Brevet FR3068047A1 (20181228)

REVENDICATIONS1. Procédé itératif de sélection d'un sous-ensemble de molécules (CREF) dit de référence destinées à être utilisées pour prédire au moins une propriété d'une structure moléculaire dite cible, le procédé itératif de sélection comprenant une étape d'initialisation (E10) associant à une molécule dite courante une valeur d'un descripteur de molécules prédéterminé associée à la structure moléculaire cible, et lors de chaque itération (E20) du procédé de sélection : une étape d'évaluation (E30), pour chaque molécule d'une base (10) comprenant une pluralité de molécules associée chacune à une valeur dudit descripteur, d'une mesure de similarité dite globale entre la valeur du descripteur associée à ladite molécule et la valeur du descripteur associée à la molécule courante ; une étape de sélection (E40) de molécules de la base ayant une mesure de similarité globale supérieure à un seuil prédéterminé, les molécules sélectionnées étant ajoutées (E50) au sous-ensemble de référence ; et une étape de mise à jour (E60) de la valeur du descripteur associée à la molécule courante à partir des valeurs des descripteurs associées à au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon la revendication 1 dans lequel le descripteur de molécules comprend N caractéristiques où N désigne un entier supérieur à 1, et dans lequel l'étape d'évaluation (E20) comprend, pour chaque molécule de la base, une étape de calcul, pour chacune des N caractéristiques du descripteur, d'une mesure de similarité dite locale entre la valeur de cette caractéristique du descripteur associée à ladite molécule et la valeur de cette caractéristique du descripteur associée à la molécule courante, la mesure de similarité globale évaluée pour ladite molécule étant obtenue à partir des mesures de similarité locales calculées pour cette molécule.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon la revendication 2 dans lequel l'étape de calcul comprend pour chaque caractéristique du descripteur : un calcul d'une distance entre la valeur de cette caractéristique du descripteur associée à ladite molécule et la valeur de cette caractéristique du descripteur associée à la molécule courante ; et une conversion de la distance calculée en un nombre réel compris entre 0 et 1 au moyen d'une fonction de conversion prédéterminée, ledit nombre étant utilisé comme mesure de similarité locale pour ladite caractéristique du descripteur et ladite molécule.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon la revendication 3 dans lequel la distance calculée, notée d, vérifie : 22 o si x = y -00 si x = 0 et y> 0 d(x, y) = +00 si x > 0 et y = 0 log (-x) sinon Y où x et y désignent respectivement la valeur de la caractéristique du descripteur associée à ladite molécule et y la valeur de la caractéristique du descripteur associée à la molécule courante.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon la revendication 3 ou 4 dans lequel la fonction de 5 conversion, notée f, vérifie : f (d) = exp (-2610.2) où d désigne la distance à convertir et cr un nombre réel prédéterminé.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 2 à 5 dans lequel lors de l'étape d'évaluation (E20), la mesure de similarité globale évaluée pour ladite molécule est 10 le ratio entre : - la somme pondérée des N métriques de similarité locales calculées pour les N caractéristiques du descripteur pour cette molécule, et - deux fois la somme des poids appliqués aux métriques de similarité locales dans ladite somme pondérée moins ladite somme pondérée. 15\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 2 à 6 dans lequel les valeurs des N caractéristiques du descripteur traduisent la présence ou l'absence de N fragments moléculaires considérés dans la définition d'une clef structurale MACCS\n<CLM>\1\t20\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 dans lequel lors de l'étape de mise à jour (E60), la valeur associée à la molécule courante de chaque caractéristique du descripteur est mise à jour avec une moyenne arithmétique ou pondérée des valeurs de cette caractéristique du descripteur associées aux molécules de ladite au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence. 25\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 8 dans lequel le descripteur de molécules comprend N caractéristiques où N désigne un nombre supérieur ou égal à 1, et dans lequel, lors de l'étape de mise à jour (E60), la valeur associée à la molécule courante de chaque caractéristique du descripteur est mise à jour avec la valeur la plus fréquente de cette 30 caractéristique du descripteur parmi les valeurs de cette caractéristique du descripteur associées aux molécules de ladite au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence, ou si une pluralité de valeurs distinctes vérifient cette condition, avec la valeur la plus élevée parmi cette pluralité de valeurs distinctes. 23\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 9 dans lequel lors de l'étape de mise à jour (E60) mise en oeuvre lors d'une itération du procédé de sélection, ladite au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence comprend 5 les molécules sélectionnées lors de l'étape de sélection de cette itération qui n'appartenaient pas déjà à l'ensemble de référence avant cette étape de sélection.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 9 dans lequel lors de l'étape de mise à jour (E60) mise en oeuvre lors d'une itération du procédé de sélection, 10 ladite au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence comprend les molécules sélectionnées lors de l'étape de sélection de cette itération.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 9 dans lequel lors de l'étape de mise à jour (E60) mise en oeuvre lors d'une itération du procédé de sélection, 15 ladite au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence comprend toutes les molécules appartenant au sous-ensemble de référence à l'issue de l'étape de sélection de cette itération.\n<CLM>\1\tProcédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 12 dans lequel 20 les étapes d'évaluation, de sélection et de mise à jour sont réitérées tant qu'un critère d'arrêt (CRIT) prédéterminé n'est pas vérifié (E70), ledit critère d'arrêt étant choisi parmi : un nombre prédéterminé d'itérations réalisé ; un nombre de molécules prédéterminé atteint dans le sous-ensemble de référence ; une absence de molécules sélectionnées lors de l'étape de sélection n'appartenant pas déjà au 25 sous-ensemble de référence.\n<CLM>\1\tProcédé de prédiction d'au moins une propriété d'une substance moléculaire dite cible comprenant : une étape de sélection (F10), au moyen d'un procédé itératif de sélection selon l'une 30 quelconque des revendications 1 à 13, d'un sous-ensemble de molécules dit de référence dans une base de données comprenant une pluralité de molécules associée chacune à une valeur d'un descripteur de molécules prédéterminé ; une étape de prédiction (F20) d'au moins une propriété de ladite substance moléculaire cible à partir dudit sous-ensemble de molécules de référence sélectionné. 35\n<CLM>\1\tProgramme d'ordinateur (PROG) comportant des instructions pour l'exécution des étapes du procédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 13 ou pour 24 l'exécution des étapes du procédé de prédiction selon la revendication 14 lorsque ledit programme est exécuté par un ordinateur.\n<CLM>\1\tSupport d'enregistrement (6) lisible par un ordinateur sur lequel est enregistré un 5 programme d'ordinateur comprenant des instructions pour l'exécution des étapes du procédé de sélection selon l'une quelconque des revendications 1 à 13 ou pour l'exécution des étapes du procédé de prédiction selon la revendication\n<CLM>\1\t17. Dispositif de sélection (2) d'un sous-ensemble de molécules (CREF) dit de 10 référence destinées à être utilisées pour prédire au moins une propriété d'une structure moléculaire dite cible, le dispositif de sélection comprenant un module d'initialisation (2A) configuré pour associer à une molécule dite courante une valeur d'un descripteur de molécules prédéterminé associée à la structure moléculaire cible, ledit dispositif de sélection étant en outre configuré pour activer, au cours d'une pluralité d'itérations successives : 15 un module d'évaluation (2B) configuré pour évaluer, pour chaque molécule d'une base comprenant une pluralité de molécules associée chacune à une valeur du descripteur, une mesure de similarité dite globale entre la valeur du descripteur associée à ladite molécule et la valeur du descripteur associée à la molécule courante ; un module de sélection (2C) configuré pour sélectionner des molécules de la base ayant une 20 mesure de similarité globale supérieure à un seuil prédéterminé, les molécules sélectionnées étant ajoutées par ledit module de sélection au sous-ensemble de référence ; et un module de mise à jour (2D) configuré pour mettre à jour la valeur du descripteur associée à la molécule courante à partir des valeurs des descripteurs associées à au moins une partie des molécules appartenant au sous-ensemble de référence. 25\n<CLM>\1\tDispositif de prédiction (1), configuré pour prédire au moins une propriété d'une substance moléculaire dite cible comprenant : un dispositif de sélection (2) conforme à la revendication 17, configuré pour sélectionner un sous-ensemble de molécules dit de référence dans une base de données (10) comprenant une 30 pluralité de molécules associée chacune à une valeur d'un descripteur prédéterminé de molécules ; un module de prédiction (3), configuré pour prédire au moins une propriété de ladite substance moléculaire cible à partir du sous-ensemble de molécules de référence sélectionné. 35