Brevet FR3128228A1 — publié le 20230421

L’invention concerne trois souches bactériennes appartenant au genre Enterococcus , une composition comprenant au moins l’une d’elles et ses utilisations utiles, en particulier comme médicament dans le traitement et/ou la prévention de maladies respiratoires. Bactéries utiles dans la prévention et/ou le traitement de pathologies respiratoires L’invention concerne trois souches bactériennes appartenant au genre Enterococcus , une composition les comprenant et son utilisation comme médicament, en particulier dans le traitement et/ou la prévention des maladies respiratoires. Etat de l’art Le corps humain possède plusieurs microbiotes tels que le microbiote intestinal, oral, cutané, vaginal et plus récemment un microbiote pulmonaire a été décrit. Ces microbiotes s’installent progressivement à partir de la naissance et orientent la maturation immunitaire. La colonisation par le microbiote digestif a un impact très important sur l’immunité et la santé. Dès lors, de nombreux travaux ont décrit les bactéries présentes dans les microbiotes humains et les ont utilisées pour leurs effets bénéfiques sur la santé, tels que les probiotiques. Enterococcus faecalis ( E. faecalis ) fait partie des entérocoques retrouvés dans le tractus gastro-intestinal humain. Chez l’homme E. faecalis est sous-dominant dans le microbiote intestinal chez l’adulte sain et dominant chez l’enfant juste après la naissance. Il s’agit d’une bactérie ubiquiste de l’homme et des animaux, qui se retrouve dans l’intestin comme dans la cavité orale, mais aussi dans le microbiote pulmonaire. Toutefois, certaines souches de l’espèce sont à l’origine d’infections, notamment nosocomiales. L’espèce E . faecalis a notamment été décrite pour ses propriétés immuno-modulatrices importantes pour l’être humain, en particulier dans la maturation des cellules épithéliales du colon, dans la protection contre les rechutes de bronchite chronique, dans la dermatite atopique, ou encore dans la susceptibilité à développer l’asthme. Une souche spécifique à déjà été décrite dans le brevet FR 1650656 pour ses effets bénéfiques dans le traitement et/ou la prévention des maladies respiratoires. Les maladies respiratoires chroniques telles que l’asthme, la bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), la rhinite allergique, l’arthrite rhumatoïde, mais encore les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) touchent des millions de personnes dans le monde. Ces maladies chroniques ont un impact fort sur la qualité de vie des patients pour lesquels aucun traitement curatif n’est disponible et dont la prévalence augmente fortement dans les pays occidentaux. Dès lors ces pathologies constituent un problème médical, social et économique majeur dans le monde. L’objectif des traitements actuels est essentiellement symptomatique et visent à traiter ou éventuellement prévenir les crises survenant par période afin d’améliorer la qualité de vie des patients. Les traitements actuels sont notamment basés sur des modulateurs de l’immunité à large spectre, tels que les corticostéroïdes. Ces derniers sont certes très efficaces en traitement ponctuel, mais peuvent entraîner des effets secondaires délétères lors d’une prise régulière. Par exemple, les corticoïdes inhalés peuvent causer un retard de croissance chez l’enfant, la suppression de l’axe hypothalamique pituitaire surrénalien et un risque accru d’ostéoporose. Plus récemment, certains médicaments ciblant des médiateurs clés de l’inflammation, tels que le Tumor Necrosis Factor alpha (TNF-α), l’Interleukine-1 (IL-1) ou l’Interleukine-5 (IL-5) ont été développés. Toutefois, les pathologies inflammatoires ne répondent pas toutes au(x) même(s) inhibiteur(s) de cytokines. Enfin, certains patients sont encore réfractaires aux traitements existants, qu’il s’agisse de corticostéroïdes ou d'inhibiteurs spécifiques. Il existe donc un besoin médical fort pour de nouvelles solutions thérapeutiques permettant soit de traiter et/ou de prévenir ses affections, telles que les pathologies respiratoires, soit de diminuer les doses de traitement anti-inflammatoire nécessaires et/ou d’augmenter leur efficacité. Un objectif de la présente invention est donc d’apporter une solution alternative qui soit simple, plus efficace et économique pour prévenir et/ou traiter les maladies chroniques inflammatoires dont les maladies respiratoires, et permettant également de limiter les effets indésirables associés aux traitements actuels et ainsi faire reculer la prévalence de ces maladies. Pour répondre à cet objectif, les inventeurs ont identifié, parmi la multitude de bactéries de l’espèce E . faecalis , trois nouvelles souches bactériennes d’ E . faecalis déposées le 16 Juin 2021 auprès la Collection Nationale des Cultures de Microorganismes (CNCM), 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France sous le numéro CNCM I-5699, CNCM I-5700 et CNCM I-5701, particulièrement utiles pour réduire l’inflammation, en particulier dans la prévention et/ou le traitement des pathologies respiratoires. En effet, les trois souches présentent un effet anti-inflammatoire in vitro sur des cellules humaines d’origine pulmonaire (BEAS-2B) mais également ex vivo sur des explants de poumons de souris axéniques. Elles réduisent en particulier la libération de l’IL-18, l’IL-2, l’IL-5, le TNF-α ou encore l’IL-6. Les autres souches d’ E. faecalis testées ne présentent pas de telles propriétés. Les trois souches selon l’invention présentent également un effet anti-inflammatoire in vivo , dans deux modèles précliniques d’asthme allergique. Elles permettent de réduire en particulier le recrutement d’éosinophiles et la libération de cytokines TH2 dans les poumons. Enfin, la souche déposée sous le numéro CNCM I-5699 présente également un effet protecteur de la fonction respiratoire dans le modèle d’asthme chez la souris adulte. Les trois souches selon l’invention présentent ainsi des propriétés tout à fait avantageuses et utiles dans le traitement et/ou la prévention de maladies respiratoires. Ainsi, l’invention a pour objet trois souches de l’espèce d’E . faecalis déposées, respectivement, sous les numéros CNCM I-5699, CNCM I-5700 et CNCM I-5701. Les souches déposées sous les numéros CNCM I-5699, CNCM I-5700 et CNCM I-5701 possèdent un chromosome, respectivement, de 2843733 pb (paire de base), de 2937166 pb et de 2982831 pb. La taille du chromosome des souches selon l’invention est donc inférieure à celui de la souche décrite dans le brevet FR 1650656 déposée sous le numéro CNCM I-4969 dont la taille est de 3056663 pb. L’invention vise aussi le surnageant de culture obtenu à partir d’au moins une des souches bactériennes choisie parmi les souches CNCM I-5699, CNCM I-5700 et CNCM I-5701. Selon une variante, le surnageant peut-être obtenu à partir d’un mélange des souches CNCM I-5699 et/ou CNCM I-5700 et/ou CNCM I-5701. Selon un autre objet, l’invention vise également une composition comprenant (i) au moins une souche bactérienne selon l’invention et/ou (ii) le surnageant de culture selon l’invention et (iii) au moins un excipient acceptable. Ledit excipient acceptable étant préférentiellement un excipient pharmaceutiquement acceptable lorsqu’il s’agit d’un produit destiné à être utilisé comme médicament pour un usage humain ou un usage vétérinaire. La composition est alors une composition pharmaceutique comprenant une souche choisie parmi les souches CNCM I-5699, CNCM I-5700, CNCM I-5701 et leur mélange et au moins un excipient pharmaceutiquement acceptable. Enfin, l’invention est particulièrement adaptée pour utiliser ladite souche bactérienne, ledit surnageant ou ladite composition selon l’invention comme médicament. En effet, la présente invention est particulièrement adaptée dans la prévention et/ou le traitement des maladies inflammatoires, en particulier des maladies respiratoires, plus particulièrement chroniques telles que l’allergie, l’asthme, la bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), ou la rhinite allergique. D’autres pathologies inflammatoires chroniques sont également d’intérêts telles que l’arthrite rhumatoïde ou les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), l’inflammation excessive secondaire provoquée par une primo-infection, par exemple bactérienne mais également virale telle que la grippe, la bronchiolite du nourrisson, ou les SRAS. Selon une variante, les souches selon l’invention sont également utiles pour prévenir et/ou traiter les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, plus préférentiellement la maladie de Crohn, ou la colite ulcéreuse. D’autres caractéristiques et avantages ressortiront de la description détaillée de l’invention, des exemples et des figures qui vont suivre. Brève description des Figures représente les propriétés anti-inflammatoires des souches selon l’invention en particulier la réduction d’IL-8 induite par le TNF-α dans les cellules BEAS-2B. représente les propriétés anti-inflammatoires ex-vivo des souches selon l’invention en particulier la réduction de plusieurs cytokines responsables de l’inflammation dans des explants de poumons de souris axéniques. représente la Heat map (ou Carte de Chaleur en Français) des souches selon l’invention sur la production de cytokines par les explants de poumon. représente le protocole du modèle préclinique d’asthme allergique induit par HDM selon l’Exemple 3 chez le souriceau (Panel A) et chez la souris adulte (Panel B). représente l’effet protecteur de la souche déposée sous le numéro CNCM I-5699 contre une baisse d’oxygénation du sang dans un modèle d’asthme induit par HDM chez la souris adulte. représente l’effet protecteur de la souche déposée sous le numéro CNCM I-5699 contre l’augmentation de la résistance pulmonaire dans un modèle d’asthme induit par HDM chez la souris adulte. Souche bactérienne de l’espèce d’Enterococcus faecalis déposée sous le numéro CNCM I-5699 ou CNCM I-5700 ou CNCM I-5701. Souche bactérienne selon la revendication 1, caractérisée en ce que la souche est la souche d’Enterococcus faecalis déposée sous le numéro CNCM I-5699. Surnageant de culture obtenu depuis la souche bactérienne selon l’une des revendications précédentes. Composition comprenant (i) au moins une souche bactérienne selon l’une des revendications 1 ou 2 et/ou (ii) un surnageant selon la revendication 3 et (iii) au moins un excipient acceptable. Composition selon la revendication précédente, caractérisée en ce qu’elle comprend les trois souches d’ Enterococcus faecalis déposées respectivement sous les numéros CNCM I-5699 ou CNCM I-5700 ou CNCM I-5701. Composition selon la revendication 4 ou 5, caractérisée en ce que la bactérie est vivante, morte, atténuée ou inactivée. Composition selon l’une des revendication 4 à 6, caractérisée en ce qu’elle se présente sous forme solide, liquide ou lyophilisée. Composition selon l’une des revendications 4 à 7, caractérisée en ce que les bactéries vivantes représentent au moins 10 3 UFC. Composition selon l’une des revendications 4 à 8, caractérisée en ce que ladite composition comprend également un agent anti-inflammatoire, préférentiellement un corticostéroïde. Composition selon l’une des revendication 4 à 9 pour son utilisation comme médicament chez l’Homme ou l’animal. Composition selon la revendication précédente, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement des maladies respiratoires et/ou des maladies inflammatoires de l’intestin et/ou l’arthrite rhumatoïde et/ou des maladies inflammatoires associées à une infection virale ou bactérienne. Composition selon la revendication précédente, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une maladie choisie parmi l’asthme, la bronchite, la bronchiolite, la BPCO, la fibrose pulmonaire, la rhinite. Composition selon l’une des revendications 10 à 12, caractérisée en ce que l’Homme ou l’animal est résistant aux corticostéroïdes.