Brevet FR3050461A1 (20171027)
REVENDICATIONS1 - Procédé de détection et de caractérisation d'un microorganisme dans un échantillon clinique, ledit procédé comprenant : a) introduire un échantillon clinique dans un premier récipient de culture contenant un milieu de culture ; b (i)) simultanément transporter et incuber l'échantillon clinique, ledit transport et ladite incubation comprenant le placement du premier récipient de culture dans un compartiment (3) isolé thermiquement d'un conteneur (1) pouvant être scellé, le chauffage de l'échantillon clinique à une température appropriée pour une préculture de l'échantillon, le compartiment (3) isolé thermiquement et le chauffage étant utilisés pour maintenir l'échantillon clinique à la température appropriée pour la préculture durant le transport de l'échantillon, permettant ainsi de précultiver l'échantillon clinique ; b (ii)) facultativement continuer à cultiver ledit 20 échantillon clinique dans ledit premier récipient de culture ; b (iii)) facultativement retirer une partie de la culture d'échantillon clinique à partir dudit premier récipient de culture, et introduire ladite partie dans un 25 second récipient de culture contenant un milieu de culture, et facultativement précultiver ladite partie dans ledit second récipient de culture ; c) retirer une aliquote de test à partir dudit premier et/ou second récipient de culture, et continuer à 30 cultiver ledit échantillon clinique et/ou ladite partie dans ledit premier et/ou second récipient de culture ; et séparer l'ADN à partir de l'aliquote de test et réaliser des tests d'acide nucléique sur l'ADN pour 3050461 - 155 - identifier un microorganisme et/ou pour détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans le microorganisme, et/ou déterminer la susceptibilité antimicrobienne d'un 5 microorganisme dans l'échantillon clinique. 2 - Procédé selon la revendication 1, dans lequel les tests d'acide nucléique sont effectués à l'aide de : i) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide 10 nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et/ou 15 ii) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne. 3 - Procédé selon la revendication 1, dans lequel ledit ou lesdits tests comprennent la réalisation d'un test de susceptibilité antimicrobienne sur un échantillon clinique cultivé et/ou une partie provenant de l'étape (c), la croissance microbienne dans le test de susceptibilité antimicrobienne étant surveillée par l'évaluation de la croissance ou de marqueurs pour la croissance. 4 Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, ledit procédé comprenant : 3050461 - 156 - a) introduire un échantillon clinique dans un premier récipient de culture contenant un milieu de culture ; b (i)) simultanément transporter et incuber l'échantillon clinique, ledit transport et ladite incubation 5 comprenant le placement du premier récipient de culture dans un compartiment (3) isolé thermiquement d'un conteneur (1) pouvant être scellé, le chauffage de l'échantillon clinique à une température appropriée pour la préculture de l'échantillon, le compartiment (3) isolé thermiquement et le 10 chauffage étant utilisés pour maintenir l'échantillon clinique à la température appropriée pour la préculture durant le transport de l'échantillon, permettant ainsi de précultiver l'échantillon clinique ; b (ii)) facultativement continuer à cultiver ledit 15 échantillon clinique dans ledit premier récipient de culture ; b (iii)) facultativement retirer une partie de la culture d'échantillon clinique à partir dudit premier récipient de culture, et introduire ladite partie dans un 20 second récipient de culture contenant un milieu de culture, et facultativement précultiver ladite partie dans ledit second récipient de culture ; c) retirer une aliquote de test à partir dudit premier et/ou second récipient de culture, et continuer à 25 cultiver ledit échantillon clinique et/ou ladite partie dans ledit premier et/ou second récipient de culture ; d) séparer l'ADN à partir de ladite aliquote de test ; e) réaliser des tests d'acide nucléique sur ledit 30 ADN pour identifier le microorganisme et pour détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme, lesdits tests d'acide nucléique étant réalisés à l'aide de : 3050461 - 157 - i) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une 5 séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et ii) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de 10 s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne ; et il est détecté si lesdites sondes et/ou amorces 15 se sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces se sont étendues ou non (par exemple une réaction d'amplification a eu lieu) ; et f) si un microorganisme est identifié dans l'étape (e), réaliser un test de susceptibilité antimicrobienne sur 20 ledit échantillon clinique cultivé et/ou ladite partie provenant de l'étape (c), la croissance microbienne dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant surveillée par l'évaluation de la croissance ou de marqueurs pour la croissance, et le type et la concentration d'agents 25 antimicrobiens utilisés dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant déterminés par l'identité du microorganisme et des marqueurs de résistance antimicrobienne détectés dans l'étape (e), et facultativement continuer à cultiver ledit échantillon clinique et/ou ladite partie dans 30 ledit premier et/ou second récipient de culture. 5 Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, ledit procédé comprenant : 3050461 - 158 - a) introduire un échantillon clinique dans un récipient de culture contenant un milieu de culture ; b (i)) simultanément transporter et incuber l'échantillon clinique, ledit transport et ladite incubation 5 comprenant le placement du récipient de culture dans un compartiment (3) isolé thermiquement d'un conteneur (1) pouvant être scellé, le chauffage de l'échantillon clinique à une température appropriée pour la préculture de l'échantillon, le compartiment (3) isolé thermiquement et le 10 chauffage étant utilisés pour maintenir l'échantillon clinique à la température appropriée pour la préculture durant le transport de l'échantillon, permettant ainsi de précultiver l'échantillon clinique ; b (ii)) facultativement continuer à cultiver ledit 15 échantillon clinique dans ledit flacon de récipient de culture ; c) retirer une aliquote de test à partir dudit récipient de culture, et continuer à cultiver ledit échantillon clinique dans ledit récipient de culture ; 20 d) séparer l'ADN à partir de ladite aliquote de test ; e) réaliser des tests d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le microorganisme et pour détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques 25 de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme, lesdits tests d'acide nucléique étant réalisés à l'aide de : i) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou 30 une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et 3050461 - 159 - ii) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant 5 capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne ; et il est détecté si lesdites sondes et/ou amorces se sont hybridées ou non au dit ADN et/ou si lesdites amorces 10 se sont étendues (par exemple une réaction d'amplification a eu lieu) ; et f) si un microorganisme est identifié dans l'étape (e), réaliser un test de susceptibilité antimicrobienne sur ledit échantillon clinique cultivé provenant de l'étape (c), 15 la croissance microbienne dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant surveillée par l'évaluation de la croissance ou de marqueurs pour la croissance, et le type et la concentration des agents antimicrobiens utilisés dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant déterminés 20 par l'identité du microorganisme et des marqueurs de résistance antimicrobienne détectés dans l'étape (e), et facultativement continuer à cultiver ledit échantillon clinique dans ledit récipient de culture. 25 6 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, ledit procédé comprenant : a) introduire un échantillon clinique dans un premier récipient de culture ; b) (i)) simultanément transporter et incuber 30 l'échantillon clinique, ledit transport et ladite incubation comprenant le placement du premier récipient de culture dans un compartiment (3) isolé thermiquement d'un conteneur (1) pouvant être scellé, le chauffage de l'échantillon clinique à 3050461 - 160 - une température appropriée pour la préculture de l'échantillon, le compartiment (3) isolé thermiquement et le chauffage étant utilisés pour maintenir l'échantillon clinique à la température appropriée pour la préculture 5 durant le transport de l'échantillon, permettant ainsi de précultiver l'échantillon clinique ; b (ii)) facultativement continuer à cultiver ledit échantillon clinique dans ledit premier récipient de culture ; 10 b (iii)) retirer une partie de la culture d'échantillon clinique à partir dudit premier récipient de culture, et introduire ladite partie dans un second récipient de culture contenant un milieu de culture et facultativement précultiver ladite partie dans ledit second récipient de 15 culture ; c) retirer une aliquote de test à partir dudit second récipient de culture, et continuer à cultiver ladite partie dans ledit second récipient de culture ; d) séparer l'ADN à partir de ladite aliquote de 20 test ; e) réaliser des tests d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le microorganisme et détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme, lesdits 25 tests d'acide nucléique étant réalisés à l'aide de : i) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une 30 séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et ii) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance 3050461 - 161 - antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance 5 antimicrobienne ; et il est détecté si lesdites sondes et/ou amorces se sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces se sont étendues (par exemple une réaction d'amplification a eu lieu) ; et 10 f) si un microorganisme est identifié dans l'étape (e), réaliser un test de susceptibilité antimicrobienne sur ladite partie cultivée provenant de l'étape (c), la croissance microbienne dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant surveillée par l'évaluation de la 15 croissance ou de marqueurs pour la croissance, et le type et la concentration des agents antimicrobiens utilisés dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant déterminés par l'identité du microorganisme et des marqueurs de résistance antimicrobienne détectés dans l'étape (e), et 20 facultativement continuer à cultiver ladite partie dans ledit second récipient de culture. 7 Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 6, dans lequel ledit échantillon clinique 25 et/ou ladite partie est encore cultivé après l'étape (f) si aucune souche de microorganisme n'est identifiée dans l'étape (e) pour permettre à de nouveaux tests d'identification microbienne et de susceptibilité antimicrobienne d'être réalisés pour identifier le microorganisme et déterminer son 30 profil de résistance antimicrobienne. 3050461 - 162 - 8 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans lequel l'échantillon est agité durant l'étape (b)(i). 5 9 Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, dans lequel l'échantillon clinique est maintenu à une température de 25-35°C pour la préculture de l'échantillon, de préférence dans lequel l'échantillon clinique est maintenu à une température de 30-35°C. 10 10 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans lequel la pré-culture est réalisée pendant 1 à 6 heures. 15 11 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, dans lequel le premier récipient de culture est un flacon de culture de sang. 12 - Procédé selon l'une quelconque des 20 revendications 1 à 11, dans lequel la croissance microbienne est mesurée avant l'étape (b)(ii), et/ou avant l'étape (c). 13 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 12, dans lequel la croissance microbienne 25 est évaluée par la détermination de la quantité de matière cellulaire microbienne présente dans un échantillon. 14 - Procédé selon la revendication 13, dans lequel la quantité de matière cellulaire microbienne présente dans 30 un échantillon est déterminée par la détermination de la quantité et/ou du nombre et/ou de la taille de microorganismes et/ou de colonies microbiennes ou agrégats microbiens. 3050461 - 163 - 15 - Procédé selon l'une des revendications 12 ou 14, dans lequel la quantité de matière cellulaire microbienne présente dans un échantillon est déterminée par imagerie. 5 16 Procédé selon l'une quelconque des revendications 12 à 15, dans lequel la quantité de matière cellulaire microbienne présente dans un échantillon est déterminée par la mesure de l'aire de biomasse microbienne 10 par. imagerie. 17 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 16, dans lequel le premier récipient de culture contient un milieu de culture contenant un agent qui 15 neutralise la présence de n'importe quels agents antimicrobiens présents dans l'échantillon clinique. 18 Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 17, dans lequel l'ADN microbien est séparé 20 ou enrichi sélectivement à partir de ladite aliquote de test. 19 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 18, comprenant en outre une étape de séparation ou d'enrichissement de microorganismes à partir de 25 ou dans l'aliquote de test avant ou simultanément à l'étape (d). 20 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 19, dans lequel les étapes (c) à (e) sont 30 répétées une fois ou plusieurs fois. 3050461 -164- 21 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 20, dans lequel, à l'étape (e)(i) et/ou (ii), des sondes d'hybridation sont utilisées. 5 22 - Procédé selon la revendication 21, dans lequel lesdites sondes d'hybridation sont des sondes cadenas comprenant des extrémités 5' et 3' qui peuvent s'hybrider à une séquence nucléotidique d'identification ou de marqueur de résistance antimicrobienne. 10 23 - Procédé selon la revendication 22, dans lequel une sonde cadenas circularisée est détectée par amplification par cercle roulant (RCA). 15 24 - Procédé selon la revendication 23, dans lequel la RCA est ou comprend une amplification cercle à cercle (C2CA) dans laquelle un produit de RCA est clivé en monomères, et les monomères sont circularisés et utilisés comme matrices pour une nouvelle réaction de RCA. 20 25 - Procédé selon l'une des revendications 23 ou 24, dans lequel un produit de RCA est détecté par clivage du produit de RCA en monomères, hybridation desdits monomères sur un réseau et détection des monomères sur le réseau. 26 Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 24, dans lequel, dans l'étape (f), la croissance microbienne est déterminée par la détection d'un microorganisme directement. 27 - Procédé selon la revendication 25, dans lequel les microorganismes sont marqués avec un colorant et détectés. 25 30 3050461 - 165 - 28 Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 26, dans lequel, pour les tests d'acide nucléique de l'étape (e), de l'ADN séparé est immobilisé à 5 l'aide de sondes de capture capables de s'hybrider à l'ADN. 29 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 27, dans lequel l'étape (f) est réalisée si un microorganisme unique est identifié dans l'étape (e). 10 30 - Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 27, dans lequel, si au moins deux microorganismes sont identifiés dans l'étape (e), l'échantillon clinique et/ou la partie est encore cultivé 15 après l'étape (f) pour permettre à de nouveaux tests d'identification microbienne et de susceptibilité antimicrobienne d'être réalisés pour identifier le microorganisme et déterminer son profil de résistance antimicrobienne. 20 31 - Système de test d'échantillon clinique comprenant : a) un appareil portatif pour le transport et l'incubation d'un échantillon clinique dans un premier 25 récipient de culture, l'appareil comprenant : un conteneur (1) pouvant être scellé ayant un compartiment (3) isolé thermiquement pour recevoir le premier récipient de culture ; un dispositif de chauffage destiné à chauffer l'échantillon clinique à une température appropriée pour la préculture de 30 l'échantillon ; et b) un dispositif de détection de microorganisme configuré pour recevoir ledit premier récipient de culture et 3050461 - 166 - étant agencé pour cultiver l'échantillon clinique, ledit dispositif comprenant : facultativement un second récipient de culture contenant un milieu de culture ; 5 facultativement un dispositif de retrait de partie pour retirer une partie du contenu du premier récipient de culture et transférer la partie dans le second récipient de culture ; le second récipient de culture étant agencé pour 10 recevoir une culture d'échantillon clinique en tant que partie du contenu du premier récipient de culture, et étant agencé pour cultiver la partie ; le dispositif comprenant en outre : un dispositif d'extraction d'aliquote de test pour 15 retirer une partie du contenu du premier et/ou second récipient de culture pour une utilisation en tant qu'aliquote de test ; et un dispositif de test d'ADN pour séparer l'ADN à partir de ladite aliquote de test, et réaliser des tests 20 d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le microorganisme et pour détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme et/ou un dispositif de test de susceptibilité 25 antimicrobienne pour réaliser un test de susceptibilité antimicrobienne sur ledit échantillon clinique cultivé et/ou ladite partie cultivée par la surveillance de la croissance microbienne par l'évaluation de la croissance ou de marqueurs pour la croissance ; le dispositif étant destiné à cultiver 30 l'échantillon clinique et/ou la partie après extraction de l'aliquote de test, et facultativement avant l'extraction de l'aliquote de test. 3050461 - 167 - 32 - Système de test d'échantillon clinique selon la revendication 31, dans lequel le dispositif de test d'ADN est agencé pour réaliser les tests d'acide nucléique à l'aide de : 5 i. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un 10 microorganisme donné ; et ii. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier 15 sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne ; et il est détecté si lesdites sondes ou amorces se sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces ont pris part ou non à une réaction d'amplification. 20 33 - Système de test d'échantillon clinique selon la revendication 31, comprenant : a) un appareil portatif pour le transport et l'incubation d'un échantillon clinique dans un premier 25 récipient de culture, l'appareil comprenant : un conteneur (1) pouvant être scellé ayant un compartiment (3) isolé thermiquement pour recevoir le premier récipient de culture ; un dispositif de chauffage pour chauffer l'échantillon clinique à une température appropriée pour la préculture de 30 l'échantillon ; et b) un dispositif de détection de microorganisme configuré pour recevoir ledit premier récipient de culture et 3050461 - 168 - étant agencé pour la culture de l'échantillon clinique, ledit dispositif comprenant : facultativement un second récipient de culture contenant un milieu de culture 5 facultativement un dispositif de retrait de partie pour retirer une partie du contenu du premier récipient de culture et transférer la partie dans le second récipient de culture ; le second récipient de culture étant agencé pour 10 recevoir une culture d'échantillon clinique en tant que partie du contenu du premier récipient de culture, et étant agencé pour cultiver la partie ; le dispositif comprenant en outre : un dispositif d'extraction d'aliquote de test pour 15 retirer une partie du contenu du premier et/ou second récipient de culture pour l'utilisation en tant qu'aliquote de test ; et un dispositif de test d'ADN pour séparer l'ADN à partir de ladite aliquote de test, et réaliser des tests 20 d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le microorganisme et pour détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme, le dispositif de test d'ADN étant agencé pour réaliser les tests d'acide 25 nucléique à l'aide de : i. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une 30 séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et ii. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance 3050461 - 169 - antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne ; 5 et il est détecté si lesdites sondes ou amorces se sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces ont pris part ou non à une réaction d'amplification ; le dispositif de détection de microorganisme étant agencé de telle sorte que : si le microorganisme donné est 10 identifié par le dispositif de test d'ADN, alors l'échantillon clinique cultivé et/ou la partie cultivée produite par le premier récipient de culture et/ou le second récipient de culture par culture après extraction de l'aliquote de test est transmis à un dispositif de test de 15 susceptibilité antimicrobienne pour réaliser un test de susceptibilité antimicrobienne sur ledit échantillon clinique cultivé et/ou la partie cultivée par la surveillance de la croissance microbienne par l'évaluation de la croissance ou de marqueurs pour la croissance, et le type et la 20 concentration d'agents antimicrobiens utilisés dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant déterminés par l'identité du microorganisme et des marqueurs de résistance antimicrobienne détectés par le dispositif de test d'ADN ; le dispositif étant destiné à cultiver 25 l'échantillon clinique et/ou la partie après extraction de l'aliquote de test, et facultativement avant l'extraction de l'aliquote de test. 34 - Système de test de système clinique selon la 30 revendication 31, dans lequel le dispositif de détection de microorganisme comprend : 3050461 - 170 - un dispositif d'extraction d'aliquote de test pour retirer une partie du contenu du premier récipient de culture pour l'utilisation en tant qu'aliquote de test ; et un dispositif de test d'ADN pour séparer l'ADN à 5 partir de ladite aliquote de test, et réaliser des tests d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le microorganisme et pour détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme, le dispositif de 10 test d'ADN étant agencé pour réaliser les tests d'acide nucléique à l'aide de : i. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou 15 une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et ii. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance 20 antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne ; et il est détecté si lesdites sondes ou amorces se 25 sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces ont pris part ou non à une réaction d'amplification ; le dispositif de détection de microorganisme étant agencé de telle sorte que : si le microorganisme donné est identifié par le dispositif de test d'ADN, alors 30 l'échantillon clinique cultivé produit par le premier récipient de culture par la culture après extraction de l'aliquote de test est transmis à un dispositif de test de susceptibilité antimicrobienne pour réaliser un test de 3050461 - 171 - susceptibilité antimicrobienne sur ledit échantillon clinique cultivé par la surveillance de la croissance microbienne par l'évaluation de la croissance ou de marqueurs pour la croissance, et le type et la concentration d'agents 5 antimicrobiens utilisés dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne étant déterminés par l'identité du microorganisme et des marqueurs de résistance antimicrobienne détectés par le dispositif de test d'ADN ; le dispositif étant destiné à la culture de 10 l'échantillon clinique après l'extraction de l'aliquote de test, et facultativement avant l'extraction de l'aliquote de test. - Système de test d'échantillon clinique selon 15 la revendication 31, dans lequel le dispositif de détection de microorganisme comprend : un second récipient de culture contenant un milieu de culture ; un dispositif de retrait de partie pour retirer une 20 partie du contenu du premier récipient de culture et de transférer la partie au second récipient de culture ; le second récipient de culture étant agencé pour recevoir un mélange d'échantillon clinique/milieu ou une culture d'échantillon clinique comme partie du contenu du 25 premier récipient de culture, et étant agencé pour cultiver la partie ; le dispositif comprenant en outre : un dispositif d'extraction d'aliquote de test pour retirer une partie du contenu du second récipient de culture 30 pour une utilisation comme aliquote de test ; et un dispositif de test d'ADN pour séparer l'ADN à partir de ladite aliquote de test, et réaliser des tests d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le 3050461 - 172 - microorganisme et détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance antimicrobienne dans ledit microorganisme, le dispositif de test d'ADN étant agencé pour réaliser les tests d'acide nucléique à l'aide 5 de : i. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour l'identification microbienne, une telle sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une 10 séquence nucléotidique qui est identificatrice d'un microorganisme donné ; et ii. une ou plusieurs sondes ou amorces d'acide nucléique pour la détection de marqueur de résistance antimicrobienne, une telle sonde ou amorce étant capable de 15 s'hybrider à, ou une telle amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance antimicrobienne ; et il est détecté si lesdites sondes ou amorces se sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces ont pris 20 part ou non à une réaction d'amplification ; le dispositif de détection de microorganisme étant agencé de telle sorte que : si le microorganisme donné est identifié par le dispositif de test d'ADN, alors la partie cultivée produite par le second récipient de culture par la 25 culture après l'extraction de l'aliquote de test est transmise à un dispositif de test de susceptibilité antimicrobienne pour réaliser un test de susceptibilité antimicrobienne sur ladite partie cultivée par la surveillance de la croissance microbienne par l'évaluation de 30 la croissance ou de marqueurs pour la croissance, et le type et la concentration d'agents antimicrobiens utilisés dans ledit test de susceptibilité antimicrobienne sont déterminés par l'identité du microorganisme et des marqueurs de 3050461 - 173 - résistance antimicrobienne détectés par le dispositif de test d'ADN ; le dispositif étant destiné à la culture de la partie après l'extraction de l'aliquote de test, et 5 facultativement avant l'extraction de l'aliquote de test. 36 - Système de traitement d'échantillon clinique selon l'une quelconque des revendications 31 à 35, dans lequel le dispositif de détection de microorganisme cultive 10 en outre ledit échantillon clinique et/ou ladite partie cultivée dans le premier et/ou second récipient de culture si le microorganisme donné n'est pas identifié par le dispositif de test d'ADN pour permettre à d'autres tests d'identification microbienne et de susceptibilité 15 antimicrobienne d'être réalisés après culture supplémentaire afin d'identifier le microorganisme et de déterminer son profil de résistance antimicrobienne. 37 - Système de test d'échantillon clinique selon 20 l'une quelconque des revendications 31 à 36, dans lequel la détection de microorganisme est agencée pour effectuer le procédé selon l'une quelconque des revendications 5 à\n<CLM>\1\t38 - Système de test d'échantillon clinique selon 25 l'une quelconque des revendications 31 à 37, dans lequel l'appareil portatif comprend un contrôleur pour commander le dispositif de chauffage afin de maintenir une température préfixée et/ou pour commander un agitateur (16) afin d'appliquer un degré d'agitation prédéterminé. 30 39 - Système de test d'échantillon clinique selon l'une quelconque des revendications 31 à 38, dans lequel 3050461 - 174 - l'appareil portatif comprend un détecteur de température (13) pour surveiller la température dans le compartiment. - Système de test d'échantillon clinique selon 5 l'une quelconque des revendications 31 à 39, dans lequel l'appareil portatif comprend un agitateur (16) pour agiter l'échantillon. 41 - Système de test d'échantillon clinique selon 10 la revendication 40, dans lequel l'appareil portatif comprend un accéléromètre (20) pour surveiller l'agitation de l'échantillon. 42 - Système de test d'échantillon clinique selon 15 l'une des revendications 39 ou 41, dans lequel l'agitateur (16) comprend une came (16b) excentrique couplé au premier récipient de culture et un moteur qui entraîne la came. 43 - Système de test d'échantillon clinique selon 20 l'une quelconque des revendications 39 à 42, dans lequel l'agitateur (16) assure un montage du premier récipient de culture sur un dispositif de rotation avec un axe de symétrie du premier récipient de culture hors d'alignement avec l'axe de rotation du dispositif de rotation. 25 44 - Système de test d'échantillon clinique selon la revendication 43, dans lequel le dispositif de rotation est une roue (16b) et l'appareil est agencé de telle sorte que le premier récipient de culture est maintenu sur la roue 30 (16b) pour la rotation avec la roue (16b), de telle sorte que le premier flacon de culture a sa base non parallèle à la direction radiale de la roue (16b). 3050461 - 175 - - Système de test d'échantillon clinique selon l'une quelconque des revendications 39 à 44, dans lequel l'appareil portatif comprend un manchon (16c) pour maintenir le premier récipient de culture à l'intérieur du compartiment 5 (3) isolé thermiquement, le manchon (16c) et le premier récipient de culture étant déplacés par l'agitateur (16) de façon à agiter mécaniquement le premier récipient de culture et par là agiter l'échantillon. 10 46 - Système de test d'échantillon clinique selon la revendication 45, dans lequel le manchon (16c) est agencé pour se déformer élastiquement durant l'insertion et le retrait du premier récipient de culture, et pour maintenir le flacon de manière sûre en raison de la résilience du manchon 15 alors que le premier récipient de culture est totalement inséré. 47 - Système de test d'échantillon clinique selon la revendication 46, dans lequel le manchon (16c) comprend 20 des dents élastiques disposées pour serrer un épàulement du premier récipient de culture lorsque le premier récipient de culture est inséré, et pour être poussé élastiquement vers l'extérieur et passer autour d'une circonférence du corps principal du premier récipient de culture lorsque le premier 25 récipient de culture est en cours d'insertion ou de retrait. 48 - Système de test d'échantillon clinique selon l'une quelconque des revendications 31 à 47, dans lequel le système de test d'échantillon clinique comprend le premier 30 récipient de culture et dans lequel le premier récipient de culture est un flacon de culture de sang. 3050461 - 176 - 49 - Système de test d'échantillon clinique selon l'une quelconque des revendications 31 à 48, dans lequel l'appareil portatif comprend un détecteur pour déterminer si l'échantillon est positif pour la croissance microbienne. 5 - Système de test d'échantillon clinique selon l'une quelconque des revendications 31 à 49, dans lequel le dispositif de test d'ADN est agencé pour utiliser des sondes d'hybridation. 10 51 - Système de test d'échantillon clinique selon la revendication 50, dans lequel lesdites sondes d'hybridation sont des sondes cadenas comprenant des extrémités 5' et 3' qui peuvent s'hybrider à une séquence 15 nucléotidique identificatrice ou de marqueur de résistance antimicrobienne et le dispositif de test d'ADN est agencé pour détecter une sonde cadenas circularisée par une amplification par cercle roulant (RCA).