Brevet FR3130845A1 — publié le 20230623

Dispositif de séquençage d’au moins un brin de nucléotides comportant un support (3), au moins une partie mobile (4) par rapport au support (3), des moyens de mise en vibration de la partie mobile (4) à une fréquence donnée, des moyens de mesure de la fréquence de vibration de la partie mobile (4), une sonde de reconnaissance (SR) reliant mécaniquement le support et la partie mobile (4), la sonde de reconnaissance (SR) comportant au moins une séquence de nucléotides. Figure pour l’abrégé : 1. DISPOSITIF DE SÉQUENÇAGE D’UNE SEQUENCE DE NUCLEOTIDES PRÉSENTANT UNE SENSIBILITÉ AUGMENTÉE ET UNE FIABILITÉ AMÉLIORÉE DOMAINE TECHNIQUE ET ÉTAT DE LA TECHNIQUE ANTÉRIEURE La présente invention se rapporte à un dispositif de séquençage d’au moins une séquence de nucléotides et à un système de séquençage comportant un grand nombre de tels dispositifs. Un dispositif de séquençage ou séquenceur a pour objectif de déterminer la composition exacte d’une séquence de bases nucléiques ou nucléo-bases sur un brin d’ADN ou d’ARN analysé. Cette détermination peut être réalisée en identifiant la séquence par interaction avec une sonde formée par un brin. Cette interaction se traduit par une réaction d’hybridation entre le brin analysé et le brin sonde. Le brin analysé se lie avec une plus grande facilité à une sonde dont la séquence correspond exactement à la séquence complémentaire du brin analysé, et avec moins de facilité à une sonde dont la séquence est différente de sa séquence complémentaire. Les méthodes de l’état de la technique présentent un manque de sensibilité en provoquant un grand nombre de faux positifs, i.e. provoquent l’appariement de deux brins alors qu’ils ne sont pas complémentaires par leurs séquences. Une méthode pour réduire le nombre de faux positifs est de réduire la longueur des brins analysés, or cette réduction a pour effet d’augmenter la durée et le coût de l’analyse de la séquence totale. Une autre méthode consiste à augmenter le nombre de capteurs munis de la même sonde de reconnaissance afin de réaliser la même analyse, permettant statistiquement de réduire le nombre de faux positifs. Cette méthode requiert un volume d’échantillon important Par ailleurs il existe une forte demande pour fournir des dispositifs de séquençage d’ADN. En particulier, des méthodes rapides et avec des taux d’erreurs réduits. C’est par conséquent un but de la présente invention d’offrir un dispositif de séquençage d’au moins un fragment d’ADN ou d’ARN, plus sensible et plus fiable que les dispositifs de l’état de la technique. Le but énoncé ci-dessus peut être atteint par un dispositif de séquençage comportant au moins une partie fixe et une partie configurée pour être mise en vibration par rapport à la partie fixe, une sonde oligonucléotide reliant mécaniquement la partie fixe et la partie mobile, des moyens pour mettre en vibration la partie mobile et des moyens pour mesurer la fréquence de vibration de la partie mobile avant et après hybridation du brin analysé sur la sonde. Le niveau d’hybridation entre la sonde et le brin analysé fait varier la raideur de l’ensemble sonde et brin analysé, ce qui a une influence sur la fréquence mécanique de résonance de la partie vibrante. En fonction de la variation de la fréquence de résonance mécanique, il peut être déterminé si l’hybridation est totale, partielle ou nulle et ainsi en déduire la séquence exacte de nucléobases du brin analysé. En d’autres termes, on mesure la raideur mécanique d’un ensemble composé d’un brin analysé et d’une séquence de nucléotides, cette raideur étant caractéristique du niveau d’appariement du brin analysé et de la séquence, ce qui permet d’en déduire la structure du brin en cas d’appariement complet. Avantageusement la partie mobile est un anneau optomécanique résonant. Le dispositif peut être intégré dans un canal fluidique dans lequel un fluide comportant les brins analysés circule de sorte à entrer en contact avec la sonde. De manière préférée, on réalise un système comportant un grand nombre de dispositifs de séquençage permettant par exemple d’analyser un génome complet en une seule mesure. Selon un aspect, la présente invention concerne un dispositif de séquençage d’au moins un brin de nucléotides comportant un support, au moins une partie mobile par rapport au support, des moyens de mise en vibration de la partie mobile à une fréquence donnée, des moyens de mesure de la fréquence de vibration de la partie mobile, une sonde de reconnaissance reliant mécaniquement le support et la partie mobile, la sonde de reconnaissance comportant au moins une séquence de nucléotides. Avantageusement, les moyens de mise en vibration de la partie mobile sont configurés pour mettre en vibration la partie mobile à sa fréquence de résonance. Selon une possibilité de mise en œuvre, les moyens de mesure de la fréquence de vibration sont des moyens opto-mécaniques. Selon un mode de réalisation, les moyens de mesure de la fréquence de vibration comportent au moins un guide d’onde couplé optiquement avec la partie mobile, une source de lumière pour injecter de la lumière dans le guide d’onde et une unité de traitement de la lumière sortant du guide d’onde. Avantageusement, la partie mobile peut être sous forme d’un disque, d’un anneau, d’un hippodrome ou une ellipse suspendu(e) par au moins un pied. Selon une possibilité de mise en œuvre, le dispositif peut comporter plusieurs sondes identiques reliant la partie mobile au support. Le support peut comporter un premier précurseur d’adaptateur et un premier adaptateur dont une extrémité est fixée au premier précurseur d’adaptateur et l’autre extrémité comporte une séquence de nucléotides hybridée avec une extrémité de la sonde de reconnaissance, et dans lequel la partie mobile comporte un deuxième précurseur d’adaptateur et un deuxième adaptateur comprenant une sonde dont une extrémité est fixée au deuxième précurseur d’adaptateur et l’autre extrémité comporte une séquence de nucléotides hybridée avec une extrémité de la sonde de reconnaissance. La présente invention concerne également un ensemble de séquençage comportant le dispositif tel que défini précédemment ainsi qu’un canal fluidique assurant la mise en contact d’un liquide contenant ledit brin analysé et de la sonde de reconnaissance. La présente invention concerne également un système de séquençage comportant une pluralité de dispositifs de séquençage tels que définis précédemment. Avantageusement, les dispositifs de séquençage sont répartis en groupe, chaque groupe comportant des sondes de reconnaissance ayant la même structure de nucléotides. Avantageusement, les sondes de reconnaissance sont choisies de sorte qu’en une seule mesure un génome complet est analysé. Pour cela, on prévoit typiquement des centaines de milliers de capteurs en parallèles et/ou plusieurs cycles de mesures. La présente invention concerne également un procédé de séquençage d’au moins une séquence de nucléotides comportant : - la mise en contact d’un liquide contenant ladite séquence avec un dispositif résonant comportant une sonde de reconnaissance reliant une partie fixe et une partie mobile du dispositif résonant, - la mise en vibration de la partie mobile, - la mesure de la variation de la fréquence de vibration de la partie mobile du à l’hybridation entre la sonde de reconnaissance et la séquence de nucléotides. Avantageusement, la partie mobile est mise en vibration à sa fréquence de résonance. Typiquement, la partie mobile peut être mise en vibration avec une amplitude de l’ordre de 0,1 nm. Selon un mode de réalisation, la partie mobile est mise en vibration à une fréquence comprise entre 100 MHz et 1 GHz. La présente invention sera mieux comprise sur la base de la description qui va suivre et des dessins en annexe sur lesquels : est une vue de côté d’un exemple de dispositif de séquençage représenté schématiquement, est une vue du dispositif de la dans un état dans lequel un brin analysé est hybridé sur la sonde, est une vue de détail du dispositif de la , est une vue de détail du dispositif de la sans sonde d’accrochage, est une vue de détail d’une variante du dispositif de la , est une représentation schématique du dispositif de la intégré dans un canal fluidique, est une représentation d’un dispositif de séquençage mettant en œuvre des moyens de détection opto-mécaniques, est une vue de dessus d’un système comprenant un réseau de dispositifs de séquençage. EXPOSÉ DÉTAILLÉ DE MODES DE RÉALISATION PARTICULIERS Sur la , on peut voir un exemple de réalisation d’un dispositif de séquençage de génomes. L’invention s’applique à la détermination de fragments d’ADN et de fragments d’ARN. Le séquençage de l'ADN ou de l’ARN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné ou d’un fragment d’ARN donné respectivement. Sur les figures 1, 2 et 3A et 3B, on peut voir un exemple d’un dispositif de séquençage comportant au moins une partie fixe 2, deux dans l’exemple représenté, par exemple solidaire d’un support 3 et une partie 4, désignée partie mobile, destinée à être mobile par rapport à la partie fixe 2 dans le plan du dispositif. La partie fixe 2 est disposée à proximité de la partie mobile 4. La distance entre le bord de la partie fixe 2 et le bord en regard de la partie mobile 4 est par exemple comprise entre 100 nm et 200 nm. Cette distance est choisie de sorte à éviter tout contact entre la partie mobile et la partie fixe dans des conditions normales d’oscillation de la partie mobile. Le plan du dispositif ou du capteur est le plan parallèle au support 3, généralement formé par un substrat mis en œuvre en micro-électromécanique. Dans l’exemple représenté la partie mobile comporte une plateforme 6 suspendue par un pied 8. Les dimensions du pied et de la plateforme 6 sont telles que la plateforme 6 peut osciller sensiblement dans le plan. Le dispositif est un dispositif résonant et comporte des moyens d’excitation 10 pour mettre en vibration la partie mobile 4 dans le plan. Dans l’exemple représenté de manière schématique sur la , les moyens d’excitation sont de type électrostatique et comportent une électrode 10.1 sur la partie fixe et une électrode 10.2 sur la partie mobile formée par le pied directement. L’application d’une différence de potentiels entre les électrodes génère des forces électrostatiques entre le pied et la partie fixe mettant en vibration la plateforme. La mise en œuvre de moyens d’excitation au niveau du pied permet de limiter l’encombrement. En variante, il est également possible d’utiliser des moyens d’excitation optiques. On utilise en particulier des forces de radiation ou thermo-optiques. Dans les deux cas, il s’agit d’utiliser un laser de longueur d’onde dans un pic optique, mais dont la puissance est modulée à la fréquence d’intérêt, en l’occurrence celle de la résonance mécanique du dispositif. Ce laser peut être le même que celui utilisé pour la lecture optique, ou un autre laser, par exemple que l’on vient superposer au premier. Le dispositif comporte également des moyens de mesure (non représentés) de la fréquence de vibration de la partie mobile. La partie mobile forme alors un résonateur mécanique. Ces moyens comportent par exemple un ou plusieurs transducteurs capacitifs, piézo-résistifs, opto-mécaniques, à ondes acoustiques de type à onde acoustique de volume BAW (« Bulk Acoustic Wave » en terminologie anglo-saxonne) ou de type à onde acoustique de surface SAW (« Surface Acoustic Wave » en terminologie anglo-saxonne). La partie mobile 4 peut être une poutre encastrée par une extrémité et mise en vibration par des moyens électrostatiques et dont la fréquence est mesurée par des jauges piézorésistives. Selon un autre exemple, la partie mobile 4 peut être une plaque vibrante dans un mode de Lamé ou de respiration. Un exemple de détection opto-mécanique sera décrit en détail. De préférence la partie mobile est excitée à une fréquence de résonance permettant une amplification maximale du signal d’entrée et un maximum de sensibilité de la réponse du dispositif à une perturbation (modification de l’environnement). Le résonateur est choisi de préférence de sorte à présenter un amortissement visqueux réduit. En effet, le dispositif est destiné à être disposé dans un canal fluidique dans lequel s’écoule un liquide contenant le ou les brins analysés. Sur la , on peut voir une vue agrandie du dispositif de la . La représente le dispositif avant la fixation d’une sonde de reconnaissance SR. Le dispositif comporte une sonde de reconnaissance SR destinée à s’hybrider avec le brin analysé. La sonde de reconnaissance est par exemple une sonde oligonucléotide. La sonde peut comporter par exemple entre une centaine et plusieurs milliers de nucléotides. Le dispositif comporte également des séquences de nucléotides 12, 14 l’une fixée par une extrémité à la partie fixe 2 et l’autre fixée par une extrémité à la partie mobile 4. Les deux extrémités libres des séquences de nucléotides 12, 14 sont destinées à s’accrocher aux extrémités de la sonde de reconnaissance SR par hybridation et permettre à la sonde de reconnaissance SR de relier mécaniquement la partie fixe 2 et la partie mobile 4. Les séquences 12, 14 sont désignés « adaptateurs » et comportent les séquences complémentaires aux extrémités de la sonde de reconnaissance, ce qui permet l’hybridation des deux extrémités de la sonde de reconnaissance sur les adaptateurs. Une fois accrochés aux adaptateurs 12, 14 la sonde de reconnaissance SR comporte une succession de nucléotides libres désignée « zone utile » et destinée à coopérer par hybridation avec le brin analysé. La partie fixe comporte sur sa face supérieure une couche 16 permettant l’accroche de l’adaptateur 12 et la face supérieure de la partie mobile comporte une couche 18 permettant l’accroche de l’adaptateur 14. Les couches 16, 18 sont dites des « précurseurs d’adaptateur » et comportent par exemple du silane ou une fine couche métallique. Un adaptateur ADN-thiol sur une couche d’accroche en or peut être prévu. Un ou plusieurs thiols, du polyéthylène glycol PEG, de l’époxyde peuvent être également utilisés pour le précurseur d’adaptateur. Il existe par ailleurs une forte affinité entre la biotine et la streptavidine, ainsi, l’un de ces deux éléments peut correspondre à un précurseur d’adaptateur tandis que l‘autre peut être prévu à une extrémité de l’adaptateur 12, 14 permettant ainsi « d’attacher » l’adaptateur sur la partie fixe ou mobile. De préférence, préalablement au dépôt des précurseurs d’adaptateur, la face supérieure de la partie fixe et de la partie mobile présentent des fonctionnalisations différentes pour être sélectives par rapport aux précurseurs d’adaptateur. La fonctionnalisation est par exemple obtenue par formation d’un film 17, sur la face supérieure de la partie fixe et d’un film 19 en matériau différent sur la face supérieure de la partie mobile. Les films 17, 19 peuvent être par exemple en matériau polymère ou en matériau métallique tel que de l’or. Un exemple de réalisation particulier prévoit : - un film 17 en SiO 2 , et une couche 16 en PLL-g-PEG ou silane - un film 19 en or avec une couche 18 à base de thiol. Typiquement, les films 17, 19 ont une épaisseur de l’ordre de 100 nm. De manière préférée, les zones fonctionnalisées sont situées aux endroits les plus sensibles mécaniquement, i.e. qui présentent le déplacement le plus important, par exemple le bord de la partie mobile et/ou en vis-à-vis de la partie fixe. Les adaptateurs sont donc choisis en fonction de la sonde de reconnaissance à disposer entre la partie fixe et la partie mobile et donc en fonction du brin analysé. Avantageusement, le dispositif comporte plusieurs parties fixes et plusieurs sondes de reconnaissance reliant les parties fixes à la partie mobile, les sondes comportant les mêmes séquences de nucléotides. Les parties fixes peuvent être d’un seul tenant et par exemple formées d’un anneau autour de la partie mobile. En augmentant le nombre de sondes de reconnaissance, on augmente la probabilité d’accroche du ou des brins analysés, ce qui augmente la sensibilité du dispositif. Sur la , on peut voir une représentation schématique d’un ensemble comportant le dispositif de séquençage des figures 1 et 2 intégré dans un canal fluidique C, par exemple formé par coopération entre un capot 21 et le support 3 du dispositif. La circulation du liquide contenant les brins à analyser est en circuit ouvert ou en circuit continu. En circuit ouvert, le canal est connecté à un réservoir contenant le liquide et les brins à analyser et à une zone de collecte du liquide après circulation dans le canal. Une pompe de circulation peut être prévue. En circuit fermé, le liquide est par exemple injecté dans le canal par une seringue et une pompe assure la recirculation du liquide dans le canal. Le fonctionnement en boucle fermée permet de recycler les produits et de réaliser plusieurs mesures. On peut prévoir de réinitialiser les capteurs en mettant en œuvre une fonte thermique des brins ADN appariés. On peut également prévoir d’accumuler des données de mesure sans effectuer de chauffage intermédiaire entre les cycles consécutifs de mesure en faisant circuler plusieurs fois le fluide sur le ou les dispositifs. Le fonctionnement de ce dispositif va maintenant être décrit. La partie mobile 4 reliée à la partie fixe 2 par l’ensemble « adaptateur – sonde de reconnaissance – adaptateur » est mise en vibration par les moyens d’excitation. L’amplitude de la vibration de l’ordre d’une distance interatomique, environ 0,1 nm (1 Angström). L’ensemble « adaptateur – sonde de reconnaissance – adaptateur » présente une certaine raideur et dissipe une certaine quantité d’énergie. La partie mobile oscille dans le plan à une fréquence donnée typiquement entre une 100 kHz et 1 GHz, préférentiellement entre 1 MHz et une ou plusieurs dizaines de MHz qui résulte des moyens d’excitation, de la raideur de l’ensemble « adaptateur – sonde de reconnaissance – adaptateur » et de sa dissipation. Un liquide contenant le brin ADN ou ARN analysé circule sur le dispositif séquenceur. Celui-ci entre en contact avec au moins la partie de la sonde de reconnaissance SR non hybridée avec les adaptateurs. Le brin analysé s’hybride de manière plus ou moins complète avec la sonde d’accrochage ( ). Plus le niveau d’hybridation est élevé, plus la raideur de l’ensemble « adaptateur – sonde de reconnaissance – adaptateur » et brin analysé augmente et plus l’ensemble sonde-brin couple la partie fixe à la partie mobile ce qui a pour effet de modifier la fréquence d’oscillation de la partie mobile. Les moyens de mesure mesurent cette fréquence de vibration qui a varié par rapport à sa fréquence de vibration avant l’hybridation du brin analysé. La fréquence peut varier d’une à plusieurs centaines de Hertz. En effet, lorsque le brin analysé s’hybride avec la sonde de reconnaissance, les deux brins se contractent et l’ensemble ainsi formé présente une raideur longitudinale déterminée et connue, plus grande que celle de la sonde de reconnaissance seule. La grande sensibilité de mesure, au nucléotide près, SNP (pour « single-nucleotide polymorphism », i.e. polymorphisme d'un seul nucléotide), peut être proposée dans la mise en œuvre d’une compétition cinétique de type déplacement de brins. Le dispositif présente donc une grande fiabilité, une grande sensibilité et une vitesse de détection élevée. La mesure de l’énergie dissipée est une source d’information riche sur le processus d’hybridation. Dans le cas où aucune hybridation n’a lieu entre le brin analysé et la sonde d'accrochage, la fréquence de vibration de la partie mobile ne varie pas ou pas significativement, en particulier moins de 0.001% de variation ce qui correspond par exemple à moins de 300 Hz de variation pour une fréquence de résonnance initiale de 30MHz. La grande sensibilité des moyens de détection permet de détecter le niveau d’hybridation entre le brin et la sonde de reconnaissance. Le fait que le dispositif permette de détecter et mesurer les états intermédiaires d’hybridation (hybridation partielle), permet néanmoins d’obtenir des informations sélectives sur les différentes séquences. Ce dispositif permet une grande fiabilité de détection. En outre, le dispositif séquenceur permet l’analyse de longues séquences des nucléotides, ce qui permet de réduire le temps d’analyse. Par exemple, on prévoit de l’ordre de 5*10 6 paires de bases pour analyser une bactérie. De manière avantageuse, le fait de solliciter mécaniquement le brin hybridé permet de vérifier l’hybridation. Si le brin est partiellement hybridé, l’hybridation sera moins résistante à une sollicitation mécanique axiale. La sollicitation axiale permet alors de réduire sensiblement le risque de faux positifs. Le procédé de séquençage peut alors se dérouler selon les étapes suivantes : - Mise en vibration du résonateur à une fréquence donnée, de préférence sa fréquence de résonance mécanique, - Circulation d’une solution contenant le brin à analyser sur le dispositif, - Mesure de la fréquence de vibration du résonateur, - Détection d’une hybridation parfaite, partielle ou d’aucune hybridation. - S’il y a hybridation parfaite, la séquence du brin analysé est alors connue. De préférence, lors de l’hybridation le liquide circule. La vitesse de circulation du liquide est de préférence limitée, par exemple à un débit de l’ordre de un ou plusieurs ml/min. L’hybridation peut durer de l’ordre de plusieurs minutes, par exemple 5 minutes. On peut jouer sur la vitesse de flux, la répétition de mesures avec les cycles, effectuer des paliers. La circulation de liquide est arrêtée et la mesure s’effectue par accumulation des données avec une probabilité d’accrochage contrôlée par la diffusion des cibles [Note : une option supplémentaire qui permet différents types de mesure sans la perturbation du flux]. Sur la , on peut voir un exemple de réalisation dans lequel les moyens de détection sont des moyens opto-mécaniques. Le dispositif comporte un résonateur optique 4, au moins un guide d’onde 20 couplé optiquement avec le résonateur, le guide d’onde étant supporté par le substrat, une source lumineuse SL et des moyens de traitement T de l’onde lumineuse sortant du guide d’onde. Le support, le guide d’onde, le résonateur opto-mécanique forme une structure de capteur. Le guide d’onde 20 comporte une extrémité d’entrée 20.1 d’une onde lumineuse connectée à une source lumineuse par l’intermédiaire d’un réseau de couplage 22.1 non représenté sur la figure, et une extrémité de sortie 20.2 connectée à des moyens de traitement de l’onde lumineuse sortant du guide d’onde par l’intermédiaire d’un réseau de couplage 20.2. Le résonateur 4 est disposé à proximité d’un flanc du guide d’onde 20 de sorte à être couplé optiquement à celui-ci. Le guide d’onde 20 est dans le champ évanescent du résonateur, de sorte que l’onde lumineuse provenant de la source SL soit injectée dans le résonateur optique et que l’onde lumineuse ayant circulé dans le résonateur soit collectée par le guide d’onde. L’onde circulant dans le résonateur est symbolisée par une flèche. La largeur de l’espace entre le flanc du guide d’onde et le bord latéral du résonateur est par exemple comprise entre 10 nm et 50 nm. Dans l’exemple représenté le résonateur optomécanique 4 a la forme d’un disque suspendu à un pied 24 fixé à une face du disque en regard du substrat. Le disque s’étend dans un plan du capteur. Le résonateur comporte deux faces d’extrémité 4.1, 4.2 sensiblement parallèles au plan du capteur et une face latérale 6.3 ( ). De préférence le pied présente un diamètre faible par rapport aux dimensions du disque dans le plan du capteur, plus particulièrement un diamètre faible par rapport au diamètre du disque, de préférence le pied présente un diamètre au moins 10 fois plus petit que le diamètre du disque. Plus généralement, le diamètre du pied est dix fois plus petit que la plus petite dimension du résonateur dans le plan du capteur , ainsi le pied gêne peu ou pas la vibration radiale du résonateur. En variante, le résonateur est suspendu par des ressorts dans le plan ou par des poutres de taille nanométriques s’étendant radialement et comprimées et tendues par la vibration du disque. Les ressorts ou les poutres sont alors dimensionnés pour présenter une raideur axiale plus faible que celle du résonateur. Toute autre forme de résonateur peut convenir, par exemple vue de dessus le résonateur peut avoir une forme d’anneau, d’ellipse ou hippodrome (« racetrack » en terminologie anglo-saxonne). Dans le cas d’un résonateur en forme d’anneau, d’ellipse ou hippodrome, celui-ci est suspendu au substrat par exemple au moyen d’un pied situé au centre du résonateur, et de poutres s’étendant entre le bord intérieur du résonateur et le pied. Le résonateur peut être réalisé en tout matériau capable de confiner une onde électromagnétique, tel que le GaAS, le Ge ou le Si. Ce dernier est particulièrement intéressant pour une fabrication selon les techniques microélectroniques offrant un niveau élevé d’intégration sur un substrat. La couche de fonctionnalisation est formée par exemple sur la face 4.2 du résonateur opposée à celle 4.1 en regard du substrat. Les moyens d’excitation sont par exemple des moyens électrostatiques (non représentés) ou des moyens optiques. Le fonctionnement du capteur va maintenant être décrit. De préférence, on choisit la longueur d’onde de l’onde lumineuse à injecter dans le résonateur proche de la résonance optique du résonateur, i.e. à flanc du pic de résonance optique. La lumière résonant à l’intérieur du résonateur optique est alors très sensible à la déformation mécanique du résonateur mécanique, en particulier lorsque le résonateur optique et mécanique sont confondus. L’onde lumineuse à la longueur d’onde choisie est injectée dans le guide d’onde par la source lumineuse, par couplage optique l’onde lumineuse est injectée dans le résonateur optomécanique 4. Lorsque d’un brin analysé s’hybride sur la sonde de reconnaissance, en fonction du niveau d’hybridation la raideur de la liaison entre le résonateur et la partie fixe est modifiée et l’énergie dissipée également, ce qui a un effet sur la fréquence de vibration du résonateur, qui en général augmente. En effet, la fréquence mécanique La masse du résonateur ne varie quasiment pas lors de l’hybridation, par conséquent lorsque la raideur du résonateur augmente, sa fréquence augmente. La mesure de la variation de la fréquence de vibration, permet de déterminer si l’hybridation a été totale ou non, et si l’hybridation a été totale, de déterminer l’identité du brin analysé. En effet le résonateur optomécanique est suffisamment sensible pour distinguer entre un appariement parfait ou quasi-parfait. En variante, la mesure de variation de la fréquence de vibration peut être combinée à une mesure des variations des propriétés optiques du résonateur permettant d’acquérir des informations complémentaires. Le résonateur optomécanique a par exemple une fréquence de vibration entre 100 MHz et 1 GHz avec des oscillations d’amplitude de l’ordre de quelques picomètres. Le fait de travailler à hautes fréquences permet d’augmenter la sensibilité de détection et la précision des données recueillies en particulier par un niveau d’échantillonnage temporel jamais atteint jusqu’à présent. Le résonateur optomécanique tel que décrit ci-dessus offre en outre l’avantage d’offrir de très bonnes performances en milieu liquide. De manière préférée, on réalise un système comprenant un grand nombre de dispositifs de séquençage D ( ). Par exemple, on peut prévoir entre 9 et de l’ordre de 10000 résonateurs. Un nombre encore plus élevé de résonateurs peut être prévu, la limite pouvant être définie en fonction du cout de fabrication. Chaque dispositif ou chaque groupe de dispositifs peut être muni de sondes de reconnaissance différentes. Chaque détecteur délivre son propre signal qui est traité par une unité de traitement. Seule une partie des dispositifs est schématisée. Le système comporte par exemple un canal fluidique commun à tous les dispositifs ou plusieurs canaux fluidiques parallèles, chacun alimentant une colonne de dispositifs. Le canal ou les canaux sont formés par exemple dans un capot (non représenté). La mise en œuvre de moyens optomécaniques facilite une telle intégration grâce aux techniques de multiplexage très bien maîtrisée dans le domaine de l’optique. En outre, la mise en œuvre de techniques de fabrication microélectronique permet l’intégration d’un très grand nombre de dispositifs. La sonde de reconnaissance équipant chaque dispositif est connue puisqu’elle dépend des adaptateurs fixés sur la partie fixe et la partie mobile qui sont eux-mêmes déterminés par la fonctionnalisation de chacune des parties. Le brin analysé détectable par chaque dispositif est donc connu. En localisant spatialement les sondes et donc les réponses données par chacun des dispositifs, il est possible de réaliser des mesures redondantes exploitables, et d’obtenir des taux d’erreurs faibles. Le procédé de séquençage décrit ci-dessus s’applique à un système de séquençage, cependant un tel système permet de détecter plusieurs brins différents. Le liquide contient alors des fragments de génomes par exemple un génome de plusieurs milliers de bases. Celui-ci est injecté dans le canal ou les canaux du système et après une étape d’hybridation potentielle des brins sur les sondes de reconnaissance adéquates, les fréquences de vibration des différents résonateurs sont mesurées. Les fréquences peuvent être mesurées en continu, permettant de suivre le processus d’hybridation. Le dispositif de séquençage et le système de séquençage sont réutilisables ; après un cycle de séquençage, ils peuvent être rincés pour retirer les brins hybridés sur les sondes de reconnaissance SR. Un exemple de procédé de rinçage utilise comme solution de rinçage une solution tampon (« buffer » selon la terminologie anglo-saxonne) sans ADN, par exemple de type tris-acétate, tris-EDTA, PBS (« Phosphate Buffered Saline »), HEPES (N-(2-Hydroxyethyl)piperazine-N′-(2-ethanesulfonic acid) avec l’ajout d’un surfactant, typiquement en faible quantité, i.e. de l’ordre de 0.1% ou inférieure. Le surfactant peut être du SDS (« Sodium dodecyl sulfate ») ou du TWEEN (Polyethylene glycol sorbitan monolaurate). On fait circuler la solution de rinçage pour décrocher les brins d’ADN hybridés sur la sonde de reconnaissance. De préférence, la circulation ne doit pas se faire en circuit fermé. Cet exemple est uniquement donné à titre illustratif, l’Homme du Métier saura adapter les composants de la solution de rinçage en fonction de la nature des brins d’ADN et autres réactifs utilisés. Il peut également être envisagé de remplacer les sondes de reconnaissance, celles-ci peuvent être retirées et remplacées par d’autres sondes pour modifier l’application du dispositif ou du système. En faisant monter la température dans une gamme comprise par exemple entre 50 et 80°C, on peut obtenir un décrochage des sondes des accroches et les accroches deviennent libres pour mettre des nouvelles sondes. Il est à noter que les résonateurs peuvent être mis en vibration à des fréquences différentes, par exemple ils peuvent avoir des fréquences de résonance mécanique différentes. A titre d’exemple, en utilisant des sondes de reconnaissance de dimension linéaire de 50 micromètres, pour un système de séquençage comportant des groupes de 200 dispositifs munis de la même sonde de reconnaissance comprenant 150 paires de nucléotides. Le système de séquençage comprend 4 104 détecteurs optomécaniques/ cm², i.e. environ 200 groupes de 200 dispositifs ayant la même sonde de reconnaissance et donc capables de détecter 200 domaines de séquences différentes. Ce système permet alors d’analyser un génome complet viral de 30 kb, i.e. 30000 bases ou nucléotides, en une seule série de mesure. Dans un autre exemple, chaque dispositif mesure 40 µm de côté, ce qui permet de réaliser des systèmes de séquençage ayant une densité de dispositifs de 62,5×10 3 cm². Comme cela a déjà été mentionné ci-dessus, le dispositif de séquençage et le système de séquençage peuvent avantageusement être réalisés au moins en partie par des techniques de la microélectronique. La ou les parties mobiles et la ou les parties fixes et éventuellement ou les guides d’onde sont réalisés par dépôt de couches sur un substrat et lithographie et gravure. Les pistes électriques sont également réalisées par dépôt et gravure. Les couches polymères ainsi que les précurseurs d’adaptateur sont par exemple déposés et localisés par lithographie et gravure. Le capot est par exemple en verre et est structuré pour former avec le substrat le canal ou les canaux fluidiques. Le capot est rapporté sur le substrat et est par exemple collé à celui-ci. Lors d’une étape suivante, un liquide contenant les adaptateurs est injecté dans le canal ou les canaux. Le liquide est un liquide physiologique. Les adaptateurs se fixent alors sur les précurseurs d’adaptateur. Pendant la phase d’accrochage, le liquide est au repos ou en circulation générant un effort de cisaillement sur les parties fixes et mobiles. Typiquement, si l’on ne met pas en œuvre de circulation une sédimentation et une mauvaise lecture, avec un risque de faux positifs est susceptible de survenir. Toutefois, si l’on met en œuvre une circulation de liquide trop rapide, une mauvaise accroche entrainant un risque de faux négatifs est susceptible de survenir. L’Homme du métier saura adapter la vitesse de circulation de liquide. Par exemple, on peut prévoir une vitesse entre 1 nl/min et plusieurs mL/min. Lors d’une étape suivante, le liquide physiologique contenant les sondes de reconnaissance est injecté dans le canal ou les canaux. Les sondes se fixent par une extrémité à un adaptateur sur la partie fixe et par une autre extrémité sur la partie mobile. Pendant la phase d’accrochage des sondes, le liquide est au repos ou en circulation générant un effort de cisaillement sur les parties fixes et mobiles. Il est à noter que les dispositions relatives de deux dispositifs voisins sont telles qu’il n’y pas de risque qu’une sonde se fixe sur une partie mobile d’un dispositif et sur une partie fixe d’une partie fixe d’un autre dispositif. Le dispositif de séquençage et le système de séquençage présentent l’avantage d’utiliser des matériaux et techniques maîtrisées. Ils présentent une bonne robustesse. En outre, l’association d’un grand nombre de dispositifs de séquençage permet de nombreuses applications, tels que le traitement en parallèle et le profilage de séquences codantes, la sélection et la localisation de gènes, le traitement en parallèle de mutations multiples, la sélection et la localisation de variants viraux. Dispositif de séquençage d’au moins un brin de nucléotides comportant un support (3), au moins une partie mobile (4) par rapport au support (3), des moyens de mise en vibration de la partie mobile (4) à une fréquence donnée, des moyens de mesure de la fréquence de vibration de la partie mobile (4), une sonde de reconnaissance (SR) reliant mécaniquement le support et la partie mobile (4), la sonde de reconnaissance (SR) comportant au moins une séquence de nucléotides. Dispositif de séquençage selon la revendication 1, dans lequel les moyens de mise en vibration de la partie mobile sont configurés pour mettre en vibration la partie mobile à sa fréquence de résonance. Dispositif de séquençage selon l’une des revendications 1 ou 2, dans lequel les moyens de mesure de la fréquence de vibration sont des moyens opto-mécaniques. Dispositif de séquençage selon la revendication 3, dans lequel les moyens de mesure de la fréquence de vibration comportent au moins un guide d’onde couplé optiquement avec la partie mobile, une source de lumière pour injecter de la lumière dans le guide d’onde et une unité de traitement de la lumière sortant du guide d’onde. Dispositif de séquençage selon la revendication 4, dans lequel la partie mobile est un disque, un anneau, un hippodrome ou une ellipse suspendu(e) par au moins un pied. Dispositif de séquençage selon l’une des revendications 1 à 5, comportant plusieurs sondes identiques reliant la partie mobile au support. Dispositif de séquençage selon l’une des revendications 1 à 6, dans lequel le support comporte un premier précurseur d’adaptateur et un premier adaptateur dont une extrémité est fixée au premier précurseur d’adaptateur et l’autre extrémité comporte une séquence de nucléotides hybridée avec une extrémité de la sonde de reconnaissance, et dans lequel la partie mobile comporte un deuxième précurseur d’adaptateur et un deuxième adaptateur comprenant une sonde dont une extrémité est fixée au deuxième précurseur d’adaptateur et l’autre extrémité comporte une séquence de nucléotides hybridée avec une extrémité de la sonde de reconnaissance. Ensemble de séquençage comportant le dispositif selon l’une des revendications précédentes et un canal fluidique assurant la mise en contact d’un liquide contenant ledit brin analysé et de la sonde de reconnaissance. Système de séquençage comportant une pluralité de dispositifs de séquençage selon l’une des revendications 1 à 7. Système de séquençage selon la revendication 9, dans lequel les dispositifs de séquençage sont répartis en groupe, chaque groupe comportant des sondes de reconnaissance ayant la même structure de nucléotides. Système de séquençage selon la revendication 10, dans lequel les sondes de reconnaissance sont choisies de sorte qu’en une seule mesure un génome complet est analysé. Procédé de séquençage d’au moins une séquence de nucléotides comportant : - la mise en contact d’un liquide contenant ladite séquence avec un dispositif résonant comportant une sonde de reconnaissance reliant une partie fixe et une partie mobile du dispositif résonant, - la mise en vibration de la partie mobile, - la mesure de la variation de la fréquence de vibration de la partie mobile due à l’hybridation entre la sonde de reconnaissance et la séquence de nucléotides. Procédé de séquençage selon la revendication précédente, dans lequel la partie mobile est mise en vibration à sa fréquence de résonance. Procédé de séquençage selon l’une des revendications 12 ou 13, dans lequel la partie mobile est mise en vibration avec une amplitude de l’ordre de 0,1 nm. Procédé de séquençage selon l’une des revendications 12 à 14, dans lequel la partie mobile est mise en vibration à une fréquence comprise entre 100 MHz et 1 GHz.