Brevet FR3074501A1 — publié le 20190607

Isolement et culture pure d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales La presente invention concerne un procede d'isolement d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, ('utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, pour l'isolement et/ou la culture d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, ainsi qu'une archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 pure isolee. Elle concerne egalement une methode de culture d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. L'ordre taxinomique des Methanomassiliicoccales, micro-organismes procaryotes de type archee, est constitue de 2 grands clades (Sollinger et al, 2015 ; Borrel et al, 2017). L'un d'eux est forme quasi-exclusivement de micro-organismes vivant dans le tractus digestif des animaux (des insectes a l'homme), dit « host-associated cluster » ou Glade commensal. Ce Glade comprend notamment des membres naturels du microbiote intestinal de l'homme, et parmi ceux-ci certains capables de transformer la trimethylamine (TMA) en methane en utilisant l'hydrogene comme donneur d'electrons. La TMA est un compose pro-atherogene issu du metabolisme microbien intestinal de nutriments varies. L'utilisation possible de ces organismes comme probiotiques af in notamment de prevenir les maladies cardio-vasculaires (« archaebiotics »), en abaissant le taux de TMA intestinal a ete decrit (Brugere et al, 2014). Ceci entraine en consequence une diminution de son derive plasmatique (oxyde de TMA plasmatique ou pTMAO) issu de son passage hepatique apres absorption intestinale (oxydation hepatique par des flavines monoxygenases), metabolite implique dans divers mecanismes concourant a l'atherosclerose. II n'existe pour l'heure aucun autre composant du microbiote intestinal humain dont on sache qu'il puisse remedier la TMA en un metabolite considers inerte pour l'homme, le methane. Or, aucun representant de ce groupe de microorganismes (Glade commensal), possedant cette activite de bio-remediation, n'a pour l'heure ete isole et obtenu en culture pure. Au-dela des problemes techniques lies a la microbiologie anaerobie de ces micro- organismes connus pour etre hautement sensibles a l'oxygene (EOS, Extremely Oxygen Sensitive), la pratique usuelle pour l'isolement de ce type de micro-organisme necessite des conditions operatoires particulieres. Apres obtention d'un enrichissement 0E1 les archees methanogenes deviennent dominantes, 2 approches sont alors realisees: (i) « clonage » de la culture en passant par des milieux solides en utilisant la technique des 2 Roll-tubes (Hungate, 1969) ou (ii) dilutions/extinctions de l'enrichissement en milieu liquide pour eliminer en particulier les microorganismes fermentaires non methanogenes. Jusqu'a maintenant, ces techniques se sont revelees inefficaces pour isoler en culture axenique les Methanomassiliicoccales du Glade commensal, quelles que soient les 5 conditions d'isolement utilisees (rapporte dans divers articles scientifiques, notamment Sollinger et al, 2015). Or, disposer d'une souche pure et controler sa croissance sont des prerequis pour pouvoir envisager une application a visee therapeutique. Dans le cadre de la presente invention, l'espece Methanomethylophilus alvus 10 souche Mx-05 pure a ete isolee en appliquant une approche tout a fait innovante. La presente invention concerne ainsi une archee (domaine Archaea) Methanomethylophilus alvus Mx-05 isolee pure, souche deposee selon le Traite de Budapest, le 18 septembre 2017, aupres du Leibniz-lnstitut (DSMZ, Braunschweig, 15 Allemagne) sous le numero DSM32684 (deposant : Universite Clermont Auvergne, France). Elle concerne egalement ('utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella pour l'isolement et/ou la culture pure (axenique) d'une archee de l'ordre des 20 Methanomassiliicoccales du Glade commensal. Avantageusement, ledit milieu de culture et/ou d'isolement comprend un/des facteur(s) de croissance obtenu(s) a partir de ladite culture d'une bacterie du genre Eggerthella. La presente invention concerne par ailleurs un procede d'isolement d'une arch& de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal comprenant : 25 a) ('inoculation d'un Ochantillon biologique susceptible de comprendre une arch& de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, de preference un echantillon de selles animales ou humaines, en conditions anaerobies sous une atmosphere gazeuse contenant du dihydrogene H2 dans des conditions mesothermiques dans un milieu de culture comprenant (i) un milieu de base comprenant du KH2PO4, du 30 NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaC12.2H20, de ('acetate de sodium, de la Cysteine- HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenitetungstate, (ii) du Na2S a 2% et NaHCO3 a 10%, un mélange de vitamines (par exemple solution de vitamines de Balch), auquel est ajoute (iii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de Ia peptone et/ou des casamino 35 acides, de l'extrait de levure, et (iv) des composes methyles tels que des methylamines ou du methanol; 3 b) le remplacement du milieu de culture de l'etape a) par un milieu de culture identique appauvri en composes apportant des acides amines et dans lequel des vitamines sont ajoutees; c) la detection d'un enrichissement positif en une archee de l'ordre des 5 Methanomassiliicoccales du Glade commensal dans ledit echantillon inocule, en particulier par microscopie, production de methane et consommation d'H2, PCR, qPCR ou sequengage; et d) la realisation de series de dilutions liquides ou par la technique des roll tubes dudit enrichissement positif obtenu a l'etape c) en utilisant un milieu tel que defini a l'etape 10 a) ou b) auquel sont ajoutes un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella selon ('invention, jusqu'a l'obtention d'un clone d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. Elle concerne enfin une methode de culture d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, pure ou presente dans un consortium 15 microbien, comprenant : a) ('inoculation soit d'un echantillon biologique comprenant une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, de preference un echantillon de selles animales ou humaines dans un milieu de culture, soit d'une archee pure de l'ordre des Methanomassiliicoccales comprenant (i) un milieu de base comprenant du KH2PO4, du 20 NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4C1, du CaC12.2H20, de ('acetate de sodium, de la Cysteine- HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenitetungstate, Na2S a 2% et/ou NaHCO3 a 10%, auquel est ajoute (ii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de Ia peptone et/ou des casamino-acides, de l'extrait de levure, (iii) des composes methyles tels que des 25 methylamines ou du methanol et (iv) un extrait sterile d'une culture bacterienne de Ia bacterie du genre Eggerthella, selon l'invention, b) le placement de l'inoculum obtenu a l'etape a) en conditions anaerobies sous une atmosphere gazeuse comprenant du dihydrogene H2, et c) une incubation dans des conditions mesothermiques, pour atteindre une phase 30 de croissance exponentielle avec production de methane en au moins 2 jours, de preference pas plus de 15 jours. Archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 Tel que susmentionne, la presente invention concerne une archee 35 Methanomethylophilus alvus Mx-05 pure isolee, souche deposee selon le Traite de Budapest, le 18 septembre 2017, aupres du Leibniz-lnstitut (DSMZ, Braunschweig, 4 Allemagne) sous le numero DSM32684 (deposant : Universite Clermont Auvergne, France). Ce depot a ete effectue par l'Universite Clermont Auvergne, 49 boulevard Francois Mitterrand - 63000 Clermont-Ferrand - France. 5 Par « pure », on entend le sens couramment employe par l'homme du métier dans le domaine de l'invention. En particulier, par pure, on entend l'absence de contaminants et la seule presence d'une souche, colonie ou clone de ('archee Methanomethylophilus alvus Mx-05. Les criteres de purete sont ceux habituellement utilises par l'homme du métier. En particulier, dans le cadre de la presente invention, les criteres sont la morphologie 10 uniforme des cellules, la production de methane, et l'absence de croissance dans un milieu complexe (SMS) contenant des hydrates de carbone non consommés par ('archee methanogene, mais permettant de mettre en evidence des contaminants methanogenes s'il y a lieu. Par « isolee », on entend le sens communement employe par l'homme du métier 15 dans le domaine technique de l'invention. Une archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 isolee sera une archee separee des autres archees et/ou bacteries et/ou levures ou autres contaminants eucaryotes potentiellement presents dans rechantillon de depart. Tel que susmentionne, les Methanomassiliicoccales sont des micro-organismes procaryotes de type archeen constitues de 2 grands clades, dont le Glade dit 20 « commensal » auquel appartient la souche susmentionnee, forme quasi-exclusivement de micro-organismes vivant dans le tractus digestif des animaux (des insectes a l'homme), ladite souche appartenant a celles capables de transformer la TMA en methane en utilisant l'hydrogene comme donneur d'electrons. 25 Utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, Tel que susmentionne la presente invention concerne egalement ('utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, pour l'isolement et/ou la culture pure d'une archee 30 de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. Tel que susmentionne, avantageusement, ledit milieu de culture et/ou d'isolement comprend un/des facteur(s) de croissance obtenu(s) a partir de ladite culture d'une bacterie du genre Eggerthella. Ledit milieu de culture et/ou d'isolement peut comprendre en outre tout compose 35 qui peut etre utile a la culture ou l'isolement d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. 5 En particulier, le milieu comprend en outre un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone et/ou des casamino acides, et de l'extrait de levure. Par exemple, le milieu comprend en outre de 0,5 a 50 g/L de Biotrypcase, de 5 peptone, de casamino acides, d'extrait de levure (en particulier 10g/L de chacun de ces composes). En outre, le milieu peut comprendre du coenzyme M. Ce co-facteur est indispensable a la methanogenese. Dans le cas de l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05, le coenzyme M peut 'etre omis. Encore plus particulierement, le milieu comprend en outre du KH2PO4, du NaCI, du 10 MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaC12.2H20, de ('acetate de sodium, de la Cysteine-HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenite-tungstate, du Na2S a 2% et/ou du NaHCO3 a 10%. Toujours plus particulierement ; le milieu comprend des composes methyles tels que des methylamines ou du methanol. 15 Par « methylamines », on entend notamment Ia mono-, di- ou tri-methylamine. Un exemple d'un tel milieu appele milieu de base est donne dans le tableau 3 presente dans les exemples. Tous ces composes sont des composes disponibles commercialement et/ou bien connus de l'homme du métier. 20 Le milieu de base est par exemple prepare sous une atmosphere gazeuse N2/CO2 (80 :20 % v/v). Une solution de tungstate-selenite a par exemple Ia composition suivante pour un litre: 0,4 g NaOH, 2 mg Na2Se03 et 4 mg Na2W04.5H20. Une solution d'oligoelements de Widdel a par exemple Ia composition suivante et 25 peut etre preparee comme suit : Dissoudre du chlorure ferreux dans de l'acide chlorhydrique. Ajouter l'eau bidistillee puis les sels des differents oligo-elements. Ajuster le pH entre 7,1 et 7,3 avec HCI ou Na2CO3. Cette solution d'oligo-elements peut par exemple etre utilisee a raison de 1 mL par 30 litre de milieu de culture. Tableau 1 : Composition d'une solution d'oligoelements de Widdel Acide nitrilotriacetique 1,50 g MgC12, 6H20 2,50 g NaCI 1,00 g MnCl2, 4H20 0,60 g 6 FeCl2, 4H20 100,00 mg CoC12, 6H20 100,00 mg CaCl2, 2H20 100,00 mg ZnCl2 100,00 mg CuC12, 2H20 10,00 mg AlC13 10,00 mg H3B03 10,00 mg Na2Mo04, 2H20 10,00 mg pH (ajuste avec solution KOH 10M) 6,50 mL H20 bidistillee q.s.p. 1000 Le milieu de culture selon l'invention peut se trouver a l'etat liquide auquel cas comporte de l'eau distillee ou dans un etat lyophilise apte etre regenere par ajout d'eau distillee ou encore a l'etat solide, notamment sous forme gelosee, plus particulierement 5 par ajout d'agar, plus particulierement agar a 2% final. Par >, on entend un genre bacterien d'Actinobacteria de la famille Coriobacteriaceae. Les membres de ce genre sont des bacilles anaerobies, non sporulants, non mobiles, Gram-positifs qui se developpent de maniere isolee, en paires ou en chaines courtes. On les trouve notamment dans le colon humain. 10 Dans le cadre de la presente invention, l'extrait sterile_d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, provient en particulier d'une bacterie choisie parmi EggertheHa lenta ou la souche denommee EggertheHa sp. Eg01-Mx05 deposee selon le Traite de Budapest, le 13 juillet 2017, aupres du Leibniz-Institut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM 32565. 15 Ce depot a ete effectue par l'Universite Clermont Auvergne, 49 boulevard Francois Mitterrand - 63000 Clermont-Ferrand - France. Par « extrait sterile », on entend le sens communement employe par l'homme du métier dans le domaine technique de l'invention, c'est-a-dire depourvu de tout organisme viable. 20 En particulier dans le cadre de la presente invention, l'extrait sterile est obtenu par toute technique connue de l'homme du métier tant qu'elle n'altere pas l'activite biologique de l'extrait. En particulier, dans le cadre de la presente invention, l'extrait sterile est un filtrat bacterien d'une bacterie du genre EggertheHa. 7 Par « filtrat », on entend le sens communement employe par l'homme du métier, c'est-a-dire ici le liquide recueilli a l'issu de l'etape de filtration sur un filtre d'une parasite empechant le passage de cellules vivantes. En particulier, dans le cadre de la presente invention, le filtrat d'une culture de la 5 bacterie du genre Eggerthella est prepare selon le procede comprenant : a) la culture d'une bacterie du genre Eggerthella dans un milieu tels que par exemple les milieux conventionnels ATCC 260 ou 1490 et DSMZ 78 ou 209, ledit milieu comprenant du Biotrypcase, de l'extrait de levure, de la peptone, des acides amines, de l'extrait de viande, de l'hernine, et/ou de la vitamine K1 ou K3; et des sucres simples ; 10 b) ('incubation du milieu de culture comprenant ladite bacterie a une temperature de 20 a 40°C, de preference a 37°C, pendant au moiis 1 jour, de preference pas plus de 15 jours ; c) la filtration du milieu de culture comprenant ladite bacterie, de preference a l'aide de filtres ne laissant pas passer les organismes vivants, en particulier sur un filtre 15 dont la taille des pores est de 0,2 pm ; et d) la recuperation du filtrat obtenu a l'issu de l'etape c). Par « sucres simples », on entend des monosides ou oses a 5 ou 6 atomes de carbone, par exemple du glucose. En particulier, le milieu de culture de l'etape a) de procede de preparation du filtrat 20 comprend par exemple de 0,5 a 50 g/L de Biotrypcase, de peptone, de casamino acides, d'extrait de levure (preferentiellement 10 g/L) et 0 a 100 mM de glucose (preferentiellement 20mM). La temperature mentionnee a l'etape b) est comprise entre 20 et 40°C. Elle est donc par exemple comprise entre 30 et 40°C ou entre 35 et 40°C. Elle est donc par 25 exemple de 21, 22, 25, 27, 28, 30, 32, 34, 35, 36, 37, 38, 39°C, en particulier de 37°C. L'incubation est realisee par toute technique connue de l'homme du métier, en conditions anaerobies, comme par exemple celles decrites pour les especes d'Eggerthella lenta par les organismes de collections de microorganismes tels que ATCC ou DSMZ. L'incubation dure au moins 1 jour et de preference pas plus de 15 jours. Elle est 30 donc par exemple del, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 ou 15 jours, en particulier de 7 jours. La sterilisation par filtration mentionnee a l'etape c) du procede de preparation d'un filtrat bacterien peut etre remplacee par toute technique connue de l'homme du métier permettant d'obtenir l'extrait selon ('invention sous forme sterile, tant que le 35 procede mis en oeuvre n'altere pas l'activite biologique de l'extrait. 8 Dans le cadre du filtrat bacterien, elle est par exemple realisee par filtration sur un filtre, de preference a l'aide de filtres ne laissant pas passer les organismes vivants, en particulier sur un filtre dont la taille des pores est de 0,2 pm, et plus particulierement sur un filtre dont la taille des pores est de 0,22 pm. Ces filtres sont disponibles 5 commercialement, par exemple les filtres radio-sterilises BasixTM de Fisher Scientific en PES (polyethersulfone), de diametre de 25 mm (ref : 13-100-106, Fisher Scientific) adaptables a des seringues (ref : SLGP033RS chez Merck). L'etape c) permet en particulier d'eliminer toute cellule d'Eggerthella vivante ou tout autre contaminant viable possible. 10 Le filtrat est recupere a l'issu de l'etape c) dans des conditions permettant sa bonne conservation, en particulier sous atmosphere anaerobie a temperature ambiante ou a 4°C si les periodes de conservation s'etendenta plusieurs mois. En particulier, dans le cadre de ('utilisation selon la presente invention, l'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal est une archee 15 Methanomethylophilus alvus, en particulier une archee Methanomethylophilus alvus Mx- 05 pure isolee, plus particulierement la souche deposee selon le Traite de Budapest, le 18 septembre 2017, aupres du Leibniz-Institut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM32684 (deposant : Universite Clermont Auvergne, France). 20 Procede d'isolement d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal Tel que susmentionne, la presente invention concerne egalement un procede d'isolement d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal comprenant : 25 a) ('inoculation d'un echantillon biologique susceptible de comprendre une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, de preference un echantillon de selles animales ou humaines, en conditions anaerobies sous une atmosphere gazeuse contenant du dihydrogene H2 dans des conditions mesothermiques dans un milieu de culture comprenant (i) un milieu de base comprenant du KH2PO4, du 30 NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaC12.2H20, de ('acetate de sodium, de la Cysteine- HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenitetungstate, (ii) du Na2S a 2% et NaHCO3 a 10%, un mélange de vitamines (par exemple solution de vitamines de Balch), auquel est ajoute (iii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de Ia peptone et/ou des casamino- 35 acides, de l'extrait de levure, et (iv) des composes methyles tels que des methylamines ou du methanol; 9 b) le remplacement du milieu de culture de retape a) par un milieu de culture identique appauvri en compose apportant des acides amines et dans lequel des vitamines sont ajoutees ; c) la detection d'un enrichissement positif en une archee de l'ordre des 5 Methanomassiliicoccales du Glade commensal dans ledit echantillon inocule, en particulier par microscopie, production de methane et consommation d'H2, PCR, qPCR ou sequengage ; et d) la realisation de series de dilutions liquides ou par la technique des roll tubes dudit enrichissement positif obtenu a retape c) en utilisant un milieu tel que defini a retape 10 a) ou b) auquel est ajoute un extrait sterile d'une culture bacterienne de bacterie du genre Eggerthella selon ('invention, jusqu'a l'obtention d'un clone d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. En particulier, le procede selon ('invention comprend en outre une etape c') entre retape c) et retape d) dans laquelle le milieu de culture comprenant ('echantillon 15 biologique est filtre, de preference sur un filtre dont la taille des pores est d'au moins 0,45 pm, avantageusement de 0,45 pm, le filtrat obtenu a l'issu de cette etape c') etant par la suite utilise lors de retape d) pour realiser les series de dilution. Letape de filtration, de preference sur un filtre dont la taille des pores est d'au moins 0,45 pm, est optionnelle : elle permet d'augmenter la proportion de 20 Methanomassiliicoccales du Glade commensale par rapport aux autres microbes presents, car ce Glade est compose de cellules de petite taille (de l'ordre de 0,5 pm +/- 0,2), passant en partie a travers le filtre, contrairement a de nombreuses cellules non desirees. Cette etape favorise/accelere ('enrichissement en Methanomassiliicoccales. Par « inoculation », on entend le sens commun employe par l'homme du métier 25 dans le domaine technique de l'invention, en particulier ('action d'ensemencement du milieu de culture par rechantillon biologique, ici dans des conditions anaerobies. Par « echantillon biologique », on entend un echantillon humain ou animal, en particulier des selles humaines ou animales. Par « conditions anaerobies », on entend le sens connu par l'homme du métier 30 dans le domaine technique selon l'invention, en particulier, des conditions dans lesquelles it n'y a pas d'oxygene sous forme de dioxygene. Par « atmosphere gazeuse », on entend par exemple une atmosphere formee de dihydrogene (en particulier 2 bar). Par « conditions mesothermiques », on entend une temperature comprise entre 20 35 et 40°C, par exemple comprise entre 30 et 40°C ou mitre 35 et 40°C. La temperature est 10 donc par exemple de 21, 22, 25, 27, 28, 30, 32, 34, 35, 36, 37, 38, 39°C, en particulier de 37°C. Le terme « milieu de base » est un terme couramment utilise par l'homme du métier dans le domaine technique de l'invention et designe un milieu comportant des 5 composes necessaires a la culture de l'archee dans les conditions enoncees ci-dessus. Un tel milieu est par exemple decrit en detail dans le tableau 3 des exemples. Une solution d'oligoelements de Widdel et une solution de selenite-tungstate sont definis dans la section precedente relative a ('utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un filtrat bacterien d'une bacterie du genre Eggerthella, 10 Les composes entrant dans la composition du milieu de base sont des composes disponibles commercialement et bien connus de l'homme du métier. Le milieu de base est par exemple prepare sous une atmosphere gazeuse N2/CO2 (80:20 % v/v). Le milieu de culture de base peut se trouver a l'etat liquide auquel cas it comporte 15 de l'eau distill& ou dans un etat lyophilise apte a 'etre regenere totalement ou en partie par ajout d'eau distillee ou encore a l'etat solide, notamment sous forme gelosee, plus particulierement par ajout d'agar, plus particulierement agar a 2% final. Tel que susmentionne, rechantillon biologique est inocule dans un milieu de base auquel sont ajoutes des composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, 20 de la peptone et/ou des casamino acides, de l'extrait de levure et des composes methyles. Ainsi, selon un mode de realisation du procede d'isolement selon ('invention, rechantillon biologique est inocule dans un milieu de base auquel est ajoute du Biotrypcase, de la peptone, des casamino acides, de l'extrait de levure, et des composes 25 methyles. Les composes methyles sont par exemple du methanol et/ou des methylamines. Par « methylamines », on entend par exemple, la mono-, di- et/ou tri-methylamine. Selon un mode de realisation du procede selon ('invention, 1g/L d'extrait de levure et 10 a 80 mM de composes simples methyles sont ajoutes au milieu de base. 30 Dans un mode de realisation de l'etape a) du procede d'isolement susmentionne, rechantillon biologique comprend une arch& de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. Tel qu'indique dans l'etape b) du procede d'isolement selon ('invention, le milieu de culture de l'etape a) est ensuite remplace par un milieu de culture identique appauvri 35 en composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone et/ou des casamino acides, en extrait de levure et dans lequel des vitamines sont ajoutees. 11 Par « appauvri », on entend que la concentration en composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone ou des casamino acides et de l'extrait de levure dans le milieu est plus basse que la concentration presente initialement dans retape a). Cette concentration peut meme etre nulle, c'est-a-dire que les composes 5 apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone et/ou des casamino acides, et de l'extrait de levure peuvent ne pas etre presents dans ce deuxieme milieu. Les vitamines pouvant etre ajoutees sont des vitamines connues de l'homme du métier comme etant appropriees. On peut citer par exemple une solution de vitamines de Balch (Balch et al, 1979). 10 Une telle solution peut etre preparee comme indique ci-dessous avec la composition mentionnee dans le tableau 2 en mg par litre d'eau distillee : Tableau 2 Biotine 2 Acide Folique 2 Pyridoxine hydrochloride 10 Thiamine hydrochloride 5 Riboflavine 5 Acide nicotinique 5 Calcium panthotenate 5 Vitamine B12 0,1 Acide p-aminobenzdique 5 Acide lipoIque 5 Le milieu de culture selon retape a) peut etre remplace au bout de 3 a 15 jours, par exemple 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15 jours ou le milieu de culture de retape 15 a) est remplace par celui de retape b) selon les resultats de suivi d'un indicateur de croissance des Methanomassiliicoccales, par exemple des que le releve regulier de production de methane de la souche indique ('apparition d'un plateau. Comme indique dans le procede d'isolement susmentionne, l'abondance de rarchee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal est ensuite verifiee 20 par l'une des techniques mentionnees a retape c). Ces techniques sont toutes des techniques bien connues de l'homme du métier pour detecter un enrichissement. La microscopie permet de determiner les formes des cellules, la mesure de methane et d'H2 est par exemple effectuee par chromatographie en phase gazeuse, la 25 qPCR permet la quantification des populations, et le sequengage la determination des 12 especes dominantes de I'enrichissement. Ces techniques peuvent etre utilisees individuellement ou ensemble. Le sequengage est en particulier le sequengage de marqueurs moleculaires generaux ou specifiques (par exemple 16S et mcrA, genes codant respectivement I'ARN 16S de Ia petite sous-unite ribosomique16S et Ia sous-unite 5 alpha de Ia methyl coenzyme M reductase, specifique a Ia methanogenese), ou une approche metagenomique de sequengage sans a priori. L'isolement en tant que tel est ensuite realise dans retape d) du procede susmentionne. Le milieu enrichi en archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade 10 commensal est dilue par dilutions liquides ou solides, c'est-a-dire en utilisant les techniques connues de l'homme du métier de dilution en milieu liquide, par exemple dans des tubes de Hungate contenant du milieu de culture ou de dilution en milieu solide (roll tube contenant egalement du milieu de culture). Les dilutions sont realisees jusqu'a l'obtention d'un clone d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade 15 commensal. « Clone » est utilise au meme titre que « souche », le procede d'isolement selon ('invention ayant pour but d'isoler dans son etape finale une souche d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal pure. Le milieu de culture utilise dans retape d) est un milieu tel que defini a retape a) 20 ou b) auquel est ajoute un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella tel que defini dans le cadre de Ia presente invention. Le milieu de culture peut donc comprendre un milieu de base exempt de composes organiques complexes (composes apportant des acides amines) mais comprenant des vitamines ou un milieu de base comprenant un ou plusieurs composes 25 apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de Ia peptone et/ou des casamino acides, de ('extrait de levure par exemple a Ia concentration de 2 g/L, et des composes methyles, Dans le cas de dilutions solides, il est possible de repiquer les colonies obtenues en milieu liquide puis de les rediluer en milieu liquide, Ia derniere dilution liquide positive 30 representant Ia souche isolee. En particulier, dans le procede d'isolement selon l'invention, Ia determination de l'obtention d'un clone d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal est realisee par microscopie, production de methane et consommation d'H2, qPCR ou sequengage. Le sequengage est en particulier le sequengage de marqueurs 35 moleculaires generaux ou specifiques (par exemple 16S et mcrA, genes codant respectivement I'ARN 16S de Ia petite sous-unite ribosomiquel6S et Ia sous-unite alpha 13 de la methyl coenzyme M reductase, specifique a la methanogenese), ou une approche metagenomique de sequengage sans a priori. De plus, tel que susmentionne, dans un mode de realisation du procede selon ('invention, le procede selon ('invention comprend en outre une etape c') entre l'etape c) et 5 l'etape d) dans laquelle le milieu de culture comprenant rechantillon biologique est filtre. L'etape de filtration est realisee par toute technique connue de l'homme du métier dans le domaine technique de l'invention. En particulier, la filtration a lieu sur un filtre dont la taille des pores est d'au moins 0,45 pm, avantageusement de 0,45 pm. Ces filtres sont disponibles commercialement, 10 par exemple aupres de Fisher Scientific, sous forme de filtres 0,45 pm BasixTM en PES (polyethersulfone) steriles (reference 13-100-107). Le filtrat obtenu a l'issu de cette etape c') est par la suite utilise lors de l'etape d) pour realiser les series de dilution. En particulier, dans le cadre du procede selon la presente invention, l'extrait sterile 15 de culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella est un filtrat bacterien d'une bacterie du genre Eggerthella. Plus particulierement, ledit filtrat est prepare selon le procede comprenant : a) la culture d'une bacterie du genre Eggerthella dans un milieu tels que par exemple les milieux conventionnels ATCC 260 ou 1490 et DSMZ 78 ou 209, ledit milieu 20 comprenant du Biotrypcase, de l'extrait de levure, de la peptone, des acides amines, de l'extrait de viande, de l'hernine, et/ou de la vitamine K1 ou K3, et des sucres simples. b) ('incubation du milieu de culture comprenant ladite bacterie a une temperature de 20 a 40°C, de preference a 37°C, pendant au moiis 1 jour, de preference pas plus de 15 jours ; 25 c) la filtration du milieu de culture comprenant ladite bacterie, de preference a l'aide de filtres ne laissant pas passer les organismes vivants, en particulier sur un filtre dont la taille des pores est de 0,2 pm; et d) la recuperation du filtrat obtenu a l'issu de l'etape c). Ce procede est defini dans la section precedente relative a ('utilisation d'un milieu 30 de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile de culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, En particulier, dans le cadre du procede selon la presente invention, l'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal est une archee Archaea Methanomethylophilus alvus, en particulier une Archaea Methanomethylophilus alvus Mx- 35 05 pure isolee, souche deposee selon le Traite de Budapest, le 18 septembre 2017, 14 aupres du Leibniz-lnstitut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM32684 (deposant : Universite Clermont Auvergne, France). Methode de culture d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade 5 commensal Tel que susmentionne, la presente invention concerne egalement une methode de culture d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, pure ou presente dans un consortium microbien, comprenant : a) ('inoculation soit d'un echantillon biologique comprenant une archee de l'ordre 10 des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, de preference un echantillon de selles animales ou humaines, soit d'une archee pure de l'ordre des Methanomassiliicoccales, dans un milieu de culture comprenant un milieu de base comprenant du KH2PO4, du NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaC12.2H20, de ('acetate de sodium, de la CysteineHCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenite- 15 tungstate, Na2S a 2% et/ou NaHCO3 a 10%, auquel est ajoute (ii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de Ia peptone et/ou des casamino-acides et de l'extrait de levure, (iii) des composes methyles tels que des methylamines ou du methanol et (iv) un extrait sterile de culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, selon l'invention, 20 b) le placement de l'inoculum obtenu a l'etape a) en conditions anaerobies sous une atmosphere gazeuse contenant du dihydrogene H2, et c) une incubation dans des conditions mesothermiques, pour atteindre une phase de croissance exponentielle avec degagement de methane en au moins 2 jours, de preference pas plus de 15 jours. 25 Les termes « inoculation », « echantillon biologique », « extrait sterile », « pure », « conditions anaerobies », « atmosphere gazeuse » et « conditions mesothermiques » ont les memes definitions que celles mentionnees dans les sections precedentes. Par « consortium microbien », on entend un ensemble de microorganismes, formes de differentes especes (i.e. ne se presentant pas en culture pure) et qui vivent en 30 communaute. L'incubation dure au moins 2 jours et de preference pas plus de 15 jours. Elle est donc par exemple de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 ou 15 jours. L'incubation est realisee par toute technique connue de l'homme du métier comme par exemple en tube de Hungate. 35 Tel que susmentionne, le milieu de base est compose de KH2PO4, de NaCI, de MgSO4.7H20, de NH4CI, de CaC12.2H20, d'acetate de sodium, de Cysteine-HCI, de 15 resazurine, d'une solution d'oligoelements de Widdel, d'une solution de selenite-tungstate, de Na2S a 2% et/ou NaHCO3 a 10%, auquel est ajoute (ii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone et/ou des casaminoacides, de l'extrait de levure, (iii) des composes methyles tels que des methylamines ou 5 du methanol et (iv) un extrait sterile d'une culture bacterienne de la bacterie du genre Eggerthella, selon ('invention. En outre, le milieu peut comprendre du coenzyme M. Ce co-facteur est indispensable a la methanogenese. Dans le cas de l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05, le coenzyme M peut 'etre omis. 10 En particulier, dans le cadre de la methode selon la presente invention, ('extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella est un filtrat bacterien d'une bacterie du genre Eggerthella. Plus particulierement, ledit filtrat est prepare selon le procede comprenant : a) la culture d'une bacterie du genre Eggerthella dans un milieu tels que par 15 exemple les milieux conventionnels ATCC 260 ou 1490 et DSMZ 78 ou 209 , ledit milieu comprenant du Biotrypcase, de l'extrait de levure, de la peptone, des acides amines, de ('extrait de viande, de l'hernine, et/ou de la vitamine K1 ou K3, et des sucres simples.; b) ('incubation du milieu de culture comprenant ladite bacterie a une temperature de 20 a 40°C, de preference a 37°C, pendant au moiis 1 jour, de preference pas plus de 20 15 jours ; c) la filtration du milieu de culture comprenant ladite bacterie, de preference a l'aide de filtres ne laissant pas passer les organismes vivants, en particulier sur un filtre dont la taille des pores est de 0,2 pm; et d) la recuperation du filtrat obtenu a l'issu de l'etape c). 25 Ce procede est defini dans la section precedente relative a ('utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile de culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella, En particulier, dans le cadre de la methode selon la presente invention, I'archee de l'ordre des Methanomassifficoccales du Glade commensal est une archee Archaea 30 Methanomethylophilus alvus, en particulier Methanomethylophilus alvus Mx-05 pure isolee, souche deposee selon le Traite de Budapest, le 18 septembre 2017, aupres du Leibniz-lnstitut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM DSM32684 (deposant Universite Clermont Auvergne, France). 16 La presente concerne egalement un kit de detection d'une archee Archaea selon l'invention pour la mise en oeuvre d'un procede d'isolement selon l'invention ou d'une methode de culture selon l'invention caracterise en ce qu'il comprend : - un ou plusieurs milieux de culture tels que ceux susmentionnes dans le cadre de 5 l'invention, de preference lyophilise ou sous forme solide, et/ou -des reactifs de mise en ceuvre d'une amplification enzymatique d'ADN de type PCR, et/ou - un extrait sterile d'une culture bacterienne tel que susmentionne dans le cadre de l'invention. 10 La presente invention sera illustree plus en details par les exemples suivants. Exemples Composition d'un milieu de base (MB) pour 1 Litre : Tableau 3 Nom Quantite KH2PO4 0,5 g MgSO4.7H20 0,4 g NaCI 5g NH4CI 1 g CaCl2.2H20 0,05 g Na-acetate 1,6 g Cysteine-HCI 0,5 g Resazurine 1mL a partir d'une solution stock (1g/L) Solution d'oligoelements de Widdel 1mL a partir d'une solution stock (1g/L) Solution de Selenite-tungstate 1mL 15 Apres autoclavage, ajOuter: Na2S a 2% (p/v) 0,1mL pour 5mL de milieu de culture NaHCO3 a 10% (o/x\ 0,1mL pour 5mL de milieu de culture Solution de vitamins de Balch 0,1mL pour 5mL de milieu de culture Composition de la solution de vitamines de Balch (Balch et al, 1979) Tableau 4 (en mg par litre d'eau distillee) Biotine 2 Acide Folique 2 17 Pyridoxine hydrochloride 10 Thiamine hydrochloride 5 Riboflavine 5 Acide nicotinique 5 Calcium panthotenate 5 Vitamine B12 0,1 Acide p-aminobenzdique 5 Acide lipoIque 5 Composition et preparation d'une solution d'oliooelements de Widdel Du chlorure ferreux a ete dissous dans de l'acide chlorhydrique. De l'eau bidistillee a ete ajoutee puis les sels des differents oligo-elements. Le pH a ete ajuste entre 7,1 et 5 7,3 avec HCI ou Na2CO3. Cette solution d'oligo-elements a ete utilisee a raison de 1 mL par litre de milieu de culture. Tableau 5 Acide nitrilotriacetique 1,50 g MgC12, 6H20 2,50 g NaCI 1,00 g MnCl2, 4H20 0,60 g FeCl2, 4H20 100,00 mg CoCl2, 6H20 100,00 mg CaCl2, 2H20 100,00 mg ZnCl2 100,00 mg CuC12, 2H20 10,00 mg AlC13 10,00 mg H3B03 10,00 mg Na2MoO4, 2H20 10,00 mg pH (ajuste avec solution KOH 10M) 6,50 mL H2O bidistillee q.s.p. 1000 10 18 Enrichissement en archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 Le milieu de base a ete prepare en condition anaerobie sous une atmosphere gazeuse N2/CO2 (80 :20 % v/v). Les enrichissements ont ete realises dans ce milieu de base MB dans lequel a ete ajoute 1g/L d'extrait de levure et 10 a 80 mM de composes methyles 5 (methanol, methylamines) comme accepteurs finaux d'electrons. Ils ont ete merles en presence d'une atmosphere gazeuse anaerobie, formee de dihydrogene H2 comme donneur d'electrons (2 bar), dans des conditions mesothermiques (incubation de 20 a 40 °C). Le milieu de culture utilise ensuite (contenant de la solution de vitamines de Balch) a ete 10 identique a ('exception qu'il a ete appauvri en extrait de levure (jusqu'a son absence totale (0 g/L d'extrait de levure) selon les cas) de maniere a obtenir une population dominante de l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05. La verification de l'abondance de l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 a ete realisee par : 15 - Microscopie pour determiner les formes des cellules et le degre de purete de notre enrichissement ; Mesure de production de methane et de consommation d'H2 par chromatographie phase gazeuse ; qPCR pour quantifier les populations de bacteries et d'archees, a l'aide d'amorces 20 et de protocoles decrits et connus de l'homme du métier (Borrel et al, 2017) ; Sequengage pour determiner les especes dominantes de l'enrichissement. Les experiences de dilution en milieu liquide (tubes de Hungate contenant 5 mL de milieu de culture) ou en milieu solide (roll tubes contenant egalement 5 mL de milieu de culture) en presence d'H2 et de composes methyles ont alors ete entreprises. Elles ont ete 25 realisees par une filtration prealable (filtre de 0,45pm) pour eliminer une majorite de bacilles, l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 pure isolee se presentant sous forme de coques de petites tailles, dont des cellules de taille inferieures a 500pm de diametre. La croissance de l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 n'a ete obtenue qu'en presence d'un extrait sterile d'une culture d'Eggerthella sp. prepare par filtration 30 (filtre de 0,22 pm) (voir preparation du filtrat ci-dessous). Preparation du filtrat d'Eaaerthella sp. Eggerthella sp. souche Eg01-Mx-05 (souche deposee selon le Traite de Budapest, le 13 juillet 2017, aupres du Leibniz-lnstitut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM 32565 a ete cultivee dans le milieu de base contenant 10g/L de Biotrypcase, 10g/L 35 d'extrait de levure, 10g/L de peptone, 10g/L de casamino acides et 20mM de glucose. L'incubation a ete realisee a 37°C pendant une semane. Apres filtration du milieu de 19 culture (filtre de 0,22 pm) d'Eggerthella, 0,5 mL de filtrat a ete ajoute pour 5 mL de milieu de culture contenus dans les tubes servant a la dilution de l'enrichissement en archee Methanomethylophilus alvus Mx-05. lsolement de larchee Methanomethylophilus alvus Mx-05 sous forme pure 5 Afin d'obtenir l'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 pure isolee en culture axenique, les series de dilution en milieux liquide ou solide ont ete realisees en utilisant un milieu de base MB exempt de composes organiques complexes (e.g. extrait de levure, biotrypcase, etc.) mais en presence de la solution de vitamines de Balch et de la solution d'oligoelements de Widdel ou au contraire en ajoutant ces composes (extrait de levure, 10 biotrypcase, peptone, casaminoacids a raison de 2 g/L). Cette derniere operation a permis de reperer plus facilement la presence eventuelle de contaminants heterotrophes dans les dernieres dilutions positives. Apres obtention de colonies en milieu solide, cellesci ont ete repiquees en milieu liquide puis rediluees en milieu liquide, la derniere dilution liquide positive representant la souche de collection a etudier. 15 La souche d'archee Methanomethylophilus alvus Mx-05 pure isolee a ete deposee aupres du Leibniz-Institut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM32684 (deposant : Universite Clermont Auvergne, REVENDICATIONS1.- Utilisation d'un milieu de culture et/ou d'isolement comprenant un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bact6rie du genre Eggerthella, pour l'isolement et/ou la culture pure d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal. 2.- Utilisation selon la revendication 1, dans laquelle le milieu comprend en outre un ou plusieurs compos6s apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone et/ou des casamino acides, et de l'extrait de levure. 3.- Utilisation selon l'une quelconque des revendications 1ou 2, dans laquelle le milieu comprend en outre du coenzyme M. 4.- Utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 a 3, dans laquelle le milieu comprend en outre du KH2PO4, du NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaC12.2H20, de l'acetate de sodium, de Ia Cysteine-HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenite-tungstate, du Na2S a 2% et/ou du NaHCO3 a 10%. 5.- Utilisation selon rune quelconque des revendications 1 a 4, dans laquelle la bacterie du genre Eggerthella est choisie parmi Eggerthella lenta ou la souche Eggerthella sp. Eg01-Mx05 deposee selon le Trait6 de Budapest, le 13 juillet 2017, aupres du Leibniz-Institut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM 32565. 6.- Procede d'isolement d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal comprenant : a) ('inoculation d'un echantillon biologique susceptible de comprendre une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, de preference un echantillon de selles animales ou humaines, en conditions anaerobies sous une atmosphere gazeuse contenant du dihydrogene H2 dans des conditions mesothermiques dans un milieu de culture comprenant (i) un milieu de base comprenant du KH2PO4, du NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaCl2.2H20, de ('acetate de sodium, de la Cysteine- HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenite- tungstate, (ii) du Na2S a 2% et NaHCO3 a 10%, un mélange de vitamines, auquel est 21 ajoute (iii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de Ia peptone et/ou des casamino acides, et de l'extrait de levure, et (iv) des composes methyles tels que des methylamines ou du methanol ; b) le- remplacement du milieu de culture de l'etape a) par un milieu de culture 5 identique appauvri en compos6s apportant des acides amines et dans lequel des vitamines sort ajoutees ; c) la detection d'un enrichissement positif en une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du glade commensal dans ledit echantillon inocule, en particulier par microscopie, production de methane et consommation d'H2, PCR, qPCR ou 10 sequengage ; et d) Ia realisation de series de dilutions liquides ou par la technique des roil tubes dudit enrichissement positif obtenu a latape c) en utilisant un milieu tel que defini a latape a) ou b) auquel est ajoute un extrait sterile d'une culture bacterienne d'une bact6rie du genre Eggerthella tel que d6fini dans l'une quelconque des revendications 1 a 5, jusqua 15 l'obtention d'un clone d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade cornmensal. 7.- Procede d'isolement selon la revendication 6, comprenant en outre une etape c') entre latape c) et latape d) dans laquelle le milieu de culture comprenant ('echantillon 20 biologique est flit& de preference sur un filtre dont la taille des pores est d'au moins 0,45 pm, le filtrat obtenu a l'issu de cette 6tape c') 6tant par Ia suite utilise lors de latape d) pour realiser les series de dilution. 8.- Procede d'isolement selon l'une quelconque des revendications 6 ou 7 dans 25 lequel Ia determination de robtentiort d'un clone d'archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal est realisee par microscopie, production de methane et consommation d'H2, PCR, qPCR ou sequengage. -9.- Methode de culture d'une archee de l'ordre des Methanomassiliicoccales du 30 Glade commensal, pure ou presente dans un consortium microbien, comprenant : a) 'Inoculation soit d'un echantillon biologique comprenant une arch6e de l'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal, de preference un echantillon de selles animales ou humaines dans un milieu de culture, soit d'une archee pure de l'ordre des Methanomassiliicoccales comprenant (i) un milieu de base comprenant du KH2PO4, du 35 NaCI, du MgSO4.7H20, du NH4CI, du CaC12.2H20, de ('acetate de sodium, de la Cysteine- HCI, de Ia resazurine, une solution d'oligoelements de Widdel, une solution de selenite- 22 tungstate, Na2S a 2% et/ou NaHCO3 a 10%, auquel est ajoute (ii) un ou plusieurs composes apportant des acides amines tel que du Biotrypcase, de la peptone et/ou des casamino acides, et de I'extrait de levure, (iii) des composes methyles tels que des methylamines ou du methanol et (iv) un extrait sterile d'une culture bacterienne de la 5 bacterie du genre Eggerthella, tel que defini dans l'une quelconque des revendications 1 a 5, b) le placement de l'inoculum obtenu a retape a) en conditions anaerobies sous une atmosphere gazeuse comprenant du dihydrogene K2, et c) une incubation dans des conditions mesothermiques, pour atteindre une phase 10 de croissance exponentielle avec degagement de methane en au moins 2 jours, de preference pas plus de 15 jours. 10. Methode selon Ia revendication 9, dans laquelle le milieu comprend en outre du coenzyme M. 15 11.- Utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 a 5, procede selon rune quelconque des revendications 6 a 8, ou methocle selon la revendication 9 ou 10, dans laquelle ou dans lequel rextrait sterile d'une culture bacterienne d'une bacterie du genre Eggerthella est un filtrat bacterien d'une bacterie du genre Eggerthella. 20 12.- Utilisation selon la revendication 11, procede selon la revendication 11, ou methode selon la revendication 11, dans laquelle ou dans lequel le filtrat bacterien d'une bacterie du genre Eggerthella est prepare selon le procede comprenant a) la culture d'une bacterie du genre Eggerthella dans un milieu tels que par 25 exemple les milieux conventionnels ATCC 260 ou 1490 et DSMZ 78 ou 209, ledit milieu comprenant du Biotrypcase, de l'extrait de levure, de la peptone, des acides anilines, de l'extrait de viande, de rhernine, et/ou de la vitamine K1 ou K3, et des sucres simples ; b) ('incubation du milieu de culture comprenant ladite bacterie a une temperature de 20 a 40°C, de preference a 37°C, pendant au moins 1 jour, de preference pas plus de 30 15 jours ; c) la filtration du milieu de culture comprenant ladite bacterie, de preference a ('aide de filtres ne laissant pas passer les organismes vivants, en particulier sur un filtre dont Ia taille des pores est de 0,2 pm; et d) la recuperation du filtrat obtenu a l'issu de retape c). 35 23 13. Utilisation selon I'une quelconque des revendications 1 a 5 et 11 a 12, procede selon I'une quelconque des revendications 6 a 8 et 11 a 12, ou methode selon I'une quelconque des revendications 9 a 12, dans lequel ou dans laquelle ('archee de I'ordre des Methanomassiliicoccales du Glade commensal est une archee Methanomethylophilus 5 alvus, en particulier une archee Methanomethylophilus alvus Mx-05, souche deposee selon le Traite de Budapest, le 18 septembre 2017, aupres du Leibniz-Institut (DSMZ, Braunschweig, Allemagne) sous le numero DSM32684.