Brevet FR3154416A1 — publié le 20250425

La présente invention concerne un procédé de production d’au moins un composé d’intérêt par fermentation à l’état solide, comprenant les étapes suivantes : - culture de microorganismes sur un substrat solide, ledit substrat étant placé sur une membrane perméable aux liquides mais non perméable aux microorganismes ni au substrat, - élution d’au moins un composé d’intérêt par répartition d’un liquide sur la surface supérieure dudit substrat solide, - collecte du liquide contenant au moins un composé d’intérêt dans un compartiment situé sous la membrane perméable, caractérisé en ce que le procédé est réalisé en continu. PROCEDE DE PRODUCTION DE COMPOSES D’INTERET PAR FERMENTATION DOMAINE DE L'INVENTION La présente invention a pour objet un procédé de préparation de composés d'intérêt par fermentation d'un substrat en phase solide, et leurs utilisations. La fermentation peut être définie comme la transformation de matières organiques sous l'action d'enzymes produites par des microorganismes. Parmi les types de fermentation les plus connus, citons la fermentation alcoolique, où les sucres de fruits, notamment du raisin, sont transformées en alcool par des levures ; et la fermentation lactique, ou lacto-fermentation, qui transforme des sucres en acide lactique sous l’action de bactéries lactiques tels que les lactobacillus ou les bifidobacterium. D’une manière générale, la fermentation permet la transformation d’une source de carbone en métabolites, CO 2 et H 2 O, lorsqu’elle est effectuée en conditions aérobies. Le procédé de fermentation permet l’obtention de métabolites microbiens variés tels que les antibiotiques, ou les enzymes qui servent d'auxiliaires technologiques à des industries variées. Bien que la fermentation en milieu liquide, sous agitation, soit la technique la plus utilisée de nos jours, la fermentation en milieu solide (FMS) se développe de plus en plus. La technologie de la FMS présente en effet des avantages économiques, technologiques et environnementaux, offrant de ce fait une alternative prometteuse quant à la production de métabolites divers. Une fermentation en milieu solide (FMS ou SSF pour « solid state fermentation », en anglais) se définit comme une culture de microorganismes qui a lieu dans une matrice poreuse solide, en surface mais aussi à l'intérieur de ladite matrice. La matrice poreuse peut être constituée d'un substrat humide ou d'un support inerte, chargé avec un substrat fournissant les nutriments nécessaires aux microorganismes. De nombreux microorganismes se développent naturellement sur des supports solides biodégradables, à condition qu’une quantité minimum d'eau soit présente. Les premières fermentations en milieu solide ont été mises en œuvre dans la fabrication du pain. D’autres procédés ancestraux sont ceux de la fabrication du koji, du tofu et du tempeh. Les techniques fromagères d'ensemencement des croûtes avec des champignons filamenteux correspondent également à une mise en œuvre de FMS. ETAT DE LA TECHNIQUE De nos jours, la FMS est généralement réalisée dans des bioréacteurs adaptés pour optimiser les différents paramètres de la culture microbienne, tels que la température, l’oxygénation, le taux d’humidité et éventuellement l’agitation. Un procédé de production d’acides carboxyliques à partir de co-produits agricoles, notamment issus du maïs, par fermentation à l’état solide, a été décrit par (Huang et al. , 2002). Dans ce procédé, la fermentation a lieu en conditions anaérobies. Une matrice inerte, fibreuse et poreuse, constitue le support pour la culture microbienne ; un liquide nutritif, contenant un hydrolysat de maïs, circule à un rythme de 75 ml / minute grâce à une pompe. La production d’antibiotiques par FMS a également été décrite. Notamment, la production de méroparamycine par une souche de Streptomyces sp . est décrite dans l’article de (El-Naggar et al. , 2009) . Le substrat préféré est constitué de son de blé. Ce substrat est placé sur des billes de verre fritté (sous agitation), ou dans une colonne de verre statique, servant de support inerte pour la FMS. Un milieu nutritif est additionné pour humidifier l’ensemble, puis inoculé avec la souche microbienne. L’incubation dure de 5 à 7 jours, puis un lavage du support avec de l’eau permet de collecter l’antibiotique produit. La demande internationale WO 00/29544 décrit un bioréacteur adapté pour un procédé de fermentation à l’état solide ; ce bioréacteur contient plusieurs modules assemblables, comprenant des canaux de communication pour faire circuler les liquides et/ou gaz au sein du bioréacteur. Chaque module contient un substrat solide, notamment un co-produit agricole. Les métabolites produits par FMS sont collectés par un liquide d’extraction qui est additionné par le haut du bioréacteur et circule jusqu’à un plateau de collecte, d’où est extrait le liquide contenant les métabolites et tout ce qui a été entrainé par le liquide : résidus de substrats, microorganismes. La présente invention vise à produire par FMS des composés d’intérêt collectés dans un milieu stérile, ne contenant pas de microorganismes. En effet, les méthodes de stérilisation classiques, notamment par chauffage, sont susceptibles de dégrader les composés fragiles aux hautes températures. Le brevet français FR 2 960 551 propose de stériliser le substrat fermenté, obtenu après une étape de FMS, par irradiation/ionisation, avant de récolter les métabolites produits. Ce procédé de FMS est particulièrement adapté à la production d’enzymes, les microorganismes les ayant produites pouvant être détruits par des rayonnements ionisants, sans que la structure des enzymes n’en soient affectées. Toutefois, cette technique ne peut pas s’appliquer à tous les composés d’intérêt. De plus, ce procédé présente l'inconvénient d’être discontinu, celui-ci devant être arrêté pour traiter le substrat après fermentation pour stérilisation et collecte des composés produits. D’une manière générale, la principale difficulté de la FMS est l’étape finale de séparation des microorganismes et du substrat d’avec les molécules produites. Généralement, cette étape est réalisée à la fin de la fermentation, par filtration ou centrifugation. Il existe donc un besoin de disposer d'un procédé continu permettant de produire par FMS divers composés d'intérêt, collectés directement dans un milieu stérile, exempt de microorganismes, sans nécessiter de procéder à des étapes distinctes de collecte des métabolites et/ou de stérilisation desdits métabolites. La présente invention vise à satisfaire ce besoin. La présente invention concerne un procédé de production d’au moins un composé d’intérêt par fermentation à l’état solide, comprenant les étapes suivantes : - culture de microorganismes sur un substrat solide, ledit substrat étant placé sur une membrane perméable aux liquides mais non perméable aux microorganismes ni au substrat, - élution d’au moins un composé d’intérêt par répartition d’un liquide sur la surface supérieure dudit substrat solide, - collecte du liquide contenant au moins un composé d’intérêt dans un compartiment situé sous la membrane perméable, caractérisé en ce que le procédé est réalisé en continu. Selon une mise en œuvre préférée, le substrat solide est composé d’un ou plusieurs co-produit(s) alimentaire(s), agricole(s) ou industriel(s). Selon une mise en œuvre du procédé de l’invention, les microorganismes sont des champignons, des microalgues, des levures, des archées ou des bactéries. Selon une autre mise en œuvre préférée du procédé de l’invention, l’au moins un composé d’intérêt est collecté dans le compartiment situé sous la membrane, puis transféré dans un autre compartiment où il pourra être purifié et/ou concentré. DESCRIPTION DES FIGURES FIG. 1 La FIG. 1 représente une illustration schématique du procédé selon l’invention permettant la production et collecte de métabolites sécrétés par des microorganismes. Schématiquement, le procédé est découpé en 4 étapes a, b, c et d. FIG. 2 La FIG. 2 illustre la production de protéines par le procédé de l’invention mettant en œuvre le microorganisme Aspergillus Niger , sur 4 substrats solides différents : épluchures de pomme de terre, épi de maïs, marc de café et pain, en fonction du temps de culture. FIG. 2 La FIG. 2 illustre la production d’acide par le procédé de l’invention mettant en œuvre le microorganisme Aspergillus Niger , sur 3 substrats solides différents : épluchures de pomme de terre, épi de maïs, marc de café, après 5 jours de culture. FIG. 3 La FIG. 3 représente la récupération continue des protéines sécrétées par Aspergillus Niger durant 5 jours de culture, sur un substrat solide constitué de marc de café. FIG. 3 La FIG. 3 représente la récupération continue des protéines sécrétées par Aspergillus Niger durant 5 jours de culture, sur un substrat solide constitué de pain dur. FIG. 4 La FIG. 4 représente la production de pigments avec ou sans les microorganismes naturellement présents sur le pain. L’absorbance entre 200nm et 600nm est représentée. FIG. 5 La FIG. 5 représente la production d’acides par la bactérie Escherichia coli . La quantité d’acides produits a été mesurée en comparant le pH d’une culture sans microorganisme, avec le pH d’une culture en présence dudit microorganisme. La différence du pH entre les deux conditions est représentée. FIG. 5 La FIG. 5 représente la production de protéines par la bactérie Escherichia coli . La quantité de protéines produites a été mesurée en comparant l’absorbance à 280nm d’une culture sans microorganisme, à l’absorbance à 280nm d’une culture en présence dudit microorganisme. La différence d’absorbance entre les deux conditions est représentée. DESCRIPTION DETAILLEE DE L'INVENTION La présente invention concerne un procédé de production d’au moins un composé d’intérêt par fermentation à l’état solide, comprenant les étapes suivantes : - culture de microorganismes sur un substrat solide, ledit substrat étant placé sur une membrane perméable aux liquides mais non perméable aux microorganismes ni au substrat, - élution d’au moins un composé d’intérêt par répartition d’un liquide sur la surface supérieure dudit substrat solide, - collecte du liquide contenant au moins un composé d’intérêt dans un compartiment situé sous la membrane perméable, caractérisé en ce que le procédé est réalisé en continu. Avantageusement, ce procédé permet de séparer totalement les microorganismes des composés produits par fermentation, et d’obtenir ainsi un liquide contenant ledit composé d’intérêt qui est dépourvu de microorganismes, et donc stérile. De plus, ce liquide de collecte est dépourvu de résidus de substrat solide, ce qui rend plus aisé son analyse en chromatographie, sans nécessiter d’étape de pré-purification. Au sens de l’invention, on entend par « fermentation à l’état solide », également désignée par les abréviations FMS ou SSF, une culture de microorganismes sur un substrat solide leur fournissant les nutriments nécessaires, dans laquelle les microorganismes produisent au moins un composé d’intérêt à partir d’une source de carbone présente dans le substrat solide. La culture des microorganismes sera réalisée selon les connaissances générales de la personne de l’art, qui saura adapter les conditions de culture telles que la température, l’humidité du substrat, le ratio microorganismes / substrat, pour que la croissance des microorganismes et surtout la production du composé d’intérêt soit optimale. La fermentation pourra être réalisée sous agitation ou non, en fonction des microorganismes et/ou des substrats solides utilisés. Selon une mise en œuvre particulière du procédé de l’invention, la culture des microorganismes est réalisée sous agitation. Le procédé selon l’invention est réalisé en continu. Ceci signifie, au sens de l’invention, que le procédé de production de composés d’intérêt est réalisé sans interruption, et qu’en particulier les composés produits sont récupérés au fur et à mesure de leur production. Un procédé continu se distingue d’un procédé discontinu ou « en batch », où la récupération des composés d’intérêt nécessite l’arrêt du processus de fermentation, voire un démontage partiel du bioréacteur contenant le substrat et les microorganismes, pour pouvoir collecter les composés d’intérêt produits. Il est entendu que dans le contexte d’un procédé « en continu », il y aura néanmoins une étape d’initiation du procédé, correspondant à l’inoculation des microorganismes sur le substrat solide, et une étape finale, correspondant à l’arrêt de la fermentation lorsque le substrat est épuisé en nutriments, les microorganismes ne pouvant donc plus produire de composé(s) d’intérêt. Cette étape finale pourra toutefois être repoussée par un ajout régulier de substrat solide dans le système, si celui-ci est adapté pour un tel ajout. Substrat solide Au sens de la présente invention on entend par « substrat solide » la source des nutriments nécessaires à la fermentation par les microorganismes. Selon une mise en œuvre préférée, le substrat solide est composé d’un ou plusieurs co-produit(s) alimentaire(s), agricole(s) ou industriel(s). Un co-produit alimentaire sera par exemple du marc de café, du pain rassis, des épluchures de fruits ou de légumes, ou tout sous-produit généré par l'industrie alimentaire. Un co-produit agricole est choisi parmi les déchets végétaux (bois, herbes, feuilles, paille) et les co-produits issus du traitement des matières premières agricoles pour l’alimentation, comme par exemple : le son de blé ou de toute autre céréale, les rafles de maïs, la pulpe de betterave, la bagasse de canne à sucre, les déchets d'amidonnerie (extraction de l’amidon à partir du maïs, du riz, du froment ou des pommes de terre), les déchets de brasserie ou de distillerie. Le substrat solide pourra également être un co-produit industriel, comme par exemple les résidus de papeterie, notamment les boues générées lors de la réalisation du papier. Selon une première mise en œuvre du procédé, le substrat solide est un co-produit alimentaire. Selon une deuxième mise en œuvre du procédé, le substrat solide est un co-produit agricole. Selon une troisième mise en œuvre du procédé, le substrat solide est un co-produit industriel. Selon une quatrième mise en œuvre du procédé, le substrat solide est une combinaison d’au moins deux co-produits agricoles, alimentaires et/ou industriels. De préférence, ce substrat solide sera sous forme de poudre ou de particules. La taille des particules devra être supérieure à la taille des pores de la membrane, afin que le substrat ne soit pas entrainé par du liquide lors de la collecte des composés d’intérêt produits par fermentation. Ainsi, la taille des particules sera de préférence comprise entre environ 1 µm 2 et 2 cm 2 . Préférentiellement, la taille des particules sera comprise entre 1 µm 2 et 1 cm 2 , et de manière tout à fait préférée entre 50 µm 2 et 0.5 cm 2 Lesdites particules peuvent notamment être sous la forme de copeaux. Selon une mise en œuvre particulière du procédé de l’invention, le substrat solide est préalablement stérilisé avant d’être inoculé avec le(s) microorganisme(s). Selon une autre mise en œuvre du procédé de l’invention, le substrat solide est préalablement humidifié avant le début de la culture de microorganismes, et/ou est humidifié régulièrement pendant la culture, notamment grâce à la répartition du liquide sur la surface supérieure dudit substrat solide. Les quantités de liquide ajoutées par rapport à la quantité de substrat solide seront avantageusement de l’ordre de 1 millilitre de liquide pour un poids de substrat solide compris entre 0.1 g et 5 g, préférentiellement compris entre 0.3 g à 2 g, ou encore compris entre 0.5 g et 1 g. Microorganismes L’initiation de la culture de microorganismes sur un substrat solide peut être réalisée selon deux modes distincts : le ou les microorganismes déjà présents sur le substrat sont placés dans des conditions permettant leur développement : voir l’exemple 1 relatif à la production de pigments par les microorganismes présents dans le pain ; le ou les microorganismes employés sont inoculés sur le substrat solide. Le terme « inoculé » signifie, au sens de l’invention, que les microorganismes ont été introduits volontairement et de manière dirigée par la personne mettant en œuvre le procédé. Dans cette mise en œuvre, le ou les microorganismes employés sont choisis en fonction du composé d’intérêt à produire, et du substrat solide utilisé. Selon une mise en œuvre particulière, les microorganismes déjà présents sur le substrat ou inoculés sont des champignons, des microalgues, des levures, des archées ou des bactéries. Le terme « champignons » inclut les champignons filamenteux et les champignons non filamenteux. A titre d’exemples de champignons, les genres et espèces suivantes pourront être utilisés dans le procédé selon l’invention : Aspergillus et notamment Aspergillus Niger, Thermothelomyces et notamment Thermothelomyces heterothallica, Neurospora, Fusarium, Rhizopus, Chrysosporium, Penicillium, Myceliophthora, Trichoderma, Rasamsonia, Corynascus, Talaromyces, Sporotrichum thermophile, Thielavia, Aureobasidium, Filibasidium, Cryptococciis, Acremonium, Scytalidium, Schizophylhim, Gibberella, Mucor, Humicola, Cryplococcus, Tolypocladium, Fitsarium, Thermoascus, Ciyplococcics, Chrysosporhim, Thermomyces, Piromyces, Schizophyllum, Rhizomucor, Hansenula, Emericella, Hypocrea et Chaetomium. Les microalgues, ou diatomées marines, seront par exemple choisies parmi les espèces suivantes : Chlamydomonas reinhardtii et Phaeodactylum tricornutum. Les levures considérées pour la mise en œuvre du procédé seront choisies notamment parmi les Saccharomycetes, et notamment parmi les espèces suivantes : Saccharomyces cerevisiae, Pichia Pastoris, Pichia angusta et Candida boidinii. Les archées ou archéobactéries sont des organismes procaryotes vivant dans des milieux particuliers, souvent hostiles (eaux saturées en sel, sources sulfureuses très chaudes, etc.). Parmi les archées pouvant être utilisés dans le procédé de l’invention, on citera notamment les espèces suivantes : Sulfolobus solfataricus, Thermococcus litoralis, Pyrococcus furiosus, Sulfolobus acidocaldarius, et Methanothermobacter thermautotrophicus. Enfin, les bactéries seront par exemple choisies parmi les genres et espèces suivantes : les Enterobacteriaceae et notamment Escherichia coli , les Bacillaceae et notamment Bacillus subtilis, et les Corynebacteriaceae et notamment Corynebacterium glutamicum. Selon une première mise en œuvre du procédé, une seule espèce de microorganismes est présente ou inoculée sur le substrat solide. Selon une deuxième mise en œuvre du procédé, une co-culture d’au moins deux microorganismes différents est présente ou inoculée sur le substrat solide. Selon une mise en œuvre particulière du procédé de l’invention, les microorganismes sont des microorganismes génétiquement modifiés pour induire ou optimiser leur capacité de production du composé d’intérêt. Selon cette mise en œuvre, les microorganismes génétiquement modifiés sont généralement inoculés sur le substrat. La personne de l’art est à même de choisir les microorganismes génétiquement modifiés pour la production d’un composé d’intérêt en particulier. Membrane perméable aux liquides mais non perméable aux microorganismes ni au substrat Au sens de l’invention, le terme « membrane perméable » désigne l’aptitude de ladite membrane à se laisser traverser par un fluide sous l'effet de la gravité. Cette aptitude est fortement liée à la porosité de la membrane, qui peut être exprimée en fonction de la taille des pores de la membrane. Dans la mise en œuvre du procédé de l’invention, la membrane perméable est de type « macroporeuse », c’est-à-dire que le diamètre des pores est supérieur à 50 nanomètres. Selon une mise en œuvre particulière, les pores de la membrane ont un diamètre compris entre 0.1 et 0.5 µm. Selon une autre mise en œuvre, les pores de la membrane ont un diamètre d’environ 0.2 µm, plus ou moins 0.02 µm. Selon un aspect avantageux de l’invention, la membrane est constituée d’un matériau pouvant être stérilisé par traitement thermique (classiquement, par autoclavage). Plus particulièrement, la membrane perméable est constituée d’un matériau choisi parmi les matériaux suivants : polyéthersulfone (PES), cellulose, nylon, polycarbonate, nitrate de cellulose, polypropylene, polytétrafluoroéthylène et polyamide. Selon une mise en oeuvre préférée de l’invention, la membrane est constituée de PES. Le procédé selon l’invention est mis en œuvre au sein d’un dispositif schématiquement représenté en FIG. 1 . Le substrat solide, inoculé avec au moins un microorganisme, est placé sur une membrane (« filtre ») perméable au liquide, mais non perméable aux microorganismes ni au substrat. L’écoulement de liquide par-dessus le substrat solide permet de collecter les composés d’intérêt produits par fermentation, dans une solution qui est stérile du fait de l’impossibilité des microorganismes de passer à travers la membrane. Cette solution est recueillie dans un compartiment situé sous la membrane. Dans ce système, on distingue un « compartiment supérieur » qui contient le substrat solide, et un « compartiment inférieur », ou « compartiment de collecte », dans lequel le liquide réparti sur le substrat solide s’écoule. La membrane perméable est placée entre ces deux compartiments et les délimite. Collecte du composé d’intérêt Au sens de l’invention, on entend par « composé d’intérêt » tout composé produit par fermentation grâce à des microorganismes, à partir d’une source de carbone. Il s’agit notamment de tout produit issu du métabolisme microbien, également désigné « métabolite ». Au sens de la présente invention on entend par « composé d'intérêt », en particulier : des substances à activité thérapeutique et notamment les antibiotiques, des pigments, des protéines, notamment des enzymes, et également des protéines recombinantes produites par des microorganismes génétiquement modifiés, et parmi celles-ci notamment des facteurs de croissance, des cytokines ou des hormones, des acides, notamment des acides organiques, et particulièrement des acides carboxyliques, des alcools, des vitamines, des polysaccharides ou sucres simples, des lipides, et des antioxydants. Préférentiellement, le composé d’intérêt sera choisi parmi : un pigment, une protéine ou un acide organique. Plus spécifiquement, le composé d’intérêt sera choisi parmi : la glucoamylase, le FGF ( Fibroblast Growth Factor ), l'acide citrique et au moins un caroténoïde. Selon une mise en œuvre avantageuse du procédé de l’invention, le composé d’intérêt produit est un métabolite sécrété par les microorganismes. Au sens de l’invention, un composé d’intérêt est qualifié de « sécrété » lorsqu’il est libéré par un microorganisme dans le milieu extracellulaire. Ainsi, les métabolites produits par fermentation puis sécrétés ne restent pas au sein du microorganisme les ayant produits, mais sont présents sur la membrane desdits microorganismes et se mélangent au substrat les entourant. Dans le procédé selon l’invention, l’élution du ou des composé(s) d’intérêt est réalisée par répartition d’un liquide sur la surface supérieure du substrat solide. Ledit liquide, en étant ainsi réparti sur le substrat solide, entraine par écoulement les métabolites sécrétés. Le liquide utilisé pour cette élution est de préférence de l’eau, une solution tampon, une solution nutritive ou un solvant organique. L’eau sera de préférence de l’eau stérile, éventuellement déminéralisée. La solution tampon pourra en particulier être du tampon PBS (Phosphate-Bufferered Saline). La solution nutritive pourra en particulier être du LB, du Potato Dextrose Broth (PDB), du milieu YPD ( Yeast extract Peptone Dextrose ), ou encore toute solution contenant des peptones. Le solvant organique pourra en particulier être du méthanol, de l’éthanol, du butanol, du chloroforme ou de l’acétonitrile. Avantageusement, le composé d’intérêt est soluble dans le liquide d’élution utilisé. Le liquide d’élution sera de préférence réparti sur la surface supérieure du substrat solide de manière continue, afin de collecter les métabolites de façon continue dans le compartiment situé sous la membrane, également désigné par « chambre de collecte ». Le liquide d’élution sera réparti sur le substrat solide selon un débit modéré, de manière à ne pas perturber l’équilibre établi dans le processus de FMS. Selon une mise en œuvre particulière, ledit liquide est réparti à raison de 0.5 à 500 ml de liquide, pour 1 à 100 grammes de substrat solide, par 24 heures. Selon une mise en œuvre de l’invention, le liquide d’élution est recyclé dans le procédé, c’est-à-dire qu’il est collecté dans le compartiment situé sous la membrane et re-réparti sur la surface supérieure du substrat solide. Cette mise en œuvre permet de diminuer la quantité de liquide utilisée dans le procédé, mais aussi de concentrer les composés d’intérêt collectés. Le procédé selon l’invention est particulièrement adapté pour la production par FMS de composé d’intérêt « fragile », c’est-à-dire dont la structure est rapidement dégradée à température ambiante, ou est sensible aux variations de pH et/ou de température, ou encore est sensible aux protéases sécrétées par les microorganismes. En effet, le liquide d’élution collecté dans le compartiment situé sous la membrane peut être traité directement, sans attendre « la fin » de la fermentation. En particulier, ce liquide de collecte contenant le composé d’intérêt peut être directement acheminé vers un compartiment annexe de purification, couplé au dispositif de FMS tel que représenté sur la FIG. 1 . Ainsi, les étapes de purification du composé d’intérêt collecté peuvent avoir lieu de manière continue, comme le procédé de FMS. Selon une mise en œuvre du procédé de l’invention, le composé d’intérêt est collecté dans le compartiment situé sous la membrane, puis transféré dans un autre compartiment de manière continue. Cet autre compartiment, annexe au système, pourra notamment contenir des moyens de purification et/ou de concentration du composé d’intérêt. Ce compartiment pourra avantageusement être à une température inférieure à la température ambiante, pour une conservation optimale des composés fragiles (idéalement, entre 2°C et 8°C). Ce procédé de production d’au moins un composé d’intérêt par fermentation à l’état solide (FMS) peut être mis en œuvre pour la production d’un seul composé ou pour la production de multiples composés d’intérêt lors d’une même culture de microorganismes. Les principaux avantages de ce procédé sont les suivants : à l’issue de la collecte du ou des composé(s) d’intérêt, ceux-ci sont dissous dans une solution (aqueuse ou non) qui ne contient aucun microorganisme, et est donc stérile, et qui de plus est exempte de résidus du substrat solide utilisé ; le ou les composés d’intérêt sont collectés en continu ce qui permet de leur faire subir des traitements subséquents (purification, concentration) directement après leur collecte, sans temps de latence. EXEMPLES Les exemples présentés ci-dessous le sont à titre purement illustratif, et ne limitent en rien l’objet de l’invention revendiquée. Matériel et Méthodes Traitement des substrats : Quatre substrats ont été utilisés, le marc de café, le pain dur, l’épis de maïs et les épluchures de pomme de terre. Ces substrats ont été réduits en poudre ou en copeaux avant d’être stérilisés à l’autoclave. Le marc de café n’est pas réduit en poudre. L’épis de maïs est réduit en copaux grossiers à l’aide d’un mixeur à environ 0.1 et 0.5 cm². Le pain dur est lui réduit en poudre (comprenant des particules de 50 µm 2 environ) à l’aide d’un mixeur. Les épluchures de pomme de terre sont réduites en copeaux d’environ 1 cm². Procédé de l’invention pour la croissance de microorganismes et la collection de métabolites sécrétées : Le microorganisme et le substrat solide sont déposés sur une membrane en PES avec un diamètre de pores d’environ 0.20 µm +/- 0.02. Cette membrane ne permet pas le passage du microorganisme ni du substrat dans le compartiment inférieur. La taille des pores du filtre permet aussi de maintenir un environnement stérile dans le compartiment inférieur. L’ajout de liquide dans la partie supérieure va venir humidifier le substrat afin d’améliorer la croissance du microorganisme, mais va aussi permettre de faire passer les molécules solubles dans ce liquide du compartiment supérieur au compartiment inférieur. Suivant les besoins des microorganismes, l’agitation de l’ensemble du dispositif va permettre d’oxygéner le milieu dans lequel croît le microorganisme lui permettant dans certains cas une meilleure croissance. Le recyclage du liquide est possible entre le compartiment inférieur et le compartiment supérieur, cela permet de diminuer la quantité de liquide utilisée, mais aussi de concentrer les molécules sécrétées. Cependant, il est préférable d’éviter cette étape lorsque le composé d’intérêt est fragile. Dans le cas d’un composé sensible à la dégradation, le liquide collecté peut directement être utilisé pour les étapes de purification suivantes, ainsi la purification peut avoir lieu de manière continue. Exemple 1. Production de pigments par les microorganismes présents dans le pain : 7.5g +/- 0.5g de pain ont été ajoutés sur une membrane de 50mm de diamètre. Le pain a préalablement été humidifié avec 20mL d’eau soit un ratio pain/H2O compris entre 0.35 et 0.4g/mL. L’ajout d’eau permet d’accélérer la croissance des microorganismes en début de fermentation. Les dispositifs ont été placés à 30°C. 5mL d’eau ont été ajoutés toutes les 24h. La production de pigment a été évaluée en comparant le spectre d’absorbance de la solution produite durant 4 jours de culture avec stérilisation et sans stérilisation. Les résultats sont présentés en FIG. 4 . Les microorganismes présents dans le pain sont connus pour produire des pigments marrons. L'absorbance est plus importante dans l’échantillons où les microorganismes sont présents, ce qui montre que l’eau a drainé les pigments dans le compartiment inférieur. Exemple 2. Productions de protéines endogènes et d’acides par Aspergillus Niger sur différents substrats : 1mL de solution de spores d’Aspergillus Niger a été inoculée à une quantité de pain, de marc de café, d’épi de maïs, ou d’épluchures de pomme de terre comprise entre 25g et 15g pour une membrane PES de 75mm de diamètre, et entre 5 et 10g pour une membrane PES de 50mm. Les dispositifs ont été placés à 30°C. Une quantité d’eau comprise entre 10 et 5mL d’H2O a été ajoutée toutes les 24h. La quantité de protéines présentes dans le compartiment de collection a été évaluée chaque jour en prélevant 1mL de liquide de ce compartiment et en comparant l’absorbance à 280nm d’un système avec Aspergillus Niger à un système sans Aspergillus Niger . La quantité d’acide présent dans le compartiment de collection a été évaluée après 5 jours de culture en mesurant le pH du compartiment. La perméabilité du substrat va influencer la récupération des protéines dans les premiers jours de culture. En effet certains substrats, et notamment le pain, ont tendance à absorber l’eau, ce qui va ralentir son passage dans la chambre de récupération. C’est pourquoi aucune protéine n’a pu être collectée durant les deux premiers jours de culture. Cependant il est observé qu’une saturation préalable du substrat en eau permet de récupérer du liquide plus rapidement et améliore la croissance du microorganisme. Ensuite les écorces de maïs ainsi que les épluchures de pomme de terre sont coupées plus grossièrement, en particules de taille comprise entre 0.1 et 1 cm 2 ce qui leur permet de mieux laisser passer le liquide. On observe une diminution de la quantité de protéines lorsque le microorganisme croît sur écorce de maïs, cela peut s’expliquer par la dilution des protéines dans la chambre de collecte. En effet le liquide est resté dans la chambre de collecte durant la totalité de l’expérience, ainsi si la quantité de protéines produites diminue au cours de la croissance, le volume d’eau lui augmente ce qui vient diluer les protéines et donc diminuer l’absorbance. La croissance du microorganisme peut aussi être améliorée en supplémentant le liquide en nutriment, oligo-éléments ou en sucres. Les résultats sont présentés en FIG. 2 et FIG. 2 . Exemple 3. Sécrétion de protéines endogènes par Aspergillus niger sur différents substrats : Le procédé selon l’invention permet de récupérer les protéines qui sont sécrétées de manière continue. Le compartiment inférieur contenant les molécules sécrétées étant accessible, il est possible de collecter les protéines pour les analyses tout en laissant le microorganisme croître et produire de nouvelles protéines, ou de modifier le compartiment inférieur, en ajoutant des capteurs pour effectuer directement des mesures sur la composition du liquide de ce compartiment. Afin d’évaluer l’impact de la production en continu, mais surtout de la récupération des protéines en continu, la totalité du liquide présent dans le compartiment de collecte a été récupérée toutes les 24 heures et la quantité de protéines produite a été évaluée par mesure de l’absorbance à 280nm et en tenant compte du volume de liquide récupéré, c’est pourquoi l’absorbance a été multipliée par le volume de liquide récupéré. La FIG. 3 montre que la quantité de protéines produite par le microorganisme sur marc de café est assez similaire suivant les différents jours de récupération, tandis que la quantité produite par le microorganisme sur pain dur augmente entre le jour 4 et le jour 5, comme cela est illustré dans la FIG. 3 . Exemple 4. Production d’acides et de protéines par E.coli : Une préculture d’ E.coli a été réalisée durant une nuit dans 25mL de milieu nutritif LB. 1mL de préculture a été ajoutée à 10 mg +/- 0.5g d’épluchures de pomme de terre sur une membrane de 50mm de diamètre. 25mL d’eau a été ajoutée et l’échantillon a été placé sous agitation à 120rpm à 37°C pour faciliter la descente du liquide dans le compartiment inférieur ainsi que l’oxygénation des microorganismes. Dès lors que la totalité du liquide atteint le compartiment inférieur, le liquide du compartiment inférieur peut être déplacé dans le compartiment supérieur afin de concentrer les acides et les protéines produites. La production d’acides a été évaluée en mesurant le pH du liquide après 28h de culture et en comparant cette valeur à celle d’une culture sans bactérie. La production de protéines a été évaluée en comparant l’absorbance à 280nm d’une culture sans bactérie à celle d’une culture avec bactéries. Les résultats sont présentés en figures 5A et 5B. Contrairement aux champignons, E.coli est moins connue pour croître sur des substrats solides, c’est pourquoi cette bactérie nécessite une quantité d’eau supérieure pour permettre sa croissance. Ainsi en augmentant la quantité d’eau utilisée et en permettant une bonne oxygénation du milieu par agitation, nous avons pu produire des acides et des protéines par mise en œuvre du procédé selon l’invention. Résultats : La fermentation en milieu solide offre plusieurs avantages comme la facilité d’opération, un besoin en énergie réduit et une forte productivité (Silveira et al., 2006). Cependant la récupération des composés sécrétés lors de la fermentation solide est problématique. En effet les composés restent dans le substrat et doivent être extraits par addition d’un liquide dans lequel les molécules sont solubles. Ensuite, les microorganismes et le substrat doivent être séparés des molécules produites. Le plus souvent cette étape est réalisée à la fin de la culture par une étape de filtration ou centrifugation qui vont laisser des particules dans le substrat rendant nécessaire une seconde étape de pré-purification avant le passage du liquide sur colonne de chromatographie. Le procédé selon l’invention permet de récupérer les molécules sécrétées en séparant totalement le microorganisme des molécules qu’il a produite, et d’avoir un liquide dépourvu de particules pouvant être utilisé en chromatographie. De plus, le fait que les composés d’intérêt produits soient collectés au fur et à mesure de leur élution est avantageux, car cela évite une éventuelle dégradation. Par exemple, les protéines produites et sécrétées par des champignons sont susceptibles d’être dégradées par des protéases produites par ces mêmes champignons ; selon le procédé de l’invention, les protéines sont séparées des microorganismes les ayant produites et collectées rapidement après leur production. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES BREVETS WO 00/29544 FR 2 960 551 ARTICLES SCIENTIFIQUES Huang YL, Wu Z, Zhang L, Cheung CM, Yang ST. Production of carboxylic acids from hydrolyzed corn meal by immobilized cell fermentation in a fibrous-bed bioreactor. Bioresour Technol. 2002 Mar;82(1):51-9. doi: 10.1016/s0960-8524(01)00151-1. El-Naggar MY, El-Assar SA, Abdul-Gawad SM. Solid-state fermentation for the production of meroparamycin by streptomyces sp. strain MAR01. J Microbiol Biotechnol. 2009 May;19(5):468-73. doi: 10.4014/jmb.0807.457. Silveira ST, Oliveira MS, Costa JA, Kalil SJ. Optimization of glucoamylase production by Aspergillus niger in solid-state fermentation. Appl Biochem Biotechnol. 2006 Feb;128(2):131-40. doi: 10.1385/abab:128:2:131. Procédé de production d’au moins un composé d’intérêt par fermentation à l’état solide, comprenant les étapes suivantes : - culture de microorganismes sur un substrat solide, ledit substrat étant placé sur une membrane perméable aux liquides mais non perméable aux microorganismes ni au substrat, - élution d’au moins un composé d’intérêt par répartition d’un liquide sur la surface supérieure dudit substrat solide, - collecte du liquide contenant au moins un composé d’intérêt dans un compartiment situé sous la membrane perméable, caractérisé en ce que le procédé est réalisé en continu. Procédé de production selon la revendication 1, caractérisé en ce que le substrat solide est composé d’un ou plusieurs co-produit(s) alimentaire(s), agricole(s) ou industriel(s). Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 2, caractérisé en ce que la membrane perméable est constituée d’un matériau choisi parmi les matériaux suivants : polyéthersulfone (PES), cellulose, nylon, polycarbonate, nitrate de cellulose, polypropylene, polytétrafluoroéthylène et polyamide. Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les microorganismes présents sur le substrat ou inoculés sont des champignons, des microalgues, des levures, des archées ou des bactéries. Procédé de production selon la revendication 4, caractérisé en ce que les microorganismes sont des microorganismes génétiquement modifiés pour induire ou optimiser leur capacité de production dudit composé d’intérêt. Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que le composé d’intérêt produit est un métabolite sécrété par les microorganismes. Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 6, caractérisé en ce que la culture des microorganismes est réalisée sous agitation. Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 7, caractérisé en ce que le liquide est de l’eau, une solution tampon, une solution nutritive ou un solvant organique. Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 8, caractérisé en ce que le liquide est réparti à raison de 0.5 à 500 ml de liquide, pour 1 à 100 grammes de substrat solide, par 24 heures. Procédé de production selon l’une des revendications 1 à 9, caractérisé en ce que l’au moins un composé d’intérêt est collecté dans le compartiment situé sous la membrane, puis transféré dans un autre compartiment de manière continue.