Brevet FR3129155A1 — publié le 20230519

La présente invention concerne un score de risque pronostique d’un cancer chimiosensible, en particulier d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM), basé sur des anomalies génétiques somatiques touchant certains gènes du génome mitochondrial. Figure abrégé : Fig. 2A SCORES GENOTYPIQUES MITOCHONDRIAUX : MARQUEURS PRONOSTIQUES DANS UN CANCER CHIMIOSENSIBLE Domaine technique de l’invention La présente invention concerne un score de risque pronostique d’un cancer chimiosensible, en particulier d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM), basé sur des anomalies génétiques somatiques touchant certains gènes du génome mitochondrial. Dans la description ci-dessous, les références entre parenthèses [ ] renvoient à la liste des références présentée à la fin du texte. Etat de la technique Les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) sont des proliférations malignes incontrôlées de progéniteurs myéloïdes immatures appelés cellules leucémiques bloqués à un stade précoce de différenciation, s’accumulant dans la moelle osseuse et éventuellement dans d’autres organes. Malgré les progrès thérapeutiques, leur pronostic est très péjoratif avec une guérison chez 35 à 40% des patients adultes âgés de moins de 60 ans et chez 5 à 15% des patients âgés de plus de 60 ans. Les facteurs pronostiques actuellement utilisés en pratique sont basés sur l’âge, le taux de globules blancs circulants, la classification pronostique de l’European LeukemiaNet (ELN) 2017 (Dohner et al., 2017) [1]. La classification ELN 2017 est basée sur des altérations cytogénétiques et/ou moléculaires et définit trois statuts respectivement : favorable, intermédiaire et défavorable. Toutefois, cette classification pronostique reste néanmoins améliorable. Par exemple, dans le groupe favorable, le taux de survie à 5 ans n’est que de 64% chez les patients de moins de 60 ans (35% chez les plus de 60 ans) [2]. Les mitochondries sont des organites cellulaires d’origine bactérienne présentes dans toutes les cellules eucaryotes (sauf les globules rouges). Elles jouent un rôle essentiel dans la régulation du métabolisme cellulaire, dans l’approvisionnement énergétique (cycle de Krebs, β-oxydation des acides gras, etc…), mais également dans l’homéostasie du calcium, la génération d’espèces réactives de l’oxygène (ROS) et dans le déclenchement des phénomènes d’apoptose. Les mutations somatiques des isocitrate déshydrogénases (IDH1, IDH2), enzymes mitochondriales présentes sur le génome nucléaire, entrainent des dérégulations du cycle de Krebs avec l’accumulation d’un néométabolite, le 2-hydroxyglutarate, qui contribue à la leucémogenèse. Dans les LAM, le niveau d’activation de la voie OXPHOS est directement corrélé à la résistance des cellules leucémiques (Farge et al, 2017) [3]. De plus, des transferts de mitochondries entre les cellules stromales et les cellules leucémiques ont été décrits comme responsables à la résistance des cellules leucémiques à la chimiothérapie. Dans une étude prospective (DRCI LAM38RC13-209), il a été montré qu’une dérégulation de la production des espèces réactives de l’oxygène (ROS) par les mitochondries des cellules leucémiques était associée à un pronostic péjoratif (diminution de la survie globale) indépendamment des facteurs pronostiques habituels des LAM (âge, GB/l, ELN 2017, greffe) (Mondet et al, 2019) [4]. Ainsi plusieurs pistes convergent sur le rôle de la mitochondrie dans la chimiorésistance des LAM. Toutefois, concernant le génome mitochondrial, peu d’études ont analysé l’impact des mutations du génome mitochondrial comme marqueur pronostique dans les LAM. Les mutations ND4, codant pour une sous-unité du complexe I, ont été analysées chez 452 patients via une approche de séquençage ciblé (différent de la technologie de séquençage haut-débit) dans les LAM et sont associées à une survie globale augmentée dans une analyse univariée (Damm et al., 2012) [5]. Cependant, l’analyse multivariée ne confirme pas de manière significative ce résultat (p=0.089). L’article conclut même qu’il faudrait confirmer ce résultat avec d’autres études. Une autre étude a étudié l’impact pronostique des mutations ND4 chez 121 patients atteints de LAM (Chun et al., 2014) [6]. Cependant l’étude ne montre aucune différence en termes de survie globale ni de survie sans rechute. L’impact pronostique de ND4 n’est donc pas une donnée certaine pour l’homme du métier. Toutefois, le génome mitochondrial comprend 16 kB dont 37 gènes codant pour 13 protéines impliquées dans la chaîne respiratoire ainsi que 22 ARNt et 2 ARNr. Une autre étude issue de données publiques de génétiques somatiques tirées du site cbioportal (https://www.cbioportal.org/) a analysé l’impact des mutations sur la leucémie aiguë myéloïde (Wu et al., 2018) [7]. Toutefois, plusieurs biais existent dans cette étude. L’un d’eux est lié à l’utilisation d’une analyse bioinformatique dédiée à l’ADN génomique, non spécifique de l’ADN mitochondrial. Dans cette étude, seulement 8% des patients atteints de LAM présentent des mutations présentes sur les gènes (ND1, ND2, ND3, ND4, ND4L, ND5, ND6, CYB, COX1, COX2, COX3, ATP6, ATP8). L’erreur d’analyse des données génétiques conduit à une sous-estimation du nombre de variants faussant les résultats finaux. A titre comparatif dans l’étude ciblant uniquement le gène ND4 (Damm et al., 2012) [5], la fréquence des mutations était de 6,4% (29/452). L’ADN mitochondrial possédant son propre code génétique, utiliser une analyse bioinformatique commune entre les mutations génomiques nucléaires et les mutations mitochondriales est à l’origine d’erreurs d’interprétation des variants obtenus (Caudron-Herger et Diederichs, 2018) [8]. Le même biais d’analyse existe dans d’autres pathologies ( e.g. site cbioportal en date du 08/10/2021, étude Diffuse Large B cell Lymphoma, Duke 2017, 0% présente des mutations des gènes ND1, ND2, ND3, ND4, ND4L vs 35% dans l’étude de Zeng et al., 2018) [9]). Hormis les études de Damm et al. et de Chun et al. analysant uniquement le gène ND4, et de Wu et al. utilisant une analyse bioinformatique inappropriée, aucune étude n’a montré l’apport des mutations du mitogénome dans la stratification des patients atteints de LAM. Par conséquent, l’étude du génome mitochondrial et l’identification d’éventuels nouveaux marqueurs pronostiques des LAM reste un challenge, afin de mieux classer les patients atteints de LAM en termes de survie globale, et ainsi adapter leur prise en charge thérapeutique en fonction de leur pronostic de survie. Description de l’invention Les Inventeurs sont les tous premiers à avoir mis en évidence un score basé sur des combinaisons de présence et d’absence de mutations de certains gènes du génome mitochondrial comme marqueurs pronostiques de la leucémie aiguë myéloïde (LAM). Les Inventeurs ont ainsi mis au point un score, ci-après dénommé Mitoscore, pour prédire la réponse à un traitement de chimiothérapie et la survie des patients atteints de LAM. Le Mitoscore est basé sur une technologie de séquençage du génome mitochondrial (par exemple par technologie NGS ou autre). Le Mitoscore basé en particulier sur des anomalies moléculaires des gènes ND2, ND3, ND4, CYTB, ATP8, COX1, COX2, COX3, 12S, stratifie au diagnostic les patients atteints de LAM en 3 groupes de pronostic respectif favorable, intermédiaire, défavorable en termes de survie globale. Le Mitoscore permet une stratification pronostique améliorée par rapport au score pronostique European LeukemiaNet 2017 (ELN 2017) actuellement utilisé pour les patients souffrant de LAM, afin de distinguer les bons des mauvais répondeurs et d’adapter la prise en charge thérapeutique. Le Mitoscore est valable indépendamment des facteurs pronostiques habituels (âge, nombre de globules blancs, ELN 2017, greffe), et peut être combiné à l’ELN2017 sous forme d’un score, ci-après dénommé Mitoscore+. Le Mitoscore améliore la stratification pronostique des patients atteints de LAM au diagnostic. De plus, le Mitoscore réalisé par le séquençage du génome mitochondrial (16 kb) s’avère plus simple que la classification de l’ELN 2017 nécessitant à la fois la mise en culture de cellules leucémiques pour la réalisation d’un caryotype et un séquençage des anomalies moléculaires par exemple par technique NGS (panel d’environ 100 kb, différent selon les centres). De plus, le caryotype nécessite un nombre important de cellules leucémiques pas toujours obtenu dans les moelles pauvres. Le Mitoscore permet donc un gain de temps, des coûts amoindris, une reproductibilité plus facile (pas de mise en culture, pas de difficultés d’interprétation), et nécessite une quantité de matériel biologique plus faible. La présente invention a donc pour objet un procédé in vitro pour établir un pronostic de survie Mitoscore chez un patient atteint d’un cancer chimiosensible, ledit procédé comprenant les étapes suivantes : - détection dans un échantillon biologique dudit patient, de la présence et/ou l’absence d’au moins une mutation sur l’un des neuf gènes du génome mitochondrial suivants : ND2, ND3, ND4, CYTB, ATP8, COX1, COX2, COX3 et 12S ; - comparaison des résultats de détection par rapport à un échantillon biologique de référence ou une séquence de référence ou un haplogroupe/haplotype de référence ; - établissement du pronostic de survie dudit patient. On entend par « cancer chimiosensible » au sens de la présente invention, une pathologie choisie dans le groupe constitué par les leucémies aiguës myéloïdes (LAM), les sarcomes, le cancer des testicules (des cellules germinales en général), les choriocarcinomes, les hémopathies, le cancer des ovaires, et le cancer du sein. De préférence, il s’agit d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM). On entend par échantillon biologique de référence » au sens de la présente invention, un échantillon biologique d’un sujet sain, par exemple un échantillon d’ADN de moelle, de sang, de tissu. On entend par « séquence de référence » au sens de la présente invention, une séquence d’ADN mitochondrial de référence, par exemple une séquence présente sur les bases de données Mitomap/Mitomaster, gnomAD. On entend par « haplogroupe/haplotype de référence » selon la présente invention, les variations de composition par rapport à la séquence de référence (CRS) définissant un haplogroupe ou haplotype selon la classification de Richards et Macaulay de 1998, pouvant être déterminé par plusieurs outils (MitoTool, HaploFind…). Selon un mode de réalisation particulier du procédé in vitro pour établir un pronostic de survie Mitoscore chez un patient atteint d’un cancer chimiosensible selon la présente invention : - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4 et l’absence de mutation dans les gènes COX1, COX2, COX3, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX3, 12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; et - soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S, soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. Selon un mode de réalisation particulier du procédé in vitro pour établir un pronostic de survie Mitoscore chez un patient atteint d’un cancer chimiosensible selon la présente invention : - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, et l’absence de mutation dans les gènes COX1, COX2, COX3, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX3, 12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; et - soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S, soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. On entend par pronostic de survie « favorable », « intermédiaire » ou « défavorable » au sens de la présente invention, la graduation des hypothèses faites sur l’évolution de la pathologie sur la base des variants mitochondriaux ( i.e. en termes de chances de survie, de risques de complications et/ou de décès). La présente invention a encore pour objet un procédé in vitro pour établir un pronostic de survie Mitoscore+ chez un patient atteint d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM) ne présentant aucune mutation dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S ( i.e. patient d’un sous-groupe appelé Mitonaïf), ledit procédé comprenant le procédé pour établir un pronostic de survie Mitoscore tel que défini ci-dessus et la détermination du score pronostique EuroLeukemiaNet 2017 (ELN 2017) chez ledit patient. Selon un mode de réalisation particulier d’un procédé in vitro pour établir un pronostic de survie Mitoscore+ chez un patient atteint d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM) selon la présente invention : - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et l’absence de mutation dans les gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « favorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « défavorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « intermédiaire » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. Selon un mode de réalisation particulier d’un procédé in vitro pour établir un pronostic de survie Mitoscore+ chez un patient atteint d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM) selon la présente invention : - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB et l’absence de mutation dans les gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « favorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « défavorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « intermédiaire » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. On entend par pronostic de survie « favorable », « intermédiaire » ou « défavorable » au sens de la présente invention, la graduation des hypothèses faites sur l’évolution de la pathologie sur la base des variants mitochondriaux ( i.e. en termes de chances de survie, de risques de complications et/ou de décès). Selon un mode de réalisation particulier d’un procédé selon la présente invention, les étapes de détection sont réalisées par séquençage haut débit (NGS) du génome mitochondrial. La présente invention a encore pour objet, un procédé in vitro pour prévoir ou évaluer l’efficacité et/ou le bénéfice d’un traitement d’un cancer chimiosensible, en particulier d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM), chez un patient atteint dudit cancer comprenant les étapes suivantes : - détermination d’un pronostic de survie Mitoscore ou Mitoscore+ selon un procédé selon la présente invention à partir d’un échantillon biologique dudit patient avant traitement ; - détermination d’un pronostic de survie Mitoscore ou Mitoscore+ selon un procédé selon la présente invention à partir d’un échantillon biologique dudit patient après traitement ; - comparaison des pronostics de survie Mitoscore ou Mitoscore+ avant et après traitement ; - détermination soit d’une résistance au traitement lorsque le pronostic de survie dudit patient après traitement est identique ou plus mauvais que le pronostic de survie dudit patient avant traitement, soit d’une sensibilité au traitement lorsque le pronostic de survie dudit patient après traitement est meilleur que le pronostic de survie dudit patient avant traitement. On entend par « cancer chimiosensible » au sens de la présente invention, une pathologie choisie dans le groupe constitué par les leucémies aiguës myéloïdes (LAM), les sarcomes, le cancer des testicules (des cellules germinales en général), les choriocarcinomes, les hémopathies, le cancer des ovaires, et le cancer du sein. De préférence, il s’agit d’une leucémie aiguë myéloïde (LAM). On entend par “pronostic de survie identique avant et après traitement” au sens de la présente invention, un pronostic de survie favorable, intermédiaire ou défavorable avant traitement qui demeure, respectivement, un pronostic de survie favorable, intermédiaire ou défavorable après traitement. On entend par “pronostic de survie plus mauvais après traitement qu’avant traitement” au sens de la présente invention, par exemple, un pronostic de survie favorable ou intermédiaire avant traitement qui devient, respectivement, un pronostic intermédiaire ou défavorable après traitement. On entend par « meilleur pronostic de survie après traitement qu’avant traitement » au sens de la présente invention, par exemple, un pronostic de survie intermédiaire ou défavorable avant traitement qui devient, respectivement, un pronostic de survie favorable ou intermédiaire après traitement. BREVE DESCRIPTION DES FIGURES représente le workflow technique réalisé pour l’application du Mitoscore et du Mitoscore+, définissant notamment les critères retenus pour la sélection des variants. [Figure 2] représente les courbes de survie Kaplan-Meier (test log-rank p le Mitoscore ou le Mitoscore+. représente le Hazard Ratio (HR) (IC 95%) du risque de décès en fonction du Mitoscore et du Mitoscore+ calculé selon le modèle Cox en analyse univariée (UV) ou multivariée (MV). Les covariables utilisées dans l’analyse MV sont l’âge au diagnostic, le nombre de globules blancs (GB) en G/l, la classification ELN 2017 et/ou la greffe de moelle osseuse. EXEMPLES EXEMPLE 1 : ELABORATION D ’UN SCORE GENOTYPIQUE MITOCHONDRIA L DANS LE CADRE DU PRONOSTIC DE LA LEUCEMIE AIGUE MYELOIDE (LAM) Résumé : les Inventeurs ont séquencé l’intégralité du génome mitochondrial par technologie de séquençage haut débit du génome mitochondrial (NGS) de patients atteints de LAM. A partir de ce séquençage, un score dénommé Mitoscore, a été défini qui a permis de prédire la survie des patients. L’intérêt du Mitoscore a été confirmé en analyse multivariée indépendamment des facteurs pronostics habituels des LAM ( i.e. âge, nombre de globules blancs (GB) circulants, anomalies cytogénétiques et moléculaires, greffe). Par ailleurs, le Mitoscore a été caractérisé fonctionnellement par comparaison aux données d’émission de ROS avec et sans inhibiteurs de complexes mitochondriaux (antimycine A, Roténone). Définition des variants retenus : Le séquençage du génome mitochondrial a été effectué sur automate S5 après une amplification par PCR du génome mitochondrial (2 fragments de 8 kDa). Le génome mitochondrial peut être réalisé avec d’autres technologies de séquençage (Illumina). L’analyse des variants a été réalisée via Mitomaster. Les variants touchant les régions non codantes ( e.g. D-loop…), les taux d’hétéroplasmie strictement inférieurs à 3% et les mutations silencieuses ont été éliminées. Le site Mitomaster a défini un haplogroupe mitochondrial. Les variants présentant une fréquence dans l’haplogroupe ). Elaboration du Mitoscore : A partir des courbes de survie réalisées de manière individuelle par gène du génome mitochondrial chez les 64 patients de l’étude ayant reçu une chimiothérapie d’induction, certains gènes ont été déterminés comme étant de “bon pronostic” (ND2/ND3/ND4/ATP8/CYTB) ou de “mauvais pronostic” (COX1/COX2/COX3/12S). Malgré une bonne séparation des courbes de survie, aucune différence significative n’a été observée dans l’analyse univariée de ces gènes pris individuellement. Par conséquent, le “Mitoscore” a été créé, stratifiant les patients en 3 groupes de pronostique respectif favorable, intermédiaire, défavorable ( ). Cette classification pronostique basée sur le « Mitoscore » est indépendante des facteurs pronostiques habituels des LAM (âge, GB/l, ELN 2017, greffe de moelle osseuse). Cependant, 30% des patients ne possédant aucune mutation dans l’ensemble des gènes du Mitoscore, i.e. patients du sous-groupe appelé Mitonaïf, nécessitent une reclassification. Par conséquent, le Mitoscore+ a été créé en combinant la classification pronostique de l’ELN 2017 au Mitoscore chez les patients Mitonaïfs ( ). Ceci permet une réduction de l’utilisation de la classification pronostique de l’ELN 2017 de l’ordre de 70%. L’intérêt du Mitoscore et du Mitoscore+ a été confirmé avec un modèle de Cox en analyse univariée (UV) indépendamment des facteurs pronostics habituels des LAM et en analyse multivariée (MV) ( ). Les covariables utilisées dans l’analyse MV ont été l’âge, le nombre de globules blancs (GB) circulants en G/l, la classification ELN 2017, et/ou une greffe de moelle osseuse. De plus, le Mitoscore a été caractérisé fonctionnellement en comparant aux données d’émission de ROS. De manière intéressante, les cellules leucémiques des patients du sous-groupe Mitoscore « défavorable » émettent significativement moins de ROS en condition de stimulation par antimycine/roténone (ciblant les ROS mitochondriaux) que ceux du Mitoscore « favorable » et « intermédiaire » avec les mutations COX1/COX2/COX3/12S et ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4. Au sein des mitochondries, les complexes I et III de la chaîne respiratoire sont les principales sources d’émission d’espèces réactives de l’oxygène. Les gènes impliqués dans le Mitoscore « favorable » touchent des sous-unités des complexes I (ND2/ND3/ND4) et III (CYTB) ainsi que l’ATP synthase (ATP8). Les données ROS confortent donc l’hypothèse de fonctionnement du Mitoscore « favorable » où les mutations affectent l’émission des ROS notamment en condition de stimulation telle qu’induite par la chimiothérapie. Ainsi la forte émission de ROS déclenche le seuil d’apoptose et entraine la mort cellulaire des cellules leucémiques. Dans le sous-groupe Mitoscore « défavorable », moins de ROS sont émis. En effet, le complexe IV de la chaîne respiratoire codé par les gènes COX1/COX2/COX3 n’est pas un site d’émission d’ions superoxide. Par ailleurs, le Mitochondrial-derived peptide MOTS-c codé par le gène 12S semble jouer un rôle dans l’adaptation métabolique au stress. Des études fonctionnelles complémentaires sont nécessaires pour évaluer son impact et pouvoir développer de stratégies thérapeutiques ciblant les MOTS-c. Le Mitoscore+ a également été caractérisé fonctionnellement de la même façon que pour le Mitoscore. Dans le sous-groupe de patients appelé Mitonaïf, les patients dont les cellules leucémiques sont capables de produire plus de ROS en présence d’antimycine/roténone et de DPI (diphénylèneiodonium) présentent significativement une meilleure survie globale par rapport aux patients dont les cellules leucémiques produisent moins de ROS. Définition du Mitoscore : Le Mitoscore a permis de stratifier les 64 patients atteints de LAM en 3 groupes de pronostic en termes de survie globale sur la base des combinaisons de variants suivants : Un Mitoscore « favorable » correspond à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 ou d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB, et l’absence de mutation dans les gènes suivants COX1/COX2/COX3/12S. Un Mitoscore « défavorable » correspond à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S, et l’absence de mutation dans les gènes suivants ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4. Le Mitoscore « intermédiaire » correspond : - soit à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S. Il s’agit du sous-groupe de patients appelé « intermédiaire muté » ; - soit à l’absence de mutations dans les gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4/COX1/COX2/COX3/12S. Il s’agit du sous-groupe de patients appelé « Mitonaïf », correspondant à environ 30% des patients atteints de LAM. [Tableau 1] Définition du Mitoscore + : Dans le sous-groupe de patients appelé Mitonaïf du Mitoscore « intermédiaire », la stratification de l’ELN 2017 a été appliquée pour déterminer le Mitoscore+ qui a permis de reclasser ces 30% de patients atteints de LAM en 3 groupes de pronostic en termes de survie globale : Un Mitoscore+ « favorable » correspond : - soit à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 ou d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB, et l’absence de mutation dans les gènes suivants COX1/COX2/COX3/12S ; - soit aux patient Mitonaifs classés « favorable » selon le score ELN 2017. Un Mitoscore+ « défavorable » correspond : - soit à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S, et l’absence de mutation dans les gènes suivants ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 ; - soit aux patients Mitonaifs classés « défavorable » selon le score ELN 2017. Le Mitoscore+ « intermédiaire » correspond : - soit à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S ; - soit aux patients Mitonaifs classés « intermédiaire » selon le score ELN 2017. Liste des références Dohner et al., Blood, 129(4) :424-447, 2017 Herold et al, Leukemia. 2020 Dec;34(12):3161-3172 Farge et al., Cancer discov. 2017 Jul ;7(7) :716-735 Mondet et al, Hematologica 2019 Sep;104(9):e393-e397 Damm et al., Leukemia, 26 : 289-295, 2012 Chun et al., Chin. J. Hematol., 35(8) : 708-712, 2014 Wu et al., Scientific reports, 8 : 13301, 2018 Caudron-Herger et Diederichs, Biology, 15 : 62-69, 2018 Zeng et al., Scientific reports, 8 : 3623, 2018 Procédé in vitro pour établir un pronostic de survie chez un patient atteint d’un cancer chimiosensible, ledit procédé comprenant les étapes suivantes : - détection dans un échantillon biologique dudit patient, de la présence et/ou l’absence d’au moins une mutation sur l’un des neuf gènes du génome mitochondrial suivants : ND2, ND3, ND4, CYTB, ATP8, COX1, COX2, COX3 et 12S ; - comparaison des résultats de détection par rapport à un échantillon biologique de référence ou une séquence de référence ou un haplogroupe/haplotype de référence ; - établissement du pronostic de survie dudit patient. Procédé selon la revendication 1, où : - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4 et l’absence de mutation dans les gènes COX1, COX2, COX3, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX3, 12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; et - soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S, soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. Procédé selon la revendication 1, où : - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, et l’absence de mutation dans les gènes COX1, COX2, COX3, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX3, 12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; et - soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S, soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1, COX2, COX, 12S, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, où le procédé comprend en outre la détermination du score pronostique EuroLeukemiaNet 2017 (ELN 2017) dans le sous-groupe de patients ne présentant aucune mutation dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S. Procédé selon la revendication 4, où : - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et l’absence de mutation dans les gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « favorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « défavorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; - soit à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « intermédiaire » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. Procédé selon la revendication 4, où : - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB et l’absence de mutation dans les gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « favorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie favorable ; - soit la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S et l’absence de mutation dans les gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « défavorable » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie défavorable ; - soit à la présence d’au moins une mutation dans l’un des gènes ND2/ND3/ATP8/CYTB/ND4 et d’au moins une mutation dans l’un des gènes COX1/COX2/COX3/12S, soit l’absence de mutations dans les gènes ND2, ND3, ATP8, CYTB, ND4, COX1, COX2, COX3, 12S et un classement « intermédiaire » selon le score ELN 2017, est l’indication d’un pronostic de survie intermédiaire. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 6, où les étapes de détection sont réalisées par séquençage haut débit du génome mitochondrial. Procédé in vitro pour prévoir ou évaluer l’efficacité et/ou le bénéfice d’un traitement d’un cancer chimiosensible chez un patient atteint dudit cancer comprenant les étapes suivantes : - détermination d’un pronostic de survie selon un procédé tel que défini selon l’une quelconque des revendications 1 à 7 à partir d’un échantillon biologique dudit patient avant traitement ; - détermination d’un pronostic de survie selon un procédé tel que défini selon l’une quelconque des revendications 1 à 7 à partir d’un échantillon biologique dudit patient après traitement ; - comparaison des pronostics de survie avant et après traitement ; - détermination soit d’une résistance au traitement lorsque le pronostic de survie dudit patient après traitement est identique ou plus mauvais que le pronostic de survie dudit patient avant traitement, soit d’une sensibilité au traitement lorsque le pronostic de survie dudit patient après traitement est meilleur que le pronostic de survie dudit patient avant traitement. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 8, où le cancer chimiosensible est choisi dans le groupe constitué des leucémies aiguës myéloïdes (LAM), des sarcomes, du cancer des testicules, des choriocarcinomes, des hémopathies, du cancer des ovaires, et du cancer du sein.