Brevet FR3091351A1 — publié le 20200703

Description Titre de l'invention : BIOMARQUEUR DE LA MALADIE DE FABRY INTRODUCTION [0001] La maladie de Fabry est une maladie héréditaire du métabolisme due au déficit en a- galactosidase A (GalA), une enzyme lysosomale. Le déficit enzymatique entraîne l'accumulation de glycosphingolipides (principalement le globotriaosylcéramide encore appelé GL-3, CTH ou Gb3) dans les lysosomes de plusieurs types cellulaires dont notamment les cellules endothéliales, cardiaques et rénales. [0002] La maladie de Fabry est considérée comme une maladie systémique. Elle conduit à une atteinte sévère de plusieurs organes, avec une espérance de vie moyenne en l'absence de traitement voisine de 50 ans chez l'homme et 70 ans chez la femme. [0003] La présentation clinique est non spécifique et hétérogène avec une atteinte de sévérité variable de plusieurs organes et fonctions. La transmission est liée à l'X, les hommes hémizygotes sont généralement atteints plus précocement et sévèrement que les femmes hétérozygotes. Cependant, certains patients présentent des phénotypes atténués à début tardif, et parfois une atteinte prédominante d'un seul organe. 100041 Chez les patients de sexe masculin, le diagnostic de la maladie de Fabry est établi par le dosage de l'activité GalA. Il est ensuite confirmé par l'étude moléculaire du gène GLA codant pour GalA. L'activité GalA est généralement effondrée ou non détectable dans la forme classique, mais une activité résiduelle peut être observée dans certaines formes atténuées de la maladie. Chez les femmes hétérozygotes, l'activité enzymatique peut être abaissée ou normale. L'analyse du gène GLA est alors requise pour un diagnostic définitif 100051 Les biomarqueurs spécifiques de la maladie de Fabry caractérisés à l'heure actuelle et utilisés en pratique clinique sont essentiellement le Gb3 (globotriaosyceramide) et le Lyso-Gb3. Ceux-ci s'accumulent chez les patients en raison du déficit enzymatique. Le Gb3 est le substrat de l'enzyme GalA. Sa concentration urinaire ou plasmatique est augmentée dans la forme classique de la maladie de Fabry. Cette concentration peut être normale chez la femme hétérozygote et dans les formes atténuées chez l'homme. Le globotriaosylsphingosine (Lyso-Gb3), produit de la déacylation du Gb3, est le biomarqueur le plus fiable utilisé jusqu'à présent, cependant si une augmentation de lysoGb3 est très en faveur d'une maladie de Fabry une valeur normale ne peut exclure une forme atténuée ou asymptomatique. [0006] Dans cc contexte, l'identification de biomarqueurs fiables et validés est cruciale afin de pouvoir identifier le plus tôt possible les sujets souffrant de la maladie de Fabry. En 2 particulier, il faut identifier le plus tôt possible les patients ayant une forme asymptomatique de la maladie pour qu'ils puissent bénéficier d'un traitement approprié. Il existe donc toujours un besoin de biornarqueurs permettant d'accroître l'efficacité diagnostique, d'apporter une information pronostique et d'évaluer l'efficacité d'un traitement donné. [0007] La présente invention a pour objet de tels biomarqueurs, ainsi que leur utilisation pour diagnostiquer la maladie de Fabry. [0008] De fait, les présents inventeurs ont pu identifier des marqueurs biologiques dont l'expression ou l'abondance est modifiée chez les patients atteints de la maladie de Fabry. De tels marqueurs sont particulièrement avantageux parce qu'ils permettent d'identifier les patients atteints de cette maladie, même quand elle est asymptomatique. [0009] Une approche protéomique et métabolomique intégrée a ainsi permis d'identifier des biomarqueurs dont l'abondance ou l'intensité varie significativement entre les patients atteints de la maladie de Fabry et les sujets contrôles. Les inventeurs ont en outre montré que la présence de l'un au moins de ces biomarqueurs chez un sujet permet de diagnostiquer la maladie de Fabry chez ledit sujet. Ces Non-largueurs sont ainsi particulièrement utiles, car ils permettent d'identifier les patients souffrant de la maladie de Fabry avant tout symptôme clinique et d'engager une thérapie appropriée le plus rapidement possible. De façon surprenante, les présents inventeurs ont montré que la maladie de Fabry pouvait être diagnostiquée à l'aide d'au moins un biomarqueur choisi dans un groupe de cinq métabolites, à savoir I1-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine. [0010] Dans un premier aspect, l'invention a donc pour objet une méthode in vitro de diagnostic de la maladie de Fabry chez un sujet, ladite méthode comprenant une étape de : [0011] a) mesure de la concentration d'au moins un biomarqueur dans un échantillon biologique dudit sujet. [0012] Par « maladie de Fabry » (ou « angiokératome diffus de Fabry » ; « angiokératose diffuse de Fabry » ; « angiokératose diffuse universelle » ; « déficit en alphagalactosidase A » ;« FD » ;« maladie d'Anderson-Fabry » ; « sphingolipidose héréditaire de Fabry » ; « thésaurismose lipoïdique héréditaire » ; tous ces termes étant synonymes), on entend ici une maladie progressive multisystémique héréditaire de surcharge lysosomale, caractérisée par des symptômes neurologiques, dermatologiques, rénaux, cardiovasculaires, cochléo-vestibulaires et cérébro-vasculaires. Plus spécifiquement, la maladie de Fabry telle qu'on l'entend ici est un trouble du métabolisme des glycosphingolipides due à une activité déficiente (ou absente) de l'alpha-galactosidase A lysosomale liée à des mutations dans le gène GLA (Xq21.3-q22) codant pour l'enzyme alpha-galactosidase A. L'activité enzymatique dé- 3 ficientc entraîne l'accumulation de globotriaosylcéramide (0b3) dans les lysosomes, déclenchant ainsi la cascade d'événements cellulaires. [0013] Le tableau clinique de la maladie de Fabry telle qu'on l'entend ici recouvre notamment tout un spectre de sévérité allant des formes légères (chez les femmes hétérozygotes), aux formes graves (chez les hommes hémizygotes). Les signes cliniques de la maladie de Fabry évoluent avec l'âge du patient (voir par exemple, Lidove et al., ml 15(3) : 223, 2009). [0014] Dans l'enfance (jusqu'à 20 ans, chez les hommes), ils comprennent notamment des douleurs des extrémités, présentes dans plus de 80 % des cas masculins, mais également des angiokératomes, parfois associés à une hypohidrose ou anhidrose (diminution ou d'abolition de la sudation) touchant 80 % des hommes, des signes ophtalmologiques (cornée verticillée, dépôts cornéens superficiels, vaisseaux conjonctivaux dilatés, rétinopathie) et/ou une atteinte cochléo-vestibulaire (surdité, vertiges, acouphènes). [0015] La deuxième phase de la maladie concerne les patients âgés de 20 à 30 ans (chez les hommes). La plupart des symptômes vus précédemment persistent ou progressent. En revanche, les douleurs peuvent diminuer progressivement et spontanément, voire disparaître. En général, une atteinte rénale apparaît à cet âge avec une protéinurie habituellement asymptomatique. Il n'existe en général pas d'hypertension artérielle à ce stade. [0016] A l'âge adulte (après 30 ans chez les hommes), la plupart des symptômes vus pré- cédemment persistent ou progressent. Des manifestations rénales apparaissent ou progressent pour aboutir au développement d'une insuffisance rénale chronique entre 20 et 50 ans. L'atteinte cardiaque à type de cardiomyopathie hypertrophique souvent asymptomatique dans ses débuts survient habituellement à partir de 40 ans. L'atteinte neurologique se caractérise par une neuropathie à petites fibres ainsi que des Accidents Vasculaires Cérébraux (AVC) ischémiques de survenue précoce. [0017] Les signes cliniques et atteintes viscérales sont plus précoces chez l'homme, survenant environ 10 ans plus tôt que chez la femme (cf. plus haut). [0018] Par « marqueur biologique », il est entendu au sens de la présente demande une ca- ractéristique qui est objectivement mesurée et évaluée comme indicateur de processus biologiques normaux, de processus pathogéniques, ou de réponses pharmacologiques à une intervention thérapeutique. Un marqueur biologique désigne donc toute une gamme de substances et de paramètre divers. Par exemple, un marqueur biologique peut être une substance dont la détection indique un état pathologique particulier (par exemple la présence de la protéine C réactive en tant que marqueur (l'une inflammation), ou au contraire une substance dont la détection indique un état physiologique spécifique. Le marqueur biologique selon l'invention est préférentiellement un gène, les produits d'un gène tels que ses transcrits et les peptides issus de ses transcrits, un métabolite. Un « métabolite» au sens de l'invention est un composé organique intermédiaire ou issu du métabolisme comme, par exemple, la carnitinc et ses dérivés, les amines biogènes, les acides aminés, les acides organiques. [0019] Selon un mode de réalisation particulier, le marqueur biologique est l'interleukine 7 ou 1L-7. L'interleukine 1L-7 humaine possède quatre isoforrncs dont les séquences protéiques sont représentées par les séquences de référence NCBI : NP 000871, NP 001186815, NP 001186816 et NP 001186817. Cette protéine est codée par le gène IL7 humain (référence NCBI : Cone ID: 3574), dont la séquence correspond aux références NCBI : NM 000880, NM 001199886, NM 001199887 et NM 001199888. [0020] Selon un autre mode de réalisation particulier, ledit marqueur biologique est le facteur de croissance des fibroblastes FGF2 (aussi appelé « basic fibroblast growth factor », « bFGF » et « FGF-13 »). La séquence protéique du FGF2 humain correspond à la séquence de référence NCBI: NP 001997. Cette protéine est codée par le gène FGF2 humain (référence NCBI : Gene ID: 2247). La séquence de celui-ci est accessible sous la référence NCBI: NM 002006. [0021] Selon un autre mode de réalisation particulier, ledit marqueur biologique est la carnitinc ou l'un de ses dérivés. Par « carnitinc », on entend ici un zwitterion comprenant un ammonium quaternaire, une fonction alcool et un carboxyle, qui intervient dans le transport des acides gras du cytosol vers les mitochondries lors du catabolisme des lipides dans le métabolisme énergétique. Préférentiellement, ledit dérivé de carnitine est une acylcarnitine, c'est-à-dire un ester d'acide gras et de camitine. De façon plus préférentielle, ladite acylcarnitine est l'hydroxyhexadecenoylcamitine ou AC(16 :1)-0H. [0022] Selon un autre mode de réalisation particulier, le marqueur biologique au sens de l'invention est une amine biogène. On entend ici par « amine biogène », un composé provenant du catabolisme des cellules vivantes, via la décarboxylation d'acides aminés, l'amination de cétones ou d'aldéhydes, ou l'hydrolyse de composés azotés par des enzymes endogènes ou exogènes, et comprenant une fonction amine. Les amines biogènes comprennent notamment l'histamine, la tyramine, la sérotonine, la noradrénaline ou norépinéphrine, l'adrénaline ou épinéphrine, la dopamine, la tryptamine, le gaba ou acide y-aminobutyrique, la thioéthylamine, les polyamines putrescine, cadavérine, agmatine, spermidine, et spermine, les monoamines tyramine et phényléthyamine, et les amines hétérocycliques histamine et tryptamine. De façon préférentielle, l'amine biogène est la spermidine (N-(3-aminopropyl)butane-1,4-diarnine). [0023] Selon un autre mode de réalisation particulier, le marqueur biologique au sens de l'invention est un acide aminé. Le terme « acide aminé » représente entre autres les acides aminés suivants : la glycine (Gly), l'alanine (Ala), la valine (Val), la leucine (Leu), l'isoleucine (lIe), la serine (Sûr), la thréonine (Thr), la phénylalanine (Plie), la tyrosine (Tyr), le tryptophanc (Trp), la cystéine (Cys), la méthionine (Met), la prolinc (Pro), l'acide aspartique (Asp), l'asparagine (Asn), la glutamine (Gin), l'acide glutamique (Glu), l'histidine (His), l'arginine (Arg), et la lysine (Lys), mais aussi des acides aminés non protéogéniques, tels que la taurine, l'ornithinc (0m), l'homolysinc ( homo-Lys), l'homoarginine (homo- Arg), l'allylglycine, la tert-leucine, l'acide 2-amino-adipique, l'acide 1-amino-1-cyclobutanecarboxylique, l'acide 1 -am i no-l-cyclohexanecarboxyil igue, l'acide 1-ami no-1 -cyclopentanecarboxyl igue, l'acide 2-aminobutanoïquc, l'acide 1-aminoindanc-1-carboxylique, l'acide azétidine2-carboxyl igue, l'acide (2S,4R)-4-benzyl-pyrrolidine-2-carboxyl igue, le ycarboxyglutamate, la 2-cyclohexylalanine, la citrulline, la 5-hydroxylysine, l'acide 2,3-diamino-propionique, l'acide hippurique, l'homocyclohexylalanine, l'homophénylalaninc, la 3-hydroxyproline, la 4-hydroxyproline, la 3-tnéthylhistidine, la 7-méthyllysine, l'acide indol ine-2-carboxyl igue, l'a-méthyl-alanine, la norleucinc, la norvaline, l'acide octahydroindole-2-carboxylique, la phénylglycinc, l'acide 4-phényl-pyrrolidine-2-carboxylique, l'acide pipécol igue, la propargylglycinc, la 3-pyridinylalanine, la 4-pyridinylalanine, la sarcosinc, l'acide 1,2,3,4-tétrahydroisoquinoline-1-carboxylique, ou l'acide 1,2,3,4-tétrahydroisoquinoline-3-carboxylique. De façon préférée, l'acide aminé de l'invention est la taurine. [0024] Dans un mode de réalisation préféré, le biomarqueur dont la concentration est mesurée est choisi parmi :11-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine. [0025] Selon ce mode de réalisation particulier, l'invention a pour objet une méthode in vitro de diagnostic de la maladie de Fabry chez un sujet, ladite méthode comprenant une étape de : [0026] a) mesure de la concentration d'au moins un biomarqueur choisi parmi : 11-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine dans un échantillon biologique dudit sujet. [0027] Préférentiellement, la concentration d'au moins deux, au moins trois ou au moins quatre biomarqueurs parmi : 11-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine est mesurée durant l'étape a) de la présente méthode. Plus préférentiellement, la concentration de deux, trois ou quatre biomarqueurs choisis parmi : 11-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine est mesurée durant l'étape a) de la présente méthode. Encore plus préférentiellement, la concentration des cinq biomarqueurs 11-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine est mesurée durant l'étape a) de la présente méthode. [0028] Selon un mode de réalisation plus particulier, ladite méthode comprend une étape supplémentaire de : [0029] b) comparaison de la concentration dudit biomarqueur ou de ladite combinaison de 6 biomarqueurs de l'étape a) avec une concentration de référence dudit biomarqueur. [0030] Par « une concentration de référence d'un marqueur biologique », « une concentration témoin d'un marqueur biologique », « un niveau de référence d'un marqueur biologique » ou « un niveau témoin d'un marqueur biologique », on entend au sens de la présente demande toute concentration dudit marqueur utilisé à titre de référence. Tel qu'on l'entend ici, « une concentration de référence d'un marqueur biologique » est un niveau de base mesuré dans un échantillon témoin comparable à celui testé, et qui est généralement indemne de la maladie de Fabry. Il peut s'agir du même individu ou d'un autre individu normal ou ne présentant pas la même maladie que la maladie de Fabry. [0031] Le niveau de référence peut être déterminé par une pluralité de méthodes. Par exemple, le contrôle peut être une valeur prédéterminée, qui peut prendre diverses formes. Il peut s'agir d'une valeur seuil unique, telle qu'une médiane ou une moyenne. Le « niveau de référence » peut être une valeur unique, applicable également à chaque patient individuellement. Alternativement, le niveau de référence peut varier en fonction des sous-populations spécifiques de patients. Ainsi, par exemple, les hommes plus âgés pourraient avoir un niveau de référence différent de celui des hommes plus jeunes pour la maladie de Fabry, et les femmes pourraient avoir un niveau de référence différent de celui des hommes pour cette maladie. D'autre part, le « niveau de référence » peut être établi sur la base de groupes comparatifs, tels que des groupes n'ayant pas un niveau de biomarqueur élevé et des groupes ayant des niveaux de biomarqueur élevés. Un autre exemple de groupes comparatifs serait les groupes ayant une maladie, une condition ou des symptômes particuliers et les groupes sans maladie. La valeur prédéterminée peut être définie, par exemple, lorsqu'une population testée est divisée de manière égale (ou inégale) en groupes, tels qu'un groupe à faible risque, un groupe à risque moyen et un groupe à risque élevé. [0032] Le niveau de référence peut également être déterminé par comparaison du niveau du biomarqueur d'intérêt dans des populations de patients atteints de la maladie de Fabry. Cela peut être accompli, par exemple, par une analyse par histogramme, dans laquelle toute une cohorte de patients est présentée graphiquement, avec un premier axe représentant le niveau dudit biomarqueur, et un second axe représente le nombre de patients dans le groupe de patients exprimant le biomarqueur à un niveau donné. Deux groupes distincts de patients ou plus peuvent être déterminés en identifiant des sous-populations de la cohorte qui ont des niveaux de biomarqueurs identiques ou similaires. La détermination du niveau de référence peut alors être faite sur la base d'un niveau qui distingue le mieux ces groupes distincts. Un niveau de référence peut également représenter les niveaux de deux ou plus des présents biomarqueurs. Deux marqueurs ou plus peuvent être représentés, par exemple, par un rapport de valeurs 7 pour les niveaux de chaque marqueur. [0033] De même, une population apparemment en bonne santé aura une plage 'normale' différente de celle d'une population connue pour présenter un état associé à une haute expression dudit biomarqueur. En conséquence, la valeur prédéterminée sélectionnée peut prendre en compte la catégorie dans laquelle un individu tombe. Des gammes et des catégories appropriées peuvent être sélectionnées à l'aide simplement d'une expérimentation de routine par la personne du métier. Par « élevé », « augmenté », on entend élevé par rapport à un contrôle sélectionné. Généralement, le contrôle sera basé sur des individus normaux apparemment en bonne santé dans une tranche d'âge appropriée. [0034] Dans un mode de réalisation préféré, la concentration de référence correspond à la concentration du biomarqueur ou de la combinaison de biomarqueurs dans la population générale. [0035] On comprendra également que les témoins selon l'invention peuvent être, en plus de valeurs prédéterminées, des échantillons biologiques mesurés en parallèle avec les échantillons testés. Selon cc mode de réalisation, le niveau de référence sera celui du ou des biomarqueurs dans un échantillon provenant d'un sujet en bonne santé. [0036] De façon préférée, la concentration de référence du marqueur biologique sera la concentration dudit marqueur dans une population de sujets en bonne santé. [0037] Avantageusement, le sujet est dans ce cas atteint de la maladie de Fabry si la concentration de l'étape (a) est supérieure à celle de l'étape (b). [0038] On entend par « sujet » selon l'invention un être humain. Le « sujet » tel qu'on l'entend ici peut aussi bien être un homme qu'une femme. De façon préférée, le sujet » est un homme dont l'âge est compris entre Oct 20 ans ou entre 20 et 30 ans, ou dont l'âge est supérieur à 30 ans. Alternativement, le « sujet » est une femme dont l'âge est compris entre 0 et 30 and ou entre 30 et 40 ans, ou dont l'âge est supérieur à 40 ans. Le « sujet » peut présenter ou non des symptômes de la maladie de Fabry. Un sujet qui a été diagnostiqué avec la maladie de Fabry peut être un « patient ». [0039] On entend par « échantillon biologique » selon l'invention tout échantillon qui peut être prélevé à partir d'un sujet. De façon générale, l'échantillon biologique doit permettre la détermination de la concentration du ou des marqueurs biologiques de l'invention. On notera à ce sujet que chacun des biomarqueurs 11-7, FGF-2, AC(16 :1)-0H, spermidine et taurine se retrouve dans le sang et ses dérivés. L'échantillon à tester peut être utilisé directement à partir de la source biologique ou à la suite d'un prétraitement permettant de modifier le caractère de l'échantillon. Par exemple, un tel prétraitement peut inclure la préparation de plasma à partir de sang, la dilution de fluides visqueux et ainsi de suite. Des procédés de prétraitement peuvent aussi impliquer la filtration, la précipitation, la dilution, la distillation, le mélange, la 8 concentration, l'inactivation de composants perturbateurs, l'addition des réactifs, une lyse, etc. En outre, il peut être bénéfique de modifier un échantillon d'essai solide pour former un milieu liquide ou pour libérer l'analytc. Préférablement, l'échantillon biologique est du sang, du plasma ou du sérum provenant du sujet testé. [0040] L'homme du métier pourra utiliser n'importe quelle méthode qui lui est connue pour mesurer la concentration dans le sang de ces biomarqueurs. [0041] Dans un premier mode de réalisation, ledit marqueur est un marqueur génique ou un marqueur protéique. [0042] Dans ce cas, la méthode de l'invention peut comprendre une ou plusieurs étapes in- termédiaires entre le prélèvement de l'échantillon de cellules cutanées et la mesure de l'expression FGF2, lesdites étapes correspondant à l'extraction à partir dudit échantillon de placenta d'un échantillon d'ARNm (ou de l'ADNc correspondant) ou d'un échantillon de protéine. Celui-ci peut ensuite être directement utilisé pour mesurer l'expression FGF2. La préparation ou l'extraction d'ARNm (ainsi que la ré- trotranscription de celui-ci en ADNc) ou de protéines à partir d'un échantillon cellulaire ne sont que des procédures de routine bien connues de l'homme du métier. [0043] Une fois qu'un échantillon d'ARNm (ou d'ADNc correspondant) ou de protéine est obtenu, l'expression d'il-7 ou F0F2, au niveau soit des ARNm (c'est-à-dire dans l'ensemble des ARNm ou des ADNc présents dans l'échantillon), soit des protéines (c'est-à-dire dans l'ensemble des protéines présentes dans l'échantillon), peut être mesurée. La méthode utilisée pour ce faire dépend alors du type de transformation (ARNm, ADNc ou protéine) et du type d'échantillon disponible. [0044] Quand l'expression d'111-7 ou FGF2 est mesurée au niveau de l'ARNm (ou d'ADNc correspondant), n'importe quelle technologie habituellement utilisée par l'homme du métier peut être mise en oeuvre. Ces technologies d'analyse du niveau d'expression des gènes, comme par exemple l'analyse du transcriptome, incluent des méthodes bien connues telles que la PCR (Polymerase Chain Reaction, si on part d'ADN), la RT-PCR (Reverse Transcription-PCR, si on part d'ARN) ou la RT-PCR quantitative ou encore les puces d'acides nucléiques (dont les puces à ADN et les puces à oligonucléotides) pour un plus haut débit. [0045] Par « puces d'acides nucléiques », on entend ici plusieurs sondes d'acides nucléiques différentes qui sont attachées à un substrat, lequel peut être une micropuce, une lame de verre, ou une bille de la taille d'une rnicrosphère. La micropuce peut être constituée de polymères, de plastiques, de résines, de polysaccharides, de silice ou d'un matériau à base de silice, de carbone, de métaux, de verre inorganique, ou de nitrocellulose. [0046] Les sondes peuvent être des acides nucléiques tels que les ADNc (« puce à ADNc »), les ARNm (« puce à ARNm ») ou des oligonucléotides (« puce à oligonucléotides »), lesdits oligonucléotides pouvant typiquement avoir une longueur comprise entre 9 environ 25 et 60 nucléotides. [0047] Pour déterminer le profil d'expression d'un gène particulier, un acide nucléique cor- respondant à tout ou partie dudit gène est marqué, puis mis en contact avec la puce dans des conditions d'hybridation, conduisant à la formation de complexes entre ledit acide nucléique cible marqué et les sondes attachées à la surface de la puce qui sont complémentaires de cet acide nucléique. La présence de complexes hybridés marqués est ensuite détectée. [0048] Ces technologies permettent dc suivre le niveau d'expression d'un gène en particulier ou de plusieurs gènes voire même dc tous les gènes du génome (full genome ou full transcriptome) dans un échantillon biologique (cellules, tissus...). Ces technologies sont utilisées en routine par l'homme du métier et il n'est donc pas besoin dc les détailler ici. Des exemples de mises en oeuvre de l'invention basées sur l'analyse d'expression génique (puces à ADNc) et sur la PCR quantitative sont décrits dans la section expérimentale. [0049] Alternativement, il est possible d'utiliser toute technologie actuelle ou future permettant de déterminer l'expression des gènes sur la base de la quantité d'ARNm dans l'échantillon. Par exemple, l'homme du métier peut mesurer l'expression d'un gène par hybridation avec une sonde d'acide nucléique marquée, comme par exemple par Northern blet (pour l'ARNm) ou par Southcrn blot (pour l'ADNc), mais aussi par des techniques telles que la méthode d'analyse sérielle de l'expression des gènes (SAGE) et ses dérivés, tels que LongSAGE, SuperSAGE, DeepSAGE, etc. Il est aussi possible d'utiliser des puces à tissu (aussi connues en tant que TMAs : « tissue microarrays »). Les tests habituellement employés avec les puces à tissu comprennent l'immunohistochhnie et l'hybridation fluorescente in situ. Pour l'analyse au niveau de l'ARNm, les puces à tissu peuvent être couplées avec l'hybridation fluorescente in situ. Enfin, il est possible d'utiliser le séquençage massif en parallèle pour obtenir déterminer la quantité d'ARNm dans l'échantillon (RNA-Seq ou « Whole Transcriptome Shotgun Sequencing »). À cet effet, plusieurs méthodes de séquençage massif en parallèle sont disponibles. De telles méthodes sont décrites dans, par exemple, US 4,882,127, U.S. 4,849,077; U.S. 7,556,922; U.S. 6,723,513; WO 03/066896; WO 2007/111924; US 2008/0020392; WO 2006/084132; US 2009/0186349; US 2009/0181860; US 2009/0181385; US 2006/0275782; EP-B1-1141399; Shendure & Ji, Nat Biotechnol., 26(10): 1135-45. 2008; Pihlak et al., Nat Biotechnol., 26(6) : 676684, 2008 ; Fuller et al., Nature Biotechnol., 27(11): 1013-1023, 2009; Mardis, Genonte Med., 1(4): 40,2009; Metzker, Nature Rev. Genet., 11(l):31-46, 2010. [0050] Quand la concentration du marqueur est mesurée au niveau protéique, il est possible d'employer des anticorps spécifiques, en particulier dans des technologies bien connues telles que l'immunoprécipitation, l'immunohistologie, le western blot, le dot Mot, l'ELISA ou l'ELISPOT, l'électrochirnioluminescence (ECLIA), les puces à protéines, les puces à anticorps, ou les puces à tissu couplées à l'immunohistochirnic. Parmi les autres techniques qui peuvent être utilisées sont comprises les techniques de FRET ou de BRET, les méthodes de microscopie ou d'histochimie, dont notamment les méthodes de microscopie confocalc et de microscopie électronique, les méthodes basées sur l'utilisation d'une ou plusieurs longueurs d'onde d'excitation et d'une méthode optique adaptée, comme une méthode électrochimique (les techniques de voltamétrie et d'ampérometrie), le microscope à force atomique, et les méthodes de radiofréquence, comme la spectroscopie résonance multipolaire, confocalc et nonconfocale, détection de fluorescence, luminescence, chimioluminescencc, absorbance, réflectance, transmittancc, and biréfringence ou index de réfraction (par exemple, par résonance des plasmons de surface, ou « surface plasmon resonance » en anglais, par éllipsométrie, par méthode dc miroir résonnant, tcc.), cytométrie dc flux, imagerie par résonance radioisotopique ou magnétique, analyse par électrophorèse en gel de polyacrylamide (SDS-PAGE); par spectrométrie de masse et par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS). Toutes ces techniques sont bien connues de l'homme du métier et il n'est pas nécessaire dc les détailler ici. [0051] De préférence, la concentration d'II-7 ou F0F2 est mesurée au niveau protéique. La concentration d'Il-7 ou FGF2 est ainsi avantageusement mesurée à l'aide d'un test employant des anticorps spécifiques reconnaissant ledit Nomarqueur, en particulier dans des technologies bien connues telles que l'immunoprécipitation, l'immunohistologie, le western blot, le dot blot, l'ELISA ou l'ELISPOT, l'ECLIA, les puces à protéines, les puces à anticorps, ou les puces à tissu couplées à l'immunohistochimie Des anticorps dirigés contre [1-7 ou FGF2 sont disponibles commercialement (voir par exemple, R&D Systems, Santa Cruz, Abcam, etc.) et peuvent être utilisés dans les méthodes de l'invention. Dans ce cas, la concentration d'Il-7 ou FGF2 est mesurée préférablement par Western Mot, par ELISA, ou par ECLIA. Alternativement, la concentration d'Il-7 ou FGF2 peut être mesurée par spectrométrie de masse. [0052] Selon un autre mode de réalisation, le marqueur biologique est la carnitine ou l'un de ses dérivés, tels que décrits plus haut. [0053] De nombreuses méthodes sont à la disposition de l'homme du métier pour mesurer la teneur en camitine ou en dérivés de celle-ci dans un échantillon biologique, notamment dans un échantillon de sang, de plasma ou de sérum. Toute méthode appropriée peut ainsi être utilisée pour analyser l'échantillon biologique afin de déterminer le niveau de la carnitine ou d'un dérivé de celle-ci dans l'échantillon. Les procédés appropriés comprennent la chromatographie (par exemple chromatographie en phase gazeuse, chromatographie en phase liquide), la spectrométrie de masse (par exemple MS, MS-MS), la 11 méthode ELISA, la liaison à des anticorps, d'autres techniques immunochimiques, ainsi que les différentes combinaisons de ces méthodes. En particulier, des kits pour la détection de la carnitinc et de ses dérivés par spectrométrie de niasse sont disponibles commercialement (voir par exemple, « NeoGram AAAC Tandem Mass Spectrornetry kit », PerkinElmer, Waltham, MA, USA ; « Carnitinc / Acylcarnitinc LC- MS/MS Analysis Kit », Zivak, Turquie). Il est également possible de mesurer la concentration de carnitinc ou des dérivés de celle-ci par un test fluorornétrique. Des kits permettant la détection fluorométrique de la carnitinc et de ses dérivés sont ainsi disponibles commercialement (voir par exemple « L-Carnitinc Assay Kit (ab83392) », Abcam, Cambridge, Royaume-Uni). De façon préférée, la carnitinc et ses dérivés sont détectés par spectrométrie de masse. [0054] Dans un autre mode de réalisation, le marqueur biologique est la spermidine. [0055] De nombreuses méthode de détection et de mesure de la spermidine dans les échantillons biologiques ont été décrites dans l'art antérieur. De telles méthodes sont décrites et référencées dans, par exemple, AL-Hadithi and Bahruddin Saad, Anal ytical Letters, 44: 2245-2264, 2011 ou encore dans Cardeano, U. Pretoria, 2016. Elles comprennent entre autres la chromatographie en couche mince (TLC), l'ELISA, la chromatographie liquide haute performance (HPLC), les méthodes colon i métriques, ou encore la spectrométrie de masse. Préférentiellement, le procédé pour la détection et la quantification de la spermidine est la spectrométrie de masse. [0056] La personne du métier dispose de nombreuses méthodes pour détecter et mesurer la taurine dans un échantillon biologique. Elle pourra ainsi utiliser des techniques de spectroscopie RMN (voir par exemple Moreno-Torres, Neurosurgery. 55(4): 824-829, 2004) ; la chromatographie liquide haute performance (HPLC) avec détection UV, la chromatographie liquide haute performance (HPLC) avec détection en spectrométrie de masse; la chromatographie à interaction hydrophile (HILIC) avec détection UV ou détection évaporative à diffusion de lumière (ELSD) des méthodes de spectrophotométrie UV (voir par exemple Draganov et al., International Journal of Nutrition and Food Sciences. 3(2) : 123-126, 2014 et les références y incluses), ELISA, la spectrométrie de masse (Itoh et al., Andno Acids. 50(1): 117-124, 2018), etc. Des kits pour mettre en oeuvre certaines de ces méthodes sont d'ailleurs disponibles commercialement (voir par exemple, Bioassay Technology Laboratory, Shanghai 200090 Chine ; BioVision, hic., Milpitas, CA 95035, USA ; Cell Biolabs, Inc., San Diego, CA 92126, USA, etc.). Selon le mode de réalisation préféré, la méthode de détection et de mesure de la taurine est la spectrométrie de masse. [0057] Il sera immédiatement clair pour la personne du métier qu'il est fortement avantageux d'utiliser une seule méthode lui permettant la détermination de l'ensemble de ces cinq biomarqueurs. Préférentiellement, ladite méthode sera une méthode de 12 spectrométrie de masse. La personne du métier pourra ainsi détecter et mesurer chacun des cinq biomarqueurs en un seul test. [0058] Selon cc mode de réalisation préféré, l'invention a pour objet une méthode in vitro de diagnostic de la maladie de Fabry chez un sujet, ladite méthode comprenant une étape de : [0059] a) mesure par spectrométrie de niasse de la concentration FGF-2, AC(16 :1)-OH, spermidine et taurine dans un échantillon biologique dudit sujet. [0060] Dans un mode de réalisation plus préféré, la méthode comprend en outre une étape supplémentaire de : [0061] 11) comparaison de la concentration de ladite combinaison de biomarqueurs de l'étape a) avec une concentration de référence desdits biomarqueurs. [0062] Les biornarqueurs de l'invention permettent de diagnostiquer la maladie de Fabry, même quand celle-ci est asymptomatique. Ils permettent donc une meilleure prise en charge des patients. Ainsi ceux-ci peuvent être traités plus têt et plus efficacement. [0063] Selon un autre aspect, l'invention a pour objet une méthode de traitement de la maladie de Fabry chez un sujet, ladite méthode comprenant des étapes de : [0064] a. diagnostic de la maladie de Fabry chez ledit sujet par la méthode in vitro décrite plus haut, et h. administration d'une dose efficace d'un composé pour traiter ladite maladie. [0065] Selon un autre mode de réalisation, l'invention a pour objet un composé pour son uti- lisation dans le traitement de la maladie de Fabry chez un sujet, ledit traitement comprenant des étapes de : [0066] a. diagnostic de la maladie de Fabry chez ledit sujet par la méthode in vitro décrite plus haut, et b. administration d'une dose efficace dudit composé pour traiter ladite maladie. [0067] Selon un autre mode de réalisation, l'invention a pour objet l'utilisation d'un composé pour fabriquer un médicament traiter la maladie de Fabry, ledit traitement comprenant des étapes de : [0068] a. diagnostic de la maladie de Fabry chez ledit sujet par la méthode in vitro décrite plus haut, et b. administration d'une dose efficace dudit composé pour traiter ladite maladie. [0069] Plusieurs traitements de la maladie de Fabry sont actuellement disponibles, notamment des traitements enzymatiques de substitution. L'agalsidase bêta et l'agalsidase alpha sont des produits de synthèse obtenus par génie génétique, permettant un traitement enzymatique substitutif à long terme chez les patients avec un diagnostic confirmé de maladie de Fabry. L'enzymothérapie favorise la stabilisation des douleurs, de la fonction rénale, de la masse cardiaque, de l'excrétion urinaire de 0b3 et de la symptomatologie digestive. Par ailleurs, de nouveaux traitements basés 13 sur la stabilisation de la protéine naissante mutée ont été mis récemment sur le marché. Le migalastat est ainsi un chaperon pharmacologique conçu pour se fixer de manière sélective et réversible avec une forte affinité sur les sites actifs de certaines formes mutantes de l'a-Gal A, dont les génotypes sont définis comme étant des mutations sensibles. La fixation du migalastat stabilise ces formes mutantes de l'a-Gal A dans le réticulum endoplasmique et facilite leur transfert vers les lysosomes où la dissociation du migalastat rétablit l'activité de l'a-Gal A, entraînant le catabolisme du GL-3 et des substrats associés.Dans un mode de réalisation préféré, ledit composé est l'agalsidasc bêta, l'agalsidasc alpha ou le migalastat. [0070] Dans un mode de réalisation préféré, ledit composé est administré sous forme de composition pharmaceutique. Les compositions pharmaceutiques de l'invention comprennent outre ledit composé, notamment l'agalsidasc bêta, l'agalsidasc alpha ou le migalastat, un ou plusieurs excipients pharmaccutiquernent acceptables. [0071] Par « excipient pharmaceutiquement acceptable », on entend ici un excipient dont l'administration à un individu ne s'accompagne pas d'effets délétères significatifs. Les excipients pharmaccutiquement acceptables sont bien connus de l'homme du métier. [0072] Tel qu'il est utilisé ici, l'expression « excipient pharmaccutiquement acceptable » comprend tous les solvants, tampons, solutions salines, milieux de dispersion, revêtements, agents antibactériens et antifongiques, agents isotoniques et retardant d'absorption, et analogues qui sont physiologiquement compatibles. Les excipients sont choisis selon la forme pharmaceutique et le mode d'administration souhaité, parmi les excipients habituels qui sont connus de l'homme du métier. Le type de support sera ainsi choisi en fonction de la voie d'administration prévue. Dans divers modes de réalisation, le support est approprié pour une administration intraveineuse, intrapéritonéale, sous-cutanée, intramusculaire, topique, transdermique ou orale. Les véhicules pharmaceutiquement acceptables comprennent les solutions ou dispersions aqueuses stériles et des poudres stériles pour la préparation extemporanée de solutions ou dispersions injectables stériles. L'utilisation de milieux et agents pour des substances pharmaceutiquement actives est bien connue dans la technique. Une composition pharmaceutique typique pour une perfusion intraveineuse pourrait être constituée pour contenir 250 ml de solution de Ringer stérile et 100 mg de la combinaison. Les procédés pour préparer des composés administrables par voie parentérale seront connus ou évidents pour l'homme du métier et sont déciits plus en détail dans, par exemple, « Remington 's Phannaceutical Science, 17th cd., Mark Publishing Company, Easton, Pa. (1985) », et le 18e et 19e éditions de ce manuel. [0073] Les compositions de l'invention sont administrées au patient à une dose thérapeu- tiquement efficace. Le terme « dose thérapeutiquement efficace » tel qu'utilisé ici se réfère à la quantité nécessaire pour observer une activité thérapeutique ou préventive 14 sur la maladie de Fabry, en particulier la quantité nécessaire pour observer une amélioration des symptômes. La quantité de composé à administrer, notamment l'agalsidase bêta, l'agalsidase alpha ou le migalastat, ainsi que la durée du traitement sont évaluées par l'homme du métier selon l'état physiologique du sujet à traiter, déficit enzymatique en a-galactosidase À, le peptide choisi ainsi que la voie d'administration utilisée. Le composé utilisé selon l'invention peut être administré sous la forme d'une dose unique ou de doses multiples. [0074] L'homme du métier saura ainsi choisir au mieux les voies et modes d'administration de la composition selon l'invention, ainsi que les posologies et formes galéniques optimales, selon les critères généralement pris en compte dans la fabrication d'un médicament ou l'établissement d'un traitement pharmaceutique. De préférence, ces composés seront administrés par voie systémique, en particulier par voie intraveineuse, par voie intramusculaire, intradermique, intra-péritonéale ou sous-cutanée, par voie orale, ou par voie topique (au moyen de gel, aérosols, gouttes, etc.). Les formes unitaires d'administration appropriées comprennent les formes par voie orale telles que les comprimés, les gélules molles ou dures, les poudres, les granules et les solutions ou suspensions orales, les formes d'administration sublinguale, buccale, intra-trachéale, intraoculaire, intranasalc, par inhalation, les formes d'administration topique, transdermique, sous-cutanée, intramusculaire ou intraveineuse, les formes d'administration rectale et les implants. Pour l'application topique, on peut utiliser les composés selon l'invention dans des crèmes, gels, pommades ou lotions. [0075] 11 sera particulièrement avantageux selon l'invention d'administrer la composition par voie entérale, orale, parentérale (par exemple sous-cutanée, intradermique, ou intramusculaire) ou mucosale (par exemple intranasale, sublinguale, intravaginale, transcutanée). De manière plus préférée, la composition pharmaceutique de l'invention sera administrée à plusieurs reprises, de manière étalée dans le temps. Son mode d'administration, sa posologie et sa forme galénique optimale peuvent être déterminés selon les critères généralement pris en compte dans l'établissement d'un traitement adapté à un patient comme par exemple l'âge ou le poids corporel du patient, la gravité de son état général, la tolérance au traitement et les effets secondaires constatés. [0076] Dans les compositions pharmaceutiques de la présente invention, le principe actif ou les principes actifs sont généralement formulés en unités de dosage. Par exemple, quand le composé de l'invention, notamment l'agalsidase bêta, l'agalsidase alpha ou le migalastat, est administré, l'unité de dosage contient 2,5 à 500 mg, avantageusement de 10 à 250 mg, de préférence de 10 à 150 mg par unité de dosage, pour les administrations quotidiennes, une ou plusieurs fois par jour. Bien que ces dosages soient des exemples de situations moyennes, il peut y avoir des cas particuliers où des dosages plus élevés ou plus faibles sont appropriés, de tels dosages appartiennent également à l'invention. Selon la pratique habituelle, le dosage approprié à chaque patient est déterminé par le médecin selon le mode d'administration, l'âge, le poids et la réponse dudit patient. [0077] L'invention sera décrite plus précisément au moyen des exemples ci-dessous. LEGENDES DES FIGURES [0078] Fiuure 1: Présentation générale de la démarche expérimentale [0079] Fiuure 2: 2A) le graphique d'analyse en composante principale (ACP) montre une séparation claire entre les échantillons témoins et Fabry. 2B) le graphique d'analyse discriminante par la méthode des moindres carrés orthogonale (OPLSDA) (R2 = 0.99, Q2= 0.93) montre une séparation claire entre les échantillons témoins et Fabry avec un CV-ANOVA = 1,83 101,. Les caractéristiques du modèle et de la validation sont détaillées dans les informations supplémentaires. 2C) Analyse de classification ascendante hiérarchique et carte thermique des 100 meilleures variables (abscisses) telles qu'ordonnées par un test t. Les classes des échantillons plasmatiques sont représentées en ordonnées. Le code couleur représente les logs des intensités des variables entre -1 (bleu) and +1 (marron), qui montre les abondances relatives des variables mesurées selon les groupes. 2D) Dendrogramme hiérarchique des variables les plus significatives entre les patients Fabry et les témoins. [0080] Figure 3 : Analyse des voies métaboliques altérées dans la maladie dc Fabry. [0081] Figure 4 : Liste des meilleures variables significatives. A) Graphiques de densité (Density plots) montrant une comparaison selon le genre des sujets. B) Graphiques de densité (Dcnsity plots) montrant une comparaison entre les échantillons Fabry et témoins. C) Boxplots des variables les plus significatives entre les patients Fabry et les témoins. [0082] F igure 5 : Validation externe d'un modèle multivarié comprenant : FGF2, IL7, taurine, spermidine et AC(16:1)-0H, sur un groupe de 10 échantillons (5 témoins and 5 Fabry). EXEMPLES Méthodes 100831 Échantillons de plasma 100841 Des échantillons de plasma ont été prélevés chez des patients présentant un diagnostic de Fabry confirmé, prélevés dans la cohorte française Fabry (FFABRY). FFABRY est une cohorte multicentrique de patients présentant un diagnostic enzymatique et / ou génétique de MF. Vingt patients Fabry ont été indus : 10 hommes (âge compris entre 20,2 et 49,8 ans, âge moyen : 34,5 ans) et 10 femmes (âge compris entre 16,1 et 65,3 ans, âge moyen : 39,3 ans). Nous avons également recueilli des échantillons chez 20 sujets en bonne santé, 10 hommes (âge compris entre 20,2 et 61,4 16 ans, âge moyen : 40,1 ans) et 10 femmes (âge compris entre 21 et 69 ans, âge moyen : 41,8 ans). Ce projet a été approuvé par le Comité d'Ethique pour les Recherches Non Interventionnelles (CERN') du Centre Hospitalier Universitaire de Rouen. [0085] Analyse quantitative des métabolites [0086] Le protocole utilisé dans cette étude a été décrit précédemment [32]. En bref, tous les échantillons ont été centrifugés et le surnageant a été utilisé pour une analyse ultérieure. Les métabolites plasmatiques ont été analysés à l'aide du kit AbsoluteIDQO p400 HR de Biocrates®. Les plaques de kit de Biocratcs disponibles dans le commerce ont été utilisées pour quantifier 408 métabolites endogènes appartenant à 9 classes biochimiques, dont acylcarnitincs, acides aminés et amines biogènes, céramides, esters de cholestérol, diglycérides, glycérosphingolipides, sphingolipidcs et triglycérides. Le test entièrement automatisé était basé sur la dérivation PITC (phénylisothiocyanate) en présence de standards internes suivis par la FIA-MS / MS (acylcarnitincs, glycérophospholipides, sphingolipidcs, esters de cholestérol, glycérides) et la LC-MS / MS (acides aminés, amines biogènes) en utilisant un instrument Thermo Scientific Q-Exactivc Focus (Thcrmo Scicntific, Waltham USA) avec ionisation par électrospray (EST). Les données ont été quantifiées à l'aide du logiciel MS approprié (XCalibur) et importées dans le logiciel Biocratcs MetIDQ® pour une analyse plus approfondie. [0087] Analyse protéomique ciblée [0088] Les protéines plasmatiques ont été mesurées en utilisant des dosages par électrochi- mioluminescence (Meso Scale Discovery [MSD], Rockville, Maryland, USA). Le kit V-PLEX Human Biomarker 40-Plex comprenant CRP, Eotaxin, Eotaxin-3, FGF (basique), GM-CSF, ICAM-1, IFN-y, IL-10, IL-12 / IL-23p40, IL-12p70, W-13, IL-15, IL-16, IL-17A, IL-la, IL-1[3, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IP-10, MCP-I, MCP-4, MDC, MIP-la, MIP-113, P1GF, SAA, TARC, Tie-2, TNF-cc, TNF-13, VCAM1, VEUF-A, VEUF-C, VEUF-D et VEGFR-1 / Fit-1. Les données ont été acquises à l'aide d'un lecteur de plaques SECTOR S 122 6000 (MSD). La liste complète est présentée dans le tableau supplémentaire Si. [0089] Analyse des données [0090] Sur les 408 métabolites disponibles dans le kit p400 HR qui ont été mesurés, seuls 262 qui étaient quantifiés de manière fiable (concentrations supérieures au seuil de détection) dans tous les échantillons, ont été conservés (la liste complète des métabolites inclus dans l'étude est présentée dans le tableau supplémentaire Si). Ainsi, en incluant 40 protéines et 262 métabolites évalués dans 40 échantillons finaux, les dimensions de la matrice de données étaient au nombre de 302 x 40 observations. Pour l'analyse statistique, un test t est utilisé pour les comparaisons binaires La méthode de correction pour les tests statistiques multiples de Benjamini et Hochberg a été utilisée pour les corrections de test avec un seuil de significativité de 5%. Une courbe ROC 17 (Receiver Operating Curve) a été utilisée pour évaluer la performance de diagnostic des modèles discriminants choisis. Les données ont été normalisées par transformation logarithmique et sont par la suite centrés et réduits par soustraction de la moyenne et division sur l'écart-type. Toutes les modélisations et analyses de données sont effectuées à l'aide des logiciels S1MCA 15.0 (Sartorius Stedim Data, Umeâ, Suède) et R (https://www.r-projectore). [0091] La Fig. 1 présente un aperçu des différentes étapes de l'analyse. Tout d'abord, un aperçu des tendances en matière de regroupement de des échantillons avec des profils similaires d'intensité variable a été obtenu par analyse non supervisée en utilisant une classification ascendante hiérarchique de l'ensemble de données. En outre, l'analyse multivariée et la modélisation des données sont aussi effectuées en utilisant l'analyse en composantes principales (ACP) qui une analyse non supervisée. L'ACP a d'abord été appliquée afin d'obtenir un aperçu des données et identifier les valeurs aberrantes potentielles, lesquelles sont définies comme des observations dont les scores sont en dehors de l'ellipse d'Hotelling T2 (intervalle de confiance = 0,95). Le DmodX a été utilisé pour détecter les valeurs aberrantes modérées [33]. L'OPLS-DA (Orthogonal Partial Least Square Discriminant Analysis) est utilisée comme méthode supervisée à des fins prédictives. Pour sélectionner les variables prédictives les plus pertinentes, le groupe d'apprentissage a été divisé en plusieurs parties : un échantillon d'apprentissage et un échantillon de tests. Un test de permutation (999 itérations) a été aussi effectué pour évaluer et éviter le surapprentissage du modèle OPLS-DA en comparant les mesures statistiques de diagnostic du modèle généré avec celles de modèles générés de manière aléatoire. [0092] Le R2X représente la variation modélisée cumulée dans X (X = variables = mé- tabolites et protéines), R2Y est la variation modélisée cumulative de Y (Y = groupes d'échantillons) et Q2Y est la variation prédite cumulative de Y basée sur la validation croisée. La plage de ces paramètres est comprise entre 0 et 1, où 1 indique un ajustement parfait et une performance prédictive parfaite du modèle. De plus, une l'analyse de la variance (CV-ANOVA) a été systématiquement réalisée sur la base du de la validation croisée [34]. Pour l'analyse des voies métaboliques, omicsNet a été utilisé [35] avec Recon2 en tant que base de données biologique. Les caractéristiques et les résultats de la validation des modèles OPLS-DA sont fournis dans le Tableau 1. Résultats [0093] Un test t a été réalisé pour évaluer la différence entre les patients MF et les contrôles. L'analyse de données métabolomiques a révélé 95 variations significatives des métabolites sur 263. Les principaux métabolites (tableau 1) sont des acylcarnitines (AC [16: 1-0H] AC [14: 1-DC]), des acides aminés (taurine, sarcosine, diméthylarginine asymétrique), des amines biogènes (spermidine, spermine) et des sphingolipides 18 (SM [42: 2], SM [32: 1]). Pour les données protéomiques, huit des protéines étaient significativement exprimées sur 40 ; trois protéines d'angiogenèse (FGF2, VEGFA, PGF), quatre cytokines (IL7, VEGF, IL16, IL12B), des protéines proinflammatoircs (CXCL8, TNF) et deux protéines vasculaires (VCAM1, ICAM1). [0094] Pour explorer la relation entre les échantillons et les profils sous-jacents des variables (métabolites et protéines), nous avons effectué une analyse hiérarchique par cluster basée sur les principaux métabolites exprimés différentiellement dans le groupe étudié (Fabry vs Control). Les résultats sont présentés sur la figure 2. [0095] La figure montre une séparation nette et un regroupement serré de tous les échantillons selon leurs classes respectives. La structure du dendrogramme met en évidence deux groupes principaux d'intensités variables représentées par ses deux plus longues branches (dissimilarité maximale selon la distance euclidienne). La structure du dendrogramme met en évidence deux groupes principaux de métabolites et de protéines qui définissent les motifs différentiels principaux en fonction du gradient de couleur de la carte thermique. Cette première analyse a permis de suivre facilement les groupes naturels dans les données et de visualiser les différences. [0096] Pour aller plus loin, nous avons appliqué une autre méthode non supervisée, l'analyse en composantes principales (ACP), qui permet d'analyser davantage les profils biologiques différentiels sous-jacents. Un modèle ACP à trois composantes représentant 41% de la variance totale a été construit. Un graphe des scores de l'ACP a été utilisé pour suivre les regroupements et identifier les valeurs aberrantes potentielles dans les données. Le graphe des scores de l'ACP de la Fig. 2A montre une séparation spontanée et claire entre les échantillons Fabry et témoin. Cela confirme les résultats observés dans l'analyse de classification ascendante hiérarchique. [0097] Pour la classification prédictive, les méthodes supervisées sont utilisées, compte tenu de leur capacité à modéliser avec précision la relation entre les groupes étudiés. La méthode OPLS-DA a été utilisée ici. Les échantillons ont été distingués selon leurs groupes, Fabry ou témoin (Fig. 2B). Le Q2 apprécie l'intercept de la droite de régression linéaire négative résultant du test de permutation permet une validation croisée des modèles OPLSDA pour évaluer sa précision afin d'éviter le surapprentissage et les fausses conclusions. Le modèle final avait de très bonnes métriques d'évaluation avec R2 = 0,99 et Q2 = 0,93. Les graphes des scores OPLS-DA (Fig. 2B) montrent une nette séparation entre les groupes, suggérant que le modèle OPLS-DA a réussi à classer les échantillons en fonction de leurs profils « omiques » respectifs. La validation du modèle est évaluée à la fois par CV-ANOVA (valeur p = 1,83 x 10-15) et par le test de permutation (999 permutations ont donné un intercept Q2 négatif = - 0,41). Les détails concernant la validation du modèle sont indiqués dans le Tableau 1 ci-dessous. 19 [0098] Tableau 1 : OPLSDA Fabry vs Témoin [0099] [Tableaux 1] Composa R2X R2X(cu 113) laleu r R R2(eu Q2 Unit e Q2(c Y R2Y(cu Valeur propre nt e 2 -m) m) Weide 0,422 0,996 4.932 Pr eaktio n 0,185 0,996 0,932 PI 4,18 0,185 7,32 1 0,996 093 0,01 0532 5 al en MC/PIS) 01 0.13 0,131 5,26 0 0 02 0,07 0,209 3,13 C G 8 0,23,S 1,09 0 03 0,02 [0100] En outre, une analyse de corrélation de Spcarman a été effectuée pour les principales caractéristiques. Le dendrogramme (Fig. 2D) montre un regroupement clair avec trois groupes principaux. Ces groupes soulignent les similitudes biologiques des différentes variables. Le plus petit ne comprend que deux variables (métabolites), un triglycéride et un diglycéride. Le second comprend principalement les lipides. Le dernier et le plus grand comprend 39 caractéristiques (Fig. 2D). Les voies sous-jacentes ont été explorées par une analyse des voies communes en utilisant les variables significatives pour les cartographier sur Recon2. Fait intéressant, les métabolismes les plus touchés sont liés aux sphingolipides, aux phospholipides et aux acides aminés. Les résultats sont présentés Fig. 4. [0101] En utilisant le modèle OPLSDA généré, les variables discriminantes ont été extraites sur la base de leur puissance prédictive (via VIP) et de leurs valeurs p corrigées respectives après correction des tests multiples. Les cinq principales caractéristiques pré- dictives comprennent trois métabolites ; AC (16:1-OH) (acylcarnitines), la spermidine (amines biogènes), la taurine (acides aminés) et deux protéines F0F2 (angiogenèse) et 1L7 (cytokines). Pour évaluer les performances diagnostiques des différents métabolites et protéines, nous avons effectué des analyses de courbes ROC univariécs. De façon intéressante, toutes les caractéristiques discriminantes présentaient une AUC élevée. Les meilleurs métabolites et protéines, avec leurs statistiques respectives, sont présentés dans le tableau 2. Les meilleures caractéristiques sont représentées dans la Figure 4. [0102] Pour évaluer les performances diagnostiques du modèle incluant ces cinq bio- marqueurs, nous avons construit un modèle PLSDA. Le modèle a été validé en utilisant la validation croisée et le test de permutation avec une valeur de p = 9 10 4. Nous avons également évalué le modèle en utilisant un ensemble de validation comprenant cinq témoins et cinq patients Fabry. Le modèle a réussi à classer tous les échantillons (Fig. 5). [0103] Tableau 2 : Liste des 30 principales variables (métabolites et protéines) Fabry par rapport aux témoins. VIP : Variable importance in projection ; FC : Fold change ; FDR : False discovery rate (valeurs p) ; AUC : Aire sous la courbe ; PC : phosphatidylcholine, Lyso-PC : lysophosphatidylcholinc, AC : acylcarnitinc, SM : sphingomyéline. [0104] Ormes Soie rretabohmse hem FC FDR 1 AtIC Coeffl ttveaLl dans Fabry Protéine legiosenese MI72 0,595 3,887-10 2.25 .2K7 220E-112 Accu Matatelite Acides arrime Taurine 9,5/5 2757-14 2.15 1J10 2,31E-72 Accru 1 Métabolite Acylcarnitines AC(16:1-01-1) 1,209 1,75E-13 2,1 l,C6 2,870-02 Accru Protéine Cytokines 117 5,375 3.85E-52 i 81,104-02 Accru 2,10 0,45. Met.abolite amines bioeéres Spennidide 2,594 441E-12 2,38 1,42 2.36E-62 Accru Métabolite 4ddesninés Sarcasme 0.069 4,42E-12 7319 1,08 729E-07 Métabolite Arylcarnhine AC(54:1-0C5 1.074 1,715E-11 1,50 1,08 2/.402 Accru Métabolite Anones brégènes Sperrdne 6,01> 5,92E-38 1,88 058 2,2%-02 Accru Proterte Regbeenese VEGFÀ 0,555 2> CfSE-DO 1.90 0.97 2,440-02 Accru Protéine Cytokines VE 0,732 8,27E-38 5,86 0,45 224-02 Accrul Probene reginenête 17Cf u, 5,37E307 5,84 0.45 1,78E-02 Accru Métabolite Acides aminë AsyrnmeDic 1,627 1, 4E-C1)" 1,79 1838E-02 Accru dirnetholareinine Métabolite Sphlrigolipides SM542:2) 8292 2.49E-08 1,82 0,95 1.44-02 Accru [ M&abolite Sein d 984321) 0.745 i. la g 172 0,95 1.10E-92 Accru Métabolite acylcarnitinet OC15...1,1 1,069 3.49E-30 5,70 0,93 02 Accru hietabzgite GlyréroSpeingolipi 1.F.C-078:15 7.530 5,30E-115 1.70 0.92 Accu des Métabolite Spiengatimees SMi34:1) 0:939 1.46E-Or 1,65 0,97 9,49E-01 Ar rru Métabolite Dieycigi-des DG(42:C) 0,055 1,768-35 3.63 0.90 9,11-113 accru 1 Métabolite Ester: de 22:&Cholesteryt 02137 8,33E-35 1.95 0.92 1,11-02 Accru Cholestérol ester Protéine Proinflammatoire CXCL8 :4351 - fferr (2 Pecru Méta titra arcyldenitirez AC( .) 5,758 2,71E05 3E9 0,95 6,74-1113 Accru Métabolite drides. aminés Asparaene 0,876 2,79E-05 LOF 0,91 30017-02 Accru Métabolfte 4csdesu,nc, KEnurenine 0,310 2.99E-05 1,98 Cl. 2.88E (2 Ar cru Métabolite &eines biogenes Putreedne 2,632 2.95E-05 5,4 0,94 2,851-02 accru Métabolite SphirriblipideS SM.1333:1) 1491 3.17 35 1,56 0,&i. 9,9CE 93 Accru Métabolite Acyloarnerme: AC(118:0-0H5 1.027 4,327 05 1.56 0.88 9,927 93 accru Métabolite Acylcarnittas a/C518:05 1.097 4,32E-05 1 3,1 /E-03 Accu 1 1.58099 esetibete Sphiegalipldes 94(34:2) 0,925 5,44E-05 1.89 09M 5,33E-03 Accru Métabolite arranetiese a.C.(6.: 1/ 1,042 9,97E-05 1,47 029 9,24-02 Accru Métabsifite Arides moines 02thSnmne 0,969 1,55E-0e 0,86. 0 E-Mt'tu tra Liste des documents cités [0105] 1. 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