FR 2862314 A1 20050520 FR 0313275 A 20031113 Identification de marqueurs diagnostic pour les encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles La présente demande concerne des marqueurs biologiques des encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles et leurs utilisations dans des méthodes de diagnostic. Elle concerne également des outils et/ou kits utilisables pour la mise en oeuvre de ces méthodes (réactifs, sondes, amorces, anticorps, puces, cellules, etc.), leur préparation et leurs utilisations. L'invention est utilisable pour détecter la présence d'une infection chez les mammifères, y compris en phase précoce. Les maladies à prions, également appelées encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles ou maladies à agents transmissibles non conventionnels (ATNC) sont des maladies du système nerveux central rencontrées chez certains mammifères, dont l'homme. Les formes les plus connues de ces maladies sont la tremblante du mouton chez les ovins, l'Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB) chez les bovins, la maladie de Creutzfeld-Jakob (MCJ), le kuru et l'insomnie fatale familiale chez l'homme. L'agent infectieux n'est pas encore définitivement déterminé, mais l'hypothèse la plus acceptée est que ces maladies sont associées à l'accumulation dans le cerveau d'une protéine prion (PrP) de conformation anormale par rapport à la conformation observée chez les individus sains. La découverte d'une nouvelle variante de MJC (vMJC) après l'épidémie bovine de ESB en Angleterre confirme que ces maladies sont transmissibles et vraisemblablement peuvent franchir la barrière des espèces par le biais de l'alimentation. Leur évolution lente et fatale, est associée à des lésions qui affectent exclusivement le système nerveux central. Avec la découverte de vMCJ, des mesures d'urgences ont été mises en place pour évaluer l'ampleur de l'épidémie de l'ESB et pour protéger la santé publique. L'Union européenne impose désormais le test systématique de toute viande provenant de bovins abattus et âgés de plus de 30 mois. Le temps d'incubation de l'ESB étant autour de cinq années, période durant laquelle l'infection peut se propager latéralement et verticalement, le développement d'un test diagnostic sur des animaux vivants revêt une importance vitale. Un test précoce offrirait un moyen sûr d'exclure les animaux infectés de la chaîne alimentaire. Le test utilisé aujourd'hui détecte uniquement de façon post mortem les animaux infectés à un stade tardif de la maladie. Il y a un besoin urgent de mettre sur pied un test diagnostique capable de détecter des encéphalopathies à un stade précoce chez des animaux vivants et de façon rapide. Un tel test permettrait de suivre tous les animaux à risque en les testant de multiple fois au cours de leur vie. La demande WO02/074986, appartenant au demandeur, décrit plusieurs marqueurs génétiques des encéphalopathies. Par une recherche extensive utilisant une approche innovante, différents marqueurs supplémentaires de l'ESB ont été identifiés et validés dans des expériences d'hybridation, permettant d'établir un test pré-symptomatique utilisable à partir du sang d'un mammifère vivant. Les marqueurs identifiés ont été isolés par la technique DATAS (demande de brevet n WO99/46403). DATAS identifie des différences qualitatives de l'expression de gènes et fournit une analyse systématique de l'ARN épissé entre deux conditions: sains/infecté. DATAS mène à l'identification de variants ARN fonctionnellement distincts. La technique DATAS comprend trois étapes distinctes: la collecte de tissu, l'isolement des ARNs et la construction d'un répertoire contenant des différences qualitatives et identifiant des nouveaux fragments de gènes, qui ne peuvent pas être isolés par d'autres techniques génétiques. Par comparaison de l'expression qualitative des gènes dans les cellules sanguines de mammifères sains et infectés naturellement ou expérimentalement par l'ESB, différentes signatures de marqueurs génétiques ont été isolées. Les mammifères naturellement infectés étaient au stade final de la maladie, alors que les mammifères infectés par voie orale avec 1 g de cerveaux infectés par l'ESB, représentaient le stade précoce de la maladie. La mise en oeuvre de la méthodologie DATAS sur des cellules sanguines de vaches a permis l'identification et l'isolement de plusieurs milliers de marqueurs génétiques, répartis en deux répertoires représentatifs de l'expression qualitative des gènes entre des vaches saines et des vaches infectées naturellement d'une part, et entre des vaches saines et des vaches infectées expérimentalement d'autre part. Les marqueurs contenus dans ces répertoires ont été sélectionnés et validés selon deux approches: Dans la première approche, les fragments de gènes communs aux deux répertoires DATAS ainsi produits ont été identifiés. La séquence de ces 11 marqueurs est représentée dans les séquences SEQ ID NO: 1-11. Dans la seconde approche, les différents clones des deux expériences DATAS ont été déposés sur lames de verre. Les lames ont été hybridées avec des sondes produites à partir de matériel biologique de vaches infectées naturellement et de vaches saines utilisées comme contrôle. Au travers de deux types d'analyses comparant soit deux animaux sains versus deux animaux infectés soit un animal sain versus deux animaux infectés, 11 clones communs aux deux analyses ont été observés comme présentant une dérégulation dans les deux conditions normal versus infecté. Les 11 séquences d'acides nucléiques sont décrites ci-dessous comme SEQ ID NO: 12-22. La présente demande fournit ainsi un ensemble de marqueurs biologiques qui peuvent être utilisés, seuls ou en combinaison(s), pour détecter, caractériser ou suivre une encéphalopathie spongiforme transmissible chez un mammifère. L'invention est utile notamment pour détecter la présence de maladies à prion chez des sujets mammifères, notamment ovins, bovins ou humains. Elle est particulièrement avantageuse dans la mesure où elle peut être réalisée sur des mammifères vivants, à partir de fluides biologiques tels que le sang, plasma, plaquettes, etc. Un objet de la présente demande concerne une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer une encéphalopathie chez un mammifère, comprenant la détermination de la présence (ou de l'absence), dans un échantillon biologique du mammifère, d'une molécule cible choisie parmi: a) un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NOs: 1 à 22 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 5, de préférence 6, 7, 8, 9 ou 10 bases consécutives, b) un acide nucléique ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), c) un analogue fonctionnel d'un acide nucléique selon a) ou b), ou d) un polypeptide codé par un acide nucléique selon a) à c), la présence (ou l'absence) d'une telle molécule cible dans l'échantillon étant une indication de la présence ou du risque de développer une encéphalopathie chez ce mammifère. Dans une variante particulière de mise en oeuvre, la méthode comprend la détermination (simultanée) de la présence ou absence d'au moins, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou plus des molécules cibles telles que définies ci-dessus. La molécule cible peut être la séquence complète du gène ou de l'ARN ou de la protéine correspondant aux séquences SEQ ID NOs: 1-22, ou un fragment de celles-ci, par exemple comportant un domaine de variabilité (épissage, délétion, polymorphisme, etc.). Un analogue fonctionnel désigne plus particulièrement un analogue provenant d'une autre espèce (par exemple homme, mouton, etc.), ou un variant naturel résultant par exemple de polymorphisme, épissage, etc. Dans un mode de réalisation particulier, la méthode comprend la détermination de la présence d'au moins un acide nucléique selon a) à c). Différentes techniques utilisables pour détecter une espèce d'acide nucléique dans un échantillon sont utilisables dans la présente invention, comme par exemple le Northern Blot, l'hybridation sélective, l'utilisation de supports revêtus d'oligonucléotides sondes, l'amplification d'acide nucléique comme par exemple par RT-PCR, PCR quantitative et ligation-PCR, etc. Ces méthodes peuvent comprendre l'utilisation d'une sonde nucléique (par exemple un oligonucléotide) capable de détecter sélectivement ou spécifiquement l'acide nucléique cible dans l'échantillon. L'amplification peut être réalisée selon différentes méthodes connues en soi de l'homme du métier, telles que la PCR, la LCR, l'amplification médiée par transcription (TMA), l'amplification par déplacement de brin (SDA), NASBA, l'emploi d'oligonucléotides spécifiques d'allèles (ASO), l'amplification spécifique d'allèle, le Southern blot, l'analyse conformationnelle SSCA, l'hybridation in situ (e.g., FISH), la migration sur gel, l'analyse d'hétéroduplexes, etc. Selon un mode préféré de mise en oeuvre, la méthode comprend la détection de la présence ou de l'absence d'un acide nucléique selon a) à c) par hybridation sélective ou amplification sélective. L'hybridation sélective est typiquement réalisée en utilisant des sondes nucléiques, de préférence immobilisées sur un support, tel qu'un support solide ou semi-solide présentant au moins une surface, plane ou non, permettant l'immobilisation de sondes nucléiques. De tels supports sont par exemple une lame, bille, membrane, filtre, colonne, plaque, etc. Ils peuvent être réalisés en tout matériau compatible, comme notamment du verre, silice, plastique, fibre, métal, polymère, etc. Les sondes nucléiques peuvent être tout acide nucléique (ADN, ARN, PNA, etc.), de préférence simple-brin, comprenant une séquence spécifique d'une molécule cible telle que définie en a) à c) ci-dessus. Les sondes comprennent typiquement de 5 à 400 bases, de préférence de 8 à 200, plus préférentiellement moins de 100. Les sondes peuvent être des oligonucléotides synthétiques, produits sur la base des séquences de molécules cibles de l'invention selon des techniques de synthèse classique. Les sondes peuvent également être synthétisées directement in situ, sur le support, selon des méthodes connues en soi de l'homme du métier. Les sondes peuvent également être fabriquées par des techniques génétiques, par exemple par amplification, recombinaison, ligation, etc. Une telle sonde constitue un autre objet de la présente demande, ainsi que son utilisation (essentiellement in vitro) pour la détection d'une encéphalopathie chez un sujet. De manière particulièrement préférée, on utilise un ensemble de sondes nucléiques comprenant tout ou un fragment de 5 bases consécutives au moins de chacune des séquences SEQ ID NO: 1-22, ou d'un brin complémentaire de celles-ci, avantageusement immobilisées sur un support. L'hybridation peut être réalisée dans des conditions classiques, connues de l'homme du métier et ajustables par celui-ci (Sambrook et al). En particulier, l'hybridation peut être réalisée dans des conditions de stringence élevée, moyenne ou faible, selon le niveau de sensibilité recherché, la quantité de matériel disponible, etc. Par exemple, des conditions appropriées d'hybridation incluent une température comprise entre 62 et 67 C pendant 2 à 18 heures. Après l'hybridation, différents lavages peuvent être réalisés pour éliminer les molécules non-hybridées, typiquement dans des tampons SSC comprenant du SDS, tels que un tampon comprenant 0,1 à 10 X SSC et 0,1% SDS. Dans un mode de mise en oeuvre typique, les acides nucléiques (ou les puces ou supports) sont pré-hybridés dans un tampon d'hybridation (Rapid Hybrid Buffer, Amersham) contenant typiquement 100 gg/ml d'ADN de sperme de saumon à 65 C pendant 30 min. Les acides nucléiques de l'échantillon sont ensuite mis en contact avec les sondes (typiquement appliqués sur le support ou la puce) à 65 C pendant 2 à 18 heures. De préférence, les acides nucléique de l'échantillon sont marqués au préalable, par tout marquage connu (radioactif, enzymatique, fluorescent, luminescent, etc.). Les supports sont ensuite lavés dans un tampon 5X SSC, 0,1% SDS à 65 C pendant 30 min, puis dans un tampon 0.2X SSC, 0,1% SDS. Le profil d'hybridation est analysé selon des techniques classiques, comme par exemple en mesurant le marquage sur le support au moyen d'un instrument adapté (par exemple Instantlmager, Packard Instruments). Les conditions de l'hybridation peuvent naturellement être ajustées par l'homme du métier, par exemple en modifiant la température d'hybridation et/ou la concentration saline du tampon. L'amplification sélective est de préférence réalisée en utilisant une amorce ou une paire d'amorces permettant l'amplification de tout ou partie d'un des acides nucléiques cibles dans l'échantillon, lorsque celui-ci y est présent. L'amorce peut être spécifique d'une séquence cible selon SEQ ID NO: 1-22, ou d'une région flanquant la séquence cible dans un acide nucléique de l'échantillon. L'amorce comprend typiquement un acide nucléique simple-brin, d'une longueur comprise avantageusement entre 5 et 50 bases, de préférence entre 5 et 30. Une telle amorce constitue un autre objet de la présente demande, ainsi que son utilisation (essentiellement in vitro) pour la détection d'une encéphalopathie chez un sujet. 2862314 7 Dans un autre mode de réalisation, la méthode comprend la détermination de la présence d'un polypeptide selon d). La mise en évidence d'un polypeptide dans un échantillon peut être réalisée par toute technique connue en soi, comme notamment au moyen d'un ligand spécifique, par exemple un anticorps ou un fragment ou dérivé d'anticorps. De préférence, le ligand est un anticorps spécifique du polypeptide, ou un fragment d'un tel anticorps (par exemple un Fab, Fab', CDR, etc.), ou un dérivé d'un tel anticorps (par exemple un anticorps simple-chaîne, ScFv). Le ligand est typiquement immobilisé sur un support, tel qu'une lame, bille, colonne, plaque, etc. La présence du polypeptide cible dans l'échantillon peut être détectée par mise en évidence d'un complexe entre la cible et le ligand, par exemple en utilisant un ligand marqué, en utilisant un deuxième ligand de révélation marqué, etc. Des techniques immunologiques utilisables et bien connues sont les techniques ELISA, RIA, etc. Des anticorps spécifiques des polypeptides cibles peuvent être produits par des techniques conventionnelles, notamment par immunisation d'un animal non-humain avec un immunogène comprenant le polypeptide (ou un fragment immunogène de celui-ci), et récupération des anticorps (polyclonaux) ou des cellules productrices (pour produire des monoclonaux) . Des techniques de production d'anticorps poly- ou monoclonaux, de fragments ScFv, d'anticorps humains ou humanisés sont décrites par exemple dans Harlow et al., Antibodies: A laboratory Manual, CSH Press, 1988; Ward et al., Nature 341 (1989) 544; Bird et al., Science 242 (1988) 423; WO94/02602; US5,223,409; US5,877,293; WO93/01288. L'immunogène peut être fabriqué par synthèse, ou par expression, dans un hôte approprié, d'un acide nucléique cible tel que défini ci-avant. Un tel anticorps, monoclonal ou polyclonal, ainsi que ses dérivés ayant la même spécificité antigénique, constituent également un objet de la présente demande, de même que leur utilisation pour détecter une encéphalopathie. La méthode de l'invention est applicable à tout échantillon biologique du mammifère testé, en particulier tout échantillon comportant des acides nucléiques ou des polypeptides. On peut citer avantageusement un échantillon de sang, plasma, plaquette, salive, urine, selles, etc., plus généralement tout tissu, organe ou, avantageusement, fluide biologique comportant des acides nucléiques ou des polypeptides. Dans un mode de mise en oeuvre préféré, l'échantillon est un échantillon de sang ou plasma. L'échantillon peut par ailleurs être pré-traité pour faciliter l'accessibilité des molécules cibles, par exemple par lyse (mécanique, chimique, enzymatique, etc.), purification, centrifugation, séparation, etc. L'échantillon peut également être marqué, pour faciliter la détermination de la présence des molécules cibles (marquage fluorescent, radioactif, luminescent, chimique, enzymatique, etc.). L'invention est applicable à tout mammifère, de préférence choisi parmi les bovins, ovins et humains. La méthode de l'invention est particulièrement utile pour la détection de la tremblante du mouton chez les ovins, de l'Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB) chez les bovins, et de la maladie de Creutzfeld-Jakob (MCJ), le kuru et l'insomnie fatale familiale chez l'homme. Un objet particulier de la présente demande concerne une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer une ESB chez un bovin, comprenant la détermination de la présence (ou de l'absence), dans un échantillon biologique du bovin, d'une ou plusieurs molécules cibles choisies parmi: a) un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 5, de préférence 6, 7, 8, 9 ou 10 bases consécutives, b) un acide nucléique ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), c) un polypeptide codé par un acide nucléique selon a) ou b). Un autre objet particulier de la présente demande concerne une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer une ESB chez un bovin ou un ovin, comprenant la mise en contact d'un échantillon biologique du bovin ou ovin contenant des acides nucléiques avec un produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci, et la détermination du profil d'hybridation, le profil indiquant la présence ou le risque de développer une ESB chez le bovin ou ovin. De préférence, le produit comprend au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 acides nucléiques différents choisis parmi les acides nucléiques mentionnés ci-dessus. Dans un mode particulier de mise en oeuvre, le produit comprend chacun des acides nucléiques de séquence SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci. Un autre objet de la présente demande concerne un produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles- ci. De préférence, le produit comprend au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, acides nucléiques différents choisis parmi les acides nucléiques mentionnés ci-dessus. Dans un mode particulier de mise en oeuvre, le produit comprend chacun des acides nucléiques de séquence SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci Un autre objet de la présente demande concerne un produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un polypeptide codé par un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 15 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles-ci. De préférence, le produit comprend au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 polypeptides différents choisis parmi les polypeptides mentionnés cidessus. Le support peut être tout support solide ou semi-solide présentant au moins une surface, plane ou non, permettant l'immobilisation d'acides nucléiques ou de polypeptides. De tels supports sont par exemple une lame, bille, membrane, filtre, colonne, plaque, etc. Ils peuvent être réalisés en tout matériau compatible, comme notamment du verre, silice, plastique, fibre, métal, polymère, polystyrène, téflon, etc. Les réactifs peuvent être immobilisés sur la surface du support par des techniques connues, ou, dans le cas des acides nucléiques, synthétisés directement in situ sur le support. Des techniques d'immobilisation incluent l'adsorption passive (Inouye et al., J. Clin. Microbiol. 28 (1990) 1469), la liaison covalente. Des techniques sont décrites par exemple dans WO90/03382, WO99/46403). Les réactifs immobilisés sur le support peuvent être ordonnés selon un schéma pré-établi, pour faciliter la détection et l'identification des complexes formés, et selon une densité variable et adaptable. Dans un mode de mise en oeuvre, le produit de l'invention comprend un pluralité d'oligonucléotides synthétiques, d'une longueur comprise entre 5 et 100 bases, spécifiques d'un ou plusieurs acides nucléiques cibles définis en a) à c). Les produits de l'invention comprennent typiquement des molécules contrôle, permettant d'étalonner et/ou normaliser les résultats. Un autre objet de la présente demande concerne un kit comprenant un compartiment ou conteneur comprenant moins un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles- ci. De préférence, le produit comprend au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 acides nucléiques différents choisis parmi les acides nucléiques mentionnés ci-dessus. Dans un mode particulier de mise en oeuvre, le produit comprend chacun des acides nucléiques de séquence SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci. Le kit peut comprendre par ailleurs des réactifs pour une réaction d'hybridation ou immunologique, ainsi que, le cas échéant, des contrôles et/ou instructions. Un autre objet de l'invention concerne l'utilisation d'un produit ou kit tel que défini ci-dessus pour la détection d'une encéphalopathie chez un sujet mammifère. Un autre objet de l'invention concerne un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-22, ou un fragment de celles-ci comprenant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci, ou un analogue fonctionnel de celles-ci, en particulier un analogue provenant d'une autre espèce. L'invention concerne également un vecteur de clonage ou d'expression comportant ces acides nucléiques, ainsi que toute cellule recombinante comprenant un tel vecteur ou acide nucléique. Un autre objet de l'invention concerne l'utilisation d'un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-22, ou un fragment de celles-ci comprenant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci, ou un analogue fonctionnel de celles-ci, en particulier un analogue provenant d'une autre espèce, pour la détection (essentiellement in vitro) d'une encéphalopathie chez un sujet mammifère. Selon un exemple particulier de mise en oeuvre de l'invention, on prélève un échantillon de sang d'un mammifère à tester. L'échantillon de sang est traité de manière à rendre les acides nucléiques plus accessibles, et ceux-ci sont marqués. Les aides nucléiques sont ensuite appliqués sur un produit tel que défini ci-avant et le profil d'hybridation est déterminé, permettant de diagnostiquer la présence ou non d'une encéphalopathie chez le sujet. La méthode de l'invention est simple, pratiquée ex vivo, sur des animaux vivants, et permet la détection précoce d'une maladie à prion. 2862314 12 LISTE DE SEQUENCES SEQ ID NO: 1 - Cluster NROA c21_1 Homologie avec NM 001416: Homo sapiens eukaryotic translation initiation factor 4A, isoform 1 (EIF4A1) mRNA 15 20 25 1 TTGAGAAGCG TTATTGTGGG GAGGTCATAG TTGATGACTA AGGAAACTTG 51 CTGTACATCA ATACCTCTGG CCAGTAGGTC AGTGGTAATC AATACTCTGC 101 TGGAGCCAGA GCGGAACTCC CTCATGATAA CGTCTCGTTC TTTTTGGTCC 151 ATGTCTCCGT GCATGGCAGA GACGGTGAAG TCTCGGGCAT GCATCTTCTC 201 GGTGAGCCAA TCCACCTTCC TTCGGGTGTT GATGAAGATG ACTGCCTGGG 251 TAATGGTCAG GGTTTCATAC AAGTCGCACA GTGTGTCCAG CTTCCACTCC 301 TCTCGTTCCA CATTGATGTA GAACTGACGG ATACCCTCCA GCGTCAACTC 351 TTCCTTCTTG ACAAGAATTC TAATTGGGTC CCTCATGAAC TTCTTGGTCA 401 CCTCCCGCCC ATAACGCTTC TCAA SEQ ID NO: 2 - Cluster NROA_c12_1 Homologie avec NM_15862: Homo sapiens actin related protein 2/3 complex, subunit 2, 43kDa 5ARPC2) transcript variant 1 mRNA 1 CTTGTATGGT GTATGGAAGT TACTTGGTAA ATCCAGAATC AGGATACAAT 51 GTCTCCTTGC TATACGACCT TGAAAATCTG CCTGCATCCA AGGATTCCAT 40 101 CGTGCATCAA GCTGGCATGT TGAAACGAAA CTGTTTTGCC TCTGTCTTTG 151 AGAAATACTT CCAGTTCCAG GAATGAGGGC AAGGAATGAG AGTTAGGGGC 201 AGTTATCCAT TATAGGGATG ATGAGACCAT GTATGTTGAG TCAAAAAAAG 251 ACAGAGTCAC AGTAGTCTTC AGCACAGTGT TTAAGGATGA CGACGATGTG 301 GTCATTGGAA AGGTGTTCAT GCAGGAGTTC AAAGAAGGAC GCAGAGCCAG 351 CCACACAGCC CCACAGGTCC TCTTCAGCCA CAGGGAACCT CCCTTAGAGC 401 TGAAAGATAC CGATGCCGCC GTGGGTGACA ACATTGGCTA CATTACCTTC 451 GTGCTGTTCC CTGCCCCAAT ATAA SEQ ID NO: 3 - Cluster NROB c160_1 Homologie avec AF513721: Bos grunniens myosin regulatory light chain mRNA 5 1 CCAGTGTGTT GCCCCTGAGA AGCGTTATAT GCGGTAGTGA GGGGAATTTC 51 AATTACATCG AGTTCACACG CATCCTTAAG CATGGAGCGA AAGACAAAGA 101 CGACTAAAAA GAACTTCAAA CTCCAGCCAA ACGTTCCTTG TTGCCACTCT 151 GGGTATTTCT GAGACTTTCT CTTAGAGCCT GTTGCATGCC CTTAGCTTTA 201 CAGCTTCTGC CTTTCTTTTG TATTTATTCT CAGCCATTTG GGGCACATGC 251 ATCTCTATAA TCAGACTGGA TATGGGACTT CTTGTCATTT TAAGAGTAGA 301 AAATAGGGTA ATTTAACTTA CCAGCTGCCG TCTACCCTCC CCCAAAGTCA 351 TAACGCTTCT CNNNNNNNCA GC SEQ ID NO: 4 - Cluster NROB cl_11 Homologie avec BM429753: 1Duo2OH3.abl Bos Taurus duodenum #1 library Bos Taurus cDNA, mRNA sequence 1 TCTGCAGAAT TCGCCTCTGA GAAGCGTTAT GCTGAGAGGG GGGACTGGAA 51 GCTTTGCTGA TATTTACTCA ATATTCACAA GGGGCCTGTG TAATGTGTTT 101 CACAGGTAGT GCTAATGCTC AATGCAAGAT GCATTTCAGC CTTGTAATTC 151 CTTTCATTTG AGTCTTTGAA CCATGTCCAA TGAACCAGAG CTCAAACTAA 201 TCAATTTTGT AGTTGGTATT TGTTGGAGGG GAGGCAGGCA TGGACAGCAA 251 TAGGGAGTGA GCTGGAGAGA TGCTTTGCTA ACCATAGTAA ACTGTGAAAA 301 AATAGTTACT TCCTGAAAAA AGGAAATATT CTTGAGAGCA CCTTCATAAT 351 GTCATCAAAT ACATGGCTAA ATACATTGTC TTGAGCCTCC TTCCTAATGT 401 TTCTTAGTTT TTTTTCATAT TCCATCTTTA GTAATTCAAT TTCCCCCTCT 451 TTTTCCTGCA TAATCTTCTC GCATGCTTGA GCACACTCCT TTTCCACTTT 501 TTGGATTTCC ATTTCTAATT GATCAATATA TCTTT SEQ ID NO: 5 - Cluster NROB et 15 Homologie avec NM 003127: Homo sapiens spectrin, alpha, non-erythocytic 1 (alpha-55 fodrin) (SPTANI) mRNA 1 AGAAGCGTTA TCGGGTAGGC TAACCTAGGA GCAGAGGATC AGTTCACGAA 51 GAGCGAGCGG GTGAACTCGA CGTAATCAAA AGCAGTGGGG AGTTCGCGGC 101 CCTTGCTGTC CACGTAGGGC TTCATGTGGG AGACGCAGTA GTCGGCTTGT 151 TCCCGAGTCA GGTTCTGGTA CAGCTCCTCC TTGGTCACAT AAGGCTTCCC 201 TTCAGAGCTC AGGGCCCGGA AGGCGCTCTC AATCTCCTCG CTGGACTTGA 251 CGTTCTCGGT CTCACGGCTG ATCATAAAGG CCATGTACTC TTGCAGGGAG 301 ACGTGGCCGT CCCTGTTAGG ATCCACAGTG TCCAGGATGG CCTCGAACTC 351 AGGGTCGGGC TCCCCTTCCT CCACCATGGG CAGGTCATAG CCCAGGGAGC 401 GCAGACAGGA TTTGAACTCC TGGTGGTTCA GCCGGCCAGA CTTGTCCTTG 451 TCGAAGTGTT TGAACATCAT GCTGAATTCT TTGAGGGCCT TACAGATAAC 501 GCTTCTCAAA GGCGAATTCT GCAGATA SEQ ID NO: 6 - Cluster NROB_cl_13 Homologie avec NM_003295: Homo sapiens tumor protein, translationally-controlled 1 (TPT1) mRNA 1 GAGAAGCGTT ATGGCGGGGA GGTACCGAAA GCACAGTAAT CACTGGTGTC 51 GATATTGTCA TGAGCCATCA CTTGCAGGAA ACCAGCTTCA CAAAAGAAGC 101 CTACAAGAAG TACATCAAAG ATTACATGAA GTCAATCAAA GGGAAACTTG 151 AAGAACAGAG ACCAGAAAGA GTAAAACCTT TTATGACAGG GGCTGCAGAA 201 CAAATCAAGC ACATCCTTGC TAATTTCAAA AACTATCAGT TCTTTATTGG 251 TGAAAACATG AATCCAGATG GCATGGTTGC TCTGCTGGAC TACCGTGAGG 301 ATGGTGTAAC CCCATATATG ATTTTCTTTA AGGATGGTTT AGAGATGGAA 351 AAATGTTAAC AAAGTTGGCA GTTACTTTGG ATCAATCACC TCCCCCCCAT 401 AACGCTTCTC TAATGCTTATTCATGCAGAC AACACCAGGA CTTAGACAGA 451 TGGGACTGAT GTCATCTCGA GCTCTTCATT TGTTTTGAAC GTTGATTTAT 501 TTGGAGCGGA GGCATTGTTT TTGAGAAAAC GTGTCATGTA GGTCCC SEQ ID NO: 7 - Cluster NROB c795 1 Homologie avec X85799: B. Taurus mRNA from clone TUS4 (unknown function) 1 GGGGTAGGTC AAAAAAAGTC CAAACCAAAA ACAAAACCTG CCAAAACCAA 51 CAAAAAACCT CCGAAATCTG AAGACAACTG AATCAATCCC TGCAGTCTCA 101 CTTTCTCTTG GAAAGAAAAG TTGGATAATC CAACCCTTTT ACAAAGGATA 151 ATACAAGGGT GACAGTTCCA AGCTCTCAGG AACAGGGTCT TAGACGCTTT 201 TGGAGGTTGA GAGGCACAAA ACGGCAGTCT GAAAATTCCT TTCATCTCAC 251 GGCACTGATT GAGTTTAGAC TTGATTTCTC CTCCCCTACC TACCCGATAT 301 AACGCTTCTC SEQ ID NO: 8 EXB-NROB0367-01 Homologie avec AJ318335: Ovis aries partial mRNA for high affinity IgE receptor gamma 20 subunit (fceRlggene) 1 GAAGGGCAGG CGCGAAAGGC AGCTACAGCC AGTGAGAAAT CAGATGGCAT 51 TTACACGGGC CTGAGCACCC GGACCCAGGA GACTTATGAG ACCCTGAAGC 101 ATGAGAAACC ACCACAATAG CTTTAGAACA GATGCCCTTT GTCACTTCCT 151 T SEQ ID NO: 9 - EXB-NROB1653-01 Homologie avec NM 004397: Homo sapiens DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box 35 polypeptide 6 (RNA helicase, 54 kDa)) (DDX6) 1 AATGTAAGGG GGATTAGAGT GATTATGGGA GCAGCTAAAG ATGAGAGGGG 51 CTCAGTTTTC CGCAACACTA AATCTAAAAA GTATTTTGGC TTCTTACTGT 101 AGAGAGCAGA CCTCTACAGG AATCCTACAT TGGAAAAGAG ACCCAGAGGT 151 CTGCGGTTCA CTGCTGCCAC ACTGTCTCAC ATAGTACCTT TGGAGTAGGC 201 CTGACAGAGA GCACAGGGAA GCTTCAGAAA CCTGTAATTC AAGATTTTAT 251 TTTTTTGAGA CGTTCTCTCT GATACTGTTC CCCGCCAGCC TTTTTTAAAA 301 GTTTGAGAAA CTTTTCAAGC TCTGCAAAAG GGGACAAAGA ATTTGCCTTG 351 CAGTGTGGGG ATATGATTGA GCGGCAGTG SEQ ID NO: 10 EXB-NROB1743-01 Homologie avec NM 078480: Homo sapiens fuse-binding protein interacting repressor (SIAHBPI) transcript variant 1 mRNA 1 GTGGTAGGTG ACTGAGGAGT GTGGCAAGTT TGGTGCTGTC AACCGTGTCA 51 TCATCTACCA AGAGAAGCAG GGCGAGGAAG AGGACGCGGA GATCATTGTC 101 AAGATTTTTG TGGAGTTTTC CGTAGCCTCT GAGACTCACA AGGCCATCCA 151 GGCCCTCAAT GGGCGCTGGT TTGCTGGCCG CAAGGTGGTG GCTGAAGTGT 201 ATGACCAGGA GCGTTTTGAT AACAGTGACC TCTCTGCATG ACCTCCCCCC 251 C SEQ ID NO: 11 - EXB-NROA1346-01 Homologie avec AB098926: Bos Taurus mRNA for similar to beta 2-microglobulin, partial cds 1 GATCAGTACA GCTGCCGAGT GAAACACGTT ACTTTGGAAC AACCCCGGAT 51 AGTTAAGTGG GATCGAGACC TGTAAGCAGC ACCATCGAGA TTTGAACATT 101 CTTCATTTGG TATAATATCT GGAAAATTCT GTTTCCCTGC TCTTTAATAC 151 TGATATGCTT TTATGCTTTA TGCGCATAAT CAGAAGTCAT ATTCATGTTA 201 CCATAAATAC CTTCTTTATA ATTTTACCGT GGGTGCTACA TGTCCATGTT 251 TGACCTTCCT AGGCAGGTGT CTGCAGTGGA GGTCCACAAA SEQ ID NO: 12 Cluster NROB C3 1 Homologie avec NM_1.73704: Homo sapiens cytochrome c oxidase I (MTCO1), mRNA. 4/2003 1 TGAGAAGCGT AATGGTGGGG AGGCCATCCG TTTAATCATT CTAGATTTGT 51 CGTGGTTAAG TCTACAGTCA AGACTTCTCG TTTAGATGCA AATGCTTCTC 101 AGATGATGAA AACTATTAGT ATAACTGCTG TTAGGGAAAT GAATGAGCCT 151 ATTGATGAGA TAGTATTTCA TATTGTGTAT GCATCTGGGT AGTCGGAGTA 201 TCGTCGAGGC ATGCCAGATA GTCCTAGAAA GTGTTGTGGG AAGAAGGTTA 251 TATTGACGCC TACAAATATA ATTGCGAAGT GGATTTTGGC TCATGTATCG 15 301 TTGAGAGTAT AACCTGAGAA TAGTGGGAAT CAATGAACAA ATCCCCCTAT 351 AATAGCAAAT ACAGCTCCTA TTGATAAAAC ATAGTGGAAA TGTGCGACAA 401 CGTAGTATGT GTCGTGAAGA ACAATATCGA GGGAAGAGTT GGCTAAGACA 451 ATTCCAGTTA AACCCCCTAC TGTAAATAAG AAAATAAAGC CTAGGGCTCA 501 CATTATAGCA GGAGACCATT TGATATTACC TCCATGAAGT GTTGCCAATC 551 AGCTGAAGAC TTTTACCCCG GTCGGAATAG CAATAATTAT AGTGGCTGAT 601 GTGAAGTAGG CTCGTGTGTC GACGTCTATT CCGACAGTGA ATATATGGTG 651 GGCTCATACG ATGAAACCTA GAAATCCGAT TGGCATTATA GCCCAAACTA 701 TTCCCATATA TCCGAATGGT TCTTTTTTTC CTGAGTAGTA GGTCACGATA 751 TGAGAGATTA TTCCAAACCC AGGTAAGATT AAAATATAGA CTTCGGGGTG 801 TCCAAAGAAT CAGAATAAGT GTTGATATAG AATAGGGTCA ACCCTATA SEQ ID NO: 13 - Cluster NROB_c911_1 Homologie avec BE754689: 208273 MARC 2BOV Bos taurus cDNA 5', mRNA sequence. 4/2001 1 GCTTGGGGGG GCAGCAACAT CAGCCTGGCG CAGCTGGTGG CGCTCAAGAA 51 GCAGCTGGGC ATGGACGGGC TGTCCCAGTG AGGACCCCTC CCCCACCCGG 101 ATGAACCCTG GGAGGACCGG AGTTTTCTGC AGCACGACCC AGCGCCTCAT 151 TGTTAATAGT GTTCTGTGTC TGCTGGGAGC CCATGGCCCA CGCCAGTCAG 201 TTAACCTGGT TTCTCCTGAG ACCAGTGTGT GCAGCAGCCG GAAAGGCAGT 251 AGCCAGCAAG GCTGTGAACT GAAGTCTTTT GAGTGTTTGG TTTTTTCTCA 301 GGAAGCCCAA AGCCTACCCT TACTCACTTT TCTTAAATCC ATCCCCACCC 351 CTACCCCCGC CCCGGTAACG CTTCTCCAGN NNNNNNNCAG CAC SEQ ID NO: 14 - Cluster NROB_c233_1 Homologie avec NM_003418: Homo sapiens zinc finger protein 9 (a cellular retroviral 50 nucleic acid binding protein) (ZNF9), mRNA. 4/2003 1 AGAAGCGTTA TGGTTGGGGA GGTACAGATG TCACTTGATG TTATTTAATA 55 51 GCTACTGAGG TCAGACAATC CAAGGCAGTC ATTATGCTAA AATTAAAGTT 101 ATTTATGGAA GCTCACAGAC ACTTCCAGGA TCGGTTTTAC CTCTCCCA SEQ ID NO: 15 Cluster NROB_c195_1 Homologie avec NM_004126: Homo sapiens guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 11 (GNG11), mRNA. 4/2003 1 AGAAGCGGTA TTTAGGGGAG GGATGAGAGG CATACAGCTT TCAGACAAGA 51 CCACATCTAG GTGAGCGCTT AAGAAAGTCT CATTTAAATT TCATTGTTAC 101 TCCTTTAAAA GGGGGTTGGT TTTATTTTGG AAAACGACAA CAAACGACCT 151 CTTCCACTGA GGAGGAAGTG TCTCCCCAGT TATTCATGAA ATAATGCAGC 201 TGCCTTTTTC TTTAAAGGGA TTCTTGTCTT CTGGAATTCC TTTCACCAGA 251 GGATCCTCTC TAGAACGTTC TTCAATATAG TTCTTTATTT CTTCTGAACA 301 TTTAGACACC TGCTGTCTCT GCAACTTAAC TTCTTTGCGA AGTTGCTCAA 351 CTTCCATCTT CAGCTTTTCC TTTTCTGGCA GATCTTCGAT GTGAAGAGCC 401 GGCATTTTCG CCCTACCCCC CATCACGCTT CT SEQ ID NO: 16 - Cluster NROB_cl 46 Homologie avec BF429749: 255611 MARC BSM Bos taurus cDNA 5', mRNA sequence. 11/2000 1 GTGTTCTGCA GAATTCGCCT CTGAGAAGCG TTATTGTGGT GGGGGGGAGT 51 TAATTAGCCC TAAGGTTTGT AAGGTAGTGA TAGGATTGGG AGCTTGGTGT 101 TCATCAGATC CCTTTCAAGT GTAGGACAAT AGGAAAAACT TGGATCCAAA 151 AGTTCAGTGT TTTCTCTGTA GTATTAGTTG TGACCATCAT GAACTCTCTA 201 AGCCACATTA GGGGATGGGG GAAATCAGGG TGGTTATATT TAAAAGTATT 251 ATTGCTAAGT GTAATCTGTT CTCTAGGGTC AAGTCACTCC ACCTTTAAAA 301 GGCTATTGAG AAAACTCATC GTTGGTGCCA ATGCAAGTTC AGTTGGCCTC 351 CAACTTCATG TTGTCTACAG TTCCCATCCC TGTCA SEQ ID NO: 17 - Cluster NROA c113 1 Homologie avec Y18201: Bos taurus mRNA for MHC class II (BOLA DQB), clone DQBI b13. 2/2001 15 20 25 1 GAAGCGTTAT GTNGAGCAGA CGCGGGCCGA GGCGGACACG GTGTGCAGAC 51 ACAACTACCA GGTGGAAGCC CCCTTCACCT GGCAGCGGGA AGTGGAACCT 101 ACAGTGACCA TCTTCCTGTC CAGGACAGAG GCTCTAAACC ACCACAACCT 151 GCTGGTCTGC TCGGTGACAG ATTTCTATCC GGGCCAGATC AAGGTTCGGT 201 GGTTCCGGAA TGACCAGGAG GAGACAGCTG GTGTTGTGGC CACACCTCTT 251 ATTAGGAATG GGGACTGGAC CTTTCAGCTG TTCATGATGC TGGAGATGAC 301 CCCCCAGCGA GGAGATGTCT ACACCTGCCG CGTGGAGCAC CCCAGCCTCC 351 AGAGCCCCAT CATGGTGGAG TGGCGGGCGC AGTCTGAATC TGCCCAGAGC 401 AAGATGCTGA GTGGTATTGG AGGCTTCGTG CTGGGGCTGA TCTTCCTCGG 451 GCTGGGTCTC ATTGTCCATC ACAGAAGCCA GAAGGGGCTC ATGCGCTGAC 501 TCCTGAGGAT ATTTTGGGAT TGGTGTTTGC TCTTCTATAA TGCGTGCCTG 551 ACCTCGCCGG GAATTCCCAG ATGCTTGTCA GCCTGTCGCA CTCTGAGATC 601 AGAGTCGGTC ACCAGGTCAT TTCCTGTGGC CATCCCCCAA CCAAGGATCT 651 GGCTAGCATA TAACGCTTCT AAATGGGNNN NNNNTGCAGA TA SEQ ID NO: 18 EXB-NROB1626-01 Homologie avec NM_003092: Homo sapiens small nuclear ribonucleoprotein polypeptide 35 B" (SNRPB2), mRNA. 4/2003 1 TGTGGAGGGT AATCAGGGAC CTGAGGATTT GGTGTTGCAT TTCCTTGGGT 51 ATTAGCTGAA TTTGGTGTTC CCTGACCAGG CTTTTTGTTC ACAGTTGTTG 101 CAGTCTGTTC CACAGTTTTG GCTTTTTTCT TTTCTTTTTT CTTTTCTTTG 151 TCAGCAAAAG TGCCACGCAT TTTAGATATT ATATCGGAAT CTGTTTTGGC 201 ATACTGGATT CGCATTGGTT TGCCATAAAA TGGAAATCCT TGTATCTGTC 251 TCAAGGCATT TGTAGATGAG CCCAATTCCT TAAATATAAC AAAGGCTTGT 50 301 CCCCT SEQ ID NO: 19 - EXB-NROB1729-01 Homologie avec NM_006762: Homo sapiens Lysosomalassociated multispanning membrane protein-5 (LAPTM5), mRNA. 4/2003 10 15 20 25 1 GAGAAGCGTT ATGCGGGTGA GGTGGCCCAC GGCAAGGCCT CCTGCAAGTT 51 CTCAAAGACG GGCTACCTCA GGATCGCTGA ACTGGTCTCC AGCTTTCTGC 101 TCATCACCAT GCTCTTCATC ATCAGCTTGA GCCTGCTGGT TGGTGTGGTC 151 AAGAACCGGG AGAAGTACCT GCTGCCCTTC CTGTCCCTGC AAATCATGGA 201 CTTCCTCCTG TGCCTGCTCA CCCTGATGGG CTCTTACATC GAACTGCCCG 251 CCTACCTCAA GTTTGCCTCC CGGAGCAGCA GGCGGGTGAG CCCCTCCAAG 301 GTCCCACTGA TGACCCTACA GCTGTTGGAC TTCTGCCTGA GCATCCTGAC 351 CCTCTGCAGC TCCTACATGG AGGTGCCCAC CTATCTCA SEQ ID NO: 20 - EXB- NROB1555-01 Homologie avec A V616393: AV616393 Bos taurus ovary fetus Bos taurus cDNA clone ElOV005A10 5', mRNA sequence. 11/2001 1 GGCCCAGATG GCTAGGGGGT CACCTGATTC GACCAATTGT TATCTTAGCT 51 GCTCAGTGAA CTTGGAACCA AAACGGTAGT CCTGATTTAA AAATGGAAAA 101 GCAGATAATT CCCCAGACCA TGCATTACTT TTGTCTTAGA AGGAAAAGTT 151 ATCCACGTGT TATGTTTGTA GGTACACAGC GTATACAACA GGTAACAAAT 201 GAACTCTGTC ACAGCAAGCA GCGCCAGCTA CTCACTTCAC ACAGCTGAAC 251 CGAACACCGA ACGCTCCCGT CACACACCGC GGGGGAAGGG GCTCTCCCCA 301 CCAACACCCA CTCGTCACTC GGGGTCCTGA CTGCCCACGC CTCATATTCA SEQ ID NO: 21 - EXB-NROB1502- 01 Homologie avec A Y033938: Bos taurus glucose transporter 3 mRNA, complete cds. 7/2001 1 CTGTTTTAGG CGCCTATGTT TTCATCGTCT TCACTGTCTT CCTCGTTATC 51 TTCTGGGTCT TCACCTTCTT CAAAGTTCCT GAGACCCGTG GCAGGACTTT 101 TGAGGAAATT ACACGAGCCT TTGAAGGGCA GACGCAGACA GGAACCCGCG 151 GTGAGAAAGG CCCCATCATG GAGATGAACA GCATCCAGCC C SEQ ID NO: 22 - EXB- NROA1648-01 Homologie avec NM_001629: Homo sapiens arachidonate 5- lipoxygenase-activating protein (ALOX5AP), mRNA. 4/2003 1 TGGGTGACAG GTCATTAGAT TTACAGCCTC TTTTAAATGG CTTCTAGGTA 51 TCGATTGGCT GAGCACACCC ACCCGGAATT CAGCAGAGAC TCAAGGGATG 101 AGAAGGAGAG GGGAGATGGT GGTAGTGACG GTCTTGATGT AGTTTTCAAA 151 GTCACTTCCG AAAAGGGCGA TGAAGAAATA GTTGAGTATC CCAGCGAGGG 201 ACATGGCAAA TAGGAACAGG ATAATGCGTT TCCCAAATAT GTTATTCAGG 251 CGTGCTCTGA GTTCTCTCCC CGAGGTAGCC GACAAAGTAC TTCTGCCTCA 301 CGA REVENDICATIONS 1. Méthode pour détecter la présence ou le risque de développer une encéphalopathie chez un mammifère, comprenant la détermination de la présence, dans un échantillon biologique 5 du mammifère, d'une molécule cible choisie parmi: a) un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 5, de préférence 6, 7, 8, 9 ou 10 bases consécutives, b) un acide nucléique ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), 10 c) un analogue fonctionnel d'un acide nucléique selon a) ou b) provenant d'une autre espèce ou un variant naturel, ou d) un polypeptide codé par un acide nucléique selon a) à c), la présence d'une telle molécule cible dans l'échantillon étant une indication de la présence ou du risque de développer une encéphalopathie chez ce mammifère. 2. Méthode selon la revendication 1, comprenant la détermination (simultanée) de la présence d'au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou plus des molécules cibles. 3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, comprenant la détection de la présence ou de 20 l'absence d'un acide nucléique selon a) à c) par hybridation sélective ou amplification sélective. 4. Méthode selon la revendication 1 ou 2, comprenant la détection de la présence ou de l'absence d'un polypeptide selon d) au moyen d'un anticorps spécifique ou d'un fragment 25 ou dérivé de celui-ci. 5. Méthode selon la revendication 1, pour détecter la présence ou le risque de développer une ESB chez un bovin, comprenant la détermination de la présence, dans un échantillon biologique du bovin, d'une ou plusieurs molécules cibles choisies parmi: a) un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 5, de préférence 6, 7, 8, 9 ou 10 bases consécutives, b) un acide nucléique ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), c) un polypeptide codé par un acide nucléique selon a) ou b). 6. Méthode pour détecter la présence ou le risque de développer une ESB chez un bovin ou un ovin, comprenant la mise en contact d'un échantillon biologique du bovin ou ovin contenant des acides nucléiques avec un produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci, et la détermination du profil d'hybridation, le profil indiquant la présence ou le risque de développer une ESB chez le bovin ou ovin. 7. Utilisation d'une sonde nucléique spécifique d'un acide nucléique cible tel que défini dans la revendication 1, ladite sonde comprenant de 5 à 400 bases, pour la détection in 15 vitro d'une encéphalopathie chez un sujet. 8. Utilisation d'une amorce nucléique permettant l'amplification de tout ou partie d'un acide nucléique cible tel que défini dans la revendication 1, ladite amorce étant simple-brin, d'une longueur comprise entre 5 et 50 bases, pour la détection in vitro d'une encéphalopathie chez un sujet. 9. Produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles-ci. 10. Produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un polypeptide codé par un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 15 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles-ci. 11. Kit comprenant un compartiment ou conteneur comprenant au moins un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1 à 22, un fragment de celles-ci ayant au moins 5 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles-ci. 12. Utilisation d'un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-22, ou un fragment de celles-ci comprenant au moins 5 bases consécutives, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci, ou un analogue fonctionnel de celles-ci provenant d'une autre espèce ou un variant naturel, pour la détection in vitro d'une encéphalopathie chez un sujet mammifère.