Brevet FR3044415A1 (20170602)
REVENDICATIONS1. Procédé de détermination de la réaction d'au moins une bactérie d'intérêt à son exposition à un antibiotique mettant en oeuvre une analyse par spectroscopie Raman et comprenant les étapes suivantes : On dispose d'un échantillon biologique susceptible de contenir lesdites bactéries d'intérêt, On prépare au moins deux fractions dudit échantillon comprenant chacune une ou plusieurs bactéries d'intérêt vivantes, On capture dans chaque fraction au moins une bactérie d'intérêt vivante à l'aide d'un partenaire de liaison, On expose au moins l'une des fractions à au moins une concentration d'au moins un antibiotique donné, l'autre des fractions étant la fraction de contrôle, On soumet la ou les bactérie(s) d'intérêt contenue(s)s dans les fractions à une lumière incidente et on analyse la lumière résultante obtenue par diffusion Raman par la ou les bactérie(s) d'intérêt par spectroscopie Raman pour obtenir autant de spectres Raman que de bactéries, On traite lesdits spectres pour obtenir une signature de la réaction de la ou de chacune des bactérie(s) d'intérêt à l'exposition dudit antibiotique et du contrôle, On compare la signature ainsi obtenue par bactérie d'intérêt, à une base de référence définie dans les mêmes conditions que ci-dessus, pour différentes bactéries et au moins ledit antibiotique, et On définit un profil clinique de sensibilité de ladite bactérie d'intérêt audit antibiotique.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'on prépare plus de deux fractions dudit échantillon et on expose au moins deux fractions à des concentrations croissantes, respectivement, dudit antibiotique.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que les concentrations de l'antibiotique auxquelles la ou les fractions sont respectivement exposées, sont comprises dans un intervalle de valeurs incluant au moins une valeur choisie ou des valeurs formants au moins un intervalle encadrant au moins une valeur choisie parmi des valeurs caractéristique d'un couple antibiotique/espèce tel que le cut-off épidémiologique, le ou les breakpoints clinique ou des panels de concentrations utilisés dans les méthodes de référence.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que la ou les bactérie(s) d'intérêt présentes dans les fractions sont capturées par un partenaire de liaison qui est immobilisé directement ou indirectement sur un support. 3044415 24\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 4, caractérisé en ce que le partenaire de liaison est susceptible d'interagir spécifiquement avec la ou les bactérie(s) d'intérêt et est de préférence choisi parmi les protéines, les anticorps, les antigènes, les aptamères, les phages, les protéines de phages. 5\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisé en ce qu'on repère et on trie les bactéries capturées, par exemple par imagerie ou spectrophotométrie.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, caractérisé en ce que, avant de soumettre la ou les bactéries d'intérêt à une lumière incidente, on 10 élimine les bactéries n'ayant pas été capturées.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 7, caractérisé en ce qu'on élimine les bactéries, avant ou après l'étape d'exposition à l'antibiotique.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, caractérisé en ce que, après l'étape d'exposition des fractions, on concentre lesdites fractions et la 15 fraction de contrôle puis on les soumet à l'étape de capture.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, caractérisé en ce que l'antibiotique est dans un milieu physiologique permettant au moins de maintenir la ou les bactéries d'intérêt vivantes.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, caractérisé en 20 ce que l'exposition à l'antibiotique est effectuée à une température d'au moins 18°Cet d'au plus 40°C.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 11, caractérisé en ce que l'exposition à l'antibiotique est effectuée pendant un temps dit d'incubation d'au moins 10 minutes et d'au plus 4 heures. 25\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que, pour obtenir ladite signature, pour chaque fraction exposée à l'antibiotique, on soustrait le ou les spectres Raman du prélèvement de contrôle aux spectres Raman respectivement desdits prélèvements.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 13, caractérisé en 30 ce qu'on détermine le statut Sensible, Intermédiaire ou Résistant de la souche d'intérêt audit antibiotique.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 14, caractérisé en ce qu'on détermine la concentration minimale inhibitrice (CMI) de ladite souche audit antibiotique.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 14 ou 15, caractérisé en ce que chaque 35 fraction comprend au moins 2, de préférence au moins 5, bactéries d'intérêt pour obtenir au moins 2, de préférence au moins 5 signaux.