Brevet FR3056990A1 — publié le 20180406

- 1 - Marqueurs cellulaires L'invention concerne des marqueurs cellulaires et leur utilisation dans le cadre de l'identification de cellules infectées constituants le réservoir viral, notamment des cellules infectées par des rétrovirus. Les traitements antirétroviraux améliorent considérablement le pronostic vital des patients infectés par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) en altérant notamment la capacité du virus à se multiplier. Ces traitements ne sont cependant pas suffisamment efficaces pour être arrêtés car ils n'éliminent pas les réservoirs cellulaires du virus et leur interruption conduit quasi 10 systématiquement à une réapparition du virus dans le sang, preuve que l'infection persiste. La persistance de ces réservoirs viraux latents est donc un obstacle majeur au concept de guérison de l'infection par VIH et est devenue une question majeure dans les domaines cliniques et scientifiques. 15 Des travaux récents ont montré que les lymphocytes T CD4 quiescents une fois infectés chez les patients, constituent les principaux réservoirs de virus à même de persister sous traitements durant des années [Chun et al., 1997. Proc Natl Acad Sci U S A 94, 13193-13197; Finzi et al., 1997 Science 278, 1295-1300; Chomont et al., 2009 Nat Med 15, 893-900.]. 20 Toutefois, aucun marqueur permettant de différencier les cellules réservoir du VIH des cellules non infectées. En l'absence de marqueurs permettant d'identifier ces réservoirs de virus, différentes stratégies visant à cibler leur persistance en les « purgeant » du virus qu'ils hébergent ont été testées. Elles n'ont cependant pas permis de reproduire chez les patients, leur 25 efficacité observée en laboratoire. Il est possible que les conditions in vitro dans lesquelles ont été testées ces stratégies soient trop éloignées du « contexte patient ». Aussi, existe-t-il un besoin d'identifier ces cellules afin d'éradiquer complètement l'infection virale. L'invention se propose de pallier ces manques de l'état de l'art. 30 Un des buts de l'invention est de proposer l'utilisation de nouveaux marqueurs permettant d'identifier les cellules réservoirs. Un autre but de l'invention est de fournir des méthodes d'identification et d'éradication des cellules réservoirs du virus. L'invention concerne l'utilisation d'un marqueur cellulaire, exprimé à la surface des 35 cellules lymphoïdes, et éventuellement myéloïdes, pour la détection de cellules réservoirs d'au moins un lentivirus, notamment un lentivirus, lesdites cellules réservoirs étant des cellules infectées par ledit lentivirus et étant insensibles aux agents 3056990 - 2 - thérapeutiques spécifiques dudit lentivirus. L'invention repose sur la constatation surprenante faite par les inventeurs que les marqueurs cellulaires, et notamment certains marqueurs des clusters de différentiations CD, sont spécifiquement exprimés, ou exprimés à un certain niveau par rapport au 5 niveau d'expression desdits marqueurs dans une cellule non infectée par un lentivirus, par les cellules réservoirs d'au moins un lentivirus. Par une approche décrite dans les exemples ci-après, les inventeurs ont mis en évidence que certains marqueurs CD spécifiques étaient particulièrement intéressants pour détecter les cellules réservoirs de lentivirus. Dans l'invention, on entend par cellules réservoirs des cellules dans lesquelles des formes virales compétentes pour la réplication s'accumulent et persistent avec une cinétique de renouvellement plus lente que celle des formes virales se répliquant activement. Les marqueurs particulièrement intéressants sont les suivants : le marqueur CD123 (Gene ID: 3563), le marqueur CD87 (Gene ID: 5329), le marqueur CD89 (Gene ID: 2204), le marqueur CD172a (Gene ID: 140885), le marqueur CD112 (Gene ID: 5819), le marqueur CD213a1 (Gene ID: 3597), le marqueur CD120b (Gene ID: 7133), le marqueur CD121a (Gene ID: 3554), le marqueur CD54 (Gene ID: 3383), le marqueur CD11c (Gene ID: 3687), le marqueur FPRL1 (Gene ID: 2358) et le marqueur CD32 (CD32a Gene ID: 2212 ; CD32b Gene ID: 2213). Le marqueur ou antigène CD123 est également connu sous le nom de sous-unité alpha du récepteur de l'interleukine-3 humain. Il s'agit d'une glycoprotéine transmembranaire de type I et un membre de la superfamille des récepteurs de cytokines. Le CD123 forme un hétérodimère avec l'antigène CD131 (la sous-unité bêta du récepteur de l'interleukine 3) pour former le récepteur de l'interleukine-3. Au sein du récepteur, c'est l'antigène CD123 qui confère la spécificité vis-à-vis de la cytokine. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 27. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 1, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 14. Le marqueur ou antigène CD87 est également connu comme le récepteur de l'urokinase activateur du plasminogène ou uPAR. Le CD87 est un acteur majeur impliqué dans la migration de l'endothélium angiogénique. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO: 28. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 2, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 15. 3056990 - 3 - Le marqueur CD89 est un récepteur des régions constantes Fc des immunoglobulines de classe A (IgA). Récepteur glycoprotéique transmembranaire, il est exprimé à la surface des cellules de lignée myéloïde, telles que les cellules neutrophiles, les monocytes, les macrophages et les éosinophiles, au sein desquelles il 5 participe à la médiation de la réponse immune contre les pathogènes. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 29. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 3, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 16. 10 L'antigène CD172a ou SIRP a (en anglais Signal regulatory protein a) est une glycoprotéine membranaire majoritairement exprimée par les cellules myéloïdes, les cellules souches et les neurones. Cet antigène agit comme un récepteur inhibiteur qui interagit avec l'antigène CD47 visant à réguler la phagocytose des cellules. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence 15 SEQ ID NO : 30. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 4, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 17. L'antigène CD112 est une glycoprotéine membranaire également connu sous le nom de nectine-2. Il est également connu sous les noms de PVRL2 (en anglais Poliovirus 20 receptor-related 2) ou HVEB (en anglais herpesvirus entry mediator B), du fait de son implication dans l'entrée des virus de la polio ou de l'herpès Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 31. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 5, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) 25 représentée par la séquence SEQ ID NO : 18. L'antigène CD213a1 est aussi connu comme étant la chaine alpha 1 du récepteur à l'interleukine 13 (I1_13RA1). Cette sous-unité du récepteur participe à la transduction du signal par la voie JAK/STAT. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 32. L'antigène est notamment constitué 30 de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 6, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 19. L'antigène CD120 correspond au récepteur 2 du facteur nécrosant de tumeurs (en anglais tumor necrosis factor receptor 2 -TNFR2). Par exemple chez l'homme, cet 35 antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 33. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO: 7, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) 3056990 - 4 - représentée par la séquence SEQ ID NO : 20. L'antigène CD121a correspond au récepteur de typel à l'interleukine 1 (IL1R1) et participe à la réponse immune et inflammatoire liée à l'IL1. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO: 34. 5 L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 8, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 21. L'antigène CD54 est également connu sous le nom de molécule d'adhésion intercellulaire 1 (en anglais Intercellular Adhesion Molecule 1 ICAM-1). ICAM-1 est une 10 glycoprotéine de la surface cellulaire exprimée sur les cellules endothéliales et les cellules du système immunitaire interagissant avec les intégrines. ICAM-1 est également utilisé par les rhinovirus pour leur entrée dans les cellules cibles. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 35. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés 15 représentée par la séquence SEQ ID NO : 9, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 22. L'antigène CD11c est une protéine transmembranaire de type I fortement exprimé sur les cellules dendritiques, mais également exprimé par les monocytes, les macrophages les neutrophiles et certaines cellules lymphocytaires B. Par exemple chez 20 l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 36. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 10, codée elle-même par la molécule d'acide nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 23. L'antigène FPRL1 est également connu sous le nom de N-formyl peptide receptor 2. 25 C'est un récepteur de faible affinité pour les N-formyl-methionyl peptides qui sont des chimioattractants des neutrophiles induisant par la suite leur activation. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 37. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 11, codée elle-même par la molécule d'acide 30 nucléique (cDNA) représentée par la séquence SEQ ID NO : 24. L'antigène CD32 est un récepteur membranaire des immunoglobulines G exprimé par une grande majorité de cellules lymphocytaires B. Le CD32 participe à la régulation de la production des immunoglobulines lors d'une surproduction. Par exemple chez l'homme, cet antigène est codé par le gène contenu dans la séquence SEQ ID NO : 38 35 ou SEQ ID NO: 39. L'antigène est notamment constitué de la séquence d'acides aminés représentée par la séquence SEQ ID NO : 12 (CD32a) ou SEQ ID NO: 13 (CD32b), codée elles-mêmes respectivement par la molécule d'acide nucléique (cDNA) 3056990 - 5 - représentée par la séquence SEQ ID NO : 25 ou SEQ ID NO : 26. Dans l'invention, lorsqu'il est fait mention des molécules CD (cluster de différentiation) ces molécules seront indifféremment appelées « marqueur », « antigène » ou « molécules ». 5 Aussi, l'invention concerne avantageusement l'utilisation d'au moins un des antigènes suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1 et le marqueur CD32, pour la détection de cellules réservoirs d'un lentivirus, lesdites cellules 10 réservoirs étant telles que définies ci-dessus. Dans l'invention, les lentivirus infectant les cellules réservoirs recherchées sont avantageusement des lentivirus responsables d'une immunodéficience chez les mammifères notamment les singes, notamment les hominidés, en particulier l'homme, et les félins, notamment le chat (i.e. les virus VIH 1 et 2, VIS et VIF respectivement). 15 Aussi, l'invention concerne avantageusement l'utilisation d'au moins un antigène choisi parmi les antigènes suivants : le marqueur CD32, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1et le marqueur CD123, pour la détection de cellules réservoirs d'un 20 virus de l'immunodéficience chez les mammifères, notamment un lentivirus, lesdites cellules réservoirs étant des cellules infectées par ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères et insensibles aux agents thérapeutiques anti-virus de l'immunodéficience chez les mammifères. Dans l'invention, il est possible d'utiliser l'un des marqueurs susmentionnés, ou une 25 combinaison des marqueurs susmentionnés. Il est notamment particulièrement avantageux d'utiliser le marqueur CD32, seul ou en combinaison avec l'un au moins des marqueurs susmentionnés pour la sélection susmentionnée. Aussi, l'invention concerne avantageusement l'utilisation d'au moins le marqueur de 30 différentiation CD32, notamment l'utilisation du seul marqueur CD32, pour la détection de cellules réservoirs d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères, notamment un lentivirus, lesdites cellules réservoirs étant des cellules infectées par ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères et insensibles aux agents thérapeutiques anti-virus de l'immunodéficience chez les mammifères, ces cellules 35 étant responsables du rebond viral après arrêt de la thérapie, notamment la trithérapie ou multithérapie chez l'homme.. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne l'utilisation 3056990 - 6 - susmentionnée, où ledit marqueur CD32 consiste en l'une quelconque des protéines de séquence SEQ ID NO : 12 ou SEQ ID NO : 13. Comme démontré dans les exemples ci-après, les inventeurs ont identifié le marqueur CD32 comme étant spécifiquement exprimé à la surface des cellules 5 réservoirs, cellules infectées par les lentivirus notamment responsables d'une immunodéficience chez les mammifères. Dans l'invention, on entend par « insensibles aux agents thérapeutiques » le fait de ne pas répondre significativement à l'effet d'un traitement médicamenteux. L'insensibilité aux agents thérapeutiques peut se caractériser par une absence 10 complète de réponse, due à une latence virale ou à l'inaccessibilité aux agents thérapeutiques, ce qui signifie que l'effet d'un ou plusieurs médicaments est essentiellement le même que celui d'une composition n'ayant aucun agent thérapeutique (véhicule pharmaceutiquement acceptable, excipient, eau, ou encore un placebo). L'insensibilité peut également se caractériser par une réponse qui n'est pas 15 significativement distincte de celle obtenue avec composition n'ayant aucun agent thérapeutique. Les cellules réservoirs de l'invention sont dites insensibles aux agents thérapeutiques antivirus, car, avec les thérapies actuelles utilisées pour l'éradication des virus, ces cellules ne sont ni tuées, ni détruites, ni induites dans un processus 20 d'apoptose, ni reconnues comme faisant partie du non soi par le système immunitaire. Dans le cas particulier des virus de l'immunodéficience tels que le VIH, le VIS ou le VIF, les cellules réservoirs ne sont pas éliminées par les agents antirétroviraux actuellement utilisés (inhibiteurs d'entrée, inhibiteurs de transcriptase inverse, anti protéases, nucléotides modifiés...) 25 L'invention concerne en outre une méthode de détection de cellules réservoirs de cellules infectées par au moins un virus de l'immunodéficience chez les mammifères ou des cellules réservoirs de lentivirus, ladite méthode comprenant une étape de mise en contact, notamment in vitro ou ex vivo, de cellules d'un mammifère infecté par ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères et traités avec une thérapie 30 antirétrovirale spécifique dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères, avec un agent permettant la détection des cellules lymphocytaires exprimant à leur surface au moins un des antigènes suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le 35 marquer FPRL1 et le marqueur CD32. Dans la méthode susmentionnée, il est proposé de détecter les cellules réservoirs de lentivirus, en mettant en contact des cellules lymphocytaires d'un sujet (humain ou 3056990 - 7 - animal) avec un agent capable de mettre en évidence spécifiquement des cellules exprimant l'un au moins des marqueurs susmentionnés. Pour ce faire, les méthodes classiques d'isolement des cellules lymphocytaires, telles que la cytométrie de flux bien connues de l'homme du métier, peuvent être utilisées. 5 L'agent permettant la détection dudit marqueur est avantageusement un anticorps. Cet anticorps, ou ces anticorps si la détection simultanée de plusieurs marqueurs est recherchée, peuvent être couplés à un des agents permettant la détection du complexe immun entre les anticorps et leurs cibles. Par exemple, les anticorps peuvent être couplés à des molécules luminescentes, fluorescentes, ou à des enzymes catalysant 10 une réaction dont les produits sont visibles par l'expérimentateur. Ces techniques de détection des complexes immuns sont très largement connues de l'état de la technique. Avantageusement, l'invention concerne une méthode de détection de cellules réservoirs de cellules infectées par au moins un virus de l'immunodéficience, notamment un virus, chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de 15 mise en contact, notamment in vitro ou ex vivo, de cellules d'un mammifère infectées par ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères et traitées avec une thérapie antirétrovirale spécifique dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères, avec un agent permettant la détection des cellules lymphocytaires exprimant à leur surface au moins le marqueur de différentiation CD32. 20 Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne la méthode susmentionnée, où ledit marqueur CD32 consiste en l'une quelconque des protéines de séquence SEQ ID NO : 12 ou SEQ ID NO : 13. Avantageusement, l'invention concerne une méthode telle que définie ci-dessus, dans laquelle ledit agent permettant la détection des cellules lymphocytaires ou 25 myéloïdes exprimant à sa surface le marqueur de différentiation CD32 est un anticorps anti-CD32, notamment anti-CD2a ou anti-CD32b, ou les deux. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne une méthode telle que définie ci-dessus, dans laquelle ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères est le virus de l'immunodéficience humaine VIH, de l'immunodéficience 30 simienne VIS ou de l'immunodéficience féline VIF. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne une méthode telle que définie ci-dessus, dans laquelle les cellules lymphocytaires exprimant à leur surface le marqueur de différentiation CD32 sont des cellules lymphocytaires TCD4, notamment des cellules TCD4 quiescentes. Ces lymphocytes quiescents sont 35 caractérisés par le fait qu'ils ne se divisent pas, ont une durée de vie longue (semaine-années), un taux de transcription bas et une activité métabolique qui leur est propre. L'invention concerne en outre une cellule lymphocytaire exprimant à sa surface l'un 3056990 - 8 - au moins des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur FPRL1 le marqueur CD11c et le marqueur CD32, ladite cellule comprenant dans son acide 5 désoxyribonucléique nucléaire le génome d'au moins un virus de l'immunodéficience chez les mammifères, ledit génome d'au moins un virus de l'immunodéficience de mammifère étant génétiquement modifié, et n'existant pas naturellement dans la nature. Ces cellules sont nouvelles et n'existent pas à l'état naturel. Ces cellules sont des 10 cellules dans lesquelles un lentivirus modifié a été inséré dans le génome. Ces cellules sont des cellules humaines, de singe ou de chat. Avantageusement l'invention concerne en outre une cellule lymphocytaire exprimant à sa surface au moins le marqueur de différentiation CD32, ladite cellule comprenant dans son acide désoxyribonucléique nucléaire le génome d'au moins un virus de 15 l'immunodéficience chez les mammifères, ledit génome d'au moins un virus de l'immunodéficience de mammifère étant génétiquement modifié, et n'existant pas à l'état naturel chez les mammifères sans l'intervention de l'homme. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne la cellule susmentionnée, où ledit marqueur CD32 consiste en l'une quelconque des protéines de 20 séquence SEQ ID NO : 12 ou SEQ ID NO : 13. Avantageusement, l'invention concerne une cellule susmentionnée, où ledit génome d'au moins un virus de l'immunodéficience de mammifère génétiquement modifié permet l'expression d'une protéine marqueur fluorescente. En particulier, les cellules susmentionnées sont caractérisées par le fait qu'il s'agit 25 de cellules lymphocytaires réservoirs qui expriment l'antigène CD32 à leur surface, et qui ont intégré dans leur génome un lentivirus responsable d'une immunodéficience, le lentivirus ayant été modifié génétiquement de sorte qu'outre les gènes responsables du cycle vital du virus, un ou plusieurs gènes codant des protéines marqueurs telles que la GFP ou ses dérivées, ont été insérés. 30 L'invention concerne également un kit, ou trousse, de détection de cellules réservoirs d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères comprenant au moins un agent détectant, ou permettant la détection, l'un au moins des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, 35 le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1et le marqueur CD32, à la surface des cellules et au moins une composition permettant de déterminer la présence d'ADN dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères dans le génome 3056990 - 9 - desdites cellules. Le kit de détection susmentionné comprend donc des moyens de détecter l'expression membranaire d'au moins un des marqueurs susmentionnés, et des moyens de détection de l'insertion dans le génome de la cellules l'ADN d'un lentivirus 5 responsable d'une immunodéficience. Les moyens de détection des marqueurs sont ceux décrits précédemment, notamment des anticorps spécifiques desdits marqueurs. Avantageusement, l'invention concerne également un kit, ou trousse, de détection de cellules réservoirs d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères comprenant au moins un agent détectant le marqueur de différentiation CD32 à la 10 surface des cellules et au moins une composition permettant de déterminer la présence d'ADN dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères dans le génome desdites cellules. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne le kit susmentionné, où ledit marqueur CD32 consiste en l'une quelconque des protéines de séquence SEQ 15 ID NO : 12 ou SEQ ID NO : 13. Avantageusement, l'invention concerne un kit tel que défini ci-dessus, dans lequel ladite composition permettant de déterminer la présence d'ADN dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères dans le génome desdites cellules comprend des oligonucléotides spécifiques de séquences du génome dudit virus, notamment pour 20 la mise en oeuvre d'une réaction de polymérisation en chaine, ou PCR. Au vu de la connaissance accumulée depuis la découverte du virus VIH, du virus VIS et du virus VIF, l'homme du métier est à même d'identifier des oligonucléotides permettant d'identifier la présence desdits virus dans le génome de la cellule. L'utilisation de couples d'oligonucléotides permettant la mise en oeuvre d'une réaction 25 de PCR est particulièrement avantageux, mais l'homme du métier peut, s'il le souhaite, faire appel à d'autres techniques de biologie moléculaire telles que l'hybridation de Southern (en anglais Southern blot). Dans un autre aspect, l'invention concerne une méthode de pronostic, notamment in vitro, de la rechute d'une immunodéficience chez les mammifères suite à l'arrêt d'un 30 traitement avec des agents thérapeutiques anti-virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de quantification des cellules lymphocytaires exprimant à leur surface l'un au moins des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, 35 le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1 et le marqueur CD32, et présentant dans leur génome de l'ADN d'un virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères. 3056990 -10- La méthode de pronostic de l'invention est basée sur la détection, ou l'absence de détection de cellules réservoirs de lentivirus. Après l'arrêt du traitement antiviral dirigé contre le VIH, le virus émerge à nouveau et la pathologie (l'immunodéficience) réapparait. Si le patient est traité à la fois avec un 5 traitement antiviral, et un traitement visant à éradiquer les cellules réservoir, il est nécessaire, après l'arrêt du traitement antiviral de déterminer les chances qu'à le patient à voir ré-émerger la maladie. Aussi, dans le contexte de l'invention, avec les moyens décrit pour détecter les cellules réservoirs, il sera possible de mesurer la quantité de cellules réservoirs résiduelles après les traitements susmentionnés (anti10 virus et anti cellules réservoirs). Si le patient dispose d'une très faible quantité de cellules réservoirs, ou s'il ne dispose plus de cellules réservoirs, dans ce cas le pronostic sera favorable : la maladie aura peu de chances de ré-émerger à court terme. A l'inverse, si de nombreuses cellules réservoirs sont encore présentes, le diagnostic ne sera pas favorable, et la rechute du patient sera rapide. 15 Avantageusement, l'invention concerne par ailleurs une méthode de pronostic, notamment in vitro, de la rechute d'une immunodéficience chez les mammifères suite à l'arrêt d'un traitement avec des agents thérapeutiques anti-virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de quantification des cellules lymphocytaires exprimant à leur surface au moins le 20 marqueur CD32 et présentant dans leur génome de l'ADN d'un virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne la méthode susmentionnée, où ledit marqueur CD32 consiste en l'une quelconque des protéines de séquence SEQ ID NO : 12 ou SEQ ID NO : 13. 25 L'invention concerne également une méthode de diagnostic, notamment in vitro, de la rémission complète d'une immunodéficience chez les mammifères après l'arrêt d'un traitement avec des agents thérapeutiques anti-virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de de détection de l'absence de cellules lymphocytaires exprimant à leur surface l'un au 30 moins des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1 et le marqueur CD32, et présentant dans leur génome de l'ADN d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères. 35 Dans cette méthode de diagnostic, si le patient n'a plus de cellules réservoirs du VIH dans son organisme, il sera possible de poser le diagnostic de rémission complète de l'infection virale, et donc de l'immunodéficience qui est associée. La détection de 3056990 l'absence de cellules réservoirs est bien évidemment effectuée par les moyens de détection selon l'invention. Avantageusement, l'invention concerne également une méthode de diagnostic, notamment in vitro, de la rémission complète d'une immunodéficience chez les 5 mammifères après l'arrêt d'un traitement avec des agents thérapeutiques anti-virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de détection de l'absence de cellules lymphocytaires présentant dans leur génome de l'ADN d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères et exprimant à leur surface au moins le marqueur CD32. 10 Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne la méthode susmentionnée, où ledit marqueur CD32 consiste en l'une quelconque des protéines de séquence SEQ ID NO : 12 ou SEQ ID NO : 13. Par ailleurs l'invention concerne un agent thérapeutique ciblant spécifiquement les cellules lymphocytaires réservoir des lentivirus telles qu'elles sont identifiées dans la 15 présente invention, notamment les cellules réservoirs des virus responsables d'une immunodéficience chez les mammifères, tels que les virus VIH 1 et 2, VIS ou VIF. Avantageusement, l'agent antiviral est un anticorps ou un agent chimique capable de reconnaître les cellules réservoirs telles qu'identifiées dans la présente invention. L'agent thérapeutique susmentionné est plus avantageusement un anticorps 20 bifonctionnel capable de reconnaitre d'une part l'un des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1et le marqueur CD32, et d'autre part l'antigène CD3 (protéine associée au récepteur T ou TCR spécifique des 25 lymphocytes T). Avantageusement, l'anticorps défini ci-dessus est un anticorps bifonctionnel, ou bispécifique, reconnaissant l'antigène CD32 et l'antigène CD3. Par anticorps bifonctionnel, ou bispécifique, on entend dans l'invention, un anticorps recombinant présentant une partie hyper variable reconnaissance un épitope 30 déterminé, et une seconde partie hypervariable reconnaissant un second épitope, différent du premier. Ainsi, un anticorps bifonctionnel, ou bispécifique, est capable de reconnaître simultanément deux protéines différentes. Ces anticorps peuvent également se trouver sou la forme de leurs fragments tels que des scFv bispécifiques, des bi scFv bispécifiques, des minicorps (minibody en anglais) bi spécifiques ou encore 35 des diacorps (diabody en anglais) bispécifiques. Ces anticorps, ou leurs fragments, bispécifiques sont avantageusement humanisés pour une utilisation en thérapie humaine. L'humanisation, bien connue de l'état de l'art, 3056990 - 12 - consiste à remplacer toute la structure de l'anticorps par des molécules de séquence humaine auxquelles sont greffées les région hypervariables d'intérêt, généralement issues d'anticorps monoclonaux de souris. Aussi, de manière plus avantageuse, l'invention concerne un anticorps monoclonal, 5 notamment humanisé, ou l'un de ses fragments susmentionnés, capable de reconnaître simultanément, d'une part l'un des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1 et le marqueur CD32, et d'autre part le marqueur 10 CD3. Dans l'invention, les anticorps utilisés peuvent être couplés à des agents actifs tels que des toxines (par exemple la ricine ou le DM1 dérivé maytansine), des radioisotopes (par exemple l'yttrium 90 ou goy (émetteur pur de rayonnement bêta moins) et l'iode 131 ou 1311 (émetteur bêta moins et gamma)), des agents biologiques, des drogues ou 15 encore des enzymes. L'efficacité thérapeutique repose alors principalement sur l'agent couplé, l'anticorps jouant le rôle de vecteur pour guider l'agent vers la cible. L'invention concerne également un anticorps bispécifique dirigé d'une part contre l'un des marqueurs suivants : le marqueur CD123, le marqueur CD87, le marqueur CD89, le marqueur CD172a, le marqueur CD112, le marqueur CD213a1, le marqueur 20 CD120b, le marqueur CD121a, le marqueur CD54, le marqueur CD11c, le marqueur FPRL1 et le marqueur CD32, et d'autre part contre le marqueur CD3, pour son utilisation dans le cadre du traitement d'une infection par un lentivirus, notamment une infection liée au VIH ou au VIS. De manière plus avantageuse, l'invention concerne un anticorps bispécifique dirigé 25 contre le CD32 et le CD3 pour son utilisation dans le cadre du traitement d'une infection par un lentivirus, notamment une infection liée au VIH ou au VIS. L'invention porte également sur une composition comprenant - d'une part un anticorps bispécifique tel que défini ci-dessus, et - d'autre part une combinaison d'agents anti-retroviraux, notamment pour son 30 utilisation dans le cadre du traitement d'une infection par un lentivirus, notamment une infection liée au VIH ou au VIS. De manière avantageuse, l'invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle l'anticorps spécifique et la combinaison d'agents antirétroviraux sont utilisées simultanément, séparément ou étalée dans le temps. 35 II est également décrit une méthode de traitement des infections par des lentivirus, notamment des lentivirus provoquant une immunodéficience chez les mammifères, comprenant l'administration à un mammifère infecté, notamment un humain infecté par 3056990 -13- le VIH, une dose efficace de la composition susmentionnée. L'invention sera mieux comprise à la lumière des données expérimentales exposées ci-après et des figures qui les illustrent. Légende des figures 5 La Figure 1 représente l'approche expérimentale utilisée par les inventeurs pour obtenir des lymphocytes TCD4 infectés de manière latente. A. : Les cellules mononuclées de sang périphérique (PBMC en anglais) d'individus sains (non infectés par le VIH) sont prélevées à tO. Sans plus de traitements elles constituent les cellules contrôles 4 (Non infectées ; NI). Le reste des PBMC est traité avec la protéine Vpx 10 (VLP-Vpx ; B.). Les cellules qui ne sont pas traitées subséqemment constituent le second témoin 3.de cellules traitées avec Vpx et non infectées. Enfin les cellules restrantes sont infectées avec un virus VIH permettant l'expression de manière constitutive de la GFP (C.). La fraction des cellules exposée au VIH se divise alors en deux catégories : les cellules exposées non infectées n'exprimant pas la 15 GFP (2.) et les cellules exposées au virus ; infectées et exprimant la GFP (1.). Les différentes cellules sont triées à l'aide d'un cytomètre de flux en vu de l'extraction de leurs ARN, le séquençage desdits ARN extraits, d'analyses bioinformatique et de la validation des candidats par cytométrie de flux. La figure 2 est un graphique coloré (ici en noir et blanc) de regroupement 20 hiérarchique effectuée sur la distance euclidienne et calculée en utilisant les comptages d'expression génique transformés et logarithmiquement régularisés (en anglais "regularized-log transformed gene expression counts"), entre chaque sous-ensembles de cellules 1. à 3. et non infectées (4.). Le graphique représente les résultats pour des PBMC issus de quatre donneurs différents. 25 1- : Cellules 1. issues de l'individu 2 ; 2- : Cellules 1. issues de l'individu 4 ; 3- : Cellules 1. issues de l'individu 1 ; 4- : Cellules 1. issues de l'individu 3 ; 5- : Cellules 4. issues de l'individu 4 ; 6- : Cellules 3. issues de l'individu 1 ; 7- : Cellules 2. issues de l'individu 1 ; 8- : Cellules 4. issues de l'individu 1 ; 9- : Cellules 3. issues de l'individu 2 ; 10- : Cellules 2. issues de l'individu 2 ; 11- : Cellules 4. issues de l'individu 3 ; 12- : 30 Cellules 3. issues de l'individu 4 ; 13- : Cellules 2. issues de l'individu 4 ; 14- : Cellules 4. issues de l'individu 2 ; 15- : Cellules 3. issues de l'individu 3 ; 16- : Cellules 2. issues de l'individu 3 ; 17- : Cellules 2. issues de l'individu 3 ; 18- : Cellules 3. issues de l'individu 3 ; 19- : Cellules 4. issues de l'individu 2 ; 20- : Cellules 2. issues de l'individu 4 ; 21- : Cellules 3. issues de l'individu 4 ; 22- : Cellules 4. issues de l'individu 35 3 ; 23- : Cellules 2. issues de l'individu 2 ; 24- : Cellules 3. issues de l'individu 2 ; 25- : Cellules 4. issues de l'individu 1 ; 26- : Cellules 2. issues de l'individu 1 ; 27- : Cellules 3056990 - 14 - 3. issues de l'individu 1 ; 28- : Cellules 4. issues de l'individu 4 ; 29- : Cellules 1. issues de l'individu 3 ; 30- : Cellules 1. issues de l'individu 1 ; 31- : Cellules 1. issues de l'individu 4 et 32- : Cellules 1. issues de l'individu 2. La figure 3 est un graphique montrant l'analyse en composantes principales des 5 "regularized-log transformed gene expression counts" pour les sous-groupes 1. (points noirs), 2. (points gris foncés), 3. (points gris clairs) et 4.(points blancs) de 4 donneurs sains. Les points de deux premières composantes principales sont présentés. L'axe des abscisses représente PC2 : 17% de la variance et l'axe des ordonnées représente PC1 : 58% de la variance. 10 La figure 4 représente un graphique Volcano présentant la significativité (False Discovery Rate, FDR) et la modification d'expression génique entre les cellules TCD4 infectées (1.) et les cellules TCD4 exposées non infectées (2.). Les points noirs indiquent les gènes sélectionnés du fait de leur sur-expression significative dans la fraction 1. comparée aux cellules 2. (FDR REVENDICATIONS1. Méthode de détection de cellules réservoirs de cellules infectées par un virus de l'immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de mise en contact, in vitro ou ex vivo, de cellules d'un mammifère infectées par ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères et traitées avec une thérapie antirétrovirale spécifique dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères, avec un agent permettant la détection des cellules lymphocytaires exprimant à leur surface le marqueur de différentiation CD32. 2. Méthode selon la revendication 1, dans laquelle ledit agent permettant la détection des cellules lymphocytaires exprimant à sa surface le marqueur de différentiation CD32 est un anticorps anti-CD32. 3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle ledit virus de l'immunodéficience chez les mammifères est le virus de l'immunodéficience humaine VIH, de l'immunodéficience simienne VIS ou de l'immunodéficience féline VIF. 4. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, dans laquelle les cellules lymphocytaires exprimant à leur surface le marqueur de différentiation CD32 sont des cellules lymphocytaires TCD4, notamment des cellules TCD4 quiescentes. 5. Kit de détection de cellules réservoirs d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères comprenant au moins un agent détectant le marqueur de différentiation CD32 à la surface des cellules et au moins une composition permettant de déterminer la présence d'ADN dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères dans le génome desdites cellules. Kit selon la revendication 5, dans lequel ladite composition permettant de déterminer la présence d'ADN dudit virus de l'immunodéficience chez les mammifères dans le génome desdites cellules comprend des oligonucléotides 3056990 -22- spécifiques de séquences du génome dudit virus, notamment pour la mise en oeuvre d'une réaction de polymérisation en chaine. 7. Méthode de pronostic in vitro de la rechute d'une immunodéficience chez les 5 mammifères suite à l'arrêt d'un traitement avec des agents thérapeutiques anti- virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de quantification des cellules lymphocytaires exprimant la leur surface le marqueur CD32 et présentant dans leur génome de l'ADN d'un virus de responsable de ladite immunodéficience chez les 10 mammifères. 8. Méthode de diagnostic in vitro de la rémission complète d'une immunodéficience chez les mammifères après l'arrêt d'un traitement avec des agents thérapeutiques anti-virus responsable de ladite immunodéficience chez les mammifères, ladite méthode comprenant une étape de détection de 15 l'absence de cellules lymphocytaires présentant dans leur génome de l'ADN d'un virus de l'immunodéficience chez les mammifères et exprimant à leur surface au moins le marqueur CD32.