Brevet FR3059009A1 — publié le 20180525

Microcompartiment cellulaire et procédés de préparation L'invention a trait à un microcompartiment cellulaire permettant de conserver le caractère pluripotent de cellules humaines. L'invention a également trait à un procédé de préparation permettant d'obtenir de tels compartiments de culture cellulaire en trois dimensions (3D). Les cellules pluripotentes sont considérées comme une ressource cellulaire humaine importante, et leur culture revêt un intérêt croissant, notamment dans le domaine médical et pharmaceutique. Ainsi, l'obtention de cellules pluripotentes en grandes quantités permettrait de répondre aux nouveaux besoins formulés par l'industrie pharmaceutique qui tend à réduire l'utilisation des modèles animaux et à utiliser des modèles cellulaires plus pertinents que les nombreuses lignées cellulaires utilisées à l'heure actuelle. Les tests haut débit mis au point par les groupes pharmaceutiques utilisent déjà de grandes quantités de cellules pluripotentes humaines. De même, l'ingénierie des tissus et la thérapie cellulaire chez l'homme sont conditionnées par la disponibilité de quantités industrielles de cellules pluripotentes humaines. Actuellement, la culture de cellules pluripotentes humaines se fait principalement dans un environnement à deux dimensions (2D), tel que sur des boîtes de pétri, très éloigné du milieu en 3D dans lequel les cellules évoluent normalement. La manipulation de ces cellules cultivées en 2D est souvent délicate, et nécessite notamment des étapes de purification, détachement enzymatique, etc. En outre, ces cellules sont difficiles à conserver et présentent un taux de survie très faible à la congélation. Or, la possibilité d'envoyer par transporteur classique des cultures de cellules pluripotentes congelées en quantités massives, et compatibles avec la culture liquide, représente un enjeu majeur tant pour les laboratoires de recherche que pour les industries pharmaceutiques. Face à cet état de fait, des systèmes de culture en trois dimensions ont été développés, qui cherchent notamment à accroître le débit, l'efficacité et la qualité des systèmes de culture de cellules souches pluripotentes humaines. Cependant, les systèmes de culture en 3D existants ne donnent pas entière satisfaction. On observe souvent des phénomènes de fusion non contrôlés donnant naissance à des agrégats cellulaires dont la taille (>200 p.m de diamètre) rend la diffusion du milieu de culture insuffisante. Ainsi, au sein de tels systèmes de culture en 3D, la différenciation cellulaire est difficilement maîtrisée et/ou le taux de mort cellulaire est très important. De manière générale, le manque d'homogénéité des produits issus de la culture de cellules 3D, ainsi que le coût de 3059009 2 telles techniques rendent cette technologie non compétitive comparativement à la culture 2D qui pourtant ne donne pas satisfaction. Il existe donc un besoin de système de culture cellulaire en 3D permettant de fournir de grandes quantités de cellules pluripotentes dont le phénotype est maîtrisé, et qui puissent être utilisées 5 aisément tant pour la recherche fondamentale qu'au niveau industriel. Résumé de l'invention En travaillant sur le développement de microcompartiments cellulaires pour la culture de cellules en 3D, les inventeurs ont mis au point un système permettant une culture de masse en suspension liquide de cellules pluripotentes humaines tout en conservant leur phénotype. Les 10 microcompartiments développés permettent de cultiver les cellules en milieu liquide, en utilisant les milieux classiquement utilisés en culture 2D, tout en protégeant les cellules et en contrôlant leur phénotype pour éviter les différenciations sauvages et maintenir la pluripotence. Plus précisément, les microcompartiments, ou capsules, mis au point par les inventeurs comprennent successivement, organisées de manière sensiblement homocentrique une coque 15 en hydrogel, une couche de matrice extracellulaire et une ou plusieurs couches de cellules pluripotentes humaines entourant une lumière centrale. La coque en hydrogel des capsules selon l'invention, contrairement aux systèmes de culture existants, protège les cellules des contraintes mécaniques liées aux collisions ou fusions lors de la culture en suspension liquide. De manière particulièrement avantageuse, l'organisation en « cystes » des microcompartiments selon 20 l'invention, permet leur congélation avec un taux de survie cellulaire important. Les cellules peuvent en outre être différenciées avant utilisation, directement au sein du microcompartiment, ou être utilisées au stade pluripotent, en culture 3D comme en culture 2D. Les inventeurs ont également développé des méthodes de préparation de tels microcompartiments cellulaires, garantissant l'obtention et le maintien de la forme en cyste, propice tant à la congélation qu'au 25 contrôle du phénotype des cellules qu'ils contiennent. L'invention a donc pour objet un microcompartiment cellulaire comprenant successivement, organisées autour d'une lumière : - au moins une couche de cellules pluripotentes humaines ; - une couche de matrice extracellulaire ; 30 - une couche externe en hydrogel. Avantageusement, du milieu de culture comble les espaces laissés entre les couches. 3059009 3 L'invention a également pour objet un procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire selon l'invention, comprenant les étapes consistant à (a) incuber des cellules souches pluripotentes humaines dans un milieu de culture contenant un inhibiteur des voies RHO/ROCK, ; 5 (b) mélanger les cellules souches pluripotentes issues de l'étape (a) avec une matrice extracellulaire ; (c) encapsuler le mélange de l'étape (b) dans une couche d'hydrogel ; (d) cultiver les capsules obtenues à l'étape (c) dans un milieu de culture contenant un inhibiteur des voies RHO/ROCK ; 10 (e) rincer les capsules issues de l'étape (d), de manière à éliminer l'inhibiteur des voies RHO/ROCK ; (f) cultiver les capsules issues de l'étape (e) pendant 3 à 20 jours, préférentiellement 5 à 10 jours, dans un milieu de culture dépourvu d'inhibiteur des voies RHO/ROCK, et optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. 15 L'invention a aussi pour objet un procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire selon l'invention, comprenant les étapes consistant à (a) mélanger des cellules différenciées humaines avec une matrice extracellulaire et des agents de reprogrammation cellulaire ; (b) encapsuler le mélange de l'étape (a) dans une couche d'hydrogel ; 20 (c) cultiver les capsules issues de l'étape (b) pendant 10 à 40 jours, et optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. Brève description des figures Figure 1 : Photo (A) et représentation schématique (B) d'un microcompartiment cellulaire formant un cyste selon l'invention (1 : couche d'hydrogel ; 2 : couche de matrice 25 extracellulaire ; 3 : couches de cellules pluripotentes ; 4 : lumière). 3059009 4 Description détaillée L'invention a pour objet un microcompartiment cellulaire, en 3D, comprenant des cellules pluripotentes humaines, dans lequel le caractère pluripotent des cellules est conservé. Microcompartiment cellulaire 5 Le microcompartiment cellulaire selon l'invention forme un cyste, dont le centre creux, ou lumière, est préférentiellement aqueux. Dans le contexte de l'invention, un « cyste » s'entend d'une structure creuse fermée, contenant des couches sensiblement homocentriques, en ce sens qu'elles sont organisées successivement autour d'un même point, la couche externe enveloppant la couche de matrice qui enveloppe la couche de cellules, qui entoure la lumière. 10 D'une manière générale, les cellules pluripotentes constituant le cyste sont polarisées La polarité de ces cellules à l'intérieur du cyste peut être mise en évidence par les protéines TJP-1 ou ZO-1, toutes deux localisées sur la face interne/apicale de la couche de cellules pluripotentes, qui jouxte la lumière. La lumière est générée, au moment de la formation du cyste, par les cellules qui se multiplient 15 et se développent sur la couche de matrice extracellulaire. Avantageusement, la lumière contient un liquide et plus particulièrement du milieu de culture. Dans le contexte de l'invention, la « couche en hydrogel » désigne une structure tridimensionnelle formée à partir d'une matrice de chaînes de polymères gonflée par un liquide, et préférentiellement de l'eau. Avantageusement, l'hydrogel utilisé est biocompatible, en ce 20 sens qu'il n'est pas toxique pour les cellules. En outre, la couche en hydrogel doit permettre la diffusion d'oxygène et de nutriments pour alimenter les cellules contenues dans le microcompartiment et permettre leur survie. Par exemple, la couche externe en hydrogel contient de l'alginate. Préférentiellement, la couche externe ne comprend que de l'alginate. Dans le contexte de l'invention, on entend par « alginate » des polysaccharides linéaires formés 25 à partir de P-D-mannuronate (M) et a-L-guluronate (G), des sels et dérivés de ceux-ci. Avantageusement, l'alginate est un alginate de sodium, composé à plus de 80% de G et moins de 20% de M, avec une masse moléculaire moyenne de 100 à 400 KDa (par exemple : PRONOVA® SLG100) et une à concentration totale comprise entre 0.5% et 5% en masse. Selon l'invention, la couche en hydrogel est dépourvue de cellules. Dans un mode de réalisation 30 du microcompartiment cellulaire selon l'invention, la couche externe comprend de l'alginate. La couche de matrice extracellulaire peut quant à elle comporter quelques cellules. En effet, au moment de la formation du cyste, les cellules creusent leur espace dans la matrice et se 3059009 5 multiplient, remplissant le microcompartiment. La délimitation entre la couche de matrice extracellulaire et la couche de cellules pluripotentes peut donc ne pas être parfaitement nette. Au niveau de la surface en contact avec la couche de cellules, la matrice extracellulaire peut ainsi contenir quelques cellules pluripotentes. A l'inverse, la surface de la couche de matrice 5 extracellulaire en contact avec la couche d'hydrogel est exempte de cellules. La couche de matrice extracellulaire est nécessaire à la survie des cellules pluripotentes dans le microcompartiment et à la création du cyste. Préférentiellement, la couche de matrice extracellulaire forme un gel sur la face interne de la couche en hydrogel, c'est-à-dire la face dirigée vers la lumière du microcompartiment. La 10 couche de matrice extracellulaire comprend un mélange de protéines et de composés extracellulaires nécessaires à la culture cellulaire, et plus particulièrement de cellules pluripotentes. Préférentiellement, la matrice extracellulaire comprend des protéines structurelles, telles que des laminines contenant les sous-unités al, a4 ou a5, les sous-unités (31 ou P2, et les sous-unités yl ou y3, de l'entactine, de la vitronectine, des laminines, du collagène, 15 ainsi que des facteurs de croissance, tels que du TGF-béta et/ou de l'EGF. Dans un mode de réalisation, la couche de matrice extracellulaire consiste en, ou contient du Matrigel® et/ou de la Geltrex®. Selon l'invention, le microcompartiment cellulaire contient une ou plusieurs couches de cellules souches pluripotentes humaines. Une cellule souche pluripotente, ou cellule 20 pluripotente, s'entend d'une cellule qui a la capacité de former tous les tissus présents dans l'organisme d'origine entier, sans pour autant pouvoir former un organisme entier en tant que tel. Notamment, le microcompartiment cellulaire selon l'invention peut contenir des cellules souches induites à la pluripotence (IPS), ou des cellules MUSE (« Multilineage-differentiating 25 Stress Enduring ») que l'on trouve dans la peau et la moelle osseuse des mammifères adultes. Plus généralement, dans le contexte de l'invention, les cellules souches utilisées pour les microcompartiments selon l'invention ne sont pas dérivées d'un embryon humain. Dans un mode de réalisation, les cellules souches pluripotentes humaines utilisées pour les microcompartiments selon l'invention sont induites à la pluripotence à partir de cellules 30 somatiques. Avantageusement, la couche de cellules contient au moins 95% en volume, préférentiellement au moins 96%, 97%, 98%, 99% de cellules et de matrice produite par lesdites cellules. Les cellules sont essentiellement des cellules pluripotentes. Par « essentiellement », on entend 3059009 6 qu'au moins 90% des cellules contenues dans la couche de cellules sont des cellules pluripotentes, préférentiellement au moins 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 100%, sont des cellules pluripotentes. Avantageusement, la lumière du cyste contient du milieu de culture. Notamment, tout milieu 5 de culture permettant la culture en suspension de cellules pluripotentes peut être utilisé, et notamment tout milieu de culture classiquement utilisé en culture 2D. Préférentiellement, le microcompartiment cellulaire est clos. C'est la couche externe en hydrogel qui confère sa taille et sa forme au microcompartiment cellulaire. Le microcompartiment peut avoir n'importe quelle forme compatible avec l'encapsulation de 10 cellules. Avantageusement, les dimensions du microcompartiment cellulaire sont contrôlées. Dans un mode de réalisation, le microcompartiment cellulaire selon l'invention a une forme sphérique. Préférentiellement, le diamètre d'un tel microcompartiment est compris entre 10 p.m et 1 mm, plus préférentiellement entre 50 p.m et 500 pm, encore plus préférentiellement inférieur à 500 15 pm, de manière préférée inférieur à 400 p.m. Dans un autre mode de réalisation, le microcompartiment cellulaire selon l'invention a une forme allongée. Notamment, le microcompartiment peut avoir une forme ovoïde ou tubulaire. Avantageusement, la plus petite dimension d'un tel microcompartiment ovoïde ou tubulaire est comprise entre 10 p.m et 1 mm, plus préférentiellement entre 50 p.m et 500 pm, encore plus 20 préférentiellement inférieure à 500 pm, de manière préférée inférieure à 400 p.m. Par « plus petite dimension », on entend le double de la distance minimale entre un point situé sur la surface externe de la couche en hydrogel et le centre du microcompartiment. Dans un mode de réalisation particulier, l'épaisseur de la couche externe en hydrogel représente 5 à 40% du rayon du microcompartiment. L'épaisseur de la couche de matrice extracellulaire 25 représente 5 à 80 % du rayon du microcompartiment et est avantageusement accrochée sur la face interne de la coque en hydrogel. L'épaisseur de la couche de cellule pluripotentes représente environ 10% du rayon du microcompartiment. La couche de cellules pluripotente est en contact au moins en un point avec la couche de matrice extra cellulaire, un espace rempli par du milieu de culture peut être présent entre la couche de matrice et le cyste. La lumière 30 représente alors de 5 à 30% du rayon du microcompartiment. Dans le contexte de l'invention, « l'épaisseur » d'une couche est la dimension de ladite couche s'étendant radialement par rapport au centre du microcompartiment. 3059009 7 Dans un exemple particulier, le microcompartiment cellulaire a une forme sphérique de rayon égal à 100p.m. La couche en hydrogel a une épaisseur de 51..t.m à 40p.m. La couche de matrice extracellulaire a une épaisseur de 51..t.m à environ 80p.m. La couche de cellules pluripotentes a une épaisseur de 10 à 30 !dm, la lumière ayant un rayon de 5 à 30 !dm, environ. 5 D'une manière générale, la présence de la couche externe en hydrogel impose une taille maximale à la couche de cellules et permet, par confinement, de limiter la prolifération incontrôlée des cellules, qui pourrait entraîner la mort par anoxie des cellules et/ou des différenciations incontrôlées des cellules au niveau des couches les plus profondes, c'est-à-dire les plus proches de la lumière du cyste. En 2D, sur une boite de Petri, les colonies sont des 10 disques, les cellules au coeur du disque tendent à mourir (chaque nouvelle cellule issue d'une division est exclue de la colonie par l'absence de place) ou à se différencier sous les contraintes des cellules les entourant, les cellules du bord tendent à se différencier et seule une bande à la bonne distance présente le phénotype optimal. La topologie du microcompartiment présenté ici, la surface interne de la sphère formée par la capsule, permet de générer une « colonie » de 15 cellules souches (la couche de cellules pluripotente) « sans bords » où toutes les cellules sont positionnées de manière optimale et équivalente tant pour la diffusion des petites molécules qu'en termes de contraintes mécaniques. Avantageusement, la densité cellulaire dans le microcompartiment est comprise entre 1 et plusieurs milliers de cellules par microcompartiment, préférentiellement entre 50 et 1000 cellules par microcompartiment de 20 100p.m de rayon. Procédés de préparation de microcompartiments cellulaires L'invention a également pour objet des procédés de préparation de microcompartiments cellulaires permettant d'obtenir le microcompartiment cellulaire selon l'invention. Plus particulièrement, l'invention propose de réaliser des microcompartiments cellulaires contenant 25 des cellules souches pluripotentes organisées en cystes directement à partir de cellules souches pluripotentes, ou à partir de cellules différenciées qui seront reprogrammées en cellules pluripotentes à l'intérieur de la capsule d'hydrogel lors de la formation des microcompartiments. Toute méthode de production de microcompartiments cellulaires contenant à l'intérieur d'une 30 capsule d'hydrogel de la matrice extracellulaire et des cellules souches pluripotentes peut être utilisée pour la mise en oeuvre du procédé de préparation selon l'invention. Notamment, il est possible de préparer des microcompartiments en adaptant la méthode et le dispositif microfluidique décrits dans Alessandri et al., 2016 (« A 3D printed microfluidic device for production of functionalized hydrogel microcapsules for culture and differentiation of human 3059009 8 Neuronal Stem Cells (hNSC) », Lab on a Chip, 2016, vol. 16, no. 9, p. 1593-1604), conformément aux étapes décrites ci-dessous. Dans un premier mode de réalisation, le procédé de préparation selon l'invention comprend les étapes consistant à 5 (a) incuber des cellules souches pluripotentes humaines dans un milieu de culture contenant un inhibiteur des voies RHO/ROCK ; (b) mélanger les cellules souches pluripotentes issues de l'étape (a) avec une matrice extracellulaire ; (c) encapsuler le mélange de l'étape (b) dans une couche d'hydrogel ; 10 (d) cultiver les capsules obtenues à l'étape (c) dans un milieu de culture contenant un inhibiteur des voies RHO/ROCK ; (e) rincer les capsules issues de l'étape (d), de manière à éliminer l'inhibiteur des voies RHO/ROCK ; (f) cultiver les capsules issues de l'étape (e) pendant 3 à 20 jours, préférentiellement 5 à 10 15 jours, jusqu'à obtention d'un cyste, et optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. L'étape (a) d'incubation et l'étape (d) de culture dans un milieu contenant un ou plusieurs inhibiteurs des voies RHO/ROCK (« Rho-associated protein kinase »), tels que thiazovivin (C15H13N50S) et/ou Y-27632 (Ci4H21N30) permettent de promouvoir la survie des cellules 20 souches pluripotentes, et l'adhérence des cellules à la matrice extracellulaire au moment de la formation de la couche externe d'hydrogel autour de ladite matrice extracellulaire. Il est toutefois souhaitable que ces étapes soient limitées dans le temps, afin que les inhibiteurs des voies RHO/ROCK n'empêchent pas la formation des cystes. Ainsi, préférentiellement, l'incubation de l'étape (a) est conduite pendant un temps compris 25 entre quelques minutes et quelques heures, préférentiellement entre 2 minutes et 2 heures, plus préférentiellement entre 10 minutes et 1 heure. De même, préférentiellement, l'étape (d) de culture est conduite pendant un temps compris entre 2 et 48 heures, préférentiellement pendant un temps compris entre 6 et 24 heures, plus préférentiellement pendant un temps compris entre 12 et 18 heures. 3059009 9 L'étape (e) est nécessaire pour garantir l'élimination de toute trace d'inhibiteurs des voies RHO/ROCK. L'étape (e) est par exemple réalisée par rinçage, et préférentiellement par plusieurs rinçages, dans des milieux de culture successifs exempts d'inhibiteurs des voies RHO/ROCK. 5 Avantageusement, l'étape (f) est conduite pendant un temps suffisant pour obtenir un microcompartiment cellulaire dans lequel la couche de cellules pluripotentes et la lumière présentent une épaisseur cumulée égale à 10 à 95% du rayon du microcompartiment, soit pendant un temps suffisant pour permettre de passer de deux cellules à un millier de cellules environ. Tout milieu de culture adapté à la culture de cellules souches pluripotentes peut être 10 utilisé, et notamment du tampon phosphate salin tel que le milieu « Roswell Park Memorial Institute medium ». Dans un mode de mise en oeuvre, le procédé selon l'invention comprend une étape intermédiaire (a') consistant à dissocier les cellules souches pluripotentes issues de l'étape (a) avant l'étape (b), préférentiellement au moyen d'un réactif exempt d'enzyme. Avantageusement, ledit réactif 15 est inhibé ou rincé avant l'étape d'encapsulation, notamment par rinçages successifs dans un milieu spécifique pour cellules pluripotentes. Par exemple, le réactif utilisé est un tampon isoosmotique contenant de 1'EDTA ou de 1'EGTA tel que le ReLeSR® . Bien entendu, il est également possible d'utiliser de la trypsine ou un réactif contenant une enzyme, mais le taux de survie des cellules pluripotentes à l'issue de cette étape peut alors être moindre 20 comparativement à l'utilisation d'un réactif exempt d'enzyme. Dans tous les cas, l'étape de rinçage est nécessaire pour éliminer toute trace du réactif utilisé pour la dissociation des cellules. Dans un mode de mise en oeuvre, au moins une des étapes (a'), (b), (c), (d) ou (e) est réalisée à une température comprise entre 0 et 8°C, préférentiellement l'ensemble des étapes (a'), (b), (c), 25 (d) et (e). Le maintien d'une température sensiblement égale à 4°C permet de mettre les processus biologiques des cellules en dormance, y compris la transduction des signaux provenant de l'environnement extérieur. Il est ainsi possible de limiter le phénomène de mort cellulaire, qui pourrait être induit par le détachement cellulaire. Dans un autre mode de réalisation, le procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire 30 selon l'invention, comprend les étapes consistant à (a) mélanger des cellules humaines différenciées avec une matrice extracellulaire et des agents de reprogrammation cellulaire non perméants vis-à-vis de la couche d'hydrogel ; 3059009 10 (b) encapsuler le mélange de l'étape (a) dans une couche d'hydrogel ; (c) cultiver les capsules issues de l'étape (b) pendant 10 à 40 jours, et optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. Dans un autre mode de réalisation, le procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire 5 selon l'invention, comprend les étapes consistant à (a) mélanger des cellules humaines différenciées avec une matrice extracellulaire ; (b) encapsuler le mélange de l'étape (a) dans une couche d'hydrogel ; (c) incuber les capsules issues de l'étape (b) avec agents de reprogrammation cellulaire perméants vis-à-vis de la couche d'hydrogel et cultiver les capsules pendant 10 à 40 jours, et 10 optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. Par exemple, les cellules différenciées utilisées sont des fibroblastes. L'homme du métier sait procéder à la reprogrammation d'une cellule différenciée en une cellule souche en réactivant l'expression des gènes associés au stade embryonnaire au moyen de facteurs spécifiques, désignés dans la présente invention comme « agents de 15 reprogrammation ». A titre d'exemples, on peut citer les méthodes décrites dans Takahashi et al., 2006 (« Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors » Cell, 2006 Vol 126, pages 663-676), Ban et al., 2009 (« Efficient induction of transgene-free human pluripotent stem cells using a vector based on Sendai virus, an RNA virus that does not integrate into the host genome » Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol 20 Sci. 2009; 85(8):348-62) et dans la demande internationale W02010/105311 ayant pour titre « Production of reprogrammed pluripotent cells ». Les agents de reprogrammation sont avantageusement co-encapsulés avec les cellules différenciées, de manière à concentrer le produit et à favoriser le contact avec l'ensemble des cellules. Dans le cas d'agents de reprogrammation perméants à la couche d'hydrogel, il est 25 possible d'ajouter lesdits agents dans le milieu de culture après l'étape d' encapsulation. Les agents de reprogrammation permettent d'imposer aux cellules une succession de changements phénotypiques jusqu'au stade pluripotent. Avantageusement, l'étape (a) de reprogrammation est réalisée en utilisant des milieux de culture spécifiques, favorisant ces changements phénotypiques. Par exemple, les cellules sont mis en culture dans un premier 30 milieu comprenant 10% de sérum humain, ou bovin, dans un milieu minimum essentiel de 3059009 11 Eagle (DMEM) supplémenté avec un inhibiteur des récepteurs sérine/thréonine protéine kinase (tel que le produit SB-431542 (C22Hi6N4O3)), un ou plusieurs inhibiteurs des voies RHO/ROCK (« Rho-associated protein kinase »), tels que du thiazovivin et/ou Y-27632, des facteurs de croissance des fibroblastes, tel que du FGF-2, de l'acide ascorbique et des antibiotiques, tels 5 que la Trichostatin A (Ci7H22N2O3). Puis le milieu de culture est remplacé par du milieu favorisant la multiplication des cellules pluripotentes, tel que le milieu mTeSR®1. Avantageusement, les capsules issues de l'étape (b) contiennent chacune entre 1 et 500 cellules différenciées, préférentiellement entre 50 et 200. Dans un mode de mise en oeuvre, au moins une des étapes (a), (b), (c) ou (d) est réalisée à une 10 température comprise entre 0 et 4°C, préférentiellement l'ensemble des étapes (a), (b), (c) et (d). Le maintien d'une température inférieure ou égale à 4°C permet de mettre les processus biologiques des cellules en dormance, y compris la transduction des signaux provenant de l'environnement extérieur. Il est ainsi possible de limiter le phénomène de mort cellulaire, qui pourrait être induit par le détachement cellulaire. 15 Les microcompartiments obtenus au cours de l'étape (d) peuvent être triés de manière à isoler les microcompartiments cellulaires présentant la forme en cyste souhaitée. Une telle étape de tri peut se faire en continu, de manière à séparer les microcompartiments cellulaires présentant déjà la forme en cyste souhaitée, des microcompartiments encore en cours de formation. Une telle étape de tri peut se faire par simple analyse morphologique, sans perturber les autres 20 microcompartiments au sein desquels la reprogrammation est encore en cours et/ou l'organisation en cyste non encore achevée. D'une manière générale, les microcompartiments cellulaires obtenus selon les procédés de l'invention peuvent ensuite être congelés avant toute utilisation. En effet, la forme en cyste favorise la survie des cellules au sein de microcompartiment, et après décongélation, le taux de 25 survie est supérieur à 80%. Avantageusement, la congélation est réalisée en utilisant de l'azote liquide permettant de vitrifier rapidement les microcompartiments et de limiter les risques de formation de cristaux au sein des membranes lipidiques des cellules. Les microcompartiments cellulaires peuvent être mis en suspension dans un tampon de congélation favorisant la survie des cellules. Il est par exemple possible d'utiliser les tampons de congélation classiquement 30 utilisés pour congeler les embryons. Les microcompartiments cellulaires ainsi congelés peuvent ensuite être décongelés selon les besoins. 3059009 12 Applications Les microcompartiments cellulaires objets de la présente invention peuvent être utilisés pour de nombreuses applications. En effet, les cellules qu'ils renferment peuvent être aisément récupérées, par simple hydrolyse et/ou dissolution de la couche externe en hydrogel. En outre, 5 il est possible de différencier les cellules pluripotentes à l'intérieur de la capsule d'hydrogel ou après hydrolyse/dissolution de ladite capsule d'hydrogel, selon les besoins, de manière à obtenir de grandes quantités de lignées cellulaires d'intérêt. Avantageusement, les cellules sont différenciées en un ou plusieurs types cellulaires d'intérêt, au sein du microcompartiment, c'est-à-dire avant hydrolyse de la couche externe en hydrogel. 10 Les microcompartiments cellulaires, et plus précisément les cellules qu'ils renferment peuvent être utilisés à des fins de recherche et développement, tant sous forme d'un réseau cellulaire 3D que plus classiquement en culture 2D. Il est également possible de les utiliser à des fins thérapeutiques, notamment pour des applications de thérapie cellulaire, ingénierie tissulaire, etc. 15 EXEMPLES Exemple 1 : Protocole d'obtention de microcompartiments cellulaires à partir de cellules humaines induites à la pluripotence. Solutions utilisées : Solution 1, base de milieu DMEMF12 supplémentée avec 21..t.M Thiazovivin 20 Solution 2, PBS sans magnésium et sans calcium supplémenté avec 11..1M 21..t.M Thiazovivin Solution 3, tampon de détachement cellulaire non-enzymatique : RelesRTM supplémenté avec 21..IM Thiazovivin. Solution 4, milieu de culture cellules souches pluripotentes : MTeSR1 TM hES/hIPS cell medium STEMCELLTm). 25 Solution 4+, Solution 4 supplémentée avec 21..IM Thiazovivin. Solution 5, MatrigelTM Solution 6, sorbitol 300mM avec 21..IM Thiazovivin. 3059009 13 Solution cellulaire : Une boite de Petri de cellules IPS humaines (obtenues à partir de Primary Dermal Fibroblast; Normal, Human, Adult ATCC® PCS-201-012TM et de CytoTuneTM-iPS 2.0 Sendai Reprogramming Kit (ref A16517) en utilisant la technologie présentée dans l'exemple 2) de 5 25cm2 à 90% de confluence est utilisée par la suite pour correspondre aux volumes recommandés. Toutes les étapes suivantes sont effectuées à 4°C jusqu'à la réticulation de la coque en hydrogel dans le bain de calcium. Étape 1 : Rincer les cellules avec la solution 1. Attendre de 10 minutes à 1 heure. Étape 2 : Rincer deux fois avec 4 mL de solution 2. 10 Étape 3 : Aspirer délicatement la solution. Étape 4 : Incuber les cellules avec 4 mL de solution 3 pendant 5-10 minutes. Étape 5 : Détacher les cellules avec 2mL de solution 4+ avec une pipette à cône large pour réduire le stress de cisaillement. Étape 6 : Centrifuger la suspension de cellules à 360 g pendant 5 minutes. 15 Étape 7 : Aspirer le surnageant. Étape 8 : Resuspendre avec 0.5 mL de solution 4+. Étape 9 : Centrifuger à nouveau à 360g et aspirer le surnageant. Étape 10 : Re-suspendre le culot de cellules dans 701..IL de solution 5 et 1001..IL de solution 6 (le volume du culot devrait être de 301..1L). La solution cellulaire est prête. 20 Encapsulation : Le dispositif d'encapsulation est préparé comme décrit dans Alessandri et al., 2016 (« A 3D printed microfluidic device for production of functionalized hydrogel microcapsules for culture and differentiation of human Neuronal Stem Cells (hNSC) », Lab on a Chip, 2016, vol. 16, no. 9, p. 1593-1604). 25 En résumé, les différentes parties du dispositif sont stérilisées (par autoclave) ; Les trois solutions nécessaires sont chargées sur trois pousse-seringues, i) solution d'alginate 3059009 14 (PRONOVA®SLG100 à 2% en masse dans de l'eau distillée), ii) solution intermédiaire (sorbitol à 300mM), iii) solution cellulaire (préparée à l'étape précédente) ; Les trois solutions sont co-injectées de manière concentrique grâce à un injecteur microfluidique qui permet de former un jet qui se fractionne en gouttes dont la couche extérieure est la solution d'alginate et 5 le coeur la solution de cellules ; Ces gouttes sont collectées dans un bain de calcium (à 100mM) qui rigidifie la solution d'alginate pour former la coque. Pour améliorer la mono-dispersité des microcompartiments cellulaires, l'alginate a été chargé avec un courant continu à +2KV. Un anneau à la masse de 2cm de diamètre est disposé à 5001..tm de la pointe dans le plan perpendiculaire à l'axe du jet sortant de l'injecteur microfluidique pour 10 générer le champ électrique. On note que dans ces conditions d'encapsulation, la couche de Matrigel® se forme spontanément. Traitement après encapsulation : Étape 1 : Les capsules sont récupérées avec un tamis cellulaire 401..tm puis après rinçage avec 15 la solution 1 elles sont stockées dans une flasque de 75cm2 avec 20mL de solution 4+. Étape 2 : La flasque est gardée pendant 12h à l'incubateur à 37°C et 5% de CO2. Étape 3 : Changer le milieu pour la solution 4 pour permettre la formation des cystes. Étape 4 : Après 24 à 72h des cystes de quelques dizaines de cellules se forment dans les capsules. Les microcompartiments cellulaires sont matures après 5 à 10 jours. 20 Exemple 2: Protocole d'obtention de microcompartiments cellulaires à partir de fibroblastes humains. Solutions utilisées : Solution 1, base de milieu DMEMF12 25 Solution 2, PBS sans magnésium sans calcium supplémenté Solution 3, tampon de détachement cellulaire trypsin EDTA 3059009 15 Solution 4, milieu de culture fibroblastes : 10% de sérum humain dans une base de milieu DMEM Solution 4+, Solution 4 supplémentée avec 21..IM Thiazovivin. Solution 5, MatrigelTM 5 Solution 6, sorbitol 300mM avec 21..IM Thiazovivin. Solution cellulaire : Une boite de Petri de fibroblastes humains (Primary Dermal Fibroblast; Normal, Human, Adult (ATCC® PCS-201-012®) de 25cm2 à faible densité de confluence est utilisée par la suite pour correspondre aux volumes recommandés (1 à 2 millions de cellules). Toutes les étapes suivantes 10 sont effectuées à 4°C jusqu'à la réticulation de la coque dans le bain de calcium. Étape 1 : Rincer les cellules avec la solution 2. Étape 2 : Aspirer délicatement la solution. Étape 3 : Incuber les cellules avec 4 mL de solution 3 pendant 5-10 minutes. Étape 4 : Détacher les cellules avec 2mL de solution 4+ avec une pipette à cône large pour 15 réduire le stress de cisaillement. Étape 6 : Centrifuger la suspension de cellules à 360 g pendant 5 minutes. Étape 7 : Aspirer le surnageant. Étape 8 : Resuspendre avec 0.5 mL de solution 4+. Étape 9 : Centrifuger à nouveau à 360g et aspirer le surnageant. 20 Étape 10 : Re-suspendre le culot de cellules dans 901..IL de solution 5 et 1001..IL de solution 6 (le volume du culot devrait être de 101..1L). Étape 11 : Ajouter 1/10 du contenu du kit « CytoTune® -IPS 2.0 Sendai Reprogramming Kit » (contenant un virus de reprogrammation) prévu pour une plaque 6 puits. La solution cellulaire est prête. 3059009 16 Encapsulation : L'encapsulation est réalisée conformément au protocole de l'exemple 1. Traitement après encapsulation : Étape 1 : Les capsules sont récupérées avec un tamis cellulaire 401..tm puis après rinçage avec 5 la solution 1 elles sont stockées dans une flasque de 75cm2 avec 20mL de solution 4+. Étape 2 : La flasque est gardée pendant 24h à l'incubateur à 37°C et 5% de CO2. Étape 3 : Changer le milieu tous les jours. Chaque capsule contient de 1 à 10 fibroblastes à la formation des capsules. Le virus de reprogrammation a une efficacité de transformation de l'ordre de 0.2%. La majorité des capsules ne contiendront donc pas ou très peu de cellules 10 reprogrammées. Les cystes commencent à se former après 15 à 40 jours. Les fibroblastes ont une forme allongée et ne forment pas de cystes. Ainsi, tous les cystes qui se forment sont formés d'IPS. REVENDICATIONS1. Microcompartiment cellulaire comprenant successivement, organisées autour d'une lumière : - au moins une couche de cellules pluripotentes humaines non dérivées d'un embryon humain ; - une couche de matrice extracellulaire ; - une couche externe en hydrogel. 2. Microcompartiment cellulaire selon la revendication 1, dans lequel ledit microcompartiment est clos. 3. Microcompartiment cellulaire selon la revendication 1 ou 2, dans lequel la couche externe 10 comprend de l'alginate. 4. Microcompartiment cellulaire selon l'une des revendications précédentes, dans lequel ledit microcompartiment a une forme sphérique ou allongée. 5. Microcompartiment cellulaire selon l'une des revendications précédentes, dans lequel ledit microcompartiment a un diamètre ou une plus petite dimension comprise entre 10 pm et 1 mm, 15 préférentiellement entre 50 um et 500 um, plus préférentiellement inférieure à 500 um, encore plus préférentiellement inférieure à 400 um. 6- Microcompartiment cellulaire selon l'une des revendications précédentes, dans lequel la densité cellulaire est comprise entre une et plusieurs milliers de cellules, préférentiellement 50 à 1000 cellules par microcompartiments. 20 7. Procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire selon l'une des revendications 1 à 6, comprenant les étapes consistant à : (a) incuber des cellules souches pluripotentes humaines dans un milieu de culture contenant un inhibiteur des voies RHO/ROCK ; (b) mélanger les cellules souches pluripotentes issues de l'étape (a) avec une matrice 25 extracellulaire ; (c) encapsuler le mélange de l'étape (b) dans une couche d'hydrogel ; 3059009 2 (d) cultiver les capsules obtenues à l'étape (c) dans un milieu de culture contenant un inhibiteur des voies RHO/ROCK ; (e) rincer les capsules issues de l'étape (d), de manière à éliminer l'inhibiteur des voies RHO/ROCK ; 5 (f) cultiver les capsules issues de l'étape (e) pendant 3 à 20 jours, préférentiellement 5 à 10 jours, et optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. 8. Procédé de préparation d'un microcompartiment selon la revendication 7, comprenant une étape intermédiaire consistant à (a') dissocier les cellules souches pluripotentes issues de l'étape (a) avant l'étape (b), 10 préférentiellement au moyen d'un réactif exempt d'enzyme. 9. Procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire selon l'une des revendications 1 à 6, comprenant les étapes consistant à (a) mélanger des cellules différenciées humaines avec une matrice extracellulaire et des agents de reprogrammation cellulaire ; 15 (b) encapsuler le mélange de l'étape (a) dans une couche d'hydrogel ; (c) cultiver les capsules issues de l'étape (b) pendant 10 à 40 jours, et optionnellement récupérer les microcompartiments cellulaires obtenus. 10. Procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire selon la revendication 9, dans lequel chaque capsule issue de l'étape (b) contient entre 1 et 500 cellules différenciées. 20 11. Procédé de préparation d'un microcompartiment cellulaire selon l'une des revendications 7 à 10, comprenant une étape ultérieure consistant à congeler les microcompartiments cellulaires obtenus à l'étape (f) selon la revendication 7, ou à l'étape (c) selon la revendication 9.