Brevet FR3129406A1 — publié le 20230526

Procédé de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien La présente invention concerne un procédé de prédiction de la susceptibilité d’une souche microbienne à un agent antimicrobien, le procédé étant caractérisé en ce qu’il comprend la mise en œuvre, par des moyens de traitement de données (4) d’un client (2), d’étapes de : (a) Obtention d’une image hyperspectrale entre 390nm et 900 nm représentant au moins une colonie de ladite souche dans un échantillon dépourvu d'agent antimicrobien (22); (b) Détermination d’un spectre de la colonie à partir des pixels de ladite image hyperspectrale correspondant à ladite colonie, ci-après "spectre de test" ; (c) Comparaison dudit spectre de test avec des classes microbiennes d'une base de données prédéterminées, ci-après "classe microbienne de référence", lesdites classes correspondant à un niveau taxonomique inférieur à l’espèce et étant apprises sur au moins un spectre hyperspectral d’une souche microbienne, la base de données comprenant, pour chaque classe microbienne de référence, la susceptibilité à l'agent antimicrobien de la classe microbienne de référence; (d) Détermination de la susceptibilité de la souche microbienne à l'agent microbien comme étant celle associée à la classe microbienne de référence la plus proche du spectre hyperspectral de test. Figure pour l’abrégé : Fig. 1 Procédé de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien DOMAINE TECHNIQUE GENERAL L’invention a trait au domaine de l’analyse microbiologique, et en particulier de la caractérisation de microorganismes, notamment la prédiction du caractère sensible ou résistant de levures, de moisissures et de bactéries à un agent antimicrobien. De manière avantageuse, l’invention s’applique à l’analyse d’une image hyperspectrale d’une ou plusieurs colonies de bactéries, de moisissures ou de levures ayant poussées dans un milieu de culture observable. ETAT DE L’ART Dans le domaine du diagnostic in vitro des microorganismes, en particulier pathogènes, la caractérisation d’un microorganisme consiste préférentiellement à identifier son espèce et sa sensibilité à un agent antimicrobien, (ou « antibiogramme »), afin de déterminer un traitement pour le patient infecté par ce microorganisme. Pour ce faire, un processus microbiologique complexe est usuellement mis en œuvre en laboratoire, processus qui nécessite le plus souvent la connaissance préalable d’autres propriétés du microorganisme, notamment son règne (e.g. levure ou bactérie), et dans le cadre bactérien son type de Gram ou son caractère fermentaire ou non. En effet, ces informations permettent notamment de choisir un milieu de culture ou un type d’agents antimicrobien adaptés au microorganisme afin de déterminer, in fine, son espèce ou son antibiogramme. Par exemple, le choix d’une galerie d’identification de microorganismes API® commercialisée par la demanderesse se fonde sur la connaissance du règne du microorganisme (e.g. levure vs bactérie) ou du type de Gram de la souche bactérienne à identifier. De même la détermination de l’antibiogramme d’une souche bactérienne par le système Vitek ® 2 commercialisé par la demanderesse se fonde sur le choix d’une carte en fonction du type de Gram et du caractère fermentant ou non de ladite souche. Il est également possible de citer l’identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF employant une matrice différente selon que le microorganisme à identifier est une levure ou une bactérie. Ainsi connaître au plus tôt ces informations permet d’optimiser le processus microbiologique, notamment en accélérant ce dernier ou en réduisant le nombre de consommables employés. Historiquement, chacune de ces propriétés est déterminée par une technique qui comprend un nombre important d’étapes manuelles (fixation, coloration, mordançage, lavage, sur coloration...), et donc longue à mettre en œuvre. La demande internationale WO 2019/122732 décrit une méthode de détermination du type de Gram et du caractère fermentant d’une souche de bactérie qui soit automatique et qui ne nécessite pas de marquer ou de colorer la bactérie ou son milieu de culture pour déterminer ces caractéristiques. Pour ce faire, on utilise un système d’imagerie dite multispectrale voire hyperspectrale. Il s’agit d’un système avec une forte résolution spectrale permettant de produire une image numérique de la lumière réfléchie par, ou transmise au travers de, la boite de Pétri présentant un grand nombre de canaux. Alors qu’une image RGB standard a trois canaux, une image dite HSI (pour « H yper S pectral I maging ») forme un cube de données qui peut présenter plusieurs centaines de canaux spectraux sur une gamme de longueur d’onde de 390 à 900 nm (soit une résolution spectrale de quelques nanomètres). Un algorithme de classification adéquat appliqué à l’image HSI permet alors directement de déterminer le type de Gram et le caractère fermentant ou non de la souche représentée. On peut alors choisir un milieu de culture ou un type d’agents antimicrobien adaptés au microorganisme afin de déterminer, in fine, sa sensibilité à l’antibiotique en fonction de sa pousse dans un échantillon du milieu de culture. Le document Arrigoni , Turra et Signoroni , Hyperspectral image analysis for rapid and accurate discrimination of bacterial infections: A benchmark study , propose même directement de déterminer, à partir de l‘image HSI, l’espèce du microorganisme. Comme expliqué, ces informations sont intéressantes, mais ne suffisent pas en soi à déterminer si le microorganisme est résistant à un antimicrobien, et il reste nécessaire de réaliser l’antibiogramme. En effet, pour une même espèce telle que S. aureus , on trouve des souches résistantes et d’autres non. On parle par exemple de MRSA pour « Methicillin-resistant Staphylococcus aureus » et MSSA pour « Methicillin-sensitive Staphylococcus aureus », i.e. des souches de S. aureus respectivement résistantes ou non à l’antibiotique méticilline. Le document Park et al., Classification of Salmonella Serotypes with Hyperspectral Microscope Imagery , propose une solution permettant de classifier des microorganismes à une taxonomie inférieure à l’espèce, cependant au prix de manipulations et de matériels complexes. En effet, il est nécessaire d’isoler une colonie, puis d’acquérir une image HSI au microscope dite HMI spécifiquement de cette colonie. L’algorithme observe alors les cellules à l’échelle individuelle et une par une, cette observation individuelle étant utilisée pour la classification. Il reste ainsi souhaitable de pouvoir disposer d’une solution rapide et efficace permettant de déterminer la susceptibilité, i.e. la résistance ou la sensibilité, d’un microorganisme à un agent antimicrobien. Une telle solution s’intègre par exemple dans un processus clinique consistant à prélever l’échantillon sur un patient susceptible d’être infecté par un microorganisme pathogène, à préparer l’échantillon en vue son analyse par la solution d’invention, à appliquer cette dernière, à réaliser un choix d’antimicrobien en fonction du résultat de susceptibilité délivré par la solution puis à appliquer l’antimicrobien choisi au patient. De manière avantageuse, l’invention s’applique à l’analyse d’une image hyperspectrale d’une ou plusieurs colonies de bactéries, de moisissures ou de levures ayant poussées dans un milieu de culture et observables sans utilisation de marqueurs ou de coloration, sans observation des cellules à l’échelle individuelle ou sans utilisation de système optique à fort grossissement tel qu’un microscope, et sans procéder à la destruction des bactéries ou des colonies. De manière avantageuse, l’invention s’applique dès qu’une colonie occupe quelques pixels dans l’image hyperspectrale acquise, notamment à partir de 10 pixels. PRESENTATION DE L’INVENTION Le but de la présente invention est de prédire la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien à l’aide d’une imagerie hyperspectrale d’une colonie microbienne ayant poussée sur un milieu de culture sans la présence dudit antimicrobien. A cet effet l’invention a pour objet un procédé de prédiction de la susceptibilité d’une souche microbienne à un agent antimicrobien, le procédé étant caractérisé en ce qu’il comprend la mise en œuvre, par des moyens de traitement de données, d’étapes de : (a) Obtention d’une image hyperspectrale entre 390nm et 900 nm représentant au moins une colonie de ladite souche dans un échantillon dépourvu d'agent antimicrobien ; (b) Détermination d’un spectre de la colonie à partir des pixels de ladite image hyperspectrale correspondant à ladite colonie, ci-après "spectre de test" ; (c) Comparaison dudit spectre de test avec des classes microbiennes d'une base de données prédéterminées, ci-après "classe microbienne de référence", lesdites classes correspondant à un niveau taxonomique inférieur à l’espèce et étant apprises sur au moins un spectre hyperspectral d’une souche microbienne, la base de données comprenant, pour chaque classe microbienne de référence, la susceptibilité à l'agent antimicrobien de la classe microbienne de référence; (d) Détermination de la susceptibilité de la souche microbienne à l'agent microbien comme étant celle associée à la classe microbienne de référence la plus proche du spectre hyperspectral de test. En d’autres termes, les inventeurs ont découvert que l’imagerie hyperspectrale entre 390nm et 900nm contient suffisamment d’informations pour prédire que deux souches microbiennes sont clonales ou issues d’une même lignée et partagent ainsi la même susceptibilité à l’agent antimicrobien. En connaissant la susceptibilité d’une classe, en prédisant qu’un nouveau microorganisme appartient à ladite classe, le nouveau microorganisme se voit prédire la susceptibilité de ladite classe. Par « classe microbienne », on entend ici tout objet numérique caractérisant l’identité microbienne à un niveau taxonomique inférieur à l’espèce, et notamment à un niveau souche, objet avec lequel on peut comparer le spectre hypespectral d’une colonie à l’aide d’une métrique appropriée afin de déterminer l’appartenance ou de ladite colonie à ladite classe. Les classes microbiennes peuvent être des classes apprises par des algorithmes d’apprentissage automatisé, supervisé ou non, ou des spectres hyperspectraux de référence par exemple. Selon un mode de réalisation préféré, les étapes de comparaison et de détermination sont réalisées au moyen d'un prédicteur basé sur une classification supervisée ayant pour classes microbiennes de référence l'identité des souches microbiennes de la base de données, la phase d'entrainement de la classification comprenant: (c1) l'acquisition pour chaque souche microbienne de la base de données, de spectres hyperspectraux de colonies différentes; (c2) l'entrainement de la classification sur les spectres hyperspectraux de colonies différentes. En d’autres termes, plutôt que de déterminer un spectre représentatif d’une souche microbienne que l’on comparerait avec le spectre d’une colonie en cours de test, ce mode de réalisation apprend les classes sur des spectres hypespectraux issue de colonies différentes de la souche microbienne ce qui permet de tenir compte de variation dans l’acquisition de spectres, tels que l’erreur de mesure, la variabilité de l’éclairage ou encore la variabilité du spectre de nature biologique (épaisseur variable des colonies modifiant le spectres, couleurs variables...). De manière plus spécifique, le prédicteur est un réseau de neurones artificiels convolutif. De manière préférentielle, la base de données est mise à jour de manière fréquente pour tenir compte de nouvelles souches encore non répertoriée, de variabilité intra-souche des spectres hyperspectraux ou pour incorporer des données issues de préparation d’échantillons et d'éclairage différente. L’emploi d’un tel prédicteur permet une agilité de traitement car le prétraitment qu’il incorpore (e.g. extraction de caractéristiques par réduction de la taille des variables par la ou les couches convolutives) n’est pas figé a priori. Selon des modes de réalisation de l’invention : l’étape (b) comprend la segmentation de ladite image hyperspectrale de sorte à détecter ladite colonie dans l’échantillon ; l’étape (a) comprend l’acquisition de ladite image hyperspectrale par un dispositif d’observation connecté audit client. le procédé comprend une étape (a0) d’apprentissage, par des moyens de traitement de données d’un serveur, des paramètres dudit modèle de classification automatique à partir d’une base d’apprentissage d’images hyperspectrales ou de spectres de colonies déjà classifiés. la souche microbienne est une souche de Staphylococcus aureus et l’agent antimicrobien est la méticilline. L’invention a également pour objet un système de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien, comprenant au moins un client comprenant des moyens de traitement de données, lesdits moyens de traitement de données étant configurés pour implémenter : l’obtention d’une image hyperspectrale représentant au moins une colonie dudit microorganisme dans un échantillon ; la détermination d’un spectre de la colonie à partir des pixels de ladite image hyperspectrale correspondant à ladite colonie ; la comparaison dudit spectre de test avec des classes microbiennes d'une base de données prédéterminées, ci-après "classe microbienne de référence", lesdites classes correspondant à un niveau taxonomique inférieur à l’espèce et étant apprises sur au moins un spectre hyperspectral d’une souche microbienne, la base de données comprenant, pour chaque classe microbienne de référence, la susceptibilité à l'agent antimicrobien de la classe microbienne de référence; la détermination de la susceptibilité de la souche microbienne à l'agent microbien comme étant celle associée à la classe microbienne de référence la plus proche du spectre hyperspectral de test. Selon un mode de réalisation, le système comprend en outre un dispositif d’observation (10) pour l’acquisition de ladite images hyperspectrale. L’invention a également pour objet un produit programme d’ordinateur comprenant des instructions de code pour l’exécution d’un procédé tel que décrit précédemment de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien, lorsque ledit programme est exécuté sur un ordinateur. L’invention a également pour objet un moyen de stockage lisible par un équipement informatique sur lequel un produit programme d’ordinateur comprend des instructions de code pour l’exécution d’un procédé tel que décrit précédemment de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien PRESENTATION DES FIGURES D’autres caractéristiques et avantages de la présente invention apparaîtront à la lecture de la description qui va suivre d’un mode de réalisation préférentiel. Cette description sera donnée en référence aux dessins annexés dans lesquels : - la est un schéma d’une architecture pour la mise en œuvre du procédé selon l’invention ; - la représente un premier mode de réalisation de dispositif d’observation de microorganismes dans un échantillon utilisé dans un mode de réalisation du procédé selon l’invention ; - la représente un deuxième mode de réalisation de dispositif d’observation de microorganismes dans un échantillon utilisé dans un mode de réalisation préféré du procédé selon l’invention ; - la représente un exemple de spectre de colonie d’une classe de résistance à un agent antimicrobien ; - la représente un exemple de spectre de colonie d’une classe de sensibilité à un agent antimicrobien ; - la représente les étapes d’un mode de réalisation préféré du procédé selon l’invention ; - la représente un exemple d’architecture de réseau de neurones à convolution utilisé dans un mode de réalisation préféré du procédé selon l’invention ; - la représente une matrice de confusion d’un prédicteur à base de réseau neuronal convolutif selon l’invention. Procédé de prédiction de la susceptibilité d’une souche microbienne à un agent antimicrobien, le procédé étant caractérisé en ce qu’il comprend la mise en œuvre, par des moyens de traitement de données (4) d’un client (2), d’étapes de : (a) Obtention d’une image hyperspectrale entre 390nm et 900 nm représentant au moins une colonie de ladite souche dans un échantillon dépourvu d'agent antimicrobien (22); (b) Détermination d’un spectre de la colonie à partir des pixels de ladite image hyperspectrale correspondant à ladite colonie, ci-après "spectre de test" ; (c) Comparaison dudit spectre de test avec des classes microbiennes d'une base de données prédéterminées, ci-après "classe microbienne de référence", lesdites classes correspondant à un niveau taxonomique inférieur à l’espèce et étant apprises sur au moins un spectre hyperspectral d’une souche microbienne, la base de données comprenant, pour chaque classe microbienne de référence, la susceptibilité à l'agent antimicrobien de la classe microbienne de référence; (d) Détermination de la susceptibilité de la souche microbienne à l'agent microbien comme étant celle associée à la classe microbienne de référence la plus proche du spectre hyperspectral de test. Procédé selon la revendication 1, selon lequel les étapes de comparaison et de détermination sont réalisées au moyen d'un prédicteur basé sur une classification supervisée ayant pour classes microbiennes de référence l'identité des souches microbiennes de la base de données, la phase d'entrainement de la classification comprenant: (c1) l'acquisition pour chaque souche microbienne de la base de données, de spectres hyperspectraux de colonies différentes; (c2) l'entrainement de la classification sur les spectres hyperspectraux de colonies différentes. Procédé selon la revendication 2 selon lequel, le prédicteur est un réseau de neurones artificiels convolutif. Procédé selon l’une des revendications précédentes, dans lequel l’étape (b) comprend la segmentation de ladite image hyperspectrale de sorte à détecter ladite colonie dans l’échantillon (22). Procédé selon l’une des revendications précédentes, dans lequel l’étape (b) comprend le lissage et/ou la normalisation dudit spectre de la colonie. Procédé selon l’une des revendications précédentes, dans lequel l’étape (a) comprend l’acquisition de ladite image hyperspectrale par un dispositif d’observation (10) connecté audit client (2). Procédé selon l’une des revendications précédentes, comprenant une étape (a0) d’apprentissage, par des moyens de traitement de données (3) d’un serveur (1), des paramètres dudit modèle de classification automatique à partir d’une base d’apprentissage d’images hyperspectrales ou de spectres de colonies déjà classifiés. Procédé selon l’une des revendications précédentes, dans lequel la souche microbienne est une souche de Staphylococcus aureus et l’agent antimicrobien est la méticilline. Système de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien, comprenant au moins un client (2) comprenant des moyens de traitement de données (4), caractérisé en ce que lesdits moyens de traitement de données (4) sont configurés pour implémenter : l’obtention d’une image hyperspectrale représentant au moins une colonie dudit microorganisme dans un échantillon (22) ; la détermination d’un spectre de la colonie à partir des pixels de ladite image hyperspectrale correspondant à ladite colonie ; la comparaison dudit spectre de test avec des classes microbiennes d'une base de données prédéterminées, ci-après "classe microbienne de référence", lesdites classes correspondant à un niveau taxonomique inférieur à l’espèce et étant apprises sur au moins un spectre hyperspectral d’une souche microbienne, la base de données comprenant, pour chaque classe microbienne de référence, la susceptibilité à l'agent antimicrobien de la classe microbienne de référence; la détermination de la susceptibilité de la souche microbienne à l'agent microbien comme étant celle associée à la classe microbienne de référence la plus proche du spectre hyperspectral de test. Système selon la revendication 9, comprenant en outre un dispositif d’observation (10) pour l’acquisition de ladite images hyperspectrale. Produit programme d’ordinateur comprenant des instructions de code pour l’exécution d’un procédé selon l’une des revendications 1 à 8 de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien, lorsque ledit programme est exécuté sur un ordinateur. Moyen de stockage lisible par un équipement informatique sur lequel est enregistré un produit programme d’ordinateur comprenant des instructions de code pour l’exécution d’un procédé selon l’une des revendications 1 à 8 de détermination de la susceptibilité d’un microorganisme à un agent antimicrobien.