FR 3049104 A1 20170922 FR 1652150 A 20160315 PROCÉDÉ DE DIAGNOSTIC DE MALADIES INFLAMMATOIRES CHRONIQUES DE L'INTESTIN Domaine technique La présente invention se rapporte à un procédé de quantification des modifications de la muqueuse intestinale induite par une maladie 10 inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu, un procédé ex vivo pour le diagnostic d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu ainsi qu'à un procédé ex vivo pour le diagnostic différentiel de la maladie de Crohn par rapport à la rectocolite hémorragique chez un individu. 15 La présente invention trouve notamment une application dans le domaine médical, notamment du diagnostic. Dans la description ci-dessous, les références entre crochets ([]) renvoient à la liste des références présentée à la fin du texte. 20 État de la technique La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire chronique pouvant atteindre n'importe quel segment du tube digestif, mais plus particulièrement le grêle terminal (ilkin) et le côlon, et peut 25 s'accompagner de manifestations extra-intestinales (articulaires, cutanées, oculaires...). En France, son incidence est de l'ordre de 5 pour 100 000 habitants par an. Même si la maladie de Crohn peut survenir à tout âge, elle est le plus souvent diagnostiquée à un âge entre 20 et 30 ans. Il s'agit d'une maladie cryptogénétique, où différents facteurs sont retrouvés et 30 discutés (prédisposition génétique, facteurs immunologiques et environnementaux). Elle est par-ailleurs, _f grisée par le tabagisme et le mode de vie dans les pays industrialisés. 3049104 Le diagnostic de maladie de Crohn repose sur un faisceau d'arguments, cliniques et paracliniques. Le diagnostic est habituellement établi en période de poussée. Les manifestations cliniques dépendent de la localisation de la maladie : douleurs abdominales, diarrhée et/ou syndrome dysentérique, le plus souvent muco-hémorragique, atteinte de la région ano-périnéale, avec parfois signes généraux et/ou manifestations systémiques. S'y associent volontiers des anomalies biologiques (syndrome inflammatoire, carences...). Ainsi, le diagnostic de maladie de Crohn peut être difficile et nécessiter d'écarter les autres causes d'atteintes organiques intestinales (infectieuses, ischémiques, médicamenteuses, radiques voire néoplasiques). De plus, la distinction entre maladie de Crohn, notamment colique, et rectocolite hémorragique peut être délicate. Avec la rectocolite hémorragique, la maladie de Crohn (MC) fait partie des maladies dénommées MICI : maladies inflammatoires chroniques intestinales. La rectocolite hémorragique (ou "RCH") est une inflammation persistante de la muqueuse intestinale. Elle atteint toujours le rectum et, de manière plus ou moins étendue, le colon. La RCH est une affection qui se caractérise par une alternance de phases d'activité (ou 'houssées"), d'intensité variable, et de phases sans symptôme. Plus courante dans les pays industrialisés, cette affection serait favorisée par des prédispositions génétiques et un dysfonctionnement du système immunitaire Il existe à ce jour peu de critères cliniques ou biologiques permettant de différencier la MC, en particulier colique (Tontini et al., World J. Gastroenterol., 2016 Jan 21, Tontini et al., World J. Gastroenterol., 2016 Jan 21, 2016 Jan 21;22(3):1246-59 ([1])), de la RCH, ni de prédire l'évolution de la maladie, c'est-à-dire la rechute ou la réponse à des traitements. De nombreuses maladies gastro-intestinales inflammatoires sont caractérisées par des changements structurels de la muqueuse. Ces 3049104 modifications sont en corrélation avec la -gravité de la maladie, et peuvent être un facteur prédictif d'évolution ou de réponse au traitement. Parmi les principales caractéristiques structurelles utilisées pour le diagnostic des 'lésions coliques de la muqueuse, l'étude du profil des puits 5 de cryptes (PPC) est largement reconnue. Les méthodes de détection du PPC restent essentiellement descriptives, bien que des études récentes aient montré qu'une approche quantitative et informatisée de l'analyse d'image augmentait la sensibilité de la classification et diminuait les variations d'analyses entre opérateurs. 10 Parmi les méthodes utilisées pour imager la muqueuse intestinale, l'endomicroscopie confocale (EMC) est une technique innovante et en temps réel. L'EMC est une technique d'imagerie endoscopique permettant l'examen de la muqueuse digestive à un niveau cellulaire. Toutefois, à ce jour, bien qu'il y ait des études ayant établies des 15 classifications qualitatives par l'EMC des MICI, peu d'études ont effectué une analyse quantitative de ces modifications. Les seules études réalisées ont porté sur l'analyse de la sévérité de l'inflammation dans la MC ou la RCH. Kiesslich et al. proposent une classification de la sévérité de 20 l'inflammation de la rectocolite hémorragique en trois grades (Aucune, Moyenne à modérée, Sévère). Cette classification repose : 1-sur des modifications de l'architecture de la crypte intestinale, de la distribution des cryptes dans la muqueuse, 2- sur la présence d'infiltrat cellulaire dans la muqueuse, 25 3- sur les modifications de l'architecture des vaisseaux sanguins de la muqueuse. Ces critères sont évalués de façon qualitative par l'opérateur (Gastroenterology 2007,132 :874-882 ([2])). Li et al. proposent une classification de la rectocolite hémorragique 30 en quatre grades (de A à D) suivant des critères morphologiques de la crypte colique et,d'arrangement des cryptes dans la muqueuse appréciés 3049104 de façon qualitative par l'opérateur (Am J Gastroenterol 2010; 105:13911396 ([3])). Cette analyse est corrélée significativement avec l'analyse histologique. Neumann et al. démontrent également l'utilité de l'endomicroscopie 5 confocale pour l'évaluation de la maladie de Crohn et proposent un score d'activité endomicroscopique de la maladie de Crohn basé sur une évaluation des modifications architecturales des cryptes, des vaisseaux et de la lamina propria (Inflamm Bowel Dis. 2012 Dec;18(12):2261-9 ([4])). Liu et al. ont quantifié la densité de « trous épithéliaux » chez des 10 patients atteints de la maladie de Crohn ou de rectocolite hémorragique. Ils ont démontré une augmentation significative de la densité de ces « trous » dans la population malade par rapport à la population saine (Gastrointest. Endosc. 2011,73 :1174-1180 ([5]). Musquer et al. ont quantifié le rapport des axes d'ouverture de la 15 lumière des cryptes coliques chez des patients atteints de la maladie de Crohn et ont établi un lien entre une augmentation de ce rapport et la présence de la maladie et son stade (rémission/inflammation) (Dig Liver Dis 2013,45 :487-492 ([6])). Il existe donc un réel besoin de nouveau outils diagnostiques palliant 20 ces défauts, inconvénients et obstacles de l'art antérieur, en particulier d'un procédé permettant de maîtriser le diagnostic des MICI, et notamment de faire la distinction entre la MC et la RCH. Description de l'invention 25 La présente invention permet précisément de résoudre et de surmonter les obstacles et inconvénients de l'art antérieur précités en fournissant d'une part une méthode d'analyse ainsi que_ des paramètres caractéristiques des MICI, d'autre part l'application de cette méthode pour discriminer des patients sains, des patients MICI. 30 La présente invention fournit également des biomarqueurs d'imagerie des MICI. 3049104 Le Demandeur a réussi à mettre au point, aux termes d'importantes recherches, un procédé basé sur l'analyse d'images, notamment endomicroscopiques, et a ainsi défini un score issu de l'analyse quantitative de ces images, données permettant de répondre aux besoins 5 définis précédemment. Le Demandeur a en particulier développé une méthode de diagnostic différentiel basé sur l'analyse des images d'endomicroscopie confocale (EMC). Le Demandeur utilise de manière surprenante l'EMC pour évaluer les changements structurels de la muqueuse dans les maladies 10 inflammatoires de l'intestin et réaliser un diagnostique des MICI, ainsi qu'un diagnostic différentiel de la MC vs. la RCH. Le score quantitatif créé par le Demandeur permet avantageusement de différencier la MC de la RCH avec un facteur prédictif positif d'environ 83,3 % pour la MC et d'environ 100 % pour la RCH. Avantageusement, la 15 sensibilité de diagnostic de la MC est d'environ 100 % avec une spécificité d'environ 87,5 %. La sensibilité de diagnostic de la RCH est avantageusement d'environ 81,8 % avec une spécificité d'environ 100 %. Le score proposé se base sur un examen simple réalisé par un gastroentérologue, sans anesthésie, sans biopsies ou techniques 20 nécessitant de coproculture. De manière avantageuse le score proposé permet un diagnostic direct, c'est-à-dire sans temps de traitement par un autre service. De manière avantageuse, la méthode proposée peut être mise en oeuvre avec d'autres techniques d'imagerie fournissant des images 25 dynamiques de l'architecture microspopique de la muqueuse digestive, comme les images obtenues au moyen d'endocytoscopes et/ou d'endoscopes à fort grossisssement. Ainsi, un premier objet de l'invention se rapporte à un procédé ex vivo de quantification des modifications de la muqueuse intestinale 30 possiblement induite par une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes de : 3049104 1) mesure, sur une image endomicroscopique confocale de la muqueuse digestive d'un individu, des paramètres des profils des puits de cryptes (PPC) suivants a) Fuite de fluorescence de la muqueuse (FF), 5 b) Périmètre d'ouverture du puits de crypte (PO), c) Rotondité du puits de crypte (Roto), d) Rondeur du puits de crypte (Rond), e) Diamètre de Feret du puits de crypte (Feret), f) Facteur d'élongation du puits de crypte (FE), 10 g) Rapport des axes d'ouverture du puits de crypte (Ma/ma), h) Densité de crypte par champs (Dens) ; 2) quantification des modifications des paramètres a) à h) par rapport aux paramètres correspondants d'un individu sain. On entend par « modifications de la muqueuse intestinale 15 possiblement induite par une maladie inflammatoire chronique de l'intestin », au sens de la présente invention, toute modification microscopique, notamment cellulaire, de la muqueuse intestinale provoquée par l'inflammation due à la MICI. Il peut s'agir par exemple de modifications de la structure des puits de cryptes de la muqueuse colique 20 et/ou des cellules formant les puits. La modification peut être architecterale et/ou dynamique. Par exemple, la modification peut se rapporter à l'un au moins des paramètres suivants : Fuite de fluorescence de la muqueuse (FF), Périmètre d'ouverture du puits de crypte (PO), Rotondité du puits de crypte (Roto), Rondeur du puits de crypte (Rond), Diamètre de Feret du 25 puits de crypte (Feret), Facteur d'élongation du puits de crypte (FE), Rapport des axes d'ouverture du puits de crypte (Ma/ma), Densité de crypte par champs (Dens). On entend par « muqueuse digestive », au sens de la présente invention, tout ou partie de la couche de cellules épithéliales la plus 30 superficielle de la paroi du tube digestif. 3049104 Pour la mise en oeuvre de l'invention, la muqueuse digestive désigner tout ou partie de la muqueuse intestinale. Il peut s'agir par exemple de tout ou partie de la muqueuse colique. Le procédé de l'invention permet, sur une image médicale de tout ou 5 partie de la muqueuse digestice d'un individu, de mesurer/calculer des paramètres choisis par le Demandeur aux termes d'importantes recherches, afin de quantifier des modifications de la muqueuse intestinale possiblement induite par une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu. 10 La technique d'imagerie utilisée est de préférence endomicroscopique confocale. Toutefois, les procédés de l'invention peuvent être transposés à des techniques d'imagerie médicale équivalentes, comme l'endocytoscopie (Neumann et al., Aliment Pharmacol Ther. 2011 Jun ; 33(11):1183-93 ([7])) ou l'endoscopie à fort grossisssement iKanesaka et al., Dig Endosc. 2014 15 Jan;26(1):57-62 ([8])). On entend par « Fuite de fluorescence de la muqueuse », au sens de la présente invention, l'augmentation de la quantité de fluorescence de la muqueuse intestinale, par rapport à un niveau de fluorescence à un instant t et mesurée dans les dix minutes suite à une injection intraveineuse d'une 20 molécule fluorescente chez un individu. La molécule fluorescente peut être toute molécule connue de l'homme du métier, par exemple la fluorescéine. Toute méthode de mesure de la quantité de fluoresence de la muqueuse intestinale connue de l'homme du métier peut être utilisée. Par exemple, la quantité de fluorescence peut être mesurée image par image (12 images / 25 seconde) à partir des séquences d'endomicroscopie enregistrées, . La fuite de fluorescence est dans ce cas le résultat de la pente obtenue par la régression linéaire de la quantité de fluorescence au cours du temps. L'augmentation peut être une augmentation d'au moins 5%, ou au moins 10%, ou au moins 200/0.r ou au moins 50%, ou au moins 60%, ou au moins 30 80%, ou au moins 90%, ou 100%, de la fluorescence par rapport au niveau 3049104 de fluorescence à l'instant -t. Avantageusement, ce paramètre est un paramètre dynamique, dont la valeur peut évoluer au cours du temps. Dans le cadre de l'invention, la mesure des paramètres b) à h) s'effectue après définition du contour de l'ouverture de la crypte par la 5 méthode mettant en oeuvre un contour actif suivant la méthode de segmentation utilisant des splines exponentielles (Delgado-Gonzalo et al. "Snakes on a Plane: A Perfect Snap for Bioimage Analysis," IEEE Signal Processing Magazine, vol. 32, no. 1, pp. 41-48 ( [9]) ). Ôn entend par « Périmètre d'ouverture du puits de crypte », au sens 10 de la présente invention, la longueur du contour de l'ouverture de la crypte. La longueur du contour de l'ouverture de la crypte peut être mesurée par toute méthode connue et appropriée, par exemple par la méthode de Delgado-Gonzalo et al. ( [9] ) . On entend par « Rotondité du puits de crypte », le paramètre donné 15 par la formule 4 x u x Area / Périmètre d'ouverture du puits de crypte2 (Wadell, H., 1932, Volume, shape, and roundness of rock particles. Journal of Geology 40:443-51 ( [1 0] )). On entend par « Rondeur du puits de crypte », au sens de la présente invention, le paramètre suivant la définition de la norme ISO 1101 20 (ISO 1101:2012(E)). On entend par «Diamètre de Feret du puits de crypte », au sens de la présente invention, la distance maximale entre 2 points de la surface de l'ouverture de crypte (M. R. Walter. Stromatolites. Elsevier. pp. 47-. ISBN 978-0-444-41376-5 ([1 1 ]) ) 25 On entend par « Facteur d'élongation du puits--de. erypte », au sens de la présente invention, un facteur d'échelle donné par le ratio entre le diamètre de l'élipse du grand axe ayant une forme la plus proche de l'ouverture de la crypte (Dgrand axe) et le diamètre de l'élipse du petit axe de l'élipse ayant une forme la plus proche-de l'ouverture de la crypte (Dpetit 30 axe). Le facteur d'élongation étant donnée par Dgrand axe/ D petit axe- 3049104 On entend par « Rapport des axes d'ouverture du puits de crypte », au sens de la présente invention, le ratio entre le grand axe et le petit axe du rectangle contenant l'ouverture de crypte. On entend par « Densité de crypte par champs », au sens de la 5 présente invention, un ratio entre l'aire occupée par les ouvertures de puit de crypte dans un champ de vue et l'aire totale du champ de vue. On entend par « procédé de quantification », au sens de la présente invention, un procédé permettant d'évaluer quantitativement des modifications de la muqueuse intestinale, par rapport à un individu sain, 10 c'est-à-dire ne souffrant pas d'une pathologie digestive inflammatoire. On entend par « image endomicroscopique confocale », au sens de la présente invention, une image, une série d'images, ou la reconstitution d'une seule image à partir d'une série d'image résultant de la mise en oeuvre d'une endomicroscopie confocale. La série d'image peut par 15 exemple représenter une visualisation dynamique, notamment en temps réel, de l'objet étudié. Il peut par exemple s'agir d'une vidéo. La microendoscopie confocale permet l'acquisition d'images chez un patient, sans biopsies, suite à l'injection d'un agent de contraste fluorescent, par exemple la fluorescéine, au cours d'une endoscopie. 20 Un autre objet de l'invention se rapporte à un procédé ex vivo pour le diagnostic d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes suivantes : 1) mesure, sur une image endomicroscopique confocale de la muqueuse digestive d'un individu, des paramètres suivants : 2 5 a) Fuite de fluorescence de la muqueuse (FF), b) Périmètre d'ouverture du puits de crypte (PO), c) Rotondité du puits de crypte (Roto), d) Rondeur du puits de crypte (Rond), e) Diamètre de Feret du puits de crypte (Feret), 30 f) Facteur d'élongation du puits de crypte (FE), g) Rapport des axes d'ouverture du puits de crypte (Ma/ma), 3049104 10 h) Densité de crypte par champs (Dens) ; 2) sélection des valeurs qualifiées « extrêmes supérieures », supérieures aux seuils définis ci-dessous pour chaque paramètre : - PO > 474,62 ± 103,10 pm, 5 - Roto > 98,96 ± 0,56 %, - Rond >68,43 ± 14,41 %, - Feret >169,88 ± 51,08 pm, - FE >1,745 ± 0,266, - Ma/ma >1,653 ± 0,247, 10 - Dens >0,2837 ± 0,0505 ; 3) comparaison, pour chaque paramètre, de la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » et de la valeur moyenne de FF à un seuil pathologique , le seuil pathologique étant défini, pour chaque paramètre, de la manière suivante : 15 - FF>10,0 ± 3,6 LUT.sec-1, - PO>666,40 ± 103,10 pm, - Roto>99,32 ± 0,56 %, - Rond>73,00 ± 14,41 %, - Feret>186,11 ± 51,08 pm, 20 - FE>1,87 ± 0,266, - Ma/ma>1,90 ± 0,247, - Dens>0,39 ± 0,0505; 4) attribution des notes suivantes : - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du 25 paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma ou Dens, ou la valeur moyenne de FF est inférieure au seuil, la note de 0 est attribuée au paramètre correspondant, - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, ,Ma/ma ou Dens, ou la valeur 30 moyenne de FF est supérieure au seuil, la note de 1 est attribuée pour FF, 3049104 11 PO, Rond, Feret, Dens et la note de 2 est attribuée pour Roto, FE et Ma/ma, 5) multiplication de la somme des notes par la somme du nombre de valeurs de chaque paramètre, 5 dans lequel un total supérieur à 204 ± 110 définit l'individu comme atteint d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin. Les paramètres a) à h) mesurés dans l'étape 1) ont été spécifiquement sélectionnés par le Demandeur, au terme d'un processus de recherche rigoureux, comme biomarqueurs d'imagerie d'intérêt, parmi 10 de nombreux autres paramètres architecturaux et dynamiques susceptibles de subir des modifications dans les MICI. La combinaison de ces biomarqueurs résulte également d'une sélection rigoureuse et innovante. Ce groupe de biomarqueurs sélectionnés constitue ainsi un groupe de paramètres à partir duquel les procédés de diagnostic de 15 l'invention sont mis en oeuvre. Le Demandeur est également parvenu à définir un seuil, pour chacun de ces paramètres, permettant de sélectionner, pour chaque paramètre, les valeurs d'intérêt à considérer dans le processus de diagnostic des MICI. 20 Ainsi, à l'issue de l'étape 1) de mesure des paramètres a) à h), l'étape 2) permet la sélection des valeurs d'intérêt, qualifiées de valeurs « extrêmes supérieures », pour chacun des paramètres. Dans l'étape 2), les seuils représentent, pour chaque paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, le 90ème centile, soit la valeur la plus faible des 10% 25 des valeurs les plus fortes, obtenu à partir d'une population saine. Le seuil est exclu des valeurs d'intérêt. Le Demandeur est également parvenu à définir un « seuil pathologique », permettant de discriminer les valeurs susceptibles d'indiquer la présence d'une MICI. 30 On entend par « seuil pathologique », au sens de la présente invention, une valeur pour et/ou au-delà de laquelle le paramètre est 3049104 12 considéré comme possiblement indicateur d'une MICI. Dans l'étape 3), le seuil pathologique représente, pour chaque paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, la valeur permettant d'i-nclure au moins 60% de la population MICI étudiée et d'exclure au moins 80% de la population 5 saine étudiée , ces valeurs étant calculées par exemple sur des échantillons comprenant une dizaine de patients sains et une vingtaine de patients atteints de MICI, notamment comme illustré dans l'exemple 1 ci-après. Dans le cadre de l'invention, le Demandeur enseigne la comparaison 10 de ce seuil pathologique avec d'une part la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » de chacun des paramètres b) à h) et d'autre part de la valeur moyenne de FF. On entend par « somme du nombre de valeurs de chaque paramètre », au sens de la présente invention, la somme de toutes les 15 occurrences de chaque paramètre présentes sur l'image. Selon l'invention, la multiplication de la somme des notes par la somme du nombre de valeurs de chaque paramètre permet d'obtenir un « total », ou score, ou valeur de prédiction d'une MICI. Un total_ périeur 204 ± 110 définit l'individu comme atteint d'une 20 MICI. A l'inverse, un score inférieur à 204 permet de classer l'individu comme non atteint d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin. Le nombre 204 ± 110 est notamment défini par le score maximal observé dans une population saine comprenant une dizaine de patients sains, notamment comme illustré dans l'exemple 1 ci-après. 25 Un autre objet de l'invention se rapporte à un procédé ex vivo pour le diagnostic différentiel de la maladie de Crohn par rapport à la rectocolite hémorragique chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes définies précédemment pour le diagnostic d'une MICI, suivie, chez l'individu définit comme atteint d'une MICI, d'une comparaison de la valeur 30 moyenne de FF et de la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO et Feret à un seuil différentiel défini de la manière suivante : 3049104 13 - FF>19,86 ± 5,70 LUT.sec-1, - PO>618,32 ± 98,95 pm et - Feret>204,68 ± 29,65 pm, dans lequel l'individu est défini comme atteint d'une rectocolite 5 hémorragique si, pour chacun des paramètres FF, PO et Feret, une valeur supérieure au seuil différentiel correspondant est atteinte, ou l'individu est défini comme atteint d'une maladie de Crohn dans le cas contraire. Le Demandeur est parvenu, au terme de recherches importantes, à 10 définir un « seuil différentiel » pour chacun des paramètres FF, PO et Feret, ce seuil permettant un diagnostic, chez les individus définis comme atteints de MICI, soit de la MC, soit de la RCH. Ces trois paramètres FF, PO et Feret ont en effet été sélectionnés à ce stade par le Demandeur car il a, de manière surprenante, observé une différence significative entre les 15 individus atteints de MC et ceux atteints de RCH. Le « seuil différentiel » est défini, pour chaque paramètre FF, PO et Feret, comme étant la valeur permettant qu'au moins une des populations MICI, en d'autres termes au moins une population choisie parmi la population MC et la population RCH, soit représentée à 100 % et que la 20 seconde, c'est-à-dire celle qui n'est pas représentée à 100%, le cas échéant, soit représentée à au moins 80 %. Quel que soit le procédé de l'invention utilisé, le nombre total de cryptes analysées dans les images endomicroscopiques de la muqueuse colique peut être au minimum de 32 ± 10 cryptes pour un niveau de 25 confiance a de 0,05 et au minimun de 53 ± 10 cryptes pour un niveau de confiance a de 0,01. Il peut s'agir par exemple au minimum d'environ 20 crytpes, ou 40 cryptes, ou environ 80 cryptes, ou environ 90 cryptes, ou environ 100 cryptes, ou environ 120 cryptes, analysées sur des zones coliques distinctes choisies aléatoirement. 30 Quel que soit le procédé de l'invention utilisé, les étapes de mesure, de sélection des valeurs, de comparaison et d'attribution des notes 3049104 14 peuvent être automatisées au moyen d'un programme informatique pour une analyse a posteriori des images d'endomicroscopie, par exemple avec IC-viewer (IronCAD), ou au moyen d'une solution intégrée au logiciel existant d'endornicroscopie pour une analyse en temps réel, par exemple 5 avec Cellvizio (Mauna Kea Technologies). Un autre objet de l'invention se rapporte à un produit programme d'ordinateur téléchargeable depuis un réseau de communication et/ou enregistré sur un support lisible par ordinateur et/ou exécutable par un processeur, comprenant des instructions de code de programme pour la 10 mise en oeuvre d'un des procédés de l'invention. Un autre objet de l'invention se rapporte à un système comprenant un endomicroscope, des moyens de visualisation et des moyens de calcul, pour la mise en oeuvre d'un procédé défini précédemment. Un autre objet de l'invention se rapporte à un système comprenant un 15 endomicroscope confocal connecté à des moyens de visualisation et un calculateur comprenant des moyens d'analyse d'image pour mesurer sur une image endomicroscopique confocale de la muqueuse digestive d'un individu, au moins un des paramètres des profils des puits de cryptes (PPC) choisi parmi FF, PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, et un 20 comparateur adapté pour comparer les mesures réalisées avec les valeurs correspondantes d'un individu sain. Les moyens d'analyse de ce système peuvent être adaptés pour sélectionner des valeurs qualifiées « extrêmes supérieures », supérieures aux seuils définis ci-dessous pour chaque paramètre 25 - PO > 474,62 ± 103,10 pm, - Roto > 98,96 ± 0,56 %, - Rond >68,43 ± 14,41 %, - Feret >169,88 ± 51,08 pm, - FE >1,745 ± 0,266, 30 - Ma/ma >1,653 ± 0,247, - Dens >0,2837 ± 0,0505; 3049104 15 et le comparateur est adapté pour comparer, pour chaque paramètre, la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » et la valeur moyenne de FF à un seuil pathologique défini, pour chaque paramètre, de la manière suivante : 5 - FF>10,0 ± 3,6 LUT.sec-1, - PO>666,40 ± 103,10 pm, - Roto>99,32 ± 0,56 %, - Rond>73,00 ± 14,41 %, - Feret>186,11 ± 51,08 pm, 10 - FE>1,87 ± 0,266, - Ma/ma>1,90 ± 0,247, - Dens>0,39 ± 0,0505; le calculateur comprenant en outre un générateur de notes connecté au comparateur et adapté pour attribuer des notes suivantes : 15 - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma ou Dens, ou la valeur moyenne de FF est inférieure au seuil, la note de 0 est attribuée au paramètre correspondant, - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du 20 paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma ou Dens, ou la valeur moyenne de FF est supérieure au seuil, la note de 1 est attribuée pour FF, PO, Rond, Feret, Dens et la note de 2' est attribuée pour Rtzto, FE et Ma/ma, et le calculateur comprenant en outre un multiplicateur adapter pour 25 multiplier de la somme des notes par la somme du nombre de valeurs de chaque paramètre. Le comparateur du système peut en outre être adapté à comparer la valeur moyenne de FF et la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO et Feret à un seuil différentiel défini de la manière 30 suivante : - FF>19,86 ± 5,70 LUT.sec-1, 3049104 16 - PO>618,32 ± 98,95 pm et - Feret>204,68 ± 29,65 pm. En d'autres termes, le système peut comprendre un endomicroscope confocal, des moyens de visualisation et des moyens de 5 calcul, dans lequel lesdits moyens de calcul comprennent : A) lorsque le système se rapporte à la mise en oeuvre du procédé ex vivo de quantification des modifications de la muqueuse intestinale induite par une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu, des moyens de mesure d'au moins un paramètre choisi 10 .parmi FF, PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, B) lorsque le système se rapporte à la mise en oeuvre du procédé ex vivo pour le diagnostic d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu: B1) des moyens de mesure des paramètres FF, PO, Roto, 15 Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, B2) des moyens de sélection des valeurs qualifiées « extrêmes supérieures », supérieures aux seuils définis dans ce procédé, B3) des moyens de comparaison tels que définis dans ce procédé, 2 0 B4) des moyens d'attribution de notes tels que définis dans ce procédé, et B5) des moyens de multiplication notes tels que définis dans ce procédé ; C) lorsque le système se rapporte à la mise en oeuvre du 25 procédé ex vivo pour le diagnostic différentiel de la maladie de Crohn par rapport à la rectocolite hémorragique chez un individu: C1) les moyens B1) à B5), et C2) des moyens de comparaison tels que définis dans ce procédé. 30 3049104 17 D'autres avantages pourront encore apparaître à l'homme du métier à la lecture des exemples ci-dessous, illustrés par les figures annexées, donnés à titre illustratif. 5 Brève description des figures La figure 1 représente le schéma du principe de l'endomicroscopie confocale laser. Le rectangle vertical en haut représente la source de lumière laser et le détecteur du système confocal. Le rectangle horizontal représente le sténopé à travers lequel passent des 10 rayons lumineux. L'ovale horizontal représente une lentille de focalisation. Le rayonnement laser passe par le centre de la lentille et atteint le tissu. La molécule fluorescente présente dans le tissu émet alors de la lumière vers le haut. Les rayons lumineux en dehors du plan focal sont divergés par la lentille et ne passent pas par le sténopé. Les rayons lumineux émis par le 15 plan focal sont convergés par la lentille vers le sténopé et le détecteur. - La figure 2 représente les paramètres architecturaux considérés des cryptes. La figure 2A représente le Périmètre d'ouverture de la crypte. La figure 2B représente le Facteur d'élongation. La figure 2C représente la Rotondité. La figure 2D représente le Ratio Ma/ma de l'ouverture de la 20 crypte. La figure 2E représente la Rondeur. La figure 2F représente le Diamètre de Feret. La figure 2G représente la densité de cryptes par champ. La figure 3 représente la comparaison de la moyenne des valeurs supérieures au 90e percentile du groupe sain pour les paramètres 25 suivants : A: Périmètre d'ouverture de la crypte (exprimé en pm), B : Rotondité (exprimée en %), C : Rondeur (exprimée en %), D: Diamètre de Feret (exprimé en pm), E : Facteur d'élongation, F : Ma/ma et G : Densité. Chacun de ces paramètres est évalué chez 5 individus sains (« S »), 10 individus atteints de la maladie de Crohn (« CD ») et 11 individus atteints 30 de rectocolite hémorragique (« UC »). 3049104 18 - La figure 4 représente la comparaison de la moyenne des valeurs de fuite de fluorescence (FF), exprimée en LUT.sec-1, chez 5 individus sains (« S »), 10 individus atteints de la maladie de Crohn (« CD ») et 11 individus atteints de rectocolite hémorragique (« UC »). EXEMPLES Exemple 1: Validation de biomarqueurs d'imagerie diagnostiques des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin 10 par endomicroscopie confocale Matériel et Méthodes 5 patients sains, 10 patients atteints de la maladie de Crohn (MC) en phase de rémission inflammatoire clinique (CDAI 474,62 ± 103,10 pm, - Roto > 98,96 ± 0,56 %, - Rond >68,43 ± 14,41 %, - Feret >169,88 ± 51,08 pm, 30 - FE >1,745 ± 0,266, - Ma/ma >1,653 ± 0,247, 3049104 21 - Dens >0,2837 ± 0,0505 ; 2- Pour chacun de ces paramètres, la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures », c'est-à-dire supérieures au 90ème centile des patients sains, et la valeur moyenne de FF sont comparées à un seuil 5 pathologique définit par une consensus d'experts. Le seuil pathologique, pour chaque paramètre, est ainsi définit par les valeurs suivantes : - FF>10 LUT.sec-1, - PO>666,40 pm, - Roto>99,32%, 10 - Rond>73,00%, - Feret>186,11pm, - FE>1,87, - Ma/ma>1,90, - Dens>0,39. 15 Si la moyenne des valeurs «extrêmes supérieures » du paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma ou Dens, ou la valeur moyenne de FF est inférieure au seuil pathologique, la note de 0 est attribuée au paramètre. Si cette valeur est supérieure au seuil pathologique, la note de 1 est attribuée pour FF, PO, Rond, Feret, Dens et la note de 2 est attribuée 20 pour Roto, FE et Ma/ma. 3- La somme des notes est multipliée par la somme du nombre de valeurs de chaque paramètre. Dans cet exemple, un total supérieur à 204 définit le patient comme atteint d'une MICI. 4- Pour les patients définis MICI, la valeur moyenne de eF et la 25 moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » de PO et Feret sont comparées à un seuil différentiel définit par un consensus d'experts. Le seuil différentiel, pour chacun de ces paramètres, est ainsi définit par les valeurs suivantes : - FF>19,86 LUT.sec-1 30 - PO>618,32 pm - Feret>618,32 pm. 3049104 22 Si, pour chacun de ces 3 paramètres, une valeur supérieure au seuil différentiel correspondant au paramètre considéré est mesurée/calculée, alors le patient est défini comme atteint d'une RCH. Dans le cas contraire, c'est-à-dire si l'un au moins des paramètres n'a pas une valeur supérieure au seuil différentiel du paramètre correspondant, alors le patient est défini comme atteint d'une MC. Résultats Les valeurs du g0ème centile de la population saine sont : Périmètre 10 d'ouverture (> 474,62 pm), Rotondité (> 98,96%), Rondeur (>68,43%), Diamètre de Feret (>169,88 pm), Facteur d'élongation (>1,745), Ma/ma (>1,653) et densité (>0,2837). Les valeurs, occurrences, scores et diagnostics de MICI sont résumés dans le tableau 1. La spécificité, la sensibilité, la valeur prédictive 15 (VPP) positive et négative (VPN) sont de 100 % pour ce groupe de patients. Tableau 1: Patient Périmètre d'ouverture Rotondité Rondeur Diamètre de Feret Moyenne Point Occurrence Moyenne Point Occurrence Moyenne Point Occurrence Moyenne Point Occurrence 1 sain 564,06 0 7 99,31 0 5 70,35 0 9 0 0 0 2 sain 603,092 0 4 99,26 0 3 72,33 0 4 0 0 0 3 sain 737,324 1 4 99,19 0 2 75,6 1 2 216,3896 1 8 4 sain 515,508 0 3 99,21 0 2 0 0 0 175,9772 0 9 5 sain 525,98 0 1 99,31 0 7 69,02 0 4 185,9256 0 2 6 MICI MC, 584,052 0 6 99,6 2 21 73,36 1 24 201,11 1 7 7 MICI MC 612,612 0 9 99,53 2 7 73,12 1 10 216,342 1 6 8 MICI MC 642,124 0 44 99,74 2 16 74,67 1 24 237,3336 1 56 9 MICI MC 544,544 0 17 99,27 0 3 75,62 1 10 206,4888 1 28 10 MICI MC 667,828 1 31 99,68 2 32 73,64 1 37 235,1916 1 47 11 MICI MC 825,384 1 6 99,85 2 27 76 1 29 256,1356 1 10 12 MICI MC 751,128 1 31 99,72 2 6 74,2 1 7 249,8524 1 41 13 MICI MC 695,436 1 19 99,65 2 24 74 1 19 238,714 1 34 14 MICI MC 490,756 0 1 99,73 2 13 73,54 1 24 186,6396 1 6 15 MICI MC 593,096 0 8 99,79 2 13 74,43 1 20 202,9188 1 20 16 MICI MC 754,936 1 21 99,57 2 7 75,29 1 8 247,996 1 30 17 MICI RCH 857,752 1 11 99,8 2 54 74,61 1 57 252,518 1 18 18 MICI RCH 766,836 1 35 99,7 2 20 73,14 1 19 260,6576 1 43 23 24 19 MICI RCH 689,248 1 10 99,64 2 17 74,05 1 30 219,3408 1 15 20 MICI RCH 904,4 1 16 99,61 2 36 75,22 1 40 313,3984 1 16 21 MICI RCH 731,136 1 3 99,76 2 40 73,45 1 39 276,7464 1 4 22 MICI RCH 601,664 0 5 99,51 2 9 71,72 0 29 212,8672 1 8 23 MICI RCH 666,4 0 13 99,61 2 39 73,67 1 60 246,7584 1 15 24 MICI RCH 838,236 1 3 99,47 2 12 74,86 1 20 243,5692 1 6 25 MICI RCH 753,508 1 35 99,84 2 6 71,34 0 10 282,744 1 37 26 MICI RCH 788,256 1 31 99,68 2 9 71,64 0 9 285,4572 1 34 Tableau 1 (suite) : Facteur d'élongation Ma/ma Densité Fuite de fluorescence Score diagnostique de MICI (rétrospectif) Moyenn Point Occurren ce Moyen Point Occurren ce Moyen Point Occurren Moyen Point Occurren ce e ne ne ce ne 0 0 0 0 0 0 0,3672 0 3 11,15 1 NA 24 sain 1,869 0 10 1,784 0 10 0,3426 0 4 5,1 0 NA 0 sain 2,021 2 6 1,884 0 7 0,4695 1 5 2,08 0 NA 204 sain 1,843 0 3 1,712 0 2 0 0 0 3,77 0 NA 0 sain 0 0 0 0 0 0 0,3114 0 1 08,26 0 NA 0 sain 2,092 2 16 2,121 2 9 0,4217 1 15 12,14 1 NA 980 MICI 1,968 2 3 1,787 0 3 0,3645 0 7 19,87 1 NA 315 MICI 2,426 2 43 2,015 2 22 0,4429 1 47 10,21 1 NA 2520 MICI 2,074 2 24 1,865 0 .8 0,5579 1 29 12,4 1 NA 714 MICI 2,536 2 42 2,074 2 28 0,4522 1 48 6,835 0 NA 2650 MICI 2,146 2 8 1,814 0 4 0,4202 1 43 11,97 1 NA 1143 MICI 25 2,493 2 22 2,061 2 10 0,3713 0 15 14,92 1 NA 1320 MICI 2,4 2 38 1,993 2 25 0,4494 1 40 1,32 0 NA 1990 MICI 1,995 2 17 1,915 2 9 0,3983 1 17 7,64 0 NA 783 MICI 2,284 2 28 2,045 2 11 0,3956 1 22 23,68 1 NA 1220 MICI 2,313 2 20 2,109 2 15 0,4855 1 32 19,87 1 NA 1463 MICI 1,976 2 24 1,898 0 18 0,4375 1 37 28,87 1 NA 1971 MICI 2,347 2 34 2,164 2 20 0,5083 1 44 9,81 0 NA 2150 MICI 2,389 2 24 1,973 2 18 0,4977 1 37 23,82 1 NA 1661 MICI 2,39 2 12 1,967 2 5 0,5951 1 17 70,32 1 NA 1562 MICI 2,539 2 4 1,914 2 2 0,3929 1 16 37,88 1 NA 1188 MICI 2,358 2 8 1,927 2 6 0,4042 1 17 50,59 1 NA 738 MICI 2,147 2 19 1,921 2 9 0,4305 1 26 23,79 1 NA 1810 MICI 1,893 2 4 1,675 0 2 0,4 1 23 50,41 1 NA 630 MICI 2,681 2 28 2,271 2 17 0,5042 1 45 58,6 1 - NA 1780 MICI 2,461 2 29 2,065 2 16 0,5632 1 37 23,15 1 NA 1650 MICI 3049104 26 Les valeurs et diagnostics différentiels sont résumé dans le tableau 2. Pour le diagnostic de la MC, la spécificité est de 87,5 %, la sensibilité de 100 %, la VPP de 83,3 % et la VPN de 100 %. Pour le diagnotic de la RCH, la spécificité est 100 %, la sensibilité de 5 81,8 %, la VPP de 100 % et la VPN de 88,2 %. Tableau 2 Patient Score diagnostique Périmètre Diamètre de Feret Fuite de Diagnostic de MICI d'ouverture fluorescence différentiel (rétrospectif) 6 MICI MC 980 MICI 584,052 201,11 12,14 MC 7 MICI MC 315 MICI 612,612 216,342 19,87 MC 8 MICI MC 2520 MICI 642,124 237,3336 10,21 MC 9 MICI MC 714 MICI 544,544 206,4888 12,4 MC 10 MICI MC 2650 MICI 667,828 235,1916 6,835 MC 11 MICI MC 1143 MICI 825,384 256,1356 11,97 MC 12 MICI MC 1320 MICI 751,128 249,8524 14,92 MC 13 MICI MC 1990 MICI 695,436 238,714 1,32 MC 14 MICI MC 783 MICI 490,756 186,6396 7,64 MC 15 MICI MC 1220 MICI 593,096 202,9188 23,68 MC 16 MICI MC 1463 MICI 754,936 247,996 19,87 RCH 17 MICI RCH 1971 MICI 857,752 252,518 28,87 RCH 18 MICI RCH 2150 MICI 766,836 260,6576 9,81 MC 19 MICI RCH 1661 MICI 689,248 219,3408 23,82 RCH 20 MICI RCH 1562 MICI 904,4 313,3984 70,32 RCH 21 MICI RCH 1188 MICI 731,136 276,7464 37,88 RCH 22 MICI RCH 738 MICI 601,664 212,8672 50,59 MC 23 MICI RCH 1810 MICI 666,4 246,7584 23,79 RCH 24 MICI RCH 630 MICI 838,236 243,5692 50,41 RCH 25 MICI RCH 1780 MICI 753,508 282,744 58,6 RCH 26 MICI RCH 1650 MICI 788,256 285,4572 23,15 RCH 27 3049104 28 Conclusion Cette étude démontre que le score endomicroscopique établi permet le diagnostic d'une MICI, même en état de rémission inflammatoire clinique. Ce score couplé à l'utilisation de 3 autres biomarqueurs (FF, PO 5 et diamètre de Feret) permet également de différencier les MC des RCH. 3049104 29 Listes des références 1. Tontini et al., World J. Gastroenterol., 2016 Jan 21, 2016 Jan 21;22(3):1246-59. 2. Kiesslich et al., Gastroenterology 2007, 132 :874-882. 5 3. Li et al., Am J Gastroenterol 2010; 105:1391-1396. 4. Neumann et al., Inflamm Bowel Dis. 2012 Dec;18(12):2261-9. 5. Liu et al., Gastrointest. Endosc. 2011, 73 :1174-1180. 6. Musquer et al., Dig Liver Dis 2013, 45 :487-492. 7. Neumann et al., Aliment Pharmacol Ther. 2011 Jun ; 33(11):1183-93. 10 8. Kanesaka et al., Dig Endosc. 2014 Jan;26(1):57-62. 9. Delgado-Gonzalo et al. "Snakes on a Plane: A Perfect Snap for Bioimage Analysis," IEEE Signal Processing Magazine, vol. 32, no. 1, pp. 41-48. 10. Wadell, H., 1932, Volume, shape, and roundness of rock particles. 15 Journal of Geology 40:443-51. 11. M. R. Walter. Stromatolites. Elsevier. pp. 47, ISBN 978-0-444-41376-5. REVENDICATIONS1. Procédé ex vivo de quantification des modifications de la muqueuse intestinale induite par une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes de : 1) mesure, sur une image endomicroscopique confocale de la muqueuse digestive d'un individu, des paramètres des profils des puits de cryptes (PPC) suivants : a) Fuite de fluorescence de la muqueuse (FF), b) Périmètre d'ouverture du puits de crypte (PO), c) Rotondité du puits de crypte (Roto), d) Rondeur du puits de crypte (Rond), e) Diamètre de Feret du puits de crypte (Feret), f) Facteur d'élongation du puits de crypte (FE), g) Rapport des axes d'ouverture du puits de crypte (Ma/ma), h) Densité de crypte par champs (Dens) ; 2) quantification des modifications des paramètres a) à h) par rapport à aux paramètres correspondants d'un individu sain. 2. Procédé ex vivo pour le diagnostic d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes suivantes : 1) mesure, sur une image endomicroscopique confocale de la muqueuse digestive d'un individu, des paramètres suivants : a) Fuite de fluorescence de la muqueuse (FF), b) Périmètre d'ouverture du puits de crypte (PO), c) Rotondité du puits de crypte (Roto), d) Rondeur du puits de crypte (Rond), e) Diamètre de Feret du puits de crypte (Feret), f) Facteur d'élongation du puits de crypte (FE), g) Rapport des axes d'ouverture du puits de crypte (Ma/ma), 3049104 31 h) Densité de crypte par champs (Dens) ; 2) sélection des valeurs qualifiées « extrêmes supérieures », supérieures aux seuils définis ci-dessous pour chaque paramètre : - PO > 474,62 ± 103,10 pm, 5 - Roto > 98,96 ± 0,56 %, - Rond >68,43 ± 14,41 %, - Feret >169,88 ± 51,08 pm, - FE >1,745 ± 0,266, - Ma/ma >1,653 ± 0,247, 10 - Dens >0,2837 ± 0,0505 ; 3) comparaison, pour chaque paramètre, de la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » et de la valeur moyenne de FF à un seuil pathologique , ledit seuil pathologique étant défini, pour chaque paramètre, de la manière suivante : 15 - FF>10,0 ± 3,6 LUT.sec-1, - PO>666,40 ± 103,10 pm, - Roto>99,32 ± 0,56 %, - Rond>73,00 ± 14,41 %, - Feret>186,11 ± 51,08 pm, 20 - FE>1,87 ± 0,266, - Ma/ma>1,90 ± 0,247, - Dens>0,39 ± 0,0505; 4) attribution des notes suivantes : - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » de 25 chaque paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, ou la valeur moyenne de FF est inférieure au seuil pathologique, la note de 0 est attribuée au paramètre correspondant, - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » de chaque paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma et Dens, ou la valeur 30 moyenne de FF est supérieure au seuil pathologique, la note de 1 est 3049104 32 attribuée pour FF, PO, Rond, Feret, Dens et la note de 2 est attribuée pour Roto, FE et Ma/ma, 5) multiplication de la somme des notes par la somme du nombre de valeurs de chaque paramètre, 5 dans lequel un total supérieur à 204 ± 110 définit l'individu comme atteint d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin. 3. Procédé ex vivo pour le diagnostic différentiel de la maladie de Crohn par rapport à la rectocolite hémorragique chez un individu, ledit procédé 10 comprenant les étapes définies dans la revendication 2, suivie, chez l'individu définit comme atteint d'une MICI, d'une comparaison de la valeur moyenne de FF et de la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO et Feret à un seuil différentiel défini de la manière suivante : - FF>19,86 ± 5,70 LUT.sec-1, 15 - PO>618,32 ± 98,95 pm et - Feret>204,68 ± 29,65 pm, dans lequel l'individu est défini comme atteint d'une rectocolite hémorragique si, pour chacun des paramètres FF, PO et Feret, une valeur supérieure au seuil différentiel correspondant est atteinte, ou 20 l'individu est défini comme atteint d'une maladie de Crohn dans le cas contraire. 4. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, dans lequel le nombre total de cryptes analysées dans ladite image endomicroscopique 25 de la muqueuse digestive est supérieur à 20. 5. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les étapes de mesure, de sélection des valeurs, de comparaison et d'attribution des notes sont automatisées au moyen d'un programme 30 informatique pour une analyse a posteriori des images d'endomicroscopie 3049104 33 ou au moyen d'une solution intégrée au logiciel existant d'endomicroscopie pour une analyse en temps réel. 6. Produit programme d'ordinateur téléchargeable depuis un réseau de 5 communication et/ou enregistré sur un support lisible par ordinateur, caractérisé en ce qu'il comprend des instructions de code de programme pour la mise en oeuvre d'un procédé selon l'une au moins des revendications 1 à 3, ledit programme d'ordinateur étant exécuté sur un ordinateur ou un processeur. 10 7. Système comprenant un endomicroscope, des moyens de visualisation et des moyens de calcul, pour la mise en oeuvre d'un procédé défini selon l'une quelconque des revendications 1 à 3. 15 8. Système comprenant un endomicroscope confocal connecté à des moyens de visualisation et un calculateur comprenant des moyens d'analyse d'image pour mesurer sur une image endomicroscopique confocale de la muqueuse digestive d'un individu, des paramètres des profils des puits de cryptes (PPC) suivants : FF, PO, Roto, Rond, Feret, 20 FE, Ma/ma et Dens, et un comparateur adapté pour comparer les mesures réalisées avec les valeurs correspondantes d'un individu sain. 9. Système selon la revendication 8, caractérisé en ce que les moyens d'analyse sont adaptés pour sélectionner des valeurs qualifiées « extrêmes 25 supérieures », supérieures aux seuils définis ci-dessous pour chaque paramètre : - PO > 474,62 ± 103,10 pm, - Roto > 98,96 ± 0,56 %, - Rond >68,43 ± 14,41 %, 30 - Feret >169,88 ± 51,08 pm, 3049104 34 - FE >1,745 ± 0,266, - Ma/ma >1,653 ± 0,247, - Dens >0,2837 ± 0,0505; et le comparateur est adapté pour comparer, pour chaque paramètre, la 5 moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » et la valeur moyenne de FF à un seuil pathologique défini, pour chaque paramètre, de la manière suivante : - FF>10,0 ± 3,6 LUT.sec-1, - PO>666,40 ± 103,10 pm, 10 - Roto>99,32 ± 0,56 %, - Rond>73,00 ± 14,41 %, - Feret>186,11 ± 51,08 pm, - FE>1,87 ± 0,266, - Ma/ma>1,90 ± 0,247, 15 - Dens>0,39 ± 0,0505; le calculateur comprenant en outre un générateur de notes connecté au comparateur et adapté pour attribuer des notes suivantes : - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma ou Dens, ou la valeur 20 moyenne de FF est inférieure au seuil, la note de 0 est attribuée au paramètre correspondant, - si la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO, Roto, Rond, Feret, FE, Ma/ma ou Dens, ou la valeur moyenne de FF est supérieure au seuil, la note de 1 est attribuée pour FF, 25 PO, Rond, Feret, Dens et la note de 2 est attribuée pour Roto, FE et Ma/ma, et le calculateur comprenant en outre un multiplicateur adapter pour multiplier de la somme des notes par la somme du nombre de valeurs de chaque paramètre. 30 3049104 10. Système selon la revendcation 9, dans lequel ledit comparateur est adapté à comparer la valeur moyenne de FF et la moyenne des valeurs « extrêmes supérieures » du paramètre PO et Feret à un seuil différentiel défini de la manière suivante : 5 - FF>19,86 ± 5,70 LUT.sec-1, - PO>618,32 ± 98,95 pm et - Feret>204,68 ± 29,65 pm.