FR 3044325 A1 20170602 FR 1561671 A 20151201 La présente. invention concerne le domaine médical en général, et en particulier le domaine de la prediedon de rsoues, préüément, l'invent^en concerne un procédé d'évauation du r4ue de comp czïtdu chez un patient aya subi vie agression, telle g-L.KE7 chirurgie, brûlure, traumatisme... L7;én4.rant un syndrome de réponse inflcmmntoire systémique ou S i o.)u chez un patient ccnnaissar :rifectiiin provoieuant un SIRS, et E- - - -uculier chez ienti eu =eptique, re un patient P, taiïc an SeD7S, notamment un sévère, également nomr- orave. et pre ronce chez un patient en choc septicue OE,J ayant suCd un choc Dans cas d'un syndrome de réponse infernmataire syntrnique ou SIRS, Inc risques de complications, i/pe infection secondaire ou atectine nosecereiate dans ie cas d'une hacpitciiotion, et in riSCPE2 d décès sont importensi Le''; nfectirns nosocrrnn leur, no1mment, sont un prablème de santé pubig e Lev défensen. immunitaires dirainuées ou eftéri directement atteinte à eurs c n ont souvent, par rzturer des portant ciueiriais:air) de iciur nmunftafc :-.2riilie Datfents, et e :ic lier Inc personnes dénutries ou aux .:s exdernes Oiu vie (persoii, i i,'..' nuanii..)sons) GCJ-'ïtt: spécialement -sibles aux - ifections en qéoémaf n particulier survenue c fections .i. :omiales. LaLniévate000 r ttecte - -. miales est us levée dans les ocr de réanimation que: i.7ns d'autres secteurs hos Par alleu s, parmi les cyndrornes de réocninee inlJamnureofres s',,fistériniques 0 LI SI e- oindrorne de rereiiirise siyistémique inflammatoire en rl a L111 e. Ion. Un sepsis sévrc est un sepsis une hypotension cotérielie et/ou .hypoper7usciiiini et/ou au is'idoniriernent d'au moins Uri organe. Le choc septique est un sepsis névère associé à une .nsctisineen persistant_ maor des rem,. issages ets et des traTtements vncopresseurs. La différence entre sepsis, sepsis 3044325 2 sédd et choc septique, réside principalement dans l'importance de la pert de toutes les tronc:bons ylltaes. Les peiests presE un SIRS, et en particufler ceux présentant des sedremes septiques, c est-à les patients er état septiqLr. allant de su)sis, sepsis sévère, à choc e, présentent un sp un ridcrlent de rriplications, notpmment t'Infections nosocomiales. De plut, 1es &eus Jes à. l'une des premdres causes de Mers dans les services de réanirrtter. Esb-ner risque de 7771uP0i,A C77 d'un peler en iice t' TteU n cu dans d'autres seRsice.:5, par exemple r cas de ct notamment une chirurgie lourde ou trensplantation, nul présente SIRE, et en particulier, un sepsts, en seesn sOnOre ou es de choc sspHclue, est don- r proposer une prise en nie ge pers, nal. ce de rédtdre es risq ses sis picsUon, et en :ertcccler de t 15 La sévérité de ipnt..: aduïle en service de es :ior st r3len--nt estIrnee ri î d '^.;:, différen*s paramèr.e cli,,,.. Ceux-c: perrnettE . notammt nt de: dispriïr ,_!squelL 51 ni: de sévérité: Si pour sen Organ /15Sa.'1-75/7.?eicit 20 eu. ,dricent et aL, 19tE Si 7,;,A,P511. [lançais II (Le Gel tt, duss, humilie eh et aI., 1993). Ces scores 25 nottnlit, nt, éfinis su ; des cohortes ces plusieurs parente, es chic s der..)..tiens de ttet; circulantes, la bi If ru , ldlt que le diurkt lu la ter- fievaluer per le ccui d'une la fcncton d'un ou de LuGeurs cardiovasculaire, fArébrüi). Ils sont rani; tes .pretuers d'admission en réant s le 30 cas du score SAPSII, seule b Va knir la plus délétère des paramètre_ po sr r In d '.ict,r,t, die rav,té J nprmi.j,,nçp; o7elle. Ces scores p degré d'attente (71!eS (par eye 3044325 dans le score, mesurée au cours des 24 premères heures en réanimation, est prise en compte. Ces scores sont néanmoins peu Y7.S en routne cnqu car ils essiter, de part du médecin, une démarche acte de recherche des etru: u n dans le dossier du ent, Ains:, ext:;te un réel besoin ch-, c-.-,7ier d'autres outils, et nota ak'ier facilement e: 7apid.fnent te en particulier du mn,- :é d'un -, ent --7-jmis en de marqueurs r.nesurab de comphcal...w perm r définition tans un état 7,771e et chez. ernent drerardernent - inudu En rr-ation qui 10 c,(:).;-.."5,7, vital p nnuvoir identifier l u:uduu dc Huqud decu tal est accru perrr I. de leur rE--ver une r _ des thérapeud:' plus adap'.: L. lande WO 2u.L3/140103 propose un procédé en e, un suivi, 15 la susceptibilité aux infectii ; nosocomiales chez un patient, corrHprerent les ; suivantés mesurE.T Vexpression , niveau protEqu n dans un ilIon bioUnile issu duJun dchantillon à tester, - conclure a e susoeebilité accru infections nosocc. ales apv, 20 comparaison T.D12; par rapport à un valeur de référence. La demande VAD 2015/C1C.32 t, quant à elle, un lé tfÉ2-vai ;-,:kIon du risque c mortaht.::, C.12 atient ayant subi une ou u infectic gén&aI e réJunne inflammF;I:Dfte systt 25 comprenant le5. suivar - rne7,r-e7 ue sCD127 au rotL ans un issu dudit. podient, -MT e:hantillon à tes,. - conclure à un hupue accru de mortalité après comparaison de 30 l'expression de sCD127 par ran::)ort à une valeur de référence. 3044325 4 Le sCD127 est à du CD127, encore nommé c ,!lha di cie l'IL-7 ou iL-7R-ALF1-iA ou IL-7RA ou CDw127 membre de la superfbématopoïétiques. Il est L'..e CD127 est une cH 'ne de 75 kDa des récepteurs aux t:',:ars de croiance -mé veau mernbranalp2 et s'asso(-.:c CD132 (chaîne yc commune; , ier le T,c cie Ce ré( lmpoIent dans la dirrerititdation, a survie et le jon CD127 est partie extrace rn, d'une painft-:-:. 'î-riernt)ranaire de 25 aa et d'une pPrHe 10 intracy iCr.1W:?, ea I5). Comr-u-. pour 1- nomb- récepteLrii yytOK il ion c; .2D12.7 Dré:-.1:1t dans le plasma ou rorme 3oluble, nommée « s » (Carin' et al, 1994; Vran-jf(:.-vic;t al., 2007), ri, a r « sCD127 », on entend la forme soluble ,mt Çrine 'encore nui-frimée forrrK: ,rnad- u séricp 15 du ré l'IL-7. Les nléc7r-,ismes à l'origine cb:. :.)ération de la forr-nE:-: SCri'L décrits et nàsultats de silnt contr les travat.t., de VraHkovic et k' 07 conduisent ccmelusion cp.Je la forme cr --.oviendra - -nbranàre - traire, Goodwin et al.: 'que R cou:. 20 régulatior r a transcripton, épis (.1(E,,,,,IAR IL7Rcodù t.,Jur Cn117. Le gène :omposé de 8 exons, l'exon E nt pour le dornaïne ismernbranL ?articulier, la se7,_. nucléiqui e référence pour le gène 177' E st la SEQ ID N°1 nsembl 25 II exis *sieurs transcrite - ,e.cers - la base Ensembi ( reprsentes sur et u s le Tableau t Le trerischt IL7R-00 iiiDmprend et correspond donc à orme protéique merribriiiiini,u de CD127. Tous les autres transcrits ri:spi'Jvant théoriquernen tn:Kiuclion d'une protéine ne OE:trriiiiirennent pas 30 I'exon 6 co rre5p-o .,Dnu rridellement à des fc)Tries solubles de CD127. 3044325 Tableau 1s Le f-dffnt tumiscr Erembi (GRCh No transc 7 ln UT. )00.7.7117 ot',-213-7 IL7R-C- (:30(),-":,A SEQ ID N°3 180 aa Non (Rose et fl.'.7R.-C-ue ENT00O00UEm., SEQ ID "1°4 aa Oui (Rose cz. ai., )) iO4 ENST00000508941 SE( - Non )05 ..r:L`'.:E1-00000511031 SEQ IC 6 Non codant Non )06 m,nn'"7-!_7665 SE( 52 aa Non IL7R-007 ENSTOOUU: N 1_ ) aa Non IL7R-c . .ENST00000509668 Non codant Non IL7R-t, ENST00000505875 SEQ U i'',1'' - , .on codant IL7R-010 ENSTOOD0075093 - . ID NnL- 55 aa Observai expérimenta orotéir 0; 2009 11 notamment pc n-:ontt:er que la sbieCDii7 purifie: :tir cc,,asma ,surt:- à la traduction du traitLict 11.1k-003. L' séqa- se: orme form b :uce, o prcéin ;oit e provenamt pi, lion du transcrit IL7k-UO2, ni d'un cuvage Drme pro _Liue ment br-(73.naire. 10 Jusqu'à ce jour, - f'ss-rne L'es -soiubles ',7crrespondant aux transcrits pouvant p IL7R- 006, IL7Fitea observées expérimentautment. Dans e cactc de 'tentic.)n, inventeurs de la présente demande de brevet DroposEnt une autre soir déteutior dc nrotéines s bKc 15 qui est basée su evaluation cr_ _ eurs transcrits du cïene IL7R., Les inventeurs ont ddrnuntré que dans le cas des transcrits, n'était pas utile, ni pré, de se limiter aux transcrits codant pour la partie sOluble sCD127 du CD-127. 3044325 6 C'est dans cC t2;x:t.':e que la présente r n se propose de fournir un biorriarqueu7 rrédict d'un risque de coi :ion, et notaT. lent de mortalité'. ,:,:':hez u patient r subi une agreon sévère (chft brûlure. tra..snatïsme, ...) ou açiresrion ou infection déi-iérant in syndrome de inflar ssiRs):L e la -d'ur.n trant. .-ene -. permet d'évaluer, racerrei t: et rapide nt, le rare -cautes morD ien t de pr 10 r 1 complication cae7 ir'fcL Idif" n Lérnic nuanit bon, dans un échanibn biologique issu dt concerne u v71' uation :Albi une ressi une un syndrome réponse C.Etectic en ce la I'au moins 15 gène 1L7R l'in' 2. on entend r sy i,'-éponse » « ÇTP.S », une ponse assocurit rrrls deux des : res suivants : - ture > 38 °C ou u,- Fréa _;spiratoire > 20/min r paCO2 120 n du risque d_ CE ne pc ruer i enu n r es jours, e part'eu'ter ds,n3 leS purs, rrn-----erq: r dit partic.J[K,pr dans les .;,_3 swiant nu rri se-Ue ré7nimation et notamment pour 15 un déès rrrnnpuHnpendant la durée du séj réPmin. Con précédemment, la p.... Ambon pItu»::-:.nte une ap)roation préféree chez les un ttnL u,;entent in sepsis, )tamr n 9psis sévère ou encore chez r_ Fru rut trutu ru r1 choc. -r---tique ou dyan udH un hoc septique. r) manière prerti: nu, tu procédé 20 selon ia présenitF h itilisé pour Pva,,JE'T le risque de morePq--, de tels naticTC L .-panière paiticulièrerwr- . :référée, le procédé riton la pré - ver est tout particuli,è rruurlt: avantage - pour ruer mer le de mort hez un patient pu été en eq7--)t de choc Igue. Dans ce cru ... :ès sera evalué pour un décès intervenal,. p cans les 40 jours, notamment dans les 30 jours, , finns les 28 jours -,!..iivent le début du chare,uitue, et :nt, lx . décè,-; siu;c pbt:qe d'intervenir pendant tuutr n durée du séjour el réanimation, ride ruina rrrrtion. De n7 préférée dan: c ° Je l'invention, 30 etne IL7R. qui e! - et, c. préférence quantif les transcrits IL7R-001 de FF.1. ,D N°2, IL7R-002 d'.7. g 3044325 10 IL7R et IL7R-( ,;EÇ Tn N°8 et la d'un présentant au n- !ntité avec l'une dt s séquences. Le pourcent7, d'identité grâce à un (ilidnement de nces, tel nue (Nucleic P ses. 1991 ' .11722(27):4673-8Ü. CLUSTAL the sensitiv progressive -ence alignment thr SC11 ce weighting, position-speclfin -i weiniht M atiî X choica,., Un -variant corresponcr,:-. de la se Tène IL7R. Ei c moins i gène 10 IL7R e paru t moH ne partie du domaine tra:m5rner-nbranaire, voire tout d_rm u3mc:. tram. flaire, de CD127, et correspond, de f ance au tiaansci-iii. IL7P-001 de EQ ID `à un de ses variants présentant au moins 993/4 la Jence. Le transcrit II'..7R-001 de SEQ ID - . a l'avan:::. .e détt 15 en quantité ni portant,- 3r rapport à d'autres trar:. e qui faci' mise en ceuvri, du pro c,. l'invention, dans le détecto u ce transcr Par « transcrit », on ery,..end h t en particulier les ARN mcsagers issus, transcription Lne IL7R. Plus les 20 scrits sont les Al - prodi - issage 'J gène. Dans le cadre de rhvention le ou les tr,:.nscrits du gè (1...tecté(s) et/ou ot é(s) de " ,1ce, un ARN Er , pr,xédé selor Lnvention met en ceuvre es etc consistant 25 i) déterminer b au moins un transcrit du gène IL7R dan ledit tilk.. biologique du patient, échantillon ii) c, parer la au moins un transcrit déterminée pour ledit échanUlionb,.:',' une valeur dérivée de 30 cette qu L. à une valeur 'écrenco minée, et iii) 'tablir une conclular. quant à présence éventuelle 3044325 11 d'un risque. de com7.: ation, à parbr d de la COMparaïson. Il est po3Fibi dans le cadre de l'invente ce détecter plusieurs transcrits du gène. les tri. iscrits IL7R-001 d 5 c D N°4, IL7R-005 -n et en par de déte, qUantifi,i 2, L7R.-002 de SEQ ID - 003 1L7 R-007 _Jans le cadre de inventi( plusieurs transcrits ,d s, le procédé mettra, otlImment, en oeuvre les étape :r :h hr1Je ElurHurs transcrits du gène 10 ii) corn la 'tilts ue iscrits irJiiiminéo pcior ier H lion D r Li e, valeur oérivée ,-;h colie cittiatu. eur Lr. i -,ce ii.eriTlinii'. blir ur- conclusionquaru-,--, a pré -r eTl-..uee , que de cornplicat -''. il partir du ii-Eisuit.,-ât, de la !tom paraison vention, 71',A moins Lri transchtdu gènE7. .I.L71", est ri,itnantLion .Jui' issu tn pia'oent, Lfitior ian souhuiite coi :allon, nori-no -handlon résultat issu , cette "eCtiOn corrioar - risc re c 20 i r tous .:7,2'S' moins un transcrit ' ./11,' tiiiriCiprei trient di te ' d a le procédé de l'invention ry,,.',',it ocriiiirrendrei do à valeur uelle - quant dudit au moins un transcrit -:,i:Tninée cii'u dians qu L ourr nrr »r, afin de conclur r riiscoi2 de .e;ter, Il est également possibie que cefte vaieur de référence soit ùpor: b,e, dans le -. lors de la mise en oeuvre du procédé l'involtion. La valeur de référence sera Élet:rtririo à partir du ou des mêmes 30 tari .-.crits du gène IL7R, que ceux Ott détectés) ou quantifiéP dans -ntillon biologique à tester. Eiba» a cepenoant être détermir sur j. iiTiesuri.D. do r" (tincli'ittilu Jitr r tester CL. Je cette .complication patient '.'quel est issu l'écl 3044325 12 un échantillon Y° différent mais du même t,..\',,pe, issu mêrr-- - - end: ou d'un til:.Te pat ciu pool de p- 3. Lorsqu'un ou des échatedons provenint d'un - ier't de référence ou dol de patients de référence seront uti!'sés pou( déte, miner la valeur de référence, ils 7Y) c nt, de préférence, le rr- type de SIRS (notam sepsis chdc septique) que lep;:--yiE1'1: pour lequel on . rneUre en oeuvre 77..J test oans le cal du proct:-.0 rition est un. échantillon biolo lue pro',,,,,,nInt du ch: . évaluer le risque de corn 'cation. En partio."-- un tel éciuùui i est 10 parmi ceux suscepti- Je des transcrits exemple, l'échantillon tester prmiïerti: (l'un - CiU":.."17 0 `=tenu dans jours ou à 6 jours (36) aprè I -;sion en service de réanimation d'un patient av un SI I préfére ans les 5 jours ou à 5 jours (35) après l'admission en set-' e réanirr , d- manière préféreatielle di :rp k!.s 4 15 _ ours (34) après l'a( i service dE réanimation, de rr ,ire encore préférée dans les 3 Juoi-s ou 3 jours (33) k4rr e:7x.-vice de réanimation, ou encore dans les ck.--.:ux jours ou a (32) après l'admission en de réi bon, ou encore O;;Er IM OE,'j à 24h (Ji) 20 correspon du imissionr1 Nice ae réanimation. D cas où le S septiquef ces délais ser :ulés à cornp choc )CPtL eut êtic début l'adrnii1:-',,ation au patie nes. Aussi, des patii s en état de choc ,71yart ité un chnr ptique, l'éch,:ntlo.'1. à tester provient, préféreu.:, d'un préleveme .;:lans les 6 jours ou 25 à s le début du choc septique, ..7référence dans les 5 jour s (35) après le début du choc sept de de manière 4 jours ou à 4 jours (34) après début du choc dL chcore préférée dans les 3 jours ou à 3 jours (13) après le début du chc tique, ou encore dans les jDurs ou à 2 jo.urs (32) 30 après l r SePtiqUe, ou encore dans 1,7,... 2, -Th ou à 24h (31) Elprès le début au . Autrement dit, l'écilantilk: tester est, de 3044325 13 préférence, Issu h'ect. chez ie patiefË lequel on soul7,7ite évaluer un isqued couitation, dans ies 6 joi.ds, dans les 5 ans les 4 jours, dans les 3 jours, dans les 2 jours, ou dans les 24h, nntFry-nent à 6 - à 5 jours, à 4 jours. à 3 jours, à 2 jours ou à 24h, dmission en service de réanin..ic-)n Du le début du choc . Dans Ie. Ci S où le procédé selon l'invention est piic non pas è ont admis rvice de réanirnat.c r mais h su:îh..)î n chi. urn 7,1:un:ri nt une chirurgie icurde (du 10 par eye: ou )1anta1r dont le suivi E rSSU rë in autre, ,.es temps indiqués..; ,71 n :5 cadre e l'invenbiJn pour ies prél.èvernents corceenés non , e ',:3.Clmission en se - réanirrh1 chrurg 15 hrîs le cadre de l'inverb compa _ son réalisée à l'étape ) un rapport entre la quantité de transcrit(s) déterminée un (-:.11antillon biologique dudit pal correspondant un prélèvement à un (notamment dans les 3 ou à 3 jours (rp) sur --Hf° de ,-.. déterminée pour un 20 échantillon biolog e duc ,-hwrespordsP-- un prélèvement à un nstant t' (notamment dans I '4 FieUre2« r ç 01)) Les échartn.., s, sui ' le procédé de l'in\ m mis en oeuvre, encore nommes échannbn à tester, seront d'oh ine h .-naine. Lécà I être un fluide 1."-' 25 r nî le sang toti r nt tel que collecd,,, dire contenant les ceUes blanches et rouges.. attes e.t le plasma, ou encore r'.r)chHim le sérum ou de plasma. r),:i.-ne que composants ctirchts , comme les cellules ,-'7710r1LIclées du sang périphérique ou PBrviC (« Peripheral Blood Mononuclear Cens »), ou des 30 vésicules excrétées telles que des cellules ou des corps apoptotiques, des vésicules excrétées, comprenant notamment des exosomes et des également possible pour 3044325 14 rr"irJC:2`:'ésicules. Les échantillons s'agisse . échantillon:b Î 7',tliies à tester ou des échditt,Hori utilisés pour lrmil ter la valeur eu e nce, sont, de préférence des 11 V)71-3 Ci'a ,;:',-a.I ou de PBMC. Les échantillons à part71 ,- r L. e ées ,-,.s va!, c encore nomrriz _ s rHenre >:,, peuvu nature bioiog e tel que rientec ci-dessus t te (St e r 3iologiques). en meri . des échantilb coiUenant une euantité pour c » r h Ia quantification du ou des transcril,:I uU yene 11.7/. particulier, dans le cas 15 d'une mise en r du procédé c ez des sujeF --,umains, un échant,A,Dr, biolog!,'.1 r sera un échentillnr, riHmain. On iifilV égaherreint., des ntffice5h logiques corre m'èrne .)logique ot. DrDrnposant(s), pa r exemple des échantiiio-,ang total, à hfoS pour l'échantillon à tester et 20 l'éc .' on nue, T .:1e détection et/ou qu,,, ion de transcrit bien c- --Aue c 'homme rmétier peut être i.JÊ;ée puy mise en . ientiot.. En part.cuue de telles rrL in ou pIr.mieurs partenaires de liaison pour le ou le5 ' anscnt(s) sélectionne 25 On sait - fageei géne les ré,sull,:a'i:7 :::, 5.7::-.ib C.2:, on d'analytes rlh-- -L.-- t en 7 -.,nde partie des caractérlstlel. i des parteraWl..., , 'rtli,'.,,.?s, ,,A,Lrp '-',n,,, le cas de -eon ,,.I'-?S\ ,:tar lda tl, 0 n W.AI V ,e... A.e s 0n ''''''':e'S i -',i d q 1'12j1S1 les ,,,,'.ts ....._.... en veticulier , càractéristic s h.,:-'- de cor,,L.'',:jtkm-) et. (, '' pc)urcentage der 30 ,,,,',::,q--nplémentà. des s es carac r'Jes luent sur les valeurs mesurées avec ces sondes. On conçoit donc 1,,A n'est pas 10 tra-slt(s) sélectionné(s). 'eusernent, si - :ilions .1ce ,9efilons.biok 3tili-E= que celle de ut du d« r compa diffE 3044325 15 de donner des valeurs de - ,écises et que ou les valeur,:.e référence adaptées à chaque J-tenaire de .3b'Dt--> iinées dans chaque cas par de. -impies expériences de rod,...itine. En particulier, la valeur c . _nce sera choisie, er fonction de la e pour d-" l dudit au moins un transcrit du seraser r population (ont est issue le patient: .uquel on 5,3U tF; L'horr raura déterrn,,,, vab réf.-à-er Dudit au bioic antité ''e pour la 10 raisor L-71r iparaisor T Jectuer. puurra être utilisé pour il est possiL-Jk... échantillons deérents, à même e on appert.? ,H valeur de référmce V rs corre7no, à ulier, un te;t,, leur de référence. Pc comnaralson _ntre populations ou 15 d ution dans d'échantillon. Ilbien - -'eur discra, soit un Hie r d'indétermination, vklemment, lorsque la y esurée rpf .; Poterva oi eet très pro( u valeur r 20 clanse cas une valeur disc- on ne peut pas conclure initivement el: il convkn, (Je (:::onchiirE: nvestigations ,ntàres. r le cacirc: j'invention, I 7 de référence peut être détern de différentes ME _s : soit la valeur de référE, est obtenue à partir lp rFérence issu du ri, me t obtenu lors d'un , nen.,' antérieur,. la valcw- e:t à partir d'un , référence d'un indivei .:érence our.n-Lilions érence d'un' ,1,:0,71 de référence, valeur référence obtenu! -,rur d'un échanlon de du même patient obtenu lors d'un prélèvement an eur serra iiftée 30 va!, T référence interne. Ur e ,,,q,:deur de référence c,L)7..eri d'un échantHil de référence d'un de référence ru J'échanUllons de 3044325 16 ce d'une lx_ de erééunï. sera nommée valeur ':nce exierne. Une valeur de référerc interr puut correspondre à, ou être déri de, la quantité dudit au oLe un tram,;,::::,r;t du gène IL7R mesurée dam. 5 échantillon biologicpJe. issu du müme dit pat,k,-: lors antérieur. cest cru dan un échalnitHlon bioloequ issu du on sou er u nuue de comriratior et obtenu, 7,r,,rieurement par rappori churiL r. Par « Lééreur ieurement », on entend de manière ce dans IP ;1".i-nps. 10 De ,. --lérence, une valeur de ré,:erence interne est obtenu- à éintillon biologioue qui est ent antérieur pu r ryn è te est-à-d' ce* 1 t precède ânon a teste l'ordreréer p éuvements effec s patient. nu :5e en ceuvr .ement avantaç l'échantillon de 15 référrr:cu renrnn est issu d'ui ?nt obtenu ciuru es 2 jour ou dans le L ,.1 e cre à 2 jours c.. 1. ru après l'adminrurrr en réarlirinatinn dit permet de déterminer de précoce le -te comphOElon du patio sté. D te état c ci ic ', ou a été etAt de septique, c-- 7.1_ ont cactilés à 20 compter du début: du choc septique, A titre d'. -mile., le prélèvrient entér^eur est effectué dans les ru2 à 48h ,:.ich-rission en réar du ter ,ut et, de p ere, ai 24h ,,evement de échuediior è ester. De , le prélèvement antériet 24n après i'admrrr.èrn en ré , limation 25 et, r..Dr,:..-Aèvemen corr )ondar échantillon _-fec[,..'h,. à 72h après Vadmission e1i réi1mation.. Dans le cas d'un pütiei; e., état d choc --,:tique ou = rant éé en état e choc septi, préb,'ement uereueur de 'JI. u, ; 'es ou à h après Le début C.h0C septique et, de rtrc. 24h a',,;(ant le prélèv le 30 l'échantillon à tester. De préférée, le preevement ani - est effectué à 24h après le but du choc septique et le prélèvement 3044325 17 correspondant à l'échantïU on à tester est effec _ a 72h après le dér,uL de choc septique. De manière préférée, le procédé de l'inve.ntion permet de rnonoure à un risque de complication, et en particulier de mortenid chez le patient, lorsque c.i'i...J.antité dudit au ncïr r. n transcru- dtormdnéc cha Fin n à tester ou une e7.3eun due unie de .-zette quantité ç est mesurer_ dans cien-rffi bn à tester 7as 7' 'nativement augmentée par r port valeur de midtmnce in Il non: ni la portée de l'homme du mn 'liner le poun.te- - d'auqmentation significatif qui dniui dra. 10 rient, du pu ri ninhantillon ni :ester (par exemple san: Selnri e traitement à appliquer ou encore lu 15 atteint le --, Dans cas maintenant de l'utilir.:trrtion d'une val min référencr.:, externe, ceiie-ci peut correspc--'rre à, ou do e obtenue à paniir dudit au moins un transcrit, rptteurée dans un échantillon biologique issu d'un. patient yrn uh Une agression ou une iç--in ç7énérarit un syndrome de 20 réponse inflammatoire systémique dont c sait qut r pas cor i de cor ...chut, notamment d'un patient prése int un lont or. _ n'a pas connu de ccirnp n:aidon, ' de perérei patient en choc septique dont on sait qu'il n'a ras connu nie complication. E- Drticulier, lorsque le sque de oc mpiiction à évaluer est un risque 25 dot, u valeur de référence ClnTeipendre être de, la quantitè LIU:ft n::::try:: on onueniL, mesuré2 un échantillon blologique de reference s.e une. agression ou une infeJon générant ',id -e sys ln sait qu'il a survécu, nor.7-rc1ent d'un pcILICI IL presentant 30 un ler survécu, et de'.',rence, d'un patient en choc septique dol.: on sait q a survécu. cellt...Ores), du dlnalyse, noie l'apvreH sur- analyse est effectuée, en fonction de s'il sorr_ iaite favoriser la spécifi can77., e cas d'un test d'exclusion oi sensibilité dans test 3044325 18 Dans ce cas, la mesure d CI Liant dudit au moins un transcrit ri qui sert polir la r141-ei 1,,dri cL valeur de ce externe est ence eff1.7-- _ e c'est-à-cire '7! t3mps quL a rnesune de la quantité udit a un transcrit e 27..7R qui e t'ate dans 77.1u patient chez qui on souna0-,e évaluer le Je de COM. le \nent de l'éch " biolog :rerce ait e ment, à. celui del'écLLHlon à tes.eir. La ére re à, ou être obtenue à partir d'une r de duard doidt roMs v.: qui 10 est mesurée' ° antilkidis issu de su une agression ientection --itt ,(FE drome c' -éponse inflarrrrqt0e j yi.éfliiqUe L dont c»:"-) 3,3 qu'Us n'ont pe:c connu d co lotamment atjents présent . --n sepsis dc sait 'ils ; Hce, de paner-És en choc connu de com-r:..cati . et, de 15 septiqu it on sait qu'ils n'ont pas connu de cornirqation, En iiiticudid iidque te risque de complicatior ,,ialL.er est un risque e- morteT - égalemc-H- correspondre anue à lir d'une valeur moyenne itité dudit au transcrit qui est mesurée sur un ,hry 'dions issu de nàtleFL SLi0 -eSSIC ou une infeciddi :jén .yndror, -nrna -:;oystémique (SIRS) doni:r SL t cH patien Tirant r scc.,-,,c, dont or clit survécu, et, de p férenc' le ch( r rue Lnt on sait qu'ils ont 25 Lii :as, la détermination dd a valeur de référence externe est de référu. _uée préalablement à la mesure de la quantité dudit au mo ; un tr.,,,:rlscrit c qui est dans - "...ilion issu du pat iled qui on chieche .......uere. ité, vement des écnantilions de destii és à être « poolés » ayant té effectué 30 antérieurement à celui n. à tester. 3044325 19 En est conclu à un risque accru de complu.':2,,,on, et en ,diculier de mortalité chez tîent, r.-sque ln cdntité dudit .-- -1 moins un icrit du gène IL7R écntHon bi ique du . est signilicativrient diminuée par 7.2p à la valeur Ge reference exte,,.,n. C'est en 'a cas, quand le prono55-,-: est basé sur la prise: on compte de la qu ti iscrit IL7R-001, 7R-002, IL7R-003, IL7R-005ou IL7R -id elevemen un H!:::!tant. a début du choc énéd71...!urcrt.-., (..:771 u -lion biologique à tester es4*: su d'un ,- 15 patient ayant s... ssicil 0 i 'ecti- r §.nérant t.17 D me de ,:opse inflammala eet.mLee tLd ,......... d,,,,:... 1 service de , nil . tion, comparaison est, de préférence, effectuée diretatament à pertir de la Entité dudit au moins un tid!..m9nnt du '/77? mesurée, pour -hantillon à tester eit ermination ae la valeur de référ---:-2 20 rne, dans un hantill L.P7 pnwenant d'un prélèvE ant réalisé 3eme . ;uivant le dedui. Vadmission du patient ei, ...7ed/irie de nimatt en particulier 72h après) ou à partir du rap.pc., entre la moins un transcrit du qdne IL7R mee, pour l'échantillon a teste t pou Pc détermination !!!!,,P,-1,!!!!.u..!r de rérer-icit - - itillon bob:, 7.t provenant !J 'un p t:nre ment e.miOn (et: en particulier 72h apres) i?.t la mesurée, !D!!Pur :nantMon 7 tester et pour la détermination de référence, dand eichd.-Jlion biologique provenant d'un ore,. Pernent réa dans les 24h, et notamment à 24h survant le choc septic,:ue. (notamment dans les hures ou a 24 heures ( ' 30 Dans ce cas, la comparaison eSt à l'étape d entre : 3044325 23 - le rF)pp P de la quar. de transcrit(s) -7rdnée pour un échantillo dà dont on souhait( Tnir diagncsbc correspc7dart ài oré.lève n instant t (nota dans les 3 jc5 ou à 3 jours suivant ,SsIon en réanimation) sur la quantité triP9Pr déterrnhée échantLon 1,-,alogique dudit pat correpondant à un pi à un Wrstart t' (notamment dans les 24 heures ou à cures (31) Ty'ant racinT,Ssion en réanimab--,:n) et - le crt de la qt- , échanti ut 10 correspo ou à 17-;Liant 1ii rhoc 5,poUcl transcrit(s. population ïr.érence espon 2L-1 t--verl un instant t' (notam dans les 24 heures ou à 24 heures (J1) suivarr. --,ébut du choc 15 septique). Dans le cadre 'inve 0 on entend, par 'r1 transcrit, la mise en évkjence dudit transcht: bi-même dans l'échpn b ()log ici! par action directe dudit transrit. par tout procédé - ier déter 13 présence dudit transcrit clans un 20 échantillon, ou par détection indlrecte. du transcrit après transforma i de ce dernier en ADN, OU 7 il° 7 dudit transcrit c7r.lres amplIFV.71n de l'ADN obter for tion de dudit trans cht ADN. [ cadra rI l'inver'....,-; la dét-,don accompagnera d'une - THltificatior cu des PL-P.P'u5crits sélectionnés, c'est-à-dire que la (,.:T,--::entn:JOi.É,11 ,;fur transcrit ou 25 de plusie s, dans ce cas de manière globale idiJjelle, sera déterminée direuemcnt ou indirec ment. La détection drecte d'un trari;crit dans l'é Ilion biologique peut être mise en oeuvre par tout moyer -nu r1 c. el' ier, comme par exemple par hybridation avec un - - :en i liais - 'igue ou non du 30 transcrit à détecter, le cas échéant :.rès !d technique PCR, transcrit(s)cl(T-i1-..erc-iinée pour un e.nt ou de la on de instant t (notammen: dans les nique dudit patient ou sui- la quantité de 304 4 3 2 5 24 ou sans son ou I\ ou comme par exemple par séquençage (Cloon.an et ai. Ï.3 Emrich --eZ. al., 2007; Mortazavi et al., 2008). Par hybrid,-,tic.., , on enterc processus ij cours clans litions appropriées, deu:, rits nt._ e.s se linfPons hydrogènes stables et spécflq pour former un collipiéxe double Les parterres a ÏSC,71 d'un transcrit à détecter sont tout partenaire susctL it transc et en S de liaison, A titre d'exemple de partenaîres de HaEon sr.ries 10 peut citer les soncle5 hybridation if s amorces d'am tC)LitE ,E)utre molécule capabe se lier -Eranscrit del-terialres de liaison spécifique, c'est-à-dire se nt nti voire exclusivement, Un seul t --1 s à leu - IL7R, comi h..istré dans les les ci-aF _ 15 sond d'hytylciation, c tend un fragment nucléotklif c r notifs nu ci lues, notamment: ,Je 10 à 35 -s, possédant une specificit d'hybridation ûdr cor- ' déterminé-, pour former ur d'hybridation avec un . usieurs transcrits 1 dAne IL7R. 1. Aat.ion peut c I A lre un 20 queur . ant sa détecti,',- alors nomm sonde Au sens de IE ésente ir par amorce -agment nuclécidique pnnp-enant d à 100 motjfs nud :érE -nent 15 à motifs nuclék )er ttant v i :une ,1Jtamment Ption 2 d'amplification enzymatcp, Pa ctic rrplificaUon enzy , n entend un processus générant c' copies ..3gment r par t' action d'aurno'e'r5 une zyme. Dré d'amplification sont bien connus -P,e du métier é, ;mi peut c .noti-3rnmept le.s techn'7 'ntes : - PCR ne.r"-,7J7,,11,que ns les brevets US 4,683 195, US 4,683,222 US 4,800, 3044325 25 - LCR (Ligase Chain Reaction), exposée par e: a demande de brevet EP 0 201 184, (Repair Chain Remt:m, décrite dans la de brev 90/0 3SI ustahlcr.:l Sequence nnr7-Y\f'ec t de tevnvVO 90/069, - NASBA (Nucrri:_:. cid Sequence-Basel Arnplif brevet WO 9: - TMA (7-7,7.-m--7,scnotion flcatir-` avec , 5,399,491 et 10 - LAMP (Loop meàate," sotherrn a - ion) avec le Is,rev.t US6410278. Lorsque auon ur 'SR, eift: est_ une i'aCti011 de transcription inv menée en une ou deux étapes, nom dasskiluement RT-PCR , pour « mn nnse transc n éacui transLrits and au 15 i.sTDIns 2 ,.-3,,1orces -ksall)n, qui sont spécifiques dL u des truisiselts cibles dans e cas d'une PT-PCR en une étape (EP 0569272), n! spécifiques du ou des ADN correspondant au(x) transcrit(s) cible(s) dans d deux étapes Co )let et al., 1989,) .-ar détection, or scr,l1.=')ric:.---2 méthode phy ue, soit une - iode 20 ctjunque avec un agent nokrnn ite lant tel que SYBRC) Green I u le d'éthidium, UÏse Fie;;pcl ion à l'aide d'un marqueur. LT nombreuses méti" de delci:lon exiS t pnuu- la détection des acides (1,:telI(:,1- Gr1-:., 1993; kricka, 1999). Par marqueun antend un traceur Ipable d'engendrer un sigr e 25 Von peut déteC:er, t liste non e ces traceurs comprend les enzymes qui produis p.: un signal détnb»y par ey- iorhnét,r T, fluorescence cm uminescence, comme la peroxyc'--.: phoccTtase alcaline, la beta-galactosidase, la glus:, phosphate désItrydrogénase., les chromoprs,m5 ccurrne les composé- fluorescE .3, 30 lurnnescents ou colorants -»pements à densité électr-- détt:mluhEu par rnicroscopi itts-col,,ip.,Id ou par leurs propriétés électriques ,71 de de 3044325 26 comme la coriductiv! -, par le ies 3mpérométrie ou de voltarr,:: ou par des mesures d'impéd7nce ; les groupements détectables par cies rniaL comme !7.1 la résonance plaser,co Je surface, la va.-àtion .igle de conta,:i: nu par des méthodes physiu ues comme la spectroscopie de force ab:g I tivescomm _2 'effet tur-ri:1 Elc. : les moVrc en Au serin de s prserite invenrion, !a sonde d'hybridahcn peut être une Ple étectio.n, D3ns ce cDs, la sonde dite de détec.-, est rn.FJrcluee au moyen d'un marque,,y- te! que défini précédernnme 10 de r T-n7mueur, prcuJ détecter la é. rune J nuAc'rJor- entr une sonde d ._.3e et. le Ll°,31-.-P3C e quer . en unnn réel (Real Time quantjtsanis: PCR Jr des ations d cirnnc t de marqui.._ une hybi géi ait.:17--ent". : 15 - Il est, to: possiUe es méthodes r, irunor. une entre Jeux '"1(sPS: En pu pourra des ,-n,orifles TaqMane, telles quo décrit,:." par Espy et al., 2006:: 1-1,F,1,1 Holland et al., 199 i.cis de: rflow.culaires égab-nent nor-nr-reF,,Is beacorr tel Ion quedér r et ar. "-L and Maimberg, 20 2001; 51,:jrna, 20C J un sondes u I tir idation Hlyb' e 3 (FRET) ; ou encrr, des OET (pour const.t.'cuants cellukui cid rgu°- r4Ins tdspe - Cette éta- let généralement de cccnr s acides nucléiques, ci. peut être ;:,Y-Ja à la purific-,-,,t,j,y) c'ARN. bt.p,- n 15 peut utiliser magnetic éventuellement d'oligonucléotic ou covalence (voir à ce sujet le. onits US 4,6 C40 et. US 5,75ü,33"'"' purifier les acides nucli as, par une étape de lavi -lues eci son sur ces particules cul.. ent in étakuJoi:',,Ltrific.ffl..ion des acio, 20 si ultér--ement lesdits acides nucléiques. Lu mode lisation - iculièrenu:rt Htért.:5Sant de ces partiu.K gnéhques est décrit dans lno oemandes de /rcet: WO-A-97' et Wu-m-99U.; O. On peut, ,.»,..-,j-alernont utiLs,.:E.:.r de la ork orme de colonne, sol: sous rr de punumn ertes magnétiques (Merck: 25 pPrep('' urnega: ParamE etic particles). [uuvuo s très sur des résines en )nne ou en format particulaire po rnuciétique C " IL o -vison etaL, 1998). Une autre ---,thode est cLVn J sorption sur sit siipuc L doxyde mfto m rcé Xtrana: matrice Xt?,-,41 d°). 30 Lo,-sque l'on souh.,:;:ee '7:eralre ,':'',IDécifiquement les AVN Lin éct° biologique, on peut notamment rbu: une extraction pr du phéno:, 3044325 -me l'alcool po i les protéines , )iter les ARN l'éthanol 100%. Les -"r'N peu vel: ,.1lors être culotés -centrifuçFition, lavés et remis en !77. te thades de détect!o- déterminer la quantité d'un ou testé ou d'en donner une vals peut exem a concentra et de quart 7-.L !on permettront de s Tanscrits nt.s dans l'é.- ée. Une valeu clér de -bsolue, calcuiée grâce à une courbe de ,''"bratio: cd3tenue à partir dilutions suc:e3sives une soluton d'arpHcor tle ounce- connue. Elle 'eut égaiement cai-i-espon r!a 10 valeur (le a quantité roula ee, comme le %..:NRQ (C: -ated Normalized Relative et al., 2007)), qu ltèCi eS r. rrs échantillon référenc rrateur et d'un plv s gènes de référer -: :itre d'exemplE - ne de référence, on p)eut citer les gènes PPIB, u, GLYR1, RAm°17-.7.), iir3RT1' 18S, GAPDH, 1.2PLnr2 rTR, 15 La déti ination de la usieurs tf-aiscrits en oeuvre sént W..:,11emer,',. ou classquement connus de l'homme du r rrin le cadre cic. W-,vention, cluan r 'scr lu rL7t( Serd, de ''érence, rnesu -,'CR quantitative. 20 due aij moins un transcrit du gène IL7R sera mesurée avec s des couples d'amorces d'arrr:q :ï.'Lion suivants, avec c ';ans rfu,:rijcu et amorce anti-sens r Q ID §.ventuelierrui.,n. sonde de SE 1, qu de détecter les 25 1 rits IL7R-001, IL7R-002, IL7R-003, .7R-007 et leurs valiants - amorce sens de SE et éventuEllement sonde transcrit TIJR-001 et sep et amorce k°,3ntisser - IC :-.Triet du Jet_ r 3044325 31 - amorce nu de SE et éventuellement sonde transcrit IL7R-001 et Jrce anti-sens c JIQ ID N°191 , lui perm, . ie Toutes les in . n,références mentionnées ci-dessus s'agissant de la détection ou .uantification du nu des transcrits du dène IL7R dionné(s) s'a D'que.nt Pnnmrnen soit pour la dé eu la bantificatpnni. ciaraLéch Iuu à tester ou Jans l'échantillon Ga '..rence. Pour la mise en oeu\p-e.:: du procédépour objet un Pft P ncePc com n -rant 10 rp.±..ce.ssaires a la dcLonCr3U transcrit du gène 1L7R. A titre non r-litatif à la déten:b.on d'un ou plusieurs transcrit.. Uu gène IL7R, ..ar les partenaire5 ascon du c. desdit; niscrits, tels que des nndes d'hybridation ou des amorces ificatic 15 parLicu .1ntio concerne les kits pour a mesure, in vitro ou vivo de la quantité d'au moins un transcrit du gène IL7R dans un échantillon birdogique, comprenant : des outils ou réactifs permettant de duo. 31.1 moins un transcrit ( IL7R dans ledit échantillon ' ai. - 20 - un i'antillon contrôle pu En..4. un echantilion caHly-e pour conb.,...nr la quantftduPft nu moins un '...r-anscrite nu gé IL7R qui corrEE5p,urdà la quantk riyenne mesuré' dan' un pool ntillons de patients ayant subi une agression ou iammatoire systémig 25 complicioft échantP:n in tion L.1 syndrome de réponse dont on sait qu'ils n'ont pas connu de Ence dont on sait qu'ils ont survécu, un t un échartIon -é pour contenir la .nti' dudit au moire; 'un transcrit ILYi qui cor7E.m.pond à lu. puenli moyenne u rue dan 5 u n muntillons de pa..:Wrnts ayant subi unn intncden Rrurant un syndrome de !"'On;:;2 iPfi';:elrriatOft.e. 30 systém(4,..;rfl cm siA quis ont connu une cor :;tion, et de p cRérorce nu: puis n'ont pas survécu. 3044325 32 En particulier, un tel kit contient,en tant que réactifs spécifiques permettant de mesurer la qu3ntité dudit au moins un transcrit du gène 1/.7R d--s ledit échantMon biologique, a moins i des couples Carnorces d ......iplification suiva avec ou sans la sonde [ -.1ée : - amorce sen 7.- `,.17) arnwce anu-sens ntuellement sonc - - 7-1orce sen-. morce anti-sens de SEQ ID N°16, et éver ment sonde dE.- sens du SEC)-amorce anJue 10 elle sonde de st., .2- être un ' une centration donnée en transcrit(s) cible(s) nu en ADN rd -uyie:aWc Pondant, qui peut être soit un échantillon synthétique c,._.,...atration cali en trancrit(s) cible(s) u,r, MN r,---,4 15 correspondant ou :chantilon biologique, lin lion -notamment être t. - tantilion biologique issu d'au moins un bati,::n subi une agression une infection gdtérant un sync rrnatoire systén . je, dont on sait cul n'a pas conn - complp ,abes. , e, :iot,:-?olwrient qu'il E féCU, ou enCOU:', un . hptillor b.,,ogique is 'lu U`"IC'e:5 ni patient :-:',,ii..:. -'> s''n une agression ou une géné on sue ci( E ' ._-,.:3nse infl: toire systérn,c1',.Pi.i ni . .... qu'il a lu tee r: rsro cation, et not.:::ffriment qu'il n'a rues survecu. antikIn CO, '':..st: notarnrrrrrt d n (1)1,1 (H urdeu rs patiE.,. que c1iur gl.e, roi, duurnatisme..., nu une infection , ... 'tant subi one. 25 générant u n syndrome de anse ,-'-'- Irnmatoire sv5t:..,,H,-li....u::7 (SIRS), notamment d'un ou de plu-e....., ptier :)[-E'isentant un s,:1-isis, et de I1rférencecCn ou de plusieurs patier,.s 551 Crrt: Le.. choc ' , L'inver-rtic.r'c couvre également l'udLrnetien d'y-, kit selon irr,i-Enti,.- 1 pour réaliser !(' 7rocédé de l'invrrnt?cn, nt en p,,i.:.:Inictner pour évalua J e cornphcation, et en f.7..43à-D,i;eue dor-bfté patient SYSrISS ne telle que ch brûluïo.:, 9 1 At ou urie 3044325 33 en générant un syndrome de nse inflammatoire systémique sciDsis rtiara,,Cieir chez un patient: un sep s préférence, l'uti selon l'n-r,.'.'(T:T;tion rern !!' risque de mortalité chez un patje, est en état -'-oc septique. La présente lrivention errera`c pour objE . isa de la rresure, in vitro ou ex vivo, de la quanti e , moins un b TL7R, d'au moins transcrit du gène correspondant AP,t, dans un é h2n-Mon 'jcaogique d'un patient ayant subi une agresson infp t Lin a -dr OM --7toit e .:7,asterniqt...e, e rESqUe 7 C. 770 mortalité, chez ' t. En pi,Huil est cil Septk7 . 1.. 1 subi -y lirurgie, uni )rûlurE particuliers, recha- 15 choc sectique ou ayant e n syndro.ire der modes de réalisations u-t, d'un patient en état de septique d s 6 jours evemerii: de Iséc ledit rrI CI I r1S tr? nscrit du 001 dE IL7R-005 de UlW se-uence7 .illon blulogique à tester. référence, t cl si parmi les inscrits 117R- a_ IL7R-003 SEC! ID No& . a dkeritité,'Er l'une mot:; un trelsc.-it du gène .,77R TL7R-002 IE °6 et n..7R-007 de !. 20 ;éq d'un variant présentant au moiry. t: choisi parmi h eir:;,a;;:-:uuqu ;:,aa moins ut urtiedudonvËn,(7 transmernnaire, Uput le domaii>>-e transrriernhra de CD127,, et correspond, de préfé u tri -c JR ()C)L N°2 ou à un de 25 ses va présentEnt identité 6 erice. Fuis bargern(Tqll- trTJL,VTII modes de réalisation préférés sont mentionnés ci-dess ::.7.cro.::eriant le procédé et let-rs combindisoris constituent également des modes de ré?1lsetlon référés s'agissant de L'utili5ei 0 1 I-I tic, ri ;.''a',,,_, ::arnent cOm prend re la .Rpr-; du ou des LaInSCriS IL7R binée à Iresbi-- `e l'un au moins des scores de 3044325 34 sévé.._ e _ SII pour aHr le risque de complice ayant ubi une agression ou une infection qénrrt une réponse inflarnmat re systémique (SIRS), et en particulier d'un patient qui est en de choc septique. Dans ce mode de réalisation, le score SOFA est de -!nce calculé, comme dPr: rit Vincent et al., et/ou le score SAPSII est., dumréférence conarra décrit par Le (3E;U al., 1993. Tous les rrode.,,, de r us qui sont mentionnés -dessus concernant: le procédé et le. Ej.5715 conucituent éaa'-:-rient des 710C ralitionpréfé , du kit selon l'invention et 10 utjUsabon et de '1'IbIsation (le mesuie, in vitro ou ex vivo, de la cwianj du 'uima un du g Diverses aut caractél es ressortent des ese 3 en référence aux fiç, qui montrent, non limibtifs, des formes de réalis7itiou,CO 'OfI l'invention : 15 - la Figure 1 est une n orPserloioi,u,pur cia 1V issage de messager du gène IL7R, - la Fi représenre les niveaux d'expression de différcrntrr duuo IL7R cher de., sut )ntaires 7:9) et chez dus choc septique à 31 et L s le début du c= c septique n =10). 20 PCR-A : Transcrits IL7R-001, IL? ,- L7R-003, ILtCt IL7R-007 PCit- B : Transcrit Tl 7R-001; PCR-C : Tral isci IL7R-^^7. Le test de hi,,,nn-V,/h,, 'r.10ke, a été utilisé t mur Ls comparaisonscf Lrr sains et p nts en (7l.-cc septique ou à J3. Le test du tVcoarrr rparié n pour les compautocmnr erce 11 et 33 chez les pati ocror. orocique. 25 - t Fi- -- - - eprésente les niveaux _.:-;sion de différents transcrits CJU ue L7R en fonction de la survenue ou non de crrtnns chez des patien,--: en choc s à J1, J3 ou pour -H J3/J1. niveaux d'expression sont ev, niés en « Calibrated NormaLed Rel Quai-lty » (CNRQ) avec Htt 1, comme gène de réfén?rice et ont été 30 comparés par le tnt du PPnn Ihitney. PCR-A : Transcrit n IL7R-001, IL7R- 3044325 002,IL7R-003, IL7R005, IL7R-007 ; PCR-B : Transcrit IL7R-001; PCR-C : Transcrit JUR-007. 4 représente es niveaux d'expression transcrits du ç-ne 11.7R en fenctLion de la survenue ou nc-7. 1 328 ch,-,z des patients en choc septique' à 31, 33 ou pour le rsill . Les nr:,./e,.aux d'expression sont rnprrhés er ON OCt avec HPRTr. C(.11-1 àne de référence et no n r Or t e Mann-V,Unay. PCR-A Transcrits IL7F rL.7 P..- 1.27R-- PCR-B : Transcrit IL7R-0u PCR-C : ranscrit IJR-007. 10 Pal r Echantillo 'hantillons 4.4 I -." I àté prélevés sur des tubes LANOone 15 H Analytix) sur 30 -lert en choc s, que aux jours 31) et 3 (J3) dOL ': du choc nopiq ue, puis ont é !--,-,,t7)ckés admission irr,-7ffic7 pour choc septi-- 9 s enu (« NS t 0 , alors que 21 prAOrnto cnit s (« S ») sur les 30 patients. 20 Durant leur séjour en réanimation, 4 patients ont contracté une nnsocomiale, soit 13%, alors que 26 patients sur les 30 patients n'en a ç'c nftacté. patients ont souffert - mp ort1on (décès à 328 ou survenue d'une nosocomiale sdit 37%, alors que 25 pour 19 patients sAn 30 patients, n complication n'est survenue. Des échantillons de sang caltés riP la même façon que les tillons den p2tients en choc septique, on- été prélevés chez 19 . 'ets sains vobltaires. 30 3044325 36 iqi ction Extraction ue fiKIV &t transcri Lnvcraction de l'ARN n e E cnuée à l'aLt nAXgene Blood RNA (Pre tiY) en suivant les iccommanciations du icent. La ciHalite' des 5 ARK eixtraits a été contrôlée sur B lyseur Attent Te::oknSnnLn Clara, Cil_ en utiliser: cnn pL--s RNA 6000 Nrc.Avant l'étape n de l'ARN, t'ADN génorn résid liminé rr l'action d'---e a qualité de l'ARN a eu-duite été contiri l'aide kit RNA 60. Nano n Bioanalyseur (Agilent preievernents avec i.'n RIN 10 Inter pwrnber) supérieur à 6 éti insidérés de bonne cii'eilité. Enfin, le crwir-PnirntiOn cl'ARN été déterm... par mimétrie RNA assay sur :, Life Tect L'ARN tntn t si.'nte sub7, nverse en ADN complémentaire is 15 Technolot 1/20 et stocké .1i -80°C jusqu'à la rcuccon de PCR cvrntitative. Technique de PCR quantitative Les réactions de PCR -nt été rn srs sur UghtCycler 480 (Roche 20 Mo ecuriii E3àD,T,hemicals 5ui,J.,.) avec le i,ist "F.:,Dciman Fast Advanced Master R (Roche), didns u volume final IL contenant 0,5 M d'amorce; nt ù,1 M de sonde. tes PC .é rWvtnn avec unE tape de dénaturaUn tiitiale de 10 min à 95°C, numt de 45 ,es d .:, Ation en « touchdown PCR (10 sec à 95°C, 29 sec à 6E'C pour le pVer 25 avec une diminution de 0,5°C à chaque cycle ji....isqu'à atteindre [PC, et eiiiii.berl,don de 1 sà 72°C"), La riéth du maximurri de la dérivée seconde a été itilisée via le logiciel du LightCycliiiiii.r nur déterminer de façon tique le Cp ( N°17 PCR-C (Forme Amorce sens SEQ ID N°18 soluble Amorce anti-sens SEQ ID N°19 -.1[17 (I U:.i;".00000511982) potentielle) Sonde SEQ ID N°20 Les niveaux d'expression ont été exprimés en (I.NP. (« Normalized Relative Quantity un gène de référence et un nrrç (hypoxanthine phcsphorib liellemans et al., 2007, en incIeent iLirreitiei.ri. Le gène k fér utilisé st transferase 1' 3001.-r), inesuré par PCR (Amorce sens : CCAAAGATGGTCAAGGTCGC, amorce anti-sens : GACACAAACATGATTCAAATCC, sonde CAM I I CTTC:TAGGATATGCCC). Le 10 calibrateur était cc l'un pool d'ARN sains. Ce calibrateur a suivi le même proc. - que les e - dilue C iiqi:es de le transcriptioi inverse. if* 15 anal y edListiqueT it été réilisée3 grâce au io ersjn 0.98.501). Les diffé .5 Jbs, .éeL 1.': été conLiiier. kvEspour des vale . ; inférieures à pive des niveaux diexpression des transcrits ch' - T1.7R 20 Les comparaisons des niveaux t eXrDp,-,7 ° 'on des trenscrits ° gène IL7liq ont été réalisées par le tek c MerLn ...:ans le cs des 37 PCR cemr:12raLer3 entre 31 et 37 chez T 'lents en choc septique, rérTsrks par fr Wilcoxon apparié. 3044325 38 :es de la oe survenue de compli ions ou Les courbes ROC (Receiver Operatiriq Çurves) ont été générées et les aires sous la courbe, ainsi que leurs interva les de ccnfianoe ont été calculés. 5 r. chc sc 777'7 15zi,,,- sains 2I7 Le niveau c': son des transcrits d- IL7R 10 comme décrit ci-dessus dans les échantillons de sang total de 30 utrG choc snntidue et de 19.--,-',jets sains v+JicriLaires. Les résultats sont pntés sur e2 L Ttble des tr.,:]n3crits gène IL7R est détecté à la fois chez les sujets ns et chez ku uG Its en chi- T--)tique,. à 31 et à J3 après le début 15 Gu ;eptique. ,liveau d'expression dutrai-iscrit codant pour la forme membranaire e CE 7 (Transcrit IL7R-001) est majoritaire par rapport au tri:prIscrit corres,_.1dant à une forme soluble potentielle (Transcrit IL7R-007)' eZ es ats sains comrrk: z les patient::: en choc septique. 20 Les niveaux d>uuuision de ;:htisernble des transcrits mesurés avec la PCR-A rt inférieur f es patients choc septique à 31 et à compE avec les volontaires sains, et ce, également pour codarL : L forme rr ---anaire de CD127 (Transcrit IL7R-001 - et r: Jr le transcrit correspondant ày,,: forrr potentiE CD127 25 Ç t IL7R-007 - PCR-C). Chez les p.atierth, en choc septicY.7, on observe significative du nivea,Ju uuurusion des différents tr2 codant pour CD127 ente Ji et J3. 3044325 39 raison des niveaux des truc5. - IL7R ''7,0127 -- fonction de la surveinie de cor i: eptique Comme le montre la les niveaux d'expression des cflft nts 1:.iscrits du gène IL7R, y compris celui codant pour la forme rr u--;3nere inscrit IL7R-001) et ce Hj ,:mrrespondant à une forme ent - ':ri T' 5Cnt catv s faibles à 33 chez es pati Trifection nosccornarc const nt de cc molic. (d cir e 3). Cette observation ,..st également des E' pression J3/J1. Capacité des transcrits du gène IL7R à prédire le risque de complication chez les patients en choc septique acité prédictive de la rne7tIre des niveaux d'expression de 15 ':ranscrits du gène IL7R 3U regard de l'événernE. à ,,,,,qvoir la çurvenue de compi.cat.c..._. t repr-f-E U 3 np u pe les aires sous Operatini 1rea Under Curve ' Je leu à 95%. 20 "rbleau 3. Aires sous la courbe pour la pré _ risque de complication es différents transcrits du gène IL7R Transcrits Jour AUC 1C 95°h Tous transcrits CR-A) 31 (1,632 J3 0,813 [0,657-0,970] Ratio J3/J1 0,766 [u57.14.7.-:)50] Transi ï" maire IL7R-31 0,627 (HZT J3 0,823 [0,671 Ratio 33/31 0,766 0,570-i Transcrit soluble 0,665 [0,464-, (PCR-C) J3 n C10%7 [0,689-u,ouj Ratio J3/J1 [0,549-0,953] 304 4 32 5 Les nive:1,.. d'expressic,n ifférents transcrits d gène IL7R mT _ à J3, ou le vf31, permettent. (»Di (ie discrimir patients qui souffriront de com '-ations, de ceui ...n souffriron« os, avec des aires sous la courbe 7, .,,res à 0,8 pou supérieures à 0,75 pour le ratio d'expression 33/31. Comparaison des niveaux d'expression des transcrits du gène IL7R en fonction c _ urvenue du dé -è ; 217ez les patients -'7oc septique Com . le montre la Fiç e 4, !es niveaux -ession des différents transcrits du gène IL7R, y cody.is ce'ui r-dant pour ia forme membranaire (Tre IL7R-001) et celui -respo; à une forme soluble r !elle IL7R-007), sont décéder (notéfant le choc :ativement plus faibles à 33 c: les surviu la Figure dans les 28 avec les patients qui vont 15 suirvivt- « Survivants » sur ia Figure rje es. Cette observ est également vraie pour le rapport. ,r L',(ea expression 33/31. Capacité des transcritsà prédire le U d (.17ez les patients en choc 20 septique La capacité prédictive de la mesure des niveaux d'expr. de différents transcrits du gène IL7R a été étudiée au re?ard de la sui ,ie tue du décès dans les 28 jours suivant le début du choc - représentés dans le Tableau 4, qui regroupe les e. Les résultats sont sous la courbe de 25 ROC et leurs Intervalles cr!e 3nce à 95%. 304 4 32 5 41 4. ir,is sous la courbe pour la prédiction de la survenue du décès D Uir e ents transcrits du gène IL7R Transc-I. 1C 95% Tous PCR-A) ),545 [0,32 33 0,794 [0,6: 0,9:- 0,794 [0,6:-,,3. Transcrit (PCR-B) membranaire IL7R-001J1 0,550 [ 33 0,809 -66] 0,794 -L0,631-0,956] TreJc fubTe IL7R-007 (PCR-C 0,603 '94-0,812] 0,836 Raiib 33/31 0,783 6 947] Les 'veaux d'expression de r.lscrits du gène IL7R mesurés -3, ou le ratio d'expression 33/31' tent donc i.ijiscriminer les ents qui vont décéder -ux qui -,Avre, avec des aires sous la courbe supérieures à 0,7 :ette étude monta - les niveaux d'expression c iifférents transi:: Gu IL7R permettet %.4 .uent...,. .es patients les plus à risque de souffrir 10 de complications après un choc septique. Plus précisément, à 33'. oatiiuits chez qui des complications vont survenir, présentent des niveii.p.ixi d'expresskii des transcrits du en .71_7R plus faibles que les patients ne vont soufhti d'aucune complication. l'évolution des niveaux d'express différents transcrit- du gène 11 71" ^31 et 33 est égalemeril irformestive, 15 les niveaux 'ii:ixpression reste chez les patients qui \i'? souffrir complicatio, alors qu'ils chez les patients qui ne vont d'aucune complication. Alors qu'au niveau protéique, seule la f était associée survenue d'un mauvais pronostic (Venet et al., 2012`,, différents tr7risJits du gène IL7R, qui correspond rit à la forme membrar ','es forme - et qui sont dose:i, rnultanémeriiiiu individ. sont e.:?nables u ,dentifier les patients les plus à risque de survenue de plic,.. 3044325 42 ke - ces Bio-Rad ..es,2005, F,,eal-Time PC7.: plications _ Bone, R.C., c....Y., 1992, Chest 101, 1611 16:5. 5 Boom, R., et al., 1990,3. Clin. Microbiol. 28, 495-503. 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A GATI I Ac c TCAGGAGA CA.A.ACTGrj,JA7TCA I i TTGITTGAL AA,GA.A.,ATC,C77GCATAAL T AA G GT,A,A.,,TGTAC AAG 1 ; Gt:_17 ttEA C TG CTAT A TC (ET77 tCJ7t.,4TC.,L\GTG CTA AAT . G LLAA, -_ ( 15 T3TGAT3 IAAATtAATC-- - .7ri-C7,;(A AAAT. . CA-TTGAAAT b.CACTGAg,,,TTGCCIT C CA, C C AA .AT1tA :ATATCT i GGGATCTAA AAA,ACTTACTACCGAGAACCD"3-,ACC:CTGC:CC,A,TACATAAACA TTGTAATTATAACAAAA A.,A,C1: A G C C ,r-1\ GAG CC IC CGC' J ,CATCAA CH G CT CCTGLAAA771-A,A, C LIAT I C:TAT A GA CAATATC:AA ' 20 CAC, TC: A G C A C-77 C.SAG CIT ATT-r-r-r7: C TC-".G.AAAT FTTFCTCATT A,,AG C..; C.; , . , Grf I G ATT7FTT C ,A, ATAT G A C TC/V:77:F ATG G Ci.(.1; TG ATTA ATGCITAAA,ErTTGcrTTGGAT-E-TccACAAAGAC TG ATGGA G G CA G AAAC AT A..,7`,,ATC7T",e- :7-7TCATGTCATC7TATA CT CACT ACiTT CA CC CFG CTG 'C A [%J ATI ,AffC7A . G AATG CTA G (H AAAG CIG G GTTIfr TAC 25 7 GC.A,,aL AAGTTTC'G:TIT . 7A/, ,,GATGTA1 At\ i-r-AcccTATTcACATGATArAu TCAtT[ti ACTTC A CETITG G G -T TTCA[7'AGITGCTGATTT771-GAAAG I G A (rCCAACÇfi, ; AAATru r Ci CTATTAAT CAAC , ,'A rATTCAGTAGGA,AG,AAGAL T LAGA CfCGC -GCC71.-ATGA7fACATA l CCAG t1 Ai I IA, [7[7ï 30 30 AcrrA-- rAA.ATAT.GAATAATATI-AATri (:-J.ALICATTTAAAbkATA.,'-`VI-AG,ATTA,,ACTcATT PTS'C A - - 7:1-CFATGT.,L\ ATTTCA.A.AA Cr: (A, GTAATTAT cf....)1; CAA,7, G A CA7 AAAC III; A,G,AGAAC CTCAAATGYTTCATGTAC 1 TTCP,..:., f ,A TTP,C'',C77 I CAT(TA,,Cf, ,ATTTCTCA,GAA.A.ATATTATACTCATAECTAA ulTTAC,IG TG-TTL: A'A.GrInAccrcTTTGTA.A.ATATCC AIT CA GT «AI T CT C A TA G C A CG A ,oTATTA AT 35 ATTAGA,fIA.CATGTC1712\ Ci AG A k3 EGCCTA(7CTG A C AG, AG G ACT'''..7171A GiTATC CA C AATTTAi\ACCC ACATC- GTO:A G LTCTAA CA !A - - . - UTAL CT TTTTTCAGCTCAC:G"f TATA T A GAATATTE71 3-rp,,,AA,ATCCC AT CACATT;T AT A - - iAATTTT1 - ï: AAA G CTG C cATA [71 CTAc ttruccA G [7J A : - _A ('',2; (.2 40 AGTGITA.AA « 1 A. A t GT ATG(.7,TITG(.2CAGAcrc,:;, Ac,; C1717777-f,AT;ÎGC:G.-1CCTGACA C. GC AGAG G I GC: A:7 cAcA.A./77(ITCGACCT,CAC,AGGA C,TG14, Cr- A A A. TAAT,,n,, A-TA CAT"CTTCTGTGTATA(.;.A.AT Gy G G A.A, G AG A,',A.:AKr GT CAGGAC Af77 T.( ' CCCAT GTA.,,A G GT CA G AA C C A Cf C tATTTAGAAA C A (1,7G A.i-à, G ,a - TAA, C,777,-\ CAAAAT t'AGI- G G G CT GT Cr CTCATTA I CG 7 . CAGAP-A,:.;KAAGGC.;CCATACC . ...,AACTACATA'AAGAGC l I GC7; GGTGG CA G AACTGTGAACTC G ,A, T G GATTC--- - ,..A7r CGCCA GAAAA,A C.,,A;AATG CCFC,rf'GGTTZTG.AG CA GTGCCCACACCCA T GTCTAGCT CTGTTTC A GAT1 HG CTTTGACCF ':72; A A .CC ,A A CCT=A717,..','',*:,'..;4,,C1 GTOCA7 AA-,c717. TITCCATT7-Tcf.TCTAC7i7GAG777.A, (77)C TjCGJA ,.AACTCGCATT7 Tl AG i A,CCATT7 77.17CT7,AC:TG.- _ --.:CAAAAATACATCGAAGCAGTCCTA - CACACT 3 0 4 4 3 2 5 44 TGAGC 27CTGAGAATGGL I GC. 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CA,C;;C/;kATATATC7"G""i" - 3 AC A CT. TA.A,A,AAAATA AC 10 TA A CCTG K.; : GJÏTACAT (oa ,r(V'0,. H AA GL "ATG TG GACGG ATTAA G OE:TATC(3 A-7(J (A)'J.', A C.:-31-CT C C C CGATCp, G G AA tt GT G GALA 15 C . . 7 777(ITCAC CA,ACTAC::: A.AGAATCTGAG C. AGA G G CTIG G A CI'. CTCLAG A TGTAGTC.,TC.1-\.{7,7-(:CA.GAA,[1.'(:, Cl 1 G A'A G A G AIT( CTCAC GCCt. CAGTGCATGT-:::AC CTCCP.ATTC CAGGTCCCTA A GT CAOGGAGA G1Ar;,.7;CAAGAA'ff7; (": C rATC,L\ ICI GIA G CA C(17C CTGCTTAGCCTIGG G: A'1/4AACAC; (...7.,A.0 Ci; CT".7-; - 20 -PGGAATCA1-rreACATT-GA!\ L r-- ATC AG-,JAAGCATA-T-GICACC: OC/5,:,C, H ec, 3ACTGAAC I I ACCC TGAGCG'2, AAGAT GO T TA4UA.AGGGAAGTC 0000TTCC TACTC- T.CTCA 25 Tmiiscrft. --CCCP2CC CCTCTTACTCTCATIC.A.TITCATPCACACTGGC CWIC FATCTCTCTCAGAATGACAAT [ I., 3GTAC CTITAC:f TCAAG C -\_/,,,-n-E,GAGAC1IG:7;;AAGAT(.3 CAGIACTGGATCACTACTAT7CTCATGCTATAGCCAGP J ,TCGC:P;.(:;....2 30 ACT CAC-Mt- 71-G-1-G CHTIG A G GA CC.0 A GATC77,1,ACATCAO: AATCTC-;G. ATT GCCCTCG"i-GC.A,C,;(1;71-AAAC:A!'"GOCITGUAII-TC"cf" !\.A,,A,CTACA.AGA.GA-F.A ALe,AACAAATT0 CIAO i , :;ATC;TCiTGA.A c:-;;("FrTGGAC:;.A, 'GACJ -ST C T C".;; AN r,e,:.; Ac CTAACCACTAr. A Tik';\A OCTG.A. C;C:1-71-1- L. CGTCTATCGG(.?;AAGGAGCCAATGACTI""f GTGGTGACATT AA1 CATCA 35 CAC-17 \AGAAGTATGTA I GTAGC 1;P: - . CAP,AF.GGACGCATC 1 GC GO -AACcc.:.:,c/-,,.(..7,-7.1ATGA I (.A( IT o I GA - Cr-CA.C.;) (j/kA j C-77,A.C71-e-1-A A 1-"TACT:ArC4.1"' r. A . 100T001/ C CC G A -1 - `-',,C.;/- - , 255 40 TGTA.AGA _ - __T-ITTTGGTGcri _ 2_ T CCCAGTG(;;;':-_:- 11\-7(J.; Al-Al - :C. SGACA iGAACI - ACC -GATTL,,A CCTCI AGGGTCCCTC ICI I L7 P-004 45 TTTAGGACCAGAGTGGCATTAGC I I I CC.TAC.ACC;(:;A:T.C,"".7-CA ',.::C(.. I I GGAT GGGtIIItttGttLCITIItGTI îTrGrTrr I I I TC I I GTGGTC:CCCAGCCTCTCTCTP:,:,,,,,CA(,, "--TTT III! CCACLI1AAG(;:,A, ftA A f. ffl j (;\:(....L.AGCCCCI-CCCCT1\!"\ACA,A_ATAATTCTTG,\A-r. C;TA 3044325 53 AGATATGAGT-' -ITACCAGSGA;TACACA AACTTGGAAG,...7[1:AGAATGACA/[[[ TCAAGTCG117 GGATGACTACTCATT-CTCATGCTP,'[. ACCTGTGCI I R. \CAAAAGAG -; TGCTATTL, I I GTGA IACAACI I I ATGG, 1111 HACT CAAAAT(T:H TGGAi '1Fc!CAGAACT GGAAGTGATCC.; _ ACTCACTG r t: 72 0 05 (GU' A.CACCATCCTCACCTGL I I GACACCCTTGGATC, I ! GC I I 1 1 I G ! I G I 1 '-',TTT-j I ; [-FTGTTG 1 I I I 1 1 1 I CTTGTGGICCCC I 11..O CCTCFCTL 1 I GGGCTGG. . : : . MT/ 1-;.[4104GTGCCCAAGT I 1 I É^CCTT à,TAAAACCTG I 1 AAGAAAGGAGAI -GGAAGATGCAGAACTGGATG .ACT - TCATT T. TTGAC(.:-, GTGGAGGTA,' -GCTATAGCC AGTTGGAAGTGAATGGATCGCAG CAC TCACTG A C.CTG A[L,....CAGATGTCAACATCACCAATCTGIc-.[AA [ [ !...,AAATATGTGGGGCC-CTC GCCTGAAT1TCAGGAAACTACAAGP,G..P, .[[-[,'TAt t I CATCGA"'"' 15 AAATTCHACTGAIUGGAAAGAGCAAT,37ATGTGTGAH-G.[iT,G07AGAAAAAC ,C,0[,,iAAAAAATAGACCTAACCAC17.7 G:7 NI°7 : Trz3w:-;crit IL7R-006 AGTC(..1 tAGTCAGGAGCGG 1JrCATGCCTGTAGTCcTAGCAc I I 20 C.IiAGGCTGAGGLAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACAAGCCTGGCCAACI3 CG !\AACCCCGTCTCCACTGAAAACACAAAAATTAGG',,,.."TGGCATAGTGGCATTTGCCTGTAG TCCTAGCTACTCAGGAGGCT GAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTC, AGTGAGCCGAGATCATGCTA-ITGTA1 GCCTGGGCAACAAAGCAAGACÏC 70,,..[:/\'!"! AAAAATAAAAATTAAAAAAATAAAGTAGCCTCTAGCCTAAGATAGCTTGAGCCTAGGTC,IG 25 AATCTACTGCCTTACTCTGATGTAAGC2CAAATGACAATTCTAGGTACAAL. tI I GGCATG CTTTACTTCAAGTCGT1 A3AAAGTGGCTATGCTÇMAATLrAGAc1 ' -G AAGATGCAGAACTGGATGACTACT[C" T. CATGCTATAGCCAGTTG(;;AAC ;AATGI GCAGC T f : 50;!..,[,: t'7) 0 7 TCTCATTCA I t I CA A,-.1C.ACTGGCTCACACATCTA IT :TCTCTCTCT.AT1'... ,....TCAGAATGACAATTCTAGGTACAAL 1111 GGCATGG I 1 I FTC I ACTTCAAGTGGIGIFTCTGGAGAAAGTGGC01.7,.CTCAAAATGGAGAC-,-"IFGGAAGATGC AGAACTC,!".,,,,,,,[TGACTACTC./ 'CTCATG ATA C ,:::;AGTTGGAAGTGAATGGATCGCAG CA 35 CTCAC I [ ,GGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGA/!, FTTGAAATA AAAGTGCCTGAATTTCAGGAAACTACAAGAGATATA IIIC ATCGP '"- 0CAAAGA..,,[',\/-\ 1(.1 I ACTGATTGGA" Ac"CICAATATATGTGTGAAGGTTGGAGAA AAGAC TAACC101,[iCAAAAAAATAGACCTA TATAGGTAAGA..AGTTGTATATAA A AG TATGC,. . GTCAC I-TTGGGCTACCTGAAAA. _ 40 TAGACAP[0'!;AI.TGGAAACAACTGGCAAT P..:TGTAAA TAAT S EQ g 7 GTGTC [ 7CACCTGL :CCATCA 1 1 1 CAC 45 TCTCC7 C 1-GACC,ACTCACAAC.A0 H.t; [ H ATAAG 2AGATTCTGT :CTAA t I il GCTGT TGA CT CCTTTACGT C A{:13AGCTC: ("2- CTAAC T 1AGAC SAGAATGC TTATC .;[[ 1[07..!:7"![7:[[':..r" ['AT 1T -07.,[7,TFTTAGGCAACACCTL CCATCCTM(7[7,A.ATGTAACTGCA,.[..TC-1 IFAC FTTATCCAGCACAAAGCT GACACTCCTGC.AGAGAAACCI-CCMCCGGC,JCA -..;;TAT'C,AGATTAAAG I t CGATCCATC \CCT 3044325 54 CCTGATCACTAIIIIAAAGGLIICTGGAGTGAATGGAGTCCAAGIIATTACTTCAGAACTC CAGAGATCAATAATAGCTCAGGGGAGATGGATCCTATLIIACTAACCATCAGCAIIIIGAG IIIIIICTCTGTCGCTCTGIIGGTCATLIIGGCCTGTGTLIIIATGGAAAAAAAGGATTAAG CCT SEQ ID N°10 : Transcrit IL7R-009 ATCT(31 Li ItTGATTCCAAGCTCAGAATAAGTGGGAAGACTCAGTGTGCCTGTGCCCTO- GCCATTCACTTCATCTATCAATLI I I CTCTGATTTCAGGATTAAGCCTATCGTATGGCCCAG TCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACA ITTGTAAGAAACCAAGAAAAAATTTAAAT 10 GTGAWIICAATCCTGAAAWHCCTGGACTGCCAGATTCATAGGGTGGATGACATTCAA GCTAGAGATGAAGTGGAAGGIIIICTGCAAGATACGIIICCTCAGCAACTAGAAGAATCT GAGAAGCAGAGGLIIGGAGGGGATGTGCAGAGCCCCAACTGCCCATCTGAGGATGTAGTC ATCACTCCAGAAAGLIIIGGAAGAGATTCATCCCTCACATGCCTGGCTGGGAATGTCe7- GCATGTGACGCCCCTATTCTCTCCTLIICCAGGTCCCTAGACTGCAGGGAGAGTGGCAAG 15 AATGGGCCTCATTGTACCAGGACCTCCTGCIIAGCCIIGGGACTACAAACAGCACGCTG CCCCCTCCAITULTCTCCAATCTGGAATCCTGACATTGAACCCALIIIGCTCAGGGTCAGC CCATTLIIALIICCCTGGGATC ID N°11 Transcrit IL7R-010 20 GCAGCAATGTATGAGATTAAAGIICGATCCATCCCTGATCALIAIIIIAAAGGCTTCTGGA GTGAATGGAGTCCAAWIATTALIICAGAACTCCAGAGATCAATAATAGCTCAGGATTAAG CCTATCGTATGGCCCAGTCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACATCIIIGTAAGAAAC CAAGAAAAAATTTAAATGTGAGIIICAATCCTGAAAWIICCTGGACTGCCAGATTCATAG GGTGGATGACATTCAAGCTAGAGATGAAGTGGAAGC3I I ICTGCAAGATACGI ICCTCA 25 GCAACTAGAAGAATCTGAGAAGCAGAGGCTTGGAGGGGATGTGCAGAGCCCCAACTGCCC ATCTGAGGATGTAGTCATCACTCCAGAAAGLIIIGGAAGAGATTCATCCCTCACATGCCTG GCTGGGAATGTCAGTGCATGTGACGCCCCTATTCTCTCCTLIICCAGGTCCCTAGACTGCA GGGAGAGTGGCAAGAATGGGCCTCATGTGTACCAGGACCTCCTGUIAGCCTTGGGACTA CAAACAGCACGCTGCCCCCTCCAIIIICTCTCCAATCTGGAATCCTGACATTGAACCCAGT 30 TGCTCAGGGTCAGCCCATTCTTACTTCCCTGGGATCAAATCAAGAAGAAGCATATGTCACC ATGTCCAGCTTCTACCAAAACCAGTGAAGTGTAAGAAACCCAGACTGAALIIACCGTGAGC GACAAAGATGATTTAAAAGGGAAGTCTAGAGTTCCTAGTCTCCCTCACAGCACAGAGAAGA CAAAATTAGCAAAACCCCACTACACAGTCTGCAAGATTCTGAAACATTGLIIIGACCACTC TTCCTGAGTTCAGTGGCACTCAACATGAGTCAAGAGCATCCTGLAICTACCATGTGGATTT 35 GGTCA SEQ ID N°12 : amorce sens PCR-A (transcrits IL7R-001, IL7R-002, IL7R003, IL7R-005 et IL7R-007) GGAAGTGAATGGATCGCAGC 40 SEQ ID N°13: amorce anti-sens PCR-A (transcrits 7R-001, IL7R-002, IL7R-003, IL7R-005 et IL7R-007) GGCACIIIACCTCCACGAG 45 SEQ ID N°14 : sonde PCR-A (transcrits IL7R-001, IL7R-002, IL7R-003, IL7R005 et IL7R-007) CTGTGLIII CCCAGAT 3044325 3EQ ID N°15 amorce sens P(77-3 (transcrits IL7R-001) CTCTGTCGCTCTG I I GGTC 16 : amorce anti-sens PCR- scrits L 5 1 Ri ICI iATGATCG SEQ ID N°17 : sonde PCP- ts IL7R-001) CTATCGTATGGCCCAGTCTCC 1°18: amorce sens PCR-C (transcrits IL7R-007) AATGGATCGCAGC 3EQ I_ _4°19 : amorce anti-sens PCR-C (transcrits IL7R-007) C:AGAATGTCC A rIACACAGTG SEQ ID N°: PCR-C (transcrits IL7R-007) CTGTGL I I i RAGGACCCAGAT 15 3044325 56 cvaI:jon I,.Vitn.:;, j e),( vivo d.j risque de compi ation ez un pent ayant t..',ne agi - - -1 ou une inr,7(7.:tion ladite ou rife,c 7i-) générant Ur syndrome de réponse inflammi - - _ systémique, caractérisé er ce qu comprend la détection, de préfet ence ;a quantification, dans un que issu dudit patient, d'au moh,s transcrit du gène .1L7R. REVENDICATIONS1. est - état sep- a subi une chir , une 'eau un trauiï 10 rt rr snindrome c nfiammatore us% Procédé selon ta re\P.'. 2, cara en ce que le ïff carac u c pemi les transcrits IL7R. de b ID iaur de complication est le ri 4. Procédé selon a au moins un b-anscrit 15 de o tr, 11,-.2TRut..)01.7 léguer P. ntitInt. 311 mus 99% d'identité avec "une cies; f-rocéde selon l'on( etconqup de ç rPvPndications I 4, c-t.ttsctér,ié 20 au tTarl5Crit . cornprenstnt co..À 'ricins une tiri-uet. rit! 'storn,t3ne voire tout le ciorrtane tr7'.-amembra- , de CD12.7, de préférence au transcrit ILTIRI I N°2 ou 7,'J cira, sc_ts présentant au moins 99% d'ici .cn sér".ence. 25 6. Procédé selon i'une quelconc.p.te des tevei .7',cons . en ce qu'il met en !es étapes consistant : i) dé ter la dudit au moins un transcrit du gène IL7R dam. ' - Jgique du pat t, ii) ami...parer la crom,é dudit au moins un tr7nscrit 30 mprittr ologiq r e vale'r Je cantité, àcn,c, valeur 3044325 57 iii) établir une 4::C flCus n quant à la présence lie d'un risque de complication, à TT du résultat de la compdJ...un. 7. P .lon l'une qi rever -ll.Frdns 1 à 5, caractérisé en ce qu'il m en oeuvre les 1) déterminer r rc, le pluF'-ours transcrits du gène IL7R dans ledit tille 'tric ,que d I ii) comp ,.L)bale ts transcrits iTtinée échanti b une -21eL,T dérivée ce cette qurré, à une val --r-hée et 10 iii) établir1, ll--.drllciusion quant à b71 présence qtUeli d'un risqt, - complicailcsn, à pEtir .i réSU-t.:yi.-.: la com 8. Proceu,. quelconcie des revendications 1 à 7, c7racu en 'zue l'échantillon i.i)ologique à tester est issu d'un patient présentant. un sepk' -iotammell sévère ou ayant présenté un 15 notarr nt un se évere, dans les 6 jours prédint le ,etment de l'écIttDrhb on biologique à tested. Procédé selon la rvE-;nclication 8, carauLerisll 'in ce que le patient a été adrns en service de ré,..:Irenation l'échanti JiologiquE provien nrelèvement -ti7t,-,t,t-Y dans les 6 jours à 6 jours (36, 20 adMiSSi ViCe réani.rtion dudit patient, de prE ence dans les 5 s 5 jours = après en rinleOn: de manière préférent, Jans le TUS serti de réanim dE r"." r urs 3 joui.' (33) après I J,ssic' er servic-de iination, ou encore clans les 25 deux jours ou à 2 jours 32) "-ès 2.--lon en service c réanirnabon DU encore dans les 24h ou à 24h (__, après l'admission en s..., ..e de réa ,ation. 1.0. Procédé selon reventlication 1 à 7, caractérisé en ce que ester est issu d'un natiert en état de chcc 30 0 U ayant été en t ll de choc septique les 6 jours précédant le ,,..veiTient de l'échài'.tillon biologique à tester. 3044325 1. Procédé selon la revenciics,--bon10, caractérisé en Ct7.: que l'échAh . biologique à tester est issu patient en état de c seo cu eté en état Citt.' tique dans les 6 j Jant le '1-tient de l'échantHlonL que à tester et l'écl-onnbn bior, ique à prce,,,ient d'un prélea-,,,F ment c.)bten dans les 6 jours ou à 6 jours (J6) choc septiqu dans les 5 jours ou à 5 jours près du choc -.'que, de rn7nière préférentielle chr les 4 2 lours début choc à 3 jours 10 cencore: dan 7 ler, deux jours ou à 2 jours que, de manière encore du choc -Ju choc enco:-.e dans les 24h ou à 24h (J1) a r:S le u choc 12, que la 15 d'un prélèvera seb-i l'une rclendications à 11, caraf.. - n ce éfélence, norr référence interne. est obtenu_ à partir référence issu _nt et obte. d'un r rever réanim préle\K:Tnt 20 ou encore à 2 jours ou ;) carat '1 en ce que 1-2 :harnon de r&érence e.erne et:O.n tl Ci a e S j0 LI rç 0 tt s l'acirnSson en réanir 3tic i"Crot 1.4. Procédé selon revendicati(:)n 1.3, caractérisé qu le ,ernr n"riei ffectu é f 2,'".----rès l'aci7:7sion en rearrr--':.;:il.:.4,7,,n et, prélè,./ernens. abUHoe ° a été Lié à 72in l'admissionen :u-riation. 25 5.Prn selon la rev^,',.::nr:1:ai-..ion car. érigé ce l'éc .70.01on à tester est issu Enant été en tat choc - r- ..... clans les 6 jours le ent de et en c ,ch3rIt'ill(:T.n le nce interne pr(ïvriE.,.n.:: (1'n pi-eièvement antérieL enu dan ET n- 2 30 s ou dans le jour, or à 2 jours ou à 1 joL pn e début d septique. 3044325 59 Procédé selon e :ion 15, caractérÇ en ce que. . référence pre\,.lent d'un p sne., 7ntériet anu à 24n après le es, du choc septique et l'échanaon à tester provier,-t. d'un prék _ à 72h après le début du choc septique. 1. Procédé, selon l'une des revendications 6 à 11, caractérisé e, qui7, la valeur de réfÉre' 'e nommée ex':::(arne, est obteou.c.' :hantillon 'e7ence d'un inolk; énce ou d'échantiHon référence d'une 7.Dpulation B, Prs, selon 10 l'éch7ntiiion b:oiogique à au moment:Ju prélèverner en état eP choc -rerence. revendi 17, caran , en u_ que est issu , , patient cre choc. nanti n tilk iqu :St e. la valeur de réf. xterne corre.spon,cr stFri.',,Jés: de, .T.luantité au moins - trar,;,.orir_i 15 un ue de référence (S,t-at. de. ch ornent du prélèvement de 01...1 choc septinnp pré( ëcl prélèvement ck.: l'échant dcn sait pas connu de )lication, particulier dont 20 7.',n/écu, ou bien cor iu à une valeur moyenne uc un trz . i_ène IL7R q est mesur,,,. Ce patients en uuat. de choc septuu'. prélm,dfts ,AHons biok le référence ou ayant été en y se ant le prélèvement de desdits 25 bic !13, sait qu'il n'ont pas connu de cour _ e ier u'Us ont survécu. en ce le d'un p a 15, Procédé se on :a revendic2tion 17 ou 18, cari biolock4e. à tester pruvient d'un prélèvernr '3 rit Mûri nuTrent du p -Ter 30 T à tester prélèvemen'c (Je - dans les b jours cer et la mesure de 3044325 60 valeur de ré iCe externe, à partir d'un 10 ,ement c':d;:e.n jour suktant ',toc sr-7,7tque, et en à partir du rappel entre ia L.Kft.: au moins la quantité au moins un transcrit du gà IL7R dans Féch à tester et, ' échéant dans le ou les échut .s biologiques ut i pour obtenir la '',07ieL:r." de référence ey est réalise dF-", i-às 5 jour !e once le 36' jour début :hoc et en particulier 72h après le début du choc sep. 2.0, Pro ..''-s:'.J , 19, caractérisé en 'à ( i) la corrps .50n es. hr;e:-e. directement à partir de la quantité dudit au moi un transcht 7ère H7Rme5.1 pc,u à tester E L. du choc septique, de - :iculier 72h ciéterminF:it L transcrit gèrt, .17.7R mesurée, eh; H'Irister et n devay::,:'Jr d'un k.72 ut du ftA et en 15 H (l'un n'enu 72h té, à la pour l'échantillon our la déterminatior ie la valeur de obt:Lnu dans les 24h, et: notamment à cht.y.' selon eit..c',nque des nr;i-catr,,ns à .20, 20 c ie ;Eu:, it a LI ns un trarrctit ILZR esti. selon CO rulue des reverdi .ans 1, , !nntité dudit au moins un transci-i'ï: IL7R est 23. :dé fr, revendt 22, caractérisé en ce que la quan: 25 dudit au rndins un transci- ene, LUR est rn'':',SU rëe avec au nnoifli7= des couples d'amorces v'nfatr.n njiVants, aVec ou 5an.SL ronde d'hybndatjon - amorc.e dr:7 ttH 12 et. amorce anti-7e.ns et éventuellement sond egoi41 30 - amorce sens amorce anti-sens de _ et éventuellement sonde 3044325 61 r 10 pdcuu rurtaiité, chez 26. P n selon Treven,:k..a-H,.:»-, amorce ; SEÇ orc Pj-c,'' 19, et éventueler,- - sonde de S. N°20. 24. Procédé selon yJelconque des revendications 1 à 23, caractérisé en ce que l'échanbilon à tester issu dudit patient est un échantillon de F,ng total ou de PBMC. mesure, vitro cle I '-ntité d r ntranliHcr L'1.7R' ntillorH gique jun patient ayant subi rsion ou uF ect ---'-nérant un 7rne de répol5e pou e risque r>, patient es.. c) Je lure o' traurrwtS, .erant un syndromi nonse int1-natoire 7.1:émique. 15 27. l...!tilisation selon fr r J nn 2T ou 26, caractérisée l'écharean biologique à .:...jfun patient état de choc :igue ou té en uuns jours pré,...uuat le prélèvement de l'échd biolt que à tester. !EL Utilisation l'une quelcoi evend"-;- cr 25 à 27, 20 c -1 ce que ledit oins u du gene /LM es',. c` par H >crits IL7R-001 ;EQ II 1-2, IL7R-002 de SEÇ SEQ m M434, P 71.-3ne Tr et IL.7"-^r1 a séquence d'un variant présent rq- t. :_entité es séquences. 25 29. lf T une quelconqu?, 'T s _ 25 à 28, caractérisée e lue au moins un trJz .7R est choisi parmi les transcrits con. triantricins une partie du don- transmembranar J.acirroiri;ensmer .anaire, de CUL" , et correspond, de u uanscrii. IL"; UO1 -- N°2 ou à un de 30 ses variants présentant au moins 99% d'identité avec ladit 3044325 62 Utilisati selon l'une queloenQue des renftions 25 à 29, .447: en Ce que ledit au moins - transcrit du gène IL7R est un AR.N.m' 31. Kit pour la mesure, in vitro ou ex vivo, de la quantité d'au moins transcrit du gène 11,7R dans un échantillon biologique, corni,...,rebant - des outls ou réactifs as permettant mesurer a qiiiiiantibA dudit au F.oins un transcrit du ;ène IL7i crs iedit echantnon et - un échantiPpn c?rôV est un échantillon conten'- ' du7.intité d'unit au rflOrIC un 17ansodt du qul corf:'--sud à la qu ayant. subi ft ou tion cv;r-mrant orne répore Ir amrriatoTTe émic dont cu ils n'ont pr:71,-=. c-- nu de -)r,..férence. (..;-.,rit - fou un r ast L di itnon cal >Dur contenl- .noins du .çÈE'n correspond à la rncriyr e r19 mesures L ! ''4rr'; tnts avant su,:e ssiori Gia une infection dont on sait prit: nu con aation, ce dont o qu'ils n'Ont:. s LI I .lon k,-Evendcadce ce qu'il contient, en cdfs specifiquer: permettant: maiiiiiurer la quantité dudit au un transcrit du ge échart.:11on biologique, au moins ... des couples d'amorce: d'am suivarr, avec ou sans la sande mentionnée : - ,et am iarce an ns de . -2, et éventuellement sonde de SEQ ID N14, - amorce sens c, M I7 anti-sens et éventuellement soncli- - arnorce sens c. iorce anti-sens et éventuellement sond