Brevet FR3073862A1 (20190524)

REVENDICATIONS1. Utilisation d'une paire d'amorces d'amplification pour la détection et/ou l'identification d'une algue dans un échantillon susceptible d'en contenir, par amplification d'au moins une région variable du gène LSU d'une algue, ladite région variable constituant un marqueur de détection et/ou d'identification d'une algue.\n<CLM>\1\tUtilisation d'une paire d'amorces d'amplification selon la revendication 1, dans laquelle: une première paire d'amorces d'amplification consiste en un premier oligonucléotide qui s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus, choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 1 du gène LSU d'une algue et un deuxième oligonucléotide qui s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus, choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 2 du gène LSU d'une algue, ou une deuxième paire d'amorces d'amplification consiste en un premier oligonucléotide qui s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 5 du gène LSU d'une algue et le deuxième oligonucléotide s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 6 du gène LSUd'une algue.\n<CLM>\1\tUtilisation d'une paire d'amorces d'amplification selon la revendication 1, dans laquelle ledit premier oligonucléotide ou ledit deuxième oligonucléotide de la première ou de la deuxième paire d'amorces d'amplification s'hybride à sa séquence cible respective choisie parmi les séquences SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO:2 , SEQ ID NO: 5, et SEQ ID NO: 6 du gène LSUd'une algue, à une température comprise de 40 à 65°C, et plus particulièrement de 50-60°C et une concentration saline comprise de 0, 001 à 0,5 M, et plus particulièrement de 0.05 à 0,1 M, et encore plus particulièrement de à 0,001 à 0,005M.\n<CLM>\1\tUtilisation d'une paire d'amorces d'amplification selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle - le premier oligonucléotide de la première paire d'amorces d'amplification a une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 3 et le deuxième oligonucléotide a une séquence de 15 à 26 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 4, 30 35 - le premier oligonucléotide de la deuxième paire d'amorces d'amplification a une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 7 et le deuxième oligonucléotide a une séquence de 15 à 24 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 8, 5 pour la détection et/ou l'identification d'une algue dans un échantillon susceptible d'en contenir, par amplification d'au moins une région variable du gène LSU d'une algue, ladite région variable constituant un marqueur de détection et/ou d'identification d'une algue, et dans laquelle ladite algue appartient à l'un des embranchements suivants: Glaucophyta, Cyanobacteria, Dinophyta, Ochrophyta, Euglenozoa, Charophyta, Chlorophyta, ou Rhodophyta. 10\n<CLM>\1\tUtilisation d'une paire d'amorces d'amplification selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ladite région variable du gène LSU d'une algue qui est amplifiée a une taille inférieure ou égale à 220 paires de bases, notamment inférieure ou égale à 200, 190, 180 et notamment inférieure ou égale à 178 paires de bases. 15\n<CLM>\1\tUtilisation d'une paire d'amorces d'amplification selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ladite région variable du gène LSU d'une algue est représentée par une séquence choisie dans le groupe constitué par: SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 20 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, ou une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 80% avec ladite séquence et notamment 95% et plus particulièrement 98% ou 99%.\n<CLM>\1\tAmorce d'amplification ayant une taille comprise de 15 à 45 nucléotides, notamment de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus, ladite amorce 25 d'amplification comprenant ou étant constituée par une séquence complémentaire d'une séquence choisie parmi: - SEQ ID NO: 1, ou une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% avec ladite séquence de SEQ ID NO: 1, ou - SEQ ID NO: 2, ou une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% avec ladite séquence de SEQ ID NO: 2, ou - SEQ ID NO: 5, ou une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% avec ladite séquence de SEQ ID NO: 5, ou 41 5 une taille comprise de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus, choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 7 ou SEQ ID NO: 8 comprenant ou étant constituée par une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, 10 SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, OU choisie dans la sequence de SEQ ID NO: 3 ou SEQ ID NO: 4 comprenant ou étant constituée par une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 42 , SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, 15 SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, ou une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 81%, 82%, 83%, 84%, 20 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou 100% avec lesdites séquences.\n<CLM>\1\tMarqueur de détection et/ou d'identification d'une algue ayant une taille inférieure ou égale à 220 nucléotides, notamment inférieure ou égale à 190, 180 et notamment 178 nucléotides, 25 ledit marqueur comprenant ou étant constitué par une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ou 100% avec une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, et SEQ ID NO:\n<CLM>\1\t30\n<CLM>\1\tProcédé d'amplification d'au moins une région variable du gène LSUd'une algue, ladite région variable constituant un marqueur de détection et/ou d'identification d'une algue, comprenant ou étant constitué des étapes suivantes: a) une étape d'extraction du matériel nucléique d'un produit ou échantillon susceptible de 35 contenir une algue, b) une étape d'amplification de ladite région variable du gène LSU d'une algue, en utilisant - SEQ ID NO: 6, ou une séquence ayant un pourcentage d'identité d'au moins 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% avec ladite séquence de SEQ ID NO:\n<CLM>\1\t8. Amorce d'amplification selon la revendication 6, ladite amorce d'amplification ayant 42 -une première paire d'amorces d'amplification consiste en un premier oligonucléotide qui s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 1 du gène LSU d'une algue et un deuxième oligonucléotide qui s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides 5 contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 2 du gène LSU d'une algue, ou -une deuxième paire d'amorces d'amplification consiste en un premier oligonucléotide qui s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 5 du gène LSU d'une algue et le deuxième oligonucléotide s'hybride à une séquence de 15 à 30 nucléotides contigus, de préférence de 18 à 24 nucléotides contigus 10 choisie dans la séquence de SEQ ID NO: 6 du gène LSU d'une algue, c) une étape de détermination ou d'identification de la présence d'une algue dans ledit produit ou échantillon par la détection d'au moins une région variable amplifiée du gène LSU d'une algue.\n<CLM>\1\tProcédé d'amplification selon la revendication 9, dans lequel ledit procédé comprend 15 l'obtention d'au moins une région variable amplifiée du gène LSU d'une algue, notamment une étape de détection de ladite obtention d'au moins une région variable amplifiée du gène LSU d'une algue afin d'obtenir une région variable amplifiée et détectée du gène LSUd'une algue, et dans lequel ledit procédé comprend de préférence une étape d'identification d'une algue par séquençage de ladite région variable amplifiée et détectée du gène LSU d'une algue afin d'obtenir une région variable amplifiée séquencée. 20 25