Brevet FR3125065A1 — publié le 20230113

Procédé et kit de détection d’un virus respiratoire réplicatif Contenu de l’abrégé. L’invention concerne un procédé de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant une étape i) de détermination, dans un échantillon test provenant de la bouche ou du nez dudit sujet, du niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur sélectionné parmi les gènes stimulés par les interférons, dits ISG, ainsi que les kits associés. Figure pour l’abrégé : néant. Procédé et kit de détection d’un virus respiratoire réplicatif La présente invention concerne le domaine technique des procédés et kits de diagnostic. En particulier, l’invention a pour objet des procédés et kits permettant de déterminer si un sujet est atteint ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif. Aujourd’hui, il existe de nombreuses techniques qui détectent l’ADN ou l’ARN d’un virus, chez un sujet. C’est notamment le cas pour le virus pathogène SARS–CoV–2 où plusieurs tests PCR, réalisés majoritairement sur des échantillons naso-pharyngés ou salivaires des sujets concernés, sont disponibles. On peut citer les tests qRT–PCR, notamment le test SARS-COV-2 RESPI R-GENE ® , de bioMérieux, le test BioFire® COVID-19, de bioMérieux, le test SARS-CoV-2 ddPCR, de Bio-Rad, le test RealTime SARS-CoV-2, d’Abbott, le test RealStar®. RSV RT-PCR, d’Altona-diagnostics, le test ALINITY m RESP-4-PLEX ASSAY, d’Abbott et le test cobas® SARS–CoV–2, de Roche Diagnostics, notamment. Cependant, les résultats de PCR sont souvent difficiles à interpréter dans la routine clinique et en l'absence de manifestations cliniques (Han, M. S et al ., 2021). En particulier, il est possible qu’un test PCR détecte uniquement des fragments du génome ADN ou ARN du virus, et donc la présence d’un virus qui n’est pas actif, c’est-à-dire qui n’a pas la capacité de se répliquer dans l’organisme du sujet. La présence de symptômes, notamment pouvant être qualifiés de bénins (ou faibles), qui pourrait être associée à de nombreuses infections, virales ou bactériennes, n’est pas non plus le signe de la présence d’un virus respiratoire réplicatif. De plus, en période automnale et hivernale pendant lesquelles de nombreux virus respiratoires circulent, il est parfois difficile d’associer des symptômes comme la fièvre, suspectant une infection, à la présence d’un virus respiratoire réplicatif directement responsable. Il existe donc un intérêt important à identifier un moyen permettant de déterminer la présence, chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif tel que le SARS–CoV–2. Ceci permettrait, notamment, d'aider à identifier rapidement les patients présentant un risque de transmission virale, et alternativement d’éviter des mesures de quarantaine pour les patients qui ne sont pas, ou qui ne sont plus, une source possible de contamination, notamment dans le cas du SARS–CoV–2. Bien qu'une infection virale respiratoire, notamment par le SARS–CoV–2, se produise initialement par les voies respiratoires supérieures, l'immunité médiée par les interférons des types I et III (IFN–I et III) dans la muqueuse nasale reste mal caractérisée au cours d'une infection virale respiratoire. Récemment, Monel B. et al., 2021 se sont intéressés à la production de différents interférons et interleukines dans des échantillons naso-pharyngés et ont étudié la corrélation de leur production avec la présence d’infection par un virus SARS-CoV-2 réplicatif. D’autres auteurs ont également étudié le niveau d’expression de gènes stimulés par les interférons, dits ISG, chez des patients ayant des tests PCR positifs à SARS-CoV-2 confirmant le rôle des interférons dans la réponse immunitaire mucosale anti SARS-CoV-2 (Mick, E. et al . , 2020, et Ng, D. L. et al . , 2021). Cependant, dans les études liées au niveau d’expression des ISG, le caractère réplicatif ou non du virus correspondant aux tests PCR positifs n’a nullement été étudié ; il n’a pas non plus été évoqué la probabilité d’investiguer le niveau d’expression de gènes stimulés par les interférons, dits ISG, pour évaluer la contagiosité. La demande WO 2019/236768 propose également une méthode de détection d’une infection respiratoire chez un sujet, à partir du niveau d’expression d’un ou plusieurs gènes du sujet (gène de l’hôte). Une très longue liste de gènes de l’hôte est donnée, parmi laquelle figurent certains ISG, dont IFIT1, IFIT2, IFIT3 et RSAD2, sans que ceux-ci ne soient présentés comme particulièrement avantageux à sélectionner. De plus, le fait de savoir si le sujet est ou non infecté par un virus respiratoire réplicatif n’est nullement étudié dans cette demande de brevet. Dans ce contexte, la présente invention concerne un procédé de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant une étape i) de détermination, dans un échantillon test provenant de la bouche ou du nez dudit sujet, du niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur sélectionné parmi les gènes stimulés par les interférons, dits ISG (nommé dans la suite gène marqueur ISG, ou plus simplement gène marqueur ou ISG, par souci de simplicité). De manière avantageuse, lors de l’étape i), le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1, RSAD2, ISG15, et SIGLEC1, est déterminé. Le niveau de transcrits de tous ces gènes marqueurs peut être déterminé. En particulier, le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1 et RSAD2 est déterminé. De manière avantageuse, le niveau de transcrits de tous les gènes marqueurs IFI27, IFI44L, IFIT1 et RSAD2 est déterminé. Dans les cas où le niveau de transcrits de plusieurs gènes marqueurs est déterminé, on peut procéder à la détermination du niveau de transcrits pour chaque gène marqueur indépendamment, ou à une détermination simultanée des différents transcrits de tous les gènes marqueurs utilisés, dont le niveau est déterminé de manière globale. Lorsque le niveau de transcrits de plusieurs gènes marqueurs est déterminé de manière indépendante, une donnée (notamment un score tel qu’utilisé dans les exemples) représentative du niveau de transcrits de tous ces gènes marqueurs pourra être calculée. De manière avantageuse, l’échantillon test est un échantillon oro-pharyngé ou naso-pharyngé ou un échantillon de salive. Dans le cadre de l’invention, de manière avantageuse, également, l’étape i) consiste en la détermination du niveau d’ARNm du ou desdits gènes marqueurs. Les procédés selon l’invention, quel que soit leur mode de réalisation, peuvent être mis en œuvre sur un échantillon provenant d’un sujet qui présente des symptômes d’une infection, ou encore sur un échantillon provenant d’un sujet qui est asymptomatique. Le procédé selon l’invention est particulièrement avantageux, dans le cas de sujets asymptomatiques ou de sujets présentant des symptômes qui peuvent être qualifiés de bénins, tels que de la fatigue, des courbatures, des douleurs musculaires, de la fièvre, des symptômes respiratoires, notamment une toux sans pneumopathie, une céphalée, un mal de gorge, un malaise, des nausées, des vomissements, de la diarrhée, une anosmie ou une agueusie. Dans le cadre de l’invention, l’échantillon test peut être obtenu ou prélevé à n’importe quel moment. Dans le cas de sujets présentant des symptômes, l’échantillon test peut être obtenu ou prélevé avant ou après l’apparition de symptômes. L’échantillon test peut provenir de n’importe quel type de sujet, d’un sujet qui a ou n’a pas été diagnostiqué comme infecté par un virus respiratoire, d’un sujet qui est dans l’attente d’un résultat de dépistage ou de diagnostic d’un virus respiratoire, notamment par détection d’ADN ou d’ARN dudit virus… Selon certains modes de réalisation, les procédés selon l’invention, quelle que soit leur variante de mise en œuvre, peuvent être menés sur un échantillon provenant d’un sujet qui ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. En particulier, le procédé selon l’invention peut comprendre les étapes suivantes : i) déterminer le niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur choisi parmi les ISG, pour ledit échantillon test du sujet, ii) comparer le niveau de transcrits dudit au moins gène marqueur obtenu, à un niveau de référence. Les procédés selon l’invention comprennent une étape iii) qui est de conclure à la présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet. Une telle conclusion est apportée en utilisant au moins une valeur seuil. Par valeur seuil, on entend une valeur prédéterminée qui est pertinente pour apporter une conclusion quant à la présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez un sujet. Une comparaison est menée entre une valeur seuil et le niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur ISG déterminé pour l’échantillon test dudit sujet, ou avec une donnée (notamment un score) obtenue à partir du niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur ISG déterminé pour l’échantillon test dudit sujet. La dite donnée (ou score) peut, notamment, être obtenue à partir des niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs ISG déterminés pour l’échantillon test dudit sujet. En fonction du résultat de la comparaison, notamment si le niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur ISG déterminé pour l’échantillon test dudit sujet, ou la donnée ou le score obtenu à partir du niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur ISG déterminé pour l’échantillon test dudit sujet, est différent, notamment supérieur à la valeur seuil, il est conclu à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet. Selon un premier mode de réalisation des procédés selon l’invention, à l’étape iii), il peut être conclu à la présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, à partir du résultat de l’étape ii), c’est-à-dire de la comparaison entre le niveau de transcrits dudit au moins gène marqueur obtenu, et le niveau de référence dudit gène marqueur qui joue alors le rôle de valeur seuil. C’est, en particulier, le cas lorsque dans le procédé selon l’invention le niveau de transcrits d’un seul gène marqueur ISG est déterminé. C’est également le cas lorsque le niveau de transcrits de plusieurs gènes marqueurs ISG est déterminé de manière globale et que ce niveau global est comparé à un niveau de référence global. Dans ce premier mode de réalisation, d’une manière générale, le niveau de référence utilisé en tant que valeur seuil, avec lequel le niveau de transcrits d’un gène marqueur est comparé, correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet de référence, et en particulier chez un sujet non infecté par un virus respiratoire réplicatif, ou chez une population de tels sujets. Les sujets non infectés par un virus respiratoire réplicatif comprennent les sujets qui sont positifs à un test de détection de la présence d’un virus respiratoire, mais pour lesquels le virus n’est pas réplicatif, et les sujets non infectés par un virus respiratoire (négatifs à un test de détection de la présence d’un virus respiratoire). En particulier, le niveau de référence correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet ne présentant aucune infection par un virus respiratoire réplicatif, qu’il soit positif ou non à un test de détection d’un virus respiratoire, et qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou bien le niveau de référence correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur chez une population de tels sujets ne présentant aucune infection par un virus respiratoire réplicatif, qu’ils soient positifs ou non à un test de détection d’un virus respiratoire, et qui, de préférence, ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. Selon une première variante du premier mode de réalisation, le niveau de transcrits d’un seul gène marqueur parmi les ISG peut être déterminé à l’étape i) et il est conclu à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet en cas de différence avec le niveau de référence dudit gène marqueur. Ainsi, l’invention concerne un procédé de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif comprenant les étapes suivantes : i) déterminer le niveau de transcrits d’un seul gène marqueur sélectionné parmi les ISG, dans un échantillon test provenant de la bouche ou du nez dudit sujet, ii) comparer le niveau de transcrits dudit gène marqueur obtenu, à un niveau de référence, utilisé en tant que valeur seuil, ledit niveau de référence étant le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet de référence, et en particulier chez un sujet non infecté par un virus respiratoire réplicatif, qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de tels sujets, et iii) conclure à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet en cas de différence avec ledit niveau de référence dudit gène marqueur. En particulier, ladite différence correspond à un niveau de transcrits dudit gène marqueur pour l’échantillon test qui est supérieur à celui du niveau de référence. Dans de tels cas, ledit gène marqueur sélectionné parmi les ISG est, de préférence, l’IFIT1 ou l’IFI44L. Selon une deuxième variante de réalisation du premier mode de réalisation : - les niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs sélectionnés parmi les ISG peuvent être déterminés à l’étape i), pour l’échantillon test, et - le niveau de transcrits de chaque gène marqueur déterminé pour l’échantillon test peut être comparé avec le niveau de référence dudit gène marqueur correspondant. Dans cette deuxième variante de réalisation, il peut être conclu à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, en cas de différence avec le niveau de référence correspondant, utilisé en tant que valeur seuil, pour au moins un des gènes marqueurs, pour lequel le niveau de transcrits a été déterminé dans l’échantillon test. Ainsi, l’invention concerne un procédé de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif comprenant les étapes suivantes : i) déterminer les niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs sélectionnés parmi les ISG pour l’échantillon test, dans un échantillon test provenant de la bouche ou du nez dudit sujet, ii) comparer le niveau de transcrits de chaque gène marqueur déterminé dans l’échantillon test avec un niveau de référence correspondant audit gène marqueur, utilisé en tant que valeur seuil, pour chaque gène marqueur considéré, ledit niveau de référence étant le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet de référence, et en particulier chez un sujet non infecté par un virus respiratoire réplicatif, qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de tels sujets, et iii) conclure à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, en cas de différence avec le niveau de référence correspondant, pour au moins un des gènes marqueurs, pour lequel le niveau de transcrits a été déterminé dans l’échantillon test. En particulier, ladite différence correspond à un niveau de transcrits dudit gène marqueur pour l’échantillon test qui est supérieur à celui correspondant au niveau de référence dudit gène marqueur. De manière avantageuse, dans la deuxième variante de réalisation du premier mode de réalisation, lors de l’étape i), le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1, RSAD2, ISG15, et SIGLEC1, est déterminé. Le niveau de transcrits de tous ces gènes marqueurs peut être déterminé. En particulier, le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1 et RSAD2 est déterminé. De manière avantageuse, le niveau de transcrits de tous les gènes marqueurs IFI27, IFI44L, IFIT1 et RSAD2 est déterminé. Selon un deuxième mode de réalisation des procédés selon l’invention, à l’étape iii), il peut être conclu à la présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, en mettant en œuvre une étape intermédiaire iibis) conduisant à une donnée obtenue à partir du niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur sélectionné parmi les ISG, pour l’échantillon test. C’est en particulier le cas, lorsque les niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs ISG sont déterminés à l’étape i), pour l’échantillon test. Il peut être conduit une étape de comparaison ii) lors de laquelle le niveau de transcrits de chaque gène marqueur ISG est comparé à un niveau de référence dudit gène marqueur, cette comparaison prenant notamment la forme du calcul d’un rapport, notamment du rapport entre ledit niveau de transcrits de chaque gène marqueur sur un niveau de référence dudit gène marqueur. Une étape intermédiaire iibis) peut alors être menée : cette étape peut consister au calcul d’un score représentatif des résultats des comparaisons effectuées pour chaque gène marqueur. Un tel score est, par exemple, la médiane de tous les rapports obtenus (en particulier, niveau de transcrits de chaque gène marqueur ISG pour l’échantillon test/ niveau de référence correspondant audit gène marqueur). La conclusion peut alors être apportée en comparant ce score à une valeur seuil, notamment de 1,5, pour conclure qu’il y a présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez le sujet d’intérêt. Si le score obtenu pour l’échantillon test est supérieur à cette valeur seuil, notamment de 1,5, il sera conclu qu’il y a présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif. De manière avantageuse, dans le deuxième mode de réalisation des procédés selon l’invention, lors de l’étape i), le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1, RSAD2, ISG15, et SIGLEC1, est déterminé. Le niveau de transcrits de tous ces gènes marqueurs peut être déterminé. En particulier, le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1 et RSAD2 est déterminé. De manière avantageuse, le niveau de transcrits de tous les gènes marqueurs IFI27, IFI44L, IFIT1 et RSAD2 est déterminé. Ainsi, en tant qu’exemple du deuxième mode de réalisation des procédés selon l’invention, on peut donc citer un procédé de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif comprenant les étapes suivantes : i) déterminer les niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs sélectionnés parmi les ISG, dans un échantillon test provenant de la bouche ou du nez dudit sujet, ii) comparer le niveau de transcrits de chaque gène marqueur déterminé dans l’échantillon test avec un niveau de référence correspondant audit gène marqueur, avec calcul du rapport entre ledit niveau de transcrits sur ledit niveau de référence dudit gène marqueur, iibis) calculer la médiane de tous les rapports obtenus à l’étape ii), et iii) conclure à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, lorsque ladite médiane calculée à l’étape iibis) est supérieure à une valeur seuil, qui est, de préférence, égale à 1,5. Dans un tel procédé, la valeur de 1,5 peut ainsi être considérée comme la valeur seuil utilisée pour émettre la conclusion qu’il y a présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif. De manière avantageuse, dans le deuxième mode de réalisation des procédés selon l’invention, pour chaque gène marqueur pour lequel le niveau de transcrits dans l’échantillon test est déterminé à l’étape i), le niveau de référence utilisé pour le calcul du rapport est le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ou chez une population de tels sujets dudit gène marqueur. Un sujet non infecté par un virus respiratoire est, en particulier, un sujet négatif à un test de détection de la présence d’un virus respiratoire. De manière préférée, le niveau de référence utilisé pour le calcul du rapport est le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ne possédant pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω ou chez une population de tels sujets. Les procédés selon l’invention, quel que soit leur mode de réalisation, peuvent également comprendre une étape réalisée préalablement ou concomitamment à l’étape i), lors de laquelle l’échantillon test est soumis à un test de diagnostic, par détection d’ADN ou d’ARN, notamment par PCR ou RT-PCR, d’un virus respiratoire, et notamment d’un virus SARS-CoV-2. En particulier, ledit test de diagnostic est réalisé préalablement à l’étape i) et donne un résultat positif. Selon des modes de réalisation particuliers, dans les procédés selon l’invention, l’échantillon test est soumis à un test de diagnostic, par détection d’ADN ou d’ARN, notamment par PCR ou RT-PCR, d’un virus respiratoire choisi parmi le virus SARS-CoV-2, ledit test de diagnostic ayant donné un résultat positif. Un tel test de diagnostic peut également être mis en œuvre, préalablement ou concomitamment à l’étape i), et le résultat positif ou négatif peut être obtenu avant ou après la détermination de la présence ou de l’absence chez ledit sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif. Dans le cadre de l’invention, et ce quelle que soit la variante de mise en œuvre, la détermination du niveau de transcrits du ou des gènes marqueurs est réalisée, en particulier au niveau ARNm. La détermination du niveau de transcrits est, notamment, réalisée par hybridation, amplification ou séquençage, et en particulier par RT-qPCR. Selon l’invention, le niveau de transcrits du ou des gènes marqueurs obtenu peut être une valeur normalisée par rapport au niveau de transcrits d’un ou plusieurs gènes de ménage, notamment choisi(s) parmi DECR1, HPRT1 et PPIB. La présente invention concerne également un kit de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant : - au moins un moyen de détermination du niveau de transcrits d’un gène marqueur sélectionné parmi les ISG, notamment choisi parmi les oligonucléotides, - au moins une valeur seuil stockée sur un support lisible par un ordinateur et/ou utilisée sous la forme d’un code exécutable par un ordinateur configuré pour comparer le niveau de transcrits dudit gène marqueur, déterminé grâce au moyen de détermination ou une donnée obtenue à partir dudit niveau de transcrits du gène marqueur, à une valeur seuil. Si plusieurs gènes marqueurs ISG sont utilisés, le kit comprendra, généralement, au moins un moyen de détermination du niveau de transcrits pour chacun d’entre eux. Si plusieurs gènes marqueurs ISG sont utilisés, le kit peut comprendre une valeur seuil et/ou un niveau de référence pour chacun d’entre eux, stocké(s) sur un support lisible par un ordinateur et/ou utilisé(s) sous la forme d’un code exécutable par un ordinateur. Si plusieurs gènes marqueurs sont utilisés, le kit peut également comprendre un code exécutable permettant de générer une donnée de référence globale, à partir de la comparaison de chaque gène marqueur à sa donnée de référence et permettant une comparaison de cette donnée globale à une valeur seuil. Dans ce cas, la comparaison du niveau de chaque gène marqueur à son niveau de référence peut prendre la forme du calcul d’un rapport, comme précédemment expliqué. Selon certains modes de réalisation, ladite valeur seuil correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur chez un sujet ne présentant aucune infection par un virus respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de sujets ne présentant aucune infection par un respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. Selon certains modes de réalisation, un tel kit selon l’invention comprend, en outre, au moins un niveau de référence pour ledit gène marqueur, stocké sur un support lisible par un ordinateur et/ou utilisé sous la forme d’un code exécutable par un ordinateur configuré pour comparer le niveau de transcrits du gène marqueur déterminé grâce au moyen de détermination audit niveau de référence, avec ledit niveau de référence qui est, de préférence, le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ou chez une population de tels sujets. De manière avantageuse, de tels kits selon l’invention comprennent, en outre, au moins un moyen de détection d’un virus respiratoire, et notamment au moins un moyen de détection d’un virus SARS-CoV-2. La présente invention concerne également un kit de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant : - au moins un moyen de détermination du niveau de transcrits d’un gène marqueur sélectionné parmi les ISG, notamment choisi parmi les oligonucléotides, - au moins un moyen de détection d’un virus respiratoire, et notamment au moins un moyen de détection d’un virus SARS-CoV-2. De manière avantageuse, un tel kit comprend, en outre, au moins une donnée valeur seuil stockée sur un support lisible par un ordinateur et/ou utilisée sous la forme d’un code exécutable par un ordinateur configuré pour comparer le niveau de transcrits dudit gène marqueur déterminé grâce au moyen de détermination, ou une donnée obtenue à partir dudit niveau de transcrits du gène marqueur, à ladite valeur seuil. Selon certains modes de réalisation, ladite valeur seuil correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur chez un sujet ne présentant aucune infection par un virus respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de sujets ne présentant aucune infection par un respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. Selon d’autres modes de réalisation, un tel kit selon l’invention comprend, en outre, au moins un niveau de référence pour ledit gène marqueur, stocké sur un support lisible par un ordinateur et/ou utilisé sous la forme d’un code exécutable par un ordinateur configuré pour comparer le niveau de transcrits du gène marqueur déterminé grâce au moyen de détermination audit niveau de référence, avec ledit niveau de référence qui est, de préférence, le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ou chez une population de tels sujets. Quel que soit leur mode de réalisation, les kits de détection selon l’invention peuvent comprendre, en outre, un échantillon contrôle négatif, tel qu’un échantillon permettant de s’assurer de l’absence de contamination, et/ou un échantillon contrôle positif qui correspond au niveau de dudit gène marqueur à une concentration représentative du niveau de transcrits d’un sujet ayant une infection par un virus respiratoire réplicatif ou chez une population de sujets ayant une infection par un virus respiratoire réplicatif, et/ou un échantillon contrôle positif qui correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur à une concentration représentative du niveau de transcrits d’un sujet ayant une infection par un virus respiratoire réplicatif ou chez une population de sujets ayant une infection par un virus respiratoire réplicatif. L’invention sera mieux comprise au vu de la description détaillée ci-après, en référence aux dessins. La met en évidence la corrélation entre le score nasal ISG de type I/III obtenu à partir d’un prélèvement naso-pharyngé (NP) et le score sanguin ISG de type I/III obtenu à partir d'un échantillon de sang entier PAXgene™ (PX, n = 75 échantillons longitudinaux provenant de 23 patients). Les différents scores sont mesurés au moyen de la technologie FilmArray®. Le coefficient de corrélation de Spearman est indiqué. La met en évidence que le score nasal (NP pour naso-pharyngé) ISG, déterminé par la technologie FilmArray® est corrélé aux niveaux d'IFN–α2 (fg/ml) dans le plasma (n = 39 échantillons ayant une valeur détectable provenant de 23 patients), mesurés par une matrice à molécule unique (SIMOA®) utilisant une trousse du commerce. Le coefficient de corrélation de Spearman est indiqué. La présente les mesures cinétiques des scores NP (carré gris) et sanguin (carré noir) ISG après diagnostic de COVID–19. n = 75 échantillons longitudinaux provenant de 23 patients. Les courbes d'ajustement de Loess représentent des régressions polynomiales locales telles que déterminées par la méthode de Loess. Le CI à 95 % est indiqué (zone grise). La représente le diagramme de dispersion du score NP ISG chez des patients ayant une culture virale de SARS–CoV–2 nasal négative (n = 30 échantillons longitudinaux provenant de 12 patients). Les cercles noirs représentent les échantillons de culture virale négative et les cercles vides l'échantillon de culture virale positive, les triangles correspondent aux échantillons positifs en culture cellulaire sans effet cytopathique. La est une courbe ROC (de l’anglais « Receiver Operating Curve »)) distinguant les résultats de cultures virales de SARS–CoV–2 positives et négatives. La zone sous la courbe et l'indice de Youden sont indiqués et représentent l'aptitude du score NP ISG de type I/III à séparer les cultures virales positives et négatives. La représente le score nasal ISG de type I/III mesuré après dilutions en série au 1/10 (100 à 10–2) d'échantillons de NP (ligne en trait plein, FilmArray®) ainsi que la détection de SARS–CoV–2 (détection Ct, ligne en tirets, trousse SARS–CoV–2 R–gene®). La zone grise inférieure indique la valeur seuil du score nasal d’ISG de type I/III dit normal (1,99) et la zone grise supérieure marque la valeur de 6,75 du score nasal d’ISG de type I/III associé à une culture virale d’un virus réplicatif. La compare la charge virale nasale normalisée et le score NP ISG de type I/III chez des patients gravement atteints par la COVID–19, sans auto–anticorps (nAb) anti–IFN (cercles vides) ou avec des auto– anticorps neutralisants dirigés contre l'IFN–α (triangles noirs). La zone grise représente la charge virale obtenue pour 90 % des patients à COVID–19 légère avec un score nasal d’ISG de type I/III > 6,75 (valeur de séparation associée à une culture virale d’un virus réplicatif). Procédé de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant une étape i) de détermination, dans un échantillon test provenant de la bouche ou du nez dudit sujet, du niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur sélectionné parmi les gènes stimulés par les interférons, dits ISG. Procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce qu’à l’étape i), le niveau de transcrits de un ou de plusieurs gènes marqueurs choisis parmi : IFI27, IFI44L, IFIT1, RSAD2, ISG15, et SIGLEC1, est déterminé. Procédé selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que l’échantillon test est un échantillon oro-pharyngé ou naso-pharyngé, ou un échantillon de salive. Procédé selon l’une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que l’étape i) consiste en la détermination du niveau d’ARNm du ou desdits gènes marqueurs. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’échantillon test provient d’un sujet qui présente des symptômes d’une infection. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’échantillon test provient d’un sujet qui ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : i) déterminer le niveau de transcrits d’au moins un gène marqueur choisi parmi les ISG, pour ledit échantillon test du sujet, ii) comparer le niveau de transcrits dudit au moins gène marqueur obtenu, à un niveau de référence. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce qu’il comprend, en outre, une étape iii) qui est de conclure à la présence ou non d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, en utilisant au moins une valeur seuil. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : i) déterminer le niveau de transcrits d’un seul gène marqueur sélectionné parmi les ISG, pour l’échantillon test, ii) comparer le niveau de transcrits dudit gène marqueur obtenu, à un niveau de référence, utilisé en tant que valeur seuil, ledit niveau de référence étant le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire réplicatif, qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de tels sujets et iii) conclure à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet en cas de différence avec ledit niveau de référence dudit gène marqueur. Procédé selon la revendication 9 caractérisé en ce que ledit gène marqueur est l’IFIT1 ou l’IFI44L. Procédé selon l’une des revendications 1 à 8, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : i) déterminer les niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs sélectionnés parmi les ISG pour l’échantillon test, et ii) comparer le niveau de transcrits de chaque gène marqueur déterminé dans l’échantillon test avec un niveau de référence correspondant audit gène marqueur, utilisé en tant que valeur seuil, ledit niveau de référence étant le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire réplicatif, qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de tels sujets, et iii) conclure à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, en cas de différence avec le niveau de référence correspondant, pour au moins un des gènes marqueurs, pour lequel le niveau de transcrits a été déterminé dans l’échantillon test. Procédé selon l’une des revendications 9 à 11, caractérisé en ce que ladite différence correspond à un niveau de transcrits dudit gène marqueur déterminé pour l’échantillon test supérieur à celui dudit niveau de référence. Procédé selon l’une des revendications 1 à 8, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : i) déterminer les niveaux de transcrits de plusieurs gènes marqueurs sélectionnés parmi les ISG, pour l’échantillon test, ii) comparer le niveau de transcrits de chaque gène marqueur déterminé dans l’échantillon test avec un niveau de référence correspondant audit gène marqueur, avec calcul du rapport entre ledit niveau de transcrits sur ledit niveau de référence dudit gène marqueur, ledit niveau de référence étant, de préférence, le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ou chez une population de tels sujets, iibis) calculer la médiane de tous les rapports obtenus à l’étape ii), et iii) conclure à la présence d’une infection par un virus respiratoire réplicatif chez ledit sujet, lorsque ladite médiane calculée à l’étape iibis) est supérieure à une valeur seuil, qui est, de préférence, égale à 1,5. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que la détermination du niveau de transcrits du ou des gènes marqueurs est réalisée par hybridation, amplification ou séquençage, et, en particulier, par RT-qPCR. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que le niveau de transcrits du ou des gènes marqueurs obtenu est une valeur normalisée par rapport au niveau de transcrits d’un ou plusieurs gènes de ménage, notamment choisi(s) parmi DECR1, HPRT1 et PPIB. Procédé selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que préalablement ou concomitamment à l’étape i), l’échantillon test est soumis à un test de diagnostic, par détection d’ADN ou d’ARN, notamment par PCR ou RT-PCR, d’un virus respiratoire, notamment choisi parmi les virus SARS-CoV-2. Procédé selon la revendication 16, caractérisé en ce que l’échantillon test est soumis à un test de diagnostic, par détection d’ADN ou d’ARN, notamment par PCR ou RT-PCR, d’un virus respiratoire choisi parmi les virus SARS-CoV-2, ledit test de diagnostic étant, de préférence, réalisé préalablement à l’étape i) et ayant donné un résultat positif. Kit de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant : - au moins un moyen de détermination du niveau de transcrits d’un gène marqueur sélectionné parmi les ISG, choisi parmi les oligonucléotides, - au moins une valeur seuil stockée sur un support lisible par un ordinateur ,ladite valeur seuil correspondant au niveau de transcrits dudit gène marqueur chez un sujet ne présentant aucune infection par un virus respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de sujets ne présentant aucune infection par un respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. Kit selon la revendication 18, caractérisé en ce qu’il comprend, en outre, au moins un niveau de référence pour ledit gène marqueur, stocké sur un support lisible par un ordinateur, ledit niveau de référence qui étant, de préférence, le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ou chez une population de tels sujets. Kit de détection selon la revendication 18 ou 19, caractérisé en ce qu’il comprend, en outre, au moins un moyen de détection d’un virus respiratoire. Kit de détermination in vitro ou ex vivo de la présence chez un sujet, d’une infection par un virus respiratoire réplicatif, comprenant : - au moins un moyen de détermination du niveau de transcrits d’un gène marqueur sélectionné parmi les ISG, choisi parmi les oligonucléotides, - au moins un moyen de détection et/ou d’amplification de l’ADN ou de l’ARN d’un virus respiratoire. Kit de détection selon la revendication 21, caractérisé en ce qu’il comprend, en outre, au moins une valeur seuil stockée sur un support lisible par un ordinateur. Kit de détection selon la revendication 22, caractérisé en ce que la valeur seuil correspond au niveau de transcrits dudit gène marqueur chez un sujet ne présentant aucune infection par un virus respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possède pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω, ou chez une population de sujets ne présentant aucune infection par un respiratoire réplicatif et qui, de préférence, ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron α et/ou ne possèdent pas d’auto-anticorps neutralisants dirigés contre l’interféron ω. Kit de détection selon la revendication 22, caractérisé en ce qu’il comprend, en outre, au moins un niveau de référence pour ledit gène marqueur, stocké sur un support lisible par un ordinateur ledit niveau de référence étant, de préférence, le niveau de transcrits dudit gène marqueur, chez un sujet non infecté par un virus respiratoire, ou chez une population de tels sujets. Kit de détection selon l’une des revendications 18 à 24, caractérisé en ce qu’il comprend, en outre, un échantillon contrôle négatif permettant de s’assurer de l’absence de contamination, et/ou un échantillon contrôle positif qui correspond au niveau de dudit gène marqueur à une concentration représentative du niveau de transcrits d’un sujet ayant une infection par un virus respiratoire réplicatif ou chez une population de sujets ayant une infection par un virus respiratoire réplicatif.