Brevet FR3028866A1 — publié le 20160527

P129079.FR.01 1 PROCEDE, SYSTEME ET PRODUIT-PROGRAMME D'ORDINATEUR POUR DETERMINER LA CROISSANCE DE MICRO-ORGANISMES Domaine technique L'invention concerne le domaine du traitement d'images produites par ordinateur, et, plus précisément, un procédé, un système et un produit-programme d'ordinateur pour déterminer la croissance de micro-organismes afin de détecter et d'identifier des micro-organismes au sein d'un objet tel qu'une boite de Petri, après l'incubation dudit objet. Etat de la technique Dans le domaine de la microbiologie, il est connu d'utiliser des images d'une boite de Petri acquises à différents temps d'incubation afin de détecter et d'identifier d'éventuels micro-organismes. La boite de Petri contient un milieu de culture tel qu'une gélose spécifique dans laquelle un échantillon adapté à ladite gélose est ensemencé. De manière connue, une première image de la boite de Petri est acquise à un instant TO, préalablement à l'incubation de la boite de Petri et au moyen d'un système d'imagerie adapté. Ainsi, la première image acquise ne comprend aucune colonie de micro-organismes. La boite de Petri est ensuite incubée pendant une période de temps déterminée, jusqu'à un instant Ti. Une deuxième image de la boite de Petri est alors acquise à l'instant Ti. Ensuite, la première image acquise au temps TO est comparée avec l'image acquise au temps T1, afin de déterminer si des colonies de micro-organismes sont apparues lors de la période d'incubation, c'est-à-dire si l'échantillon ensemencé a généré la croissance de colonies de micro-organismes au sein de la boite de Petri. Cependant, la comparaison des images de la boite de Petri ne permet pas de détecter avec fiabilité une éventuelle présence de colonies de micro-organismes. En 3028866 P129079.FR.01 2 effet, de nombreux paramètres peuvent engendrer un résultat erroné de la comparaison des images de la boite de Petri. Concernant la boite de Petri elle-même, différents paramètres peuvent engendrer 5 une détection erronée des colonies de micro-organismes. Un premier paramètre concerne le matériau de la boite de Petri. Ainsi, la boite de Petri est réalisée dans un matériau, tel que le verre ou le plastique, qui peut comporter des défauts tels que des rayures. Selon les conditions d'acquisition des 10 images de la boite de Petri, les rayures peuvent apparaître sur l'image de la boite de Petri en tant qu'élément distinct. Ainsi une rayure peut être interprétée, de manière erronée, comme représentative d'une croissance de micro-organismes. Un deuxième paramètre concerne des éléments associés à la boite de Petri. Ainsi, la 15 boite de Petri comprend généralement une inscription sérigraphiée, par exemple un numéro permettant d'identifier l'origine de la production de la boite de Petri. De manière similaire aux rayures, selon les conditions d'acquisition des images de la boite de Petri, l'inscription sérigraphiée peut apparaître sur l'image de la boite de Petri en tant qu'élément distinct. Ainsi une inscription sérigraphiée peut être 20 interprétée, de manière erronée, comme représentative d'une croissance de micro- organismes. Un troisième paramètre concerne le milieu de culture disposé au sein de la boite de Petri, tel que la gélose. En effet, la gélose nécessaire à la mise en culture de 25 l'échantillon peut contenir des défauts structurels. Selon les conditions d'acquisition des images de la boite de Petri, ces défauts structurels tels que des bulles ou une rétractation de la gélose peuvent également apparaître en tant qu'éléments distincts sur l'image de la boite de Petri. Ainsi, les défauts structurels peuvent également être interprétés, de manière erronée, comme représentatifs d'une croissance de micro- 30 organismes. 3028866 P129079.FR.01 3 Un quatrième paramètre concerne la présence de buée. En effet, lors de la période d'incubation, des particules d'eau formant de la buée peuvent apparaître sur les parois de la boite de Petri. Or, lors de l'analyse de la boite de Petri, celle-ci subit un retournement qui peut provoquer la chute des particules d'eau sur la gélose. Ainsi, 5 selon les conditions d'acquisition d'une image de la boite de Petri, lesdites particules d'eau peuvent apparaître sous forme d'éléments distincts sur ladite image de la boite de Petri. Ainsi, la présence de buée peut également engendrer une interprétation erronée d'une croissance de micro-organismes. 10 Enfin, un cinquième paramètre concerne d'éventuels déplacements de la boite de Petri en translation et/ou en rotation entre l'acquisition de la première image à TO et l'acquisition de la deuxième image à Ti. Ces déplacements génèrent un décalage de la position de l'objet au sein de la première image acquise par rapport à la position dudit objet au sein de la deuxième image acquise. Or, un décalage entre les 15 images acquises aux instant TO et T1 ne permet pas de les comparer par superposition, en vue de détecter la présence de colonies de micro-organismes. Dans l'art antérieur, le brevet EP796319 décrit un procédé d'identification de colonies de micro-organismes comprenant l'acquisition d'images d'un dispositif de 20 mise en culture tel qu'une boite de Petri ou un film dit PetrilfilmTM. Le procédé comprend des étapes de recalage des images acquises en utilisant comme position de référence le centre du dispositif de mise en culture. Le recalage concerne uniquement un mouvement de translation du dispositif de mise en culture entre une première image acquise à un temps TO et une deuxième image acquise à un temps 25 Ti. Par conséquent, le brevet EP796319 ne décrit pas d'étape de recalage permettant de considérer un éventuel mouvement de rotation du dispositif de mise en culture entre les deux temps d'acquisition TO et T1 des images. De plus, les conditions d'acquisition des images sont telles que les conditions d'illumination d'une image acquise au temps TO sont identiques à celles d'une image acquise au 30 temps T1. Ainsi, le brevet EP796319 décrit des étapes de comparaison des images comprenant la soustraction des pixels de l'image acquise à TO avec les pixels de l'image acquise à T1 afin d'obtenir une image de comparaison comprenant des 3028866 P129079.FR.01 4 pixels résultants dont l'intensité est éventuellement représentative d'une croissance de micro-organismes. Par conséquent, le brevet EP796319 ne décrit pas d'étapes de comparaison d'images adaptées à des images acquises selon différentes conditions d'illumination. 5 Par conséquent, il s'avère nécessaire d'améliorer la détection de croissance de micro-organismes au sein d'un objet tel qu'une boite de Petri en considérant le recalage d'image lié à une translation et/ou à une rotation de la boite de Petri lors de l'acquisition des images de la boite de Petri à des temps différents. 10 Objet de l'invention La présente invention vise à surmonter au moins partiellement les problèmes mentionnés ci-dessus. 15 Ainsi, un premier objectif de l'invention consiste à fournir un procédé pour déterminer la croissance de micro-organismes dans un échantillon biologique susceptible de contenir des micro-organismes, ledit échantillon biologique étant contenu dans un récipient d'analyse tel qu'une boite de Petri, ledit récipient 20 d'analyse étant soumis à une incubation d'une durée déterminée, ledit procédé comprenant les étapes suivantes : - acquérir une première pluralité d'images initiales du récipient d'analyse à un premier temps d'acquisition T1, avant ou pendant l'incubation ; - acquérir une deuxième pluralité d'images finales du récipient d'analyse à 25 un deuxième temps d'acquisition T2, pendant ou après l'incubation ; - recaler chaque image initiale de la première pluralité d'images initiales acquises, avec chaque image finale correspondante de la deuxième pluralité d'images finales acquises ; - localiser au moins une zone potentielle de croissance de micro-organismes 30 au sein d'au moins une image de la deuxième pluralité d'images acquises ; - évaluer le contenu de la zone potentielle de croissance de microorganismes identifiée afin de déterminer la présence de micro-organismes. 3028866 P129079.FR.01 5 De manière avantageuse, l'étape de recalage comprend une étape de recalage primaire associée à un identifiant localisé sur le récipient d'analyse. 5 De manière avantageuse, l'étape de recalage comprend une étape de recalage secondaire associée au contenu du récipient d'analyse. De manière avantageuse, l'étape de localisation d'au moins une zone potentielle de croissance de micro-organismes comprend une étape de détection d'une densité 10 élevée de colonies de micro-organismes, une étape de détection de colonies de micro-organismes non-circulaires et une étape d'attribution d'un élément de localisation à ladite zone potentielle de croissance de micro-organismes. De manière avantageuse, l'étape d'évaluation du contenu de la zone potentielle de 15 croissance identifiée comprend une étape de détermination des valeurs de deux paramètres d'évolution. De manière avantageuse, les deux paramètres d'évolution comprennent un paramètre de corrélation et un paramètre de contraste. 20 De manière avantageuse, selon l'invention l'étape de recalage secondaire comprend la création d'un maillage de sous-images pour chaque image initiale et chaque image finale. 25 Ainsi, un deuxième objectif de l'invention consiste à fournir un système pour déterminer la croissance de micro-organismes dans un échantillon biologique susceptible de contenir des micro-organismes, ledit échantillon biologique étant contenu dans un récipient d'analyse telle qu'une boite de Petri, ledit récipient d'analyse étant soumis à une incubation d'une durée déterminée, ledit système 30 comprenant : - un dispositif de capture d'images afin d'acquérir une pluralité d'images de l'objet à analyser à un premier temps d'acquisition T1, avant ou pendant 3028866 P129079.FR.01 6 l'incubation, et à un deuxième temps d'acquisition T2, pendant ou après l'incubation ; - un dispositif d'illumination comprenant une ou plusieurs sources lumineuses afin d'illuminer le récipient d'analyse ; 5 - un dispositif de contrôle pour contrôler l'application du procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon l'invention afin de déterminer la présence de micro-organismes. Ainsi, un troisième objectif de l'invention consiste à fournir un produit-programme 10 d'ordinateur comprenant des instructions logicielles pour la mise en oeuvre d'un procédé selon l'invention lorsque ledit programme est exécuté par un processeur de données. 15 Brève description des dessins L'invention, sa fonctionnalité, ses applications ainsi que ses avantages seront mieux appréhendés à la lecture de la présente description, faite en référence aux figures, dans lesquelles : - la figure 1 montre une vue schématique d'un système d'analyse d'images 20 selon un mode de réalisation de l'invention ; - la figure 2 montre un diagramme des étapes du procédé global de détermination de la croissance de micro-organismes selon un mode de réalisation de l'invention ; - la figure 3 montre un diagramme des étapes du procédé de recalage 25 primaire selon un mode de réalisation de l'invention ; - la figure 4 montre une image d'une boite de Petri acquise au temps T1 ; - la figure 5 montre une image de la boite de Petri selon la figure 4 avec une représentation ciblée sur les pixels distants du centre de la boite de Petri selon un rayon R-10 pixels ; 30 - la figure 6 montre une image de la boite de Petri selon la figure 4 avec une représentation ciblée sur les pixels distants du centre de la boite de Petri selon un Rayon R-50 pixels ; 3028866 P129079.FR.01 7 - la figure 7 montre une image de la boite de Petri selon la figure 4 en application d'une opération de segmentation ; - les figures 8 et 9 montrent une image de la boite de Petri selon la figure 4 après l'application d'une opération d'ouverture morphologique ; 5 - la figure 10 montre une image de la boite de Petri sur la figure 4 après application d'une fonction d'érosion ; - la figure 11 montre en détail le contenu du rectangle représenté sur la figure 10 ; - la figure 12 montre une image de la boite de Petri selon la figure 9 après 10 application d'une fonction d'ouverture ; - la figure 13 montre en détail le contenu du rectangle représenté sur la figure 12 ; - la figure 14 montre une représentation graphique de l'étiquette latérale théorique ; 15 - la figure 15 montre une représentation graphique de l'étiquette latérale théorique en traits discontinus, de l'angle d'orientation 0 en trait plein et de l'ellipsoïde équivalent sous forme de points ; - la figure 16 montre une représentation graphique comparative des images de l'étiquette latérale acquise à T1 et à T2 ; 20 - la figure 17 montre une représentation graphique selon la figure 16 basée sur les moitiés supérieures desdites étiquettes latérales théoriques ; - la figure 18 montre une représentation graphique des étiquettes selon la figure 16 basée sur les moitiés inférieures desdites étiquettes latérales théoriques ; - la figure 19 montre une image d'une boite de Petri acquise à un temps T1 ; 25 - la figure 20 montre une image de la boite de Petri acquise à un temps T2 ; - la figure 21 montre un diagramme des étapes concernant le procédé de recalage secondaire selon le mode de réalisation de l'invention ; - la figure 22 montre la représentation d'un pixel au sein d'une cellule initiale 30 - la figure 23 montre en détail le contenu du carré représenté sur la figure 22 - la figure 24 montre la représentation d'un pixel au sein d'une cellule finale ; 3028866 P129079.FR.01 8 - la figure 25 montre en détail le contenu du carré représenté sur la figure 24 - la figure 26 montre un diagramme des étapes relatives au procédé de recalage local selon la figure 21 ; 5 - la figure 27 montre une image de la boite de Petri acquise à un temps T1 selon la condition d'acquisition « backlight » ; - la figure 28 montre une image de la boite de Petri selon la figure 27 acquise à un temps T2 selon la condition d'acquisition « backlight » ; - la figure 29 montre en détail le contenu du carré représenté sur la figure 10 28; - la figure 30 montre un diagramme des étapes relatives au procédé de détermination de croissance préalable de micro-organismes selon la figure 2 ; - la figure 31 montre un diagramme des étapes du procédé d'analyse temporel ; 15 - la figure 32 montre un diagramme des étapes relatives au procédé de prétraitement d'images selon la figure 31 ; - la figure 33 montre des exemples de sous-images acquise à T1 et à T2 selon les conditions d'acquisition « backlight », « bottom » et « median » après l'application d'un procédé d'ajustement de contraste ; 20 - la figure 34 montre des exemples de sous-images acquise à T1 et à T2 selon les conditions d'acquisition « backlight », « bottom » et « median » après l'application d'un filtre médian ; - la figure 35 montre un diagramme des étapes relatives à l'évaluation des premier et deuxième paramètres d'évolution selon la figure 31 ; 25 - la figure 36 montre un diagramme des étapes relatives à l'évaluation du paramètre de contraste selon un mode de réalisation de l'invention ; - la figure 37 montre un diagramme des étapes relatives à l'évaluation du paramètre de corrélation selon un mode de réalisation de l'invention ; - la figure 38 montre un diagramme des étapes relatives à la détermination 30 de la croissance effective selon la figure 31 selon un mode de réalisation de l'invention ; 3028866 P129079.FR.01 9 - la figure 39 montre une représentation graphique de la croissance de micro-organismes telle que détectée, en fonction des valeurs des paramètres de contraste et de corrélation. 5 Description détaillée de l'invention La description détaillée ci-après a pour but d'exposer l'invention de manière suffisamment claire et complète, notamment à l'aide d'exemples, mais ne doit en aucun cas être regardée comme limitant l'étendue de la protection aux modes de 10 réalisation particuliers et aux exemples présentés ci-après. La présente invention concerne l'analyse d'un échantillon. Selon la présente invention, l'échantillon peut être de diverses origines, par exemple d'origine alimentaire, environnementale, vétérinaire, clinique, pharmaceutique ou 15 cosmétique. Parmi les échantillons d'origine alimentaire, l'on peut citer, de façon non-exhaustive, un échantillon de produits lactés (yaourts, fromages, etc.), de viande, de poisson, d'ceuf, de fruit, de légume, d'eau, de boisson (lait, jus de fruits, soda, etc.). Bien 20 évidemment, ces échantillons d'origine alimentaire peuvent aussi provenir de sauces ou de plats plus élaborés ou des matières premières non transformées ou partiellement transformées. Un échantillon alimentaire peut également être issu d'une alimentation destinée aux animaux, telle que des tourteaux, des farines animales. 25 Tel qu'indiqué précédemment, l'échantillon peut être d'origine environnementale et peut consister, par exemple, en un prélèvement de surface, d'eau, d'air, etc. L'échantillon peut également consister en un échantillon d'origine clinique, pouvant 30 correspondre à des prélèvements de fluide biologique (urine, sang total, ou dérivés tel que sérum, salive, pus, liquide céphalo-rachidien, etc.), de selles (par exemple diarrhées cholériques), de prélèvements de nez, de gorge, de peau, de plaies, 3028866 P129079.FR.01 10 d'organes, de tissus ou de cellules isolées. Cette liste n'est évidemment pas exhaustive. D'une manière générale, le terme « échantillon » se réfère à une partie ou à une 5 quantité, plus particulièrement une petite partie ou une petite quantité, prélevée à partir d'une ou plusieurs entités aux fins d'analyse. Cet échantillon peut éventuellement avoir subi un traitement préalable, impliquant par exemple des étapes de mélange, de dilution ou encore de broyage, en particulier si l'entité de départ est à l'état solide. 10 L'échantillon prélevé est, en général, susceptible de - ou suspecté de - contenir au moins un micro-organisme externe cible tel qu'une bactérie, une levure, un champignon. 15 Selon la présente invention, l'analyse est réalisée à l'aide d'un récipient d'analyse tel qu'une boite de Petri comprenant un réceptacle et un couvercle. Le réceptacle et/ou le couvercle peuvent comprendre un identifiant. Le réceptacle comprend un milieu de culture tel qu'un milieu de culture gélosé. Un fluide est ensemencé sur le milieu de culture avant le début de l'analyse. Le but de l'analyse est de déterminer la 20 présence de micro-organismes spécifiques et la concentration en micro-organismes au sein du fluide sur le milieu de culture, après incubation de la boite de Petri. Au sein de la présente invention, le récipient d'analyse est une boite de Petri qui comprend comme identifiant une étiquette latérale disposée sur la paroi latérale du 25 réceptacle de la boite de Petri. Selon la présente invention, les conditions d'acquisition des images d'une boite de Petri sont identiques. En effet, l'éclairage et l'angle de vue de la boite de Petri, lors de la capture d'images correspondantes à deux temps d'acquisition distincts, sont 30 identiques pour chaque image acquise. Selon la présente invention, l'objectif de l'analyse d'images d'une boite de Petri est de recaler une image acquise avant incubation de la boite de Petri avec une image correspondante acquise après 3028866 P129079.FR.01 11 incubation de la boite de Petri, ou deux images de la boite de Petri acquises à des temps d'incubation différents. En effet, lors de la manipulation de la boite de Petri, à l'aide d'un dispositif automatisé ou manuellement, la position de la boite de Petri peut varier entre l'instant d'acquisition de l'image avant l'incubation et l'instant 5 d'acquisition de l'image correspondante après incubation. Ainsi, la comparaison des deux images acquises à des instants différents permet de déterminer la présence ou l'absence de colonies de micro-organismes localisée au sein de la boite de Petri. La boite de Petri étant circulaire, le recalage peut nécessiter une rotation et/ou une translation de l'image de la boite de Petri afin d'obtenir la correspondance entre les 10 deux images. La figure 1 montre un système d'analyse d'images 10 comprenant un dispositif de capture d'image 12, un dispositif d'illumination 14, un dispositif d'analyse d'images 16 et un dispositif de contrôle 18. 15 Le dispositif de capture d'images 12 comprend un dispositif numérique tel qu'une caméra numérique afin d'acquérir des images de l'objet à analyser. Le dispositif de capture d'images 12 acquiert une première série d'images à un temps T1 et une deuxième série d'images à un temps T2. Le temps T1 correspond à un instant initial 20 c'est-à-dire avant l'ensemencement de micro-organismes et avant translation, ou à un instant initial en présence de micro-organismes et après une première période d'incubation au sein de la boite de Petri. Le temps T2 correspond à un instant ultérieur à l'instant initial T1, après incubation de la boite de Petri, c'est-à-dire, potentiellement, en présence de micro-organismes au sein de la boite de Petri. A 25 titre d'exemple, le dispositif de capture d'images 12 comprend un capteur d'images monochrome de type CCD consommant entre 12 et 24 Volts et utilisant la technologie de balayage avec une vitesse maximale d'acquisition de 17 images par seconde. 30 Le dispositif d'illumination 14 comprend par exemple une ou plusieurs sources lumineuses telles que des diodes électroluminescentes (DELs) afin d'illuminer l'objet à analyser selon des conditions déterminées par l'utilisateur. Les sources 3028866 P129079.FR.01 12 lumineuses sont disposées soit au-dessus, soit au-dessous de la boite de Petri à analyser. Le dispositif d'illumination 14 permet de générer des conditions d'acquisition relatives à différentes possibilités d'illumination de la boite de Petri telles qu'une illumination rouge, verte et/ou bleue (RVB) combinées à la présence 5 ou à l'absence d'un cache situé au-dessous de la boite de Petri, c'est-à-dire au- dessous du réceptacle ou au-dessous du couvercle de la boite de Petri. Ainsi, l'illumination de type « backlight » correspond à l'acquisition d'images en présence d'une illumination arrière de la boite de Petri, en l'absence d'un cache situé au-dessous de la boite de Petri. L'illumination de type « bottom annular» ou «bottom» 10 correspond à l'acquisition d'images en présence d'une illumination située au-dessus de la boite de Petri, et selon quatre directions par rapport à la boite de Petri, c'est-à-dire vers la gauche, vers la droite, vers la partie supérieure, et vers la partie inférieure de ladite boite de Petri. L'illumination de type « left bottom » correspond à l'obtention d'images basée sur une illumination située au-dessus de la boite de 15 Petri de type « bottom » et du côté gauche de ladite boite de Petri. L'illumination de type « median » correspond à l'obtention d'une image médiane basée sur les quatre images distinctes relatives à chaque direction, gauche, droite, partie inférieure, et partie supérieure de la boite de Petri, obtenues au moyen d'une illumination «bottom». D'autres conditions d'acquisition peuvent être envisagées en utilisant 20 une combinaison de sources lumineuses disposées selon une direction spécifique par rapport à la boite de Petri en présence ou en absence d'un cache situé au-dessous de la boite de Petri afin d'obtenir un objet visible et sans artefact en fonction de la nature de l'échantillon et des micro-organismes à identifier. 25 Le dispositif d'illumination 14 peut également produire des illuminations verticales ou annulaires par rapport à la boite de Petri à analyser. Le dispositif d'analyse d'images 16 comprend notamment un support d'objet et des moyens de maintien de l'objet tel qu'une pince afin de maintenir un objet tel qu'une 30 boite de Petri. 3028866 P129079.FR.01 13 Le dispositif de contrôle 18 comprend notamment un micro-processeur (non montré), un écran d'affichage (non montré), une mémoire de stockage (non montrée), afin d'exécuter des algorithmes de traitement d'images. Le dispositif de contrôle 18 permet de définir les paramètres de fonctionnement du dispositif de 5 capture d'images 12, du dispositif d'illumination 14 et du dispositif d'analyse d'images 16 afin de contrôler le fonctionnement du dispositif de capture d'images 12, du dispositif d'illumination 14 et du dispositif d'analyse d'images 16. Le système d'analyse d'images 10 fonctionne en association avec un dispositif 10 d'incubation 20. Le dispositif d'incubation 20 permet d'incuber au moins une boite de Petri selon des conditions d'incubation spécifiques concernant la durée et la température, afin de favoriser la croissance de micro-organismes au sein des boites de Petri. 15 Ainsi, selon un fonctionnement classique, et en considérant une seule boite de Petri à titre d'exemple, la boite de Petri ensemencée avec un échantillon est acheminée via un moyen de transport connu selon l'état de l'art, tel qu'un tapis roulant, au sein du dispositif d'incubation 20. 20 A l'issue de la période d'incubation, la boite de Petri est à nouveau acheminée au sein du système d'analyse d'images 10. Après le traitement des images obtenues au moyen du système d'analyse d'images 10, un système d'identification (non montré) permet de déterminer, selon un 25 procédé manuel ou automatisé appliqué aux images acquises, la nature et le nombre de colonies de micro-organismes qui se sont éventuellement développées au sein de la boite de Petri. La présente invention concerne l'analyse d'images disponibles au sein du système 30 d'analyse d'images 10, après incubation d'une boite de Petri et acquisition des images de ladite boite de Petri. 3028866 P129079.FR.01 14 Au sein de la présente description, à titre d'exemple, l'objet considéré est une boite de Petri. La présente invention s'applique à une pluralité d'images ou séries d'images concernant une ou plusieurs boites de Petri. Une première série d'images Il est acquise à un temps T=T1 et une deuxième série d'images 12 est acquise à un 5 temps T=T2. La présente description, à titre d'exemple, fait référence à une image I1 issue de la première série d'images I1 acquise à T1 et à une image 12 issue de la deuxième série d'images 12 acquise à T2. Comme montré sur la figure 2, le procédé global selon la présente invention 10 comprend une première étape d'acquisition 22 de la première série d'images I1, à un temps T1, une deuxième étape d'acquisition 24 de la deuxième série d'images 12, à un temps T2, ainsi qu'une étape 26 relative à un premier procédé de recalage primaire, une étape 28 relative à un deuxième procédé de recalage secondaire, une étape 30 relative à un troisième procédé de détection préalable de micro- 15 organismes. Dans l'étape 22, les images sont acquises selon un procédé décrit au sein de la demande internationale publiée sous le numéro W02012/152769. Les premier, deuxième et troisième procédés sont distincts et leurs algorithmes respectifs sont stockés au sein de la mémoire de stockage du dispositif de contrôle 18. 20 Le premier procédé concerne le recalage primaire ou recalage grossier montré sur la figure 3 et relatif au positionnement de la boite de Petri entre la première image Il acquise à T1 et la deuxième image 12 acquise à T2. 25 Le procédé de recalage primaire est basé sur la détection de l'étiquette latérale de la boite de Petri. Ainsi, le procédé de recalage primaire comprend, comme montré sur la figure 3, un procédé de détection de l'étiquette latérale 1001 et un procédé de détermination des paramètres de recalage primaire 1002 associés aux caractéristiques de l'étiquette latérale. 30 Le procédé de détection de l'étiquette latérale 1001 comprend l'utilisation d'au moins deux images de la boite de Petri, avec au moins une image acquise en utilisant 3028866 P129079.FR.01 15 la condition d'illumination « left bottom » et au moins une image acquise en utilisant la condition d'illumination « backlight ». Le procédé de détection de l'étiquette latérale 1001 comprend une première étape 5 100 concernant la détection de la boite de Petri. La première étape 100 comprend une détection des bords de la boite de Petri, selon une méthode connue dans l'état de l'art. Les images utilisées dans la première étape correspondent aux images acquises au 10 temps T1 et au temps T2 avec la condition d'illumination « backlight ». Ainsi, la première étape permet de déterminer les coordonnées du centre C et la longueur du rayon R de la boite de Petri, et ce pour chaque image acquise. Dans les étapes suivantes, seuls les pixels situés à l'intérieur d'un disque caractérisé 15 par les valeurs ainsi déterminées de R et C sont considérés au sein des images acquises. Le procédé de détection de l'étiquette latérale comprend une deuxième étape 110 concernant la localisation de l'étiquette latérale. 20 Les images utilisées dans la deuxième étape 110 correspondent aux images acquises au temps T1 comme montré sur la figure 4, et au temps T2 avec la condition d'illumination « left bottom». En effet l'étiquette latérale localisée sur le côté droit de la boite de Petri est visible, de manière optimale, selon cette condition 25 d'illumination. La deuxième étape 110 comprend la création d'un premier disque de rayon R1 = R-dl et la création d'un deuxième disque de rayon R2=R-d2, dl et d2 étant des valeurs déterminées au préalable par l'utilisateur, avec d1 0,6 alors la zone potentielle de croissance correspond à un élément qui évolue au cours du temps et donc la zone potentielle de croissance est une zone de 20 croissance avérée, il s'agit d'une zone dite positive ; - si 0,25 REVENDICATIONS1. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes dans un échantillon biologique susceptible de contenir des micro-organismes, ledit échantillon biologique étant contenu dans un récipient d'analyse tel qu'une boite de Petri, ledit récipient d'analyse étant soumis à une incubation d'une durée déterminée, ledit procédé comprenant les étapes suivantes : - acquisition d'une première pluralité d'images initiales du récipient d'analyse à un premier temps d'acquisition T1, avant ou pendant l'incubation ; - acquisition d'une deuxième pluralité d'images finales du récipient d'analyse à un deuxième temps d'acquisition T2, pendant ou après l'incubation ; - recalage de chaque image initiale de la première pluralité d'images initiales acquises, avec chaque image finale correspondante de la deuxième pluralité d'images finales acquises ; - localisation d'au moins une zone potentielle de croissance de micro-organismes au sein d'au moins une image de la deuxième pluralité d'images acquises ; - évaluation du contenu de la zone potentielle de croissance de micro-organismes identifiée afin de déterminer la présence de micro-organismes. 2. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon la revendication 1, l'étape de recalage comprenant une étape de recalage primaire associée à un identifiant localisé sur le récipient d'analyse. 3. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon la revendication 1 ou 2, l'étape de recalage comprenant une étape de recalage secondaire associée au contenu du récipient d'analyse. 4. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon l'une des revendications précédentes, l'étape de localisation d'au moins une zone potentielle de croissance de micro-organismes comprenant une étape de détection d'une densité élevée de colonies de micro-organismes, une étape de détection de colonies 3028866 P129079.FR.01 33 de micro-organismes non-circulaires et une étape d'attribution d'un élément de localisation à ladite zone potentielle de croissance de micro-organismes. 5. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon l'une des 5 revendications précédentes, l'étape d'évaluation du contenu de la zone potentielle de croissance identifiée comprenant une étape de détermination des valeurs de deux paramètres d'évolution. 6. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon la 10 revendication 5, les deux paramètres d'évolution comprenant un paramètre de corrélation et un paramètre de contraste. 7. Procédé de détermination de la croissance de micro-organismes selon l'une des revendications précédentes, dans lequel l'étape de recalage secondaire comprend la 15 création d'un maillage de sous-images pour chaque image initiale et chaque image finale. 8. Système de détermination de la croissance de micro-organismes dans un échantillon biologique susceptible de contenir des micro-organismes, ledit 20 échantillon biologique étant contenu dans un récipient d'analyse telle qu'une boite de Petri, ledit récipient d'analyse étant soumis à une incubation d'une durée déterminée, ledit système comprenant : - un dispositif de capture d'images (12) afin d'acquérir une pluralité d'images de l'objet à analyser à un premier temps d'acquisition T1, avant ou pendant 25 l'incubation, et à un deuxième temps d'acquisition T2, pendant ou après l'incubation ; - un dispositif d'illumination (14) comprenant une ou plusieurs sources lumineuses afin d'illuminer le récipient d'analyse ; - un dispositif de contrôle (18) pour contrôler l'application du procédé de 30 détermination de la croissance de micro-organismes selon l'une des revendications 1 à 7 afin de déterminer la présence de micro-organismes. 3028866 P129079.FR.01 34 9. Produit programme d'ordinateur comprenant des instructions logicielles pour la mise en oeuvre d'un procédé selon l'une des revendications 1 à 7 lorsque ledit programme est exécuté par un processeur de données.