Brevet FR3126991A1 — publié le 20230317

La présente invention concerne une nouvelle souche bactérienne appartenant au genre Christensenella , une composition la comprenant et ses utilisations, notamment comme médicament dans le traitement et/ou la prévention de maladies telles que les maladies métaboliques et/ou les maladies inflammatoires. Souche bactérienne dans la prévention et/ou le traitement de pathologies inflammatoires L’invention concerne une nouvelle souche bactérienne appartenant au genre Christensenella , une composition la comprenant et ses utilisations, notamment comme médicament dans le traitement et/ou la prévention de maladies telles que les maladies métaboliques et/ou les maladies inflammatoires. Etat de l’art Notre microbiote intestinal ou « flore intestinale » est constitué d’un ensemble de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes, soit 10 12 à 10 14 micro-organismes présents dans le tube digestif de chaque individu, ce qui représente 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules présent dans notre corps. Dès lors, son rôle est de plus en plus étudié ces dernières années. En 2012, un microbiologiste a identifié et cultivé à partir de fèces humaines une nouvelle espèce : Christensenella minuta , appartenant aux Clostridiales gram-négatifs. (Morotomi et al ., Description of Christensenella minuta gen. nov. , sp. nov. , isolated from human faeces , which forms a distinct branch in the order Clostridiales , and proposal of Christensenellaceae fam. nov. , International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (2012), 62, 144–149). Il est dorénavant admis par la communauté scientifique que le microbiote intestinal humain est lié à l'apparition de certaines pathologies dites « non transmissibles » et associées à une dysbiose du microbiote, telles que l'obésité, le diabète, les maladies métaboliques, les maladies inflammatoires intestinales, ou encore la dépression. Or, la prévalence de ces maladies ne cesse d'augmenter, sans aucun traitement satisfaisant. Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) ou Inflammatory Bowel Disease (IBD) en Anglais regroupent les maladies liées à l'inflammation de l'intestin à caractère chronique. La maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique en sont les principales. Il s’agit de maladies récentes, multifactorielles dont l’origine est inconnue. Dans un certain nombre de cas, l’apparition de ces maladies pourrait être liée à une prédisposition génétique, à l’environnement, mais encore au microbiote. Ces maladies ont toutes la particularité de présenter une inflammation de l’intestin ce qui induit une modification du microbiote et entretient alors l’inflammation. Dans le cadre de la maladie de Crohn, l’inflammation est le plus souvent regroupée au niveau de l’iléon et du côlon. La rectocolite hémorragique (RCH) ou colite ulcéreuse affecte quant à elle plus particulièrement l'extrémité distale du tube digestif, c’est-à-dire le côlon et le rectum. Son incidence est restée stable, à 4,4 cas pour 100 000 habitants en France alors que celle de la maladie de Crohn a augmenté de 5,3 à 7,6 cas pour 100 000 habitants en France entre 1988 et 2014. Ce sont des pathologies handicapantes pour lesquels aucun traitement curatif n’est disponible et dont la prévalence augmente fortement dans les pays occidentaux. Ces maladies ont la particularité d’agir par poussée dont la période de rémission est plus ou moins longue. L’objectif des traitements actuels est de prolonger la durée des rémissions le plus possible et donc d’améliorer la qualité de vie des patients malgré des traitements à vie. Malgré des progrès dans la compréhension, et le diagnostic de ces pathologies, la médecine moderne n’a pas de solution curative satisfaisante, ce qui cause des problèmes de santé publique majeurs, notamment chez les adolescents dont la prévalence a fortement augmenté ces dernières années. Il existe donc un besoin médical fort pour un produit capable d’agir sur le microbiote intestinal, en particulier dans la prévention et le traitement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Un objectif de la présente invention est donc d’apporter une solution qui soit simple, efficace et économique pour restaurer un microbiote intestinal sain et donc traiter la dysbiose du microbiote intestinal, en particulier traiter les maladies inflammatoires chroniques, préférentiellement en évitant l’administration d’un traitement à vie et ainsi faire reculer la prévalence de ces maladies. Pour répondre à cet objectif, les inventeurs ont identifié, parmi la multitude de bactéries présentes dans le microbiote intestinal et parmi les souches déjà connues appartenant à l’espèce Christensenella minuta , une nouvelle souche bactérienne de Christensenella minuta spécifique déposée auprès de l'lnstitut Leibniz DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, en français Collection allemande de micro-organismes et de cultures cellulaires GmbH) sous le numéro DSM 33715, particulièrement adaptée dans la prévention et/ou le traitement d’une dysbiose intestinale, préférentiellement les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Ainsi, l’invention concerne une souche bactérienne de Christensenella minuta déposée sous le numéro DSM 33715 et ayant pour séquence d’ADNr 16S, la séquence SEQ ID NO :1, ainsi que toute souche comprenant une séquence nucléotidique ayant au moins 99,90% d’identité d’ANI (Average Nucleotide Identity – Identité Nucléotidique Moyenne) avec la séquence nucléotidique du génome de la souche bactérienne DSM 33715. L’invention vise aussi le surnageant de la culture de la souche bactérienne selon l’invention mais également à une composition comprenant (i) au moins la souche bactérienne selon l’invention et/ou (ii) le surnageant de la culture selon l’invention et (iii) au moins un excipient acceptable. Ledit excipient acceptable étant préférentiellement un excipient pharmaceutiquement acceptable lorsqu’il s’agit d’un produit destiné à être utilisé comme médicament pour un usage humain ou un usage vétérinaire. Enfin, l’invention est particulièrement adaptée pour utiliser ladite souche bactérienne, ledit surnageant ou ladite composition selon l’invention comme médicament. En effet, la présente invention est particulièrement adaptée dans la prévention et/ou le traitement de pathologies dites « non transmissibles » et associées à une dysbiose du microbiote intestinal ou maladies associées à une dysbiose du microbiote intestinal, en particulier les maladies telles que les maladies métaboliques, les maladies inflammatoires et d’autres qui seront détaillées ci-après. Préférentiellement, l’invention vise à prévenir et/ou traiter les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, plus préférentiellement la maladie de Crohn, ou la colite ulcéreuse. Enfin, l’invention concerne également l’utilisation non thérapeutique de la souche bactérienne selon l’invention, et/ou du surnageant selon l’invention ou de la composition selon l’invention pour maintenir et/ou renforcer le microbiote intestinal et/ou soutenir la diversité du microbiote intestinal et/ou promouvoir l’augmentation de bactéries bénéfiques dans le microbiote intestinal chez un sujet sain. D’autres caractéristiques et avantages ressortiront de la description détaillée de l’invention, des exemples et des figures qui vont suivre. Brève description des Figures représente une image d’une bactérie Christensenella minuta selon l’invention réalisée en microscopie électronique à transmission en coloration négative (grossissement : 36kX). représente un spectre MALDI caractéristique d’une culture pure d’une souche Christensenella minuta selon l’invention. représente l’effet immunomodulateur de la bactérie DSM 33715 sur des cellules PBMCs (3 donneurs sains testés) représente l’effet anti-inflammatoire de la bactérie DSM 33715 sur une lignée THP-1 différenciées en macrophages de type M0 par traitement à la PMA (Phorbol 12-myristate 13-acetate). représente l’effet immunomodulateur de la bactérie DSM 33715 et de son surnageant sur la lignée d’adénocarcinome du côlon HT-29 productrice d’IL-8 après stimulation au TNF-α. représente l’effet anti-inflammatoire de DSM 33715 sur la voie de signalisation de l’inflammation NF-κB. Activation de la voie NF-κB par DSM 33715 dans les cellules HT-29 transfectées avec un système rapporteur et stimulées par le TNF-α, mesurée par l’activité luciférase et normalisée par la luminescence de la Renilla. représente l’effet anti-inflammatoire de DSM 33715 sur la voie de signalisation de l’inflammation JAK/STAT. Activation de la voie JAK/STAT par DSM 33715 dans les cellules HT-29 transfectées avec un système rapporteur et stimulées par l’IFN-γ, mesurée par l’activité luciférase et normalisée par la luminescence de la Renilla. représente l’effet immunomodulateur du surnageant de DSM 33715 sur la lignée d’adénocarcinome du côlon HT-29 productrice d’IL-8 après stimulation au TNF-α, en présence d’un agent anti-inflammatoire utilisé en thérapeutique, le 5-ASA ou le Budésonide. représente l’effet anti-inflammatoire de DSM 33715 associé ou non au Tofacitinib sur la modulation de la voie de signalisation de l’inflammation JAK/STAT induite par l’IFN-γ. La voie JAK/STAT est activée dans les cellules HT-29 transfectées avec un système rapporteur et stimulées par l’IFN-γ, mesurée par l’activité luciférase et normalisée par la luminescence de la Renilla. représente l’effet de la souche DSM 33715 sur l’intégrité de la barrière intestinale par mesure de la résistance électrique transépithéliale. La condition PBS-Glycérol +/- TNF-α (contrôle) correspond au milieu de resuspension des bactéries. est un histogramme représentant la longueur moyenne des côlons, en fin d’expérimentation. Les données sont représentées par la moyenne +/- SEM en centimètre pour la longueur et en gramme pour le poids du côlon. représente l’inflammation du côlon au niveau macroscopique calculé par le score de Wallace. représente l’inflammation au niveau histologique calculé par le score Ameho. Les données représentées sont les moyennes +/-SEM. Coloration MGG des coupes de colon pour l’évaluation du score histologique (Ameho) représente les niveaux d’IL-1β et de Lipocaline-2 dans le côlon. Les données représentées correspondent à la moyenne +/- SEM en ng/mg de protéines. Souche bactérienne de Christensenella minuta déposée sous le numéro DSM 33715. Surnageant de culture caractérisé en ce qu’il est obtenu à partir de la souche bactérienne selon la revendication précédente. Composition comprenant (i) au moins une souche bactérienne selon la revendication 1 et/ou (ii) un surnageant selon la revendication 2 et (iii) au moins un excipient acceptable. Composition selon la revendication précédente, caractérisée en ce que la bactérie est vivante, morte, atténuée ou inactivée. Composition selon l’une des revendications 3 ou 4, caractérisée en ce qu’elle se présente sous forme solide, liquide ou lyophilisée. Composition selon l’une des revendications 3 à 5, ladite composition est sous une forme adaptée à une administration par voie orale, nasale, parentérale, rectale, sublinguale, oculaire, auriculaire, intramusculaire, intraveineuse, inhalée ou cutanée. Composition selon l’une des revendications 3 ou 4, caractérisée en ce qu’elle se présente sous forme de poudre, de poudre microencapsulée, de gélule, de capsule, de comprimé, de pastille, de granulés, d’émulsion, de suspension, de suppositoire, d’un inhalateur ou de sirop. Composition selon l’une des revendications 3 à 7, caractérisée en ce qu’elle comprend au moins 50% de bactéries vivantes (en nombre). Composition selon l’une des revendications 3 à 8, caractérisée en ce que les bactéries vivantes représentent entre 10 5 à 10 11 CFU. Composition selon l’une des revendications 3 ou 4, caractérisée en ce qu’elle se présente sous forme de boisson, d’un produit alimentaire, d’un nutraceutique, d’un additif alimentaire, d’un complément alimentaire ou d’un produit laitier. Composition selon l’une des revendications 3 à 9, comprenant également au moins un probiotique et/ou au moins une bactérie de la famille Christensenellacées et/ou un agent anti-inflammatoire. Composition selon la revendication précédente, comprenant également une bactérie choisie parmi Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii , Anaerobutiryricum hallii , Hafnia alvei , Roseburia intestinalis , Roseburia hominis, Roseburia faecis , Roseburia inulinivorans , Dysosmobacter welbionis , Oscillospira guillermondii , Lactiplantibacillus plantarum , Lacticaseibacillus casei, Latilactobacillus sakei , Ligilactobacillus salivarius , Limosilactobacillus fermentum , Limosilactobacillus reuteri , Levilactobacillus brevis , Bifidobacterium pseudolongum, Bifidobacterium longum , Bifidobacterium infantis , Bifidobacterium animalis , Bifidobacterium adolescentis , Bifidobacterium bifidum , Bifidobacterium breve , Bifidobacterium lactis , Bifidobacterium stercoris et Bifidobacterium thermophilum . Composition selon l’une des revendications 11 ou 12, comprenant également un principe actif pharmaceutique choisi parmi la mesalamine, l’olsalazine, le budésonide, le tofacitinib, le filgotinib, l’upadacitinib, l’infliximab, l’adalimumab, le golimumab, le certolizumab, le vedolizumab et l’ustekinumab. Composition selon l’une des revendications 3 à 9 et 11 à 13, pour son utilisation comme médicament chez l’Homme ou l’animal. Composition selon l’une des revendications 3 à 13, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une dysbiose du microbiote. Composition selon l’une des revendications 3 à 13, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une maladie choisie parmi les maladies chroniques, les maladies métaboliques, les maladies inflammatoires, les troubles de la fonction respiratoire, et les cancers. Composition pour son utilisation selon la précédente revendication dans la prévention et/ou le traitement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Composition pour son utilisation selon la précédente revendication, dans la prévention et/ou le traitement d’une maladie choisie parmi la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, la recto-colite ulcéro-hémorragique, la diverticulite, l’œsophagite, les gastrites, les pancréatites, l’ulcère gastro-duodénal, le syndrome du côlon irritable.