Brevet FR3150527A1 — publié le 20250103

La présente invention se rapporte au cancer du pancréas, et plus particulièrement au pronostic de survie d'un patient atteint d'un cancer du pancréas. L'invention vise aussi à déterminer l’intérêt dudit patient à recevoir un traitement du cancer du pancréas, particulièrement un traitement à base de 5-fluorouracile. L'invention concerne aussi une méthode de suivi de l'efficacité d'un traitement du cancer du pancréas, avantageusement d'un traitement à base de 5-fluorouracile, par la mise en œuvre du procédé. PROCEDE POUR DETERMINER LE PRONOSTIC DE SURVIE D’UN PATIENT ATTEINT D’UN CANCER DU PANCREAS DOMAINE TECHNIQUE DE L’INVENTION La présente invention se rapporte au cancer du pancréas, et plus particulièrement au pronostic de survie d'un patient atteint d'un cancer du pancréas. L'invention vise aussi à déterminer la capacité dudit patient à recevoir un traitement du cancer du pancréas, particulièrement un traitement à base de 5-fluorouracile (5-FU). L’incidence du cancer du pancréas, dont l’adénocarcinome canalaire du pancréas (PDAC) est le type le plus courant, ne cesse de croître, notamment dans les pays occidentaux et devrait devenir la deuxième cause la plus courante de décès liés au cancer d'ici 2030. Malgré des taux de prévalence et d'incidence élevés, le pronostic de survie de cette maladie reste sombre, avec un taux de survie globale à 5 ans de moins de 10 %. Au moment du diagnostic, la plupart des patients atteints d'un adénocarcinome canalaire pancréatique présente un cancer localement avancé ou métastatique et les options thérapeutiques restent limitées malgré les progrès récents. Jusqu'en 2011, la norme de soin était la gemcitabine ; ensuite est venu le régime de chimiothérapie FOLFIRINOX (5-fluorouracile (5-FU), acide folinique, irinotecan, oxaliplatine), et en 2013, le régime de gemcitabine plus nab-paclitaxel a également été introduit. Ces deux traitements multi-drogues ont considérablement amélioré la survie globale médiane (OS) respectivement de 6,7 à 11,1 et 8,5 mois. Le succès limité des traitements et le taux de mortalité qui reste élevé pour une partie des patients soulignent la nécessité en moyens pour améliorer le ciblage thérapeutique des patients qui pourraient s'avérer de bons répondeurs au traitement à base de 5-FU, comme le FOLFIRINOX ou le FOLFOX (5-fluorouracile, acide folinique et oxaliplatine) et qui toléreraient bien ce traitement dans cette indication. Le traitement du cancer du pancréas par différents composés peut avoir différents degrés d'efficacité en fonction du patient. Cependant, jusqu'à aujourd'hui, il n'existe aucun moyen de prédire le bénéfice clinique des différents traitements disponibles sur un patient donné. Il existe ainsi toujours un besoin en tests permettant de sélectionner pour chaque patient le bon traitement, de manière à leur donner les meilleures chances de survie. Il pourrait être souhaitable que ledit test soit un test que l'on puisse réaliser régulièrement. Un avantage supplémentaire serait que ledit test soit non invasif. Le travail des inventeurs a permis d’identifier et de sélectionner 10 gènes, parmi 63,494 gènes, dont l'étude du niveau d'expression permet d'évaluer le temps de survie d'un patient atteint d'un cancer du pancréas. Avantageusement cette prédiction permet également de prédire les chances de réussite d'un traitement à base de 5-FU et de sélectionner les patients susceptibles de répondre favorablement à un traitement à base de 5-FU, notamment grâce à la mesure de la survie sans progression permettant de savoir si le patient répond favorablement ou non au traitement. Ainsi l'étude du niveau d'expression desdits gènes permet d'apporter un enseignement quant à l'opportunité d'administrer un traitement à base de 5-FU à un patient atteint d'un cancer du pancréas. Un des avantages de l'invention réside dans le fait que le niveau d'expression desdits gènes peut être évalué directement à partir d'un échantillon de sang, avantageusement de sang total du patient, préalablement prélevé. Ceci est particulièrement avantageux dans le cas du cancer du pancréas car il est très difficile d'accéder aux cellules tumorales. En outre, l'échantillonnage du sang (collecte, stabilisation et transport) peut être standardisé. Enfin l'utilisation de sang total est plus sûre que l'utilisation d'une fraction de sang comme par exemple des cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC), car elle permet d'éviter les erreurs de manipulation liées à la préparation desdites fractions. Par "sang total", on entend le sang avec tous ses constituants (plasma, globules rouges, globules blancs, plaquettes, …) par opposition à "fraction de sang", qui correspond à un produit obtenu par séparation des composants particuliers du sang. Les cellules mononucléaires du sang périphérique constituent un exemple d'une fraction de sang. L'invention a donc pour objet un procédé in vitro pour établir un pronostic de survie chez un patient atteint d'un cancer du pancréas comprenant les étapes suivantes : a) mesurer le niveau d'expression des gènes marqueurs constitué des dix gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues, dans un échantillon de sang dudit patient préalablement prélevé ; b) comparer le niveau d'expression mesuré des gènes marqueurs ou des gènes homologues à l'étape a) chez ledit patient avec un seuil de référence ; c) évaluer le temps de survie chez ledit patient. Le terme « homologue » est défini dans le présent texte comme une séquence de polynucléotides présentant un degré d'identité d'au moins 80%, de préférence 85%, plus préférablement 90%, et encore plus préférentiellement de 99% avec la séquence du gène (de longueur totale) sauvage. Le degré d'identité fait référence à une identité de séquence entre deux séquences. L'identité peut être déterminée en comparant une position dans chaque séquence qui peut être alignée à des fins de comparaison. Quand une position équivalente dans les séquences comparées est occupée par la même base, alors les molécules sont identiques à cette position. Divers algorithmes et/ou programmes d'alignement peuvent être utilisés pour la détermination de l'homologie de deux séquences, dont FASTA et BLAST. Le procédé selon l'invention permet d'établir un pronostic de survie chez un patient atteint d'un cancer du pancréas. Selon l'invention, les étapes a) à c) du procédé ci-avant peuvent être mises en œuvre sur un patient atteint d'un cancer du pancréas, pour prévoir ou évaluer, après un traitement, particulièrement un traitement à base de 5-FU, l'efficacité et/ou le bénéfice d'un traitement du cancer du pancréas chez un patient atteint de ladite pathologie, en particulier, en termes d'espérance de vie. Ainsi l'invention a aussi pour objet un procédé in vitro pour prévoir ou évaluer l'efficacité et/ou le bénéfice d'un traitement du cancer du pancréas chez un patient atteint de ladite pathologie comprenant les étapes suivantes : a) mesurer le niveau d'expression des gènes marqueurs constitué des dix gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues, dans un échantillon de sang dudit patient préalablement prélevé ; b) comparer le niveau d'expression mesuré des gènes marqueurs ou des gènes homologues à l'étape a) chez ledit patient avec un seuil de référence ; c) évaluer le temps de survie chez ledit patient. Le procédé selon l'invention est particulièrement adapté pour prévoir ou évaluer l'efficacité et/ou le bénéfice d'un traitement du cancer du pancréas à base de 5-FU. Dans les procédés selon l’invention, le seuil de référence utilisé à l’étape c) pour effectuer la comparaison est préalablement déterminé pour les 10 gènes ou les gènes homologues. Le principe de l'invention repose sur le fait que la Demanderesse a pu établir que l'étude du niveau d'expression des 10 gènes ( MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ) ou des gènes homologues permet d'établir un pronostic de survie du patient. Plus particulièrement, La Demanderesse a établi qu’en comparant des données de niveau d'expression des 10 gènes ( MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ) ou gènes homologues obtenues à partir d'un échantillon de sang dudit patient testé avec des données qu’elle a elle-même établies pour les 10 gènes considérés sur une population référence de malades atteints d'un cancer du pancréas, avant ou pendant le traitement, permettait d'établir un pronostic de survie du patient et un suivi dans le traitement de celui-ci. Le procédé selon l'invention peut être réalisé sur un échantillon de sang d'un patient, de préférence sur un échantillon de sang périphérique dudit patient, ledit échantillon de sang étant prélevé préalablement à la mise en œuvre du procédé selon l'invention. Le sang périphérique est le sang qui circule à travers le cœur, les artères, les capillaires et les veines. Selon l'invention, l’étape a) du procédé peut être réalisée en mesurant le niveau d'expression des 10 gènes (ou gènes homologues) du groupe défini ci-avant. Ainsi selon l'invention, l’étape a) du procédé peut être réalisée en mesurant le niveau d'expression des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues. Dans un premier mode de réalisation du procédé selon l'invention, le niveau d'expression des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues est mesuré par la mesure de la quantité de la protéine codée par lesdits gènes dans l'échantillon de sang dudit patient à tester. Dans ce cas, le taux de protéines est de préférence mesuré en utilisant des méthodes de détection à base d'anticorps tels que l'immunochimie ou l'analyse western-blot. Dans un autre mode de réalisation du procédé selon l'invention, le niveau d'expression des gènes est mesuré par la mesure du taux de transcription desdits gènes. Ce taux peut être mesuré par la mesure de la quantité de l'ARN ou de l'ADN complémentaire (ADNc) desdits gènes. Dans ce cas, le niveau d'ARN transcrit ou l'ADNc peut être mesuré en utilisant des méthodes de détection d'acides nucléiques comme la PCR quantitative, les puces à ADN, l'hybridation avec des sondes marquées, ou les immuno-essais en écoulement latéral, en particulier à l'aide de bandelettes d'écoulement latéral. De préférence, dans les procédés selon l'invention, le niveau d'expression des gènes, est mesuré par PCR quantitative en temps réel ( real time quantitative polymerase chain reaction ou qPCR) réalisée sur les transcrits ARN dudit gène ou sur leur ADNc. Une qPCR est une PCR dans laquelle l'ADN amplifié est détecté en temps réel alors que la réaction de polymérisation progresse. Cette détection se fait par l'accumulation d'un signal fluorescent. Cette technique utilise des amorces (sens et anti-sens) et une sonde oligonucléotidique marquée par fluorescence, de préférence, sondes d'hydrolyse (TaqMan), Balises moléculaires, Sondes d'hybridation double (FRET), Sondes Eclipse, Amplifluor assays. Avantageusement, lesdites amorces sont spécifiques des régions flanquantes du gène considéré. Dans le cas du gène MCEMP1, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 7 sur le chromosome 19 entre les nucléotides 7677090 et 7679829 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 source UCSC). Dans le cas du gène S100A12, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 2 et 3 sur le chromosome 1 entre les nucléotides 153373711 et 153375621 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 décembre 2013, source UCSC). Dans le cas du gène MMP9, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 7et 8 sur le chromosome 20 entre les nucléotides 46008908 et 46016561 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38, source UCSC). Dans le cas du gène RACK1, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 5 et 6 sur le chromosome 5 entre les nucléotides 181236897 et 181243906 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 décembre 2013, source UCSC). Dans le cas du gène DSC2, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 9 et 10 sur le chromosome 18 entre les nucléotides 31058840 et 31102421 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 décembre 2013, source UCSC). Dans le cas du gène LYN, les régions flanquantes sont situées sur l'exon sur le chromosome 16 entre les nucléotides 399665 et 399728 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 source UCSC). Dans le cas du gène LPP, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 10 et 11 sur le chromosome 3 entre les nucléotides 188154157 et 188890671 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 source UCSC). Dans le cas du gène ARL4C, les régions flanquantes sont situées sur l'exon sur le chromosome 16 entre les nucléotides 399665 et 399728 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 source UCSC). Dans le cas du gène ALDOA, les régions flanquantes sont situées sur l'exon sur le chromosome 16 entre les nucléotides 399665 et 399728 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 source UCSC). Dans le cas du gène SLC8A1, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 2 et 3 sur le chromosome 2 entre les nucléotides 40534806 et 40545781 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38 source UCSC). Dans un mode de réalisation avantageux, les amorces et sondes suivantes peuvent être utilisées pour réaliser la qPCR : ARNs issus du gène MCEMP1 amorce sens: GCGGCGTGTTTTCTGTCTAC (SEQ ID NO. 1) amorce anti-sens: GGCACACTCATAATGACACAGC (SEQ ID NO. 2) Sonde : AGGGCACACATGGCGACACC (SEQ ID NO. 3) ARNs issus du gène S100A12 amorce sens: CCTCTCTAAGGGTGAGCTGAAG (SEQ ID NO. 4) amorce anti-sens: GCAATGGCTACCAGGGATATG (SEQ ID NO. 5) Sonde : TGCTTACAAAGGAGCTTGCAAACACCA (SEQ ID NO. 6) ARNs issus du gène MMP9 amorce sens: CTTTGACAGCGACAAGAAGTGG (SEQ ID NO. 7) amorce anti-sens: CGCCACGAGGAACAAACTG (SEQ ID NO. 8) Sonde : TATCCTTGGTCCGGGCAGAAGC (SEQ ID NO. 9) ARNs issus du gène RACK1 amorce sens: AACCCTATCATCGTCTCCTGTG (SEQ ID NO. 10) amorce anti-sens: ACCGTGTTCAGATAGCCTGTG (SEQ ID NO. 11) Sonde : ACCTTGACCAGCTTGTCCCAGC (SEQ ID NO. 12) ARNs issus du gène DSC2 amorce sens: CAGATGCCAAAACCAATGAAGG (SEQ ID NO. 13) amorce anti-sens: TCATGGCTGATCTTGGACTAGC (SEQ ID NO. 14) Sonde : ACACCAATTTGCAAGATCATCTGTTGCT (SEQ ID NO. 15) ARNs issus du gène LYN amorce sens: ATCCAACGTCCAATAAACAGCA (SEQ ID NO. 16) amorce anti-sens: AAGGCTACCACAATGTCTCCT (SEQ ID NO. 17) Sonde : AGGCCAGTTCCAGAATCTCAGCTTTTACC (SEQ ID NO. 18) ARNs issus du gène LPP amorce sens: GTGGCTTTGGATCGAGATTTCC (SEQ ID NO. 19) amorce anti-sens: CTTGGTTATCTCCTTCAGACAGG (SEQ ID NO. 20) Sonde : CACTGCTACCGATGCGAGGATTGC (SEQ ID NO. 21) ARNs issus du gène ARL4C amorce sens: AAAGCCCTGTGGTGTATCAA (SEQ ID NO. 22) amorce anti-sens: GCTTCCTCTGTTGGGTCAGA (SEQ ID NO. 23) Sonde : TGTTTGACCTAATAATAGCCCGTTTCGTC (SEQ ID NO. 24) ARNs issus du gène ALDOA amorce sens: GCTTGCACTCAGAAGTTTTCTCA (SEQ ID NO. 25) amorce anti-sens: GGAAGGTGATCCCAGTGACA (SEQ ID NO. 26) Sonde : ATTGCCATGGCGACCGTCACAG (SEQ ID NO. 27) ARNs issus du gène SLC8A1 amorce sens: GTGGATCTTGGCATAACAGACAC (SEQ ID NO. 28) amorce anti-sens: GTCATTGGCTGAGCACATTTG (SEQ ID NO. 29) Sonde : CTTCCAGGCCGCTGAGCAAAGT (SEQ ID NO. 30) La qPCR permet de déterminer la valeur du nombre de cycle (Cq) d'un gène (Cq gène ) chez le patient à tester. Le Cq (« Cycle of quantification ») est défini comme le nombre de cycles de PCR nécessaires pour que le signal fluorescent franchisse le bruit de fond. Le Cq permet ainsi de déterminer le niveau d'expression en nombre de cycle. La valeur de Cq obtenue peut être ensuite normalisée par rapport au niveau d'expression d'au moins un gène ubiquitaire exprimé en nombre de cycle dans le même échantillon de sang du même patient. Lesdits gènes ubiquitaires sont des gènes qui sont exprimés dans toutes les cellules d'un organisme dans des conditions normales et physiopathologiques. Ces gènes sont généralement exprimés à des niveaux relativement constants. De préférence, dans les procédés selon l’invention, à l'étape a), outre le niveau d'expression des gènes (Cq gène ) marqueurs ou des gènes homologues, on mesure le niveau d’expression d’au moins un gène ubiquitaire, lesdits niveaux d’expression étant mesurés en nombre de cycle(s) (Cq, « cycle of quantification ») par PCR quantitative en temps réel (qPCR), puis on normalise le niveau d'expression des gènes marqueurs par rapport au niveau d’expression d’au moins un gène ubiquitaire selon ΔCq gène = Cq gène – Cq gène ubiquitaire afin d’obtenir un niveau d’expression normalisé ΔCqgène pour chaque gène marqueur dont on a mesuré le niveau d’expression. De préférence, dans les procédés selon l'invention, la normalisation est effectuée par rapport au niveau d'expression d’un gène ubiquitaire, de préférence, par rapport au niveau d'expression du gène ATP5F1A. Dans ce cas, le niveau d’expression normalisé ΔCq gène d’un gène marqueur est calculé par : ΔCq gène = Cq gène – Cq ATP5F1A Dans le cas du gène ATP5F1A, les régions flanquantes sont situées sur l'exon 7 et 8 sur le chromosome 18 entre les nucléotides 46084144 et 46104233 (Assembly Dec. 2013, GRch38/hg38, source UCSC). Des amorces et sonde particulièrement appropriées pour le gène de ATP5F1A peuvent être : ARNs issus du gène ATP5F1A amorce sens: CCCAGTTGGTGAAGAGACTTAC (SEQ ID NO. 31) amorce anti-sens: CCAGAGTAAGGAGCCAGGTAC (SEQ ID NO. 32) Sonde : TACGGCCTCGGATGCTGCCC (SEQ ID NO. 33) Avantageusement, pour réaliser la qPCR, les amorces, leur taille (de préférence compris entre 80 et 150 nucléotides), leur température de fusion ( Tm, de préférence de 60°C ± 1°C), leur pourcentage en nucléotides G et C (GC%, de préférence ~60% en 3'), leur auto-complémentarité 3' et 5' et leur stabilité (de préférence inférieure à 4 nucléotides), les gammes de dimensions du produit et les paramètres thermodynamiques (évolution de la structure secondaire selon le Tm des amorces et la concentration en sel de sodium) sont choisis pour permettre une détection simultanée. Par "survie à long terme", on entend une survie de plus de 10 mois, de préférence plus de 12 mois, encore plus préférentiellement plus de 15 mois. Par "survie à court terme", on entend une survie de moins de 6 mois, moins de 5 mois, ou moins de 3 mois. De plus, lorsqu’un patient est supposé avoir une survie à long terme, cela signifie également qu’il peut être considéré éligible pour un traitement à base de 5-FU. A contrario, une survie à court terme du patient indique qu’un traitement à base de 5-FU ne présentera pas ou peu de bénéfice au patient. Un autre traitement devrait alors être envisagé. Les travaux de la Demanderesse sur une population de référence l'ont conduite en effet à identifier 10 gènes pouvant être utilisés comme marqueurs pour un pronostic de survie d’un patient atteint d’un cancer du pancréas, mais également à déterminer pour ces 10 gènes, une valeur seuil de référence permettant d’effectuer une comparaison. Toutefois, une plus grande précision dans le pronostic de survie peut être apportée grâce à la mesure du niveau d’expression des 10 gènes ou des gènes homologues. Par conséquent, selon le mode de réalisation, lors de l’étape a), on mesure le niveau d’expression des 10 gènes marqueurs et, lors de l’étape b) : i) on détermine une valeur INDEX gène dépendante du niveau d’expression normalisé du gène, définie par : INDEX gène = coefficient β du gène * ΔCq gène Dans lequel le coefficient β d’un gène donné est tel que défini dans le tableau 1 ci-après ; Gène Coefficient β MCEMP1 -0.00084112 S100A12 -0.0036297 MMP9 -0.01867287 RACK1 0.07083326 DSC2 -0.02450139 LYN -0.0623547 LPP -0.09273414 SLC8A1 -0.00029473 ARL4C 0.05992789 ALDOA -0.01105714 Tableau 1 : coefficient β des 10 gènes marqueurs ii) on détermine, pour un patient donné, une valeur INDEX patient égale à la somme des INDEX gène des 10 gènes ou gènes homologues, et iii) on compare l’INDEX patient avec un seuil de référence préalablement déterminé pour la combinaison des dix gènes ou gènes homologues. La Demanderesse a ainsi élaboré un système permettant une comparaison simplifiée des niveaux d’expression de plusieurs gènes. Ce système de comparaison a nécessité la mise au point d’un coefficient, le Coefficient béta (voir tableau 1 ci-dessus), permettant de pondérer l’importance des différents gènes au sein du système. Un INDEX patient est alors calculé, correspondant à la somme des INDEX gène des gènes marqueurs ou gènes homologues dont on a mesuré le niveau d’expression à l’étape a) des procédés selon l’invention : INDEX patient = Σ INDEX gène Cet INDEX patient est ensuite comparé à une valeur seuil de référence préalablement déterminée par la Demanderesse pour la combinaison des 10 gènes marqueurs. De préférence, pour la combinaison des 10 gènes, ladite valeur seuil de référence est comprise entre -0,53 et -0,47, plus préférentiellement entre -0,51 et -0,49, ou encore plus préférentiellement égale à -0,5. Ce seuil de -0,5 représente la valeur la plus à même de discriminer les patients en fonction de leur pronostic de survie, il est établi après optimisation des paramètres du modèle de Mantel-Cox où la modélisation teste différent seuil et cherche à maximiser la p-value du test de log-rank associée à la valeur seuil testée. Ainsi le modèle a convergé de façon optimale à -0,5. Ainsi, sur la base de la valeur seuil de référence définie pour les 10 gènes marqueurs ou gènes homologues, il est possible d’établir le pronostic de survie du patient testé. Selon un mode de réalisation préférentiel des procédés selon l’invention, on mesure à l’étape a) dans un échantillon de sang préalablement prélevé d’un patient à tester, par qPCR, le niveau d'expression en nombre de cycle (Cq gène ) des 10 gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 et du gène ubiquitaire ATP5F1A. Le niveau d’expression normalisé ΔCq gène de chacun des 10 gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 est ensuite calculé selon : ΔCq gène = Cq gène – Cq ATP5F1A Un INDEX gène est ensuite calculé pour chacun des gènes selon : INDEX gène = coefficient β du gène * ΔCq gène , dans lequel le coefficient β d’un gène donné est tel que défini dans le tableau 2 ci-après : Gène Coefficient β MCEMP1 -0.00084112 S100A12 -0.0036297 MMP9 -0.01867287 RACK1 0.07083326 DSC2 -0.02450139 LYN -0.0623547 LPP -0.09273414 SLC8A1 -0.00029473 ARL4C 0.05992789 ALDOA -0.01105714 Tableau 2 : coefficient β des 10 gènes marqueurs L’INDEX patient est alors calculé comme : INDEX patient = INDEX MCEMP1 + INDEX S100A12 + INDEX MMP9 + INDEX RACK1 + INDEX DCS2 + INDEX LYN + INDEX LPP + INDEX SLC8A1 + INDEX ARL4C + INDEX ALDOA Cette valeur d’INDEX patient est ensuite comparée avec la valeur seuil de référence de la combinaison des 10 gènes marqueurs, soit -0,5. Si un patient présente un INDEX patient inférieur à -0,5, il est considéré comme ayant un pronostic de survie à long terme, et peut être considéré éligible pour un traitement à base de 5-FU. A contrario, si un patient présente un INDEX patient supérieur à -0,5, ceci indique qu’il présente un pronostic de survie à court terme et qu’un traitement à base de 5-FU ne présentera pas ou peu de bénéfice. Un autre traitement devrait alors être envisagé. L'invention concerne également une méthode de suivi de l'efficacité d'un traitement du cancer du pancréas par la mise en œuvre du procédé selon l'invention décrit précédemment, avantageusement à intervalles de temps de traitement. L'homme du métier saura sans difficulté déterminer les intervalles de temps de traitement auxquels il souhaite mettre en œuvre le procédé selon l'invention. Par exemple, les intervalles de temps adéquats sont de 1 semaine, 2 semaines, 1 mois, 2 mois ou 6 mois. L'invention concerne aussi le traitement à base de 5-FU pour son utilisation pour le traitement du cancer du pancréas chez un patient présentant un INDEX patient inférieur à -0,5 calculé selon le mode de réalisation préférentiel décrit précédemment. La présente invention concerne en outre une puce à ADN ayant sur ses surfaces, des acides nucléiques capables de s'hybrider avec les gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou les gènes homologues pour détecter le niveau d'expression des 10 gènes ou des gènes homologues, éventuellement avec des acides nucléiques spécifiques pour un gène ubiquitaire, de manière encore plus préférée des acides nucléiques spécifiques du gène ubiquitaire ATP5F1A . La présente invention concerne également un kit pour la détermination du pronostic de survie du cancer du pancréas chez un patient, comprenant des moyens pour détecter le niveau d'expression des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou gènes homologues pour détecter le niveau d'expression des 10 gènes. Les moyens pour détecter le niveau d'expression des 10 gènes marqueurs ou gènes homologues peuvent être par exemple une puce à ADN selon l'invention, un jeu d'amorces et un rapporteur tel que des agents fluorescents, des sondes d'hydrolyse marquées, des balises moléculaires, des sondes d'hybridation, et des anticorps. De préférence, le kit selon l'invention pourra comprendre des moyens pour détecter le niveau d'expression des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues. Le kit peut en outre comprendre des instructions pour l'utilisation dans le procédé in vitro selon l'invention. Enfin, l'invention concerne également l'utilisation des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues, pour le pronostic de survie du cancer du pancréas, en particulier, lors d'un traitement à base de 5-FU. La présente invention pourra être mieux comprise et d'autres avantages et caractéristiques pourront apparaitre à la lecture des exemples suivants et des dessins annexés dans lesquels: La représente les courbes de survie sans progression c’est-à-dire la durée après un traitement pendant laquelle le cancer ne s’aggrave pas, issues des échantillons de sang des 90 patients de l’exemple 1, calculées par la méthode Kaplan-Meier pour les 2 groupes de survie à l'issue du calcul de la valeur seuil de référence de -0,5. Le groupe représenté en gris est l'ensemble des individus dont la valeur de l’INDEX patient est inférieure à la valeur seuil de référence et le groupe représenté en noir est l'ensemble des individus dont la valeur de l’INDEX patient est supérieure à la valeur seuil de référence. Ici le groupe de survie à long terme est le groupe gris. La valeur-p (" pvalue ") du test du log-rank « test logarithmique par rang » est indiquée en bas du graphe : P La représente les courbes de survie globale, issues des échantillons de sang des 90 patients de l’exemple 1, calculées par la méthode Kaplan-Meier pour les 2 groupes de survie à l’issue du calcul de la valeur seuil de référence de -0,5. Le groupe représenté en gris est l’ensemble des individus dont la valeur de l’INDEX patient est inférieure à la valeur seuil de référence et le groupe représenté en noir est l’ensemble des individus dont la valeur de l’INDEX patient est supérieure à la valeur seuil de référence. Ici le groupe de survie à long terme est le groupe gris. La valeur-p (" pvalue ") du test du log-rank est indiquée en bas du graphe : P Exemple 1 : Identification d'un ensemble de gènes pour le pronostic de survie du cancer du pancréas 1.1 Préparation de l'ARN Une analyse clinique a été réalisée sur 90 patients atteints d'un cancer avancé du pancréas (PDAC) non traité auparavant (à l'état de base) (âge moyen de 68,7 ans ; 37-88) ayant reçu un régime à base de 5-FU. Ces patients sont issus de deux études cliniques GemciPANC (Id. NCT03599154) et BACAP (Id. NCT02818829). Des échantillons de sang total de 90 patients prélevés avant traitement, conditionnés dans des tubes PAXgene dans de la glace sèche ont été reçus et conservés à -80°C. L'ARN total a été extrait à partir des 90 échantillons de sang total. L'analyse du transcriptome (recherche de biomarqueurs) n'a été conduite que sur ces échantillons. Les 90 échantillons d'ARN ont été analysés afin de déterminer leur qualité. Le contrôle de l'intégrité de l'ARN a été réalisé avec le Bioanalyseur 2100 (Agilent Technologies, Palo Alto, États-Unis) à l'aide de la nano puce "ARN eucaryote total 6000" ("Eucaryotic Total RNA 6000 Nano Chip" d'Agilent Technologies). La quantité d'ARN a été contrôlée à l'aide d'un spectrophotomètre NanoDrop ND-1000 (THERMO Scientific). Les ARN purifiés ont été conservés à -80°C. 90 échantillons d'ARN de sang total, qui correspondent à des échantillons de sang de référence, ont été extraits à partir du sang préalablement collecté (tubes de prélèvement sanguin PAXgene, BD) en utilisant PAXgene Blood RNA Kit V.2 (PreAnalitix) selon les recommandations du fabricant. La validation des biomarqueurs a été faite en utilisant une plateforme COBAS (LC480, Roche Diagnostics) et les approches biostatistiques appropriées ont été utilisées pour filtrer les meilleurs biomarqueurs. Le tableau 3 ci-dessous liste les 90 patients anonymisés par numéro, en fonction de l’étude clinique (Gemcipanc ou Bacap), du traitement (FOLFIRINOX OU FOLFOX), du stade de la tumeur (métastatique ou localement avancée) et présente pour chacun des patients les résultats de survie globale et de survie sans progression. Sujet N° Etude clinique Traitement Tumeur Survie Globale (jours) Survie sans Progression (jours) 1 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 875 318 2 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 478 185 3 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 487 224 4 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 116 74 5 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 765 665 6 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 449 149 7 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 1241 381 8 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 232 140 12 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 249 84 13 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 614 485 15 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 600 317 22 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 1058 112 23 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 850 358 25 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 384 260 26 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 985 854 27 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 1031 464 28 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 563 225 31 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 1015 1015 32 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 503 503 33 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 269 73 34 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 996 199 35 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 38 38 36 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 983 983 38 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 223 57 39 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 339 99 40 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 120 82 42 Gemcipanc Folfox Localement avancée 220 220 43 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 479 479 45 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 176 120 49 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 1297 505 51 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 187 187 52 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 888 428 54 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 236 236 55 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 456 194 59 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 911 911 60 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 911 470 61 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 198 175 64 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 271 177 65 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 268 168 68 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 303 56 69 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 368 217 71 Gemcipanc Folfirinox Localement avancée 337 335 73 Gemcipanc Folfox Métastatique 43 43 76 Gemcipanc Folfirinox Métastatique 228 54 10212 Bacap Folfirinox Métastatique 433 230 10219 Bacap Folfirinox Localement avancée 496 282 10221 Bacap Folfirinox Localement avancée 690 582 10222 Bacap Folfirinox Métastatique 39 21 10223 Bacap Folfirinox Localement avancée 588 181 10226 Bacap Folfirinox Métastatique 431 292 10235 Bacap Folfox Métastatique 24 24 10246 Bacap Folfirinox Métastatique 120 97 10253 Bacap Folfirinox Métastatique 350 171 10257 Bacap Folfirinox Métastatique 426 70 10258 Bacap Folfirinox Métastatique 200 104 10262 Bacap Folfox Métastatique 98 98 10264 Bacap Folfox Localement avancée 238 238 10266 Bacap Folfirinox Métastatique 159 68 10271 Bacap Folfirinox Localement avancée 870 870 10273 Bacap Folfirinox Localement avancée 668 468 10274 Bacap Folfirinox Métastatique 459 220 10279 Bacap Folfirinox Localement avancée 551 283 10282 Bacap Folfox Métastatique 380 98 10285 Bacap Folfirinox Métastatique 405 330 10286 Bacap Folfirinox Métastatique 569 311 10287 Bacap Folfirinox Localement avancée 838 518 10288 Bacap Folfirinox Localement avancée 807 846 10289 Bacap Folfox Métastatique 26 26 10293 Bacap Folfirinox Non spécifié 786 210 10294 Bacap Folfirinox Métastatique 29 29 10295 Bacap Folfirinox Localement avancée 340 209 10296 Bacap Folfirinox Métastatique 337 263 10297 Bacap Folfirinox Métastatique 773 276 10300 Bacap Folfox Métastatique 31 31 10302 Bacap Folfirinox Localement avancée 378 262 10304 Bacap Folfirinox Métastatique 421 398 10306 Bacap Folfirinox Localement avancée 734 734 10309 Bacap Folfirinox Localement avancée 727 727 10310 Bacap Folfirinox Métastatique 95 62 10312 Bacap Folfirinox Métastatique 210 159 10316 Bacap Folfirinox Localement avancée 731 731 10319 Bacap Folfirinox Métastatique 60 60 10327 Bacap Folfirinox Métastatique 120 91 10328 Bacap Folfirinox Non spécifié 332 267 10330 Bacap Folfirinox Localement avancée 248 248 10333 Bacap Folfirinox Localement avancée 623 623 10335 Bacap Folfirinox Métastatique 607 337 10336 Bacap Folfirinox Métastatique 454 299 10338 Bacap Folfirinox Métastatique 98 82 10340 Bacap Folfirinox Métastatique 432 288 Tableau 3 : Liste des 90 patients anonymisés par numéro, en fonction de l’étude clinique (Gemcipanc ou Bacap), du traitement (FOLFIRINOX OU FOLOFOX), du stade de la tumeur (métastatique ou localement avancée) et pour chacun des patients les résultats de survie globale et de survie sans progression. 1.2. One-Step RT qPCR La validation des gènes ciblés a été réalisée par One-Step RT qPCR sur une plate-forme de Roche Diagnostics. Les expériences de One-Step RT qPCR ont été réalisées en utilisant un mélange Evoscript RNA Probes Master (Roche Diagnostics) sur un appareil Roche Diagnostics LightCycler480 ® selon les instructions du fabricant. Le mélange réactionnel a été préparé comme suit dans un volume final de 10 µl : 2 µl de Evoscript RNA Probes Master (Roche Diagnostics), 3 µl de couples d'amorces et sonde hydrolyse marquée (Eurogentec, concentration finale 0.4 µM pour les amorces et 0.2 µM pour la sonde), 5 µl de matrice ARN (4 ng final). Le programme de la One-Step RT qPCR consiste en une première étape de rétro-transcription de l’ARN en ADNc à 60°C pendant 15 min, suivie d’une étape de pré-incubation à 95°C pendant 10 min puis de 45 cycles de PCR (95°C pendant 15 secondes, 58°C pendant 30 secondes). Le tableau 4 indique les amorces et sondes correspondantes aux 10 biomarqueurs utilisés pour la qPCR, à savoir les MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA, SLC8A1, ainsi que le gène de référence également nommé gène ubiquitaire, correspondant au gène ATP5F1A. Biomarqueur Amorce sens Amorce anti-sens Sonde MCEMP1 GCGGCGTGTTTTCTGTCTAC GGCACACTCATAATGACACAGC AGGGCACACATGGCGACACC (SEQ ID NO. 1) (SEQ ID NO. 2) (SEQ ID NO. 3) S100A12 CCTCTCTAAGGGTGAGCTGAAG GCAATGGCTACCAGGGATATG TGCTTACAAAGGAGCTTGCAAACACCA (SEQ ID NO. 4) (SEQ ID NO. 5) (SEQ ID NO. 6) MMP9 CTTTGACAGCGACAAGAAGTGG CGCCACGAGGAACAAACTG TATCCTTGGTCCGGGCAGAAGC (SEQ ID NO. 7) (SEQ ID NO. 8) (SEQ ID NO. 9) RACK1 AACCCTATCATCGTCTCCTGTG ACCGTGTTCAGATAGCCTGTG ACCTTGACCAGCTTGTCCCAGC (SEQ ID NO. 10) (SEQ ID NO. 11) (SEQ ID NO. 12) DSC2 CAGATGCCAAAACCAATGAAGG TCATGGCTGATCTTGGACTAGC ACACCAATTTGCAAGATCATCTGTTGCT (SEQ ID NO. 13) (SEQ ID NO. 14) (SEQ ID NO. 15) LYN ATCCAACGTCCAATAAACAGCA AAGGCTACCACAATGTCTCCT AGGCCAGTTCCAGAATCTCAGCTTTTACC (SEQ ID NO. 16) (SEQ ID NO. 17) (SEQ ID NO. 18) LPP GTGGCTTTGGATCGAGATTTCC CTTGGTTATCTCCTTCAGACAGG CACTGCTACCGATGCGAGGATTGC (SEQ ID NO. 19) (SEQ ID NO. 20) (SEQ ID NO. 21) ARL4C AAAGCCCTGTGGTGTATCAA GCTTCCTCTGTTGGGTCAGA TGTTTGACCTAATAATAGCCCGTTTCGTC (SEQ ID NO. 22) (SEQ ID NO. 23) (SEQ ID NO. 24) ALDOA GCTTGCACTCAGAAGTTTTCTCA GGAAGGTGATCCCAGTGACA ATTGCCATGGCGACCGTCACAG (SEQ ID NO. 25) (SEQ ID NO. 26) (SEQ ID NO. 27) SLC8A1 GTGGATCTTGGCATAACAGACAC GTCATTGGCTGAGCACATTTG CTTCCAGGCCGCTGAGCAAAGT (SEQ ID NO. 28) (SEQ ID NO. 29) (SEQ ID NO. 30) ATP5F1A CCCAGTTGGTGAAGAGACTTAC CCAGAGTAAGGAGCCAGGTAC TACGGCCTCGGATGCTGCCC (SEQ ID NO. 31) (SEQ ID NO. 32) (SEQ ID NO. 33) Tableau 4 : Amorces et sonde correspondants aux 10 biomarqueurs utilisés pour la qPCR ainsi que le gène de référence, dit gène ubiquitaire. Les données de la qPCR ont été analysées en utilisant la méthode Delta.Cq (ΔCq) (Livak et Schmittgen, 2001). Pour tous les gènes cibles, les valeurs normalisées ΔCq ont été déterminées par application de la formule : ΔCq = Cq (gène) – Cq (gène ubiquitaire) Le gène ubiquitaire est ATP5F1A (NM_001001937, ATP synthase F1 subunit alpha). 1.3. Résultats Le modèle de Mantel-Cox (ou test de Log-Rank) prenant en compte les INDEX calculés a permis de déterminer un "seuil de référence" pour la combinaison des 10 gènes, qui va permettre d'établir le pronostic de survie du patient testé. Ce seuil de référence est de -0,5 dans le présent exemple. Dans le présent exemple, les patients présentant un INDEX patient inférieur au seuil de référence, de -0,5 dans le présent exemple, ont une survie sans progression de 14,3 mois comparativement aux patients présentant un INDEX patient supérieur au seuil de référence, ayant une survie sans progression de 3,5 mois (voir ). Par ailleurs, les patients présentant un INDEX patient inférieur au seuil de référence, de -0,5 dans le présent exemple, ont une survie globale de 23,4 mois comparativement aux patients présentant un INDEX patient supérieur au seuil de référence, ayant une survie globale de 7,7 mois (voir ). Ainsi, sur la base de la valeur seuil de référence définie pour les 10 gènes marqueurs, il est possible d'établir le pronostic de survie du patient test : si l’INDEX patient calculé chez le patient testé est inférieur à la valeur du seuil final de référence alors le pronostic est une survie à long terme et si l’INDEXpatient calculé chez le patient testé est supérieur à la valeur du seuil final de référence alors le pronostic est une survie à court terme. Par ailleurs, les résultats obtenus ci-avant dans l’exemple 1 permettent de prévoir ou évaluer l’efficacité et/ou le bénéfice d’un traitement du cancer du pancréas chez un patient atteint de ladite pathologie en fonction des résultats obtenus ci-avant, notamment grâce à la mesure de la survie sans progression. En effet, un patient présentant un INDEX patient inférieur au seuil de référence, peut être considéré éligible pour un traitement du cancer du pancréas à base de 5-FU. A contrario, si un patient présente un INDEX patient supérieur au seuil de référence, ceci indique qu’il présente un pronostic de survie à court terme et qu’un traitement à base de 5-FU ne présentera pas ou peu de bénéfice. Un autre traitement devrait alors être envisagé. Procédé in vitro pour établir un pronostic de survie chez un patient atteint d'un cancer du pancréas comprenant les étapes suivantes : mesurer le niveau d'expression des gènes marqueurs MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues, dans un échantillon de sang dudit patient préalablement prélevé ; comparer le niveau d'expression mesuré des gènes marqueurs ou des gènes homologues de l'étape a) chez ledit patient avec un seuil de référence ; évaluer le temps de survie chez ledit patient. Procédé in vitro pour prévoir ou évaluer l'efficacité et/ou le bénéfice d'un traitement du cancer du pancréas chez un patient atteint de ladite pathologie comprenant les étapes suivantes : mesurer le niveau d'expression des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues, dans un échantillon de sang dudit patient préalablement prélevé ; comparer le niveau d'expression mesuré des gènes marqueurs ou des gènes homologues à l'étape a) chez ledit patient avec un seuil de référence ; évaluer le temps de survie chez ledit patient. Procédé selon la revendication 2, caractérisé en ce que ledit traitement est un traitement à base de 5-fluorouracile. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, dans lequel ledit échantillon de sang est un échantillon de sang périphérique. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 4, dans lequel le niveau d’expression des gènes est mesuré par la mesure de la quantité des protéines codées par lesdits gènes présentes dans l’échantillon de sang. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 4, dans lequel le niveau d’expression des gènes est mesuré par le niveau de la transcription de l’ARN ou de l’ADNc desdits gènes. Procédé selon la revendication 6, dans lequel à l’étape a), outre le niveau d’expression des gènes (Cq gène ) marqueurs ou des gènes homologues, on mesure le niveau d’expression d’au moins un gène ubiquitaire, lesdits niveaux d’expression étant mesurés en nombre de cycle(s) (Cq, « cycle of Quantification ») par PCR quantitative en temps réel (qPCR), puis on normalise le niveau d’expression des gènes marqueurs par rapport au niveau d’expression d’au moins un gène ubiquitaire selon ΔCq gène = Cq gène – [Cq (gène ubiquitaire)] afin d’obtenir un niveau d’expression normalisé ΔCq gène pour chaque gène marqueur dont on a mesuré le niveau d’expression. Procédé selon la revendication 7, dans lequel, le niveau d’expression normalisé ΔCq des gènes marqueurs ou des gènes homologues est normalisé par rapport au gène ubiquitaire ATP5F1A. Procédé selon la revendication 8, dans lequel, lors de l’étape a), on mesure le niveau d’expression desdits gènes marqueurs ou gènes homologues et, lors de l’étape b) i) on détermine une valeur INDEXgène dépendante du niveau d’expression normalisé du gène, définie par : INDEX gène = coefficient β du gène * ΔCq gène dans lequel le coefficient β d’un gène donné est tel que défini ci-après Gène Coefficient β MCEMP1 -0.00084112 S100A12 -0.0036297 MMP9 -0.01867287 RACK1 0.07083326 DSC2 -0.02450139 LYN -0.0623547 LPP -0.09273414 SLC8A1 -0.00029473 ARL4C 0.05992789 ALDOA -0.01105714 ii) on détermine, pour un patient donné, une valeur INDEX patient égale à la somme des INDEX gène desdits gènes, et iii) on compare l’INDEX patient avec un seuil de référence préalablement déterminé pour la combinaison desdits gènes. Procédé selon la revendication 9, dans lequel on mesure le niveau d’expression des 10 gènes marqueurs, le seuil de référence étant de -0,5, un INDEX patient inférieur à -0,5 indiquant un pronostic de survie à long terme. Méthode de suivi de l’efficacité d’un traitement du cancer du pancréas, avantageusement d’un traitement à base de 5-Fluorouracile, par la mise en œuvre du procédé décrit dans l’une quelconque des revendications 2 à 10, avantageusement à intervalles de temps de traitement. Kit pour la détermination du pronostic de survie du cancer du pancréas chez un patient, comprenant des moyens pour détecter le niveau d’expression des gènes MCEMP1, S100A12, MMP9, RACK1, DSC2, LYN, LPP, ARL4C, ALDOA et SLC8A1 ou des gènes homologues .