Brevet FR3035317A1 — publié le 20161028

Dispositif de prélèvement de micro-organismes, kit de prélèvement comprenant un tel dispositif et procédé de prélèvement mettant en oeuvre un tel dispositif L'invention se rapporte à un dispositif de prélèvement de micro-organismes, à un 5 kit de prélèvement comprenant un tel dispositif et à un procédé de prélèvement mettant en oeuvre un tel dispositif. L'invention s'applique notamment au prélèvement de microbiote intestinal humain par exemple pour traiter les dysbioses intestinales, telles que les infections à Clostridium difficile, par transplantation du microbiote intestinal. 10 Le microbiote intestinal est constitué par l'ensemble des micro-organismes (bactéries, levures et champignons) qui se trouvent dans le système gastro-intestinal humain (intestin, estomac et selles). La diversité microbienne est estimée à l'heure actuelle à environ 103 espèces bactériennes composant le microbiote intestinal dominant d'un individu adulte, avec une abondance de 1014 bactéries, représentant un métagénome 15 bactérien de 200 000 à 800 000 gènes chez chaque individu, soit 10 à 50 fois le nombre de gènes du génome humain. Stérile in utero, l'intestin se colonise dès les premiers jours de vie jusqu'à évoluer vers un microbiote individuel unique. Chaque personne possède des bactéries relativement proches en termes d'espèces mais la composition exacte de son microbiote (espèces, 20 proportions) est pour une large part (environ % des espèces) spécifique de l'hôte. Ainsi, le microbiote intestinal humain est un écosystème très diversifié, complexe et spécifique de chaque individu. Il est essentiel pour la santé d'un individu de maintenir un microbiote stable qui est à la fois capable de revenir à son état initial après un changement et résistant à l'invasion. 25 Le maintien d'une grande diversité du microbiote favorise sa stabilité. Cependant, certaines pathologies ou traitements déséquilibrent le microbiote : par exemple, les antibiotiques ainsi que les maladies à composante inflammatoire, telles que la maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI), peuvent limiter la diversité du microbiote dans l'intestin. Les traitements antibiotiques (ou antibiothérapie), notamment, 30 résultent en une altération du microbiote, ce qui peut favoriser la prolifération d'organismes pathogènes comme Clostridium difficile. Les infections à Clostridium difficile sont responsables de la diarrhée nosocomiale ; cette bactérie est résistante à l'antibiothérapie classique (à spectre large, tels que vancomycine et métronidazole). 3035317 2 Afin de rétablir la flore intestinale et lutter contre les infections de type Clostridium difficile, et ainsi rétablir l'homéostasie (i.e. la symbiose), une transplantation de microbiote fécal est envisagée et testée. Elle consiste en l'introduction des selles d'un sujet donneur sain dans le tube digestif d'un patient receveur, afin de rééquilibrer la flore intestinale altérée de l'hôte. Cette transplantation de microbiote fécal peut être allogénique (c'est-à- dire d'un individu donneur sain vers un patient) ou autologue (c'est-à-dire d'un individu vers lui-même). Les résultats obtenus sur les infections de type Clostridium difficile sont encourageants, et certains patients ont été traités avec succès (Tauxe et al, Lab Medicine, Winter 2015, volume 46, Number 1). Préalablement à la réalisation d'une telle transplantation, le microbiote est généralement prélevé chez le sujet donneur sain par l'intermédiaire d'un dispositif de prélèvement du type comprenant : - un conteneur comprenant un corps qui comporte un espace intérieur adapté pour recevoir la matière biologique, et un col qui délimite une ouverture d'accès à l'espace intérieur du corps, - un couvercle adapté pour être monté de manière amovible et étanche sur le col du conteneur de manière à obturer l'ouverture d'accès du col et à fermer l'espace intérieur du corps. Avec un dispositif de prélèvement connu de ce type, après avoir collecté la matière 20 biologique, le conteneur est fermé par le couvercle avant d'être à nouveau ouvert pour mettre la matière biologique en suspension en mélangeant la matière biologique collectée avec un fluide diluant dans un mixeur. Toutefois, le dispositif de prélèvement connu n'offre pas les conditions permettant d'assurer une préservation satisfaisante des bactéries du microbiote et, tout 25 particulièrement des bactéries anaérobies, composants majoritaires du microbiote intestinal. En outre, le dispositif de prélèvement connu ne permet pas de réaliser les manipulations nécessaires au prélèvement du microbiote de manière sécurisée, l'opérateur réalisant les manipulations risquant d'entrer en contact avec la matière biologique. L'invention vise à pallier les problèmes évoqués ci-dessus. 30 A cet effet, l'invention propose un dispositif de prélèvement du type précité dans lequel le corps du conteneur est constitué d'une poche souple, et dans lequel au moins l'un parmi le conteneur et le couvercle est pourvu d'au moins un organe de transfert comportant intérieurement un passage entre l'espace intérieur et un environnement extérieur, l'organe de transfert présentant un état ouvert dans lequel ledit organe de transfert établit une 3035317 3 communication avec l'espace intérieur au travers du passage, et un état fermé dans lequel ledit organe de transfert empêche toute communication avec l'espace intérieur au travers du passage, ledit au moins un organe de transfert comprenant un organe d'évacuation adapté pour, dans l'état ouvert, évacuer au moins une partie des gaz contenus dans l'espace 5 intérieur du corps du conteneur. Ainsi, l'invention permet d'obtenir de manière simple et sécurisée des conditions optimales de préservation des micro-organismes et en particulier du microbiote. En particulier, l'invention permet de réaliser une mise en anaérobiose pour évacuer l'oxygène et conserver les bactéries anaérobies sensibles à l'oxygène. Les bactéries maintenues dans 10 un système clos peuvent être conservées dans ces conditions d'anaérobiose en étant isolées des contaminants extérieurs. De plus, cette mise en anaérobiose ainsi que la mise en suspension ultérieure de la matière biologique peuvent être réalisées en comprimant le corps du conteneur, sans avoir recours à un mixeur, de manière à augmenter la viabilité des bactéries. En outre, les manipulations peuvent être réalisées avec le conteneur fermé par le 15 couvercle et donc sans risque de contact direct avec la matière biologique pour l'opérateur. Pour éviter la dissémination des germes et donc garantir la sécurité du manipulateur, l'organe d'évacuation peut comprendre une membrane de filtration microporeuse disposée dans le passage. Ledit au moins un organe de transfert peut comprendre un port de connexion ménagé au travers de l'un parmi le conteneur et le couvercle et comportant intérieurement au moins une partie du passage, et un élément d'obturation déplaçable par rapport au port de connexion entre une position d'obturation, dans laquelle ledit élément d'obturation empêche toute communication au travers du passage, et une position de libération dans laquelle ledit élément d'obturation autorise la communication au travers du passage. L'élément d'obturation peut être monté dans le passage du port de connexion, l'élément d'obturation étant sollicité vers la position d'obturation et étant déplaçable vers la position de libération. Ces dispositions permettent de réaliser de manière simple une connexion sans perçage, amovible et étanche autorisant, le cas échéant, une communication bidirectionnelle tout en maintenant l'espace intérieur parfaitement clos tant que l'élément d'obturation n'est pas déplacé par une action positive vers la position de libération. Ledit au moins un organe de transfert peut comprendre au moins un tube s'étendant depuis le port de connexion et comportant intérieurement une partie du passage. 3035317 4 Ledit au moins un organe de transfert peut comprendre au moins une vanne montée sur le tube, la vanne étant déplaçable entre une position fermée, dans laquelle ladite vanne empêche toute communication au travers du passage, et une position ouverte dans laquelle ladite vanne autorise la communication au travers du passage. 5 Lorsque l'élément d'obturation est monté dans le passage du port de connexion, le tube peut comporter un port de connexion complémentaire pourvu d'un élément de libération et adapté pour être connecté de manière amovible au port de connexion de telle manière que l'élément de libération déplace l'élément d'obturation vers la position de libération. 10 Le couvercle peut comporter une partie d'appui présentant une rigidité d'ensemble et agencée pour permettre de presser le corps du conteneur contre ladite partie d'appui lorsque le couvercle est monté sur le col du conteneur. L'organe d'évacuation peut être ménagé dans la partie d'appui du couvercle. Le dispositif de prélèvement peut comprendre en outre un filtre solidarisé au 15 conteneur de manière à définir, dans l'espace intérieur, un compartiment supérieur dans lequel débouche l'ouverture d'accès, et un compartiment inférieur, le filtre présentant des pores compris entre 0,1 mm et 1,5 mm. Afin d'éviter une occlusion du passage par un corps solide contenu dans la matière biologique ou un prélèvement d'un tel corps solide avec les micro-organismes, ledit au 20 moins un organe de transfert peut être prévu dans le compartiment inférieur, en aval du filtre par rapport à l'ouverture d'accès. Selon un deuxième aspect, l'invention concerne un kit de prélèvement comprenant : - un dispositif de prélèvement tel que défini précédemment, et - au moins un dispositif annexe choisi parmi un dispositif d'alimentation adapté 25 pour alimenter l'espace intérieur en fluide, et un dispositif de réception adapté pour recevoir un fluide contenu dans l'espace intérieur, le dispositif annexe étant notamment choisi parmi un réservoir de fluide diluant, un tube d'analyse, une tubulure de distribution et une poche de recueil de micro-organismes. Le kit de prélèvement permet notamment de prélever et de conditionner les micro-30 organismes sous forme d'inoculum prêt à l'emploi. Lorsque l'organe de transfert du dispositif de prélèvement comprend un élément d'obturation monté dans le passage d'un port de connexion, le dispositif annexe peut comporter un port de connexion complémentaire pourvu d'un élément de libération et 3035317 5 adapté pour être connecté de manière amovible au port de connexion de telle manière que l'élément de libération déplace l'élément d'obturation vers la position de libération. Selon un troisième aspect, l'invention concerne un procédé de prélèvement de micro-organismes contenus dans une matière biologique mettant en oeuvre le dispositif de 5 prélèvement tel que défini précédemment, le procédé de prélèvement comprenant les étapes consistant à: - collecter la matière biologique dans l'espace intérieur du corps du conteneur, et fermer l'espace intérieur en montant le couvercle sur le col du conteneur, - mettre l'espace intérieur du corps du conteneur en anaérobiose en comprimant le 10 corps du conteneur de manière à évacuer au moins une partie des gaz contenus dans l'espace intérieur du corps du conteneur par l'intermédiaire de l'organe d'évacuation dans l'état ouvert. Le procédé de prélèvement peut comprendre en outre l'étape consistant à mettre en suspension la matière biologique en introduisant un fluide diluant dans l'espace intérieur 15 du corps du conteneur par l'intermédiaire dudit au moins un organe de transfert dans l'état ouvert, et en mélangeant la matière biologique et le fluide diluant par pression sur le corps du conteneur. Le procédé de prélèvement peut comprendre en outre l'étape consistant à prélever les micro-organismes en recueillant au moins une partie de la matière biologique mise en 20 suspension par l'intermédiaire dudit au moins un organe de transfert dans l'état ouvert. D'autres objets et avantages de l'invention apparaîtront à la lecture de la description qui suit d'un mode de réalisation particulier de l'invention donné à titre d'exemple non limitatif, la description étant faite en référence aux dessins annexés dans lesquels : - la figure 1 est une représentation en perspective d'un kit de prélèvement 25 comprenant un dispositif de prélèvement de microbiote contenu dans une matière biologique, le dispositif de prélèvement comprenant un conteneur et un couvercle, le conteneur comprenant un corps constitué d'une poche souple et le couvercle étant pourvu d'un organe d'évacuation adapté pour évacuer au moins une partie des gaz contenus dans un espace intérieur du corps du conteneur, 30 - la figure 2 est une représentation en perspective du dispositif de prélèvement de la figure 1 dans une application à un prélèvement de microbiote intestinal contenu dans de la matière fécale comme matière biologique, le dispositif de prélèvement étant ouvert avec le couvercle séparé du conteneur pour collecter de la matière fécale, 3035317 6 - la figure 3 est une représentation en perspective du dispositif de prélèvement de la figure 1 mis en condition d'anaérobiose avec le couvercle monté sur le conteneur et le corps pressé contre le couvercle pour évacuer l'oxygène de l'espace intérieur du corps et conserver le microbiote présent dans la matière fécale collectée, 5 - la figure 4 est un organigramme illustrant des étapes d'un procédé de prélèvement de microbiote contenu dans une matière biologique, le procédé de prélèvement mettant en oeuvre le dispositif de prélèvement de la figure 1. Sur les figures, les mêmes références désignent des éléments identiques ou analogues. 10 La figure 1 représente un mode de réalisation d'un kit de prélèvement 1 comprenant un dispositif de prélèvement 2 de micro-organismes contenus dans une matière biologique. Dans le mode de réalisation représenté, sans y être limité, le dispositif de prélèvement 2 est mis en oeuvre dans le prélèvement de microbiote intestinal contenu dans de la matière fécale d'un individu. 15 Le dispositif de prélèvement 2 comprend un conteneur 5 destiné notamment à collecter de la matière fécale. Le conteneur 5 comprend un corps 6 constitué d'une poche souple délimitant un espace intérieur 7 adapté pour recevoir la matière biologique et présentant un bord supérieur 8. Le corps 6 est réalisé en un matériau déformable adapté pour former une 20 barrière à la matière fécale contenue dans l'espace intérieur 7 et aux fluides extérieurs afin d'éviter tout échange entre la matière fécale collectée et l'extérieur. En particulier, le corps 6 peut être réalisé en polypropylène (PP), en polychlorure de vinyle (PVC), en polycarbonate (PC) ou en éthylène acétate de vinyle (EVA). Le conteneur 5 comprend également un col 10 cylindrique de révolution autour 25 d'un axe central A auquel le bord supérieur 8 du corps 6 est solidarisé par tout moyen approprié et notamment par soudage, collage ou autre. Le col 10 présente une rigidité d'ensemble et est, par exemple, réalisé en matière plastique telle que du polypropylène (PP), du polychlorure de vinyle (PVC), du polycarbonate (PC) ou du éthylène acétate de vinyle (EVA). Le col 10 présente une surface intérieure 11 qui délimite une ouverture 30 d'accès 12 à l'espace intérieur 7 du corps 6, et une surface extérieure 13 pourvue d'une ou plusieurs rampes 14 agencées de manière à former un filet externe. En variante, tout autre agencement continu ou discret d'une ou plusieurs rampes 14, éventuellement équiréparties, pourrait être prévu sur la surface extérieure 13 du col 10. 3035317 7 Le conteneur 5 comporte également un support 15 adapté pour en assurer un maintien stable dans une orientation appropriée et, en particulier, avec l'ouverture d'accès 12 orientée vers le haut. Dans le mode de réalisation représenté, le support 15 est solidaire du col 10 et conformé pour pouvoir venir en appui sur un rebord d'un siège de toilettes 3 5 conformément à l'application considérée. Le support 15 comprend deux ailes 16 s'étendant radialement par rapport à l'axe central A dans des sens diamétralement opposés depuis la surface extérieure 13 du col 10. En variante, selon l'application, le support pourrait avoir toute autre forme appropriée. Un filtre 20 est solidarisé, par exemple par soudage, collage ou autre, au conteneur 10 5 de manière à définir, dans l'espace intérieur 7, deux compartiments. Sur la figure 1, le filtre 20 est solidarisé au corps 6 de manière à s'étendre au voisinage de l'ouverture d'accès 12 du col 10. L'espace intérieur 7 présente alors un compartiment supérieur dans lequel débouche l'ouverture d'accès 12 et présentant une contenance inférieure à celle d'un compartiment inférieur du côté du fond 9. En variante, le filtre peut être solidarisé en tout 15 autre emplacement approprié du col ou du corps du conteneur pour définir des compartiments inférieur et supérieur de contenances respectives appropriées. Le filtre présente des pores compris entre 0,1 mm et 1,5 mm, notamment de 0,5 mm, adaptés pour retenir des corps solides non solubles contenus dans la matière fécale. Le corps 6 du conteneur 5 comprend un premier organe de transfert 25 se 20 présentant sous la forme d'un port de connexion inférieur 26 ménagé au travers du corps 6 du conteneur 5 au voisinage du fond 9 du corps 6, et d'un tube 27 s'étendant depuis le port de connexion inférieur 26. Le port de connexion inférieur 26 et le tube 27 définissent ainsi un passage à l'intérieur du premier organe de transfert 25 entre l'espace intérieur 7 et un environnement extérieur. Le premier organe de transfert 25 comporte une vanne 28 montée 25 sur le tube 27 et déplaçable entre : - une position fermée définissant un état fermé du premier organe de transfert 25 et dans laquelle elle empêche toute communication, et notamment toute circulation de fluide, au travers du passage, et - une position ouverte définissant un état ouvert du premier organe de transfert 25 30 et dans laquelle elle autorise la communication, et notamment la circulation de fluide, au travers du passage. En variante, le premier organe de transfert 25 pourrait comprendre plusieurs tubes 27 et plusieurs vannes 28. 3035317 8 Le tube 27 peut être relié de manière amovible au port de connexion inférieur 26. Un élément d'obturation sous la forme d'un clapet peut être monté dans le passage du port de connexion inférieur 26 en étant sollicité vers une position d'obturation, dans laquelle l'élément d'obturation empêche toute communication au travers du passage, et en étant 5 déplaçable vers une position de libération dans laquelle l'élément d'obturation autorise la communication au travers du passage. Le tube 27 comporte alors un port de connexion complémentaire adapté pour coopérer avec le port de connexion inférieur 26. En particulier, le port de connexion complémentaire est pourvu d'un élément de libération agencé pour déplacer l'élément d'obturation vers la position de libération lorsque le port de 10 connexion complémentaire est connecté au port de connexion inférieur 26. Le port de connexion inférieur 26 et le port de connexion complémentaire peuvent alors former, l'un, l'organe mâle et, l'autre, l'organe femelle d'une connexion de type Luer Lock équipé d'une valve dans laquelle : - le port de connexion inférieur 26 est dans la position d'obturation empêchant 15 toute communication entre l'espace intérieur 7 et l'extérieur au travers du passage lorsque le tube 27 est séparé du corps 6 du conteneur 5, et - le port de connexion inférieur 26 est dans la position de libération établissant une communication entre l'espace intérieur 7 et l'extérieur au travers du passage lorsque le tube 27 est relié au corps 6 du conteneur 5. 20 Un tel port de connexion permet, par une connexion sans perçage, de réaliser une communication bidirectionnelle au travers du passage tout en maintenant l'espace intérieur parfaitement clos tant que l'élément d'obturation n'est pas déplacé vers la position de libération par l'élément de libération. Dans un autre mode de réalisation, le tube 27 du premier organe de transfert 25 25 peut être venu de matière avec le port de connexion inférieur 26, la vanne 28 formant alors un élément d'obturation déplaçable par rapport au port de connexion 26 entre une position d'obturation correspondant à la position fermée de la vanne 28, et une position de libération correspondant à la position ouverte. En variante, en remplacement de la vanne 28, l'élément d'obturation pourrait être un bouchon transperçable ou monté de manière 30 amovible sur une extrémité libre du tube 27. Afin de pouvoir conserver la matière fécale collectée, le dispositif de prélèvement 2 comprend un couvercle 30 adapté pour être monté de manière amovible et étanche sur le col 10 du conteneur 5 de manière à obturer l'ouverture d'accès 12 du col 10 et à fermer l'espace intérieur 7 du corps 6. Le couvercle 30 présente une rigidité d'ensemble et est, par 3035317 9 exemple, réalisé en une matière plastique analogue à celle du col 10. Il comporte une paroi transversale 31 s'étendant perpendiculairement à un axe central B et présentant un bord périphérique 32 circulaire avec un diamètre correspondant à celui du col 10 du conteneur 5. Le couvercle 30 comporte également une jupe 33 cylindrique de révolution autour de 5 l'axe central B qui s'étend depuis le bord périphérique 32 de la paroi transversale 31. La jupe 33 présente une surface intérieure pourvue de saillies formant, le cas échéant, un filet interne, adaptées pour coopérer avec les rampes 14 sur la surface extérieure 13 du col 10. La paroi transversale 31 a une surface supérieure présentant deux évidements 34 agencés de part et d'autre d'une saillie de saisie 35 centrale. Les évidements 34 sont tels qu'une 10 surface inférieure de la paroi transversale 31 au niveau des évidements 34 affleure ou dépasse d'un bord libre 36 de la jupe 33. Dans l'un des évidements 34, le couvercle 30 est pourvu d'un deuxième organe de transfert 40 réalisé sous la forme d'un organe d'évacuation adapté pour, dans un état ouvert, évacuer au moins une partie des gaz contenus dans l'espace intérieur 7 du corps 6 15 du conteneur 5. L'organe d'évacuation 40 comprend un port de connexion supérieur 41 ménagé au travers du couvercle 30, entre ses surfaces inférieure et supérieure, et un tube 42 s'étendant depuis le port de connexion supérieur 41. Le port de connexion supérieur 41 et le tube 42 définissent ainsi un passage à l'intérieur de l'organe d'évacuation 40 entre l'espace intérieur 7 et l'environnement extérieur. Dans un bourrelet central 43, le tube 42 20 de l'organe d'évacuation 40 comprend une membrane de filtration microporeuse disposée dans le passage. La membrane de filtration microporeuse présente des pores compris entre 0,1 p.m et 1 pm, notamment entre 0,1 p.m et 0,5 pm, par exemple de 0,2 p.m. Dans le mode de réalisation représenté, le tube 42 de l'organe d'évacuation 40 est venu de matière avec le port de connexion supérieur 41. L'organe d'évacuation 40 peut 25 alors également comprendre un élément d'obturation, tel qu'un bouchon monté de manière amovible sur une extrémité libre du tube 42. Lorsque le bouchon est séparé du tube 42, l'organe d'évacuation 40 est dans l'état ouvert, dans lequel une communication entre l'espace intérieur 7 du conteneur 5 et l'extérieur est établie au travers du passage. Lorsque le bouchon est monté sur le tube 42, il obture le passage et l'organe d'évacuation 40 est 30 dans un état fermé, dans lequel toute communication entre l'espace intérieur 7 du conteneur 5 et l'extérieur au travers du passage est empêchée. Dans un autre mode de réalisation, le tube 42 de l'organe d'évacuation 40 peut être relié de manière amovible au port de connexion supérieur 41. En complément ou en remplacement de l'élément d'obturation prévu sur le tube 42, un nouvel élément 3035317 10 d'obturation sous la forme d'un clapet peut être monté dans le passage du port de connexion supérieur 41 en étant sollicité vers une position d'obturation, empêchant toute communication au travers du passage, et en étant déplaçable vers une position de libération autorisant une communication au travers du passage. Dans cet autre mode de réalisation, le 5 tube 42 comporte un port de connexion complémentaire adapté pour coopérer avec le port de connexion supérieur 41. En particulier, le port de connexion complémentaire est pourvu d'un élément de libération agencé pour déplacer l'élément d'obturation vers la position de libération lorsque le port de connexion complémentaire est connecté au port de connexion supérieur 41. Le port de connexion supérieur 41 est dans la position d'obturation lorsque le 10 tube 42 est séparé du couvercle 30, et dans la position de libération lorsque le tube 42 est relié au couvercle 30. Dans l'autre évidement 34, le couvercle 30 comprend des troisième 45 et quatrième 48 organes de transfert adaptés chacun pour établir une communication entre l'espace intérieur et l'extérieur dans l'état ouvert, et pour fermer la communication entre l'espace 15 intérieur et l'extérieur dans l'état fermé. Les troisième 45 et quatrième 48 organes de transfert comprennent respectivement des ports de connexion supérieurs supplémentaires 46, 49 pour des dispositifs annexes du kit de prélèvement. Chacun des ports de connexion supérieurs supplémentaires 46, 49 est ménagé au 20 travers du couvercle 30, entre ses surfaces inférieure et supérieure, pour constituer l'un des organes, par exemple femelle, d'une connexion de type Luer Lock, éventuellement équipé d'une valve. Comme décrit précédemment, le port de connexion supérieur supplémentaire 46 du troisième organe de transfert 45 peut être pourvu d'un élément d'obturation 47 monté dans 25 le passage et adapté pour coopérer avec un élément de libération d'un port de connexion complémentaire prévu sur le dispositif annexe et constituant l'autre organe, par exemple mâle, de la connexion de type Luer Lock. L'élément d'obturation 47 sollicité vers une position d'obturation empêchant toute communication au travers du passage place le port de connexion supérieur supplémentaire 46 du troisième organe de transfert 45 dans un état 30 fermé lorsque le dispositif annexe est séparé du couvercle 30. L'élément d'obturation 47 déplacé vers une position de libération autorisant une communication au travers du passage place le port de connexion supérieur supplémentaire 46 du troisième organe de transfert 45 dans un état ouvert lorsque le dispositif annexe est relié au couvercle 30. 3035317 11 Le quatrième organe de transfert 48 peut être pourvu d'un élément d'obturation sous la forme d'un bouchon, non représenté, monté de manière amovible sur le port de connexion supérieur supplémentaire 49. Le quatrième organe de transfert 48 est dans un état ouvert autorisant une communication au travers du passage lorsque le bouchon est 5 séparé du port de connexion supérieur supplémentaire 49, et dans un état fermé empêchant toute communication au travers du passage lorsque le bouchon est sur le port de connexion supérieur supplémentaire 49. Les dispositifs annexes peuvent notamment comprendre : - un ou plusieurs réservoirs de fluide diluant, et notamment une poche 10 d'alimentation, adaptés pour être reliés à l'un des ports de connexion supérieurs supplémentaires 46, 49 des troisième 45 et quatrième 48 organes de transfert, le réservoir comprenant, le cas échéant, une conduite équipé d'un port de connexion complémentaire avec un élément de libération, - un ou plusieurs tubes d'analyse adaptés pour être reliés à l'un des ports de 15 connexion supérieurs supplémentaires 46, 49 des troisième 45 et quatrième 48 organes de transfert, chaque tube d'analyse s'étendant entre une extrémité ouverte pourvue, le cas échéant, d'un port de connexion complémentaire avec un élément de libération, et une extrémité fermée de manière à pouvoir extraire à des fins d'analyse de la matière fécale, et - une ou plusieurs poches de recueil de micro-organismes adaptées pour être reliées 20 au port de connexion inférieur 26 du premier organe de transfert 25 par l'intermédiaire d'une tubulure de distribution comprenant une ou plusieurs conduites équipée d'un port de connexion complémentaire avec un élément de libération et, le cas échéant, d'une ou plusieurs vannes. En variante, le kit de prélèvement 1 pourrait comprendre tout autre type de 25 dispositif annexe choisi parmi un dispositif d'alimentation adapté pour alimenter l'espace intérieur 7 en fluide, et un dispositif de réception adapté pour recevoir un fluide contenu dans l'espace intérieur 7. Par ailleurs, tout autre agencement approprié d'un ou plusieurs organes de transfert sur le conteneur 5 ou le couvercle 30 pourrait être prévu. En particulier, le dispositif de prélèvement 2 pourrait ne comprendre que les premier 25 et 30 deuxième 40 organes de transfert décrits précédemment ou encore un seul d'entre eux. En tout état de cause, au moins un organe de transfert est prévu dans le compartiment inférieur, en aval du filtre par rapport à l'ouverture d'accès, afin d'éviter une occlusion du port de connexion par un corps solide contenu dans la matière biologique ou un prélèvement d'un tel corps solide avec les micro-organismes. 3035317 12 En relation avec les figures 2 à 4, un procédé de prélèvement de microbiote contenu dans une matière biologique mettant en oeuvre le système de prélèvement est maintenant décrit. Sur la figure 2, de la matière fécale est collectée en plaçant le conteneur 5 du 5 dispositif de prélèvement 2 dans des toilettes avec les ailes reposant sur le rebord du siège de toilettes 3. En variante, la matière fécale pourrait être déposée de toute autre manière appropriée dans l'espace intérieur 7 du conteneur 5. Au cours de cette étape de collecte, le tube 27 peut être séparé du conteneur 5. Sur la figure 3, une fois de la matière fécale reçue sur le filtre 20 dans l'espace 10 intérieur 7 du corps 6, l'espace intérieur 7 est fermé en vissant le couvercle 30 sur le col 10 du conteneur 5. Un opérateur peut alors procéder à la mise en anaérobiose de l'espace intérieur 7 du corps 6 du conteneur 5 en comprimant le corps 6 du conteneur 5. En particulier, la paroi transversale 31 du couvercle 30 au niveau des évidements 34 forme une partie d'appui contre laquelle le corps 6 du conteneur 5 peut être pressé lorsque le 15 couvercle 30 est monté sur le col 10 du conteneur 5. Ce faisant, une partie des gaz contenus dans l'espace intérieur 7 du corps 6 du conteneur 5, et en particulier l'oxygène, est évacuée au travers de l'organe d'évacuation 40 ménagé dans la partie d'appui du couvercle 30. La compression du corps 6 peut être améliorée par une préhension ou un appui sur un organe de préhension, tel qu'une plaque rigide ou une poignée, agencé sur un 20 fond 9 à l'opposé du bord supérieur 8. Selon l'application considérée, la mise en anaérobiose peut être complétée par une injection de gaz inerte dans l'espace intérieur 7 du corps 6 du conteneur 5 par l'intermédiaire de l'un des organes de transfert 25, 40, 45, 48. Après un possible temps d'attente dans des conditions déterminées et un éventuel 25 contrôle visuel, la matière fécale est mise en suspension en reliant un réservoir de fluide diluant, tel qu'une poche d'alimentation en fluide diluant ou un flacon de fluide diluant, au port de connexion supérieur supplémentaire 46 du troisième organe de transfert 45 sur le couvercle 30 du dispositif de prélèvement 2. Le port de connexion supérieur supplémentaire 46 passe à l'état ouvert de telle manière que le fluide diluant est introduit 30 dans l'espace intérieur 7 du corps 6 du conteneur 5. La matière biologique et le fluide diluant sont ensuite mélangés par pression sur le corps 6 du conteneur 5. L'homogénéité de la suspension est améliorée par son passage au travers du filtre 20. Préalablement à la mise en suspension de la matière fécale, des analyses complémentaires peuvent être pratiquées sur un échantillon prélevé par l'intermédiaire 3035317 13 d'un tube d'analyse relié au port de connexion supérieur supplémentaire 49 du quatrième organe de transfert 48 sur le couvercle 30 du dispositif de prélèvement 2. En variante, le prélèvement d'un tel échantillon peut être réalisé simultanément ou postérieurement à la mise en suspension. 5 Pour conditionner le microbiote sous forme d'inoculum prêt à l'emploi, le tube 27 ou une tubulure de distribution peut être reliée au port de connexion inférieur 26 du premier organe de transfert 25 pour prélever le microbiote contenu dans la matière fécale dans une ou plusieurs poches de recueil connectées respectivement à une ou plusieurs conduites de la tubulure de distribution. 10 Le microbiote peut ensuite subir toute opération appropriée pour sa conservation, son transport éventuel et sa transplantation. REVENDICATIONS1. Dispositif de prélèvement (2) de micro-organismes contenus dans une matière biologique, le dispositif de prélèvement (2) comprenant : - un conteneur (5) comprenant un corps (6) qui comporte un espace intérieur (7) adapté pour recevoir la matière biologique, et un col (10) qui délimite une ouverture d'accès (12) à l'espace intérieur (7) du corps (6), - un couvercle (30) adapté pour être monté de manière amovible et étanche sur le col (10) du conteneur (5) de manière à obturer l'ouverture d'accès (12) du col (10) et à fermer l'espace intérieur (7) du corps (6), le dispositif de prélèvement (2) étant caractérisé en ce que le corps (6) du conteneur (5) est constitué d'une poche souple, et en ce qu'au moins l'un parmi le conteneur (5) et le couvercle (30) est pourvu d'au moins un organe de transfert (25, 40, 45, 48) comportant intérieurement un passage entre l'espace intérieur (7) et un environnement extérieur, l'organe de transfert (25, 40, 45, 48) présentant un état ouvert dans lequel ledit organe de transfert (25, 40, 45, 48) établit une communication avec l'espace intérieur (7) au travers du passage, et un état fermé dans lequel ledit organe de transfert (25, 40, 45, 48) empêche toute communication avec l'espace intérieur (7) au travers du passage, ledit au moins un organe de transfert (25, 40, 45, 48) comprenant un organe d'évacuation (40) adapté pour, dans l'état ouvert, évacuer au moins une partie des gaz contenus dans l'espace intérieur (7) du corps (6) du conteneur (5). 2. Dispositif de prélèvement (2) selon la revendication 1, dans lequel l'organe d'évacuation (40) comprend une membrane de filtration microporeuse disposée dans le passage. 3. Dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 1 et 2, dans lequel ledit au moins un organe de transfert (25, 40, 45, 48) comprend un port de connexion (26, 41, 46, 49) ménagé au travers de l'un parmi le conteneur (5) et le couvercle (30) et comportant intérieurement au moins une partie du passage, et un élément d'obturation (47) déplaçable par rapport au port de connexion (26, 41, 46, 49) entre une position d'obturation, dans laquelle ledit élément d'obturation (47) empêche toute communication au travers du passage, et une position de libération dans laquelle ledit élément d'obturation (47) autorise la communication au travers du passage. 4. Dispositif de prélèvement (2) selon la revendication 3, dans lequel l'élément d'obturation (47) est monté dans le passage du port de connexion (26, 46), l'élément 3035317 15 d'obturation (47) étant sollicité vers la position d'obturation et étant déplaçable vers la position de libération. 5. Dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 3 et 4, dans lequel ledit au moins un organe de transfert (25, 40) comprend au moins un tube (27, 5 42) s'étendant depuis le port de connexion (26, 41) et comportant intérieurement une partie du passage. 6. Dispositif de prélèvement (2) selon la revendication 5, dans lequel ledit au moins un organe de transfert (25) comprend au moins une vanne (28) montée sur le tube (27), la vanne (28) étant déplaçable entre une position fermée, dans laquelle ladite vanne (28) 10 empêche toute communication au travers du passage, et une position ouverte dans laquelle ladite (28) vanne autorise la communication au travers du passage. 7. Dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 5 et 6 lorsqu'elle dépend de la revendication 4, dans lequel le tube (27) comporte un port de connexion complémentaire pourvu d'un élément de libération et adapté pour être connecté 15 de manière amovible au port de connexion (26) de telle manière que l'élément de libération déplace l'élément d'obturation vers la position de libération. 8. Dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans lequel le couvercle (30) comporte une partie d'appui (31) présentant une rigidité d'ensemble et agencée pour permettre de presser le corps (6) du conteneur (5) contre ladite 20 partie d'appui (31) lorsque le couvercle (30) est monté sur le col (10) du conteneur (5). 9. Dispositif de prélèvement (2) selon la revendication 8, dans lequel l'organe d'évacuation (40) est ménagé dans la partie d'appui (31) du couvercle (30). 10. Dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, comprenant en outre un filtre (20) solidarisé au conteneur (5) de manière à définir, dans 25 l'espace intérieur (7), un compartiment supérieur dans lequel débouche l'ouverture d'accès (12), et un compartiment inférieur, le filtre (20) présentant des pores compris entre 0,1 mm et 1,5 mm. 11. Kit de prélèvement (1) comprenant : - un dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, 30 et - au moins un dispositif annexe choisi parmi un dispositif d'alimentation adapté pour alimenter l'espace intérieur (7) en fluide, et un dispositif de réception adapté pour recevoir un fluide contenu dans l'espace intérieur (7), le dispositif annexe étant notamment 3035317 16 choisi parmi un réservoir de fluide diluant, un tube d'analyse, une tubulure de distribution et une poche de recueil de micro-organismes. 12. Kit de prélèvement (1) selon la revendication 11 lorsqu'elle dépend de la revendication 4, dans lequel le dispositif annexe comporte un port de connexion 5 complémentaire pourvu d'un élément de libération et adapté pour être connecté de manière amovible au port de connexion (26, 46) de l'organe de transfert (25, 45) du dispositif de prélèvement (2) de telle manière que l'élément de libération déplace l'élément d'obturation vers la position de libération. 13. Procédé de prélèvement de micro-organismes contenus dans une matière 10 biologique mettant en oeuvre le dispositif de prélèvement (2) selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, le procédé de prélèvement comprenant les étapes consistant à: - collecter la matière biologique dans l'espace intérieur (7) du corps (6) du conteneur (5), et fermer l'espace intérieur (7) en montant le couvercle (30) sur le col (10) du conteneur (5), 15 - mettre l'espace intérieur (7) du corps (6) du conteneur (5) en anaérobiose en comprimant le corps (6) du conteneur (5) de manière à évacuer au moins une partie des gaz contenus dans l'espace intérieur (7) du corps (6) du conteneur (5) par l'intermédiaire de l'organe d'évacuation (40) dans l'état ouvert. 14. Procédé de prélèvement selon la revendication 13, comprenant en outre l'étape 20 consistant à mettre en suspension la matière biologique en introduisant un fluide diluant dans l'espace intérieur (7) du corps (6) du conteneur (5) par l'intermédiaire dudit au moins un organe de transfert (25, 40, 45, 48) dans l'état ouvert, et en mélangeant la matière biologique et le fluide diluant par pression sur le corps (6) du conteneur (5). 15. Procédé de prélèvement selon la revendication 14, comprenant en outre l'étape 25 consistant à prélever les micro-organismes en recueillant au moins une partie de la matière biologique mise en suspension par l'intermédiaire dudit au moins un organe de transfert (25, 40, 45, 48) dans l'état ouvert.