Brevet FR3110167A1 — publié le 20211119

L’invention consiste en la production de 3 polypeptides immunogènes du SARS-CoV-2 par des techniques de biologie moléculaire, capable de déclencher spécifiquement une réaction immunitaire à médiation cellulaire impliquant les Lymphocytes TCD4 de type Helpers1 et les Lymphocytes TCD8. Ces 3 polypeptides auront une double utilisation : Première Utilisation : Test cutané de Diagnostic de l’immunité cellulaire anti-SARS-CoV-2 via une injection intradermique. Les épitopes issus de ces polypeptides sont capables de déclencher une réaction immunitaire à médiation cellulaire spécifiquement anti-SARS-CoV-2 médiée par les lymphocytes T CD4 helpers de type 1 et mémoires et les lymphocytes TCD8 mémoires. Cela va se traduire par une réaction d’hypersensibilité retardée cutanée qui va confirmer ou pas une immunité cellulaire anti-SARS-CoV-2 acquise chez les patients ayant été infectés ou vaccinés. Deuxième utilisation : Ils seront utilisés pour la fabrication d’un vaccin anti SARSCoV2 . Les séquences génomiques de ces 3 polypeptides seront insérées dans des vecteurs viraux recombinés, lesquels seront injectés, conduisant à la production d’une immunité anti-SARS-CoV-2 pérenne par la constitution de Lymphocytes TCD8 et TCD4 mémoires dirigés contre les épitopes de ces polypeptides. SEQUENCES GENOMIQUES ET POLYPEPTIDES DU SARS-CoV-2, POUR UNE DOUBLE UTILISATION VACCINALE ET DE TEST DE L’IMMUNITE CELLULAIRE CUTANEE AU SARS-CoV-2. Contexte°: Depuis fin 2019, une pneumonie virale de type Syndrome Aigue Respiratoire Sévère s’est développée dans la ville de Wuhan, dans la province chinoise du Hubei. Peu de temps après, les professionnels de la santé publique ont identifié l'agent causal comme étant un nouveau bétacoronavirus (SARS-CoV-2). L'épidémie actuelle, COVID-19, a provoqué plus de 280 000 morts dans le monde entier. Actuellement, il existe des tests de dépistage qui recherche le SARS-CoV-2 par rtPCR mais dont la sensibilité est médiocre (30 à 40% de faux négatifs). Les tests sérologiques de recherche des anticorps existent, outre des sensibilités et spécificités variables et médiocres, ils ne permettent pas de confirmer si l’individu présentant ces anticorps est réellement immunisé . En effet, de nombreuses études sur le SARS-CoV (apparue en 2002), virus très prôche du SARS-CoV-2, ont montré que l’immunité à médiation cellulaire utilisant la voie des Lymphocytes T Helpers de type 1 et les Lymplocytes TCD8 était majoritaire contribuant à la sélection des Lymphocytes T CD8 cytotoxiques présentant des récepteurs TCR spécifiques aux épitopes notamment de la glycoproteine de surface (proteine S) et de la proteine Nucléosomique du SARS-COV-2. Ces derniers permettent d’éliminer ainsi ce virus et conférent une immunité qui peut durer jusqu’à 8 ans. Par ailleurs, aucun vaccin n’est disponible. Notre invention consiste en la production de 3 polypeptides immunogènes du SARS-CoV-2 par des techniques de biologie moléculaire, capable de déclencher spécifiquement une réaction immunitaire à médiation cellulaire impliquant les Lymphocytes TCD4 de type Helpers1 et les Lymphocytes TCD8 cytotoxiques. La synthèse de ces trois polypeptides se fait en utilisant des amorces spécifiques pour amplifier leur génome, lequel est purifié, et mis dans des vecteurs viraux recombinés puis en culture dans des cellules. Ensuite, ils sont à leur tour purifiés pour être soit utilisés directement à l’intérieur des vecteurs viraux recombinés (première utilisation en tant que vaccins), soit remis en culture dans d’autres cellules et traduit en polypeptides, qui seront purifiés (deuxième utilisation en tant que test de l’immunité cellulaire au SARS-CoV-2). Première Utilisation°: Test cutané de Diagnostic de l’immunité cellulaire acquise anti- SARS-Cov-2 via une injection intradermique d’une solution contenant ces 3 polypeptides. Les épitopes issus de ces polypeptides sont capables de déclencher une réaction immunitaire à médiation cellulaire spécifiquement anti SARS-CoV-2 médiée par les lymphocytes T CD4 helpers de type 1 et mémoires et les lymphocytes TCD8 mémoires. La réaction cutanée est visible sur le site d’injection cutanée et son intensité est corrélée avec la présence ou pas (selon qu’elle soit faible ou forte) d’une immunité à médiation cellulaire acquise ou en cours anti-SARS-CoV-2. Cela va se traduire par une réaction d’hypersensibilité retardée cutanée qui va confirmer l’infection chez les patients malades infectés par le SARS-CoV-2, et la confirmation d’une immunité acquise chez les patients infectés par le SARS-CoV-2 et rétablis. La forte spécificité lui permet en plus de distinguer les individus qui ont acquis une immunité anti-SARS-CoV-2 de ceux qui ne l’ont pas acquis malgré qu’ils aient été en contact avec le SARS-CoV-2. Deuxième utilisation°: Ils seront utilisés pour la fabrication d’un vaccin anti SARSCoV2 . Le génome de ces trois polypeptides, sera inséré séparément dans des vecteurs viraux recombinés et l’ensemble sera injecté par voie intradermique, intramusculaire ou intraveineuse ou autres. Les vecteurs viraux recombinés produiront ainsi ces polypeptides, qui vont déclencher une immunité à médiation cellulaire faisant intervenir des Lymphocytes TCD4 helpers de type1 et des Lymphocytes TCD8, conduisant à la production d’une immunité anti-SARS-CoV-2 pérenne par la constitution de Lymphocytes TCD8 et TCD4 mémoires dirigés contre les épitopes de ces polypeptides. La séquence de chaque génome est détaillée dans le listage des séquences. Ainsi, la séquence SEQ ID NO 1 correspond à la séquence génomique qui lorsqu’elle est traduite donne le polypeptide de séquence SEQ ID NO 2 . Tandis que la séquence SEQ ID NO 3 correspond à la séquence génomique qui lorsqu’elle est traduite donne le polypeptide de séquence SEQ ID NO 4 . Et la séquence SEQ ID NO 5 correspond à la séquence génomique qui lorsqu’elle est traduite donne le polypeptide de séquence SEQ ID NO 6 Ces polypeptides correspondent à des parties des protéines du SARS-CoV-2 détaillés ci-dessous. Ainsi, le polypeptide ayant la séquence SEQ ID NO 2 en Acide Aminée est détaillé dans le listage des séquences, et correspond à la partie du Domaine S2 de la protéine S du SARS-CoV-2. Le polypeptide ayant la séquence SEQ ID NO 4 en Acide Aminée est détaillé dans le listage des séquences, correspond à la partie du Domaine S1 de la protéine S du SARS-CoV-2. Le polypeptide ayant la séquence SEQ ID NO 6 en Acide Aminée est détaillé dans le listage des séquences, correspond à une partie de la protéine N du SARS-CoV-2. Polypeptide, isolé issu du SAS-CoV-2 caractérisé en ce qu’il est fortement immunogène et spécifique à la réaction immunitaire à médiation cellulaire faisant intervenir des Lymphocytes TCD4 de type Helpers 1 et des Lymphocytes TCD8 cytotoxiques et en ce qu’il consiste en la séquence SEQ ID NO 2, ou SEQ ID N0 4 ou SEQ ID N0 6. Séquence nucléique isolée issue du SAS-CoV-2 caractérisée en ce qu’elle code pour un polypeptide fortement immunogène et spécifique à la réaction immunitaire à médiation cellulaire faisant intervenir des Lymphocytes TCD4 de type Helpers 1 et des Lymphocytes TCD8 cytotoxiques et en ce qu’elle consiste en la séquence SEQ ID NO 1, ou SEQ ID N0 3 ou SEQ ID N0 5. Combinaison des polypeptides de séquences SEQ ID NO 2, SEQ ID N0 4 et SEQ ID N0 6 pour son utilisation dans un test d’une réaction d’hypersensibilité retardée, chez les sujets qui ont été infectés par le SARS-CoV-2, ladite combinaison étant sous la forme adaptée pour une injection par voie intra-dermique d’une solution contenant ces 3 polypeptides. Combinaison des polypeptides de séquences SEQ ID NO 2, SEQ ID N0 4 et SEQ ID N0 6 pour son utilisation dans un test de réaction cutanée chez un sujet, ladite combinaison étant sous la forme adaptée pour une injection par voie intra-dermique d’une solution contenant ces 3 polypeptides, l’intensité de la réaction cutanée étant corrélée avec la présence ou pas d’une immunité à médiation cellulaire acquise ou en cours anti-SARS-CoV-2. Combinaison de séquences nucléiques de séquences SEQ ID NO 1, SEQ ID N° 3 et SEQ ID N° 5 insérées dans des vecteurs viraux recombinés, pour son utilisation pour déclencher chez un sujet une réaction immunitaire à médiation cellulaire contre le virus SARS-COV-2. Vaccin anti-SARS-CoV-2 qui développe une immunité à médiation cellulaire spécifique anti-SARS-CoV-2 caractérisé en ce qu’il est constitué par trois séquences nucléiques de SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 3 et SEQ ID NO 5 insérées séparément dans des vecteurs viraux recombinés.