Brevet FR3114600A1 — publié le 20220401

L'invention concerne des virus modifiés qui sont de synthèse, des compositions comprenant de tels virus, des tests d'infectivité virale et des procédés de sélection de virus de synthèse modifiés. L'invention concerne également des procédés de modification de virus pour produire des virus de synthèse modifiés comprenant un acide nucléique hétérologue (ADN ou ARN). Figure d’abrégé : Fig. 2 VIRUS DE SYNTHESE L'invention concerne des procédés de modification de virus pour produire des virus de synthèse modifiés comprenant un acide nucléique hétérologue (ADN ou ARN). L'invention concerne également des virus modifiés qui sont de synthèse, des compositions comprenant de tels virus, des tests d'infectivité virale et des procédés de sélection de virus de synthèse modifiés. Arrière-plan L'état de l'art décrit des virus de synthèse en tant que vecteurs pour délivrer des charges utiles hétérologues (par ex. de l’ADN ou de l’ARN) dans des cellules hôtes cibles. Des exemples en sont les lentivirus réingéniés, les virus adéno-associés (AAV, de l’anglais « adeno-associated viruses ») et les bactériophages (également connus sous le nom de phages). La capacité d'empaquetage des lentivirus, des virus adéno-associés (AAV), des phages et d'autres vecteurs viraux est finie et généralement relativement petite, c'est-à-dire qu'il n'y a généralement qu'une capacité relativement faible à empaqueter de l'acide nucléique hétérologue dans les capsides de ces virus, principalement parce que les gènes codant pour des fonctions essentielles (telles que la production et la réplication du virus) sont conservés et que le virus résultant doit être capable d'infecter sa cellule cible afin que le virus puisse introduire l'acide nucléique hétérologue dans la cellule. Lorsque le virus est un virus lytique ou un virus tempéré, tel qu'un phage tempéré (c.-à-d. qui présente des cycles lytiques et lysogéniques dans son cycle de vie), des fonctions lytiques peuvent être avantageuses lorsque le virus doit être utiliser pour détruire la cellule hôte (par ex. lorsque l'acide nucléique hétérologue code pour un agent qui est toxique pour l'hôte), et donc la perturbation des gènes codant pour les fonctions lytiques est également à éviter lors de l'insertion d'acide nucléique hétérologue. . Transfert des composants CRISPR du plasmide donneur de recombinaison vers le chromosome du phage. La recombinaison de l'UHS et de la DHS avec leurs séquences homologues sur le chromosome du phage a donné un phage armé par CRISPR dans lequel un morceau du chromosome du phage a été remplacé par le système CRISPR. . Aperçu de la stratégie de balayage-délétion pour trouver l'emplacement optimal du système CRISPR dans SA117. La partie pertinente du chromosome du phage est montrée en haut, avec les homologues des gènes pin et lysis flanquant la délétion de la DPR dans T4. La numérotation montre l'emplacement des gènes sur la séquence du phage SA117. Les pointes de flèche indiquent la direction de gènes de fonctions connues. Dans le processus d'armement, environ 7800 paires de bases du chromosome SA117 sont remplacées par un système CRISPR de longueur équivalente indiquée sous la séquence. Le système CRISPR se compose des gènes cas3 à casE d' E. coli et d'un réseau correspondant contenant 3 à 5 séquences espaceurs ciblant les gènes conservés. La transcription du système CRISPR est menée à partir du promoteur P. Phage de synthèse qui est capable de se répliquer dans une cellule hôte, le phage étant (a) (i) un phage T pair de synthèse (par ex. T4) comprenant (a) une délétion d'ADN de, et/ou (b) une insertion dans, une Région à Délétion Autorisée (DPR) du génome du phage, la région étant entre le gène pin (inhibiteur de protéase) et le gène iPII (protéine interne) ; ou (ii) une version de synthèse d'un phage qui n'est pas un phage T pair, le phage de synthèse comprenant une délétion d'ADN d'une région de son génome qui est homologue ou orthologue à ladite DPR de (i) ; ou (b) (iii) un phage de synthèse rV5 ou de type rV5 (par ex. un Phi92) comprenant (a) une délétion d'ADN de, et/ou (b) une insertion dans, une région permissive de délétion (DPR) du génome du phage, la région étant entre le gène 39 et le gène 46 ou entre le gène 230 et le gène 240 ; ou (iv) une version de synthèse d'un phage qui n'est pas un phage rV5 ou de type rV5, le phage de synthèse comprenant une délétion d'ADN d'une région de son génome qui est homologue ou orthologue à ladite DPR de (iii). Phage de synthèse selon la revendication 1, dans lequel la délétion comprend jusqu'à 8000 pb d'ADN et/ou l'insertion comprend jusqu'à 8000 pb d'ADN. Phage de synthèse selon la revendication 1 ou 2, dans lequel le phage de synthèse de (i) comprend une insertion d'ADN hétérologue, l'insertion étant entre le gène pin et le gène ipII , ou le phage de synthèse de (ii) comprend une insertion d'ADN hétérologue, l'insertion étant entre un premier gène et un deuxième gène, le premier gène étant homologue ou orthologue au gène pin de T4 et le deuxième gène étant homologue ou orthologue au gène ipII de T4 ; ou le phage de synthèse de (iii) comprend une insertion d'ADN hétérologue, l'insertion étant entre les gènes 230 et 240 ou entre les gènes 39 et 46, ou le phage de synthèse de (iv) comprend un insertion d'ADN hétérologue, dans lequel l'insertion se fait entre un premier gène et un deuxième gène ; le premier gène étant homologue ou orthologue au gène 230 de Phi92 et le deuxième gène étant homologue ou orthologue au gène 240 de Phi92, ou le premier gène étant homologue ou orthologue au gène 230 de Phi92 et le deuxième gène étant homologue ou orthologue au gène 240 de Phi92. Phage de synthèse selon la revendication 3, l'insertion comprenant un nombre total (X) de paires de bases d'ADN hétérologue, et (a) la délétion comprenant un nombre total (Y) de paires de bases d'ADN où Y est au moins 50 % de X ; ou (b) le phage pair T, ledit phage qui n'est pas un phage pair T, le phage rV5 ou de type rV5 ou le phage qui n'est pas un phage rV5 ou de type rV5 comprenant une capside qui a une capacité d'empaquetage d'ADN de Zpb et le nombre total de paires de bases de l'ADN génomique du phage de synthèse étant de 90 à 110 % de Z. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications précédentes, la DPR du phage T pair comprenant un ADN contigu entre le gène pin et le gène ipII , l'ADN contigu ayant une longueur d'au moins 1000 pb ; ou la DPR du phage T pair comprenant au moins 100 pb d'ADN entre le gène pin et le gène ipII ; ou la DPR du phage Phi92 comprenant un ADN contigu entre le gène 230 et le gène 240 ou entre le gène 39 et le gène 46, l'ADN contigu ayant une longueur d'au moins 1000 pb ; ou la DPR du phage Phi92 comprenant au moins 100 pb d'ADN entre le gène 230 et le gène 240 ou entre le gène 230 et le gène 240. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications précédentes, la DPR du phage T pair s'étendant du gène pin au gène ipII ; ou la DPR du phage Phi92 s'étendant du gène 39 au gène 46 et/ou du gène 230 au gène 240. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications 1(i), 1(ii) ou l'une quelconque des revendications 2 à 6 en dépendance à la revendication 1(i) ou (ii), dans lequel A. le génome du phage de synthèse comporte une délétion d’un ou plus gènes, chaque gène codant pour une protéine sélectionnée parmi une thiorédoxine, une endonucléase (optionnellement une endonucléase homing , une endonucléase à ARN à spécificité de site RegB ou une endonucléase ADN de type intron à spécificité de site), un régulateur d'inhibition de lyse, une protéine membranaire, une thymidine kinase, une protéine qui contient un motif de phosphatase A1pp, un modificateur d'ARNt synthétase (optionnellement un modificateur de valyl-ARNt synthétase), une protéine de traitement d'ARNm, une enzyme de réparation UV (optionnellement une enzyme de réparation UV N-glycosylase), une protéine interne de tête (par ex. un protéine interne de tête ipIII ou une protéine interne de tête ipII , une protéine Ip4), une endoribonucléase et ADN glycosylase (optionnellement une ADN glycosylase dimère de pyrimidine) ; B. le génome du phage de synthèse comprend une délétion d'un, de plus ou de tous les gènes T4 du Tableau 7, ou d'homologues ou d'orthologues de ceux-ci ; C. le génome du phage de synthèse comprend une délétion du ou des gène(s) T4 (a) nrdC , (b) mobD , (c) rI , (d) rI.1 , (e) tk , (f) vs , (g) regB et/ou (h) denV , ou un homologue ou orthologue de celui-ci/ceux-ci ; ou D. le génome du phage de synthèse comprend une délétion d'ADN entre les coordonnées a) 2625 et 8092 ; b) 2668 et 7178 ; c) 8643 et 10313 ; ou d) 9480 et 12224 les coordonnées étant les positions nucléotidiques dans le sens allant du gène pin vers les gènes mobD et iPII de T4 ; ou l'ADN homologue d'un phage T pair étant délété, ledit phage T pair n'étant pas un phage T4. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications 1(i), 1(ii) ou l'une quelconque des revendications 2 à 7 en dépendance à la revendication 1(i) ou (ii), le génome du phage de synthèse comprenant une délétion des gènes de T4 tk, vs et regB, ou des homologues ou orthologues de ceux-ci ; optionnellement une délétion d'ADN s'étirant du gène de T4 nrdC à denV , ou des homologues ou orthologues de celui-ci. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications 1(i), 1(ii) ou l'une quelconque des revendications 2 à 8 en dépendance à la revendication 1(i) ou (ii), le génome de phage de synthèse comprenant une délétion d’un ou plus gènes, dans lequel A. chaque gène code pour une protéine comprenant une séquence d'acides aminés sélectionnée parmi les SEQ ID NO : 1-128, ou une homologue de celles-ci ; optionnellement l'homologue est une séquence d'acides aminés qui est au moins à 80 % identique à ladite séquence sélectionnée ; et/ou B. chaque gène code pour une séquence d'acides aminés sélectionnée parmi les SEQ ID NO : 1-42, ou une homologue de celles-ci ; optionnellement l'homologue est une séquence d'acides aminés qui est au moins à 80 % identique à ladite séquence sélectionnée. Phage de synthèse de l'une quelconque des revendications précédentes, le phage de synthèse de la revendication 1(iv) étant un phage rV5 ou de type rV5. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications 1(iii), 1(iv) ou l'une quelconque des revendications 2 à 6 en dépendance à la revendication 1(iii) ou (iv), le génome de phage de synthèse comprenant (a) une délétion d'un ou plus gènes, chaque gène codant pour une ADN méthylase ; (b) une délétion d'un, de plus ou de tous les gènes Phi92 du Tableau 9, ou d'homologues ou d'orthologues de ceux-ci ; (c) une délétion dans un ou plus gènes 235, 236, 237, 238, 239 et 240 de Phi92, ou dans des homologues ou orthologues de ceux-ci ; optionnellement une délétion d'ADN s'étendant à partir des gènes 235-240 ou 238-240, ou d'homologues ou d'orthologues de ceux-ci ; et/ou (d) une délétion des gènes 39-46 et/ou 235-240 de Phi92, ou d'homologues ou d'orthologues de ceux-ci. Phage de synthèse selon l'une quelconque des revendications précédentes, le phage de synthèse étant un phage lytique. ADN comprenant le génome du phage de synthèse de l'une quelconque des revendications précédentes ; optionnellement l'ADN étant un chromosome d'une cellule bactérienne ou un plasmide que comporte une cellule bactérienne, telle qu'une cellule hôte dudit phage de synthèse. Le phage ou l'ADN de synthèse de l'une quelconquee des revendications précédentes en dépendance à la revendication 2, l'ADN hétérologue comprenant ou codant pour A. un ou plus composant(s) d'un système CRISPR/Cas ou d'une nucléase guidée ; optionnellement dans lequel l'ADN hétérologue codant pour un ARN guide et/ou une Cas ; B. un agent antibactérien ; C. une fibre caudale de phage ou un composant de celle-ci ; D. une vitamine ; E. une protéine sanguine ; F. un anticorps ou un fragment de celui-ci ; ou G. une protéine humaine ou végétale ou un fragment de celle-ci. Phage de synthèse ou ADN selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ledit phage de la revendication 1(i) est choisi dans le groupe constitué des phages du Tableau 6, phage d'Escherichia T4, phage d'Escherichia T2, phage d'Escherichia T6,m phage d'Escherichia RB69, phage de Shigella Shf125875, phage d'Escherichia APCEc01, phage d'Escherichia moskry, phage d'Escherichia ST0, phage d'Escherichia vB_EcoM_JS09, phage de Shigella SP18, phage d'Escherichia vB_EcoM_PhAPEC2, phage d'Escherichia HX01, phage de Salmonella SG1, phage de Shigella pSs-1, phage d'Escherichia HY01, phage d'Yersinia PST, phage d'Escherichia AR1, phage d'Escherichia phiE142, phage de Shigella SHFML-11, phage d'Escherichia slur07, phage de Shigella SHFML-11, phage d'Escherichia UFV-AREG1, phage d'Escherichia vB_EcoM-UFV13, phage de Shigella JK38, phage de Shigella SHFML-26, phage de Shigella Sf22, phage d'Escherichia ime09, phage de Shigella SH7, phage d'Yersinia phiD1, phage d'Escherichia RB3, phage d'Escherichia ECML-134, phage d'Escherichia vB_EcoM_ACG-C40, phage d'Escherichia vB_EcoM-fFiEco06, phage d'Escherichia PP01, phage de Shigella Shfl2, phage d'Escherichia ECO4, virus d’Escherichia RB14, phage d'Escherichia vB_EcoM_JB75, phage de Shigella Sf22, phage d'Escherichia vB_vPM_PD112, phage de Shigella Sf23, phage d'Escherichia vB_EcoM_G2540, phage d'Escherichia vB_EcoM_G2133, phage d'Escherichia vB_EcoM_G4498, virus d’Escherichia RB32, phage d'Escherichia vB_EcoM_G4507, phage d'Escherichia vB_EcoM_G8, phage d'Escherichia EcNP 1, phage d’Enterobacteria RB27, virus de Shigella KRT47, phage d'Escherichia teqdroes, phage d'Escherichia slur02, phage d'Yersinia fPS-90, phage d'Yersinia phiD1, phage de Shigella Sf24 et phage d'Escherichia phiC120. Procédé de production de particules de phage de synthèse, comprenant (a) la permission de la production de phages de synthèse dans des cellules productrices, les phages étant conformes à l'une quelconque des revendications 1-12, 14 et 15 ; et (b) une isolation du phage ; et (c) optionnellement, une combinaison d’une population dudit phage de synthèse isolé avec un excipient, support ou diluant pharmaceutiquement acceptable pour produire une composition pharmaceutique. Procédé de production d'une composition pharmaceutique, le procédé comprenant la combinaison d'une population de phages de synthèse avec un excipient, support ou diluant pharmaceutiquement acceptable pour produire une composition pharmaceutique, les phages étant conformes à l'une quelconque des revendications 1-12, 14 et 15. Population de phages de synthèse selon l'une quelconque des revendications revendications 1-12, 14 et 15, ou une composition pharmaceutique pouvant être obtenue par le procédé de la revendication 17, pour utilisation en tant que médicament ; optionnellement pour administration à un sujet humain ou animal pour la réduction d’une infection par des cellules bactériennes ou d'archées hôtes pathogènes ou une première espèce ou souche, les phages étant capables d'infecter les cellules de ladite espèce ou souche. Phage de synthèse, tel que selon l'une quelconque des revendications 1 à 12, 14 et 15, le phage étant (a) un phage T pair (par ex. T4) de synthèse qui comprend une délétion d'ADN de, et/ou une insertion d'ADN hétérologue dans, une région du génome du phage correspondant à une région entre les coordonnées (i) 1887 et 8983 ; (ii) 2625 et 8092 ; (iii) 1904 et 8113 ; (iv) 2668 et 7178 ; (v) 7844 et 11117 ; (vi) 8643 et 10313 ; (vii) 9231 et 13383 ; (viii) 9480 et 12224 ; (ix) 8454 et 17479 ; ou (x) 9067 et 16673 ; les coordonnées faisant référence au génome du phage T4 de type sauvage (SEQ ID NO : 129) ; ou (b) une version de synthèse d'un phage qui n'est pas un phage T pair, le phage de synthèse comprenant une délétion d'ADN d'une région de son génome qui est homologue ou orthologue à ladite région d’(a) ; et le phage de synthèse étant capable de se répliquer dans une cellule bactérienne hôte. Procédé de production d’un phage de synthèse, tel que selon l'une quelconque des revendications 1 à 12, 14 et 15, le procédé comportant (a) la fourniture d’un ADN hétérologue comprenant une insertion ; (b) la fourniture d’un ADN génomique d’un premier phage ; (c) la permission d’une recombinaison homologue entre une première région de l'ADN génomique et l'ADN hétérologue et la permission d’une recombinaison homologue entre une deuxième région de l'ADN génomique et l'ADN hétérologue, l'insertion étant insérée entre lesdites régions moyennant quoi un ADN hybride est produit qui code pour le génome d'un phage de synthèse ; et dans lequel A : (i) les coordonnées de la première région sont 1887-2625 et les coordonnées de la deuxième région sont 8092-8983 ; (ii) les coordonnées de la première région sont 1904-2668 et les coordonnées de la deuxième région sont 7178-8113 ; (iii) les coordonnées de la première région sont 7844-8643 et les coordonnées de la deuxième région sont 10313-11117 ; (iv) les coordonnées de la première région sont 8873-9480 et les coordonnées de la deuxième région sont 12224-12826 ; ou (v) les coordonnées de la première région sont 8454-9067 et les coordonnées de la deuxième région sont 16673-17479 ; le premier phage étant un phage T4 et les coordonnées faisant référence au génome du phage T4 de type sauvage (SEQ ID NO : 129) ; ou B : le premier phage est un phage T pair qui n'est pas un phage T4, et les première et deuxième régions étant des régions du génome du premier phage qui sont homologues ou orthologues auxdites première et deuxième régions de l'un quelconque d’A(i) à (v). Phage de synthèse pouvant être obtenu par le procédé de la revendication 20 ; ou une composition comprenant une pluralité de phages de synthèse, chaque phage pouvant être obtenu par le procédé de la revendication 20. ADN comprenant le génome du phage de synthèse de la revendication 19 ou 21 ; optionnellement l'ADN étant un chromosome d'une cellule bactérienne ou un épisome (par ex. un plasmide) que comporte une cellule bactérienne, telle qu'une cellule hôte dudit phage de synthèse. Procédé de production d'un génome modifié d'un premier virus, le génome modifié comprenant un nombre total (X) de paires de bases d'ADN hétérologue, le premier virus étant capable d'infecter une cellule cible d'une première espèce ou souche, le procédé comprenant (a) l’obtention d’une ou de séquence(s) du génome du premier virus au moins dans la mesure comprenant un premier jeu de gènes requis pour la production de particules virales dans une cellule hôte ; et (b) la production d’un ADN hybride comprenant la ou les séquence(s) obtenue(s) à l'étape (a) et ledit ADN hétérologue, l'ADN hybride comprenant ledit génome modifié ; Dans lequel (c) le génome modifié est fonctionnel pour produire un deuxième virus qui est capable d'infecter la cellule cible, le deuxième virus comprenant des protéines codées par ledit jeu de gènes, les protéines empaquetant un ADN hybride comprenant ledit ADN hétérologue et ledit jeu de gènes, le deuxième virus étant une version modifiée du premier virus ; et (d) A : l'ADN hybride exclut un nombre total (Y) de paires de bases d'ADN du génome du premier virus, Y représentant au moins 49 % de X ; ou B : le deuxième virus comprend une capside qui a une capacité d'empaquetage d'ADN de Zpb et le nombre total de paires de bases de l'ADN hybride est de 90 à 110 % de Z. Procédé selon la revendication 23, dans lequel (a) chaque virus est un phage et l'ADN hybride exclut une séquence d'ADN qui est comprise par un gène du génome du premier virus, le gène codant pour une séquence d'acides aminés sélectionnée parmi les SEQ ID NO : 1-128, ou une homologue de celle-ci ; optionnellement l'homologue étant une séquence d'acides aminés qui est au moins à 80 % identique à ladite séquence sélectionnée ; (b) l'ADN hybride exclut une pluralité de séquences d'ADN du génome du premier virus chaque séquence d’ADN étant comprise par un gène respectif du génome du premier virus, le gène codant pour une séquence d'acides aminés sélectionnée parmi les SEQ ID NO : 1-128, ou une homologue de celle-ci ; optionnellement l'homologue étant une séquence d'acides aminés qui est au moins à 80 % identique à ladite séquence sélectionnée ; (c) chaque virus est un phage T pair (par ex. T4) et l'ADN hybride exclut une ou plus séquences d'ADN du génome du premier virus chaque séquence d’ADN étant comprise par un gène respectif du génome du premier virus, le gène codant pour une séquence d'acides aminés sélectionnée parmi les SEQ ID NO : 1-42, ou une homologue de celle-ci ; optionnellement l'homologue étant une séquence d'acides aminés qui est au moins à 80 % identique à ladite séquence sélectionnée ; (d) chaque virus est un phage (tel qu'un phage T pair) et l'ADN hybride exclut une ou plus séquences d'ADN du génome du premier virus, chaque séquence d'ADN étant comprise par au moins 10 % d'un gène respectif du génome du premier virus, (i) le gène codant pour une séquence d'acides aminés sélectionnée parmi les SEQ ID NO : 1-42, ou une homologue de celle-ci ; optionnellement l'homologue étant une séquence d'acides aminés qui est au moins à 80 % identique à ladite séquence sélectionnée ; ou (ii) le gène est choisi parmi les gènes du phage T4 49.1, 49.2, 49.3, nrdC, nrdC.1, nrdC.2, nrdC.3, nrdC.4, nrdC.5, nrdC.6, nrdC.7, nrdC.8, nrdC.9, nrdC.10, nrdC.11, mobD, mobD.1, mobD.2, mobD.2a, mobD.3, mobD.4, mobD.5, rI.-1, rI, rI.1, tk, tk.1, tk.2, tk.3, tk.4, vs, vs.1, regB, vs.3, vs.4, vs.5, vs.6, vs.7, vs.8, denV, ipIII et ipII ; ou un orthologue ou homologue de celui-ci ; (e) l’ADN hybride exclut un ou plus gènes du génome du premier virus, chaque gène étant sélectionné parmi les gènes du phage T4 49.1, 49.2, 49.3, nrdC, nrdC.1, nrdC.2, nrdC.3, nrdC.4, nrdC.5, nrdC.6, nrdC.7, nrdC.8, nrdC.9, nrdC.10, nrdC.11, mobD, mobD.1, mobD.2, mobD.2a, mobD.3, mobD.4, mobD.5, rI.-1, rI, rI.1, tk, tk.1, tk.2, tk.3, tk.4, vs, vs.1, regB, vs.3, vs.4, vs.5, vs.6, vs.7, vs.8, denV, IpIII et IpII ; ou un orthologue ou homologue de celui-ci ; et/ou (f) chaque gène code pour une protéine sélectionnée parmi une thiorédoxine, une endonucléase (optionnellement une endonucléase homing , une endonucléase à ARN à spécificité de site RegB ou une endonucléase ADN de type intron à spécificité de site), un régulateur d'inhibition de lyse, une protéine membranaire, une thymidine kinase, une protéine qui contient un motif de phosphatase A1pp, un modificateur d'ARNt synthétase (optionnellement un modificateur de valyl-ARNt synthétase), une protéine de traitement d'ARNm, une enzyme de réparation UV (optionnellement une enzyme de réparation UV N-glycosylase), une protéine interne de tête (par ex. un protéine interne de tête IpIII ou une protéine interne de tête IpII, une protéine Ip4), une endoribonucléase et ADN glycosylase (optionnellement une ADN glycosylase dimère de pyrimidine). Procédé selon la revendication 23 ou 24, chaque virus comprenant un cycle de vie ayant un cycle lytique, (i) chaque virus étant un virus lytique ; ou (ii) le premier virus étant un virus tempéré ayant un cycle de vie comprenant un cycle lytique et un cycle lysogénique, le deuxième virus ayant un cycle de vie comprenant un cycle lytique mais pas de cycle lysogénique ou un cycle lysogénique interrompu le deuxième virus ayant une chance réduite d'entrer dans un cycle lysogénique par rapport au premier virus. Procédé de production de particules virales de synthèse, comprenant la mise en oeuvre du procédé de l’une quelconque des revendications 23 à 25 pour produire l'ADN hybride, l'introduction de l'ADN hybride dans une cellule cible d'une première espèce ou souche dans laquelle l'ADN hybride est capable d'être répliqué et des particules dudit deuxième virus sont produites ; et la production de deuxièmes virus dans la cellule ; et en outre optionnellement l'isolement des deuxièmes particules virales à partir de la cellule. Procédé de sélection d'un virus de synthèse, le procédé comprenant (a) la fourniture d’un premier type (T1) d'un virus, le virus étant obtenu ou pouvant être obtenu par le procédé de la revendication 26 ; (b) la fourniture d’un deuxième type (T2) d’un virus le virus étant obtenu ou pouvant être obtenu par le procédé de la revendication 26, T1 et T2 différant l'un de l'autre par au moins ledit ADN hétérologue compris par chaque type (optionnellement, T1 et T2 différant par l’ADN hétérologue codant respectivement pour les première et deuxième fibres caudales, les fibres caudales étant différentes) ; (c) une culture du virus T1 avec des cellules cibles de la première espèce ou souche ; et une culture du virus T2 avec des cellules cibles de la première espèce ou souche ; (d) une détermination duquel des virus cultivés T1 et T2 produit un indicateur prédéterminé ou de l'étendue de la production de l'indicateur par les virus ; (e) une sélection du virus T1 ou T2 sur la base de la détermination de l'étape (d) ; et (f) optionnellement, en outre, une production d'autres copies du virus sélectionné et/ou une détermination de la séquence de l'ADN hétérologue ou d’une partie de celui-ci que comporte le virus sélectionné. Test d'infectivité virale, le test comprenant (a) la fourniture d’un premier type (T1) de virus comprenant une première séquence d'ADN ; (b) la fourniture d’un deuxième type (T2) de virus comprenant une deuxième séquence d'ADN, T1 et T2 différant l'un de l'autre par lesdites séquences d'ADN et différant en termes d’infectivité des cellules cibles ; (c) une culture du virus T1 avec des cellules cibles d’une première espèce ou souche ; et une culture du virus T2 avec des cellules cibles de la première espèce ou souche ; (d) une détermination duquel des virus cultivés T1 et T2 produit un indicateur prédéterminé ou de l'étendue de la production de l'indicateur par les virus ; (e) une sélection du virus T1 ou T2 sur la base de la détermination de l'étape (d) ; et (f) optionnellement, en outre, une production d'autres copies du virus sélectionné et/ou une détermination de la séquence dudit ADN ou d’une partie de celui-ci que comporte le virus sélectionné. Procédé de production d'une composition comprenant des particules virales de synthèse, le procédé comprenant l'obtention de particules d'un premier type à partir d'une culture et optionnellement la combinaison des particules obtenues avec un excipient, support ou diluant, la culture comprenant des cellules cibles, chaque cellule comprenant de l'ADN comprenant le génome du premier type de virus, le virus comprenant la séquence déterminée à l'étape (f) de la revendication 27 ou 28. Procédé de production de particules virales de synthèse, le procédé comprenant (a) la culture de cellules cibles, chaque cellule comprenant de l'ADN comprenant le génome d’un premier type de virus, le virus comprenant la séquence déterminée à l'étape (f) de la revendication 27 ou 28 ; (b) la production de particules virales dans les cellules ; (c) l’obtention de particules virales à partir de la culture cellulaire et (d) optionnellement, la combinaison des particules virales obtenues avec un excipient, support ou diluant pharmaceutiquement acceptable.