Brevet FR3097558A1 — publié le 20201225

Description Titre de l'invention : Méthode de diagnostic d'un vieillissement prématuré de la peau [0001] La présente invention concerne des méthodes de diagnostic d'un vieillissement prématuré de la peau. [0002] Certains milieux urbains sont régulièrement soumis à des pics de pollution. L'individu dans son environnement quotidien et particulièrement en zone urbaine, peut être soumis à de multiples agressions au niveau des matières kératiniques, et notamment la peau, par différents polluants aériens. [0003] Parmi les polluants connus, on citera en premier lieu les gaz d'échappement devenus un enjeu majeur dans les grandes villes, les métaux lourds mais aussi les particules fines qui contiennent des molécules telles que les hydrocarbures aromatiques polycycliques tels que benzo-a-pyrène ou benzoanthracène. [0004] Ces polluants vont notamment entraîner au niveau dc la peau, le dépôt de particules à la surface de l'épiderme, et entre autres conséquences, induire un vieillissement prématuré de la peau marqué par la présence de rides et/ou ridules, de macules étendues, de lentigo simplex, de rougeurs, et/ou d'un aspect terne et/ou hétérogène du teint. [0005] Les présents inventeurs ont montré qu'une exposition prolongée à la pollution atmo- sphérique était associée à une modification du microbiome fongique dc la peau et un vieillissement prématuré de la peau. [0006] Le fait d'identifier l'exposition à la pollution comme facteur responsable du vieillissement prématuré de la peau grâce à une modification du microbiorne fongique de la peau pourrait permettre de prévenir et/ou traiter ce vieillissement dc manière plus efficace en ciblant spécifiquement la modification du microbiome fongique. [0007] Il existe donc un besoin important de méthodes de diagnostic d'un vieillissement prématuré de la peau, en particulier lié à la pollution. [0008] La présente invention répond à cc besoin. [0009] La présente invention résulte dc la découverte inattendue par les inventeurs que des échantillons de peau d'individus présentant un vieillissement prématuré de la peau et exposés à une pollution chronique (basée sur la détection de hauts niveaux de polluants dans des échantillons de leurs cheveux) présentaient un niveau de certains champignons significativement différents par rapport à des individus ne présentant pas un tel vieillissement prématuré et non-exposés à une telle pollution. [0010] La présente invention concerne ainsi une méthode de diagnostic d'un vieillissement prématuré de la peau, en particulier lié à la pollution, chez un sujet, comprenant une 2 étape (a) de détermination, dans un échantillon de peau du sujet, en particulier de la surface de la peau du sujet, du niveau d'au moins un marqueur choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 Internat Transcribed Spacer 1 ») de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO : 1, SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO : 6, et éventuellement des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO :7, SEQ ID NO :8, SEQ ID NO : 9 ou SEQ ID NO : 10. [0011] Dans un mode de réalisation particulier, ledit au moins un marqueur est choisi dans le groupe constitué des champignons du genre Candida, des champignons de la famille des Sclerminiaceae, des champignons du genre Einericella, des champignons de l'ordre des Hypocreales, des champignons du genre Mucor, des champignons du genre Sporobolomyces, et éventuellement des champignons du genre Malassezia et des champignons du genre Cryiococcus. [0012] Dans un mode de réalisation préféré, ledit au moins un marqueur est choisi dans le groupe constitué des champignons du genre Candida, des champignons de la famille des Sclerminiaceae, des champignons du genre Einericella, des champignons de l'ordre des Hypocreales, des champignons du genre Mucor et des champignons du genre Spa rabolornyces, Description détaillée de l'invention [0013] Marqueur [0014] Le marqueur utilisé dans le cadre de l'invention est choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 (« Internat Transcribed Spacer 1 ») de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO :2. SEQ ID NO :3, SEQ ID NO :4, SEQ ID NO :5 ou SEQ ID NO : 6, et éventuellement des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO :7, SEQ ID NO : 8, SEQ ID NO :9 ou SEQ ID NO : 10. [0015] Dans un mode de réalisation particulier, le marqueur utilisé dans le cadre de l'invention est choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO : SEQ ID NO : SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO : SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO : 6, [0016] Par « région ITS1 » ou « Internai Transcribed Spacer I », on entend ici une séquence ADN espaceur transciite interne (ITS) de la région génique d'ARN ribosomal située entre les gènes de la sous-unité d'ARN ribosomal (ARNr) et de la grande sous-unité d'ARN ribosomal dans le chromosome ou la région transcrite cor- 3 respondantc dans le transcrit précurseur d'ARNr polycistroniquc. Plus précisément, la région ITS1 est localisée chez les eucaryotes entre les gènes d'ARNr 18S et 5.8S. [0017] Ainsi, le marqueur utilisé dans le cadre de l'invention peut être choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO: SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO : 6, et éventuellement des champignons comprenant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO : 7, SEQ ID NO : 8, SEQ ID NO : 9 ou SEQ ID NO : 10. [0018] Dans un mode de réalisation particulier, le marqueur utilisé dans le cadre de l'invention est choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO : 6. [0019] Dans le contexte de la présente invention, le « pourcentage d'identité » est calculé en utilisant un alignement global (Le. les deux séquences sont comparées sur leur séquence entière). Des méthodes pour comparer l'identité de deux séquences ou plus sont bien connues de l'homme du métier. La commande « assign taxonomy.py » dans QIIME (version 1.9) contre une base de données curée comme décrit dans Findley et al. (2013) Nature 498 :367-370 peut par exemple être utilisée. [0020] Dans un mode de réalisation particulier, le marqueur utilisé dans le cadre de l'invention est choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1, en particulier une région ITS1, de séquence au moins 91% identique, en particulier au moins 92%, au moins 93%, au moins 94%, au moins 95%, au moins 96%, au moins 98%, au moins 99%, au moins 99,5%, au moins 99,9% ou au moins 100% identique, à la séquence SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO : 6, et éventuellement des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1, en particulier une région ITS1, de séquence au moins 91% identique, en particulier au moins 92%, au moins 93%, au moins 94%, au moins 95%, au moins 96%, au moins 98%, au moins 99%, au moins 99,5%, au moins 99,9% ou au moins 100% identique, à la séquence SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO : 9 ou SEQ ID NO: 10. [0021] Dans un mode de réalisation particulier, le marqueur utilisé dans le cadre de l'invention est choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1, en particulier une région ITS1, de séquence au moins 91% identique, en particulier au moins 92%, au moins 93%, au moins 94%, au moins 95%, au moins 96%, au moins 98%, au moins 99%, au moins 99,5%, au moins 99,9% ou au moins 100% identique, à la séquence SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO : 6. [0022] La séquence SEQ ID NO : 1 est une séquence représentative de FITS1 des champignons du genre Candida. [0023] La séquence SEQ ID NO : 2 est une séquence représentative de FITS1 des champignons de la famille des Sclerotiniaceae. [0024] La séquence SEQ ID NO : 3 est une séquence représentative de FITS1 des champignons du genre Emericella. [0025] La séquence SEQ ID NO : 4 est une séquence représentative de FITS1 des champignons de l'ordre de Hypocreales. [0026] La séquence SEQ ID NO : 5 est une séquence représentative de FITS1 des champignons du genre Mucor. [0027] La séquence SEQ ID NO : 6 est une séquence représentative de FITS1 des champignons du genre Sprobolomyces. [0028] La séquence SEQ ID NO : 7 est une séquence représentative de FITS1 des champignons du genre Malassezia (OTU F11231). [0029] La séquence SEQ ID NO : 8 est une séquence représentative alternative de l'ITS1 des champignons du genre Ma/assez/a (OTU F4665). [0030] La séquence SEQ ID NO : 9 est une séquence représentative alternative de l'ITS1 des champignons du genre Ma/assez/a (OTU F495). [0031] La séquence SEQ ID NO : 10 est une séquence représentative de FITS1 des champignons du genre Crymococcus. [0032] Ainsi, dans un mode de réalisation particulier, ledit au moins un marqueur est choisi dans le groupe constitué des champignons du genre Candida, des champignons de la famille des Sclerotiniaceae, des champignons du genre Emericella, des champignons de l'ordre des Hvpocreales, des champignons du genre Mucor, des champignons du genre Sporobolornyces, et éventuellement des champignons du genre Ma/assezia et des champignons du genre Cryptococcus. [0033] Dans un mode de réalisation préférée, ledit au moins un marqueur est choisi dans le groupe constitué des champignons du genre Candida, des champignons de la famille des Sclerotiniaceae, des champignons du genre Emericella, des champignons de l'ordre des Hypocreales, des champignons du genre Mucor et des champignons du genre Sporobolornyces. [0034] Par « champignons du genre Candida », on entend ici des levures rondes ou ovalaires, bourgeonnantes, souvent accompagnées de filaments mycéliens ou pseudomycéliens, dont l'espèce représentative est Candida albicans, formant un commensal pour l'homme sain dans la bouche, sur la peau, dans le système digestif et dans la flore vaginale, en fonction des espèces. [0035] Par « champignons de la famille des Sclerotiniaceae », on entend ici des champignons appartenant à l'ordre des hélotiales qui se propagent par sclérotes ou stroma. [0036] Par « champignons du genre Emericella on entend ici des téléomorphes de champignons du genre Aspergillus. [0037] Par « champignons de l'ordre des Hypocrecdes », on entend ici des champignons de la sous-classe des Hypocreomycetidae dont les fructifications, lorsque le téléomorphe est connu, sont des péritheces. [0038] Par « champignons du genre Mucor », on entend ici des champignons de l'ordre des Mucoralcs, formant typiquement des colonies blanches à beiges ou grises, et grandissant rapidement, et dont les spores peuvent être simples ou branchées et forment un sporange apical globulaire. [0039] Par « champignons du genre Sporobolotnyces », on entend ici des levures ana- morphiques de l'ordre des Sporidibolalcs dont les formes téléomorphes sont incluses dans le genre Sporidibolus. [0040] Par « champignons du genre Mcdctsse7ia », on entend ici des levures de la famille des Mcdasse7iaceae se trouvant naturellement à la surface de la peau de nombreux animaux, dont les humains. [0041] Par « champignons du genre Coptococcus », on entend ici des levures de la famille des Tremellaccac dont les formes sexuées ou téléomorphes sont du genre nichasidiella. [0042] Méthode de diagnostic [0043] La méthode de diagnostic selon l'invention est une méthode de diagnostic d'un vieillissement prématuré de la peau, en particulier lié à la pollution. [0044] Par « vieillissement prématuré de la peau », on entend notamment les premiers signes du vieillissement cutané qui touche généralement les personnes de 25-45 ans, et se traduit notamment par l'apparition de ridules et d'un aspect terne et/ou hétérogène du teint [0045] Le vieillissement prématuré de la peau peut en particulier se manifester par la présence de rides et/ou ridules, de macules étendues, de lentigo simplex, de rougeurs et/ou d'un aspect terne et/ou hétérogène du teint. [0046] Ainsi, dans un mode de réalisation particulier, le vieillissement prématuré de la peau inclut la présence de rides et/ou ridules, de macules étendues, de lentigo simplex, de rougeurs et/ou d'un aspect terne et/ou hétérogène du teint. [0047] La peau est plus particulièrement la peau du visage, en particulier la peau des joues et/ou du front, la peau du décolleté, la peau du cou, la peau des bras et des avant-bras. De manière davantage préférée, la peau est la peau du visage, en particulier la peau des joues et/ou du front. [0048] Dans un mode de réalisation particulier, le vieillissement prématuré de la peau est lié à la pollution, en particulier dû à la pollution. [0049] Par « pollution », on entend ici l'exposition chronique à des particules de matière, en 6 particulier à des hydrocarbures aromatiques polycycliques (PAH). [0050] Dans un mode de réalisation particulier, la pollution est une exposition à des particules de matière, en particulier à des PAH cntrainant un niveau de PAHs et de métabolites de PAH dans les cheveux du sujet comme suit : [0051] un niveau de 2-OH-phénanthrène au moins 1.8 fois supérieur à un niveau contrôle, un niveau de 3-011-fluorène au moins 1.6 fois supérieur à un niveau contrôle, un niveau de 3-OH-phénanthrène au moins 1.7 fois supérieur à un niveau contrôle, un niveau de B-b-fluoranthène au moins 1.8 fois supérieur à un niveau contrôle, un niveau de benzo-g-h-i-pérylène au moins 1.7 fois supérieur à un niveau contrôle, un niveau de fluoranthène au moins 2 fois supérieur à un niveau contrôle, et/ ou un niveau de pyrène au moins 1.6 fois supérieur à un niveau contrôle, [0052] le niveau contrôle étant typiquement le niveau dudit composé dans les cheveux d'un sujet vivant dans une ville peu polluée, en particulier une ville présentant un index de qualité d'air inférieur à 100 pendant moins de 100 jours, en particulier moins de 85 jours, sur une année. [0053] La méthode de diagnostic selon l'invention comprend une étape (a) de détermination, dans un échantillon de peau du sujet, en particulier de la surface de la peau du sujet, du niveau d'au moins un marqueur choisi dans le groupe constitué des champignons tels que définis dans la section « Marqueur » ci-dessus. [0054] Dans un mode de réalisation particulier, le niveau dudit au moins un marqueur dans l'échantillon est l'abondance relative dudit au moins un marqueur dans l'échantillon. [0055] Par « abondance relative », on entend ici la quantité relative en pourcentage d'un taxon donné par rapport au nombre total de taxons dans l'échantillon. [0056] Le niveau dudit au moins un marqueur peut être déterminé par toute technique ap- propriée. [0057] Dans un mode de réalisation particulier, le niveau dudit au moins un marqueur, en particulier l'abondance relative dudit au moins un marqueur, est déterminé par mesure du niveau de la région d'ADN ITS1 correspondante. [0058] De manière préférée, le niveau dudit au moins un marqueur est déterminé par ampli- fication par PCR combinée à un séquençage, en particulier haut-débit, de la région d'ADN ITSI. [0059] Typiquement, l'ADN génomique fongique présent dans l'échantillon de peau est extrait puis soumis à une PCR en utilisant des amorces ciblant la région d'ADN ITS1 7 fongique, en particulier comme décrit dans L,eung et aL (2016) Microbiotne 4 :46. Les amplicons d'ADN ITS1 obtenus ont été soumis à un séquençage permettant l'identification des champignons correspondants et la mesure de l'abondance relative de chaque ADN ITS1 fongique identifié. [0060] Dans un mode de réalisation particulier, la méthode de diagnostic selon l'invention comprend en outre les étapes consistant à: [0061] a. comparer le niveau dudit au moins un marqueur mesuré à l'étape (a) avec un contrôle, et h. sur la base de la comparaison de l'étape (h), déterminer si la peau du sujet présente un vieillissement prématuré, en particulier lié à la pollution. [0062] Dans un mode de réalisation particulier, le contrôle est une valeur de référence. [0063] Dans un mode de réalisation particulier, la valeur de référence est déterminée par la valeur moyenne du niveau dudit marqueur dans une population déterminée, par exemple une population dans une tranche d'âge déterminée, et/ou ayant un type de peau défini. [0064] Dans un mode de réalisation particulier, la valeur de référence est la valeur moyenne du niveau dudit marqueur chez une population de sujets, en particulier de sujets tels que définis ci-dessous, vivant dans une ville peu polluée, en particulier une ville présentant un index de qualité d'air inférieur à 100 pendant moins de 100 jours, en particulier moins de 85 jours, sur une année. [0065] Dans un mode de réalisation particulier, la peau du sujet est diagnostiquée comme présentant un vieillissement prématuré, en particulier lié à la pollution, quand : [0066] le niveau de champignons du genre Candida, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, le niveau de champignons de la famille des Sclerotiniaceae, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, le niveau de champignons du genre Etnericella, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, le niveau de champignons de l'ordre des Hypocreales, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, le niveau de champignons du genre Mucor, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, le niveau de champignons du genre Sporobolomyces, en particulier leur 8 abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, le niveau de champignons du genre Malassezia, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est inférieur, en particulier significativement inférieur, à un niveau contrôle, et/ou le niveau de champignons du genre Crypincoccus, en particulier leur abondance relative, déterminé dans l'échantillon de peau du sujet est supérieur, en particulier significativement supérieur, à un niveau contrôle, [0067] le niveau contrôle étant typiquement le niveau dudit marqueur, en particulier l'abondance relative dudit marqueur, dans un échantillon de peau d'un sujet vivant dans une ville peu polluée, en particulier une ville présentant un index de qualité d'air inférieur à 100 pendant moins de 100 jours, en particulier moins de 85 jours, sur une année, et [0068] le niveau des marqueurs étant typiquement déterminé par mesure du niveau de la région d'ADN ITS1 correspondante, en particulier par amplification par PCR combinée à un séquençage de la région d'ADN ITS1, typiquement comme décrit ci-dessus. [0069] Par « significativement inférieur » au sens de l'invention, on entend une diminution statistiquement significative du niveau du marqueur par rapport au niveau contrôle. [0070] Par « significativement supérieur » au sens de l'invention, on entend une aug- mentation statistiquement significative du niveau du marqueur par rapport au niveau contrôle. [0071] Selon un mode de réalisation préféré, l'échantillon de peau du sujet utilisée dans la méthode de diagnostic selon l'invention, est un échantillon prélevé, de préférence de manière non-invasive, sur la peau du sujet, préférentiellement sur le visage du sujet, en particulier sur la joue et/ou le front du sujet. Préférentiellement l'échantillon de peau est issu du stratum corneum, en particulier de la surface du stratum comeum. [0072] Le stratum comeum est la couche la plus éloignée de l'épiderme, et comprend la surface de la peau. Elle est composée principalement de cellules mortes. [0073] Selon un mode de réalisation, la méthode de diagnostic selon l'invention comprend une étape de prélèvement de l'échantillon de la peau du sujet, en particulier de la surface de la peau du sujet. Cette étape est préférentiellement effectuée de manière non invasive, et en particulier ne nécessite pas d'anesthésie locale. Selon un mode de réalisation préféré, l'étape de prélèvement de l'échantillon est effectuée en frottant la surface de la peau, en particulier avec un écouvillon en coton humide. [0074] Dans un mode de réalisation particulier, l'échantillon de peau est ainsi prélevé en en frottant la surface de la peau. [0075] Par « sujet, on entend ici un être humain, de préférence âgé de 25 à 45 ans. De 9 préférence, le sujet est une femme. De préférence, le sujet est de type asiatique. [0076] Dans un mode de réalisation particulier, le sujet a entre 25 et 45 ans. [0077] La présente invention concerne également une méthode de traitement cosmétique d'une peau présentant un vieillissement prématuré, en particulier lié à la pollution, chez un sujet, ladite méthode comprenant les étapes suivantes : [0078] A) diagnostiquer le sujet comme présentant un vieillissement prématuré de la peau, en particulier lié à la pollution, en mettant en oeuvre la méthode de diagnostic selon l'invention. [0079] B) si le sujet est diagnostiqué comme présentant un vieillissement prématuré de la peau, en particulier lié à la pollution, traiter la peau dudit sujet avec une composition cosmétique permettant la réduction et/ou le ralentissement du vieillissement prématuré de la peau. [0080] Dans un mode de réalisation particulier, la composition cosmétique utilisée dans la méthode de traitement de l'invention comprend des probiotiques et/ou des pré-biotiques, en particulier permettant de promouvoir la présence de la flore commensale. [0081] La présente invention sera décrite plus en détail par la figure et les exemples ci- dessous. Description des séquences [0082] [Tableaux1 ] OTU Taxonomie SEQ ID Séquence F14 Candida 1 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGGAAGGATCATTACAGAATGAAAA GTGCTTAACTGCATTTTTTCTTACACATGTGT TTTTCTTTTTTTGAAAACTTTGCTTTGGTAGG CCTTCTATATGGGGCCTGCCAGAGATTAAAC TCAACCAAATTTTATTTAATGTCAACCGATT ATTTAATAGTCAAAACTTTCAACAACGGATC TCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC G F67 Sclerotiniaceae 2 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGGAAGGATCATTACAGAGTTCATGC CCGAAAGGGTAGACCTCCCACCCTTGTGTAT TATTACTTTGTTGCTTTGGCGAGCTGCCTTCG GGCCTTGTATGCTCGCCAGAGAATACCAAAA CTCTTTTTATTAATGTCGTCTGAGTACTATAT AATAGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTT GGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAA A F26 Emericella 3 GTA A A AGTCGT A ACA AGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGG A AGG ATCATTGTCGTGACCCTGA CCA A A ACAGACCGCGCACGCGTCATCCA AT CCGTCGGCGACGGCACCGTCCGTCGCTCGGC CAATGCCTCGACCACCTCCCCTCCTCGGAGC GGGTGGGGGCTCGGGGTAAAAGAACCCACG GCGCCGAAGGCGTCAAGGAACACTGTGCCT AACCCGGGGGCATGTCTAGCTTGCTAGCCGT CCCTC F37 Hypocreales 4 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTTGGTGA ACCAGCGGAGGGATCATTATAGAGTGTAAA CTCCCTAACCTTTGTGAACATACCTGTTGCTT CGGCGGTCCTCACCGGCCGCCGAAGGCCTAT ATTCTTGAATTTACATGAATTTCTGAGTATC AAACAAAAATAAATAAAAACTTTCAGCAAC 11 GGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAAC GCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTG CAGA F89 Mucor 5 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGGAAGGATCATTAAATAATCAATA ATTTTGGCTTGTCCATCATTATCTATTTACTG TGAAACGTATTATTACTTGACGCCTGAGGGA TGTTCCACTGCTATAAGGATAGGCAGCGGAA ATGTTAACCGAGTCATAATCAAGCTTAGGCT TGGTATCCTATTATTATTTACCAAAAGAATT CAGAATTAATATTGTAACATAGACGTAAAA AAT F70 Sporobolomyce s 6 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGGAAGGATCATTAGTGAATAAATA GGGTGTCCAATTTAACTTGGAACCCGACCTT CTCACATCTAACCCTGTGCATCTGTATATAA TGGCGAGCAATTTTCGAATTGTGAGCCATTT CACTTTATAAACACTAGTCTATGAATGTAAA ATTTTTATAACAATAAAAACTTTCAACAACG GATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACG CAG F1123 1 Midassezia 7 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCTGTAGGTGA ATCTGCAGGAGGATCATCAGTGATGATTTGG GCAGGCCATACGGACGCCAAAAAGTGTCCC TGGCCGCCTACACCCACTATACATCCACAAA CCCGTGTGCACTGCCTTGGAGAAAGGCTTCA GAGAAGTTTTTGTGGCCTCTCTTGGGGTCTTT CTTCGCTACAGACTCGAATGGTTAGTATGAA CGTGGAACTTGGTTGGACCGTCACTGGCCAA AA F4665 Meassezia 8 GTAAAGTCGTAACAAGGTTTCTGTAGGTGAA CCTGCAGAAGGATCATTAGTGAAGATTTGGG CTGGCCATACGGACGCCAAAAAGTGTCCCTG GCCGCCTCCGCCCACTATACCTCCACAAACC CGTGTTCACTGTCTTGGAGAAAGGCTTCAGA GAAGTTTTTTGTGGCCTCTCTTGGGGTCTTTC TTCGCTACAAAATCGAATGGTTAGTATGAAC 12 GTGGA ACTTGGTTGGACCGTCACTGGCCA AC A F495 M al as sczi a 9 GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCTGTAGGTGA ACCTGCAGAAGGATCATTAGTGAAGATTTGG GCAGGCCATACGGACGCCACAAAGTGTCCC TGGCCGCCTACÀCCCACTATÀCATCCACÀAÀ CCCGTGTGCACTGTCTTGGAGAAAGGCTTCT TGAGAAGTTTTGTGGCCTCTCTTGGGGTCTTT CTTCTTCGCTACAAACTCGAATGGTTAGTAT GAACGTGGAACTTGGTTGGACCGTCACTGGC CA F28 Cryptococcus 10 GTA A A A GTCGT A ACA AGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGGAAGGATCATTAATGAATTTAGAT TGAACCATAGGCGAAAGCCAGTGGTTCTTCT TTCATATCCATAACACCTGTGCACTGTTGGA TGCTTGCATCCACTTTTAAACTAAACATTATT GTAACAAATGTAGTCTTATTATAACATAATA AAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCG CATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATA AG Brève description des figures [0083] [fig.1] La Figure 1 montre un clustering des champignons et du vieillissement prématuré. Les cercles gris correspondent aux individus présentant des rides et des spots hyperpigmentés. L'ellipse de gauche correspond au cluster « Vieillissement prématuré » :11 (total) = 90 (53 Baoding / 37 Dalian) 59% vs 41%. EXEMPLE [0084] L'exemple ci-dessous montre la mise en évidence d'une signature comprenant 8 champignons qui sont significativement modulés dans des échantillons de peau d'individus exposés à une pollution chronique (sur la base de la détection de hauts niveaux de polluants dans des échantillons de leurs cheveux). [0085] Matériels et méthodes [0086] Etapcs principales : [0087] échantillonnage de peau profilage d'ADNr ITS1 fongique détermination de l'abondance relative des marqueurs microbiome étude statistique 13 diagnostic du vieillissement prématuré de la peau [0088] Description des sujets [0089] Tous les sujets de chaque ville ont visité les équipements à Baoding et Dalian (Chine). Des échantillons de peau ont été collectés chez 204 femmes chinoises en bonne santé, âgées entre 25 et 45 ans, parmi lesquelles 102 résidaient dans la ville relativement rurale et industrielle de Baoding, une ville du nord de la Chine dans la province d'Hebei enregistrant de hauts niveaux de pollution atmosphérique (environ 90 jig de PM,.511113 d'air), et 102 résidaient à Dalian, un ville du nord de la Chine, urbanisée et moderne dans la province de Liaoning avec un degré plus faible de pollution atmosphérique enregistrée (environ 30 pg de PM23 / m3 d'air). Ces villes sont localisées à la même latitude, et ont partagé un climat similaire et une exposition aux UV équivalente (index UV) pendant les 15 dernières années. [0090] Les participants vivant dans les deux villes ont été évalués pour leur exposition aux PAHs (hydrocarbures aromatiques polycycliques) dans des échantillons de cheveux de 12 cm (reflétant l'étendue de l'exposition pendant une période d'un an) (Palazzi et al. (2018) Env. In!. 121 :1341-1354). Spécifiquement, à Baoding, la concentration médiane était 1.5 à 2.8 fois plus haute pour les PAHs parents et 1.1 à 2.3 fois plus haute pour les métabolites de PAHs que celle de Dalian. Parmi les PAHs parents quantifiés, des niveaux plus élevés ont été observés pour le phénanthrène, le fluoranthène, le pyrène, le fluorène, l'acénaphthylène et l'anthracène, alors que pour les métabolites des PAHs, les niveaux de 9-0H fluorène, de 2-OH-naphtalène et de 1-OH-anthracène étaient plus élevés (Palazzi et al. (2018) Env. Mt 121 :1341-1354). [0091] Au niveau clinique, une sévérité accrue a été observée pour presque tous les signes faciaux, dont les rides et les désordres pigmentaires chez les individus vivant à Baoding. De plus, une analyse discriminante des sujets a été conduite en utilisant des données d'évaluation dermatologique (Bourokba et al., poster présenté à la 76'i'e conférence annuelle de la Société pour la Dermatologie Investigative, Portland, OR, 26-29 avril 2017). Cette analyse a mené à la définition d'un cluster « vieillissement prématuré », correspondant à n=90 femmes sur les 204 (53 de Baoding et 37 de Dalian). Ces femmes présentent un âge moyen de 36 ans et ont des niveaux accrus de rides et désordres pigmentaires (macules étendues, lentigo simplex, rougeurs). [0092] Sujets et collecte des échantillons [0093] Aucun des participants n'a reçu d'antibiotiques ou d'antifongiques systémiques un mois avant l'échantillonnage, n'avait de désordre cutané sévère, et n'avait utilisé de traitements cutanés ou systémiques de dépigmentation/blanchiment trois mois avant l'échantillonnage, ni de produit exfoliant un mois avant l'échantillonnage On leur a demandé de laver leur visage en utilisant le savon neutre fourni sans composés antibactériens pendant 3 jours (une fois par jour) avant l'échantillonnage. Le dernier 14 shampoing et le dernier savon ont été appliqués respectivement 48 et 24h avant l'échantillonnage. Aucun autre produit n'a été autorisé sur le cuir chevelu, les cheveux et le visage jusqu'à ce que l'échantillonnage ait été fait. [0094] L'échantillonnage de microbiote a été réalisé dans une salle à atmosphère contrôlée à 22°C et 60% d'humidité. Les échantillons pour l'analyse du rnicrobiome ont été collectés en utilisant des coton-tige secs stériles qui ont été chauffés à 150°C et pré-humidifiés avec une solution ST (0.15 M NaCI avec 0.1% tween 20). Pour les échantillons de joues, les écouvillons ont été trempés dans un tampon de collection et frottés fermement sur la joue pendant 60 secondes pour couvrir une surface de 1 cm x 2 cm. Après l'échantillonnage, chaque coton-tige a été placé dans un microtube et immédiatement congelé dans de l'azote liquide, et conservé à -80°C avant extraction de l'ADN génomique (ADNg). [0095] Profilage de l'ADNr ITSI fongique [0096] - Préparation d'un échantillon amplicon pour séquençage de l'ITS [0097] L'ADNg a été extrait en utilisant le kit d'isolement PowerSoil DNA® (MO BIO La- boratorics, Carlsbad, CA, USA) en suivant les instructions du fabricant avec les modifications décrites dans Lcung el aL (2014) Appl. Environ. Microbiol. 80 :6760-6770. De plus, suite à l'élution C6, l'éluât a été passé à travers le même filtre de colonne une fois supplémentaire afin d'augmenter le rendement. Des contrôles négatifs d'eau sans ADN ont été extraits en parallèle. Chaque échantillon d'ADNg a été soumis à une PCR en triplicat avec des amorces ciblant la région ITS1 comme décrit dans Leung et al. (2016) Microbiorne 4 :46. Pour l'analyse de la région ITS1, la PCR d'amplicon et la PCR d'indexation ont été réalisée sur une système de PCR 7500 Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA), et les amplicons ont été purifiés avec des billes de purification ADN/ARN (SeqMatic, Fremont, CA, USA). La préparation de la bibliothèque et le séquençage des acides nucléiques fongiques de 250 bp à extrémité appariée sur la plateforme Illumina Miseq® ont été réalisés par SeqMatic LLC (Fremont, CA, USA). [0098] - Processing de la séquence ITS et analyse bioinformatique [0099] Les lectures fongiques appariées respectivement en format fastq ont été fusionnées en utilisant la commande « -fastq_mergeairs » dans USEARCH. Les lectures fusionnées ont été filtrées pour le contrôle qualité en utilisant la commande « -fastq_filter » dans USEARCH, avec un taux d'erreur attendu maximal de 0.01. Les lectures fusionnées ont été coupées à 450 bp et les lectures plus courtes ont été éliminées. Les lectures filtrées ont été soumises à un regroupement OTU à 97% d'identité de séquence en utilisant l'algorithme UPARSE (Edgar (2013) Nature Methods 10 :996-998). Les OTUs fongiques ont été interrogés contre une base de données fongique organisée conçue pour la surveillance du microbiome de peau (Findlcy et al. (2013) Nature 498 :367-370). La détection de chimères a été réalisée en utilisant UCHIME2 (Edgar (2016) bioRxiv 074252) sous un mode confiance élevée. Les OTUs dans des lignées taxonomiques présentes dans plus de 5% des contrôles négatifs ont été considérés comme des contaminants potentiels (Leung et al. (2018) Microbiotne 6 :26), et ont été éliminés du set de données. De plus, les OTUs chimériques, de chloroplastes et de mitochondries ont aussi été éliminés. Suite au contrôle qualité et à l'élimination des lectures indésirables, un total dc 14649172 lectures fongiques a été retenu. [0100] Analyse statistique [0101] Deux approches statistiques ont été utilisées : un test d'hypothèse sur l'abondance OTU et une analyse multivariée en utilisant une analyse multibloc hiérarchique (MAXVÀR-A). [0102] Le résultat de ces tests est qualitatif : une peau normale ou une peau présentant un vieillissement prématuré. [0103] - Méthode 1 : comparaison de l'abondance OTU par marqueur ou en combinaison [0104] En ce qui concerne le processing des données d'abondance relative, un pré-filtrage a été réalisé sur l'abondance relative OTU. Les OTUs avec une abondance relative inférieure à 0.1% parmi tous les individus ont été éliminés. De plus, une standardisation CSS (« Cumulative sain scaling ») qui corrige les biais dans l'évaluation de l'abondance différentielle introduits par la standardisation TSS (« Total sain scaling ») a été appliquée. La normalisation CSS des données a été mise en oeuvre en utilisant le R package metagenomeSeq (http://www.cbcb.umd.edu/software/metagenomeSeq). [0105] La différence moyenne entre les deux groupes en termes d'abondance OTU a été évaluée par une procédure de test statistique utilisant le v-test. Les valeurs de v-test correspondent à la comparaison entre l'abondance OTU moyenne dans le groupe d'intérêt (Le. vieillissement prématuré) (colonne Mean.in.category) et l'abondance OTU moyenne de la population totale (colonne Overall.mean). Une valeur positive signifie que l'abondance OTU est plus élevée dans le groupe d'intérêt et une valeur négative signifie une plus faible abondance. Une p-value associée à chaque valeur de v-test est également calculée (colonne p.value). [0106] L'abondance OTU moyenne dans les sujets autres que le groupe « vieillissement prématuré » a été calculée (colonne mean.in.cluster1.3.4). L'abondance OTU, après normalisation CSS, par groupe et les valeurs seuils sont présentés dans le tableau ci-dessous. [0107] 16 [Tablcaux2] OTUs Genre N v.test Ri = Overaltmea n R2 = Meanin. category meanin. cluster1.3.4 F1123 Malassczia 90 -3.21704785 5,344342385 5,843403089 6,240885065 1 7 F14 Candida 90 1313612741 8,221231167 7,507521539 6,939080243 F26 Emcricella 90 2.079601491 4,908542505 4,358347787 3,920139604 F28 Cryptococcus 90 2,432235172 6,430968209 5,768489628 5,240851820 F37 unclassified 90 2.011446181 4,145301468 3,5423485393.062120543 Ilypocreales genus F4665 Malassezia 90 -2,04654882 6,894411374 7,089832626 7,245477872 2 F495 Malassezia 90 2.492228817 6,592514446 5,947327592 5,433461956 F67 unclassified 90 2,252923104 4,297122808 3,658265936 3,149441879 Sclerotiniacea e genus F70 Sporobolomyc es 90 1.967496681 2,894134872 2,405374295 2,016095960 F89 Mucor 90 1.992780973 1,767717962 1,378751049 1,068954393 OTUs Genre N sdin. Overall.sd p.value Valeur seuil category de l'OTU pour le vieillisseme nt prématuré F1123 Malassezia 90 1.843859765 1,967675918 0,001295170 R2 F26 Emericella 90 3.251421014 3,355784120 0,037562100 >R2 F28 Cryptococcus 90 1052527138 3,454808623 0,015005961 > R2 F37 unclassified Hypocrcales genus 90 3,947335323 3,802180320 0,044278350 > R2 F4665 Malassezia 90 1,204036406 1,211176404 0,040702404 R2 F67 unclassified Sclerotiniacea e 90 3,484592943 3,596788655 0,024263998 > R2 genus F70 Sporobolomyc es 90 3.437818152 3,150938145 0,049125978 >R2 F89 Mucor 90 2,601905214 2,475772927 0,046285436 > R2 [0108] Mean.in.category : moyenne dans la catégorie 101091 Overall.meatz : moyenne globale 101101 meamin.cluster1.3.4 : moyenne dans le cluster 1.3.4. 101111 sd.imeategory : écart type dans la catégorie 101121 overall.sd : écart-type global 101131 - Méthode 2 : Comparaison du profil d'abondance relative fongique par rapport au regroupement historique des subjects versus les composés PAHs (base de données Baoding / Dalian) 101141 En ce qui concerne l'analyse de corrélation globale avec PAH, un pré-filtrage a été réalisé sur l'abondance OTU relative. Les OTUs avec une abondance relative inférieure à 0.1% parmi tous les individus ont été éliminés. De plus, une standardisation CSS (« Cumulative sum sealing ») qui corrige les biais dans l'évaluation de l'abondance différentielle introduits par la standardisation TSS (« Total sum sealing ») a été appliquée. Parmi les OTUs, 69 ont été sélectionnés pour les champignons. Les mesures de PAH ont été log-transformées pour suivre une distribution gaussienne. Un total de 202 individus avec des données OTU et PAH ont été inclus dans l'analyse. Dans une perspective de sélection variable, une analyse de corrélation canonique clairsemée (sCCA) a été réalisée pour sélectionner les descripteurs OTU et PAH qui 18 étaient actifs dans les relations entre blocs. Les paramètres d'éparpillement de la sCCA ont été sélectionnés avec une procédure de permutation en utilisant la fonction MutiCCA.permute de R package PMD (Witten et al. (2009) Biostatisties 10 :515-534 ; Tenenhaus et al. (2014) Biostatisties 15 :569-583). Enfin, afin d'obtenir une représentation commune des individus des 2 blocs, une analyse multi-blocs hiérarchique (MAXVAR-A) a été réalisée en utilisant le R package RGCCA (Tenenhaus aL (2017) Psychotnetrika82 :737-777). Les sujets montrant des signes de vieillissement prématuré sont marqués avec un cercle sur la Figure 1. [0115] Pour le diagnostic, le nouveau profil doit être comparé au regroupement. S'il rentre dans l'éclipse de gauche, le sujet est positif pour le test et présente un vieillissement prématuré de la peau. 19 [Revendication 1] [Revendication 2] [Revendication 3] [Revendication 4] REVENDICATIONSMéthode de diagnostic d'un vieillissement prématuré de la peau, en particulier liées à la pollution, chez un sujet, comprenant unc étape (a) de détermination, dans un échantillon de peau du sujet, du niveau d'au moins un marqueur choisi dans le groupe constitué des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 (« Internai Transcribed Spacer 1 ») de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO : 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO :3, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO : 5 ou SEQ ID NO: 6, et éventuellement des champignons comprenant un acide nucléique codant une région ITS1 de séquence au moins 90% identique à la séquence SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO : 8, SEQ ID NO :9 ou SEQ ID NO: 10. Méthode de diagnostic selon la revendication 1, dans laquelle ledit au moins un marqueur est choisi dans le groupe constitué des champignons du genre Candida, des champignons de la famille des Sclerotiniaceae, des champignons du genre Ernericella, des champignons de l'ordre des Hypocreales, des champignons du genre Mucor, des champignons du genre Sporobolornyces, et éventuellement des champignons du genre M alassezia et des champignons du genre Cryptococcus. Méthode de diagnostic selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle ledit au moins un marqueur est choisi dans le groupe constitué des champignons du genre Candida, des champignons de la famille des Sclerotiniaceae, des champignons du genre Ernericella, des champignons de l'ordre des Hypocreales, des champignons du genre Mucor et des champignons du genre Sporobolornyces. Méthode de diagnostic selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, la méthode comprenant en outre les étapes consistant à : a. comparer le niveau dudit au moins un marqueur mesuré à l'étape (a) avec un contrôle, et b. sur la base de la comparaison de l'étape (b), déterminer si la peau du sujet présente un vieillissement prématuré, en particulier lié à la pollution. [Revendication 5] Méthode de diagnostic selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, dans laquelle le niveau dudit au moins un marqueur est déterminé par mesure du niveau de la région d'ADN ITS1 correspondante. 20 [Revendication 6] Méthode de diagnostic selon la revendication 5, dans laquelle le niveau dudit au moins un marqueur est déterminé par amplification par PCR combinée à un séquençage de la région d'ADN ITS1. [Revendication 7] Méthode de diagnostic selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, dans laquelle l'échantillon de peau est prélevé en frottant la surface de la peau. [Revendication 8] Méthode de diagnostic selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans laquelle le vieillissement prématuré inclut la présence de rides et/ ou ridules, de macules étendues, de lentigo simplex, de rougeurs, et/ou d'un aspect terne et/ou hétérogène du teint.