Brevet FR3021054A1 — publié le 20151120

La présente invention se rapporte à un procédé et un système d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture. Elle se rapporte plus particulièrement à l'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture contenu dans un récipient présentant une 5 embase et un couvercle réalisé dans un matériau transparent, tel qu'une boîte de Pétri. Il est connu de cultiver des micro-organismes, comme par exemple des bactéries, sur un milieu de culture - ou gélose - contenu dans un récipient. Ces récipients, notamment du type boîte de Pétri, sont classiquement réalisés 10 avec une embase et un couvercle en matériau transparent, en particulier en matière plastique (polystyrène). L'observation des micro-organismes présents sur des milieux de culture en boite de Pétri se fait le plus souvent en enlevant le couvercle afin d'optimiser cette observation. Lorsqu'elle est réalisée manuellement par un 15 technicien, cette étape est faite soit sous hotte à flux laminaire, soit au voisinage d'un bec bunsen, de manière à limiter les risques de contamination de l'environnement extérieur, voire de contaminer le contenu de la boite de Petri elle-même. Lorsque l'observation est réalisée de manière automatique, au 20 moyen d'un instrument de prise d'image, elle l'est également en retirant le couvercle. Le risque de contamination de l'instrument de prise d'image est alors très important, du fait notamment de l'environnement confiné. L'alternative consiste à réaliser la prise d'image à travers le couvercle transparent. Cependant, le couvercle transparent peut présenter des 25 défauts de surface tels que des rayures, des traces, des cassures ou encore des poussières, qui nuisent à l'observation des espèces biologiques et modifient donc les conclusions tirées à la suite du traitement d'image. La présente invention a pour but de résoudre l'inconvénient précité, en offrant une solution simple permettant d'observer des espèces biologiques à 30 travers un couvercle transparent, sans retirer le couvercle du récipient, et en s'affranchissant des défauts du couvercle qui pourraient nuire à l'observation. A cet effet, elle propose un procédé d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture contenu dans un récipient présentant une embase et un couvercle réalisé dans un matériau transparent, ledit procédé 35 étant mis en oeuvre sans ouverture dudit couvercle et comprenant les étapes suivantes : a) prendre une image du milieu de culture à travers le couvercle ; b) réaliser plusieurs déplacements du couvercle par rapport à l'embase tout en maintenant le couvercle au contact de l'embase ; c) prendre une image du milieu de culture à travers le couvercle après 5 chaque déplacement du couvercle ; d) analyser et comparer les niveaux d'intensité lumineuse des différentes images, mettre en oeuvre une méthode de rejet de niveaux aberrants d'intensité lumineuse issus de défauts présents sur le couvercle pour construire une image finale du milieu de culture. 10 Ainsi, l'invention propose de prendre plusieurs images du milieu à travers le couvercle où, entre chaque prise d'image, le couvercle qui présente des défauts est déplacé sur l'embase (en translation, en rotation, en combinant translation et rotation) sans pour autant être ôté de l'embase (le contact est maintenu entre le couvercle et l'embase, autrement dit le couvercle est déplacé 15 dans le plan de contact entre l'embase et le couvercle). En déplaçant ainsi le couvercle, les défauts du couvercle se déplacent également alors que l'embase et donc les espèces biologiques restent statiques ou fixes puis, en comparant les images entre elles en termes de niveaux d'intensité lumineuse, le procédé permet de ne retenir que les observations non aberrantes (les observations 20 aberrantes correspondants aux défauts du couvercle visualisés sur les images) et donc de combiner les images pour générer une image finale exempte, au moins partiellement, des défauts du couvercle. Pour une bonne compréhension des étapes a) à c), le couvercle occupe au moins trois positions distinctes, où pour chaque position le 25 couvercle est en appui sur l'embase et, pour chacune des ses positions, une image est prise à travers le couvercle transparent. Le couvercle passe d'une position à une autre par déplacement du couvercle relativement à l'embase. Pour une bonne compréhension de l'étape d), cette dernière consiste à analyser et comparer les niveaux d'intensité lumineuse des 30 différentes images, autrement dit à comparer les images entre elles pour détecter si telle ou telle image présente des niveaux aberrants d'intensité lumineuse dans telles ou telles zones en comparaison avec les mêmes zones des autres images (un niveau aberrant d'intensité lumineuse dans une zone donnée pour une image correspond à un niveau d'intensité éloigné des niveaux 35 d'intensité dans la même zone - ou avec les mêmes coordonnées - pour les au moins deux autres images, au regard d'un seuil d'éloignement ou tolérance donné), puis à reconstruire une image finale en combinant les zones des images qui ne présentent pas de niveaux aberrants d'intensité lumineuse (et donc en rejettant les zones des images qui présentent des niveaux aberrants d'intensité lumineuse). Ainsi, grâce à ce procédé, si un défaut cache une zone du milieu de culture sur une première image, le déplacement du couvercle permettra de déplacer ce défaut (sans pour autant déplacer cette zone qui reste statique) et ainsi de rendre visible cette zone lors de la prise d'une deuxième image, voire d'une troisième image. Lors du traitement final d'image, la première image ne sera pas retenue pour retranscrire dans l'image finale cette zone du milieu de culture (car cachée sur la première image et donc considérée comme une zone présentant un niveau aberrant d'intensité lumineuse), mais par contre la deuxième image et/ou la troisième image seront retenues pour retranscrire dans l'image finale cette zone. Bien entendu, la première image sera retenue pour retranscrire dans l'image finale d'autres zones du milieu de culture ; le traitement d'image pouvant se faire zone par zone, soit échantillon d'image par échantillon d'image, chaque échantillon d'image comprenant au moins un pixel d'image et étant associé à des coordonnées dans l'espace (de préférence coordonnées bidimensionnelles). En outre, grâce à ce procédé, sont repérés les défauts du couvercle qui auraient pu être confondus avec une colonie. En effet, ces défauts sont déplacés avec le couvercle, ce qui certifie que de tels défauts sont bien des défauts et non pas des colonies, permettant ainsi d'éliminer ces défauts lors du traitement d'image. Il est entendu que le procédé prévoit plusieurs déplacements du couvercle, autrement dit au moins deux déplacements du couvercle, pour au final prendre au moins trois images du milieu de culture à travers le couvercle (une prise d'image avant les déplacements, et au moins deux prises d'image après les déplacements). En effet, pour écarter des niveaux aberrants d'intensité lumineuse, il est nécessaire de comparer entre elles au moins trois images. Il est également envisageable que lors de l'étape b), le couvercle soit légèrement décollé de l'embase, puis tourné ou translaté ou tourné et translaté en même temps, et ensuite reposé sur l'embase pour la prise d'image qui suit le déplacement. Le procédé de l'invention autorise ainsi un tel éventuel léger soulèvement, sans pour autant ouvrir ou retirer complètement le couvercle pour ne pas engendrer de risques de contamination, mais les prises d'image sont toujours réalisées à travers le couvercle posé sur l'embase. Avec ce procédé, la gestion des déplacements ne doit pas nécessairement être précise, il suffit de déplacer le couvercle en translation 5 d'une distance plus ou moins précise et/ou de tourner le couvercle d'un angle plus ou moins précis ; l'idée étant de déplacer les défauts pour rendre accessible à la prise d'image des zones qui étaient justement cachées par ces défauts. Ainsi, il est suffisant d'assurer des déplacements au moins équivalents au diamètre minimum des colonies recherchées (par exemple de l'ordre de 350 10 micromètres) mais sans limite supérieure (une limite supérieure pouvant être arbitrairement fixée pour réduire la complexité du dispositif qui assurera le déplacement du couvercle). Au final, la maîtrise parfaite des déplacements n'est pas essentielle, ce qui est un avantage d'un point de vue économique pour fabriquer le système d'observation associé. 15 Selon une caractéristique, l'étape d) d'analyse et de comparaison des images comprend les sous-étapes suivantes : dl ) pour chaque image, sélectionner des échantillons comprenant au moins un pixel et associer des coordonnées à chaque échantillon ; d2) pour chaque échantillon sélectionné de chaque image, déterminer au 20 moins un niveau d'intensité lumineuse ; d3) comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse de chaque échantillon de mêmes coordonnées entre les différentes images ; d4) rejeter les échantillons des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse en comparaison des échantillons de mêmes coordonnées 25 des autres images, et d5) construire l'image finale sur la base des échantillons non rejetés. Ainsi, le traitement d'image est basé sur le niveau d'intensité observé échantillon par échantillon, en comparant les images entre elles tout en corrélant les coordonnées des échantillons entre les images. Il est bien 30 entendu que les échantillons des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse correspondent à des échantillons d'une image qui présentent des niveaux d'intensité éloignés (en considérant un seuil de tolérance prédéterminé) des niveaux d'intensité des échantillons de mêmes coordonnées d'au moins deux autres images. Autrement dit, si l'échantillon d'une image présente sensiblement le même niveau d'intensité que l'échantillon de mêmes coordonnées d'une autre image, il est probable que ces échantillons soient non rejetés. La multiplication des prises d'image et donc des déplacements du 5 couvercle diminuent les incertitudes quant aux rejets des échantillons. Cependant, avec trois prises d'image, voire quatre ou cinq prises d'image, le résultat final est suffisant. Selon une autre caractéristique, lors de la sous-étape dl ), les échantillons sélectionnés comprennent tous un unique pixel. 10 Ainsi, le traitement d'image se fait pixel par pixel, augmentant ainsi la résolution du traitement d'image. Dans une réalisation particulière, les images sont prises en couleur et : - lors de la sous-étape d2), pour chaque échantillon sélectionné de chaque 15 image, déterminer les trois niveaux d'intensité lumineuse respectivement dans les couleurs rouge, bleu et vert ; - lors de la sous-étape d3), comparer les trois niveaux d'intensité lumineuse de chaque échantillon de mêmes coordonnées entre les différentes images. Ainsi, le traitement d'image se fait sur les trois niveaux d'intensité 20 lumineuse (rouge ou « R », vert ou « G » et bleu ou « B »), pour optimiser la comparaison entre les images et le rejet des niveaux aberrants d'intensité lumineuse. Avantageusement, les sous-étapes d3) à d5) sont réalisées avec les phases successives suivantes mises en oeuvre pour chaque coordonnée 25 d'échantillon sélectionné, dite coordonnée de travail : - dans une première phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons de coordonnées de travail entre une première image et une deuxième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la 30 première image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la deuxième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon de l'image finale aux coordonnées de travail correspond audit échantillon de la première image ; - sinon, dans une deuxième phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité 35 lumineuse des échantillons de coordonnées de travail entre la première image et une troisième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la première image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la troisième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon de l'image finale aux coordonnées de travail correspond audit échantillon de la première image ; - sinon, dans une troisième phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons de coordonnées de travail entre la deuxième image et une troisième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la deuxième image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la troisième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon de l'image finale aux coordonnées de travail correspond audit échantillon de la deuxième image ; - sinon, retour à la première phase après avoir augmenté la tolérance. Bien entendu, il est envisageable de poursuivre ces phases en travaillant avec une quatrième image, voire plus, pour réduire les risques de rejet non souhaité. Ces phases successives sont répétées échantillon par échantillon, en balayant les coordonnées des images, notamment par incrémentation selon un axe longitudinal X et incrémentation selon un axe transversal Y. Dans un mode de réalisation particulier, l'étape b) met en en oeuvre au moins un premier déplacement correspondant à une translation du couvercle du récipient, et au moins un deuxième déplacement correspondant à une rotation dudit couvercle. Ces déplacements, faits dans le plan de contact entre l'embase et le couvercle, sont avantageux, car si un défaut est présent au centre du couvercle, la translation (autorisée par un jeu entre couvercle et embase) va permettre de déplacer ce défaut hors du centre, et la rotation va permettre de tourner le(s) défaut(s). Il est bien entendu envisageable de prévoir un déplacement combinant rotation et translation. Il est également envisageable de mettre en oeuvre uniquement au moins deux rotations (avec une seule rotation par prise d'image), en particulier dans le cas où le jeu entre le couvercle et l'embase est jugé trop faible. Selon une possibilité de l'invention, l'étape a) est précédée d'une 35 étape préalable de blocage en position de l'embase du récipient. De cette manière, le risque de voir l'embase bouger sous l'effet du déplacement du couvercle est anéanti, en bloquant l'embase qui sera maintenue statique de manière fiable. Selon une autre possibilité de l'invention, les prises d'image lors 5 des étapes a) et c) sont toutes réalisées dans la même position fixe par rapport à l'embase du récipient. L'invention se rapporte également à un système d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture contenu dans un récipient présentant une embase et un couvercle réalisé dans un matériau transparent, 10 ledit système comprenant : - un support du récipient ; - un dispositif de prise d'image du milieu de culture à travers le couvercle, ledit dispositif de prise d'image étant positionné au-dessus dudit support ; - un dispositif de déplacement du couvercle par rapport à l'embase tout en 15 maintenant le couvercle au contact de l'embase ; et - un système de contrôle relié au dispositif de prise d'image et au dispositif de déplacement pour la mise en oeuvre du procédé conforme à l'invention, ce système de contrôle comportant une module de pilotage du dispositif de prise d'image et du dispositif de déplacement et intégrant une unité de traitement 20 pour l'analyse et la comparaison des différentes images. Le dispositif de déplacement est conformé pour assurer des déplacements du couvercle dans un plan donné, en l'occurrence le plan de contact entre l'embase et le couvercle, mais n'est pas conformé pour retirer le couvercle de l'embase. 25 Conformément à une autre caractéristique avantageuse de l'invention, le dispositif de déplacement est conformé pour assurer au moins une rotation du couvercle du récipient et au moins une translation dudit couvercle, dans un plan de travail qui correspondra au plan de contact entre l'embase et le couvercle. 30 Selon une possibilité, le dispositif de déplacement comporte : - un socle monté coulissant sur le support ; - un premier actionneur pilotant en translation le socle sur le support ; - un arbre rotatif équipé d'un galet, ledit arbre étant monté sur le socle ; - un second actionneur monté sur le socle et pilotant en rotation l'arbre. Selon une autre possibilité, le dispositif de déplacement comprend au moins un élément de rappel élastique dans une position neutre sans contact avec le couvercle. Dans cette position neutre, le dispositif de déplacement n'est pas 5 au contact avec le couvercle, pour permettre la mise en place du récipient sur le support, avant l'éventuel blocage de l'embase. Avantageusement, le système comprend en outre un dispositif de blocage en position de l'embase du récipient sur le support. D'autres caractéristiques et avantages de la présente invention 10 apparaîtront à la lecture de la description détaillée ci-après, d'un exemple de mise en oeuvre non limitatif, faite en référence aux figures annexées dans lesquelles : - la figure 1 est une vue schématique du système conforme à l'invention, dans une position neutre du dispositif de déplacement et avant blocage de 15 l'embase du récipient ; - la figure 2 est une vue schématique du système de la figure 1, dans une position neutre du dispositif de déplacement et après blocage de l'embase du récipient ; - la figure 3 est une vue schématique du système de la figure 1, dans une 20 première position du dispositif de déplacement suite à la position neutre ; - la figure 4 est une vue schématique du système de la figure 1, dans une deuxième position du dispositif de déplacement suite à la première position ; - les figures 5a à 5d sont des représentations schématiques des images 25 prises par le dispositif de prise d'image dans les différentes positions du dispositif de déplacement, respectivement dans la position neutre de la figure 2 (figure 5a), dans la première position de la figure 3 (figure 6b), dans la deuxième position de la figure 4 (figure 5c), dans une troisième position non illustrée (figure 5d) ; 30 - la figure 6 est une illustration d'un exemple de synoptique de traitement d'image mis en oeuvre dans le procédé conforme à l'invention. Les figures 1 à 4 représentent un système 1 d'observation d'espèces biologiques (notamment des bactéries ou autres types de microorganismes) sur un milieu de culture M (du type gélose) contenu dans un 35 récipient R présentant une embase E réalisée dans un matériau transparent ou non, et un couvercle C réalisé dans un matériau transparent. Le couvercle C est plus grand que l'embase E, de sorte qu'il existe un jeu J entre les parois périphériques respectives du couvercle C et de l'embase E. De préférence, le couvercle C et l'embase E sont de forme cylindrique, et le couvercle C présente un diamètre supérieur à l'embase E. Il est également envisageable que le couvercle soit monté sans jeu, c'est-à-dire de manière ajustée, sur l'embase. Ce système 1 comprend : - un support 2 du récipient R, réalisé sous la forme d'un plateau fixe et présentant une face supérieure plane et horizontale sur laquelle repose le 10 récipient R; - un dispositif de prise d'image 3, appelé par la suite caméra, positionné au-dessus du support 2, et donc au-dessus du récipient R, pour prendre des images du milieu de culture M à travers le couvercle C ; - un dispositif d'éclairage 4 pour éclairer le milieu de culture, ce dispositif 15 d'éclairage pouvant comporter au emoins une source d'éclairage 40; - un dispositif de déplacement 5 du couvercle C par rapport à l'embase E dans le plan de contact entre le couvercle C et l'embase E pour maintenir le couvercle C au contact de l'embase E pendant tous les déplacements mis en oeuvre par ce dispositif de déplacement 5. 20 Dans le mode de réalisation illustré sur les figures, le dispositif d'éclairage 4 comporte deux sources d'éclairage 40 placées de part et d'autre du dispositif de prise d'image 3. Bien entendu, il est possible de n'avoir qu'une seule source d'éclairage ou plus de deux sources d'éclairage. En outre, la ou chaque source d'éclairage peut être : 25 - de différentes natures, comme par exemple du type diode électroluminescente, lampe incandescente, lampe halogène, ... - de différentes longueurs d'onde de rayonnement : dans le visible (blanc), éventuellement dans une bande plus large ou multiple (rouge, vert, bleu) ou encore dans les domaines ultra-violet ou infra-rouge, ... 30 - de formes différentes : source annulaire, segment, spot,... Ce dispositif de déplacement 5 comprend : - un socle 50 monté coulissant sur le support 2, et plus spécifiquement monté coulissant sur la face inférieure du support 2 opposée à la face supérieure, le support 2 comportant des organes de guidage (non illustrés) en translation du 35 socle 50 dans un plan parallèle au support 2; - un premier actionneur 51, du type vérin électrique ou électro-aimant, pilotant en translation le socle 50 sur le support 2, ce premier actionneur 51 étant monté sur le support 2 (et en particulier sur sa face inférieure) et accouplé au socle 50 pour piloter son déplacement en translation ; - un arbre 52 rotatif équipé à son extrémité supérieure d'un galet 53, cet arbre 52 étant monté pivotant sur le socle 50 selon un axe de rotation perpendiculaire au support 2, cet arbre 52 traversant le support 2 via un orifice oblong 20 ménagé dans le support 2, et l'arbre 52 étant monté dans un palier (non détaillé) prévu sur le socle 50 et soutenant l'arbre 52 ; - un second actionneur 54 monté sur le socle 50 et pilotant en rotation l'arbre 52, ce second actionneur 54 est notamment du type moteur rotatif électrique et est accouplé, par exemple au moyen d'une courroie ou de tout autre mécanisme de transmission 540, à l'arbre 52 pour faire tourner l'arbre 52 et le galet 53; - un élément de rappel élastique 55, notamment du type ressort, intercalé entre le support 2 et le socle 50, conformé pour rappeler le dispositif de déplacement 5 dans une position neutre (visible sur les figures 1 et 2), c'est-à-dire pour rappeler le socle 50 dans une position dans laquelle le galet 53 est éloigné du couvercle C. Le système 1 comprend également un dispositif de blocage 6 en position de l'embase E du récipient R sur le support 2, qui comprend notamment un mécanisme de serrage 60, tel qu'un étau, une pince, des mors de serrage ou une mâchoire, monté sur le support 2 et mobile entre une configuration ouverte ou desserrée (visible sur la figure 1) dans laquelle l'embase E est libre et une configuration fermée ou serrée (visible sur les figures 2 à 4) dans laquelle l'embase E est serrée ou bloquée et ne peut ni tourner ni translater. Le mécanisme de serrage 60 est piloté entre ces deux configurations par un actionneur 61, notamment du type vérin électrique, électro-aimant ou moteur électrique. Dans une variante non illustrée, le dispositif de blocage peut mettre en oeuvre un dispositif par aimantation qui coopère magnétiquement avec un élément magnétique (par exemple métallique) porté par l'embase. Dans une autre variante non illustrée, le dispositif de blocage est conformé pour un blocage mécanique au moyen de pions d'indexation qui s'engagent dans des cavités prévus à cet effet dans l'embase, ou inversement. Le dispositif de déplacement 5 est mobile entre plusieurs positions, après blocage de l'embase E sur le support 2 au moyen du dispositif de blocage 6 : - une position neutre visible sur les figures 1 et 2, dans laquelle le socle 50 est 5 dans une position dans laquelle le galet 53 est écarté du couvercle C d'un écart E donné ; - une première position visible sur la figure 3, dans laquelle, partant de la position neutre, le socle 50 a été déplacé en translation (comme schématisé par la flèche DS), sous l'action du premier actionneur 51 schématisée par la 10 flèche A, d'une distance correspondant sensiblement à la somme de l'écart E et du jeu J, de sorte que le galet 53 est venu au contact du couvercle C et a poussé le couvercle C (comme schématisé par la flèche PO) jusqu'à ce que le jeu J soit consommé, autrement dit jusqu'à ce que la paroi périphérique du couvercle C vienne contre la paroi périphérique de l'embase E (qui est pour 15 rappel bloquée ou serrée) au point de contact du galet 53 sur le couvercle C; - une deuxième position visible sur la figure 4, dans laquelle, partant de la première position, l'arbre 52 et le galet 53 sont entraînés en rotation (comme schématisé par la flèche RO) selon un angle de rotation donné, par exemple entre 5 et 45°, sous l'action du second actionneur 54 schématisée par la flèche 20 A2, de sorte que le galet 53, en contact avec le couvercle C, fait pivoter ou tourner le couvercle C relativement à l'embase E (qui est pour rappel bloquée ou serrée) sensiblement de l'ordre de l'angle de rotation précité. Le système 1 comprend aussi un système de contrôle 7 relié à la caméra 3, aux actionneurs 51, 54 du dispositif de déplacement 5, et également 25 à l'actionneur 61 du dispositif de blocage 6. Ce système de contrôle 7 comporte un module de pilotage qui assure de manière centralisée le pilotage de la caméra 3, des actionneurs 51, 54 du dispositif de déplacement 5, et également de l'actionneur 61 du dispositif de blocage 6, et ce système de contrôle 7 intègre également une unité de 30 traitement pour l'analyse et la comparaison des différentes images prises par la caméra 3. La suite de la description porte sur le procédé d'observation des espèces biologiques sur le milieu de culture M, mis en oeuvre par le système 1 sous la commande du système de contrôle 7. Cette description est faite 35 notamment en référence aux figures 5a à 5d qui illustrent des images prises par la caméra 3 dans différentes phases, ces images montrant un récipient R avec une embase E sur laquelle repose un couvercle C qui présente un défaut D, en l'occurrence une rayure. En préalable et comme visible sur la figure 1, le récipient R est placé sur le support 2 avec le couvercle C qui présente un jeu J avec l'embase 5 E, et le dispositif de blocage 6 est dans la configuration ouverte. Ensuite et comme visible sur la figure 2, le système de contrôle 7 commande à l'actionneur 61 d'assurer le passage du dispositif de blocage 6 dans la configuration fermée, pour assurer le blocage de l'embase E afin que celle-ci reste fixe ou statique durant les phases suivantes. Une fois l'embase E 10 serrée, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une première image, qui est illustrée sur la figure 5a où le défaut D est présent sur le couvercle C. Puis et comme visible sur la figure 3, le système de contrôle 7 commande au premier actionneur 51 de faire passer le dispositif de 15 déplacement 5 dans la première position décrite ci-dessus. Une fois le couvercle déplacé en translation par le dispositif de déplacement 5, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une deuxième image, qui est illustrée sur la figure 5b. Puis et comme visible sur la figure 4, le système de contrôle 7 20 commande au second actionneur 54 de faire passer le dispositif de déplacement 5 dans la deuxième position décrite ci-dessus. Une fois le couvercle C déplacé en rotation d'un angle donné par le dispositif de déplacement 5, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une troisième image, qui est illustrée sur la figure 5c. 25 Optionnellement, le système de contrôle 7 commande au second actionneur 54 de faire encore tourner le couvercle C. Une fois le couvercle C déplacé à nouveau en rotation d'un angle donné par le dispositif de déplacement 5, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une quatrième image, qui est illustrée sur la figure 5d. Il est envisageable de 30 faire à nouveau tourner le couvercle C pour prendre une cinquième image, et ainsi de suite. Une fois les images prises, l'unité de traitement du système de contrôle 7 met en oeuvre une analyse et une comparaison des différentes images, pour générer une image finale. 35 La suite de la description porte sur cette phase d'analyse et de comparaison, en référence notamment à la figure 6. Pour la suite de la description, on considère que le traitement est réalisé sur trois images distinctes. Sur la figure 6, la première étape « Images » (bloc 100) correspond à l'étape d'acquisition des images. Cette première étape est suivie d'une étape « Test Images » (bloc 101) qui vérifie si toutes les images ont été prises. Si le nombre d'images n'est pas égal à N (N correspondant au nombre d'images à prendre - soit N=3 dans l'exemple décrit), alors on reboucle sur la première étape, et si le nombre d'images est égal à N alors on poursuit. Chaque image est une image bidimensionnelle, établie dans un plan défini par un repère (X, Y) où X est l'axe longitudinal ou axe des abscisses et Y est l'axe transversal ou axe des ordonnées. Le plan (X, Y) est parallèle au plan de contact entre couvercle C et embase E, et également parallèle à la face supérieure horizontale du support 2. Chaque image est composée d'une pluralité de pixels, chaque pixel présentant des coordonnées (x, y) qui lui sont propres, où x correspond à l'abscisse et y correspond à l'ordonnée. Chaque image présente une résolution (h x w), de sorte que les abscisses x sont inférieures à h (soit x h) et les ordonnées sont inférieures à w (soit y w). Pour chaque image, l'unité de traitement sélectionne des échantillons comprenant au moins un pixel et associe des coordonnées à chaque échantillon. Pour la suite de la description, les échantillons sélectionnés comprennent tous un unique pixel, et sont tous notés Pix_i(x, y) qui correspond au pixel de l'image i (i entier compris entre 1 et N, N correspondant pour rappel au nombre d'images prises - soit N=3 dans l'exemple décrit) aux coordonnées (x, y). Ensuite, pour chaque échantillon (ou pixel) Pix_i(x, y) sélectionné de chaque image, l'unité de traitement détermine au moins un niveau d'intensité lumineuse Int(Pix_i(x, y)). Le ou chaque niveau d'intensité lumineuse Int(Pix_i(x, y)) du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans l'image i est déterminé dans un plan couleur, ou un plan monochrome, ou un plan noir et blanc, etc. suivant le type d'image prise par la caméra 3. Pour la suite de la description, on considère que les images sont prises en couleur, et que l'unité de traitement détermine trois niveaux d'intensité lumineuse respectivement dans les couleurs rouge, bleu et vert : - Int.R(Pix_i(x, y)) = niveau d'intensité lumineuse du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans le plan couleur rouge de l'image i ; - Int.G(Pix_i(x, y)) = niveau d'intensité lumineuse du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans le plan couleur vert de l'image i ; et - Int.B(Pix_i(x, y)) = niveau d'intensité lumineuse du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans le plan couleur bleu de l'image i. Ensuite, l'unité de traitement met en oeuvre une phase de construction d'une image finale, lors de laquelle elle va comparer chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) de chaque pixel Pix_i(x, y) de mêmes coordonnées (x, y) entre les différentes images, rejeter les pixels des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse en comparaison des pixels de mêmes coordonnées des autres images, et construire l'image finale sur la base des pixels non rejetés. De manière plus détaillée, et en référence à la figure 6, l'unité de traitement commence, à la suite de l'étape « Test Images », par une étape « Initialisation coordonnées » (bloc 102) où les coordonnées de travail sont initialisées à des coordonnées de départ, comme par exemple x=x0 (par exemple x0=1) et y=y0 (par exemple y0=1). Ensuite, une valeur de tolérance T (ou seuil de tolérance) est fixée à une valeur initiale TO prédéfinie, lors d'une étape « T=TO » (bloc 103), où 20 cette valeur initiale TO est notamment fonction du nombre N d'images prises et de la résolution (h x w) des images. Ensuite, dans une première phase « comparaison images 1 et 2 » (bloc 104), l'unité de traitement compare chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) du pixel de coordonnées 25 de travail (x, y) (au départ, les coordonnées de travail correspondent aux coordonnées de départ) entre la première image et la deuxième image, en calculant : ABS [Int.R(Pix_1(x, y)) - Int.R(Pix_2(x, y))] ; 30 ABS [Int.G(Pix_1(x, y)) - Int.G(Pix_2(x, y))] ; et ABS [Int.B(Pix_1(x, y)) - Int.B(Pix_2(x, y))] ; où ABS est l'opérateur valeur absolue. Si la différence entre chaque niveau d'intensité du pixel Pix_1(x, y) 35 de la première image et chaque niveau d'intensité du pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image est inférieure à la tolérance T (qui au départ est initialisée à la valeur initiale TO), alors le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux coordonnées de travail (x, y) correspond au pixel Pix_1(x, y) de la première image. Autrement dit, si les trois conditions suivantes sont réunies : - ABS [Int.R(Pix_1(x, y)) - Int.R(Pix_2(x, y))] Sinon (autrement dit si l'une au moins des trois conditions citées ci-dessus n'est pas remplie), l'unité de traitement bascule dans une troisième phase « comparaison images 2 et 3 » (bloc 106) où l'unité de traitement compare chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) du pixel de coordonnées de travail (x, y) (au départ, les coordonnées de travail correspondent aux coordonnées de départ) entre la deuxième image et la troisième image, en calculant : ABS [Int.R(Pix_2(x, y)) - Int.R(Pix_3(x, y))] ; ABS [Int.G(Pix_2(x, y)) - Int.G(Pix_3(x, y))] ; et ABS [Int.B(Pix_2(x, y)) - Int.B(Pix_3(x, y))]. Si la différence entre chaque niveau d'intensité du pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image et chaque niveau d'intensité du pixel Pix_3(x, y) de la troisième image est inférieure à la tolérance T (qui au départ est initialisée à la valeur initiale TO), alors le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux coordonnées de travail (x, y) correspond au pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image. Autrement dit, si les trois conditions suivantes sont réunies : - ABS [Int.R(Pix_2(x, y)) - Int.R(Pix_3(x, y))] Sur trois images, l'unité de traitement du système de contrôle 7 retiendra pour chaque coordonnées de pixel, le niveau d'intensité pour lequel au moins sur deux images la différence notée est inférieure à la tolérance fixée à l'avance. Sur plus de trois images, le principe est le même, une moyenne du ou de chaque niveau d'intensité du pixel de l'image finale pourra éventuellement être calculée après avoir retiré les pixels présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse, c'est-à-dire les pixels qui présentent des niveaux d'intensité les plus éloigné de cette valeur moyenne d'un écart correspondant à la tolérance donnée. Comme déjà expliqué, si la différence deux à deux des niveaux d'intensité excède la tolérance T, l'unité de traitement réitère le calcul en augmentant T de la valeur K donnée. Un indice de qualité du résultat peut éventuellement être donné en fonction du nombre d'itérations nécessaire pour atteindre le résultat. En fonction du besoin, il est envisageable de limiter le nombre d'itérations ou d'augmenter la tolérance T pour converger plus vite, dans ce cas au détriment de l'efficacité du traitement d'image par retrait des niveaux aberrants d'intensité lumineuse ; l'objectif n'étant pas nécessairement de supprimer sur l'image finale tous les défauts du couvercle, mais de retirer les plus importants qui sont gênants pour l'analyse d'image qui est réalisée ensuite, en l'occurrence l'analyse des espèces biologiques sur le milieu de culture. REVENDICATIONS1. Procédé d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture (M) contenu dans un récipient (R) présentant une embase (E) et un couvercle (C) réalisé dans un matériau transparent, ledit procédé étant mis en oeuvre sans ouverture dudit couvercle (C) et comprenant les étapes suivantes : a) prendre une image du milieu de culture (M) à travers le couvercle (C) ; b) réaliser un ou plusieurs déplacements du couvercle (C) par rapport à l'embase (E) tout en maintenant le couvercle (C) au contact de l'embase (E) c) prendre une image du milieu de culture (M) à travers le couvercle (C) après chaque déplacement du couvercle (C) ; d) analyser et comparer les niveaux d'intensité lumineuse des différentes images, mettre en oeuvre une méthode de rejet de niveaux aberrants d'intensité lumineuse issus de défauts (D) présents sur le couvercle (C) pour construire une image finale du milieu de culture (M). 2. Procédé selon la revendication 1, dans lequel l'étape d) d'analyse et de comparaison des images comprend les sous-étapes suivantes : dl ) pour chaque image, sélectionner des échantillons (Pix_i(x, y)) comprenant au moins un pixel et associer des coordonnées (x, y) à chaque échantillon ; d2) pour chaque échantillon (Pix_i(x, y)) sélectionné de chaque image, déterminer au moins un niveau d'intensité lumineuse (Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)), Int.B(Pix_i(x, y))) ; d3) comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse (Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)), Int.B(Pix_i(x, y))) de chaque échantillon (Pix_i(x, y)) de mêmes coordonnées (x, y) entre les différentes images ; d4) rejeter les échantillons des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse en comparaison des échantillons de mêmes coordonnées des autres images, et d5) construire l'image finale sur la base des échantillons non rejetés. 3. Procédé selon la revendication 2, dans lequel, lors de la sous-étape dl ), les échantillons sélectionnés comprennent tous un unique pixel (Pix_i(x, Y)). 4. Procédé selon les revendications 2 ou 3, dans lequel les images sont prises en couleur et : - lors de la sous-étape d2), pour chaque échantillon (Pix_i(x, y)) sélectionné de chaque image, déterminer les trois niveaux d'intensité lumineuse (Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)), Int.B(Pix_i(x, y))) respectivement dans les couleurs rouge, vert et bleu ; - lors de la sous-étape d3), comparer les trois niveaux d'intensité lumineuse de chaque échantillon de mêmes coordonnées entre les différentes images. 5. Procédé selon l'une quelconque des revendications 2 à 4, dans lequel les sous-étapes d3) à d5) sont réalisées avec les phases successives suivantes mises en oeuvre pour chaque coordonnées (x, y) d'échantillon (Pix_i(x, y)) sélectionné, dites coordonnées de travail : - dans une première phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons (Pix_1(x, y), Pix_2(x, y)) de coordonnées (x, y) de travail entre une première image et une deuxième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon (Pix_1(x, y)) de la première image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon (Pix_2(x, y)) de la deuxième image est inférieure à une tolérance (T) donnée, alors l'échantillon (Pix_F(x, y)) de l'image finale aux coordonnées (x, y) de travail correspond audit échantillon (Pix_l (x, y)) de la première image ; - sinon, dans une deuxième phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons (Pix_1(x, y), Pix_3(x, y)) de coordonnées (x, y) de travail entre la première image et une troisième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon (Pix_1(x, y)) de la première image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon (Pix_3(x, y)) de la troisième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon (Pix_F(x, y)) de l'image finale aux coordonnées(x, y) de travail correspond audit échantillon (Pix_1(x, y)) de la première image ; - sinon, dans une troisième phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons (Pix_2(x, y), Pix_3(x, y)) de coordonnées (x, y) de travail entre la deuxième image et une troisième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon (Pix_2(x, y)) de la deuxième image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon (Pix_3(x, y)) de la troisième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon (Pix_F(x, y)) de l'image finale aux coordonnées (x, y) de travail correspond audit échantillon (Pix_2(x, y)) de la deuxième image ; - sinon, retour à la première phase après avoir augmenté la tolérance. 6. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'étape b) met en en oeuvre au moins un premier déplacement correspondant à une translation du couvercle (C) du récipient (R), et au moins un deuxième déplacement correspondant à une rotation dudit couvercle (C). 7. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel l'étape a) est précédée d'une étape préalable de blocage en position de l'embase (E) du récipient (R). 8. Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel les prises d'image lors des étapes a) et c) sont toutes réalisées dans la même position fixe par rapport à l'embase (E) du récipient (R). 9. Système (1) d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture (M) contenu dans un récipient (R) présentant une embase (E) et un couvercle (C) réalisé dans un matériau transparent, ledit système comprenant : - un support (2) du récipient (R) ; - un dispositif de prise d'image (3) du milieu de culture (M) à travers le couvercle (C), ledit dispositif de prise d'image (3) étant positionné au-dessus dudit support (2) ;- un dispositif de déplacement (5) du couvercle (C) par rapport à l'embase (E) tout en maintenant le couvercle (C) au contact de l'embase (E) ; et - un système de contrôle (7) relié au dispositif de prise d'image (3) et au dispositif de déplacement (5) pour la mise en oeuvre du procédé conforme à l'une quelconque des revendications précédentes, ledit système de contrôle (7) comportant une module de pilotage du dispositif de prise d'image (3) et du dispositif de déplacement (5) et intégrant une unité de traitement pour l'analyse et la comparaison des différentes images. 10. Système (1) selon la revendication 9, dans lequel le dispositif de déplacement (5) est conformé pour assurer au moins une rotation du couvercle (C) du récipient (R) et au moins une translation dudit couvercle (C). 11. Système (1) selon la revendication 10, dans lequel le dispositif de déplacement (5) comporte : - un socle (50) monté coulissant sur le support (2) ; - un premier actionneur (51) pilotant en translation le socle (50) sur le support (2) ; - un arbre (52) rotatif équipé d'un galet (53), ledit arbre (52) étant monté sur le socle (50) ; - un second actionneur (54) monté sur le socle (50) et pilotant en rotation l'arbre (52). 12. Système (1) selon l'une quelconque des revendications 9 à 11, dans lequel le dispositf de déplacement (5) comprend au moins un élément de rappel élastique (55) dans une position neutre sans contact avec le couvercle (C). 13. Système (1) selon l'une quelconque des revendications 9 à 12, comprenant en outre un dispositif de blocage (6) en position de l'embase (E) du récipient (R) sur le support.35