FR 2902974 A1 20080104 FR 0705552 A 20070730 1 La présente invention a pour objet des protéines. La présente invention concerne en particulier l'isolement et la caractérisation d'un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène qui est présent dans la farine de blé et son effet sur différentes xylanases. La présente invention concerne également des xylanases identifiées par une sélection au moyen de l'inhibiteur, et les xylanases nouvelles ainsi identifiées. Des xylanases sont utilisées en boulangerie depuis 10 plusieurs années. A cet égard, on sait que la farine de blé contient de l'arabinoxylane provenant des parois cellulaires de l'endosperme. La quantité d'arabinoxylane dans la farine diffère en fonction de l'origine de la farine - par 15 exemple, voir Rouau et al, Journal of Cereal Science (1994), 19, 259-272 Effect of an Enzyme Preparation Containing Pentosanases on the Bread-making Quality of Flour in Relation to Changes in Pentosan Properties ; Fincher et Stone, (1986) Advances in Cereal Technology, 20 Vol. VIII (Why Pomeranz, Ed.) AACC, St Paul, Minnesota,207-295 ; et Meuser et Suckow (1986), Chemistry and Physics of Baking (J.M.V. Blanchard, P J Frasier et T Gillard, Eds.) Royal Society of Chemistry, Londres, 42-61. Habituellement, la quantité d'arabinoxylane peut varier 25 de 2 à 5 % (en poids/poids) sur la base du poids sec de la farine). Fincher et Stone {1986) indiquent que 70 % des polysaccharides présents dans la paroi cellulaire de l'endosperme consistent en arabinoxylane. Une 30 caractéristique intéressante de l'arabinoxylane et son aptitude à se lier à l'eau. Une partie de l'arabinoxylane consiste en pentosane insoluble dans l'eau et une partie consiste en pentosane soluble dans l'eau (PSE). Des résultats expérimentaux ont montré une corrélation entre 35 la dégradation du PIE en polymères hydrosolubles de haut poids moléculaire (HPM) et le volume du pain. 2902974 2 Au cours de la préparation d'un produit de boulangerie, on sait que l'utilisation d'une xylanase à une dose convenable peut avoir pour résultat une formulation de pâte plus stable (qui comprend 5 habituellement du sel, de la farine, de la levure et de l'eau) et un meilleur volume, par exemple, du pain levé. A cet égard, une xylanase très efficace pour augmenter le volume du pain devrait solubliser le PIE en provoquant un accroissement de viscosité de la pâte liquide sans une dégradation supplémentaire du PSE en oligomères de xylose. Il est considéré que cette dégradation du PIE en PSE de bas poids moléculaire (BPM) est néfaste pour les propriétés de la pâte et peut engendrer un caractère collant (Rouau et al et McCleary (1986) International Journal of Biological Macro Molecules, 8, 349-354). Le document US-A-5 306 633 décrit une xylanase obtenue à partir d'une souche de Bacillus subtilis. Manifestement, cette xylanase peut améliorer la consistance et augmenter le volume du pain et de produits de cuisson contenant cette xylanase. Une autre xylanase provenant de Bacillus subtilis a été isolée et séquencée (voir Paice, M.G., Bourbonnais, R., Desrochers, M. Jurasek, L. et Yaguchi, M. A xylanase gene from Bacillus subtilis : nculeotide sequence and comparison with B. pumilus ene, Arch. Microbiol. 144, 201- 206 (1986)). Il a été considéré depuis un certain temps maintenant que des xylanases bactériennes produisaient une pâte très collante. En conséquence, on s'attend habituellement à ce que les xylanases de Bacillus subtilis - par exemple celle du document US-A-5 306 633, produisent une pâte très collante. Des enzymes de l'art antérieur qui ont engendré un caractère collant ont dû être utilisées en des quantités soigneusement ajustées de telle sorte que le caractère 2902974 3 collant n'ait pas sur la manipulation un effet néfaste à un degré tel qu'une manipulation commerciale efficace soit entravée. Cependant, la nécessité d'ajuster avec soin la dose a empêché l'addition de xylanase directement à la 5 farine avant la production de la pâte. Il a été donc nécessaire avec les systèmes de l'art antérieur d'ajouter la xylanase d'une manière très régulée au cours de la production de la pâte. A ce jour, des xylanases fongiques ont été utilisées 10 habituellement dans la cuisson au four. Par exemple, J Maat et al. (Xylans and Xylanases, édités par J Visser et al, 349-360, Xylanases and their application in bakery) font connaître une 0-1,4-xylanase produite par une souche d'Aspergillus Niger variété awarmori. Suivant ces auteurs, 15 la xylanase fongique est efficace pour accroître le volume spécifique des pains, sans avoir un effet secondaire négatif sur la manipulation de la pâte (caractère collant de la pâte) tel que celui pouvant être observé avec des xylanases dérivées d'autres sources fongiques ou de 20 sources bactériennes. Il a été proposé par W Debyser et al., (J. Am. Soc. Brew. Chem. 55(4), 153-156, 1997, Arabinoxylan Solubilization and Inhibition of the Barely Malt Xylanolytic System by Wheat During Mashing with Wheat 25 Wholemeal Adjunt : Evidence for a New Class of Enzyme Inhibitors in Wheat) que des inhibiteurs de xylanases peuvent être présents dans le blé. L'inhibiteur décrit par W Debyser et al. n'a pas isolé. En outre, il n'a pas été indiqué par W Debyser et al. si l'inhibiteur était 30 endogène ou bien microbiologique. En outre, aucun résultat chimique n'a été présenté pour cet inhibiteur. La présence d'un inhibiteur de xylanases dans la farine de blé a été récemment examinée par X Rouau et A Surget, (Journal of Cereal Science, 28 (1998) 63-70, 35 Evidence fort the Presence of a Pentosanase Inhibitor in Wheat Flours). Comme dans le cas de Debyser et al., Rouau 2902974 4 et Surget ont considéré qu'ils ont mis en évidence l'existence d'un composé thermolabile dans la fraction soluble de farines de blé, qui limitait l'action d'une pentosanase ajoutée. Egalement comme dans le cas de 5 Debyser et al., ces auteurs n'ont pas isolé d'inhibiteur et ont été incapables de conclure si l'inhibiteur était endogène ou s'il était d'origine microbiologique. De manière similaire, aucun résultat chimique n'a été présenté pour cet inhibiteur. 10 Ainsi, un problème connu dans ce domaine consiste en la façon de préparer des produits cuits au four à partir d'une pâte n'ayant pas des propriétés de manipulation néfastes. Un problème plus particulier consiste en la manière de produire une pâte qui soit non collante - 15 c'est-à-dire une pâte qui ne soit pas suffisamment collante pour poser des problèmes de manipulation et de transformation. La présente invention a pour objet de proposer une solution à ces problèmes. 20 Des aspects de la présente invention sont présentés ci-après. En résumé, certains aspects de la présente invention concernent : 1. Un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène - y 25 compris les séquences de nucléotides codant pour cet inhibiteur et les séquences d'amino-acides de cet inhibiteur, ainsi que leurs variants, homologues ou fragments. 2. Des méthodes d'analyses pour déterminer l'effet 30 de l'inibiteur de (3-1,4-xylanase sur différentes xylanases. 3. Des méthodes d'analyses pour déterminer l'effet de différentes xylanases dans la pâte. 4. Des méthodes d'analyses pour déterminer l'effet 35 d'une ou plusieurs glucanases sur différentes pâtes contenant des xylanases. 2902974 5 5. Des xylanases nouvelles - y compris les séquences de :nucléotides codant pour ces xylanases et les séquences d'amino-acides de ces xylanases, ainsi que leurs variants, homologues ou fragments. 5 6. Des utilisations nouvelles des xylanases. 7. Des denrées alimentaires préparées avec des xylanases. D'autres aspects concernant la séquence d'aminoacides de la présente invention et/ou la séquence de 10 nucléotides de la présente invention comprennent les suivants : un produit d'assemblage comprenant ou capable d'exprimer les séquences de la présente invention ; un vecteur comprenant ou capable d'exprimer les séquences de la présente invention ; un plasmide comprenant ou capable 15 d'exprimer les séquences de la présente invention ; un tissu comprenant ou capable d'exprimer les séquences de la présente invention ; un organe comprenant ou capable d'exprimer les séquences de la présente invention ; un hôte transformé comprenant ou capable d'exprimer les 20 séquences de la présente invention ; un organisme transformé comprenant ou capable d'exprimer les séquences de la présente invention. La présente invention comprend également des procédés pour leur expression, par exemple pour l'expression dans un micro-organisme, y compris des 25 procédés pour leur transfert. La présente invention diffère des enseignements du document WO-A-98/49278 car, entre autres, cette demande de brevet PCT contient une information minimale sur la séquence de l'inhibiteur protéique qui y est décrit. 30 Des aspects de la présente invention sont décrits maintenant sous des titres de paragraphes appropriés. Pour des raisons de commodité, des enseignements applicables de manière générale pour les aspects de la présente invention peuvent être trouvés dans les paragraphes intitulés 35 "définitions générales" et "enseignements généraux". Cependant, les enseignements dans chaque paragraphe ne 2902974 6 sont pas obligatoirement limités à chaque paragraphe particulier. DEFINITIONS GENERALES L'expression "farine de blé", telle qu'elle est 5 utilisée dans le présent mémoire, est synonyme de la farine de blé obtenue par mouture fine. Cependant, de préférence, cette expression désigne la farine obtenue à partir du blé proprement dit et non à partir d'une autre céréale. Ainsi, et sauf spécification contraire, des 10 références à la "farine de blé", telle que cette expression est utilisée dans le présent mémoire, désignent de préférence des références à la farine de blé proprement dite ainsi qu'à la farine de blé lorsqu'elle est présente dans un milieu, tel qu'une pâte. 15 Le terme "xylanase" est utilisé dans son sens habituel - par exemple une enzyme qui est, entre autres, capable de catalyser la dépolymérisation de l'arabinoxylane qui peut être présente dans le blé (par exemple une enzyme qui est, entre autres, capable de 20 catalyser la solubilisation du PIE et de catalyser la dépolymérisation du PSE qui peuvent être présentes dans le blé). Une analyse pour déterminer l'activité d'endo-f3-1,4-xylanase est présentée plus loin. Pour des raisons de 25 commodité, cette analyse est appelée "analyse de xylanase". L'expression "séquence de nucléotides", en rapport avec la présente invention, désigne un ADN génomique, un ADNc, un ADN recombinant (c'est-à-dire l'ADN préparé en 30 utilisant des techniques de formation d'ADN recombinant), un ADN synthétique et un ARN - ainsi que leurs associations. De préférence, l'expression "séquence de nucléotides" désigne un ADN. 35 Les séquences de nucléotides de la présente invention peuvent être monocaténaires ou bicaténaires. 2902974 7 Les séquences de nucléotides de la présente invention peuvent renfermer des nucléotides synthétiques ou modifiés. Un certain nombre de types différents de modifications apportés à des oligonucléotides est connu 5 dans ce domaine. Ces modifications comprennent des squelettes méthyl-phosphonate et phosphorothioate, l'addition de chaînes acridine ou polylysine aux extrémités 3' et/ou 5' de la molécule. Aux fins de la présente invention, il doit être entendu que les séquences 10 de nucléotides décrites dans le présent mémoire peuvent être modifiées par n'importe quel procédé disponible dans ce domaine. Ces modifications peuvent être effectuées pour accroître l'actitivé in vivo ou la durée de vie de séquences de nucléotides de la présente invention. 15 Les termes "variant" et "homologue", en rapport avec la séquence de nucléotides de la présente invention et la séquence d'amino-acides de la présente invention, sont synonymes de variations alléliques des séquences. En particulier, le terme "homologie" tel qu'il est 20 utilisé dans le présent mémoire, peut être équivalent au terme "identité". Dans ce cas, l'homologie de séquence en rapport avec la séquence de nucléotides de la présente invention et la séquence d'amino-acides de la présente invention peut être déterminée par une comparaison simple 25 "d'un coup d'oeil" (c'est-à-dire une comparaison stricte) d'une ou plusieurs quelconques des séquences avec une autre séquence pour constater si cette autre séquence présente une identité d'au moins 75 % avec ladite ou lesdites séquences. Une homologie de séquence relative 30 (c'est-à-dire identité de séquence relative) peut également être déterminée au moyen de programmes informatiques disponibles dans le commerce permettant de calculer le pourcentage d'homologie entre deux ou plus de deux séquences. Un exemple classique d'un tel programme 35 informatique est le programme CLUSTAL. 2902974 8 Dans ce cas, des comparaisons d'homologie peuvent être effectuées à l'oeil nu. Cependant, plus fréquemment, ces comparaisons sont effectuées au moyen de programmes de comparaison de séquences aisément disponibles. Ces 5 programmes informatiques disponibles dans le commerce permettent de calculer le pourcentage d'homologie entre deux ou plus de deux séquences. Le pourcentage d'homologie peut être calculé pour des séquences contiguës, ce qui signifie qu'une séquence est 10 alignée avec l'autre séquence et chaque amino-acide dans une séquence est comparé directement à l'amino-acide correspondant dans l'autre séquence, à raison d'un résidu à la fois. Cet alignement est appelé alignement "sans lacunes". Habituellement, ces alignements sans lacunes 15 sont réalisés seulement pour un nombre relatif restreint de résidus (par exemple moins de 50 amino-acides contigus). Bien que ce procédé soit un procédé très simple et cohérent, il ne permet pas de prendre en considération 20 que, par exemple, dans une paire de séquences par ailleurs identiques, une insertion ou délétion provoquera la suppression de l'alignement des résidus d'amino-acides suivants, avec ainsi potentiellement pour résultat une forte réduction du pourcentage d'homologie lorsqu'un 25 alignement global est effectué. En conséquence, la plupart des procédés de comparaison de séquences sont conçus pour provoquer des alignements optimaux qui prennent en considération des insertions et délétions éventuelles sans pénaliser excessivement la valeur d'homologie totale. Cela 30 est réalisé en insérant des "lacunes" dans l'alignement de séquence pour tenter de rendre maximale l'homologie locale. Cependant, ces procédés plus complexes attribuent des "pénalités de lacunes" à chaque lacune qui apparaît dans 35 l'alignement, ce qui fait que, pour le même nombre d'amino-acides identiques, un alignement de séquence avec 2902974 9 un nombre de lacunes aussi petit que possible - représentant un plus haut degré de parenté entre les deux séquences comparées - attendra une valeur numérique d'évaluation plus élevée qu'un alignement de séquence avec 5 de nombreuses lacunes. On utilise habituellement des "pénalités de lacunes affines" qui imposent une pénalité relativement forte pour l'existence d'une lacune et une pénalité plus faible pour chaque résidu suivant dans la lacune. Ce système est le système le plus couramment 10 utilisé d'évaluation numérique des lacunes. De fortes pénalités de lacunes provoquent bien entendu des alignements optimisés avec un petit nombre de lacunes. La plupart des programmes d'alignement permettent de modifier les pénalités de lacunes. Cependant, il est préférable 15 d'utiliser les valeurs de défauts lors de l'utilisation d'un tel logiciel pour des comparaisons de séquences. Par exemple, lors de l'utilisation du progiciel GCG Wisconsin Bestfit (voir ci-dessous), la pénalité de lacune par défaut pour les séquences d'amino-acides est égale à -12 20 pour une lacune et est égal à -4 pour chaque extension. Le calcul du pourcentage maximal d'homologie nécessite donc tout d'abord la production d'un alignement optimal, en prenant en considération les pénalités de lacunes. Un programme informatique convenable pour 25 effectuer un tel alignement est le progiciel GCG Wisconsin Bestfit (University of Wisconsin, U.S.A. ; Devereux et al., 1984, Nucleic Acids Research 12:387). Des exemples d'autres logiciels qui permettent d'effectuer des comparaisons de séquences comprennent, mais à titre non 30 limitatif, le progiciel BLAST (voir Ausubel et al., 1999 idem - Chapitre 18), le logiciel FASTA (Atschul et al., 1990, J. Mol. Biol., 403-410) et l'ensemble d'outils comparatifs GENEWORKS. Les logiciels BLAST et FASTA sont disponibles pour des recherches différées et des 35 recherches directes (voir Ausubel et al., 1999 idem, pages 2902974 10 7-58 à 7-60). Cependant, il est préférable d'utiliser le programme GCG Bestfit. Bien que le pourcentage final d'homologie puisse être mesuré en termes d'identité, le procédé d'alignement 5 proprement dit n'est habituellement pas basé sur une comparaison de paires par tout ou rien. En variante, on utilise généralement une matrice d'évaluation numérique de similitude proportionnée qui attribue des valeurs numériques d'évaluation à chaque comparaison par paires 10 sur la base de la similitude chimique ou de la distance évolutive. Un exemple d'une telle matrice couramment utilisée est la matrice BLOSUM62 - la matrice de défaut pour l'ensemble de programmes BLAST. Les programmes GCG Wisconsin utilisent généralement les valeurs de défauts 15 disponibles au public ou une table particulière de comparaison de symboles si elle est fournie (voir le manuel de l'utilisateur pour des détails supplémentaires). Il est préférable d'utiliser les valeurs de défauts disponibles au public pour le progiciel GCG ou, dans le 20 cas d'un autre logiciel, la matrice de défaut telle que la matrice BLOSUM62. Une fois que le logiciel a réalisé un alignement optimal, il est possible de calculer le pourcentage d'homologie, de préférence le pourcentage d'identité de 25 séquence. Le logiciel réalise habituellement ce calcul en tant qu'une partie de la comparaison de séquence et engendre un résultat numérique. De préférence, les comparaisons de séquences sont effectuées en utilisant l'algorithme de recherche BLAST 30 simple fourni à http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST en utilisant les paramètres de défauts. La présente invention comprend également des séquences de nucléotides qui sont complémentaires des séquences figurées dans le présent mémoire, ou n'importe 35 lequel de leurs dérivés ou fragments. Si la séquence est complémentaire d'un de ses fragments, alors cette séquence 2902974 11 peut être utilisée comme sonde pour identifier des séquences codantes similaires dans d'autres organismes, etc. La présente invention comprend également des 5 séquences de nucléotides qui sont aptes à l'hybridation aux séquences figurant dans le présent mémoire, ou n'importe lequel de leurs dérivés ou fragments. La présente invention comprend également des séquences de nucléotides qui sont aptes à l'hybridation 10 aux séquences qui sont complémentaires des séquences figurant dans le présent mémoire, ou à n'importe lequel de leurs dérivés ou fragments. Le terme "complémentaire" désigne également des séquences de nucléotides qui peuvent s'hybrider aux 15 séquences de nucléotides de la séquence codante. Le terme "variant" comprend également des séquences qui sont complémentaires de séquences qui sont aptes à l'hybridation aux séquences de nucléotides figurant dans le présent mémoire. 20 De préférence, le terme "variant" comprend des séquences qui sont complémentaires de séquences qui sont capables de s'hybrider, dans des conditions drastiques (par exemple une température de 65 C et SSCO,lx {SSClx = NaCl 0,15 M, citrate de Na3 0,015 M, à pH 7,0}) 25 avec les séquences de nucléotides figurant dans le présent mémoire. La présente invention concerne également des séquences de nucléotides qui peuvent s'hybrider aux séquences de nucléotides de la présente invention (y 30 compris des séquences complémentaires des séquences figurant dans le présent mémoire). La présente invention concerne également des séquences de nucléotides qui sont complémentaires de séquences qui peuvent s'hybrider en séquence de 35 nucléotides de la présente invention (y compris des 2902974 12 séquences complémentaires de celles figurant dans le présent mémoire). Le terme "hybridation", tel qu'il est utilisé dans le présent mémoire, désigne "le procédé par lequel un brin 5 d'acide nucléique se joint à un brin complémentaire par appariement des bases" (Coombs J (1994) Dictionary of Biotechnology, Stockton Press, New York NY) ainsi que le procédé d'amplification mis en oeuvre dans les technologies de réaction en chaîne avec une polymérase de la manière 10 décrite par Dieffenbach CW et GS Dveksler (1995, PCR Primer, a Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Planview NY). Le cadre de la présente invention comprend également des séquences polynucléotidiques qui sont capables de 15 s'hybrider avec les séquences de nucléotides figurant dans le présent mémoire dans des conditions drastiques intermédiaires à maximales. Les conditions d'hybridation sont basées sur la température de fusion (Tm) du complexe de liaison d'acide nucléique, de la manière décrite par 20 Berger et Kimmel (1987, Guide to Molecular Cloning Techniques, Methods in Enzymology, Vol. 152, Academic Press, San Diego CA) et confèrent un "caractère drastique" défini, de la manière expliquée ci-dessous. Un caractère drastique maximal est obtenu 25 habituellement à environ Tm-5 C (5 C au-dessous de la valeur de Tm de la sonde) ; un caractère fortement drastique est obtenu à une valeur d'environ 5 C à 10 C au-dessous de Tm ; un caractère drastique intermédiaire est obtenu à une valeur d'environ 10 C à 20 C au-dessous de 30 Tm ; et un caractère faiblement drastique est obtenu à une valeur d'environ 20 C à 25 C au-dessous de Tm. Comme le comprendra l'homme de l'art, une hybridation dans des conditions drastiques maximales peut être utilisée pour identifier ou détecter des séquences polynucléotidiques 35 identiques, tandis qu'une hybridation dans des conditions drastiques intermédiaires (ou faiblement drastiques) peut 2902974 13 être utilisée pour identifier ou détecter des séquences polynucléotidiques similaires ou apparentées. Dans un aspect apprécié, la présente invention comprend des séquences de nucléotides qui peuvent 5 s'hybrider à la séquence de nucléotides de la présente invention dans des conditions drastiques (par exemple 65 C et SSCO,lx). INHIBITEUR D'ENDO-0-1,4-XYLANASE ENDOGENE Dans un aspect, la présente invention propose un 10 inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène qui peut être obtenu à partir de farine de blé. Dans les études effectuées par la Demanderesse, il a été trouvé que l'inhibiteur est un dipeptide, ayant un poids moléculaire (PM) d'environ 40 kDa (mesuré par SDS ou 15 SM) et ayant un pI d'environ 8 à environ 9,5. Dans un aspect de la présente invention, l'inhibiteur est sous une forme isolée et/ou sous une forme essentiellement pure. Dans ce cas, le terme "isolé" signifie que l'inhibiteur n'est pas présent dans son 20 environnement naturel. A ce jour, l'analyse de séquence a révélé que l'inhibiteur a au moins une ou plusieurs des séquences présentées en tant que SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18 et/ou SEQ 25 ID N 19. Ainsi, la présente invention comprend un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase qui comprend au moins une ou plusieurs des séquences présentées en tant que SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID 30 N 17, SEQ ID N 18 et/ou SEQ ID N 19 ou un de leurs variants, homologues ou fragments. Les termes "variant", "homologue" et "fragment", en rapport avec l'inhibiteur de la présente invention, comprennent n'importe quelle substitution, variation, 35 modification, n'importe quel remplacement, n'importe quelle délétion ou addition d'un (ou plusieurs) amino- 2902974 14 acides de ou à la séquence, sous réserve que la séquence d'amino-acides résultante ait une action inhibitrice de xylanase, ayant de préférence au moins la même activité comme inhibiteur que celle d'au moins une ou plusieurs des 5 séquences présentées en tant que SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18 et/ou SEQ ID N 19. En particulier, le terme "homologue" désigne une homologie par rapport à la structure et/ou la fonction, assurant que l'inhibiteur 10 résultant ait une action inhibitrice de xylanase, ayant de préférence au moins la même activité comme inhibiteur qu'un inhibiteur ayant au moins une ou plusieurs des séquences présentées en tant que SED ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ 15 ID N 18 et/ou SEQ ID N 19. En ce qui concerne l'homologie de séquence (c'est-à-dire une similarité de séquence ou identité de séquence), il existe avantageusement au moins 75 %, plus avantageusement au moins 80 %, mieux encore au moins 85 %, de préférence au 20 moins 90 % d'homologie avec la séquence représentée dans la liste des séquences annexée. Plus spécialement, il existe au moins 95 %, de préférence au moins 98 % d'homologie avec la séquence représentée dans la liste des séquences annexée. 25 Un exemple putatif d'un variant de l'inhibiteur de la présente invention a au moins une ou plusieurs des séquences présentées en tant que SEQ ID N 1 et SEQ ID N 2. L'aspect de la présente invention concernant 30 l'inhibiteur est avantageux pour un certain nombre de raisons. A titre d'exemple, en connaissant à présent l'identité chimique d'un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène, des chercheurs peuvent alors déterminer la 35 quantité de l'inhibiteur dans, par exemple, une farine de blé. Pour des raisons de commodité, on appellera ce 2902974 15 procédé "procédé de détermination de la quantité d'inhibiteur". Le procédé de détermination de la quantité d'inhibiteur permet à des chercheurs de choisir une ou 5 plusieurs xylanases appropriées pour l'addition à la farine de blé et/ou de choisir les quantités appropriées d'une ou plusieurs xylanases pour l'addition à la farine de blé. Ainsi, la présente invention propose un procédé 10 comprenant les étapes consistant : (a) à déterminer la quantité ou le type d'inhibiteur dans une farine de blé ; (b) à choisir une xylanase convenable pour l'addition à la farine de blé et/ou à choisir une quantité convenable d'une xylanase pour son addition à la farine de blé ; et 15 (c) à ajouter la xylanase convenable et/ou la quantité convenable de xylanase à la farine de blé. La présente invention propose également un procédé consistant : (a) à déterminer la quantité ou le type d'inhibiteur dans une farine de blé ; (b) à choisir un 20 inhibiteur de xylanase convenable pour l'addition à la farine de blé et/ou à choisir une quantité convenable d'un inhibiteur de xylanase pour l'addition à la farine de blé ; et (c) à ajouter l'inhibiteur de xylanase convenable et/ou la quantité convenable d'inhibiteur de xylanase à la 25 farine de blé. La présente invention propose également un procédé comprenant les étapes consistant : (a) à déterminer la quantité ou le type d'inhibiteur dans une farine de blé ; (b) à choisir une xylanase convenable et un inhibiteur de 30 xylanase convenable pour l'addition à la farine de blé et/ou à choisir une quantité convenable d'un inhibiteur de xylanase pour l'addition à la farine de blé ; et (c) à ajouter la xylanase convenable et l'inhibiteur de xylanase convenable et/ou la quantité convenable d'inhibiteur de 35 xylanase à la farine de blé. 2902974 16 La détection de la quantité d'inhibiteur peut être effectuée par des techniques chimiques classiques, telles qu'une analyse des spectres de RMN à l'état solide. La quantité d'inhibiteur peut même être déterminée en 5 utilisant des xylanases dont on sait quel'inhibiteur a un effet néfaste sur ces enzymes. Dans ce dernier aspect, il serait possible de prélever un échantillon de la farine de blé et de l'ajouter à une quantité connue d'une telle xylanase. A un certain point de temps, l'activité de la 10 xylanase peut être déterminée, l'activité résultante pouvant être ensuite corrélée avec une quantité d'inhibiteur dans la farine de blé. Ainsi, la présente invention comprend également l'utilisation de l'association d'une xylanase et de 15 l'inhibiteur comme moyen d'étalonner et/ou de déterminer la quantité d'inhibiteur dans un échantillon de farine de blé. Des anticorps contre l'inhibiteur peuvent être utilisés pour sélectionner des échantillons de farines de 20 blé afin de déterminer la présence de l'inhibiteur de la présente invention. Les anticorps peuvent même être utilisés pour isoler des quantités de l'inhibiteur à partir d'un échantillon de farine de blé. METHODES D'ANALYSE POUR DETERMINER L'EFFET DE L'INHIBITEUR 25 DE R-1,4-XYLANASE SUR DIFFERENTES XYLANASES Cela constitue une utilisation importante supplémentaire de l'inhibiteur de la présente invention. A cet égard, l'inhibiteur peut être utilisé dans une analyse/sélection pour identifier des xylanases qui 30 répondent à l'action de l'inhibiteur. A titre d'exemple, dans certains cas, il peut être souhaitable de sélectionner une xylanase qui présente une faible résistance - c'est-à-dire qui n'est pas résistante - à l'inhibiteur. 35 Dans un aspect, l'inhibiteur peut être utilisé dans une analyse/sélection pour identifier des xylanases qui 2902974 17 ont une résistance modérée (moyenne) - c'est-à-dire qui sont relativement résistantes - à l'inhibiteur. Dans un aspect, l'inhibiteur peut être utilisé dans une analyse/sélection pour identifier des xylanases qui 5 présentent une forte résistance à l'inhibiteur. Un protocole convenable pour déterminer le degré d'inhibition par l'inhibiteur est présenté plus loin. Pour des raisons de commodité, on appellera ce protocole "protocole d'analyse d'inhibiteur". 10 Ainsi, la présente invention propose une méthode pour déterminer le degré de résistance d'une xylanase à un inhibiteur de xylanase, ladite méthode comprenant les étapes consistant : (a) à mettre en contact une xylanase intéressante avec l'inhibiteur ; et (b) à déterminer si 15 l'inhibiteur inhibe l'activité de la xylanase intéressante. Pour des raisons de commodité, on appellera cette méthode "méthode d'analyse d'inhibiteur". Dans ce cas, le terme "résistant" signifie que l'activité de la xylanase n'est pas inhibée totalement par 20 l'inhibiteur. En d'autres termes, l'inhibiteur peut être utilisé dans une analyse/sélection pour identifier des xylanases sur lesquelles l'inhibiteur n'a pas un effet néfaste. Ainsi, l'expression "degré de résistance" en rapport 25 avec la xylanase vis-à-vis de l'inhibiteur de xylanase est synonyme à l'expression "degré de non-inhibition" de l'activité d'une xylanase par l'inhibiteur de xylanase. Ainsi, l'expression "xylanase qui présente un haut degré de résistance à l'inhibiteur de xylanase" est proche de 30 l'expression "haut degré de non-inhibition d'une xylanase par l'inhibiteur de xylanase". La présente invention comprend également un procédé comprenant les étapes consistant . (a) à mettre en oeuvre la méthode d'analyse d'inhibiteur ; (b) à identifier une 35 ou plusieurs xylanases ayant un haut (ou moyen ou bas) degré de résistance à l'inhibiteur ; (c) à préparer une 2902974 18 quantité d'une ou plusieurs de ces xylanases qui ont été identifiées. Des xylanases identifiées convenables peuvent être ensuite utilisées pour préparer une denrée alimentaire, en 5 particulier une pâte pour préparer un produit de boulangerie. En outre, en identifiant une xylanase qui est résistante dans une certaine mesure à l'inhibiteur (c'est-à-dire une xylanase qui n'est pas inhibée autant que 10 d'autres xylanases), il est possible d'ajouter une moindre quantité de cette xylanase identifiée à un milieu pour son utilisation ultérieure. Des utilisations finales des xylanases peuvent être une ou plusieurs quelconques des utilisations consistant en la préparation de denrées 15 alimentaires, la production de protéine et la production d'amidon, la production de papier, la transformation de pâte à papier,, etc. Ainsi, la présente invention comprend également un procédé comprenant les étapes consistant : (a) à mettre en 20 oeuvre la méthode d'analyse d'inhibiteur ; (b) à identifier une ou plusieurs xylanases ayant un haut (ou moyen ou bas) degré de résistance à l'inhibiteur ; et (c) à préparer une pâte comprenant la ou les xylanases identifiées. Au cours des expériences concernant la présente 25 invention, la Demanderesse a trouvé de manière inattendue que les xylanases bactériennes pouvaient être résistantes à l'inhibiteur, en ce sens que leur activité n'a pas été totalement supprimée. Dans certains cas, les xylanases ont présenté une résistance très avantageuse à l'inhibiteur. 30 METHODES D'ANALYSE POUR LA DETERMINATION DE L'EFFET DE DIFFERENTES XYLANASES DANS DES PÂTES Lorsque certaines xylanases bactériennes qui ont été identifiées en tant que xylanases convenables par la méthode d'analyse d'inhibiteur étaient présentes dans une 35 formulation de pâte, il a été trouvé de manière inattendue que la formulation de pâte n'était pas aussi collante 2902974 19 qu'une formulation de pâte comprenant une xylanase fongique. Ces résultats étaient totalement inattendus en raison des enseignements de l'art antérieur. Ainsi, la présente invention propose une méthode 5 d'analyse supplémentaire pour identifier une xylanase bactérienne ou un de ses mutants pouvant être utilisé convenablement dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four. La méthode comprend les étapes consistant : (a) à incorporer une xylanase bactérienne 10 intéressante à une formulation de pâte ; et (b) à déterminer le caractère collant de la formulation de pâte résultante ; de telle sorte que la xylanase bactérienne ou un de ses mutants soit apte à l'utilisation dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four si la 15 formulation de pâte résultante présente un caractère collant qui est inférieur à celui d'une formulation de pâte similaire comprenant une xylanase fongique. Pour des raisons de commodité, on appellera cette méthode "méthode d'analyse de caractère collant". 20 Ainsi, la présente invention propose également un procédé comprenant les étapes consistant : (a) à mettre en oeuvre la méthode d'analyse de caractère collant ; (b) à identifier une ou plusieurs xylanases pouvant être utilisées convenablement dans la préparation d'un produit 25 alimentaire cuit au four ; (c) à préparer une quantité d'une ou plusieurs de ces xylanases identifiées. Un protocole convenable pour déterminer le caractère collant d'une pâte est présenté plus loin. Pour des raisons de commodité, on appellera ce protocole "protocole 30 de détermination du caractère collant". Conformément à la présente invention, une pâte comprenant une xylanase conforme à la présente invention qui est moins collante qu'une pâte comprenant une xylanase fongique peut être appelée parfois "pâte non collante". 35 Si une xylanase bactérienne présente des propriétés avantageuses - en ce sens qu'elle ne produit pas de pâte 2902974 20 aussi collante qu'une pâte comprenant une xylanase fongique - alors cette xylanase peut être utilisée pour préparer un produit alimentaire, tel qu'une pâte pour la préparation d'un produit de boulangerie. 5 Ainsi, la présente invention propose également un procédé comprenant les étapes consistant : (a) à mettre en œuvre la méthode d'analyse de caractère collant ; (b) à identifier une ou plusieurs xylanases pouvant être utilisées convenablement dans la préparation d'un produit 10 alimentaire cuit au four ; et (c) à préparer une pâte comprenant ladite ou lesdites xylanases identifiées. METHODES D'ANALYSE POUR DETERMINER L'EFFET D'UNE OU PLUSIEURS GLUCANASES SUR LES PROPRIETES DE PÂTES POUVANT COMPRENDRE DES XYLANASES 15 Au cours des expériences concernant la présente invention, la Demanderesse a trouvé également que la présente d'enzymes consistant en glucanases en certaines quantités pouvant avoir un effet néfaste sur les xylanases. 20 Ainsi, dans un aspect, il est avantageux que des quantités néfastes d'enzymes consistant en glucanases ne soient pas présentes lors de la préparation de xylanases - par exemple dans le milieu utilisé pour préparer ou extraire les enzymes consistant en xylanases. En outre, 25 pour certains aspects, il est avantageux que des quantités néfastes d'enzymes consistant en glucanases ne soient pas présentes dans un milieu qui doit être utilisé pour préparer un produit alimentaire, milieu qui contient la xylanase. Dans ce cas, l'expression "quantité néfaste" 30 désigne une quantité de glucanase qui est présente de telle sorte que les avantages de la présence de la xylanase ne soient pas masqués par l'effet néfaste des glucanases. Ainsi, la présente invention propose une méthode 35 d'analyse supplémentaire pour identifier une composition de xylanase (telle qu'une préparation de xylanase) ou un 2902974 21 milieu dans lequel une xylanase doit être préparée ou un milieu auquel une xylanase doit être ajoutée, qui doit pouvoir être utilisé convenablement dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four, méthode qui 5 comprend les étapes consistant (a) à former une composition contenant la xylanase intéressante ou un milieu dans lequel la xylanase doit être préparée ou un milieu auquel la xylanase doit être ajoutée ; et (b) à déterminer la présence d'une ou plusieurs enzymes 10 consistant en glucanases actives dans la composition ou le milieu ; de telle sorte que, s'il existe au plus une faible quantité d'une ou plusieurs glucanases actives dans la composition ou le milieu, alors cette composition ou ce milieu conviennent à la préparation d'un produit 15 alimentaire cuit au four. Pour des raisons de commodité, on appellera cette méthode "Méthode d'Analyse de Glucanase". La présente invention propose également un procédé comprenant les étapes consistant : (a) à mettre en oeuvre 20 la Méthode d'Analyse de Glucanase ; (b) à identifier une ou plusieurs compositions ou un ou plusieurs milieux pouvant être utilisés convenablement dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four ; (c) à préparer une quantité d'une ou plusieurs de ces compositions ou milieux 25 identifiés. Un protocole convenable pour déterminer l'activité de glucanases est présenté plus loin. Pour des raisons de commodité, on appellera ce protocole "protocole de détermination de glucanase" 30 Si la composition ou le milieu présente des propriétés avantageuses en ce sens que les effets bénéfiques associés à la présence de la xylanase ne sont pas totalement masqués par la présence de quantités néfastes de glucanases, alors cette composition ou ce 35 milieu peut être utilisé pour préparer un produit 2902974 22 alimentaire, de préférence une pâte qui est utilisée pour préparer un produit de boulangerie. Ainsi, la présente invention comprend également un procédé comprenant les étapes consistant : (a) à mettre en 5 œuvre la méthode d'analyse de glucanase ; (b) à identifier une ou plusieurs compositions ou un ou plusieurs milieux pouvant être utilisés convenablement dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four ; et (c) à préparer une pâte comprenant ladite ou lesdites compositions 10 identifiées ou bien ledit ou lesdits milieux identifiés. Ainsi, la présente invention comprend une préparation de xylanase, ladite préparation de xylanase étant pratiquement dépourvue d'une ou plusieurs glucanases. A cet égard, la préparation de xylanase peut être 15 produite à partir d'une préparation initiale de laquelle au moins pratiquement la totalité de la (ou des) glucanases qui peuvent être présentes a été éliminée ou même dans laquelle l'activité de la (ou des) glucanases est inhibée ou supprimée. Des techniques pour y parvenir 20 peuvent comprendre l'utilisation d'anticorps qui reconnaissent la ou les enzymes consistant en glucanase et qui se lient à ces glucanases et, de cette manière, qui suppriment l'activité de ladite ou lesdites glucanases. En variante, des anticorps spécifiques d'une ou plusieurs 25 glucanases pourraient être liés à un support de telle sorte que le passage de la préparation initiale au-delà des anticorps liés ait pour résultat l'élimination de la ou les glucanases de cette préparation, en formant ainsi une préparation de xylanase pratiquement dépourvue d'une 30 ou plusieurs glucanases. Dans une autre forme de réalisation, ou même dans une forme de réalisation supplémentaire, la préparation de xylanase peut être produite à partir d'un organisme hôte qui présente une activité de glucanase minimale ou nulle. Dans cet aspect, 35 l'activité des glucanases qui sont présentes dans l'organisme hôte peut être supprimée. Dans un autre 2902974 23 aspect, l'expression des gènes de glucanases peut être rendue silencieuse et/ou supprimée. Des techniques pour y parvenir pourraient comprendre l'utilisation de séquences antisens aux séquences codant pour la glucanase. Dans une 5 autre forme de réalisation, on utilise un organisme hôte qui présente une expression nulle ou au plus minimale d'enzymes consistant en glucanases. ANALYSE DE Ki Dans certains cas, la mesure de la valeur de Ki d'une 10 xylanase (qu'on appellera dans le présent mémoire "analyse de Ki") peut être utile. A cet égard, il a été trouvé que, dans certains cas, la valeur de Ki indique parfois l'aptitude de la xylanase à une ou plusieurs certaines applications. La connaissance de la valeur de Ki pourrait 15 être utile en elle-même. ANALYSES MIXTES La présente invention comprend également des combinaisons convenables des analyses de la présente invention. 20 A cet égard, la présente invention comprend une méthode mixte comprenant deux ou plus de deux des étapes suivantes une étape comprenant la méthode de détermination de quantité d'inhibiteur, une étape comprenant la méthode d'analyse d'inhibiteur, une étape 25 comprenant la méthode d'analyse de caractère collant ; une étape comprenant la méthode d'analyse de glucanase ; et une étape comprenant l'analyse de Ki. Dans la méthode mixte, les étapes peuvent être mises en oeuvre dans n'importe quel ordre et il n'est pas obligatoirement 30 nécessaire qu'ils aient lieu simultanément ou successivement. XYLANASES NOUVELLES De la manière indiquée ci-dessus, la présente invention propose une analyse convenable pour identifier 35 des xylanases pouvant être utilisées dans la préparation de produits alimentaires, en particulier de pâtes 2902974 24 destinées à être utilisées dans la préparation de produits de boulangerie. A cet égard, on a identifié trois xylanases nouvelles qui conviennent à la préparation de produits alimentaires, 5 en particulier de pâtes destinées à être utilisées dans la préparataion de produits de boulangerie. Ainsi, la présente invention comprend également une séquence d'amino-acides comprenant n'importe laquelle des séquences d'amino-acides présentées en tant que SEQ ID 10 N 7, SEQ ID N 9 et SEQ ID N 11, ou un de leurs variants, homologues ou fragments. Les termes "variant", "homologue" et "fragment", en rapport avec la xylanase de la présente invention, comprennent n'importe quelle substitution, variation ou 15 modification, n'importe quel remplacement, n'importe quelle délétion ou addition d'un ou plusieurs amino-acides de ou à la séquence, sous réserve que la séquence d'aminoacides résultante ait une activité de xylanase, ayant de préférence au moins la même activité qu'une xylanase 20 comprenant n'importe laquelle des séquences d'amino-acides présentées en tant que SEQ ID N 7, SEQ ID N 9 et SEQ ID N 11. En particulier, le terme "homologue" comprend une homologie en ce qui concerne la structure et/ou la fonction, sous réserve que la protéine résultante ait une 25 activité de xylanase, de préférence au moins la même activité que n'importe laquelle des séquences d'aminoacides présentées en tant que SEQ ID N 7, SEQ ID N 9 et SEQ ID N il. En ce qui concerne l'homologie de séquences, (c'est-à-dire la similarité de séquences ou identité de 30 séquences), il existe avantageusement au moins 75 %, mieux encore au moins 85 %, de préférence au moins 90 % d'homologie avec la séquence représentée dans la liste des séquences annexée. En particulier, il existe au moins 95 %, de préférence au moins 98 % d'homologie avec la 35 séquence représentée dans la liste des séquences annexée. 2902974 25 De préférence, la xylanase comprend la séquence présentée en tant que SEQ ID N 7 ou SEQ ID N 11, ou un de ses variants, homologues ou fragments. La présente invention comprend également une séquence 5 de nucléotides codant pour la séquence d'amino-acides de la présente invention. De préférence, la séquence de nucléotides de la présente invention est choisie entre : (a) une séquence de nucléotides comprenant n'importe 10 laquelle des séquences de nucléotides présentées en tant que SEQ ID N 8, SEQ ID N 10 et SEQ ID N 12, ou un de ses variants, homologues ou fragments ; (b) n'importe laquelle des séquences de nucléotides présentées en tant que SEQ ID N 8, SEQ ID N 10 et SEQ ID 15 N 12, ou un de ses compléments ; (c) une séquence de nucléotides capable de s'hybrider à n'importe laquelle des séquences de nucléotides présentées en tant que SEQ ID N 8, SEQ ID N 10 et SEQ ID N 12, ou un de ses fragments ; 20 (d) une séquence de nucléotides capables de s'hybrider au complément de n'importe laquelle des séquences de nucléotides présentées en tant que SEQ ID N 8, SEQ ID N 10 et SEQ ID N 12, ou un de ses fragments ; et 25 (e) une séquence de nucléotides qui est dégénérée en résultat de la dégénérescence du code génétique au niveau des nucléotides définis (a), (b), (c) ou (d). Les termes "variant", "homologue" et "fragment", en rapport avec la séquence de nucléotides de la présente 30 invention, comprennent n'importe quelle substitution, variation ou modification, n'importe quel remplacement, n'importe quelle délétion ou addition d'un ou plusieurs nucléotides de ou à la séquence, sous réserve que la séquence de nucléotides résultante code pour une séquence 35 d'amino-acides ayant une activité de xylanase, de préférence ayant au moins la même activité qu'une xylanase 2902974 26 comprenant n'importe laquelle des séquences d'amino-acides présentées en tant que SEQ ID N 7, SEQ ID N 9 et SEQ ID N 11. En particulier, le terme "homologue" désigne une homologie en ce qui concerne la structure et/ou la 5 fonction, sous réserve que la protéine exprimée résultante ait une activité de xylanase, ayant de préférence au moins la même activité que n'importe laquelle des séquences d'amino-acides présentées en tant que SEQ ID N 7, SEQ ID N 9 et SEQ ID N 11. En ce qui concerne l'homologie de 10 séquence (c'est-à-dire la similarité de séquence ou identité de séquence), il existe avantageusement au moins 75 %, mieux encore au moins 85 %, de préférence au moins 90 % d'homologie avec la séquence représentée en tant que SEQ ID N 8, SEQ ID N 10 ou SEQ ID N 12 dans la liste 15 des séquences annexée. Plus spécialement, il existe au moins 95 %, de préférence au moins 98 % d'homologie avec la séquence représentée dans la liste des séquences annexée. De préférence, la séquence de nucléotides de la 20 présente invention comprend la séquence présentée en tant que SEQ ID N 8 ou SEQ ID N 12, ou un de ses variants, homologues ou fragments. UTILISATIONS NOUVELLES DES XYLANASES De la manière indiquée ci-dessus, la présente 25 invention propose également une analyse convenable pour identifier des xylanases pouvant être utilisées dans la préparation de pâtes non collantes (de la manière définie dans le présent mémoire) destinées à être utilisées dans la préparation de produits de boulangerie. 30 A cet égard, on a identifié certaines xylanases, consistant en xylanases bactériennes connues et xylanases bactériennes nouvelles, qui conviennent à la préparation de produits alimentaires, en particulier de pâtes destinées à être utilisées dans la préparation de produits 35 de boulangerie. 2902974 27 Ainsi, la présente invention comprend une pâte non collante (de la manière définie dans le présent mémoire), pâte qui comprend une xylanase identifiable par l'analyse de la présente invention. Avantageusement, la xylanase a 5 une séquence d'amino-acides présentée en tant que l'une quelconque des SEQ ID N 3, 5, 7, 9, 11, ou un de ses variants, dérivés ou homologues. De préférence, la xylanase a une séquence d'amino-acides présentée en tant que l'une quelconque des séquences SEQ ID N 5, 7, 9, 11, 10 ou un de ses variants, dérivés ou homologues. A l'opposé des systèmes de l'art antérieur, la présente invention offre la possibilité d'ajouter directement de la xylanase à la farine avant la production de la pâte. Ainsi, un seul lot d'un mélange 15 farine/xylanase peut être fourni au producteur de pâte. En outre, le producteur de pâte ne nécessite pas un dispositif de dosage pour pouvoir obtenir une pâte aisément manipulable. PRODUITS ALIMENTAIRES PREPARES AVEC DES XYLANASES 20 La présente invention propose un moyen d'identifier des xylanases convenables pour leur utilisation dans la préparation d'un produit alimentaire. Des produits alimentaires classiques, qui comprennent également des aliments pour animaux, comprennent des produits laitiers, 25 la viande, la volaille, le poisson et des produits de boulangerie. De préférence, le produit alimentaire est un produit de boulangerie. Des produits de boulangerie (cuits au four) classiques entrant dans le cadre de la présente 30 invention comprennent le pain - tel que des pains, des petits pains, des pains au lait, des pâtes à pizza, etc. - des bretzels, des tortillas, des gâteaux, des biscuits sucrés, des biscuits, des crackers, etc. ENSEIGNEMENTS GENERAUX 35 Dans le commentaire suivant, des références à "la séquence de nucléotides de la présente invention" et à "la 2902974 28 séquence d'amino-acides de la présente invention" concernent, respectivement, une ou plusieurs quelconques des séquences de nucléotides figurant dans le présent mémoire et une ou plusieurs quelconques des séquences 5 d'amino-acides figurant dans le présent mémoire. Séquence d'am.ino-acides/séquence polypeptidique L'expression "séquence d'amino-acides de la présente invention" est synonyme de l'expression "séquence polypeptidique de la présente invention". Dans ce cas, la 10 séquence d'amino-acides peut être celle de la xylanase ou de l'inhibiteur de xylanase. Les polypeptides de la présente invention comprennent également des fragments de la séquence d'amino-acides présentée et leurs variants. Des fragments convenables ont 15 des dimensions d'au moins 5, par exemple d'au moins 10, 12, 15 ou 20 amino-acides. Les polypeptides de la présente invention peuvent également être modifiés de manière à contenir une ou plusieurs (par exemple au moins 2, 3, 5 ou 10) 20 substitutions, délétions ou insertions, y compris des substitutions conservées. Des substitutions conservées peuvent être réalisées d'après le tableau suivant qui indique les substitutions conservatrices, où les amino-acides sur le même bloc dans 25 la seconde colonne et de préférence dans la même ligne dans la troisième colonne peuvent être remplacés l'un par l'autre : 2902974 29 ALIPHATIQUE Non-polaire GAP ILV Polaire - non CSTM chargé NQ Polaire - chargé DE KR AROMATIQUE HFWY AUTRE NQDE Les polypeptides de la présente invention peuvent 5 être sous une forme sensiblement isolée. Il est entendu que le polypeptide peut être mélangé à des supports ou diluants qui n'interfèrent pas avec l'utilisation envisagée du polypeptide et peuvent encore être considérés comme étant 10 des polypeptides sensiblement isolés. Un polypeptide de la présente invention peut également être sous une forme pratiquement purifiée, auquel cas il comprend généralement le polypeptide dans une préparation dans laquelle une quantité supérieure à 90 %, par exemple égale à 95 %, 98 % 15 ou 99 % du polypeptide est un polypeptide de la présente invention. Les polypeptides de la présente invention peuvent être modifiés, par exemple par addition de résidus histidine pour faciliter leur purification ou par addition d'une séquence signal afin d'activer leur sécrétion par 20 une cellule, de la manière décrite ci-dessus. Les polypeptides de la présente invention peuvent être produits par des moyens de synthèse (par exemple de la manière décrite par Geysen et al., 1996) ou par recombinaison, de la manière décrite ci-dessous. 2902974 30 L'utilisation de cellules hôtes convenables - telles que des cellules hôtes de levure, des cellules hôtes fongiques et des cellules hôtes végétales - peut permettre des modifications de post-traduction (par exemple une 5 myristolation, une glycosylation, un tronquage, une lapidation et une phosphorylation de tyrosine, de sérine ou de thréonine) qui peuvent être requises pour conférer une activité biologique optimale aux produits d'expression recombinants de la présente invention. 10 Séquences de nucléotides/séquence polynucléotidique L'expression "séquence de nucléotides de la présente invention" est synonyme de l'expression "séquence polynucléotidique de la présente invention". Les polynucléotides de la présente invention 15 comprennent des séquences de nucléotides codant pour les polypeptides de la présente invention. On notera qu'une gamme de polynucléotides différents code pour une séquence d'amino-acides donnée en conséquence de la dégénérescence du code génétique. 20 En connaissant les séquences d'amino-acides décrites dans le présent mémoire, il est possible de concevoir des séquences d'acides nucléiques partielles et totales telles que des clones d'ADNc et/ou des clones génomiques codant pour les polypeptides de la présente invention. Par 25 exemple, des polynucléotides de la présente invention peuvent être obtenus en utilisant une PCR dégénérée qui utilise des amorces conçues pour atteindre des cibles consistant en des séquences codant pour les séquences d'amino-acides figurant dans le présent mémoire. Les 30 amorces contiennent habituellement des positions dégénérées multiples. Cependant, pour réduire au minimum la dégénérescence, on choisira des séquences qui codent pour des régions des séquences d'amino-acides figurant dans le présent mémoire, contenant des amino-acides tels 35 que la méthionine qui sont codés par un seul triplet. En outre, on choisira des séquences pour prendre en 2902974 31 considération l'utilisation des codons dans l'organisme dont l'acide nucléique est utilisé comme ADN de matrice pour le mode opératoire de PCR. La PCR est utilisée dans des conditions drastiques inférieures à celles utilisées 5 pour le clonage de séquences avec des amorces à séquence unique (non dégénérées) par rapport à des séquences connues. Des séquences d'acides nucléiques obtenues par PCR qui codent pour des fragments polypeptidiques de la 10 présente invention peuvent être ensuite utilisées pour obtenir de plus grandes séquences en utilisant des techniques de sélection de banques d'hybridation. Par exemple, un clone de PCR peut être marqué avec des atomes radio-actifs et peut être utilisé pour sélectionner une 15 banque d'ADNc ou d'ADN génomique provenant d'autres espèces, de préférence d'autres espèces végétales ou espèces fongiques. Les conditions d'hybridation sont habituellement des conditions moyennement à fortement drastiques (par exemple chlorure de sodium 0,03M et 20 citrate de sodium 0,03M à unetempérature comprise dans l'intervalle de 50 C à environ 60 C). Des sondes d'acides nucléiques dégénérées codant pour la totalité ou une partie de la séquence d'amino-acides peuvent également être utilisées pour sonder des banques 25 d'ADNc et/ou d'ADN génomique provenant d'autres espèces, de préférence d'autres espèces végétales ou espèces fongiques. Cependant, il est préférable de mettre en œuvre des techniques de PCR initialement pour obtenir une séquence unique destinée à être utilisée dans des modes 30 opératoires de sélection supplémentaires. Les séquences de polynucléotides de la présente invention obtenues au moyen des techniques décrites ci- dessus peuvent être utilisées pour obtenir d'autres séquences homologues et des variants en utilisant les 35 techniques décrites ci-dessus. Ces séquences peuvent également être modifiées pour leur utilisation dans 2902974 32 l'expression des polypeptides de la présente invention dans divers systèmes de cellules hôtes, par exemple pour rendre optimales les préférences de codons pour une cellule hôte particulière dans laquelle les séquences 5 polynucléotidiques sont exprimées. D'autres modifications de séquences peuvent être désirées afin d'introduire des sites de reconnaissance d'enzymes de restriction, ou de modifier la propriété ou la fonction des polypeptides codés par les polynucléotides. 10 Les polynucléotides de la présente invention peuvent être utilisés pour produire une amorce, par exemple une amorce de PCR, une amorce pour une autre réaction d'amplification, une sonde par exemple marquée avec un marqueur révélateur par des moyens classiques en utilisant 15 des marqueurs radio-actifs ou non radio-actifs, ou bien les polynucléotides peuvent être clonés dans des vecteurs. Ces amorces, sondes et autres fragments ont une longueur d'au moins 15, de préférence d'au moins 20, par exemple d'au moins 25, 30 ou 40 nucléotides, et entrent également 20 dans la définition de l'expression "polynucléotides de la présente invention", telle qu'elle est utilisée dans le présent mémoire. Les polynucléotides ou amorces de la présente invention peuvent porter un marqueur révélateur. Des 25 marqueurs convenables comprennent des radio-isotopes tels que 32P ou 35S, des marqueurs enzymatiques ou d'autres marqueurs protéiques tels que la biotine. Ces marqueurs peuvent être ajoutés à des polynucléotides ou amorces de la présente invention et peuvent être détectés par des 30 techniques en elles-mêmes connues. Des polynucléotides tels qu'un polynucléotide d'ADN et des amorces conformes à la présente invention peuvent être produits par recombinaison, par synthèse ou par n'importe quel autre moyen disponible à l'homme de l'art. 35 Ils peuvent également être clonés par des techniques classiques. 2902974 33 En général, des amorces sont produites par des moyens de synthèse, comprenant une production par étapes de la séquence d'acide nucléique désirée, à raison d'un nucléotide à la fois. Des techniques pour y parvenir en 5 utilisant des moyens atomatisés sont aisément disponibles dans ce domaine. Des polynucléotides plus longs sont généralement produits en utilisant des moyens recombinants, par exemple en utilisant une technique de clonage par PCR (réaction en 10 chaîne avec une polymérase). Une telle technique comprend la préparation d'une paire d'amorces (par exemple d'environ 15 à 30 nucléotides) pour une région du gène d'inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase que l'on désire cloner, la mise des amorces en contact avec l'ARNm ou l'ADNc 15 obtenu à partir d'une cellule fongique, végétale ou procaryotique, la conduite d'une réaction en chaîne avec une polymérase dans des conditions qui provoquent l'amplification de la région désirée, l'isolement du fragment amplifié (par exemple en purifiant le mélange 20 réactionnel sur un gel d'agarose) et la séparation de l'ADN amplifié. Les amorces peuvent être conçues de manière à contenir des sites de reconnaissance d'enzymes de restriction convenables de telle sorte que l'ADN amplifié puisse être cloné dans un vecteur de clonage 25 convenable. Séquences régulatrices De préférence, le polynucléotide de la présente invention est lié de manière fonctionnelle à une séquence régulatrice qui est capable de provoquer l'expression de 30 la séquence codante, par exemple par la cellule hôte choisie. A titre d'exemple, la présente invention comprend un vecteur renfermant le polynucléotide de la présente invention lié de manière fonctionnelle à une telle séquence régulatrice, ce qui signifie que le vecteur est 35 un vecteur d'expression. 2902974 34 L'expression "lié de manière fonctionnelle" désigne une juxtaposition dans laquelle les constituants décrits sont en relation leur permettant de jouer le rôle envisagé. Une séquence régulatrice "lié de manière 5 fonctionnelle" à une séquence codante est liée par ligation de telle sorte que l'expression de la séquence codante soit réalisée dans des conditions compatibles avec les séquences de régulation. L'expression "séquences régulatrices" désigne des 10 promoteurs et activateurs et d'autres signaux de régulation d'expression. Le terme "promoteur" est utilisé suivant sa définition usuelle dans ce domaine et désigne par exemple un site de liaison d'ARN-polymérase. 15 Une expression accrue du polynucléotide codant pour le polypeptide de la présente invention peut également être réalisée par la sélection de régions régulatrices hétérologues, par exemple de régions de promoteur, de leader de sécrétion et de terminateur, servant à accroître 20 l'expression et, si cela est désiré, les taux de sécrétion de la protéine intéressante par l'hôte choisi pour l'expression et/ou à provoquer la régulation inductible de l'expression du polypeptide de la présente invention. De préférence, la séquence de nucléotides de la 25 présente invention peut être liée de manière fonctionnelle à au moins un promoteur. En plus du promoteur naturel pour le gène codant pour le polypeptide de la présente invention, il est possible d'utiliser d'autres promoteurs pour diriger l'expression 30 du polypeptide de la présente invention. Le promoteur peut être choisi pour son efficacité à diriger l'expression du polypeptide de la présente invention dans l'hôte désiré pour l'expression. Dans une autre forme de réalisation, un promoteur 35 constitutif peut être choisi pour diriger l'expression du polypeptide désiré de la présente invention. Un tel 2902974 35 produit d'assemblage d'expression peut offrir des avantages supplémentaires puisqu'il supprime la nécessité de cultiver les hôtes d'expression sur un milieu contenant un substrat d'induction. 5 Des exemples de promoteurs constitutifs et/ou inductibles forts dont l'utilisation est préférée dans des hôtes fongiques pour l'expression comprennent ceux qui peuvent être obtenus à partir des gènes fongiques pour les promoteurs de xylanase (xlnA), de phytase, d'ATP-10 synthétase, de sous-unité 9 (oliC), de triose-phosphateisomérase (tpi), d'alcool-déshyhdrogénase (AdhA), d'a-amylase (amy), d'amyloglucosidase (AG - à partir du gène glaA), d'acétamidase (amdS) et de glycéraldéhyde-3-phosphate-déshydrogénase (gpd). 15 Des exemples de promoteurs de levure puissants sont ceux pouvant être obtenus à partir des gènes pour l'alcool-déshydrogénase, la lactase, la 3-phosphoglycérate-kinase et la triose-phosphate-isomérase. Des exemples de promoteurs bactériens puissants sont 20 les promoteurs d'a-amylase et SPO2 ainsi que les promoteurs provenant de gènes de protéase extracellulaires. Des promoteurs hybrides peuvent également être utilisés pour améliorer la régulation inductible du 25 produit d'assemblage d'expression. Le promoteur peut comprendre en outre des caractéristiques pour garantir ou accroître l'expression dans un hôte convenable. Par exemple, les caractéristiques peuvent être des régions conversées telles qu'une boîte 30 Pribnow ou une boîte TATA. Le promoteur peut même contenir d'autres séquences pour influencer (par exemple maintenir, accroître ou réduire) les taux d'expression de la séquence de nucléotides de la présente invention. Par exemple, d'autres séquences convenables comprennent l'intron Shl ou 35 un intron ADH. D'autres séquences comprennent des éléments inductibles, tels que des éléments inductibles par la 2902974 36 température, par un agent chimique, par la lumière ou par une contrainte. En outre, des éléments convenables pour accroître la transcription ou la traduction peuvent être présents. Un exemple de ce dernier élément est la séquence 5 signal 5' de TMV (voir Sleat Gene 217 [1987] 217-225 ; et Dawson Plant Mol. Biol. 23 [1993]97). Sécrétion Il est souvent souhaitable que le polypeptide de la présente invention soit sécrété par l'hôte d'expression 10 dans le milieu de culture à partir duquel le polypeptide de la présente invention peut être plus aisément séparé. Conformément à la présente invention, la séquence leader de sécrétion peut être sélectionnée sur la base de l'hôte désiré pour l'expression. Des séquences signaux hybrides 15 peuvent également être utilisées dans le contexte de la présente invention. Des exemples classiques de séquences leaders de sécrétion hétérologues sont celles provenant du gène d'amyloglucosidase (AG) fongique (glaA - versions de 18 et 20 24 amino-acides, par exemple d'Aspergillus), du gène de facteur a (levures, par exemple Saccharomyces et Kluyveromyces) ou du gène d'a-amylase (Bacillus). Produits d'assemblage L'expression "produit d'assemblage" - qui est 25 synonyme de termes tels que "conjugué", "cassette" et "hybride" - désigne la séquence de nucléotides conforme à la présente invention fixée directement ou indirectement à un promoteur.. Un exemple d'une fixation indirecte est la présence d'un groupe intercalaire convenable tel qu'une 30 séquence d'intron, par exemple l'intron Shl ou l'intron ADH, intermédiaire entre le promoteur et la séquence de nucléotides de la présente invention. Cela est également vrai pour le terme "fusionné" en rapport avec la présente invention, qui désigne une fixation directe ou une 35 fixation indirecte. Dans chaque cas, ces termes ne comprennent pas la combinaison naturelle de la séquence de 2902974 37 nucléotides codant pour la protéine associée habituellement au promoteur de gène de type sauvage, et le cas où ces éléments sont présents l'un et l'autre dans leur environnement naturel. 5 Le produit d'assemblage peut même contenir ou exprimer un marqueur qui permet la sélection du produit d'assemblage génétique dans, par exemple, une bactérie, de préférence du genre Bacillus, par exemple Bacillus subtilis, ou des végétaux, tels que les pommes de terre, 10 la betterave sucrière, etc., dans lesquels il a été transféré. Il existe divers marqueurs qui peuvent être utilisés, par exemple ceux codant pour la mannose-6-phosphate-isomérase (notamment pour les végétaux) ou les marqueurs qui confèrent une résistance à des antibiotiques 15 - par exemple la résistance à G418, à l'hygromycine, à la bléomycine, à la kanamycine et à la gentamycine. De préférence, le produit d'assemblage de la présente invention comprend au moins la séquence de nucléotides de la présente invention liée de manière fonctionnelle à un 20 promoteur. Vecteurs Le terme "vecteur" désigne des vecteurs d'expression et des vecteurs de transformation ainsi que des vecteurs alternatifs. 25 L'expression "vecteur d'expression" désigne un produit d'assemblage apte à l'expression in vivo ou in vitro. L'expression "vecteur de transformation" désigne un produit d'assemblage pouvant être transféré d'une entité à 30 une autre entité - qui peut être de la même espèce ou qui peut provenir d'une espèce différente. Si le produit d'assemblage est capable d'être transféré d'une espèce à une autre - par exemple d'un plasmide de E.coli à une bactérie, appartenant de préférence au genre Bacillus, 35 alors le vecteur de transformation est appelé parfois "vecteur alternatif". Il peut même consister en un produit 2902974 38 d'assemblage capable d'être transféré d'un plasmmide de E.coli à un Agrobacterium et à un végétal. Les vecteurs de la présente invention peuvent être transformés clans une cellule hôte convenable de la manière 5 décrite ci-dessous pour permettre l'expression d'un polypeptide de la présente invention. Ainsi, dans un aspect supplémentaire, la présente invention propose un procédé pour la préparation de polypeptides conformes à la présente invention, qui comprend la culture d'une cellule 10 hôte transformée ou transfectée avec un vecteur d'expression répondant à la description précitée dans des conditions pjermettant l'expression par le vecteur d'une séquence codant pour les polypeptides, et la séparation des polypeptides exprimés. 15 Les vecteurs peuvent être, par exemple, des vecteurs plasmidiques, viraux ou phagiques munis d'une origine de réplication, facultativement d'un promoteur pour l'expression dudit polynucléotide et, facultativement, d'un régulateur du promoteur. 20 Les vecteurs de la présente invention peuvent contenir un ou plusieurs gènes de marqueurs sélectionnables. Les systèmes de sélection convenant le mieux pour des micro-organismes industriels sont deux formés par le groupe de marqueurs de sélection qui ne 25 nécessitent par une mutation dans l'organisme hôte. Des exemples de marqueurs de sélection fongiques sont les gènes pour l'acétamidase (amdS), l'ATP-synthétase, la sous-unité 9 (oliC), l'orotidine-5'-phosphatedécarboxylase (pvrA),la phléomycine et la résistance au 30 bénomyle (benA). Des exemples de marqueurs de sélection non fongiques sont le gène bactérien de résistance à G418 (ce gène peut également être utilisé dans une levure, mais non dans des champignons), le gène de résistance à l'ampicilline (E.coli), le gène de résistance à la 35 néomycine (Bacillus) et le gène uidA de E.coli, codant pour la 0-glucuronidase (GUS). 2902974 39 Des vecteurs peuvent être utilisés in vitro par exemple pour la production d'ARN ou peuvent être utilisés pour transfecter ou transformer une cellule hôte. Ainsi, des polynucléotides de la présente invention 5 peuvent être incorporés à un vecteur recombinant (habituellement un vecteur réplicable), par exemple un vecteur de clonage ou d'expression. Le vecteur peut être utlisé pour la réplication de l'acide nucléique dans une cellule hôte compatible. Ainsi, dans une autre forme de 10 réalisation, la présente invention propose un procédé pour la préparation de polynucléotides de la présente invention en introduisant un polynucléotide de la présente invention dans un vecteur réplicable, en introduisant le vecteur dans une cellule hôte compatible et en cultivant la 15 cellule hôte dans des conditions qui provoquent la réplication du vecteur. Le vecteur peut être séparé de la cellule hôte. Des cellules hôtes convenables sont décrites ci-dessous en rapport avec des vecteurs d'expression. Tissu 20 Le terme "tissu" tel qu'il est utilisé dans le présent mémoire, désigne un tissu proprement dit et un organe. Cellules hôtes L'expression "cellule hôte" - en rapport avec la 25 présente invention - désigne n'importe quelle cellule pouvant comprendre la séquence de nucléotides codant pour la protéine recombinante conforme à la présente invention et/ou les produits obtenus à partir de cette protéine, un promoteur pouvant permettre l'expression de la séquence de 30 nucléotides conforme à la présente invention lors de sa présence dans la cellule hôte. Ainsi, dans une autre forme de réalisation de la présente invention, il est proposé des cellules hôtes transformées ou transfectées avec un polynucléotide de la 35 présente invention. De préférence, ledit polynucléotide est porté par un vecteur pour la réplication et 2902974 l'expression dudit polynucléotide. Les cellules sont choisies de manière à être compatibles avec ledit vecteur et peuvent être, par exemple, des cellules procaryotiques (par exemple bactériennes), des cellules fongiques, des 5 cellules de levure ou des cellules végétales. La bactérie Gram-négative E.coli est couramment utilisée comme hôte pour l'expression de gènes hétérologues. Cependant, de grandes quantités d'une protéine hétérologue tendent à s'accumuler à l'intérieur 10 de la cellule. La purification ultérieure de la protéine désirée à partir de la masse des protéines intracellulaires de E.coli peut parfois être difficile. A l'opposé de E.coli, des bactéries du genre Bacillus conviennent très bien comme hôtes hétérologues en raison 15 de leur capacité à sécréter les protéines dans le milieu de culture. D'autres bactéries convenables comme hôtes sont celles des genres Streptomyces et Pseudomonas. En fonction de la nature du polynucléotide codant pour le polypeptide de la présente invention, et/ou du 20 besoin d'un traitement supplémentaire de la protéine exprimée, des cellules hôtes eucaryotiques telles que des levures ou des champignons peuvent être préférées. En général, des cellules de levure sont préférées aux cellules fongiques car elles sont plus aisées à manipuler. 25 Cependant, certaines propriétés sont mal sécrétées par les cellules de levure ou, dans certains cas, ne subissent pas un traitement convenable (par exemple une hyperglycosylation dans une levure). Dans de tels cas, un organisme consistant en un hôte fongique devrait être 30 choisi. Des exemples d'hôtes préférés pour l'expression, dans le cadre de la présente invention, sont des champignons tels que des espèces d'Aspergillus (par exemple celles décrites dans les documents EP-A0184438 et EP-A-0284603) 35 et des espèces de Trichoderma ; des bactéries telles que des espèces de Bacillus (telles que celles décrites dans 2902974 41 les documents EP-A-0134048 et EP-A-0253455), des espèces de Streptomyces et des espèces de Pseudomonas ; et des levures telles que des espèces de Kluyveromyces (telles que celles décrites dans les documents EP-A-0096430 et EP- 5 A-0301670) ainsi que des espèces de Saccharomyces. Des hôtes classiques pour l'expression peuvent être choisis entre Aspergillus piger, Aspergillus piger var. tubigenis, Aspergillus piger var. awamori, Aspergillus aculeatis, Aspergillus nidulans, Aspergillus oryzae, 10 Trichoderma reesei, Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, Bacillus amyloliquefaciens, Kluyveromyces lactis et Saccharomyces cerevisiae. Organisme Le terme "organisme", en rapport avec la présente 15 invention, désigne n'importe quel organisme pouvant comprendre la séquence de nucléotides codant pour la protéine recombinante conforme à la présente invention et/ou les produits ainsi obtenus, dans lequel un promoteur peut permettre l'expression de la séquence de nucléotides 20 conforme à la présente invention lors de sa présence dans l'organisme. Pour l'aspect de la présente invention concernant :L'inhibiteur de xylanase, les organismes préférables peuvent comprendre un champignon, une levure ou une plante. Pour l'aspect de la présente invention 25 concernant une xylanase, un organisme préférable peut être une bactérie, de préférence du genre Bacillus, notamment Bacillus subtilis. L'expression "organisme transgénique" en rapport avec la présente invention désigne n'importe quel organisme qui 30 comprend la séquence de nucléotides codant pour la protéine conforme à la présente invention et/ou les produits ainsi obtenus, dans laquelle le promoteur peut permettre l'expression de la séquence de nucléotides conforme à la présente invention dans cet organisme. De 35 préférence, la séquence de nucléotides est incorporée au génome de l'organisme. 2902974 42 L'expression "organisme transgénique" ne comprend pas dans sa définition la séquence de nucléotides codante naturelle conforme à la présente invention dans son environnement naturel lorsqu'elle est sous le contrôle de 5 son promoteur naturel qui est également dans son environnement naturel. En outre, la présente invention ne comprend pas la protéine naturelle conforme à la présente invention lorsqu'elle est dans son environnement naturel et lorsqu'elle a été exprimée par sa séquence de 10 nucléotides codante naturelle qui est également dans son environnement naturel et lorsque cette séquence de nucléotides est sous le contrôle de son promoteur naturel qui est également dans son environnement naturel. En conséquence, l'organisme transgénique de la 15 présente invention consiste en un organisme comprenant une quelconque, ou des associations, des séquences de nucléotides codant pour la séquence d'amino-acides conforme à la présente invention, des produits d'assemblage conformes à la présente invention (y compris 20 leurs associations), des vecteurs conformes à la présente invention, des plasmides conformes à la présente invention, des cellules conformes à la présente invention, des tissus conformes à la présente invention ou leurs produits. La cellule ou l'organisme transformé pourrait 25 préparer des quantités acceptables du composé désiré qui serait aisément séparable de la cellule ou de l'organisme. Transformation de cellules hôtes/organismes hôtes De la manière indiquée précédemment, l'organisme hôte peut être un organisme procaryotique ou eucaryotique. Des 30 exemples d'hôtes procaryotiques convenables comprennent E.coli et Bacillus subtilis. Les enseignements sur la transformation d'hôtes procaryotiques sont bien établis dans ce domaine ; voir, par exemple, Sambrook et al (Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 2ème édition, 35 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press) et Ausubel et 2902974 43 al., Current Protocols in Molecular Biology (1995), John Wiley & Sons, Inc. Si un hôte procaryotique est utilisé, alors la séquence de nucléotides peut nécessiter une modification 5 convenable avant transformation - par exemple par élimination d'introns. De la manière mentionnée ci-dessus, un organisme hôte apprécié appartient au genre Bacillus et consiste par exemple en Bacillus subtilis. 10 Dans une autre forme de réalisation, l'organisme transgénique peut être une levure. A cet égard, une levure a été également couramment utilisée comme véhicule pour l'expression de gènes hétérologues. L'espèce Saccharomyces cerevisiae est utilisée industriellement depuis longtemps, 15 y compris pour l'expression de gènes hétérologues. L'expression de gènes hétérologues dans Saccharomyces cerevisiae a été passée en revue par Goodey et al (1987, Yeast Biotechnology, D R Berry et al, eds, pages 401-429, Allen et Unwin, Londres) et par King et al (1989, 20 Molecular and Cell Biology of Yeasts, E F Walton et G T Yarronton, eds, pages 107-133, Blackie, Glasgow). Pour plusieurs raisons, Saccharomyces cerevisiae convient bien à l'expression de gènes hétérologues. Tout d'abord, cet organisme est non pathogène pour l'homme et 25 est incapable de produire certaines endotoxines. Deuxièmement, cet organisme est utilisé depuis longtemps de manière sûre, après des siècles d'exploitation commerciale à différentes fins. Cela lui a permis d'être largement accepté par le public. Troisièmement, 30 l'utilisation commerciale courante et les recherches consacrées à cet organisme ont pour résultat une profusion de connaissances sur la génétique et la physiologie ainsi que les caractéristiques de fermentation à grande échelle de Saccharomyces cerevisiae. 35 Un passage en revue des principes de l'expression de gènes hétérologues dans Saccharomyces cerevisiae et de la 2902974 44 sécrétion de produits de gènes est présenté par E Hinchcliffe E Kenny (1993, "Yeast as a vehicle for the expression of heterologous genes", Yeasts, Volume 5, Anthony H Rose et J Stuart Harrison, eds, 2ème édition, 5 Academic Press Ltd.). Plusieurs types de vecteurs de levures sont disponibles et comprennent des vecteurs d'intégration, qui nécessitent une recombinaison avec le génome de l'hôte pour leur maintien, et des vecteurs consistant en 10 plasmides à réplication autonome. Afin de préparer l'organisme Saccharomyces transgénique, des produits d'assemblage d'expression sont préparés en insérant la séquence de nucléotides de la présente invention dans un produit d'assemblage conçu pour 15 l'expression dans une levure. Plusieurs types de produits d'assemblage utilisés pour l'expression hétérologue ont été élaborés. Les produits d'assemblage contiennent un promoteur actif dans une levure, fusionné à la séquence de nucléotides de la présente invention ; habituellement, un 20 promoteur issu d'une levure, tel que le promoteur GAL1, est utilisé. Habituellement, une séquence signal provenant d'une levure, telle que la séquence codant pour le peptide signal SUC2, est utilisée. Un terminateur actif dans une levure complète le système d'expression. 25 Pour la transformation d'une levure, plusieurs protocoles de transformation ont été élaborés. Par exemple, un organisme Saccharomyces transgénique conforme à la présente invention peut être préparé en suivant les enseignements de Hinnen et al (1978, Proceedings of the 30 National Academy of Sciences of the USA 75, 1929) ; Beggs, J D (1978, Nature, Londres, 275, 104) et Ito, H et al (1983, J Bacteriology 153, 163-168). Les cellules de levure transformées sont sélectionnées en utilisant divers marqueurs sélectifs. 35 Parmi les marqueurs utilisés pour la transformation se trouvent un certain nombre de marqueurs auxotrophes tels 2902974 45 que LEU2, HIS4 et TRP1, et des marqueurs dominants de résistance aux antibiotiques tels que des marqueurs de résistance aux antibiotiques aminoglycosides, par exemple G418. 5 Un autre organisme hôte est un végétal. Le principe fondamental dans la construction de plantes génétiquement modifiées consiste à insérer l'information génétique dans le génome de la plante de manière à parvenir au maintien stable du matériel génétique inséré. 10 Plusieurs techniques existent pour insérer l'information génétique, les deux principes essentiels étant l'introduction directe de l'information génétique et l'introduction de l'information génétique au moyen d'un système de vecteur. Un passage en revue des techniques 15 générales peut être trouvé dans des articles publiés par Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42:205-225) et Christou (Agro-Food-Industry-Hi-Tech mars/avril 1994 17-27). Ainsi, dans un aspect, la présente invention concerne 20 un système de vecteur qui porte une séquence de nucléotides ou un produit d'assemblage conforme à la présente invention et qui est capable d'introduire la séquence de nucléotides ou le produit d'assemblage dans le génome d'un organisme, tel qu'une plante. 25 Le système de vecteur peut comprendre un vecteur, mais peut comprendre également deux vecteurs. Dans le cas de deux vecteurs, le système de vecteur est habituellement désigné sous le nom de système de vecteur binaire. Des systèmes de vecteurs binaires sont décrits plus en détail 30 par Gynheung An et al. (1980), Binary Vectors, Plant Molecular Biology Manual A3, 1-19. Un système utilisé couramment pour la transformation de cellules végétales avec une séquence de nucléotides est basée sur l'utilisation d'un plasmide Ti provenant 35 d'Agrobacterium tumefaciens ou d'un plasmide Ri provenant d'Agrobacterium rhizogenes. An et al. (1986), Plant 2902974 46 Physiol. 81, 301-305 et Butcher D.N. et al. (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds. . D.S. Ingrams et J.P. Helgeson, 203-208. Plusieurs plasmides Ti et Ri différents, qui 5 conviennent à la construction de plantes ou de produits d'assemblage de cellules végétales décrite ci-dessus, ont été construits. Un exemple non limitif d'un tel plasmide Ti est le plasmide pgV3850. La séquence de nucléotides ou le produit d'assemblage 10 de la présente invention doit être de préférence inséré dans le plasmide Ti entre les séquences terminales de l'ADN-T ou enposition adjacente à une séquence d'ADN-T de manière à éviter la rupture des séquences entourant immédiatement les limites de l'ADN-T, au moins une de ces 15 régions se révèle être essentielle pour l'insertion d'un ADN-T modifié dans le génome de la plante. Comme on le comprendra d'après l'explication ci-dessus, si l'organisme est une plante, alors le système de vecteur de :La présente invention est de préférence un 20 système de vecteur qui contient les séquences nécessaires pour l'infection de la plante (par exemple la région vir) et au moins une partie limite d'une séquence d'ADN-T, la partie limite étant située sur le même vecteur que le produit d'assemblage génétique. De préférence, le système 25 de vecteur est un plasmide Ti d'Agrobacterium tumefaciens ou un plasmide Ri d'Agrobacterium rhizogenes ou un de leurs dérivés, car ces plasmides sont bien connus et couramment utilisés dans la construction de plantes transgéniques ; il existe de nombreux systèmes de vecteurs 30 basés sur ces plasmides ou leurs dérivés. Dans la construction d'une plante transgénique, la séquence de nucléotides ou le produit d'assemblage de la présente invention peut être tout d'abord construit dans un micro-organisme dans lequel le vecteur peut se 35 répliquer et qui est aisé à manipuler avant l'insertion dans la plante. Un exemple de micro-organisme utile est 2902974 47 E.coli, mals d'autres micro-organismes ayant les propriétés précitées peuvent être utilisés. Lorsqu'un vecteur d'un système de vecteur répondant à la définition précitée a été construit dans E.coli, il est transféré, si 5 nécessaire, dans une souche d'Agrobacterium convenable, par exemple d'Agrobacterium tumefaciens. Le plasmide Ti portant la séquence de nucléotides ou le produit d'assemblage de la présente invention est ainsi de préférence transféré dans une souche d'Agrobacterium 10 convenable, par exemple de A. tumefaciens, de manière à obtenir une cellule d'Agrobacterium portant la séquence de nucléotides ou le produit d'assemblage de la présente invention, dont l'ADN est ensuite transféré dans la cellule végétale à modifier. 15 De cette manière, la séquence de nucléotides ou le produit d'assemblage de la présente invention peut être introduit dans le vecteur à une position de restriction convenable. Le plasmide présent est utilisé pour la transformation dans E.coli. Les cellules de E.coli sont 20 cultivées dans un milieu nutritif convenable et sont ensuite recueillies et lysées. Puis le plasmide est recueilli. Comme méthode d'analyse, on utilise généralement l'analyse de séquence, l'analyse de restriction, l'électrophorèse et d'autres méthodes de 25 biochimie-biologie moléculaire. Après chaque manipulation, la séquence d'ADN utilisée pour être soumise à une restriction et connectée à la séquence d'ADN suivante. Chaque séquence peut clonée dans le même plasmide ou un plasmide différent. 30 Après les mises en oeuvre de chaque méthode d'introduction de la séquence de nucléotides désirée conforme à la présente invention dans des végétaux, la présence et/ou l'insertion de séquences d'ADN supplémentaires peuvent être nécessaires. Si, par exemple, 35 pour la transformation, le plasmide Ti ou Ri des cellules végétales est utilisé, au moins la limite droite et 2902974 48 souvent même les limites droite et gauche de l'ADN-T de plasmide Ti et de plasmide Ri, comme zones adjacentes des gènes introduits, peuvent être connectées. L'utilisation d'un ADN-T pour la transformation de cellules végétales a 5 fait l'objet d'études approfondies et est décrite dans le document EP-A-120516 ; par Hoekema dans : The Binary Plant Vector System Offset-drukkerij Kanters B.B., Alblasserdam, 1985, Chapitre V ; Fraley et al., Crit. Rev. Plant Sci., 4:1-46 ; et An et al.,EMBO J. (1985) 4:277-284. 10 L'infection directe de tissus végétaux par Agrobacterium est une technique simple qui a été couramment utilisée et qui est décrite par Butcher D.N. et al. (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds. : D.S. Ingrams et J.P. Helgeson, 203-208. Pour des 15 enseignements supplémentaires sur ce sujet, voir Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42:205-225) et Christou (Agro-Food-Industry Hi-Tech mars/avril 1994, 17-27). Au moyen de cette technique, l'infection d'une plante peut être effectuée sur une certaine partie ou un 20 certain tissu de la plante, c'est-à-dire sur une partie d'une feuille, d'une racine, d'une tige ou une autre partie de la plante. Habituellement, avec l'infection directe de tissus végétaux par un Agrobacterium portant la séquence de 25 nucléotides, une plante à infecter est blessée, par exemple en coupant la plante avec un rasoir ou en perforant la plante avec une aiguille ou en frottant la plante avec un abrasif. La lésion est ensuite soumise à l'inoculation de l'Agrobacterium. La plante ou partie de 30 la plante ayant subi l'inoculation est ensuite cultivée sur un milieu de culture convenable, en la laissant se transformer en plantes matures. Lorsque des cellules végétales sont construites, ces cellules peuvent être cultivées et maintenues par des 35 méthodes de culture de tissus bien connues, par exemple en cultivant les cellules dans un milieu de culture 2902974 49 convenable auxquelles ont été fournis les facteurs de croissance nécessaires tels que des amino-acides, des hormones végétales, des vitamines, etc. La régénération des cellules transformées dans des plantes génétiquement 5 modifiées peut être effectuée en utilisant des procédés connus pour la régénération de plantes à partir de cultures de cellules ou de tissus, par exemple en sélectionnant les pousses transformées au moyen d'un antiobitique et en soumettant ces pousses à une sous- 10 culture sur un milieu contenant les substances nutritives, hormones végétales, etc., appropriées. Des enseignements supplémentaires sur la transformation de végétaux peuvent être trouvés dans le document EP-A-04449375. 15 Production du polypeptide Conformément à la présente invention, la production du polypeptide de la présente invention peut être effectuée en cultivant, par exemple, des hôtes d'expression consistant en micro-organismes, qui ont été 20 transformés avec un ou plusieurs polynucléotides de la présente invention, dans un milieu classique de fermentation renfermant des substances nutritives. Le choix du milieu approprié peut être basé sur le choix des hôtes d'expression et/ou peut être basé sur les besoins de 25 régulation du produit d'assemblage de l'expression. Ces milieux sont bien connus de l'homme de l'art. Si cela est désiré, le milieu peut contenir des constituants supplémentaires favorisant les hôtes d'expression transformés par rapport à d'autres micro-organismes 30 potentiellement contaminants. Anticorps La séquence d'amino-acides de la présente invention peut également être utilisée pour engendrer des anticorps - par exemple en utilisant des techniques classiques - 35 contre la séquence d'amino-acides. Pour la production d'anticorps, divers hôtes, comprenant les chèvres, les 2902974 50 lapins, les rats, les souris, etc., peuvent être immunisés par injection de l'inhibiteur ou de n'importe laquelle de ces portions ou variantes ou bien de n'importe lequel des homologues, fragments ou dérivés, ou d'un oligopeptide qui 5 conserve des propriétés immunogènes. En fonction de l'espèce hôte, divers adjuvants peuvent être utilisés pour accroître la réponse immunologique. Ces adjuvants comprennent, mais à titre non limitatif, l'adjuvant de Freund, des gels minéraux tels qu'un gel d'hydroxyde 10 d'aluminium, et des substances tensio-actives telles que la lysolécithine, les Pluronic Polyols, des polyanions, des peptides, des émulsions huileuses, l'hémocyanine de patelle et le dinitrophénol. Le BCG (bacille de Calmette-Guerin) et Corynebacterium parvum sont des adjuvants 15 humains potentiellement utiles qui peuvent être utilisés. Des anticorps monoclonaux contre la séquence d'aminoacides peuvent même être préparés en utilisant n'importe quelle technique qui permet la production de molécules d'anticorps par des lignées cellulaires continues en 20 culture. Ces techniques comprennent, mais à titre non limitatif, la technique de formation d'hybridome décrite initialement par Koehler et Milstein (1975 Nature 256:495-497), la technique de formation d'hybridome de lymphocytes B humains (Kosbor et al (1983) Immunol Today 4:72 ; Cote 25 et al (1983) Proc Natl Acad Sci 80:2026-2030) et la technique de formation d'hybridome de EBV (Cole et al (1985) Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R Liss Inc, pages 77-96). En outre, il est possible d'utiliser les techniques élaborées pour la production 30 "d'anticorps chimères", l'épissage de gènes d'anticorps de souris à des gènes d'anticorps humains pour obtenir une molécule ayant une spécificité antigénique et une activité biologique appropriées (Morrison et al (1984) Proc Natl Acad Sci 81:6851-6855 ; Neuberger et al (1984) Nature 312- 35 604-608 ; Takeda et al (1985) Nature 314:452-454). En variante, les techniques décrites pour la production 2902974 51 d'anticorps à une seule chaîne (document US-A-4946779) peuvent être adaptées à la production d'anticorps à une seule chaîne spécifiques d'un inhibiteur. Des anticorps peuvent également être produits en 5 induisant la production in vivo dans la population de lymphocytes ou en sélectionnant des banques d'immunoglobulines recombinantes ou des gammes de réactifs de liaison hautement spécifiques de la manière décrite par Orlandi et al (1989, Proc Natl Acad Sci 86:3833-3837) et 10 Winter G et M.ilstein C (1991 ; Nature 349-293-299). PROTOCOLES PROTOCOLE 1 ANALYSE DE XYLANASE (Activité d'endo-P-1,4-xylanase) 15 Des échantillons de xylanase sont dilués dans un tampon à l'acide citrique (0,1M) - hydrogénophosphate disodique (0,2M) à pH 5,0, pour atteindre une DO d'approximativement 0,7 dans l'analyse finale. Trois dilutions de l'échantillon et un étalon interne ayant une 20 activité définie sont thermostatées pendant 5 minutes à 40 C. Au temps égal à 5 minutes, une tablette de xylazyme (substrat consistant en xylane réticulé coloré) est ajoutée à la solution enzymatique. Au temps égal à 15 minutes, la réaction est interrompue en ajoutant 10 ml 25 de Tris à 2 Le mélange réactionnel est centrifugé et la DO du surnageant est mesurée à 590 nm. En prenant en considération les dilutions et la quantité de xylanase, l'activité (TXU, unités de xylanase totales) de l'échantillon peut être calculée par rapport à 30 l'échantillon de référence. PROTOCOLE 2 PROTOCOLE DE DETERMINATION DU CARACTERE COLLANT Le caractère collant de la pâte est mesuré sur un système TA-XT2 (Stable Micro Systems) en utilisant une 35 cellule de détermination du caractère collant de pâte SMS. Le protocole est une variante modifiée de la méthode 2902974 52 décrite par Chen et Hoseney (1995). Une pâte est préparée à partir de farine, de 2 % de NaCl et d'eau à 400 unités Brabender (BU) en utilisant un farinographe (méthode AACC 54-21). La farine et NaCl sont mélangés à sec pendant 5 1 minute. L'eau est ajoutée et la pâte est mélangée pendant un temps supplémentaire de 5 minutes. La pâte obtenue peut être laissée avantageusement au repos pendant 10, 30 ou 45 minutes dans des récipients cloués hermétiquement à 30 C. 10 Une quantité d'approximativement 4 g de pâte est placée dans la cellule de détermination d'adhésivité du caractère collant de la pâte. Un échantillon de pâte de 4 mm est extrudé pour parvenir à une extrusion uniforme. Puis 5 mesures sont effectuées suivant le protocole de 15 Stable Micro Systems (étude d'application TA-XT2 pour la mesure du caractère collant de la pâte). En résumé, un échantillon de pâte de 1 mm est extrudé. La sonde (sonde cylindrique en Perspex de 25 mm), connectée au système TAXT2, est pressée dans la pâte extrudée à une force de 20 référence. La sonde est soulevée et l'adhérence entre la suivants du Essai d'adhérence 2,0 mm/s 2,0 mm/s 10,0 mm/s 15 mm 40 g 0,1 s Auto-5 g Vitesse d'acquisition des données : 400 pps Les résultats d'essai qui ont été enregistrés consistent en la force maximale, c'est-à-dire la force requise pour soulever la sonde de la pâte extrudée. Le 35 terme distance désigne la distance de fixation de la pâte 25 pâte et la sonde est notée. Les réglages système TA-XT2 ont été utilisés : Option : Vitesse avant essai Vitesse d'essai : Vitesse après essai : Distance : Force : Temps : 30 Type de déclencheur 2902974 53 à la sonde. Le terme aire désigne l'aire au-dessous de la courbe obtenue. Le caractère collant de la pâte dépend de la qualité de la farine utilisée et de la formulation. En 5 conséquence, une pâte non collante est une pâte différant par son caractère collant de 100 % à 200 % (valeur relative) comparativement à une pâte de référence, sans la xylanase ou ayant de préférence moins de 70 % (valeur relative) du caractère collant obtenu avec une xylanase 10 fongique du commerce (c'est-à-dire Pentopan mono BG, Novo Nordisk) lors de l'administration en des quantités provoquant la même augmentation de volume dans un essai de cuisson au four. PROTOCOLE 3 15 PROTOCOLE D'ANALYSE D'INHIBITEUR (Analyse d'inhibiteur) Pour détecter l'inhibiteur au cours de l'isolement et de la caractérisation, l'analyse suivante est utilisée. 100 pl de fraction d'inhibition, 250 gl de solution de 20xylanase (contenant 12 TXU/ml) et 650 l d'un tampon (tampon à l'acide citrique 0,1 M - hydrogénophosphate disodique 0,2 M à pH 5,0) sont mélangés. Le mélange est thermostaté pendant 5 minutes à 40,0 C . Au temps égal à 5 minutes, une tablette de xylazyme est ajoutée. Au temps 25 égal à 15 minutes, la réaction est interrompue en ajoutant 10 ml de Tri:; à 2 %. Le mélange réactionnel est centrifugé (3500 g, 10 minutes, température ambiante) et le surnageant est soumis à la mesure à 590 nm. L'inhibition est calculée par l'activité résiduelle comparativement au 30 témoin à blanc. Le témoin à blanc est préparé de la même manière, sauf que le volume de 100 l d'inhibiteur est remplacé par 100 l de tampon (tampon à l'acide citrique 0,1 M -hydrogénophosphate disodique 0,2 M, à pH 5,0). A titre d'exemple, il est possible de considérer que XM-1 a 35 un haut degré de résistance à l'inhibiteur (voir la figure 2902974 54 20). Il est possible de considérer que XM-2 et XM-3 ont un degré moyen de résistance à l'inhibiteur (voir figure 20). PROTOCOLE 4 PROTOCOLE D'ANALYSE DE GLUCANASE I 5 (Activité d'endo-0-1,4-glucanase) Des échantillons de glucanase sont dilués dans du tampon à l'acétate de sodium - acide citrique 0,1 M à pH 5,0 pour parvenir à une DO d'approximativement 0,7 dans l'analyse finale. Trois dilutions de l'échantillon et un 10 étalon interne ayant une activité définie sont thermostatées pendant 5 minutes à 40 C. Au temps égal à 5 minutes, une tablette de glucazyme (substrat consistant en un glucane réticulé coloré) est ajoutée à la solution enzymatique. Au temps égal à 15 minutes, la réaction est 15 interrompue en ajoutant 10 ml de Tris à 2 Le mélange réactionnel est centrifugé et la DO du surnageant est mesurée à 590 nm. En prenant en considération les dilutions et la quantité de glucanase, l'activité (BGU, unités de bêta-glucanase) de l'échantillon peut être 20 calculée par rapport à l'échantillon de référence. PROTOCOLE 5 PROTOCOLE D'ANALYSE D'INHIBITEUR II (Analyse cinétique de l'inhibiteur) Pour étudier la cinétique sur l'inhibiteur, on a 25 utilisé un substrat soluble (Azo-xylan, Megazyme). Une solution à 2 % (en poids/volume) du subtrat a été préparée, suivant le protocole du fabricant, dans du NaPi 20 mM, à pH 6,0. L'analyse a été effectuée en préchauffant le substrat, la xylanase et l'inhibiteur à 40 C pendant 5 30 minutes. Pour une caractérisation préliminaire de l'inhibiteur, la xylanase utilisée est diluée à 40 TXU/ml. Pour les déterminations de Ki, les xylanases sont diluées à approximativement 40 TXU/ml. 35 0,5 ml de substrat, 0,1 ml de xylanase et 0,1 ml d'inhibiteur ont été mélangés au temps égal à 0 minute à 2902974 55 une température de 40 C. Au temps égal à 125 minutes, la réaction a été interrompue en ajoutant 2 ml d'éthanol (à 95 %), puis en ajoutant le mélange par tourbillonnement pendant 10 secondes. Le substrat non hydrolysé précipité a 5 été séparé par centrifugation (3500 g, 10 minutes, température ambiante). La DO dans le surnageant a été mesurée par rapport à de l'eau, à 590 nm. Un témoin à blanc a été préparé de la même manière. La seule modification était le remplacement de 10 l'inhibiteur par une solution de NaPi. 20 mM à pH 6,0. Pour des expériences cinétiques avec une concentration réduite du substrat, les concentrations de substrat suivantes ont été réalisées par dilution dans une solution de NaPi 20 mM à pH 6,0 2 1 0,5 % et 15 0,25 d'azo-xylan soluble (en poids/volume). Pour les déterminations de Ki, les concentrations de xylanase et de substrat précités ont été utilisées. Ces concentrations ont été associées aux concentrations suivantes d'extrait d'inhibiteur dans l'analyse : 0, 2, 5, 20 10, 25, 50 et 100 gl dans l'analyse. En utilisant des gl d'inhibiteur et non une concentration molaire de l'inhibiteur, Ki est exprimé en gl d'inhibiteur. RESUME En résumé, la présente invention propose, en autres : 25 a. L'isolement d'un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène à partir de farine de blé. b. La caractérisation d'un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène isolée à partir de farine de blé. c. La caractérisation de l'effet d'un inhibiteur d'endo- 30 (3-1,4-xyalanse endogène sur différentes xylanases. d. Un moyen pour sélectionner des xylanases non soumises à un effet néfaste par un inhibiteur d'endo-P-1,4-xylanase endogène. e. Un moyen de sélectionner des xylanases non soumises à 35 un effet néfaste d'inhibiteurs d'endo-(3-1,4-xylanase. 2902974 56 f. Des xylanases qui donnent une pâte présentant un volume avantageux et un caractère collant acceptable, comparativement à des pâtes comprenant des xylanases fongiques. 5 g. Une méthode pour sélectionner des xylanases et/ou provoquer leur mutation en utilisant un inhibiteur d'endo-(3-1,4-xylanase endogène, et l'utilisation de ces xylanases ou de leurs mutants dans la production de pâtes. h. Un produit alimentaire préparé avec les xylanases de 10 la présente invention. DEPâTS Les échantillons suivants ont été déposés conformément au Traité de Budapest chez le dépositaire reconnu The National Collections of industrial and Marine 15 Bacteria Limited (NCIMB), 23 St. Machar Drive, Aberdeen, Royaume Uni, AB2 1RY, le 22 décembre 1998 : DH5a::pCR2.1_BS xylanase numéro NCIMB : NCIMB 40999 20 BL21(DE3)::pET24A XMl numéro NCIMB : NCIMB 41000 BL21(DE3)::pET24A XM3 numéro NCIMB : NCIMB 41001 DH5a::p1CR2.1_BS xylanase comprend une xylanase de 25 type sauvage. La BL21(DE3)::pET24A XM1 comprend une xylanase XMl. La BL21(DE3)::pET24AXM3 comprend une xylanase XM3. La présente invention comprend également des séquences pouvant être dérivées et/ou exprimées à partir 30 de ces échantillons déposés et des formes de réalisation les comprenant. INTRODUCTION AU PARAGRAPHE DES EXEMPLES ET AUX FIGURES La présente invention est décrite maintenant, à titre d'exemples seulement, par référence aux dessins annexés 35 sur lesquels : 2902974 57 la figure 1 représente un graphique la figure 2 représente un graphique la figure 3 représente un graphique la figure 4 représente un graphique 5 la figure 5 représente un graphique ; la figure 6 représente un graphique 10 résultant d'une expérience de SDS PAGE ; la figure 12 représente un graphique ; la figure 13 représente un graphique 15 la figure 14 représente un graphique la figure 15 représente un graphique la figure 16 représente un graphique la figure 17 représente une image consistant en un résultat d'une expérience de IEF ; 20 la figure 18 représente un graphique ; la figure 19 représente un graphique la figure 20 représente un graphique la figure 21 représente un graphique la figure 22 représente un graphique ; 25 la figure 23 représente un graphique ; la figure 24 représente un graphique la figure 25 représente un graphique la figure 26 représente un graphique ; la figure 27 représente un graphique 30 la figure 28 représente un graphique ; la figure 29 représente un graphique la figure 30 représente un graphique ; et la figure 31 représente un graphique. D'une manière légèrement plus détaillée : 35 Figure 1 - caractère collant en fonction des xylanases, de la dose et du temps de repos. la figure 7 représente un graphique la figure 8 représente un graphique la figure 9 représente un graphique la figure 10 représente un graphique ; la figure 11 représente l'image consistant en le 2902974 58 Figure 2 - caractère collant en fonction des xylanases, de la dose et du temps de repos. Figure 3 - chromatographie de filtration sur gel d'un échantillon de 75 ml d'extrait d'inhibiteur. Colonne : 5 Superdex G-25F de 500 ml, débit . 10 ml/min, volume de fraction : 30 ml. Figure 4 -chromatographie d'échange de cations d'un échantillon de 240 ml d'extrait d'inhibiteur filtré sur gel. Colonne : Sepharose SP de 50 ml, débit : 50 ml/min, 10 volume de fraction : 10 ml. Figure 5 - chromatographie HIC d'un échantillon de 147 ml d'extrait d'inhibiteur ayant subi un échange d'ions, additonné de (NH4)2SO4 à une concentration de l,OM. Colonne : phényle HIC de 10 ml, débit : 2,0 ml/min, volume 15 de fraction : 2,5 ml. Figure 6 -chromatographie préparative de filtration sur gel d'un échantillon de 2 ml d'inhibiteur concentré. Inhibiteur élué à 176 ml. Colonne : Superdex 75 PG de 330 ml (Pharmacia). Eluant . solution de NaOAc 50 mM et 20 NaCl 200 mM à pH 5,0. Débit 1 ml/minute. Volume de fraction : 5,5 ml. Figure 7 -chromatogramme d'échange de cations de xylanase pure + un extrait d'inhibiteur ayant subi une ébullition. Echantillon : 1 ml de 980601 débarrassé des 25 sels + extrait d'inhibiteur ayant subi une ébullition. Colonne : source S15 de 1 ml. Système de tampon : A . NaOAc 50 mM à pH 4,5, B A + NaCl 1M. Débit 2 ml/miniute. Figure 8 - chromatogramme d'échange de cations de la 30 xylanase pure après 3 heures d'incubation avec un extrait d'inhibiteur. Echantillon : 1 ml de 980601 débarrassé des sels + inhibiteur. Colonne : source S15 de 1 ml. Système de tampon : A : NaOAc 50 mM à pH 4,5, B : A + NaCl 1M. Débit : 2 ml/minute. 35 Figure 9 -chromatographie analytique de filtration sur gel d'un échantillon de 100 gl d'inhibiteur concentré. 2902974 59 Inhibiteur élué à 10,81 ml. Colonne : Superdex 75 10/30 de 24 ml (Pharmacia, Suède). Eluant : NaOAc 50 mM et NaCl 100 mM à pH 5,0, débit 0,5 ml/minute. Volume de fraction : 2,0 ml. 5 Figure 10 - Log(PM) en fonction de Kav pour des protéines de référence analysées sur une colonne Superdex 75 10/30. Figure 11 - SDS PAGE de la fraction 31, de la fraction 32 et de la fraction 33 provenant de la 10 filtration préparative sur gel. Les voies 1 et 3 correspondent à des marqueurs de PM (marqueurs LMW de Pharmacia, Suède). Les voies 2 et 4 correspondent à la fraction 32, ces voies ayant été chargées, respectivement, avec des volumes de 10 et 25 pl. Les voies 6 et 8 15 correspondent à la fraction 31, ces voies ayant été chargées avec des volumes de 10 et 25 pl. Les voies 7 et 9 correspondent à la fraction 33, ces voies ayant été chargées avec des volumes de 10 et 25 pl. Figure 12 -chromatogramme à phase inverse de la 20 fraction 33 provenant de la chromatographie de filtration sur gel. Le chromatogramme révèle la présence de quatre pics distincts. Le pic 3 correspond à l'inhibiteur de xylanase. Les pics 4, 5 et 6 sont séquencés et présentent une très forte homologie avec la protéine de blé 25 consistant en serpine. Figure 13 - SM de la fraction 3 provenant de la chromatographie à phase inversée. Les spectres mettent en évidence une molécule ayant un poids moléculaire de 39503 Da. 30 Figure 14 - chromatographie à phase inversée de la fraction 3 carboxyméthylée provenant du chromatogramme à phase inversée de la fraction 33 (voir figure 12). Le chromatogramme a révélé la présence de deux pics distincts (fractions 2 et 3), indiquant la présence d'un dipeptide. 35 Figure 15 - SM de la fraction 2 provenant de la chromatographie à phase inversée avec carboxyméthylation 2902974 60 (voir la figure 14). Les spectres indiquent la présence d'un peptide ayant un poids moléculaire de 12104 Da. Figure 16 - SM de la fraction 3 provenant de la chromatographie à phase inversée avec carboxyméthylation 5 (voir la figure 14). Les spectres indiquent la présence d'un peptide ayant un poids moléculaire de 28222 Da. Figure 17 - IEF des fractions 33 et 34 provenant de la chromatographie préparative de filtration sur gel. La voie 2 correspond aux échantillons de référence pI 310, la voie 10 3 correspond aux échantillons de référence pI 2,5-6,5, les voies 4 et 5 correspondent aux fractions 33 et 34 - respectivement, la voie 6 correspond à l'inhibiteur de trypsine (pI 4,55), la voie 7 correspond à la bêtalactoglobuline (pI 5,20) et les voies 8 et 9 correspondent 15 aux fractiosn 33 et 34 - respectivement. Les flèches indiquent des bandes distinctes dans la fraction 33. Figure 18 - pH et DO relative (à partir de l'analyse d'inhibiteur) en fonction des fractions de la chromatographie de chromatofocalisation d'inhibiteur de 20 xylanase. Comme permet de le constater la figure, la DO relative diminuée dans la fraction 7, indiquant une activité d'inhibiteur. Cela correspond à un pH de 9,4. Figure 19 -activité résiduelle, % des quatre xylanases en fonction de la concentration d'inhibiteur. 25 Les quatre xylanases utilisées sont les suivantes --•-X1, -^-X3, -x-BX, -à-Nova. Figure 20 - Activité résiduelle de 980601 (con-1), 980603 (Belase) et de trois mutants de 980601 (XM1, XM2 et XM3) après incubation avec un extrait de farine. 30 Figure 21 - Graphique de Line-weaver - Burk de xylanase (980601) +/-inhibiteur. La concentration de substrat représente le pourcentage d'azo-xylan. V est la DOD 590 relative de l'analyse (où 100 correspond à S=2 0. Figure :22 - Ki pour différentes xylanases exprimées 35 en microlitres d'inhibiteur. 2902974 61 Figure 23 - Inhibition de trois xylanases (980601 = Bac. Sub, wt980801 = Xl et 980901 = Thermomyces) en fonction du pH. Les résultats sont obtenus en soustrayant les valeurs correspondantes des témoins à blanc. 5 Figure 24 - Optimum de pH pour trois xylanases (980601 = BX) 980801 = xl et 980901 = Novo). Figure 25 -Volume spécifique = f(xylanase x dose). Figure 26 - Augmentation de volume spécifique = f(xyalanse x dose). 10 Figure 27 - Caractère collant = f(xylanase x dose). Figure 28 - Caractère collant en fonction de différentes préparations de xylanases et du témoin, mesuré après 10 (_10) et 45 (_45) minutes de repos. 980603 consiste en xylanase purifiée de Rôhm, XMl est le mutant 15 de xylanase 1 et N 2199 est le produit Veron Special de Rhôm. Figure 29 - Augmentation du caractère collant en fonction de trois préparations de xylanases après 10 ( 10) et 45 (_45) minutes de repos. 980603 consiste en xylanase 20 purifiée de Rhôm, XMl est le mutant de xylanase 1 et le N 2199 est le produit Veron special de Rôhm. Figure 30 - Augmentation du caractère collant en fonction de deux préparations de xylanases après 10 (_10) et 45 ( 45) minutes de repos. XMl consiste en le mutant de 25 xylanase 1 et le N 2199 est le produit Veron Special de Rhôm. Figure 31 - Augmentation du caractère collant en fonction de l'endo-0-1,4-glucanase ajoutée. 1 pâte témoin sans xylanase, 2 : 7500 TXU de xylanase pure de 30 Rôhm/kg de farine, 3 7500 TXU de xylanase pure de Rôhm/kg de farine + 158 BGU/kg de farine, 4 : 15 000 TXU de xylanase pure de Rôhm/kg de farine, 5 : 15 000 TXU de xylanase pure de Rôhm/kg de farine + 316 BGU/kg de farine. La pâte a été soumise à la mesure au bout de 10(Stik 10) 35 et 45 (Stik 45) minutes. 2902974 62 EXEMPLES Exemple 1 Caractère collant de la pâte en fonction de différentes xylanases, des doses et du temps de repos 5 L'aptitude des xylanases suivantes à conférer un caractère collant à la pâte a été testée. (Voir également Chen, W. Z. et Hoseney, R.C. (1995). Development of and objective method for dough Stickiness. Lebensmittel Wiss u.- Technol., 28, 467-473). 10 Enzymes "Xl" correspond à un échantillon purifié d'endo-0-1,4-xylanase provenant d'Aspergillus niger. Cette xylanase a une activité de 8400 TXU (15 000 TXU/mg). "Novo" correspond au Pentopan Mono BG de Novo 15 Nordisk, provenant de Thermomyces. Cette xylanase a une activité de 350 000 TXU (56 000 TXU/mg). "BX" correspond à un échantillon purifié de la xylanase bactérienne nouvelle. Cet échantillon a une activité de 2000 TXU (25 000 TXU/mg). 20 "Rôhm" correspond à la xylanase bactérienne de Rhôm GmbH, Veron Special. Cet échantillon a une activité de 10 500 TXU (25 000 TXU/mg). Analyse de xylanase Les analyses de xylanases ont été effectuées suivant 25 le protocole 1. Farine Deux types de farine ont été utilisés dans cet essai : de la farine danoise, lot N 98022, et de la farine allemande, lot N 98048. Les valeurs d'absorption 30 d'eau, à 400 BU, des deux types de farine sont, respectivement égales à 58 et 60 %. Préparation de la pâte La pâte a été préparée de la manière décrite dans le protocole 2. Après le mélange, la pâte a été laissée au 35 repos pendant 10 et 45 minutes, respectivement, à 30 C dans des récipients clos hermétiquement. 2902974 63 Mesure du caractère collant Les mesures du caractère collant ont été effectuées suivant le protocole 2. Résultats et discussion 5 Xylanases fongiques par rapport à la xylanase bactérienne nouvelle La pâte suivante a été préparée et testée pour déterminer le caractère collant de la pâte après 10 et 15 minutes dans la farine 98048. 10 TABLEAU 1 Pâte préparée avec différentes doses de deux xylanases fongique et d'une xylanase bactérienne. (La dose est calculée par kg de farine). Enzyme TXU./kg Témoin à blanc 0 X1 (980801) 1500 10 000 Novo (N 2165) 5000 60 000 BX (980802) 1500 15000 La pâte figurant sur le tableau 1 a donné les résultats de caractère collant de pâte présentés sur le 20 tableau 2 et sur la figure 1. 15 2902974 64 TABLEAU 2 Pâte préparée avec différentes doses de différentes xylanases par rapport à un témoin à blanc. La pâte a été laissée au repos pendant 10 et 45 minutes, 5 respectivement. Le caractère collant est indiqué en g x s, la valeur de caractère collant étant une moyenne de 5 déterminations. Pâte Caractère Ecart-type Ecart-type, % collant, g x s Témoin, 10 min 5,533 0,16 2,89 Témoin, 45 min 8,103 0,277 3,42 1500 Xl, 10 min 7,275 0,204 2,80 1500 Xl, 45 min 8,675 0,134 1,54 10000 Xl, 10 min 9,295 0,802 8,63 10000 X1, 45 min 13,339 1, 264 9,48 5000 Novo, 10 min 6,757 0,218 3,23 5000 Novo, 45 min 7,23 0,337 4,66 60000 Novo, 10 min 10,972 0,519 4,73 60000 Novo, 45 min 16,559 1,626 9,82 1500 BX, 45 min 4,372 0,358 8,19 15000 BX, 10 min 6,567 0,639 9,73 15000 BX, 45 min 5,545 0,518 9,34 10 Les résultats figurant sur le tableau 2 sont illustrés sur la figure 1. Comme permettent de le constater le tableau 2 et la figure 1, la xylanase fongique Xl et la xylanase dans le 15 produit Novo confèrent un caractère collant à la pâte. La xylanase bactérienne nouvelle ne confère pas le même caractère collant. En outre, le caractère collant semble être réduit comparativement au témoin. 2902974 65 Xylanase bactérienne nouvelle par rapport à la xylanase bactérienne de Rôhm Pour tester la fonctionnalité de la xylanase bactérienne nouvelle comparativement à la xylanase 5 bactérienne présente dans le produit de Rhôm : Veron Special, la pâte suivante a été préparée (voir tableau 3) au moyen de la farine 98022. TABLEAU 3 10 Pâte préparée avec différentes doses de deux xylanases bactériennes. (La dose est calculée par kg de farine). Enzyme TXU/kg Témoin à blanc 0 BX 5000 15000 Rôhm 5000 15000 La pâte figurant sur le tableau 3 a donné les résultats de caractère collant de pâte présentés sur le tableau 4 et la figure 2. 15 2902974 66 TABLEAU 4 Pâte préparée avec différentes doses de différentes xylanases par rapport à un témoin à blanc. Le caractère collant est mentionné en g x s, la valeur de 5 caractère collant étant une moyenne de 5 déterminations. Pâte Caractère Ecart-type Ecart-type, % collant, g x mm Témoin, 10 min 5,269 0,16 3,04 Témoin, 45 min 5,484 0,277 5,05 5000 Bi. 4,443 0,204 4,59 5000 BX, 45 min 4,474 0,134 3,00 15000 BX, 10 min 4,791 0,352 7,35 15000 BX, 45 min 6,288 0,599 9,53 5000 Rôhm, 10 min 5,077 0,218 4,29 5000 Rôhm, 45 min 6,757 0,337 4,99 15000 Rôhm, 10 min 7,749 0,519 6,70 15000 Rôhm, 45 min 10,98 0,907 8,26 Les résultats figurant sur le tableau 4 sont 10 illustrés sur la figure 2. Les résultats montrent que BX (la xylanase bactérienne nouvelle) engendre un caractère collant bien inférieur à celui de la xylanase fongique testée. En outre, il a été trouvé que la xylanase nouvelle engendre 15 un caractère collant de la pâte bien inférieur à celui engendré par la xylanase bactérienne de Rôhm. Exemple 2 Purification, caractérisation et effet de l'inhibiteur sur des xylanases 20 Farine Trois types différents de farine ont été utilisés dans ces expériences (lots 98002, 98026 et 98058). Les 2902974 67 lots de farine 98002 et 98058 consistent en farine danoise. Le lot de farine 98026 consiste en farine allemande. Extraction de l'inhibiteur 5 L'inhibiteur a été extrait de la farine en utilisant de l'eau distillée refroidie par de la glace et une agitation. Un équivalent de farine a été ajouté à deux équivalents d'eau distillée refroidie par de la glace. Le mélange a été additionné d'un barreau magnétique, placé 10 dans un bain de glace et agité pendant 20 minutes. Après agitation, la suspension de farine a été versée dans des flacons à centrifugation et a été centrifugée (10000 x g, 4 C et 10 minutes). Le surnageant contenait l'inhibiteur de xylanase. 15 Analyse d'inhibiteur Des analyses d'inhibiteur ont été effectuées suivant le protocole 3. Isolement de l'inhibiteur Après avoir soumis un échantillon de 100 g de farine 20 (98026) à une extraction, l'inhibiteur de xylanase a été purifié par les techniques chromatographiques suivantes : Chromatographie de filtration sur gel (ce mode opératoire a été mis en oeuvre deux fois) 75 ml d'extrait ont été appliqués à une colonne 25 Superdex G-25F (Pharmacia, Suède) de 500 ml à un débit de 10 ml/minute, étalonnée avec une solution de NaOAc 20 mM à pH 4,25. L'éluant a été recueilli en fractions de 30 ml au même débit. Toutes les fractions ont été déposées en taches pour isoler l'inhibiteur. 30 Chromatograhie d'échange de cations (ce mode opératoire a été mis en oeuvre deux fois) Le pic d'inhibiteur recueilli par l'essai de filtration sur gel (240 ml) a été appliqué à une colonne de SP Sepharose (Pharmacia, Suède) de 50 ml, à 5 35 ml/minute. Après avoir été chargée, la colonne a été lavée jusqu'à la ligne de base avec le tampon A (NaOAc 20 mM à 2902974 68 pH 4,25). L'inhibiteur a été élué par gradient linéaire du tampon A au tampon B (B : A + NaCl 350 mM) sur 10 volumes de colonne au même débit. L'éluat a été recueilli en fractions de 10 ml. Une fraction sur deux a été déposée en 5 taches pour isoler l'inhibiteur de xylanase. Chromatographie d'interaction hydrophobe (ce mode opératoire a été mis en oeuvre deux fois) Le pic d'inhibiteur provenant de la chromatographie d'échange de cations (110 ml) a été additionné de (NH4)2SO4 10 à une concentration de 1,0 M et a été appliqué à une colonne de phényle Sepharose HIC (Pharmacia, Suède) de 10 ml, à un débit de 2 ml/minute. L'inhibiteur a été élué de la colonne par un gradient linéaire de 12 volumes de colonne allant de A (NaPi 20 mM, (NH4)2SO4 1M, pH 6,0) à B 15 (NaPi 20 mM, pH 6,0). L'éluat a été recueilli en fractions de 2,5 ml. Une fraction sur deux a été déposée en taches pour l'isolement de l'inhibiteur de xylanase. Chromatographie préparative de filtration sur gel Un volume de 5 ml du pic d'inhibiteur provenant de 20 l'essai de HIC a été concentré à 2 ml en utilisant un évaporateur rotatif. Cet échantillon a été chargé sur une colonne de Superdex 75 PG (Pharmacia, Suède) de 330 ml à un débit de 1 ml/minute. Le système de tampon utilisé consistait en NaOAc 50 mM et NaCl 0,2 M, à pH 5,0. L'éluat 25 a été recueilli en fractions de 5,5 ml. Une fraction sur deux a été déposée en taches pour l'isolement de l'inhibiteur de xylanase. Analyse de l'activité de protéase Pour pouvoir déterminer si l'effet d'inhibiteur qui a 30 été constaté était dû à un inhibiteur ou à une hydrolyse de la xylanase par une protéase, les expériences suivantes ont été effectuées. Essais d'incubation 2 ml de xylanase 980601 pure (voir les endo-(3-1,4xylanases) ont été mis en incubation avec 0,25 ml d'extrait d'inhibiteur pendant trois heures à 40 C. A 2902974 69 titre de témoin, la même incubation a été effectuée avec de l'extrait d'inhibiteur ayant subi une ébullition (5 minutes). Après incubation, les échantillons ont été additionnés d'une solution de NaOAc 50 mM à pH 4,5 jusqu'à 5 un volume de 2,5 ml et ont été débarrassés des sels par filtration sur gel sur une colonne PD-10 (Pharmacia, Suède), ce qui a donné un échantillon de 3,5 ml dans une solution de NaOAc 50 mM à pH 4,5. Analyse d'hydrolyse 10 Les deux échantillons de xylanase pure provenant des essais d'incubation ont été analysés sur une colonne source 15S. 1 ml de l'échantillon filtré sur gel a été appliqué à la colonne (étalonnée avec le tampon A : NaOAc 50 mM à pH 4,5) à un débit de 2 ml/minute. L'échantillon a 15 été élué avec un gradient linéaire de A à B (B : A + NaCl 1 M) sur 20 volumes de colonne et a été recueilli en fractions de 2 ml. La xylanase a été détectée en utilisant la DO à 280 nm et a été déposée en taches pour déterminer l'activité de xylanase dans les fractions (100 l de 20 fractions + 900 l de tampon (tampon à l'acide citrique 0,1 M - hydrogénophosphate disodique 0,2 M, à pH 5,0) + 1 tablette de xylazyme, pendant 10 minutes, à 40 C. La réaction a été interrompue au moyen de 10 ml de Tris à 2 % (couleur bleue = activité de xylanase). 25 Caractérisation de l'inhibiteur Chromatographie analytique de filtration sur gel 100 l (concentrés deux fois sur un évaporateur rotatif) du pic d'inhibiteur provenant de l'essai de HIC ont été appliqués à une colonne Superdex 75 10/30 30 (Pharmacia, Suède) à 24 ml à un débit de 0,5 ml/minute. Le tampon d'entraînement utilisé consistait en une solution de NaOAc 50 mM et NaCl 0,1 M, à pH 5,0. L'éluat a été recueillie en fractions de 2 ml. Toutes les fractions ont été déposées en taches pour la caractérisation de 35 l'inhibiteur. 2902974 70 Pour pouvoir déterminer la dimension de l'inhibiteur, une série de protéines connues a été appliquée à la colonne Superdex 75 10/30 de 24 ml. Les conditions de mise en oeuvre de cet essai étaient celles décrites ci-dessus. 5 Les protéines de référence utilisées étaient les suivantes Protéine Dimension, Kda SAB 67 Ovalbumine 43 10 Chymotrypsine 25 Ribonucléase A 13,7 Les protéines ont été détectées à 280 nm. SDS PAGE Des fractions provenant de la chromatographie 15 préparative de filtration sur gel ont été additionnées de tampon d'échantillon au SDS (préparé suivant le protocole de NOVEX), soumises à une ébullition pendant 3 minutes et chargées sur un gel PAGE à 8-16 % (NOVEX). Le gel a été coloré suivant le protocole de NOVEX pour la coloration à 20 l'argent. Comme marqueurs de poids moléculaire, des marqueurs LMW de Pharmacia ont été utilisés. Focalisation iso-électrique (IEF) Pour déterminer le pI de l'inhibiteur naturel, un échantillon d'inhibiteur purifié (fraction 33 provenant de 25 la colonne Superdex 75 PG de 330 ml) a été chargé sur un gel pH 3 - 10 IEF GEL (NOVEX). Le gel a été utilisé suivant le protocole du fabricant, en utilisant un kit de pI large de Pharmacia (Suède), 3,5 à 9,3, comme échantillons de référence. Le gel a été coloré au moyen de 30 bleu brillant de Coomassie, suivant le protocole du fabricant. Chromatographie par chromatofocalisation Un échantillon de fraction 33 provenant de la chromatographie préparative de filtration sur gel a été 35 soumis à une filtration sur gel par rapport à de l'eau. 100 l d'échantillon débarrassé des sels ont été chargés 2902974 71 sur une colonne Mono P HR 5/5 (Pharmacia, Suède). Les conditions de départ ont été obtenues au moyen d'éthanolamine-HC1 25 mM à pH 9,4. La colonne a été éluée avec un mélange Poly buffer 96 : eau en un rapport égal à 5 1:10. Le pH a été ajusté à 6, 0 (débit : 0,5 ml/min ; volume de fraction : 0,5 ml). Après élution avec du Poly buffer 96, la colonne a été en outre éluée avec un mélange Poly buffer 74 : eau en un rapport égal à 1:10. Le pH a été ajusté à 3,80 (débit : 0,5 ml/min ; volume de fraction 10 : 0,5 ml). Toutes les fractions ont été soumises à une mesure du pH et ont été déposées en taches pour la caractérisation de l'inhibiteur de xylanase, en utilisant le protocole 3. Séquence d'amino-acides 15 Un échantillon (obtenu à partir de la fraction 3 provenant d'une colonne Superdex 75 PG de 330 ml) d'inhibiteur pur obtenu par la purification préparative a été utilisé. 200 l ont été chargés sur une colonne à phase inversée C4 (Applied Biosystems). Le système de 20 tampon utilisé consistait en A : 0,1 % de TFA dans de l'eau et B : 0,1 % de TFA dans 100 % d'acétonitrile. Le pic d'inhibiteur de cet essai a été carboxyméthylé et replacé de nouveau sur la colonne C4. De cette manière, deux peptides inhibiteurs intéressants ont été obtenus. 25 Ces peptides ont été soumis à un séquençage N-terminal. En outre, les peptides ont été digérés avec de la Lys-C. Les peptides obtenus ont été recueillis par chromatographie à phase inversée et ont été soumis à un séquençage d'aminoacides. 30 Pour vérifier les séquences obtenues par séquençage d'amino-acides, une petite fraction de l'échantillon intéressant a été analysée par SM (Voyager). Cinétique de l'inhibiteur Des analyses d'inhibiteur ont été effectuées suivant 35 le protocole 5. A cet égard, pour les études préliminaires de caractérisation de l'inhibiteur, la xylanase utilisée 2902974 72 était la xylanase 980601, diluée à 40 TXU/ml et l'inhibiteur a été extrait de la farine 98002. Pour les déterminations de K, les xylanases suivantes ont été utilisées : 980601, 980603, 980801, 980901, 980903, 980906 5 et 980907, diluées à approximativement 40 TXU/ml. L'inhibiteur utilisé pour les déterminations de KI a été extrait de la farine 98058. Détermination de l'inhibition en fonction du pH Ces expériences ont été effectuées de la manière 10 décrite dans le protocole 3 avec les modifications suivantes. Outre l'utilisation de 650 yl de tampon (acide citrique 0,1 M - hydrogénophosphate disodique 0,2 M à pH 5,0) dans l'analyse, l'analyse a été également effectuée en utilisant le même système de tampon à des pH de 4, 6 et 15 7. Endo-(3-1,4-xylanases Les préparations de xylanases suivantes ont été utilisées : 980601 (]3X) . préparation purifiée de la xylanase 20 bactérienne nouvelle de Danisco, exprimée dans E.coli (1225 TXU/ml). 980603 (Rôhm) préparation purifiée de xylanase Belase de Frimond (identique à celle de Rôhm) (1050 TXU/ml). 25 980801 (Xl) Xl purifiée provenant d'Aspergillus niger (8400 TXU/g). 980802 (R8hm) préparation purifiée de xylanase Belase de Frimond identique à celle de Rôhm) (265 TXU/ml). 980901 (Novo) : préparation purifiée de xylanase de 30 Thermomyces de Pentopan mono BG de Novo (2900 TXU/ml). 980903 (XMl) : mutant purifié de xylanase de type sauvage de Bacillus sub., exprimé dans E. coli (1375 TXU/ml). 980906 (XM3) mutant purifié de xylanase de type 35 sauvage de Bacillus sub., exprimé dans E. coli (1775 TXU/ml). 2902974 73 980907 (XM2) : mutant purifié de xylanase de type sauvage de Bacillus sub., exprimé dans E. coli (100 TXU/ml). 9535 (X3) xylanase purifiée, X3 provenant 5 d'Aspergillus piger (6490 TXU/ml). Résultats et discussion Extraction de l'inhibiteur pour l'isolement et la caractérisation 100 g de farine (98026) ont été soumis à 10 l'extraction. Après centrifugation, un surnageant d'un volume de 150 ml a été obtenu. La présence de l'inhibiteur a été contrôlée dans cet extrait (tableau 5) et s'est révélée être positive. 15 TABLEAU 5 Activité résiduelle en fonction de +/-addition d'extrait d'inhibiteur de farine de blé (98026). La xylanase utilisée est 980601. -inhibiteur +inhibiteur Activité résiduelle, % DO 0,675 0,165 24,44 20 Isolement de l'inhibiteur 75 ml de l'extrait d'inhibiteur ont été chargés sur une colonne de filtration sur gel de 500 ml (figure 3). 25 Après dépôt en taches de l'inhibiteur, cet inhibiteur a pu être situé dans les fractions [4-11] (tableau 6). 2902974 74 TABLEAU 6 Fractions provenant de la chromatographie de filtration sur gel de 75 ml d'extrait d'inhibiteur analysé pour déterminer la présence de l'inhibiteur de xylanase. 5 Les essais de DO 1 et 2 correspondent, respectivement, aux deux essais qui ont été effectués sur la colonne. L'inhibiteur s'est révélé être présent dans les fractions [4-11]. Ces fractions ont été réunies pour chaque essai, ce qui a donné deux fois 240 ml 10 Fraction n DO, essai 1 DO, essai 2 1 0,674 2 0, 665 3 0,652 4 0,618 0,476 5 0,388 0,166 6 0,186 0,126 7 0, 188 0, 18 8 0,277 0,217 9 0,381 0,231 10 0,406 0,246 11 0,395 0,435 12 0,725 13 0,683 14 0,762 15 0,737 15 Le volume total du pic d'inhibiteur dans les deux essais sur la colonne de filtration sur gel était approximativement égal à 240 ml. Deux fois, un volume total de 240 ml provenant de la filtration sur gel a été appliqué à l'échangeur de 2902974 75 cations. Le passage s'est révélé être négatif pour l'inhibiteur. Comme permettent de le constater la figure 4 et le tableau 7, l'inhibiteur s'est lié à la colonne et a été élué à approximativement 750 ml de NaCl. 5 TABLEAU 7 Fractions provenant de la chromatographie d'échange de cations de 240 ml d'extrait d'inhibiteur filtré sur gel, analysé pour déterminer la présence d'inhibiteur de 10 xylanase. Les essais de DO 1 et 2, respectivement, correspondent aux deux essais qui ont été effectués sur la colonne. L'inhibiteur s'est révélé être présent dans les fractions [44-54]. Fraction n DO, essai 1 DO, essai 2 40 0,476 0,624 42 0,407 0,58 44 0,404 0,398 46 0,22 0,137 48 0,144 0, 107 50 0,198 0,126 52 0,302 0,208 54 0,395 0,435 56 0,457 0,495 58 0,463 0, 606 15 Le volume total d'inhibiteur provenant des essais d'échange d'ions était égal à 110 ml pour chaque essai. Ces deux fractions réunies ont été additionnées de 20 (NH4)2SO4 à une concentration de 1,0 M et ont été appliquées à la colonne de HIC en deux essais. La fraction éluée a été déposée en taches pour déterminer la présence de l'inhibiteur, ce qui a donné un résultat négatif. Comme permettent de le constater la figure 5 et le tableau 8, la 2902974 76 totalité de l'inhibiteur s'est liée à la colonne et une bonne séparation a été obtenue. L'analyse des fractions provenant de la chromatographie de HIC est présentée sur le tableau 8. 5 TABLEAU 8 Fractions provenant de la chromatographie de HIC de 147 ml d'extrait d'inhibiteur analysé pour déterminer la présence d'inhibiteur de xylanase. Les essais de DO 1 et 2, respectivement, correspondent aux deux essais qui ont été 10 effectués sur la colonne. L'inhibiteur s'est révélé être présent dans les fractions [15-23] Fraction n DO, essai 1 DO, essai 2 Témoin à blanc 0,469 0,659 12 0,462 0,662 14 0,486 0,555 16 0,202 0,188 18 0,1 0,118 20 0,102 0,146 22 0,242 0,193 24 0,392 0,502 26 0,485 0,6 Les fractions 17 et 18 provenant de la 15 chromatographie HIC ont été concentrées approximativement deux fois et ont été appliquées à une colonne préparative de filtration sur gel (figure 6). L'analyse des fractions provenant de la filtration préparative sur gel est présentée sur le tableau 9. 20 2902974 77 TABLEAU 9 Fractions provenant de la chromatographie préparative de filtration sur gel de 2 ml d'un échantillon d'inhibiteur concentré, analysé pour déterminer la présence 5 d'inhibiteur de xylanase. L'inhibiteur s'est révélé être présent dans les fractions [31-33] Fraction n DO, 590 nm 26 0, 738 28 0,774 30 0,645 32 0,117 34 0,705 36 0,749 38 0,754 40 0,762 42 0,769 10 Analyse de l'activité de protéase Sur la base de l'analyse ci-dessus de l'inhibiteur de xylanase, il n'est pas possible d'établir que la diminution d'activité de xylanase, lors du mélange à 15 l'extrait de farine, n'est pas due à une hydrolyse protéolytique de la xylanase. En conséquence, une xylanase purifiée était mise en incubation avec un extrait "d'inhibiteur". Comme permettent de le constater les figures 7 et 8, aucune hydrolyse ne semble se produire. Il 20 existe un bruit de fond légèrement plus intense dans le chromatogramme avec l'inhibiteur actif (figure 8). Cependant, ce bruit de fond correspond au chromatogramme de l'inhibiteur seul (chromatogramme de l'inhibiteur non représenté). La différence de bruit de fond doit être due 25 à une précipitation dans l'échantillon d'inhibiteur ayant subi une ébullition. 2902974 78 Caractérisation de l'inhibiteur Chromatographie analytique de filtration sur gel 100 gl d'un échantillon d'inhibiteur concentré deux fois provenant de la fraction 18 dans le second essai de 5 HIC ont été appliqués à une colonne analytique Superdex 75 10/30 de 24 ml (Pharmacia, Suède) (figure 9). L'éluat a été recueilli en fractions de 2 ml. Ces fractions ont été analysées pour la caractérisation de l'inhibiteur de xylanase (tableau 10). 10 TABLEAU 10 Fractions provenant de la chromatographie analytique de filtration sur gel de 100 gl d'échantillon d'inhibiteur concentré analysé pour déterminer la présence d'inhibiteur 15 de xylanase. L'inhibiteur s'est révélé être présent dans les fractions [6-7] Fraction n DO 590 nm Témoin à blanc 0,613 6 0,233 7 0,304 8 0,51 9 0, 569 10 0,565 11 0,652 2902974 79 Après filtration sur gel de l'échantillon d'inhibiteur concentré, un mélange de quatre protéines de poids moléculaires de référence a été appliqué à la colonne, en utilisant un mode opératoire exactement 5 identique (chromatogramme non représenté). Sur le tableau 11, les poids moléculaires et les temps d'élution des protéines sont. résumés. TABLEAU 11 10 Protéines de référence utilisées pour la détermination du PM de l'inhibiteur. Les abréviations et les équations utilisées sont expliquées au-dessous du tableau Protéine Ve, ml Kav* PM, kDa Log (PM) de référence SAB 9,46 0,059508 67 1,826075 Ovalbumine 10,38 0,119017 43 1,633468 Chymotrypsine 12,49 0,255498 25 1,39794 Ribonucléase A 13,49 0,320181 13,7 1,136721 15 *)Kav = (Ve-Vo)/Vt-Vo) équation dans laquelle : Ve = temps de rétention, ml Vo = volume des vides, ml = 8,54 Vt = 24 ml = 24 20 En représentant le log (PM) en fonction de Kav, il est possible d'obtenir une équation et d'estimer la dimension moléculaire d'une molécule inconnue (figure 10). En utilisant l'équation obtenue sur la figure 10 et le 25 temps de rétention de l'inhibiteur, il est possible de calculer la dimension moléculaire de l'inhibiteur : 2902974 80 (-2,4485 x kav + 1,9602) (-2,4485 x 0,173559 + 1,9602) 1,5352 10 34,29 10 Le poids moléculaire trouvé pour l'inhibiteur était supérieur à celui prévu d'après Rouau et Surget (1998, Evidence for the presence of a Pentosanase Inhibitor in Wheat Flour, Journal of Cereal Science. 28:63-70)), le PM de la molécule est approximativement 15 égal à 8 kDa. Le PM obtenu par filtration sur gel a pu être expliqué par l'agrégation de plusieurs molécules de l'inhibiteur. Pour étudier ce phénomène de manière plus détaillée, les fractions 31, 32 et 33 provenant de la chromatograhie préparative de filtration sur gel ont été 20 analysées sur un gel de SDS PAGE (figure 11). Comme permet de le constater ce gel, trois bandes apparaissent dans les voies ayant reçu l'échantillon d'inhibiteur purifié. Ces bandes correspondent à des protéines ayant des PM d'approximativement 40, 30 et 10 kDa. 25 Détermination de PM par la technique de SM Un échantillon de la fraction 33 provenant de la filtration préparative sur gel de l'inhibiteur a été débarrassé des sels en utilisant le système Presorb et 5 volumes d'acide acétique 20 mM. 200 l ont été chargés 30 sur une colonne à phase inversée C4 (Applied Biosystems). Trois pics ont été obtenus à partir de cet essai. Un de ces pics (pic 3) était nettement dominant et il a été considéré comme correspondant à l'inhibiteur (figure 12). Les autres pics provenant de l'essai ont été également 35 séquencés. D'après la séquence obtenue, il est possible de conclure que ces pics étaient tous issus de la même PM, kDa = 10 5 = 10 2902974 81 protéine de blé consistant en serpine et ne sont pas identiques à l'inhibiteur (pic 3). En conséquence, on en conclut que le pic 3 consiste en l'inhibiteur de xylanase intéressant. Ce pic a été soumis à une caractérisation 5 supplémentaire par SM (Voyager). L'analyse des spectres de SM a révélé la présence d'un signal correspondant à une protéine de 39503 Da, en utilisant de l'acide sinapique comme matrice (figure 13). De la manière mentionnée ci-dessus, le gel de SDS 10 PAGE indique la présence de trois bandes. Une bande à approximativement 10 kDa, une bande à approximativement 10 kDa, une bande à approximativement 30 kDa et une bande à approximativement 40 kDa. Pour expliquer les résultats observés par SDS PAGE, la fraction dominante pure a été 15 recueillie, lyophilisée et carboxyméthylée, puis réappliquée sur la colonne C4, en utilisant des conditions identiques à celles mentionnées ci-dessus. La fraction obtenue par ce nouvel essai (figure 14) a été analysée par SM. Comme permettent de le constater les 20 figures 15 et 16, les valeurs de PM de ces polypeptides étaient égales à 12104 et 28222 Da. Sans souhaiter être lié à une théorie, on considère que l'inhibiteur de xylanase est un dipeptide naturel (PM 39503 Da) ou bien est dénaturé et réduit (deux peptides 25 ayant des PM de, respectivement, 12104 et 28222 Da) au cours du procédé analytique. Détermination du pl pour l'inhibiteur de xylanase en utilisant la IEF et la chromatographie de chromatofocalisation 30 Le gel de IEF a présenté trois bandes dans la zone alcaline (respectivement d'approximativement 9,3, 8,6 et 8,2) et trois bandes dans la zone acide (respectivement d'approximativement 5,1, 5,3 et 5,5) (figure 17). Sur la base de ces résultats seuls, il n'est pas possible de 35 déterminer le pI de l'inhibiteur de xylanase naturel. A cet égard, on sait d'après les résultats de séquençage que 2902974 82 l'échantillon contenait seulement l'inhibiteur de xylanase et trois fragments de serpine, d'approximativement 4500 Da. Un calcul théorique du pI de la serpine donne une valeur de 5,58 et le pI calculé sur le fragment que l'on a 5 obtenu par séquençage donne une valeur de 5,46 (en utilisant les programmes Swiss Prot). Cela pourrait indiquer que les trois bandes acides observées sur le gel correspondent aux trois pics de serpine observés par chromatographie à phase inversée (figure 12), et les trois 10 bandes alcalines sont les trois formes différentes de l'inhibiteur de xylanase, c'est-à-dire la forme dipeptidique naturelle et les deux peptides (de la manière indiquée par le séquençage). Comme permettent de le constater les résultats de 15 chromatographie de chromatofocalisation représentés sur la figure 18, l'inhibiteur de xylanase ne se lie pas à la colonne dans les conditions données. Cela pourrait signifier quel'inhibiteur de xylanase naturel a un pI égal ou même supérieur à 8,5. En conséquence, il 20 semblerait que les suppositions présentées ci-dessus, à savoir l'existence de trois bandes alcalines sur le gel de IEF et, ainsi, la possibilité de la présence de trois formes possibles d'un inhibiteur de xylanase puissent être correctes. 25 En conclusion, on considère que l'inhibiteur de xylanase naturel a un pI compris dans l'intervalle de 8,0 à 9,5. Dans cet intervalle, il existe trois bandes. Ces trois bandes correspondent probablement à l'inhibiteur de xylanase existant probablement sous trois formes (voir les 30 résultats obtenus par IEF). A cet égard, lors de l'utilisation de la IEF, la protéine est entraînée sous forme d'une protéine naturelle, mais certaines protéines dipeptidiques peuvent être partiellement endommagées par cette technique, en donnant ainsi plus d'une bande. 35 2902974 83 Résultats de séquençage Les deux peptides formant l'inhibiteur ont été séquencés, ce qui a donné des séquences N-terminales et internes. Les résultats sont présentés dans la liste de 5 séquences axée en tant que SED ID N 13 à 19. Les séquences constituant la première chaîne (chaîne A) sont représentées en tant que SEQ ID N 13 et 14. Les séquences constituant la seconde chaîne (chaîne B) sont représentées en tant que SEQ ID N 15 à 19. 10 Une recherche dans une base de données pour déterminer l'homologie avec les polypeptides séquencés est restée négative. Aucun des polypeptides n'a été séquencé ou décrit précédemment. Effet de l'inhibiteur sur différentes xylanases 15 Plusieurs essais ont été effectués pour étudier l'inhibition de différentes xylanases. Tout d'abord, on a considéré que la diminution d'activité de xylanase était due à une activité protéolytique dans l'extrait. En conséquence, différentes xylanases ont été mises en 20 incubation avec différents volumes d'extrait "d'inhibiteur" (figure 19). Il a été constaté que les xylanases étaient inhibées à des degrés différents. Il a été trouvé également qu'il semblait exister une augmentation de l'inhibition en fonction de la 25 concentration "d'inhibiteur". Les résultats illustrés sur la figure 19 pourraient indiquer que la diminution était due à une protéolyse ou un inhibiteur. Cependant, des expériences dans le temps avec des concentrations constantes de xylanase et 30 d'inhibiteur et les résultats précités dans le paragraphe "analyse de détermination d'activité de protéase" n'ont pas montré une réduction de l'activité en fonction du temps. Pour pouvoir effectuer la différence entre la protéase et l'inhibiteur, la cinétique réelle doit être 35 déterminée (voir la "cinétique de l'inhibiteur"). 2902974 84 Deux xylanases de Bacillus subtilis ont été étudiées de manière très approfondie en ce qui concerne leurs performances à la cuisson au four. Ces xylanases différaient quelque peu par leur fonctionnalité, ce qui 5 signifie qu'une a donné un volume spécifique légèrement supérieur lors de la cuisson au four à des doses identiques. Une explication pourrait être une inhibition différente de leur activité dans la farine. Une expérience a été donc effectuée pour étudier ce phénomène. 10 L'expérience a été répétée deux fois, en utilisant deux types différents de farine comme source d'inhibiteur (tableau 14). TABLEAU 14 15 Inhibition de deux xylanases (980601 et 980603) par l'inhibiteur extrait de deux types de farine (98002 et 98026). L'inhibition est calculée par le pourcentage d'inhibition et par le pourcentage d'activité résiduelle, comparativement à un témoin à blanc 20 Farine 98002 98026 Inhibition, % 980601 67,03 75,04 980603 60,76 61,33 98002 98026 Avg Activité 980601 32,97 24,96 28,96 résiduelle, % 980603 39,24 38,67 38,96 Différence, % 25,65 2902974 85 L'essai montre que les deux xylanases sont inhibées à des degrés différents par l'inhibiteur. Les xylanases diffèrent de seulement 6-amino-acides. Sur la base de la xylanase 980601, trois mutants de 5 xylanase ont été préparés (XMl, XM2 et XM3). Ces mutants ont été analysés pour déterminer l'inhibition (figure 20). Comme permet de le constater la figure 20, les trois mutants différent par leur activité résiduelle, ce qui signifie qu'ils sont inhibés à des degrés différents par 10 l'inhibiteur de xylanase. Quatre (BX, Rôhm, XMl et XM3) des cinq xylanases ont la même activité spécifique (approximativement 25000 TXU/mg de protéine). Il est prévu que XM2 ait la même activité spécifique. La différence d'inhibition entre XMl et XM2 est 15 approximativement égale à 250 96 (l'activité résiduelle de XMl est 2,5 fois supérieure à l'activité résiduelle de XM2). Cette différence est due à un amino-acide. L'aminoacide 122 dans XM2 consistant en l'arginine est remplacé par l'asparagine, ce qui introduit une charge moins 20 positive à proximité du site actif. Cinétique de l'inhibiteur Une détermination de cinétique préliminaire simple a été effectuée, juste pour pouvoir déterminer si l'inhibiteur est compétitif ou non compétitif. 25 Différentes quantités de substrat ont été mises en incubation avec une concentration constante de xylanase et d'inhibiteur (figure 21). Comme permet de le constater la figure 21, la valeur de Vmax pour la xylanase avec et sans inhibiteur est 30 approximativement égale à 1,19. Cela indique que l'inhibition est compétitive. Puisque les expériences de caractérisation préliminaire d'inhibiteur décrites ci-dessus ont indiqué une différence de Ki entre les xylanases étudiées, les 35 valeurs de Ki de plusieurs xylanases ont été déterminées. Comme permettent de le constater les résultats figurant 2902974 86 sur la figure 22, les valeurs de KI ne diffèrent pas notablement entre les xylanases. Cela confirme les résultats indiqués par la caractérisation préliminaire simple de l'inhibiteur. 5 Inhibition en fonction du pH Un dépôt en tache simple d'inhibiteur de xylanase à différents pH a révélé qu'il semblait exister un effet du pH sur l'inhibition des xylanases. En conséquence, une expérience a été établie pour étudier cet effet. Comme 10 permet de le constater la figure 23, l'inhibition des xylanases est influencée par le pH. La figure 24 illustre les optimums de pH pour les xylanases. Si ces deux courbes sont comparées, on constate la plus forte inhibition à l'optimum de pH pour la xylanase, à l'exception de la 15 mesure à pH de la xylanase Novo (980901). Pour déterminer si les rapports d'inhibition mesurés dans les analyses indiqués dans le présent mémoire sont applicables à l'analyse de la pâte, certains calculs peuvent être effectués : 20 Extraction de l'inhibiteur grammes de farine 6 ml d'eau 12 g de farine/ml : 0,5 g de farine dans l'analyse : 0,05 25 Solution de xylanase TXU/ml : 12 TXU/ml dans l'analyse : 3 30 Rapports inhibiteur : xylanase TXU/kg de farine : 60 000 dans l'analyse d'inhibiteur TXU/kg de farine : 3000 dans les applications 35 de boulangerie 2902974 87 D'après les calculs ci-dessus, le rapport inhibiteur:xyl.anase dans l'analyse peut être calculé, ce qui donne une valeur dans l'analyse 20 fois inférieure à celle dans la pâte. Cela peut signifier seulement que la 5 xylanase doit être beaucoup plus inhibée dans la pâte. Cependant, la mobilité et l'activité d'eau sont bien inférieures dans la pâte et cela pourrait influencer l'inhibition. Discussion brève 10 La farine de blé contient de l'inhibiteur d'endo-R-1,4-xylanase endogène. L'inhibiteur peut être extrait de la farine de blé par une extraction simple au moyen d'eau, ce qui signifie que l'inhibiteur est hydrosoluble. L'inhibiteur a été purifié en utilisant des techniques 15 chromatographiques de filtration sur gel, d'échange d'ions et d'interaction hydrophobe. La caractérisation de l'inhibiteur purifié, en utilisant la chromatographie analytique de filtration sur gel, la SDS PAGE, la chromatographie à phase inversée et 20 la SM, a révélé la présence d'un polypeptide d'approximativement 40 kDa. Ce polypeptide s'est révélé être un dipeptide, contenant deux peptides ayant des poids moléculaires, respectivement, à 12104 et 28222 Da. L'inhibiteur purifié (plus précisément les deux peptides) 25 a été soumis à un séquençage N-terminal, puis à une digestion et un séquençage des peptides obtenus. L'expérience préliminaire avec l'inhibiteur a indiqué que la diminution d'activité de xylanase constatée pouvait être due à une protéolyse. Cependant, l'analyse d'essais 30 d'incubation (xylanase + inhibiteur) et de la cinétique concernant l'inhibiteur ont indiqué que la diminution observée d'activité de xylanase était due à un inhibiteur compétitif. Des expériences d'activité d'inhibiteur en utilisant 35 plusieurs xylanases indiquent des différences de sensibilité à l'inhibiteur. Certaines xylanases sont 2902974 88 inhibées à un taux de pratiquement 100 % par l'inhibiteur (à un rapport inhibiteur:xylanase inférieur à celui existant dans la farine). En faisant varier le pH dans l'analyse d'inhibiteur, il se révèle que l'inhibition est 5 hautement dépendante du pH dans l'analyse. L'étude des mutants de xylanase a révélé que le remplacement d'un amino-acide peut signifier une diminution de 250 % de l'inhibition. Pour confirmer les résultats décrits ci-dessus, les 10 valeurs de Ki ont été déterminées pour plusieurs xylanases. Les résultats ont mis en évidence des valeurs de Ki différentes en fonction de la xylanase utilisée, ce qui confirme les différences de résistance à l'inhibiteur en fonction de la xylanase, constatées dans les résultats 15 préliminaires. Exemple 3 Essais de cuisson au four Les résultats ci-dessous sont les résultats d'un essai de cuisson au four avec le mutant XMl. Les résultats 20 montrent que ce mutant de xylanase nouveau est nettement supérieur à BX (type sauvage de Bacillus subtilis) sur la base du volume. Sur la base d'une mesure de caractère collant, il n'existe aucune différence significative entre les deux xylanases. 25 Enzymes 980902 (BX) : xylanase purifiée de type sauvage, de Bacillus sub., exprimée dans E. coli (2000 TXU/ml). 980903 (XMl) mutant purifié de xylanase de type sauvage de Bacillus sub., exprimée dans E. coli 30 (1375 TXU/ml). Farine Farine danoise, lot 98022. Essai de cuisson au four (petis pains à croûte dure) 2000 g de farine, 40 g de levure sèche, 32 g de 35 sucre, 32 g de sel, 4 g de GRINDSTEDTM Panodan A2020, et de l'eau pour parvenir à 400 unités Brabender + 4 % ont 2902974 89 été malaxés dans un mélange Hobart avec un crochet pendant 2 minutes à faible vitesse et pendant 9 minutes à grande vitesse. La température de la pâte était égale à 26 C. La pâte a été pesée à 1350 g. Elle a été soumise à un repos 5 pendant 10 minutes à 30 C, puis à un moulage sur un appareil de moulage Fortuna. Elle a été soumise à une fermentation pendant 45 minutes à 34 C et une humidité relative de 85 %. Elle a été cuite dans un four Baga pendant 18 minutes à 220 C et traitée à la vapeur pendant 10 12 secondes. Après refroidissement, les petits pains ont été pesés et leur volume a été mesuré par la méthode de déplacement de graines de colza. 15 Volume du pain, ml Volume spécifique = Poids du pain, g 20 Mesure du caractère collant La mesure du caractère collant a été effectuée suivant le protocole 2. Comme permet de le constater le tableau 15, le mutant de xylanase nouveau (XMl) provoque une augmentation du 25 volume du pain nettement supérieure à celle provoquée par BX. 2902974 90 TABLEAU 15 Augmentation du volume du pain (ml/g) et caractère collant (g x s) en fonction de deux xylanases (BX et XM1) appliquées à des doses différentes Echan- Dose, Caractère Volume Augmentation tillon TXU/kg collant, spécifique, de volume g x s ml/g Spécifique, % BX 2000 6,00 6,03 2,55 BX 5000 6,60 6,49 10,37 BX 8000 5,00 6,77 15,14 BX 12000 7,00 6,72 14,29 XMl 2000 4,30 6,60 12,24 XM1 5000 6,20 6,88 17,01 XMl 8000 6,20 7, 06 20,07 XMl 12000 6,90 7,32 24,49 Témoin 0 4,50 5,88 - Les résultats sont représentés sur les figures 25, 26 10 et 27. Exemple 4 Caractère collant de la pâte en fonction de XM1, de la xylanase Veron Special de Rôhm et d'une variante purifiée de la xylanase Veron Special de Rôhm 15 Pour déterminer si la xylanase nouvelle, XMl, donne une pâte plus ou moins collante que celle de la xylanase Veron Special de Rôhm (et une de ses variantes purifiées), 5 2902974 91 des échantillons de pâte ont été préparés et le caractère collant en fonction de la xylanase a été déterminé. Farine De la farine danoise, lot N 98022, a été utilisée. 5 Préparation de la pâte Des échantillons de pâtes ont été préparés de la manière décrite dans le protocole 2. Après le mélange, la pâte a été laissée au repos pendant 10 et 45 minutes, respectivement, dans des récipients clos hermétiquement 10 avant la mesure du caractère collant. Mesure du caractère collant Les mesures du caractère collant ont été effectuées suivant le protocole 2. Enzymes 15 980903 (XMl) : mutant purifié de xylanase de type sauvage de Bacillus sub., exprimé dans E. coli (1375 TXU/ml). N 2199 la xylanase Veron Special de Rôhm (10500 TXU/g). 20 980603 (Rôhm) préparation purifiée de xylanase Belase de Frimond (identique à celle de Rôhm) (1050 TXU/ml). Les pâtes suivantes ont été préparées (tableau 16) . 25 TABLEAU 16 Pâte préparée pour la détermination du caractère collant Xylanase Dose, farine TXU/kg 980603 (xylanase purifiée 15,000 de Rôhm) Témoin 0 XMl 15,000 N 2199 (Veron Special de 15,000 Rôhm) 2902974 92 La pâte figurant sur le tableau 16 a donné les résultats de caractère collant indiqués sur le tableau 17. TABLEAU 17 5 Résultats des mesures du caractère collant sur une pâte préparée avec de la xylanase purifiée de Rôhm, un témoin, XMl, et la xylanase Veron Special de Rôhm Xylanase TXU/kg de Temps de Caractère Augmentation farine levée, collant, de caractère min g x s Collant, g x s 980603 15,000 10 7,22 2,22 980603 15,000 45 10,15 4,08 Témoin 0 10 5,00 0 Témoin 0 45 6,09 0 XMl 15,000 10 6,61 1,61 XMl 15,000 45 9,64 3,55 N 2199 15,000 10 8,57 3,57 N 2199 15,000 45 12,14 6,05 Les résultats sont représentés sur les figures 28, 29 et 30 L'augmentation de caractère collant au moyen de la xylanase XM1 est inférieure à l'augmentation de caractère 15 collant avec la xylanase purifiée de Rôhm. L'augmentation de caractère collant obtenue au moyen de la xylanase non purifiée de Rôhm est bien supérieure. 10 2902974 93 Exemple 5 Caractère collant de la pâte en fonction de l'endo-0-1,4-glucanase bactérienne Les résultats ci-après proviennent d'une expérience 5 conçue pour étudier l'aptitude de l'endo-(3-1,4-glucanase bactérienne à conférer un caractère collant. Enzymes 981102-1 (Xyl) correspond à une préparation purifiée de xylanase bactérienne de Rôhm obtenue à partir 10 du produit Veron Special. La préparation consiste en xylanasse pure et ne contient aucune endo-0-1,4-glucanase (350 TXU/ml). 981102-2 (Xyl + Gluc) : correspond à une préparation purifiée de xylanase bactérienne de Rôhm obtenue à partir 15 du produit Veron Special, contenant de l'endo-0-1,4-glucanase (900 TXU/ml + 19 BGU/ml). Analyse de xylanase Les analyses de xylanase ont été effectuées suivant le protocole 1. 20 Analyse de glucanase Les analyses de glucanase ont été effectuées suivant le protocole 4. Farine De la farine danoise, lot N 98058, a été utilisée. 25 La valeur d'absorption d'eau à 400 BU était égale à 60 Préparation de la pâte Des échantillons de pâte ont été préparés de la manière décrite dans le protocole 2. Après le mélange, la pâte a été laissée au repos pendant 10 et 45 minutes, 30 respectivement, à 30 C dans des récipients clos hermétiquement. Mesure du caractère collant Des mesures du caractère collant ont été effectuées suivant le protocole 2. 2902974 94 Les pâtes énumérées sur le tableau 18 ont été préparées et étudiées pour déterminer le caractère collant. 5 TABLEAU 18 Pâte préparée pour étudier le caractère collant Pâte n Pâte TUX/kg de farine BGU/kg de farine 1 Témoin 0 0 Z TXU 7500 0 3 TXU + BGU 7500 158 4 TXU 15000 0 5 TXU + BGU 15000 316 Les pâtes énumérées sur le tableau 18 ont donné les 10 résultats de caractère collant figurant sur le tableau 19. TABLEAU 19 Résultats de caractère collant de la pâte avec de la xylanase et de la pâte avec de la xylanase + glucanase 15 "Pâte N " désigne la pâte N sur le tableau 18 Stik 10 indique les résultats de mesure du caractère collant au bout de 10 minutes Stik 45 indique les mesures après 45 minutes de repos Pâte n Stik 10, Ecart- Stik45, Ecart- g x s type g x s type 1 4,5 0,342 5,11 0,552 2 5,29 0,619 8,62 0,607 3 5,47 0,663 9,38 0,832 4 8,61 0,408 9,15 0,418 5 8,73 0,35 10,19 0,857 Comme permet de le constater le tableau 19, l'addition d'endo-(3-1,4-glucanase à la pâte provoque une 20 2902974 95 augmentation du caractère collant de la pâte. Les résultats figurant sur le tableau 19 sont illustrés sur la figure 31. RESUME 5 En résumé, la présente invention propose, et les exemples illustrent, ce qui suit : a. L'isolement d'un inhibiteur d'endo-0-1,4-xylanase endogène à partir de farine de blé. b. La caractérisation d'un inhibiteur d'endo-0-1,4-10 xylanase endogène isolé à partir de farine blé. c. La caractérisation de l'effet de l'inhibiteur d'endo-J3-1,4-xylanase endogène sur différentes xylanases. d. Un moyen pour sélectionner des xylanases non influencées de manière néfaste par l'inhibiteur d'endo-(3- 15 1,4-xylanase endogène. e. Un moyen pour sélectionner des xylanases non influencées de manière néfaste par des inhibiteurs d'endo-J3-1,4-xylanase. f. Des xylanases qui permettent d'obtenir une pâte 20 présentant un volume avantageux et un caractère collant acceptable, comparativement à des pâtes comprenant des xylanases fongiques. g. Une méthode pour sélectionner les xylanases et/ou les soumettre à une mutation en utilisant un inhibiteur 25 d'endo-J3-1,4-xylanase endogène, et l'utilisation de ces xylanases ou mutants ou de leurs mutants dans la production de pâtes. h. Un produit alimentaire préparé avec les xylanases de la présente invention. 30 La présente invention propose également : a. Une Xylanase de Bacillus subtilis ou un de ses mutants, caractérisée en ce qu'elle convient à la préparation d'une pâte non collante. b. Une souche de Bacillus subtilis, caractérisée en ce 35 qu'elle est capable de produire une xylanase convenable pour la préparation d'une pâte non collante. 2902974 96 c. Ce Bacillus substilis, caractérisé en ce que ladite souche est la souche 168. d. Unze xylanase provenant d'une souche de Bacillus subtilis, caractérisée en ce qu'elle convient à la 5 préparation d'une pâte non collante. e. Cette Xylanase, caractérisée en ce que la souche de Bacillus subtilis est la souche 168. La présente invention propose en outre a. Une méthode pour déterminer le degré de résistance 10 d'une xylanase à un inhibiteur de xylanase, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes consistant : (a) à mettre en contact une xylanase intéressante avec un inhibiteur défini ci-après ; et (b) à déterminer le degré auquel l'inhibiteur inhibe 15 (si tant est qu'il provoque une quelconque inhibition) l'activité de la xylanase intéressante. b. Une méthode pour identifier une xylanase bactérienne ou un de ses mutants convenables pour une utilisation dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four, 20 caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes consistant : (a) à incorporer une xylanase bactérienne intéressante à une formulation de pâte ; et (b) à déterminer le caractère collant de la 25 formulation de pâte résultante ; de telle sorte que la xylanase bactérienne ou son mutant puisse être utilisé convenablement dans la préparation d'un produit alimentaire cuit au four si la formulation de pâte résultante a un caractère collant qui 30 est inférieur à celui d'une formulation de pâte similaire comprenant une xylanase fongique. c. Une méthode pour identifier une composition de xylanase ou un milieu dans lequel une xylanase doit être préparée ou bien un milieu auquel une xylanase doit être 35 ajoutée, devant convenir à l'utilisation dans la 2902974 97 préparation d'un produit alimentaire cuit au four, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes consistant (a) à prendre une composition contenant la xylanase intéressante ou un milieu dans lequel la xylanase doit 5 être préparée ou bien un milieu auquel la xylanase doit être ajoutée ; et (b) à déterminer la présence d'une ou plusieurs enzymes consistant en glucanases actives dans la composition ou le milieu ; 10 de telle sorte que, s'il existe au plus une faible quantité d'une ou plusieurs enzymes consistant en glucanases actives dans la composition ou le milieu, alors cette composition ou ce milieu convient à la préparation d'un produit alimentaire cuit au four. 15 d. Une méthode caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes consistant : (a) à déterminer la quantité d'inhibiteur définie ci-après dans une farine de blé, farine de blé qui peut être de la farine de blé proprement dite ou qui peut être 20 présente dans un milieu la contenant ; (b) à choisir une xylanase convenable pour l'addition à la farine de blé et/ou à choisir une quantité convenable d'une xylanase pour l'addition à la farine de blé ; et (c) à ajouter la xylanase convenable et/ou la 25 quantité convenable de la xylanase à la farine de blé. e. Une méthode combinée, caractérisée en ce qu'elle comprend une première étape comprenant la méthode définie en a. et une seconde étape comprenant la méthode définie en b.. 30 f. Une méthode combinée, caractérisée en ce qu'elle comprend deux ou plus de deux des étapes suivantes : une première étape comprenant la méthode définie en a., une seconde étape comprenant la méthode définie en b., une troisième étape comprenant la méthode définie en c., et 35 une quatrième étape comprenant la méthode définie en d.. 2902974 98 L'inhibiteur précité est un inhibiteur d'endo-f-1,4-xylanase, caractérisé en ce qu'il peut être obtenu à partir de farine de blé. De préférence, cet inhibiteur : 5 - a un MWT d'environ 40 kDa (mesuré par SM ou SDS PAGE) ; et/ou - a un pI d'environ 8 à environ 9,5 ; et/ou - comprend une ou plusieurs des séquences d'aminoacides représentées par les SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, 10 SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18 et/ou SEQ ID N 19 ou un de leurs variants, homologues ou fragments ; et/ou - est sous une forme isolée. Toutes les publications mentionnées dans le mémoire 15 descriptif ci-dessus sont citées à titre de référence dans le présent mémoire. Il va de soi que la présente invention n'a été décrite qu'à titre explicatif, mais nullement limitatif, et que de nombreuses modifications peuvent y être 20 apportées sans sortir de son cadre. 2902974 99 LISTE DES SEQUENCES Les pages suivantes présentent une série de listes de séquences -comprenant les séquences suivantes : SEQ ID N 1 - séquence d'amino-acides de l'inhibiteur 5 SEQ ID N 2 - séquence d'amino-acides de l'inhibiteur SEQ ID N 3 - séquence d'amino-acides d'une xylanase de type sauvage (R) SEQ ID N 4 - séquence de nucléotides d'une xylanase de type sauvage (R) 10 SEQ ID N 5 - séquence d'amino-acides d'une xylanase de type sauvage (D) SED ID N 6 - séquence de nucléotides d'une xylanase de type sauvage (D) SEQ ID N 7 - séquence d'amino-acides d'une xylanase 15 mutante (XMl) SEQ ID N 8 - séquence de nucléotides d'une xylanase mutante (XMl) SEQ ID N 9 - séquence d'amino-acides d'une xylanase mutante (XM2) 20 SEQ ID N 10 - séquence de nucléotides d'une xylanase mutante (XM2) SEQ ID N 11 -séquence d'amino-acides d'une xylanase mutante (XM3) SEQ ID N 12 -séquence de nucléotides d'une xylanase 25 mutante (XM3) SEQ ID N 13 séquence d'amino-acides de l'inhibiteur N 14 séquence d'amino-acides de SEQ ID 30 l'inhibiteur N 15 - séquence d'amino-acides de SEQ ID l'inhibiteur N 16 - séquence d'amino-acides de SEQ ID l'inhibiteur N 17 - séquence d'amino-acides de SEQ ID 35 l'inhibiteur 2902974 100 SEQ ID N 18 séquence d'amino-acides de l'inhibiteur SEQ ID N 19 séquence d'amino-acides de l'inhibiteur 5 Notes . Pour XMl, XM2 et Xm3 - on a introduit des modifications (représentées) dans la séquence de nucléotides et la séquence d'amino-acides par mutation 10 dirigée du gène. Le gène muté peut être exprimé dans E.coli, dans Bacillus ou dans n'importe quel organisme de choix. SEQ ID N 1 1 2 3 4 5 (3 7 8 9 1011 12 13 14 15 16 17 18 1920 21 22232425 L A V V A R A V K D V A P F G V X Y D T K T L G N 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 N L G G Y A V P N Q L G L L D G G X D W T M I X K 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 N S M V D V K 25 SEQ ID NO. 2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1011 12131415161718192021 22232425 G P P L A P V T E A P A T S L Y T I P F H H G A A 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 X V L D V X S S X L L W X 15 20 30 2902974 SEQ ID N 3 MF KFIGC 7 REVENDICATIONS 1. Produit de boulangerie ou substance pour la préparation d'un produit de boulangerie caractérisé(e) en ce qu'il(elle) comprend un polypeptide résultant de l'expression de la séquence nucléotidique SEQ ID N0.6 dans un hôte d'expression approprié. 2. Produit de boulangerie ou substance pour la préparation d'un produit de boulangerie selon la revendication 1, caractérisé(e) en ce que la séquence SEQ ID NO.6 code pour une xylanase de Bacillus subtilis. 3. Produit de boulangerie ou substance pour la préparation d'un produit de boulangerie selon la revendication 1 ou 2, caractérisé(e) en ce que l'hôte d'expression approprié est E.coli. 20 4. Procédé d'obtention d'un produit de boulangerie ou d'une substance pour la préparation d'un produit de boulangerie, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes: i) on fait s'exprimer un polynucléotide dont la séquence 25 correspond à SEQ ID NO.6 dans un hôte d'expression; ii) on récupère le polypeptide exprimé à l'étape i); iii) on ajoute le polypeptide récupéré à l'étape ii) à la farine pour former un mélange en vue d'obtenir un produit de boulangerie. 30 5. Procédé selon la revendication claim 4, caractérisé en ce que le polynucléotide de séquence SEQ ID NO.6 code pour une xylanase de Bacillus subtilis. 2902974 108 6. Procédé selon l'une des revendications 4 ou 5, caractérisé en ce qu'il comprend, en outre, une étape de purification du polypeptide obtenu à l'étape ii). 5 7. Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 6, caractérisé en ce que la séquence polynucléotidique de l'étape i) comprend une séquence leader de sécrétion pour augmenter l'expression du polypeptide exprimé. 10 8. Procédé selon l'une quelconque des revendications 4 à 7, caractérisé en ce que le produit de boulangerie est une pâte. 9. Produit de boulangerie ou substance pour obtenir un produit 15 de boulangerie, caractérisé(e) en ce qu'il (elle) est susceptible d'être obtenu(e) selon le procédé de l'une quelconque des revendications 4 à 8. 10. Pâte selon la revendication 9, caractérisée en ce qu'elle est moins collante qu'une pâte préparée à l'aide d'un xylanase fongique. 11. Pâte selon la revendication 10, caractérisée en ce que le caractère collant de la pâte est mesuré selon le Protocol 2 décrit dans la présente demande. 12. Produit de boulangerie ou substance pour obtenir un produit de boulangerie, selon la revendication 9, caractérisé(e) en ce qu'il(elle) comprend de la farine de blé. 13. Produit de boulangerie ou substance pour obtenir un produit de boulangerie, selon la revendication 9, caractérisé(e) en ce qu'il(elle) comprend en outre une levure.