FR 2747783 A1 19971024 FR 9704604 A 19970415 Priorité: SN 08/634 103 du 17.04.1996 MOTOROLA, Inc. TITRE Procédé et appareil de détection moléculaire utilisant la détection par guides d'ondes optiques Domaine de l'invention La présente invention concerne des dispositifs de détection moléculaire utilisant les guides d'ondes optiques. Arrière-plan de l'invention On a récemment fait de grands efforts pour mettre au point des puces de détection moléculaire. En général, une puce de détection moléculaire comporte un substrat sur lequel est agencé un groupement de sites de liaison. Chaque site de liaison (ou site d'hybridation) possède un récepteur moléculaire respectif qui se lie à ou s'hybride avec une molécule qui possède une structure prédéterminée. Une solution échantillon est appliquée à la puce de détection moléculaire et les molécules de l'échantillon se lient ou s'hybrident en un ou plusieurs sites de liaison. Les sites de liaison particuliers sur lesquels se produit l'hybridation sont détectés, et une ou plusieurs structure(s) moléculaire(s) est(sont) déduite(s) à l'intérieur de l'échantillon. Les puces de détection moléculaires présentent un grand intérêt pour la mise en séquence des gènes. Ces puces, qu'on appelle souvent puces d'ADN, utilisent un groupement de sites de liaison sélectifs, chacun d'eux possédant des éprouvettes respectives d'ADN à un seul brin. Un échantillon de fragments d'ADN à un seul brin, que l'on appelle ADN cible, est appliqué à la puce d'ADN. Les fragments d'ADN se fixent à une ou plusieurs éprouvettes d'ADN grâce à un processus d'hybridation. En détectant les éprouvettes d'ADN présentant un fragment d'ADN hybridé, on peut déterminer une séquence de bases de nucléotides à l'intérieur du fragment d'ADN. Différentes approches ont été utilisées pour détecter un phénomène d'hybridation au niveau d'un site de liaison. Selon une approche, un marqueur radioactif est fixé à chaque molécule d'une pluralité de molécules de l'échantillon. La liaison entre une molécule et un récepteur de molécule peut être détectée grâce à la détection du marqueur radioactif. D'autres approches de détection utilisent des étiquettes fluorescentes, comme les fluorogènes qui s'allument de façon sélective lorsque l'hybridation se produit. Ces fluorogènes sont illuminés par une source extérieure au substrat qui absorbe la lumière. Une caméra à dispositif à couplage de charge (CCD) externe est utilisée pour détecter la fluorescence provenant des fluorogènes allumés. Une puce d'ADN basée sur la détection optique est décrite dans "Real- Time Detection of DNA Hybridization and Melting on Oligonucleotide Arrays by using Optical Wave Guides", Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 92, pp. 6379-6383. La puce d'ADN décrite dans cet article utilise un substrat en verre ayant une surface qui définit les sites de liaison. Le substrat en verre comporte une extrémité adjacente à la surface dans laquelle la lumière est injectée par une source de lumière extérieure. Une caméra CCD extérieure est utilisée pour détecter la lumière diffusée aux sites de liaison au niveau desquels se produit l'hybridation. Brève description des dessins L'invention est décrite en détail dans les revendications jointes. Toutefois, d'autres caractéristiques de l'invention apparaîtront plus clairement et l'invention sera mieux comprise en référence à la description détaillée suivante et aux dessins joints parmi lesquels: la figure 1 est un schéma fonctionnel d'un mode de réalisation d'un appareil de détection moléculaire selon la présente invention; la figure 2 est une vue transversale schématique d'un autre mode de réalisation de l'appareil de détection moléculaire; la figure 3 est une illustration d'un mode de réalisation d'un groupement de détection moléculaire selon la présente invention; la figure 4 est une illustration d'un autre mode de réalisation d'un groupement de détection moléculaire suivant la présente invention; la figure 5 est un organigramme d'un mode de réalisation d'un procédé de détection moléculaire suivant la présente invention; et la figure 6 est un organigramme d'un autre mode de réalisation d'un procédé de détection moléculaire suivant la présente invention. Description détaillée d'un mode de réalisation préféré Des modes de réalisation de la présente invention fournissent avantageusement un appareil de détection moléculaire intégrant des sites de liaison et des détecteurs optiques sur une seule puce. La détectabilité des phénomènes de liaison est améliorée simplement en permettant la propagation de lumière secondaire (par exemple lumière diffusée ou lumière fluorescente) dans un guide d'ondes optique sur la puce. La lumière incidente est appliquée le long d'un axe perpendiculaire à une surface du guide d'ondes optique afin d'être sensiblement non couplée au guide d'ondes optique. La figure 1 est un schéma fonctionnel d'un mode de réalisation de l'appareil de détection moléculaire suivant la présente invention. L'appareil de détection moléculaire comprend un guide d'ondes optique 10 ayant une surface 12 qui définit un site de liaison 14. Généralement, le site de liaison 14 est utilisé pour recevoir un récepteur moléculaire 16 ayant une affinité spécifique avec une molécule cible 20 devant être détectée. Par exemple, le récepteur moléculaire 16 peut comprendre une chaîne d'au moins un nucléotide qui s'hybride avec une chaîne complémentaire d'au moins un nucléotide compris dans la molécule cible 20. Dans le cas présent, le récepteur moléculaire 16 peut comporter une éprouvette d'ADN pour détecter une séquence d'ADN complémentaire dans la molécule cible 20. Il faut remarquer, toutefois, que la portée de la présente invention n'est pas limitée à la détection de l'hybridation de molécules d'ADN. Par exemple, des modes de réalisation de la présente invention peuvent être utilisés pour détecter une liaison anticorps- antigène. Une source de lumière 22 applique un faisceau de lumière incidente 24 au site de liaison 14. Le faisceau de lumière incidente 24 est dirigé sur un axe 26 perpendiculaire à la surface 12 du guide d'ondes optiques 10. De préférence, l'axe 26 est sensiblement à angle droit par rapport à la surface 12, de sorte que le faisceau de lumière incidente 24 n'est pas directement couplé au guide d'ondes optiques 10. Le faisceau de lumière incidente 24 peut prendre la forme d'un faisceau de lumière collimatée ou d'un faisceau de lumière de pompage, par exemple. Le faisceau de lumière incidente 24 rencontre un indicateur optique 30 lié au site de liaison 14. L'indicateur optique 30 indique un phénomène de liaison entre la molécule cible 20 et le récepteur moléculaire 16. L'indicateur optique 30 peut comporter au moins une molécule fluorescente. Selon une autre possibilité, l'indicateur optique 30 peut comporter au moins un élément diffuseur qui diffuse le faisceau de lumière incidente 24. Dans le cas présent, l'indicateur optique 30 peut avoir la forme d'une perle de diffusion fixée à la molécule cible 20. De la lumière secondaire 34 est formée lorsque le faisceau de lumière incidente 24 rencontre l'indicateur optique 30. Pour un indicateur fluorescent, la lumière secondaire 34 comporte de la lumière fluorescente qui émane de l'indicateur optique 30. Pour un indicateur de diffusion, la lumière secondaire 34 comporte de la lumière diffusée provenant de l'indicateur optique 30. Quelle soit sa forme, une partie de la lumière secondaire 34 est couplée au guide d'ondes optiques 10. Etant donné que le champ de diffusion du guide d'ondes optiques 10 se déplace parallèlement à la surface 12, le faisceau de lumière incidente 24 est sensiblement non couplé au guide d'ondes optiques 10. Ainsi, seuls les phénomènes fluorescents ou les phénomènes de diffusion se produisant à la surface 12 se couplent efficacement au guide d'ondes optiques 10. La lumière secondaire 34 se propage dans le guide d'ondes optiques 10 dans un sens perpendiculaire à l'axe 26. Un détecteur de guide d'ondes 36 est couplé au guide d'ondes optiques 10 pour détecter la lumière secondaire 34. En détectant la lumière secondaire 34, l'appareil de détection moléculaire détecte le phénomène de liaison entre la molécule cible 20 et le récepteur moléculaire 16. Pour favoriser la différenciation des phénomènes fluorescents, le guide d'ondes optiques 10 peut être fait d'un matériau qui absorbe le faisceau de lumière incidente 24 mais n'absorbe pas la lumière secondaire 34. Dans le cas présent, toute partie parasite du faisceau de lumière incidente 24 qui se couple au guide d'ondes optiques 10 est atténuée avant d'atteindre le détecteur de guide d'ondes 36. La différenciation des phénomènes fluorescents peut être encore accentuée par l'augmentation du nombre de molécules fluorescentes fixées sur la surface 12. Cela peut être atteint en fixant de multiples molécules de couleur fluorescente à une perle qui est fixée à la molécule cible 20. De manière optionnelle, un élément réfléchissant 38 est prévu pour réfléchir une partie du faisceau de lumière incidente 24 traversant le site de liaison 14 et retourne au site de liaison 14. L'élément réfléchissant 38 est avantageux pour favoriser une illumination du site de liaison 14 sans avoir à augmenter une intensité du faisceau de lumière incidente 24. La figure 2 est une vue transversale schématique d'un autre mode de réalisation de l'appareil de détection moléculaire. L'appareil de détection moléculaire est fabriqué sur un substrat 40. Le substrat 40 est de préférence formé par un élément de substrat lisse tel qu'une tranche de Si ou du verre. Un contact ohmique 42 est disposé sur le substrat 40. Le contact ohmique 42 peut être formé par une couche de métal, par exemple du Cr, déposé sur le substrat 40. Un photodétecteur 44 est disposé sur le contact ohmique 42. Dans un mode de réalisation préféré, le photodétecteur 44 est formé par une diode PIN a-Si déposée sur le contact ohmique 42. Le contact ohmique 42 fournit un contact n pour la diode PIN. Une deuxième couche ohmique 46 est déposée sur le photodétecteur 44. La deuxième couche ohmique 46 est déposée sur la diode PIN a-Si pour fournir un contact p. La structure résultante peut ensuite être configurée en une ou plusieurs diode(s) détectrice(s) individuelle(s). Un guide d'ondes optiques 50 est disposé de manière adjacente au photodétecteur 44 sur le substrat 40. Le guide d'ondes optiques 50 peut être formé d'un matériau diélectrique, tel que du SiN, déposé sur le substrat 40. Pour une détection fluorescente, le guide d'ondes optiques 50 est formé d'un matériau a-Sic d'une composition appropriée pour absorber un faisceau de lumière incidente mais laisser passer la lumière fluorescente. Le guide d'ondes optiques 50 présente une surface supérieure 52 définissant un site de liaison 54. Le site de liaison 54 reçoit un faisceau de lumière incidente le long d'un axe perpendiculaire à la surface supérieure 52. De la lumière secondaire est générée lorsque le faisceau de lumière incidente rencontre un indicateur optique 56 indiquant un phénomène de liaison. La lumière secondaire est couplée au guide d'ondes optiques 50 et communiquée au photodétecteur 44. Le phénomène de liaison est ensuite détecté par un signal généré entre le contact ohmique 42 et le deuxième contact ohmique 46. La figure 3 est une illustration d'un mode de réalisation d'un groupement de détection moléculaire suivant la présente invention. Le groupement de détection moléculaire définit une pluralité de sites de liaison disposés en groupement. En pratique, chacun des sites de liaison de la pluralité de sites de liaison reçoit un récepteur moléculaire respectif pour détecter une molécule cible correspondante. Chacun des sites de liaison est illuminé par un faisceau de pompage pour générer de la lumière secondaire, par exemple de la lumière fluorescente ou de la lumière diffusée, lorsqu'il y a un indicateur optique. Le groupement de détection moléculaire comporte une première pluralité de guides d'ondes optiques 60 supportés par un substrat 62. Chacun des guides d'ondes optiques de la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 a un sous-ensemble respectif des sites de liaison en communication optique avec lui. Cela est illustré de manière représentative par un premier guide d'ondes optiques 64 ayant des sites de liaison 66 définis sur une surface 68. Une deuxième pluralité de guides d'ondes optiques est également supportée sur le substrat 62. Chacun des guides d'ondes optiques de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70 a un sous-ensemble respectif des sites de liaison en communication optique avec lui. Cela est illustré de manière représentative par un deuxième guide d'ondes optique 72 ayant des sites de liaison 74 à proximité. Dans un mode de réalisation, la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 est située au-dessus de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70 sur le groupement de détection moléculaire. Dans le cas présent, la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 et la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70 ont chacune une surface en plan orientée perpendiculairement, et de préférence à angle droit par rapport, à un axe du faisceau de pompage. En conséquence, le faisceau de pompage est sensiblement non couplé dans la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 et la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70. Dans un autre mode de réalisation, la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 et la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70 sont situées sur un seul plan. Dans le cas présent, la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 et la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70 se coupent sur le plan unique à proximité de chacun des sites de liaison de la pluralité de sites de liaison. Chaque intersection résultante a une surface en plan orientée perpendiculairement et de préférence à angle droit par rapport à un axe du faisceau de pompage, de sorte que le faisceau de pompage est sensiblement non couplé à l'intérieur de celui-ci. La première pluralité de guides d'ondes optiques et la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques sont agencées de telle sorte que chacun des sites de liaison de la pluralité de sites de liaison est à proximité optique d'un guide d'ondes optique de la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 et d'un guide d'ondes optiques de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70. Comme illustré, cela peut être obtenu en agençant la première pluralité de guides d'ondes optiques 60 de telle sorte que chacun soit à proximité d'une rangée respective des sites de liaison, et en agençant la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70 de sorte que chacun soit à proximité d'une colonne respective des sites de liaison. En conséquence, la lumière secondaire générée au niveau d'un site de liaison est couplée de manière isotropique dans les plans de deux guides d'ondes optiques au- dessous du site de liaison: un guide d'ondes optiques de la première pluralité de guides d'ondes optiques 60, et un guide d'ondes optiques de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70. Le groupement de détection moléculaire comporte en outre une première pluralité de détecteurs 76 et une deuxième pluralité de détecteurs 78 supportés par le substrat 62. Chaque détecteur de la première pluralité de détecteurs 76 est couplé respectivement à un guide d'ondes optiques de la première pluralité de guides d'ondes optiques 60. De la même manière, chaque détecteur de la deuxième pluralité de détecteurs 78 est couplé respectivement à un guide d'ondes optiques de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques 70. A l'aide de cette configuration, la lumière secondaire générée à un site de liaison est détectée par deux détecteurs: un détecteur de la première pluralité de détecteurs 76 et un détecteur de la deuxième pluralité de détecteurs 78. En lisant un signal détecté de chaque combinaison de détecteurs, les sites de liaison ayant des cibles correspondantes peuvent facilement être identifiés. La sensibilité de détection dans ce mode de réalisation peut être doublée en utilisant un revêtement de grande réflectivité 80 sur une face arrière 82 du substrat 62. Le revêtement de grande réflectivité 80 a pour effet de réfléchir un faisceau de pompage qui illumine les sites de liaison et retourne à travers les sites de liaison pour un deuxième passage. il La figure 4 est une illustration d'un autre mode de réalisation d'un groupement de détection moléculaire suivant la présente invention. Le groupement de détection moléculaire définit une pluralité de sites de liaison 90 pouvant chacun être agencé sous forme de groupement. Dans ce mode de réalisation, chaque site de liaison de la pluralité de sites de liaison 90 comporte son propre guide d'ondes optiques et son détecteur de guide d'ondes. Un site représentatif de la pluralité de sites de liaison, désigné par le numéro de référence 2, est illustré en détail. Un guide d'ondes optiques 94 est situé à proximité du site de liaison 92. Le guide d'ondes optiques 94 est supporté par un substrat 96. Le guide d'ondes optiques 94 a une surface 98 sur laquelle sont fixés un ou plusieurs récepteurs moléculaires 100. La surface 98 est orientée perpendiculairement à un axe 102 le long duquel un faisceau de pompage est dirigé pour illuminer le site de liaison 92. Un détecteur de guide d'ondes 104 est couplé au guide d'ondes optiques 94 pour détecter la lumière secondaire couplée à l'intérieur de celui-ci. Le détecteur de guide d'ondes 104 peut être réalisé par une photodiode ou un autre photodétecteur similaire fabriqué sur le substrat 96 comme décrit plus haut. De préférence, le détecteur de guide d'ondes 104 est formé de manière à entourer sensiblement le guide d'ondes optiques 94 sur le site de liaison 92. Le détecteur de guide d'ondes 104 peut prendre soit une forme rectangulaire soit une forme circulaire, par exemple, pour entourer le site de liaison 92. En entourant le site de liaison 92 avec le détecteur de guide d'ondes 104, toute la lumière secondaire couplée au guide d'ondes optiques 94 est collectée par le détecteur de guide d'ondes 104. Cette configuration est utilisée pour minimiser l'interférence optique entre des guides d'ondes adjacents. Un dispositif indicateur 106 est couplé au détecteur de guide d'ondes 104 pour permettre l'adressage matriciel du site de liaison 92. Le dispositif indicateur 106 peut prendre la forme d'un transistor à couches minces couplé au détecteur de guide d'ondes 104 par une interconnexion 108. Le dispositif indicateur 106 est adressé au moyen d'une pluralité de contacts électriques 110, à l'aide de techniques d'adressage matriciel standards utilisées dans les affichages de matrice actifs. La figure 5 est un organigramme d'un mode de réalisation d'un procédé de détection moléculaire suivant la présente invention. Comme indiqué par la case 120, le procédé comprend une étape consistant à fournir un guide d'ondes optiques ayant une surface proche d'un site de liaison. De préférence, le guide d'ondes optiques est muni, dans un mode de réalisation, d'un appareil de détection moléculaire comme décrit dans le présent document, bien que les étapes décrites pour ce procédé ne doivent pas être considérées comme étant limitées aux modes de réalisation décrits. Comme indiqué par la case 122, une étape d'application d'un faisceau de lumière incidente à un site de liaison est exécutée. Le faisceau de lumière incidente est appliqué le long d'un axe perpendiculaire à la surface du guide d'ondes optiques. De préférence, le faisceau de lumière incidente est appliqué le long d'un axe à angle droit par rapport à la surface. Le faisceau de lumière incidente rencontre un indicateur optique lié au site de liaison pour former la lumière secondaire qui est couplée au guide d'ondes optiques. De manière optionnelle, il est effectué une étape consistant à réfléchir une partie du faisceau de lumière incidente passant par le site de liaison et retourne au site de liaison, comme indiqué par la case 124. Cette étape est avantageuse pour favoriser une illumination du site de liaison. Comme indiqué par la case 126, une étape optionnelle consistant à filtrer une étape parasite du faisceau de lumière incidente se couplant au guide d'ondes optiques est effectuée. Comme décrit ci- dessus, la partie parasite du faisceau de lumière incidente peut être filtrée en utilisant un matériau guide d'ondes qui absorbe la lumière incidente en laissant passer la lumière secondaire. Comme indiqué par la case 128, une étape consistant à détecter la lumière secondaire dans le guide d'ondes optiques est effectuée, pour détecter une molécule cible au niveau du site de liaison. De préférence, cette étape comporte la détection d'un signal généré à partir d'un détecteur de guide d'ondes 104 couplé à et intégré dans le guide d'ondes optiques sur un substrat. Le signal indique une quantité de lumière secondaire détectée. Dans le cas présent, la molécule cible est détectée si le signal est supérieur à un seuil prédéterminé. La figure 6 est un organigramme d'un autre mode de réalisation d'un procédé de détection moléculaire suivant la présente invention. Comme indiqué par la case 130, une étape consistant à fournir une première pluralité de guides d'ondes optiques est réalisée. Chaque guide d'ondes de la première pluralité de guides d'ondes optiques a un sous-ensemble respectif d'une pluralité de sites de liaison en communication optique avec lui. Comme indiqué par la case 132, une étape consistant à fournir une deuxième pluralité de guides d'ondes optiques est effectuée. Chaque guide d'ondes de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques a un sous-ensemble respectif de la pluralité de sites de liaison en communication avec lui. Par conséquent, chaque site de liaison de la pluralité de sites de liaison communique optiquement avec respectivement un guide d'ondes de la première pluralité de guides d'ondes optiques et un guide d'ondes de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques. Comme indiqué par la case 134, une étape consistant à fournir une première pluralité de détecteurs est effectuée. Chaque détecteur de la première pluralité de détecteurs est couplé respectivement à un guide d'ondes de la première pluralité de guides d'ondes optiques. Comme indiqué par la case 136, une étape consistant à fournir une deuxième pluralité de détecteurs est effectuée. Chaque détecteur de la deuxième pluralité de détecteurs est couplé respectivement à un guide d'ondes de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques. De préférence, les étapes indiquées par les cases , 132, 134 et 136 sont effectuées en fournissant le groupement de détection moléculaire de la figure 3. Il faut remarquer, toutefois, que ces étapes ne sont pas limitées à l'appareil de la figure 3. Comme indiqué par la case 138, une étape consistant à appliquer un faisceau de lumière incidente à au moins un site de liaison de la pluralité de sites de liaison est effectuée. Dans le cas présent, par exemple, un faisceau de lumière incidente peut être appliqué à un seul site de liaison, à une rangée de sites de liaison, à une colonne de sites de liaison, ou à tous les sites de liaison. De manière optionnelle, une étape consistant à réfléchir une partie du faisceau de lumière incidente qui traverse le site de liaison au nombre d'au moins un pour qu'il retourne au site de liaison au nombre d'au moins un est effectuée, comme indiqué par la case 140. Cette étape est avantageuse pour favoriser une illumination du site de liaison au nombre d'au moins un. Une autre étape optionnelle consistant à filtrer une partie parasite du faisceau de lumière incidente se couplant dans la première pluralité de guides d'ondes optiques et la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques est effectuée, comme indiqué par la case 142. Comme indiqué par la case 144, le procédé comporte une étape consistant à détecter une molécule cible au niveau de l'un de la pluralité de sites de liaison en détectant la lumière secondaire à l'un de la première pluralité de détecteurs et à l'un de la deuxième pluralité de détecteurs. Par exemple en utilisant la configuration en rangées et colonnes de l'appareil de la figure 3, une molécule cible est détectée au niveau d'un site de liaison par la détection de lumière secondaire au niveau d'un détecteur correspondant à la rangée de sites de liaison et d'un détecteur correspondant à la colonne de sites de liaison. Ainsi, le présent document a décrit un concept, ainsi que plusieurs modes de réalisations, dont des modes de réalisation préférés, d'un appareil et d'un procédé de détection moléculaire utilisant la détection par guide d'ondes optiques. Du fait que les différents modes de réalisation de la présente invention appliquent un faisceau de lumière incidente perpendiculairement à un axe de propagation à l'intérieur du guide d'ondes optiques, ils apportent une amélioration importante en ce que seule la lumière secondaire indiquant un phénomène de liaison est couplée dans le guide d'ondes optiques. En conséquence, la différenciation de la lumière secondaire par rapport au faisceau de lumière incidente telle que perçue par le détecteur de guide d'ondes est grandement améliorée. En outre, les différents modes de réalisation de la présente invention tels que décrits dans le présent document fournissent des approches d'adressage matriciel pour la détection de phénomènes de liaison dans un groupement de détecteurs moléculaires. Les spécialistes de la techniques comprendront que l'invention décrite peut être modifiée de nombreuses manières et peut accepter beaucoup d'autres modes de réalisation que le mode préféré qui a été spécifiquement décrit et expliqué ci-dessus. En conséquence, les revendications jointes sont destinées à couvrir toutes les modifications de l'invention qui restent dans l'esprit et la portée de l'invention. REVENDICATIONS 1. Procédé de détection moléculaire, ledit procédé comprenant les étapes consistant à: fournir un guide d'ondes optiques ayant une surface proche d'un site de liaison; appliquer un faisceau de lumière incidente au site de liaison le long d'un axe perpendiculaire à la surface du guide d'ondes optiques, le faisceau de lumière incidente rencontrant un indicateur optique lié à un site de liaison pour former une lumière secondaire qui est couplée dans le guide d'ondes optiques; et détecter la lumière secondaire dans le guide d'ondes optiques. 2. Procédé suivant la revendication 1, dans lequel l'indicateur optique est associé à une liaison d'une molécule cible à un récepteur moléculaire au site de liaison. 3. Procédé suivant la revendication 2, dans lequel le récepteur moléculaire comporte une chaîne d'au moins un nucléotide, et dans lequel la molécule cible comporte une chaîne complémentaire d'au moins un nucléotide. 4. Appareil de détection moléculaire comprenant: un guide d'ondes optiques ayant une surface proche d'un site de liaison, le site de liaison devant recevoir un faisceau de lumière incidente appliqué le long d'un axe perpendiculaire à la surface; et un détecteur de guide d'ondes couplé au guide d'ondes optiques; dans lequel de la lumière secondaire est formée lorsque le faisceau de lumière incidente rencontre un indicateur optique au site de liaison, la lumière secondaire étant couplée au guide d'ondes optiques pour détection par le détecteur de guide d'ondes. 5. Appareil de détection moléculaire suivant la revendication 4, dans lequel le récepteur moléculaire comporte une éprouvette d'ADN, et dans lequel la molécule cible comporte une molécule d'ADN. 6. Appareil de détection moléculaire suivant la revendication 4, comprenant en outre un substrat qui supporte le guide d'ondes optiques et le détecteur de guide d'ondes 104. 7. Procédé de détection moléculaire, ledit procédé comprenant les étapes consistant à: fournir une première pluralité de guides d'ondes optiques ayant chacun un sous-ensemble respectif d'une pluralité de sites de liaison en communication optique avec lui; fournir une deuxi:me p uilité de guides d'ondes optiques ayant chacun un sous-ensemble respectif de la pluralité de sites de liaison en communication optique avec lui, chacun de la pluralité de sites de liaison communiquant optiquement avec respectivement un guide d'ondes de la première pluralité de guides d'ondes optiques et un guide d'ondes de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques; fournir une première pluralité de détecteurs, chacun couplé respectivement à un guide d'ondes de la première pluralité de guides d'ondes optiques; fournir une deuxième pluralité de détecteurs, chacun couplé respectLrent L. un guide d'ondes de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques; appliquer un faisceau de lumière incidente à au moins un site de liaison de la pluralité de sites de liaison; et détecter une molécule cible à un site de liaison de la pluralité de sites de liaison en détectant de la lumière secondaire à un détecteur de la première pluralité de détecteurs et à un détecteur de la5 deuxième pluralité de détecteurs. 8. Procédé suivant la revendication 7, dans lequel le faisceau de lumière incidente rencontre un indicateur optique lié à un site de liaison de la pluralité de sites de liaison pour former la lumière secondaire qui est couplée au guide d'ondes optiques. 9. Appareil de détection moléculaire comprenant: une première pluralité de guides d'ondes optiques ayant chacun un sous-ensemble respectif d'une pluralité de sites de liaison en communication optique avec lui; une deuxième pluralité de guides d'ondes optiques ayant chacun un sousensemble respectif de la pluralité de sites de liaison en communication optique avec lui; une première pluralité de détecteurs, chacun couplé respectivement à un guide d'ondes optiques de la première pluralité de guides d'ondes optiques; et une deuxième pluralité de détecteurs, chacun couplé respectivement à un guide d'ondes optiques de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques; chacun de la pluralité de sites de liaison communiquant optiquement avec respectivement un guide d'ondes optiques de la première pluralité de guides d'ondes optiques et un de la deuxième pluralité de guides d'ondes optiques, et la lumière secondaire indiquant une molécule cible à un site de liaison étant détectée par un détecteur de la première pluralité de détecteurs et un détecteur de la deuxième pluralité de détecteurs. 10. Appareil de détection moléculaire suivant la revendication 9, dans lequel la lumière secondaire est formée lorsqu'un faisceau de lumière incidente rencontre un indicateur optique au site de liaison.