Brevet FR3078166A1 — publié le 20190823

Méthode de détermination d'une pathologie ou d'une espèce par analyse de matière fécale par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF. La présente invention concerne une méthode de détermination d'une pathologie d'un individu humain ou d'une espèce d'un animal par analyse d'un échantillon de matières fécales du dit individu humain ou respectivement animal par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF. La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF est une technique qui permet la désorption des protéines d'un produit biologique, de les soumettre à un champ électrique et de mesurer le temps de vol des peptides (« AM of flight ») qui est déterminé à la fois par leur poids et par leur charge électrique. Cette technique a de très multiples usages et a été très largement utilisé pour l'identification bactérienne [1] mais aussi pour l'identification des animaux dont les arthropodes et les mammifères [2-5]. Plus précisément, la spectrométrie de masse est une technique physique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des molécules d'intérêt par mesure de leur masse. Son principe réside dans la séparation en phase gazeuse de molécules chargées (ions) en fonction de leur rapport masse/charge (m/z). Elle permet en outre de caractériser la structure chimique des molécules en les fragmentant. Son utilisation, facile, rapide et peu coûteuse, s'est largement répandue dans de nombreux domaines scientifiques, y compris en biologie. C'est ainsi que, associée à d'autres approches, elle permet l'étude du protéome. Etendue récemment à la médecine, elle permet d'étudier le sérum des patients, un mélange complexe de protéines, ce qui peut être utile au diagnostic de différentes maladies. La spectrométrie de masse sous sa variante MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight) est récemment entrée dans les laboratoires de microbiologie. Elle permet en effet la détection des toxines bactériennes. Elle permet également d'identifier et de classifier différents types bactériens en utilisant des bactéries intactes. En effet, parmi les divers composants identifiés dans un spectre de spectrométrie de masse MALDI-TOF, certains semblent spécifiques d'une espèce bactérienne précise. Ainsi, il a été possible d'identifier un grand nombre d'espèces bactériennes dans des 2 prélèvements cliniques en utilisant des banques de données fabriquées à partir de chacune de ces espèces. La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF s'est imposée ces dernières années dans les laboratoires de microbiologie clinique pour l'identification des 5 colonies de bactéries ou de levures isolées sur milieu de culture solide à partir de prélèvements humains. En effet, ses atouts sont nombreux : (1) rapidité de l'identification (en quelques minutes) ; (2) précision de l'identification (sans nécessité préalable de connaître le type de microorganisme recherché) ; et (3) faible coût par échantillon (moins de 50 centimes d'euros par échantillon). 10 Parmi les fabricants de spectromètre de masse, deux systèmes MALDI-TOF complets sont disponibles à la vente, commercialisés par les sociétés Bruker Daltonics (Allemagne) et Biomérieux (France). Chaque instrument est accompagné d'un logiciel de pilotage, d'une banque de données obtenue à partir de colonies isolées en milieu solide et d'un système expert permettant l'identification du 15 microorganisme reposant sur l'analyse du spectre généré par le spectromètre de masse. Une application de cette technologie à l'identification des bactéries implique actuellement l'isolement de colonies (obtenues après 24h - 48h de culture) et l'analyse de bactéries entières ou d'extraits protéiques de bactéries isolées, les dites bactéries étant isolées directement à partir des prélèvements de 20 patients. Dans WO 2016066930, on a décrit une méthode d'identification des microorganismes directement à partir de prélèvements d'urines de patients, sans étape de culture, afin de pouvoir obtenir dans des délais très rapides l'identification de microorganismes pathogènes dans les prélèvements de patients. 25 Enfin, la spectrométrie de masse MALDI-TOF a permis de caractériser différentes spores de champignons, levures et des pollens, notamment dans US 2003/027231. Dans WO 2011154650, on a décrit qu'il était possible d'identifier, c'est-à-dire de caractériser de manière spécifique, à partir de cellules entières (c'est-à-dire de 30 cellules non préalablement lysées avant analyse) des types de cellules eucaryotes mammifères par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF. Ceci a été rendu possible par une prise en compte de l'ensemble des pics des spectres, c'est-à-dire 3 par une analyse combinatoire des spectres impliquant la comparaison spectre à spectre et non pas la recherche de pics spécifiques en eux-mêmes pris séparément. Cette caractérisation spécifique résulte de ce que, lors d'une spectrométrie de masse du type MALDI-TOF, lesdites protéines intracellulaires sont 5 en nombre suffisant et leur nature et leur proportion relative sont suffisamment distinctes et variables et donc spécifiques entre les différents types cellulaires eucaryotes pour permettre une caractérisation spécifique du type de cellules par une analyse du spectre de masse de cette combinaison de protéines, sous réserve que l'on ne cherche pas à identifier lesdites cellules à partir de pics spécifiques, 10 correspondant à des protéines spécifiques, mais par une analyse combinatoire de pics, à savoir par comparaison de spectres complets, notamment d'au moins 70 pics. L'étude du microbiote digestif réalisée par des techniques de biologie moléculaire métagénomique mais aussi par des techniques de culture appelées 15 culturomics [6, 7] révèle une diversité des microbes obtenus dans un certain nombre de situations pathologiques et/ou selon les espèces animales. Selon la présente invention, on a découvert que l'utilisation directe des matières fécales qui sont constituées majoritairement de microbes, pouvait donner des signatures spécifiques d'une espèce animale et de pathologies spécifiques chez 20 les humains même en l'absence d'identification d'un agent pathogène spécifiques concerné par la dite pathologie. Pour ce faire, la présente invention consiste en l'analyse in vitro par la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF de matières fécales sans traitement préalable suivie de l'analyse des spectres obtenus par traitement de 25 normalisation, lissage et calibrage des spectres après définition de critères de qualité, permettant des regroupements correspondant parfaitement à l'identité des espèces animales et pathologies des sujets dont les échantillons de selles étaient testés. Ainsi, on a découvert qu'il était possible, d'une part, identifier une espèce animale à partir de l'analyse directe d'échantillons d'excréments en provenant, 30 notamment pour différentes espèces de singes du monde entier. Ainsi, par exemple les babouins d'Arabie Saoudite et du Sénégal, des chimpanzés du Sénégal, des bonobos de la République démocratique du Congo, des gorilles du Congo Brazzaville, des singes verts et des singes rouges du Sénégal ont pu être testés 4 grâce à cette technique. Dans le même temps, on a testé comme groupe contrôle, d'une part des humains et d'autre part des chiens. D'une manière intéressante, on a utilisé un outil moléculaire permettant de reconnaitre les individus et ceci a montré qu'à ce niveau de distinction, il était en 5 revanche impossible de reconnaître l'individu dans le cadre de cette analyse de matière fécale. On a découvert qu'il était possible d'identifier une dite espèce animale ou une pathologie du fait des modifications du microbiote en cause dans cette maladie et ce même en l'absence de détection d'un extrait protéique d'une ou 10 plusieurs protéines spécifiques de la dite espèce ou dite pathologie. Plus précisément, la présente invention fournit une méthode de détermination d'une pathologie d'un individu humain ou d'une espèce d'un animal par analyse d'un échantillon de matières fécales du dit individu humain ou respectivement animal par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF, dans 15 laquelle : a) on détermine une combinaison d'une pluralité de pics discriminants pour lesquels on détermine des seuils de valeurs d'intensités permettant de distinguer les spectres d'échantillons de matières fécales des individus présentant ladite pathologie ou respectivement animaux appartenant à la dite espèce animale par 20 rapport aux spectres d'échantillons de matières fécales d'individus ne présentant pas la dite pathologie ou respectivement d'animaux n'appartenant pas à ladite espèce animale, en fonction des valeurs des intensités des dits pics discriminants; b) on réalise le spectre d'un échantillon de matières fécales à analyser, et c) on vérifie si le spectre dudit échantillon de matières fécales à analyser 25 comprend les dits pics discriminants et si les valeurs des intensités des pics discriminants correspondent à une combinaison de valeurs des intensités correspondant aux spectres d'individus présentant la dite pathologie ou d'individus ne présentant pas la dite pathologie ou respectivement aux spectres d'animaux appartenant à la dite espèce animale ou n'appartenant pas à la dite espèce 30 animale tel que déterminé à l'étape a). Les inventeurs considèrent comme vraisemblable sans être liés par cette 5 théorie que cette découverte d'une spécificité de discrimination permettant la détermination d'une pathologie d'un individu humain ou d'une espèce animale par analyse d'un échantillon de matières fécales par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF pourraient résulter de ce que la composition protéique des matières 5 fécales est conditionnée par la composition de l'écosystème microbien du tube digestif et des habitudes alimentaires lesquels en pratique seraient donc corrélés à la pathologie de l'individu et à son espèce. Plus particulièrement, on réalise le spectre d'un dit échantillon de matières fécales bruts dissout dans une solution de matrice de préférence de solution 10 saturée d'acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique dans 50 °h d'acétonitrile et 2,5 °h d'acide tri-fluoracétique. Plus particulièrement encore, à l'étape a) on détermine une combinaison d'une pluralité de pics discriminants caractérisée en ce qu'on détermine des fourchettes de valeurs d'intensité permettant de distinguer les spectres 15 d'échantillons des individus présentant ladite pathologie ou respectivement appartenant à la dite espèce animale et les spectres d'échantillons d'individus ne présentant pas la dite pathologie ou respectivement n'appartenant pas à la dite espèce animale, en fonction des différentes valeurs des intensités des pics discriminants concernés dans le spectre d'un échantillon à analyser permettant 20 ainsi de déterminer la présence ou non de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance ou non à la dite espèce selon que pour lesdits pics discriminants l'intensité de chaque pic discriminant est spécifiquement à l'intérieur ou en dehors d'au moins une fourchette de valeurs d'intensités, les dites fourchettes pouvant être identiques ou de préférence différentes pour les différents pics discriminants. 25 Dans un mode de réalisation, une dite fourchette est constituée par les valeurs au-dessus ou au-dessous d'un seuil de valeurs d'intensités. Plus particulièrement, selon un premier mode de réalisation illustré aux exemples 1 à 3, à l'étape a), on détermine la présence ou non de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance ou non à la dite espèce, selon que 30 pour les dits pics discriminants, les valeurs d'intensités sont comprises dans une première fourchette de valeurs d'intensités pour déterminer la présence de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance à la dite espèce ou à l'intérieure 6 d'une deuxième fourchette de valeurs d'intensités pour déterminer l'absence de ladite pathologie ou respectivement la non appartenance à la dite espèce, les dites première fourchette et deuxième fourchette ne se chevauchant pas, et ce pour chaque dit pic discriminant. 5 Plus particulièrement encore, dans ce premier mode de réalisation, à l'étape a), la probabilité de présence de la dite pathologie ou respectivement de l'appartenance à la dite espèce est d'autant plus grande que le nombre n1 de dits pics discriminants pour lesquels les valeurs d'intensité relative sont à l'intérieur des dites premières fourchettes, est plus grand et supérieur au nombre n2 de dits 10 pics discriminants pour lesquels les valeurs d'intensité relative sont à l'intérieur des dites deuxièmes fourchettes. Plus particulièrement encore, dans ce premier mode de réalisation, on détermine un score d'identification S de « -1 » à « +1 », « 1 » correspondant à une certitude à 100°/0 de la présence de la dite pathologie ou appartenance à 15 ladite espèce et « -1 » correspondant à une certitude à 100°/0 de l'absence de ladite pathologie ou non appartenance à ladite espèce, S étant calculé par la somme des scores « si » avec i=1 à p, pour les p pics somme que l'on divise par le nombre p de pics, tel que pour chacun des p pics discriminants, le score si est de valeurs « 1 » si l'intensité du pic est dans la dite première fourchette, « -1 » si 20 l'intensité du pic est dans la dite deuxième fourchette et « 0 » si l'intensité du pic n'est pas comprise dans les dites première et deuxième fourchettes. Plus particulièrement encore dans ce premier mode de réalisation, à l'étape a), la probabilité de présence de ladite pathologie ou appartenance à ladite espèce est de 100°/0 si pour tous les dits pics spécifiques discriminants, les valeurs 25 d'intensités relatives sont à l'intérieur des dites premières fourchettes, et la probabilité d'absence de ladite pathologie ou non appartenance à ladite espèce est de 100°/0 si pour tous les dits pics discriminants les valeurs d'intensités relatives sont à l'intérieur des dites deuxièmes fourchettes. En pratique, on arrive à discriminer un groupe de sujets comme présentant 30 une pathologie ou appartenant à une espèce animale avec un nombre de 1 à 15 pics discriminants, de préférence de 3 à 10 pics discriminants. 7 Plus particulièrement encore selon ce premier mode de réalisation, on détermine la présence ou l'absence de la maladie consistant en une colite résultat d'une infection par Clostridiurn difficile pour laquelle à l'étape a), on a identifié 8 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 8 pics 5 discriminants. Plus particulièrement encore, pour déterminer la présence ou l'absence de la maladie consistant en une colite résultat d'une infection par Clostridiurn difficile, les dits 8 pics discriminants sont des pics à 2710, 3372, 3399, 3408, 3445, 4374, 5658, 11047 Da à +/- 0.5%. 10 Plus particulièrement encore, pour déterminer la présence ou l'absence de la maladie consistant en une colite résultat d'une infection par Clostridiurn difficile, les dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités pour lesdits 8 pics discriminants suivants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : 15 -Pour le pic à 2710 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 4.56326002121813 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 20 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 4.86226943144253x 10-5; et -Pour le pic à 3372 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 25 0.000434223789748754, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensité relative correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000339153329205546 ; et -Pour le pic à 3399 Da, 8 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 9.98606712559408 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.7561289741134 x 10-5; et -Pour le pic à 3408 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 10 0.000118664760690361, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensité relative correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.78528309013007 x 10-5 ; et -Pour le pic à 3445 Da, 15 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000837188281840417, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 20 0.000634234550815951; et -Pour le pic à 4374 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.55157313225957 x 10-5, et 25 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.0001002315521507 x 10-5; et -Pour le pic à 5658 Da, 9 -une dite première fourchette de valeurs d'intensité relative correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 4.3325324409441 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.23774442820013 x 10-5; et -Pour le pic à 11047 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 4.98150891075045 10 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 5.199534671731 10-5. Plus particulièrement, dans un deuxième exemple de pathologie, on 15 détermine la maladie de Crohn pour laquelle à l'étape a), on a identifié 3 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 3 pics discriminants. Plus particulièrement encore, dans ce deuxième de pathologie, les dits 3 pics discriminants sont des pics à 3343, 4134 et 4170 Da à +/- 0.5%. Plus particulièrement, dans ce deuxième exemple de pathologie; les dites 20 première et deuxième fourchettes de valeurs d'intensités pour lesdits 3 pics discriminants suivants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : -Pour le pic à 3343 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives 25 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000153184507861765, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000121099556323652; et 10 -Pour le pic à 4134 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000425424602595293 et 5 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.33325181290711 x 10-5; et -Pour le pic à 4170 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensité relative 10 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000148115657553745, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000115898008983965. 15 Plus particulièrement, dans un troisième exemple de pathologie, on détermine la présence ou l'absence de la maladie consistant en une recto-colite ulcéro-hémorragique pour laquelle à l'étape a), on détermine identifié 11 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 11 pics discriminants. 20 Plus particulièrement, dans ce troisième exemple de pathologie, les dits 3 pics spécifiques discriminants sont des pics à 3324, 3345, 3444, 3482, 3493, 6451, 7268, 9599, 9620, 9636, 9707 Da à +/-0.5%. Plus particulièrement, dans ce troisième exemple de pathologie, les dites première et deuxième fourchettes de valeurs d'intensités relatives pour lesdits pics 25 discriminants suivants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : -Pour le pic à 3324 Da, 11 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000202083994783644, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000120628491201788;et -Pour le pic à 3345 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 9.9939643301577 10 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.29121405175384 x 10-5; -Pour le pic à 3444 Da, 15 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000201322490887782 ; et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 20 0.00012259036150653 ; et -Pour le pic à 3482 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000136036653540984, et 25 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.00011930447354638; et -Pour le pic à 3493 Da, 12 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000289961990980622, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000183699312236316;et -Pour le pic à 6451 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensité relative correspond aux valeurs d'intensité relative inférieures à 9.67374238926758 x 10 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000107099318660843 x 10-5; -Pour le pic à 7268 Da, 15 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 6.0909717149715 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 20 9.51109288448326 x 10-5;et -Pour le pic à 9599 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.45853583475995 x 10-5, et 25 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 8.01651427124604 x 10-5 ;et -Pour le pic à 9620 Da, 13 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.45853583475995 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 8.01651427124604 x 10-5;et -Pour le pic à 9636 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.48801247377731 10 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensité relatives supérieures à 7.5819888660436 x 10-5; -Pour le pic à 9707 Da, 15 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.75858354561268 x 10-5; et -une deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 7.47308753223 x 10-5. 20 Dans un deuxième mode de réalisation, à l'étape a), on détermine une ou plusieurs combinaisons de dits pics discriminants avec : a) des premières fourchettes de valeurs d'intensités des dits pics discriminants de la dite combinaison pour déterminer la présence de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance à la dite espèce et 25 b) des deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités des dits pics discriminants de la dite combinaison pour déterminer l'absence de ladite pathologie ou respectivement la non appartenance à la dite espèce, 14 c) certaines au moins des dites premières et deuxièmes fourchettes se chevauchant pour certains des dits pics discriminants, mais permettant néanmoins de par la pluralité des pics discriminants de déterminer la présence de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance à la dite espèce de par la série des 5 valeurs d'intensités pour les dits pics discriminants de la combinaison selon qu'elles sont à l'intérieur ou en dehors des dites premières fourchettes ou deuxièmes fourchettes. En pratique, ce mode de réalisation consiste à constituer un arbre décisionnel pour déterminer la présence de la dite pathologie ou respectivement 10 l'appartenance à la dite espèce impliquant la comparaison des pics et valeurs d'intensités d'un spectre à analyser par rapport à la pluralité de couples (picfourchette(s) d'intensités) de la dite combinaison. Plus particulièrement, dans ce deuxième mode de réalisation, on détermine des dites premières fourchettes et deuxièmes fourchettes constituées par des 15 valeurs au-dessus et respectivement au-dessous de seuils de valeurs d'intensités. Plus particulièrement encore, dans ce deuxième mode de réalisation, lesdits seuils de valeurs d'intensités sont déterminés par approximation à des valeurs médianes de valeurs d'intensités des intervalles entre des dites première et deuxième fourchettes. 20 Plus particulièrement encore, dans ce deuxième mode de réalisation, on détermine la présence ou l'absence de la maladie du SIDA résultant d'une infection par le VIH pour laquelle à l'étape a), on détermine 4 dites premières fourchettes et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 4 pics discriminants. Plus particulièrement encore, dans ce deuxième mode de réalisation, on 25 détermine la présence ou l'absence de la maladie du SIDA résultant d'une infection par le VIH pour laquelle à l'étape a),on détermine 4 seuils de valeurs d'intensités de 4 pics discriminants tels que : 1) la maladie est présente si les valeurs d'intensités des 4 pics sont telles que: 15 1.1) -l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°3, ou 1.2) -l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, 5 l'intensité du pic n°2 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°3 est inférieure au seuil d'intensité du picn°3 et l'intensité du pic n°4 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°4 ; et 2) la maladie n'est pas présente si les valeurs d'intensités des 4 pics sont telles que : 10 2.1) l'intensité du pic n°1 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°1, 2.2) l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1 et l'intensité du pic n°2 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°2, et 2.3) l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du 15 pic n°3 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°3 et l'intensité du pic n°4 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°4. Plus particulièrement encore, pour déterminer la présence ou l'absence de la maladie du SIDA, les pics n°1 à 4 sont, à +/-0.5%: - 4160 Da pour le pic n°1, 20 - 3319 Da pour le pic n°2, - 3607 Da pour le pic n°3, et - 5143 Da pour le pic n°4. Plus particulièrement encore, dans ce deuxième mode de réalisation, pour déterminer la présence ou l'absence de la maladie du SIDA résultant d'une 25 infection par le VIH, les seuils d'intensités relatives des dits pics discriminants sont des valeurs de seuils d'intensités relatives exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : 16 - pour le pic n°1 à 4160 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000116691, - pour le pic n°2 à 3319 Da, une valeur de seuil d'intensité de 0.0006103814, 5 - pour le pic n°3 à 3607 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000110201, et - pour le pic n°4 à 5143 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000144286. Plus particulièrement encore, dans tous les modes de réalisation, on 10 détermine la présence ou l'absence d'une pathologie d'un individu humain par analyse d'un échantillon de matières fécales par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF dans laquelle les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon d'agent pathogène responsable de ladite pathologie isolé, mais reflètent une modification de la composition des matières fécales associées à 15 la dite pathologie. Plus particulièrement encore, dans le deuxième mode de réalisation, à l'étape a), on détermine une combinaison d'une pluralité de pics discriminants pour lesquels on a déterminé des premières fourchettes et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de pics discriminants permettant de distinguer les spectres 20 d'échantillons des individus appartenant à la dite espèce animale et les spectres d'échantillons d'individus n'appartenant pas à la dite espèce animale, en fonction des différentes valeurs des intensités des pics discriminants dans le spectre d'un échantillon à analyser permettant ainsi de constituer un arbre de décisions binaires d'appartenance ou non à la dite espèce selon que pour lesdits pics discriminants 25 pris successivement l'intensité de chaque pic est spécifiquement à l'intérieur ou en dehors des dites premières fourchettes ou deuxièmes fourchettes. Plus particulièrement encore, dans le deuxième mode de réalisation, on détermine l'appartenance ou non à une des 9 dites espèces de singes suivantes : Les babouins Papio hamadryas d'Arabie Saoudite, les babouins Papio papio du 30 Sénégal, les Chimpanzés Pan troglodytes verus du Sénégal, les singes verts Chlorocebus sabaeus du Sénégal, les singes rouges Erythrocebus patas du Sénégal, 17 les gorilles Gorilla gorilla gorilla de République du Congo, les singes hurleurs Alouatta seniculus de Guyane, les bonobos Pan panicus Lola et les bonobos Pan panicus Ekolo de la République démocratique du Congo, pour lesquels on détermine 9 premières fourchettes et 9 deuxièmes fourchettes de valeurs 5 d'intensités de 9 pics discriminants. Plus particulièrement encore, on détermine l'appartenance ou non à une des 9 dites espèces de singes suivantes : Les babouins Papio hamadryas d'Arabie Saoudite, les babouins Papio papio du Sénégal, les Chimpanzés Pan troglodytes verus du Sénégal, les singes verts Chlorocebus sabaeus du Sénégal, les singes 10 rouges Erythrocebus patas du Sénégal, les gorilles Gorilla gorilla gorilla de République du Congo, les singes hurleurs Alouatta seniculus de Guyane, les bonobos Pan panicus Lola et les bonobos Pan panicus Ekolo de la République démocratique du Congo, pour lesquels on détermine 10 seuils de valeurs d'intensités de 9 pics discriminants, tels que : 15 1) la dite espèce est le chimpanzé Pan troglodytes verus si l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, 2) la dite espèce est le gorille Gorilla gorilla gorilla si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est inférieure ou 20 égale à un premier seuil d'intensité du pic n°3 ; 3) la dite espèce est le babouin Papio papio si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°4 et l'intensité du pic n°5 est inférieure ou 25 égale au seuil d'intensité du pic n°5, ou 4) la dite espèce est le bonobo Pan panicus ekolo si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est inférieure ou égale à un deuxième seuil d'intensité du pic n°3; l'intensité du pic 30 n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4 et l'intensité du pic n°6 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°6 ; 18 5) la dite espèce est le bonobo Pan panicus Lola si : - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est supérieure au deuxième seuil d'intensité du pic n°3 ; ou 5 - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°3 est supérieure au deuxième seuil d'intensité du pic n°3 ; l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du picn°4 et l'intensité du pic n°6 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°6 ; et 10 6) la dite espèce est le singe rouge Erythrocebus patas si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4, l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°6 et l'intensité du pic n°7 est 15 supérieure au seuil d'intensité du pic n°7 ; 7) la dite espèce est le babouin Papio hamadryas si : - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°4 et l'intensité du 20 pic n°5 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°5, ou - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4, l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°6, 25 l'intensité du pic n°7 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°7 et l'intensité du pic n°8 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°8 ; 8) la dite espèce est le singe vert Chlorocebus sabaeus si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est 30 inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4, l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°6, l'intensité du pic n°7 est 19 inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°7, l'intensité du pic n°8 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°8 et l'intensité du pic n°9 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°9 ; et 9) la dite espèce est le singe hurleur Alouatta seniculus si l'intensité du pic 5 n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du picn°4, l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du picn°6, l'intensité du pic n°7 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°7, l'intensité du pic n°8 est 10 inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°8 et l'intensité du pic n°9 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°9. Plus particulièrement encore, les pics n°1 à 9 sont, à +/- 0.5%: - 2771 Da pour le pic n°1, - 3442 Da pour le pic n°2, 15 - 4668 Da pour le pic n°3, - 3830 Da pour le pic n°4, - 8731 Da pour le pic n°5, - 14074 Da pour le pic n°6, - 2186 Da pour le pic n°7, 20 - 4540 Da pour le pic n°8, et - 2982 Da pour le pic n°9. Plus particulièrement encore, les seuils d'intensités des dits pics discriminants exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : 25 - pour le pic n°1 à 2771 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000974671, 20 - pour le pic n°2 à 3442 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0,0001552983, - pour le pic n°3 à 4668 Da, une valeur de premier seuil d'intensité relative de 0,0001570043 et une valeur de deuxième seuil d'intensité de 0.000222270079, 5 - pour le pic n°4 à 3830 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.0005264181, - pour le pic n°5 à 8731 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 1.791533 x 10-5, - pour le pic n°6 à 14074 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 10 0.0001110175, - pour le pic n°7 à 2186 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.0001926287, - pour le pic n°8 à 4540 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.0001414035, et 15 - pour le pic n°9 à 2982 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 8.152213 x 10-5. Plus particulièrement encore, pour déterminer l'appartenance ou non à une dite espèce, les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon de protéine spécifique de la dite espèce ou d'une pathologie chez la 20 dite espèce. Plus particulièrement encore, les pics desdits spectres sont définis par une paire de coordonnées composées d'une abscisse constituée du rapport masse/charge (m/z) de 2 000 à 20 000 Da, plus particulièrement de 3 000 à 15 000 Da, la coordonnée en ordonnée étant une intensité relative ou en unité 25 arbitraire, et on retient de préférence dans le spectre au moins les 40 pics de plus grandes intensités. Dans les tableaux ci-après : 21 - les valeurs mentionnées sont des valeurs moyennes d'intensité relative et de masse moléculaire, - les valeurs des masses moléculaires m/z peuvent varier jusqu'à ± 0.5% de la valeur moyenne mentionnée dans les tableaux, et 5 - les valeurs d'intensité relative peuvent varier jusqu'à ±0.5%, de la valeur moyenne d'intensité relative mentionnée dans les tableaux, et - Dans les tableaux et dans les figures, on fait état de la valeur m/z, z représentant la charge électrique de l'espèce ionisée. Mais, en pratique, m/z peut être assimilé à la masse moléculaire m, avec z=1, car la quantité de protéines qui 10 s'ionisent 2 fois (z=+2), voire 3 fois (z=+3), est négligeable, compte-tenu de la limite de sensibilité des techniques de mesures. Les valeurs rapportées dans les tableaux ont été obtenus par une analyse dans une solution de matrice d'acide a-cyano-4-hydroxycinnamique. Plus précisément, les selles brutes étaient mélangées avec une solution de matrice 15 d'acide a-cyano-4-hydroxycinnamique, lors de ladite analyse par spectrométrie de masse et pas avant. D'autres caractéristiques et avantages de la présente invention apparaîtront à la lumière des exemples qui vont suivre, faits en référence aux figures A à E et figures 1 à 7 suivantes. 20 Les figures A à E illustrent la méthode générale de traitement des spectres pour identifier les pics discriminants décrite ci-après. Les figures 1A, 2A, 3A , 4A et 6 représentent les résultats des analyses discriminantes binaires avec les pouvoirs discriminants des 40 pics (en ordonnée : m/z (Da)) de meilleurs scores discriminants pour le groupe de patients infectés par 25 clostridiurn difficile (CDI) de l'exemple 1 (figure 1A), le groupe de patients atteints de recto-colite hémorragique (RCH) de l'exemple 2 (figure 2A), le groupe de patients atteints de la maladie de Crohn de l'exemple 3 (figure 3A), le groupe de patients atteints du SIDA de l'exemple 4 (figure 4A) . Les figures 1B, 2B, 3B et 4B représentent les distributions des valeurs des 30 intensités des pics ayant un pouvoir discriminant de 100% pour le groupe de 22 patients infectés par clostridiurn difficile (CDI) de l'exemple 1 (figure 1B) , le groupe de patients atteints de recto-colite hémorragique (RCH) de l'exemple 2 (figure 2B), le groupe de patients atteints de la maladie de Crohn de l'exemple 3 (figure 3B), le groupe de patients atteints du SIDA de l'exemple 4 (figure 4B). 5 La Figure 5 représente l'arbre de classification binaire à partir de 4 pics spécifiques discriminants pour la maladie du VIH en fonction des intensités par rapport à des valeurs seuils, de l'exemple 4. La figure 6 représente les résultats de l'analyse discriminante binaire avec le pouvoir discriminant des 40 pics de meilleur score pour le groupe de patients 10 atteints pour les 9 groupes de primates testés à l'exemple 5. La figure 7 représente l'arbre de décision binaire pour 9 espèces de primates à partir des 9 pics s discriminants en fonction des intensités par rapport à des valeurs seuils, de l'exemple 5. Dans les exemples 1 à 5 ci-après on a mis en oeuvre les matériels et 15 méthodes explicitées suivants. La méthode selon la présente invention dénommée « méthode MERDI-TOF » ("MERDI" du latin "merda" qui signifie fèces et "TOF", de l'anglais time of flight), par référence à la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF consiste en l'analyse par cette technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF de matières 20 fécales sans traitement préalable suivie de l'analyse des spectres. A) Préparation des échantillons de selles. Les échantillons de selles sont déposés directement sur une plaque de spectromètre MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Brême, Allemagne). Pour chaque échantillon, quatre dépôts sont effectués sur la plaque puis recouverts de 2pL 25 d'une solution de matrice (solution saturée d'acide alpha-cyano-4- hydroxycinnamique dans 50 °A) d'acétonitrile et 2,5 °h d'acide tri-fluoracétique). La plaque est séchée pendant cinq minutes puis analysée en spectrométrie de masse de type Microflex (Bruker Daltonics, Brême, Allemagne). 23 On a évalué la méthode MERDI-TOF sur deux types de selles : une selle de consistance « normal », et une selle diarrhéique. Pour chacune des selles, on a fait une gamme de dilution au 50ème sur 10 tubes avec du PBS (Phosphate Buffered Saline). Chaque dilution ainsi que la selle non diluée a été directement déposée 5 sur une plaque MALDI-TOF puis identifiées comme décrit précédemment. Le PBS a été utilisé comme témoin négatif. Pour chaque selle, les spectres obtenus de la première à la 10ème dilution étaient identiques au spectre de la selle sans dilution qui différait du spectre du témoin négatif. Ainsi on a validé la méthode et son application à des selles de toute consistance. 10 B) La méthode d'acquisition des spectres comprend les étapes et caractéristiques suivantes : 1- introduire la plaque (cible Microflex modèle de référence 224989 dénommé MSP 96) contenant les dépôts dans le spectromètre de masse Microflex LT, 2- démarrer l'ordinateur associé au spectromètre pour lancer les analyses, et 15 3- lancer l'acquisition des spectres de masse MALDI-TOF. 4- les paramètres appliqués au spectromètre de masse sont les suivants : 5- mode linéaire positif, Electrode 151 : 20,00 kV, Electrode I52 : 18,05 kV, Electrode de focalisation : 6 kV, Fréquence du laser : 60 Hz, Gain du détecteur : 8,8 X, Post-ion-extraction (PIE) : 120 ns, Gamme de masse : de 20 700 à 20000 Da. 6- les spectres sont obtenus via une méthode automatique contrôlée par le logiciel FLEXCONTROLC) du fabricant BRUKER DALTONICSC) les paramètres sont les suivants pour chaque spot : 7- nombres séries de 40 tirs: 6 sur des positions différentes du spot (6x40=240 25 spectres), 8- afin que les tirs aient balayé l'ensemble de l'échantillon de façon homogène l'acquisition se fait sur 6 positions différentes selon une géométrie hexagonale, 9- pré-tirs : 10 tirs à 400Io de la puissance maximum laser servent à dessaler l'échantillon (contamination par les sels minéraux), 24 10- puissance laser : 30 % à 45 °h régulée via le logiciel FLEXCONTROL®, 11- sélection du spectre : sur une gamme de masse de 2000 à 20 000 Da. C) Traitement et analyse des spectres Le but de ces traitement et analyse est d'identifier la combinaison de pics 5 permettant de discriminer les groupes de prélèvements et de permettre l'identification ultérieure d'un prélèvement. Cette analyse est effectuée avec un programme d'analyse des spectres MALDI-TOF écrit dans le langage libre de programmation R [R Development Core Team (2008). R: A language and environment for statistical computing. R 10 Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org], et nécessitant les bibliothèques statistiques complémentaires « MALDIquant » [S. Gibb and K. Strimmer (2012) MALDIquant: a versatile R package for the analysis of mass spectrometry data. R package version 1.17], « binda » [Sebastian Gibb and Korbinian Strimmer 15 (2015) binda: Multi-Class Discriminant Analysis using Binary Predictors. R package version 1.0.3] et « C50 » [Max Kuhn, Weston Steve, Culp Mark, Coulter Nathan, Ross Quinlan (2017). C50: C5.0 Decision Trees and Rule-Based Models. R package version 0.1.1]. Les fichiers de spectres sont copiés depuis les disques des automates de 20 spectrométrie de masse MALDI-TOF. Pour chaque spectre deux fichiers sont nécessaires : le fichier dénommé « fid » par l'automate et contenant les données du spectre et le fichier dénommé « acqu » par l'automate et contenant les paramètres d'acquisition du spectre faite par le logiciel FLEXCONTROL. Le traitement des spectres bruts (figure A) issus de spectromètres MALDI- 25 TOF Brucker Microflex comprend les étapes usuelles suivantes de : 1) Normalisation des spectres : 1.1) Sélection de la bande protéique de 2 à 20 kDa 1.2) Lissage du spectre pour éliminer les pics aléatoires (figure B) par la 30 technique de la moyenne glissante avec une demi-fenêtre de 12 Daltons. 25 1.3) Estimation du décalage de la ligne de base du spectre brut lié aux conditions experimentales par l'algorithme « Statistics-sensitive Non-linear Iterative Peak-clipping » [Morhàc M, Matousek V. Peak clipping algorithms for background estimation in spectroscopic data. Appl Spectrosc. 2008 5 Jan;62(1):91-106. doi: 10.1366/000370208783412762] réglé sur 100 itérations, puis correction de la ligne de base du spectre laquelle est alignée (figure C). 1.4) On réalise une calibration (correction d'échelle) de l'intensité des 10 spectres pour rendre les spectres comparables : L'intensité totale de chaque spectre est normalisée de façon à ce que la somme de la surface du signal constituant le spectre soit égale à 1 (figure D). 1.5) Les différents spectres sont ensuite alignés en utilisant des pics 15 témoins d'intensités remarquables pour corriger les décalages de pics causés par les fluctuations de conditions expérimentales d'une acquisition à l'autre. 1.6) Détection des pics par rapport au bruit de fond, ce dernier étant 20 estimé en calculant la médiane des déviations absolues depuis la médiane (MAD) avec une demi-fenêtre de 8 Da et un rapport signal-bruit de 4. 1.7) Fusion des 4 spectres des 4 prélèvements d'un même échantillon sont fusionnés en construisant la moyenne des spectres. 25 2) Construction de la matrice d'intensités (figure E). 2.1) Détection des pics par rapport au bruit de fond sur la base d'un rapport signal-bruit de 4 avec une tolérance de fluctuation de 8 Da. 2.2) Filtrage des spectres en ne retenant que les pics détectés ( S/N 30 supérieur ou égal à 4) et les pics présents dans au moins 30% des spectres du lot de spectres étudiés à chacun des exemples 1 à 5, à savoir spectres d'échantillons de sujets appartenant à l'espèce ou présentant la pathologie concernée et témoins. 26 2.3) construction de la matrice dans laquelle chaque ligne est un spectre avec les intensités relatives des pics, chaque colonne correspondant à un pic de la liste des masses m/z des pics protéiques de la première ligne, l'intensité relative des pics correspondant à la surface du dit pic par 5 rapport à la somme de la surfaces des pics dudit spectre. Cette matrice d'intensités est le matériel expérimental qui fera l'objet des analyses de spectres qui suivent. 3) Recherche des pics discriminants Les lignes de la matrice d'intensité sont tout d'abord associées aux groupes de 10 prélèvements que l'on veut discriminer (groupe de sujets présentant la pathologie concernée vs groupe témoins de sujets sains ou groupe de sujets appartenant à a dite espèce vs sujet appartenant à une autre espèce). Une première étape a pour but d'identifier les pics ayant le plus grand pouvoir discriminant entre les groupes. Elle repose sur l'application itérative d'une 15 analyse discriminante binaire sur chaque pic, c'est à dire la recherche pour chaque pic de la valeur seuil d'intensité relative qui permet maximiser la séparation des groupes et du score de discrimination (mesure du chevauchement ou de la séparation des intensités) des groupes. Ce score permet de construire la liste des pics en fonction de leur pouvoir discriminant décroissant. 20 A la fin de cette première étape on recherche s'il existe un ensemble de pics ayant 100% de contraste (c'est-à-dire sans chevauchement), c'est à dire caractéristiques de chaque groupe. Si c'est le cas cet ensemble de pic est retenu, avec les valeurs seuils identifiées par l'analyse discriminante binaire. L'identification des spectres se fait ici par un score résultant d'une combinaison 25 linéaire de présence de pics (score linéaire de ressemblance par rapport à une norme) comme illustré aux exemples 1 à 3. Si ce n'est pas le cas il est alors nécessaire de procéder à une seconde étape afin de rechercher les combinaisons de pics en cascade qui permettent de différencier les groupes (exemples 4 et 5). Cette combinaison est organisée sous 30 la forme d'un arbre binaire de décision dont chaque feuille est la détermination d'un groupe à discriminer et chaque noeud est une règle de décision de la forme : « si la valeur du pic est supérieure ou égale au seuil x alors choix n°1 sinon choix 27 n°2 ». Chaque choix peut mener soit à une autre règle de décision soit aboutir à une autre feuille (détermination d'un autre groupe à discriminer). Les règles de décision peuvent ainsi s'enchaîner en cascade jusqu'à l'identification d'un groupe. L'identification de ces arbres binaires de décision se fait en appliquant 5 l'algorithme d'apprentissage symbolique et de data mining C5.0 de Quinlan mentionné ci-dessus. Pour contrôler l'application de cet algorithme en réduisant son espace de recherche et le forcer à utiliser les pics de pouvoir discriminant optimal, on restreindra la matrice d'intensité qui sera traitée aux seuls pics ayant les plus hauts scores de l'analyse discriminante binaire précédente. 10 Pareille utilisation des arbres binaires dans ce contexte d'identification de spectres MALDI-TOF comme illustré aux exemples 4 et5 n'a jamais été proposée. Exemple 1 : Identification de colite ulcéreuse à Clostridiurn difficile. 15 La colite ulcéreuse à Clostridiurn difficile est une maladie très grave tuant probablement plus de 100.000 personnes par an dans le monde, 30 000 en Europe, 30 000 aux Etats Unis. Cette maladie est due à l'association d'une perturbation de la flore fécale avec la présence d'un microbe Clostridiurn difficile sécréteur de toxines. On a étudié le microbiote intestinal de témoins contrôles 20 apparemment sains et de patients porteurs d'une colite ulcéreuse à Clostridiurn difficile détecté par des techniques moléculaires permettant d'affirmer qu'il y avait du Clostridiurn difficile avec sa toxine chez des patients qui présentaient des signes cliniques typiques de cette maladie. On a utilisé neuf selles de patient ayant une colite à C. difficile (CDI) définie 25 par la présence de diarrhées de façon concomitante avec la détection de toxine de C. difficile dans les selles. La présence de toxine de C. difficile était recherchée par PCR en temps réel (RT-PCR) avec le kit GeneXpert® IV (Cepheid, Sunnyvale, Etats Unis) détectant le gène tcdB de la toxine B, le gène cdt de la toxine binaire et la délétion 117 du locus régulateur tcdC permettant de détecter 30 les souches de génotype 027. En tant que groupe contrôle on a utilisé huit échantillons contrôles de selles de sujets sains. La recherche de toxine C. difficile par RT-PCR était négative sur ces selles. 28 Tous les échantillons utilisés dans le cadre de cette analyse étaient stockés à -80°C avant l'analyse. L'analyse discriminante binaire de ces 17 prélèvements a permis de hiérarchiser les 984 pics protéiques retenus dans une matrice d'intensités 5 relatives obtenue par le prétraitement ci-dessus décrit. Le résultat de l'analyse discriminante binaire montrant les 40 pics de scores discriminants les plus élevés est présenté en Figure 1A dans laquelle le score discriminant est quantifié de -4 à +4 pour le groupe infecté (CDI) et le groupe témoin (control). Un score positif correspond à la présence du pic pour le groupe considéré et vice versa. 10 Les résultats d'analyse discriminante de la figure 1A résultent des distributions de valeurs des intensités relatives incluant les distributions de valeurs pour les pics les plus discriminants montrés à la Figure 1B. Parmi les 50 pics de plus haut score discriminant on a recherché ceux ayant 100% de contraste, c'est à dire avec une sensibilité et une spécificité de 1. Au 15 total 8 pics ont pu être identifiés, et sont décrits en Tableau 1. Tableau 1 : Valeurs des seuils discriminants pour les pics avec 100% de contraste. Ces seuils sont exprimés en valeurs d'intensités relatives par rapport à la surface normalisée à la valeur 1 de la surface totale du spectre. Pic (m/z) Valeur maximale d'intensité Valeur minimale d'intensité relative pour absence de pic relative pour présence du pic 2710 4.56326002121813 e-05 4.86226943144253 e-05 3372 0.000339153329205546 0.000434223789748754 3399 9.7561289741134 e-05 9.98606712559408 e-05 3408 9.78528309013007 e-05 0.000118664760690361 3445 0.000634234550815951 0.000837188281840417 4374 9.55157313225957 e-05 0.0001002315521507 5658 4.3325324409441 e-05 5.23774442820013 e-05 11047 4.98150891075045 e-05 5.199534671731 e-05 20 La méthode d'identification d'un spectre à partir de ces pics discriminants est la suivante. Après normalisation on ne retient que les valeurs des 8 pics discriminants, 25 avec une tolérance de la valeur m/z des pics que l'on peut fixer par défaut à 5%o. 29 Calcul du score d'identification : Pour chacun des 8 pics : -« 1 » si l'intensité du pic est dans la zone de valeur des cas ; -« -1 » si l'intensité du pic est dans la zone de valeur des témoins ; 5 -« 0 » si l'intensité du pic est entre les 2 zones de valeur. On fait la somme (score), qui est dans l'intervalle [-8, 8].Le score discriminant normalisé est le score divisé par le nombre de pics discriminants (1 : certitude de ressemblance aux cas, -1 : certitude de ressemblance aux témoins). Aucun des pics spécifiques discriminants ne correspond à une protéine de 10 Clostridium difficile actuellement identifiée dans les bases de données internationales de référence telle que SWISSPROT. Exemple 2 : Identification de selles de sujets atteints de Rectocolite hémorragique (RCH). 15 On a analysé 4 échantillons de patients présentant une recto-colite hémorragique stable (RCH) et 15 échantillons contrôles. L'analyse discriminante binaire de ces 19 prélèvements a permis de hiérarchiser les 157 pics protéiques dans la matrice des intensités obtenue par le prétraitement. 20 Le résultat de l'analyse discriminante binaire montrant les 40 pics de scores discriminants les plus élevés est présenté en Figure 2A avec un score de -4 à +4 pour le groupe de patients (RCH) et le groupe témoin (contrôle). Un score positif correspond à la présence du pic pour le groupe considéré. Parmi les 50 pics de plus haut score discriminant on a recherché ceux ayant 25 100% de contraste, c'est à dire avec une sensibilité et une spécificité de 1. Au total 11 pics ont pu être identifiés, et sont décrits en Tableau 2. Leur distribution statistique des pics avec les pouvoirs discriminants les plus élevés est présentée en Figure 2B. 30 Tableau 2 : Valeurs des seuils d'intensités discriminants pour les pics avec 100% de contraste. Ces seuils sont exprimés en en valeurs d'intensités relatives par rapport à la surface normalisée à la valeur 1 de la surface totale du spectre. 5 Pic (m/z) Valeur maximale d'intensités Valeur minimale d'intensités relatives pour absence de pic relatives pour présence du pic 3324 0.000120628491201788 0.000202083994783644 3345 9.29121405175384 e-05 9.9939643301577 e-05 3444 0.00012259036150653 0.000201322490887782 3482 0.00011930447354638 0.000136036653540984 3493 0.000183699312236316 0.000289961990980622 6451 9.67374238926758 e-05 0.000107099318660843 7268 6.0909717149715 e-05 9.51109288448326 e-05 9599 5.45853583475995 e-05 8.01651427124604 e-05 9620 5.48801247377731 e-05 7.5819888660436 e-05 9636 5.75858354561268 e-05 7.47308753223 e-05 9707 4.958713534478e-05 7.32265878998493 e-05 Les résultats d'analyse discriminante de la figure 2A résultent des distributions de valeurs des intensités relatives incluant les distributions de valeurs pour les pics les plus discriminants montrés à la Figure 2B. 10 La méthode d'identification d'un spectre à partir de ces pics discriminants est la suivante. Après normalisation, on ne retient que les valeurs des 8 pics discriminants, avec une tolérance de la valeur m/z des pics que l'on peut fixer par défaut à 5%o. 15 On calcule un score d'identification comme suit : Chaque pic 3324, 3345, 3444, 3482, 3493 supérieur à son seuil du tableau précédent et chaque pic 6451, 7268, 9599, 9620, 9636, 9707 inférieur à son seuil du tableau précédent vaut 1 point, 0 si l'intensité du pic est entre les 2 zones de valeur, et -1 si l'intensité est dans la zone de valeurs opposée. 20 On fait la somme (score).Le score normalisé est le score divisé par le nombre de pics discriminants (1 : certitude de ressemblance aux cas, -1 : certitude de ressemblance aux témoins). Exemple 3 : Identification de selles de sujets atteints la maladie de Crohn. 31 On a analysé 13 échantillons de patients présentant une maladie de Crohn, (dont 7 traités et stables, 5 en échec thérapeutique, et 1 non traité mais stable) et 29 échantillons contrôles. L'analyse discriminante binaire de ces 19 prélèvements a permis de 5 hiérarchiser les 116 pics protéiques retenus par le prétraitement. Le résultat de l'analyse discriminante binaire montrant les 40 pics de scores discriminants les plus élevés est présenté en Figure 3A. Parmi les 50 pics de plus haut score discriminant on a recherché ceux ayant 100% de contraste, c'est à dire avec une sensibilité et une spécificité de 1. Au 10 total 3 pics ont pu être identifiés, et sont décrits en Tableau 3. La distribution statistique des 8 meilleurs pics, présentée en Figure 3B, montre que le pic 4134 possède un pouvoir discriminant le plus élevé. Sur la figure 3A, les scores discriminants sont quantifiés de -4 à +4 pour le groupe de patients (RCH) et le groupe témoin (control). Un score positif 15 correspond à la présence du pic pour le groupe considéré. Tableau 3 : Valeurs des seuils discriminants pour les pics avec 100% de contraste. Ces seuils sont exprimés en en valeurs d'intensités relatives par rapport à la surface normalisée à la valeur 1 de la surface totale du spectre. Pic (m/z) Valeur maximale d'intensités Valeur minimale d'intensités relatives pour absence de pic relatives pour présence du pic 3443 0.000121099556323652 0.000153184507861765 4134 5.33325181290711 e-05 0.000425424602595293 4170 0.000115898008983965 0.000148115657553745 20 Les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon d'agents pathogènes actuellement identifiée dans les bases de données internationales de référence telle que SWISSPROT. La méthode d'identification d'un spectre à partir de ces pics discriminants 25 est la suivante. 32 Après normalisation on ne retient que les valeurs des 3 pics discriminants, avec une tolérance de la valeur m/z des pics que l'on peut fixer par défaut à 5%o. On calcul un score d'identification : Chaque pic 3443,4134,4170 supérieur à son seuil du tableau précédent vaut 1 point, 0 si l'intensité du pic est entre les 2 5 zones de valeur, et -1 si l'intensité est dans la zone de valeurs opposées. On fait la somme (score). Le score normalisé est le score divisé par le nombre de pics discriminants (1 : certitude de ressemblance aux cas, -1 : certitude de ressemblance aux témoins) Exemple 4 : Identification de selles de sujets atteints de HIV 10 Les prélèvements sont issus de 54 patients HIV positifs, d'un patient HIV- Free, et de 37 témoins. Les 396 spectres bruts ont fait objet des traitements décrit plus haut. Les pics permettant de discriminer les patients HIV positifs (cas) des témoins ont été recherchés par le second traitement décrit. Le résultat de l'analyse discriminante binaire avec les 40 pics les plus discriminants est rapporté 15 en figure 4A. La figure 4B montre la distribution des valeurs d'intensités relatives des 10 pics de score discriminant les plus élevés obtenus par l'analyse de la figure 6. Aucun pic ne permet de discriminer un groupe avec 100% de contraste. Dans ce cas on a recherché et trouvé une combinaison de couples (pic-seuil d'intensité) 20 permettant de déterminer l'appartenance à un groupe HIV ou groupe témoin constituant un arbre de décisions montré figure 8 en appliquant la méthode décrite ci-dessus basée sur l'algorithme C5.0 de Quinlan. Ainsi, cette recherche d'arbre binaire de classification a permis d'identifier 4 pics avec leurs valeurs seuil permettant une classification des deux groupes avec 25 une exactitude de 96,8% (3,2% de classification erronée) présenté en figure 6. Tableau 4 : Valeurs des seuils discriminants d'intensités pour les pics discriminants. Ces seuils sont exprimés en valeurs d'intensités relatives par rapport à la surface normalisée à la valeur 1 de la surface totale du spectre. 33 Pic (m/z) Valeur minimale pour présence du pic = valeur maximale pour absence de pic P1=4160 Da 0.000116891 P2=3319 Da 0.0006103814 P3=3607 Da 0.000110201 P4= 5143 Da 0.0001444286 Les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon du virus HIV responsable de la dite pathologie isolé actuellement 5 identifiée dans les bases de données internationales de référence telle que SWISSPROT. La Figure 4A montre les résultats de l'analyse discriminante binaire sur les prélèvements de patients HIV (Control = patients témoins, cases = patients HIV). Sur la figure 4B, les scores discriminants sont quantifiés de -5 à +5 pour le 10 groupe de patients (HIV) et le groupe témoin (control). Un score positif correspond à la présence du pic pour le groupe considéré. La Figure 6 montre l'arbre de classification binaire obtenu par application de l'algorithme C5.0 (Control = patients témoins, cases = patients HIV). On détermine la présence ou l'absence de la maladie du SIDA résultant d'une 15 infection par le VIH pour laquelle à l'étape a), on a identifié 4 seuils de 4 pics spécifiques tels que : 1) la maladie est présente si les valeurs d'intensités relatives des 4 pics sont telles que: 1.1) -l'intensité relative du pic P1 est supérieure au seuil d'intensité de 20 0.000116691, l'intensité relative du pic P2 est inférieure au seuil d'intensité de 0.0006103814 et l'intensité relative du pic P3 est supérieure au seuil d'intensité de 0.000110201, ou 1.2) -l'intensité relative du pic P1 est supérieure au seuil d'intensité de 0.000116691, l'intensité relative du pic P2 est inférieure au seuil d'intensité de 25 0.0006103814, l'intensité relative du pic P3 est inférieure au seuil d'intensité de 0.000110201 et l'intensité relative du pic P4 est inférieure au seuil d'intensité de 0.0001444286; et 34 2) la maladie n'est pas présente si les valeurs d'intensités relatives des 4 pics sont telles que : 2.1) l'intensité relative du pic P1 est inférieure au seuil d'intensité de 0.000116691, 5 2.2) l'intensité relative du pic P1 est supérieure au seuil d'intensité de 0.000116691 et l'intensité relative du pic P2 est supérieure au seuil d'intensité de 0.0006103814, 2.3) l'intensité relative du pic P1 est supérieure au seuil d'intensité de 0.000116691, l'intensité relative du pic P2 est inférieure au seuil d'intensité de 10 0.0006103814, l'intensité relative du pic P3 est inférieure au seuil d'intensité du pic P3 de 0.000110201 et l'intensité relative du pic P4 est supérieure au seuil d'intensité du pic P4 de 0.0001444286. Exemple 5 : Singes 15 On a collecté des selles de sept groupes de primates (babouins, bonobos, chimpanzés, gorilles, singes verts, singes rouges et singes hurleurs) en Afrique de l'Ouest (Sénégal), en Afrique centrale (République du Congo ou Congo-Brazzaville et République démocratique du Congo ou RDC), en Arabie Saoudite et en Guyane française. Au Sénégal, on a recueilli des échantillons de selles de 12 20 babouins de Guinée (Papio papio), 23 singes verts (Chlorocebus sabaeus), 23 singes rouges (Erythrocebus patas) et 26 chimpanzés (Pan troglodytes verus). Au Congo-Brazzaville, 17 selles de gorilles des plaines occidentales (Gorilla gorilla) ont été échantillonnées. En RDC, 10 échantillons de bonobos (Pan panicus) ont été collectés. En Arabie saoudite, 14 échantillons de selles de babouins 25 hamadryas (Papio hamadryas) ont été collectés. En Guyane française, 9 échantillons de selles de singes hurleurs (Alouatta seniculus) ont été également recueillit. On a utilisé comme contrôle 17 échantillons de selles de chiens de compagnie de différentes races vivant en France et 24 échantillons de selles humaines provenant du Sénégal, du Congo-Brazzaville, de la RDC, d'Arabie 30 Saoudite et de la France. Les informations relatives aux autorisations et lieux de collecte des différents échantillons sont détaillées en annexes. On a analysé 171 échantillons de selles de primates et 41 selles contrôles dont 24 humaines et 17 canines. Au total, 684 spectres ont été obtenus, dont 520 (76%) des primates, 96 (14 °h) des humains et 68 (10 °h) des chiens. Sur les 2802 pics de rapport S/N 2, 327 pics ont été retenus dans la 5 matrice des intensités obtenue par le pré-traitement. Les spectres des 130 prélèvements de singes ont été attribués à chaque espèce représentée : 23 babouins Papio hamadryas d'Arabie Saoudite, 12 babouins Papio papio du Sénégal, 24 Chimpanzés Pan troglodytes verus du Sénégal, 24 singes verts Chlorocebus sabaeus du Sénégal, 23 singes rouges Erythrocebus patas du 10 Sénégal, 17 gorilles Gorilla gorilla gorilla de République du Congo, 9 singes hurleurs Alouatta seniculus de Guyane, 5 bonobos Pan panicus Lola et 5 bonobos Pan panicus Ekolo de la République démocratique du Congo. L'analyse discriminante binaire de ces 11 groupes a permis d'ordonner les pics sur leur pouvoir discriminant et de dichotomiser les pics sur la base du seuil 15 de discrimination. Le résultat pour les 40 pics de plus haut pouvoir discriminant est présenté en Figure 6. Un examen de la matrice d'intensités montre qu'aucune combinaison de pics ne permet une séparation à 100% des groupes, ce qui est confirmé par calcul combinatoire. 20 On a retenu pour traitement par l'algorithme C5.0 les 42 pics de meilleur score, ce qui représente le premier quintile de la distribution cumulée des scores. Le traitement de la matrice d'intensité résultante (130 lignes et 42 colonnes) par l'algorithme C5.0 permet d'identifier un arbre binaire de décision qui est représenté en Figure 7. 25 Au total 9 pics sont requis pour discriminer les groupes. Les seuils retenus pour les noeuds de décision de l'arbre sont décrits en Tableau 5. Ces seuils sont exprimés en en valeurs d'intensités relatives par rapport à la surface normalisée à la valeur 1 de la surface totale du spectre. L'attribution à un groupe d'un spectre d'origine inconnue se fait en parcourant l'arbre avec les valeurs de pic observées 30 pour ce spectre. 36 Sur la figure 7, les scores discriminants sont quantifiés de -10 à +10 pour le groupe de chaque espèce des 9 groupes de primates testés. Un score positif correspond à la présence du pic pour le groupe considéré. Les scores positifs correspondent à une présence du pic pour le groupe considéré. 5 Tableau 5 : Valeurs des seuils discriminants de l'arbre de décision. Ces seuils sont exprimés en valeurs d'intensités relatives par rapport à la surface normalisée à la valeur 1 de la surface totale du spectre. Noeud de Pic (m/z) Valeur maximale Valeur minimale Valeur médiane= l'arbre pour absence du pour présence du pic seuil pic 1 P1'=2771 0.0005685608 0.001380781 51=0.000974671 2 P2'=3442 0.0001384863 0.0001721103 52=0.0001552983 3 P4'=3830 0.0004409823 0.000611854 54=0.0005264181 4 P6'=14074 9.077747 e-05 0.0001312575 56=0.0001110175 5 P7'=2186 0.0001884132 0.0001968443 57=0.0001926287 6 P8'=4540 0.0001110016 0.0001718054 58= 0.0001414035 7 P9'=2982 7.133635 e-05 9.170791 e-05 59=8.152213 e-05 12 P3'=4668 7.373744 e-05 0.0002403486 53=0.000157043 15 P5'=8731 1.582126 e-05 2.00094 e-05 55=1.791533 e-05 18 P3'=4668 0.0001328107 0.0003126051 53'=0.0002227079 Pour le, pic P3' on a déterminés deux valeurs de seuils maximales, minimales 10 et médianes distinctes aux noeuds n°12 et 18. Un pic est considéré comme absent si sa valeur est inférieure à la colonne 3 et présent si sa valeur est supérieure à la colonne 4. Toutefois, la valeur médiane est une estimation d'un seuil de discrimination sur l'échantillon validée expérimentalement de par le grand nombre de pics discriminants. 15 Ainsi, comme montré figure 7, on détermine l'appartenance ou non à une des 9 dites espèces de singes à l'aide des 10 seuils de valeurs médianes d'intensités des 9 pics discriminants, tels que : 1) la dite espèce est le chimpanzé Pan troglodytes verus si l'intensité du pic P1' est supérieure au seuil d'intensité Si de 0.000974671, 20 2) la dite espèce est le gorille Gorilla gorilla gorilla si l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité Si, l'intensité du pic P2' est supérieure au seuil d'intensité 52 de 0.0001552983 et l'intensité relative du pic P3' est inférieure ou égale à un premier seuil d'intensité 53 de 0.000157043; 37 3) la dite espèce est le babouin Papio papio si l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 52, l'intensité relative du pic P4' est supérieure au seuil d'intensité 54 de 0.0005264181 et l'intensité relative du pic 5 P5' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 55 de 0.0001926287, ou 4) la dite espèce est le bonobo Pan panicus ekolo si l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 52 et l'intensité relative du pic P3' est inférieure ou égale à un deuxième seuil d'intensité 53' de 0.0002227079; 10 l'intensité relative du pic P4' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 54 et l'intensité relative du pic P6' est supérieure au seuil d'intensité 56 de 0.0001414035; 5) la dite espèce est le bonobo Pan panicus Lola si : - l'intensité relative du pic n°1 P1' est inférieure ou égale au seuil 15 d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est supérieure au seuil d'intensité 52 et l'intensité relative du pic P3' est supérieure au deuxième seuil d'intensité 53' de 0.0002227079; ou - l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil 20 d'intensité 52, l'intensité relative du pic P3' est supérieure au deuxième seuil d'intensité 53' ; l'intensité relative du pic P4' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 54 et l'intensité relative du pic P6' est supérieure au seuil d'intensité 56; et 6) la dite espèce est le singe rouge Erythrocebus patas si l'intensité relative 25 du pic n°1 P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité Si, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité S2, l'intensité relative du pic P4' est inférieure ou égale au seuil d'intensité S4 , l'intensité relative du pic P6' est inférieure ou égale au seuil d'intensité S6 et l'intensité relative du pic P7' est supérieure au seuil d'intensité S7 de 0.0001926287; 30 7) la dite espèce est le babouin Papio hamadryas si : 38 - l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 52, l'intensité relative du pic P4' est supérieure au seuil d'intensité 54 et l'intensité relative du pic P5' est supérieure au seuil d'intensité 55, ou 5 - l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 52, l'intensité relative du pic P4' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 54, l'intensité relative du pic P6' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 56, l'intensité relative du pic P7' est inférieure ou égale au seuil 10 d'intensité 57 et l'intensité relative du pic P8' est supérieure au seuil d'intensité 58 de 0.0001414035; 8) la dite espèce est le singe vert Chlorocebus sabaeus si l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 52, l'intensité relative du pic P4' 15 est inférieure ou égale au seuil d'intensité 54, l'intensité relative du pic P6' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 56, l'intensité relative du pic P7' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 57, l'intensité relative du pic P8' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 58 et l'intensité relative du pic P9' est supérieure au seuil d'intensité 59 de 8.152213 x 10-5; et 20 9) la dite espèce est le singe hurleur Alouatta seniculus si l'intensité relative du pic P1' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 51, l'intensité relative du pic P2' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 52, l'intensité relative du pic P4' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 54, l'intensité relative du pic P6' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 56 , l'intensité relative du pic P7' est 25 inférieure ou égale au seuil d'intensité 57, l'intensité relative du pic P8' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 58 et l'intensité relative du pic P9' est inférieure ou égale au seuil d'intensité 59. Les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon de protéine spécifique de la dite espèce ou d'agent pathogène 30 responsable de pathologie chez la dite espèce isolé actuellement identifiés dans les bases de données internationales de référence telle que SWISSPROT. 39 Références bibliographiques (1) Seng P, Drancourt M, Gouriet F, et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser 5 desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis 2009 Aug 15; 49(4):543-51. (2) Yssouf A, Flaudrops C, Drali R, et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for rapid identification of tick vectors. 3 Clin Microbiol 2013 Feb; 51(2):522-8. 10 (3) Yssouf A, Socolovschi C, Leulmi H, et al. Identification of flea species using MALDI-TOF/MS. Comp Immunol Microbiol Infect Dis 2014 May; 37(3):153-7. (4) Yssouf A, Socolovschi C, Flaudrops C, et al. 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Méthode de détermination d'une pathologie d'un individu humain ou d'une espèce d'un animal par analyse d'un échantillon de matières fécales du dit individu humain ou respectivement animal par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF, dans laquelle : a) on détermine une combinaison d'une pluralité de pics discriminants pour lesquels on détermine des seuils de valeurs d'intensités permettant de distinguer les spectres d'échantillons de matières fécales des individus présentant ladite pathologie ou respectivement animaux appartenant à la dite espèce animale par rapport aux spectres d'échantillons de matières fécales d'individus ne présentant pas la dite pathologie ou respectivement d'animaux n'appartenant pas à ladite espèce animale, en fonction des valeurs des intensités des dits pics discriminants; b) on réalise le spectre d'un échantillon de matières fécales à analyser, et c) on vérifie si le spectre dudit échantillon de matières fécales à analyser comprend les dits pics discriminants et si les valeurs des intensités des pics discriminants correspondent à une combinaison de valeurs des intensités correspondant aux spectres d'individus présentant la dite pathologie ou d'individus ne présentant pas la dite pathologie ou respectivement aux spectres d'animaux appartenant à la dite espèce animale ou n'appartenant pas à la dite espèce animale, tel que déterminés à l'étape a). 2.Méthode selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'on réalise le spectre d'un dit échantillon de matières fécales bruts dissout dans une solution de matrice de préférence de solution saturée d'acide alpha-cyano-4- hydroxycinnamique dans 50 °h d'acétonitrile et 2,5 °h d'acide tri- fluoracétique. 41 3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce qu'à l'étape a), on détermine une combinaison d'une pluralité de pics discriminants caractérisée en ce qu'on détermine des fourchettes de valeurs d'intensités permettant de distinguer les spectres d'échantillons des individus présentant 5 ladite pathologie ou respectivement appartenant à la dite espèce animale et les spectres d'échantillons d'individus ne présentant pas la dite pathologie ou respectivement n'appartenant pas à la dite espèce animale, en fonction des différentes valeurs des intensités des pics discriminants concernés dans le spectre d'un échantillon à analyser permettant ainsi de déterminer la 10 présence ou non de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance ou non à la dite espèce selon que pour lesdits pics discriminants l'intensité de chaque pic discriminant est spécifiquement à l'intérieur ou en dehors d'au moins une fourchette de valeurs d'intensités, les dites fourchettes pouvant être identiques ou de préférence différentes pour les différents pics 15 discriminants. 4. Méthode selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'à l'étape a), on détermine la présence ou non de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance ou non à la dite espèce, selon que pour les dits pics discriminants , les valeurs d'intensités sont comprises dans une première 20 fourchette de valeurs d'intensités pour déterminer la présence de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance à la dite espèce ou à l'intérieure d'une deuxième fourchette de valeurs d'intensités pour déterminer l'absence de ladite pathologie ou respectivement la non appartenance à la dite espèce, les dites première fourchette et deuxième 25 fourchette ne se chevauchant pas, et ce pour chaque dit pic discriminant. 5. Méthode selon la revendication 4, caractérisé en ce qu'à l'étape a), la probabilité de présence de la dite pathologie ou respectivement de l'appartenance à la dite espèce est d'autant plus grande que le nombre n1 de dits pics discriminants pour lesquels les valeurs d'intensités relatives sont 30 à l'intérieur des dites premières fourchettes, est plus grand et supérieur au nombre n2 de dits pics discriminants pour lesquels les valeurs d'intensités relatives sont à l'intérieur des dites deuxièmes fourchettes. 42 6. Méthode selon la revendication 5, caractérisé en ce qu'à l'étape a), la probabilité de présence de ladite pathologie ou appartenance à ladite espèce est de 100% si pour tous les dits pics spécifiques discriminants, les valeurs d'intensités relatives sont à l'intérieur des dites premières fourchettes, et la 5 probabilité d'absence de ladite pathologie ou non appartenance à ladite espèce est de 100% si pour tous les dits pics discriminants les valeurs d'intensités relatives sont à l'intérieur des dites deuxièmes fourchettes. 7. Méthode selon l'une des revendications 4 à 6, caractérisé en ce qu'on détermine la présence ou l'absence de la maladie consistant en une colite 10 résultat d'une infection par Clostridiurn difficile pour laquelle à l'étape a), on détermine 8 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 8 pics discriminants. 8. Méthode selon la revendication 7, caractérisé en ce que les dits 8 pics discriminants sont des pics à 2710, 3372, 3399, 3408, 3445, 4374, 15 5658, 11047 Da à +/- 0.5%. 9. Méthode selon la revendication 8, caractérisé en ce que les dites première et deuxième fourchettes de valeurs d'intensités pour lesdits 8 pics discriminants suivants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la 20 valeur 1, sont : -Pour le pic à 2710Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 4.56326002121813 x 10-5, et 25 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 4.86226943144253x 10-5 ; et -Pour le pic à 3372Da, 43 -une dite première fourchette de valeurs d'intensité relative correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000434223789748754, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000339153329205546 ; et -Pour le pic à 3399Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 10 9.98606712559408 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.7561289741134 x 10-5; et -Pour le pic à 3408Da, 15 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000118664760690361, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.78528309013007 20 x 10-5; et -Pour le pic à 3445Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000837188281840417, et 25 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à0.000634234550815951 ; et -Pour le pic à 4374Da, 44 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.55157313225957 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.0001002315521507 x 10-5; et -Pour le pic à 5658 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 4.3325324409441 10 x 10-5; et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.23774442820013 x 10-5; et -Pour le pic à 11047 Da, 15 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 4.98150891075045 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 5.199534671731x 20 10-5. 10. Méthode selon l'une des revendications 4 à 6, caractérisé en ce qu'on détermine la maladie de Crohn pour laquelle à l'étape a), on détermine 3 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 3 pics discriminants. 25 11. Méthode selon la revendication 10, caractérisé en ce que les dits 3 pics discriminants sont des pics à 3343, 4134 et 4170 Da à +/- 0.5%. 12. Méthode selon la revendication 11, caractérisé en ce que les dites première et deuxième fourchettes de valeurs d'intensités pour lesdits 3 pics discriminants suivants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par 45 rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : -Pour le pic à 3343 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives 5 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000153184507861765, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000121099556323652; et 10 -Pour le pic à 4134 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000425424602595293, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensité relative 15 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.33325181290711 x 10-5; et -Pour le pic à 4170 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 20 0.000148115657553745, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000115898008983965. 13. Méthode selon l'une des revendications 4 à 6, caractérisé en ce 25 qu'on détermine la présence ou l'absence de la maladie consistant en une recto-colite ulcéro-hémorragique pour laquelle à l'étape a), on détermine 11 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 11 pics discriminants. 46 14. Méthode selon la revendication 13 caractérisé en ce que les dits 3 pics spécifiques discriminants sont des pics à 3324, 3345, 3444, 3482, 3493, 6451, 7268, 9599, 9620, 9636, 9707 Da à +/-0.5%. 15. Méthode selon la revendication 14, caractérisé en ce que les dites 5 première et deuxième fourchettes de valeurs d'intensités relatives pour lesdits pics discriminants suivants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : -Pour le pic à 3324 Da, 10 -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000202083994783644, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 15 0.000120628491201788;et -Pour le pic à 3345 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 9.9939643301577 x 10-5, et 20 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 9.29121405175384 x 10-5; -Pour le pic à 3444 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives 25 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000201322490887782 ; et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.00012259036150653 ; et 47 -Pour le pic à 3482 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000136036653540984, et 5 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.00011930447354638;et -Pour le pic à 3493 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives 10 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000289961990980622, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 0.000183699312236316;et 15 -Pour le pic à 6451 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensité relative inférieures à 9.67374238926758 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 20 correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 0.000107099318660843 x 10-5; -Pour le pic à 7268 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 6.0909717149715 25 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 9.51109288448326 x 10-5;et 48 -Pour le pic à 9599 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.45853583475995 x 10-5, et 5 -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 8.01651427124604 x 10-5; et -Pour le pic à 9620 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives 10 correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.45853583475995 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 8.01651427124604 x 10-5;et 15 -Pour le pic à 9636 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.48801247377731 x 10-5, et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives 20 correspond aux valeurs d'intensité relatives supérieures à 7.5819888660436 x 10-5; -Pour le pic à 9707 Da, -une dite première fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives inférieures à 5.75858354561268 25 x 10-5 ; et -une dite deuxième fourchette de valeurs d'intensités relatives correspond aux valeurs d'intensités relatives supérieures à 7.47308753223 x 10-5. 49 16. Méthode selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'à l'étape a), on détermine une ou plusieurs combinaisons de dits pics discriminants avec : a) des premières fourchettes de valeurs d'intensités des dits pics discriminants de la dite combinaison pour déterminer la présence de la dite 5 pathologie ou respectivement l'appartenance à la dite espèce et b) des deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités des dits pics discriminants de la dite combinaison pour déterminer l'absence de ladite pathologie ou respectivement la non appartenance à la dite espèce, c) certaines au moins des dites premières et deuxièmes fourchettes se 10 chevauchant pour certains des dits pics discriminants, mais permettant néanmoins de par la pluralité des pics discriminants de déterminer la présence de la dite pathologie ou respectivement l'appartenance à la dite espèce de par la série des valeurs d'intensités pour les dits pics discriminants de la combinaison selon qu'elles sont à l'intérieur ou en dehors 15 des dites premières fourchettes ou deuxièmes fourchettes. 17. Méthode selon la revendication 16, caractérisée en ce qu'on détermine des dites premières et deuxièmes fourchettes constituées par des valeurs au-dessus et respectivement au-dessous de seuils de valeurs d'intensités. 20 18. Méthode selon la revendication 17, caractérisée en ce que lesdits seuils de valeurs d'intensités sont déterminés par approximation à des valeurs médianes de valeurs d'intensités des intervalles entre des dites première et deuxième fourchettes. 19. Méthode selon la revendication 16 ou 17, caractérisée en ce qu'on 25 détermine la présence ou l'absence de la maladie du SIDA résultant d'une infection par le VIH pour laquelle à l'étape a), on détermine 4 dites premières et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 4 pics discriminants. 20. Méthode selon la revendication 19, caractérisée en ce qu'on 30 détermine la présence ou l'absence de la maladie du SIDA résultant d'une 50 infection par le VIH pour laquelle à l'étape a), on détermine 4 seuils de valeurs d'intensités de 4 pics discriminants tels que : 1) la maladie est présente si les valeurs d'intensités des 4 pics sont telles que: 5 1.1) l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°3, ou 1.2) l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité 10 du pic n°3 est inférieure au seuil d'intensité du picn°3 et l'intensité du pic n°4 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°4 ; et 2) la maladie n'est pas présente si les valeurs d'intensités des 4 pics sont telles que : 2.1) l'intensité du pic n°1 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°1, 15 2.2) l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1 et l'intensité du pic n°2 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°2, et 2.3) l'intensité du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°3 est inférieure au seuil d'intensité du pic n°3 et l'intensité du pic 20 n°4 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°4. 21. Méthode selon la revendication 20 caractérisé en ce que les pics n°1 à 4 sont, à +/-0.5%: - 4160 Da pour le pic n°1, - 3319 Da pour le pic n°2, 25 - 3607 Da pour le pic n°3, et - 5143 Da pour le pic n°4. 51 22. Méthode selon les revendications 20 et 21, caractérisé en ce que les seuils d'intensités relatives des dits pics discriminants sont des valeurs de seuils d'intensités relatives exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la 5 valeur 1, sont : - pour le pic n°1 à 4160 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000116691, - pour le pic n°2 à 3319 Da, une valeur de seuil d'intensité de 0.0006103814, 10 - pour le pic n°3 à 3607 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000110201, et - pour le pic n°4 à 5143 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.000144286. 23. Méthode selon l'une des revendications 1 à 22, caractérisé en ce 15 qu'on détermine la présence ou l'absence d'une pathologie d'un individu humain par analyse d'un échantillon de matières fécales par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF dans laquelle les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon d'agent pathogène responsable de ladite pathologie isolé, mais reflètent une modification de la 20 composition des matières fécales associées à la dite pathologie. 24. Méthode selon l'une des revendications 16 à 18, caractérisé en ce qu'à l'étape a), on détermine une combinaison d'une pluralité de pics discriminants pour lesquels on détermine des premières fourchettes et deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de pics discriminants 25 permettant de distinguer les spectres d'échantillons des individus appartenant à la dite espèce animale et les spectres d'échantillons d'individus n'appartenant pas à la dite espèce animale, en fonction des différentes valeurs des intensités des pics discriminants dans le spectre d'un échantillon à analyser permettant ainsi de constituer un arbre de décisions 30 binaires d'appartenance ou non à la dite espèce selon que pour lesdits pics discriminants pris successivement l'intensité de chaque pic est 52 spécifiquement à l'intérieur ou en dehors des dites premières fourchettes ou deuxièmes fourchettes. 25. Méthode selon la revendication 24 caractérisé en ce qu'on détermine l'appartenance ou non à une des 9 dites espèces de singes 5 suivantes : Les babouins Papio hamadryas d'Arabie Saoudite, les babouins Papio papio du Sénégal, les Chimpanzés Pan troglodytes verus du Sénégal, les singes verts Chlorocebus sabaeus du Sénégal, les singes rouges Erythrocebus patas du Sénégal, les gorilles Gorilla gorilla gorilla de République du Congo, les singes hurleurs Alouatta seniculus de Guyane, les 10 bonobos Pan panicus Lola et les bonobos Pan panicus Ekolo de la République démocratique du Congo, pour lesquelles on détermine 9 premières fourchettes et 9 deuxièmes fourchettes de valeurs d'intensités de 9 pics discriminants. 26. Méthode selon les revendications 18 et 25 caractérisé en ce qu'on 15 détermine l'appartenance ou non à une des 9 dites espèces de singes suivantes : Les babouins Papio hamadryas d'Arabie Saoudite, les babouins Papio papio du Sénégal, les Chimpanzés Pan troglodytes verus du Sénégal, les singes verts Chlorocebus sabaeus du Sénégal, les singes rouges Erythrocebus patas du Sénégal, les gorilles Gorilla gorilla gorilla de 20 République du Congo, les singes hurleurs Alouatta seniculus de Guyane, les bonobos Pan panicus Lola et les bonobos Pan panicus Ekolo de la République démocratique du Congo, pour lesquelles on détermine 10 seuils de valeurs d'intensités de 9 pics discriminants, tels que : 1) la dite espèce est le chimpanzé Pan troglodytes verus si l'intensité 25 du pic n°1 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°1, 2) la dite espèce est le gorille Gorilla gorilla gorilla si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est inférieure ou égale à un premier seuil d'intensité du pic n°3; 30 3) la dite espèce est le babouin Papio papio si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est 53 supérieure au seuil d'intensité du pic n°4 et l'intensité du pic n°5 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°5, ou 4) la dite espèce est le bonobo Pan panicus ekolo si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic 5 n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est inférieure ou égale à un deuxième seuil d'intensité du pic n°3; l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4 et l'intensité du pic n°6 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°6; 5) la dite espèce est le bonobo Pan panicus Lola si : 10 - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°2 et l'intensité du pic n°3 est supérieure au deuxième seuil d'intensité du pic n°3 ; ou - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic 15 n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°3 est supérieure au deuxième seuil d'intensité du pic n°3 ; l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du picn°4 et l'intensité du pic n°6 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°6 ; et 20 6) la dite espèce est le singe rouge Erythrocebus patas si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4, l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°6 et l'intensité 25 du pic n°7 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°7 ; 7) la dite espèce est le babouin Papio hamadryas si : - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°4 30 et l'intensité du pic n°5 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°5, ou 54 - l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4, l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du 5 picn°6, l'intensité du pic n°7 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°7 et l'intensité du pic n°8 est supérieure au seuil d'intensité du picn°8 ; 8) la dite espèce est le singe vert Chlorocebus sabaeus si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du 10 pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°4,l'intensité du pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°6, l'intensité du pic n°7 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°7, l'intensité du pic n°8 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°8 et l'intensité 15 du pic n°9 est supérieure au seuil d'intensité du pic n°9 ; et 9) la dite espèce est le singe hurleur Alouatta seniculus si l'intensité du pic n°1 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°1, l'intensité du pic n°2 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°2, l'intensité du pic n°4 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du picn°4, l'intensité du 20 pic n°6 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du picn°6, l'intensité du pic n°7 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°7, l'intensité du pic n°8 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°8 et l'intensité du pic n°9 est inférieure ou égale au seuil d'intensité du pic n°9. 27. Méthode selon la revendication 25 ou 26 caractérisé en ce que les 25 pics n°1 à 9 sont, à +/- 0.5%: - 2771 Da pour le pic n°1, - 3442 Da pour le pic n°2, - 4668 Da pour le pic n°3, - 3830 Da pour le pic n°4, 30 - 8731 Da pour le pic n°5, 55 - 14074 Da pour le pic n°6, - 2186 Da pour le pic n°7, - 4540 Da pour le pic n°8, et - 2982 Da pour le pic n°9. 5 28. Méthode selon la revendication 26 ou 27, caractérisé en ce que les seuils d'intensités des dits pics discriminants, exprimées en valeurs d'intensités relatives par rapport à la somme des valeurs d'intensités du spectre normalisée à la valeur 1, sont : - pour le pic n°1 à 2771 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 10 0.000974671, - pour le pic n°2 à 3442 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0,0001552983, - pour le pic n°3 à 4668 Da, une valeur de premier seuil d'intensité relative de 0,0001570043 et une valeur de deuxième seuil d'intensité de 15 0.000222270079, - pour le pic n°4 à 3830 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.0005264181, - pour le pic n°5 à 8731 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 1.791533 x 10-5, 20 - pour le pic n°6 à 14074 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.0001110175, - pour le pic n°7 à 2186 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 0.0001926287, - pour le pic n°8 à 4540 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 25 0.0001414035, et - pour le pic n°9 à 2982 Da, une valeur de seuil d'intensité relative de 8.152213 x 10-5. 56 29. Méthode selon l'une des revendications 16 à 18 et 24 à 28, caractérisé en ce que les dits pics discriminants ne sont pas présents dans les spectres d'un échantillon de protéine spécifique de la dite espèce ou d'une pathologie chez la dite espèce. 5 30. Méthode selon l'une des revendications 1 à 29, caractérisé en ce qu'on arrive à discriminer un groupe de sujets présentant une dite pathologie ou appartenant à une dite espèce animale avec un nombre de 1 à 15 pics discriminants, de préférence de 3 à 10 pics discriminants. 10