Brevet FR3046797A1 — publié le 20170721

PROCEDE DE DETECTION RAPIDE DE SENSIBILITE DE MICROORGANISMES AUX DROGUES Domaine technique La présente invention se rapporte à un procédé de détermination de la sensibilité d'un microorganisme à au moins un composé et/ou à un agent physique. La présente invention se rapporte également à l'utilisation du procédé de détermination rapide de la sensibilité d'un microorganisme 113 pour déterminer la concentration minimale inhibitrice d'un microorganisme à au moins un composé, par exemple un antibiotique, et/ou un agent physique. La présente invention trouve une application notamment dans les domaines analytiques, de la recherche biologique, enzymologique, 15 dans le domaine pharmaceutique, dans le domaine du diagnostic et/ou dans le domaine médical et/ou dans le domaine de la désinfection, par exemple de surface. Dans la description ci-dessous, les références entre crochets ([]) renvoient à la liste des références présentée à la fin du texte. 20 Etat de la technique Les antibiogrammes sont des tests permettant de déterminer la sensibilité d'un microorganisme à un antibiotique. Cette détermination est en général réalisée pour des microorganismes pathogènes. 25 L'antibiogramme a pour but de déterminer les Concentrations Minimales Inhibitrices (CMI) d'une souche bactérienne vis-à-vis de divers antibiotiques. Selon la définition de l'Organisation Mondiale de la Santé (O.M.S.), la CMI est la plus faible concentration d'antibiotique capable de provoquer une inhibition complète de la croissance d'une 30 bactérie donnée, appréciable à l'oeil nu, après une période d'incubation donnée. La détermination de cette valeur est peu précise mais elle est consacrée par l'usage et elle bénéficie d'une masse importante d'informations recueillies à son sujet, par exemple tel que mentionné dans le document « Conditions techniques générales. Bulletin de la 3046797 2 Société Française de Microbiologie, 1993, 8, 156-66 [1], et dans le document Clinical Microbiological Infection 1996, 2, Suppl. 1 [2]. A la suite des recommandations du Comité d'Experts de la Standardisation biologique de l'OMS (Recommandations du Comité 5 d'Experts de la Standardisation biologique de l'OMS. Rapports techniques n° 610, 1977 [3]), la Société Française de Microbiologie a créé un Comité de l'Antibiogramme (CA-SFM) chargé de déterminer les valeurs critiques qui délimitent les catégories cliniques (antérieurement désignées comme catégories thérapeutiques) et de proposer un guide pour la détermination de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques. Les valeurs critiques définies pour les concentrations et les diamètres des zones d'inhibition, ainsi que les recommandations spécifiques pour certaines espèces ou pour certains groupes d'antibiotiques sont publiées dans un communiqué annuel. Les méthodes et procédés connus pour réaliser un antibiogramme sont connus et résumés notamment dans les recommandations du Comité de l'Antibiogramme de Société Française de Microbiologie (Recommandations 2010. Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie [4]). En particulier les protocoles du CA-SFM pour la détermination de la CMI en milieu liquide décrivent les conditions et milieux pour leurs mises en oeuvre. Selon les « conditions techniques générales pour les méthodes de dilution... » (Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie, Recommandations 2010, page 4, [4]) le milieu recommandé est le milieu de Mueller-Hinton, avec ou sans supplémentation. En particulier, ce document décrit la préparation de l'inoculum:« Inoculum : à partir d'une culture de 18-24 h sur milieu gélosé non sélectif, préparer une suspension en bouillon Mueller-Hinton ou en solution saline (0,9 % NaCI) équivalente au standard McFarland 0,5 (- 108 UFC/ml). Cette suspension peut également être préparée à partir d'une culture en bouillon Mueller-Hinton obtenue après incubation à 37° C au bain-marie agité pendant 3 à 5 h, et dort la densité est ajustée au standard McFarland 0,5 ». 3046797 3 Selon les mêmes recommandations du CA-SFM, les résultats sont obtenus en 18h, 24h jusqu'à 72h en fonction de la vitesse de croissance des souches bactériennes. Ce délai est la conséquence de la définition de la CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) : la plus 5 faible concentration d'antibiotique capable de provoquer une inhibition complète de la croissance d'une bactérie donnée, appréciable à l'oeil nu, après une période d'incubation donnée. Ce délai important est un handicap pour le thérapeute. Il existe donc un réel besoin dans l'état de la technique de 10 trouver un procéder/moyen permettant de déterminer plus rapidement, par exemple en moins de 18 heures, la valeur de la CMI. Il est fréquent, pour un patient présentant des signes cliniques pour lesquels une infection est suspectée, lors de son examen à JO par un médecin et/ou praticien, par exemple un lundi et prélèvement réalisé 15 le jour même, entre 12 et 24 heures, voire une nuit sont nécessaires pour isoler la bactérie pathogène présente dans ledit prélèvement, par exemple isolement sur boite gélosée, de Pétri, selon le protocole décrit par le CA-SFM. Après cette phase d'isolement, un antibiogramme peut enfin être réalisé à partir d'une ou plusieurs colonies isolées prélevées zo à la surface de ladite gélose. Ainsi, le temps pour obtenir un résultat est d'au moins 18 heures voire jusqu'à 72 heures. Ces délais sont importants, beaucoup plus importants que la plupart des délais de rendus de résultats en Laboratoire d'Analyses Médicales. En outre, pour déterminer la sensibilité d'un microorganisme à 25 un antibiotique ou principe actif, l'homme du métier est incité à suivre les recommandations du Comité de l'antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM), en testant plusieurs dilutions de raison 2 autour de la valeur de concentration critique et en prévoyant aussi une à plusieurs mesure(s) témoin(s) sans antibiotique ou principe 30 actif. La détermination de la CMI selon ces recommandations en appréciant la turbidité du milieu de culture à l'oeil nu peut être réalisée après au moins 18 heures. 3046797 4 Il existe donc un réel besoin de disposer d'un procédé, notamment un antibiogramme simple à mettre en oeuvre, rapide, permettant une détection précoce de la CMI. Il existe également un réel besoin de disposer d'un procédé 5 permettant de déterminer la sensibilité d'un microorganisme à un antibiotique palliant les problèmes précités de l'art antérieur, notamment un procédé permettant l'obtention de résultat dans un délai inférieur à 18 heures. En outre, il existe un réel besoin pour l'homme du métier de 10 disposer d'un procédé permettant d'obtenir des résultats rapides, par exemple disponibles en moins de 6 heures présentant des résultats similaires et conformes à ceux obtenus avec les procédés de l'art, notamment selon les recommandations du CA-SFM. En particulier, il existe un réel besoin de trouver un procédé 15 et/ou un moyen permettant d'obtenir un résultat fiable dans un délai de 6 heures, en particulier dans la mesure où ce résultat permettrait au thérapeute et/ou médecin de connaitre le résultat de l'antibiogramme au maximum un jour après osculation/prélèvement (à J+1), par exemple dans la journée de mardi si l'admission/l'osculation/le prélèvement a été zo effectuée le lundi. Cette obtention rapide du résultat permettra au médecin/thérapeute qui aura prescrit un traitement présomptif, probabilistique de pouvoir adapter/modifier le traitement en fonction du résultat de l'antibiogramme : par exemple si la bactérie pathogène 25 isolée à partir du prélèvement est résistante à l'antibiotique prescrit et cela avec un jour d'avance par rapport aux procédés usuels. Il existe dans l'état de la technique des procédés susceptibles d'accélérer la croissance bactérienne, par exemple via l'utilisation d'un milieu de culture particulier plus adapté à l'espèce bactérienne, 30 augmentation du taux de glucose, adaptation du taux d'oxygène, ou du taux de dioxyde de carbone etc. Toutefois, l'utilisation de ces procédés ne permet pas l'obtention d'un résultat, notamment un antibiogramme dans des temps inférieurs à 18 heures. 3046797 5 Il existe dans l'état de la technique un procédé permettant de déterminer la sensibilité d'une souche bactérienne formant un biofilm à un agent tel qu'un antibiotique, ou à un anti-fongique dans le cas de champignons, par exemple le procédé décrit dans la demande 5 internationale WO 2005/090944 [5]. Toutefois, le procédé décrit dans ce document ne permet pas de déterminer la sensibilité d'un microorganisme ne formant pas de biofilm. En effet, le procédé décrit dans la demande internationale WO 2005/090944 s'appuie sur la mesure de mobilité de microbilles magnétiques dans un puits de culture 10 (un puits de microplaque 96 puits par exemple) co-incubée avec un microorganisme producteur de biofilm. Lorsqu'un biofilm s'est formé, les microbilles sont piégées par ledit biofilm et ne sont plus mobiles, comparativement à un puits dans lequel le biofilm ne s'est pas formé. Le procédé permet également de déterminer l'efficacité d'un 15 antibiotique, par exemple, à inhiber la formation de biofilm. Or, de nombreuses bactéries pathogènes telles que Escherichia coli, Klebsiella sp., Pseudomonas aeruginosa [8] ne forment pas spontanément du biofilm. Le procédé décrit dans ce document ne permet donc pas de déterminer la sensibilité de certains 20 microorganismes pathogènes ou non et ne peut donc pas être utilisé universellement. Il existe donc un réel besoin de trouver un procédé palliant ces défauts, inconvénients et obstacles de l'art antérieur, en particulier d'un procédé permettant de maîtriser le temps d'obtention du résultat d'un 25 antibiogramme, réduire les coûts et de réduire le temps d'obtention des résultats d'antibiogramme. En particulier, il existe un réel besoin de trouver un procédé et/ou dispositif permettant de réaliser fournir un résultat d'antibiogramme dans un temps inférieur à 7h. 30 II existe également dans l'état de la technique des procédés utilisant des anticorps, par exemple les tests ELISA utilisés à des fins de diagnostic. Ce procédé présente plusieurs inconvénients, par exemple il nécessite nombreux lavages contrôlés diminuant sa sensibilité. Il 3046797 6 comprend également de nombreuses étapes de manipulations par l'homme du métier; la réalisation d'au moins deux réactions d'affinités ; le marquage obligatoire du second anticorps avec, au moins un marqueur sensible et sophistiqué, l'utilisation d'un dispositif complexe et 5 difficile à paramétrer pour détecter et quantifier le signal émit par le marqueur. Ce procédé est donc long, couteux, et nécessite une instrumentation complexe pour sa mise en oeuvre. En outre, le test ELISA est utilisé pour quantifier ou semi-quantifier un analyte/composant apporté dans un mélange réactionnel, généralement 10 dans un puits de microplaque. Ce procédé ne permet pas de mesurer de l'évolution de la quantité d'un analyte par rapport à la quantité, ou sa concentration, initial(e). Il existe d'autres méthodes pour détecter une réaction d'affinité utilisant un anticorps, par exemple des techniques basées sur la 15 résonnance de plasmon de surface (« plasmon surface resonance »), des balances piézo-électriques, voire une simple observation par microscope dans des cas particulier. Pour ce faire, l'anticorps est fixé sur un support adapté à la technique de détection, la substance est mise en contact pendant un temps donné avec l'anticorps fixé sur le 20 support, puis la lecture est réalisée directement ou après un rinçage pour éliminer les substances n'ayant pas réagit par affinité avec les anticorps. Ces procédés utilisent notamment des phénomènes de diffraction, notamment sur des surfaces en or, qui nécessitent des dispositifs très complexe pour l'obtention des résultats. De plus ce 25 procédés nécessite notamment la préparation des échantillons dans des conditions de pH et/ou de force ionique particulières qui peuvent être à l'origine de résultats faux positifs ou faux négatifs. Toutes ces méthodes présentent de nombreux inconvénients, par exemple l'instrument nécessaire pour réaliser la lecture est 30 sophistiqué et couteux. En outre elles nécessitent des supports particuliers pour la fixation desdits anticorps. Par ailleurs, elles nécessitent un grand nombre d'étapes et sont dépendantes de la qualité et de la quantité d'anticorps fixés. En outre, elles ne sont pas 3046797 7 adaptées à la mesure de l'évolution quantitative d'un analyte, en particulier d'un microorganisme, dans le puits réactionnel. Il existe donc un réel besoin de trouver un procédé palliant ces défauts, inconvénients et obstacles de l'art antérieur, en particulier d'un 5 procédé permettant de maîtriser le temps d'obtention du résultat d'un antibiogramme, réduire les coûts et de réduire le temps d'obtention des résultats d'antibiogramme. En outre, il existe donc un réel besoin de trouver un procédé simple permettant l'obtention des résultats d'antibiogramme, en 10 particulier un procédé ne nécessitant pas de dispositifs complexes, ni d'étapes complexes de préparation des échantillons et/ou de supports pour la mise en oeuvre et la réalisation de l'antibiogramme. Description de l'invention 15 La présente invention permet de résoudre les problèmes et inconvénients de l'état de la technique en fournissant un procédé de détermination de la sensibilité d'un microorganisme à au moins un composé et/ou agent physique comprenant les étapes suivantes: a) introduire dans un contenant de culture comprenant à la 20 surface de ces parois internes un ligand dudit microorganisme, un milieu de culture liquide de microorganisme comprenant i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables ii. au moins un microorganisme, et iii. au moins un composé et/ou un agent physique 25 lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables reposant sur une surface immergée par le milieu de culture dans ledit contenant, b) déterminer la sensibilité du microorganisme audit composé et/ou agent physique par application d'un champ magnétique capable 30 d'agréger lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, l'absence d'agrégation desdites au moins deux particules révélant l'insensibilité dudit microorganisme audit composé et/ou agent physique. 3046797 8 Les inventeurs sont en effet les premiers à avoir démontré de manière surprenante que le procédé selon l'invention permet de déterminer simplement et dans un temps inférieur à 8 heures la sensibilité d'un microorganisme à un ou plusieurs principe(s) actif(s), 5 antibiotique(s) ou agents physiques. En particulier, les inventeurs ont démontré de manière surprenante que la capture de microorganismes par des ligands adsorbés au fond d'un contenant permet en fonction de la quantité de microorganismes l'immobilisation des microparticules. 10 Les inventeurs ont également démontré que l'incubant des microorganismes dans les contenants, la concentration de microorganismes, l'inoculum étant inférieur à la concentration susceptible d'entraver le mouvement des microparticules, il est possible d'observer un blocage après incubation des microorganismes dans un 15 milieu autorisant leur croissance. En particulier, le temps de génération, c'est-à-dire de doublement, in vitro, des microorganismes, notamment ceux impliqués dans des pathologies humaines ou animales, varie par exemple de 10 minutes pour Vibrio cholerae, 20 minutes pour Escherichia coli, de 20 à 30 20 minutes pour Salmonella typhimurium, de 25 à 30 minutes pour Staphylococcus aureus, de 30 à 40 minutes pour Pseudomonas aeruginosa, de 2h pour la levure Saccharomyces cerevisiae, et jusqu'à 20h pour Mycobacterium tuberculosis, (Microbiochimie et alimentation, Alain Branger, Educagri Editions, 2012 [9]). En présence d'un composé, 25 par exemple un antibiotique, un biocide, ou d'une action physique la croissance microbienne pourra se ralentir, par exemple bactériostase partielle, ou s'arrêter totalement. Pour des microorganismes ayant un temps de doublement de 40 minutes, une incubation de 2h correspond à 3 temps de génération, soit une multiplication de 23, soit un facteur 30 multiplicateur de 8. Pour un microorganisme présentant un temps de génération exceptionnellement long, par exemple de 120 minutes, 3 temps de génération correspondent à 360 minutes, soit 6h. Les inventeurs ont démontré dans le cas d'un microorganisme doublant en 40 minutes, partant d'un inoculum 8 fois inférieur à la 3046797 9 quantité de microorganismes bloquant les particules, un blocage des particules est observé lorsqu'elles sont soumises à un champ magnétique après 2h d'incubation. En parallèle, le même microorganisme a été incubé dans les mêmes conditions, avec 5 différentes doses/concentrations de composés, par exemple d'antibiotique(s), ou tout autre agent inhibiteur de croissance, les inventeurs ont démontré que le récipient comprenant la concentration la plus faible à partir de laquelle les particules ne sont pas bloquées correspond à la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI). 10 Avantageusement les inventeurs ont démontré que le procédé de l'invention permet de déterminer la CMI d'un composé vis-à-vis d'un microorganisme, par exemple d'un antibiotique vis-à-vis d'une bactérie, en moins de 6 heures. Avantageusement, le procédé selon l'invention permet donc de raccourcir considérablement le temps d'obtention du 15 résultat par rapport à l'antibiogramme classique, à savoir une réduction de 3 à 4 fois du temps, dont le résultat lié à une mesure « de la croissance d'une bactérie donnée, appréciable à l'oeil nu » selon la définition du CA-SFM est obtenu après 18 ou 24h. Ainsi, avantageusement, le procédé selon l'invention permet de zo déterminer la sensibilité d'un microorganisme à un antibiotique ou à un ou plusieurs principe(s) actif(s) bien avant les procédés connus de l'homme du métier. En outre, le procédé selon l'invention permet avantageusement de déterminer la sensibilité d'un microorganisme avant que l'homme du métier ne puisse apprécier à l'oeil nu une 25 croissance du microorganisme dans le milieu de culture. Avantageusement, le procédé de l'invention permet de déterminer la sensibilité d'un microorganisme à un antibiotique ou à un principe actif dans un temps environ trois à quatre fois inférieur à ceux de l'état de la technique, passant ainsi de 18-24 à 4-6 heures pour le temps de 30 détermination. En outre, avantageusement, le procédé de l'invention permet la détermination de la CMI à l'oeil nu, par exemple sans dispositif particulier de lecture. Avantageusement, le procédé selon l'invention permet la détermination de la CMI à l'oeil nu qui peut correspondre à la 3046797 10 première concentration de composé, en progressant dans une série de raison 2, dans laquelle il est observé à l'oeil nu une mise en mouvement desdites particules magnétiques ou magnétisables par application d'un champ magnétique ou électrique ou électromagnétique. 5 En outre, les inventeurs ont démontré de manière surprenante que le procédé de l'invention permet d'obtenir un résultat fiable et reproductible avec une spécificité similaire voir supérieure à celle des procédés usuels. Dans la présente invention, on entend par « microorganisme » 10 tout microorganisme connu de l'homme du métier. Il peut s'agir par exemple de bactéries, de champignons, d'algues et/ou de protozoaires. Il peut s'agir par exemple les bactéries choisi dans le groupe, sans être limité à celui-ci, comprenant Acetobacter aurantius, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Agrobacterium turnefaciens, Azorhizobium 15 caulinodans, Azotobacter vinelandii, Bacillus anthracis, Bacillus brevis, Bacillus cereus, Bacillus fusiformis, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus stearothermophilus, Bacillus subtilis, Bacteroides gingivalis, Bacteroides melaninogenicus, Bartonella henselae, Bartonella quintana, Bordetella bronchiseptica, Bordetella pertussis, 20 Borrelia burgdorferi, Branhamella catarrhalis, Brucella abortus, Brucella melitensis, Brucella suis, Burkholderia mallei, Burkholderia pseudomallei Calymmatobacterium granulomatis, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Campylobacter pylori, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis, Chlamydophila 25 pneumoniae, Chlamydophila psittaci, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Clostridium welchii, Corynebacterium diphtheriae, Corynebacterium fusiforme, Coxiella bumetii Ehrlichia chaffeensis, Enterococcus avium, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus 30 galllinarum, Enterococcus maloratus, Escherichia coli Francisella tularensis, Fusobacterium nucleatum Gardnerella vaginalis Haemophilus ducreyi, Haemophilus influenzae, Haemophilus parainfluenzae, Haemophilus pertussis, Haemophilus vaginalis, Helicobacter pylori Klebsiella pneumoniae, Klebseilla rhinoscleromatis- 3046797 11 klebsiella oxytoca Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei, Lactococcus lactis, Legionella pneumophila, Methanobacterium extroquens, Microbacterium multiforme, Micrococcus luteus, Mycobacterium avium, Mycobacterium bovis, Mycobacterium 5 diphtheriae, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium leprae, Mycobacterium lepraemurium, Mycobacterium phlei, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium tuberculosis , Mycoplasma fermentans, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Mycoplasma pneumoniae Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Nocardia 10 asteroides Pasteurella multocida, Pasteurella tularensis, Porphyromonas gingivalis, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas maltophilia, Rhizobium radiobacter, Rickettsia prowazekii, Rickettsia mooseri, Rickettsia psittaci, Rickettsia quintana, Rickettsia rickettsii, Rickettsia trachomae, Rochalimaea henselae, Rochalimaea quintana, 15 Rothia dentocariosa, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Serratia marcescens, Shigella dysenteriae, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus avium, Streptococcus bovis, Streptococcus cricetus, Streptococcus faceium, Streptococcus faecalis, Streptococcus 20 ferus, Streptococcus gallinarum, Streptococcus lactis, Streptococcus mitior, Streptococcus mitis, Streptococcus mutans, Streptococcus oralis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus rattus, Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguis, Streptococcus sobrinus, Treponema pallidum, Vibrio cholerae, Vibrio 25 comma, Vibrio parahemolyticus, Vibrio vulnificus, Xanthomonas maltophilia Yersinia enterocolitica,Yersinia pestis et Yersinia pseudotuberculosis, etc. Il peut s'agir de tout champignon connu de l'homme du métier, par exemple de champignons pathogènes ou non pathogènes, par exemple 30 de champignons responsables de pathologies, par exemple en santé humaine ou non, de champignons environnementaux, des champignons choisis dans le groupe comprenant les levures, par exempleCandida et/ou Cryptococcus, par exemple de levures responsables de pathologies, par exemple en santé humaine, par 3046797 12 exemple de candidoses et/ou de cryptococcose, et/ou le groupe comprenant les moisissures, par exemple Aspergillus, par exemple de moisissures responsable de pathologie, par exemple en santé humaine, par exemple d'aspergillose et/ou mycose pulmonaire. 5 Selon l'invention dans le cas d'utilisation de bactéries anaérobies, les conditions de culture anaérobie du microorganisme pourront êtres obtenues par obturation de l'extrémité ouverte du réacteur de culture par exemple à l'aide de parafilm, d'un bouchon etc. ou en mettant ledit réacteur dans des conditions permettant le développement des 10 bactéries anaérobies. Il peut s'agir par exemple de jarres d'anaérobiose, sachets générant une atmosphère appauvrie en oxygène et enrichie en dioxyde de carbone, enceintes anaérobies avec atmosphère contrôlée et/ou tout moyen connu de l'homme du métier adapté. 15 Selon l'invention par « contenant de culture » on entend tout contenant de culture connu de l'homme du métier. Il peut s'agir par exemple un réacteur de culture, des cupules, des tubes ou des puits par exemple de plaques de microdilution. Selon l'invention le contenant de culture peut être par exemple 20 une enceinte avec une extrémité fermée, du type tube, puits, etc. ou une enceinte présentant deux ouvertures. Il peut s'agir également d'un contenant comprenant une extrémité fermée de sorte à former un fond plat, un contenant avec une extrémité fermée de sorte à former un fond hémisphérique, un contenant comprenant deux extrémités ouvertes. 25 Lorsque le contenant comprend deux extrémités ouvertes ledit contenant peut être configuré afin de permettre un écoulement du milieu de culture en flux constant ou en flux discontinu. Il peut s'agir par exemple de plaque de microdilution le type de plaque défini par exemple par l'American National Standards Institute et 30 la Society for Biomolecular Screening (« microplates ») portant 96 puits, 384 et même 1536, ou à l'inverse 48 ou 24 puits ou tout autre nombre de puits. 3046797 13 Il peut s'agir par exemple d'un contenant de culture constitué par tout matériau connu de l'homme du métier adapté. Il peut s'agir par exemple de plastique, par exemple du polycarbonate, du polypropylène, polystyrène, etc., de verre, de métal. 5 Il peut s'agir par exemple de microplaques en polycarbonate ou polypropylène à fond plat, conique ou rond. Avantageusement lorsque le contenant est en polycarbonate ou le polypropylène cela permet d'éviter une adhésion non désirée du microorganisme sur les surfaces internes du contenant. 10 Il peut s'agir par exemple de contenant en polystyrène, par exemple tout polystyrène connu de l'homme du métier. Avantageusement, lorsque les surfaces internes du contenant sont en polystyrène la fixation du ligand dudit microorganisme pourra être améliorée. L'homme du métier, de part ses connaissances générales 15 saura adapter/choisir le polystyrène adapté pour une meilleur fixation du ligand, par exemple en fonction des ces propriétés physicochimiques, par exemple hydrophiles, hydrophobes. Selon l'invention, le milieu de culture peut être tout milieu de culture connu de l'homme du métier et/ou disponible dans le commerce zo dans lequel au moins un microorganisme est susceptible de se développer. Il peut s'agir par exemple d'un milieu naturel ou synthétique. Il peut s'agir par exemple d'un milieu de culture pour la croissance bactérienne, par exemple le milieu BHI (« Brain Heart Infusion »; bouillon coeur cerveau), le milieu LB (« Lysogeny broth »), le 25 milieu MH (« milieu Mueller-Hinton »), de bouillon glucosé, de milieu de culture de levures, par exemple le milieu Sabouraud, L'homme du métier de part ces connaissances générales saura choisir le milieu de culture adapté en fonction du microorganisme. Selon l'invention par « ligand du microorganisme » on entend tout 30 ligand connu de l'homme du métier. Il peut s'agir par exemple d'un ligand choisi dans le groupe comprenant les anticorps, les peptides, les aptamères. Dans la présente, les anticorps peuvent être tout anticorps connu de l'homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s'agir 3046797 14 par exemple d'anticorps monoclonaux, d'anticorps polyclonaux ou un mélange de ceux-ci. Il peut s'agir par exemple d'anticorps disponibles dans le commerce, par exemple d'anticorps commercialisés par la société AbCam, Acris, Fitzgerald, GeneTex, ThermoFisher Scientific. 5 Dans la présente, les peptides peuvent être tout peptide connu de l'homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s'agir par exemple de peptides commercialisés par la société Clinisciences, Proteomic Solutions, Biomatik, Caslo, Genscript. Dans la présente, les aptamères peuvent être tout aptamère 10 connu de l'homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s'agir par exemple d'aptamères commercialisés par la société Aptagen, IBA, Novaptech. Dans la présente, le « ligand du microorganisme » peut être un ligand spécifique ou non spécifique du microorganisme. 15 Selon l'invention, le ligand non spécifique peut être tout ligand connu de l'homme du métier et/ou disponible dans le commerce. Il peut s'agir par exemple d'un ligand choisi dans le groupe comprenant la Protéine A, la Protéine G, la Protéine L. Selon l'invention le ligand du microorganisme peut être fixé à la 20 surface des parois internes du contenant à une concentration comprise de 0,1 à 20 pg/ml, par exemple de 0,5 à 54/ml, par exemple égal à 6 pg/m I. Selon l'invention, le ligand du microorganisme peut être fixé à la surface des parois internes du contenant par tout procédé et/ou moyen 25 connu de l'homme du métier. Il peut s'agir par exemple d'une adsorption passive, communément appelée « coating », par exemple comprenant l'incubation du ligand dans le contenant de culture permettant l'adsorption dudit ligand sur les parois dudit contenant puis lavage du contenant afin d'éliminer les ligands non fixés. Il peut s'agir 30 par exemple de procédé utilisant des polymères de couplage, par exemple le polypropylène, le polycarbonate, associés par exemple à des silylsulfonylazides. Selon l'invention, la surface des parois internes du contenant de culture peuvent comprendre un ou plusieurs ligand(s) fixé(s) à leur 3046797 15 surface. Lorsque la surface des parois internes du contenant de culture comprend plusieurs ligand fixés à la surface, le procédé de fixation peut comprendre une première étape de fixation de ligand, par exemple un ligand choisi dans le groupe comprenant la Protéine A, la Protéine G, la 5 Protéine L suivi d'une seconde étape de fixation, par exemple de ligand choisi dans le groupe comprenant des anticorps. Selon l'invention, lesdites, au moins deux, particules, peuvent être choisies dans le groupe comprenant une particule chargée électriquement, une particule magnétique, une particule revêtue d'au 10 moins une couche magnétique, une particule magnétisable, une particule revêtue d'une couche magnétisable, un mélange de deux ou plusieurs de ces particules. En fait, il peut s'agir de toute particule permettant de mettre en oeuvre la présente invention. Selon l'invention, les particules reposent sur une surface 15 immergée dans le milieu de culture. Lesdites particules sont en position stables, c'est-à-dire au repos, en l'absence du champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique. Avantageusement, lesdites particules peuvent être des particules de toute forme adaptée à la mise en oeuvre de la présente invention, par exemple sous forme de bille, de palet, de 20 forme géométrique asymétrique, par exemple avec une face plane, etc. Toute taille appropriée de particules magnétiques ou magnétisables peut être utilisée. La taille peut être choisie par exemple en fonction de la taille du microorganisme, et/ou de la taille du contenant le milieu de culture pour la mise en oeuvre du procédé de 25 l'invention et/ou du microorganisme. Par exemple la particule magnétique ou magnétisable peut présenter une taille de, par exemple de 1 Onm à 100pm, par exemple de 0,1 à 10pm. Selon l'invention, les particules peuvent être de tailles identiques 30 ou différentes, la proportion entre les particules de tailles différentes, relatives au microorganisme considéré, pouvant modifier la sensibilité du test. Lorsque les particules sont de tailles différentes, les petites particules peuvent présenter une taille, par exemple, de 10 nm à 1um, 3046797 16 par exemple de 100 à 500nm, et les grosses particules peuvent présenter une taille, par exemple, de 1 um à 100pm, par exemple de 1um à 10pm, par exemple de 1um à 5um. Bien sûr, la taille respective des grandes et des petites particules est choisie de manière à pouvoir 5 déterminer différents stades de développement. Selon l'invention, on peut également utiliser une pluralité de particules de tailles identiques avec une magnétisation différente. Le mouvement des particules sera dépendant de leur magnétisation, le blocage étant quant à lui maintenu constant du fait de l'encombrement lo relatif des particules dû à leur taille. Selon l'invention, le procédé de l'invention peut être mis en oeuvre avec une pluralité de particules, par exemple de 2 à 10 000 000, de 1000 à 10 000 000, de 1000 à 1 000 000, de de 10 000 à 1 000 000, de 100 000 à 1 000 000, de 10 000 à 100 000, avantageusement de 1 000 15 à 1 000 000 de particules. Selon l'invention, les particules peuvent être éclairées, par exemple au moyen d'une source lumineuse. L'éclairage permet avantageusement d'augmenter le contraste entre les particules et la solution. 20 Selon l'invention, lesdites, au moins deux, particules sont de préférence des particules génératrices d'un signal détectable. La détection de ce signal sera fonction des propriétés des particules. À titre d'exemple il peut s'agir de particules fluorescentes, fluorescentes en FRET, phosphorescentes, radioactives, chimioluminescentes, 25 réfléchissantes ou colorées. Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont fluorescentes, la fluorescence émise par les particules peut être détectée par exemple visuellement, et/ou par tout moyen optique connu de l'homme du métier. Lesdites, au moins deux, particules peuvent être 30 par exemple éclairée, pour suivre son mouvement au moyen d'une source lumineuse, par exemple par un faisceau laser. Par exemple, dans le cas d'utilisation de la technologie FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), la fluorescence émise par une première particule excitée par une longueur d'onde va elle-même 3046797 17 exciter la seconde molécule qui va émettre généralement de la fluorescence à une longueur d'onde très éloignée de la première longueur d'onde excitatrice, et après un temps tel que l'émission bruit de fond due à la première excitation soit éteinte. Ce transfert du premier 5 type de particule au second ne peut se faire que si les particules sont très proches et est proportionnel au nombre de particules rassemblées/agrégées. Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont phosphorescentes, ces particules peuvent être visualisées par exemple 10 visuellement, par tout moyen optique connu de l'homme du métier. Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont radioactives, ces particules peuvent être détectées même au travers de liquides ou milieux de cultures optiquement opaques, ainsi qu'au travers de plaques de microdilution optiquement opaques par tout 15 dispositif de détection de la radioactivité émise connue de l'homme du métier, notamment la méthode classique de révélation sur film autoradiographique. Il suffit alors de plaquer le film sensible sous la plaque de microdilution et de révéler ensuite l'image du fond de ladite plaque de microdilution. 20 Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont chimioluminescentes la détection des particules peut se former par ajout dans le milieu du réactif chimique permettant l'émission d'énergie lumineuse par les particules. La détection de ce signal peut être par exemple visuelle et/ou par tout moyen connu de l'homme du métier 25 notamment par l'utilisation de caméra CCD (« Charge Coupled Device ») sensible aux longueurs d'ondes émises, qui balaient (scannent) les cupules, les puits de la plaque de microdilution. Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont réfléchissantes la détection des particules peut être par exemple 30 visuelle ou par tout moyen optique connu de l'homme du métier. Avantageusement, lesdites, au moins deux, particules peuvent être par exemple éclairées, pour suivre leurs mouvements au moyen d'une source lumineuse, par exemple par un faisceau laser. 3046797 18 Par exemple dans le cas où les, au moins deux, particules sont colorées, la détection de la particule peut être par exemple visuelle et/ou par tout moyen connu de l'homme du métier pour la détection de particules colorées. Avantageusement, si les particules sont attirées 5 vers le centre et fond des puits comme décrit dans WO 2005/090944, une image peut être acquise par un appareil de type scanner puis être analysée par un logiciel d'analyse d'images permettant une quantification des particules rassemblées/agrégées au centre du puits. Selon l'invention, les particules peuvent avantageusement être 10 choisies de couleurs différentes en fonction de leur taille et/ou en fonction de leur pouvoir magnétique. Il peut s'agir également d'une particule excitable, par exemple une particule fluorescente en FRET. L'homme du métier de part ces connaissances générales, adaptera /choisira les propriétés visuelles de 15 ladite, au moins deux, particule peut en fonction du milieu. Avantageusement la détection du mouvement de ladite, au moins deux, particules est d'autant plus facile que le contraste entre lesdites, au moins deux, particules et le milieu de culture est grand. Selon l'invention, l'observation de peut être réalisée par tout zo moyen connue de l'homme du métier. Il peut s'agir par exemple d'un dispositif optique, par exemple un microscope, un appareil photo, d'un scanner de document, par exemple un scanner perfection V600 EPSON, une observation visuelle. Selon l'invention, l'observation peut permettre de mesurer, par 25 exemple l'intensité, le contraste, la variance, d'image, par exemple via tout moyen connu de l'homme du métier, par exemple un logiciel d'imagerie, par exemple ImageJ permettant, par exemple de mesurer, par exemple des différences de contrastes, d'intensités, correspondant par exemple aux particules, dans des zones d'une image à une autre et 30 ainsi de déterminer les différences d'une observation à une autre. Selon l'invention, l'utilisation de particules émettrices d'un signal, par exemple des particules colorées, fluorescente, phosphorescentes, luminescentes, radioactives peut permettre, par exemple une observation automatisée 3046797 19 Dans la présente invention, le champ permettant de mettre en mouvement lesdites, au moins deux particules magnétisables peut être un champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique. Ledit champ magnétique, ou électrique ou électromagnétique peut être 5 généré, par exemple par un aimant ou par un solénoïde. L'aimant peut être par exemple sous forme de barreau, de pointe, de pièce, etc. ou toute forme appropriée pour la mise en oeuvre de la présente invention. Le champ peut, par exemple être appliqué par tout moyen connu de l'homme du métier, par exemple par impulsion, par augmentation 10 progressive du champ électrique ou électromagnétique, par variations de champ électrique ou électromagnétique ou par une combinaison ces applications. Une augmentation progressive du champ magnétique, ou électrique ou électromagnétique peut être obtenue, par exemple, par 15 rapprochement d'un aimant ou d'un solénoïde selon une trajectoire rectiligne ou sinusoïdale, ou selon un mouvement oscillant présentant ou non une amplitude d'oscillation et/ou une fréquence variables. Des variations de champ plus complexes peuvent être obtenues, par exemple par rotation ou par des combinaisons de mouvements d'un 20 matériau aimanté à proximité desdites, au moins deux, particules. Ainsi, selon l'invention, ledit champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique peut être généré par des moyens générateurs de champ qui peuvent être ou non en mouvement. Lorsque plusieurs particules doivent être mises en mouvement, le 25 champ magnétique, ou électrique, ou électromagnétique doit pouvoir regrouper lesdites particules sur ladite surface immergée dans le milieu de culture ou à ladite surface dudit milieu de culture. Selon l'invention par composé on entend tout composé, par exemple naturel ou obtenu par synthèse ou hémi-synthèse chimique, 30 connu de l'homme du métier susceptible de modifier la croissance/développement de microorganismes. Il peut s'agir par exemple d'un biocide, par exemple un desinfectants, un produit de protection, un produit de lutte contre les espèces dites nuisibles et autre 3046797 20 et/ou tout biocide inclus dans la liste selon la directive 98/8/CE ou le règlement (UE) n°528/2012, d'un antibiotique, d'unantifongique. Il peut s'agir par exemple d'un antibiotique choisi dans le groupe comprenant l'acide fusidique, les aminosides, les bêta-Lactamines, les 5 pénicillines, les inhibiteurs de bêta-lactamases, les céphalosporines, les carbapénèmes, les monobactames, la cyclosérine, la daptomycine, la fosfomycine, les lincosamides, les macrolides et kétolides, la mupirocine, les nitro-imidazolés, les nitrofuranes, les oligosaccharides, les oxazolidinones, les polypeptides: bacitracine, glycopeptides, 10 polymyxines et colistine, les quinolones, les rifamycines, les sulfamides et les diaminopyridines, les synergistines, les tétracyclines, les antifongiques, ou un quelconque mélange de ceux-ci. Selon l'invention, l'antibiotique peut-être en solution dans le milieu de culture, ou sous forme déshydratée ou lyophilisée, et/ou fixé sur la 15 surface immergée dans ledit milieu. Les moyens de fixation utilisables de l'antibiotique sont ceux connus de l'homme du métier pour la fixation d'un antibiotique sur une surface. Il peut s'agir par exemple de ceux disponibles dans le commerce, par exemple commercialisé par la société NUNC zo (Danemark), Corning (Etats-Unis), et Greiner Bio-One (Autriche). Selon l'invention, on peut introduire dans le milieu de culture un ou plusieurs composés, par exemple un ou plusieurs antibiotiques Avantageusement, lorsque le procédé selon l'invention permet de de tester différents antibiotiques seuls et/ou de rechercher un effet de 25 combinaison ou d'association d'antibiotiques dans un format couramment appelé « échiquier » (ou checkerboard en anglais). La mise en oeuvre du procédé de l'invention avec un mélange d'antibiotiques (combinaison, association) peut permettre avantageusement de détecter d'éventuels effets additifs, synergiques 30 et/ou antagonistes. Par « effet additif », on entend l'addition des actions d'au moins deux antibiotiques permettant, par exemple, de trouver une combinaison d'antibiotiques ayant un même effet antibiotique qu'un antibiotique seul, mais avec des concentrations inférieures. 3046797 21 Par « effet synergique », on entend une amélioration de l'efficacité d'un antibiotique par ajout d'au moins un deuxième antibiotique, ce mélange d'antibiotiques ayant un effet supérieur à l'addition de l'effet de chaque antibiotique seul. 5 Enfin par « effet antagoniste » on entend l'inhibition de l'action d'un antibiotique sur le microorganisme par l'ajout d'au moins un deuxième antibiotique. Ce mode de réalisation peut permettre de sélectionner des combinaisons, des associations d'antibiotiques (« codrug ») pertinentes pour, par exemple, inhiber le développement du 10 microorganisme. Selon l'invention, les antibiotiques peuvent également être introduits successivement dans le milieu afin d'identifier des effets additifs, synergiques ou antagonistes tels que décrit précédemment. Avantageusement, le procédé selon l'invention permet de 15 déterminer/détecter et/ou d'identifier la sensibilité de microorganismes à des composés. Aussi, le procédé selon l'invention permet avantageusement d'identifier de nouveau biocide, par exemple de nouveau antibiotique et/ou antifongique. En outre, le procédé selon l'invention peut avantageusement permettre de déterminer la spécificité 20 d'un composé, par exemple s'il s'agit d'un antibiotique et/ou un antifongique. Selon l'invention par « agent physique » on entend la température, le rayonnement thermique, la pression, des rayonnements, ou radiations. Il peut s'agir par exemple de tout rayonnement connus de 25 l'homme du métier, par exemple des rayonnements corpusculaires, des rayonnements ondulatoires et/ou des rayonnements électromagnétiques. Selon l'invention le procédé peut comprendre préalablement à l'étape a) les étapes suivantes: 30 Al) introduction dans un contenant (a2) de culture comprenant un milieu de culture liquide approprié au développement dudit microorganisme, i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables ii. au moins un microorganisme permettant d'ensemencer ledit 3046797 22 milieu, et iii. au moins un composé et/ou agent physique A2) maintenir le milieu de culture ensemencé et ladite au moins deux molécule dans des conditions permettant un développement et/ou 5 croissance dudit microorganisme, le milieu obtenu étant le milieu introduit dans le contenant de l'étape a). Selon l'invention le contenant (a2) et le contenant de l'étape a) peuvent être identique ou différent. Par exemple le contenant (a2) peut être par exemple en plastique, par exemple en polycarbonate, en 10 polypropylène, polystyrène, en verre, en métal. Avantageusement, le contenant peut être un puit de microplaques en polycarbonate et/ou polypropylène à fond plat, conique ou rond. Avantageusement, le polycarbonate ou le polypropylène permet de réduire l'attachement des microorganismes à la surface des parois internes du contenant 15 favorisant avantageusement sa croissance. Selon l'invention, lorsque le procédé comprend les étapes Al et A2, le contenant de culture de l'étape a) peut être avantageusement différent du contenant a2. Il peut s'agir par exemple d'un contenant un polystyrène tel que décrit ci-dessus. 20 Selon l'invention, le maintien du milieu de culture ensemencé dans des conditions permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme peut être réalisé pendant 30 minutes à 7 heures, par exemple de 1 à 6 heures, de 2 à 5 heures. Avantageusement, le milieu de culture est maintenu dans des conditions permettant un 25 développement et/ou croissance dudit microorganisme pendant 2 à 5 heures. L'homme du métier, par ces connaissances générales saura choisir les conditions de pH, la température, l'oxygénation, l'apport en sources métabolisables et en composants essentiels (tels que 30 minéraux) permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme. 3046797 23 Selon l'invention, le procédé peut être réalisé dans une pluralité de contenants comprenant à la surface de leurs parois internes un ligand dudit microorganisme comprenant chacun : - ledit milieu de culture, 5 - ladite, au moins deux particules, et - ledit microorganisme, - ledit composé et/ou agent physique, lesdits contenants comprenant une concentration différente dudit composé et/ou agent physique et/ou un composé et/ou agent physique lo différent d'un contenant à l'autre. Selon l'invention, les différents contenants peuvent être regroupés sur un même support, par exemple sur une plaque comportant de 1 à 384 puits, par exemple 6, 12, 24, 48, 96, etc. Selon l'invention, le procédé peut permettre 15 avantageusement de déterminer la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) de la croissance planctonique, c'est-à-dire dans la phase liquide, dans le milieu de culture, dudit microorganisme. Selon l'invention, la détermination de la concentration minimale de l'antibiotique inhibant la croissance dudit microorganisme, 20 c'est à dire la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) peut être réalisée par mise en oeuvre successivement ou simultanément du procédé de l'invention dans des conditions identiques utilisant un milieu de culture liquide approprié au développement d'un microorganisme, au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, au moins un 25 microorganisme et au moins un composé dans une concentration différente d'une réalisation à une autre. Ladite concentration d'antibiotique peut être établie par exemple selon une suite géométrique de raison 1/2 à partir d'une concentration initiale X, par exemple X, X/2, X/4, X/8, etc., ou de tout autre suite géométrique 30 appropriée. Lors de la mise en oeuvre du procédé de l'invention, et parmi les réalisations, la première concentration, c'est-à-dire la concentration la plus faible à partir de laquelle les particules sont mobiles, reflétant l'activité de l'antibiotique sur la croissance des bactéries, correspond à la concentration minimale inhibitrice (CMI). 3046797 24 Cette estimation de la mobilité des particules peut être faite simplement visuellement, par exemple comme pour les antibiogrammes en tubes, ou avantageusement suite à l'analyse de l'image par un logiciel adapté, comme par exemple le logiciel BFC Elements® développé par la 5 société BioFilm Control. Ainsi, le procédé selon l'invention permet avantageusement de déterminer la concentration minimale d'antibiotique à partir de laquelle le microorganisme est sensible à l'antibiotique dans sa croissance, c'est-à-dire la concentration minimale pour laquelle les, au moins deux, particules peuvent être mises en 10 mouvement/agrégées par application du champ magnétique dans un desdits contenant. Le procédé de l'invention peut être également mis en oeuvre avec une concentration de composé nulle, ladite réalisation constituant un témoin de croissance du microorganisme dans le milieu de culture. Un 15 autre témoin peut consister à valider la stérilité du milieu en présence de particules pendant la durée du test. Un autre témoin peut consister à valider que l'antibiotique ne provoque pas d'artéfacts dans le milieu en présence de particules. Quel que soit le mode de mise en oeuvre de l'invention, le procédé 20 de l'invention peut avantageusement être réalisé simultanément dans une pluralité de contenants. Lorsque le procédé de l'invention est mis en oeuvre dans une pluralité de contenants, pour la mise en mouvement des particules dans lesdits contenants, une pluralité de champs magnétiques, par exemple 25 d'aimants, peuvent avantageusement être utilisés. Les aimants peuvent par exemple être fixés sur un support de telle manière à permettre une juxtaposition de chaque contenant dans lequel on réalise le procédé de l'invention avec un aimant du support. L'application du champ magnétique sur lesdits contenants est indépendante d'un contenant à 30 un autre. Le champ magnétique appliqué auxdits contenants peut être identique ou différent d'un contenant à l'autre, de préférence identique. Le procédé de l'invention permet donc également, avantageusement, de déterminer la concentration minimale inhibitrice d'un antibiotique pour la croissance bactérienne pour ledit 3046797 25 microorganisme par la réalisation du procédé de l'invention dans les différents contenants en une seule étape sur un seul support. Avantageusement, le procédé de l'invention permet par exemple de suivre les recommandations du Comité de l'Antibiogramme de la 5 Société Française de Microbiologie, relatives aux conditions techniques générales pour les méthodes de dilution. Selon l'invention, on peut également déterminer, avantageusement, la concentration minimale inhibitrice dudit antibiotique vis-à-vis de la croissance dudit microorganisme en 10 suspension dans chaque contenant. Le procédé de l'invention peut par exemple être utilisé pour la mise en oeuvre d'un antibiogramme d'aide à la prescription de l'antibiotique (ou des antibiotiques) efficace(s) sur un microorganisme prélevé chez un patient, par application du procédé de l'invention. Ce 15 microorganisme peut alors être testé avec différents antibiotiques, par exemple sur un seul support d'analyse, pour optimiser le traitement de ce patient. L'application du procédé sur ledit microorganisme permet de vérifier que le micro-organisme est bien sensible à des antibiotiques à une concentration par exemple égale à la CMI. 20 Le procédé de l'invention peut permettre également de suivre in- vitro l'évolution de la CMI d'un microorganisme d'un patient vis-à-vis d'un antibiotique. Cet aspect est important pour des traitements au long cours, ou pour des malades immunodéprimés sujets à des infections chroniques avec le même micro-organisme. Le procédé de l'invention 25 permet de suivre l'apparition d'une résistance à un traitement. Le procédé permet alors de trouver d'autres antibiotiques plus aptes à inhiber la croissance dudit microorganisme. Avantageusement, le procédé de l'invention, de part l'application du champs et l'agrégation ou non des particules permet d'obtenir un 30 résultat rapide et visuel de la sensibilité ou non du microorganisme au composé et/ou agent physique. D'autres avantages pourront encore apparaître à l'homme du métier à la lecture des exemples ci-dessous, illustrés par les figures annexées, donnés à titre illustratif. 3046797 26 Brève description des figures La figure 1 montre que le blocage des microbilles est proportionnel au nombre de bactéries dans les puits et permet de déterminer le seuil 5 à partir duquel les microbilles sont bloquées. La figure 2 montre un exemple de détermination de Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) de 3 antibiotiques sur des souches de Staphylococcus aureus. La figure 3 représente des photographies correspondant à un 10 exemple de détermination Sensibilité ou de la Résistance de microorganismes à un composé en fonction de l'absence ou la présence de ligand sur la surface interne de la paroi du contenant de culture. 15 EXEMPLES Exemple 1: détermination de la quantité de bactéries nécessaires au blocage des microbilles. Les résultats sont représentés sur la figure 1. 20 Plusieurs colonies (environ 6) de Staphylococcus aureus ont été prises sur une boite de Pétri contenant du milieu Mueller-Hinton gélosé et resuspendues dans du milieu Mueller-Hinton liquide. La densité optique (à 600nm) a été mesurée, considérant qu'une unité de DO correspond à 1x109 bactéries/ml. Une plaque de polystyrène a été 25 préalablement recouverte (« coatée ») avec des anticorps anti- staphylococcus aureus (Anti-Staphylococcus aureus de lapin, fraction IgG purifiée, Acris). Pour ce faire, la plaque a été incubée pendant une nuit, à 4°C, avec 200111/puits avec une solution d'anticorps aux concentrations 1 ; 2 ; 4 ; 6 ou 8µg/ml dans du tampon phosphate salin 30 (PBS). La plaque a été lavée 2 fois au laveur de plaque avec du PBS additionné de Tween-20 à 0,1% afin d'éliminer les anticorps non adsorbés sur le polystyrène. Après le dernier lavage, les puits ont été laissés vides. 200111 de solution de bactéries à une concentration de 0 à 1x109/m1 dans un milieu Mueller-Hinton, en présence de microbilles 3046797 27 magnétiques, de l'ordre de 5.105 à 2.107 par puits, ont été ajoutés et laissés pendant 30 minutes pour permettre la capture des bactéries par les anticorps et la décantation des microbilles magnétiques. La microplaque a été ensuite recouverte de 100111 de liquide de contraste 5 et placée 1 minute sur un bloc portant 96 mini-aimants disposés de telle sorte qu'ils soient centrés par rapport aux puits. La microplaque a été ensuite placée sur un scanner, piloté par le logiciel BFCE 3 et une image a été capturée. L'image est ensuite analysée et une valeur de BFI (BioFilm Index) tel que décrite dans Chavant et al. [10] a été 10 calculée. Une valeur de 0 correspond à un blocage total des microbilles alors qu'une valeur de 20, ou proche, correspond à une mobilité totale des billes. Toutes les valeurs intermédiaires sont possibles. Le plan de plaque a été défini comme suit : 15 La figure 1A correspond à l'image brute obtenue Coa:ift2: ' g/n111 i .,,: 10^8 5410esq 2,5*1G 7 :Iliî.é ::25410"7 - 6. 25*10e6 1; 34`10A6 1,56*1046 La figure 1B correspond à la représentation graphique de la 3046 79 7 28 condition de recouvrement des surfaces internes du contenant d'anticorps anti-Staphylococcus aureus à 64/ml, pour 2 conditions en réplicats (1 et 2). Tel que démontré sur cette figure, plus le nombre de bactérie présentes dans le milieu est grand, plus la mobilité des 5 particules est réduite. En d'autres termes, le blocage des billes est proportionnel au nombre de bactéries présentes dans le milieu. Coating Staph Starjb 6tglm1 (1) Sta.:Dh 6p_tgi I (2) 7ç a3 10 Nyl Figure 2 10 Exemple 2 : antibiogrammes selon le procédé de l'invention et comparaison par rapport aux procédés de l'état de la technique. La détermination de la Sensibilité ou de la Résistance des souches, sur la base de leur CMI, à différents antibiotiques a été établie selon le protocole standard du Comité de l'Antibiogramme de la Société 15 Française de Microbiologie (CA-SFM), en milieu Mueller-Hinton liquide par dilution de raison 2. Ce protocole est bien connu de l'homme de l'art et est décrit dans les Conditions techniques générales pour les méthodes de dilution (Bulletin de la Société Française de Microbiologie, 1993, 8, 156-66 [1] ; Clinical Microbiological Infection 1996, 2, Suppl. 1 20 [2]). Les mêmes valeurs ont été obtenues en milieu BHI liquide. La qualification de Sensible (S) ou Résistante (R) d'une souche est basée sur la position relative de la CMI déterminée par rapport au « breakpoint », valeur prenant en compte différents paramètres. Ainsi, pour un type de bactérie donné, et un antibiotique donné, une valeur de 25 breakpoint a été établie par des comités. Cette valeur de breakpoint sert de seuil : si la CMI de la souche testée est inférieure au breakpoint, 3046797 29 la bactérie est dite Sensible, c'est-à-dire une « faible » dose d'antibiotique suffit à inhiber sa croissance, si au contraire la CMI de la souche est supérieure au « breakpoint », la souche est dire Résistante. Pour certains antibiotiques, cette valeur n'est pas unique mais peut 5 s'étaler sur plusieurs concentrations. Dans cet exemple, 2 souches de S. aureus ont été choisies car présentant des profils de Sensibilité / Résistance opposés pour les 3 antibiotiques choisis. La souche A929 est fosfomycine (S), érythromycine (S) et Io rifampicine (R). La souche B198 est fosfomycine (R), érythromycine (R) et rifampicine (S). Les antibiotiques (érythromycine, référence E1300000 ; fosfomycine, référence F0400000 ; rifampicine, référence R0700000) 15 provenaient de EDQM (European Directorate for the Quality of Medicines and healthcare ; Conseil de l'Europe) et répondent aux critères de la pharmacopée européenne. Les bactéries ont été resuspendues dans un tube contenant 2m1 de milieu Mueller-Hinton liquide et laissées à pousser sous agitation 20 légère pendant 2h. Cette étape a pour but d'obtenir des bactéries en phase exponentielle de croissance et de standardiser leur croissance pendant les 2 heures en microplaque, en présence d'antibiotiques. Cette croissance, en présence d'antibiotiques a été réalisée dans des microplaques en polypropylène, à fond rond, de marque et référence 25 Nunc 054309, ce type de support étant préféré pour limiter l'adhésion des microorganismes à ce stade. Des microplaques polystyrène, à fond plat de marque et référence Costar 3370, ont été recouvertes avec des anticorps polyclonaux de lapin, anti-staphylococcus aureus, selon le procédé suivant. Une plaque 30 de polystyrène a été préalablement recouverte (« coatée ») avec des anticorps anti-staphylococcus aureus (Anti-Staphylococcus aureus de lapin, fraction IgG purifiée, Acris). Pour ce faire, la plaque a été incubée pendant une nuit, à 4°C, avec 200111/puits d'une sobtion d'anticorps à la concentration de 6µg/ml dans du tampon phosphate salin (PBS). La 3046797 30 plaque a été lavée 2 fois au laveur de plaque avec du PBS additionné de Tween-20 à 0,1% afin d'éliminer les anticorps non adsorbés sur le polystyrène. Après le dernier lavage, les puits ont été laissés vides. Une seconde plaque, non coatée, a servit de contrôle. 5 Dans d'autres microplaques en polypropylène, à fond rond, de marque et référence Nunc 054309, pour chacune des conditions testées, 40111 de solution d'antibiotique à une concentration 10X a été déposée. Les solutions déposées étaient 10 fois plus concentrées que la concentration finale recherchée car l'addition ensuite de 360111 de 10 milieu contenant les bactéries a pour effet de les diluer d'un facteur 10 (400/40). La concentration exprimée dans les résultats est la concentration finale, en présence des bactéries. Suite à l'addition des 40111 d'antibiotiques, 360111 de milieu MuellerHinton, contenant les microbilles à une concentration de l'ordre de 5.105 15 à 2.107 par puits ont été ajoutés. L'inoculum de départ des staphylocoques correspond à une mesure de DO à 600nm de 0,04, soit de l'ordre de 4.107 bactéries/ml. L'incubation à 37°C a lieu pendant 2h. Suite à l'incubation pendant 2h dans la microplaque Nunc 054309 20 en présence d'antibiotiques, 200111 du milieu réactionnel de chaque puits (milieu Mueller Hinton, bactéries, antibiotiques, microbilles magnétiques) ont été transférés dans les puits coatés de la microplaque Costa 3370 (et non coatés, en contrôle) et laissés pendant 30 minutes pour permettre la capture des bactéries par les anticorps et 25 la décantation des microbilles magnétiques. Les microplaques ont été ensuite recouvertes de 100111 de liquide de contraste et placées 1 minute sur un bloc portant 96 mini-aimants disposés de telle sorte qu'ils soient centrés par rapport aux puits. Les microplaques ont été ensuite placées sur un scanner, piloté par le 30 logiciel BFCE 3 et une image a été capturée. La lettre S définit la souche comme Sensible (CMI inférieure au breakpoint EUCAST) alors que la lettre R définit la souche comme Résistante (CMI supérieure au breakpoint EUCAST). Le schéma de plaque est le suivant : 3046797 31 Fosfomycine Erythromycine Rifampicine A929 B198 A929 B198 A929 B198 (S) (R) (S) (R) (R) (S) 128 16 8 64 8 4 [32] 4 2 16 [2] 1 8 [1] [0,5] 4 0,5 [0,25] 2 0,25 [0,125] 0 0 0 Les valeurs dans le tableau sont en pg/m1 (ou mg/1). La valeur du breakpoint est mentionnée en caractère gras entre crochets. 5 A partir de ce schéma de plaque, deux plaques A et B ont été établies. La plaque A a été recouverte avec les anticorps anti-S. aureus, ligand du microorganisme, alors que la plaque B ne l'a pas été. Ainsi, une plaque comprenait des contenants de culture comprenant à la surface de leurs parois interne un ligand du microorganisme (plaque 10 A) ou non (plaque B). Les résultats obtenus après application du champ magnétique sont représentés sur la figure 3 A et 3B. 3046797 32 Figure 3 Tel que représenté sur la figure 3B, en l'absence de ligand sur la 5 surface interne de la paroi du contenant de culture (condition contrôle), aucun blocage n'a pu être observé et un regroupement/agrégation des particules a été observé quelque soit les conditions d'incubations du microorganisme. Aussi, il apparait clairement que le ligand fixé sur la surface des parois internes du contenant est nécessaire pour la 10 détermination de la Sensibilité ou de la Résistance du microorganisme. Sur la figure 3 A, il apparaît que dans la colonne 1 (souche S) les microbilles ne sont pas bloquées à partir de la ligne C, donc au-dessus de la valeur du breakpoint, alors que dans la colonne 2 (souche R) les 3046797 33 microbilles sont mobiles uniquement dans la ligne A, à une concentration supérieure au breakpoint. De même, dans la colonne 3 (souche S), les microbilles sont mobiles dès la ligne F, alors qu'en colonne 4 (souche R), les microbilles 5 sont bloquées à toutes les concentrations d'érythromycine. En colonne 5 (souche R), les microbilles sont bloquées à toutes concentrations de rifampicine, alors qu'en colonne 6 (souche S), les microbilles sont mobiles dès la ligne G. Les résultats obtenus sont donc conformes et identiques à ceux 10 obtenus avec les procédés de l'état de la technique, en particulier les procédés de référence de détermination d'un antibiogramme. En outre, tel que démontré dans cet exemple, le procédé selon l'invention permet avantageusement d'obtenir un résultat fiable, conforme, sans mise en oeuvre de dispositif complexe. En outre, le 15 procédé selon l'invention permet de déterminer la sensibilité d'un microorganisme à un composé et de déterminer sa CMI dans un temps 3 à 4 fois inférieur au procédé connus, par exemple entre 3 et 5 heures. Le procédé selon l'invention, de part l'obtention rapide de la sensibilité ou de la résistance du microorganisme à une molécule, par 20 exemple un antibiotique, d'adapter rapidement et/ou de confirmer le traitement antibiotique d'un patient fournissant ainsi un réel avantage clinique, par exemple en gagnant 24 heures dans le traitement et son éventuel adaptation. 3046797 34 Liste de références Française de Microbiologie, 1993, 8, 156-66 ; 5 2. Clinical Microbiological Infection 1996, 2, Suppl. 1 ; 3. Recommandations du Comité d'Experts de la Standardisation biologique de l'OMS. Rapports techniques n° 610, 1977 ; Société Française de Microbiologie ; 10 5. WO 2005/090944 « Procédé et dispositif permettant de détecter la formation et le développement de biofilms dans un milieu de culture » 6. Romling U and Balsalobre C. Biofilm infections, their resilience to therapy and innovative treatment strategies. J Intern Med 2012, 15 272(6):541-561 7. Research on Announcement. http://grants.nih.gov/grants/guide/pa-files/PA-03-047.html. Accessed 2014 Sept 2.NIH 2002. 20 8. Olivares E, Badel-Berchoux S, Provot C, Jaulhac B, Prévost G, Bernardi T, Jehl F. The Biofilm Ring Testa a rapid method for the routine analysis of P. aeruginosa biofilm formation kinetics. J Clin Microbiol. 2015 Dec 30. pii: JCM.02938-15. [Epub ahead of print] 25 9. Microbiochimie et alimentation, Alain Branger, Educagri Editions, 2012 10. Chavant P, Gaillard-Martinie B, Talon R, Hébraud M, Bernardi T A new device for rapid evaluation of biofilm formation potential by bacteria.. J Microbiol Methods. 2007;68(3):605-12 1. la Société Conditions techniques générales. Bulletin de Recommandations 2010. Comité de l'Antibiogramme de 4. la Microbial Biofilms, NIH Parent Grant 2002. NIH website. Available: 30 REVENDICATIONS1. Procédé de détermination de la sensibilité d'un microorganisme à au moins un composé et/ou agent physique comprenant les étapes suivantes: a) introduire dans un contenant de culture comprenant à la surface de ces parois internes un ligand dudit microorganisme, un milieu de culture liquide de microorganisme comprenant i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables ii. au moins un microorganisme, et iii. au moins un composé et/ou agent physique lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables reposant sur une surface immergée par le milieu de culture dans ledit contenant, b) déterminer la sensibilité du microorganisme audit composé et/ou agent physique par application d'un champ magnétique capable d'agréger lesdites au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, l'absence d'agrégation desdites particules révélant l'insensibilité dudit microorganisme audit composé et/ou agent physique. 2. Procédé selon la revendication 1, ledit procédé comprenant avant l'étape a) les étapes suivantes: Al) introduction dans un contenant al de culture comprenant un milieu de culture liquide approprié au développement dudit microorganisme, i. au moins deux particules magnétiques ou magnétisables, ii. au moins un microorganisme permettant d'ensemencer ledit milieu, et iii. au moins un composé et/ou agent physique A2) maintenir le milieu de culture ensemencé et ladite au moins une molécule dans des conditions permettant un développement et/ou croissance dudit microorganisme, le milieu obtenu étant le milieu introduit dans le contenant de l'étape a). 3046797 36 3. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le ligand dudit microorganisme est choisi dans le groupe comprenant les anticorps, les peptides, les aptamères. 5 4. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le ligand est fixé à la surface des parois internes dudit contenant à une concentration de 0,1 à 20µg/ml 5. Procédé selon l'une quelconque des revendications 10 précédentes, dans lequel le ligand dudit microorganisme est choisi parmi un anticorps monoclonal, un anticorps polyclonal ou un mélange de ceux-ci. 6. Procédé selon la revendication 5, dans lequel la 15 concentration d'anticorps fixés est comprise de 0,5 à 7µg/ml. 7. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes dans lequel lesdites, au moins deux, particules sont soumises à un champ électromagnétique, éventuellement appliqué par 20 impulsion. 8. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdites, au moins deux, particules sont soumises à une augmentation progressive du champ 25 électromagnétique. 9. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel ledit champ magnétique est généré par des moyens générateurs de champ en mouvement. 10. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdites, au moins deux, particules sont éclairées au moyen d'une source lumineuse pour détecter son mouvement. 30 3046 79 7 37 11. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel lesdites particules, au moins deux, sont génératrices d'un signal. 5 12. Procédé selon la revendication précédente, dans lequel lesdites particules, au moins deux, sont excitables, fluorescentes ou phosphorescentes ou radioactives ou chimioluminescentes. 13. Procédé selon l'une quelconque des revendications 10 précédentes, dans lequel le procédé est réalisé avec une pluralité de particules de 2à 10 000 000 particules. 14. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes dans lequel l'antibiotique est choisi dans le groupe 15 comprenant l'acide fusidique, les aminosides, les béta-Lactamines, les pénicillines, des inhibiteurs le béta-lactamases, les céphalosporines, les carbapénèmes, les monobactames, la cyclosérine, la daptomycine, la fosfomycine, les lincosamides, les macrolides et kétolides, la mupirocine, les nitro-imidazolés, les nitrofuranes, les Oligosaccharides, 20 les oxazolidinones, les polypeptides : bacitracine, glycopeptides, polymyxines et colistine, les quinolones, les rifamycines, les sulfamides et les diaminopyridines, les synergistines, les tétracyclines, les antifongiques. 25 15. Procédé selon la revendication 1, dans lequel on utilise une pluralité de contenants comprenant à la surface de leurs parois internes un ligand dudit microorganisme comprenant chacun : - ledit milieu de culture, - lesdites, au moins deux particules, et 30 - ledit microorganisme, - ledit composé et/ou agent physique, lesdits contenants comprenant une concentration différente dudit composé et/ou agent physique et/ou un composé et/ou agent physique différent d'un contenants à l'autre. 35 3046797 38 16. Procédé selon la revendication 15, dans lequel on détermine grâce à la pluralité desdits contenants la concentration minimale de l'antibiotique pour ledit microorganisme. 5 17. Utilisation du procédé définie selon l'une quelconque des revendications 1 à 16 pour déterminer la concentration minimale inhibitrice d'un microorganisme d'un antibiotique.