Brevet FR3075825A1 (20190628)

REVENDICATIONS1. Procédé de détection du type de Gram et du caractère fermentant d'une souche bactérienne, comportant : l'éclairage dans la gamme de longueurs d'onde 390nm-900nm d'au moins une bactérie de ladite souche ayant une réponse électromagnétique naturelle dans ladite gamme; l'acquisition, dans ladite gamme, d'une intensité lumineuse réfléchie par, ou transmise au travers de, ladite bactérie éclairée; et la détermination du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans ladite gamme.\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 1, dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante.\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 1 ou 2, dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne du type Gram positif ou l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne du type Gram négatif\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 1, 2 ou 3, dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure ou d'un test microbiologique distinguant la souche bactérienne d'une levure.\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 2, dans lequel : l'éclairage et l'acquisition sont réalisés directement sur un échantillon comprenant une colonie de la souche bactérienne et un milieu nutritif sur lequel ladite colonie a poussé, le milieu nutritif étant une gélose au sang, en particulier un columbia de sang de mouton ; si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne du type Gram positif 29\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 5, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une souche bactérienne de type Gram positif, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une 5 classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 6, dans lequel la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante est une classification distinguant 10 l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type négatif et non fermentantes, des souches bactérienne de type Gram positif et des levures ; la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche 15 bactérienne de type Gram positif est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactérienne de type Gram positif de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type négatif et non fermentantes et des levures. la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure est 20 une classification distinguant l'intensité lumineuse des levures de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type Gram négatif et non fermentantes.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 4, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas 25 celle d'une levure, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une souche bactérienne de type Gram positif\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 8, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas 30 celle d'une souche bactérienne de type Gram positif, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante. 35\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 9, dans lequel : la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure est une classification distinguant l'intensité lumineuse des levures de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactériennes de type Gram positif, 30 des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes et des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes ; la classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram positif est une classification distinguant l'intensité lumineuse des 5 souches bactériennes de type Gram positif de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes et des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes ; la classification si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et 10 non fermentante est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes de l'intensité lumineuse du groupe constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes ;\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 3, dans lequel : 15 l'éclairage et l'acquisition sont réalisés directement sur un échantillon comprenant une colonie de la souche bactérienne et un milieu nutritif sur lequel ladite colonie a poussé, le milieu nutritif étant une gélose Tryptone-Soja; si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une souche bactérienne de type Gram positif, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant 20 comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle d'une levure.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 11, dans lequel, si l'intensité lumineuse acquise n'est pas celle d'une levure, la détermination du type de Gram et du caractère fermentant 25 comporte en outre l'application d'une classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 12, dans lequel : 30 la classification prédisant si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram positif est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram positif de l'intensité lumineuse de l'ensemble constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes, des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes et des levures; 35 la classification prédisant si l'intensité lumineuse acquise est celle levure est une classification distinguant l'intensité lumineuse des levures de l'intensité de l'ensemble constitué des souches bactérienne de type négatif et non fermentantes et des souches bactérienne de type négatif et fermentantes; 31 5\n<CLM>\1\t10\n<CLM>\1\t15\n<CLM>\1\t20\n<CLM>\1\t25\n<CLM>\1\t30\n<CLM>\1\t35\n<CLM>\1\tla classification si l'intensité lumineuse est celle d'une souche bactérienne de type Gram négatif et fermentante ou d'une souche bactérienne de type Gram négatif et non fermentante est une classification distinguant l'intensité lumineuse des souches bactériennes de type Gram négatif et non fermentantes de l'intensité lumineuse du groupe constitué des souches bactériennes de type Gram négatif et fermentantes . Procédé selon l'une des revendications 2 à 13, dans chaque classification est apprise sur des images hyperspectrales de la gamme 390nm-900 nm et selon une approche consistant à augmenter pas-à-pas un ensemble de canaux spectraux utilisés dans la classification jusqu'à obtention d'un seuil de précision prédéterminé ou d'un nombre maximal de canaux prédéterminé. Procédé de détection selon la revendications 2, dans laquelle la première classification distingue les intensités lumineuses en fonction de la gamme de longueurs d'onde 470nm-500 nm et de la gamme de longueurs d'onde 575-645 nm uniquement. Procédé de détection selon la revendication 3, dans laquelle la seconde classification distingue les intensités lumineuses en fonction de la gamme de longueurs d'onde 535nm - 675 nm et de la gamme de longueurs d'onde 850 nm-875 nm uniquement. Procédé de détection selon l'une des revendications 5 à 7, dans laquelle la seconde classification distingue les intensités lumineuses en fonction de la gamme de longueurs d'onde 415nm - 500nm et de la gamme de longueurs d'onde 535 nm - 675 nm uniquement. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle l'intensité lumineuse est acquise sur un nombre de canaux spectraux inférieur ou égal à\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon l'une quelconque des revendications 5 à 7, dans laquelle l'intensité lumineuse est acquise sur un nombre de canaux spectraux inférieur ou égal à 5 pour chacune des première et seconde classifications, et de préférence inférieur ou égal à\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle l'acquisition de l'intensité lumineuse comporte l'acquisition d'une image hyperspectrale ou multispectrale d'une colonie de bactérie de la souche, et dans laquelle 32 l'intensité lumineuse est déterminée en fonction d'au moins un pixel de ladite image correspondant à la colonie.\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 20, dans laquelle la détermination du type 5 de Gram et du caractère fermentant est réalisée en fonction de l'intensité lumineuse de chaque pixel d'un ensemble de pixels de la colonie, et dans laquelle le type de Gram et le caractère fermentant sont déterminés par un vote majoritaire des résultats desdites premières détections. 10\n<CLM>\1\tProcédé de détection selon la revendication 21, dans laquelle la vote majoritaire est un vote à 70% des pixels ou plus ou un vote à la majorité simple.\n<CLM>\1\tProcédé de réalisation d'un antibiogramme d'une souche bactérienne à un antibiotique comprenant : 15 la détermination du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne ; le réalisation d'au moins un échantillon comprenant la souche bactérienne, un milieu de culture et une concentration d'un antibiotique en fonction du type de Gram et du caractère fermentant choisi; et 20 la détermination de la sensibilité de la souche bactérienne à l'antibiotique en fonction de la pousse de ladite souche dans l'échantillon, procédé dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne est réalisée selon un procédé conforme à l'une quelconque des revendications précédentes. 25\n<CLM>\1\tProcédé d'identification d'une souche bactérienne à un antibiotique comprenant : la détermination du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne ; le choix d'au moins un milieu colorimétrique en fonction du type de Gram et du 30 caractère fermentant choisi; et la mise en culture dans ledit milieu de la souche bactérienne, procédé dans lequel la détermination du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne est réalisée selon un procédé conforme l'une quelconque des revendications 1 à\n<CLM>\1\t35\n<CLM>\1\tSystème de détection du type de Gram et du caractère fermentant d'une souche bactérienne, comprenant : 3:3 - un éclairage configuré pour éclairer, dans la ganame de longueurs d'onde 390nm900 mn, au moins une bactérie de la souche; - ut:1 capteur configuré pour acquérir, dans la gamme 390nm-900nm, une intensité lumineuse réfléchie par, ou transmise au travers de, ladite bactérie éclairée; et - une unité informatique configurée pour déterminer du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans la gamme 390nm-900\n<CLM>\1\tSystème selon la revendication 25, configuré pour mettre en oeuvre un procédé conforme à l'une des revendications 2 à\n<CLM>\1\t27. Système selon la revendication 25 ou 26, configuré pour éclairer, et acquérir l'image de, un échantillon comprenant Ime colonie de bactéries de ladite souche et milieu nutritif sur lequel ladite colonie a poussé, en particulier une boite de Pétri.