Brevet FR3075824A1 (20190628)

REVENDICATIONS1. Procédé de caractérisation d'un microorganisme, comportant - l'éclairage dans la gamme de longueurs d'onde 390nm-900nm du microorganisme ayant une réponse électromagnétique naturelle dans ladite gamme; - l'acquisition, dans ladite gamme, d'une intensité lumineuse réfléchie par, ou transmise au travers de, dudit microorganisme éclairée; et - la détermination du microorgenisme comme étant une levure ou une souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans ladite gamme. 10\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 1, comportant en outre la détection du type de Gram et du caractère fermentant d'une souche bactérienne, comportant : l'éclairage dans la gamme de longueurs d'onde 390nm-900nm d'au moins une bactérie de ladite souche ayant une réponse électromeonétique naturelle dans ladite e; - l'acquisition, dans ladite gamine, d'une intensité lumineuse réfléchie par, ou transmise au travers de, ladite bactérie éclairée: et la détermination du type de Gram et du caractère fermentent de la souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans ladite gamme\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 2, dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 2 ou 3, dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne du type Gram positif ou l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne du type Gram négatif.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 3, dans lequel : l'éclairage et l'acquisition sont réalisés directement sur un échantillon comprenant une colonie de la souche bactérienne et un milieu nutritif sur lequel ladite colonie a 35 poussé, le milieu nutritif étant une gélose au sang, en particulier un columbia de sang de mouton ; 15 ,0 28 - si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne du type Gram positif.\n<CLM>\1\tProcédé se/on la revendication 5, dans lequel, si l'intensité Lumineuse acquise n'est pas celle d'une souche bactérienne de type Gram positif, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 6, dans lequel - la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type négatif et non fermentantes, des souches bactérienne de type Gram positif et des levures: - la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type Gram positif est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactérienne de type Gram positif de l'intensité hunineuse de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type négatif et non fermentantes et des levures. - la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure est 75 une classification distimmant l'intensité lumineuse des levures de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type Gram négatif et non fermentantes. Procédé selon la revendication 2, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas 30 celle d'une levure, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type pe Gram positif\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 8, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas 35 celle d'une souche bactérienne de type Gram positif, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant 29 si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 9, dans lequel - la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure est une classification distinguant l'intensité lumineuse des levures de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactériennes de type Gram positif des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes et des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes; 10 - la classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram positif est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram positif de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes et des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes ; 15 - la classification si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante est une classification distingnant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de typE Gram négatif et non feimentantes de l'intensité lumineuse du groupe constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes ; 20\n<CLM>\1\tProcédé selon 1a revendication 4, dans lequel : - l'éclairage et l'acquisition sont réalisés directement sur un échantillon comprenant une colonie de la souche bactérienne et un milieu nutritif sur lequel ladite colonie a poussé, le milieu nutritif étant une gélose Tryptone-Soja ; - si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une souche bactérienne de type Gram positif, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure. Procédé selon la revendication 11, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une levure, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante. 13 Procédé selon la revendication 12, dans lequel: 30 10 15\n<CLM>\1\t20\n<CLM>\1\t15\n<CLM>\1\t30\n<CLM>\1\t18. - la classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram positif est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram positif de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes, des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes et des levures; - la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle levure est une classification distinguant l'intensité lumineuse des levures de l'intensité de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type négatif et non fermentantes et des souches bactérienne de type négatif et fermentantes; - la classification si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et femientante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes de l'intensité lumineuse du groupe constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes . Procédé selon l'une des revendications 3 à 13, dans lequel chaque classification est apprise sur des images hyperspectrales de la gamme 390mn-900 nui et selon une approche consistant à augmenter pas-à-pas un ensemble de canaux spectraux utilisés dans la classification jusqu'à obtention d'un seuil de précision prédéterminé ou d'un nombre maximal de canaux prédéterminé. Procédé selon la revendications 3, dans lequel la première classification distingue les intensités lumineuses en fonction de la gamme de longueurs d'onde 470nm-500 mn et de la gamme de longueurs d'onde 575-645 mn uniquement. Procédé selon la revendication 4, dans lequel la seconde classification distingue les intensités lumineuses en fonction de la gamme de longueurs d'onde 535nrn - 675 nm et de la gamme de longueurs d'onde 850 nm-875 mn uniquement. Procédé selon l'une des revendications 5 à 7, dans lequel la seconde classification distingue les intensités lumineuses en fonction de la gamme de longueurs d'onde 415nm - 500nm et de la gamme de longueurs d'onde 535 nm - 675 rim. uniquement. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'intensité lumineuse est acquise sur un nombre de canaux spectraux inférieur ou égal à\n<CLM>\1\t31\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 5 à 7, dans lequel l'intensité lumineuse est acquise sur un nombre de canaux spectraux inférieur ou égal à 5 pour chacune des première et seconde classifications. et de préférence inférieur ou égal à\n<CLM>\1\t5\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'acquisition de l'intensité lumineuse comporte l'acquisition d'une image hyperspectrale ou multispectrale d'une colonie de bactérie de la souche, et dans lequel l'intensité lumineuse est déterminée en fonction d'au moins un pixel de ladite image correspondant à la colonie. 10\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 20, &ns lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant est réalisée en fonction de l'intensité lumineuse de chaque pixel d'un ensemble de pixels de la colonie, et dans laquelle le type de Gram et le caractère fermentant sont déterminés par un vote majoritaire des résultats desdites premières 15 détections.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 21, dans lequel le vote majoritaire est un vote à 70% des pixels ou plus ou un vote à la majorité simple.