Brevet FR3134307A1 — publié le 20231013

L’invention concerne une méthode in vitro pour déterminer si un traitement aux antibiotiques est susceptible d’être arrêté chez un patient nouveau-né susceptible d’avoir une infection, notamment sepsis néonatal tardif, et ayant préalablement reçu un traitement aux antibiotiques. BIOMARQUEUR IL-10 POUR LA REDUCTION DE L’ANTIBIOTHERAPIE CHEZ LES NOUVEAU-NES L’invention concerne une méthode in vitro pour déterminer si un traitement à un antibiotique est susceptible d’être arrêté chez un patient nouveau-né susceptible d’avoir une infection, notamment un sepsis néonatal tardif et ayant préalablement reçu un traitement par antibiotiques. Le sepsis est une des causes majeures de morbidité et mortalité chez les nouveau-nés. Le sepsis néonatal est une infection invasive, habituellement bactérienne qui survient au cours de la période néonatale. Il existe deux catégories de sepsis néonatal, à savoir le sepsis néonatal précoce qui apparait généralement avant les trois premiers jours du nouveau-né ou le sepsis néonatal tardif, qui apparait au quatrième jour ou plus tard. Un sepsis néonatal est dit tardif par opposition aux infections précoces qui sont pour la plupart transmises de la mère au nouveau-né lors de la grossesse ou l’accouchement. Les symptômes sont multiples, non spécifiques, complexes et le diagnostic se base sur les résultats d’hémoculture en laboratoire. Le diagnostic par hémoculture présente un risque de faux négatifs et le volume de sang nécessaire pour réaliser une culture optimale peut parfois ne pas être prélevé chez les nouveau-nés de très faible poids. De plus, les résultats de l’hémoculture sont généralement obtenus dans un délai de 48 heures. Compte tenu de la progression rapide du sepsis et de son taux de mortalité élevé, une antibiothérapie empirique rapide est généralement administrée chez le nouveau-né lors de son arrivée en service de néonatalogie en cas de suspicion du sepsis et en attendant les résultats de l'hémoculture. Ainsi, une certaine proportion de patients reçoit un traitement antibiotique alors que ce dernier n’est finalement pas nécessaire. Or, le recours systématique à l’antibiothérapie chez ces nouveau-nés, outre la participation à l’émergence de bactéries multi-résistantes, peut également présenter des effets délétères, notamment une mortalité durant l’hospitalisation (Ting et al. 2016. JAMA pediatrics, 170(12) :1181-1187 ) ou sur le moyen/long terme, une perturbation du microbiote qui peut être impliquée dans la survenue de pathologies ultérieures telles que des difficultés respiratoires (Kummeling I. et al. Pediatrics, 2007. 119(1) :e225-231). Il est ainsi impératif de développer des tests de diagnostics rapides et fiables afin de minimiser le recours à l’antibiothérapie prolongée chez des nouveau-nés n’ayant finalement pas d’infection. Un diagnostic rapide permettrait ainsi de déterminer si un traitement aux antibiotiques doit être poursuivi lorsqu’il a été administré en cas de suspicion de ladite infection et de maintenir l’antibiothérapie aux seuls nouveau-nés présentant effectivement une infection, par exemple un sepsis néonatal tardif. Un certain nombre de biomarqueurs ont été étudiés pour le diagnostic du sepsis chez les nouveau-nés. La procalcitonine (PCT), un facteur d’inflammation précoce utilisé comme biomarqueur pour les infections bactériennes chez les adultes a été fréquemment utilisé comme marqueur de diagnostic pour le sepsis néonatal. Néanmoins, son utilisation clinique pour diagnostiquer le sepsis néonatal est débattue (Pontrelli G. et al. BMC Infect Dis. 2017; 17: 302 ; Eschborn S and Weitkamp J-H, Journal of Perinatology, 2019, ;39(7):893-903) et ce marqueur doit être utilisé en combinaison avec d’autres marqueurs cliniques et des données de laboratoires pour évaluer la nécessité de poursuivre l’antibiothérapie. Ainsi, il existe un besoin d’identifier un biomarqueur permettant d’éviter ou de réduire l’exposition aux antibiotiques chez des nouveau-nés. L’interleukine 10 (IL-10), une cytokine anti-inflammatoire jouant également un rôle comme facteur immuno-régulateur a été étudiée comme biomarqueur de diagnostic du sepsis néonatal, sans pour autant présenter de résultats significatifs pour la prise de décision médicale. Seules des études de petites échelles ou des analyses rétrospectives ont été réalisées pour évaluer les performances de l’IL-10 comme biomarqueur pour diagnostiquer le sepsis néonatal (Wang et al. Pediatr Crit Care Med. 2021. 22(9) :e492-e501 ; Zeitoun AA et al. Scand J Infect Dis. 2010 Apr;42(4):299-305 ; Sherwin et al. Am J Perinatol, 2008 Nov;25(10):629-36). Ainsi, des études rigoureuses à plus grandes échelles sont nécessaires afin d’évaluer précisément l’efficacité de ce biomarqueur pour son utilisation clinique afin de minimiser la mise en œuvre des antibiotiques. Résumé Les inventeurs dans la présente demande ont mené une étude prospective et multicentrique dans deux unités de soins intensifs néonatals à grande échelle pour évaluer la fiabilité de différents biomarqueurs en tant qu’outils dans l’arrêt des traitements aux antibiotiques prescrits initialement suite à une suspicion d’infection, notamment de sepsis néonatal tardif. Les inventeurs ont montré de manière surprenante que parmi ces biomarqueurs, et contrairement à l’IL-6, la détermination de la concentration protéique de l’IL-10 permet d’éviter ou de réduire précocement l’antibiothérapie chez plus de la moitié des patients diagnostiqués comme n’ayant pas de sepsis néonatal tardif, suite par exemple à un résultat d’hémoculture négatif. Cette performance est maintenue lorsque ce biomarqueur est combiné par exemple à la PCT. Le biomarqueur IL10, utilisé seul ou en combinaison, trouve ainsi une application toute particulière chez les patients en service de néonatalogie en tant qu’outil dans l’arrêt précoce des traitements antibiotiques prescrits initialement suite à une suspicion de sepsis néonatal tardif. La présente invention concerne une méthode in vitro pour déterminer si un traitement à un antibiotique est susceptible d’être arrêté chez un patient nouveau-né susceptible d’avoir un sepsis néonatal tardif et ayant préalablement reçu un traitement à l’antibiotique, ladite méthode comprenant la détermination de la concentration protéique d’IL-10 dans un échantillon biologique préalablement obtenu dudit patient et la comparaison de la concentration ainsi déterminée à une valeur seuil de référence, caractérisée en ce qu’une concentration protéique d’IL-10 inférieure à ladite valeur seuil de référence indique que le traitement à l’antibiotique est susceptible d’être arrêté et que le patient n’a pas de sepsis néonatal tardif. De préférence, la concentration protéique d’IL-10 est déterminée par une méthode immuno-enzymatique ELISA, de préférence une méthode microfluidique d’ELISA. Dans un mode de réalisation particulier, ledit échantillon biologique est un échantillon de sang, de plasma ou de sérum, de préférence un échantillon biologique de sérum. Le volume de l’échantillon biologique préalablement obtenu dudit patient est de préférence inférieur à 100 µL, inférieur à 60 µL, de préférence encore, inférieur à 30 µL. Dans un mode de réalisation particulier, la valeur seuil de référence de la concentration protéique d’IL-10 est de 45 pg/mL, de préférence de 20 pg/mL, et de préférence encore, comprise entre 5 et 10 pg/mL, comme par exemple 7,27 pg/mL. L’échantillon biologique est préférablement obtenu d’un patient qui est un nouveau-né de plus de 7 jours. De préférence, le patient présente au moins un signe clinique associé à un syndrome de sepsis néonatal tardif, de préférence le signe clinique est choisi parmi : une fièvre ≥ 38°C, Tachycardie ≥ 160/min, temps de recoloration cutanée (TRC) ≥ 3 secondes, teint gris et/ou pâle, syndrome d’apnées et bradycardies, assistance ventilatoire accrue et/ou augmentation de la FiO 2 , ballonnements digestifs, saignement rectaux, hypotonie, léthargie, convulsions sans autre cause évidente, rash cutané ou inflammation au point de ponction du cathéter veineux central, ou une combinaison de ces signes. Dans un mode de réalisation particulier, seule la concentration protéique d’IL-10 est déterminée. Dans un autre mode de réalisation particulier, la présente méthode selon l’invention peut comprendre en outre la détermination de la concentration protéique de la procalcitonine (PCT), ladite méthode étant caractérisée en ce que des concentrations protéiques inférieures d’IL-10 et de la PCT à des valeurs seuils correspondantes indiquent que le traitement à l’antibiotique est susceptible d’être arrêté et que le patient n’a pas un sepsis néonatal tardif. Fig. 1 montre un schéma d’organisation du suivi de l’étude. Fig. 2 montre une courbe ROC et AUC des signes cliniques lors de la suspicion de sepsis néonatal tardif Fig. 3 montre les courbes ROC et les AUC correspondantes pour les biomarqueurs IL10, IL6 et la combinaison IL10+PCT. Dans la présente demande, il est fait référence au(x) listage(s) de séquence(s) dont le(s) identificateur(s) (ou « SEQ ID NO ») sont listés ci-après. SEQ ID NO : 1 (IL-10) : SPGQGTQSENSCTHFPGNLPNMLRDLRDAFSRVKTFFQMKDQLDNLLLKESLLEDFKGYLGCQALSEMIQFYLEEVMPQAENQDPDIKAHVNSLGENLKTLRLRLRRCHRFLPCENKSKAVEQVKNAFNKLQEKGIYKAMSEFDIFINYIEAYMTMKIRN Quelle que soit la forme sous laquelle les listages sont fournis, ces listages font partie de la présente demande. Une méthode in vitro pour déterminer si un traitement à un antibiotique est susceptible d’être arrêté chez un patient nouveau-né susceptible d’avoir un sepsis néonatal tardif et ayant préalablement reçu un traitement à un antibiotique, ladite méthode comprenant la détermination de la concentration protéique d’IL-10 dans un échantillon biologique préalablement obtenu dudit patient et la comparaison de la concentration ainsi déterminée à une valeur seuil de référence, caractérisée en ce qu’une concentration protéique d’IL-10 inférieure à la valeur seuil de référence indique que le traitement à l’antibiotique est susceptible d’être arrêté et que le patient n’a pas de sepsis néonatal tardif. La méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que la concentration protéique d’IL-10 est déterminée par une méthode immuno-enzymatique ELISA, de préférence une méthode microfluidique d’ELISA. La méthode selon la revendication 1, ou 2 caractérisée en ce que ledit échantillon biologique est un échantillon de sang, de plasma ou de sérum, de préférence un échantillon biologique de sérum. La méthode selon la revendication 3, caractérisée en ce que le volume de l’échantillon biologique est inférieur à 100 µL, de préférence inférieur à 60 µL, et de préférence encore, inférieur à 30 µL. La méthode selon l’un quelconque des revendications 1 à 4, caractérisée en ce que la valeur seuil de référence de la concentration protéique d’IL-10 est de 45 pg/mL, de préférence de 20 pg/mL, et de préférence encore, comprise entre 5 et 10 pg/mL. La méthode selon l’une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que l’échantillon est préalablement obtenu d’un patient qui est un nouveau-né de plus de 7 jours. La méthode selon l’une quelconque des revendications 1 à 6, comprenant en outre la détermination de la concentration protéique de la procalcitonine (PCT), ladite méthode étant caractérisée en ce que des concentrations supérieures de la protéine IL-10 et de la PCT à des valeurs seuils de référence correspondantes indiquent que le patient a un sepsis néonatal tardif. La méthode selon l’une quelconque des revendications 1 à 7 caractérisée en ce que l’échantillon biologique est préalablement obtenu d’un patient présentant au moins un signe clinique associé à un syndrome de sepsis néonatal tardif. La méthode selon la revendication 8, caractérisée en ce que le signe clinique est choisi parmi : une fièvre ≥ 38°C, Tachycardie ≥ 160/min, temps de recoloration cutanée (TRC) ≥ 3 secondes, teint gris et/ou pâle, syndrome d’apnées et bradycardies, assistance ventilatoire accrue et/ou augmentation de la FiO 2 , ballonnements digestifs, saignement rectaux, hypotonie, léthargie, convulsions sans autre cause évidente, rash cutané ou inflammation au point de ponction du cathéter veineux central, ou une combinaison de ces signes. La méthode selon l’une quelconque des revendications 1 à 9, caractérisée en ce que seule la concentration protéique d’IL-10 est déterminée.