Brevet FR3036119A1 — publié le 20161118

PROCEDE DE PRODUCTION DE PROTEINES D'INTERET A PARTIR D'UNE STRUCTURE VEGETALE L'invention concerne un procédé de production de protéines d'intérêt à partir d'une structure végétale. Les protéines sont des biopolymères d'acides aminés synthétisés par tous les organismes vivants. Elles sont impliquées dans pratiquement tous les aspects de la vie cellulaire. Les enzymes actionnent et régulent le métabolisme, les protéines structurales façonnent la cellule, les protéines de signalisation et les protéines récepteurs permettent d'intégrer les changements environnementaux de la cellule. Actuellement, les protéines sont largement utilisées non seulement à des fins industrielles (enzymes dans la lessive, additifs alimentaires, agents de blanchiment pour le papier...) mais également à des fins médicales (vaccins et allergènes, hormones, anticorps...). Avant le développement de la biologie moléculaire et des outils de la technologie de l'ADN recombinant, la seule source de protéines d'intérêt était l'organisme les produisant lui-même. Par exemple, l'insuline était auparavant purifiée à partir de porcs tandis que l'hormone de croissance humaine était extraite à partir de tissus de cadavres humains. Les principaux inconvénients de ces approches ont été la disponibilité limitée de la matière de départ et la faible teneur en protéine d'intérêt. En outre, le risque de contamination virale des protéines utilisées pour des applications médicales est resté élevé, surtout quand elles ont été extraites de tissus humains. Dans les années 80, la technologie de l'ADN recombinant a fourni des alternatives à ces problèmes en permettant la surproduction de protéines étrangères (protéines recombinantes) dans un organisme hôte donné. L'insuline animale a ainsi été la première protéine recombinante avec une application médicale à être produite dans la bactérie Escherichia coli. A l'heure actuelle, les cultures de cellules animales et d'E. cou sont les deux références pour la bioproduction de protéines recombinantes. Cependant, les bactéries sont incapables de produire des protéines glycosylées complexes et la culture de cellules animales est un processus assez coûteux qui ne peut exclure le risque de contamination par un virus de l'animal. Des systèmes de bioproduction alternatifs ont ainsi vu le jour au cours des deux dernières décennies, incluant les plantes qui sont considérées comme sûres (pas de risque viral), capables de produire des protéines complexes et bon marché en quantité. Le confinement des systèmes de bioproduction d'origine végétale (dans les serres pour la plante entière ou dans des bioréacteurs pour des cellules végétales) est 3036119 2 préférable à la culture de plantes en plein champ. Les racines chevelues sont un exemple d'un tel système de bioproduction confiné car elles peuvent facilement être cultivées dans des bioréacteurs et des clones transgéniques peuvent être obtenus pour n'importe quel gène d'intérêt. Ce système racinaire particulier est généré suite à l'infection de la cellule végétale 5 par Rhizobium rhizogenes qui transfère naturellement plusieurs gènes bactériens dans le génome de plante. R. rhizogenes est une bactérie tellurique pathogène des végétaux responsable d'une maladie appelée « hairy root disease ». Cette maladie se caractérise par l'apparition d'un chevelu racinaire au point d'infection par la bactérie. 10 La capacité à induire la maladie est liée à la présence dans la bactérie d'un plasmide de haut poids moléculaire (ca. 300 Kb) appelé plasmide Ri qui rend les bactéries virulentes. Le chevelu racinaire résulte du transfert et de l'expression de l'information génétique portée par un fragment du plasmide pathogène, appelé ADN-T (ADN de transfert) et délimité par deux zones appelée bordure droite (RB) et bordure gauche (LB), de la bactérie vers 15 le génome nucléaire de la cellule végétale. L'ADN-T de R. rhizogenes comporte en outre des gènes aux responsables de la synthèse de l'auxine, ainsi que des gènes dits roi. Il ne comporte aucun gène impliqué dans la synthèse de cytokinine. Après le transfert de cet ADN-T dans une cellule végétale, ces gènes vont détourner le métabolisme cellulaire pour forcer la cellule de la plante infectée (de tige, feuille 20 ...) à suivre un nouveau programme de développement et ainsi à produire massivement de l'auxine. Dès lors la balance hormonale auxine/cytokinine penche en faveur de l'auxine, induisant ainsi une rhizogénèse importante. Cette induction de la formation de racine mène à l'apparition d'un nouveau système racinaire sur le site de l'infection, les racines dites « chevelues », sorte d'amas de racines présentant un surdéveloppement de poils racinaires. 25 Les souches de R. rhizogenes peuvent être génétiquement modifiées afin d'effectuer le transfert d'un gène d'intérêt dans la cellule végétale (codant par exemple une protéine d'intérêt pharmaceutique) et ainsi produire la protéine d'intérêt par l'ensemble des racines chevelues transgéniques générées à partir de la cellule génétiquement modifiée. Il est à noter que Agrobacterium rhizogenes a été renommé Rhizobium rhizogenes suite à des 30 remaniements taxonomiques du genre Agrobacterium et de la famille des Rhizobiaceae. Rhizobium rhizogenes peut ainsi être identifié sous le nom d'Agrobacterium rhizogenes. 3036119 3 De nombreuses protéines hétérologues ont été produites dans des tissus de plantes cultivées in vitro. Une protéine hétérologue, également appelée protéine recombinante ou protéine d'intérêt, est une protéine qui n'est pas naturellement synthétisée par l'organisme qui la produit. Le 5 matériel génétique des cellules de cet organisme (bactéries, cellules végétales en culture, cellules animales en culture etc.) a été modifié par recombinaison génétique afin d'y introduire le gène codant la protéine hétérologue pour pouvoir faire exprimer cette protéine dans ledit organisme. Kittipongpatana et al. (1998) (Production of solasodine by hairy root, callus, and cell 10 suspension cultures of Solanum aviculare Forst, Pant Cell, Tissue and Organ culture 52 :133143, 1998) ont montré que des cultures de racines chevelues de Solanum aviculare, induites par Rhizobium rhizogenes, produisaient une quantité plus importante de solasodine, une protéine endogène de cette espèce, par rapport à des cals indifférenciés ou des cultures de cellules en suspension. 15 Hellwig et al. (2004) (Plant cell cultures for the production of recombinant proteins. Nature Biotechnology, 22:1415-1422) abordent l'utilisation de racines chevelues pour la production de protéines recombinantes et l'augmentation du rendement de cette production par une optimisation du milieu et des conditions de culture, et une optimisation de la purification des protéines recombinantes. 20 Dans la demande WO 2011/138233, déposée le 28.04.2011 par l'université de Picardie Jules Verne, les auteurs ont mis au point une méthode de production de protéines recombinantes à partir de racines chevelues transgéniques, obtenues par transformation de plants de la famille des Brassicaceae avec Rhizobium rhizogenes et/ou A. tumefaciens. Xu J. et al. (2012) (Green factory: Plants as bioproduction platforms for recombinant 25 proteins. Biotechnology Advances 30 :1171-1184), font état des différentes classes de protéines recombinantes pouvant être produites par les plantes, des différentes parties de plantes pouvant être utilisées pour la production de protéines recombinantes et de l'expression stable ou transitoires des protéines recombinantes. Zhang et al. (2014) (Induction and characterization of callus from Psammosilene tunicoides 30 hairy roots. Journal of Chemical and Pharmaceutical Research, 6:1394-1399) ont étudié la production d'une famille de protéines endogènes de Psammosilene tunicoides, les saponines, 3036119 4 et ont montré que des cals, obtenus par la dédifférenciation de racines chevelues cultivées dans un milieu MS supplémenté d'auxine 2,4-D, étaient capables de produire autant de saponines que des racines chevelues non dédifférenciées en cals, et une production quatre fois plus importante que des cals obtenus à partir d'autres organes végétaux (feuilles, fleurs...). 5 La présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt à partir d'émergences de racines latérales apparaissant sur des racines chevelues d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae, en milieu liquide contenantau moins une auxine , comprenant les étapes de : 10 a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol, afin d'obtenir les racines chevelues, et b) transformation de ladite plante avec un vecteur contenant une cassette d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt, les susdites étapes ayant lieu dans un premier milieu de culture, et 15 c) induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide constituant un deuxième milieu de culture liquide, et d) culture des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas, et 20 e) la sécrétion spontanée dans le milieu de la protéine d'intérêt au cours de la culture, et f) la récupération de la susdite protéine d'intérêt directement dans le deuxième milieu de culture liquide et g) optionnellement, la récupération de la susdite protéine d'intérêt accumulée 25 dans les tissus par broyage des racines chevelues. Les inventeurs ont découvert de manière surprenante que la culture de racines chevelues de plantes de la famille des Brassicaceae, obtenues suite à l'infection par R. rhizogenes, dans un milieu liquide contenant au moins une auxine induisait la disparition des poils racinaires et le 30 développement de structures particulières de forme conique qui sont désignés ci-après par l'expression « émergences de racines latérales » (ERL). Ces structures coniques se 3036119 5 développent le long des racines chevelues et présentent des caractères morphologiques qui les rendent notamment solidaires des racines sur lesquelles ils se développent, ce qui les différencient clairement des cals friables qui sont eux, sphériques, homogènes, sans cellules différenciées. 5 De manière encore plus surprenante, ils ont découvert que lesdites émergences de racines latérales étaient capables de produire des protéines d'intérêt en quantité plus importante que les racines chevelues conventionnelles, c'est-à-dire obtenues habituellement lors d'une infection par R. rhizogenes. En effet, ils ont constaté qu'une fluorescence importante, liée à la production de la protéine d'intérêt, était présente dans le milieu gélosé, ce qui suggérait 10 que la protéine diffusait facilement à partir des racines ainsi modifiées. Les caractéristiques morphologiques des émergences de racines latérales et leur utilisation pour la production d'une protéine d'intérêt constitue l'originalité de cette invention. La transformation par Rhizobium rhizogenes est une technique connue dans l'état de la technique. L'homme du métier est familier des différentes techniques couramment utilisées 15 pour la réalisation de ladite étape de transformation. Selon les espèces à transformer, les différentes parties de la plante peuvent être utilisés pour l'infection (hypocotyles, feuilles, etc.). Généralement, l'infection par R. rhizogenes est réalisée en appliquant un inoculum de R. rhizogenes sur les tissus végétaux qui ont été précédemment blessés. 20 Par Rhizobium rhizogenes on entend également Agrobacterium rhizogenes, ancienne appellation de cette espèce bactérienne avant remaniements taxonomiques du genre Agrobacterium et de la famille des Rhizobiaceae. Telle qu'utilisée ici, l'expression "plante appartenant à la famille des Brassicaceae" a le sens général utilisé dans l'état de la technique. Il englobe toute plante de la famille des 25 Brassicaceae anciennement connu comme nommée crucifères. Elle contient plus de 330 genres et environ 3700 espèces, selon les jardins botaniques royaux de Kew. Les plantes appartenant à la famille des Brassicaceae sont par exemple le choux, le navet, le colza, la moutarde, le raifort, le cresson, le radis, la roquette, le rutabaga. Les plus grands genres sont Draba (365 espèces), Cardamine (200 espèces, mais sa définition 30 est controversée), Erysimum (225 espèces), Lepidium (230 espèces) et Alyssum (195 espèces). Les genres bien connus sont par exemple Arabidopsis, Armoracia (genre du raifort), 3036119 6 Barbarea (genre du cresson de terre), Brassica (choux, moutarde, navet, chou-rave, colza, rutabaga), Crambe (crambe maritime ou chou marin), Eruca (roquette), Erysinum (giroflée), Raphanus (radis), Nasturtium, Wasabia (wasabi). Les espèces bien connues sont par exemple Brassica oleracea (chou, chou-fleur, etc.), 5 Brassica rapa (navet, chou chinois, etc.), Brassica napus (colza, etc.), Raphanus sativus (radis commun), Armoracia rusticana (raifort), Matthiola logipetala (giroflée odorante), Arabidopsis thaliana (organisme modèle en génétique). Telle qu'utilisée ici l'expression « protéine d'intérêt » correspond à toute protéine pouvant être produite par le procédé selon l'invention. La protéine d'intérêt peut être aussi bien une 10 protéine endogène à la plante, qu'une protéine hétérologue. Dans le cas où la protéine d'intérêt est une protéine endogène à la plante, c'est-à-dire naturellement produite par la plante, la plante de la famille des Brassicaceae modifiée par le procédé selon l'invention, surproduira et sécrétera ladite protéine endogène par rapport à une plante non modifiée. 15 Dans le cas, où la protéine d'intérêt est une protéine hétérologue, également dite protéine recombinante, la plante modifiée par le procédé selon l'invention produira une protéine habituellement non présente dans la plante appartenant à la famille des Brassicaceae. Cette protéine d'intérêt peut être toute protéine d'origine végétale ou animale, dont les protéines complexes en terme de structure tridimensionnelle, dont les protéines présentant des 20 ponts disulfures ou des associations de chaines ou des sites de glycosylation, en particulier des anticorps monoclonaux ou des enzymes ayant une fonction de type hydrolase, oxydoréductase, transférase, estérase ou des fonctions de transport comme par exemple des sulfatases impliquées dans des maladies rares ou des enzymes digestives. Le terme « auxine » utilisé ici désigne une hormone végétale, ou phytohormone, qui joue un 25 rôle majeur dans le contrôle de la croissance et du développement des plantes. Cette phytohormone intervient dès les premiers stades de l'embryogenèse puis contrôle aussi bien l'organisation du méristème apical (phyllotaxie) et la ramification des parties aériennes de la plante (dominance apicale), que la formation de la racine principale, l'initiation des racines latérales et des racines adventives (rhizogénèse). L'auxine intervient également dans les 30 tropismes en réponse à la gravité (gravitropisme) ou à la lumière (phototropisme). Ces 3036119 7 multiples effets à l'échelle de la plante résultent du contrôle qu'elle exerce sur la division cellulaire, l'élongation cellulaire et certaines étapes de différenciation. Il existe différents types d'auxine. L'expression «gènes rol» employée ici a le sens général connu de l'art antérieur. Elle fait 5 référence au groupe de gènes bactériens qui sont capables d'induire la formation de racines chevelues (Schmülling et ah, 1988; Boulgakov et ah, 2008). Typiquement, les gènes roi sont portés par un plasmide tel qu'un plasmide pRi endogène aux souches de R. rhizogenes. Tel qu'il est utilisé ici, le terme «cassette d'expression» a le sens général utilisé dans l'état de la technique. Elle se réfère à une construction d'acide nucléique qui, lorsqu'il est présent dans 10 une cellule donnée, dans des conditions appropriées, permet l'expression d'un gène d'intérêt. Selon la présente invention, ledit gène d'intérêt est le gène codant une protéine d'intérêt que l'on souhaite produire et collecter. La cassette d'expression comprend un promoteur, éventuellement une séquence codant un peptide signal, un polylinker, et un signal de polyadénylation, le tout dans un plasmide 15 vecteur. L'expression « sécrétion spontanée » dans le milieu de la protéine d'intérêt signifie que ladite protéine d'intérêt produite par les cellules végétales est sécrétée naturellement par l'organisme végétal dans son milieu de culture par son système de sécrétion par défaut, c'est-à-dire par la voie du réticulum endoplasmique et de l'appareil de Golgi. 20 Les protéines d'intérêt produites dans les racines peuvent être récupérées par broyage des tissus suivi d'une centrifugation pour éliminer la fraction insoluble. La protéine peut ensuite être purifiée de la fraction soluble par des techniques de chromatographie. Dans un mode de réalisation, le milieu de culture contenant ladite protéine d'intérêt est récupéré et est utilisé directement pour des applications futures. 25 Dans une variante de réalisation, la protéine d'intérêt est obtenue après une ou plusieurs étapes de purification. Typiquement, le milieu de culture peut d'abord être clarifié par filtration standard ou centrifugation à basse vitesse pour éliminer les débris cellulaires. La 30 protéine d'intérêt est ensuite soit précipitée en utilisant une haute concentration saline puis 3036119 8 dialysée, soit directement fixée sur une colonne de chromatographie d'affinité. La protéine d'intérêt concentrée peut alors être lyophilisé ou stockée dans un tampon de stockage approprié à basse température. Les protocoles adaptés à chaque protéine d'intérêt pouvant être obtenue selon l'invention, et 5 pour chaque type d'application envisagée, sont des techniques standard de l'état de la technique, et l'homme du métier sélectionnera facilement la ou les étape(s) de purification appropriée (s), pour l'application souhaitée. 10 Un avantage de la présente invention est de simplifier la récupération et le traitement en aval de la protéine d'intérêt. Un autre avantage est que la biomasse de racines n'est pas détruite par la récupération des protéines et une culture donnée peut être utilisée pour plusieurs cycles de production de ladite protéine d'intérêt. Contrairement aux plantes cultivées dans des lieux où les facteurs environnementaux (changements de température, sécheresse, attaques de 15 ravageurs, pesticides / utilisation d'herbicides ...) peuvent considérablement influer sur le niveau de production de la protéine d'intérêt, les conditions de culture des racines transgéniques dans des bioréacteurs sont contrôlées et standardisées, permettant ainsi une production homogène entre les différents lots. De plus, les racines ne produisent pas de pollen et ne peuvent pas survivre à l'extérieur du bioréacteur, ce qui élimine le risque de 20 dissémination du transgène dans l'environnement. Un autre avantage du procédé selon l'invention réside dans le fait que les lignées provenant de racines chevelues présentent une plus grande stabilité génétique que des lignées cellulaires ou des lignées de cals conventionnelles. Le développement d'émergences de racines latérales 25 ne sera induit par l'ajout d'hormones que pour la production de la protéine d'intérêt, contrairement aux lignées cellulaires ou aux lignées de cals qui doivent être maintenues continuellement sur un milieu riche en hormones, ce qui induit une instabilité génétique. Un autre avantage du procédé selon l'invention est la possibilité de produire des produits 30 biopharmaceutiques pour une délivrance par voie orale en utilisant des espèces de plantes qui fournissent des racines comestibles généralement trouvé dans le régime alimentaire humain / animal. Il n'est dans ce cas pas nécessaire de purifier la protéine d'intérêt. 3036119 9 L'utilisation d'espèces de plantes comestibles depuis plusieurs centaines d'années dans l'alimentation humaine / animale est une bonne indication de leur nature inoffensive contrairement au tabac, qui a été largement utilisée dans le passé pour ce type d'application, et qui appartient à la famille des Solanacées, dont certaines espèces sont bien connues pour leur 5 capacité à produire des composés potentiellement toxiques (alcaloïdes), tels que la nicotine. L'utilisation d'un système radiculaire de plante comestible pour la production de protéines d'intérêt thérapeutiques réduit ainsi les problèmes de sécurité sanitaire et alimentaire par rapport à la matière première de départ utilisée, avant la purification des protéines (pas de 10 virus animal). Ainsi, avantageusement, le procédé selon l'invention permet l'obtention de niveaux élevés de protéines d'intérêt, avec une purification réduite et de plus faibles coûts de traitement en aval. Il permet également l'obtention d'une nouvelle formulation de produits biopharmaceutiques à 15 délivrance par voie orale, réduisant les problèmes de sécurité pour la santé humaine et l'environnement. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt, à partir d'émergences de racines latérales apparaissant sur 20 des racines chevelues d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae, en milieu liquide contenant au moins une auxine , comprenant les étapes de : a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol, afin d'obtenir les racines chevelues, et b) transformation de ladite plante avec un vecteur contenant une cassette 25 d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt, et c) culture en milieu liquide des racines chevelues obtenues selon l'étape a) et b), les susdites étapes ayant lieu dans un premier milieu de culture, et d) induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide, constituant un deuxième milieu de culture liquide et 30 e) culture dans le deuxième milieu de culture liquide des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas, et f) la sécrétion spontanée dans le deuxième milieu de culture liquide de la protéine d'intérêt au cours de la culture, et 3036119 10 g) la récupération de la protéine d'intérêt directement dans le deuxième milieu de culture liquide, et h) optionnellement, la récupération de la susdite protéine d'intérêt accumulée dans les tissus par broyage des racines chevelues. 5 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit ci-dessus dans lequel la souche de Rhizobium est une souche de l'espèce Rhizobium rhizogenes. 10 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que précédemment ci-dessus dans lequel la souche de Rhizobium rhizogenes est choisie parmi les souches ATCC 25818, LBA 9402, A4T, A4, LBA1334, ATCC 11325, ATCC 15834 et LMG 155 et préférentiellement choisie parmi la souche ATCC 25818 ou la souche ICPB TR7. 15 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment dans lequel dans lequel les étapes a et b sont simultanées. 20 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel les étapes a et b sont simultanées, par transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol et une cassette d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt, afin d'obtenir les racines chevelues. 25 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt dans un milieu de culture liquide contenantau moins une auxine , à partir d'émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas apparaissant sur des racines chevelues d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae, comprenant les 30 étapes de : a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol et une cassette d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt afin d'obtenir les racines chevelues, et 3036119 11 b) culture en milieu liquide des racines chevelues obtenues selon l'étape a), les susdites étapes ayant lieu dans un premier milieu de culture, et c) induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide, constituant un deuxième milieu de culture 5 et d) culture dans le deuxième milieu de culture liquide des émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas apparaissant sur les susdites racines chevelues, et e) la sécrétion spontanée dans le deuxième milieu de culture liquide de la protéine d'intérêt au cours de la culture, et 10 optionnellement, la récupération de la susdite protéine d'intérêt exprimée par extraction des tissus et directement dans le deuxième milieu de culture liquide. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit ci-dessus, dans lequel l'étape a est effectuée 15 avant l'étape b. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'étape b est effectuée avant l'étape a. 20 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'étape d'induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide est effectuée par addition d'au moins une auxine dans le premier milieu de 25 culture liquide des racines chevelues, pour donner le deuxième milieu de culture liquide. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'étape d'induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine 30 en milieu liquide est effectuée par remplacement d'un premier milieu de culture des racines chevelues par un deuxième milieu de culture liquide contenant au moins une auxine. 3036119 12 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'étape de récupération de la susdite protéine d'intérêt exprimée est effectuée directement dans le deuxième milieu de culture après une sécrétion spontanée au cours de la culture et 5 optionnellement par broyage des tissus cultivés. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'auxine est choisie parmi : acide 2,4-dichlorophénoxyacétique (2,4-D), acide 3-indoleacétique (IAA), acide 10 indole-3-butyrique (IBA), acide 1-naphtalèneacétique (NAA), acide 2,4,5- trichlorophénoxyacétique (2,4,5-T), acide 2,3,5-triiodoacétique, acide 4- chlorophénoxyacétique, acide 2-naphtoxyacétique, acide 1-naphtylacétique, acide 4-amino3,5,6-trichloropicolinique, acides 3,6-dichloro-2-méthoxybenzoique (Dicamba) et leurs dérivées par modification radicalaire. 15 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'auxine 2,4-D est utilisée à une concentration de 0,01 à 10 mg/1, notamment de 0,2 à 1 mg/l. 20 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'auxine 2,4-D est utilisée à une concentration de 0,5 mg/l. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de 25 production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel l'auxine 2,4-D est utilisée à une concentration de 1 mg/l. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la plante 30 appartenant à la famille des Brassicaceae est choisie parmi les genres Arabidopsis, Armoracia, Barbarea, Brassica, Crambe, Eruca, Raphanus, Wasabia et Camelina. 3036119 13 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la plante appartenant à la famille des Brassicaceae est Brassica rapa ou Arabidopsis thaliana. 5 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la cassette d'expression comprend un peptide signal, ledit peptide signal étant préférentiellement placé en amont du gène codant la protéine d'intérêt. 10 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel ledit peptide signal est dérivé d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae et notamment est un peptide signal provenant de la pectine méthylestérase (PME) codée par le gène At1g69940 15 d' Arabidopsis thaliana ou un variant de celui-ci. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la cassette d'expression comprend un promoteur, un peptide signal, un gène codant ladite protéine 20 d'intérêt et une séquence de polyadénylation. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel ledit promoteur est un promoteur dérivé d'un virus infectant les plantes appartenant à la famille des Brassicaceae 25 et notamment le promoteur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV). Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel ledit promoteur peut être remplacé par un autre promoteur inductible par la chaleur ou un élément nutritif 30 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine produite est une 3036119 14 protéine non produite naturellement par le génome de la plante. Il s'agit alors d'une protéine dite d'intérêt. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de 5 production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est une protéine non produite naturellement par le génome de la plante avant la transformation génétique de ladite plante. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de 10 production de protéine tel que décrit précédemment pour une protéine d'intérêt, dans lequel la protéine est une protéine produite naturellement par le génome de la plante avant la transformation génétique de ladite plante mais à un niveau faible. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dont la modification post 15 traductionnelle de la protéine d'intérêt est une glycosylation ou une phosphorylation. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la séquence de la protéine a été modifiée par au moins une mutation du gène qui la code. 20 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est une protéine d'origine virale, notamment une protéine du virus de l'hépatite B référencée sous le numéro d'accession SwissProt P03141.3. 25 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est une protéine d'origine animale, notamment une protéine issue d'un mammifère, ledit mammifère étant choisi parmi les rongeurs, les félins, les canins et les primates. 30 3036119 15 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est une protéine d'origine humaine. 5 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est une protéine d'origine végétale, notamment les protéines glycosylées de plantes. 10 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine végétale est la lectine ou la papaïne. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de 15 production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est choisie parmi les allergènes, les vaccins, les enzymes, les inhibiteurs d'enzyme, les anticorps, les fragments d'anticorps, les antigènes, les toxines, les peptides anti-microbiens, les hormones, les facteurs de croissance, les protéines du sang, les récepteurs, les protéines de signalisation, les composants protéiques d'étalon biomédicaux, les composants protéiques de 20 milieu de culture cellulaire, les protéines de fusion ou marquées, les peptides ou protéines riches en cystéine. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine du sang 25 produite est l'albumine, les facteurs de la coagulation, les immunoglobulines ou la transferrine. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine est une 30 enzyme ayant une fonction de type hydrolase, oxydoréductase, transférase, estérase, ou des enzymes ayant une fonction de transport telle que la sulfatase, ou une enzyme digestive. 3036119 16 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est un anticorps monoclonal. 5 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt présente des sites de glycosylation. 10 L'expression « site de glycosylation » se rapporte à un acide aminé d'une protéine pouvant présenter une liaison covalente avec un glucide. Les glycosylations les plus communes sont la N-glycosylation et la 0-glycosylation. La N-glycosylation correspond à l'addition d'un oligosaccharide ayant à sa base un « N-acétyl-glucosamine » branché sur une asparagine (Asn) contenue dans la séquence Asn-Xaa-Ser/Thr d'une protéine, Xaa étant n'importe quel 15 acide aminé sauf Pro, Ser ou Thr. La 0-glycosylation correspond à l'addition de glucides au niveau des résidus -OH de certains acides aminés sérine et thréonine des protéines. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt présente des associations de chaines. 20 Une association de chaines nécessite soit la synthèse de deux polypeptides dans les racines suivie de leur association, soit la maturation d'une chaine par clivage dans la plante, suivie de l'association des deux chaines produites. 25 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel les protéines ou peptides produits sont riches en cystéine et contiennent au moins un pont disulfure. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de 30 production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est la lipase, la pepsine ou la trypsine. 3036119 17 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est la lipase gastrique humaine. 5 Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est une interleukine. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de 10 production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt est un interféron. Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a pour objet un procédé de production de protéine d'intérêt tel que décrit précédemment, dans lequel la protéine d'intérêt 15 est la GFP (Green Fluorescent Protein). Selon un mode de réalisation particulier, la présente invention a également pour objet une protéine d'intérêt telle qu'obtenue par le procédé précédemment décrit, ladite protéine d'intérêt étant choisie parmi les allergènes, les vaccins, les enzymes, les inhibiteurs d'enzyme, 20 les anticorps, les fragments d'anticorps, les antigènes, les toxines, les peptides anti- microbiens, les hormones, les facteurs de croissance, les protéines du sang, les récepteurs, les protéines de signalisation, les composants protéiques d'étalons biomédicaux, les composants protéiques de milieux de culture cellulaire, les protéines de fusion ou marquées, les peptides ou protéines riches en cystéine et particulièrement choisies parmi l'albumine, les facteurs de 25 la coagulation, les immunoglobulines, la transferrine, les sulfatases, les enzymes digestives, les anticorps monoclonaux, les lipases, en particulier la lipase gastrique humaine, la pepsine, la trypsine, les interleukines ou les interférons. 30 La présente invention a également pour objet un procédé de production d'émergence de racines latérales apparaissant sur des racines chevelues, en milieu liquide contenant au moins une auxine, comprenant les étapes de : 3036119 18 a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes roi, afin d'obtenir les racines chevelues, et b) induction d'émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide. 5 3036119 19 FIGURES Figure 1 : Organisation de l'ADN de transfert (T-DNA) du plasmide pRP49. LB : Bordure Gauche; RB : Bordure Droite. 5 Figure 2 : Morphologie de racines portant des émergences de racines latérales, trois semaines après l'induction hormonale par le 2,4-D. A. Racines en culture. B. Racines portant des émergences de racines latérales 10 Figure 3 : Vues en coupe longitudinale en microscopie optique. Coloration au bleu de toluidine A. Emergences de racines latérales se développant au niveau du péricycle d'une racine chevelue, deux semaines après induction par le 2,4-D. La flèche indique la zone corticale de la racine en déliquescence. 15 B. Emergence de racines latérales montrant des files de cellules (flèche) et une couche de cellules épidermiques (ép).. Figure 4: Vues en coupe transversale en microscopie optique. Coloration au bleu de toluidine 20 A. Racine chevelue. co, cortex; en, endoderme; ép, épiderme; pa, parenchyme; pé, péricycle; pr, poil racinaire; xy, xylème. B. Emergence de racines latérales. Figure 5: Racines chevelues produisant de la GFP observées au microscope optique. 25 A. En lumière visible. B. En lumière UV Figure 6: Emergences de racines latérales contenant la GFP observées en microscopie optique sous lumière UV. 30 Figure 7 : Concentration en GFP (en mg/1) dans le milieu de culture de racines chevelues (témoins), cultivées dans un milieu sans 2,4-D, et dans le milieu de culture de racines chevelues présentant des émergences de racines latérales, cultivées dans un milieu avec 2,4-D, 3036119 20 mesurée à 1 et 2 semaines après un premier renouvellement par un milieu identique neuf, puis à nouveau à 1 et 2 semaines après un second renouvellement par un milieu identique neuf. Figure 8 : Concentration en GFP (en mg/1) dans le milieu de culture de racines chevelues 5 après 21 jours de culture dans un milieu sans 2,4-D (barres grises 1 à 7) (7 répétitions), et dans un milieu de culture contenant de la 2,4-D à 1 mg/1 (barres noires, ERL1 àERL7) (7 répétitions) pour induire le développement d'émergences de racines latérales. Figure 9 : Organisation de l'ADN de transfert (T-DNA) du plasmide pRP16. LB : Bordure 10 Gauche; RB : Bordure Droite. Figure 10 : Western blot des clones sécrétant la lipase gastrique humaine Figure 11 : Activité de la lipase gastrique humaine (pmol/min) après 14 et 28 jours dans le 15 milieu de culture de racines chevelues cultivées dans un milieu sans 2,4-D (barres grises, RC) (3 répétitions), et dans le milieu de culture de racines chevelues cultivées dans un milieu avec 2,4-D (1 mg/1) pour induire le développement d'émergences de racines latérales (barres noires, ERL) (3 répétitions). 20 3036119 21 EXEMPLE 1 : Expression du gène gfp I. Matériel et Méthodes A. Plasmide binaire recombinant pour l'expression de 6XHis-eGFP 5 La séquence codant la GFP (Green Fluorescent Protein) a été clonée à partir du plasmide pEGFP (Clontech) et insérée dans les sites de restrictions NcoI et EcoRI de la cassette d'expression pPE45 (Huet et al., 2014), en phase avec la séquence codant le peptide signal du gène At1g69940 d'Arabidopsis thaliana et les 6 codons His. Le plasmide résultant, pRP47, a 10 été digéré par Asp718 et BglII et l'ensemble 35S-SP-His-egfp-polyAa été inséré dans les sites Asp718-BamHI du vecteur binaire pRD400 (Datla et al., 1992), donnant pRP49 (SEQ ID NO :1). Dans ce plasmide, l'expression du gène egfp est réalisée sous le contrôle du promoteur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV) dupliqué dans sa séquence activatrice et l'expression du gène nptll, conférant la résistance à la kanamycine, est réalisée 15 sous le contrôle du promoteur nos (nopaline synthase). Le plasmide résultant pRP49 ou pRD400-gfp a la séquence suivante prédite SEQ ID NO :1. La souche de Rhizobium rhizogenes TR7 a été transformée par électroporation avec le plasmide pRP49 (Figure 1). B. Production, sélection et mise en culture du clone 2M1 1. Espèces de plantes et culture in vitro Le tableau 1 ci-dessous indique les différentes familles et les espèces de plantes qui ont été testées pour la production de racines chevelues (résultats non montrés). 20 25 3036119 22 Tableau 1: Familles et espèces de plante testées pour la production de racines chevelues 5familles de plantes 17 espèces de plantes (abréviations) Apiaceae Daucus carota (TOIT) Asteraceae Lactuca sativa (BRU) Brassicaceae Raphanus sativus (CER), Raphanus sativus var. piger (NOI), Brassica Oleracea L. Convar (QUI), Brassica rapa rapa(VER) Chenopodiaceae Spinacia oleracea (MAT) Solanaceae Nicotiana tabacum (Nt) L'espèce Brassica rapa rapa (navet) étant l'espèce pour laquelle les meilleurs résultats de production de racines chevelues ont été obtenus, seule Brassica rapa rapa a été utilisée par la 5 suite pour la production de racines chevelues. Les graines ont été achetées chez Gondian (www.gondian.com). Leurs surfaces ont été stérilisées avec de l'éthanol à 70% pendant 5 min, puis avec de l'eau de javel à 7% pendant 10 min, et lavées 5 fois avec de l'eau stérile. Les graines ont été placées sur milieu solide Murashige et Skoog dilué au demi (MS/2) à pH 5,8 supplémenté de 10 saccharose à 1%. La germination et la croissance des semis ont été effectuées à 22°C avec une photopériode de 16h de lumière/8h d'obscurité. 2. Infection des plantes par R. rhizogenes 15 La souche TR7 (ATCC 25818) de R. rhizogenes provenant de la collection BCCMTM/LMG Laboratorium voor Microbiologie, Université de Gent, a été utilisée. R. rhizogenes a été cultivé dans un milieu liquide MGL (Mannitol, Glutamate, Levure) à pH 7,0 comprenant : 2,5 g/1 d'extrait de levure, 5 g/1 de tryptone, 5 g/1 de mannitol, 5 g/1 de NaCl, 20 1,16 g/1 de Na-glutamate, 0,25 g/1 de KH2PO4, 0,1 g/1 MgSO4, 1,0 mg/1 de biotine, 8 g/1 Agar, et éventuellement additionné de 50 mg/1 de kanamycine pour la sélection du plasmide binaire. 3036119 23 Des inocula ont été préparés à partir de 20 ml de culture bactérienne liquide cultivée sur la nuit à 25°C dans du milieu MGL. La suspension a été centrifugée pendant 5 min à 15 000 g et les cellules collectées ont été remises en suspension dans du milieu liquide MGL neuf de manière à obtenir une densité 5 optique de 1 ± 0,1 à 600 nm. L'infection des plants de Brassica rapa rapa a été réalisée en piquant des hypocotyles âgés de 3 à 10 jours, obtenus suite à la mise en culture des graines à l'étape B. 1, à l'aide d'une aiguille trempée dans la suspension bactérienne et en essuyant le surplus avec un coton-tige. 10 Le développement de racines chevelues au niveau de la zone blessée a été observé 7 à 10 jours après l'infection. 3. Sélection et culture de clones de racines chevelues exprimant la 6XHis- 15 eGFP Les racines chevelues se développant sur les hypocotyles infectés ont été découpées et placées individuellement sur un milieu de Murashige et Skoog à pH 5,8 contenant 3% de saccharose et 300 mg/L de céfotaxime (MS3cef). Après 7 à 10 jours, 40 pointes de racines chevelues 20 indépendantes (clones) ont été transférées sur un milieu liquide MS3cef où elles ont été cultivées pendant 2 à 4 semaines, à 23°C à l'obscurité Pour chaque clone, un fragment a été directement contrôlé en utilisant un microscope Nikon Eclipse 90i pour observer l'émission de fluorescence due à la présence de GFP. 25 Les images ont été prises à l'aide de la caméra Nikon Digital Sight DS-5Mc. Les 10 clones présentant le plus de fluorescence ont été sélectionnés pour être cultivés en milieu liquide. Pour initier les cultures en milieu liquide, un fragment d'environ 1 cm de chaque clone de 30 racine chevelue a été transféré dans une boite de Petri contenant 5 ml de milieu liquide Gamborg B5 (Duchefa) pH 5,8 additionné de 3% de saccharose et de 300 mg/1 de cefotaxime (B53 cef). Les fragments ont ensuite été cultivés pendant 10 jours à 23°C à l'obscurité en agitation à 56 RPM. 3036119 24 Les racines chevelues ont été ensuite successivement cultivées dans une fiole d'Erlenmeyer de 100 ml contenant 20 ml de B53cef pendant 3 semaines, puis dans une fiole d'Erlenmeyer de 250 ml contenant 100 ml de B53cef à nouveau pendant 3 semaines à 26°C sous une faible luminosité en agitation à 110 RPM. 5 Après ces étapes visant à éliminer les Rhizobium par l'utilisation de l'antibiotique cefotaxime, les conditions standards de culture ont été les suivantes : 100 ml de milieu liquide Gamborg B5 additionné de 3% de saccharose, pH 5,8 à 26°C sous une faible luminosité, sur un agitateur Gerhardt R020 à 110 rpm. Les différents clones de racines ont été repiqués toutes 10 les 3 semaines en utilisant 1 g de biomasse de racines pour 100 ml de milieu de culture liquide Gambord B5 additionnés de 3% de saccharose. Le clone de Brassica rapa rapa présentant les meilleures performances d'émission de fluorescence a été sélectionné et nommé clone 2M1. 15 C. Induction d'émergences de racines latérales sur des racines chevelues du clone 2M1 I. Induction d'émergences de racines latérales (ERL) 20 Pour modifier la morphologie des racines chevelues et empêcher le développement des poils racinaires, des racines du clone 2M1 produisant la GFP ont été cultivées pendant deux semaines en milieu liquide B53. Ce milieu de culture a ensuite été éliminé et remplacé par du milieu neuf B53 contenant de l'acide 2,4-dichlorophénoxyacétique (2,4-D), hormone de type auxine, à 0,5 mg/l. 25 De nombreuses structures coniques, nommées « émergences de racines latérales » (ERL) se sont alors développées sur les racines chevelues (figure 2A) au cours des 7 jours suivants. Les « émergences de racines latérales » se présentent sous la forme de boursouflures sur chaque racine (figure 2B). Ces émergences persistent par la suite sans autres modifications, c'est-à-dire que la présence d'auxine 2,4-D dans le milieu après l'apparition de ces émergences 30 latérales, empêche la différenciation de ces émergences en racines. 3036119 25 2. Observation en microscopie optique (comparaison lumière visible et Pour caractériser ces structures coniques ou « émergences de racines latérales » se développant sur les racines après induction hormonale, des coupes longitudinales (figure 3) et transversales (figure 4) ont été réalisées dans des racines chevelues témoins après 2 semaines 5 de culture en milieu B53 et dans des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales après 2 semaines de culture en milieu B53 additionné d'auxine 2,4-D. Les tissus ont été fixés dans de la p-formaldéhyde à 4% pendant une nuit à 4°C, déshydratés dans des bains d'éthanol de concentrations croissantes, puis inclus dans de la résine LR White. Des coupes de 0,5 à 1µm d'épaisseur ont été réalisées sur un microtome Leica 10 RM2265, colorées au bleu de toluidine et observées sur un microscope Nikon Eclipse 90i. Les images ont été obtenues à l'aide d'un appareil Nikon Digitak Sight DS-5Mc, en lumière visible ou en fluorescence pour localiser la GFP. 3. Quantification par fluorométrie de la 6XHis-eGFP libérée dans le milieu de 15 culture par des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales Pour la quantification de 6XHis-EGFP, du milieu de culture a été dilué 20x ou 40x dans un tampon tris à 50 mM et pH 7,5. La fluorescence de la solution a été mesurée dans le fluoromètre BioRad VersaFluor TM (filtre d'excitation 485-495 nm ; filtre d'émission 505-515 20 nm). La calibration du fluoromètre a été réalisée à l'aide de la 6XHis-EGFP recombinante disponible dans le commerce (BioVision) à une concentration de 10 mg/l. II. Résultats 25 1. Observations microscopiques L'observation en lumière visible des coupes de racines chevelues témoins, c'est-à-dire obtenues dans du milieu de culture sans 2,4-D, fait apparaître les tissus typiques des racines de dicotylédones, à partir de la périphérie: une couche de cellules épidermiques, une zone de cortex, une couche de cellules endodermiques, un péricycle et un cylindre central contenant 30 les faisceaux conducteurs dans du parenchyme (figure 4A). 3036119 26 L'organisation des racines chevelues, obtenues après culture en présence d'auxine 2,4-D, est très différente. La zone corticale a entièrement dégénéré et des boursouflures sont observées au niveau du péricycle. Ces renflements semblent être à l'origine des structures coniques, émergences de racines latérales, se développant sur les racines chevelues. 5 Les coupes longitudinales (figures 3A et 3B) et transversales (figure 4B) réalisées dans ces structures coniques montrent des tissus hétérogènes dont certains rappellent ceux présents dans les racines: couche de cellules épidermiques, ébauche de cylindre central contenant des cellules plus denses (figure 4B). Le développement de ces structures n'est pas anarchique: des files de cellules sont observées (figure 3A), indication de divisions cellulaires orientées 10 comme c'est le cas dans des pointes racinaires. Il s'agit donc d'émergences de racines latérales à partir de certaines cellules du péricycle (figure 3A). Ces caractères morphologiques différentient clairement ces structures coniques ou émergences de racines latérales, des cals friables qui sont eux, sphériques, homogènes, sans cellules différenciées (Ikeuchi et al (2013) « Plant Callus: Mechanisms of Induction and 15 Repression » Plant Cell 25 :3159-3173). L'observation microscopique en lumière visible permet de montrer que la transformation de cellules de plantes par R. rhizogenes résulte en la production de racines très ramifiées présentant d'innombrables poils racinaires et ainsi nommées racines chevelues témoins (figure 5A). 20 Des observations au microscope en épi-fluorescence de racines chevelues témoins exprimant la GFP ont montré que les poils racinaires, bien qu'occupant un grand volume, ne produisaient pas ou peu de protéine (figure 5B). D'autre part, les mêmes observations au microscope ont montré d'une part que les cellules des racines âgées de 4 semaines contenaient peu de GFP et d'autre part, que la GFP se retrouvait essentiellement au niveau 25 du cylindre central (figure 5B). Cette observation laisse supposer qu'il y aurait moins de production et moins de diffusion dans le milieu des protéines d'intérêt lorsqu'elles sont produites par des racines âgées. A contrario, l'observation des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales au microscope à épi-fluorescence a révélé une fluorescence importante (figure 6). 30 3036119 27 2. Quantification de la sécrétion de la GFP a. Test 1 Après deux semaines de culture de racines chevelues du clone 2M1 en milieu liquide B53, ce 5 milieu a été remplacé par du milieu B53 neuf contenant de l'auxine 2,4-D à 0,5 mg/1, afin d'induire le développement des émergences de racines latérales. Les racines chevelues du clone 2M1 ont ainsi été cultivées dans des boites de Petri contenant 5 ml de milieu B53 additionné de 2,4-D, à 23°C et sous une agitation de 56 rpm. La GFP sécrétée dans le milieu de culture par les racines chevelues présentant des 10 émergences de racines latérales, a été quantifiée (10 répétitions) à une et deux semaines après l'ajout d'auxine 2,4-D à 0,5mg,/1 (tableau 2). Tableau 2: Quantification de la GFP en mg/1 dans le milieu de culture d'émergences de racines latérales à 1 et 2 semaines après le remplacement du milieu de culture B53 par un 15 milieu de culture B53 additionné d'auxine 2,4-D. Boite de Pétri 1 semaine après B53 + 2 semaines après B53 + (5mL B53) 2,4-D 2,4-D 1 57 190 2 58 185 3 55 167 4 48 144 5 49 152 6 51 158 7 49 159 8 59 169 9 47 153 10 50 161 Moyennes clones 52 164 Intervalle de confiance 3,2 10,3 (p=0.95) 3036119 28 Des racines chevelues du clone 2M1 ont été cultivées (9 répétitions) dans les mêmes conditions avec un changement du milieu B53 par du milieu B53 neuf mais sans ajout d'auxine après les deux premières semaines de culture, afin de constituer des lots de racines chevelues témoins. 5 La GFP sécrétée dans le milieu de culture par les racines chevelues conventionnelles (témoins) a été quantifiée une et deux semaines après le remplacement par du milieu B53 neuf sans 2,4-D (Tableau 3). Tableau 3: Quantifications de la GFP (en mg/1) dans le milieu de culture de racines 10 chevelues témoins à une et deux semaines après le remplacement du milieu de culture B53 par un milieu de culture B53 neuf (9 répétions). 1 semaine après 2 semaines après changement de milieu changement de milieu B53 B53 1 48 123 2 50 150 3 58 146 4 46 159 5 36 168 6 40 161 7 32 153 8 25 128 9 22 143 Moyennes 40 148 Intervalle de confiance 9,2 11,5 La concentration en GFP dans le milieu de culture des racines chevelues du clone 2M1, deux semaines après l'ajout d'auxine 2,4-D était de 164 ± 10,3 mg/1 (n=10). 15 La concentration en GFP dans le milieu de culture des racines chevelues témoins du clone 2M1, deux semaines après le remplacement du milieu B53 par du milieu B53 neuf, était de 3036119 29 148 ± 11,5 mg/1 (n=9). Cette production par les racines supérieure à ce qui a été publié (-120 mg/1 ; Huet et al., 2014) est due au renouvellement du milieu après deux semaines de culture. La comparaison par un test de Student des résultats obtenus pour les racines chevelues du 5 clone 2M1 cultivées en présence de 2,4-D, et présentant alors des émergences de racines latérales, par rapport à ceux obtenus pour les racines chevelues témoins, font apparaître une différence significative (p REVENDICATIONS1. Procédé de production de protéine d'intérêt à partir d'émergences de racines latérales apparaissant sur des racines chevelues d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae, en milieu liquide contenant au moins une auxine, comprenant les étapes de : a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol, afin d'obtenir les racines chevelues, et b) transformation de ladite plante avec un vecteur contenant une cassette d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt, les susdites étapes ayant lieu dans un premier milieu de culture, et c) induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide constituant un deuxième milieu de culture liquide, et d) culture des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas, et e) la récupération de la susdite protéine d'intérêt directement dans le deuxième milieu de culture liquide et f) optionnellement, la récupération de la susdite protéine d'intérêt accumulée dans les tissus par broyage des racines chevelues. 2. Procédé de production de protéine d'intérêt, à partir d'émergences de racines latérales apparaissant sur des racines chevelues d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae, en milieu liquide contenant au moins une auxine, selon la revendication 1, comprenant les étapes de : a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol, afin d'obtenir les racines chevelues, et b) transformation de ladite plante avec un vecteur contenant une cassette d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt, et c) culture en milieu liquide des racines chevelues obtenues selon l'étape a) et b), les susdites étapes ayant lieu dans un premier milieu de culture, et 37 3036119 d) induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide, constituant un deuxième milieu de culture liquide et e) culture dans le deuxième milieu de culture liquide des racines chevelues présentant des émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas, et f) la récupération de la protéine d'intérêt directement dans le deuxième milieu de culture liquide, et g) optionnellement, la récupération de la susdite protéine d'intérêt accumulée dans les tissus par broyage des racines chevelues. 3. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 ou 2, dans lequel la souche de Rhizobium est une souche de l'espèce Rhizobium rhizogenes, notamment dans lequel ladite souche de R. rhizogenes est choisie parmi les souches ATCC 25818, ICPB TR7, LBA 9402, A4T, A4, LBA1334, ATCC 11325, ATCC 15834 et LMG 155 et est préférentiellement choisi parmi la souche ATCC 25818 ou la souche ICPB TR7. 4. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 3, dans un milieu de culture liquide contenant au moins une auxine, à partir d'émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas apparaissant sur des racines chevelues d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae, comprenant les étapes de : a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol et une cassette d'expression comprenant un gène codant ladite protéine d'intérêt afin d'obtenir les racines chevelues, et b) culture en milieu liquide des racines chevelues obtenues selon l'étape a), les susdites étapes ayant lieu dans un premier milieu de culture, et c) induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide, constituant un deuxième milieu de culture et d) culture dans le deuxième milieu de culture liquide des émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas apparaissant sur les susdites racines chevelues, et 38 3036119 e) optionnellement, la récupération de la susdite protéine d'intérêt exprimée par extraction des tissus et directement dans le deuxième milieu de culture liquide. 5. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel l'étape d'induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide est effectuée par addition d'au moins une auxine dans le premier milieu de culture liquide des racines chevelues, pour donner le deuxième milieu de culture liquide. 6. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel l'étape d'induction d'émergences de racines latérales sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide est effectuée par remplacement d'un premier milieu de culture des racines chevelues par un deuxième milieu de culture liquide contenant au moins une auxine. 7. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 6, dans lequel l'étape de récupération de la susdite protéine d'intérêt exprimée est effectuée directement dans le deuxième milieu de culture après une sécrétion spontanée au cours de la culture et optionnellement par broyage des tissus cultivés. 8. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 7, dans lequel l'auxine est choisie parmi :acide 2,4-dichlorophénoxyacétique (2,4-D), acide 3- indoleacétique (IAA), acide indole-3-butyrique (IBA), acide 1-naphtalèneacétique (NAA), acide 2,4,5-trichlorophénoxyacétique (2,4,5-T), acide 2,3,5-triiodoacétique, acide 4- chlorophénoxyacétique, acide 2-naphtoxyacétique, acide 1-naphtylacétique, acide 4-amino3,5,6-trichloropicolinique, acides 3,6-dichloro-2-méthoxybenzoique (Dicamba) et leurs dérivées par modification radicalaire. 9. Procédé de production de protéine d'intérêt selon la revendication 8, dans lequel l'auxine 2,4-D est utilisée à une concentration de 0,01 à 10 mg/1, notamment de 0,2 à 1 mg/1, notamment 0,5 mg/1, notamment 1 mg/1. 39 3036119 10. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 9, dans lequel la plante appartenant à la famille des Brassicaceae est choisie parmi les genres Arabidopsis, Armoracia, Barbarea, Brassica, Crambe, Eruca, Raphanus, Wasabia et Camelina. 11. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 10, dans lequel la plante appartenant à la famille des Brassicaceae est Brassica rapa ou Arabidopsis thaliana. 12. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 11, dans lequel la protéine d'intérêt est une protéine d'origine virale, notamment une protéine du virus de l'Hépatite B référencée sous le numéro d'accession SwissProt P03141.3, ou une protéine d'origine animale, notamment issue d'un mammifère, ledit mammifère étant choisi parmi les rongeurs, les félins, les canins et les primates, ou une protéine d'origine humaine, ou une protéine d'origine végétale, notamment les protéines glycosylées de plantes, la lectine ou la papaïne. 13. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 12, dans lequel la protéine d'intérêt est choisie parmi les allergènes, les vaccins, les enzymes, les inhibiteurs d'enzyme, les anticorps, les fragments d'anticorps, les antigènes, les toxines, les peptides antimicrobiens, les hormones, les facteurs de croissance, les protéines du sang, les récepteurs, les protéines de signalisation, les composants protéiques d'étalon biomédicaux, les composants protéiques de milieu de culture cellulaire, les protéines de fusion ou marquées, les peptides ou protéines riches en cystéine. 14. Procédé de production de protéine d'intérêt selon l'une des revendications 1 à 13, dans lequel la protéine d'intérêt est la lipase gastrique humaine. 15. Procédé de production d'émergence de racines latérales apparaissant sur des racines chevelues, en milieu liquide contenant au moins une auxine, comprenant les étapes de : a) transformation d'une plante appartenant à la famille des Brassicaceae avec une souche de Rhizobium comprenant les gènes rol, afin d'obtenir les racines chevelues, et b) induction d'émergences de racines latérales qui ne s'allongent pas sur les racines chevelues en présence d'au moins une auxine en milieu liquide.