6564 breast cancer specic gene 1 ou synculein gamma Hs. 63236 budding uninhibited by benzimidazoles 1 (yeast homolog), beta Hs. 36708 bullous pemphigoid antigen 1 (230/240kD) Hs. 620 butyrate response factor 1 (EGF-response factor 1) Hs. 85155 bystin-like Hs. 106880 cadherin 1 ; E-cadherin Hs. 194657 cadherin 13; H-cadherin Hs.63894 cadherin 15 ; M-cadherin Hs.148090 cadherin 3, P-cadherin (placental) Hs. 2877 carboxypeptidase B1 Hs. 180884 carcinoembryonic antigen Hs. 220529 cartilage oligomeric matrix protein(pseudoachondroplasia, epiphyseal dysplasia 1, multiple) Hs.1584 catenin, delta 1 Hs.166011 cathepsin C Hs.10029 cathepsin D (lysosomal aspartyl protease) Hs. 79572 cathepsin Z Hs.71388 caveolin-1 Hs.323469 CD2 antigen (p50), sheep red blood cell receptor Hs. 89476 CD34 antigen Hs. 85289 CD36 antigen (collagen type I receptor, thrombospondin receptor) Hs.75613 CD3D antigen, delta polypeptide (TiT3 complex) Hs.95327 CD3G antigen, gamma polypeptide (TiT3 complex) Hs.2259 CD68 antigen Hs.240615 CDC28 protein kinase 2 Hs.83758 CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) homolog Hs. 69563 CDC7 (cell division cycle 7, S. cerevisiae, homo1o -1ike 1 Hs. 28853 cell division cycle 20, S. cerevisiae homolog Hs. 82906 cell division cycle 25C Hs.656 cellular retinoic acid-binding protein 2 Hs.183650 centromere protein E (312kD) Hs. 75573 centromere protein F (350/400kD, mitosin) Hs. 77204 chitinase I Hs. 91093 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) Us. 75184 CHKI (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 20295 chromobox homolog 3 (drosophila HP1 gamma) Hs.8123 collagen, type I, alpha 1 Hs.172928 collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos syndrome type IV, dominant) Hs.119571 collagen, type VI, alpha 1 Hs.108885 colony stimulating factor 1 (macrophage) Hs. 173894 CREB binding protein (Rubinstein-Taybi syndrome) Hs. 23598 cul1in 4A Hs. 183874 cyclin B1 Hs.23960 Cyclin D1 Hs.82932 cyclin E1 Hs. 9700 cyclin G 1 Hs. 79101 Cyclin-dependent kinase 4 Hs. 95577 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) Hs. 106070 cystatin E/M Hs. 83393 cysteine-rich protein 1 (intestinal) Hs. 17409 cytochrome c oxidase subunit VIe Hs. 74649 Cytochrome c oxidase subunit VIIa polypeptide 2 like Hs. 30888 D123 gene produet Hs. 82043 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 11 (S. cerevisiae CHLI-like heiicase) Hs. 27424 density regulated protein Hs.22393 desmin Hs.171185 dihydrofolate reductase Hs. 83765 diphtheria toxin receptor (heparin-binding epidermal growth factor-like growth factor) Hs. 799 discoïdin domain receptor family, member 1 Hs. 75562 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 1 Hs. 77462 dynein, axonemal, light intermediate polypeptide Hs.33846 E2F transcription factor 3 Hs. 1189 E74- ! ike factor 3 Hs. 166096 early development regulator 2 (homolog of polyhomeotic 2) Hs. 75878 endoglin Hs. 76753 endothelin receptor type B Hs.82002 enhancer of zeste (Drosophila) homolog 2 Hs.77256 Epidermal growth factor Hs. 2230 epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog) Hs. 77432 estrogen receptorl 1 (alpha) Hs.1657 estrogen receptor beta Hs.103504 Estrogen receptor binding site associated, antigen, 9 Hs. 9222 eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon 1 Hs. 172247 eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 (delta, 44kD) Hs. 28081 exportin, tRNA (nuclear export receptor for tRNAs) Hs. 85951 fatty acid binding protein 4, adipocyte Hs. 83213 fatty acid binding protein 7, brain Hs. 26770 fibroblast growth factor 8 Hs. 57710 fibroblast growth factor receptor 1 (fms-related tyrosine kinase 2, PfeiSër syndrome) Hs. 748 flap structure-specific endonuclease I Hs. 4756 forkhead (Drosophila)-like 16Hs. 239 four and a half LIM domains 1 Hs. 239069 fragile histidine triad gene Hs. 77252 fructose-bisphosphatase 1 Hs. 574 gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammagiutamyl hydrolase) Hs. 78619 gap junction protein alpha 1,43 kD ou connexin 43 Hs. 74471 GATA-binding protein 3Hs. 169946 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2A Hs. 167464 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2C Hs. 36451 glutathione S transferase pi Hs. 226795 glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1 (soluble) Hs.25478 granzyme A (granzyme 1, cytotoxic T-lymphocyte-associated serine esterase 3) Hs. 90708 hepatocyte nuclear factor 3, alpha Hs. 105440 hepsin Hs. 823 high mobility group (nonhistone chromosomal) protein isoforms I and Y Hs. 139800 high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 2 Hs. 80684 HIV-1 Rev binding protein Hs. 171545 Homo sapiens ataxia-telangiectasia group D-associated protein mRNA, complete cds Hs. 82237 Homo sapiens clone 24703 beta-tubulin MRNA, complete cds Hs. 179661 Homo sapiens HPV16 E1 protein binding protein mRNA, complete cds Hs. 6566 Human BRCA2 région, mRNA séquence CG006 Human breast cancer, estrogen regulated LIV-1 protein (LIV-1) mRNA, partial cds Hs. 79136 Human cellular oncogene c-fos Hs. 25647 Human Ig J chain gene Hs. 76325 Human phosphatidylinositol (4,5) bisphosphate 5-phosphatase homolog MARNA, partial cds Hs. 21492 Human ubiquitin carrier protein (E2-EPF) mRNA, complète cds Hs. 174070 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Hs. 72550 hydroxyacyl-Coenzyme A dehydrogenase/3-ketoacyI-Coenzyme A thiolase/enoyI-Coenzyme A hydratase (trifunctional protein), alpha subunit Hs. 75860 immunoglobulin gamma 3 (Gm marker) Hs. 140 inhibitor of growth 1 Hs.46700 inhibitor of growth 2 inositoll polyphosphate-4-phosphatase, type II, 105kD Hs.153687 insulin-like growth factor 1 (somatomedin C) Hs.85112 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) Hs.241317 insulin-like growth factor binding protein 2 Hs.162 insulin-like growth factor binding protein 5 Hs. 102122 insulin-like growth factor receptor 1 Hs. 239176 insulin-like growth factor receptor 2 Hs. 76473 integrin, alpha 3 Hs. 265829 integrin, alpha 7 Hs. 74369 integrin, alpha L (antigen CD 11 A (pi 80), lymphocyte function-associated antigen 1 ; alpha polypeptide) Hs.174103 integrin, beta 2 (antigen CD18 (p95), lymphocyte function-associated antigen 1; macrophage Hs.83968 antigen 1 (mac-1) beta subunit) integrin, beta 4 Hs. 85266 integrin, beta 8 Hs. 184908 intercellular adhesion molecule 2 Hs. 83733 interferon alpha inducible protein 27 Hs. 278613 interferon-induced protein 17 Hs. 146360 interferon-induced, hepatitis C-associated microtubular aggregate protein (44kD) Hs. 82316 interleukin 10 receptor, alpha Hs. 327 interleukin 2 receptor, beta Hs.75596 interleukin 3 receptor, alpha (low affinity) Hs.172689 kallikrein 10 Hs. 69423 kallikrein 13 Hs. 165296 kallikrein 3, (prostate specific antigen) Hs. 171995 kallikrein 6 Hs. 79361 kangaï 1 Hs. 323946 keratin 17 Hs. 2785 keratin 18 Hs. 65114 keratin 19 Hs. 182265 keratin 5 (epidermolysis bullosa simplex, Dowling-Meara/Kobner/Weber-Cockayne types) Hs. 195850 keratin 7 Hs. 23881 keratin 8 Hs. 104624 KIAA0008 gene product Hs. 77695 KIAA0042 gene product Hs. 3104 KIAA0074 protein Hs.1192 KIAA0101 gene product Hs.81892 KIAA0125 gene product Hs. 38365 KIAA0159 gene product Hs. 5719 KIAA0166 gene product Hs.115778 KIAA0430 gene product Hs.166163 KIAA0758 protein Hs. 22039 KIAA0788 protein Hs. 181043 Kiss-1 Hs. 95008 lactate dehydrogenase B Hs. 234489 ladinin 1 Hs. 18141 lamin B2 Hs. 76084 laminin, alpha 3 (nicein (150kD). ka1inin (165kD), BM600 (150kD), epilegrin) Hs. 83450 laminin, gamma 2 (nicein (lOOkD), ka1inin (I05kD), BM600 (lOOkD), Herlitzjunctional epidermolysis bullosa)) Hs. 54451 LIM and SH protein 1 Hs. 334851 LIM binding domain 2 Hs.4980 LIM domain only 4 lipocalin 1 Hs.204238 lipoprotein lipase Hs.180878 LPS-induced TNF-alpha factor Hs.76507 lumicanHs. 79914 lymphocyte-specific protein tyrosine kinase Hs. 1765 MAD2 (mitotic arrest deficient, yeast, homolog) -like 1 Hs. 79078 major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1 Hs. 73931 mammaglobin 1 Hs. 46452 manie fringe (Drosophila) homo1og Hs. 31939 matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3) Hs. 155324 matrix metalloproteinase 13 Hs. 2936 matrix metalloproteinase 14 (membrane-inserted) Hs. 2399 matrix metalloproteinase 17 Hs.159581 matrix metalloproteinase 9; gelatinase B Hs.151738 MAX-interacting protein 1 Hs. 118630 Meis (mouse) homolog 3 Hs. 117313 metastasis associated 1 Hs. 101448 microsomal glutathione S-transferase 1 Hs. 790 minichromosome maintenance deficient (S. cerevisiae) 2 (mitotin) Hs. 57101 mucin 1 Hs. 89603 multifunctional polypeptide similar to SAICAR synthetase and AIR carboxylase Hs. 117950 mut L (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Us. 57301 mut S (E. coli) homolog 3 Hs. 42674 N-acetyltransferase 1 (arylamine N-acetyltransferase) Hs. 155956 neutrophil cytosolic factor 1 (47kD, chronic granulomatous disease, autosomal 1) Hs. 1583 N-myc downstream regulated Hs. 75789 non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in Hs. 118638 non-POU-domain containing, octamer binding Hs. 172207 nuclear receptor coactivator 3 Hs. 225977 nuclear transcription factor, X-box binding 1 Hs. 3187 nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23, numatrin) Hs. 173205 osteoblast specific factor 2 (fasciclin I-like) Hs. 136348 parvalbumin Hs.295449 pescadillo (zebrafish) homolog 1, containing BRCT domain Hs.13501 phosphofructokinase, platelet Hs. 99910 phospholemman Hs. 160318 phospholipase A2, group IIA (platelets, synovial fluid) Hs.76422 phospholipid scramblase 1 Hs.198282 pituitary tumor-transforming 1 Hs. 181195 plakoglobm Hs. 2340 plasminogen Hs. 75576 plasminogen activator inhibitor 1 Hs. 82085 platelet/endothelial cell adhesion molecule (CD31 antigen) Hs.78146 platelet-derived growth factor receptor, beta polypeptide Hs.76144 1 polo (Drosophia) -like kinase Hs. 77597 polymyositis/scleroderma autoantigen 1 (75kD) Hs. 91728 1 postmeiotic segregation increased 2-like 3 Hs. 278467 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, subfamily N, member 4 Hs. 10082 POU domain, class 2, transcription factor 2 Hs. 1101 primase, polypeptide 1 (49kD) Hs. 82741 Progesterone receptor Hs. 2905 prohibitin Hs.75323 prolactin Hs.1905 prolactin-induced protein Hs.99949 proliferating cell nuclear antigen Hs.78996 proliferation-associated 2G4, 38kD Hs.5181 protease inhibitor 12 (neuroserpin) Hs.78589 protease, serine, 8 (prostasin) Hs.75799 1 proteasome (prosome macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12 Hs. 4295 protein phosphatase 1, catalytic subunit, beta isoform Hs. 21537 protein tyrosine kinase 6 Hs. 51133 purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 4 Hs. 321709 RAD51 Hs.343807 RAD54 (S. cerevisiae) -1ike Hs. 66718 RAP2A, member of ras oncogen family Hs.301746 ras homolog gene family, member B (rhoB) Hs.204354 ras homolog gene family, member H Hs. 109918 regulator of G-protein signalling 5 Hs.24950 replication factor C (activator 1) 4 (37kD) Hs.35120 RERG (ds collection EST) Hs. 21594 retinoblastoma-like 2 (p 130) Hs. 79362 retinoic acid receptor responder (tazarotene induced) 1 Hs. 82547 retinol-binding protein 4, interstitia1 Hs. 76461 ribonucleotide reductase M1 polypeptide Hs. 2934 ribosomal protein L13 Hs. 180842 S 100 calcium binding prtoein A4 Hs. 81256 S100 calcium-binding protein A2 Hs. 38991 S100 calcium-binding protein A8 Hs. I00000 S 100 calcium-binding protein A9 (calgranulin B) Hs. 112405 S100 calcium-binding protein P Hs. 2962 S 100 calcium-binding protein, beta (neural) Hs. 83384 secreted frizzled related protein 1 Hs. 7306 secretory leukocyte protease inhibitor (qntileukoproteinase) Hs. 251754 selenium binding protein 1 Hs. 334841 SELENOPHOSPHATE SYNTHETASE ; Human selenium donor protein Hs. 118725 serine proteinase inhibitor, clade B, member 5 (maspin) Hs. 55279 serine/threonine kinase 15 Hs. 48915 serum constituent protein Hs. 148101 singed (Drosophila)-like (sea urchin fascin homolog like) Hs. 118400 small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys), member 18, pulmonary and activationregulated Hs.16530 small inducible cytokine subfamily D (Cys-X3-Cys), member 1 (fractalkine, neurotactin) Hs.80420 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B"Hs. 82575 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 5 Hs. 184601 solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 3 regulatory factor 1 Hs. 184276 splicing factor, arginine/serine-rich 5 Hs. 166975 stanniocalcin 2 Hs. 155223 superoxide dismutase 3, extracellular Hs. 2420 suppression oftumorogenicity Hs. 56937 suppression of tumorogenicity Hs. 301974 T-cell receptor, beta cluster Hs. 2003 T-cell receptor, delta (V, D, J, C) Hs. 2014 TEK tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple cutaneous and mucosan Hs. 89640 Telomerase reverse transcriptase Hs. 115256 TGFBl-induced anti-apoptotic factor I Hs. 75822 thrombospondin 1 Hs. 87409 Thy-1 cell surface antigen Hs. 125359 thymidylate synthetase Hs. 82962 tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) Hs.170279 tissue inhibitor of metalloproteinase 1 (erythroid potentiating activity, collagenase inhibitor) Hs.5831 tissue inhibtor of metalloproteinase 3 Hs. 245188 TNF associated factor 4 Hs. 8375 TNF receptor-associated factor 6 Hs. 90957 topoisomerase (DNA) II alpha (170kD) Hs. 156346 topoisomerase (DNA) II beta (180kD) Hs. 75248 TP53 Hs. 149923 transcription factor AP-2 alpha (activating enhancer-binding protein 2 alpha) Hs. 18387 Transforming growth factor, alpha Hs. 170009 transfonning growth factor, beta receptor III (betaglycan, 300kD) Hs. 79059 translin Hs. 75066 Trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence expressed in) Hs. 1406 trophinin-assisting protein (tastin) Hs. 171955 troponin I, skeletal, fast Hs. 83760 tryptophanyl-tRNA synthetaseHs. 82030 tyrosine kinase withimmunoglobulin and EGF homology domains Hs.78824 tyrosyl-tRNA synthetase Hs.239307 UDP-galactose transporter related Hs. 154073 UDP-N-acetyl-aIpha-D-ga ! actosamme3Hs. 278611 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 uridine monophosphate synthetase (orotate phosphoribosyl transferase and orotidine-5'decarboxylase) Hs. 2057 v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 Hs. 323910 very low density lipoprotein receptor Hs. 73729 v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog Hs. 37003 vimentin Hs. 297753 v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog Hs. 78465 v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2 Hs. 179718 v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Hs. 79070 von Willebrand factor Hs. 110802 WNT1 inducible signaling pathway protein 2 Hs. 194679 X-box binding protein 1 Hs. 149923 Zinc finger protein 147 (estrogen-responsive finger protein) Hs. 1579 zinc finger protein 161 Hs. 167558 zing finger protein 217 Hs 155040 ANNEXE 2 SEQ 2 MODULE REPARATION DES LESIONS DE L'ADN : 130 SONDES MOLECULAIRES Nom du gene Unigene 8-oxoguanine DNA lycosylase Hs.96398 ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly (ADP-ribose) polymerase); poly (ADP-ribose) polymerase Hs. 177766 ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly (ADP-ribose) polymerase)-like 2 Hs.24284 alkylation DNA repair protein alkb homolog Hs. 54418 APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) ; apurinic/apyridinic (abasic) endonuclease Hs. 73722 apurinic/apyrimidinic endonuclease (APEX nuclease)-like 2 protein Hs. 154149 ataxia telangiectasia and Rad3 related Hs. 77613 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Ha. 194382 Bloom syndrome Hs. 36820 breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer 2, early onset Hs. 34012 caltractin (20kD calcium-binding protein) ; centrin, EF-hand protein, 2Hs. 82794 CHK1 (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 20295 CHK2 chec oint S ombe homolo Hs. 146329 Cockayne syndrome 1 (classica !) Hs. 32967 cyclin H Hs.514 cyclin-dependentkinase 7 (homolog ofXenopus MO 15 cdk-activatingkinase) Hs. 184298 damage-specific DNA binding protein 1 (48kD) Hs.108327 damage-specific DNA binding protein 2 (48kD) Hs.77602 DMC1Hs. 37181 dUTP pyrophosphataseHs. 82113 ESTs/human p53 R2 gene for ribonucleotide reductase Hs. 94262 ESTs, Weakly similar to DNA NUCLEOTIDYLEXOTRANSFERASE [H. sapiens]/similar to DNA polymerase Hs. 46964 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, compleme-ntation group (xeroderma pigmentosum group D complementing) Hs.99987 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 1 Hs.59544 (includes overlapping antisense sequence) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 3 Hs.77929 (xeroderma pigmentosum group B complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 4 Hs. 89296 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 5 (xeroderma pigmentosum, complementation group G (Cockayne syndrome) ) Hs. 48576 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 6 Hs. 99924 exonuclease I Hs. 47504 Fanconi anemia, complementation group A Hs. 86297 Fanconi Fanconi anemia, complementation group C Hs.37953 Fanconi Fanconi anemia, complementation group D1 Fanconi Fanconi anemia, complementation group D2 Hs.15607 Fanconi anemia, complementation group E Hs.302003 Fanconi anemia, complementation group F Hs. 65328 Fanconi anemia, complementation group G Hs. 8047 flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 4756 general transcription factor IIH, polypeptide 1 (62kD subunit) Hs. 89578 general transcription factor IIH, polypeptide 2 (30kD subunit) Hs. 191356 general transcription factor IIH, polypeptide 3 (34kD subunit) Hs. 90304 general transcription factor IIH, poiypeptide 4 (52kD subunit) Hs. 102910 H2A histone family, member X Hs. 147097 HCNP protein ; XPA-binding protein 2 Hs. 9822 Homo sapiens mRNA ; cDNA DKFZp586G1122 (from clone DKFzp586G1122) (MRE11A) Hs. 20555 HUS1 (S. pombe) checkpoint homolog Hs.152983 KIAA0086 gene product Hs.1560 ligase I, DNA, AT P-dependent Hs.1770 ligase III, DNA, ATP-dependetn Hs.100299 Ii ase 1 DNA, ATP-dependent Hs.166091 menage a trois I (CAK assembly factor Hs. 32380 methyl-CpG binding domain protein 4 Hs. 35947 mitotic arrest defience, yeast,-like2 Hs. 19400 MMS19 (MET18 S. cerevisiae)- like Hs. 288891 mutL (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Hs. 57301 mutL (E.coli) homolog3 Hs.279842 mutS (E. coli) homolog 3 Hs. 42674 mutS (E. coli) homolog 4 Hs.115246 mutS (E. coli) homolog 5 Hs.112193 muts (E. coli) homolog 5 Hs. 112193 mutS (E. coli) homolog 2Hs. 78934 muts (E. coli) homolog 6 Hs. 3248 mutY (E. coli) homologHs. 271353 Nijmegen breage syndrome 1 (nibrin) Hs.25812 N-methylpurine-DNA glycosylase Hs.79396 nth (E. coli endonuclease III -1ike 1 Hs. 66196 nudix *(nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 1 Hs. 388 0-6-meth 1 anine-DNA meth ltransferase Hs. 1384 polymerase (DNA directed) eta Hs.155573 polymerase (DNA directe) gamma Hs.80961 polymerase (DNA directed) iota Hs. 271699 polymerase (DNA directed) kappa Hs. 135756 polymerase (DNA directed) lambda Hs.129903 polymerase (DNA directed) lambda Hs.225951 polymerase (DNA directed), beta Hs. 180107 polymerase (DNA directed), delta 1, catalytic subunit (125kD) Hs.99890 polymerase'DNA directed), epsilon Hs. 166846 polynucleotide kinase 3'phosphatase Hs. 78016 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 1 Us. 111749 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 2 Hs. 177548 postmeiotic s gr gation increased 2- ! ike 3 Hs. 278467 postmeiotic segregation increased 2-like 4 Hs. 278468 proliferating cell nuclear antigen Hs. 78996 protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide Hs.155637 RAD1 (S. pombe) homolog Hs.7179 RAD18 Hs.21320 RAD23 (S. cerevisiae) homolog AHs. 180455 RAD23 (S. cerevisiae) homolog B Hs. 178658 RAD50 (S. cerevisiae) homolog Hs.41587 RAD51 (S. cerevisiae) homolog (E coli RecA homolog) Hs.1253667 RAD51 (S. cerevisiae) homolog C Hs. 11393 RAD51L1Hs. 100669 RAD51L3 Hs. 125244 RAD52 (S. cerevisiae) homolog Hs. 89571 RAD54 (S. cerevisiae)-like Hs. 66718 RAD54B Hs. 128501 RAD9 (S. pombe) homolog Hs. 240457 RecQ protein-like 4 Hs. 31442 replication protein Al (70kD) /GS2 gene (=C9) Hs. 84318 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A3 (14kD) Hs. 1608 REV1 (yeast homolog)- like Hs. 110347 REV3 (yeast homolog)-like, catalytic subunit of DNA polymerase zeta Hs. 115521 single-strand monofunctionnal uracil DNA glycosylase Hs. 5212 SP011, meiotic protein covalently bound to DSB (S-cerevisiae) -1ike Hs. 159737 three time repair exonuclease 1 Hs. 278408 three time repair exonuclease 2 Hs. 251398 thymidine-DNA glycosylase Hs.173824 thyroid autoantigen 70kD (Ku antigen) Hs.197345 topoisomerase related function protein 4-2 Hs. 294030 tumor protein 53-binding protein, 1 Hs. 170263 ubiquitin activating enzyme-2 Hs. 16695 ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog) Hs. 80612 ubiquitm-conjugating enzyme E2A variant 2 Hs. 79300 ubiquitin-conjugating enzyme E2N (homologous to yeast UBC13) Hs. 75355 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 Wemer syndrome Hs. 150477 xeroderma pigmentosum, complementation group A Hs. 192803 xeroderma pigmentosum, complementation group C Hs. 320 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 1 Hs. 98493 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 2 Hs. 129727 X-ray repair complementing defective repair m Chinese hamster cells 3 Hs. 99742 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4 Hs. 150930 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining ; Ku autoantigen, 80kD) Hs. 84981 REVENDICATIONS 1 Biopuces caractérisées en ce quelles comportent, sur au moins un support, au moins une sonde moléculaire qui est : de haute pureté en quantité connue déposée sur ledit support ; et identifiée dans sa séquence nucléotidique". et où sonde moléculaire : désigne la totalité ou un fragment d'ADN, ou d'ADNc, caractéristique d'un gène donné et répondant aux trois exigences qui viennent d'être précisées, où de haute pureté"ou de très haute pureté"signifie que la sonde moléculaire est débarrassée de tous les réactifs chimiques, des oligonucléotides libres, et des fragments nucléotidiques ne correspondant pas à la sonde (fragments de sonde et/ou amorces ou primers ) ; où en quantité connue signifie que l'on a accès à la quantité précise déposée car elle résulte d'un dépôt sur le support d'un volume connu de suspension de départ, elle même de concentration connue. et où identifiée dans sa séquence nucléotidique signifie de manière plus précise identifiée dans sa séquence nucléotidique informative par rapport aux fonctions du gène , ce qui à son tour signifie que l'on a 1 procédé à l'identification de la séquence des bases nucléotidiques correspondant à tout ou partie d'un gène identifié, où tout ou partie désigne ci le nombre minimal de bases suffisant pour définir la spécificité d'un gène (ou longueur de la séquence vérifiés ). 2 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce que ce sont des biopuces thématiques de très haute qualité". 3 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce que ce sont des biopuces de criblage de très haute qualité". 4 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de plusieurs sondes moléculaires thématiques de très haute qualité. 5 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison d'au moins une sonde moleculaire thématique de très haute qualité et d'au moins une sonde moléculaire de criblage de très haute qualité. 6 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison d'au moins une sonde moleculaire thématique et d'au moins une sonde moléculaire de criblage et en ce que l'une au moins de ces sondes est une sonde moléculaire de très haute qualité . 7 Biopuces selon la revendication 6 caractérisées en ce que toutes les sondes moléculaires employées sont de très haute qualité . 8 Biopuces selon la revendication 1 ou 2 : - caractérisées en ce qu'elles sont des biopuces thématiques et comportent une combinaison de sondes moléculaires spéciales adaptées pour comprendre des gènes dont l'expression donne une indication sur le tissu tumoral (stade de la tumeur, son aggressivité, les cellules atteintes, le pouvoir invasif, la résistance ou au contraire la sensibilité aux traitements anti-tumoraux...). 9 Biopuces selon la revendication 1 ou 2 caractérisées en ce qu'elles sont des biopuces thématiques et comportent seulement une combinaison de sondes moléculaires spéciales dont l'expression permet d'évaluer la résistance (ou la sensibilité) de la tumeur à tel traitement ou à telle molécule pharmacologique. 10 Biopuces selon la revendication 9, caractérisées en ce que elles comportent de plus des sondes moléculaire de criblage. 11 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce que elles comportent des sondes moléculaires de criblage de très haute qualité et comportent également une combinaison de sondes moléculaires spéciales adaptées pour comprendre des gènes dont l'expression donne une indication sur le tissu tumoral (stade de la tumeur, son aggressivité, les cellules atteintes, le pouvoir invasif, la résistance ou au contraire la sensibilité aux traitements anti-tumoraux...). 12 Biopuces selon la revendication 6, caractérisées en ce que elles comportent au moins une biopuce de criblage de qualité normale, outre une ou plusieurs biopuces thématiques et/ou de criblage de très haute qualité. 13 Biopuces selon la revendication 5 caractérisées en ce que elles comportent au moins une biopuce thématique de qualité normale, outre une ou plusieurs biopuces thématiques et/ou de criblage de très haute qualité. 1 4 Biopuces de criblage c'est-à-dire à très haute densité de gènes de très haute qualité)), caractérisées en ce que lesdites biopuces comportent en totalité ou au moins en partie des sondes moléculaires de haute pureté)). 15 Procédé de préparation de biopuces de très haute qualité, du type selon lequel on dépose au moins une sonde moléculaire formée de tout ou partie de gènes sur un support, caractérisé en ce qu'il comporte au moins une séquence d'étapes aptes à former au moins une sonde moléculaire qui est : de haute pureté en quantité connue déposée sur ledit support ; identifiée dans sa séquence nucléotidique", et apte à être déposée sur au moins un support pour biopuce, et où sonde moléculaire : désigne la totalité ou un fragment d'ADN, ou d'ADNc, caractéristique d'un gène donné et répondant aux trois exigences qui viennent d'être précisées ; où de haute pureté ou de très haute pureté signifie que la sonde moléculaire est débarrassée de tous les réactifs chimiques, des oligonucléotides libres, et des fragments nucléotidiques ne correspondant pas à la sonde (fragments de sonde et/ou amorces ou primers ) ; 1 où en quantité connue signifie que l'on a accès à la quantité précise déposée car elle résulte d'un dépôt sur le support d'un volume connu de suspension de départ, elle même de concentration connue. et où identifiée dans sa séquence nucléotidique signifie de manière plus précise identifiée dans sa séquence nucléotidique informative par rapport aux fonctions du gène > > , ce qui à son tour signifie que l'on a procédé à l'identification de la séquence des bases nucléotidiques correspondant à tout ou partie d'un gène identifié, où tout ou partie désigne ici le nombre minimal de bases suffisant pour définir la specificité d'un gène (ou longueur de la séquence vérifiée"). 1 6 Procédé selon la revendication 15 caractérisé par le fait qu'il comporte en combinaison au moins une étape de dosage, de dilution et de séquençage. 1 7 Procédé selon la revendication 15 ou 16 - caractérisé en ce qu'il comporte en combinaison au moins une étape de purification, de dosage, de dilution et de séquençage. 1 8 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 1 4 caractérisées en ce que ledit support est choisi parmi le verre, un support en une feuille de Nylon", ou un support en polymère. 1 9 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 14 caractérisées en ce que ledit support est choisi parmi : des supports par exemple du type verre, verre-silice, polymères et matières plastiques, ou membrane de Nylon TM, ou tout autre support approprié, sur lesquels sont fixés ou déposés ( spotted") des fragments de gènes, des ADNc ou des fragments d'ADNc, ou des oligonucléotides. des surfaces à plots électroniques, en faisant appel à l'attraction électrostatique de charges + et-, ou des supports couplés à des semiconducteurs, pour fixer ou déposer les acides nucléiques échantillons. 20 Procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 17 caractérisées en ce que ledit support est choisi parmi le verre, un support en une feuille de Nylon TM, ou un support en polymère. 21 Procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 1 7 caractérisées en ce que ledit support est choisi parmi : des supports par exemple du type verre, verre-silice, polymères et matières plastiques, ou membrane de Nylon TM, ou tout autre support approprié, sur lesquels sont fixés ou déposés ( spotted") des fragments de gènes, des ADNc ou des fragments d'ADNc, ou des oligonucléotides. des surfaces à plots électroniques, en faisant appel à l'attraction électrostatique de charges + et-, ou des supports couplés à des semiconducteurs, pourfixer ou déposer les acides nucléiques échantillons. 22 Procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 17 et 20,21, caractérisé par une combinaison des 10 étapes ci-dessous : 1 Extractiond'ADN plasmidiques. 2 Dosage des ADN plasmidiques ; 3 Dilution des ADN plasmidiques. 4 Amplification des ADN complémentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragments d'ADN, 5 Purification des produits d'amplification obtenus. 6 Dosage de ces produits. 7 Dilution à une même concentration. 8 Préparation d'un plaque où tous les ADNc sont à la même quantité. 9 Séquençage des ADNc. 10 Dépôt sur le support 23 Procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 17 et 20 à 22 caractérisé en ce que l'on met en oeuvre les étapes suivantes : - Obtention de sondes à partir de clones bactériens commercialisés par la société Incyte TM, avec préparation des sondes dans des plaques 96 puits, comme suit : 1 Extraction d'ADN plasmidiques. 2 Dosage des ADN plasmidiques ; 3 Dilution des ADN plasmidiques. 4 Amplification des ADN complémentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragments d'ADN, 5 Purification des produits d'amplification obtenus. 6 Dosage de ces produits. 7 Dilution à une meme concentration. 8 Préparation d'un plaque où tous les ADNc sont à la même quantité. 9 Séquençage des ADNc. 1 0 Dépôt sur la lame de verre ou tout autre support.. 24 Procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 17 et 20 à 23 caractérisé en ce que la mise en oeuvre d'au moins une de ses étapes, de préférence plusieurs, et de préférences toutes, est consignée et répertoriée, y compris les résultats de l'étape ou des étapes en cause, dans une base de données, et en ce que ladite base de données contient tout ou partie des fragments de codes utilisés pour la fabrication des biopuces, et assure la traçabilité de toutes les étapes techniques de préparation des gènes (paramètres techniques, numéros de lots des réactifs utilisés...). 25 Biopuces caractérisées en ce que elles sont obtenues par un procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 18 et 20 à 24. 26 Biopuces selon la revendication 25 caractérisées en ce qu'elles comportent les sondes moléculaires listées en Annexe 1 SEQ 1 : BIOPUCE THEMATIQUE : CANCER MAMMAIRE. 333 SONDES MOLECULAIRES Nom du gène Unigene 5T4 oncofetal trophoblast glykoprotein Hs. 82128 acid phosphatase 5, t artrate resistant Hs. 1211 actin, alpha 2, smooth muscle, aorta Hs. 195851 activating transcription factor 3 Hs. 460 adrenergic, beta, receptor kinase l Hs. 83636 alcohol dehydrogenase 2 (c1ass n, beta po1vpeptide HsA aldehyde dehydrogenase 1, soluble Hs. 76392 alpha-2-macroglobulin Hs. 74561 androgen receptor (dihydrotestosterone receptor ; testicular feminization ; spinal and bulbar muscular atrophy ; Kennedy disease) Hs. 99915 annexin A 1 Hs. 78225 annexin A8 Hs. 87268 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 80976 apolipoprotein A-I Hs. 93194 apolipoprotein D Hs.75736 apoptosis inhibitor 4 (survivin) Hs.1578 aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kD) Hs. 74602 aquaporin 7 Hs. 25475 armadillo repeat gene deletes in velocardiofacial syndrome Hs. 171900 ARP1 (actin-related protein 1, yeast) homolog A (centractin alpha) Hs. 2477 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 5 Hs. 108660 basonuclin Hs. 64025 B-cell CLL/lymphoma 2 Hs. 79241 bcl2 associated athanogene Hs.41714 bcl2 associated X protein Hs.159428 beta-2-microglobulinHs. 75415 Brcal associated RING domain 1 Hs. 54089 breast and bladder overexpressed gene 1 Hs. 78768 Breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer antiestrogen resistance 1 Hs.273219 breast cancer antiestrogen resistance 3 Hs.6564 breast cancer specic genre 1 ou synculein gamma Hs. 63236 budding uninhibited by benzimidazoles 1 (yeast homolog), beta Hs. 36708 bullous pemphigoid antigen 1 (230/240kD) Hs. 620 butyrate response factor 1 (EGF-response factor 1) Hs.85155 bystin-like Hs.106880 cadherin 1 ; E-cadherin Hs. 194657 cadherin 13 ; H-cadherinHs. 63894 cadherin 15'M-cadherin Hs. 148090 cadherin 3, P-cadherin (placental) Hs. 2877 carboxypeptidase B 1 Hs. 180884 carcinoembryonic antigen Hs. 220529 cartilage oligomeric matrix protein (pseudoachondroplasia, epiphyseal dysplasia 1, multiple) Hs. 1584 catenin, delta 1 Hs. 166011 cathepsin C Hs. 10029 cathepsin D (lysosomal aspartyl protease) Hs. 79572 cathepsin Z Hs. 71388 caveolin-l Hs. 323469 CD2 antigen (p50), sheep red blood cell receptor Hs. 89476 CD34 anti en Hs. 85289 CD36 antigen (collagen type I receptor, thrombospondin receptor) Hs.75613 CD3D antigen, delta polypeptide (TiT3 complex) Hs. 95327 CD3G antigen, gamma polypeptide (TiT3 complex) Hs.2259 CD68 antigen Hs.240615 CDC28 protein kinase 2 Hs. 83758 CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) homolog Hs. 69563 CDC7 (cell division cycle 7, S. cerevisiae, homolog)-like 1 Hs. 28853 cell division cycle 20, S. cerevisiae homolog Hs. 82906 cell division cycle 25C Hs. 656 cellular retinoic acid-binding protein 2 Hs. 183650 centromere protein E (312kD) Hs. 75573 centromere protein F (350/400kD), mitosin) Hs. 77204 chitinase 1Hs. 91093 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) Hs. 75184 CHK1 (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 20295 chromobox homolog 3 (drosophila HP1 gamma) Hs. 8123 collagen, type I, alpha 1 Hs. 172928 collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal dominant) Hs. 119571 collagen, type VI, alpha I Hs. 108885 colony stimulating factor 1 (macrophage) Hs. 173894 CREB binding protein (Rubinstein-Taybi syndrome) Hs. 23598 cuHin 4A Hs. 183874 cyclin B 1 Hs. 23960 Cyclin D1 Hs. 82932 cyclin E 1 Hs. 9700 cyclin G1 Hs. 79101 Cyclin-dependent kinase 4 Hs. 95577 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) Hs. 106070 cystatin E/M Hs. 83393 cysteine-rich protein 1 (intestinal) Hs. 17409 cytochrome c oxidase subunit VIe Hs. 74649 Cytochrome c oxidase subunit VIIa polypeptide 2 like Hs. 30888 D123 gene product Hs.82043 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 11 (S. cerevisiae CHLl-1ike he1icaseì Hs. 27424 density regulated protein Hs. 22393 desmin Hs. 171185 dihydrofolate reductase Hs. 83765 diphtheria toxin receptor (heparin-binding epidermal growth factor-like growth factor) Hs. 799 discoïdin domain receptor family, member 1 Hs. 75562 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 1 Hs. 77462 dynein, axonemal, light intermediate polypeptide Hs. 33846 E2F transcription factor 3 Hs. 1189 E74-like factor 3 Hs. 166096 early development regulator 2 (homolog of polyhomeotic 2) Hs. 75878 endoglin Hs. 76753 endothelin receptor type B Hs. 82002 enhancer of zeste (Drosophila) homolog 2 Hs. 77256 Epiderma ! growth factor Hs. 2230 epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog) Hs. 77432 estrogen receptor 1 (alpha) Hs.1657 estrogen receptor beta Hs.103504 Estrogen receptor bmdmg site associated, antigen, 9 Hs. 9222 eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon 1 Hs. 172247 eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 (delta, 44kD) Hs. 28081 exportin, tRNA (nuclear export receptor for tRNAs) Hs. 85951 fatty acid binding protein 4, adipocyte Hs. 83213 fatty acid binding protein 7, brain Hs. 26770 fibroblast growth factor 8 Hs. 57710 fibroblast growth factor receptor 1 (fms-related tyrosine kinase 2, Pfeiffer syndrome) Hs. 748 flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 4756 forkhead (Drosophi ! a)- ! ike 16Hs. 239 four and a half LIM domains I Hs. 239069 fragile histidine triad gene Hs. 77252 fructose-bis hos hatase 1 Hs. 574 gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamy ! hydrolase) Hs. 78619 gap junction protein alpha 1, 43 kD ou connexin 43 Hs.74471 GATA-binding protein 3 Hs.169946 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2A Hs.167464 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2C Hs. 36451 glutathione S transferase pi Hs. 226795 glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1 (soluble) Hs. 25478 granzyme A (granzyme 1, cytotoxic T-lymphocyte-associated serine esterase 3) Hs. 90708 hepatocyte nuclear factor 3, alpha Hs. 105440 hepsin Hs.823 high mobility group (nonhistone chromosomal) protein isoforms I and Y Hs.139800 high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 2 Hs. 80684 HIV-1 Rev binding protein Hs. 171545 Homo sapiens ataxia-telangiectasia group D-associated protein MRNA, complete cds Hs. 82237 Homo sapiens clone 24703 beta-tubulin mRNA, complete cds Hs. 179661 Homo sapiens HP VI 6 El protein binding protein mRNA, complète cds Hs. 6566 Human BRCA2 région, mRNA séquence CG006H Human breast cancer, estrogen regulated LIV-1 protein (LIV-1) mRNA, partial cds Hs. 79136 Human cellular oncogene c-fos Hs. 25647 Human Ig J chain gene Hs. 76325 Human phosphatidylinositol (4,5) bisphosphate 5-phosphatase homolog mRNA, partial cds Hs. 21492 Human ubiquitin carrier protein (E2-EPF) MRNA, complete cds Hs. 174070 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Hs. 72550 hydroxyacyl-Coenzyme A dehydrogenase/3-ketoacyl-Coenzyme A thiolse/enoyl-Coenzyme A hydratase (trifunctional protein), alpha dsubunit immunoglobulin gamma 3 (Gm marker) Hs. 140 inhibitor of growth 1 Hs.46700 inhibitor of growth 2 inositol polyhosphate-4-phosphatase, type II, 105kD Hs.153687 insulin-like growth factor 1 (somatomedin C) Hs. 85112 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) Hs. 241317 insulin-like growth factor binding protein 2 Hs. 162 insulin-like growth factor binding protein 5 Hs. 102122 insulin-like growth factor receptor 1 Hs. 239176 insulin-like growth factor receptor 2 Hs. 76473 integrin, alpha 3 Hs. 265829 integrin, alpha 7 Hs.74369 integrin, alpha L (antigen CD11A (p180), lymphocyte function-associated antigen 1; alpha polypeptide) Hs. 174103 integrin, beta 2 (antigen CD 18 (p95), lymphocyte function-associated antigen 1 ; macrophage antigen 1 (mac-1) beta subunit) Hs. 83968 integrin, beta 4 Hs. 85266 integrin, beta 8 Hs. 184908 intercellular adhesion molecule 2 Hs. 83733 interferon alpha inducible protein 27 Hs.278613 interferon-induced protein 17 Hs.146360 interferon-induced, hepatitis C-associated microtubular aggregate protein (44kD) Hs. 82316 inter1eukin 10 receptor, alpha Hs. 327 interleukin 2 receptor, beta Hs. 75596 interleukin 3 receptor, alpha (low affinity) Hs. 172689 kallikrein 10 Hs. 69423 kallikrein 13 Hs. 165296 kallikrein 3, (prostate specific antigen) Hs. 171995 kallikrein 6 Hs. 79361 kangaï 1 Hs.323946 keratin 17 Hs.2785 keratin 18 Hs. 65114 keratin 19 Hs. 182265 keratin 5 (epidermolysis bullosa simplex, Dow1ing-Meara/Kobner/Weber-Cockayne types) Hs. 195850 keratin 7 Hs. 23881 keratin 8 Hs. 104624 KIAA0008 gene product Hs. 77695 KIAA0042 gene product Hs. 3104 KIAA0074 protein Hs. 1192 KIAA0101 gene product Hs. 81892 KIAA0125 gene product Hs. 38365 KIAA0159 gene product Hs.5719 KIAA0166 gene product Hs. 115778 KIAA0430 gene product Hs. 166163 KIAA0758 protein Hs. 22039 KIAA0788 protein Hs.181043 Kiss-1 Hs.95008 lactate dehydrogenase B Hs. 234489 ladinin 1 Hs. 18141 lamin B2 Hs. 76084 laminin, alpha 3 (nicein (150kD), kalinin (165kD), BM600 (150kD), epilegrin) Hs. 83450 1aminin, gamma 2 (nicein (100kD), kalinin (105kD), BM600 (100kD), Herlitz junctional epidermolysis bullosa)) Hs. 54451 LIM and SH protein 1 Hs. 334851 LIM binding domain 2 Hs.4980 LIM domain only 4 lipocalin 1 Hs.204238 lipoprotein lipase Hs. 180878 LPS-induced TNF-alpha factor Hs. 76507 lumican Hs. 79914 lymphocyte-specific protein tyrosine kinase Hs. 1765 MAD2 (mitotic arrest deficient, yeast, homolog) -1ike 1 Hs. 79078 major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1 Hs. 73931 mammaglobin 1 Hs. 46452 manie fringe (Drosophila) homolog Hs. 31939 matrix metalloproteinase 11 (stromelvsin 3) Hs. 155324 matrix metalloproteinase 13 Hs. 2936 matrix metalloproteinase 14 (membrane-inserted) Hs. 2399 matrix metalloproteinase 17 Hs. 159581 matrix metalloproteinase 9 ; gelatinase B Hs. 151738 MAX-interacting protein 1 Hs. 118630 Meis (mouse) homolog 3 Hs. 117313 metastasis associated 1 Hs. 101448 microsomal glutathione S-transferase 1 Hs. 790 minichromosome maintenance deficient (S. cerevisiae) 2 (mitotin) Hs. 57101 mucinl Hs. 89603 multifunctional polypeptide similar to SAICAR synthetase and AIR carboxylase Hs. 117950 mut L (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Hs. 57301 mut S (E. coli) homolog 3 vs. 42674 N-acetyltransferase I (arylarnine N-acetyltransferase) Hs. 155956 neutrophil cytosolic factor I (47kD, chronic granulomatous disease, autosomal 1) Hs. 1583 N-myc downstream regulated Hs. 75789 non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in Hs. 118638 non-POU-domain containing, octamer binding Hs. 172207 nuclear receptor coactivator 3 Hs. 225977 nuclear transcription factor, X-box binding 1 Hs. 3187 nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23, numatrin) Hs. 173205 osteoblast specific factor 2 (fasciclin 1-like) Hs. 136348 parvalbumin Hs. 295449 pescadillo (zebrafish) homolog 1, containing BRCT domainHs. 13501 phosphofructokinase, platelet Hs. 99910 phospholemman Hs. 160318 phospholipase A2, group IIA (platelets, synovial fluid) Hs.76422 phospholipid scramblase 1 Hs.198282 pituitary tumor-transforming 1 Hs. 181195 plakoglobin Hs. 2340 plasminogen Hs. 75576 plasminogen activator inhibitor 1 Hs. 82085 platelet/endothelial cell adhesion molecule (CD31 antigen) Hs. 78146 platelet-derived growth factor receptor, beta polypeptide Hs. 76144 polo CDrosophia) -1ike kinase Hs. 77597 polymyositis/scleroderma autoantigen 1 (75kD) Hs. 91728 1 Dostmeiotic segregation increased 2-like 3 Hs. 278467 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, subfamily N, member 4 Hs. 10082 POU domain, class 2, transcription factor 2 Hs. 1101 primase, polypeptide 1 (49kD) Hs. 82741 Progesterone receptor Hs. 2905 prohibitin Hs. 75323 prolactin Hs. 1905 prolactin-induced protein Hs. 99949 proliferating cell nuclear antigen Hs. 78996 proliferation-associated 2G4, 38kD Hs. 5181 protease inhibitor 12 (neuroserpin) Hs. 78589 protease, serine, 8 (prostasin) Hs. 75799 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12 Hs. 4295 protein phosphatase 1, catalytic subunit, beta isoform Hs. 21537 protein tyrosine kinase 6 Hs. 51133 purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 4 Hs. 321709 RAD51 Hs. 343807 RAD54 (S. cerevisiae) -1ike Hs. 66718 RAP2A, member of ras oncogen family Hs. 301746 ras homolog gene family, member B (rhoB) Hs. 204354 ras homolog gene family, member H Hs. 109918 regulator of G-protein signalling 5 Hs. 24950 replication factor C (activator 1) 4 (37kD) Hs. 35120 RERG (ds collection EST) Hs. 21594 retinoblastoma-like 2 (pli 30) Hs. 79362 retinoic acid receptor responder (tazarotene induced) 1 Hs. 82547 retinol-binding protein 4, interstitial Hs. 76461 ribonucleotide reductase M1 polypeptide Hs. 2934 ribosomal protein L 13 Hs. 180842 S 100 calcium binding prtoein A4 Hs. 81256 S 100 calcium-binding protein A2 Hs. 38991 S 100 calcium-binding protein A 8 Hs. 100000 S 100 calcium-binding protein A9 (calgranulin B) Hs. 112405 S100 calcium-binding protein P Hs.2962 S100 calcium-binding protein, beta (neural) Hs.83384 secreted frizzled related protein 1 Hs. 7306 secretory leukocyte protease inhibitor (antileukoproteinase) Hs. 251754 selenium binding protein 1 Hs. 334841 SELENOPHOSPHATE SYNTHETASE ; Human selenium donor protein Hs. 118725 serine proteinase inhibitor, clade B, member 5 (maspin) Hs. 55279 serine/threonine kinase 15 Hs. 48915 serum constituent protein Hs. 148101 singed (Drosophila)-like (sea urchin fascin homolog like) Hs. 118400 small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys), member 18, pulmonary and activationregulated Hs. 16530 small inducible cytokine subfamily D (Cys-X3-Cys), member 1 (fractalkine, neurotactin) Hs. 80420 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B"Hs. 82575 solut carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ System), member 5 Hs. 184601 solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 3 regulatory factor 1 Hs. 184276 splicing factor, arginine/serine-rich 5 Hs. 166975 stanniocalcin 2 Hs. 155223 superoxide dismutase 3, extracellular Hs. 2420 suppression oftumorogenicity Hs. 56937 suppression of tumorogenicity Hs. 301974 T-cell receptor, beta cluster Hs. 2003 T-cell receptor, delta (V, D, J, C) Hs. 2014 TEK tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple cutaneous and mucosal) Hs. 89640 Telomerase reverse transcriptase Hs. 115256 TGFBl-induced anti-apoptotic factor I Hs. 75822 thrombospondin 1 Hs. 87409 Thy-1 cell surface antigen Hs. 125359 thymidylate synthetase Hs. 82962 tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) Hs. 170279 tissue inhibitor of metalloproteinase 1 (erythroid potentiating activity, collagenase inhibitor) Hs. 5831 tissue inhibtor of metalloproteinase 3 Hs. 245188 TNF associated factor 4 Hs. 8375 TNF receptor-associated factor 6 Hs. 90957 topoisomerase (DNA) II alpha (170kD) Hs. 156346 topoisomerase (DNA) II beta (180kD) Hs. 75248 TP53 Hs. 149923 transcription factor AP-2 alpha (activating enhancer-binding protein 2 alpha) Hs. 18387 Transforming growth factor, alpha Hs. 170009 transforming growth factor, beta receptor III (betaglycan, 300kD) Hs. 79059 trans1in Hs. 75066 Trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence expressed in) Hs. 1406 trophinin-assisting protein (tastin) Hs. 171955 troponin I, skeletal, fast Hs. 83760 tryptophany1-tRNA synthetase Hs. 82030 tyrosine kinase withimmunoglobulin and EGF homology domains Hs. 78824 tyrosyl-tRNA synthetase Hs. 239307 UDP-galactose transporter relatedHs. 154073 UDP-N-acety1-a1pha-D-ga1actosamine 3 Hs. 278611 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 uridine monophosphate synthetase (orotate phosphoribosyl transferase and orotidine-5'decarboxylase) Hs.2057 v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 Hs. 323910 very low density lipoprotein receptor Hs. 73729 v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog Hs. 37003 vimentin Hs. 297753 v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog Hs. 78465 v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2 Hs. 179718 v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Hs. 79070 von Willebrand factor Hs. 110802 WNT1 inducible signaling pathway protein 2 Hs. 194679 X-box binding protein 1 Hs. 149923 Zinc fmger protein 147 (estrogen-responsive finger protein) Hs. 1579 zinc finger protein 161 Hs.167558 zing finger protein 217 Hs.155040 27 Application des biopuces selon la revendication 25 notamment en oncologie, notamment pour le cancer mammaire, notamment pour tablir un diagnostic pr cis et fiable. 28 Biopuces selon la revendication 25 caract ris es en ce qu'elles comportent les sondes mol culaires list es en Annexe 2 SEQ 2 : MODULE REPARATION DES LESIONS DE L'ADN : 130 SONDES MOLECULAIRES Nom du gene Unigene 8-oxoguanine DNA glycosylase Hs. 96398 ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly (ADP-lribose) polymerase); poly (ADP-ribose) polymerase Hs.177766 ADP-ribosyltransferase (NAD+ ; poly (ADP-ribose) polymerase)-like 2 Hs. 24284 alkylation DNA repair protein alkb homolog Hs. 54418 APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) ; apurinic/apyridinic (abasic) endonuclease Hs. 73722 apurinic/apyrimidinic endonuclease (APEX nuclease) -like 2 protein Hs. 154149 ataxia telangiectasia and Rad3 related Hs. 77613 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 Bloom syndrome Hs. 36820 breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer 2, early onset Hs. 34012 caltractin (20kD calcium-binding protein) ; centrin, EF-hand protein, 2Hs. 82794 CHK1 (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 20295 CHK2 (checkpoint, S. pombe) homologHs. 146329 Cockayne syndrome 1 (classical) Hs. 32967 cyclin H Es. 514 cyclin-dependent kinase 7 (homolog of Xenopus MO 15 cd-activating kinase) Hs. 184298 damage-specific DNA binding protein 1 (48kD) Hs. 108327 damage-specific DNA binding protein 2 (48kD) Hs. 77602 DMC1 Hs. 37181 dUTP pyrophosphatase Hs. 82113 ESTs/human p53 R2 gene for ribonucleotide reductase Hs. 94262 ESTs, Weakly similar to DNA NUCLEOTIDYLEXOTRANSFERASE [H. sapiens]/similar to DNA polymerase Hs.46964 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group (xeroderma pigmentosum group D complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 1 (includes overlapping antisense sequence) Hs.59544 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 3 (xeroderma pigmentosum group B complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 4 Hs. 89296 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 5 (xeroderma pigmentosum, complementation group G (Cockayne syndrome)) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 6 Hs.99924 exonuclease 1 Hs.47504 Fanconi anemia, complementation group A Us. 86297 Fanconi anemia, complementation group C Hs.37953 Fanconi anemia, complementation group D1 Fanconi anemia, complementation group D2 Hs.15607 Fanconi anemia, complementation group E Hs.302003 Fanconi anemia, complementation group F Hs. 65328 Fanconi anemia, complmentation group G Us. 8047 flap structure-specific endonuclease I Hs. 4756 general transcription factor IIH, polypeptide 1 (62kD subunit) Hs. 89578 general transcription factor IIH, polypeptide 2 (30kD subunit) Hs. 191356 general transcription factor IIH, polypeptide 3 (34kD subunit) Hs. 90304 general transcription factor IIH, polypeptide 4 (52kD subunit) Hs. 102910 H2A histone family, member X Hs. 147097 HCNP rotein ; XPA-bindin rotein 2 Hs. 9822 Homo sapiens mRNA; cDNA DKFZjp586G1122 (from clone DKFZp586G1122) (MRE11A) Hs. 20555 HUS I (S. pombe) checkpoint homolog Hs. 152983 KIAA0086 gene product Hs. 1560 ligase 1, DNA, ATP-dependent Hs. 1770 ligase III, DNA, ATP-dependent Hs. 100299 ligase IV, DNA, ATP-dependent Hs. 166091 menage a trois 1 (CAK assembly factor Hs. 32380 methyl-CpG binding domain protein 4 Hs. 35947 mitotic arrest defience, yeast, -like2 Hs. 19400 MMS19 (MET18 S. cerevisiae)- like Hs. 288891 mutL (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Hs. 57301 mutL (E. coli) homolog3 Hs. 279842 mutS (E. coli) homolog 3 Hs. 42674 mutS (E. coli) homolog 4 Hs. 115246 mutS (E. coli) homolog 5 Hs. 112193 mutS (E. coli) homolog 5 Hs. 112193 mutS (E. coli) homolog 2 Hs. 78934 mutS (E. coli) homolog 6 Hs. 3248 mutY (E. coli) homolog Hs. 271353 Nijmegen breakage syndrome 1 (nibrin) Hs. 25812 N-methylpurine-DNA glycosylase Hs. 79396 nth (E. coli endonuclease III -1ike 1 Hs. 66196 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 1 Hs. 388 O-6-methylguanine-DNA methyltransferase Hs. 1384 polymerase (DNA directed) eta Hs. 155573 polymerase (DNA directed) gamma Hs. 80961 polymerase (DNA directed) iota Hs. 271699 polymerase (DNA directed) kappa Us. 135756 polymerase (DNA directed) lambda Hs. 129903 polymerase (DNA directed) lambda Hs. 225951 polymerase (DNA directed), b tas. 180107 polymerase (DNA directed), delta 1, catalytic subunit (125kD) Hs. 99890 polymerase'DNA directed), epsilon Hs. 166846 polynucleotide kinase 3'phosphatase Hs. 78016 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 1 Hs. 111749 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 2 Hs. 177548 postmeiotic segregation increased 2-like 3 Hs. 278467 postmeiotic s gr gation increased 2-like 4 Hs. 278468 proliferating cell nuclear antigen Hs. 78996 protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide Hs. 155637 RAD1 (S. pombe) homolog Hs. 7179 RAD 18 Hs. 21320 RAD23 (S. cerevisiae) homolog A Hs. 180455 RAD23 (S. cerevisiae) homolog B Hs. 178658 RAD50 (S. cerevisiae) homolog Hs. 41587 RAD51 (S. cerevisiae) homolog (E coli RecA homolog) Hs. 153667 RAD51 (S. cerevisiae) homolog C Hs. 11393 RAD51L1Hs. 100669 RAD51 Hs. 125244 RAD52 (S. cerevisiae) homolog Hs. 89571 RAD54 (S. cerevisiae)-like Hs. 66718 RAD54B Hs. 128501 RAD9 (S. pombe) homolog Hs. 240457 RecQ protein-like 4 Hs.31442 replication protein A1 (70kD) / GS2 gene (=C9) Hs.84318 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A3 (14kD) Hs.1608 REV1 (yeast hgomolog)- like Hs.110347 REV3 (yeast Homolog)- lie, catalytic subunit of DNA polymerase zeta Hs. 115521 single-strand monofunctionnal uracil DNA glycosylase Hs. 5212 SP011, meiotic protein covalently bound to DSB (S-cerevisiae)-like Hs. 159737 three time repair exonuclease 1 Hs. 278408 three time repair exonuclease 2 Hs. 251398 thymidine-DNA glycosylase Hs. 173824 thyroid autoantigen 70kD (Ku antigen) Hs. 197345 to oisomerase re1ated function rotein 4-2 Hs. 294030 tumor protein 53-binding protein, 1 Hs. 170263 ubiquitin activating enzyme-2 Hs. 16695 ubiquitm-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog) Hs. 80612 ubiquitin-conjugating enzyme E2A variant 2 Hs. 79300 ubiquitin-conjugating enzyme E2N (homologous to yeast UBC13) Hs. 75355 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 Wemer syndrome Hs. 150477 xeroderma pigmentosum, complementation group A Hs. 192803 xeroderma pigmentosum, complementation group C Hs.320 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 1 Hs. 98493 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 2 Hs. 129727 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 3 Hs. 99742 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4 Hs. 150930 X-ray repair complementing defective repair in Chinesde hamster cells 5 (double-strand-break rejoining; Ku autoantigen, 80kD) Hs.84981 29 Application des biopuces selon la revendication 28 pour l'appréciation des mécanismes mis en jeu et de la qualité de la réparation des lesions de l'ADN, notamment en oncologie, notamment pour le cancer mammaire. 30 Application des biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 14,19, et 25,26, et 28, et du procédé selon l'une quelconque des revendications 15 à 18 et 20 à 24, comme moyen de diagnostic dans le domaine de toutes les sciences du vivant, et pour toute étude de génome connu par exemple génome bovin, végétal, bactérien ; pour verifier la fonctionnalité d'un gène chez des organismes génétiquement modifiés ; et en virologie, les biopuces étant alors utilisées pour caractériser la présence et le type de virus infectant un organisme. 31 Application selon la revendication 32 dans le domaine médical ou vétérinaire. 32 Application selon la revendication 33 dans le domaine phytosanitaire.