Brevet FR3040224A1 — publié le 20170224

-1- PROCÉDÉ INFORMATIQUE POUR LA CRÉATION ET L'ACCÈS À UN DOSSIER MÉDICAL PERSONNEL INFORMATISÉ COMPRENANT DES DONNÉES GÉNOMIQUES ET METAGENOMIQUES UTILISANT UNE ARCHITECTURE RÉSEAU DISTRIBUÉE La présente invention concerne un procédé pour créer, stocker, accéder et mettre à jour des données médicales pour la constitution d'un dossier patient informatisé associé à des bases de données génomiques et métagénomiques, en utilisant une architecture réseau distribuée classique ou dans une architecture virtualisée dans des conteneurs informatiques. Aujourd'hui, la majorité des personnes physiques et/ou morales, institutions et entreprises dispose d'un système informatique afin de diffuser et de traiter les informations. Ce système peut être défini comme l'ensemble des ressources matérielles, logicielles, humaines, et des procédures qui favorisent la circulation de l'information entre utilisateurs. Bien souvent, le système informatique, qui comprend des machines reliées entre elles par un ou des réseaux de communication en soi connus dans l'art, joue un rôle clé dans notre quotidien. Dans le système de santé, un système informatique permet non seulement de transmettre et de recevoir des informations, mais également de fournir des services de santé beaucoup plus pertinents pour les patients, pour aller vers une médecine de plus en plus personnalisée. L'objectif de la médecine personnalisée est de proposer le bon traitement au bon moment pour le groupe adéquat de patients, et donc d'identifier et de comprendre les caractéristiques du patient et de sa maladie pour prescrire le traitement le plus efficace et/ou le mieux toléré. L'ensemble de ces informations influence l'évolution de la maladie et l'efficacité du traitement. Par ailleurs, l'amélioration de la coordination des soins entre ville et hôpital, l'encadrement du patient à la sortie de l'hôpital au cas par cas, permettent d'améliorer la reprise d'un emploi et d'une vie sociale normale après les soins. 30 3040224 - 2 - La médecine personnalisée est déjà une réalité dans certains hôpitaux et les progrès amorcés en génétique, en protéomique, en imagerie médicale, en thérapeutique, en considérant les aspects sociaux permettent d'accélérer la prise 5 en charge dans les années à venir. A terme, elle pourrait concerner tous les patients et systèmes grâce à la mise en place de bonnes pratiques en matière de diagnostic. Le but de la médecine personnalisée est d'améliorer la performance des soins, 10 d'éviter des traitements inutiles et d'améliorer la qualité de vie des patients. Par exemple, en oncologie, le séquençage à haut débit permet de séquencer l'intégralité du génome des cellules cancéreuses afin d'y trouver des mutations responsables de la tumeur. Cela permet de dresser une carte d'identité de la tumeur et d'analyser les mécanismes moléculaires en cause. L'objectif à terme est 15 de permettre aux médecins de disposer du profil génomique de chaque tumeur, de manière suffisamment fine, et de rapidement l'intégrer à leur décision thérapeutique ou encore à proposer à des patients des essais cliniques en vue de développer un traitement ciblé. 20 Depuis quelques années, la généralisation des études d'associations pangénomiques fait prendre conscience qu'une grande partie des maladies sporadiques pourraient être des entités génétiques à part entière. L'utilisation de méthodes informatiques à haut débit de plus en plus puissantes, pour de grands échantillons de données patient, a permis de mettre en évidence des gènes de 25 susceptibilité qui renvoient vers de nouvelles hypothèses pathologiques. La génomique actuelle utilise les informations obtenues depuis le séquençage complet du génome humain en 2003. La diversité du message génétique a révélé l'existence de variantes c'est-à-dire d'un changement du message génétique correspondant le plus souvent à la substitution d'une base par une autre à une localisation définie [1]. Ces variantes, dénommées SNP (pour Single Nucleotide Polymorphisms) sont bi-alléliques, c'est-à-dire que le changement du message est présent à l'état homozygote ou hétérozygote. Les fréquences des génotypes, par exemple pour un SNP donné : CC, ou CT ou TT, ou bien des allèles (ici C ou T) 3040224 - 3 - sont comparées ; et si un génotype ou un allèle est plus fréquemment observé chez les malades que chez les témoins, le SNP est considéré comme associé avec la maladie. Il existe plus de 14 millions de SNP dans le génome humain, dont environ 3 millions sont différents lorsque l'on compare la séquence génomique de deux s individus non apparentés pris au hasard. Parmi ces SNP environ 7 millions représentent un degré de polymorphisme assez fréquent puisque l'allèle mineur est présent chez plus de 5 % des individus. Le projet HapMap est un catalogue des variations génétiques les plus fréquentes 10 chez l'humain. Il décrit la nature des variantes, leur emplacement dans la séquence d'ADN et leur distribution au sein d'une population et entre des populations de différentes parties du monde. Le projet a comme objectif de fournir aux chercheurs l'information qui leur permettra d'établir des liens entre les variations génétiques et les risques de contracter certaines maladies. Ces recherches devront aboutir à de 15 nouvelles méthodes de prévention, de diagnostic et de traitement des maladies. L'arrivée des techniques de puces de génotypage en 2002, suivie des résultats du projet HapMap, ont permis d'identifier environ 500 000 blocs haplotypiques dans le génome humain dont chacun peut être détecté par ce que l'on dénomme un tag- 20 SNP. Ainsi, l'utilisation de puces interrogeant de 300000 à 500000 SNP fut rapidement disponible. De plus, en ciblant tous les tag-SNP on peut recueillir une information globale du degré de polymorphisme de l'ensemble du génome [2]. À partir de ces progrès, les scientifiques ont pu réaliser des études d'association sur l'ensemble de ces SNP, c'est-à-dire comparer la fréquence génotypique de chaque 25 variante entre une population témoin et une population atteinte d'une maladie. En 2005 fut ainsi publiée la première étude d'association utilisant un grand nombre de variantes génétiques et dénommée ainsi GWAS pour Genome-wide Association Study [3]. À la fin de l'année 2011, le catalogue international des études de GWAS répertoriait environ 5000 SNP associés à des pathologies diverses et issus 30 d'environ un millier de publications. Très rapidement, les statisticiens ont démontré l'intérêt d'augmenter la puissance des tests d'association en augmentant la taille des échantillons de patients étudiés [4]. En effet le seuil d'association utilisé pour chaque SNP (p REVENDICATIONS1. Procédé pour créer et accéder à un dossier patient informatisé, DPI, dans un réseau de communication (100) reliant un serveur central (110) à une pluralité de dispositifs (120) comprenant des ressources telles que des moyens de traitement (122) et de stockage (124) de données et des éléments de mémoire (126), caractérisé en ce que le dossier patient informatisé regroupe des données personnelles, génomiques et des données sur l'état de santé d'un patient, et en ce que le procédé comprend les étapes suivantes : - réception, par des moyens de réception du serveur central (110), d'une requête de création d'un nouveau dossier patient informatisé, la requête ayant son origine à un poste de travail (101) relié au serveur central; (10) - allocation, à l'aide de moyens de traitement du serveur central, d'un ensemble de ressources au nouveau dossier patient informatisé sous la forme d'une machine virtuelle comprenant une structure de données, les ressources de la machine virtuelle étant distribuées sur au moins un des dispositifs (120); (20) association, à l'aide de moyens de traitement du serveur central, d'une adresse virtuelle au nouveau dossier patient informatisé et enregistrement de ladite adresse dans une base de données DPI (130) à laquelle le serveur central (110) a accès ; (30) accord au poste de travail (101) d'un accès en écriture et/ou en lecture à ladite machine virtuelle via le serveur central (110) (40). Procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce que, suite à ladite étape de réception d'une requête (10), le serveur central (110) vérifie (15) l'existence du dossier patient informatisé faisant l'objet de la requête dans ladite base de données DPI (130) et accorde au poste travail (101) un accès en écriture et/ou en lecture à la machine virtuelle allouée au dossier patient informatisé en question, si une adresse virtuelle pour ledit dossier patient informatisé est trouvée dans ladite base de données DPI (130). 3040224 - 23 - 3. Procédé selon une des revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que l'étape d'accord d'un accès en écriture et/ou en lecture (40) est réalisée conditionnellement à la vérification (35) de données d'utilisateurs faisant partie de la requête, les données d'utilisateurs ayant un droit d'accès au 5 dossier patient informatisé faisant l'objet de la requête étant enregistrées dans une basse de données utilisateurs (140) à laquelle le serveur central (120) a accès. Procédé selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'un premier niveau 10 d'accès prédéterminé au dossier patient informatisé est accordé à un premier type d'utilisateur, et un deuxième niveau d'accès prédéterminé est accordé à un deuxième type d'utilisateur. 5. Procédé selon une des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que lors de la 15 création du dossier patient informatisé, des données génomiques, métagénomiques ou SNP (Single Nucleotid Polymorphism) relatives au patient faisant l'objet du dossier et enregistrées dans au moins une base de données (150) accessible par le réseau de communication (100), sont reliées au dossier patient informatisé. 20 6. Procédé selon une des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que les transmissions de données entre le poste de travail (101) et le serveur (110), entre le serveur et les dispositifs (120) ainsi que les machines virtuelles et les bases de données (130, 140), sont réalisées par des moyens de 25 communication sécurisés. 7 Procédé selon une des revendications 1 à 6, caractérisé en ce que l'étape d'accord au poste de travail d'un accès en écriture et/ou en lecture à ladite machine virtuelle (40) comprend la mise à disposition d'une interface 30 graphique au niveau du poste de travail, regroupant la totalité ou une partie des informations enregistrées dans le dossier patient informatisé. 3040224 -24- 8. Procédé selon une des revendications 1 à 7, caractérisé en ce que les ressources sont virtualisées en utilisant un conteneur informatique, notamment à l'aide de l'architecture logicielle DockerTM 5 9. Programme d'ordinateur comprenant des instructions de code de programme pour l'exécution des étapes du procédé selon une des revendications 1 à 8 lorsque ledit programme est exécuté sur un ordinateur. 10. Produit programme d'ordinateur comprenant des instructions de code de io programme enregistré sur un support utilisable dans un ordinateur, comprenant des moyens de programmation lisibles par ordinateur pour effectuer les étapes du procédé selon une des revendications 1 à 8.