Brevet FR3038984A1 (20170120)
REVENDICATIONS1. Procédé d'analyse protéomique subcellulaire d'un échantillon biologique test comprenant une étape de microdissection laser d'un s compartiment subcellulaire dudit échantillon suivie d'une étape d'analyse par spectrométrie de masse des protéines dudit compartiment subcellulaire.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 1, ledit procédé comprenant en outre 10 préalablement à l'étape de microdissection, au moins une étape choisie parmi le groupe constitué de : marquage isotopique métabolique des protéines de l'échantillon biologique test, fixation dudit échantillon, marquage du compartiment subcellulaire test. 15\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 1 ou 2, ledit procédé comprenant en outre postérieurement à l'étape de microdissection laser et préalablement à l'étape d'analyse par spectrométrie de masse, au moins une étape choisie parmi le groupe constitué de : extraction des protéines d'intérêt du compartiment subcellulaire, réversion de la fixation, protéolyse. 20\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, comprenant les étapes suivantes : a) Marquage isotopique métabolique des protéines d'un échantillon biologique test ; 25 b) Fixation dudit échantillon ; c) Marquage du compartiment subcellulaire test ; d) Microdissection laser dudit compartiment subcellulaire ; e) Extraction des protéines dudit compartiment subcellulaire,. réversion de la fixation et protéolyse ; 30 f) Analyse des peptides issus de l'étape e) par spectrométrie de masse ; 3038984 19 g) Identification des peptides analysés.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 4, où l'étape de fixation est réalisée avec un agent réticulant.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 5, où l'agent réticulant est le paraformaldéhyde.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 4, où l'étape de marquage du 10 compartiment subcellulaire est réalisée avec un marqueur fluorescent.\n<CLM>\1\tProcédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans lequel le compartiment subcellulaire est choisi dans le groupe constitué par le noyau, la membrane cytoplasmique, la membrane nucléaire, les 15 vésicules, la mitochondrie, le lysosome, le centriole, le protéasome, les adhésions focales, le lamellipode, les filopodes, la rosette d'invadosomes, le réticulum endoplasmique, l'appareil de golgi, les jonctions cellule-cellule.\n<CLM>\1\tProcédé d'identification in vitro d'une protéine d'un échantillon 20 biologique d'un sujet comprenant une étape de microdissection laser d'un compartiment subcellulaire dudit échantillon suivie d'une étape d'analyse par spectrométrie de masse d'au moins une protéine dudit compartiment subcellulaire, et de comparaison qualitative et/ou quantitative de ladite protéine analysée par rapport à un échantillon de référence ou une valeur 25 de référence.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 9, ledit procédé comprenant en outre préalablement à l'étape de microdissection, au moins une étape choisie parmi le groupe constitué de : marquage isotopique métabolique des 30 protéines de l'échantillon biologique test, fixation dudit échantillon, marquage du compartiment subcellulaire test. 303 89 84 20\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 9 ou 10, ledit procédé comprenant en outre postérieurement à l'étape de microdissection laser et préalablement à l'étape d'analyse par spectrométrie de masse, au moins une étape choisie parmi le groupe constitué de : extraction des protéines d'intérêt du compartiment subcellulaire, réversion de la fixation, protéolyse.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 11 comprenant les étapes suivantes : a) Marquage isotopique métabolique des protéines d'un échantillon 10 biologique d'un sujet ; b) Fixation dudit échantillon ; c) Marquage dudit compartiment subcellulaire test ; d) Microdissection laser dudit compartiment subcellulaire ; e) Extraction des protéines dudit compartiment subcellulaire, réversion 15 de la fixation et protéolyse ; f) Analyse des peptides issus de l'étape e) par spectrométrie de masse ; g) Identification des peptides analysés ; h) Comparaison qualitative et/ou quantitative des peptides issus de 20 l'étape g) par rapport aux peptides présents dans un échantillon de référence ou à une valeur de référence.\n<CLM>\1\tProcédé selon la revendication 12, où ledit compartiment subcellulaire est la rosette d'invadosome. 25\n<CLM>\1\tKit pour l'analyse protéomique subcellulaire d'un échantillon biologique test selon un procédé tel que défini dans l'une quelconque des revendications 3-8 et 10-13, comprenant : - au moins un moyen de marquage du compartiment subcellulaire 30 test, 3038984\n<CLM>\1\t- au moins un moyen de réversion de la fixation et un moyen de réalisation de la protéolyse, et, - au moins une solution protéique de référence à une concentration déterminée.\n<CLM>\1\tKit selon la revendication 14, comprenant en outre au moins un moyen choisi parmi : - un moyen de marquage isotopique des protéines de l'échantillon test, io - un moyen de fixation des cellules dudit échantillon, et - un moyen d'extraction des protéines dudit compartiment subcellulaire.